JP2014517846A - 改善された特性を有するFc含有ポリペプチドの製造方法 - Google Patents

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Abstract

本発明は、Fc領域の243、264、267および328位に突然変異を含むFc含有ポリペプチドの製造のための方法および組成物に関する。
【選択図】図1

Description

本発明は、グリコシル化タンパク質(糖タンパク質)、特に、ヒトまたは動物治療用物質として有用なFc含有ポリペプチドの製造のための方法および組成物に関する。
モノクローナル抗体は、しばしば、2つの結合事象によりその治療利益をもたらす。第1に、抗体の可変ドメインが標的細胞上の特異的タンパク質に結合する。抗体の定常領域(Fc)に結合し、該抗体が結合した細胞を破壊するエフェクター細胞のリクルートメントが、これに続いて生じる。
抗体(または他の免疫治療用組成物)の効力は、Fc受容体(FcR)を発現するエフェクター細胞により媒介されるものを含む複数の作用メカニズムに基づく。Fc受容体は活性化または抑制性の機能的役割を有し、エフェクター細胞間でそれらの分布において異なる。単球、マクロファージおよび好中球は活性化FcRおよび抑制性FcRの両方を発現するが、ナチュラルキラー(NK)細胞は活性化FcRIIIaを発現するに過ぎない。したがって、抗体(または他の免疫治療用物質)が種々のFc受容体に結合しうる度合が臨床結果に重要である。
抗体Fcドメインのアミノ酸および糖の操作は、抗体および他の免疫治療用物質のエフェクター細胞機能を修飾するための2つの方法である。例えば、Chuら,Molecular Immunology 45:3926−3933(2008)を参照されたい。
改善された特性を有する抗体またはFc融合タンパク質を製造することが望ましいであろう。例えば、Fcガンマ受容体IIB(CD32B)には結合するがFcガンマ受容体IIA(CD32A)およびFcガンマ受容体IIIA(CD16A)およびFcガンマ受容体I(CD64)には結合しない(または低減したアフィニティで結合する)抗体または他の免疫治療用物質を製造することが望ましいであろう。そのような抗体はエフェクター機能の欠如(または有意な低下)および抗炎症特性の増強により特徴づけられるであろう。
N−グリコシル化の存在が抗体のエフェクター機能における役割を果たしているだけでなく、N結合オリゴ糖の個々の組成もその最終的な機能に重要である。例えば、フコースの欠如または二分岐N−アセチルグルコサミンの存在はADCCの強度に正に相関されている(Rothman(1989),Umanaら,Nat.Biotech.17:176−180(1999),Shieldsら,J.Biol.Chem.277:26733−26740(2002)およびShinkawaら,J.Biol.Chem.278:3466−3473(2003))。Fc領域におけるシアル酸化が静脈内用免疫グロブリン(IVIG)の抗炎症特性に対して正に相関するという証拠も存在する。例えば、Kanekoら,Science,313:670−673,2006;NimmerjahnおよびRavetch.,J.Exp.Med.,204:11−15,2007を参照されたい。
抗体の機能および効力における特異的N−グリコシル化の効用を考慮すると、抗体のN結合オリゴ糖の組成を修飾するための方法、ならびに抗体および他の免疫治療用物質のエフェクター機能を修飾する方法が望ましいであろう。
酵母および他の真菌宿主は組換えタンパク質の製造のための重要な製造媒体である。酵母は真核生物であり、したがって、分泌経路内で生じる翻訳後修飾の多くを含む、高等真核生物と共通の進化的過程を有する。糖操作における最近の進歩は、ヒトにおけるグリコシル化の過程を模倣した一連の酵素反応を行うことを可能にする遺伝的に修飾されたグリコシル化経路を有する酵母株ピチア・パストリス(Pichia pastoris)の細胞系をもたらしている。例えば、ヒト対応物と実質的に同一である下等真核宿主細胞における組換え糖タンパク質の製造方法を記載している米国特許第7,029,872号、第7,326,681号および第7,449,308号を参照されたい。前記方法によりピチア・パストリス(Pichia pastoris)において産生されるものと同様のヒト様シアル酸化二分岐複合体N結合グリカンは治療用糖タンパク質の製造に関する有用性を示している。したがって、ピチア・パストリス(Pichia pastoris)のような酵母における抗体の製造を更に修飾または改善するための方法が望ましいであろう。
発明の概括
本発明は、Fc領域のアミノ酸位置243、264、267および328位に突然変異を含むFc含有ポリペプチドに関するものであり、ここで、番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している。1つの実施形態においては、243位の突然変異は、F243A、F243G、F243S、F243T、F243V、F243L、F243I、F243D、F243Y、F243E、F243R、F243WおよびF243Kからなる群から選択され、264位の突然変異は、V264A、V264G、V264S、V264T、V264D、V264E、V264K、V264W、V264H、V264P、V264N、V264QおよびV264Lからなる群から選択され、267位の突然変異は、S267D、S267Y、S267Tからなる群から選択され、328位の突然変異は、L328Y、L328W、L328Hからなる群から選択される。1つの実施形態においては、243位および264位の突然変異は、F243AおよびV264A、F243YおよびV264G、F243TおよびV264G、F243LおよびV264A、F243LおよびV264N、ならびにF243VおよびV264Gからなる群から選択される。1つの実施形態においては、該突然変異はF243A、V264A、S267EおよびL328Fである。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは抗体または抗体フラグメントである。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、配列番号7、配列番号8または配列番号17を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、配列番号7、配列番号8または配列番号17からなる(または実質的になる)抗体フラグメントである。
1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号4の重鎖アミノ酸配列またはその変異体と配列番号2の軽鎖アミノ酸配列またはその変異体とを含む抗体である。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号11の重鎖アミノ酸配列またはその変異体と配列番号10の軽鎖アミノ酸配列またはその変異体とを含む抗体である。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号12の重鎖アミノ酸配列またはその変異体と配列番号13の軽鎖アミノ酸配列またはその変異体とを含む抗体である。
幾つかの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、シアル酸(NANA、NGNAならびにそれらの類似体および誘導体を含む)を含むN−グリカンを含む。1つの実施形態においては、該Nグリカンは、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcまたはSAGalGlcNAcMan5GlcNAcから選択される構造を有する。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドはα−2,3およびα−2,6結合シアル酸の混合物を含む。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドはα−2,6結合シアル酸のみを含む。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドはα−2,6結合シアル酸を含み、検出可能なレベルのα−2,3結合シアル酸を含まない。1つの実施形態においては、該シアル酸はN−アセチルノイラミン酸(NANA)もしくはN−グリコリルノイラミン酸(NGNA)またはそれらの混合物である。もう1つの実施形態においては、該シアル酸は、シアル酸の9位にアセチル化を含有するNANAまたはNGNAの類似体または誘導体である。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチド上のN−グリカンはNANAを含み、NGNAを含まない。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチド上のN−グリカンはα−2,6結合NANAを含む(そしてNGNAを含まない)。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcまたはSAGalGlcNAcMan5GlcNAc(ここで、該シアル酸残基はα−2,6結合を介して存在する)から選択される構造を含むシアル酸化N−グリカンを含む抗体または抗体フラグメントである。本発明のFc含有ポリペプチド上のN−グリカンは、所望により、フコースを含みうる。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチド上のN−グリカンはフコシル化N−グリカンと非フコシル化N−グリカンとの混合物を含む。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチド上のN−グリカンはフコースを欠く。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較した場合に以下の特性の1以上を有する:(i)エフェクター機能の低下、(ii)抗炎症特性の増強、(iii)レクチンへの結合の増強、(iv)FcγRIIaへの結合の低下、(v)FcγRIIbへの結合の増強、(vi)FcγRIIIaへの結合の低下、および(v)FcγRIIIbへの結合の低下。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して低下したエフェクター機能を有する。1つの実施形態においては、該エフェクター機能はADCCである。もう1つの実施形態においては、該エフェクター機能はCDCである。もう1つの実施形態においては、該エフェクター機能はADCPである。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して低下したADCC活性を有する。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはADCC活性における少なくとも100倍の低下を伴う。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはADCC活性における少なくとも500倍の低下を伴う。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはADCC活性における少なくとも1000倍の低下を伴う。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、検出可能なADCC活性を有さない。
もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して低下したADCP活性を有する。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、検出可能なADCP活性を有さない。
もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して低下したCDC活性を有する。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはCDC活性における少なくとも100倍の低下を伴う。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、検出可能なCDC活性を有さない。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較した場合に以下の特性を有する:(i)FcγRIIaへの結合の低下、(ii)FcγRIIbへの結合の増強、(iii)FcγRIIIaへの結合の低下、および(iv)FcγRIIIbへの結合の低下。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較した場合に以下の特性を有する:(i)FcγRIIaへの結合の低下、(ii)FcγRIIbへの結合の増強、および(iii)FcγRIIIaへの結合の低下。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、FcγRIIa、FcγRIIIaまたはFcγRIIIbへの検出可能な結合を示さない。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、ELISAアッセイを用いて結合が検出された場合に、FcγRIIa、FcγRIIIa、FcγRIIIbへの検出可能な結合を示さない。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して少なくとも2倍増加したアフィニティでFcγRIIbに結合する。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して少なくとも4倍増加したアフィニティでFcγRIIbに結合する。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して増強した抗炎症特性を有する。
1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドは天然Fc領域を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはF243A突然変異を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはV264A突然変異を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはF243A突然変異およびV264A突然変異を含む。
本発明はまた、(i)Fc含有ポリペプチドを産生するように遺伝的に操作された宿主細胞を準備し(ここで、該宿主細胞は、Fc領域のアミノ酸位置243、264、267および328位に突然変異をコードする核酸を含み、ここで、番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)、(ii)該Fc含有ポリペプチドの発現を引き起こす条件下で該宿主細胞を培養し、(iii)該宿主細胞から該Fc含有ポリペプチドを単離することを含む、宿主細胞におけるFc含有ポリペプチドの製造方法を含む。1つの実施形態においては、該核酸がコードする243位の突然変異は、F243A、F243G、F243S、F243T、F243V、F243L、F243I、F243D、F243Y、F243E、F243R、F243WおよびF243Kからなる群から選択され、264位の突然変異は、V264A、V264G、V264S、V264T、V264D、V264E、V264K、V264W、V264H、V264P、V264N、V264QおよびV264Lからなる群から選択され、267位の突然変異は、S267D、S267Y、S267Tからなる群から選択され、328位の突然変異は、L328Y、L328W、L328Hからなる群から選択される。1つの実施形態においては、243および264位の突然変異は、F243AおよびV264A、F243YおよびV264G、F243TおよびV264G、F243LおよびV264A、F243LおよびV264N、ならびにF243VおよびV264Gからなる群から選択される。1つの実施形態においては、該核酸は突然変異F243A、V264A、S267EおよびL328Fをコードしている。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは抗体または抗体フラグメントである。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、配列番号7、配列番号8または配列番号17を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、配列番号7、配列番号8または配列番号17からなる(または実質的になる)抗体フラグメントである。
1つの実施形態においては、Fc含有ポリペプチドの製造方法を哺乳類細胞において実施する。もう1つの実施形態においては、Fc含有ポリペプチドの製造方法を植物細胞において実施する。もう1つの実施形態においては、Fc含有ポリペプチドの製造方法を細菌において実施する。もう1つの実施形態においては、Fc含有ポリペプチドの製造方法を昆虫細胞において実施する。もう1つの実施形態においては、Fc含有ポリペプチドの製造方法を下等真核細胞において実施する。もう1つの実施形態においては、Fc含有ポリペプチドの製造方法を酵母細胞において実施する。1つの実施形態においては、Fc含有ポリペプチドの製造方法をピチア・パストリス(Pichia pastoris)において実施する。
1つの実施形態においては、特許請求している方法により製造されるFc含有ポリペプチドは、シアル酸(NANA、NGNAならびにそれらの類似体および誘導体を含む)を含むN−グリカンを含む。1つの実施形態においては、特許請求している方法により製造されるFc含有ポリペプチドは、該Fc含有ポリペプチド上のN−グリカンの少なくとも40モル%、70モル%または90モル%がシアル酸化されている(SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcまたはSAGalGlcNAcMan5GlcNAcから選択される構造を有する)、N−グリカン組成を有する。1つの実施形態においては、特許請求している方法により製造されるFc含有ポリペプチドはα−2,3およびα−2,6結合シアル酸の混合物を含む。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはα−2,6結合シアル酸のみを含む。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドはα−2,6結合シアル酸を含み、検出可能なレベルのα−2,3結合シアル酸を含まない。1つの実施形態においては、該シアル酸はN−アセチルノイラミン酸(NANA)またはN−グリコリルノイラミン酸(NGNA)またはそれらの混合物である。もう1つの実施形態においては、該シアル酸は、該シアル酸上の9位にアセチル化を含有するNANAまたはNGNAの類似体または誘導体である。1つの実施形態においては、特許請求している方法により製造されるFc含有ポリペプチド上のN−グリカンはNANAを含み、NGNAを含まない。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチド上のN−グリカンはα−2,6結合NANAを含む(そしてNGNAを含まない)。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcまたはSAGalGlcNAcMan5GlcNAc(ここで、該シアル酸残基はα−2,6結合を介して存在する)から選択される構造を含むシアル酸化N−グリカンを含む抗体または抗体フラグメントである。
特許請求している方法により製造されるFc含有ポリペプチド上のN−グリカンは、所望により、フコースを含みうる。1つの実施形態においては、特許請求している方法により製造されるFc含有ポリペプチド上のN−グリカンはフコシル化N−グリカンと非フコシル化N−グリカンとの混合物を含む。1つの実施形態においては、特許請求している方法により製造されるFc含有ポリペプチド上のN−グリカンはフコースを欠く。
1つの実施形態においては、特許請求している方法により製造されるFc含有ポリペプチドは、全シアル酸化N−グリカンの量および比率が親Fc含有ポリペプチドと比較して増加している、N−グリカン組成を有する。
幾つかの実施形態においては、特許請求している方法により製造されるFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較した場合に以下の特性の1以上を有する:(i)エフェクター機能の低下、(ii)抗炎症特性の増強、(iii)レクチン(例えば、CD22(Siglec2))への結合の増強、(iv)FcγRIIaへの結合の低下、(v)FcγRIIbへの結合の増強、(vi)FcγRIIIaへの結合の低下、および(v)FcγRIIIbへの結合の低下。
1つの実施形態においては、特許請求している方法により製造されるFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して低下したエフェクター機能を有する。1つの実施形態においては、該エフェクター機能はADCCである。もう1つの実施形態においては、該エフェクター機能はCDCである。もう1つの実施形態においては、該エフェクター機能はADCPである。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して低下したADCC活性を有する。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはADCC活性における少なくとも100倍の低下を伴う。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはADCC活性における少なくとも500倍の低下を伴う。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはADCC活性における少なくとも1000倍の低下を伴う。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、検出可能なADCC活性を有さない。
もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して低下したADCP活性を有する。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、検出可能なADCP活性を有さない。
もう1つの実施形態においては、特許請求している方法により製造されるFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して低下したCDC活性を有する。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはCDC活性における少なくとも100倍の低下を伴う。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、検出可能なCDC活性を有さない。
