JP2013532482A - 遺伝子発現を用いた前立腺癌の予後を定量化する方法 - Google Patents
遺伝子発現を用いた前立腺癌の予後を定量化する方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2013532482A JP2013532482A JP2013521883A JP2013521883A JP2013532482A JP 2013532482 A JP2013532482 A JP 2013532482A JP 2013521883 A JP2013521883 A JP 2013521883A JP 2013521883 A JP2013521883 A JP 2013521883A JP 2013532482 A JP2013532482 A JP 2013532482A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- mir
- hsa
- gene
- expression level
- recurrence
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
Description
別途定義がない限り、本願明細書に用いられている技術用語および科学用語は、本発明の帰する当業者に一般的に理解されているのと同じ意味を有する。Singleton et al.,Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2nd ed.,J.Wiley & Sons(New York,NY 1994),and March,Advanced Organic Chemistry Reactions,Mechanisms and Structure 4th ed.,John Wiley & Sons(New York,NY 1992)は、当業者にとって、本出願に用いられている多くの用語に対する一般的指針となる。
G2:中分化(中等度異型性)(グリソン(Gleason)5〜6)
G3〜4:低分化または未分化(高度異型性)(グリソン(Gleason)7〜10)
本開示は、1つ以上の遺伝子、遺伝子サブセット、microRNA、または1つ以上のmicroRNAと、前立腺癌患者から採取される生物学的サンプルからの1つ以上の遺伝子または遺伝子サブセットとの組み合わせの発現量の測定を含む分子アッセイを提供すると共に、測定された発現量の解析も提供し、これにより癌の再発尤度に関する情報を提供する。
前立腺癌は現在、デジタル直腸診(DRE)および前立腺特異抗原(PSA)試験を使用して診断されている。PSA結果が高い場合、患者は一般的に前立腺組織生検を受ける。病理学者は、生検サンプルの確認および癌細胞の検査によってグリソンスコアを判定する。内科医はグリソンスコア、PSA、臨床病期、および他の因子に基づいて、患者を監視するか、それとも患者を手術および療法で治療するか決定をする必要がある。
本開示の方法および組成物には、特に明記しない限り、当該分野の技術の範囲内にある分子生物学の従来技術(組み換え技術を含む)、微生物学、細胞生物学、および生化学が利用されている。例示的な技術は、“Molecular Cloning:A Laboratory Manual”,2nd edition(Sambrook et al.,1989);“Oligonucleotide Synthesis”(M.J.Gait,ed.,1984)、“Animal Cell Culture”(R.I.Freshney,ed.,1987)、“Methods in Enzymology”(Academic Press,Inc.)、“Handbook of Experimental Immunology”,4th edition(D.M.Weir & C.C.Blackwell,eds.,Blackwell Science Inc.,1987)、“Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells”(J.M.Miller & M.P.Calos,eds.,1987)、“Current Protocols in Molecular Biology”(F.M.Ausubel et al.,eds.,1987)、および“PCR:The Polymerase Chain Reaction”,(Mullis et al.,eds.,1994)等の文献中で詳細に説明されている。
典型的には、mRNA(microRNA)は、試験サンプルから単離される。出発原料は、典型的には、ヒト腫瘍(通常、原発性腫瘍)から単離される総RNAである。任意選択的に、同じ患者からの正常な組織を内部対照として使用できる。そのような正常な組織は、腫瘍に隣接した組織学的に正常な外観の組織であり得る。mRNAまたはmicroRNAは、組織標本から(例えば、新鮮で冷凍された(例えば新鮮凍結)、またはパラフィン包埋(例えばホルマリン固定)サンプルから)抽出されたものであってよい。
PCRプライマーおよびプローブは、対象遺伝子のmRNA転写物中に存在するエクソンまたはイントロン配列に基づいて設計できる。プライマー/プローブの設計を行う際は、DNA BLATソフトウェア(開発元:Kent,W.J.,Genome Res.12(4):656−64(2002))等の一般公開されているソフトウェア、またはBLASTソフトウェア(そのバリエーションを含む)を使用できる。
MassARRAYベースの方法、例えば、Sequenom、Inc.(San Diego、CA)が策定した例示的な方法では、RNAの単離および逆転写の後、採取されたcDNAを競合核酸(competitor)である合成DNA分子でスパイクし、単一塩基を除く全ての位置にある標的cDNA領域と照合して、内部標準として作用する。cDNA/競合核酸(competitor)の混合物は、増幅されたPCRであり、PCR後のシュリンプ由来アルカリホスファターゼ(SAP)酵素処理を施すことによって、残存ヌクレオチドが脱リン酸化される。アルカリホスファターゼの失活後、競合核酸(competitor)およびcDNAからのPCR産物にプライマー伸張法を行い、それによって、競合核酸(competitor)およびcDNAで誘導されたPCR産物に対して明白なマスシグナルを生成する。精製後、これらの生成物をチップアレイ上に分取し、マトリックス支援レーザー脱離イオン化法飛行時間型質量解析計(MALDI−TOF MS)解析での解析に必要とされる成分を予め装填する。その後、反応において存在するcDNAは、生成されたマススペクトルにおけるピーク領域の比率を解析することによって定量化される。詳細については、例えば、Ding and Cantor,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 100:3059−3064(2003)を参照のこと。
本明細書中に開示されている方法に使用できるPCRベースの技術としては、上述のもの以外に、例えば、BeadArray(登録商標)技術(Illumina,San Diego,CA;Oliphant et al.,Discovery of Markers for Disease(Supplement to Biotechniques),June 2002、Ferguson et al.,Analytical Chemistry 72:5618(2000))、遺伝子発現の迅速アッセイ法において市販のLuminex100 LabMAP(登録商標)システムおよび複数カラーコードミクロスフィア(Luminex Corp.,Austin,TX)を用いた遺伝子発現検出用ビーズアレイ法(BeadsArray for Detection of Gene Expression(BADGE))(登録商標))(Yang et al.,Genome Res.11:1888−1898(2001))、ならびに高カバー率遺伝子発現プロフィール(high coverage expression profiling(HiCEP))解析法(Fukumura et al.,Nucl.Acids.Res.31(16)e94(2003))が挙げられる。
関心のある遺伝子またはマイクロアレイの発現量の評価には、マイクロアレイ技術を利用することもできる。この方法では、関心のあるポリヌクレオチド配列(cDNAおよびオリゴヌクレオチドを含む)は、基質上に配列される。その後、アレイ配列(arrayed sequence)は、特定のハイブリダイゼーションに好適な条件下で、試験サンプルのRNAから生成された検出可能に標識されたcDNAと接触される。RT−PCR方法の場合と同様にRNA供給源は、典型的には、腫瘍サンプルから単離された総RNAであり、任意選択的には、同じ患者の正常組織から内部標準または細胞系として単離された総RNAである。RNAは、例えば、凍結またはアーカイブされたパラフィン包埋、および固定(例えばホルマリン固定)組織標本から抽出できる。
遺伝子発現の連続解析(SAGE)は、転写産物ごとに個々のハイブリダイゼーションプローブを提供する必要なしに多数の遺伝子転写物を同時かつ定量的に解析するための方法である。最初に、転写物を一意に同定するのに充分な情報を含む短配列タグ(約10〜14bp)を生成する。ただし、そのタグは、各転写物内の一意の位置から採取されることを条件とする。その後、配列できる多数の転写物を一括に連結し、長い連続分子を形成して、同時に複数のタグの同一性を暴露する。転写物の任意の母集団の発現パターンは、個々のタグの存在量を定量化し、各タグに対応する遺伝子を同定することによって、定量的に評価し得る。詳細については、例えば、Velculescu et al.,Science 270:484−487(1995)、およびVelculescu et al.,Cell 88:243−51(1997)を参照のこと。
核酸配列決定技術は、遺伝子発現解析に好適な方法である。これらの方法の基礎をなすのは、サンプル中にcDNA配列が検出される回数が、その配列に対応するRNAの相対的な発現に直接に関連するという原理である。これらの方法は時折、結果として得られたデータの離散的な数値特性を反映する、デジタル遺伝子発現(DGE)という用語で呼ばれることもある。この原理が適用されている初期の方法は、遺伝子発現の連続解析(SAGE)および大量並行シグネチャー配列決定(massively parallel signature sequencing)(MPSS)であった。例えば、S.Brenner,et al.,Nature Biotechnology 18(6):630−634(2000)を参照のこと。最近では、「次世代の」配列決定技術の出現によって、DGEが単純化され、スループットが向上し、しかも入手しやすくなった。その結果、DGEを利用することによって、これまでよりも多くの個々の患者サンプルにおいて従来可能であったよりも多くの遺伝子の発現をスクリーニングできるようになったラボが増加つつある。例えば、J.Marioni,Genome Research 18(9):1509−1517(2008);R.Morin,Genome Research 18(4):610−621(2008);A.Mortazavi,Nature Methods 5(7):621−628(2008);N.Cloonan,Nature Methods 5(7):613−619(2008)を参照のこと。
発現解析用にRNAを血液、血漿および血清から(例えば、K.Enders,et al.,Clin Chem 48,1647−53(2002)および同書中の引用文献を参照)、更には尿から(例えば、R.Boom,et al.,J Clin Microbiol.28,495−503(1990)および同書中の引用文献を参照)単離する方法が記載されている。
免疫組織化学方法はまた、遺伝子の発現量の検出に好適であり、本明細書中に開示されている方法に対する適用されている。そのような方法においては、関心のある遺伝子の遺伝子産物と特異的に結合する抗体(例えば、モノクローナル抗体)を使用できる。例えば、放射性ラベル、蛍光ラベル、ビオチン等のハプテンのラベル、またはワサビ由来ペルオキシダーゼもしくはアルカリホスファターゼ等の酵素で抗体自体を直接標識することによって、抗体を検出し得る。あるいは、未標識の一次抗体を、一次抗体に特異的な標識二次抗体と共に使用することもできる。免疫組織化学プロトコールおよびキットは当該技術分野において周知であり、市販されている。
「プロテオーム」という用語は、或る時点でサンプル(例えば組織、有機体または細胞培養液)中に存在する蛋白質の総量として定義される。プロテオミクスは、とりわけ、サンプルの蛋白質発現の全体的な変更の研究を包含する(「発現プロテオミクス」とも呼ばれる)。プロテオミクスは典型的には、(1)二次元ゲル電気泳動(2−D PAGE)でサンプル中の個々の蛋白質を分離する工程と、(2)ゲルから回収された個々の蛋白質を同定する工程(例えばマイマススペクトロメトリーまたはN末端配列決定)と、(3)バイオインフォマティクスを使用してデータを解析する工程を含む。
固定パラフィン包埋組織をRNA供給源として使用した遺伝子発現プロファイリングの代表的プロトコールの工程(mRNAまたはmicroRNAの単離、精製、プライマー伸長および増幅を含む)は、様々な発行ジャーナル記事に提供されている(例えば、T.E.Godfrey,et al.,J.Molec.Diagnostics 2:84−91(2000);K.Specht et al.,Am.J.Pathol.158:419−29(2001),M.Cronin,et al.,Am J Pathol 164:35−42(2004)を参照)。代表的な方法では、まず組織標本部(例えば、パラフィン包埋腫瘍組織標本の約10μm厚の断片)を切断する。次いで、RNAを抽出し、蛋白質およびDNAを除去する。RNA濃度の解析の後、必要に応じてRNA修復を実行する。続いて、例えば、遺伝子特異的プロモーターを使用した逆転写によってサンプルを解析にかけた後、RT−PCRを行うことができる。
本明細書中に記述されているように、関心のあるパラメーター(例えば、再発)とマーカー遺伝子/microRNAの発現量との間に有意な関係があるかどうかの判定に使用できる統計的方法が数多くあることは、当業者に認識されるであろう。例示的な実施例において、本発明は、前立腺癌患者からの組織およびデータを使用して、層化されたコホートサンプリングデザイン(ケースコントロールサンプリングの形態)を提供する。標本の選択範囲は、病期T期(T1、T2)、年度コホート(<1993、=1993)、および前立腺切除グリソンスコア(低/中、高)を基準に層化した。臨床的再発を伴った全ての患者を選択し、臨床的再発を経験しなかった患者サンプルを選択した。患者ごとに、最高2つの濃縮された腫瘍標本、および1つの正常な外観の組織標本を検定した。
