JP2002534055A - ヒト遺伝子および遺伝子発現産物ｖ - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 本発明は、新規なヒトポリヌクレオチドおよびその改変体、それらにコードさされたポリペプチドおよびそれらの改変体に、これらのポリヌクレオチドに対応する遺伝子に、ならびにこれらの遺伝子により発現されるタンパク質に関する。本発明はまた、このような新規なヒトポリヌクレオチド、それらの対応する遺伝子、または遺伝子産物（例えば、プローブ、アンチセンス構築物、および抗体を含む、これらの遺伝子およびタンパク質）を用いる診断剤および治療剤に関する。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】 （発明の分野） 本発明は、ヒト起源のポリヌクレオチドおよびコードされる遺伝子産物に関す
る。

【０００２】 （発明の背景） 新規なポリヌクレオチド、特に発現される遺伝子産物をコードするポリヌクレ
オチドの同定は、薬物発見、診断技術、ならびに癌のような複雑な疾患の進行お
よび性質の理解の進歩において重要である。疾患の状態または段階、発生の段階
、種々の環境因子への曝露、起源の組識、組識が単離される種などが異なる供給
源から単離された異なる細胞型において発現される遺伝子の同定は、これらの種
々の差異と関連する表現型を担う遺伝的因子を同定する鍵である。

【０００３】 本発明は、新規なヒトポリヌクレオチド、これらのポリヌクレオチドによって
コードされるポリペプチド、ならびにこれらの新規なポリヌクレオチドに対応す
る遺伝子およびタンパク質を提供する。

【０００４】 （発明の要旨） 本発明は、新規なヒトポリヌクレオチドおよびそれらの改変体、それらのコー
ドされるポリペプチドおよびそれらの改変体に、これらのポリヌクレオチドに対
応する遺伝子に、ならびに遺伝子によって発現されるタンパク質に関する。本発
明はまた、このような新規なヒトポリヌクレオチド、それらの対応する遺伝子、
または遺伝子産物を含有する診断薬および治療薬（プローブ、アンチセンスヌク
レオチド、および抗体を含む）に関する。本発明のポリヌクレオチドは、配列番
号１〜２７０７のうちの少なくとも１つの配列情報を含むポリヌクレオチドに対
応する。

【０００５】 本発明の種々の局面および実施態様は、本明細書中に提供される記載を読む際
に当業者に容易に明らかである。

【０００６】 （発明の詳細な説明） 本発明は、開示されたヌクレオチド配列を含有するポリヌクレオチドに、全長
ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡゲノム配列、ならびにこれらの配列に対応する遺伝子および
それらの縮重改変体に、ならびに本発明のポリヌクレオチドによってコードされ
るポリペプチドおよびポリペプチド改変体に関する。以下の詳細な記載は、本発
明によって包含されるポリヌクレオチド組成物、全長の遺伝子産物をコードする
ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを得るための方法、これらのポリヌクレオチドおよ
び遺伝子の発現、ポリヌクレオチドおよび遺伝子の構造モチーフの同定、本発明
のポリヌクレオチドに対応する遺伝子によってコードされる遺伝子産物の機能の
同定、プローブとしてならびにマッピングにおいておよび組識プロファイリング
（ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ）において提供されるポリヌクレオチドの使用、抗体を惹
起するための対応するポリペプチドおよび他の遺伝子産物の使用、ならびに治療
学的目的および診断的目的のためのポリヌクレオチドおよびそれらのコードされ
る遺伝子産物の使用を記載する。

【０００７】 （ポリヌクレオチド組成物） ポリヌクレオチド組成物に関する本発明の範囲としては、配列番号１〜２７０
７のうちのいずれか１つにおいて示される配列を有するポリヌクレオチド；本明
細書中に記載される生物学的材料またはストリンジェントな条件（特に高ストリ
ンジェンシーの条件）下でのハイブリダイゼーションによって他の生物学的供給
源（特にヒト起源）から得られるポリヌクレオチド；提供されるポリヌクレオチ
ドに対応する遺伝子；提供されるポリヌクレオチドおよびそれらの対応する遺伝
子の改変体、特にコードされる遺伝子産物の生物学的活性（例えば、タンパク質
ファミリーへの遺伝産物の割当ておよび／または遺伝子産物に存在する機能的ド
メインの同定の結果として、提供されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子産物
に帰する生物学的活性）を保持するそれらの改変体が挙げられるが、これらに必
ずしも制限されない。本発明の範囲によっておよびその範囲内で意図される他の
核酸組成物は、本明細書中での開示が提供される場合、当業者に容易に明らかで
ある。組成物の核酸に関して本明細書中で使用される場合、「ポリヌクレオチド
」および「核酸」は、特に示されない限り、核酸の長さおよび構造に関して制限
されることを意図されない。

【０００８】 本発明は、ヒト組識、具体的にはヒト結腸、乳房、および／または肺の組識に
おいて発現されるポリヌクレオチドを特徴とする。特定の目的の本発明の新規な
核酸組成物は、配列番号１〜２７０７のいずれか１つにおいて示される配列およ
びその同定化配列を含む。「同定化配列」は、ポリヌクレオチド配列を独自に同
定する少なくとも約１０ｎｔ長〜約２０ｎｔ長、通常少なくとも約５０ｎｔ〜約
１００ｎｔ長の残基の連続性配列であり、例えば、約２０ｎｔを超える任意の連
続性ヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％未満の、通常少なくとも約８
０％〜約８５％未満の配列同一性を示す。従って、本発明の新規な核酸組成物は
、配列番号１〜２７０７のいずれか１つの連続性ヌクレオチドの同定化配列を含
む全長のｃＤＮＡまたはｍＲＮＡを含む。

【０００９】 本発明のポリヌクレオチドはまた、配列類似性および配列同一性を有するポリ
ヌクレオチドを含む。配列類似性を有する核酸は、低いストリンジェンシー条件
下、例えば、５０℃および１０×ＳＳＣ（０．９Ｍ生理食塩水／０．０９Ｍクエ
ン酸ナトリウム）でのハイブリダイゼーションによって検出され、そして１×Ｓ
ＳＣ中５５℃での洗浄に供される場合、結合を保持する。配列同一性は、ストリ
ンジェントな条件下、例えば、５０℃以上および０．１×ＳＳＣ（９ｍＭ生理食
塩水／０．９ｍＭクエン酸ナトリウム）でのハイブリダイゼーションによって決
定され得る。ハイブリダイゼーション方法および条件は、当該分野において周知
であり、例えば、米国特許第５，７０７，８２９号を参照のこと。提供されるポ
リヌクレオチド配列に実質的に同一である核酸、例えば、対立遺伝子改変体、遺
伝子の遺伝的に変化したバージョンなどは、ストリンジェントなハイブリダイゼ
ーション条件下で、提供されるポリヌクレオチド配列（配列番号１〜２７０７）
に結合する。プローブ、特にＤＮＡ配列の標識化プローブを使用することによっ
て、相同な遺伝子または関連の遺伝子を単離し得る。相同な遺伝子の供給源は、
任意の供給源、例えば、霊長類、特にヒト：げっ歯類（例えば、ラットおよびマ
ウス）；イヌ、ネコ、ウシ、ヒツジ、ウマ、酵母、線虫などであり得る。

【００１０】 好ましくは、ハイブリダイゼーションは、配列番号１〜２７０７のうちの少な
くとも１つの少なくとも１５の連続なヌクレオチド（ｎｔ）を使用して行われる
。すなわち、開示される配列番号のうちの１つの少なくとも１５の連続なｎｔが
プローブとして使用される場合、プローブは相補的な配列を含有する核酸と優先
的にハイブリダイズし、選択されたプローブに独自にハイブリダイズする核酸の
同定および回収を可能にする。１つ以上の配列番号からのプローブは、それらが
由来するｃＤＮＡが１つのｍＲＮＡに対応する場合、同じ核酸とハイブリダイズ
し得る。１５ｎｔを超えるプローブ、例えば、約１８ｎｔ〜約１００ｎｔのプロ
ーブが使用され得るが、１５ｎｔは独自の同定について十分な配列であることを
示す。

【００１１】 本発明のポリヌクレオチドはまた、ヌクレオチド配列の天然に存在する改変体
（例えば、縮重改変体、対立遺伝子改変体など）を含む。本発明のポリヌクレオ
チドの改変体は、本明細書中に開示されるヌクレオチド配列と推定の改変体との
ハイブリダイゼーションによって、好ましくはストリンジェントな条件下でのハ
イブリダイゼーションによって同定される。例えば、適切な洗浄条件を使用する
ことによって、本発明のポリヌクレオチドの改変体は、対立遺伝子改変体が、選
択されるポリヌクレオチドプローブに関して多くとも約２５〜３０％の塩基対（
ｂｐ）非適合を示す場合に同定され得る。一般に、対立遺伝子改変体は、１５〜
２５％ｂｐ非適合を含み、そしてさらに５〜１５％、または２〜５％、または１
〜２％ｂｐ程度の非適合、ならびに単一ｂｐの非適合を含み得る。

【００１２】 本発明はまた、配列番号１〜２７０７のポリヌクレオチドに対応するホモログ
を包含し、ここでは相同な遺伝子の供給源は、任意の哺乳動物種、例えば、霊長
類、特にヒト；げっ歯類（例えば、ラット）；イヌ、ネコ、ウシ、ヒツジ、ウマ
、酵母、線虫などであり得る。哺乳動物種間（例えばヒトとマウス）で、ホモロ
グは一般に、実質的な配列類似性、例えば、ヌクレオチド配列間に少なくとも７
５％、通常少なくとも９０％、より通常少なくとも９５％の配列同一性を有する
。配列類似性は、参照配列に基づいて算定され、参照配列は保存されるモチーフ
、コード領域、隣接領域などのような、より長い配列のサブセットであり得る。
参照配列は通常、少なくとも約１８の連続するｎｔ長、より通常には少なくとも
約３０ｎｔ長であり、そして比較されてい る完全な配列に伸長され得る。配列分析についてのアルゴリズムは、当該分野に
おいて公知である（例えば、ギャップ化ＢＬＡＳＴ（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕ
ｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９７）２５：３３８９−３４０２にお
いて記載される））。

【００１３】 一般に、本発明の改変体は、少なくとも約６５％、好ましくは少なくとも約７
５％、より好ましくは少なくとも約８５％を超える配列同一性を有し、そしてＭ
ＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）において実行され
るようなＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定さ
れるように、少なくとも約９０％以上であり得る。本発明の目的のために、同定
のパーセント同一性を算定する好ましい方法は、以下を使用するＳｍｉｔｈ−Ｗ
ａｔｅｒｍａｎアルゴリズムである。全体的なＤＮＡ配列同一性は、以下の検索
パラメーター：ギャップオープンペナルティー（ｇａｐ ｏｐｅｎ ｐｅｎａｌ
ｔｙ）、１２；およびギャップ伸長ペナルティー（ｇａｐ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ
ｐｅｎａｌｔｙ）、１を用いるアフィンギャップ（ａｆｆｉｎｅ ｇａｐ）検
索を使用して、ＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）
において実行されるようなＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズ
ムによって決定されるように、６５％を超えるべきである。

【００１４】 本発明の核酸は、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ、ならびにそれらのフラグメン
ト、特に生物学的に活性な遺伝子産物をコードするおよび／または本明細書中で
開示される方法において有用（例えば、診断において、目的の示差的に発現され
る遺伝子の独自の識別子（ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）としてなど）であるフラグメ
ントであり得る。本明細書中で使用されるように、用語「ｃＤＮＡ」は、ネイテ
ィブな成熟ｍＲＮＡ種において見出される配列エレメントの配置を共有する全て
の核酸を含むことが意図され、ここでは配列エレメントは、エキソン、ならびに
３' 非コード領域および５'非コード領域である。通常ｍＲＮＡ種は、連続する
エキソンを有し、イントロンの介在を伴い、存在する場合、核ＲＮＡスプライシ
ングによって除去され、本発明のポリぺプチドをコードする連続するオープンリ
ーディングフレームを生成する。

【００１５】 目的のゲノム配列は、列挙される配列において規定されるように、開始コドン
と停止コドンとの間に存在する核酸を含み、ネイティブな染色体に通常存在する
全てのイントロンを含む。これはさらに、成熟ｍＲＮＡにおいて見出される３'
非翻訳領域および５'非翻訳領域を含み得る。これはさらに、特異的な転写調節
配列および翻訳調節配列（例えば、プロモーター、エンハンサーなど）を含み得
、転写領域の５'および３'末端のいずれかでの約１ｋｂの、しかし潜在的により
長い隣接ゲノムＤＮＡを含む。ゲノムＤＮＡは、１００ｋｂｐ以下のフラグメン
トとして単離され得；そして隣接する染色体配列が実質的にない。３'および５'
のいずれかでコード領域に隣接するゲノムＤＮＡ、またはイントロンにおいて時
折見出されるような内部調節配列は、適切な組識、段階特異的な発現、または疾
患状態特異的な発現のために必要とされる配列を含む。

【００１６】 本発明の核酸組成物は、本発明のポリぺプチドの全てまたは一部をコードし得
る。２本鎖または１本鎖フラグメントは、制限酵素消化によって、ＰＣＲ増幅な
どによって、従来の方法に従ってオリゴヌクレオチドを化学的に合成することに
よってＤＮＡ配列から得られ得る。本発明の単離されたポリヌクレオチドおよび
ヌクレオチドフラグメントは、配列番号１〜２７０７において示されるようなポ
リヌクレオチド配列から選択される、少なくとも約１０、約１５、約２０、約３
５、約５０、約１００、約１５０〜約２００、約２５０〜約３００、または約３
５０の連続するｎｔを含む。大部分について、フラグメントは、少なくとも約１
５ｎｔ、通常少なくとも１８ｎｔまたは２５ｎｔ、および少なくとも約５０の連
続するｎｔ長以上までである。好ましい実施態様において、ポリヌクレオチド分
子は、配列番号１〜２７０７において示されるポリヌクレオチドからなる群より
選択される少なくとも１２ｎｔの連続する配列を含む。

【００１７】 本発明のポリヌクレオチドに特異的なプローブは、配列番号１〜２７０７にお
いて開示されるポリヌクレオチド配列を使用して作製され得る。プローブは、好
ましくは、配列番号１〜２７０７のうちの対応する連続する配列の少なくとも約
１２、１５、１６、１８、２０、２４、または２５ｎｔフラグメントであり、そ
して２、１、０．５、０．１、または０．０５ｋｂ長未満であり得る。プローブ
は化学的に合成され得るか、または制限酵素を使用してより長いポリヌクレオチ
ドから作製され得る。プローブは、例えば、放射性タグ、ビオチン化タグ、また
は蛍光タグで標識され得る。好ましくは、プローブは、配列番号１〜２７０７の
うちの１つのポリヌクレオチドの同定化配列に基づいて設計される。より好まし
くは、プローブは、配列への低い複雑性をマスクするためのマスキングプログラ
ム（例えば、ＸＢＬＡＳＴ）の適用後にマスクされないままである本発明のポリ
ヌクレオチドのうちの１つの連続する配列に基づいて設計される（すなわち、マ
スキングプログラムによって生成されるマスクした配列のポリ−ｎストレッチの
外側のポリヌクレオチドによって示されるような、マスクされない領域が選択さ
れる）。

【００１８】 本発明のポリヌクレオチドは、一般的にインタクトな染色体以外として、実質
的な純度において単離され、そして得られる。通常、ポリヌクレオチドは、ＤＮ
ＡまたはＲＮＡのいずれかとして、他の天然に存在する核酸配列を実質的に含ま
ないように得られ、一般に少なくとも約５０％、通常少なくとも約９０％の純度
であり、そして代表的に「組換え」であり、例えば、天然に存在する染色体にお
いて通常会合されない１つ以上のヌクレオチドによって隣接される。

【００１９】 本発明のポリヌクレオチドは、直線状の分子として、または環状分子内に提供
され得、そして自律的に複製する分子（ベクター）内に、または複製配列を伴わ
ない分子内に提供され得る。ポリヌクレオチドの発現は、それら自身によって、
または当該分野において公知の他の調節配列によって調節され得る。本発明のポ
リヌクレオチドは、当該分野において利用可能な種々の技術（例えば、トランス
フェリンポリカチオン媒介性ＤＮＡ移入、裸の核酸またはカプセル化された核酸
でのトランスフェクション、リポソーム媒介性のＤＮＡ移入、ＤＮＡコート化ラ
テックスビーズの細胞内輸送、プロトプラスト融合、ウイルス感染、エレクトロ
ポレーション、遺伝子銃、リン酸カルシウム媒介性のトランスフェクションなど
）を使用して適切な宿主細胞に導入され得る。

【００２０】 本発明の核酸組成物は、例えば、ポリペプチドを生成するために、生物学的サ
ンプル（例えば、ヒト細胞の抽出物）中の本発明のｍＲＮＡの検出のためのプロ
ーブとして、ポリヌクレオチドのさらなるコピーを作製するために、リボザイム
またはアンチセンスオリゴヌクレオチドを作製するために、および１本鎖ＤＮＡ
プローブとしてかまたは３本鎖を形成するオリゴヌクレオチドとして、使用され
得る。本明細書中に記載されるプローブは、例えば、サンプル中の配列番号１〜
２７０７において示されるようなポリヌクレオチド配列またはそれらの改変体の
存在または非存在を決定するために使用され得る。これらの使用および他の使用
は、以下により詳細に記載される （全長のｃＤＮＡ、遺伝子、およびプロモーター領域を得るためのポリヌクレ
オチドの使用） 開示されるポリヌクレオチドを含有する全長ｃＤＮＡ分子は、以下のように得
られる。配列番号１〜２７０７のうちの１つの配列、または少なくとも１２、１
５、１８、または２０ｎｔを含有するそれらの部分を有するポリヌクレオチドは
、米国特許第５，６５４，１７３号において記載されるようなプローブ設計法、
クローニング法、およびクローン選択技術を使用して、ｃＤＮＡライブラリーの
ハイブリダイズするメンバーを検出するために、ハイブリダイゼーションプロー
ブとして使用される。ｃＤＮＡのライブラリーは、正常組識もしくは腫瘍組識の
ような選択された組識から、または例えば、薬学的な薬剤で処置された哺乳動物
の組識から作製される。好ましくは、組識は、本発明のポリヌクレオチドが単離
された組識と同じである。なぜなら、本明細書中に記載されるポリヌクレオチド
およびｃＤＮＡの両方が発現される遺伝子を示すからである。最も好ましくは、
ｃＤＮＡライブラリーは、実施例において本明細書中に記載される生物学的材料
から作製される。ライブラリー構築のための細胞型の選択は、本発明のポリヌク
レオチドに対応する遺伝子によってコードされるタンパク質の同定が知られる後
になされ得る。このことは、組識および細胞型が関連する遺伝子を発現するよう
であることを示し、従って、ｃＤＮＡを作製するためのｍＲＮＡについての適切
な供給源を示す。提供されるポリヌクレオチドがｃＤＮＡライブラリーから単離
される場合、ライブラリーはヒト結腸細胞、より好ましくはヒト結腸癌細胞のｍ
ＲＮＡ、さらにより好ましくは非常に転移性の結腸細胞Ｋｍ １２Ｌ４−Ａから
調製される。

【００２１】 核酸配列ライブラリーを生成およびプローブするための技術が、例えば、Ｓａ
ｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏ
ｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第２版、（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ
ｏｒ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹにおいて記載
される。ｃＤＮＡは、配列配列番号１〜２７０７からの配列に基づくプライマー
を使用することによって調製され得る。１つの実施態様において、ｃＤＮＡライ
ブラリーは、ポリアデニル化ｍＲＮＡのみから作製され得る。従って、ポリ−Ｔ
プライマーが、ｍＲＮＡからｃＤＮＡを調製するために使用され得る。

【００２２】 提供されるポリヌクレオチドよりも大きく、かつ好ましくはネイティブなメッ
セージの完全なコード配列を含むライブラリーのメンバーが得られる。ｃＤＮＡ
全体が得られたことを確認するために、ＲＮＡ保護実験が以下のように行われる
。ｍＲＮＡへの全長ｃＤＮＡのハイブリダイゼーションは、ＲＮアーゼ分解から
ＲＮＡを保護する。ｃＤＮＡが全長でない場合、ハイブリダイズしないｍＲＮＡ
の部分はＲＮアーゼ分解に供される。これは、当該分野において公知であるよう
に、ポリアクリルアミドゲルにおける電気泳動移動度の変化によってか、または
放出されるモノリボヌクレオチドの検出によってアッセイされる。Ｓａｍｂｒｏ
ｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍ
ａｎｕａｌ、第２版、（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐ
ｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ。親ｃＤＮＡの末端に
対して５'のさらなる配列を得るために、５'ＲＡＣＥ（ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏ
ｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏ
ｎｓ、（１９９０）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｉｎｃ．）が行われ得る。

【００２３】 ゲノムＤＮＡは、全長ｃＤＮＡの単離に類似の様式において、提供されるポリ
ヌクレオチドを使用して単離される。簡潔には、提供されるポリヌクレオチド、
またはその部分は、ゲノムＤＮＡのライブラリーに対するプローブとして使用さ
れる。好ましくは、ライブラリーは、本発明のポリヌクレオチドを作製するため
に使用された細胞型から得られるが、必ずしもそうである必要はない。最も好ま
しくは、ゲノムＤＮＡは、実施例において本明細書中に記載される生物学的材料
から得られる。このようなライブラリーは、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、９．４〜９．
３０において詳細に記載されるように、Ｐ１またはＹＡＣのような、ゲノムの大
きなセグメントを保有するために適切なベクター中にあり得る。さらに、ゲノム
配列は、ヒトＢＡＣライブラリーから単離され得、これは例えば、Ｒｅｓｅａｒ
ｃｈ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、Ｉｎｃ．Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ、Ａｌａｂａｍａ、Ｕ
ＳＡから市販されている。さらなる５’配列または３’配列を得るために、Ｓａ
ｍｂｒｏｏｋらにおいて記載されるように染色体ウォーキングが行われ、これに
よってゲノムＤＮＡの近接かつ重複するフラグメントが単離される。これらは、
制限消化酵素およびＤＮＡリガーゼを使用して、当該分野において公知であるよ
うに、マッピングされ、そしてともに継ぎ合わされる。

【００２４】 本発明のポリヌクレオチド配列を使用して、対応する全長遺伝子が、ｃＤＮＡ
ライブラリーを構築およびプローブするための古典的な方法およびＰＣＲ法の両
方を使用して単離され得る。いずれかの方法を使用して、ノーザンブロットが好
ましくは、どの細胞株が最も高いレベルで目的の遺伝子を発現するかを決定する
ために、多くの細胞型に対して行われる。ｃＤＮＡライブラリーを構築する古典
的な方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（前出）において教示される。これらの方法を
使用して、ｃＤＮＡがｍＲＮＡから生成され得、そしてウイルスベクターまたは
発現ベクター中に挿入される。代表的に、ポリ（Ａ）テイルを含有するｍＲＮＡ
ライブラリーは、ポリ（Ｔ）プライマーを用いて生成され得る。同様に、ｃＤＮ
Ａライブラリーは、本発明の配列をプライマーとして使用して生成され得る。

【００２５】 ＰＣＲ法が、所望のインサートを含有するｃＤＮＡライブラリーのメンバーを
増幅するために使用される。この場合において、所望のインサートは、本発明の
ポリヌクレオチドに対応する全長のｃＤＮＡ由来の配列を含む。このようなＰＣ
Ｒ法としては、遺伝子捕獲法およびＲＡＣＥ法が挙げられる。遺伝子捕獲は、ベ
クター中に多数のｃＤＮＡライブラリーを挿入することを必要とする。次いで、
ベクターが１本鎖の分子を生成するように変性される。次に、ビオチン化オリゴ
のような基質結合化プローブが、目的のｃＤＮＡインサートを捕獲するために使
用される。ビオチン化プローブは、アビジン結合化固体基質に連結され得る。Ｐ
ＣＲ法は、捕獲されたｃＤＮＡを増幅するために使用され得る。全長遺伝子に対
応する配列を捕獲するために、標識化プローブ配列は、本発明のポリヌクレオチ
ド配列に基づく。ランダムプライマーまたはライブラリーベクターに特異的なプ
ライマーが、捕獲されたｃＤＮＡを増幅するために使用され得る。このような遺
伝子捕獲技術は、Ｇｒｕｂｅｒら、ＷＯ ９５／０４７４５およびＧｒｕｂｅｒ
ら、米国特許第５，５００，３５６号において記載される。キットは、例えば、
Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ、Ｍａｒｙｌ
ａｎｄ、ＵＳＡから遺伝子捕獲実験を行うように市販されている。

【００２６】 「ｃＤＮＡ末端の迅速な増幅」（すなわちＲＡＣＥ）は、多くの異なるＲＮＡ
からｃＤＮＡを増幅するＰＣＲ法である。ｃＤＮＡは、オリゴヌクレオチドリン
カーに連結され、そして２つのプライマーを使用するＰＣＲによって増幅される
。一方のプライマーは、本発明のポリヌクレオチドからの配列に基づき、これに
ついて全長の配列が望ましく、そして第２のプライマーは、このｃＤＮＡを増幅
するためにオリゴヌクレオチドリンカーにハイブリダイズする配列を含む。この
方法の記載は、ＷＯ ９７／１９１１０において報告される。ＲＡＣＥの好まし
い実施態様において、共通のプライマーが、ｃＤＮＡ末端に連結される任意のア
ダプター配列にアニールするように設計される（ＡｐｔｅおよびＳｉｅｂｅｒｔ
、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（１９９３）１５：８９０−８９３：Ｅｄｗａｒ
ｄｓら、Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９１）１９：５２２７−５２３
２）。単一の遺伝子特異的ＲＡＣＥプライマーが共通のプライマーと対合される
場合、単一の遺伝子特異的プライマーと共通のプライマーとの間の配列の優先的
な増幅が生じる。ＲＡＣＥにおいて使用するために改変された市販のｃＤＮＡプ
ールが利用可能である。

【００２７】 別のＰＣＲベースの方法は、ｃＤＮＡ配列の特定の知識を必要とすることなく
、アンカー末端を伴う全長のｃＤＮＡライブラリーを作製する。この方法は、ロ
ック−ドッキング（ｌｏｃｋｉｎｇ−ｄｏｃｋｉｎｇ）プライマー（Ｉ〜ＶＩ）
を使用し、ここでは１つのプライマーの、ポリＴＶ（Ｉ−ＩＩＩ）は、第１鎖の
合成を生じる真核生物ｍＲＮＡのポリＡテイルに対して固定し、そして第２のプ
ライマーのポリＧＨ（ＩＶ〜ＶＩ）は、末端デオキシヌクレオチジルトランスフ
ェラーゼ（ＴｄＴ）によって付加されるポリＣテイルに固定する（例えば、ＷＯ
９６／４０９９８を参照のこと）。

【００２８】 遺伝子のプロモーター領域は、一般にＲＮＡポリメラーゼＩＩに対する開始部
位に対して５'に位置される。数百のプロモーター領域は、変異に感受性である
、「ＴＡＴＡ」ボックス（例えば、ＴＡＴＴＡまたはＴＡＴＡＡの配列）を含む
。プロモーター領域は、遺伝子のコード領域からのプライマーを使用して５'Ｒ
ＡＣＥを行うことによって得られ得る。あるいは、ｃＤＮＡは、ゲノム配列につ
いてのプローブとして使用され得、そしてコード領域に対して５'の領域は、「
ウォーキングアップ」によって同定される。遺伝子が高度に発現されるか、また
は示差的に発現される場合、遺伝子由来のプロモーターは、異種遺伝子について
の調節構築物において有用であり得る。

【００２９】 一旦全長のｃＤＮＡまたは遺伝子が得られると、改変体をコードするＤＮＡは
、部位特異的変異誘発によって調製され得る（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１５．３〜
１５．６３において詳細に記載される）。置換えられるコドンまたはヌクレオチ
ドの選択は、変化したタンパク質構造および／または機能を達成するためのアミ
ノ酸における任意の変化に対して、本明細書中の開示に基づき得る。

【００３０】 生物学的材料からＤＮＡまたはＲＮＡを得る代替の方法として、本発明の１つ
以上のポリヌクレオチドの配列を有するヌクレオチドを含有する核酸が合成され
得る。従って、本発明は、１５ｎｔ（配列番号１〜２７０７のうちの１つの少な
くとも１５の連続するｎｔに対応する）から核酸分子の１つ以上の生物学的操作
（複製および発現を含む）に適切な最大の長さにまでにわたる長さの核酸分子を
含む。本発明は、（ａ）完全な遺伝子のサイズを有し、および配列番号１〜２７
０７のうちの少なくとも１つを含む核酸；（ｂ）融合タンパク質の発現を許容す
るように作動可能に連結される、少なくとも１つのさらなる遺伝子もまた含む（
ａ）の核酸；（ｃ）（ａ）または（ｂ）を含有する核酸ベクター；（ｄ）（ａ）
または（ｂ）を含有するプラスミド；ならびに（ｅ）（ａ）または（ｂ）を含有
する組換えウイルス粒子を含むが、これらに制限されない。一旦本明細書中に開
示されるポリヌクレオチドが提供されると、（ａ）〜（ｅ）の構築および調製は
、十分に当業者の範囲内である。

【００３１】 配列番号１〜２７０７のうちの少なくともいずれか１つの少なくとも１５の連
続するｎｔを含有する核酸の配列、好ましくは配列番号１〜２７０７のうちの少
なくともいずれか１つの配列全体は、制限されず、そしてＡ、Ｔ、Ｇ、および／
もしくはＣ（ＤＮＡについて）、ならびにＡ、Ｕ、Ｇ、および／もしくはＣ（Ｒ
ＮＡについて）、またはそれらの改変された塩基（イノシンおよびシュードウラ
シルを含む）の任意の配列であり得る。配列の選択は、所望の機能に依存し、そ
して所望のコード領域、所望のイントロン様領域、および所望の調節領域によっ
て検出され得る。配列番号１〜２７０７のうちのいずれか１つの配列全体が核酸
内にある場合、得られる核酸は、本明細書中で、配列番号１〜２７０７のうちの
いずれか１つの配列を含むポリヌクレオチドといわれる。

【００３２】 （全長ｃＤＮＡまたは全長遺伝子によってコードされるポリぺプチドの発現） 提供されるポリヌクレオチド（例えば、配列番号１〜２７０７のうちの１つの
配列を有するポリヌクレオチド）、対応するｃＤＮＡ、または全長の遺伝子は、
部分的な遺伝子産物または完全な遺伝子産物を発現させるために使用される。配
列番号１〜２７０７の配列を有するポリヌクレオチドの構築物はまた、合成的に
作製され得る。あるいは、遺伝子、および多数のオリゴデオキシリボヌクレオチ
ドのからのプラスミド全体の１工程のアセンブリは、例えば、Ｓｔｅｍｍｅｒら
、Ｇｅｎｅ（Ａｍｓｔｅｒｄａｍ）（１９９５）１６４（１）：４９〜５３によ
って記載される。この方法において、アセンブリＰＣＲ（多数のオリゴデオキシ
リボヌクレオチド（オリゴ）からの長いＤＮＡ配列の合成）が記載される。この
方法は、ＤＮＡシャッフリングに由来し（Ｓｔｅｍｍｅｒ、Ｎａｔｕｒｅ（１９
９４）３７０：３８９−３９１）、そしてアセンブリプロセスの間、ＤＮＡリガ
ーゼに依存しないが、その代わりにＤＮＡポリメラーゼに依存して、漸増的によ
り長いＤＮＡフラグメントを構築する。

