JP2006125901A - キャピラリー電気泳動装置 - Google Patents

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Abstract

【課題】レーザ照射における照射効率のばらつきと検出におけるレンズの感度位置依存性により、2次元検出器上でのキャピラリー間の強度のばらつきが大きくなる。
【解決手段】マルチフォーカス照射方式における照射配列体の中心近傍に位置するキャピラリーの検出端面を検出部集光レンズの中心軸近傍に配置する。
【選択図】図5

Description

本発明はDNA、RNA、又はタンパク質等の生体物質の分離分析装置に関する技術分野に属し、特に試料分離用カラムにキャピラリーを複数本使用し、試料計測方法として蛍光検出方法を用いたキャピラリーアレイ電気泳動装置に関わる技術分野に属する。
電気泳動はDNAやRNA等を分離分析する基本的な手段である。従来、電気泳動分離用カラムとして2枚のガラス板にゲルを挟めたスラブゲルを使用したスラブゲル電気泳動装置が用いられてきた。しかし、ヒトゲノム計画に代表される大規模な分離分析の重要性が高まるのに伴い、電気泳動装置に高速、高スループットな性能が求められるようになった。それを実現するために開発された装置がキャピラリー電気泳動装置である。一般的に、キャピラリー電気泳動装置では、DNA等の試料に蛍光体を標識し、それらをレーザ照射し、前記蛍光体から発した蛍光を計測する。
レーザ照射方法に関しては、例えば特許文献1では、キャピラリーを平面状に配列させ、レーザ光をキャピラリーが配列する配列体の側方より配列平面に平行に照射し、複数のキャピラリーを同時に照射する方法が記載されている(以下では、特許文献1のレーザ照射法をマルチフォーカス照射方式と呼ぶ)。また、非特許文献1では、レーザ光をシリンドリカルレンズによってキャピラリーの配列方向に拡げ、複数本並列に並んだキャピラリーの配列面と垂直方向からすべてのキャピラリーを同時に照射する方法が記載されている(以下では、非特許文献1のレーザ照射法を一括照射方式と呼ぶ)。
一方、検出方法に関しては、特許文献1のようにDNAから放射された蛍光をDNAの泳動方向に直交する方向から検出する方法(以下では特許文献1の蛍光検出法を直交検出と呼ぶ)がある。また、特許文献2には、キャピラリー中を電気泳動するDNAにレーザ光を照射し、放射された蛍光光を内部全反射によりキャピラリーに導くことが記載されている。また、非特許文献2では、キャピラリー中を電気泳動するDNAにレーザ光を照射し、キャピラリー自身を導波路として作用させ、DNAに標識された蛍光体から放射された蛍光をキャピラリー末端まで伝送させることが記載されている。特許文献2および非特許文献2はともに、キャピラリー末端から蛍光を検出することを記載している(以下では、この蛍光検出法を末端検出と呼ぶ)。
非特許文献1では91本のキャピラリーを集積し、91個のDNA試料の同時シーケンシングに成功している。なお、非特許文献2および特許文献2におけるレーザ照射法は、一括照射方式である。
特開平9−96623号公報
米国特許第6661510B1 Anal. Chem. 66, pp. 1424-1431(1994) Electrophoresis 2000, vol.21, pp. 3290-3304.
キャピラリー電気泳動装置には、多数本のキャピラリーに対する同時蛍光計測を高感度に行うことが求められている。そのためには、高効率なレーザ照射方法と検出方法が必要となる。
大多数のキャピラリーを高感度かつ同時蛍光計測するための構成を以下に検討する。
照射効率に関して、一括照射方式ならびにマルチフォーカス照射方式を検討する。一括照射方式では、使用するキャピラリーの本数に比例して照射効率が低下する。キャピラリーの内径/外径比や屈折率境界面での反射も照射効率低下の要因となる。一方、マルチフォーカス照射方式では、照射効率低下の主な要因は屈折率境界面での反射である。例えば、レーザ光を照射するキャピラリーの本数20本、キャピラリーの内径50μm、外径150μm、ガラス屈折率1.46、分離媒体屈折率1.36とした場合、各照射方式における最低照射効率を示すキャピラリーの照射効率は、一括照射方式で約0.82%、マルチフォーカス照射方式で約25%となる。したがって、マルチフォーカス照射方式の方が、高い照射効率が得られることが分かる。
マルチフォーカス照射方式において数百本という大多数のキャピラリーを同時計測する場合、すべてのキャピラリーのレーザ照射位置を一列に平面状に並べた配列体(以下では、照射配列体と呼ぶ)を形成させ、この配列体の側方よりレーザ光を照射すると、反射や屈折によりキャピラリー内径に照射されるレーザ強度は減衰し、すべてのキャピラリーにレーザ光が到達しなくなる。そこで、複数本のキャピラリーから成る照射配列体を複数形成させ、レーザ光を分割し、前記配列体それぞれの両側方よりレーザ光を照射することで、すべてのキャピラリーを高効率にレーザ光を照射できる。この場合、照射配列体を複数平行に並べることにより、大多数のキャピラリーのレーザが照射される近傍部(以下、照射部と呼ぶ)を非常にコンパクトに配置できる。
検出方法に関して、一般的なDNAシーケンサの蛍光検出は、以下のように行っている。発光点からの光を、第一レンズによって集光(以下では、この第一レンズを集光レンズと呼ぶ)して平行光にし、プリズムや回折格子を使って分光した後に、第二レンズによって検出器に結像させる(以下では、この第二レンズを結像レンズと呼ぶ)。なお、発光点からの光を集光レンズにより平行光とするため、発光点は集光レンズの焦点距離近傍の位置に設置する。ここで、高感度な蛍光検出を行うためには、高い集光効率のレンズを使用する必要がある。高い集光効率を得るためには、明るい、すなわちFナンバー(以下では、F値と呼ぶ)が小さい集光レンズが必要となる。一般的なDNAシーケンサには、F値は1.8以下が用いられている。前記集光レンズで検出できる視野の大きさ(検出視野)は十数mm以下となる。
