JP2016537012A5 - - Google Patents
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Description
本明細書で引用される全ての参考文献は、参照により完全に組み込まれる。今や、本発明について完全に記載したが、当業者は、本発明を、本発明の精神もしくは範囲、またはその任意の実施形態に影響を及ぼすことなく、条件、パラメータなどの広範かつ同等な範囲内で実施しうることを理解するであろう。
本発明は以下を提供する。
[1]
患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
−前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の1または複数の突然変異対立遺伝子の存在を決定するステップと、
−前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価するステップと
を含む、方法。
[2]
前記1または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする核酸を含む、
請求項1に記載の方法。
[3]
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号1、2、または3に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項2に記載の方法。
[4]
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号1、2、3、5、6、7、9、10、11、13、14、15、17、18、19、21、22、23、25、26、27、29、30、31、33、34、35、37、38、39、41、42、43、45、46、47、49、50、51、53、54、55、57、58、59、61、62、63、65、66、67、69、70、71、73、74、75、77、78、79、81、82、83、85、86、87、89、90、91、93、94、95、97、98、99、101、102、103、105、106、107、109、110、111、113、114、115、117、118、119、121、122、123、125、126、127、129、130、131、133、134、135、137、138、139、141、142、または143に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項2または3に記載の方法。
[5]
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号291、292、293、295、296、297、299、300、301、303、304、305、307、308、309、311、312、313、315、316、317、319、320、321、323、324、325、327、328、329、331、332、333、335、336、337、339、340、341、343、344、345、347、348、349、351、352、353、355、356、357、359、360、361、363、364、365、367、368、369、371、372、373、375、376、377、379、380、381、383、384、385、387、388、389、391、392、393、395、396、397、399、400、401、403、404、405、407、408、409、411、412、413、415、416、417、419、420、421、423、424、425、427、428、429、431、432、または433に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項2から4のいずれか一項に記載の方法。
[6]
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号145、146、147、149、150、151、153、154、155、157、158、159、161、162、163、165、166、167、169、170、171、173、174、175、177、178、179、181、182、183、185、186、187、189、190、191、193、194、195、197、198、199、201、202、203、205、206、207、209、210、211、213、214、215、217、218、219、221、222、223、225、226、227、229、230、231、233、234、235、237、238、239、241、242、243、245、246、247、249、250、251、253、254、255、257、258、259、261、262、263、265、266、267、269、270、271、273、274、275、277、278、279、281、282、283、285、286、または287に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項2から5のいずれか一項に記載の方法。
[7]
前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子が、前記カルレチクリン遺伝子のエクソン9を包含する領域内にある、請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。
[8]
前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、フレームシフト突然変異を有する、請求項1から7のいずれか一項に記載の方法。
[9]
前記フレームシフト突然変異が、前記カルレチクリン遺伝子のエクソン9内にある、請求項8に記載の方法。
[10]
前記フレームシフト突然変異が、1ヌクレオチドの欠失または2ヌクレオチドの付加である、請求項8または9に記載の方法。
[11]
(1+(3×n 0 ))ヌクレオチドが、前記カルレチクリン遺伝子から欠失している、請求項8または9のいずれか一項に記載の方法。
[12]
1、4、19、22、31、34、46、52ヌクレオチドが欠失している、請求項8、9、および11のいずれか一項に記載の方法。
[13]
1ヌクレオチドが欠失し、6ヌクレオチドが挿入されているか;
2ヌクレオチドが欠失し、4ヌクレオチドが挿入されているか;
3ヌクレオチドが欠失し、5ヌクレオチドが挿入されているか;
12ヌクレオチドが欠失し、5ヌクレオチドが挿入されているか;
18ヌクレオチドが欠失し、11ヌクレオチドが挿入されているか;
18ヌクレオチドが欠失し、14ヌクレオチドが挿入されているか;
20ヌクレオチドが欠失し、1ヌクレオチドが挿入されているか;
28ヌクレオチドが欠失し、6ヌクレオチドが挿入されているか;
35ヌクレオチドが欠失し、1ヌクレオチドが挿入されているか;または
36ヌクレオチドが欠失し、2ヌクレオチドが挿入されている、
請求項8、9、11、および12のいずれか一項に記載の方法。
[14]
(2+(3×n 0 ))ヌクレオチドが、前記カルレチクリン遺伝子に挿入されている、請求項8または9に記載の方法。
[15]
5ヌクレオチドが挿入されている、請求項14に記載の方法。
[16]
前記カルレチクリン遺伝子が、
(a)配列番号290に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号289に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される配列を含む、請求項1から15のいずれか一項に記載の方法。
[17]
前記ヌクレオチドが、前記カルレチクリン遺伝子のエクソン9から欠失し、かつ/または、これに挿入されている、請求項10から16のいずれか一項に記載の方法。
[18]
前記カルレチクリン遺伝子の前記エクソン9が、
(a)配列番号436に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号435に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される配列を含む、請求項9から17のいずれか一項に記載の方法。
[19]
前記突然変異対立遺伝子が、
(a)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、144、148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、288;294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号1、5、9、13、17、21、25、29、33、37、41、45、49、53、57、61、65、69、73、77、81、85、89、93、97、101、105、109、113、117、121、125、129、133、137、141、145、149、153、157、161、165、169、173、177、181、185、189、193、197、201、205、209、213、217、221、225、229、233、237、241、245、249、253、257、261、265、269、273、277、281、285、291、295、299、303、307、311、315、319、323、327、331、335、339、343、347、351、355、359、363、367、371、375、379、383、387、391、395、399、403、407、411、415、419、423、427、または431に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項1から18のいずれか一項に記載の方法。
[20]
前記突然変異対立遺伝子が、DNA、好ましくは、ゲノムDNAである、請求項1から19のいずれか一項に記載の方法。
[21]
前記DNAの存在を、シークエンシングにより決定する、請求項20に記載の方法。
[22]
患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
−前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の1または複数の突然変異対立遺伝子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
−前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価するステップと
を含む、方法。
[23]
前記1または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする核酸を含む、
請求項22に記載の方法。
[24]
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号1、2、または3に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項23に記載の方法。
[25]
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号1、2、3、5、6、7、9、10、11、13、14、15、17、18、19、21、22、23、25、26、27、29、30、31、33、34、35、37、38、39、41、42、43、45、46、47、49、50、51、53、54、55、57、58、59、61、62、63、65、66、67、69、70、71、73、74、75、77、78、79、81、82、83、85、86、87、89、90、91、93、94、95、97、98、99、101、102、103、105、106、107、109、110、111、113、114、115、117、118、119、121、122、123、125、126、127、129、130、131、133、134、135、137、138、139、141、142、または143に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項23または24に記載の方法。
[26]
前記カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号291、292、293、295、296、297、299、300、301、303、304、305、307、308、309、311、312、313、315、316、317、319、320、321、323、324、325、327、328、329、331、332、333、335、336、337、339、340、341、343、344、345、347、348、349、351、352、353、355、356、357、359、360、361、363、364、365、367、368、369、371、372、373、375、376、377、379、380、381、383、384、385、387、388、389、391、392、393、395、396、397、399、400、401、403、404、405、407、408、409、411、412、413、415、416、417、419、420、421、423、424、425、427、428、429、431、432、または433に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項23から25のいずれか一項に記載の方法。
