JP2014500725A5 - - Google Patents
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Claims (65)
- 合成抗体又はその機能断片のコレクションにおいて、前記抗体又は機能断片が可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1−18(配列番号204)/VK1−39(配列番号236);VH1−18(配列番号204)/VK3−15(配列番号238);VH1−18(配列番号204)/VK3−20(配列番号239);VH1−46(配列番号205)/VK3−15(配列番号238);VH1−46(配列番号205)/VL1−51(配列番号252);VH1−46(配列番号205)/VL3−21(配列番号257);VH1−69*01(配列番号206)/VL1−51(配列番号252);VH3−07(配列番号207)/VK1−12(配列番号233);VH3−07(配列番号207)/VK1−16(配列番号234);VH3−07(配列番号207)/VK1−27(配列番号235);VH3−07(配列番号207)/VK1−39(配列番号236);VH3−07(配列番号207)/VK3−15(配列番号238);VH3−07(配列番号207)/VL1−47(配列番号251);VH3−07(配列番号207)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VK1−05(配列番号230);VH3−11(配列番号208)/VK1−39(配列番号236);VH3−11(配列番号208)/VK3−15(配列番号238);VH3−11(配列番号208)/VL1−40(配列番号250);VH3−11(配列番号208)/VL1−47(配列番号251);VH3−11(配列番号208)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL2−23(配列番号255);VH3−15(配列番号209)/VK1−05(配列番号230);VH3−15(配列番号209)/VK1−06(配列番号231);VH3−15(配列番号209)/VK1−12(配列番号233);VH3−15(配列番号209)/VK1−16(配列番号234);VH3−15(配列番号209)/VK1−27(配列番号235);VH3−15(配列番号209)/VK3−11(配列番号237);VH3−15(配列番号209)/VL1−40(配列番号250);VH3−15(配列番号209)/VL1−47(配列番号251);VH3−15(配列番号209)/VL1−51(配列番号252);VH3−15(配列番号209)/VL2−14(配列番号254);VH3−21(配列番号210)/VK1−12(配列番号233);VH3−21(配列番号210)/VK1−27(配列番号235);VH3−21(配列番号210)/VL2−11(配列番号253);VH3−23(配列番号211)/VK1−39(配列番号236);VH3−23(配列番号211)/VK3−15(配列番号238);VH3−23(配列番号211)/VL2−23(配列番号255);VH3−23(配列番号211)/VL3−1(配列番号256);VH3−30(配列番号212)/VK3−20(配列番号239);VH3−53(配列番号213)/VK3−15(配列番号238);VH3−53(配列番号213)/VL2−11(配列番号253);VH3−74(配列番号214)/VK1−05(配列番号230);VH3−74(配列番号214)/VK1−06(配列番号231);VH3−74(配列番号214)/VK1−12(配列番号233);VH3−74(配列番号214)/VK1−27(配列番号235);VH3−74(配列番号214)/VK3−20(配列番号239);VH3−74(配列番号214)/VL1−51(配列番号252);VH5−51(配列番号215)/VK1−39(配列番号236);VH5−51(配列番号215)/VL1−40(配列番号250);VH5−51(配列番号215)/VL1−51(配列番号252);VH6−1(配列番号216)/VK1−09(配列番号232);VH6−1(配列番号216)/VK3−15(配列番号238);VH6−1(配列番号216)/VK3−20(配列番号239)及びVH6−1(配列番号216)/VL1−51(配列番号252)の20個以上から選択される生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項1に記載の合成抗体又はその断片のコレクションにおいて、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、前記可変重鎖と可変軽鎖との対VH1−18(配列番号204)/VK1−39(配列番号236);VH1−18(配列番号204)/VK3−15(配列番号238);VH1−18(配列番号204)/VK3−20(配列番号239);VH1−46(配列番号205)/VK3−15(配列番号238);VH1−46(配列番号205)/VL1−51(配列番号252);VH1−46(配列番号205)/VL3−21(配列番号257);VH1−69*01(配列番号206)/VL1−51(配列番号252);VH3−07(配列番号207)/VK1−12(配列番号233);VH3−07(配列番号207)/VK1−16(配列番号234);VH3−07(配列番号207)/VK1−27(配列番号235);VH3−07(配列番号207)/VK1−39(配列番号236);VH3−07(配列番号207)/VK3−15(配列番号238);VH3−07(配列番号207)/VL1−47(配列番号251);VH3−07(配列番号207)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VK1−05(配列番号230);VH3−11(配列番号208)/VK1−39(配列番号236);VH3−11(配列番号208)/VK3−15(配列番号238);VH3−11(配列番号208)/VL1−40(配列番号250);VH3−11(配列番号208)/VL1−47(配列番号251);VH3−11(配列番号208)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL2−23(配列番号255);VH3−15(配列番号209)/VK1−05(配列番号230);VH3−15(配列番号209)/VK1−06(配列番号231);VH3−15(配列番号209)/VK1−12(配列番号233);VH3−15(配列番号209)/VK1−16(配列番号234);VH3−15(配列番号209)/VK1−27(配列番号235);VH3−15(配列番号209)/VK3−11(配列番号237);VH3−15(配列番号209)/VL1−40(配列番号250);VH3−15(配列番号209)/VL1−47(配列番号251);VH3−15(配列番号209)/VL1−51(配列番号252);VH3−15(配列番号209)/VL2−14(配列番号254);VH3−21(配列番号210)/VK1−12(配列番号233);VH3−21(配列番号210)/VK1−27(配列番号235);VH3−21(配列番号210)/VL2−11(配列番号253);VH3−23(配列番号211)/VK1−39(配列番号236);VH3−23(配列番号211)/VK3−15(配列番号238);VH3−23(配列番号211)/VL2−23(配列番号255);VH3−23(配列番号211)/VL3−1(配列番号256);VH3−30(配列番号212)/VK3−20(配列番号239);VH