したがって、外径150μmのキャピラリーを使用する場合、直交検出で同時に検出できるキャピラリーの本数は100本程度以下になる。他方、末端検出では、発光点(キャピラリー検出末端)を検出部において2次元的に再配置できるので、数百本のキャピラリーでも、すべての発光点を検出視野内に収めることができる。また、末端検出は、発光点となるキャピラリーの検出側端面(以下、検出端面と呼ぶ)をレーザ光照射位置でのキャピラリー配置にかかわり無く2次元的に配置でき、多数のキャピラリーの集積に適している。つまり、多数本のキャピラリーを高感度に同時計測するには末端検出が望ましい。
ここで、同時計測するキャピラリーの本数を200本とした場合の照射・検出方法を検討する。照射効率の観点から、100本のキャピラリーから成る照射配列体を2体形成させ、それぞれの配列体の両側方よりレーザ光を照射させる。また、集光効率の観点から、末端検出を用い、200本のキャピラリーの検出末端を20x10の格子状に配置させることで、すべての発光点をF値1.8以下の集光レンズの検出視野内に収めることが可能となり、高い集光効率で集光することができる。蛍光を前記レンズで集光した後に、回折格子や光学プリズム等で分光し、前記集光レンズと同じ焦点距離を持つ結像レンズによって2次元検出器上に結像し、計測する。
この方法により、200本のキャピラリーを非常に高感度に同時計測することが可能となる。ここで述べたように,マルチフォーカス照射方式と末端検出を行う場合,照射効率および検出効率の観点から,照射側の配列m本×n本(前記例では,100本×2列)と検出側の配列k本×l列(前記例では,20本×10列)を変えること、すなわち平面状に配列されたキャピラリーを照射部位での各軸のなす面にm本配列させかつm本の配列をこの各軸のなす面に実質的に平行にn列配列させ、検出側の末端部でキャピラリーの各軸のなす面にk本かつk本の配列をこの各軸のなす面に実質的に平行にl列配列させたときに、mとn、及びKとlとを各々異なる数とすることにより,より高感度検出が可能となる。
しかしながら、以下の理由によって2次元検出器上のキャピラリー間の信号強度ばらつきや信号強度の低下が起こる。
多数本のキャピラリーをマルチフォーカス照射方式によりレーザ照射する場合、キャピラリーを平面状に配列させ、前記配列体の両側面からレーザを照射する。その際に、図1で示すように前記配列体の中心近傍に配置されたキャピラリーの照射効率は、前記配列体の側面近傍に配置されたキャピラリーに比べ低下する。また,多数本のキャピラリーを一括照射方式によりレーザ照射する場合,キャピラリーを平面状に配列させ,前記配列体の前記平面の垂直方向から,キャピラリーの配列方向に拡げられたレーザを照射する。その際に,マルチフォーカス照射方式とは逆に,前記配列体の側面近傍に配置されたキャピラリーの照射効率は,前記配列体の中心近傍に配置されたキャピラリーに比べ低下する。
一方、蛍光検出においては、図2に示すように、集光レンズの中心軸延長直線上からのずれによって集光効率が低下する。2次元検出器上でのキャピラリーの信号強度は、照射効率と集光効率の掛け算によって導かれる。いずれのレーザ照射方法においても前述したように照射効率のばらつきが発生し,また検出効率にもばらつきが発生するため,照射部配列体の配置位置とキャピラリー検出側端面(検出端面)の配置位置の組合せによっては、2次元検出器上でのキャピラリー間の信号強度ばらつきの増大や信号強度の低下を引き起こす。2次元検出器上でのキャピラリー間の信号強度のばらつきは、同時に計測するすべてのキャピラリーにおける最低ダイナミックレンジを示すキャピラリーのダイナミックレンジの低下にもつながる。
以上を踏まえ、大多数のキャピラリーを高感度かつ同時蛍光計測するために、レーザ照射方法にマルチフォーカス照射方式を採用し、検出方法として末端検出を採用する上で、発生し得る2次元検出器上でのキャピラリー間の信号強度ばらつきおよび信号強度の低下を抑制するために、照射効率の低い、つまり、複数本のキャピラリーから形成される照射配列体の中心近傍に配置されたキャピラリーの検出端面を、集光レンズの集光効率の高い位置、つまり集光レンズの中心軸延長直線上近傍に配置する。具体的には、以下のような特徴を持つ。
図3に示す1つの照射配列体において、キャピラリーの番号を左から順に1、2、3、、、、、Nとする。また、図4に示す同時に計測するすべてのキャピラリー(以下では、前記すべてのキャピラリーの集合体をキャピラリーアレイと呼ぶ)の検出端面において、すべての検出端面によって形成される面(すなわち、複数のキャピラリーの各々の端面を実質的に含む面。以下では、検出面と呼ぶ。)と集光レンズの中心軸延長直線上との交点(以下では、検出平面中心点)と、各キャピラリーの検出端面の中心との距離をDとする。なお、図4では、キャピラリー検出端面を格子状に配置してあるが、その他の配置形状(例えば、同心円状配置)でも、前記Dを求めることができる。各キャピラリーのDをプロットしたものを図5に示す。この時、(1)2次近似曲線401が下に凸の放物線となるようにキャピラリーの照射位置と検出端面を配置させる。
さらに、(2)キャピラリー番号1からN/2までの回帰直線402の傾きが「負」となり、キャピラリー番号N/2+1からNまでの回帰直線403の傾きが「正」となることが望ましい。また、(3)キャピラリー番号1からN/4までのDの平均値がキャピラリー番号N/4+1から3N/4までのDの平均値よりも大きく、かつ、キャピラリー番号3N/4+1からNまでのDの平均値がキャピラリー番号N/4+1から3N/4までのDの平均値よりも大きくなるようにキャピラリーの照射位置と検出端面を配置すると、さらにキャピラリー間の信号強度ばらつきや信号強度の低下を抑制できる。なお、複数の照射配列体を用いる場合、上記条件はすべての照射配列体で成り立つことが望ましい。
