JP2013130548A - 対象成分を操作するためのチップデバイス及びそれを用いた方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】対象成分を操作するためのチップデバイスであって、基板2と、前記基板表面に形成された溝3と、前記溝内にゲル相gと水系液体相lとが前記溝3の長手方向に交互に配置され且つ相同士が互いに接するように収容されている操作用媒体とを含む操作チップ1と、対象成分を捕捉し運搬すべき磁性体粒子と、前記基板に磁場を印加することによって前記磁性体粒子を前記基板上の前記溝の長手方向に移動させることができる磁場印加手段とを含む。
【選択図】図1
Description
(1)
対象成分を操作するためのチップデバイスであって、
基板と、前記基板表面に形成された溝と、前記溝内にゲル相と水系液体相とが前記溝の長手方向に交互に配置され且つ相同士が互いに接するように収容されている操作用媒体とを含む操作チップと、
対象成分を捕捉し運搬すべき磁性体粒子と、
前記基板に磁場を印加することによって前記磁性体粒子を前記基板上の前記溝の長手方向に移動させることができる磁場印加手段とを含むチップデバイス。
上記(1)における操作チップの基本構造例は、図1に示される。操作チップを含むチップデバイスの使用態様例は、図11に示される。
前記水系液体相のうち、前記溝の一方又は他方の端に最も近い位置に収容されている水系液体相が、前記対象成分を含む試料が最初に供給されるべき水系液体相である、(1)に記載のチップデバイス。
上記(2)における試料が最初に供給されるべき水系液体相は、図1等においてlaとして例示される。
前記溝が、主溝と、前記主溝から分岐する分岐溝とから構成されている、(1)又は(2)に記載のチップデバイス。
上記(3)における分岐態様は、図3及び4に例示される。
(4)
前記溝の主溝側の端に最も近い位置に収容されている水系液体相が、前記対象成分が最初に供給されるべき水系液体相である、(3)に記載のチップデバイス。
(5)
前記溝の分岐溝側の端に最も近い位置に収容されている水系液体相が、前記対象成分が最初に供給されるべき水系液体相である、(3)に記載のチップデバイス。
(6)
前記溝が、格子状に交差した複数の溝から構成されている、(1)又は(2)に記載のチップデバイス。
上記(6)における交差態様は、図5に例示される。
前記溝の表面の前記ゲル相が接している部分に疎水性処理がなされている、(1)〜(6)のいずれかに記載のチップデバイス。
(8)
前記溝の表面の前記水系液体相が接している部分に親水性処理がなされている、(1)〜(7)のいずれかに記載のチップデバイス。
前記溝が、0.005mm〜10mm幅、及び0.005〜5mm深さである、(1)〜(8)のいずれかに記載のチップデバイス。
(10)
前記基板の前記溝を有する側の表面に蓋板を有する、(1)〜(9)のいずれかに記載のチップデバイス。
(11)
前記蓋板が、前記溝の少なくとも一方の末端に位置するゲル相に通じる孔が穿設されたものである、(10)に記載のチップデバイス。
上記(11)のチップデバイスにおける操作チップは、図6等に例示される。
前記磁場印加手段が、前記基板面に略並行に一次元アレイ状又は二次元アレイ状で配置されている複数の磁石であり、前記複数の磁石が互いに引き合った状態で、前記基板面に略並行且つ前記主溝の長手方向に移動可能なものであり、前記磁石の進路上且つ前記主溝から前記分岐溝への分岐点において、前記複数の磁石を分離するための分離補助具が設けられている、(4)及び(7)〜(11)のいずれかに記載のチップデバイス。
上記(12)のチップデバイスにおける磁石及び分離補助具の態様は、図16に例示される。
前記水系液体相が、核酸抽出液相、核酸洗浄液相、及び核酸増幅反応液相からなる群から選ばれる相を含む、(1)〜(12)のいずれかに記載のチップデバイス。
(1)〜(13)のいずれかに記載のチップデバイスに含まれる操作チップの作製方法であって、以下の工程を含む方法:
(i)基板上に形成された溝の長手方向に、複数のゲル塊が互いに隔離されて配置されたゲル相部を調製する工程;及び
(ii)前記ゲル相部に隣接する溝内空間に水系液体を入れることによって、水系液体相部を調製する工程。
上記(14)の方法は、図10に模式的に示される。
(15)
(iii)基板の前記溝を有する側の表面に蓋板を設ける工程をさらに含む、(14)に記載の方法。
(1)〜(13)のいずれかに記載のチップデバイスを用いて対象成分を操作するための方法であって、以下の工程を含む方法:
(i)前記操作チップの一方の端に位置する水系液体相において、対象成分を含む試料と磁性体粒子と水系液体とを含む水系液体混合物を得る工程;
(ii)磁場印加手段によって磁場を生じさせ、前記磁性体粒子を前記対象成分と共に、前記最も端に位置する水系液体混合物の相から前記ゲル相を介して、隣接する水系液体相中へ運搬する工程;
(iii)前記水系液体相中で所望の処理を行う工程;
(iv)磁場印加手段によって磁場を生じさせ、前記磁性体粒子を前記対象成分と共に、前記水系液体相から他の水系液体相へ運搬する工程;
(v)前記他の水系液体相中で所望の処理を行う工程;
(vi)前記の工程(iv)及び(v)を必要に応じて繰り返す工程;及び
(vii)前記磁性体粒子を対象成分と共に前記操作チップの他方の端に位置する水系液体相へ運搬する工程。
上記(16)の方法は、図11に模式的に示される。
前記操作チップが複数存在し、前記複数の操作チップについて、前記磁性体粒子による運搬を同時に行う、(16)に記載の方法。
上記(17)における複数の操作チップが集積されたデバイスは、図13に例示される。
前記対象成分が核酸であり、
前記工程(i)において、前記一方の端に位置する相における水系液混合物に含まれる水系液体が前記核酸を遊離させ、前記磁性体粒子へ結合又は吸着させる液体であり、前記水系液体中で核酸抽出が行われ、
前記工程(ii)〜(vi)において、前記水系液体相の少なくとも1つが前記磁性体粒子の洗浄液からなり、前記洗浄液中で遊離核酸に伴う夾雑物の除去による核酸精製が行われる、(16)又は(17)に記載の方法。
前記工程(vii)において、前記他方の端に位置する水系液体相が核酸増幅反応液からなり、前記核酸増幅反応液中で精製核酸中の標的核酸の増幅が行われる、(18)に記載の方法。
