JP2010008391A - 分析用チップ - Google Patents
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Abstract
【解決手段】選択結合性物質がその表面に固定された基板1と、該基板と接着されたカバー部材3とを備え、該基板と該カバー部材との間に空隙を有し、該空隙に微粒子2が移動可能に格納又は注入された分析用チップであって、該空隙に該選択結合性物質と検体の結合反応のための反応液であって消泡剤及び/又は非イオン界面活性剤を含有する反応液を保持する分析用チップ。
【選択図】図1
Description
(1)分析用チップの基板の作製
公知の方法であるLIGA(Lithographie Galvanoformung Abformung)プロセスを用いて、射出成形用の型を作製し、射出成型法により後述するような形状を有するポリメチルメタクリレート(PMMA)製の基板を得た。用いたPMMAの平均分子量は5万であり、PMMA中には1重量%の割合で、カーボンブラック(三菱化学製 #3050B)を含有させて、基板を黒色にした。この黒色基板の分光反射率と分光透過率を測定したところ、分光反射率は、可視光領域(波長が400nmから800nm)のいずれの波長でも5%以下であり、また、同範囲の波長で、透過率は0.5%以下であった。分光反射率、分光透過率とも、可視光領域において特定のスペクトルパターン(ピークなど)はなく、スペクトルは一様にフラットであった。なお、分光反射率は、JIS Z 8722の条件Cに適合した照明・受光光学系を搭載した装置(ミノルタカメラ製、CM−2002)を用いて、基板からの正反射光を取り込んだ場合の分光反射率を測定した。
基板Aに対し、以下の条件で、それぞれ選択結合性物質(プローブDNA)としてオリゴヌクレオチドを固定化した。オリゴヌクレオチドとしては、オペロン社製DNAマイクロアレイ用オリゴヌクレオチドセット“Homo sapiens (human) AROS V4.0(各60塩基)”を用いた。このオリゴヌクレオチドを、純水に0.3nmol/μLの濃度となるよう溶解させて、ストック溶液とした。このストック溶液を基板にスポット(点着)する際は、PBS(8gのNaCl、2.9gのNa2HPO4・12H2O、0.2gのKCl、及び0.2gのKH2PO4を合わせて純水に溶かし、1Lにメスアップしたものに、塩酸を加えてpH5.5に調整したもの)で10倍希釈して、プローブDNAの終濃度を0.03nmol/μLとし、かつ、PMMA製基板表面に生成させたカルボキシル基とプローブDNAの末端アミノ基とを縮合させるため、1−エチル−3−(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド(EDC)を加え、この終濃度を50mg/mLとした。この溶液をアレイヤー(スポッター)(日本レーザー電子製;Gene Stamp−II)を用いて、基板Aの全ての凸部上面にスポットした。次いで、スポットした基板を密閉したプラスチック容器に入れて、37℃、湿度100%の条件で20時間程度インキュベートした。最後に純水で基板を洗浄し、スピンドライヤーで遠心して乾燥した。
選択結合性物質を固定化した上記基板Aに対し、次のようにカバー部材を貼付した。カバー部材としては、縦41.4mm、横21mm、厚さ1mmのPMMA平板を切削加工により作製してカバー部材とした。作製した該カバー部材には、貫通孔及び液面駐止用チャンバーを図6の32、33に例示するように設けた。そして接着部材として縦41.4mm、横21mmを幅1mmの両面テープを用い、この両面テープをカバー部材を縁取るように、かつ厚さ50μmで積層させて貼り付けたのち、該カバー部材を基板Aに貼付した。
検体としては、マイクロアレイの検体として一般的な、aRNA(antisense RNA)を用いた。市販のヒト培養細胞由来total RNA(CLONTECH社製Human Reference RNA)5μgから、Ambion社製aRNA調製キットを使用して、5μgのCy3標識aRNAを得た
(5)選択結合性物質と検体とのハイブリダイゼーションのための反応液
以下の実施例、比較例で特に断りのない限り、上記で調製した標識aRNAを、1重量%BSA、5×SSC、0.01重量%サケ精子DNA、0.1重量%SDSの溶液(各濃度はいずれも終濃度)で希釈したものを用いた。
上記(3)でカバー部材を貼りつけた基板Aに、直径180μmのジルコニア製微粒子(東レ(株)製)120mgを、基板Aとカバー部材とで形成される空隙(基板A表面の凹凸構造の凹部)に注入(格納)した。微粒子の注入は、カバー部材の貫通孔(図1、2、6に例示される貫通孔32)から行った。以上のようにして得られた分析用チップを、「分析用チップ1」とした。
