JP2000511765A - 精製SR―p70タンパク質 - Google Patents

精製SR―p70タンパク質

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Abstract

(57)【要約】 本発明は、p53タンパク質のための遺伝子に関連する腫瘍−抑制遺伝子のファミリーの新規な核酸配列、および対応するタンパク質配列に関する。

Description

【発明の詳細な説明】 精製SR-p70タンパク質 本発明は、p53タンパク質の遺伝子に関連した腫瘍−抑制遺伝子ファミリーの 新規な核酸配列、およびその対応するタンパク質配列に関する。 本発明はまた、特にアポトーシスまたは細胞形質転換の現象に連関した病理学 の分野において、これらの配列の予防、治療および診断上の適用にも関する。 腫瘍−抑制遺伝子は、発癌現象に対する保護において鍵となる役割を果たし、 これらの遺伝子のうち1つの喪失、その不活性化またはその機能不全を引き起こ すことが可能ないずれかの修飾は、腫瘍形成特性を有し、それにより悪性腫瘍の 発達に都合のよい条件を創造する。 本発明の発明者らは、新規な遺伝子の転写産物、ならびにその対応するタンパ ク質を同定した。該遺伝子、SR-p70は、その抗腫瘍活性がその転写因子活性に関 係するp53腫瘍−抑制遺伝子および、さらにとりわけ細胞死のメカニズムにおけ る手段となるBaxならびにBc1-2遺伝子の活性上で働く制御に関係する。 したがって、本発明は、精製されたSR-p70タンパク質、またはその生物学的に 活性なフラグメントに関する。 本発明はまた、該タンパク質またはそれらの生物学的に活性なフラグメントを コードする単離された核酸配列、およびこれらの配列から得られた特異的オリゴ ヌクレオチドにも関する。 さらに、それは、前記で定義されたヌクレオチド配列の少なくとも1つを含む クローニングおよび/または発現ベクター、および該ヌクレオチド配列のうち1 つの複製および/または発現を可能にする条件下で該クローニングおよび/また は発現ベクターによってトランスフェクトされる宿主細胞に関する。 トランスフェクトされた宿主細胞による組換えSR-p70タンパク質またはそれら の生物学的に活性なフラグメントの製造方法もまた、本発明の一部を成す。 本発明はまた、前記で定義されたタンパク質に特異的な抗体または抗体誘導体 も含む。 さらに、それは、免疫組織化学的技法によって腫瘍中のSR-p70タンパク質の蓄 積を測定すること、または患者の血清中の該タンパク質に向けられた自己抗体を 明らかにすることのいずれかによる癌の検出方法に関する。 本発明はまた、SR-p70活性、例えばSR-p70を巻き込むタンパク質−タンパク質 相互作用のいずれかの阻害剤または活性剤にも関する。 また、イン・ビボでSR-p70遺伝子の発現を調節できる、前記の核酸配列に特異 的なアンチセンスオリゴヌクレオチド配列にも関する。 最後に、本発明は、アポトーシス現象または形質転換の復帰現象を調節する目 的で、例えば本発明によるタンパク質のコーディング配列を運搬することが可能 な不活性化されたウイルスベクターのごときベクターを該タンパク質に関して不 完全な細胞中へ注入する遺伝子治療の方法を含む。 本発明の主題は: a)配列番号2の配列; b)配列番号4の配列; c)配列番号6の配列; d)配列番号8の配列; e)配列番号10の配列; f)配列番号13の配列; g)配列番号15の配列; h)配列番号17の配列; i)配列番号19の配列; j)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列 番号13、配列番号15、配列番号17または配列番号19から導き出される生 物学的に活性な配列 から選択されるアミノ酸配列を含む精製されたポリペプチドである。 本発明の記載において、以下の定義: ‐SR-p70タンパク質:配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、 配列番号10、配列番号13、配列番号15、配列番号17または配列番号19 の配列から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、あるいは該ポリペプチ ドのいずれかの生物学的に活性なフラグメントまたは誘導体; ‐誘導体:配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10 、配列番号13、配列番号15、配列番号17または配列番号19の配列のポリ ペプチドのいずれかの変異ポリペプチド、あるいは配列番号2、配列番号4、配 列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号13、配列番号15、配列番号 17または配列番号19の配列の遺伝学的および/または化学的性質の修飾の結 果生じる、すなわち、1個のアミノ酸または限定数のアミノ酸の突然変異、欠失 、付加、置換および/または化学的修飾によって得られるいずれかの分子、なら びにDエナンチオマーの形態において1またはそれ以上のアミノ酸を含有する、 いずれかのイソ型配列、すなわち、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列 番号8、配列番号10、配列番号13、配列番号15、配列番号17または配列 番号19の配列と、あるいはそのフラグメントまたは修飾された配列のうちの1 つと同一の配列、生物学的活性を与える性質のうち少なくとも1つを保持してい る該変異、修飾またはイソ型配列; ‐生物学的活性:DNAへの結合および/または転写因子活性を働かせること および/または分化およびアポトーシスの細胞サイクルの制御に関係することが 可能であり、および/または配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8 、配列番号10、配列番号13、配列番号15、配列番号17または配列番号1 9の配列のポリペプチドに特異的な抗体による認識が可能であり、および/また は該ポリペプチドを認識する抗体を誘発することが可能なこと が用いられる。 誘導体の製造は異なる目的を有してもよく、特に、DNAに対するポリペプチ ドの親和性またはその転写活性因子を増大させること、およびその生産レベルを 改善すること、プロテアーゼに対するその耐性を増大させること、その生物学的 活性を修飾することまたは、それに新規な薬剤および/または生物学的特性を賦 与することを包含する。 本発明のポリペプチドのなかでも、配列番号6、配列番号13、配列番号15 、配列番号17または配列番号19の配列を含むヒト起源のポリペプチドが好ま しい。配列番号6の配列に相当する636アミノ酸のポリペプチドは、配列番号 2のポリペプチドに対して97%より大きく同一である。 配列番号2のポリペプチドおよび配列番号4のポリペプチドは、同一遺伝子の 2個の発現産物であって、同じことが配列番号8および配列番号10に、ならび に配列番号6、配列番号13、配列番号15、配列番号17または配列番号19 にあてはまる。 実施例に説明するように、配列番号4のポリペプチドは、配列番号2のポリペ プチドをコードする、対応する遺伝子のより長い転写産物(メッセンジャーRN A)の別法でのスプライシングに関連した配列番号2のペプチドのプレ成熟末端 に相当する。同様に、ヒトにおいて、配列番号6、配列番号13、配列番号15 、配列番号17および配列番号19に相当するポリペプチドは、N−および/ま たはC−末端部分に関してそれらの組成物中で異なり、これは、同じ第1転写産 物の別法でのスプライシングの結果である。配列番号10のN−末端ペプチド配 列は欠失され、これはそのコーディング転写産物の別法でのスプライシングに関 係している。 有利なことに、本発明は、前記のポリペプチドのうち1個のDNA結合ドメイ ンに対応するポリペプチドに関する。 該ドメインは、配列番号2または6の残基110〜残基310、および配列番 号8の残基60〜残基260に位置する配列に相当する。 また本発明の主題は、SR-p70タンパク質をコードする核酸配列またはその生物 学的に活性なフラグメントもしくは誘導体にも関する。 さらに好ましくは、本発明の主題は: a)配列番号1の配列; b)配列番号3の配列; c)配列番号5の配列; d)配列番号7の配列; e)配列番号9の配列; f)配列番号11の配列; g)配列番号12の配列; h)配列番号14の配列; i)配列番号16の配列; j)配列番号18の配列; k)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番 号11、配列番号12、配列番号14、配列番号16または配列番号18または それらに相補的な配列と特異的にハイブリダイズすること、あるいはそれらの隣 接する配列と特異的にハイブリダイズすることが可能な核酸配列; l)遺伝コードの縮重の結果として配列a)、b)、c)、d)、e)、f)、g) 、h)、i)、J)またはk)から誘導される配列 から選択される単離された核酸配列である。 好ましい具体例によると、本発明の主題は、各々、配列番号6、配列番号13 、配列番号15、配列番号17および配列番号19のヒトタンパク質のcDNA に対応する配列番号5、配列番号12、配列番号14、配列番号16および配列 番号18のヌクレオチド配列である。 本発明の異なるヌクレオチド配列は、人工のものかまたはそうでないものであ ってもよい。それらは、配列番号1、3、5、7、9、11、12、14、16 または18の配列に基づいて調製されたプローブを用いる、配列のライブラリー のスクリーニングによって得られるDNAまたはRNA配列であり得る。かかる ライブラリーは、当業者に既知の分子生物学の伝統的方法によって調製され得る 。 また、本発明によるヌクレオチド配列は、化学的合成によってか、または別法 でライブラリーのスクリーニングによって得られた配列の化学的もしくは酵素的 修飾を包含する混合の方法によっても調製され得る。 これらのヌクレオチド配列は、本発明のポリペプチドもしくはその生物学的に 活性なフラグメントをコードするゲノムDNAまたはメッセンジャーRNAの核 酸配列に強力におよび特異的にハイブリダイズすることが可能なヌクレオチドプ ローブの製造を可能にする。かかるプローブもまた、本発明の一部を成す。それ らは、ハイブリダイゼーション実験により、生物学的試料における本発明のポリ ペプチドに特異的な転写産物の検出のための、あるいは異常型合成のまたは、ヘ テロ接合性の喪失または多形、突然変異もしくは異なるスプライシングの結果生 じる遺伝子再配列のごとき遺伝子異常の証明のためのイン・ビトロでの診断道具 として使用され得る。 本発明のプローブは、少なくとも10ヌクレオチドを含み、最も多くは、SR-p 70遺伝子のまたは例えばコスミド中に含まれるそのcDNAの配列全体を含む。 最短プローブ、すなわちおよそ10〜20ヌクレオチドのプローブのなかでも 、適するハイブリダイゼーション条件は、当業者によって通常使用されるストリ ンジェントな条件に一致する。 使用される温度は、好ましくはTm−5℃〜Tm−30℃であって、さらに好ま しいものとしてTm−5℃〜Tm−10℃であり、Tmは融解温度であり、対にな ったDNA鎖の50%が分離する温度である。 ハイブリダイゼーションは、好ましくは、詳細には6xSSC溶液のごとき高 イオン強度の溶液中で処する。 有利には、使用されるハイブリダイゼーション条件は以下の通りである: ‐温度:42℃、 ‐ハイブリダイゼーションバッファー:実施例IIIに記載のように、6xS SC、5xデンハーツ、0.1%SDS。 有利には、これらのプローブは以下のオリゴヌクレオチドまたはそれらに相補 的な配列によって表される: 好ましくは、本発明のプローブは使用前に標識化する。このために、いくつか の技法は当業者の能力内である(蛍光、放射能、化学発光、酵素等の標識化)。 これらのヌクレオチドプローブが使用されるイン・ビトロでの診断方法は、本 発明の主題に包含される。 これらの方法は、前記で与えられた定義にしたがって、例えば、SR-p70タンパ ク質をコードする核酸のヌクレオチド配列における、異常な合成(例えば、転写 産物の蓄積)、またはヘテロ接合性の喪失および遺伝子再配列のごとき遺伝子異 常ならびに点突然変異の検出に関連する。 また、本発明のヌクレオチド配列は、配列決定反応またはいわゆるPCR技法 もしくはそのいずれかの変法(リガーゼ鎖反応(LCR)等)による特異的増幅 反応のためのオリゴヌクレオチドプライマーの製造および使用にも有用である。 好ましいプライマー対は、ヌクレオチド配列:配列番号1:2874個のヌク レオチドのサル配列、および配列番号5:ヒトSR-p70a cDNA、詳細にはAT G翻訳開始コドンの上流およびTGA翻訳終止コドンの下流から選択されるプラ イマーから成る。 