【００３３】 適切なポリヌクレオチド構築物は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃ
ｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第２版
、（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ
Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹにおいて記載されるような標準的なＤＮＡ
技術を使用して、および組換えＤＮＡ研究についてのＨＨＳ米国部局（Ｕｎｉｔ
ｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｄｅｐｔ．ｏｆ ＨＳＳ）、国立衛生研究所（ＮＩＨ）の
ガイドラインにおいて記載される現在の規則の下に精製される。本発明のポリヌ
クレオチドによってコードされる遺伝子産物は、例えば、細菌系、酵母系、昆虫
系、両生類系、および哺乳動物系を含む任意の発現系において発現される。ベク
ター、宿主細胞、およびこれにおいて発現を得るための方法は、当該分野におい
て周知である。適切なベクターおよび宿主細胞は、米国特許第５，６５４，１７
３号において記載される。

【００３４】 本明細書中に提供されるポリヌクレオチド配列を含有するポリヌクレオチド分
子は、ベクター中にこの分子を置くことによって一般に増殖される。ウイルスベ
クターおよび非ウイルスベクター（プラスミドを含む）が使用される。プラスミ
ドの選択は、増殖が所望される細胞型および増殖の目的に依存する。特定のベク
ターは、大量の所望のＤＮＡ配列を増幅および作製するために有用である。他の
ベクターは、培養における細胞の発現のために適切である。なお他のベクターは
、動物またはヒト全体における細胞中の移入および発現に適切である。適切なベ
クターの選択は、十分に当業者の範囲内である。多くのこのようなベクターは市
販されている。所望の配列を含有するベクターの調製のための方法は、当該分野
において周知である。

【００３５】 配列番号１〜２７０７において記載されるポリヌクレオチドまたはそれらの対
応する全長のポリヌクレオチドは、所望の発現特性を得るために適切なように調
節配列に連結される。これらとしては、プロモーター（センス鎖の５'末端また
はアンチセンス鎖の３'末端のいずれかで付着される）、エンハンサー、ターミ
ネーター、オペレーター、リプレッサー、およびインデューサーが挙げられ得る
。プロモーターは、調節性であり得るかまたは構成的であり得る。いくつかの状
況において、条件的活性プロモーター（例えば、組織特異的プロモーターまたは
発生段階特異的プロモーター）を使用することが所望され得る。これらは、ベク
ターへの連結についての上記の技術を使用して、所望のヌクレオチド配列に連結
される。当該分野における公知の任意の技術が、使用され得る。

【００３６】 任意の上記の宿主細胞、または他の適切な宿主細胞もしくは生物体が、本発明
のポリヌクレオチドまたは核酸を複製および／または発現するために使用される
場合、得られる複製した核酸、ＲＮＡ、発現タンパク質、またはポリぺプチドは
、宿主細胞または生物体の産物として本発明の範囲内である。産物は、当該分野
において公知の任意の適切な手段によって回収される。

【００３７】 一旦、選択されたポリヌクレオチドに対応する遺伝子が同定されると、その発
現は、この遺伝子がネイティブである細胞において調節され得る。例えば、細胞
の内因性遺伝子は、米国特許第５，６４１，６７０号において開示されるような
外因性調節配列によって調節され得る。

【００３８】 （公的に利用可能なデータベースに対する新規な遺伝子スクリーニングの機能
的モチーフおよび構造的モチーフの同定） 提供されるポリヌクレオチド、ｃＤＮＡ、または完全遺伝子のヌクレオチド配
列の翻訳は、個々の公知の配列と整列され得る。個々の配列との類似性は、本発
明のポリヌクレオチドによってコードされるポリぺプチドの活性を決定するため
に使用され得る。また、１つよりも多いの個々の配列と類似性を示す配列は、個
々の配列のいずれかまたは両方に特徴的である活性を示し得る。

【００３９】 最も近い配列（ｎｅｉｇｈｂｏｒ）のポリヌクレオチド配列の全長の配列およ
びフラグメントが、提供されるポリヌクレオチドに対応する全長の配列を同定お
よび単離するためのプローブおよびプライマーとして使用され得る。最も近いも
のは、提供されるポリヌクレオチドに対応する全長の配列についてのライブラリ
ーを構築するために使用される組織型または細胞型を示し得る。

【００４０】 代表的に、選択されるポリヌクレオチドは、個々の配列との最も良好な整列を
決定するために、６個のフレーム全てにおいて翻訳される。本明細書中の配列表
において開示される配列は、５'から３'の方向にあり、そして３つのフレームに
おける翻訳が十分であり得る（実施例において記載されるように、数個の特定の
例外を伴う）。これらのアミノ酸配列は一般に、問合せ配列と呼ばれ、これは個
々の配列と整列される。個々の配列を有するデータベースは、「Ｃｏｍｐｕｔｅ
ｒ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｅｑｕｅｎｃ
ｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ」Ｍｅｔｈｏｄ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（１９９６
）２６６、Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｉｎｃ．、ａ
ｄｉｖｉｓｉｏｎ ｏｆ Ｈａｒｃｏｕｒｔ Ｂｒａｃｅ ＆ Ｃｏ．、Ｓａ
ｎ Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡにおいて記載される。データベ
ースとしては、ＧｅｎＢａｎｋ、ＥＭＢＬ、およびＤＮＡ Ｄａｔａｂａｓｅ
ｏｆ Ｊａｐａｎ（ＤＤＢＪ）が挙げられる。

【００４１】 問合せ配列および個々の配列は、上述に記載される方法およびコンピューター
プログラムならびにｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ
／ＢＬＡＳＴ／にてｗｏｒｌｄ ｗｉｄｅ ｗｅｂを介して利用可能であるＢＬ
ＡＳＴ２．０を含む方法およびコンピュータープログラムを使用して整列され得
る。またＡｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９
７）２５：３３８９−３４０２を参照のこと。別の整列アルゴリズムは、Ｇｅｎ
ｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ）パッケージ、Ｍａｄｉ
ｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ（Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇ
ｒｏｕｐ Ｉｎｃ．の全面的に所有される子会社）において利用可能なＦａｓｔ
ａである。整列の他の技術は、Ｄｏｏｌｉｔｔｅ、前出において記載される。好
ましくは、配列中にギャップを許容する整列プログラムが、配列を整列するため
に利用される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎは、配列整列中にギャップを許容
するアルゴリズムの１つの型である。Ｍｅｔｈ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．（１９
９７）７０：１７３−１８７を参照のこと。また、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷ
ｕｎｓｃｈ整列法を使用するＧＡＰプログラムは、配列を整列するために利用さ
れ得る。代替の検索ストラテジーは、ＭＰＳＲＣＨソフトウェアを使用し、これ
はＭＡＳＰＡＲコンピューターにおいて実行される。ＭＰＳＲＣＨは、大規模な
並列コンピューターにおいて配列をスコア付けするためにＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅ
ｒｍａｎアルゴリズムを使用する。このアプローチは、遠い関連性の適合である
配列を同定する能力を改善し、そして小さなギャップおよびヌクレオチド配列エ
ラーを特に寛容する。提供されるポリヌクレオチドによってコードされるアミノ
酸配列は、タンパク質データベースおよびＤＮＡデータベースの両方を検索する
ために使用され得る。本明細書中に参考として援用されるのは、任意のＤＮＡ配
列データベースまたはタンパク質配列データベース（特許データベース（例えば
、ＧｅｎｅＳｅｑ）を含む）によって本出願の出願日に公的にされていた全ての
配列である。また参考として援用されるのは、本出願の出願日にこれらのデータ
ベースに提出されていたが、本出願の出願日後まで公的にされなかった配列であ
る。

【００４２】 個々の配列と問合せ配列との整列の結果は、３つのカテゴリー：高度の類似性
；弱い類似性、および類似性なしに分けられ得る。高度の類似性から弱い類似性
に及ぶ個々の整列の結果は、ポリぺプチドの活性および／または構造を決定する
ための基準を提供する。個々の結果を分類するためのパラメーターとしては：最
も強力な整列が見出される整列領域長のパーセント、配列同一性パーセント、お
よびＰ値が挙げられる。整列領域長のパーセントは、最も強力な整列の領域（例
えば、整列される問合せ配列の対応する領域の残基に同一である残基も最も多く
の数を含む個々の配列の連続する領域）において見出される個々の配列の残基の
数を計数することによって算定される。この数を、問合せ配列の全残基長で除算
し、パーセントを算定する。例えば、問合せ配列の２０アミノ酸残基は、個々の
配列の２０アミノ酸領域と整列され得る。個々の配列は、問合せ配列のアミノ酸
残基５、９〜１５、および１７〜１９に同一であり得る。従って、最も強力な整
列の領域は、残基９〜１９に伸長する領域である、１１アミノ酸ストレッチであ
る。整列領域長のパーセントは：１１（最も強力な整列の領域の長さ）／（問合
せ配列の長さ）２０、すなわち５５％である。

【００４３】 配列同一性のパーセントは、問合せ配列と個々の配列との間のアミノ酸適合の
数を計数し、そして適合の合計数を最も強力な整列において見出される個々の配
列の残基の数で割ることによって算定される。従って、上述の例における同一性
のパーセントは、１０適合／１１アミノ酸、すなわち約９０．９％である。

【００４４】 ｐ値は、整列が偶然に生成される確率である。単一の整列について、ｐ値は、
Ｋａｒｌｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９０）８７：
２２６４、およびＫａｒｌｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（
１９９３）９０に従って算定され得る。同じ問合せ配列を使用する複数の整列の
ｐ値は、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．（１９９４）６：１１９に
おいて記載される帰納的なアプローチを使用して算定され得る。ＢＬＡＳＴプロ
グラムのような整列プログラムは、ｐ値を算定し得る。また、Ａｌｔｓｃｈｕｌ
ら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９７）２５：３３８９−３４
０２を参照のこと。

【００４５】 同一性または類似性を決定するために考慮する別の因子は、類似性または同一
性の位置である。強力な局所的整列は、整列の長さが短い場合であっても類似性
を示し得る。問合せ配列の長さ中に分散される配列同一性はまた、問合せ配列と
プロフィール配列との間の類似性を示し得る。配列が整列される領域の境界は、
Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、前出；ＢＬＡＳＴ ２．０プログラム（Ａｌｓｃｈｕｌら
、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９７）２５：３３８９−３４０
２）もしくはＦＡＳＴプログラムに従って；または配列同一性が最も高い領域を
決定することによって決定され得る。

【００４６】 高い類似性。一般に、高い類似性であることが考慮される整列結果において、
整列領域長のパーセントは、代表的に、問合せ配列の全長の少なくとも約５５％
であり；より代表的には、問合せ配列の全長さの少なくとも５８％；さらにより
代表的には；少なくとも約６０％である。通常、整列領域の長さのパーセントは
、約６２％；より通常約６４％；さらにより通常約６６％程度であり得る。さら
に、高い類似性について、整列の領域は、代表的に、少なくとも約７５％の配列
同一性；より代表的に少なくとも約７８％；さらにより代表的に；少なくとも約
８０％の配列同一性を示す。通常、配列同一性のパーセントは、８２％；より通
常８４％程度；さらにより通常約８６％程度であり得る。

【００４７】 ｐ値はこれらの方法に関連して使用される。高い類似性が見出される場合、問
合せ配列は、ｐ値が約１０^-2未満であるかまたはこれに等しい場合；より通常；
約１０^-3未満であるかまたはこれに等しい場合；さらにより通常；約１０^-4未満
であるかまたはこれに等しい場合に、プロフィール配列と高い配列類似性を有す
ることが考慮される。より代表的に、高い類似性であることが考慮される問合せ
配列について、ｐ値は、約１０^-5を超えず：より代表的に；１０^-10を超えない
かまたはこれに等しく；さらにより代表的に；１０^-15を超えないかまたはこれ
に等しい。

【００４８】 弱い類似性。一般に、整列結果が弱い類似性であると考慮される場合、整列領
域の長さの最小のパーセントも整列の最小の長さも存在しない。弱い配列類似性
をより充分に示すことは、整列の領域が代表的に、少なくとも約１５アミノ酸残
基長；より代表的に、少なくとも約２０；さらにより代表的に；少なくとも約２
５アミノ酸長である場合に考慮される。通常、整列領域の長さは、約３０アミノ
酸残基；より通常、約４０程度；さらにより通常、約６０程度のアミノ酸残基で
あり得る。さらに、弱い類似性について、整列の領域は、代表的に、少なくとも
約３５％の配列同一性；より代表的に、少なくとも約４０％；さらにより代表的
に；少なくとも約４５％の配列同一性を示す。通常、配列同一性のパーセントは
、約５０％程度；より通常、約５５％程度；さらにより通常、約６０％程度であ
り得る。

【００４９】 低い類似性が見出される場合、問合せ配列は、ｐ値が通常、約１０^-2未満であ
るかまたはこれに等しい場合；より通常；約１０^-3未満であるかまたはこれに等
しい場合；さらにより通常；約１０^-4未満であるかまたはこれに等しい場合に、
プロフィール配列と弱い配列類似性を有することが考慮される。より代表的に、
弱い類似性であることが考慮される問合せ配列について、ｐ値は、約１０^-5を超
えず：より通常；約１０^-10を超えないかまたはこれに等しく；さらにより通常
；約１０^-15を超えないかまたはこれに等しい。

【００５０】 配列同一性単独によって決定される類似性。配列同一性単独は、個々の配列に
対する問合せ配列の類似性を決定するために使用され得、そしてその配列の活性
を示し得る。このような整列は、好ましくは配列を整列するためにギャップを許
容する。代表的に、問合せ配列は、問合せ配列全体にわたる配列同一性が、少な
くとも約１５％；より代表的に、少なくとも約２０％；さらにより代表的に、少
なくとも約２５％；さらにより代表的に、少なくとも約５０％である場合、プロ
フィール配列に関連する。類似性の尺度として、配列同一性単独は、問合せ配列
が通常、少なくとも８０残基長；より通常、９０残基；さらにより通常、少なく
とも９５アミノ酸残基長である場合に最も有用である。より代表的に、類似性は
、問合せ配列が好ましくは１００残基長；より好ましくは、１２０残基長；さら
により好ましくは、１５０アミノ酸残基長である場合に、配列同一性単独に基づ
いて結論され得る。

【００５１】 プロフィール配列および複数の整列された配列との整列。提供されるポリヌク
レオチドの翻訳は、タンパク質ファミリーまたは共通のモチーフのいずれかを規
定するアミノ酸プロフィールを用いて整列され得る。また、提供されるポリヌク
レオチドの翻訳は、タンパク質ファミリーまたはモチーフのメンバーのポリぺプ
チド配列を含有する複数の配列整列（ＭＳＡ）に対してアラインされ得る。プロ
フィール配列またはＭＳＡとの類似性または同一性は、提供されるポリヌクレオ
チドまたは対応するｃＤＮＡもしくは遺伝子によってコードされる遺伝子産物（
例えば、ポリぺプチド）の活性を決定するために使用され得る。例えば、ケモカ
インプロフィールまたはＭＳＡと同一性および類似性を示す配列は、ケモカイン
活性を示し得る。

【００５２】 プロフィールは、（１）ファミリーに属するメンバーのアミノ酸配列の整列で
あるＭＳＡを作製し、そして（２）整列の統計学的表示を構築することによって
、手動で設計され得る。このような方法は、例えば、Ｂｉｒｎｅｙら、Ｎｕｃｌ
．Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．（１９９６）２４（１４）：２７３０−２７３９において
記載される。いくつかのタンパク質ファミリーおよびモチーフのＭＳＡは、公的
に利用可能である。例えば、ｈｔｔｐ：／／ｇｅｎｏｍｅ．ｗｕｓｔｌ．ｅｄｕ
／Ｐｆａｍ／は、５４７個の異なるファミリーおよびモチーフのＭＳＡを含む。
これらのＭＳＡはまた、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９９７
）２８：４０５−４２０において記載される。ワールドワイドウェブにおける他
の供給源としては、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｍｂｌ−ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ．
ｄｅ／ａｒｇｏｓ／ａｌｉ／ａｌｉ．ｈｔｍｌが挙げられるか；あるいは、情報
についてＡＬＩ＠ＥＭＢＬ−ＨＥＩＤＥＬＢＥＲＧ．ＤＥにメッセージが送信さ
れ得る。これらのＭＳＡの簡潔な記載は、Ｐａｓｃａｒｅｌｌａら、Ｐｒｏｔ．
Ｅｎｇ．（１９９６）９（３）：２４９−２５１において報告される。ＭＳＡか
らのプロフィールを構築するための技術は、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら、前出；Ｂ
ｉｒｎｅｙら、前出：および「高分子配列分析のためのコンピュータ法」、Ｍｅ
ｔｈｏｄ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（１９９６）２６６、Ｄｏｏｌｉｔｔｌ
ｅ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｉｎｃ．Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ
ｏｒｎｉａ、ＵＳＡにおいて記載される。

【００５３】 問合せ配列とタンパク質ファミリーもしくはモチーフとの間の類似性は、（ａ
）プロフィールに対して問合せ配列を比較することによって、および／または（
ｂ）ファミリーもしくはモチーフのメンバーと問合せ配列とを整列することによ
って、決定され得る。代表的に、Ｓｅａｒｃｈｗｉｓｅのようなプログラムが、
プロフィールとしてもまた知られる複数の整列の統計学的表示に対して問合せ配
列を比較するために使用される（Ｂｉｒｎｅｙら、前出を参照のこと）。配列お
よびプロフィールを比較するための他の技術は、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら、前出
およびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ、前出において記載される。

【００５４】 次に、Ｆｅｎｇら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．（１９８７）２５：３５１および
Ｈｉｇｇｉｎｓら、ＣＡＢＩＯＳ（１９８９）５：１５１によって記載される方
法が、問合せ配列と、ＭＳＡとしてもまた知られるファミリーまたはモチーフの
メンバーとを整列するために使用され得る。配列整列は、任意の多様なソフトウ
ェアツールを使用して作製され得る。例としては、ＰｉｌｅＵＰが挙げられ、こ
れは、複数の配列整列を作製し、およびＦｅｎｇら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．（
１９８７）２５：３５１において記載される。別の方法のＧＡＰは、Ｎｅｅｄｌ
ｅｍａｎら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９７０）４８：４４３の整列法を使用
する。ＧＡＰは、配列の全体の整列に最も良好に適合される。第３の方法のＢｅ
ｓｔＦｉｔは、Ｓｍｉｔｈら、Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．（１９８１）２：
４８２の局所的な相同性アルゴリズムを使用して適合の数を最大にするようにギ
ャップを挿入することによって機能する。一般に、問合せ配列とプロフィールま
たはＭＳＡとの間に類似性が存在するか否かを決定するために以下の因子が使用
される：（１）問合せ配列において見出される保存された残基の数、（２）問合
せ配列において見出される保存された残基のパーセント、（３）フレームシフト
の数、および（４）保存された残基間のスペーシング。

【００５５】 配列の翻訳および整列の両方を行ういくつかの整列プログラムが、最も良好な
整列を生成するようにヌクレオチド配列を翻訳する場合、任意の数のフレームシ
フトを作製し得る。整列を作製するために必要とされるフレームシフトが少ない
ほど、問合せ配列とプロフィールまたはＭＳＡとの間の類似性または同一性は強
い。例えば、フレームシフトなしから生じる弱い類似性は、２つのフレームシフ
トから生じる強力な類似性よりも、問合せ配列の活性または構造の良好な指示で
あり得る。好ましくは、３つ以下のフレームシフトが、整列において見出され；
より好ましくは２つ以下のフレームシフト；さらにより好ましくは、１つ以下の
フレームシフト；さらにより好ましくはフレームシフトなしが、問合せ配列とプ
ロフィールまたはＭＳＡとの整列において見出される。

【００５６】 保存された残基は、ファミリーまたはモチーフのメンバーの全てまたはいくつ
かにおいて特定の位置で見出されるアミノ酸配列である。あるいは、位置は、ア
ミノ酸のあるクラスのみがファミリーメンバーの全てまたはいくつかにおいて特
定の位置で見出される場合、保存されていると考えられる。例えば、Ｎ末端の位
置は、リジン、アルギニン、またはヒスチジンのような正に荷電されたアミノ酸
を含み得る。

【００５７】 代表的に、ポリぺプチドの残基は、アミノ酸または単一のアミノ酸のクラスが
、全てのクラスメンバーのうちの少なくとも約４０％；より代表的に、少なくと
も約５０％；さらにより代表的にメンバーのうちの少なくとも約６０％において
、特定の位置で見出される場合、保存されている。通常、残基は、クラスまたは
単一のアミノ酸がファミリーまたはモチーフのメンバーのうちの少なくとも約７
０％；より通常、少なくとも約８０％；さらにより通常、少なくとも約９０％；
さらにより通常、少なくとも約９５％において見出される場合、保存されている
。

【００５８】 残基は、３つの非関連のアミノ酸；より通常、２つの非関連のアミノ酸が、メ
ンバーのうちのいくつかまたは全てにおいて特定の位置で見出される場合、保存
されていると考えられる。これらの残基は、非関連のアミノ酸が、全てのクラス
のメンバーのうちの少なくとも約４０％；より代表的に、少なくとも約５０％；
さらにより代表的に、メンバーのうちの少なくとも約６０％において、特定の位
置で見出される場合、保存されている。通常、残基は、クラスまたは単一のアミ
ノ酸が、ファミリーまたはモチーフのメンバーのうちの少なくとも約７０％；よ
り通常、少なくとも約８０％；さらにより通常、少なくとも約９０％；さらによ
り通常、少なくと約９５％において見出される場合、保存されている。

【００５９】 問合せ配列が、プロフィールまたはＭＳＡの保存された残基のうちの少なくと
も約２５％；より通常、少なくとも約３０％；さらにより通常；少なくとも４０
％を含む場合、問合せ配列はプロフィールまたはＭＳＡに対して類似性を有する
。代表的に、問合せ配列が、プロフィールまたはＭＳＡの保存された残基のうち
の少なくとも約４５％；より代表的に、少なくとも約５０％；さらにより代表的
に；少なくとも約５５％を含む場合、問合せ配列はプロフィール配列またはＭＳ
Ａにより強い類似性を有する。

【００６０】 （分泌性ポリぺプチドおよび膜結合性ポリぺプチドの同定） 本発明の分泌性ポリぺプチドおよび膜結合性ポリぺプチドの両方は、特に重要
である。例えば、分泌性ポリぺプチドのレベルは、都合のよい体液（例えば、血
液、血漿、血清、ならびに尿、前立腺液および精液のような他の体液）において
アッセイされ得る。膜結合性ポリぺプチドは、ワクチン抗原を構築するためにま
たは免疫応答を誘発するために有用である。このような抗原は、膜結合性ポリぺ
プチドの細胞外領域の全てまたは部分を含む。分泌性ポリぺプチドおよび膜結合
性ポリぺプチドの両方は、連続する疎水性アミノ酸のフラグメントを含むので、
疎水性を予測するアルゴリズムが、このようなポリぺプチドを同定するために使
用され得る。

【００６１】 シグナル配列は通常、細胞の表面にポリぺプチドを指向するために、分泌性ポ
リぺプチドおよび膜結合性ポリぺプチドの両方によってコードされる。シグナル
配列は通常、疎水性残基のストレッチを含む。このようなシグナル配列は、らせ
ん構造に折畳まれ得る。膜結合性のポリぺプチドは代表的に、膜を横切り得る疎
水性アミノ酸のストレッチを保有する少なくとも１つの膜貫通領域を含む。いく
つかの膜貫通領域はまた、らせん構造を示す。ポリぺプチド内の疎水性フラグメ
ントは、コンピュータアルゴリズムを使用することによって同定され得る。この
ようなアルゴリズムとしては、ＨｏｐｐおよびＷｏｏｄｓ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ
．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８１）８：３８２４−３８２８；Ｋｙｔｅお
よびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９８２）１５７：１０５
−１３２；およびＲＡＯＡＲアルゴリズム、Ｄｅｇｌｉ Ｅｓｐｏｓｔｉら、Ｅ
ｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９０）１９０：２０７−２１９が挙げられる
。

【００６２】 分泌性ポリぺプチドおよび膜結合性ポリぺプチドを同定する別の方法は、全部
で６フレームにおいて本発明のポリヌクレオチドを翻訳し、そして少なくとも８
個の連続する疎水性アミノ酸が存在するか否かを決定することである。少なくと
も８個の；より代表的には、１０個の；さらにより代表的には、１２個の連続す
る疎水性アミノ酸を有するこれらの翻訳されたポリぺプチドは、推定の分泌性ポ
リぺプチドまたは膜結合性ポリぺプチドのいずれかであることが考慮される。疎
水性アミノ酸としては、アラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイ
シン、リジン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、トレオニン、トリプ
トファン、チロシン、およびバリンが挙げられる。

【００６３】 （全長遺伝子の発現産物の機能の同定） リボザイム、アンチセンス構築物、および優性ネガティブ変異体が、本明細書
中で提供されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現産物の機能を決定する
ために使用され得る。これらの方法および組成物は特に、提供される新規なポリ
ヌクレオチドが公知の機能の遺伝子をコードする配列に有意なおよび実質的な相
同性を示さない場合、有用である。アンチセンス分子およびリボザイムは、合成
ポリヌクレオチドから構築され得る。代表的に、オリゴヌクレオチド合成のホス
ホルアミダイト法が使用される。Ｂｅａｕｃａｇｅら、Ｔｅｔ．Ｌｅｔｔ．（１
９８１）２２：１８５９および米国特許第４，６６８，７７７号を参照のこと。
合成のための自動化装置が、この化学薬品を使用してオリゴヌクレオチドを合成
するために利用可能である。このような装置の例としては、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂ
ｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ａ ｄｉｖｉｓｉｏｎ ｏｆ Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ
Ｃｏｒｐ．、Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，ＵＳＡによる
Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ ８６００．３９２および３９４型；ならびにＰｅｒｃｅｐ
ｔｉｖｅ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｒａｍｉｎｇｈａｍ、Ｍａｓｓａｃｈｕｓ
ｅｔｔｓ、ＵＳＡによるＥｘｐｅｄｉｔｅが挙げられる。合成ＲＮＡ、リン酸ア
ナログオリゴヌクレオチド、および化学的に誘導体化されたオリゴヌクレオチド
がまた生成され得、そして他の分子に共有結合的に付着され得る。ＲＮＡオリゴ
ヌクレオチドが、例えば、ＲＮＡホスホルアミダイトを使用して合成され得る。
この方法は、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、３９２および３９４型、
Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ＵＳＡのような自動化合成器
において行われ得る。

【００６４】 ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドもまた、アンチセンス構築のために合
成され得る。硫黄化試薬（例えば、アセトニトリル中のテトラエチルチウラム（
ｔｈｉｒａｕｍ）ジスルフィド（ＴＥＴＤ）が、室温で１５分間以内でヌクレオ
チド間のシアノエチル亜リン酸エステルをホスホロチオエートトリエステルに変
換するために使用され得る。ＴＥＴＤは、インドール試薬を置換えるが、標準的
なホスホルアミダイト化学に使用される他の試薬は同じままである。このような
合成法は、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｍｏｄｅｌ ３９
２およびＭｏｄｅｌ ３９４を使用して自動化され得る。

【００６５】 ２００ヌクレオチドまでの、より代表的に、１００ヌクレオチド、より代表的
に５０ヌクレオチド；さらにより代表的に３０〜４０ヌクレオチドのオリゴヌク
レオチドが合成され得る。これらの合成フラグメントは、より大きなフラグメン
トを構築するためにアニールされ得、そして一緒に連結され得る。例えば、Ｓａ
ｍｂｒｏｏｋら、前出を参照のこと。トランス切断化触媒ＲＮＡ（リボザイム）
は、エンドヌクレアーゼ活性を保有するＲＮＡ分子である。リボザイムは、特定
の標的に対して特異的に設計され、そして標的メッセージは特異的なヌクレオチ
ド配列を含まなければならない。これらは、細胞性ＲＮＡの背景において、任意
のＲＮＡ種を部位特異的に切断するように操作される。切断事象は、ｍＲＮＡを
不安定にし、そしてタンパク質発現を妨げる。重要なことに、リボザイムは、イ
ンビトロまたはインビボの状況における未知の機能を表現型効果を検出すること
によって決定する目的のため、未知の機能の遺伝子の発現を阻害するために使用
され得る。１つの一般に使用されるリボザイムモチーフはハンマーヘッドであり
、これについての基質配列要件は極わずかである。ハンマーヘッドリボザイムの
設計、ならびにリボザイムの治療学的使用は、Ｕｓｍａｎら、Ｃｕｒｒｅｎｔ
Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９６）６：５２７において開示され
る。リボザイム（ヘパリン構造のリボザイムフラグメントを含む）の生成のため
の方法、リボザイム特異性を増加する方法などは、当該分野において公知である
。

【００６６】 リボザイムのハイブリダイズ領域は、ＨｏｒｎおよびＵｒｄｅａ、Ｎｕｃｌｅ
ｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９８９）１７：６９５９において記載されるよ
うに改変され得るか、または分岐化構造として調製され得る。リボザイムの基本
的な構造はまた、当業者によく知られる方法において化学的に変化され得、そし
て化学的に合成されたリボザイムは、モノマー単位によって改変される合成オリ
ゴヌクレオチド誘導体として投与され得る。治療学的状況において、リボザイム
のリポソーム媒介性の送達は、Ｂｉｒｉｋｈら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ（
１９９７）２４５：１において記載されるように、細胞取込みを改善する。

【００６７】 アンチセンス核酸は、ＲＮＡに特異的に結合するように設計され、ＲＮＡ−Ｄ
ＮＡまたはＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッドの形成を生じ、ＤＮＡの複製、逆転写、
またはメッセンジャーＲＮＡの翻訳の停止を伴う。選択されたポリヌクレオチド
配列に基づくアンチセンスポリヌクレオチドは、対応する遺伝子の発現を妨げ得
る。アンチセンスポリヌクレオチドは代表的に、転写された鎖としてアンチセン
ス鎖を含むアンチセンス構築物からの発現によって細胞内に作製される。開示さ
れるポリヌクレオチドに基づくアンチセンスポリヌクレオチドは、アンチセンス
ポリヌクレオチドに相補的な配列を含むｍＲＮＡを結合し、および／またはその
翻訳を妨げる。コントロール細胞およびアンチセンス構築物で処理された細胞の
発現産物は、そのアンチセンス構築物が基づくポリヌクレオチドに対応する遺伝
子のタンパク質産物を検出するために比較される。このタンパク質は、慣用的な
生化学的方法を使用して単離され、そして同定される。

【００６８】 広範な背景文献およびアンチセンス治療における臨床学的経験を考慮して、当
業者は、さらなる潜在的な治療薬として本発明の選択されたポリヌクレオチドを
使用し得る。ポリヌクレオチドの選択は、癌性細胞のゲノムの「ホットスポット
」領域への結合について、先ずそれらを試験することによって狭められ得る。ポ
リヌクレオチドが「ホットスポット」に結合するとして同定される場合、対応す
る癌細胞においてポリヌクレオチドをアンチセンス化合物として試験することが
望まれる。

