JP2014518640A - β−クロトおよびFGF受容体を含む複合体に結合するヒト抗原結合タンパク質 - Google Patents

β−クロトおよびFGF受容体を含む複合体に結合するヒト抗原結合タンパク質 Download PDF

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Abstract

本発明は、B−クロトおよび/またはFGF21様媒介性シグナル伝達を誘発することができる抗原結合タンパク質に関連するかまたはそれに由来する組成物および方法を提供する。実施形態において、抗原結合タンパク質は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、FGF21様シグナル伝達を誘発する。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体、このような抗体の結合フラグメントおよび誘導体、ならびにポリペプチドである。他の実施形態は、このような抗原結合タンパク質、それらのフラグメントおよび誘導体、ならびにポリペプチドをコードする核酸、そのようなポリヌクレオチドを含む細胞、そのような抗原結合タンパク質、それらのフラグメントおよび誘導体、ならびにポリペプチドを作製する方法、そして、2型糖尿病、肥満、NASH(非アルコール性脂肪性肝炎)、代謝症候群、および関連障害または状態を患う対象の治療または診断方法を含む、このような抗原結合タンパク質、そのフラグメントおよび誘導体、ならびにポリペプチドを使用する方法を提供する。
【選択図】 なし

Description

本出願は、米国仮特許出願61/493,933号(2011年6月6日出願)、同第61/501,133号(2011年6月24日)、および同第61/537,993号(2011年9月22日出願)の利益を主張する米国特許出願第13/487,061号(2012年6月1日出願)の優先権を主張し、これらのそれぞれの内容は、その全体が本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、EFS−Webを通じてASCII形式で提出されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、配列表を含有する。2012年5月22日に作成された前記ASCIIのコピーは、A−1650−US−NP_SeqListing.txtという名称であり、サイズは340KBである。
発明の分野
本開示は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、FGF21様シグナル伝達を誘発する抗原結合タンパク質を含む、抗原結合タンパク質をコードする核酸分子、ならびに、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、FGF21様シグナル伝達を誘発する抗原結合タンパク質を含む、抗原結合タンパク質を含む、組成物、ならびにこのような核酸、ポリペプチド、または薬学的組成物を使用して、代謝障害を治療するための方法に関する。本抗原結合タンパク質を使用する診断方法もまた、提供する。
線維芽細胞成長因子21(FGF21)は、FGF19、FGF21、およびFGF23を含む線維芽細胞成長因子(FGF)のサブファミリーに属する分泌ポリペプチドである(Itoh et al.,(2004)Trend Genet.20:563−69)。FGF21は、それがヘパリン非依存性であり、グルコース、脂質、およびエネルギー代謝の制御におけるホルモンとして機能するという点で、非定型FGFである。
それは、肝臓および膵臓において高度に発現され、主として肝臓で発現される、FGFファミリーの唯一のメンバーである。FGF21を過剰発現するトランスジェニックマウスは、低成長速度、低血漿グルコースおよびトリグリセリドレベル、ならびに加齢に伴う2型糖尿病、島過形成、および肥満がないといった代謝表現型を示す。齧歯類および霊長類のモデルにおける組み換えFGF21タンパク質の薬理学的投与は、血漿グルコースレベルの正常化、トリグリセリドおよびコレステロールレベルの低下、ならびに耐糖能およびインスリン感受性の改善をもたらす。さらに、FGF21は、エネルギー消費、身体活動、および代謝率を増加させることによって、体重および体脂肪を減少させる。実験的研究は、ヒトにおける2型糖尿病、肥満、脂質異常症、および他の代謝状態または障害の治療のための、FGF21の薬理学的投与を支持する。
FGF21は、その受容体の活性化を通じて脂肪細胞へのグルコースの取り込みおよび脂質恒常性を刺激する、肝臓由来の内分泌性ホルモンである。興味深いことに、標準的なFGF受容体に加えて、FGF21受容体は、必須の補助因子として、膜結合β−クロトも含む。FGF21受容体の活性化は、種々の代謝パラメーターに対して複数の効果をもたらす。
哺乳動物では、FGFは、FGFR1〜4の4つのFGF受容体のセットを介して、それらの作用を媒介し、これらは、複数のスプライス変異体、例えば、FGFR1c、FGFR2c、FGFR3c、およびFGFR4において発現される。各FGF受容体は、リガンドに結合すると活性化され、MAPK(Erk1/2)、RAF1、AKT1、およびSTATを含む下流シグナル伝達経路をもたらす、細胞内チロシンキナーゼドメインを含有する。(Kharitonenkov et al.,(2008)BioDrugs22:37−44)。いくつかの報告が、FGFR1〜3の「c」レポータースプライス変異体が、β−クロトに対して特異的な親和性を示し、FGF21に対する内因性受容体として作用し得ることを示唆した(Kurosu et al.,(2007)J.Biol.Chem.282:26687−95)、Ogawa et al.,(2007)Proc.Natl.Acad.Sci.USA104:7432−37)、Kharitonenkov et al.,(2008)J.Cell Physiol.215:1−7)。β−クロトおよびFGFR4の両方を大量に発現する肝臓において、FGF21は、FGF21のβ−クロト−FGFR4複合体への強力な結合にもかかわらず、MAPKのリン酸化を誘発することはない。3T3−L1細胞および白色脂肪組織において、FGFR1は、圧倒的に豊富な受容体であり、したがって、この組織におけるFGF21の主な機能性受容体が、β−クロト/FGFR1c複合体である可能性が最も高い。
本開示は、FGF21様シグナル伝達を誘発する、モノクローナル抗体等のヒト(またはヒト化)抗原結合タンパク質、例えば、FGF21の機能を模倣するアゴニスト抗体を提供する。そのような抗体は、FGF21様の活性および選択性を有するが、タンパク質安定性、免疫原性の欠如、生産の容易性、および長いインビボ半減期等、抗体に典型的な治療的に望ましい特徴が付加された、分子である。
Itoh et al.,(2004)Trend Genet.20:563−69 Kharitonenkov et al.,(2008)BioDrugs22:37−44 Kurosu et al.,(2007)J.Biol.Chem.282:26687−95 Ogawa et al.,(2007)Proc.Natl.Acad.Sci.USA104:7432−37 Kharitonenkov et al.,(2008)J.Cell Physiol.215:1−7
本開示は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、FGF21様シグナル伝達を誘発する抗原結合タンパク質を含む、抗原結合タンパク質、ならびに、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、FGF21様シグナル伝達を誘発する抗原結合タンパク質を含む、抗原結合タンパク質を含む、薬学的組成物を提供する。別の態様において、本明細書に開示される抗原結合タンパク質をコードする前述の単離された核酸分子を含む、発現ベクター、および発現ベクターが形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞もまた、提供する。代表的な重鎖および軽鎖を、表1Aおよび1Bに提供し、代表的な可変領域重鎖および軽鎖の配列を、表2Aおよび2Bに提供し、重鎖および軽鎖の可変領域のコード配列を、表2Cおよび2Dに提供し、表3Aおよび3Bは、開示される可変重鎖および軽鎖のCDR領域を提供し、表3Cおよび3Dは、開示されるCDRのコード配列を提供する。
別の態様において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に、特異的または選択的に結合する、抗原結合タンパク質を調製する方法もまた提供し、この方法は、抗原結合タンパク質を分泌する宿主細胞から抗原結合タンパク質を調製するステップを含む。
他の実施形態は、状態の予防または治療を、このような治療を必要とする対象において行う、本明細書に提供される薬学的組成物の治療有効量を対象に投与することを含む方法を提供し、この状態は、血中グルコース、インスリン、または血清脂質のレベルを低下させることによって治療可能である。実施形態において、状態は、2型糖尿病、肥満、脂質異常症、NASH(非アルコール性脂肪性肝炎)、心血管疾患、または代謝症候群である。
これらおよび他の態様を、本明細書でさらに詳細に説明する。提供される態様のそれぞれは、本明細書に提供される種々の実施形態を包含し得る。したがって、1つの要素または要素の組み合わせを含む実施形態のそれぞれは、記載される各態様に含まれ得、上述の態様および実施形態の全てのこのような組み合わせは、明示的に考慮されることが予測される。開示される抗原結合タンパク質ならびに関連する方法および組成物の他の特徴、目的、および利点は、以下の発明を実施するための形態において明らかである。
ヒトFGFR1c(GenBank受託番号P11362、配列番号4)とマウスFGFR1c(GenBank受託番号NP_034336、配列番号1832)との間の配列相同性を示すアライメントであり、シグナルペプチド、膜貫通配列、ヘパリン結合領域を含む、種々の特徴をハイライトで示し、コンセンサス配列(配列番号1833)が提供される。 ヒトFGFR1c(GenBank受託番号P11362、配列番号4)とマウスFGFR1c(GenBank受託番号NP_034336、配列番号1832)との間の配列相同性を示すアライメントであり、シグナルペプチド、膜貫通配列、ヘパリン結合領域を含む、種々の特徴をハイライトで示し、コンセンサス配列(配列番号1833)が提供される。 ヒトβ−クロト(GenBank受託番号NP_783864、配列番号7)とマウスβ−クロト(GenBank受託番号NP_112457、配列番号10)との間の配列相同性を示すアライメントであり、膜貫通配列および2つのグリコシル加水分解酵素ドメインを含む、種々の特徴をハイライトで示し、コンセンサス配列(配列番号1834)が提供される。 ヒトβ−クロト(GenBank受託番号NP_783864、配列番号7)とマウスβ−クロト(GenBank受託番号NP_112457、配列番号10)との間の配列相同性を示すアライメントであり、膜貫通配列および2つのグリコシル加水分解酵素ドメインを含む、種々の特徴をハイライトで示し、コンセンサス配列(配列番号1834)が提供される。 ヒトβ−クロト(GenBank受託番号NP_783864、配列番号7)とマウスβ−クロト(GenBank受託番号NP_112457、配列番号10)との間の配列相同性を示すアライメントであり、膜貫通配列および2つのグリコシル加水分解酵素ドメインを含む、種々の特徴をハイライトで示し、コンセンサス配列(配列番号1834)が提供される。 FGF21および陽性対照として参照抗体16H7.1を用いた本明細書に開示される抗体のルシフェラーゼレポーター活性スクリーニングからの代表的なデータを示すプロットであり(挿入図)、これらのハイブリドーマは、全長ヒトβ−クロトおよび配列番号4のアミノ酸残基#141〜#822ポリペプチドを包含するヒトFGFR1cのN末端切断形態を発現する、293Tトランスフェクタントの細胞結合受容体での免疫付与によって生成した。プロットのX軸およびY軸は、同じハイブリドーマ試料セットの2つの独立したアッセイ(n=1およびn=2)からのFGF21活性%であり(灰色の丸)、アッセイの一貫性を示し、いくつかのハイブリドーマ試料がまた、陰性対照として含まれた(黒色丸)。 本発明に関連して構築されたキメラの概略図を示す。 抗原結合タンパク質、ならびにヒトFGF21の、L6細胞においてキメラを活性化する能力を示す。 対応する生殖細胞系V遺伝子配列と比較した、抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸アライメントを示す。 対応する生殖細胞系V遺伝子配列と比較した、抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸アライメントを示す。 対応する生殖細胞系V遺伝子配列と比較した、抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸アライメントを示す。 対応する生殖細胞系V遺伝子配列と比較した、抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸アライメントを示す。 対応する生殖細胞系V遺伝子配列と比較した、抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸アライメントを示す。
本明細書に使用される節の見出しは、単に編成の目的であり、記載される主題を制限するとみなされるものではない。
本明細書において別途定義されない限り、本出願に関連して使用される科学および技術用語は、当業者によって広く理解される意味を有するものとする。さらに、文脈によって必要とされない限り、単数形は複数形を含むものとし、複数形は単数形を含むものとする。
一般的に、本明細書に記載される細胞および組織培養、分子生物学、免疫学、微生物学、遺伝学、ならびにタンパク質および核酸の化学およびハイブリダイゼーションに関連して使用される用語、およびそれらの技術は、当該技術分野で周知であり、広く使用されるものである。本出願の方法および技術は、概して、当該技術分野で周知の従来方法に従って、ならびに、別段に示されない限り、本明細書を通じて引用および記載される、種々の一般的およびより詳細な参考文献に記載のように、行われる。例えば、Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,3rd ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.(2001)および後続版、Ausubel et al.,Current Protocols in Molecular Biology,Greene Publishing Associates(1992)、ならびにHarlow&Lane,Antibodies:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.(1988)を参照されたく、これらは、参照により本明細書に組み込まれる。酵素反応および精製技術は、当該技術分野で広く達成されるかまたは本明細書に記載される通りに、製造業者の説明書に従って、行う。本明細書に記載される分析化学、合成有機化学、ならびに医化学および薬化学と関連して使用される用語、ならびにそれらの実験手順および技術は、当該技術分野で周知かつ広く使用されるものである。標準技術を、化学合成、化学分析、医薬品、製剤、および送達、ならびに患者の治療に使用することができる。
本開示は、本明細書に記載の特定の手法、手順、および試薬等に限定されるものではなく、したがって、多様であり得ることを理解されたい。本明細書に使用される用語は、特定の実施形態の説明のみを目的とし、本開示の範囲を制限することを意図するものではない。
操作実施例または別途示される箇所を除き、本明細書に使用される成分の量および反応条件を示す全ての数字は、全ての事例において、それらが、「約」という用語によって修飾されるものとして理解されるべきである。割合に関連して使用される場合の「約」という用語は、±5%、例えば、1%、2%、3%、または4%を意味し得る。
I. 定義
本明細書に使用される際、「1つの(a)」および「1つの(an)」は、別途明確に示されない限り、「1つ以上」を意味する。
本明細書に使用される際、「抗原結合タンパク質」とは、抗原または標的に結合する部分を含み、任意で、抗原結合部分が、抗原結合部分の抗原への結合を促進する構造を取ることを可能にする、足場またはフレームワーク部分を含む、タンパク質である。抗原結合タンパク質の例には、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、組み換え抗体、一本鎖抗体、ダイアボディ(diabody)、トリアボディ(triabody)、テトラボディ(tetrabody)、Fabフラグメント、F(ab’)フラグメント、IgD抗体、IgE抗体、IgM抗体、IgG1抗体、IgG2抗体、IgG3抗体、またはIgG4抗体、およびそれらのフラグメントが挙げられる。抗原結合タンパク質は、例えば、CDRまたはCDR誘導体がグラフトされた、代替のタンパク質足場または人工の足場を含んでもよい。このような足場には、例えば、抗原結合タンパク質の3次元構造を安定化させるために導入される、突然変異を含む抗体由来の足場、ならびに、例えば、生体適合性ポリマーを含む全面合成足場が含まれるが、これらに限定されない。例えば、Korndorfer et al.,(2003)Proteins:Structure,Function,and Bioinformatics,53(1):121−129、Roque et al.,(2004)Biotechnol.Prog.20:639−654を参照されたい。さらに、ペプチド抗体模倣体(「PAM」)、ならびにフィブロネクチン要素を足場として利用する抗体に基づく足場を、使用することができる。
抗原結合タンパク質は、例えば、天然に存在する免疫グロブリンの構造を有し得る。「免疫グロブリン」は、四量体分子である。天然に存在する免疫グロブリンにおいて、各四量体は、2つの同一なポリペプチド鎖対から構成され、各対は、1つの「軽」鎖(約25kDa)および1つの「重」鎖(約50〜70kDa)を有する。各鎖のアミノ末端部分は、主として抗原認識を担う、約100〜110以上のアミノ酸の可変領域を含む。各鎖のカルボキシ末端部分は、主としてエフェクター機能を担う、定常領域を定義する。ヒト軽鎖は、κおよびλ軽鎖として分類される。重鎖は、μ、δ、γ、α、またはεとして分類され、それぞれ、抗体のアイソタイプをIgM、IgD、IgG、IgA、およびIgEと定義する。軽鎖および重鎖の中で、可変領域および定常領域は、約12以上のアミノ酸の「J」領域によって接合され、重鎖がさらに約10以上のアミノ酸の「D」領域を含む。広くは、Fundamental Immunology第二版、第7章(Paul,W.,ed.,Raven Press,N.Y.(1989))を参照されたく、全ての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。各軽鎖/重鎖対の可変領域は、インタクトな免疫グロブリンが2つの結合部位を有するように抗体結合部位を形成する。
天然に存在する免疫グロブリン鎖は、相補性決定領域またはCDRとも称される、3つの超可変領域によって接合される、比較的保存されたフレームワーク領域(FR)の、同一の一般構造を示す。N末端からC末端へ、軽鎖および重鎖いずれも、FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、およびFR4のドメインを含む。各ドメインへのアミノ酸の割り当ては、Kabat et al.,(1991)“Sequences of Proteins of Immunological Interest”,5th Ed.,US Dept.of Health and Human Services,PHS,NIH,NIH Publication no.91−3242の定義に従って行うことができる。本明細書では、記載のようにKabatの命名システムを使用して提示されるが、本明細書に記載のCDRはまた、Chothiaのもの等、代替的な命名スキームに従って再定義することもできる(Chothia&Lesk,(1987)J.Mol.Biol.196:901−917、Chothia et al.,(1989)Nature342:878−883、またはHonegger&Pluckthun,(2001)J.Mol.Biol.309:657−670)。
本開示との関連において、抗原結合タンパク質は、解離定数(K)が≦10−8Mの場合、その標的抗原に「特異的に結合する」または「選択的に結合する」と言われる。抗体は、Kが≦5×10−9Mの場合「高い親和性」で、Kが≦5×10−10Mの場合「非常に高い親和性」で、抗原に特異的に結合する。一実施形態において、抗体は、ヒトFGFR1cおよびヒトβ−クロトの両方を含む複合体を含む、β−クロトおよびFGFRを含む複合体に、約10−7M〜10−12MのKで結合し、さらに別の実施形態では、抗体は、≦5×10−9のKで結合するであろう。
「抗体」とは、別途示されない限り、特異的結合について、インタクトな抗体と競合する、インタクトな免疫グロブリンまたはその抗原結合部分を指す。抗原結合部分は、組み換えDNA技術によって、またはインタクトな抗体の酵素的もしくは化学的開裂によって、生成することができる。抗原結合部分には、とりわけ、Fab、Fab’、F(ab’)、Fv、ドメイン抗体(dAb)、相補性決定領域(CDR)を含むフラグメント、一本鎖抗体(scFv)、キメラ抗体、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、およびポリペプチドに特異的抗原結合を与えるのに十分な免疫グロブリンの少なくとも一部分を含有するポリペプチドが挙げられる。
Fabフラグメントは、V、V、C、およびC1ドメインを有する一価フラグメントであり、F(ab’)フラグメントは、ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって結合される2つのFabフラグメントを有する二価フラグメントであり、Fdフラグメントは、VおよびC1ドメインを有し、Fvフラグメントは、抗体の単一のアームのVおよびVドメインを有し、dAbフラグメントは、Vドメイン、Vドメイン、またはVもしくはVドメインの抗原結合フラグメントを有する(米国特許第6,846,634号、および同第6,696,245号、ならびに米国出願公開第05/0202512号、同第04/0202995号、同第04/0038291号、同第04/0009507号、同第03/0039958号、Ward et al.,Nature341:544−546(1989))。
一本鎖抗体(scFv)は、VおよびV領域が、リンカー(例えば、アミノ酸残基の合成配列)を介して接合されて、連続的なタンパク質鎖を形成する抗体であり、このリンカーは、タンパク質鎖がその上に折り畳まれて一価抗原結合部位を形成するのに十分に長い(例えば、Bird et al.,(1988)Science242:423−26およびHuston et al.,(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:5879−83を参照されたい)。ダイアボディは、2つのポリペプチド鎖を含む二価抗体であり、各ポリペプチド鎖は、同じ鎖の2つのドメイン間で対合を可能にするには短すぎ、したがって、各ドメインを別のポリペプチド鎖の相補性ドメインと対合させる、リンカーによって接合される、VおよびVドメインを含む(例えば、Holliger et al.,(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:6444−48、およびPoljak et al.,(1994)Structure2:1121−23を参照されたい)。ダイアボディの2つのポリペプチド鎖が同一の場合、それらの対合からもたらされるダイアボディは、2つの同一な抗原結合部位を有することになる。異なる配列を有するポリペプチド鎖を使用して、2つの異なる抗原結合部位を有するに特異性抗体を作製することができる。同様に、トリアボディおよびテトラボディは、それぞれ、3つおよび4つのポリペプチド鎖を含み、それぞれ、同じかまたは異なり得る、3つおよび4つの抗原結合部位を形成する、抗体である。
所定の抗体の相補性決定領域(CDR)およびフレームワーク領域(FR)は、Kabat et al.,(1991)“Sequences of Proteins of Immunological Interest”,5th Ed.,US Dept.of Health and Human Services,PHS,NIH,NIH Publication no.91−3242に記載のシステムを使用して、識別することができる。Kabatの命名システムを使用して提示されるが、所望であれば、本明細書に記載のCDRはまた、Chothiaのもの等、代替の命名スキームに従って再定義することもできる(Chothia&Lesk,(1987)J.Mol.Biol.196:901−917、Chothia et al.,(1989)Nature342:878−883、またはHonegger&Pluckthun,(2001)J.Mol.Biol.309:657−670を参照されたい)。1つ以上のCDRを、共有的または非結合的に分子に組み込み、抗原結合タンパク質にすることができる。抗原結合タンパク質は、CDR(複数可)をより大きなポリペプチド鎖の一部として組み込むことができる、CDR(複数可)を別のポリペプチド鎖に共有結合させることができる、またはCDR(複数可)を非共有的に組み込むことができる。CDRは、抗原結合タンパク質が、目的とされる特定の抗原に特異的に結合することを可能にする。
抗原結合タンパク質は、1つ以上の結合部位を有し得るが、必ずしもそうである必要はない。1つ以上の結合部位がある場合、結合部位は、互いに同一であってもよく、または異なってもよい。例えば、天然に存在するヒト免疫グロブリンは、典型的に、2つの同一な結合部位を有し、一方で、「二重特異性」または「二機能性」抗体は、2つの異なる結合部位を有する。この二重特異性形態の抗原結合タンパク質(例えば、本明細書に提供される種々の重鎖および軽鎖CDRを含むもの)は、本開示の態様に含まれる。
「ヒト抗体」という用語には、ヒト免疫グロブリン配列に由来する1つ以上の可変領域および定常領域を有する、全ての抗体が含まれる。一実施形態において、可変ドメインおよび定常ドメインの全てが、ヒト免疫グロブリン配列に由来する(完全ヒト抗体)。これらの抗体は、種々の方法で調製することができ、その例は以下に記載され、XENOMOUSE(登録商標)、ULTIMAB(商標)、HUMAB−MOUSE(登録商標)、VELOCIMOUSE(登録商標)、VELOCIMMUNE(登録商標)、KYMOUSE、もしくはALIVAMAB系に由来するマウス等、ヒト重鎖および/もしくは軽鎖をコードする遺伝子に由来する抗体、またはヒト重鎖トランスジェニックマウス、トランスジェニックラットヒト抗体レパートリー、トランスジェニックウサギヒト抗体レパートリー、もしくはウシヒト抗体レパートリー、またはHUTARG(商標)技術に由来する抗体を発現するように遺伝子修飾されたマウスの、目的とされる抗原での免疫付与によるものを含む。ファージに基づくアプローチもまた、採用可能である。
ヒト化抗体は、非ヒト種に由来する抗体の配列とは、1つ以上のアミノ酸の置換、欠失、および/または付加が異なる配列を有し、その結果、ヒト化抗体は、ヒト対象に投与されたときに、非ヒト種抗体と比較して、免疫応答を誘発する可能性が低い、および/または重症度がより低い免疫応答を誘発する。一実施形態において、非ヒト種抗体の重鎖および/または軽鎖のフレームワークドメインおよび定常ドメイン内のある特定のアミノ酸を、突然変異させてヒト化抗体を生成する。別の実施形態において、ヒト抗体に由来する定常ドメイン(複数可)を、非ヒト種の可変ドメイン(複数可)に融合する。別の実施形態において、非ヒト抗体の1つ以上のCDR配列内の1つ以上のアミノ酸残基を、ヒト対象に投与した場合に非ヒト抗体の免疫原性の可能性を低減させるように変化させ、この変化したアミノ酸残基は、抗体のその抗原への免疫特異的結合にとって重要ではないか、またはアミノ酸配列に行われる変更は、ヒト化抗体の抗原への結合が、非ヒト抗体の抗原への結合よりも著しく悪くならないように、保存的変更である。ヒト化抗体の作製方法の例は、米国特許第6,054,297号、同第5,886,152号、および同第5,877,293号に見出すことができる。
「キメラ抗体」という用語は、1つの抗体に由来する1つ以上の領域と、1つ以上の他の抗体に由来する1つ以上の領域と、を含有する抗体を指す。一実施形態において、CDRの1つ以上は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、ヒト抗体に由来する。別の実施形態において、CDRの全てが、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとの複合体に結合する、ヒト抗体に由来する。別の実施形態において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、1つを上回るヒト抗体に由来するCDRが、キメラ抗体において混在する。例えば、キメラ抗体は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、第1のヒト抗体の軽鎖に由来するCDR1、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、第2のヒト抗体の軽鎖に由来するCDR2およびCDR3、ならびにβ−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する第3の抗体に由来する重鎖に由来するCDRを含み得る。さらに、フレームワーク領域は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、同じ抗体の1つに由来するか、ヒト抗体等の1つ以上の異なる抗体に由来するか、またはヒト化抗体に由来し得る。キメラ抗体の1つの例において、重鎖および/または軽鎖の一部分は、特定の種に由来するかまたは特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体と、同一であるか、相同であるか、またはそれに由来するが、一方でその鎖(複数可)の残りの部分は、別の種に由来するかまたは別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体(複数可)と、同一であるか、相同であるか、またはそれに由来する。所望される生物学的活性(例えば、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する能力)を示す、このような抗体のフラグメントもまた、含まれる。
「軽鎖」という用語には、全長軽鎖、および結合特異性をもたらすのに十分な可変領域配列を有するそのフラグメントが含まれる。全長軽鎖には、可変領域ドメインV、および定常領域ドメインCが含まれる。軽鎖の可変領域ドメインは、ポリペプチドのアミノ末端にある。軽鎖には、カッパ(「κ」)鎖およびラムダ(「λ」)鎖が含まれる。
「重鎖」という用語には、全長重鎖、および結合特異性をもたらすのに十分な可変領域配列を有するそのフラグメントが含まれる。全長重鎖には、可変領域ドメインV、ならびに3つの定常領域ドメインC1、C2、およびC3が含まれる。Vドメインは、ポリペプチドのアミノ末端にあり、Cドメインは、C3がポリペプチドのカルボキシ末端に最も近い状態で、カルボキシル末端にある。重鎖は、IgG(IgG1、IgG2、IgG3、およびIgG4サブタイプを含む)、IgA(IgA1およびIgA2サブタイプを含む)、IgM、およびIgEを含む、いずれのアイソタイプのものであってもよい。
抗原結合タンパク質、例えば、抗体または免疫グロブリン鎖(重鎖または軽鎖)の「免疫学的機能性フラグメント」(または単に「フラグメント」)とは、本明細書に使用される際、全長鎖に存在するアミノ酸のうち少なくともいくつかを欠くが、抗原に特異的に結合することができる抗体の部分(その部分がどのようにして得られたか、または合成されたかにかかわらない)を含む、抗原結合タンパク質である。そのようなフラグメントは、それらが標的抗原に特異的に結合し、所定のエピトープへの特異的結合について、インタクトな抗体を含む他の抗原結合タンパク質と競合し得るという点で、生物学的に活性である。一態様において、このようなフラグメントは、全長軽鎖または重鎖に存在する少なくとも1つのCDRを保持することになり、いくつかの実施形態では、単一の重鎖および/もしくは軽鎖、またはその部分を含むことになる。これらの生物学的に活性なフラグメントは、組み換えDNA技術によって生成することができるか、またはインタクトな抗体を含む、抗原結合タンパク質の酵素的もしくは化学的開裂によって、生成することができる。免疫学的機能性免疫グロブリンフラグメントは、Fab、Fab’、F(ab’)、Fv、ドメイン抗体、および一本鎖抗体を含むがこれらに限定されず、ヒト、マウス、ラット、ラクダ、またはウサギを含むがこれらに限定されない、任意の哺乳動物源に由来し得る。本明細書に開示される抗原結合タンパク質の機能性部分、例えば、1つ以上のCDRを、第2のタンパク質または小分子に共有結合させ、二機能治療特性を有するか、または長い血清半減期を有する、体内で特定の標的を対象とする治療剤を作製することができることが、さらに企図される。
「Fc」領域は、抗体のC2およびC3ドメインを含む、2つの重鎖フラグメントを含む。2つの重鎖フラグメントは、2つ以上のジスルフィド結合またはC3ドメインの疎水性相互作用によって、結合される。
「Fab’フラグメント」は、1つの軽鎖、ならびにVドメインおよびC1ドメインを含有する1つの重鎖の一部分、ならびにさらにC1ドメインとC2ドメインとの間の領域を含み、その結果、鎖間ジスルフィド結合が、2つのFab’フラグメントの2つの重鎖間に形成され、F(ab’)分子を形成することができる。
「F(ab’)フラグメント」は、2つの軽鎖、およびC1ドメインとC2ドメインとの間の定常領域の一部分を含む2つの重鎖を含有し、その結果、鎖間ジスルフィド結合が、2つの重鎖の間に形成される。F(ab’)フラグメントは、したがって、2つの重鎖間のジスルフィド結合によって結合される、2つのFab’フラグメントから構成される。
「Fv領域」は、重鎖および軽鎖の両方に由来する可変領域を含むが、定常領域を欠いている。
「ドメイン抗体」は、重鎖の可変領域または軽鎖の可変領域のみを含有する、免疫学的機能性免疫グロブリンフラグメントである。いくつかの事例において、2つ以上のV領域がペプチドリンカーで共有結合され、二価ドメイン抗体がもたらされる。二価ドメイン抗体の2つのV領域は、同じかまたは異なる抗原を標的とし得る。
「ヘミボディ(hemibody)」とは、完全重鎖、完全軽鎖、および完全重鎖のFc領域と対合する第2の重鎖Fc領域を含む、免疫学的機能性免疫グロブリン構築物である。リンカーを用いて、重鎖Fc領域と第2の重鎖Fc領域を接合することができるが、必ずしもそうする必要はない。特定の実施形態において、ヘミボディは、本明細書に開示される抗原結合タンパク質の一価形態である。他の実施形態において、荷電残基対を用いて、1つのFc領域を第2のFc領域と結合させてもよい。
「二価抗原結合タンパク質」または「二価抗体」は、2つの抗原結合部位を含む。いくつかの事例において、2つの結合部位は、同じ抗原特異性を有する。二価抗原結合タンパク質および二価抗体は、本明細書に記載のように、二重特異性であり、本開示の態様を構成する。
「多重特異性抗原結合タンパク質」または「多重特異性抗体」は、1つを上回る抗原またはエピトープを標的とするものであり、本開示の別の態様を構成する。
「二重特異性」、「二特異性」、または「二機能性」抗原結合タンパク質または抗体は、それぞれ、2つの異なる抗原結合部位を有する、ハイブリッドの抗原結合タンパク質または抗体である。二重特異性抗原結合タンパク質および抗体は、多重特異性抗原結合タンパク質または多重特異性抗体の一種であり、ハイブリドーマの融合またはFab’フラグメントの結合を含むがこれらに限定されない、種々の方法によって生成することができる。例えば、Songsivilai and Lachmann,(1990)Clin.Exp.Immunol.79:315−321、Kostelny et al.,(1992)J.Immunol.148:1547−1553を参照されたい。二重特異性抗原結合タンパク質または抗体の2つの結合部位は、同じタンパク質標的(例えば、β−クロト、FGFR1c、FGFR2c、もしくはFGFR3c)か、または異なるタンパク質標的(例えば、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの1つ)上に存在し得る、2つの異なるエピトープに結合することになる。
「FGF21様シグナル伝達」および「FGF21様シグナル伝達を誘発する」という用語は、本開示の抗原結合タンパク質に適用する場合、抗原結合タンパク質が、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合することによって誘発されるインビボでの生物学的効果を模倣または調節し、通常はインビボでβ−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体へのFGF21の結合からもたらされるであろう生物学的応答を、誘発することを意味する。抗原結合タンパク質、例えば、抗体またはその免疫学的機能性フラグメントの結合および特異性を評価する際、抗体またはフラグメントは、応答が、配列番号2の成熟形態(すなわち、ヒトFGF21配列の成熟形態)を含む野生型FGF21標準物の活性の5%以上、好ましくは、10%以上、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%である場合に、生物学的応答を誘発するとみなされ、以下の特性を有する:(1)実施例4の組み換えFGF21受容体媒介性ルシフェラーゼレポーター細胞アッセイ、(2)実施例4の組み換えFGF21受容体媒介性細胞アッセイにおけるERK−リン酸化、ならびに(3)実施例4に記載のヒト脂肪細胞におけるERK−リン酸化において、100nM以下、例えば、90nM、80nM、70nM、60nM、50nM、40nM、30nM、20nM、もしくは10nMのEC50で、FGF21標準物の5%以上の有効レベルを示す。抗原結合タンパク質の「効力」は、以下のアッセイにおいて、100nM以下、例えば、90nM、80nM、70nM、60nM、50nM、40nM、30nM、20nM、10nM、および好ましくは、10nM未満の抗原結合タンパク質のEC50を示すとして、定義される:(1)実施例4の組み換えFGF21受容体媒介性ルシフェラーゼレポーター細胞アッセイ、(2)実施例4の組み換えFGF21受容体媒介性細胞アッセイにおけるERK−リン酸化、(3)実施例4に記載されるヒト脂肪細胞におけるERK−リン酸化。
本開示の抗原結合タンパク質の全てが、FGF21媒介性シグナル伝達(例えば、アゴニスト活性を誘発する)を誘発するわけではなく、この特性が全ての状況において望ましいわけでもないことに留意されたい。それにもかかわらず、FGF21媒介性シグナル伝達を誘発しない抗原結合タンパク質は、本開示の態様を構成し、診断試薬または他の用途として有用であり得る。
本明細書に使用される際、「FGF21R」という用語は、FGF21がインビボで形成することが既知であるかまたはそう思われている、多量体受容体複合体を意味する。種々の実施形態において、FGF21Rは、(i)FGFR、例えば、FGFR1c、FGFR2c、FGFR3c、またはFGFR4と、(ii)β−クロトとを含む。
「ポリヌクレオチド」または「核酸」は、一本鎖および二本鎖両方のヌクレオチドポリマーを含む。ポリヌクレオチドを含むヌクレオチドは、リボヌクレオチドもしくはデオキシリボヌクレオチド、またはいずれかの種類のヌクレオチドの修飾形態であり得る。前記修飾には、ブロモウリジンおよびイノシン誘導体等の塩基修飾、2’3’−ジデオキシリボース等のリボース修飾、ならびにホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート(phosphoroselenoate)、ホスホロジセレノエート(phosphorodiselenoate)、ホスホロアニロチオエート(phosphoroanilothioate)、ホスホロアニラデート(phoshoraniladate)、およびホスホロアミダート等のヌクレオチド間結合修飾が挙げられる。
「オリゴヌクレオチド」という用語は、200以下のヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを意味する。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、長さが10〜60塩基である。他の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、長さが12、13、14、15、16、17、18、19、または20〜40ヌクレオチドである。オリゴヌクレオチドは、例えば、突然変異体遺伝子の構築に使用するために、一本鎖または二本鎖であり得る。オリゴヌクレオチドは、センスまたはアンチセンスのオリゴヌクレオチドであってもよい。オリゴヌクレオチドは、検出アッセイのために、放射標識、蛍光標識、ハプテン、または抗原標識を含む、標識を含み得る。オリゴヌクレオチドは、例えば、PCRプライマー、クローニングプライマー、またはハイブリダイゼーションプローブとして使用することができる。
「単離された核酸分子」とは、単離ポリヌクレオチドが天然に見られるポリヌクレオチドの全てまたは一部分と関連しないか、または天然には結合しないポリヌクレオチドに結合している、ゲノム、mRNA、cDNA、もしくは合成起源、またはそれらの何らかの組み合わせのDNAまたはRNAを意味する。本開示の目的に対しては、特定のヌクレオチド配列を「含む核酸分子」は、インタクトな染色体を包含しないことが理解される。指定された核酸配列を「含む」単離された核酸分子は、指定された配列に加えて、最大10もしくはさらには最大20の他のタンパク質もしくはその部分に対するコード配列を含み得るか、または引用された核酸配列のコード領域の発現を制御する、操作可能に結合された制御配列を含み得る、および/またはベクター配列を含み得る。
別段の指定がない限り、本明細書に記載のいずれの一本鎖ポリヌクレオチド配列の左手末端も、5’末端であり、二本鎖ポリヌクレオチド配列の左手方向は、5’方向と称される。新生RNA転写物の5’から3’への付加方向は、転写方向と称され、RNA転写物と同じ配列を有し、5’から5’末端へのRNA転写であるDNA鎖上の配列領域は、「上流配列」と称され、RNA転写物と同じ配列を有し、3’から3’末端へのRNA転写であるDNA鎖上の配列領域は、「下流配列」と称される。
「制御配列」という用語は、それが連結されるコード配列の発現およびプロセシングに影響を及ぼし得る、ポリヌクレオチド配列を指す。このような制御配列の性質は、宿主生物に依存し得る。特定の実施形態において、原核生物の制御配列は、プロモーター、リボソーム結合部位、および転写終結配列を含み得る。例えば、真核生物の制御配列は、転写因子に対する1つまたは複数の認識部位、転写エンハンサー配列、および転写終結配列を含み得る。「制御配列」には、リーダー配列および/または融合パートナー配列が含まれ得る。
「ベクター」という用語は、タンパク質コード情報を宿主細胞に送るために使用される、任意の分子または実体(例えば、核酸、プラスミド、バクテリオファージ、またはウイルス)を意味する。
「発現ベクター」または「発現構築物」という用語は、宿主細胞の形質転換に好適なベクターを指し、それに操作可能に結合された1つ以上の非相同コード領域の発現を(宿主細胞とともに)指示および/または制御する核酸配列を含有する。発現構築物には、限定されないが、転写、翻訳に影響を及ぼすか、またはそれを制御する配列、およびイントロンが存在する場合には、それに操作可能に結合されるコード領域のRNAスプライシングに影響を及ぼす配列が含まれ得る。