有利には、これらのプライマーは以下の対によって表される: ‐対番号1: ‐対番号2: ‐対番号3: ‐対番号4: ‐対番号5: ‐対番号6: ‐対番号7: ‐対番号8: ‐対番号9: ‐対番号10: ‐対番号11: ‐対番号12: これらのプライマーは、各々: ‐配列番号20の場合、配列番号1のヌクレオチド番号124〜ヌクレオチド 番号140および配列番号5のヌクレオチド番号1〜ヌクレオチド番号17、 ‐配列番号21の場合、配列番号1のヌクレオチド番号2280〜ヌクレオチ ド番号2262および配列番号5のヌクレオチド番号2156〜ヌクレオチド番 号2138、 ‐配列番号22の場合、配列番号1のヌクレオチド番号684〜ヌクレオチド 番号701、 ‐配列番号23の場合、配列番号1のヌクレオチド番号1447〜ヌクレオチ ド番号1430および配列番号5のヌクレオチド番号1324〜ヌクレオチド番 号1307、 ‐配列番号24の場合、配列番号1のヌクレオチド1434〜ヌクレオチド1 454および配列番号5のヌクレオチド1311〜ヌクレオチド1331、 ‐配列番号25の場合、配列番号1のヌクレオチド2066〜ヌクレオチド2 051および配列番号5のヌクレオチド1940〜ヌクレオチド1925、 ‐配列番号26の場合、配列番号5のヌクレオチド16〜ヌクレオチド32、 ‐配列番号27の場合、配列番号5のヌクレオチド503〜ヌクレオチド48 5、 ‐配列番号28の場合、配列番号11のヌクレオチド160〜ヌクレオチド1 76、 ‐配列番号29の場合、配列番号5のヌクレオチド1993〜ヌクレオチド1 976、 ‐配列番号30の場合、配列番号11のヌクレオチド263〜ヌクレオチド2 80、 ‐配列番号31の場合、配列番号5のヌクレオチド1943〜ヌクレオチド1 926、 ‐配列番号32の場合、図22に記載されたヌクレオチド配列のヌクレオチド 128〜ヌクレオチド145、 ‐配列番号33の場合、配列番号5のヌクレオチド1167〜ヌクレオチド1 149、 ‐配列番号34の場合、配列番号5のヌクレオチド928〜ヌクレオチド91 1、 ‐配列番号35の場合、配列番号5のヌクレオチド677〜ヌクレオチド65 9、 ‐配列番号36の場合、配列番号5のヌクレオチド1605〜ヌクレオチド1 587、 ‐配列番号37の場合、図13に記載のヌクレオチド配列のヌクレオチド1〜 ヌクレオチド18、 ‐配列番号38の場合、図13に記載のヌクレオチド配列のヌクレオチド83 3〜ヌクレオチド813、 ‐配列番号39の場合、図13に記載のヌクレオチド配列のヌクレオチド25 〜ヌクレオチド42、 ‐配列番号40の場合、図13に記載のヌクレオチド配列のヌクレオチド50 6〜ヌクレオチド488 に及ぶ配列に相当する。 さらに、本発明によるヌクレオチド配列は、遺伝子治療における用途、詳細に はアポトーシスのおよび形質転換の逆転の現象を制御するための用途を有し得る 。 さらに、本発明によるヌクレオチド配列は、SR-p70タンパク質なる語に与えら れた定義にしたがって、組換えSR-p70タンパク質の製造のために使用してもよい 。 これらのタンパク質は、当業者に既知の組換え産物製法の技術によって、前記 で定義されたヌクレオチドから製造してもよい。この場合、使用されるヌクレオ チド配列は、宿主細胞内でのその発現を可能にするシグナルの制御下に置かれる 。 組換えタンパク質の製造に有効なシステムは、例えばプラスミドまたはウイル ス起源のベクターおよび適合性宿主細胞を自由にできる必要がある。 細胞宿主は、バクテリアのごとき原核生物系、または例えば酵母、昆虫細胞、 CHO細胞(チャイニーズハムスター卵巣細胞)のごとき真核細胞系あるいは有 利に使用できるいずれかの他の系から選択され得る。本発明のタンパク質の発現 のための好ましい細胞宿主は、イー・コリ(E.coli)細菌、詳細にはMC 1061株 (Clontec)から成る。 ベクターは、プロモーター、翻訳開始および終止シグナルならびに適当な転写 調節領域も含まなければならない。それは細胞中に安定に維持されることが可能 でなければならず、適当には翻訳されたタンパク質の分泌を規定する特別のシグ ナルを有する。 これらの種々の制御シグナルは、使用される細胞宿主にしたがって選択される 。そのために、本発明によるヌクレオチド配列を、選択された宿主内で自主的に 複製しているベクターまたは選択された宿主に組み込まれるベクター中に挿入し てもよい。かかるベクターは、当業者によって一般的に使用される方法によって 調製され、それから得られるクローンは、例えばエレクトロポーレーションのご とき標準的な方法によって適当な宿主中へ導入され得る。 少なくとも1個の前記で定義したヌクレオチド配列を含有するクローニングお よび/または発現ベクターもまた、本発明の一部を成す。 好ましいクローニングおよび発現ベクターは、イー・コリにおけるクローニン グベクター(イー・コリにおける複製起点およびプラスミドpTZ 18Rから生じる アンピシリン耐性遺伝子)としておよび動物細胞における発現ベクター(プロモ ーター、イントロン、ポリアデニル化部位、SV40ウイルスの複製起点)としての 両方の使用に必要なエレメント、ならびに配列決定の目的でそれを一本鎖として コピーできるエレメント(ファージf1の複製起点)を含有するプラスミドpSE1で ある。 該プラスミドの特徴は、ヨーロッパ特許出願第0506574号において記載 されている。 その構造およびまた本発明の核酸配列から生じるcDNAの組み込みは、さら に、下記の実施例に記載する。 好ましい具体例によると、本発明のタンパク質は融合タンパク質の形態、詳細 にはグルタチオンS−トランスフェラーゼ(GST)と融合したタンパク質の形 態である。この場合に指定される発現ベクターは、プラスミドベクターpGEX-4T- 3(Pharmacia ref-27.4583)が代表的である。 さらに、本発明は、これら前記のベクターによってトランスフェクトされる宿 主細胞に関する。これらの細胞は、前記で定義されたようにベクター中へ挿入さ れたヌクレオチド配列を宿主細胞中に導入し、次いでトランスフェクトしたヌク レオチド配列の複製および/または発現を可能にする条件下で該細胞を培養する ことによって得られ得る。 これらの細胞は、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番 号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16または配列番号18の組換 えポリペプチド、あるいはその生物学的に活性なフラグメントまたは誘導体の製 造方法において使用できる。 組換え形態における本発明のポリペプチドに製造方法は、それ自体が本発明に 包含され、トランスフェクトされた細胞を配列番号2、配列番号4、配列番号6 、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16また は配列番号18の組換えポリペプチドあるいはその生物学的に活性なフラグメン ト または誘導体の発現を可能にする条件下で培養すること、および該組換えポリペ プチドを回収することを特徴とする。 使用される精製方法は、当業者にとって既知である。組換えポリペプチドは、 ライゼートおよび細胞抽出物からあるいは培養培地上清から、分画、クロマトグ ラフィー法、特異的モノ−またはポリクローナル抗体を用いる免疫アフィニティ ー技法等のごとき、個々でまたは組み合わせて用いられる方法によって精製され 得る。好ましい変法は、「担体」タンパク質に融合された組換えポリペプチド( キメラタンパク質)を製造することから成る。該システムの利点は、組換え産物 のタンパク質分解における安定化および減少、イン・ビトロでの再中和の間の溶 解性における増加および/または融合相手が特異的リガンドに対するアフィニテ ィーを有する場合の精製の簡略化を可能にすることである。 有利なことに、本発明のポリペプチドはグルタチオンS−トランスフェラーゼ とN末端位置で融合される(Pharmacia”GST"system)。この場合、融合産物をG STの酵素活性法によって検出し、定量する。使用される比色試薬は、グルタチ オンアクセプター、GSTの基質である。組換え産物をグルタチオン分子を予め 結合させたクロマトグラフィー支持体上で精製する。 前記で与えられた定義によりSR-p70タンパク質を特異的に認識可能なモノ−ま たはポリクローナル抗体もまた、本発明の一部を成す。ポリクローナル抗体は、 標準法により、例えば、前記の方法にしたがう遺伝子組換えによって製造された タンパク質に対して免疫した動物の血清から得てもよい。 497によって記載された伝統的なハイブリドーマ培養法によって得てもよい。 有利な抗体は、配列番号2または6の残基110〜残基310、あるいは配列 番号8の残基60〜残基260に位置する中央領域に向けられた抗体である。 本発明による抗体は、例えばキメラ抗体、ヒト化抗体またはFabおよび F(ab')2フラグメントである。また、それらはイムノコンジュゲートまたは標識 化抗体の形態をとる。 さらに、組換えポリペプチドの精製のためのそれらの使用のほかにも、本発明 の抗体、特にモノクローナル抗体は、生物試料においてこれらのポリペプチドを 検出するためにも使用し得る。 よって、それらは、例えば免疫蛍光法、金標識(gold labelling)または酵素 イムノコンジュゲート法によって、特異的組織のセクション上でのSR-p70タンパ ク質の発現の免疫細胞化学的または免疫組織化学的分析の方法を構成する。 詳細には、それらは、特定の組織または生物試料におけるSR-p70タンパク質の 異常な蓄積を明らかにすることを可能にし、それらを癌を検出することあるいは 存在前の癌の進行または鎮静をモニターするのに有用にする。 より一般的には、本発明の抗体は、SR-p70タンパク質の発現が観察されなけれ ばならないいずれかの状況において有利に従事され得る。 したがって、本発明はまた、生物試料由来のSR-p70タンパク質の発現または異 常な蓄積と相関した病状、詳細には発癌現象のイン・ビトロでの診断方法であっ て、少なくとも1個の本発明の抗体を、SR-p70タンパク質と該抗体または複数の 抗体間の特異的免疫学的複合体の可能な形成をさせる条件下で該生物試料に接触 させること、およびおそらく形成される特異的免疫学的複合体を検出することを 特徴とする方法にも関する。 本発明はまた、生物学的試料におけるSR-p70タンパク質の異常な発現または蓄 積のイン・ビトロでの診断のための、および/または該試料中の該タンパク質の 発現レベルの測定のためのキットであって: ‐支持体に結合されていてもよい、少なくとも1個のSR-p70タンパク質に特異 的な抗体、 ‐SR-p70タンパク質および該抗体間の特異的抗原−抗体複合体の形成の視覚化 の方法、および/またはこれらの複合体の定量化の方法 を含むキットにも関する。 本発明はまた、個体の血清中のSR-p70タンパク質に向けられた自己抗体を検出 することによる腫瘍形成の初期診断の方法にも関する。 初期診断のかかる方法は、個体から得られた血清試料を、本発明のポリペプチ ドと血清試料中におそらく存在する自己抗体間の特異的免疫学的複合体の形成を 可能にする条件下で、支持体に結合されていてもよい該ポリペプチドに接触させ ること、およびおそらく形成される特異的免疫学的複合体を検出することを特徴 とする。 本発明の主題はまた、病状に伴われ得る対立遺伝子変異性、突然変異、欠失、 挿入、ヘテロ接合性の喪失またはSR-p70遺伝子の遺伝子異常の決定方法であって 、少なくとも1個の前記のヌクレオチド配列を利用する方法でもある。対立遺伝 子変異性、突然変異、欠失、挿入、ヘテロ接合性の喪失またはSR-p70遺伝子の遺 伝子異常の決定方法のなかでも、好ましいものは、前記で定義したヌクレオチド 配列の1対のプライマーを用いる、おそらく多形、突然変異、欠失または挿入を 示すSR-p70の標的核酸配列のPCR増幅の少なくとも1工程、増幅産物が適当な 制限酵素を用いて処理される工程および少なくとも1個の酵素反応産物を検出ま たはアッセイする工程を含むことを特徴とする方法である。 本発明はまた、活性素因として前記の定義に対応するポリペプチドを、好まし くは可溶形態で、医薬上許容されるビヒクルと組み合わせて含む医薬組成物も含 む。 かかる組成物は、増殖および細胞分化の制御のレベルで発癌現象を処理するこ とに対する新規なアプローチを提供する。 好ましくは、これらの組成物は全身投与、好ましくは静脈、筋内、皮膚内また は経口投与できる。 それらの最適な投与様式、投与用量および医薬投与形態は、患者に適当な治療 的処理を確立するにあたり一般的に憶えられた基準、例えば患者の年齢または体 重、症状の重さ、治療に対する許容および観察される副作用等にしたがって決定 され得る。 最後に、本発明は、不活性化ウイルスベクター法によってSR-p70タンパク質を コードするヌクレオチド配列を標的細胞へトランスフェクトする遺伝子治療の方 法を含む。 