本発明によるキャピラリー電気泳動装置は、一例として、照射部位を具備する複数のキャピラリーを有するキャピラリー電気泳動装置であって、少なくとも一部の前記キャピラリーの前記照射部位の少なくとも一部が実質的に平面状に配列された、前記複数のキャピラリーと、前記平面状に配列されたキャピラリーの前記照射部位での各軸のなす面に実質的に平行でありかつ対向する2方向から、前記照射部位に光を照射する手段と、前記複数のキャピラリーの各々の末端部の端面に対面する方向から、光を検出する手段とを有し、前記複数のキャピラリーは、照射部位での各軸のなす面にm本配列され、かつ前記末端部の位置での各軸のなす面にk本配列されるとき、mとkとが異なる数であり,前記m本の配列は前記照射部位での各軸のなす面に実質的に平行に複数並べられ、前記k本の配列は前記末端部の位置での各軸のなす面に実質的に平行に複数並べられるものであることを特徴とする。
本発明によるキャピラリー電気泳動装置の他の構成例では、照射部位を具備する複数のキャピラリーを有するキャピラリー電気泳動装置であって、少なくとも一部の前記キャピラリーの前記照射部位の少なくとも一部が実質的に平面状に配列された、前記複数のキャピラリーと、前記平面状に配列されたキャピラリーの前記照射部位での各軸のなす面に実質的に垂直な方向から、前記照射部位に励起光を照射する手段と、前記複数のキャピラリーの各々の末端部の端面に対面する方向から、光を検出する手段とを有し、前記光を検出する手段は、前記末端部の端面近傍に設けられたレンズを具備し、前記複数のキャピラリーは、前記照射部位の各軸のなす面における配列で端部に配置されるキャピラリーが,前記末端部の位置で、前記レンズの中心軸の近傍に配置されることを特徴とする。
本発明によるキャピラリー電気泳動装置の更に他の構成例では、内部に分離媒体を収めて試料が電気泳動するための,円筒状のガラス製キャピラリーと、前記キャピラリーに電圧を印加する電圧印加手段と、前記キャピラリーの内部で生じる蛍光を集光するレンズと,前記レンズで集光された蛍光を検出する検出器と、前記レンズ近傍に設置されたフィルターを有し、前記フィルターは、前記光学レンズの中心軸近傍が光透過性であり,前記中心軸の周辺は遮光性であることを特徴とする。
なお、本明細書において、複数のキャピラリーの各軸のなす面に実質的に平行とは、各軸がなす面に対して、精度誤差程度に収まる程度の平行度であることをいう。また、キャピラリーが平面状に配列される場合の平面状とは、精度誤差程度に収まる程度の平面性をいう。また、平面状に配列されたキャピラリーに励起光を照射する場合の、励起光の入射方向である実質的に垂直な方向とは、キャピラリーの配列体の垂線方向をいい、多数本のキャピラリーを一括照射方式によりレーザ照射する場合に一般に想定され得る誤差の範囲を含む。
末端検出の構成で、2次元検出器上での各キャピラリー間の強度ばらつきを抑え、また信号強度の低下を抑制する。
すべての実施例において、同時に計測するすべてのキャピラリーに注入された試料の濃度は同一とし、2次元検出器上でのキャピラリー間のばらつきの指標としてCV値(同時に計測するすべてのキャピラリーの強度の標準偏差/平均値:CV値が小さいほどばらつきは小さい)を用いる。
(実施例1)
図6は、本発明の第一の実施例の構成を示す。本実施例では、384本のキャピラリーが束ねられ、キャピラリーアレイ101を形成している。各キャピラリー1−1〜1−192および2−1〜2−192は石英製で外表面にテフロン(登録商標)のコーティングがなされ、全長40cm、外径130μm、内径50μmであるものを用いる。各キャピラリーの、試料を導入する側を始端部103、電気泳動によって試料がキャピラリー内部を泳動し、溶出する側を終端部104と呼ぶ。各キャピラリーの始端部103の端面より30cm(終端部104の端面より10cm)の位置をレーザ照射位置とし、その部分のキャピラリーのテフロン(登録商標)コーティングを除去してある。2個のガラス基板105−1〜105−2上のそれぞれに、192本のキャピラリー1−1〜1−192および2−1〜2−192のレーザ照射位置を並べ、2組の照射配列体を形成する。レーザ照射位置では、各キャピラリーが互いに実質的に平行に配列され、また各々のキャピラリーのレーザ照射位置は実質的に一直線上に配列するようにされている。また、各々照射配列体は各々のキャピラリーの中心軸がなす面と実質的に平行に配置されている。
アルゴンイオンレーザー光源200から発振したレーザ光201(波長488nm、及び515nm、出力100mW)は、ビームスプリッタ202及びミラー203によって4本に分割され、2組の照射配列体のそれぞれの両側方より照射される。各レーザ光201は、各キャピラリーに実質的に平行になるように調節されて照射配列体に照射される。ここでレーザビームが各キャピラリーに実質的に平行に照射されるとは、各々のキャピラリーの中心軸がなす面に対し、レーザ光の照射される方向が実質的に平行であることをいう。電気泳動の分離能の低下を抑えるために、照射配列体に照射されるキャピラリー長軸方向のレーザ幅は、キャピラリーの内径(50μm)以下にすることが望ましい。各キャピラリーの内部が分離媒体であるポリマー溶液で満たされている状態で上記のレーザ照射を行うと、レーザ光が各キャピラリーに順次伝搬していくため、すべてのキャピラリーを同時に効率良く照射することができる。
図7は本実施例における一つの照射配列体の概略図である。すべての照射配列体においてキャピラリー番号は図7に示す通り、終端部方向を上方向、始端部方向は下方向、ガラス基板105を裏面とした時、左側から順に1番、2番、、、、192番とする。また、図6の手前の照射配列体を照射配列体1、同図奥の照射配列体を照射配列体2とし、照射配列体1のキャピラリー番号の接頭には「1−」を加え、照射配列体2には「2−」を加える。つまり、照射配列体1のキャピラリー番号65番は、1−65となる。
