JP2002218974A - 反応プローブチップ及び検出システム - Google Patents
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Abstract
DNA多型などを含め、各種の生理機能診断に利用出来
る反応検出チップと検出システムを提供する。 【解決手段】 基板に規則的に配列された複数の孤立し
た貫通穴中に、穴ごとにそれぞれ異なったプローブ分子
が固定化された担体が、充填保持された構造を持つこと
を特徴とする反応プローブチップ。プローブ分子が固定
化された担体が多孔質の膜や不織布、もしくはこれらに
絡んだり結合した多孔質ガラスであることが好ましい。
検出対象である蛍光標識したDNA等の試料を、基板に
規則的に配列された複数の孤立した貫通穴の中に同時に
緩やかに流すことにより、プローブ分子と結合させ、こ
れを蛍光検出器を用いて検出する反応物検出システム。
Description
理機能診断等に使用される多数の機能分子の認識を可能
にする反応プローブチップ及びその反応物検出システム
に関する。
異による多型の検出は、突然変異等に起因する疾患、例
えば、ガンの診断等に有効なだけでなく、薬剤応答性や
副作用の指針に必要であり、多因子疾患の病因関連遺伝
子の解析や予測医療にも貢献する。この検出にいわゆる
DNAチップの使用が有効であることが知られている。
従来利用されてきた、短いDNA鎖を固定化したDNA
チップ、Affymetrix社のいわゆるGene
Chipは、通常シリコンもしくはガラス基板上にフォ
トリソグラフィー技術を用いて1cm角あたり1万以上
のオリゴDNA断片(DNAプローブ)を作り込んだも
のである。このDNAチップ上に、たとえば蛍光標識し
た、調べたいDNA試料を流すと、上記DNAチップ上
のプローブと相補的な配列を有するDNA断片はプロー
ブと結合し、その部分だけが蛍光により識別でき、DN
A試料中のDNA断片の特定配列を認識・定量すること
ができる。この方法により、既に、ガン遺伝子の突然変
異の検出や、遺伝子多型の検出が可能であることが示さ
れている。また、cDNAをスライドガラス上に配列し
たマイクロアレーも用いられている。
術には、幾つかの問題点があった。例えば、フォトリソ
グラフィーを用いたDNA Chipは、一段の合成に
最低4枚のフォトマスクを必要とし、かつ4回の光リソ
グラフィー、カップリング、洗浄を繰り返さなければな
らない。これを、必要な鎖長分だけ繰り返すため、高コ
ストになることと、パターンを変えるためにはそれぞれ
フォトマスクを変える必要があり、フレキシブルに必要
に応じた各種デザインのDNA Chipを作成できな
かった。また、これに代わる方法として提案されてい
る、合成したオリゴヌクレオチド溶液を高密度にスポッ
トしたDNA Microarray型Chipの場
合、オリゴヌクレオチド合成に続いて修飾基を導入し、
担体からの切り出しと脱離後に精製を行って得たオリゴ
ヌクレオチドを、固定用ガラス等に導入した官能基との
反応を行わせるという複雑な操作を経なければならず、
フォトリソグラフィーを用いたDNA Chip同様高
コストになる。
際、ハイブリタイズが局在化してしまい、定量性が失わ
れることと、ハイブリタイズに専用の装置を用いて且つ
長時間反応させる必要があるという問題点があった。そ
のため、骨髄移植をはじめとする各種遺伝情報の検出に
は、多数の手間と時間がかかるばかりではなく、多額の
費用もかかっていた。
Chipの作製法を確立し、DNA多型などを含め、
各種の生理機能診断に利用出来る反応検出チップと検出
システムを提供することにある。
題により、反応工程が長く複雑であり、柔軟に異なった
目的に対応することが困難で、大変なコストもかかるフ
ォトリソグラフィー技術を使用することなく、またハイ
ブリタイズに専用の装置を用いることもなく、それでい
て前記フォトリグラフィー設備などを使用した場合と同
等の高い集積度を表面に有する反応プローブチップの材
質や形態について種々研究した。そして、基板に規則的