【００６９】 本明細書中に開示されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子の機能を同定する
ための代替の方法として、優性ネガティブな変異が、ホモマルチマーとして活性
である対応するタンパク質について容易に作製され得る。変異体ポリぺプチドは
、野生型ポリぺプチド（他方の対立遺伝子から作製される）と相互作用し、そし
て非機能的なマルチマーを形成する。従って、変異は、基質結合ドメイン、触媒
ドメイン、または細胞性局在化ドメインにおいてである。好ましくは、変異体ポ
リぺプチドは過剰産生され得る。このような効果を有する点変異が作製される。
さらに、タンパク質の末端に対して種々の長さの異なるポリぺプチドの機能は、
優性ネガティブな変異体を生じ得る。一般的なストラテジーが、優性ネガティブ
な変異体を作製するために利用可能である（例えば、Ｈｅｒｓｋｏｗｉｔｚ、Ｎ
ａｔｕｒｅ（１９８７）３２９：２１９を参照のこと）。このような技術は、タ
ンパク質の機能を決定するために有用である機能喪失の変異を作製するために使
用され得る。

【００７０】 （ポリぺプチドおよびそれらの改変体） 本発明のポリぺプチドは、開示されるポリヌクレオチド、および開示されるポ
リヌクレオチドに対して、遺伝子コードの縮重のために、配列において同一でな
い核酸によってコードされるポリぺプチドを含む。従って、本発明は、配列番号
１〜２７０７のいずれかの配列を有するポリヌクレオチドまたはその改変体によ
ってコードされるポリぺプチドを本発明の範囲内に含む。

【００７１】 一般に、本明細書中で使用されるように、用語「ポリぺプチド」は、示される
ポリヌクレオチドによってコードされる全長のポリぺプチド、示されるポリヌク
レオチドによって示される遺伝子によってコードされるポリぺプチドの両方、お
よびそれらの部分またはフラグメントをいう。「ポリぺプチド」はまた、天然に
存在するタンパク質の改変体を含み、ここではこのような改変体は、天然に存在
するタンパク質に相同であるかまたは実質的に類似し、そして天然に存在するタ
ンパク質と同じまたは異なる種（例えば、ヒト、マウス、または示されるポリぺ
プチドを天然に発現するいくつかの他の種、通常、哺乳動物種）の起源であり得
る。一般に、改変体ポリぺプチドは、上記のパラメーターを使用してＢＬＡＳＴ
２．０によって測定されるように、本発明の異なって発現されるポリぺプチド
と、少なくとも約８０％、通常少なくとも約９０％、およびより通常少なくとも
約９８％の配列同一性を有する配列を有する。改変体ポリぺプチドは、天然にグ
リコシル化されるか、または天然ではグリコシル化されない（すなわち、ポリぺ
プチドは、対応する天然に存在するタンパク質において見出されるグリコシル化
パターンとは異なるグリコシル化パターンを有する）。

【００７２】 本発明はまた、開示されたポリぺプチドのホモログ（またはそれらのフラグメ
ント）を含み、ここでこのホモログは、他の種（すなわち、他の動物または植物
種）から単離され、このようなホモログは通常、哺乳動物種（例えば、マウス、
ラットのようなげっ歯類：家畜（例えば、ウマ、ウシ、イヌ、ネコ）；およびヒ
トである。「ホモログ」によって、上述で同定されるように特定の特異的に発現
されるタンパク質に対して少なくとも約３５％、通常少なくとも約４０％、およ
びより通常少なくとも約６０％のアミノ酸配列同一性を有するポリぺプチドが意
味され、ここでは配列同一性は、前出に記載されるパラメーターを用いるＢＬＡ
ＳＴ ２．０アルゴリズムを使用して決定される。

【００７３】 一般に、本発明のポリぺプチドは、天然に存在しない環境において提供され、
例えば、それらの天然に存在する環境から分離されている。ある実施態様におい
て、本発明のタンパク質は、コントロールに比較してそのタンパク質について富
化された組成物中に存在する。それ自体、精製されたポリぺプチドが提供され、
ここでは精製されたとは、タンパク質が非示差的に発現されたポリぺプチドが実
質的にない組成物中に存在することが意味され、ここで「実質的にない」とは、
その組成物の９０％未満、通常６０％未満、およびより通常５０％未満が、非示
差的に発現されるポリぺプチドから構成されることを意味する。

【００７４】 また本発明の範囲内にあるのは、改変体であり；ポリぺプチドの改変体は、変
異体、フラグメント、および融合物を含む。変異体は、アミノ酸の置換、付加、
または欠失を含む。アミノ酸の置換は、保存的なアミノ酸の置換、または非必須
アミノ酸を排除するための（例えば、グリコシル化部位、リン酸化部位、もしく
はアセチル化部位を変化するため）、または機能について必須ではない１つ以上
のシステイン残基の置換または欠失によって誤った折畳みを最小にするための置
換であり得る。保存的なアミノ酸の置換は、全体的な電荷、疎水性／親水性、お
よび／または置換されるアミノ酸の立体的なバルクを保存する置換である。改変
体は、タンパク質の特定の領域（例えば、機能的ドメインおよび／または、ポリ
ぺプチドがタンパク質ファミリーのメンバーである場合、コンセンサス配列と関
連する領域）の増強された生物学的活性を、保持するかまたは有するように設計
され得る。改変体の生成についてのアミノ酸変化の選択は、アミノ酸の接近可能
性（内部対外部）（例えば、Ｇｏら、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｐｒｏｔｅ
ｉｎ Ｒｅｓ．（１９８０）１５：２１１を参照のこと）、改変体ポリぺプチド
の熱安定性（例えば、Ｑｕｅｒｏｌら、Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．（１９９６）９：２
６５を参照のこと）、所望のグリコシル化部位（例えば、ＯｌｓｅｎおよびＴｈ
ｏｍｓｅｎ、Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９１）１３７：５７９を
参照のこと）、所望のジスルフィド架橋（例えば、Ｃｌａｒｋｅら、Ｂｉｏｃｈ
ｅｍｉｓｔｒｙ（１９９３）３２：４３２２；およびＷａｋａｒｃｈｕｋら、Ｐ
ｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．（１９９４）７：１３７９を参照のこと）、所望の金属
結合部位（例えば、Ｔｏｍａら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９１）３０：
９７、およびＨａｅｚｅｒｂｒｏｕｃｋら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．（１９９
３）６：６４３）、ならびにプロリンループ内での所望の置換（例えば、Ｍａｓ
ｕｌら、Ａｐｐｌ．Ｅｎｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９４）６０：３５７９
）に基づき得る。システイン涸渇されたムテインは、米国特許第４，９５９，３
１４号において記載されるように生成され得る。

【００７５】 改変体はまた、本明細書中に開示されるポリぺプチドのフラグメント、特に生
物学的に活性なフラグメントおよび／または機能的ドメインに対応するフラグメ
ントを含む。目的のフラグメントは代表的に、少なくとも約１０アミノ酸長から
少なくとも約１５アミノ酸長、通常少なくとも約５０アミノ酸長であり、および
３００アミノ酸長またはそれよりも長くあり得るが、通常約１０００アミノ酸長
を超えず、ここではフラグメントは、任意の配列番号１〜２７０７の配列を有す
るポリヌクレオチドまたはそれらのホモログによってコードされるポリぺプチド
に同一であるアミノ酸のストレッチを有する。本明細書中に記載されるタンパク
質改変体は、本発明の範囲内であるポリヌクレオチドによってコードされる。遺
伝子コードは、対応する改変体を構築するために適切なコドンを選択するために
使用され得る。

【００７６】 （コンピュータに関連する実施態様） 一般に、ポリヌクレオチドのライブラリーは、配列情報の収集物であり、その
情報は、生化学的形態において（例えば、ポリヌクレオチド分子の収集物として
）、または電気形態において（例えば、コンピュータ読み取り可能な形態におい
て保存されているポリぺプチドヌクレオチド配列の収集物として、コンピュータ
システムにおけるとして、および／またはコンピュータプログラムの部分として
）のいずれかで提供される。ポリヌクレオチドの配列情報は、例えば、遺伝子発
見のための資源として、選択された細胞型において発現される配列の表示として
（例えば、細胞型のマーカー）、および／または所与の疾患もしくは疾患状態の
マーカーとして、多様な方法において使用され得る。一般に、疾患マーカーは、
正常な細胞（例えば、疾患によって実質的に影響されない同じまたは類似の型の
細胞）に比べて上昇されたまたは減少されたレベルのいずれかで、疾患によって
影響される全ての細胞に存在する遺伝子産物の表示である。例えば、ライブラリ
ーにおけるポリヌクレオチド配列は、ポリヌクレオチドによってコードされるｍ
ＲＮＡ、ポリぺプチド、または他の遺伝子産物を示すポリヌクレオチドであり得
、正常な（すなわち、実質的に疾患のない）乳房細胞に比べて、癌によって影響
される乳管細胞において過剰発現されるかまたは抑制発現されるかのいずれかで
ある。

【００７７】 ライブラリーのヌクレオチド配列情報は、任意の適切な形態（例えば、電気形
態または生化学的形態）において具現化され得る。例えば、電気形態において具
現化される配列情報のライブラリーは、例えば、ｉ）癌細胞と正常な細胞との間
で；ｉｉ）癌細胞と形成異常細胞との間で；ｉｉｉ）癌細胞と癌以外の疾患また
は状態によって影響される細胞との間で；ｉｖ）転移性の癌細胞と正常な細胞お
よび／もしくは非転移性の癌細胞との間で；ｖ）悪性癌細胞と非悪性の癌細胞（
もしくは正常な細胞）との間で、ならびに／またはｖｉ）正常な細胞に比較した
形成異常細胞で、示差的に発現される（例えば、過剰発現されるまたは抑制発現
される）遺伝子の代表的なヌクレオチド配列を含む、利用可能なコンピュータデ
ータファイルを含む（または生化学的形態において、核酸分子の収集物）。種々
の疾患または疾患の段階によって影響される細胞の他の組み合わせおよび比較は
、当業者に容易に明らかである。ライブラリーの生化学的実施態様は、ライブラ
リー中に遺伝子の配列を有する核酸の収集物を含み、ここでは核酸は、以下によ
り詳細に記載されるように、ライブラリー中の遺伝子全体またはそのフラグメン
トに対応し得る。

【００７８】 本発明のポリヌクレオチドライブラリーは、一般に、複数のポリヌクレオチド
配列の配列情報を含み、ここでは少なくとも１つのポリヌクレオチドは、配列番
号１〜２７０７の任意の配列を有する。複数によって、少なくとも２つ、通常少
なくとも３つが意味され、および配列番号１〜２７０７の全てまでを含み得る。
ライブラリー中のポリヌクレオチドの長さおよび数は、例えば、ライブラリーが
オリゴヌクレオチドアレイ、ｃＤＮＡアレイ、配列情報のコンピュータデータベ
ースなどであるかどうかで、ライブラリーの性質とともに変化する。

【００７９】 ライブラリーが電子ライブラリーである場合、核酸配列情報は、多様な媒体中
に存在し得る。「媒体」は、本発明の配列情報を含む、単離された核酸分子以外
の製造物をいう。このような製造物は、核酸中に存在のようには配列に直接適用
可能でない手段によって試験され得る形態においてゲノム配列またはそのサブセ
ットを提供する。例えば、本発明のヌクレオチド配列、例えば、配列番号１〜２
７０７のポリヌクレオチドのいずれかの核酸配列は、コンピュータ読み取り可能
な媒体、例えば、コンピュータによって直接的に読み取られおよびアクセスされ
得る任意の媒体に記録され得る。このような媒体としては：磁気保存媒体（例え
ば、フロッピーディスク、ハードディスク保存媒体、および磁気テープ）：光学
保存媒体（例えば、ＣＤ−ＲＯＭ）；電子保存媒体（例えば、ランダムアクセス
メモリ（ＲＡＭ）および読み出し専用メモリ（ＲＯＭ））；ならびにこれらのカ
テゴリーのハイブリッド（例えば、磁気／光学保存媒体）が挙げられるが、これ
らに制限されない。当業者は、現在公知の任意のコンピュータ読み取り可能など
のような媒体が本発明の配列情報の記録を含む製造物を作製するために使用され
得るかを容易に理解し得る。「記録される」とは、当該分野において公知である
ような任意の方法を使用して、コンピュータ読み取り可能な媒体に情報を保存す
るためのプロセスをいう。任意の便利なデータ保存構造が、保存されている情報
をアクセスするために使用される手段に基づいて選択され得る。多様なデータプ
ロセッサープログラムおよびフォーマットが、保存のために使用され得る（例え
ば、ワードプロセッシングテキストファイル、データベースフォーマットなど）
。配列情報に加えて、本発明のライブラリーの電子バージョンは、他のコンピュ
ータ読み取り可能な情報および／または他の型のコンピュータ読み取り可能なフ
ァイル（例えば、検索可能なファイル、実行可能なファイルなど、例えば、検索
プログラムソフトウェアなどを含むがこれに制限されない）と組合わせてまたは
それとともに提供され得る。

【００８０】 コンピュータ読み取り可能な形態においてヌクレオチド配列を提供することに
よって、情報は多様な目的のためにアクセスされ得る。配列情報をアクセスする
ためのコンピュータソフトウェアは、公的に利用可能である。例えば、ギャップ
化ＢＬＡＳＴ（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（
１９９７）２５：３３８９−３４０２）、およびＳｙｂａｓｅシステムにおける
ＢＬＡＺＥ（Ｂｒｕｔｌａｇら、Ｃｏｍｐ．Ｃｈｅｍ．（１９９３）１７：２０
３）検索アルゴリズムが、他の生物体からのオープンリーディングフレーム（Ｏ
ＲＦ）に対するホモログを含むゲノム内にＯＲＦを同定するために使用され得る
。

【００８１】 本明細書中で使用されるように、「コンピュータベースのシステム」は本発明
のヌクレオチド配列情報を分析するために使用されるハードウェア手段、ソフト
ウェア手段、およびデータ保存手段をいう。本発明のコンピュータベースのシス
テムの最小のハードウェアは、中央処理装置（ＣＰＵ）、入力手段、出力手段、
およびデータ保存手段を含む。当業者は、現在利用可能なコンピュータベースの
システムのいずれかが、本発明における使用のために適切であることを容易に理
解し得る。データ保存手段は、上記のような本発明の配列情報の記録を含む任意
の製造物、またはこのような製造物をアクセスし得るメモリアクセス手段を含み
得る。

【００８２】 「検索手段」とは、標的配列もしくは標的構造モチーフ、またはサンプル中の
ポリヌクレオチドの発現レベルを、保存されている配列情報と比較するための、
コンピュータベースのシステムにおいて実行される１つ以上のプログラムをいう
。検索手段は、特定の標的配列または標的モチーフを適合するゲノムのフラグメ
ントまたは領域を同定するために使用され得る。多様な公知のアルゴリズムが、
公的に公知であり、および市販されている（例えば、ＭａｃＰａｔｔｅｒｎ（Ｅ
ＭＢＬ）、ＢＬＡＳＴＮ、およびＢＬＡＳＴＸ（ＮＣＢＩ））。「標的配列」は
、任意のポリヌクレオチド、または６個以上の連続するヌクレオチドのアミノ酸
配列、または２つ以上のアミノ酸、好ましくは約１０〜１００個のアミノ酸、も
しくは約３０〜３００ヌクレオチドであり得る。多様な比較手段が、データー保
存手段との、サンプルからの配列情報の比較を達成するために（例えば、標的配
列、標的モチーフ、または相対的な発現レベルを分析するために）使用され得る
。当業者は、任意の公的に利用可能な相同性検索プログラムが、標的配列および
モチーフの比較を達成するために、本発明のコンピュータベースのシステムにつ
いての検索手段として使用され得ることを容易に認識し得る。サンプル中および
コントロール中の発現レベルを分析するためのコンピュータプログラムはまた、
当該分野において公知である。

【００８３】 「標的構造モチーフ」または「標的モチーフ」は、合理的に選択される配列ま
たは配列の任意の組合せをいい、ここで配列は、標的モチーフの折畳みの際に形
成される三次元高次構造に基づいて、もしくは調節部位もしくは活性部位のコン
センサス配列に基づいて選択される。多様な標的モチーフが当該分野にある。タ
ンパク質標的モチーフは、酵素活性部位およびシグナル配列を含むが、これらに
制限されない。核酸標的モチーフは、ヘパリン構造、プロモーター配列、および
転写因子についての結合部位のような他の発現エレメントを含むが、これらに制
限されない。

【００８４】 入力および出力手段についての多様な構造フォーマットが、本発明のコンピュ
ータベースのシステムにおいて情報を入力および出力するために使用され得る。
出力手段についての１つのフォーマットは、異なるポリヌクレオチドの相対的な
発現レベルを評価する。このような提示は、当業者に遺伝子発現プロフィールを
決定するための相対的な発現レベルの格付を提供する。

【００８５】 上述で考察されるように、本発明の「ライブラリー」はまた、配列番号１〜２
７０７のポリヌクレオチドの生化学的ライブラリー（例えば、提供されるポリヌ
クレオチドを表す核酸の収集物）を包含する。生化学的ライブラリーは、種々の
形態（例えば、ｃＤＮＡの溶液、固体支持体の表面と安定に会合されるプローブ
核酸のパターン（すなわち、アレイ）など）を採り得る。特に重要なのは、配列
番号１〜２７０７の１つ以上がアレイにおいて表される核酸アレイである。アレ
イによって、少なくとも１つの基板を、その表面の１つに少なくとも２つの異な
る核酸標的とともに有する製造物の物品が意味され、ここでは異なる核酸の数が
かなり高くあり得、代表的に少なくとも１０ヌクレオチド、通常少なくとも２０
ヌクレオチド、およびしばしば少なくとも２５ヌクレオチドであり得る。多様な
異なるアレイフォーマットが開発され、および当業者に公知である。本発明のア
レイは、多様な適用（上述で列挙される例示的な特許文献において開示されるよ
うな、遺伝子発現分析、薬物スクリーニング、変異分析などを含む）における使
用を見出す。

【００８６】 上述の核酸ライブラリーに加えて、ポリぺプチドのアナログライブラリーがま
た提供され、ここではライブラリーのポリぺプチドは、配列番号１〜２７０７に
よってコードされるポリぺプチドの少なくとも一部を表す。

【００８７】 （利用性：マッピングおよび組識プロフィール作成におけるポリヌクレオチド
プローブの使用） ポリヌクレオチドプローブは、一般に、配列表において示されるようなポリヌ
クレオチドの少なくとも１２の連続するヌクレオチドを含み、多様な目的（例え
ば、ポリヌクレオチドの染色体マッピング、および転写レベルの検出）ために使
用される。開示されるポリヌクレオチド配列の好ましい領域についてのさらなる
開示は、実施例において見出される。本明細書中に開示されるポリヌクレオチド
に特異的にハイブリダイズするプローブは、他の非関連の配列を用いて提供され
るバックグラウンドハイブリダイゼーションよりも少なくとも５、１０、または
２０倍高い検出シグナル伝達を提供するべきである。

【００８８】 発現レベルの検出。ヌクレオチドプローブが、提供されるポリヌクレオチドに
対応する遺伝子の発現を検出するために使用される。ノーザンブロットにおいて
、ｍＲＮＡは、電気泳動的に分離され、そしてプローブと接触される。プローブ
は特定の大きさのｍＲＮＡ種にハイブリダイズするのとして検出される。ハイブ
リダイゼーションの量は、例えば、特定の条件下での発現の相対的な量を検出す
るために定量される。プローブは、発現を検出するために、細胞へのインサイチ
ュハイブリダイゼーションに使用される。プローブはまた、ハイブリダイズする
配列の診断的検出のために、インビボで使用され得る。プローブは代表的に、放
射性同位体で標識される。検出可能な標識の他の型が使用され得る（例えば、発
色団、蛍光体、および酵素）。核酸ハイブリダイゼーションアッセイの他の例は
、ＷＯ９２／０２５２６および米国特許第５，１２４，２４６号において記載さ
れる。

【００８９】 あるいは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）は、小量の標的核酸を検出するた
めの別の手段である（例えば、Ｍｕｌｌｉｓら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（
１９８７）１５５：３３５；米国特許第４，６８３，１９５号；および米国特許
第４，６８３，２０２号を参照のこと）。標的核酸とハイブリダイズする２つの
プライマーポリヌクレオチドが、反応を開始するために使用される。プライマー
は、配列表のポリヌクレオチド内の、またはそれに対して３'および５'の配列か
ら構成され得る。あるいは、プライマーが、これらのポリヌクレオチドに対して
３'および５'である場合、これらは、ポリヌクレオチドまたは相補体にハイブリ
ダイズする必要はない。熱安定性ポリメラーゼでの標的の増幅後、増幅された標
的核酸は、当該分野において公知の方法（例えば、サザンブロット）によって検
出され得る。ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡはまた、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、「Ｍｏｌｅ
ｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ」（Ｎ
ｅｗ Ｙｏｒｋ Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒ
ｙ、１９８９）において記載される伝統的なブロッティング技術（例えば、サザ
ンブロット、ノーザンブロットなど）（例えば、ＰＣＲ増幅を伴わない）によっ
て検出され得る。一般に、ｍＲＮＡ、またはポリメラーゼ酵素を使用してｍＲＮ
Ａから作製されるｃＤＮＡは、ゲル電気泳動を使用して精製および分離され得、
そしてニトロセルロースのような固体支持体に移される。固体支持体は、標識化
プローブに曝露され、洗浄して任意の未ハイブリダイズのプローブを除去され、
そして標識化プローブを含む２重鎖が検出される。

【００９０】 （マッピング） 本発明のポリヌクレオチドは、対応する遺伝子が存在する染
色体を同定するために使用され得る。このようなマッピングは、公知の機能を有
する他の遺伝子へのその近位性により、ポリヌクレオチド関連性遺伝子の機能を
同定するにおいて有用であり得る。機能はまた、特定の症候群または疾患が同じ
染色体上にマップされる場合、そのポリヌクレオチド関連性遺伝子に割り当てら
れ得る。例えば、核酸配列異常の同定および定量におけるポリヌクレオチドプロ
ーブの使用は、米国特許第５，７８３，３８７号において記載される。例示的な
マッピング法は、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）であり
、これは相対的なコピー数のＤＮＡにおける変化の全体的なゲノム評価を可能に
するための、比較のゲノムハイブリダイゼーションを容易にする（例えば、Ｖａ
ｌｄｅｓら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（１
９９７）６８：１を参照のこと）。ポリヌクレオチドはまた、例えば、放射ハイ
ブリッドまたは染色体特異的ハイブリッドパネルを使用して、特定の染色体にマ
ッピングされ得る。Ｌｅａｃｈら、Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ
（１９９５）３３：６３−９９；Ｗａｌｔｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉ
ｃｓ（１９９４）７：２２；ＷａｌｔｅｒおよびＧｏｏｄｆｅｌｌｏｗ、Ｔｒｅ
ｎｄｓ ｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（１９９２）９：３５２を参照のこと。放射ハ
イブリッドマッピングについてのパネルは、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｇｅｎｅｔｉｃ
ｓ、Ｉｎｃ．、Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ、Ａｌａｂａｍａ、ＵＳＡから入手可能で
ある。種々のパネルを使用するマーカーのデータベースは、ｈｔｔｐ：／Ｆ／ｓ
ｈｇｃ−ｗｗｗ．ｓｔａｎｆｏｒｄ．ｅｄｕ．；およびｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ−
ｇｅｎｏｍｅ．ｗｉ．ｍｉｔ．ｅｄｕ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｃｏｎｔｉｇ／ｒｈｍ
ａｐｐｅｒ．ｐｌにてインターネットを介して利用可能である。統計学的プログ
ラムＲＨＭＡＰは、ある順序に対する別の順序の相対的な尤度の測定とともに、
放射ハイブリダイゼーションからのデータに基づいてマップを構築するために使
用され得る。ＲＨＭＡＰは、ｈｔｔｐ／／ｗｗｗ．ｓｐｈ．ｕｍｉｃｈ．ｅｄｕ
／ｇｒｏｕｐ／ｓｔａｔｇｅｎ／ｓｏｆｔｗａｒｅにてインターネットを介して
入手可能である。さらに、癌のような疾患と一般に関連する染色体の領域を同定
するための市販のプログラムが利用可能である。

【００９１】 （組識タイピングまたはプロフィーリング） 提供されたポリヌクレオチドに
対応する特異的なｍＲＮＡの発現は、異なる細胞型において変化し得、そして組
識特異的であり得る。異なる細胞型におけるｍＲＮＡレベルのこの変化は、組識
型を決定するための核酸プローブアッセイを用いて活用され得る。例えば、配列
表において列挙されるポリヌクレオチドに実質的に同一のまたは相補的な核酸プ
ローブを利用する、ＰＣＲ、分岐化ＤＮＡプローブアッセイ、またはブロッティ
ング技術は、対応するｃＤＮＡまたはｍＲＮＡの存在または不在を決定し得る。

【００９２】 組識タイピングは、転移性病変の発生的な器官または組識供給源を、その器官
または組識の特定のマーカーの発現を同定することによって、同定するために使
用される。ポリヌクレオチドが特異的な組識型においてのみ発現される場合、お
よび転移性病変がそのポリヌクレオチドを発現することが見出される場合、病変
の発生的な供給源が同定された。特定のポリヌクレオチドの発現は、対応するｍ
ＲＮＡまたはタンパク質産物のいずれかの検出によってアッセイされ得る。任意
の法医学科学者に容易に明らかであるように、本明細書中に開示される配列は、
非ヒト組識からヒト組識を区別するにおいて有用である。特に、これらの配列は
、例えば、鳥類、爬虫類、および両生類の組識からヒト組識を区別するために有
用である。

【００９３】 （多型の使用） 本発明のポリヌクレオチドは、法医学的分析、遺伝子分析、
マッピング、および診断的適用において使用され得、ここでは遺伝子の対応する
領域は、ヒト集団における多型である。遺伝子における多型を検出するための任
意の手段が使用され得、タンパク質多型改変体の電気泳動、制限酵素切断に対す
る示差的な感受性、および対立遺伝子特異的プローブへのハイブリダイゼーショ
ンが挙げられるが、これらに制限されない。

【００９４】 （抗体産生） 本発明のポリヌクレオチド、および対応するｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、または完全
な遺伝子の発現産物が調製され、そして実験的な、診断的な、および治療学的な
目的のために抗体を惹起するために使用され得る。対応する遺伝子が割り当てら
れていないポリヌクレオチドについて、これは対応する遺伝子を同定するための
さらなる方法を提供する。ポリヌクレオチドまたは関連のｃＤＮＡは上記のよう
に発現され、そして抗体が調製される。これらの抗体は、ポリヌクレオチドによ
ってコードされるポリぺプチド上のエピトープに特異的であり、そして細胞もし
くは組識調製物において、またはインビトロ発現系の無細胞抽出物において、対
応するネイティブなタンパク質を沈澱し得るか、またはこれに結合し得る。

【００９５】 選択された抗原に特異的に結合する抗体の産生のための方法は、当該分野にお
いて周知である。抗体を惹起するための免疫原は、本発明のポリヌクレオチドに
よってコードされるポリぺプチドをアジュバントともに混合することによって、
および／またはより大きな免疫原性タンパク質との融合タンパク質を作製するこ
とによって調製され得る。ポリぺプチドはまた、他のより大きな免疫原性タンパ
ク質（例えば、キーホールリンペットヘモシアニン）に共有結合的に連結され得
る。免疫原は典型的に、抗体を生成するために、皮内、皮下、または筋肉内で、
実験動物（例えば、ウサギ、ヒツジ、およびマウス）に投与される。モノクロー
ナル抗体は、脾細胞を単離し、骨髄腫細胞を融合してハイブリドーマを形成する
ことによって作製され得る。あるいは、選択されたポリヌクレオチドが、例えば
、筋肉内注射によって直接的に投与され、そしてインビボで発現される。発現さ
れるタンパク質は、種々のタンパク質特異的免疫応答（抗体の産生を含む）を生
成し、これは、タンパク質の投与に匹敵する。

【００９６】 選択されたポリヌクレオチドによってコードされるポリぺプチドに特異的なポ
リクローナル抗体およびモノクローナル抗体の調製は、当該分野において公知の
標準的な方法を使用して作製される。抗体は、配列表において開示されるポリヌ
クレオチドによってコードされるポリぺプチドに存在するエピトープに特異的に
結合する。典型的に、少なくとも６、８、１０、または１２の連続するアミノ酸
がエピトープを形成するために必要とされる。連続しないアミノ酸を含むエピト
ープは、より長いポリぺプチド（例えば、少なくとも１５、２５、または５０ア
ミノ酸）を必要とし得る。提供されるポリぺプチドによってコードされるヒトポ
リぺプチドに特異的に結合する抗体は、ウェスタンブロットまたは他の免疫化学
的アッセイにおいて使用される場合、他のタンパク質を用いて提供される検出シ
グナルよりも少なくとも５、１０、または２０倍高い検出シグナルを提供するべ
きである。好ましくは、本発明のポリぺプチドに特異的な抗体は、免疫化学アッ
セイにおいて、検出可能なレベルで他のタンパク質に結合せず、そして特定のポ
リぺプチドを溶液から免疫沈降し得る。

【００９７】 本発明はまた、本発明のポリぺプチドに特異的な天然に存在する抗体を意図す
る。例えば、ヒト集団中の本発明のポリぺプチドに対する血清抗体は、当該分野
において周知の方法によって、例えば、対応する選択されるポリぺプチドまたは
融合タンパク質が結合されるカラムに抗血清を通すことによって、精製され得る
。次いで結合された抗体は、例えば、高塩濃度を有する緩衝液を使用して、カラ
ムから溶出され得る。

【００９８】 上述で考察される抗体に加えて、本発明はまた、当該分野において周知の方法
に従う、遺伝子操作された抗体、抗体誘導体（例えば、単鎖抗体、抗体フラグメ
ント（例えば、Ｆａｂなど））を意図する。

【００９９】 （診断のためのポリヌクレオチドまたはアレイ） ポリヌクレオチドアレイは、サンプル中の非常に多くのポリヌクレオチド配列
をアッセイし得る高処理量の技術を提供する。この技術は、診断として、および
示差的発現を試験するための道具として、例えば、コードされるタンパク質の機
能を検出するために使用され得る。アレイは、結合されるプローブを有する二次
元マトリクスまたはアレイにおいて、基材（例えば、ガラス、ニトロセルロース
など）上にポリヌクレオチドプローブをスポットすることによって作製され得る
。プローブは、共有結合によって、または非特異的な相互作用（例えば、疎水性
相互作用）によってのいずれかで基材に結合され得る。ポリヌクレオチドのサン
プルは、検出可能に標識され（例えば、放射性標識または蛍光標識を使用する）
、次いでプローブにハイブリダイズされる。２本鎖化ポリヌクレオチドは、プロ
ーブポリヌクレオチドに結合される標識されたサンプルポリヌクレオチドを含み
、一旦、サンプルの未結合の部分が洗浄して除かれると検出され得る。アレイを
構築するための技術、およびこれらのアレイを使用する方法は、ＥＰ７９９，８
９７；ＷＯ９７／２９２１２；ＷＯ９７／２７３１７；ＥＰ７８５，２８０；Ｗ
Ｏ９７／０２３５７：米国特許第５，５９３，８３９号；米国特許第５，５７８
，８３２号；ＥＰ７２８，５２０；米国特許第５，５９９，６９５号；ＥＰ７２
１ ０１６；米国特許第５，５５６，７５２号；ＷＯ９５／２２０５８；および
米国特許第５，６３１，７３４号において記載される。アレイは、例えば、遺伝
子の示差的発現を試験するために使用され得、そして遺伝子機能を決定するため
に使用され得る。例えば、アレイは、試験細胞とコントロール細胞との（例えば
、癌細胞と正常な細胞との）間のポリヌクレオチドの示差的発現を検出するため
に使用され得る。例えば、癌細胞における特定のメッセージの高い発現は、対応
する正常な細胞において観察されず、癌特異的遺伝子産物を示し得る。アレイの
例示的な使用はさらに、例えば、Ｐａｐｐａｌａｒａｄｏら、Ｓｅｍ．Ｒａｄｉ
ａｔｉｏｎ Ｏｎｃｏｌ．（１９９８）８：２１７；およびＲａｍｓａｙ Ｎａ
ｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（１９９８）１６：４０において記載される
。