本明細書に使用される際、「操作可能に結合された」とは、この用語が適用される構成要素が、好適な条件下において、それらがそれら特有の機能を実行することを可能にする関係にあることを意味する。例えば、タンパク質コード配列に「操作可能に結合された」ベクター内の制御配列は、タンパク質コード配列の発現が、制御配列の転写活性と適合性のある条件下において達成されるように、そこに連結される。
「宿主細胞」という用語は、核酸配列で形質転換されているか、または形質転換することができ、それによって、目的の遺伝子を発現する細胞を意味する。この用語には、親細胞の子孫が含まれ、目的の遺伝子が存在している限り、この子孫が、元の親細胞と同一の形態学または遺伝子構造であるかどうかにかかわらない。
「形質導入」という用語は、通常はバクテリオファージによる、一方のバクテリアからもう一方への遺伝子の移送を意味する。「形質導入」はまた、複製欠損レトロウイルスによる、真核細胞配列の取得及び移送を指す。
「トランスフェクション」という用語は、細胞による外来性または外因性のDNAの取り込みを意味し、外因性DNAが細胞膜の中に導入されている場合、細胞は「トランスフェクト」されている。多数のトランスフェクション技術が、当該技術分野で周知であり、本明細書に記載される。例えば、Graham et al.,(1973)Virology52:456、Sambrook et al.,(2001)(上記)、Davis et al.,(1986)Basic Methods in Molecular Biology,Elsevier、Chu et al.,(1981)Gene13:197を参照されたい。このような技術を使用して、1つ以上の外因性DNA部分を好適な宿主細胞に導入することができる。
「形質転換」という用語は、細胞の遺伝子特性における変化を指し、細胞は、新しいDNAまたはRNAを含有するように修飾されている場合、形質転換されている。例えば、細胞は、トランスフェクション、形質導入、または他の技術を介して、新しい遺伝物質を導入することにより、その天然の状態から遺伝子的に修飾されている場合、形質転換されている。トランスフェクションまたは形質導入の後に、形質転換DNAは、細胞の染色体に物理的に統合することによって細胞ものと再結合し得るか、または複製されることなくエピソーム要素として一時的に維持され得るか、またはプラスミドとして独立して複製され得る。細胞は、形質転換DNAが、細胞分裂により複製される場合、「安定に形質転換」されているとされる。
「ポリペプチド」または「タンパク質」という用語は、本明細書において、アミノ酸残基のポリマーを指して互換的に使用される。この用語はまた、1つ以上のアミノ酸残基が対応する天然に存在するアミノ酸の類似体または模倣体であるアミノ酸ポリマー、ならびに天然に存在するアミノ酸ポリマーにも適用される。この用語はまた、例えば、炭水化物残基の付加によって、糖タンパク質を形成するように修飾されているか、またはリン酸化されている、アミノ酸ポリマーを包含する。ポリペプチドおよびタンパク質は、天然および非組み換え細胞によって生成することができるか、またはポリペプチドおよびタンパク質は、遺伝子操作または組み換え細胞によって生成することができる。ポリペプチドおよびタンパク質は、天然配列の1つ以上のアミノ酸からの欠失、そこへの付加、および/またはその置換を有する分子を含み得る。「ポリペプチド」および「タンパク質」という用語は、β−クロトおよびFGFR(例えば、FGFR1c、FGFR2c、もしくはFGFR3c)を含む複合体に特異的または選択的に結合する、抗原結合タンパク質、あるいは、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的または選択的に結合する抗原結合タンパク質の1つ以上のアミノ酸からの欠失、そこへの付加、および/またはその置換を有する配列を包含する。「ポリペプチドフラグメント」という用語は、全長タンパク質と比較した際に、アミノ末端欠失、カルボキシル末端欠失、および/または内部欠失を有する、ポリペプチドを指す。このようなフラグメントはまた、全長タンパク質と比較して、修飾されたアミノ酸を含有し得る。ある特定の実施形態において、フラグメントは、約5〜500のアミノ酸長である。例えば、フラグメントは、少なくとも5、6、8、10、14、20、50、70、100、110、150、200、250、300、350、400、または450のアミノ酸長であってもよい。有用なポリペプチドフラグメントには、結合ドメインを含む、抗体の免疫学的機能性フラグメントが含まれる。β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとの複合体に結合する抗原結合タンパク質の場合、有用なフラグメントには、CDR領域、重鎖または軽鎖の可変ドメイン、抗体鎖の一部分、または2つのCDRを含む単なるその可変領域等が含まれるが、これらに限定されない。
参照される「単離されたタンパク質」という用語は、対象のタンパク質が、(1)それが通常一緒にみられる少なくともいくつかの他のタンパク質を含まないこと、(2)同じ源に由来する、例えば、同じ種に由来する他のタンパク質を本質的に含まないこと、(3)異なる種に由来する細胞によって発現されること、(4)それが天然で関連しているポリヌクレオチド、脂質、炭水化物、または他の物質の少なくとも約50パーセントから分離していること、(5)それが天然には関連していないポリペプチドと操作可能に(共有結合または非共有結合の相互作用によって)関連していること、または(6)天然には発生しないことを意味する。典型的に、「単離されたタンパク質」は、所定の試料の少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約25%、または少なくとも約50%を構成する。ゲノムDNA、cDNA、mRNA、または他の合成起源のRNA、またはそれらの任意の組み合わせにより、このような単離されたタンパク質をコードすることができる。好ましくは、単離されたタンパク質は、実質的に、その治療的、診断的、予防的、研究的、または他の使用を妨げるであろう、その天然の環境に見られるタンパク質またはポリペプチドまたは他の混入物質を含まない。
ポリペプチドの「変異体」(例えば、抗原結合タンパク質、または抗体)には、1つ以上のアミノ酸残基が、別のポリペプチド配列に対して、アミノ酸配列に挿入、そこから欠失、および/またはそこに置換されている、アミノ酸配列が含まれる。変異体には、融合タンパク質が含まれる。
ポリペプチドの「誘導体」とは、挿入、欠失、または置換変異体とは異なる何等かの方法、例えば、別の化学部分への抱合によって、化学的に修飾されているポリペプチド(例えば、抗原結合タンパク質、または抗体)である。
例えば、ポリペプチド、核酸、宿主細胞等の生物学的物質に関連して本明細書全体を通じて使用される「天然に存在する」という用語は、天然に見られる物質を指す。
「抗原結合領域」とは、特定の抗原、例えば、β−クロトおよびanβ−クロトならびに(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つ含む複合体に特異的に結合する、タンパク質、またはタンパク質の部分を意味する。例えば、抗原と相互作用し、抗原結合タンパク質に、抗原に対するその特異性および親和性をもたらすアミノ酸残基を含有する、抗原結合タンパク質のその部分は、「抗原結合領域」と称される。抗原結合領域は、典型的に、1つ以上の「相補的結合領域」(「CDR」)を含む。ある特定の抗原結合領域には、1つ以上の「フレームワーク」領域もまた含まれる。「CDR」は、抗原結合の特異性および親和性に寄与するアミノ酸配列である。「フレームワーク」領域は、CDRの適正な立体配座の維持を補助し、抗原結合領域と抗原との間の結合を促進することができる。
ある特定の態様において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、組み換え抗原結合タンパク質を提供する。この文脈において、「組み換えタンパク質」は、組み換え技術を使用して、すなわち、本明細書に記載のように、組み換え核酸の発現を通じて、作製されたタンパク質である。組み換えタンパク質の生成のための方法および技術は、当該技術分野で周知である。
標的上の同じエピトープまたは結合部位について競合する、抗原結合タンパク質(例えば、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、中和抗原結合タンパク質、中和抗体、アゴニスト抗原結合タンパク質、アゴニスト抗体、および結合タンパク質)に関して使用される際の、「競合する」という用語は、研究中の抗原結合タンパク質(例えば、抗体またはその免疫学的機能性フラグメント)が、共通の抗原(例えば、FGFR1c、FGFR2c、FGFR3c、β−クロト、もしくはそれらのフラグメント、またはβ−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体)への参照分子(例えば、参照リガンド、参照抗原結合タンパク質、参照抗体等)の特異的結合を防止または阻害する、アッセイで判定される抗原結合タンパク質間の競合を意味する。多数の種類の競合的結合アッセイを使用して、試験分子が、結合について、参照分子と競合するかどうかを判定することができる。採用可能なアッセイの例には、固相直接または間接放射免疫測定法(RIA)、固相直接または間接酵素免疫測定法(EIA)、サンドイッチ競合アッセイ(例えば、Stahli et al.,(1983)Methods in Enzymology:242−253を参照されたい)、固相直接ビオチン−アビジンEIA(例えば、Kirkland et al.,(1986)J.Immunol.137:3614−3619を参照されたい)、固相直接標識アッセイ、固相直接標識サンドイッチアッセイ(例えば、Harlow and Lane,(1988)(上記)を参照されたい)、I−125標識を使用する固相直接標識 RIA(例えば、Morel et al.,(1988)Molec.Immunol.25:7−15)、固相直接ビオチン−アビジンEIA(例えば、Cheung,et al.,(1990)Virology176:546−552)、および直接標識RIA(Moldenhauer et al.,(1990)Scand.J.Immunol.32:77−82)が挙げられる。典型的に、このようなアッセイは、非標識試験抗原結合タンパク質または標識参照抗原結合タンパク質のうちのいずれかを有する固体表面または細胞に結合した精製された抗原の使用を伴う。競合的阻害は、試験抗原結合タンパク質の存在下で、固体表面または細胞に結合された標識の量を判定することにより測定される。通常、試験抗原結合タンパク質は、過剰に存在する。競合アッセイにより識別される抗原結合タンパク質(競合する抗原結合タンパク質)には、参照抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質、および立体障害が生じるのに十分に、参照抗原結合タンパク質によって結合されるエピトープに近位の隣接するエピトープに結合する抗原結合タンパク質が含まれる。競合的結合を判定するための方法に関するさらなる詳細は、本明細書において実施例に提供される。通常、競合する抗原結合タンパク質が過剰に存在する場合、それは、共通の抗原への参照抗原結合タンパク質の特異的結合を、少なくとも40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、または75%阻害することになる。いくつかの実施形態において、結合は、少なくとも80%、85%、90%、95%、または97%以上阻害される。
「抗原」という用語は、抗原結合タンパク質(例えば、抗体またはその免疫学的機能性フラグメントを含む)等の選択的な結合剤によって結合されることができ、その抗原に結合することができる抗体を生成するために、動物において使用することもまたでき得る、分子、または分子の一部分を指す。抗原は、異なる抗原結合タンパク質、例えば、抗体と、相互作用する能力のある1つ以上のエピトープを有し得る。
「エピトープ」という用語は、抗原結合タンパク質が標的分子に結合されるときに、抗原結合タンパク質(例えば、抗体)によって接触される、標的分子のアミノ酸を意味する。この用語には、抗体等の抗原結合タンパク質が標的分子に結合されるときに接触される、標的分子のアミノ酸の全リストのうち任意のサブセットを含が含まれる。エピトープは、連続または非連続であり得る(例えば、(i)一本鎖ポリペプチドにおいて、ポリペプチド配列において互いに連続しないが、標的分子に関しては、抗原結合タンパク質によって結合されるアミノ酸残基、または(ii)2つ以上の個々の構成要素を含む多量体受容体、例えば、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体の場合、個々の構成要素の1つ以上に存在するが、抗原結合タンパク質によって依然として結合される、アミノ酸残基)。ある特定の実施形態において、エピトープは、それらが、抗原結合タンパク質を生成するために使用される抗原エピトープに類似である3次元構造を含むが、抗原結合タンパク質を生成するために使用されるエピトープに見られるアミノ酸残基を全く含まないか、または数個だけ含むという点で、模倣的であり得る。最も頻繁には、エピトープは、タンパク質上に存在するが、いくつかの事例においては、核酸等の他の種類の分子上に存在し得る。エピトープ決定基は、アミノ酸、糖側鎖、ホスホリル基、またはスルホニル基等、分子の化学的に活性な表面配置を含み得、特異的な3次元構造特性および/または特異的電荷特性を有し得る。一般的に、特定の標的分子に特異的な抗原結合タンパク質は、タンパク質および/または巨大分子の複合混合物中で、標的分子上のエピトープを選択的に認識することになる。
用語「同一性」は、配列のアライメントおよび比較によって判定される、2つ以上のポリペプチド分子、または2つ以上の核酸分子の配列間の関係を指す。「同一性パーセント」とは、比較される分子におけるアミノ酸またはヌクレオチド間の同一残基の割合を意味し、比較される分子のうち最少のものの寸法に基づいて計算される。これらの計算について、アライメントにおけるギャップ(存在する場合)は、特定の数学モデルまたはコンピュータプログラム(すなわち、「アルゴリズム」)によって処理する必要がある。アライメントした核酸またはポリペプチドの同一性を計算するために使用可能な方法には、Computational Molecular Biology,(Lesk,A.M.,ed.),(1988)New York:Oxford University Press、Biocomputing Informatics and Genome Projects,(Smith,D.W.,ed.),1993,New York:Academic Press、Computer Analysis of Sequence Data,Part I,(Griffin,A.M.,and Griffin, H.G.,eds.),1994,New Jersey:Humana Press、von Heinje,G.,1987,Sequence Analysis in Molecular Biology,New York:Academic Press、Sequence Analysis Primer,(Gribskov,M.and Devereux,J.,eds.),1991,New York:M.Stockton Press、およびCarillo et al.,(1988)J.Applied Math.48:1073.に記載のものが含まれる。
同一性パーセントを計算する際、比較されている配列は、配列間に最大の一致が得られる方法でアライメントされる。同一性パーセントを判定するために使用されるコンピュータプログラムは、GCGプログラムパッケージであり、これには、GAPが含まれる(Devereux et al.,(1984),Nucl.Acid Res.12:387;Genetics Computer Group,University of Wisconsin,Madison,WI)。コンピュータアルゴリズムのGAPを使用して、配列同一性パーセントを判定する2つのポリペプチドまたはポリヌクレオチドをアライメントする。配列は、それらのそれぞれのアミノ酸またはヌクレオチドの最適な一致についてアライメントされる(アルゴリズムによって判定される「一致範囲」)。ギャップ開始ペナルティ(平均対角の3倍として計算され、「平均対角」は、使用されている比較マトリックスの対角の平均であり、「対角」とは、特定の比較マトリックスによる各完全なアミノ酸一致に割り当てられるスコアまたは番号である)およびギャップ伸長ペナルティ(通常、ギャップ開始ペナルティの1/10倍である)、ならびにPAM250またはBLOSUM62等の比較マトリックスを、アルゴリズムと併せて使用する。ある特定の実施形態において、標準的な比較マトリックス(例えば、PAM250の比較マトリックスについては、Dayhoff et al.,(1978),Atlas of Protein Sequence and Structure 5:345−352、BLOSUM62の比較マトリックスについては、Henikoff et al.,(1992),Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.89:10915−10919を参照されたい)もまた、このアルゴリズムによって使用される。
GAPプログラムを使用してポリペプチドまたはヌクレオチド配列の同一性パーセントを判定するのに推奨されるパラメーターは、以下での通りである:
アルゴリズム:Needleman et al.,1970,J.Mol.Biol.48:443−453
比較マトリックス:Henikoff et al.,1992(上記)からのBLOSUM62
ギャップペナルティ:12(終了ギャップはペナルティなしで)
ギャップ長ペナルティ:4
類似性の閾値:0
2つのアミノ酸配列をアライメントするためのある特定のアライメントスキームは、2つの配列の短い領域のみの一致をもたらす可能性があり、この短いアライメント領域は、2つの全長配列の間に有意な関係がないにもかかわらず、非常に高い配列同一性を有し得る。したがって、選択されたアライメント方法(例えば、GAPプログラム)は、所望される場合、標的ポリペプチドのうち少なくとも50の連続したアミノ酸に及ぶアライメントをもたらすように調整することができる。
本明細書に使用される際、「実質的に純粋」とは、記載の分子種が、存在している優勢種である、すなわち、モル基準で、それが、同じ混合物中の他の個々の種よりも、豊富であることを意味する。ある特定の実施形態において、実質的に純粋な分子は、対象の種が、存在する全巨大分子種の少なくとも50%(モル基準で)を構成する、組成物である。他の実施形態において、実質的に純粋な組成物は、その組成物中に存在する全巨大分子種の少なくとも80%、85%、90%、95%、または99%を構成することになる。他の実施形態において、対象の種は、本質的な均質性まで精製され、混入種は、従来の検出方法では組成物中に検出不可能であり、したがって、組成物は、単一の検出可能な巨大分子種からなる。
「治療する」および「治療すること」という用語は、軽減;回復;症状を縮小すること、または傷害、病状もしくは状態を患者にとってより許容できるものにすること;変性または減退の速度の遅延;変性の最終点の衰弱をより低くすること;患者の身体的または精神的健康を改善することを含む、傷害、病状、または状態の治療または緩和の成功のあらゆる兆候を指す。症状の治療または緩和は、身体的検査、神経精神検査、および/または精神鑑定の結果を含む、客観的または主観的パラメーターに基づくものであり得る。例えば、本明細書に提示されるある特定の方法を採用して、2型糖尿病、肥満、および/または脂質異常症を、予防的もしくは急性治療としてのいずれかで治療する、血漿グルコースレベルを減少させる、循環トリグリセリドレベルを減少させる、循環コレステロールレベルを減少させる、および/または2型糖尿病、肥満、および脂質異常症と関連する症状を緩和することができる。
「有効量」とは、一般的に、症状の重症度および/もしくは頻度を低減させる、症状および/もしくは根本的な原因を排除する、症状および/もしくはそれらの根本的な原因の発生を防ぐ、ならびに/または糖尿病、肥満、および脂質異常症からもたらされるか、もしくはそれらと関連する損傷の改善もしくは治療に十分な量である。いくつかの実施形態において、有効量は、治療有効量または予防有効量である。「治療有効量」は、疾患状態(例えば、糖尿病、肥満、もしくは脂質異常症)または症状、特に、疾患状態と関連する状態または症状を治療するか、あるいは、そうでなければ、疾患状態または疾患と関連する任意の他の望ましくない症状の進行を、どのような方法であれ、予防、妨害、遅延、または逆行させるのに十分な量である。「予防有効量」とは、対象に投与した際に、意図される予防効果、例えば、糖尿病、肥満、または脂質異常症の発症(もしくは再発)の予防または遅延、あるいは糖尿病、肥満、脂質異常症、または関連症状の発症(もしくは再発)の可能性の減少を有するであろう薬学的組成物の量である。完全な治療または予防の効果は、必ずしも1回の投与で生じるわけではなく、複数回の投与後にのみ生じてもよい。したがって、治療または予防有効量は、1回以上の投与で、投与され得る。
「アミノ酸」は、当該技術分野における通常の意味を有する。20個の天然のアミノ酸およびそれらの略語は、従来の使用法に従う。Immunology−A Synthesis,2nd Edition,(E.S.Golub and D.R.Green,eds.),Sinauer Associates:Sunderland,Mass.(1991)を参照されたく、これはあらゆる目的に対して参照により本明細書に組み込まれる。20個の従来のアミノ酸の立体異性体(例えば、D−アミノ酸)、α−,α−二置換アミノ酸、N−アルキルアミノ酸等の非天然もしくは天然に存在しないかまたはコードされたアミノ酸、および他の非従来的アミノ酸もまた、ポリペプチドの好適な構成要素であり得、「アミノ酸」という表現に含まれる。非天然および非天然にコードされたアミノ酸(所望により、本明細書に開示される任意の配列に見られる任意の天然のアミノ酸と置換することができる)の例には、4−ヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸、ε−N,N,N−トリメチルリジン、ε−N−アセチルリジン、O−ホスホセリン、N−アセチルセリン、N−ホルミルメチオニン、3−メチルヒスチジン、5−ヒドロキシリジン、δ−N−メチルアルギニン、ならびに他の同様のアミノ酸およびイミノ酸(例えば、4−ヒドロキシプロリン)が挙げられる。本明細書に使用されるポリペプチドの表記において、標準的な慣用および慣例に従って、左手方向はアミノ末端方向であり、右手方向はカルボキシル末端方向である。抗原結合タンパク質配列に挿入することができるか、または抗原結合配列内の野生型残基と置換することができる、天然に存在しない/コードされたアミノ酸の例の非限定的な例には、β−アミノ酸、ホモアミノ酸、環状アミノ酸、および誘導体化側鎖を有するアミノ酸が挙げられる。例には(L型またはD型、括弧内に略して)、シトルリン(Cit)、ホモシトルリン(hCit)、Nα−メチルシトルリン(NMeCit)、Nα−メチルホモシトルリン(Nα−MeHoCit)、オルニチン(Orn)、Nα−メチルオルニチン(Nα−MeOrnまたはNMeOrn)、サルコシン(Sar)、ホモリジン(hLysまたはhK)、ホモアルギニン(hArgまたはhR)、ホモグルタミン(hQ)、Nα−メチルアルギニン(NMeR)、Nα−メチルロイシン(Nα−MeLまたはNMeL)、N−メチルホモリジン(NMeHoK)、Nα−メチルグルタミン(NMeQ)、ノルロイシン(Nle)、ノルバリン(Nva)、1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリン(Tic)、オクタヒドロインドール−2−カルボン酸(Oic)、3−(1−ナフチル)アラニン(1−Nal)、3−(2−ナフチル)アラニン(2−Nal)、1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリン(Tic)、2−インダニルグリシン(IgI)、パラ−ヨードフェニルアラニン(pI−Phe)、パラ−アミノフェニルアラニン(4AmPまたは4−Amino−Phe)、4−グアニジノフェニルアラニン(Guf)、グリシルリジン(「K(Nε−glycyl」または「K(glycyl)」または「K(gly)」と略される)、ニトロフェニルアラニン(nitrophe)、アミノフェニルアラニン(aminopheまたはAmino−Phe)、ベンジルフェニルアラニン(benzylphe)、γ−カルボキシグルタミン酸(γ−carboxyglu)、ヒドロキシプロリン(hydroxypro)、p−カルボキシル−フェニルアラニン(Cpa)、α−アミノアジピン酸(Aad)、Nα−メチルバリン(NMeVal)、N−α−メチルロイシン(NMeLeu)、Nα−メチルノルロイシン(NMeNle)、シクロペンチルグリシン(Cpg)、シクロへキシルグリシン(Chg)、アセチルアルギニン(acetylarg)、α、β−ジアミノプロパン酸(diaminopropionoic acid)(Dpr)、α,γ−ジアミノ酪酸(Dab)、ジアミノプロピオン酸(Dap)、シクロへキシルアラニン(Cha)、4−メチル−フェニルアラニン(MePhe)、β,β−ジフェニル−アラニン(BiPhA)、アミノ酪酸(Abu)、4−フェニル−フェニルアラニン(またはビフェニルアラニン、4Bip)、α−アミノ−イソ酪酸(Aib)、β−アラニン、β−アミノプロピオン酸、ピペリジン酸、アミノカプロン酸、アミノヘプタン酸、アミノピメリン酸、デスモシン、ジアミノピメリン酸、N−エチルグリシン、N−エチルアスパラギン、ヒドロキシリジン、アロ−ヒドロキシリジン、イソデスモシン、アロ−イソロイシン、N−メチルグリシン、N−メチルイソロイシン、N−メチルバリン、4−ヒドロキシプロリン(Hyp)、γ−カルボキシグルタミン酸、ε−N,N,N−トリメチルリジン、ε−N−アセチルリジン、O−ホスホセリン、N−アセチルセリン、N−ホルミルメチオニン、3−メチルヒスチジン、5−ヒドロキシリジン、ω−メチルアルギニン、4−アミノ−O−フタル酸(4APA)、および他の類似のアミノ酸、ならびに具体的に列挙されたもののいずれかの誘導体化形態が含まれる。
II. 概要
β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、抗原結合タンパク質を本明細書に提供する。本明細書に開示される抗原結合タンパク質の独自の特性は、これらのタンパク質のアゴニスト性質、特に、FGF21のインビボ効果を模倣する能力およびFGF21様シグナル伝達を誘発する能力である。より注目すべき具体的なことには、本明細書に開示される抗原結合タンパク質のうちのいくつかは、実施例4のELK−ルシフェラーゼレポーターアッセイを含む、複数のインビトロ細胞に基づくアッセイにおいて、FGF21様シグナル伝達を、以下の条件下で誘発する:(1)FGF21受容体への結合およびその活性は、β−クロト依存性である、(2)活性は、FGFR/β−クロト複合体に選択的である、(3)FGFR1c/βクロト複合体への結合が、FGF21様シグナル伝達経路を引き起こす、ならびに(4)以下の細胞に基づくアッセイで測定される効力(EC50)は、配列番号2の成熟形態を含む野生型FGF21標準物に匹敵する:(1)実施例4の組み換えFGF21受容体媒介性ルシフェラーゼレポーター細胞アッセイ、(2)実施例4の組み換えFGF21受容体媒介性細胞アッセイにおけるERK−リン酸化、および(3)実施例6でさらに詳細に記載されるヒト脂肪細胞におけるERK−リン酸化。本開示の抗原結合タンパク質は、したがって、FGF21の自然な生物学的機能と一致する、インビボでの活性を示すことが予想される。この特性は、本開示の抗原結合タンパク質を、2型糖尿病、肥満、脂質異常症、NASH、心血管疾患、代謝症候群、および広範にはFGF21のインビボ効果を模倣または増強することが望ましい任意の疾患または状態等、代謝性疾患の治療のための実現可能な治療薬にする。
本開示のいくつかの実施形態において、提供される抗原結合タンパク質は、1つ以上の相補性決定領域(CDR)を中に埋め込む、および/または接合することができる、ポリペプチドを含み得る。このような抗原結合タンパク質において、CDRは、CDR(複数可)を、CDR(複数可)の適正な抗原結合特性が達成されるように配置する、「フレームワーク」領域内に埋め込むことができる。一般的に、提供されるこのような抗原結合タンパク質は、FGFR(例えば、FGFR1c、FGFR2c、またはFGFR3c)とβ−クロトとの間の相互作用を促進または強化することができ、実質的に、FGF21様シグナル伝達を誘発することができる。したがって、本明細書に提供される抗原結合タンパク質は、FGF21のインビボでの役割を模倣し、したがって、「アゴニスト性」であり、2型糖尿病、肥満、脂質異常症、NASH、心血管疾患、単車症候群、および広範にはFGF21のインビボ効果を模倣または増強することが望ましい任意の疾患または状態を含む、FGF21療法により恩恵を受ける広範な状態に、潜在的な治療的有用性を提供する。
本明細書に記載のある特定の抗原結合タンパク質は、抗体であるか、または抗体に由来する。ある特定の実施形態において、本抗原結合タンパク質のポリペプチド構造は、限定されないが、モノクローナル抗体、二重特異性抗体、ミニボディ(minibody)、ドメイン抗体、合成抗体(本明細書で時に「抗体模倣体」と称される)、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、抗体融合体(本明細書で時に「抗体抱合体」と称される)、ならびにそれらのヘミボディおよびフラグメントを含む、抗体に基づく。種々の構造は、本明細書において以下にさらに記載される。
本明細書に提供される抗原結合タンパク質は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体、特に、ヒトβ−クロトとヒトFGFR(例えば、ヒトFGFR1c、ヒトFGFR2c、またはヒトFGFR3c)とを含む複合体に結合することが実証されている。本明細書に提示される実施形態に記載され、示されるように、ウエスタンブロットの結果に基づいて、既知の市販入手可能な抗β−クロトまたは抗FGFR1c抗体は、変性したβ−クロトまたはFGFR1cに結合するが、一方で本抗原結合タンパク質(アゴニスト抗体である)は、結合しない。逆に、提供される抗原結合タンパク質は、細胞表面上でFGFR1cおよびβ−クロトの天然の構造を認識するが、一方で市販の抗体は認識しない。提供される抗原結合タンパク質は、したがって、FGF21の天然のインビボ生物学的活性を模倣する。結果として、本明細書に提供される抗原結合タンパク質は、FGF21様シグナル伝達活性を活性化することができる。具体的には、本開示の抗原結合タンパク質は以下のインビボでの活性のうちの1つ以上を有し得る:FGF21様シグナル伝達経路の誘発、血中グルコースレベルの低下、循環脂質レベルの低下、代謝パラメーターの改善、ならびに、FGFR(例えば、FGFR1c、FGFR2c、またはFGFR3c)、β−クロト、およびFGF21の三重複合体の形成によってインビボで誘発される、例えば2型糖尿病、肥満、脂質異常症、NASH、心血管疾患、および代謝症候群等の症状への他の生理学的効果。
本明細書に開示される、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、種々の有用性を有する。本抗原結合タンパク質のうちのいくつかは、例えば、特異的結合アッセイ、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体(これらの開示されるタンパク質のヒト形態を含む)の親和性精製、ならびにFGF21様シグナル伝達活性の他のアゴニストを識別するためのスクリーニングアッセイにおいて、有用である。
本明細書に開示される、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、本明細書に説明される、種々の治療用途において使用可能である。例えば、ある特定の抗原結合タンパク質は、2型糖尿病、肥満、脂質異常症、NASH、心血管疾患、および代謝症候群の低減、緩和、または治療等、患者におけるFGF21様シグナル伝達プロセスと関連する状態の治療に有用である。抗原結合タンパク質の他の用途には、例えば、β−クロト、FGFR1c、FGFR2c、FGFR3c、FGFR4、またはFGF21と関連する疾患または状態の診断、およびこれらの分子の存在または不在を判定するスクリーニングアッセイが含まれる。本明細書に記載される抗原結合タンパク質のうちのいくつかは、減少したFGF21様シグナル伝達活性と関連する状態、症状、および/または病状の治療に有用であり得る。例となる状態には、糖尿病、肥満、NASH、および脂質異常症が含まれるが、これらに限定されない。
FGF21
本明細書に開示される抗原結合タンパク質は、本明細書に定義されるように、FGF21媒介性シグナル伝達を誘発する。インビボにおいて、FGF21の成熟形態が、この分子の活性形態である。全長FGF21をコードするヌクレオチド配列を提供し、シグナル配列をコードするヌクレオチドを下線で示す。
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全長FGF21のアミノ酸配列を提供し、シグナル配列を構成するアミノ酸を下線で示す。
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FGFR1c
本明細書に開示される抗原結合タンパク質は、β−クロトと結合する場合、FGFR1c、特にヒトFGFR1cに結合する。ヒトFGFR1cをコードするヌクレオチド配列(GenBank受託番号NM_023110)を提供する。
Figure 2014518640
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ヒトFGFR1cのアミノ酸配列(GenBank受託番号NP_075598)を提供する。
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本明細書に記載の抗原結合タンパク質は、FGFR1cの細胞外部分に結合する。FGFR1cの細胞外領域の例は、
Figure 2014518640
である。
本明細書に記載されるように、FGFR1cタンパク質は、フラグメントもまた含み得る。本明細書に記載される際、これらの用語は、β−クロトおよびFGF21と結合すると、FGF21様シグナル伝達活性を誘発する受容体、特に、別段の指定がない限り、ヒト受容体を意味して互換的に使用される。
FGFR1cという用語はまた、FGFR1cアミノ酸配列、例えば、N結合型グリコシル化部位の翻訳後修飾を含む。したがって、抗原結合タンパク質は、それらの位置のうちの1つ以上がグリコシル化されたタンパク質に結合するか、またはそれから生成することができる。
β−クロト
本明細書に開示される抗原結合タンパク質は、β−クロト、特に、ヒトβ−クロトに結合する。ヒトβ−クロトをコードするヌクレオチド配列(GenBank受託番号NM_175737)を提供する。
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全長ヒトβ−クロトのアミノ酸配列(GenBank受託番号NP_783864)を提供する。
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本明細書に記載の抗原結合タンパク質は、β−クロトの細胞外部分に結合する。β−クロトの細胞外領域の例は、
Figure 2014518640
である。
マウス形態のβ−クロト、ならびにそのフラグメントおよび部分配列は、本明細書に提供される分子の研究および/または構築に有用であり得る。マウスβ−クロトをコードするヌクレオチド配列(GenBank受託番号NM_031180)を提供する。
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全長マウスβ−クロトのアミノ酸配列(GenBank受託番号NP_112457)を提供する。
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本明細書に記載される際、β−クロトタンパク質はまた、フラグメントも含み得る。本明細書に記載される際、これらの用語は、FGFR1cおよびFGF21と結合すると、FGF21様シグナル伝達活性を誘発する受容体、特に、別段の指定がない限り、ヒト共受容体を意味して互換的に使用される。
β−クロトという用語はまた、β−クロトアミノ酸配列、例えば、可能性のあるN結合型グリコシル化部位の翻訳後修飾を含む。したがって、抗原結合タンパク質は、その位置のうちの1つ以上がグリコシル化された、タンパク質に結合するか、またはそれから生成することができる。
β−クロトとFGFR(例えば、FGFR1c、FGFR2c、またはFGFR3c)とを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質
FGF21様シグナル伝達を調節するのに有用な、種々の選択的結合剤を提供する。これらの薬剤は、例えば、抗原結合ドメイン(例えば、一本鎖抗体、ドメイン抗体、ヘミボディ、免疫接着体(immunoadhesion)、および抗原結合領域を有するポリペプチド)を含有し、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体、特に、ヒトβ−クロトとヒトFGFR(例えば、ヒトFGFR1c、ヒトFGFR2c、またはヒトFGFR3c)とを含む複合体に特異的に結合する、抗原結合タンパク質を含む。薬剤のうちのいくつかは、例えば、FGFR(例えば、FGFR1c、FGFR2c、またはFGFR3c)とβ−クロトおよびFGFR21との結合によって、インビボで生成されるシグナル伝達を模倣することに有用であり、したがって、FGFR21様シグナル伝達と関連する1つ以上の活性を強化または調節するために使用することができる。
一般的に、提供される抗原結合タンパク質は、典型的に、本明細書に記載される1つ以上のCDRを含む(例えば、1、2、3、4、5、または6つのCDR)。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、クローンによって自然に発現されるが、一方で、他の実施形態においては、抗原結合タンパク質は、(a)ポリペプチドフレームワーク構造と、(b)そのポリペプチドフレームワーク構造に挿入および/または接合される1つ以上のCDRとを含むことができる。これらの実施形態のうちのいくつかにおいて、CDRは、本明細書に記載されるクローンによって発現される重鎖および軽鎖の構成要素を形成し、他の実施形態においては、CDRは、CDRが自然には発現されないフレームワーク内に挿入され得る。ポリペプチドフレームワーク構造は、種々の異なる形態をとることができる。例えば、ポリペプチドフレームワーク構造は、天然に存在する抗体、またはそのフラグメントもしくは変異体のフレームワークであるか、またはそれを含んでもよく、あるいは、それは、事実上完全に合成であってもよい。種々の抗原結合タンパク質構造の例を、以下にさらに記載する。
抗原結合タンパク質が(a)ポリペプチドフレームワーク構造と(b)ポリペプチドフレームワーク構造に挿入および/または接合された1つ以上のCDRとを含む、いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質のポリペプチドフレームワーク構造は、それぞれ、モノクローナル抗体、二重特異性抗体、ミニボディ、ドメイン抗体、合成抗体(本明細書で時に「抗体模倣体」と称される)、キメラ抗体、ヒト化抗体、抗体融合体(本明細書で時に「抗体抱合体」と称される)、およびそれぞれの部分またはフラグメントを含むが、これらに限定されない、抗体であるか、または抗体に由来する。いくつかの事例において、抗原結合タンパク質は、抗体の免疫学的フラグメント(例えば、Fab、Fab’、F(ab’)、またはscFv)である。
本明細書に提供される抗原結合タンパク質のうちのあるものは、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3c(これらのタンパク質のヒト形態を含む)のうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する。一実施形態において、抗原結合タンパク質は、配列番号4のアミノ酸配列を含むヒトFGFR1cおよび配列番号7のアミノ酸配列を含むヒトβ−クロトの両方に特異的に結合し、別の実施形態では、抗原結合タンパク質は、配列番号4のアミノ酸配列を含むヒトFGFR1cおよび配列番号7のアミノ酸配列を有するヒトβ−クロトの両方に特異的に結合してFGFR21様シグナル伝達を誘発する。したがって、抗原結合タンパク質は、FGFR21様シグナルを誘発し得るが、必ずしもそうとは限らない。
抗原結合タンパク質の構造
本明細書に提供される、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3c(これらのタンパク質のヒト形態を含む)のうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する、抗原結合タンパク質のうちのいくつかは、通常は天然の抗体と関連する構造を有する。これらの抗体の構造単位は、典型的に、1つ以上の四量体であり、そのそれぞれが2つの同一なポリペプチド鎖カプレット(couplet)から構成されるが、哺乳動物種には、単一の重鎖のみを有する抗体を生成するものもある。典型的な抗体において、各対またはカプレットは、1つの全長「軽」鎖(ある特定の実施形態では、約25kDa)、および1つの全長「重」鎖(ある特定の実施形態では、約50〜70kDa)を含む。各個々の免疫グロブリン鎖は、複数の「免疫グロブリンドメイン」から構成され、そのそれぞれが、おおよそ90〜110のアミノ酸からなり、特徴的な折り畳みパターンを示す。これらのドメインは、抗体ポリペプチドを構成する基本単位である。各鎖のアミノ末端部分は、典型的に、抗原認識を担う、可変ドメインを含む。カルボキシ末端部分は、鎖の他方の端部よりも進化的に保存され、「定常領域」または「C領域」と称される。ヒト軽鎖は、概して、カッパ(「κ」)およびラムダ(「λ」)軽鎖として分類され、これらのそれぞれは、1つの可変ドメインと1つの定常ドメインとを含有する。重鎖は、典型的に、μ、δ、γ、α、またはε鎖として分類され、これらは、それぞれ、抗体のアイソタイプをIgM、IgD、IgG、IgA、およびIgEとして定義する。IgGは、IgG1、IgG2、IgG3、およびIgG4を含むがこれらに限定されない、複数のサブタイプを有する。IgMサブタイプには、IgMおよびIgM2が含まれる。IgAサブタイプには、IgA1およびIgA2が含まれる。ヒトの場合、IgAおよびIgDアイソタイプは、4つの重鎖と4つの軽鎖とを含有し、IgGおよびIgEアイソタイプは、2つの重鎖と2つの軽鎖とを含有し、IgMアイソタイプは、5つの重鎖と5つの軽鎖とを含有する。重鎖C領域は、典型的に、エフェクター機能を担うことができる、1つ以上のドメインを含む。重鎖定常領域ドメインの数は、アイソタイプに依存することになる。IgG重鎖は、例えば、それぞれ、C1、C2、およびC3として既知の3つのC領域ドメインを含有する。提供される抗体は、これらのアイソタイプおよびサブタイプのうちの任意のものを有し得る。ある特定の実施形態において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する、単離された抗原結合タンパク質は、IgG1、IgG2、またはIgG4サブタイプの抗体である。
全長軽鎖および重鎖において、可変および定常領域は、典型的に、約12以上のアミノ酸の「J」領域によって接合され、重鎖はさらに、約10多いアミノ酸の「D」領域を含む。例えば、Fundamental Immunology,2nd ed.,Ch.7(Paul,W.,ed.)1989,New York:Raven Pressを参照されたい(全ての目的について、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)。各軽鎖/重鎖対の可変領域が、典型的に、抗原結合部位を形成する。