に配列された複数の貫通穴中に、穴ごとにそれぞれ異な
ったプローブ分子が固定化された担体を充填保持させ、
そこにサンプルを導入すると上記の問題点を解消できる
ことに着目して、本発明に到達した。
記の課題を解決した。 (1)基板に規則的に配列された複数の孤立した貫通穴
中に、穴ごとにそれぞれ異なったプローブ分子が固定化
された担体が、充填保持された構造を持つことを特徴と
する反応プローブチップ。 (2)前記プローブ分子が固定化された担体が、多孔質
の膜もしくは不織布であり、それは前記貫通穴を塞ぐよ
うに張られた構造を有することを特徴とする前記(1)
記載の反応プローブチップ。 (3)前記プローブ分子が固定化された担体が、多孔質
ガラスの粉であり、前記貫通穴を塞ぐように張った多孔
質の膜もしくは不織布に絡みもしくは結合した構造を有
することを特徴とする前記(1)記載の反応プローブチ
ップ。
あるいはPNAおよびその断片、任意の塩基配列をもっ
たオリゴヌクレオチド、抗原、抗体あるいはエピトー
プ、酵素タンパク質あるいはその機能部位ポリペプチド
鎖であることを特徴とする前記(1)〜(3)のいずれ
か1項に記載の反応プローブチップ。 (5)検出対象である蛍光標識したDNA等の試料を、
基板に規則的に配列された複数の孤立した貫通穴の中に
同時に緩やかに流すことにより、プローブ分子と結合さ
せ、これを蛍光検出器を用い検出することを特徴とする
反応物検出システム。
に基づいて詳細に説明する。図1は、本発明の反応プロ
ーブチップを構成する規則的に配列された複数の孤立し
た貫通穴を有する基板と、プローブ分子が固定された担
体の関係を示す説明図である。図1は、担体1を充填保
持する基板2中の複数の貫通穴3の配列状態を示す平面
図である。図2は、図1に示す反応プローブチップにお
ける、基板2中の貫通穴3内における各種の担体1の配
置状態を示す部分断面図であり、前記担体は通液性のも
のであって、ここではそのような性質をものを総括して
「多孔体」というが、その多孔体としては種々のものを
使用できるものであって、(イ)は貫通穴3中に担体1
としての多孔質物1aが一杯に充填され保持された状態
を示し、(ロ)は多孔質物1aが貫通穴3中の下半分に
充填された状態を示し、(ハ)は担体1としての多孔質
膜1bまたは不織布1cを貫通穴3の下面に張り付けた
状態を示し、(ニ)は上記の膜1bまたは不織布1cに
更に担体として多孔質ガラス微粉1dを固定した状態を
示す。なお、多孔質膜1bは液透過性の微細孔を有する
ものであり、多孔性膜も含む。
の微細構造を示す拡大断面図である。それぞれ黒色部分
は多孔体の肉部を、白色部分は空孔部分を示し、(ホ)
は担体1としての多孔質物1aの拡大断面図であり、
(ヘ)は担体1としての不織布1cの拡大断面図であ
り、(ト)は不織布1cの繊維に固定された多孔質ガラ
ス微粉1dの絡み結合状態を示す拡大断面図である。図
4は、プローブ分子4が固定化された担体1の微細構造
を示す拡大断面図である。(チ)は多孔質物1a(黒色
部分)の内にプローブ分子4が固定された状態を、
(リ)は不織布1cの繊維(黒色部分)の表面にプロー
ブ分子4が固定された状態を示す。
の貫通穴3,3,・・・中に、それぞれ異なったプロー
ブ分子4,4,・・・が固定された担体1が充填保持さ
れた反応プローブチップ5の断面図、及び同じ特性を持
った反応プローブチップ5,5・・・を同時に多数作製
するために、多層に重ね合わせた状態を示す断面図であ
る。図6は、反応セル6中に固定した反応プローブチッ
プ5を用いてサンプルの検出をする状況を説明するため
の断面図で、(ヌ)は固定状態を示す断面図で、7はサ
ンプル導入口、8はサンプル吸引口であり、その他の符
号は先に説明したものと同じ機能を有する部分を示す。
(ル)は蛍光ラベル化サンプル9を投入、吸引し始めた
状態を示す断面図であり、(ヲ)は数種類の特定のプロ
ーブ分子4と結合し、ハイブリタイズしたスポット1
0,10を示す断面図である。
ット10,10の蛍光検出機による検出原理を説明する