【０１００】 （診断における特異的な発現） 本発明のポリヌクレオチドはまた、例えば、ヒトにおける異常なまたは罹患し
た組識を同定するための方法として、２つの細胞間の発現レベルにおける差異を
検出するために使用され得る。タンパク質ファミリーのプロフィールに対応する
ポリヌクレオチドについて、組識の選択は、推定の生化学的機能に従って選択さ
れ得る。一般に、特異的なポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現は、ヒトの
、罹患したことが疑われる第１の組識と、第２の正常な組識との間で比較される
。異常であることまたは罹患したことが疑われる組識は、ヒトの異なる組識型に
由来し得るが、好ましくはこれは、同じ組識型に由来し；例えば、腸ポリープま
たは他の異常な増殖は、正常な腸組識と比較されるべきである。正常な組識は、
試験サンプルの組識と同じ組識、または患者の任意の正常な組識、特に目的のポ
リヌクレオチド関連性遺伝子を発現する組識（例えば、脳、胸腺、精巣、心臓、
前立腺、胎盤、脾臓、小腸、骨格筋、膵臓、および結腸の粘膜内層）であり得る
。例えば、分子量、アミノ酸もしくはヌクレオチド配列、または相対的量におい
て比較される２つの組識におけるポリヌクレオチド関連性遺伝子、ｍＲＮＡ、ま
たはタンパク質の間の差異は、罹患したことが疑われるヒトの組識における、遺
伝子、または遺伝子を調節する遺伝子の変化を示す。示差的発現の検出または癌
の診断におけるその使用の例は、米国特許第５，６８８，６４１号および同第５
，６７７，１２５号において記載される。

【０１０１】 ヒトにおける疾患に対する遺伝的素因はまた、胎児組識における本発明のポリ
ヌクレオチドに対応するｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルと、正常な胎児
組識における関連するレベルとを比較することによって検出され得る。この目的
のために使用される胎児組識としては、羊水、絨毛、血液、およびインビトロで
受精された胚の割球が挙げられるが、これらに制限されない。匹敵する正常なポ
リヌクレオチド関連性の遺伝子は、任意の組識から得られる。ｍＲＮＡまたはタ
ンパク質は、ポリヌクレオチド関連性遺伝子が発現されるヒトの正常な組識から
得られる。胎児ポリヌクレオチド関連性遺伝子もしくはｍＲＮＡの同じ産物のヌ
クレオチド配列または大きさにおける変化、または分子量、アミノ酸配列、もし
くは胎児タンパク質の相対的な量における変化のような差異は、胎児のポリヌク
レオチド関連性遺伝子における生殖系列の変異を示し、これは、疾患に対する遺
伝的素因を示す。一般に、示差的発現に基づく本発明の診断、予後、および他の
方法は、疾患（例えば、乳癌、肺癌、結腸癌、および／またはその転移形態）を
有することが疑われる、または疾患に罹患しやすい患者から得られる試験サンプ
ル中の、遺伝子産物、特に示差的に発現される遺伝子産物のレベルまたは量の検
出、ならびに正常な細胞（例えば、癌に実質的に罹患していない細胞）および／
または他のコントロール細胞において見出されるそれらのレベルと検出されたレ
ベルとの比較（例えば、異形成に罹患した細胞から癌細胞を区別するために）を
包含する。さらに、疾患の重篤度は、示差的に発現される遺伝子産物の検出され
るレベルと、疾患の種々の程度の重篤度と関連する示差的な遺伝子産物のレベル
を示すサンプル中で検出されるレベルとを比較することによって評価され得る。
本明細書中での用語「診断」の使用は、「予後の」あるいは「予後」を排除する
ことを必ずしも意味せず、むしろ便宜のために使用される。

【０１０２】 用語「示差的に発現される遺伝子」は一般に、遺伝子産物（例えば、ポリぺプ
チド）をコードするオープンリーディングフレーム、ならびに／またはこのよう
な遺伝子のイントロン、および発現の調節に関与する隣接の５'および３'非コー
ドヌクレオチド配列（コード領域を超えて約２０ｋｂまでであるがいずれかの方
向において潜在的にそれ以上）を含み得るポリヌクレオチドを包含することが、
意図される。遺伝子は、染色体外での維持のために、または宿主ゲノムへの組み
込みのために、適切なベクターに導入され得る。一般に、少なくとも約２５％、
通常少なくとも約５０％〜７０％、より通常約９０％以上の発現レベルにおける
減少と関連する発現レベルにおける差異は、示差的に発現される目的の遺伝子（
すなわち、コントロールサンプルと比較して試験サンプル中で不十分に発現され
るかまたはダウンレギュレートされる遺伝子）を示す。さらに、コントロールサ
ンプルと比較して、少なくとも約２５％、通常少なくとも約５０％〜７５％、よ
り通常少なくとも約９０％の、発現の増加と関連する発現レベルの差異は、少な
くとも約１と１／２倍、通常少なくとも２倍〜約１０倍であり得、そして約１０
０倍〜約１０００倍の増加であり得、このことは、示差的に発現される目的の遺
伝子（すなわち、過剰発現されるまたはアップレギュレートされる遺伝子）の指
標である。

【０１０３】 本明細書中で使用されるように「示差的に発現されるポリヌクレオチド」は、
示差的に発現される遺伝子を示す配列を含む核酸分子（ＲＮＡまたはＤＮＡ）を
意味し、例えば示差的に発現されるポリヌクレオチドは、サンプル中の示差的に
発現されるポリヌクレオチドの検出が、サンプル中の示差的に発現される遺伝子
の存在と相関されるように、示差的に発現される遺伝子を独特に同定する配列（
例えば、遺伝子産物をコードするオープンリーディングフレーム）を含む。「示
差的に発現されるポリヌクレオチド」はまた、開示されるポリヌクレオチドのフ
ラグメント（例えば、生物学的活性を保持するフラグメント）、および開示され
るポリヌクレオチドに相同な、実質的に類似の、または実質的に同一の（例えば
、約９０％の配列同一性を有する）核酸を包含することが意味される。

【０１０４】 本明細書中で使用されるように「診断」は、一般に、疾患または障害に対する
患者の罹患しやすさの決定、被験体が疾患または障害に現在罹患しているか否か
に関する決定、および疾患または障害に罹患した被験体の予後に関する決定（例
えば、転移前のもしくは転移性の癌の状態、癌の段階、または治療に対する癌の
応答性の同定）を含む。本発明は特に、乳癌（例えば、癌腫インサイチュ（例え
ば、乳管癌腫インサイチュ）、エストロゲンレセプター（ＥＲ）−ポジティブ乳
癌、ＥＲ−ネガティブ乳癌、または乳癌の他の形態および／または段階）、肺癌
（小細胞癌腫、非小細胞癌腫、中皮腫、および肺癌の他の形態および／または段
階）、ならびに結腸癌（例えば、腺腫性ポリープ、結腸直腸癌腫、および結腸癌
の他の形態および／または段階）の状況における被験体の診断を含む。

【０１０５】 本明細書を通じて使用されるように「サンプル」または「生化学的サンプル」
は一般に、生物学的液体または組識のサンプル、特に組識から、特に診断適用が
設計される疾患（例えば、腺管性腺癌（ｄｕｃｔａｌ ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎ
ｏｍａ））と関連する細胞の型から得られるサンプルなどをいうことを意味する
。「サンプル」はまた、このようなサンプルの誘導体および画分（例えば、細胞
溶解物）を含むことが意味される。サンプルが固形組識である場合、組識の細胞
が解離され得るか、または組識切片が分析され得る。

【０１０６】 診断または予後において有用な本発明の方法は典型的に、遺伝子産物の発現に
おける任意の相対的な差異を決定するための、目的のサンプル中の選択される示
差的に発現される遺伝子産物の量と、コントロールのその量との比較を包含し、
ここでは差異は、定性的におよび／または定量的に測定され得る。定量は、例え
ば、サンプル中に検出される発現産物のレベルと、標準曲線に存在する産物の量
とを比較することによって達成され得る。比較は；コンピューター処理の補助を
伴うかまたは伴わないデンシトメトリーのような技術を使用することによって；
試験サンプルから単離されたｍＲＮＡのｃＤＮＡクローンの代表的なライブラリ
ーを調製し、ライブラリー中のクローンを配列決定して同じ遺伝子産物に対応す
るｃＤＮＡクローンの数を決定し、そしてコントロールサンプル中の同じ遺伝子
産物のクローンの数に対して、同じ遺伝子産物に対応するクローンの数を分析す
ることによって；またはアレイを使用して、選択された配列もしくは配列のセッ
トへのハイブリダイゼーションの相対的なレベルを検出し、そしてハイブリダイ
ゼーションパターンをコントロールのハイブリダイゼーションパターンと比較す
ることによって、視覚的になされ得る。次いで、発現における差異は、異常な発
現パターンの存在または不在と相関される。サンプル中の核酸の量を決定するた
めの種々の異なる方法は、当業者に公知である（例えば、ＷＯ９７／２７３１７
を参照のこと）。一般に、本発明の診断アッセイは、配列番号１〜２７０７の配
列に対応するポリヌクレオチド配列（例えば、ｍＲＮＡ、またはポリぺプチド）
の遺伝子産物の検出を包含する。サンプルが得られる患者は、明らかに健常であ
り得るか、疾患（例えば、家族病歴または特定の環境因子への曝露によって決定
される）に罹患しやすくあり得るか、または本発明の遺伝子産物の変化された発
現と関連する状態を有するとして既に同定されてい得る。

【０１０７】 診断は、配列番号１〜２７０７において記載される配列を有する、少なくとも
１つの、好ましくは少なくとも２つ以上の、少なくとも３つ以上の、または少な
くとも４つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる遺伝子産物の検出され
る遺伝子産物の発現レベルに基づいて決定され得、そして配列番号１〜２７０７
の全て、ならびに／またはさらなる診断マーカーおよび／もしくは参照配列とし
て作用し得るさらなる配列に対応する遺伝子の発現の検出を包含し得る。診断方
法が、癌の存在または癌に対する患者の罹患しやすさを検出するために設計され
る場合、アッセイは好ましくは、癌において示差的に発現されるポリヌクレオチ
ドに対応する遺伝子によってコードされる遺伝子産物の検出を包含する。このよ
うな示差的に発現されるポリヌクレオチドの例は、以下の実施例において記載さ
れる。提供されるポリヌクレオチドおよび本明細書中に提供されるそれらの相対
的な発現レベルに関する情報を考慮すれば、診断および予後において、このよう
なポリヌクレオチドおよびそれらの発現レベルの検出を使用するアッセイは、当
業者に容易に明らかである。

【０１０８】 任意の種々の検出可能なレベルは、本発明の診断方法の種々の実施態様と関連
して使用され得る。適切な選択可能な標識としては、蛍光色素（例えば、フルオ
レセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、ローダミン、テキサスレッド、フィ
コエリトリン、アロフィコシアニン、６−カルボキシフルオロセイン（６−ＦＡ
Ｍ）、２'，７'−ジメトキシ−４'，５'−ジクロロ−６−カルボキシフルオロセ
イン、６−カルボキシ−Ｘ−ローダミン（ＲＯＸ）、６−カルボキシ−２'，４'
，７'，４，７−ヘキサクロロフルオロセイン（ＨＥＸ）、５−カルボキシフル
オロセイン（５−ＦＡＭ）、またはＮ，Ｎ，Ｎ'，Ｎ'，−テトラメチル−６−カ
ルボキシローダミン（ＴＡＭＲＡ））、放射性標識（例えば、³²Ｐ、³⁵Ｓ、³Ｈ
など）などが挙げられる。検出可能な標識は、２段階系（例えば、ビオチン−ア
ビジン、ハプテン−抗ハプテン抗体など）を含み得る。

【０１０９】 本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドに特異的な試薬（例えば、抗体
およびヌクレオチドプローブ）は、生物学的サンプル中の発現産物の存在を検出
するためのキットにおいて供給され得る。キットはまた、緩衝液または標識化成
分、および生物学的サンプル中の発現産物を検出および定量するための試薬を使
用するための説明書を含み得る。本発明の診断方法の例示的な実施態様は、以下
により詳細に記載される。

【０１１０】 （診断におけるポリぺプチド検出） １つの実施態様において、試験サンプル
は、示差的に発現されるポリぺプチドのレベルについてアッセイされる。診断は
、試験サンプル中の示差的に発現されるポリぺプチドの不在もしくは存在、また
は変化した量を測定するための任意の多くの方法を使用して達成され得る。例え
ば、検出は、標識化抗体での細胞または組識学的切片の染色を利用し得、従来の
方法に従って行われ得る。細胞は、細胞質分子を染色するために透過性にされ得
る。一般に、本発明の示差的に発現されるポリぺプチドを特異的に結合する抗体
がサンプルに添加され、そしてエピトープへの結合を可能にするのに十分な期間
、通常少なくとも約１０分間、インキュベートされる。抗体は、直接的な検出の
ために検出可能に標識され得るか（例えば、放射性同位体、酵素、蛍光体、化学
発光体などを使用する）、または結合を検出するための第２段階の抗体または試
薬と共同して使用され得る（例えば、ビオチンと西洋ワサビペルオキシダーゼ結
合アビジン、蛍光化合物（例えば、フルオレセイン、ローダミン、テキサスレッ
ドなど）に結合体化した二次抗体）。抗体結合の不在または存在は、種々の方法
によって決定され得、解離された細胞のフローサイトメトリー、検鏡、ラジオグ
ラフィー、シンチレーションカウンティングなどが挙げられる。示差的に発現さ
れるポリぺプチドのレベルまたは量の定性的または定量的な検出の任意の適切な
代替の方法が、使用され得る（例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット、免疫
沈降、ラジオイムノアッセイなど）。

【０１１１】 （ｍＲＮＡ検出） 本発明の診断方法はまた、もしくはあるいは、本発明の示
差的に発現されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子によってコードされるｍＲ
ＮＡの検出を包含する。特異的なｍＲＮＡを検出するための当該分野において公
知の任意の適切な定性的または定量的な方法が、使用され得る。ｍＲＮＡは、例
えば、組識切片におけるインサイチュハイブリダイゼーションによって、逆転写
酵素ＰＣＲによって、またはポリＡ＋ｍＲＮＡを含むノーザンブロットにおいて
、検出され得る。当業者は容易に、２つのサンプル間のｍＲＮＡ転写物の大きさ
または量における差異を検出するために、これらの方法を使用し得る。サンプル
中のｍＲＮＡ発現レベルは、サンプルからの発現される配列タグ（ＥＳＴ）のラ
イブラリーの作製によって決定され得、ここではＥＳＴライブラリーは、サンプ
ル中に存在する配列の代表である（Ａｄａｍｓら（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ
２５２：１６５１）。ライブラリー内のＥＳＴの相対的な表示の列挙は、開始サ
ンプル内の遺伝子転写物の相対的な表示を近似するために使用され得る。次いで
、試験サンプルのＥＳＴ分析の結果は、参照サンプルのＥＳＴ分析と比較されて
、選択されるポリヌクレオチド、特に本明細書中に記載される１つ以上の示差的
に発現される遺伝子に対応するポリヌクレオチドの相対的な発現レベルを決定し
得る。あるいは、試験サンプル中の遺伝子発現は、遺伝子発現の連続分析（ＳＡ
ＧＥ）方法論（例えば、Ｖｅｌｃｕｌｅｓｃｕら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９５）
２７０：４８４）またはディファレンシャルディスプレイ（ＤＤ）方法論（例え
ば、米国特許第５，７７６，６８３号；および米国特許第５，８０７，６８０号
を参照のこと）を使用して行われ得る。

【０１１２】 あるいは、遺伝子発現は、ハイブリダイゼーション分析を使用して分析され得
る。オリゴヌクレオチドまたはｃＤＮＡは、特異的な配列組成のＤＮＡまたはＲ
ＮＡ、および定性的または定量的に決定された公知の捕獲配列にハイブリダイズ
するＲＮＡまたはｃＤＮＡの量を選択的に同定または捕獲するために、サンプル
中の細胞性メッセージのプール内の特定のメッセージの相対的な表示についての
情報を提供するために、使用され得る。ハイブリダイゼーション分析は、例えば
、高密度形式を有するアレイベースの技術（濾過、顕微鏡スライド、もしくはマ
イクロチップを含む）、または分光学的分析（例えば、質量分析）を用いる溶液
ベースの技術を使用することによって、数百〜数千の遺伝子の相対的な発現の同
時のスクリーニングを可能にするように設計され得る。本発明の診断方法におけ
るアレイの１つの例示的な使用は、以下により詳細に記載される。

【０１１３】 （診断適用における単一遺伝子の使用） 本発明の診断方法は、単一の差次的
に発現される遺伝子の発現に集中し得る。例えば、診断方法は、差次的に発現さ
れる遺伝子、または疾患と関連したこのような遺伝子の多型（例えば、コード領
域または制御領域における多型）を検出する工程を包含し得る。疾患関連性の多
型は、遺伝子の欠失または短縮、発現レベルを変化するおよび／またはコードさ
れるタンパク質の活性を影響するなどの変異を含み得る。

【０１１４】 多くの方法が、特異的な配列（例えば、疾患関連性の多型）の存在について核
酸を分析するために利用可能である。大量のＤＮＡが利用可能である場合、ゲノ
ムＤＮＡが直接的に使用される。あるいは、目的の領域は、適切なベクターにク
ローン化され、そして分析のために十分な量で増殖される。差次的に発現される
遺伝子を発現する細胞は、ｍＲＮＡの供給源として使用され得、これは直接的に
アッセイされ得るか、分析のためにｃＤＮＡに逆転写され得る。核酸は、分析の
ために十分な量を提供するために、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）のような従
来の技術によって増幅され得、そして検出可能な標識が、検出を容易にするため
に増幅反応において含められ得る（例えば、検出可能に標識されるプライマーま
たは検出可能に標識されるオリゴヌクレオチドを使用する）。あるいは、多型を
検出する手段としてオリゴヌクレオチドライゲーションを利用する種々の方法が
また、当該分野において公知である。例えば、Ｒｉｌｅｙら、Ｎｕｃｌ． Ａｃ
ｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９０）１８：２８８７；およびＤｅｌａｈｕｎｔｙら、
Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．（１９９６）５８：１２３９を参照のこと。

【０１１５】 増幅されたまたはクローン化されたサンプル核酸は、当該分野において公知の
多くの方法のうちの１つによって分析され得る。核酸は、ダイデオキシ法または
他の方法によって配列決定され得、塩基の配列は、選択される配列に、例えば、
野生型配列と比較され得る。多型配列または改変体配列でのハイブリダイゼーシ
ョンはまた、サンプル中のその存在を決定するために使用され得る（例えば、サ
ザンブロット、ドットブロットなどによる）。米国特許第５，４４５，９３４号
において、またはＷＯ９５／３５５０５において記載されるように、固体支持体
に固定化されるオリゴヌクレオチドプローブのアレイに対する、多型配列または
改変体配列、およびコントロール配列のハイブリダイゼーションパターンはまた
、疾患と関連する多型配列または改変体配列を同定する手段として使用され得る
。ゲルマトリクスにおける１本鎖高次構造多型（ｓｉｎｇｌｅ ｓｔｒａｎｄ
ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）（ＳＳＣＰ）分析
、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、およびヘテロ２本鎖分析は、電気泳動易
動度における変化としてＤＮＡ配列の変化によって作製される高次構造変化を検
出するために使用される。あるいは、多型が制限エンドヌクレアーゼについての
認識部位を作製または破壊する場合、サンプルは、エンドヌクレアーゼで消化さ
れ、そして産物の大きさが、フラグメントが消化されたか否かを決定するために
分画される。分画は、ゲル電気泳動またはキャピラリー電気泳動、特にアクリル
アミドゲルまたはアガロースゲルによって、行われる。

【０１１６】 遺伝子における変異についてのスクリーニングは、タンパク質の機能的なまた
は抗原性特性に基づき得る。タンパク質短縮アッセイは、タンパク質の生物学的
活性に影響し得る欠失を検出するにおいて有用である。タンパク質における多型
を検出するために設計される種々の免疫アッセイが、スクリーニングにおいて使
用され得る。多くの種々の遺伝子変異が、特定の疾患表現型を導いた場合、機能
的なタンパク質アッセイが、有効なスクリーニング道具であることを証明した。
コードされるタンパク質の活性は、野生型タンパク質との比較によって決定され
得る。

【０１１７】 （アレイを使用する診断におけるパターン適合化） 別の実施態様において、
本発明の診断および／または予後の方法は、試験発現パターン（ＴＥＰ）を生成
するための試験サンプル中の遺伝子の選択されるセットの発現の検出を包含する
。ＴＥＰは、参照発現パターン（ＲＥＰ）と比較され、参照発現パターンは、参
照サンプル（例えば、ポジティブコントロールサンプルまたはネガティブコント
ロールサンプル）中の遺伝子の選択されるセットの発現の検出によって生成され
る。遺伝子の選択されるセットは、本発明の遺伝子のうちの少なくとも１つを含
み、これらの遺伝子は、配列番号１〜２７０７のポリヌクレオチド配列に対応す
る。特に目的のものは、試験サンプルがスクリーニングされる疾患において差次
的に発現される遺伝子を含む遺伝子の選択されるセットである。

【０１１８】 差次的遺伝子発現分析および診断／予後の状況において本明細書中で使用され
るように、「参照配列」または「参照ポリヌクレオチド」は、ポリヌクレオチド
の選択されるセットをいい、選択されるセットは、本明細書中に記載される差次
的に発現されるポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つ以上を含む。複数の参
照配列（好ましくはポジティブコントロール配列およびネガティブコントロール
配列を含む）は、参照配列として含まれ得る。さらに適切な参照配列は、Ｇｅｎ
Ｂａｎｋ、Ｕｎｉｇｅｎｅ、および他のヌクレオチド配列データベースにおいて
見出される（例えば、発現される配列タグ（ＥＳＴ）、部分的な、および全長の
配列を含む）。

【０１１９】 「参照アレイ」は、サンプルとのハイブリダイゼーションにおける使用のため
の参照配列を有するアレイを意味し、ここでは参照配列は、本明細書中に記載さ
れる差次的に発現されるポリヌクレオチドの全て、それらのうちの少なくとも１
つ、またはそれらのうちの任意のサブセットを含む。通常このようなアレイは、
少なくとも３つの異なる参照配列を含み、そして提供される差次的に発現される
配列のいずれか１つまたは全てを含み得る。目的のアレイはさらに、他の遺伝子
配列、特に疾患または障害（例えば、癌、異形成、または他の関連のもしくは未
関連の疾患、障害、または状態）をスクリーニングするための目的の他の配列の
配列（多型を含む）を含み得る。アレイにおけるオリゴヌクレオチド配列は通常
、少なくとも１２ヌクレオチド長であり、および提供される配列の長さ付近であ
り得るか、１００ヌクレオチド〜２００ヌクレオチド長以上のフラグメントを作
製するために隣接領域に伸長され得る。参照アレイは、当該分野において公知の
任意の適切な方法に従って生成され得る。例えば、オリゴヌクレオチドの大きな
アレイを生成する方法は、光指向性合成技術を使用する米国特許第５，１３４，
８５４号および米国特許第５，４４５，９３４号において記載される。コンピュ
ーター制御系を使用して、モノマーの異種アレイが、多くの反応部位での同時の
カップリングを介してポリマーの異種アレイへ保存される。あるいは、マイクロ
アレイは、例えば、ＰＣＴ公開出願第ＷＯ９５／３５５０５号において記載され
るように、固体基材上への予め合成されたオリゴヌクレオチドの沈着によって作
製される。

【０１２０】 本明細書中で使用されるように「参照発現パターン」あるいは「ＲＥＰ」は、
遺伝子の、特に、選択される細胞型（例えば、正常な細胞、癌細胞、環境刺激に
曝露された細胞など）と関連する、差次的に発現される遺伝子の選択されるセッ
トの相対的な発現レベルをいう。「試験発現パターン」あるいは「ＴＥＰ」は、
試験サンプル（例えば、未知のまたは疾患状態が疑われる細胞、これらからｍＲ
ＮＡが単離される）中の、遺伝子、特に、差次的に発現される遺伝子の選択され
るセットの相対的な発現レベルをいう。

【０１２１】 ＲＥＰは、当該分野において周知の方法に従う種々の方法において作製され得
る。例えば、ＲＥＰは、ポリヌクレオチドの選択されるセット（特に、示差的に
発現されるポリヌクレオチドの選択されるセット）を有するアレイに、コントロ
ールサンプルをハイブリダイズし、アレイからのハイブリダイゼーションデータ
を獲得し、そしてＲＥＰとＴＥＰとの容易な比較を可能にするフォーマットでデ
ータを保存することによって作製され得る。あるいは、コントロールサンプル中
の全ての発現される配列は、例えば、コントロールサンプルからｍＲＮＡを単離
し、ｍＲＮＡをｃＤＮＡに変換し、そしてｃＤＮＡを配列決定することによって
、単離および配列決定され得る。得られる配列情報は、サンプル中の発現される
配列の同一性および相対的な数をおよそまたは正確に反映する。次いで、配列情
報は、ＲＥＰとＴＥＰとの容易な比較を可能にするフォーマット（例えば、コン
ピューター読み取り可能なフォーマット）で保存され得る。ＲＥＰは、データ保
存の前または後に正規化され得、および／またはほとんど目的でなく、かつ分析
を複雑にし得る発現される遺伝子の配列を選択的に除去するために処理され得る
（例えば、ハウスキーピング遺伝子と関連する配列のいくつかまたは全ては、Ｒ
ＥＰデータから排除され得る）。

【０１２２】 ＴＥＰは、例えば、ポリヌクレオチドの選択されるセット、特に差次的に発現
されるポリヌクレオチドの選択されるセットを有するアレイに、試験サンプルを
ハイブリダイズし、アレイからのハイブリダイゼーションデータを獲得し、そし
てＴＥＰとＲＥＰとの容易な比較を可能にするフォーマットにデータを保存する
ことによってＲＦＰと同様に作製され得る。比較において使用されるＲＥＰおよ
びＴＥＰは、同時に作製され得るか、またはＴＥＰは、以前に作製され、そして
保存されたＲＥＰと比較され得る。

【０１２３】 本発明の１つの実施態様において、ＴＥＰとＲＥＰとの比較は、試験サンプル
と参照アレイとをハイブリダイズする工程を包含し、ここでは参照アレイは、サ
ンプルとのハイブリダイゼーションにおける使用のために１つ以上の参照配列を
有する。参照配列は、本明細書中に記載の差次的に発現されるポリヌクレオチド
の全て、それらのうちの少なくとも１つ、またはそれらのうちの任意のサブセッ
トを含む。試験サンプルについてのハイブリダイゼーションデータが獲得され、
データは正規化され、そして生成されたＴＥＰは、差次的に発現されるポリヌク
レオチドの同じまたは類似の選択されるセットを有するアレイを使用して作製さ
れたＲＥＰと比較される。２つのサンプル間で差次的に発現される配列に対応す
るプローブは、サンプルのうちの一方について、他方にくらべて減少されるかま
たは増加されるハイブリダイゼーション効力を示す。

【０１２４】 サンプルと参照アレイとのハイブリダイゼーションからのデータの回収のため
の方法は、当該分野において周知である。例えば、参照サンプルおよび試験サン
プルのポリヌクレオチドは、検出可能な蛍光標識を使用して作製され得、サンプ
ルにおけるポリヌクレオチドのハイブリダイゼーションは、例えば、顕微鏡また
は基材に光を当てるための光源を使用して、検出可能な標識の存在についてマイ
クロアレイをスキャンすることによって検出され得る。光子計数器は、基材から
の蛍光を検出し、一方、ｘ−ｙ平行移動（ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ）段階は基材
の位置を変化させる。本発明の方法において使用され得る共焦点検出デバイスは
、米国特許第５，６３１，７３４号において記載される。走査型レーザー顕微鏡
は、Ｓｈａｌｏｎら、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．（１９９６）６：６３９において
記載される。適切な励起線を使用するスキャンは、使用される各蛍光団について
行われる。次いで、スキャンから作製されるデジタル画像が、その後の分析のた
めに組合わされる。任意の特定のアレイエレメントについて、１つのサンプル（
例えば、試験サンプル）からの蛍光シグナルの比率は、別のサンプル（例えば、
参照サンプル）からの蛍光シグナルと比較され、そして相対的なシグナル強度が
決定される。

【０１２５】 アレイへのハイブリダイゼーションから回収されるデータを分析するための方
法は、当該分野において周知である。例えば、ハイブリダイゼーションの検出が
蛍光標識を含む場合、データ分析は、回収されたデータからの基材の位置の関数
として蛍光強度を決定する工程、アウトライアー（すなわち、予め決定された統
計学的分布から逸脱するデータ）を除く工程、および残りのデータから標的の相
対的な結合親和性を算定する工程を包含する。得られるデータは、標的とプロー
ブとの間の結合親和性に従って変化する各領域における強度とともに、画像とし
て提示され得る。

【０１２６】 一般に、試験サンプルは、試験サンプルから作製されるＴＥＰを、参照サンプ
ルから（例えば、癌、癌の特定の状態、異形成と関連するサンプル、癌以外の疾
患に罹患したサンプル、正常サンプルなどから）作製される１つ以上のＲＥＰと
比較することによって、疾患状態または非疾患状態と関連する遺伝子発現プロフ
ィールに対応する遺伝子発現プロフィールを有すると分類される。ＴＥＰとＲＥ
Ｐとの間の適合、または実質的な適合についての基準は、参照配列の同じまたは
実質的に同じセットの発現、および実質的に同じレベル（例えば、サンプルの正
規化後に選択された参照配列と関連するシグナルについて、サンプル間で有意差
がない、または所定の参照配列についてのシグナル強度における、少なくとも約
２５％〜約４０％を超えない差異）でのこれらの参照遺伝子の発現を含む。一般
に、ＴＥＰとＲＥＰとの間のパターン適合は、本発明の差次的に発現される遺伝
子のうちの少なくとも１つの、それらのうちの全ての、またはそれらのうちの任
意のサブセットの、発現における適合、好ましくは定性的または定量的な発現レ
ベルにおける適合を含む。