β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する、例となるモノクローナル抗体のIgG2重鎖定常ドメインの1つの例は、アミノ酸配列:
Figure 2014518640
を有する。
β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、例となるモノクローナル抗体のκ軽鎖定常ドメインの1つの例は、アミノ酸配列:
Figure 2014518640
を有する。
β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、例となるモノクローナル抗体のλ軽鎖定常ドメインの1つの例は、アミノ酸配列:
Figure 2014518640
を有する。
免疫グロブリン鎖の可変領域は、一般的に、同じ全体構造を示し、大抵は「相補性決定領域」またはCDRとも称される3つの超可変領域によって接合される、比較的保存されたフレームワーク領域(FR)を含む。上述の各重鎖/軽鎖対の2つの鎖のCDRは、典型的に、フレームワーク領域によって整列され、標的タンパク質(例えば、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体)上の特定のエピトープと特異的に結合する構造を形成する。N末端からC末端へ、天然の軽鎖および重鎖の可変領域はいずれも、典型的に、これらの要素が以下の順序に従っている:FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、およびFR4。これらのドメインのそれぞれにおいて位置を占めるアミノ酸に番号を割り当てるために、付番方式が考案されている。この付番方式は、Kabat et al.,(1991)“Sequences of Proteins of Immunological Interest”,5th Ed.,US Dept.of Health and Human Services,PHS,NIH,NIH Publication no.91−3242に定義されている。Kabatの命名システムを使用して提示されているが、所望される場合、本明細書に開示されるCDRはまた、Chothiaのもの等、代替的な命名システムに従って再定義することもできる(Chothia&Lesk,(1987)J.Mol.Biol.196:901−917、Chothia et al.,(1989)Nature342:878−883、またはHonegger&Pluckthun,(2001)J.Mol.Biol.309:657−670を参照されたい)。
本明細書に提供される抗原結合タンパク質の種々の重鎖および軽鎖可変領域を、表2に示す。これらの可変領域のそれぞれを、本開示の重鎖および軽鎖定常領域に付加して、それぞれ、完全な抗体の重鎖および軽鎖を形成することができる。さらに、そのようにして生成された重鎖および軽鎖配列のそれぞれを組み合わせて、完全な抗体構造を形成することができる。本明細書に提供される重鎖および軽鎖可変領域はまた、上に列挙された例となる配列とは異なる配列を有する、他の定常ドメインに付加することもできることを理解されたい。
提供される抗体の全長軽鎖および重鎖のいくつかの具体的な例、およびそれらの対応するアミノ酸配列を、表1Aおよび1Bに要約する。表1Aは、例となる軽鎖配列を示し、表1Bは、例となる重鎖配列を示す。
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以下の表1Bに列挙された例となる重鎖(H1、H2、H3等)のそれぞれを、以下の表1Aに示される例となる軽鎖のいずれかと組み合わせて、抗体を形成することができる。このような組み合わせの例には、L1〜L100のいずれかと組み合わせたH1、L1〜L100のいずれかと組み合わせたH2、L1〜L100のいずれかと組み合わせたH3等が挙げられる。いくつかの事例において、抗体は、以下の表1Aおよび1Bに列挙されたものに由来する、少なくとも1つの重鎖と1つの軽鎖とを含み、軽鎖と重鎖の具体的な対合例には、L1とH1、L2とH1、L3とH2もしくはH3、L4とH4、L5とH5、L6とH6、L7とH6、L8とH7もしくはH8、L9とH9、L10とH9、L11とH10、L12とH11、L13とH12、L13とH14、L14とH13、L15とH14、L16とH15、L17とH16、L18とH17、L19とH18、L20とH19、L21とH20、L22とH21、L23とH22、L24とH23、L25とH24、L26とH25、L27とH26、L28とH27、L29とH28、L30とH29、L31とH30、L32とH31、L33とH32、L34とH33、L35とH34、L36とH35、L37とH36、L38とH37、L39とH38、L40とH39、L41とH40、L42とH41、L43とH42、L44とH43、L45とH44、L46とH45、L47とH46、L48とH47、L49とH48、L50とH49、L51とH50、L52とH51、L53とH52、L54とH53、L55とH54、およびL56とH54、L57とH54、L58とH55、L59とH56、L60とH57、L61とH58、L62とH59、L63とH60、L64とH1、L65とH62、L66とH63、L67とH64、L68とH65、L69とH66、L70とH67、L71とH68、L72とH69、L73とH70、L74とH70、およびL75とH70、L76とH71、L77とH72、L78とH73、L79とH74、L80とH75、L81とH76、L82とH77、L83とH78、L84とH79、L85とH80、L86とH81、L87とH82、L88とH86、L89とH83、L90とH84、L91とH85、L92とH87、L93とH88、L94とH88、L95とH89、L96とH90、L97とH91、L98とH92、L99とH93、およびL100とH94が挙げられる。同じクローンに由来する重鎖および軽鎖を含む抗原結合タンパク質に加えて、第1のクローンに由来する重鎖は、第2のクローンに由来する軽鎖と対合してもよい(例えば、第1のクローンに由来する重鎖と第2のクローンに由来する軽鎖の対合、または第1のクローンに由来する重鎖と第2のクローンに由来する軽鎖の対合)。一般的に、このような対合には、90%以上の相同性を有するVLが、天然に存在するクローンの重鎖と対合し得ることが含まれてもよい。
いくつかの事例において、抗体は、以下の表1Aおよび1Bに列挙される、2つの異なる重鎖および2つの異なる軽鎖を含む。他の事例において、抗体は、2つの同一な軽鎖および2つの同一な重鎖を含む。一例として、抗体または免疫学的機能性フラグメントは、2つのL1軽鎖と2つのH1重鎖、2つのL2軽鎖と2つのH1重鎖、2つのL3軽鎖と2つのH2重鎖もしくは2つのH3重鎖、2つのL4軽鎖と2つのH4重鎖、2つのL5軽鎖と2つのH5重鎖、2つのL6軽鎖と2つのH6重鎖、2つのL7軽鎖と2つのH6重鎖、2つのL8軽鎖と2つのH7重鎖もしくは2つのH8重鎖、2つのL9軽鎖と2つのH9重鎖、2つのL10軽鎖と2つのH9重鎖、2つのL11軽鎖と2つのH10重鎖、2つのL12軽鎖と2つのH11重鎖、2つのL13軽鎖と2つのH12重鎖、2つのL13軽鎖と2つのH14重鎖、2つのL14軽鎖と2つのH13重鎖、2つのL15軽鎖と2つのH14重鎖、2つのL16軽鎖と2つのH15重鎖、2つのL17軽鎖と2つのH16重鎖、2つのL18軽鎖と2つのH17重鎖、2つのL19軽鎖と2つのH18重鎖、2つのL20軽鎖と2つのH19重鎖、2つのL21軽鎖と2つのH20重鎖、2つのL22軽鎖と2つのH21重鎖、2つのL23軽鎖と2つのH22重鎖、2つのL24軽鎖と2つのH23重鎖、2つのL25軽鎖と2つのH24重鎖、2つのL26軽鎖と2つのH25重鎖、2つのL27軽鎖と2つのH26重鎖、2つのL28軽鎖と2つのH27重鎖、2つのL29軽鎖と2つのH28重鎖、2つのL30軽鎖と2つのH29重鎖、2つのL31軽鎖と2つのH30重鎖、2つのL32軽鎖と2つのH31重鎖、2つのL33軽鎖と2つのH32重鎖、2つのL34軽鎖と2つのH33重鎖、2つのL35鎖と2つのH34重鎖、2つのL36鎖と2つのH35重鎖、2つのL37軽鎖と2つのH36重鎖、2つのL38軽鎖と2つのH37重鎖、2つのL39軽鎖と2つのH38重鎖、2つのL40軽鎖と2つのH39重鎖、2つのL41軽鎖と2つのH40重鎖、2つのL42軽鎖と2つのH41重鎖、2つのL43軽鎖と2つのH42重鎖、2つのL44軽鎖と2つのH43重鎖、2つのL45軽鎖と2つのH44重鎖、2つのL46軽鎖と2つのH45重鎖、2つのL47軽鎖と2つのH46重鎖、2つのL48軽鎖と2つのH47重鎖、2つのL49軽鎖と2つのH48重鎖、2つのL50軽鎖と2つのH49重鎖、2つのL51軽鎖と2つのH50重鎖、2つのL52軽鎖と2つのH51重鎖、2つのL53軽鎖と2つのH52重鎖、2つのL54軽鎖と2つのH53重鎖、2つのL55軽鎖と2つのH54重鎖、および2つのL56軽鎖と2つのH54重鎖、2つのL57軽鎖と2つのH54重鎖、2つのL58軽鎖と2つのH55重鎖、2つのL59軽鎖と2つのH56重鎖、2つのL60軽鎖と2つのH57重鎖、2つのL61軽鎖と2つのH58重鎖、2つのL62軽鎖と2つのH59重鎖、2つのL63軽鎖と2つのH60重鎖、2つのL64軽鎖と2つのH1重鎖、2つのL65軽鎖と2つのH62重鎖、2つのL66軽鎖と2つのH63重鎖、2つのL67軽鎖と2つのH64重鎖、2つのL68軽鎖と2つのH65重鎖、2つのL69軽鎖と2つのH66重鎖、2つのL70軽鎖と2つのH67重鎖、2つのL71軽鎖と2つのH68重鎖、2つのL72軽鎖と2つのH69重鎖、2つのL73軽鎖と2つのH70重鎖、2つのL74軽鎖と2つのH70重鎖、および2つのL75軽鎖と2つのH70重鎖、2つのL76軽鎖と2つのH71重鎖、2つのL77軽鎖と2つのH72重鎖、2つのL78軽鎖と2つのH73重鎖、2つのL79軽鎖と2つのH74重鎖、2つのL80軽鎖と2つのH75重鎖、2つのL81軽鎖と2つのH76重鎖、2つのL82軽鎖と2つのH77重鎖、2つのL83軽鎖と2つのH78重鎖、2つのL84軽鎖と2つのH79重鎖、2つのL85軽鎖と2つのH80重鎖、2つのL86軽鎖と2つのH81重鎖、2つのL87軽鎖と2つのH82重鎖、2つのL88軽鎖と2つのH86重鎖、2つのL89軽鎖と2つのH83重鎖、2つのL90軽鎖と2つのH84重鎖、2つのL91軽鎖と2つのH85重鎖、2つのL92軽鎖と2つのH87重鎖、2つのL93軽鎖と2つのH88重鎖、2つのL94軽鎖と2つのH88重鎖、2つのL95軽鎖と2つのH89重鎖、2つのL96軽鎖と2つのH90重鎖、2つのL97軽鎖と2つのH91重鎖、2つのL98軽鎖と2つのH92重鎖、2つのL99軽鎖と2つのH93重鎖、および2つのL100軽鎖と2つのH94重鎖、ならびに以下の表1Aおよび1Bに列挙される、軽鎖を含む対と重鎖の対との他の同様の組み合わせを挙げることができる。
本開示の別の態様において、「ヘミボディ」を提供する。ヘミボディは、(i)インタクトな軽鎖と(ii)任意でリンカーを介してFc領域(例えば、配列番号11のIgG2 Fc領域)に融合された重鎖とを含む一価抗原結合タンパク質である。リンカーは、(GS)リンカー(配列番号207)であり得、式中、「x」は、0ではない整数である(例えば、(GS)、(GS)、(GS)、(GS)、(GS)、(GS)、(GS)、(GS)、(GS)10、それぞれ、配列番号208〜216)。ヘミボディは、提供される重鎖および軽鎖の構成要素を使用して、構築することができる。
提供される他の抗原結合タンパク質は、下記の表1Aおよび1Bに示される重鎖と軽鎖の組み合わせによって形成される、抗体の変異体であり、それぞれが、これらの鎖のアミノ酸配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有する、軽鎖および/または重鎖を含む。いくつかの事例において、このような抗体は、少なくとも1つの重鎖および1つの軽鎖を含み、一方で、他の事例においては、変異体形態は、2つの同一な軽鎖および2つの同一な重鎖を含有する。
抗原結合タンパク質の可変ドメイン
さらに、表2Bに示されるV1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、81、V82、V83、V84、V85、V86、V87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、およびV94からなる群から選択される抗体重鎖可変領域、ならびに表2Aに示されるV1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、V81、V82、V83、V84、V85、V86、V87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、V94、V95、V96、V97、V98、V99、およびV100からなる群から選択される抗体軽鎖可変領域を含有する、抗原結合タンパク質、ならびにこれらの軽鎖および重鎖可変領域の免疫学的機能性フラグメント、誘導体、突然変異タンパク質、および変異体もまた、提供される。
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表2Bに列挙される重鎖可変領域のそれぞれを、表2Aに示される軽鎖可変領域のいずれかと組み合わせて、抗原結合タンパク質を形成することができる。このような組み合わせの例には、V1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、V81、V82、V83、V84、V85、V86、V87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、V94、V95、V96、V97、V98、V99、およびV100のいずれかと組み合わせたV1;V1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、V81、V82、V83、V84、V85、V86、V87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、V94、V95、V96、V97、V98、V99、およびV100のいずれかと組み合わせたV2;V1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、V81、V82、V83、V84、V85、V86、V87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、V94、V95、V96、V97、V98、V99、およびV100のいずれかと組み合わせたV3等が挙げられる。
いくつかの事例において、抗原結合タンパク質は、表2Aおよび2Bに列挙されたものに由来する、少なくとも1つの重鎖可変領域、および/または1つの軽鎖可変領域を含む。いくつかの事例において、抗原結合タンパク質は、表2Bに列挙されたものに由来する、2つの異なる重鎖可変領域および/または軽鎖可変領域を含む。このような抗原結合タンパク質の例は、(a)1つのV1と、(b)V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、81、V82、V83、V84、V85、V 86、V 87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、およびV94のうちの1つと、を含む。別の例は、(a)1つのV2と、(b)V1、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21 V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、81、V82、V83、V84、V85、V86、V 87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、およびV94のうちの1つと、を含む。さらに別の例は、(a)1つのV3と、(b)V1、V2、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、81、V82、V83、V84、V85、V86、V87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、およびV94等のうちの1つと、を含む。このような抗原結合タンパク質のさらに別の例は、(a)1つのV1と、(b)V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、V81、V82、V83、V84、V85、V86、V87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、V94、V95、V96、V97、V98、V99、およびV100のうちの1つと、を含む。このような抗原結合タンパク質のさらに別の例は、(a)1つのV2と、(b)V1、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80
、V81、V82、V83、V84、V85、V86、V87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、V94、V95、V96、V97、V98、V99、およびV100のうちの1つと、を含む。このような抗原結合タンパク質のさらなる別の例は、(a)1つのV3と、(b)V1、V2、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、V81、V82、V83、V84、V85、V86、V87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、V94、V95、V96、V97、V98、V99、およびV100等のうちの1つと、を含む。
種々の組み合わせの重鎖可変領域を、種々の組み合わせの軽鎖可変領域のいずれかと組み合わせることができる。
他の実施形態において、抗原結合タンパク質は、2つの同一な軽鎖可変領域および/または2つの同一な重鎖可変領域を含む。例として、抗原結合タンパク質は、表2Aおよび2Bに列挙される軽鎖可変領域の対と重鎖可変領域の対の組み合わせで、2つの軽鎖可変領域と2つの重鎖可変領域を含む、抗体、またはその免疫学的機能性フラグメントであり得る。
提供されるいくつかの抗原結合タンパク質は、V1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、81、V82、V83、V84、V85、V86、V87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、およびV94から選択される重鎖可変ドメインの配列とは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、または15個のアミノ酸残基のみが異なる、アミノ酸の配列を含む、重鎖可変ドメインを含み、それぞれのこのような配列の違いは、独立して、1つのアミノ酸の欠失、挿入、または置換のいずれかであり、この欠失、挿入、および/または置換は、前述の可変ドメイン配列と比較して15個以下のアミノ酸の変化をもたらす。いくつかの抗原結合タンパク質における重鎖可変領域は、V1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、81、V82、V83、V84、V85、V86、V 87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、およびV94の重鎖可変領域のアミノ酸配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、または99%の配列同一性を有する、アミノ酸の配列を含む。
ある特定の抗原結合タンパク質は、V1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、V81、V82、V83、V84、V85、V86、V87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、V94、V95、V96、V97、V98、V99、およびV100から選択される軽鎖可変ドメインの配列とは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、または15個のアミノ酸残基のみが異なる、アミノ酸の配列を含む、軽鎖可変ドメインを含み、それぞれのこのような配列の違いは、独立して、1つのアミノ酸の欠失、挿入、または置換のいずれかであり、この欠失、挿入、および/または置換は、前述の可変ドメイン配列と比較して15個以下のアミノ酸の変化をもたらす。いくつかの抗原結合タンパク質における軽鎖可変領域は、V1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、V81、V82、V83、V84、V85、V86、V87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、V94、V95、V96、V97、V98、V99、およびV100の軽鎖可変領域のアミノ酸配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、または99%の配列同一性を有する、アミノ酸の配列を含む。
さらなる事例において、抗原結合タンパク質は、以下の軽鎖および重鎖可変ドメインの対合を含む:V1とV1、V2とV1、V3とV2もしくはV3、V4とV4、V5とV5、V6とV6、V7とV6、V8とV7もしくはV8、V9とV9、V10とV9、V11とV10、V12とV11、V13とV12、V13とV14、V14とV13、V15とV14、V16とV15、V17とV16、V18とV17、V19とV18、V20とV19、V21とV20、V22とV21、V23とV22、V24とV23、V25とV24、V26とV25、V27とV26、V28とV27、V29とV28、V30とV29、V31とV30、V32とV31、V33とV32、V34とV33、V35とV34、V36とV35、V37とV36、V38とV37、V39とV38、V40とV39、V41とV40、V42とV41、V43とV42、V44とV43、V45とV44、V46とV45、V47とV46、V48とV47、V49とV48、V50とV49、V51とV50、52とV51、V53とV52、V54とV53、V55と54、およびV56とV54、V57とV54、V58とV55、V59とV56、V60とV57、V61とV58、V62とV59、V63とV60、V64とV1、V65とV62、V66とV63、V67とV64、V68とV65、V69とV66、V70とV67、V71とV68、V72とV69、V73とV70、V74とV70、およびV75とV70、V76とV71、V77とV72、V78とV73、V79とV74、V80とV75、V81とV76、V82とV77、V83とV78、V84とV79、V85とV80、V86とV81、V87とV82、V88とV86、V89とV83、V90とV84、V91とV85、V92とV87、V93とV88、V94とV88、V95とV89、V96とV90、V97とV91、V98とV92、V99とV93、およびV100とV94。
いくつかの事例において、上述の対合の抗原結合タンパク質は、指定された可変ドメインと70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有する、アミノ酸配列を有し得る。
さらに他の抗原結合タンパク質、例えば、抗体またはその免疫学的機能性フラグメントには、ここで記載した変異体重鎖および変異体軽鎖の変異体形態が含まれる。
抗原結合タンパク質のCDR
種々の実施形態において、本明細書に開示される抗原結合タンパク質は、1つ以上のCDRが中にグラフト、挿入、および/または接合された、ポリペプチドを含み得る。抗原結合タンパク質は、1、2、3、4、5、または6つのCDRを有し得る。抗原結合タンパク質は、したがって、例えば、1つの重鎖CDR1(「CDRH1」)、および/または1つの重鎖CDR2(「CDRH2」)、および/または1つの重鎖CDR3(「CDRH3」)、および/または1つの軽鎖CDR1(「CDRL1」)、および/または1つの軽鎖CDR2(「CDRL2」)、および/または1つの軽鎖CDR3(「CDRL3」)を有し得る。いくつかの抗原結合タンパク質は、CDRH3およびCDRL3の両方を含む。特定の重鎖および軽鎖CDRは、それぞれ、以下の表3Aおよび3Bにおいて特定される。
所定の抗体の相補性決定領域(CDR)およびフレームワーク領域(FR)は、Kabat et al.,(1991)“Sequences of Proteins of Immunological Interest”,5th Ed.,US Dept.of Health and Human Services,PHS,NIH,NIH Publication no.91−3242に記載のシステムを使用して、識別することができる。Kabatの命名スキームで提示されるが、所望される場合、本明細書に開示されるCDRはまた、Chothiaのもの等、代替的な命名スキームに従って再定義することもできる(Chothia&Lesk,(1987)J.Mol.Biol.196:901−917、Chothia et al.,(1989)Nature342:878−883、またはHonegger&Pluckthun,(2001)J.Mol.Biol.309:657−670を参照されたい)。本明細書に開示されるある特定の抗体は、以下の表3A(CDRH)および表3B(CDRL)に提示されるCDRのうちの1つ以上のアミノ酸配列と同一であるか、または実質的な配列同一性を有する、1つ以上のアミノ酸配列を含む。
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天然に存在する抗体内のCDRの構造および特性は、上記で説明されている。簡単に言うと、従来の抗体において、CDRは、重鎖および軽鎖可変領域において、フレームワーク内に埋め込まれ、そこで、それらは、抗原の結合および認識を担う領域を構築する。可変領域は、少なくとも3つの重鎖または軽鎖のCDRを、例えば、Kabat et al.,(1991)“Sequences of Proteins of Immunological Interest”,5th Ed.,US Dept.of Health and Human Services,PHS,NIH,NIH Publication no.91−3242、さらに、Chothia and Lesk,(1987)J.Mol.Biol.196:901−917、Chothia et al.,(1989)Nature 342:877−883も参照されたい)、フレームワーク領域(Kabat et al.,(1991)によってFR1、FR2、FR3、およびFR4と表記されるフレームワーク領域1〜4、Chothia and Lesk,(1987)(上記)もまた参照されたい)内に、含む。本明細書に提供されるCDRは、しかしながら、従来の抗体構造の抗原結合ドメインを定義するために使用できるだけでなく、本明細書に記載されるように、種々の他のポリペプチド構造に埋め込むこともできる。
一態様において、提供されるCDRは、(a)(i)配列番号603〜655からなる群から選択されるCDRH1、(ii)配列番号656〜732からなる群から選択されるCDRH2、(iii)配列番号733〜813からなる群から選択されるCDRH3、ならびに(iv)5、4、3、2、または1を超えないアミノ酸の1つ以上のアミノ酸置換、欠失、または挿入を含有する、(i)、(ii)、および(iii)のCDRHからなる群から選択されるCDRH、(B)(i)配列番号814〜893からなる群から選択されるCDRL1、(ii)配列番号894〜946からなる群から選択されるCDRL2、(iii)配列番号947〜1020からなる群から選択されるCDRL3、ならびに(iv)1、2、3、4、または5を超えないアミノ酸アミノ酸の1つ以上のアミノ酸置換、欠失、または挿入を含有する、(i)、(ii)、および(iii)のCDRL、からなる群から選択される、CDRLである。
別の態様において、抗原結合タンパク質は、以下の表3Aおよび3Bに列挙されるCDRの1、2、3、4、5、または6つの変異体形態を含み、これらは、それぞれが、以下の表3Aおよび3Bに列挙されるCDR配列と、少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有する。いくつかの抗原結合タンパク質は、以下の表3Aおよび3Bに列挙されるCDRのうち1、2、3、4、5、または6つを含み、これらは、それぞれが、これらの表に列挙されるCDRとは1、2、3、4、または5個以下のアミノ酸が異なる。
さらに別の態様において、抗原結合タンパク質は、便宜上、表形式で、関連クローン源を基準に提示される、以下のCDRL1、CDRL2、およびCDRL3の関連付けを含む。
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さらなる態様において、抗原結合タンパク質は、便宜上、表形式で、関連クローン源を基準に提示される、以下のCDRH1、CDRH2、およびCDRH3の関連付けを含む。
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さらなる態様において、抗原結合タンパク質は、便宜上、表形式で、関連クローン源を基準に提示される、以下のCDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、およびCDRL3の関連付けを含む。
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コンセンサス配列
さらに別の態様において、本明細書に開示されるCDRは、関連モノクローナル抗体の群に由来するコンセンサス配列を含む。本明細書に使用される際、「コンセンサス配列」とは、多数の配列間に共通する保存アミノ酸と、所定のアミノ酸配列内で変化する可変アミノ酸とを有するアミノ酸配列を指す。提供されるCDRコンセンサス配列は、CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、およびCDRL3のそれぞれに対応するCDRを含む。
コンセンサス配列を、表3Aおよび3Bに示される本開示の抗原結合タンパク質のVおよびVに対応するCDRの標準分析を使用して判定し、そのうちのいくつかが、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する。コンセンサス配列は、VまたはVに対応する同じ配列内でCDRが連続する状態を保つことによって、判定することができる。
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いくつかの事例において、抗原結合タンパク質は、上述のコンセンサス配列のうちの1つを有する、少なくとも1つの重鎖CDR1、CDR2、またはCDR3を含む。いくつかの事例において、抗原結合タンパク質は、上述のコンセンサス配列のうちの1つを有する、少なくとも1つの軽鎖CDR1、CDR2、またはCDR3を含む。他の事例において、抗原結合タンパク質は、所定のコンセンサス配列に応じて少なくとも2つの重鎖CDR、および/または所定のコンセンサス配列に応じて少なくとも2つの軽鎖CDRを含む。さらに他の事例において、抗原結合タンパク質は、所定のコンセンサス配列に応じて少なくとも3つの重鎖CDR、および/または所定のコンセンサス配列に応じて少なくとも3つの軽鎖CDRを含む。
例となる抗原結合タンパク質
一態様によると、(a)1つ以上の重鎖相補性決定領域(CDRH)であって、(i)配列番号603〜655からなる群から選択されるCDRH1、(ii)配列番号656〜732からなる群から選択されるCDRH2、(iii)配列番号733〜813からなる群から選択されるCDRH3、ならびに(iv)10、9、8、7、6、5、4、3、2、もしくは1個のアミノ酸置換、欠失、挿入、およびそれらの組み合わせを含む(i)、(ii)、および(iii)のCDRH、のうちの1つ以上を含む、1つ以上の重鎖相補性決定領域(CDRH)、(b)1つ以上の軽鎖相補性決定領域(CDRL)であって、(i)配列番号814〜893からなる群から選択されるCDRL1、(ii)配列番号894〜946のうちの1つ以上を含むCDRL2、(iii)配列番号947〜1020のうちの1つ以上を含むCDRL3、ならびに(iv)10、9、8、7、6、5、4、3、2、もしくは1個のアミノ酸置換、欠失、もしくは挿入、およびそれらの組み合わせを含む(i)、(ii)、および(iii)のCDRL、のうちの1つ以上を含む、1つ以上の軽鎖相補性決定領域(CDRL)、または(c)1つ以上の(a)の重鎖CDRHおよび1つ以上の(b)の軽鎖CDRLを含む、単離された抗原結合タンパク質。
別の実施形態において、CDRHは、配列番号603〜813からなる群から選択されるアミノ酸配列と、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有する、および/またはCDRLは、配列番号814〜1020からなる群から選択されるアミノ酸配列と、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有する。さらなる実施形態において、VHは、配列番号316〜409からなる群から選択される、および/またはVは、配列番号217〜315からなる群から選択される。
一態様によると、(a)1つ以上の可変重鎖(V)であって、(i)配列番号316〜409、ならびに(ii)10、9、8、7、6、5、4、3、2、または1個のアミノ酸置換、欠失、挿入、およびそれらの組み合わせを含む(i)のV、のうちの1つ以上を含む、1つ以上の可変重鎖(V)、(b)1つ以上の可変軽鎖(V)であって、(i)配列番号217〜315、ならびに(ii)10、9、8、7、6、5、4、3、2、または1個のアミノ酸置換、欠失、挿入、およびそれらの組み合わせを含む(i)のVからなる群から選択される、1つ以上の可変軽鎖(V)、または(c)1つ以上の(a)の可変重鎖および1つ以上の(b)の可変軽鎖、を含む、単離された抗原結合タンパク質。
別の実施形態において、可変重鎖(V)は、配列番号36〜409からなる群から選択されるアミノ酸配列と、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有する、および/または可変軽鎖(V)は、配列番号217〜315からなる群から選択されるアミノ酸配列と、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有する。
一態様において、FGFR1c、FGRF2c、およびFGFR3cに由来する1つ以上のアミノ酸残基を含む、直線状または3次元エピトープに特異的に結合する、抗原結合タンパク質もまた、提供される。
一態様において、β−クロトに由来する1つ以上のアミノ酸残基を含む、直線状または3次元エピトープに特異的に結合する、抗原結合タンパク質もまた、提供される。
別の態様において、β−クロトに由来する1つ以上のアミノ酸残基と、FGFR1c、FGFR2c、およびFGFR3cに由来する1つ以上のアミノ酸残基の両方を含む、直線状または3次元エピトープに特異的に結合する、単離された抗原結合タンパク質もまた、提供される。
さらに別の実施形態において、本明細書に上述された、単離された抗原結合タンパク質は、本明細書に開示されるCDRHコンセンサス配列のうちの少なくとも1つを含む第1のアミノ酸配列と、本明細書に開示されるCDRLコンセンサス配列のうちの少なくとも1つを含む第2のアミノ酸配列と、を含む。
一態様において、第1のアミノ酸配列は、CDRHコンセンサス配列のうち少なくとも2つを含む、および/または第2のアミノ酸配列は、CDRLコンセンサス配列のうち少なくとも2つを含む。ある特定の実施形態において、第1および第2のアミノ酸配列は、互いに共有結合される。
さらなる実施形態において、単離された抗原結合タンパク質の第1のアミノ酸配列は、各クローンについて表5に示されるCDRH3、CDRH2、およびCDRH1の対合を含む、ならびに/または単離された抗原結合タンパク質の第2のアミノ酸配列は、各クローンについて表4に示されるCDRL3、CDRL2、およびCDRL1の対合を含む。
さらなる実施形態において、抗原結合タンパク質は、表3Aおよび4Aに示される重鎖配列H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、H16、H17またはH18、H19、H20、H21、H22、H23、H24、H25、H26、H27、H28、H29、H30、H31、H32、H33、H34、H35、H36、H37、H38、H39、H40、H41、H42、H43、H44、H45、H146、H46、H48、H49、H50、H51、H52、H53、H54、H55、H56、H57、H58、H59、H60、H61、H62、H63、H64、H65、H66、H67、H68、H69、H70、H71、H72、H73、H74、H75、H76、H77、H78、H79、H80、H81、H82、H83、H84、H85、H86、H87、H88、H89、H90、H91、H92、H93、およびH94のうち少なくとも2つのCDRH配列を含む。
なおもさらなる実施形態において、抗原結合タンパク質は、表3Bおよび4Bに示される軽鎖配列L1、L2、L3、L4、L5、L6、L7、L8、L9、L10、L11、L12、L13、L14、L15、L16、L17、L18、L19、L20、L21、L22、L23、L24、L25、L26、L27、L28、L29、L30、L31、L32、L33、L34、L35、L36、L37、L38、L39、L40、L41、L42、L43、L44、L45、L46、L47、L48、L49、L50、L51、L52、L53、L54、L55、L56、L57、L58、L59、L60、L61、L62、L63、L64、L65、L66、L67、L68、L69、L70、L71、L72、L73、L74、L75、L76、L77、L78、L79、L80、L81、L82、L83、L84、L85、L86、L87、L88、L89、L90、L91、L92、L93、L94、L95、L96、L97、L98、L99、およびL100のうち少なくとも2つのCDRL配列を含む。
なおもさらなる実施形態において、抗原結合タンパク質は、表3Aおよび4Aに示される重鎖配列H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、H16、H17またはH18、H19、H20、H21、H22、H23、H24、H25、H26、H27、H28、H29、H30、H31、H32、H33、H34、H35、H36、H37、H38、H39、H40、H41、H42、H43、H44、H45、H146、H46、H48、H49、H50、H51、H52、H53、H54、H55、H56、H57、H58、H59、H60、H61、H62、H63、H64、H65、H66、H67、H68、H69、H70、H71、H72、H73、H74、H75、H76、H77、H78、H79、H80、H81、H82、H83、H84、H85、H86、H87、H88、H89、H90、H91、H92、H93、およびH94のうち少なくとも2つのCDRH配列と、表3Bおよび4Bに示される軽鎖配列L1、L2、L3、L4、L5、L6、L7、L8、L9、L10、L11、L12、L13、L14、L15、L16、L17、L18、L19、L20、L21、L22、L23、L24、L25、L26、L27、L28、L29、L30、L31、L32、L33、L34、L35、L36、L37、L38、L39、L40、L41、L42、L43、L44、L45、L46、L47、L48、L49、L50、L51、L52、L53、L54、L55、L56、L57、L58、L59、L60、L61、L62、L63、L64、L65、L66、L67、L68、L69、L70、L71、L72、L73、L74、L75、L76、L77、L78、L79、L80、L81、L82、L83、L84、L85、L86、L87、L88、L89、L90、L91、L92、L93、L94、L95、L96、L97、L98、L99、およびL100のうち少なくとも2つのCDRLと、を含む。
さらに別の実施形態において、抗原結合タンパク質は、表3Aおよび4Aに示される重鎖配列H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、H16、H17またはH18、H19、H20、H21、H22、H23、H24、H25、H26、H27、H28、H29、H30、H31、H32、H33、H34、H35、H36、H37、H38、H39、H40、H41、H42、H43、H44、H45、H146、H46、H48、H49、H50、H51、H52、H53、H54、H55、H56、H57、H58、H59、H60、H61、H62、H63、H64、H65、H66、H67、H68、H69、H70、H71、H72、H73、H74、H75、H76、H77、H78、H79、H80、H81、H82、H83、H84、H85、H86、H87、H88、H89、H90、H91、H92、H93、およびH94のCDRH1、CDRH2、およびCDRH3配列を含む。
なおも別の実施形態において、抗原結合タンパク質は、表3Bおよび4Bに示される軽鎖配列L1、L2、L3、L4、L5、L6、L7、L8、L9、L10、L11、L12、L13、L14、L15、L16、L17、L18、L19、L20、L21、L22、L23、L24、L25、L26、L27、L28、L29、L30、L31、L32、L33、L34、L35、L36、L37、L38、L39、L40、L41、L42、L43、L44、L45、L46、L47、L48、L49、L50、L51、L52、L53、L54、L55、L56、L57、L58、L59、L60、L61、L62、L63、L64、L65、L66、L67、L68、L69、L70、L71、L72、L73、L74、L75、L76、L77、L78、L79、L80、L81、L82、L83、L84、L85、L86、L87、L88、L89、L90、L91、L92、L93、L94、L95、L96、L97、L98、L99、およびL100のCDRL1、CDRL2、およびCDRL3配列を含む。
さらに別の実施形態において、抗原結合タンパク質は、以下のVとVとの対を含む抗原結合タンパク質の全ての6つのCDRを含む:表2Aおよび2B、ならびに表4Aおよび4Bに示される、V1とV1、V2とV1、V3とV2またはV3、V4とV4、V5とV5、V6とV6、V7とV6、V8とV7またはV8、V9とV9、V10とV9、V11とV10、V12とV11、V13とV12、V13とV14、V14とV13、V15とV14、V16とV15、V17とV16、V18とV17、V19とV18、V20とV19、V21とV20、V22とV21、V23とV22、V24とV23、V25とV24、V26とV25、V27とV26、V28とV27、V29とV28、V30とV29、V31とV30、V32とV31、V33とV32、V34とV33、V35とV34、V36とV35、V37とV36、V38とV37、V39とV38、V40とV39、V41とV40、V42とV41、V43とV42、V44とV43、V45とV44、V46とV45、V47とV46、V48とV47、V49とV48、V50とV49、V51とV50、V52とV51、V53とV52、V54とV53、V55とV54、V56とV54、V57とV54、V58とV55、V59とV56、V60とV57、V61とV58、V62とV59、V63とV60、V64とV1、V65とV62、V66とV63、V67とV64、V68とV65、V69とV66、V70とV67、V71とV68、V72とV69、V73とV70、V74とV70、V75とV70、V76とV71、V77とV72、V78とV73、V79とV74、V80とV75、V81とV76、V82とV77、V83とV78、V84とV79、V85とV80、V86とV81、V87とV82、V88とV86、V89とV83、V90とV84、V91とV85、V92とV87、V93とV88、V94とV88、V95とV89、V96とV90、V97とV91、V98とV92、V99とV93、およびV100とV94。