1つの実施形態においては、特許請求している方法により製造されるFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較した場合に以下の特性を有する:(i)FcγRIIaへの結合の低下、(ii)FcγRIIbへの結合の増強、(iii)FcγRIIIaへの結合の低下、および(v)FcγRIIIbへの結合の低下。
1つの実施形態においては、特許請求している方法により製造されるFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較した場合に以下の特性を有する:(i)FcγRIIaへの結合の低下、(ii)FcγRIIbへの結合の増強、および(iii)FcγRIIIaへの結合の低下。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、FcγRIIa、FcγRIIIaまたはFcγRIIIbへの検出可能な結合を示さない。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、ELISAアッセイを用いて結合が検出された場合に、FcγRIIa、FcγRIIIaまたはFcγRIIIbへの検出可能な結合を示さない。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して少なくとも2倍増加したアフィニティでFcγRIIbに結合する。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して少なくとも4倍増加したアフィニティでFcγRIIbに結合する。
1つの実施形態においては、特許請求している方法により製造されるFc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して増強した抗炎症特性を有する。
1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドは天然Fc領域を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはF243A突然変異を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはV264A突然変異を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはF243A突然変異およびV264A突然変異を含む。
本発明はまた、親Fc含有ポリペプチドの243、264、267および328位(該番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)に突然変異を導入することを含む、Fc含有ポリペプチドのエフェクター機能を低下させる方法を含み、ここで、該Fc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して低下したエフェクター機能を有する。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは突然変異F243A、V264A、S267EおよびL328Fを含む。1つの実施形態においては、該エフェクター機能はADCCである。もう1つの実施形態においては、該エフェクター機能はCDCである。1つの実施形態においては、該エフェクター機能はADCPである。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは抗体または抗体フラグメントである。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号7を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号8を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号17を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号7、配列番号8または配列番号17からなる(または実質的になる)抗体フラグメントである。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcまたはSAGalGlcNAcMan5GlcNAc(ここで、該シアル酸残基はα−2,6結合を介して存在する)から選択される構造を含むシアル酸化N−グリカンを含む。1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドは天然Fc領域を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはF243A突然変異を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはV264A突然変異を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはF243A突然変異およびV264A突然変異を含む。
本発明はまた、親Fc含有ポリペプチドの243、264、267および328位(該番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)に突然変異を導入することを含む、Fc含有ポリペプチドの抗炎症特性を増強する方法を含み、ここで、該Fc含有ポリペプチドは、親Fc含有ポリペプチドと比較して増強した抗炎症活性を有する。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは突然変異F243A、V264A、S267EおよびL328Fを含む。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは抗体または抗体フラグメントである。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、APRIL、INF−α、BAFF(BLys)、CD22、TNF−α、IL−1、IL−2、IL−4、IL−5、IL−6、IL−8、IL−9、IL−10、IL−12、IL−15、IL−17、IL−18、IL−20、IL−21、IL−22、IL−23、IL−23R、IL−25、IL−27、IL−33、CD2、CD4、CD11A、CD14、CD18、CD19、CD23、CD25、CD38、CD40、CD40L、CD20、CD52、CD64、CD80、CD147、CD200、CD200R、TSLP、TSLPR、PD−1、PDL1、CTLA4、VLA−4、VEGF、PCSK9、α4β7−インテグリン、E−セレクチン、Fact II、ICAM−3、ベータ2−インテグリン、IFNγ、C5、CBL、LCAT、CR3、MDL−1、GITR、ADDL、CGRP、TRKA、IGF1R、RANKL、GTCまたは前記分子のいずれかに対する受容体からなる群から選択される抗原に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメントである。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはTNF−αに結合する。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはHer2に結合する。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはPCSK9に結合する。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、配列番号7を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、配列番号8を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、配列番号17を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、配列番号7または配列番号8または配列番号17からなる(または実質的になる)抗体フラグメントである。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcまたはSAGalGlcNAcMan5GlcNAc(ここで、該シアル酸残基はα−2,6結合を介して存在する)から選択される構造を含むシアル酸化N−グリカンを含む抗体または抗体フラグメントである。1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドは天然Fc領域を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはF243A突然変異を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはV264A突然変異を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはF243A突然変異およびV264A突然変異を含む。
本発明はまた、炎症の治療に有用な親Fc含有ポリペプチド(例えば、炎症に関与する抗原に結合する抗体またはイムノアドヘシン)を選択し、該Fc領域の243、264、267および328位(該番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)に突然変異を導入することを含む、Fc含有ポリペプチドの抗炎症特性を増強する方法を含み、ここで、該Fc含有ポリペプチドは、該親Fc含有ポリペプチドと比較して増強した抗炎症活性を有する。1つの実施形態においては、該核酸は突然変異F243A、V264A、S267EおよびL328Fをコードしている。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは抗体または抗体フラグメントである。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、APRIL、INF−α、BAFF(BLys)、CD22、TNF−α、IL−1、IL−2、IL−4、IL−5、IL−6、IL−8、IL−9、IL−10、IL−12、IL−15、IL−17、IL−18、IL−20、IL−21、IL−22、IL−23、IL−23R、IL−25、IL−27、IL−33、CD2、CD4、CD11A、CD14、CD18、CD19、CD23、CD25、CD38、CD40、CD40L、CD20、CD52、CD64、CD80、CD147、CD200、CD200R、TSLP、TSLPR、PD−1、PDL1、CTLA4、VLA−4、VEGF、PCSK9、α4β7−インテグリン、E−セレクチン、Fact II、ICAM−3、ベータ2−インテグリン、IFNγ、C5、CBL、LCAT、CR3、MDL−1、GITR、ADDL、CGRP、TRKA、IGF1R、RANKL、GTCまたは前記分子のいずれかに対する受容体からなる群から選択される抗原に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメントである。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはTNF−αに結合する。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはHer2に結合する。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはPCSK9に結合する。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号7を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号8を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、配列番号17を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号7または配列番号8または配列番号17からなる(または実質的になる)抗体フラグメントである。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcまたはSAGalGlcNAcMan5GlcNAc(ここで、該シアル酸残基はα−2,6結合を介して存在する)から選択される構造を含むシアル酸化N−グリカンを含む抗体または抗体フラグメントである。1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドは天然Fc領域を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはF243A突然変異を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはV264A突然変異を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはF243A突然変異およびV264A突然変異を含む。
本発明はまた、炎症状態の治療を要する対象における炎症状態の治療方法を含み、該方法は、243、264、267および328位(該番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)に突然変異を含むFc含有ポリペプチドの治療的有効量を該対象に投与することを含む。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、IL−1β、IL−6、RANKL、TRAP、ATP6v0d2、MDL−1、DAP12、CD11b、TIMP−1、MMP9、CTSK、PU−1、MCP1,MIP1α、Cxcl1−Groa、CXcl2−Grob、CD18、TNF、FcγRI、FcγRIIb、FcγRIIIおよびFcγRIVからなる群から選択される遺伝子の発現を低下させる。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは突然変異F243A、V264A、S267EおよびL328Fを含む。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは非経口投与される。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは皮下投与される。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは抗体またはその抗原結合性フラグメントである。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、炎症状態の治療に有用な抗体またはその抗原結合性フラグメントである。1つの実施形態においては、該抗体またはその抗原結合性フラグメントは、APRIL、INF−α、BAFF(BLys)、CD22、TNF−α、IL−1、IL−2、IL−4、IL−5、IL−6、IL−8、IL−9、IL−10、IL−12、IL−15、IL−17、IL−18、IL−20、IL−21、IL−22、IL−23、IL−23R、IL−25、IL−27、IL−33、CD2、CD4、CD11A、CD14、CD18、CD19、CD23、CD25、CD38、CD40、CD40L、CD20、CD52、CD64、CD80、CD147、CD200、CD200R、TSLP、TSLPR、PD−1、PDL1、CTLA4、VLA−4、VEGF、PCSK9、α4β7−インテグリン、E−セレクチン、Fact II、ICAM−3、ベータ2−インテグリン、IFNγ、C5、CBL、LCAT、CR3、MDL−1、GITR、ADDL、CGRP、TRKA、IGF1R、RANKL、GTCまたは前記分子のいずれかに対する受容体からなる群から選択される抗原に結合する。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはTNF−αに結合する。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはHer2に結合する。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはPCSK9に結合する。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号7を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号8を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、配列番号17を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号7または配列番号8または配列番号17からなる(または実質的になる)抗体フラグメントである。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcまたはSAGalGlcNAcMan5GlcNAc(ここで、該シアル酸残基はα−2,6結合を介して存在する)から選択される構造を含むシアル酸化N−グリカンを含む抗体または抗体フラグメントである。
本明細書に開示するもう1つの発明は、Fc含有ポリペプチドを含む医薬組成物に関するものであり、ここで、該Fc含有ポリペプチド上のN−グリカンの少なくとも70%、少なくとも80%または少なくとも90%は、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcおよびSAGalGlcNAcMan5GlcNAcからなる群から選択されるオリゴ糖構造を含み、該Fc含有ポリペプチドは該Fc領域のアミノ酸位置243、264、267および328位(該番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)に突然変異を含む。1つの実施形態においては、該突然変異はF243A、V264A、S267EおよびL328Fである。1つの実施形態においては、該シアル酸化N−グリカンはα−2,3およびα−2,6結合シアル酸の混合物を含む。もう1つの実施形態においては、該シアル酸化N−グリカンはα−2,6結合シアル酸のみを含む。もう1つの実施形態においては、該シアル酸化N−グリカンはα−2,6結合シアル酸を含み、検出可能なレベルのα−2,3結合シアル酸を含まない。1つの実施形態においては、該シアル酸はN−アセチルノイラミン酸(NANA)もしくはN−グリコリルノイラミン酸(NGNA)またはそれらの混合物である。もう1つの実施形態においては、該シアル酸は、シアル酸の9位にアセチル化を含有するNANAまたはNGNAの類似体または誘導体である。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチド上のN−グリカンはNANAを含み、NGNAを含まない。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号7を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号8を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、配列番号17を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号7または配列番号8または配列番号17からなる(または実質的になる)抗体フラグメントである。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcまたはSAGalGlcNAcMan5GlcNAc(ここで、該シアル酸残基はα−2,6結合を介して存在する)から選択される構造を含むシアル酸化N−グリカンを含む抗体または抗体フラグメントである。
本明細書に開示するもう1つの発明は、Fc含有ポリペプチドを含む医薬組成物に関するものであり、ここで、該Fc含有ポリペプチド上のN−グリカンの少なくとも70%、80%または90%は、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcおよびSAGalGlcNAcMan5GlcNAcからなる群から選択されるオリゴ糖構造を含み、ここで、該シアル酸残基は専らα−2,6結合により結合しており、該N−グリカンはフコースを欠き、該Fc含有ポリペプチドは該Fc領域のアミノ酸位置243、264、267および328位(該番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)に突然変異を含む。1つの実施形態においては、該突然変異はF243A、V264A、S267EおよびL328Fである。1つの実施形態においては、該シアル酸化N−グリカンはα−2,3およびα−2,6結合シアル酸の混合物を含む。もう1つの実施形態においては、該シアル酸化N−グリカンはα−2,6結合シアル酸のみを含む。もう1つの実施形態においては、該シアル酸化N−グリカンはα−2,6結合シアル酸を含み、検出可能なレベルのα−2,3結合シアル酸を含まない。1つの実施形態においては、該シアル酸はN−アセチルノイラミン酸(NANA)もしくはN−グリコリルノイラミン酸(NGNA)またはそれらの混合物である。もう1つの実施形態においては、該シアル酸は、シアル酸の9位にアセチル化を含有するNANAまたはNGNAの類似体または誘導体である。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチド上のN−グリカンはNANAを含み、NGNAを含まない。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチド上のN−グリカンはα−2,6結合NANAを含む(そしてNGNAを含まない)。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号7を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号8を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、配列番号17を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号7または配列番号8または配列番号17からなる(または実質的になる)抗体フラグメントである。
本発明はまた、重鎖と軽鎖とを含むFc含有ポリペプチドを含み、ここで、該重鎖は配列番号4のアミノ酸配列またはその変異体を含み、該軽鎖は配列番号2のアミノ酸配列またはその変異体を含み、ここで、該変異体は、配列番号1の重鎖アミノ酸配列と配列番号2の軽鎖アミノ酸配列とを含む抗体と比較した場合に以下の特性の1以上を有する:(i)エフェクター機能の低下、(ii)抗炎症特性の増強、(iii)レクチン(例えば、CD22(Siglec2))への結合の増強、(iv)FcγRIIaへの結合の低下、(v)FcγRIIbへの結合の増強、(vi)FcγRIIIaへの結合の低下、および(vii)FcγRIIIbへの結合の低下。1つの実施形態においては、該変異体は0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個まで又はそれ以上の保存的または非保存的アミノ酸置換を含む。1つの実施形態においては、該変異体は、特許請求している配列に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、98%または99%の配列同一性を含む。
