JP2015533213A - Ｉｂｓの診断マーカーとしての微生物バイオームに対する抗体、ストレス因子及びマスト細胞マーカー - Google Patents

Ｉｂｓの診断マーカーとしての微生物バイオームに対する抗体、ストレス因子及びマスト細胞マーカー Download PDF

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Abstract

本発明は、個体における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法を提供する。特に、本発明は、統計アルゴリズムを用いて個体からの試料がＩＢＳ試料又は健常対照試料であるかどうかを判定するのに有用である。したがって、本発明は、ＩＢＳの正確な診断予測を提供し、療法の決定の手引きとするのに有用である。【選択図】 図４

Description

発明の詳細な説明
［関連出願の相互参照］
[0001]本出願は、それらの開示がすべての目的のために全体として参照により本明細書に組み込まれる、２０１２年１０月５日に出願した米国特許仮出願第６１／７１０，５７４号及び２０１３年８月２９日に出願した米国特許仮出願第６１／８７１，８５３号の優先権を主張するものである。
［発明の背景］
[0002]過敏性腸症候群は、世界的に１０〜２０％の罹患率の臨床的に異種性の障害である（Ｌｏｎｇｓｔｒｅｔｈら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、１３０巻、１４８０〜１４９１頁（２００６年））。ローマＩＩＩ基準によれば、ＩＢＳを有する患者は、糞便の硬さに基づいて下痢優勢型（ＩＢＳ−Ｄ）、便秘優勢型（ＩＢＳ−Ｃ）、下痢と便秘の両方の交互のエピソードを有する混合型サブタイプ（ＩＢＳ−Ｍ）及びサブタイプ分類不能型ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｕ）の４つの症状サブタイプに類別することができる。
[0003]現在の研究は、消化管微生物叢及び脳−腸軸をＩＢＳの病態生理に関連付けている。ＩＢＳに随伴する腹痛及び不快感は、脳−腸軸及びストレスホルモンに対する応答に関係付けられている。研究により、ＩＢＳ患者の消化管微生物叢が健常対照の消化管微生物叢から変化していることが示された。消化管微生物叢が感染後ＩＢＳ（ＰＩ−ＩＢＳ）を引き起こすという証拠も存在する。ＩＢＳは、異常な消化管微生物叢と、またさらに細菌過剰増殖と関連付けられた（Ｋｉｍら、Ｄｉｇｅｓｔｉｖｅ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ａｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、２０１２年５月）。
[0004]フラジェリンは、細菌鞭毛の主要な構造構成要素であり、個体における自然及び適応免疫系の両方を活性化することが示されている。例えば、細菌フラジェリン（Ａ４−Ｆｌａ２及びＦｌａ−Ｘ）に対する抗体は、ＩＢＳを有する患者で健常対照よりも頻繁に検出された（それぞれｐ＝０．００４及びｐ＝０．００９；Ｓｃｈｏｅｐｆｅｒら、Ｎｅｕｒｏｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ． Ｍｏｔｉｌ．、２０巻、１１１０〜１１１８頁（２００８年））。
[0005]様々な腸疾患又は障害における腸内微生物バイオーム、ストレスホルモン、炎症性サイトカイン及びマスト細胞マーカーの役割を裏付ける一連の証拠が増えている。例えば、ＯｍｐＣ、Ｃｂｉｒ１、ＦｌａＸ及びＦｌａ２に対する抗体は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の価値のあるバイオマーカーであることが立証された。大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｋ１２タンパク質（例えば、Ｅｒａ、ＦｏｃＡ、ＦｒｖＸ、ＧａｂＴ、ＹｂａＮ、ＹｃｄＧ、ＹｈｇＮ、ＹｅｄＫ及びＹｉｄＸ）に対する抗体のサブセットは、クローン病（ＣＤ）を有する個体と健常対照とを、またＣＤを有する個体と潰瘍性大腸炎を有する個体とを区別するのに用いることができる（Chenら、Mol. Cell Proteomics、8巻、1765〜1776頁、(2009年)）。カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ、Ｃｊ）、大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ、Ｅｃ）、腸炎菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ）（Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓｅ）、フレキシナ赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ）（Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｓｆ）による感染によりしばしば引き起こされるＩＢＳに随伴する感染後小腸細菌過剰増殖（ＳＩＢＯ）を有する個体は、感染菌のフラジェリンタンパク質に対する抗体を有することがある（Ｓｐｉｌｌｅｒ Ｒ及びＧａｒｓｅｄ Ｋ．、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、１３６巻、１９７９〜１９８８頁（２００９年））。
[0006]興味深いことに、抗生物質、プロバイオティクス及びプレバイオティクスなどの消化管微生物叢を標的とする療法は、ＩＢＳの症状を緩和すると思われる。例えば、抗生物質リファキシミンは、腸内細菌に影響を及ぼし、宿主個体に負の影響を及ぼす細菌産物を減少させると思われる。
[0007]腸内微生物バイオームに加えて、マスト細胞もＩＢＳの病因において重要な役割を果たしている。腸の遠位区域におけるマスト細胞浸潤の増大及び活性化は、ＩＢＳの症状発現及び重症度に関連する。これらの細胞は、ＩＢＳ患者における粘膜刺激に対する内臓求心性神経の応答の増大にも関連付けられている。マスト細胞の過形成は、感染後ＩＢＳ及び非感染後ＩＢＳの両方におけるこれらの細菌による感染の後に一般的に観察される。β−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）などのマスト細胞マーカーの測定は、ＩＢＳの臨床診断に重要な意味を有する。ＩＢＳの診断を補助するマスト細胞マーカーを用いる詳細な方法は、それらの開示がすべての目的のためにそれらの全体として参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，１１４，６１６号及び米国特許出願公開第２０１２／２４４５５８号に記載されている。
[0008]ＩＢＳ患者は、一般的に、脳−腸軸又は中枢ストレス応答系により媒介される異常な腸管運動及び消化管の感覚過敏を経験する。脳−腸軸の１つのアームは、交感神経系及び視床下部−下垂体−副腎軸（ＨＰＡ）により形成される、中枢遠心性経路である。ＩＢＳを含むストレス感受性障害において、アドレノコルチコトロピンホルモン（ＡＣＴＨ）、コルチゾール及びカテコールアミンなどのＨＰＡ軸のストレスホルモンが放出される。いくつかの研究により、ＩＢＳ患者におけるＨＰＡ軸応答が粘膜免疫活性化の増大により引き起こされ、これがひいてはＨＰＡ軸を刺激する血漿サイトカインレベルを増加させることが示された。ストレス応答の鈍化がＩＢＳの症状に寄与することが理論化された。さらに、マスト細胞マーカーの発現の増大及び微生物叢の抗原／抗体組成の変化に起因するＩＢＳの症状は、脳−腸軸の調節不全により引き起こされる免疫応答の変化により増悪すると考えられている。
[0009]前述のことを考慮すると、ＩＢＳ試料と非ＩＢＳ試料とを区別して診断するための方法及びキットの必要性が当技術分野に存在する。本発明は、この必要性及び他の必要性を満たす。
［発明の簡単な概要］
[0010]１つの態様において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法を提供する。１例において、方法は、
対象から採取した生体試料中の細菌抗原抗体マーカーのアレイのレベルを測定するステップと、
細菌抗原抗体マーカーのアレイの測定されたレベルに統計解析を適用して、細菌抗原抗体プロファイルを作出するステップと、
細菌抗原抗体プロファイルを診断モデルと比較して、個体が健常対照であることと比較してＩＢＳを有する可能性の増大を有するかどうかを判定するステップと
を含む。
[0011]いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体マーカーのアレイは、大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ）ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌（Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ）ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）ＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、カンピロバクター・ジェジュニ８１−０４５、カンピロバクター・ジェジュニ８１−１２８及びカンピロバクター・ジェジュニ８１−００８、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌ＦｏｃＡ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、大腸菌ＹｂａＮ、大腸菌ＹｃｄＧ、大腸菌ＹｈｇＮ、大腸菌ＹｅｄＫ、大腸菌ＹｉｄＸ、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌ．ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）Ｆｒｃ、ラクトバチルス・アシドフィルスＥｎｏ、ラクトバチルス・ジョンソニイ（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）ＥＦＴｕ、バクテロイデス・フラジリス（Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ）ＯｍｐＡ、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）ＯｍｐＡ、ウェルシュ菌（Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ））１０ｂＡ、ウェルシュ菌ＳｐＡ、フェカリス菌（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ））Ｓａｎｔ、リステリア菌（Ｌ．ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ））Ｏｓｐ並びにその組合せに対する抗体からなる群から選択される。
[0012]いくつかの実施形態において、抗体は、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＳｅＦｌｊＢ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ及びその組合せからなる群から選択される細菌抗原に特異的に結合する。
[0013]いくつかの実施形態において、抗体は、ＥｃＦｌｉＣ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｉｄＸ、ＥｃＹｅｄＫ及びその組合せからなる群から選択される細菌抗原に特異的に結合する。
[0014]いくつかの実施形態において、抗体は、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ及びその組合せからなる群から選択される細菌抗原に特異的に結合する。
[0015]いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体マーカーのアレイのレベルを測定するステップは、
試料を少なくとも１つの細菌抗原又はその抗原性断片と接触させて、試料中に存在する細菌抗原抗体を少なくとも１つの細菌抗原又はその抗原性断片及び細菌抗原抗体を含む複合体に変換するステップと、
少なくとも１つの細菌抗原又はその抗原性断片、細菌抗原抗体及び検出抗体を含む三元複合体を形成するのに適する条件下で複合体を検出抗体と接触させるステップと、
少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルに相関する三元複合体を検出するステップと
を含む。
[0016]いくつかの実施形態において、統計解析は、抗体マーカーのアレイのレベルを細菌抗原抗体マーカープロファイルに変換する。
[0017]いくつかの実施形態において、診断モデルは、細菌抗原抗体マーカーモデルを含む。いくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳの臨床サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を有する後ろ向きコホートを用いて確立する。
[0018]いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体マーカーモデルは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数の細菌抗原抗体マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。
[0019]いくつかの実施形態において、方法は、
対象から採取した生体試料中のマスト細胞マーカーのアレイのレベルを決定するステップと、
マスト細胞マーカーのアレイの測定されたレベルに統計解析を適用して、マスト細胞マーカープロファイルを作出するステップと、
マスト細胞プロファイルを診断モデルと比較して、個体が健常対照であることと比較してＩＢＳを有する可能性の増大を有するかどうかを判定するステップと
をさらに含む。
[0020]いくつかの実施形態において、マスト細胞マーカーのアレイは、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２及びその組合せからなる群から選択される。
[0021]いくつかの実施形態において、統計解析は、マスト細胞マーカーのアレイのレベルをマスト細胞プロファイルに変換する。
[0022]いくつかの実施形態において、方法は、
対象から採取した生体試料中のストレス因子マーカーのアレイのレベルを決定するステップと、
ストレス因子マーカーのアレイの測定されたレベルに統計解析を適用して、ストレス因子プロファイルを作出するステップと、
ストレス因子プロファイルを診断モデルと比較して、個体が健常対照であることと比較してＩＢＳを有する可能性の増大を有するかどうかを判定するステップと
をさらに含む。
[0023]いくつかの実施形態において、ストレス因子のアレイは、コルチゾール、ＢＤＮＦ、セロトニン、ＣＲＦ、ＡＣＴＨ及びその組合せからなる群から選択される。
[0024]いくつかの実施形態において、統計解析は、ストレス因子マーカーのアレイのレベルをストレス因子プロファイルに変換する。
[0025]いくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳの臨床サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を有する後ろ向きコホートを用いて確立する。いくつかの実施形態において、診断モデルは、細菌抗原抗体マーカーモデル、マスト細胞マーカーモデル及び／又はストレス因子マーカーモデルを含む。
[0026]いくつかの実施形態において、マスト細胞マーカーモデルは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数のマスト細胞マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。
[0027]いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体マーカーモデルは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数の細菌抗原抗体マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。
[0028]いくつかの実施形態において、マスト細胞マーカーモデルは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数のマスト細胞マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。
[0029]いくつかの実施形態において、ストレス因子マーカーモデルは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数のストレス因子マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。
[0030]いくつかの実施形態において、方法は、ＩＢＳの診断をＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）と分類するステップをさらに含む。
[0031]１つの態様において、本発明は、対象におけるＩＢＳの診断を補助する方法を提供する。いくつかの例において、方法は、（ａ）試料中に存在する細菌抗原抗体を細菌抗原抗体及び細菌抗原抗体結合部分を含む複合体に変換するのに適する条件下で対象からの生体試料を細菌抗原抗体結合部分（例えば、細菌抗原又はその抗原性断片）と接触させるステップと、複合体のレベルを決定し、それにより、試料中に存在する細菌抗原抗体のレベルを決定するステップとを含む。
[0032]いくつかの実施形態において、方法は、試料中に存在する細菌抗原抗体のレベルを細菌抗原抗体の対照レベルと比較するステップをさらに含み、細菌抗原抗体のレベルが対象がＩＢＳを有する可能性の増大を示す。
[0033]いくつかの実施形態において、細菌抗原は、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、及びその組合せからなる群から選択される。
[0034]いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体の対照レベルは、健常対照対象からの試料中の細菌抗原抗体のレベルである。
[0035]いくつかの実施形態において、方法は、対象からの生体試料中のマスト細胞マーカーのレベルを決定するステップと、試料中に存在するマスト細胞マーカーのレベルを対照レベルと比較するステップとをさらに含み、対象からの試料中のマスト細胞マーカーのレベルの増加は、対象がＩＢＳを有する可能性の増大を示す。
[0036]いくつかの実施形態において、マスト細胞マーカーは、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２及びその組合せからなる群から選択される。
[0037]いくつかの実施形態において、マスト細胞マーカーの対照レベルは、健常対照対象からの試料中のマスト細胞マーカーのレベルである。
[0038]いくつかの実施形態において、方法は、ＩＢＳの診断をＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）と分類するステップをさらに含む。
[0039]他の態様において、本発明は、
ａ）複数の時点に対象から採取した生体試料中の細菌抗体マーカーのアレイ、マスト細胞マーカーのアレイ及び場合によってストレス因子マーカーのアレイのレベルを測定するステップと、
ｂ）選択された細菌抗原抗体マーカー、マスト細胞マーカー及び場合によってストレス因子マーカーの測定されたレベルに統計解析を適用して、選択された細菌抗原抗体マーカー、マスト細胞マーカー及び場合によってストレス因子マーカーの経時的レベルの表示を含む、経時的な疾患活動性プロファイルを作出するステップと、
ｃ）対象がＩＢＳの進行を経験しているかどうかを判定するステップと
を含む、対象における過敏性腸症候群の進行をモニタリングする方法を提供する。
[0040]特定の実施形態において、複数の時点は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０又はそれ以上の時点を含む。他の例において、複数の時点における最初の時点は、療法の過程中に存在する。非限定的な例として、マーカーのそれぞれは、療法の前に、及び／又は療法の過程中の以下の週、すなわち１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、８０、９０、１００週等の１つ若しくは複数（例えば、複数）で測定することができる。
[0041]特定の実施形態において、療法は、プロバイオティクス及び／又はプレバイオティクスの投与である。
[0042]いくつかの実施形態において、本発明は、
ａ）対象から採取した生体試料中の細菌抗原抗体マーカーのアレイ、マスト細胞マーカーのアレイ及び場合によってストレス因子マーカーのアレイのレベルを測定するステップと、
ｂ）選択された細菌抗原抗体マーカー、マスト細胞マーカー及び場合によってストレス因子マーカーの測定されたレベルに統計解析を適用して、選択された細菌抗原抗体マーカー、マスト細胞マーカー及び場合によってストレス因子マーカーのレベルの表示を含む、疾患分類プロファイルを作出するステップと、
ｃ）対象の疾患分類プロファイルを対照の疾患分類プロファイルと比較して、対象がＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）を有するかどうかを判定するステップと
を含む、ＩＢＳの診断を分類する方法を提供する。
[0043]いくつかの実施形態において、対照の疾患分類プロファイルは、健常対照である対象、ＩＢＳ又はＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）若しくは感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）などのＩＢＳのサブタイプを有する対象からの疾患分類プロファイルを含む。他の実施形態において、対照の疾患分類プロファイルは、健常対照、ＩＢＳを有する対象又はＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ、ＩＢＳ−Ｍ、ＩＢＳ−Ａ若しくはＩＢＳ−ＰＩなどのＩＢＳの特定のサブタイプを有する対象である複数の対象からの複数の疾患分類プロファイルの平均を含む。
[0044]他の態様において、本発明は、
ａ）試料中に存在する細菌抗原抗体を細菌抗原抗体及び細菌抗原抗体結合部分を含む複合体に変換するのに適する条件下で第１の時点で対象から採取した第１の生体試料を細菌抗原抗体結合部分（例えば、細菌抗原又はその抗原性断片）と接触させるステップと、
ｂ）複合体のレベルを決定し、それにより、第１の試料中に存在する細菌抗原抗体のレベルを決定するステップと、
ｃ）試料中に存在する細菌抗原抗体を細菌抗原抗体及び細菌抗原抗体結合部分を含む複合体に変換するのに適する条件下で第２の時点で対象から採取した第２の生体試料を細菌抗原抗体結合部分（例えば、細菌抗原又はその抗原性断片）と接触させるステップと、
ｄ）複合体のレベルを決定し、それにより、第２の試料中に存在する細菌抗原抗体のレベルを決定するステップと、
ｅ）第１の試料中に存在する細菌抗原抗体のレベルを第２の試料中に存在する細菌抗原抗体のレベルと比較するステップとを含み、細菌抗原抗体のレベルの差が対象におけるＩＢＳの進行を示す、対象におけるＩＢＳの進行をモニタリングする方法を提供する。
[0045]いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体は、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、及びその組合せに対する抗体からなる群から選択される。
[0046]いくつかの実施形態において、方法は、試料中に存在するマスト細胞マーカーのレベルを決定するステップをさらに含む。
[0047]いくつかの実施形態において、マスト細胞マーカーは、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２及びその組合せからなる群から選択される。
[0048]本発明の様々な方法及びアッセイのいくつかの実施形態において、抗体が表１、２又は３に示す細菌抗原に対する抗体である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７種又はそれ以上の細菌抗原抗体マーカーの存在又はレベルを検出し、ＩＢＳを予測するのに有用である診断マーカープロファイルを作出する。特定の例において、本明細書に記載のバイオマーカーは、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学測定法などの免疫測定法を用いて分析する。
[0049]１つの態様において、本発明は、
ａ）ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、及びその組合せからなる群から選択される、細菌抗原に対する少なくとも１つの抗体の、又はβ−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２からなる群から選択される少なくとも１つのマスト細胞マーカーとの組合せでのその存在又はレベルを示す、診断マーカープロファイルを含むデータセットを生成するように設計されたデータ取得モジュールと、
ｂ）データセットに統計処理を適用して、診断マーカープロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類する、統計学による決定を得ることによりデータセットを処理するように設計されたデータ処理モジュールと、
ｃ）診断マーカープロファイルに基づいて対象に恩恵をもたらす可能性がある療法を決定するように設計された療法選択モジュールと
を含む、対象からの試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）に関連するかどうかを分類する方法を提供する。
[0050]本発明の他の目的、特徴及び利点は、以下の詳細な説明及び図面から当業者には明らかである。