3−53(配列番号213)/VK3−15(配列番号238);VH3−53(配列番号213)/VL2−11(配列番号253);VH3−74(配列番号214)/VK1−05(配列番号230);VH3−74(配列番号214)/VK1−06(配列番号231);VH3−74(配列番号214)/VK1−12(配列番号233);VH3−74(配列番号214)/VK1−27(配列番号235);VH3−74(配列番号214)/VK3−20(配列番号239);VH3−74(配列番号214)/VL1−51(配列番号252);VH5−51(配列番号215)/VK1−39(配列番号236);VH5−51(配列番号215)/VL1−40(配列番号250);VH5−51(配列番号215)/VL1−51(配列番号252);VH6−1(配列番号216)/VK1−09(配列番号232);VH6−1(配列番号216)/VK3−15(配列番号238);VH6−1(配列番号216)/VK3−20(配列番号239)及びVH6−1(配列番号216)/VL1−51(配列番号252)の25個以上から選択される生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項1又は2に記載の合成抗体又はその機能断片のコレクションにおいて、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、前記可変重鎖と可変軽鎖との対VH1−18(配列番号204)/VK1−39(配列番号236);VH1−18(配列番号204)/VK3−15(配列番号238);VH1−18(配列番号204)/VK3−20(配列番号239);VH1−46(配列番号205)/VK3−15(配列番号238);VH1−46(配列番号205)/VL1−51(配列番号252);VH1−46(配列番号205)/VL3−21(配列番号257);VH1−69*01(配列番号206)/VL1−51(配列番号252);VH3−07(配列番号207)/VK1−12(配列番号233);VH3−07(配列番号207)/VK1−16(配列番号234);VH3−07(配列番号207)/VK1−27(配列番号235);VH3−07(配列番号207)/VK1−39(配列番号236);VH3−07(配列番号207)/VK3−15(配列番号238);VH3−07(配列番号207)/VL1−47(配列番号251);VH3−07(配列番号207)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VK1−05(配列番号230);VH3−11(配列番号208)/VK1−39(配列番号236);VH3−11(配列番号208)/VK3−15(配列番号238);VH3−11(配列番号208)/VL1−40(配列番号250);VH3−11(配列番号208)/VL1−47(配列番号251);VH3−11(配列番号208)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL2−23(配列番号255);VH3−15(配列番号209)/VK1−05(配列番号230);VH3−15(配列番号209)/VK1−06(配列番号231);VH3−15(配列番号209)/VK1−12(配列番号233);VH3−15(配列番号209)/VK1−16(配列番号234);VH3−15(配列番号209)/VK1−27(配列番号235);VH3−15(配列番号209)/VK3−11(配列番号237);VH3−15(配列番号209)/VL1−40(配列番号250);VH3−15(配列番号209)/VL1−47(配列番号251);VH3−15(配列番号209)/VL1−51(配列番号252);VH3−15(配列番号209)/VL2−14(配列番号254);VH3−21(配列番号210)/VK1−12(配列番号233);VH3−21(配列番号210)/VK1−27(配列番号235);VH3−21(配列番号210)/VL2−11(配列番号253);VH3−23(配列番号211)/VK1−39(配列番号236);VH3−23(配列番号211)/VK3−15(配列番号238);VH3−23(配列番号211)/VL2−23(配列番号255);VH3−23(配列番号211)/VL3−1(配列番号256);VH3−30(配列番号212)/VK3−20(配列番号239);VH3−53(配列番号213)/VK3−15(配列番号238);VH3−53(配列番号213)/VL2−11(配列番号253);VH3−74(配列番号214)/VK1−05(配列番号230);VH3−74(配列番号214)/VK1−06(配列番号231);VH3−74(配列番号214)/VK1−12(配列番号233);VH3−74(配列番号214)/VK1−27(配列番号235);VH3−74(配列番号214)/VK3−20(配列番号239);VH3−74(配列番号214)/VL1−51(配列番号252);VH5−51(配列番号215)/VK1−39(配列番号236);VH5−51(配列番号215)/VL1−40(配列番号250);VH5−51(配列番号215)/VL1−51(配列番号252);VH6−1(配列番号216)/VK1−09(配列番号232);VH6−1(配列番号216)/VK3−15(配列番号238);VH6−1(配列番号216)/VK3−20(配列番号239)及びVH6−1(配列番号216)/VL1−51(配列番号252)の30個以上から選択される生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項1乃至3の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又は機能断片が、生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域を含み、前記生殖系列タンパク質対が、以下の特性:
i)少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;
ii)Fabフォーマットにおける70℃以上での熱安定性;
iii)SECにより決定するとき少なくとも98%のFabフォーマットにおける単量体含量(%単量体);
iv)少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;
v)IgG1フォーマットにおける73℃以上での熱安定性;及び
vii)SECにより決定するとき少なくとも99%のIgG1フォーマットにおける単量体含量(%単量体)
