JP2012511928A - 合成ガス及び他の炭素源の有用な製品への変換のための微生物及び方法 - Google Patents
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Abstract
【選択図】図1
Description
本発明は、全般に、メタノール、合成ガス及び他のガスの炭素源をより高価値の化学物質に変換できる生合成プロセス及び生物体に関する。より詳細には、本発明は、汎用化学物質、イソプロパノール、4-ヒドロキシ酪酸(hydroxybutryate)、及び1,4-ブタンジオールを生成し得る非天然存在型生物に関する。
いくつかの態様において、本発明は、イソプロパノールを産生するのに十分な量で発現されるイソプロパノール経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含む、イソプロパノール経路を有する非天然存在型微生物を提供する。イソプロパノール経路酵素には、スクシニル-CoA:3-ケト酸-CoAトランスフェラーゼを含む。
本発明は、部分的には、MtaABC型メチルトランスフェラーゼ系と連動するウッド-リュングダール経路のカルボニル側鎖を触媒する酵素をコードする遺伝子を発現する非天然存在型微生物に関する。当該微生物は、合成ガス及びCO、CO2及び/又はH2を含むガスに由来し得る比較的廉価な有機原料であるメタノールを、アセチル-CoA、細胞質量、並びにイソプロパノール(IPA)、4-ヒドロキシ酪酸(4-HB)、及び1,4-ブタンジオール(BDO)などの生成物へと変換できる。本発明は、部分的には、ウッド-リュングダール経路のカルボニル及びメチル分枝を触媒する酵素をコードする遺伝子を発現する非天然存在型微生物にも関する。当該微生物は、CO、CO2及び/又はH2を含むガスを、アセチル-CoA、細胞質量、並びにIPA、4-HB及びBDOなどの生成物へと変換し得る。
C6H12O6 + 4 ADP + 4 Pi → 2 CH3COOH + 2 CO2 + 4 ATP + 8[H] 方程式1
2 CO2 + 8[H]+ n ADP + n Pi → CH3 COOH + n ATP 方程式2
2 CO2 + 4 H2 + n ADP + n Pi → CH3 COOH + 2 H2O + n ATP 方程式3
4 CO + 2 H2O → CH3 COOH + 2 CO2 方程式4
2 CO + 2 H2 → CH3 COOH 方程式5
2 CO2 + 6 H2 → CH3 CH2OH + 3 H2O 方程式6
6 CO + 3 H2O → CH3 CH2OH + 4 CO2 方程式7
2 CO + 4 H2 → CH3 CH2OH + H2O 方程式8
が実際に細胞増殖を支持するのに十分なエネルギーを産生することを示す。R.ラブラム(R. rubrum)などの水素産生細菌は、CO及び水の水素への変換からエネルギーを産生することもできる(図1を参照)(Simpmaらの文献、Critical Reviews in Biotechnology 26:41-65 (2006))。1つの重要な機構は、エネルギー変換ヒドロゲナーゼ(ECH)及びCOデヒドロゲナーゼの協調的作用である。COデヒドロゲナーゼは、COから電子を供給し、これはそれからECHにより陽子をH2に還元させるために使用され、当該活性がエネルギー産生プロトン輸送と共役する。正味の結果は、水-ガス転化反応を介したエネルギーの産生である。
イソプロパノール:C6H12O6 + 1.5 O2 → C3H8O + 3 CO2 + 2 H2O
4-ヒドロキシ酪酸:C6H12O6 + 1.5 O2 → C4H8O3 + 2 CO2 + 2 H2O
1,4-ブタンジオール:C6H12O6 → C4H10O2 + CH2O2 + CO2
イソプロパノール:6 CO + 6 H2 → 1.333 C3H8O + 2 CO2 + 0.667 H2O
4-ヒドロキシ酪酸:6 CO + 6 H2 → 1.333 C4H8O3 + 0.667 CO2 + 0.667 H2O
1,4-ブタンジオール:6 CO + 6 H2 → 1.091 C4H10O2 + 1.636 CO2 + 0.545 H2O
イソプロパノール:CH4O + 6 CO + 6 H2 → 1.667 C3H8O + 2 CO2 + 1.333 H2O
4-ヒドロキシ酪酸:CH4O + 6 CO + 6 H2 → 1.667 C4H8O3 + 0.333 CO2 + 1.333 H2O
1,4-ブタンジオール:CH4O + 6 CO + 6 H2 → 1.364 C4H10O2 + 1.545 CO2 + 1.182 H2O
イソプロパノール:2 CH4O + 6 CO + 6 H2 → 2 C3H8O + 2 CO2 + 2 H2O
4-ヒドロキシ酪酸:2 CH4O + 6 CO + 6 H2 → 2 C4H8O3 + 2 H2O
1,4-ブタンジオール:2 CH4O + 6 CO + 6 H2 → 1.636 C4H10O2 + 1.455 CO2 + 1.818 H2O
従って、本明細書に記載されている微生物及び変換経路が、炭水化物をイソプロパノール、4-ヒドロキシ酪酸又は1,4-ブタンジオールへと変換する効率的な手段を提供することは明らかである。
この実施例は、CODH、ACS、メチルトランスフェラーゼ、及びコリノイド鉄-硫黄タンパク質のために要求されるものを含む、M.サーモアセチカのACS/CODHオペロン遺伝子を発現する大腸菌プラスミドの作成を記載する。この実施例は、観察可能なCO酸化活性、メチルトランスフェラーゼ活性及びコリノイド鉄-硫黄タンパク質活性を生じる大腸菌におけるそれらの発現を更に記載する。最後に、この実施例は、大腸菌が高いCO濃度を許容し、かつM.サーモアセチカ由来のCO利用遺伝子産物が発現される場合にCOを消費することさえできることを実証する。
ポジティブコントロールとしての精製されたACS/CODH、MeTr及びCFeSP
ACS90細胞抽出物を用いて精製されたACS/CODH
ACS91細胞抽出物を用いて精製されたACS/CODH
ACS90細胞抽出物を用いて精製されたACS/CODH、MeTr
ACS91細胞抽出物を用いて精製されたACS/CODH、MeTr
(MES緩衝液を除き)可能な限りACS91細胞抽出物と同程度の精製されたACS/CODH、MeTr
Claims (184)
- イソプロパノールを産生するのに十分な量で発現されるイソプロパノール経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むイソプロパノール経路を有する微生物を含み、該イソプロパノール経路酵素がスクシニル-CoA:3-ケト酸-CoAトランスフェラーゼを含む、非天然存在型微生物。
- 前記スクシニル-CoA:3-ケト酸-CoAトランスフェラーゼは、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1及びOXCT2からなる群から選択される遺伝子の1つ以上によりコードされる、請求項1記載の生物。
- アセトアセチル-CoAチオラーゼ、アセト酢酸デカルボキシラーゼ、及びイソプロパノールデヒドロゲナーゼを更に含む、請求項1記載の生物。
- 前記アセトアセチル-CoAチオラーゼが、atoB、thlA、thlB、及びerg10からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項3記載の生物。
- 前記アセト酢酸デカルボキシラーゼが、遺伝子adcによりコードされる、請求項3記載の生物。
- 前記イソプロパノールデヒドロゲナーゼが、adh及びipdhからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項3記載の生物。
- コリノイドタンパク質、メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄-硫黄タンパク質、ニッケル-タンパク質アセンブリタンパク質、フェレドキシン、アセチル-CoAシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、及びヒドロゲナーゼからなる群から選択される少なくとも1つの酵素又はポリペプチドを更に含む、請求項1記載の生物。
- 前記コリノイドタンパク質がmtaC、mtaC1、mtaC2,及びmtaC3からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項7記載の生物。
