JP2002519000A - ヒト遺伝子および遺伝子発現産物ｉｉ - Google Patents

ヒト遺伝子および遺伝子発現産物ｉｉ

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JP2002519000A JP2000556580A JP2000556580A JP2002519000A JP 2002519000 A JP2002519000 A JP 2002519000A JP 2000556580 A JP2000556580 A JP 2000556580A JP 2000556580 A JP2000556580 A JP 2000556580A JP 2002519000 A JP2002519000 A JP 2002519000A
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ルイス ティー． ウイリアムズ，
ジェイム エスコベド，
マイケル エイ． イニス，
パブロ ドミンゲズ ガルシア，
ジュリー サデュス−クリンガー，
クリストフ レインハード，
クラウス ギース，
フィリッポ ランダッゾ，
ギリア シー． ケネディ，
デイビッド ポット，
アルタフ カッサム，
ジョージ ラムソン，
ラドージェ ドラマナク，
ラドマイア クルクベンジャコフ，
マーク ディクソン，
スネザーナ ドラマナク，
イバン ラバット，
デナ レシュコウィッツ，
デイビッド キタ，
ベロニカ ガルシア，
リー ウイリアム ジョーンズ，
バージット スターシェ−クライン，
Original Assignee
カイロン コーポレイション
ハイセク インコーポレイテッド
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Abstract

(57)【要約】 本発明は、新規のヒトのポリヌクレオチドおよびそれらの変異体、これらにコードされるポリペプチドおよびそれらの改変体、これらのポリヌクレオチドに対応する遺伝子およびこの遺伝子によって発現されるタンパク質に関する。本発明はまた、このような新規のヒトのポリヌクレオチド、これらに対応する遺伝子または遺伝子産物（例えば、これらの遺伝子およびタンパク質（プローブ、アンチセンス構築物および抗体を含む））を利用する診断および治療薬剤に関する。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】 （発明の分野） 本発明は、新規なポリヌクレオチド、特にヒト起源の新規なポリヌクレオチド
に関する。このヒト起源の新規なポリヌクレオチドは、選択された細胞型で発現
され、別の細胞型と比較して１つの細胞型で（例えば、癌性細胞、または特定の
組織起源の細胞で）示差的に発現され、そして／または同定された機能ドメイン
および／または活性を有する遺伝子産物をコードするポリヌクレオチドと相同性
を共有する。
【０００２】 （発明の背景） 新規なポリヌクレオチド（特に発現された遺伝子産物をコードする新規なポリ
ヌクレオチド）の同定は、薬物発見の向上、診断技術の向上、および癌のような
複合疾患の進行および性質の理解に重要である。疾患状態または疾患段階、発生
段階、種々の環境因子に対する曝露、起源の組織、その組織が単離された種など
で異なる、供給源から単離された異なる細胞型において発現された遺伝子の同定
は、これらの種々の差異と関連する表現型の原因である遺伝的因子を同定するた
めの鍵である。
【０００３】 本発明は、新規なヒトポリヌクレオチド、これらのポリヌクレオチドにコード
されるポリペプチド、ならびにこれらの新規なポリヌクレオチドに対応する遺伝
子およびタンパク質を提供する。
【０００４】 （発明の要旨） 本発明は、新規なヒトポリヌクレオチドおよびその改変体、これらにコードさ
れるポリペプチドおよびその改変体、これらのポリヌクレオチドに対応する遺伝
子、そしてこれら遺伝子により発現されるタンパク質に関する。本発明はまた、
このような新規なヒトポリヌクレオチド、これらの対応する遺伝子または遺伝子
産物（例えば、プローブ、アンチセンス構築物、および抗体を含むこれらの遺伝
子およびタンパク質）を使用する診断剤および治療剤に関する。本発明のポリヌ
クレオチドは、配列番号１〜３５４４、３５４６〜４５１０、４５１２〜４７２
５、４７２７〜４７４８、および４７５０〜５２５２（便宜の目的のため、本明
細書中で「配列番号１〜５２５２」と呼ぶ）の少なくとも１つの配列情報を含む
ポリヌクレオチドに対応する。
【０００５】 従って、１つの実施態様において、本発明は、「配列番号１〜５２５２」の少
なくとも１つの配列情報を含む、ポリヌクレオチドのライブラリーを特徴とする
。関連する局面において、本発明は、核酸アレイ上に提供されるライブラリー、
またはコンピューターに読み取り可能な形式で提供されるライブラリーの特徴と
する。
【０００６】 １つの実施態様において、このライブラリーは、本明細書中で開示される示差
的に発現されたポリヌクレオチドの１つから選択される配列を含む、示差的に発
現されたポリヌクレオチドを含む。特定の関連する実施態様において、このライ
ブラリーは、以下を含む：１）ヒト乳癌細胞において示差的に発現されるポリヌ
クレオチドであって、このポリヌクレオチドが、配列番号１５、３６、４４、４
５、８９、１４６、１５４、１５９、１６５、１７２、１７４、１８３、２０３
、２６１、３６４、３６６、３８７、４１９、４２０、４９６、５０３、５１０
、５１２、５２９、５５２、５６０、５６４、５７０、５９０、６０６、６４４
、６４６、６９３、７０７、７１１、７２６、７４６、７５４、７５６、８７５
、９０２、９２１、９４２、９９０、１０９５、１１０４、１１２２、１１３１
、１１４２、１１７０、１１８４、１２０５、１２８６、１２８９、１３５４、
１３８７、１４３５、１５３５、１７５１、１７６４、１７７７、１７９５、１
８６０、１８６９、１８８２、１８９０、１９１５、１９３３、１９３４、１９
７９、１９８０、２００７、２０２３、２０４０、２０５９、２２２３、２２４
５、２３００、２３２５、２４０９、２４６２、２４８８、２４８６、および２
４９２からなる群から選択される配列を含む；２）ヒト結腸癌細胞において示差
的に発現されたポリヌクレオチドであって、このポリヌクレオチドが、配列番号
３３，６５、２２８、２５０、２５２、２５３、２８０、２８２、３５５、３７
０、３８７、４４３、４６０、４９１、５４５、５６０、５８１、６０３、６８
０、６９３、７０３、７０４、７１６、７２６、７４６、７５２、７５３、１０
９５、１１０４、１２０５、１２４１、１２６４、１３５４、１３８７、１４０
１、１４４２、１５１４、１７３４、１７４２、１７８０、１８５１、１８９９
、１９１５、１９５４、２０２４、２０６６、２２６２、および２３２５からな
る群から選択される配列を含む；３）ヒト肺癌細胞において示差的に発現される
ポリヌクレオチドであって、このポリヌクレオチドが、配列番号１０、５４、６
５、１７１、１７４、２０３、２５２、２５３、２５４、２８５、４１９、４２
０、４６６、４９１、５２５、５２６、５５２、５７１、５７４、５９０、６９
３、７００、７２６、７４２、７４６、８６１、９２２、９９０、１０８８、１
２８８、１３５５、１４１７、１４２２、１４４４、１４５４、１５７０、１５
９７、１９７９、２００７、２０２４、２０３４、２０３８、２１２６、および
２２４５からなる群から選択される配列を含む；４）未処置ヒト微小血管内細胞
（ＨＭＥＣ）に対して増殖因子で処置されたＨＭＥＣにおいて示差的に発現され
たポリヌクレオチドであって、このポリヌクレオチドが、配列番号６４８、１８
９９、および６４８からなる群から選択される配列を含む；あるいは５）複数の
ライブラリーにわたって示差的に発現されたポリヌクレオチドであって、このポ
