JP2016520199A - 過敏性腸症候群を診断するための経路特異的マーカー - Google Patents

過敏性腸症候群を診断するための経路特異的マーカー Download PDF

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Abstract

本発明は、個体における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法を提供する。特に、本発明は、個体がセリアック病又は炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有さず、ＩＢＳ及び／又はそのサブタイプを有するかどうかを判断するのに有用である。したがって、本発明は、ＩＢＳの正確な診断予測を提供し、療法の決定の手引きとするのに有用である。【選択図】図５

Description

関連出願の相互参照
[0001]本出願は、その開示がすべての目的のためにその全体として参照により本明細書に組み込まれる、２０１３年５月２４日に出願した米国仮特許出願第６１／８２７５０６号の優先権を主張するものである。本出願は、代理人整理番号８８４７３−９０９０７２−０２６６２０ＰＣを有する本出願と同一の日付で出願したＰＣＴ出願を参照により本明細書に組み込む。
発明の背景
[0002]過敏性腸症候群（ＩＢＳ）は、すべての消化管障害のうちの最も一般的なものであり、一般人口の１０〜２０％が罹患していて、消化器系の病訴を有するすべての患者の５０％超を占めている。しかし、ＩＢＳに罹患している患者の約１０％〜５０％が実際に医師の診察を受けているにすぎないことが研究によって示唆されている。ＩＢＳを有する患者は、例えば、主として排便に関連する腹痛、下痢、便秘又は下痢便秘交替症、腹部膨満、ガス及び糞便における過剰粘液などの、異種の症状を呈する。ＩＢＳ患者の４０％超は、仕事を休み、社会生活を縮小し、性交を避け、予約を解約し、旅行を中止し、薬を服用し、当惑することの恐れのために家に引きこもらなければならないほど重度の症状を有する。米国におけるＩＢＳの推定医療費は、年８０億ドルである（Ｔａｌｌｅｙら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．、１０９巻、１７３６〜１７４１頁（１９９５年））。
[0003]ＩＢＳ患者は、主な腸症状によって次の３群に分類される：便秘優勢型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｃ）、下痢優勢型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｄ）及び下痢と便秘の交替症状を呈するＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｍ）、並びに分類不能型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｕ）。現在の臨床診療においては、ＩＢＳの診断はローマＩＩＩ診断基準に基づいており、患者が呈する症状に加えて他のＧＩ障害の除外によっている。この障害を同定するために用いることができる特定の生物学的、Ｘ線撮影上、内視鏡的又は生理学的バイオマーカーは、存在しない。
[0004]過敏性腸症候群は、異種性の消化管（ＧＩ）機能障害である。その病因に免疫系が関与することを示す証拠が増加しつつある。ＧＩ感染は、ＩＢＳ症状の発症を引き起こす誘因であり得る。他方で、ＩＢＳは、「脳−腸障害」としばしば記載される。５−ＨＴシグナル伝達経路の調節障害によって媒介されるＧＩ運動性及び排泄の変化は、排便習慣の不規則性の基礎となり得る。結腸神経に近接するマスト細胞の活性化は、ＩＢＳを有する患者が経験する異常な疼痛と相関する。マスト細胞は、活性化により種々の炎症性メディエータを産生し、放出することができることが周知である。しかし、これらの様々な経路が互いにどのように連絡するのか、またそれらの相互作用がＩＢＳ患者において健常対象におけるのと同様に挙動するかどうかは、明らかではない。
[0005]ＩＢＳの正確な病態生理は、依然として解明されていない。腸運動不全及び内臓知覚の変化が、症状の病因の重要な寄与因子であると考えられている（Ｑｕｉｇｌｅｙ Ｓｃａｎｄ Ｊ．、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．、３８巻（補遺２３７）、１〜８頁（２００３年）、Ｍａｙｅｒら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．、１２２巻、２０３２〜２０４８頁（２００２年））が、この状態は、脳−腸連絡の妨害、腸管感染、腸炎症及び／又は細菌叢の変化によって特徴付けられるストレス関連障害であるとみられている（図１参照）。最近、腸管感染及び腸炎症の役割も提案された。研究により、細菌学的に確認された胃腸炎の後のＩＢＳの発症が実証された一方で、他の研究により、ＩＢＳにおける軽度の粘膜炎症（Ｓｐｉｌｌｅｒら、Ｇｕｔ、４７巻、８０４〜８１１頁（２０００年）、Ｄｕｎｌｏｐら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．、１２５巻、１６５１〜１６５９頁（２００３年）、Ｃｕｍｂｅｒｌａｎｄら、Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ． Ｉｎｆｅｃｔ．、１３０巻、４５３〜４６０頁（２００３年））及び免疫活性化（Ｇｗｅｅら、Ｇｕｔ、５２巻、５２３〜５２６頁（２００３年）、Ｐｉｍｅｎｔｅｌら、Ａｍ． Ｊ． Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．、９５巻、３５０３〜３５０６頁（２０００年））の証拠が提供された。腸内フローラ（例えば、腸内マイクロバイオーム）も関連付けられてきており、最近の研究により、免疫活性の調節による該障害の治療における共生生物であるビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の有効性が示された（Ｓｉｍｒｅｎら、Ｇｕｔ、６２巻、１５９〜１７６頁（２０１３年））。
[0006]様々な腸疾患又は障害における抗微生物抗体、ストレスホルモン、炎症性サイトカイン及びマスト細胞マーカーの役割を裏付ける証拠が増加している。例えば、抗微生物抗体であるＯｍｐＣ、Ｃｂｉｒ１、ＦｌａＸ及びＦｌａ２は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の有用なバイオマーカーであることが証明された。大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｋ１２タンパク質（例えば、Ｅｒａ、ＦｏｃＡ、ＦｒｖＸ、ＧａｂＴ、ＹｂａＮ、ＹｃｄＧ、ＹｈｇＮ、及びＹｉｄＸ）に対する抗体のサブセットは、クローン病（ＣＤ）を有する個体と健常対照とを、またＣＤを有する個体と潰瘍性大腸炎を有する個体とを区別するのに用いることができる（Ｃｈｅｎら、Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、８巻、１７６５〜１７７６頁、（２００９年））。カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ、Ｃｊ）、大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ、Ｅｃ）、腸炎菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ）（Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓｅ）、フレキシナ赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ）（Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｓｆ）による感染によりしばしば引き起こされるＩＢＳに随伴する感染後小腸細菌過剰増殖（ＳＩＢＯ）を有する個体は、感染菌のフラジェリンタンパク質に対する抗体を保有することがある（Ｓｐｉｌｌｅｒ Ｒ及びＧａｒｓｅｄ Ｋ．、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、１３６巻、１９７９〜１９８８頁（２００９年））。
[0007]腸の遠位区域におけるマスト細胞浸潤の増大及び活性化は、ＩＢＳの症状発現及び重症度に関連する。これらの細胞は、ＩＢＳ患者における粘膜刺激に対する内臓求心性神経の応答の増大にも関連付けられている。マスト細胞の過形成は、感染後ＩＢＳ及び非感染後ＩＢＳの両方におけるこれらの細菌による感染の後に一般的に観察される。β−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）などのマスト細胞マーカーの測定は、ＩＢＳの臨床診断に重要な意味を有する。ＩＢＳの診断を補助するマスト細胞マーカーを用いる詳細な方法は、それらの開示がすべての目的のためにそれらの全体として参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，１１４，６１６号及び第８，７０９，７３３号に記載されている。
[0008]ＩＢＳ患者は、一般的に脳−腸軸及び腸内微生物相により媒介される異常な腸運動及び内臓過敏症を経験する（図１）。ＩＢＳを含むストレス感受性障害においては、腸ホルモン、セロトニン、副腎皮質刺激ホルモン（ＡＣＴＨ）、コルチゾール、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン及びカテコールアミンなどの、視床下部−下垂体−副腎軸（ＨＰＡ）軸のストレスホルモンが放出され、それにより、例えば、腸の生理機能が制御される。トリプトファン経路、キヌレニン経路及びセロトニン経路などの、代謝物駆動経路（ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅ ｄｒｉｖｅｎ ｐａｔｈｗａｙ）（図２）を含む脳−腸軸の調節障害は、運動性を減少させ、疼痛又は不快感を亢進させることにより消化管機能に悪影響を及ぼし得る。セロトニン経路を対象とする治療薬は、ＩＢＳの治療用に現在研究中である。腸内胆汁酸分泌及び吸収の調節不全もＩＢＳに関連する（図３）。いくつかの研究で、消化管機能が腸内マイクロバイオームによる影響を受けることも示された（図４）。例えば、食事、抗生物質、病原体及び宿主の免疫応答は、腸のマイクロバイオームコミュニティを変化させる可能性があり、これがひいては、腸の機能を変化させる可能性がある。
[0009]上記のことに鑑みれば、脳−腸−マイクロバイオーム軸をモニタリングすることによって個体におけるＩＢＳを診断する方法の必要性が当技術分野に存在する。本発明は、この必要性及び他の必要性を満たす。
発明の簡単な概要
[0010]いくつかの態様において、本明細書で提供するのは、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）及び／又はその臨床的サブタイプの診断を補助する方法である。
方法は、
（ａ）試料中のマーカーのパネルを検出して、炎症性腸疾患及びセリアック病（ＣＤ）の診断を除外するステップと、
（ｂ）試料中のマーカーのパネルを検出して、ＩＢＳの診断を決定する（ｒｕｌｅ−ｉｎ）ステップと
を含む。
[0011]特定の例において、本方法は、以下のスコア（ａ）〜（ｈ）の１つ又は複数のものを得るステップと：（ａ）上記対象から得られた試料中の抗グリアジンＩｇＡ抗体、抗グリアジンＩｇＧ抗体、抗組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）抗体及び抗筋内膜抗体の有無を検出して、セリアック病（ＣＤ）スコアを得るステップ、（ｂ）上記試料中の以下のマーカーの少なくともそれぞれの存在又はレベル又は遺伝子型を検出して、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）スコアを得るステップ：（ｉ）血清学的マーカーＡＳＣＡ−Ａ、ＡＳＣＡ−Ｇ、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、抗ＯｍｐＣ抗体、抗ＣＢｉｒ１抗体、抗ＦｌａＸ抗体及び抗Ａ４−Ｆｌａ２抗体のそれぞれの存在又はレベル、（ｉｉ）炎症マーカーＶＥＧＦ、ＩＣＡＭ、ＶＣＡＭ、ＳＡＡ及びＣＲＰのそれぞれの存在又はレベル、並びに（ｉｉｉ）遺伝マーカーＡＴＧ１６Ｌ１、ＥＣＭ１、ＮＫＸ２−３及びＳＴＡＴ３のそれぞれの遺伝子型、（ｃ）上記試料中の少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベル（例えば、濃度）を検出して、マイクロバイオームスコアを得るステップ、（ｄ）上記試料中の少なくとも１つのマスト細胞マーカーのレベル（例えば、濃度）を検出して、マスト細胞スコアを得るステップ、（ｅ）上記試料中の少なくとも１つの炎症性細胞マーカーのレベル（例えば、濃度）を検出して、炎症スコアを得るステップ、（ｆ）上記試料中の少なくとも１つの胆汁酸吸収不良（ＢＡＭ）マーカーのレベル（例えば、濃度）を検出して、ＢＡＭスコアを得るステップ、（ｇ）上記試料中の少なくとも１つのキヌレニンマーカーのレベル（例えば、濃度）を検出して、酸化ストレススコアを得るステップ、（ｈ）上記試料中の少なくとも１つのセロトニンマーカーのレベル（例えば、濃度）を検出して、セロトニンスコアを得るステップ、
（ｊ）上記試料が非ＣＤ試料である場合、上記ＩＢＤスコアにランダムフォレスト統計解析を適用して、試料がＩＢＤ試料であるか、又は非ＩＢＤ試料であるかどうかの判定を得るステップと、
（ｋ）上記試料が非ＩＢＤ試料である場合、上記マイクロバイオームスコア、上記マスト細胞スコア、上記炎症スコア、上記ＢＡＭスコア、上記酸化ストレススコア及び上記セロトニンスコアに統計アルゴリズムを適用して、疾患スコアを得るステップと、並びに、
（ｌ）疾患スコア並びに患者の後ろ向きコホートからのマイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコアを含む診断モデルに基づいてＩＢＳを有する確率を発生する統計アルゴリズムに基づいて、上記対象におけるＩＢＳの診断を確定するステップと、を含む。
[0012]いくつかの実施形態において、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーは、抗Ｆｌａ１抗体、抗Ｆｌａ２抗体、抗ＦｌａＡ抗体、抗ＦｌｉＣ抗体、抗ＦｌｉＣ２抗体、抗ＦｌｉＣ３抗体、抗ＹＢａＮ１抗体、抗ＥＣＦｌｉＣ抗体、抗Ｅｃ０ＦｌｉＣ抗体、抗ＳｅＦｌｊＢ抗体、抗ＣｊＦｌａＡ抗体、抗ＣｊＦｌａＢ抗体、抗ＳｆＦｌｉＣ抗体、抗ＣｊＣｇｔＡ抗体、抗Ｃｊｄｍｈ抗体、抗ＣｊＧＴ−Ａ抗体、抗ＥｃＹｉｄＸ抗体、抗ＥｃＥｒａ抗体、抗ＥｃＦｒｖＸ抗体、抗ＥｃＧａｂＴ抗体、抗ＥｃＹｅｄＫ抗体、抗ＥｃＹｂａＮ抗体、抗ＥｃＹｈｇＮ抗体、抗ＲｔＭａｇａ抗体、抗ＲｂＣｐａＦ抗体、抗ＲｇＰｉｌＤ抗体、抗ＬａＦｒｃ抗体、抗ＬａＥｎｏ抗体、抗ＬｊＥＦＴｕ抗体、抗ＢｆＯｍｐａ抗体、抗ＰｒＯｍｐＡ抗体、抗Ｃｐ１０ｂＡ抗体、抗ＣｐＳｐＡ抗体、抗ＥｆＳａｎｔ抗体、抗ＬｍＯｓｐ抗体、抗ＳｆＥＴ−２抗体、抗Ｃｐａｔｏｘ抗体、抗Ｃｐｂｔｏｘ抗体、抗ＥｃＳｔａ２抗体、抗ＥｃＯＳｔｘ２Ａ抗体、抗ＣｊｃｄｔＢ／Ｃ抗体、抗ＣｄｔｃｄＡ／Ｂ抗体及びそれらの組合せからなる群から選択される。
[0013]いくつかの実施形態において、少なくとも１つのマスト細胞マーカーは、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びそれらの組合せからなる群から選択される。
[0014]いくつかの実施形態において、少なくとも１つの炎症マーカーは、ＣＲＰ、ＩＣＡＭ、ＶＣＡＭ、ＳＡＡ、ＧＲＯα及びそれらの組合せからなる群から選択される。
[0015]いくつかの実施形態において、少なくとも１つの胆汁酸吸収不良マーカーは、７α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オン、ＦＧＦ１９及びそれらの組合せからなる群から選択される。
[0016]いくつかの実施形態において、少なくとも１つのキヌレニンマーカーは、キヌレニン（Ｋ）、キヌレン酸（ＫｙＡ）、アントラニル酸（ＡＡ）、３−ヒドロキシキヌレニン（３−ＨＫ）、３−ヒドロキシアントラニル酸（３−ＨＡＡ）、キサンツレン酸（ＸＡ）、キノリン酸（ＱＡ）、トリプトファン、５−ヒドロキシトリプトファン（５−ＨＴＰ）及びそれらの組合せからなる群から選択される。
[0017]いくつかの実施形態において、少なくとも１つのセロトニンマーカーは、セロトニン（５−ＨＴ）、５−ヒドロキシインドール酢酸（５−ＨＩＡＡ）、セロトニン−Ｏ−硫酸、セロトニン−Ｏ−リン酸及びそれらの組合せからなる群から選択される。
[0018]いくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する。他の実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳの臨床的サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する。
[0019]いくつかの実施形態において、本方法は、ＩＢＳの診断を、便秘型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｃ）、下痢型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｄ）、混合型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｍ）、交替型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後（ＩＢＳ−ＰＩ）として分類するステップをさらに含む。
[0020]いくつかの実施形態において、上記細菌抗原抗体マーカー、上記マスト細胞マーカー、上記炎症性細胞マーカー、上記ＢＡＭマーカー、上記キヌレニンマーカー又は上記セロトニンマーカーのレベルは、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースのアッセイ、免疫測定法、免疫組織化学測定法、又は移動度アッセイにより独立に検出する。いくつかの例において、ハイブリダイゼーションアッセイは、ＥＬＩＳＡ又はＣＥＥＲ（商標）アッセイを含む。
[0021]いくつかの実施形態において、試料は、全血、血漿、血清、唾液、尿、糞便、涙液、あらゆる他の体液、組織試料及びその細胞抽出物からなる群から選択される。いくつかの例において、試料は血清である。
[0022]いくつかの実施形態において、以下のスコアの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ又は６つを測定する：マイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコア。
[0023]いくつかの態様において、本明細書で提供するのは、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）及び／又はその臨床的サブタイプの診断を補助する方法である。本方法は、以下の（ａ）〜（ｆ）のスコアの１つ又は複数のものを得るステップと：（ａ）上記対象から得られた試料中の少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを検出して、マイクロバイオームスコアを得るステップ、（ｂ）上記試料中の少なくとも１つのマスト細胞マーカーのレベルを検出して、マスト細胞スコアを得るステップ、（ｃ）上記試料中の少なくとも１つの炎症性細胞マーカーのレベルを検出して、炎症スコアを得るステップ、（ｄ）上記試料中の少なくとも１つの胆汁酸吸収不良（ＢＡＭ）マーカーのレベルを検出して、ＢＡＭスコアを得るステップ、（ｅ）上記試料中の少なくとも１つのキヌレニンマーカーのレベルを検出して、酸化ストレススコアを得るステップ、（ｆ）上記試料中の少なくとも１つのセロトニンマーカーのレベルを検出して、セロトニンスコアを得るステップ、
（ｇ）上記マイクロバイオームスコア、上記マスト細胞スコア、上記炎症スコア、上記ＢＡＭスコア、上記酸化ストレススコア及び上記セロトニンスコアに統計アルゴリズムを適用して、疾患スコアを得るステップと、並びに、
（ｈ）疾患スコア並びに後ろ向きコホートからのマイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコアを含む診断モデルに基づいてＩＢＳを有する確率を発生する統計アルゴリズムに基づいて、上記対象におけるＩＢＳの診断を確定するステップと、を含む。
[0024]いくつかの実施形態において、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーは、抗Ｆｌａ１抗体、抗Ｆｌａ２抗体、抗ＦｌａＡ抗体、抗ＦｌｉＣ抗体、抗ＦｌｉＣ２抗体、抗ＦｌｉＣ３抗体、抗ＹＢａＮ１抗体、抗ＥＣＦｌｉＣ抗体、抗Ｅｃ０ＦｌｉＣ抗体、抗ＳｅＦｌｊＢ抗体、抗ＣｊＦｌａＡ抗体、抗ＣｊＦｌａＢ抗体、抗ＳｆＦｌｉＣ抗体、抗ＣｊＣｇｔＡ抗体、抗Ｃｊｄｍｈ抗体、抗ＣｊＧＴ−Ａ抗体、抗ＥｃＹｉｄＸ抗体、抗ＥｃＥｒａ抗体、抗ＥｃＦｒｖＸ抗体、抗ＥｃＧａｂＴ抗体、抗ＥｃＹｅｄＫ抗体、抗ＥｃＹｂａＮ抗体、抗ＥｃＹｈｇＮ抗体、抗ＲｔＭａｇａ抗体、抗ＲｂＣｐａＦ抗体、抗ＲｇＰｉｌＤ抗体、抗ＬａＦｒｃ抗体、抗ＬａＥｎｏ抗体、抗ＬｊＥＦＴｕ抗体、抗ＢｆＯｍｐａ抗体、抗ＰｒＯｍｐＡ抗体、抗Ｃｐ１０ｂＡ抗体、抗ＣｐＳｐＡ抗体、抗ＥｆＳａｎｔ抗体、抗ＬｍＯｓｐ抗体、抗ＳｆＥＴ−２抗体、抗Ｃｐａｔｏｘ抗体、抗Ｃｐｂｔｏｘ抗体、抗ＥｃＳｔａ２抗体、抗Ｅｃ０Ｓｔｘ２Ａ抗体、抗ＣｊｃｄｔＢ／Ｃ抗体、抗ＣｄｔｃｄＡ／Ｂ抗体及びそれらの組合せからなる群から選択される。
[0025]いくつかの実施形態において、少なくとも１つのマスト細胞マーカーは、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びそれらの組合せからなる群から選択される。
[0026]いくつかの実施形態において、少なくとも１つの炎症マーカーは、ＣＲＰ、ＩＣＡＭ、ＶＣＡＭ、ＳＡＡ、ＧＲＯα及びそれらの組合せからなる群から選択される。
[0027]いくつかの実施形態において、少なくとも１つの胆汁酸吸収不良マーカーは、７α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オン、ＦＧＦ１９及びそれらの組合せからなる群から選択される。
[0028]いくつかの実施形態において、少なくとも１つのキヌレニンマーカーは、キヌレニン（Ｋ）、キヌレン酸（ＫｙＡ）、アントラニル酸（ＡＡ）、３−ヒドロキシキヌレニン（３−ＨＫ）、３−ヒドロキシアントラニル酸（３−ＨＡＡ）、キサンツレン酸（ＸＡ）、キノリン酸（ＱＡ）、トリプトファン、５−ヒドロキシトリプトファン（５−ＨＴＰ）及びそれらの組合せからなる群から選択される。
[0029]いくつかの実施形態において、少なくとも１つのセロトニンマーカーは、セロトニン（５−ＨＴ）、５−ヒドロキシインドール酢酸（５−ＨＩＡＡ）、セロトニン−Ｏ−硫酸、セロトニン−Ｏ−リン酸及びそれらの組合せからなる群から選択される。
[0030]いくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する。他の実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳの臨床的サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する。
[0031]いくつかの実施形態において、本方法は、ＩＢＳの診断を便秘型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｃ）、下痢型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｄ）、混合型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｍ）、交替型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後（ＩＢＳ−ＰＩ）として分類するステップをさらに含む。
[0032]いくつかの実施形態において、以下のスコアの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ又は６つを測定する：マイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコア。
[0033]いくつかの実施形態において、上記細菌抗原抗体マーカー、上記マスト細胞マーカー、上記炎症性細胞マーカー、上記ＢＡＭマーカー、上記キヌレニンマーカー又は上記セロトニンマーカーの有無又はレベルは、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースのアッセイ、免疫測定法、免疫組織化学測定法、又は移動度アッセイにより独立に検出する。いくつかの例において、ハイブリダイゼーションアッセイは、ＥＬＩＳＡ又はＣＥＥＲ（商標）アッセイを含む。
[0034]本発明の他の目的、特徴及び利点は、以下の詳細な説明及び図面から当業者には明らかである。
脳−腸−マイクロバイオーム軸及びＩＢＳの複雑な病態生理を示す図である。図では、ＩＢＳ及び／又はそのサブタイプの診断に用いることができる本明細書で述べたバイオマーカーの一部を強調している。 代謝物駆動経路及びＩＢＳ患者において調節不全となっている酵素を示す図である。ＩＢＳ−Ｄを有する患者では、トリプトファンレベルが増加している一方で、キヌレン酸（ＫＡ）、３−ヒドロキシキヌレニン（３−ＨＫ）及び３−ヒドロキシアントラニル酸（３−ＨＡＡ）レベルは、低下している。さらに、トリプトファンジオキシゲナーゼ／インドールアミン−２，３−ジオキシゲナーゼ（ＴＤＯ／ＩＤＯ）、キヌレニンヒドロキシラーゼ及びキヌレニナーゼなどの酵素の活性は、より低い（低下している）。 腸内胆汁酸の分泌及び吸収経路を示す図である。 腸内マイクロバイオームの多様性を示す図である。 本発明の方法の具体例としての実施形態を示す図である。 本明細書で述べたバイオマーカーの統計解析の具体例としての実施形態を示す図である。図６Ａ（ＦＩＧ．６Ａ）には、細菌抗原抗体マーカー及び１つの炎症マーカーがＩＢＳを予測するものであることが示されている。図６Ｂ（ＦＩＧ．６Ｂ）には、細菌抗原抗体マーカー、１つの炎症マーカー及び１つのマスト細胞マーカーがＩＢＳを予測するものであることが示されている。 １つの炎症マーカー（ｓＶＣＡＭ１）及びいくつかのマイクロバイオームマーカー（ＥｃＧａｂＴ、Ｅｃ０ＦｌｉＣ、ＥｃＥｒａ及びＥｃＹｂａＮ）を用いたツリー構築過程を示す図である。 健常対照及びＩＢＳ患者における特定の細菌抗原抗体マーカーのレベルを示す図である。マイクロバイオームマーカーは、ＥｃＥｒａ（図８Ａ（ＦＩＧ．８Ａ））、ＥｃＦｌｉＣ（図８Ｂ（ＦＩＧ．８Ｂ））、ＥｃＦｒｖＸ（図８Ｃ（ＦＩＧ．８Ｃ））、ＥｃＧａｂＴ（図８Ｄ（ＦＩＧ．８Ｄ））、ＥｃＹｅｄＫ（図８Ｅ（ＦＩＧ．８Ｅ））、ＥｃＹｂａＮ（図８Ｆ（ＦＩＧ．８Ｆ））、Ｅｃ０ＦｌｉＣ（図８Ｇ（ＦＩＧ．８Ｇ））、ＣｊＦｌａＡ（図８Ｈ（ＦＩＧ．８Ｈ））、ＣｊＦＬａＢ（図８Ｉ（ＦＩＧ．８Ｉ））、ＣｊＧＴ−Ａ（図８Ｊ（ＦＩＧ．８Ｊ））、ＣｊＣｇｔＡ（図８Ｋ（ＦＩＧ．８Ｋ））、Ｃｊｄｍｈ（図８Ｌ（ＦＩＧ．８Ｌ））、ＳｅＦｌｊＢ（図８Ｍ（ＦＩＧ．８Ｍ））及びＳｆＦｌｉＣ（図８Ｎ（ＦＩＧ．８Ｎ））を含む。 バイオマーカースコア及びスコア四分位数を計算するために用いた図である。図９Ａ（ＦＩＧ．９Ａ）及び図９Ｂ（ＦＩＧ．９Ｂ）には、バイオマーカー（例えば、ＥｃＥｒａ及びＥｃＦＬｉＣ）の重みが、疾患コホートと健常対照との間の回帰係数又は勾配から決定されることが示されている。図９Ａ及び図９Ｂにおける直線は、βを表す。正の勾配はＩＢＳを示し、負の勾配は健常対照を示す。各個体について、重み付き四分位数和スコアは、すべてのマーカーにわたるΣβ＊四分位数として表され、βはコホート間の回帰係数又は勾配を表す（図９Ｃ（ＦＩＧ．９Ｃ））。係数は他のマーカーの存在のために調整される。図９Ｃに本明細書で述べる四分位解析の具体例としての実施形態を示す。 健常対照コホートにおける対象のマイクロバイオームスコア（図１０Ａ（ＦＩＧ．１０Ａ））及びマイクロバイオームスコアの百分位数（図１０Ｂ（ＦＩＧ．１０Ｂ））のグラフである。グラフに、健常対照と比較して代表的なＩＢＳ患者のマイクロバイオームスコアも示す。 健常対照及びＩＢＳ−Ｄ／Ｍ患者におけるマイクロバイオームスコア（図１１Ａ（ＦＩＧ．１１Ａ））及びそのスコアの分布（図１１Ｂ（ＦＩＧ．１１Ｂ））を示すグラフである。 健常対照及びＩＢＳ−Ｄ／Ｍ患者を含むコホート＃１における各種細菌抗原抗体マーカーのレベルを示す図である。示すマーカーは、ＬａＥｎｏ（図１２Ａ（ＦＩＧ．１２Ａ））、ＬａＦｒｃ（図１２Ｂ（ＦＩＧ．１２Ｂ））及びＬｊＥＦｔｕ（図１２Ｃ（ＦＩＧ．１２Ｃ））である。 健常対照及びＩＢＳ−Ｄ／Ｍ患者を含むコホート＃１における各種細菌抗原抗体マーカーのレベルを示す図である。示すマーカーは、ＢｆＯｍｐＡ（図１２Ｄ（ＦＩＧ．１２Ｄ））及びＰｒＯｍｐＡ（図１２Ｅ（ＦＩＧ．１２Ｅ））である。 健常対照、並びにＩＢＳ患者（ＩＢＳ−Ｃを有する患者及びＩＢＳ−Ｄを有する患者を含む）を含むコホート＃２における各種細菌抗原抗体マーカーのレベルを示す図である。示すマーカーは、ＥｃＧａｂＴ（図１３Ａ（ＦＩＧ．１３Ａ））、ＥｃＥｒａ（図１３Ｂ（ＦＩＧ．１３Ｂ））及びＥｃ０ＦｌｉＣ（図１３Ｃ（ＦＩＧ．１３Ｃ））である。 健常対照、並びにＩＢＳ患者（ＩＢＳ−Ｃを有する患者及びＩＢＳ−Ｄを有する患者を含む）を含むコホート＃２における各種細菌抗原抗体マーカーのレベルを示す図である。示すマーカーは、ＳｆＦｌｉＣ（図１３Ｄ（ＦＩＧ．１３Ｄ））、ＣｊＦｌａＢ（図１３Ｅ（ＦＩＧ．１３Ｅ））、ＣｊＦｌａＡ（図１３Ｆ（ＦＩＧ．１３Ｆ））及びＥｃＦｌｉＣ（図１３Ｇ（ＦＩＧ．１３Ｇ））である。 健常対照、並びにＩＢＳ患者（ＩＢＳ−Ｃを有する患者及びＩＢＳ−Ｄを有する患者を含む）を含むコホート＃２における各種細菌抗原抗体マーカーのレベルを示す図である。示すマーカーは、ＲｔＭａｇａ（図１３Ｈ（ＦＩＧ．１３Ｈ））、ＲｆＰｉｌＤ（図１３Ｉ（ＦＩＧ．１３Ｉ））並びにＲｂＣｐａＦ（図１３Ｊ（ＦＩＧ．１３Ｊ）及び図１３Ｋ（ＦＩＧ．１３Ｋ））である。 健常対照及びＩＢＳ患者を含むコホート＃３における各種細菌抗原抗体マーカーのレベルを示す図である。示すマーカーは、ＳｆＦｌｉＣ（図１４Ａ（ＦＩＧ．１４Ａ））、ＣｊＦｌａＢ（図１４Ｂ（ＦＩＧ．１４Ｂ））、ＣｊＦｌａＡ（図１４Ｃ（ＦＩＧ．１４Ｃ））及びＥｃＦｌｉＣ（図１４Ｄ（ＦＩＧ．１４Ｄ））である。 健常対照及びＩＢＳ患者を含むコホート＃３における各種細菌抗原抗体マーカーのレベルを示す図である。示すマーカーは、ＥｃＧａｂＴ（図１４Ｅ（ＦＩＧ．１４Ｅ））、ＥｃＥｒａ（図１４Ｆ（ＦＩＧ．１４Ｆ））及びＥｃ０ＦｌｉＣ（図１４Ｇ（ＦＩＧ．１４Ｇ））である。 ＨＰＬＣにより測定した健常対照及びＩＢＳ患者におけるセロトニンのレベルを示す図である。図１５Ａ（ＦＩＧ．１５Ａ）は、セロトニンレベルを示すグラフである。図１５Ｂ（ＦＩＧ．１５Ｂ）は、セロトニン及びセロトニン代謝物のクロマトグラムである。図１５Ｃ（ＦＩＧ．１５Ｃ）は、セロトニンのレベルを示す表である。 新規競合ＥＬＩＳＡにより測定した健常対照及びＩＢＳ−Ｄ患者におけるセロトニンのレベル示す図である。図１６Ａ（ＦＩＧ．１６Ａ）は、ＩＢＳ−Ｄ患者におけるセロトニンのレベル示すグラフである。図１６Ｂ（ＦＩＧ．１６Ｂ）は、健常対照及びＩＢＳ−Ｄ患者におけるセロトニンのレベルの結果の表である。