本発明はまた、重鎖と軽鎖とを含むFc含有ポリペプチドを含み、ここで、該重鎖は配列番号4のアミノ酸配列またはその変異体を含み、該軽鎖は配列番号2のアミノ酸配列またはその変異体を含み、ここで、該変異体は、配列番号3の重鎖アミノ酸配列と配列番号2の軽鎖アミノ酸配列とを含む抗体と比較した場合に以下の特性の1以上を有する:(i)エフェクター機能の低下、(ii)抗炎症特性の増強、(iii)レクチン(例えば、CD22(Siglec2))への結合の増強、(iv)FcγRIIaへの結合の低下、(v)FcγRIIbへの結合の増強、(vi)FcγRIIIaへの結合の低下、および(vii)FcγRIIIbへの結合の低下。1つの実施形態においては、該変異体は0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個まで又はそれ以上の保存的または非保存的アミノ酸置換を含む。1つの実施形態においては、該変異体は、特許請求している配列に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、98%または99%の配列同一性を含む。
発明の詳細な説明
定義
本明細書中で用いる「G0」なる語は、ガラクトースもフコースも含有しない複合二分岐オリゴ糖GlcNAcManGlcNAcを意味する。
本明細書中で用いる「G1」なる語は、フコースを含有せず1個のガラクトシル残基を含有する複合二分岐オリゴ糖GalGlcNAcManGlcNAcを意味する。
本明細書中で用いる「G2」なる語は、フコースを含有せず2個のガラクトシル残基を含有する複合二分岐オリゴ糖GalGlcNAcManGlcNAcを意味する。
本明細書中で用いる「G0F」なる語は、コアフコースを含有しガラクトースを含有しない複合二分岐オリゴ糖GlcNAcManGlcNAcFを意味する。
本明細書中で用いる「G1F」なる語は、コアフコースおよび1個のガラクトシル残基を含有する複合二分岐オリゴ糖GalGlcNAcManGlcNAcFを意味する。
本明細書中で用いる「G2F」なる語は、コアフコースおよび2個のガラクトシル残基を含有する複合二分岐オリゴ糖GalGlcNAcManGlcNAcFを意味する。
本明細書中で用いる「Man5」なる語は、以下に示すオリゴ糖構造を意味する。
Figure 2014517846
本明細書中で用いる「M4」なる語はオリゴ糖Man4GlcNAc2を意味する。
本明細書中で用いる「M5」なる語はオリゴ糖Man5GlcNAc2を意味する。
本明細書中で用いる「A1」なる語はオリゴ糖NANA1Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2を意味する。
本明細書中で用いる「A1H」なる語はオリゴ糖NANA1GalMan(3−5)GlcNAc2を意味する。
本明細書中で用いる「A2」なる語はオリゴ糖NANA2Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2を意味する。
本明細書中で用いる「GFI5.0」なる語は、GalGlcNAcManGlcNAc N−グリカンを主に有する糖タンパク質を産生する糖操作されたピチア・パストリス(Pichia pastoris)株を意味する。
本明細書中で用いる「GFI6.0」なる語は、NANAGalGlcNAcManGlcNAc N−グリカンを主に有する糖タンパク質を産生する糖操作されたピチア・パストリス(Pichia pastoris)株を意味する。
本明細書中で用いる「GS5.0」なる語はN−グリコシル化構造GalGlcNAcManGlcNAcを意味する。
本明細書中で用いる「GS5.5」なる語は、N−グリコシル化構造NANAGalGlcNAcManGlcNAcを意味し、これは、α2,6シアリルトランスフェラーゼが糖操作されているピチア・パストリス(Pichia pastoris)株において産生された場合にはα2,6結合シアル酸を与え、α2,3シアリルトランスフェラーゼが糖操作されているピチア・パストリス(Pichia pastoris)株において産生された場合にはα2,3結合シアル酸を与える。
本明細書中で用いる「GS6.0」なる語は、N−グリコシル化構造NANAGalGlcNAcManGlcNAcを意味し、これは、α2,6シアリルトランスフェラーゼが糖操作されているピチア・パストリス(Pichia pastoris)株において産生された場合にはα2,6結合シアル酸を与え、α2,3シアリルトランスフェラーゼが糖操作されているピチア・パストリス(Pichia pastoris)株において産生された場合にはα2,3結合シアル酸を与える。
ピチア・パストリス(Pichia pastoris)株に関して本明細書中で用いる「野生型」または「wt」なる語は、グリコシル化を制御するための遺伝的修飾に付されていない天然ピチア・パストリス(Pichia pastoris)株を意味する。
本明細書中で用いる「抗体」なる語は、免疫グロブリン分子の可変領域内に位置する少なくとも1つの抗原認識部位を介して特異的抗原に結合しうる免疫グロブリン分子を意味する。本明細書中で用いる該用語は、4つのポリペプチド鎖、すなわち、2つの同一ペアのポリペプチド鎖[各ペアは1つの「軽」鎖(LC)(約25kDa)および1つの「重」鎖(HC)(約50〜70kDa)を有する]からなる完全ポリクローナルまたはモノクローナル抗体だけでなく、それらのフラグメント、例えばFab、Fab’、F(ab’)、Fv、一本鎖(ScFv)、それらの突然変異体、抗体部分を含む融合タンパク質、および免疫グロブリン分子のいずれかの他の修飾形態(C2ドメインのN結合グリコシル化部位を含む重鎖免疫グロブリン定常領域のC2ドメインの少なくとも一部と抗原認識部位とを含むもの)、またはそれらの変異体をも含む。本明細書中で用いる該用語は、それぞれIgG(例えばIgG1、IgG2、IgG3またはIgG4)、IgM、IgA、IgDおよびIgEのようないずれかのクラスの抗体を含む。
本明細書中で用いる「C2のコンセンサス配列」なる語は、種々の抗体のC2ドメインにおいて見出される最も共通しているアミノ酸配列に由来するN結合グリコシル化部位を含有する重鎖定常領域のC2ドメインのアミノ酸配列を意味する。
「Fc領域」なる語は、免疫グロブリン重鎖のC末端領域を示すために用いられる。「Fc領域」は天然配列Fc領域または変異体Fc領域でありうる。免疫グロブリン重鎖のFc領域の境界は様々でありうるが、ヒトIgG重鎖Fc領域は、通常、Cys226位またはPro230位のアミノ酸残基からそのカルボキシル末端までと定義される。免疫グロブリンのFc領域は2つの定常ドメインCH2およびCH3を含み、所望により、ヒンジ領域を含みうる。1つの実施形態においては、該Fc領域は配列番号7のアミノ酸配列を含む。1つの実施形態においては、該Fc領域は配列番号8のアミノ酸配列を含む。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、配列番号17を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc領域は、3’末端におけるリシン(K)残基の付加を伴う配列番号7または配列番号8のアミノ酸配列を含む。該Fc領域は、抗体の完全長重鎖のAsn297部位に対応するCH2ドメインにおける単一のN結合グリコシル化部位を含有する。
「Fc含有ポリペプチド」なる語は、Fc領域を含む、例えば抗体またはイムノアドヘシンのようなポリぺプチドを意味する。この用語は、Fc領域を含む又はFc領域からなる(または実質的になる)ポリペプチドを含む。Fc領域を含むポリペプチドは抗体のパパイン消化または組換えDNA技術により製造されうる。
本明細書中で用いる「親抗体」、「親免疫グロブリン」または「親Fc含有ポリペプチド」なる語は、本明細書に開示されているFc領域突然変異を欠く抗体またはFc含有ポリペプチドを意味する。親Fc含有ポリペプチドは、天然配列Fc領域、または既存アミノ酸配列修飾を含有するFc領域を含みうる。天然配列Fc領域は、天然で見出されるFc領域のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を含む。天然配列Fc領域は、天然配列ヒトIgG1 Fc領域、天然配列ヒトIgG2 Fc領域、天然配列ヒトIgG3 Fc領域および天然配列ヒトIgG4 Fc領域ならびに天然で見出されるそれらの変異体を含む。親抗体または親Fc含有ポリペプチドは、比較手段として使用される場合、いずれかの細胞内で発現されうる。1つの実施形態においては、親抗体または親Fc含有ポリペプチドは本発明のFc含有ポリペプチドと同じ細胞内で発現される。
本明細書中で用いる「イムノアドヘシン」なる語は、免疫グロブリン定常ドメインと異種「アドヘシン」タンパク質(例えば、受容体、リガンドまたは酵素)の「結合ドメイン」とを併せ持つ抗体様分子を示す。構造的には、イムノアドヘシンは、抗体の抗原認識および結合部位(抗原合体部位)以外である(すなわち、「異種」である)所望の結合特異性を有するアドヘシンアミノ酸配列と免疫グロブリン定常ドメイン配列との融合体を含む。本明細書中で用いる「リガンド結合ドメイン」なる語は、いずれかの天然細胞表面受容体、または対応天然受容体の少なくとも定性的リガンド結合能を保有するそのいずれかの領域もしくは誘導体を意味する。特定の実施形態においては、該受容体は、免疫グロブリンスーパー遺伝子ファミリーのメンバーに相同である細胞外ドメインを有する細胞表面ポリペプチドからのものである。免疫グロブリンスーパー遺伝子ファミリーのメンバーではないが、この定義に尚も明確に含まれる他の受容体としては、サイトカインに対する受容体、特に、チロシンキナーゼ活性を有する受容体(受容体チロシンキナーゼ)、ヘマトポエチンおよび神経成長因子のメンバー(問題の障害に哺乳動物が罹患する素因を与えるもの)が挙げられる。1つの実施形態においては、該障害は癌である。イムノアドヘシンの製造方法は当技術分野でよく知られている。例えば、WO00/42072を参照されたい。
「1F11」と称される抗体は、実施例2に開示されているアミノ酸配列を有するヒト化抗PCSK9抗体を意味する。
「Herceptin(登録商標)」なる語は、ラスツズマブ(rastuzumab)としても公知の、CHO細胞において産生された市販の抗Her2抗体を意味する。
本明細書中で用いる「Fc突然変異タンパク質抗体」なる語は、本明細書に記載されている単一Fc突然変異タンパク質または二重Fc突然変異タンパク質の1つを含む抗体を意味する。
本明細書中で用いる「Fc突然変異タンパク質」なる語は、Fc領域に1以上の点突然変異が施されているFc含有ポリペプチドを意味する。
本明細書中で用いる「Fc突然変異」なる語は、Fc含有ポリペプチドのFc領域に施された突然変異を意味する。そのような突然変異の例には、本明細書に記載されているF243A、V264A、S267EまたはL328F突然変異が含まれる。
「F243A」なる語は抗体重鎖のFc領域の243位におけるF(野生型)からAへの突然変異を意味する。「V264A」なる語は抗体重鎖のFc領域の264位におけるV(野生型)からAへの突然変異を意味する。「S267E」なる語は抗体重鎖のFc領域の267位におけるS(野生型)からEへの突然変異を意味する。「L328F」なる語は抗体重鎖のFc領域の328位におけるL(野生型)からFへの突然変異を意味する。243、264、267および328位は、EU番号付け系に基づく、抗体重鎖のFc含有ポリペプチドのFc領域のCH2ドメインにおけるアミノ酸位置を表す。
本明細書中で用いる「二重Fc突然変異タンパク質」または「DM」なる語は、Fc領域の243位および264位に突然変異を含むFc含有ポリペプチドを意味する。「F243A/V264A」なる語は、2つの特定されている突然変異を含む二重Fc突然変異タンパク質を意味する。
本明細書中で用いる「四重Fc突然変異タンパク質」または「QM」なる語は、抗体重鎖のFc領域の243、264、267および328位に突然変異を含むFc含有ポリペプチドを意味する。「F243A/V264A/S267E/L328F」なる語は、4つの特定されている突然変異を含む四重Fc突然変異タンパク質を意味する。
本明細書および特許請求の範囲の全体において、免疫グロブリン重鎖またはFc含有ポリペプチドにおける残基の番号は、Kabatiら,Sequences of Proteins of Immunological Interest 5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991)(これを参照により明示的に本明細書に組み入れることとする)におけるものと同様のEUインデックスのものである。「Kabatにおけるものと同様のEUインデックス」はヒトIgG1 EU抗体の残基番号付けを意味する。
本明細書中で用いる「エフェクター機能」なる語は、Fc受容体またはリガンドとの抗体Fc領域の相互作用から生じる生化学的事象を意味する。典型的な「エフェクター機能」には、Clq結合;補体依存性細胞傷害;Fc受容体結合;抗体依存性細胞性細胞傷害(ADCC);食作用;細胞表面受容体(例えば、B細胞受容体;BCR)のダウンレギュレーションなどが含まれる。そのようなエフェクター機能は、当技術分野で公知の種々のアッセイを用いて評価されうる。
本明細書中で用いる「糖操作(された)ピチア・パストリス(Pichia pastoris)」なる語は、ヒト様N−グリカンを発現するように遺伝的に改変されているピチア・パストリス(Pichia pastoris)株、例えば前記のGFI5.0、GFI5.5およびGFI6.0株を意味する。
本明細書中で用いる「N−グリカン」、「糖タンパク質」および「グリコフォーム(糖形態)」なる語は、N結合オリゴ糖、例えば、ポリペプチドのアスパラギン残基にアスパラギン−N−アセチルグルコサミン結合により結合しているN結合オリゴ糖を意味する。糖タンパク質上に見出される主な糖としては、グルコース、ガラクトース、マンノース、フコース、N−アセチルガラクトサミン(GalNAc)、N−アセチルグルコサミン(GlcNAc)およびシアル酸(SA、例えばNANA、NGNAならびにそれらの誘導体および類似体、例えばアセチル化NANAまたはアセチル化NGNA)が挙げられる。糖操作ピチア・パストリス(Pichia pastoris)においては、シアル酸は専らN−アセチル−ノイラミン酸(NANA)である(Hamiltonら,Science 313(5792):1441−1443(2006))。N−グリカンはManGlcNAcの共通の五糖コアを有し、ここで、「Man」はマンノースを意味し、「Glc」はグルコースを意味し、「NAc」はN−アセチルを意味し、GlcNAcはN−アセチルグルコサミンを意味する。N−グリカンは、「トリマンノースコア」、「五糖コア」または「小(pauci)マンノースコア」とも称されるManGlcNAc(「Man3」)コア構造に付加される周辺糖(例えば、GlcNAc、ガラクトース、フコースおよびシアル酸)を含む分岐(アンテナ)の数において異なる。N−グリカンは、その分岐(分枝)構成成分に従い分類される(例えば、高マンノース、複合またはハイブリッド)。
本明細書中で用いる「シアル酸」または「SA」なる語は、限定的ではないが以下のものを含むシアル酸ファミリーのいずれかのメンバーを意味する:N−アセチルノイラミン酸(Neu5AcまたはNANA)、N−グリコリルノイラミン酸(NGNA)およびそれらのいずれかの類似体または誘導体(該シアル酸分子上のいずれかの位置におけるアセチル化により生じるものを含む)。シアル酸は、多数の複合糖質の必須成分である約30個の天然に存在する酸性炭水化物の一群に関する一般名である。Schauer,Biochem.Society Transactions,11,270−271(1983)。シアル酸は、通常、オリゴ糖の末端残基である。N−アセチルノイラミン酸(NANA)は最も一般的なシアル酸形態であり、N−グリコリルノイラミン酸(NGNA)はそれに続く2番目に一般的な形態である。Schauer,Glycobiology,1,449−452(1991)。NGNAは動物界全体に広範囲に広まっており、種および組織に応じて、しばしば、複合糖質結合シアル酸の相当な割合を占める。ある種、例えばニワトリおよびヒトは例外的である。なぜなら、それらは正常組織においてNGNAを欠くからである。Corfieldら,Cell Biology Monographs,10,5−50(1982)。ヒト血清サンプルにおいては、NGNAの形態のシアル酸の割合は全シアル酸の0.01%であると報告されている。Schauer,“Sialic Acids as Antigenic Determinants of Complex Carbohydrate”[The Molecular Immunology of Complex Carbohydrates,(Plenum Press,New York,1988)中に見出される]。
本明細書中で用いる「ヒト様N−グリカン」なる語は、未操作野生型ヒト細胞により産生されるオリゴ糖に酷似しているN結合オリゴ糖を意味する。例えば、野生型ピチア・パストリス(Pichia pastoris)および他の下等真核細胞は、典型的に、N−グリコシル化部位における高マンノシル化タンパク質を産生する。本明細書に記載されている宿主細胞は、高マンノシル化されていないヒト様N−グリカンを含む糖タンパク質(例えば、抗体)を産生する。幾つかの実施形態においては、本発明の宿主細胞は、ハイブリッドおよび/または複合N−グリカンを伴うヒト様N−グリカンを産生しうる。本発明の宿主細胞から産生される個々の糖タンパク質上に存在する個々のタイプの「ヒト様」グリカンは、該宿主細胞において行われる個々の糖操作工程に左右されるであろう。
本明細書中で用いる「高マンノース」型N−グリカンなる語は、5個以上のマンノース残基を有するN−グリカンを意味する。
本明細書中で用いる「複合」型N−グリカンなる語は、「トリマンノース」コアの1,6マンノースアームに結合した少なくとも1つのGlcNAcと、1,3マンノースアームに結合した少なくとも1つのGlcNAcとを有するN−グリカンを意味する。複合N−グリカンは、シアル酸または誘導体(例えば、「NANA」または「NeuAc」が挙げられ、ここで、「Neu」はノイラミン酸を意味し、「Ac」はアセチルを意味する)で修飾されることがあるガラクトース(「Gal」)またはN−アセチルガラクトサミン(「GalNAc」)残基をも有しうる。複合N−グリカンは、コアフコース(「Fuc」)および「二分岐(bisecting)」GlcNAcを含む鎖内置換をも有しうる。一例として、N−グリカンがトリマンノースコア上に二分岐GlcNAcを含む場合、該構造はManGlcNAc(GlcNAc)またはManGlcNAcと表されうる。N−グリカンが、トリマンノースコアに結合したコアフコースを含む場合、該構造はManGlcNAc(Fuc)と表されうる。複合N−グリカンはまた、「トリマンノース・コア」上に複数のアンテナを有することが可能であり、これは、しばしば、「多アンテナグリカン」と称される。
本明細書中で用いる「ハイブリッド」N−グリカンなる語は、トリマンノースコアの1,3マンノースアームの末端における少なくとも1つのGlcNAcと、トリマンノースコアの1,6マンノースアーム上の0個または2個以上のマンノースとを有するN−グリカンを意味する。
糖タンパク質の調製物中に存在するグリカンの「モル%(モル百分率)」に言及する場合、この用語は、該タンパク質調製物をPNGアーゼで処理し、ついで、グリコフォーム組成により影響されない方法(例えば、PNGアーゼにより遊離したグリカンプールを2−アミノベンズアミドのような蛍光タグで標識し、ついで高速液体クロマトグラフィーまたはキャピラリー電気泳動により分離し、ついで蛍光強度によりグリカンを定量すること)により定量した場合に遊離したN結合オリゴ糖のプール内に存在する特定のグリカンのモル%を意味する。例えば、50モル%のNANAGalGlcNAcManGlcNAcは、遊離したグリカンの50%がNANAGalGlcNAcManGlcNAcであり、残りの50%が他のN結合オリゴ糖から構成されることを意味する。
本明細書中で用いる「抗炎症抗体」なる語は、炎症を治療するために使用されることが意図される抗体を意味する。Fc含有ポリペプチドの抗炎症特性は、当技術分野で公知のいずれかの方法を用いて測定されうる。1つの実施形態においては、Fc含有ポリペプチドの抗炎症特性は、動物モデル、例えば、Kanekoら,Science 313:670−673(2006),Anthonyら,Science 320:373−376(2008)および本明細書中の実施例20〜21に記載されているモデルを使用して測定される。もう1つの実施形態においては、Fc含有ポリペプチドの抗炎症特性は、炎症に関連した生物マーカー(限定的なものではないが以下のものを含む:CRP、炎症性サイトカイン、例えば腫瘍壊死因子(TNF−アルファ)、インターフェロン−ガンマ、インターロイキン6(IL−6、IL−8、IL−10、ケモカイン、凝血マーカーD−二量体、sCD14、腸脂肪酸結合ペプチド(IFABP)およびヒアルロン酸)のレベルを決定することにより測定される。1つの実施形態においては、Fc含有ポリペプチドの抗炎症特性は、当技術分野で公知の方法を用いてC−反応性タンパク質(CRP)のレベルを決定することにより測定される。C−反応性タンパク質のレベルの減少は、該Fc含有ポリペプチドが抗炎症特性を有することを示している。
「保存的に修飾された変異体」または「保存的置換」は、タンパク質中のアミノ酸が、類似特性(例えば、電荷、側鎖サイズ、疎水性/親水性、バックボーンコンホメーションおよび剛性など)を有する他のアミノ酸により置換されることを意味し、この場合、該変化は、しばしば、該タンパク質の生物活性を変化させずに施されうる。一般に、ポリペプチドの非必須領域における単一アミノ酸置換は生物活性を実質的に変化させない、と当業者は認識している(例えば、Watsonら(1987)Molecular Biology of the Gene,The Benjamin/Cummings Pub.Co.,p.224(4th Ed.)を参照されたい)。また、構造的または機能的に類似したアミノ酸の置換は、生物活性を損なう可能性が低い。典型的な保存的置換を以下に列挙する。
Figure 2014517846
Fc領域のAsn297(EU番号付け系に準拠)における免疫グロブリンG(IgG)のグリコシル化は、抗体依存性細胞性細胞傷害(ADCC)および補体依存性細胞傷害(CDC)を含むエフェクター経路の最適な認識および活性化に必要であることが示されている。Wright & Morrison,Trends in Biotechnology,15:26−31(1997),Tao & Morrison,J.Immunol.,143(8):2595−2601(1989)。したがって、IgGの定常領域におけるグリコシル化操作は治療用モノクローナル抗体(mAb)の開発のための活発な研究の領域になっている。Asn297におけるN結合グリコシル化の存在は、ADCC(Rothman(1989),Lifelyら,Glycobiology,5:813−822(1995),Umana(1999),Shields(2002)およびShinkawa(2003))および補体依存性細胞傷害(CDC)(Hodoniczkyら,Biotechnol Prog.,21(6):1644−1652(2005)およびJefferisら,Chem.Immunol.,65:111−128(1997))を含む免疫エフェクター機能アッセイにおけるmAb活性に決定的に重要であることが確認されている。機能に対するこの効果は、グリコシル化Fcドメインがとる特異的コンホメーションによるものであると考えられており、これは、グリコシル化が存在しない場合には欠如しているようである。より詳しくは、Fc C2ドメインにおけるグリコシル化を欠くIgGは、FcγRI、FcγRIIおよびFcγRIIIを含むFcγRに結合しない(Rothman(1989))。