リヌクレオチドが、配列番号６５、１７４、２０３、２５２、２５３、３８７、
４１９、４２０、４９１、５５２、５６０、５８１、５９０、６４８、６９３、
７２６、７４６、９９０、１０９５、１１２４、１２０５、１３５４、１３８７
、１７８０、１８９９、１９１５、１９７９、２００７、２０２４、２２４５、
および２３２５からなる群から選択される配列を含む。
【０００７】 別の局面において、本発明は、「配列番号１〜５２５２」の同定する配列また
はその縮重改変体に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチ
ド配列を含む、単離されたポリヌクレオチドを特徴とする。関連する局面におい
て、本発明は、組換え宿主細胞、および本発明のポリヌクレオチドを含むベクタ
ー、ならびに本発明のポリヌクレオチドによりコードされる単離されたポリペプ
チドおよびこのようなポリペプチドに特異的に結合する抗体を特徴とする。
【０００８】 １つの実施態様において、本発明は、４回膜貫通セグメント内在性膜タンパク
質、７回膜貫通レセプター（ロドプシンファミリーまたはセクレチンファミリー
）、真核生物のアスパルチルプロテアーゼ、種々の細胞活性に関連するＡＴＰａ
ｓｅ（ＡＡＡ）、Ｂｃｌ−２、サイクリン、ＤＥＡＤボックスタンパク質ファミ
リー、ＤＥＡＤ／Ｈヘリカーゼタンパク質ファミリー、ＭＡＰキナーゼキナーゼ
タンパク質ファミリー、新規な３’５’−環状ヌクレオチドホスホジエステラー
ゼ、プロテインキナーゼ、ｒａｓタンパク質ファミリー、Ｇプロテインαサブユ
ニット、ホルボールエステル／ジアシルグリセロール結合タンパク質、プロテイ
ンキナーゼ、トリプシン、プロテインチロシンホスファターゼ、発生シグナル伝
達タンパク質のｗｎｔファミリー、ＷＷ／ｒｓｐ５／ＷＷＰドメイン含有タンパ
ク質、Ａｎｋ反復、塩基性領域プラスロイシンジッパードメイン、ブロモドメイ
ン、真核生物チオール（システイン）プロテアーゼ活性部位、ＥＦ−ハンド、Ｅ
ＴＳドメイン、ＩＩ型フィブロネクチンコラーゲン結合ドメイン、チオレドキシ
ン、ホメオボックスドメイン、ＴＮＦＲ／ＮＧＦＲファミリーシステインリッチ
領域、ＷＤドメイン／Ｇ−β反復、ジンクフィンガー（Ｃ２Ｈ２型）、ジンクフ
ィンガー（ＣＣＨＣクラス）、およびジンクフィンガー（Ｃ３ＨＣ４型）からな
る群から選択される、タンパク質ファミリーのポリペプチドをコードする配列を
含むか、または機能性ドメインを有する単離されたポリヌクレオチドを特徴とす
る。特定の関連する実施態様において、本発明は、表３または表２０に列挙され
る配列番号の１つの配列を含むポリヌクレオチドを特徴とする。
【０００９】 別の局面において、本発明は、哺乳動物細胞の癌性状態に関連した、示差的に
発現された遺伝子を検出する方法を特徴とし、ここでこの方法は、癌である疑い
のある細胞に由来する試験サンプルにおいて少なくとも１つの示差的に発現され
た遺伝子産物を検出する工程を含み、ここでこの遺伝子産物は、本明細書中で開
示される示差的に発現されたポリヌクレオチドの少なくとも１つの配列に対応す
る遺伝子によりコードされる。示差的に発現された遺伝子産物の検出は、その試
験サンプルが由来した細胞の癌性状態と関連する。１つの実施態様において、こ
の検出は、参照アレイに対する試験サンプルのハイブリダイゼーションによるも
のであり、ここでこの参照アレイは、本明細書中で開示される示差的に発現され
たポリヌクレオチドの少なくとも１つの同定する配列を含む。
【００１０】 本発明の方法の１つの実施態様において、細胞は乳房組織由来細胞であり、そ
して示差的に発現された遺伝子産物は、配列番号１５、３６、４４、４５、８９
、１４６、１５４、１５９、１６５、１７２、１７４、１８３、２０３、２６１
、３６４、３６６、３８７、４１９、４２０、４９６、５０３、５１０、５１２
、５２９、５５２、５６０、５６４、５７０、５９０、６０６、６４４、６４６
、６９３、７０７、７１１、７２６、７４６、７５４、７５６、８７５、９０２
、９２１、９４２、９９０、１０９５、１１０４、１１２２、１１３１、１１４
２、１１７０、１１８４、１２０５、１２８６、１２８９、１３５４、１３８７
、１４３５、１５３５、１７５１、１７６４、１７７７、１７９５、１８６０、
１８６９、１８８２、１８９０、１９１５、１９３３、１９３４、１９７９、１
９８０、２００７、２０２３、２０４０、２０５９、２２２３、２２４５、２３
００、２３２５、２４０９、２４６２、２４８６、２４８８、および２４９２の
少なくとも１つの配列に対応する遺伝子によりコードされる。
【００１１】 本発明の方法の別の実施態様において、細胞は、結腸組織由来細胞であり、そ
して示差的に発現された遺伝子産物が、配列番号６５、２２８、２５２、２５３
、２８０、３５５、４９１、５８１、６０３、６８０、６９３、７１６、７２６
、７４６、７５２、７５３、１２４１、１２６４、１４０１、１４４２、１５１
４、１８５１、１９１５、２０２４、２０６６、３３、２５０、２８２、３７０
、３８７、４４３、４６０、５４５、５６０、７０３、７０４、１０９５、１１
０４、１２０５、１３５４、１３８７、１７３４、１７４２、１７８０、１８９
９、１９５４、２２６２、および２３２５の少なくとも１つの配列に対応する遺
伝子によりコードされる。
【００１２】 本発明の方法のさらに別の実施態様において、細胞は、肺組織由来細胞であり
、そして示差的に発現された遺伝子産物は、配列番号１０、５４、６５、１７１
、１７４、２０３、２５２、２５３、２５４、２８５、４１９、４２０、４６６
、４９１、５２５、５２６、５５２、５７１、５７４、５９０、６９３、７００
、７２６、７４２、７４６、８６１、９２２、９９０、１０８８、１２８８、１
３５５、１４１７、１４２２、１４４４、１４５４、１５７０、１５９７、１９
７９、２００７、２０２４、２０３４、２０３８、２１２６、および２２４５の
少なくとも１つの配列に対応する遺伝子によりコードされる。
【００１３】 別の実施態様において、この細胞は、肺細胞、乳房細胞、または結腸細胞のい
ずれかであり、そしてこの示差的に発現された遺伝子産物は、配列番号６４８お
よび１８９９の少なくとも１つの配列に対応する遺伝子によりコードされる。
【００１４】 なお別の実施態様において、この細胞は、肺細胞、乳房細胞、または結腸細胞
のいずれかであり、そしてこの示差的に発現された遺伝子産物は、配列番号６５
、１７４、２０３、２５２、２５３、３８７、４１９、４２０、４９１、５５２
、５６０、５８１、５９０、６４８、６９３、７２６、７４６、９９０、１０９
５、１１２４、１２０５、１３５４、１３８７、１７８０、１８９９、１９１５
、１９７９、２００７、２０２４、２２４５、および２３２５の少なくとも１つ
の配列に対応する遺伝子によりコードされる。
【００１５】 本発明の他の局面および実施態様は、本明細書中に提供される記載を読むこと
により、当業者に容易に明らかである。
【００１６】 （発明の詳細な説明） 本発明は、開示されたヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドに関し、これ
らの配列に対応する完全長ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡおよび遺伝子に関し、そしてこれ
らのポリヌクレオチドおよび遺伝子によりコードされるポリペプチドおよびタン
パク質に関する。
【００１７】 配列表のポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドおよびタンパク質
をコードするポリヌクレオチドもまた含まれる。これらのポリペプチドおよびタ
ンパク質をコードし得る種々のポリヌクレオチドは異なる。なぜならば、ほとん
どのアミノ酸が１つより多くの三重コドンによりコードされるという点で、遺伝