発明の詳細な説明
Ｉ．イントロダクション
[0051]ＩＢＳと他の腸疾患又は障害とで症状が類似しているため、患者を過敏性腸症候群と診断することは、能力を必要とするものであり得る。バイオマーカーに基づくアッセイは、ＩＢＳと他の疾患及び障害とを区別するための迅速且つ正確な診断方法をもたらし得る。
[0052]ＩＢＳの正確な病態生理は依然として解明されていないが、ＩＢＳは、一部は、宿主の腸内微生物バイオーム及びストレスホルモンの調節不全により引き起こされると考えられている。研究により、消化管微生物叢が宿主に影響を及ぼし、粘膜の炎症及び免疫活性化をもたらし得ること、並びにコルチゾールレベルがＩＢＳを有する女性において高いことがあり得ることが示された（Ｈｅｉｔｋｅｍｐｅｒら、Ａｍ Ｊ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ、９１巻（５号）、９０６〜１３頁（１９９６年））。
[0053]この理論を裏付ける所見は、ＩＢＳと診断された患者の消化管粘膜にマスト細胞の数の増加を見いだすことができるという所見を含む（Ｇｕｉｌａｒｔｅ， Ｍ．ら、Ｇｕｔ、５６巻、２０３〜２０９頁（２００７年）、Ｗａｌｋｅｒ， Ｍ． Ｍ．ら、Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． Ｔｈｅｒ．、２９巻、７６５〜７７３頁（２００９年）、Ａｋｂａｒ， Ａ．ら、Ｇｕｔ、５７巻、９２３〜９２９頁（２００８年）、Ｂａｒｂａｒａ， Ｇ．ら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、１２６巻、６９３〜７０２頁（２００４年）、Ｂａｒｂａｒａ， Ｇ．ら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、１３２巻、２６〜３７頁（２００７年）、Ｃｒｅｍｏｎ， Ｃ．ら、Ａｍ． Ｊ． Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．、１０４巻、３９２〜４００頁（２００９年）及びＯ’Ｓｕｌｌｉｖａｎ， Ｍ．ら、Ｎｅｕｒｏｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ． Ｍｏｔｉｌ．、１２巻、４４９〜４５７頁（２０００年））。同様に、いくつかの研究で、ヒスタミン及びセリンプロテアーゼ（例えば、トリプターゼ）を含む、これらの細胞から放出されるメディエーターのレベルがＩＢＳ患者の結腸粘膜に認められることも見いだされた（Ｂｕｈｎｅｒら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、１３７（４）、（２００９年）、Ｂａｒｂａｒａら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、１２２（４）、Ｓｕｐｐｌ． １：Ａ−２７６、（２００２年））。
[0054]ヒト消化管微生物叢は、少なくとも１０００種の細菌を含み、約１６０種の様々な種の約１０１４個の個別の細菌細胞が各個体の腸に生息している（Ｏｉｎら、Ｎａｔｕｒｅ、４６４巻、５９〜６５頁（２０１０年））。宿主の（例えば、個体の）遺伝組成及び免疫組成、並びに環境因子が消化管微生物叢に影響を及ぼし、これがひいては、宿主の消化管系内の免疫及び生理を形作ることが理論化された。この理論は、健常者（例えば、腸障害又は疾患でない）が彼／彼女の腸にコロニーを形成している微生物叢との共生関係性を維持しているのに対して、ＩＢＳを有する者は、この微生物叢−免疫相互作用が不均衡であることを示唆している。
[0055]セロトニン経路は、消化管運動性、分泌及び感覚の調節に重要な役割を果たしている。腸神経系内のこの経路における不均衡は、ＩＢＳ、機能性消化不良、非心臓性胸痛、自閉症及び胃潰瘍形成などの、様々な障害と関連付けられた。トリプトファン／セロトニン／キヌレニン代謝及び異化経路（図２）の著しい変化は、ＩＢＳ−Ｄに関連付けられた（Ｃｈｒｉｓｔｍａｓら、ＮｕｔｒｉｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈ、２０１０、３０巻、６７８〜６８８頁）。
[0056]本発明は、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を診断する方法を提供する。本方法は、対象から採取した生体試料中のセリアック病（ＣＤ）マーカー、ＩＢＤマーカー、マイクロバイオームマーカー、マスト細胞マーカー、炎症マーカー、胆汁酸吸収不良マーカー、キヌレニンマーカー及びセロトニンマーカーのアレイのレベルを測定するステップと、一連のバイオマーカースコアを得るステップと、アルゴリズムを用いて、対象がＣＤ又はＩＢＤを有さず、健常対照であることと比較してＩＢＳを有する可能性の増大を有するかどうかを判定するステップを含む。本発明はまた、様々なバイオマーカーのレベルを測定するための方法及びアッセイを提供する。
ＩＩ．定義
[0057]本明細書で用いているように、以下の用語は、特別の定めのない限り、それらに帰する意味を有する。
[0058]「過敏性腸症候群」及び「ＩＢＳ」という用語は、一般的に明らかな構造異常がない状況での、腹痛、腹部不快感、排便パターンの変化、軟便又はより頻繁な便通、下痢、並びに便秘を含むが、これらに限定されない１つ又は複数の症状によって特徴付けられる機能性腸障害の群を含む。どの症状が優勢であるかによって、（１）下痢優勢型（ＩＢＳ−Ｄ）、（２）便秘優勢型（ＩＢＳ−Ｃ）及び交替排便パターンを有するＩＢＳ（ＩＢＳ−Ａ）などの少なくとも３つの型のＩＢＳが存在する。ＩＢＳは、症状の混合型（ＩＢＳ−Ｍ）でも起こり得る。感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）などの、ＩＢＳの様々な臨床的サブタイプも存在する。
[0059]「セリアック病」及び「ＣＤ」という用語は、絨毛萎縮、陰窩過形成及び／小腸の粘膜内層の炎症を一般的に伴う腸粘膜の障害を意味する。栄養素の吸収不良に加えて、セリアック病を有する患者は、ミネラル欠乏、ビタミン欠乏、骨粗鬆症、自己免疫疾患及び腸悪性腫瘍（例えば、リンパ腫及び癌）のリスクがある。特定の理論により拘束されるものではないが、特有な遺伝及び環境状況におけるグルテンなどのタンパク質（例えば、コムギ、ライムギ、オオムギ、オートムギ、キビ、ライコムギ、スペルトコムギ及びカムットに存在するグルテン及びプロラミンタンパク質）への曝露がセリアック病を引き起こす原因であると考えられる。
[0060]「炎症性腸疾患」又は「ＩＢＤ」という用語は、例えば、クローン病（ＣＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、不確定大腸炎（ＩＣ）及びＣＤかＵＣかが決定的でないＩＢＤ（「非決定的」）などの消化管障害を含む。炎症性腸疾患（例えば、ＣＤ、ＵＣ、ＩＣ及び非決定的）は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を含む、胃腸管のすべての他の障害、症候群及び異常と区別される。ＩＢＳの診断の方法の詳細な記述は、内容がすべての目的のためにそれらの全体として参照により本明細書に組み込まれる、例えば、米国特許第７，８７３，４７９号及び第８，７１５，９４３号に見いだされる。
[0061]「微生物叢」、「微生物相」及び「微生物バイオーム」という用語は、身体器官又は部分に一般的に生息する生存微生物の群集を意味する。消化管微生物叢のメンバーは、フィルミクテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、バクテロイデテス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、イプシロンプロテオバクテリア（Ｅｐｓｉｌｏｎｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ガンマプロテオバクテリア（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ベルミクロビウム（Ｖｅｒｒｕｍｉｃｒｏｂｉａ）、デルタプロテオバクテリア（Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、分類されていないシアノバクテリア近縁及びアクチノバクテリア（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）の門の微生物；バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）又はルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）属の微生物；ビフィドバクテリア（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ）、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ベイロネラ属（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、アクチノマイシナエ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｉｎａｅａ）、ヘリコバクター属（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、コリンセラ属（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、コプロバチルス属（Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、プロテオバクテリア属（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ユーバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ドレア属（Ｄｏｒｅａ）、アシネトバクター属（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）及び大腸菌の種の微生物；ルミノコッカス・トルクエス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ）、ルミノコッカス・トルクエス様（Ｒ．ｔｏｒｑｕｅｓ−ｌｉｋｅ）、コリンセラ・アエロファシエンス様（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ−ｌｉｋｅ）、クロストリジウム・コクレアタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｃｌｅａｔｕｍ）、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、クロストリジウム・コッコイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）、リノバトス・プロダクタタス（Ｒｈｉｎｏｂａｔｏｓ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ）型の微生物を含むが、これらに限定されない。ある例において、消化管微生物叢は、消化管の表面又は頂端部に位置する粘膜関連微生物叢、及び消化管の内腔に認められる内腔関連微生物叢を含む。
[0062]「バイオマーカー」又は「マーカー」という用語は、個体からの試料をＩＢＳ試料と分類するために、或いは、個体からの試料におけるＩＢＳ様症状を随伴する１つ又は複数の疾患又は障害を除外するために用いることができる、生化学的マーカー、血清学的マーカー、遺伝マーカー、微生物マーカー、又は他の臨床的若しくは超音波検査特性などの診断マーカーを含む。「バイオマーカー」又は「マーカー」という用語は、ＩＢＳをその様々な型又は臨床的サブタイプに分類するために用いることができる、抗体マーカー、生化学的マーカー、血清学的マーカー、遺伝マーカー、ホルモンマーカー、微生物マーカー、又は他の臨床的若しくは超音波検査特性などの分類マーカーも含む。本発明に用いるのに適する診断マーカーの非限定的な例は、以下に記載のものであり、細菌抗原に対する抗体、細菌抗原、フラジェリン、サイトカイン、増殖因子、ストレスホルモン、抗好中球抗体、抗サッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）抗体、抗微生物抗体、抗組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）抗体、リポカリン、マトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰｓ）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質（ＴＩＭＰｓ）、アルファ−グロブリン、アクチン切断タンパク質、Ｓ１００タンパク質、フィブリノペプチド、カルシトニン遺伝子関連ペプチド（ＣＧＲＰ）、タチキニン、グレリン、ニューロテンシン、セロトニン、コルチコトロピン放出ホルモン（ＣＲＨ）、セリンプロテアーゼ（例えば、β−トリプターゼ、エラスターゼ）、プロスタグランジン（例えば、ＰＧＥ２）、ヒスタミン、Ｃ反応タンパク質（ＣＲＰ）、ラクトフェリン、抗ラクトフェリン抗体、カルプロテクチン、ヘモグロビン、ＮＯＤ２／ＣＡＲＤ１５、セロトニン再取込み輸送体（ＳＥＲＴ）、トリプトファンヒドロキシラーゼ−１，５−ヒドロキシトリプタミン（５−ＨＴ）、ラクツロースなどを含む。好ましい実施形態において、本発明に用いるのに適する診断マーカーは、本明細書に記載のものであり、大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、カンピロバクター・ジェジュニ８１−０４５、カンピロバクター・ジェジュニ８１−１２８及びカンピロバクター・ジェジュニ８１−００８、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌ＦｏｃＡ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、大腸菌ＹｂａＮ、大腸菌ＹｃｄＧ、大腸菌ＹｈｇＮ、大腸菌ＹｅｄＫ、大腸菌ＹｉｄＸ、アシドフィルス菌、Ｆｒｃ、アシドフィルス菌Ｅｎｏ、ラクトバチルス・ジョンソニイＥＦＴｕ、バクテロイデス・フラジリスＯｍｐＡ、プレボテラ属ＯｍｐＡ、ウェルシュ菌１０ｂＡ、ウェルシュ菌ＳｐＡ、フェカリス菌Ｓａｎｔ、リステリア菌Ｏｓｐ及びそれらの混合物からなる群から選択される微生物叢抗原に結合する抗体を含むが、これらに限定されない。分類マーカーの例は、制限なしに、レプチン、ＳＥＲＴ、トリプトファンヒドロキシラーゼ−１，５−ＨＴ、洞粘膜タンパク質８、ケラチン８、クラウジン８、ゾヌリン、コルチコトロピン放出ホルモン受容体１（ＣＲＨＲ１）、コルチコトロピン放出ホルモン受容体２（ＣＲＨＲ２）、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）などを含む。いくつかの実施形態において、診断マーカーは、ＩＢＳをその様々な形又は臨床サブタイプに分類するために用いることができる。他の実施形態において、分類マーカーは、試料をＩＢＳ試料と分類するために或いはＩＢＳ様症状を随伴する１つ又は複数の疾患又は障害を除外するために用いることができる。当業者は、本発明に用いるのに適する付加的な診断及び分類マーカーについて知っている。
[0063]「推定値」という用語は、ロジスティック回帰モデルの推定される部分相関係数を意味する。
[0064]「生体試料」は、個体から得られた生物学的検体を含む。本発明において用いる適切な試料は、制限なしに、全血、血漿、血清、唾液、尿、便（すなわち、糞便）、涙液及び他の体液、又は小腸若しくは結腸試料などの組織試料（すなわち、生検材料）、並びにその細胞抽出物（例えば、赤血球抽出物）を含む。好ましい実施形態において、試料は、血液、血漿又は血清試料である。より好ましい実施形態において、試料は、血清試料である。特定の例において、「試料」という用語は、血液、身体組織、血清、リンパ液、リンパ節組織、脾臓組織、骨髄又は１つ若しくは複数のこれらの組織から得られた免疫グロブリン濃縮画分を含むが、これらに限定されない。血清、唾液及び尿などの試料の使用は、当技術分野で周知である（例えば、Ｈａｓｈｉｄａら、Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｌａｂ． Ａｎａｌ．、１１巻、２６７〜８６頁（１９７７年））。当業者は、血清及び血液試料などの試料は、マーカーレベルの解析の前に希釈することができることを理解する。
[0065]「個体」、「対象」又は「患者」という用語は、一般的にヒトを意味するが、例えば、他の霊長類、げっ歯類、イヌ、ネコ、ウマ、ヒツジ、ブタなどを含む他の動物をも意味する。
[0066]「分類すること」という用語は、疾患状態を伴う試料を「関連付けること」又は「類別すること」を含む。特定の例において、「分類すること」は、統計的証拠、経験的証拠又は両方に基づいている。特定の実施形態において、分類する方法及びシステムは、疾患状態が既知である試料のいわゆる訓練セットを使用する。確立されたならば、訓練データセットは、試料の未知の疾患状態を分類するために、未知試料の特徴と比較する基準、モデル又はテンプレートとしての役割を果たす。特定の例において、試料を分類することは、試料の疾患状態を診断することに類似している。特定の他の例において、試料を分類することは、試料の疾患状態と他の疾患状態とを区別することに類似している。
[0067]本明細書で用いているように、「スコア」又は「プロファイル」という用語は、ＩＢＳなどの疾患又は障害に関連する顕著な特徴又は特性を表すデータの組を含む。該用語は、試料中の１つ又は複数の診断マーカーを解析する「疾患スコア」又は「診断スコア」を含む。例えば、「疾患スコア」は、ＩＢＳに関連する１つ又は複数の診断マーカーの存在又はレベルを表すデータの組を含み得る。
[0068]いくつかの実施形態において、上述の１つ又は複数の診断マーカー及び／又は診断モデルを測定するためのパネルは、試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類するために構築し、用いることができる。当業者は、複数の診断マーカーの存在又はレベルを、例えば、個体の試料の一部試料又は希釈物を用いて同時に又は連続的に判定することができることを理解する。特定の例において、個体の試料中の特定の診断マーカーのレベルが比較試料（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料）又は試料の集団中の同じマーカーのレベルより少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、５０％、７５％、１００％、１２５％、１５０％、１７５％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、４５０％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％又は１０００％大きい（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料の比較集団中の同じマーカーのレベルの中央値より大きい）場合、個体の試料中の特定の診断マーカーのレベルは、上昇していると考えられる。特定の他の例において、個体の試料中の特定の診断マーカーのレベルが比較試料（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料）又は試料の集団中の同じマーカーのレベルより少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％又は９５％小さい（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料の比較集団中の同じマーカーのレベルの中央値より小さい）場合、個体の試料中の特定の診断マーカーのレベルは、低下していると考えられる。
[0069]本明細書で用いているように、「実質的に同じアミノ酸配列」という用語は、天然に存在するアミノ酸配列と類似しているが、同一でないアミノ酸配列を含む。例えば、天然に存在するペプチド、ポリペプチド又はタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するアミノ酸配列は、修飾された配列が天然に存在するペプチド、ポリペプチド又はタンパク質の免疫反応性などの少なくとも１つの生物学的活性を保持するならば、天然に存在するペプチド、ポリペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列と比べてアミノ酸付加、欠失又は置換などの１つ又は複数の修飾を有し得る。アミノ酸配列間の実質的類似性の比較は、約６〜１００残基、好ましくは約１０〜１００残基、より好ましくは約２５〜３５残基を用いて通常実施する。本発明のペプチド、ポリペプチド又はタンパク質、或いはその断片の特に有用な修飾は、例えば、安定性の増大を付与する修飾である。１つ又は複数のＤ−アミノ酸の組み込みは、ポリペプチド又はポリペプチド断片の安定性の増大に有用な修飾である。同様に、リシン残基の欠失又は置換は、ポリペプチド又はポリペプチド断片を分解から保護することにより安定性を増大させ得る。
[0070]「複合体」、「免疫複合体」、「コンジュゲート」及び「免疫コンジュゲート」という用語は、抗体又は抗体断片に結合した（例えば、非共有結合手段により）ペプチド又は抗原を含むが、これらに限定されない。
[0071]「ＩＢＳの進行及び退行をモニタリングすること」という用語は、個体の疾患状態（例えば、ＩＢＳの存在又は重症度）を判定するための本発明の方法、システム及びコードの使用を含む。いくつかの実施形態において、本発明の方法、システム及びコードは、例えば、診断マーカーの解析及び／又はＩＢＳに関連する症状の同定に基づいてＩＢＳが個体において速やか又は徐々に進行する可能性を判定することによりＩＢＳの進行を予測するために用いることができる。他の実施形態において、本発明の方法、システム及びコードは、例えば、診断マーカーの解析及び／又はＩＢＳに関連する症状の同定に基づいてＩＢＳが個体において速やか又は徐々に退行する可能性を判定することによりＩＢＳの退行を予測するために用いることができる。
[0072]「細菌抗原抗体マーカースコア」、「細菌抗原抗体スコア」、「マイクロバイオームマーカースコア」又は「マイクロバイオームスコア」という用語は、個体の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５種又はそれ以上のマーカーのレベルを含み、マーカーは、Ｆｌａ１、Ｆｌａ２、ＦｌａＡ、ＦｌｉＣ、ＦｌｉＣ２、ＦｌｉＣ３、ＹＢａＮ１、ＥＣＦｌｉＣ、Ｅｃ０ＦｌｉＣ、ＳｅＦｌｊＢ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＣｇｔＡ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＧＴ−Ａ、ＥｃＹｉｄＸ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｈｇＮ、ＲｔＭａｇａ、ＲｂＣｐａＦ、ＲｇＰｉｌＤ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐａ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、ＳｆＥＴ−２、Ｃｐａｔｏｘ、Ｃｐｂｔｏｘ、ＥｃＳｔａ２、Ｅｃ０Ｓｔｘ２Ａ、ＣｊｃｄｔＢ／Ｃ、ＣｄｔｃｄＡ／Ｂなどのような、細菌抗原を認識する（例えば、それに特異的に結合して、複合体を形成する）抗体などであるが、これらに限定されない、細菌抗原抗体マーカーであり得る。統計解析は、細菌抗原抗体マーカー（複数可）のレベルを細菌抗原抗体マーカープロファイルに変換し得る。いくつかの例において、統計解析は、四分位数スコアであり、マーカーのそれぞれの四分位数スコアを合計して、四分位数和スコアを作出することができる。１つの態様において、単一学習統計分類子システム（ａ ｓｉｎｇｌｅ ｌｅａｒｎｉｎｇ ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ ｓｙｓｔｅｍ）を含む統計処理を細菌抗原抗体マーカープロファイルのデータセットに適用して、細菌抗原抗体マーカープロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料（例えば、健常対照試料）と分類する、統計学による決定をもたらし、細菌抗原抗体マーカープロファイルは、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを示している。
[0073]「マスト細胞マーカースコア」又は「マスト細胞スコア」という用語は、個体の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種又はそれ以上のマーカーのレベルを含み、マーカーは、β−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２などであるが、これらに限定されない、マスト細胞マーカーであり得る。統計解析は、マスト細胞マーカー（複数可）のレベルをマスト細胞マーカースコアに変換する。いくつかの例において、統計解析は、四分位数スコアであり、マーカーのそれぞれの四分位数スコアを合計して、四分位数和スコアを作出することができる。１つの態様において、単一学習統計分類子システムを含む統計処理をマスト細胞マーカースコアのデータセットに適用して、マスト細胞マーカーに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類する、統計学による決定をもたらし、マスト細胞マーカースコアは、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを示している。
[0074]「炎症性細胞マーカースコア」、「炎症マーカースコア」又は「炎症スコア」という用語は、個体の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０種又はそれ以上のマーカーのレベルを含み、マーカーは、ＣＲＰ、ＩＣＡＭ、ＶＣＡＭ、ＳＡＡ、ＧＲＯα及びそれらの組合せなどであるが、これらに限定されない、炎症性細胞マーカーであり得る。統計解析により、炎症性細胞マーカー（複数可）のレベルを炎症スコアに変換する。いくつかの例において、統計解析は、四分位数スコアであり、マーカーのそれぞれの四分位数スコアを合計して、四分位数和スコアを得ることができる。１つの態様において、単一学習統計分類システムを含む統計解析を炎症性細胞マーカースコアのデータセットに適用して、炎症性細胞マーカーに基づいて試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類する統計的に得られる判定をくだす。この場合、炎症スコアは、少なくとも１つの炎症性細胞マーカーのレベルを示す。
[0075]「キヌレニンマーカースコア」、「キヌレニンスコア」又は「酸化ストレススコア」という用語は、個体の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０種又はそれ以上のマーカーのレベルを含み、マーカーは、キヌレニン（Ｋ）、キヌレン酸（ＫｙＡ）、アントラニル酸（ＡＡ）、３−ヒドロキシキヌレニン（３−ＨＫ）、３−ヒドロキシアントラニル酸（３−ＨＡＡ）、キサンツレン酸（ＸＡ）、キノリン酸（ＱＡ）、トリプトファン、５−ヒドロキシトリプトファン（５−ＨＴＰ）及びそれらの組合せなどであるが、これらに限定されない、キヌレニン細胞マーカーであり得る。統計解析により、キヌレニンマーカー（複数可）のレベルをキヌレニンスコアに変換する。いくつかの例において、統計解析は、四分位数スコアであり、マーカーのそれぞれの四分位数スコアを合計して、四分位数和スコアを得ることができる。１つの態様において、単一学習統計分類システムを含む統計解析をキヌレニンマーカースコアのデータセットに適用して、キヌレニンマーカーに基づいて試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類する統計的に得られる判定をくだす。この場合、キヌレニンスコアは、少なくとも１つのキヌレニンマーカーのレベルを示す。
