JP2013544532A - 向上したオルニチン生産能を有する微生物、及びそれを用いてオルニチンを生産する方法 - Google Patents

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Abstract

本発明は、オルニチンからアルギニンへの生合成経路を遮断し、細胞内のグルタメートの量を増加させ、グルタメートからオルニチンを生産する生合成経路の活性を増加させることにより、オルニチン生産能が向上した微生物、及び前記微生物を用いてオルニチンを生産する方法に関する。
【選択図】図1

Description

本発明は、オルニチン生産能が向上した微生物、及びそれを用いたオルニチンの生産方法に関する。
オルニチン(ornithine)とは、アルギニン、プロリン及びポリアミンの生合成に用いられる前駆体であり、植物、動物、微生物で広く見出される物質である。また、非必須アミノ酸であり、タンパク質成分としては見出されず、チロシジン(tyrocidine)、グラミシジン(gramicidine)などのペプチド抗生物質に存在する。オルニチンは、高等動物の生体内代謝において、オルニチン回路によりアミノ酸又はアンモニアから尿素を生成して体外に排出する経路で重要な役割を果たす。
オルニチンは筋肉生成と体脂肪減少に効果があるので、栄養補給剤として用いられており、オルニチンとα−ケトグルタル酸が2:1の割合で含まれるオルニチンα−ケトグルタル酸(OKG)は免疫増強物質として用いられている。また、オルニチンは肝臓から有害なアンモニアを除去するのを助けるので、肝硬変や肝機能障害を改善する医薬品として用いられている。このようなオルニチンを生産する方法としては、牛乳カゼイン(casein)を消化酵素で処理する方法と、形質転換された大腸菌や、アミノ酸、核酸、酵素、及び抗生物質類似体の生産に広く用いられる産業用微生物であるコリネバクテリウム属菌株を用いる方法とが知られている。
一方、コリネバクテリウム属菌株において、アルギニン(L-arginine)はグルタメートからargCJBDFRGH形態に形成されたアルギニンオペロン(operon)構造の遺伝子から発現した酵素により合成される。アルギニン生合成に最も重要な役割を果たすアルギニンオペロンの遺伝子は、細胞内で合成されたグルタメート(L-glutamate)を基質として用いてアルギニンを合成するが、前記アルギニンの合成過程の中間物質としてオルニチンを生成することが知られている。具体的には、コリネバクテリウム属菌株においてグルタメートからアルギニンへの合成経路を概略的に示す図2から分かるように、アルギニン合成経路において、argJはグルタメートをN−アセチルグルタメート(N-acetylglutamate)に変換させ、argBはN−アセチルグルタメートをN−アセチルグルタミルホスフェート(N-acetylglutamyl phosphate)に変換させ、argCはN−アセチルグルタミルホスフェートをN−アセチルグルタメートセミアルデヒド(Nacetylglutamate semialdehyde)に変換させ、argDはN−アセチルグルタメートセミアルデヒドをN−アセチルオルニチン(N-acetylornithine)に変換させ、argJはN−アセチルオルニチンをオルニチンに変換させ、argFはオルニチンをシトルリン(L-citrulline)に変換させ、argGはシトルリンをアルギニノスクシネート(argininosuccinate)に変換させ、argHはアルギニノスクシネートをアルギニンに変換させる酵素をコードすることが知られており、前記アルギニンの生産経路にオルニチンを生成する過程が含まれることが知られている。
従来から公知のアルギニン生産菌株は、アルギニンオペロンへの突然変異の導入、プロモーター(promoter)などの変異により、アルギニン生合成に関する酵素の発現量を増加させる方法が開発されている。そのうち、アルギニンオペロンの遺伝子の発現を調節して抑制するargRと、アルギニン濃度により阻害されるargBが、アルギニンの生産量を増加させる標的として広く研究されている(特許文献1)。
また、オルニチンの生産性を向上させる方法としては、プロリン(proline)を添加した培地でコリネバクテリウム属微生物を培養し、オルニチンシクロデアミナーゼ(ornithine cyclodeaminase, ocd)の作用によりオルニチンの生成量を増加させる方法、前記微生物の培養の際にインペラ(impeller)及び供給(feeding)条件の変更によりオルニチン生産性を向上させる方法などが知られており、形質転換された大腸菌を用いる場合は、argFとargRが欠失した菌株を培養する際にグルタメートを培地に添加してオルニチンの生産性を向上させる方法、グルタメートからオルニチンへの経路以外に、グルタメートからプロリンを生成する経路の最初の段階に関与するガンマグルタミルキナーゼ(γ-glutamylkinase)をコードする遺伝子proBを欠失させた形質転換菌株を用いてオルニチンの生産性を向上させる方法などが知られている。
また、オルニチンの前駆体であるグルタメートの高収率生産に関する研究は、コリネバクテリウムグルタミカムを対象に長期間にわたって進められている。そのうち、コリネバクテリウムグルタミカムのグルタメート排出能は、ビオチン(biotin)欠乏条件やペニシリンG(penicillin G)又は脂肪酸エステル界面活性剤の処理時に増加することが知られており、さらに細胞壁が損傷している場合に細胞壁からのグルタメートの分泌がより活性化することが知られている。
コリネバクテリウムグルタミカム野生型菌株(Cgl13032)由来のNCgl1221タンパク質はベタイン(betain)排出を促進し、大腸菌の機械受容チャネル(mechanosensitive channel)タンパク質であるyggBとアミノ酸配列が類似することが知られている(特許文献2)。
韓国公開特許第2010−0060909号公報 韓国公開特許第2010−0017581号公報 韓国公開特許第2009−0082702号公報 韓国登録特許第0620092号公報 韓国公開特許第2008−0034334号公報 韓国公開特許第2008−0074286号公報