マイクロピペットを用いて、分析用チップ1の基板Aとカバー部材との空隙(反応槽)に、Cy3標識aRNA200ngを含む反応液165μLを貫通孔より注入した。このとき、容易に溶液を注入でき、気泡が混入することはなかった。封止材としてカプトンテープ(アズワン)を用い、4つの貫通孔を塞いだ。ハイブリダイゼーションチャンバー(Takara Hybridization chamber(タカラバイオ(株)製))を、シート振盪台(東京理化器械(株)製 MMS FIT−S)に密着させて固定し、分析用チップ1をハイブリダイゼーションチャンバー内にセットした。このとき、分析用チップ1をセットする位置の両端の凹みに、15μLずつ超純水を滴下した。ハイブリダイゼーションチャンバー蓋を閉めた後、6本の固定ネジを締めて固定し、42℃に設定した恒温チャンバー(東京理化器械(株)製 FMS−1000)内に据え付けた振盪機(東京理化器械(株)製 MMS−310)の上に載せて固定した。恒温チャンバーの前面をアルミホイルで遮光して、250回転/分で旋回振盪しながら、42℃で16時間インキュベートした。インキュベート後、ハイブリダイゼーションチャンバーから分析用チップ1を取り出した。
分析用チップ1の基板Aに接着したカバー部材と両面テープを脱離した後、基板Aを洗浄、乾燥した。DNAチップ用のスキャナー(Axon Instruments社製 GenePix 4000B)に上記処理後の基板Aをセットし、レーザー出力33%、フォトマルチプライヤーの電圧設定を500にした状態において、ハイブリダイゼーション反応した検体の標識体シグナル値(蛍光強度)、バックグラウンドノイズを測定した。全9248個のスポットのうち、32個をバックグラウンド蛍光値測定用のネガティブコントロールスポットとし、個々のシグナル値からバックグラウンドシグナル値を差し引いて各スポットの真のシグナル値を算出した。
比較例1(5)で調製した反応液を次のように脱気処理を行ったこと以外は、比較例1と同様に作製した分析用チップ1を用いた評価を実施した。反応液175μlを0.2mlPCRチューブ(アシスト社製72.737.002)にいれ、フタを開けたまま脱気装置(ULVAC社製アスピレーターNDA−015型)にセットして脱気を行った。脱気時の到達圧力は、装置の表示で50hPa、脱気時間は25分間とした。
比較例1(5)で調製した反応液に、消泡剤として和光純薬工業株式会社製消泡剤“PE-L”をv/v濃度で0.05%となるよう添加し、反応液を次のように脱気処理を行ったこと以外は、比較例1と同様に作製した分析用チップ1を用いた評価を実施した。反応液175μlを0.2mlPCRチューブ(アシスト社製72.737.002)にいれ、フタを開けたまま脱気装置(ULVAC社製アスピレーターNDA−015型)にセットして脱気を行った。脱気時の到達圧力は装置表示で50hPa、脱気時間は25分間とした。
反応液に、消泡剤として和光純薬工業株式会社製消泡剤“SI”をv/v濃度で0.05%となるよう添加したこと以外は、実施例1と同様に脱気した分析用チップ1を用いた評価を実施した。脱気時間は25分間とした。
反応液に、消泡剤として和光純薬工業株式会社製“グリコール酸”をv/v濃度で0.05%となるよう添加したこと以外は、実施例1と同様に脱気した分析用チップ1を用いた評価を実施した。脱気時間は25分間とした。
比較例1(3)でカバー部材を貼りつけた基板Aに、界面活性剤ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)をコーティングした直径180μmのジルコニア製微粒子(東レ(株)製)120mgを、基板Aとカバー部材とで形成される空隙(基板A表面の凹凸構造の凹部)に注入(格納)し、その他は実施例1と同様に分析用チップを作製した。微粒子の注入は、カバー部材の貫通孔(図1、2、6に例示される貫通孔32)から行った。以上のようにして得られた分析用チップを、「分析用チップ2」とした。また、反応液については実施例1と同様に調整した。
比較例1(3)でカバー部材を貼りつけた基板Aに、界面活性剤ポリオキシエチレン(20)ソルビタンモノラウリン酸エステル(ポリソルベート20、Tween20)をコーティングした直径180μmのジルコニア製微粒子120mgを、基板Aとカバー部材とで形成される空隙(基板A表面の凹凸構造の凹部)に注入(格納)し、その他は実施例1と同様に分析用チップを作製した。微粒子の注入は、カバー部材の貫通孔(図1、2、6に例示される貫通孔32)から行った。以上のようにして得られた分析用チップを、「分析用チップ3」とした。また、反応液については実施例1と同様に調整した。
比較例1(3)でカバー部材を貼りつけた基板Aに、界面活性剤臭化セチルトリメチルアンモニウム(Cetyltrimethylammonium Bromide、CTAB)をコーティングした直径180μmのジルコニア製微粒子120mgを、基板Aとカバー部材とで形成される空隙(基板A表面の凹凸構造の凹部)に注入(格納)し、その他は実施例1と同様に分析用チップを作製した。微粒子の注入は、カバー部材の貫通孔(図1、2、6に例示される貫通孔32)から行った。以上のようにして得られた分析用チップを、「分析用チップ4」とした。また、反応液については実施例1と同様に調整した。