[0076]「セロトニンマーカースコア」又は「セロトニンスコア」という用語は、個体の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０種又はそれ以上のマーカーのレベルを含み、マーカーは、セロトニン（５−ＨＴ）、５−ヒドロキシインドール酢酸（５−ＨＩＡＡ）、セロトニン−Ｏ−硫酸、セロトニン−Ｏ−リン酸及びそれらの組合せなどであるが、これらに限定されない、セロトニンマーカーであり得る。統計解析により、セロトニンマーカー（複数可）のレベルをセロトニンスコアに変換する。いくつかの例において、統計解析は、四分位数スコアであり、マーカーのそれぞれの四分位数スコアを合計して、四分位数和スコアを得ることができる。１つの態様において、単一学習統計分類システムを含む統計解析をセロトニンマーカースコアのデータセットに適用して、セロトニンマーカーに基づいて試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類する統計的に得られる判定をくだす。この場合、セロトニンスコアは、少なくとも１つのセロトニンマーカーのレベルを示す。
[0077]「炎症性腸疾患マーカースコア」、「炎症性腸疾患スコア」、「ＩＢＤマーカースコア」又は「ＩＢＤスコア」という用語は、個体の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０種又はそれ以上のマーカーのレベルを含み、マーカーは、抗好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗サッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）免疫グロブリンＡ（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗サッカロミセス・セレビシエ免疫グロブリンＧ（ＡＳＣＡ−ＩｇＧ）、抗外膜タンパク質Ｃ（抗ＯｍｐＣ）抗体、抗フラジェリン抗体、核周囲抗好中球細胞質抗体（ｐＡＮＣＡ）、抗Ｆｌａ２抗体、抗ＦｌａＸ抗体、抗ＣＢｉｒ抗体、ＩＣＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１、ＶＥＧＦ、ＣＲＰ、ＳＡＡ及びそれらの組合せなどであるが、これらに限定されない、ＩＢＤマーカーであり得る。統計解析により、ＩＢＤマーカー（複数可）のレベルをＩＢＤスコアに変換する。さらなるＩＢＤの遺伝マーカーは、そのＡＴＧ１６Ｌ１、ＥＣＭ１、ＮＫＸ２−３、ＳＴＡＴ３及びＳＮＰＭ１を含む。いくつかの例において、統計解析は、四分位数スコアであり、マーカーのそれぞれの四分位数スコアを合計して、四分位数和スコアを得ることができる。１つの態様において、単一学習統計分類システムを含む統計解析をＩＢＤマーカースコアのデータセットに適用して、ＩＢＤマーカーに基づいて試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料と分類する統計的に得られる判定をくだす。この場合、ＩＢＤスコアは、少なくとも１つのＩＢＤマーカーのレベルを示す。
[0078]「胆汁酸吸収不良マーカースコア」、「胆汁酸吸収不良スコア」又は「ＢＡＭスコア」という用語は、個体の１、２種又はそれ以上のマーカーのレベルを含み、マーカーは、７−α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オン及びＦＧＦ１９などであるが、限定されない、ＢＡＭマーカーであり得る。統計解析により、ＢＡＭマーカー（複数可）のレベルをＢＡＭスコアに変換する。いくつかの例において、統計解析は、四分位数スコアであり、マーカーのそれぞれの四分位数スコアを合計して、四分位数和スコアを得ることができる。１つの態様において、単一学習統計分類システムを含む統計解析をＢＡＭマーカースコアのデータセットに適用して、ＢＡＭマーカーに基づいて試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類する統計的に得られる判定をくだす。この場合、ＢＡＭスコアは、少なくとも１つのＢＡＭマーカーのレベルを示す。
[0079]「セリアック病マーカースコア」、「セリアック病スコア」、「ＣＤマーカースコア」又は「ＣＤスコア」という用語は、個体の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０種又はそれ以上のマーカーのレベルを含み、マーカーは、抗グリアジンＩｇＡ抗体、抗グリアジンＩｇＧ抗体、抗組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）抗体、抗筋内膜抗体及びそれらの組合せなどであるが、これらに限定されない、ＣＤマーカーであり得る。統計解析により、ＣＤマーカー（複数可）のレベルをＣＤスコアに変換する。いくつかの例において、統計解析は、四分位数スコアであり、マーカーのそれぞれの四分位数スコアを合計して、四分位数和スコアを得ることができる。１つの態様において、単一学習統計分類システムを含む統計解析をＣＤマーカースコアのデータセットに適用して、ＣＤマーカーに基づいて試料をＣＤ試料又は非ＣＤ試料と分類する統計的に得られる判定をくだす。この場合、ＣＤスコアは、少なくとも１つのＣＤマーカーのレベルを示す。
[0080]四分位解析において、データの範囲を４つの等しい部分に分割する３つの数（値）が存在する。第１四分位数（「下側四分位数」とも呼ぶ）は、それより下に下部データの２５パーセントがある数である。第２四分位数（「中央四分位数」）は、範囲を中間に分け、それより下にデータの５０パーセントを有する。第３四分位数（「上側四分位数」とも呼ぶ）は、それより下にデータの７５パーセント及びそれより上にデータの上位２５パーセントを有する。非限定的な例として、四分位解析は、第１四分位数におけるマーカーレベル（＜２５％）に１の値を割り当て、第２四分位数におけるマーカーレベル（２５〜５０％）に２の値を割り当て、第３四分位数におけるマーカーレベル（５１〜＜７５％）に３の値を割り当て、第４四分位数におけるマーカーレベル（７５〜１００％）に４の値を割り当てるように、抗体又は本明細書に記載の他のタンパク質などのマーカーの濃度レベルに適用することができる。
[0081]本明細書で用いているように、「四分位数和スコア」又は「ＱＳＳ」は、対象のマーカーのすべての四分位数スコアの和を含む。非限定的な例として、６種のマーカーのパネルの四分位数和スコアは、６〜２４の範囲にある可能性があり、この場合、マーカーの有無、又はマーカーのレベルに基づいて、個々のマーカーのそれぞれに１〜４の四分位数スコアが割り当てられる。
[0082]「統計アルゴリズム」又は「統計解析」という用語は、学習統計分類子システムを含む。いくつかの例において、学習統計分類子システムは、ランダムフォレスト、分類及び回帰木、ブースト木、ニューラルネットワーク、サポートベクターマシン、一般カイ二乗自動相互作用検出器モデル、相互作用木、多変量適応型回帰スプライン、機械学習分類子並びにその組合せからなる群から選択される。特定の例において、統計アルゴリズムは、単一学習統計分類子システムを含む。他の実施形態において、統計アルゴリズムは、少なくとも２つの学習統計分類子システムの組合せを含む。いくつかの例において、少なくとも２つの学習統計分類子システムを相前後して適用する。本発明に用いるのに適する統計アルゴリズム及び統計解析の非限定的な例は、その開示がすべての目的のためにその全体として参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１１／００４５４７６号に記載されている。
[0083]「診断モデル」という用語は、キヌレニンスコア、マスト細胞スコア、セロトニンスコア、胆汁酸吸収不良スコア、マイクロバイオームスコア、炎症スコア及びそれらの組合せを含む。好ましい態様において、後ろ向き解析は、既知の合併症を含む既知の疾患転帰及び実施された外科的処置並びに健常対照のコホートについて行う。１つの態様において、回帰分析（例えば、ロジスティック回帰）は、診断モデルを発展させるために１つ若しくは複数のキヌレニンマーカーのレベル、１つ若しくは複数のマスト細胞マーカーのレベル、１つ若しくは複数のセロトニンマーカーのレベル、１つ若しくは複数の胆汁酸吸収不良マーカーのレベル、１つ若しくは複数のマイクロバイオームマーカーのレベル、及び／又は１つ若しくは複数の炎症マーカーのレベルについて実施することができる。
ＩＩＩ．実施形態の説明
Ａ．過敏性腸症候群の診断を補助する方法
[0084]１つの態様において、本発明は、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法を提供する。
[0085]図５に本発明のＩＢＳ診断アッセイの具体例としての実施形態のフローチャートを示す。特定の実施形態において、診断アッセイをセリアック病（ＣＤ）マーカーの測定に適用し、ＣＤ対非ＣＤを予測するための第１の統計アルゴリズムに基づいてセリアック病スコアを計算する（１０５）。統計モデルは、患者がＣＤを有するかどうかを判定する。対照スコアと比較したセリアック病スコアが患者が非ＣＤであることを予測する場合（１１０）、試料は、本方法の次のステップに進む。このステップを炎症性腸疾患（ＩＢＤ）マーカーの測定に適用し、ＩＢＤ対非ＩＢＤを予測するための第２の統計アルゴリズムに基づいてＩＢＤスコアを計算する（１２０）。対照スコアと比較した患者のＩＢＤスコアが患者が非ＩＢＤであることを予測する場合（１２５）、試料は、非ＩＢＳからＩＢＳを予測するために用いるアッセイの次のステップに進む（１３０）。このステップを、それぞれ細菌抗原抗体マーカー（１８０）、マスト細胞マーカー（１５０）、炎症マーカー（１９０）、胆汁酸吸収不良マーカー（１７０）、キヌレニンマーカー（１４０）及びセロトニンマーカー（１６０）の測定に基づく患者のマイクロバイオームスコア（１８５）、マスト細胞スコア（１５５）、炎症スコア（１９５）、胆汁酸吸収不良スコア（１７５）、酸化ストレススコア（１４５）及びセロトニンスコア（１６５）の組合せに適用して、ＩＢＳ対非ＩＢＳを予測するための疾患スコアを計算する。患者の疾患スコアがカットオフより小さい場合、アルゴリズムは、患者が非ＩＢＳであることを予測する。患者の疾患スコアがカットオフより大きい場合、患者は、ＩＢＳを有すると予測される。
[0086]いくつかの実施形態において、本明細書で提供する方法は、（ａ）対象から採取した生体試料中のセリアック病（ＣＤ）マーカーのアレイのレベルを測定するステップと、（ｂ）ＣＤマーカーのアレイの測定レベルに統計解析を適用して、ＣＤスコアを得るステップと、（ｃ）ＣＤスコアを、ＣＤを有する患者などの対照コホートのＣＤスコアと比較することに基づいて、対象がＣＤを有することを判定するステップとを含む。
[0087]いくつかの実施形態において、ＣＤマーカーは、抗グリアジンＩｇＡ抗体、抗グリアジンＩｇＧ抗体、抗組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）抗体、抗筋内膜抗体及びそれらの組合せからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、統計解析により、ＣＤマーカーのアレイのレベルをＣＤスコアに変換する。いくつかの実施形態において、ＣＤスコアは、複数のＣＤマーカーの分析に基づく経験的に得られるプロファイルを含む。１つの態様において、マーカーの濃度又はそれらの測定濃度値をコンピュータに常駐するアルゴリズムにより指標（ｉｎｄｅｘ）に変換する。特定の態様において、スコアは、生物学的データを数字で表す、人工の若しくはヒトによるアウトプット、プロファイル又はカットオフ値（複数可）である。スコアは、臨床診断決定を確定又は下す又は下すことを補助するのに用いることができる。いくつかの実施形態において、統計解析は、ＣＤマーカーのレベルの存在を四分位数スコアに変換し、各マーカーの四分位数スコアを合計することによって対象の四分位数和スコア（ＱＳＳ）をおよそ得るためにＣＤマーカーに四分位解析を適用することを含む。
[0088]いくつかの実施形態において、本方法は、（ａ）対象から採取した生体試料中の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）マーカーのアレイのレベルを測定するステップと、（ｂ）ＩＢＤマーカーのアレイの測定レベルに統計解析を適用して、ＩＢＤスコアを得るステップと、（ｃ）ＩＢＤスコアを、ＩＢＤを有する患者などの対照コホートのＩＢＤスコアと比較することに基づいて、対象がＣＤを有することを判定するステップとを含む。
[0089]いくつかの実施形態において、ＩＢＤマーカーは、抗好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗サッカロミセス・セレビシエ免疫グロブリンＡ（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗サッカロミセス・セレビシエ免疫グロブリンＧ（ＡＳＣＡ−ＩｇＧ）、抗外膜タンパク質Ｃ（抗ＯｍｐＣ）抗体、抗フラジェリン抗体、核周囲抗好中球細胞質抗体（ｐＡＮＣＡ）、抗Ｆｌａ２抗体、抗ＦｌａＸ抗体、抗ＣＢｉｒ抗体、ＩＣＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１、ＶＥＧＦ、ＣＲＰ、ＳＡＡ及びそれらの組合せからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、統計解析により、ＩＢＤマーカーのアレイのレベルをＩＢＤスコアに変換する。いくつかの実施形態において、ＩＢＤスコアは、複数のＩＢＤマーカーの分析に基づく経験的に得られるプロファイルを含む。１つの態様において、マーカーの濃度又はそれらの測定濃度値をコンピュータ搭載のアルゴリズムにより指標に変換する。特定の態様において、スコアは、生物学的データを数字で表す、人工の若しくはヒトによるアウトプット、プロファイル又はカットオフ値（複数可）である。スコアは、臨床診断決定を確定又は下す又は下すことを補助するのに用いることができる。いくつかの実施形態において、統計解析は、ＩＢＤマーカーのレベルの存在を四分位数スコアに変換し、各マーカーの四分位数スコアを合計することによって対象の四分位数和スコア（ＱＳＳ）をおよそ得るためにＩＢＤマーカーに四分位解析を適用することを含む。
[0090]いくつかの実施形態において、本方法は、（ａ）対象から採取した生体試料中の細菌抗原抗体マーカーのアレイのレベルを測定するステップと、（ｂ）細菌抗原抗体マーカーのアレイの測定レベルに統計解析を適用して、細菌抗原抗体マーカースコアを得るステップとを含む。いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体マーカーは、細菌抗原に対する抗体であり、細菌抗原は、Ｆｌａ１、Ｆｌａ２、ＦｌａＡ、ＦｌｉＣ、ＦｌｉＣ２、ＦｌｉＣ３、ＹＢａＮ１、ＥＣＦｌｉＣ、Ｅｃ０ＦｌｉＣ、ＳｅＦｌｊＢ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＣｇｔＡ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＧＴ−Ａ、ＥｃＹｉｄＸ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｈｇＮ、ＲｔＭａｇａ、ＲｂＣｐａＦ、ＲｇＰｉｌＤ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐａ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、ＳｆＥＴ−２、Ｃｐａｔｏｘ、Ｃｐｂｔｏｘ、ＥｃＳｔａ２、Ｅｃ０Ｓｔｘ２Ａ、ＣｊｃｄｔＢ／Ｃ、ＣｄｔｃｄＡ／Ｂ、及びそれらの組合せからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、統計解析により、細菌抗原抗体マーカーのアレイのレベルをマイクロバイオームスコアに変換する。いくつかの実施形態において、マイクロバイオームスコアは、複数の細菌抗原抗体マーカーの分析に基づく経験的に得られるプロファイルを含む。１つの態様において、マーカーの濃度又はそれらの測定濃度値をコンピュータに常駐するアルゴリズムにより指標に変換する。特定の態様において、スコアは、生物学的データを数字で表す、人工の若しくはヒトによるアウトプット、プロファイル又はカットオフ値（複数可）である。スコアは、臨床診断決定を確定又は下す又は下すことを補助するのに用いることができる。いくつかの実施形態において、統計解析は、細菌抗原抗体マーカーのレベルの存在を四分位数スコアに変換し、各マーカーの四分位数スコアを合計することによって対象の四分位数和スコア（ＱＳＳ）をおよそ得るために細菌抗原抗体マーカーに四分位解析を適用することを含む。
[0091]いくつかの実施形態において、診断モデルはマイクロバイオームスコアを含む。いくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳの臨床的サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する。いくつかの実施形態において、マイクロバイオームスコアは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数の細菌抗原抗体マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することによって得られる。
[0092]いくつかの実施形態において、本方法は、（ａ）対象から採取した生体試料中のマスト細胞マーカーのアレイのレベルを測定するステップと、（ｂ）マスト細胞マーカーのアレイの測定レベルに統計解析を適用して、マスト細胞マーカースコアを得るステップとを含む。いくつかの実施形態において、マスト細胞マーカーは、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２及びそれらの組合せからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、統計解析により、マスト細胞マーカーのアレイのレベルをマスト細胞スコアに変換する。いくつかの実施形態において、マスト細胞スコアは、複数のマスト細胞マーカーの分析に基づく経験的に得られるプロファイルを含む。１つの態様において、マーカーの濃度又はそれらの測定濃度値をコンピュータに常駐するアルゴリズムにより指標に変換する。特定の態様において、スコアは、生物学的データを数字で表す、人工の若しくはヒトによるアウトプット、プロファイル又はカットオフ値（複数可）である。スコアは、臨床診断決定を確定又は下す又は下すことを補助するのに用いることができる。マスト細胞スコアは、経時的に複数回測定することができる。１つの態様において、アルゴリズムは、既知試料を用いて訓練し、その後、特性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ）が既知である試料を用いて検証することができる。いくつかの実施形態において、統計解析は、マスト細胞マーカーのレベルの存在を四分位数スコアに変換し、各マーカーの四分位数スコアを合計することによって対象の四分位数和スコア（ＱＳＳ）をおよそ得るためにマスト細胞マーカーに四分位解析を適用することを含む。
[0093]いくつかの実施形態において、診断モデルはマスト細胞スコアを含む。いくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳの臨床サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する。いくつかの実施形態において、マスト細胞スコアは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数のマスト細胞マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することによって得られる。
[0094]いくつかの実施形態において、本方法は、（ａ）対象から採取した生体試料中の炎症マーカーのアレイのレベルを測定するステップと、（ｂ）炎症マーカーのアレイの測定レベルに統計解析を適用して、炎症マーカースコアを得るステップとを含む。いくつかの実施形態において、炎症マーカーは、ＢＤＮＦ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、アンフィレギュリン、ＮＧＡＬ、ＴＷＥＡＫ、ＧＲＯ−α、ＩＬ−１β、ＩＬ−８、ＴＩＭＰ１、ＣＲＰ、ＳＡＡ、ＩＣＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１及びそれらの組合せからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、統計解析により、炎症マーカーのアレイのレベルを炎症スコアに変換する。いくつかの実施形態において、炎症スコアは、複数の炎症マーカーの分析に基づく経験的に得られるプロファイルを含む。１つの態様において、マーカーの濃度又はそれらの測定濃度値をコンピュータに常駐するアルゴリズムにより指標に変換する。特定の態様において、スコアは、生物学的データを数字で表す、人工の若しくはヒトによるアウトプット、プロファイル又はカットオフ値（複数可）である。スコアは、臨床診断決定を確定又は下す又は下すことを補助するのに用いることができる。炎症スコアは、経時的に複数回測定することができる。１つの態様において、アルゴリズムは、既知試料を用いて訓練し、その後、特性が既知である試料を用いて検証することができる。いくつかの実施形態において、統計解析は、炎症マーカーのレベルの存在を四分位数スコアに変換し、各マーカーの四分位数スコアを合計することによって対象の四分位数和スコア（ＱＳＳ）をおよそ得るために炎症マーカーに四分位解析を適用することを含む。
[0095]いくつかの実施形態において、診断モデルは炎症スコアを含む。いくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳの臨床的サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する。いくつかの実施形態において、炎症スコアは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数の炎症マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することによって得られる。
[0096]いくつかの実施形態において、本方法は、（ａ）対象から採取した生体試料中のキヌレニンマーカーのアレイのレベルを測定するステップと、（ｂ）キヌレニンマーカーのアレイの測定レベルに統計解析を適用して、キヌレニンスコア（例えば、酸化ストレススコア）を得るステップとを含む。いくつかの実施形態において、キヌレニンマーカーは、キヌレニン（Ｋ）、キヌレン酸（ＫｙＡ）、アントラニル酸（ＡＡ）、３−ヒドロキシキヌレニン（３−ＨＫ）、３−ヒドロキシアントラニル酸（３−ＨＡＡ）、キサンツレン酸（ＸＡ）、キノリン酸（ＱＡ）、トリプトファン、５−ヒドロキシトリプトファン（５−ＨＴＰ）及びそれらの組合せからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、統計解析により、キヌレニンマーカーのアレイのレベルをキヌレニンスコアに変換する。いくつかの実施形態において、キヌレニンスコアは、複数のキヌレニンマーカーの分析に基づく経験的に得られるプロファイルを含む。１つの態様において、マーカーの濃度又はそれらの測定濃度値をコンピュータに常駐するアルゴリズムにより指標に変換する。特定の態様において、スコアは、生物学的データを数字で表す、人工の若しくはヒトによるアウトプット、プロファイル又はカットオフ値（複数可）である。スコアは、臨床診断決定を確定又は下す又は下すことを補助するのに用いることができる。キヌレニンスコアは、経時的に複数回測定することができる。１つの態様において、アルゴリズムは、既知試料を用いて訓練し、その後、特性が既知である試料を用いて検証することができる。いくつかの実施形態において、統計解析は、キヌレニンマーカーのレベルの存在を四分位数スコアに変換し、各マーカーの四分位数スコアを合計することによって対象の四分位数和スコア（ＱＳＳ）をおよそ得るためにキヌレニンマーカーに四分位解析を適用することを含む。
[0097]いくつかの実施形態において、診断モデルはキヌレニンスコアを含む。いくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳの臨床的サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する。いくつかの実施形態において、キヌレニンスコアは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数のキヌレニンマーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することによって得られる。
[0098]いくつかの実施形態において、本方法は、（ａ）対象から採取した生体試料中のセロトニンマーカーのアレイのレベルを測定するステップと、（ｂ）セロトニンマーカーのアレイの測定レベルに統計解析を適用して、セロトニンスコアを得るステップとを含む。いくつかの実施形態において、セロトニンマーカーは、セロトニン（５−ＨＴ）、５−ヒドロキシインドール酢酸（５−ＨＩＡＡ）、セロトニン−Ｏ−硫酸、セロトニン−Ｏ−リン酸及びそれらの組合せからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、統計解析により、セロトニンマーカーのアレイのレベルをセロトニンスコアに変換する。いくつかの実施形態において、セロトニンスコアは、複数のセロトニンマーカーの分析に基づく経験的に得られるプロファイルを含む。１つの態様において、マーカーの濃度又はそれらの測定濃度値をコンピュータに常駐するアルゴリズムにより指標に変換する。特定の態様において、スコアは、生物学的データを数字で表す、人工の若しくはヒトによるアウトプット、プロファイル又はカットオフ値（複数可）である。スコアは、臨床診断決定を確定又は下す又は下すことを補助するのに用いることができる。セロトニンスコアは、経時的に複数回測定することができる。１つの態様において、アルゴリズムは、既知試料を用いて訓練し、その後、特性が既知である試料を用いて検証することができる。いくつかの実施形態において、統計解析は、セロトニンマーカーのレベルの存在を四分位数スコアに変換し、各マーカーの四分位数スコアを合計することによって対象の四分位数和スコア（ＱＳＳ）をおよそ得るためにセロトニンマーカーに四分位解析を適用することを含む。
[0099]いくつかの実施形態において、診断モデルはセロトニンスコアを含む。いくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳの臨床的サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する。いくつかの実施形態において、セロトニンスコアは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数のセロトニンマーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することによって得られる。
[0100]いくつかの実施形態において、本方法は、（ａ）対象から採取した生体試料中の胆汁酸吸収不良（ＢＡＭ）マーカーのアレイのレベルを測定するステップと、（ｂ）ＢＡＭマーカーのアレイの測定レベルに統計解析を適用して、ＢＡＭスコアを得るステップとを含む。いくつかの実施形態において、ＢＡＭマーカーは、７α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オン、ＦＧＦ１９及びそれらの組合せからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、統計解析により、ＢＡＭマーカーのアレイのレベルをＢＡＭスコアに変換する。いくつかの実施形態において、ＢＡＭスコアは、複数のＢＡＭマーカーの分析に基づく経験的に得られるプロファイルを含む。１つの態様において、マーカーの濃度又はそれらの測定濃度値をコンピュータに常駐するアルゴリズムにより指標に変換する。特定の態様において、スコアは、生物学的データを数字で表す、人工の若しくはヒトによるアウトプット、プロファイル又はカットオフ値（複数可）である。スコアは、臨床診断決定を確定又は下す又は下すことを補助するのに用いることができる。ＢＡＭスコアは、経時的に複数回測定することができる。１つの態様において、アルゴリズムは、既知試料を用いて訓練し、その後、特性が既知である試料を用いて検証することができる。いくつかの実施形態において、統計解析は、ＢＡＭマーカーのレベルの存在を四分位数スコアに変換し、各マーカーの四分位数スコアを合計することによって対象の四分位数和スコア（ＱＳＳ）をおよそ得るためにＢＡＭマーカーに四分位解析を適用することを含む。
[0101]いくつかの実施形態において、診断モデルはＢＡＭスコアを含む。いくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳの臨床的サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する。いくつかの実施形態において、ＢＡＭスコアは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数のＢＡＭマーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することによって得られる。