このような背景から、本発明者らは有用な用途に広く活用されているオルニチンをより高収率で生産できる菌株を開発するために鋭意研究を重ねた結果、オルニチンからアルギニンへの生合成経路を遮断し、細胞内のグルタメートの量を増加させ、グルタメートからオルニチンを生産する生合成経路の活性を増加させることにより、オルニチン過剰生産菌株を開発し、本発明を完成するに至った。
本発明は、オルニチン生産能が向上した微生物を提供することを目的とする。
また、本発明は、前記微生物を用いてオルニチンを生産する方法を提供することを目的とする。
本発明のオルニチン生産能が向上した微生物は、より効果的なオルニチン製造に広く活用することができる。
本発明の形質転換されたコリネバクテリウムグルタミカムにおけるオルニチン生合成経路及び関連遺伝子を示す図である。 公知のコリネバクテリウムグルタミカムのアルギニン生合成経路を示す図である。 コリネバクテリウム属微生物の染色体挿入ベクターpDZベクターを示す図である。
上記本発明の目的を達成するための一実施形態として、本発明は、オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ及びグルタメート排出に関与するタンパク質(NCgl1221)の活性が内在的活性よりも低下するように改変され、オルニチン生産能が向上した微生物を提供する。
本発明における「オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ(ornithine carbamoyltransferase, OCT)」という用語は、カルバモイルリン酸とオルニチンの反応を介してシトルリンとリン酸を生成する触媒活性を示す酵素を意味し、尿素排出動物の肝臓だけでなく、植物及び微生物にも存在し、微生物においてはアルギニンの合成過程に関与する。
前記酵素は触媒機能部位と調節機能部位を含むが、前記調節機能部位にオルニチンが結合すると酵素の活性が阻害される。大腸菌K12株の場合は2種類(argF,argI)のOCTを有し、大腸菌B及びW株を含む腸内微生物の場合はargIに類似した1種類のOCTを有する。argF及びargIによりコードされるOCTは、アミノ酸配列は異なるが、同じ機能を有するアイソザイム(isoenzyme)であるといえ、コリネバクテリウム属微生物には、argF遺伝子によりコードされるOCTのみ存在する。
OCTはオルニチンからアルギニンを合成する経路で作用するので、OCTの活性を低下させると、細胞内のオルニチンの生成量を増加させることができる。
本発明においては、細胞内のオルニチンを蓄積するために、オルニチンからアルギニンに変換される経路が遮断されたコリネバクテリウム属微生物を提供するが、このために前記オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼをコードする遺伝子を欠失させた形質転換菌株を製造した。ここで、前記オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼは、特にこれらに限定されるものではないが、配列番号18のアミノ酸配列、又はそれと70%以上、好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上の相同性を有するアミノ酸配列を有するタンパク質であってもよい。
本発明における「相同性」という用語は、タンパク質をコードする遺伝子の塩基配列やアミノ酸配列の類似程度を意味するが、相同性が十分に高いと、該当遺伝子の発現産物は同一又は類似の活性を有することができる。
本発明における「グルタメート排出に関与するタンパク質」という用語は、細胞内で生成されたグルタメートを細胞外に排出する役割を果たすタンパク質であり、機械受容チャネル(mechanosensitive channels)の一種を意味する。本発明においては、オルニチンの生産性が向上したコリネバクテリウム属微生物を提供するが、このために前記オルニチンの合成の原料となるグルタメートを細胞外に放出するタンパク質をコードする遺伝子を欠失させ、細胞内のグルタメートの濃度を高いレベルに維持できる形質転換菌株を製造した。
オルニチンの前駆体であるグルタメートの細胞内含有量を増加させると、オルニチン生合成経路を促進することができるが、本発明においては、NCgl1221タンパク質の活性を低下させることにより、グルタメートの排出を減少又は除去することができる。
ここで、欠失したグルタメート排出に関与するタンパク質は、特にこれらに限定されるものではないが、配列番号20のアミノ酸配列、又はそれと70%以上、好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上の相同性を有するタンパク質である。
前記タンパク質の活性低下は、1)前記タンパク質をコードする遺伝子の一部又は全ての欠失、2)前記遺伝子の発現が減少するように発現調節配列を改変、3)前記タンパク質の活性が低下するように染色体上の前記遺伝子配列を改変、又は4)それらの組み合わせなどを用いて行うことができるが、特にこれらに限定されるものではない。
前記タンパク質をコードするポリヌクレオチドの一部又は全てを欠失させる方法は、細菌内の染色体に挿入されるベクターにより染色体内の内在性標的タンパク質をコードするポリヌクレオチドを一部の核酸配列が欠失したポリヌクレオチド又はマーカー遺伝子に置換することにより行うことができる。前記「一部」とは、ポリヌクレオチドの種類により異なるが、具体的には1〜300個、好ましくは1〜100個、より好ましくは1〜50個である。
また、前記ポリヌクレオチドの発現が減少するように発現調節配列を改変する方法は、前記発現調節配列の活性がより低下するように、核酸配列の欠失、挿入、非保存的もしくは保存的置換、又はそれらの組み合わせにより発現調節配列上の変異を誘導して行うこともでき、より低い活性を有する核酸配列に置換することにより行うこともできる。前記発現調節配列には、プロモーター、オペレーター配列、リボソーム結合部位をコードする配列、及び転写と翻訳の終結を調節する配列が含まれる。