本発明の他の特徴および利点は、説明は下記される実施例および図面とともに 残りの記載に見られる。 図面の説明 図1: サルSR-p70acDNA(配列番号1に相当する)のサルp53cDNAの核 酸配列との核酸比較。 図2: サルSR-p70aのサルp53タンパク質とのタンパク質比較。(sw:p53-cera e) 図3: サルSR-p70aおよびbcDNA(各々、配列番号1および配列番号3に 相当する)の核酸配列比較。 図4: サルSR-p70aの核酸配列および推定タンパク質配列。 図5: サルSR-p70bの部分核酸配列および完全な推定タンパク質配列。 図6: ヒトSR-p70aの部分核酸配列および推定の完全タンパク質配列(配列番 号5に相当する)。 図7: マウスSR-p70cの部分核酸配列および完全な推定タンパク質配列(配列 番号7に相当する)。 図8: マウスSR-p70aの部分核酸配列および部分的な推定タンパク質配列(配 列番号9に相当する)。 図9: サル(aおよびb)、ヒト(a)およびマウス(aおよびc)SR-p70cDNAか ら推定したタンパク質の複数の配列。 図10a: SR-p70タンパク質のイムノブロット。 図10b: 内在性SR-p70タンパク質の検出。 図11: ヒトSR-p70遺伝子の染色体位置。p36領域において、シグナルが染色 体1上に現れる。 図12: SR-p70遺伝子のゲノム構造およびp53遺伝子のゲノム構造との比較。S R-p70a(配列の上段)およびp53(下段)のヒトタンパク質配列は、それらがコ ードされている各々のエキソンに基づくペプチドに分けられる。矢印のそばの数 字は、対応するエキソンの番号付に相当する。 図13: SR-p70イントロン1の3’末端からエキソン3の5’末端のヒトゲノ ム配列。イントロンをボックスで囲む。123および133位置に、2つの可 変核酸位置を配置する(123にてG→Aおよび133にてC→T)。StyI酵 素の制限部位に下線を付す(133位置、542位置および610位置にてCの 代わりにTがある場合、130位置)。矢印は実施例XIに使用される核酸プラ イマーを示す。 図14: SR-p70dおよびSR-p70aのヒトcDNAの5’領域の核酸比較。 図15: ヒトSR-p70a、b、d、eおよびfに対応する核酸配列の複数の配列。 図16: ヒトSR-p70(a、b、d、eおよびf)から推定されるタンパク質の複 数の配列。 図17: ヒトSR-p70aの部分核酸配列および部分推定タンパク質配列。太字の 2個の塩基は、2個の可変位置に対応して特徴付けられる(図6参照)。該配列は 、図6に存在するよりも多くの完全非コーディング5’領域を有する。 図18: PCR増幅後のSR-p70a転写産物の分析。 レーンM:1kbはしご状(GIBCO-BRL)分子量マーカー レーン1:HT29系統 レーン3:SK-N-AS系統 レーン5:UMR-32系統 レーン7:U-373MG系統 レーン9:SW480系統 レーン11:CHP212系統 レーン13:SK-N-MC系統 レーン2、4、6、8、10) 12、14: 各々レーン1、3、5、7 、9、11および13に対応する負の対照(RT−PCR反応における逆転写の 欠如) 図19: A: PCRによって増幅されたゲノムフラグメントのアガロースゲ ル電気泳動による分析(イントロン1の3’末端からエキソン3の5’末端まで) 。レーンの番号は、対照の番号に対応する。レーンM:分子量マーカー(1kbは しご状)。 B: 制限酵素StyIでA部分と同じ試料を消化後、A部分と同様 の分析。 図20: ヒトSR-p70aを含有するプラスミドpCDNA3の部分制限地図での図式表 示。 実施例I COS-3細胞からのSR-p70cDNAのクローニング 1.COS-3細胞の培養 COS-3細胞(SV40ウイルスT抗原で形質転換したアフリカングリーンモン キー腎細胞)を、2mML−グルタミンを含有し、50mg/lのゲンタマイシ ンおよび5%の胎児ウシ血清(GIBCO-BRLリファレンス10231-074)で補足された DMEM培地(GIBCO-BRLリファレンス41 965-047)で、やや集密するまで培養 する。 2.メッセンジャーRNAの調製 a)メッセンジャーRNAの抽出 細胞を以下の方法: 付着細胞を2回PBSバッファー(リン酸緩衝化セーライン、リファレンス04 104040-GIBCO-BRL)で洗浄し、次いでゴムスクレーパーでこすり落とし、遠心分 離する において回収する。 細胞ペレットを以下の組成:4Mチオシアン酸グアニジン;25mMクエン酸 ナトリウムpH7;0.5%サルコシル;0.1Mβ−メルカプトエタノールの 溶菌バッファー中に懸濁する。懸濁液をUltra-Turrax No.231256ソニケーター( Janke and Kundel)を用いて最大出力で1分間音波処理する。酢酸ナトリウムp H4を0.2Mの濃度まで加える。溶液を1容量のフェノール/クロロホルム( 5/1 v/v)混合液で抽出する。水層に含まれたRNAを1容量のイソプロ パノールを用いて−20℃で沈殿させる。ペレットを溶菌バッファーに再懸濁 する。溶液をフェノール/クロロホルム混合液で再度抽出し、RNAをイソプロ パノールで沈殿させる。ペレットを70%および次いで100%エタノールで洗 浄後、RNAを水中に再懸濁する。 b)RNAのポリ(A)+フラクションの精製 RNAのポリ(A)+フラクションの精製をDYNAL Dynabeads oligo(dT)25 キット(リファレンス610.05)を用いて製造者推奨のプロトコールにしたがって 行う。原理は、オリゴヌクレオチドポリ(dT)25が結合する超磁性ポリスチレ ンビーズの使用に基づく。RNAのポリ(A)+フラクションをビーズに結合し たオリゴ(dT)25とハイブリダイズさせ、それを磁性支持体上にトラップする 。 3.相補的DNAライブラリーの作成 a)相補的DNAの調製 工程2の最後に得られたCOS-3細胞山来のポリ(A)+RNA0.5μgから、 [32P]dCTP−標識化1本鎖相補的DNAを以下の配列(BamHI部位を 含む): の合成プライマーを用いて、デオキシヌクレオチド三リン酸の各0.5mM、3 0μCiの[α−32P]dCTPおよび30UのRNasin(Promega)を含 有する組成:50mMトリス-HClpH8.3、6mM MgCl2、10mM DDT、40mM KClのバッファー30μl容量中で調製する(得られた相 補的DNAは、3000dpm/ngの比活性を有する)。37℃にて1時間、 次いで50℃にて10分、次いで再度37℃にて10分、200ニユットの逆転 写酵素RNAaseH-(GIBCO-BRLリファレンス8064A)とともにインキュベー ション後、4μlのEDTAを加える。 b)RNA鋳型のアルカリ加水分解 6μlの2N NaOH溶液を加え、次いで混合物を65℃にて5分インキュ ベートする。 c)Sephacryl S-400カラムでの精製 合成プライマーを除去するために、相補的DNAをTEバッファー中で平衡化 したSephacryl S-400(Pharmacia)の1mlのカラムに付して精製する。 1容量のクロロホルムで抽出後、最初の2個の放射性フラクションをプールし 、1/10容量の10M酢酸アンモニウム溶液および2.5容量のエタノールで 沈殿させる。 d)dGのホモポリマー添加 相補的DNAを20ユニットのターミナルトランスフェラーゼ酵素 (Pharmacia 27073001)を用いてdG尾部を有する3’末端にて伸長させる。混 合物を20μlの組成:30mMトリス−HCl pH7.6、1mM塩化コバ ルト、140mMカコジル酸、0.1mMDTT、1mM dGTPのバッファ ー中で37℃にて15分間インキュベートし、次いで2μlの0.5MEDTA を加える。 e)工程b)およびc)を再び繰り返す。 f)アダプター存在下でのクローニングベクターpSE1(EP506,574 )および相補的DNAの対合 混合物を遠心分離し、ペレットを33μlのTEバッファー中に溶解し、5μ l(125ng)のクローニングベクターpSE1、1μl(120ng)の以 下の配列(ApaI部位を含む): のアダプターおよび10μlの200mM NaCl溶液を加え、反応混合物を 65℃にて5分間インキュベートし、次いで室温まで冷却させる。 g)連結反応 クローニングベクターおよび1本鎖cDNAを32.5ユニットのファージT 4DNAリガーゼ酵素(Pharmaciaリファレンス27087002)とともに100μl の容量中で15℃にて一晩、組成:50mMトリス−HClpH7.5、10m M MgCl2、1mM ATPのバッファー中で連結反応させる。 h)cDNAの第2鎖の合成 タンパク質をフェノール抽出、次いでクロロホルム抽出によって除去し、1/ 10容量の10mM酢酸アンモニウム溶液および次いで2.5容量のエタノール を加える。混合物を遠心分離し、ペレットを組成33mMトリス一酢酸塩pH7 .9、62.5mM酢酸カリウム、1mM酢酸マグネシウムおよび1mMジチオ トレイトール(DTT)のバッファー中に溶解し、相補的DNAの第2鎖を30 ユニットのファージT4 DNAポリメラーゼ酵素(Pharmaciaリファレンス2707 18)および1mMの4デオキシヌクレオチド三リン酸dATP、dCTP、dG TPおよびdTTPの混合物ならびに2ユニットpファージT4遺伝子32タン パク質(Pharmaciaリファレンス27-0213)を有する30μlの容量中で37℃に て1時間合成する。混合物をフェノールで抽出し、フェノールの痕跡をポリアク リルアミドP10(Biogel P10-200-400メッシュ−リファレンス15011050−Biorad )のカラムを用いて除去する。 i)エレクトロポーレーションによる形質転換 イー・コリMC 1061細胞を前記で得られた組換えDNAで、製造者により明示 された条件下2.5kVにてBiorad Gene Pulser装置(Biorad)を用いるエレク トロポーレーションによって形質転換し、次いでバクテリアを1時間、組成:バ クトトリプトン10g/l;酵母抽出物5g/l;NaC110g/lのLB培 地(Sambrook op.cit.)として知られる培地中で生育させる。 独立クローンの数は、1.5%寒天(w/v)および100μg/mlアンピ シリンを加えたLB培地(以後LB寒天培地という)の皿上でのインキュベーシ ョンの最初の1時間後、形質転換の1/1000希釈をプレートに播くことによ って測定する。独立クローンの数は百万である。 j)ライブラリーのcDNAの分析 cDNAの5’領域の核酸配列決定によるライブラリーの個々のクローンの分 析の状況において、SR-p70aと称される1クローンは、すでに知られるタンパク 質、p53タンパク質(Genbank X 02469および X 16384)のcDNAと部分的ホモ ロジーを示すことが明らかとなった(図1)。配列をSangerら、Proc.Natl.Acad .Sci.USA;1977,14,5463-5467の方法を用いるUnited States Biochemicalキット(リファレンス70770)および/またはApplied Biosystemsキ ット(リファレンス401434および/または401628)で作製した。プラスミドDN AをWIZARD minipreparationキット(PromegaリファレンスA7510)から調製ずる 。使用されるプライマーは、cDNAの5’末端に隣接する領域においてベクタ ーpSE1に対してかまたはcDNAの配列に対して相補的な16〜22mer オリゴヌクレオチドである。第2のcDNAを下記実施例III.3に記載され る技法に類似した方法において、BRL”Random Primers DNA labelling systems ”キット(リファレンス18187-013)を用いて32Pで標識したSR-p70aDNAを用 いて、同じライブラリーからスクリーニングによって単離した。ハイブリダイゼ ーションおよび洗浄バッファーを50%ホルムアミドの添加によって処理する。 最後の洗浄を0.1xSSC/0.1%SDS中で60℃にて行う。該第2配列 (SR-p70bcDNA)は第1配列と同一であるが、内部フラグメントがそれから 欠失されていた(図3)。 2874ヌクレオチド(SR-p70a)および2780ヌクレオチド(SR-p70b)の 長さの2個のSR-p70cDNAは、単一遺伝子、ヌクレオチド1637および17 32間の94塩基の欠失および対応するコードされたタンパク質のプレ成熟末端 を引き起こす別法のスプライシングの産物に相当する。2個のcDNAから推定 されたタンパク質は、各々637アミノ酸および499アミノ酸を有する(図4 および5)。 実施例II HT-29(ヒト結腸腺癌)細胞由来のSR-p70aタンパク質の配列の獲得およびcD NAのクロ−ニング 1)HT-29細胞の培養 細胞を10%の胎児コウシ血清(GIBCO 10081-23)および50mg/lのゲン タマイシンを加えたMcCoy's5培地(GIBCO 26600-023)中でやや集密するまで培 養する。 