実施例4と同様に「分析用チップ2」を用い、反応液については実施例1の反応液に含まれる界面活性剤SDS濃度を0.1%から2%に増やしたものを使用した。
比較例1(5)で調製した反応液に、和光純薬工業株式会社製消泡剤“PE-L”をv/v濃度で0.05%となるよう添加したこと以外は、比較例1と同様に作製した分析用チップ1を用いた評価を実施した。
実施例4と同様に「分析用チップ2」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから0.1%Tween20に変更したものを使用した。
実施例4及び8と同様に「分析用チップ2」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから10%Tween20に変更したものを使用した。
実施例5と同様に「分析用チップ3」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから0.1%Tween20に変更したものを使用した。
実施例5及び10と同様に「分析用チップ3」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから10%Tween20に変更したものを使用した。
比較例1(3)でカバー部材を貼りつけた基板Aに、界面活性剤Tween60をコーティングした直径180μmのジルコニア製微粒子(東レ(株)製)120mgを、基板Aとカバー部材とで形成される空隙(基板A表面の凹凸構造の凹部)に注入(格納)し、その他は実施例1と同様に分析用チップを作製した。微粒子の注入は、カバー部材の貫通孔(図1、2、6に例示される貫通孔32)から行った。以上のようにして得られた分析用チップを、「分析用チップ5」とした。
実施例13と同様に「分析用チップ5」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから10%Tween60に変更したものを使用した。
比較例1(3)でカバー部材を貼りつけた基板Aに、界面活性剤Tween80をコーティングした直径180μmのジルコニア製微粒子(東レ(株)製)120mgを、基板Aとカバー部材とで形成される空隙(基板A表面の凹凸構造の凹部)に注入(格納)し、その他は実施例1と同様に分析用チップを作製した。微粒子の注入は、カバー部材の貫通孔(図1、2、6に例示される貫通孔32)から行った。以上のようにして得られた分析用チップを、「分析用チップ6」とした。
実施例15と同様に「分析用チップ6」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから10%Tween80に変更したものを使用した。
実施例4及び9と同様に「分析用チップ2」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから0.1%PluronicF−68に変更したものを使用した。
比較例1(3)でカバー部材を貼りつけた基板Aに、界面活性剤PluronicF−68をコーティングした直径180μmのジルコニア製微粒子(東レ(株)製)120mgを、基板Aとカバー部材とで形成される空隙(基板A表面の凹凸構造の凹部)に注入(格納)し、その他は実施例1と同様に分析用チップを作製した。微粒子の注入は、カバー部材の貫通孔(図1、2、6に例示される貫通孔32)から行った。以上のようにして得られた分析用チップを、「分析用チップ7」とした。
実施例15と同様に「分析用チップ7」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから3%PluronicF−68に変更したものを使用した。
実施例4及び8と同様に「分析用チップ2」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから0.1%PluronicF−127に変更したものを使用した。
比較例1(3)でカバー部材を貼りつけた基板Aに、界面活性剤Pluronic F−127をコーティングした直径180μmのジルコニア製微粒子(東レ(株)製)120mgを、基板Aとカバー部材とで形成される空隙(基板A表面の凹凸構造の凹部)に注入(格納)し、その他は実施例1と同様に分析用チップを作製した。微粒子の注入は、カバー部材の貫通孔(図1、2、6に例示される貫通孔32)から行った。以上のようにして得られた分析用チップを、「分析用チップ8」とした。
実施例21と同様に「分析用チップ8」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから3%Pluronic F−127に変更したものを使用した。