図であり、そのうち図7は、図6(ヲ)に示したハイブ
リタイズしたスポット10,10を有する反応プローブ
チップ5に紫外線(UV)11を照射し、スポット1
0,10だけが蛍光12を発する状態を説明する断面図
である。図8は、基板2中に規則的に配列された複数の
貫通穴3中にハイブリタイズしたスポット10,10を
有する貫通穴3の分布状態を示す平面図である。また、
図8では、基板2中の複数の貫通穴3におけるスポット
10,10・・・の蛍光12を発する位置を示した平面
図である。図9は、本発明の反応プローブチップを用い
る蛍光検出システムの概念図を示すものであって、検出
部14で励起光源15からの紫外線を反応プローブチッ
プに当て、出てきた蛍光を蛍光検出16をし、そのデー
タをデータ処理部17に送って、処理する。また、図1
0は、図9の概念図を概略的に装置として示したもの
で、ハイブリタイズ装置18によりハイブリタイズされ
たものは、光源部20、モジュール格納部21及び観測
ユニット22からなる蛍光観測装置19により蛍光観測
し、データ処理部17により検出する流れからなる検出
システムを示したものである。
どの材質、寸法などについて説明する。本発明の反応プ
ローブチップは、多孔質ガラスの粉、多孔質の膜や不織
布などの反応性表面を持つ担体の表面にDNA、RNA
あるいはPNA、抗原、抗体あるいはそのエピトープ、
酵素、タンパク質あるいはその機能部位ポリペプチド鎖
などの反応性物質を担持させ、この反応性物質を担体ご
と基板上の少なくとも1つの表面上の規則的に配列され
た複数の孤立した貫通穴の1つ以上の穴に固定化するこ
とによって作製する。これにより、安定でかつ柔軟な生
産が可能となる。
安定な素材であれば良く、担体を固定するのに適した表
面特性をもつものが必要であり、石英ガラス、ホウケイ
酸ガラスなどのガラス基板、シリコンウエハーなどの無
機基板が好ましいが、担体との結合方法を工夫すること
によりポリエステルフィルム・ポリエチレンフィルムな
どの有機基板を用いることもできる。また、基板表面に
は担体結合材との親和性等を調整する目的で適当な表面
処理を施すこともできる。
トのような平板状のものであることが特に好ましい。板
状の場合、基板の厚みや大きさにも特に制限はなく、基
板の厚みは、基板に必要とされる形状安定性を考慮して
適宜決定され、さらに基板の大きさは、基板表面上に設
けられる貫通穴の数等を考慮して適宜決定される。な
お、基板に規則的に配列された複数の貫通穴の直径は、
特に制限がないが、0.5〜2mmが好ましく、特に1
mm前後が好ましい。
A、抗原、抗体あるいはそのエピトープ、酵素、タンパ
ク質あるいはその機能部位ポリペプチド鎖などの反応性
物質(プローブ分子)を担持する材料である。その具体
例としては、多孔質ガラスの粉、多孔質の膜や不織布の
ような多孔質材料が好ましいが、孔の形状としては多孔
構造であれば、どのような構造のものであっても良い。
担体表面は反応性物質との親和性等を調整する目的で適
当な表面処理を施すことが好ましい。貫通穴内にある担
体は、反応性物質の担持や検出のための反応に際して、
液を流した場合に貫通穴を上から下まで流すことができ
るような構造を有することが必要である。すなわち、反
応場である多孔質材料としては、反応プローブ分子を固
定もしくは成長させる素材であれば良く、その材質は特
に問わないが、多孔質ガラス粉、ガラス繊維ろ紙(不織
布)などが好ましい。
持方法は格別特定される必要はないが、たとえば担体表
面にアミノ基を固定した後、グルタルアルデヒドを用い
てポリペプチド鎖を固定する方法など、固定するために
用いることができる手段はいずれでも用いることができ
る。また、特定の大きさの反応性物質を固定・担持する
のではなく、オリゴヌクレオチドやオリゴペプチド合成
のように担体上で反応物質を合成し、そのまま用いても
よい。
板上に多数の異なる種類の反応性物質を担持した担体を
固定することを考えると、1〜100ミクロンの粉末状
の担体が好ましく、特に3ミクロン〜20ミクロンが好