を含むことを特徴とするコレクション。 - 請求項1乃至4のいずれか1項に記載のコレクションにおいて、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、前記可変重鎖と可変軽鎖との対VH1−18(配列番号204)/VK3−20(配列番号239);VH1−46(配列番号205)/VK3−15(配列番号238);VH1−46(配列番号205)/VL1−51(配列番号252);VH1−69*01(配列番号206)/VL1−51(配列番号252);VH3−07(配列番号207)/VK1−12(配列番号233);VH3−07(配列番号207)/VK1−27(配列番号235);VH3−07(配列番号207)/VK3−15(配列番号238);VH3−07(配列番号207)/VL1−47(配列番号251);VH3−07(配列番号207)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL1−40(配列番号250);VH3−11(配列番号208)/VL1−47(配列番号251);VH3−11(配列番号208)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL2−23(配列番号255);VH3−15(配列番号209)/VK1−05(配列番号230);VH3−15(配列番号209)/VK1−06(配列番号231);VH3−15(配列番号209)/VK1−12(配列番号233);VH3−15(配列番号209)/VK1−27(配列番号235);VH3−15(配列番号209)/VK3−11(配列番号237);VH3−15(配列番号209)/VL1−51(配列番号252);VH3−21(配列番号210)/VK1−12(配列番号233);VH3−23(配列番号211)/VK1−39(配列番号236);VH3−23(配列番号211)/VK3−15(配列番号238);VH3−23(配列番号211)/VL2−23(配列番号255);VH3−23(配列番号211)/VL3−1(配列番号256);VH3−53(配列番号213)/VK3−15(配列番号238);VH3−53(配列番号213)/VL2−11(配列番号253);VH3−74(配列番号214)/VK1−05(配列番号230);VH3−74(配列番号214)/VK1−06(配列番号231);VH3−74(配列番号214)/VK1−12(配列番号233);VH3−74(配列番号214)/VK3−20(配列番号239);VH5−51(配列番号215)/VK1−39(配列番号236);VH5−51(配列番号215)/VL1−40(配列番号250);VH5−51(配列番号215)/VL1−51(配列番号252);VH6−1(配列番号216)/VK1−09(配列番号232);VH6−1(配列番号216)/VK3−20(配列番号239)及びVH6−1(配列番号216)/VL1−51(配列番号252)の生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項1乃至5のいずれか1項に記載の合成抗体又はその機能断片のコレクションにおいて、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1−18(配列番号204)/VK3−20(配列番号239);VH1−46(配列番号205)/VK3−15(配列番号238);VH1−46(配列番号205)/VL1−51(配列番号252);VH1−69*01(配列番号206)/VL1−51(配列番号252);VH3−07(配列番号207)/VK1−12(配列番号233);VH3−07(配列番号207)/VK1−27(配列番号235);VH3−07(配列番号207)/VK3−15(配列番号238);VH3−07(配列番号207)/VL1−47(配列番号251);VH3−07(配列番号207)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL1−40(配列番号250);VH3−11(配列番号208)/VL1−47(配列番号251);VH3−11(配列番号208)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL2−23(配列番号255);VH3−15(配列番号209)/VK1−05(配列番号230);VH3−15(配列番号209)/VK1−06(配列番号231);VH3−15(配列番号209)/VK1−12(配列番号233);VH3−15(配列番号209)/VK1−27(配列番号235);VH3−15(配列番号209)/VK3−11(配列番号237);VH3−15(配列番号209)/VL1−51(配列番号252);VH3−21(配列番号210)/VK1−12(配列番号233);VH3−23(配列番号211)/VK3−15(配列番号238);VH3−53(配列番号213)/VK3−15(配列番号238);VH3−53(配列番号213)/VL2−11(配列番号253);VH3−74(配列番号214)/VK1−05(配列番号230);VH3−74(配列番号214)/VK1−06(配列番号231);VH3−74(配列番号214)/VK1−12(配列番号233);VH3−74(配列番号214)/VK3−20(配列番号239);VH5−51(配列番号215)/VK1−39(配列番号236);VH5−51(配列番号215)/VL1−40(配列番号250);VH5−51(配列番号215)/VL1−51(配列番号252);VH6−1(配列番号216)/VK1−09(配列番号232);VH6−1(配列番号216)/VK1−09(配列番号232)及びVH6−1(配列番号216)/VL1−51(配列番号252)の生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項6に記載のコレクションにおいて、前記抗体又は機能断片が、生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域を含み、前記生殖系列タンパク質対が、以下の特性:
i)少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;
ii)Fabフォーマットにおける70℃以上での熱安定性;
iii)SECにより決定するとき少なくとも99%のFabフォーマットにおける単量体含量(%単量体);
iv)少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;
v)IgG1フォーマットにおける73℃以上での熱安定性;
vi)SECにより決定するとき少なくとも99%のIgG1フォーマットにおける単量体含量(%単量体)、及び
vii)少なくとも8.3のIgG1フォーマットにおける等電点
を含むことを特徴とするコレクション。 - 請求項7に記載のコレクションにおいて、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH3−23(配列番号211)/VK1−39(配列番号236);VH3−23(配列番号211)/VL2−23(配列番号255);及びVH3−23(配列番号211)/VL3−1(配列番号256)からさらに選択される生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項1乃至8の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、前記それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含む1つ以上の相補性決定領域を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項1乃至9の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、前記それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むCDR1領域を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項1乃至10の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、前記それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むCDR2領域を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項1乃至11の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、潜在的な翻訳後修飾部位を取り除くアミノ酸修飾を含む1つ以上の相補性決定領域を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項12に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、配列番号266〜278に示されるそれぞれの可変重鎖の相補性決定領域(complementarity