コードが縮重しているからでる。このようなコドンの同一性は、当該分野で周知
であり、そしてこの情報は、本発明の範囲内でポリヌクレオチドの構築のために
使用され得る。
【００１８】 このポリヌクレオチドならびに関連するｃＤＮＡおよび遺伝子によりコードさ
れるポリペプチドおよびタンパク質の改変体であるポリペプチドおよびタンパク
質をコードするポリヌクレオチドもまた、本発明の範囲内である。これらの改変
体は、その野生型タンパク質の生物学的活性を、増強、付加または減少のいずれ
かを行う１つ以上のアミノ酸置換を有するという点で野生型タンパク質と異なる
。一旦アミノ酸変化が選択されると、改変体をコードするポリヌクレオチドは、
本発明にしたがって構築される。
【００１９】 以下の詳細な説明は、本発明により包含されるポリヌクレオチド組成物、完全
長遺伝子産物をコードするｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを得るための方法、これ
らのポリヌクレオチドおよび遺伝子の発現、このポリヌクレオチドおよび遺伝子
の構造的モチーフの同定、本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子によりコ
ードされる遺伝子産物の機能の同定、提供されるポリヌクレオチドのプローブと
しての使用、およびマッピングにおける使用、および組織プロファイリングにお
ける使用、抗体を惹起するための対応するポリペプチドおよび他の遺伝子産物の
使用、ならびに治療目的および診断目的のためのこれらのポリヌクレオチドおよ
びこれらがコードする遺伝子産物の使用を記載する。
【００２０】 （Ｉ．ポリヌクレオチド組成物） ポリヌクレオチド組成物に関する本発明の範囲は、以下を含むが、これらに必
ずしも限定されない：「配列番号１〜５２５２」のいずれか１つに示される配列
を有するポリヌクレオチド；ストリンジェントな条件下（特に高いストリンジェ
ンシーの条件）でのハイブリダイゼーションにより、本明細書中に記載される生
物学的物質または他の生物学的供給源（特にヒト供給源）から得られるポリヌク
レオチド；提供されたポリヌクレオチドに対応する遺伝子；提供されたポリヌク
レオチドおよびそれらの対応する遺伝子の改変体（特にコードされた遺伝子産物
の生物学的活性（例えば、遺伝子産物のタンパク質ファミリーに対する割り当て
および／または遺伝子産物に存在する機能的ドメインの同定の結果として、提供
されたポリヌクレオチドに対応する遺伝子産物に帰せられた生物学的活性）を保
持する改変体）。本発明の範囲により企図されかつ本発明の範囲内にある、他の
核酸組成物は、本明細書での開示により提供される場合、当業者に容易に明らか
である。
【００２１】 本発明は、ヒト組織（特にヒト結腸組織、乳房組織、および／または肺組織）
の細胞において発現されるポリヌクレオチドを特徴とする。特に目的である本発
明の新規な核酸組成物は、「配列番号１〜５２５２」のいずれか１つに示される
配列またはその同定する配列を含む。「同定する配列」は、長さが少なくとも約
１０ヌクレオチド〜約２０ヌクレオチド（通常、長さが少なくとも約５０ヌクレ
オチド〜約１００ヌクレオチド）残基の連続配列であって、この配列は、ポリヌ
クレオチド配列を独自に同定する（例えば、約２０ヌクレオチドを超える任意の
連続ヌクレオチド配列と９０％未満、通常約８０％〜約８５％未満の配列同一性
を示す）。従って、かかる新規な核酸組成物は、「配列番号１〜５２５２」のい
ずれか１つ由来の連続ヌクレオチドの同定する配列を含む完全長ｃＤＮＡまたは
ｍＲＮＡを含む。
【００２２】 本発明のポリヌクレオチドはまた、配列類似性または配列同一性を有するポリ
ヌクレオチドを含む。配列類似性を有する核酸は、低いストリンジェンシー条件
下（例えば、５０℃および１０×ＳＳＣ（０．９Ｍ生理食塩水／０．０９Ｍクエ
ン酸ナトリウム））のハイブリダイゼーションにより検出され、そして５５℃で
１×ＳＳＣ中での洗浄に供された場合に、結合されたままである。配列同一性は
、ストリンジェント条件下（例えば、５０℃またはそれより高く、かつ０．１×
ＳＳＣ（９ｍＭ生理食塩水／０．９ｍＭクエン酸ナトリウム））のハイブリダイ
ゼーションにより決定され得る。ハイブリダイゼーションの方法および条件は、
当該分野で周知である(例えば、米国特許第５，７０７，８２９号を参照のこと
）。提供されたポリヌクレオチド配列と実質的に同一である核酸（例えば、対立
遺伝子の改変体、この遺伝子の遺伝的に変更されたバージョンなど）は、ストリ
ンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、提供されたポリヌクレオチド配
列（「配列番号１〜５２５２」）に結合する。プローブ（特にＤＮＡ配列の標識
プローブ）を使用することにより、相同遺伝子または関連遺伝子を単離し得る。
相同な遺伝子の供給源は、任意の種（例えば、霊長類種（特にヒト）；齧歯類（
例えば、ラットおよびマウス）、イヌ、ネコ、ウシ、ヒツジ、ウマ、酵母、線虫
）などであり得る。
【００２３】 好ましくは、ハイブリダイゼーションは、「配列番号１〜５２５２」の少なく
とも１つの、少なくとも１５連続しているヌクレオチドを使用して実行される。
すなわち、開示された配列番号の１つの、少なくとも１５連続しているヌクレオ
チドがプローブとして使用される場合、このプローブは、その相補的配列を含む
（生物学的物質の）遺伝子またはｍＲＮＡと優先的にハイブリダイズし、このこ
とが、選択されたプローブに独自にハイブリダイズする生物学的物質の核酸の同
定および検索を可能にする。１より多くの配列番号由来のプローブは、それらプ
ローブが由来するｃＤＮＡが１つのｍＲＮＡに対応する場合、同一の遺伝子また
は同一のｍＲＮＡにハイブリダイズする。１５ヌクレオチドより大きなプローブ
を使用し得るが、１５ヌクレオチドは、独自の同定のために十分な配列を表す。
【００２４】 本発明のポリヌクレオチドはまた、このヌクレオチド配列の天然に存在する改
変体（例えば、縮重改変体、対立遺伝子改変体など）を含む。本発明のポリヌク
レオチドの改変体は、本明細書中に開示されるヌクレオチド配列との、推定改変
体のハイブリダイゼーションにより（好ましくはストリンジェント条件下のハイ
ブリダイゼーションにより）同定される。例えば、適切な洗浄条件を使用するこ
とにより、本発明のポリヌクレオチドの改変体は、対立遺伝子改変体が、選択さ
れたポリヌクレオチドプローブに対して高々約２５〜３０％の塩基対ミスマッチ
を示す場合、同定され得る。一般に、対立遺伝子改変体は、１５〜２５％の塩基
対ミスマッチを含み、そして５〜１５％、または２〜５％、または１〜２％もの
少ない塩基対ミスマッチ、および単一塩基対ミスマッチを含み得る。
【００２５】 本発明はまた、「配列番号１〜５２５２」のポリヌクレオチドに対応する相同
体を含み、ここで、相同な遺伝子の供給源は、任意の哺乳動物種（例えば、霊長
類種（特にヒト）；齧歯類（例えば、ラット）、イヌ、ネコ、ウシ、ヒツジ、ウ
マ）、酵母、線虫などであり得る。哺乳動物種（例えば、ヒトとマウスと）の間
で、相同体は、実質的な配列類似性（例えば、ヌクレオチド配列間で少なくとも
７５％配列同一性、通常少なくとも９０％、より通常少なくとも９５％）を有す
る。配列類似性は、参照配列に基づいて計算し、この参照配列はより大きな配列
の部分集合（例えば、保存されたモチーフ、コード領域、隣接する領域など）で
あり得る。参照配列は、通常、少なくとも約１８連続ヌクレオチド長、より通常
少なくとも約３０ヌクレオチド長であり、そして比較される完全な配列にまで広
がり得る。配列解析のためのアルゴリズムは、当該分野で公知であり（例えば、
ＢＬＡＳＴ）、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９０）２１