ましい。これは、反応性物質を担持させる過程の作業性
からは粒子径が大きめの方が好ましいが、反応性物質を
担持した後の担体を固定化する際には、粒子径が小さめ
の方が好ましいためである。担体の基板への固定は、担
体を硝酸セルロースなどのセルロース系の接着材と共に
水などの溶媒に分散し、ディスペンサー、スポッター等
による配列、印刷などにより固定する。なお、多孔質ガ
ラス粉や膜の孔径は0.1〜0.5μmであることが好
ましく、不織布やろ紙などの微細間隙は数μm以下であ
ることが好ましいが、余りに微細であると蛍光標識した
サンプルのろ過が困難になるので、0.1μm以上であ
ることが必要である。
る「反応性」とは、化学反応によりイオン結合や共有結
合による化学構造等が変化する場合のみではなく、ファ
ンデルワールス力、水素結合、配位結合、化学吸着、物
理吸着等のその他の様式により、他の物質と結合した状
況を得る性質を意味する。そのような反応性プローブと
して例えば、酵素、抗原、DNA断片、抗体、エピトー
ブ、タンパク質等を挙げることができるが、当然のこと
ながらこれらに限定されるものではない。例えば、反応
性プローブとして、担体上に合成したDNA断片である
オリゴヌクレオチドの場合、検出対象DNAサンプルと
ハイブリタイズにより、特定配列のDNAを検出するこ
とが出来る。
それを用いた検出システムの作製工程について説明す
る。本発明の反応プローブチップは、基板に貫通穴を開
けそこに反応性プローブを固定する構造(図1〜2)で
あり、多孔体もしくは不織布などの反応場には、図4で
示されるようにプローブ分子が固定されている。貫通穴
内の反応場の形は、図2(イ)〜(ニ)に示すように幾
つかの形が考え得るが、いずれの場合であれ、分析対象
の遺伝子などが充分通り抜けられる大きさの貫通穴が有
り、且つ反応可能なプローブ分子が保持される機構であ
ればよい。
Aをその場で同時に多層で合成して、反応プローブ分子
としてもよい。この場合、図5に示すように、重ね合わ
せた貫通穴一つずつの同じ位置において合成すること
で、同時に同じ特性を持ったチップを多数作ることがで
きる。図5のように重ねて貫通穴一つずつに上から液1
3を下に流す場合には、液が基板の間の隙間を通って隣
の貫通穴へ入ることがないように、貫通穴ごとの液密が
保たれるようにする注意が必要である。 2)また、同じく重ね合わせた穴を利用して、cDNA
などを、多層同時に担持できるので、cDNA固定タイ
プのチップも容易に作成できる。
する際は、図6に示したような反応セル6中に固定した
反応チップ5(図6(ヌ))上に、蛍光標識したcDN
Aなどのサンプルを投入し、緩やかに反対側に吸引する
ことによりプローブ分子近傍を通過させることができる
(図6(ル))ので、容易にハイブリタイズさせること
ができる(図6(ヲ))。このため、反応が早く且つ均
一になり、ハイブリタイズにかかる装置が簡便になる。
反応の終了したチップは、そのまま従来型蛍光検出器に
より検出される(図7及び図9)。従って、このシステ
ムではハイブリタイズと検出、解析は一体のものとして
処理される(図10)。
る。ただし、本発明はこれらの実施例のみに限定される
ものではない。
成された石英ガラス基板(長さ70mm、幅25mm、
厚み0.5mm)を用意した。この貫通穴中に、細孔径
100nmで粒子径10ミクロンの多孔質ガラスの粉を
充填し焼き付けた。基板の上下面は、研磨により平滑化
された。基板は、化学的に洗浄された後、シランカップ
リング剤を用いて表面アミノ化を行った。この基板10
枚を重ね、定法によりそれぞれの貫通穴に異なった種類
のcDNAを固定化した。この基板をポリプロピレン製
の反応セルに入れ、蛍光剤で標識した検出対象のcDN
Aを流し込み反応させた。反応・洗浄の後、セルより取
り出されたチップは蛍光検出器により解析された。
m×幅30mm、厚さ0.3mmのポリエチレンテレフ
タレート基板を用意した。ガラス繊維ろ紙をこの基板で
挟み、加熱溶着することにより反応チップ基板を作成し
