JP2017519774A5 - - Google Patents
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Claims (15)
- タグ化核酸断片ライブラリを調製する方法であって、
(a)細胞集合を溶解試薬に直接接触させて細胞溶解物を生成するステップであって、前記溶解試薬は1つまたは複数のプロテアーゼを含み、前記細胞溶解物は標的核酸を含む、ステップと;
(b)前記1つまたは複数のプロテアーゼを不活性化させて不活性化細胞溶解物を形成するステップと;
(c)少なくとも1つのトランスポザーゼと、移動鎖を含む少なくとも1つのトランスポゾン末端組成物とを、前記標的核酸および前記トランスポゾン末端組成物が転移反応する条件下で前記不活性化細胞溶解物に直接適用して混合物を生成するステップであって、
(i)前記標的核酸を断片化して複数の標的核酸断片を生成し、
(ii)前記トランスポゾン末端組成物の移動鎖を複数の前記標的核酸断片それぞれの5’末端に連結して複数の5’タグ化標的核酸断片を生成する、ステップと、を含む方法。 - (i)ステップ(a)、(b)、および(c)は単一の反応管において実行される、
(ii)前記細胞集合が最小の細胞集合であり、前記最小の細胞集合は1個、2個、3個、4個、若しくは5個の細胞を含む、
(iii)前記1つ若しくは複数のプロテアーゼは、サブチリシン及びその変異体である、
(iv)前記細胞溶解物中の1つ若しくは複数のプロテアーゼの濃度は、4.5mAU/mL〜500mAU/mLである、任意に、前記細胞溶解物中の1つ若しくは複数のプロテアーゼの濃度は、22.5mAU/mLである
(v)前記細胞集合はステップ(a)においてpH7.0〜pH10.0で前記溶解試薬に接触する、任意に、前記細胞集合はpH7.0〜pH9.0で前記溶解試薬に接触する
(vi)前記1つ若しくは複数のプロテアーゼは、ステップ(b)において、温度を上昇させることにより不活性化させる、任意に、前記1つ若しくは複数のプロテアーゼは、温度を50℃〜80℃まで上昇させることにより不活性化させる、任意に、前記1つ若しくは複数のプロテアーゼは、温度を70℃まで上昇させることにより不活性化させる、又は
(vii)前記1つ若しくは複数のプロテアーゼは、該1つ若しくは複数のプロテアーゼの1つ若しくは複数の阻害剤を加えることにより不活性化させる、請求項1に記載の方法。 - 前記溶解試薬は1つまたは複数の界面活性剤を含み、
任意に、前記1つまたは複数の界面活性剤は非イオン性界面活性剤であり、任意に、前記1つまたは複数の界面活性剤はトリトンを含む、
請求項1に記載の方法。 - 前記標的核酸は二本鎖DNAであり、該標的核酸はステップ(c)においてトランスポザーゼおよびトランスポゾン末端組成物を適用させる前は前記二本鎖DNAのままである、請求項1に記載の方法。
- 前記標的核酸は、ゲノムDNAである、染色体DNA若しくはその断片を含む、又はゲノム若しくは部分ゲノムを含む、請求項4に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのトランスポザーゼはTn5トランスポザーゼであり、
任意に、前記少なくとも1つのトランスポゾン末端組成物はTn5トランスポゾン末端を含む、又は、前記移動鎖は、制限部位ドメイン、捕捉タグドメイン、シークエンシングタグドメイン、増幅タグドメイン、検出タグドメイン、およびアドレスタグドメインのうち1つ若しくは複数を含むタグドメインを備える、
請求項1に記載の方法。 - (d)前記5’タグ化標的核酸断片に3’タグが連結する条件下で、ステップ(c)による混合物を、少なくとも1つの核酸修飾酵素とともに直接インキュベーションして、複数のジタグ化標的核酸断片を生成するステップをさらに含み、
任意に、ステップ(a)、(b)、(c)、および(d)は単一の反応管において実行される、
請求項1に記載の方法。 - 前記核酸修飾酵素はポリメラーゼであり、前記3'タグは、前記5'タグ化標的核酸断片の3'末端を伸長することにより形成され、
任意に、
(i)前記核酸修飾酵素はリガーゼであり、前記3'タグは、前記5'タグ化標的核酸断片の3'末端にオリゴヌクレオチドをライゲーションすることにより形成される、又は
(e)1つ若しくは複数のジタグ化標的核酸断片を増幅して、該ジタグ化核酸断片の5'末端および/若しくは3'末端に追加の配列を有する、タグ化核酸断片のライブラリを生成するステップをさらに含む、