５：４０３〜１０に記載される。
【００２６】 一般に、本発明の改変体は、少なくとも約６５％、好ましくは少なくとも約７
５％、より好ましくは少なくとも約８５％を越える配列同一性を有し、そしてＭ
ＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）において実行され
るようなＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムにより決定され
る場合、少なくとも約９０％以上を越え得る。本発明の目的のために、同一性パ
ーセントを計算する好ましい方法は、以下を使用するＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍ
ａｎアルゴリズムである。グローバルのＤＮＡ配列同一性は、以下の検索パラメ
ーター：ギャップオープンペナルティー１２、およびギャップ伸長ペナルティー
１、を用いるアフィンギャップ検索を使用する、ＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘ
ｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）において実行されるようなＳｍｉｔｈ−Ｗａｔ
ｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムにより決定される場合、６５％よりも大きい
に違いない。
【００２７】 本核酸は、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ、およびそのフラグメント（特に、生
物学的に活性な遺伝子産物をコードするフラグメントおよび／または本明細書中
に開示された方法において有用であるフラグメント（例えば、診断において、目
的の示差発現された遺伝子の唯一同定物として、など）であり得る。用語「ｃＤ
ＮＡ」は、本明細書中で使用する場合、ネイティブの成熟ｍＲＮＡ種において見
出される配列エレメントの配置を共有する全ての核酸を含むことを意図され、こ
こで配列エレメントは、エキソンならびに３’非コード領域および５’非コード
領域である。通常、ｍＲＮＡ種は、連続するエキソンを有し、介在するイントロ
ンを伴い、このイントロンが存在する場合、核ＲＮＡスプライシングにより除去
され、本発明のポリペプチドをコードする連続性のオープンリーディングフレー
ムを創造する。
【００２８】 目的のゲノム配列は、天然の染色体に通常存在する全てのイントロンを含み、
列挙される配列において規定されるような、開始コドンと終止コドンとの間に存
在する核酸を含む。これは、成熟ｍＲＮＡにおいて見い出される３’および５’
非翻訳領域をさらに含み得る。これは、約１ｋｂを含む（しかしそれ以上の可能
性もある）転写される領域の５’および３’末端のいずれかの隣接ゲノムＤＮＡ
の特異的転写調節配列および翻訳調節配列（例えば、プロモーター、エンハンサ
ーなど）をさらに含み得る。ゲノムＤＮＡは、１００ｋｂｐ以下のフラグメント
として単離され得る；そして実質的には隣接染色体配列がない。コード領域に隣
接するゲノムＤＮＡ（３’および５’、または時折イントロンに見い出されるよ
うな内部調節配列のいずれか）は、適当な組織、段階特異的発現、または疾患状
態特異的発現について必要とされる配列を含む。
【００２９】 本発明の核酸組成物は、対象のポリペプチドの全てまたは一部分をコードし得
る。二本鎖または一本鎖のフラグメントは、従来の方法に従う化学合成オリゴヌ
クレオチド、制限酵素消化、ＰＣＲ増幅などによって、ＤＮＡ配列から得られ得
る。本発明の単離されるポリヌクレオチドおよびポリヌクレオチドフラグメント
は、配列番号１〜５２５２に示されるようなポリヌクレオチド配列から選択され
る少なくとも約１０、約１５、約２０、約３５、約５０、約１００、約１５０〜
約２００、約２５０〜約３００、または約３５０連続ヌクレオチドを含む。大部
分について、フラグメントは、少なくとも１５ｎｔ、通常は少なくとも１８ｎｔ
または２５ｎｔの長さであり、そして少なくとも約５０連続ｎｔまでまたはそれ
以上の長さである。好ましい実施態様において、ポリヌクレオチド分子は、配列
番号１〜５２５２に示されるポリヌクレオチドからなる群から選択される少なく
とも１２ヌクレオチドの連続する配列を含む。
【００３０】 本発明のポリヌクレオチドに対して特異的なプローブは、配列番号１〜５２５
２に開示されるポリヌクレオチド配列を使用して産生され得る。このプローブは
、好ましくは配列番号１〜５２５２の対応する連続する配列の、少なくとも約１
２、１５、１６、１８、２０、２２、２４、または２５ヌクレオチドフラグメン
トであり、そして２、１、０．５、０．１、または０．０５ｋｂ長未満であり得
る。このプローブは化学的に合成され得るか、または制限酵素を使用してより長
いポリヌクレオチドから産生され得る。このプローブは、例えば、放射性タグ、
ビオチニル化タグ、または蛍光性タグを用いて標識化され得る。好ましくは、プ
ローブは、配列番号１〜５２５２の１つのポリヌクレオチドの配列の同定に基づ
いて設計される。より好ましくは、プローブは、配列に対する低い複雑性をマス
キングするためのマスキングプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴ）の適用に続い
てマスキングされないままでいる、対象のポリヌクレオチドの１つの連続する配
列に基づいて設計される。すなわち、マスキングプログラムによって生成される
マスキングされた配列のポリ−ｎストレッチを外側のポリヌクレオチドによって
示されるような、マスキングされていない領域を選択する。
【００３１】 本発明のポリヌクレオチドは、概してインタクトな染色体以外として、実質的
に純粋で単離され、そして得られる。通常、ポリヌクレオチド（ＤＮＡまたはＲ
ＮＡのいずれかとして）は、概して少なくとも約５０％、通常少なくとも約９０
%純粋である、他の天然に生じる核酸配列が実質的になしで得られ、そして、代
表的には「組換え型」であり、例えば天然に生ずる染色体には普通付随しない１
つ以上のヌクレオチドに隣接される。
【００３２】 本発明のポリヌクレオチドは、線状分子としてまたは環状分子内に提供され得
る。これらは、自己複製分子（ベクター）内または複製配列を有さない分子内に
提供され得る。これらは、当該分野で公知のように、それら自体または他の調節
配列によって調節され得る。本発明のポリヌクレオチドは当該分野において利用
可能な種々の技術（例えば、トランスフェリンポリカチオン媒介ＤＮＡ移入、裸
の、またはカプセル化された核酸を用いるトランスフェクション、リポソーム媒
介ＤＮＡ移入、ＤＮＡコートラテックスビーズの細胞内輸送、プロトプラスト融
合、ウイルス感染、エレクトロポレーション、遺伝子銃、リン酸カルシウム媒介
トランスフェクションなど）を使用して適切な宿主細胞に導入され得る。
【００３３】 対象核酸組成物は、例えば、ポリヌクレオチドのさらなるコピーを生成するた
めに生物学的サンプル（例えば、ヒト細胞の抽出物）における本発明のｍＲＮＡ
の検出のためのプローブとして、リボザイムまたはアンチセンスオリゴヌクレオ
チドを生成するために、および一本鎖ＤＮＡプローブとしてまたは三本鎖形成オ
リゴヌクレオチドとして、ポリペプチドを生成するために使用され得る。本明細
書中に記載されるこのプローブは、例えば、配列番号１〜５２５２に示されるよ
うなポリヌクレオチド配列または、サンプル中のそれらの変異体の有無を決定す
るために使用され得る。これらおよび他の使用法は、以下により詳細に記載され
る。
【００３４】 （全長ｃＤＮＡおよび全長ヒト遺伝子およびプロモーター領域を得るためのポ
リヌクレオチドの使用） 開示されるポリヌクレオチドを含む全長ｃＤＮＡ分子は、以下のように得られ