- 前記メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、mtaA、及びmtaA1、mtaA2からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項7記載の生物。
- 前記メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、遺伝子acsEによりコードされる、請求項7記載の生物。
- 前記コリノイド鉄-硫黄タンパク質が、遺伝子acsDによりコードされる、請求項7記載の生物。
- 前記ニッケル-タンパク質アセンブリタンパク質が、acsF及びcooCからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項7記載の生物。
- 前記フェレドキシンが遺伝子orf7によりコードされる、請求項7記載の生物。
- 前記アセチル-CoAシンターゼが、acsB及びacsCからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項7記載の生物。
- 前記一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、遺伝子acsAによりコードされる、請求項7記載の生物。
- 前記ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼがpor及びydbKからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項7記載の生物。
- 前記ヒドロゲナーゼが、hypA、hypB、hypC、hypD、hypE、hypF、moth_2175、moth_2176、moth_2177、moth_2178、moth_2179、moth_2180、moth_2181、hycA、hycB、hycC、hycD、hycE、hycF、hycG、hycH、hycI、hyfA、hyfB、hyfC、hyfD、hyfE、hyfF、hyfG、hyfH、hyfI、hyfJ、hyfR、moth_2182、moth_2183、moth_2184、moth_2185、moth_2186、moth_2187、moth_2188、moth_2189、moth_2190、moth_2191、moth_2192、moth_0439、moth_0440、moth_0441、moth_0442、moth_0809、moth_0810、moth_0811、moth_0812、moth_0813、moth_0814、moth_0815、moth_0816、moth_1193、moth_1194、moth_1195、moth_1196、moth_1717、moth_1718、moth_1719、moth_1883、moth_1884、moth_1885、moth_1886、moth_1887、moth_1888、moth_1452、moth_1453、及びmoth_1454からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項7記載の生物。
- 遺伝子acsEpsによりコードされるポリペプチド(polypetide)AcsEpsを更に含む、請求項7記載の生物。
- codh、codh-I、cooF、hypA、cooH、cooU、cooX、cooL、cooK、cooM、cooT、cooJ、及びcodh-IIからなる群から選択される遺伝子によりコードされる少なくとも1つの酵素又はポリペプチドを更に含む、請求項7記載の生物。
- メタノールメチルトランスフェラーゼを更に含む、請求項7記載の生物。
- 前記メタノールメチルトランスフェラーゼが、mtaB、mtaB1、mtaB2、及びmtaB3からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項20記載の生物。
- 1)メタノール及びCO、2)メタノール、CO2及びH2、3)メタノール、CO、CO2及びH2、4)メタノール、並びにCO及びH2を含む合成ガス、及び5)メタノール、並びにCO、CO2及びH2を含む合成ガスからなる群から選択される原料を利用する、請求項20記載の生物。
- ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、及びメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼを更に含む、請求項7記載の生物。
- 前記ギ酸デヒドロゲナーゼが、moth_2312、moth_2313、moth_2314、sfum_2703、sfum_2704、sfum_2705、sfum_2706、chy_0731、chy_0732、及びchy_0733からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項23記載の生物。
- 前記ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼが、moth_0109、chy_2385、及びfhsからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項23記載の生物。
- 前記メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼが、moth_1516、folD、及びchy_1878からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項23記載の生物。
- 前記メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼが、moth_1516、folD、及びchy_1878からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項23記載の生物。
- 前記メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼが、moth_1191、metF、及びchy_1233からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項23記載の生物。
- 1) CO、2) CO2及びH2、3) CO及びCO2、4) CO及びH2を含む合成ガス、及び5) CO、CO2及びH2を含む合成ガスからなる群から選択される原料を利用する、請求項23記載の生物。
- 4-ヒドロキシ酪酸を産生するのに十分な量で発現される4-ヒドロキシ酪酸経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含む4-ヒドロキシ酪酸経路を有する微生物を含み、該4-ヒドロキシ酪酸経路酵素が、アセトアセチル-CoAチオラーゼ、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニル-CoAヒドラターゼ、4-ヒドロキシブチリル-CoAトランスフェラーゼ、ホスホトランス-4-ヒドロキシブチリラーゼ、及び4-ヒドロキシ酪酸キナーゼを含む、非天然存在型微生物。
- 前記アセトアセチル-CoAチオラーゼが、atoB、thlA、thlB、及びerg10からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項30記載の生物。
- 前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドロゲナーゼが、hbd、msed_1423、msed_0399、msed_0389、及びmsed_1933からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項30記載の生物。
- 前記クロトナーゼが、crt、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、及びpaaGからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項30記載の生物。
- 前記クロトニル-CoAヒドラターゼが、abfD、msed_1321、及びmsed_1220からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項30記載の生物。
- 前記4-ヒドロキシブチリル-CoAトランスフェラーゼが、cat2、abfT-2、abfT-1、及びabfTからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項30記載の生物。