た。この基板を100枚重ね、各穴が垂直方向に連通し
ているそれぞれの穴の中に、順次試薬を通過させること
により、それぞれ異なったオリゴヌクレオチドを合成し
た。この基板をポリプロピレン製の反応セルに入れ、蛍
光剤で標識した検出対象のcDNAを流し込み反応させ
た。反応・洗浄の後、セルより取り出されたチップは蛍
光検出器により解析された。
mm、幅30mm、厚さ0.5mmのパイレックス(登
録商標)ガラス基板を用意した。この基板に、上面に再
生セルロースからなる多孔質膜を張り付けた。別に細孔
径100nmで粒子径5ミクロンの多孔質ガラスの粉を
用意し、定法にて各種オリゴヌクレオチドを合成した。
これをそれぞれの穴の中にディップした後、セルロース
系接着剤である硝酸セルロースの希薄溶液を滴下するこ
とにより、多孔質ガラスの粉を固定した。この基板をポ
リプロピレン製の反応セルに入れ、蛍光剤で標識した検
出対象のcDNAを流し込み反応させた。反応・洗浄の
後、セルより取り出されたチップは蛍光検出器により解
析された。
タイズしたスポットは紫外線照射により強い蛍光を発
し、蛍光検出器によりDNA試料中のDNA断片の配列
を解明することができた。
設備等の特別な設備を要することなく、任意の構成を持
つタンパク質もしくは任意の塩基配列を持ったオリゴヌ
クレオチドなどの反応性物質を、その表面に集積した反
応検出チップを容易に提供することができる。また、反
応時間が劇的に短縮出来ることと、反応の再現性が改善
され、トータルの処理能力が高くなる。従って、各個人
の必要に対応したDNAなどの反応性検出チップの作製
が可能となり、オーダーメイドの医療に貢献できる。
の貫通穴内における各種の担体の配置状態を示す部分断
面図であって、(イ)から(ニ)は、担体が、それぞれ
多孔質物、膜、不織布、あるいは膜などに多孔質ガラス
粉が固定されたものである場合の拡大部分断面図を示
す。
布、不織布に多孔質ガラスが固定された状態を説明する
拡大部分断面図である。
図であり、(チ)は多孔質物、(リ)は不織布の拡大断
面図である。
チップとその積層物の断面図である。
ップの断面図であり、(ヌ)は反応セル内における反応
チップの固定状態を示す断面説明図、(ル)は蛍光ラベ
ル化サンプルを投入、吸引した初期状態を示す断面説明
図、(ヲ)はハイブリタイズしたスポットの反応チップ
内の分布状態を示す断面説明図である。
したスポットの紫外線照射により蛍光放射を示す蛍光検
出原理を説明する断面図である。
したスポットの分布状態を示す平面図である。
システムの概念図を示す。
装置として表した検出システムの概要図を示す。
Claims (5)
- 【請求項1】 基板に規則的に配列された複数の孤立し
た貫通穴中に、穴ごとにそれぞれ異なったプローブ分子
が固定化された担体が、充填保持された構造を持つこと
を特徴とする反応プローブチップ。 - 【請求項2】 前記プローブ分子が固定化された担体
が、多孔質の膜もしくは不織布であり、それは前記貫通
穴を塞ぐように張られた構造を有することを特徴とする
請求項1記載の反応プローブチップ。 - 【請求項3】 前記プローブ分子が固定化された担体
が、多孔質ガラスの粉であり、前記貫通穴を塞ぐように
張った多孔質の膜もしくは不織布に絡みもしくは結合し
た構造を有することを特徴とする請求項1記載の反応プ
ローブチップ。 - 【請求項4】 前記プローブ分子がDNA,RNAある
いはPNAおよびその断片、任意の塩基配列をもったオ
リゴヌクレオチド、抗原、抗体あるいはエピトープ、酵
素タンパク質あるいはその機能部位ポリペプチド鎖であ
ることを特徴とする請求項1〜3のいずれか1項に記載
の反応プローブチップ。 - 【請求項5】 検出対象である蛍光標識したDNA等の
試料を、基板に規則的に配列された複数の孤立した貫通
穴の中に同時に緩やかに流すことにより、プローブ分子
と結合させ、これを蛍光検出器を用い検出することを特
徴とする反応物検出システム。
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