[0102]いくつかの実施形態において、対象のマイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、ＢＡＭスコア、キヌレニンスコア及びセロトニンスコアを集約するアルゴリズムを用いることによって対象について疾患スコアが得られる。対象の疾患スコアを診断モデルと比較して、対象が健常対照であることと比較してＩＢＳを有する可能性の増大を有するかどうかを判定することができる。
[0103]いくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳ転帰が既知である患者及び健常対照の後ろ向きコホートからの、マイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、キヌレニンスコア及びセロトニンスコアの組合せに基づいている。例えば、診断モデルは、ＩＢＳ転帰が既知である患者及び健常対照の後ろ向きコホートの疾患スコアを示し得る。いくつかの実施形態において、診断モデルはロジスティック回帰モデルを含む。
[0104]いくつかの実施形態において、診断モデルはＩＢＳ診断カットオフ値を含み、カットオフ値より高い疾患スコアは、対象がＩＢＳ及び／又はＩＢＳのサブタイプを有することを示している。他の例において、カットオフ値より低い疾患スコアは、対象がＩＢＳを有さないことを示し得る。
[0105]少なくとも１つのバイオマーカーのレベルを検出又は判定するために用いる試料は、一般的に全血、血漿、血清、唾液、尿、便（すなわち、糞便）、涙液及び他の体液又は小腸若しくは結腸試料などの組織試料（すなわち、生検材料）である。試料は、血清、全血、血漿、便、尿又は組織生検材料であることが好ましい。特定の例において、本発明の方法は、試料中の少なくとも１つのバイオマーカーのレベルを検出又は判定する前に個体から試料を得るステップをさらに含む。好ましい実施形態において、さらなるバイオマーカーが血液又は血清試料から検出される。他の実施形態において、バイオマーカーは、対象の唾液試料、尿試料、糞便試料又は腸の生検材料から検出される。
Ｂ． 細菌抗原抗体マーカー（例えば、マイクロバイオームマーカー）
[0106]本明細書で用いているように、「細菌抗原抗体」という用語は、抗細菌抗原抗体のような、細菌抗原又はその抗原性断片に特異的に結合する抗体を意味する。特定の理論に拘束されるものではないが、消化管微生物叢に関わるＩＢＳ又は他の障害を有する人は、抗細菌抗原抗体を発現し得る。
[0107]１つの態様において、本発明は、試料中の少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを検出することによりＩＢＳ及び／又はＩＢＳのサブタイプの診断を補助する方法を提供する。細菌抗原抗体マーカーは、Ｆｌａ１、Ｆｌａ２、ＦｌａＡ、ＦｌｉＣ、ＦｌｉＣ２、ＦｌｉＣ３、ＹＢａＮ１、ＥＣＦｌｉＣ、Ｅｃ０ＦｌｉＣ、ＳｅＦｌｊＢ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＣｇｔＡ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＧＴ−Ａ、ＥｃＹｉｄＸ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｈｇＮ、ＲｔＭａｇａ、ＲｂＣｐａＦ、ＲｇＰｉｌＤ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐａ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、ＳｆＥＴ−２、Ｃｐａｔｏｘ、Ｃｐｂｔｏｘ、ＥｃＳｔａ２、Ｅｃ０Ｓｔｘ２Ａ、ＣｊｃｄｔＢ／Ｃ、ＣｄｔｃｄＡ／Ｂ及びそれらの組合せを含むが、これらに限定されない細菌抗原に特異的に結合する抗体を含む。
[0108]いくつかの実施形態において、本方法は、対象から採取した生体試料中の少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを測定することを含む。いくつかの例において、細菌抗原抗体の１タプル（ｔｕｐｌｅ）、２タプル、３タプル、４タプル、５タプル、６タプル、７タプル、８タプル、９タプル、１０タプル、１１タプル、１２タプル、１３タプル、１４タプル、１５タプル、１６タプル、１７タプル、１８タプル、１９タプル、２０タプル、２１タプル、２２タプル、２３タプル、２４タプル、２５タプル、２６タプル、２７タプル、２８タプル、２９タプル、３０タプル、３１タプル、３２タプル、３３タプル、３４タプル又は３５タプルを測定することができる。
[0109]いくつかの実施形態において、少なくとも１種の細菌抗原抗体マーカー、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５種又はそれ以上の細菌抗原抗体マーカーのレベルは、ＩＢＳを有する個体において健常対照と比較して増加している。他の実施形態において、少なくとも１種の細菌抗原抗体マーカー、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５種又はそれ以上の細菌抗原抗体マーカーのレベルは、ＩＢＳを有する個体において健常対照と比較して低下している。いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体マーカーのアレイのレベルは、健常対照からの試料と比較してＩＢＳを有する個体から採取した試料において調節不全の状態である。
[0110]いくつかの実施形態において、本方法は、ａ）試料中に存在する細菌抗原抗体を細菌抗原抗体及び細菌抗原ポリペプチド又はその断片を含む複合体に変換するのに適する条件下で対象からの生体試料を細菌抗原ポリペプチド又はその抗原性断片と接触させるステップと、ｂ）複合体のレベルを判定し、それにより、試料中に存在する細菌抗原のレベルを判定するステップとを含む。いくつかの実施形態において、本方法は、ｃ）試料中に存在する細菌抗原抗体のレベルを細菌抗原抗体の対照レベルと比較するステップをさらに含み、細菌抗原抗体のレベルが、対象がＩＢＳを有する可能性の増大を示す。
[0111]細菌抗原ポリペプチド又はその断片は、測定されるべき細菌抗原抗体に選択的に結合する。例えば、細菌フラジェリン（例えば、ＳｆＦｌｉＣ）に対する抗体のレベルは、フラジェリンポリペプチド又はその抗原性断片を用いて測定することができる。
[0112]特定の実施形態において、本発明は、ａ）細菌抗原抗体を、細菌抗原及び捕捉抗細菌抗原抗体を含む複合体に変換するのに適する条件下で、上記細菌抗原抗体を含有する試料を接触させるステップと、ｂ）上記複合体を酵素標識インジケーター抗体と接触させて、上記複合体を標識複合体に変換するステップと、ｃ）標識複合体を酵素の基質と接触させるステップと、ｄ）試料中の細菌抗原抗体の存在又はレベルを検出するステップとを含む、ＩＢＳの診断を補助する方法を提供する。
[0113]特定の他の実施形態において、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルは、免疫測定法（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学測定法を用いて判定する。本発明の方法に用いるのに適する免疫測定法の非限定的な例は、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）を含む。本発明の方法に用いるのに適する免疫組織化学測定法の例は、直接蛍光抗体測定法、間接蛍光抗体（ＩＦＡ）測定法、抗補体免疫蛍光測定法及びアビジン−ビオチン免疫蛍光測定法などの免疫蛍光測定法を含むが、これらに限定されない。他のタイプの免疫組織化学測定法は、免疫ペルオキシダーゼ測定法を含む。血清、血漿、唾液又は尿試料中の細菌抗原の存在又はレベルを判定するための適切なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ａｎｔｉｇｅｎｉｘ Ａｍｅｒｉｃａ Ｉｎｃ．（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ ｓｔａｔｉｏｎ、ＮＹ）、Ｐｒｏｍｅｇａ（Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）、ＣＨＥＭＩＣＯＮ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．（Ｔｅｍｅｃｕｌａ、ＣＡ）、Ｎｅｏｇｅｎ Ｃｏｒｐ．（Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ、ＫＹ）、ＰｅｐｒｏＴｅｃｈ（Ｒｏｃｋｙ Ｈｉｌｌ、ＮＪ）、Ａｌｐｃｏ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（Ｓａｌｅｍ、ＮＨ）、Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）及び／又はＡｂａｚｙｍｅ（Ｎｅｅｄｈａｍ、ＭＡ）から入手できる。
[0114]１つの態様において、本発明は、方法が（ａ）固相表面を細菌抗原又はその抗原性断片で被覆するステップと、（ｂ）試料中に存在する細菌抗原抗体を、細菌抗原及び細菌抗原抗体を含む複合体に変換するのに適する条件下で、固相表面を試料と接触させるステップと、（ｃ）三元複合体を形成するのに適する条件下で、細菌抗原及び細菌抗原抗体を検出抗体と接触させるステップと、（ｄ）三元複合体を発光又は化学発光基質と接触させるステップとを含む、試料中の細菌抗原抗体マーカーの検出のためのアッセイを提供する。
[0115]１つの実施形態において、検出抗体をアルカリホスファターゼにコンジュゲートさせる。他の実施形態において、検出抗体を酵素にコンジュゲートさせず、方法は、（ｉ）四元複合体を形成するのに適する条件下で、三元複合体を、アルカリホスファターゼにコンジュゲートさせた第３の抗体と接触させるステップと、（ｉｉ）四元複合体を発光又は化学発光基質と接触させるステップとをさらに含む。
[0116]適切な抗体対をサンドイッチＥＬＩＳＡにおける捕捉及び検出抗体に用いることができる。当業者は、アッセイのための適切な抗体対をどのようにして選択するかを知り、認識する。一般的に、第１の（捕捉）抗体の結合が第２の（検出）抗体を妨害しないように異なるエピトープにおいて対象の標的（例えば、β−トリプターゼ）、に結合する２つの抗体を選択する。特定の実施形態において、検出抗体を酵素、例えば、アルカリホスファターゼにコンジュゲートさせて、複合体の検出を補助する。他の実施形態において、検出抗体に結合している、酵素（例えば、アルカリホスファターゼ）にコンジュゲートさせた第２の抗体をアッセイに用いることができる。
[0117]一般的に、複合体は、発光基質、例えば、Ｕｌｔｒａ ＬＩＴＥ（ＮＡＧ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）、ＳｅｎｓｏＬｙｔｅ（ＡｎａＳｐｅｃ）、ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ ＥＬＩＳＡ Ｆｅｍｔｏ Ｍａｘｉｍｕｍ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ ＥＬＩＳＡ Ｐｉｃｏ Ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）又はＣＰＳＤ（二ナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３，７］デカン｝−４−イル）フェニルホスフェート；Ｔｒｏｐｉｘ，Ｉｎｃ．）などのキットに見いだされる発光基質を用いることにより検出される。
[0118]細菌抗原の抗原性断片のアミノ酸配列は、ＥＭＢＯＳＳなどのソフトウエアアルゴリズムを用いてｉｎ ｓｉｌｉｃｏで免疫原性部位を予測することにより同定することができる。例えば、抗原タンパク質の一連のペプチド断片の疎水性、近接性及び柔軟性などの性質を評価して、最も抗原性である（例えば、最高の抗原性スコアを有する）と予測されるペプチド断片を決定する。
[0119]特定の実施形態において、様々な細菌抗原が、ＩＢＳの診断を補助する本発明の方法に特に有用である。細菌抗原の非限定的な例は、消化管微生物叢により発現されるフラジェリンポリペプチド又はその断片及び他のポリペプチド又はその断片を含む。微生物フラジェリンは、それ自体を中空円柱に配置してフィラメントを形成する細菌鞭毛に見いだされるタンパク質である。フラジェリンポリペプチド又はその断片は、クロストリジウム属、ラクノスピラ科細菌Ａ４、大腸菌Ｋ１２、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７、フレキシナ赤痢菌、カンピロバクター・ジェジュニ及び腸炎菌を含む細菌により一般的に発現される。
[0120]個体からの試料中の抗フラジェリン抗体の存在は、フラジェリンタンパク質又はその免疫反応性断片などのその断片を用いて判断することができる。試料中の抗フラジェリン抗体レベルを測定するのに有用な適切なフラジェリン抗原は、制限なく、ＣＢｉｒ−１、ＦｌｉＣ、ＦｌｊＢ、フラジェリン、フラジェリンＸ（Ｆｌａ−Ｘ）、フラジェリンＡ（Ｆｌａ−Ａ）、フラジェリンＢ（Ｆｌａ−Ｂ）、フラジェリン２（Ｆｌａ２）などのフラジェリンタンパク質、それらの断片及びそれらの組合せ、フラジェリンタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するフラジェリンポリペプチド、又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。本明細書で用いているように、フラジェリンポリペプチドは、一般的に、天然に存在するフラジェリンタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸の同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて決定される。そのようなフラジェリン抗原は、例えば、ヘリコバクター・ビリス（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｂｉｌｌｉｓ）、ヘリコバクター・ムステレ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｍｕｓｔｅｌａｅ）、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）、ラクノスピラ菌（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ）Ａ４、フレキシナ赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ）、大腸菌、腸炎菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）及び盲腸に見いだされる細菌などの細菌からの精製により、フラジェリン抗原をコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、調製することができる。
[0121]細菌抗原の非限定的な例を表１に示す。
Figure 2016520199
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[0122]「ＥｃＦｌｉＣ」という用語は、抗ＦｌｉＣ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｋ１２のフラジェリンを意味する。試料中の抗ＦｌｉＣ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＥｃＦｌｉＣ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＦｌｉＣタンパク質、大腸菌株Ｋ１２のＦｌｉＣタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｌｉＣポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。大腸菌株Ｋ１２のＦｌｉＣポリペプチドは、一般的に大腸菌株Ｋ１２のＦｌｉＣタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＡ２３９５０．１などのＦｌｉＣペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0123]「ＥｃＯＦｌｉＣ」という用語は、抗ＦｌｉＣ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｏ１５７：Ｈ７のフラジェリンを意味する。試料中の抗ＦｌｉＣ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＦｌｉＣ抗原は、制限なしに、ＦｌｉＣタンパク質、ＦｌｉＣタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｌｉＣポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＦｌｉＣポリペプチドは、一般的にＦｌｉＣタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌株Ｏ１５７：Ｈ７などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＢＡＢ３６０８５．１などのＦｌｉＣペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0124]「ＳｅＦｌｊＢ」という用語は、抗ＦｌｊＢ抗体と免疫反応性である腸炎菌のフラジェリンタンパク質を意味する。試料中の抗Ｆｌｊｂ抗体レベルを測定するのに有用である適切なＳｅＦｌｊＢ抗原は、制限なしに、Ｆｌｊｂタンパク質、Ｆｌｊｂタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｌｊｂポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。Ｆｌｊｂポリペプチドは、一般的に、Ｆｌｊｂタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸の同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて決定される。そのような抗原は、例えば、腸炎菌のような腸内細菌からの精製により、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｂ５Ｒ０Ｚ９のようなＦｌｊｂペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、調製することができる。
[0125]「ＣｊＦｌａＡ」という用語は、抗ＦｌａＡ抗体との免疫反応性を示すカンピロバクター・ジェジュニのフラジェリンサブユニットを意味する。試料中の抗ＦｌａＡ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＣｊＦｌａＡ抗原は、制限なしに、ＦｌａＡタンパク質、ＦｌａＡタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｌａＡポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＦｌａＡポリペプチドは、一般的にＦｌａＡタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、カンピロバクター・ジェジュニなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＢＣ６９２７６．１などのＦｌａＡペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0126]「ＣｊＦｌａＢ」という用語は、抗ＦｌａＢ抗体との免疫反応性を示すカンピロバクター・ジェジュニのフラジェリンＢを意味する。試料中の抗ＦｌａＢ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＣｊＦｌａＢ抗原は、制限なしに、ＦｌａＢタンパク質、ＦｌａＢタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｌａＢポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＦｌａＢポリペプチドは、一般的にＦｌａＢタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、カンピロバクター・ジェジュニなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＥＡＱ７２８８３．１などのＦｌａＢペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0127]「ＳｆＦｌｉＣ」という用語は、抗ＦｌｉＣ抗体との免疫反応性を示すフレキシナ赤痢菌のフラジェリンを意味する。試料中の抗ＦｌｉＣ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＳｆＦｌｉＣ抗原は、制限なしに、ＦｌｉＣタンパク質、ＦｌｉＣタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｌｉＣポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＦｌｉＣポリペプチドは、一般的にＦｌｉＣタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、フレキシナ赤痢菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＢＡＡ０４０９３．１などのＦｌｉＣペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。当業者は、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣが鞭毛フィラメント構造タンパク質、フラジェリン及びＨ−抗原としても公知であることを認識する。
[0128]「Ｃｊ８１−０４５」又は「ＣｊＧＴ−Ａ」という用語は、抗Ｃｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）抗体との免疫反応性を示すカンピロバクター・ジェジュニ膜タンパク質を意味する。試料中の抗Ｃｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）抗体レベルを判定するのに有用である適切なＣｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）抗原は、制限なしに、Ｃｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）タンパク質、Ｃｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）タンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＣｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）ポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。Ｃｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）ポリペプチドは、一般的にＣｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）タンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、カンピロバクター・ジェジュニなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＷ５６１２４．１などのＣｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）ペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0129]「Ｃｊ８１−１２８」又は「Ｃｊｄｍｈ」という用語は、抗Ｃｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）抗体との免疫反応性を示すカンピロバクター・ジェジュニ膜タンパク質を意味する。試料中の抗Ｃｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）抗体レベルを判定するのに有用である適切なＣｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）抗原は、制限なしに、Ｃｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）タンパク質、Ｃｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）タンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＣｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）ポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。Ｃｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）ポリペプチドは、一般的にＣｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）タンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、カンピロバクター・ジェジュニなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＷ５６１８７．１などのＣｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）ペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0130]「Ｃｊ８１−００８」又は「ＣｊＣｇｔＡ」という用語は、抗Ｃｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）抗体との免疫反応性を示すカンピロバクター・ジェジュニのベータ−１，４−Ｎ−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼを意味する。試料中の抗Ｃｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）抗体レベルを判定するのに有用である適切なＣｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）抗原は、制限なしに、Ｃｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）タンパク質、Ｃｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）タンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＣｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）ポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。Ｃｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）ポリペプチドは、一般的にＣｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）タンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、カンピロバクター・ジェジュニなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＷ５６１０１．１などのＣｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）ペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0131]「ＥｃＹｉｄＸ」という用語は、抗ＹｉｄＸ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｋ１２の推定レプリカーゼを意味する。ＹｉｄＸは、リポタンパク質Ｃであると予測される。試料中の抗ＹｉｄＸ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＹｉｄＸ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＹｉｄＸタンパク質、ＹｉｄＸタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＹｉｄＸポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＹｉｄＸポリペプチドは、一般的に大腸菌株Ｋ１２のＹｉｄＸタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＴ４８２００．１などのＹｉｄＸペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。当業者は、ＹｉｄＸが予測リポタンパク質Ｃとしても公知であることを認識する。