(20)
前記核酸増幅反応による生成物をリアルタイムで検出する、(19)に記載の方法。
[1−1.対象成分]
本発明のチップデバイスにおいて操作される対象成分は、通常水系液体中や、エマルジョン中等で操作されうる成分であれば特に限定されず、生体内成分及び非生体内成分を問わない。生体内成分には、核酸(DNA及びRNAを含む)、タンパク質、脂質、糖などの生体分子が含まれる。非生体内成分には、前記の生体分子の人為的(化学的及び生化学的を問わない)修飾体、ラベル化体、変異体などの非生体分子、天然物由来の非生体分子、その他水系液体中で操作されうるいかなる成分も含まれる。
また、対象成分を含む試料は、上記の試料に対して、修飾、ラベル化、断片化、変異等の処置が行われて得られたものであってもよい。
[1−2−1.操作の態様]
本発明のチップデバイスにおいては、上記対象成分を含む試料が図1に例示される操作チップに供給され、操作チップの中で対象成分が操作される。本発明における対象成分の操作は、上記の対象成分を種々の処理に供すること、及び、種々の処理を行う複数の環境の間で上記対象成分を運搬することを含む。
後に図1を例示して詳述するが、操作チップ1には、基板2に形成された溝3中に、ゲルからなる相gと水系液体からなる相lとが交互に配置された複相が操作用媒体として収容されている。主として水系液体は、対象成分の処理を行う環境を構築するものである。
従ってより具体的には、本発明における対象成分の操作は、対象成分を主に水系液体内で処理に供すること、及び、ゲル相を介して、処理を行う複数の環境の間で対象成分を運搬することを含む。
対象成分が供される処理には、対象成分の物質変化を伴うもの、及び物理変化を伴うものが含まれる。
化学反応としては、化合、分解、酸化及び還元を伴ういかなる反応も含まれる。本発明においては、通常、水系液体中で行われるものが含まれる。生化学反応としても、生体物質の物質変化を伴ういかなる反応も含まれ、通常、in vitro反応をいう。例えば、核酸、タンパク質、脂質、糖などの生体物質の合成系、代謝系及び免疫系に基づく反応が挙げられる。
対象成分の運搬は、磁性体粒子及び磁場印加手段によって行われる。磁性体粒子は、操作の際には操作チップの中に存在するものであり、対象成分をその表面に結合又は吸着させることによって捕捉した状態で操作チップ内を移動することにより、対象成分を運搬することができるものである。磁性体粒子は、操作チップ内の水系液体相中において分散することができ、通常操作チップ外部から磁場印加手段で磁場を生じさせることによって水系液体相中で凝集する。凝集した磁性体粒子は、操作チップ外部から磁場印加手段によって生じさせられた磁場の変動に伴って移動することができる。凝集した磁性体粒子は、ゲル相中に移動することができる。3−2−3で後述するゲルのチキソトロピックな性質(揺変性)を利用することにより、凝集した磁性体粒子はゲル相を破壊することなく通過することができる。ゲル中において、凝集した磁性体粒子は対象成分を結合又は吸着により伴っている。凝集した磁性体粒子群は、厳密には極僅かな水系液体にコートされている。すなわち、対象成分以外の成分を伴いうる。しかしコートされている水系液体の量は極僅かである。このため、対象成分の運搬を非常に効率よく行うことができる。
[2−1.操作チップの構造]
本発明のデバイスは、図1に例示する基本構造を有する操作チップを含む。操作チップ1は基板2を有し、基板2には溝3が形成され、溝3には、長手方向にゲル相gと水系液体相lとが交互に且つ相同士が互いに接するように配置された操作用媒体が収容されている。図1においては、溝の一方の末端にゲル相gが、他方の末端に水系液体相lが位置した相配置パターンを示しているが、溝の末端にはいずれの相が位置していてもよい。例えば図2(a)〜図2(c)に、ゲル相gと水系液体相lとの配置パターンを例示している(基板その他の要素は図示省略、以下図3〜5においても同じ)が、これらに限定されるものではない。一方、溝に収容されている水系液体相のうち、溝のいずれか一方の末端に最も近いものが、通常、対象成分が最初に供給されるべき水系液体相、すなわち対象成分が最初に供されるべき操作環境を構築する水系液体相となりうる。以下、対象成分が最初に供給されるべき水系液体相を、laの符号を付して説明する場合がある。さらに、溝内の水系液体相laが位置する側と反対側の端に最も近い水系液体相を、lzの符号を付して説明する場合がある。
また、溝の形状としては、図2(a)〜(c)に示すように溝全体が略均一幅であるものであってもよいし、図2(d)に示すように溝の末端部分において溝幅が広くなっているものであってもよい。溝深さについても同様である。図2(d)のような形状の溝の場合、対象試料の操作チップ内への導入が容易になることや、導入可能な対象試料の量を多くすることができるといった利点がある。溝幅が広くなっている溝内には、対象試料導入前から水系液体が収容されていてもよいし、収容されていなくてもよい。
また例えば、図5に示すように、格子状に交差した複数の溝から構成されていてもよい。より具体的には、縦方向に伸びる複数の溝36と、横方向に伸びる複数の溝37とが交差状に設けられていてよい。
基板のサイズは特に限定されず、これまでμTAS(Micro-Total Analysis Systems)分野で用いられてきたデバイスにおける基板サイズを踏襲することができる。例えば、縦10mm〜500mm、横10mm〜500mm、厚み0.2mm〜10mmである。
また、上記樹脂素材の他、セラミック、ガラス(例えば石英ガラス)、石英、金属なども用いられることができる。
なお、操作チップの作製の工程における溝内への気泡の混入を防止する観点から、気体を吸蔵可能な物質(具体的には多孔性配位高分子)を用いることもできる。
基板の材質は、操作時における視認性や、基板外部から光学的検出(具体的には、吸光度、蛍光、化学発光、生物発光、屈折率の変化等の測定)を行う場合を考慮すると、光透過性を有するものであることが好ましい。この観点からは、特に石英ガラスであることが好ましい。
発熱体の一例としては、金属ヒーターが挙げられる。より具体的には、白金等が挙げられる。金属ヒーターを基板表面に設けるためには、金属薄膜を基板表面に形成する方法を用いることができる。好ましくは、スパッタリング法によって金属薄膜を基板表面にコーティングすることができる。