[27]
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号145、146、147、149、150、151、153、154、155、157、158、159、161、162、163、165、166、167、169、170、171、173、174、175、177、178、179、181、182、183、185、186、187、189、190、191、193、194、195、197、198、199、201、202、203、205、206、207、209、210、211、213、214、215、217、218、219、221、222、223、225、226、227、229、230、231、233、234、235、237、238、239、241、242、243、245、246、247、249、250、251、253、254、255、257、258、259、261、262、263、265、266、267、269、270、271、273、274、275、277、278、279、281、282、283、285、286、または287に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項23から26のいずれか一項に記載の方法。
[28]
前記対立遺伝子が、
(a)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、144、148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、288;294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号1、5、9、13、17、21、25、29、33、37、41、45、49、53、57、61、65、69、73、77、81、85、89、93、97、101、105、109、113、117、121、125、129、133、137、141、145、149、153、157、161、165、169、173、177、181、185、189、193、197、201、205、209、213、217、221、225、229、233、237、241、245、249、253、257、261、265、269、273、277、281、285、291、295、299、303、307、311、315、319、323、327、331、335、339、343、347、351、355、359、363、367、371、375、379、383、387、391、395、399、403、407、411、415、419、423、427、または431に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項22から27のいずれか一項に記載の方法。
[29]
前記遺伝子産物が、
(a)配列番号4に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号3に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項22から28のいずれか一項に記載の方法。
[30]
前記遺伝子産物が、
(a)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号3、7、11、15、19、23、27、31、35、39、43、47、51、55、59、63、67、71、75、79、83、87、91、95、99、103、107、111、115、119、123、127、131、135、139、または143に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項22から29のいずれか一項に記載の方法。
[31]
前記遺伝子産物が、
(a)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号293、297、301、305、309、313、317、321、325、329、333、337、341、345、349、353、357、361、365、369、373、377、381、385、389、393、397、401、405、409、413、417、421、425、429、または433に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項22から30のいずれか一項に記載の方法。
[32]
前記遺伝子産物が、
(a)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号147、151、155、159、163、167、171、175、179、183、187、191、195、199、203、207、211、215、219、223、227、231、235、239、243、247、251、255、259、263、267、271、275、279、283、または287に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項22から31のいずれか一項に記載の方法。
[33]
前記遺伝子産物が、
a)配列番号1、2、または3に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項22から28のいずれか一項に記載の方法。
[34]
前記遺伝子産物が、
(a)配列番号1、2、3、5、6、7、9、10、11、13、14、15、17、18、19、21、22、23、25、26、27、29、30、31、33、34、35、37、38、39、41、42、43、45、46、47、49、50、51、53、54、55、57、58、59、61、62、63、65、66、67、69、70、71、73、74、75、77、78、79、81、82、83、85、86、87、89、90、91、93、94、95、97、98、99、101、102、103、105、106、107、109、110、111、113、114、115、117、118、119、121、122、123、125、126、127、129、130、131、133、134、135、137、138、139、141、142、または143に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項22から28、および33のいずれか一項に記載の方法。
[35]
前記遺伝子産物が、
(a)配列番号291、292、293、295、296、297、299、300、301、303、304、305、307、308、309、311、312、313、315、316、317、319、320、321、323、324、325、327、328、329、331、332、333、335、336、337、339、340、341、343、344、345、347、348、349、351、352、353、355、356、357、359、360、361、363、364、365、367、368、369、371、372、373、375、376、377、379、380、381、383、384、385、387、388、389、391、392、393、395、396、397、399、400、401、403、404、405、407、408、409、411、412、413、415、416、417、419、420、421、423、424、425、427、428、429、431、432、または433に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項22から28、33、および34のいずれか一項に記載の方法。
[36]
前記遺伝子産物が、
(a)配列番号145、146、147、149、150、151、153、154、155、157、158、159、161、162、163、165、166、167、169、170、171、173、174、175、177、178、179、181、182、183、185、186、187、189、190、191、193、194、195、197、198、199、201、202、203、205、206、207、209、210、211、213、214、215、217、218、219、221、222、223、225、226、227、229、230、231、233、234、235、237、238、239、241、242、243、245、246、247、249、250、251、253、254、255、257、258、259、261、262、263、265、266、267、269、270、271、273、274、275、277、278、279、281、282、283、285、286、または287に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項22から28、および33から35のいずれか一項に記載の方法。
[37]
前記遺伝子産物が、mRNAである、請求項22から36のいずれか一項に記載の方法。
[38]
前記mRNAの存在または量を、リアルタイムPCR、逆転写酵素PCR、全トランスクリプトームショットガンシークエンシング(RNAseq)、in situハイブリダイゼーション、またはマイクロアレイにより決定する、請求項37に記載の方法。
[39]
リアルタイムPCRまたは逆転写酵素PCRによる前記決定が、
(i)前記試料中の前記核酸を1つまたは2つのオリゴヌクレオチドと接触させるステップと、
(ii)標的配列を含有する増幅産物を生成するステップと
をさらに含む、請求項38に記載の方法。
[40]
前記遺伝子産物が、タンパク質である、請求項22から28および33から36のいずれか一項に記載の方法。
[41]
前記タンパク質の存在または量を、免疫組織化学(IHC)、イムノアッセイ、ゲルもしくはブロットベースの方法、IHC、質量分析、フローサイトメトリー、またはFACSにより決定する、請求項40に記載の方法。
[42]
前記患者が、ヒト患者である、請求項1から41のいずれか一項に記載の方法。
[43]
前記試料が、骨髄試料である、請求項1から42のいずれか一項に記載の方法。
[44]
前記試料が、血液試料である、請求項1から42のいずれか一項に記載の方法。
[45]
前記骨髄試料が、生検により得られる、請求項43または44に記載の方法。
[46]
突然変異体カルレチクリンの阻害剤を、前記患者に投与するステップをさらに含む、請求項1から45のいずれか一項に記載の方法。
[47]
(a)配列番号4に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号2に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される核酸。
[48]
(a)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号2、6、10、14、18、22、26、30、34、38、42、46、50、54、58、62、66、70、74、78、82、86、90、94、98、102、106、110、114、118、122、126、130、134、138、または142に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項47に記載の核酸。
[49]
(a)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号292、296、300、304、308、312、316、320、324、328、332、336、340、344、348、352、356、360、364、368、372、376、380、384、388、392、396、400、404、408、412、416、420、424、428、または432に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項47または48に記載の核酸。
[50]
(a)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号146、150、154、158、162、166、170、174、178、182、186、190、194、198、202、206、210、214、218、222、226、230、234、238、242、246、250、254、258、262、266、270、274、278、282、または286に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項47から49のいずれか一項に記載の核酸。
[51]
cDNAである、請求項47から50のいずれか一項に記載の核酸。
[52]
(a)配列番号4に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号3に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される核酸。
[53]
(a)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号3、7、11、15、19、23、27、31、35、39、43、47、51、55、59、63、67、71、75、79、83、87、91、95、99、103、107、111、115、119、123、127、131、135、139、または143に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項52に記載の核酸。