determing region)配列を含む1つ以上の重鎖相補性決定領域を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項13に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、配列番号266〜278に示されるそれぞれのHCDR1領域由来のHCDR1領域を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項13又は14に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、配列番号266〜278に示されるそれぞれのHCDR2領域由来のHCDR2領域を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項1乃至15の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、JH4(配列番号293)、Jκ1(配列番号297)、及びJλ2/3(配列番号301)からなる群から選択されるFR4領域を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項1乃至16の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、多様化されたHCDR3領域を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項1乃至17の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、多様化されたLCDR3領域を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項1乃至18(proceeding claims)の何れか1項に記載のコレクションにおいて、少なくとも1×104個の抗体又はその機能断片を含むことを特徴とするコレクション。
- 請求項1乃至19(proceeding claims)の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体が、ヒトIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgE、IgM及びIgDからなる群から選択されることを特徴とするコレクション。
- 請求項1乃至20(proceeding claims)の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体の前記機能断片が、Fab、F(ab’)2、Fab’、Fv、及びscFvからなる群から選択されることを特徴とするコレクション。
- 請求項1乃至21の何れか1項に記載の抗体又はその機能断片のコレクションをコードすることを特徴とする核酸のコレクション。
- 請求項22に記載の核酸のコレクションを含むことを特徴とするベクター。
- 請求項22に記載の核酸又は請求項23に記載のベクターを含むことを特徴とする組換え宿主細胞。
- 合成抗体又はその機能断片のコレクションの作製方法において、
a)ヒト免疫レパートリーに存在する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列遺伝子対を同定するステップ;
b)ステップa)で同定された前記可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列タンパク質対を、以下の特性について試験するステップ:
i)少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;
ii)Fabフォーマットにおける70℃以上での熱安定性;
iii)SECにより決定するとき少なくとも98%のFabフォーマットにおける単量体含量(%単量体);
iv)少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;
v)IgG1フォーマットにおける73℃以上での熱安定性;及び
vii)SECにより決定するとき少なくとも99%のIgG1フォーマットにおける単量体含量(%単量体);及び
c)コレクションを作成するステップにおいて、前記抗体又はその機能断片が可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、ステップb)の特性を満たす生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む、ステップ
を含むことを特徴とする方法。 - 請求項25に記載の方法において、ステップa)が、
aa)サンプルからヒトB細胞を単離するステップ;
ab)前記B細胞からcDNAを作成するステップ;
ac)前記B細胞から前記cDNAをPCR増幅するステップ;
ad)前記PCR産物を配列決定するステップ;及び
ae)各PCR産物の生殖系列遺伝子を同定するステップ
をさらに含むことを特徴とする方法。 - 請求項25又は26に記載の方法において、ステップb)が、
ba)ヒト免疫レパートリーに存在する対を代表する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列タンパク質対を含む抗体又はその機能断片をコードするDNAを合成するステップ;
bb)ba)で合成された前記生殖系列タンパク質対を発現させるステップ;及び
bc)bb)の前記生殖系列タンパク質対を前記特性の各々について試験するステップ
をさらに含むことを特徴とする方法。 - 請求項25乃至27の何れか1項に記載の方法において、ステップc)が、
ca)前記抗体又はその機能断片をコードする核酸を合成するステップ;
cb)前記核酸をベクターにクローニングするステップ;
cc)前記抗体又はその機能断片を発現させるステップ
を含むことを特徴とする方法。 - 請求項25乃至28の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又は機能断片が可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、生殖系列タンパク質配列を含み、前記抗体又はその機能断片が、VH1−18(配列番号204)/VK1−39(配列番号236);VH1−18(配列番号204)/VK3−15(配列番号238);VH1−18(配列番号204)/VK3−20(配列番号239);VH1−46(配列番号205)/VK3−15(配列番号238);VH1−46(配列番号205)/VL1−51(配列番号252);VH1−46(配列番号205)/VL3−21(配列番号257);VH1−69*01(配列番号206)/VL1−51(配列番号252);VH3−07(配列番号207)/VK1−12(配列番号233);VH3−07(配列番号207)/VK1−16(配列番号234);VH3−07(配列番号207)/VK1−27(配列番号235);VH3−07(配列番号207)/VK1−39(配列番号236);VH3−07(配列番号207)/VK3−15(配列番号238);VH3−07(配列番号207)/VL1−47(配列番号251);VH3−07(配列番号207)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