- 前記ホスホトランス-4-ヒドロキシブチリラーゼが、pta及びptbからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項30記載の生物。
- 前記4-ヒドロキシ酪酸キナーゼが、ackA、buk1、buk2、及びproBからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項30記載の生物。
- コリノイドタンパク質、メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄-硫黄タンパク質、ニッケル-タンパク質アセンブリタンパク質、フェレドキシン、アセチル-CoAシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、及びヒドロゲナーゼからなる群から選択される少なくとも1つの酵素又はポリペプチドを更に含む、請求項30記載の生物。
- 前記コリノイドタンパク質が、mtaC、mtaC1、mtaC2、及びmtaC3からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項38記載の生物。
- 前記メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、mtaA、及びmtaA1、mtaA2からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項38記載の生物。
- 前記メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、遺伝子acsEによりコードされる、請求項38記載の生物。
- 前記コリノイド鉄-硫黄タンパク質が、遺伝子acsDによりコードされる、請求項38記載の生物。
- 前記ニッケル-タンパク質アセンブリタンパク質が、acsF及びcooCからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項38記載の生物。
- 前記フェレドキシンが、遺伝子orf7によりコードされる、請求項38記載の生物。
- 前記アセチル-CoAシンターゼが、acsB及びacsCからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項38記載の生物。
- 前記一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、遺伝子acsAによりコードされる、請求項38記載の生物。
- 前記ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼが、por及びydbKからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項38記載の生物。
- 前記ヒドロゲナーゼが、hypA、hypB、hypC、hypD、hypE、hypF、moth_2175、moth_2176、moth_2177、moth_2178、moth_2179、moth_2180、moth_2181、hycA、hycB、hycC、hycD、hycE、hycF、hycG、hycH、hycI、hyfA、hyfB、hyfC、hyfD、hyfE、hyfF、hyfG、hyfH、hyfI、hyfJ、hyfR、moth_2182、moth_2183、moth_2184、moth_2185、moth_2186、moth_2187、moth_2188、moth_2189、moth_2190、moth_2191、moth_2192、moth_0439、moth_0440、moth_0441、moth_0442、moth_0809、moth_0810、moih_0811、moth_0812、moth_0813、moth_0814、moth_0815、moth_0816、moth_1193、moth_1194、moth_1195、moth_1196、moth_1717、moth_1718、moth_1719、moth_1883、moth_1884、moth_1885、moth_1886、moth_1887、moth_1888、moth_1452、moth_1453、及びmoth_1454からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項38記載の生物。
- 遺伝子acsEpsによりコードされるポリペプチドAcsEpsを更に含む、請求項38記載の生物。
- codh、codh-I、cooF、hypA、cooH、cooU、cooX、cooL、cooK、cooM、cooT、cooJ、及びcodh-IIからなる群から選択される遺伝子によりコードされる少なくとも1つの酵素又はポリペプチドを更に含む、請求項38記載の生物。
- メタノールメチルトランスフェラーゼを更に含む、請求項38記載の生物。
- 前記メタノールメチルトランスフェラーゼが、mtaB、mtaB1、mtaB2、及びmtaB3からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項51記載の生物。
- 1)メタノール及びCO、2)メタノール、CO2及びH2、3)メタノール、CO、CO2及びH2、4)メタノール、並びにCO及びH2を含む合成ガス、及び5)メタノール、並びにCO、CO2及びH2を含む合成ガスからなる群から選択される原料を利用する、請求項51記載の生物。
- ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、及びメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼを更に含む、請求項38記載の生物。
- 前記ギ酸デヒドロゲナーゼが、moth_2312、moth_2313、moth_2314、sfum_2703、sfum_2704、sfum_2705、sfum_2706、chy_0731、chy_0732、及びchy_0733からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項54記載の生物。
- 前記ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼが、moth_0109、chy_2385、及びfhsからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項54記載の生物。
- 前記メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼが、moth_1516、folD、及びchy_1878からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項54記載の生物。
- 前記メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼが、moth_1516、folD、及びchy_1878からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項54記載の生物。
- 前記メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼが、moth_1191、metF、及びchy_1233からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項54記載の生物。
- 1) CO、2) CO2及びH2、3) CO及びCO2、4) CO及びH2を含む合成ガス、及び5) CO、CO2及びH2を含む合成ガスからなる群から選択される原料を利用する、請求項54記載の生物。
- 1,4-ブタンジオールを産生するのに十分な量で発現する1,4-ブタンジオール経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含む1,4-ブタンジオール経路を有する微生物を含み、該1,4-ブタンジオール経路酵素が、アセトアセチル-CoAチオラーゼ、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニル-CoAヒドラターゼ、4-ヒドロキシブチリル-CoAレダクターゼ(アルコール形成)、4-ヒドロキシブチリル-CoAレダクターゼ(アルデヒド形成)、及び1,4-ブタンジオールデヒドロゲナーゼを含む、非天然存在型微生物であって、アセチル-CoAを産生するのに十分な量で発現されるアセチル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むアセチル-CoA経路を更に含み、該アセチル-CoA経路酵素が、コリノイドタンパク質、メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄-硫黄タンパク質、ニッケル-タンパク質アセンブリタンパク質、フェレドキシン、アセチル-CoAシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、及びヒドロゲナーゼを含む、前記非天然存在型微生物。