[54]
(a)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号293、297、301、305、309、313、317、321、325、329、333、337、341、345、349、353、357、361、365、369、373、377、381、385、389、393、397、401、405、409、413、417、421、425、429、または433に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項52または53に記載の核酸。
[55]
(a)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号147、151、155、159、163、167、171、175、179、183、187、191、195、199、203、207、211、215、219、223、227、231、235、239、243、247、251、255、259、263、267、271、275、279、283、または287に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項52または54に記載の核酸。
[56]
mRNAである、請求項52から55のいずれか一項に記載の核酸。
[57]
(a)配列番号4に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号1に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される核酸。
[58]
(a)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号1、5、9、13、17、21、25、29、33、37、41、45、49、53、57、61、65、69、73、77、81、85、89、93、97、101、105、109、113、117、121、125、129、133、137、または141に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項57に記載の核酸。
[59]
(a)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号291、295、299、303、307、311、315、319、323、327、331、335、339、343、347、351、355、359、363、367、371、375、379、383、387、391、395、399、403、407、411、415、419、423、427、または431に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項57または58に記載の核酸。
[60]
(a)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号145、149、153、157、161、165、169、173、177、181、185、189、193、197、201、205、209、213、217、221、225、229、233、237、241、245、249、253、257、261、265、269、273、277、281、または285に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項57から59のいずれか一項に記載の核酸。
[61]
ゲノムDNAである、請求項57から60のいずれか一項に記載の核酸。
[62]
(a)配列番号1、2、または3に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質
からなる群から選択されるタンパク質。
[63]
(a)配列番号1、2、3、5、6、7、9、10、11、13、14、15、17、18、19、21、22、23、25、26、27、29、30、31、33、34、35、37、38、39、41、42、43、45、46、47、49、50、51、53、54、55、57、58、59、61、62、63、65、66、67、69、70、71、73、74、75、77、78、79、81、82、83、85、86、87、89、90、91、93、94、95、97、98、99、101、102、103、105、106、107、109、110、111、113、114、115、117、118、119、121、122、123、125、126、127、129、130、131、133、134、135、137、138、139、141、142、または143に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質
からなる群から選択される、請求項62に記載のタンパク質。
[64]
(a)配列番号291、292、293、295、296、297、299、300、301、303、304、305、307、308、309、311、312、313、315、316、317、319、320、321、323、324、325、327、328、329、331、332、333、335、336、337、339、340、341、343、344、345、347、348、349、351、352、353、355、356、357、359、360、361、363、364、365、367、368、369、371、372、373、375、376、377、379、380、381、383、384、385、387、388、389、391、392、393、395、396、397、399、400、401、403、404、405、407、408、409、411、412、413、415、416、417、419、420、421、423、424、425、427、428、429、431、432、または433に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質
からなる群から選択される、請求項62または63に記載のタンパク質。
[65]
(a)配列番号145、146、147、149、150、151、153、154、155、157、158、159、161、162、163、165、166、167、169、170、171、173、174、175、177、178、179、181、182、183、185、186、187、189、190、191、193、194、195、197、198、199、201、202、203、205、206、207、209、210、211、213、214、215、217、218、219、221、222、223、225、226、227、229、230、231、233、234、235、237、238、239、241、242、243、245、246、247、249、250、251、253、254、255、257、258、259、261、262、263、265、266、267、269、270、271、273、274、275、277、278、279、281、282、283、285、286、または287に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質
からなる群から選択される、請求項62から64のいずれか一項に記載のタンパク質。
[66]
請求項62または63に記載のタンパク質を含むワクチン。
[67]
請求項62から65のいずれか一項に記載のタンパク質に特異的に結合する抗体。
[68]
請求項52から56のいずれか一項に記載の核酸を特異的にターゲティングするsiRNA。
[69]
少なくとも10の連続した塩基を含む核酸分子からなる、請求項68に記載のsiRNA。
[70]
前記連続した塩基のうちの最大10%が、非相補的である、請求項68または69に記載のsiRNA。
[71]
5’端における少なくとも1つの塩基および/または3’端における少なくとも1つの塩基をさらに含む、請求項68から70のいずれか一項に記載のsiRNA。
[72]
骨髄性悪性腫瘍の処置における使用のための、突然変異体カルレチクリンの阻害剤。
[73]
骨髄性悪性腫瘍患者を処置するための方法であって、有効量の突然変異体カルレチクリンの阻害剤を、前記患者に投与するステップを含む、方法。
[74]
前記突然変異体カルレチクリンが、請求項62から65のいずれか一項に記載の突然変異体カルレチクリンタンパク質である、請求項72に記載の阻害剤、または請求項46もしくは73に記載の方法。
[75]
前記阻害剤が、抗体である、請求項72もしくは74に記載の阻害剤、または請求項56、73、もしくは74に記載の方法。
[76]
前記阻害剤が、細胞外結合性パートナー、低分子結合性分子、アプタマー、およびイントラマーからなる群から選択される、請求項72もしくは74に記載の阻害剤、または請求項56、73、もしくは74に記載の方法。
[77]
前記突然変異体カルレチクリンが、請求項52から56のいずれか一項に記載の核酸である、請求項72に記載の阻害剤、または請求項46もしくは73に記載の方法。
[78]
前記阻害剤が、siRNA、miRNA、dsRNA、shRNA、stRNA、およびアンチセンス分子からなる群から選択される、請求項72もしくは77に記載の阻害剤、または請求項46、73、および77のいずれか一項に記載の方法。
[79]
前記骨髄性悪性腫瘍が、骨髄増殖性新生物である、請求項72および74から78のいずれか一項に記載の阻害剤;または請求項1から46および73から78のいずれか一項に記載の方法。
[80]
前記骨髄増殖性新生物が、原発性骨髄線維症(PMF)である、請求項79に記載の阻害剤;または請求項79に記載の方法。
[81]
前記骨髄増殖性新生物が、本態性血小板血症(ET)である、請求項79に記載の阻害剤;または請求項79に記載の方法。
[82]
前記骨髄性悪性腫瘍が、骨髄異形成症候群である、請求項72および74から78のいずれか一項に記載の阻害剤;または請求項1から46および73から78のいずれか一項に記載の方法。
[83]
前記骨髄異形成症候群が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症(RARS−T)である、請求項82に記載の阻害剤;または請求項82に記載の方法。
[84]
処置される前記患者が、請求項1から46のいずれか一項に記載の骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または請求項1から46のいずれか一項に記載の骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価される、請求項72および74から83のいずれか一項に記載の阻害剤;または請求項73から83のいずれか一項に記載の方法。
[85]
医薬としての使用のための、請求項62もしくは63に記載のタンパク質、請求項67に記載の抗体、請求項68から71のいずれか一項に記載のsiRNA、または請求項72から78のいずれか一項に記載の突然変異体カルレチクリンの阻害剤。
[86]
請求項47から51および57から61のいずれか一項に記載の核酸を含むベクター。
[87]
請求項47から51および57から61のいずれか一項に記載の核酸、または請求項86に記載のベクターを含む宿主細胞。
[88]
請求項62から65に記載のポリペプチドを作製するための工程であって、請求項87に記載の宿主細胞を、前記ポリペプチドの発現を可能とする条件下で培養するステップと、作製された前記ポリペプチドを培養物から回収するステップとを含む工程。
本発明は以下を提供する。
[1]
患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
−前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の1または複数の突然変異対立遺伝子の存在を決定するステップと、
−前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価するステップと
を含む、方法。
[2]
前記1または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする核酸を含む、
請求項1に記載の方法。
[3]
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号1、2、または3に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項2に記載の方法。
[4]
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号1、2、3、5、6、7、9、10、11、13、14、15、17、18、19、21、22、23、25、26、27、29、30、31、33、34、35、37、38、39、41、42、43、45、46、47、49、50、51、53、54、55、57、58、59、61、62、63、65、66、67、69、70、71、73、74、75、77、78、79、81、82、83、85、86、87、89、90、91、93、94、95、97、98、99、101、102、103、105、106、107、109、110、111、113、114、115、117、118、119、121、122、123、125、126、127、129、130、131、133、134、135、137、138、139、141、142、または143に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項2または3に記載の方法。