図8にキャピラリーアレイ101の終端部104近傍の斜視図を示す。キャピラリーアレイ101の終端部104は、384本のキャピラリーが束ねられ、キャピラリーアレイヘッド107を形成している。キャピラリーアレイヘッド107は、384本のキャピラリーの終端部104、筒状の固定冶具106、接着剤108により構成されている。ここで、各キャピラリーの終端部104の端面(キャピラリー検出端面110)、固定治具106のふち、及び接着剤108の表面はほぼ実質的に平面に並び、検出面109を形成する。検出面109上で各キャピラリー検出端面110は64本×6列の格子状に配列する。
つまり、照射側では、図7の断面図で示すような192本×2列の配列が、検出端面では、64本×6列というように、照射位置と検出端面でキャピラリーの配列の縦方向の本数と横方向の本数が異なり、配列方法が異なっている。どの試料から発する蛍光が,2次元検出器上のどの位置で検出されるのか対応させるため,各キャピラリーの始端部103における位置とキャピラリー検出端面110における位置をキャピラリーアレイを製作する段階で対応させておく。
本実施例では、キャピラリーからの発光を分光して、2次元検出器上で検出する。図8に示すX軸方向は、2次元検出器上で波長分散方向およびキャピラリー位置方向となり、Y軸方向はキャピラリーの位置方向のみとなる。X軸方向にキャピラリーを密接配置すると、2次元検出器上で像が重なる可能性があるため、Y軸方向のキャピラリー同士の間隔を拡げた本実施例では、前記間隔を1.85mmとした。これにより、384本のキャピラリーの検出端面110が形成する四角形の大きさは、X軸方向で9.3mm、Y軸方向で9.0mmとなり、F値1.8以下のレンズでも十分検出可能な視野範囲に収める事ができる。
固定冶具106の材質は、電気伝導度が低く、硬質なものが望ましい。また、接着剤108の材質は、ポリマー溶液に接するため、電気泳動の分離に影響を及ぼさないように水に分解されにくく、化学的に安定性の高いものが望ましい。本実施例では、固定冶具106の材料としてポリエーテルエーテルケトンを、接着剤108としてシリコン系接着剤(セメダインスーパーXブラック、セメダイン)を使用した。
キャピラリーアレイヘッド107は、液槽404に接続されている。液槽404は、アクリル樹脂製であり、内部に流路が形成されている。この流路に分離媒体が満たされおり、検出面109は前記流路に接している。分離媒体は前記流路から各キャピラリーに充填される。液槽404の底面には、検出窓を具備しており、前記検出窓は、無蛍光の石英ガラス製である。検出窓として、背蛍光や励起光を除外できる光学フィルターを使用しても良い。チューブ405の一端は、前記流路に接続されており、もう一端は、緩衝液(3700 buffer、Applied Biosystems社)の入った液槽406につながっている。本実施例では分離媒体として非架橋の粘性流体であるApplied Biosystems社のPOP7を用いたが、架橋ゲルが充填されたキャピラリーも使用可能である。
キャピラリー検出端面110から出射された蛍光は、ポリマー溶液で満たされた流路、検出窓を介し、液槽404の下面から、第一カメラレンズ301(F=1.4、f=85)、光学フィルター302、光学プリズム304、第二カメラレンズ303(F=1.4、f=85)、512×512画素の2次元CCD300で構成される検出部305によって検出される。
本実施例では、キャピラリーアレイヘッド107の検出面109から検出窓の外表面までの距離は20mmとし、第一カメラレンズの焦点距離85mmより小とした。
試料を分析する工程を次に示す。まず、液槽404を介して、ポリマー溶液を各キャピラリー内に、終端部104から始端部103に向かって充填する。一定量のポリマー溶液をキャピラリーに充填後、各キャピラリーの始端部103を、それぞれウェル中の試料溶液に浸す。この状態で、液槽406と試料溶液の間に高圧電源408により一定電圧を一定時間印加し、各ウェルに入った蛍光体で標識された試料を電気的に各キャピラリー内にそれぞれ注入する。試料注入後、緩衝液の入った液槽407をキャピラリーの始端部103の位置に移し、始端部103を緩衝液に浸し、液槽406と液槽407との間に高圧電源408によって電圧を印加し、各キャピラリーに注入された試料を終端部104方向に電気泳動する。この際、キャピラリー内のポリマー溶液が圧力差により移動しないように、液槽406に入った緩衝液と液槽407に入った緩衝液の液面の高低差がないようにした。
各キャピラリー内を電気泳動する試料は、キャピラリーのレーザ照射位置においてレーザ照射される。レーザ照射により、試料に標識された蛍光体が励起され、その蛍光の一部はキャピラリーのコーティング材とガラスの境界面で全反射してキャピラリー内部を伝播し、各キャピラリーの検出端面110より出射する。出射した蛍光は、液槽404の検出窓を介し、第一カメラレンズ301により平行光束とされ、光学フィルター302により背蛍光及び励起光が除外され、プリズム304によって波長分散され、第二カメラレンズ303により2次元CCD300上に結像される。ここで、蛍光の波長分散手段として光学プリズム304の代わりに回折格子を使用しても良い。また、第一カメラレンズ301の代わりに対物レンズを使用しても良い。なお、対物レンズを使用する場合、キャピラリーアレイヘッド107の検出面109から検出窓の外表面までの距離は、上記対物レンズの作動距離以下にし、上記対物レンズと検出面109の距離を上記対物レンズの作動距離とすることで、同様の高感度蛍光検出系が構築できる。第一カメラレンズとキャピラリー検出端面110の距離は85mmとした。
各キャピラリーからの蛍光が波長分散された像は、2次元CCD300上の異なる位置に結像するようにする。これにより、各キャピラリーからの蛍光を独立かつ一括して検出できるようにする。また、この検出を連続的に繰り返すことにより、各キャピラリーからの蛍光の時間変化を計測する。得られた計測結果をコンピュータに記録し、解析することにより、複数種類の試料を分析できる。