抗体のエフェクター機能においてはグリコシル化の存在が何らかの役割を果たしているようであるが、それだけではなく、N結合オリゴ糖の個々の組成も重要である。例えば、フコースの存在はインビトロFcγRIIIa結合およびインビトロADCCに対して顕著な効果を示す(Rothman(1989)およびLiら,Nat.Biotechnol.24(2):2100−215(2006))。哺乳類細胞培養、例えばCHOまたはNS0により産生される組換え抗体は、主にフコシル化されているN結合オリゴ糖を含有する(Hosslerら,Biotechnology and Bioengineering,95(5):946−960(2006),Umana(1999)およびJefferisら,Biotechnol.Prog.21:11−16(2005))。また、Fc領域におけるシアル酸化が抗体に抗炎症特性を付与しうるという証拠が存在する。シアル酸化形態を富化するためにレクチンカラムで精製された静脈内用免疫グロブリン(IVIG)は、シアル酸化Fcフラグメントに限定された顕著な抗炎症効果を示し、抑制性受容体FcγRIIbの発現の増強に関連づけられた(NimmerjahnおよびRavetch.,J.Exp.Med.204:11−15(2007))。
哺乳類細胞系に由来する抗体のFc領域におけるグリコシル化は、典型的に、グリコフォームの異種混合物からなり、主要形態は、典型的に、複合フコシル化グリコフォーム、すなわち、G0F、G1Fおよびそれらより低い比率のG2Fから構成される。G0F構造への不完全なガラクトース転移を引き起こす考えられうる状態には、限定的なものではないが、非最適化ガラクトース転移装置(例えば、β−1,4ガラクトシルトランスフェラーゼ)、およびゴルジ装置内への劣悪なUDP−ガラクトース輸送、最適未満の細胞培養およびタンパク質発現条件、ならびに該オリゴ糖に隣接するアミノ酸残基による立体障害が含まれる。これらの状態のそれぞれは末端ガラクトースの最終的な度合を調節しうるが、Fcオリゴ糖への後続のシアル酸転移は、C2ドメインの、閉じたポケット立体配置により抑制されると考えられている。例えば、図1、Jefferis,R.,Nature Biotech.,24(10):1230−1231,2006を参照されたい。適正な末端単糖、特にガラクトースの非存在下または不十分な末端ガラクトシル化形態の存在下では、治療用タンパク質として作用しうるシアル酸化形態を産生する可能性は、シアリルトランスフェラーゼの存在下で産生された場合であっても、ほとんどない。ヒトIgG−Fcグリコフォームのタンパク質工学および構造分析は、グリコシル化プロファイルがFcコンホメーションにより影響されることを示している。例えば、CHO産生IgG3由来のオリゴ糖上のガラクトースおよびシアル酸のレベルの増加は、Fcポケットからの特定のアミノ酸が、F241、F243、V264、D265およびR301を含むアラニンに突然変異した場合に生じうることが見出された(Lundら,J.Immunol.157(11);4963−4969(1996))。或る突然変異は細胞媒介性スーパーオキシド生成および補体媒介性赤血球溶解(これらは、それぞれ、FcγRIおよびC1q結合に関する代替マーカーとして用いられる)に何らかの影響を及ぼすことが更に示された。
高度に均一なグリコシル化を伴う糖タンパク質を分泌しうる宿主株を得るために酵母を遺伝的に操作することが報告されている。Choiら,PNAS,USA 100(9):5022−5027(2003)は、α1,2マンノシダーゼ触媒ドメインおよびN−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼI触媒ドメインのライブラリーを、触媒ドメインを分泌経路に局在化する真菌II型膜タンパク質リーダー配列のライブラリーと組合せて使用することを記載している。このようにして、均一なManGlcNAcまたはGlcNAcManGlcNAc N−グリカン構造を有するインビボ糖タンパク質を産生する株が単離された。Hamiltonら,Science 313(5792):1441−1443(2006)は、主としてビシアル酸化グリカン構造体GS6.0,NANAGalGlcNAcManGlcNAc(90.5%)およびモノシアル酸化体GS5.5,NANAGalGlcNAcManGlcNAc(7.9%)からなるグリカン組成を有するものとしてピチア・パストリス(Pichia pastoris)において産生された糖タンパク質エリスロポエチンの製造を記載している。しかし、類似株において産生される抗体は、それより著しく低いシアル酸化N−グリカン含量を有するであろう。なぜなら、図4において見られるとおり、該抗体においては末端ガラクトース基質のレベルが相対的に低いからである。また、Fcオリゴ糖のシアル酸化は治療用静脈内用ガンマグロブリンおよびそのFcフラグメントに抗炎症特性を付与すること(Kanekoら,Science 313(5787):670−673(2006))、ならびに該抗炎症活性はシアル酸のα2,6−結合形態には依存するが、α2,3形態には依存しないこと(Anthonyら,Science,320:373−376(2008))が、最近示されている。
宿主生物および細胞系
本発明のFc含有ポリペプチドはいずれかの宿主生物または細胞系において製造されうる。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、シアル酸化N−グリカンを産生しうる宿主細胞において製造される。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは哺乳類細胞において製造されることが可能であり、この場合、該細胞は、内因的に又は遺伝的もしくはプロセス操作により、末端α2−6およびα2−3シアル酸の混合物または末端α2−6シアル酸のみを含有する糖タンパク質を産生する。培養(組織培養)における哺乳類細胞の増殖は常套手段となっている。有用な哺乳類宿主細胞系の具体例としては、SV40により形質転換されたサル腎CV1系(COS−7,ATCC CRL 1651);ヒト胎児腎系(懸濁培養内での増殖のためにサブクローニングされた293または293細胞);乳児ハムスター腎細胞(BHK,ATCC CCL 10);チャイニーズハムスター卵巣細胞/−DHFR(CHO);マウスセルトリ細胞(TM4);サル腎細胞(CV1 ATCC CCL 70);アフリカミドリザル腎細胞(VERO−76,ATCC CRL−1587);ヒト子宮頸癌細胞(HELA,ATCC CCL 2);イヌ腎細胞(MDCK,ATCC CCL 34);バッファローラット肝細胞(BRL 3A,ATCC CRL 1442);ヒト肺細胞(W138,ATCC CCL 75);ヒト肝細胞(Hep G2,HB 8065);マウス乳癌(MMT 060562,ATCC CCL51);TRI細胞;MRC 5細胞;FS4細胞;ハイブリドーマ細胞系;NS0;SP2/0;およびヒト肝癌系(Hep G2)が挙げられる。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、シアル酸化N−グリカンを産生するように操作された植物細胞において製造されうる。例えば、Coxら,Nature Biotechnology(2006)24,1591−1597(2006)およびCastilhoら,J.Biol.Chem.285(21):15923−15930(2010)を参照されたい。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、シアル酸化N−グリカンを産生するように操作された昆虫細胞において製造されうる。例えば、HarrisonおよびJarvis,Adv.Virus Res.68:159−91(2006)を参照されたい。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、シアル酸化N−グリカンを産生するように操作された細菌細胞において製造されうる。例えば、Lizakら,Bioconiueate Chem.22:488−496(2011)を参照されたい。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは下等真核宿主細胞または生物において製造されうる。最近の進歩は、下等真核宿主生物、酵母および糸状菌、例えばピチア・パストリス(Pichia pastoris)における完全ヒト化治療用物質の製造を可能にしている(Gerngrossら,米国特許第7,029,872号および米国特許第7,449,308号(それらの開示を参照により本明細書に組み入れることとする))。Jacobsら,Nature Protocols 4(1):58−70(2009)も参照されたい。
FcγRおよびC1q結合の低下に基づけば、親抗体と比較して低下したエフェクター機能を有する組換えグリコシル化抗体を製造するために本明細書に記載の材料および方法が使用可能である。このようにして本発明の方法によりピチア・パストリス(Pichia pastoris)において製造された抗体は、特異的Fc突然変異を欠く糖操作ピチア・パストリス(Pichia pastoris)細胞において又は自らの内在性グリコシル化装置を保有するピチア・パストリス(Pichia pastoris)宿主細胞において製造された抗体と比較して、エフェクター機能の低下を伴って高収率で製造され、末端α2,6結合シアル酸残基を有する糖タンパク質の主要種を有していた。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、末端シアル酸を含む主要N−グリカンを有する糖タンパク質を産生するように操作された宿主細胞、より好ましくは酵母または糸状菌宿主細胞において製造される。本発明の1つの実施形態においては、該主要N−グリカンは、いずれのα2,3結合シアル酸をも産生しない、α2,6シアリルトランスフェラーゼで糖操作された株において産生されるSAGalGlcNAcManGlcNAcのα2,6結合形態である。他の実施形態においては、該株は、α2,3シアリルトランスフェラーゼを単独で又はα2,6シアリルトランスフェラーゼと共に発現してα2,3結合シアル酸またはα2,6結合シアル酸とα2,3結合シアル酸との組合せ体を主要N−グリカンとして産生するように操作される。
本発明のFc含有ポリペプチドを製造するために使用される細胞系は、いずれかの細胞系、例えば、1以上のシアル酸化糖タンパク質を産生する能力を有する細胞系でありうる。本明細書に記載の材料および方法は、本明細書中に一例として記載されているピチア・パストリス(Pichia pastoris)の特定の株には限定されず、例えばGalGlcNAcManのような1以上の末端ガラクトースを有するN−グリカンを産生するあらゆるピチア・パストリス(Pichia pastoris)株または他の酵母もしくは糸状菌株を含む、と当業者は認識し理解するであろう。該末端ガラクトースはα2,6結合シアル酸の産生のための基質として作用して、N−グリカン構造NANAGalGlcNAcManGlcNAcを与える。適当な株の例は米国特許第7,029,872号、US 2006−0286637およびHamiltonら,Science 313(5792):1441−1443(2006)(それらの記載を、該記載が完全に記載されているのと同様に、本明細書に組み入れることとする)に記載されている。
一般に、タンパク質、特に糖タンパク質の発現には、下等真核生物、例えば酵母が使用される。なぜなら、それらは経済的に培養可能であり、高い収率を与えることが可能であり、適当に修飾された場合には適当なグリコシル化が可能だからである。酵母は特に、迅速な形質転換、試験されたタンパク質局在化方法および簡便な遺伝子ノックアウト技術を可能にする確立された遺伝学を提供する。適当なベクターは、発現制御配列、例えばプロモーター(3−ホスホグリセリン酸キナーゼまたは他の解糖酵素を含む)、および複製起点、終結配列などを、所望により有する。
本明細書においてはメチロトローフ酵母ピチア・パストリス(Pichia pastoris)を使用して本発明が実証されているが、他の有用な下等真核宿主細胞には以下のものが含まれる:ピチア・パストリス(Pichia pastoris)、ピチア・フィンランディカ(Pichia finlandica)、ピチア・トレハロフィラ(Pichia trehalophila)、ピチア・コクラメ(Pichia koclamae)、ピチア・メンブラネファシエンス(Pichia membranaefaciens)、ピチア・ミヌタ(Pichia minuta)(オガタエア・ミヌタ(Ogataea minuta)、ピチア・リンドネリ(Pichia lindneri))、ピチア・オプンチエ(Pichia opuntiae)、ピチア・テルモトレランス(Pichia thermotolerans)、ピチア・サリクタリア(Pichia salictaria)、ピチア・グエルクウム(Pichia guercuum)、ピチア・ピエペリ(Pichia pijperi)、ピチア・スチプティス(Pichia stiptis)、ピチア・メタノリカ(Pichia methanolica)、ピチア属種(Pichia sp.)、サッカロミセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)、サッカロミセス属種(Saccharomyces sp.)、ハンゼヌラ・ポリモルファ(Hansenula polymorpha)、クライベロミセス属種(Kluyveromyces sp.)、クライベロミセス・ラクチス(Kluyveromyces lactis)、カンジダ・アルビカンス(Candida albicans)、アスペルギルス・ニデュランス(Aspergillus nidulans)、アスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)、アスペルギルス・オリゼ(Aspergillus oryzae)、トリコデルマ・レーゼイ(Trichoderma reesei)、クリソスポリウム・ルックノウエンス(Chrysosporium lucknowense)、フザリウム属種(Fusarium sp.)、フザリウム・グラミネウム(Fusarium gramineum)、フザリウム・ベネナツム(Fusarium venenatum)およびニューロスポラ・クラッサ(Neurospora crassa)。種々の酵母、例えばクライベロミセス・ラクチス(K.lactis)、ピチア・パストリス(Pichia pastoris)、ピチア・メタノリカ(Pichia methanolica)およびハンゼヌラ・ポリモルファ(Hansenula polymorpha)は細胞培養に特に適している。なぜなら、それらは高い細胞密度まで増殖可能であり、大量の組換えタンパク質を分泌しうるからである。同様に、糸状菌、例えばアスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)、フザリウム属種(Fusarium sp.)、ニューロスポラ・クラッサ(Neurospora crassa)などは、本発明の糖タンパク質を工業的規模で製造するために使用されうる。
下等真核生物、特に酵母および糸状菌は、グリコシル化パターンがヒト様である又はヒト化されている糖タンパク質をそれらが発現するように遺伝的に修飾されうる。前記のとおり、本明細書中で用いる「ヒト様N−グリカン」なる語は、未操作野生型ヒト細胞により産生されるオリゴ糖に酷似しているN結合オリゴ糖を意味する。本発明の好ましい実施形態においては、本発明の宿主細胞は、ハイブリッドおよび/または複合N−グリカン、すなわち、「ヒト様N−グリコシル化」を伴うヒト様糖タンパク質を産生しうる。本発明の宿主細胞から産生される糖タンパク質上に主に存在する個々の「ヒト様」グリカンは、行われる個々の操作工程に左右されるであろう。このように、特定の所望のグリコフォームが組成物において優勢である糖タンパク質組成物が製造されうる。選択された内在性グリコシル化酵素を除去し、および/または宿主細胞を遺伝的に操作し、および/または外因性酵素を供給して、哺乳類グリコシル化経路の全部または一部を模擬することにより(米国特許第7,449,308号に記載されているとおり)、これは達成されうる。所望により、該糖タンパク質がコアフコシル化を伴って又は伴わずに産生されうるように、該グリコシル化の追加的な遺伝的操作が行われうる。下等真核宿主細胞の使用は更に有利である。なぜなら、これらの細胞は高度に均一な糖タンパク質組成物を産生して、該糖タンパク質の主要グリコフォームが該組成物中の糖タンパク質の30モル%以上で存在しうるようにするからである。特定の態様においては、該主要グリコフォームは、該組成物中に存在する糖タンパク質の40モル%、50モル%、60モル%、70モル%以上、最も好ましくは、80モル%以上で存在しうる。
下等真核生物、特に酵母は、グリコシル化パターンがヒト様である又はヒト化されている糖タンパク質をそれらが発現するように遺伝的に修飾されうる。選択された内在性グリコシル化酵素を除去し、および/または外因性酵素を供給することにより(Gerngrossら,米国特許第7,449,308号に記載されているとおり)、これは達成されうる。例えば、宿主細胞は、糖タンパク質上のN−グリカンにマンノース残基を付加するα1,6−マンノシルトランスフェラーゼ活性が激減するように選択または操作されうる。
1つの実施形態においては、該宿主細胞は更に、α1,2−マンノシダーゼ触媒ドメインを含み、該触媒ドメインは、該触媒ドメインに通常は結合していない細胞標的化シグナルペプチドに融合しており、該シグナルペプチドは、α1,2−マンノシダーゼ活性を該宿主細胞のERまたはゴルジ装置に標的化するように選択される。該宿主細胞のERまたはゴルジ装置を通る組換え糖タンパク質の通過は、ManGlcNAcグリコフォームを含む組換え糖タンパク質、例えば、ManGlcNAcグリコフォームを主に含む組換え糖タンパク質組成物を産生する。例えば、米国特許第7,029,872号および米国特許第7,449,308号ならびに米国公開特許出願第2005/0170452号は、ManGlcNAcグリコフォームを含む糖タンパク質を産生しうる下等真核宿主細胞を開示している。
更に詳細な実施形態においては、直前の宿主細胞は更に、GlcNAcトランスフェラーゼI(GnT I)触媒ドメインを含み、該触媒ドメインは、該触媒ドメインに通常は結合していない細胞標的化シグナルペプチドに融合しており、該シグナルペプチドは、GlcNAcトランスフェラーゼI活性を該宿主細胞のERまたはゴルジ装置に標的化するように選択される。該宿主細胞のERまたはゴルジ装置を通る該組換え糖タンパク質の通過は、GlcNAcManGlcNAcグリコフォームを含む組換え糖タンパク質、例えば、GlcNAcManGlcNAcグリコフォームを主に含む組換え糖タンパク質組成物を産生する。例えば、米国特許第7,029,872号および米国特許第7,449,308号ならびに米国公開特許出願第2005/0170452号は、GlcNAcManGlcNAcグリコフォームを含む糖タンパク質を産生しうる下等真核宿主細胞を開示している。前記細胞において産生された糖タンパク質をヘキソサミニダーゼでインビトロで処理して、ManGlcNAcグリコフォームを含む組換え糖タンパク質を産生させることが可能である。
更に詳細な実施形態においては、直前の宿主細胞は更に、マンノシダーゼII触媒ドメインを含み、該触媒ドメインは、該触媒ドメインに通常は結合していない細胞標的化シグナルペプチドに融合しており、該シグナルペプチドは、マンノシダーゼII活性を該宿主細胞のERまたはゴルジ装置に標的化するように選択される。該宿主細胞のERまたはゴルジ装置を通る該組換え糖タンパク質の通過は、GlcNAcManGlcNAcグリコフォームを含む組換え糖タンパク質、例えば、GlcNAcManGlcNAcグリコフォームを主に含む組換え糖タンパク質組成物を産生する。米国特許第7,029,872号および米国公開特許出願第2004/0230042号は、マンノシダーゼII酵素を発現し、GlcNAcManGlcNAcグリコフォームを主に有する糖タンパク質を産生しうる下等真核宿主細胞を開示している。前記細胞において産生された糖タンパク質をヘキソサミニダーゼでインビトロで処理して、ManGlcNAcグリコフォームを含む組換え糖タンパク質を産生させることが可能である。
更に詳細な実施形態においては、直前の宿主細胞は更に、GlcNAcトランスフェラーゼII(GnT II)触媒ドメインを含み、該触媒ドメインは、該触媒ドメインに通常は結合していない細胞標的化シグナルペプチドに融合しており、該シグナルペプチドは、GlcNAcトランスフェラーゼII活性を該宿主細胞のERまたはゴルジ装置に標的化するように選択される。該宿主細胞のERまたはゴルジ装置を通る該組換え糖タンパク質の通過は、GlcNAcManGlcNAcグリコフォームを含む組換え糖タンパク質、例えば、GlcNAcManGlcNAcグリコフォームを主に含む組換え糖タンパク質組成物を産生する。米国特許第7,029,872号および第7,449,308号ならびに米国公開特許出願第2005/0170452号は、GlcNAcManGlcNAcグリコフォームを含む糖タンパク質を産生しうる下等真核宿主細胞を開示している。前記細胞において産生された糖タンパク質をヘキソサミニダーゼでインビトロで処理して、ManGlcNAcグリコフォームを含む組換え糖タンパク質を産生させることが可能である。
更に詳細な実施形態においては、直前の宿主細胞は更に、ガラクトシルトランスフェラーゼ触媒ドメインを含み、該触媒ドメインは、該触媒ドメインに通常は結合していない細胞標的化シグナルペプチドに融合しており、該シグナルペプチドは、ガラクトシルトランスフェラーゼ活性を該宿主細胞のERまたはゴルジ装置に標的化するように選択される。該宿主細胞のERまたはゴルジ装置を通る該組換え糖タンパク質の通過は、GalGlcNAcManGlcNAcもしくはGalGlcNAcManGlcNAcグリコフォームまたはそれらの混合物を含む組換え糖タンパク質、例えば、GalGlcNAcManGlcNAcグリコフォームもしくはGalGlcNAcManGlcNAcグリコフォームまたはそれらの混合物を主に含む組換え糖タンパク質組成物を産生する。米国特許第7,029,872号および米国公開特許出願第2006/0040353号は、GalGlcNAcManGlcNAcグリコフォームを含む糖タンパク質を産生しうる下等真核宿主細胞を開示している。前記細胞において産生された糖タンパク質をガラクトシダーゼでインビトロで処理して、GlcNAcManGlcNAcグリコフォームを含む組換え糖タンパク質、例えば、GlcNAcManGlcNAcグリコフォームを主に含む組換え糖タンパク質組成物を産生させることが可能である。