[5]
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号291、292、293、295、296、297、299、300、301、303、304、305、307、308、309、311、312、313、315、316、317、319、320、321、323、324、325、327、328、329、331、332、333、335、336、337、339、340、341、343、344、345、347、348、349、351、352、353、355、356、357、359、360、361、363、364、365、367、368、369、371、372、373、375、376、377、379、380、381、383、384、385、387、388、389、391、392、393、395、396、397、399、400、401、403、404、405、407、408、409、411、412、413、415、416、417、419、420、421、423、424、425、427、428、429、431、432、または433に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項2から4のいずれか一項に記載の方法。
[6]
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号145、146、147、149、150、151、153、154、155、157、158、159、161、162、163、165、166、167、169、170、171、173、174、175、177、178、179、181、182、183、185、186、187、189、190、191、193、194、195、197、198、199、201、202、203、205、206、207、209、210、211、213、214、215、217、218、219、221、222、223、225、226、227、229、230、231、233、234、235、237、238、239、241、242、243、245、246、247、249、250、251、253、254、255、257、258、259、261、262、263、265、266、267、269、270、271、273、274、275、277、278、279、281、282、283、285、286、または287に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項2から5のいずれか一項に記載の方法。
[7]
前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子が、前記カルレチクリン遺伝子のエクソン9を包含する領域内にある、請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。
[8]
前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、フレームシフト突然変異を有する、請求項1から7のいずれか一項に記載の方法。
[9]
前記フレームシフト突然変異が、前記カルレチクリン遺伝子のエクソン9内にある、請求項8に記載の方法。
[10]
前記フレームシフト突然変異が、1ヌクレオチドの欠失または2ヌクレオチドの付加である、請求項8または9に記載の方法。
[11]
(1+(3×n 0 ))ヌクレオチドが、前記カルレチクリン遺伝子から欠失している、請求項8または9のいずれか一項に記載の方法。
[12]
1、4、19、22、31、34、46、52ヌクレオチドが欠失している、請求項8、9、および11のいずれか一項に記載の方法。
[13]
1ヌクレオチドが欠失し、6ヌクレオチドが挿入されているか;
2ヌクレオチドが欠失し、4ヌクレオチドが挿入されているか;
3ヌクレオチドが欠失し、5ヌクレオチドが挿入されているか;
12ヌクレオチドが欠失し、5ヌクレオチドが挿入されているか;
18ヌクレオチドが欠失し、11ヌクレオチドが挿入されているか;
18ヌクレオチドが欠失し、14ヌクレオチドが挿入されているか;
20ヌクレオチドが欠失し、1ヌクレオチドが挿入されているか;
28ヌクレオチドが欠失し、6ヌクレオチドが挿入されているか;
35ヌクレオチドが欠失し、1ヌクレオチドが挿入されているか;または
36ヌクレオチドが欠失し、2ヌクレオチドが挿入されている、
請求項8、9、11、および12のいずれか一項に記載の方法。
[14]
(2+(3×n 0 ))ヌクレオチドが、前記カルレチクリン遺伝子に挿入されている、請求項8または9に記載の方法。
[15]
5ヌクレオチドが挿入されている、請求項14に記載の方法。
[16]
前記カルレチクリン遺伝子が、
(a)配列番号290に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号289に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される配列を含む、請求項1から15のいずれか一項に記載の方法。
[17]
前記ヌクレオチドが、前記カルレチクリン遺伝子のエクソン9から欠失し、かつ/または、これに挿入されている、請求項10から16のいずれか一項に記載の方法。
[18]
前記カルレチクリン遺伝子の前記エクソン9が、
(a)配列番号436に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号435に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される配列を含む、請求項9から17のいずれか一項に記載の方法。
[19]
前記突然変異対立遺伝子が、
(a)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、144、148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、288;294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号1、5、9、13、17、21、25、29、33、37、41、45、49、53、57、61、65、69、73、77、81、85、89、93、97、101、105、109、113、117、121、125、129、133、137、141、145、149、153、157、161、165、169、173、177、181、185、189、193、197、201、205、209、213、217、221、225、229、233、237、241、245、249、253、257、261、265、269、273、277、281、285、291、295、299、303、307、311、315、319、323、327、331、335、339、343、347、351、355、359、363、367、371、375、379、383、387、391、395、399、403、407、411、415、419、423、427、または431に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項1から18のいずれか一項に記載の方法。
[20]
前記突然変異対立遺伝子が、DNA、好ましくは、ゲノムDNAである、請求項1から19のいずれか一項に記載の方法。
[21]
前記DNAの存在を、シークエンシングにより決定する、請求項20に記載の方法。
[22]
患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
−前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の1または複数の突然変異対立遺伝子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
−前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価するステップと
を含む、方法。
[23]
前記1または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする核酸を含む、
請求項22に記載の方法。
[24]
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号1、2、または3に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項23に記載の方法。
[25]
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号1、2、3、5、6、7、9、10、11、13、14、15、17、18、19、21、22、23、25、26、27、29、30、31、33、34、35、37、38、39、41、42、43、45、46、47、49、50、51、53、54、55、57、58、59、61、62、63、65、66、67、69、70、71、73、74、75、77、78、79、81、82、83、85、86、87、89、90、91、93、94、95、97、98、99、101、102、103、105、106、107、109、110、111、113、114、115、117、118、119、121、122、123、125、126、127、129、130、131、133、134、135、137、138、139、141、142、または143に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項23または24に記載の方法。
[26]
前記カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号291、292、293、295、296、297、299、300、301、303、304、305、307、308、309、311、312、313、315、316、317、319、320、321、323、324、325、327、328、329、331、332、333、335、336、337、339、340、341、343、344、345、347、348、349、351、352、353、355、356、357、359、360、361、363、364、365、367、368、369、371、372、373、375、376、377、379、380、381、383、384、385、387、388、389、391、392、393、395、396、397、399、400、401、403、404、405、407、408、409、411、412、413、415、416、417、419、420、421、423、424、425、427、428、429、431、432、または433に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項23から25のいずれか一項に記載の方法。
[27]
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号145、146、147、149、150、151、153、154、155、157、158、159、161、162、163、165、166、167、169、170、171、173、174、175、177、178、179、181、182、183、185、186、187、189、190、191、193、194、195、197、198、199、201、202、203、205、206、207、209、210、211、213、214、215、217、218、219、221、222、223、225、226、227、229、230、231、233、234、235、237、238、239、241、242、243、245、246、247、249、250、251、253、254、255、257、258、259、261、262、263、265、266、267、269、270、271、273、274、275、277、278、279、281、282、283、285、286、または287に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項23から26のいずれか一項に記載の方法。
[28]
前記対立遺伝子が、
(a)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、144、148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、288;294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号1、5、9、13、17、21、25、29、33、37、41、45、49、53、57、61、65、69、73、77、81、85、89、93、97、101、105、109、113、117、121、125、129、133、137、141、145、149、153、157、161、165、169、173、177、181、185、189、193、197、201、205、209、213、217、221、225、229、233、237、241、245、249、253、257、261、265、269、273、277、281、285、291、295、299、303、307、311、315、319、323、327、331、335、339、343、347、351、355、359、363、367、371、375、379、383、387、391、395、399、403、407、411、415、419、423、427、または431に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項22から27のいずれか一項に記載の方法。