- 前記アセトアセチル-CoAチオラーゼが、atoB、thlA、thlB、及びerg10からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドロゲナーゼが、hbd、msed_1423、msed_0399、msed_0389、及びmsed_1933からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記クロトナーゼが、crt、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、及びpaaGからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記クロトニル-CoAヒドラターゼが、abfD、msed_1321、及びmsed_1220からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記4-ヒドロキシブチリル-CoAレダクターゼ(アルコール形成)が、adhE、adhE2、mcr、rcas_2929、nap1_02720、及びmgp2080_00535からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記4-ヒドロキシブチリル-CoAレダクターゼ(アルデヒド形成)が、acr1、sucD、bphG、msed_0709、mcr、asd-2、及びsaci_2370からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記1,4-ブタンジオールデヒドロゲナーゼが、alrA、adh2、yqhD、bdh I、bdh II、及び4hbdからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記コリノイドタンパク質が、mtaC、mtaC1、mtaC2、及びmtaC3からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、mtaA、及びmtaA1、mtaA2からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、遺伝子acsEによりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記コリノイド鉄-硫黄タンパク質が、遺伝子acsDによりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記ニッケル-タンパク質アセンブリタンパク質が、acsF及びcooCからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記フェレドキシンが、遺伝子orf7によりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記アセチル-CoAシンターゼが、acsB及びacsCからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、遺伝子acsAによりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼが、por及びydbKからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項61記載の生物。
- 前記ヒドロゲナーゼが、hypA、hypB、hypC、hypD、hypE、hypF、moth_2175、moth_2176、moth_2177、moth_2178、moth_2179、moth_2180、moth_2181、hycA、hycB、hycC、hycD、hycE、hycF、hycG、hycH、hycI、hyfA、hyfB、hyfC、hyfD、hyfE、hyfF、hyfG、hyfH、hyfI、hyfJ、hyfR、moth_2182、moth_2183、moth_2184、moth_2185、moth_2186、moth_2187、moth_2188、moth_2189、moth_2190、moth_2191、moth_2192、moth_0439、moth_0440、moth_0441、moth_0442、moth_0809、moth_0810、moih_0811、moth_0812、moth_0813、moth_0814、moth_0815、moth_0816、moth_1193、moth_1194、moth_1195、moth_1196、moth_1717、moth_1718、moth_1719、moth_1883、moth_1884、moth_1885、moth_1886、moth_1887、moth_1888、moth_1452、moth_1453、及びmoth_1454からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項61記載の生物。
- 遺伝子acsEpsによりコードされるポリペプチドAcsEpsを更に含む、請求項61記載の生物。
- codh、codh-I、cooF、hypA、cooH、cooU、cooX、cooL、cooK、cooM、cooT、cooJ、及びcodh-IIからなる群から選択される遺伝子によりコードされる少なくとも1つの酵素又はポリペプチドを更に含む、請求項61記載の生物。
- メタノールメチルトランスフェラーゼを更に含む、請求項61記載の生物。
- 前記メタノールメチルトランスフェラーゼが、mtaB、mtaB1、mtaB2、及びmtaB3からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項81記載の生物。
- 1)メタノール及びCO、2)メタノール、CO2及びH2、3)メタノール、CO、CO2及びH2、4)メタノール、並びにCO及びH2を含む合成ガス、及び5)メタノール、並びにCO、CO2及びH2を含む合成ガスからなる群から選択される原料を利用する、請求項81記載の生物。
- 1,4-ブタンジオールを産生するのに十分な量で発現する1,4-ブタンジオール経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含む1,4-ブタンジオール経路を有する微生物を含み、該1,4-ブタンジオール経路酵素が、アセトアセチル-CoAチオラーゼ、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニル-CoAヒドラターゼ、4-ヒドロキシブチリル-CoAレダクターゼ(アルコール形成)、4-ヒドロキシブチリル-CoAレダクターゼ(アルデヒド形成)及び1,4-ブタンジオールデヒドロゲナーゼを含む、非天然存在型微生物であって、アセチル-CoAを産生するのに十分な量で発現するアセチル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むアセチル-CoA経路を更に含み、該アセチル-CoA経路酵素が、アセチル-CoAシンターゼ、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、及びメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼを含む、前記非天然存在型微生物。
- 前記ギ酸デヒドロゲナーゼが、moth_2312、moth_2313、moth_2314、sfum_2703、sfum_2704、sfum_2705、sfum_2706、chy_0731、chy_0732、及びchy_0733からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項84記載の生物。
- 前記ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼが、moth_0109、chy_2385、及びfhsからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項84記載の生物。