更に詳細な実施形態においては、直前の宿主細胞は更に、シアリルトランスフェラーゼ触媒ドメインを含み、該触媒ドメインは、該触媒ドメインに通常は結合していない細胞標的化シグナルペプチドに融合しており、該シグナルペプチドは、シアリルトランスフェラーゼ活性を該宿主細胞のERまたはゴルジ装置に標的化するように選択される。好ましい実施形態においては、該シアリルトランスフェラーゼはアルファ2,6−シアリルトランスフェラーゼである。該宿主細胞のERまたはゴルジ装置を通る該組換え糖タンパク質の通過は、NANAGalGlcNAcManGlcNAcグリコフォームもしくはNANAGalGlcNAcManGlcNAcグリコフォームまたはそれらの混合物を主に含む組換え糖タンパク質を産生する。下等真核宿主細胞、例えば酵母および糸状菌の場合、該宿主細胞が、N−グリカンへの転移のためのCMP−シアル酸を供与するための手段を更に含むことが有用である。米国公開特許出願第2005/0260729号は、CMP−シアル酸合成経路を有するように下等真核生物を遺伝的に操作するための方法を開示しており、米国公開特許出願第2006/0286637号は、シアル酸化糖タンパク質を産生するように下等真核生物を遺伝的に操作するための方法を開示している。シアル酸の量を増加させるためには、CMP−シアル酸合成経路の2以上のコピーまたはシアリルトランスフェラーゼの2以上のコピーを含むように宿主細胞を構築することが有利でありうる。前記細胞において産生された糖タンパク質をノイラミニダーゼでインビトロで処理して、GalGlcNAcManGlcNAcグリコフォームもしくはGalGlcNAcManGlcNAcグリコフォームまたはそれらの混合物を主に含む組換え糖タンパク質を産生させることが可能である。
前記宿主細胞はいずれも、米国公開特許出願第2005/0208617号および第2007/0037248号に開示されているような二分岐(bisected)(GnT III)および/または多分岐(GnT IV、V、VIおよびIX)N−グリカン構造を有する糖タンパク質を産生させるためのGnT III、GnT IV、GnT V、GnT VIおよびGnT IXからなる群から選択される1以上のGlcNAcトランスフェラーゼを更に含みうる。更に、前記宿主細胞は、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)Man3GlcNAc2を含む組換え糖タンパク質(例えば、抗体)、例えば、NANA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAc、NGNA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcまたはNANA(l−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcとNGNA(l−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcとの組合せを含む抗体を産生しうる。1つの実施形態においては、該組換え糖タンパク質は、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcからなる群から選択される構造を含む、いずれのα2−3結合SAをも欠くN−グリカンを含む。
更に詳細な実施形態においては、GlcNAcManGlcNAc N−グリカンを主に有する糖タンパク質を産生する宿主細胞は更に、ガラクトシルトランスフェラーゼ触媒ドメインを含み、該触媒ドメインは、該触媒ドメインに通常は結合していない細胞標的化シグナルペプチドに融合しており、該シグナルペプチドは、ガラクトシルトランスフェラーゼ活性を該宿主細胞のERまたはゴルジ装置に標的化するように選択される。該宿主細胞のERまたはゴルジ装置を通る該組換え糖タンパク質の通過は、GalGlcNAcManGlcNAcグリコフォームを主に含む組換え糖タンパク質を産生する。
更に詳細な実施形態においては、GalGlcNAcManGlcNAc N−グリカンを主に有する糖タンパク質を産生した直前の宿主細胞は更に、シアリルトランスフェラーゼ触媒ドメインを含み、該触媒ドメインは、該触媒ドメインに通常は結合していない細胞標的化シグナルペプチドに融合しており、該シグナルペプチドは、シアリルトランスフェラーゼ活性を該宿主細胞のERまたはゴルジ装置に標的化するように選択される。該宿主細胞のERまたはゴルジ装置を通る該組換え糖タンパク質の通過は、SAGalGlcNAcManGlcNAcグリコフォーム(例えば、NANAGalGlcNAcManGlcNAcもしくはNGNAGalGlcNAcManGlcNAcまたはそれらの混合物)を含む組換え糖タンパク質を産生する。
前記宿主細胞はいずれも、更に、1以上の糖輸送体、例えばUDP−GlcNAc輸送体[例えば、クライベロミセス・ラクチス(Kluyveromyces lactis)およびムス・ムスクルス(Mus musculus)UDP−GlcNAc輸送体]、UDP−ガラクトース輸送体[例えば、キイロショウジョウバエ(Drosophila melanogaster)UDP−ガラクトース輸送体]およびCMP−シアル酸輸送体(例えば、ヒトシアル酸輸送体)を含みうる。下等真核宿主細胞、例えば酵母および糸状菌は前記輸送体を欠くため、下等真核宿主細胞、例えば酵母および糸状菌は、前記輸送体を含むように遺伝的に操作されることが好ましい。
更に、前記宿主細胞はいずれも、更に、N−グリカン占拠を増加させるために操作されうる。例えば、Gaulitzekら,Biotechnol.Bioengin.103:1164−1175(2009);Jonesら,Biochim.Biospyhs.Acta 1726:121−137(2005);WO2006/107990を参照されたい。1つの実施形態においては、前記宿主細胞はいずれも、更に、異種単一サブユニットオリゴサッカリルトランスフェラーゼ(例えば、リーシュマニア属種(Leishmania sp.)STT3Aタンパク質、STT3Bタンパク質、STT3Cタンパク質、STT3Dタンパク質またはそれらの組合せ)をコードする少なくとも1つの核酸分子、および該異種糖タンパク質をコードする核酸分子を含むように操作されることが可能であり、ここで、該宿主細胞は、内在性OTase複合体を含むタンパク質をコードする内在性宿主細胞遺伝子を発現する。1つの実施形態においては、前記宿主細胞はいずれも、更に、リーシュマニア属種(Leishmania sp.)STT3Dタンパク質をコードする少なくとも1つの核酸分子、および該異種糖タンパク質をコードする核酸分子を含むように操作されることが可能であり、ここで、該宿主細胞は、内在性OTase複合体を含むタンパク質をコードする内在性宿主細胞遺伝子を発現する。
宿主細胞には更に、α−マンノシダーゼ耐性N−グリカンを有しない糖タンパク質を産生するように遺伝的に操作された下等真核細胞(例えば酵母、例えばピチア・パストリス(Pichia pastoris))が含まれる。これは、ホスホマンノシルトランスフェラーゼ遺伝子PNO1およびMNN4B(例えば、米国特許第7,198,921号および第7,259,007号を参照されたい)の一方または両方を欠失または破壊することによりホスホマンノース残基を有する糖タンパク質を、ならびにβ−マンノシルトランスフェラーゼ遺伝子(例えば、BMT1、BMT2、BMT3およびBMT4)(米国公開特許出願第2006/0211085号を参照されたい)の1以上を欠失または破壊することにより達成されることが可能であり、更に詳細な態様においては、それはまた、MNN4A遺伝子を欠失または破壊することを含みうる。破壊は、特定の酵素をコードするオープンリーディングフレームを破壊すること、または該オープンリーディングフレームの発現を破壊すること、または干渉性RNA、アンチセンスRNAなどを使用して、β−マンノシルトランスフェラーゼおよび/またはホスホマンノシルトランスフェラーゼの1以上をコードするRNAの翻訳を阻害することを含む。更に、細胞は、化学的インヒビターの添加または細胞培養条件の修飾によりα−マンノシダーゼ耐性N−グリカンを有する糖タンパク質を産生しうる。これらの宿主細胞は、特定のN−グリカン構造を産生するように前記のとおりに更に修飾されうる。
宿主細胞には更に、タンパク質O−マンノシルトランスフェラーゼ[Dol−P−Man:タンパク質(Ser/Thr)マンノシルトランスフェラーゼ遺伝子)(PMT)(米国特許第5,714,377号を参照されたい)]の1以上を欠失または破壊することにより糖タンパク質のO−グリコシル化を制御するように遺伝的に修飾された、あるいは公開国際出願番号WO 2007/061631に開示されているとおりにPmtpインヒビターおよび/またはα−マンノシダーゼの存在下で増殖された、あるいはそれらの両方に付された下等真核細胞[例えば酵母、例えばピチア・パストリス(Pichia pastoris)]が含まれる。破壊は、Pmtpをコードするオープンリーディングフレームを破壊すること、または該オープンリーディングフレームの発現を破壊すること、または干渉性RNA、アンチセンスRNAなどを使用して、Pmtpの1以上をコードするRNAの翻訳を阻害することを含む。該宿主細胞には更に、特定のN−グリカン構造を産生するように修飾された前記宿主細胞のいずれかが含まれうる。
Pmtpインヒビターには、ベンジリデンチアゾリジンジオンが含まれるが、これに限定されるものではない。使用されうるベンジリデンチアゾリジンジオンの例としては、5−[[3,4−ビス(フェニルメトキシ)フェニル]メチレン]−4−オキソ−2−チオキソ−3−チアゾリジン酢酸、5−[[3−(1−フェニルエトキシ)−4−(2−フェニルエトキシ)]フェニル]メチレン]−4−オキソ−2−チオキソ−3−チアゾリジン酢酸、および5−[[3−(1−フェニル−2−ヒドロキシ)エトキシ)−4−(2−フェニルエトキシ)]フェニル]メチレン]−4−オキソ−2−チオキソ−3−チアゾリジン酢酸が挙げられる。
特定の実施形態においては、少なくとも1つの内在性PMT遺伝子の機能または発現が低減、破壊または欠失される。例えば、特定の実施形態においては、PMT1、PMT2、PMT3およびPMT4遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの内在性PMT遺伝子の機能または発現が低減、破壊または欠失され、あるいは該宿主細胞は1以上のPMTインヒビターの存在下で培養される。更に詳細な実施形態においては、該宿主細胞は1以上のPMT遺伝子の欠失または破壊を含み、該宿主細胞は1以上のPmtpインヒビターの存在下で培養される。これらの実施形態の特定の態様においては、該宿主細胞は分泌性α−1,2−マンノシダーゼをも発現する。
PMT欠失もしくは破壊および/またはPmtpインヒビターは、O−グリコシル化の占拠を低減することにより、すなわち、グリコシル化される糖タンパク質上のO−グリコシル化部位の総数を減少させることにより、O−グリコシル化を制御する。該細胞により分泌されるα−1,2−マンノシダーゼの更なる添加は、該糖タンパク質上に存在するO−グリカンのマンノース鎖長を減少させることにより、O−グリコシル化を制御する。したがって、PMT欠失もしくは破壊および/またはPmtpインヒビターを分泌性α−1,2−マンノシダーゼの発現と組合せることは、占拠および鎖長を減少させることによりO−グリコシル化を制御する。個々の状況においては、個々の異種糖タンパク質(例えば、Fabおよび抗体)は種々の度合の効率で発現されゴルジ装置から輸送される可能性があり、したがって、PMT欠失または破壊、Pmtpインヒビターおよびα−1,2−マンノシダーゼの特定の組合せを要しうるため、PMT欠失または破壊、Pmtpインヒビターおよびα−1,2−マンノシダーゼの個々の組合せは実験的に決定される。もう1つの態様においては、1以上の内在性マンノシルトランスフェラーゼ酵素をコードする遺伝子が欠失される。この欠失は分泌性α−1,2−マンノシダーゼおよび/またはPMTインヒビターの供与と組合されることが可能であり、あるいは分泌性α−1,2−マンノシダーゼおよび/またはPMTインヒビターの供与の代わりに行われうる。
したがって、O−グリコシル化の制御は、より良好な通算収率または適切に構築された糖タンパク質の収率で、本明細書に開示されている宿主細胞において特定の糖タンパク質を製造するのに有用でありうる。O−グリコシル化の低減または排除は、全抗体およびFabフラグメントが分泌経路を横断し細胞表面へ輸送される際の、該全抗体およびFabフラグメントの構築および輸送に有益な効果をもたらすらしい。したがって、O−グリコシル化が制御された細胞においては、適切に構築された抗体またはFabフラグメントの収率が、O−グリコシル化が制御されていない宿主細胞において得られる収率と比較して増加する。
α−マンノシダーゼに耐性である、β−結合マンノース残基を有するN−グリカンおよびO−グリカンの可能性を減少させ又は排除するために、β−マンノシルトランスフェラーゼ遺伝子(例えば、BMT1、BMT2、BMT3およびBMT4)の1以上を欠失または破壊することにより、α−マンノシダーゼ耐性N−グリカンを有する糖タンパク質を除去するために、組換え糖操作ピチア・パストリス(Pichia pastoris)宿主細胞を遺伝的に操作する(米国特許第7,465,577号および米国特許第7,713,719号を参照されたい)。また、BMT2とBMT1、BMT3およびBMT4の1以上との欠失または破壊は、宿主細胞タンパク質に対する抗体に対する検出可能な交差反応性を低減または排除する。
糖タンパク質の収率は、幾つかの場合には、哺乳類またはヒトシャペロンタンパク質をコードする核酸分子を過剰発現させることにより、あるいは1以上の内在性シャペロンタンパク質をコードする遺伝子を、1以上の哺乳類またはヒトシャペロンタンパク質をコードする核酸分子で置換することにより改善されうる。また、宿主細胞における哺乳類またはヒトシャペロンタンパク質の発現も該細胞におけるO−グリコシル化を制御するらしい。したがって、シャペロンタンパク質をコードする少なくとも1つの内在性遺伝子の機能が低減または排除されており、該シャペロンタンパク質の哺乳類またはヒトホモログの少なくとも1つをコードするベクターが細胞内で発現される、本発明における宿主細胞が更に含まれる。また、該内在性宿主細胞シャペロンおよび該哺乳類またはヒトシャペロンタンパク質が発現される宿主細胞も含まれる。更に詳細な態様においては、下等真核宿主細胞は酵母または糸状菌宿主細胞である。組換えタンパク質の収率の改善およびO−グリコシル化の低減または制御のためにヒトシャペロンタンパク質が導入される、宿主細胞のシャペロンの使用の具体例は、公開国際出願番号WO 2009105357およびWO 2010019487(それらの開示を参照により本明細書に組み入れることとする)に開示されている。前記と同様に、該内在性シャペロンタンパク質の1以上をコードする遺伝子を、1以上の哺乳類またはヒトシャペロンタンパク質をコードする核酸分子で置換すること、あるいは前記のとおりに1以上の哺乳類またはヒトシャペロンタンパク質を過剰発現させることに加えて、タンパク質O−マンノシルトランスフェラーゼ(PMT)タンパク質をコードする少なくとも1つの内在性遺伝子の機能または発現が低減、破壊または欠失されている、下等真核宿主細胞が更に含まれる。特定の実施形態においては、PMT1、PMT2、PMT3およびPMT4遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの内在性PMT遺伝子の機能が低減、破壊または欠失されている。
また、O−グリコシル化は、抗体またはFabフラグメントの、抗原に対するアフィニティおよび/またはアビディティに影響を及ぼしうる。抗体またはFabの製造のための最終的な宿主細胞が、該抗体の選択に使用された宿主細胞と同じでない場合に、これは特に重要でありうる。例えば、O−グリコシル化は、抗体またはFabフラグメントの、抗原に対するアフィニティを阻害し、したがって、該阻害が無ければ抗原に対する高いアフィニティを有しうる抗体またはFabフラグメントは特定されない可能性があるであろう。なぜなら、O−グリコシル化は、抗体またはFabフラグメントが抗原に結合する能力を阻害しうるからである。他の場合には、O−グリコシル化は、抗体またはFabフラグメントの、抗原に対するアビディティを阻害するため、抗原に対する高いアビディティを有する抗体またはFabフラグメントは特定されない可能性があるであろう。前記の2つの場合においては、該抗体またはFabフラグメントを特定し選択するための宿主細胞が、別の細胞型のもの、例えば酵母または真菌細胞(例えば、ピチア・パストリス(Pichia pastoris))であったため、哺乳類細胞系において産生された場合に特に有効でありうる抗体またはFabフラグメントは特定されない可能性があるであろう。酵母におけるO−グリコシル化は哺乳類細胞におけるO−グリコシル化と有意に異なりうることがよく知られている。これは、野生型酵母O−グリコシル化を哺乳類におけるムチン型またはジストログリカン型O−グリコシル化と比較した場合に特に顕著である。特定の場合には、O−グリコシル化は、抗原結合を妨げるのではなく、抗体またはFabフラグメントの、抗原に対するアフィニティまたはアビディティを増強しうるであろう。この効果は、抗体またはFabフラグメントを特定し選択するために使用される宿主細胞と製造用宿主細胞が異なることになる(例えば、特定および選択は酵母において行われ、該製造用宿主は哺乳類細胞である)場合には望ましくない。なぜなら、該製造用宿主においては、該O−グリコシル化は、もはや、該抗原に対するアフィニティまたはアビディティの増強を引き起こしたタイプのものではないからである。したがって、O−グリコシル化の制御は、特定の抗原に対する特異性を有する抗体またはFabフラグメントを、該抗体またはFabフラグメントの特定および選択が宿主細胞のO−グリコシル化系により影響されることなく、該抗体またはFabフラグメントの該抗原に対するアフィニティまたはアビディティに基づいて特定し選択するための、本明細書における材料および方法の使用を可能にしうる。したがって、O−グリコシル化の制御は更に、哺乳類細胞系において最終的に産生された抗体またはFabフラグメントを特定し選択するための、酵母または真菌宿主細胞の有用性を増大させる。
本明細書に記載されている方法および材料を、特定のN−グリカンまたはシアル酸化糖タンパク質を産生するように遺伝的に操作された他のピチア・パストリス(Pichia pastoris)および酵母細胞系、例えば、特定のガラクトシル化またはシアル酸化形態を産生するように遺伝的に操作された前記の宿主生物および細胞系(これらに限定されるものではない)と共に利用する方法を、当業者は更に認識し理解するであろう。例えば、US 2006−0286637(Production of Sialylated N−Glycans in Lower Eukaryotes)(その記載を、それが完全に記載されている場合と同様に本明細書に組み入れることとする)を参照されたい。それにおいては、炭素源としてのガラクトースの取り込み及び利用のための経路が遺伝的に修飾されている。
また、本明細書における方法は、α2,6シアリルトランスフェラーゼ活性を有さないヒト様およびヒト糖タンパク質を産生するように操作された他の下等真核細胞系において前記の組換えFc含有ポリペプチドを製造するために使用されうる。該方法は、シアル酸化N−グリカンの産生が固有の特徴である真核細胞系において前記の組換えFc含有ポリペプチドを製造するためにも使用されうる。
該Fc含有ポリペプチド上のα2,3およびα2,6結合シアル酸のレベルは、核磁気共鳴(NMR)、順相高速液体クロマトグラフィー(HPLC)、およびパルス化電流測定検出を伴う高速アニオン交換クロマトグラフィー(HPAEC−PAD)を含むよく知られた技術を用いて測定されうる。
Fc突然変異タンパク質の生物学的特性
多数のFc含有ポリペプチドに関しては、FcγRおよびC1q結合の低下により示される、エフェクター機能の欠如またはその有意な低下(Idusogieら,J.Immunology,164(8):4178−84(2000)およびShieldsら,J.Biol.Chem.,276:6591−6604(2001))、ならびに抗炎症特性の増強は、望ましい特性であろう。
本出願人は、前記の所望の特性を有するFc含有ポリペプチドを与える四重Fc突然変異タンパク質F243A/V264A/S267E/L328Fを本発明において開発した。本明細書における実施例は、Fc領域の243、264、267および328位に突然変異を含むFc含有ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドベクターで宿主細胞を形質転換し、該形質転換宿主細胞を培養して、該Fc含有ポリペプチドを得ることを含む。
Fc含有ポリペプチドの製造
本発明のFc含有ポリペプチドは、Fc領域を含むポリペプチドの製造に適した当技術分野で公知のいずれかの方法に従い製造されうる。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、抗体または抗体フラグメント(限定的なものではないが、抗体のFc領域からなる又は実質的になるポリペプチドを含む)である。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドはイムノアドヘシンである。抗体および抗体フラグメントの製造方法は当技術分野でよく知られている。ポリペプチド内への点突然変異の導入方法、例えば部位特異的突然変異誘発も当技術分野でよく知られている。
本明細書に開示されている実施例においては、コンセンサスC2配列を含有するIgG1重鎖および軽鎖ならびに本明細書に記載されているFc二重突然変異体は2つの異なる糖操作ピチア・パストリス(Pichia pastoris)株において発現された。後記実施例に記載されているとおり、重鎖および軽鎖遺伝子配列はメタノール誘導プロモーターAOX1および組込まれたブレオマイシン(ゼオシン)選択マーカーの制御下にあった。この方法は相同DNA組換えにより発現カセット全体をTrp2遺伝子座内に組込む。
プロテインAアフィニティクロマトグラフィーおよびそれに続くSource 30Sカチオン交換精製工程により発酵ブロスから分泌抗体を捕捉した。精製された抗体をSDS−PAGE(図2)により特徴づけして、適切な構築を評価した。図2から分かるとおり、本明細書における材料および方法により製造された抗体は適切に構築されていた。
本明細書における材料および方法により製造された種々の抗体に対する抗原アフィニティを、Biacoeを使用する、細胞に基づくアッセイにより測定した。予想どおり、該Fc突然変異タンパク質を含む該抗体の全てはPCSK9抗原に同等に良好に結合した。
Fc突然変異タンパク質のN−グリカン分析
ある抗体を含む多数の糖タンパク質に関しては、IgG Fc領域の末端N結合グリカンのシアル酸化は、治療活性をもたらす適正なコンホメーションを有する糖タンパク質および抗体の産生に必須である。例えば、末端シアル酸化がIVIG調製物の抗炎症活性と相関されている、Anthonyら,Science,320:373−376(2008)を参照されたい。シアル酸化は最後から2番目のガラクトースの存在を要し、それに対してシアリルトランスフェラーゼが作用してシアル酸化グリカンを形成する。したがって、1以上の末端ガラクトースグリコフォームを欠く糖タンパク質は、抗炎症活性を伴うα2,6結合シアル酸組成を有する抗体を産生し得ない。