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一態様において、本明細書に提供される、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する単離された抗原結合タンパク質は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組み換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、多重特異性抗体、またはそれらの抗体フラグメントであり得る。
別の実施形態において、本明細書に提供される、単離された抗原結合タンパク質の抗体フラグメントは、Fabフラグメント、Fab’フラグメント、F(ab’)フラグメント、Fvフラグメント、ダイアボディ、または一本鎖抗体分子であり得る。
さらなる実施形態において、本明細書に提供される、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する単離された抗原結合タンパク質は、ヒト抗体であり、IgG1、IgG2IgG3、またはIgG4タイプのものであり得る。
別の実施形態において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する単離された抗原結合タンパク質は、表1A〜1Bに記載される軽鎖または重鎖ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する単離された抗原結合タンパク質は、表2A〜2Bに列挙されたもの等の可変軽鎖または可変重鎖ドメインを含む。さらに他の実施形態において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する、単離された抗原結合タンパク質は、以下の表3A〜3B、4A〜4Bに記載される。1、2、もしくは3つのCDRH、または1、2、もしくは3つのCDRLを含む。このような抗原結合タンパク質、および実際に本明細書に開示されるいずれの抗原結合タンパク質も、1つ以上のPEG分子、例えば、5K、10K、20K、40K、50K、60K、80K、100K、または100K超からなる群から選択される分子量を有するPEG分子で、ペグ化することができる。
さらに別の態様において、本明細書に提供される、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つを含む複合体に特異的に結合する、いずれの抗原結合タンパク質も、標識基と結合し得、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体の個々のタンパク質構成要素の細胞外部分への結合について、本明細書に提供される単離された抗原結合タンパク質のうちの1つの抗原結合タンパク質と競合し得る。一実施形態において、本明細書に提供される単離された抗原結合タンパク質は、患者に投与されると、血中グルコースレベルを低減させる、トリグリセリドおよびコレステロールのレベルを減少させる、または他の血糖パラメーターおよび心血管危険因子を改善することができる。
理解されるように、表3A〜3Bおよび4A〜4Bに提供される1つを上回るCDRを含むいずれの抗原結合タンパク質についても、表示される配列から独立して選択されるCDRのいずれの組み合わせも有用であり得る。したがって、1、2、3、4、5、または6つの独立して選択されるCDRを有する抗原結合タンパク質を、生成することができる。しかしながら、当業者には理解されるように、特定の実施形態では、一般的に、非反復的なCDRの組み合わせが利用され、例えば、抗原結合タンパク質は、一般的に、2つのCDRH2領域を用いて作製されない。
本明細書に提供される、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質のうちのいくつかを、以下にさらに詳細に説明する。
抗原結合タンパク質および結合エピトープおよび結合ドメイン
抗原結合タンパク質が、複合体β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとの複合体上のエピトープまたはこのような複合体のタンパク質成分の細胞外ドメインに結合すると言われる場合、抗原結合タンパク質が、β−クロトとFGFR(例えば、FGFR1c、FGFR2c、またはFGFR3c)とを含む複合体の特定の部分、またはこのような複合体の細胞外ドメインに特異的に結合することを意味する。いくつかの実施形態において、例えば、抗原結合タンパク質がβ−クロトのみに結合するある特定の事例では、抗原結合タンパク質は、特定の残基(例えば、β−クロトの特定のセグメント)からなるポリペプチドに特異的に結合し得る。他の実施形態において、例えば、抗原結合タンパク質がβ−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとの両方と相互作用するある特定の事例では、抗原結合タンパク質は、抗原結合タンパク質が認識する受容体に応じて、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとの両方の残基、残基配列、または領域に、結合することができる。さらに他の実施形態において、抗原結合タンパク質は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つ、例えば、FGFR1cとを含む複合体の残基、配列もしくは残基、または領域に結合することになる。
前述の実施形態のいずれにおいても、そのような抗原結合タンパク質は、β−クロトまたはβ−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体、あるいは列挙されたタンパク質または複合体の細胞外ドメインの、全ての残基に接触する必要はない。β−クロトまたはβ−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体、または列挙されたタンパク質または複合体の細胞外ドメイン内のひとつひとつのアミノ酸置換または欠失が、必ずしも結合親和性に重大な影響を及ぼすわけでもない。
抗原結合タンパク質のエピトープ特異性および結合ドメイン(複数可)は、種々の方法によって判定することができる。いくつかの方法は、例えば、抗原の切断部分を使用し得る。他の方法は、アラニンスキャニングまたはアルギニンスキャニング型のアプローチを採用することによって、または種々のドメイン、領域、もしくはアミノ酸が、2つのタンパク質間(例えば、抗原もしくは標的タンパク質のうちの1つ以上のマウスおよびヒト形態)で交換された、キメラタンパク質の生成およびその研究によって、またはプロテアーゼ保護アッセイによって等、1つ以上の特定の残基が突然変異した抗原を利用する。
競合する抗原結合タンパク質
別の態様において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体への結合について、例示した抗体または機能性フラグメントのうちの1つと競合する、抗原結合タンパク質を提供する。このような抗原結合タンパク質はまた、本明細書に例示された抗原結合タンパク質のうちの1つと同じエピトープ、または重複するエピトープに結合し得る。例示された抗原結合タンパク質と競合するか、またはそれと同じエピトープに結合する、抗原結合タンパク質およびフラグメントは、類似の機能特性を示すことが予想される。例示された抗原結合タンパク質およびフラグメントには、表1、2、3、および4のものを含む、本明細書に提供される重鎖および軽鎖H1〜H94およびL1〜L100、可変領域ドメインV1〜V100およびV1〜V94、ならびにCDRを有するものが含まれる。したがって、具体的な例として、提供される抗原結合タンパク質は、以下のものを含む抗体と競合するものが含まれる:
(a)以下の表3Aおよび3B、ならびに4Aおよび4Bに列挙された抗原結合タンパク質について列挙される、CDRのうちの、1、2、3、4、5、または6つ全て、
(b)V1〜V100およびV1〜V94から選択され、以下の表2Aおよび2Bに列挙された抗原結合タンパク質について列挙される、VおよびV、または
(c)以下の表1Aおよび1Bに列挙される抗原結合タンパク質に対して指定される、2つの軽鎖および2つの重鎖。
したがって、一実施形態において、本開示は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体への結合について参照抗体と競合する、抗原結合タンパク質(ヒト抗体を含む)を提供し、参照抗体は、V1とV1、V2とV1、V3とV2またはV3、V4とV4、V5とV5、V6とV6、V7とV6、V8とV7またはV8、V9とV9、V10とV9、V11とV10、V12とV11、V13とV12、V13とV14、V14とV13、V15とV14、V16とV15、V17とV16、V18とV17、V19とV18、V20とV19、V21とV20、V22とV21、V23とV22、V24とV23、V25とV24、V26とV25、V27とV26、V28とV27、V29とV28、V30とV29、V31とV30、V32とV31、V33とV32、V34とV33、V35とV34、V36とV35、V37とV36、V38とV37、V39とV38、V40とV39、V41とV40、V42とV41、V43とV42、V44とV43、V45とV44、V46とV45、V47とV46、V48とV47、V49とV48、V50とV49、V51とV50、52とV51、V53とV52、V54とV53、V55と54、およびV56とV54、V57とV54、V58とV55、V59とV56、V60とV57、V61とV58、V62とV59、V63とV60、V64とV1、V65とV62、V66とV63、V67とV64、V68とV65、V69とV66、V70とV67、V71とV68、V72とV69、V73とV70、V74とV70、およびV75とV70、V76とV71、V77とV72、V78とV73、V79とV74、V80とV75、V81とV76、V82とV77、V83とV78、V84とV79、V85とV80、V86とV81、V87とV82、V88とV86、V89とV83、V90とV84、V91とV85、V92とV87、V93とV88、V94とV88、V95とV89、V96とV90、V97とV91、V98とV92、V99とV93、およびV100とV94からなる群から選択される、軽鎖および重鎖の可変ドメイン配列の組み合わせを含む。
別の実施形態において、本開示は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体への結合について参照抗体と競合する、抗原結合タンパク質(ヒト抗体を含む)を提供し、参照抗体は、63G8、64A8、67B4、68D3、64E6、65E8、65F11、67G7、63B6、64D4、65C3、68D5、63E6、66F7、64H5、65G4、67G10v1、67G10v2、66B4、66G2、68G5、63F5、66F6、65C1、64A7、66D4、65B1、67A4、65B4、63A10、65H11、64C8、65E3、65D4、65D1、67G8、65B7、64A6、65F9、67F5、64B10、68C8、67A5、67C10、64H6、63F9、67F6、48H11、52A8、52F8、49H12、54A1、55G9、49C8、52H1、60G5.2、49G3、59A10、48F8、53B9、56B4、57E7、57F11、59C9、58A5、57A4、57F9、51G2、56A7、56E4、54H10、55D1、48H3、53C11、59G10.3、51C10.1、59D10v1、59D10v2、60F9、48B4、52D6、61G5、59G10.2、51A8、53H5.2、53F6、56C11、49A10、48D4、49G2、50C12、55G11、52C1、55E9、60D7、51C10.2、55D3、57B12、52C5、60G5.1、55E4、49B11、50H10、53C1、56G1、48F3、48C9、49A12、51E2、51E5、53H5.3、56G3.3、55B10、52B8、55G5、52H2、56G3.2、6E7、57D9、61H5、48G4、50G1、58C2、50D4、50G5v1、50G5v2、51C1、53C3.2、54H10.3、55A7、55E6、61E1、53C3.1、49H4、および51E2である。
さらなる実施形態において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に、参照抗体と実質的に同じKdで結合する、インビトロでのELK−ルシフェラーゼアッセイにおいてFGF21様シグナル伝達を参照抗体と同程度に生じさせる、血中グルコースを低下させる、血清脂質レベルを低下させる、および/またはβ−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体への結合について前記参照抗体と競合する、ヒト抗体等の単離された抗原結合タンパク質を提供し、参照抗体は、63G8、64A8、67B4、68D3、64E6、65E8、65F11、67G7、63B6、64D4、65C3、68D5、63E6、66F7、64H5、65G4、67G10v1、67G10v2、66B4、66G2、68G5、63F5、66F6、65C1、64A7、66D4、65B1、67A4、65B4、63A10、65H11、64C8、65E3、65D4、65D1、67G8、65B7、64A6、65F9、67F5、64B10、68C8、67A5、67C10、64H6、63F9、67F6、48H11、52A8、52F8、49H12、54A1、55G9、49C8、52H1、60G5.2、49G3、59A10、48F8、53B9、56B4、57E7、57F11、59C9、58A5、57A4、57F9、51G2、56A7、56E4、54H10、55D1、48H3、53C11、59G10.3、51C10.1、59D10v1、59D10v2、60F9、48B4、52D6、61G5、59G10.2、51A8、53H5.2、53F6、56C11、49A10、48D4、49G2、50C12、55G11、52C1、55E9、60D7、51C10.2、55D3、57B12、52C5、60G5.1、55E4、49B11、50H10、53C1、56G1、48F3、48C9、49A12、51E2、51E5、53H5.3、56G3.3、55B10、52B8、55G5、52H2、56G3.2、6E7、57D9、61H5、48G4、50G1、58C2、50D4、50G5v1、50G5v2、51C1、53C3.2、54H10.3、55A7、55E6、61E1、53C3.1、49H4、および51E2からなる群から選択される。
抗体と競合する能力は、本明細書に記載のもの等、任意の好適なアッセイを使用して判定することができ、抗原結合タンパク質63G8、64A8、67B4、68D3、64E6、65E8、65F11、67G7、63B6、64D4、65C3、68D5、63E6、66F7、64H5、65G4、67G10v1、67G10v2、66B4、66G2、68G5、63F5、66F6、65C1、64A7、66D4、65B1、67A4、65B4、63A10、65H11、64C8、65E3、65D4、65D1、67G8、65B7、64A6、65F9、67F5、64B10、68C8、67A5、67C10、64H6、63F9、67F6、48H11、52A8、52F8、49H12、54A1、55G9、49C8、52H1、60G5.2、49G3、59A10、48F8、53B9、56B4、57E7、57F11、59C9、58A5、57A4、57F9、51G2、56A7、56E4、54H10、55D1、48H3、53C11、59G10.3、51C10.1、59D10v1、59D10v2、60F9、48B4、52D6、61G5、59G10.2、51A8、53H5.2、53F6、56C11、49A10、48D4、49G2、50C12、55G11、52C1、55E9、60D7、51C10.2、55D3、57B12、52C5、60G5.1、55E4、49B11、50H10、53C1、56G1、48F3、48C9、49A12、51E2、51E5、53H5.3、56G3.3、55B10、52B8、55G5、52H2、56G3.2、6E7、57D9、61H5、48G4、50G1、58C2、50D4、50G5v1、50G5v2、51C1、53C3.2、54H10.3、55A7、55E6、61E1、53C3.1、49H4、および51E2を、参照抗体として使用することができる。
モノクローナル抗体
提供される抗原結合タンパク質は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合し、FGF21様シグナル伝達を様々な程度で誘発する、モノクローナル抗体を含む。モノクローナル抗体は、当該技術分野で既知の任意の技術を使用して、例えば、免疫付与スケジュールの終了後にトランスジェニック動物から摘出した脾臓細胞を不死化することによって、生成することができる。脾臓細胞は、当該技術分野で既知の任意の技術を使用して、例えば、それらを骨髄腫細胞と融合してハイブリドーマを生成することによって、不死化することができる。ハイブリドーマを生成する融合手順に使用するための骨髄腫細胞は、好ましくは、非抗体産生であり、高い融合効率と、所望される融合細胞(ハイブリドーマ)のみの成長を支持するある特定の選択培地において、それらが成長することができないようにする酵素欠損と、を有する。マウス融合に使用するために好適な細胞系の例には、Sp−20、P3−X63/Ag8、P3−X63−Ag8.653、NS1/1.Ag4 1、Sp210−Ag14、FO、NSO/U、MPC−11、MPC11−X45−GTG1.7、およびS194/5XXO Bulが挙げられ、ラット融合に使用される細胞系の例には、R210.RCY3、Y3−Ag1.2.3、IR983F、および4B210が挙げられる。細胞融合に有用な他の細胞系は、U−266、GM1500−GRG2、LICR−LON−HMy2、およびUC729−6である。
いくつかの事例において、ハイブリドーマ細胞系は、動物(例えば、ヒト免疫グロブリン配列を有するトランスジェニック動物)を、(1)CHO細胞に、配列番号4のヒト全長FGFR1cポリペプチドをコードするcDNAおよび配列番号7のヒトβ−クロトポリペプチドをコードするcDNAを、凍結前に細胞をFGF21とともにインキュベートしてからトランスフェクトすることによって得られた(実施例2に示される)、全長ヒトFGFR1cおよびβ−クロトを細胞表面に発現するCHOトランスフェクタントの細胞結合受容体、または(2)全長ヒトβ−クロトと配列番号4のアミノ酸残基#141〜#822のポリペプチドを包含するヒトFGFR1cのN末端切断形態とを発現する293Tトランスフェクタントの細胞結合受容体(実施例2に示される)を含む、免疫原で免疫付与し、免疫付与した動物から脾臓細胞を摘出し、摘出した脾臓細胞を骨髄腫細胞系に融合し、それによって、ハイブリドーマ細胞を生成し、ハイブリドーマ細胞からハイブリドーマ細胞系を確立し、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含み、FGF21様シグナル伝達を誘発することができる複合体に結合する抗体を生成する、ハイブリドーマ細胞系を識別する(例えば、実施例4に記載のように)ことによって生成される。このようなハイブリドーマ細胞系、およびそれらによって生成されるモノクローナル抗体が、本開示の態様を構成する。
ハイブリドーマ細胞系によって分泌されたモノクローナル抗体は、当該技術分野で既知の任意の技術によって精製することができる。ハイブリドーマまたはmAbを、さらにスクリーニングして、FGF21様シグナル伝達を誘発する能力等、特定の特性を有するmAbを識別することができる。このようなスクリーニングの例を、本明細書に提供する。
キメラおよびヒト化抗体
前述の配列に基づくキメラおよびヒト化抗体は、容易に生成することができる。一例は、キメラ抗体であり、これは、共有結合されて機能性免疫グロブリン軽鎖もしくは重鎖、またはその免疫学的機能性部分を生成する、異なる抗体に由来するタンパク質セグメントから構成される、抗体である。一般的に、重鎖および/または軽鎖の一部分は、特定の種に由来するか、または特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一もしくは相同であるが、鎖(複数可)の残りの部分は、別の種に由来するか、または別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体の対応する配列と、同一もしくは相同である。キメラ抗体に関する方法については、例えば、米国特許第4,816,567号およびMorrison et al.,(1985)Proc.Natl.Acad.Sci.USA81:6851−6855を参照されたく、これらは、参照により本明細書に組み込まれる。CDRのグラフトは、例えば、米国特許第6,180,370号、同第5,693,762号、同第5,693,761号、同第5,585,089号、および同第5,530,101に記載される。
一般的に、キメラ抗体を作製する目的は、意図される患者/レシピエントの種に由来するアミノ酸の数が最大化されたキメラを作製することである。一例は、「CDRグラフト」抗体であり、この抗体は、特定の種に由来するかまたは特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する1つ以上の相補性決定領域(CDR)を含むが、抗体鎖(複数可)の残りの部分は、別の種に由来するか、または別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一もしくは相同である。ヒトでの使用については、齧歯類抗体由来の可変領域または選択されたCDRを、しばしば、ヒト抗体にグラフトし、ヒト抗体の天然の可変領域またはCDRを置き換える。
キメラ抗体の1つの有用な種類は、「ヒト化」抗体である。一般的に、ヒト化抗体は、非ヒト動物で最初に産生されたモノクローナル抗体から生成される。典型的には抗体の非抗原認識部分に由来する、このモノクローナル抗体のある特定のアミノ酸残基を、対応するアイソタイプのヒト抗体の対応する残基に相同となるように、修飾する。ヒト化は、例えば、齧歯類の可変領域の少なくとも一部分をヒト抗体の対応する領域と置換することによる、種々の方法を使用して、行うことができる(例えば、米国特許第5,585,089号、同第5,693,762号、Jones et al.,(1986)Nature321:522−525、Riechmann et al.,(1988)Nature332:323−27、Verhoeyen et al.,(1988)Science239:1534−1536を参照されたい)。
一態様において、本明細書に提供される抗体の軽鎖および重鎖可変領域のCDR(例えば、表3〜4および21〜23)を、同じかまたは異なる系統発生種に由来する抗体由来のフレームワーク領域(FR)にグラフトする。例えば、重鎖および軽鎖可変領域V1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、81、V82、V83、V84、V85、V86、V87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、およびV94、ならびに/またはV1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15、V16、V17、V18、V19、V20、V21、V22、V23、V24、V25、V26、V27、V28、V29、V30、V31、V32、V33、V34、V35、V36、V37、V38、V39、V40、V41、V42、V43、V44、V45、V46、V47、V48、V49、V50、V51、V52、V53、V54、V55、V56、V57、V58、V59、V60、V61、V62、V63、V64、V65、V66、V67、V68、V69、V70、V71、V72、V73、V74、V75、V76、V77、V78、V79、V80、V81、V82、V83、V84、V85、V86、V87、V88、V89、V90、V91、V92、V93、V94、V95、V96、V97、V98、V99、およびV100のCDRを、コンセンサスヒトFRにグラフトすることができる。コンセンサスヒトFRを作製するために、複数のヒト重鎖または軽鎖アミノ酸配列に由来するFRを、アライメントして、コンセンサスアミノ酸配列を識別することができる。他の実施形態において、本明細書に開示される重鎖または軽鎖のFRは、異なる重鎖または軽鎖に由来するFRと置き換えられる。一態様において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質(例えば、抗体)の重鎖および軽鎖のFR内の希アミノ酸は、置き換えられないが、残りのFRアミノ酸は、置き換えられる。「希アミノ酸」とは、ある位置に存在する特定のアミノ酸であり、この特定のアミノ酸は、通常、FRには見られない。あるいは、1つの重鎖または軽鎖からグラフトされた可変領域は、本明細書に開示される、その特定の重鎖または軽鎖の定常領域とは異なる定常領域とともに使用することができる。他の実施形態において、グラフトされた可変領域は、一本鎖Fv抗体部分である。
ある特定の実施形態において、ヒト以外の種に由来する定常領域を、ヒト可変領域(複数可)とともに使用して、ハイブリッド抗体を生成することができる。
完全ヒト抗体
完全ヒト抗体を、本開示によって提供する。ヒトを抗原に暴露することなく、所定の抗原に特異的な完全ヒト抗体を作製するための方法が、利用可能である(「完全ヒト抗体」)。完全ヒト抗体の生成を実践するために提供される1つの特定の手段は、マウス体液性免疫系の「ヒト化」である。内因性Ig遺伝子が不活性化されているマウスへのヒト免疫グロブリン(Ig)遺伝子座の導入は、任意の望ましい抗原での免疫付与が可能な動物であるマウスにおいて、完全ヒトモノクローナル抗体(mAb)を生成する1つの手段である。完全ヒト抗体を使用することで、しばしば、マウスmAbまたはマウス由来mAbを治療薬としてヒトに投与することによって引き起こされ得る免疫原性およびアレルギー性の応答を最小化することができる。
完全ヒト抗体は、内因性免疫グロブリン産生の不在下において、ヒト抗体のレパートリーを生成することが可能なトランスジェニック動物(典型的にはマウス)を免疫付与することによって、生成することができる。この目的のための抗原は、典型的に、6個以上の連続したアミノ酸を有し、任意で、ハプテン等の担体に抱合される。例えば、Jakobovits et al.,(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:2551−2555、Jakobovits et al.,(1993)Nature362:255−258、およびBruggermann et al.,(1993)Year in Immunol.:33を参照されたい。このような方法の1つの例において、トランスジェニック動物は、マウス免疫グロブリン重鎖および軽鎖をそこでコードする内因性マウス免疫グロブリン遺伝子座を無能力化し、マウスゲノムに、ヒト重鎖および軽鎖タンパク質をコードする遺伝子座を含有するヒトゲノムDNAの大型フラグメントを挿入することによって、生成される。全てではないがヒト免疫グロブリン遺伝子座の要素を有する、部分修飾された動物を、次いで、異種交配して、所望される全ての免疫系修飾を有する動物を得る。免疫原が投与されると、これらのトランスジェニック動物は、その免疫原に免疫特異的であるが、マウスではなくヒトのアミノ酸配列(可変領域を含む)を有する、抗体を生成する。このような方法のさらなる詳細については、例えば、WO96/33735号およびWO94/02602号を参照されたい。ヒト抗体を作製するためのトランスジェニックマウスに関するさらなる方法は、米国特許第5,545,807号、同第6,713,610号、同第6,673,986号、同第6,162,963号、同第5,545,807号、同第6,300,129号、同第6,255,458号、同第5,877,397号、同第5,874,299号、および同第5,545,806号、PCT公開第WO91/10741号、同第WO90/04036号、ならびにEP546073号およびEP546073号に記載されている。
ある特定の実施形態によると、本発明の抗体は、ヒト抗体産生ゲノムの大部分が挿入されているが、内因性マウス抗体の産生を欠乏させた、トランスジェニックマウスの利用を通じて調製することができる。このようなマウスは、その結果、ヒト免疫グロブリン分子および抗体を生成する能力があり、マウス免疫グロブリン分子および抗体の産生を欠いている。この結果を達成するために利用される技術は、本願において、本明細書に開示される特許、出願、および参考文献に開示される。ある特定の実施形態において、PCT公開出願第WO98/24893号またはMendez et al.,(1997)Nature Genetics,15:146−156に開示されるもの等の方法を採用することができ、これらは、あらゆる目的に対して参照により本明細書に組み込まれる。
一般的に、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii) FGFR2c、および(iii)FGFR1cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的な完全ヒトモノクローナル抗体は、以下のように生成することができる。ヒト免疫グロブリン遺伝子を含有するトランスジェニックマウスを、目的の抗原、例えば、本明細書に記載のもので免疫付与し、抗体を発現するマウス由来のリンパ性細胞(B細胞等)を得る。このような回収された細胞を、骨髄性細胞系と融合して、不死ハイブリドーマ細胞系を調製し、このようなハイブリドーマ細胞系をスクリーニングおよび選択して、目的の抗原に特異的な抗体を生成するハイブリドーマ細胞系を特定する。ある特定の実施形態において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR1cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的な抗体を生成する、ハイブリドーマ細胞系の生成を、提供する。
ある特定の実施形態において、完全ヒト抗体は、ヒト脾細胞(BまたはT細胞)を、インビトロで抗原に暴露し、次いで、暴露した細胞を、免疫不全マウス、例えば、SCIDまたはnod/SCIDにおいて、再構成することによって、生成することができる。例えば、Brams et al.,J.Immunol.160:2051−2058(1998)、Carballido et al.,Nat.Med.,6:103−106(2000)を参照されたい。ある特定のこのようなアプローチにおいて、ヒト胎児組織のSCIDマウスへの移植(SCID−hu)は、長期の造血およびヒトT細胞の発達をもたらす。例えば、McCune et al.,Science,241:1532−1639(1988)、Ifversen et al.,Sem.Immunol.,8:243−248(1996)を参照されたい。ある特定の事例において、このようなキメラマウスにおける体液性免疫応答は、その動物におけるヒトT細胞の共発達に依存する。例えば、Martensson et al.,Immunol.,83:1271−179(1994)を参照されたい。ある特定のアプローチにおいて、ヒト末梢血リンパ球を、SCIDマウスに移植する。例えば、Mosier et al.,Nature,335:256−259(1988)を参照されたい。ある特定のこのような実施形態において、このような移植細胞を、Staphylococcal Enterotoxin A(SEA)等のプライミング剤、または抗ヒトCD40モノクローナル抗体のいずれかで処理すると、高レベルのB細胞生成が検出される。例えば、Martensson et al.,Immunol.,84:224−230(1995)、Murphy et al.,Blood,86:1946−1953(1995)を参照されたい。
したがって、ある特定の実施形態において、完全ヒト抗体は、宿主細胞での組み換えDNAの発現、またはハイブリドーマ細胞での発現によって、生成することができる。他の実施形態において、抗体は、本明細書に記載のファージ提示技術を使用して、生成することができる。
本明細書に記載の抗体を、本明細書に記載のXENOMOUSE(登録商標)技術の利用を通じて調製した。このようなマウスは、その結果、ヒト免疫グロブリン分子および抗体を生成する能力があり、マウス免疫グロブリン分子および抗体の産生を欠いている。これを達成するために利用される技術は、本明細書において、背景技術の部分に開示される、特許、出願、および参考文献に開示されている。しかしながら、具体的には、マウスおよびそれに由来する抗体のトランスジェニック生成の好ましい実施形態は、1996年12月3日に出願された米国特許出願第08/759,620号、ならびに1998年6月11日に公開された国際特許出願第WO98/24893号、および2000年12月21日に公開された同第WO00/76310号に開示され、これらの開示は、参照により本明細書に組み込まれる。Mendez et al.,Nature Genetics,15:146−156(1997)もまた参照されたく、この開示は、参照により本明細書に組み込まれる。
このような技術の使用を通じて、種々の抗原に対する完全ヒトモノクローナル抗体が、生成されている。本質的には、XENOMOUSE(登録商標)系のマウスに、目的の抗原(例えば、本明細書に提供される抗原)で免疫付与し、リンパ性細胞(B細胞等)を、過剰に免疫付与したマウスから回収し、回収したリンパ球を、骨髄性細胞系と融合して、不死ハイブリドーマ細胞系を調製する。これらのハイブリドーマ細胞系を、スクリーニングおよび選択して、目的の抗原に特異的な抗体を生成したハイブリドーマ細胞系を識別する。β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR1cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的な抗体を生成する、複数のハイブリドーマ細胞系の生成のための方法を、本明細書に提供する。さらに、このような抗体の重鎖および軽鎖のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を含む、このような細胞系によって生成される抗体の特徴付けを、本明細書に提供する。
XENOMOUSE(登録商標)株のマウスの生成は、1990年1月12日に出願された米国特許出願第07/466,008号、1990年11月8日に出願された同第07/610,515号、1992年7月24日に出願された同第07/919,297号、1992年7月30日に出願された同第07/922,649号、1993年3月15日に出願された同第08/031,801号、1993年8月27日に出願された同第08/112,848号、1994年4月28日に出願された同第08/234,145号、1995年1月20日に出願された同第08/376,279号、1995年4月27日に出願された同第08/430,938号、1995年6月5日に出願された同第08/464,584号、1995年6月5日に出願された同第08/464,582号、1995年6月5日に出願された同第08/463,191号、1995年6月5日に出願された同第08/462,837号、1995年6月5日に出願された同第08/486,853号、1995年6月5日に出願された同第08/486,857号、1995年6月5日に出願された同第08/486,859号、1995年6月5日に出願された同第08/462,513号、1996年10月2日に出願された同第08/724,752号、1996年12月3日に出願された同第08/759,620号、2001年11月30日に出願された米国公開第2003/0093820号、ならびに米国特許第6,162,963号、同第6,150,584号、同第6,114,598号、同第6,075,181号、および同第5,939,598号、ならびに日本特許第3 068 180 B2号、同第3 068 506 B2号、および同第3 068 507 B2号に、さらに記載および詳述される。1996年6月12に付与公開された欧州特許第EP 0 463 151 B1号、1994年2月3日に公開された国際特許出願第WO94/02602号、1996年10月31日に公開された国際特許出願第WO96/34096号、1998年6月11日に公開された同第WO98/24893号、2000年12月21日に公開された同第WO00/76310号もまた、参照されたい。上に列挙された特許、出願、および参考文献のそれぞれの開示は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
ハイブリドーマ技術を使用して、所望の特異性を有する抗原特異的ヒトmAbを、本明細書に記載のもの等、トランスジェニックマウスから生成し、選択することができる。このような抗体は、好適なベクターおよび宿主細胞を使用してクローニングおよび発現することができるか、またはこの抗体を、培養ハイブリドーマ細胞から摘出することができる。
完全ヒト抗体はまた、ファージ提示ライブラリに由来し得る(Hoogenboom et al.,(1991)J.Mol.Biol.227:381およびMarks et al.,(1991)J.Mol.Biol.222:581に記載される)。ファージ提示技術は、糸状バクテリオファージの表面上における抗体レパートリーの提示、および続く好適な抗原へのそれらの結合によるファージの選択を通じて、免疫選択を模倣する。1つのこのような技術は、PCT公開第WO99/10494号(参照により本明細書に組み込まれる)に記載され、これは、このようなアプローチを使用した、MPL−およびmsk−受容体に対する高親和性および機能性のアゴニスト抗体の単離について記載している。
二重特異性または二機能性抗原結合タンパク質
上述の1つ以上のCDRまたは1つ以上の可変領域を含む、二重特異性および二機能性抗体もまた、提供される。いくつかの事例における二重特異性または二機能性抗体は、2つの異なる重鎖/軽鎖対および2つの異なる結合部位を有する、人工的なハイブリッド抗体であり得る。二重特異性抗体は、限定されないが、ハイブリドーマの融合またはFab’フラグメントの結合を含む、種々の方法によって生成することができる。例えば、Songsivilai&Lachmann,(1990)Clin.Exp.Immunol.79:315−321、Kostelny et al.,(1992)J.Immunol.148:1547−1553を参照されたい。本開示の抗原結合タンパク質が、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する場合、その結合は、実施例4〜6に記載のFGF21様機能性およびシグナル伝達アッセイによって測定される、FGF21様活性の活性化をもたらし得、このような抗原結合タンパク質が抗体である場合、それは、アゴニスト抗体と称される。
種々の他の形態
本開示に提供される、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質のいくつかには、本明細書に開示される抗原結合タンパク質(例えば、表1〜4および6〜23に列挙される配列を有するもの)の変異体形態が含まれる。
種々の実施形態において、本明細書に開示される抗原結合タンパク質は、1つ以上の天然に存在しない/コードされたアミノ酸を含み得る。例えば、抗原結合タンパク質のいくつかは、表1〜23に列挙される、重鎖もしくは軽鎖、可変領域、またはCDRのうちの1つ以上に、1つ以上の天然に存在しない/コードされたアミノ酸置換を有する。天然に存在しない/コードされたアミノ酸(所望であれば、本明細書に開示される任意の配列に見出される任意の天然に存在するアミノ酸と置換することができる)の例には、4−ヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸、ε−N,N,N−トリメチルリジン、ε−N−アセチルリジン、O−ホスホセリン、N−アセチルセリン、N−ホルミルメチオニン、3−メチルヒスチジン、5−ヒドロキシリジン、δ−N−メチルアルギニン、ならびに他の同様のアミノ酸およびイミノ酸(例えば、4−ヒドロキシプロリン)が挙げられる。本明細書に使用されるポリペプチドの表記において、標準的な用法および慣例に従い、左手方向はアミノ末端方向であり、右手方向はカルボキシル末端方向である。抗原結合タンパク質配列に挿入することができるか、または抗原結合配列内の野生型残基と置換することができる、天然に存在しない/コードされたアミノ酸の例の非限定的な例には、β−アミノ酸、ホモアミノ酸、環状アミノ酸、および誘導体化側鎖を有するアミノ酸が挙げられる。例には(L型またはD型、括弧内は略称)、シトルリン(Cit)、ホモシトルリン(hCit)、Nα−メチルシトルリン(NMeCit)、Nα−メチルホモシトルリン(Nα−MeHoCit)、オルニチン(Orn)、Nα−メチルオルニチン(Nα−MeOrnまたはNMeOrn)、サルコシン(Sar)、ホモリジン(hLysまたはhK)、ホモアルギニン(hArgまたはhR)、ホモグルタミン(hQ)、Nα−メチルアルギニン(NMeR)、Nα−メチルロイシン(Nα−MeLまたはNMeL)、N−メチルホモリジン(NMeHoK)、Nα−メチルグルタミン(NMeQ)、ノルロイシン(Nle)、ノルバリン(Nva)、1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリン(Tic)、オクタヒドロインドール−2−カルボン酸(Oic)、3−(1−ナフチル)アラニン(1−Nal)、3−(2−ナフチル)アラニン(2−Nal)、1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリン(Tic)、2−インダニルグリシン(IgI)、パラ−ヨードフェニルアラニン(pI−Phe)、パラ−アミノフェニルアラニン(4AmPまたは4−アミノ−Phe)、4−グアニジノフェニルアラニン(Guf)、グリシルリジン(「K(Nε−glycyl」または「K(glycyl)」または「K(gly)」と略される)、ニトロフェニルアラニン(nitrophe)、アミノフェニルアラニン(aminopheまたはAmino−Phe)、ベンジルフェニルアラニン(benzylphe)、γ−カルボキシグルタミン酸(γ−carboxyglu)、ヒドロキシプロリン(hydroxypro)、p−カルボキシル−フェニルアラニン(Cpa)、α−アミノアジピン酸(Aad)、Nα−メチルバリン(NMeVal)、N−α−メチルロイシン(NMeLeu)、Nα−メチルノルロイシン(NMeNle)、シクロペンチルグリシン(Cpg)、シクロへキシルグリシン(Chg)、アセチルアルギニン(acetylarg)、α,β−ジアミノプロパン酸(diaminopropionoic acid)(Dpr)、α,γ−ジアミノ酪酸(Dab)、ジアミノプロピオン酸(Dap)、シクロへキシルアラニン(Cha)、4−メチル−フェニルアラニン(MePhe)、β,β−ジフェニル−アラニン(BiPhA)、アミノ酪酸(Abu)、4−フェニル−フェニルアラニン(またはビフェニルアラニン、4Bip)、α−アミノ−イソ酪酸(Aib)、β−アラニン、β−アミノプロピオン酸、ピペリジン酸、アミノカプロン酸、アミノヘプタン酸、アミノピメリン酸、デスモシン、ジアミノピメリン酸、N−エチルグリシン、N−エチルアスパラギン、ヒドロキシリジン、アロ−ヒドロキシリジン、イソデスモシン、アロ−イソロイシン、N−メチルグリシン、N−メチルイソロイシン、N−メチルバリン、4−ヒドロキシプロリン(Hyp)、γ−カルボキシグルタミン酸、ε−N,N,N−トリメチルリジン、ε−N−アセチルリジン、O−ホスホセリン、N−アセチルセリン、N−ホルミルメチオニン、3−メチルヒスチジン、5−ヒドロキシリジン、ω−メチルアルギニン、4−アミノ−O−フタル酸(4APA)、および他の類似のアミノ酸、ならびに具体的に列挙されたもののいずれかの誘導体化形態が含まれる。