本発明の１つの実施形態から得られたヒトβ−トリプターゼの用量反応曲線を示す図である。 本発明の１つの実施形態から得られたヒトプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）の用量反応曲線を示す図である。 本発明の１つの実施形態から得られたヒトヒスタミンの用量反応曲線を示す図である。 ロジスティック回帰モデルにおけるマーカー値対試料の推定される相関係数の導出を示す図である。推定値が正の勾配に対応する場合、マーカーは、ＩＢＳ対健常対照の予測に対する正の効果を有する。推定値が大きな負の勾配を有する場合、マーカーは、ＩＢＳの予測に対して大きな負の効果を有する。推定値が約０である場合、マーカーは、ＩＢＳの診断への予測による寄与を実質的にもたらさない。推定値は、特定のマーカーがＩＢＳの予測に関する情報を与えるかどうかを決定するために用いられる。 コホート＃１〜４からのβ−トリプターゼデータの密度解析を示す図である。 コホート＃３からのヒスタミンデータの密度解析を示す図である。 コホート＃１〜４からのプロスタグランジンＥ２の密度解析を示す図である。 ３つのマスト細胞マーカー（例えば、β−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２）を用いてＩＢＳを予測するためのロジスティック回帰モデルに基づくＲＯＣ曲線を示す図である。 ８つの細菌抗原抗体マーカー（例えば、大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、カンピロバクター・ジェジュニ８１−０４５、カンピロバクター・ジェジュニ８１−１２８及びカンピロバクター・ジェジュニ８１−００８に対する抗体）を用いてＩＢＳを予測するためのロジスティック回帰モデルに基づくＲＯＣ曲線を示す図である。 ８つの細菌抗原抗体マーカー（例えば、大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、カンピロバクター・ジェジュニ８１−０４５、カンピロバクター・ジェジュニ８１−１２８及びカンピロバクター・ジェジュニ８１−００８に対する抗体）及び２つのマスト細胞マーカー（例えば、血清β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２）の組合せを用いてＩＢＳを予測するためのロジスティック回帰モデルに基づくＲＯＣ曲線を示す図である。 ＣＢｉｒ１、Ｆｌａ２及びＦｌａＸなどのＩＢＤ細菌からのフラジェリン並びに大腸菌Ｋ１２のＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌のＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニのＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニのＦｌａＢ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７のＦｌｉＣ及び腸炎菌ＰＴ４のＦｌｊＢなどのＩＢＤ細菌からのフラジェリンのアミノ酸配列アライメントを示す図である。緑色、橙色及び赤色バーは、類似性レベルを示す。黒色領域は、配列類似性を表す。 ＣＢｉｒ１、Ｆｌａ２（ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）細菌Ａ４クローン）及びＦｌａＸなどのＩＢＤ細菌からのフラジェリン並びにフレキシナ赤痢菌のＦｌｉＣ、大腸菌Ｋ１２のＦｌｉＣ、腸炎菌のＦｌｉＣ、腸炎菌ＰＴ４のＦｌｊＢ、カンピロバクター・ジェジュニのＦｌａＡ及びカンピロバクター・ジェジュニのＦｌａＢなどのＩＢＳ細菌からのフラジェリンのアミノ末端領域のアミノ酸配列アライメントを示す図である。 ＣＢｉｒ１、Ｆｌａ２（ラクノスピラ科細菌Ａ４クローン）及びＦｌａＸなどのＩＢＤ細菌からのフラジェリン並びにフレキシナ赤痢菌のＦｌｉＣ、大腸菌Ｋ１２のＦｌｉＣ、腸炎菌のＦｌｉＣ、腸炎菌ＰＴ４のＦｌｊＢ、カンピロバクター・ジェジュニのＦｌａＡ及びカンピロバクター・ジェジュニのＦｌａＢなどのＩＢＳ細菌からのフラジェリンの中間領域のアミノ酸配列アライメントを示す図である。 ＣＢｉｒ１、Ｆｌａ２（ラクノスピラ科細菌Ａ４クローン）及びＦｌａＸなどのＩＢＤ細菌からのフラジェリン並びにフレキシナ赤痢菌のＦｌｉＣ、大腸菌Ｋ１２のＦｌｉＣ、腸炎菌のＦｌｉＣ、腸炎菌ＰＴ４のＦｌｊＢ、カンピロバクター・ジェジュニのＦｌａＡ及びカンピロバクター・ジェジュニのＦｌａＢなどのＩＢＳ細菌からのフラジェリンのカルボキシ末端領域のアミノ酸配列アライメントを示す図である。 ＩＢＳ関連細菌と対比したＩＢＤのフラジェリンタンパク質の系統樹を示す図である。 健常対照及びＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍを有する患者を含む患者の後ろ向きコホートにおける午前及び午後における様々なサイトカイン（例えば、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−６、ＩＬ−８及びＴＮＦ）及びホルモン（例えば、セロトニン及びコルチゾール）のレベルを示す図である。 午後の試料中のコルチゾールレベルが健常対照対ＩＢＳ−Ｄを高度に予測したことを示す図である。図１７Ａは、午前の試料における健常対照（ＨＣ）とＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ｍを有する患者との間のコルチゾールレベルの相関を示す図である。図１７Ｂは、午後の試料における健常対照（ＨＣ）とＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ｍを有する患者との間のコルチゾールレベルの相関を示す図である。 コルチゾールのレベルと他のマーカー（例えば、コホートからのデータセットにおけるＩＬ−１０、ＩＬ１２ｐ７０、ＩＬ−６、ＩＬ−８、セロトニン及びＴＮＦ−α）のレベルとの間の関係性を示す図である。線形回帰モデルにおける有意な関連は同定されなかった。 健常対照（ＨＣ）患者及びＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍを有する患者のコルチゾール：ＩＬ−６比を示す図である。 データセットにおけるコルチゾールと他のマーカー（例えば、ＣｊＦａｌａ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｌｉｃ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣＲＰ、ＳＡＡ、ｓＩＣＡＭ、ｓＶＣＡＭ、ＰＩＩ、ＳｆＦｌｉｃ、ＧＲＯＡ、ＰＧＥ２、ヒスタミン、トリプターゼ、ＴＷＥＡＫ及びＢＤＮＦ）との間の関係性を示す図である。 対数変換変量に関する多重線形回帰モデリングの結果を示す図である。特に、各マーカーのコルチゾールに対する関係性を示す表である。 コルチゾールと細菌抗原ＥｃＯＦｌｉＣに対する抗体との比が健常対照、ＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ｍ患者の間で有意に異なることを示す図である（Ｆ＝３．３４３、ｐ＝０．０２０）。比の統計的に有意な差が群間で判定された。 コホートの健常対照、ＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ｍ患者におけるコルチゾールのレベルを示す図である。 ＥＭＢＯＳＳを用いたＥｃＥｒａの抗原性断片の予測（囲み）を示す図である。 ＥＭＢＯＳＳを用いたＥｃＧａｂｔの抗原性断片の予測（囲み）を示す図である。 合わせたヒト腸内１６ＳｒＤＮＡ配列データセットに基づく系統樹を示す図である。各クレードについて回収された配列、系統型及び新規系統型の総数をカッコ内に含めて表示する（Ｅｃｋｂｕｒｇら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、３０８巻、１６３５〜１６３８頁、Ｊｅｆｆｅｒｙら、Ｇｕｔ、６１巻、９９７〜１００６頁（２０１２年）参照）。 正常対照者及びＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍを有する患者からの血清試料中のラクトバチルス・アシドフィルスＥｎｏに対する抗体（図２７Ａ）、ラクトバチルス・アシドフィルスＦｒｃに対する抗体（図２７Ｂ）及びラクトバチルス・ジョンソニイＥＦＴｕに対する抗体（図２７Ｃ）のレベルを示す図である。 正常対照者及びＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍを有する患者からの血清試料中のバクテロイデス・フラジリスＯｍｐＡに対する抗体（図２８Ａ）及びプレボテラ属ＯｍｐＡに対する抗体（図２８Ｂ）のレベルを示す図である。 正常対照者及びＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍを有する患者からの血清試料中のウェルシュ菌１０ｂＡに対する抗体（図２９Ａ）、ウェルシュ菌ＳｐＡに対する抗体（図２９Ｂ）、フェカリス菌Ｓａｎｔに対する抗体（図２９Ｃ）及びリステリア菌Ｏｓｐに対する抗体（図２９Ｄ）のレベルを示す図である。
［発明の詳細な説明］
Ｉ．序
[0080]ＩＢＳと他の腸疾患又は障害とで症状が類似しているため、患者を過敏性腸症候群と診断することは、能力を必要とするものであり得る。バイオマーカーに基づくアッセイは、ＩＢＳと他の疾患及び障害とを区別するための迅速且つ正確な診断方法をもたらし得る。
[0081]ＩＢＳの正確な病態生理は依然として解明されていないが、ＩＢＳは、一部は、宿主の腸内微生物バイオーム及びストレスホルモンの調節不全により引き起こされると考えられている。研究により、消化管微生物叢が宿主に影響を及ぼし、粘膜の炎症及び免疫活性化をもたらし得ること、並びにコルチゾールレベルがＩＢＳを有する女性において高いことがあり得ることが示された（Ｈｅｉｔｋｅｍｐｅｒら、Ａｍ Ｊ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ、９１巻（５号）、９０６〜１３頁（１９９６年））。
[0082]この理論を裏付ける所見は、ＩＢＳと診断された患者の消化管粘膜にマスト細胞の数の増加を見いだすことができるという所見を含む（Ｇｕｉｌａｒｔｅ， Ｍ．ら、Ｇｕｔ、５６巻、２０３〜２０９頁（２００７年）、Ｗａｌｋｅｒ， Ｍ． Ｍ．ら、Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． Ｔｈｅｒ．、２９巻、７６５〜７７３頁（２００９年）、Ａｋｂａｒ， Ａ．ら、Ｇｕｔ、５７巻、９２３〜９２９頁（２００８年）、Ｂａｒｂａｒａ， Ｇ．ら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、１２６巻、６９３〜７０２頁（２００４年）、Ｂａｒｂａｒａ， Ｇ．ら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、１３２巻、２６〜３７頁（２００７年）、Ｃｒｅｍｏｎ， Ｃ．ら、Ａｍ． Ｊ． Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．、１０４巻、３９２〜４００頁（２００９年）及びＯ’Ｓｕｌｌｉｖａｎ， Ｍ．ら、Ｎｅｕｒｏｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ． Ｍｏｔｉｌ．、１２巻、４４９〜４５７頁（２０００年））。同様に、いくつかの研究で、ヒスタミン及びセリンプロテアーゼ（例えば、トリプターゼ）を含む、これらの細胞から放出されるレベルのメディエーターがＩＢＳ患者の結腸粘膜に認められることも見いだされた（Ｂｕｈｎｅｒら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、１３７（４）、（２００９年）、Ｂａｒｂａｒａら、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、１２２（４）、Ｓｕｐｐｌ． １：Ａ−２７６、（２００２年））。
[0083]ヒト消化管微生物叢は、少なくとも１０００種の細菌を含み、約１６０種の異なる種の約１０１４個の個別の細菌細胞が各個体の腸に生息している（Oin, J.ら、Nature、464巻、59〜65頁(2010年)）。宿主の（例えば、個体の）遺伝及び免疫組成並びに環境因子が消化管微生物叢に影響を及ぼし、これがひいては、宿主の消化管系内の免疫及び生理を形作ることが理論化された。この理論は、健常者（例えば、腸障害又は疾患を有さない）が彼／彼女の腸にコロニーを形成している微生物叢との共生関係性を維持しているのに対して、ＩＢＳを有する者は、この微生物叢−免疫相互作用の不均衡を有していることを示唆している。
[0084]本発明は、細菌抗原に対する抗体（例えば、細菌抗原抗体）の、並びに場合によって、個体から採取した生体試料で測定されたマスト細胞マーカー及び／又はストレス因子マーカーとの組合せでのそのレベルが、個体がＩＢＳを有するかどうかを正確に予測することができるという驚くべき発見に一部基づいている。
[0085]１つの態様において、本発明は、特定の細菌抗原抗体マーカー及びマスト細胞マーカーの単独又は組合せでの存在又はレベルに基づく過敏性腸症候群の診断を補助するための方法及びアッセイを提供する。特定の実施形態において、これらの方法及びアッセイは、対象の血液及び／又は血清中の様々なＩＢＳバイオマーカーの存在及びレベルの検出に関連する。好ましい実施形態において、方法は、細菌抗原（例えば、大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、カンピロバクター・ジェジュニ８１−０４５、カンピロバクター・ジェジュニ８１−１２８及びカンピロバクター・ジェジュニ８１−００８、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌ＦｏｃＡ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、大腸菌ＹｂａＮ、大腸菌ＹｃｄＧ、大腸菌ＹｈｇＮ、大腸菌ＹｅｄＫ、大腸菌ＹｉｄＸ、ラクトバチルス・アシドフィルス、Ｆｒｃ、ラクトバチルス・アシドフィルスＥｎｏ、ラクトバチルス・ジョンソニイＥＦＴｕ、バクテロイデス・フラジリスＯｍｐＡ、プレボテラ属ＯｍｐＡ、ウェルシュ菌１０ｂＡ、ウェルシュ菌ＳｐＡ、フェカリス菌Ｓａｎｔ、リステリア菌Ｏｓｐ）に対する少なくとも１つの抗体の、或いは対象からの血液及び／又は血清試料中の少なくとも１つのマスト細胞マーカー（β−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２）との組合せでのその検出を含む。
[0086]１つの態様において、本発明は、いくつかの時点にわたる特定の細菌抗原抗体マーカー、マスト細胞マーカーの又はその組合せでの存在又はレベルに基づいた対象、症候群におけるＩＢＳの進行をモニタリングする方法を提供する。特定の実施形態において、これらの方法及びアッセイは、複数の時点における対象の血液及び／又は血清中の様々なＩＢＳバイオマーカーの存在及びレベルの検出並びにＩＢＳバイオマーカーのレベルの差の比較に関連する。好ましい実施形態において、方法は、細菌抗原（例えば、大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、カンピロバクター・ジェジュニ８１−０４５、カンピロバクター・ジェジュニ８１−１２８及びカンピロバクター・ジェジュニ８１−００８、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌ＦｏｃＡ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、大腸菌ＹｂａＮ、大腸菌ＹｃｄＧ、大腸菌ＹｈｇＮ、大腸菌ＹｅｄＫ、大腸菌ＹｉｄＸ、ラクトバチルス・アシドフィルス、Ｆｒｃ、ラクトバチルス・アシドフィルスＥｎｏ、ラクトバチルス・ジョンソニイＥＦＴｕ、バクテロイデス・フラジリスＯｍｐＡ、プレボテラ属ＯｍｐＡ、ウェルシュ菌１０ｂＡ、ウェルシュ菌ＳｐＡ、フェカリス菌Ｓａｎｔ、リステリア菌Ｏｓｐ）に対する少なくとも１つの抗体の、或いは第１の時点及び第２の時点における対象からの血液及び／又は血清試料中の少なくとも１つのマスト細胞マーカー（β−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２）との組合せでの検出を含む。場合によって、方法は、少なくとも１つのストレス因子マーカー（例えば、コルチゾール及びＢＤＮＦ）の検出も含む。方法は、細菌抗原抗体（複数の抗体）と、細菌抗原抗体（複数の抗体）、マスト細胞マーカー（複数可）及び場合によってストレス因子マーカー（複数可）の組合せのレベル（複数可）を比較するステップをさらに含み、レベル（複数可）の差が対象におけるＩＢＳの進行を示す。
[0087]いくつかの態様において、本発明は、
ａ）少なくとも１つの細菌抗原抗体の又は試料中の少なくとも１つのマスト細胞マーカーとの組合せでのその存在又はレベルを検出する診断マーカープロファイルを決定するステップと、
ｂ）診断マーカープロファイルに基づくアルゴリズムを用いて試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類するステップと
を含む、個体からの試料がＩＢＳに関連するかどうかを分類する方法を提供する。
[0088]いくつかの態様において、本発明は、試料のＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料としての分類を補助するための統計的アルゴリズムを用いる。他の態様において、本発明は、他の腸障害（例えば、ＩＢＤ）を除外するための統計的アルゴリズムを用いる。
[0089]１つの態様において、本発明は、ＩＢＳを有する個体向けの療法の選択を補助するための方法及びアッセイをさらに提供する。
ＩＩ．定義
[0090]本明細書で用いているように、以下の用語は、特別の定めのない限り、それらに帰する意味を有する。
[0091]「微生物叢」、「微生物相」及び「微生物バイオーム」という用語は、身体器官又は部分に一般的に生息する生存微生物の群集を意味する。消化管微生物叢のメンバーは、フィルミクテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、バクテロイデテス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、イプシロンプロテオバクテリア（Ｅｐｓｉｌｏｎｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ガンマプロテオバクテリア（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ベルミクロビウム（Ｖｅｒｒｕｍｉｃｒｏｂｉａ）、デルタプロテオバクテリア（Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、分類されていないシアノバクテリア近縁及びアクチノバクテリア（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）の門の微生物；バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、プレボテラ又はルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）属の微生物；ビフィドバクテリア（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ）、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ベイロネラ属（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、アクチノマイシナエ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｉｎａｅａ）、ヘリコバクター属（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、コリンセラ属（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、コプロバチルス属（Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、プロテオバクテリア属（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ユーバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ドレア属（Ｄｏｒｅａ）、アシネトバクター属（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）及び大腸菌の種の微生物；ルミノコッカス・トルクエス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ）、ルミノコッカス・トルクエス様（Ｒ．ｔｏｒｑｕｅｓ−ｌｉｋｅ）、コリンセラ・アエロファシエンス様（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ−ｌｉｋｅ）、クロストリジウム・コクレアタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｃｌｅａｔｕｍ）、ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、クロストリジウム・コッコイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）、リノバトス・プロダクタタス（Ｒｈｉｎｏｂａｔｏｓ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ）型の微生物を含むが、これらに限定されない。いくつかの例において、消化管微生物叢は、消化管の表面又は頂端部に位置する粘膜関連微生物叢、及び消化管の内腔に認められる内腔関連微生物叢を含む。
[0092]「過敏性腸症候群」及び「ＩＢＳ」という用語は、一般的に明らかな構造異常の非存在下での腹痛、腹部不快感、腸パターンの変化、軟便又はより頻繁な排便、下痢及び便秘を含むが、これらに限定されない１つ又は複数の症状によって特徴づけられる機能性腸障害の群を含む。どの症状が優勢であるかによって、（１）下痢優勢型（ＩＢＳ−Ｄ）、（２）便秘優勢型（ＩＢＳ−Ｃ）及び（３）交替性便通パターンを有するＩＢＳ（ＩＢＳ−Ａ）の少なくとも３つの形のＩＢＳが存在する。ＩＢＳは、症状の混合の形でも起こり得る。感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）などのＩＢＳの様々な臨床サブタイプも存在する。
[0093]「試料を変換すること」及び「バイオマーカーを変換すること」という用語は、本明細書で定義したようにマーカーを抽出するための又はマーカーを変化若しくは修飾するための試料の物理的及び／又は化学的変化を含む。マーカーのレベル又は濃度を測定するための試料又はマーカーの抽出、操作、化学的沈殿、ＥＬＩＳＡ、複合体化、免疫抽出、物理的又は化学的修飾はすべて、変換を構成する。変換ステップの前後で試料又はマーカーが同一でない限り、変化又は修飾は、変換である。
[0094]「バイオマーカー」又は「マーカー」という用語は、個体からの試料をＩＢＳ試料と分類するために或いは個体からの試料におけるＩＢＳ様症状を随伴する１つ又は複数の疾患又は障害を除外するために用いることができる生化学的マーカー、血清学的マーカー、遺伝マーカー、微生物マーカー又は他の臨床的若しくは超音波検査特性などの診断マーカーを含む。「バイオマーカー」又は「マーカー」という用語は、ＩＢＳをその様々な型又は臨床的サブタイプに分類するために用いることができる抗体マーカー、生化学的マーカー、血清学的マーカー、遺伝マーカー、ホルモンマーカー、微生物マーカー又は他の臨床的若しくは超音波検査特性などの分類マーカーも含む。本発明に用いるのに適する診断マーカーの非限定的な例は、以下に記載のものであり、細菌抗原に対する抗体、細菌抗原、フラジェリン、サイトカイン、増殖因子、ストレスホルモン、抗好中球抗体、抗サッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）抗体、抗微生物抗体、抗組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）抗体、リポカリン、マトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰｓ）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質（ＴＩＭＰｓ）、アルファ−グロブリン、アクチン切断タンパク質、Ｓ１００タンパク質、フィブリノペプチド、カルシトニン遺伝子関連ペプチド（ＣＧＲＰ）、タチキニン、グレリン、ニューロテンシン、セロトニン、コルチコトロピン放出ホルモン（ＣＲＨ）、セリンプロテアーゼ（例えば、β−トリプターゼ、エラスターゼ）、プロスタグランジン（例えば、ＰＧＥ２）、ヒスタミン、Ｃ反応タンパク質（ＣＲＰ）、ラクトフェリン、抗ラクトフェリン抗体、カルプロテクチン、ヘモグロビン、ＮＯＤ２／ＣＡＲＤ１５、セロトニン再取込み輸送体（ＳＥＲＴ）、トリプトファンヒドロキシラーゼ−１、５−ヒドロキシトリプタミン（５−ＨＴ）、ラクツロースなどを含む。好ましい実施形態において、本発明に用いるのに適する診断マーカーは、本明細書に記載のものであり、大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、カンピロバクター・ジェジュニ８１−０４５、カンピロバクター・ジェジュニ８１−１２８及びカンピロバクター・ジェジュニ８１−００８、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌ＦｏｃＡ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、大腸菌ＹｂａＮ、大腸菌ＹｃｄＧ、大腸菌ＹｈｇＮ、大腸菌ＹｅｄＫ、大腸菌ＹｉｄＸ、ラクトバチルス・アシドフィルス、Ｆｒｃ、ラクトバチルス・アシドフィルスＥｎｏ、ラクトバチルス・ジョンソニイＥＦＴｕ、バクテロイデス・フラジリスＯｍｐＡ、プレボテラ属ＯｍｐＡ、ウェルシュ菌１０ｂＡ、ウェルシュ菌ＳｐＡ、フェカリス菌Ｓａｎｔ、リステリア菌Ｏｓｐ及びそれらの混合物からなる群から選択される微生物叢抗原に結合する抗体を含むが、これらに限定されない。分類マーカーの例は、制限なしに、レプチン、ＳＥＲＴ、トリプトファンヒドロキシラーゼ−１，５−ＨＴ、洞粘膜タンパク質８、ケラチン８、クラウジン８、ゾヌリン、コルチコトロピン放出ホルモン受容体１（ＣＲＨＲ１）、コルチコトロピン放出ホルモン受容体２（ＣＲＨＲ２）、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）などを含む。いくつかの実施形態において、診断マーカーは、ＩＢＳをその様々な形態又は臨床サブタイプに分類するために用いることができる。他の実施形態において、分類マーカーは、試料をＩＢＳ試料と分類するために或いはＩＢＳ様症状を随伴する１つ又は複数の疾患又は障害を除外するために用いることができる。当業者は、本発明に用いるのに適する付加的な診断及び分類マーカーについて知っている。
[0095]「ストレス因子」又は「ストレスホルモン」という用語は、コルチゾール、コルチコトロフィン放出ホルモン、チロトロピン、コルチコトロピン放出因子（ＣＲＦ）、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、副腎皮質刺激ホルモン（ＡＣＴＨ）、セロトニン、ドパミン、グルタミン酸、ノルエフィネフリンなどを含む。
[0096]「推定値」という用語は、ロジスティック回帰モデルの推定される部分相関係数を意味する（図４参照）。
[0097]「生体試料」は、個体から得られた生物学的検体を含む。本発明において用いる適切な試料は、制限なしに、全血、血漿、血清、唾液、尿、便（すなわち、糞便）、涙液及び他の体液又は小腸若しくは結腸試料などの組織試料（すなわち、生検材料）並びにその細胞抽出物（例えば、赤血球抽出物）を含む。好ましい実施形態において、試料は、血液、血漿又は血清試料である。より好ましい実施形態において、試料は、血清試料である。特定の例において、「試料」という用語は、血液、身体組織、血清、リンパ液、リンパ節組織、脾臓組織、骨髄又は１つ若しくは複数のこれらの組織から得られた免疫グロブリン濃縮画分を含むが、これらに限定されない。血清、唾液及び尿などの試料の使用は、当技術分野で周知である（例えば、Hashidaら、J. Clin. Lab. Anal.、11巻、267〜86頁(1977年)）。当業者は、血清及び血液試料などの試料は、マーカーレベルの解析の前に希釈することができることを理解する。
[0098]「個体」、「対象」又は「患者」という用語は、一般的にヒトを意味するが、例えば、他の霊長類、げっ歯類、イヌ、ネコ、ウマ、ヒツジ、ブタなどを含む他の動物をも意味する。
[0099]「分類すること」という用語は、疾患状態を有する試料を「関連付けること」又は「類別すること」を含む。特定の例において、「分類すること」は、統計的証拠、経験的証拠又は両方に基づいている。特定の実施形態において、分類する方法及びシステムは、既知の疾患状態を有する試料のいわゆる訓練セットを使用する。確立されたならば、訓練データセットは、試料の未知の疾患状態を分類するために未知試料を比較する特徴としての基準、モデル又はテンプレートとしての役割を果たす。特定の例において、試料を分類することは、試料の疾患状態を診断することに類似している。特定の他の例において、試料を分類することは、試料の疾患状態と他の疾患状態とを区別することに類似している。
[0100]本明細書で用いているように、「プロファイル」という用語は、ＩＢＳなどの疾患又は障害に関連する独特の特徴又は特性を表すあらゆるデータの組を含む。該用語は、試料中の１つ又は複数の診断マーカーを分析する「診断マーカープロファイル」、個体が経験している又は経験した１つ又は複数のＩＢＳに関連する臨床的因子（すなわち、症状）を特定する「症状プロファイル」及びその組合せを包含する。「症状プロファイル」は、ＩＢＳに関連する１つ又は複数の症状の存在、重症度、頻度及び／又は持続時間を表す１組のデータを含み得る。例えば、「診断マーカープロファイル」は、ＩＢＳに関連する１つ又は複数の診断マーカーの存在又はレベルを表す１組のデータを含み得る。
[0101]いくつかの実施形態において、上述の１つ又は複数の診断マーカー及び／又は診断プロファイルを測定するためのパネルは、試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類するために構築し、用いることができる。当業者は、複数の診断マーカーの存在又はレベルを、例えば、個体の試料のアリコート又は希釈物を用いて同時に又は連続的に決定することができることを理解する。特定の例において、個体の試料中の特定の診断マーカーのレベルが比較試料（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料）又は試料の集団中の同じマーカーのレベルより少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、５０％、７５％、１００％、１２５％、１５０％、１７５％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、４５０％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％又は１０００％大きい（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料の比較集団中の同じマーカーのレベルの中央値より大きい）場合、個体の試料中の特定の診断マーカーのレベルは、上昇していると考えられる。特定の他の例において、個体の試料中の特定の診断マーカーのレベルが比較試料（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料）又は試料の集団中の同じマーカーのレベルより少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％又は９５％小さい（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料の比較集団中の同じマーカーのレベルの中央値より小さい）場合、個体の試料中の特定の診断マーカーのレベルは、低下していると考えられる。