図6に示すように、基板2には、通常、溝3が形成されている側の表面に蓋板4が設けられている。以下、基板2の溝3内に操作用媒体が収容され且つ蓋板4が設けられた態様のものを操作チップ1として説明する。蓋板4は、基板における溝3全体を覆い、溝3内の収容物である操作用媒体を外気から遮蔽することで密閉空間を生じさせることができる。蓋板の材質としては、基板の材質として採用されうるものが挙げられる。蓋板の材質の選択は、基板の材質における場合と同様の観点で行うことができる。蓋板及び基板の材質は、その異同を問わず、当業者によって適宜組み合わされる。蓋板4のサイズは、基板2や溝3のサイズに応じて当業者が適宜決定することができる。たとえば、縦10mm〜5mm、横10mm〜500mm、厚み0.2mm〜10mmである。
孔5の大きさは、溝の幅や、本発明における試料の操作性等を考慮して、当業者が適宜決定することができる。例えば、0.01〜5mmφとすることができる。
孔6の大きさも、溝の幅や、本発明における試料の操作性等を考慮して、当業者が適宜決定することができる。例えば、0.01〜5mmφとすることができる。
下部固定用支持体85は、基板2の下面側に設けられることによって、操作チップ1の基板2を含む側を固定することができる。下部固定用支持体85の上面には、基板2が嵌合可能になるように固定用溝87が形成されている。好ましくは、固定用溝87内に、下部固定用支持体85を貫通してくり抜かれた下方窓孔88が形成されうる。さらに、下部固定用支持体85には、ねじ孔92が複数形成されていてもよい。
基板4の溝3内に収容される操作用媒体を構成するゲル相及び水系液体相の数及び種類は特に限定されず、対象成分を供する操作の工程の数及び種類に基づいて当業者が適宜決定する事ができる。
一本の溝又は一本の分岐溝内に収容される操作用媒体においては、複数の水系液体相がそれぞれ異なる種類の水系液体から構成されていることが好ましい。それぞれの相を構成する水系液体は、対象成分が最初に供給されるべき水系液体相la側から順に、対象成分を供する処理工程や反応工程のそれぞれに必要な環境を構築する液体を用いることができる。
一本の溝又は一本の分岐溝内に収容される操作用媒体においては、複数のゲル相がそれぞれ同じゲルから構成されていてもよいし、一部のゲル相が異なるゲルから構成されていてもよい。例えば、複数の水系液体相のうちの一部の水系液体相において加熱による処理又は反応が行われる場合に、その水系液体相に隣接するゲル相にのみ、上記加熱に必要な温度においてもゲル状態又はゲル−ゾル中間状態を保持することができる高いゾル−ゲル転移点を有するゲルを用い、その他のゲル相には、比較的低いゾル−ゲル転移点を有するゲルを用いることができる。その他にも、隣接する水系液体相を構成する水系液体の特性や体積などに応じて、適切な特性を有するゲルを当業者が適宜選択することができる。
溝が格子状に交差した複数の溝から構成されている場合、例えば図5の交差態様の例を挙げると、交差点に位置する相51が、図示されているようにゲル相であり、その他の相は水系液体相であってよい。また、交差点に位置する相51が水系液体相で、その他の相がゲル相であってもよい。交差態様においては、水系液体相を好ましく固定するために、ゲル相は、図示されているよりも広い体積を占めるように設けられうる。
ゲル相は、水系液体相と接した場合に、水系液体相を構成する液体に不溶性又は難溶性である化学的に不活性な物質からなる。液体に不溶性又は難溶性であるとは、25℃における液体に対する溶解度が概ね100ppm以下であることを意味する。化学的に不活性な物質とは、対象成分の操作(すなわち、水系液体中又はヒドロゲル中における対象成分の処理、及び、ゲル仕切りを介した対象成分の運搬)において、対象成分及び水系液体又はヒドロゲルに化学的な影響を及ぼさない物質を指す。本発明におけるゲルには、オルガノゲルとヒドロゲルとの両方が含まれる。
オルガノゲルは、通常、非水溶性又は水難溶性である液体物質にゲル化剤を添加してゲル化され得るものである。
[3−2−1−1.非水溶性又は水難溶性である液体物質]
非水溶性又は水難溶性である液体物質としては、25℃における水に対する溶解度が概ね100ppm以下であり、常温(20℃±15℃)において液体状であるオイルが用いられうる。例えば、液体油脂、エステル油、炭化水素油、及びシリコーン油からなる群から1種又は2種以上が組み合わされて用いられうる。
シリコーン油としては、ジメチルポリシロキサン、メチルフェニルポリシロキサンその他のフェニル基含有シリコーン油、メチルハイドロジェンポリシロキサン等が挙げられる。
ゲル化剤としては、ヒドロキシ脂肪酸、デキストリン脂肪酸エステル、及びグリセリン脂肪酸エステルからなる群から選ばれる油ゲル化剤が1種又は2種以上組み合わされて用いられうる。
ヒドロゲルとしては、例えば、ゼラチン、コラーゲン、デンプン、ペクチン、ヒアルロン酸、キチン、キトサンまたはアルギン酸及びこれらの誘導体をヒドロゲル材料として、ヒドロゲル材料を水又は水系液体に平衡膨潤させることによって調製されたものが用いられうる。上述のヒドロゲルの中でも、ゼラチンから調製されるヒドロゲルを用いることが好ましい。また、ヒドロゲルは、上記のヒドロゲル材料を化学架橋し、又は、ゲル化剤(例えばリチウム、カリウム、マグネシウムなどのアルカリ金属・アルカリ土類金属の塩、或いはチタン、金、銀、白金等の遷移金属の塩、さらには、シリカ、カーボン、アルミナ化合物等)で処理して得てもよい。これら化学架橋やゲル化剤は、当業者であれば容易に選択することができる。
例えば、タンパク質を合成することができるポリジメチルシロキサンを基剤としたDNAヒドロゲル(P−ゲル)が挙げられる。このヒドロゲルは、ゲルスキャフォールドの一部としてのDNAから構成される。このようなヒドロゲルは、対象成分がタンパク質合成用基質である場合に、その対象成分からタンパク質を得る反応に供することができる(より具体的な態様は、Nature Materials 8, 432-437 (2009)、及びNature Protocols 4: 1759-1770 (2009)を参照して当業者が適宜決定することができる)。生成したタンパク質は、例えばそのタンパク質に特異的な抗体を有する磁性体粒子を用いることによって回収することができる。