[29]
前記遺伝子産物が、
(a)配列番号4に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号3に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項22から28のいずれか一項に記載の方法。
[30]
前記遺伝子産物が、
(a)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号3、7、11、15、19、23、27、31、35、39、43、47、51、55、59、63、67、71、75、79、83、87、91、95、99、103、107、111、115、119、123、127、131、135、139、または143に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項22から29のいずれか一項に記載の方法。
[31]
前記遺伝子産物が、
(a)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号293、297、301、305、309、313、317、321、325、329、333、337、341、345、349、353、357、361、365、369、373、377、381、385、389、393、397、401、405、409、413、417、421、425、429、または433に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項22から30のいずれか一項に記載の方法。
[32]
前記遺伝子産物が、
(a)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号147、151、155、159、163、167、171、175、179、183、187、191、195、199、203、207、211、215、219、223、227、231、235、239、243、247、251、255、259、263、267、271、275、279、283、または287に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項22から31のいずれか一項に記載の方法。
[33]
前記遺伝子産物が、
a)配列番号1、2、または3に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項22から28のいずれか一項に記載の方法。
[34]
前記遺伝子産物が、
(a)配列番号1、2、3、5、6、7、9、10、11、13、14、15、17、18、19、21、22、23、25、26、27、29、30、31、33、34、35、37、38、39、41、42、43、45、46、47、49、50、51、53、54、55、57、58、59、61、62、63、65、66、67、69、70、71、73、74、75、77、78、79、81、82、83、85、86、87、89、90、91、93、94、95、97、98、99、101、102、103、105、106、107、109、110、111、113、114、115、117、118、119、121、122、123、125、126、127、129、130、131、133、134、135、137、138、139、141、142、または143に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項22から28、および33のいずれか一項に記載の方法。
[35]
前記遺伝子産物が、
(a)配列番号291、292、293、295、296、297、299、300、301、303、304、305、307、308、309、311、312、313、315、316、317、319、320、321、323、324、325、327、328、329、331、332、333、335、336、337、339、340、341、343、344、345、347、348、349、351、352、353、355、356、357、359、360、361、363、364、365、367、368、369、371、372、373、375、376、377、379、380、381、383、384、385、387、388、389、391、392、393、395、396、397、399、400、401、403、404、405、407、408、409、411、412、413、415、416、417、419、420、421、423、424、425、427、428、429、431、432、または433に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項22から28、33、および34のいずれか一項に記載の方法。
[36]
前記遺伝子産物が、
(a)配列番号145、146、147、149、150、151、153、154、155、157、158、159、161、162、163、165、166、167、169、170、171、173、174、175、177、178、179、181、182、183、185、186、187、189、190、191、193、194、195、197、198、199、201、202、203、205、206、207、209、210、211、213、214、215、217、218、219、221、222、223、225、226、227、229、230、231、233、234、235、237、238、239、241、242、243、245、246、247、249、250、251、253、254、255、257、258、259、261、262、263、265、266、267、269、270、271、273、274、275、277、278、279、281、282、283、285、286、または287に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項22から28、および33から35のいずれか一項に記載の方法。
[37]
前記遺伝子産物が、mRNAである、請求項22から36のいずれか一項に記載の方法。
[38]
前記mRNAの存在または量を、リアルタイムPCR、逆転写酵素PCR、全トランスクリプトームショットガンシークエンシング(RNAseq)、in situハイブリダイゼーション、またはマイクロアレイにより決定する、請求項37に記載の方法。
[39]
リアルタイムPCRまたは逆転写酵素PCRによる前記決定が、
(i)前記試料中の前記核酸を1つまたは2つのオリゴヌクレオチドと接触させるステップと、
(ii)標的配列を含有する増幅産物を生成するステップと
をさらに含む、請求項38に記載の方法。
[40]
前記遺伝子産物が、タンパク質である、請求項22から28および33から36のいずれか一項に記載の方法。
[41]
前記タンパク質の存在または量を、免疫組織化学(IHC)、イムノアッセイ、ゲルもしくはブロットベースの方法、IHC、質量分析、フローサイトメトリー、またはFACSにより決定する、請求項40に記載の方法。
[42]
前記患者が、ヒト患者である、請求項1から41のいずれか一項に記載の方法。
[43]
前記試料が、骨髄試料である、請求項1から42のいずれか一項に記載の方法。
[44]
前記試料が、血液試料である、請求項1から42のいずれか一項に記載の方法。
[45]
前記骨髄試料が、生検により得られる、請求項43または44に記載の方法。
[46]
突然変異体カルレチクリンの阻害剤を、前記患者に投与するステップをさらに含む、請求項1から45のいずれか一項に記載の方法。
[47]
(a)配列番号4に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号2に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される核酸。
[48]
(a)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号2、6、10、14、18、22、26、30、34、38、42、46、50、54、58、62、66、70、74、78、82、86、90、94、98、102、106、110、114、118、122、126、130、134、138、または142に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項47に記載の核酸。
[49]
(a)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号292、296、300、304、308、312、316、320、324、328、332、336、340、344、348、352、356、360、364、368、372、376、380、384、388、392、396、400、404、408、412、416、420、424、428、または432に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項47または48に記載の核酸。
[50]
(a)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号146、150、154、158、162、166、170、174、178、182、186、190、194、198、202、206、210、214、218、222、226、230、234、238、242、246、250、254、258、262、266、270、274、278、282、または286に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項47から49のいずれか一項に記載の核酸。
[51]
cDNAである、請求項47から50のいずれか一項に記載の核酸。
[52]
(a)配列番号4に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号3に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される核酸。
[53]
(a)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号3、7、11、15、19、23、27、31、35、39、43、47、51、55、59、63、67、71、75、79、83、87、91、95、99、103、107、111、115、119、123、127、131、135、139、または143に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項52に記載の核酸。
[54]
(a)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号293、297、301、305、309、313、317、321、325、329、333、337、341、345、349、353、357、361、365、369、373、377、381、385、389、393、397、401、405、409、413、417、421、425、429、または433に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項52または53に記載の核酸。
[55]
(a)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号147、151、155、159、163、167、171、175、179、183、187、191、195、199、203、207、211、215、219、223、227、231、235、239、243、247、251、255、259、263、267、271、275、279、283、または287に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項52または54に記載の核酸。
[56]
mRNAである、請求項52から55のいずれか一項に記載の核酸。
[57]
(a)配列番号4に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号1に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される核酸。
[58]
(a)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号1、5、9、13、17、21、25、29、33、37、41、45、49、53、57、61、65、69、73、77、81、85、89、93、97、101、105、109、113、117、121、125、129、133、137、または141に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項57に記載の核酸。