[0132]「ＥｃＥｒａ」という用語は、抗Ｅｒａ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｋ１２のＲａｓ様膜結合性リボソーム結合ＧＴＰアーゼを意味する。試料中の抗Ｅｒａ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＥｃＥｒａ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＥｒａタンパク質、大腸菌株Ｋ１２のＥｒａタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＥｒａポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。大腸菌株Ｋ１２のＥｒａポリペプチドは、一般的に大腸菌株Ｋ１２のＥｒａタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌株Ｋ１２などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＡ０３２４２．１などのＥｒａペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。当業者は、Ｅｒａが膜結合性１６ＳｒＲＮＡ結合ＧＴＰアーゼ、Ｂ２５６６、ＳｄｇＥ及びＲｂａＡとしても公知であることを認識する。
[0133]「ＥｃＦｒｖＸ」という用語は、抗ＦｒｖＸ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｋ１２のｆｒｖオペロンタンパク質を意味する。ＦｒｖＸは、エンド−１，４−ベータグルカナーゼであると予測されている。試料中の抗ＦｒｖＸ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＥｃＦｒｖＸ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＦｒｖＸタンパク質、大腸菌株Ｋ１２のＦｒｖＸタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｒｖＸポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。大腸菌株Ｋ１２のＦｒｖＸポリペプチドは、一般的に大腸菌株Ｋ１２のＦｒｖＸタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＢ０３０３１．１などのＦｒｖＸペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0134]「ＥｃＧａｂＴ」という用語は、抗ＧａｂＴ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｋ１２のＰＬＰ依存性４−アミノ酪酸アミノトランスフェラーゼを意味する。試料中の抗ＧａｂＴ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＧａｂＴ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＧａｂＴタンパク質、大腸菌株Ｋ１２のＧａｂＴタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＧａｂＴポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＧａｂＴポリペプチドは、一般的に大腸菌株Ｋ１２のＧａｂＴタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＣ３６８３２．１などのＧａｂＴペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、或いはファージディスプレイを用いることにより調製することができる。当業者は、ＧａｂＴが（Ｓ）−３−アミノ−２−メチルプロピオン酸トランスアミナーゼ、ＧＡＢＡアミノトランスフェラーゼ、ＧＡＢＡ−ＡＴ、ガンマ−アミノ−Ｎ−酪酸トランスアミナーゼ及びグルタミン酸−コハク酸セミアルデヒドトランスアミナーゼＬ−ＡＩＢＡＴとしても公知であることを認識する。
[0135]「ＥｃＹｅｄＫ」という用語は、抗ＹｅｄＫ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｋ１２の予測タンパク質を意味する。試料中の抗ＹｅｄＫ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＥｃＹｅｄＫ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＹｅｄＫタンパク質、大腸菌株Ｋ１２のＹｅｄＫタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＹｅｄＫポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＹｈｇＮポリペプチドは、一般的に大腸菌株Ｋ１２のＹｅｄＫタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡ４８１３９などのＹｅｄＫペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、或いはファージディスプレイを用いることにより調製することができる。
[0136]「ＥｃＹｂａＮ」という用語は、大腸菌株Ｋ１２の内膜タンパク質ＹｂａＮを意味し、抗ＹｂａＮ抗体と免疫反応性である。試料中の抗ＹｂａＮ抗体レベルを測定するのに有用である適切なＥｃＹｂａＮ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＹｂａＮタンパク質、大腸菌株Ｋ１２のＹｂａＮタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＹｂａＮポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＹｂａＮポリペプチドは、一般的に、大腸菌株Ｋ１２のＹｂａＮタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸の同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて決定される。そのような抗原は、例えば、大腸菌のような腸内細菌からの精製により、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ０ＡＡＲ５のようなＹｂａＮペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、又はファージディスプレイを使用して、調製することができる。
[0137]「ＥｃＹｈｇＮ」という用語は、抗生物質トランスポーターとして機能すると予測され、抗ＹｈｇＮ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｋ１２膜タンパク質を意味する。試料中の抗ＹｈｇＮ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＥｃＹｈｇＮ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＹｈｇＮタンパク質、大腸菌株Ｋ１２のＹｈｇＮタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＹｈｇＮポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＹｈｇＮポリペプチドは、一般的に大腸菌株Ｋ１２のＹｈｇＮタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＡ５８２３２．１などのＹｈｇＮペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、或いはファージディスプレイを用いることにより調製することができる。当業者は、ＹｈｇＮが予測された抗生物質トランスポーターとしても公知であることを認識する。
[0138]「ＲｔＭａｇａ」という用語は、ルミノコッカス・トルクエスのマンノース糖タンパク質エンドβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼを意味し、抗Ｍａｇａ抗体と免疫反応性である。試料中の抗Ｍａｇａ抗体レベルを測定するのに有用である適切なＲｔＭａｇａ抗原は、制限なしに、ルミノコッカス・トルクエスのＭａｇａタンパク質、ルミノコッカス・トルクエスのＭａｇａタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＭａｇａポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。Ｍａｇａポリペプチドは、一般的に、ルミノコッカス・トルクエスのＭａｇａタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸の同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて決定される。そのような抗原は、例えば、ルミノコッカス・トルクエスのような腸内細菌からの精製により、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｄ４Ｍ４Ｓ６のようなＭａｇａペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、又はファージディスプレイを使用して、調製することができる。
[0139]「ＲｂＣｐａＦ」という用語は、ルミノコッカス・ブロミイの繊毛アセンブリタンパク質ＡＴＰアーゼＣｐＦを意味し、抗ＣｐａＦ抗体と免疫反応性である。試料中の抗ＣｐａＦ抗体レベルを測定するのに有用である適切なＲｂＣｐａＦ抗原は、制限なしに、ルミノコッカス・ブロミイのＣｐａＦタンパク質、ルミノコッカス・ブロミイのＣｐａＦタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＣｐａＦポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＣｐａＦポリペプチドは、一般的に、ルミノコッカス・ブロミイのＣｐａＦタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸の同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて決定される。そのような抗原は、例えば、ルミノコッカス・ブロミイのような腸内細菌からの精製により、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｄ４Ｌ５Ｌ７のようなＣｐａＦペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、又はファージディスプレイを使用して、調製することができる。
[0140]「ＲｇＰｉｌＤ」という用語は、ルミノコッカス・グナブスの繊毛イソペプチド結合ドメインタンパク質を意味し、抗ＰｉｌＤ抗体と免疫反応性である。試料中の抗ＰｉｌＤ抗体レベルを測定するのに有用である適切なＲｇＰｉｌＤ抗原は、制限なしに、ルミノコッカス・グナブスのＰｉｌＤタンパク質、ルミノコッカス・グナブスのＰｉｌＤタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＰｉｌＤポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＰｉｌＤポリペプチドは、一般的に、ルミノコッカス・グナブスのＰｉｌＤタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸の同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて決定される。そのような抗原は、例えば、ルミノコッカス・グナブスのような腸内細菌からの精製により、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ａ７Ｂ５Ｔ４のようなＰｉｌＤペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、又はファージディスプレイを使用して、調製することができる。
[0141]「ＬａＦｒｃ」という用語は、抗Ｆｒｃ抗体との免疫反応性を示すアシドフィルス菌のタンパク質を意味する。Ｆｒｃは、ホルミルＣｏＡトランスフェラーゼであると予測される。試料中の抗Ｆｒｃ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＦｒｃ抗原は、制限なしに、アシドフィルス菌のＦｒｃタンパク質、アシドフィルス菌のＦｒｃタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｒｃポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。アシドフィルス菌のＦｒｃポリペプチドは、一般的にアシドフィルス菌のＦｒｃタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、アシドフィルス菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑ．番号ＹＰ＿１９３３１７又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｑ５ＦＬＹ８などのＦｒｃペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0142]「ＬａＥｎｏ」という用語は、抗Ｅｎｏ抗体との免疫反応性を示すアシドフィルス菌のタンパク質を意味する。Ｅｎｏは、ホスホピルビン酸ヒドラターゼ（エノラーゼ）であると予測される。試料中の抗Ｅｎｏ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＬａＥｎｏ抗原は、制限なしに、アシドフィルス菌のＥｎｏタンパク質、アシドフィルス菌のＥｎｏタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＥｎｏポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。アシドフィルス菌のＥｎｏポリペプチドは、一般的にアシドフィルス菌のＥｎｏタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、アシドフィルス菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑ．番号ＹＰ＿１９３７７９又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｑ５ＦＫＭ６などのＥｎｏペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0143]「ＬｉＥＦＴｕ」という用語は、抗ＥＦＴｕ抗体との免疫反応性を示すラクトバチルス・ジョンソニイのタンパク質を意味する。ＥＦＴｕは、伸長因子Ｔｕであると予測される。試料中の抗ＥＦＴｕ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＥＦＴｕ抗原は、制限なしに、ラクトバチルス・ジョンソニイのＥＦＴｕタンパク質、ラクトバチルス・ジョンソニイのＥＦＴｕタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＥＦＴｕポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ラクトバチルス・ジョンソニイのＥＦＴｕポリペプチドは、一般的にラクトバチルス・ジョンソニイのＥＦＴｕタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、ラクトバチルス・ジョンソニイなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑ．番号ＮＰ＿９６４８６５又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｑ７４ＪＵ６などのＥＦＴｕペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0144]「ＢｆＯｍｐＡ」という用語は、抗ＯｍｐＡ抗体との免疫反応性を示すバクテロイデス・フラジリスのタンパク質を意味する。ＯｍｐＡは、主要な外膜タンパク質Ａであると予測される。試料中の抗ＯｍｐＡ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＯｍｐＡ抗原は、制限なしに、バクテロイデス・フラジリスのＯｍｐＡタンパク質、バクテロイデス・フラジリスのＯｍｐＡタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＯｍｐＡポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。バクテロイデス・フラジリスのＯｍｐＡポリペプチドは、一般的にバクテロイデス・フラジリスのＯｍｐＡタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、バクテロイデス・フラジリスなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑ．番号ＹＰ＿０９８８６３又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｑ６４ＶＰ７などのＯｍｐＡペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0145]「ＰｒＯｍｐＡ」という用語は、抗ＯｍｐＡ抗体との免疫反応性を示すプレボテラ属種、例えば、プレボテラ属種オーラル分類群４７２株Ｆ０２９５、のタンパク質を意味する。ＯｍｐＡは、免疫反応性抗原ＰＧ３３又は主要外膜タンパク質Ａであると予測される。試料中の抗ＯｍｐＡ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＯｍｐＡ抗原は、制限なしに、プレボテラ属種のＯｍｐＡタンパク質、プレボテラ属種のＯｍｐＡタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＯｍｐＡポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。プレボテラ属種のＯｍｐＡポリペプチドは、一般的にプレボテラ属種のＯｍｐＡタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、プレボテラ属種などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＥＥＸ５４４１３又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｃ９ＰＴ４８などのＯｍｐＡペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0146]「Ｃｐ１０ｂＡ」という用語は、抗１０ｂＡ抗体との免疫反応性を示すウェルシュ菌のタンパク質を意味する。１０ｂＡは、１０ｂ抗原であると予測される。試料中の抗１０ｂＡ抗体レベルを判定するのに有用である適切な１０ｂＡ抗原は、制限なしに、ウェルシュ菌の１０ｂＡタンパク質、ウェルシュ菌の１０ｂＡタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有する１０ｂＡポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ウェルシュ菌の１０ｂＡポリペプチドは、一般的にウェルシュ菌の１０ｂＡタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、ウェルシュ菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＥＤＴ７２３０４又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｂ１Ｖ１Ｉ２などの１０ｂＡペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0147]「ＣｐＳｐＡ」という用語は、抗ＳｐＡ抗体との免疫反応性を示すウェルシュ菌のタンパク質を意味する。ＳｐＡは、表面保護抗原ＳｐＡ類似体であると予測される。試料中の抗ＳｐＡ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＳｐＡ抗原は、制限なしに、ウェルシュ菌のＳｐＡタンパク質、ウェルシュ菌のＳｐＡタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＳｐＡポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ウェルシュ菌のＳｐＡポリペプチドは、一般的にウェルシュ菌のＳｐＡタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、ウェルシュ菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑ．番号ＹＰ＿２０９６８６又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｑ５ＤＷＡ９などのＳｐＡペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0148]「ＥｆＳａｎｔ」という用語は、抗Ｓａｎｔ抗体との免疫反応性を示すフェカリス菌のタンパク質を意味する。Ｓａｎｔは、表面抗原であると予測される。試料中の抗Ｓａｎｔ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＳａｎｔ抗原は、制限なしに、フェカリス菌のＳａｎｔタンパク質、フェカリス菌のＳａｎｔタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＳａｎｔポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。フェカリス菌のＳａｎｔポリペプチドは、一般的にフェカリス菌のＳａｎｔタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、フェカリス菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＥＥＵ７２７８０又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｃ７Ｗ５７５などのＳａｎｔペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0149]「ＬｍＯｓｐ」という用語は、抗Ｏｓｐ抗体との免疫反応性を示すリステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）のタンパク質を意味する。Ｏｓｐは、外表面抗原であると予測される。試料中の抗Ｏｓｐ抗体レベルを判定するのに有用である適切なＯｓｐ抗原は、制限なしに、リステリア菌のＯｓｐタンパク質、リステリア菌のＯｓｐタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＯｓｐポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。リステリア菌のＯｓｐポリペプチドは、一般的にリステリア菌のＯｓｐタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、リステリア菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑ．番号ＹＰ＿００２３４９８１０又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｂ８ＤＦＫ３などのＯｓｐペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0150]「ＳｆＥＴ−２」という用語は、抗腸毒素ＥＴ−２抗体と免疫反応性であるフレキシナ赤痢菌のタンパク質を意味する。ＥＴ−２は、腸毒素であると予測される。試料中の抗ＥＴ−２抗体レベルを測定するのに有用である適切なＥＴ−２抗原は、制限なしに、フレキシナ赤痢菌のＥＴ−２タンパク質、フレキシナ赤痢菌のＥＴ−２タンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＥＴ−２ポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。フレキシナ赤痢菌のＥＴ−２ポリペプチドは、一般的に、フレキシナ赤痢菌のＥＴ−２タンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸の同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて決定される。そのような抗原は、例えば、フレキシナ赤痢菌のような腸内細菌からの精製により、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ７ＢＥＮ０のようなＥＴ−２ペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、調製することができる。
[0151]「Ｃｐａｔｏｘ」という用語は、抗アルファ毒素抗体と免疫反応性であるウェルシュ菌のタンパク質を意味する。αｔｏｘは、アルファ毒素であると予測される。試料中の抗αｔｏｘ抗体レベルを測定するのに有用である適切なαｔｏｘ抗原は、制限なしに、ウェルシュ菌のαｔｏｘタンパク質、ウェルシュ菌のαｔｏｘタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するαｔｏｘポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ウェルシュ菌のαｔｏｘポリペプチドは、一般的に、ウェルシュ菌のαｔｏｘタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸の同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて決定される。そのような抗原は、例えば、ウェルシュ菌のような腸内細菌からの精製により、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ３ＨＲ４５のようなαｔｏｘペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、調製することができる。
[0152]「Ｃｐｂｔｏｘ」という用語は、抗ベータ２毒素抗体と免疫反応性であるウェルシュ菌のタンパク質を意味する。βｔｏｘは、ベータ毒素であると予測される。試料中の抗βｔｏｘ抗体レベルを測定するのに有用である適切なβｔｏｘ抗原は、制限なしに、ウェルシュ菌のβｔｏｘタンパク質、ウェルシュ菌のβｔｏｘタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するβｔｏｘポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ウェルシュ菌のβｔｏｘポリペプチドは、一般的に、ウェルシュ菌のβｔｏｘタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸の同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて決定される。そのような抗原は、例えば、ウェルシュ菌のような腸内細菌からの精製により、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｂ１Ｒ９７６のようなβｔｏｘペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、調製することができる。
[0153]「ＥｃＳｔａ２」という用語は、抗熱安定性毒素Ｓｔａ２抗体と免疫反応性である大腸菌のタンパク質を意味する。Ｓｔａ２は、熱安定性毒素であると予測される。試料中の抗Ｓｔａ２抗体レベルを測定するのに有用である適切なＳｔａ２抗原は、制限なしに、大腸菌のＳｔａ２タンパク質、大腸菌のＳｔａ２タンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＳｔａ２ポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。大腸菌のＳｔａ２ポリペプチドは、一般的に、大腸菌のＳｔａ２タンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸の同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて決定される。そのような抗原は、例えば、大腸菌のような腸内細菌からの精製により、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ２ＷＥ９５のようなＳｔａ２ペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、調製することができる。