本開示は、ステージング遺伝子、または特定のステージング遺伝子と共発現する遺伝子の発現に基づいて腫瘍の病期を判定する方法を提供する。特定の生物学的プロセスを実行するために、遺伝子同士は多くの場合、協調して連携(即ち、共発現)する。癌などの疾病経過において同定された共発現遺伝子群は、腫瘍状態および疾患進行のバイオマーカーの役目を果たし得る。そのような共発現遺伝子は、共発現した相手のステージング遺伝子をアッセイする代わりに、またはそのようなアッセイに付加してアッセイできる。
本明細書中に開示されている方法に用いられる発現データは、正規化することが可能である。正規化とは、例えば、アッセイされたRNAの量の差、および使用されるRNAの質の変動性を修正(変動性を排除して正規化)して、CTまたはCp測定値、およびこれらに類するものにおける系統的バリエーションの不要ソースを除去する工程を指す。アーカイブされた固定パラフィン包埋組織標本を含むRT−PCR実験に関して、系統的バリエーションのソースは、患者サンプルの時間経過、およびサンプルの貯蔵に使用される定着剤の種類を基準としたRNA分解の程度を包含したものであることは公知である。系統的バリエーションの他のソースは、ラボの処理条件に起因する。
本明細書中に開示されている方法に用いられる発現データは、標準化することが可能である。標準化は、全ての遺伝子またはmicroRNAを事実上比較できる尺度に変換する工程を指す。この標準化を行う理由は、一部の遺伝子またはmicroRNAが他に比べて多くのバリエーションを示す(発現がより広範である)ためである。標準化は、その遺伝子またはmicroRNAの全てのサンプルにおける各発現値をその標準偏差で除算することによって行う。その場合、ハザード比は、発現における1標準偏差増分あたりの相対再発リスクとして解釈される。
本発明の方法に使用される材料は、周知の手順に従って製作されたキットの調製に好適である。したがって、本開示は、開示されている遺伝子またはmicroRNAの発現を定量化し、予後の転帰または治療に対する反応を予測するために、遺伝子(もしくはmicroRNA)特異的プローブ、遺伝子(もしくはmicroRNA)選択プローブおよび/またはプライマーを含有し得る薬剤を含むキットを提供する。そのようなキットは、任意選択的に、腫瘍サンプルからRNAを抽出するための試薬(特に、固定パラフィン包埋組織標本および/またはRNA増幅用試薬)を含んでもよい。加えて、本キットは、任意選択的に、識別用の記載もしくはラベル付きの試薬、または本発明の方法における使用に関する指示を含んでもよい。キットは容器(本方法の自動化実装での使用に好適なマイクロリットルプレートを含む)を備えてもよく、本方法で利用される各種材料または試薬(典型的には、濃縮形態)のうちの1種以上、例えば、クロマトグラフィーカラム、事前作製済み(pre−fabricated)マイクロアレイ、緩衝液、適当なヌクレオチド三リン酸塩(例えば、dATP、dCTP、dGTPおよびdTTP;またはrATP、rCTP、rGTPおよびUTP)、逆転写酵素、DNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼ、ならびに本発明のプローブおよびプライマー(例えば、適当な長さのポリ(T)、またはRNAポリメラーゼと反応するプロモーターに連結されているランダムプライマー)のうちの1つ以上が、各容器に付属する。予後情報または予測的情報の推定または定量化に使用される数学的アルゴリズムもまた、適切にキットの構成要素となり得る。
商業的な診断目的に実施された場合は通常、レポート、即ち、本明細書に記載されている方法で得られる情報のサマリーを生成する。例えば、レポートは、1つ以上の遺伝子の発現量に関する情報、および/またはmicroRNA、腫瘍もしくは患者の再発リスクの分類、患者に起こり得る予後またはリスク分類、臨床因子および病理学的因子、および/または他の情報を含み得る。本発明の方法およびレポートは、レポートをデータベースに保管する工程を更に含み得る。本方法は、被験者のデータベースに記録を作成し、その記録にデータを取り込むことができる。レポートは、紙レポート、聴覚レポート、または電子記録であり得る。レポートは表示および/またはコンピュータ(例えば、ハンドヘルドデバイス、デスクトップコンピュータ、スマートデバイス、ウェブサイトなど)への保存が可能である。レポートを医師および/または患者に提供するように企図されている。レポートの受信は、データおよびレポートを含むサーバコンピュータへのネットワーク接続を確立する工程と、サーバコンピュータからデータおよびレポートを要求する工程と、を更に含み得る。
上述の分析で得られた値(例えば、発現データ)は計算して手動で保存することができる。代わりに上記のステップは、コンピュータプログラム製品で完全にまたは部分的に実行できる。したがって、本発明は、コンピュータプログラムを保管した記憶媒体(コンピュータによる読み取りが可能)を備えるコンピュータプログラム製品を提供する。プログラムは、コンピュータでの読み取り時に、個体から採取された1つ以上の生体サンプルの分析により得られた値に基づいて、関連する計算を実行できる(例えば、遺伝子の発現量、正規化、標準化、閾値処理(thresholding)および分析で得られた値からスコアへの変換、および/または腫瘍病期および関連情報のテキストもしくはグラフィック描写への変換)。コンピュータプログラム製品の内部には、計算を実行するためのコンピュータプログラムが保存されている。
限局性前立腺癌の男性に対して診断の治療計画を指導するには、前立腺ニードルコア生検ベースの臨床ツールが必要である。ニードルコア生検標本において組織を制限することは、分子診断検査法の開発に向けての重大な課題である。この研究では、RT−PCRアッセイを使用してRNAの摘出収量および遺伝子発現プロフィールを調査し、手動で顕微解剖された固定パラフィン包埋(FPE)前立腺癌ニードル生検コアからのRNAを特徴づけた。また、RNA収量および遺伝子発現プロフィールとこれらの標本におけるグリソンスコアとの関連も調査した。
この研究では、固定パラフィン包埋(FPE)前立腺癌ニードルコア生検標本から抽出されたRNAの量と質を評価して、前立腺癌ニードルコア生検における遺伝子発現プロフィール分析の実現可能性を定量化した。この研究では、前立腺ニードルコア生検標本からのホルマリン固定塊48個が使用された。グリソンスコアの解釈(2005 Int’l Society of Urological Pathology Consensus Conference)、および病理学者によって評価された腫瘍併発率(<33%、33〜66%、>66%)に基づいて、標本が分類された。
各FPE組織塊からの連続した5μm未染色断片14個を、研究の対象に含めた。症例ごとに最初および最後の断片をH&Eで染色し、手動の顕微手術によって組織学的にチェックして、腫瘍の存在および腫瘍富化を確認した。
記述統計および図示を使用して、標準病理学メトリクスおよび遺伝子発現を要約すると共に、グリソンスコアのカテゴリおよび腫瘍併発率カテゴリを層化した。序数ロジスティック回帰を使用して、遺伝子発現とグリソンスコアのカテゴリとの間の関係を評価した。
単位表面積当たりのRNA収量は、16〜2406ng/mm2の範囲に及んだ。腫瘍併発率(p=0.02)およびグリソンスコア(p=0.01)が高いサンプルにおいては、RNA収率の上昇が観測された。71%の症例は96ウェルRT−PCRを実施する上でRNA収率が充分(>200ng)であった。87%の症例はRNA収量が100ng超であった。qRT−PCRで測定されたように、前立腺生検からの遺伝子発現は、市販の乳癌用分子アッセイに使用されたFPETサンプルと同等であることが、研究によって確認された。加えて、観測により、グリソンスコア上昇および腫瘍併発率上昇に伴って、生検RNA収量が増大することも確認された。グリソンスコアと有意に(p<0.05)関連している9種類の遺伝子が同定されたと共に、多くの試験遺伝子に関しては大きいダイナミックレンジの存在が観測された。
患者およびサンプル
1987〜2004年の間にCleveland Clinicで根治的前立腺切除(RP)の治療を受けた前立腺癌患者約2600例は、臨床病期T1/T2にあることが同定された。前外科的PSA値が失われた場合、または初期診断からの腫瘍塊が使えない場合、ネオアジュバントおよび/またはアジュバント治療を受けた患者は、研究デザインから除外された。根治的前立腺切除の後に臨床的再発があった127例の患者、および臨床的再発がなかった374例の患者が、コホートサンプリングデザインを使用して無作為に選択された。標本は、病期T期(T1、T2)、年度コホート(<1993、≧1993)、および前立腺切除グリソンスコア(低/中、高)によって層化された。サンプルを採取された患者501例のうち、51例は腫瘍が不充分なため除外され、7例は臨床的不適格のため除外され、2例は遺伝子発現データ不良のため除外され、10例は一次グリソンパターンが利用できないため除外された。したがって、この遺伝子発現研究では、1987〜2004年に初期(T1、T2)前立腺癌の処置に対する根治的前立腺切除を実施された後に臨床的再発があった患者111例、ならびに臨床的再発がなかった患者330例からの組織およびデータを含めた。
この研究では、RT−PCR解析を使用して、根治的前立腺切除の治療を受けた初期前立腺癌患者の前立腺癌組織、ならびに周囲NATにおける738個の遺伝子および染色体の配列換え(例えば、TMPRSS2−ERG融合または他のETS族遺伝子)のRNAの発現量を定量化した。
一次統計解析では、病期初期の前立腺癌に対して根治的前立腺切除を実施された後に臨床的再発があった患者111例、ならびに臨床的再発がなかった患者330例を含め、それらの患者を病期T期(T1、T2)、年度コホート(<1993、≧1993)、および前立腺切除グリソンスコア(低/中、高)によって層化した。グリソンスコアのカテゴリは、低(グリソンスコア≦6)、中(グリソンスコア=7)、および高(グリソンスコア≧8)のように定義されている。対象の患者に対して少なくとも1つのサンプルが評価可能な場合、患者を指定された解析に含めた。特に明記しない限り、全ての仮説試験を、両側p値を使用してレポートした。結果として得られた一連のp値にStoreyの方法を適用し、偽発見率(FDR)を20%にて制御するJ.Storey,R.Tibshirani,Estimating the Positive False Discovery Rate Under Dependence,with Applications to DNA Microarrays,Dept.of Statistics,Stanford Univ.(2001)。
microRNAは、メッセンジャーRNA(mRNA)の一部と結合し、mRNAが蛋白質に変換される頻度を変更する変えることによって機能する。また、mRNAのターンオーバー、および細胞内でmRNAが無傷の状態に維持される期間に対しても影響を及ぼし得る。mRNAは主にmicroRNAの補助として作用するため、この研究ではmicroRNAの発現と遺伝子(mRNA)発現との合同の予後値を評価した。特定のmicroRNAの発現は、評価されたパネル内にない遺伝子の発現の代理になり得るため、我々はmicroRNAの発現自体の予後値も評価した。
根治的前立腺切除の後に臨床的再発があった127例の患者、および臨床的再発がなかった374例の患者から採取されたサンプル(実施例2に記載)が、この研究に使用された。最終的な解析セットは、遺伝子発現およびmicroRNAの発現が両方とも正しく測定された患者からの416個のサンプルを含む。これらの患者のうちの106例は臨床的再発を呈したのに対し、310例は臨床的再発がなかった。各前立腺サンプルから組織標本は採取され、(1)サンプル中の一次グリソンパターン、および(2)サンプル中の最高グリソンパターンを表す。加えて、腫瘍に隣接する組織学的に正常な外観の組織(NAT)のサンプルが採取された。各組織型の解析セットに含まれる患者の数、および臨床的再発を経験した患者の数、または前立腺癌で死亡した患者の数は、表14に示すとおりである。
固定パラフィン包埋(FPE)組織から抽出されたRNAから、76個の試験microRNAおよび5個のリファレンスmicroRNAの発現を定量化した。TaqMan(登録商標)MicroRNAアッセイキット(Applied Biosystems,Inc.,Carlsbad,CA)から入手されたクロッシングポイント(crossing point)(Cp)を使用して、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)を介して、3通りの全ての組織型におけるmicroRNAの発現を定量化した。
一変量の比例ハザード回帰(Cox DR,Journal of the Royal Statistical Society,Series B 34:187−220,1972)を使用し、コホートサンプリングデザインからのサンプリング重量を適用し、かつLin and Weiの方法(Lin and Wei,Journal of the American Statistical Association 84:1074−1078,1989)に基づく分散評価を使用することによって、5つのリファレンスmicroRNA(hsa−miR−106a、hsa−miR−146b−5p、hsa−miR−191、hsa−miR−19bおよびhsa−miR−92a)の平均的発現により正規化されたmicroRNAの発現、および上述の733個の遺伝子(リファレンス遺伝子を含む)の基準により正規化された(reference−normalized)遺伝子発現を、臨床的再発および前立腺癌による死亡との関連について評価した。標準化されたハザード比(共変動値における1つの標準偏差の変化と関連性のあるハザードの比例的変化)を計算した。
1.microRNAのみ
2.microRNA−遺伝子ペア層1
3.microRNA−遺伝子ペア層2
4.microRNA−遺伝子ペア層3
5.他の全てのmicroRNA−遺伝子ペア層4
解析の際、偽発見率10%を許容して、根治的前立腺切除後の前立腺癌の臨床的再発に関連する一次グリソンパターン腫瘍組織から検定されたmicroRNA21個を同定した(表15)。結果は、最高グリソンパターン腫瘍組織から評価されたmicroRNAの場合と同様(表16)、microRNAの発現と臨床的再発との関連は、腫瘍組織サンプル内の部位に応じた顕著な変化がないことを示唆している。偽発見率10%では、正常な隣接組織から測定されたmicroRNAはいずれも、臨床的再発のリスクに関連していなかった。表15〜表21に掲載されているmicroRNAの配列は、表Bに示すとおりである。
Claims (20)
- 前立腺癌患者における癌の再発尤度を定量化する方法であって、
前記患者から採取された前立腺組織を含む生物学的試料中の少なくとも1つの遺伝子の発現量を測定する工程であって、前記少なくとも1つの遺伝子が表3A、3B、4A、4B、5A、5B、6A、6B、7A、7B、8A、8B、10Aもしくは10Bの遺伝子を含むか、または前記少なくとも1つの遺伝子と共発現する遺伝子を含む工程と、