る。配列番号１〜５２５２の１つの配列、または少なくとも１２、１５、１８ま
たは２０ヌクレオチドを含むこれらの一部を有するポリヌクレオチドは、プロー
ブ設計方法、クローニング方法、およびクローン選択技術（例えば、米国特許第
５，６５４，１７３号に記載される方法）を使用して、ｃＤＮＡライブラリーの
メンバーをハイブリダイズするのを検出するための、ハイブリダイゼーションプ
ローブとして使用される。ｃＤＮＡのライブラリーは、選択された組織（例えば
、正常組織または腫瘍組織）または例えば医薬品で処置される哺乳動物の組織か
ら、作製される。好ましくは、この組織は、本明細書中に記載されるポリヌクレ
オチドおよびｃＤＮＡの両方が発現した遺伝子を表わすので、本発明のポリヌク
レオチドが単離された組織と同じものである。最も好ましくは、このｃＤＮＡラ
イブラリーは、本明細書中の実施例において記載される生物学的材料から、作製
される。あるいは、多くのｃＤＮＡライブラリーは、市販されている（Ｓａｍｂ
ｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ
Ｍａｎｕａｌ，第２版、（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ
Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ）。ライブラリー
構築のための細胞型の選択は、本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子によ
りコードされるタンパク質の同一性を知られる後に、なされ得る。このことは、
どの組織型および細胞型が関連遺伝子を発現しそうかを示し、従って、ｃＤＮＡ
を生成するためのｍＲＮＡについて適する供給源を表す。提供されたポリヌクレ
オチドがｃＤＮＡライブラリーから単離される場合、このライブラリーは、ヒト
結腸細胞、より好ましくは、ヒト結腸癌細胞、さらにより好ましくは、高度に転
移性の結腸細胞であるＫｍ１２Ｌ４−ＡのｍＲＮＡから調製される。
【００３５】 核酸配列ライブラリーの作製およびプローブ化についての技術は、例えば、Ｓ
ａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａ
ｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，第２版，（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａ
ｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹに記載さ
れる。配列番号１〜５２５２由来の配列に基づくプライマーの使用により、ｃＤ
ＮＡが調製され得る。１つの実施態様において、このｃＤＮＡライブラリーは、
ポリアデニル化ｍＲＮＡのみから作製され得る。従って、ポリＴプライマーは、
ｍＲＮＡからｃＤＮＡを調製するために使用され得る。
【００３６】 提供されるポリヌクレオチドより大きいライブラリーのメンバー、および好ま
しくは天然のメッセージの完全コード配列を含むライブラリーのメンバーが得ら
れる。全体のｃＤＮＡが得られたことを確認するために、ＲＮＡ保護実験が以下
のように実行される。ｍＲＮＡに対する全長ｃＤＮＡのハイブリダイゼーション
は、ＲＮａｓｅ分解からＲＮＡを保護する。もしｃＤＮＡが全長でないならば、
次いでハイブリダイズされないｍＲＮＡの部分は、ＲＮａｓｅ分解される。これ
は、当該分野で公知であるように、ポリアクリルアミドゲル上の電気泳動の移動
度の変化、または放出されるモノリボヌクレオチドの検出によりアッセイされる
。Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏ
ｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，第２版，（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ
Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ。部
分ｃＤＮＡの末端に対して５’のさらなる配列を得るため、５’ＲＡＣＥ（ＰＣ
Ｒ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａ
ｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，（１９９０）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ
．）が実行される。
【００３７】 全長ｃＤＮＡの単離に類似の様式で提供されるポリヌクレオチドを用いて、ゲ
ノムＤＮＡを単離する。手短には、提供されるポリヌクレオチド、またはその一
部分は、ゲノムＤＮＡのライブラリーに対するプローブとして使用される。好ま
しくは、このライブラリーは、本発明のポリヌクレオチドを生成するために使用
された細胞型から得られる。しかし、これは必須ではない。最も好ましくは、こ
のゲノムＤＮＡは、本明細書中の実施例に記載される生物学的材料から得られる
。このようなライブラリーは、ゲノムの大きなセグメント（例えば、Ｓａｍｂｒ
ｏｏｋら、９．４−９．３０に詳細に記載されるようなＰ１またはＹＡＣ）を運
ぶのに適するベクターに存在し得る。さらに、ゲノム配列は、ヒトＢＡＣライブ
ラリーから単離され得る。これは、例えば、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｇｅｎｅｔｉｃ
ｓ，Ｉｎｃ．，Ｈｕｎｔｖｉｌｌｅ，Ａｌａｂａｍａ，ＵＳＡより市販されてい
る。さらなる５’または３’配列を得るために、Ｓａｍｂｒｏｏｋらに記載され
るように、染色体歩行が実行され、その結果、ゲノムＤＮＡの隣接および重複フ
ラグメントが単離される。これらは、当該分野で公知のように、制限消化酵素お
よびＤＮＡリガーゼを使用して、マッピングおよび互いにつなぎ合わされる。
【００３８】 本発明のポリヌクレオチド配列を使用して、対応する全長遺伝子が、ｃＤＮＡ
ライブラリーを構築およびプローブするための古典的な方法およびＰＣＲ法の両
方を使用して単離され得る。いずれかの方法、好ましくはノーザンブロットを使
用して、どの細胞株が最も高いレベルで目的の遺伝子を発現するのかを決定する
ために、多くの細胞型において実行される。ｃＤＮＡライブラリーを構築する古
典的な方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（前出）に教示される。これらの方法を用い
て、ｃＤＮＡは、ｍＲＮＡから生成され得、そしてウイルスベクターまたは発現
ベクターに挿入され得る。代表的には、ポリ（Ａ）尾部を含むｍＲＮＡのライブ
ラリーは、ポリ（Ｔ）プライマーを用いて生成され得る。同様に、ｃＤＮＡライ
ブラリーは、プライマーとして本発明の配列を使用して、生成され得る。
【００３９】 ＰＣＲ法は、所望の挿入物を含むｃＤＮＡライブラリーのメンバーを増幅する
ために使用される。この場合において、所望される挿入物は、本発明のポリヌク
レオチドに対応する全長ｃＤＮＡ由来の配列を含む。このようなＰＣＲ法は、遺
伝子トラッピングおよびＲＡＣＥ法を含む。遺伝子トラッピングは、ｃＤＮＡラ
イブラリーのメンバーをベクターに挿入することを必要とする。次いで、このベ
クターを変性させ、一本鎖分子を生成する。次に、基質結合プローブ（例えば、
ビオチン化オリゴ）は、目的のｃＤＮＡ挿入物をトラップするために使用される
。ビオチン化プローブは、アビジン結合固体基質に連結され得る。ＰＣＲ法は、
このトラップしたｃＤＮＡを増幅するために使用され得る。全長の遺伝子に対応