また、本発明の酵素をコードする、染色体上のポリヌクレオチド配列を改変する方法は、前記配列の活性がより低下するように、核酸配列の欠失、挿入、非保存的もしくは保存的置換、又はそれらの組み合わせにより配列上の変異を誘導して行うこともでき、より低い活性を有するように改良された核酸配列に置換することにより行うこともできる。
本発明における「内在的活性」という用語は、微生物が天然状態で有する酵素の活性状態を意味し、本発明においては微生物が天然に有するオルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ及びグルタメート排出に関与するタンパク質(NCgl1221)の活性状態を意味し、本発明において「内在的活性よりも低下するように改変」されたとは、遺伝子の欠損又は突然変異により、オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ及びグルタメート排出に関与するタンパク質(NCgl1221)が正常に作用せず、微生物が天然状態で有するオルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ及びグルタメート排出に関与するタンパク質(NCgl1221)の活性が低下した状態を意味する。
本発明における「オルニチンの生産能が向上した微生物」という用語は、母菌株よりオルニチンの生産能が増加した微生物を意味し、前記オルニチン生産能が向上した微生物は、特にこれらに限定されるものではないが、グルタメートからオルニチン合成までの生合成経路の強化のために、グルタメートをアセチルグルタメート(N-acetylglutamate)に変換するアセチルグルタメートシンターゼ、又はアセチルオルニチンをオルニチンに変換するオルニチンアセチルトランスフェラーゼ(ArgJ)、アセチルグルタメートをアセチルグルタミルホスフェート(N-acetylglutamyl phosphate)に変換するアセチルグルタメートキナーゼ(ArgB)、アセチルグルタミルホスフェートをアセチルグルタメートセミアルデヒド(N-acetylglutamate semialdehyde)に変換するアセチルガンマグルタミルホスフェートレダクターゼ(ArgC)、アセチルグルタメートセミアルデヒドをアセチルオルニチン(N-acetylornithine)に変換するアセチルオルニチンアミノトランスフェラーゼ(ArgD)などの活性が内在的活性よりも増加するようにさらに形質転換された微生物であってもよい。
前記形質転換された微生物は、従来のオルニチン生産菌株の開発、すなわちアルギニン生合成経路の転写抑制因子であるargRの機能をなくすか、低下させてオルニチン生産を増加させ、さらにオルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ(ornithine carbamoyltransferase)遺伝子を欠失させ、調節が解除されたN−アセチルグルタメートシンターゼ(N-acetylglutamate synthase)を導入してオルニチン生産を増加させる方法(特許文献1)とは異なるアプローチで製造された微生物である。
ここで、前記アセチルガンマグルタミルホスフェートレダクターゼ(ArgC)、アセチルグルタメートシンターゼ又はオルニチンアセチルトランスフェラーゼ(ArgJ)、アセチルグルタメートキナーゼ(ArgB)、及びアセチルオルニチンアミノトランスフェラーゼ(ArgD)は、特にこれらに限定されるものではないが、それぞれ配列番号23、25、27及び29のアミノ酸配列、又はそれと70%以上、好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上の相同性を有するアミノ酸配列を有することが好ましく、これらの活性増加は、1)前記タンパク質をコードするポリヌクレオチドのコピー数の増加、2)前記ポリヌクレオチドの発現が増加するように発現調節配列を改変、3)前記酵素の活性が増加するように染色体上の前記ポリヌクレオチド配列を改変、及び4)それらの組み合わせにより増加するように改変する方法からなる群から選択される少なくとも1つの方法により行われる。
具体的には、微生物におけるタンパク質の活性を増加させるために、一般に様々な方法を用いることができる。例えば、プラスミド導入、相同性組換え、接合、転位などを用いた形質転換によりポリヌクレオチドのコピー数を増加させたり、ポリヌクレオチドの発現調節配列を改変したり、ポリヌクレオチドの発現を増加させる調節因子をコードする遺伝子を増幅したり、ポリヌクレオチドの発現を減少させる調節因子をコードするポリヌクレオチドを破壊又は低減することにより、ポリヌクレオチドの発現量を増加させることができる。より具体的には、ポリヌクレオチドを含む遺伝子断片をコリネバクテリウム属微生物内で複製できる多重コピーベクターに作動可能に連結したり、染色体内に一つ又は複数のポリヌクレオチドのコピーを導入したり、ポリヌクレオチドのプロモーターを含む発現調節配列を活性が改良されたものに代替することができる。
例えば、ベクターpHC139Tを用いてargCJBD遺伝子群を微生物に形質転換し、野生型よりオルニチン生産能が非常に向上した微生物を製造するか、又は微生物の染色体内に存在するargCJBD遺伝子の発現を調節するプロモーター領域を改良して強化するか、もしくはより改良されたプロモーターに置換してオルニチンまでの生合成経路を強化した微生物を用いることができる。特に、プロモーター領域を改良する方法は、特にこれらに限定されるものではないが、染色体内のプロモーター置換は、置換しようとする領域の両末端塩基配列と導入しようとするプロモーターを染色体内の本来の位置と同じ形態に作製し、その後公知のpDZベクターを用いた遺伝子欠失方法(特許文献3)と同様に行う方法を用いることができる。ここで、前記改良されたプロモーターは、特にこれらに限定されるものではないが、配列番号30の塩基配列を有するpcj7(又はP(CJ7))プロモーター(特許文献4)を用いることが好ましく、前記pDZベクターは、特にこれらに限定されるものではないが、図3の切断地図で表されるベクターを用いることが好ましい。