VK1−05(配列番号230);VH3−11(配列番号208)/VK1−39(配列番号236);VH3−11(配列番号208)/VK3−15(配列番号238);VH3−11(配列番号208)/VL1−40(配列番号250);VH3−11(配列番号208)/VL1−47(配列番号251);VH3−11(配列番号208)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL2−23(配列番号255);VH3−15(配列番号209)/VK1−05(配列番号230);VH3−15(配列番号209)/VK1−06(配列番号231);VH3−15(配列番号209)/VK1−12(配列番号233);VH3−15(配列番号209)/VK1−16(配列番号234);VH3−15(配列番号209)/VK1−27(配列番号235);VH3−15(配列番号209)/VK3−11(配列番号237);VH3−15(配列番号209)/VL1−40(配列番号250);VH3−15(配列番号209)/VL1−47(配列番号251);VH3−15(配列番号209)/VL1−51(配列番号252);VH3−15(配列番号209)/VL2−14(配列番号254);VH3−21(配列番号210)/VK1−12(配列番号233);VH3−21(配列番号210)/VK1−27(配列番号235);VH3−21(配列番号210)/VL2−11(配列番号253);VH3−23(配列番号211)/VK1−39(配列番号236);VH3−23(配列番号211)/VK3−15(配列番号238);VH3−23(配列番号211)/VL2−23(配列番号255);VH3−23(配列番号211)/VL3−1(配列番号256);VH3−30(配列番号212)/VK3−20(配列番号239);VH3−53(配列番号213)/VK3−15(配列番号238);VH3−53(配列番号213)/VL2−11(配列番号253);VH3−74(配列番号214)/VK1−05(配列番号230);VH3−74(配列番号214)/VK1−06(配列番号231);VH3−74(配列番号214)/VK1−12(配列番号233);VH3−74(配列番号214)/VK1−27(配列番号235);VH3−74(配列番号214)/VK3−20(配列番号239);VH3−74(配列番号214)/VL1−51(配列番号252);VH5−51(配列番号215)/VK1−39(配列番号236);VH5−51(配列番号215)/VL1−40(配列番号250);VH5−51(配列番号215)/VL1−51(配列番号252);VH6−1(配列番号216)/VK1−09(配列番号232);VH6−1(配列番号216)/VK3−15(配列番号238);VH6−1(配列番号216)/VK3−20(配列番号239)及びVH6−1(配列番号216)/VL1−51(配列番号252)から選択される20個以上の可変重鎖と可変軽鎖との対を含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至29の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又は機能断片が可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1−18(配列番号204)/VK3−20(配列番号239);VH1−46(配列番号205)/VK3−15(配列番号238);VH1−46(配列番号205)/VL1−51(配列番号252);VH1−69*01(配列番号206)/VL1−51(配列番号252);VH3−07(配列番号207)/VK1−12(配列番号233);VH3−07(配列番号207)/VK1−27(配列番号235);VH3−07(配列番号207)/VK3−15(配列番号238);VH3−07(配列番号207)/VL1−47(配列番号251);VH3−07(配列番号207)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL1−40(配列番号250);VH3−11(配列番号208)/VL1−47(配列番号251);VH3−11(配列番号208)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL2−23(配列番号255);VH3−15(配列番号209)/VK1−05(配列番号230);VH3−15(配列番号209)/VK1−06(配列番号231);VH3−15(配列番号209)/VK1−12(配列番号233);VH3−15(配列番号209)/VK1−27(配列番号235);VH3−15(配列番号209)/VK3−11(配列番号237);VH3−15(配列番号209)/VL1−51(配列番号252);VH3−21(配列番号210)/VK1−12(配列番号233);VH3−23(配列番号211)/VK1−39(配列番号236);VH3−23(配列番号211)/VK3−15(配列番号238);VH3−23(配列番号211)/VL2−23(配列番号255);VH3−23(配列番号211)/VL3−1(配列番号256);VH3−53(配列番号213)/VK3−15(配列番号238);VH3−53(配列番号213)/VL2−11(配列番号253);VH3−74(配列番号214)/VK1−05(配列番号230);VH3−74(配列番号214)/VK1−06(配列番号231);VH3−74(配列番号214)/VK1−12(配列番号233);VH3−74(配列番号214)/VK3−20(配列番号239);VH5−51(配列番号215)/VK1−39(配列番号236);VH5−51(配列番号215)/VL1−40(配列番号250);VH5−51(配列番号215)/VL1−51(配列番号252);VH6−1(配列番号216)/VK1−09(配列番号232);VH6−1(配列番号216)/VK3−20(配列番号239)及びVH6−1(配列番号216)/VL1−51(配列番号252)の生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至30の何れか1項に記載の方法において、ステップb)が、以下の特性:
i)SECにより決定するとき少なくとも99%のFabフォーマットにおける単量体含量(%単量体);及び
ii)少なくとも8.3のIgG1フォーマットにおける等電点
をさらに含むことを特徴とする方法。 - 請求項25乃至31の何れか1項に記載の方法において、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1−18(配列番号204)/VK3−20(配列番号239);VH1−46(配列番号205)/VK3−15(配列番号238);VH1−46(配列番号205)/VL1−51(配列番号252);VH1−69*01(配列番号206)/VL1−51(配列番号252);VH3−07(配列番号207)/VK1−12(配列番号233);VH3−07(配列番号207)/VK1−27(配列番号235);VH3−07(配列番号207)/VK3−15(配列番号238);VH3−07(配列番号207)/VL1−47(配列番号251);VH3−07(配列番号207)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL1−40(配列番号250);VH3−11(配列番号208)/VL1−47(配列番号251);VH3−11(配列番号208)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL2−23(配列番号255