[59]
(a)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号291、295、299、303、307、311、315、319、323、327、331、335、339、343、347、351、355、359、363、367、371、375、379、383、387、391、395、399、403、407、411、415、419、423、427、または431に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項57または58に記載の核酸。
[60]
(a)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号145、149、153、157、161、165、169、173、177、181、185、189、193、197、201、205、209、213、217、221、225、229、233、237、241、245、249、253、257、261、265、269、273、277、281、または285に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項57から59のいずれか一項に記載の核酸。
[61]
ゲノムDNAである、請求項57から60のいずれか一項に記載の核酸。
[62]
(a)配列番号1、2、または3に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質
からなる群から選択されるタンパク質。
[63]
(a)配列番号1、2、3、5、6、7、9、10、11、13、14、15、17、18、19、21、22、23、25、26、27、29、30、31、33、34、35、37、38、39、41、42、43、45、46、47、49、50、51、53、54、55、57、58、59、61、62、63、65、66、67、69、70、71、73、74、75、77、78、79、81、82、83、85、86、87、89、90、91、93、94、95、97、98、99、101、102、103、105、106、107、109、110、111、113、114、115、117、118、119、121、122、123、125、126、127、129、130、131、133、134、135、137、138、139、141、142、または143に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、または144に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質
からなる群から選択される、請求項62に記載のタンパク質。
[64]
(a)配列番号291、292、293、295、296、297、299、300、301、303、304、305、307、308、309、311、312、313、315、316、317、319、320、321、323、324、325、327、328、329、331、332、333、335、336、337、339、340、341、343、344、345、347、348、349、351、352、353、355、356、357、359、360、361、363、364、365、367、368、369、371、372、373、375、376、377、379、380、381、383、384、385、387、388、389、391、392、393、395、396、397、399、400、401、403、404、405、407、408、409、411、412、413、415、416、417、419、420、421、423、424、425、427、428、429、431、432、または433に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質
からなる群から選択される、請求項62または63に記載のタンパク質。
[65]
(a)配列番号145、146、147、149、150、151、153、154、155、157、158、159、161、162、163、165、166、167、169、170、171、173、174、175、177、178、179、181、182、183、185、186、187、189、190、191、193、194、195、197、198、199、201、202、203、205、206、207、209、210、211、213、214、215、217、218、219、221、222、223、225、226、227、229、230、231、233、234、235、237、238、239、241、242、243、245、246、247、249、250、251、253、254、255、257、258、259、261、262、263、265、266、267、269、270、271、273、274、275、277、278、279、281、282、283、285、286、または287に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1または複数のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質;
(d)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質
からなる群から選択される、請求項62から64のいずれか一項に記載のタンパク質。
[66]
請求項62または63に記載のタンパク質を含むワクチン。
[67]
請求項62から65のいずれか一項に記載のタンパク質に特異的に結合する抗体。
[68]
請求項52から56のいずれか一項に記載の核酸を特異的にターゲティングするsiRNA。
[69]
少なくとも10の連続した塩基を含む核酸分子からなる、請求項68に記載のsiRNA。
[70]
前記連続した塩基のうちの最大10%が、非相補的である、請求項68または69に記載のsiRNA。
[71]
5’端における少なくとも1つの塩基および/または3’端における少なくとも1つの塩基をさらに含む、請求項68から70のいずれか一項に記載のsiRNA。
[72]
骨髄性悪性腫瘍の処置における使用のための、突然変異体カルレチクリンの阻害剤。
[73]
骨髄性悪性腫瘍患者を処置するための方法であって、有効量の突然変異体カルレチクリンの阻害剤を、前記患者に投与するステップを含む、方法。
[74]
前記突然変異体カルレチクリンが、請求項62から65のいずれか一項に記載の突然変異体カルレチクリンタンパク質である、請求項72に記載の阻害剤、または請求項46もしくは73に記載の方法。
[75]
前記阻害剤が、抗体である、請求項72もしくは74に記載の阻害剤、または請求項56、73、もしくは74に記載の方法。
[76]
前記阻害剤が、細胞外結合性パートナー、低分子結合性分子、アプタマー、およびイントラマーからなる群から選択される、請求項72もしくは74に記載の阻害剤、または請求項56、73、もしくは74に記載の方法。
[77]
前記突然変異体カルレチクリンが、請求項52から56のいずれか一項に記載の核酸である、請求項72に記載の阻害剤、または請求項46もしくは73に記載の方法。
[78]
前記阻害剤が、siRNA、miRNA、dsRNA、shRNA、stRNA、およびアンチセンス分子からなる群から選択される、請求項72もしくは77に記載の阻害剤、または請求項46、73、および77のいずれか一項に記載の方法。
[79]
前記骨髄性悪性腫瘍が、骨髄増殖性新生物である、請求項72および74から78のいずれか一項に記載の阻害剤;または請求項1から46および73から78のいずれか一項に記載の方法。
[80]
前記骨髄増殖性新生物が、原発性骨髄線維症(PMF)である、請求項79に記載の阻害剤;または請求項79に記載の方法。
[81]
前記骨髄増殖性新生物が、本態性血小板血症(ET)である、請求項79に記載の阻害剤;または請求項79に記載の方法。
[82]
前記骨髄性悪性腫瘍が、骨髄異形成症候群である、請求項72および74から78のいずれか一項に記載の阻害剤;または請求項1から46および73から78のいずれか一項に記載の方法。
[83]
前記骨髄異形成症候群が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症(RARS−T)である、請求項82に記載の阻害剤;または請求項82に記載の方法。
[84]
処置される前記患者が、請求項1から46のいずれか一項に記載の骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または請求項1から46のいずれか一項に記載の骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価される、請求項72および74から83のいずれか一項に記載の阻害剤;または請求項73から83のいずれか一項に記載の方法。
[85]
医薬としての使用のための、請求項62もしくは63に記載のタンパク質、請求項67に記載の抗体、請求項68から71のいずれか一項に記載のsiRNA、または請求項72から78のいずれか一項に記載の突然変異体カルレチクリンの阻害剤。
[86]
請求項47から51および57から61のいずれか一項に記載の核酸を含むベクター。
[87]
請求項47から51および57から61のいずれか一項に記載の核酸、または請求項86に記載のベクターを含む宿主細胞。
[88]
請求項62から65に記載のポリペプチドを作製するための工程であって、請求項87に記載の宿主細胞を、前記ポリペプチドの発現を可能とする条件下で培養するステップと、作製された前記ポリペプチドを培養物から回収するステップとを含む工程。
Claims (45)
- 患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかどうかを補助的に評価するための方法であって、
−前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の1または複数の突然変異対立遺伝子の存在を決定するステップと、
−前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記1または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号1、2、または3に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1から10個のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(d)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質、
からなる群から選択される、前記方法。 - 前記突然変異対立遺伝子が、ゲノムDNAである、請求項1に記載の方法。
- 前記DNAの存在を、シークエンシングにより決定する、請求項2に記載の方法。
- 前記カルレチクリン遺伝子が、
(a)配列番号290に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号289に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される配列を含む、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。 - 患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかどうかを補助的に評価するための方法であって、
−前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の1または複数の突然変異対立遺伝子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
−前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記1または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号1、2、または3に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1から10個のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(d)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質、
からなる群から選択される、前記方法。 - 前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