前記患者の癌の再発尤度を予測する工程であって、
表3A、4A、5A、6A、7A、8A、および10A中の任意の遺伝子の発現量が再発リスクの増加と正の関連を示し、かつ
表3B、4B、5B、6B、7B、8B、および10B中の任意の遺伝子の発現量が再発リスクの増加と負の関連を示す工程と、
を含む方法。 - 前記少なくとも1つの遺伝子のRNA転写物を使用して前記発現量を測定する、請求項1に記載の方法。
- 前記少なくとも1つの遺伝子と関連のあるオリゴヌクレオチドを使用して前記発現を測定する、請求項1に記載の方法。
- 前記発現量を正規化することによって正規化された発現量を得る工程を更に含む、請求項1に記載の方法。
- 前記再発スコア(RS)に基づいてレポートを生成する工程を更に含む、請求項1に記載の方法。
- 前記レポートが臨床的無再発期間(cRFI)に基づく再発リスクの推定値を含む、請求項5に記載の方法。
- 前記RSが生化学的無再発期間(bRFI)に基づくものである、請求項5に記載の方法。
- 前記生物学的試料が陽性TMPRSS2融合状態を有する、請求項1に記載の方法。
- 前記生物学的試料が陰性TMPRSS2融合状態を有する、請求項1に記載の方法。
- 前記患者が早期前立腺癌を有する、請求項1に記載の方法。
- 前記生物学的試料が前記前立腺腫瘍の一次グリソンパターンを有する前立腺腫瘍組織を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記生物学的試料が前記前立腺腫瘍の最高グリソンパターンを有する前立腺腫瘍組織を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記生物学的試料が前立腺腫瘍組織である、請求項1に記載の方法。
- 前記生物学的試料が非腫瘍性前立腺組織である、請求項1に記載の方法。
- 前記患者をTMPRSS2融合陽性または陰性として分類する工程を更に含み、
表9A中の任意の遺伝子の発現量が陽性TMPRSS2融合状態に関連し、かつ
表9B中の任意の遺伝子の発現量が陰性TMPRSS2融合状態に関連している、請求項1に記載の方法。 - 前記生物学的試料が非腫瘍性前立腺組織を含み、かつ前記少なくとも1つの遺伝子が表10Aまたは10Bの遺伝子を含む、請求項1に記載の方法。
- 前立腺癌患者における悪性度進行または病期進行の尤度を定量化する方法であって、
前記患者から採取された前立腺組織を含む生物学的試料中の少なくとも1つの遺伝子の発現量を測定する工程であって、前記少なくとも1つの遺伝子が表13Aまたは13Bの遺伝子を含むか、または前記少なくとも1つの遺伝子と共発現する遺伝子を含み;
表13A中の任意の遺伝子の発現量が悪性度進行/病期進行のリスク増大と正の関連を示し、かつ
表13B中の任意の遺伝子の発現量が悪性度進行/病期進行のリスク増大と負の関連を示す工程、
を含む方法。 - 前立腺癌を有する患者における癌の再発尤度を定量化する方法であって、
前記患者から採取された前立腺組織を含む生物学的試料中の少なくとも1つのmicroRNAの発現量を測定する工程であって、前記少なくとも1種のmicroRNAが、hsa−miR−93;hsa−miR−106b;hsa−miR−21;hsa−miR−449a;hsa−miR−182;hsa−miR−27a;hsa−miR−103;hsa−miR−141;hsa−miR−92a;hsa−miR−22;hsa−miR−29b;hsa−miR−210;hsa−miR−331;hsa−miR−191;hsa−miR−425;hsa−miR−200c;hsa−miR−30e−5p;hsa−miR−133a;hsa−miR−30a;hsa−miR−222;hsa−miR−1;hsa−miR−145;hsa−miR−486−5p;hsa−miR−19b;hsa−miR−205;hsa−miR−31;hsa−miR−155;hsa−miR−206;hsa−miR−99a;およびhsa−miR−146b−5pから選択されるmicroRNAである工程と、
正規化された発現量を得るために前記発現量を正規化する工程であって、
hsa−miR−93;hsa−miR−106b;hsa−miR−21;hsa−miR−449a;hsa−miR−182;hsa−miR−27a;hsa−miR−103;hsa−miR−141;hsa−miR−92a;hsa−miR−22;hsa−miR−29b;hsa−miR−210;hsa−miR−331;hsa−miR−191;hsa−miR−425;およびhsa−miR−200cの正規化された発現量が再発リスクの増加と正の関連を示し、かつ
hsa−miR−30e−5p;hsa−miR−133a;hsa−miR−30a;hsa−miR−222;hsa−miR−1;hsa−miR−145;hsa−miR−486−5p;hsa−miR−19b;hsa−miR−205;hsa−miR−31;hsa−miR−155;hsa−miR−206;hsa−miR−99a;およびhsa−miR−146b−5pの正規化された発現量が再発リスクの増加と負の関連を示す工程と、
を含む方法。 - 前記生物学的試料中の少なくとも1つの遺伝子の発現量を測定する工程を更に含む、請求項18に記載の方法。
- 前記少なくとも1つの遺伝子が表3A、3B、4A、4B、5A、5B、6A、6B、7A、7B、8A、8B、10Aもしくは10Bの遺伝子を含むか、または前記少なくとも1つの遺伝子と共発現する遺伝子を含み;
表3A、4A、5A、6A、7A、8A、および10A中の任意の遺伝子の発現量が再発リスクの増加と正の関連を示し、かつ
表3B、4B、5B、6B、7B、8B、および10B中の任意の遺伝子の発現量が再発リスクの増加と負の関連を示す、請求項19に記載の方法。
Applications Claiming Priority (7)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US36821710P | 2010-07-27 | 2010-07-27 | |
US61/368,217 | 2010-07-27 | ||
US41431010P | 2010-11-16 | 2010-11-16 | |
US61/414,310 | 2010-11-16 | ||
US201161485536P | 2011-05-12 | 2011-05-12 | |
US61/485,536 | 2011-05-12 | ||
PCT/US2011/045253 WO2012015765A2 (en) | 2010-07-27 | 2011-07-25 | Method for using gene expression to determine prognosis of prostate cancer |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016028850A Division JP6246845B2 (ja) | 2010-07-27 | 2016-02-18 | 遺伝子発現を用いた前立腺癌の予後を定量化する方法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2013532482A true JP2013532482A (ja) | 2013-08-19 |
Family
ID=45527113
Family Applications (5)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2013521883A Pending JP2013532482A (ja) | 2010-07-27 | 2011-07-25 | 遺伝子発現を用いた前立腺癌の予後を定量化する方法 |
JP2016028850A Active JP6246845B2 (ja) | 2010-07-27 | 2016-02-18 | 遺伝子発現を用いた前立腺癌の予後を定量化する方法 |
JP2017219711A Pending JP2018068299A (ja) | 2010-07-27 | 2017-11-15 | 遺伝子発現を用いた前立腺癌の予後を定量化する方法 |
JP2019187371A Active JP7042784B2 (ja) | 2010-07-27 | 2019-10-11 | 遺伝子発現を用いた前立腺癌の予後を定量化する方法 |
JP2021187716A Pending JP2022031750A (ja) | 2010-07-27 | 2021-11-18 | 遺伝子発現を用いた前立腺癌の予後を定量化する方法 |
Family Applications After (4)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016028850A Active JP6246845B2 (ja) | 2010-07-27 | 2016-02-18 | 遺伝子発現を用いた前立腺癌の予後を定量化する方法 |
JP2017219711A Pending JP2018068299A (ja) | 2010-07-27 | 2017-11-15 | 遺伝子発現を用いた前立腺癌の予後を定量化する方法 |
JP2019187371A Active JP7042784B2 (ja) | 2010-07-27 | 2019-10-11 | 遺伝子発現を用いた前立腺癌の予後を定量化する方法 |
JP2021187716A Pending JP2022031750A (ja) | 2010-07-27 | 2021-11-18 | 遺伝子発現を用いた前立腺癌の予後を定量化する方法 |
Country Status (13)
Country | Link |
---|---|
US (5) | US20120028264A1 (ja) |
EP (5) | EP2598659B1 (ja) |
JP (5) | JP2013532482A (ja) |
AU (1) | AU2011282892B2 (ja) |
CA (2) | CA2804626C (ja) |
DK (3) | DK3147373T3 (ja) |
ES (4) | ES2741745T3 (ja) |
HK (2) | HK1185116A1 (ja) |
IL (5) | IL243205A (ja) |
MX (4) | MX359416B (ja) |
NZ (1) | NZ607282A (ja) |
SG (3) | SG186940A1 (ja) |
WO (1) | WO2012015765A2 (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2017509351A (ja) * | 2013-12-30 | 2017-04-06 | ザ ヘンリー エム. ジャクソン ファウンデーション フォー ザ アドヴァンスメント オブ ミリタリー メディシン インコーポレイテッド | 前立腺癌遺伝子プロファイル及びその使用方法 |
JP2018527883A (ja) * | 2015-05-29 | 2018-09-27 | コーニンクレッカ フィリップス エヌ ヴェKoninklijke Philips N.V. | 前立腺がん予後判定の方法 |
Families Citing this family (38)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CA2680692A1 (en) * | 2007-03-30 | 2008-10-09 | Source Precision Medicine, Inc. D/B/A Source Mdx | Gene expression profiling for identification, monitoring, and treatment of prostate cancer |
US20120041274A1 (en) | 2010-01-07 | 2012-02-16 | Myriad Genetics, Incorporated | Cancer biomarkers |
EP3812469A1 (en) | 2010-07-07 | 2021-04-28 | Myriad Genetics, Inc. | Gene signatures for cancer prognosis |
EP2598659B1 (en) | 2010-07-27 | 2015-03-11 | Genomic Health, Inc. | Method for using gene expression to determine prognosis of prostate cancer |
EP2611941A4 (en) | 2010-08-30 | 2014-01-22 | Myriad Genetics Inc | GENESIS OF CANCER DIAGNOSIS AND PROGNOSIS |
SG10201605210PA (en) | 2012-01-31 | 2016-08-30 | Genomic Health Inc | Gene expression profile algorithm and test for determining prognosis of prostate cancer |
TW201343920A (zh) * | 2012-03-29 | 2013-11-01 | Nat Health Research Institutes | 預測前列腺癌預後之分子標記、方法與套組 |
BR102012007246A2 (pt) * | 2012-03-30 | 2016-02-10 | Fundação Antonio Prudente | métodos para prognóstico e classificação de resultados de um evento |
WO2013155371A1 (en) * | 2012-04-12 | 2013-10-17 | Cornell University | MiRNA-31 AS A DIAGNOSTIC, PROGNOSTIC AND THERAPEUTIC AGENT IN CANCER |
GB201207722D0 (en) | 2012-05-02 | 2012-06-13 | Bergenbio As | Method |
WO2014012176A1 (en) * | 2012-07-20 | 2014-01-23 | Diagnocure Inc. | Methods, kits and compositions for providing a clinical assessment of prostate cancer |
CN102816862A (zh) * | 2012-09-19 | 2012-12-12 | 南开大学 | miRNA 222在前列腺癌血清学诊断试剂盒中的应用 |