蛍光検出時に外部からの迷光が検出部305に入ると、キャピラリー検出端面110から出射した蛍光検出の感度の低下につながる。そこで、キャピラリーのレーザ照射位置からキャピラリーアレイヘッド107、液槽404の領域を外部から遮光することが望ましい。本実施例では、上記領域全体を暗箱で覆った。上記3つの領域に分けて暗箱で覆っても良い。また液槽404の材質を黒いアクリル樹脂にする、もしくは黒いプラスチックにし、外部からの迷光を遮断する方法でも良い。
図9に,検出面109における各キャピラリー検出端面110の配列方法を示す。本実施例では,照射効率の低いキャピラリーを検出面109において比較的検出効率の高い位置に配置させるようにする。具体的には,それぞれの照射配列体のキャピラリー番号1番から64番までを検出端面110を含む平面の外側に配置し,65番から128番を前記配置した位置よりも中心近傍に配置し,128番から192番を前記は位置した位置よりさらに中心近傍に配置した。各キャピラリーの検出端面110の中心と第一カメラレンズの中心軸延長直線との検出端面110を含む平面における距離(D)をキャピラリー番号に対応させてプロットしたものを図10に示す。
ここで、キャピラリー番号は、図7等で示したキャピラリー番号の接頭番号(「1−」及び「2−」)を除いたものであり、図7等と同様に、キャピラリーの終端部方向及び始端部方向を各々上方向、下方向とし、ガラス基板105を裏面としたとき、左側から順に1番、2番、、、、192番としたものである。●は照射配列体1、○は照射配列体2のキャピラリーの各々についてのプロットを示す。この時、それぞれの照射配列体についてのプロットの近似曲線である2次近似曲線は下に凸の放物線となった(条件(1))。もちろん、条件(1)を満たす他の検出端面の配列方式でも良い。この配列方式により、2次元CCD300上でのCV値は、0.315となり、最も信号強度が低いキャピラリーの信号強度は0.300であった。
比較のため、照射効率の低いキャピラリーを検出面109において,検出効率の高い位置になるような配置方法を図11に示す。図11に示すように、検出面109における各キャピラリー検出端面110を配置した場合における、各キャピラリーの検出端面110の中心と第一カメラレンズの中心軸延長直線との検出端面110を含む平面における距離(D)をキャピラリー番号に対応させてプロットしたものを図12に示す。キャピラリー番号については、図10と同様である。このとき、それぞれの照射配列体において、2次近似曲線は上に凸の放物線であった。この配列方式により、2次元CCD300上でのCV値は、0.354となり、最も信号強度が低いキャピラリーの信号強度は0.296であり、前記配列法に比べ信号強度のばらつきは大きく、また、最低信号強度を示すキャピラリーの信号強度も低かった。つまり、2次元CCD上でのキャピラリー間の信号強度のばらつきを小さくでき、最も信号強度の低いキャピラリーの信号強度の低下を抑制できた。
本実施例では、照射部の配列を192本×2列としたが、96本×4列、128本×3列として、照射部のコンパクト化を図っても良い。
本実施例では、蛍光体から励起された蛍光を、光学プリズムを用いて波長分散したが、光学プリズムを用いず、波長分散を行わずに上記蛍光を検出しても良い。その場合、図7に示したX軸方向のキャピラリー間の隙間を作る必要がなくなるので、キャピラリー検出端面をより粗密に配置し、より小さなF値のカメラレンズでも、すべての発光点(キャピラリー検出端面)を検出視野内に収めることができ、蛍光検出の高感度化が図れる。また、この場合、2次元CCDのかわりにフォトダイオードアレイの使用も可能となる。こうすることで、より安価な装置の製作が実現できる。
また、本実施例ではキャピラリー検出端面を格子状に配置させたが、もちろん配置方法は格子状に限らなくても良い。
(実施例2)
本実施例では、実施例1よりもさらにばらつきの指標であるCV値を小さくすることを目的とした。
装置構成は、実施例1と検出端面の配列方式以外は同等である。本実施例では,照射効率の高いキャピラリーを実施例1で示したものよりもさらに,検出面109において検出効率の低い位置に配置させる。図13に本実施例における検出端面の配列方式を示す。また,この時の,各キャピラリーの検出端面110の中心と第一カメラレンズの中心軸延長直線上との距離(D)をプロットしたものを図14に示す。●は照射配列体1、○は照射配列体2のキャピラリーを示す。
この時、それぞれの照射配列体のキャピラリー番号1〜N/2(96)間の回帰直線の傾きは「負」であり,N/2+1(97)からN(192)までの回帰直線の傾きが「正」となるようにした(条件(2))。この時、実施例1で述べた条件(1)も同時に満たされていた。もちろん、条件(2)を満たす他の検出端面の配列方式でも良い。この配列方式により、2次元CCD300上でのCV値は、0.295となり、最も信号強度が低いキャピラリーの信号強度は0.305であった。つまり,本実施例の検出端面の配列方式により,実施例1よりもさらに,2次元CCD上でのキャピラリー間の信号強度のばらつきを小さくでき、最も信号強度の低いキャピラリーの信号強度の低下を抑制できた。
(実施例3)
本実施例では、実施例1および実施例2よりもさらにばらつきの指標であるCV値を小さくすることを目的とした。
装置構成は、実施例1および実施例2と検出端面の配列方式以外は同等である。本実施例では,照射効率の高いキャピラリーを実施例2で示したものよりもさらに,検出面109において検出効率の低い位置に配置させる。図15に本実施例における検出端面の配列方式を示す。また,この時の,各キャピラリーの検出端面110の中心と第一カメラレンズの中心軸延長直線上との距離(D)をプロットしたものを図16に示す。●は照射配列体1、○は照射配列体2のキャピラリーを示す。