);VH3−15(配列番号209)/VK1−05(配列番号230);VH3−15(配列番号209)/VK1−06(配列番号231);VH3−15(配列番号209)/VK1−12(配列番号233);VH3−15(配列番号209)/VK1−27(配列番号235);VH3−15(配列番号209)/VK3−11(配列番号237);VH3−15(配列番号209)/VL1−51(配列番号252);VH3−21(配列番号210)/VK1−12(配列番号233);VH3−23(配列番号211)/VK3−15(配列番号238);VH3−53(配列番号213)/VK3−15(配列番号238);VH3−53(配列番号213)/VL2−11(配列番号253);VH3−74(配列番号214)/VK1−05(配列番号230);VH3−74(配列番号214)/VK1−06(配列番号231);VH3−74(配列番号214)/VK1−12(配列番号233);VH3−74(配列番号214)/VK3−20(配列番号239);VH5−51(配列番号215)/VK1−39(配列番号236);VH5−51(配列番号215)/VL1−40(配列番号250);VH5−51(配列番号215)/VL1−51(配列番号252);VH6−1(配列番号216)/VK1−09(配列番号232);VH6−1(配列番号216)/VK3−20(配列番号239)及びVH6−1(配列番号216)/VL1−51(配列番号252)から選択される生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至32の何れか1項に記載の方法において、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH3−23(配列番号211)/VK1−39(配列番号236);VH3−23(配列番号211)/VL2−23(配列番号255);及びVH3−23(配列番号211)/VL3−1(配列番号256)から選択される生殖系列タンパク質配列をさらに含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至33の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又はその機能断片が、前記それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含む1つ以上の相補性決定領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至34の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又は機能断片が、前記それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対の生殖系列タンパク質配列を含むCDR1領域をさらに含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至35の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又は機能断片が、前記それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対の生殖系列タンパク質配列を含むCDR2領域をさらに含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至36の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又はその機能断片が、潜在的な翻訳後修飾部位を取り除くアミノ酸修飾を含む1つ以上の相補性決定領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至37の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又はその機能断片が、配列番号266〜278に示されるそれぞれの可変重鎖の相補性決定領域(complementarity determing region)配列を含む1つ以上の相補性決定領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至38の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又はその機能断片が、配列番号266〜278に示されるそれぞれのHCDR1領域由来のHCDR1領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至39の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又はその機能断片が、配列番号266〜278に示されるそれぞれのHCDR2領域由来のHCDR2領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至40の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又はその機能断片が、JH4(配列番号293)、Jκ1(配列番号297)、及びJλ2/3(配列番号301)からなる群から選択されるFR4領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至41の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又はその機能断片が、多様化されたHCDR3領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至42の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又はその機能断片が、多様化されたLCDR3領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至43の何れか1項に記載の方法において、前記コレクションが、少なくとも1×104個の抗体又はその機能断片を含むことを特徴とする方法。
- 請求項25乃至44の何れか1項に記載の方法において、前記抗体が、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgD及びIgMからなる群から選択されることを特徴とする方法。
- 請求項25乃至45の何れか1項に記載の方法において、前記抗体の前記機能断片が、Fab、F(ab’)2、Fab’、Fv、及びscFvからなる群から選択されることを特徴とする方法。
- 抗原に特異的な抗体又は抗体断片の同定方法において、
(a)前記抗原を抗体又はその機能断片のコレクションと接触させるステップにおいて、前記コレクションの前記抗体又は機能断片の少なくとも90%が、可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、以下の特性を含む生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む、ステップ:
i)少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;
ii)Fabフォーマットにおける70℃以上での熱安定性;
iii)SECにより決定するとき少なくとも98%のFabフォーマットにおける単量体含量(%単量体);
iv)少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;
v)IgG1フォーマットにおける73℃以上での熱安定性;及び