(a)配列番号1、2、3、5、6、7、9、10、11、13、14、15、17、18、19、21、22、23、25、26、27、29、30、31、33、34、35、37、38、39、41、42、43、45、46、47、49、50、51、53、54、55、57、58、59、61、62、63、65、66、67、69、70、71、73、74、75、77、78、79、81、82、83、85、86、87、89、90、91、93、94、95、97、98、99、101、102、103、105、106、107、109、110、111、113、114、115、117、118、119、121、122、123、125、126、127、129、130、131、133、134、135、137、138、139、141、142、143、145、146、147、149、150、151、153、154、155、157、158、159、161、162、163、165、166、167、169、170、171、173、174、175、177、178、179、181、182、183、185、186、187、189、190、191、193、194、195、197、198、199、201、202、203、205、206、207、209、210、211、213、214、215、217、218、219、221、222、223、225、226、227、229、230、231、233、234、235、237、238、239、241、242、243、245、246、247、249、250、251、253、254、255、257、258、259、261、262、263、265、266、267、269、270、271、273、274、275、277、278、279、281、282、283、285、286、287、291、292、293、295、296、297、299、300、301、303、304、305、307、308、309、311、312、313、315、316、317、319、320、321、323、324、325、327、328、329、331、332、333、335、336、337、339、340、341、343、344、345、347、348、349、351、352、353、355、356、357、359、360、361、363、364、365、367、368、369、371、372、373、375、376、377、379、380、381、383、384、385、387、388、389、391、392、393、395、396、397、399、400、401、403、404、405、407、408、409、411、412、413、415、416、417、419、420、421、423、424、425、427、428、429、431、432、または433に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、144、148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、288、294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
からなる群から選択される、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。 - 前記突然変異対立遺伝子が、
(a)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、144、148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、288;294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号1、5、9、13、17、21、25、29、33、37、41、45、49、53、57、61、65、69、73、77、81、85、89、93、97、101、105、109、113、117、121、125、129、133、137、141、145、149、153、157、161、165、169、173、177、181、185、189、193、197、201、205、209、213、217、221、225、229、233、237、241、245、249、253、257、261、265、269、273、277、281、285、291、295、299、303、307、311、315、319、323、327、331、335、339、343、347、351、355、359、363、367、371、375、379、383、387、391、395、399、403、407、411、415、419、423、427、または431に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
からなる群から選択される核酸を含む、請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。 - 前記遺伝子産物が、mRNAである、請求項5から7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記mRNAの存在または量を、リアルタイムPCR、逆転写酵素PCR、全トランスクリプトームショットガンシークエンシング(RNAseq)、in situハイブリダイゼーション、またはマイクロアレイにより決定する、請求項8に記載の方法。
- 前記遺伝子産物が、タンパク質である、請求項5から7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記タンパク質の存在または量を、免疫組織化学(IHC)、イムノアッセイ、ゲルもしくはブロットベースの方法、IHC、質量分析、フローサイトメトリー、またはFACSにより決定する、請求項10に記載の方法。
- 前記遺伝子産物が、
a)配列番号1、2、または3に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1から10個のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(d)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質、
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項5から7、10および11のいずれか一項に記載の方法。 - 前記遺伝子産物が、
(a)配列番号1、2、3、5、6、7、9、10、11、13、14、15、17、18、19、21、22、23、25、26、27、29、30、31、33、34、35、37、38、39、41、42、43、45、46、47、49、50、51、53、54、55、57、58、59、61、62、63、65、66、67、69、70、71、73、74、75、77、78、79、81、82、83、85、86、87、89、90、91、93、94、95、97、98、99、101、102、103、105、106、107、109、110、111、113、114、115、117、118、119、121、122、123、125、126、127、129、130、131、133、134、135、137、138、139、141、142、143、145、146、147、149、150、151、153、154、155、157、158、159、161、162、163、165、166、167、169、170、171、173、174、175、177、178、179、181、182、183、185、186、187、189、190、191、193、194、195、197、198、199、201、202、203、205、206、207、209、210、211、213、214、215、217、218、219、221、222、223、225、226、227、229、230、231、233、234、235、237、238、239、241、242、243、245、246、247、249、250、251、253、254、255、257、258、259、261、262、263、265、266、267、269、270、271、273、274、275、277、278、279、281、282、283、285、286、287、291、292、293、295、296、297、299、300、301、303、304、305、307、308、309、311、312、313、315、316、317、319、320、321、323、324、325、327、328、329、331、332、333、335、336、337、339、340、341、343、344、345、347、348、349、351、352、353、355、356、357、359、360、361、363、364、365、367、368、369、371、372、373、375、376、377、379、380、381、383、384、385、387、388、389、391、392、393、395、396、397、399、400、401、403、404、405、407、408、409、411、412、413、415、416、417、419、420、421、423、424、425、427、428、429、431、432、または433に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、144、148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、288、294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1から10個のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(d)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、144、148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、288、294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項5から7、10および12のいずれか一項に記載の方法。 - 前記試料が、骨髄試料または血液試料である、請求項1から13のいずれか一項に記載の方法。
- 前記骨髄試料が、生検により得られる、請求項14に記載の方法。
- (a)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、288、294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号145、146、147、149、150、151、153、154、155、157、158、159、161、162、163、165、166、167、169、170、171、173、174、175、177、178、179、181、182、183、185、186、187、189、190、191、193、194、195、197、198、199、201、202、203、205、206、207、209、210、211、213、214、215、217、218、219、221、222、223、225、226、227、229、230、231、233、234、235、237、238、239、241、242、243、245、246、247、249、250、251、253、254、255、257、258、259、261、262、263、265、266、267、269、270、271、273、274、275、277、278、279、281、282、283、285、286、287、291、292、293、295、296、297、299、300、301、303、304、305、307、308、309、311、312、313、315、316、317、319、320、321、323、324、325、327、328、329、331、332、333、335、336、337、339、340、341、343、344、345、347、348、349、351、352、353、355、356、357、359、360、361、363、364、365、367、368、369、371、372、373、375、376、377、379、380、381、383、384、385、387、388、389、391、392、393、395、396、397、399、400、401、403、404、405、407、408、409、411、412、413、415、416、417、419、420、421、423、424、425、427、428、429、431、432、または433に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される核酸。 - (a)配列番号1、2、または3に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1から10個のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(d)配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質、
からなる群から選択されるタンパク質。 - 前記タンパク質が、