本発明における「ベクター」という用語は、好適な宿主内で目的遺伝子を発現させることができるように、好適な調節配列に作動可能に連結された遺伝子の塩基配列を含有するDNA製造物を意味する。前記調節配列は、転写を開始するプロモーター、その転写を調節するための任意のオペレーター配列、好適なmRNAリボソーム結合部位をコードする配列、並びに転写及び翻訳の終結を調節する配列を含む。通常用いられるベクターの例としては、天然状態又は組換え状態のプラスミド、コスミド、ウイルス及びバクテリオファージが挙げられる。例えば、ファージベクター又はコスミドベクターとしては、pWE15、M13、λEMBL3、λEMBL4、λFIXII、λDASHII、λZAPII、λgt10、λgt11、Charon4A、及びCharon21Aなどを用いることができ、プラスミドベクターとしては、pDZベクター、pBR系、pUC系、pBluescriptII系、pGEM系、pTZ系、pCL系、及びpET系などを用いることができる。使用可能なベクターが特に限定されるわけではなく、公知の発現ベクターを用いることができる。pDZベクターなどを用いることが好ましい。
一方、前記微生物は、特にこれらに限定されるものではないが、本発明の微生物は、オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ及びグルタメート排出に関与するタンパク質(NCgl1221)の活性を示す、エシェリキア属(Escherichia sp.)、シゲラ属(Shigella sp.)、シトロバクター属(Citrobacter sp.)、サルモネラ属(Salmonella sp.)、エンテロバクター属(Enterobacter sp.)、エルシニア属(Yersinia sp.)、クレブシエラ属(Klebsiella sp.)、エルウィニア属(Erwinia sp.)、コリネバクテリウム属(Corynebacterium sp.)、ブレビバクテリウム属(Brevibacterium sp.)、ラクトバシラス属(Lactobacillus sp.)、セレノモナス属(Selenomonas sp.)又はビブリオ属(Vibrio sp.)に属する微生物を形質転換させた微生物であってもよい。
コリネバクテリウム属微生物であることが好ましく、コリネバクテリウムグルタミカムであることがより好ましい。具体的には、野生型菌株であるコリネバクテリウムグルタミカムATCC13032又はグルタメート過剰生産菌株であるKCCM−10785P(特許文献5)であってもよいが、これらに制限されるものではない。前記KCCM−10785P菌株は、NTGなどの変異誘発物質により選別したグルタメート生産菌株(KFCC−11074)に基づいてcg2624(NCBI LOCUS ID YP_226636)、cg2115(NCBI LOCUS ID YP_226173)を欠失させたグルタメート過剰生産菌株である。
cg2624とcg2115の欠損に伴うグルタメート過剰生産のメカニズムは前記文献以前に明らかにされていないが、cg2624はpcaRによりIclRファミリーの調節タンパク質(IclR family regulatory protein)と命名されており、cg2115はsugRにより糖代謝メカニズムの発現因子調節タンパク質(transcriptional regulators of sugar metabolism)と命名されている。
本発明の一実施例によれば、argF遺伝子が欠失したコリネバクテリウムグルタミカム菌株(ATCC13032ΔargF及びKCCM−10785PΔargF)(実施例1)、argF遺伝子及びNCgl1221遺伝子が欠失したコリネバクテリウムグルタミカム菌株(ATCC13032ΔargFΔNCgl1221及びKCCM−10785PΔargFΔNCgl1221)(実施例2)、argF遺伝子及びNCgl1221遺伝子が欠失し、argCJBD遺伝子が導入されたコリネバクテリウムグルタミカム菌株(ATCC13032ΔargFΔNCgl1221/pHC139T−argCJBD(Cgl)及びKCCM−10785PΔargFΔNCgl1221/pHC139T−argCJBD(Cgl))(実施例3−1)、並びにargF遺伝子及びNCgl1221遺伝子が欠失し、染色体内のargCJBD遺伝子群のプロモーターが置換されたコリネバクテリウムグルタミカム菌株(ATCC13032ΔargFΔNCgl1221P(CJ7)−argCJBD及びKCCM−10785PΔargFΔNCgl1221P(CJ7)−argCJBD)(実施例3−2)をそれぞれ製造した。これらのオルニチン生産性を比較した結果、argF遺伝子及びNCgl1221遺伝子が欠失し、染色体内のargCJBD遺伝子群のプロモーターが置換されたコリネバクテリウムグルタミカム菌株(ATCC13032ΔargFΔNCgl1221P(CJ7)−argCJBD及びKCCM−10785PΔargFΔNCgl1221P(CJ7)−argCJBD)が優れたオルニチン生産性を示すことが確認された(表5及び表6)。
よって、本発明者らは、オルニチン生産能が向上したオルニチン生産菌株を「CC01−0061(ATCC13032ΔargFΔNCgl1221P(CJ7)−argCJBD)」と命名し、ブダペスト条約に基づいてソウル市西大門区弘済1洞所在の韓国微生物保存センター(Korean Culture Center of Microorganisms, KCCM)に2010年11月24日付けで受託番号KCCM11137Pとして寄託した。
上記目的を達成するための本発明の他の態様によれば、本発明は、(i)前記オルニチン生産能が向上した微生物を培養して培養物を得る段階と、(ii)前記培養された微生物又は培養物からオルニチンを回収する段階とを含むオルニチンの生産方法を提供する。