する配列をトラップするために、標識化プローブ配列は、本発明のポリヌクレオ
チド配列に基づく。ライブラリーベクターに対して特異的なランダムプライマー
（単数または複数）は、このトラップしたｃＤＮＡを増幅するために使用され得
る。このような遺伝子トラッピング技術は、Ｇｒｕｂｅｒら、ＷＯ ９５／０４
７４５およびＧｒｕｂｅｒら、米国特許第５，５００，３５６号に記載される。
遺伝子トラッピング実験を実施するためのキットは、市販されている（例えば、
Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，Ｍａｒｙｌ
ａｎｄ，ＵＳＡより）。
【００４０】 「ｃＤＮＡ末端の迅速な増幅」、またはＲＡＣＥは、多数の異なるＲＮＡから
ｃＤＮＡを増幅するＰＣＲ法である。このｃＤＮＡを、オリゴヌクレオチドリン
カーに結合させ、そして２つのプライマーを用いてＰＣＲによって増幅する。１
つのプライマーは、本発明のポリヌクレオチド由来の配列に基づき、これは全長
配列が所望される。そして２つめのプライマーは、ｃＤＮＡを増幅するためのオ
リゴヌクレオチドリンカーとハイブリダイズする配列を含む。この方法の記載は
、ＷＯ ９７／１９１１０に示される。ＲＡＣＥの好ましい実施態様において、
共通のプライマーは、ｃＤＮＡ末端に連結される任意のアダプター配列とアニー
ルするために設計される（ＡｐｔｅおよびＳｉｅｂｅｒｔ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉ
ｑｕｅｓ（１９９３）１５：８９０−８９３；Ｅｄｗａｒｄｓら、Ｎｕｃ．Ａｃ
ｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９１）：５２２７−５２３２）。単一の遺伝子特異的Ｒ
ＡＣＥプライマーが、共通のプライマーと対になる場合、単一の遺伝子特異的プ
ライマーと共通のプライマーとの間の配列の好ましい増幅が起こる。ＲＡＣＥに
おける使用のために改変された市販のｃＤＮＡプールは利用可能である。
【００４１】 別のＰＣＲに基づく方法は、ｃＤＮＡ配列の特定の情報を必要とせず、固定化
末端を有する全長のｃＤＮＡライブラリーを産生する。この方法は、ＷＯ９６／
４０９９８に記載される。
【００４２】 遺伝子のプロモーター領域は、一般に、ＲＮＡポリメラーゼＩＩのための開始
部位に対して５’に位置する。何百ものプロモーター領域は、「ＴＡＴＡ」ボッ
クス（例えば、ＴＡＴＴＡまたはＴＡＴＡＡのような配列）を含み、これは、変
異に対して感受性である。プロモーター領域は、遺伝子のコード領域由来のプラ
イマーを使用する５’ＲＡＣＥの実施により得られ得る。あるいは、ｃＤＮＡは
、ゲノム配列についてのプローブとして使用され得、そしてコード領域に対する
領域５’は「ウォーキングアップ」により同定される。遺伝子が高度に発現され
るか、または示差的に発現される場合、この遺伝子由来のプロモーターは、異種
遺伝子に対する調節構築物において有用であり得る。
【００４３】 いったん全長のｃＤＮＡまたは遺伝子が得られたならば、改変体をコードする
ＤＮＡは、部位特異的変異誘発により調製され得る（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１５
．３−１５．６３に詳細に記載される）。置換されるコドンまたはヌクレオチド
の選択は、タンパク質の構造および／または機能の変化を達成するために、アミ
ノ酸における必要に応じた変化についての本明細書中の開示に基づき得る。
【００４４】 生物学的材料由来のＤＮＡまたはＲＮＡを得るための代替方法として、本発明
の１つ以上のポリヌクレオチドの配列を有するヌクレオチドを含む核酸が、合成
され得る。従って、本発明は、１つ以上の生物学的操作（核酸分子の複製および
発現を含む）に適する１５ヌクレオチド長（配列番号１〜５２５２の１つの少な
くとも１５連続するヌクレオチドに対応する）から最大長までの範囲である核酸
分子を含む。本発明は、（ａ）完全な遺伝子のサイズを有し、かつ配列番号１〜
５２５２の少なくとも１つを含む核酸；（ｂ）少なくとも１つのさらなる遺伝子
をまた含み、融合タンパク質の発現を許容するために作動可能に連結される（ａ
）の核酸；（ｃ）（ａ）または（ｂ）を含む発現ベクター；（ｄ）（ａ）または
（ｂ）を含むプラスミド；および（ｅ）（ａ）または（ｂ）を含む組換え型ウイ
ルス粒子、を含むが、これらに限定されない。一度本明細書中に開示されるポリ
ヌクレオチドが提供されれば、（ａ）〜（ｅ）の構築および調製は、当業者に周
知である。
【００４５】 配列番号１〜５２５２の少なくともいずれか１つの、少なくとも１５連続する
ヌクレオチドを含む核酸配列、好ましくは配列番号１〜５２５２の少なくともい
ずれか１つの全体配列を含む核酸配列は、これに限定されないが、Ａ、Ｔ、Ｇ、
および／またはＣ（ＤＮＡに対し）ならびにＡ、Ｕ、Ｇ、および／またはＣ（Ｒ
ＮＡに対し）のいずれかの配列、あるいはそれらの改変された塩基（イノシンお
よびプソイドウリジンを含む）であり得る。配列の選択は、所望される機能に依
存し、そして所望されるコード領域、所望されるイントロン様領域、および所望
される調節領域によって指示され得る。配列番号１〜５２５２のいずれか１つの
全体配列が核酸内に存在する場合、得られる核酸は、本明細書中において配列番
号１〜５２５２のいずれか１つの配列を含むポリヌクレオチドと呼ばれる。
【００４６】 （ＩＩ．全長ｃＤＮＡまたは全長遺伝子によりコードされるポリペプチドの発
現） 提供されるポリヌクレオチド（例えば、「配列番号１〜５２５２」の１つの配
列を有するポリヌクレオチド）、対応するｃＤＮＡ、または全長の遺伝子は、部
分的なまたは完全な遺伝子産物を発現するために使用される。「配列番号１〜５
２５２」の配列を有するポリヌクレオチドの構築物を、合成的に生成し得る。あ
るいは、オリゴデオキシリボヌクレオチドの多数のメンバーに由来する遺伝子お
よびプラスミド全体の単段階アセンブリは、例えば、Ｓｔｅｍｍｅｒら、Ｇｅｎ
ｅ（Ａｍｓｔｅｒｄａｍ）（１９９５）１６４（１）：４９−５３によって記載
される。本方法において、アセンブリＰＣＲ（オリゴデオキシリボヌクレオチド
（オリゴ）の多数のメンバーに由来する長いＤＮＡ配列の合成）が記載される。
この方法は、ＤＮＡシャッフリング（Ｓｔｅｍｍｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ（１９９４
）３７０：３８９−３９１）に由来し、そしてＤＮＡリガーゼに頼らないが、代
わりにアッセンブリプロセスの間に、さらにより長いＤＮＡフラグメントを構築
するためのＤＮＡポリメラーゼに頼る。
【００４７】 適切なポリヌクレオチド構築物は、例えばＳａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕ
ｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，第２版、
（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ
Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹに記載される標準的組替えＤＮＡ技術を使用
して、そしてＵｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｄｅｐｔ．ｏｆ ＨＨＳ， Ｎａｔ
ｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ（ＮＩＨ）Ｇｕｉｄｅｌ
ｉｎｅｓ ｆｏｒ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ＤＮＡ Ｒｅｓｅａｒｃｈに記載
されるような現行の規則の下で、精製される。本発明のポリヌクレオチドにより