2)相補的DNAの調製 メッセンジャーRNAを実施例I.2における記載の通りに調製する。cDN Aを実施例I.3における記載に類似の方法で、5μgの全メッセンジャーRN Aでポリ(T)12プライマーを用いて調製する。EDTAで反応を中断させない 。 3)いわゆるPCR技法によるヒトcDNAの特異的増幅 重合を10%DMSO、0.5mM dNTP、2個の核酸プライマーを各4 μg/mlおよび2.5ユニットのTAQ DNAポリメラーゼ(Boehringer)の存 在下で以下の組成:10mMトリス−HCl pH8.3、2.5mM MgC l2、50mM KClのバッファーで最終容量50μl中4μlのcDNAを用 いて行う。プライマー対は、COS-3SR-p70クローンの核酸配列、詳細には翻訳開 始ATGの上流および翻訳終止TGAの下流に基づいて選択し、以下の組成: である。 反応は、94℃/1分、54−60℃/1分30秒および72℃/1分30秒 の30サイクル、次いで72℃/6分の最終サイクルで行う。 4)ヒトcDNAの配列の獲得 第1工程において、PCR産物をSephacryl S-400カラムに付してオリゴヌク レオチドから除去し、次いでポリアクリルアミドP10(Bioradリファレンス15041 44)カラム上の排除クロマトグラフィーによって脱塩する。配列決定反応は、c DNAに特異的なオリゴヌクレオチドとともにApplied Biosystemsキット(リフ ァレンス401628)を用いて行う。得られた配列は、サルSR-p70aの配 列に非常に類似し、推定タンパク質は636アミノ酸を含む(図6)。 同様の方法において、ヒト系統または組織から由来の他の配列をヒトSR-p70の コーディング部分のために、特に肺または膵臓から得た。これらの配列から推定 されるタンパク質は、HT-29系統の場合に得たものと同一である。 5)プラスミドpCDNA3(Invitrogen V 790-20)中へのヒトcDNAのクローニ ング 3)で得られたPCR産物およびまたプラスミドを2つの制限酵素Kpn I およびXba Iで消化し、次いでGenecleanキット(Bio 101リファレンス3105 )を用いる1%アガロースゲル上での移動後に精製する。100ngの挿入断片 および10ngのベクターで連結反応および形質転換(実施例I.3.gおよび iに記載された技法)後、組換えクローンを前記のApplied Biosystemsキットを 用いる配列決定によって証明する。 実施例III AtT-20(下垂体腫瘍)細胞由来のマウスSR-p70cDNAのクローニング 1)AtT-20系統の細胞培養 細胞を15%のウマ血清(GIBCO 26050-047)、2.5%の胎児コウシ血清(G IBCO 10081-073)および50mg/lのゲンタマイシンを加えたHam F10培地(G IBCO 31550-023)中で、やや集密するまで培養する。 2)相補的DNAライブラリーの調製 ライブラリーを実施例I.2および3に記載の通りに前記で培養された細胞か ら作製する。 3)ライブラリーのスクリーニング a)膜の調製 ライブラリーのクローンをBiodyne A membranes(PALLリファレンスBNNG 132)で被覆したLB寒天培地(ペトリ皿150mm直径)上に播く。37℃に て一晩後、クローンを新しい膜上へ接触させることにより転写する。後者を以下 の溶液:0.5N NaOH、1.5M NaClで5分間、次いで0.5Mトリ ス−HCl pH8、1.5M NaClで5分間浸漬させた3mm Whatmanろ 紙上に置くことにより処理する。以下のバッファー:10mMトリス−HCl pH8、10mM EDTA、50mM NaCl、0.1%SDS、100μg /mlプロテイナーゼK中においてプロテイナーゼKで室温にて1時間処理後、 膜を2xSSC(クエン酸ナトリウム、NaCl)中で十分に洗浄し、乾燥し、 次いで真空下オーブン中で80℃にて20分間インキュベートする。 b)プローブの調製 サルおよびヒトSR-p70cDNA配列に基づいて、以下の組成: のオリゴマーを用いて、第1配列を実施例11.3および4に記載の通りにAtT- 20mRNA系統から増幅したフラグメント上に製造した。 該配列に基づいて、マウスに特異的なオリゴマーのプローブを選択し、該プロ ーブは以下の組成: GAG CAT GTG ACC GAC ATT G を有する。 100ngのプローブを3’末端にて10μlの以下のバッファー:30mM トリス−HCl pH7.6、140mMカコジル酸、1mM CoCl2、0. 1mM DTT中における10ユニットのターミナルトランスフェラーゼ(Pharm acia)および100μCiの[α-32P]dCTP3000Ci/ミリモル(Ame rshamリファレンスPB10205)で37℃にて15分間標識化する。取り込まれない 放射能標識化ヌクレオチドをポリアクリルアミドP10(Biorad,リファレンス1 504144)のカラムに付して除去する。得られたプローブは、およそ5x108d pm/μgの比活性を有する。 c)プレハイブリダイゼーションおよびハイブリダイゼーション a)で調製された膜を6xSSC、5xデンハーツデンハーツ、0.1%SD S中42℃にて30分間プレハイブリダイズし、次いでb)で調製したプローブ の106dpm/ml部分を加えた同じバッファー中で2、3時間ハイブリダイ ズする。 d)膜の洗浄および曝露 膜を室温にて2xSSC/0.1%SDSバッファー中で2度、次いで56℃ にて6xSSC/0.1%SDS中1時間洗浄する。ハイブリダイズしたクロー ンをKODAK XOMATフィルムで視覚化する。マウスSR-p70を含有する陽性クローン を選択し、以後SR-p70cと称する。 4)マウスSR-p70の配列決定および該配列の分析 配列をApplied Biosystemキット(リファレンス401628)を用いて得る。マウ スSR-p70c cDNAから推定されたタンパク質配列(図7)は、非常に異なるN −末端部分以外はヒトおよびサル配列と非常に強いホモロジーを示す(図9参照) 。実施例II.3および4に記載の方法と類似の方法においていわゆるPCR技 法を用いて、第2の5’配列(同じAtT-20ライブラリーから生じる)を得た(図 8)。推定N−末端タンパク質配列(SR-p70aと称する配列)は、ヒトおよびサル SR-p70 cDNA(SR-p70a)から推定された配列に非常に類似する(図9)。よっ てAtT-20系統は、少なくとも2個のSR-p70転写産物を提供する。その2つの転写 産物は、異なるスプライシングによってN−末端部分において異なる。 実施例IV 1)イー・コリにおける組換えSR-p70タンパク質の製造 a)発現プラスミドの構築 これは、サルSR-p70aタンパク質のCOOH−末端部分、427位置のバリン 〜637位置のCOOH−末端のヒスチジンをプラスミドベクターpGEX-4T-3 (Pharmaciaリファレンス27-4583)のグルタチオンS−トランスフェラーゼ(G ST)との融合に置くことによる。この目的のために、SR-p70aの対応する挿入 断片(位置1434〜2066)をサルSR-p70a cDNAを含有する10ngの プラスミドを用いるPCRによって増幅した。核酸プライマーは、以下の組成で ある: 得られたフラグメントおよびまたベクターを制限酵素BamHIおよびSal Iで消化し、クローニングを実施例II.5の記載の通りに行う。選択されたク ローンをpG SR-p70と称する。 b)GST-pSR-p70融合タンパク質の発現および精製 該工程を”bulk GST purification module”キット(Pharmaciaリファレンス2 7-4570-01)を用いて行った。 概略は、組換えクローンを37℃にて1リットルの2xYTA培地+100μ g/mlアンピシリン中で培養した。OD0.8にて、発現を0.5mMIPT Gで37℃にて2時間誘導する。遠心分離後、細胞ペレットを冷PBS中で拾い 上げ、次いで超音波で音波処理する。1%Triton X-100を添加後、調製物を室温 にて撹拌しながら30分間インキュベートする。4℃にて12,000gで10 分間遠心分離後、上清を回収する。次いで、精製をグルタチオン−セファロース (glutathione−Sepharose)4Bアフィニティークロマトグラフィーカラムに付 して行う。結合および洗浄をPBSバッファー中で行い、溶出を減少させたグル タチオンとの競合によって行う。最終濃度は、融合タンパク質300μg/ml になる。 2)COS-3細胞におけるSR-p70aタンパク質の製造 COS-3細胞を、サルSR-p70a cDNAがクローン化されたp SE1プラスミドD NAを用いて(実施例I.1)、または対照としてベクターpSE1プラスミドDN Aを用いて、DEAE−デキストラン技法によってトランスフェクトする:COS- 3細胞を5x105細胞/6cm皿にて5%胎児ウシ血清を含有する培地中で接 種する(実施例I.1)。培養後、細胞をPBSでリンスする。1mlの以下の 混合物:6.5μgのDNA、250μg/mlのDEAE−デキストランおよ び100μMクロロキノンを含有する培地を加える。細胞を37℃にて5%CO2 中、4〜5時間インキュベートする。培地を吸引し、10%DMSOを含有す るPBS2mlを加え、皿を静かに振盪しながら細胞を1分間インキュベートす る。培地を再度吸引し、細胞をPBSで二度リンスする。次いで、37℃にて2 %胎児ウシ血清を含む培地を用いて発現が行われる間の期間、一般的には三日間 インキュベートする。 次いでSR-p70aタンパク質を実施例IVの記載の通りにイムノブロッティングに よって分析する。 実施例V 特異的抗体の調製 実施例IVにしたがって調製した試料のタンパク質150μgを用いて、ウサ ギ(およそ1.5〜2kg重量のニュージーランド雄)を免疫した。免疫はVait ukaitis,Methods in Enzymology,1981,73,46によって記載されたプロトコー ルにしたがって、15日毎に行われた。最初の注射で、1容量の抗原溶液を1容 量のフロイントの完全アジュバント(Sigmaリファレンス4258)でエマルジョン 化する。5ブースターをフロイントの不完全アジュバント(Sigmaリファレンス5 506)中で投与した。 実施例VI SR-p70タンパク質の検出:ウェスタンイムノブロッテイング 1)イムノブロッティングに使用した材料 a)イムノブロッティングに使用した細胞系統 以下の細胞系統をATCC(American Type Culture Collection)のカタログ”Cata logue of cell lines and hybrjdomas,7th edition,1992”における記載の通 りに培養した:COS-3、CV-1(サル腎細胞系統)、HT-29、U-373MG(ヒト膠芽腫)、M CF7(ヒト乳腺癌)、SKNAS(COS-3と同じ条件下で培養したヒト神経芽腫)、SK-N-MC (ヒト神経芽腫)、IMR-32(ヒト神経芽腫)、CHP212(CV-1と同じ条件下で培養した ヒト神経芽腫)、Saos-2(骨肉腫)、SK-OV-3(卵巣腺癌)およびSW480(ヒト結腸腺 癌)。 b)SR-p70acDNAによってトランスフェクトされたCOS-3細胞 COS-3細胞を実施例IV.2に記載の通りにトランスフェクトした。対照とし て、細胞を組換えSR-p70acDNAを含まないpSE1プラスミドDNAでトランス フェクトした。 2)真核細胞培養体からまたはトランスフェクト細胞からのタンパク質試料の調 製 培養後、細胞をPBSで洗浄し、次いで10μg/mlRNAse A、20 μg/mlDNAse1、2μg/mlアプロチニン、0.5μg/mlロイペ プチン、0.7μg/mlペプスタチンおよび170μg/ml PMSFを補 ったRIPAバッファー(1%NP40、0.5%デオキシコール酸ナトリウム 、0.5%SDSを有するPBS)中で拾い上げる。細胞を4℃にて超音波によ って音波処理し、4℃にて30分間放置する。12,000rpmにて微量遠心 分離後、上清を回収する。タンパク質濃度をブラッドフォード(Bradford)法に よって測定する。 3)ウェスタンブロッティング 5または50μgのタンパク質(細胞系統の場合50μgおよびトランスフェ クト細胞の場合5μg、を0.2容量の以下の6x電気泳動バッファー:0.3 5mMトリス−HCl pH6.8、10.3%SDS、36%グリセロール、 0.6mMDTT、0.012%ブロモフェノールブルー中に置く。試料をアプ ライし、10%SDS−PAGEゲル(30:0.8 ビス)中で泳動し、次い でニトロセルロース膜上へエレクトロトランスファーする。 