ゲル相による仕切りは、溝内の水系液体を溝の長手方向の両側から挟み込むことによって、溝内の所定位置に固定することを可能にする。このため、予め操作チップ内に液状試薬を装填した状態を、製造時から利用者の手に渡るまで保つことができ、液体試薬の安定供給が可能となる。
一方、磁性体粒子は、ゲルの中でも外部からの磁場操作によって移動可能であり、ゲルを通過することができる。これはゲルのチキソトロピックな性質(揺変性)による。すなわち、外からの磁石移動により溝内の磁性体粒子が搬送面に沿ってゲルに剪断力を与え、磁性体粒子の進行方向前方のゲルがゾル化し流動化するため、磁性体粒子はそのまま進むことができる。しかも、磁性体粒子が通過した後、剪断力から解放されたゾルは、すみやかにゲル状態に戻るため、ゲルには磁性体粒子通過による貫通孔を形成させることがない。この現象を利用すれば、対象物は磁性粒子を運搬体として容易に移動することができるため、対象物が供される種々の化学的環境を極短時間で切り替えることができる。例えば、本発明を、複数の試薬による複数の化学反応からなるシステムに利用すれば、対象物の処理時間を大幅に短縮することができる。
さらに、工程ごとの試薬分取及び分注操作が不要で、手間や時間が低減でき、さらにコンタミネーションによる分析精度の劣化を防ぐことができる。
本発明における水系液体は、ゲルに不溶性又は難溶性である水系液体であれば良く、水、水溶液又はエマルジョンと呼ばれる乳濁液、若しくは、微粒子が分散した懸濁液の態様で提供されうる。水系液体の構成成分としては、本発明における対象成分が供される反応や処理の環境を提供するいかなるものも含まれる。
例えば、対象成分が核酸である場合は、細胞を破壊し核酸を遊離させ、シリカコーティングされた磁性粒子表面に吸着させるための試薬液(細胞溶解液)、核酸以外の成分を除去するため磁性粒子を洗浄するための洗浄液、核酸を磁性粒子から分離させるための溶出液(核酸溶出液)、核酸増幅反応を行うための核酸増幅反応液などが挙げられる。以下に、対象成分が核酸である場合を例示して、上記の核酸についての処理液及び反応液と、それらが供される処理及び反応とについてさらに説明する。
細胞溶解液としては、カオトロピック物質を含有する緩衝液が挙げられる。この緩衝液は、EDTAその他の任意のキレート剤やTritonX−100その他の任意の界面活性剤をさらに含むことができる。緩衝液は、例えばトリス塩酸、その他の任意の緩衝剤に基づく。カオトロピック物質としては、グアニジン塩酸塩、グアニジンイソチアン酸塩、ヨウ化カリウム、尿素などが挙げられる。
カオトロピック物質は、細胞溶解(すなわち細胞膜を破壊する)作用も併せ持つ。しかしながら、細胞溶解(すなわち細胞膜を破壊する)作用には、カオトロピック物質よりも、界面活性剤の寄与が大きい。
キレート剤は、細胞溶解を促進させる補助剤として用いられることができる。
洗浄液としては、核酸が磁性体粒子表面に吸着したまま、核酸含有試料に含まれる核酸以外の成分(例えば蛋白質、糖質など)や、核酸抽出など予め行われた他の処理に用いられた試薬その他の成分を溶解できる溶液であることが好ましい。具体的には、塩化ナトリウム、塩化カリウム、硫酸アンモニウム等の高塩濃度水溶液、エタノール、イソプロパノール等のアルコール水溶液などが挙げられる。
核酸の洗浄は、すなわち、核酸が吸着した磁性体粒子の洗浄である。この洗浄の具体的プロトコールも、当業者が適宜決定することができる。また、核酸が吸着した磁性体粒子の洗浄の回数は、核酸増幅反応の際に不所望の阻害が生じない程度に当業者が適宜選択することができる。また、同様の観点で阻害成分の影響が無視できる場合、洗浄工程を省略することも可能である。
洗浄液からなる水系液体相は、少なくとも洗浄する回数と同じ数だけ調製される。
核酸溶出液としては、水又は塩などを含む緩衝液を用いることができる。具体的には、トリス緩衝液、リン酸緩衝液、蒸留水などを用いることができる。
核酸が吸着した磁性体粒子から核酸を分離し溶出液中へ溶出させる具体的方法も、当業者が適宜決定することができる。
本発明における核酸増幅反応液には、通常核酸増幅反応に用いられる種々の要素に、少なくとも増幅すべき塩基配列を含む核酸及びそれを表面に吸着した磁性体粒子が含まれる。
ブロッキング剤の具体例としては、牛血清アルブミン(すなわちBSA)その他のアルブミン、ゼラチン(すなわち変性コラーゲン)、カゼイン及びポリリジンなどのタンパク質や、ペプチド(いずれも天然及び合成を問わない)、フィコール、ポリビニルピロリドン、ポリエチレングリコール等が挙げられる。
また、上記反応に先立ってRT反応を行うこともできる。
これらの核酸増幅反応に必要な反応液の組成、並びに反応温度は、当業者が適宜選択することができる。
リアルタイム核酸増幅法における検出法としては、下記の方法が挙げられる。
二本鎖DNAに結合することで蛍光を発するインターカレーターは、核酸増幅反応によって合成された二本鎖DNAに結合し、励起光の照射により特定波長の蛍光を発する。この蛍光を検出することにより、増幅産物の生成量をモニターすることができる。この方法は、ターゲットに特異的な蛍光標識プローブを設計・合成する必要がなく、簡便にさまざまなターゲットの測定に利用できる。
TaqManプローブは、アニーリングステップで鋳型DNAに特異的にハイブリダイズするが、プローブ上にクエンチャーが存在するため、励起光を照射しても蛍光発光は抑制される。伸長反応ステップでは、TaqDNAポリメラーゼのもつ5´→3´エキソヌクレアーゼ活性により、鋳型にハイブリダイズしたTaqManプローブが分解されると、蛍光色素がプローブから遊離し、クエンチャーによる抑制が解除されて蛍光が発光される。この蛍光強度を測定することで、増幅産物の生成量をモニターすることができる。
未知濃度のサンプルについても、同じ条件下でPCR反応を行ってCt値を求める。この値と前述した検量線とから、サンプル中の目的のDNA量が測定できることになる。
核酸増幅反応で生じた二本鎖DNAは、DNAの長さ及びその塩基配列により固有のTm値を持つ。つまり、蛍光色素が結合したDNAを含む液滴の温度を徐々に上昇させると、急激に蛍光強度が減少する温度が観測される。蛍光強度の変化量を調べると、その温度ピークは塩基配列と長さによって規定されるTm値とほぼ一致している。このことによって、目的遺伝子ではなく例えばプライマーダイマーが生じて観測されたデータなど(すなわち偽陽性データ)を陽性とみなしたデータから除外することができる。遺伝子検査では、試料中の夾雑物により非特異反応が起こることも多いため、このような偽陽性を排除することは重要である。これにより、生成した増幅産物が、標的遺伝子固有のものであるかどうかの判定を行うこともできる。