WO2014071226A1 (en) * | 2012-11-02 | 2014-05-08 | The Regents Of The University Of California | Methods and systems for determining a likelihood of adverse prostate cancer pathology |
EP2920322B1 (en) | 2012-11-16 | 2023-01-11 | Myriad Genetics, Inc. | Gene signatures for cancer prognosis |
GB201322034D0 (en) | 2013-12-12 | 2014-01-29 | Almac Diagnostics Ltd | Prostate cancer classification |
EP3094747B1 (en) * | 2014-01-16 | 2018-11-07 | Illumina, Inc. | Gene expression panel for prognosis of prostate cancer recurrence |
EP3623482A1 (en) * | 2014-05-13 | 2020-03-18 | Myriad Genetics, Inc. | Gene signatures for cancer prognosis |
US10822661B2 (en) | 2014-09-04 | 2020-11-03 | Miodx | Method of multivariate molecule analysis |
ES2890327T3 (es) | 2015-01-14 | 2022-01-18 | Ohio State Innovation Foundation | Modelos predictivos basados en miARN para el diagnóstico y pronóstico del cáncer de próstata |
WO2016127998A1 (en) | 2015-02-11 | 2016-08-18 | Exiqon | A microrna-based method for early detection of prostate cancer in urine samples |
ES2724404T3 (es) | 2015-02-27 | 2019-09-10 | Qiagen Gmbh | Un procedimiento basado en microARN para evaluar el pronóstico de un paciente de cáncer de próstata |
CN104880565A (zh) * | 2015-05-04 | 2015-09-02 | 贵州省人民医院 | Zfp36前列腺癌预后诊断的检测试剂及其试剂盒 |
US20170107580A1 (en) | 2015-10-15 | 2017-04-20 | Dendreon Pharmaceuticals, Inc. | Gene expression markers for predicting overall survival in subjects treated with sipuleucel-t |
CA3011106A1 (en) | 2016-01-20 | 2017-07-27 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions and methods for screening and identifying clinically aggressive prostate cancer |
CN109072309B (zh) * | 2016-02-02 | 2023-05-16 | 夸登特健康公司 | 癌症进化检测和诊断 |
WO2017210662A1 (en) * | 2016-06-03 | 2017-12-07 | Castle Biosciences, Inc. | Methods for predicting risk of recurrence and/or metastasis in soft tissue sarcoma |
US10724089B2 (en) | 2016-10-06 | 2020-07-28 | The Board Of Trustees Of The University Of Illinois | Spatial molecular analysis of tissue |
WO2018098241A1 (en) * | 2016-11-22 | 2018-05-31 | University Of Rochester | Methods of assessing risk of recurrent prostate cancer |
GB201619808D0 (en) * | 2016-11-23 | 2017-01-04 | Univ London Queen Mary | Biomarkers for the prognosis and diagnosis of cancer |
US20210040563A1 (en) * | 2018-01-25 | 2021-02-11 | Sorbonne Universite | Molecular signature and use thereof for the identification of indolent prostate cancer |
SG11202007922XA (en) | 2018-02-22 | 2020-09-29 | Liquid Biopsy Res Llc | Methods for prostate cancer detection and treatment |
WO2020214718A1 (en) * | 2019-04-16 | 2020-10-22 | Memorial Sloan Kettering Cancer Center | Rrm2 signature genes as prognostic markers in prostate cancer patients |
JP2022540090A (ja) * | 2019-07-05 | 2022-09-14 | インテレクソン・ゲーエムベーハー | 個人のhlaパターンの決定、予後因子としての使用、標的遺伝子、及び治療薬 |
WO2021124455A1 (ja) * | 2019-12-17 | 2021-06-24 | 株式会社 東芝 | 分析方法及びキット |
EP4077667A1 (en) * | 2019-12-19 | 2022-10-26 | F. Hoffmann-La Roche AG | Use of sept9 inhibitors for treating hepatitis b virus infection |
CN115038969A (zh) * | 2020-01-30 | 2022-09-09 | 阿罗塞尔公司 | 预测患者生存 |
US11845993B2 (en) * | 2020-03-24 | 2023-12-19 | The Regents Of The University Of Michigan | Methods for identifying prostate cancer |
ES1277194Y (es) | 2021-03-25 | 2021-11-26 | Keyzell Holding Sl | Sistema basado en inteligencia artificial para analizar biomarcadores y personalizar tratamientos para cáncer |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2005008213A2 (en) * | 2003-07-10 | 2005-01-27 | Genomic Health, Inc. | Expression profile algorithm and test for cancer prognosis |
US20070212702A1 (en) * | 2005-09-12 | 2007-09-13 | Regents Of The University Of Michigan | Recurrent gene fusions in prostate cancer |
US20090233279A1 (en) * | 2005-03-16 | 2009-09-17 | Sidney Kimmel Cancer Center | Methods and Compositions for Predicting Death from Cancer and Prostate Cancer Survival Using Gene Expression Signatures |
US20090298082A1 (en) * | 2008-05-30 | 2009-12-03 | Klee George G | Biomarker panels for predicting prostate cancer outcomes |
WO2010056993A2 (en) * | 2008-11-14 | 2010-05-20 | Emory University | Prostate cancer biomarkers to predict recurrence and metastatic potential |
Family Cites Families (165)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU6012696A (en) | 1995-06-14 | 1997-01-15 | Aberdeen University | Prognostic and therapeutic system for cancer |
US6300060B1 (en) | 1995-11-09 | 2001-10-09 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Method for predicting the risk of prostate cancer morbidity and mortality |
USRE38490E1 (en) | 1995-11-16 | 2004-04-06 | Baylor College Of Medicine | Method for identifying metastatic sequences |
US5712097A (en) | 1996-01-19 | 1998-01-27 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Tumor suppressor gene, DPC4 |
WO1998002748A1 (en) | 1996-07-15 | 1998-01-22 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Methods to detect hk2 polypeptides |
US6479263B1 (en) | 1996-11-14 | 2002-11-12 | Baylor College Of Medicine | Method for detection of micrometastatic prostate cancer |
US6190857B1 (en) | 1997-03-24 | 2001-02-20 | Urocor, Inc. | Diagnosis of disease state using MRNA profiles in peripheral leukocytes |
WO1999004238A2 (en) | 1997-07-15 | 1999-01-28 | Mitotix, Inc. | Reagents and methods for diagnosis and prognosis of proliferative disorders |
US20020132981A1 (en) | 1997-12-03 | 2002-09-19 | Genentech, Inc. | Secreted and transmembrane polypeptides and nucleic acids encoding the same |
FI980488A (fi) | 1998-03-04 | 1999-09-05 | Arctic Partners Oy Ab | Uusi diagnostinen menetelmä |
EP1084273A1 (en) | 1998-06-06 | 2001-03-21 | Genostic Pharma Limited | Probes used for genetic profiling |
WO1999064627A2 (en) | 1998-06-06 | 1999-12-16 | Genostic Pharma Limited | Probes used for genetic profiling |
US6902892B1 (en) | 1998-10-19 | 2005-06-07 | Diadexus, Inc. | Method of diagnosing, monitoring, staging, imaging and treating prostate cancer |
CA2359816C (en) | 1999-01-06 | 2010-08-03 | Genenews Inc. | Method for the detection of gene transcripts in blood and uses thereof |
CA2360073C (en) * | 1999-01-28 | 2011-01-18 | Gen-Probe Incorporated | Probes and primers for detecting prostate specific antigen (psa) in a biological sample |
US20030207808A1 (en) | 1999-02-18 | 2003-11-06 | Kinneret Savitzky | Novel nucleic acid and amino acid sequences |
FI990382A0 (fi) * | 1999-02-23 | 1999-02-23 | Arctic Partners Oy Ab | Uusi diagnostinen menetelmä |
AU3674000A (en) | 1999-04-09 | 2000-11-14 | Chugai Research Institute For Molecular Medicine, Inc. | Novel fetal genes |