前記方法において、前記微生物を培養する段階は、特にこれらに限定されるものではないが、公知の回分培養方法、連続培養方法、半回分培養方法などで行われることが好ましく、培養条件は、特にこれらに限定されるものではないが、塩基性化合物(例えば、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム又はアンモニア)又は酸性化合物(例えば、リン酸又は硫酸)を用いて適正pH(pH5〜9、好ましくはpH6〜8、最も好ましくはpH6.8)に調整し、酸素又は酸素含有ガス混合物を培養物に導入して好気性条件を維持し、培養温度を20〜45℃、好ましくは25〜40℃に維持し、約10〜160時間培養することが好ましい。前記培養により生産されたオルニチンは、培地中に分泌されるか、又は細胞内に残留し得る。
また、用いられる培養用培地は、炭素供給源として糖及び炭水化物(例えば、グルコース、スクロース、ラクトース、フルクトース、マルトース、モラセス、デンプン及びセルロース)、油脂及び脂肪(例えば、大豆油、ひまわり油、落花生油及びココナッツ油)、脂肪酸(例えば、パルミチン酸、ステアリン酸及びリノール酸)、アルコール(例えば、グリセリン及びエタノール)、及び有機酸(例えば、酢酸)などを個別に又は混合して用いることができ、窒素供給源として窒素含有有機化合物(例えば、ペプトン、酵母抽出液、肉汁、麦芽抽出液、トウモロコシ浸漬液、大豆粕粉及びウレア)、無機化合物(例えば、硫酸アンモニウム、塩化アンモニウム、リン酸アンモニウム、炭酸アンモニウム及び硝酸アンモニウム)などを個別に又は混合して用いることができ、リン供給源としてリン酸二水素カリウム、リン酸水素二カリウム、これに相当するナトリウム含有塩などを個別に又は混合して用いることができ、その他金属塩(例えば、硫酸マグネシウム又は硫酸鉄)、及びアミノ酸、ビタミンなどのような必須成長促進物質を含んでもよい。
以下、実施例を挙げて本発明をより詳細に説明する。しかし、これらの実施例は本発明を例示的に説明するためのものであり、本発明の範囲がこれらの実施例に限定されるものではない。
実施例1:argF遺伝子が欠失したコリネバクテリウムグルタミカム菌株の作製
野生型コリネバクテリウムグルタミカム菌株ATCC13032と、NTGなどの変異誘発物質により選別したグルタメート生産菌株(KFCC−11074)に基づいてcg2624、cg2115を欠失させたグルタメート過剰生産菌株KCCM−10785P(特許文献5)から、オルニチンからアルギニンを合成する経路を防止するために、argF欠失菌株を作製した。コリネバクテリウムグルタミカムATCC13032のアルギニン生合成遺伝子はargCJBDFRGH形態のオペロン構造で構成され、欠失の標的であるargF遺伝子(配列番号17)が染色体上でオルニチン合成経路に関与する酵素をコードする遺伝子と並んで存在するので、外側の部分に位置するargDとargRの塩基配列に基づいてargF部分を欠失させるためのプラスミドを作製することを試みた。
具体的には、前記ATCC13032菌株のargD及びargRの塩基配列に基づいて、argFのN末端外部の相同組換え(homologous recombination)断片、及びargFのC末端外部の相同組換え断片を得た。ここで、argFのN末端外部の断片は、ATCC13032菌株から得られたゲノムDNAを鋳型とし、プライマー(配列番号1及び2)を用いたPCRを行うことにより得られ(94℃、30秒の変性、55℃、30秒のアニーリング、及び72℃、30秒の伸長を28サイクル)、argFのC末端外部の断片は、ATCC13032菌株から得られたゲノムDNAを鋳型とし、プライマー(配列番号3及び4)を用いた同一条件のPCRを行うことにより得られた(表1)。
Figure 2013544532
前記得られたargFのN末端外部の相同組換え断片をBamHI及びSalIで処理して切断し、前記argFのC末端外部の相同組換え断片をSalI及びXbaIで処理して切断することにより、それぞれの断片を得た。また、これらの切断された各断片をBamHI及びXbaIで処理して切断されたpDZベクターに導入し、プラスミドpDZ−argF(K/O)を得た。
前記得られたプラスミドpDZ−argF(K/O)をATCC13032とKCCM−10785Pに導入し、導入された菌株をカナマイシン(25μg/ml)とX−gal(5-ブロモ-4-クロロ -3-インドリン-β-D-ガラクシド)を含むBHIS平板培地(Braine heart infusion37g/l,ソルビトール91g/l,アガー2%)に塗抹して培養することによりコロニーを形成し、前記形成したコロニーから青色のコロニーを選択することにより、前記プラスミドpDZ−argF(K/O)が導入された菌株を選抜した。
前記選抜された菌株をCM培地(グルコース10g/l,ポリペプトン10g/l,酵母エキス5g/l,牛肉エキス5g/l,NaCl 2.5g/l,尿素2g/l,pH6.8)で振盪培養(30℃,8時間)し、それぞれ10−4から10−10まで順次希釈し、X−galを含む固体培地に塗抹して培養することによりコロニーを形成した。形成したコロニーから比較的低い割合の白色のコロニーを選択し、argFが欠失した菌株を選抜した。
前記選抜された菌株から得られた染色体DNAを鋳型とし、配列番号1及び4のプライマーを用いたPCRを行うことにより、前記選抜された菌株に前記プラスミドpDZ−argF(K/O)が導入されたことが確認され、前記選抜された菌株はargFが欠失した菌株(ATCC13032ΔargF,KCCM−10785PΔargF)であることが確認された。
実施例2:argF遺伝子及びNCgl1221遺伝子が欠失したコリネバクテリウムグルタミカム菌株の作製
実施例1で得られたATCC13032ΔargF菌株とKCCM−10785PΔargF菌株からグルタメートエクスポーター遺伝子であるNCgl1221遺伝子をさらに欠失させることにより、オルニチンの前駆体であるグルタメートの細胞内含有量を増加させた。
具体的には、前記ATCC13032菌株のNCgl1221の塩基配列(配列番号19)に基づいて、NCgl1221のN末端外部の相同組換え断片、及びNCgl1221のC末端外部の相同組換え断片を得た。ここで、NCgl1221のN末端外部の断片は、ATCC13032菌株から得られたゲノムDNAを鋳型とし、プライマー(配列番号5及び6)を用いたPCRを行うことにより得られ、NCgl1221のC末端外部の断片は、ATCC13032菌株から得られたゲノムDNAを鋳型とし、プライマー(配列番号7及び8)を用いた実施例1と同一条件でPCRを行うことにより得られた(表2)。