上記以外のいかなる反応及び処理についても、それぞれの水系液体の組成は、当業者が容易に決定することができる。また、対象成分が上記の核酸以外の場合であっても、それぞれの水系液体の組成は当業者が容易に決定する事ができる。
操作チップの作製方法を、図10の例示を参照して説明する。
まず、基板2の表面に溝3を形成する(図10(a))。溝3の形成は当業者によって適宜行われる。例えば、溝3の形成にはMEMS(Micro Electro Mechanical System;微小電子機械システム)の分野で用いられる技術を用いることができる。例えば、基板の素材がガラスの場合は、エッチング技術やサンドブラスト技術等を用いて溝を形成することができる。また、基板の素材が樹脂の場合は、ガラスの場合に用いられる上記例示の技術のほか、切削加工や金型等を用いることなどにより溝を形成することができる。
また、溝3の表面に、核酸やタンパク質などの生体物質の吸着を防止する物質(例えばヘパリン)をコーティングしてもよい。
具体的なゲル相部形成法の一例においては、既にゲル状態にあるゲル塊を溝3内の複数箇所に詰め込むことにより配置することができる。
具体的なゲル相部形成法の他の一例(図10(b))においては、ゲル物質をゲル−ゾル転移点以上に加熱しゾル状態に調製したゾル物質101を、適当な滴下手段102により溝3内の複数箇所にそれぞれ滴下して配置することができる。溝内へ敵下物101’が入りにくい場合は、基板を減圧チャンバに入れ、減圧下で作業を行うことができる。
ゲル−ゾル中間物質は、その粘弾性のため、溝3内を液体のように広がることなく、所定の位置に塊としてとどまることができる。この際に、例えば、ゲル相が調製されるべき溝3の表面に疎水性処理がされている場合、及び/又は、水系液体相が調製されるべき溝3の表面に親水性処理がされている場合、ゲル−ゾル中間物質が所望の位置でより安定的に塊としてとどまることができる。
さらに、ゲル−ゾル中間物質がさらに冷却されて完全にゲル化することにより、ゲル塊g(すなわちゲル相部)が完成する。
基板2と蓋板4とを張り合わせる方法としては、例えば、熱融着法、超音波融着法、及び圧接法(ラミネートシール法)等の、エネルギーを加えて張り合わせる方法や、接着剤や溶加剤を用いて張り合わせる方法が挙げられる。基板2には水系液体が収容されているため、温和な条件下で張り合わせることが好ましい。接着剤を用いる場合、使用可能なものとしては、エポキシ系接着剤、イソシアヌル系接着剤、酢酸ビニル系接着剤、ニトロセルロース系接着剤、シアノアクリレート系接着剤、シリコーン系接着剤等、多岐に亘る。接着剤は、耐水性の高いもの、基板内で行われうる反応への影響が少ないものが当業者によって適宜選択される。また、上述のゾル物質101と同様のゾル物質を接着剤として用い、ゲル化することにより接着させることもできる。特に、基板2及び/又は蓋板4の素材として気体を吸蔵可能な物質を用いる場合には、基板2の上に蓋板4を載せた状態で減圧下環境に供し、溝3内に残存しうる気体を当該物質内に吸蔵させることによって除去しておくことができる。
さらに、基板2と蓋板4とを張り合わせる他の方法として、基板2の上に蓋板4を載せ、治具で圧着固定する方法が挙げられる。この方法は、両部材間の圧着性の観点から、基板2及び/又は蓋板4に弾性のある素材(例えばポリジメチルシロキサン等)を用いた場合に採用されることが好ましい。
ジョイント81及び82それぞれは、接着又は溶接によって、操作チップ1の上表面(蓋板4側表面)に固定されるか、若しくは、シール材を孔5及び6との間に設けるとともに締付け用部材で操作チップ1の上表面(蓋板4側表面)に締付けられることができる。このことにより、ジョイント81及び82下方開口部83が孔5及び6それぞれに連通する。上方開口部84は、セプタム等で適宜閉鎖されうる。
磁性体粒子は、操作チップ外からの磁場の変動によって、操作チップ内における対象成分を引き連れることにより移動させるために使用される。そのような移動によって対象成分の分離、回収、精製を可能にする目的とした磁性体粒子は、通常その表面に化学官能基を有する。磁性体粒子は予め操作チップ内に収容されていなくともよいし、収容されていてもよい。予め操作チップ内に収容されている場合は、対象成分が最初に供給されるべき水系液体相laの中に含ませることができる。磁性体粒子が予め操作チップ内に収容されていない場合は、対象成分を有する試料を操作チップ内に供給する際に、試料に磁性体粒子を混合した状態でチップ内に供給されることができる。
磁性体粒子が表面に有する親水性基としては、水酸基、アミノ基、カルボキシル基、リン酸基、スルホン酸基等が挙げられる。
磁性体粒子として市販されているものの例としては、東洋紡から販売されているPlasmid DNA Purification Kit MagExtractor−Plasmid-の構成試薬である核酸抽出用にシリカコーティングされたMagnetic Beadsが挙げられる。このようにキットの構成試薬として販売されている場合、磁性体粒子を含む製品原液は保存液等を含んでいるため、純水(例えば10倍量程度)で懸濁させることによって洗浄することが好ましい。この洗浄においては、純粋で懸濁した後、遠心操作、又は磁石による凝集によって上清を除去することによって行うことができ、また懸濁及び上清除去を繰り返し行うことができる。
[6−1.磁場印加手段]
操作チップ内の磁性体粒子を対象成分と共に移動させるための磁場の変動をもたらす、磁場印加手段及びそれが有する磁場移動機構については特に限定されない。磁場印加手段としては、永久磁石(例えばフェライト磁石やネオジム磁石)や電磁石などの磁力源を用いることができる。