[0154]「ＥｃＯＳｔｘ２ａ」という用語は、抗Ｓｔｘ２ａ抗体と免疫反応性である大腸菌Ｈ７：Ｏ１５７のタンパク質を意味する。Ｓｔｘ２ａは、志賀毒素サブユニットＡであると予測される。試料中の抗Ｓｔｘ２ａ抗体レベルを測定するのに有用である適切なＳｔｘ２ａ抗原は、制限なしに、大腸菌Ｈ７：Ｏ１５７のＳｔｘ２ａタンパク質、大腸菌のＳｔｘ２ａタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＳｔｘ２ａポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。大腸菌Ｈ７：Ｏ１５７のＳｔｘ２ａポリペプチドは、一般的に、大腸菌Ｈ７：Ｏ１５７のＳｔｘ２ａタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸の同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて決定される。そのような抗原は、例えば、大腸菌Ｈ７：Ｏ１５７のような腸内細菌からの精製により、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｂ６ＺＸＦ５のようなＳｔｘ２ａペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、調製することができる。
[0155]「ＣｊＣｄｔＢ／Ｃ」という用語は、抗ＣｄｔＢ／Ｃ抗体と免疫反応性であるカンピロバクター・ジェジュニのタンパク質を意味する。ＣｄｔＢは細胞致死性膨張性毒素サブユニットＢであると予測され、ＣｄｔＣは細胞致死性膨張性毒素サブユニットＣであると予測される。試料中の抗ＣｄｔＢ／Ｃ抗体レベルを測定するのに有用である適切なＣｄｔＢ／Ｃ抗原は、制限なしに、カンピロバクター・ジェジュニのＣｄｔＢ／Ｃタンパク質、カンピロバクター・ジェジュニのＣｄｔＢ／Ｃタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＣｄｔＢ／Ｃポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。カンピロバクター・ジェジュニのＣｄｔＢ／Ｃポリペプチドは、一般的に、カンピロバクター・ジェジュニのＣｄｔＢ／Ｃタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸の同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて決定される。そのような抗原は、例えば、カンピロバクター・ジェジュニのような腸内細菌からの精製により、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ４６１０１及びＱ４６１０２のようなＣｄｔＢ／Ｃペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、調製することができる。
[0156]「ＣｊＣｄＡ／Ｂ」という用語は、抗毒素Ａ／Ｂ抗体と免疫反応性であるクロストリジウム・ディフィシルのタンパク質である。ＣｄＡは毒素Ａであると予測され、ＣｄＢは毒素Ｂであると予測される。試料中の抗ＣｄＡ／Ｂ抗体レベルを測定するのに有用である適切なＣｄＡ／Ｂ抗原は、制限なしに、クロストリジウム・ディフィシルのＣｄＡ／Ｂタンパク質、クロストリジウム・ディフィシルのＣｄＡ／Ｂタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＣｄＡ／Ｂポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。クロストリジウム・ディフィシルのＣｄＡ／Ｂポリペプチドは、クロストリジウム・ディフィシルのＣｄＡ／Ｂタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを記述するものであり、アミノ酸の同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて決定される。そのような抗原は、例えば、クロストリジウム・ディフィシルのような腸内細菌からの精製により、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１６１５４及びＰ１８１７７のようなＣｄＡ／Ｂペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、調製することができる。
[0157]いくつかの実施形態において、本方法は、個体からの試料中に存在する細菌抗原に対する抗体のレベルを測定することにより、少なくとも１種の細菌抗原抗体マーカー、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４又は３５種のマーカーのレベルを測定する方法を含む。いくつかの例において、個体が健常対照より高い又は低いレベルの少なくとも１種の細菌抗原抗体を有する場合、それは、個体がＩＢＳを有することを示唆するものである。個体における細菌抗原抗体の存在又はレベルは、疾患のレベルと相関し得る。
[0158]いくつかの実施形態において、患者試料中の共生細菌抗原に対する少なくとも１つの抗体のレベルは、患者がＩＢＳを有することを示し、共生細菌抗原は、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ及びその組合せからなる群から選択される。細菌綱バクテロイデス・フラジリス又はプレボテラ属種からの細菌抗原に対する抗体のレベルが、正常対照試料におけるレベルと比較して個体から採取した試料において低下していると判定される場合、個体はＩＢＳを有すると診断される。ウェルシュ菌、腸球菌、リステリア属及び他のファーミキューテス門の綱からなる群から選択される細菌綱の細菌抗原に対する抗体のレベルが、健常対照試料と比較して個体の試料において高いと判定される場合、個体はＩＢＳを有すると診断される。
[0159]いくつかの実施形態において、健常対照と比較してバクテロイデス綱細菌に対する抗体のより低いレベルを有する対象は、ＩＢＳを有する可能性がより高い。これと対照的に、健常対照と比較してクロストリジウム、モリキューテス及び／又は桿菌綱の細菌に対する抗体のより高いレベルを有する対象は、ＩＢＳを有する可能性がより高い。
[0160]他の実施形態において、本明細書で提供する方法は、ＢｆＯｍｐＡ及びＰｒＯｍｐＡ抗原などのバクテロイデス抗原と比べて、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥｆＴｕ、Ｃｐ１０ｂａ、ＣｐＳｐａＡ、ＥｆＳａｎｔ及びＬｍＯｓｐ抗原などのファーミキューテス抗原に対する抗体のレベル（例えば、量、濃度、比率）が増加している対象は、ＩＢＳを有する可能性が高くなると予測されることを判定するために用いる。
Ｃ．マスト細胞マーカー
１．β−トリプターゼ
[0161]１つの態様において、ａ）対象からの試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを判定するステップと、ｂ）試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを対照レベルと比較するステップとを含み、対象からの試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルが増加していると、対象がＩＢＳを有する可能性が高いことを示す、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法を提供する。
[0162]いくつかの実施形態において、対象からの試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを判定する方法は、ａ）試料中に存在するβ−トリプターゼをβ−トリプターゼ及びβ−トリプターゼ結合部分を含む複合体に変換するのに適する条件下で、対象からの生体試料をβ−トリプターゼ結合部分と接触させるステップと、ｂ）複合体のレベルを判定し、それにより、試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを判定するステップとを含む。
[0163]特定の実施形態において、対象からの試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを判定する方法は、β−トリプターゼを、β−トリプターゼ及び捕捉抗トリプターゼ抗体を含む複合体に変換するのに適する条件下で、β−トリプターゼを含有する試料を接触させるステップと、（ｂ）複合体を酵素標識インジケーター抗体と接触させて、複合体を標識複合体に変換するステップと、（ｃ）標識複合体を酵素の基質と接触させるステップと、ｄ）試料中のβ−トリプターゼの存在又はレベルを検出するステップとを含む。
[0164]対象からの試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを判定する方法の具体例としての実施形態は、その開示がすべての目的のために全体として参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，１１４，６１６号に記載されている。
[0165]特定の例では、バイオマーカーは、例えば、同じ時点又は異なる時点に同じ個体から採取した試料中で検出することができるが、好ましい実施形態においては、β−トリプターゼ、ヒスタミン及び／又はＰＧＥ２は、同じ試料から検出する。特定の実施形態において、バイオマーカーは、対象からの血液又は血清試料の異なる一部試料を用いて実施される別個のアッセイで検出する。他の実施形態において、バイオマーカーは、単一マルチプレックス検出アッセイ、例えば、Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＡＭＰアッセイで検出する。
２．ヒスタミン
[0166]特定の実施形態において、本発明は、ａ）アセチル化ヒスタミンを、ヒスタミン及び捕捉抗ヒスタミン抗体を含む複合体に変換するのに適する条件下で、ヒスタミンを含有する試料を接触させるステップと、ｂ）複合体を酵素標識インジケーター抗体と接触させて、複合体を標識複合体に変換するステップと、ｃ）標識複合体を酵素の基質と接触させるステップと、ｄ）試料中のヒスタミンのレベルを検出するステップとを含む、ＩＢＳの診断を補助するための方法を提供する。
[0167]アッセイの具体例としての実施形態は、ＥＩＡ Ｈｉｓｔａｍｉｎｅ Ａｓｓａｙ（カタログ番号ＩＭ２０１５、ＩｍｍｕｎｏＴｅｃｈ）などのヒスタミン酵素免疫測定法である。簡潔に述べると、２５μｌのアシル化緩衝液、１００μｌの試料、キャリブレータ又は対照、及び２５μｌのアシル化試薬を混合し、直ちにボルテックス混合機で混合することにより、試料中に存在するヒスタミン、キャリブレータ又は対照をアセチル化する。５０μｌのアシル化試料、キャリブレータ又は対照をマイクロタイターアッセイプレートの抗ヒスタミン抗体被覆ウエルに加える。次いで、２００μｌのアルカリホスファターゼ−ヒスタミンコンジュゲートをプレートに加える。プレートを２〜８℃で振とうしながら２時間インキュベートする。ウエルを洗浄溶液で洗浄し、２００μｌの発色基質をウエルに加える。プレートを暗所で１８〜２５℃で振とうしながら３０分間インキュベートする。次いで、発光プレートリーダーで発光を読み取る前に５０μｌの反応停止溶液を加える。Ｇｒａｐｈｐａｄ（Ｐｒｉｓｍ）などのグラフ化ソフトウエアを用いてキャリブレータの相対発光単位（ＲＬＵ）とヒスタミン濃度をプロットする。試料及び対照中のヒスタミンのレベルは、試料と同じアッセイで実施される検量曲線から補間により計算する。
３．プロスタグランジンＥ２
[0168]特定の実施形態において、本発明は、ａ）プロスタグランジンＥ２を、プロスタグランジンＥ２及び捕捉抗プロスタグランジンＥ２抗体を含む複合体に変換するのに適する条件下で、プロスタグランジンＥ２を含有する試料を接触させるステップと、ｂ）複合体を酵素標識インジケーター抗体と接触させて、複合体を標識複合体に変換するステップと、ｃ）標識複合体を酵素の基質と接触させるステップと、ｄ）試料中のプロスタグランジンＥ２のレベルを検出するステップとを含む、ＩＢＳの診断を補助するための方法を提供する。
[0169]アッセイの具体例としての実施形態は、Ｐｒｏｓｔａｇｌａｎｄｉｎ Ｅ２ ＥＩＡ−Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ（カタログ番号５１４０１０、Ｃａｙｍａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ）などのＰＧＥ２競合酵素免疫測定法である。簡潔に述べると、５０μｌのキャリブレータ（標準）又は試料をあらかじめ被覆したヤギ抗マウスＩｇＧマイクロタイターアッセイプレートのウエルに加える。５０μｌのＰＧＥ２トレーサー（共有結合によりコンジュゲートしたＰＧＥ２及びアセチルコリンエステラーゼ）を加え、次いで５０μｌの抗ＰＧＥ２マウスＩｇＧを加える。プレートを４℃で振とうしながら１８時間インキュベートする。プレートを洗浄緩衝液で５分間洗浄する。２００μｌの発色試薬（例えば、エルマン試薬）をウエルに加える。プレートを暗所で振とうしながら６０〜９０分間インキュベートする。発光を発光プレートリーダーで４０５ｎｍで読み取る。Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍ（Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡなどのグラフ化ソフトウエアを用いてキャリブレータの相対発光単位（ＲＬＵ）とプロスタグランジンＥ２濃度をプロットする。試料及び対照中のプロスタグランジンＥ２のレベルは、試料と同じアッセイで実施される検量曲線から補間により計算する。
Ｄ． 胆汁酸吸収不良マーカー
[0170]いくつかの実施形態において、本発明に用いる胆汁酸吸収不良（ＢＡＭ）マーカーは、胆汁酸、ＦＸＲ、コレステロール、７α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オン（Ｃ４）、ＦＧＦ１９、ＣＹＰ７Ａ及びそれらの組合せからなる群から選択される。
[0171]いくつかの実施形態において、７α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オン及びＦＧＦ１９などのＢＡＭマーカーのレベルを競合酵素免疫測定法により検出する。いくつかの例において、７α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オンに対する抗体を用いる。いくつかの例において、ＦＧＦ１９に対する抗体を用いる。７α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オンを測定するためのアッセイは、例えば、代理人整理番号８８４７３−９０９０７２−０２６６２０ＰＣを有する２０１４年５月２７日に出願したＰＣＴ出願に記載されている。７α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オンを測定する他の方法は、例えば、Ｃａｍｉｌｌｅｒｉら、Ｎｅｕｒｏｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｉ、２００９、２１巻（７号）、７３４−ｅ４３頁に記載されている高圧液体クロマトグラフィー、タンデム質量分析（ＨＰＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）又は例えば、Ｈｏｎｄａら、Ｊ Ｌｉｐｉｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２００７、４８巻、４５８〜４６４頁に記載されているエレクトロスプレーイオン化液体クロマトグラフィー−タンデム質量分析（ＥＳＩ−ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）を含む。
Ｅ． セロトニンマーカー
[0172]いくつかの実施形態において、本発明に用いるセロトニンマーカーは、セロトニン（５−ＨＴ）、５−ヒドロキシインドール酢酸（５−ＨＩＡＡ）、セロトニン−Ｏ−硫酸、セロトニン−Ｏ−リン酸及びそれらの組合せからなる群から選択される。１つ又は複数のセロトニンマーカーのレベルは、競合酵素免疫測定法を用いて測定することができる。いくつかの例において、セロトニンマーカーの誘導体又は類似体をアッセイに用いる。他の例において、セロトニン又はその代謝物に対する抗体を、個体からの生体試料中のセロトニンマーカーを検出するために用いることができる。セロトニン及びその代謝物を測定するためのアッセイは、例えば、代理人整理番号８８４７３−９０９０７２−０２６６２０ＰＣを有する２０１４年５月２２日に出願したＰＣＴ出願に記載されている。
[0173]セロトニン又はその代謝物のレベルは、液体クロマトグラフィー、ＨＰＬＣ／ＭＳなどの他の方法、又は例えば、Ａｂｃａｍ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ）、Ｄａｋｏ（Ｃａｒｐｉｎｔｅｒｉａ、ＣＡ）及びＳａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ、ＣＡ）製の市販のセロトニン特異抗体を用いることなどの免疫学的方法により測定することができる。
[0174]いくつかの実施形態において、試料を誘導体化して、セロトニン又はその代謝物の、レベルの測定の前の安定性を増大させる。例えば、試料を、０．１Ｍ ＣＡＰＳ緩衝液（ｐＨ １１．０）、０．１Ｍ ｐ−（アミノメチル）ベンジル化合物、０．０５Ｍヘキサシアノ鉄（ＩＩＩ）酸カリウム及びメタノールを１０：１１：２２：２３（体積：体積：体積：体積）の比率で含むものなどの、誘導体化ミックスと混合することができる。
Ｆ． キヌレニンマーカー
[0175]ＩＢＳにおけるセロトニン機能の変則性は、セロトニン前駆体のＬ−トリプトファンの代謝の変化に起因する可能性がある。トリプトファンは、セロトニンの前駆体としての役割を果たす必須アミノ酸であるが、代替的にキヌレニン経路に沿って代謝され得る。これは、ひいては、他の神経刺激性物質の産生につながる。キヌレニンレベル及びキヌレニン：トリプトファン比がＩＢＳにおいて増大していることが示された。
[0176]いくつかの実施形態において、本発明に用いるキヌレニンマーカーは、キヌレニン（Ｋ）、キヌレン酸（ＫｙＡ）、アントラニル酸（ＡＡ）、３−ヒドロキシキヌレニン（３−ＨＫ）、３−ヒドロキシアントラニル酸（３−ＨＡＡ）、キサンツレン酸（ＸＡ）、キノリン酸（ＱＡ）、トリプトファン、５−ヒドロキシトリプトファン（５−ＨＴＰ）及びそれらの組合せからなる群から選択される。１つ又は複数のキヌレニンマーカーのレベルは、競合酵素免疫測定法を用いて測定することができる。いくつかの例において、キヌレニンマーカーの誘導体又は類似体をアッセイに用いる。他の例において、キヌレニン又はその代謝物に対する抗体を、個体からの生体試料中のキヌレニンマーカーを検出するために用いることができる。トリプトファン、キヌレニン及びその代謝物を測定するためのアッセイは、例えば、代理人整理番号８８４７３−９０９０７２−０２６６２０ＰＣを有する２０１４年５月２２日に出願したＰＣＴ出願に記載されている。キヌレニンマーカーのレベルは、液体クロマトグラフィー、例えば、ＨＰＬＣ、ＨＰＬＣ／ＭＳなどのような他の方法によっても測定することができる。
Ｇ． 炎症マーカー
[0177]生化学的マーカー、血清学的マーカー、タンパク質マーカー及び他の臨床的特性を含む様々な炎症マーカーが、ＩＢＳ及び／又はそのサブタイプを診断するために本発明の方法に用いるのに適している。特定の態様において、本明細書で述べる方法は、対象がＩＢＳ及び／又はそのサブタイプを有することを予測するのを補助又は援助するために１つ又は複数の炎症マーカーについて決定された存在、濃度レベル及び／又は遺伝子型へのアルゴリズム（例えば、統計解析）の適用を利用するものである。
[0178]炎症マーカーの非限定的な例は、例えば、インターロイキンを含むサイトカイン、急性期タンパク質、細胞接着分子及びそれらの組合せなどの生化学的、血清学的及びタンパク質マーカーを含む。
１． サイトカイン
[0179]試料中の少なくとも１つのサイトカインの存在又はレベルの決定は、本発明において特に有用である。本明細書で用いているように、「サイトカイン」という用語は、一連の免疫系機能を調節する免疫細胞により分泌される様々なポリペプチド又はタンパク質のいずれかを含み、ケモカインなどの小サイトカインを含む。「サイトカイン」という用語は、例えば、体重、造血、血管新生、創傷治癒、インスリン抵抗性、免疫応答及び炎症反応の調節において機能する脂肪細胞により分泌されるサイトカインの群を含む、アディポサイトカインも含む。
[0180]特定の態様において、ＴＮＦ−α、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、オステオプロテジェリン（ＯＰＧ）、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１α、ＩＬ−１β、ＩＬ−１受容体アンタゴニスト（ＩＬ−１ｒａ）、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、可溶性ＩＬ−６受容体（ｓＩＬ−６Ｒ）、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２３及びＩＬ−２７を含むが、これらに限定されない少なくとも１つのサイトカインの存在又はレベルを試料中で決定する。特定の他の態様において、例えば、ＣＸＣＬ１／ＧＲＯ１／ＧＲＯα、ＣＸＣＬ２／ＧＲＯ２、ＣＸＣＬ３／ＧＲＯ３、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４、ＣＸＣＬ５／ＥＮＡ−７８、ＣＸＣＬ６／ＧＣＰ−２、ＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２、ＣＸＣＬ９／ＭＩＧ、ＣＸＣＬ１０／ＩＰ−１０、ＣＸＣＬ１１／Ｉ−ＴＡＣ、ＣＸＣＬ１２／ＳＤＦ−１、ＣＸＣＬ１３／ＢＣＡ−１、ＣＸＣＬ１４／ＢＲＡＫ、ＣＸＣＬ１５、ＣＸＣＬ１６、ＣＸＣＬ１７／ＤＭＣ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ２／ＭＣＰ−１、ＣＣＬ３／ＭＩＰ−１α、ＣＣＬ４／ＭＩＰ−１β、ＣＣＬ５／ＲＡＮＴＥＳ、ＣＣＬ６／Ｃ１０、ＣＣＬ７／ＭＣＰ−３、ＣＣＬ８／ＭＣＰ−２、ＣＣＬ９／ＣＣＬ１０、ＣＣＬ１１／エオタキシン、ＣＣＬ１２／ＭＣＰ−５、ＣＣＬ１３／ＭＣＰ−４、ＣＣＬ１４／ＨＣＣ−１、ＣＣＬ１５／ＭＩＰ−５、ＣＣＬ１６／ＬＥＣ、ＣＣＬ１７／ＴＡＲＣ、ＣＣＬ１８／ＭＩＰ−４、ＣＣＬ１９／ＭＩＰ−３β、ＣＣＬ２０／ＭＩＰ−３α、ＣＣＬ２１／ＳＬＣ、ＣＣＬ２２／ＭＤＣ、ＣＣＬ２３／ＭＰＩＦ１、ＣＣＬ２４／エオタキシン−２、ＣＣＬ２５／ＴＥＣＫ、ＣＣＬ２６／エオタキシン−３、ＣＣＬ２７／ＣＴＡＣＫ、ＣＣＬ２８／ＭＥＣ、ＣＬ１、ＣＬ２、及びＣＸ３ＣＬ１などの少なくとも１つのケモカインの存在又はレベルを試料中で決定する。特定のさらなる態様において、レプチン、アディポネクチン、レズスチン、活性又は総プラスミノーゲン活性化抑制因子１（ＰＡＩ−１）、ビスファチン及びレチノール結合タンパク質４（ＲＢＰ４）を含むが、これらに限定されない少なくとも１つのアディポサイトカインの存在又はレベルを試料中で決定する。ＴＮＦ−α、ＩＬ−６、ＩＬ−１β、ＩＦＮ−γ及び／又はＩＬ−１０の存在又はレベルを決定することが好ましい。
[0181]特定の例において、特定のサイトカインの存在又はレベルを、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースのアッセイなどのアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。特定の他の例において、特定のサイトカインの存在又はレベルを、例えば、免疫測定法（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学測定法を用いてタンパク質発現のレベルで検出する。血清、血漿、唾液又は尿試料中のＩＬ−６、ＩＬ−１β又はＴＷＥＡＫなどのサイトカインの存在又はレベルを決定するための適切なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）、Ｎｅｏｇｅｎ Ｃｏｒｐ．（Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ、ＫＹ）、Ａｌｐｃｏ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（Ｓａｌｅｍ、ＮＨ）、Ａｓｓａｙ Ｄｅｓｉｇｎｓ，Ｉｎｃ．（Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ、ＭＩ）、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｍａｒｉｌｌｏ、ＣＡ）、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）、ＣＨＥＭＩＣＯＮ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．（Ｔｅｍｅｃｕｌａ、ＣＡ）、Ａｎｔｉｇｅｎｉｘ Ａｍｅｒｉｃａ Ｉｎｃ．（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ Ｓｔａｔｉｏｎ、ＮＹ）、ＱＩＡＧＥＮ Ｉｎｃ．（Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）、Ｂｉｏ−Ｒａｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｈｅｒｃｕｌｅｓ、ＣＡ）及び／又はＢｅｎｄｅｒ ＭｅｄＳｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．（Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ、ＣＡ）から入手できる。
２． 急性期タンパク質
[0182]試料中の１つ又は複数の急性期タンパク質の存在又はレベルの決定も本発明において有用である。急性期タンパク質は、炎症に応答して血漿濃度が増加する（正の急性期タンパク質）又は減少する（負の急性期タンパク質）タンパク質のクラスである。この応答は、急性期反応と呼ばれている（急性期応答とも呼ばれている）。正の急性期タンパク質の例は、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、Ｄダイマータンパク質、マンノース結合タンパク質、アルファ１アンチトリプシン、アルファ１アンチキノトリプシン、アルファ２マクログロブリン、フィブリノゲン、プロトロンビン、第ＶＩＩＩ因子、フォンヴィレブランド因子、プラスミノーゲン、補体因子、フェリチン、血清アミロイドＰ成分、血清アミロイドＡ（ＳＡＡ）、オロソムコイド（アルファ１酸糖タンパク質、ＡＧＰ）、セルロプラスミン、ハプトグロビン及びそれらの組合せを含むが、これらに限定されない。負の急性期タンパク質の例は、アルブミン、トランスフェリン、トランスチレチン、トランスコルチン、レチノール結合タンパク質及びそれらの組合せを含むが、これらに限定されない。ＣＲＰ及び／又はＳＡＡの存在又はレベルを決定することが好ましい。
[0183]特定の例において、特定の急性期タンパク質の存在又はレベルを、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースのアッセイなどのアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。特定の例において、特定の急性期タンパク質の存在又はレベルを、例えば、免疫測定法（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学測定法を用いてタンパク質発現のレベルで検出する。例えば、Ａｌｐｃｏ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（Ｓａｌｅｍ、ＮＨ）から入手できるサンドイッチ比色ＥＬＩＳＡアッセイは、血清、血漿、尿又は糞便試料中のＣＲＰのレベルを測定するために用いることができる。同様に、Ｂｉｏｍｅｄａ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、ＣＡ）から入手できるＥＬＩＳＡキットは、試料中のＣＰＲレベルを検出するために用いることができる。試料中のＣＲＰのレベルを測定する他の方法は、例えば、米国特許第６，８３８，２５０号及び第６，４０６，８６２号並びに米国特許出願公開第２００６００２４６８２号及び第２００６００１９４１０号に記載されている。ＣＲＰのレベルを測定するさらなる方法は、例えば、免疫比濁法、迅速免疫拡散法及び可視凝集アッセイを含む。血清、血漿、唾液、尿又は糞便などの試料中のＳＡＡの存在又はレベルを決定するための適切なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ａｎｔｉｇｅｎｉｘ Ａｍｅｒｉｃａ Ｉｎｃ．（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ Ｓｔａｔｉｏｎ、ＮＹ）、Ａｂａｚｙｍｅ（Ｎｅｅｄｈａｍ、ＭＡ）、ＵＳＣＮ Ｌｉｆｅ（Ｍｉｓｓｏｕｒｉ Ｃｉｔｙ、ＴＸ）及び／又はＵ．Ｓ．Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ（Ｓｗａｍｐｓｃｏｔｔ、ＭＡ）から入手できる。