【０１２７】 パターン適合化は、手動で行われ得るか、またはコンピュータープログラムを
使用して行われ得る。基質マトリクス（例えば、アレイ）の調製、このようなマ
トリクスとともに使用するオリゴヌクレオチドの設計、プローブの標識化、ハイ
ブリダイゼーション条件、ハイブリダイズされたマトリクスのスキャニング、お
よび生成されるパターンの分析（比較分析を含む）のための方法は、例えば米国
特許第５，８００，９９２号において記載される。

【０１２８】 （癌の診断、予後、および管理） 本発明のポリヌクレオチドおよびそれらの遺伝子産物は、発癌経路に沿う最も
初期の変化を検出する遺伝子または生化学的マーカー（例えば、血液もしくは組
織中の）として、ならびに／または種々の治療学的および予防的介入の効力をモ
ニターするために、特に重要である。例えば、あるポリヌクレオチドの発現のレ
ベルは、より貧弱な予後の指標であり得、それゆえ、患者に対してより攻撃的な
化学療法または放射線療法を保証し、逆もまた同じである。患者における処置の
応答および結果と新規な代理の腫瘍特異的特徴との相関は、腫瘍の分子プロフィ
ールに基づいて作製される治療の設計を許容する予後の指標を規定し得る。これ
らの治療は、抗体標的化および遺伝子治療を包含する。あるポリヌクレオチドの
発現を決定すること、ならびに患者のプロフィールを正常な組織および疾患の改
変体における公知の発現と比較することは、処置の特異性に関して、および患者
の苦痛のないレベルに関しての両方で、患者についての最も良好な可能な処置の
決定を許容する。ポリヌクレオチド発現のような代理の腫瘍マーカーはまた、よ
り良好な分類のために、従って、癌の異なる形態および疾患状態を診断および処
置するために、使用され得る。本発明のポリヌクレオチドの発現レベルの同定か
ら得られ得る腫瘍学において広範に使用される２つの分類は、癌異常の病期分類
、および癌組織の性質の悪性度分類である。

【０１２９】 本発明のポリヌクレオチドは、潜在的に悪性の事象を、それらがひどい形態学
的レベルで検出可能である前に、分子レベルで検出するために、癌を有するかま
たは癌に感受性の患者をモニターするために有用であり得る。さらに、癌の１つ
の型について重要であるとして同定される本発明のポリヌクレオチドはまた、癌
の他の型の発生または発生の危険性についての関連性を有し得、例えば、ここで
はポリヌクレオチドは種々の癌の型にわたって差次的に発現される。従って、例
えば、転移性の結腸癌について臨床学的関連性を有するポリヌクレオチドの発現
はまた、胃癌または子宮内膜癌について臨床学的関連性を有し得る。

【０１３０】 病期分類。病期分類は、患者において癌の状態がどのくらい進行されたかを記
載するために、医師によって使用されるプロセスである。病期分類は、予後を決
定するにおいて、処置を計画するにおいて、このような処置の結果を評価するに
おいて、医師を補助する。病期分類の系は、癌の種類とともに変化するが、一般
に以下の「ＴＮＭ」系を含む：腫瘍の種類は、Ｔによって示され；癌がリンパ節
の近くに転移したか否かは、Ｎによって示され；および癌が身体のより遠位の部
分に転移したか否かは、Ｍによって示される。一般に、癌は、任意のリンパ節に
広がることなく原発性病変の領域においてのみ検出される場合、これは病期Ｉと
呼ばれる。腫瘍が最も近接のリンパ節にのみ広がった場合、これは病期ＩＩと呼
ばれる。病期ＩＩＩにおいて、癌は一般に、原発性病変の部位にほとんど近位の
リンパ節に広がっている。身体の遠位の部分（例えば、肝臓、骨、脳、または他
の部位）に広がった癌は、病期ＩＶであり、最も進行された病期である。

【０１３１】 本発明のポリヌクレオチドは、癌の攻撃性（例えば、転移可能性）、および身
体の異なる領域における存在についてのマーカーを同定することによって、病期
分類プロセスの微調律を容易にし得る。従って、高い転移可能性の癌を示すポリ
ヌクレオチドを有する病期ＩＩの癌は、境界の病期ＩＩ腫瘍を病期ＩＩＩ腫瘍へ
変化するために使用され得、より攻撃性の治療を正当化する。逆に、より低い転
移可能性の癌を示すポリヌクレオチドの存在は、腫瘍のより保存的な病期分類を
許容する。

【０１３２】 癌の悪性度分類。悪性度は、腫瘍がその同じ型の正常な組織にどのくらい近く
似ているかを記載するために使用される用語である。腫瘍の顕微鏡的な見かけは
、細胞形態学、細胞組織化、および分化の他のマーカーのようなパラメーターに
基づいて腫瘍の悪性度を同定するために使用される。一般的な法則として、腫瘍
の悪性度は、その増殖の速度または攻撃性に対応し、未分化のまたは高い悪性度
の腫瘍は、十分に分化されたまたは低い悪性度の腫瘍よりも攻撃性である。以下
の指針は一般に、腫瘍を悪性度分類するために使用される：１）ＧＸ悪性度は、
評価され得ない；２）Ｇ１ 十分に分化される；Ｇ２ 中程度に十分に分化され
る；３）Ｇ３ 不十分に分化される；４）Ｇ４ 未分化。本発明のポリヌクレオ
チドは、これが腫瘍の細胞の分化の状態を決定するにおいて補助し得るのみでな
く、これらはまた腫瘍の攻撃性（例えば、転移可能性）を決定するにおいて価値
がある、分化以外の因子を同定し得るので、腫瘍の悪性度を決定するにおいて特
に価値があり得る。

【０１３３】 肺癌の検出。本発明のポリヌクレオチドは、被験体において肺癌を検出するた
めに使用され得る。１ダースよりも多くの異なる種類の肺癌があるが、肺癌の２
つの主な型は、小細胞および非小細胞であり、これは全ての肺癌症例のうちの約
９０％を包含する。小細胞癌腫（また燕麦細胞癌腫と呼ばれる）は通常、より大
きな気管支の１つにおいて開始し、非常に迅速に増殖し、そして診断の時までに
は大きくなる傾向がある。非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）は、肺癌の３つの一般的
なサブタイプから構成される。類表皮癌腫（また偏平上皮細胞癌腫と呼ばれる）
は通常、より大きな気管支の１つにおいて開始し、そして比較的ゆっくりと増殖
する。これらの腫瘍の大きさは、非常に小さいから非常に大きい範囲であり得る
。腺癌腫は、肺の外側の表面近くで増殖を開始し、そして大きさおよび増殖速度
の両方において変化し得る。いくつかのゆっくりと増殖する腺癌腫は、肺胞細胞
癌として記載される。大きな細胞癌腫は、肺の表面近くで開始し、迅速に増殖し
、そして診断されるときには、増殖は通常、非常に大きい。肺癌の他のあまり一
般的でない形態は、カルチノイド、円柱腫、粘膜表皮性の、および悪性の中皮腫
である。

【０１３４】 本発明のポリヌクレオチド、例えば、正常な細胞対癌性肺細胞（例えば、高い
または低い転移可能性の腫瘍細胞）において、もしくは癌性肺細胞の型の間（例
えば、高い転移性対低い転移性）で、差次的に発現されるポリヌクレオチドは、
肺癌の型を区別するために、ならびにある患者の癌に特異的な特徴を同定するた
めに、および適切な治療を選択するために、使用され得る。例えば、患者のバイ
オプシーが、低い転移可能性と関連されるポリヌクレオチドを発現する場合、こ
れは病変を除去するための外科手術において患者の肺のより大きな部分を残すこ
とを正当化し得る。あるいは、高い転移可能性と関連されるポリヌクレオチドの
発現を伴うより小さな病変は、転移が病理学的試験を介して同定され得ない場合
であっても、肺組織および／またはその周囲のリンパ節のより根治的な除去を正
当化し得る。

【０１３５】 乳癌の検出。大多数の乳癌は、腺癌腫のサブタイプであり、これは以下のよう
にまとめられ得る：１）腺管癌腫インサイチュ（ＤＣＩＳ）、面皰癌腫を含む；
２）浸潤性（または侵襲性）腺管癌腫（ＩＤＣ）；３）小葉癌腫インサイチュ（
ＬＣＩＳ）；４）浸潤性（または侵襲性）小葉癌腫（ＩＬＣ）；５）炎症性乳癌
；６）髄様癌腫；７）粘液性癌腫；８）乳頭のパゲット病；９）葉状腫瘍、およ
び１０）管状腺癌腫。

【０１３６】 本発明のポリヌクレオチドの発現は、乳癌の診断および管理において、ならび
に乳癌の型の間を区別するために使用され得る。乳癌の検出は、本発明の任意の
適切なポリヌクレオチドの発現レベルを、単独でまたは組合わせてのいずれかで
使用して決定され得る。乳癌の攻撃性の性質および／または転移可能性の決定は
また、本発明の１つ以上のポリヌクレオチドのレベルを比較し、そして癌性組織
において変化することが知られる別の配列のレベル（例えば、ＥＲ発現）を比較
することによって決定され得る。さらに、乳癌の発症は、ステロイドホルモン（
例えば、テストステロンもしくはエストロゲン）のレベルに対する、または他の
ホルモン（例えば、増殖ホルモン、インスリン）に対する、差次的に発現される
ポリヌクレオチドの発現の比率を試験することによって、検出され得る。従って
、特異的マーカーポリヌクレオチドの発現は、正常な乳組織と癌性の乳組織との
間を区別する、起源の異なる細胞を伴う乳癌の間を区別する、異なる潜在的な転
移速度を伴う乳癌の間を区別するなどのために、使用され得る。

【０１３７】 結腸癌の検出。適切な発現パターンを示す本発明のポリヌクレオチドは、被験
体において結腸癌を検出するために使用され得る。結腸直腸癌は、ヒトにおける
最も共通の新生物の１つであり、そしておそらく遺伝性の新生物の最も頻繁な形
態である。予防および初期の検出は、結腸直腸癌を制御および治癒するにおいて
重要な因子である。結腸直腸癌は、結腸の内層において形成する、細胞の小さな
、良性の増殖物であるポリープとして開始する。数年間の期間にわたって、これ
らのポリープのいくつかはさらなる変異を蓄積し、そして癌性になる。複数の家
族性結腸直腸癌異常が同定されており、これは以下のようにまとめられる：１）
家族性腺腫様ポリポシス（ＦＡＰ）；２）ガードナー症候群；３）遺伝性非ポリ
ポシス結腸癌（ＨＮＰＣＣ）；および４）Ａｓｈｋｅｎａｚｉ Ｊｅｗｓにおけ
る家族性結腸直腸癌。本発明の適切なポリヌクレオチドの発現は、結腸直腸癌の
診断、予後、および管理において使用され得る。結腸癌の検出は、任意のこれら
の配列の発現レベルを単独で、または発現のレベルと組合わせて使用して決定さ
れ得る。結腸癌の攻撃性の性質および／または転移可能性の決定は、本発明の１
つ以上のポリヌクレオチドのレベルを比較し、そして癌組織において変化するこ
とが知られる別の配列（例えば、ｐ５３、ＤＣＣ ｒａｓ、ｌｏｒ ＦＡＰの発
現）の総レベルを比較することによって決定され得る（例えば、Ｆｅａｒｏｎ
ＥＲら、Ｃｅｌｌ（１９９０）６１（５）：７５９；Ｈａｍｉｌｔｏｎ ＳＲら
、Ｃａｎｃｅｒ（１９９３）７２：９５７；Ｂｏｄｍｅｒ Ｗら、Ｎａｔ Ｇｅ
ｎｅｔ．（１９９４）４（３）：２１７；Ｆｅａｒｏｎ ＥＲ、Ａｎｎ ＮＹ
Ａｃａｄ Ｓｃｉ．（１９９５）７６８：１０１を参照のこと）。例えば、結腸
癌の発症は、癌遺伝子（例えば、ｒａｓ）または腫瘍抑制遺伝子（例えば、ＦＡ
Ｐまたはｐ５３）のレベルに対する本発明の任意のポリヌクレオチドの比率を試
験することによって検出され得る。従って、特異的マーカーポリヌクレオチドの
発現は、正常な結腸組織と癌性の結腸組織との間を区別する、起源の異なる細胞
を伴う結腸癌の間を区別する、異なる潜在的な転移速度を伴う結腸癌の間を区別
するなどのために、使用され得る。

【０１３８】 （ペプチドアナログおよびアンタゴニストについてスクリーニングするための
ポリヌクレオチドの使用） 本発明のポリヌクレオチドおよび対応する全長遺伝子によってコードされるポ
リぺプチドは、コードされるポリぺプチドの中からレセプターのような結合パー
トナーを同定するために、ペプチドライブラリーをスクリーニングするために使
用され得る。ペプチドライブラリーは、当該分野において公知の方法に従って合
成され得る（例えば、米国特許第５，０１０，１７５号およびＷＯ９１／１７８
２３を参照のこと）。本発明のポリぺプチドのアゴニストまたはアンタゴニスト
は、シグナル伝達、抗体結合、レセプター結合、分裂促進アッセイ、走化性アッ
セイなどのような当該分野において公知の任意の利用可能な方法を使用してスク
リーニングされ得る。アッセイ条件は理想的には、ネイティブな活性がインビボ
で示される条件、すなわち、生理学的ｐＨ、温度、およびイオン強度下の条件に
類似するべきである。適切なアゴニストまたはアンタゴニストは、被験体におい
て毒性の副作用を引き起こさない濃度で、ネイティブな活性の強力な阻害または
増強を示す。ネイティブなポリぺプチドへの結合を競合するアゴニストまたはア
ンタゴニストは、ネイティブな濃度に等しいかまたはこれよりも大きい濃度を必
要とし得るが、ポリぺプチドに不可逆的に結合し得るインヒビターは、ネイティ
ブな濃度に類似する濃度において添加され得る。

【０１３９】 このようなスクリーニングおよび実験は、本発明のポリヌクレオチドに対応す
る遺伝子またはｃＤＮＡによってコードされる、レセプターのような新規なポリ
ぺプチド結合パートナー、および新規な結合パートナーの少なくとも１つのペプ
チドアゴニストまたはアンタゴニストの同定を導き得る。このようなアゴニスト
およびアンタゴニストは、レセプターがネイティブである細胞において、または
遺伝子操作の結果としてレセプターを保持する細胞において、レセプター機能を
調節、増強、または阻害するために使用され得る。さらに、新規なレセプターは
公知のレセプターと生物学的に重要な特徴を共有する場合、アゴニスト／アンタ
ゴニスト結合についての情報は、公知のレセプターの改善されたアゴニスト／ア
ンタゴニストの開発を容易にし得る。

【０１４０】 （薬学的組成物および治療学的使用） 本発明の薬学的組成物は、治療学的に有効な量において、本発明のポリぺプチ
ド、抗体、またはポリヌクレオチド（アンチセンスヌクレオチドおよびリボザイ
ムを含む）を含み得る。本明細書中で使用されるように用語「治療学的に有効な
量」は、所望の疾患もしくは状態を処置、軽減、または予防するための、または
検出可能な治療学的または予防的効果を示すための、治療学的薬剤の量をいう。
効果は、例えば、化学マーカーまたは抗原レベルによって検出され得る。治療学
的効果はまた、体温の低下のような身体的症状における減少を含む。被験体につ
いての正確な有効量は、被験体の大きさおよび健常度、状態の性質および程度、
ならびに投与のために選択される治療薬または治療薬の組合せに依存する。従っ
て、正確な有効量を予め特定することは有用でない。しかし、所定の状態につい
ての有効量は、日常的な実験によって決定され、および臨床医の判断の範囲内で
ある。本発明の目的のために、有効用量は、一般に、これが投与される個体にお
いて、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜５０ｍｇ／ｋｇ、または０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約
１０ｍｇ／ｋｇのＤＮＡ構築物である。

【０１４１】 薬学的組成物はまた、薬学的に受容可能なキャリアを含み得る。用語「薬学的
に受容可能なキャリア」は、抗体またはポリぺプチドのような治療学的薬剤、遺
伝子、および他の治療学的薬剤の投与のためのキャリアをいう。この用語は、組
成物を受ける個体に有害な抗体の生成をそれ自身誘導せず、および過度の毒性を
伴わずに投与され得る任意の薬学的キャリアをいう。適切なキャリアは、タンパ
ク質、多糖、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、ポリマーアミノ酸、アミノ酸コポリ
マー、および不活性なウイルス粒子のような大きな、ゆっくりと代謝される高分
子であり得る。このようなキャリアは当業者に周知である。治療学的組成物にお
ける薬学的に受容可能なキャリアは、水、生理食塩水、グリセロール、およびエ
タノールのような液体を含み得る。湿潤化剤または乳化剤、ｐＨ緩衝化剤などの
ような補助物質もまた、このようなベヒクルに存在し得る。典型的に、治療学的
組成物は、注射可能な、液体溶液または懸濁液のいずれかとして調製され；注射
の前に液体ベヒクル中に入れて溶液または懸濁液とするのに適切な固体形態もま
た、調製され得る。リポソームは、薬学的に受容可能なキャリアの規定内に含ま
れる。薬学的に受容可能な塩もまた、薬学的組成物中に存在し得る（例えば、塩
化水素塩、臭化水素塩、リン酸塩、硫酸塩などのような無機酸塩；および酢酸塩
、プロピオン酸塩、マロン酸塩、安息香酸塩などのような有機酸の塩）。薬学的
に受容される腑形剤の徹底的な考察は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ'ｓ Ｐｈａｒｍａ
ｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｍａｃｋ Ｐｕｂ． Ｃｏ．、Ｎ．Ｊ．
１９９１）において利用可能である。

【０１４２】 送達方法。一旦処方されると、本発明の組成物は、（１）被験体に直接的に投
与され得る（例えば、ポリヌクレオチドまたはポリぺプチドとして）か；または
（２）被験体に由来する細胞にエクスビボで送達され得る（例えば、エクスビボ
遺伝子治療におけるように）。組成物の直接的な送達は一般に、非経口注射（例
えば、皮下、腹腔内、静脈内もしくは筋肉内、腫瘍内、または組織の間質腔への
）によって達成される。投与の他の態様としては、経口投与および肺投与、坐薬
、および経皮適用、針、および遺伝子銃またはハイポスプレイが挙げられる。投
薬処置は、単回用量スケジュールまたは複数用量スケジュールであり得る。

【０１４３】 エクスビボ送達および被験体への形質転換された細胞の再移植のための方法は
、当該分野において公知であり、ならびに例えば、国際公開第ＷＯ９３／１４７
７８号において記載される。イクスビボ適用において有用な細胞の例としては、
例えば、幹細胞、特に造血幹細胞、リンパ細胞、マクロファージ、樹状細胞、ま
たは腫瘍細胞が挙げられる。一般に、エクスビボおよびインビトロ適用のための
核酸の送達は、例えば、デキストラン媒介性のトランスフェクション、リン酸カ
ルシウム沈澱、ポリブレン媒介性のトランスフェクション、プロトプラスト融合
、電気泳動、リポソーム中のポリヌクレオチドのカプセル化、および核へのＤＮ
Ａの直接的なマイクロインジェクションによって達成され得、全て当該分野にお
いて周知である。

【０１４４】 一旦本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子が、新生物、形成異常、およ
び過形成のような、増殖異常と相関することが見出されると、異常は、提供され
るポリヌクレオチド、対応するポリぺプチド、または他の対応する分子（例えば
、アンチセンス、リボザイムなど）に基づく治療学的薬剤の投与による処置に影
響を受けやすい。

【０１４５】 本発明の薬学的組成物の投与の用量および手段は、治療学的組成物の特異的な
質、患者の状態、年齢、および体重、疾患の進行、ならびに他の関連の因子に基
づいて決定される。例えば、本発明のポリヌクレオチド治療学的組成物薬剤の投
与は、局所投与または全身投与を含み、注射、経口投与、パーティクルガン、ま
たはカテーテル法による投与、および局所的な投与が挙げられる。好ましくは、
治療学的ポリヌクレオチド組成物は、本明細書中に開示されるポリヌクレオチド
の少なくとも１２、２２、２５、３０、または３５の連続したｎｔのポリヌクレ
オチドに作動可能に連結されるプロモーターを含有する発現構築物を含む。種々
の方法が、治療学的組成物を身体の特定の部位に直接的に投与するために使用さ
れ得る。例えば、小さな転移性病変が位置づけられ、そして治療学的組成物は、
腫瘍の体内のいくつかの異なる位置において数回注射される。あるいは、腫瘍を
作用する動脈が同定され、そして治療学的組成物は、組成物を腫瘍に直接的に送
達するために、このような動脈に注射される。壊死癌を有する腫瘍は吸引され、
そして組成物は、腫瘍のいまや空の中心に直接的に注射される。アンチセンス組
成物は、例えば、組成物の局所的な適用によって腫瘍の表面に直接的に投与され
る。Ｘ線画像化は、いくつかの上述の送達法を補助するために使用される。

【０１４６】 アンチセンスポリヌクレオチド、サブゲノムポリヌクレオチド、または特定の
組織に対する抗体を含有する治療学的組成物のレセプター媒介性の標的化送達が
また、使用され得る。レセプター媒介性のＤＮＡ送達技術は、例えば、Ｆｉｎｄ
ｅｉｓら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（１９９３）１１：２０２；
Ｃｈｉｏｕら、Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｎｄ
Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ Ｏｆ Ｄｉｒｅｃｔ Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅ
ｒ（Ｊ．Ａ．Ｗｏｌｆｆ編）（１９９４）；Ｗｕら、Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅ
ｍ．（１９８８）２６３：６２１；Ｗｕら、Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．（１
９９４）２６９：５４２；Ｚｅｎｋｅら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ．
Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）（１９９０）８７：３６５５；Ｗｕら、Ｊ． Ｂｉｏｌ．
Ｃｈｅｍ．（１９９１）２６６：３３８において記載される。ポリヌクレオチ
ドを含有する治療学的組成物は、遺伝子治療プロトコルにおける局所投与につい
て、約１００ｎｇ〜約２００ｍｇのＤＮＡの範囲において投与される。約５００
ｎｇから約５０ｍｇ、約１ｇ〜約２ｍｇ、約５ｇ〜約５００ｇ、および約２０ｇ
〜約１００ｇのＤＮＡの濃度範囲はまた、遺伝子治療プロトコルの間に使用され
得る。作用の（例えば、コードされる遺伝子産物のレベルを増強するまたは阻害
するための）方法、形質転換および発現の効力のような因子は、アンチセンスサ
ブゲノムポリヌクレオチドの最大の効力のために必要とされる投薬量を影響する
考慮すべき事柄である。組織のより大きな領域にわたってより優れた発現が所望
される場合、アンチセンスサブゲノムポリヌクレオチドのより多くの量、もしく
は投与の継続的なプロトコルにおいて再投与される同じ量、または例えば、腫瘍
部位の異なる近接のまたは近い組織部分への数回の投与が、ポジティブな治療学
的結果を達成するために必要とされ得る。全ての場合において、臨床試験におけ
る日常的な実験は、至適な治療学的効果についての特定の範囲を決定する。抗炎
症活性を有するポリぺプチドまたはタンパク質をコードするポリヌクレオチド関
連性の遺伝子についての、適切な使用、用量、および投与は、米国特許第５，６
５４，１７３号において記載される。

【０１４７】 本発明の治療学的ポリヌクレオチドおよびポリぺプチドは、遺伝子送達ベヒク
ルを使用して送達され得る。遺伝子送達ベヒクルは、ウイルス起源または非ウイ
ルス起源であり得る（概して、Ｊｏｌｌｙ、Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ
ａｐｙ（１９９４）１：５１；Ｋｉｍｕｒａ、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ
ａｐｙ（１９９５）５：８４５；Ｃｏｎｎｅｌｌｙ、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔ
ｈｅｒａｐｙ（１９９５）１：８１５；およびＫａｐｌｉｔｔ、Ｎａｔｕｒｅ
Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（１９９４）６：１４８を参照のこと）。このようなコード配
列の発現は、内因性の哺乳動物または異種プロモーターを使用して誘導され得る
。コード配列の発現は、構成的または調節性のいずれかであり得る。

【０１４８】 所望のポリヌクレオチドの送達のためのウイルスベースのベクター、および所
望の細胞における発現は、当該分野において周知である。例示的なウイルスベー
スのベヒクルとしては、組換えレトロウイルス（例えば、ＷＯ９０／０７９３６
；ＷＯ９４／０３６２２；ＷＯ９３／２５６９８；ＷＯ９３／２５２３４；米国
特許第５，２１９，７４０号；ＷＯ９３／１１２３０；ＷＯ９３／１０２１８；
米国特許第４，７７７，１２７号；英国特許第２，２００，６５１号；ＥＰ ０
３４５ ２４２；およびＷＯ９１／０２８０５を参照のこと）、αウイルスベ
ースのベクター（例えば、シンドビスウイルスベクター、セムリキ森林ウイルス
（ＡＴＣＣ ＶＲ−６７；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２４７）、ロスリバーウイルス（
ＡＴＣＣ ＶＲ−３７３；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２４６）、およびベネズエラウマ
脳炎ウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−９２３；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２５０；ＡＴＣＣ
ＶＲ １２４９；ＡＴＣＣ ＶＲ−５３２）、およびアデノ随伴ウイルス（Ａ
ＡＶ）ベクター（例えば、ＷＯ９４／１２６４９、ＷＯ９３／０３７６９；ＷＯ
９３／１９１９１；ＷＯ９４／２８９３８；ＷＯ９５／１１９８４、およびＷＯ
９５／００６５５を参照のこと）が挙げられるが、これらに制限されない。Ｃｕ
ｒｉｅｌ． Ｈｕｍ． Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．（１９９２）３：１４７において
記載されるような殺傷されたアデノウイルスに連結されるＤＮＡの投与もまた、
用いられ得る。

【０１４９】 非ウイルス送達ベヒクルおよび方法がまた、用いられ得、殺傷されたアデノウ
イルス単独に連結されるかまたは連結されないポリカチオン性の濃縮されたＤＮ
Ａ（例えば、Ｃｕｒｉｅｌ，Ｈｕｍ． Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．（１９９２）３：
１４７を参照のこと）；リガンド連結化ＤＮＡ（例えば、Ｗｕ、Ｊ． Ｂｉｏｌ
． Ｃｈｅｍ．（１９８９）２６４：１６９８５を参照のこと）；真核生物細胞
送達ベヒクル細胞（例えば、米国特許第５，８１４，４８２号；ＷＯ９５／０７
９９４；ＷＯ９６／１７０７２；ＷＯ９５／３０７６３；およびＷＯ９７／４２
３３８を参照のこと）、ならびに核電荷中和化、または細胞膜との融合が挙げら
れるがこれらに制限されない。裸のＤＮＡもまた、用いられ得る。例示的な裸の
ＤＮＡの導入方法は、ＷＯ９０／１１０９２および米国特許第５，５８０，８５
９号において記載される。遺伝子送達ベヒクルとして作用し得るリポソームは、
米国特許第５，４２２，１２０号；ＷＯ９５／１３７９６号；ＷＯ９４／２３６
９７；ＷＯ９１／１４４４５；およびＥＰ ０５２４９６８において記載される
。さらなるアプローチは、Ｐｈｉｌｉｐ、Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ．（
１９９４）１４：２４１１、およびＷｏｆｆｅｎｄｉｎ、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ
． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ．（１９９４）９１：１５８１において記載される。

【０１５０】 使用のために適切なさらなる非ウイルス送達は、Ｗｏｆｆｅｎｄｉｎら、Ｐｒ
ｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ（１９９４）９１（２４）
：１１５８１において記載されるアプローチのような機械的送達系を含む。さら
に、コード配列およびこのような配列の発現の産物は、光重合化ヒドロゲル材料
の沈着または電離放射線の使用を介して送達され得る（例えば、米国特許第５，
２０６，１５２号およびＷＯ９２／１１０３３を参照のこと）。コード配列の送
達のために使用され得る遺伝子送達のための他の従来の方法としては、例えば、
手持ちの遺伝子移入パーティクルガン（例えば、米国特許第５，１４９，６５５
号を参照のこと）の使用；移入された遺伝子の活性化のための電離放射線の使用
（例えば、米国特許第５，２０６，１５２号およびＷＯ９２／１１０３３を参照
のこと）が挙げられる。

【０１５１】 本発明は、特に有利な実施態様を記載する以下の実施例を参照することによっ
て、今や説明される。しかし、これらの実施態様は説明であって、本発明を制限
するとしてはいかようにも解釈されないことに、留意されるべきである。

【０１５２】 （実施例） （実施例１：生物学的材料の供給源および生物学的材料によって発現される新
規なポリヌクレオチドの概要） ｃＤＮＡライブラリーを、ヒト結腸癌細胞株Ｋｍ１２Ｌ４−Ａ（Ｍｏｒｉｋａ
ｗａら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（１９９８）４８：６８６３）、ＫＭ
１２Ｃ（Ｍｏｒｉｋａｗａら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９８８）４８：１９
４３−１９４８）、またはＭＤＡ−ＭＢ−２３１（Ｂｒｉｎｋｌｅｙら、Ｃａｎ
ｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９８０）４０：３１１８−３１２９）のいずれかから構築
し、これらの細胞は、細胞から単離されたｍＲＮＡからｃＤＮＡライブラリーを
構築するために使用された。これらの細胞株によって発現される配列を単離し、
そして分析し：ほとんどの配列は、約２７５〜３００ヌクレオチド長であった。
ＫＭ１２Ｌ４−Ａ細胞株は、ＫＭ１２Ｃ細胞株に由来する。ＫＭ１２Ｃ細胞株は
、不十分な転移性（低い転移性）であり、Ｄｕｋｅ病期Ｂ２の外科的標本からの
培養物において樹立された（Ｍｏｒｉｋａｗａら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１
９８８）４８：６８６３）。ＫＭＬ４−Ａは、ＫＭ１２Ｃに由来する非常に転移
性の亜株である（Ｙｅａｔｍａｎら、Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ． Ｒｅｓ．（１
９９５）２３：４００７；Ｂａｏ−Ｌｉｎｇら、Ｐｒｏｃ．Ａｎｎｕ． Ｍｅｅ
ｔ． Ａｍ． Ａｓｓｏｃ． Ｃａｎｃｅｒ． Ｒｅｓ．（１９９５）２１：３
２６９）。ＫＭ１２ＣおよびＫＭ１２Ｃ由来の細胞株（例えば、ＫＭ１２Ｌ４、
ＫＭ１２Ｌ４−Ａなど）は、結腸癌の研究についてのモデル細胞株として当該分
野において十分に認識される（例えば、Ｍｏｒｉａｋａｗａら、前出；Ｒａｄｉ
ｎｓｋｙら、Ｃｌｉｎ． Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９９５）１：１９；Ｙｅ
ａｔｍａｎら（１９９５）前出；Ｙｅａｔｍａｎら、Ｃｌｉｎ． Ｅｘｐ． Ｍ
ｅｔａｓｔａｓｉｓ（１９９６）１４：２４６を参照のこと）。ＭＤＡ−ＭＢ−
２３１細胞株は、胸水から元来単離され（Ｃａｉｌｌｅａｕ、Ｊ． Ｎａｔｌ．
Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．（１９７４）５３：６６１）、高い転移可能性であ
り、および乳癌と一致してヌードマウスにおいて不十分に分化した腺癌病期（ｇ
ｒａｄｅ）ＩＩを形成する。