請求項7に記載の方法。 - ステップ(a)、(b)、(c)、(d)、および(e)は、単一の反応管において実行され、
任意に、
(i)前記増幅は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、鎖置換増幅反応、ローリングサークル増幅反応、リガーゼ連鎖反応、転写介在増幅反応、若しくはループ介在増幅反応のうち1つ若しくは複数の使用を含む、
(ii)前記増幅は、前記ジタグ化標的DNA断片の3'タグに対し相補的な単一プライマーを用いるPCRを含む、又は
(iii)前記増幅は第1プライマーおよび第2プライマーを用いるPCRを含み、前記第1プライマーの少なくとも3'末端部は前記ジタグ化標的核酸断片の3'タグの少なくとも一部に対し相補的であり、前記第2プライマーの少なくとも3'末端部は、前記ジタグ化標的核酸断片の5'タグの少なくとも一部の配列を示し、任意に、前記第1プライマーの5'末端部は前記ジタグ化標的核酸断片の3'タグに対し非相補的であり、前記第2プライマーの5'末端部は前記ジタグ化標的核酸断片の5'タグの少なくとも一部の配列を示さず、任意に、前記第1プライマーは、第1ユニバーサル配列を含み、および/若しくは、前記第2プライマーは第2ユニバーサル配列を含む
請求項8に記載の方法。 - 前記タグ化核酸断片をシークエンシングするステップをさらに含み、
任意に、
(i)前記タグ化核酸断片のシークエンシングには、合成によるシークエンシング、ブリッジPCR、チェーンターミネーションシークエンシング、ハイブリッド形成によるシークエンシング、ナノポアシークエンシング、およびライゲーションによるシークエンシングのうち1つまたは複数の使用を含む、
(ii)前記タグ化核酸断片のシークエンシングには次世代シークエンシングの使用を含む、
(iii)コピー数多型を分析するステップをさらに含む、又は
(iv)一塩基多型を分析するステップをさらに含む、
請求項1に記載の方法。 - (a)1つまたは複数のプロテアーゼを有する溶解試薬、および、
(b)少なくとも1つのトランスポザーゼと、移動鎖を含む少なくとも1つのトランスポゾン末端組成物とを有する転移反応組成物を含み、
任意に、前記1つまたは複数のプロテアーゼはサブチリシンおよびその変異体である、
タグ化核酸断片ライブラリを調製するためのキット。 - 前記溶解剤は1つまたは複数の界面活性剤を含み、
任意に、前記1つまたは複数の界面活性剤はトリトンを含む、
請求項11に記載のキット。 - 前記少なくとも1つのトランスポゾン末端組成物は、タグドメインと、前記移動鎖を含む3'部分とを含み、
任意に、
(i)前記タグドメインは、制限部位ドメイン、捕捉タグドメイン、シークエンシングタグドメイン、増幅タグドメイン、検出タグドメイン、およびアドレスタグドメインのうち1つ若しくは複数を含む、又は
(ii)前記転移反応組成物は2つ以上のトランスポゾン末端組成物を含み、該2つ以上のトランスポゾン末端組成物はそれぞれ、少なくとも1ヌクレオチドが異なる移動鎖を含む、
請求項11に記載のキット。 - (i)前記トランスポザーゼはTn5トランスポザーゼである、
(ii)前記トランスポゾン末端組成物はTn5トランスポゾン末端を含む、
(iii)キットはポリメラーゼをさらに含む、
(iv)キットはリガーゼをさらに含む、又は
(v)増幅反応用試薬をさらに含む、
請求項11に記載のキットであって、
任意に、前記増幅反応用試薬はPCR用試薬であり、
任意に、前記増幅反応用試薬は少なくとも1つのプライマーを含み、
任意に、(a)前記少なくとも1つのプライマーは、前記移動鎖の少なくとも一部分の配列を示す3'部分を含む、(b)前記少なくとも1つのプライマーは、ユニバーサル配列を含む5'部分を含む。 - (i)サイズ選択試薬をさらに含み、任意に、前記サイズ選択試薬はAMPure XPビーズを含む
(ii)ライブラリ正規化試薬をさらに含む、又は
(iii)固体表面を有する装置をさらに含み、任意に、a)前記装置はフローセル装置である、若しくはb)前記固体表面は、分子を規則正しいパターンで固定するのに適したパターン付き表面を含む、
請求項11に記載のキット。
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