(a)配列番号1、2、3、5、6、7、9、10、11、13、14、15、17、18、19、21、22、23、25、26、27、29、30、31、33、34、35、37、38、39、41、42、43、45、46、47、49、50、51、53、54、55、57、58、59、61、62、63、65、66、67、69、70、71、73、74、75、77、78、79、81、82、83、85、86、87、89、90、91、93、94、95、97、98、99、101、102、103、105、106、107、109、110、111、113、114、115、117、118、119、121、122、123、125、126、127、129、130、131、133、134、135、137、138、139、141、142または143に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140または144に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1から10個のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(d)配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140または144に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質
からなる群から選択される、請求項17に記載のタンパク質。 - 前記タンパク質が、
(a)配列番号291、292、293、295、296、297、299、300、301、303、304、305、307、308、309、311、312、313、315、316、317、319、320、321、323、324、325、327、328、329、331、332、333、335、336、337、339、340、341、343、344、345、347、348、349、351、352、353、355、356、357、359、360、361、363、364、365、367、368、369、371、372、373、375、376、377、379、380、381、383、384、385、387、388、389、391、392、393、395、396、397、399、400、401、403、404、405、407、408、409、411、412、413、415、416、417、419、420、421、423、424、425、427、428、429、431、432、または433に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1から10個のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(d)配列番号294、298、302、306、310、314、318、322、326、330、334、338、342、346、350、354、358、362、366、370、374、378、382、386、390、394、398、402、406、410、414、418、422、426、430、または434に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質
からなる群から選択される、請求項17または18に記載のタンパク質。 - 前記タンパク質が、
(a)配列番号145、146、147、149、150、151、153、154、155、157、158、159、161、162、163、165、166、167、169、170、171、173、174、175、177、178、179、181、182、183、185、186、187、189、190、191、193、194、195、197、198、199、201、202、203、205、206、207、209、210、211、213、214、215、217、218、219、221、222、223、225、226、227、229、230、231、233、234、235、237、238、239、241、242、243、245、246、247、249、250、251、253、254、255、257、258、259、261、262、263、265、266、267、269、270、271、273、274、275、277、278、279、281、282、283、285、286、または287に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質;
(b)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質;
(c)(a)または(b)で規定されたタンパク質であって、1から10個のアミノ酸が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(d)配列番号148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、または288に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質;
(e)(a)または(c)で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質;
(f)(a)〜(e)のうちのいずれか1つの前記タンパク質に対して少なくとも70%の同一性を有するタンパク質;および
(g)(a)、(d)、または(e)で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質であって、当該タンパク質は前記カルレチクリン遺伝子の前記1または複数の突然変異対立遺伝子にコードされるものであり、ここで前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する、前記タンパク質
からなる群から選択される、請求項17から19のいずれか一項に記載のタンパク質。 - 請求項17から20のいずれか一項に記載のタンパク質を含むワクチン。
- 請求項17から20のいずれか一項に記載のタンパク質又は配列番号4に示すアミノ酸配列を15から25個の連続アミノ酸を含むタンパク質若しくはからなるタンパク質のワクチンの製造における使用。
- 請求項17から20のいずれか一項に記載のタンパク質である免疫原性作用物質。
- 担体タンパク質に連結された請求項23に記載の免疫原性作用物質を含むコンジュゲート。
- 請求項17から20のいずれか一項に記載のタンパク質に特異的に結合する抗体。
- 骨髄性悪性腫瘍の処置のための突然変異体カルレチクリンの阻害剤、または請求項23に記載の免疫原性作用物質または請求項25に記載の抗体。
- 突然変異体カルレチクリンが請求項17から20のいずれか一項に記載の突然変異体カルレチクリンタンパク質である、請求項26に記載の阻害剤。
- 前記阻害剤が抗体であるか、または前記阻害剤が細胞外結合性パートナー、低分子結合性分子、アプタマー、およびイントラマーからなる群から選択される、請求項26または27に記載の阻害剤。
- 処置される前記患者が骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価するための請求項25に記載の抗体。
- 請求項1から15のいずれか一項に記載の方法に使用するための診断キットの製造における請求項25に記載の抗体の使用。
- 前記抗体が配列番号4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140または144に示される突然変異体カルレチクリンタンパク質のC末端に結合する、請求項25または29に記載の抗体、請求項26から28のいずれか一項に記載の阻害剤、あるいは請求項30に記載の使用。
- 前記抗体がポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、全長抗体(免疫グロブリン)、F(ab)断片、F(ab)2断片、単鎖抗体、キメラ抗体、CDRグラフト抗体、二価抗体構築物、二特異性単鎖抗体、合成抗体、または交差クローニング抗体である、請求項25、29または31に記載の抗体、請求項26から28および31のいずれか一項に記載の阻害剤、あるいは請求項30または31に記載の使用。
- 前記骨髄性悪性腫瘍が、骨髄増殖性新生物または骨髄異形成症候群である、請求項26から28、31および32のいずれか一項に記載の阻害剤、請求項1から15のいずれか一項に記載の方法、請求項30、31または32に記載の使用、請求項25、29、31または32に記載の抗体、あるいは請求項23に記載の免疫原性作用物質。
- 前記骨髄増殖性新生物が、原発性骨髄線維症(PMF)または本態性血小板血症(ET)である、請求項33に記載の阻害剤、方法、使用、抗体または免疫原性作用物質。
- 前記骨髄異形成症候群が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症(RARS−T)である、請求項33に記載の阻害剤、方法、使用、抗体または免疫原性作用物質。
- 患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかどうか評価される、請求項26から28、31および35のいずれか一項に記載の阻害剤。
- 医薬の製造における請求項17から20のいずれか一項に記載のタンパク質、請求項25、29、31または32に記載の抗体、請求項26から28、31および32のいずれか一項に記載の阻害剤の使用。
- 請求項17から20のいずれか一項に記載のタンパク質の製造方法であって、
(a)配列番号4に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸;
(b)配列番号2に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)(a)または(b)で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸であって、ここで野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する前記核酸;
(d)(a)〜(c)のうちのいずれか1つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸であって、ここで野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する前記核酸;および
(e)(a)〜(d)のうちのいずれか1つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸であって、ここで野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、エクソン9内にフレームシフト突然変異を有する前記核酸、
からなる群より選択される核酸を含む宿主細胞、または前記核酸を含むベクターを含む宿主細胞を、前記タンパク質を発現することのできる条件下で培養する工程、および、
前記培養から前記タンパク質を回収する工程、
を含む、前記方法。 - 請求項1から15のいずれか一項に記載のカルレチクリン遺伝子の1または複数の突然変異対立遺伝子を含む核酸、または前記核酸を含むベクターを含むか、あるいは発現させるトランスジェニック細胞または非ヒトトランスジェニック動物。
- 配列番号440から475のいずれか一つまたは表3に示す変異ジャンクション(mutation junction)の配列を含む、請求項16に記載の核酸であって、好ましくはDNAである前記核酸。
- 請求項16または40に記載のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を有するアンチセンスDNAまたはRNAである核酸分子。
- 請求項16、40または41に記載の核酸であって、
フォワード:ACAACTTCCTCATCACCAACG (配列番号437)
および/もしくは
リバース:GGCCTCAGTCCAGCCCTG (配列番号438)
または
フォワード:GGCAAGGCCCTGAGGTGT (配列番号439)
および/もしくは
リバース:GGCCTCAGTCCAGCCCTG (配列番号438)
または
ATGCCTCGAGCCGCCACCATGCTGCTATCCGTGCCGCTGCTGCTC (配列番号1346)および/もしくはATGCGAATTCCTACAGCTCGTCCTTGGCCTGGCC (配列番号1347)
または
ATGCCTCGAGCCGCCACCATGCTGCTATCCGTGCCGCTGCTGCTC (配列番号1346)および/もしくはCCTCATCATCCTCCTTGTCCTCTGCTCCTCGTCCTG (配列番号1348)
または
CAGGACGAGGAGCAGAGGACAAGGAGGATGATGAGG (配列番号1349) および/もしくはATGCCCGCGGCTAGGCCTCAGTCCAGCCCTGGAGG (配列番号1350)
であるオリゴヌクレオチドである、前記核酸。 - 配列番号476から配列番号1309のいずれか一つに示す標的配列のひとつを標的するアンチセンス分子である、請求項41に記載の核酸。
- 配列番号476から配列番号1309のいずれか一つに示す標的配列。
- 患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかどうかを評価するための、請求項1から7のいずれか一項に記載のカルレチクリン遺伝子の1または複数の突然変異対立遺伝子の存在、あるいは請求項1から7のいずれか一項に記載のカルレチクリン遺伝子の1または複数の突然変異対立遺伝子の遺伝子産物の存在または量を検出することが可能な核酸または抗体、であって、前記核酸はオリゴヌクレオチドである、前記核酸または抗体の使用。
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