【０１５３】 単離されたポリヌクレオチドの配列を、ＸＢＬＡＳＴマスキングプログラム（
Ｃｌａｖｅｒｉｅ「Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ Ｌａｒｇｅ−Ｓｃａｌｅ Ｓｅｑｕｅ
ｎｃｅ Ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ Ｓｅａｒｃｈｅｓ」Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｍｅｔ
ｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａ
ｌｙｓｉｓ、Ｄｏｏｌｉｔｔｅ編、Ｍｅｔｈ． Ｅｎｚｙｍｏｌ． ２６６：２
１２−２２７ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、ＮＹ、ＮＹ（１９９６）；特に
、Ｃｌａｖｅｒｉｅ、「自動化ＤＮＡ配列決定および分析技術」Ａｄａｍｓら編
、第３６章、２６７頁 Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、
１９９４、およびＣｌａｖｅｒｉｅら、Ｃｏｍｐｕｔ． Ｃｈｅｍ．（１９９３
）１７：１９１を参照のこと）を使用して、先ずマスクし、低い複雑性の配列を
排除した。一般に、マスキングは、配列の低い複雑性に起因して比較的小さい目
的の配列を排除すること、および複数の配列に共通の反復領域（例えば、Ａｌｕ
反復）に対する類似性に基づいて複数の「ヒット」を排除すること以外は、最終
的な検索結果に影響しない。マスキングは、４３個の配列の排除を生じた。次い
で、残りの配列をＢＬＡＳＴＮ対ＧｅｎＢａｎｋ検索において使用し；７０％よ
りも大きい重複、９９％の同一性、および１×１０^-40未満のｐ値を示す配列を
排除した。この検索からの配列はまた、包括的なパラメーターが適合した場合に
排除されたが、配列はリボソーム由来またはベクター由来であった。以前の検索
から得られた配列を３つの群（以下の１、２、および３）に分類し、そしてＢＬ
ＡＳＴＸ対ＮＲＰ（非重複性のタンパク質）データベース検索において検索した
：（１）未知（ＧｅｎＢａｎｋ検索におけるヒットなし）、（２）弱い類似性（
４５％を超える同一性および１×１０^-5未満のｐ値）、ならびに（３）高い類似
性（６０％を超える重複、８０％を超える同一性、および１×１０^-5未満のｐ値
）。７０％を超える重複、９９％を超える同一性、および１×１０^-40未満のｐ
値を有する配列を排除した。

【０１５４】 残りの配列を、未知（ヒットなし）、弱い類似性、および高い類似性（上述の
ようなパラメーター）として分類した。２つの検索を、これらの配列に対して行
った。先ず、ＢＬＡＳＴ対ＥＳＴデータベース検索を行い、そして９９％を超え
る重複、９９％を超える類似性、および１×１０^-40未満のｐ値を有する配列を
排除した。ヒト起源のデータベース配列に比較される場合、１×１０^-65未満の
ｐ値を有する配列もまた排除された。第２に、ＢＬＡＳＴＮ対Ｐａｔｅｎｔ Ｇ
ｅｎｅＳｅｑデータベースを行い、そして９９％を超える同一性、１×１０^-40
未満のｐ値、および９９％を超える重複を有する配列を排除した。

【０１５５】 残りの配列を、データセットにおける他の規則および重複性を使用するスクリ
ーニングに供した。ヒト起源のデータベース配列に関して１×１０^-111未満のｐ
値を有する配列を特異的に排除した。最終的な結果は、添付の配列表において配
列番号１〜１５６５として列挙され、および表１Ａ（特許請求の範囲の後に挿入
される）においてまとめられる、１，５６５個の配列を提供した。各同定された
ポリヌクレオチドは、少なくとも部分的なｍＲＮＡ転写物からの配列を示す。

【０１５６】 表１Ａは以下を提供する：１）本明細書における使用のために各配列に割り当
てられる配列番号；２）配列が始めて出願された米国の優先特許出願の出願日；
３）優先出願に割り当てられた代理人整理番号（内部使用のため）；４）優先出
願における配列に割り当てられた配列番号；５）配列の内部識別子として使用さ
れる配列名；および６）配列が単離されたクローンに割り当てられた名前。提供
されるポリヌクレオチドが部分的なｍＲＮＡ転写物を示すので、本発明の２つ以
上のポリヌクレオチドは、同じｍＲＮＡ転写物および同じ遺伝子の異なる領域を
示し得る。従って、２つ以上の配列番号は同じクローンに属するとして同定され
る場合、いずれかの配列は、全長ｍＲＮＡまたは全長遺伝子を得るために使用さ
れ得る。

【０１５７】 配列番号１〜１５６５の配列を確認するために、自動装置の除去系を使用して
クローンをライブラリーから回収し、そして回収されたクローンのインサートを
再配列決定した。これらの「確認」配列は、配列表において配列番号１５６６〜
２６１０として提供され、そして「確認」配列のまとめは、表１Ｂ（特許請求の
範囲の後に挿入される）において提供される。表１Ｂは以下を提供する：１）本
明細書における使用のために各配列に割り当てられる配列番号；２）得られた「
確認」配列に割り当てられた配列名；３）「確認」配列が、配列番号１〜１５６
５の元来の配列と重複する配列を含むか否か（確認重複（ＶＯ））、または「確
認」配列が配列番号１〜１５６５の元来の配列と実質的に重複しないか否か（確
認非重複（ＶＮＯ）によって示される）；ならびに４）配列がＶＯとして示され
る場合の、示された「確認」配列を含むクローンの名前。「確認」配列は、「Ｖ
Ｏ」として示され、ここでは「確認」配列は元来の配列（例えば、配列番号１〜
１５６５のうちの１つ）と重複し、および／または「確認」配列は、上記のクラ
スター形成技術を使用して、元来の配列と同じクラスターに属する。クローンの
インサートは一般に、元来の配列および確認配列よりも長いので、「確認」配列
は元来の配列と同じクローンから得られ得るが、なお元来の配列を全く共有し得
ないことが可能である。しかし、このような確認配列は、上記のクラスター形成
技術を使用して、元来の配列と同じクラスターに属する。ＶＯ「確認」配列は、
元来の配列（配列番号１〜１５６５のうちの１つ）と同じクローン内に含まれる
。提供される重複配列が「ＶＯ」によって示される「確認」配列は、元来の配列
と相関し得、これらは、表１Ａを参照することによって確認する。ＶＮＯとして
示される配列は、新規に単離された配列として処理され、そして配列番号１〜１
５６５の配列に関連するかもしれないし関連しないかもしれない。「確認」配列
はしばしば、元来のポリヌクレオチド配列よりも長いので、従ってさらなる配列
情報を提供する。全ての確認配列は、示されたクローン（例えば、ＶＯ配列につ
いて）、または本明細書中に記載されるｃＤＮＡライブラリー（例えば、配列表
において提供される配列から設計されるプライマーを使用して）のいずれかから
得られ得る。

【０１５８】 （実施例２：遺伝子産物の機能を同定するための公的なデータベース検索の結
果） 配列番号１５６６〜２６１０を、全ての３つのリーディングフレームにおいて
翻訳し、そしてヌクレオチド配列および翻訳されたアミノ酸配列を、ＧｅｎＢａ
ｎｋ（ヌクレオチド配列）またはＮｏｎ−Ｒｅｄｕｎｄａｎｔ Ｐｒｏｔｅｉｎ
（アミノ酸配列）データベースのいずれかにおいて、相同な配列について検索す
るための問合せ配列として使用した。問合せ配列および個々の配列を、ｈｔｔｐ
：／／ｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／でのｗｏｒｌｄ
ｗｉｄｅ ｗｅｂを介して利用可能なＢＬＡＳＴ ２．０プログラムを使用し
て、整列した（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（
１９９７）２５：３３８９−３４０２をまた参照のこと）。配列を、実施例１に
おいて上記されるように低い複雑性をマスクするためのＸＢＬＡＳＴプログラム
を使用して、反復配列またはポリＡ配列の検索を防ぐために種々の程度にマスク
した。

【０１５９】 表２Ａおよび２Ｂ（請求の範囲の前に挿入される）は、１×１０^-2以下のｐ値
を有する整列の要約を提供し、本発明の配列と示される公的なデータベースの配
列との間の実質的な相同性を示す。表２Ａは、問合せ配列の配列番号、相同配列
のＧｅｎＢａｎｋデーターベース登録の登録番号、および整列のｐ値を提供する
。表２Ａは、問合せ配列の配列番号、相同配列のＮｏｎ−Ｒｅｄｕｎｄａｎｔ
Ｐｒｏｔｅｉｎデーターベース登録の登録番号、および整列のｐ値を提供する。
表２Ａおよび２Ｂにおいて提供される整列は、本明細書の出願の直前の時点で、
ＤＮＡ配列またはアミノ酸配列に対して最も良好に利用可能な整列である。表２
Ａおよび２Ｂにおいて列挙される配列番号によってコードされるポリぺプチドの
活性は、報告される最も近い配列または密接に関連される配列の活性に実質的に
同じであるかまたは実質的に類似であることが、推定され得る。最も近い配列の
登録番号が報告され、最も近い配列によって示される活性および機能に対する公
的に利用可能な参照を提供する。それぞれの最も近い配列の活性および機能に関
する公的な情報は、本出願において参考として援用される。また参考として援用
されるのは、配列、ならびに表２において列挙される最も近い配列およびそれら
の関連する配列の推定の活性および実際の活性および機能に関する全ての公的に
利用可能な情報である。整列のために使用される検索プログラムおよびデータベ
ース、ならびにｐ値の算定もまた示される。

【０１６０】 最も近い配列のポリヌクレオチド配列の全長配列またはフラグメントは、対応
するポリヌクレオチドの全長の配列を同定しかつ単離するために、プローブおよ
びプライマーとして使用され得る。最も近い配列は、対応するポリヌクレオチド
の全長の配列についてのライブラリーを構築するために使用されるべき組織型ま
たは細胞型を同定し得る。

【０１６１】 （実施例３：タンパク質ファミリーのメンバー） 配列番号１５６６〜２６０１を、上述に本明細書中で記載されるように、プロ
フィール検索を行うために使用した。本発明のポリヌクレオチドのいくつかは、
公知のタンパク質ファミリーに属するポリぺプチドの特徴を有し（従って、これ
らのタンパク質ファミリーの新規なメンバーを示す）、および／または公知の機
能的なドメインを含む、ポリぺプチドをコードすることが見出された（表３Ａ、
特許請求の範囲の前に挿入される）。表３Ａは、問合せ配列の配列番号、プロフ
ィールヒットの簡単な記載、個々の配列内の問合せ配列の位置（「開始」および
「停止」として示される）、および個々の配列に関する問合せ配列の配向（方向
）を提供し、ここで正方向（正）は、整列が配列表において提供される配列と同
じ方向（左から右）においてであることを示し、および逆方向（逆）は、整列が
配列表において提供される配列に相補的な配列を有することを示す。

【０１６２】 いくつかのポリヌクレオチドは、問合せ配列が重複するプロフィール領域を含
む、および／またはこの配列が２つの異なる機能的ドメインを含む、複数のプロ
フィールヒットを示した。表３Ａのそれぞれのプロフィールヒットは、以下によ
り詳細に記載される。プロフィールについての略語（カッコ内に提供される）は
、ＰｆａｍデータベースおよびＰｒｏｓｉｔｅデータベースにおけるプロフィー
ルを同定するために使用された略語である。Ｐｆａｍデータベースは、以下の任
意のＵＲＬＳ：ｈｔｔｐ：／／ｐｆａｍ．ｗｕｓｔｌ．ｅｄｕ／ｉｎｄｅｘ．ｈ
ｔｍｌ；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓａｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／Ｓｏｆｔｗａｅ／
Ｐｆａｍ／；およびｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｇｒ．ｋｉ．ｓｅ／Ｐｆａｍ／を
介してアクセスされ得る。Ｐｒｏｓｉｔｅデータベースは、ｈｔｔｐ：／／ｗｗ
ｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｐｒｏｓｉｔｅ／にてアクセスされ得る。種々のプロ
フィールに関してＰｆａｍデータベースおよびＰｒｏｓｉｔｅデータベースにお
いて利用可能な公的な情報は、種々のタンパク質ファミリーおよびタンパク質ド
メインの活性、機能、およびコンセンサス配列を含むがこれらに制限されず、本
明細書中に参考として援用される。

【０１６３】 （１４−３−３ファミリー（１４ ３ ３））配列番号１９６７は、１４−３
−３タンパク質ファミリーメンバーをコードする配列に対応する。１４−３−３
タンパク質ファミリーは、哺乳動物の脳組識において非常に豊富であるとして最
初に同定され、かつニューロン中に優先的に位置する、密接に関連する約３０ｋ
Ｄの酸性のホモ二量体タンパク質の群を含む（Ａｉｔｋｅｎら、Ｔｒｅｎｄｓ
Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｓｃｉ．（１９９５）２０：９５−９７；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ
Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９４）２６６：５６−５７；およびＸｉａｏら、Ｎａｔ
ｕｒｅ（１９９５）３７６：１８８−１９１）。１４−３−３タンパク質は、複
数の生物学的活性を有し、この生物学的活性は、シグナル伝達経路および細胞周
期における重要な役割を含む。１４−３−３タンパク質は、キナーゼ（例えば、
ＰＫＣまたはＲａｆ−１）と相互作用し、ならびにチロシンヒドロキシラーゼお
よびトリプトファンヒドロキシラーゼのプロテインキナーゼ依存性のアクチベー
ターとしてもまた機能し得る。１４−３−３タンパク質配列は、極めて十分に保
存され、そして２つの非常に保存された領域を含み：第１は、Ｎ末端部分におい
て位置される１１残基のペプチドであり；第２は、Ｃ末端部分において位置され
る２０アミノ酸領域である。コンセンサスパターンは以下のようである：１）Ｒ
−Ｎ−Ｌ−［ＬＩＶ］−Ｓ−［ＶＧ］−［ＧＡ］−Ｙ−［ＫＮ］−Ｎ−［ＩＶＡ
］；２）Ｙ−Ｋ−［ＤＥ］−Ｓ−Ｔ−Ｌ−Ｉ−［ＩＭ］−Ｑ−Ｌ−［ＬＦ］−［
ＲＨＣ］−Ｄ−Ｎ−［ＬＦ］−Ｔ−［ＬＳ］−Ｗ−［ＴＡＮ］−［ＳＡＤ］。

【０１６４】 （３’５’−サイクリンヌクレオチドホスホジエステラーゼ（ＰＤＥアーゼ）
）配列番号２３６６は、新規な３’５’−サイクリックヌクレオチドホスホジエ
ステラーゼをコードするポリヌクレオチドを示す。ＰＤＥアーゼは、対応するヌ
クレオシド５’１リン酸へのｃＡＭＰまたはｃＧＭＰの加水分解を触媒する（Ｃ
ｈａｒｂｏｎｎｅａｕら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ
．（１９８６）８３：９３０８）。ＰＤＥアーゼの少なくとも７つの異なるファ
ミリーがある（Ｂｅａｖｏら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． Ｓｃｉ．
（１９９０）１１：１５０；ｈｔｔｐ：／／ｗｅｂｅｒ．ｕ．ｗａｓｈｉｎｇｔ
ｏｎ．ｅｄｕ／〜ｐｄｅ／）：１）１型、カルモジュリン／カルシウム依存性Ｐ
ＤＥアーゼ；２）２型、ｃＧＭＰ刺激性ＰＤＥアーゼ；３）３型、ｃＧＭＰ阻害
性ＰＤＥアーゼ；４）４型、ｃＡＭＰ特異的ＰＤＥアーゼ；５）５型、ｃＧＭＰ
特異的ＰＤＥアーゼ；６）６型、ロドプシン感受性ｃＧＭＰ特異的ＰＤＥアーゼ
；および７）７型、高い親和性のｃＡＭＰ特異的ＰＤＥアーゼ。全てのＰＤＥア
ーゼの形態は、約２７０残基の保存されたドメインを共有する。特徴的なパター
ンは、２つの保存されたヒスチジンを含む１２残基のストレッチから決定される
：Ｈ−Ｄ−［ＬＩＶＭＦＹ］−ｘ−Ｈ−ｘ−［ＡＧ］−ｘ（２）−［ＮＱ］−ｘ
−［ＬＩＶＭＦＹ］。

【０１６５】 （４回膜貫通型内在性膜タンパク質（膜貫通４））。配列番号１５７９および
１９７８の配列は、４回膜貫通型セグメント内在性膜タンパク質ファミリー（ｔ
ｍ４ファミリー）のメンバーをコードする配列に対応する。タンパク質のｔｍ４
ファミリーは、進化的に関連した真核生物細胞の多くの表面抗原を含む（Ｌｅｖ
ｙら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９１）２６６：１４５９７；Ｔｏｍｌｉ
ｎｓｏｎら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（１９９３）２３：１３６；Ｂａｒ
ｃｌａｙら、Ｔｈｅ ｌｅｕｃｏｃｙｔｅ ａｎｔｉｇｅｎ ｆａｃｔｂｏｏｋ
ｓ（１９９３）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｌｏｎｄｏｎ／Ｓａｎ Ｄｉｅ
ｇｏ）。ｔｍ４ファミリーメンバーは、ＩＩＩ型膜タンパク質であり、これは輸
送シグナルとしておよび膜アンカーとしての両方で機能するＮ末端膜アンカード
メインを含む内在性膜タンパク質である。ファミリーメンバーはまた、３つのさ
らなる膜貫通領域、少なくとも７個の保存されたシステイン残基を含み、そして
ほぼ同じ大きさである（２１８〜２８４残基）。コンセンサスパターンは、２つ
の膜貫通ドメイン間の短い細胞質ループにおいて位置される２つのシステインを
含む保存された領域に及ぶ：コンセンサスパターン：Ｇ−ｘ（３）−［ＬＩＶＭ
Ｆ］−ｘ（２）−［ＧＳＡ］−［ＬＩＶＭＦ］（２）−Ｇ−Ｃ−ｘ−［ＧＡ］−
［ＳＴＡ］−ｘ（２）−［ＥＧ］−ｘ（２）−［ＣＷＮ］−［ＬＩＶＭ］（２）
。

【０１６６】 （７回膜貫通型内在性膜タンパク質−−ロドプシンファミリー（７ｔｍ １）
）。配列番号１６５２、１９２７、および２０６８は、７回膜貫通型（７ｔｍ）
レセプターロドプシンファミリーのメンバーをコードする配列に対応する。（７
ｔｍ）ロドプシンファミリーのＧ−タンパク質共役レセプターとしては、ホルモ
ン、神経伝達物質、およびグアニンヌクレオチド結合（Ｇ）タンパク質との相互
作用によって細胞外シグナルを導入する光レセプターが挙げられる（Ｓｔｒｏｓ
ｂｅｒｇ Ｅｕｒ． Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９１）１９６：１、Ｋｅｒ
ｌａｖａｇｅ Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ．（１９９
１）１：３９４、Ｐｒｏｂｓｔら、ＤＮＡ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．（１９９２）
１１：１、Ｓａｖａｒｅｓｅら、Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｊ．（１９９２）２８３：
１、ｈｔｔｐ：／ｗｗｗ．ｇｃｒｄｂ．ｕｔｈｓｃｓａ．ｅｄｕ／、ｈｔｔｐ：
／／ｓｗｉｆｔ．ｅｍｂｌ−ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ．ｄｅ／７ｔｍ／）。保存さ
れたトリプレットを含みかつまた第３の膜貫通ヘリックスの主要な部分に及ぶコ
ンセンサスパターンは、この広範なファミリーのタンパク質を検出するために使
用される：［ＧＳＴＡＬＩＶＭＦＹＷＣ］−［ＧＳＴＡＮＣＰＤＥ］−［ＥＤＰ
ＫＲＨ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＮＱＧＡ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＦＴ］−［
ＧＳＴＡＮＣ］−［ＬＩＶＭＦＹＷＳＴＡＣ］−［ＤＥＮＨ］−Ｒ−［ＦＹＷＣ
ＳＨ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭ］。

【０１６７】 （７回膜貫通型内在性膜タンパク質−−セクレチンファミリー（７ｔｍ ２）
）配列番号１５９８、１７１９、１９１１、１９２７、２０６８、および２３４
１は、７回膜貫通型レセプター（７ｔｍ）セクレチンファミリーのメンバーをコ
ードする配列に対応する（Ｊｕｅｐｐｎｅｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９１）２
５４：１０２４；Ｈａｍａｎｎら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ（１９９６）３２：１４４
）。これらのレセプターのＮ末端の細胞外ドメインは、ジスルフィド結合に関与
する５つの保存されたシステイン残基を含み、第１の３つのシステインに及ぶ領
域においてコンセンサスパターンを伴う。最も高度に保存される領域のうちの１
つは、最後の膜貫通領域のＣ末端部分および近接する細胞内領域の開始部分に及
び、そして第２の特徴的なパターンとして使用される。２つのコンセンサスパタ
ーンは以下である：１）Ｃ−ｘ（３）−［ＦＹＭＬＩＶ］−Ｄ−ｘ（３，４）−
Ｃ−［ＦＷ］−ｘ（２）−［ＳＴＡＧＶ］−ｘ（８，９）−Ｃ−［ＰＦ］；およ
び２）Ｑ−Ｇ−［ＬＭＦＣＡ］−［ＬＩＶＭＦＴ］−［ＬＩＶ］−ｘ−［ＬＩＶ
ＦＳＴ］−［ＬＩＦ］−［ＶＦＹＨ］−Ｃ−［ＬＦＹ］−ｘ−Ｎ−ｘ（２）−Ｖ
。

【０１６８】 （種々の細胞活性と関連するＡＴＰアーゼ（ＡＴＰアーゼ））本発明のポリヌ
クレオチドのいくつかは、多様な細胞活性と関連するＡＴＰアーゼ（ＡＡＡ）の
ファミリーのメンバーをコードする配列に対応する。ＡＡＡタンパク質ファミリ
ーは、ＡＴＰ結合部位を含む約２２０アミノ酸の保存された領域を共有する多数
のＡＴＰアーゼから構成される（Ｆｒｏｅｈｌｉｃｈら、Ｊ． Ｃｅｌｌ． Ｂ
ｉｏｌ．（１９９１）１１４：４４３；Ｅｒｄｍａｎｎら、Ｃｅｌｌ（１９９１
）６４：４９９；Ｐｅｔｅｒｓら、ＥＭＢＯ Ｊ．（１９９０）９：１７５７；
Ｋｕｎａｕら、Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ（１９９３）７５：２０９−２２４；Ｃｏｎ
ｆａｌｏｎｉｅｒｉら、ＢｉｏＥｓｓａｙｓ（１９９５）１７：６３９；ｈｔｔ
ｐ：／／ｙｅａｍｏｂ．ｐｃｉ．ｃｈｅｍｉｅ．ｕｎｉ−ｔｕｅｂｉｎｇｅｎ．
ｄｅ／ＡＡＡ／Ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ．ｈｔｍｌ）。ＡＡＡドメインは、１ま
たは２コピーで存在し得、ＡＴＰ依存性タンパク質クランプ（ｃｌａｍｐ）とし
て作用し（Ｃｏｎｆａｌｏｎｉｅｒｉら（１９９５）ＢｉｏＥｓｓａｙｓ １７
：６３９）、そしてドメインの中心部分において位置した非常に保存された領域
を含む。コンセンサスパターンは以下である：［ＬＩＶＭＴ］−ｘ−［ＬＩＶＭ
Ｔ］−［ＬＩＶＭＦ］−ｘ−［ＧＡＴＭＣ］−［ＳＴ］−［ＮＳ］−ｘ（４）−
［ＬＩＶＭ］−Ｄ−ｘ−Ａ−［ＬＩＦＡ］−ｘ−Ｒ。

【０１６９】 （塩基性領域およびロイシンジッパー転写因子（ＢＺＩＰ））配列番号１６２
３は、塩基領域およびロイシンジッパー転写因子のファミリーの新規なメンバー
をコードするポリヌクレオチドを示す。真核生物ＤＮＡ結合転写因子のｂＺＩＰ
スーパーファミリー（Ｈｕｒｓｔ、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｒｏｆ．（１９９５）２
：１０５；およびＥｌｌｅｎｂｅｒｇｅｒら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃ
ｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９４）４：１２）は、配列特異的ＤＮＡ結合を媒介する塩
基性領域、続いて二量体化に必要とされるロイシンジッパーを含むタンパク質を
含有する。このタンパク質ファミリーについてのコンセンサスパターンは以下で
ある：［ＫＲ］−ｘ（１，３）−［ＲＫＳＡＱ］−Ｎ−ｘ（２）−［ＳＡＱ］（
２）−ｘ−［ＲＫＴＡＥＮＱ］−ｘ−Ｒ−ｘ−［ＲＫ］。

【０１７０】 （Ｃ２ドメイン（Ｃ２））配列番号１７１５および２４２６は、Ｃ２ドメイン
をコードする配列に対応し、これはカルシウム依存性のリン脂質結合（Ｄａｖｌ
ｅｔｏｖ Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．（１９９３）２６８：２６３８６−２
６３９０）、またはカルシウムを結合しないタンパク質に関与する。このドメイ
ンは、イノシトール−１，３，４，５−四リン酸への結合を促進し得る（Ｆｕｋ
ｕｄａら、Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．（１９９４）２６９：２９２０６−２
９２１１；Ｓｕｔｔｏｎら、Ｃｅｌｌ（１９９５）８０：９２９−９３８）。コ
ンセンサス配列は以下である：［ＡＣＧ］−ｘ（２）−Ｌ−ｘ（２，３）−Ｄ−
ｘ（１，２）−［ＮＧＳＴＬＩＦ］−［ＧＴＭＲ］−ｘ−［ＳＴＡＰ］−Ｄ−［
ＰＡ］−［ＦＹ］。

【０１７１】 （システインプロテアーゼ（Ｃｙｓ−プロテアーゼ））配列番号２２３８は、
真核生物のチオール（システイン）プロテアーゼの活性部位を有するタンパク質
をコードするポリヌクレオチドを示す。システインプロテアーゼ（Ｄｕｆｏｕｒ
Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ（１９８８）７０：１３３５）は、活性部位システインを
含むタンパク質分解性酵素のファミリーである。触媒は、チオエステル中間体を
介して進行し、そして近くのヒスチジン側鎖によって促進され；アスパラギンは
必要不可欠な三連触媒（ｃａｔａｌｙｔｉｃ ｔｒｉａｄ）を達成する。３つの
活性部位残基の周囲の配列は十分に保存され、および特徴的なパターンとして使
用され得る：Ｑ−ｘ（３）−［ＧＥ］−ｘ−Ｃ−［ＹＷ］−ｘ（２）−［ＳＴＡ
ＧＣ］−［ＳＴＡＧＣＶ］（ここでＣは、活性部位残基である）；２）［ＬＩＶ
ＭＧＳＴＡＮ］−ｘ−Ｈ−［ＧＳＡＣＥ］−［ＬＩＶＭ］−ｘ−［ＬＩＶＭＡＴ
］（２）−Ｇ−ｘ−［ＧＳＡＤＮＨ］（ここでＨは、活性部位残基である）；お
よび３）［ＦＹＣＨ］−［ＷＩ］−［ＬＩＶＴ］−ｘ−［ＫＲＱＡＧ］−Ｎ−［
ＳＴ］−Ｗ−ｘ（３）−［ＦＹＷ］−Ｇ−ｘ（２）−Ｇ−［ＬＦＹＷ］−［ＬＩ
ＶＭＦＹＧ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦ］（ここでＮは、活性部位残基である）。

【０１７２】 （ＤＥＡＤボックスファミリーおよびＤＥＡＨボックスファミリーのＡＴＰ依
存性ヘリカーゼ（Ｄｅａｄ ｂｏｘ ｈｅｌｉｃ））配列番号１６３０、１８６
５、および２５１７は、ＤＥＡＤボックスファミリーおよびＤＥＡＨボックスフ
ァミリー（Ｓｃｈｍｉｄら、Ｍｏｌ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９２）６：
２８３；Ｌｉｎｄｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ（１９８９）３３７：１２１；Ｗａｓｓ
ａｒｍａｎら、Ｎａｔｕｒｅ（１９９１）３４９：４６３）の新規なメンバーを
コードするポリヌクレオチドを示す。これらのファミリーの全てのメンバーは、
ＡＴＰ依存性の核酸巻戻し（ｕｎｗｉｎｄｉｎｇ）に関与する。全てのＤＥＡＤ
ボックスファミリーメンバーは、多くの保存された配列モチーフを共有し、この
うちのいくつかはＤＥＡＤファミリーに特異的であり、他は、他のＡＴＰ結合タ
ンパク質によってか、またはヘリカーゼ「スーパーファミリー」に属するタンパ
ク質によって共有される（Ｈｏｄｇｍａｎ Ｎａｔｕｒｅ（１９８８）３３３：
２２およびＮａｔｕｒｅ（１９８８）３３３：５７８（Ｅｒｒａｔａ）；ｈｔｔ
ｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｗｗｗ／ｌｉｎｄｅｒ／ＨＥＬＩＣＡＳ
ＥＳ＿ＴＥＸＴ．ｈｔｍｌ）。これらのモチーフのうちの１つは、「Ｄ−Ｅ−Ａ
−Ｄ−ボックス」と呼ばれ、ＡＴＰ−結合タンパク質のＢモチーフの特別なバー
ジョンを示す。第２のＡｓｐの代わりにＨｉｓを有するタンパク質は、「Ｄ−Ｅ
−Ａ−Ｈ−ボックス」タンパク質である（Ｗａｓｓａｒｍａｎら、Ｎａｔｕｒｅ
（１９９１）３４９：４６３；Ｈａｒｏｓｈら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ
Ｒｅｓ．（１９９１）１９：６３３１；Ｋｏｏｎｉｎら、Ｊ． Ｇｅｎ． Ｖｉ
ｒｏｌ．（１９９２）７３：９８９；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃ
ｈ／ｗｗｗ／ｌｉｎｄｅｒ／ＨＥＬＩＣＡＳＥＳ＿ＴＥＸＴ．ｈｔｍｌ）。以下
の特徴的なパターンは、両方のサブファミリーについてのメンバーを同定するた
めに使用される：１）［ＬＩＶＭＦ］（２）−Ｄ−Ｅ−Ａ−Ｄ−［ＲＫＥＮ］−
ｘ−［ＬＩＶＭＦＹＧＳＴＮ］；および２）［ＧＳＡＨ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦ］
（３）−Ｄ−Ｅ−［ＡＬＩＶ］−Ｈ−［ＮＥＣＲ］。

【０１７３】 （二重特異性ホスファターゼ（ＤＳＰｃ））二重特異性ホスファターゼ（ＤＳ
Ｐ）は、ヘリックスα１を鎖β１に連結する「認識」領域以外は、チロシン特異
的ホスファターゼの三次折畳みに非常に類似する三次折畳みを含む、Ｓｅｒ／Ｔ
ｈｒタンパク質ホスファターゼおよびＴｙｒタンパク質ホスファターゼである。
この三次折畳みは、ＶＨ−１関連性の二重特異性ホスファターゼ（ＶＨＲ）と、
タンパク質チロシンホスファターゼ（ＰＴＰ）と他のＤＳＰとの間の特異的な基
質における差異を決定し得る。ホスファターゼは、細胞成長、増殖、分化、およ
び形質転換の制御において重要である。