4)抗体を用いる視覚化 膜を室温にて30分間、5%ミルク(GIBCO−SKIM MILK)を加えたTBSTブ ロッキングバッファー(10mMトリス−HCl pH8、150mMNaCl 、0.2%Tween20)中でインキュベートする。引き続いて、膜を同じバッファ ー中で抗−SR-p70(αSR-p70)抗体と4℃にて16時間接触させ、TBSTで1 0分間三回洗浄し、次いで37℃にて1時間ペルオキシダーゼに結合した2次抗 -ウサギ免疫グロブリン抗体(SIGMA AO55)とインキュベートする。15分間三 回洗浄後、ECLキット(Amersham RPN2106)を用いて化学ルミネセンスによって視 覚化を行う。 同時に、同じ試料を抗-p53(αp53)抗体(Sigma BP5312)、次いで2次抗−マ ウス免疫グロブリン抗体での視覚化に処した。 5)図および結果図10 :SR-p70タンパク質のイムノブロット図10a :組換えSR-p70タンパク質の検出 -カラム1および3:ベクターpSE1によってトランスフェクトされたCOS-3。 -カラム2および4:SR-p70a cDNAを含有するプラスミドpSE1によってト ランスフェクトされたCOS-3. -カラム1および2:抗-SR-p70(αSR-p70)抗体での視覚化。 カラム3および4:抗-p53(αp53)抗体での視覚化。図10b :内在性SR-p70タンパク質の検出 -カラム1:COS-3;2:CV-1;3:HT-29;4:U-373 MG;5:MCF7;6:SKNA S;7:SK-N-MC;8:IMR-32;9:CHP212;10:Saos-2;11:SK-OV-3 および12:SW480。 A:αSR-p70抗体での視覚化。 B:αp53抗体での視覚化。 αSR-p70抗体は特異的に組換えタンパク質(図10a)および内在性タンパク 質(図10b)を認識し、p53と交差しない。ヒトまたはサル細胞系統の分析は 、SR-p70タンパク質、p53様が一般に弱く検出できることを示す。対照的に、p53 の蓄積が存在する場合、SR-p70は、その一部の場合でも、直ちに検出可能になる (図10b)。SR-p70転写産物の分布のRT−PCRによる研究は、遺伝子が試験 される全ての細胞型において発現することを示す。 実施例VII SR-p70遺伝子のクローニングおよび染色体位置測定 1)SR-p70遺伝子のクローニング 使用したライブラリーは、BRL”Random Primers DNA Labelling Systems” キット(リファレンス18187-013)を用いて32Pで標識したSR-p70DNAフラグ メントを有する、実施例III.3において調製したコスミドライブラリーであ る。ハイブリダイゼーションおよび洗浄バッファーを50%のホルムアルデヒド を加えることによって処理する。最後の洗浄を0.1xSSC/0.1%SDS 中で60℃にて行う。同様な方法において、SR-p70遺伝子をC57ブラックマウス ゲノムDNAで調製したライブラリーから単離した。 クローンの分析および部分配列決定は、p53遺伝子の構造に近い構造を特にエ キソンのサイズおよび位置が高く保持された中央部分において有する14個のェ キソンの存在を明らかにする(図12)。該構造は、部分的にマウスおよびヒトに おいて決定された。 例として、イントロン1の、エキソン2の、イントロン3の3’領域およびエ キソン3の5’領域のヒトゲノム配列を図13に示す。 2)ヒトにおけるSR-p70遺伝子の染色体位置測定 これは、R.Slimら、Hum.Genet.,1991,88,21-26によって記載された技法 を用いてヒトSR-p70遺伝子DNAを用いて行われた。50有糸分裂を分析し、そ の80%以上が両方の染色体上の1p36およびより特には1p36.2-1p36.3に位置し たダブルスポットを有した(図11)。染色体1の同定およびその位置付けは、二 次凝縮のヘテロクロマチンに基づく。写真は、Zeiss Axiophot顕微鏡上で作製さ れ、LHESA冷却CCDカメラを用いて撮られ、Optilabで処理した。 実施例VIII A)短N−末端および分岐の両方を有する推定ヒトSR-p70タンパク質をコードす るmRNAの証明 1)IMR-32(ヒト神経芽腫)細胞の培養 細胞をATCC(American Type Culture Collection)のカタログ”catalogue of cell lines and hybridomas,7th edition,1992”に記載の通りに培養した。 2)cDNAの調製 RNAを実施例I.2.aに記載の通りに培養する。cDNAを実施例I.3 に記載の方法に類似の方法で、ポリ(T)12プライマーを用いる20μlの最終 容量における5μg全RNAを用いておよび冷却ヌクレオチド用いて調製する。 反応をEDTAで中断させない。 3)いわゆるPCR技法によるSR-p70cDNAの特異的増幅 重合は、以下の組成:50mMトリス−HCl pH9.2、16mM(NH42SO4、1.75mM MgCl2のバッファーを用いる最終50μl中2μ lのcDNAを用いて、10%DMSO、0.4mM NTP、2個の核酸プラ イマーを各100ngおよび3.5ユニットのTAQおよびPWOポリメラーゼの混合 物(Boehringer Mannheim,リファレンス1681 842)の存在下で行う。 プライマー対は、以下の組成: である。 反応は、95℃/30秒、58℃/1分および68℃/2分30秒にて30サ イクル、次いで68℃/10分の最終サイクルを行う。 PCR産物を1%アガロースゲル(TAEバッファー)上の電気泳動に処する 。エチジウムブロミド染色後、2個の主要なバンドが示される:およそ490b pサイズのバンド(予想サイズ(図6参照))およびおよそ700bpサイズのさ らなるバンド。後者は、”Geneclean”キット(Bio 101、リファレンス1001400 )を用いるゲルから予想される。ポリアクリルアミドP10(Biorad,リファレン ス15011050)のカラム上で脱塩後、フラグメントを前記のように10サイクルの さらなるPCR増幅に処する。 4)増幅産物の配列の決定 第1の工程において、PCR産物をSephacryl S-400(Pharmacia 17-0609-01 )のカラムに付してオリゴヌクレオチドから除去し、次いでP10のカラムに付し て脱塩する。配列決定反応をApplied Biosystemsキット(リファレンス401628) (373DNAシークエンザー)を用いてアンチセンスプライマーで行う。 得られた配列は、217〜218位置に198bpの挿入を有するSR-p70cD NA配列(実施例II.4)に対して同一である(図14)。推定N−末端タンパ ク質配列(SR-p70dと称される配列)は、49アミノ酸短く、最初の13アミノ 酸の分岐を有する(配列番号13)。したがって、マウスAtT-20系統に関してすで に記載したように、少なくとも2個の異なるSR-p70転写産物が同時に存在する。 B)ヒトSR-p70のクローニングならびにSR-p70dと同じN−末端およびC−末端 部分に分岐を有する推定ヒトSR-p70タンパク質をコードするmRNAの証明 1)いわゆるPCR技法によるSR-p70cDNAの特異的増幅 増幅は、以下の組成: のプライマー対を用いて、IMR-32細胞の精製RNAから実施例VIII.Aに記 載のように行われた。 S400カラム上での過剰なプライマーの除去およびP10カラム上での脱塩後、1 μgの試料を以下の組成: のプライマー対を用いて再度PCRに処する。 2)プラスミドpCDNA3への増幅産物のクローニング 1)で得られたPCR産物を実施例II.5の記載のように、P10カラム上で 脱塩し、制限酵素XhoIおよびXbaIで消化し、次いでプラスミドpCDNA3中 へクローン化する。2個の組換えクローンをApplied Biosystemsキットを用いて SR-p70cDNAに特異的なオリゴヌクレオチドで配列決定する。 得られた第1配列は、実施例VIII.aに記載のSR-p70をコードするmRN Aの完全配列に相当する。推定タンパク質は、587個のアミノ酸を含む(配列 番号13および図16)。 得られた第2配列は、前記のSR-p70dcDNA配列と同一であるが、一方では 1049〜1050位置に、他方では1188〜1189位置に149bpお よび94bpの2個の欠失を有する(配列番号14および図15)。該第2配列か ら推定されたタンパク質配列は、N−末端部分が49アミノ酸短く、最初の13 アミノ酸における分岐ならびにアミノ酸350〜397の間のタンパク質配列の 分岐を有するタンパク質を示す(配列番号15および図16)(SR-p70eと称され る配列)。推定タンパク質は、506個のアミノ酸を含む。 C)より短いN−末端を有する推定ヒトSR-p70タンパク質をコードするmRNA の証明 1)SK-N-SH(ヒト神経芽腫)細胞の培養 細胞をATCC(American Type Culture Collection)のカタログ”Catalogue of c ell lines and hybridomas,7th edition,1992”における記載の通りに培養す る。 2)cDNAの調製およびいわゆるPCR技法によるSR-p70cDNAの増幅 これらの工程を以下の組成: のプライマー対を用いて実施例VIII.Aに記載のように行う。 配列決定は、Applied Biosystemsキットを用いてSR-p70cDNAに特異的なプ ライマーを用いて行い、2個のcDNA: -SR-p70aをコードするmRNAに対応する第1cDNA -24〜25位置の間に98bpの欠失を有する第2cDNA を示す(配列番号16および図15)。 該欠失は、SR-p70aの翻訳開始ATGを含む。該第2cDNAから推定された タンパク質(SR-p70fと称する)は、SR-p70aの内部ATGに対応する下流に翻 訳開始ATGを有する。したがって、推定タンパク質は、588個のアミノ酸を 含み(配列番号17および図16)、SR-p70aの48個のN−末端アミノ酸に関し て末端切断(truncated)される。 D)ヒトSR-p70bをコードするmRNAの証明 1)K562細胞の培養 細胞をATCC(American Type Culture Collection)のカタログ”Catalogue of c ell lines and hybridomas,7th edition,1992”における記載の通りに培養す る。 2)cDNAの調製、いわゆるPCR技法によるSR-p70cDNAの増幅および配 列決定 これらの工程を実施例III.Cに記載のように行う。 配列決定は、2個のcDNA: SR-p70aをコードするmRNAに対応する第1cDNA、および1516〜15 17位置に94bpの欠失を有する第2cDNA を示す(配列番号18および図15)。推定タンパク質(SR-p70bと称する)は、 199個のアミノ酸を含み、SR-p70aに関して137個のアミノ酸によって末端 切断されたC−末端配列を有し、少なくとも4アミノ酸分岐を有する(配列番号 19および図21)。 該cDNAは、サルSR-p70bに関連する実施例Iにおいて記載されたcDNA に類似する。 該実施例(実施例VIII.A、B、CおよびD)に記載された分子は、SR-p 70遺伝子によって転写された一次mRNAの異なるスプライシングの結果である SR-p70変異体を表す。 SR-p70aは、14エキソンの構成のmRNAによってコードされる(実施例VI I参照)。これは、対照タンパク質である。SR-p70bは、エキソン3〜4での 挿入ならびにエキソン11および13の不存在の結果である。SR-p70fは、エキ ソン2の不存在の結果である。該実施例は、SR-p70変異体の存在を非徹底的に、 他の変異体の存在の強い可能性とともに記載する。同様に、該実施例に記載され たこれらの変異体の存在、ならびにSR-p70aは、それらが証明された系統に限定 されない。実際、RT−PCRによって行われた研究は、これらの変種を研究さ れる種々の系統において発見できることを示した。 さらに、SR-p70fの開始メチオニンは、SR-p70aの内部メチオニンに対応し、SR -p70aをコードするmRNA上の下流での開始の可能性を示す。 実施例IX ヒトSR-p70amRNAの5’配列の獲得 1)PCRによるSR-p70cDNAの5’末端の増幅 細胞培養ならびに全RNAおよびcDNAの調製は、実施例VIII.1およ び2に記載のように行う。RNA鋳型を4μlの500mMEDTAおよび4μ lの2N NaOHの添加後、65℃にて5分間インキュベートによって加水分 解する。次いで試料をP10カラムに付して脱塩する。cDNAを実施例I.3. dに記載のように、dG尾部を用いて3’末端にて最終容量40μl中で伸長す る。4μlの500mMEDTAおよび4μlの2N NaOHの添加後、cD NAを65℃にて3分間インキュベートし、次いでP10カラムに付して脱塩する 。