さらに、抗原結合タンパク質は、表1〜4および6〜23に列挙される重鎖もしくは軽鎖、可変領域、またはCDRの1つ以上に、1つ以上の保存的アミノ酸置換を有し得る。天然に存在するアミノ酸は、共通の側鎖特性に基づいて、クラスに分類することができる。
1)疎水性:ノルロイシン、Met、Ala、Val、Leu、Ile
2)中性親水性:Cys、Ser、Thr、Asn、Gln
3)酸性:Asp、Glu
4)塩基性:His、Lys、Arg
5)鎖配向に影響を与える残基:Gly、Pro
6)芳香族:Trp、Tyr、Phe。
保存的アミノ酸置換は、これらのクラスのうちの1つのメンバーと、同じクラスの別のメンバーとの交換を伴い得る。保存的アミノ酸置換は、典型的には生物系における合成ではなく、化学的ペプチド合成によって組み込まれる、天然に存在しない/コードされたアミノ酸残基を包含し得る。以下の表8を参照されたい。これらには、ペプチド模倣物およびアミノ酸部分の他の逆転または反転形態が含まれる。
非保存的置換は、上述のクラスのうちの1つのメンバーと、別のクラスからのメンバーの交換を伴い得る。このような置換残基を、非ヒト抗体と相同である抗体の領域、または分子の非相同領域に導入することができる。
このような変化を加える場合、ある特定の実施形態によると、アミノ酸の疎水性親水性指標を考慮することができる。タンパク質の疎水性親水性プロファイルは、各アミノ酸に数値(「疎水性親水性指標」)を割り当て、次いで、ペプチド鎖に沿ってこれらの値を繰り返し平均化することによって、計算される。各アミノ酸には、その疎水性および荷電特性に基づいて、疎水性親水性指標が割り当てられている。それらは、イソロイシン(+4.5)、バリン(+4.2)、ロイシン(+3.8)、フェニルアラニン(+2.8)、システイン/シスチン(+2.5)、メチオニン(+1.9)、アラニン(+1.8)、グリシン(−0.4)、スレオニン(−0.7)、セリン(−0.8)、トリプトファン(−0.9)、チロシン(−1.3)、プロリン(−1.6)、ヒスチジン(−3.2)、グルタミン酸塩(−3.5)、グルタミン(−3.5)、アスパラギン酸塩(−3.5)、アスパラギン(−3.5)、リジン(−3.9)、およびアルギニン(−4.5)である。
タンパク質に相互作用性生物学的機能を与えることにおける、疎水性親水性プロファイルの重要性は、当該技術分野で理解されている(例えば、Kyte et al.,1982,J. Mol. Biol.157:105−131を参照されたい)。ある特定のアミノ酸は、類似の疎水性親水性指標またはスコアを有する他のアミノ酸と置換しても、類似の生物学的活性を保持することが可能であることが既知である。疎水性親水性指標に基づいて変化を加える際、ある特定の実施形態では、疎水性親水性指標が±2以内であるアミノ酸の置換が含まれる。いくつかの態様では、±1以内のものが含まれ、他の態様では、±0.5以内のものが含まれる。
同様のアミノ酸の置換は、特に、それによって作製される生物学的機能タンパク質またはペプチドが、本発明の場合のように、免疫学的実施形態での使用を目的とする場合、親水性を基準として効果的行うことができることもまた、当該技術分野で理解されている。ある特定の実施形態において、その隣接するアミノ酸の親水性によって左右されるタンパク質の最大局所平均親水性は、その免疫原性および抗原結合または免疫原性、すなわち、タンパク質の生物学的特性と、相関する。
以下の親水性値が、これらのアミノ酸残基に割り当てられている:アルギニン(+3.0)、リジン(+3.0)、アスパラギン酸塩(+3.0±1)、グルタミン酸塩(+3.0±1)、セリン(+0.3)、アスパラギン(+0.2)、グルタミン(+0.2)、グリシン(0)、スレオニン(−0.4)、プロリン(−0.5±1)、アラニン(−0.5)、ヒスチジン(−0.5)、システイン(−1.0)、メチオニン(−1.3)、バリン(−1.5)、ロイシン(−1.8)、イソロイシン(−1.8)、チロシン(−2.3)、フェニルアラニン(−2.5)、およびトリプトファン(−3.4)。類似の親水性値に基づいて変化を加える場合、ある特定の実施形態では、親水性値が±2以内のアミノ酸置換が含まれ、他の特定の実施形態では、±1以内のものが含まれ、さらに他の実施形態では、±0.5以内のものが含まれる。いくつかの事例において、親水性に基づいて、一次アミノ酸配列からエピトープを識別することもできる。これらの領域はまた、「エピトープコア領域」と称される。
例となる保存的アミノ酸置換を、表8に記載する。
Figure 2014518640
当業者であれば、周知の技術を、本明細書に提供される情報とともに使用して、本明細書に記載のポリペプチドの好適な変異体を判定することができるであろう。当業者は、活性に重要ではないと思われる領域を標的とすることにより、活性を破壊することなく変更を行うこと可能な分子の好適な領域を特定することができる。また、当業者であれば、類似のポリペプチド間で保存される、分子の残基および部分を特定することができるであろう。さらなる実施形態において、生物学的活性または構造に重要であり得る範囲でさえも、生物学的活性を破壊することなく、またはポリペプチド構造に悪影響を与えることなく、保存的アミノ酸置換の対象となり得る。
さらに、当業者は、活性または構造に重要である、類似のポリペプチド内の残基を特定する、構造−機能研究を検討することができる。このような比較を考慮して、類似のタンパク質において、活性または構造に重要なアミノ酸残基に対応するタンパク質内のアミノ酸残基の重要性を、予測することができる。当業者は、このような予測された重要なアミノ酸残基に対して、化学的に類似のアミノ酸置換を選択することができる。
当業者はまた、類似のポリペプチドにおいて、3次元構造およびその構造に関連するアミノ酸配列を、分析することができる。このような情報を考慮して、当業者は、抗体のアミノ酸残基のアライメントを、その3次元構造に関して、予測することができる。当業者は、タンパク質の表面上に存在することが予測されるアミノ酸残基に対しては、このような残基が他の分子との重要な相互作用に関与し得ることから、根本的な変更を加えないことを選択することができる。さらに、当業者は、各所望されるアミノ酸残基に単一のアミノ酸置換を含有する、試験変異体を生成することができる。これらの変異体は、次いで、FGF21様シグナル伝達について、アッセイを使用してスクリーニングすることができ(本明細書に提供される実施例に記載のものを含む)、したがって、どのアミノ酸が変更可能であり、どれが変更できないかに関する情報を得ることができる。換言すると、このような日常的実験から収集された情報に基づいて、当業者は、単独または他の突然変異と組み合わせてのさらなる置換を避けるべきであるアミノ酸位を、容易に判定することができる。
多数の科学的出版物が、二次構造の予測に取り組んでいる。Moult,(1996)Curr.Op.in Biotech.:422−427、Chou et al.,(1974)Biochem.13:222−245、Chou et al.,(1974)Biochemistry13:211−222、Chou et al.,(1978)Adv.Enzymol.Relat.Areas Mol.Biol.47:45−148、Chou et al.,(1979)Ann.Rev.Biochem.47:251−276、およびChou et al.,(1979)Biophys.J.26:367−384を参照されたい。:422−427、Chou et al.,(1974)Biochem。さらに、二次構造の予測を補助するために、コンピュータプログラムが現在利用可能である。二次構造を予測するための1つの方法は、相同性モデリングに基づく。例えば、30%を上回る配列同一性、または40%を上回る類似性を有する2つのポリペプチドまたはタンパク質は、類似の構造トポロジーを有し得る。タンパク質構造データベース(PDB)の発展は、ポリペプチドまたはタンパク質の構造内の可能な折り畳み数を含む、二次構造の予測可能性の強化をもたらしている。Holm et al.,(1999)Nucl.Acid.Res.27:244−247を参照されたい。所定のポリペプチドまたはタンパク質における折り畳み数は限られていること、および重大な数の構造が解明された時点で、構造の予測は、劇的に正確になるであろうことが示唆されている(Brenner et al.,(1997)Curr.Op.Struct.Biol.:369−376)。
二次構造を予測するさらなる方法には、「スレッディング(threading)」(Jones,(1997)Curr.Opin.Struct.Biol.:377−387、Sippl et al.,(1996)Structure:15−19)、「プロファイル分析」(Bowie et al.,(1991)Science253:164−170、Gribskov et al.,(1990)Meth.Enzym.183:146−159、Gribskov et al.,(1987)Proc.Nat.Acad.Sci.84:4355−4358)、および「進化的結合(evolutionary linkage)」(Holm,(1999)(上記)、およびBrenner,(1997)(上記)を参照されたい)が含まれる。
いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、(1)タンパク質分解する傾向を低減させるもの、(2)酸化する傾向を低減させるもの、(3)タンパク質複合体の形成に対する親和性を変化させるもの、(4)リガンドもしくは抗原の結合親和性を変化させるもの、および/または(4)このようなポリペプチドに他の物理化学的もしくは機能的特性を与えるかもしくはそれを修正するものが行われる。例えば、単一または複数のアミノ酸置換(いくつかの実施形態において、保存的アミノ酸置換)は、天然に存在する配列に行うことができる。置換は、分子間接触を形成するドメイン(複数可)の外側に位置する抗体の部分に行うことができる。このような実施形態において、実質的に親配列の構造的特徴を変化させない保存的アミノ酸置換を使用することができる(例えば、親または天然の抗原結合タンパク質を特徴付ける二次構造を分断させない、1つ以上の置換アミノ酸)。当該技術分野で認識されているポリペプチドの二次および三次構造の例は、Creighton,Proteins:Structures and Molecular Propertiesnd edition,1992,W.H.Freeman&Company、Creighton,Proteins:Structures and Molecular Principles,1984,W.H.Freeman&Company、Introduction to Protein Structure(Branden and Tooze,eds.),2nd edition,1999,Garland Publishing、Petsko&Ringe,Protein Structure and Function,2004,New Science Press Ltd、およびThornton et al.,(1991)Nature354:105に記載され、これらは、それぞれ、参照により本明細書に組み込まれる。
さらなる好適な抗体変異体には、親または天然のアミノ酸配列中の1つ以上のシステイン残基が、欠失しているか、または別のアミノ酸(例えば、セリン)と置換されている、システイン変異体が挙げられる。システイン変異体は、とりわけ、抗体を生物学的に活性な立体配座に再び折り畳む必要がある場合に、有用である。システイン変異体は、天然の抗体よりも少ないシステイン残基を有し得、典型的に、不対システインからもたらされる相互作用を最小化するために偶数である。
開示される重鎖および軽鎖、可変領域ドメイン、ならびにCDRを使用して、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合することが可能であり、FGF21様シグナル伝達を誘発し得る、抗原結合領域を含有するポリペプチドを調製することができる。例えば、表3〜4、および21〜23に列挙されるCDRのうちの1つ以上を、分子(例えば、ポリペプチド)に共有的または非共有的に組み込んで、免疫接着体を作製することができる。免疫接着体は、より大きなポリペプチド鎖の一部としてCDR(複数可)を組み込むことができるか、CDR(複数可)を別のポリペプチド鎖に共有結合させることができるか、またはCDR(複数可)を非共有的に組み込むことができる。CDR(複数可)は、免疫接着体が、目的の特定の抗原(例えば、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体、またはそれらのエピトープ)に特異的に結合することを可能にする。
開示される重鎖および軽鎖、可変領域ドメイン、ならびにCDRを使用して、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合することができ、FGF21様シグナル伝達を誘発し得る、抗原結合領域を含有するポリペプチドを調製することができる。例えば、表3〜4および21〜23に列挙されるCDRのうちの1つ以上を、Fcフラグメントと対合した抗原結合タンパク質の重鎖、軽鎖を含む、「半」抗体に構造的に類似の分子(例えば、ポリペプチド)に組み込むことができ、その結果、抗原結合領域は一価(Fabフラグメントのように)であるが、二量体Fc部分を有するようになる。
本明細書に記載される可変領域ドメインおよびCDRに基づいた、模倣体(例えば、「ペプチド模倣体」または「ペプチド模倣物」)もまた、提供される。これらの類似体は、ペプチド、非ペプチド、またはペプチド領域と非ペプチド領域の組み合わせであり得る。Fauchere,(1986)Adv.Drug Res.15:29、Veber and Freidinger,(1985)TINS p.392、およびEvans et al.,(1987)J.Med.Chem.30:1229、これらは、あらゆる目的について、参照により本明細書に組み込まれる。治療的に有用なペプチドと構造的に類似するペプチド模倣体を使用して、類似の治療的または予防的効果を得ることができる。このような化合物は、しばしば、コンピュータによる分子モデリングを活用して開発される。一般的に、ペプチド模倣物は、所望される生物学的活性、ここでは、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する能力等、を呈する抗体と構造的に類似であるが、1つ以上のペプチド結合が、当該技術分野で周知の方法により、−CHNH−、−CHS−、−CH−CH−、−CH−CH−(シスおよびトランス)、−COCH−、−CH(OH)CH−、および−CHSO−から選択される結合によって任意に置換されているタンパク質である。ある特定の実施形態において、コンセンサス配列の1つ以上のアミノ酸の、同じ種類のD−アミノ酸との系統的置換(例えば、L−リジンの代わりにD−リジン)を使用して、より安定なタンパク質を生成することができる。さらに、コンセンサス配列または実質的に同一のコンセンサス配列変異を含む、拘束性ペプチドは、当該技術分野で既知の方法(Rizo and Gierasch,(1992)Ann.Rev.Biochem.61:387、参照により本明細書に組み込まれる)によって、例えば、ペプチドを環化させる分子内ジスルフィド架橋を形成する能力のある内部システイン残基を付加することによって、生成することができる。
本明細書に記載される、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質の誘導体もまた、提供される。誘導体化された抗原結合タンパク質は、抗体またはフラグメントに、特定の使用における増加した半減期等の所望される特性を与える、任意の分子または物質を含み得る。誘導体化された抗原結合タンパク質は、例えば、検出可能(または標識)部分(例えば、放射性分子、比色分析分子、抗原性分子、もしくは酵素的分子、検出可能ビーズ(磁気もしくは電着(例えば、ゴールド)ビーズ)、または別の分子に結合する分子(例えば、ビオチンもしくはストレプトアビジン)、治療的または診断的部分(例えば、放射性部分、細胞毒性部分、もしくは薬学的活性部分)、あるいは特定の用途(例えば、ヒト対象等の対象への投与、または他のインビボもしくはインビトロ用途)に対する抗原結合タンパク質の適合性を増加させる分子を含み得る。抗原結合タンパク質を誘導体化するために使用可能な分子の例には、アルブミン(例えば、ヒト血清アルブミン)およびポリエチレングリコール(PEG)が挙げられる。抗原結合タンパク質のアルブミン結合型およびペグ化誘導体は、当該技術分野で周知の技術を使用して調製することができる。ある特定の抗原結合タンパク質には、本明細書に記載される、ペグ化一本鎖ポリペプチドが含まれる。一実施形態において、抗原結合タンパク質は、トランスサイレチン(「TTR」)またはTTR変異体に、抱合されるかまたはそうでなければ結合する。TTRまたはTTR変異体は、例えば、デキストラン、ポリ(n−ビニルピロリドン)、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコールホモポリマー、ポリプロピレンオキシド/エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール(polyoxyethylated polyol)、およびポリビニルアルコールからなる群から選択される、化学物質で、化学修飾され得る。
他の誘導体には、FGF21様シグナル伝達を誘発する抗原結合タンパク質のN末端またはC末端に融合された非相同ポリペプチドを含む組み換え融合タンパク質の発現等による、本明細書に開示される、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質と、他のタンパク質またはポリペプチドとの共有または凝集抱合体が含まれる。例えば、抱合ペプチドは、非相同シグナル(もしくはリーダー)ポリペプチド、例えば、酵母α因子リーダー、またはエピトープタグ等のペプチドであり得る。本開示の抗原結合タンパク質を含有する融合タンパク質は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合し、FGF21様シグナリングを誘発し得る抗原結合タンパク質の精製または識別を促進するように付加されるペプチド(例えば、ポリ−Hisタグ)を含み得る。β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質はまた、Hopp et al.,(1988)Bio/Technology:1204、および米国特許第5,011,912号に記載のように、FLAGペプチドに結合し得る。FLAGペプチドは、高度に抗原性であり、特異的モノクローナル抗体(mAb)によって可逆的に結合されるエピトープを提供し、発現された組み換えタンパク質の迅速なアッセイおよび容易な精製を可能にする。FLAGペプチドが所定のポリペプチドに融合される、融合タンパク質の調製に有用な試薬は、市販入手可能である(Sigma,St.Louis,MO)。
β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する、1つ以上の抗原結合タンパク質を含む、多量体は、本開示の別の態様を構成する。多量体は、共有的に結合したかまたは非共有的に結合した、二量体、三量体、またはそれ以上の多量体の形態をとることができる。β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合し、FGF21様シグナル伝達を誘発し得る、2つ以上の抗原結合タンパク質を含む多量体は、治療薬としての使用、診断薬としての使用、および他の使用も同様に企図され、このような多量体の一例は、ホモ二量体である。他の例となる多量体には、ヘテロ二量体、ホモ三量体、ヘテロ三量体、ホモ四量体、ヘテロ四量体等が挙げられる。
一実施形態は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質に融合されたペプチド部分間の共有または非共有の相互作用を介して結合される、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する複数の抗原結合タンパク質を含む、多量体を対象とする。このようなペプチドは、ペプチドリンカー(スペーサー)、または多量体化を促進する特性を有するペプチドであり得る。ロイシンジッパー、および抗体に由来するある特定のポリペプチドは、本明細書にさらに詳細に記載されるように、そこに付加された抗原結合タンパク質の多量体化を促進し得るペプチドである。
特定の実施形態において、多量体は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する、2〜4つの抗原結合タンパク質を含む。多量体の抗原結合タンパク質部分は、上述の形態のうちの任意のもの、例えば、変異体またはフラグメントであり得る。好ましくは、多量体は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する能力を有する抗原結合タンパク質を含む。
一実施形態において、オリゴマーが、免疫グロブリンに由来するポリペプチドを使用して調製される。抗体由来のポリペプチドの種々の部分(Fcドメインを含む)に融合された、ある特定の非相同ポリペプチドを含む融合タンパク質の調製は、例えば、Ashkenazi et al.,(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA88:10535、Byrn et al.,(1990)Nature344:677、およびHollenbaugh et al.,(1992)Current Protocols in Immunology,Suppl.4,pages10.19.1−10.19.11によって説明されている。
一実施形態は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質を抗体のFc領域に融合することによって作製された、2つの融合タンパク質を含む、二量体を含む。二量体は、例えば、融合タンパク質をコードする遺伝子融合体を、適切な発現ベクターに挿入し、組み換え発現ベクターで形質転換した宿主細胞に遺伝子融合体を発現させ、発現した融合タンパク質を抗体分子に非常に類似するように構築させることによって作製することができ、その後、鎖間ジスルフィド結合がFc部分間に形成されて、二量体がもたらされる。
本明細書に使用される「Fcポリペプチド」という用語には、抗体のFc領域に由来するポリペプチドの、天然および突然変異タンパク質の形態が含まれる。二量体化を促進するヒンジ領域を含有するこのようなポリペプチドの切断形態もまた、含まれる。Fc部分を含む融合タンパク質(およびそこから形成されたオリゴマー)は、プロテインAまたはプロテインGカラムでの親和性クロマトグラフィーによる容易な精製という利点を提供する。
PCT出願WO93/10151号ならびに米国特許第5,426,048号および同第5,262,522号にに記載される、1つの好適なFcポリペプチドは、ヒトIgG1抗体のFc領域のN末端ヒンジ領域から天然のC末端までに及ぶ、一本鎖ポリペプチドである。別の有用なFcポリペプチドは、米国特許第5,457,035号およびBaum et al.,(1994)EMBO J.13:3992−4001に記載される、Fc突然変異タンパク質である。この突然変異タンパク質のアミノ酸配列は、アミノ酸19がLeuからAlaに変更されており、アミノ酸20がLeuからGluに変更されており、アミノ酸22がGlyからAlaに変更されている以外は、WO93/10151号に提示される天然のFc配列のものと同一である。突然変異タンパク質は、Fc受容体に対して、減少した親和性を示す。
他の実施形態において、本明細書に記載されるもの等、抗原結合タンパク質の重鎖および/または軽鎖の可変部分は、抗体の重鎖および/または軽鎖の可変部分と置換することができる。
あるいは、オリゴマーは、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つととを含む複合体に特異的に結合する複数の抗原結合タンパク質を、ペプチドリンカー(スペーサーペプチド)ありまたはなしで含む、融合タンパク質である。好適なペプチドリンカーには、米国特許第4,751,180号および同第4,935,233号に記載のものがある。
β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合するその抗原結合タンパク質を含むオリゴマー誘導体を調製するための別の方法は、ロイシンジッパーの使用を伴う。ロイシンジッパードメインは、それらが存在するタンパク質のオリゴマー化を促進する、ペプチドである。ロイシンジッパーは、もともとは、複数のDNA結合タンパク質で特定されたものであり(Landschultz et al.,(1988)Science240:1759−64)、それ以来、種々の異なるタンパク質で発見されている既知のロイシンジッパーには、天然に存在するペプチドおよび二量体化または三量体化するそれらの誘導体がある。可溶性オリゴマータンパク質の生成に好適なロイシンジッパードメインの例は、PCT出願WO94/10308号に記載され、肺表面活性タンパク質D(SPD)に由来するロイシンジッパーは、Hoppe et al.,(1994)FEBS Letters344:191に記載され、参照により本明細書に組み込まれる。そこに融合された非相同タンパク質の安定な三量体化を可能にする、修飾されたロイシンジッパーの使用は、Fanslow et al.,(1994)Semin.Immunol.:267−278に記載されている。1つのアプローチでは、β−クロトとFGFR(例えば、FGFR1c、FGFR2c、またはFGFR3c)とを含む複合体に特異的に結合する、抗原結合タンパク質フラグメントまたは誘導体を含む組み換え融合タンパク質が、ロイシンジッパーペプチドに融合され、好適な宿主細胞で発現され、形成された可溶性オリゴマー抗原結合タンパク質フラグメントまたは誘導体が、培養上清から回収される。
ある特定の実施形態において、抗原結合タンパク質は、1pM、10pM、100pM、1nM、2nM、5nM、10nM、25nM、または50nM未満のK(平衡結合親和性)を有する。
別の態様において、本開示は、(例えば、ヒト対象に投与した場合に)インビトロまたはインビボで少なくとも1日の半減期を有する抗原結合タンパク質を提供する。一実施形態において、抗原結合タンパク質は、少なくとも3日の半減期を有する。別の実施形態において、抗体またはその部分は、4日以上の半減期を有する。別の実施形態において、抗体またはその部分は、8日以上の半減期を有する。別の実施形態において、抗体またはその部分は、10日以上の半減期を有する。別の実施形態において、抗体またはその部分は、11日以上の半減期を有する。別の実施形態において、抗体またはその部分は、15日以上の半減期を有する。別の実施形態において、抗体またはその抗原結合部分は、それが、非誘導体化抗体または非修飾抗体と比較して、より長い半減期を有するように、誘導体化または修飾される。別の実施形態において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、参照により組み込まれる2000年2月24日に公開されたWO00/09560号に記載のもの等、血清半減期を増加させる点突然変異を有する。
グリコシル化
β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、天然種に見られるものとは異なるかまたは改変された、グリコシル化パターンを有し得る。当該技術分野で既知のように、グリコシル化パターンは、タンパク質の配列(例えば、以下に説明される、特定のグリコシル化アミノ酸残基の存在もしくは不在)、またはタンパク質が生成される宿主細胞もしくは生物の両方に依存し得る。特定の発現系を、以下に説明する。
ポリペプチドのグリコシル化は、典型的に、N結合型またはO結合型のいずれかである。N結合型は、アスパラギン残基の側鎖への炭水化物部分の付加を指す。Xが、プロリン以外の任意のアミノ酸であるトリペプチド配列、アスパラギン−X−セリンおよびアスパラギン−X−スレオニンは、アスパラギン側鎖への炭水化物部分の酵素的付加に対する認識配列である。したがって、ポリペプチドにおけるこれらのトリペプチド配列のいずれかの存在が、可能性のあるグリコシル化部位を作製する。O結合型グリコシル化は、ヒドロキシアミノ酸、最も一般的にはセリンまたはスレオニンへの、糖類であるN−アセチルガラクトサミン、ガラクトース、またはキシロースのうちの1つの付加を指すが、5−ヒドロキシプロリンまたは5−ヒドロキシリジンもまた使用可能である。
抗原結合タンパク質へのグリコシル化部位の付加は、(N結合型グリコシル化部位については)アミノ酸配列を、それが上述のトリペプチド配列のうちの1つ以上を含有するように改変することによって、便宜的に達成される。改変はまた、(O結合型グリコシル化部位については)出発配列への1つ以上のセリンまたはスレオニン残基の付加、またはそれらによる置換によって、行うことができる容易にするためには、抗原結合タンパク質アミノ酸配列は、DNAレベルでの変更を通じて、特に、標的ポリペプチドをコードするDNAを事前に選択された塩基で突然変異させることによって、所望されるアミノ酸に翻訳されるコドンが生成されるように、改変することができる。
抗原結合タンパク質上の炭水化物部分の数を増加させる別の手段は、グリコシドとタンパク質との化学的または酵素的結合によるものである。これらの手順は、それらが、NおよびO結合型グリコシル化のグリコシル化能力を有する宿主細胞でのタンパク質の生成を必要としないという点で、有利である。使用される結合モードに応じて、糖類(複数可)は、(a)アルギニンおよびヒスチジン、(b)遊離カルボキシル基、(c)システインのもの等の遊離スルフヒドリル基、(d)セリン、スレオニン、もしくはヒドロキシプロリンのもの等の遊離ヒドロキシル基、(e)フェニルアラニン、チロシン、もしくはトリプトファンのもの等の芳香族残基、または(f)グルタミンのアミド基に付加することができる。これらの方法は、WO87/05330号およびAplin&Wriston,(1981)CRC Crit.Rev.Biochem.10:259−306に記載される。
開始抗原結合タンパク質上に存在する炭水化物部分の除去は、化学的または酵素的に達成することができる。化学的脱グリコシル化は、トリフルオロメタンスルホン酸の化合物または同等の化合物へのタンパク質の暴露を要する。この処理は、ポリペプチドをインタクトなまま残しながら、結合糖(N−アセチルグルコサミンまたはN−アセチルガラクトサミン)を除く、ほとんどまたは全ての糖類の開裂をもたらす。化学的脱グリコシル化は、Hakimuddin et al.,(1987)Arch.Biochem.Biophys.259:52−57およびEdge et al.,(1981)Anal.Biochem.118:131−37によって説明されている。ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的開裂は、Thotakura et al.,(1987)Meth.Enzymol.138:350−59に記載のように、種々のエンドおよびエキソグリコシダーゼの使用によって、達成することができる。潜在的グリコシル化部位のグリコシル化は、Duskin et al.,(1982)J.Biol.Chem.257:3105−09に記載のように、ツニカマイシン化合物の使用によって防ぐことができる。ツニカマイシンは、タンパク質−N−グリコシド結合の形成を阻止する。
したがって、本開示の態様は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質のグリコシル化変異体を含み、グリコシル化部位(複数可)の数および/または種類は、親ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して、改変されている。ある特定の実施形態において、抗体タンパク質変異体は、天然の抗体よりも多いかまたは少ない数のN結合型グリコシル化部位を含む。N結合型グリコシル化部位は、配列Asn−X−SerまたはAsn−X−Thrを特徴とし、式中、Xとして表記されるアミノ酸残基は、プロリン以外の任意のアミノ酸残基であり得る。この配列を作製するためのアミノ酸残基の置換は、N結合型炭水化物鎖の付加が可能な新しい部位を提供する。あるいは、この配列を除去または改変する置換は、天然のポリペプチドに存在するN結合型炭水化物鎖の付加を防ぐことになる。例えば、グリコシル化は、Asnの欠失によって、またはAsnを異なるアミノ酸と置換することによって、低減させることができる。他の実施形態において、1つ以上の新しいN結合型部位が作製される。抗体は、典型的に、Fc領域内にN結合型グリコシル化部位を有する。
標識およびエフェクター基
いくつかの実施形態において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、1つ以上の標識を含む。「標識基」または「標識」という用語は、任意の検出可能な標識を意味する。好適な標識基の例には、以下のものが含まれるが、これらに限定されない:放射性同位体または放射性核種(例えば、H、14C、15N、35S、90Y、99Tc、111In、125I、131I)、蛍光基(例えば、FITC、ローダミン、ランタニド蛍光体)、酵素基(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ)、化学発光基、ビオチニル基、二次レポーターによって認識される所定のポリペプチドエピトープ(例えば、ロイシンジッパー対配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ)。いくつかの実施形態において、標識基は、種々の長さのスペーサーアームを介して抗原結合タンパク質に結合して、潜在的な立体障害を低減させる。タンパク質を標識化するための種々の方法は、当該技術分野で既知であり、適すると思われるように使用可能である。
「エフェクター基」という用語は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質に結合され、細胞毒性剤として機能する、任意の基を意味する。好適なエフェクター基の例は、放射同位体または放射性核種である(例えば、H、14C、15N、35S、90Y、99Tc、111In、125I、131I)。他の好適な基には、毒素、治療基、または化学療法基が含まれる。好適な基の例には、カリケアマイシン、アウリスタチン、ゲルダナマイシン、およびカンタンシン(cantansine)が挙げられる。いくつかの実施形態において、エフェクター基は、種々の長さのスペーサーアームを介して抗原結合タンパク質に結合して、可能性のある立体障害を低減させる。
一般的に、標識は、それらが検出されることになるアッセイに応じて、多様なクラスに分類される:a)放射性同位体または重同位体であり得る同位体標識、b)磁気標識(例えば、磁気粒子)、c)レドックス活性部分、d)光学染料、酵素基(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリ性ホスファターゼ)、e)ビオチニル化基、およびf)に次レポーターによって認識される所定のポリペプチドエピトープ(例えば、ロイシンジッパー対配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ等)。いくつかの実施形態において、標識基は、種々の長さのスペーサーアームを介して抗原結合タンパク質に結合して、潜在的な立体障害を低減させる。タンパク質を標識化するための種々の方法は、当該技術分野で既知である。
特定の標識には、発色団、蛍光体、およびフルオロフォアを含むが、これらに限定されない光学染料が挙げられ、後者は、多くの事例では特異的である。フルオロフォアは、「小分子」蛍光物質またはタンパク質性蛍光物質のいずれかであり得る。
「蛍光標識」とは、その固有の蛍光特性を介して検出可能な任意の分子を意味する。好適な蛍光標識には、フルオレセイン、ローダミン、テトラメチルローダミン、エオシン、エリトロシン、クマリン、メチルクマリン、ピレン、Malacite green、スチルベン、Lucifer Yellow、Cascade Blue、Texas Red、IAEDANS、EDANS、BODIPY FL、LC Red640、Cy5、Cy5.5、LC Red705、Oregon green、Alexa−Fluor染料(Alexa Fluor350、Alexa Fluor430、Alexa Fluor488、Alexa Fluor546、Alexa Fluor568、Alexa Fluor594、Alexa Fluor633、Alexa Fluor647、Alexa Fluor660、Alexa Fluor680)、Cascade Blue、Cascade Yellow、およびR−フィコエリトリン(PE)(Molecular Probes,Eugene,OR)、FITC、ローダミン、およびTexas Red(Pierce,Rockford,IL)、Cy5、Cy5.5、Cy7(Amersham Life Science,Pittsburgh,PA)が挙げられるがこれらに限定されない。フルオロフォアを含む好適な光学染料は、Molecular Probes Handbook,A Guide to Fluorescent Probes and Labeling Technologies,11th edition,Johnson and Spence(eds)を含む、Richard P.HauglandによるMolecular Probes Handbookおよび後続版に記載され、参照により明確に本明細書に組み込まれる。
好適なタンパク質性蛍光標識にはまた、ウミシイタケ、ウミエラ(Ptilosarcus)、またはオワンクラゲ(Aequorea)種のGFP(Chalfie et al.,(1994)Science263:802−805)を含む、緑色蛍光タンパク質、eGFP(Clontech Labs.,Inc.、Genbank受託番号U55762)、青色蛍光タンパク質(BFP,Quantum Biotechnologies,Inc.,Quebec,Canada、Stauber,(1998)Biotechniques24:462−71、Heim et al.,(1996)Curr.Biol:178−82)、強化黄色蛍光タンパク質(EYFP,Clontech Labs.,Inc.)、ルシフェラーゼ(Ichiki et al.,(1993)J.Immunol.150:5408−17)、β−ガラクトシダーゼ(Nolan et al.,(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85:2603−07)、およびRenilla(WO92/15673号、WO95/07463号、WO98/14605号、WO98/26277号、WO99/49019号、米国特許第5292658号、同第5418155号、同第5683888号、同第5741668号、同第5777079号、同第5804387号、同第5874304号、同第5876995号、および5925558号)が挙げられるがこれらに限定されない。
抗原結合タンパク質の調製
提供される非ヒト抗体は、例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヤギ、ロバ、または非ヒト霊長類(サル(例えば、カニクイザルもしくはアカゲザル)または類人猿(例えば、チンパンジー)等)などの任意の抗体産生動物に由来し得る。非ヒト抗体は、例えば、インビトロの細胞培養および細胞培養に基づく用途で使用することができるか、あるいは、抗体に対する免疫応答が、生じないかもしくはわずかである、予防可能である、問題ではない、または所望される、任意の他の用途で使用することができる。ある特定の実施形態において、抗体は、FGF21とともにインキュベートした後に、全長ヒトFGFR1cおよびβ−クロトを細胞表面に発現するCHOトランスフェクタント由来の細胞結合受容体で;または全長ヒトβ−クロトおよび配列番号4のポリペプチドのアミノ酸残基141〜822を包含するヒトFGFR1cのN末端切断型を発現する293Tトランスフェクタントの細胞結合受容体で;または全長β−クロト、FGFR1c、FGFR2c、もしくはFGFR3cで;またはβ−クロト、FGFR1c、FGFR2c、もしくはFGFR3cの細胞外ドメインで;またはβ−クロト、FGFR1c、FGFR2c、およびFGFR3cのうちの2つで;またはFGFR1c、β−クロト、もしくはFGFR1cとβ−クロトの両方を発現する、全細胞で;またはFGFR1c、β−クロト、もしくはFGFR1cとβ−クロトの両方を発現する細胞から調製された膜で;または融合タンパク質、例えば、Fcに融合されたFGFR1c、β−クロト、もしくはFGFR1cとβ−クロト(もしくはそれらの細胞外ドメイン)を含むFc融合体で、免疫付与することによって、ならびに当該技術分野で既知の他の方法、例えば、本明細書に提示される実施例に記載のものによって、調製することができる。あるいは、ある特定の非ヒト抗体は、本明細書に提供されるある特定の抗体が結合するエピトープの一部を形成する、β−クロト、FGFR1c、FGFR2c、またはFGFR3cのうちの1つ以上のセグメントであるアミノ酸で、免疫付与することによって、産生することができる。抗体は、ポリクローナル、モノクローナルであり得るか、または組み換えDNAを発現させることによって、宿主細胞において合成することができる。
完全ヒト抗体は、ヒト免疫グロブリン遺伝子座を含有するトランスジェニック動物を免疫付与することによって、またはヒト抗体のレパートリーを発現しているファージ提示ライブラリを選択することによって、上述のように調製することができる。
モノクローナル抗体(mAb)は、従来のモノクローナル抗体手法、例えば、Kohler&Milstein,(1975)Nature256:495−97の標準的な体細胞ハイブリダイゼーション技術を含む、種々の技術によって生成することができる。あるいは、モノクローナル抗体を生成するための他の技術、例えば、Bリンパ球のウイルスまたは発癌性の形質転換を、採用してもよい。ハイブリドーマを調製するための1つの好適な動物系は、マウス系であり、これは、非常によく確立された手順である。融合のために免疫付与した脾細胞を単離するための免疫付与手順および技術は、当該技術分野で既知である。このような手順については、免疫付与したマウスに由来するB細胞を、マウス骨髄腫細胞系等、好適な不死化融合パートナーと融合させる。所望であれば、それ以外にもラットまたは他の動物を、マウスの代わりに免疫付与してもよく、このような動物に由来するB細胞を、マウス骨髄腫細胞系と融合させて、ハイブリドーマを形成することができる。あるいは、マウス以外の他の源に由来する骨髄腫細胞系を使用してもよい。ハイブリドーマを作製するための融合手順もまた、周知である。SLAM技術もまた、抗体の生成に採用することができる。
提供される一本鎖抗体は、重鎖および軽鎖の可変ドメイン(Fv領域)フラグメントを、アミノ酸架橋(短いペプチドリンカー)を介して結合させ、単一のポリペプチド鎖をもたらすことによって、形成することができる。このような一本鎖Fv(scFv)は、2つの可変ドメインポリペプチド(VおよびV)をコードするDNAの間に、ペプチドリンカーをコードするDNAを融合することによって、調製することができる。結果として得られるポリペプチドは、2つの可変ドメイン間の可動リンカーの長さに応じて、折り重なって抗原結合モノマーを形成し得るか、またはそれらは、多量体(例えば、二量体、三量体、または四量体)を形成し得る(Kortt et al.,(1997)Prot.Eng.10:423、Kortt et al.,(2001)Biomol.Eng.18:95−108)。異なるVおよびVを含むポリペプチドを組み合わせることによって、異なるエピトープに結合する多量体scFvを形成することができる(Kriangkum et al.,(2001)Biomol.Eng.18:31−40)。一本鎖抗体の生成のために開発された技術には、米国特許第4,946,778号、Bird et al.,(1988)Science242:423−26、Huston et al.,(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85:5879−83、Ward et al.,(1989)Nature334:544−46、de Graaf et al.,(2002)Methods Mol Biol.178:379−387に記載のものが含まれる。本明細書に提供される抗体に由来する一本鎖抗体には、表2に示される重鎖および軽鎖可変領域の可変ドメインの組み合わせ、または表3〜4および6〜23に示されるCDRを含む軽鎖および重鎖可変ドメインの組み合わせを含む、scFvが挙げられるがこれらに限定されない。