- 前記メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼが、moth_1516、folD、及びchy_1878からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項84記載の生物。
- 前記メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼが、moth_1516、folD、及びchy_1878からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項84記載の生物。
- 前記メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼが、moth_1191、metF、及びchy_1233からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項84記載の生物。
- 1) CO、2) CO2及びH2、3) CO及びCO2、4) CO及びH2を含む合成ガス、及び5) CO、CO2及びH2を含む合成ガスからなる群から選択される原料を利用する、請求項84記載の生物。
- イソプロパノールを産生するのに十分な量で発現されるイソプロパノール経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むイソプロパノール経路を有する微生物を含み、該イソプロパノール経路酵素が、アセトアセチル-CoAチオラーゼ、アセトアセチル-CoA:酢酸:CoAトランスフェラーゼ、アセト酢酸デカルボキシラーゼ、及びイソプロパノールデヒドロゲナーゼを含む、非天然存在型微生物であって、アセチル-CoAを産生するのに十分な量で発現されるアセチル-CoA酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を更に含み、該アセチル-CoA経路酵素が、メタノールメチルトランスフェラーゼ、コリノイドタンパク質、メチルテトラヒドロ-葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄-硫黄タンパク質、ニッケル-タンパク質アセンブリタンパク質、フェレドキシン、アセチル-CoAシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、及びヒドロゲナーゼを含む、前記非天然存在型微生物。
- 前記アセトアセチル-CoA:酢酸:CoAトランスフェラーゼが、atoA、atoD、ctfA、及びctfBからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項91記載の生物。
- イソプロパノールを産生するのに十分な量で発現されるイソプロパノール経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むイソプロパノール経路を有する微生物を含み、該イソプロパノール経路酵素が、アセトアセチル-CoAチオラーゼ、アセトアセチル-CoA:酢酸:CoAトランスフェラーゼ、アセト酢酸デカルボキシラーゼ、及びイソプロパノールデヒドロゲナーゼを含む、非天然存在型微生物であって、アセチル-CoAを産生するのに十分な量で発現するアセチル-CoA酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を更に含み、該アセチル-CoA経路酵素が、アセチル-CoAシンターゼ、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、及びメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼを含む、前記非天然存在型微生物。
- 前記アセトアセチル-CoA:酢酸:CoAトランスフェラーゼが、atoA、atoD、ctfA、及びctfBからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項93記載の生物。
- イソプロパノール経路を有する非天然存在型微生物を培養することを含む、イソプロパノールの生産方法であって、該経路が、イソプロパノールを産生する条件下及び十分な時間でイソプロパノールを産生するのに十分な量で発現されるイソプロパノール経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含み、該イソプロパノール経路がスクシニル-CoA:3-ケト酸-CoAトランスフェラーゼを含む、前記生産方法。
- 前記スクシニル-CoA:3-ケト酸-CoAトランスフェラーゼが、HPAG1_0676、HPAG1_0677、ScoA、ScoB、OXCT1、及びOXCT2からなる群から選択される遺伝子の1つ以上によりコードされる、請求項95記載の方法。
- アセトアセチル-CoAチオラーゼ、アセト酢酸デカルボキシラーゼ、及びイソプロパノールデヒドロゲナーゼを更に含む、請求項95記載の方法。
- 前記アセトアセチル-CoAチオラーゼが、atoB、thlA、thlB、及びerg10からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項95記載の方法。
- 前記アセト酢酸デカルボキシラーゼが、遺伝子adcによりコードされる、請求項95記載の方法。
- 前記イソプロパノールデヒドロゲナーゼが、adh及びipdhからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項95記載の方法。
- コリノイドタンパク質、メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄-硫黄タンパク質、ニッケル-タンパク質アセンブリタンパク質、フェレドキシン、アセチル-CoAシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、及びヒドロゲナーゼからなる群から選択される少なくとも1つの酵素又はポリペプチドを更に含む、請求項95記載の方法。
- 前記コリノイドタンパク質が、mtaC、mtaC1 、mtaC2、及びmtaC3からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項101記載の方法。
- 前記メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、mtaA、及びmtaA1、mtaA2からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項101記載の方法。
- 前記メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、遺伝子acsEによりコードされる、請求項101記載の方法。
- 前記コリノイド鉄-硫黄タンパク質が、遺伝子acsDによりコードされる、請求項101記載の方法。
- 前記ニッケル-タンパク質アセンブリタンパク質が、acsF及びcooCからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項101記載の方法。
- 前記フェレドキシンが、遺伝子orf7によりコードされる、請求項101記載の方法。
- 前記アセチル-CoAシンターゼが、acsB及びacsCからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項101記載の方法。
- 前記一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、遺伝子acsAによりコードされる、請求項101記載の方法。
- 前記ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼが、por及びydbKからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項101記載の方法。