PCR増幅を実施例VIII.3のように、8μlのcDNΛを用いて、およ び以下の組成: のプライマー対で30サイクル行う。 S-400カラム上で過剰なプライマーの除去およびP10カラム上での脱塩後、1μ lの試料を再度、以下の組成: のプライマー対を用いるPCRに処する。 S-400カラムおよびP10カラムに再度付した試料を以下の対: を用いる20サイクルで3回目の増幅に処する。 2)SR-p70cDNA5’配列の決定 配列を実施例VIII.4のように製造する。該配列は、SR-p70aの開始AT Gの上流の少なくとも237塩基の非−コーディング5’領域を示す(図17)。 特に、該配列(IMR-32系統から得られた)とHT-29系統から得られた配列を比較 することによって(図6)、2点の相違(図17:太字を参照)が示され(G→A およびC→T)、各々、SR-p70aの開始ATGから−20および−30に位置する (図6および17)。該変異性は、エキソン2中に位置する(図13)。また、該変 異性がマウスにおける実施例IIIおよびヒトにおける実施例VIIIに記載の ように別法のスプライシングの結果として、または別法で、CTGでの翻訳開始 での結果として(FGFbのために証明したように(Proc.Natl.Acad.Sci.US A,1989,86,1836−1840)、コーディングフレーム内で見られることも除外でき ない。 同様に、該変異性がSR-p70の翻訳にまたは一次RNAのスプライシングに影響 を有することも、除外できない。 全ての事象にて、おそらく対立遺伝子起源の該変異性は、マーカーとして、ゲ ノムレベル(実施例XI参照)かまたはmRNAレベル(実施例X参照)にて役 立ち得る。 実施例X 1)細胞試料におけるSR-p70aの転写発現のPCRによる分析(RT−PCR) 細胞培養(SK-N-AS,SK-N-MC,HT-29,U-373MG,SW480,IMR-32,CHP212)を 実施例VI.1.aのように行う(ATCCのカタログ”Catalogue of cell lines a nd hybridomas,7th edition,1992”に言及される)。 cDNAの調製およびPCR増幅を実施例VIII.2および3のように行う 。使用されるプライマー対は、以下の組成: である。 試料を1%アガロースゲル上で電気泳動によって分析し、エチジウムブロミド で視覚化する(図18)。 試料において得られたバンドのサイズは、予想サイズに一致する(およそ2k b、図6および17)。得られたバンドの強度は、再現される。同じ条件下で2 0サイクルの試料1μlの再増幅は、各試料においてバンドを示す。 2)増幅産物の配列の決定 S-400およびP10カラムに試料を通過させた後、配列決定をリファレンスキット 401 628を用いるApplied Biosystems sequencer 373で行う。使用されるプライ マーは、とりわけ、以下: である。 SR-p70aにおけるタンパク質相違は、検出されなかった。しかしながら、得ら れた配列は、SR-p70aの開始ATGの上流−20および−30位置にて2重の変 異性を示す(図6および17)。おそらく対立遺伝子起源の該変異性は、転写産物 の2クラスを定義付させる:−30位置にGおよび−20位置にCを有する第1 クラス(クラスG-30/C-20)ならびに2個の位置で変異:−30位置でAおよ び−20位置でTを有する第2クラス(クラスA-30/T-20)。 第1クラス:SK-N-AS,SK-N-MC,HT-29,U-373MG,SW480 第2クラス:IMR-32,CHP212 実施例XI 10人の集団におけるSR-p70遺伝子の対立遺伝子分布の決定の分析的方法 該対立遺伝子分布は、実施例IXおよびXで証明された対立遺伝子変異性: ・各々、SR-p70aの開始ATGの上流の−30および−20位置にGおよびCを 有するG-30/C-20対立遺伝子 ・各々、同じ位置にAおよびTを有するA-30/T-20対立遺伝子 に基づく。 該変異性は、2個の対立遺伝子を区別する制限酵素の使用によって証明され得 る(図13)。例として: ・関連する領域におけるG-30/C-20対立遺伝子にのみ切断部位を有するBpl I酵素(該部位は両方の可変位置を含む) ・関連する領域におけるA-30/T-20対立遺伝子にのみ切断部位を有するSty I酵素 1)PCRによるエキソン2のゲノム増幅 重合反応は、実施例VIII.3に記載の条件で最終50μl中、精製された ゲノムDNAの500ngを用いて行う。 プライマー対は、以下の位置: である。反応は、実施例VIII.3に記載のように30サイクルで行う。 S-400上で過剰なプライマーを除去およびP10カラム上で脱塩後、1μlの試料 を同じ条件下で、以下のプライマー対: を用いて再度25サイクル増幅する。 増幅産物を1%アガロースゲル上での電気泳動に処する(図19−A)。 2)制限酵素StyIでの消化 試料を予めP10カラムで脱塩し、次いで制限酵素StyI(BRL15442-015)を 用いて、以下の組成:50mMトリス−HCl pH8、100mM NaCl 、10mM MgCl2のバッファー中37℃にて30分間消化する。消化産物を 1%アガロースゲル上での電気泳動(TAEバッファー)によって分析する。エ チジウムブロミド染色によって視覚化を行う(図19−B)。 482塩基対のバンドは、G-30/C-20対立遺伝子を特徴付ける(図13およ び19)。376塩基対のバンドおよび106塩基対のバンドの存在は、A-30/ T-20対立遺伝子(StyI切断部位を有する対立遺伝子)を特徴付ける。 10人の集団にて、2人はG-30/C-20およびA-30/T-20対立遺伝子を示し 、他の8人はG-30/C-20対立遺伝子を有するホモ接合体である。9人の新たな 集団の研究は、3人のヘテロ接合体がG-30/C-20およびA-30/T-20対立遺伝 子を示し、他の6人がG-30/C-20対立遺伝子に関してホモ接合体であることを 証明した。 実施例XII SR-p70cDNAでのトランスフェクションによるSK-N-AS系統の形質転換の復帰 試験 使用される発現ベクターは実施例II.5に記載されており、図15において 図式で示される。使用される方法は、Grahamら(Virology1973,54,2,536-539 )によって記載されたいわゆるリン酸カルシウム法である。該系統を5mlの実 施例I.1に記載の培地中5x105細胞/皿6cm直径の群に接種する。細胞 を37℃にて、5%CO2で一晩培養する。トランスフェクション培地を以下の 方法:順に、1mlのHEBSバッファー(8mg/ml NaCl、370μ g/ml KCl、125μg/ml Na2HPO4・2H2O、1mg/ml デキストロース、5mg/ml Hepes pH7.05)、10μgのトラ ンスフェクトされるべきプラスミドおよび滴下で50μlの2.5MCaCl2 を加えることによって、混合物を調製する において調製する。トランスフェクション培地を室温にて30分間放置し、次い で培養皿中に含まれた培地に滴下する。細胞を37℃/5%CO2にて5〜6時 間インキュベートする。培地を吸引後、2%の胎児ウシ血清を含有する新たな培 地の5mlを加える。37℃/5%CO2にて48時間後、細胞をPBSでリン スし、トリプシン処理によって分離し、10mlの培養培地(5%胎児ウシ血清 )中に希釈し、直径10cmの皿に播く(希釈はトランスフェクションの能率に したがって調整する)。さらに10時間(細胞が付着する時間)培養後、細胞を 最終濃度600μg/mlジェネティシン等量にてG148を加えることによって1 5〜20日間、選択に処する(培地は毎日取り替える)。次いで、得られたクロー ンをPBSでリンスし、70%エタノール中で固定し、乾燥し、1%クリスタル バイオレットで染色し、次いでカウントする。 4プラスミドトランスフェクションが全く同一に行われた: -挿入断片なしのプラスミドpCDNA3 -ヒトSR-p70acDNAを含むプラスミドpCDNA3/SR-p70 ‐p53のDNA-結合ドメインにおける突然変異273(R→H)に類似する2 93AA位置での突然変異(R→H)を有するSR-p70acDNAを含むプラスミド pCDNA3/SR-p70Mut ‐プラスミド無しの対照。 結果は、皿あたりのクローン数として表す。 プラスミドpCDNA3/SR-p70でのトランスフェクションによって得られたクロー ンの数は、対照pCDNA3で得られたクローン数より25倍少なく、pCDNA3/SR-p70M utで得られたクローン数より9倍少なく、SR-p70cDNAでトランスフェクトし た細胞の細胞分裂の死滅率または阻止を示す。該結果は、突然変異したSR-p70c DNAで得られたクローンを考慮して毒性の結果ではないが、p53タンパク質に 関して証明されたように、おそらくアポトーシスの結果である(Koshlandet al. ,1993,262,1953-1981)。 実施例XIII SR-p70タンパク質の生物学的役割 p53のDNA-結合ドメインとSR-p70タンパク質の中央領域の間の構造的ホモロ ジーは、SR-p7Oが転写因子であることを推断させる(図1および2参照)。実際、 p53(393アミノ酸)は、数個の機能的ドメインよりなる。N−末端領域(1 −91アミノ酸)は、転写の活性化に関連し、異なる細胞性およびウイルス性タ ンパク質との相互反応のための部位を含む。中央部分(アミノ酸92〜292) は、特定の遺伝子のプロモーター領域に位置する特異的DNA配列への結合を可 能にし(p53を不活性にする大部分の点突然変異は、該領域に位置される)、また 、その活性を阻害するウイルス性タンパク質との相互作用のための非常に多 くの部位を有する。最後に、p53の少なくとも100個のアミノ酸は、そのオリ ゴマー化ならびに後者のレギュレーションの原因となる(Hainaut P.,Current O pinion in Oncology,1995,7,76-82;Prokocimer M.,Blood,1994,84 No.8, 2391-2411)。 p53およびSR-p70の間の配列ホモロジーは、特にDNAとの相互作用において 直接関係のあるアミノ酸に関して有意であり、SR-p70がDNΛ上のp53部位に結 合することを示す。これらのアミノ酸は、非常に正確に「ホットスポット(hot s pots)」と称されるアミノ酸、ヒト腫瘍においてしばしば突然変異されるアミノ 酸に相当する(SWISS PROT:SW:p53_human and Prokocimer M.,Blood,1994,84N o.8,2391-2411)。該ホモロジーから、SR-p70タンパク質が、後者とは無関係に p53によって、またはそれとともにヘテロオリゴマーを形成することによって調 節された遺伝子の活性に対する制御を行うことが推定され得る。 それゆえ、p53様、SR-p70遺伝子の産物は、サイクルを終了させる(直ちにま たは永久に)細胞サイクルの制御およびレギュレーション、およびDNA修復、 分化または細胞死のごときプログラムの手段に関連するにちがいない。「p53-様 」活性の存在の見込みは、電離放射線に応じるDNA修復および細胞死の活性の p53/マウスにおける証明によって、強く感じられた(Strasser et al.,Cell,19 94,79,329-339)。本発明の発明者らは、染色体1の短いアーム(arm)のテロ メア領域において、ヒトSR-p70遺伝子を正確に1p36.2-36.3、神経芽腫および他 の型の腫瘍(黒色腫および肉腫)の大部分にありがちな最小の欠失領域(SRO )に位置決定した(White et al.,PNAS,1995,92,5520-5524)。ヘテロ接合性 の喪失領域(LOH)は、その活性の喪失が腫瘍形成の原因であると考えられる 腫瘍-抑制遺伝子の位置を決定する。また、該領域が「母方のインプリンテイン グ(maternal imprinting)」;(母方対立遺伝子が、好ましくは、1p36欠失を有す る神経芽腫において失われている(N-Mycの増幅無しに))に従属することを思い 出すことが重要である(Caron et al.,Hum.Mol.Gen.,1995,4,535-539)。神 経芽腫細胞に組み込まれ、そこで発現された幅広い型のSR-p70遺伝子は、それら の形質転換の復帰を可能にする。したがって、 該抗-腫瘍形成活性の喪失は、腫瘍の発達に関係する。1p36領域は、マウス染色 体4の末端セグメントと同系のホモロジーを有する。該領域において、カーリー 尾部(ct)遺伝子(Beier et al.,Mamnlalian Genome,1995,6,269-272)は 、神経管の先天的奇形(NTM:脊椎破裂、無脳症など)に関係した。ctマウス は、これらの奇形を研究するための最も良い動物モデルである。これらの奇形は 細胞増殖の異常が原因であるとされている。