1つのサブクラスのものである、本明細書に提供される抗体は、サブクラススイッチ法を使用して、異なるサブクラスに由来する抗体に変化させることができる。したがって、例えば、IgG抗体を、IgM抗体から誘導することができ、その逆もまた同様である。このような技術は、所定の抗体(親抗体)の抗原結合特性を有するが、さらに、親抗体のものとは異なる抗体アイソタイプまたはサブクラスと関連する生物学的特性も示す、新しい抗体の調製を可能にする。組み換えDNA技術を採用してもよい。特定の抗体ポリペプチドをコードするクローン化DNA、例えば、所望のアイソタイプの抗体の定常ドメインをコードするDNAを、このような手順で用いることができる。例えば、Lantto et al.,(2002)Methods Mol.Biol.178:303−16を参照されたい。
したがって、提供される抗体には、例えば、所望のアイソタイプ(例えば、IgA、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgE、およびIgD)を有する、上述の可変ドメインの組み合わせを含むもの、ならびにそのFabまたはF(ab’)フラグメントが含まれる。さらに、IgG4が所望される場合、点突然変異(例えば、参照により本明細書に組み込まれるBloom et al.,(1997)Protein Science:407−15に記載のように、ヒンジ領域にCPSCPからCPPCP(それぞれ、掲載順に配列番号1828および1829)への突然変異)を導入して、IgG4抗体に非相同性をもたらし得る、H鎖内ジスルフィド結合を形成する傾向を緩和することが望ましい場合がある。
さらに、異なる特性を有する抗体(すなわち、それらが結合する抗原に対する親和性が多様である)を誘導するための技術もまた、既知である。鎖シャッフリング(chain shuffling)と称される1つのこのような技術は、糸状バクテリオファージの表面上に免疫グロブリン可変ドメイン遺伝子レパートリーを提示することを伴い、これは、しばしば、ファージ提示法と称される。鎖シャッフリングは、Marks et al.,(1992)Nature Biotechnology10:779−83に記載のように、ハプテン2−フェニルオキサゾール−5−オンに対する高親和性抗体を調製するために使用されている。
表2に記載の重鎖および軽鎖可変領域、または表3Aおよび3B、4Aおよび4B、ならびに表6〜23に記載のCDRに、保存的修飾(およびコード核酸への対応する修飾)を行って、機能的および生化学的特徴を有する抗原結合タンパク質を生成することができる。このような修飾を達成するための方法を、本明細書に記載する。
β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、種々の方法で、さらに修飾することができる。例えば、それらが治療目的で使用される場合、それらをポリエチレングリコールと抱合させて(ペグ化)、血清半減期を延長させるか、またはタンパク質送達を強化することができる。PEGは、抗原結合タンパク質に直接結合させてもよく、または、グリコシド結合等、リンカーを介して結合させてもよい。
あるいは、本主題の抗体またはそのフラグメントのV領域を、異なる抗体分子のFc領域と融合させてもよい。この目的で使用されるFc領域は、それが補体に結合せず、したがって、融合タンパク質が治療剤として使用されたときに、患者において細胞溶解を誘発する可能性を低減させるように、修飾することができる。さらに、本主題の抗体またはその機能性フラグメントは、ヒト血清アルブミンと抱合させて、抗体またはそのフラグメントの血清半減期を強化することができる。抗原結合タンパク質またはそのフラグメントの別の有用な融合パートナーは、トランスチレチン(TTR)である。TTRは、四量体を形成する能力があり、したがって、抗体−TTR融合タンパク質は、その結合アビディティを増加させることが可能な多価抗体を形成することができる。
あるいは、本明細書に記載の抗原結合タンパク質の機能的および/または生化学的特徴における実質的な修飾は、(a)例えば、シートもしくはヘリカル構造のような、置換領域における分子骨格の構造、(b)標的部位における分子の電荷もしく疎水性、または(c)側鎖のかさ高さ、を維持することに対するそれらの効果が有意に異なる、重鎖および軽鎖のアミノ酸配列に置換を行うことによって、達成することができる。「「保存的アミノ酸置換」は、天然のアミノ酸残基を、その位置でアミノ酸残基の極性または電荷に影響をほとんど有さないかまたは全く有さない非天然の残基と、置換することを伴い得る。上記の表8を参照されたい。さらに、ポリペプチド内のいずれの天然の残基も、アラニンスキャニング突然変異生成について前述したように、アラニンと置換することが可能である。
本主題の抗体のアミノ酸置換(保存的または非保存的かにかかわらず)は、当業者によって、日常的な技術を適用することにより実現することができる。アミノ酸置換を使用して、本明細書に提供される抗体の重要な残基を特定するか、あるいはβ−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に対するこれらの抗体の親和性の増加もしくは減少、または本明細書に記載の他の抗原結合タンパク質の結合親和性の修正を行うことができる。
抗原結合タンパク質の発現方法
上述の少なくとも1つのポリヌクレオチドを含む、プラスミド、発現ベクター、転写、または発現カセットの形態にある、発現系および構築物もまた、このような発現系または構築物を含む宿主細胞と同様に、本明細書に提供される。
本明細書に提供される抗原結合タンパク質は、多数の従来技術のうちの任意のものによって、調製することができる。例えば、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、当該技術分野で既知の任意の技術を使用して、組み換え発現系によって生成することができる。例えば、Monoclonal Antibodies,Hybridomas:A New Dimension in Biological Analyses,(Kennet et al.,eds.)Plenum Press(1980)および後続版、ならびにHarlow&Lane,(1988)(上記)を参照されたい。
抗原結合タンパク質は、ハイブリドーマ細胞系(例えば、特に、抗体はハイブリドーマに発現することができる)またはハイブリドーマ以外の細胞系において、発現することができる。抗体をコードする発現構築物を使用して、哺乳動物、昆虫、または微生物の宿主細胞を形質転換することができる。形質転換は、宿主細胞にポリヌクレオチドを導入するための任意の既知の方法を使用して、行うことができ、例えば、米国特許第4,399,216号、同第4,912,040号、同第4,740,461号、および同第4,959,455号によって例証されるように、ポリヌクレオチドをウイルスまたはバクテリオファージに封入し、当該技術分野で既知のトランスフェクション手順によって宿主細胞に構築物を形質導入することが含まれる。使用される最適な形質転換手順は、形質転換される宿主細胞の種類に依存することになる。非相同ポリヌクレオチドを哺乳動物細胞に導入するための方法は、当該技術分野で周知であり、これには、デキストラン媒介性トランスフェクション、リン酸カルシウム沈殿、ポリブレン媒介性トランスフェクション、原形質融合、ポリヌクレオチド(複数可)のリポソームへの封入、核酸と正電荷を有する脂質との混合、および核へのDNAの直接的な微量注入が含まれるが、これらに限定されない。
組み換え発現構築物は、典型的に、以下のうちの1つ以上を含むポリペプチドをコードする核酸分子を含む:本明細書に提供される1つ以上のCDR、軽鎖定常領域、軽鎖可変領域、重鎖定常領域(例えば、C1、C2、および/もしくはC3)、ならびに/または抗原結合タンパク質の別の足場部分。これらの核酸配列は、標準的な連結技術を使用して、適切な発現ベクターに挿入される。一実施形態において、重鎖または軽鎖定常領域は、抗β−クロト/FGFR(例えば、FGFR1c、FGFR2c、またはFGFR3c)複合体特異的重鎖または軽鎖可変領域のC末端側に付加され、発現ベクターに連結される。ベクターは、典型的に、採用される特定の宿主細胞において機能するように選択される(すなわち、ベクターは、宿主細胞機構と適合性であり、遺伝子の増幅および/または発現を可能にする)。いくつかの実施形態において、ジヒドロ葉酸還元酵素等のタンパク質レポーターを使用したタンパク質−フラグメント相補性アッセイを採用するベクターを使用する(例えば、米国特許第6,270,964号を参照されたく、これは、参照により本明細書に組み込まれる)。好適な発現ベクターは、例えば、Invitrogen Life TechnologiesまたはBD Biosciencesから購入することができる。抗体およびフラグメントのクローニングおよび発現に有用な他のベクターには、Bianchi and McGrew,(2003)Biotech.Biotechnol.Bioeng.84:439−44に記載のものが含まれ、これは、参照により本明細書に組み込まれる。さらなる好適な発現ベクターは、例えば、“Gene Expression Technology,”Methods Enzymol.,vol.185,(Goeddel et al.,ed.),(1990),Academic Pressに記載される。
典型的に、宿主細胞のいずれかにおいて使用される発現ベクターは、プラスミド維持および外因性ヌクレオチド配列のクローニングおよび発現のための配列を含有することになる。ある特定の実施形態においては集合的に「フランキング配列」と称される、このような配列は、典型的に、以下のヌクレオチド配列のうちの1つ以上を含むことになる:プロモーター、1つ以上のエンハンサー配列、複製起点、転写終結配列、スプライス供与部位およびスプライス受容部位を含む全イントロン配列、ポリペプチド分泌のリーダー配列をコードする配列、リボソーム結合部位、ポリアデニル化配列、発現されるポリペプチドをコードする核酸を挿入するためのポリリンカー領域、ならびに選択可能なマーカー要素。
任意で、発現ベクターは、「タグ」コード化配列、すなわち、抗原結合タンパク質をコードする配列の5’または3’末端に位置するオリゴヌクレオチドを含有し得、オリゴヌクレオチド配列は、ポリHis(ヘキサHis、HHHHHH(配列番号1830)等)、またはFLAG、HA(へマグルチニンインフルエンザウイルス)、もしくはmyc等、市販の抗体が存在する別の「タグ」をコードする。このタグは、典型的に、ポリペプチドが発現すると、ポリペプチドに融合され、宿主細胞からの抗原結合タンパク質の親和性精製または検出のための手段として機能し得る。親和性精製は、例えば、タグに対抗する抗体を親和性マトリックスとして使用する、カラムクロマトグラフィーによって達成することができる。任意で、タグは、その後、ある特定のペプチダーゼを開裂に使用するなど、種々の手段によって、精製された抗原結合タンパク質から除去することができる。
フランキング配列は、相同(すなわち、宿主細胞と同じ種および/もしくは株に由来する)、非相同(すなわち、宿主細胞の種もしくは株以外の種に由来する)、ハイブリッド(すなわち、1つを上回る源に由来するフランキング配列の組み合わせ)、合成、または天然であり得る。したがって、フランキング配列源は、任意の原核生物もしくは真核生物、任意の脊椎動物もしくは無脊椎動物、または任意の植物であり得るが、フランキング配列が、宿主細胞機構において機能性であるか、またはそれによって活性化され得ることを条件とする。
ベクターにおいて有用なフランキング配列は、当該技術分野で周知の複数の方法のうちの任意のものによって、得ることができる。典型的に、本明細書において有用なフランキング配列は、マッピングおよび/または制限エンドンクレアーゼ消化によって既に特定されており、したがって、適切な制限エンドヌクレアーゼを使用して、適正な組織源から単離することができる。いくつかの事例では、フランキング配列の全ヌクレオチド配列が既知であり得る。ここで、フランキング配列は、核酸合成またはクローニングについて本明細書に記載の方法を使用して、合成することができる。
フランキング配列の全てまたは一部分のみが既知であるかにかかわらず、これは、ポリペラーゼ連鎖反応(PCR)を使用して、ならびに/または、同じまたは別の種に由来するオリゴヌクレオチドおよび/もしくはフランキング配列フラグメント等の好適なプローブでゲノムライブラリをスクリーニングすることによって、得ることができる。フランキング配列が不明の場合、フランキング配列を含むDNAのフラグメントは、例えば、コード配列または別の遺伝子(複数可)でさえも含み得る、より大きなDNA断片から単離することができる。単離は、適正なDNAフラグメントを生成するための制限エンドヌクレアーゼ消化、およびそれに続くアガロースゲル精製、カラムクロマトグラフィー、または当業者に既知の他の方法を使用した単離によって、達成することができる。この目的を達成するために好適な酵素の選択は、当業者には容易に明らかであろう。
複製起点は、典型的に、市販で購入した原核生物の発現ベクターの一部であり、この起点は、宿主細胞におけるベクターの増幅を補助する。選択したベクターが、複製部位の起点を含まない場合、それを既知の配列に基づいて化学的に合成し、ベクターに連結させることができる。例えば、プラスミドpBR322(GenBank受託番号J01749、New England Biolabs,Beverly,MA)に由来する複製起点は、ほとんどのグラム陰性菌に好適であり、種々のウイルス起点(例えば、SV40、ポリオーマ、アデノウイルス、水疱性口内炎ウイルス(vesicular stomatitus virus)(VSV)、またはHPVもしくはBPV等のパピローマウイルス)は、哺乳動物細胞におけるクローニングベクターに有用である。一般的に、複製起点要素は、しばしば、哺乳動物の発現ベクターに必要とされない(例えば、SV40起点は、しばしば、それがウイルスの初期プロモーターを含むという理由でのみ、使用される)。
転写終結配列は、典型的に、ポリペプチドコード領域末端の3’側に位置し、転写を終結させるように機能する。通常、原核生物細胞における転写終結配列は、G−Cリッチフラグメントであり、ポリ−T配列が続く。この配列は、ライブラリから容易にクローニングされるかまたはベクターの一部として市販で購入されるが、本明細書に記載のもの等の核酸合成のための方法を使用して、容易に合成することもできる。
選択可能なマーカー遺伝子は、選択的培養培地で成長する宿主細胞の生存および成長に必要なタンパク質をコードする。典型的な選択マーカー遺伝子は、(a)抗生物質もしくは他の毒素、例えば、原核生物の宿主細胞については、アンピシリン、テトラサイクリン、もしくはカナマイシンに対して、耐性を与える、(b)細胞の栄養要求欠乏を補完する、または(c)複合培地もしくは定義された培地から得ることができない重要な栄養を補給する、タンパク質をコードする。特定の選択的マーカーは、カナマイシン耐性遺伝子、アンピシリン耐性遺伝子、およびテトラサイクリン耐性遺伝子である。有利なことに、ネオマイシン耐性遺伝子もまた、原核生物および真核生物の両方の宿主細胞において、選択に使用することができる。
他の選択可能な遺伝子を使用して、発現されるであろう遺伝子を増幅することができる。増幅は、成長または細胞の生存に重要なタンパク質の生成に必要とされる遺伝子が、組み換え細胞の歴代の染色体内で連続して反復される、プロセスである。哺乳動物細胞に好適な選択可能マーカーの例には、ジヒドロ葉酸還元酵素(DHFR)およびプロモーターを有さないチミジンキナーゼ遺伝子が挙げられる。哺乳動物細胞の形質転換体は、この形質転換体のみがベクターに存在する選択可能遺伝子によって生存するように特異的に適応される、選択圧下に置かれる。選択圧は、媒体中の選択薬剤の濃度が、継続して増加する条件下で、形質転換した細胞を培養することによって、印加され、それによって、選択可能遺伝子、ならびにβ−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する抗原結合タンパク質等、別の遺伝子をコードするDNAの両方の増幅をもたらす。結果として、増加した量のポリペプチド、例えば抗原結合タンパク質が、増幅されたDNAから合成される。
リボソーム結合部位が、通常、mRNAの翻訳開始に必要であり、シャインダルガーノ配列(原核生物)またはコザック配列(真核生物)によって特徴付けられる。この要素は、典型的に、プロモーターに対しては3’、発現されるポリペプチドのコード配列に対しては5’に位置する。
グリコシル化が真核生物の宿主細胞発現系において所望される場合等、いくつかの事例において、種々のプレまたはプロ配列を操作して、グリコシル化または収率を改善することができる。例えば、特定のシグナルペプチドのペプチダーゼ開裂部位を改変するか、またはプロ配列を付加することができ、これもまた、グリコシル化に影響を与え得る。最終的なタンパク質生成物は、その1位(成熟タンパク質の第1のアミノ酸に対して)に、発現から生じる1つ以上の追加のアミノ酸を有し得、これは、完全に除去されなかったものであり得る。例えば、最終的なタンパク質生成物は、アミノ末端に付加された、ペプチダーゼ開裂部位に見られる1つまたは2つのアミノ酸残基を有し得る。あるいは、いくつかの酵素開裂部位の使用は、酵素が成熟ポリペプチド内のこのような領域を切断する場合、所望されるポリペプチドのわずかに切断された形態をもたらし得る。
発現およびクローニングは、典型的に、宿主生物によって認識され、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質をコードする分子に操作可能に結合される、プロモーターを含むことになる。プロモーターは、構造遺伝子の転写を制御する、構造遺伝子(一般的に、約100〜1000bp)の開始コドンに対して上流(すなわち、5’)に位置付けられる、非転写配列である。プロモーターは、従来的に、2つのクラスのうちの1つの分類される:誘導的プロモーターおよび構成的プロモーター。誘導的プロモーターは、栄養の存在もしくは不在または温度の変化等、培養条件の何らかの変更に応答して、それらの制御下でDNAから増加したレベルの転写を開始する。一方で、構成的プロモーターは、それらが操作可能に結合される遺伝子を、均一に転写する、すなわち、遺伝子発現に対する制御をほとんど有さないかまたは全く有さない。種々の潜在的な宿主細胞によって認識される、非常に多数のプロモーターが周知である。好適なプロモーターは、制限酵素の消化によって、もとのDNAからプロモーターを除去し、所望されるプロモーター配列をベクターに挿入することによって、抗原結合タンパク質を含む重鎖または軽鎖をコードするDNAに操作可能に結合される。
酵母宿主を用いる用途に好適なプロモーターもまた、等が技術分野で周知である。酵母エンハンサーは、酵母プロモーターとともに、有利に使用される。哺乳動物の宿主細胞での使用に好適なプロモーターは、周知であり、ポリオーマウイルス、鶏痘ウイルス、アデノウイルス(アデノウイルス2等)、ウシパピローマウイルス、トリ肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、レトロウイルス、B型肝炎ウイルス、およびシミアンウイルス40(SV40)等のウイルスのゲノムから得られたものを含むが、これらに限定されない。他の好適な哺乳動物プロモーターには、非相同哺乳動物プロモーター、例えば、熱ショックプロモーターおよびアクチンプロモーターが挙げられる。
対象となり得る、さらなるプロモーターには、SV40初期プロモーター(Benoist&Chambon,(1981)Nature290:304−310)、CMVプロモーター(Thornsen et al.,(1984)Proc.Natl.Acad.U.S.A.81:659−663)、ラウス肉腫ウイルスの3’長末端反復に含まれるプロモーター(Yamamoto et al.,(1980)Cell22:787−97)、ヘルペスチミジンキナーゼプロモーター(Wagner et al.,(1981)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.78:1444−45)、メタロチオニン遺伝子に由来するプロモーターおよび制御配列(Prinster et al.,(1982)Nature296:39−42)、ならびにβ−ラクタマーゼプロモーター等の原核生物プロモーター(Villa−Kamaroff et al.,(1978)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.75:3727−31)、またはtacプロモーター(DeBoer et al.,(1983)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.80:21−25)が挙げられるが、これらに限定されない。以下の動物転写制御領域もまた対象であり、これらは、組織特異性を示し、トランスジェニック動物において利用されている:膵腺房細胞において活性なエラスターゼI遺伝子制御領域(Swift et al.,(1984)Cell38:639−46、Ornitz et al.,(1986)Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.50:399−409、MacDonald,(1987)Hepatology:425−515)、膵臓β細胞において活性なインスリン遺伝子制御領域(Hanahan,(1985)Nature315:115−22)、リンパ系細胞において活性な免疫グロブリン遺伝子制御領域(Grosschedl et al.,(1984)Cell38:647−58、Adames et al.,(1985)Nature318:533−38、Alexander et al.,(1987)Mol.Cell.Biol.:1436−44)、精巣細胞、乳腺細胞、リンパ系細胞、および肥満細胞において活性なマウス乳癌ウイルス制御領域(Leder et al.,(1986)Cell45:485−95)、肝臓において活性なアルブミン遺伝子制御領域(Pinkert et al.,(1987)Genes and Devel.:268−76)、肝臓において活性なα−フェトプロテイン遺伝子制御領域(Krumlauf et al.,(1985)Mol.Cell.Biol.:1639−48、Hammer et al.,(1987)Science253:53−58)、肝臓において活性なα1−抗トリプシン遺伝子制御領域(Kelsey et al.,(1987)Genes and Devel.:161−71)、骨髄性細胞において活性なβ−グロビン遺伝子制御領域(Mogram et al.,(1985)Nature315:338−40、Kollias et al.,(1986)Cell46:89−94)、脳内の乏突起膠細胞において活性なミエリン塩基性タンパク質遺伝子制御領域(Readhead et al.,(1987)Cell48:703−12)、骨格筋において活性なミオシン軽鎖−2遺伝子制御領域(Sani,(1985)Nature314:283−86)、ならびに視床下部において活性な性腺刺激性放出ホルモン遺伝子制御領域(Mason et al.,(1986)Science234:1372−78)。
エンハンサー配列をベクターに挿入して、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質を含む、軽鎖または重鎖をコードするDNAの転写を、より高度な真核生物、例えば、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合するヒト抗原結合タンパク質によって、増加させることができる。エンハンサーは、プロモーター上で転写を増加させるように機能する、通常は長さが約10〜300bpの、DNAのシス作用エレメントである。エンハンサーは、配向および位置が比較的独立しており、転写単位に対して5’および3’の両方の位置に見出されている。哺乳動物遺伝子から利用可能ないくつかのエンハンサー配列が、既知である(例えば、グロビン、エラスターゼ、アルブミン、α−フェトプロテイン、およびインスリン)。しかしながら、典型的には、ウイルス由来のエンハンサーを使用する。当該技術分野で既知のSV40エンハンサー、サイトメガロウイルス初期プロモーターエンハンサー、ポリオーマエンハンサー、およびアデノウイルスエンハンサーが、真核生物プロモーター活性化のための例となるエンハンサー要素である。エンハンサーは、ベクター内で、コード配列に対して5’または3’のいずれかに位置し得るが、それは、典型的に、プロモーターの5’に位置付けられる。適切な天然または非相同シグナル配列(リーダー配列またはシグナルペプチド)をコードする配列を、発現ベクターに組み込んで、抗体の細胞外分泌を促進することができる。シグナルペプチドまたはリーダーの選択は、抗体が生成される宿主細胞の種類に依存し、非相同シグナル配列は、天然のシグナル配列を置き換えることができる。哺乳動物の宿主細胞において機能性であるシグナルペプチドの例には、以下のものが含まれる:米国特許第4,965,195号に記載されるインターロイキン−7(IL−7)のシグナル配列、Cosman et al.,(1984)Nature312:768−71に記載されるインターロイキン−2受容体のシグナル配列、欧州特許第0367 566号に記載されるインターロイキン−4受容体シグナルペプチド、米国特許第4,968,607号に記載されるI型インターロイキン−1受容体シグナルペプチド、欧州特許第0 460 846号に記載されるII型インターロイキン−1受容体シグナルペプチド。
発現ベクターは、市販入手可能なベクター等、開始ベクターから構築することができる。このようなベクターは、所望のフランキング配列の全てを含有し得るが、必ずしもそうとは限らない。フランキング配列のうちの1つ以上がベクターに未だ存在していない場合、それらを個々に得て、ベクターに結合させることができる。フランキング配列のそれぞれを得るために使用される方法は、当業者に周知である。
ベクターを構築し、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質を含む、軽鎖、重鎖、または軽鎖および重鎖をコードする核酸分子が、ベクターの適正な部位に挿入された後に、完成したベクターを、増幅および/ポリペプチド発現のために、好適な宿主細胞に挿入することができる。抗原結合タンパク質の発現ベクターの、選択された宿主細胞への形質転換は、トランスフェクション、感染、リン酸カルシウム共沈殿、電気穿孔法、微量注入、リポフェクション、DEAE−デキストラン媒介性トランスフェクション、または他の既知の技術を含む、周知の方法によって、達成することができる。選択される方法は、部分的に、使用される宿主細胞の種類に応じることになる。これらの方法および他の好適な方法は、当業者に周知であり、例えば、Sambrook et al.,(2001)(上記)に記載されている。
宿主細胞は、適切な条件下で培養された場合、抗原結合タンパク質を合成し、それを、続いて、培養培地(宿主細胞が培地にそれを分泌する場合)から、または直接それを生成する宿主細胞(分泌されない場合)から、採取することができる。適切な宿主細胞の選択は、所望の発現レベル、活性に望ましいかまたは必要であるポリペプチド修飾(グリコシル化もしくははリン酸化等)、および生物学的に活性な分子への折り畳みの容易さ等、種々の因子に依存することになる。
発現のための宿主として利用可能な哺乳動物細胞系は、当該技術分野で周知であり、限定されないが、American Type Culture Collection(ATCC)から入手可能な不死化細胞系が含まれ、HeLa細胞、ヒト胎児腎臓293細胞(HEK293細胞)、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、HeLa細胞、ベビーハムスター腎臓(BHK)細胞、サル腎臓細胞(COS)、ヒト肝細胞癌細胞(例えば、Hep G2)、および多数の他の細胞系が挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態において、細胞系は、どの細胞系が、高い発現レベルを有し、望ましい結合特性(例えば、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つと)とを含む複合体に結合する能力)を有する抗原結合タンパク質を構造的に生成するかを判定することを通じて、選択することができる。別の実施形態において、それ自体の抗体を作製することはないが、非相同抗体を作製および分泌する能力を有する、B細胞系統に由来する細胞系を、選択することができる。FGF21様シグナル伝達を誘発する能力もまた、選択基準を形成し得る。
診断および治療目的での抗原結合タンパク質の使用
本明細書に開示される抗原結合タンパク質は、生物学的試料における、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体の検出、ならびに、β−クロトならびに(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つのうちの1つ以上を生成する細胞または組織の特定に有用である。例えば、本明細書に開示される抗原結合タンパク質を、診断アッセイ、例えば、結合アッセイで使用して、組織または細胞に発現される、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体の検出および/または定量化を行うことができる。
β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質はまた、2型糖尿病、肥満、脂質異常症、NASH、心血管疾患、および代謝症候群等、FGF21様シグナル伝達に関連する疾患の治療を、それを必要とする患者において行うことに使用することができる。抗原結合タンパク質と、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体と、を含むシグナル伝達複合体を形成することによって、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体と結合して、インビボでシグナル伝達を開始する、FGF21の天然のインビボ活性が、模倣および/または強化され、治療効果へとつながる。
適応症
ヒトFGF21と関連する疾患または状態には、患者におけるその発症が、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体の形成によってインビボで開始される、FGF21様シグナル伝達の欠如またはその誘発の治療的不足に少なくとも部分的に影響を受ける、いずれの疾患または状態も含まれる。疾患または状態の重症度はまた、FGF21様シグナル伝達の誘発によって、減少させることができる。本明細書に提供される抗原結合タンパク質で治療可能な疾患および状態の例には、2型糖尿病、肥満、脂質異常症、NASH、心血管疾患、および代謝症候群が挙げられる。
本明細書に記載の抗原結合タンパク質を使用して、2型糖尿病、肥満、脂質異常症、NASH、心血管疾患、および代謝症候群を治療することができるか、あるいは、これらを、例えば、毎日、毎週、隔週、毎月、隔月、半年に1回等で施される予防的治療として採用し、症状の頻度および/または重症度、例えば、血漿グルコースレベルの上昇、トリグリセリドレベルの上昇、および/またはコレステロールレベルの上昇を、予防または低減し、それによって、改善された血糖および心血管の危険因子プロファイルを提供することができる。
診断方法
本明細書に記載の抗原結合タンパク質は、FGFR1c、FGFR2c、FGFR3c、β−クロト、FGF21、および/またはそれらの組み合わせを含む複合体と関連する疾患および/または状態を、検出、診断、または監視する、診断目的で使用することができる。当業者に既知の古典的免疫組織学的方法を使用して、試料中のβ−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体の存在を検出するための方法もまた、提供される(例えば、Tijssen,(1985)“Practice and Theory of Enzyme Immunoassays” in Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology15(Burdon&van Knippenberg,eds.),Elsevier Biomedical)、Zola,(1987)Monoclonal Antibodies:A Manual of Techniques,pp.147−58(CRC Press,Inc.)、Jalkanen et al.,(1985)J.Cell.Biol.101:976−85、Jalkanen et al.,(1987)J.Cell Biol.105:3087−96)。β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体の検出は、インビボまたはインビトロで行うことができる。
本明細書に提供される診断用途には、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体の発現/形成、ならびに/またはβ−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体への結合を検出するために、抗原結合タンパク質を使用することが含まれる。β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体の存在の検出に有用な方法の例には、酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)および放射免疫測定法(RIA)等の免疫測定法が含まれる。
診断用途については、抗原結合タンパク質を、典型的に、検出可能な標識基で標識化する。好適な標識基には、以下のものが含まれるが、これらに限定されない:放射性同位体または放射性核種(例えば、H、14C、15N、35S、90Y、99Tc、111In、125I、131I)、蛍光基(例えば、FITC、ローダミン、ランタニド蛍光体)、酵素基(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ)、化学発光基、ビオチニル基、二次レポーターによって認識される所定のポリペプチドエピトープ(例えば、ロイシンジッパー対配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ)。いくつかの実施形態において、標識基は、種々の長さのスペーサーアームを介して抗原結合タンパク質に結合して、可能性のある立体障害を低減させる。タンパク質を標識化するための種々の方法が、当該技術分野で既知であり、使用することができる。
別の態様において、抗原結合タンパク質を使用して、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体を発現する細胞(1つまたは複数)を特定することができる。特定の実施形態において、抗原結合タンパク質を、標識基で標識化し、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体への標識化した抗原結合タンパク質の結合が、検出される。さらなる特定の実施形態において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体への抗原結合タンパク質の結合は、インビボで検出される。さらなる特定の実施形態において、抗原結合タンパク質は、当該技術分野で既知の技術を使用して、単離および測定される。例えば、Harlow&Lane,(1988)(上記)、Current Protocols In Immunology(John E.Coligan,ed),John Wiley&Sons(1993 ed.ならびに付録および/または改訂版)を参照されたい。
別の態様は、本明細書に記載のように、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体への結合について、提供される抗原結合タンパク質と競合する、試験分子の存在を検出することを提供する。このようなアッセイの例は、試験分子の存在下または不在下で、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含むある量の複合体を含有する溶液中における、遊離抗原結合タンパク質の量を検出することを伴い得る。遊離抗原結合タンパク質(すなわち、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合していない抗原結合タンパク質)の増加は、試験分子が、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体への結合について、抗原結合タンパク質と競合することができることを示す。一実施形態において、抗原結合タンパク質を、標識基で標識化する。あるいは、試験分子を標識化し、遊離している試験分子の量を、抗原結合タンパク質の存在下および不在下で監視する。
治療の方法:製剤および投与経路
本開示の抗原結合タンパク質を使用する方法もまた提供される。いくつかの方法において、抗原結合タンパク質を、患者に提供し、それが、FGF21様シグナル伝達を誘発する。
1つまたは複数の抗原結合タンパク質の治療有効量、ならびに薬学的に許容される希釈剤、担体、可溶化剤、乳化剤、保存剤、および/またはアジュバントを含む、薬学的組成物もまた提供される。さらに、このような薬学的組成物を投与することによって、患者を治療する方法が含まれる。「患者」という用語は、ヒト患者を含む。
許容される製剤材料は、採用される投与量および濃度で、レシピエントに対して非毒性である。特定の実施形態において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合するヒト抗原結合タンパク質の治療有効量を含む、薬学的組成物を提供する。
ある特定の実施形態において、許容される製剤材料は、好ましくは、採用される投与量および濃度で、レシピエントに対して非毒性である。ある特定の実施形態において、薬学的組成物は、例えば、組成物のpH、モル浸透圧濃度、粘度、透明度、色、等張性、臭気、無菌性、安定性、溶解もしくは放出の速度、吸収、または浸透を、修正、維持、または保持するためのある特定の製剤材料を含有し得る。このような実施形態において、好適な製剤材料には、アミノ酸(グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン、リジン等);抗菌剤;酸化防止剤(アスコルビン酸、亜硫酸ナトリウム、もしくは亜硫酸水素ナトリウム等);緩衝剤(ホウ酸塩、重炭酸塩、トリス−HCl、クエン酸塩、リン酸塩、もしくは他の有機酸等);増量剤(マンニトールもしくはグリシン);キレート剤(エチレンジアミン四酢酸(EDTA)等);錯化剤(カフェイン、ポリビニルピロリドン、β−シクロデキストリン、もしくヒドロキシプロピル−β−シクロデキストリン等);充填剤;単糖類;二糖類;および他の炭水化物(グルコース、マンノース、もしくはデキストリン等);タンパク質(血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン等);着色、香味、および希釈剤;乳化剤;親水性ポリマー(ポリビニルピロリドン等);低分子量ポリペプチド;塩形成対イオン(ナトリウム等);保存剤(塩化ベンザルコニウム、安息香酸、サリチル酸、チメロサール、フェネチルアルコール、メチルパラベン、プロピルパラベン、クロルヘキシジン、ソルビン酸、もしくは過酸化水素等);溶媒(グリセリン、プロピレングリコール、もしくはポリエチレングリコール等);糖アルコール(マンニトールもしくはソルビトール等);懸濁化剤;界面活性剤または湿潤剤(プルロニック、PEG、ソルビタンエステル、ポリソルベート、例えばポリソルベート20、ポリソルベート、トリトン、トロメタミン、レシチン、コレステロール、チロキサパル(tyloxapal)等);安定性強化剤(スクロースもしくはソルビトール等);等張性強化剤(アルカリ金属ハロゲン化物、好ましくは塩化ナトリウムもしくは塩化カリウム等、マンニトール、ソルビトール等);送達ビヒクル;希釈剤;賦形剤、ならびに/または薬学的アジュバントが含まれるが、これらに限定されない。例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences,18th Edition,(A.R.Gennaro,ed.),1990,Mack Publishing Company、および後続版を参照されたい。
ある特定の実施形態において、最適な薬学的組成物は、例えば、意図される投与の経路、送達の形式、および所望される投与量に応じて、当業者によって決定されることになる。例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences(上記)を参照されたい。ある特定の実施形態において、このような組成物は、開示される抗原結合タンパク質の物理的状態、安定性、インビボでの放出速度、およびインビボでのクリアランス速度に影響を及ぼし得る。ある特定の実施形態において、薬学的組成物中の主要なビヒクルまたは担体は、性質が水溶性または非水溶性のいずれかであり得る。例えば、好適なビヒクルまたは担体は、注射用水、生理食塩水、または人工脳骨髄液であり得、非経口投与用の組成物に一般的な他の材料が補充される場合もある。中性緩衝生理食塩水、または血清アルブミンと混合した生理食塩水は、さらなる例示的ビヒクルである。特定の実施形態において、薬学的組成物は、約pH7.0〜8.5のトリス緩衝液、または約pH4.0〜5.5の酢酸緩衝液を含み、これは、さらに、ソルビトールまたはその好適な代替物を含み得る。ある特定の実施形態において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質を含む組成物は、所望される程度の純度を有する選択された組成物を、任意の製剤化剤(好適な製剤化剤の例については、Remington’s Pharmaceutical Sciences(上記)を参照されたい)と混合することによって、凍結乾燥した固形物または水溶液の形態で、保存用に調製することができる。さらに、ある特定の実施形態において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する抗原結合タンパク質は、スクロース等の適切な賦形剤を使用して、凍結乾燥剤として製剤化してもよい。
薬学的組成物は、非経口送達のために選択することができる。あるいは、本組成物は、吸入、または経口等の消化管を通じた送達のために、選択することができる。このような薬学的に許容される組成物の調製は、当業者の技術の範囲内である。
製剤の構成成分は、好ましくは、投与部位に許容される濃度で存在する。ある特定の実施形態において、緩衝剤を使用して、生理的pHまたはわずかに低いpH、典型的には約5〜8のpH範囲内に、組成物を維持する。
非経口投与が企図される場合、治療的組成物は、所望される抗原結合タンパク質を薬学的に許容されるビヒクル中に含む、発熱物質不含の非経口で許容される水溶液の形態で提供することができる。非経口注射に特に好適なビヒクルは、抗原結合タンパク質が、滅菌の等張溶液として製剤化されて適正に保存された、滅菌蒸留水である。ある特定の実施形態において、調製は、所望される分子を、生成物の制御放出または持続放出を提供することができ、蓄積注射を介して送達することができる、注射可能なマイクロスフェア、生体浸食性粒子、ポリマー化合物(ポリ乳酸もしくはポリグリコール酸等)、ビーズ、またはリポソーム等の薬剤と製剤化することを伴い得る。ある特定の実施形態において、ヒアルロン酸もまた使用可能であり、これは、循環血液中での持続期間を促進する効果を有し得る。ある特定の実施形態において、埋め込み可能な送達装置を使用して、所望される抗原結合タンパク質を導入することができる。