Figure 2013544532
前記得られたNCgl1221のN末端外部の相同組換え断片をBamHI及びSalIで処理して切断し、前記NCgl1221のC末端外部の相同組換え断片をSalI及びXbaIで処理して切断することにより、それぞれの断片を得た。また、これら切断された各断片をBamHI及びXbaIで処理して切断されたpDZベクターに導入し、プラスミドpDZ−NCgl1221(K/O)を得た。
前記得られたプラスミドpDZ−NCgl1221(K/O)をATCC13032ΔargF菌株とKCCM−10785PΔargFに導入し、導入された菌株をカナマイシン(25μg/ml)とX−galを含むBHIS平板培地に塗抹して培養することによりコロニーを形成し、前記形成したコロニーから青色のコロニーを選択することにより、前記プラスミドpDZ−NCgl1221(K/O)が導入された菌株を選抜した。
前記選抜された菌株をCM培地で振盪培養(30℃,8時間)し、それぞれ10−4から10−10まで順次希釈し、X−galを含む固体培地に塗抹して培養することによりコロニーを形成した。形成したコロニーから比較的低い割合の白色のコロニーを選択し、NCgl1221が欠失した菌株を選抜した。
前記選抜された菌株から得られた染色体DNAを鋳型とし、配列番号5及び8のプライマーを用いたPCRを行うことにより、前記選抜された菌株に前記プラスミドpDZ−NCgl1221(K/O)が導入されたことが確認され、前記選抜された菌株はNCgl1221が欠失した菌株(ATCC13032ΔargFΔNCgl1221,KCCM−10785PΔargFΔNCgl1221)であることが確認された。
実施例3:argCJBD遺伝子が導入されたコリネバクテリウムグルタミカム菌株の作製
実施例3−1:argCJBD遺伝子のクローニング及び形質転換体の製造
グルタメートからオルニチンを合成する経路に関与する酵素をコードするargCJBDオペロン(プロモーター領域を含む,配列番号21)のコピー数を増加させてオルニチン生成経路を強化するために、argC、argJ、argB及びargD遺伝子(それぞれ配列番号22、24、26及び28)が導入されたベクターを製造し、これを導入した形質転換体を製造した。
まず、argCJBD遺伝子を得るために、ATCC13032菌株の染色体を鋳型とし、プライマー(配列番号9及び10)を用いたPCRを行うことにより(95℃、40秒の変性、55℃、40秒のアニーリング、及び72℃、150秒の伸長を30サイクル)、4,900bpの大きさの遺伝子断片を得た(表3)。
Figure 2013544532
前記得られた遺伝子断片を0.8%アガロースゲルで電気泳動し、その後所望の大きさのバンドを溶出し、溶出したバンドに制限酵素であるKpnI及びXbaIを処理して断片を得た。前記得られた断片をpHC139T−gfpベクター(特許文献6)にクローニングし、発現ベクターpHC139T−argCJBD(Cgl)を製造した。
次に、菌株内のオルニチン生成量を増加させるために、前記製造した発現ベクターpHC139T−argCJBD(Cgl)をATCC13032ΔargFΔNCgl1221菌株とKCCM−10785PΔargFΔNCgl1221菌株に電気穿孔法で導入し、25μg/mlのカナマイシンを含むBHIS平板培地に塗抹して形質転換体を選抜し、前記選抜された形質転換体をATCC13032ΔargFΔNCgl1221/pHC139T−argCJBD(Cgl))、KCCM−10785PΔargFΔNCgl1221/pHC139T−argCJBD(Cgl)と命名した。
実施例3−2:染色体内のargCJBD遺伝子群のプロモーター置換
グルタメートからオルニチンを合成する経路に関与する酵素をコードするargCJBD遺伝子の調節解除により発現量を増加させるために、染色体内のargCJBD自体のプロモーターを本出願人が新規開発したCJ7プロモーターに置換することを試みた。
まず、CJ7プロモーターを含み、前記プロモーターの両末端部位は染色体上の本来の配列を有する相同組換え断片を得た。
具体的には、CJ7プロモーターの5'末端部位はATCC13032菌株のゲノムDNAを鋳型とし、プライマー(配列番号11及び12)を用いたPCRを行うことにより得られ(94℃、30秒の変性、55℃、30秒のアニーリング、及び72℃、30秒の伸長を28サイクル)、CJ7プロモーターの部位はプライマー(配列番号13及び14)を用いた同一条件でPCRを行うことにより得られ、CJ7プロモーターの3'末端部位はプライマー(配列番号15及び16)を用いた同一条件でPCRを行うことにより得られた(表4)。
Figure 2013544532
前記得られたプロモーターの5'末端部位(argC−L)を制限酵素BamHIとEcoRIで処理し、CJ7プロモーター領域を制限酵素EcoRIとXbaIで処理し、プロモーターの3'末端部位(argC−R)を制限酵素XbaIとSalIで処理し、これら制限酵素で処理された各PCR産物をBamHI及びSalIで処理されたpDZベクターにクローニングし、プロモーターが置換された発現ベクターpDZ−CJ7(arg)を製造した。
前記製造した発現ベクターpDZ−CJ7(arg)をATCC13032ΔargFΔNCgl1221、KCCM−10785PΔargFΔNCgl1221菌株に電気穿孔法で導入し、形質転換体を製造した。前記製造した形質転換体をCM培地で振盪培養(30℃,8時間)し、前記培養物を10−4から10−10まで順次希釈し、25μg/mlのカナマイシンとX−galを含むBHIS平板培地に塗抹して培養することによりコロニーを形成した。