SR-p70遺伝子の性質およびその染色 体位置決定を考慮すると、仮定の1つは、SR-p7Oがctのヒト相同物であり、こ れに基づいて、該遺伝子に影響を及ぼす初期の突然変異の欠失および染色体異常 が、例えば、応用として、危険な状態のヒトの同定(NTMによって影響される 新生児の0.5−1%)および予防処理の手段を可能にすることである(Neumann et al.,Nature Genentics,1994,6,357-362;Di Vinci et al.,Int.J.Ca ncer,1994,59,422-426;Moll et al.,PNAS,1995,92,4407-4411;Chen et al.,Development,1995,121,681-691)。 実施例XIV SR-p70遺伝子の対立遺伝子研究 GCおよびAT対立遺伝子は、エキソン2のPCR産物のStyI切断によっ て容易に同定される(実施例XI参照)。したがって、該方法で、混入する健康な 組織の存在にもかかわらず、GC/ATヘテロ接合体において神経芽腫腫瘍、SR -p70対立遺伝子(GCまたはAT)の喪失を有する個体を決定することが可能で あった。 驚くべきことに、同じ分析をRNAで行うと、1つの対立遺伝子が欠失の存在 または別の方法に無関係に、まだ驚くべきことに、健康な組織の存在のにもかか わらず証明される。これは、インプリント(2個の対立遺伝子の異なる発現)も 混入組織に存在するであろうことを示す。 これを証明するために、同じ分析を健康なGC/ATヘテロ接合個体の血液細 胞から生じるRNAで繰り返した。また、転写産物の2つの型のうちたった1つ がこれらの細胞において検出された。該結果は、SR-p70遺伝子のための全身の遺 伝子インプリントの存在に関して腫瘍試料で行われた観察を確認する。 活性SR-p70対立遺伝子を不活性化する1つのときどき起こる突然変異は、活性 の喪失を生じ、これは潜在的に全組織で起こるであろうことが仮定されるので、 該発見の含蓄は重要である。 SR-p70の生物学的機能における正確なデータが存在しないことは、細胞に関す るSR-p70活性の喪失の結果を測定できなくする。それにもかかわらず、p53腫瘍 抑制タンパク質との強いホモロジー、ならびにSR-p70がP21Wafプロモーターを利 用できる転写因子であることの証明は、細胞サイクルの制御および分化における 該タンパク質の役割を示す。 KnudsonおよびMeadows,1980(New Eng.J.Med.302:1254-56)は、IV-S神 経芽腫を通常の分化を妨害する突然変異を有する神経冠由来の非-悪性細胞の集 合物であると考えている。 SR-p70活性の喪失、細胞サイクルに対するp53制御の喪失が異数体、増幅(神 経芽腫の場合に記載された)および細胞形質転換を引き起こすことのできる他の 遺伝認識のごとき細胞の異常の出現を助力することが考えられる(Livingstone e t al.,1992,Cell 71:923-25;Yin et al.,1992,Cell72:937-48;Cross et a l.,1995,Science 267:1353-56;Fukusawa et al.,1996,Science 271:1744-4 7)。したがって、神経芽腫は、本来SR-p70の活性の一時的または恒久的な喪失か ら生じ、それにより腫瘍形成事象の発生およびしたがって腫瘍進行を助力し得る 。 Bjegel et al.,1993(Am.J.Hum.Genet.52:176-82)によって記載された1p3 6構成上の欠失の場合、IV-S神経芽腫は本当に起こり、影響される遺伝子はNBS-1 (SR-p70)である。 結論として、神経芽腫に関して記載されることは、また他の型の腫瘍、特に、 染色体1の短いアームの末端の再編成に関連するものにも応用し得る(Report2 international workshop on human chr l mapping 1995,Cytogenetics and Cell Genet.72:113−154)。治療的見地から、腫瘍の発生におけるSR-p70のかか わりは、突然変異誘発性試薬の産物による細胞形質転換の危険性を考慮に入れて 、化学治療における突然変異誘発性試薬の使用の回避および、これらの産物より はむしろ、分化を刺激する非−突然変異誘発性物質の使用へ導くであろう。 さらに、GCおよびAT突然変異の発生頻度は、以下のようである:集団にお いて、頻度(AT)=0.15、および25(神経芽腫)患者の試料、F(AT )=0.30。これらの統計は、AT対立遺伝子が素因を作る因子であり得るこ とを示す。
【手続補正書】 【提出日】平成10年9月16日(1998.9.16) 【補正内容】 (I)明細書 (1)第4頁11行、15行および16行、各々、「別法でのスプライシング 」とあるを、「可変スプライシング」と補正する。 (2)第5頁9〜10行、「隣接する配列」とあるを、「近位配列」と補正す る。 (3)第15頁13行、「活性素因」とあるを、「活性成分」と補正する。 (4)第22頁17行、「別法のスプライシング」とあるを、「可変スプライ シング」と補正する。 (II)請求の範囲 別紙の通り。 (別紙) 補正した請求の範囲 1. a)配列番号2の配列; b)配列番号4の配列; c)配列番号6の配列; d)配列番号8の配列; e)配列番号10の配列; f)配列番号13の配列; g)配列番号15の配列; h)配列番号17の配列; i)配列番号19の配列; およびj)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番10、配 列番号13、配列番号15、配列番号17または配列番号19から由来のいずれ かの生物学的に活性な配列 よりなる群から選択されたアミノ酸配列を含む精製されたポリペプチド。 2.配列番号6、配列番号13、配列番号15、配列番号17および配列番号 19よりなる群から選択されたアミノ酸配列を含むことを特徴とする請求項1記 載のポリペプチド。 3.配列番号2または6の残基110〜残基310; 配列番号8の残基60〜残基260 に位置する配列を含むことを特徴とする請求項1記載のポリペプチド。 4.対応する遺伝子のメッセンジャーRNAの可変スプライシングから生じる ことを特徴とする請求項1記載のポリペプチド。 5.融合タンパク質の形態で製造される組換えポリペプチドであることを特徴 とする、_請求項1〜4のいずれか1項記載のポリペプチド。 6._請求項1〜5のいずれか1項記載のボリペプチドをコードする単離され た核酸配列。 7.請求項6記載の単離された核酸配列であって: a)配列番号1の配列; b)配列番号3の配列; c)配列番号5の配列; d)配列番号7の配列; e)配列番号9の配列, f)配列番号11の配列; g)配列番号12の配列; h)配列番号14の配列, i)配列番号16の配列; j)配列番号18の配列; k)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番 号11、配列番号12、配列番号14、配列番号16もしくは配列番号18の配 列またはそれらに相補的な配列と特異的にハイブリダイズする、あるいはそれら の近位配列と特異的にハイブリダイズすることができる核酸配列; およびl)遺伝コードの縮重、突然変異、欠失、挿入、および可変スプライシン グまたは対立遺伝子変異性により、配列a)、b)、c)、d)、e)、f)、g)、 h)、i)、j)またはk)から得られた配列 よりなる群から選択されることを特徴とする核酸配列。 8.請求項6記載の核酸配列であって、各々、配列番号6、配列番号13、配 列番号15、配列番号17および配列番号19の配列のポリペプチドをコードす る配列番号5、配列番号12、配列番号14、配列番号16および配列番号18 から選択される配列であることを特徴とする核酸配列。 9.請求項6〜8のいずれか1項記載の核酸配列を含むクローニングおよび/ または発現ベクター。 10.プラスミドpSE1であることを特徴とする請求項9記載のベクター。 11.請求項9または10記載のベクターによてトランスフェクトされた宿 主細胞。 12.イー・コリMC 1061であることを特徴とする請求項11記載のトランス フェクトされた宿主細胞。 13.請求項6〜8記載の配列またはそれらに相補的な配列または対応するメ ッセンジャーRNAまたは対応する遺伝子のうちいずれか1つと、ストリンジェ ントな条件下で特異的にハイブリダイズすることを特徴とする、ヌクレオチドプ ローブまたはヌクレオチドプライマー。 14.少なくとも16個のヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項13記 載のプローブまたはプライマー。 15.請求項13記載のプローブまたはプライマーであって、請求項1のポリ ペプチドの1つをコードする遺伝子の配列の全てを含むことを特徴とするプロー ブまたはプライマー。 16. で示されるオリゴヌクレオチドまたはそれらに相補的な配列よりなる群から選択 されるヌクレオチドプローブまたはプライマー。 17.請求項6〜8のいずれか1項記載の配列を用いることを特徴とする、配 列決定反応あるいはPCR技法またはそのいずれかの変法による特異的増幅反応 のオリゴヌクレオチドプライマーの製造方法。 18.以下の配列: よりなる群から選択されたプライマーからなることを特徴とするヌクレオチドプ ライマー対。 19._請求項6〜8のいずれか1項記載の配列を含む遺伝子治療用医薬組成 。 20.請求項6〜8のいずれか1項記載の配列を用いることを特徴とする、診 断ヌクレオチドプローブまたはプライマー、あるいは遺伝子治療アンチセン ス配列の製造方法。 21._請求項17の方法により製造されたヌクレオチドプライマーを用いる ことを特徴とする配列決定方法 。 22.請求項13〜16のいずれか1項記載のプローブまたはプライマー使 用することを特徴とするハイブリダイゼーション実験による生物学的試料におけ る請求項1〜4のいずれか1項記載のポリペプチドをコードする核酸配列の検出方法 、または異常型の合成もしくは遺伝子異常の証明のためのイン・ビトロ_診 断方法。 23.請求項1〜4のいずれか1項記載のポリペプチドをコードする核酸配列 における異常型の合成または遺伝子異常の検出のためのイン・ビトロ_診断方法 であって: 適当には前記のヌクレオチド配列の増幅の前工程後に、請求項13〜16のい ずれか1項記載のヌクレオチドプローブと前記のヌクレオチド配列との間のハイ ブリダイゼーション複合体の形成を可能にする条件下で、該プローブを生物学的 試料へ接触させること; おそらく形成されるハイブリダイゼーション複合体の検出; 適当には、本発明のプローブとハイブリダイゼーション複合体を形成するヌク レオチド配列の配列決定 を含むことを特徴とする方法。 24.請求項6〜8のいずれか1項記載の核酸配列を用いることを特徴とする 、請求項1〜5のいずれか1項記載の組換えポリペプチドの製造方法。 25.組換えSR-p70タンパク質の製造方法であって、請求項11または12に 記載のトランスフェクト細胞を、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番 号8、配列番号10、配列番号13、配列番号15、配列番号17または配列番 号19の配列またはいずれかの生物学的に活性なフラグメントもしくは誘導体の 組換えポリペプチドの発現を可能にする条件下で培養すること、および該組換え ポリペプチドを回収することを特徴とする方法。 26.請求項1〜4のいずれか1項記載のポリペプチドを特異的に認識できる ことを特徴とする、モノ−またはポリクローナル抗体またはそれらのフラグメン ト、キメラ抗体またはイムノコンジュゲート。 27._請求項26記載の抗体を用いることを特徴とする、生物学的試料における 請求項1〜4のいずれか1項記載のポリペプチドの精製または検出方法。 28.生物学的試料由来のSR-p70タンパク質の発現または異常な蓄積に相関す る病状、特に発癌現象のイン・ビトロでの診断方法であって、請求項2記載の 少なくとも1つの抗体を、SR-p70タンパク質と該抗体または複数の抗体間の特異 的免疫学的複合体の可能な形成をさせる条件下で該生物学的試料に接触させるこ と、およびおそらく形成される特異的免疫学的複合体を検出することを特徴とす る方法。 29.生物学的試料においてSR-p70タンパク質の発現または異常な蓄積をイン ・ビトロで診断するための、および/または該試料においてこれらのタンパク 質の発現レベルを測定するためのキットであって: 支持体に結合されていてもよい、請求項2記載の少なくとも1つの抗体 SR -p70タンパク質と該抗体間の特異的抗原-抗体複合体の形成の視覚化方法、およ び/またはこれらの複合体の定量方法 を含むキット。 30.