ある特定の薬学的組成物は、吸入用に製剤化される。いくつかの実施形態において、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に結合する抗原結合タンパク質は、乾燥した吸入可能粉末として製剤化される。特定の実施形態において、抗原結合タンパク質の吸入溶液はまた、エアロゾル送達のために、噴射剤とともに製剤化されてもよい。ある特定の実施形態において、溶液は、噴霧することができる。肺内の投与および製剤方法は、したがって、国際特許出願第PCT/US94/001875号にさらに記載され、これは、参照により組み込まれ、化学修飾されたタンパク質の肺内送達について記載している。いくつかの剤形は、経口投与可能である。この形式で投与される、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、錠剤およびカプセル等の固形投薬形態の構成に習慣的に使用されている担体ありまたはなしで、製剤化することができる。ある特定の実施形態において、カプセルを、バイオアベイラビリティが最大化され、全身循環前の分解が最小化される、胃腸管内の時点で製剤の活性部分を放出するように設計することができる。追加の薬剤を、抗原結合タンパク質の吸収を促進するために含んでもよい。希釈剤、香味剤、低融点ワックス、植物油、滑沢剤、懸濁化剤、懸濁化剤、錠剤崩壊剤、および結合剤もまた、採用可能である。
いくつかの薬学的組成物は、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する1つまたは複数のヒト抗原結合タンパク質の有効量を、錠剤の製造に好適な非毒性賦形剤との混合物中に含む。滅菌水または別の適切なビヒクル中に錠剤を溶解することによって、溶液を、単位用量形態に調製することができる。好適な賦形剤には、炭酸カルシウム、炭酸ナトリウムもしくは重炭酸ナトリウム、ラクトース、またはリン酸カルシウム等の不活性希釈剤、あるいは、デンプンン、ゼラチン、またはアカシア等の結合剤、あるいは、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸、または滑石等の滑沢剤が含まれるが、これらに限定されない。
β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質を持続または制御送達剤形に含んだ製剤が含まれる、さらなる薬学的組成物は、当業者には明白であろう。リポソーム担体、生体浸食性微粒子もしくは多孔質ビーズ、および蓄積注射等、種々の他の持続または制御放出送達手段を配合するための技術もまた、当業者に既知である。例えば、国際特許出願第PCT/US93/00829号を参照されたく、これは、参照により組み込まれ、薬学的組成物の送達のための多孔質ポリマー微粒子の制御放出について記載している。持続放出性調製物は、フィルムを例とする成形物品、またはマイクロカプセルの形態である半透過性ポリマーマトリックスを含み得る。持続放出マトリックスには、ポリエステル、ヒドロゲル、ポリラクチド(米国特許第3,773,919号および欧州特許出願公開第058481号に記載され、これらのそれぞれは、参照により組み込まれる)、L−グルタミン酸およびγエチル−L−グルタミン酸塩のコポリマー(Sidman et al.,(1983)Biopolymers :547−556)、ポリ(2−ヒドロキシエチル−インエタクリレート)(poly (2−hydroxyethyl−inethacrylate))(Langer et al.,(1981)J.Biomed. Mater.Res.15:167−277、およびLanger,(1982)Chem.Tech.12:98−105)、エチレン酢酸ビニル(Langer et al.,(1981)(上記))、またはD(−)−3−ヒドロキシ酪酸(欧州特許出願公開第EP133988号)が含まれ得る。持続放出性組成物にはまた、当該技術分野で既知の複数の方法のいずれかによって調製することができる、リポソームが含まれ得る。例えば、参照により組み込まれる、Eppstein et al.,(1985)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.82:3688−3692、欧州特許出願公開第EP036676号、同第EP088046号、および同第EP143949号を参照されたい。
インビボ投与に使用される薬学的組成物は、典型的に、滅菌調製物として提供される。滅菌は、滅菌濾過膜を通じた濾過によって達成することができる。組成物が凍結乾燥される場合、この方法を使用した滅菌は、凍結乾燥および再構成の前または後のいずれかに行うことができる。非経口投与のための組成物は、凍結乾燥形態または溶液中に保管することができる。非経口組成物は、一般的に、滅菌のアクセスポートを有する容器、例えば、皮下注射用針で刺し通すことが可能な栓を有する静脈注射溶液バッグまたはバイアルに入れられる。
ある特定の実施形態において、本明細書に開示される組み換え抗原結合タンパク質を発現する細胞は、送達のために封入される(Tao et al.,Invest.Ophthalmol Vis Sci(2002)43:3292−3298およびSieving et al.,Proc.Natl.Acad. Sciences USA(2006)103:3896−3901を参照されたい)。
ある特定の製剤において、抗原結合タンパク質は、10mg/ml〜150mg/mlの濃度を有する。いくつかの製剤は、緩衝剤、スクロース、およびポリソルベートを含有する。製剤の一例は、50〜100mg/mlの抗原結合タンパク質、5〜20mMの酢酸ナトリウム、5〜10%w/vのスクロース、および0.002〜0.008%w/vのポリソルベートを含有するものである。ある特定の製剤は、例えば、1〜100mg/mlの抗原結合タンパク質、9〜11mMの酢酸ナトリウム、8〜10%w/vのスクロース、および0.005〜0.006%w/vのポリソルベートを含有する。ある特定のこのような製剤のpHは、4.5〜6の範囲内である。他の製剤は、5.0〜5.5のpHを有し得る。
薬学的組成物が製剤化されると、それを、溶液、懸濁液、ゲル、エマルジョン、固体、結晶として、または乾燥もしくは凍結乾燥させた粉末として、滅菌バイアル中で保管することができる。このような製剤は、すぐに使用可能な形態、または投与前に再構成される形態(例えば、凍結乾燥)のいずれかで保管することができる。単回用量の投与単位を生成するためのキットもまた、提供される。ある特定のキットは、乾燥したタンパク質を有する第1の容器と、水性製剤を有する第2の容器とを含む。ある特定の実施形態において、単一および複数のチャンバを有する事前充填したシリンジ(例えば、液体シリンジおよび分散シリンジ(lyosyringe))を含むキットを、提供する。採用される抗原結合タンパク質を含有する薬学的組成物の治療有効量は、例えば、治療内容及び目的に依存することになる。当業者であれば、治療に適切な投与量レベルが、部分的に、送達される分子、抗原結合タンパク質が使用される適応症、投与の経路、ならびに患者の寸法(体重、体表もしくは器官の寸法)および/または状態(年齢および一般健康状態)に応じて、多様であることを理解するであろう。ある特定の実施形態において、臨床医は、最適な治療効果を得るように、投与量の滴定および投与経路の変更を行うことができる。
典型的な投与量は、上述の因子に応じて、約1μg/kg〜最大約30mg/kgまたはそれ以上の範囲に及び得る。特定の実施形態において、投与量は、10μg/kg〜最大約35mg/kg、任意で0.1mg/kg〜最大約35mg/kg、あるいは0.3mg/kg〜約20mg/kgの範囲に及び得る。いくつかの適用において、投与量は、0.5mg/kg〜20mg/kgであり、別の適用では、投与量は、21〜100mg/kgである。いくつかの事例において、抗原結合タンパク質は、0.3〜20mg/kgで投与される。いくつかの治療レジメンにおける投与スケジュールは、0.3mg/kg週1回〜20mg/kg週1回である。
投与頻度は、使用される製剤における特定の抗原結合タンパク質の薬物動態パラメーターに依存することになる。典型的に、臨床医は、所望の効果を達成する投与量に達するまで、組成物を投与する。組成物は、したがって、単回用量として、または継時的に2回以上の用量(同量の所望の分子を含有し得るが、必ずしもそうでない場合もある)として、または埋め込み装置もしくはカテーテルを介した連続的注入として、投与することができる。適切な投与量は、適切な用量応答データの使用を通じて確認することができる。ある特定の実施形態において、抗原結合タンパク質は、長期間にわたって患者に投与してもよい。抗原結合タンパク質の慢性的な投与は、非完全ヒト抗体または非ヒト種において生成された非ヒト抗体、例えば、非ヒト動物においてヒト抗原に対して産生された抗体を例とする完全にヒトのものではない抗原結合タンパク質と、広く関連性のある有害な免疫またはアレルギー応答を最小化させる。
薬学的組成物の投与経路は、既知の方法に従い、例えば、経口、静脈内、腹腔内、脳内(実質内)、脳室内、筋肉内、眼内、動脈内、門脈内、または病巣内経路による注射を通じてのもの、持続放出システムまたは埋め込み装置によるものである。ある特定の実施形態において、本組成物は、ボーラス注入によって、連続的注入によって、または埋め込み装置によって、投与することができる。
本組成物はまた、所望の分子が吸収または封入されている膜、スポンジ、または別の適切な物質の埋め込みを介して、局所的に投与することができる。ある特定の実施形態において、埋め込み装置を使用する場合、その装置は、任意の好適な組織または器官に埋め込むことができ、所望の分子の送達は、拡散、徐放性ボーラス、または連続的投与を介して行うことができる。
抗原結合タンパク質の薬学的組成物を、エキソビボで使用することが望ましい場合もある。このような事例において、患者から摘出された細胞、組織、または器官を、抗原結合タンパク質の薬学的組成物に暴露し、その後で、細胞、組織、および/または器官を、患者に移植して戻す。
具体的には、β−クロトと(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、本明細書に記載のものおよび当該技術分野で既知のもの等の方法を使用して、ポリペプチドを発現および分泌するように遺伝子操作が行われたある特定の細胞を移植することによって、送達することができる。ある特定の実施形態において、このような細胞は、動物またはヒトの細胞であってもよく、自己、非相同、または異種であり得る。ある特定の実施形態において、細胞を不死化することができる。他の実施形態において、免疫学的応答の可能性を減少させるために、細胞をカプセル封入して、周辺組織の浸潤を回避することができる。さらなる実施形態において、カプセル封入の材料は、典型的に、タンパク質生成物(複数可)の放出を可能にするが、患者の免疫系または周辺組織からの他の有害因子による細胞の破壊を阻止する、生体適合性の半透過性のポリマー封入物または膜である。
併用療法
別の態様において、本開示は、本明細書に記載の完全ヒト治療抗体等、本開示の治療的抗原結合タンパク質を、1つ以上の他の治療とともに用いて、対象の糖尿病を治療する方法を提供する。一実施形態において、そのような併用療法は、相加または相乗効果を達成する。抗原結合タンパク質は、現在利用可能な2型糖尿病または肥満の治療薬のうちの1つ以上と組み合わせて、投与することができる。これらの糖尿病治療薬には、ビグアニド(メタホルミン(metaformin))、およびスルホニル尿素(グリブリド、グリピジド等)が含まれる。グルコース恒常性を維持することを目的としたさらなる治療薬には、PPARγアゴニスト(ピオグリタゾン、ロシグリタゾン)、グリニド(メグリチニド、レパグリニド、ナテグリニド)、DPP−4阻害剤(Januvia(登録商標)およびOnglyza(登録商標))、ならびにαグルコシダーゼ阻害剤(アカルボース、ボグリボース)が挙げられる。
糖尿病のためのさらなる併用治療薬には、インスリンおよびインクレチン模倣体(Byetta(登録商標)、Exenatide(登録商標))等の注射可能治療薬、Victoza(登録商標)(リラグルチド)等の他のGLP−1(グルカゴン様ペプチド)類似体、他のGLP−1Rアゴニスト、およびSymlin(登録商標)(プラムリンチド)が含まれる。
体重の減少を目的とした、さらなる併用治療薬には、Meridia(登録商標)およびXenical(登録商標)が含まれる。
以下の実施例は、行われた実験および得られた結果を含み、単に例示の目的で提供されるものであり、制限するものとして解釈されるものではない。
実施例1
抗原として使用するためのFGFR1cおよびβ−クロトを過剰発現する細胞の調製
全長ヒトFGFR1cポリペプチド(配列番号4、図1A〜1B)をコードする核酸配列と、全長ヒトβ−クロトポリペプチド(配列番号7、図2A〜2C)をコードする別の核酸配列を、好適な哺乳動物細胞発現ベクターにサブクローニングした(例えば、pcDNA3.1 Zeo、pcDNA3.1 Hyg(Invitrogen,Carlsbad,CA)、またはpDSRα24。pDSRα24ベクターは、目的の遺伝子を発現するためのSV40初期プロモーター/エンハンサー、およびAM1/D CHO(DG44の誘導体、CHO DHFR(−))等のCHO DHFR(−)宿主細胞における選択のためのマウスDHFR発現カセットを含有する。
AM−1/D CHO細胞に、標準的な哺乳動物細胞発現ベクター、例えば、pcDNA3.1 puroおよびpcDNA3.1 Hygにおいて、huFGFR1cおよびhuβ−クロトの線状化DNAを、Lipofectamine 2000(Invitrogen,Carlsbad CA)を用いてトランスフェクトした。トランスフェクトした細胞を、トランスフェクションの2日後にトリプシン処理し、対応する選択薬物、すなわち、ピューロマイシンおよびハイグロマイシンを含有する培地に播種した。2週間後、結果として得られたトランスフェクトしたコロニーを、トリプシン処理し、プールした。プールからの単細胞コロニーを単離し、FACSにおいてhuFGFR1cおよびhuβクロトに対する抗体でスクリーニングし、2つの受容体成分が高レベルで均衡して発現したため、クローン16を選択した。
クローン16に由来する2×10e9個の新しい細胞を、ローラーボトルから、より少量でPBS中に採取し、10μg/mlの組み換えFGF21(Amgen,Thousand Oaks CA)とともに、4Cで1時間インキュベートして、細胞表面受容体を有する複合体を形成した。細胞を、低温PBSで2回洗浄し、遠心分離によってペレット状にし、免疫付与のために個別のバイアル中に2×10e8個の細胞で凍結させた。
HEK293T細胞に、huFGFR1cの切断型を発現するDNA(シグナルペプチドVH21は、欠失によりD1ドメインおよび酸性ボックス(acidic box)(AB)の両方が除去された、残りのFGFR1cのアミノ酸残基#141〜#822(配列番号4中)に結合させた)、およびpcDNA3.1シリーズまたはpTT5(CMVプロモーターおよびEBV oriを有する、Durocher,NRCCよって開発された発現ベクター)に基づく一過性発現のためのベクターにおいて全長huβ−クロトを発現するDNAを、トランスフェクトした。FGFR1cにおけるD1−ABの除去は、この自己阻害性ドメインによって隠れている可能性のある、FGFR1c(例えば、D2およびD3ドメイン内)上のエピトープを暴露するように設計した(Mohammadi et al.,(2005)Cytokine Growth Factor Reviews,16,107−137、Gupte et al.,(2011)J.Mol.Biol.408:491−502を参照されたい)。
トランスフェクトした293T細胞における、β‐クロトおよび切断型FGFR1cの発現を、FACSにおいて、それぞれの特異的抗体によって検証し、細胞を、トランスフェクションの3日後に採取し、免疫付与のために細胞ペレットとしてアリコートに凍結させた。
FGFR1cおよびβ‐クロトを個々にかまたは一緒に発現する安定なCHOまたは一過性トランスフェクトしたHEK293T細胞もまた生成し、免疫付与後にFACSによってマウス血清を滴定するため、およびFMATによってハイブリドーマ上清を結合スクリーニングするために使用した(実施例3を参照されたい)。
実施例2
モノクローナル抗体の調製
免疫付与を、以下のものを含む、FGF21受容体抗原の1つ以上の好適な形態を使用して、実行した:(1)配列番号4(図1a〜bもまた参照されたい)のヒト全長FGFR1cポリペプチドをコードするcDNA、および配列番号7(図2a〜cもまた参照されたい)のヒトβ−クロトポリペプチドをコードするcDNAを、細胞間で均衡ののとれた比率で、CHO細胞にトランスフェクトし、凍結させる前のFGF21とともにインキュベートすることによって得られた、細胞表面で全長ヒトFGFR1cおよびβ−クロトを発現する、CHOトランスフェクタントの細胞結合受容体、(2)全長ヒトβ−クロト、および配列番号4のアミノ酸残基141〜822ポリペプチドを包含するヒトFGFR1cのN末端切断形態(FGFR1cのD1ドメインが欠失している)を発現する、293Tトランスフェクタントの細胞結合受容体。
好適な量の免疫原(すなわち、3〜4×10細胞/マウスの上記の安定にトランスフェクトしたCHO細胞または一過性トランスフェクトした293T細胞を、参照によってそれらの開示が本明細書に組み込まれる、1996年12月3日に出願された米国特許出願第08/759,620号、ならびに国際特許出願第WO98/24893号および同第WO00/76310号に開示される方法による、XENOMOUSE(登録商標)での初期免疫付与に使用した。初期免疫付与の後、続いて、追加免疫の免疫原(1.7×10のFGF21Rトランスフェクト細胞/マウス)を、スケジュールに従って、マウスにおいて好適な抗FGF21R力価を誘発するのに必要な期間、投与した。力価を、好適な方法、例えば、酵素免疫測定法、蛍光活性化細胞分類(FACS)、または他の方法(酵素免疫測定法とFACSの組み合わせを含む)によって、判定した。
好適な力価を示す動物を特定し、リンパ球を、流入領域リンパ節から採取し、必要であれば、コホートごとにプールした。リンパ球を、好適な培地(例えば、Invitrogen,Carlsbad,CAから入手したダルベッコ変法イーグル培地、DMEM)中で粉砕することによってリンパ組織から解離させ、組織から細胞を放出させて、DMEM中に懸濁させた。B細胞を、標準的な方法を使用して選択および/または増殖し、当該技術分野で既知の技術を使用して、好適な融合パートナー、例えば、非分泌性骨髄腫P3X63Ag8.653細胞(American Type Culture Collection CRL 1580、Kearney et al,(1979)J.Immunol.123:1548−1550)と、融合させた。
1つの好適な融合方法においては、リンパ球を、融合パートナー細胞と、1:4の比率で混合した。細胞混合物を、400×gで4分間の遠心分離によって、緩やかにペレット状にし、上清を傾瀉し、細胞混合物を、(例えば、1mlのピペットを使用することによって)穏やかに混合した。融合を、PEG/DMSO(ポリエチレングリコール/ジメチルスルホキシド、Sigma−Aldrich,St.Louis MOから入手、リンパ球100万個につき1ml)で誘発した。PEG/DMSOを、穏やかに撹拌しながら1分間にわたりゆっくりと添加し、続いて1分間混合した。IDMEM(グルタミンなしのDMEM、B細胞100万個につき2ml)を、次いで、穏やかに撹拌しながら2分間にわたって添加し、続いて、3分間にわたって追加のIDMEM(B細胞100万個につき8ml)を添加した。
融合細胞を、ペレット状にし(400×gで6分間)、B細胞100万個につき20mlの選択培地(例えば、アザセリンおよびヒポキサンチン[HA]、ならびに必要に応じて他の追加物質を含有するDMEM)中に、再懸濁した。細胞を、37℃で20〜30分間インキュベートし、次いで、200mlの選択培地中に再懸濁し、96ウェルプレートに播種する前にT175フラスコ中で3〜4日間培養した。
細胞を、結果として得られたコロニーのクローン性を最大化させるように、標準的な技術を使用して、96ウェルプレートに分配した。代替的な方法もまた採用し、融合細胞を、出発物質からの単一クローン性を確保するために384ウェルプレートに直接クローン的に播種した。数日間の培養後、上清を回収し、以下の実施例で詳述される、ヒトFGF21受容体への結合、特異性、および/または種間反応性の確認を含む、スクリーニングアッセイに供した。陽性細胞を、さらに選択し、標準的なクローニングおよびサブクローニング技術を施した。クローン系をインビトロで増殖させ、分泌されたヒト抗体を、分析用に得た。
この方法で、マウスを、FGF21と混合した全長FGF21R細胞を発現する細胞、または切断型FGFR1cおよび全長β−クロトを発現する細胞で、おおよそ1〜3か月半の期間にわたって、11〜17回の範囲の免疫付与によって、免疫付与した。FGF21R特異的抗体を分泌するいくつかの細胞系が得られ、これらの抗体に、さらに特徴付けを行った。それらの配列を、本明細書および配列表に提示し、これらの抗体を使用した種々の試験の結果を提供する。
実施例3
FMATによる結合抗体の選択
14日間の培養後、ハイブリドーマの上清を、Fluorometric Microvolume Assay Technology(FMAT)により、ヒトFGF21RをトランスフェクトしたCHO AM1/D/huFGF21R細胞系または組み換えHEK293細胞のいずれかに対してスクリーニングし、CHOまたはHEK293の親細胞に対して対抗スクリーニングすることによって、FGFR21R特異的モノクローナル抗体について、スクリーニングした。簡単に言うと、Freestyle培地(Invitrogen)中の細胞を、50μL/ウェルの体積で、安定トランスフェクタントについては4,000細胞/ウェルの密度で、親細胞については16,000細胞/ウェルの密度で、384ウェルFMATプレートに播種し、細胞を、37℃で一晩インキュベートした。次いで、10μL/ウェルの上清を添加し、プレートを、おおよそ1時間、4℃でインキュベートし、その後、10μL/ウェルの抗ヒトIgG−Cy5二次抗体を、2.8μg/mlの濃度で添加した(最終濃度400ng/ml)。次いで、プレートを、4℃で1時間インキュベートし、FMAT Cellular Detection System(Applied Biosystems)を使用して、蛍光を読み取った。
FMAT法により、合計で1,500を上回るハイブリドーマ上清が、FGF21受容体発現細胞に結合するが、親細胞には結合しないと特定された。これらの上清を、次いで、以下に記載のFGF21機能性アッセイにおいて試験した。
実施例4
FGF21様シグナル伝達を誘発する抗体の選択
好適なFGF21レポーターアッセイを使用して、野生型FGF21活性(例えば、FGF21様シグナル伝達を誘発する能力)を模倣する機能性抗体を特定するための実験を行った。本開示のFGF21レポーターアッセイは、MAPK経路の読み出しを介してFGFRシグナル伝達の活性化を測定する。β‐クロトは、FGF21シグナル伝達の共受容体であり、その細胞質ドメインが非常に短いため、固有のシグナル伝達能力を有さないと考えられているが、これは、FGF21がFGFRを通じてシグナル伝達を誘発するために必要とされる。
実施例4.1
ELK−ルシフェラーゼレポーターアッセイ
ELK−ルシフェラーゼアッセイを、組み換えヒト293T腎臓細胞またはCHO細胞系を使用して行った。具体的には、宿主細胞を、β−クロトおよびルシフェラーゼレポーター構築物を過剰発現するように遺伝子操作した。レポーター構築物は、Gal4結合部位の5つの連続するコピーを含むプロモーターによって駆動されるルシフェラーゼレポーターである、GAL4−ELK1および5xUAS−Lucをコードする配列を含有する。これらの組み換えレポーター細胞系におけるFGF21受容体複合体の活性化は、細胞内シグナル伝達を誘発し、これが、次にERKおよびELKリン酸化をもたらす。ルシフェラーゼ活性は、リン酸化ELKのレベルによって制御され、FGF21活性を間接的に監視および定量化するために使用される。
1つの例では、CHO細胞を、製造業者のプロトコルに従って、Lipofectamine 2000トランスフェクション試薬(Invitrogen)を使用して、β‐クロト、FGFR1cを発現する受容体構築物、ならびにレポータープラスミドである5×Gal4−ルシフェラーゼ(ルシフェラーゼの上流に5×Gal4結合部位を有する最小TKプロモーター)およびGal4−ELK1で、順にトランスフェクトした。Gal4−ELK1は、Gal4結合部位に結合し、ERKによってリン酸化されると転写を活性化する。ルシフェラーゼ転写、およびこの状況におけるそれによる対応する酵素活性は、リン酸化ELK1のレベルによって制御され、FGF21活性の間接的な監視および定量化に使用される。
一桁のnM範囲でEC50を示す天然のFGF21を用いた10〜20倍の最適なアッセイウィンドウに基づいて、クローン16を、FGF21ルシフェラーゼレポーター細胞系として選択した。
アッセイについては、ELK−ルシフェラーゼレポーター細胞を、96ウェルアッセイプレートに播種し、一晩血清飢餓させた。FGF21または試験試料を、37℃で6時間添加した。プレートを、次いで、室温まで冷却し、細胞溶解物中のルシフェラーゼ活性を、Bright−Glo(Promega)で測定した。
実施例4.2
ERK−リン酸化アッセイ
代替の宿主細胞系、具体的にはL6(ラット筋芽細胞系)を、成長させて、FGF21様シグナル伝達活性を有する抗体を特定するために適用した。ラットL6細胞系は、最小限のレベルの内因性FGF受容体を発現することが知られているため、活性アッセイに望ましい宿主細胞系である。L6細胞は、βクロト発現ベクターをトランスフェクトした場合ですら、FGF21に応答せず、したがって、より鮮明なバックグラウンドを提供する。(Kurosu et al.,(2007)J.Biol.Chem.282,26687−26695)。
複数の健康な非糖尿病ドナーの皮下脂肪組織から単離したヒト初代前脂肪細胞を、Zen−Bio,Incから購入した。前脂肪細胞を、24ウェルプレートに播種し、18日間、成熟脂肪細胞に分化させた。3時間の飢餓期間後、脂肪細胞を、異なる濃度の試験分子で10分間処理した。処理に続いて、培地を吸引し、細胞を、液体窒素で瞬間凍結させた。細胞溶解物を調製し、ERKリン酸化を、Meso Scale DiscoveryからのPhospho−ERK1/2(Thr202/Tyr204;Thr185/Tyr187)/Total ERK1/2 Assay Whole Cell Lysate Kitを使用して、測定した。
L6細胞を、10%ウシ胎児血清およびペニシリン/ストレプトマイシンを補充したダルベッコ変法イーグル培地で維持した。細胞に、製造業者のプロトコルに従って、Lipofectamine 2000トランスフェクション試薬(Invitrogen)を使用して、β−クロトおよび個々のFGFRを発現するプラスミドをトランスフェクトした。
L6細胞におけるFGFシグナル伝達の分析を、文献に記載のように行った(Kurosu et al.,(2007)J.Biol.Chem.282,26687−26695)。細胞培養物を、FGF21または試験分子による処理の10分後に回収し、液体窒素中で瞬間凍結させ、溶解緩衝液中で均質化し、ERKリン酸化を、Meso Scale Discovery」からのPhospho−ERK1/2(Thr202/Tyr204;Thr185/Tyr187)/Total ERK1/2 Assay Whole Cell Lysate Kitを使用して測定した。
さらに、サイトカイン受容体に頻繁に用いられる因子依存性マウスBaF3細胞に基づく増殖アッセイもまた、展開および適用することができる。
CHO細胞(クローン16)に基づくヒトFGF21 ELK−ルシフェラーゼレポーターアッセイで試験したハイブリドーマ上清の中で、陽性対照として20nM FGF21と比較した場合、140を上回るものが陽性と特定された(FGF21活性の>20%)(図3および4)。抗体を、これらの陽性のハイブリドーマ培養物の条件培地から精製し、CHO細胞に基づくELK−ルシフェラーゼレポーターアッセイで再試験して、代表的な抗体の強度を用量応答性アッセイにおいて評価し、EC50を判定することができる。活性および強度は、L6細胞に基づくERK1/2−リン酸化アッセイで確認することができる。EC50は、CHO安定細胞系クローン16でのELK−ルシフェラーゼアッセイと一致することが予測される。
実施例5
FGF21様シグナル伝達の誘発がβクロト複合体に特異的であることを判定する
FGF21は、β‐クロトと対合すると、FGFR1c、2c、3c、および4を含む複数の受容体複合体を通じてシグナル伝達を行うことが報告されている。FGF21アゴニスト抗体の選択性は、実施例4.2に記載のように、それぞれのFGFRおよびβ‐クロトを発現するベクターをトランスフェクトしたラット筋芽細胞L6において判定することができる。
観察された選択性は、これらの抗体の作用が、β−クロト依存性であるが、依然としてシグナル伝達複合体のFGFR要素もまた関与するに違いないということを強く示唆した。結果を以下の表6に記載する。
Figure 2014518640
実施例5.1
結合特異性はβ−クロトにのみ依存性である
ハイブリドーマ上清中のレポーターアッセイ陽性抗体の結合特異性を、全長FGFR1c単独、β‐クロト単独、またはFGFR1cおよびβ‐クロトを共に発現するように、一過性トランスフェクトした293T細胞を使用して、FACSによって判定した。β−クロト単独に結合したものは98%を上回ったが(143ハイブリドーマ中141)、FGFR1c単独に結合したものはなかった。
実施例6
初代ヒト脂肪細胞での活性
FGF21は、培養脂肪細胞においてグルコースの取り込みおよび脂肪分解を刺激し、脂肪細胞は、組み換えレポーター細胞系よりも生理学的に適切であると考えられる。
抗体パネルを、実施例4.2に記載のように、ヒト脂肪細胞アッセイにおいてErk−リン酸化活性について試験し、それらのEC50についてFGF21と比較した。結果を以下の表10に記載する。
Figure 2014518640
実施例7
競合結合およびエピトープビニング
FGF21受容体上での抗体の結合部位の類似性を比較するために、一連の競合結合実験を行い、Biacoreによって測定することができる。1つの例において、代表的なアゴニストFGF21受容体抗体(および任意の対照)を、センサーチップ表面に固定することができる。次いで、可溶性ヒトFGFR1c/β‐クロトECD−Fc複合体またはβ‐クロトを、固定化した抗体表面に捕捉することができる。最後に、試験FGF21受容体抗体のうちのいくつかを、捕捉した可溶性ヒトFGF21受容体またはβ−クロトに、個別に注入することができる。注入した抗体が、固定化した抗体によって認識されたものとは異なる結合部位を認識する場合、第2の結合イベントが観察されることになる。抗体が、非常によく似た結合部位を認識する場合、それ以上の結合が観察されることはない。
代替として、または追加として、Biacore分析を、センサーチップ上に固定化したビオチニル化FGF21を用いて行ってもよい。10nMの可溶性β‐クロトを、次いで、単独でか、または個々の試験抗体100nMと混合して、チップ上に移す。結果を以下の表11に記載する。
Figure 2014518640
実施例8
天然または変性の構造の認識
開示される抗原結合タンパク質が変性および天然の構造を認識する能力について調査した。手順および結果は、以下の通りであった。
実施例8.1
FGF21受容体アゴニスト抗体は変性構造を認識しない
FGF21受容体(FGFR1cおよびβ−クロト)を安定して発現するCHO細胞またはCHO親細胞に由来する細胞溶解物を、β−メルカプトエタノールを含まない試料緩衝液で希釈した(非還元条件)。4〜20%のSDS−PAGEゲル上で、隣接するレーンが分子量マーカーレーンで分離された各レーンに、20μlの細胞溶解物を充填した。電気泳動後、ゲルを0.2μニトロセルロースフィルターにブロットした。ブロットを、5%脱脂乳(ブロッキング緩衝液)を加えたトリス緩衝生理食塩水/Triton−X(TBST)で30分間処理した。ブロットを、続いて、分子量マーカーレーンに沿って切り取った。この条片を、TBST/5%乳中、市販のヤギ抗マウスβクロトまたはマウス抗huFGFR1(R&D Diagnostics)でプローブした。ブロットを、室温で1時間、抗体とともにインキュベートし、続いて、TBST+1%乳で3回洗浄した。ブロットを、次いで、抗ヒトまたは抗ヤギIgG−HRP二次抗体で20分間プローブした。ブロットに、TBSTでの15分間の洗浄を3回行い、続いて、Pierce Supersignal West Dura現像試薬で処理し(1分間)、Kodak Biomax X線フィルムに暴露した。
市販の抗β‐クロトおよび抗FGFR1抗体は、SDS−PAGEにおいて対応する受容体タンパク質を検出し、それらが、変性した受容体タンパク質に結合することを示す。
実施例8.2
FGF21受容体アゴニスト抗体は天然の受容体構造に結合する
FACS結合アッセイを、いくつかの市販入手可能なFGFR1cおよびβ−クロト抗体、ならびに本開示のFGF21受容体アゴニスト抗体のいくつかを用いて行った。実験は、以下のように行った。
FGF21受容体を安定して発現するCHO細胞を、R&D Systemsのマウス抗huFGFR1、ヤギ抗muβ‐クロト(100μl PBS/0.5%BSA中、1×10細胞あたり1μg)で処理した。細胞を、4℃で抗体とともにインキュベートし、続いて、PBS/BSAで2回洗浄した。次いで、細胞を、4℃でFITC標識二次抗体で処理し、続いて2回洗浄した。細胞を1mlのPBS/BSA中に再懸濁し、抗体結合を、FACSCalibur(商標)装置を使用して分析した。
試験した市販の抗β‐クロトまたは抗FGFR1抗体のいずれも、FACSによって判定すると、細胞表面FGF21受容体に結合しなかった。この観察結果は、受容体成分に対する市販の抗体は、変性または非天然の構造に結合するが、一方で、本明細書に開示されるアゴニスト抗体の全てが、初期スクリーニングであったFACSまたはFMATによって示されるように、細胞表面の受容体に結合することを、さらに確認した。
実施例9
アルギニンスキャニング
上述のように、b−クロトとFGFR1c、FGFR2c、およびFGFR3cのうちの1つとを含む複合体に結合する抗原結合タンパク質を作製し、特徴付けを行うことができる。これらの種々の抗原結合タンパク質が結合したヒトFGFR1cおよび/またはβ−クロト上の中和決定基を判定するために、ヒトFGFR1cおよび/またはβ−クロトの選択されたアミノ酸残基にアルギニン置換を有する多数の突然変異FGFR1cおよび/またはβ−クロトタンパク質を、構築することができる。アルギニンスキャニングは、抗体または他のタンパク質が、別のタンパク質に結合することを評価する、当該技術分野で認識されている方法であり、例えば、Nanevicz et al.,(1995)J.Biol.Chem.,270:37,21619−25およびZupnick et al.,(2006)J.Biol.Chem.,281:29,20464−73を参照されたい。一般的には、アルギニン側鎖は、正の電荷を有し、他のアミノ酸と比較すると比較的かさ高く、このため、突然変異が導入された抗原の領域への抗体の結合を乱すことができる。アルギニンスキャニングは、残基が中和決定基および/またはエピトープの一部であるかどうかを判定する方法である。
ヒトFGFR1cおよび/またはβ−クロト細胞外ドメイン全体に分布する種々のアミノ酸を、アルギニンへの突然変異に選択することができる。荷電または極性アミノ酸に偏った選択を行い、表面上に存在する残基の可能性を最大化し、誤って折り畳まれたタンパク質をもたらす突然変異の可能性を減少させることができる。当該技術分野で既知の標準的な技術を使用して、突然変異した残基を有するセンスおよびアンチセンスオリゴヌクレオチドを、Stratagene Quickchange(登録商標)IIプロトコルキット(Stratagene/Agilent,Santa Clara,CA)によって提供される基準に基づいて、設計することができる。野生型(WT)FGFR1cおよび/またはβ−クロト配列の突然変異生成を、Quickchange(登録商標)IIキット(Stratagene)を使用して行うことができる。キメラ構築物を、細胞外ドメインのカルボキシ末端でFLAG−ヒスチジンタグ(6つのヒスチジン(配列番号1830))をコードするように遺伝子操作し、ポリ−Hisタグを介して精製を促進することができる。
Bio−Plexワークステーションおよびソフトウェア(BioRad,Hercules,CA)を使用した多重分析を行って、例となるヒトFGFR1cおよび/またはβ−クロトmAbのアルギニン変異体への結合を、野生型FGFR1cおよび/またはβ−クロトタンパク質と比較して分析することによって、ヒトFGFR1cおよび/またはβ−クロト上の中和決定基を判定することができる。任意のビーズコード番号のペンタHisコーティングされたビーズ(「ペンタ−His」は配列番号1831として開示)(Qiagen,Valencia,CA)を使用して、ヒスチジンタグタンパク質を捕捉することができる。ビーズコードは、FGFR1cおよび/またはβ−クロトアルギニン突然変異体および野生型ヒトFGFR1cおよび/またはβ−クロトの多重化を可能にすることができる。
ビーズを調製するために、一過性発現培地からの野生型FGFR1cおよび/またはβ−クロト、ならびにFGFR1cおよび/またはβ−クロトアルギニン突然変異体の上清100ulを、4℃で一晩、または室温で2時間、激しく振動させながら、ペンタ−Hisコーティングビーズ(「ペンタ−His」は配列番号1831として開示)に結合させる。ビーズを、次いで、製造業者のプロトコルに従って洗浄し、ビーズセットをプールし、それぞれ、2または3通りのアッセイ点のために、96ウェルフィルタープレート(Millipore,Bellerica,MA,製品#MSBVN1250)の2つまたは3つのカラムに等分する。4倍希釈の抗FGFR1cおよび/または抗β−クロト抗体100μlを、ウェルに追加し、室温で1時間インキュベートし、洗浄する。1:100希釈のPE抱合抗ヒトIgGFc(Jackson Labs.,Bar Harbor,ME)100μlを、各ウェルに添加し、室温で1時間インキュベートし、洗浄する。ビーズを、1%BSA中に再懸濁し、3分間振動させ、Bio−Plexワークステーション上で読み取る。FGFR1cおよび/またはβ−クロトアルギニン突然変異体タンパク質への抗体結合を、抗体 同じプールからのヒトFGFR1cおよび/またはβ−クロト野生型への抗体結合と比較する。おおよそ5対数スケールにわたる抗体の滴定を行ってもよい。FGFR1cおよび/またはβ−クロトアルギニン突然変異体タンパク質の平均蛍光強度(MFI)を、野生型ヒトFGFR1cおよび/またはβ−クロトの最大シグナルのパーセントとしてグラフにすることができる。全ての抗体からのシグナル伝達が、カットオフ値、例えば、野生型FGFR1cおよび/またはβ−クロトの30%よりも低い、突然変異体は、一過性培地での発現不足のためにビーズ上のタンパク質が低すぎるか、または誤って折り畳まれた可能性があるかのいずれかであると見なすことができ、分析から除外することができる。FGFR1cおよび/またはβ−クロトmAbのEC50を、カットオフ値、例えば、3倍以上(例えば、GraphPad Prism(登録商標)によって測定される)増加させる突然変異(すなわち、アルギニン置換)は、FGFR1cおよび/またはβ−クロトmAbの結合に悪影響を及ぼしたと見なすことができる。これらの方法を通じて、種々のFGFR1cおよび/またはβ−クロト抗体の中和決定基およびエピトープを解明する。
実施例10
プロテアーゼ保護分析
ヒトFGF21受容体、例えば、FGFR1c、β−クロト、またはFGFR1cとβ−クロトとの複合体に結合する抗原結合タンパク質によって結合されたヒトFGF21受容体の領域は、ヒトFGF21受容体を、特異的プロテアーゼ、例えば、AspN、Lys−C、キモトリプシン、またはトリプシンで、ペプチドにフラグメント化することによって、特定することができる。結果として得られたヒトFGF21受容体ペプチド(すなわち、FGFR1cおよびβ−クロト部分に由来する、ジスルフィド含有および非ジスルフィド含有両方のペプチドフラグメント)の配列を、次に判定することができる。1つの例において、ヒトFGF21受容体、例えば、本明細書に記載される、FGFR1c ECD−Fcおよびβ−クロトECD−Fcヘテロ二量体を含む複合体の可溶性形態を、0.1Mリン酸ナトリウム(pH6.5)中1.0mg/mlの可溶性FGF21受容体約100μgを、2μgのAspNとともに、37℃で20時間インキュベートすることによって、AspN(アミノ末端で、アスパラギン酸またはいくつかのグルタミン酸残基の後を開裂させる)で消化することができる。
次いで、AspN消化物のペプチドプロファイルを、HPLCクロマトグラフィーで生成することができ、類似する量の抗体での対照の消化は、AspNエンドプロテアーゼに対して本質的に耐性を有することが予測される。続いて、プロテアーゼ保護アッセイを実行し、抗原結合タンパク質の存在下におけるヒトFGF21受容体のタンパク質分解消化を判定することができる。このアッセイの一般的な原理は、抗原結合タンパク質のFGF21受容体への結合が、ある特定の特異的プロテアーゼ開裂部位の保護をもたらし得るというものであり、この情報を使用して、抗原結合タンパク質が結合するFGF21受容体の領域または部分を判定することができる。
簡単に言うと、ペプチド消化物を、HPLCペプチドマッピングに供することができ、個々のピークを収集し、ペプチドを特定して、オンラインエレクトロスプレーイオン化LC−MS(ESI−LC−MS)分析および/またはN末端シークエンシングによってマッピングする。これらの研究のためのHPLC分析は、オフラインでの分析については狭口径逆相C18カラム(Agilent Technologies)を使用して、LC−MSについてはキャピラリー逆相C18カラム(The Separation Group)を使用して、行うことができる。HPLCペプチドマッピングは、0.05%トリフルオロ酢酸(移動相A)から0.05%トリフルオロ酢酸中90%アセトニトリルへの直線勾配を用いて行うことができる。カラムは、オフラインまたはオンラインのLC−MS分析については狭口径HPLCに、オンラインLC−MS分析についてはキャピラリーHPLCに望ましい流速で、展開することができる。
配列分析を、オンラインLC−MS/MSによって、およびHPLCから回収したペプチドピークに対するエドマンシークエンシングによって行うことができる。ペプチド消化物のオンラインESI LC−MS分析を行って、HPLCによって分離されたペプチドの正確な質量および配列を判定することができる。プロテアーゼ消化から得られたペプチドピークに存在する、選択されたペプチドの同一性を、判定することができる。
実施例11
キメラ受容体の構築
これらの種々の抗原結合タンパク質が結合する、活性化決定基を判定するさらなる方法は、以下の通りである。ヒトおよびマウス種間の特異的キメラFGFR1cおよび/またはβ−クロトタンパク質を構築し、一過性または安定な293またはCHO細胞(本明細書に記載の)において発現させ、試験することができる。例えば、天然のヒトFGFR1c、FGFR2c、FGFR3c、またはFGFR4受容体を含む、キメラFGF21受容体を構築することができる。例として、FGFR1c を、ヒトβ−クロト上の選択された領域または配列が、対応するマウス特異的残基で系統的に置き換えられているキメラヒト/マウスβ−クロトと対合させることができる(例えば、図2A〜2Cを参照されたい)。同様に、天然のヒトβ−クロトを、キメラヒト/マウスFGFR1c、FGFR2c、FGFR3c、またはFGFR4と対合させることができる。この場合、ヒトFGFR1c上の選択された領域または配列が、対応するマウス特異的残基によって系統的に置き換えられている(例えば、図1A〜1Bのアライメントを参照されたい)。抗原結合タンパク質の結合および/または活性に関与する重要な配列は、キメラFGF21受容体に基づく前述の実施例4、5、6、および7に記載の結合アッセイおよび活性測定を通じて導出することができる。