[0102]本明細書で用いているように、「実質的に同じアミノ酸配列」という用語は、天然に存在するアミノ酸配列と類似しているが、同一でないアミノ酸配列を含む。例えば、天然に存在するペプチド、ポリペプチド又はタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するアミノ酸配列は、修飾された配列が天然に存在するペプチド、ポリペプチド又はタンパク質の免疫反応性などの少なくとも１つの生物学的活性を保持するならば、天然に存在するペプチド、ポリペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列と比べてアミノ酸付加、欠失又は置換などの１つ又は複数の修飾を有し得る。アミノ酸配列間の実質的類似性の比較は、約６〜１００残基、好ましくは約１０〜１００残基、より好ましくは約２５〜３５残基を用いて通常実施する。本発明のペプチド、ポリペプチド又はタンパク質、或いはその断片の特に有用な修飾は、例えば、安定性の増大を付与する修飾である。１つ又は複数のＤ−アミノ酸の組み込みは、ポリペプチド又はポリペプチド断片の安定性の増大に有用な修飾である。同様に、リシン残基の欠失又は置換は、ポリペプチド又はポリペプチド断片を分解から保護することにより安定性を増大させ得る。
[0103]「複合体」、「免疫複合体」、「コンジュゲート」及び「免疫コンジュゲート」という用語は、抗体又は抗体断片に結合した（例えば、非共有結合手段により）ペプチド又は抗原を含むが、これらに限定されない。
[0104]「ＩＢＳの進行及び退行をモニタリングすること」という用語は、個体の疾患状態（例えば、ＩＢＳの存在又は重症度）を判定するための本発明の方法、システム及びコードの使用を含む。いくつかの実施形態において、本発明の方法、システム及びコードは、例えば、診断マーカーの解析及び／又はＩＢＳに関連する症状の同定に基づいてＩＢＳが個体において速やか又は徐々に進行する可能性を判定することによりＩＢＳの進行を予測するために用いることができる。他の実施形態において、本発明の方法、システム及びコードは、例えば、診断マーカーの解析及び／又はＩＢＳに関連する症状の同定に基づいてＩＢＳが個体において速やか又は徐々に退行する可能性を判定することによりＩＢＳの退行を予測するために用いることができる。
[0105]「細菌抗原抗体マーカープロファイル」という用語は、個体の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７又はそれ以上のマーカー（複数可）を含み、マーカー（複数可）は、大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、カンピロバクター・ジェジュニ８１−０４５、カンピロバクター・ジェジュニ８１−１２８及びカンピロバクター・ジェジュニ８１−００８、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌ＦｏｃＡ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、大腸菌ＹｂａＮ、大腸菌ＹｃｄＧ、大腸菌ＹｈｇＮ、大腸菌ＹｅｄＫ、大腸菌ＹｉｄＸ、ラクトバチルス・アシドフィルス、Ｆｒｃ、ラクトバチルス・アシドフィルスＥｎｏ、ラクトバチルス・ジョンソニイＥＦＴｕ、バクテロイデス・フラジリスＯｍｐＡ、プレボテラ属ＯｍｐＡ、ウェルシュ菌１０ｂＡ、ウェルシュ菌ＳｐＡ、フェカリス菌Ｓａｎｔ、リステリア菌Ｏｓｐ等などの細菌抗原を認識する（例えば、それに特異的に結合して、複合体を形成する）抗体などであるが、これに限定されない細菌抗原抗体マーカーであり得る。統計解析は、細菌抗原抗体マーカー（複数可）のレベルを細菌抗原抗体マーカープロファイルに変換し得る。いくつかの例において、統計解析は、四分位数スコアであり、マーカーのそれぞれの四分位数スコアを合計して、四分位数和スコアを作出することができる。１つの態様において、単一学習統計分類子システム（a single learning statistical classifier system）を含む統計処理を細菌抗原抗体マーカープロファイルのデータセットに適用して、細菌抗原抗体マーカープロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料（例えば、健常対照試料）と分類する、統計学による決定をもたらし、細菌抗原抗体マーカープロファイルは、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを示している。
[0106]「マスト細胞マーカープロファイル」という用語は、個体の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のマーカー（複数可）を含み、マーカー（複数可）は、β−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２などであるが、これらに限定されないマスト細胞マーカーであり得る。統計解析は、マスト細胞マーカー（複数可）のレベルをマスト細胞マーカープロファイルに変換する。いくつかの例において、統計解析は、四分位数スコアであり、マーカーのそれぞれの四分位数スコアを合計して、四分位数和スコアを作出することができる。１つの態様において、単一学習統計分類子システムを含む統計処理をマスト細胞マーカープロファイルのデータセットに適用して、マスト細胞マーカーに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類する、統計学による決定をもたらし、マスト細胞マーカープロファイルは、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを示している。
[0107]四分位解析において、データの範囲を４つの等しい部分に分割する３つの数（値）が存在する。第１四分位数（「下側四分位数」とも呼ぶ）は、それより下に下部データの２５パーセントがある数である。第２四分位数（「中央四分位数」）は、範囲を中間に分け、それより下にデータの５０パーセントを有する。第３四分位数（「上側四分位数」とも呼ぶ）は、それより下にデータの７５パーセント及びそれより上にデータの上位２５パーセントを有する。非限定的な例として、四分位解析は、第１四分位数におけるマーカーレベル（＜２５％）に１の値を割り当て、第２四分位数におけるマーカーレベル（２５〜５０％）に２の値を割り当て、第３四分位数におけるマーカーレベル（５１〜＜７５％）に３の値を割り当て、第４四分位数におけるマーカーレベル（７５〜１００％）に４の値を割り当てるように、抗体又は本明細書に記載の他のタンパク質などのマーカーの濃度レベルに適用することができる。
[0108]本明細書で用いているように、「四分位数和スコア」又は「ＱＳＳ」は、対象のマーカーのすべての四分位数スコアの和を含む。非限定的な例として、６種のマーカーのパネル（例えば、細菌抗原抗体マーカー及び／又はマスト細胞マーカー）の四分位数和スコアは、６〜２４の範囲にある可能性があり、この場合、マーカーの存在若しくは非存在、又はマーカーのレベルに基づいて、個々のマーカーのそれぞれに１〜４の四分位数スコアが割り当てられる。
[0109]「統計アルゴリズム」又は「統計解析」という用語は、学習統計分類子システムを含む。いくつかの例において、学習統計分類子システムは、ランダムフォレスト、分類及び回帰木、ブースト木、ニューラルネットワーク、サポートベクターマシン、一般カイ二乗自動相互作用検出器モデル、相互作用木、多変量適応型回帰スプライン、機械学習分類子並びにその組合せからなる群から選択される。特定の例において、統計アルゴリズムは、単一学習統計分類子システムを含む。他の実施形態において、統計アルゴリズムは、少なくとも２つの学習統計分類子システムの組合せを含む。いくつかの例において、少なくとも２つの学習統計分類子システムを相前後して適用する。本発明に用いるのに適する統計アルゴリズム及び解析の非限定的な例は、その開示がすべての目的のために全体として参照により本明細書に組み込まれる、２０１１年１０月１８日に出願した国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０５６７７７に記載されている。
[0110]「診断モデル」という用語は、細菌抗原抗体マーカープロファイル、マスト細胞マーカープロファイル及びその組合せを含む。好ましい態様において、後ろ向き解析は、既知の合併症を含む既知の疾患転帰及び実施された外科的処置並びに健常対照のコホートについて行う。１つの態様において、回帰分析（例えば、ロジスティック回帰）は、診断モデルを発展させるために１つ若しくは複数の細菌抗原抗体マーカーのレベル及び／又は１つ若しくは複数のマスト細胞マーカーのレベルについて実施することができる。
ＩＩＩ．実施形態の説明
Ａ．過敏性腸症候群の診断を補助する方法
[0111]１つの態様において、本発明は、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法を提供する。いくつかの実施形態において、方法は、
ａ）対象から採取した生体試料中の細菌抗原抗体マーカーのアレイのレベルを測定するステップと、
ｂ）細菌抗原抗体マーカーのアレイの測定されたレベルに統計解析を適用して、細菌抗原抗体マーカープロファイルを作出するステップと、
ｃ）細菌抗原抗体マーカープロファイルを診断モデルと比較して、個体が健常対照であることと比較してＩＢＳを有する可能性の増大を有するかどうかを判定するステップと
を含む。
[0112]いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体マーカーは、細菌抗原に対する抗体であり、細菌抗原は、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、及びその組合せからなる群から選択される。
[0113]いくつかの実施形態において、統計解析は、細菌抗原抗体マーカーのアレイのレベルを細菌抗原抗体マーカープロファイルに変換する。
[0114]いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体マーカープロファイルは、複数の細菌抗原抗体マーカーの解析に基づく経験的に得られたプロファイルを含む。１つの態様において、マーカーの濃度又はそれらの測定濃度値をコンピュータ搭載のアルゴリズムにより指数に変換する。特定の態様において、プロファイルは、生物学的データを数字で表す、合成又はヒト由来の出力、スコア又はカットオフ値（複数可）である。プロファイルは、臨床上の決定を判定する又は下す又は下す補助をするために用いることができる。細菌抗原抗体マーカープロファイルは、時間の経過にわたって複数回測定することができる。１つの態様において、アルゴリズムは、既知の試料を用いて訓練し、その後、既知の同一性の試料を用いて妥当性確認することができる。
[0115]いくつかの実施形態において、診断モデルは、細菌抗原抗体モデルを含む。いくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳの臨床サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を有する後ろ向きコホートを用いて確立する。
[0116]いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体モデルは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数の細菌抗原抗体マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。
[0117]いくつかの実施形態において、方法は、
ｄ）対象から採取した生体試料中のマスト細胞マーカーのアレイのレベルを測定するステップと、
ｅ）マスト細胞マーカーのアレイの測定されたレベルに統計解析を適用して、マスト細胞マーカープロファイルを作出するステップと、
ｆ）マスト細胞マーカープロファイルを診断モデルと比較して、個体が健常対照であることと比較してＩＢＳを有する可能性の増大を有するかどうかを判定するステップと
をさらに含み、及び／又は代わりに含む。
[0118]いくつかの実施形態において、マスト細胞マーカーのアレイは、マスト細胞マーカーのアレイは、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２及びその組合せからなる群から選択される。
[0119]いくつかの実施形態において、統計解析は、マスト細胞マーカーのアレイのレベルをマスト細胞プロファイルに変換する。
[0120]いくつかの実施形態において、方法は、
ｄ）対象から採取した生体試料中のストレスホルモンマーカーのアレイのレベルを測定するステップと、
ｅ）ストレスホルモンマーカーのアレイの測定されたレベルに統計解析を適用して、ストレスホルモンマーカーのプロファイルを作出するステップと、
ｆ）ストレスホルモンマーカーのプロファイルを診断モデルと比較して、個体が健常対照であることと比較してＩＢＳを有する可能性の増大を有するかどうかを判定するステップと
をさらに含み、及び／又は代わりに含む。
[0121]いくつかの実施形態において、ストレスホルモンマーカーのアレイは、コルチゾール、ＢＤＮＦ、セロトニン、ＣＲＦ、ＡＣＴＨ及びその組合せからなる群から選択される。
[0122]いくつかの実施形態において、統計解析は、マスト細胞マーカーのアレイのレベルをストレスホルモンプロファイルに変換する。
[0123]いくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳの臨床サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を有する後ろ向きコホートを用いて確立する。いくつかの実施形態において、診断モデルは、細菌抗原抗体マーカーモデル、マスト細胞マーカーモデル、ストレスホルモンマーカーモデル又はその組合せを含む。
[0124]いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体マーカーモデルは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数の細菌抗原抗体マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。
[0125]いくつかの実施形態において、マスト細胞マーカーモデルは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数のマスト細胞マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。
[0126]いくつかの実施形態において、ストレスホルモンモデルは、後ろ向きコホートにおいて決定された１つ又は複数のストレスホルモンマーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。
[0127]いくつかの実施形態において、方法は、ＩＢＳの診断をＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）と分類するステップをさらに含む。
[0128]１つの態様において、本発明は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７種又はそれ以上の細菌抗原抗体マーカーのレベルを決定することにより対象における過敏性腸症候群の診断を補助する方法であって、細菌抗原抗体マーカー（複数可）が表１及び２に示す細菌抗原の少なくとも１つを認識する方法を提供する。好ましい実施形態において、本明細書で提供する方法は、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、及びその組合せからなる群から選択される細菌抗原に対する抗体の検出に依拠する。
[0129]いくつかの実施形態において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法は、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを決定するステップを含み、細菌抗原抗体マーカーは、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、及びその組合せに対する抗体からなる群から選択される。
[0130]いくつかの実施形態において、対象におけるＩＢＳの診断を補助する方法は、少なくとも２つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを決定するステップを含み、細菌抗原抗体マーカーは、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、及びその組合せに対する抗体からなる群から選択される。例えば、ＥｃＦｌｉＣ及びＳｆＦｌｉＣ；ＥｃＦｌｉＣ及びＣｊＦｌａＡ；ＥｃＦｌｉＣ及びＣｊＦｌａＢ；ＥｃＦｌｉＣ及びＥｃＯＦｌｉＣ；ＥｃＦｌｉＣ及びＣｊＧＴ−Ａ；ＥｃＦｌｉＣ及びＣｊｄｍｈ；ＥｃＦｌｉＣ及びＣｊＣｇｔＡ；ＥｃＦｌｉＣ及びＳｅＦｌｊＢ；ＥｃＦｌｉＣ及びＥｃＥｒａ；ＥｃＦｌｉＣ及びＥｃＦｏｃＡ；ＥｃＦｌｉＣ及びＥｃＦｒｖＸ；ＥｃＦｌｉＣ及びＥｃＧａｂＴ；ＥｃＦｌｉＣ及びＥｃＹｂａＮ；ＥｃＦｌｉＣ及びＥｃＹｃｄＧ；ＥｃＦｌｉＣ及びＥｃＹｈｇＮ；ＥｃＦｌｉＣ及びＥｃＹｅｄＫ；ＥｃＦｌｉＣ及びＥｃＹｉｄＸ；ＥｃＦｌｉＣ及びＬａＦｒｃ；ＥｃＦｌｉＣ及びＬａＥｎｏ；ＥｃＦｌｉＣ及びＬｊＥＦＴｕ；ＥｃＦｌｉＣ及びＢｆＯｍｐＡ；ＥｃＦｌｉＣ及びＰｒＯｍｐＡ；ＥｃＦｌｉＣ及びＣｐ１０ｂＡ；ＥｃＦｌｉＣ及びＣｐＳｐＡ；ＥｃＦｌｉＣ及びＥｆＳａｎｔ；ＥｃＦｌｉＣ及びＬｍＯｓｐ；ＳｆＦｌｉＣ及びＣｊＦｌａＡ；ＳｆＦｌｉＣ及びＣｊＦｌａＢ；ＳｆＦｌｉＣ及びＥｃＯＦｌｉＣ；ＳｆＦｌｉＣ及びＣｊＧＴ−Ａ；ＳｆＦｌｉＣ及びＣｊｄｍｈ；ＳｆＦｌｉＣ及びＣｊＣｇｔＡ；ＳｆＦｌｉＣ及びＳｅＦｌｊＢ；ＳｆＦｌｉＣ及びＥｃＥｒａ；ＳｆＦｌｉＣ及びＥｃＦｏｃＡ；ＳｆＦｌｉＣ及びＥｃＦｒｖＸ；ＳｆＦｌｉＣ及びＥｃＧａｂＴ；ＳｆＦｌｉＣ及びＥｃＹｂａＮ；ＳｆＦｌｉＣ及びＥｃＹｃｄＧ；ＳｆＦｌｉＣ及びＥｃＹｈｇＮ；ＳｆＦｌｉＣ及びＥｃＹｅｄＫ；ＳｆＦｌｉＣ及びＥｃＹｉｄＸ；ＳｆＦｌｉＣ及びＬａＦｒｃ；ＳｆＦｌｉＣ及びＬａＥｎｏ；ＳｆＦｌｉＣ及びＬｊＥＦＴｕ；ＳｆＦｌｉＣ及びＢｆＯｍｐＡ；ＳｆＦｌｉＣ及びＰｒＯｍｐＡ；ＳｆＦｌｉＣ及びＣｐ１０ｂＡ；ＳｆＦｌｉＣ及びＣｐＳｐＡ；ＳｆＦｌｉＣ及びＥｆＳａｎｔ；ＳｆＦｌｉＣ及びＬｍＯｓｐ；ＣｊＦｌａＡ及びＣｊＦｌａＢ；ＣｊＦｌａＡ及びＥｃＯＦｌｉＣ；ＣｊＦｌａＡ及びＣｊＧＴ−Ａ；ＣｊＦｌａＡ及びＣｊｄｍｈ；ＣｊＦｌａＡ及びＣｊＣｇｔＡ；ＣｊＦｌａＡ及びＳｅＦｌｊＢ；ＣｊＦｌａＡ及びＥｃＥｒａ；ＣｊＦｌａＡ及びＥｃＦｏｃＡ；ＣｊＦｌａＡ及びＥｃＦｒｖＸ；ＣｊＦｌａＡ及びＥｃＧａｂＴ；ＣｊＦｌａＡ及びＥｃＹｂａＮ ＣｊＦｌａＡ及び；ＣｊＦｌａＡ及びＥｃＹｃｄＧ；ＣｊＦｌａＡ及びＥｃＹｈｇＮ；ＣｊＦｌａＡ及びＥｃＹｅｄＫ；ＣｊＦｌａＡ及びＥｃＹｉｄＸ；ＣｊＦｌａＡ及びＬａＦｒｃ；ＣｊＦｌａＡ及びＬａＥｎｏ；ＣｊＦｌａＡ及びＬｊＥＦＴｕ；ＢｆＯｍｐＡ；ＣｊＦｌａＡ及びＰｒＯｍｐＡ；ＣｊＦｌａＡ及びＣｐ１０ｂＡ；ＣｊＦｌａＡ及びＣｐＳｐＡ；ＣｊＦｌａＡ及びＥｆＳａｎｔ；ＣｊＦｌａＡ及びＬｍＯｓｐ；ＣｊＦｌａＢ及びＥｃＯＦｌｉＣ；ＣｊＦｌａＢ及びＣｊＧＴ−Ａ；ＣｊＦｌａＢ及びＣｊｄｍｈ；ＣｊＦｌａＢ及びＣｊＣｇｔＡ；ＣｊＦｌａＢ及びＳｅＦｌｊＢ；ＣｊＦｌａＢ及びＥｃＥｒａ；ＣｊＦｌａＢ及びＥｃＦｏｃＡ；ＥｃＦｒｖＸ；ＣｊＦｌａＢ及びＥｃＧａｂＴ；ＣｊＦｌａＢ及びＥｃＹｂａＮ；ＣｊＦｌａＢ及びＥｃＹｃｄＧ；ＣｊＦｌａＢ及びＥｃＹｈｇＮ；ＣｊＦｌａＢ及びＥｃＹｅｄＫ；ＣｊＦｌａＢ及びＥｃＹｉｄＸ；ＣｊＦｌａＢ及びＬａＦｒｃ；ＣｊＦｌａＢ及びＬａＥｎｏ；ＣｊＦｌａＢ及びＬｊＥＦＴｕ；ＣｊＦｌａＢ及びＢｆＯｍｐＡ；ＣｊＦｌａＢ及びＰｒＯｍｐＡ；ＣｊＦｌａＢ及びＣｐ１０ｂＡ；ＣｊＦｌａＢ及びＣｐＳｐＡ；ＣｊＦｌａＢ及びＥｆＳａｎｔ；ＣｊＦｌａＢ及びＬｍＯｓｐ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＣｊＧＴ−Ａ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＣｊｄｍｈ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＣｊＣｇｔＡ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＳｅＦｌｊＢ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＥｃＥｒａ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＥｃＦｏｃＡ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＥｃＦｒｖＸ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＥｃＧａｂＴ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＥｃＹｂａＮ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＥｃＹｃｄＧ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＥｃＹｈｇＮ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＥｃＹｅｄＫ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＥｃＹｉｄＸ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＬａＦｒｃ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＬａＥｎｏ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＬｊＥＦＴｕ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＢｆＯｍｐＡ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＰｒＯｍｐＡ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＣｐ１０ｂＡ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＣｐＳｐＡ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＥｆＳａｎｔ；ＥｃＯＦｌｉＣ及びＬｍＯｓｐ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＣｊｄｍｈ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＣｊＣｇｔＡ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＳｅＦｌｊＢ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＥｃＥｒａ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＥｃＦｏｃＡ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＥｃＦｒｖＸ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＥｃＧａｂＴ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＥｃＹｂａＮ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＥｃＹｃｄＧ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＥｃＹｈｇＮ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＥｃＹｅｄＫ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＥｃＹｉｄＸ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＬａＦｒｃ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＬａＥｎｏ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＬｊＥＦＴｕ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＢｆＯｍｐＡ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＰｒＯｍｐＡ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＣｐ１０ｂＡ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＣｐＳｐＡ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＥｆＳａｎｔ；ＣｊＧＴ−Ａ及びＬｍＯｓｐ；Ｃｊｄｍｈ及びＣｊＣｇｔＡ；ＳｅＦｌｊＢ；Ｃｊｄｍｈ及びＥｃＥｒａ；Ｃｊｄｍｈ及びＥｃＦｏｃＡ；Ｃｊｄｍｈ及びＥｃＦｒｖＸ；Ｃｊｄｍｈ及びＥｃＧａｂＴ；Ｃｊｄｍｈ及びＥｃＹｂａＮ；Ｃｊｄｍｈ及びＥｃＹｃｄＧ；Ｃｊｄｍｈ及びＥｃＹｈｇＮ；Ｃｊｄｍｈ及びＥｃＹｅｄＫ；ＥｃＹｉｄＸ；Ｃｊｄｍｈ及びＬａＦｒｃ；Ｃｊｄｍｈ及びＬａＥｎｏ；Ｃｊｄｍｈ及びＬｊＥＦＴｕ；Ｃｊｄｍｈ及びＢｆＯｍｐＡ；Ｃｊｄｍｈ及びＰｒＯｍｐＡ；Ｃｊｄｍｈ及びＣｐ１０ｂＡ；Ｃｊｄｍｈ及びＣｐＳｐＡ；Ｃｊｄｍｈ及びＥｆＳａｎｔ；Ｃｊｄｍｈ及びＬｍＯｓｐ；ＣｊＣｇｔＡ及びＳｅＦｌｊＢ；ＣｊＣｇｔＡ及びＥｃＥｒａ；ＣｊＣｇｔＡ及びＥｃＦｏｃＡ；ＣｊＣｇｔＡ及びＥｃＦｒｖＸ；ＣｊＣｇｔＡ及びＥｃＧａｂＴ；ＣｊＣｇｔＡ及びＥｃＹｂａＮ；ＣｊＣｇｔＡ及びＥｃＹｃｄＧ；ＣｊＣｇｔＡ及びＥｃＹｈｇＮ；ＣｊＣｇｔＡ及びＥｃＹｅｄＫ；ＣｊＣｇｔＡ及びＥｃＹｉｄＸ；ＣｊＣｇｔＡ及びＬａＦｒｃ；ＣｊＣｇｔＡ及びＬａＥｎｏ；ＣｊＣｇｔＡ及びＬｊＥＦＴｕ；ＣｊＣｇｔＡ及びＢｆＯｍｐＡ；ＣｊＣｇｔＡ及びＰｒＯｍｐＡ；ＣｊＣｇｔＡ及びＣｐ１０ｂＡ；ＣｊＣｇｔＡ及びＣｐＳｐＡ；ＣｊＣｇｔＡ及びＥｆＳａｎｔ；ＣｊＣｇｔＡ及びＬｍＯｓｐ；ＳｅＦｌｊＢ及びＥｃＥｒａ；ＳｅＦｌｊＢ及びＥｃＦｏｃＡ；ＳｅＦｌｊＢ及びＥｃＦｒｖＸ；ＳｅＦｌｊＢ及びＥｃＧａｂＴ；ＳｅＦｌｊＢ及びＥｃＹｂａＮ；ＳｅＦｌｊＢ及びＥｃＹｃｄＧ；ＳｅＦｌｊＢ及びＥｃＹｈｇＮ；ＳｅＦｌｊＢ及びＥｃＹｅｄＫ；ＳｅＦｌｊＢ及びＥｃＹｉｄＸ；ＳｅＦｌｊＢ及びＬａＦｒｃ；ＳｅＦｌｊＢ及びＬａＥｎｏ；ＳｅＦｌｊＢ及びＬｊＥＦＴｕ；ＳｅＦｌｊＢ及びＢｆＯｍｐＡ；ＳｅＦｌｊＢ及びＰｒＯｍｐＡ；ＳｅＦｌｊＢ及びＣｐ１０ｂＡ；ＳｅＦｌｊＢ及びＣｐＳｐＡ；ＳｅＦｌｊＢ及びＥｆＳａｎｔ；ＳｅＦｌｊＢ及びＬｍＯｓｐ；ＥｃＥｒａ及びＥｃＦｏｃＡ；ＥｃＥｒａ及びＥｃＦｒｖＸ；ＥｃＥｒａ及びＥｃＧａｂＴ；ＥｃＥｒａ及びＥｃＹｂａＮ；ＥｃＥｒａ及びＥｃＹｃｄＧ；ＥｃＥｒａ及びＥｃＹｈｇＮ；ＥｃＥｒａ及びＥｃＹｅｄＫ；ＥｃＥｒａ及びＥｃＹｉｄＸ；ＥｃＥｒａ及びＬａＦｒｃ；ＥｃＥｒａ及びＬａＥｎｏ；ＥｃＥｒａ及びＬｊＥＦＴｕ；ＥｃＥｒａ及びＢｆＯｍｐＡ；ＥｃＥｒａ及びＰｒＯｍｐＡ；ＥｃＥｒａ及びＣｐ１０ｂＡ；ＥｃＥｒａ及びＣｐＳｐＡ；ＥｃＥｒａ及びＥｆＳａｎｔ；ＥｃＥｒａ及びＬｍＯｓｐ；ＥｃＦｏｃＡ及びＥｃＦｒｖＸ；ＥｃＦｏｃＡ及びＥｃＧａｂＴ；ＥｃＦｏｃＡ及びＥｃＹｂａＮ；ＥｃＦｏｃＡ及びＥｃＹｃｄＧ；ＥｃＦｏｃＡ及びＥｃＹｈｇＮ；ＥｃＦｏｃＡ及びＥｃＹｅｄＫ；ＥｃＦｏｃＡ及びＥｃＹｉｄＸ；ＥｃＦｏｃＡ及びＬａＦｒｃ；ＥｃＦｏｃＡ及びＬａＥｎｏ；ＥｃＦｏｃＡ及びＬｊＥＦＴｕ；ＥｃＦｏｃＡ及びＢｆＯｍｐＡ；ＥｃＦｏｃＡ及びＰｒＯｍｐＡ；ＥｃＦｏｃＡ及びＣｐ１０ｂＡ；ＥｃＦｏｃＡ及びＣｐＳｐＡ；ＥｃＦｏｃＡ及びＥｆＳａｎｔ；ＥｃＦｏｃＡ及びＬｍＯｓｐ；ＥｃＦｒｖＸ及びＥｃＧａｂＴ；ＥｃＦｒｖＸ及びＥｃＹｂａＮ；ＥｃＦｒｖＸ及びＥｃＹｃｄＧ；ＥｃＦｒｖＸ及びＥｃＹｈｇＮ；ＥｃＦｒｖＸ及びＥｃＹｅｄＫ；ＥｃＦｒｖＸ及びＥｃＹｉｄＸ；ＥｃＦｒｖＸ及びＬａＦｒｃ；ＥｃＦｒｖＸ及びＬａＥｎｏ；ＥｃＦｒｖＸ及びＬｊＥＦＴｕ；ＥｃＦｒｖＸ及びＢｆＯｍｐＡ；ＥｃＦｒｖＸ及びＰｒＯｍｐＡ；ＥｃＦｒｖＸ及びＣｐ１０ｂＡ；ＥｃＦｒｖＸ及びＣｐＳｐＡ；ＥｃＦｒｖＸ及びＥｆＳａｎｔ；ＥｃＦｒｖＸ及びＬｍＯｓｐ；ＥｃＧａｂＴ及びＥｃＹｂａＮ；ＥｃＧａｂＴ及びＥｃＹｃｄＧ；ＥｃＧａｂＴ及びＥｃＹｈｇＮ；ＥｃＧａｂＴ及びＥｃＹｅｄＫ；ＥｃＧａｂＴ及びＥｃＹｉｄＸ；ＥｃＧａｂＴ及びＬａＦｒｃ；ＥｃＧａｂＴ及びＬａＥｎｏ；ＥｃＧａｂＴ及びＬｊＥＦＴｕ；ＥｃＧａｂＴ及びＢｆＯｍｐＡ；ＥｃＧａｂＴ及びＰｒＯｍｐＡ；ＥｃＧａｂＴ及びＣｐ１０ｂＡ；ＥｃＧａｂＴ及びＣｐＳｐＡ；ＥｃＧａｂＴ及びＥｆＳａｎｔ；ＥｃＧａｂＴ及びＬｍＯｓｐ；ＥｃＹｂａＮ及びＥｃＹｃｄＧ；ＥｃＹｂａＮ及びＥｃＹｈｇＮ；ＥｃＹｂａＮ及びＥｃＹｅｄＫ；ＥｃＹｂａＮ及びＥｃＹｉｄＸ；ＥｃＹｂａＮ及びＬａＦｒｃ；ＥｃＹｂａＮ及びＬａＥｎｏ；ＥｃＹｂａＮ及びＬｊＥＦＴｕ；ＥｃＹｂａＮ及びＢｆＯｍｐＡ；ＥｃＹｂａＮ及びＰｒＯｍｐＡ；ＥｃＹｂａＮ及びＣｐ１０ｂＡ；ＥｃＹｂａＮ及びＣｐＳｐＡ；ＥｃＹｂａＮ及びＥｆＳａｎｔ；ＥｃＹｂａＮ及びＬｍＯｓｐ；ＥｃＹｃｄＧ及びＥｃＹｈｇＮ；ＥｃＹｃｄＧ及びＥｃＹｅｄＫ；ＥｃＹｃｄＧ及びＥｃＹｉｄＸ；ＥｃＹｃｄＧ及びＬａＦｒｃ；ＥｃＹｃｄＧ及びＬａＥｎｏ；ＥｃＹｃｄＧ及びＬｊＥＦＴｕ；ＥｃＹｃｄＧ及びＢｆＯｍｐＡ；ＥｃＹｃｄＧ及びＰｒＯｍｐＡ；ＥｃＹｃｄＧ及びＣｐ１０ｂＡ；ＥｃＹｃｄＧ及びＣｐＳｐＡ；ＥｃＹｃｄＧ及びＥｆＳａｎｔ；ＥｃＹｃｄＧ及びＬｍＯｓｐ；ＥｃＹｈｇＮ及びＥｃＹｅｄＫ；ＥｃＹｈｇＮ及びＥｃＹｉｄＸ；ＥｃＹｈｇＮ及びＬａＦｒｃ；ＥｃＹｈｇＮ及びＬａＥｎｏ；ＥｃＹｈｇＮ及びＬｊＥＦＴｕ；ＥｃＹｈｇＮ及びＢｆＯｍｐＡ；ＥｃＹｈｇＮ及びＰｒＯｍｐＡ；ＥｃＹｈｇＮ及びＣｐ１０ｂＡ；ＥｃＹｈｇＮ及びＣｐＳｐＡ；ＥｃＹｈｇＮ及びＥｆＳａｎｔ；ＥｃＹｈｇＮ及びＬｍＯｓｐ；ＥｃＹｅｄＫ及びＥｃＹｉｄＸ；ＥｃＹｅｄＫ及びＬａＦｒｃ；ＥｃＹｅｄＫ及びＬａＥｎｏ；ＥｃＹｅｄＫ及びＬｊＥＦＴｕ；ＥｃＹｅｄＫ及びＢｆＯｍｐＡ；ＥｃＹｅｄＫ及びＰｒＯｍｐＡ；ＥｃＹｅｄＫ及びＣｐ１０ｂＡ；ＥｃＹｅｄＫ及びＣｐＳｐＡ；ＥｃＹｅｄＫ及びＥｆＳａｎｔ；ＥｃＹｅｄＫ及びＬｍＯｓｐ；ＥｃＹｉｄＸ及びＬａＦｒｃ；ＥｃＹｉｄＸ及びＬａＥｎｏ；ＥｃＹｉｄＸ及びＬｊＥＦＴｕ；ＥｃＹｉｄＸ及びＢｆＯｍｐＡ；ＥｃＹｉｄＸ及びＰｒＯｍｐＡ；ＥｃＹｉｄＸ及びＣｐ１０ｂＡ；ＥｃＹｉｄＸ及びＣｐＳｐＡ；ＥｃＹｉｄＸ及びＥｆＳａｎｔ；ＥｃＹｉｄＸ及びＬｍＯｓｐ；ＬａＦｒｃ及びＬａＥｎｏ；ＬａＦｒｃ及びＬｊＥＦＴｕ；ＬａＦｒｃ及びＢｆＯｍｐＡ；ＬａＦｒｃ及びＰｒＯｍｐＡ；ＬａＦｒｃ及びＣｐ１０ｂＡ；ＬａＦｒｃ及びＣｐＳｐＡ；ＬａＦｒｃ及びＥｆＳａｎｔ；ＬａＦｒｃ及びＬｍＯｓｐ；ＬａＥｎｏ及びＬｊＥＦＴｕ；ＬａＥｎｏ及びＢｆＯｍｐＡ；ＬａＥｎｏ及びＰｒＯｍｐＡ；ＬａＥｎｏ及びＣｐ１０ｂＡ；ＬａＥｎｏ及びＣｐＳｐＡ；ＬａＥｎｏ及びＥｆＳａｎｔ；ＬａＥｎｏ及びＬｍＯｓｐ；ＬｊＥＦＴｕ及びＢｆ