哺乳類細胞はそのタンパク質上のシアル酸化の完全な能力を有するが、空間的締め付けのため、哺乳類細胞培養、例えばCHO細胞において産生された抗体は、そのN297結合グリカンへの不完全なガラクトース転移さえも有する。更に、更なる空間的障害のため、CHOのような哺乳類細胞からの抗体のシアル酸化のレベルは、通常、そのN297結合グリカンにおいてシアル酸をほとんど又は全く含有しない。CHO細胞での製造の場合、シアル酸が添加されると、それはα2,3結合により連結される。CHO細胞は、抗炎症活性に関連づけられている(Leeら,J.Biol.Chem.264:13848−13855(1989))シアル酸のα2,6結合形態を産生するのに必要なα2,6シアリルトランスフェラーゼを発現しない。CHOにおける特定のα2,6シアリルトランスフェラーゼの過剰発現はα2,3結合およびα2,6結合シアル酸の混合物を与えうる(Bragonziら,BBA 1474:273−282(2000);Biochem.Biophys.Res.Comm.289:243−249(2001))。
糖操作ピチア・パストリス(Pichia pastoris)GFI5.0株は高レベルのガラクトシル化非抗体タンパク質、例えばエリスロポエチンを産生することが可能であり(Hamiltonら,Science,313:1441−1443(2006))、α2,6結合シアル酸化形態を形成するための作用対象となりうる相対的に低い量の末端ガラクトースを含有する抗体を産生する。そのようなピチア・パストリス(Pichia pastoris)株において産生された抗体は、典型的に、グリコフォームG0(60%)、G1(17%)、G2(4%)およびMan5(8%)を含む組成を有する。G0(43.5%)、G1(20.8%)、G2(2.7%)、NANAGalGlcNAcManGlcNAc(5.5%)およびNANAGalGlcNAcManGlcNAc(4.9%)を含むグリカン組成を有する、ピチア・パストリス(Pichia pastoris)GFI6.0株において産生された抗体でさえも、相対的に低いレベルのα2,6結合シアル酸化形態を有する。したがって、GFI5.0および6.0株において産生された抗体は、同じ株において産生された非抗体タンパク質(例えば、エリスロポエチン)と比較して遥かに低いレベルのガラクトシル化およびシアル酸化を有する。
GFI5.0株(YGLY21351)からのピチア・パストリス(Pichia pastoris)野生型PCSK−9抗体(1F11)はM4、G0、G1、M6、G2グリカンを含んでいた。GFI6.0株(YGLY23258)からのピチア・パストリス(Pichia pastoris)二重突然変異タンパク質PCSK−9抗体(1F11 F243A/V264A)のグリコフォームはG0、M5、G1、G2、A1およびA2グリカンを含んでいた。GFI6.0株からのピチア・パストリス(Pichia pastoris)1F11 F243A/V264A/S267E/L328F)のグリコフォームはA1、A1HおよびA2(YGLY25267)およびG2、Man5、A1およびA2(YGLY25269)を含んでいた。
Fc突然変異タンパク質のFcγR結合
ELISAに基づくアッセイを用いて、本出願人は、商業的に入手可能なHercceptin(ヘルセプチン)、野生型抗PCSK9抗体(1F11)、F243A/V243A突然変異を有する二重突然変異タンパク質抗PCSK9(1F11)抗体、およびF243A/V264A/S267E/L328F突然変異を有する四重突然変異タンパク質抗PCSK9(1F11)抗体へのFcガンマ受容体(FcγR)結合を比較した。実施例に示されているとおり、Fc四重突然変異タンパク質は、天然Fc領域を有する抗体と比較して、またはF243A/V264A二重突然変異を有する抗体と比較して、FcγRI、FcγRIIaおよびFcγRIIaに対するアフィニティの低下、ならびにFcγRIIbに対するアフィニティの増強を示した。
該二重突然変異タンパク質も該四重突然変異タンパク質もFcγRIIaに結合しない。
該二重突然変異タンパク質も該四重突然変異タンパク質もFcγRIIIa−F158またはFcγRIIIa−V158に結合しない。
しかし、該四重突然変異タンパク質はFcγRIIbへの結合の増強を示しており、これは驚くべきことである。なぜなら、該二重突然変異タンパク質はこの受容体への最低限度の結合しか示していないからである。
総合すると、該四重Fc突然変異タンパク質は、マクロファージ、単球およびナチュラルキラー細胞のような免疫細胞を活性化しリクルートする傾向が、該抗体の二重突然変異タンパク質または非突然変異タンパク質(天然)形態と比べて低いことを、これらのデータは示唆している。
生物学的標的
後記実施例においては、抗PCSK9抗体を使用する本発明の材料および方法を本出願人は例示しているが、本発明は、開示されている抗体に限定されないことに注目すべきである。本明細書における材料および方法は、抗炎症活性の増強またはエフェクター機能の低下の特性が望ましい任意のFc含有ポリペプチドを製造するために使用されうる、と当業者は認識し理解するであろう。更に、本発明によりこのようにして製造されるFc含有ポリペプチドまたは抗体のタイプ(型)には何ら制限がないことに注目すべきである。該Fc含有ポリペプチドのFc領域はIgA、IgD、IgE、IgGまたはIgMからのものでありうる。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドのFc領域は、IgG1、IgG2、IgG3またはIgG4を含むIgGからのものである。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドのFc領域はIgG1からのものである。特定の実施形態においては、本明細書における材料および方法により製造される抗体または抗体フラグメントはヒト化抗体、キメラ抗体またはヒト抗体でありうる。
幾つかの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、炎症に関与する生物学的標的に結合する。
幾つかの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは炎症性サイトカインに結合する。幾つかの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、以下のものからなる群から選択される分子に結合する:APRIL、INF−α、BAFF(BLys)、CD22、TNF−α、IL−1、IL−2、IL−4、IL−5、IL−6、IL−8、IL−9、IL−10、IL−12、IL−15、IL−17、IL−18、IL−20、IL−21、IL−22、IL−23、IL−23R、IL−25、IL−27、IL−33、CD2、CD4、CD11A、CD14、CD18、CD19、CD23、CD25、CD38、CD40、CD40L、CD20、CD52、CD64、CD80、CD147、CD200、CD200R、TSLP、TSLPR、PD−1、PDL1、CTLA4、VLA−4、VEGF、PCSK9、α4β7−インテグリン、E−セレクチン、Fact II、ICAM−3、ベータ2−インテグリン、IFNγ、C5、CBL、LCAT、CR3、MDL−1、GITR、ADDL、CGRP、TRKA、IGF1R、RANKL、GTC、αBLysまたは前記分子のいずれかに対する受容体。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドはTNF−αに結合する。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドはHer2に結合する。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドはPCSK9に結合する。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドはTNFRに結合する。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドはLCATに結合する。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドはTSLPに結合する。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドはPD−1に結合する。もう1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドはIL−23に結合する。
幾つかの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、自己免疫抗原、アレルゲン、MHC分子またはリーザス因子D抗原から選択される抗原に特異的である。例えば、WO2010/10910(これを参照により本明細書に組み入れることとする)の表1に挙げられている抗原を参照されたい。
抗炎症特性を増強させる又はエフェクター機能/細胞傷害性を低下させる方法
本発明はまた、炎症状態の治療に有用な親Fc含有ポリペプチド(例えば、炎症に関与する抗原に結合する抗体またはイムノアドヘシン)を選択し、該Fc含有ポリペプチドの243、264、267および328位(該番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)に突然変異を導入することを含む、Fc含有ポリペプチドの抗炎症特性を増強する方法を含み、ここで、該Fc含有ポリペプチドは、該親Fc含有ポリペプチドと比較して増強した抗炎症活性を有する。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは突然変異F243A、V264A、S267EおよびL328Fを含む。1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドは、炎症に関与する抗原に結合する抗体、抗体フラグメントまたはイムノアドヘシンである。1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドは、炎症状態の治療のために既に市販されている又は開発中である抗体、抗体フラグメントまたはイムノアドヘシンである。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドは、以下のものからなる群から選択される抗体である:ムロモナブ(Muromonab)−CD3(抗CD3受容体抗体)、アブシキシマブ(Abciximab)(抗CD41 7E3抗体)、リツキシマブ(Rituximab)(抗CD20抗体)、ダクリズマブ(Daclizumab)(抗CD25抗体)、バシリキシマブ(Basiliximab)(抗CD25抗体)、パリビズマブ(Palivizumab)(抗RSV(呼吸器性シンシチウムウイルス)抗体)、インフリキシマブ(Infliximab)(抗TNFα抗体)、トラスツズマブ(Trastuzumab)(抗Her2抗体)、ゲムツズマブ オゾガマイシン(Gemtuzumab ozogamicin)(抗CD33抗体)、アレムツズマブ(Alemtuzumab)(抗CD52抗体)、イブリツモマブチウキセテン(Ibritumomab tiuxeten)(抗CD20抗体)、アダリムマブ(Adalimumab)(抗TNFα抗体)、オマリズマブ(Omalizumab)(抗IgE抗体)、トシツモマブ(Tositumomab)−131I(抗CD20抗体のヨウ素化誘導体)、エファリズマブ(Efalizumab)(抗CD11a抗体)、セツキシマブ(Cetuximab)(抗EGF受容体抗体)、ゴリムマブ(Golimumab)(抗TNFα抗体)、ベバシズマブ(Bevacizumab)(抗VEGF−A抗体)、ナタリズマブ(Natalizumab)(抗α4インテグリン)、エファリズマブ(Efalizumab)(抗CD11a)、セトリズマブ(Cetolizumab)(抗TNFα抗体)、トシリズマブ(Tocilizumab)(抗IL−6R)、ウステンキヌマブ(Ustenkinumab)(抗IL−12/23)、アレムツズマブ(alemtuzumab)(抗CD52)およびナタリズマブ(natalizumab)(抗α4インテグリン)ならびにそれらの変異体。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドは、以下のものからなる群から選択されるFc融合タンパク質である:アルカリスト/リロナセプト(Arcalyst/rilonacept)(IL1R−Fc融合体)、オレニシア/アバタセプト(Orencia/abatacept)(CTLA−4−Fc融合体)、アメビベ/アレファセプト(Amevive/alefacept)(LFA−3−Fc融合体)、アナキンラ(Anakinra)−Fc融合体(IL−1Ra−Fc融合タンパク質)、エタネルセプト(etanercept)(TNFR−Fc融合タンパク質)、FGF−21−Fc融合タンパク質、GLP−1−Fc融合タンパク質、RAGE−Fc融合タンパク質、ActRIIA−Fc融合タンパク質、ActRIIB−Fc融合タンパク質、グルカゴン−Fc融合タンパク質、オキシントモジュリン(oxyntomodulin)−Fc−融合タンパク質、GM−CSF−Fc融合タンパク質、EPO−Fc融合タンパク質、インスリン−Fc融合タンパク質、プロインスリン−Fc融合タンパク質およびインスリン前駆体−Fc融合タンパク質ならびにそれらの類似体および変異体。
本発明はまた、親Fc含有ポリペプチドの243、264、267および328位(該番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)に突然変異を導入することを含む、Fc含有ポリペプチドのエフェクター機能を低下させる方法を含み、ここで、該Fc含有ポリペプチドは、該親Fc含有ポリペプチドと比較して低下したエフェクター機能を有する。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは突然変異F243A、V264A、S267EおよびL328Fを含む。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは抗体またはその抗原結合性フラグメントである。1つの実施形態においては、該エフェクター機能はADCCである。もう1つの実施形態においては、該エフェクター機能はCDCである。
本発明はまた、炎症状態の治療に有用な親Fc含有ポリペプチド(例えば、炎症に関与する抗原に結合する抗体またはイムノアドヘシン)を選択し、該Fc含有ポリペプチドの243、264、267および328位(該番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)に突然変異を導入することを含む、Fc含有ポリペプチドの細胞傷害性を低下させる方法を含み、ここで、該Fc含有ポリペプチドは、該親Fc含有ポリペプチドと比較して低下した細胞傷害性を有する。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは突然変異F243A、V264A、S267EおよびL328Fを含む。
1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドは天然Fc領域を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドは突然変異F243A突然変異を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドは突然変異V264A突然変異を含む。もう1つの実施形態においては、該親Fc含有ポリペプチドはF243A/V264A突然変異を含む。
治療方法
本発明はまた、炎症状態の治療を要する対象における炎症状態の治療方法を含み、該方法は、243、264、267および328位(該番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)に突然変異を含むFc含有ポリペプチドの治療的有効量を該対象に投与することを含む。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは突然変異F243A、V264A、S267EおよびL328Fを含む。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号7を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号8を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号17を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号7または配列番号8または配列番号17からなる(または実質的になる)抗体フラグメントである。本発明のFc含有ポリペプチドは任意の経路により投与されうる。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは非経口投与される。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは皮下投与される。
1つの実施形態においては、該炎症状態は望ましくない炎症免疫反応である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は自己免疫疾患である。1つの実施形態においては、該炎症状態は多発性硬化症である。1つの実施形態においては、該炎症状態は全身性エリテマトーデスである。1つの実施形態においては、該炎症状態はI型糖尿病である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は、先天性ガンマグロブリン欠乏血症および低ガンマグロブリン血症、尋常性多様性免疫不全、重症複合性免疫不全またはウィスコット・アルドリッチ症候群を含む原発性免疫不全症候群である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は、B細胞リンパ球性白血病、HIV感染または同種骨髄移植を含む続発性免疫不全症候群である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は特発性血小板減少性紫斑病である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は多発性骨髄腫である。
1つの実施形態においては、該炎症状態はギラン−バレー症候群である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は川崎病である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は慢性脱髄性ニューロパチー(CIDP)である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は自己免疫性好中球減少症である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は溶血性貧血である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は抗因子VIII自己免疫疾患である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は多巣性ニューロパチーである。
1つの実施形態においては、該炎症状態は全身性脈管炎(ANCA陽性)である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は多発性筋炎である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は皮膚筋炎である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は抗リン脂質症候群である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は敗血症症候群である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は移植片対宿主疾患である。
1つの実施形態においては、該炎症状態はアレルギーである。
1つの実施形態においては、該炎症状態は抗リーザス因子D反応である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は全身性エリテマトーデスである。
1つの実施形態においては、該炎症状態は心血管系の炎症状態である。本発明のFc含有ポリペプチドは、アテローム性動脈硬化症、アテローム血栓症、冠状動脈高血圧、急性冠状動脈症候群および心不全(これらの全ては炎症に関連している)を治療するために使用されうる。
1つの実施形態においては、該炎症状態は中枢神経系の炎症状態である。もう1つの実施形態においては、該炎症状態は末梢神経系の炎症状態である。例えば、本発明のFc含有ポリペプチドは、例えばアルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症(別名ALS、ルー・ゲーリック病)、虚血性脳損傷、プリオン病およびHIV関連痴呆の治療に使用されうる。
1つの実施形態においては、該炎症状態は胃腸管の炎症状態である。例えば、本発明のFc含有ポリペプチドは、炎症性腸障害、例えばクローン病、潰瘍性大腸炎、セリアック病および過敏性腸症候群を治療するために使用されうる。
1つの実施形態においては、該炎症状態は乾癬、アトピー性皮膚炎、関節炎、例えば慢性関節リウマチ、変形性関節症および乾癬性関節炎である。
1つの実施形態においては、該炎症状態はステロイド依存性アトピー性皮膚炎である。
1つの実施形態においては、該炎症状態は悪液質である。
本発明のFc含有ポリペプチドを使用して治療されうる炎症障害の例には以下のものも含まれる:尋常性ざ瘡、喘息、自己免疫疾患、慢性前立腺炎、糸球体腎炎、過敏症、骨盤内炎症性疾患、再灌流損傷、サルコイドーシス、移植拒絶、脈管炎、間質性膀胱炎およびミオパチー。
1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは1〜100ミリグラム/kg体重の用量で投与される。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは0.001〜10ミリグラム/kg体重の用量で投与される。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは0.001〜0.1ミリグラム/kg体重の用量で投与される。1つの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは0.001〜0.01ミリグラム/kg体重の用量で投与される。
医薬製剤
本発明はまた、本発明のFc含有ポリペプチドと医薬上許容される担体とを含む医薬製剤を含む。