後述の項目8で述べる本発明のチップデバイスの使用態様の一例を示した図11(a)〜図11(g)を参照すると、磁場印加手段は、例えば図11(d)中で112として例示されるように、操作チップ1の外側から操作チップ1に近接させて配置する。近接の程度は、溝3内の水系液体相la’中の磁性体粒子114を搬送面113側に凝集させることができる程度である。このように操作チップ1に近接させまま、磁場印加手段112を操作チップ1の表面に略並行且つ溝3の長手方向に移動させると、例えば図11(c)に示すように、操作チップ1内のゲル相ga中においても、磁性体粒子114を搬送面113側に凝集させた状態で運搬することができる。これによって、磁場印加手段が溝3内の搬送面113を介して磁性体粒子114に対して効果的に磁場を生じさせ、磁性体粒子塊とともに対象成分を捕捉及び運搬することができる。
[6−2−1.操作チップにおける溝の長手方向への移動]
磁場印加手段が有する磁場移動機構としては、磁性体粒子の凝集形態を保つことができる状態で、磁場を操作チップにおける溝の長手方向に移動させることができるものでありうる。以下において磁場移動機構と記載する場合、その機構は、停止位置の決定及び移動速度の制御を行うことができるものであってよく、その制御は、手動によってなされるものであってもよいし、コンピュータなどによって自動的になされるものであってもよい。移動速度は、例えば毎秒0.5mm〜10mmであってよい。
磁場移動機構は、磁場印加手段自体を物理的に操作チップにおける溝の長手方向に移動させることができるものであることが好ましい。
磁場印加手段が有する磁場移動機構は、磁性体粒子へ印加する磁場の強度を可変制御することができるものであってよい。具体的には、磁場が遮断又は減弱されうる。磁場の遮断又は減弱の程度は、磁場の印加により凝集した磁性体粒子群を水系液体相中で分散させることができる程度であることが好ましい。
例えば、電磁石の場合であれば通電制御手段を用いて磁場を遮断することができる。
また例えば、永久磁石の場合であれば、図11(e)で例示されるように、操作チップ外側に配置した磁石を、操作チップから遠ざけることができる機構を用いることができる。この機構は、手動で制御されてもよいし、自動制御されてもよい。磁性体粒子への磁場が減弱されること、好ましくは磁性体粒子が磁場から開放されることによって、水系液体相中において磁性体粒子群を自然分散させることができる。これによって、磁性体粒子に吸着した対象成分や付随しうる不要成分を、水系液体相を構成する液体中に十分に晒すことが可能になる。
図13に、操作チップを複数密集させた集積型デバイスの一例を示す。図13における操作チップ1は、図6の操作チップの変形例であり、一枚の操作チップ内に溝が複数形成されているものである。図14は、集積型デバイスの他の一例である。図14における操作チップ1は、図7の操作チップの変形例であり、一枚の操作チップ内に溝が複数形成されているものである。図13及び図14のデバイスにおいては、複数の操作チップに対応する複数の磁力源が、操作チップにおける溝の長手方向に移動可能な一の部材にユニット化されることにより保持されることができる。このようなユニット化された部材は、図に例示するように、操作チップ1における溝の長手方向に移動可能な磁場印加手段である可動磁石板130として体現されうる。可動磁石板130には、複数の操作チップ1それぞれに対応する穴131が形成されており、それぞれの穴131内に操作チップ1を挿入することによって、複数の操作チップ1に対して同時に磁場印加及び磁場移動を行うことができる。
磁場移動機構は、磁場の振幅移動や回転等の揺動運動を可能にする機構を備えてよい。
例えば磁力源を操作チップにおける溝の長手方向の振幅運動又は回転運動させることができる機能を備えることによって、スターラーの代用とすることができる。これによって、水系液体中における混合や撹拌が容易になる。
例えば磁場の遮断又は減弱の機能を有さない場合において、磁場印加手段を操作チップに近接させたまま(すなわち磁性体粒子を凝集させたまま)水系液体相の厚みの幅内で数回、振幅運動又は回転運動させることによって、水系液体中で磁性体粒子に吸着した対象成分などを、水系液体相を構成する液体中に十分に晒すことができる。
操作チップにおいて検出工程を光学的分析により行う場合、用いられる光学的手段は特に限定されるものではなく、当業者であれば、対象成分が供された分析方法に応じて容易に選択可能である。例えば、光発生部、検出用手段、光送信手段及びパーソナルコンピュータなどを適宜含んで構成された手段を用いることができる。
一例を挙げると、光発生部から、検出用手段(例えば検出用レンズに取り付けた光ファイバーケーブル等の光送信手段)への入射を行い、検出用レンズを通して操作チップ内に収容された水系液体相を構築する反応液への光照射を行うことができる。検出用レンズによって検出された光学的シグナルを光ファイバーケーブルによって受光素子に送り、電気的シグナルに変換後、パーソナルコンピュータにリアルタイムで送信し、反応液の蛍光強度の変化をモニターすることができる。これは、本発明がリアルタイム核酸増幅反応などの変化しうる蛍光強度の検出が行われる反応又は処理が行われる場合に好適である。
チップデバイスを用いた対象成分の基本操作を、図11(a)〜図11(g)の例示に基づいて説明する。
[8−1.基本操作]
チップデバイスの使用の一例においては、セプタム等の封止手段(図示せず)で閉鎖されたジョイント81の上方開口部84から、注射針110を用いて対象成分を含む試料液111を供給する(図11(a))。試料液111には、磁性体粒子が分散状態で含まれている。図示の場合、試料液111は、最初のゲル相gaで塞き止められることにより、ジョイント81内部の一部と、孔5内空間とを満たした状態で留まる。
なお、水系液体混合物の調製には、上記例示の方法のほか、予め水系液体相laに磁性体粒子を含ませておき、試料液のみを操作チップ内へ供給する方法もある。この場合、水系液体相laは孔5に通じるように位置する。
水系液体相laを構成する液体が、試料液111中に含まれていた核酸を遊離させ、磁性体粒子へ結合又は吸着させることができる液体である場合、上記の操作によって核酸抽出の処理を行うことができる。
上記の操作が繰り返される例として、図11で示したもののほか、水系液体相lcとlzとの間にさらに別の水系液体相及びゲル相が存在する場合が挙げられる。この場合には、相の数に応じた回数だけ、運搬操作及び処理操作を繰り返すことができる。原則的に、水系液体相laからlzの一方向にのみに磁性体粒子を移動させることができる。
上記の操作が繰り返される別の例として、図11で示した操作チップにおいて、水系液体相間を往復することによって、上記の工程を繰り返すことも許容する。