コードされる遺伝子産物は、いずれかの発現系（例えば、細菌、酵母、昆虫、両
生類および哺乳動物系を含む）において発現される。適切なベクターおよび宿主
細胞は、米国特許第５，６５４，１７３号に記載される。
【００４８】 （細菌）細菌における発現系は、Ｃｈａｎｇら、Ｎａｔｕｒｅ（１９７８）２
７５：６１５；Ｇｏｅｄｄｅｌら、Ｎａｔｕｒｅ（１９７９）２８１：５４４；
Ｇｏｅｄｄｅｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９８０）８：４
０５７；ＥＰ０ ０３６，７７６；米国特許第４，５５１，４３３号；ＤｅＢｏ
ｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）（１９８３）８０
：２１−２５；およびＳｉｅｂｅｎｌｉｓｔら、Ｃｅｌｌ（１９８０）２０：２
６９に記載される発現系を含む。
【００４９】 （酵母）酵母における発現系には、以下に記載の発現系が含まれる：Ｈｉｎｎ
ｅｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）（１９７８）７５
：１９２９；Ｉｔｏら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９８３）１５３：１６３
；Ｋｕｒｔｚら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．（１９８６）６：１４２；Ｋｕ
ｎｚｅら、Ｊ．Ｂａｓｉｃ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９８５）２５：１４１；
Ｇｌｅｅｓｏｎら、Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９８６）１３２：３
４５９；Ｒｏｇｇｅｎｋａｍｐら、Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．（１９８６）
２０２：３０２；Ｄａｓら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９８４）１５８：１
１６５；Ｄｅ Ｌｏｕｖｅｎｃｏｕｒｔら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９８
３）１５４：７３７；Ｖａｎ ｄｅｎ Ｂｅｒｇら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏ
ｇｙ（１９９０）８：１３５；Ｋｕｎｚｅら、Ｊ．Ｂａｓｉｃ Ｍｉｃｒｏｂｉ
ｏｌ．（１９８５）２５：１４１；Ｃｒｅｇｇら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ
．（１９８５）５：３３７６；米国特許第４，８３７，１４８号および同第４，
９２９，５５５号；ＢｅａｃｈおよびＮｕｒｓｅ、Ｎａｔｕｒｅ（１９８１）３
００：７０６；Ｄａｖｉｄｏｗら、Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅｔ．（１９８５）１０：
３８０；Ｇａｉｌｌａｒｄｉｎら、Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅｔ．（１９８５）１０：
４９；Ｂａｌｌａｎｃｅら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍ
ｍｕｎ．（１９８３）１１２：２８４−２８９；Ｔｉｌｂｕｒｎら、Ｇｅｎｅ（
１９８３）２６：２０５−２２１；Ｙｅｌｔｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃ
ａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）（１９８４）８１：１４７０−１４７４；Ｋｅｌｌｙ
およびＨｙｎｅｓ、ＥＭＢＯ Ｊ．（１９８５）４：４７５４７９：ＥＰ ０
２４４，２３４；およびＷＯ９１／００３５７号。
【００５０】 （昆虫細胞）昆虫における異種遺伝子の発現は、以下に記載のように達成され
る：米国特許第４，７４５，０５１号；Ｆｒｉｅｓｅｎら、「Ｔｈｅ Ｒｅｇｕ
ｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏ
ｎ」 Ｔｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｏｆ Ｂａｃｕｌｏｖｉ
ｒｕｓｅｓ（１９８６）（Ｗ．Ｄｏｅｒｆｌｅｒ編）；ＥＰ０ １２７，８３９
；ＥＰ０ １５５，４７６；およびＶｌａｋら、Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．（１
９８８）６９：７６５−７７６；Ｍｉｌｌｅｒら、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏ
ｂｉｏｌ．（１９８８）４２：１７７；Ｃａｒｂｏｎｅｌｌら、Ｇｅｎｅ（１９
８８）７３：４０９；Ｍａｅｄａら、Ｎａｔｕｒｅ（１９８５）３１５：５９２
−５９４；Ｌｅｂａｃｑ−Ｖｅｒｈｅｙｄｅｎら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ
．（１９８８）８：３１２９：Ｓｍｉｔｈら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．
Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）（１９８５）８２：８８４４；Ｍｉｙａｊｉｍａら、Ｇｅｎ
ｅ（１９８７）５８：２７３；およびＭａｒｔｉｎら、ＤＮＡ（１９８８）７：
９９。多数のバキュロウイルス株および改変株ならびに宿主からの対応する許容
性昆虫宿主細胞が、Ｌｕｃｋｏｗら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（１９８８
）６：４７−５５、Ｍｉｌｌｅｒら、Ｇｅｎｅｒｉｃ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ
（１９８６）８：２７７−２７９、およびＭａｅｄａら、Ｎａｔｕｒｅ（１９８
５）３１５：５９２−５９４に記載される。
【００５１】 哺乳動物細胞。哺乳動物発現は、Ｄｉｊｋｅｍａら、ＥＭＢＯ Ｊ．（１９８
５）４：７６１、Ｇｏｒｍａｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（
ＵＳＡ）（１９８２）７９：６７７７、Ｂｏｓｈａｒｔら、Ｃｅｌｌ（１９８５
）４１：５２１および米国特許第４，３９９，２１６号に記載のように達成され
る。哺乳動物発現の他の特徴は、以下に記載のように容易にされる：Ｈａｍおよ
びＷａｌｌａｃｅ、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚ．（１９７９）５８：４４，Ｂａｒｎｅｓ
およびＳａｔｏ，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９８０）１０２：２５５、米
国特許第４，７６７，７０４号，同第４，６５７，８６６号、同第４，９２７，
７６２号、同第４，５６０，６５５号、ＷＯ９０／１０３４３０、ＷＯ８７／０
０１９５、およびＵ．Ｓ．ＲＥ ３０，９８５。
【００５２】 本明細書に提供されるポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド分子は、
ベクター中にこの分子を配置することによって増殖される。ウイルスおよび非ウ
イルスベクター（プラスミドを含む）が使用される。プラスミドの選択は、増殖
が所望される細胞の型および増殖の目的に依存する。特定のベクターが、大量の