- 前記ヒドロゲナーゼがhypA、hypB、hypC、hypD、hypE、hypF、moth_2175、moth_2176、moth_2177、moth_2178、moth_2179、moth_2180、moth_2181、hycA、hycB、hycC、hycD、hycE、hycF、hycG、hycH、hycI、hyfA、hyfB、hyfC、hyfD、hyfE、hyfF、hyfG、hyfH、hyfI、hyfJ、hyfR、moth_2182、moth_2183、moth_2184、moth_2185、moth_2186、moth_2187、moth_2188、moth_2189、moth_2190、moth_2191、moth_2192、moth_0439、moth_0440、moth_0441、moth_0442、moth_0809、moth_0810、moih_0811、moth_0812、moth_0813、moth_0814、moth_0815、moth_0816、moth_1193、moth_1194、moth_1195、moth_1196、moth_1717、moth_1718、moth_1719、moth_1883、moth_1884、moth_1885、moth_1886、moth_1887、moth_1888、moth_1452、moth_1453、及びmoth_1454からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項101記載の方法。
- 遺伝子acsEpsによりコードされるポリペプチドAcsEpsを更に含む、請求項101の方法。
- codh、codh-I、cooF、hypA、cooH、cooU、cooX、cooL、cooK、cooM、cooT、cooJ、及びcodh-IIからなる群から選択される遺伝子によりコードされる少なくとも1つの酵素又はポリペプチドを更に含む、請求項101の方法。
- メタノールメチルトランスフェラーゼを更に含む、請求項101の方法。
- 前記メタノールメチルトランスフェラーゼが、mtaB、mtaB1、mtaB2、及びmtaB3からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項114記載の方法。
- 前記生物が、1)メタノール及びCO、2)メタノール、CO2及びH2、3)メタノール、CO、CO2及びH2、4)メタノール、並びにCO及びH2を含む合成ガス、及び5)メタノール、並びにCO、CO2及びH2を含む合成ガスからなる群から選択される原料を利用する、請求項114記載の方法。
- 前記生物が、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、及びメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼを更に含む、請求項101記載の方法。
- 前記ギ酸デヒドロゲナーゼが、moth_2312、moth_2313、moth_2314、sfum_2703、sfum_2704、sfum_2705、sfum_2706、chy_0731、chy_0732、及びchy_0733からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項117記載の方法。
- 前記ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼが、moth_0109、chy_2385、及びfhsからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項117記載の方法。
- 前記メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼが、moth_1516、folD、及びchy_1878からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項117記載の方法。
- 前記メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼが、moth_1516、folD、及びchy_1878からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項117記載の方法。
- 前記メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼが、moth_1191、metF、及びchy_1233からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項117記載の方法。
- 前記生物が、1) CO、2) CO2及びH2、3) CO及びCO2、4) CO及びH2を含む合成ガス、及び5) CO、CO2及びH2を含む合成ガスからなる群から選択される原料を利用する、請求項117記載の方法。
- 4-ヒドロキシ酪酸経路を有する非天然存在型微生物を培養することを含む、4-ヒドロキシ酪酸の生産方法であって、該経路が、4-ヒドロキシ酪酸を産生する条件下及び十分な時間で4-ヒドロキシ酪酸を産生するのに十分な量で発現する4-ヒドロキシ酪酸経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含み、該4-ヒドロキシ酪酸経路が、アセトアセチル-CoAチオラーゼ、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニル-CoAヒドラターゼ、4-ヒドロキシブチリル-CoAトランスフェラーゼ、ホスホトランス-4-ヒドロキシブチリラーゼ、及び4-ヒドロキシ酪酸キナーゼを含む、前記生産方法。
- 前記アセトアセチル-CoAチオラーゼが、atoB、thlA、thlB、及びerg10からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項124記載の方法。
- 前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドロゲナーゼが、hbd、msed_1423、msed_0399、msed_0389、及びmsed_1933からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項124記載の方法。
- 前記クロトナーゼが、crt、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、及びpaaGからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項124記載の方法。
- 前記クロトニル-CoAヒドラターゼが、abfD、msed_1321、及びmsed_1220からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項124記載の方法。
- 前記4-ヒドロキシブチリル-CoAトランスフェラーゼが、cat2、abfT-2、abfT-1、及びabfTからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項124記載の方法。
- 前記ホスホトランス-4-ヒドロキシブチリラーゼが、pta及びptbからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項124記載の方法。
- 前記4-ヒドロキシ酪酸キナーゼが、ackA、buk1、buk2、及びproBからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項124記載の方法。
- 前記生物が、コリノイドタンパク質、メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄-硫黄タンパク質、ニッケル-タンパク質アセンブリタンパク質、フェレドキシン、アセチル-CoAシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、及びヒドロゲナーゼからなる群から選択される少なくとも1つの酵素又はポリペプチドを更に含む、請求項124記載の方法。
- 前記コリノイドタンパク質が、mtaC、mtaC1、mtaC2、及びmtaC3からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項132記載の方法。
- 前記メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、mtaA、及びmtaA1、mtaA2からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項132記載の方法。
- 前記メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、遺伝子acsEによりコードされる、請求項132記載の方法。