ほとんどのコロニーが青色であるのに対して低い割合で出現する白色のコロニーを選別することにより、2次交差により最終的にargプロモーターがCJ7に置換された菌株を選抜し、前記菌株から得られたゲノムDNAを鋳型とし、プライマー(配列番号13及び16)を用いたPCRを行うことにより(94℃、30秒の変性、55℃、30秒のアニーリング、及び72℃、60秒の伸長を28サイクル)、前記導入された発現ベクターpDZ−CJ7(arg)により染色体内のargCJBDプロモーターが置換されていることが確認され、前記確認された菌株をATCC13032ΔargFΔNCgl1221P(CJ7)−argCJBD)、KCCM−10785PΔargFΔNCgl1221P(CJ7)−argCJBDと命名した。
実施例4:argF及びNCgl1221遺伝子欠失、並びにargCJBD発現量増加によるオルニチン生産性の向上効果
実施例4−1:ATCC13032コリネバクテリウムグルタミカム菌株ベースのオルニチン生産能の確認
ATCC13032コリネバクテリウムグルタミカムベースの菌株において、argF遺伝子欠失、NCgl1221遺伝子欠失及びargCJBD発現量増加がオルニチンの生産に及ぼす効果を確認するために、実施例2及び3で製造した各菌株を対象にオルニチン生産能を比較した。
具体的には、実施例2及び3で製造された各菌株(ATCC13032ΔargFΔNCgl1221,ATCC13032ΔargFΔNCgl1221/pHC139T−argCJBD(Cgl),ATCC13032ΔargFΔNCgl1221P(CJ7)−argCJBD)を1mMのアルギニンを含むCMA平板培地に塗抹して37℃で24時間培養し、前記培養した各菌株を1mMのアルギニンを含む25mlの力価培地(2%(w/v)のグルコース、1%(w/v)のポリペプチン、0.5%(w/v)の酵母エキス、0.5%(w/v)の(NH4)2SO4、0.15%(w/v)の尿素、0.4%(w/v)のKH2PO4、0.8%(w/v)のK2HPO4、0.05%(w/v)のMgSO4、100μg/lのビオチン及び1mg/lのチアミン)に接種し、その後30℃、200rpmで48時間振盪培養し、各培養物から生産されたオルニチンの濃度を測定して比較した(表5)。ここで、対照群としては遺伝的に改変されていない菌株ATCC13032を用いた。
Figure 2013544532
表5から分かるように、argF及びNCgl1221遺伝子が欠失した場合、野生型菌株からは生産されないオルニチンが6.0g/lの濃度で生産された。argCJBD遺伝子の発現量増加については、argCJBD遺伝子をベクター形態で導入した場合に生産されたオルニチン濃度は6.4g/lであることが確認され、argCJBDの染色体上のプロモーターをCJ7に置換した場合に生産されたオルニチンの濃度は7.7g/lと多少増加したことが確認された。
実施例4−2:グルタメート生産コリネバクテリウムグルタミカムKCCM−10785P菌株ベースのオルニチン生産能の確認
オルニチンの前駆体であるグルタメートを過剰生産するコリネバクテリウムグルタミカム菌株KCCM−10785Pに基づいて、argF遺伝子及びNCgl1221遺伝子欠失並びにargCJBD発現量増加がオルニチンの生産に及ぼす効果を確認するために、実施例2及び3で製造した各菌株を対象にオルニチン生産能を比較した。
具体的には、実施例2及び3で製造された各菌株(KCCM−10785PΔargFΔNCgl1221,KCCM−10785PΔargFΔNCgl1221/pHC139T−argCJBD(Cgl),KCCM−10785PΔargFΔNCgl1221P(CJ7)−argCJBD)を実施例4−1と同一条件で接種し、その後30℃、200rpmで48時間振盪培養し、各培養物から生産されたオルニチンの濃度を測定して比較した(表6)。ここで、対照群としては遺伝的に改変されていない菌株KCCM−10785Pを用いた。
Figure 2013544532
表6から分かるように、グルタメート過剰生産菌株ベースでも、argF及びNCgl1221遺伝子が欠失した場合、野生型菌株からは合成されないオルニチンが7.6g/lの濃度で生成された。argCJBD遺伝子の発現量増加については、argCJBD遺伝子をベクター形態で導入した場合に生産されたオルニチン濃度は7.9g/lであることが確認され、argCJBDの染色体上のプロモーターをCJ7に置換した場合に生産されたオルニチンの濃度は9.0g/lと多少増加したことが確認された。
よって、argCJBD遺伝子の発現量増加によりオルニチンまでの合成経路を強化するとオルニチンの生産量が増加することが確認された。
よって、本発明者らはオルニチン生産能に最も優れることが確認された実施例3−2で製造された菌株を「CC01−0061(ATCC13032ΔargFΔNCgl1221P(CJ7)−argCJBD)」と命名し、ブダペスト条約に基づいてソウル市西大門区弘済1洞所在の韓国微生物保存センター(Korean Culture Center of Microorganisms, KCCM)に2010年11月24日付けで受託番号KCCM11137Pとして寄託した。
以上の説明から、本発明の属する技術分野における通常の知識を有する者であれば、本発明がその技術的思想や必須の特徴を変更することなく、他の具体的な形態で実施できることを理解するであろう。これに関して、上記実施例はあくまで例示的なものであり、限定的なものでないことを理解すべきである。本発明の範囲は、請求の範囲の意味及び範囲とその等価概念から導かれるあらゆる変更や変形された形態を含むものであると解釈すべきである。
Figure 2013544532
本発明のオルニチン生産能が向上した微生物は、より効果的なオルニチン製造に広く活用することができる。
[本発明1001]
オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ及びグルタメート排出に関与するタンパク質(NCgl1221)の活性が内在的活性よりも低下するように改変され、オルニチン生産能が向上した微生物。
[本発明1002]
前記オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼが、配列番号18のアミノ酸配列、又はそれと70%以上の相同性を有するアミノ酸配列を有するものである、本発明1001のオルニチン生産能が向上した微生物。