実施例4及び9と同様に「分析用チップ2」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから0.1%TritonX−100に変更したものを使用した。
比較例1(3)でカバー部材を貼りつけた基板Aに、界面活性剤Triton X−100をコーティングした直径180μmのジルコニア製微粒子(東レ(株)製)120mgを、基板Aとカバー部材とで形成される空隙(基板A表面の凹凸構造の凹部)に注入(格納)し、その他は実施例1と同様に分析用チップを作製した。微粒子の注入は、カバー部材の貫通孔(図1、2、6に例示される貫通孔32)から行った。以上のようにして得られた分析用チップを、「分析用チップ9」とした。
実施例24と同様に「分析用チップ9」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから0.1%TritonX−100に変更したものを使用した。
実施例4及び9と同様に「分析用チップ2」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから0.1%NP−40に変更したものを使用した。
比較例1(3)でカバー部材を貼りつけた基板Aに、界面活性剤NP−40をコーティングした直径180μmのジルコニア製微粒子(東レ(株)製)120mgを、基板Aとカバー部材とで形成される空隙(基板A表面の凹凸構造の凹部)に注入(格納)し、その他は実施例1と同様に分析用チップを作製した。微粒子の注入は、カバー部材の貫通孔(図1、2、6に例示される貫通孔32)から行った。以上のようにして得られた分析用チップを、「分析用チップ10」とした。
実施例27と同様に「分析用チップ9」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから10%NP−40に変更したものを使用した。
比較例1(3)でカバー部材を貼りつけた基板Aに、界面活性剤CHAPSOをコーティングした直径180μmのジルコニア製微粒子(東レ(株)製)120mgを、基板Aとカバー部材とで形成される空隙(基板A表面の凹凸構造の凹部)に注入(格納)し、その他は実施例1と同様に分析用チップを作製した。微粒子の注入は、カバー部材の貫通孔(図1、2、6に例示される貫通孔32)から行った。以上のようにして得られた分析用チップを、「分析用チップ11」とした。
比較例3と同様に「分析用チップ11」を用い、反応液については比較例2の反応液に含まれる界面活性剤を0.1%SDSから1%CHAPSOに変更したものを使用した。
2 微粒子
3 カバー部材
10 凹部
11 凸部
12 選択結合性物質が固定化された領域(凹凸部)
13 平坦部
26 発生した気泡の例
30 接着部材
30A 仕切り構造の接着部材
32 貫通孔
33 液面駐止用チャンバー
34 封止部材(テープ)
45 基板に固定化された選択結合性物質
L1 凸部ピッチ
Claims (9)
- 選択結合性物質が表面に固定化された基板と、該基板と接着されたカバー部材とを備え、該基板と該カバー部材との間に空隙を有し、該空隙に微粒子が移動可能に格納された分析用チップであって、該空隙に該選択結合性物質と検体の結合反応のための反応液であって消泡剤及び/又は非イオン界面活性剤を含有する反応液を保持する分析用チップ。
- 前記消泡剤が、ポリエーテル系消泡剤又はシリコーン系消泡剤である請求項1に記載の分析用チップ。
- 前記微粒子の表面に界面活性剤がコーティングされている、請求項1又は2に記載の分析用チップ。
- 前記界面活性剤が陰イオン界面活性剤又は非イオン界面活性剤である、請求項3に記載の分析用チップ。
- 前記基板が、その表面に凹部及び凸部からなる凹凸部を有し、該凸部の上端面に選択結合性物質が固定化された基板である、請求項1〜4のいずれか一項に記載の分析用チップ。
- 前記カバー部材が前記空隙に連通する1つ以上の貫通孔を有する、請求項1〜5のいずれか一項に記載の分析用チップ。
- 前記基板の選択結合性物質固定化面とカバー部材との間隔の最短距離が、微粒子の直径未満である請求項1〜6のいずれか一項に記載の分析用チップ。
- 前記選択結合性物質が、DNA、RNA、蛋白質、ペプチド、糖、糖鎖又は脂質である、請求項1〜7のいずれか一項に記載の分析用チップ。
- 選択結合性物質が表面に固定化された基板と、該基板と接着されたカバー部材とを備え、該基板と該カバー部材との間に空隙を有し、該空隙に微粒子が移動可能に格納された分析用チップと、該選択結合性物質と検体の結合反応のための反応液であって消泡剤及び/又は非イオン界面活性剤を含有する反応液を含む分析用キット。
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