ＯｍｐＡ；ＬｊＥＦＴｕ及びＰｒＯｍｐＡ；ＬｊＥＦＴｕ及びＣｐ１０ｂＡ；ＬｊＥＦＴｕ及びＣｐＳｐＡ；ＬｊＥＦＴｕ及びＥｆＳａｎｔ；ＬｊＥＦＴｕ及びＬｍＯｓｐ；ＢｆＯｍｐＡ及びＰｒＯｍｐＡ；Ｃｐ１０ｂＡ；ＣｐＳｐＡ；ＥｆＳａｎｔ；ＬｍＯｓｐ；ＰｒＯｍｐＡ及びＣｐ１０ｂＡ；ＰｒＯｍｐＡ及びＣｐＳｐＡ；ＰｒＯｍｐＡ及びＥｆＳａｎｔ；ＰｒＯｍｐＡ及びＬｍＯｓｐ；Ｃｐ１０ｂＡ及びＣｐＳｐＡ；Ｃｐ１０ｂＡ及びＥｆＳａｎｔ；Ｃｐ１０ｂＡ及びＬｍＯｓｐ；ＣｐＳｐＡ及びＥｆＳａｎｔ；ＣｐＳｐＡ及びＬｍＯｓｐ；及びＥｆＳａｎｔ及びＬｍＯｓｐに対する細菌抗原抗体などの、２つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを測定することができる。
[0131]いくつかの実施形態において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法は、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６種、又はすべての２７種の細菌抗原抗体マーカーのレベルを決定するステップを含み、細菌抗原抗体マーカーは、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ及びＬｍＯｓｐに対する抗体からなる群から選択される。
[0132]いくつかの実施形態において、方法は、
ａ）試料中に存在する細菌抗原抗体を細菌抗原抗体及び細菌抗原結合部分を含む複合体に変換するのに適する条件下で対象からの生体試料を細菌抗原抗体結合部分（例えば、マルチウエルプレート上の細菌抗原）と接触させるステップと、
ｂ）複合体のレベルを決定し、それにより、試料中に存在する細菌抗原抗体のレベルを決定するステップと
を含む。
[0133]いくつかの実施形態において、方法は、ｃ）試料中に存在する細菌抗原抗体のレベルを細菌抗原抗体の対照レベルと比較するステップをさらに含み、細菌抗原抗体のレベルが対象がＩＢＳを有する可能性の増大を示す。
[0134]いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体の対照レベルは、健常対照対象からの試料中の細菌抗原抗体のレベル又は健常対照対象のコホートからの試料中に存在する細菌抗原抗体の平均レベルである。他の実施形態において、細菌抗原抗体の対照レベルは、非ＩＢＳ対象からの試料中の細菌抗原抗体のレベル又は非ＩＢＳ対象のコホートからの試料中に存在する細菌抗原抗体の平均レベルである。対照レベルを決定するのに有用である罹患対象の非限定的な例は、非ＩＢＳ消化管疾患を有する対象、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する対象、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を有する対象、クローン病（ＣＤ）を有する対象、セリアック病を有する対象、胃食道逆流疾患（ＧＥＲＤ）を有する対象、癌を有する対象、消化管の癌を有する対象、胃の癌を有する対象、小又は大腸の癌を有する対象などを含む。
[0135]いくつかの実施形態において、対照レベルは、個々の試料中に存在する細菌抗原抗体を細菌抗原抗体及び細菌抗原を含む複合体に変換するのに適する条件下で健常対照対象からの生体試料を細菌抗原（例えば、マルチウエルプレート上の）と接触させ、（ｂ）複合体のレベルを決定し、それにより、個々の試料中に存在する細菌抗原抗体のレベルを決定することにより測定する。他の例において、対照レベルは、健常対照対象のコホートの試料から測定される複合体の平均レベルである。
[0136]いくつかの実施形態において、対照レベルと比べて、対象からの試料中の細菌抗原抗体の同様なレベルは、対象がＩＢＳを有さない可能性の増大を示す。いくつかの実施形態において、対照レベルと比べて、対象からの試料中の細菌抗原抗体のレベルの差は、対象がＩＢＳを有する可能性の増大を示す。
[0137]より好ましい実施形態において、方法は、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びその組合せから選択される少なくとも１つのマスト細胞マーカーの検出をさらに含む。β−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）を検出する方法は、それらの開示がすべての目的のために全体として参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，１１４，６１６号及び米国特許出願公開第２０１２／２４４５５８号に詳細に記載されている。
[0138]いくつかの実施形態において、対象におけるＩＢＳの診断を補助する方法は、少なくとも１つのマスト細胞マーカーのレベルを決定するステップを含み、マスト細胞マーカーは、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２及びその組合せからなる群から選択される。他の実施形態において、対象におけるＩＢＳの診断を補助する方法は、少なくとも２つのマスト細胞マーカーのレベルを決定するステップを含み、マスト細胞マーカーは、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２及びその組合せからなる群から選択される。例えば、方法は、少なくとも２つのマスト細胞マーカー、例えば、β−トリプターゼ及びヒスタミン、β−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２並びにβ−トリプターゼ及びプロスタグランジンＥ２のレベルを測定するステップを含む。さらに他の実施形態において、対象におけるＩＢＳの診断を補助する方法は、本明細書に記載の３つすべてのマスト細胞マーカーのレベルを決定するステップを含む。
[0139]特定の実施形態において、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びその組合せから選択される少なくとも１つのマスト細胞マーカーと併せた、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、及びその組合せからなる群から選択される細菌抗原と複合化する、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを決定することにより対象における過敏性腸症候群の診断を補助する方法を提供する。
[0140]いくつかの実施形態において、対象におけるＩＢＳの診断を予測する方法は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７種の、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ及びＬｍＯｓｐに対する抗体からなる群から選択される、細菌抗原抗体マーカー（複数可）、並びにβ−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２及びその組合せからなる群から選択される、少なくとも１、２、３種のマスト細胞マーカー（複数可）のレベルを決定するステップを含む。いくつかの例において、方法は、細菌抗原抗体マーカー：マスト細胞マーカーの組合せ、例えば、それぞれ１：１（すなわち、ＥｃＦｌｉＣ：β−トリプターゼ）、１：２、１：３、２：１、２：２、２：３、３：１、３：２、３：３、４：１、４：２、４：３、５：１、５：２、５：３、６：１、６：２、６：３、７：１、７：２、７：３、８：１、８：２、８：３、９：１、９：２、９：３、１０：１、１０：２、１０：３、１１：１、１１：２、１１：３、１２：０、１２：１、１２：２、１２：３、１３：０、１３：１、１３：２、１３：３、１４：１、１４：２、１４：３、１５：１、１５：２、１５：３、６：１、１６：２、１６：３、１７：１、１７：２、１７：３、１８：１、１８：２、１８：３、１９：１、１９：２、１９：３、２０：１、２０：２、２０：３、２１：１、２１：２、２１：３、２２：１、２２：２、２２：３、２３：１、２３：２、２３：３、２４：１、２４：２、２４：３、２５：１、２５：２、２５：３、２６：１、２６：２、２６：３、２７：１、２７：２、及び２７：３の細菌抗原抗体マーカー：マスト細胞マーカーのレベルを決定するステップを含む。
[0141]他の態様において、本発明は、ＩＢＳの診断をＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、サブタイプ分類不能ＩＢＳ（ＩＢＳ−Ｕ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）と分類する方法を提供する。
[0142]いくつかの実施形態において、対象におけるＩＢＳの診断を補助する方法は、少なくとも１つのストレス因子マーカーのレベルを決定するステップを含み、ストレス因子マーカーは、コルチゾール、ＢＤＮＦ、セロトニン、ＣＲＦ、ＡＣＴＨ及びその組合せからなる群から選択される。他の実施形態において、対象におけるＩＢＳの診断を補助する方法は、少なくとも２つのストレス因子マーカーのレベルを決定するステップを含み、ストレス因子マーカーは、コルチゾール、ＢＤＮＦ、セロトニン、ＣＲＦ、ＡＣＴＨ及びその組合せからなる群から選択される。例えば、コルチゾール及びＢＤＮＦ、コルチゾール及びセロトニン、コルチゾール及びＣＲＦ、コルチゾール及びＡＣＴＨ、ＢＤＮＦ及びセロトニン、ＢＤＮＦ及びＣＲＦ、ＢＤＮＦ及びＡＣＴＨ、セロトニン及びＣＲＦ、セロトニン及びＡＣＴＨ並びにＣＲＦ及びＡＣＴＨなどの２つのストレス因子マーカーのレベルを決定する。さらに他の実施形態において、対象におけるＩＢＳの診断を補助する方法は、少なくとも３、４又はすべての５種のストレス因子マーカーのレベルを決定するステップを含み、ストレス因子マーカーは、コルチゾール、ＢＤＮＦ、セロトニン、ＣＲＦ、ＡＣＴＨ及びその組合せからなる群から選択される。
[0143]いくつかの実施形態において、対象におけるＩＢＳの診断を予測する方法は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７種の、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ及びＬｍＯｓｐに対する抗体からなる群から選択される、細菌抗原抗体マーカー（複数可）、並びにβ−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２及びその組合せからなる群から選択される、少なくとも１、２、３種のマスト細胞マーカー（複数可）のレベルを決定するステップを含む。いくつかの例において、方法は、細菌抗原抗体マーカー：マスト細胞マーカーの組合せ、例えば、それぞれ１：１（すなわち、ＥｃＦｌｉＣ：β−トリプターゼ）、１：２、１：３、２：１、２：２、２：３、３：１、３：２、３：３、４：１、４：２、４：３、５：１、５：２、５：３、６：１、６：２、６：３、７：１、７：２、７：３、８：１、８：２、８：３、９：１、９：２、９：３、１０：１、１０：２、１０：３、１１：１、１１：２、１１：３、１２：０、１２：１、１２：２、１２：３、１３：０、１３：１、１３：２、１３：３、１４：１、１４：２、１４：３、１５：１、１５：２、１５：３、６：１、１６：２、１６：３、１７：１、１７：２、１７：３、１８：１、１８：２、１８：３、１９：１、１９：２、１９：３、２０：１、２０：２、２０：３、２１：１、２１：２、２１：３、２２：１、２２：２、２２：３、２３：１、２３：２、２３：３、２４：１、２４：２、２４：３、２５：１、２５：２、２５：３、２６：１、２６：２、２６：３、２７：１、２７：２、及び２７：３の細菌抗原抗体マーカー：マスト細胞マーカーのレベルを決定するステップを含む。
[0144]他の実施形態において、対象におけるＩＢＳの診断を予測する方法は、本明細書に記載の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７種の細菌抗原抗体マーカー（複数可）、本明細書に記載の少なくとも１、２、３種のマスト細胞マーカー（複数可）及び場合によって本明細書に記載の少なくとも１、２、３、４又は５種のストレス因子マーカー（複数可）のレベルを決定するステップを含む。例えば、方法は、細菌抗原抗体マーカー：マスト細胞マーカー：ストレス細胞マーカーの組合せ、例えば、それぞれ１：１：１（すなわち、ＥｃＦｌｉＣ：β−トリプターゼ：コルチゾール）、１：１：２、１：１：３、１：１：４、１：１：５、１：２：１、１：２：２、１：２：３、１：２：４、１：２：５、１：３：１、１：３：２、１：３：３、１：３：４、１：３：５、２：１：１、２：１：２、２：１：３、２：１：４、２：１：５、２：２：１、２：２：２、２：２：３、２：２：４、２：２：５、２：３：１、２：３：２、２：３：３、２：３：４、２：３：５、３：１：１、３：１：２、３：１：３、３：１：４、３：１：５、３：２：１、３：２：２、３：２：３、３：２：４、３：２：５、３：３：１、３：３：２、３：３：３、３：３：４、３：３：５、４：１：１、４：１：２、４：１：３、４：１：４、４：１：５、４：２：１、４：２：２、４：２：３、４：２：４、４：２：５、４：３：１、４：３：２、４：３：３、４：３：４、４：３：５、５：１：１、５：１：２、５：１：３、５：１：４、５：１：５、５：２：１、５：２：２、５：２：３、５：２：４、５：２：５、５：３：１、５：３：２、５：３：３、５：３：４、５：３：５、６：１：１、６：１：２、６：１：３、６：１：４、６：１：５、６：２：１、６：２：２、６：２：３、６：２：４、６：２：５、６：３：１、６：３：２、６：３：３、６：３：４、６：３：５、７：１：１、７：１：２、７：１：３、７：１：４、７：１：５、７：２：１、７：２：２、７：２：３、７：２：４、７：２：５、７：３：１、７：３：２、７：３：３、７：３：４、７：３：５、８：１：１、８：１：２、８：１：３、８：１：４、８：１：５、８：２：１、８：２：２、８：２：３、８：２：４、８：２：５、８：３：１、８：３：２、８：３：３、８：３：４、８：３：５、９：１：１、９：１：２、９：１：３、９：１：４、９：１：５、９：２：１、９：２：２、９：２：３、９：２：４、９：２：５、９：３：１、９：３：２、９：３：３、９：３：４、９：３：５、１０：１：１、１０：１：２、１０：１：３、１０：１：４、１０：１：５、１０：２：１、１０：２：２、１０：２：３、１０：２：４、１０：２：５、１０：３：１、１０：３：２、１０：３：３、１０：３：４、１０：３：５、１１：１：１、１１：１：２、１１：１：３、１１：１：４、１１：１：５、１１：２：１、１１：２：２、１１：２：３、１１：２：４、１１：２：５、１１：３：１、１１：３：２、１１：３：３、１１：３：４、１１：３：５、１２：１：１、１２：１：２、１２：１：３、１２：１：４、１２：１：５、１２：２：１、１２：２：２、１２：２：３、１２：２：４、１２：２：５、１２：３：１、１２：３：２、１２：３：３、１２：３：４、１２：３：５、１３：１：１、１３：１：２、１３：１：３、１３：１：４、１３：１：５、１３：２：１、１３：２：２、１３：２：３、１３：２：４、１３：２：５、１３：３：１、１３：３：２、１３：３：３、１３：３：４、１３：３：５、１５：１：１、１５：１：２、１５：１：３、１５：１：４、１５：１：５、１５：２：１、１５：２：２、１５：２：３、１５：２：４、１５：２：５、１５：３：１、１５：３：２、１５：３：３、１５：３：４、１５：３：５、１６：１：１、１６：１：２、１６：１：３、１６：１：４、１６：１：５、１６：２：１、１６：２：２、１６：２：３、１６：２：４、１６：２：５、１６：３：１、１６：３：２、１６：３：３、１６：３：４、１６：３：５、１７：１：１、１７：１：２、１７：１：３、１７：１：４、１７：１：５、１７：２：１、１７：２：２、１７：２：３、１７：２：４、１７：２：５、１７：３：１、１７：３：２、１７：３：３、１７：３：４、１７：３：５、１８：１：１、１８：１：２、１８：１：３、１８：１：４、１８：１：５、１８：２：１、１８：２：２、１８：２：３、１８：２：４、１８：２：５、１８：３：１、１８：３：２、１８：３：３、１８：３：４、１８：３：５、１９：１：１、１９：１：２、１９：１：３、１９：１：４、１９：１：５、１９：２：１、１９：２：２、１９：２：３、１９：２：４、１９：２：５、１９：３：１、１９：３：２、１９：３：３、１９：３：４、１９：３：５、２０：１：１、２０：１：２、２０：１：３、２０：１：４、２０：１：５、２０：２：１、２０：２：２、２０：２：３、２０：２：４、２０：２：５、２０：３：１、２０：３：２、２０：３：３、２０：３：４、２０：３：５、２１：１：１、２１：１：２、２１：１：３、２１：１：４、２１：１：５、２１：２：１、２１：２：２、２１：２：３、２１：２：４、２１：２：５、２１：３：１、２１：３：２、２１：３：３、２１：３：４、２１：３：５、２２：１：１、２２：１：２、２２：１：３、２２：１：４、２２：１：５、２２：２：１、２２：２：２、２２：２：３、２２：２：４、２２：２：５、２２：３：１、２２：３：２、２２：３：３、２２：３：４、２２：３：５、２３：１：１、２３：１：２、２３：１：３、２３：１：４、２３：１：５、２３：２：１、２３：２：２、２３：２：３、２３：２：４、２３：２：５、２３：３：１、２３：３：２、２３：３：３、２３：３：４、２３：３：５、２４：１：１、２４：１：２、２４：１：３、２４：１：４、２４：１：５、２４：２：１、２４：２：２、２４：２：３、２４：２：４、２４：２：５、２４：３：１、２４：３：２、２４：３：３、２４：３：４、２４：３：５、２５：１：１、２５：１：２、２５：１：３、２５：１：４、２５：１：５、２５：２：１、２５：２：２、２５：２：３、２５：２：４、２５：２：５、２５：３：１、２５：３：２、２５：３：３、２５：３：４、２５：３：５、２６：１：１、２６：１：２、２６：１：３、２６：１：４、２６：１：５、２６：２：１、２６：２：２、２６：２：３、２６：２：４、２６：２：５、２６：３：１、２６：３：２、２６：３：３、２６：３：４、２６：３：５、２７：１：１、２７：１：２、２７：１：３、２７：１：４、２７：１：５、２７：２：１、２７：２：２、２７：２：３、２７：２：４、２７：２：５、２７：３：１、２７：３：２、２７：３：３、２７：３：４、及び２７：３：５の細菌抗原抗体マーカー：マスト細胞マーカー：ストレス細胞マーカーのレベルを決定するステップを含む。
[0145]他の態様において、本発明は、ａ）第１の時点に採取した第１の生体試料中の、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７種又はそれ以上の、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ及びその組合せからなる群から選択される細菌抗原を認識する、細菌抗原抗体マーカーのレベルを決定するステップと、ｂ）第２の時点に採取した第２の生体試料中の細菌抗原抗体マーカーのレベルを決定するステップと、ｃ）第１の試料中に存在する細菌抗原抗体マーカーのレベルを第２の試料中に存在する細菌抗原抗体マーカーのレベルと比較するステップとにより対象における過敏性腸症候群の進行又は退行をモニタリングする方法であって、細菌抗原抗体マーカーのレベルの差が対象におけるＩＢＳの進行を示す、方法を提供する。
[0146]いくつかの実施形態において、対象における過敏性腸症候群の進行又は退行をモニタリングする方法は、ａ）第１の時点における第１の試料中のβ−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びその組合せから選択される少なくとも１つのマスト細胞マーカーと併せた、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、及びその組合せからなる群から選択される細菌抗原と複合化する、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを決定するステップと、ｂ）第２の時点における第２の試料中の細菌抗原抗体マーカー（複数可）及びマスト細胞マーカー（複数可）のレベルを決定するステップと、ｃ）細菌抗原抗体マーカー（複数可）及びマスト細胞マーカー（複数可）のレベルを比較するステップとを含み、第２の試料と比較した第１の試料中のレベルが対象におけるＩＢＳの進行又は退行を示す。
[0147]いくつかの実施形態において、第２の試料と比較した第１の試料中の細菌抗原抗体マーカー（複数可）及びマスト細胞マーカー（複数可）のレベル（複数可）の増加は、対象におけるＩＢＳの進行を示す。いくつかの実施形態において、第２の試料と比較した第１の試料中の細菌抗原抗体マーカー（複数可）及びマスト細胞マーカー（複数可）のレベル（複数可）の低下は、対象におけるＩＢＳの退行を示す。
[0148]いくつかの実施形態において、本発明は、
ａ）対象から採取した生体試料中の細菌抗原（例えば、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、など）を認識する細菌抗原抗体マーカーのアレイ及びマスト細胞マーカー（例えば、血清β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２など）のアレイのレベルを測定するステップと、
ｂ）選択された細菌抗原抗体マーカー及びマスト細胞マーカーの測定されたレベルに統計解析を適用して、選択された細菌抗原抗体マーカー及びマスト細胞マーカーのレベルの表示を含む、疾患分類プロファイルを作出するステップと、
ｃ）対象の疾患分類プロファイルを対照の疾患分類プロファイルと比較して、対象がＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）を有するかどうかを判定するステップと
を含む、対象におけるＩＢＳの診断を分類する方法を提供する。
[0149]いくつかの実施形態において、疾患分類プロファイルは、複数の選択された細菌抗原抗体マーカー及びマスト細胞マーカーの解析に基づく経験的に得られるプロファイルを含む。１つの態様において、マーカーの濃度又はそれらの測定濃度値をコンピュータ搭載のアルゴリズムによりプロファイルに変換する。特定の態様において、プロファイルは、生物学的データを数字で表す、合成又はヒト由来の出力、スコア又はカットオフ値（複数可）である。プロファイルは、臨床上の決定を判定する又は下す又は下す補助をするために用いることができる。疾患分類プロファイルは、時間の経過にわたって複数回測定することができる。１つの態様において、アルゴリズムは、既知の試料を用いて訓練し、その後、既知の同一性の試料を用いてバリデートすることができる。
[0150]いくつかの実施形態において、疾患分類プロファイル対照は、健常対象、ＩＢＳ又はＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）若しくは感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）などのＩＢＳのサブタイプを有する対象である対象の疾患分類プロファイルを含む。他の実施形態において、対照の疾患分類プロファイルは、健常対照、ＩＢＳを有する対象又はＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ、ＩＢＳ−Ｍ、ＩＢＳ−Ａ若しくはＩＢＳ−ＰＩなどのＩＢＳの特定のサブタイプを有する対象である複数の対象の複数の疾患分類プロファイルの平均を含む。
[0151]少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを検出又は決定するために用いる試料は、一般的に全血、血漿、血清、唾液、尿、便（すなわち、糞便）、涙液及び他の体液又は小腸若しくは結腸試料などの組織試料（すなわち、生検材料）である。試料は、血清、全血、血漿、便、尿又は組織生検材料であることが好ましい。特定の例において、本発明の方法は、試料中の少なくとも１つの細菌抗原抗体のレベルを検出又は決定する前に個体から試料を得るステップをさらに含む。好ましい実施形態において、追加の細菌抗原抗体及び／又はマスト細胞マーカーを血液又は血清試料から検出する。他の実施形態において、追加の細菌抗原抗体及び／又はマスト細胞マーカーを便試料又は対象の腸からの生検材料から検出する。
[0152]特定の他の実施形態において、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルは、免疫測定法（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学測定法を用いて決定する。本発明の方法に用いるのに適する免疫測定法の非限定的な例は、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）を含む。本発明の方法に用いるのに適する免疫組織化学測定法の例は、直接蛍光抗体測定法、間接蛍光抗体（ＩＦＡ）測定法、抗補体免疫蛍光測定法及びアビジン−ビオチン免疫蛍光測定法などの免疫蛍光測定法を含むが、これに限定されない。他のタイプの免疫組織化学測定法は、免疫ペルオキシダーゼ測定法を含む。血清、血漿、唾液又は尿試料中の細菌抗原の存在又はレベルを決定するための適切なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ａｎｔｉｇｅｎｉｘ Ａｍｅｒｉｃａ Ｉｎｃ．（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ ｓｔａｔｉｏｎ、ＮＹ）、Ｐｒｏｍｅｇａ（Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）、ＣＨＥＭＩＣＯＮ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．（Ｔｅｍｅｃｕｌａ、ＣＡ）、Ｎｅｏｇｅｎ Ｃｏｒｐ．（Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ、ＫＹ）、ＰｅｐｒｏＴｅｃｈ（Ｒｏｃｋｙ Ｈｉｌｌ、ＮＪ）、Ａｌｐｃｏ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（Ｓａｌｅｍ、ＮＨ）、Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）及び／又はＡｂａｚｙｍｅ（Ｎｅｅｄｈａｍ、ＭＡ）から入手できる。
１．細菌抗原抗体
[0153]本明細書で用いているように、「細菌抗原抗体」という用語は、抗細菌抗原抗体のような、細菌抗原又はその抗原性断片に特異的に結合する抗体を意味する。特定の理論に拘束されるものではないが、消化管微生物叢に関わるＩＢＳ又は他の障害を有する人は、抗細菌抗原抗体を発生し得る。
[0154]１つの態様において、本発明は、細菌抗原抗体マーカーを用いてＩＢＳの診断を補助する方法を提供する。