水系液体相lzを構成する液体が核酸増幅反応液である場合、精製核酸中の標的核酸の増幅を行うことができる。核酸増幅物は、蛍光色素によるリアルタイム検出法又はエンドポイント検出法による蛍光検出法によって分析することができる。なお、図11においては、温度制御手段や光学検出手段は図示省略している。
水系液体相lzでの処理終了後は、必要に応じ、セプタム等の封止手段(図示せず)で閉鎖されたジョイント82の上方開口部84から、注射針等を用いて処理液を取り出すことができる。
破断誘導溝は、溝の長手方向と略垂直方向に伸びるように形成される。操作チップ1における操作完了後、外力を与えて破断誘導溝で破断を生じさせることによって、操作チップの一部をチップ片として切り離す。切り離されたチップ片には、回収物として、磁性体粒子を含むゲル相gz部分が含まれる。
図7の操作チップのように、溝3が基板2の両端の面まで延びていることによって当該面が開口している(上端孔5、下端孔6)場合は、図12(操作チップの下端付近を図示)に例示する方法によって、当該面の下端孔6から磁性体粒子を取り出すことができる。図12においては二例を挙げ、それぞれの例において、図11の工程(g)に対応する工程(g’)及び工程(g’’)、並びにそれぞれに引き続く工程(h’)及び工程(h’’)を垂直断面図によって図示している。
操作チップ1の下端には、回収容器120が、操作チップ1側の下端孔6と回収容器120側の回収部123の上面開口端とが対応するように接続される。操作チップ1での操作を終え、操作済試料が付着している磁性体粒子114はゲル相gzに到達する(g’)。その後、回収容器120側の磁石121が上昇し、磁性体粒子114が磁石112から回収容器側磁石121に受け渡される(h’)。これによって、磁性体粒子114は操作チップ1内から回収容器120内へ回収される。
例えば、前述の例と同様に操作チップに回収容器を接続した後、試料供給部側に適宜アダプターを接続して溝内へ加圧を行い、操作媒体全体を試料取出部方向へスライドさせる。ゲル相gzが試料取出部から飛び出して回収容器の回収部内に入ることで回収が行われる。加圧を止めることで回収操作を終了することができる。或いは、試料供給部側で溝内へ加圧することに換えて、回収容器の気体通用穴から減圧を行うことによっても同様の回収操作を行うことができる。
溝が分岐又は交差している場合は、より効率性の高い操作を行うことができる。
例えば、図3(a)や図4(a)に示すように、操作が一本の主溝31から複数の分岐溝32の方向へなされる操作チップの場合、一検体について多項目の操作を行うことができる。例えば、核酸抽出及び核酸精製を主溝31内で行い、溝の分岐点において磁性体粒子群を複数群に分離し、それぞれの分岐溝32において、異なるプライマーを用いたPCR分析を行うことができる。
分岐点において磁性体粒子群を分離する方法の一例においては、図15に示すように、進行方向Aに対して略直角方向の最大分岐幅d(すなわち分岐溝32全体の最大幅)以上の長さDを有する磁石112を用いる。このような磁石112を、進行方向Aに対して略直角方向に長さDとなる向きで位置させ、進行方向Aに移動させる(図15(a))。磁石112が分岐点を通ると、分岐溝に従って磁性体粒子群が分離される(図15(b))。完全に磁性体粒子群が分離された後、さらに磁石112を移動させると(図15(c))、次の分岐点でさらに磁性体粒子群が分離される。磁性体粒子群は最終的に、分岐溝の最大分岐数と同じ数の群に分離される(図15(d))。これによって、磁性体粒子に吸着した対象物質を複数のアリコートに分けることができる。
この態様においては、1個の磁石112を用いるため、全ての磁性体粒子群が同時に且つ同じ速度で移動する。
磁性体粒子の分かれやすさという観点からは、分岐溝32が鋭角を成すように分岐しているものであることが好ましい。磁性体粒子を分かれやすくするために、分岐点に位置する相33(この場合は水系液体相)中に、仕切り板(図示せず)を設けておいてもよい。仕切り板を設ける態様は、分岐角が鋭角より大きい場合に特に好ましい。
分岐点において磁性体粒子群を分離する方法の他の一例においては、図16に示すように、少なくとも最大分岐溝数と同じ数の複数の磁石112を用いることができる。複数の磁石112は、図示するように一次元アレイ状(具体的には、進行方向Aに対して略直角方向に並ぶよう)に配置されてもよいし、二次元アレイ状に配置されていてもよい。また、磁石の進路上且つ主溝から分岐溝への分岐点において、複数の引き合った磁石を分離可能な分離補助具160を備えることができる。
分離補助具160の形状としては、互いに引き合っている磁石同士を分離するために、互いに引き合っている磁石の間に分け入ることができ、且つ、磁石同士を十分に引き離すことが可能な形状であることが好ましい。例えば、分離補助具における一部(すなわち磁石間に分け入るべき部分)が好ましくは断面鋭角状に形成されることができる。具体的には、楔形の形状に形成されることができる。
4つの磁石112が互いに引き合った状態の磁石塊を進行方向Aに移動させる(図17(b))と、分離補助具160に到達し、磁石112の間に、分離補助具160の断面鋭角状に形成された部分が分け入る。さらに進行方向Aに磁石塊を移動させると、分離補助具160の形状に従って磁石112の間が徐々に広げられ(図17(c))、4つの磁石112が2つずつの磁石112に二分割される。
4つの磁石112が互いに引き合った状態の磁石塊が、図示されない溝の分岐点の略直下に差し掛かると(図19(b1))、分離補助具160を操作チップの基板下方から上昇させ、基板下面に向かって移動させる。これにより、溝の分岐点の略直下において、分離補助具160が磁石112の間に分け入り、さらに分離補助具160を操作チップの基板下面に向かって上昇させると、分離補助具160の形状に従って磁石112の間が徐々に広げられ(図19(b2)、4つの磁石112が2つずつの磁石112に二分割される)。
例えば、図3(b)、図3(c)及び図4(b)に示すように、操作が複数の分岐溝32から一本の主溝31の方向へなされる操作チップの場合、分岐溝32では処理を個別化することができる一方、主溝31で処理を共通化することができる。共通化された処理においては、例えば、図3(c)に模式的に示す検出手段35による検出などが行われることができる。