1つの実施形態においては、本発明は、Fc含有ポリペプチドを含む医薬組成物に関するものであり、ここで、該Fc含有ポリペプチド上のN−グリカンの少なくとも70%は、NANA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcからなる群から選択されるオリゴ糖構造を含み、該Fc含有ポリペプチドは該Fc領域のアミノ酸位置243、264、267および328位(該番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)に突然変異を含む。1つの実施形態においては、該突然変異はF243A/V264A/S267E/L328Fである。1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号7を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号8を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号17を含む抗体フラグメントである。もう1つの実施形態においては、該Fc含有ポリペプチドは、配列番号7または配列番号8または配列番号17からなる(または実質的になる)抗体フラグメントである。1つの実施形態においては、該N−グリカンの少なくとも47モル%が構造NANAGalGlcNAcManGlcNAcを有する。1つの実施形態においては、該シアル酸化N−グリカンにおけるシアル酸残基はα−2,6結合により結合している。1つの実施形態においては、該シアル酸化N−グリカンにおけるシアル酸残基はα−2,6結合により結合しており、検出可能なレベルのα−2,3結合シアル酸は存在しない。1つの実施形態においては、該シアル酸化N−グリカンはN−グリコリルノイラミン酸(NGNA)を含まない。
本明細書中で用いる「医薬上許容される」なる語は、動物、より詳しくはヒトにおける使用に関して連邦もしくは州政府の規制機関により承認されている又は米国薬局方もしくは他の一般に認識されている薬局方に収載されている、有効成分の生物活性の有効性を妨げない無毒性物質に関するものである。「担体」なる語は、治療用物質と共に投与される希釈剤、アジュバント、賦形剤またはビヒクルを意味し、水および油のような無菌液を包含するが、これらに限定されるものではない。該担体の特性は投与経路に左右される。
治療用および診断用物質の医薬製剤は、例えば凍結乾燥粉末、スラリー、水性の溶液または懸濁液の形態で、許容される担体、賦形剤または安定剤と混合することにより製造されうる(例えば、Hardmanら(2001)Goodman and Gilman’s The Pharmacological Basis of Therapeutics,McGraw−Hill,New York,NY;Gennaro(2000)Remington:The Science and Practice of Pharmacy,Lippincott,WilliamsおよびWilkins,New York,NY;Avisら(編)(1993)Pharmaceutical Dosage Forms:Parenteral Medications,Marcel Dekker,NY;Liebermanら(編)(1990)Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets,Marcel Dekker,NY;Liebermanら(編)(1990)Pharmaceutical Dosage Forms:Disperse Systems,Marcel Dekker,NY;WeinerおよびKotkoskie(2000)Excipient Toxicity and Safety,Marcel Dekker,Inc.,New York,NYを参照されたい)。
投与方法は様々でありうる。適当な投与経路には、経口、直腸、経粘膜、腸、非経口;筋肉内、皮下、皮内、脊髄内、鞘内、直接心室内、静脈内、腹腔内、鼻腔内、眼内、吸入、通気、局所、皮膚、経皮または動脈内が含まれる。
ある実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、侵襲的経路、例えば注射(前記を参照されたい)により投与されうる。本発明の幾つかの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドまたはその医薬組成物は静脈内、皮下、筋肉内、動脈内、関節内(例えば、関節炎関節)、腫瘍内に、または吸入、エアゾール運搬により投与される。非侵襲的経路(例えば経口、例えば丸剤、カプセル剤または錠剤によるもの)による投与も本発明の範囲内である。
ある実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、侵襲的経路、例えば注射(前記を参照されたい)により投与されうる。本発明の幾つかの実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドまたはその医薬組成物は静脈内、皮下、筋肉内、動脈内、関節内(例えば、関節炎関節)、腫瘍内に、または吸入、エアゾール運搬により投与される。非侵襲的経路(例えば経口、例えば丸剤、カプセル剤または錠剤によるもの)による投与も本発明の範囲内である。
組成物は、当技術分野で公知の医学的装置を使用して投与されうる。例えば、本発明の医薬組成物は、例えば予め充填されたシリンジまたは自動注射装置を含む皮下針を使用する注射により投与されうる。
本発明の医薬組成物はまた、無針皮下注射装置、例えば、米国特許第6,620,135号、第6,096,002号、第5,399,163号、第5,383,851号、第5,312,335号、第5,064,413号、第4,941,880号、第4,790,824号または第4,596,556号に開示されている装置を使用して投与されうる。
本発明の医薬組成物はまた、注入により投与されうる。医薬組成物を投与する良く知られたインプラントおよびモジュール形態の例には以下のものが含まれる:米国特許第4,487,603号に開示されている、制御された速度で薬物を投薬するための移植可能な微量注入ポンプ;米国特許第4,447,233号に開示されている、正確な注入速度で薬物を運搬するための薬物注入ポンプ;米国特許第4,447,224号に開示されている、連続的薬物運搬のための種々の流動移植可能注入装置;米国特許第4,439,196号に開示されている、多室コンパートメントを有する浸透薬物運搬系。多数の他のそのようなインプラント、運搬系およびモジュールが当業者に良く知られている。
あるいは、全身的ではなく局所的に、例えば、多くの場合にはデポー剤または徐放製剤で、関節炎関節内に直接的に該抗体を注射することにより、該抗体を投与することが可能である。更に、例えば、免疫病理により特徴づけられる病原体誘発病変または関節炎関節を標的化する標的化薬物運搬系で、例えば、組織特異的抗体で被覆されたリポソームで、該抗体を投与することが可能である。該リポソームは罹患組織に標的化され、罹患組織により、選択的に取り込まれる。
投与計画は、該治療用抗体の血清または組織代謝回転速度、症状の程度、該治療用抗体の免疫原性、および生物学的マトリックスにおける標的細胞の利用可能性を含む幾つかの要因に左右される。好ましくは、投与計画は、望ましくない副作用を最小にすると同時に標的病態における改善をもたらすのに十分な治療用抗体を運搬する。したがって、運搬される生物学的物質の量は、1つには、個々の治療用抗体、および治療される状態の重症度に左右される。治療用抗体の適当な用量を選択する際の指針が利用可能である(例えば、Wawrzynczak(1996)Antibody Therapy,Bios Scientific Pub.Ltd,Oxfordshire,UK;Kresina(編)(1991)Monoclonal Antibodies,Cytokines and Arthritis,Marcel Dekker,New York,NY;Bach(編)(1993)Monoclonal Antibodies and Peptide Therapy in Autoimmune Diseases,Marcel Dekker,New York,NY;Baertら,(2003)New Engl.J.Med.348:601−608;Milgromら,(1999)New Engl.J.Med.341:1966−1973:Slamonら(2001)New Engl.J.Med.344:783−792;Beniaminovitzら(2000)New Engl.J.Med.342:613−619;Ghoshら(2003)New Engl.J.Med.348:24−32;Lipskyら(2000)New Engl.J.Med.343:1594−1602を参照されたい)。
適当な用量の決定は、例えば、治療に影響を及ぼすことが当技術分野において知られている又は疑われているパラメータまたは因子を用いて、臨床家により行われる。一般に、投与は、最適用量より幾分少ない量から開始し、ついで、いずれかの負の副作用との比較において所望の又は最適な効果が得られるまで、小さな増加量でそれを増加させる。重要な診断尺度には、例えば炎症の症状の尺度、または産生される炎症性サイトカインのレベルが含まれる。好ましくは、使用される生物学的物質は、治療の標的となる動物と同じ種から誘導され、それにより、該物質に対する免疫応答を最小に抑える。ヒト対象の場合、例えば、キメラ、ヒト化および完全ヒトFc含有ポリペプチドが好ましい。
Fc含有ポリペプチドは、連続的注入により、または例えば毎日、週1〜7回、毎週、隔週、毎月、隔月、年4回、年2回、毎年などで投与される複数の用量により供与されうる。用量は、例えば静脈内、皮下、局所、経口、鼻腔内、直腸内、筋肉内、大脳内、髄腔内に、または吸入により投与されうる。毎週の合計用量は、一般には少なくとも0.05μg/kg体重、より一般には少なくとも0.2μg/kg、0.5μg/kg、1μg/kg、10μg/kg、100μg/kg、0.25mg/kg、1.0mg/kg、2.0mg/kg、5.0mg/ml、10mg/kg、25mg/kg、50mg/kgまたはそれ以上である(例えば、Yangら,New Engl.J.Med.349:427−434(2003);Heroldら,New Engl.J.Med.346:1692−1698(2002);Liuら,J.Neurol.Neurosurg.Psych.67:451−456(1999);Portieljiら,Cancer Immunol.Immunother.52:133−144(2003)を参照されたい)。他の実施形態においては、本発明のFc含有ポリペプチドは、毎週、隔週、「4週ごとに」、毎月、隔月または年4回、10、20、50、80、100、200、500、1000または2500mg/対象で、皮下または静脈内投与される。
本明細書中で用いる「治療的有効量」、「治療的有効用量」および「有効量」なる語は、単独で又は追加的な治療用物質と共に細胞、組織または対象に投与された場合に、疾患もしくは状態の症状の1以上またはそのような疾患もしくは状態の進行における測定可能な改善を引き起こすのに有効である、本発明のFc含有ポリペプチドの量を意味する。治療的有効量は更に、症状の少なくとも部分的な改善、例えば、関連医学的状態の治療、治癒、予防もしくは改善、またはそのような状態の治療、治癒、予防もしくは改善の率における増加をもたらすのに十分なFc含有ポリペプチドの量を意味する。治療的有効量は、単独で投与される個々の有効成分に適用される場合には、その成分のみに関するものである。治療的有効量は、組合せ体に適用される場合には、連続投与または同時投与のいずれで組合せ投与されるかにかかわらず、治療効果をもたらす、有効成分の組合された量を意味する。治療用物質の有効量は、少なくとも10%、通常は少なくとも20%、好ましくは少なくとも約30%、より好ましくは少なくとも40%、最も好ましくは少なくとも50%の、診断尺度またはパラメータの改善をもたらす。有効量はまた、疾患の重症度を評価するために主観的尺度が用いられる場合には、主観的尺度における改善をもたらしうる。
図1は、抗体1F11 F243A/V264A/S267E/L328Fのための発現プラスミドであるpGLY8068を図示する。重鎖および軽鎖は共に、メタノール誘導性プロモーターAOX1の制御下にあった。PpTrp2遺伝子は、カセット全体を組込むために適用された遺伝子座であった。発現プラスミド構造は重鎖上の突然変異以外は野生型と同じであり、二重突然変異タンパク質(F243A/V264A)および四重突然変異タンパク質(F243A/V264A/S267E/L328F)IF11発現プラスミドであった。 図2は、本発明における材料および方法により製造された非還元型(NR)および還元型(R)抗体を特徴づけるSDS−PAGE分析からのゲルを示す。レーン1は、株YGLY25265において産生された抗体を含有する。レーン2は、株YGLY25266において産生された抗体を含有する。レーン3は、株YGLY25267において産生された抗体を含有する。レーン4は、株YGLY25268において産生された抗体を含有する。レーン5は、株YGLY25269において産生された抗体を含有する。レーン6は、株YGLY23258において産生された抗体を含有する。レーン7は、株GLY21351において産生された抗体を含有する。 図3〜8は本発明のFc含有ポリペプチドのFcγR結合特性を図示する。 図3〜8は本発明のFc含有ポリペプチドのFcγR結合特性を図示する。 図3〜8は本発明のFc含有ポリペプチドのFcγR結合特性を図示する。 図3〜8は本発明のFc含有ポリペプチドのFcγR結合特性を図示する。 図3〜8は本発明のFc含有ポリペプチドのFcγR結合特性を図示する。 図3〜8は本発明のFc含有ポリペプチドのFcγR結合特性を図示する。 図9はマウスITPモデルにおける本発明のFcポリペプチドの幾つかの効果を示す。 実施例1 株および試薬 大腸菌(Escherichia coli)株TOP10またはDH5α(Invitrogen,CA)を組換えDNA研究に使用した。制限エンドヌクレアーゼ、DNA修飾酵素およびPNGアーゼFをNew England Biolabs,Ipswich,MAから入手した。オリゴヌクレオチドをIntegrated DNA Technologies,Coralville,IAから取り寄せた。
実施例2
IgG1 Fc突然変異タンパク質およびピチア・パストリス(Pichia pastoris)組換え発現ベクターの構築
ピチア・パストリス(Pichia pastoris)における1F11 IgG1モノクローナル抗体の二重および四重Fc突然変異タンパク質の製造を、後記に挙げる配列およびプロトコールを用いて行った。
A.重鎖および軽鎖
野生型(親)1F11モノクローナルIgG1抗体の製造に使用した重鎖および軽鎖配列(それぞれ、配列番号1および2)は後記に記載されている。1F11二重突然変異抗体の製造に使用した重鎖配列は配列番号3に示されている。1F11四重突然変異タンパク質抗体の製造に使用した重鎖配列は配列番号4に示されている。全ての抗体の全ての軽鎖配列は同一であった。該重鎖および軽鎖はピチア・パストリス(Pichia pastoris)コドン使用頻度に従い最適化され、GenScript USA Inc.860 Centennial Ave.Piscataway,NJ 08854により合成された。
B.シグナル配列
α−接合因子プレドメインのシグナル配列を、PCR融合により、軽鎖または重鎖の5’末端にインフレームで融合させた。該配列を前記のとおりにコドン最適化した。コザック配列AAACGをメチオニンの5’末端に付加し、クローニング目的のためにEcoRI部位を該コザック配列の前に付加した。DNA配列(配列番号5)およびアミノ酸(配列番号6)の翻訳は後記に示されているとおりである。
C.IgG1およびIgG1 Fc突然変異タンパク質の発現のための組換えプラスミド
IgG1およびその突然変異タンパク質の融合シグナル配列を有する重鎖および軽鎖を、それぞれ、ピチア・パストリス(Pichia pastoris)AOX1プロモーター下およびサッカロミセス・セレビシエ(S.cerevisiae)Cycターミネーターの前にクローニングした。その完成した重鎖および軽鎖の発現カセットを最終的な発現ベクターへと合体させた。ピチア・パストリス(Pichia pastoris)内へのゲノム挿入を、Spe1での該ベクターの線状化およびTrp2部位内への標的化組込みにより行った。
本明細書中で使用されているプラスミドの要約を以下の表1に示す。1F11四重
Fc突然変異タンパク質のための最終的な発現プラスミドの図示を図1に示す。
Figure 2014517846
実施例3
1F11およびそのFc突然変異タンパク質を製造するための糖操作ピチア(Pichia)GFI5.0およびGFI6.0宿主
2つの異なる糖操作ピチア(Pichia)宿主、すなわち、GFI5.0およびGFI6.0を、本発明において適用した。Gerngross,US 7,029,872およびGerngross,US 7,449,308に開示されている方法に従い、所望のN−グリコフォームを主要種として有する所望のポリペプチドを発現しうるように下等真核宿主細胞を遺伝的に操作するのに有用であるベクターを構築することが可能である。Hamiltonら,Science,313:1441−1443(2006)およびHamilton US 2006/0286637に記載されている方法に従い、NRRL11430(American Type Culture Collection(ATCC)P.O.Box 1549,Manassas,VA 20108,USA)からGFI5.0およびGFI6.0株を操作した。操作されたピチア・パストリス(Pichia pastoris)株GFI5.0は、末端ガラクトースを伴う二分岐N−グリカン構造を有するタンパク質を産生しうる。本明細書において使用されているGFI5.0株YGLY17108の遺伝子型は以下のとおりである:ura5Δ::ScSUC2 och1Δ::lacZ bmt2Δ::lacZ/KlMNN2−2 mnn4L1Δ::lacZ/MmSLC35A3 pno1Δ::lacZ ADE1::lacZ/FB8/NA10/MmSLC35A3 his1::lacZ−URA5−lacZ/XB33/SpGALE/DmUGT arg1::HIS1/KD53/TC54PR01::ARG1/AOX1−ScMFpreTrMNS1URA6−LmSTT3d。操作されたピチア・パストリス(Pichia pastoris)株GFI6.0であるYGLY17159の遺伝子型は以下のとおりである:ura5Δ::ScSUC2 och1Δ::lacZ,bmt2Δ::lacZ/KlMNN2−2 mnn4L1Δ::lacZ/MmSLC35A3 pno1Δ mnn4Δ::lacZADE1::lacZ/NA10/MmSLC35A3/FB8his1Δ::lacZ/ScGAL10/XB33/DmUGTarg1Δ::HIS1/KD53/TC54bmt4Δ::lacZbmt1Δ::lacZ bmt3Δ::lacZTRP2:ARG1/MmCST/HsGNE/HsCSS/HsSPS/MmST6−33ste13Δ::lacZ/TrMDS1 dap2Δ::NatTRP5:HygMmCST/HsGNE/HsCSS/HsSPS/MmST6−33 Vps10−1Δ::AOX1p LmSTT3dpGAPDH−mPomGnTl−56。YGLY17159は、末端α2,6結合シアル酸がガラクトースに結合した二分岐N−グリカン構造を有するタンパク質を産生しうる。
遺伝子型を示すために用いられる略語は一般に公知であり、当業者に理解されており、以下の略語を含む。
ScSUC2:サッカロミセス・セレビシエ(S.cerevisiae)インベルターゼ;
OCH1:アルファ−1,6−マンノシルトランスフェラーゼ;
KlMNN2−2:クライベロミセス・ラクチス(K.lactis)UDP−GlcNAc輸送体;
BMT1:ベータ−マンノース−転移(ベータ−マンノース除去);
BMT2:ベータ−マンノース−転移(ベータ−マンノース除去);
BMT3:ベータ−マンノース−転移(ベータ−マンノース除去);
BMT4:ベータ−マンノース−転移(ベータ−マンノース除去);
MNN4L1:MNN4様1(電荷除去);
MmSLC35A3:UDP−GlcNAc輸送体のマウスホモログ;
PNO1:N−グリカンのホスホマンノシル化(電荷除去);
MNN4:マンノシルトランスフェラーゼ(電荷除去);
ScGAL10:UDP−グルコース4−エピメラーゼ;
XB33:ScKRE2リーダーに融合したトランケート化HsGalT1;
DmUGT:UDP−ガラクトース輸送体;
KD53:ScMNN2リーダーに融合したトランケート化DmMNSII;
TC54:ScMNN2リーダーに融合したトランケート化RnGNTII;
NA10:PpSEC12リーダーに融合したトランケート化HsGNTI;
FB8:ScSEC12リーダーに融合したトランケート化MmMNS1A;
TrMDS1:分泌トリコデルマ・レーゼイ(T.reesei)MNS1;
ADE1:N−スクシニル−5−アミノイミダゾール−4−カルボキサミドリボチド(SAICAR)シンテターゼ;
MmCST:マウスCMP−シアル酸輸送体;
HsGNE:ヒトUDP−GlcNAc 2−エピメラーゼ/N−アセチルマンノサミンキナーゼ;
HsCSS:ヒトCMP−シアル酸シンターゼ;
HsSPS:ヒトN−アセチルノイラミナート−9−ホスファートシンターゼ;
MmST6−33:ScKRE2リーダーに融合したトランケート化マウスアルファ−2,6−シアリルトランスフェラーゼ;
LmSTT3d:リーシュマニア・メジャー(Leishmania major)からのオリゴサッカリルトランスフェラーゼ触媒サブユニット。
実施例4
酵母の形質転換およびスクリーニング
糖操作GFI5.0およびGS6.0株を、YPDに富む培地(酵母エキス1%、ペプトン2%および2%デキストロース)内で増殖させ、対数増殖期に遠心分離により集め、氷冷1Mソルビトールで3回洗浄した。1〜5μgのSpe1消化プラスミドをコンピテント酵母細胞と混合し、Bio−Rad Gene Pulser Xcell(商標)(Bio−Rad,2000 Alfred Nobel Drive,Hercules,CA 94547)プリセット ピチア・パストリス(Pichia pastoris)エレクトロポレーションプログラムを使用してエレクトロポレーションした。24℃の回収用豊富(rich)培地内で1時間の後、該細胞を、300μg/ml ゼオシンを含有する最少デキストロース培地(1.34% YNB、0.0004% ビオチン、2% デキストロース、1.5% 寒天)上でプレーティングし、該形質転換体が出現するまで24℃でインキュベートした。