この時、それぞれの照射配列体のキャピラリー番号1からN/4(48)までのDの平均値(照射配列体1:4.7mm、照射配列体2:5.3mm)がキャピラリー番号N/4+1(49)から3N/4(144)までのDの平均値(照射配列体1:2.4mm、照射配列体2:3.0mm)よりも大きく、かつ、キャピラリー番号3N/4+1(145)からN(192)までのDの平均値(照射配列体1:4.6mm、照射配列体2:5.3mm)がキャピラリー番号N/4+1(49)から3N/4(144)までのDの平均値よりも大きくなるようにした(条件(3))。この時、実施例1で述べた条件(1)および、実施例2で述べた条件(2)も同時に満たされていた。もちろん、条件(3)を満たす他の検出端面の配列方式でも良い。この配列方式により、2次元CCD300上でのCV値は、0.254となり、最も信号強度が低いキャピラリーの信号強度は0.334であった。つまり,本実施例の検出端面の配列方式により,実施例1および実施例2よりもさらに,2次元CCD上でのキャピラリー間の信号強度のばらつきを小さくでき、最も信号強度の低いキャピラリーの信号強度の低下を抑制できた。
(実施例4)
本実施例では、実施例1、実施例2および実施例3よりもさらにばらつきの指標であるCV値を小さくすることを目的とした。
装置構成は、実施例1、実施例2および実施例3と検出部305以外は同等である。図17は実施例1における2次元CCD300上での各キャピラリーの信号強度である。図17から分かるように、CCD300の4隅近傍に位置するキャピラリーの信号強度が、CCD300の中心近傍に位置するキャピラリーの信号強度より高いことが分かる。そこで、本実施例では、検出部305において光学フィルター302と光学プリズム304の間に図18に示す斜線部が光透過性の材質(本実施例では,実質的に無蛍光の石英ガラスを用いた)であり、4隅が遮光性の材質(本実施例では,黒い着色ガラス板を用いた)である空間フィルター306を挿入した。この空間フィルター306により、レンズ中心軸から離れたキャピラリーの信号強度を下げることができる。
本実施例で得られた2次元CCD300上での各キャピラリーの信号強度を図19に示す。この時の最低信号強度を示したキャピラリーの信号強度は0.31であり、CV値は0.18であった。実施例1に比べると、最低信号強度は若干減少したが、CV値が大幅に改善された。
本実施例では、末端検出にて前記空間フィルターを用いて2次元CCD上での各キャピラリーの信号強度のばらつきを小さくしたが、ちょっこう検出においても、2次元CCD上における周辺部に位置するキャピラリーの信号きょうどが、前記CCD上における中央部に位置するキャピラリーの信号強度よりも高いときには、本実施例と同様に空間フィルターを用いて2次元CCD上での各キャピラリー間の信号強度のばらつきを小さくすることができる。
(実施例5)
実施例1および実施例2におけるキャピラリーへのレーザ照射方法では、キャピラリーのレーザ照射位置におけるレーザ光軸からの距離のばらつきが、各キャピラリーへのレーザ照射効率に大きく影響しうる。もちろん、前記距離のばらつきによっては、すべてのキャピラリーにレーザが到達しなくなる。本実施例では、上記キャピラリーばらつきに関係なく、すべてのキャピラリーにレーザ照射可能な一括照射方式を用いる。
本実施例において、図6に示すキャピラリーの照射位置での配置、キャピラリー検出末端の配置及び照射方法以外は、実施例1又は実施例2と同等である。
図20にキャピラリーの照射位置近傍の斜視図を示す。キャピラリーのレーザが照射されるレーザ照射位置は、各キャピラリーが実質的に平行かつ実質的に平面状に1列に配列した1つの照射配列体を形成している。キャピラリーの検出端面は実施例1および2と同様に64×6の格子状に配置されている。すなわち、複数のキャピラリーは、その末端部の位置での各軸のなす面に複数本配列され、この複数本の配列は末端部の位置での各軸のなす面に実質的に平行に複数並べられている。なお、本実施例において、平面状に配列されたキャピラリーを照射部位での各軸のなす面にm本配列させかつm本の配列をこの各軸のなす面に実質的に平行にn列配列させ、検出側の末端部でキャピラリーの各軸のなす面にk本配列させかつk本の配列をこの各軸のなす面に実質的に平行にl列配列させたときに、mとn、及びKとlとを各々異なる数としてもよい。
レーザ光源200から発振したレーザを第一シリンドリカルレンズ204によってキャピラリーが配列されている方向に拡げ、第二シリンドリカルレンズ205によってキャピラリーの長軸方向に収束させ、上記キャピラリーの配列面と垂直方向からすべてのキャピラリーを同時に照射する。電気泳動の分離能の低下を抑えるために、照射配列体に照射されるキャピラリー長軸方向のレーザ幅は、キャピラリーの内径(50μm)以下にすることが望ましい。この時の各キャピラリーの照射効率を図21に示す。マルチフォーカス照射方式とは逆に、照射配列体の中心近傍に配置されたキャピラリーの照射効率が、配列体の側面近傍に配置されたキャピラリーに比べて高いこと分かる。したがって、キャピラリー検出端面の配置方法は、課題を解決するための手段で述べた(1)、(2)、(3)の条件とはまるで逆になる。
つまり、照射配列体のどちらか端のキャピラリーから順に1、2、3、、、N番目とし、各キャピラリーの検出端面の中心と第一カメラレンズの中心軸の距離をDとし、各キャピラリーのDをプロットした時、(1−2)2次近似曲線が上に凸の放物線となり、(2−2)キャピラリー番号1からN/2までの回帰直線の傾きが「正」となり、キャピラリー番号N/2+1からNまでの回帰直線の傾きが「負」となり、また、(3−2)キャピラリー番号1からN/4までのDの平均値がキャピラリー番号N/4+1から3N/4までのDの平均値よりも小さく、かつ、キャピラリー番号3N/4+1からNまでのDの平均値がキャピラリー番号N/4+1から3N/4までのDの平均値よりも小さくなるようにキャピラリーの照射位置と検出端面を配置すると、2次元検出器上でのキャピラリー間の信号強度ばらつきや信号強度の低下を抑制できる。