[0155]いくつかの実施形態において、方法は、対象から採取した生体試料中の細菌抗原抗体マーカーのアレイのレベルを測定するステップを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルは、健常対照と比較してＩＢＳを有する個体において増加している。他の実施形態において、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルは、健常対照と比較してＩＢＳを有する個体において減少している。いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体マーカーのアレイのレベルは、健常対照からの試料と比較してＩＢＳを有する個体から採取した試料において調節不全の状態である。
[0156]いくつかの実施形態において、方法は、
ａ）試料中に存在する細菌抗原抗体を細菌抗原抗体及び細菌抗原ポリペプチド又はその断片を含む複合体に変換するのに適する条件下で対象からの生体試料を細菌抗原ポリペプチド又はその抗原性断片と接触させるステップと、
ｂ）複合体のレベルを決定し、それにより、試料中に存在する細菌抗原抗体のレベルを決定するステップと
を含む。いくつかの実施形態において、方法は、
ｃ）試料中に存在する細菌抗原抗体のレベルを細菌抗原抗体の対照レベルと比較するステップ
をさらに含み、細菌抗原抗体のレベルが対象がＩＢＳを有する可能性の増大を示す。
[0157]細菌抗原ポリペプチド又はその断片は、測定されるべき細菌抗原抗体に選択的に結合する。例えば、細菌フラジェリン（例えば、ＳｆＦｌｉＣ）に対する抗体のレベルは、フラジェリンポリペプチド又はその抗原性断片を用いて測定することができる。
[0158]特定の実施形態において、本発明は、
ａ）細菌抗原抗体を細菌抗原及び捕捉抗細菌抗原抗体を含む複合体に変換するのに適する条件下で、含有される細菌抗原抗体を有する試料を接触させるステップと、
ｂ）前記複合体を酵素標識インジケーター抗体と接触させて、前記複合体を標識複合体に変換するステップと、
ｃ）標識複合体を酵素の基質と接触させるステップと、
ｄ）試料中の細菌抗原抗体の存在又はレベルを検出するステップと
を含む、ＩＢＳの診断を補助する方法を提供する。
[0159]例えば、本明細書に記載の実施例３及び４に例示するように、本発明の方法は、試料中に存在する細菌抗原抗体のレベルを測定するために用いる。
[0160]特定の実施形態において、様々な細菌抗原が、ＩＢＳの診断を補助する本発明の方法に特に有用である。細菌抗原の非限定的な例は、消化管微生物叢により発現されるフラジェリンポリペプチド又はその断片及び他のポリペプチド又はその断片を含む。微生物フラジェリンは、それ自体を中空円柱に配置してフィラメントを形成する細菌鞭毛に見いだされるタンパク質である。フラジェリンポリペプチド又はその断片は、クロストリジウム属、ラクノスピラ科細菌Ａ４、大腸菌Ｋ１２、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７、フレキシナ赤痢菌、カンピロバクター・ジェジュニ及び腸炎菌を含む細菌により一般的に発現される。フラジェリンポリペプチドの非限定的な例を表１に示す。
Figure 2015533213
[0161]「ＣｊＦｌａＡ」という用語は、抗ＦｌａＡ抗体との免疫反応性を示すカンピロバクター・ジェジュニのフラジェリンサブユニットを意味する。試料中の抗ＦｌａＡ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＣｊＦｌａＡ抗原は、制限なしに、ＦｌａＡタンパク質、ＦｌａＡタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｌａＡポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＦｌａＡポリペプチドは、一般的にＦｌａＡタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、カンピロバクター・ジェジュニなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＢＣ６９２７６．１などのＦｌａＡペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0162]「ＣｊＦｌａＢ」という用語は、抗ＦｌａＢ抗体との免疫反応性を示すカンピロバクター・ジェジュニのフラジェリンＢを意味する。試料中の抗ＦｌａＢ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＣｊＦｌａＢ抗原は、制限なしに、ＦｌａＢタンパク質、ＦｌａＢタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｌａＢポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＦｌａＢポリペプチドは、一般的にＦｌａＢタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、カンピロバクター・ジェジュニなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＥＡＱ７２８８３．１などのＦｌａＢペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0163]「ＥｃＦｌｉＣ」という用語は、抗ＦｌｉＣ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｋ１２のフラジェリンを意味する。試料中の抗ＦｌｉＣ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＥｃＦｌｉＣ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＦｌｉＣタンパク質、大腸菌株Ｋ１２のＦｌｉＣタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｌｉＣポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。大腸菌株Ｋ１２のＦｌｉＣポリペプチドは、一般的に大腸菌株Ｋ１２のＦｌｉＣタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＡ２３９５０．１などのＦｌｉＣペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0164]「ＥｃＯＦｌｉＣ」という用語は、抗ＦｌｉＣ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｏ１５７：Ｈ７のフラジェリンを意味する。試料中の抗ＦｌｉＣ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＦｌｉＣ抗原は、制限なしに、ＦｌｉＣタンパク質、ＦｌｉＣタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｌｉＣポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＦｌｉＣポリペプチドは、一般的にＦｌｉＣタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌株Ｏ１５７：Ｈ７などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＢＡＢ３６０８５．１などのＦｌｉＣペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0165]「ＳｆＦｌｉＣ」という用語は、抗ＦｌｉＣ抗体との免疫反応性を示すフレキシナ赤痢菌のフラジェリンを意味する。試料中の抗ＦｌｉＣ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＳｆＦｌｉＣ抗原は、制限なしに、ＦｌｉＣタンパク質、ＦｌｉＣタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｌｉＣポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＦｌｉＣポリペプチドは、一般的にＦｌｉＣタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、フレキシナ赤痢菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＢＡＡ０４０９３．１などのＦｌｉＣペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。当業者は、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣが鞭毛フィラメント構造タンパク質、フラジェリン及びＨ−抗原としても公知であることを認識する。
[0166]「Ｃｊ８１−０４５」又は「ＣｊＧＴ−Ａ」という用語は、抗Ｃｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）抗体との免疫反応性を示すカンピロバクター・ジェジュニ膜タンパク質を意味する。試料中の抗Ｃｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）抗体レベルを決定するのに有用である適切なＣｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）抗原は、制限なしに、Ｃｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）タンパク質、Ｃｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）タンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＣｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）ポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。Ｃｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）ポリペプチドは、一般的にＣｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）タンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、カンピロバクター・ジェジュニなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＷ５６１２４．１などのＣｊ８１−０４５（ＣｊＧＴ−Ａ）ペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0167]「Ｃｊ８１−１２８」又は「Ｃｊｄｍｈ」という用語は、抗Ｃｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）抗体との免疫反応性を示すカンピロバクター・ジェジュニ膜タンパク質を意味する。試料中の抗Ｃｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）抗体レベルを決定するのに有用である適切なＣｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）抗原は、制限なしに、Ｃｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）タンパク質、Ｃｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）タンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＣｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）ポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。Ｃｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）ポリペプチドは、一般的にＣｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）タンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、カンピロバクター・ジェジュニなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＷ５６１８７．１などのＣｊ８１−１２８（Ｃｊｄｍｈ）ペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0168]「Ｃｊ８１−００８」又は「ＣｊＣｇｔＡ」という用語は、抗Ｃｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）抗体との免疫反応性を示すカンピロバクター・ジェジュニのベータ−１，４−Ｎ−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼを意味する。試料中の抗Ｃｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）抗体レベルを決定するのに有用である適切なＣｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）抗原は、制限なしに、Ｃｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）タンパク質、Ｃｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）タンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＣｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）ポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。Ｃｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）ポリペプチドは、一般的にＣｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）タンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、カンピロバクター・ジェジュニなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＷ５６１０１．１などのＣｊ８１−００８（ＣｊＣｇｔＡ）ペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0169]いくつかの実施形態において、本発明の方法は、消化管微生物叢（例えば、大腸菌Ｋ１２）により発現される少なくとも１つのポリペプチド又はその断片に対する抗体のレベルを決定するステップを含む。消化管微生物叢の大腸菌により発現されるポリペプチドの非限定的な例を表２に示す。
Figure 2015533213
[0170]「ＥｃＥｒａ」という用語は、抗Ｅｒａ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｋ１２のＲａｓ様膜結合性リボソーム結合ＧＴＰアーゼを意味する。試料中の抗Ｅｒａ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＥｃＥｒａ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＥｒａタンパク質、大腸菌株Ｋ１２のＥｒａタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＥｒａポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。大腸菌株Ｋ１２のＥｒａポリペプチドは、一般的に大腸菌株Ｋ１２のＥｒａタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌株Ｋ１２などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＡ０３２４２．１などのＥｒａペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。当業者は、Ｅｒａが膜結合性１６ＳｒＲＮＡ結合ＧＴＰアーゼ、Ｂ２５６６、ＳｄｇＥ及びＲｂａＡとしても公知であることを認識する。
[0171]「ＥｃＦｒｖＸ」という用語は、抗ＦｒｖＸ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｋ１２のｆｒｖオペロンタンパク質を意味する。ＦｒｖＸは、エンド−１，４−ベータグルカナーゼであると予測されている。試料中の抗ＦｒｖＸ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＥｃＦｒｖＸ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＦｒｖＸタンパク質、大腸菌株Ｋ１２のＦｒｖＸタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｒｖＸポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。大腸菌株Ｋ１２のＦｒｖＸポリペプチドは、一般的に大腸菌株Ｋ１２のＦｒｖＸタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＢ０３０３１．１などのＦｒｖＸペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0172]「ＥｃＧａｂＴ」という用語は、抗ＧａｂＴ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｋ１２のＰＬＰ依存性４−アミノ酪酸アミノトランスフェラーゼを意味する。試料中の抗ＧａｂＴ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＧａｂＴ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＧａｂＴタンパク質、大腸菌株Ｋ１２のＧａｂＴタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＧａｂＴポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＧａｂＴポリペプチドは、一般的に大腸菌株Ｋ１２のＧａｂＴタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＣ３６８３２．１などのＧａｂＴペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、或いはファージディスプレイを用いることにより調製することができる。当業者は、ＧａｂＴが（Ｓ）−３−アミノ−２−メチルプロピオン酸トランスアミナーゼ、ＧＡＢＡアミノトランスフェラーゼ、ＧＡＢＡ−ＡＴ、ガンマ−アミノ−Ｎ−酪酸トランスアミナーゼ及びグルタミン酸−コハク酸セミアルデヒドトランスアミナーゼＬ−ＡＩＢＡＴとしても公知であることを認識する。
[0173]「ＥｃＹｈｇＮ」という用語は、抗生物質トランスポーターとして機能すると予測され、抗ＹｈｇＮ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｋ１２膜タンパク質を意味する。試料中の抗ＹｈｇＮ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＥｃＹｈｇＮ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＹｈｇＮタンパク質、大腸菌株Ｋ１２のＹｈｇＮタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＹｈｇＮポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＹｈｇＮポリペプチドは、一般的に大腸菌株Ｋ１２のＹｈｇＮタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＡ５８２３２．１などのＹｈｇＮペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、或いはファージディスプレイを用いることにより調製することができる。当業者は、ＹｈｇＮが予測された抗生物質トランスポーターとしても公知であることを認識する。
[0174]「ＥｃＹｅｄＫ」という用語は、抗ＹｅｄＫ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｋ１２の予測タンパク質を意味する。試料中の抗ＹｅｄＫ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＥｃＹｅｄＫ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＹｅｄＫタンパク質、大腸菌株Ｋ１２のＹｅｄＫタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＹｅｄＫポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＹｈｇＮポリペプチドは、一般的に大腸菌株Ｋ１２のＹｅｄＫタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡ４８１３９などのＹｅｄＫペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により、或いはファージディスプレイを用いることにより調製することができる。
[0175]「ＥｃＹｉｄＸ」という用語は、抗ＹｉｄＸ抗体との免疫反応性を示す大腸菌株Ｋ１２の推定レプリカーゼを意味する。ＹｉｄＸは、リポタンパク質Ｃであると予測される。試料中の抗ＹｉｄＸ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＹｉｄＸ抗原は、制限なしに、大腸菌株Ｋ１２のＹｉｄＸタンパク質、ＹｉｄＸタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＹｉｄＸポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ＹｉｄＸポリペプチドは、一般的に大腸菌株Ｋ１２のＹｉｄＸタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、大腸菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ受託番号ＡＡＴ４８２００．１などのＹｉｄＸペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。当業者は、ＹｉｄＸが予測リポタンパク質Ｃとしても公知であることを認識する。
[0176]いくつかの実施形態において、対象における過敏性腸症候群の診断を補助する方法は、少なくとも１つの細菌抗原抗体のレベルを決定するステップを含み、細菌抗原は、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、Ｃｊ８１−０４５、Ｃｊ８１−１２８、Ｃｊ８１−００８及びその組合せからなる群から選択される。
[0177]いくつかの実施形態において、本発明の方法は、共生及び／又は日和見細菌により発現される少なくとも１つのポリペプチド又はその断片に対する抗体のレベルの存在を決定するステップを含む。共生及び／又は日和見細菌により発現されるポリペプチドの非限定的な例を表３に示す。
Figure 2015533213
[0178]「ＬａＦｒｃ」という用語は、抗Ｆｒｃ抗体との免疫反応性を示すラクトバチルス・アシドフィルスのタンパク質を意味する。Ｆｒｃは、ホルミルＣｏＡトランスフェラーゼであると予測される。試料中の抗Ｆｒｃ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＦｒｃ抗原は、制限なしに、ラクトバチルス・アシドフィルスのＦｒｃタンパク質、ラクトバチルス・アシドフィルスのＦｒｃタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＦｒｃポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ラクトバチルス・アシドフィルスのＦｒｃポリペプチドは、一般的にラクトバチルス・アシドフィルスのＦｒｃタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、ラクトバチルス・アシドフィルスなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑ．番号ＹＰ＿１９３３１７又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｑ５ＦＬＹ８などのＦｒｃペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0179]「ＬａＥｎｏ」という用語は、抗Ｅｎｏ抗体との免疫反応性を示すラクトバチルス・アシドフィルスのタンパク質を意味する。Ｅｎｏは、ホスホピルビン酸ヒドラターゼ（エノラーゼ）であると予測される。試料中の抗Ｅｎｏ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＥｎｏ抗原は、制限なしに、ラクトバチルス・アシドフィルスのＥｎｏタンパク質、ラクトバチルス・アシドフィルスのＥｎｏタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＥｎｏポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ラクトバチルス・アシドフィルスのＥｎｏポリペプチドは、一般的にラクトバチルス・アシドフィルスのＥｎｏタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、ラクトバチルス・アシドフィルスなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑ．番号ＹＰ＿１９３７７９又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｑ５ＦＫＭ６などのＥｎｏペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0180]「ＬｉＥＦＴｕ」という用語は、抗ＥＦＴｕ抗体との免疫反応性を示すラクトバチルス・ジョンソニイのタンパク質を意味する。ＥＦＴｕは、伸長因子Ｔｕであると予測される。試料中の抗ＥＦＴｕ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＥＦＴｕ抗原は、制限なしに、ラクトバチルス・ジョンソニイのＥＦＴｕタンパク質、ラクトバチルス・ジョンソニイのＥＦＴｕタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＥＦＴｕポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ラクトバチルス・ジョンソニイのＥＦＴｕポリペプチドは、一般的にラクトバチルス・ジョンソニイのＥＦＴｕタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、ラクトバチルス・ジョンソニイなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑ．番号ＮＰ＿９６４８６５又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｑ７４ＪＵ６などのＥＦＴｕペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0181]「ＢｆＯｍｐＡ」という用語は、抗ＯｍｐＡ抗体との免疫反応性を示すバクテロイデス・フラジリスのタンパク質を意味する。ＯｍｐＡは、主要な外膜タンパク質Ａであると予測される。試料中の抗ＯｍｐＡ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＯｍｐＡ抗原は、制限なしに、バクテロイデス・フラジリスのＯｍｐＡタンパク質、バクテロイデス・フラジリスのＯｍｐＡタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＯｍｐＡポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。バクテロイデス・フラジリスのＯｍｐＡポリペプチドは、一般的にバクテロイデス・フラジリスのＯｍｐＡタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、バクテロイデス・フラジリスなどの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑ．番号ＹＰ＿０９８８６３又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｑ６４ＶＰ７などのＯｍｐＡペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0182]「ＰｒＯｍｐＡ」という用語は、抗ＯｍｐＡ抗体との免疫反応性を示すプレボテラ属種、例えば、プレボテラ属種オーラル分類群４７２株Ｆ０２９５のタンパク質を意味する。ＯｍｐＡは、免疫反応性抗原ＰＧ３３又は主要外膜タンパク質Ａであると予測される。試料中の抗ＯｍｐＡ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＯｍｐＡ抗原は、制限なしに、プレボテラ属種のＯｍｐＡタンパク質、プレボテラ属種のＯｍｐＡタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＯｍｐＡポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。プレボテラ属種のＯｍｐＡポリペプチドは、一般的にプレボテラ属種のＯｍｐＡタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、プレボテラ属種などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＥＥＸ５４４１３又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｃ９ＰＴ４８などのＯｍｐＡペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0183]「Ｃｐ１０ｂＡ」という用語は、抗１０ｂＡ抗体との免疫反応性を示すウェルシュ菌のタンパク質を意味する。１０ｂＡは、１０ｂ抗原であると予測される。試料中の抗１０ｂＡ抗体レベルを決定するのに有用である適切な１０ｂＡ抗原は、制限なしに、ウェルシュ菌の１０ｂＡタンパク質、ウェルシュ菌の１０ｂＡタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有する１０ｂＡポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ウェルシュ菌の１０ｂＡポリペプチドは、一般的にウェルシュ菌の１０ｂＡタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、ウェルシュ菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＥＤＴ７２３０４又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｂ１Ｖ１Ｉ２などの１０ｂＡペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0184]「ＣｐＳｐＡ」という用語は、抗ＳｐＡ抗体との免疫反応性を示すウェルシュ菌のタンパク質を意味する。ＳｐＡは、表面保護抗原ＳｐＡ類似体であると予測される。試料中の抗ＳｐＡ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＳｐＡ抗原は、制限なしに、ウェルシュ菌のＳｐＡタンパク質、ウェルシュ菌のＳｐＡタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＳｐＡポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。ウェルシュ菌のＳｐＡポリペプチドは、一般的にウェルシュ菌のＳｐＡタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、ウェルシュ菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑ．番号ＹＰ＿２０９６８６又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｑ５ＤＷＡ９などのＳｐＡペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0185]「ＥｆＳａｎｔ」という用語は、抗Ｓａｎｔ抗体との免疫反応性を示すフェカリス菌のタンパク質を意味する。Ｓａｎｔは、表面抗原であると予測される。試料中の抗Ｓａｎｔ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＳａｎｔ抗原は、制限なしに、フェカリス菌のＳａｎｔタンパク質、フェカリス菌のＳａｎｔタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＳａｎｔポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。フェカリス菌のＳａｎｔポリペプチドは、一般的にフェカリス菌のＳａｎｔタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、フェカリス菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＥＥＵ７２７８０又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｃ７Ｗ５７５などのＳａｎｔペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0186]「ＬｍＯｓｐ」という用語は、抗Ｏｓｐ抗体との免疫反応性を示すリステリア菌のタンパク質を意味する。Ｏｓｐは、外表面抗原であると予測される。試料中の抗Ｏｓｐ抗体レベルを決定するのに有用である適切なＯｓｐ抗原は、制限なしに、リステリア菌のＯｓｐタンパク質、リステリア菌のＯｓｐタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するＯｓｐポリペプチド又はその免疫反応性断片などのその断片を含む。リステリア菌のＯｓｐポリペプチドは、一般的にリステリア菌のＯｓｐタンパク質との約５０％より大きい同一性、好ましくは約６０％より大きい同一性、より好ましくは約７０％より大きい同一性、より好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％より大きいアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを表現するものであり、アミノ酸同一性は、ＣＬＵＳＴＡＬＷなどの配列アライメントプログラムを用いて判定する。そのような抗原は、例えば、リステリア菌などの腸内細菌からの精製により、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑ．番号ＹＰ＿００２３４９８１０又はＵｎｉＰｒｏｔ．番号Ｂ８ＤＦＫ３などのＯｓｐペプチドをコードする核酸の組換え発現により、溶液又は固相ペプチド合成などの合成手段により調製することができる。
[0187]いくつかの実施形態において、方法は、個体からの試料中に存在する細菌抗原に対する抗体のレベルを測定することにより少なくとも１つの細菌抗原抗体のレベルを決定するステップを含む。いくつかの例において、個体が細菌抗原抗体を有することは、ＩＢＳを示すものである。個体における細菌抗原抗体の存在又はレベルは、疾患のレベルと相関し得る。
[0188]いくつかの実施形態において、本発明は、アッセイが、
ａ）抗細菌抗原抗体を抗細菌抗原抗体及び捕捉細菌抗原を含む複合体に変換するのに適する条件下で、抗細菌抗原抗体を含有する試料を接触させるステップと、
ｂ）複合体を酵素標識インジケーター抗体と接触させて、複合体を標識複合体に変換するステップと、
ｃ）標識複合体を酵素の基質と接触させるステップと、
ｄ）抗細菌抗原抗体の存在又はレベルを検出するステップと
を含む、ＩＢＳの診断を補助する方法を提供する。
[0189]例えば、本明細書に記載の実施例４に例示するように、本発明の方法は、試料中に存在する細菌抗原に特異的な抗体のレベルを測定するために用いる。
[0190]いくつかの実施形態において、患者試料中の細菌抗原に対する少なくとも１つの抗体のレベルは、患者がＩＢＳ、例えば、感染後ＩＢＳを有することを示し、細菌抗原は、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＳｅＦｌｊＢ、ＣｊＣｇｔＡ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ及びその組合せからなる群から選択される。
[0191]いくつかの実施形態において、患者試料中の共生細菌抗原に対する少なくとも１つの抗体のレベルは、患者がＩＢＳを有することを示し、共生細菌抗原は、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ及びその組合せからなる群から選択される。細菌綱バクテロイデス・フラジリス又はプレボテラ属種からの細菌抗原に対する抗体のレベルが、正常対照試料におけるレベルと比較して個体から採取した試料において低下していると判定される場合、個体は、ＩＢＳを有すると診断される。ウェルシュ菌、腸球菌、リステリア属及び他のファーミキューテス門の綱からなる群から選択される細菌綱の細菌抗原に対する抗体のレベルが、正常対照試料と比較して個体の試料において高いと判定される場合、個体は、ＩＢＳを有すると診断される。
[0192]いくつかの実施形態において、健常対照と比較してバクテロイデス綱細菌に対する抗体のより低いレベルを有する対象は、ＩＢＳを有する可能性がより高い。これと対照的に、健常対照と比較してクロストリジウム、モリキューテス及び／又は桿菌綱の細菌に対する抗体のより高いレベルを有する対象は、ＩＢＳを有する可能性がより高い。
[0193]他の実施形態において、本明細書で提供する方法は、ＢｆＯｍｐＡ及びＰｒＯｍｐＡ抗原などのバクテロイデス抗原と比べて、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥｆＴｕ、Ｃｐ１０ｂａ、ＣｐＳｐａＡ、ＥｆＳａｎｔ及びＬｍＯｓｐ抗原などのファーミキューテス抗原に対する抗体のレベル（例えば、量、濃度、比率）の増加を有する対象は、対象がＩＢＳを有する可能性の増大を有すると予測されることを判定するために用いる。
２．マスト細胞マーカー：β−トリプターゼ
[0194]１つの態様において、
ａ）対象からの試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを決定するステップと、
ｂ）試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを対照レベルと比較するステップとを含み、対象からの試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルの増加が対象がＩＢＳを有する可能性の増大を示す、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法を提供する。
[0195]いくつかの実施形態において、対象からの試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを決定する方法は、
ａ）試料中に存在するβ−トリプターゼをβ−トリプターゼ及びβ−トリプターゼ結合部分を含む複合体に変換するのに適する条件下で対象からの生体試料をβ−トリプターゼ結合部分と接触させるステップと、
ｂ）複合体のレベルを決定し、それにより、試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを決定するステップと
を含む。
[0196]特定の実施形態において、対象からの試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを決定する方法は、β−トリプターゼをβ−トリプターゼ及び捕捉抗トリプターゼ抗体を含む複合体に変換するのに適する条件下で、β−トリプターゼを含有する試料を接触させるステップと、（ｂ）複合体を酵素標識インジケーター抗体と接触させて、複合体を標識複合体に変換するステップと、（ｃ）標識複合体を酵素の基質と接触させるステップと、ｄ）試料中のβ−トリプターゼの存在又はレベルを検出するステップとを含む。
[0197]特定の実施形態において、本発明は、
ａ）β−トリプターゼをβ−トリプターゼ及び捕捉抗トリプターゼ抗体を含む複合体に変換するのに適する条件下で、β−トリプターゼを含有する試料を接触させるステップと、
ｂ）複合体を酵素標識インジケーター抗体と接触させて、複合体を標識複合体に変換するステップと、
ｃ）標識複合体を酵素の基質と接触させるステップと、
ｄ）試料中のβ−トリプターゼの存在又はレベルを検出するステップと
を含む、ＩＢＳの診断を補助するためのアッセイを提供する。
[0198]いくつかの態様において、ＥＬＩＳＡに基づくβ−トリプターゼアッセイは、以下のステップを含む。９６ウエルマイクロタイタープレートを１００μｌの炭酸ナトリウム（ｐＨ．９．６）中２μｇ／ｍｌ抗ヒトβ−トリプターゼ抗体で、４℃で一夜コートする。洗浄緩衝液（例えば、ＰＢＳＴ）で洗浄した後、プレートを３００μｌ／ウエルのブロッキング／アッセイ緩衝液（例えば、ＰＢＳ中５％ＢＳＡ）とともに緩やかに撹拌しながら室温（ＲＴ）で３０分間インキュベートする。洗浄後、１００μｌ／ウエルの試料、キャリブレータ又は対照。いくつかの例において、試料、キャリブレータ又は対照をプレートに加える前に連続希釈する（アッセイ緩衝液で１：８）。一般的に、キャリブレータは、既知量のヒトβ−トリプターゼをスパイクした連続希釈正常プール血清である。キャリブレータを用いて、試料中のヒトβ−トリプターゼのレベルを決定するために用いる検量曲線（例えば、標準曲線を作出する。ＲＴでさらに２時間インキュベートした後、プレートを洗浄し、次いで、アッセイ緩衝液中で最適化希釈度で１００μｌのアルカリホスファターゼコンジュゲート抗ヒトβ−トリプターゼとともにインキュベートする。プレートを緩やかに撹拌しながら２時間インキュベートし、次いで洗浄する。１００μｌの発色基質（例えば、Ｔｒｏｐｉｘ ＣＳＰＤ）を各ウエルに加え、発光プレートリーダーで発光を読み取る前に暗所で３０分間インキュベートする。Ｇｒａｐｈｐａｄ（Ｐｒｉｓｍ）などのグラフ化ソフトウエアを用いて相対発光単位（ＲＬＵ）とβ−トリプターゼ濃度をプロットする。試料及び対照中のβ−トリプターゼのレベルは、試料と同じアッセイで実施される検量曲線から補間により計算する。
[0199]具体例としてのアッセイでは、検出範囲は、０．０１９〜５０００ｎｇ／ｍｌであった。ＥＣ５０は、６５ｎｇ／ｍｌであり、回収率は、正常プール血清にスパイクした２０ｎｇのヒトβ−トリプターゼを含有する試料で８１．５％であった。
[0200]対象からの試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを決定する方法の具体例としての実施形態は、その開示がすべての目的のために全体として参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，１１４，６１６号に記載されている。
[0201]特定の例では、バイオマーカーは、例えば、同じ時点又は異なる時点に同じ個体から採取した試料中で検出することができるが、好ましい実施形態においては、β−トリプターゼ、ヒスタミン及び／又はＰＧＥ２は、同じ試料から検出する。特定の実施形態において、バイオマーカーは、対象からの血液又は血清試料の異なるアリコートを用いて実施される別個のアッセイで検出する。他の実施形態において、バイオマーカーは、単一マルチプレックス検出アッセイ、例えば、Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＡＭＰアッセイで検出する。
３．マスト細胞マーカー：ヒスタミン
[0202]特定の実施形態において、本発明は、
ａ）アセチル化ヒスタミンをヒスタミン及び捕捉抗ヒスタミン抗体を含む複合体に変換するのに適する条件下で、ヒスタミンを含有する試料を接触させるステップと、
ｂ）複合体を酵素標識インジケーター抗体と接触させて、複合体を標識複合体に変換するステップと、
ｃ）標識複合体を酵素の基質と接触させるステップと、
ｄ）試料中のヒスタミンのレベルを検出するステップと
を含む、ＩＢＳの診断を補助するためのアッセイを提供する。
[0203]アッセイの具体例としての実施形態は、ＥＩＡ Ｈｉｓｔａｍｉｎｅ Ａｓｓａｙ（カタログ番号ＩＭ２０１５、ＩｍｍｕｎｏＴｅｃｈ）などのヒスタミン酵素免疫測定法である。手短に述べると、２５μｌのアシル化緩衝液、１００μｌの試料、キャリブレータ又は対照及び２５μｌのアシル化試薬を混合し、直ちにボルテックス混合機で混合することにより、試料中に存在するヒスタミン、キャリブレータ又は対照をアセチル化する。５０μｌのアシル化試料、キャリブレータ又は対照をマイクロタイターアッセイプレートの抗ヒスタミン抗体コートウエルに加える。次いで、２００μｌのアルカリホスファターゼ−ヒスタミンコンジュゲートをプレートに加える。プレートを２〜８℃で振とうしながら２時間インキュベートする。ウエルを洗浄溶液で洗浄し、２００μｌの発色基質をウエルに加える。プレートを暗所で１８〜２５℃で振とうしながら３０分間インキュベートする。次いで、発光プレートリーダーで発光を読み取る前に５０μｌの反応停止溶液を加える。Ｇｒａｐｈｐａｄ（Ｐｒｉｓｍ）などのグラフ化ソフトウエアを用いてキャリブレータの相対発光単位（ＲＬＵ）とヒスタミン濃度をプロットする。試料及び対照中のヒスタミンのレベルは、試料と同じアッセイで実施される検量曲線から補間により計算する。
４．マスト細胞マーカー：プロスタグランジンＥ２
[0204]特定の実施形態において、本発明は、
ａ）プロスタグランジンＥ２をプロスタグランジンＥ２及び捕捉抗プロスタグランジンＥ２抗体を含む複合体に変換するのに適する条件下で、プロスタグランジンＥ２を含有する試料を接触させるステップと、
ｂ）複合体を酵素標識インジケーター抗体と接触させて、複合体を標識複合体に変換するステップと、
ｃ）標識複合体を酵素の基質と接触させるステップと、
ｄ）試料中のプロスタグランジンＥ２のレベルを検出するステップと
を含む、ＩＢＳの診断を補助するためのアッセイを提供する。
[0205]アッセイの具体例としての実施形態は、Ｐｒｏｓｔａｇｌａｎｄｉｎ Ｅ２ ＥＩＡ−Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ（カタログ番号５１４０１０、Ｃａｙｍａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ）などのＰＧＥ２競合酵素免疫測定法である。手短に述べると、５０μｌのキャリブレータ（標準）又は試料をあらかじめコートしたヤギ抗マウスＩｇＧマイクロタイターアッセイプレートのウエルに加える。５０μｌのＰＧＥ２トレーサー（共有結合によりコンジュゲートしたＰＧＥ２及びアセチルコリンエステラーゼ）を加え、次いで５０μｌの抗ＰＧＥ２マウスＩｇＧを加える。プレートを４℃で振とうしながら１８時間インキュベートする。プレートを洗浄緩衝液で５分間洗浄する。２００μｌの発色試薬（例えば、エルマン試薬）をウエルに加える。プレートを暗所で振とうしながら６０〜９０分間インキュベートする。発光を発光プレートリーダーで４０５ｎｍで読み取る。Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍ（Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡなどのグラフ化ソフトウエアを用いてキャリブレータの相対発光単位（ＲＬＵ）とプロスタグランジンＥ２濃度をプロットする。試料及び対照中のプロスタグランジンＥ２のレベルは、試料と同じアッセイで実施される検量曲線から補間により計算する。
５．ストレスホルモン
[0206]発明者らは、血清中のコルチゾールレベルにより、個体がＩＢＳを有するかどうかを予測することができることを発見した。健常対照者は、ＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ｍを含むＩＢＳを有する個体と比較して高いコルチゾールのレベルを有する。
[0207]本発明のいくつかの実施形態において、方法は、対象から採取した試料中のストレスホルモンのレベルを測定するステップと、それを、健常対照又は非ＩＢＳ対照である対照のストレスホルモンのレベルと比較するステップとを含む。いくつかの例において、ストレスホルモンレベルは、朝又は午後のいずれかに対象から採取した試料において測定し、対応する時刻に採取した対照試料のストレスホルモンレベルと比較する。ＩＢＳを診断するためのコルチゾールレベルの予測値は、試料が得られる対象の概日リズム周期によって変動する。いくつかの例において、午後（例えば、ｐ．ｍ．又はｐｏｓｔ ｍｅｒｉｄｉｅｍ）に採取された試料における健常対照とＩＢＳ−Ｄとを区別するためのコルチゾールの予測値が最も高い。好ましい実施形態において、ストレスホルモンは、コルチゾールである。
[0208]コルチゾール、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、ＡＣＴＨ及びコルチコトロピン放出因子（ＣＲＦ）などのストレスホルモンは、血清、血液、唾液、尿等を含む試料から測定することができる。コルチゾールを測定する場合、正常な健常者では、レベルが日周リズムに従い、朝に最高レベルで、深夜に最低であることを認識することが重要である。コルチゾールレベルを測定する方法は、Ａｒｂｏｒ Ａｓｓａｙｓ（Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ、ＭＩ）、ＣｉｓＢｉｏ Ｂｉｏａｓｓａｙｓ（Ｂｄｆｏｒｄ、ＭＡ）、Ｅｎｚｏ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｆａｒｍｉｎｇｄａｌｅ、ＮＹ）から入手できるＥＬＩＳＡアッセイを含む。
[0209]いくつかの実施形態において、本発明の方法は、ストレス因子のレベルと他のストレス因子、細菌抗原抗体マーカー（例えば、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、Ｃｊ８１−０４５、Ｃｊ８１−１２８、Ｃｊ８１−００８）、炎症マーカー（例えば、ＣＲＰ、ＳＡＡ、ＩＣＡＭ、ＶＣＡＭ、ＰＩＩ）又はマスト細胞マーカー（例えば、ＰＧＥ２、ヒスタミン、トリプターゼ）のレベルとの比を得るステップをさらに含み、その比は、ＩＢＳ又はＩＢＳサブタイプを予測する。
Ｂ．疾患の進行をモニタリングする方法
[0210]他の態様において、本発明は、
ａ）複数の時点に対象から採取した生体試料中の細菌抗原抗体マーカーのアレイ（例えば、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ及びそれらの混合物）及びマスト細胞マーカーのアレイ（例えば、血清β−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２）のレベルを測定するステップと、
ｂ）選択された細菌抗原抗体マーカー及びマスト細胞マーカーの測定されたレベルに統計解析を適用して、選択された細菌抗原抗体マーカー及びマスト細胞マーカーの経時的レベルの表示を含む、経時的な疾患活動性プロファイルを作出するステップと、
ｃ）対象がＩＢＳの進行を経験しているかどうかを判定するステップと
を含む、対象における過敏性腸症候群の進行をモニタリングする方法を提供する。
[0211]特定の実施形態において、複数の時点は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０又はそれ以上の時点を含む。他の例において、複数の時点における最初の時点は、療法の過程中に存在する。非限定的な例として、マーカーのそれぞれは、療法の前に、及び／又は療法過程中の以下の週、すなわち１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、８０、９０、１００週等の１つ若しくは複数（例えば、複数）で測定することができる。
[0212]いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体マーカープロファイルは、複数の細菌抗原抗体マーカーの解析に基づく実験的に得られるプロファイルを含む。１つの態様において、マーカーの濃度又はそれらの測定濃度値をコンピュータ搭載のアルゴリズムにより指数に変換する。特定の態様において、プロファイルは、生物学的データを数字で表す、合成又はヒト由来の出力、スコア又はカットオフ値（複数可）である。プロファイルは、臨床上の決定を判定する又は下す又は下す補助をするために用いることができる。細菌抗原抗体マーカープロファイルは、時間の経過にわたって複数回測定することができる。１つの態様において、アルゴリズムは、既知の試料を用いて訓練し、その後、既知の同一性の試料を用いてバリデートすることができる。
[0213]いくつかの実施形態において、マスト細胞マーカープロファイルは、複数のマスト細胞マーカーの解析に基づく実験的に得られるプロファイルを含む。１つの態様において、マーカーの濃度又はそれらの測定濃度値をコンピュータ搭載のアルゴリズムによりプロファイルに変換する。特定の態様において、プロファイルは、生物学的データを数字で表す、合成又はヒト由来の出力、スコア又はカットオフ値（複数可）である。プロファイルは、臨床上の決定を判定する又は下す又は下す補助をするために用いることができる。マスト細胞マーカープロファイルは、時間の経過にわたって複数回測定することができる。１つの態様において、アルゴリズムは、既知の試料を用いて訓練し、その後、既知の同一性の試料を用いてバリデートすることができる。
[0214]いくつかの実施形態において、療法は、プロバイオティクス及び／又はプレバイオティクスの投与である。「プロバイオティクス」という用語は、摂取されるとき、宿主生物の消化管系に有益である微生物を含む。一般的に、プロバイオティクスは、宿主とその腸内微生物叢との相互作用を改善する。「プレバイオティクス」という用語は、宿主の腸の健康が改善するように腸内微生物叢又はその一部の増殖及び／又は活動を刺激することができる難消化性消耗品を含む。いくつかの実施形態において、療法は、栄養療法である。「栄養療法」という用語は、ＩＢＳの症状を緩和する又は個体の消化管系の健康に有益である食品を含む食事療法を含む。
[0215]いくつかの実施形態において、対象におけるＩＢＳの進行又は退行をモニタリングする方法は、
ａ）第１の時点に採取した第１の生体試料中のＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、及びその組合せからなる群から選択される１、２、３、４、５、６、７、８種又はそれ以上の細菌抗原抗体マーカー（複数可）のレベルを決定するステップと、
ｂ）第２の時点に採取した第２の生体試料中の選択された細菌抗原抗体マーカー（複数可）のレベル（複数可）を決定するステップと、
ｃ）第１の試料中に存在する選択された細菌抗原抗体マーカー（複数可）のレベル（複数可）を第２の試料中に存在する選択された細菌抗原抗体マーカー（複数可）のレベル（複数可）と比較するステップとを含み、選択された細菌抗原抗体マーカー（複数可）のレベル（複数可）の差が対象におけるＩＢＳの進行を示す。
[0216]いくつかの実施形態において、対象におけるＩＢＳの進行又は退行をモニタリングする方法は、
ａ）第１の時点における第１の試料中のβ−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びその組合せから選択される少なくとも１つのマスト細胞マーカーと併せた、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、及びその組合せからなる群から選択される少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを決定するステップと、
ｂ）第２の時点における第２の試料中の選択された細菌抗原抗体マーカー（複数可）及び選択されたマスト細胞マーカー（複数可）のレベル（複数可）を決定するステップと、
ｃ）選択された細菌抗原抗体マーカー（複数可）及び選択されたマスト細胞マーカー（複数可）のレベルを比較するステップとを含み、第２の試料と比較した第１の試料中のレベル（複数可）が対象におけるＩＢＳの進行又は退行を示す。
[0217]いくつかの実施形態において、第２の試料と比較した第１の試料中の選択された細菌抗原抗体マーカー（複数可）及び選択されたマスト細胞マーカー（複数可）のレベル（複数可）の増加は、対象におけるＩＢＳの進行を示す。いくつかの実施形態において、第２の試料と比較した第１の試料中の選択された細菌抗原抗体マーカー（複数可）及び選択されたマスト細胞マーカー（複数可）のレベル（複数可）の低下は、対象におけるＩＢＳの退行を示す。
[0218]特定の実施形態において、対象におけるＩＢＳの進行をモニタリングする方法は、８種の細菌抗原抗体マーカー及び２種のマスト細胞マーカーのレベルを決定するステップを含む。好ましい実施形態において、対象におけるＩＢＳの進行をモニタリングする方法は、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐに対する抗体のレベル並びにマスト細胞マーカートリプターゼ及びＰＧＥ２のレベルを決定するステップを含む。
[0219]いくつかの実施形態において、本発明は、