[本発明1003]
前記グルタメート排出に関与するタンパク質が、配列番号20のアミノ酸配列、又はそれと70%以上の相同性を有するアミノ酸配列を有するものである、本発明1001のオルニチン生産能が向上した微生物。
[本発明1004]
タンパク質の活性低下が、1)前記タンパク質をコードする遺伝子の一部又は全ての欠失、2)前記遺伝子の発現が減少するように発現調節配列を改変、3)前記タンパク質の活性が低下するように染色体上の前記遺伝子配列を改変、及び4)それらの組み合わせからなる群から選択される方法により行われるものである、本発明1001のオルニチン生産能が向上した微生物。
[本発明1005]
さらに、アセチルガンマグルタミルホスフェートレダクターゼ(ArgC)、アセチルグルタメートシンターゼ又はオルニチンアセチルトランスフェラーゼ(ArgJ)、アセチルグルタメートキナーゼ(ArgB)、及びアセチルオルニチンアミノトランスフェラーゼ(ArgD)の活性が内在的活性よりも増加したものである、本発明1001のオルニチン生産能が向上した微生物。
[本発明1006]
前記ArgC、ArgJ、ArgB及びArgDが、それぞれ配列番号23、25、27及び29のアミノ酸配列、又はそれと70%以上の相同性を有するアミノ酸配列を有するものである、本発明1005のオルニチン生産能が向上した微生物。
[本発明1007]
タンパク質の活性増加が、1)前記タンパク質をコードするポリヌクレオチドのコピー数の増加、2)前記ポリヌクレオチドの発現が増加するように発現調節配列を改変、3)前記酵素の活性が増加するように染色体上の前記ポリヌクレオチド配列を改変、及び4)それらの組み合わせからなる群から選択される方法により行われるものである、本発明1005のオルニチン生産能が向上した微生物。
[本発明1008]
コリネバクテリウム属微生物である、本発明1001のオルニチン生産能が向上した微生物。
[本発明1009]
前記コリネバクテリウム属微生物がコリネバクテリウムグルタミカムである、本発明1008のオルニチン生産能が向上した微生物。
[本発明1010]
前記コリネバクテリウム属微生物がコリネバクテリウムグルタミカム(KCCM11137P)である、本発明1008のオルニチン生産能が向上した微生物。
[本発明1011]
(i)オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ及びグルタメート排出に関与するタンパク質(NCgl1221)の活性が低下するように改変され、オルニチン生産能が向上した微生物を培養する段階と、
(ii)前記培養された微生物又は培養物からオルニチンを回収する段階とを含む、オルニチンの生産方法。

Claims (11)

  1. オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ及びグルタメート排出に関与するタンパク質(NCgl1221)の活性が内在的活性よりも低下するように改変され、オルニチン生産能が向上した微生物。
  2. 前記オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼが、配列番号18のアミノ酸配列、又はそれと70%以上の相同性を有するアミノ酸配列を有するものである、請求項1に記載のオルニチン生産能が向上した微生物。
  3. 前記グルタメート排出に関与するタンパク質が、配列番号20のアミノ酸配列、又はそれと70%以上の相同性を有するアミノ酸配列を有するものである、請求項1に記載のオルニチン生産能が向上した微生物。
  4. タンパク質の活性低下が、1)前記タンパク質をコードする遺伝子の一部又は全ての欠失、2)前記遺伝子の発現が減少するように発現調節配列を改変、3)前記タンパク質の活性が低下するように染色体上の前記遺伝子配列を改変、及び4)それらの組み合わせからなる群から選択される方法により行われるものである、請求項1に記載のオルニチン生産能が向上した微生物。
  5. さらに、アセチルガンマグルタミルホスフェートレダクターゼ(ArgC)、アセチルグルタメートシンターゼ又はオルニチンアセチルトランスフェラーゼ(ArgJ)、アセチルグルタメートキナーゼ(ArgB)、及びアセチルオルニチンアミノトランスフェラーゼ(ArgD)の活性が内在的活性よりも増加したものである、請求項1に記載のオルニチン生産能が向上した微生物。
  6. 前記ArgC、ArgJ、ArgB及びArgDが、それぞれ配列番号23、25、27及び29のアミノ酸配列、又はそれと70%以上の相同性を有するアミノ酸配列を有するものである、請求項5に記載のオルニチン生産能が向上した微生物。
  7. タンパク質の活性増加が、1)前記タンパク質をコードするポリヌクレオチドのコピー数の増加、2)前記ポリヌクレオチドの発現が増加するように発現調節配列を改変、3)前記酵素の活性が増加するように染色体上の前記ポリヌクレオチド配列を改変、及び4)それらの組み合わせからなる群から選択される方法により行われるものである、請求項5に記載のオルニチン生産能が向上した微生物。
  8. コリネバクテリウム属微生物である、請求項1に記載のオルニチン生産能が向上した微生物。
  9. 前記コリネバクテリウム属微生物がコリネバクテリウムグルタミカムである、請求項8に記載のオルニチン生産能が向上した微生物。
  10. 前記コリネバクテリウム属微生物がコリネバクテリウムグルタミカム(KCCM11137P)である、請求項8に記載のオルニチン生産能が向上した微生物。
  11. (i)オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ及びグルタメート排出に関与するタンパク質(NCgl1221)の活性が低下するように改変され、オルニチン生産能が向上した微生物を培養する段階と、
    (ii)前記培養された微生物又は培養物からオルニチンを回収する段階とを含む、オルニチンの生産方法。
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