【０１７４】 （ＥＦハンド（ＥＦｈａｎｄ））配列番号１５９５は、ＥＦ−ハンドタンパク
質ファミリーのメンバーをコードするポリヌクレオチドに対応し、カルシウム結
合ドメインは、同じ進化的なファミリーに属する多くのカルシウム結合タンパク
質によって共有される（Ｋａｗａｓａｋｉら、Ｐｒｏｔｅｉｎ． Ｐｒｏｆ．（
１９９５）２：３０５−４９０）。ドメインは、両側で１２残基のαヘリックス
ドメインにより隣接する１２残基ループであり、ここでカルシウムイオンは、５
角形の２錐体立体配座中に配位される。結合に関与する６残基は、１位、３位、
５位、７位、９位、および１２位にあり；これらの残基は、Ｘ、Ｙ、Ｚ、−Ｙ、
−Ｘ、および−Ｚによって示される。１２位での不変（ｉｎｖａｒｉａｎｔ）な
ＧｌｕまたはＡｓｐは、Ｃａを連結するための２つの酸素を提供する（２つ（ｂ
ｉｄｅｎｔａｔｅ）のリガンド）。コンセンサスパターンは、完全なＥＦハンド
ループ、ならびにループに続きかつ常に疎水性であるようである最初の残基を含
む：Ｄ−ｘ−［ＤＮＳ］−｛ＩＬＶＦＹＷ｝−［ＤＥＮＳＴＧ］−［ＤＮＱＧＨ
ＲＫ］−｛ＧＰ｝−［ＬＩＶＭＣ］−［ＤＥＮＱＳＴＡＧＣ］−ｘ（２）−［Ｄ
Ｅ］−［ＬＩＶＭＦＹＷ］。

【０１７５】 （真核生物アスパルチルプロテアーゼ（ａｓｐ））本発明のいくつかのポリヌ
クレオチドは、新規な真核生物アスパルチルプロテアーゼをコードする配列に対
応する。アスパルチルプロテアーゼは、酸プロテアーゼとして公知であり（ＥＣ
３．４．２３．−）、脊椎動物、真菌、植物、レトロウイルス、およびいくつ
かの植物ウイルスにおいて存在することが公知であるタンパク質分解性酵素の広
範に分布するファミリーである（Ｆｏｌｔｍａｎｎ、Ｅｓｓａｙｓ Ｂｉｏｃｈ
ｅｍ．（１９８１）１７：５２；Ｄａｖｉｅｓ． Ａｎｎｕ． Ｒｅｖ． Ｂｉ
ｏｐｈｙｓ． Ｃｈｅｍ．（１９９０）１９：１８９；Ｒａｏら、Ｂｉｏｃｈｅ
ｍｉｓｔｒｙ（１９９１）３０：４６６３）。真核生物のアスパラギン酸プロテ
アーゼは、２つのドメインからなる単量体の酵素である。各ドメインは、触媒性
のアスパルチル残基の中心におかれる活性部位を含む。真核生物アスパルチルプ
ロテアーゼを同定するコンセンサスパターンは：［ＬＩＶＭＦＧＡＣ］−［ＬＩ
ＶＭＴＡＤＮ］−［ＬＩＶＦＳＡ］−Ｄ−［ＳＴ］−Ｇ−［ＳＴＡＶ］−［ＳＴ
ＡＰＤＥＮＱ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＳＴＮＣ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＧＴＡ］であ
り、ここではＤは、活性部位残基である。

【０１７６】 （フィブロネクチンＩＩ型コラーゲン結合ドメイン（ＦｎＩＩ型））配列番号
１９６８は、ＩＩ型フィブロネクチンコラーゲン結合ドメインを有するポリぺプ
チドをコードするポリヌクレオチドに対応する。フィブロネクチンは、細胞表面
およびコラーゲン、フィブリン、ヘパリン、ＤＮＡ、およびアクチンを含む種々
の化合物を結合する血漿タンパク質である。フィブロネクチンの配列の主要な部
分は、Ｉ型、ＩＩ型、およびＩＩＩ型と呼ばれるドメインの３つの型の反復から
なる（Ｓｋｏｒｓｔｅｎｇａａｒｄｅｔら、Ｅｕｒ． Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．
（１９８６）１６１：４４１）。ＩＩ型ドメインは、フィブロネクチンにおいて
重複され、約４０残基長であり、ジスルフィド結合に関与する４つの保存された
システインを含み、そしてフィブロネクチンのコラーゲン結合領域の部分である
。このファミリーのメンバーを同定するためのコンセンサスパターン（このパタ
ーンは、この全ドメインに及ぶ）は、以下のようである：Ｃ−ｘ（２）−Ｐ−Ｆ
−ｘ−［ＦＹＷＩ］−ｘ（７）−Ｃ−ｘ（８，１０）−Ｗ−Ｃ−ｘ（４）−［Ｄ
ＮＳＲ］−［ＦＹＷ］−ｘ（３，５）−［ＦＹＷ］−ｘ−［ＦＹＷＩ］−Ｃ（こ
こで４つのＣは、ジスルフィド結合に関与する）。

【０１７７】 （Ｇ−タンパク質αサブユニット（Ｇ−α））配列番号１７７９は、Ｇ−タン
パク質αサブユニットファミリーのメンバーをコードする遺伝子に対応する。Ｇ
−タンパク質は、細胞内エフェクター（例えば、セカンドメッセンジャー分子の
濃度を変化するイオンチャネルおよび酵素）に、細胞外で活性化された内在性膜
レセプターを共役する膜会合性のタンパク質のファミリーである。Ｇ−タンパク
質は、静止状態において、原形質膜の内表面で三量体として会合する３つのサブ
ユニット（α、β、およびγ）から構成される。αサブユニット（ＧＴＰを結合
し、そしてＧＴＰアーゼ活性を示す）は、４０〜４５ｋＤａの範囲における分子
量を有する約３５０〜４００アミノ酸長である。１７個の異なる型のαサブユニ
ットが哺乳動物において同定されており、そして配列類似性および機能の両方に
基づいて、４つの主な群：α−ｓ、α−ｑ、α−ｉ、およびα−１２に分類され
る（Ｓｉｍｏｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９３）２５２：８０２）。これらはし
ばしば、通常、ミリスチル酸および／またはパルミトイル酸（ｐａｌｍｉｔｏｙ
ｌａｔｅ）によりＮ末端でアシル化され、これらの脂肪酸改変は、膜会合および
他のタンパク質との高親和性の相互作用のために重要であり得る。

【０１７８】 （Ｃ末端ドメインが保存されたヘリカーゼ（ヘリカーゼ Ｃ））配列番号１６
２１および１６５２は、ＤＥＡＤ／Ｈヘリカーゼファミリーの新規なメンバーを
コードするポリヌクレオチドを示す。ＤＥＡＤおよびＤＥＡＨファミリーは上述
に記載される。

【０１７９】 （ヘリックス−ループ−ヘリックス（ＨＬＨ）ＤＮＡ結合ドメイン（ＨＬＨ）
）配列番号２１９２は、ＨＬＨドメインをコードする配列に対応する。ＨＬＨド
メイン（通常約４０〜５０アミノ酸に及ぶ）は、多くの真核生物転写因子に存在
する。ＨＬＨドメインは、タンパク質二量体化を媒介するループを形成する種々
の長さのリンカー領域によって結合される２つの両親媒性のヘリックスから形成
される（Ｍｕｒｒｅら、Ｃｅｌｌ（１９８９）５６：７７７−７８３）。塩基性
ＨＬＨタンパク質（ｂＨＬＨ）（ＨＬＨドメインの近傍の約１５アミノ酸残基の
余分な塩基性領域を有し、ＤＮＡに特異的に結合する）は、２つの群を含む：ク
ラスＡ（遍在性）およびクラスＢ（組識特異的）。ｂＨＬＨファミリーのメンバ
ーは、Ｅ−ボックスモチーフ（ＣＡＮＮＴＧ）のバリエーションを結合する。Ｈ
ＬＨドメインによって媒介されるホモ二量体化またはヘテロ二量体化は、ＤＮＡ
結合から独立しているが、ＤＮＡ結合に必要とされる。なぜなら、２つの塩基性
領域がＤＮＡ結合活性に必要とされるからである。塩基性ドメインを欠損するＨ
ＬＨタンパク質は、それらがヘテロ二量体を形成するので、負の調節因子として
機能するが、ＤＮＡを結合し得ない。コンセンサスパターン：［ＤＥＮＳＴＡＰ
］−［ＫＴＲ］−［ＬＩＶＭＡＧＳＮＴ］−｛ＦＹＷＣＰＨＫＲ｝−［ＬＩＶＭ
Ｔ］−［ＬＩＶＭ］−ｘ（２）−［ＳＴＡＶ］−［ＬＩＶＭＳＴＡＣＫＲ］−ｘ
−［ＶＭＦＹＨ］−［ＬＩＶＭＴＡ］−｛Ｐ｝−｛Ｐ｝−［ＬＩＶＭＲＫＨＱ］
。

【０１８０】 （Ｔｏｒのキナーゼドメイン）ＴＯＲプロフィールは、脂質キナーゼタンパク
質ファミリーに対して指向される。このファミリーは、脂質およびプロテインキ
ナーゼドメインを有する大きなタンパク質から構成され、そしてラパマイシン（
抗真菌化合物）に対するそれらの感受性を介して特徴づけされる。ＴＯＲタンパ
ク質は、ＰＩ３キナーゼの下流のシグナル伝達および多くの他のシグナル伝達に
関与する。ＴＯＲ（またＦＲＡＰ、ＲＡＦＴとも呼ばれる）は、タンパク質合成
および細胞増殖を調節する際に役割を果たし、そして酵母において、翻訳開始お
よび初期のＧ１進行を制御する。例えば、Ｂａｒｂｅｔら、Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ
． Ｃｅｌｌ．（１９９６）７（１）：２５−４２；Ｈｅｌｌｉｗｅｌｌら、Ｇ
ｅｎｅｔｉｃｓ（１９９８）１４８：９９−１１２を参照のこと。

【０１８１】 （ＭＡＰキナーゼキナーゼ（ｍｋｋ））配列番号１８２５、１８７６、２０３
９、および２５２６は、ＭＡＰキナーゼキナーゼ（ｍｋｋ）ファミリーのメンバ
ーを示す。ＭＡＰキナーゼ（ＭＡＰＫ）は、シグナル伝達に関与し、そして細胞
周期および細胞増殖の制御において重要である。ＭＡＰキナーゼキナーゼ（ＭＡ
ＰＫＫ）は、ＭＡＰキナーゼをリン酸化し、そして活性化する、二重特異性プロ
テインキナーゼである。ＭＡＰＫＫホモログは、酵母、無脊椎動物、両生類、お
よび哺乳動物において見出されている。さらに、ＭＡＰＫＫ／ＭＡＰＫリン酸化
スイッチは、酵母におけるおよび脊椎動物における異なる経路において活性化さ
れる基本的なモジュールを構成する。ＭＡＰＫＫは、核に達する前にシグナルが
通過しなければならない必要不可欠なトランスデューサーである。概説について
、例えば、Ｂｉｏｌｏｇｉｑｕｅ Ｂｉｏｌ． Ｃｅｌｌ（１９９３）７９：１
９３−２０７；Ｎｉｓｈｉｄａら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｓｃｉ（１
９９３）１８：１２８−３１；Ｒｕｄｅｒｍａｎ Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｃｅｌ
ｌ Ｂｉｏｌ（１９９３）５：２０７−１３：Ｄｈａｎａｓｅｋａｒａｎら、Ｏ
ｎｃｏｇｅｎｅ（１９９８）１７：１４４７−５５；Ｋｉｅｆｅｒら、Ｂｉｏｃ
ｈｅｍ Ｓｏｃ Ｔｒａｎｓ（１９９７）２５：４９１−８；およびＨｉｌｌ．
Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌ（１９９６）８：５３３−４４を参照のこと。

【０１８２】 （神経伝達物質ゲート制御イオンチャネル（ｎｅｕｒ＿ｃｈａｎ））いくつか
の配列は、神経伝達物質ゲート制御イオンチャネルをコードする配列に対応する
。神経伝達物質ゲート制御イオンチャネルは、化学シナプスでの迅速なシグナル
伝達についての分子基準を提供し、特定の神経伝達分子の結合の際に一時的にイ
オンチャンネルを形成するシナップス後性のオリゴマー膜貫通複合体である。神
経伝達物質ゲート制御レセプターの５つの型が公知である：１）ニコチン性アセ
チルコリンレセプター（ＡｃｈＲ）；２）グリシンレセプター；３）γ−アミノ
酪酸（ＧＡＢＡ）レセプター；４）セロトニン５ＨＴ３レセプター；および５）
グルタミン酸レセプター。神経伝達物質ゲート制御イオンチャネルからのサブユ
ニットの全ての公知の配列は、構造的に関連し、そして大きな細胞外グリコシル
化Ｎ末端リガンド結合ドメイン、続いてイオンチャンネルを形成する３つの疎水
性膜貫通領域、続いて可変長の細胞内領域から構成される。第４の疎水性領域は
、配列のＣ末端にて見出される。コンセンサスパターンは：Ｃ−ｘ−［ＬＩＶＭ
ＦＱ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦ］−ｘ（２）−［ＦＹ］−Ｐ−ｘ−Ｄ−ｘ（３）−Ｃ
であり、ここで２つのＣはジスルフィド結合によって連結される。

【０１８３】 （プロテインキナーゼ（ｐｒｏｔｋｉｎａｓｅ））いくつかの配列は、種々の
経路においてタンパク質のリン酸化を触媒するプロテインキナーゼをコードする
ポリヌクレオチドを示し、そして癌に関与する。真核生物のプロテインキナーゼ
（Ｈａｎｋｓら、ＦＡＳＥＢ Ｊ．（１９９５）９：５７６；Ｈｕｎｔｅｒ，Ｍ
ｅｔｈ． Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９９１）２００：３：Ｈａｎｋｓら、Ｍｅｔｈ
．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９９１）２００：３８；Ｈａｎｋｓ、Ｃｕｒｒ． Ｏｐ
ｉｎ． Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ．（１９９１）１：３６９；Ｈａｎｋｓら、
Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８８）２４１：４２）は、セリン／スレオニンおよびチロ
シンプロテインキナーゼの両方に共通の保存された触媒コアを共有するタンパク
質の非常に広範囲なファミリーに属する。プロテインキナーゼの触媒ドメインに
おいて多くの保存された領域がある。第１の領域は、触媒ドメインのＮ末端の端
に位置され、リジン残基の近傍における残基のグリシンリッチストレッチであり
、これはＡＴＰ結合に関与することが示されている。第２の領域は、触媒ドメイ
ンの中心部分に位置され、酵素の触媒活性に重要である保存されたアスパラギン
酸残基を含む（Ｋｎｉｇｈｔｏｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９１）２５３：４０
７）。

【０１８４】 プロテインキナーゼプロフィールは、この第２の領域について２つの特徴的な
パターンを含む：一方は、セリン／スレオニンキナーゼに特異的であり、そして
他方はチロシンキナーゼに特異的である。第３のプロフィールは、整列（Ｈａｎ
ｋｓら、ＦＡＳＥＢ Ｊ．（１９９５）９：５７６）に基づき、そして全触媒ド
メインを覆う。コンセンサスパターンは以下のようである：１）［ＬＩＶ］−Ｇ
−｛Ｐ｝−Ｇ−｛Ｐ｝−［ＦＹＷＭＧＳＴＮＨ］−［ＳＧＡ］−｛ＰＷ｝−［Ｌ
ＩＶＣＡＴ］−｛ＰＤ｝−ｘ−［ＧＳＴＡＣＬＩＶＭＦＹ］−ｘ（５，１８）−
［ＬＩＶＭＦＹＷＣＳＴＡＲ］−［ＡＩＶＰ］−［ＬＩＶＭＦＡＧＣＫＲ］−Ｋ
であり、ここでＫは、ＡＴＰを結合する；２）［ＬＩＶＭＦＹＣ］−ｘ−［ＨＹ
］−ｘ−Ｄ−［ＬＩＶＭＦＹ］−Ｋ−ｘ（２）−Ｎ−［ＬＩＶＭＦＹＣＴ］（３
）、ここでＤは、活性部位残基であり、；および３）［ＬＩＶＭＦＹＣ］−ｘ−
Ｄ−［ＬＩＶＭＦＹ］−［ＲＳＴＡＣ］−ｘ（２）−Ｎ−［ＬＩＶＭＦＹＣ］、
ここでＤは、活性部位残基である。

【０１８５】 （タンパク質チロシンホスファターゼ（Ｙ ホスファターゼ）（ＰＴＰアーゼ
））配列番号１７１９、１７６９、２０６２、２１９７、および２２７５は、チ
ロシン特異的タンパク質ホスファターゼ、チロシン残基に付着されたリン酸基の
除去を触媒するキナーゼ（ＥＣ ３．１．３．４８）（ＰＴＰアーゼ）（Ｆｉｓ
ｃｈｅｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９１）２５３：４０１；Ｃｈａｒｂｏｎｎｅ
ａｕら、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ．（１９９２）８：４６３；
Ｔｒｏｗｂｒｉｄｇｅ Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．（１９９１）２６６：２３５１
７；Ｔｏｎｋｓら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｓｃｉ．（１９８９）１
４：４９７；およびＨｕｎｔｅｒ、Ｃｅｌｌ（１９８９）５８：１０１３）をコ
ードするポリヌクレオチドを示す。ＰＴＰアーゼは、細胞成長、増殖、分化、お
よび形質転換の制御において重要である。ＰＴＰアーゼの複数の形態が特徴づけ
られており、そして２つのカテゴリーに分類され得る：可溶性ＰＴＰアーゼおよ
びＰＴＰアーゼドメインを含む膜貫通レセプタータンパク質。構造学的に、全て
の公知のレセプターＰＴＰアーゼは、可変長の細胞外ドメイン、続いて膜貫通領
域、およびＣ末端触媒細胞質ドメインから構成される。ＰＴＰアーゼドメインは
、約３００アミノ酸からなる。２つの保存されたシステインが、活性に絶対的に
必要とされ、ここで極めて近傍における多くの他の保存された残基もまた、活性
に重要である。ＰＴＰアーゼについてのコンセンサスパターンは：［ＬＩＶＭＦ
］−Ｈ−Ｃ−ｘ（２）−Ｇ−ｘ（３）−［ＳＴＣ］−［ＳＴＡＧＰ］−ｘ−［Ｌ
ＩＶＭＦＹ］であり；Ｃは、活性部位残基である。

【０１８６】 （ＲＮＡ認識モチーフ（ｒｒｍ））配列番号１８５０および２１９４は、ＲＮ
Ａ認識モチーフ（またＲＲＭ、ＲＢＤ、またはＲＮＰドメインとしても知られる
）をコードする配列に対応する。このドメインは、約９０アミノ酸長であり、１
本鎖ＲＮＡを結合する真核生物タンパク質において含まれる（Ｂａｎｄｚｉｕｌ
ｉｓら、Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．（１９８９）３；４３１−４３７；Ｄｒｅｙｆｕ
ｓｓら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｓｃｉ．（１９８８）１３：８６−９
１）。ＲＮＡ結合ドメイン内の２つの領域は非常に保存される：第１は、６残基
の疎水性セグメント（これはＲＮＰ−２モチーフと呼ばれる）であり、第２は、
８ペプチドモチーフ（これはＲＮＰ−１またはＲＮＰ−ＣＳと呼ばれる）である
。コンセンサスパターンは：［ＲＫ］−Ｇ−｛ＥＤＲＫＨＰＣＧ｝−［ＡＧＳＣ
Ｉ］−［ＦＹ」−［ＬＩＶＡ］−ｘ−［ＦＹＬＭ］である。

【０１８７】 （ＳＨ２ドメイン（ＳＨ２））配列番号２４４１は、ＳＨ２ドメインをコード
する配列に対応する。Ｓｒｃホモログ２（ＳＨ２）ドメインは、約１００アミノ
酸残基のドメインを含み、これは腫瘍性タンパク質（ｏｎｃｏｐｒｏｔｅｉｎ）
ＳｒｃおよびＦｂｓにおいて、ならびに多くの他の細胞内シグナル伝達タンパク
質において保存される（Ｓａｄｏｗｓｋｉら、Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ
．（１９８６）６：４３９６−４４０８；Ｒｕｓｓｅｌら、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ
．（１９９２）３０４：１５−２０）。ＳＨ２ドメインは、配列特異的および厳
しいリン酸化依存性の様式において、ホスホチロシンを含有する標的ペプチドに
高親和性で相互作用することによって、細胞内シグナル伝達カスケードの調節モ
ジュールとして機能する。ＳＨ２ドメインは、２つのαヘリックスおよび６〜７
個のβ鎖からなる保存された３Ｄ構造を有する。ドメインのコアは、２つの連結
されたβシートから構成される連続的なβメアンダー（ｍｅａｎｄｅｒ）によっ
て形成される（Ｋｕｒｉｙａｎら、Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｓｔｒｕｃｔ．
Ｂｉｏｌ．（１９９３）３：８２８−８３７）。

【０１８８】 （チオレドキシンファミリー活性部位（Ｔｈｉｏｒｅｄｏｘ））配列番号１６
１８は、チオレドキシンファミリーのタンパク質をコードするポリヌクレオチド
を示す。チオレドキシンは、活性中心のジスルフィド結合の可逆性の酸化を介し
て種々のレドックス反応に関与する約１００アミノ酸残基の小タンパク質である
（Ｈｏｌｍｇｒｅｎ． Ａｎｎｕ． Ｒｅｖ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９８５）
５４：２３７；Ｇｌｅａｓｏｎら、ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． Ｒｅｖ．
（１９８８）５４：２７１；Ｈｏｌｍｇｒｅｎ Ａ． Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈ
ｅｍ．（１９８９）２６４：１３９６３；Ｅｋｌｕｎｄら、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（
１９９１）１１：１３）。チオレドキシンは、２つのシステイン残基が分子内ジ
スルフィド結合において連結される還元形態または酸化形態のいずれかで存在す
る。レドックス活性ジスルフィド結合の周囲の配列は、十分に保存される。コン
センサスパターンは：［ＬＩＶＭＦ］−［ＬＩＶＭＳＴＡ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦ
ＹＣ］−［ＦＹＷＳＴＨＥ］−ｘ（２）−［ＦＹＷＧＴＮ］−Ｃ−［ＧＡＴＰＬ
ＶＥ］−［ＰＨＹＷＳＴＡ］−Ｃ−ｘ（６）−［ＬＩＶＭＦＹＷＴ］（ここでは
２つのＣは、レドックス活性結合を形成する）。

【０１８９】 （トリプシン（トリプシン））配列番号１５７９、２２９０、２３４１、２４
２１、２４３０、および２４３８は、トリプシンファミリーの新規なセリンプロ
テアーゼに対応する。トリプシンファミリーからのセリンプロテアーゼの触媒活
性は、ヒスチジン（これ自身はセリンに水素結合する）に水素結合するアスパラ
ギン酸残基に関与する電荷リレー系によって提供される。活性部位セリン残基お
よびヒスチジン残基の近傍における配列は、十分に保存される（Ｂｒｅｎｎｅｒ
Ｎａｔｕｒｅ（１９８８）３３４：５２８）。トリプシンタンパク質ファミリ
ーについてのコンセンサスパターンは：１）［ＬＩＶＭ］−［ＳＴ］−Ａ−［Ｓ
ＴＡＧ］−Ｈ−Ｃ、ここでＨは活性部位残基である；および２）［ＤＮＳＴＡＧ
Ｃ］−［ＧＳＴＡＰＩＭＶＱＨ］−ｘ（２）−Ｇ−［ＤＥ］−Ｓ−Ｇ−［ＧＳ］
−［ＳＡＰＨＶ］−［ＬＩＶＭＦＹＷＨ］−［ＬＩＶＭＦＹＳＴＡＮＱＨ］、こ
こではＳは、活性部位残基である。このファミリーに属することが公知である全
ての配列は、第１の保存されたグリシンが喪失した１８個の異なるプロテアーゼ
を除いて、上記のコンセンサス配列によって検出される。タンパク質がセリン活
性部位特徴およびヒスチジン活性部位特徴の両方を含む場合、これが、トリプシ
ンファミリーセリンプロテアーゼである確率は、１００％である。

【０１９０】 （ＷＤドメイン、Ｇ−β反復（ＷＤドメイン））配列番号２２８１は、ＷＤド
メイン／Ｇ−β反復ファミリーのメンバーを示す。β−トランスデューシン（Ｇ
−β）は、膜貫通レセプターによって生成されるシグナルの伝達における中間体
として作用するグアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇタンパク質）の３つの
サブユニット（α、β、およびγ）のうちの１つである（Ｇｉｌｍａｎ、Ａｎｎ
ｕ． Ｒｅｖ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９８７）５６：６１５）。αサブユニッ
トは、ＧＴＰに結合し、これを加水分解し；βおよびγサブユニットはＧＴＰに
よるＧＤＰの置換に、ならびに膜固着化およびレセプター認識に必要とされる。
高等真核生物において、Ｇ−βは、約３４０アミノ酸残基の高度に保存されたタ
ンパク質の小さな多重遺伝子ファミリーとして存在する。構造学的に、Ｇ−βは
、約４０残基の８つのタンデムな反復を有し、それぞれ中心的なＴｒｐ−Ａｓｐ
モチーフを含む（この型の反復は、時折ＷＤ−４０反復と呼ばれる）。ＷＤドメ
イン／Ｇ−β反復ファミリーのコンセンサスパターンは：［ＬＩＶＭＳＴＡＣ］
−［ＬＩＶＭＦＹＷＳＴＡＧＣ］−［ＬＩＭＳＴＡＧ］−［ＬＩＶＭＳＴＡＧＣ
］−ｘ（２）−［ＤＮ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＷＳＴＡＣ］−ｘ−［ＬＩＶＭ
ＦＳＴＡＧ］−Ｗ−［ＤＥＮ］−［ＬＩＶＭＦＳＴＡＧＣＮ］である。

【０１９１】 （発生シグナル伝達タンパク質のｗｎｔファミリー（Ｗｎｔ ｄｅｖ ｓｉｇ
ｎ））いくつかの配列は、発生シグナル伝達タンパク質のｗｎｔファミリーの新
規なメンバーに対応する。Ｗｎｔ−１（以前はｉｎｔ−１として公知であった）
は、このファミリーの根本のメンバーであり（Ｎｕｓｓｅ、Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅ
ｎｅｔ（１９８８）４：２９１）、細胞内連絡において役割を果たし、そして中
枢神経系の発達において重要である。全てのｗｎｔファミリータンパク質は、分
泌タンパク質に特徴的な以下の特徴を共有する：シグナルペプチド、いくつかの
潜在的なＮグリコシル化部位、およびジスルフィド結合に関与し得る２２個の保
存されたシステイン。ｗｎｔタンパク質は一般に、分泌細胞の原形質膜に接着し
、それゆえわずかな細胞直径のみにわたってシグナル伝達するようである。コン
センサスパターン（３つのシステインを含む高度に保存された領域に基づく）は
、以下のようである：Ｃ−Ｋ−Ｃ−Ｈ−Ｇ−［ＬＩＶＭＴ］−Ｓ−Ｇ−ｘ−Ｃ。

【０１９２】 （ジンクフィンガー、Ｃ２Ｈ２型（Ｚｉｎｃｆｉｎｇ Ｃ２Ｈ２））配列番号
１７３５、１９４２、２０１８、２２５４、および２５１５は、核酸結合を容易
にするジンクフィンガードメインを含むＣ２Ｈ２型のジンクフィンガータンパク
質ファミリー（Ｋｌｕｇら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｓｃｉ．（１９
８７）１２：４６４；Ｅｖａｎｓら、Ｃｅｌｌ（１９８８）５２：１；Ｐａｙｒ
ｅら、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．（１９８８）２３４：２４５；Ｍｉｌｌｅｒら、Ｅ
ＭＢＯ Ｊ．（１９８５）４：１６０９；およびＢｅｒｇ、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ
ｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ（１９８８）８５：９９）のメンバーをコ
ードするポリヌクレオチドに対応する。保存された亜鉛リガンド残基に加えて、
多くの他の位置もまた、Ｃ２Ｈ２ジンクフィンガーの構造完全性に重要である（
Ｒｏｓｅｎｆｅｌｄら、Ｊ． Ｂｉｏｍｏｌ． Ｓｔｒｕｃｔ． Ｄｙｎ．（１
９９３）１１：５５７）。最も良好に保存される位置は、一般に芳香族または脂
肪族残基であり、第２のシステインの後ろの４つの残基に位置される。Ｃ２Ｈ２
ジンクフィンガーについてのコンセンサスパターンは：Ｃ−ｘ（２，４）−Ｃ−
ｘ（３）−［ＬＩＶＭＦＹＷＣ］−ｘ（８）−Ｈ−ｘ（３，５）−Ｈである。２
つのＣおよび２つのＨは、亜鉛リガンドである。

【０１９３】 （実施例４：本発明のポリヌクレオチドの示差的な発現：示差的な発現のライ
ブラリーおよび検出の記載） 本発明のポリヌクレオチドの相対的な発現レベルを、細胞株および患者組識サ
ンプルを含む種々の供給源から調製されたいくつかのライブラリーにおいて評価
した。表４は、これらのライブラリーの要約を提供し、短縮したライブラリー名
（本明細書中以後使用される）、調製されたｃＤＮＡライブラリーに使用された
ｍＲＮＡ供給源、以下の表において使用されるライブラリーの「ニックネーム」
（カッコ内）、およびライブラリー中のコロニーのおよその数を含む。

【０１９４】

【表１】 ＫＭ１２Ｌ４、ＫＭ１２Ｃ、およびＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞株は、上記の実
施例１において記載される。ＭＣＦ７細胞株は、乳腺癌腫の胸水に由来し、そし
て非転移性である。ＭＶ−５２２細胞株は、ヒト肺癌腫に由来し、および高い転
移可能性である。ＵＣＰ−３細胞株は、低い転移性のヒト肺癌腫細胞株であり；
ＭＶ−５２２は、ＵＣＰ−３の高い転移性の改変体である。これらの細胞株は、
ヒト乳癌および肺癌の研究のためのモデルとして当該分野において十分に認識さ
れる（例えば、Ｃｈａｎｄｒａｓｅｋａｒａｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１
９７９）３９：８７０（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＣＦ−７）；Ｇａｓｔｐ
ａｒら、Ｊ． Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ（１９９８）４１：４９６５（ＭＤＡ−ＭＢ−
２３１およびＭＣＦ−７）；Ｒａｎｓｏｎら、Ｂｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ（１９９
８）７７：１５８６（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＣＦ−７）；Ｋｕａｎｇら
、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９８）２６：１１１６（ＭＤＡ
−ＭＢ−２３１およびＭＣＦ−７）；Ｖａｒｋｉら、Ｉｎｔ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ
（１９８７）４０：４６（ＵＣＰ−３）；Ｖａｒｋｉら、Ｔｕｍｏｕｒ Ｂｉｏ
ｌ．（１９９０）１１：３２７；（ＭＶ−５２２およびＵＣＰ−３）；Ｖａｒｋ
ｉら、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９９０）１０：６３７；（ＭＶ−５
２２）；Ｋｅｌｎｅｒら、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ（１９９５）１５：８
６７（ＭＶ−５２２）；およびＺｈａｎｇら、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ
ｓ（１９９７）８：６９６（ＭＶ５２２）を参照のこと）。ライブラリー１５〜
２０のサンプルは、２つの異なる患者（ＵＣ番号２およびＵＣ番号３）に由来す
る。ｂＦＧＦ処理されたＨＭＥＣは、１０ｎｇ／ｍｌで２時間のｂＦＧＦとのイ
ンキュベーションによって調製され；ＶＥＧＦ処理されたＨＭＥＣは、２０ｎｇ
／ｍｌ ＶＥＧＦとの２時間のインキュベーションによって調製された。それぞ
れの増殖因子とのインキュベーション後、細胞を洗浄し、そして溶解緩衝液をＲ
ＮＡ調製のために添加した。ＧＲＲｐｚおよびＷＯｃａ細胞株は、Ｄｏｎｎａ
Ｍ． Ｐｅｅｈｌ博士、Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、Ｓｔ
ａｎｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ
によって提供された。ＧＲＲｐｚは、正常な前立腺上皮に由来した。ＷＯｃａ細
胞株は、Ｇｌｅａｓｏｎ Ｇｒａｄｅ４細胞株である。