US6960439B2 (en) | 1999-06-28 | 2005-11-01 | Source Precision Medicine, Inc. | Identification, monitoring and treatment of disease and characterization of biological condition using gene expression profiles |
US6692916B2 (en) | 1999-06-28 | 2004-02-17 | Source Precision Medicine, Inc. | Systems and methods for characterizing a biological condition or agent using precision gene expression profiles |
GB9926805D0 (en) | 1999-11-13 | 2000-01-12 | Zeneca Ltd | Diagnostic methods |
ATE424457T1 (de) * | 2000-01-13 | 2009-03-15 | Genentech Inc | Menschliche stra6 polypeptide |
US6448086B1 (en) | 2000-01-18 | 2002-09-10 | Diagnostic Systems Laboratories, Inc. | Insulin-like growth factor system and cancer |
US6566130B1 (en) | 2000-01-28 | 2003-05-20 | Henry M. Jackson Foundation For The Advancement Of Military Medicine | Androgen-regulated gene expressed in prostate tissue |
US7700359B2 (en) | 2000-06-02 | 2010-04-20 | Novartis Vaccines And Diagnostics, Inc. | Gene products differentially expressed in cancerous cells |
WO2002031209A2 (en) | 2000-10-13 | 2002-04-18 | The Government Of The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services | Genes related to development of refractory prostate cancer |
AU2002216009A1 (en) | 2000-11-03 | 2002-05-15 | Michael Giesing | Clinical and functional validation of targets from disseminated cancer cells |
WO2002074156A2 (en) | 2001-02-02 | 2002-09-26 | Corixa Corporation | Compositions and methods for the therapy and diagnosis of colon cancer |
WO2002079411A2 (en) | 2001-03-29 | 2002-10-10 | Van Andel Institute | Microarray gene expression profiling in clear cell renal cell carcinoma: prognosis and drug target identification |
WO2002097438A1 (en) | 2001-05-25 | 2002-12-05 | Mount Sinai Hospital | Method of detecting and monitoring prostate and ovarian cancers |
US20030138793A1 (en) | 2001-06-10 | 2003-07-24 | Irm Llc, A Delaware Limited Liability Company | Molecular signatures of commonly fatal carcinomas |
WO2003009814A2 (en) | 2001-07-25 | 2003-02-06 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Novel genes, compositions, kits, and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of prostate cancer |
US20100297657A1 (en) | 2001-08-02 | 2010-11-25 | The Regents Of The University Of Michigan | Expression profile of prostate cancer |
US7700293B2 (en) | 2001-08-02 | 2010-04-20 | The Regents Of The University Of Michigan | Expression profile of prostate cancer |
US7229774B2 (en) | 2001-08-02 | 2007-06-12 | Regents Of The University Of Michigan | Expression profile of prostate cancer |
CN102402650A (zh) | 2001-11-09 | 2012-04-04 | 生命技术公司 | 利用基因表达分布图识别、监控和治疗疾病以及鉴定生物学状态 |
US20030148410A1 (en) | 2001-12-10 | 2003-08-07 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Novel genes, compositions, kits, and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of colon cancer |
US6949342B2 (en) | 2001-12-21 | 2005-09-27 | Whitehead Institute For Biomedical Research | Prostate cancer diagnosis and outcome prediction by expression analysis |
US20030215835A1 (en) | 2002-01-15 | 2003-11-20 | Zairen Sun | Differentially-regulated prostate cancer genes |
CA2478572A1 (fr) | 2002-03-14 | 2003-09-18 | Fanny Coignard | Variants de kallikrein-2 et kallikrein-3 humaines et leurs utilisations |
AUPS187002A0 (en) * | 2002-04-22 | 2002-05-30 | Queensland University Of Technology | Condition-specific molecules and uses therefor |
US20040053317A1 (en) | 2002-09-10 | 2004-03-18 | Sidney Kimmel Cancer Center | Gene segregation and biological sample classification methods |
AU2003276973A1 (en) | 2002-09-25 | 2004-04-19 | Amersham Biosciences (Sv) Corp. | Detection methods |
AU2003302777A1 (en) | 2002-12-05 | 2004-06-30 | Regulome Corporation | Profiled regulatory sites useful for gene control |
ES2427853T3 (es) | 2003-02-07 | 2013-11-04 | Diagnocure Inc. | Procedimiento para detectar cáncer de próstata en una muestra |
WO2004077942A2 (en) | 2003-02-28 | 2004-09-16 | Genpath Pharmaceuticals, Incorporated | Inducible prostate cancer model |
CA2522299A1 (en) | 2003-04-15 | 2004-10-28 | Avalon Pharmaceuticals, Inc | Determining cancer-linked genes and therapeutic targets using molecular cytogenetic methods |
US7659062B2 (en) * | 2003-06-03 | 2010-02-09 | The Board of Trustee of the University of Arkansas System | Gene expression profiling of uterine serous papillary carcinomas and ovarian serous papillary tumors |
ES2787475T3 (es) | 2003-06-24 | 2020-10-16 | Genomic Health Inc | Predicción de probabilidad de recurrencia del cáncer |
US20070048738A1 (en) | 2003-07-14 | 2007-03-01 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Methods and compositions for diagnosis, staging and prognosis of prostate cancer |
WO2005012875A2 (en) | 2003-07-29 | 2005-02-10 | Bristol-Myers Squibb Company | Biomarkers of cyclin-dependent kinase modulation |
AU2004298604B2 (en) | 2003-12-15 | 2010-09-23 | The Regents Of The University Of California | Molecular signature of the PTEN tumor suppressor |
JP2008504803A (ja) | 2004-01-09 | 2008-02-21 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア | 遺伝子発現の細胞型特異的パターン |
GB0400976D0 (en) | 2004-01-16 | 2004-02-18 | Univ Cambridge Tech | Methods of diagnosis |
WO2005076005A2 (en) | 2004-01-30 | 2005-08-18 | Medizinische Universität Wien | A method for classifying a tumor cell sample based upon differential expression of at least two genes |
JP2005211023A (ja) | 2004-01-30 | 2005-08-11 | Hayashibara Biochem Lab Inc | 腎細胞癌の転移若しくは再発の可能性を予測する方法 |
WO2005083128A2 (en) | 2004-02-25 | 2005-09-09 | University Of South Florida | Methods for predicting cancer outcome and gene signatures for use therein |
EP2947160B1 (en) | 2004-04-09 | 2017-07-12 | Genomic Health, Inc. | Gene expression markers for predicting response to chemotherapy |
US20070224596A1 (en) | 2004-04-09 | 2007-09-27 | Mariana Nacht | Compositions and methods for the modifying hypoxia induced gene regulation |
EP1740951B1 (en) | 2004-04-29 | 2008-03-05 | Marc Ramael | Method and kit for detecting components in a sample |
CA2565450C (en) | 2004-05-07 | 2018-03-06 | Gyorgy Petrovics | Methods of diagnosing or treating prostate cancer using the erg gene, alone or in combination with other over or under expressed genes in prostate cancer |
AU2005249446A1 (en) | 2004-05-27 | 2005-12-15 | Vertex Pharmaceuticals Incorporated | Biomarkers for monitoring inhibition of IMPDH pathway |
CA2568732A1 (en) | 2004-06-03 | 2005-12-15 | Bayer Healthcare Ag | Methods for predicting and monitoring response to cancer therapy |
WO2006005043A2 (en) | 2004-06-30 | 2006-01-12 | Cemines, Inc. | Compositions and methods for detecting protein interactions with target dna sequences |