なお、図3(c)に示す分岐溝34から分岐する分岐溝には、試薬や洗浄液等を収容することができる。例えば、操作チップの用途に応じ、分岐溝32には収容されていない異種の試薬等を収容することができる。試薬等は、磁性体粒子によって主溝へ運搬することができる。
図5に示すように複数の溝が交差している場合、試料は交差した溝内を縦横無尽に移動することができる。このため、例えば、複数の試料を操作しつつ、一部の試料を分割することができる。また、複数の試料を操作しつつ、一部の試料について処理を共通化することができる。このように試料の分割や共通化を自在に行うことができる。
また、複数の溝が交差することで、小面積の基板上で多くの相が収容される。このため、多くの反応、検出、分析等の処理を集約することができる。
2:基板
3:溝
4:蓋板
5:孔(試料供給部)
6:孔(試料取出部)
g:ゲル相
l:水系液体相
31:主溝
32:分岐溝
34:分岐溝
35:検出手段
81:ジョイント(孔5側)
82:ジョイント(孔6側)
85:下部固定用支持体
86:上部固定用支持体
111:試料
112:磁石
114:磁性体粒子
120:回収容器
130:可動磁石板
160:分離補助具
Claims (20)
- 対象成分を操作するためのチップデバイスであって、
基板と、前記基板表面に形成された溝と、前記溝内にゲル相と水系液体相とが前記溝の長手方向に交互に配置され且つ相同士が互いに接するように収容されている操作用媒体とを含む操作チップと、
対象成分を捕捉し運搬すべき磁性体粒子と、
前記基板に磁場を印加することによって前記磁性体粒子を前記基板上の前記溝の長手方向に移動させることができる磁場印加手段とを含むチップデバイス。 - 前記水系液体相のうち、前記溝の一方又は他方の端に最も近い位置に収容されている水系液体相が、前記対象成分を含む試料が最初に供給されるべき水系液体相である、請求項1に記載のチップデバイス。
- 前記溝が、主溝と、前記主溝から分岐する分岐溝とから構成されている、請求項1又は2に記載のチップデバイス。
- 前記溝の主溝側の端に最も近い位置に収容されている水系液体相が、前記対象成分が最初に供給されるべき水系液体相である、請求項3に記載のチップデバイス。
- 前記溝の分岐溝側の端に最も近い位置に収容されている水系液体相が、前記対象成分が最初に供給されるべき水系液体相である、請求項3に記載のチップデバイス。
- 前記溝が、格子状に交差した複数の溝から構成されている、請求項1又は2に記載のチップデバイス。
- 前記溝の表面の前記ゲル相が接している部分に疎水性処理がなされている、請求項1〜6のいずれか1項に記載のチップデバイス。
- 前記溝の表面の前記水系液体相が接している部分に親水性処理がなされている、請求項1〜7のいずれか1項に記載のチップデバイス。
- 前記溝が、0.005mm〜10mm幅、及び0.005〜5mm深さである、請求項1〜8のいずれか1項に記載のチップデバイス。
- 前記基板の前記溝を有する側の表面に蓋板を有する、請求項1〜9のいずれか1項に記載のチップデバイス。
- 前記蓋板が、前記溝の少なくとも一方の末端に位置するゲル相に通じる孔が穿設されたものである、請求項10に記載のチップデバイス。
- 前記磁場印加手段が、前記基板面に略並行に一次元アレイ状又は二次元アレイ状で配置されている複数の磁石であり、前記複数の磁石が互いに引き合った状態で、前記基板面に略並行且つ前記主溝の長手方向に移動可能なものであり、前記磁石の進路上且つ前記主溝から前記分岐溝への分岐点において、前記複数の磁石を分離するための分離補助具が設けられている、請求項4及び7〜11のいずれか1項に記載のチップデバイス。
- 前記水系液体相が、核酸抽出液相、核酸洗浄液相、及び核酸増幅反応液相からなる群から選ばれる相を含む、請求項1〜12のいずれか1項に記載のチップデバイス。
- 請求項1〜13のいずれか1項に記載のチップデバイスに含まれる操作チップの作製方法であって、以下の工程を含む方法:
(i)基板上に形成された溝の長手方向に、複数のゲル塊が互いに隔離されて配置されたゲル相部を調製する工程;及び
(ii)前記ゲル相部に隣接する溝内空間に水系液体を入れることによって、水系液体相部を調製する工程。 - (iii)基板の前記溝を有する側の表面に蓋板を設ける工程をさらに含む、請求項14に記載の方法。
- 請求項1〜13のいずれか1項に記載のチップデバイスを用いて対象成分を操作するための方法であって、以下の工程を含む方法:
(i)前記操作チップの一方の端に位置する水系液体相において、対象成分を含む試料と磁性体粒子と水系液体とを含む水系液体混合物を得る工程;
(ii)磁場印加手段によって磁場を生じさせ、前記磁性体粒子を前記対象成分と共に、前記最も端に位置する水系液体混合物の相から前記ゲル相を介して、隣接する水系液体相中へ運搬する工程;
(iii)前記水系液体相中で所望の処理を行う工程;
(iv)磁場印加手段によって磁場を生じさせ、前記磁性体粒子を前記対象成分と共に、前記水系液体相から他の水系液体相へ運搬する工程;
(v)前記他の水系液体相中で所望の処理を行う工程;
(vi)前記の工程(iv)及び(v)を必要に応じて繰り返す工程;及び
(vii)前記磁性体粒子を対象成分と共に前記操作チップの他方の端に位置する水系液体相へ運搬する工程。 - 前記操作チップが複数存在し、前記複数の操作チップについて、前記磁性体粒子による運搬を同時に行う、請求項16に記載の方法。
- 前記対象成分が核酸であり、
前記工程(i)において、前記一方の端に位置する相における水系液混合物に含まれる水系液体が前記核酸を遊離させ、前記磁性体粒子へ結合又は吸着させる液体であり、前記水系液体中で核酸抽出が行われ、
前記工程(ii)〜(vi)において、前記水系液体相の少なくとも1つが前記磁性体粒子の洗浄液からなり、前記洗浄液中で遊離核酸に伴う夾雑物の除去による核酸精製が行われる、請求項16又は17に記載の方法。 - 前記工程(vii)において、前記他方の端に位置する水系液体相が核酸増幅反応液からなり、前記核酸増幅反応液中で精製核酸中の標的核酸の増幅が行われる、請求項18に記載の方法。
- 前記核酸増幅反応による生成物をリアルタイムで検出する、請求項19に記載の方法。
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