【０１９５】 それぞれのライブラリーは、示されるｍＲＮＡ供給源において発現されるｍＲ
ＮＡを順に表すｃＤＮＡクローンの収集物から構成される。各ライブラリーにお
ける数百万の配列の分析を容易にするために、配列をクラスターに割当てた。「
クローンのクラスター」の概念は、約３００個の７ｂｐオリゴヌクレオチドプロ
ーブのパネルへのそれらのハイブリダイゼーションパターンに基づくｃＤＮＡク
ローンのソーティング／グループ化に由来する（Ｄｒｍａｎａｃら、Ｇｅｎｏｍ
ｉｃｓ（１９９６）３７（１）：２９を参照のこと）。組織ライブラリーからの
ランダムなｃＤＮＡクローンを、３００個の７ｂｐオリゴヌクレオチドに中程度
のストリンジェンシーでハイブリダイズさせる。各オリゴヌクレオチドは、その
特定のクローンへの特異的なハイブリダイゼーションのいくつかの尺度を有する
。３００個のプローブについてのハイブリダイゼーションのこれらの尺度の３０
０個の組合わせは、特異的なクローンについての「ハイブリダイゼーション特徴
」に等しい。類似の配列を有するクローンは、類似のハイブリダイゼーション特
徴を有する。これらの特徴を分析するためのソーティング／グループ化アルゴリ
ズムを開発することによって、ライブラリーにおけるクローンの群が同定され得
、そしてコンピューターで集められる。クローンのこれらの群は「クラスター」
と呼ばれる。アルゴリズムにおける選択のストリンジェンシー（古典的なライブ
ラリーｃＤＮＡスクリーニングプロトコルにおけるハイブリダイゼーションのス
トリンジェンシーに類似する）に依存して、各クラスターの「純度」が制御され
得る。例えば、人為的結果が、最も高いストリンジェンシーであってでも、４０
０ｂｐ ｃＤＮＡフラグメントを有するｃＤＮＡライブラリーの「ｗｅｂ−ｌａ
ｂ」スクリーニングにおいて生じ得るので、クラスター形成の人為的結果は、コ
ンピューターによるクラスター形成において生じ得る。本明細書中のクラスター
の実行において使用されるストリンジェンシーは、一般に同じｃＤＮＡまたは密
接に関連されるｃＤＮＡ由来であるクローンの群を提供する。密接に関連される
クローンは、同じｃＤＮＡの異なる長さのクローン、高度に関連した遺伝子ファ
ミリーからの密接に関連したクローン、または同じｃＤＮＡのスプライス改変体
の結果であり得る。

【０１９６】 選択したクラスターについての示差的な発現は、先ず第１のライブラリーにお
いて選択したクラスターに対応するｃＤＮＡクローン（１回目におけるクローン
）の数を決定し、そして第２のライブラリーにおいて選択したクラスターに対応
するｃＤＮＡクローン（２回目におけるクローン）の数を決定することによって
、評価された。第２のライブラリーに比較して第１のライブラリーにおいて選択
したクラスターの示差的な発現は、２つのライブラリー間の発現パーセントの「
比率」として表される。一般に、「比率」は：１）第１のライブラリーにおいて
選択したクラスターに対応するクローンの数を、第１のライブラリーからの分析
したクローンの総数で除算することによって、第１のライブラリーにおいて選択
したクラスターの発現パーセントを算定し；２）第２のライブラリーにおいて選
択したクラスターに対応するクローンの数を、第２のライブラリーからの分析し
たクローンの総数で除算することによって、第２のライブラリーにおいて選択し
たクラスターの発現パーセントを算定し；３）第１のライブラリーからの算定し
た発現パーセントを、第２のライブラリーからの算定した発現パーセントで除算
することによって、算定される。ライブラリーにおける選択されるクラスターに
対応する「クローンの数」が、ゼロである場合、算定を補助するために値は１に
設定される。比率を算定する際に使用される式は、比較されるそれぞれのライブ
ラリーの「深さ」、すなわち、各ライブラリーにおいて分析したクローンの総数
を考慮する。

【０１９７】 一般に、ポリヌクレオチドは、比率の値が少なくとも約２よりも多く、好まし
くは少なくとも約３よりも多く、より好ましくは少なくとも約５よりも多い場合
、２つのサンプル間で有意に示差的に発現されると言われ、ここでは比率の値は
、上記の方法を使用して算定される。示差的な発現の有意性は、ｚスコア検定（
Ｚａｒ、Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ａｎａｌｙｓｉｓ、Ｐｒｅｎｔｉｃｅ
Ｈａｌｌ， Ｉｎｃ．、ＵＳＡ、「割合における差異」、２９６−２９８頁（
１９７４））を使用して決定される。

【０１９８】 （実施例５〜１２：本発明のポリヌクレオチドの示差的な発現） 例えば、高い転移可能性の癌組識に由来する細胞と低い転移性の癌組識に由来
する細胞との間、および高い転移可能性の癌組識と正常な組識とに由来する細胞
の間で示差的に発現される多くのポリヌクレオチド配列が、同定されている。こ
れらの配列に対応する遺伝子の発現のレベルの評価は、診断、予後、および／ま
たは処置において（例えば、治療の合理的な設計、治療の間または治療後のモニ
タリングなどを容易にするために）価値があり得る。さらに、本明細書中に記載
される示差的に発現される配列に対応する遺伝子は、例えば、転移表現型の発生
の調節（例えば、阻害または促進）におけるそれらの関与に起因して、治療標的
であり得る。例えば、正常なまたは非転移性の腫瘍細胞に比較して高い転移可能
性の細胞において発現が増加される遺伝子に対応する配列は、脈管形成、分化、
細胞複製、および転移のようなプロセスに関与する遺伝子配列または調節配列を
コードし得る。

【０１９９】 本明細書中に記載される、示差的に発現されるポリヌクレオチドの相対的な発
現レベルの検出は、治療の選択において臨床医を導く価値ある情報を提供し得る
。例えば、転移性の細胞または高い転移可能性の細胞において発現が増加する遺
伝子に対応するこれらのポリヌクレオチドの１つ以上の発現レベルを示す患者の
サンプルは、患者に対するより攻撃的な処置を保証する。対照的に、低い転移可
能性の細胞の発現レベルと関連する発現レベルに対応するポリヌクレオチド配列
の発現レベルの検出は、全体の病理学が示唆するよりもポジティブな予後を保証
し得る。

【０２００】 本発明の多くのポリヌクレオチド配列は、未処理のヒト微小血管内皮細胞（Ｈ
ＭＥＣ）に比較して、増殖因子で処理されたＨＭＥＣ間で示差的に発現される。
増殖因子で処理されたＨＭＥＣと未処理のＨＭＥＣとの間で示差的に発現される
配列は、脈管形成、転移（細胞移動）、ならびに他の発生プロセスおよび発癌性
プロセスに関与する遺伝子産物をコードする配列を示し得る。例えば、未処理の
ＨＭＥＣに比べて増殖因子（例えば、ｂＦＧＦまたはＶＥＧＦ）で処理されたＨ
ＭＥＣにおいてより高度に発現される配列は、より高い転移可能性の癌細胞のマ
ーカーとして作用し得る。結腸癌組織におけるこれらの配列の発現の検出は、こ
れらの組識における悪性の状態の達成の防止に関連する、診断、予後、および／
または処置情報を決定する際に価値があり得、そして患者についての危険性評価
において重要であり得る。従って、これらのポリヌクレオチドのうちの１つ以上
の増加したレベルを示す患者のサンプルは、可能な限り早期に悪性状態を捕らえ
るために、より密接した注意手順またはより頻繁なスクリーニング手順を保証し
得る。

【０２０１】 従って、本明細書中に記載されるポリヌクレオチドの示差的な発現は、例えば
、危険性評価、患者処置などについての、診断マーカー、予後マーカーとして使
用され得る。これらのポリヌクレオチド配列はまた、他の公知の分子マーカーお
よび／または生化学的マーカーと組合わせて使用され得る。以下の実施例は、特
定の細胞株および患者組識サンプルからのポリヌクレオチドの相対的な発現レベ
ルを提供する。

【０２０２】 （実施例５：高転移可能性乳癌細胞 対 低転移可能性乳癌細胞） 以下の表は、高転移可能性乳癌細胞と低転移可能性乳癌細胞との間に示差的に
発現される遺伝子を示すポリヌクレオチドを要約する。

【０２０３】

【表２】

【０２０４】

【表３】 （実施例６：高転移可能性肺癌細胞 対 低転移可能性肺癌細胞） 以下は、高転移可能性肺癌細胞と低転移可能性肺癌細胞との間に示差的に発現
される遺伝子を示すポリヌクレオチドを要約する。

【０２０５】

【表４】

【０２０６】

【表５】 （実施例７：高転移可能性結腸癌細胞 対 低転移可能性結腸癌細胞） 表９および１０は、高転移可能性結腸癌細胞と低転移可能性結腸癌細胞との間
に示差的に発現される遺伝子を示すポリヌクレオチドを要約する。

【０２０７】

【表６】

【０２０８】

【表７】 （実施例８：高転移可能性結腸癌患者組織 対 正常患者組織） 表１１は、患者組織の高転移可能性結腸癌細胞と正常結腸細胞との間に示差的
に発現される遺伝子を示すポリヌクレオチドを要約する。

【０２０９】

【表８】 （実施例９：高腫瘍可能性結腸組織 対 転移した結腸癌組織） 以下の表は、患者の高腫瘍可能性結腸癌細胞と高転移可能性結腸癌細胞由来の
細胞との間に示差的に発現される遺伝子を示すポリヌクレオチドを要約する。

【０２１０】

【表９】 （実施例１０：高腫瘍可能性結腸癌患者組織 対 正常な患者組織） 表１３および１４は、患者組織における高転移可能性結腸癌細胞と正常結腸細
胞との間に示差的に発現される遺伝子を示すポリヌクレオチドを要約する。

【０２１１】

【表１０】

【０２１２】

【表１１】 （実施例１１：未処理ヒト微小血管内皮細胞（ＨＭＥＣ）に対して、増殖因子
で刺激されたＨＭＥＣ） 以下の表は、増殖因子で処理したＨＭＥＣと未処理ＨＭＥＣとの間に示差的に
発現される遺伝子を示すポリヌクレオチドを要約する。

【０２１３】

【表１２】

【０２１４】

【表１３】 （実施例１２：正常ヒト前立腺細胞に対して、ヒト前立腺癌細胞において示差
的に発現されるポリヌクレオチド） 以下の表は、前立腺癌細胞と正常前立腺細胞との間に示差的に発現される遺伝
子を示す、同定されたポリヌクレオチドを要約する。

【０２１５】

【表１４】

【０２１６】

【表１５】 （実施例１３：複数のライブラリーにわたる示差的発現） 複数のライブラリーにわたって示差的に発現される遺伝子を示す多くのポリヌ
クレオチド配列が、同定された。組織または任意の起原におけるこれらの配列の
発現は、これらの組織において悪性状態の達成の予防に関連する診断的、予後的
および／または処置情報を決定する際に有益であり得、ならびに患者についての
危険度の評価において重要であり得る。これらのポリヌクレオチドはまた、例え
ば、腫瘍の転移の危険度の非組織特異的マーカーとして役立ち得る。表１９は、
このデータを要約する。

【０２１７】

【表１６】 （実施例１４．本発明のポリヌクレオチドを有する連続する配列の同定） 新規なポリヌクレオチドを使用して、配列番号２６１１〜２７０７のポリヌク
レオチドのいずれかが連続する配列（例えば、ポリヌクレオチドが別のＤＮＡ配
列の５’伸長を生じる配列を提供して、所定のポリヌクレオチドおよび他のＤＮ
Ａ配列から構成される、より長い連続する配列の産生を生じる）の同定を容易に
するか否かを決定するために公に利用可能なデータベースおよび所有されている
（ｐｒｏｐｒｉｅｔａｒｙ）データベースをスクリーニングした。コンティグ化
を、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ大学からのＧＣＧのＧｅｌｍｅｒｇｅアプリケーション
（デフォルト設定）を使用して実施した。

【０２１８】 これらのパラメータを使用して、９７のコンティグ化配列を生成した。これら
のコンティグ化配列は、配列番号２６１１〜２７０７（表１Ｃを参照のこと）と
して提供する。表１Ｃは、コンティグ配列の配列番号、コンティグを作製するた
めに使用される配列の名前、およびコンティグを提供する対応する配列名の配列
とともに使用される、公に利用可能な試験的ヒトコンセンサス（ＴＨＣ）配列の
登録番号を提供する。表１Ｃの配列名を、表１Ａおよび１Ｂを用いる本発明のポ
リヌクレオチドの配列番号に関連付け得る。

【０２１９】 従って、コンティグ化配列（配列番号２６１１〜２７０７）は、本発明のポリ
ヌクレオチド配列を含む、より長い配列を示す。次いで、コンティグ化した配列
を３つの全てのリーディングフレーム中で翻訳して、上記のようなＢＬＡＳＴプ
ログラムを用いて、個々の配列との最善の整列を決定した。この配列を、実施例
１において上記に記載されるような低い複雑性をマスキングするためのＸＢＬＡ
ＳＴプログラムを用いてマスキングした。いくつかのコンティグ化配列は、公知
のタンパク質ファミリーに属し（従って、これらのタンパク質ファミリーの新た
なメンバーを示す）、および／または公知の機能的ドメイン（表３Ｂ、請求項の
後に挿入される）を含むポリペプチドの特徴を有するポリペプチドをコードする
ことが見出された。従って、本発明は、本明細書中で同定されるタンパク質ファ
ミリーおよび／または機能的ドメインに関連する生物学的活性を保持するフラグ
メント、融合物、ならびにこのようなポリヌクレオチドの改変体を包含する。

【０２２０】 示されたタンパク質ファミリーおよび機能的ドメインについてのプロフィール
の説明を、上記の実施例３において提供する。ＰＲ５５についてのプロフィール
の説明を、以下に提供する。

【０２２１】 （プロテインホスファターゼ２Ａ調節性サブユニットＰＲ５５（ＰＲ５５）） いくつかのコンティグは、プロテインホスファターゼ２Ａ（ＰＰ２Ａ）調節性
サブユニットＰＲ５５を含むタンパク質をコードする配列に対応する。ＰＰ２Ａ
は、シグナル伝達に関与する代謝酵素およびタンパク質の調節を含む細胞性機能
の多くの局面に関与するセリン／スレオニンホスファターゼである。ＰＰ２Ａは
、６５Ｋｄの調節性サブユニット（ＰＲ６５、サブユニットＡとも呼ばれる）に
会合する触媒サブユニットから構成されるコアを含む三量体酵素である。この複
合体は、第３の可変サブユニット（サブユニットＢ）と会合し、これは、ホロ酵
素に対して異なる特性を与える（Ｍａｙｅｒ−Ｊａｅｋｅｌら、Ｔｒｅｎｄｓ
Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．（１９９４）４：２８７〜２９１）。可変サブユニットの
形態の１つは、５５Ｋｄタンパク質（ＰＲ５５）であり、これは、哺乳動物にお
いて高度に保存されており、そして基質認識および適切な細胞下（ｓｕｂｃｅｌ
ｌｕｌａｒ）の区画の酵素複合体の標的化を容易にし得る。ＰＲ５５サブユニッ
トは、２つの保存された１５残基の配列を含む（一方は、Ｎ末端領域に位置し、
他方は、タンパク質の中央に位置する）。コンセンサスパターンは、以下である
：Ｅ−Ｆ−Ｄ−Ｙ−Ｌ−Ｋ−Ｓ−Ｌ−Ｅ−Ｉ−Ｅ−Ｅ−Ｋ−Ｉ−Ｎ；およびＮ−
［ＡＧ］−Ｈ−［ＴＡ］−Ｙ−Ｈ−Ｉ−Ｎ−Ｓ−Ｉ−Ｓ−［ＬＩＶＮ］−Ｎ−Ｓ
−Ｄ。

【０２２２】 当業者は、せいぜい慣用的である実験を使用して、本明細書中に記載される本
発明の特定の実施態様に対する多くの等価物を認識するか、または確認し得る。
このような特定の実施態様および等価物は、前記の特許請求の範囲により包含さ
れることが意図される。

【０２２３】 本明細書中に引用される全ての刊行物および特許出願は、各々個々の刊行物ま
たは特許出願が参考として援用されるように明確かつ個々に示されるのと同様に
、本明細書において参考として援用される。任意の刊行物の引用は、出願日より
前のその開示に対してであり、そして本発明が、先行する発明に基づいてこのよ
うな刊行物に先立つように権利を与えられないという承認として解釈されるべき
ではない。

【０２２４】 先述の発明は、理解の明瞭化の目的のために例示および実施例によって幾分詳
細に記載されたが、これは、特定の変更および改変が、添付の特許請求の範囲の
精神または範囲を逸脱することなくそれに対してなされ得る、本発明の教示に鑑
みて、当業者に容易に明らかである。

【０２２５】 （寄託情報） 以下の材料は、アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＣＭＣＣ＝Ｃｈｉ
ｒｏｎ Ｍａｓｔｅｒ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）に寄託された
。

【０２２６】

【表１７】 さらに、選択されたクローンのプール、ならびに特定のクローンを含むライブ
ラリーは、「ＥＳ」番号（内部参照）を割り当てられ、そしてＡＴＣＣに受託さ
れた。以下の表２１は、ＥＳ寄託物のＡＴＣＣ受託番号を提供する。これらの全
ては、１９９９年５月１３日に、またはそれ以前に寄託された。これらの寄託物
の各々を含むクローンの名前は、表において、２２およびそれより大きく番号付
けられた表において提供される（特許請求の範囲の後に挿入される）。

【０２２７】

【表１８】 本明細書中に記載される寄託物は、当業者に単に都合がいいように提供され、
そして寄託物が米国特許法１１２において要求される承認ではない。寄託された
材料に含まれるポリヌクレオチドの配列、ならびにそれによってコードされるポ
リペプチドのアミノ酸配列は、本明細書中に参考として援用され、そして本明細
書中の配列の書面による説明との任意の衝突の事象における制御である。寄託さ
れた材料を作製、使用、販売するためには、許可が必要であり得、そしてこのよ
うな許可は、本明細書によって付与される。

【０２２８】 （プールされたクローンの寄託物からの個々のクローンの回収） ＡＴＣＣ寄託がｃＤＮＡのクローンのプールまたはｃＤＮＡクローンのライブ
ラリーから構成される場合、この寄託物を、各クローンを別々の細菌細胞にまず
トランスフェクトすることによって調製した。次いで、プールまたはライブラリ
ー中のクローンを、複合性（ｃｏｍｐｏｓｉｔｅ）の寄託物中の等価な混合物の
プールとして寄託した。特定のクローンを、当該分野で周知の方法を使用して複
合性の寄託物から獲得し得る。例えば、特定のクローンを含む細菌細胞を、単一
のコロニーを単離することにより、およびクローンインサートの配列に特異的に
ハイブリダイズするように設計されたオリゴヌクレオチドプローブまたはプロー
ブ（例えば、示された配列番号を有するコードされたポリヌクレオチドのマスク
されていない配列に基づくプローブ）を使用して、標準的なコロニーハイブリダ
イゼーション技術によって特定のクローンを含むコロニーを同定することにより
、同定し得る。このプローブは、約８０℃（ＡまたはＴの各々について２℃、お
よびＧまたはＣの各々について４℃を仮定する）のＴ_mを有するように設計され
るべきである。次いで、陽性コロニーを採集し得、培養中で増殖させ、そして組
換えクローンを単離した。あるいは、この様式において設計されたプローブをＰ
ＣＲに使用して、当該分野で周知の方法（例えば、寄託された培養プールからｃ
ＤＮＡを精製することによって、および対応する所望のポリヌクレオチド配列を
有する増幅産物を生成するためにＰＣＲ反応においてこのプローブを使用して）
に従ってプールされたクローンから核酸分子を単離し得る。

【０２２９】

【表１９】

【０２３０】

【表２０】

【０２３１】

【表２１】

【０２３２】

【表２２】

【０２３３】

【表２３】

【０２３４】

【表２４】

【０２３５】

【表２５】

【０２３６】

【表２６】

【０２３７】

【表２７】

【０２３８】

【表２８】

【配列表】

【手続補正書】

【提出日】平成１２年１１月２０日（２０００．１１．２０）

【手続補正１】

【補正対象書類名】明細書

【補正対象項目名】０２２７

【補正方法】変更

【補正の内容】

【０２２７】

【表１８】 本明細書中に記載される寄託物は、当業者に単に都合がいいように提供され、
そして寄託物が米国特許法１１２において要求される承認ではない。寄託された
材料に含まれるポリヌクレオチドの配列、ならびにそれによってコードされるポ
リペプチドのアミノ酸配列は、本明細書中に参考として援用され、そして本明細
書中の配列の書面による説明との任意の衝突の事象における制御である。寄託さ
れた材料を作製、使用、販売するためには、許可が必要であり得、そしてこのよ
うな許可は、本明細書によって付与される。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ 5/00 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ Ｃ１２Ｑ 1/68 5/00 (31)優先権主張番号 ６０／０８５，６９６ (32)優先日 平成10年５月15日(1998．5．15) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ６０／１０５，２３４ (32)優先日 平成10年10月21日(1998．10．21) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ６０／１０５，８７７ (32)優先日 平成10年10月27日(1998．10．27) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＵＧ，ＺＷ)，Ｅ Ａ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＵ， ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，Ｇ Ｅ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ， ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，Ｍ Ｎ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ， ＴＲ，ＴＴ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，Ｚ Ｗ (72)発明者 エスコベド， ジェイミー アメリカ合衆国 カリフォルニア 94507， アラモ， ラボルナ ロード 1470 (72)発明者 イニス， マイケル エイ． アメリカ合衆国 カルフォルニア 94556， モラガ， コンスタンス プレイス 315 (72)発明者 ガルシア， パブロ ドミンゲズ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94131， サン フランシスコ， チェネリー ス トリート 882 (72)発明者 サダス−クリンガー， ジュリー アメリカ合衆国 カリフォルニア 94707， ケンジントン， レキシントン ロード 280 (72)発明者 レインハード， クリストフ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94501， アラメダ， クリントン アベニュー 1633 (72)発明者 ギース， クラウス ドイツ国 デー−10115 ベルリン， シ ャウシーシュトラーセ 92 (72)発明者 ランダッゾ， フィリッポ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94133， サン フランシスコ， チェスナット ストリート 690， アパートメント 403 (72)発明者 ケネディー， ジュリア シー． アメリカ合衆国 カリフォルニア 94116， サン フランシスコ， カステナダ ア ベニュー 360 (72)発明者 ポット， デイビッド アメリカ合衆国 カリフォルニア 94112， サン フランシスコ， ５ティーエイチ アベニュー ナンバー102 1565 (72)発明者 カッサム， アルタフ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94602， オークランド， ハロルド ストリート 2659 (72)発明者 ラムソン， ジョージ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94556， モラガ， サンドリンハム ドライブ 232 (72)発明者 ダマナック， ラドジェ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94303， パロ アルト， イースト グリニッジ プレイス 850 (72)発明者 クルクベンヤコブ， ラドミール アメリカ合衆国 カリフォルニア 94068， サニーベール， ハバーヒル ドライブ 762 (72)発明者 ディクソン， マーク アメリカ合衆国 カリフォルニア 95025， ホリスター， ガビラン ドライブ ナ ンバービー 1411 (72)発明者 ドルマナック， スネザナ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94303， パロ アルト， イースト グリニッジ プレイス 850 (72)発明者 ラバット， アイバン アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベール， アカレーンズ ドライ ブ 140 (72)発明者 レシュコウィッツ， デナ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94087， サニーベール， ダーシャー ウェイ 678 (72)発明者 キタ， デイビッド アメリカ合衆国 カリフォルニア 94404， フォスター シティー， バウンティー ドライブ 899 (72)発明者 ガルシア， ベロニカ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベール， アーニョ ヌーボー 396， アパートメント 412 (72)発明者 ジョーンズ， リー ウイリアム アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベール， アーニョ ヌーボー ナンバー412 396 (72)発明者 スタシェ−クレイン， バーギット アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベール， サウス マリー アベ ニュー 345 Ｆターム(参考） 4B024 AA12 AA19 CA04 HA11 4B063 QA01 QA19 QQ43 QQ53 QQ79 QR08 QR32 QR35 QR40 QR42 QR48 QR56 QR62 QR84 QS25 QS33 QS34 QX02 QX10 4B065 AA01X AA58X AA72X AA87X AA93Y AB01 AC14 AC20 BA01 CA24 CA44 CA46 4H045 AA10 AA11 BA10 CA10 DA75 EA20 EA50 FA71 FA74

Claims (12)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】 ポリヌクレオチドのライブラリーであって、該ライブラリー
   が配列番号１〜２７０２の少なくとも１つの配列情報を含む、ライブラリー。
2. 【請求項２】 前記ライブラリーが核酸アレイ上で提供される、請求項１に
   記載のライブラリー。
3. 【請求項３】 前記ライブラリーがコンピューターで読み取り可能な形式で
   ある、請求項１に記載のライブラリー。
4. 【請求項４】 請求項１に記載のライブラリーであって、前記ライブラリー
   が、コントロール細胞と比較して高い転移可能性の癌細胞中に示差的に発現され
   る遺伝子に対応するポリヌクレオチドを含み、該コントロール細胞は、正常な細
   胞または低い転移可能性の細胞であり、そして配列が、配列番号１２１３、１５
   ３８、１４６６、１３５６、１３８３、１１５８、４４１、１３３８、１４２６
   、１５４７、１３１３、８４１、１５３４、１５０３、８２９、１４０８、１４
   ４７、１３８９、３５６、１４９２、１５４３、７９９、１４３７、１２５１、
   ９７２、１４８２、１２９９、１０９、１５５８、１３５５、１５４８、２５０
   、９１９、３５８、１５２５、１１５７、１５０、６５１、１２９８、５７、６
   ２５、１３２２、３６、６２１、２１５、５６１、２４７、１９９、９９８、５
   ０２、１３８２、１１８１、１３０９、１１５７、１２６０、１１８５、１５２
   ５、２４８、８７、６９８、５７、９２４、１２４９からなる群より選択される
   、ライブラリー。
5. 【請求項５】 請求項１に記載のライブラリーであって、前記ライブラリー
   が、コントロール細胞と比較して低い転移可能性の癌細胞中に示差的に発現され
   る遺伝子に対応するポリヌクレオチドを含み、該コントロール細胞は、正常な細
   胞または高い転移可能性の細胞であり、そして配列が、配列番号２４８、７２６
   、１４、６９９、７６３、２０、７９、７１５、９９１、１１９９、７０７、１
   １２８、８９１、１１４６、７３１、１５１８、３４０、９４９、１２４７、１
   １８５、９２４、８２２、７２８、３４１、１５２７、６９８、９４９、７４４
   、９７３、１２６８、１１１４、１０３２、１０９、９７３、９１、９８２、１
   ２６７、９３、１５５６、１２５１、１２０６、８１２、１２５４、１２２０、
   ７６６、１１５６、１００７、９８１、７６２、８７６、１２３４、１１８３、
   １０４４、７８５、１０６９、７７０、７７８、７９２、８２２、１２５８、１
   ２２４、９８４、８４１、３３９、１２１３、１２０１、１１９２からなる群よ
   り選択される、ライブラリー。
6. 【請求項６】 配列番号１〜２７０７の同定化配列あるいはそれらの縮重改
   変体またはフラグメントに少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド
   配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
7. 【請求項７】 請求項６に記載のポリヌクレオチドを含む、組換え宿主細胞
   。
8. 【請求項８】 請求項６に記載のポリヌクレオチドによりコードされる、単
   離されたポリヌクレオチド。
9. 【請求項９】 請求項８に記載のポリヌクレオチドを特異的に結合する、抗
   体。
10. 【請求項１０】 請求項６に記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
11. 【請求項１１】 ＡＴＣＣ受託番号ｘｘ、ｘｘ、ｘｘ、ｘｘ、ｘｘ、ｘｘ、
    ｘｘ、ｘｘ、またはｘｘとして寄託されたクローン中に含まれるインサートのヌ
    クレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド。
12. 【請求項１２】 哺乳動物細胞の癌状態と相関する示差的に発現された遺伝
    子を検出する方法であって、該方法が、以下： 癌であると疑われている細胞由来の試験サンプルにおいて、少なくとも１つの
    示差的に発現した遺伝子産物を検出する工程であって、該遺伝子産物が、配列番
    号１２１３、１５３８、１４６６、１３５６、１３８３、１１５８、４４１、１
    ３３８、１４２６、１５４７、１３１３、８４１、１５３４、１５０３、８２９
    、１４０８、１４４７、１３８９、３５６、１４９２、１５４３、７９９、１４
    ３７、１２５１、９７２、１４８２、１２９９、１０９、１５５８、１３５５、
    １５４８、２５０、９１９、３５８、１５２５、１１５７、１５０、６５１、１
    ２９８、５７、６２５、１３２２、３６、６２１、２１５、５６１、２４７、１
    ９９、９９８、５０２、１３８２、１１８１、１３０９、１１５７、１２６０、
    １１８５、１５２５、２４８、８７、６９８、５７、９２４、１２４９、２４８
    、７２６、１４、６９９、７６３、２０、７９、７１５、９９１、１１９９、７
    ０７、１１２８、８９１、１１４６、７３１、１５１８、３４０、９４９、１２
    ４７、１１８５、９２４、８２２、７２８、３４１、１５２７、６９８、９４９
    、７４４、９７３、１２６８、１１１４、１０３２、１０９、９７３、９１、９
    ８２、１２６７、９３、１５５６、１２５１、１２０６、８１２、１２５４、１
    ２２０、７６６、１１５６、１００７、９８１、７６２、８７６、１２３４、１
    １８３、１０４４、７８５、１０６９、７７０、７７８、７９２、８２２、１２
    ５８、１２２４、９８４、８４１、３３９、１２１３、１２０１、１１９２の少
    なくとも１つの配列に対応する遺伝子によりコードされる、工程であって、該示
    差的に発現した遺伝子産物の検出が、該試験サンプルが由来された細胞の癌状態
    と相関する、方法。