US7587279B2 (en) | 2004-07-06 | 2009-09-08 | Genomic Health | Method for quantitative PCR data analysis system (QDAS) |
CN101018874A (zh) | 2004-08-13 | 2007-08-15 | 千年药品公司 | 用于鉴定、评估、预防和治疗前列腺癌的基因、组合物、试剂盒和方法 |
US7572640B2 (en) | 2004-09-28 | 2009-08-11 | Singulex, Inc. | Method for highly sensitive detection of single protein molecules labeled with fluorescent moieties |
AU2005304824B2 (en) * | 2004-11-05 | 2011-12-22 | Genomic Health, Inc. | Predicting response to chemotherapy using gene expression markers |
EP1824995A2 (en) | 2004-11-24 | 2007-08-29 | St. George's Enterprises Limited | Diagnosis of prostate cancer |
JP2008523822A (ja) | 2004-12-17 | 2008-07-10 | ベリデックス・エルエルシー | 急性骨髄性白血病患者を評価するための方法 |
US7943306B2 (en) | 2005-01-12 | 2011-05-17 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Gene expression signature for prediction of human cancer progression |
US8168602B2 (en) | 2005-02-17 | 2012-05-01 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions, kits and methods for identification, assessment, prevention and therapy of cancer |
US7666595B2 (en) * | 2005-02-25 | 2010-02-23 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Biomarkers for predicting prostate cancer progression |
WO2006105642A1 (en) | 2005-04-05 | 2006-10-12 | British Columbia Cancer Agency | Biomarkers for the detection of lung cancer and uses thereof |
US20100035970A1 (en) | 2005-04-15 | 2010-02-11 | Oncomethylome Sciences, S.A. | Methylation Markers for Diagnosis and Treatment of Cancers |
US20080275652A1 (en) | 2005-05-13 | 2008-11-06 | Universite Libre De Bruxelles | Gene-based algorithmic cancer prognosis |
WO2006124836A1 (en) | 2005-05-13 | 2006-11-23 | Duke University | Gene expression signatures for oncogenic pathway deregulation |
US20060292610A1 (en) | 2005-06-06 | 2006-12-28 | Regents Of The University Of Michigan | Prognostic meta signatures and uses thereof |
MX2007015416A (es) | 2005-06-08 | 2008-02-19 | Millennium Pharm Inc | Metodos para la identificacion, evaluacion y tratamiento de pacientes con terapia contra cancer. |
WO2006135886A2 (en) | 2005-06-13 | 2006-12-21 | The Regents Of The University Of Michigan | Compositions and methods for treating and diagnosing cancer |
CA2612021A1 (en) | 2005-06-13 | 2006-12-28 | The Regents Of The University Of Michigan | Compositions and methods for treating and diagnosing cancer |
EP2186912A3 (en) | 2005-11-08 | 2011-01-19 | Euclid Diagnostics LLC | Materials and methods for assaying for methylation of CpG islands associated with genes in the evaluation of cancer |
US8445198B2 (en) | 2005-12-01 | 2013-05-21 | Medical Prognosis Institute | Methods, kits and devices for identifying biomarkers of treatment response and use thereof to predict treatment efficacy |
CN101365806B (zh) | 2005-12-01 | 2016-11-16 | 医学预后研究所 | 用于鉴定治疗反应的生物标记的方法和装置及其预测疗效的用途 |
KR20080080525A (ko) | 2005-12-08 | 2008-09-04 | 노파르티스 아게 | 유전자 전사에 대한 fgfr3의 억제제의 효과 |
WO2007070621A2 (en) | 2005-12-13 | 2007-06-21 | Children's Medical Center Corporation | Prognosis indicators for solid human tumors |
WO2007075672A2 (en) | 2005-12-23 | 2007-07-05 | Lankenau Institute For Medical Research | Prognostic cancer markers |
EP2412822A1 (en) | 2006-01-11 | 2012-02-01 | Genomic Health, Inc. | Gene expression markers for colorectal cancer prognosis |
ES2300176B1 (es) * | 2006-02-15 | 2009-05-01 | Consejo Superior Investig. Cientificas | Metodo para el diagnostico molecular de cancer de prostata, kit para implementar el metodo. |
US20070218512A1 (en) | 2006-02-28 | 2007-09-20 | Alex Strongin | Methods related to mmp26 status as a diagnostic and prognostic tool in cancer management |
US20090098538A1 (en) | 2006-03-31 | 2009-04-16 | Glinsky Gennadi V | Prognostic and diagnostic method for disease therapy |
US7914988B1 (en) | 2006-03-31 | 2011-03-29 | Illumina, Inc. | Gene expression profiles to predict relapse of prostate cancer |
WO2007123772A2 (en) | 2006-03-31 | 2007-11-01 | Genomic Health, Inc. | Genes involved in estrogen metabolism |
WO2007140352A2 (en) | 2006-05-26 | 2007-12-06 | Invitrogen Corporation | Plasma membrane and secreted cancer biomarkers |
EP2029020A4 (en) | 2006-06-22 | 2010-04-21 | Wisconsin Alumni Res Found | USE OF STROMA COLLAGEN IN THE DIAGNOSIS AND CHARACTERIZATION OF BREAST CANCER |
WO2008036717A2 (en) | 2006-09-19 | 2008-03-27 | Emory University | Use of soluble galectin-3 (gal-3) for cancer treatment |
WO2008046510A1 (en) | 2006-10-16 | 2008-04-24 | Bayer Healthcare Ag | Fn1 as a biomarker, therapeutic and diagnostic target |
WO2008048570A2 (en) | 2006-10-16 | 2008-04-24 | The Ohio State University Research Foundation | Piwil2-related biomarkers and cell lines useful therewith |
WO2008067065A2 (en) * | 2006-10-19 | 2008-06-05 | Shiv Srivastava | Methods, kits, and systems for diagnosing and prognosing prostate cancer using secreted biomarkers |
US8338109B2 (en) | 2006-11-02 | 2012-12-25 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Predicting cancer outcome |
WO2008061104A2 (en) | 2006-11-13 | 2008-05-22 | Invitrogen Corporation | Methods and kits for detecting prostate cancer biomarkers |
US20080131887A1 (en) | 2006-11-30 | 2008-06-05 | Stephan Dietrich A | Genetic Analysis Systems and Methods |
EP2099929A4 (en) | 2006-12-06 | 2010-12-08 | Avalon Pharmaceuticals | ASSOCIATED WITH CANCER GENES AS A BIOMARKER TO MONITOR THE RESPONSE TO IMPDH INHIBITORS |
AT504702A1 (de) | 2006-12-22 | 2008-07-15 | Arc Austrian Res Centers Gmbh | Set von tumormarkern |
EP2102356A2 (en) | 2007-01-09 | 2009-09-23 | Brystol-Myers Squibb Company | Identification of polynucleotides for predicting activity of compounds that interact with and/or modulate protein tyrosine kinases and/or protein tyrosine kinase pathways in prostate cells |
US20090047694A1 (en) | 2007-08-17 | 2009-02-19 | Shuber Anthony P | Clinical Intervention Directed Diagnostic Methods |
CA2680591A1 (en) | 2007-03-15 | 2008-09-25 | Genomic Health, Inc. | Gene expression markers for prediction of patient response to chemotherapy |
WO2008122447A2 (en) | 2007-04-10 | 2008-10-16 | Epigenomics Ag | Dna methylation assay for the diagnosis or prognosis of medical conditions |
AU2008251381B2 (en) | 2007-05-11 | 2014-10-30 | The Johns Hopkins University | Biomarkers for melanoma |
WO2008153743A2 (en) | 2007-05-21 | 2008-12-18 | Dana Farber Cancer Institute | Compositions and methods for cancer gene discovery |
WO2009021338A1 (en) | 2007-08-15 | 2009-02-19 | UNIVERSITé DE SHERBROOKE | Alternative splicing gene variants in cancer detection |
CA2695814A1 (en) | 2007-09-07 | 2009-04-23 | Universite Libre De Bruxelles | Methods and tools for prognosis of cancer in her2+ patients |