[0184]Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）は、炎症に応答して血液中に見いだされるタンパク質（急性期タンパク質）である。ＣＲＰは、一般的に肝臓及び脂肪細胞（脂肪細胞（ａｄｉｐｏｃｙｔｅｓ））により産生される。ＣＲＰは、タンパク質のペントラキシンファミリーのメンバーである。ヒトＣＲＰポリペプチド配列は、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿０００５５８に示されている。ヒトＣＲＰ ｍＲＮＡ（コーディング）配列は、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿０００５６７に示されている。当業者は、ＣＲＰがＰＴＸ１、ＭＧＣ８８２４４及びＭＧＣ１４９８９５としても公知であることを理解する。
[0185]血清アミロイドＡ（ＳＡＡ）タンパク質は、血漿中の高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）と結合するアポリポタンパク質のファミリーである。ＳＡＡの種々のアイソフォームが、異なるレベルで構成的に（構成性ＳＡＡｓ）又は炎症性刺激に応答して（急性期ＳＡＡｓ）発現する。これらのタンパク質は、主として肝臓により産生される。無脊椎動物及び脊椎動物にわたってこれらのタンパク質が保存されていることから、ＳＡＡｓがすべての動物において極めて本質的な役割を果たしていることが示唆される。急性期血清アミロイドＡタンパク質（Ａ−ＳＡＡｓ）は、炎症の急性期において分泌される。ヒトＳＡＡポリペプチド配列は、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿０００３２２に示されている。ヒトＳＡＡ ｍＲＮＡ（コーディング）配列は、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿０００３３１に示されている。当業者は、ＳＡＡがＰＩＧ４、ＴＰ５３Ｉ４、ＭＧＣ１１１２１６及びＳＡＡ１としても公知であることを理解する。
３． 細胞接着分子（ＩｇＳＦ ＣＡＭｓ）
[0186]試料中の１つ又は複数の免疫グロブリンスーパーファミリー細胞接着分子の存在又はレベルの決定も本発明において有用である。本明細書で用いているように、「免疫グロブリンスーパーファミリー細胞接着分子（ＩｇＳＦ ＣＡＭ）」という用語は、１つ又は複数の免疫グロブリン様フォールドドメインを有し、細胞間接着及び／又はシグナル伝達において機能する細胞表面上にある様々なポリペプチド又はタンパク質のいずれかを含む。多くの場合において、ＩｇＳＦ ＣＡＭｓは、膜貫通タンパク質である。ＩｇＳＦ ＣＡＭｓの非限定的な例は、神経細胞接着分子（ＮＣＡＭｓ、例えば、ＮＣＡＭ−１２０、ＮＣＡＭ−１２５、ＮＣＡＭ−１４０、ＣＡＭ−１４５、ＣＡＭ−１８０、ＣＡＭ−１８５等）、細胞間接着分子（ＩＣＡＭｓ、例えば、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−２、ＩＣＡＭ−３、ＩＣＡＭ−４及びＩＣＡＭ−５）、血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ−１）、血小板内皮細胞接着分子１（ＰＥＣＡＭ−１）、Ｌ１細胞接着分子（Ｌ１ＣＡＭ）、Ｌ１ＣＡＭとの相同性を有する細胞接着分子（Ｌ１の近縁相同体）（ＣＨＬ１）、シアル酸結合Ｉｇ様レクチン（ＳＩＧＬＥＣｓ、例えば、ＳＩＧＬＥＣ−１、ＳＩＧＬＥＣ−２、ＳＩＧＬＥＣ−３、ＳＩＧＬＥＣ−４等）、ネクチン（例えば、ネクチン１、ネクチン２、ネクチン３等）並びにネクチン様分子（例えば、Ｎｅｃｌ−１、Ｎｅｃｌ−２、Ｎｅｃｌ−３、Ｎｅｃｌ−４及びＮｅｃｌ−５）を含む。好ましくは、ＩＣＡＭ−１及び／又はＶＣＡＭ−１の存在又はレベルを決定する。
[0187]ＩＣＡＭ−１は、白血球及び内皮細胞の膜に低濃度で持続的に存在する膜貫通細胞接着タンパク質である。サイトカイン刺激時に、濃度が著しく増加する。ＩＣＡＭ−１は、ＩＬ−１及びＴＮＦαにより誘導することができ、血管内皮、マクロファージ及びリンパ球により発現される。ＩＢＤにおいて、炎症性サイトカインが、ＩＣＡＭ−１及びＶＣＡＭ−１などの接着分子の発現を上方制御することにより炎症を引き起こす。接着分子の発現が増大することで、感染組織により多くのリンパ球が動員され、組織の炎症がもたらされる（Ｇｏｋｅら、Ｊ． Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．、３２巻、４８０頁（１９９７年）及びＲｉｊｃｋｅｎら、Ｇｕｔ、５１巻、５２９頁（２００２年）参照）。ＩＣＡＭ−１は、細胞内接着分子１遺伝子（ＩＣＡＭ１；Ｅｎｔｒｅｚ ＧｅｎｅＩＤ：３３８３；Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿０００２０１）によりコードされ、細胞内接着分子１前駆体ポリペプチド（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿０００１９２）の処理後に生成される。
[0188]ＶＣＡＭ−１は、血管内皮へのリンパ球、単球、好酸球及び好塩基球の接着を媒介する膜貫通細胞接着タンパク質である。サイトカインによる内皮細胞におけるＶＣＡＭ−１の上方制御は、遺伝子転写の増大（例えば、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦα）及びインターロイキン１（ＩＬ−１）に応答して）の結果として起こる。ＶＣＡＭ−１は、血管細胞接着分子１遺伝子（ＶＣＡＭ１；Ｅｎｔｒｅｚ ＧｅｎｅＩＤ：７４１２）によりコードされ、転写物（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿００１０７８（変異体１）又はＮＭ＿０８０６８２（変異体２））の差別的スプライシング及び前駆体ポリペプチドスプライスアイソフォーム（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿００１０６９（アイソフォームａ）又はＧｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿５４２４１３（アイソフォームｂ））のプロセシングの後に生成される。
[0189]特定の例において、ＩｇＳＦ ＣＡＭの存在又はレベルを、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースのアッセイなどのアッセイによりｍＲＮＡ発現のレベルで検出する。特定の例において、ＩｇＳＦ ＣＡＭの存在又はレベルを、例えば、免疫測定法（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学測定法を用いてタンパク質発現のレベルで検出する。組織試料、生検材料、血清、血漿、唾液、尿又は糞便などの試料中のＩＣＡＭ−１及び／又はＶＣＡＭ−１の存在又はレベルを決定するための適切な抗体及び／又はＥＬＩＳＡキットは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｍａｒｉｌｌｏ、ＣＡ）、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ、ＣＡ）及び／又はＡｂｃａｍ Ｉｎｃ．（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ）から入手できる。
Ｈ．診断モデル
[0190]本発明のいくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳの臨床サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する。いくつかの例において、診断モデルは、酸化ストレススコア、マスト細胞スコア、セロトニンスコア、ＢＡＭスコア、マイクロバイオームスコア及び炎症スコアを含む。診断モデルは、ＩＢＳを有する個体及び健常対照に関する後ろ向きデータを統計アルゴリズムに適用することにより得られる。いくつかの実施形態において、酸化ストレススコアは、後ろ向きコホートにおいて測定された１つ又は複数のキヌレニンマーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。いくつかの実施形態において、マスト細胞スコアは、後ろ向きコホートにおいて測定された１つ又は複数のマスト細胞マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。いくつかの実施形態において、セロトニンスコアは、後ろ向きコホートにおいて測定された１つ又は複数のセロトニンマーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。いくつかの実施形態において、胆汁酸吸収不良スコアは、後ろ向きコホートにおいて測定された１つ又は複数の胆汁酸吸収不良マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。いくつかの実施形態において、マイクロバイオームスコアは、後ろ向きコホートにおいて測定された１つ又は複数の細菌抗原抗体マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。いくつかの実施形態において、炎症スコアは、後ろ向きコホートにおいて測定された１つ又は複数の炎症性マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。例えば、診断モデルは、キヌレニンマーカー、マスト細胞マーカー、セロトニンマーカー、ＢＡＭマーカー、細菌抗原抗体マーカー及び炎症マーカーの後ろ向きデータをロジスティック回帰機械学習アルゴリズムと組み合わせて用いて得られた。
Ｉ．統計解析
[0191]特定の例において、統計アルゴリズム又は統計解析は、学習統計分類子システムである。１つの態様において、アルゴリズムは、既知試料を用いて訓練し、その後、特性が既知である試料を用いて検証することができる。本明細書で用いているように、「学習統計分類子システム」という用語は、複合データセット（例えば、対象のマーカーのパネル及び／又はＩＢＳ関連症状のリスト）に適応し、そのようなデータセットに基づいて決定を下すことができる機械学習アルゴリズム技術を含む。学習統計分類子システムは、ランダムフォレスト（ＲＦ）、分類及び回帰木（Ｃ＆ＲＴ）、ブースト木、ニューラルネットワーク（ＮＮ）、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）、一般カイ二乗自動相互作用検出器モデル、相互作用木、多変量適応型回帰スプライン、機械学習分類子並びにその組合せからなる群から選択することができる。学習統計分類子システムは、木に基づく統計アルゴリズム（例えば、ＲＦ、Ｃ＆ＲＴ等）及び／又はＮＮ（例えば、人工ＮＮ等）であることが好ましい。本発明に用いるのに適する学習統計分類子システムのさらなる例は、米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号、第２０１１／００４５４７６号及び第２０１２／０１７１６７２号に記載されている。特定の実施形態において、方法は、対象からの試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料（例えば、健常対照からの試料）と分類するステップを含む。
[0192]特定の例において、統計アルゴリズムは、単一学習統計分類子システムである。単一学習統計分類子システムは、ＲＦ又はＣ＆ＲＴなどの木に基づく統計アルゴリズムを含むことが好ましい。非限定的な例として、単一学習統計分類子システムは、予測若しくは確率値並びに単独での又は少なくとも１つの症状の存在若しくは重症度（すなわち、症状プロファイル）と組み合わせた、少なくとも１つの診断マーカーの存在又はレベル（すなわち、細菌抗原抗体マーカープロファイル及び／又はマスト細胞マーカープロファイルを含む診断マーカープロファイル）に基づいて試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料（例えば、健常対照）と分類するために用いることができる。単一学習統計分類子システムの使用により、感度、特異度、正の予測値、負の予測値及び／又は少なくとも７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の全体の精度で試料がＩＢＳ試料と一般的に分類される。したがって、ＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料としての試料の分類は、対象におけるＩＢＳの診断を補助するのに有用である。
[0193]特定の他の例において、統計アルゴリズムは、少なくとも２つの学習統計分類子システムの組合せである。学習統計分類子システムの組合せは、例えば、相前後して又は並行して用いられるＲＦ及びＮＮを含むことが好ましい。非限定的な例として、ＲＦを最初に用いて、単独での又は症状プロファイルと組み合わせた、診断マーカープロファイルに基づいて予測又は確率値を作出することができ、ＮＮを次に用いて、予測又は確率値及び同じ若しくは異なる診断マーカープロファイル又はプロファイルの組合せに基づいて試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類することができる。本発明のハイブリッドＲＦ／ＮＮ学習統計分類子システムは、試料を感度、特異度、正の予測値、負の予測値及び／又は少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の全体の精度で試料をＩＢＳ試料と分類することが有利である。特に好ましい実施形態において、統計アルゴリズムは、ランダムフォレスト分類子又はランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子の組合せである。
[0194]いくつかの例において、学習統計分類子システム又は複数の学習統計分類子システムを用いることにより得られたデータは、処理アルゴリズムを用いて処理することができる。そのような処理アルゴリズムは、例えば、多層パーセプトロン、バックプロパゲーションネットワーク及びレベンバーグ−マーカート（Ｌｅｖｅｎｂｅｒｇ−Ｍａｒｑｕａｒｄｔ）アルゴリズムからなる群から選択することができる。他の例において、並行又は連続式などの、そのような処理アルゴリズムの組合せを用いることができる。
[0195]本明細書に記載の種々の統計学的方法及びモデルは、健常者及びＩＢＳ患者からの試料のコホートを用いて訓練し、試験することができる。例えば、医師により、好ましくは胃腸病専門医により、例えば、米国特許出願公開第２０１０／００９４５６０号に記載されているように生検、結腸鏡検査法又は免疫測定法を用いてＩＢＳ又はその臨床サブタイプを有すると診断された患者からの試料は、本発明の統計学的方法及びモデルを訓練し、試験するのに用いるのに適している。ＩＢＳを有すると診断された患者からの試料は、例えば、米国特許第８，４６３，５５３号並びに米国特許出願公開第２０１０／００９４５６０号及び第２００８／００８５５２４号に記載されているように免疫測定法を用いてＩＢＳサブタイプに層別化することもできる。健常者からの試料は、ＩＢＳ試料と同定されなかったものを含み得る。当業者は、本発明の統計学的方法及びモデルを訓練し、試験するのに用いることができる患者試料のコホート得るためのさらなる手法及び診断基準について知っている。
Ｊ． セリアック病（ＣＤ）を予測する方法
[0196]いくつかの実施形態において、対象からの試料を分析して、それがセリアック病試料であるか又は非セリアック病試料であるかを判定する。それが非セリアック病試料であると予測される場合、次のモジュールに進み、試料が炎症性腸疾患（ＩＢＤ）試料であるか又は非ＩＢＤ試料であるかを判定する。
[0197]いくつかの実施形態において、試料がＣＤ試料であるか又は非ＣＤ試料であるかどうかを判定する方法は、抗グリアジンＩｇＡ抗体、抗グリアジンＩｇＧ抗体、抗組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）抗体、抗筋内膜抗体（ＥＭＡ）及びそれらの組合せなどであるが、これらに限定されない、１つ又は複数のＣＤマーカーのレベルを測定するステップを含む。他の実施形態において、本方法は、以下のＣＤマーカーのそれぞれのレベルを測定するステップを含む：抗グリアジンＩｇＡ抗体、抗グリアジンＩｇＧ抗体、抗組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）抗体及び抗筋内膜抗体（ＥＭＡ）。
[0198]特定の例において、ＣＤのマーカーの有無を免疫測定法又は免疫組織化学測定法を用いて判定する。本発明の方法に用いるのに適する免疫測定法の非限定的な例は、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）を含む。本発明の方法に用いるのに適する免疫組織化学測定法の例は、直接蛍光抗体測定法、間接蛍光抗体（ＩＦＡ）測定法、抗補体免疫蛍光測定法及びアビジン−ビオチン免疫蛍光測定法などの免疫蛍光測定法を含むが、これらに限定されない。他の種類の免疫組織化学測定法は、免疫ペルオキシダーゼ測定法を含む。抗グルテン抗体、抗ｔＴＧ抗体及び抗筋内膜抗体の有無は、免疫測定法（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学測定法（例えば、ＩＦＡ）を用いてそれぞれ独立に判定することが好ましい。
[0199]いくつかの実施形態において、ＣＤ又は非ＣＤを有する対象の同定は、統計アルゴリズムと組み合わせたＣＤのマーカーの有無に基づいている。有用な統計アルゴリズムの詳細な説明は、上文に記載されている。
[0200]いくつかの実施形態において、ＥＭＡ及び抗ｔＴＧ抗体の存在は、ＣＤを予測するものである。他の実施形態において、抗グリアジンＩｇＡ抗体及び抗グリアジンＩｇＧ抗体の非存在下でのＥＭＡ又は抗ｔＴＧ抗体の存在は、ＣＤを予測するものである。他の実施形態において、ＥＭＡ及び抗ｔＴＧ抗体の非存在下での抗グリアジンＩｇＡ抗体又は抗グリアジンＩｇＧ抗体の存在は、非ＣＤを予測するものである。いくつかの実施形態において、ＥＭＡ、抗ｔＴＧ抗体、抗グリアジンＩｇＡ抗体及び抗グリアジンＩｇＧ抗体の非存在は、非ＣＤを予測するものである。
[0201]対象の試料が非ＣＤであると判定される場合、試料をＩＢＤモジュールにおいて分析して、それが炎症性腸疾患試料（ＩＢＤ）であるか又は非ＩＢＤ試料であるかを予測する。
Ｋ． 炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を予測する方法
[0202]いくつかの実施形態において、試料がＩＢＤ試料であるか又は非ＩＢＤ試料であるかどうかを判定する方法は、抗好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗サッカロミセス・セレビシエ免疫グロブリンＡ（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗サッカロミセス・セレビシエ免疫グロブリンＧ（ＡＳＣＡ−ＩｇＧ）、抗外膜タンパク質Ｃ（抗ＯｍｐＣ）抗体、抗フラジェリン抗体、核周囲抗好中球細胞質抗体（ｐＡＮＣＡ）、抗Ｉ２抗体、抗Ｆｌａ２抗体、抗ＦｌａＸ抗体、抗ＣＢｉｒ抗体、ＩＣＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１、ＶＥＧＦ、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、ＳＡＡ及びそれらの組合せなどであるが、これらに限定されない、１つ又は複数のＩＤＢマーカーのレベルを測定するステップを含む。さらなるＩＤＢマーカーは、ラクトフェリン、抗ラクトフェリン抗体、エラスターゼ、カルプロテクチン、ヘモグロビン、ＮＯＤ２／ＣＡＲＤ１５及びそれらの組合せを含む。他の実施形態において、本方法は、遺伝マーカーＡＴＧ１６Ｌ１、ＥＣＭ１、ＮＫＸ２−３及びＳＴＡＴ３のそれぞれの遺伝子型を決定するステップも含む。いくつかの例において、遺伝マーカーのそれぞれを遺伝子型判定するステップは、ＡＴＧ１６Ｌ１のｒｓ２２４１８８０、ＥＣＭ１のｒｓ３７３７２４０、ＮＫＸ２−３のｒｓ１０８８３３６５及び／又はＳＴＡＴ３のｒｓ７４４１６６などの、遺伝マーカーのそれぞれにおける一塩基多形（ＳＮＰ）の有無を検出することを含む。
[0203]特定の例において、少なくとも１つのマーカーの存在又はレベルを免疫測定法又は免疫組織化学測定法を用いて決定する。本発明の方法に用いるのに適する免疫測定法の非限定的な例は、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）を含む。本発明の方法に用いるのに適する免疫組織化学測定法の例は、直接蛍光抗体測定法、間接蛍光抗体（ＩＦＡ）測定法、抗補体免疫蛍光測定法及びアビジン−ビオチン免疫蛍光測定法などの免疫蛍光測定法を含むが、これらに限定されない。他の種類の免疫組織化学測定法は、免疫ペルオキシダーゼ測定法を含む。
[0204]炎症性腸疾患を予測する方法の詳細な説明は、その開示がすべての目的のために参照により本明細書に組み込まれる、例えば、米国特許第７，８７３，４７９号、第８，３１５，８１８号及び第８，７１５，９４３号並びに米国特許出願公開第２０１３／０２２５４３９号に見いだされる。
ＩＶ．実施例
[0205]以下の実施例は、請求の範囲に記載されている発明を例示するために提示するが、限定するものではない。
実施例１． 過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を予測するための診断方法
[0206]ＩＢＳは、病態生理の広範な組合せを伴う異種性疾患である。ＩＢＳを正確に診断するためには、以下の７つのクラスのバイオマーカーのレベルを評価することが必要である：炎症性腸疾患バイオマーカー（例えば、ＡＮＣＡ、ＡＳＣＡ、Ｃｂｉｒ１、ＦｌａＸ等）、マスト細胞マーカー（例えば、β−トリプターゼ、ＰＧＥ２及びヒスタミン）、マイクロバイオームマーカー（例えば、例えば、Ｆｌａ１、Ｆｌａ２、ＦｌａＡ、ＦｌｉＣ、ＦｌｉＣ２、ＦｌｉＣ３、ＥｃＦｌｉＣ、Ｅｃ０Ｆｌｉｃ、ＳｅＦｌｊＢ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＣｇｔＡ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＧＴ−Ａ、ＥｃＹｉｄＸ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹａｂＮ、ＥｃＹｈｇＮ、ＲｔＭａｇａ、ＲｂＣｐａＦ、ＲｇＰｉｌＤ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦｔｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、ＳｆＥＴ−２、Ｃｐａｔｏｘ、Ｃｐｂｔｏｘ等に対する抗体）、キヌレニン経路のマーカー（例えば、ＫＡ、３−ＯＨＫ、ＱＡ及び３−ＯＨＡＡ）、セロトニン経路のマーカー（例えば、５−ＨＴ、３−ＨＩＡＡ、５−ＨＴＰ及び３−ＨＫ）、胆汁酸吸収不良経路のマーカー（例えば、７α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オン及びＦＧＦ１９）並びに炎症マーカー（例えば、ＣＲＰ、ＩＣＡＭ、ＶＣＡＭ、ＳＡＡ等）。
[0207]この実施例では、いくつかの診断バイオマーカーモジュールのバイオマーカースコアに基づいて個体におけるＩＢＳを予測する方法を例示する。図５を参照のこと。各スコアは、個体からの試料中の少なくとも１つのバイオマーカーの存在又はレベル（例えば、濃度）からアルゴリズムの適用により得られる。ＩＢＳの診断方法は、ＩＢＤを非ＩＢＤと対比して予測するための統計アルゴリズム（例えば、決定木法又はランダムフォレストアルゴリズム）に基づくＩＢＳスコアを計算するために少なくとも６つのバイオマーカーモジュールからの測定を用いるものである。
[0208]第１のランダムモデルを用いて、患者の試料がセリアック病（ＣＤ）試料であるか又は非セリアック病試料であるかを判定する（１０５）。スコアがＣＤ対非ＣＤカットオフより高い（大きい）場合、試料は、ＣＤを有する患者からのもの、すなわち、ＣＤ試料であると予測される（１０８）。そうでない場合は、試料は、非ＣＤである患者からのものであると予測される（１１０）。非ＣＤ試料は、アルゴリズムの次のステップ、例えば、ＩＢＤ対非ＩＢＤを予測するステップ（１２０）に進む。ＣＤスコアは、抗グリアジンＩｇＡ抗体、抗グリアジンＩｇＧ抗体、抗組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）抗体及び抗筋内膜抗体などのＣＤマーカーの測定結果を利用した。
[0209]他のランダムモデルを用いて、患者の試料がＩＢＤ試料であるか又は非ＩＢＤ試料であるかを判定する（１２０）。炎症性腸疾患（ＩＢＤ）スコアは、ＡＮＣＡ、ＡＳＣＡ−Ａ、ＡＳＣＡ−Ｇ、ＦｌａＸ、Ｆｌａ２、ｐＡＮＣＡ、ＯｍｐＣ、ＣＢｉｒ１及びそれらの組合せなどの血清学マーカーの測定結果を用いるものである。スコアがＩＢＤ対非ＩＢＤカットオフより高い（大きい）場合、試料は、ＩＢＤを有する患者からのもの、すなわち、ＩＢＤ試料であると予測される（１２３）。そうでない場合は、試料は、非ＩＢＤである患者からのものであると予測される（１２５）。
[0210]非ＩＢＤであると予測された試料は、ＩＢＳを決定するようにデザインされた決定木又はルールセットである、アルゴリズムの次のステップに進む（１３０）。ＩＢＳルールは、キヌレニン（１４０）、マスト細胞（１５０）、セロトニン（１６０）、胆汁酸吸収不良（１７０）、マイクロバイオーム（１８０）及び炎症モジュール（１９０）を含む、６つのバイオマーカーモジュールの１つ又は複数に基づいている。酸化ストレススコア（１４５）は、キヌレニン経路、トリプトファン経路並びにその代謝物（例えば、キヌレニン（Ｋ）、キヌレン酸（ＫＡ）、３−ヒドロキシキヌレニン（３−ＯＨＫ又は３−ＨＫ）、３−ヒドロキシアントラニル酸（３−ＯＨＡＡ）、キノリン酸（ＱＡ）、アントラニル酸（ＡＡ）、５−ヒドロキシトリプトファン（５−ＨＴＰ）及び３−ヒドロキシキヌレニン（３−ＨＫ）など）の測定結果を用いるものである。マスト細胞スコア（１５５）は、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及びヒスタミンなどのマスト細胞マーカーのレベルに基づいている。セロトニンスコア（１６５）は、セロトニン経路並びにその代謝物（セロトニン（５−ＨＴ）、５−ヒドロキシインドール酢酸（５−ＨＩＡＡ）、セロトニン−Ｏ−硫酸及びセロトニン−Ｏ−リン酸を含む）の測定結果を用いるものである。胆汁酸吸収不良（ＢＡＭ）スコア（１７５）は、７α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オン及びＦＧＦ１９などのＢＡＭマーカーのレベル（例えば、濃度）から得られる。マイクロバイオームスコア（１８５）は、Ｆｌａ１、Ｆｌａ２、ＦｌａＡ、ＦｌｉＣ、ＦｌｉＣ２、ＦｌｉＣ３、ＹＢａＮ１、ＥＣＦｌｉＣ、Ｅｃ０ＦｌｉＣ、ＳｅＦｌｊＢ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＣｇｔＡ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＧＴ−Ａ、ＥｃＹｉｄＸ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｈｇＮ、ＲｔＭａｇａ、ＲｂＣｐａＦ、ＲｇＰｉｌＤ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐａ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、ＳｆＥＴ−２、Ｃｐａｔｏｘ、Ｃｐｂｔｏｘ、ＥｃＳｔａ２、Ｅｃ０Ｓｔｘ２Ａ、ＣｊｃｄｔＢ／Ｃ、ＣｄｔｃｄＡ／Ｂ及びそれらの組合せなどの、細菌抗原に対する抗体を含む細菌抗原抗体の測定結果により求める。炎症スコア（１９５）は、急性期タンパク質（例えば、ＣＲＰ及びＳＡＡ）、並びに免疫グロブリンタンパク質（例えば、ＩＣＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１）などの炎症マーカーの測定レベルを用いるものである。
[0211]試料がＩＢＳルールのパターンに一致する場合、アルゴリズムは、試料がＩＢＳであることを予測する。そうでない場合は、試料は、健常患者からのものであると予測される。言い換えれば、スコアがＩＢＳ対健常カットオフより低い場合、アルゴリズムは、試料が非ＩＢＳであると予測する。スコアがカットオフより大きい場合、アルゴリズムは、試料がＩＢＳを有すると予測する。ＩＢＳスコアは、便秘型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｃ）、下痢型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｄ）、混合型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｍ）、交替型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）試料として、試料を分類するためにも用いることができる。
[0212]この方法は、ＩＢＤスコア、酸化ストレス（キヌレニン）スコア、マスト細胞スコア、セロトニンスコア、胆汁酸吸収不良（ＢＡＭ）スコア、マイクロバイオームスコア及び炎症スコアを含む種々のバイオマーカーモジュールからの発現データを集約して、標準化診断スケール又は参照テーブルと比較することができる予測指標（プロファイル、スコアなど）を得る。
実施例２． マイクロバイオームスコアの計算
[0213]この実施例では、ＩＢＳを示唆する予測的細菌抗原抗体バイオマーカー（例えば、マイクロバイオームマーカー）を特定する方法を例示する。この実施例では、試料がＩＢＳを有する患者からのものであるかどうかを判定するためにこれらのバイオマーカーを用いることができることも示す。さらに、本実施例では、マイクロバイオームスコアを計算する方法を例示する。