- 前記コリノイド鉄-硫黄タンパク質が、遺伝子acsDによりコードされる、請求項132記載の方法。
- 前記ニッケル-タンパク質アセンブリタンパク質が、acsF及びcooCからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項132記載の方法。
- 前記フェレドキシンが、遺伝子orf7によりコードされる、請求項132記載の方法。
- 前記アセチル-CoAシンターゼが、acsB及びacsCからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項132記載の方法。
- 前記一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、遺伝子acsAによりコードされる、請求項132記載の方法。
- 前記ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼが、por及びydbKからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項132記載の方法。
- 前記ヒドロゲナーゼが、hypA、hypB、hypC、hypD、hypE、hypF、moth_2175、moth_2176、moth_2177、moth_2178、moth_2179、moth_2180、moth_2181、hycA、hycB、hycC、hycD、hycE、hycF、hycG、hycH、hycI、hyfA、hyfB、hyfC、hyfD、hyfE、hyfF、hyfG、hyfH、hyfI、hyfJ、hyfR、moth_2182、moth_2183、moth_2184、moth_2185、moth_2186、moth_2187、moth_2188、moth_2189、moth_2190、moth_2191、moth_2192、moth_0439、moth_0440、moth_0441、moth_0442、moth_0809、moth_0810、moih_0811、moth_0812、moth_0813、moth_0814、moth_0815、moth_0816、moth_1193、moth_1194、moth_1195、moth_1196、moth_1717、moth_1718、moth_1719、moth_1883、moth_1884、moth_1885、moth_1886、moth_1887、moth_1888、moth_1452、moth_1453、及びmoth_1454からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項132記載の方法。
- 遺伝子acsEpsによりコードされるポリペプチドAcsEpsを更に含む、請求項132記載の方法。
- codh、codh-I、cooF、hypA、cooH、cooU、cooX、cooL、cooK、cooM、cooT、cooJ、及びcodh-IIからなる群から選択される遺伝子によりコードされる少なくとも1つの酵素又はポリペプチドを更に含む、請求項132記載の方法。
- メタノールメチルトランスフェラーゼを更に含む、請求項132記載の方法。
- 前記メタノールメチルトランスフェラーゼが、mtaB、mtaB1、mtaB2、及びmtaB3からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項145記載の方法。
- 前記生物が、1)メタノール及びCO、2)メタノール、CO2及びH2、3)メタノール、CO、CO2及びH2、4)メタノール、並びにCO及びH2を含む合成ガス、及び5)メタノール、並びにCO、CO2及びH2を含む合成ガスからなる群から選択される原料を利用する、請求項145記載の方法。
- 前記生物が、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、及びメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼを更に含む、請求項132記載の方法。
- 前記ギ酸デヒドロゲナーゼが、moth_2312、moth_2313、moth_2314、sfum_2703、sfum_2704、sfum_2705、sfum_2706、chy_0731、chy_0732、及びchy_0733からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項148記載の方法。
- 前記ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼが、moth_0109、chy_2385、及びfhsからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項148記載の方法。
- 前記メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼが、moth_1516、folD、及びchy_1878からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項148記載の方法。
- 前記メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼが、moth_1516、folD、及びchy_1878からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項148記載の方法。
- 前記メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼが、moth_1191、metF、及びchy_1233からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項148記載の方法。
- 前記生物が、1) CO、2) CO2及びH2、3) CO及びCO2、4) CO及びH2を含む合成ガス、及び5) CO、CO2及びH2 を含む合成ガスからなる群から選択される原料を利用する、請求項148記載の方法。
- 1,4-ブタンジオール経路を有する非天然存在型微生物を培養することを含む、1,4-ブタンジオールの生産方法であって、該経路が、1,4-ブタンジオールを産生する条件下及び十分な時間で1,4-ブタンジオールを産生するのに十分な量で発現される1,4-ブタンジオール経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含み、該1,4-ブタンジオール経路が、アセトアセチル-CoAチオラーゼ、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニル-CoAヒドラターゼ、4-ヒドロキシブチリル-CoAレダクターゼ(アルコール形成)、4-ヒドロキシブチリル-CoAレダクターゼ(アルデヒド形成)、1,4-ブタンジオールデヒドロゲナーゼを含み、該生物が、アセチル-CoAを産生するのに十分な量で発現されるアセチル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むアセチル-CoA経路を更に含み、該アセチル-CoA経路酵素が、コリノイドタンパク質、メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄-硫黄タンパク質、ニッケル-タンパク質アセンブリタンパク質、フェレドキシン、アセチル-CoAシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼ、及びヒドロゲナーゼを含む、前記生産方法。