WO2009051734A1 (en) | 2007-10-17 | 2009-04-23 | The General Hospital Corporation | Microchip-based devices for capturing circulating tumor cells and methods of their use |
GB0721605D0 (en) | 2007-11-02 | 2007-12-12 | Cancer Rec Tech Ltd | Prostrate cancer susceptibility screening |
US20090123439A1 (en) | 2007-11-09 | 2009-05-14 | The Jackson Laboratory | Diagnostic and prognosis methods for cancer stem cells |
WO2009070767A2 (en) | 2007-11-28 | 2009-06-04 | Whitehead Institute For Biomedical Research | Systemic instigation systems to study tumor growth or metastasis |
EP2065474A1 (en) | 2007-11-28 | 2009-06-03 | Siemens Healthcare Diagnostics GmbH | A method to assess prognosis and to predict therapeutic response to endocrine treatment |
EP2215251A2 (en) | 2007-11-30 | 2010-08-11 | Siemens Healthcare Diagnostics GmbH | Method for predicting therapy responsiveness in basal like tumors |
WO2009089521A2 (en) | 2008-01-10 | 2009-07-16 | Nuvera Biosciences, Inc. | Predictors for evaluating response to cancer therapy |
WO2009105154A2 (en) | 2008-02-19 | 2009-08-27 | The Jackson Laboratory | Diagnostic and prognostic methods for cancer |
WO2009105640A1 (en) | 2008-02-22 | 2009-08-27 | Virginia Commonwealth University | Signatures associated with rejection or recurrence of cancer |
WO2009114836A1 (en) | 2008-03-14 | 2009-09-17 | Genomic Health, Inc. | Gene expression markers for prediction of patient response to chemotherapy |
CN102047255B (zh) | 2008-03-26 | 2016-08-03 | 赛拉诺斯股份有限公司 | 医疗信息系统 |
EP2105511A1 (en) | 2008-03-28 | 2009-09-30 | Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der Angewandten Forschung e.V. | Medicament compositions and substances for treatment and identifying adenocarcinoma of the lung |
US20110053804A1 (en) | 2008-04-03 | 2011-03-03 | Sloan-Kettering Institute For Cancer Research | Gene Signatures for the Prognosis of Cancer |
CA2719172C (en) | 2008-04-10 | 2020-08-25 | The Henry M. Jackson Foundation For The Advancement Of Military Medicine, Inc. | Prostate cancer-specific alterations in erg8 gene expression and detection and treatment methods based on those alterations |
US20110124003A1 (en) | 2008-04-25 | 2011-05-26 | Integrated Bioscience Solutions, Llc | Cytological Methods for Detecting Cancer |
US8093000B2 (en) | 2008-05-09 | 2012-01-10 | The Regents Of The University Of California | Methods for predicting and treating tumors resistant to drug, immunotherapy, and radiation |
WO2009138392A1 (en) | 2008-05-14 | 2009-11-19 | ETH Zürich | Method for biomarker and drug-target discovery for prostate cancer diagnosis and treatment as well as biomarker assays determined therewith |
CN102099491A (zh) | 2008-05-15 | 2011-06-15 | 北卡罗来纳-查佩尔山大学 | 调节血管生成的新靶标 |
WO2009140741A1 (en) | 2008-05-23 | 2009-11-26 | The University Of Queensland | Agents and methods for diagnosing the presence or risk of prostate cancer |
GB0809689D0 (en) | 2008-05-28 | 2008-07-02 | Cancer Res Inst Royal | Markers for prostate cancee |
CA2725978A1 (en) | 2008-05-28 | 2009-12-03 | Genomedx Biosciences, Inc. | Systems and methods for expression-based discrimination of distinct clinical disease states in prostate cancer |
WO2009149166A2 (en) | 2008-06-03 | 2009-12-10 | Children's Hospital Medical Center | Methods and compositions for the diagnosis and treatment of proliferative disorders |
EP2304631A1 (en) | 2008-06-16 | 2011-04-06 | Sividon Diagnostics GmbH | Algorithms for outcome prediction in patients with node-positive chemotherapy-treated breast cancer |
AU2009268659A1 (en) | 2008-07-08 | 2010-01-14 | Genomic Health, Inc. | Gene expression profiling for predicting the survivability of prostate cancer subjects |
WO2010009337A2 (en) | 2008-07-16 | 2010-01-21 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Signatures and pcdeterminants associated with prostate cancer and methods of use thereof |
NZ590993A (en) | 2008-07-21 | 2012-11-30 | Translational Genomics Res Inst | Dual specificity phosphatase 1 protein (DUSP1) for diagnosis and prognosis of skin cancer |
DK2324111T3 (da) | 2008-09-10 | 2013-09-30 | Life & Brain Gmbh | Yderzone-tumorceller samt fremgangsmåde til fremstilling deraf samt anvendelse deraf |
PL2350316T3 (pl) | 2008-10-20 | 2014-10-31 | Valipharma | Sposoby i zastosowania obejmujące aberracje genetyczne NAV3 i nieprawidłową ekspresję wielu genów |
CA2740241A1 (en) | 2008-10-22 | 2010-04-29 | Genentech, Inc. | Prostate stem cells and uses thereof |
EP2358912B1 (en) | 2008-10-30 | 2016-10-12 | Caris Life Sciences Switzerland Holdings GmbH | Methods for assessing rna patterns |
US20110230372A1 (en) | 2008-11-14 | 2011-09-22 | Stc Unm | Gene expression classifiers for relapse free survival and minimal residual disease improve risk classification and outcome prediction in pediatric b-precursor acute lymphoblastic leukemia |
GB0821787D0 (en) | 2008-12-01 | 2009-01-07 | Univ Ulster | A genomic-based method of stratifying breast cancer patients |
CN102308212A (zh) | 2008-12-04 | 2012-01-04 | 加利福尼亚大学董事会 | 用于确定前列腺癌诊断和预后的材料和方法 |
US20120301887A1 (en) | 2009-01-06 | 2012-11-29 | Bankaitis-Davis Danute M | Gene Expression Profiling for the Identification, Monitoring, and Treatment of Prostate Cancer |
AU2010203542B2 (en) | 2009-01-07 | 2017-02-23 | Myriad Genetics, Inc | Cancer biomarkers |
EP2380025B1 (en) | 2009-01-14 | 2013-09-11 | The United States of America, as represented by The Secretary, Department of Health and Human Services | Ratio based biomarkers and methods of use thereof |
CN102439452B (zh) | 2009-01-15 | 2015-04-15 | 美国控股实验室公司 | 通过测量her-2表达确定患者应答的方法 |
EP2233590A1 (en) | 2009-01-28 | 2010-09-29 | AIT Austrian Institute of Technology GmbH | Methylation assay |
EP2399130A4 (en) | 2009-02-20 | 2012-06-06 | Wayne John Cancer Inst | ASSAY OF B7-H3 ANTIBODY-COUPLED BEADS FOR THE ISOLATION AND DETECTION OF CIRCULATING TUMOR CELLS IN THE BODILY FLUIDS OF MELANOMA AND BREAST CANCER PATIENTS |
WO2010099577A1 (en) | 2009-03-04 | 2010-09-10 | The University Of Queensland | Cancer biomarkers and uses therefor |
US8341318B2 (en) | 2009-03-16 | 2012-12-25 | Apple Inc. | Techniques for facilitating communication between an accessory and a mobile computing device using application specific protocols |
US8765383B2 (en) | 2009-04-07 | 2014-07-01 | Genomic Health, Inc. | Methods of predicting cancer risk using gene expression in premalignant tissue |
EP2241634A1 (en) | 2009-04-16 | 2010-10-20 | Université Libre de Bruxelles | Diagnostic method and tools to predict the effiacy of targeted agents against IGF-1 pathway activation in cancer |