[0214]本試験では、健常対照及びＩＢＳ（例えば、ＩＢＳ−Ｄ／Ｍ）を有すると診断された患者からの試料中の細菌抗原に対する抗体のレベルを測定した。細菌抗原抗体は、ＥｃＦｌｉＣ、Ｅｃ０Ｆｌｉｃ、ＳｅＦｌｊＢ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＣｇｔＡ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＧＴ−Ａ、ＥｃＹｉｄＸ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹａｂＮ、ＥｃＹｈｇＮ、ＲｔＭａｇａ、ＲｂＣｐａＦ、ＲｇＰｉｌＤ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦｔｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、ＳｆＥＴ−２、Ｃｐａｔｏｘ及びＣｐｂｔｏｘなどの細菌抗原に対する抗体を含んでいた。分析した約２００の健常対照試料と２００のＩＢＳ−Ｄ／Ｍ試料が存在した。少なくとも１つの炎症マーカー及び少なくとも１つのマスト細胞マーカーのレベルも測定した。バイオマーカーの存在又はレベル（例えば、濃度）は、ＰＣＲなどの増幅ベースのアッセイ、ＥＬＩＳＡ、競合ＥＬＩＳＡ、ＣＥＥＲ（商標）若しくは免疫組織化学測定法などのハイブリダイゼーションアッセイ、又は分離クロマトグラフィー、ＨＰＬＣ若しくはＨＭＳＡなどの移動度アッセイなどの方法を用いて決定した。有用なアッセイの詳細な説明は、例えば、米国特許第８，２７８，０５７号及び第８，１１４，６１６号、米国特許出願公開第２０１２／０２４４５５８号及び第２０１２／０３１５６３０号に見いだされる。
[0215]ロジスティック回帰モデルを用いて、健常対照とＩＢＳ患者の間で統計的に有意な差を示したマーカーを特定した。表２に結果を示す。
Figure 2016520199
[0216]実行した１０００の反復のうち、２／３は訓練セットのためであり、１／３は検証セットのためであった。図６Ａに細菌抗原マーカー及び炎症マーカーを解析した場合のＲＯＣ ＡＵＣ（０．８４３）を示す。図６Ｂに細菌抗原マーカー、炎症マーカー及びマスト細胞マーカーを評価した場合のＲＯＣ ＡＵＣ（０．９）を示す。データから、少なくとも１つの炎症マーカーと組み合わせたマイクロバイオームマーカーがＩＢＳを予測するものであることがわかる。さらに、少なくとも１つのマスト細胞マーカーの追加も、健常対照と比してＩＢＳを予測するものである。
[0217]モデルアルゴリズムにおけるマーカーとバイオマーカークラスとの交互作用を理解するために、決定木を用いた。木の構築過程のステップは、１）例えば、最低ｐ値により、ＩＢＳ患者を健常対照と最もよく区別するマーカーを特定するステップと、２）ＩＢＳ患者を健常対照と最もよく分離する（区別する）マーカーのカットオフ値を特定するステップと、次いで、決定木の次のノードに移り、ステップ１及び２を反復するステップとを含んでいた（図７）。
[0218]マイクロバイオームスコア及び百分位数スコアをＩＢＳを有すると診断された患者及び健常対照について計算した。以下の細菌抗原に対する抗体のレベルを測定した：ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｌｉＣ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＣｊＧＴＡ、ＣｊＣｇｔＡ、Ｃｊｄｍｈ、ＳｅＦｌｊＢ及びＳｆＦｌｉＣ（図８Ａ〜８Ｎ）。
[0219]重み付き四分位数和スコアを得ることにより、個々のスコアを計算した。すべてのマーカーについて健常対ＩＢＳなどの疾患状態のロジスティック回帰モデルを用いて、回帰係数又は勾配を算定した。正の勾配は、マーカーがＩＢＳを予測することを示し、負の勾配は、マーカーが健常な状態を予測することを示す（それぞれ図９Ａ及び９Ｂ）。係数は、他のマーカーの存在について調整した。健常対照を用いて、四分位数カットオフを得た（図９Ｃ）。各個体について、マイクロバイオームスコア＝解析したすべてのマーカーについてのΣβ＊四分位数であり、βは、疾患コホート間の回帰係数又は勾配を表す（図９Ｃ）。
[0220]図１０Ａ及びＢに健常対照コホートのマイクロバイオームスコア（図１０Ａ）及びマイクロバイオームスコア百分位数（図１０Ｂ）のグラフを示す。グラフに対照コホートと比較して１例の代表的なＩＢＳ患者のマイクロバイオームスコアも示す。
[0221]図１１Ａ及びＢに健常対照コホート及びＩＢＳ−Ｄ／Ｍ患者コホートのマイクロバイオームスコア（図１１Ａ）及びマイクロバイオームスコア百分位数（図１１Ｂ）のグラフを示す。結果から、ＩＢＳ−Ｄ／Ｍ患者が健常対照より高いマイクロバイオームスコアを有することがわかる。
[0222]マイクロバイオームスコアを計算し、四分位数を作出するための本明細書で述べた方法は、他のモジュールスコア、例えば、ＩＢＤスコア、酸化ストレススコア、マスト細胞スコア、セロトニンスコア、ＢＡＭスコア及び炎症スコアを決定するための模範的なモデルとして用いることができる。
実施例３． ＩＢＳの予測的マイクロバイオームマーカー
[0223]この実施例では、マイクロバイオームマーカー（例えば、細菌抗原に対する抗体）がＩＢＳを予測するものであることを示す。この実施例は、健常対照及びＩＢＳ−Ｄ／Ｍを有する患者におけるバイオマーカーのレベルの比較を可能にするものである。
[0224]健常対照及びＩＢＳ−Ｄ／Ｍを有する患者から血清試料を得て、表１に示す細菌抗原（上記参照）に対する抗体のレベルをＥＬＩＳＡ法を用いて測定した。
[0225]マイクロバイオームマーカーを３例の患者コホート（＃１〜３）において分析した。コホート＃１については、健常対照（ｎ＝２９５）とＩＢＳ−Ｄ／Ｍ患者（ｎ＝２２９）との対比で抗ＬａＥｎｏ抗体（図１２Ａ）、抗ＬａＦｒｃ抗体（図１２Ｂ）及び抗ＬｊＥＦＹｕ抗体（図１２Ｃ）のレベルの差はなかった。抗ＢｆＯｍｐＡ抗体（図１２Ｄ）のレベルも健常対照（ｎ＝９６）とＩＢＳ患者（ｎ＝１０４）とで同様であった。抗ＰｒＯｍｐＡ抗体については、２群間に差があった（ｐ＜０．０２３２、図１２Ｅ）。特に、ＩＢＳ患者は、ＰｒＯｍｐＡマーカーのより低いレベルを有していた。コホート＃２については、抗ＥｃＧａｂＴ抗体（図１３Ａ）、抗ＥｃＥｒａ抗体（図１３Ｂ）、抗ＳｆＦｌｉＣ抗体（図１３Ｄ）及び抗ＣｊＦｌａＢ抗体（図１３Ｅ）がＩＢＳ患者でより高かった。抗Ｅｃ０ＦｌｉＣ（図１３Ｃ）、抗ＣｊＦｌａＡ（図１３Ｆ）、抗ＥｃＦｌｉＣ（図１３Ｇ）、抗ＲｔＭａｇａ（図１３Ｈ）、抗ＲｇＰｉｌＤ（図１３Ｉ）、抗ＲｂＣｐａＦ（図１３Ｊ）抗体については、差は検出されなかった。健常対照又はＩＢＳ−Ｃ患者をＩＢＳ−Ｄ患者と比較した場合、抗ＲｂＣｐａＦ抗体レベルの統計的差があった（図１３Ｋ）。このマーカーに関して、ＩＢＳ−Ｄ患者はより高いレベルを有していた。コホート＃３については、両群は、抗ＣｊＦｌａＡ（図１４Ｃ）、抗ＥｃＦｌｉＣ（図１４Ｄ）、抗ＥｃＧａｂＴ（図１４Ｅ）及び抗ＥｃＥｒａ（図１４Ｆ）抗体の同様のレベルを有していた。抗ＳｆＦｌｉＣ抗体（図１４Ａ）、抗ＣｊＦｌａＢ（図１４Ｂ）及び抗Ｅｃ０ＦｌｉＣ（図１４Ｇ）抗体のレベルは、ＩＢＳ患者において健常対照と比較して低かった。
[0226]この実施例で、ＩＢＳ患者を健常対照と区別するのにマイクロバイオームマーカー（例えば、細菌抗原に対する抗体）を用いることができることがわかる。したがって、これらのマーカーは、ＩＢＳを診断する方法に用いることができる。
実施例４． ＩＢＳ患者におけるセロトニン機能不全の検出
[0227]この実施例では、ＩＢＳを有する患者が健常対照と比較して高いセロトニンレベルであることを示す。セロトニンレベルは、その開示がすべての目的のためにその全体として参照により本明細書に組み込まれる、代理人整理番号が８８４７３−９０９０７２−０２６６２０ＰＣで、２０１４年５月２２日に出願の「過敏性腸症候群診断の予測のための経路特異的アッセイ（Ｐａｔｈｗａｙ Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ａｓｓａｙｓ ｆｏｒ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ Ｉｒｒｉｔａｂｌｅ Ｂｏｗｅｌ Ｓｙｎｄｒｏｍｅ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ）」と題するＰＣＴ出願に詳細に記載されているＨＰＬＣ及び新規セロトニン競合ＥＬＩＳＡを用いて測定した。
[0228]健常対照及び下痢型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｄ）を有する患者の血清試料を入手し、誘導体化して、セロトニン及びその代謝物を安定化した。簡潔に述べると、５０μｌの試料を５０μｌの誘導体化ミックスとともに３７℃で３０分間インキュベートした。誘導体化ミックスは、０．１Ｍ ＣＡＰＳ緩衝液（ｐＨ１１．０）、０．１Ｍ ｐ−（アミノメチル）ベンジル化合物、０．０５Ｍヘキサシアノ鉄（ＩＩＩ）酸カリウム及びメタノールを１０：１１：２２：２３（体積：体積：体積：体積）の比率で含んでいた。誘導体化反応の後、試料をアセトニトリル（ＡＣＮ）（例えば、１：２体積／体積血清：ＡＣＮ）で除タンパクした。次いで、除タンパク試料を１４０００ｒｐｍで２０分間遠心分離した。その後、それを０．２μｍフィルターによりろ過し、次いで、逆相Ｃ１８カラムであるＨＰＬＣカラムに注入した。方法については、移動相は、１５ｍＭ酢酸ナトリウム、ｐＨ４．５を１ｍＭオクタンスルホン酸、ナトリウム塩とともに含んでいた。勾配は、アセトニトリルを溶媒Ｂとして用いて発生させ、条件は以下の通りであった：０分に２０％溶媒Ｂ、２分に２６％溶媒Ｂ、１２分に２８％溶媒Ｂ、１２．５分に８０％溶媒Ｂ、１４．５分に８０％溶媒Ｂ、１５分に０％溶媒Ｂ、１６．５分に０％溶媒Ｂ、１７．５分に２０％溶媒Ｂ、及び２０分に２０％溶媒Ｂ。蛍光検出は、３４５ｎｍの励起及び４８０ｎｍの発光を用いた。誘導体化セロトニン及びその誘導体化代謝物は、ＨＰＬＣにより検出され、分離された。特に、誘導体化５−ＨＴＰ、３−ＨＫ、５−ＨＴ、５−ＨＩＡＡ及び５−ＨＩが別個の独立したピークに分解された（図１５Ｂ）。
[0229]セロトニンレベルは、ＩＢＳ−Ｄ患者において健常対照と比較して高かった（図１５Ａ）。平均レベルは、ＩＢＳ−Ｄで５５±１０ｎＭセロトニンであり、健常で３３±１０ｎＭセロトニンであった。四分位解析により、四分位数３（Ｑ３）及び四分位数４（Ｑ４）にある患者は、セロトニンの有意により高いレベル（それぞれ６４．９ｎＭ及び１４０ｎＭ）を有していたことが明らかになった。健常対照と異なり、これらのＩＢＳ−Ｄ患者は、セロトニン機能不全（ｓｅｒｏｔｏｎｉｎ ｄｙｓｆｕｎｃｔｉｏｎ）を示した。
[0230]セロトニンレベルは、競合ＥＬＩＳＡを用いることによっても測定した。ビオチニル化誘導体化セロトニン（例えば、Ｓｅｒ−Ｄ）類似体をストレプトアビジンプレートに被覆した。血清試料を上述のように誘導体化し、ウサギにおいて発現させた新規抗Ｓｅｒ−Ｄ抗体とともにインキュベートした（代理人整理番号が８８４７３−９０９０７２−０２６６２０ＰＣで、２０１４年５月２２日に出願の「過敏性腸症候群診断の予測のための経路特異的アッセイ（Ｐａｔｈｗａｙ Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ａｓｓａｙｓ ｆｏｒ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ Ｉｒｒｉｔａｂｌｅ Ｂｏｗｅｌ Ｓｙｎｄｒｏｍｅ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ）」と題するＰＣＴ出願を参照）。試料混合物をプレートに加え、ＲＴで１時間インキュベートした。プレートを洗浄緩衝液で数回洗浄した。ヤギ抗ウサギ抗体−ＨＲＰコンジュゲート溶液を加え、ＲＴで１時間インキュベートした。プレートを洗浄緩衝液で数回洗浄した。発色基質を比色反応のために加え、プレートを４０５ｎｍで読み取る前に停止溶液を加えた。ＩＢＳ−Ｄ患者のセロトニンレベルを図１６Ａに示す。ＩＢＳ−Ｄ患者におけるセロトニンの平均量は、５０±２０ｎＭであったのに対して、健常対照では２３±１０ｎＭであった（図１６Ｂ）。四分位解析によっても四分位数３及び４にある患者が健常対照と比較して有意に高いレベルを有していたことが示された。ＥＬＩＳＡデータは、ＨＰＬＣ法の所見を裏付けている。実験により、ＩＢＳ−Ｄを有する患者がセロトニン機能不全を経験することが示されている。したがって、セロトニン及びその代謝物は、ＩＢＳ−Ｄの予測指標としての役割を果たし得る。
[0231]本明細書で引用したすべての刊行物及び特許出願は、各個別の刊行物又は特許出願が参照により明確且つ個別に示されたかのように、参照により本明細書に組み込まれる。理解を明確にする目的のために例示及び実施例により、前述の発明をある程度詳細に記載したが、添付の特許請求の範囲の精神又は範囲から逸脱することなく、それに対する特定の変更及び修正を行うことができることは、当業者には容易に明らかになる。

Claims (37)

  1. 対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）及び／又はその臨床的サブタイプの診断を補助する方法であって、
    （ａ）試料中のマーカーのパネルを検出して、炎症性腸疾患及びセリアック病（ＣＤ）の診断を除外するステップと、
    （ｂ）前記試料中のマーカーのパネルを検出して、ＩＢＳの診断を決定するステップと
    を含む、方法。
  2. 以下の（ａ）〜（ｈ）のスコアの１つ又は複数のものを得るステップと：
    （ａ）前記対象から得られた前記試料中の抗グリアジンＩｇＡ抗体、抗グリアジンＩｇＧ抗体、抗組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）抗体及び抗筋内膜抗体の有無を検出して、セリアック病（ＣＤ）スコアを得るステップ、
    （ｂ）前記試料中の少なくとも以下のマーカーのそれぞれの存在又はレベル又は遺伝子型を検出して、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）スコアを得るステップ：
    （ｉ）血清学的マーカーＡＳＣＡ−Ａ、ＡＳＣＡ−Ｇ、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、抗ＯｍｐＣ抗体、抗ＣＢｉｒ１抗体、抗ＦｌａＸ抗体及び抗Ａ４−Ｆｌａ２抗体のそれぞれの存在又はレベル、
    （ｉｉ）炎症マーカーＶＥＧＦ、ＩＣＡＭ、ＶＣＡＭ、ＳＡＡ及びＣＲＰのそれぞれの存在又はレベル、並びに
    （ｉｉｉ）遺伝マーカーＡＴＧ１６Ｌ１、ＥＣＭ１、ＮＫＸ２−３及びＳＴＡＴ３のそれぞれの遺伝子型、
    （ｃ）前記試料中の少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを検出して、マイクロバイオームスコアを得るステップ、
    （ｄ）前記試料中の少なくとも１つのマスト細胞マーカーのレベルを検出して、マスト細胞スコアを得るステップ、
    （ｅ）前記試料中の少なくとも１つの炎症性細胞マーカーのレベルを検出して、炎症スコアを得るステップ、
    （ｆ）前記試料中の少なくとも１つの胆汁酸吸収不良（ＢＡＭ）マーカーのレベルを検出して、ＢＡＭスコアを得るステップ、
    （ｇ）前記試料中の少なくとも１つのキヌレニンマーカーのレベルを検出して、酸化ストレススコアを得るステップ、
    （ｈ）前記試料中の少なくとも１つのセロトニンマーカーのレベルを検出して、セロトニンスコアを得るステップ、
    （ｉ）前記ＣＤスコアに決定木又はルールセットを適用して、前記試料がＣＤ試料であるか、又は非ＣＤ試料であるかどうかの判定を得るステップと、
    （ｊ）前記試料が非ＣＤ試料である場合、前記ＩＢＤスコアにランダムフォレスト統計解析を適用して、試料がＩＢＤ試料であるか、又は非ＩＢＤ試料であるかどうかの判定を得るステップと、
    （ｋ）前記試料が非ＩＢＤ試料である場合、前記マイクロバイオームスコア、前記マスト細胞スコア、前記炎症スコア、前記ＢＡＭスコア、前記酸化ストレススコア及び前記セロトニンスコアの１つ又は複数のものに統計アルゴリズムを適用して、疾患スコアを得るステップと、
    （ｌ）疾患スコア、並びに、患者の後ろ向きコホートからのマイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコアを含む診断モデルに基づいてＩＢＳを有する確率を生成する統計アルゴリズムに基づいて、前記対象におけるＩＢＳの診断を確定するステップと
    を含む、請求項１に記載の方法。
  3. 前記少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーが抗Ｆｌａ１抗体、抗Ｆｌａ２抗体、抗ＦｌａＡ抗体、抗ＦｌｉＣ抗体、抗ＦｌｉＣ２抗体、抗ＦｌｉＣ３抗体、抗ＹＢａＮ１抗体、抗ＥＣＦｌｉＣ抗体、抗Ｅｃ０ＦｌｉＣ抗体、抗ＳｅＦｌｊＢ抗体、抗ＣｊＦｌａＡ抗体、抗ＣｊＦｌａＢ抗体、抗ＳｆＦｌｉＣ抗体、抗ＣｊＣｇｔＡ抗体、抗Ｃｊｄｍｈ抗体、抗ＣｊＧＴ−Ａ抗体、抗ＥｃＹｉｄＸ抗体、抗ＥｃＥｒａ抗体、抗ＥｃＦｒｖＸ抗体、抗ＥｃＧａｂＴ抗体、抗ＥｃＹｅｄＫ抗体、抗ＥｃＹｂａＮ抗体、抗ＥｃＹｈｇＮ抗体、抗ＲｔＭａｇａ抗体、抗ＲｂＣｐａＦ抗体、抗ＲｇＰｉｌＤ抗体、抗ＬａＦｒｃ抗体、抗ＬａＥｎｏ抗体、抗ＬｊＥＦＴｕ抗体、抗ＢｆＯｍｐａ抗体、抗ＰｒＯｍｐＡ抗体、抗Ｃｐ１０ｂＡ抗体、抗ＣｐＳｐＡ抗体、抗ＥｆＳａｎｔ抗体、抗ＬｍＯｓｐ抗体、抗ＳｆＥＴ−２抗体、抗Ｃｐａｔｏｘ抗体、抗Ｃｐｂｔｏｘ抗体、抗ＥｃＳｔａ２抗体、抗Ｅｃ０Ｓｔｘ２Ａ抗体、抗ＣｊｃｄｔＢ／Ｃ抗体、抗ＣｄｔｃｄＡ／Ｂ抗体及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
  4. 前記少なくとも１つのマスト細胞マーカーがβ−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
  5. 前記少なくとも１つの炎症マーカーがＣＲＰ、ＩＣＡＭ、ＶＣＡＭ、ＳＡＡ、ＧＲＯα及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
  6. 前記少なくとも１つの胆汁酸吸収不良マーカーが７α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オン、ＦＧＦ１９及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
  7. 前記少なくとも１つのキヌレニンマーカーがキヌレニン（Ｋ）、キヌレン酸（ＫｙＡ）、アントラニル酸（ＡＡ）、３−ヒドロキシキヌレニン（３−ＨＫ）、３−ヒドロキシアントラニル酸（３−ＨＡＡ）、キサンツレン酸（ＸＡ）、キノリン酸（ＱＡ）、トリプトファン、５−ヒドロキシトリプトファン（５−ＨＴＰ）及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
  8. 前記少なくとも１つのセロトニンマーカーがセロトニン（５−ＨＴ）、５−ヒドロキシインドール酢酸（５−ＨＩＡＡ）、セロトニン−Ｏ−硫酸、セロトニン−Ｏ−リン酸及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
  9. 前記診断モデルを、ＩＢＳ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する、請求項２に記載の方法。
  10. 前記診断モデルを、ＩＢＳの臨床サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する、請求項２に記載の方法。
  11. ＩＢＳの診断を、便秘型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｃ）、下痢型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｄ）、混合型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｍ）、交替型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後（ＩＢＳ−ＰＩ）として分類するステップをさらに含む、請求項２に記載の方法。
  12. 前記細菌抗原抗体マーカー、前記マスト細胞マーカー、前記炎症性細胞マーカー、前記ＢＡＭマーカー、前記キヌレニンマーカー又は前記セロトニンマーカーのレベルを、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースのアッセイ、免疫測定法、免疫組織化学測定法又は移動度アッセイにより独立に検出する、請求項２に記載の方法。
  13. 前記ハイブリダイゼーションアッセイがＥＬＩＳＡ又はＣＥＥＲ（商標）アッセイを含む、請求項１２に記載の方法。
  14. 前記試料が、全血、血漿、血清、唾液、尿、糞便、涙液、その他の体液、組織試料及びその細胞抽出物からなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
  15. 前記試料が血清である、請求項１４に記載の方法。
  16. マイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコアの群から選択される少なくとも２つのメンバーを測定する、請求項２に記載の方法。
  17. マイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコアの群から選択される少なくとも３つのメンバーを測定する、請求項１６に記載の方法。
  18. マイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコアの群から選択される少なくとも４つのメンバーを測定する、請求項１６に記載の方法。
  19. マイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコアの群から選択される少なくとも５つのメンバーを測定する、請求項１６に記載の方法。
  20. マイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコアの群のすべてのメンバーを測定する、請求項１６に記載の方法。
  21. 対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）及び／又はその臨床的サブタイプの診断を補助する方法であって、
    以下の（ａ）〜（ｆ）のスコアの１つ又は複数のものを得るステップと：
    （ａ）前記対象から得られた試料中の少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを検出して、マイクロバイオームスコアを得るステップ、
    （ｂ）前記試料中の少なくとも１つのマスト細胞マーカーのレベルを検出して、マスト細胞スコアを得るステップ、
    （ｃ）前記試料中の少なくとも１つの炎症性細胞マーカーのレベルを検出して、炎症スコアを得るステップ、
    （ｄ）前記試料中の少なくとも１つの胆汁酸吸収不良（ＢＡＭ）マーカーのレベルを検出して、ＢＡＭスコアを得るステップ、
    （ｅ）前記試料中の少なくとも１つのキヌレニンマーカーのレベルを検出して、酸化ストレススコアを得るステップ、
    （ｆ）前記試料中の少なくとも１つのセロトニンマーカーのレベルを検出して、セロトニンスコアを得るステップ、
    （ｇ）前記マイクロバイオームスコア、前記マスト細胞スコア、前記炎症スコア、前記ＢＡＭスコア、前記酸化ストレススコア及び前記セロトニンスコアに統計アルゴリズムを適用して、疾患スコアを得るステップと、
    （ｈ）疾患スコア、並びに、後ろ向きコホートからのマイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコアを含む診断モデルに基づいてＩＢＳを有する確率を生成する統計アルゴリズムに基づいて、前記対象におけるＩＢＳの診断を確定するステップと
    を含む、方法。
  22. 前記少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーが抗Ｆｌａ１抗体、抗Ｆｌａ２抗体、抗ＦｌａＡ抗体、抗ＦｌｉＣ抗体、抗ＦｌｉＣ２抗体、抗ＦｌｉＣ３抗体、抗ＹＢａＮ１抗体、抗ＥＣＦｌｉＣ抗体、抗Ｅｃ０ＦｌｉＣ抗体、抗ＳｅＦｌｊＢ抗体、抗ＣｊＦｌａＡ抗体、抗ＣｊＦｌａＢ抗体、抗ＳｆＦｌｉＣ抗体、抗ＣｊＣｇｔＡ抗体、抗Ｃｊｄｍｈ抗体、抗ＣｊＧＴ−Ａ抗体、抗ＥｃＹｉｄＸ抗体、抗ＥｃＥｒａ抗体、抗ＥｃＦｒｖＸ抗体、抗ＥｃＧａｂＴ抗体、抗ＥｃＹｅｄＫ抗体、抗ＥｃＹｂａＮ抗体、抗ＥｃＹｈｇＮ抗体、抗ＲｔＭａｇａ抗体、抗ＲｂＣｐａＦ抗体、抗ＲｇＰｉｌＤ抗体、抗ＬａＦｒｃ抗体、抗ＬａＥｎｏ抗体、抗ＬｊＥＦＴｕ抗体、抗ＢｆＯｍｐａ抗体、抗ＰｒＯｍｐＡ抗体、抗Ｃｐ１０ｂＡ抗体、抗ＣｐＳｐＡ抗体、抗ＥｆＳａｎｔ抗体、抗ＬｍＯｓｐ抗体、抗ＳｆＥＴ−２抗体、抗Ｃｐａｔｏｘ抗体、抗Ｃｐｂｔｏｘ抗体、抗ＥｃＳｔａ２抗体、抗Ｅｃ０Ｓｔｘ２Ａ抗体、抗ＣｊｃｄｔＢ／Ｃ抗体、抗ＣｄｔｃｄＡ／Ｂ抗体及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
  23. 前記少なくとも１つのマスト細胞マーカーがβ−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
  24. 前記少なくとも１つの炎症マーカーがＣＲＰ、ＩＣＡＭ、ＶＣＡＭ、ＳＡＡ、ＧＲＯα及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
  25. 前記少なくとも１つの胆汁酸吸収不良マーカーが７α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オン、ＦＧＦ１９及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
  26. 前記少なくとも１つのキヌレニンマーカーがキヌレニン（Ｋ）、キヌレン酸（ＫｙＡ）、アントラニル酸（ＡＡ）、３−ヒドロキシキヌレニン（３−ＨＫ）、３−ヒドロキシアントラニル酸（３−ＨＡＡ）、キサンツレン酸（ＸＡ）、キノリン酸、トリプトファン、５−ヒドロキシトリプトファン（５−ＨＴＰ）及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
  27. 前記少なくとも１つのセロトニンマーカーがセロトニン（５−ＨＴ）、５−ヒドロキシインドール酢酸（５−ＨＩＡＡ）、セロトニン−Ｏ−硫酸、セロトニン−Ｏ−リン酸及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
  28. 前記診断モデルを、ＩＢＳ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する、請求項２１に記載の方法。
  29. 前記診断モデルを、ＩＢＳの臨床サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を使用する後ろ向きコホートを用いて確立する、請求項２１に記載の方法。
  30. ＩＢＳの診断を、便秘型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｃ）、下痢型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｄ）、混合型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｍ）、交替型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後（ＩＢＳ−ＰＩ）として分類するステップをさらに含む、請求項２１に記載の方法。
  31. 前記細菌抗原抗体マーカー、前記マスト細胞マーカー、前記炎症性細胞マーカー、前記ＢＡＭマーカー、前記キヌレニンマーカー又は前記セロトニンマーカーのレベルを、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースのアッセイ、免疫測定法、免疫組織化学測定法又は移動度アッセイにより独立に検出する、請求項２１に記載の方法。
  32. 前記ハイブリダイゼーションアッセイがＥＬＩＳＡ又はＣＥＥＲ（商標）アッセイを含む、請求項３１に記載の方法。
  33. マイクロバイオームスコア、前記マスト細胞スコア、前記炎症スコア、前記ＢＡＭスコア、前記酸化ストレススコア及び前記セロトニンスコアの群から選択される少なくとも２つのメンバーを測定する、請求項２１に記載の方法。
  34. マイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコアの群から選択される少なくとも３つのメンバーを測定する、請求項３３に記載の方法。
  35. マイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコアの群から選択される少なくとも４つのメンバーを測定する、請求項３３に記載の方法。
  36. マイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコアの群から選択される少なくとも５つのメンバーを測定する、請求項３３に記載の方法。
  37. マイクロバイオームスコア、マスト細胞スコア、炎症スコア、胆汁酸吸収不良スコア、酸化ストレススコア及びセロトニンスコアの群のすべてのメンバーを測定する、請求項３３に記載の方法。
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