- 前記アセトアセチル-CoAチオラーゼが、atoB、thlA、thlB、及びerg10からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドロゲナーゼが、hbd、msed_1423、msed_0399、msed_0389、及びmsed_1933からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記クロトナーゼが、crt、paaA、paaB、phaA、phaB、maoC、paaF、及びpaaGからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記クロトニル-CoAヒドラターゼが、abfD、msed_1321、及びmsed_1220からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記4-ヒドロキシブチリル-CoAレダクターゼ(アルコール形成)が、adhE、adhE2、mcr、rcas_2929、nap1_02720、及びmgp2080_00535からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記4-ヒドロキシブチリル-CoAレダクターゼ(アルデヒド形成)が、acr1、sucD、bphG、msed_0709、mcr、asd-2、及びsaci_2370からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記1,4-ブタンジオールデヒドロゲナーゼが、alrA、adh2、yqhD、bdh I、bdh II、及び4hbdからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記コリノイドタンパク質が、mtaC、mtaC1、mtaC2、及びmtaC3からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、mtaA、及びmtaA1、mtaA2からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、遺伝子acsEによりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記コリノイド鉄-硫黄タンパク質が、遺伝子acsDによりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記ニッケル-タンパク質アセンブリタンパク質が、acsF及びcooCからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記フェレドキシンが、遺伝子orf7によりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記アセチル-CoAシンターゼが、acsB及びacsCからなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、遺伝子acsAによりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼが、por及びydbKからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記ヒドロゲナーゼが、hypA、hypB、hypC、hypD、hypE、hypF、moth_2175、moth_2176、moth_2177、moth_2178、moth_2179、moth_2180、moth_2181、hycA、hycB、hycC、hycD、hycE、hycF、hycG、hycH、hycI、hyfA、hyfB、hyfC、hyfD、hyfE、hyfF、hyfG、hyfH、hyfI、hyfJ、hyfR、moth_2182、moth_2183、moth_2184、moth_2185、moth_2186、moth_2187、moth_2188、moth_2189、moth_2190、moth_2191、moth_2192、moth_0439、moth_0440、moth_0441、moth_0442、moth_0809、moth_0810、moih_0811、moth_0812、moth_0813、moth_0814、moth_0815、moth_0816、moth_1193、moth_1194、moth_1195、moth_1196、moth_1717、moth_1718、moth_1719、moth_1883、moth_1884、moth_1885、moth_1886、moth_1887、moth_1888、moth_1452、moth_1453、及びmoth_1454からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子によりコードされる、請求項155記載の方法。
- 前記生物が、遺伝子acsEpsによりコードされるポリペプチドAcsEpsを更に含む、請求項155記載の方法。
- codh、codh-I、cooF、hypA、cooH、cooU、cooX、cooL、cooK、cooM、cooT、cooJ、及びcodh-IIからなる群から選択される遺伝子によりコードされる少なくとも1つの酵素又はポリペプチドを更に含む、請求項155記載の方法。
- メタノールメチルトランスフェラーゼを更に含む、請求項155記載の方法。
- 前記メタノールメチルトランスフェラーゼが、mtaB、mtaB1、mtaB2、及びmtaB3からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項175記載の方法。
- 前記生物が、1)メタノール及びCO、2)メタノール、CO2及びH2、3)メタノール、CO、CO2及びH2、4)メタノール、並びにCO及びH2を含む合成ガス、及び5)メタノール、並びにCO、CO2及びH2を含む合成ガスからなる群から選択される原料を利用する、請求項175記載の方法。
- 1,4-ブタンジオール経路を有する非天然存在型微生物を培養することを含む、1,4-ブタンジオールの生産方法であって、該経路が、1,4-ブタンジオールを産生する条件下及び十分な時間で1,4-ブタンジオールを産生するのに十分な量で発現される1,4-ブタンジオール経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含み、該1,4-ブタンジオール経路が、アセトアセチル-CoAチオラーゼ、3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニル-CoAヒドラターゼ、4-ヒドロキシブチリル-CoAレダクターゼ(アルコール形成)、4-ヒドロキシブチリル-CoAレダクターゼ(アルデヒド形成)、1,4-ブタンジオールデヒドロゲナーゼを含み、該生物が、アセチル-CoAを産生するのに十分な量で発現するアセチル-CoA経路酵素をコードする少なくとも1つの外来性核酸を含むアセチル-CoA経路を更に含み、該アセチル-CoA経路酵素が、アセチル-CoAシンターゼ、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、及びメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼを含む、前記生産方法。
- 前記ギ酸デヒドロゲナーゼが、moth_2312、moth_2313、moth_2314、sfum_2703、sfum_2704、sfum_2705、sfum_2706、chy_0731、chy_0732、及びchy_0733からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項178記載の方法。
- 前記ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼが、moth_0109、chy_2385、及びfhsからなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項178記載の方法。
- 前記メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼが、moth_1516、folD、及びchy_1878からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項178記載の方法。
- 前記メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼが、moth_1516、folD、及びchy_1878からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項178記載の方法。
- 前記メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼが、moth_1191、metF、及びchy_1233からなる群から選択される遺伝子によりコードされる、請求項178記載の方法。
- 前記生物が、1) CO、2) CO2及びH2、3) CO及びCO2、4) CO及びH2を含む合成ガス、及び5) CO、CO2及びH2を含む合成ガスからなる群から選択される原料を利用する、請求項178記載の方法。
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