US20120040863A1 (en) | 2009-04-16 | 2012-02-16 | National Research Council Of Canada | Process for tumour characteristic and marker set identification, tumour classification and marker sets for cancer |
WO2010127399A1 (en) | 2009-05-06 | 2010-11-11 | Walter And Eliza Hall Institute Of Medical Research | Gene expression profiles and uses thereof |
WO2010129965A1 (en) | 2009-05-08 | 2010-11-11 | The Regents Of The University Of California | Cancer specific mitotic network |
US20100303795A1 (en) * | 2009-05-27 | 2010-12-02 | Soerensen Karina Dalsgaard | Marker of prostate cancer |
SG177571A1 (en) | 2009-07-08 | 2012-03-29 | Worldwide Innovative Network | Method for predicting efficacy of drugs in a patient |
WO2011039734A2 (en) | 2009-10-02 | 2011-04-07 | Enzo Medico | Use of genes involved in anchorage independence for the optimization of diagnosis and treatment of human cancer |
WO2011063274A2 (en) | 2009-11-23 | 2011-05-26 | Genomic Health, Inc. | Methods to predict clinical outcome of cancer |
NZ600268A (en) | 2010-01-11 | 2014-08-29 | Genomic Health Inc | Method to use gene expression to determine likelihood of clinical outcome of renal cancer |
EP2598659B1 (en) | 2010-07-27 | 2015-03-11 | Genomic Health, Inc. | Method for using gene expression to determine prognosis of prostate cancer |
WO2014108896A1 (en) | 2013-01-08 | 2014-07-17 | Marpe Technologies Ltd. | Device and method for body moles mapping and tracking |
-
2011
- 2011-07-25 EP EP11813024.4A patent/EP2598659B1/en active Active
- 2011-07-25 EP EP22168567.0A patent/EP4083233A3/en active Pending
- 2011-07-25 MX MX2016016498A patent/MX359416B/es unknown
- 2011-07-25 DK DK16195347.6T patent/DK3147373T3/da active
- 2011-07-25 EP EP15152517.7A patent/EP2913405B1/en active Active
- 2011-07-25 EP EP16195347.6A patent/EP3147373B1/en active Active
- 2011-07-25 ES ES16195347T patent/ES2741745T3/es active Active
- 2011-07-25 DK DK15152517.7T patent/DK2913405T3/en active
- 2011-07-25 ES ES19173920T patent/ES2925983T3/es active Active
- 2011-07-25 DK DK11813024.4T patent/DK2598659T3/en active
- 2011-07-25 NZ NZ607282A patent/NZ607282A/en unknown
- 2011-07-25 MX MX2016001899A patent/MX346031B/es unknown
- 2011-07-25 SG SG2013000864A patent/SG186940A1/en unknown
- 2011-07-25 SG SG10201912361VA patent/SG10201912361VA/en unknown
- 2011-07-25 CA CA2804626A patent/CA2804626C/en active Active
- 2011-07-25 ES ES15152517.7T patent/ES2611000T3/es active Active
- 2011-07-25 JP JP2013521883A patent/JP2013532482A/ja active Pending
- 2011-07-25 MX MX2013000996A patent/MX338883B/es active IP Right Grant
- 2011-07-25 SG SG10201505769PA patent/SG10201505769PA/en unknown
- 2011-07-25 ES ES11813024.4T patent/ES2537403T3/es active Active
- 2011-07-25 AU AU2011282892A patent/AU2011282892B2/en active Active
- 2011-07-25 US US13/190,391 patent/US20120028264A1/en not_active Abandoned
- 2011-07-25 EP EP19173920.0A patent/EP3556870B9/en active Active
- 2011-07-25 CA CA3081061A patent/CA3081061C/en active Active
- 2011-07-25 WO PCT/US2011/045253 patent/WO2012015765A2/en active Application Filing
-
2013
- 2013-01-24 MX MX2018011725A patent/MX2018011725A/es unknown
- 2013-11-11 HK HK13112601.1A patent/HK1185116A1/xx unknown
-
2015
- 2015-10-20 US US14/887,605 patent/US10260104B2/en active Active
- 2015-12-17 IL IL243205A patent/IL243205A/en active IP Right Grant
- 2015-12-17 IL IL243201A patent/IL243201A/en active IP Right Grant
- 2015-12-17 IL IL243206A patent/IL243206A/en active IP Right Grant
- 2015-12-17 IL IL243203A patent/IL243203A/en active IP Right Grant
-
2016
- 2016-01-13 HK HK16100345.4A patent/HK1212395A1/xx unknown
- 2016-02-18 JP JP2016028850A patent/JP6246845B2/ja active Active
-
2017
- 2017-03-27 IL IL251403A patent/IL251403B/en active IP Right Grant
- 2017-11-15 JP JP2017219711A patent/JP2018068299A/ja active Pending
-
2019
- 2019-02-22 US US16/282,540 patent/US20190249260A1/en not_active Abandoned
- 2019-10-11 JP JP2019187371A patent/JP7042784B2/ja active Active
-
2020
- 2020-02-25 US US16/800,292 patent/US20200255911A1/en not_active Abandoned
-
2021
- 2021-11-18 JP JP2021187716A patent/JP2022031750A/ja active Pending
-
2022
- 2022-08-19 US US17/820,987 patent/US20220396842A1/en active Pending
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2005008213A2 (en) * | 2003-07-10 | 2005-01-27 | Genomic Health, Inc. | Expression profile algorithm and test for cancer prognosis |
US20090233279A1 (en) * | 2005-03-16 | 2009-09-17 | Sidney Kimmel Cancer Center | Methods and Compositions for Predicting Death from Cancer and Prostate Cancer Survival Using Gene Expression Signatures |
US20070212702A1 (en) * | 2005-09-12 | 2007-09-13 | Regents Of The University Of Michigan | Recurrent gene fusions in prostate cancer |
US20090298082A1 (en) * | 2008-05-30 | 2009-12-03 | Klee George G | Biomarker panels for predicting prostate cancer outcomes |
WO2010056993A2 (en) * | 2008-11-14 | 2010-05-20 | Emory University | Prostate cancer biomarkers to predict recurrence and metastatic potential |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
JOURNAL OF PATHOLOGY, 2005, 205, PP359-376, JPN6015033948, ISSN: 0003140453 * |
THE PROSTATE, 2003, 54, PP34-43, JPN6015033951, ISSN: 0003140454 * |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2017509351A (ja) * | 2013-12-30 | 2017-04-06 | ザ ヘンリー エム. ジャクソン ファウンデーション フォー ザ アドヴァンスメント オブ ミリタリー メディシン インコーポレイテッド | 前立腺癌遺伝子プロファイル及びその使用方法 |
JP2018527883A (ja) * | 2015-05-29 | 2018-09-27 | コーニンクレッカ フィリップス エヌ ヴェKoninklijke Philips N.V. | 前立腺がん予後判定の方法 |
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7042784B2 (ja) | 遺伝子発現を用いた前立腺癌の予後を定量化する方法 | |
JP7042717B2 (ja) | 癌の臨床転帰を予測する方法 | |
JP6351112B2 (ja) | 前立腺癌の予後を定量化するための遺伝子発現プロフィールアルゴリズムおよび試験 | |
US11551782B2 (en) | Gene expression profile algorithm for calculating a recurrence score for a patient with kidney cancer | |
KR102376220B1 (ko) | 전립선암에서 후기 임상적 종점을 평가하기 위한 알고리즘 및 방법 | |
AU2017268510A1 (en) | Method for using gene expression to determine prognosis of prostate cancer | |
US20110287958A1 (en) | Method for Using Gene Expression to Determine Colorectal Tumor Stage | |
NZ752676B2 (en) | Gene expression profile algorithm for calculating a recurrence score for a patient with kidney cancer | |
NZ711680B2 (en) | Gene expression profile algorithm for calculating a recurrence score for a patient with kidney cancer |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20140704 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20150821 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20151118 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20151215 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20160120 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20160415 |