上記条件が成り立つように、各キャピラリー検出端面110を図22のように配置した。各キャピラリーの検出端面の中心と第一カメラレンズの中心軸との距離Dを図23に示す。この時、2次近似曲線が上に凸の放物線であり、キャピラリー番号1からN/2(192)までの回帰直線の傾きが「正」となり、キャピラリー番号N/2+1(193)からN(384)までの回帰直線の傾きが「負」となり、また、キャピラリー番号1からN/4(96)までのDの平均値(3.05mm)がキャピラリー番号N/4+1(97)から3N/4(288)までのDの平均値(4.64mm)よりも小さく、かつ、キャピラリー番号3N/4+1(289)からN(384)までのDの平均値(3.05mm)がキャピラリー番号N/4+1(97)から3N/4(288)までのDの平均値(4.64mm)よりも小さくなった。この配置による2次元CCD300上でのキャピラリー384本の信号強度のCV値は0.147であった。
本実施例により、キャピラリーのレーザ照射位置におけるレーザ光軸からの距離のばらつきに関係なく、すべてのキャピラリーにレーザ照射が可能となり、また、2次元CCD上での信号強度のばらつきが非常に小さい結果が得られた。
マルチフォーカス照射方式における各キャピラリーの照射効率。 発光点のレンズ中心軸からの距離(D)と集光効率の関係。 照射配列体概略図。 キャピラリー検出端面近傍図。 一つの照射配列体におけるキャピラリー番号とレンズ中心軸とキャピラリー検出端面中心間の距離(D)の関係。 第一の実施例の概略図。 第一の実施例における照射配列体概略図。 キャピラリーアレイヘッド近傍の斜視図。 第一の実施例における各キャピラリーの検出端面配置図。 第一の実施例におけるキャピラリー番号とレンズ中心軸とキャピラリー検出端面中心間の距離(D)の関係。 第一の実施例における比較対照の各キャピラリーの検出端面配置図。 第一の実施例における比較対照のキャピラリー番号とレンズ中心軸とキャピラリー検出端面中心間の距離(D)の関係。 第二の実施例におけるキャピラリー番号とレンズ中心軸とキャピラリー検出端面中心間の距離(D)の関係。 第二の実施例におけるキャピラリー番号とレンズ中心軸とキャピラリー検出端面中心間の距離(D)の関係。 第三の実施例におけるキャピラリー番号とレンズ中心軸とキャピラリー検出端面中心間の距離(D)の関係。 第三の実施例におけるキャピラリー番号とレンズ中心軸とキャピラリー検出端面中心間の距離(D)の関係。 第一の実施例における2次元CCD上の各キャピラリーの信号強度。 空間フィルターの概略図。 第四の実施例における2次元CCD上の各キャピラリーの信号強度。 第五の実施例のキャピラリーの照射位置近傍の斜視図。 一括照射方式における各キャピラリーの照射効率。 第五の実施例における各キャピラリーの検出端面配置図。 第五の実施例におけるキャピラリー番号とレンズ中心軸とキャピラリー検出端面中心間の距離(D)の関係。
符号の説明
1、1−1〜1−96、2−1〜2−96、3−1〜3−96、4−1〜4−96・・・キャピラリー、101・・・キャピラリーアレイ、102・・・検出平面中心点、103・・・始端部、104・・・終端部、105、105−1〜105−4・・・ガラス基板、106・・・固定冶具、107・・・キャピラリーアレイヘッド、108・・・接着剤、109・・・検出平面、110・・・検出端面、111・・・ 、200・・・レーザ光源、201・・・レーザ光、202・・・ビームスプリッタ、203・・・ミラー、204・・・第一シリンドリカルレンズ、205・・・第二シリンドリカルレンズ、300・・・2次元CCD、301・・・第一カメラレンズ、302・・・光学フィルタ、303・・・第二カメラレンズ、304・・・光学プリズム、305・・・検出部、306・・・空間フィルター、401・・・2次近似曲線、402・・・キャピラリー番号1〜N/2間の回帰直線、403・・・キャピラリー番号N/2+1〜N間の回帰直線、404・・・液槽、405・・・チューブ、406・・・液槽、407・・・液槽、408・・・高圧電源。

Claims (16)

  1. 照射部位を具備する複数のキャピラリーを有するキャピラリー電気泳動装置であって、
    少なくとも一部の前記キャピラリーの前記照射部位の少なくとも一部が実質的に平面状に配列された、前記複数のキャピラリーと、
    前記平面状に配列されたキャピラリーの前記照射部位での各軸のなす面に実質的に平行でありかつ対向する2方向から、前記照射部位に光を照射する手段と、
    前記複数のキャピラリーの各々の末端部の端面に対面する方向から、光を検出する手段とを有し、
    前記複数のキャピラリーは、照射部位での各軸のなす面にm本配列され、かつ前記末端部の位置での各軸のなす面にk本配列されるとき、mとkとが異なる数であり,前記m本の配列は前記照射部位での各軸のなす面に実質的に平行に複数並べられ、前記k本の配列は前記末端部の位置での各軸のなす面に実質的に平行に複数並べられるものであることを特徴とするキャピラリー電気泳動装置。
  2. 前記m本の配列及び前記k本の配列はn列及びl列並べられ、nとlとは異なる数であることを特徴とする請求項1に記載のキャピラリー電気泳動装置。
  3. 前記複数のキャピラリーは,前記照射部位での各軸のなす面における配列で中心に配置されるキャピラリーが,前記末端部の位置での各軸のなす面における配列で中心部に配置されることを特徴とする請求項1に記載のキャピラリー電気泳動装置。