ａ）試料中に存在する細菌抗原抗体マーカーを細菌抗原抗体マーカー及び細菌抗原抗体結合部分を含む複合体に変換するのに適する条件下で第１の時点に対象から採取した第１の生体試料を細菌抗原抗体結合部分（例えば、細菌抗原又は捕捉抗原）と接触させるステップと、
ｂ）複合体のレベルを決定し、それにより、第１の試料中に存在する細菌抗原抗体マーカーのレベルを決定するステップと、
ｃ）試料中に存在する細菌抗原抗体マーカーを細菌抗原抗体マーカー及び細菌抗原抗体結合部分を含む複合体に変換するのに適する条件下で第２の時点に対象から採取した第２の生体試料を細菌抗原抗体結合部分と接触させるステップと、
ｄ）複合体のレベルを決定し、それにより、第２の試料中に存在する細菌抗原抗体マーカーのレベルを決定するステップと、
ｅ）第１の試料中に存在する細菌抗原抗体マーカーのレベルを第２の試料中に存在する細菌抗原抗体マーカーのレベルと比較するステップとを含み、細菌抗原抗体マーカーのレベルの差が対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の進行を示す、対象におけるＩＢＳの進行をモニタリングする方法を提供する。
[0220]いくつかの実施形態において、細菌抗原又は抗体結合部分は、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ、ＳｅＦｌｊＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｅｄＫ、ＥｃＹｉｄＸ、ＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ、及びその組合せからなる群から選択される。特定の実施形態において、方法は、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを決定するステップを含む。他の実施形態において、方法は、細菌抗原抗体マーカーのアレイのレベルを決定するステップを含む。
[0221]いくつかの実施形態において、マスト細胞マーカーは、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２及びその組合せからなる群から選択される。
[0222]いくつかの実施形態において、方法は、試料中に存在する少なくとも１つのマスト細胞マーカーのレベルを決定するステップをさらに含む。他の実施形態において、方法は、１、２、３、４、５、６、７又は８種のマスト細胞マーカーなどの複数のマスト細胞マーカーのうちの１つのレベルを決定するステップをさらに含む。
[0223]他の実施形態において、細菌抗原抗体結合部分は、分析すべき細菌抗原抗体により認識される捕捉抗原である。いくつかの例において、捕捉抗原は、細菌抗原ポリペプチド又はその断片である。実施例６で、捕捉抗原をそれらの免疫原性部位に基づいて選択する方法を提供する。
[0224]本発明に従って細菌抗原に対する特異抗体のレベル（例えば、量）を分析又は検出するための既に商業的に入手できない抗体の発生及び選択は、いくつかの方法で達成することができる。例えば、１つの方法は、当技術分野で公知のタンパク質発現及び精製方法を用いて対象のポリペプチド（すなわち、抗原）を発現させ、及び／又は精製することであるが、他の方法は、当技術分野で公知の固相ペプチド合成方法を用いて対象のポリペプチドを合成することである。例えば、Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ、Ｍｕｒｒａｙ Ｐ． Ｄｅｕｔｃｈｅｒ編、Ｍｅｔｈ． Ｅｎｚｙｍｏｌ．、１８２巻（１９９０年）、Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ、Ｇｒｅｇ Ｂ． Ｆｉｅｌｄｓ編、Ｍｅｔｈ． Ｅｎｚｙｍｏｌ．、２８９巻（１９９７年）、Ｋｉｓｏら、Ｃｈｅｍ． Ｐｈａｒｍ． Ｂｕｌｌ．、３８巻、１１９２〜９９頁（１９９０年）、Ｍｏｓｔａｆａｖｉら、Ｂｉｏｍｅｄ． Ｐｅｐｔ． Ｐｒｏｔｅｉｎｓ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ、１巻、２５５〜６０頁（１９９５年）及びＦｕｊｉｗａｒａら、Ｃｈｅｍ． Ｐｈａｒｍ． Ｂｕｌｌ．、４４巻、１３２６〜３１頁（１９９６年）を参照のこと。対象の精製又は合成ポリペプチドは、例えば、Ａｃｃｅｌａｇｅｎ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）、Ｅｘｏｎ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）及びＧｅｎＳｃｒｉｐｔ（Ｐｉｓｃａｔａｗ、ＮＪ）から商業的に入手できる。精製又は合成ポリペプチドは、例えば、マウス又はウサギに注射して、ポリクローナル又はモノクローナル抗体を作出することができる。当業者は、例えば、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ編、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ． Ｙ．（１９８８年）に記載されているように、抗体の製造のために多くの手順が利用できることを認識する。当業者は、抗体を模倣する（例えば、抗体の機能的結合領域を保持する）結合断片又はＦａｂ断片を調製することができることも認識する。例えば、Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ、Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ編、Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｏｘｆｏｒｄ（１９９５年）及びＨｕｓｅら、Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１４９巻、３９１４〜３９２０頁（１９９２年）を参照のこと。
[0225]少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカー及び／又は少なくとも１つのマスト細胞マーカーのレベルを検出、測定又は決定するために用いる試料は、一般的に全血、血漿、血清、唾液、尿、便（すなわち、糞便）、涙液及び他の体液又は小腸若しくは結腸試料などの組織試料（すなわち、生検材料）である。試料は、血清、全血、血漿、便、尿又は組織生検材料であることが好ましい。特定の例において、本発明の方法は、試料中の少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルを検出又は決定する前に個体から試料を得るステップをさらに含む。好ましい実施形態において、追加の細菌抗原抗体マーカー及び／又はマスト細胞マーカーを血液又は血清試料から検出する。他の実施形態において、追加の細菌抗原及び／又はマスト細胞マーカーを便試料又は対象の腸からの生検材料から検出する。
Ｃ．診断方法
[0226]本発明のいくつかの実施形態において、診断モデルは、ＩＢＳの臨床サブタイプ及び健常対照の既知の転帰を有する後ろ向きコホートを用いて確立する。いくつかの例において、診断プロファイルは、細菌抗原抗体マーカーモデル及び／又はマスト細胞マーカーモデルを含む。診断モデルは、ＩＢＳを有する個体及び健常対照に関する後ろ向きデータを統計アルゴリズムに適用することにより作出される。いくつかの実施形態において、細菌抗原抗体モデルは、後ろ向きコホートにおいて決定した１つ又は複数の細菌抗原抗体マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。いくつかの実施形態において、マスト細胞マーカーモデルは、後ろ向きコホートにおいて決定した１つ又は複数のマスト細胞マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより得られる。例えば、実施例１で例示するように、診断モデルは、細菌抗原抗体マーカー及びマスト細胞マーカーの後ろ向きデータ並びにロジスティック回帰機械学習アルゴリズムを用いて作出した。
Ｄ．統計解析
[0227]特定の例において、統計アルゴリズム又は統計解析は、学習統計分類子システムである。本明細書で用いているように、「学習統計分類子システム」という用語は、複合データセット（例えば、対象のマーカーのパネル及び／又はＩＢＳ関連症状のリスト）に適応し、そのようなデータセットに基づいて決定を下すことができる機械学習アルゴリズム技術を含む。学習統計分類子システムは、ランダムフォレスト（ＲＦ）、分類及び回帰木（Ｃ＆ＲＴ）、ブースト木、ニューラルネットワーク（ＮＮ）、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）、一般カイ二乗自動相互作用検出器モデル、相互作用木、多変量適応型回帰スプライン、機械学習分類子並びにその組合せからなる群から選択することができる。学習統計分類子システムは、木に基づく統計アルゴリズム（例えば、ＲＦ、Ｃ＆ＲＴ等）及び／又はＮＮ（例えば、人工ＮＮ等）であることが好ましい。本発明に用いるのに適する学習統計分類子システムのさらなる例は、米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号、第２０１１／００４５４７６号及び第２０１２／０１７１６７２号に記載されている。特定の実施形態において、方法は、対象からの試料をＩＢＳ試料又は非ＢＳ試料（例えば、健常対照からの試料）と分類するステップを含む。
[0228]特定の例において、統計アルゴリズムは、単一学習統計分類子システムである。単一学習統計分類子システムは、ＲＦ又はＣ＆ＲＴなどの木に基づく統計アルゴリズムを含むことが好ましい。非限定的な例として、単一学習統計分類子システムは、予測若しくは確率値並びに単独での又は少なくとも１つの症状の存在若しくは重症度（すなわち、症状プロファイル）と組み合わせた、少なくとも１つの診断マーカーの存在又はレベル（すなわち、細菌抗原抗体マーカープロファイル及び／又はマスト細胞マーカープロファイルを含む診断マーカープロファイル）に基づいて試料をＩＢＳ試料又は非ＢＳ試料（例えば、健常対照）と分類するために用いることができる。単一学習統計分類子システムの使用により、感度、特異度、正の予測値、負の予測値及び／又は少なくとも７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の全体の精度で試料がＩＢＳ試料と一般的に分類される。したがって、ＩＢＳ試料又は非ＢＳ試料としての試料の分類は、対象におけるＩＢＳの診断を補助するのに有用である。
[0229]特定の他の例において、統計アルゴリズムは、少なくとも２つの学習統計分類子システムの組合せである。学習統計分類子システムの組合せは、例えば、相前後して又は並行して用いられるＲＦ及びＮＮを含むことが好ましい。非限定的な例として、ＲＦを最初に用いて、単独での又は症状プロファイルと組み合わせた、診断マーカープロファイルに基づいて予測又は確率値を作出することができ、ＮＮを次に用いて、予測又は確率値及び同じ若しくは異なる診断マーカープロファイル又はプロファイルの組合せに基づいて試料をＩＢＳ試料又は非ＢＳ試料と分類することができる。本発明のハイブリッドＲＦ／ＮＮ学習統計分類子システムは、試料を感度、特異度、正の予測値、負の予測値及び／又は少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の全体の精度で試料をＩＢＳ試料と分類することが有利である。特に好ましい実施形態において、統計アルゴリズムは、ランダムフォレスト分類子又はランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子の組合せである。
[0230]いくつかの例において、学習統計分類子システム又は複数の学習統計分類子システムを用いることにより得られたデータは、処理アルゴリズムを用いて処理することができる。そのような処理アルゴリズムは、例えば、多層パーセプトロン、バックプロパゲーションネットワーク及びレベンバーグ−マーカート（Ｌｅｖｅｎｂｅｒｇ−Ｍａｒｑｕａｒｄｔ）アルゴリズムからなる群から選択することができる。他の例において、並行又は連続式などの、そのような処理アルゴリズムの組合せを用いることができる。
[0231]本明細書に記載の種々の統計学的方法及びモデルは、健常者及びＩＢＳ患者からの試料のコホートを用いて訓練し、試験することができる。例えば、医師により、好ましくは胃腸病専門医により、例えば、米国特許出願公開第２０１０／００９４５６０号に記載されているように生検、結腸鏡検査法又は免疫測定法を用いてＩＢＳ又はその臨床サブタイプを有すると診断された患者からの試料は、本発明の統計学的方法及びモデルを訓練し、試験するのに用いるのに適している。ＩＢＳを有すると診断された患者からの試料は、例えば、米国特許第８，４６３，５５３号並びに米国特許出願公開第２０１０／００９４５６０号及び第２００８／００８５５２４号に記載されているように免疫測定法を用いてＩＢＳサブタイプに層別化することもできる。健常者からの試料は、ＩＢＳ試料と同定されなかったものを含み得る。当業者は、本発明の統計学的方法及びモデルを訓練し、試験するのに用いることができる患者試料のコホート得るためのさらなる手法及び診断基準について知っている。
Ｅ．アッセイ及びキット
[0232]１つの態様において、本発明は、方法が（ａ）固相表面を細菌抗原又はその抗原性断片でコートするステップと、（ｂ）試料中に存在する細菌抗原抗体を細菌抗原及び細菌抗原抗体を含む複合体に変換するのに適する条件下で固相表面を試料と接触させるステップと、（ｃ）三元複合体を形成するのに適する条件下で細菌抗原及び細菌抗原抗体を検出抗体と接触させるステップと、（ｄ）三元複合体を発光又は化学発光基質と接触させるステップとを含む、試料中の細菌抗原抗体マーカーの検出のためのアッセイを提供する。
[0233]１つの実施形態において、検出抗体をアルカリホスファターゼにコンジュゲートさせる。他の実施形態において、検出抗体を酵素にコンジュゲートさせず、方法は、（ｉ）四元複合体を形成するのに適する条件下で、三元複合体を、アルカリホスファターゼにコンジュゲートさせた第３の抗体と接触させるステップと、（ｉｉ）四元複合体を発光又は化学発光基質と接触させるステップとをさらに含む。
[0234]適切な抗体対をサンドイッチＥＬＩＳＡにおける捕捉及び検出抗体に用いることができる。当業者は、アッセイのための適切な抗体対をどのようにして選択するかを知り、認識する。一般的に、第１の（捕捉）抗体の結合が第２の（検出）抗体を妨害しないように異なるエピトープにおいて対象の標的、例えば、ベータ−トリプターゼに結合する２つの抗体を選択する。特定の実施形態において、複合体の検出を補助するために、検出抗体を酵素、例えば、アルカリホスファターゼにコンジュゲートさせる。他の実施形態において、検出抗体に結合している、酵素（例えば、アルカリホスファターゼ）にコンジュゲートさせた第２の抗体をアッセイに用いることができる。
[0235]一般的に、複合体は、発光基質、例えば、Ｕｌｔｒａ ＬＩＴＥ（ＮＡＧ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）、ＳｅｎｓｏＬｙｔｅ（ＡｎａＳｐｅｃ）、ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ ＥＬＩＳＡ Ｆｅｍｔｏ Ｍａｘｉｍｕｍ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ ＥＬＩＳＡ Ｐｉｃｏ Ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）又はＣＰＳＤ（二ナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３，７］デカン｝−４−イル）フェニルホスフェート；Ｔｒｏｐｉｘ，Ｉｎｃ．）などのキットに見いだされる発光基質を用いることにより検出される。
[0236]細菌抗原の抗原性断片のアミノ酸配列は、ＥＭＢＯＳＳなどのソフトウエアアルゴリズムを用いてｉｎ ｓｉｌｉｃｏで免疫原性部位を予測することにより同定することができる。例えば、抗原タンパク質の一連のペプチド断片の疎水性、近接性（アクセシビリティ）及び柔軟性などの性質を評価して、最も抗原性である（例えば、最高の抗原性スコアを有する）と予測されるペプチド断片を決定する。ＥＭＢＯＳＳを用いる詳細な記述は、実施例６に見いだされる。
[0237]ＩＢＳの診断を補助するためのアッセイの１つの実施形態において、試料は、ヒト全血又は血清である。
[0238]ＩＢＳの診断を補助するためのアッセイの他の実施形態において、試料は、ＩＢＳを有すると疑われる対象から得る。
[0239]ＩＢＳの診断を補助するためのアッセイの他の実施形態において、試料中のβ−トリプターゼの存在又はレベルを検出するステップは、検出装置の使用を含む。ＩＢＳの診断を補助するためのアッセイの他の実施形態において、検出装置は、発光プレートリーダーを含む。ＩＢＳの診断を補助するためのアッセイの他の実施形態において、検出装置は、分光光度計を含む。
[0240]他の実施形態において、本発明は、（ａ）β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンをβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミン並びに捕捉抗β−トリプターゼ、抗プロスタグランジンＥ２及び／又は抗ヒスタミン抗体を含む複合体に変換するのに適する条件下でβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンを有する試料を接触させるステップと、（ｂ）複合体を酵素標識インジケーター抗体と接触させて、複合体を標識複合体に変換するステップと、（ｃ）標識複合体を酵素の基質と接触させるステップと、（ｄ）試料中のβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンの存在又はレベルを検出するステップとを含む、ＩＢＳの診断を補助するためのアッセイを提供する。
[0241]特定の実施形態において、提供するアッセイは、本明細書に記載の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２９、３０種又はそれ以上のバイオマーカーの検出を含む。好ましい実施形態において、提供するアッセイは、少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカー、少なくとも１つのマスト細胞マーカー及び場合によって少なくとも１つのストレス因子マーカーの検出を含む。
[0242]以下の実施例は、請求の範囲に記載されている発明を例示するために提示するが、限定するものではない。
実施例１： 細菌抗原抗体マーカーを用いて、及び細菌抗原抗体マーカーをマスト細胞マーカーと組み合わせて用いて、ＩＢＳの診断を補助する方法
[0243]この実施例では、細菌抗原抗体マーカーを用いてＩＢＳの診断を補助する方法を例示する。この実施例では、細菌抗原抗体マーカー及びマスト細胞マーカーの組合せを用いてＩＢＳを診断する方法をさらに例示する。
[0244]背景： 細菌叢の変化は、ＩＢＳの関連病原因子であると考えられる。細菌鞭毛の主要な構造構成要素である、フラジェリンは、Ｔｏｌｌ様受容体５による認識により個体における自然免疫系及び適応免疫系の両方を活性化する。Ａ４−Ｆｌａ２及びＦｌａ−Ｘ（細菌フラジェリンタンパク質）に対する抗体は、健常対照と比較してＩＢＳを有する患者で有意に高頻度で存在することが認められた（それぞれｐ＝０．００４及びｐ＝０．００９；Ｓｃｈｏｅｐｆｅｒら、Ｎｅｕｒｏｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ． Ｍｏｔｉｌ．２０巻、１１１０〜１１１８頁（２００８年））。消化管微生物叢を標的とするＩＢＳ治療薬リファキシミンは、腸内細菌に影響を及ぼし、宿主個体に負の影響を及ぼす細菌産物を減少させるように思われる。リファキシミン対プラセボの奏功率は、第１のエンドポイントにおいて４０．７％対３１．７％であり、重要な第２のエンドポイントにおいて４０．２％対３０．３％であることが示された。消化管微生物叢に対するリファキシミンの可能な作用機序は、宿主個体の免疫応答などの細菌の局所粘膜接触状態の減少並びに細菌及び宿主個体の応答の両方の抗生物質による変化を含む。
[0245]細菌フラジェリン（例えば、Ｃｂｉｒ１、ＦｌａＸ及びＦｌａ２）に対する抗菌抗体は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の有用なバイオマーカーであることが立証された。大腸菌Ｋ１２タンパク質（例えば、Ｅｒａ、ＦｏｃＡ、ＦｒｖＸ、ＧａｂＴ、ＹｂａＮ、ＹｃｄＧ、ＹｈｇＮ、ＹｅｄＫ及びＹｉｄＸ）に対する最近発見された抗体のサブセットは、クローン病（ＣＤ）を有する個体と健常対照とを、またＣＤを有する個体と潰瘍性大腸炎を有する個体とを区別するのに用いることができる（Chenら、Mol. Cell Proteomics、8巻、1765〜1776頁、(2009年)）。カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ、Ｃｊ）、大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ、Ｅｃ）、腸炎菌（Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓｅ）、フレキシナ赤痢菌（Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｓｆ）による感染によりしばしば引き起こされるＩＢＳに随伴する感染後小腸細菌過剰増殖（ＳＩＢＯ）を有する個体は、感染菌のフラジェリンタンパク質に対する抗体を有することがある（Ｓｐｉｌｌｅｒ Ｒ及びＧａｒｓｅｄ Ｋ．、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、１３６巻、１９７９〜１９８８頁（２００９年））。フラジェリンタンパク質は、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌ＦｌｉＣ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、腸炎菌ＦｌｉｊＢを含む。腸炎菌は、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｃａ）の種である。マスト細胞の過形成は、感染後ＩＢＳ及び非感染後ＩＢＳの両方においてこれらの細菌による感染の後に一般的に観察される。
[0246]マスト細胞は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の病因において重要な役割を果たす。遠位腸区域におけるマスト細胞の浸潤及び活性化の増加は、ＩＢＳの症状の発現及び重症度に関連する。これらの細胞は、ＩＢＳ患者における粘膜刺激に対する内臓求心性神経の応答の上昇にも関連付けられている。β−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）などのマスト細胞マーカーの測定は、ＩＢＳの臨床診断に重要な意味を有する。これらのマーカーは、特に粘膜バリアにおいて重要な免疫調節機能を有する。多数のＩＢＳ患者は、微生物叢抗原／抗体組成の変化を伴うマスト細胞マーカーの増加を有する。
[0247]方法：本明細書に記載することは、個体からの試料中の細菌抗原抗体及びマスト細胞マーカーのレベルを測定し、前記レベルを対照レベルと比較し、個体がＩＢＳを有する可能性の増大を有するかどうかを判定することによりＩＢＳの診断を補助する方法の開発及び妥当性確認である。この方法において、大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴなどの細菌抗原に対する抗体並びにβ−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２などのマスト細胞マーカーの血清レベルを健常対照及びＩＢＳを有する患者からの試料において測定した。データを用いてロジスティック回帰機械学習アルゴリズムを実施して、健常対照及びＩＢＳを有する個体から採取した試料について情報を与え、予測するマーカーを選択する。
[0248]健常対照試料及びＩＢＳ試料の細菌抗原抗体及びマスト細胞マーカーのマーカー値を計算し、ロジスティック回帰モデリングにより解析した。解析により、マーカーのレベルがＩＢＳ又はＨＣを予測し得るかどうかを示す各マーカーの推定値が作出された。図４にマーカー値及び試料からの推定値の導出を例示する。推定値は、マーカーがＩＢＳの予測に対する正の効果を有することを表す正の値を有し得る。より大きい正の値を有する推定値は、ＩＢＳとＨＣとを区別することに対してより大きい効果を有する。推定値は、マーカーがＩＢＳの予測に対する負の効果を有することを示す負の値を有し得る。この場合には、マーカー値は、ＨＣよりＩＢＳ試料において低い。実質的に０に近い推定値は、マーカーがＩＢＳの予測に寄与しないことを示す。
[0249]この研究では、我々はコホート＃１〜４と表示した４件の前向き収集臨床試験（prospectively-collect clinical trials）からの試料を用いた。試料は、ＩＢＳを有する個体及び健常対照からのものである。それぞれの特定の試験及び要件を表４〜表７に示す４件の臨床試験における組み入れ及び除外の選択基準は、特有のものであった。
Figure 2015533213
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[0250]ＩＢＳを予測するための情報を与えるマーカーを選択するために、コホート＃１〜４からの試料からの細菌抗原抗体及びマスト細胞マーカーを含む１７種のマーカーのデータをロジスティック回帰モデルに適用した。マーカーのそれぞれの計算推定値を表８に示す。赤池情報量基準（ＡＩＣ）を用いて、モデルを、情報を与える可能性があるマーカーに圧縮した。統計的に有意な推定値（ｐ＜０．１）を有するマーカーを、情報を与える可能性があると判定した。ＩＢＳを予測すると判定された細菌抗原抗体マーカーは、大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴを含む。
Figure 2015533213
[0251]研究の結果は、個体からの試料中の細菌抗原抗体マーカー（例えば、大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ）のレベルを測定することは、個体がＩＢＳを有するかどうかを予測するのに有用であることを示すものである。結果は、細菌抗原並びにマスト細胞マーカー（例えば、β−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２）のレベルを測定することは、ＩＢＳ患者と健常対照との区別に明確に寄与することも示すものである。
[0252]結果：血清β−トリプターゼの予測能力をコホート＃１〜４からの試料を用いて解析した。図５に健常対照対ＩＢＳを有する個体の試料中の血清β−トリプターゼの分布を示す。コホート＃１については、血清β−トリプターゼの推定値が０．３７５（ｐ＝０．００６９７）であり、これにより、試料中の血清β−トリプターゼレベルがＩＢＳ患者と健常対照との区別に明確に寄与していることがわかる。コホート＃２についての推定値は、０．１１５（ｐ＝０．０７７１）であった。コホート＃３については、推定値は、−０．０３１（ｐ＝０．６５７）であり、コホート＃４については、推定値は、−０．０５３（ｐ＝０．４０３）であった。データをコホート別にクラスター化した場合のすべてのデータの線形混合モデルにおいて、推定値は、０．１１５（ｐ＝０．０１６６）であった。コホート＃３を除くすべてのデータの線形混合モデルにおいて、推定値は、０．２１６（ｐ＜０．０００１）であった。結果は、血清β−トリプターゼのレベルがＩＢＳ又は健常対照の診断を予測し得ることを示すものであった。
[0253]コホート＃１〜４からの試料中のヒスタミンレベルの回帰分析を実施した。推定値は、コホート＃１について０．２１１８（ｐ＝０．００２３）であった。結果は、ヒスタミンレベルがＩＢＳ又は健常対照の診断を予測し得ることを示すものである。図６に健常対照又はＩＢＳを有する個体からの試料間の血清ヒスタミン分布を示す。
[0254]本研究に用いた健常対照又はＩＢＳを有する個体からの試料中の血清ＰＥＧ２分布を図７に示す。ＰＥＧ２の回帰モデリングにより、コホート＃１についての推定値は、−０．０１２（ｐ＝０．９２０）であり、コホート＃２については０．０３４（ｐ＝０．７８８）であり、コホート＃３については−０．２２０（ｐ＝０．０２９）であり、コホート＃４については０．０３２（ｐ＝０．０００５）であった。すべてのデータ及びコホート別のクラスターの線形混合モデルにおいて、推定値は、０．０８４３（ｐ＝０．１１６７）であった。コホート＃３を除くすべてのデータの線形混合モデルにおいて、推定値は、０．２０５（ｐ＜０．１１６）であった。結果は、試料中の血清ＰＧＥ２のレベルがＩＢＳの診断を予測することができ、ＩＢＳとＨＣとを区別することができることを示すものである。