高力価株に関してスクリーニングするために、96個の形質転換体を緩衝化グリセロール複合培地(BMGY)に接種し、72時間増殖させ、ついで緩衝化メタノール複合培地(BMMY)内で24時間の誘導を行った。以下のとおりにプロテインAビーズアッセイにより抗体の分泌を評価した。96ウェルプレート培養からの50マイクロリットルの上清を非結合性96ウェルアッセイプレート内で50mM Tris(pH8.5)で1:1に希釈した。各96ウェルプレートに関して、2mlの磁性BioMag Protein A懸濁液ビーズ(Qiagen,Valencia,CA)を磁性ラック内に保持されたチューブ内に配置した。2〜3分後、該ビーズが該チューブの側面に集められ、該バッファーをデカントした。該ビーズを、元の容量(100mM Tris、150mM NaCl、pH7.0)に等しい容量の洗浄バッファーで3回洗浄し、同じ洗浄バッファーに再懸濁させた。20μlのビーズを、希釈サンプルを含有するアッセイプレートの各ウェルに加えた。該プレートを覆い、穏やかにボルテックスし、ついで、15分ごとにボルテックスしながら室温で1時間インキュベートした。インキュベーション後、該ビーズが各ウェルの片側に集まるように誘導する磁性プレート上に該サンプルプレートを配置した。Biomek NX Liquid Handler(Beckman Coulter,Fullerton,CA)で、該プレートからの上清を廃棄物容器へと除去した。ついで該サンプルプレートを該磁石から取り出し、該ビーズを100μlの洗浄バッファーで洗浄した。該プレートを該磁石上に再び配置した後、該洗浄バッファーを吸引により除去した。20μlのローディングバッファー(25mM NEM(Pierce,Rockford,IL)を含有するInvitrogen E−PAGEゲルローディングバッファー)を各ウェルに加え、該プレートを手短にボルテックスした。Beckman Allegra 6遠心機上の500rpmでの遠心分離の後、該サンプルを99℃で5分間インキュベートし、ついでE−PAGEハイスループット・プレキャストゲル(Invitrogen,Carlsbad,CA)上で泳動させた。ゲルをゲル染色溶液(0.5gクーマシーG250ブリリアントブルー、40% MeOH、7.5% 酢酸)で覆い、電子レンジ内で35秒間加熱し、ついで室温で30分間インキュベートした。該ゲルを蒸留水中で一晩にわたって脱染した。高力価コロニーを、実施例5に詳細に記載されている更なるSixfors発酵スクリーニングのために選択した。IgG1野生型およびFc突然変異タンパク質産生株の要約を以下の表2に示す。
Figure 2014517846
実施例5
振とうフラスコにおける抗体の製造
該株を、24℃で3日間振とうされる300mlの2% BMGY培地を含有する500mlの振とうフラスコ内で培養した。
振とうフラスコの誘導のためのプロトコール:各培養の全容量(300ml)をファルコンチューブ内に集め、2500rpmで5分間遠心する。上清を移し、細胞ペレットを150mlの2% BMMYおよび360μlのPMTi4(ストック濃度0.65mg/ml)の最終容量に再懸濁させる。新鮮な500ml振とうフラスコに移し、24℃で2日間振とうする。該誘導培養物を遠心沈降させ、上清を新鮮なファルコンチューブ内に集める。
GE Healthcare,STREAMLINE rProtein A(カタログ番号17−1281−01)およびBioRadポリ−プレップ(poly prep)クロマトグラフィーカラム(10ml)(カタログ番号731−1550)を使用するプロテインAカラムにより、該分泌抗体を精製した。以下のバッファーを使用した。
・洗浄バッファー#1:20mM Tris pH7.0,1M NaCl
・洗浄バッファー#2:20mM tりs pH7.0
・中和バッファー:1M Tris pH8.0〜pH9.0
・溶出バッファー:100mMまたは50mM クエン酸ナトリウム pH3.0
・クリーニング溶液:水中の6M 尿素
精製プロトコールは以下のとおりである。
・500μlのSTREAMLINE rProtein Aビーズを各BioRaカラムに加える。該ビーズは20%エタノール中に存在するべきである。該ビーズスラリーの組成は50% ビーズ、50% 液体であるべきである。
・該プロテインAビーズが該カラム内に入ったら、それらを5mlの洗浄バッファー#2で洗浄すべきである(フロースルーは廃棄する)。
・10mlの上清をBioRadカラムに加える。この工程中に、該抗体はプロテインAビーズに結合するであろう(フロースルーは廃棄する)。
・5mlの洗浄バッファー#1を該カラムに加えることにより、望ましくない過剰のタンパク質を洗い落とす(フロースルーは廃棄する)。
・5mlの洗浄バッファー#2を加えることにより、該カラムを再び洗浄する(フロースルーは廃棄する)。
・1mlの中和バッファーを15mlタンパク質収集チューブに加える。
・BioRadカラムを該15ml収集チューブ内に配置する。
・3mlの溶出バッファーをBioRadカラムに加える。これは所望の抗体をプロテインAビーズから除去するであろう。
・溶出タンパク質を該15mlタンパク質収集チューブ内に集める。
・ブラッドフォードアッセイ(10μlのタンパク質をブラッドフォードアッセイに使用する)により該溶出タンパク質の濃度を決定する。
実施例6
HPLCによるN結合グリカン分析
各グリコフォームの相対量を定量するために、N−グリコシダーゼF遊離グリカンを2−アミノベンジジン(2−AB)で標識し、HPLCにより分析した(Choiら,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 100:5022−5027(2003)およびHamiltonら,Science 313:1441−1443(2006)に記載されているとおりに行った)。表2は、GFI 6.0宿主における二重突然変異タンパク質および四重突然変異タンパク質発現ならびにGFI 5.0宿主における1F11 IgG1のグリカンプロファイルを示す。これらの株を振とうフラスコ内で培養した。結果を表2に示す。
Figure 2014517846
実施例7
FcγR結合アッセイ
Shieldsら(2001),J.Biol.Chem.276:6591−6604に記載されている方法を若干変更した方法により、Fcγ受容体結合アッセイを行った。高タンパク質結合96ウェルプレート(Corning Costar)をPBS中の以下の濃度の100μl/ウェルのFcγ受容体溶液でコートした:FcγRI(R&D Systems)およびFcγRIIa(ピチア・パストリス(Pichia pastoris)産生体)は共に1μg/mL、FcγRIIb(ピチア・パストリス(P.pastoris)産生体)は2μg/mL、FcγRIIIa−F158は0.8μg/mL、ならびにFcγRIIIa−V158は0.4μg/mLならびに(共にP.pastoris産生体)は0.4μg/mL。全てのピチア・パストリス(Pichia pastoris)により産生された受容体は、記載されているとおりに(Liら(2006),Nature Biotechnology 24:210−215)、発現され、精製された。FcγRIプレートに加えられた単量体抗体サンプルをアッセイ希釈剤(1×PBS、1% BSAおよび0.05% Tween20)中で系列希釈し、100μL/ウェルを該プレートに加えた。残りの受容体のために調製された抗体サンプルは、検出のためにアルカリホスファターゼに結合された半モル比のヤギ抗ヒトIgG F(ab’)2 F(ab’)2を使用する1時間の二量体化工程を要する。また、これらの二量体化F(ab’)2/抗体複合体を系列希釈し、100μL/ウェルを残りの受容体プレートに加え、全てのプレートを室温で1時間インキュベートした。同じヤギ抗ヒトIgG F(ab’)2アルカリホスファターゼ結合F(ab’)2を使用して、FcγRI結合サンプル抗体を検出した。SuperPhos、4−MUP Fluorescence AP Substrate Detection System(Virolabs)の存在下の18時間のインキュベーションの後、340nmにおける励起および465nmにおける発光を測定することにより、サンプル抗体結合を定量した。
結果を表3〜7に示す。各表は個々の実験の結果を表す。表3に記載されているデータのグラフ表示は図3に示されている。表4に記載されているデータのグラフ表示は図4に示されている。表5に記載されているデータのグラフ表示は図5に示されている。表6に記載されているデータのグラフ表示は図6に示されている。表7に記載されているデータのグラフ表示は図7に示されている。
Figure 2014517846
表8は、GS5.0において産生された野生型親抗体と比較した場合の、種々の受容体への結合の相対的減少を要約している。このデータは図8にも示されている。
Figure 2014517846
実施例8
抗原アフィニティアッセイ
ランニングバッファーとしての1×HBS−EP+(10mM HEPES、150mM NaCl、3mM EDTAおよび0.05% Surfactant P20)およびカルボキシメチル化デキストラン(CM5,cat# BR−1006−68)チップを使用して、本発明の抗PCSK9抗体の結合アフィニティを、Biacore T100装置で測定した。Biacore Human Antibody Capture Kit(Cat# BR−1008−39)により、〜7000RUまで、CM5チップを全フローセル上にマウス抗ヒトIgG(Fc特異的)で固定化した。抗PCSK9抗体を該チップ上で〜500RUまで捕捉し、ついで64.1nM〜2.0nMの野生型ヒトPCSK9の分析用注入を行った。3M MgClの10μL/分での40秒間のそれぞれの分析用の注入と注入との間に各フローセルを再生させた。少なくとも5ポイントの濃度範囲のセンソグラム(sensogram)を使用し、1:1 結合モデルを用いて、Biacore T100 Evaluation Softwareでデータを分析した。
表9に示されているとおり、この場合に該材料および方法により調製された種々の抗PCSK9抗体に対する抗原アフィニティは類似している。
Figure 2014517846
実施例9
追加的IgG1 Fc突然変異タンパク質の構築、発現および特徴づけ
実施例2の方法により、追加的Fc突然変異タンパク質(表10)を構築した。
Figure 2014517846
表10に記載されているFc突然変異タンパク質を含有する発現ベクターを、アルファ2,6シアル酸を二分岐ガラクトシル化グリカン(G2)上に付加しうる糖操作ピチア・パストリス(Pichia pastoris)株YGLY22834(GFI6.0)内に形質転換した。用いたYGLY22834株の遺伝子型は以下のとおりである:ura5Δ::ScSUC2 ochlΔ::lacZ bmt2Δ::lacZ/KlMNN2−2;mnn4L1Δ::lacZ/MmSLC35A3 pno1Δ mnn4Δ::lacZ;ADE1::lacZ/NA10/MmSLC35A3/FB8;his1Δ::lacZ/ScGAL10/XB33/DmUGT;arg1Δ::HIS1/KD53/TC54;bmt4Δ::lacZ bmt1Δ::lacZ bmt3Δ::lacZ;TPP2::ARG1/MmCST/HsGNE/HsCSS/HsSPS/MmST6−33;ste13Δ::lacZ−URA5−lacZ/TrMDS1 dap2Δ::NatR;TRP5::HygRMmCST/HsGNE/HsCSS/HsSPS/MmST6−33;vps10−1::pAOX1−LmSTT3d。
実施例4〜5に示されているとおりに、Fc突然変異タンパク質抗体を製造し、精製した。
ここで製造されたFc突然変異タンパク質のグリコシル化を、実施例6に記載されているとおりにHPLCにより定量した。その結果を表11に示す。
Figure 2014517846
種々のFcγRに対するこれらのFc突然変異タンパク質のアフィニティを、実施例7に記載されているとおりに測定した。その結果を表12および13に示す。
「抗TNF IgG1 GS5」と表示されているサンプルは、組換えピチア・パストリス(Pichia pastoris)株GFI 5.0において産生された、配列番号15の重鎖と配列番号13の軽鎖とを含む抗体を意味する。
「1F11 IgG1 GS5.0」と表示されているサンプルは、組換えピチア・パストリス(Pichia pastoris)株GFI 5.0において産生された、配列番号1の重鎖と配列番号2の軽鎖とを含む抗体を意味する。
「抗TNF DM」と表示されているサンプルは、組換えピチア・パストリス(Pichia pastoris)株YGLY22834(GFI 6.0)において産生された、配列番号16の重鎖と配列番号13の軽鎖とを含む抗体を意味する。
「1F11 DM」と表示されているサンプルは、組換えピチア・パストリス(Pichia pastoris)株YGLY22834(GFI 6.0)において産生された、配列番号3の重鎖と配列番号2の軽鎖とを含む抗体を意味する。
「ヒトIgG Fc DM」または「hFC DM」と表示されているサンプルは、前記方法により組換えピチア・パストリス(Pichia pastoris)株YGLY22834(GFI 6.0)において産生された、配列番号14のアミノ酸配列を含むポリペプチドを意味する。
Figure 2014517846
実施例10
免疫血小板減少症(「ITP」)のモデルにおけるFc突然変異タンパク質の効果
動物:タコニック・ファームズ(Taconic Farms)から14週齢のC57BL/6雌マウスを得た。
モデル誘発:表14に挙げられている試薬を静脈内(iv)注入により、第0日に該マウスに投与する。24時間後、BD Biosystemsから得た抗CD41抗体(MWReg30)の2μgのiv用量でITPを誘発させる。ITP誘発の24時間後、Hemavet赤血球分析装置を使用して、全血サンプルに関して血小板の計数を行う
Figure 2014517846
材料
「シアル酸化hFC DM」と表示されているサンプルは、組換えピチア・パストリス(Pichia pastoris)株YGLY22834(GFI 6.0)において産生された、配列番号14のアミノ酸配列を含むポリペプチドを意味する。
「非シアル酸化hFC DM」と表示されているサンプルは、組換えピチア・パストリス(Pichia pastoris)株YGLY22834(GFI 6.0)において産生された、配列番号14のアミノ酸配列を含むポリペプチドを意味し、これは次いで、ノイラミニダーゼでインビトロで処理されて、末端ガラクトースを有するタンパク質の非シアル酸化形態を与えた。
「hFC QMシアル酸化」と表示されているサンプルは、組換えピチア・パストリス(Pichia pastoris)株YGLY22834(GFI 6.0)において産生された、配列番号8のアミノ酸配列を含むポリペプチドを意味する。
「非シアル酸化hFC QM」と表示されているサンプルは、組換えピチア・パストリス(Pichia pastoris)株YGLY22834(GFI 6.0)において産生された、配列番号8のアミノ酸配列を含むポリペプチドを意味し、これは次いで、ノイラミニダーゼでインビトロで処理されて、末端ガラクトースを有するタンパク質の非シアル酸化形態を与えた。
全ての場合において、ピチア・パストリス(Pichia pastoris)株の培養を15L ガラスバイオリアクター内で行った。簡潔に説明すると、500mLのBSGY培地(4% グリセロール、1% 酵母エキス、2% ソイトン、100mM リン酸カリウムバッファー,pH6.5、100mM D−ソルビトール、1.34% 酵母窒素原基礎培地および4×10〜5% ビオチン)を含有する2つの3Lバッフル付き種フラスコに、寒天プレートで増殖する酵母パッチを接種した。該フラスコを、24℃、180rpmで48時間インキュベートして対数増殖を確保し、それが達成されたら、該細胞を、BSGY培地を10%の容量比率で含有するバイオリアクターに移した。温度を24℃に制御し、pHを28% 水酸化アンモニウムで6.5に制御し、気流速度を0.7に固定し、撹拌をカスケード(cascade)することにより、溶存酸素(DO)を大気圧および24℃で20%飽和に維持した。最初の40gL−1のグリセロールの消失が酸素取り込み速度(mmolL−1−1単位のOUR)の急速な低下により検出された。ついで、5.3gL−1−1から開始する指数関数的な50%グリセロールの供給を行い、それを0.08h−1の割合で指数関数的に増加させた。8時間のグリセロールフェッドバッチ相の後、酸素限定環境中のメタノール誘導を開始した。該DOカスケードを停止し、撹拌を460rpmの設定点に設定して、20〜25mmol/L/hのOURを得た。DOが1%未満に減少した後、100% メタノールの最初の1%(w/v)ボーラス供給を行った。全ての後続のメタノール1%(w/v)ボーラス供給は、メタノール消失を示すDOの急増により誘発された。
該サンプル(「シアル酸化hFC DM」、「非シアル酸化hFC DM」、「シアル酸化hFC QM」および「シアル酸化hFC QM」)を、MabSelect(GE Healthcare Life Sciences)を使用して精製した。
「シアル酸化hFC DM」および「シアル酸化hFC QM」サンプルのN−グリカンをHPLCにより決定した。それは以下のN−グリカンの特徴を有していた。
Figure 2014517846
GAMMAGARDは、Baxter Healthcareから入手した。
GAMMUNEXは、Talecris Biotherapeutics Incから入手した。
サンプル「ITP対照」は、抗CD41抗体(MWReg30)であった。
結果
得られた血小板値は表15に一覧されており(K/μL)、図9にプロットされている。シアル酸化hFc DMおよびシアル酸化hFc QMは、一元配置分散分析により、ITPからの統計的に有意な防御を示した。
Figure 2014517846
Figure 2014517846
Figure 2014517846
Figure 2014517846
Figure 2014517846
Figure 2014517846
本発明は、例示されている実施形態に関して本明細書に記載されているが、本発明はそれらに限定されないと理解されるべきである。当業者および本明細書における教示を利用する者は本発明の範囲内の追加的な修飾および実施形態を認識するであろう。

Claims (21)

  1. Fc領域のアミノ酸位置243、264、267および328位(ここで、番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)に突然変異を含むFc含有ポリペプチド。
  2. 該突然変異がF243A、V264A、S267EおよびL328Fである、請求項1記載のFc含有ポリペプチド。
  3. 配列番号7、配列番号8または配列番号17のアミノ酸配列を含む、請求項1記載のFc含有ポリペプチド。
  4. 該Fc含有ポリペプチドが、シアル酸化N−グリカンを含む抗体または抗体フラグメントであり、該シアル酸化N−グリカンにおけるシアル酸残基がα−2,6結合により結合している、請求項1記載のFc含有ポリペプチド。
  5. 該Fc含有ポリペプチドが、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcまたはSAGalGlcNAcMan5GlcNAc(ここで、該シアル酸残基はα−2,6結合により結合している)から選択される構造を含むシアル酸化N−グリカンを含む抗体または抗体フラグメントである、請求項1記載のFc含有ポリペプチド。
  6. 該Fc含有ポリペプチドが、親Fc含有ポリペプチドと比較した場合に以下の特性:
    a)エフェクター機能の低下、
    b)抗炎症特性の増強、
    c)レクチン(例えば、CD22(Siglec2))への結合の増強、
    d)FcγRIIaへの結合の低下、
    e)FcγRIIbへの結合の増強、
    f)FcγRIIIaへの結合の低下、および
    g)FcγRIIIbへの結合の低下
    の1以上を有する、請求項1記載のFc含有ポリペプチド。
  7. a)Fc含有ポリペプチドを産生するように遺伝的に操作された細胞を準備し(ここで、該宿主細胞は、Fc領域のアミノ酸位置243、264、267および328位に突然変異をコードする核酸を含み、ここで、番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)、
    b)該Fc含有ポリペプチドの発現を引き起こす条件下で該宿主細胞を培養し、
    c)該宿主細胞から該Fc含有ポリペプチドを単離することを含む、宿主細胞におけるFc含有ポリペプチドの製造方法。
  8. 該核酸が突然変異F243A、V264A、S267EおよびL328Fをコードしている、請求項7記載の製造方法。
  9. 該Fc含有ポリペプチドが配列番号7、配列番号8または配列番号17のアミノ酸配列を含む、請求項7記載の製造方法。
  10. 該Fc含有ポリペプチドが、シアル酸化N−グリカンを含む抗体または抗体フラグメントであり、該シアル酸化N−グリカンがα−2,6結合により結合している、請求項7記載の製造方法。
  11. 全シアル酸化N−グリカンの量および比率が親Fc含有ポリペプチドと比較して増加しているN−グリカン組成を該Fc含有ポリペプチドが有する。請求項10記載の製造方法。
  12. 該Fc含有ポリペプチドが、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcまたはSAGalGlcNAcMan5GlcNAc(ここで、該シアル酸残基はα−2,6結合により結合している)から選択される構造を含むシアル酸化N−グリカンを含む抗体または抗体フラグメントである、請求項7記載の製造方法。
  13. 該Fc含有ポリペプチドが、親Fc含有ポリペプチドと比較した場合に以下の特性:
    a)エフェクター機能の低下、
    b)抗炎症特性の増強、
    c)レクチン(例えば、CD22(Siglec2))への結合の増強、
    d)FcγRIIaへの結合の低下、
    e)FcγRIIbへの結合の増強、
    f)FcγRIIIaへの結合の低下、および
    g)FcγRIIIbへの結合の低下
    の少なくとも1つを有する、請求項7記載の製造方法。
  14. Fc領域の243、264、267および328位(該番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)に突然変異を導入することを含む、Fc含有ポリペプチドの抗炎症特性を増強する又は細胞傷害性を低下させる方法であって、該Fc含有ポリペプチドが、親Fc含有ポリペプチドと比較して増強した抗炎症特性または低下した細胞傷害性を有する、方法。
  15. 該突然変異がF243A、V264A、S267EおよびL328Fである、請求項14記載の方法。
  16. 該Fc含有ポリペプチドが配列番号7、配列番号8または配列番号17のアミノ酸配列を含む、請求項14記載の方法。
  17. 該Fc含有ポリペプチドが、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcまたはSAGalGlcNAcMan5GlcNAc(ここで、該シアル酸残基はα−2,6結合により結合している)から選択される構造を含むシアル酸化N−グリカンを含む抗体または抗体フラグメントである、請求項14記載の方法。
  18. 炎症状態の治療を要する対象における炎症状態の治療方法であって、Fc領域の243位および264位(該番号付けはKabatにおけるものと同様のEUインデックスに準拠している)に突然変異を含むFc含有ポリペプチドの治療的有効量を該対象に投与することを含む方法。
  19. 該突然変異がF243A、V264A、S267EおよびL328Fである、請求項18記載の方法。
  20. 該Fc含有ポリペプチドが配列番号7、配列番号8または配列番号17のアミノ酸配列を含む、請求項18記載の方法。
  21. 該Fc含有ポリペプチドが、SA(1−4)Gal(1−4)GlcNAc(2−4)ManGlcNAcまたはSAGalGlcNAcMan5GlcNAc(ここで、該シアル酸残基はα−2,6結合により結合している)から選択される構造を含むシアル酸化N−グリカンを含む抗体または抗体フラグメントである、請求項18記載の方法。
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