  4. 前記光を検出する手段は、前記末端部の端面の近傍に設けられたレンズを有し、前記複数のキャピラリーの各々の前記端面を実質的に含む面と前記レンズの中心軸との交点と前記端面の中心点との距離をDとし、前記m本の配列で、前記末端部方向を上方向、他方端部方向を下方向として左側から順に番号をつけたとき、前記番号と前記Dとの関係が、横軸及び縦軸に各々前記番号及びDを取ったプロットの2次近似曲線が下に凸の放物線となることを特徴とする請求項1に記載のキャピラリー電気泳動装置。
  5. 前記光を検出する手段は、前記末端部の端面の近傍に設けられたレンズを有し、前記複数のキャピラリーの各々の前記端面を実質的に含む面と前記レンズの中心軸との交点と前記端面の中心点との距離をDとし、前記m本の配列で、前記末端部方向を上方向、他方端部方向を下方向として左側から順に番号をつけ、横軸を前記番号とし、縦軸を前記Dとしてプロットを取ったとき、前記番号が1〜m/2のプロットの回帰直線の傾きが負であり、前記番号m/2+1〜mのプロットの回帰直線の傾きが正であることを特徴とする請求項1に記載のキャピラリー電気泳動装置。
  6. 前記光を検出する手段は、前記末端部の端面の近傍に設けられたレンズを有し、前記複数のキャピラリーの各々の前記端面を実質的に含む面と前記レンズの中心軸との交点と、前記端面の中心点との距離をDとし、前記m本の配列で、前記末端部方向を上方向、他方端部方向を下方向として左側から順に番号をつけ、横軸を前記番号とし、縦軸を前記Dとしてプロットを取ったとき、前記番号が1からm/4、m/4+1から3×m/4、及び3×m/4+1からmの各々のDの平均値を各々D、D、及びDとしたときに、D≧D かつ D3≧D
    であることを特徴とする請求項1に記載のキャピラリー電気泳動装置。
  7. 内部に分離媒体を収めて試料が電気泳動するための,円筒状のガラス製キャピラリーと、
    前記キャピラリーに電圧を印加する電圧印加手段と、
    前記キャピラリーの内部で生じる蛍光を集光するレンズと,
    前記レンズで集光された蛍光を検出する検出器と、
    前記レンズ近傍に設置されたフィルターを有し、
    前記フィルターは、前記光学レンズの中心軸近傍が光透過性であり,前記中心軸の周辺は遮光性であることを特徴とするキャピラリー電気泳動装置。
  8. 照射部位を具備する複数のキャピラリーを有するキャピラリー電気泳動装置であって、
    少なくとも一部の前記キャピラリーの前記照射部位の少なくとも一部が実質的に平面状に配列された、前記複数のキャピラリーと、
    前記平面状に配列されたキャピラリーの前記照射部位での各軸のなす面に実質的に垂直な方向から、前記照射部位に励起光を照射する手段と、
    前記複数のキャピラリーの各々の末端部の端面に対面する方向から、光を検出する手段とを有し、
    前記光を検出する手段は、前記末端部の端面近傍に設けられたレンズを具備し、前記複数のキャピラリーは、前記照射部位の各軸のなす面における配列で端部に配置されるキャピラリーが,前記末端部の位置で、前記レンズの中心軸の近傍に配置されることを特徴とするキャピラリー電気泳動装置。
  9. 前記複数のキャピラリーは、前記末端部の位置での各軸のなす面に複数本配列され、前記複数本の配列は前記末端部の位置での各軸のなす面に実質的に平行に複数並べられるものであることを特徴とする請求項8に記載のキャピラリー電気泳動装置。
  10. 前記複数のキャピラリーは、前記照射部位での各軸のなす面にm本配列され、前記末端部の位置での各軸のなす面にk本配列され、るとき、前記m本の配列は前記照射部位での各軸のなす面に実質的に平行にn列並べられ、かつ前記k本の配列は前記末端部の位置での各軸のなす面に実質的に平行にl列並べられるとき、前記mと前記k、及び前記nと前記lとが各々異なることを特徴とする請求項8に記載のキャピラリー電気泳動装置。
  11. 前記光を検出する手段は、前記複数のキャピラリーの各々の前記端面を実質的に含む面と前記レンズの中心軸との交点と前記端面の中心点との距離をDとし、前記m本の配列で、前記末端部方向を上方向、他方端部方向を下方向として左側から順に番号をつけたとき、前記番号と前記Dとの関係が、横軸及び縦軸に各々前記番号及びDを取ったプロットの2次近似曲線が上に凸の放物線となることを特徴とする請求項8に記載のキャピラリー電気泳動装置。
  12. 前記光を検出する手段は、前記複数のキャピラリーの各々の前記端面を実質的に含む面と前記レンズの中心軸との交点と前記端面の中心点との距離をDとし、前記m本の配列で、前記末端部方向を上方向、他方端部方向を下方向として左側から順に番号をつけ、横軸を前記番号とし、縦軸を前記Dとしてプロットを取ったとき、前記番号が1〜m/2のプロットの回帰直線の傾きが正であり、前記番号m/2+1〜mのプロットの回帰直線の傾きが負であることを特徴とする請求項8に記載のキャピラリー電気泳動装置。
  13. 前記光を検出する手段は、前記複数のキャピラリーの各々の前記端面を実質的に含む面と前記レンズの中心軸との交点と、前記端面の中心点との距離をDとし、前記m本の配列で、前記末端部方向を上方向、他方端部方向を下方向として左側から順に番号をつけ、横軸を前記番号とし、縦軸を前記Dとしてプロットを取ったとき、前記番号が1からm/4、m/4+1から3×m/4、及び3×m/4+1からmの各々のDの平均値を各々D、D、及びDとしたときに、
    ≦D かつ D3≦Dであることを特徴とする請求項1に記載のキャピラリー電気泳動装置。
  14. 前記励起光を照射する手段は、レンズを具備することを特徴とする請求項8に記載のキャピラリー電気泳動装置。
  15. 前記励起光を照射する手段は、レンズ及びビームエキスパンダを具備することを特徴とする請求項8に記載のキャピラリー電気泳動装置。
  16. 前記励起光を照射する手段はレーザを照射し、前記レーザは前記キャピラリーの長軸方向の幅が、前記キャピラリーの内径以下であることを特徴とする請求項8に記載のキャピラリー電気泳動装置。
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