腫瘍形成の初期診断方法であって、支持体に結合されていてもよい本発 明のポリペプチドと個体から得られた血清試料中におそらく存在する自己抗体間 の特異的免疫学的複合体の形成を可能にする条件下で、血清試料を該ポリペプチ ドに接触させることよりなる工程によって、SR-p70タンパク質に向けられた自己 抗体を個体から得られた血清試料において証明すること、およびおそらく形成さ れる特異的免疫学的複合体を検出することを特徴とする方法。 31.対立遺伝子変異性、突然変異、欠失、挿入、ヘテロ接合性の喪失または SR-p70遺伝子の遺伝子異常の決定方法であって、請求項6〜8のいずれか1項記 載の少なくとも1つのヌクレオチド配列を利用することを特徴とする方法。 32.病理に関連し得るエキソン2の開始ATGに関して−30および−20 位置でのSR-p70遺伝子の対立遺伝子変異性の決定方法であって、少なくとも: 標的配列を有するSR-p70遺伝子のエキソン2を請求項6〜8のいずれか1項記 載のオリゴヌクレオチドプライマー対を用いるPCRによって増幅する間の工程 ; 切断部位が目的の対立遺伝子に対応する制限酵素で増幅産物を処理する間の工 程; 酵素反応の産物の少なくとも1つを検出またはアッセイする間の工程を含むこ とを特徴とする方法。 33.請求項1〜4のいずれか1項記載のポリペプチドを活性成分として含む 医薬組成物。 34.請求項2記載のポリペプチドを含むことを特徴とする_請求項33記載 の医薬組成物。 35.SR-p70活性の阻害剤または活性剤を含有する医薬組成物。 36.請求項1〜5のいずれか1項記載のポリペプチドから由来のポリペプチ ドを含有する医薬組成物であって、SR-p70の阻害剤または活性剤であることを特 徴とする医薬組成物。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) A61P 35/00 C07K 14/47 C07K 14/47 16/18 16/18 C12N 1/21 C12N 1/21 C12P 21/02 C C12P 21/02 21/08 21/08 C12Q 1/68 A C12Q 1/68 G01N 33/53 G01N 33/53 A61K 37/02 (81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE, DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,IT,L U,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF ,CG,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE, SN,TD,TG),AP(KE,LS,MW,SD,S Z,UG),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD ,RU,TJ,TM),AL,AM,AT,AU,AZ ,BA,BB,BG,BR,BY,CA,CH,CN, CU,CZ,DE,DK,EE,ES,FI,GB,G E,HU,IL,IS,JP,KE,KG,KP,KR ,KZ,LC,LK,LR,LS,LT,LU,LV, MD,MG,MK,MN,MW,MX,NO,NZ,P L,PT,RO,RU,SD,SE,SG,SI,SK ,TJ,TM,TR,TT,UA,UG,US,UZ, VN,YU

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1. a)配列番号2の配列; b)配列番号4の配列; c)配列番号6の配列; d)配列番号8の配列; e)配列番号10の配列; f)配列番号13の配列; g)配列番号15の配列; h)配列番号17の配列; i)配列番号19の配列; およびj)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、 配列番号13、配列番号15、配列番号17または配列番号19から由来のいず れかの生物学的に活性な配列 よりなる群から選択されたアミノ酸配列を含む精製されたペプチド。 2.配列番号6、配列番号13、配列番号15、配列番号17および配列番号 19よりなる群から選択されたアミノ酸配列を含むことを特徴とする請求項1記 載のポリペプチド。 3.‐配列番号2または6の残基110〜残基310; ‐配列番号8の残基60〜残基260 に位置する配列を含むことを特徴とする請求項1記載のポリペプチド。 4.対応する遺伝子のメッセンジャーRNAの別法でのスプライシングの結果 生じることを特徴とする請求項1記載のポリペプチド。 5.融合タンパク質の形態で製造される組換えポリペプチドであることを特徴 とする、前記の請求項のいずれか1項記載のポリペプチド。 6.前記の請求項のいずれか1項記載のポリペプチドをコードする単離された 核酸配列。 7.請求項6記載の単離された核酸配列であって: a)配列番号1の配列; b)配列番号3の配列; c)配列番号5の配列; d)配列番号7の配列; e)配列番号9の配列; f)配列番号11の配列; g)配列番号12の配列; h)配列番号14の配列; i)配列番号16の配列; j)配列番号18の配列; k)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番 号11、配列番号12、配列番号14、配列番号16もしくは配列番号18の配 列またはそれらに相補的な配列と特異的にハイブリダイズする、あるいはそれら の隣接する配列と特異的にハイブリダイズすることができる核酸配列; およびl)遺伝コードの縮重、突然変異、欠失、挿入、および別法のスプライシ ングまたは対立遺伝子変異性の結果として、配列a)、b)、c)、d)、e)、f) 、g)、h)、i)、j)またはk)から得られた配列 よりなる群から選択されることを特徴とする核酸配列。 8.請求項6記載の核酸配列であって、各々、配列番号6、配列番号13、配 列番号15、配列番号17および配列番号19の配列のポリペプチドをコードす る配列番号5、配列番号12、配列番号14、配列番号16および配列番号18 から選択される配列であることを特徴とする核酸配列。 9.請求項6〜8のいずれか1項記載の核酸配列を含むコーディングおよび/ または発現ベクター。 10.プラスミドpSE1であることを特徴とする請求項9記載のベクター。 11.請求項9または10記載のベクターによてトランスフェクトされた宿主 細胞。 12.イー・コリMC 1061であることを特徴とする請求項11記載のトランス フェクトされた宿主細胞。 13.請求項6〜8記載の配列またはそれらに相補的な配列または対応するメ ッセンジャーRNAまたは対応する遺伝子のうちいずれか1つと、ストリンジェ ントな条件下で特異的にハイブリダイズすることを特徴とする、ヌクレオチドプ ローブまたはヌクレオチドプライマー。 14.少なくとも16個のヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項13記 載のプローブまたはプライマー。 15.請求項13記載のプローブまたはプライマーであつて、請求項1のポリ ペプチドの1つをコードする遺伝子の配列の全てを含むことを特徴とするプロー ブまたはプライマー。 16. で示されるオリゴヌクレオチドまたはそれらに相補的な配列よりなる群から選択 されるヌクレオチドプローブまたはプライマー。 17.請求項6〜8のいずれか1項記載の配列の使用であって、配列決定反応 あるいはPCR技法またはそのいずれかの変法による特異的増幅反応のためのオ リゴヌクレオチドプライマーの製造に関する使用。 18.以下の配列: よりなる群から選択されたプライマーを含むことを特徴とするヌクレオチドプラ イマー対。 19.遺伝子治療に使用できる請求項6〜8のいずれか1項記載の配列の使用 。 20.請求項6〜8のいずれか1項記載の配列の使用であって、診断上のヌク レオチドプローブまたはプライマー、あるいは遺伝子治療に使用できるアンチセ ンス配列の製造に関する使用。 21.配列決定に関する請求項6〜8のいずれか1項記載のヌクレオチドプラ イマーの使用。 22.請求項13〜16のいずれか1項記載のプローブまたはプラィマーの使 用であって、ハイブリダイゼーション実験による生物学的試料における請求項1 〜4のいずれか1項記載のポリペプチドをコードする核酸配列の検出のための、 または異常型の合成もしくは遺伝子異常の証明のためのイン・ビトロでの診断道 具としての使用。 23.請求項1〜4のいずれか1項記載のポリペプチドをコードする核酸配列 における異常型の合成または遺伝子異常の検出のためのイン・ビトロでの診断方 法であって: ‐適当には前記のヌクレオチド配列の増幅の前工程後に、請求項13〜16の いずれか1項記載のヌクレオチドプローブと前記のヌクレオチド配列との間のハ イブリダイゼーション複合体の形成を可能にする条件下で、該プローブを生物学 的試料へ接触させること; ‐おそらく形成されるハイブリダイゼーション複合体の検出; ‐適当には、本発明のプローブとハィブリダイゼーション複合体を形成するヌ クレオチド配列の配列決定 を含むことを特徴とする方法。 24.請求項6〜8のいずれか1項記載の核酸配列の使用であって、請求項1 〜5のいずれか1項記載の組換えポリペプチドの製造に関する使用。 25.組換えSR-p70タンパク質の製造方法であって、請求項10または11に 記載のトランスフェクト細胞を、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番 号8、配列番号10、配列番号13、配列番号15、配列番号17または配列番 号19の配列またはいずれかの生物学的に活性なフラグメントもしくは誘導体の 組換えポリペプチドの発現を可能にする条件下で培養すること、および該組換え ポリペプチドを回収することを特徴とする方法。 26.請求項1〜4のいずれか1項記載のポリペプチドを特異的に認識できる ことを特徴とする、モノ−またはポリクローナル抗体またはそれらのフラグメン ト、キメラ抗体またはイムノコンジュゲート。 27.前記の請求項記載の抗体の使用であって、生物学的試料において請求項 1〜4のいずれか1項記載のポリペプチドの精製または検出に関する使用。 28.生物学的試料由来のSR-p70タンパク質の発現または異常な蓄積に相関す る病状、特に発癌現象のイン・ビトロでの診断方法であって、請求項25記載の 少なくとも1つの抗体を、SR-p70タンパク質と該抗体または複数の抗体間の特異 的免疫学的複合体の可能な形成を可能にする条件下で該生物学的試料に接触させ ること、およびおそらく形成される特異的免疫学的複合体を検出することを特徴 とする方法。 29.生物学的試料においてSR-p70タンパク質の発現または異常な蓄積をイン ・ビトロで診断するための、および/または該試料においてこれらのタンパク質 の発現レベルを測定するためのキットであって: ‐支持体に結合されていてもよい、請求項25記載の少なくとも1つの抗体 ‐SR-p70タンパク質と該抗体間の特異的抗原-抗体複合体の形成の視覚化方法 、および/またはこれらの複合体の定量方法 を含むキット。 30.腫瘍形成の初期診断方法であって、支持体に結合されていてもよい本発 明のポリペプチドと個体から得られた血清試料中におそらく存在する自己抗体間 の特異的免疫学的複合体の形成を可能にする条件下で、血清試料を該ポリペプチ ドに接触させることよりなる工程によつて、SR-p70タンパク質に向けられた自己 抗体を個体から得られた血清試料において証明すること、およびおそらく形成さ れる特異的免疫学的複合体を検出することを特徴とする方法。 31.対立遺伝子変異性、突然変異、欠失、挿入、ヘテロ接合性の喪失または SR-p70遺伝子の遺伝子異常の決定方法であって、請求項6〜8のいずれか1項記 載の少なくとも1つのヌクレオチド配列を利用することを特徴とする方法。 32.病状を伴い得るエキソン2の開始ATGに関して−30および−20位 置でのSR-p70遺伝子の対立遺伝子変異性の決定方法であって、少なくとも: ‐標的配列を有するSR-p70遺伝子のエキソン2を請求項6〜8のいずれか1項 記載のオリゴヌクレオチドプライマー対を用いるPCRによって増幅する間の工 程; ‐切断部位が目的の対立遺伝子に対応する制限酵素で増幅産物を処理する間の 工程; ‐酵素反応の産物の少なくとも1つを検出またはアッセイする間の工程を含む ことを特徴とする方法。 33.請求項1〜4のいずれか1項記載のポリペプチドを活性素因として含む 医薬組成物。 34.請求項2記載のポリペプチドを含むことを特徴とする前記の請求項記載 の医薬組成物。 35.SR-p70活性の阻害剤または活性剤を含有する医薬組成物。 36.請求項1〜5のいずれか1項記載のポリペプチドから由来のポリペプチ ドを含有する医薬組成物であって、SR-p70の阻害剤または活性剤であることを 特徴とする医薬組成物。
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