実施例11.1特異的キメラの構築
ヒト−マウスβ−クロトキメラを、上述の方法を使用して構築した。構築したキメラの概略を、図4に示す。要約すると、生成されたキメラは、(N末端からC末端へ)ヒトβ−クロト配列がマウスβ配列に融合され、それがヒトβ−クロト配列に融合された、融合体を含んでいた。ヒトβ−クロト(配列番号8)を、フレームワーク領域として使用し、そこにマウスβ−クロト(全長配列を配列番号468に示す)の領域を挿入した。挿入したマウスβ−クロトの領域は、以下の通りであった。
Figure 2014518640
Figure 2014518640
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マウスΒ−クロト配列を使用して生成したキメラは、以下のものを含んでいた。
Figure 2014518640
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生成されたキメラは、以下のアミノ酸配列を含んだ。
Figure 2014518640
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Figure 2014518640
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本明細書に提供される種々の抗原結合タンパク質、ならびにヒトFGF21を、L6細胞においてキメラを活性化する能力について試験した。図5は、各試験した分子で観察された結果を示す。
これらのデータは、ヒトFGF21が全てのヒト/マウスβ−クロトキメラと組み合わせたFGFR1cを活性化することができたが(「+」記号は、受容体に対する活性を示す)マウス配列のヒトβ−クロトへの置換が、16H7、37D3、および39F7の活性に影響を与えたことを示す(図5を参照されたい)。これらの結果は、β−クロト配列1〜81、302〜522、および849〜1044が、アゴニスト抗原結合タンパク質の活性に重要であり、それらの機能に重要なエピトープを表し得ることを示唆する。
さらに、種々の抗原結合タンパク質はまた、HEK−293T細胞の表面上に発現する種々のヒト/マウスβ−クロトキメラへの結合について、フローサイトメトリーによって試験した。トランスフェクションおよびフローサイトメトリーを、実施例12に記載のように行った。全長マウスβ−クロトに交差結合する能力を有さない抗体は、キメラによって抗体の結合部位領域が分断される場合、ヒト/マウスβ−クロトキメラに結合することができないことが、理解されるであろう。この方法では、キメラパネル上の各抗体の結合プロファイルが、抗体のエピトープ情報を明らかにする。データを、以下の表10に示す。抗β−クロト抗体2G10(ヒトおよびマウスβ−クロトの両方に結合する)を、各ヒト/マウスキメラの発現の陽性対照として使用した。この陽性対照を使用して、キメラ7および8の発現レベルが、強固なデータを提供するためには十分に高くないことが判定され、したがって、これらは分析から除外した。1つの抗体26H11は、全長マウスβ−クロトに結合することがわかり、したがって、この分析ではエピトープを割り当てることができなかった。マウスβ−クロトに交差結合しなかった他の抗体は、エピトープ集団にグループ化することができた。第1の集団には、抗体16H7、46D11、および49G3.3が含まれ、これらの抗体は、キメラ#3およびキメラ#12には結合せず、エピトープが1〜81領域を含むことを示した。さらに、この抗体群はまた、キメラ1、5、6、および14への結合が観察されず、これは、エピトープが、294〜506領域もまた含むことを示した。これらのことを合わせると、このデータは、これらの抗体が非直線型のエピトープの複合体を有することを示唆する。
第2の集団には、抗体65C3.1のみが含まれた。この抗体は、キメラ#2、#11、および#14への結合が欠けており、849〜936の領域のエピトープを示した。第3の集団は、抗体49H12.1、54A1.1、49C8.1、51A8.1、63A10.1、64B10.1、68C8.1、および39F7を含み、キメラ#1、#5、および#6への結合が欠けており、それらのエピトープが、302〜416の領域にあることを示した。第4の集団には、抗体67C10.1、51E5.1、52A8.1、66G2、167F5.1が含まれ、これらはキメラ#2、#8、#9、#10、#11、および#14上での結合を欠いており、これらの抗体のエピトープが領域506〜1045内にあることを示した。表内の「+」または「−」の記号は、キメラおよび/またはそれぞれのβ−クロトの相同分子種、または疑似細胞(陰性対照)への、それぞれの抗体の結合(「+」)または結合が欠けていること(「−」)を示す。
Figure 2014518640
実施例12
FGF21受容体アゴニスト抗体の結合選択性
FGF21受容体アゴニスト抗体のパネルを、ヒトFGFR1/ヒトβクロトを一過性共トランスフェクトしたHEK293T細胞、ヒトFGFR1cを一過性トランスフェクトしたHEK293T細胞、およびβ−クロトを一過性トランスフェクトしたHEK293T細胞への結合について、フローサイトメトリーを使用してアッセイした。さらに、結合はまた、FGFR1cおよびβ−クロトのカニクイザル相同分子種を一過性トランスフェクトしたHEK−293Tにおいても試験した。細胞は、500μlのOptiMEM(商標)培地(Invitrogen(商標))中で10μgプラスミドDNAを調製し、これを500μlのOptiMEM(商標)培地中で10μlの293fectin(商標)と混合し、次いで、この溶液を室温で5分間インキュベートすることによって、トランスフェクトした。この溶液を、次いで、10mlの培地中、1000万のHEK293T細胞に滴下添加した。トランスフェクションの24時間後、細胞を洗浄し、50,000細胞を、各一次抗体で染色し、50μlの未精製ハイブリドーマ上清を、1:2に希釈して、細胞染色に使用した。4℃で1時間インキュベートした後、細胞を洗浄し、抗ヒトFc特異的二次抗体を追加した。染色した細胞を、次いで、フローサイトメーターで分析した。試験したハイブリドーマ上清パネルの全てが、ヒトβ−クロト/ヒトFGFR1cを共トランスフェクトした細胞、ならびにヒトβ−クロトを単独でトランスフェクトした細胞に、特異的に結合した。データを以下の表11に示す。FGFR1cを単独でトランスフェクトした細胞では、いずれの抗体についても染色は検出されなかった。64B10.1および68C8.1を除く全ての抗体が、カニクイザルβ−クロト/カニクイザルFGFR1cを共トランスフェクトした細胞に特異的に検出された。
Figure 2014518640
実施例13
ホットスポット/共分散突然変異体
合計17個の抗体を、可能性のあるホットスポットおよび共分散の妨害について分析した。設計した変異体(以下に示す)は、異性化、脱アミド化、酸化、共分散妨害等を低減および/または回避することができるアミノ酸置換の概要を示す。以下のデータにおいて、「02 49C8.1_VK:[F21I]」は、21位にF(Phe)からI(イソロイシン)への突然変異を有する、親抗体49C8.1の変異体を指す。構造に基づく番号付けスキームは、指定するアミノ酸位に従うことに留意されたい。これらの単一点突然変異は、最終的な所望される分子に到達するために、任意のコンビナトリアル形式で組み合わせることができることを理解されたい。データを、以下の表15および表16に示す。
Figure 2014518640
Figure 2014518640
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実施例14
免疫原性の予測
タンパク質に対する免疫応答は、主要な組織適合性複合体(MHC)クラスII結合部位における抗原の処理および提示によって、強化される。この相互作用は、タンパク質を認識する抗体の突然変異にT細胞の補助に必要である。MHCクラスII分子の結合部位は特徴付けされているため、タンパク質が、一連の共通ヒト遺伝子座に結合することができる、特定の配列を有するかどうかを予測することができる。コンピュータアルゴリズムが、参考文献およびMHCクラスII結晶構造に基づいて、直線状の9個のアミノ酸ペプチド配列が、免疫寛容を破壊する能力を有するかどうかを判定するために作製されている。TEPITOPE(商標)というプログラムを使用して、FGF21の点突然変異が、ヒトの大半において抗原特異性T細胞を増加させるとが予測されるかどうかを判定した。直線状タンパク質配列に基づくと、試験した突然変異はいずれも、免疫原性を強化することが予測されない。結果を以下の表17Aおよび表17Bに示す。
Figure 2014518640
Figure 2014518640
本明細書に引用される各参考文献は、それが教示する全てに関して、および全ての目的について、参照によりその全体が組み込まれる。
本開示は、本開示の個々の態様の例示であることが意図される本明細書に記載される特定の実施形態による範囲に限定されるものではなく、機能的に同等の方法および構成要素が、本開示の態様を構成する。実際に、本明細書に示され、記載されるものに加えて、本開示の種々の修正は、前述の発明を実施するための形態および添付の図面から、当業者には明らかとなろう。このような修正は、添付の特許請求の範囲内に含まれることが意図される。

Claims (23)

  1. FGF21媒介性シグナル伝達を誘発する、単離された抗原結合タンパク質。
  2. β−クロトと、(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つと、を含む複合体に特異的に結合する、単離された抗原結合タンパク質。
  3. 請求項1に記載の抗原結合タンパク質であって、前記抗原結合タンパク質は、
    (a) 軽鎖CDR3であって、
    (i) 表3BのCDRL3−1〜CDRL3−75(それぞれ、掲載順に、配列番号947〜1020)のうちの1つ以上のCDR3とは、3、2、または1個のアミノ酸付加、置換、欠失、およびそれらの組み合わせが異なる、軽鎖CDR3配列、
    (ii) QQFGSSLT(配列番号988)、
    (iii) QQSX1SX2X3LT(配列番号1443)、
    (iv) LQX4X5SYPX6T(配列番号1447)、
    (v) MQRX7EFPX8T(配列番号1451)、
    (vi) QX9WDSX10X11VV(配列番号1457)、
    (vii) QQYNX12WPX13T(配列番号1461)、
    (viii) QVWDSSX14DX15VX16(配列番号1466)、
    (ix) QQSSX17 IPWT(配列番号1469)、
    (x) QQTNSFPPWT(配列番号1470)、
    (xi) GTWDSSLSX18X19V(配列番号1474)、
    (xii) QQYDNLPX20T(配列番号1477)、
    (xiii) QQYGSSX21PWT(配列番号1480)、
    (xiv) QQYGX22SX23FT(配列番号1483)、
    (xv) QQYGSSX24X25X26(配列番号1488)、
    (xvi) QAWDSSX27TX28V(配列番号1492)、
    (xvii) QAWDSX29TVX30(配列番号1496)、
    (xviii) QQX31YSAX32FT(配列番号1499)、
    (xix) QQYNX33YPRT(配列番号1502)、
    (xx) HQX34X35DLPLT(配列番号1505)、
    (xxi) MQALQTX36X37T(配列番号1508)、
    (xxii) QQFGRSFT(配列番号1509)、
    (xxiii) YSTDSSX38NHVV(配列番号1512)、
    のうちの1つ以上を含む、軽鎖CDR3、
    (b) 重鎖CDR3配列であって、
    (i) 表3AのCDRH3−1〜CDRH3−81(それぞれ、掲載順に、配列番号733〜813)のうちの1つ以上のCDR3とは、8、7、6、5、4、3、2、または1個のアミノ酸付加、置換、欠失、およびそれらの組み合わせが異なる、重鎖CDR3、
    (ii) MTX110PYWYFX111L(配列番号1669)、
    (iii) DX112X113X114DFWX115GYPX116X117X118YYGX119DV(配列番号1675)、
    (iv) VTGTDAFDF(配列番号1676)、
    (v) TVTKEDYYYYGMDV(配列番号1677)、
    (vi) DSSGSYYVEDYFDY(配列番号1678)、
    (vii) DX119X120IAVAGX121FDY(配列番号1681)、
    (viii) EYYYGSGSYYP(配列番号1682)、
    (ix) ELGDYPFFDY(配列番号1683)、
    (x) EYVAEAGFDY(配列番号1684)、
    (xi) VAAVYWYFDL(配列番号1685)、
    (xii) YNWNYGAFDF(配列番号1686)、
    (xiii) RASRGYRX122GLAFAI(配列番号1689)、
    (xiv) DGITMVRGVTHYYGMDV(配列番号1690)、
    (xv) DHX123SCWYYYGMDV(配列番号1693)、
    (xvi) YX124X125WDYYYGX126DV(配列番号1696)、
    (xvii) VLHYX127DSX128GYSYYX129DX130(配列番号1699)
    のうちの1つ以上を含む、重鎖CDR3配列、または
    (c) 前記(a)の軽鎖CDR3配列および前記(b)の重鎖CDR3配列
    のうちの1つ以上を含み、
    ここで、
    は、YまたはFであり、
    は、TまたはSであり、
    は、PまたはSであり、
    は、HまたはRであり、
    は、NまたはSであり、
    は、LまたはRであり、
    は、IまたはLであり、
    は、IまたはLであり、
    は、VまたはLであり、
    10は、SまたはNであり、
    11は、T、P、またはSであり、
    12は、NまたはTであり、
    13は、WまたはLであり、
    14は、SまたはCであり、
    15は、H、V、またはGであり、
    16は、Vまたは不在であり、
    17は、SまたはTであり、
    18は、AまたはVであり、
    19は、VまたはMであり、
    20は、LまたはFであり、
    21は、Pまたは不在であり、
    22は、RまたはTであり、
    23は、LまたはPであり、
    24は、Pまたは不在であり、
    25は、RまたはCであり、
    26は、SまたはTであり、
    27は、Tまたは不在であり、
    28は、WまたはAであり、
    29は、G、T、A、または不在であり、
    30は、VまたはIであり、
    31は、SまたはTであり、
    32は、TまたはPであり、
    33は、IまたはTであり、
    34は、SまたはYであり、
    35は、SまたはDであり、
    36は、PまたはLであり、
    37は、FまたはIであり、
    38は、VまたはGであり、
    110は、TまたはSであり、
    111は、DまたはGであり、
    112は、RまたはQであり、
    113は、Y、D、またはNであり、
    114は、YまたはFであり、
    115は、SまたはNであり、
    116は、YまたはFであり、
    117は、FまたはYであり、
    118は、R、Y、F、またはHであり、
    119は、LまたはMであり、
    119は、WまたはLであり、
    120は、SまたはRであり、
    121は、TまたはSであり、
    122は、FまたはYであり、
    123は、SまたはTであり、
    124は、SまたはRであり、
    125は、TまたはDであり、
    126は、VまたはMであり、
    127は、SまたはYであり、
    128は、RまたはSであり、
    129は、SまたはFであり、および
    130は、FまたはYである、
    抗原結合タンパク質。
  4. 請求項1に記載の抗原結合タンパク質であって、
    (a) 軽鎖CDR1配列であって、
    (i) 表3BのCDRL1−1〜CDRL1−81(それぞれ、掲載順に、配列番号814〜893)のうちの1つ以上のCDR1配列とは、7、6、5、4、3、2、もしくは1個のアミノ酸付加、置換、欠失、およびそれらの組み合わせが異なる、軽鎖CDR1、
    (ii) RASX62SX63X64X65X66X67X68A(配列番号1591)、
    (iii) RX69SQX70IX71X72YLN(配列番号1602)、
    (iv) GGNX73IGSX74X75VX76(配列番号1612)、
    (v) RASQX77IRNDLX78(配列番号1616)、
    (vi) RSSQSLX79X80X81DX82GX83TYLD(配列番号1622)、
    (vii) SGX84 X85LGDKYX86X87(配列番号1629)、
    (viii) QASQX88IX89X90X91LN(配列番号1635)、
    (ix) RASQX92IX93X94WLX95(配列番号1640)、
    (x) SGSSSNIGX96NYVX97(配列番号1645)、
    (xi) RASX98DISNYLA(配列番号1648)、
    (xii) RASQX99VX100SSYX101V(配列番号1652)、
    (xiii) RSSQSLX102HSNGX103NYLD(配列番号1656)、
    (xiv) RASQTX104RNX105YLA(配列番号1659)、
    (xv) RSSX106X107LVYSDGNTYLN(配列番号1662)、および
    (xvi) SGDAX108PKKYAX109(配列番号1665)
    のうちの1つ以上を含む、軽鎖CDR1配列、
    (b) 軽鎖CDR2配列であって、
    (i) 表3BのCDRL2−1〜CDRL2−53(それぞれ、掲載順に、配列番号894〜946)のうちの1つ以上のCDR2配列とは、3、2、または1個のアミノ酸付加、置換、欠失、およびそれらの組み合わせが異なる、軽鎖CDR2、
    (ii) X39ASSLX40X41(配列番号1517)、
    (iii) GX42SX43RX44T(配列番号1525)、
    (iv) GAFSRAX45(配列番号1528)、
    (v) X46DX47KRPS(配列番号1533)、
    (vi) TLSX48RAS(配列番号1536)、
    (vii) AASNLQX49(配列番号1539)、
    (viii) GX50SNRAX51(配列番号1543)、
    (ix) X52ASX53LQS(配列番号1548)、
    (x) DNX53KRPS(配列番号1551)、
    (xi) DX54SNLET(配列番号1554)、
    (xii) LX55SNRAS(配列番号1557)、
    (xiii) QX56NX57RPS(配列番号1561)、
    (xiv) RDRNRPS(配列番号1562)、
    (xv) X58DSNRPS(配列番号1565)、
    (xvi) DDSDRPS(配列番号1566)、
    (xvii) AX59SSLQS(配列番号1569)、
    (xviii) TX60SSLQS(配列番号1572)、および
    (xix) KX61SNWDS(配列番号1575)
    のうちの1つ以上を含む、軽鎖CDR2配列、
    (c) 重鎖CDR1配列であって、
    (i) 表3AのCDRH1−1〜CDRH1−53(それぞれ、掲載順に、配列番号603〜655)のうちの1つ以上のCDR1配列とは、3、2、または1個のアミノ酸付加、置換、欠失、およびそれらの組み合わせが異なる重鎖CDR1、
    (ii) SGX170X171TWX172(配列番号1775)、
    (iii) X173YYWX174(配列番号1781)、
    (iv) X175X176GMS(配列番号1786)、
    (v) SYX177MX178(配列番号1790)、
    (vi) X179YYX180H(配列番号1796)、
    (vii) SYGX181H(配列番号1799)、
    (viii) NYX182MX183(配列番号1803)、
    (ix) X184YWIG(配列番号1806)、
    (x) GYX185MH(配列番号1809)、
    (xi) SX186DIX187(配列番号1813)、
    (xii) X188YAMS(配列番号1816)、
    (xiii) NAWMS(配列番号1817)、
    (xiv) SSSYYWG(配列番号1818)、
    (xv) X189YYWN(配列番号1821)、
    (xvi) SNSAX190WN(配列番号1824)、および
    (xvii) X191YDMH(配列番号1827)、
    のうちの1つ以上を含む、重鎖CDR1配列、
    (d) 重鎖CDR2配列であって、
    (i) 表3AのCDRH2−1〜CDRH2−77(それぞれ、掲載順に、配列番号656〜732)のうちの1つ以上のCDR2配列とは、9、8、7、6、5、4、3、2、または1個のアミノ酸付加、置換、欠失、およびそれらの組み合わせが異なる、重鎖CDR2、
    (ii) X131X132X133X134X135GX136X137X138X139NPSLKS(配列番号1716)、
    (iii) X140IX141X142DGX143NX144X145X146ADSVKG(配列番号1732)、
    (iv) WX147NPX148SGX149TX150YAQKFX151G(配列番号1741)、
    (v) EINHSX152X153TNYNPSLKS(配列番号1744)、
    (vi) IIYPGDSX154TRYSPSFQG(配列番号1747)、
    (vii) SISSSSX155YX156YYX157DSX158KG(配列番号1751)、
    (viii) RIX159X160KTDGGTTX161YAAPVKG(配列番号1755)、
    (ix) GISGSSAGTYYADSVGK(配列番号1756)、
    (x) VISX162SGGX163TYYADSVKG(配列番号1759)、
    (xi) RTYYRSKWYNDYAVSVKS(配列番号1760)、
    (xii) RIYX164SGSTNYNPSLX165X166(配列番号1763)、および
    (xiii) WMNPYSGSTGX167AQX168FQX169(配列番号1766)、
    のうちの1つ以上を含む、重鎖CDR2配列、
    (ここで、
    39は、AまたはSであり、
    40は、QまたはKであり、
    41は、SまたはFであり、
    42は、AまたはTであり、
    43は、S、T、A、R、またはNであり、
    44は、AまたはDであり、
    45は、SまたはTであり、
    46は、Q、R、またはEであり、
    47は、TまたはSであり、
    48は、YまたはFであり、
    49は、RまたはSであり、
    50は、AまたはSであり、
    51は、IまたはTであり、
    52は、DまたはGであり、
    53は、S、T、またはNであり、
    53は、NまたはDであり、
    54は、AまたはVであり、
    55は、GまたはDであり、
    56は、DまたはNであり、
    57は、KまたはEであり、
    58は、SまたはCであり、
    59は、SまたはVであり、
    60は、AまたはTであり、
    61は、VまたはGであり、
    62は、PまたはQであり、
    63は、V、I、またはFであり、
    64は、S、R、または不在であり、
    65は、S、R、またはNであり、
    66は、D、S、NまたはMであり、
    67は、I、Y、H、Q、N、またはSであり、
    68は、LまたはVであり、
    69は、AまたはTであり、
    70は、I、S、T、またはNであり、
    71は、R、S、またはNであり、
    72は、R、S、N、またはIであり、
    73は、N、またはDであり、
    74は、Y、I、またはKであり、
    75は、N、S、T、またはAであり、
    76は、HまたはQであり、
    77は、DまたはGであり、
    78は、GまたはAであり、
    79は、LまたはFであり、
    80は、NまたはDであり、
    81は、SまたはNであり、
    82は、AまたはDであり、
    83は、T、D、またはNであり、
    84は、NまたはDであり、
    85は、K、E、またはNであり、
    86は、VまたはAであり、
    87は、CまたはFであり、
    88は、GまたはDであり、
    89は、S、K、N、またはTであり、
    90は、N、K、またはIであり、
    91は、YまたはFであり、
    92は、DまたはGであり、
    93は、DまたはSであり、
    94は、RまたはSであり、
    95は、VまたはAであり、
    96は、N、I、またはDであり、
    97は、AまたはSであり、
    98は、QまたはHであり、
    99は、RまたはSであり、
    100は、PまたはAであり、
    101は、IまたはLであり、
    102は、LまたはQであり、
    103は、YまたはFであり、
    104は、VまたはIであり、
    105は、NまたはSであり、
    106は、QまたはPであり、
    107は、RまたはSであり、
    108は、LまたはVであり、
    109は、YまたはNであり、
    131は、N、F、Y、S、またはMであり、
    132は、IまたはLであり、
    133は、YまたはFであり、
    134は、Y、H、またはDであり、
    135は、SまたはTであり、
    136は、T、G、S、またはTであり、
    137は、TまたはAであり、
    138は、Y、N、またはHであり、
    139は、FまたはYであり、
    140は、L、G、I、またはVであり、
    141は、WまたはSであり、
    142は、Y、D、またはNであり、
    143は、SまたはDであり、
    144は、KまたはNであり、
    145は、Y、N、D、またはHであり、
    146は、YまたはHであり、
    147は、IまたはMであり、
    148は、P、N、S、またはDであり、
    149は、A、G、またはDであり、
    150は、N、K、またはDであり、
    151は、R、H、またはQであり、
    152は、EまたはGであり、
    153は、NまたはTであり、
    154は、DまたはEであり、
    155は、TまたはSであり、
    156は、IまたはEであり、
    157は、AまたはVであり、
    158は、VまたはLであり、
    159は、KまたはIであり、
    160は、SまたはGであり、
    161は、DまたはEであり、
    162は、DまたはGであり、
    163は、SまたはDであり、
    164は、IまたはTであり、
    165は、EまたはKであり、
    166は、NまたはSであり、
    167は、YまたはLであり、
    168は、NまたはRであり、
    169は、GまたはDであり、
    170は、V、G、N、またはDであり、
    171は、YまたはNであり、
    172は、N、S、またはTであり、
    173は、T、S、またはGであり、
    174は、SまたはTであり、
    175は、S、T、またはFであり、
    176は、YまたはFであり、
    177は、AまたはSであり、
    178は、S、N、またはMであり、
    179は、YまたはGであり、
    180は、I、L、K、またはTであり、
    181は、LまたはIであり、
    182は、GまたはNであり、
    183は、H、R、またはMであり、
    184は、SまたはGであり、
    185は、YまたはFであり、
    186は、YまたはHであり、
    187は、NまたはDであり、
    188は、NまたはHであり、
    189は、DまたはSであり、
    190は、TまたはAであり、
    191は、SまたはTである)
    (e) 前記(a)の軽鎖CDR1および前記(b)の軽鎖CDR2、
    (f) 前記(a)の軽鎖CDR1および前記(c)の重鎖CDR1、
    (g) 前記(a)の軽鎖CDR1および前記(d)の重鎖CDR2、
    (h) 前記(a)の軽鎖CDR1および前記(c)の重鎖CDR1、
    (i) 前記(c)の重鎖CDR1および前記(d)の重鎖CDR2、
    (j) 前記(b)の軽鎖CDR2および前記(d)の重鎖CDR2、
    (k) 前記(a)の軽鎖CDR1、前記(b)の軽鎖CDR2、および前記(c)の重鎖CDR1、
    (l) 前記(b)の軽鎖CDR2、前記(c)の重鎖CDR1、および前記(d)の重鎖CDR2、
    (m) 前記(a)の軽鎖CDR1、前記(c)の重鎖CDR1、および前記(d)の重鎖CDR2、ならびに
    (n) 前記(a)の軽鎖CDR1、前記(b)の軽鎖CDR2、前記(c)の重鎖CDR2、および前記(d)の重鎖CDR2
    のうちの1つ以上を含む、抗原結合タンパク質。
  5. 請求項1に記載の抗原結合タンパク質であって、
    (a) 軽鎖可変ドメインであって、
    (i) 表3BのCDRL1−1〜CDRL1−81(それぞれ、掲載順に配列番号814〜893)から選択される、軽鎖CDR1配列、
    (ii) 表3BのCDRL2−1〜CDRL2−53(それぞれ、掲載順に配列番号894〜946)から選択される、軽鎖CDR2配列、
    (iii)表3BのCDRL3−1〜CDRL3−75(それぞれ、掲載順に配列番号947〜1020)から選択される、軽鎖CDR3配列、
    のうちの1つ以上を含む、軽鎖可変ドメイン、
    (b) 重鎖可変ドメインであって、
    (i) 表3AのCDRH1−1〜CDRH1−53(それぞれ、掲載順に配列番号603〜655)から選択される、重鎖CDR1配列、
    (ii) 表3AのCDRH2−1〜CDRH2−77(それぞれ、掲載順に配列番号656〜732)から選択される、重鎖CDR2配列、
    (iii)表3AのCDRH3−1〜CDRH3−81(それぞれ、掲載順に配列番号733〜813)から選択される、重鎖CDR3配列、
    のうちの1つ以上を含む、重鎖可変ドメイン、ならびに
    (c) (a)の軽鎖可変ドメインおよび(b)の重鎖可変ドメインを含む組み合わせ
    のうちの1つ以上を含む、抗原結合タンパク質。
  6. 請求項1に記載の抗原結合タンパク質であって、前記抗原結合タンパク質は、
    (a) 軽鎖可変ドメイン配列であって、
    (i) 表2AのV1〜V100(それぞれ、掲載順に配列番号217〜315)のうちの1つ以上を含む、軽鎖可変ドメインと、少なくとも80%同一な配列を有する、アミノ酸、
    (ii) 表2AのV1〜V100(それぞれ、掲載順に、配列番号217〜315)のうちの1つ以上を含む、軽鎖可変ドメイン配列をコードするポリヌクレオチド配列と、少なくとも80%同一なポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸の配列、
    のうちの1つ以上を含む、軽鎖可変ドメイン配列、
    (b) 重鎖可変ドメイン配列であって、
    (i) 表2BのV1〜V94(それぞれ、掲載順に配列番号316〜409)のうちの1つ以上を含む、重鎖可変ドメインと、少なくとも80%同一である、アミノ酸の配列、
    (ii) 表2BのV1〜V94(それぞれ、掲載順に配列番号316〜409)の重鎖可変ドメイン配列をコードするポリヌクレオチド配列と少なくとも80%同一であるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸の配列、
    のうちの1つ以上を含む、重鎖可変ドメイン配列、ならびに
    (c) (a)の軽鎖可変ドメインおよび(b)の重鎖可変ドメインを含む組み合わせ
    のうちの1つ以上を含む、抗原結合タンパク質。
  7. (a) 表2AのV1〜V100(それぞれ、掲載順に配列番号217〜315)のうちの1つ以上を含む、軽鎖可変ドメイン配列、
    (b) 表2BのV1〜V94(それぞれ、掲載順に配列番号316〜409)のうちの1つ以上を含む、重鎖可変ドメイン配列、ならびに
    (c) (a)の軽鎖可変ドメインおよび(b)の重鎖可変ドメインを含む組み合わせ
    のうちの1つ以上を含む、請求項6に記載の抗原結合タンパク質。
  8. 請求項7に記載の抗原結合タンパク質であって、軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインは、V1およびV1、V2およびV1、V3およびV2もしくはV3、V4およびV4、V5およびV5、V6およびV6、V7およびV6、V8およびV7もしくはV8、V9およびV9、V10およびV9、V11およびV10、V12およびV11、V13およびV12、V13およびV14、V14およびV13、V15およびV14、V16およびV15、V17およびV16、V18およびV17、V19およびV18、V20およびV19、V21およびV20、V22およびV21、V23およびV22、V24およびV23、V25およびV24、V26およびV25、V27およびV26、V28およびV27、V29およびV28、V30およびV29、V31およびV30、V32およびV31、V33およびV32、V34およびV33、V35およびV34、V36およびV35、V37およびV36、V38およびV37、V39およびV38、V40およびV39、V41およびV40、V42およびV41、V43およびV42、V44およびV43、V45およびV44、V46およびV45、V47およびV46、V48およびV47、V49およびV48、V50およびV49、V51およびV50、V 52およびV51、V53およびV52、V54およびV53、V55およびV54、V56およびV54、V57およびV54、V58およびV55、V59およびV56、V60およびV57、V61およびV58、V62およびV59、V63およびV60、V64およびV1、V65およびV62、V66およびV63、V67およびV64、V68およびV65、V69およびV66、V70およびV67、V71およびV68、V72およびV69、V73およびV70、V74およびV70、V75およびV70、V76およびV71、V77およびV72、V78およびV73、V79およびV74、V80およびV75、V81およびV76、V82およびV77、V83およびV78、V84およびV79、V85およびV80、V86およびV81、V87およびV82、V88およびV86、V89およびV83、V90およびV84、V91およびV85、V92およびV87、V93およびV88、V94およびV88、V95およびV89、V96およびV90、V97およびV91、V98およびV92、V99およびV93、ならびにV100およびV94のうちの1つ以上を含む、抗原結合タンパク質。
  9. (a) 配列番号12のκ軽鎖定常配列、
    (b) 配列番号13のλ軽鎖定常配列、
    (c) 配列番号11の重鎖定常配列、または
    (d) (i)配列番号12のκ軽鎖定常配列もしくは
    配列番号13のλ軽鎖定常配列、および
    (ii)配列番号11の重鎖定常配列
    をさらに含む、請求項8に記載の抗原結合タンパク質。
  10. 請求項1に記載の抗原結合タンパク質であって、前記抗原結合タンパク質は、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組み換え抗体、抗原に結合する抗体フラグメント、一本鎖抗体、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、Fabフラグメント、F(fab’)フラグメント、ドメイン抗体、IgD抗体、IgE抗体、IgM抗体、IgG1抗体、IgG2抗体、IgG3抗体、IgG4抗体、またはヒンジ領域に少なくとも1つの突然変異を有するIgG4抗体である、抗原結合タンパク質。
  11. 請求項1に記載の抗原結合タンパク質であって、β−クロトと、(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む、複合体に結合すると、
    (a) 参照抗体と実質的に同じKdで、(i)β−クロト、(ii)FGFR1c、FGFR2c、FGFR3c、もしくはFGFR4、または(iii)β−クロトとFGFR1c、FGFR2c、FGFR3c、およびFGFR4のうちの1つとを含む複合体に結合し、
    (b) ELK−ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて測定される場合、配列番号2の成熟形態を含む、野生型FGF21標準物によって誘発されるシグナル伝達よりも、10%以上高いFGF21様シグナル伝達を誘発し、
    (c) 10nM以下のFGF21様シグナル伝達のEC50を、
    (i) FGFR1c/β‐クロト媒介性のインビトロでの組み換え細胞に基づくアッセイ、および
    (ii) インビトロでのヒト脂肪細胞機能アッセイ
    のうちの1つを含むアッセイにおいて示し、
    (d) FGFR1cに対する10nM未満のアゴニスト活性のEC50を、β−クロトの存在下で、インビトロでの組み換えFGFR1c受容体媒介性レポーターアッセイにおいて示し、
    (e) FGFR1cに対する1μMを上回るアゴニスト活性のEC50を、β−クロトの不在下で、インビトロでの組み換えFGFR1c受容体媒介性レポーターアッセイにおいて示し、
    (f) (i)β−クロト、(ii)FGFR1c、FGFR2c、FGFR3c、もしくはFGFR4、または(iii)β−クロトとFGFR1c、FGFR2c、FGFR3c、およびFGFR4のうちの1つとを含む複合体への結合について、参照抗体と競合し、前記参照抗体は、V1およびV1、V2およびV1、V3およびV2もしくはV3、V4およびV4、V5およびV5、V6およびV6、V7およびV6、V8およびV7もしくはV8、V9およびV9、V10およびV9、V11およびV10、V12およびV11、V13およびV12、V13およびV14、V14およびV13、V15およびV14、V16およびV15、V17およびV16、V18およびV17、V19およびV18、V20およびV19、V21およびV20、V22およびV21、V23およびV22、V24およびV23、V25およびV24、V26およびV25、V27およびV26、V28およびV27、V29およびV28、V30およびV29、V31およびV30、V32およびV31、V33およびV32、V34およびV33、V35およびV34、V36およびV35、V37およびV36、V38およびV37、V39およびV38、V40およびV39、V41およびV40、V42およびV41、V43およびV42、V44およびV43、V45およびV44、V46およびV45、V47およびV46、V48およびV47、V49およびV48、V50およびV49、V51およびV50、V52およびV51、V53およびV52、V54およびV53、V55およびV54、V56およびV54、V57およびV54、V58およびV55、V59およびV56、V60およびV57、V61およびV58、V62およびV59、V63およびV60、V64およびV1、V65およびV62、V66およびV63、V67およびV64、V68およびV65、V69およびV66、V70およびV67、V71およびV68、V72およびV69、V73およびV70、V74およびV70、V75およびV70、V76およびV71、V77およびV72、V78およびV73、V79およびV74、V80およびV75、V81およびV76、V82およびV77、V83およびV78、V84およびV79、V85およびV80、V86およびV81、V87およびV82、V88およびV86、V89およびV83、V90およびV84、V91およびV85、V92およびV87、V93およびV88、V94およびV88、V95およびV89、V96およびV90、V97およびV91、V98およびV92、V99およびV93、ならびにV100およびV94からなる群から選択される、軽鎖および重鎖の可変ドメイン配列の組み合わせを含み、
    (g) (a)〜(f)のうちの2つ以上を行う、
    抗原結合タンパク質。
  12. β−クロトと、(i)FGFR1c、(ii)FGFR2c、および(iii)FGFR3cのうちの少なくとも1つとを含む、複合体に結合すると、
    (a) 動物モデルにおいて血中グルコースを低下させる、
    (b) 動物モデルにおいて血清脂質レベルを低下させる、
    (c) 動物モデルにおいて、インスリンレベルを低下させる、または
    (d) (a)および(b)および(c)のうちの2つ以上を行う、
    請求項11に記載の抗原結合タンパク質。
  13. (a) H1〜H94のうちの1つを含む重鎖、
    (b) L1〜L100のうちの1つを含む軽鎖、および
    (c) (a)の重鎖と(b)の軽鎖とを含む組み合わせ
    のうちの1つ以上を含む、請求項1に記載の抗原結合タンパク質。
  14. 請求項1〜13に記載の1つ以上の抗原結合タンパク質を、それらの薬学的に許容される担体との混合で含む、薬学的組成物。
  15. 請求項1〜13に記載の抗原結合タンパク質の前記軽鎖可変ドメインアミノ酸配列、前記重鎖可変ドメインアミノ酸配列、またはその両方のアミノ酸配列をコードする、ポリヌクレオチド配列を含む、単離された核酸。
  16. コードされるアミノ酸配列は、
    (a) V1〜V100、
    (b) V1〜V94、および
    (c) (a)の1つ以上の配列と(b)の1つ以上の配列とを含む組み合わせ
    のうちの1つ以上を含む、請求項15に記載の単離された核酸。
  17. 請求項16に記載の核酸を含む、発現ベクター。
  18. 請求項17に記載の核酸を含む、単離細胞。
  19. 請求項18に記載の発現ベクターを含む、単離細胞。
  20. 抗原結合タンパク質を生成する方法であって、請求項19に記載の宿主細胞を、前記宿主細胞が前記抗原結合タンパク質を発現することを可能にする条件下で、インキュベートすることを含む、方法。
  21. 状態の予防または治療を、そのような治療を必要とする対象において行う方法であって、前記対象に、治療有効量の請求項14に記載の組成物を投与することを含み、前記状態は、血中グルコース、インスリン、または血清脂質のレベルのうちの1つ以上を低下させることによって治療可能である、方法。
  22. 状態は、2型糖尿病、肥満、脂質異常症、NASH、心血管疾患、または代謝症候群である、請求項21に記載の方法。
  23. 1つ以上の非天然またはコードされたアミノ酸を含む、請求項1に記載の抗原結合タンパク質。
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