[0255]ＩＢＳを予測するためにマスト細胞マーカーを組み合わせて用いることができるかどうかを判定するために、本発明者らは、血清β−トリプターゼ、血清ヒスタミン及びＰＧＥ２に関するコホート＃１〜４からのデータをロジスティック回帰モデルに適用した。２９３の試料を解析し、１００のトレインテストスプリット（train-test split）を内部妥当性確認に用いた。感度及び特異度に関するＲＯＣ曲線は、０．６２３のＲＯＣ ＡＵＣを有していた（図８）。結果は、血清β−トリプターゼヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２の組合せがＩＢＳとＨＣとの区別に明確に寄与し得ることを示すものである。
[0256]ＩＢＳ対健常対照を予測する細菌抗原抗体マーカーの診断可能性を評価するために、我々は、ロジスティック回帰機械学習アルゴリズムでコホート＃１〜４からの細菌抗原マーカー（例えば、大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ）に関するデータを解析した。５１１の試料を評定し、１００のトレインテストスプリットを内部妥当性確認に用いた。ＲＯＣ ＡＵＣは、０．８１３であった（図９）。結果は、細菌抗原抗体マーカーの組合せが、機械学習アルゴリズムにおけるＨＣとＩＢＳとの区別に強力且つ明確に寄与し得ることを示すものである。
[0257]ＨＣ及びＩＢＳを予測するうえでの細菌抗原抗体マーカー及びマスト細胞マーカーの診断可能性を評価するために、細菌抗原抗体マーカー（例えば、大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ及びその組合せに対する抗体）並びにマスト細胞マーカー（例えば、ＰＧＥ２及びβ−トリプターゼ）を単一診断ロジスティック回帰アルゴリズムで解析した。コホート＃１〜４からの１６０の試料を試験し、１００のトレインテストスプリットを内部妥当性確認に用いた。ＲＯＣ ＡＵＣは、０．９２２であった（図１０）。データは、マスト細胞及び細菌抗原抗体マーカーを組み合わせることによってＨＣとＩＢＳとを区別する予測能力が得られることを示すものである。マスト細胞マーカーは、細菌抗原抗体マーカーによって与えられない追加情報に寄与し、したがって、２種のマーカーセットの組合せは、ＩＢＳを予測するための診断モデルにおいて相互補完的である。
[0258]結論：大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴに対する抗体などの細菌抗原抗体マーカーは、ＩＢＳとＨＣとを区別する有効な予測バイオマーカーである。細菌抗原抗体レベルは、マスト細胞マーカー（例えば、血清β−トリプターゼ、ヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２）などの他のＩＢＳバイオマーカーと組み合わせて、ＩＢＳの診断における精度を改善することができる。
実施例２：フラジェリンの系統発生解析
[0259]背景：我々は、ＩＢＳ微生物叢のフラジェリン配列を研究し、それをＩＢＤを有する個体における一般的細菌のフラジェリン配列と比較した。戦略は、ＩＢＳとＩＢＤ及び／又は健常対照とを区別することができる候補ＩＢＳ特異的バイオマーカーを同定するように計画した。一般的に、ＩＢＤ微生物叢は、ＣＢｉｒ１、Ｆｌａ２及びＦｌａＸなどのフラジェリンタンパク質を有するが、ＩＢＳ微生物叢は、大腸菌Ｋ１２のＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌のＦｌｉＣ、腸炎菌のＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニのＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニのＦｌａＢ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７のＦｌｉＣ及び腸炎菌のＦｌｊＢなどのフラジェリンタンパク質を有する。ＩＢＳの病原細菌は、カンピロバクター・ジェジュニ、フレキシナ赤痢菌、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７及び腸炎菌（病原性が減少する順序）である。アミノ酸配列アライメントに用いたＩＢＤ及びＩＢＳ関連細菌からのフラジェリンタンパク質を表９に示す。
Figure 2015533213
[0260]アミノ酸アライメントは、多重配列アライメントアルゴリズムを用いて実施した。図１１にアライメント解析を示し、緑色、橙色及び赤色バーは、類似性のレベルを表し、黒色領域は、より高い類似性の領域を表す。図１２にＮ末端領域のアライメントを示す。図１３に中間領域のアライメントを示し、図１４にＣ末端領域のアライメントを示す。Ｃ末端領域では、ＩＢＤ関連細菌からのフラジェリンＡ４−Ｆｌａ２、ＦｌａＸ及びＣＢｉｒ１は、互いにより類似しているＩＢＳ細菌からのフラジェリンと比べた場合よりも互いに類似している。ＩＢＳ細菌からのフラジェリンのうち、カンピロバクター・ジェジュニのＦｌａＡ及びＦｌａＢは、他のＩＢＳ関連フラジェリンと比べた場合よりも互いに類似している。図１５にアライメントデータの系統樹を示す。特に、その系統樹はＣＢｉｒ１を外集団として選択した無根近隣結合樹であり、枝の長さは隔たり及び配列相違性に対応する。ＩＢＤ対ＩＢＳ関連フラジェリンの配列類似性を表１０における類似性パーセントマトリックスに示す。
Figure 2015533213
実施例３： 細菌抗原に対する抗体を検出するための血清学的アッセイ（間接的コーティング）
[0261]この実施例では、個体からの試料中の細菌抗原抗体の存在及びレベルを検出するのに有用な血清学アッセイを記載する。アッセイをここに詳述する。
[0262]プロトコール：９６ウエルマイクロタイタープレートを１００μｌ／ウエルの１μｇ／ｍｌ抗Ｈｉｓ抗体（１ｘＰＢＳで希釈）で、４℃で一夜コートして、抗体をプレートに結合させた。プレートをＰＢＳ−Ｔで４回洗浄した。残存ＰＢＳ−Ｔを除去した。プレートを炭酸緩衝液中２μｌ／ｍｌのＨｉｓタグ抗原１００μｌでコートした。プレートを室温で１．５時間インキュベートした。２５０μｌ／ウエルのブロッキング緩衝液をプレートに加え、室温に１時間維持した。希釈緩衝液中名目１００ＥＵ／ｍｌ（１：５０）の標準を調製することによって標準を調製し、その後、１００ＥＵ／ｍｌ標準から希釈緩衝液を用いて６回の２倍連続希釈を行った。試料及び陽性対照は、希釈緩衝液で１：１００希釈を行うことにより調製した。十分なブロッキングの後、ブロッキング溶液を除去し、１００μｌ／ウエルの標準及び試料をプレートに加えた。プレートを緩やかに撹拌しながら１時間インキュベートした。その後、プレートをＰＢＳ−Ｔで４回洗浄し、残存ＰＢＳ−Ｔを除去した。Ｈｉｓタグ抗原に結合した細菌抗原抗体を認識するアルカリホスファターゼコンジュゲート抗体（ＡＰ−抗体）を希釈緩衝液で１：５０００に希釈し、１００μｌ／ウエルの希釈ＡＰ−抗体をプレートに加えた。緩やかに撹拌しながら室温で１時間インキュベートした後、プレートをＰＢＳ−Ｔで４回洗浄し、残存ＰＢＳ−Ｔを除去した。１００μｌ／ウエルのｐ−ニトロフェニルリン酸を加え、プレートを暗所で約１５分間インキュベートした。５０μｌ／ウエルの４Ｎ ＮａＯＨ停止溶液の添加により酵素反応を停止させた。発光マイクロプレートリーダーを用いて４０５ｎｍでプレートを読み取った。
実施例４：細菌抗原に対する抗体を検出するための血清学的アッセイ（直接的コーティング）
[0263]この実施例では、個体からの試料中の細菌抗原（例えば、大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、カンピロバクター・ジェジュニ８１−０４５、カンピロバクター・ジェジュニ８１−１２８及びカンピロバクター・ジェジュニ８１−００）に対する抗体の存在及びレベルを検出するのに有用な血清学アッセイを記載する。アッセイをここに詳述する。
[0264]プロトコール：９６ウエルマイクロタイタープレートを１００μｌ／ウエルの１μｇ／ｍｌＨｉｓタグ細菌抗原ポリペプチド又はその断片（１ｘＰＢＳで希釈）で、４℃で一夜コートした。プレートをＰＢＳ−Ｔで４回洗浄した。残存ＰＢＳ−Ｔを除去した。２５０μｌ／ウエルのブロッキング緩衝液をプレートに加え、室温に１時間維持して、プレートをブロックした。標準は、１）希釈緩衝液を用いて名目１００ＥＵ／ｍｌ（１：５０）の標準を準備し、２）１００ＥＵ／ｍｌ標準から６回の２倍連続希釈を行うことにより調製した。試料及び陽性対照は、希釈緩衝液で１：１００希釈を行うことにより調製した。十分なブロッキングの後、ブロッキング溶液を除去し、１００μｌ／ウエルの標準及び試料をプレートに加えた。プレートを緩やかに撹拌しながら１時間インキュベートした。プレートをＰＢＳ−Ｔで４回洗浄し、残存ＰＢＳ−Ｔを除去した。アルカリホスファターゼコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ抗体（ＡＰ−ヤギ抗ＨｕＩｇＧ）を希釈緩衝液で１：５０００に希釈し、１００μｌ／ウエルの希釈ＡＰ−ヤギ抗ＨｕＩｇＧをプレートに加えた。緩やかに撹拌しながら室温で１時間インキュベートした後、プレートをＰＢＳ−Ｔで４回洗浄し、残存ＰＢＳ−Ｔを除去した。１００μｌ／ウエルのｐ−ニトロフェニルリン酸を加え、プレートを暗所で約１５分間インキュベートした。５０μｌ／ウエルの４Ｎ ＮａＯＨ停止溶液の添加により反応を停止させた。発光マイクロプレートリーダーを用いて４０５ｎｍでプレートを読み取った。
実施例５：コルチゾールレベルとＩＢＳ診断との相関
[0265]この実施例ではＩＢＳ及びＩＢＳサブタイプを診断するうえでのコルチゾールレベルの予測値を決定する方法を記載する。この実施例ではコルチゾールとサイトカイン又は細菌抗原との比がＩＢＳの診断を補助し得ることも示す。
[0266]図１６に健常対照及びＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍを有する患者を含む患者の後ろ向きコホートにおける午前及び午後の様々なサイトカイン（例えば、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−６、ＩＬ−８及びＴＮＦ）並びにホルモン（例えば、セロトニン及びコルチゾール）のレベルを例示する。データは、ＩＬ−８、コルチゾール、セロトニン、ＩＬ−６及びＴＮＦのレベルが患者のＩＢＳ疾患状態によって変動することを示している。したがって、これらのサイトカイン及びホルモンは、対象におけるＩＢＳの診断を補助し得る。興味深いことに、サイトカイン及びホルモンのレベルは、試料を採取した時刻によって異なっている。コルチゾールレベルの線形回帰分析により、午後の試料中のコルチゾールレベルが健常対照対ＩＢＳ−Ｄを高度に予測することが示された（図１７）。
[0267]コルチゾールとホルモン又はサイトカインとの関係性を検討した。コホートからのデータセットにおけるコルチゾールのレベルと他のマーカーのレベルとの間に有意な関連は認められなかった（図１８）。ＩＬ−６とコルチゾールとの間に非統計的有意な（ｎｏｎ−ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌｌｙ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ）関連があった（ｐ＝０．０６７４）。
[0268]データを解析し、各患者セットについてコルチゾールとＩＬ−６との比を作出するために用いた。図１９に健常対照患者及びＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍを有する患者のコルチゾール：ＩＬ−６比を示す。
[0269]解析を拡大して、ストレスホルモン（例えば、コルチゾール若しくはＢＤＮＦ）と他のストレス因子、細菌抗原抗体マーカー（例えば、ＥｃＦｌｉＣ、ＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、Ｃｊ８１−０４５、Ｃｊ８１−１２８、Ｃｊ８１−００８）、炎症性サイトカインマーカー（例えば、ＣＲＰ、ＳＡＡ、ＩＣＡＭ、ＶＣＡＭ、ＰＩＩ）又はマスト細胞マーカー（例えば、ＰＧＥ２、ヒスタミン、トリプターゼ）との間の関連を同定した。図２０にコルチゾールベースの解析をグラフの形で示す。図２１に対数変換変量に関する多重線形回帰の結果を示す。方法は、データセットの他のマーカーをコントロールしながら１つの特定のマーカーとコルチゾールとの関係性を評定することに基づいている。図２２にコルチゾールと細菌抗原ＥｃＯＦｌｉＣとの比が患者群間で有意に異なっていることを示す（Ｆ＝３．３４３、ｐ＝０．０２０）。したがって、コルチゾール：ＥｃＯＦｌｉＣの比は、ＩＢＳを予測するものであり、ＩＢＳ及び／又はそのサブタイプの診断を補助し得る。図２３に健常対照、ＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ｍ患者におけるコルチゾールのレベルを示す。
実施例６：細菌抗原タンパク質の免疫原性部位の予測
[0270]この実施例では細菌抗原タンパク質の免疫原性部位（例えば、領域）を予測する方法を例示する。細菌抗原タンパク質の免疫原性部位に対応するペプチドは、作出し、例えば、ＩＢＳを有すると疑われる又は有するヒトからの血清試料などの試料中に位置する細菌抗原に対する抗体を捕捉するために記載する方法で用いることができる。
Ｉ．方法
[0271]オープンソースであるＥＭＢＯＳＳ（例えば、Ｋｏｌａｓｋａｒら（１９９０）、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔｅｒｓ、２７６巻、１７２〜１７４頁参照）を用いて、抗原タンパク質の抗原性部位を予測することが可能であった。該ソフトウエアは、実験的に決定された１６９種の抗原決定基を組み込んでいた。該ソフトウエアは、決定基当たり２０未満のアミノ酸を有するそれらの１５６種（合計２０６６残基）を選択し、抗原決定基における各残基の出現頻度としてのｆ（Ａｇ）を計算した［ｆ（Ａｇ）＝エピトープ＿出現／２０６６］。
[0272]タンパク質セグメントの疎水性、近接性及び柔軟性を公知の方法により評価した（例えば、Ｋｏｌａｓｋａｒら；Ｐａｒｋｅｒ ＪＭＲら（１９８６）、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、２５巻、５４２５〜５４３２頁参照）。所定のタンパク質において、７マーの各残基の疎水性、近接性及び柔軟性の合計を７マーの中央残基に割り当てた。７マー値のいずれかがタンパク質の平均を上回っていた場合、残基は、表面上にあると考えられた。これらの結果を用いて、表面におけるアミノ酸の出現の頻度ｆ（ｓ）を計算した。この方法を、Ｋｏｌａｓｋａｒらにより記載されたように、２０種の天然アミノ酸に用いた。Ｂ、Ｚ、Ｘの値をＥｄａｙｈｏｆｆ．ｄａｔ（Ｄａｙｈｏｆｆデータ）からの重み付け平均を用いて計算し、合計を計算した場合に無視した。抗原性プロペンシティＡ（ｐ）をＡ（ｐ）＝ｆ（Ａｇ）／ｆ（ｓ）として計算した。
[0273]以下のステップを用いて抗原決定基を予測した。
１）各重複７マーの平均プロペンシティを計算し、中央残基（すなわち、ｉ＋３）に割り当て、
２）平均Ａ（ｐ）ａｖをタンパク質全体について計算し、
３）（ａ）タンパク質全体についてＡ（ｐ）ａｖが≧１．０である場合、Ａ（ｐ）≧１．０を有するすべての残基を潜在的に抗原性であると考え、
３）（ｂ）タンパク質全体についてＡ（ｐ）ａｖが＜１．０である場合、Ａ（ｐ）＞Ａ（ｐ）ａｖを有するすべての残基を潜在的に抗原性であると考え、
４）すべての連続残基がステップ３により選択された６マーを抗原決定基と考えた。
[0274]前記方法を用いて選択したパラメーターを以下の表１１に要約する。
Figure 2015533213
ＩＩ．結果
Ａ．ＥｃＥｒａの抗原性断片
[0275]オンラインで利用できるＥＭＢＯＳＳソフトウエアを用いて、ＥｃＥｒａの抗原性断片の配列を予測することが可能であった。最高の抗原性断片が図２４に見られる。ＥｃＥｒａの３つの最高抗原性スコアは、以下の通りである。
１．残基８６→９８におけるスコア１．２１３長さ１３＊
配列：ＩＧＤＶＥＬＶＩＦＶＶＥＧ（配列番号１）
８６９８Ｍａｘ＿ｓｃｏｒｅ＿ｐｏｓ：９２
２．残基１１６→１２９におけるスコア１．１９４長さ１４＊
配列：ＫＡＰＶＩＬＡＶＮＫＶＤＮＶ（配列番号２）
１１６１２９Ｍａｘ＿ｓｃｏｒｅ＿ｐｏｓ：１２０
３．残基２０７→２２１におけるスコア１．１６６長さ１５＊
配列：ＧＡＥＬＰＹＳＶＴＶＥＩＥＲＦ（配列番号３）
２０７２２１Ｍａｘ＿ｓｃｏｒｅ＿ｐｏｓ：２１３
[0276]前述の断片は、試料中の自己抗体に結合させるために本明細書における方法に単独で又は組み合わせて用いることができる。
Ｂ．ＥｃＧａｂＴの抗原性断片
[0277]上記のＥＭＢＯＳＳソフトウエアを用いて、ＥｃＧａｂＴの抗原性断片の配列を予測することが可能であった。最高の抗原性断片が図２５に見られる。ＥｃＧａｂＴの３つの最高抗原性スコアは、以下の通りである。
１．残基３００→３１５におけるスコア１．２０１長さ１６＊
配列：ＧＮＰＩＡＣＶＡＡＬＥＶＬＫＶＦ（配列番号４）
３００３１５Ｍａｘ＿ｓｃｏｒｅ＿ｐｏｓ：３０８
２．残基４９→９２におけるスコア１．１９７長さ４４＊
配列：ＧＩＡＶＬＮＴＧＨＬＨＰＫＶＶＡＡＶＥＡＱＬＫＫＬＳＨＴＣＦＱＶＬＡＹＥＰＹＬＥＬＣＥＩ（配列番号５）
４９９２Ｍａｘ＿ｓｃｏｒｅ＿ｐｏｓ：８０
３．残基３８３→４０７におけるスコア１．１９４長さ２５＊
配列：ＫＧＬＩＬＬＳＣＧＰＹＹＮＶＬＲＩＬＶＰＬＴＩＥＤ（配列番号６）
３８３４０７Ｍａｘ＿ｓｃｏｒｅ＿ｐｏｓ：３９９
Ｃ．ＥｃＦｒｖＸの抗原性断片
[0278]上記のＥＭＢＯＳＳソフトウエアを用いて、ＥｃＦｒｖＸの抗原性断片の配列を予測することが可能であった。ＥｃＦｒｖＸの３つの最高抗原性スコアは、以下の通りである。
１．残基３０３→３１７におけるスコア１．２５８長さ１５＊
配列：ＲＰＶＶＡＬＣＬＰＴＲＹＬＨＡ（配列番号７）
３０３３１７Ｍａｘ＿ｓｃｏｒｅ＿ｐｏｓ：３０７
２．残基２１５→２３６におけるスコア１．２１２長さ２２＊
配列：ＳＡＥＨＩＫＰＤＶＶＩＶＬＤＴＡＶＡＧＤＶＰ（配列番号８）
２１５２３６Ｍａｘ＿ｓｃｏｒｅ＿ｐｏｓ：２２４
３．残基５４→６２におけるスコア１．１６０長さ９＊
配列：ＰＫＶＡＶＶＧＨＭ（配列番号９）
５４６２Ｍａｘ＿ｓｃｏｒｅ＿ｐｏｓ：５８
[0279]大腸菌Ｋ１２タンパク質の抗原性ペプチドの要約を以下に示す。
Figure 2015533213
Ｄ．フラジェリンの抗原性断片
[0280]フラジェリンについては、超可変領域（おおよそａａ２００〜５００）が抗原性であると文献で確立されている。本発明のフラジェリンペプチドの最高抗原性断片が図１３に見られる。
実施例７：共生細菌抗原に対する抗体の存在
[0281]この実施例では、対象からの試料中の細菌抗原抗体マーカーの存在又はレベルの検出は、対象がＩＢＳ、例えば、ＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍ（ＩＢＳ−Ｄ／Ｍ）を有するかどうかを判定するために用いることができることを例示する。本研究では、実施例４に記載のアッセイ方法を用いて健常対照及びＩＢＳ患者からの血清試料中のＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ及びＬｍＯｓｐに対する抗体などの細菌抗原抗体のアレイのレベルを比較した。結果は、ＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍを有する個体が正常な健常者と比べて低いレベル（例えば、量又は濃度）の特定の細菌抗原抗体を有することを実証するものである。
[0282]ラクトバチルス・アシドフィルスＥｎｏ、ラクトバチルス・アシドフィルスＦｒｃ及びラクトバチルス・ジョンソニイＥＦＴｕに対する抗体のレベルは、健常対照試料（ｎ＝２９５）とＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍ（ＩＢＳ−Ｄ／Ｍ）患者から採取した試料（ｎ＝２２９）との間で統計的に異なっていなかった（図２７Ａ〜Ｃ）。
[0283]バクテロイデス・フラジリスＯｍｐＡに対する抗体のレベルも健常対照（ｎ＝３５）とＩＢＳ−Ｄ／Ｍ患者（ｎ＝３４）との間で統計的に異なっていなかった（ｐ値＝０．０８１４）。しかし、プレボテラ属ＯｍｐＡに対する抗体のレベルは、健常群（ｎ＝３３）とＩＢＳ−Ｄ／Ｍ群（ｎ＝２９）との間で統計的に異なっていた（ｐ値＝０．０３７７）（図２８Ｂ）。特にＩＢＳ−Ｄ／Ｍ患者は、正常対照と比較してＰｒＯｍｐＡ（ＰｒｅｖＯｍｐＡ）の低いレベルを有していた。
[0284]ウェルシュ菌１０ｂＡ、ウェルシュ菌ＳｐＡ、フェカリス菌ＳＡ（Ｓａｎｔ）及びリステリア菌Ｏｓｐに対する抗体のレベルは、健常対照試料（ｎ＝１８）とＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ｍ（ＩＢＳ−Ｄ／Ｍ）患者から採取した試料（ｎ＝２２）との間で統計的に異なっていなかった（図２９Ａ〜Ｄ）。
[0285]本実施例は、本明細書に記載のアッセイ方法が、細菌抗原抗体マーカーのレベルを決定し、ＩＢＳの診断を補助するために用いることができることを例示している。
[0286]本明細書で引用したすべての刊行物及び特許出願は、各個別の刊行物又は特許出願が参照により明確且つ個別に示されたかのように、参照により本明細書に組み込まれる。理解を明確にする目的のために例示及び実施例により、前述の発明をある程度詳細に記載したが、添付の特許請求の範囲の精神又は範囲から逸脱することなく、それに対する特定の変更及び修正を行うことができることは、当業者には容易に明らかになる。
略式配列表
配列番号１
ＥｃＥｒａペプチド（８６〜９８位）
ＩＧＤＶＥＬＶＩＦＶＶＥＧ
配列番号２
ＥｃＥｒａペプチド（１１６〜１２９位）
ＫＡＰＶＩＬＡＶＮＫＶＤＮＶ
配列番号３
ＥｃＥｒａペプチド（２０７〜２２１位）
ＧＡＥＬＰＹＳＶＴＶＥＩＥＲＦ
配列番号４
ＥｃＧａｂＴペプチド（３００〜３１５位）
ＧＮＰＩＡＣＶＡＡＬＥＶＬＫＶＦ
配列番号５
ＥｃＧａｂＴペプチド（４９〜９２位）
ＧＩＡＶＬＮＴＧＨＬＨＰＫＶＶＡＡＶＥＡＱＬＫＫＬＳＨＴＣＦＱＶＬＡＹＥＰＹＬＥＬＣＥＩ
配列番号６
ＥｃＧａｂＴペプチド（３８３〜４０７位）
ＫＧＬＩＬＬＳＣＧＰＹＹＮＶＬＲＩＬＶＰＬＴＩＥＤ
配列番号７
ＥｃＦｒｖＸペプチド（３０３〜３１７位）
ＲＰＶＶＡＬＣＬＰＴＲＹＬＨＡ
配列番号８
ＥｃＦｒｖＸペプチド（２１５〜２３６位）
ＳＡＥＨＩＫＰＤＶＶＩＶＬＤＴＡＶＡＧＤＶＰ
配列番号９
ＥｃＦｒｖＸペプチド（５４〜６２位）
ＰＫＶＡＶＶＧＨＭ

Claims (20)

  1. 対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって、
    対象から採取した生体試料中の細菌抗原抗体マーカーのアレイのレベルを測定するステップと、
    細菌抗原抗体マーカーのアレイの測定されたレベルに統計解析を適用して、細菌抗原抗体マーカープロファイルを作出するステップと、
    前記細菌抗原抗体マーカープロファイルを診断モデルと比較して、個体が健常対照であることと比較してＩＢＳを有する可能性の増大を有するかどうかを判定するステップと
    を含む、方法。
  2. 前記細菌抗原抗体マーカーのアレイが大腸菌ＦｌｉＣ、フレキシナ赤痢菌ＦｌｉＣ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＡ、カンピロバクター・ジェジュニＦｌａＢ、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７ＦｌｉＣ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、カンピロバクター・ジェジュニ８１−０４５、カンピロバクター・ジェジュニ８１−１２８及びカンピロバクター・ジェジュニ８１−００８、大腸菌Ｅｒａ、大腸菌ＦｏｃＡ、大腸菌ＦｒｖＸ、大腸菌ＧａｂＴ、大腸菌ＹｂａＮ、大腸菌ＹｃｄＧ、大腸菌ＹｈｇＮ、大腸菌ＹｅｄＫ、大腸菌ＹｉｄＸ、ラクトバチルス・アシドフィルスＦｒｃ、ラクトバチルス・アシドフィルスＥｎｏ、ラクトバチルス・ジョンソニイＥＦＴｕ、バクテロイデス・フラジリスＯｍｐＡ、プレボテラ属ＯｍｐＡ、ウェルシュ菌１０ｂＡ、ウェルシュ菌ＳｐＡ、フェカリス菌Ｓａｎｔ、リステリア菌Ｏｓｐ並びにその組合せに対する抗体からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  3. 前記細菌抗原抗体マーカーのアレイがＳｆＦｌｉＣ、ＣｊＦｌａＡ、ＣｊＦｌａＢ、ＥｃＯＦｌｉＣ、ＳｅＦｌｊＢ、ＣｊＧＴ−Ａ、Ｃｊｄｍｈ、ＣｊＣｇｔＡ及びその組合せに対する抗体からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  4. 前記細菌抗原抗体マーカーのアレイがＥｃＦｌｉＣ、ＥｃＥｒａ、ＥｃＦｏｃＡ、ＥｃＦｒｖＸ、ＥｃＧａｂＴ、ＥｃＹｂａＮ、ＥｃＹｃｄＧ、ＥｃＹｈｇＮ、ＥｃＹｉｄＸ、ＥｃＹｅｄＫ及びその組合せに対する抗体からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  5. 前記細菌抗原抗体マーカーのアレイがＬａＦｒｃ、ＬａＥｎｏ、ＬｊＥＦＴｕ、ＢｆＯｍｐＡ、ＰｒＯｍｐＡ、Ｃｐ１０ｂＡ、ＣｐＳｐＡ、ＥｆＳａｎｔ、ＬｍＯｓｐ及びその組合せに対する抗体からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  6. 細菌抗原抗体マーカーのアレイのレベルを測定する前記ステップが、
    前記試料を少なくとも１つの細菌抗原又はその抗原性断片と接触させて、前記試料中に存在する細菌抗原抗体を少なくとも１つの細菌抗原又はその抗原性断片及び細菌抗原抗体を含む複合体に変換するステップと、
    少なくとも１つの細菌抗原又はその抗原性断片、細菌抗原抗体及び検出抗体を含む三元複合体を形成するのに適する条件下で複合体を検出抗体と接触させるステップと、
    少なくとも１つの細菌抗原抗体マーカーのレベルに相関する三元複合体を検出するステップと
    を含む、請求項１に記載の方法。
  7. 前記統計解析が細菌抗原抗体マーカーのアレイのレベルを細菌抗原抗体マーカープロファイルに変換する、請求項１に記載の方法。
  8. 前記診断モデルが細菌抗原抗体モデルを含む、請求項１に記載の方法。
  9. ＩＢＳの臨床サブタイプ及び健常対象の既知の転帰を有する後ろ向きコホートを用いて前記診断モデルを確立する、請求項８に記載の方法。
  10. 後ろ向きコホートにおいて決定した１つ又は複数の細菌抗原抗体マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより、細菌抗原抗体モデルを得る、請求項８に記載の方法。
  11. 対象から採取した生体試料中のマスト細胞マーカーのアレイのレベルを決定するステップと、
    マスト細胞マーカーのアレイの測定されたレベルに統計解析を適用して、マスト細胞マーカープロファイルを作出するステップと、
    前記マスト細胞マーカープロファイルを診断モデルと比較して、個体が健常対照であることと比較してＩＢＳを有する可能性の増大を有するかどうかを判定するステップと
    をさらに含む、請求項１に記載の方法。
  12. マスト細胞マーカーのアレイがβ−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２及びその組合せからなる群から選択される、請求項１１に記載の方法。
  13. 対象から採取した生体試料中のストレス因子マーカーのアレイのレベルを決定するステップと、
    ストレス因子マーカーのアレイの測定されたレベルに統計解析を適用して、ストレス因子プロファイルを作出するステップと、
    前記ストレス因子プロファイルを診断モデルと比較して、個体が健常対照であることと比較してＩＢＳを有する可能性の増大を有するかどうかを判定するステップと
    をさらに含む、請求項１に記載の方法。
  14. ストレス因子マーカーのアレイがコルチゾール、ＢＤＮＦ、セロトニン、ＣＲＦ、ＡＣＴＨ及びその組合せからなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
  15. ＩＢＳの臨床サブタイプ及び健常対象の既知の転帰を有する後ろ向きコホートを用いて前記診断モデルを確立する、請求項１１又は１３に記載の方法。
  16. 前記診断モデルが細菌抗原抗体モデル、マスト細胞マーカーモデル、ストレス因子マーカーモデル又はその組合せを含む、請求項１５に記載の方法。
  17. 後ろ向きコホートにおいて決定した１つ又は複数の細菌抗原抗体マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより、細菌抗原抗体モデルを得る、請求項１６に記載の方法。
  18. 後ろ向きコホートにおいて決定した１つ又は複数のマスト細胞マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより、マスト細胞マーカーモデルを得る、請求項１６に記載の方法。
  19. 後ろ向きコホートにおいて決定した１つ又は複数のストレス因子マーカーのレベルにロジスティック回帰分析を適用することにより、ストレス因子マーカーモデルを得る、請求項１６に記載の方法。
  20. ＩＢＳの診断をＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）と分類するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
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