vii)SECにより決定するとき少なくとも99%のIgG1フォーマットにおける単量体含量(%単量体)、及び
(b)前記抗原に結合する1つ以上の抗体又は抗体断片を選択するステップ
を含むことを特徴とする方法。 - 請求項47に記載の方法において、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、VH1−18(配列番号204)/VK3−20(配列番号239);VH1−46(配列番号205)/VK3−15(配列番号238);VH1−46(配列番号205)/VL1−51(配列番号252);VH1−69*01(配列番号206)/VL1−51(配列番号252);VH3−07(配列番号207)/VK1−12(配列番号233);VH3−07(配列番号207)/VK1−27(配列番号235);VH3−07(配列番号207)/VK3−15(配列番号238);VH3−07(配列番号207)/VL1−47(配列番号251);VH3−07(配列番号207)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL1−40(配列番号250);VH3−11(配列番号208)/VL1−47(配列番号251);VH3−11(配列番号208)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL2−23(配列番号255);VH3−15(配列番号209)/VK1−05(配列番号230);VH3−15(配列番号209)/VK1−06(配列番号231);VH3−15(配列番号209)/VK1−12(配列番号233);VH3−15(配列番号209)/VK1−27(配列番号235);VH3−15(配列番号209)/VK3−11(配列番号237);VH3−15(配列番号209)/VL1−51(配列番号252);VH3−21(配列番号210)/VK1−12(配列番号233);VH3−23(配列番号211)/VK1−39(配列番号236);VH3−23(配列番号211)/VK3−15(配列番号238);VH3−23(配列番号211)/VL2−23(配列番号255);VH3−23(配列番号211)/VL3−1(配列番号256);VH3−53(配列番号213)/VK3−15(配列番号238);VH3−53(配列番号213)/VL2−11(配列番号253);VH3−74(配列番号214)/VK1−05(配列番号230);VH3−74(配列番号214)/VK1−06(配列番号231);VH3−74(配列番号214)/VK1−12(配列番号233);VH3−74(配列番号214)/VK3−20(配列番号239);VH5−51(配列番号215)/VK1−39(配列番号236);VH5−51(配列番号215)/VL1−40(配列番号250);VH5−51(配列番号215)/VL1−51(配列番号252);VH6−1(配列番号216)/VK1−09(配列番号232);VH6−1(配列番号216)/VK3−20(配列番号239)及びVH6−1(配列番号216)/VL1−51(配列番号252)由来の生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とする方法。
- 請求項47又は48に記載の方法において、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、VH1−18(配列番号204)/VK1−39(配列番号236);VH1−18(配列番号204)/VK3−15(配列番号238);VH1−18(配列番号204)/VK3−20(配列番号239);VH1−46(配列番号205)/VK3−15(配列番号238);VH1−46(配列番号205)/VL1−51(配列番号252);VH1−46(配列番号205)/VL3−21(配列番号257);VH1−69*01(配列番号206)/VL1−51(配列番号252);VH3−07(配列番号207)/VK1−12(配列番号233);VH3−07(配列番号207)/VK1−16(配列番号234);VH3−07(配列番号207)/VK1−27(配列番号235);VH3−07(配列番号207)/VK1−39(配列番号236);VH3−07(配列番号207)/VK3−15(配列番号238);VH3−07(配列番号207)/VL1−47(配列番号251);VH3−07(配列番号207)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VK1−05(配列番号230);VH3−11(配列番号208)/VK1−39(配列番号236);VH3−11(配列番号208)/VK3−15(配列番号238);VH3−11(配列番号208)/VL1−40(配列番号250);VH3−11(配列番号208)/VL1−47(配列番号251);VH3−11(配列番号208)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL2−23(配列番号255);VH3−15(配列番号209)/VK1−05(配列番号230);VH3−15(配列番号209)/VK1−06(配列番号231);VH3−15(配列番号209)/VK1−12(配列番号233);VH3−15(配列番号209)/VK1−16(配列番号234);VH3−15(配列番号209)/VK1−27(配列番号235);VH3−15(配列番号209)/VK3−11(配列番号237);VH3−15(配列番号209)/VL1−40(配列番号250);VH3−15(配列番号209)/VL1−47(配列番号251);VH3−15(配列番号209)/VL1−51(配列番号252);VH3−15(配列番号209)/VL2−14(配列番号254);VH3−21(配列番号210)/VK1−12(配列番号233);VH3−21(配列番号210)/VK1−27(配列番号235);VH3−21(配列番号210)/VL2−11(配列番号253);VH3−23(配列番号211)/VK1−39(配列番号236);VH3−23(配列番号211)/VK3−15(配列番号238);VH3−23(配列番号211)/VL2−23(配列番号255);VH3−23(配列番号211)/VL3−1(配列番号256);VH3−30(配列番号212)/VK3−20(配列番号239);VH3−53(配列番号213)/VK3−15(配列番号238);VH3−53(配列番号213)/VL2−11(配列番号253);VH3−74(配列番号214)/VK1−05(配列番号230);VH3−74(配列番号214)/VK1−06(配列番号231);VH3−74(配列番号214)/VK1−12(配列番号233);VH3−74(配列番号214)/VK1−27(配列番号235);VH3−74(配列番号214)/VK3−20(配列番号239);VH3−74(配列番号214)/VL1−51(配列番号252);VH5−51(配列番号215)/VK1−39(配列番号236);VH5−51(配列番号215)/VL1−40(配列番号250);VH5−51(配列番号215)/VL1−51(配列番号252);VH6−1(配列番号216)/VK1−09(配列番号232);VH6−1(配列番号216)/VK3−15(配列番号238);VH6−1(配列番号216)/VK3−20(配列番号239)及びVH6−1(配列番号216)/VL1−51(配列番号252)由来の生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とする方法。
- 請求項47乃至49の何れか1項に記載の方法において、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含み、以下の特性:
i)SECにより決定するとき少なくとも99%のFabフォーマットにおける単量体含量(%単量体);及び
ii)少なくとも8.3のIgG1フォーマットにおける等電点
をさらに含むことを特徴とする方法。 - 請求項50に記載の方法において、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1−18(配列番号204)/VK3−20(配列番号239);VH1−46(配列番号205)/VK3−15(配列番号238);VH1−46(配列番号205)/VL1−51(配列番号252);VH1−69*01(配列番号206)/VL1−51(配列番号252);VH3−07(配列番号207)/VK1−12(配列番号233);VH3−07(配列番号207)/VK1−27(配列番号235);VH3−07(配列番号207)/VK3−15(配列番号238);VH3−07(配列番号207)/VL1−47(配列番号251);VH3−07(配列番号207)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL1−40(配列番号250);VH3−11(配列番号208)/VL1−47(配列番号251);VH3−11(配列番号208)/VL1−51(配列番号252);VH3−11(配列番号208)/VL2−23(配列番号255);VH3−15(配列番号209)/VK1−05(配列番号230);VH3−15(配列番号209)/VK1−06(配列番号231);VH3−15(配列番号209)/VK1−12(配列番号233);VH3−15(配列番号209)/VK1−27(配列番号235);VH3−15(配列番号209)/VK3−11(配列番号237);VH3−15(配列番号209)/VL1−51(配列番号252);VH3−21(配列番号210)/VK1−12(配列番号233);VH3−23(配列番号211)/VK3−15(配列番号238);VH3−53(配列番号213)/VK3−15(配列番号238);VH3−53(配列番号213)/VL2−11(配列番号253);VH3−74(配列番号214)/VK1−05(配列番号230);VH3−74(配列番号214)/VK1−06(配列番号231);VH3−74(配列番号214)/VK1−12(配列番号233);VH3−74(配列番号214)/VK3−20(配列番号239);VH5−51(配列番号215)/VK1−39(配列番号236);VH5−51(配列番号215)/VL1−40(配列番号250);VH5−51(配列番号215)/VL1−51(配列番号252);VH6−1(配列番号216)/VK1−09(配列番号232);VH6−1(配列番号216)/VK3−20(配列番号239)及びVH6−1(配列番号216)/VL1−51(配列番号252)から選択される生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とする方法。
- 請求項51に記載の方法において、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH3−23(配列番号211)/VK1−39(配列番号236);VH3−23(配列番号211)/VL2−23(配列番号255);及びVH3−23(配列番号211)/VL3−1(配列番号256)から選択される生殖系列タンパク質配列をさらに含むことを特徴とする方法。
- 請求項47乃至52の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又はその機能断片が、前記それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含む1つ以上の相補性決定領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項47乃至53の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又は機能断片が、前記それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対の生殖系列タンパク質配列を含むCDR1領域をさらに含むことを特徴とする方法。
- 請求項47乃至54の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又は機能断片が、前記それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対の生殖系列タンパク質配列を含むCDR2領域をさらに含むことを特徴とする方法。
- 請求項47乃至55の何れか1項に記載の方法において、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH3−23(配列番号211)/VK1−39(配列番号236);VH3−23(配列番号211)/VL2−23(配列番号255);及びVH3−23(配列番号211)/VL3−1(配列番号256)から選択される生殖系列タンパク質配列をさらに含むことを特徴とする方法。
- 請求項47乃至56の何れか1項に記載の方法において、発現させる前記抗体又はその機能断片が、潜在的な翻訳後修飾部位を取り除くアミノ酸修飾を含む1つ以上の相補性決定領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項47乃至57の何れか1項に記載の方法において、発現させる前記抗体又はその機能断片が、配列番号266〜278に示されるそれぞれの可変重鎖由来の相補性決定領域(complementarity determing region)配列を含む1つ以上の相補性決定領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項47乃至58の何れか1項に記載の方法において、発現させる前記抗体又はその機能断片が、配列番号266〜278に示されるそれぞれのHCDR1領域由来のHCDR1領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項47乃至59の何れか1項に記載の方法において、発現させる前記抗体又はその機能断片が、配列番号266〜278に示されるそれぞれのHCDR2領域由来のHCDR2領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項47乃至60の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又はその機能断片が、多様化されたHCDR3領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項47乃至61の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又はその機能断片が、多様化されたLCDR3領域を含むことを特徴とする方法。
- 請求項47乃至62の何れか1項に記載の方法において、前記コレクションが、少なくとも1×104個の抗体又はその機能断片を含むことを特徴とする方法。
- 請求項47乃至63の何れか1項に記載の方法において、前記抗体が、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgD及びIgMからなる群から選択されることを特徴とする方法。
- 請求項47乃至64の何れか1項に記載の方法において、前記抗体の前記機能断片が、Fab、F(ab’)2、Fab’、Fv、及びscFvからなる群から選択されることを特徴とする方法。
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