所望のＤＮＡ配列を増幅および作製するために有用である。他のベクターは、培
養中の細胞における発現に適切である。さらなる他のベクターは、動物全体また
はヒトにおける細胞中での転移および発現のために適切である。適切なベクター
の選択は、十分に当該分野の技術の範囲内である。多くのこのようなベクターは
、市販されている。部分的または全長のポリヌクレオチドが、代表的にはベクタ
ー中の切断制限酵素部位へのＤＮＡリガーゼ付着によって、ベクターに挿入され
る。あるいは、所望のヌクレオチド配列は、インビボで相同的組換えによって挿
入され得る。代表的には、これは、相同性の領域を、所望のヌクレオチド配列の
近傍でベクターに付着することによって、達成され得る。相同性の領域は、オリ
ゴヌクレオチドの連結によって、または例えば、相同性の領域と所望のヌクレオ
チド配列の一部との両方を含むプライマーを用いるポリメラーゼ連鎖反応によっ
て添加される。
【００５３】 「配列番号１〜５２５２」に記載のポリヌクレオチドまたはそれらの対応する
全長ポリヌクレオチドは、所望の発現特性を得るのに適切なように、調節配列に
連結される。これらは、プロモーター（センス鎖の５’末端またはアンチセンス
鎖の３’末端のいずれかで付着される）、エンハンサー、ターミネーター、オペ
レーター、リプレッサー、およびインデューサーを含み得る。プロモーターは、
調節され得るか、または構成性であり得る。いくつかの状況では、条件的活性プ
ロモーター（例えば、組織特異的または発生ステージ特異的なプロモーター）を
使用することが望まれ得る。これらは、ベクターへの連結について上述した技術
を使用して、所望のヌクレオチド配列に連結される。当該分野で公知の任意の技
術が用いられ得る。
【００５４】 上記の宿主細胞のいずれか、または他の適切な宿主細胞または生物が、本発明
のポリヌクレオチドまたは核酸を複製し、かつ／または発現させるために用いら
れる場合、得られた複製された核酸、ＲＮＡ、発現されたタンパク質またはポリ
ペプチドは、宿主細胞または生物の産物として、本発明の範囲内にある。この産
物は、当該分野で公知の任意の適切な手段によって回収される。
【００５５】 選択されたポリヌクレオチドに対応する遺伝子がいったん同定されると、その
発現は、その遺伝子がネイティブである細胞において調節され得る。例えば、細
胞の内因性遺伝子は、米国特許第５，６４１，６７０号に開示されるように外因
性調節配列によって調節され得る。
【００５６】 （ＩＩＩ．新規遺伝子の機能的および構造的なモチーフの同定） （Ａ．公的に入手可能なデータベースに対するポリヌクレオチド配列およびア
ミノ酸配列のスクリーニング） 提供されたポリヌクレオチド、ｃＤＮＡ、または完全遺伝子のヌクレオチド配
列の翻訳が、個々の公知配列と整列され得る。個別配列との類似性が、本発明の
ポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの活性を決定するために使
用され得る。例えば、ケモカイン配列と類似性を示す配列は、ケモカイン活性を
呈示し得る。また、１つより多い個別配列との類似性を呈示する配列は、個別配
列のいずれか、または両方に特徴的な活性を呈示し得る。
【００５７】 最も近い隣接物のポリヌクレオチド配列の全長配列およびフラグメントは、提
供されたポリヌクレオチドに対応する全長配列を同定し、そして単離するための
プローブおよびプライマーとして使用され得る。最も近い隣接物は、提供された
ポリヌクレオチドに対応する全長配列のためのライブラリーを構築するために使
用され得る組織または細胞型を示し得る。
【００５８】 代表的には、選択されたポリヌクレオチドは、個別配列との最良のアライメン
トを決定するために、６つ全てのフレームで翻訳される。配列表において本明細
書中に開示される配列は、５’から３’への方向であり、そして３つのフレーム
での翻訳は十分であり得る（実施例に記載のような少数の特定の例外はあるが）
。これらのアミノ酸配列を、一般に、問い合わせ配列と称し、これは、個別配列
と整列される。個別配列を有するデータベースは、「Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｍｅｔ
ｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａ
ｌｙｓｉｓ」 Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（１９９６）２６
６、Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．ａ ｄｉｖ
ｉｓｉｏｎ ｏｆ Ｈａｒｃｏｕｒｔ Ｂｒａｃｅ ＆ Ｃｏ．，Ｓａｎ Ｄｉ
ｅｇｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡに記載される。データベースは、Ｇｅｎ
ｂａｎｋ、ＥＭＢＬ、およびＤＮＡ Ｄａｔａｂａｓｅ ｏｆ Ｊａｐａｎ（Ｄ
ＤＢＪ）を含む。
【００５９】 問い合わせ配列および個別配列は、上記の方法およびコンピュータープログラ
ムを用いて整列され得、そしてＢＬＡＳＴ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎ ｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ ／で世界的なウェブで利用可能）を含む。別
の整列アルゴリズムは、Ｆａｓｔａ（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ
Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ）パッケージで利用可能、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓ
ｉｎ、ＵＳＡ、Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｒｏｕｐ、Ｉｎｃ．の完
全所有子会社）である。整列のための他の技術は、Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、前出、
に記載される。好ましくは、配列中のギャップを可能にする整列プログラムが、
配列を整列させるために利用される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎは、配列整
列中のギャップを可能にするアルゴリズムの１つのタイプである。Ｍｅｔｈ．Ｍ
ｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９７）７０：１７３−１８７を参照のこと。また、Ｎｅ
ｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈアライメント法を用いるＧＡＰプログラムが
、配列を整列させるために利用され得る。代替の検索ストラテジーは、ＭＡＳＰ
ＡＲコンピューターで実行するＭＰＳＲＣＨソフトウェアを使用する。ＭＰＳＲ
ＣＨは、大規模並行コンピューターにおいて配列をスコア付けするためにＳｍｉ
ｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを使用する。このアプローチは、遠いと関
連付けられた適合である配列を同定する能力を改善し、そして小さなギャップお
よびヌクレオチド配列誤差に特に寛容である。提供されたポリヌクレオチドによ
ってコードされるアミノ酸配列は、タンパク質データベースおよびＤＮＡデータ
ベースの両方を検索するために使用され得る。
【００６０】 個別アライメントおよび問い合わせ配列アライメントの結果は、高い類似性、
弱い類似性、および類似性なしの３つのカテゴリーに分けられ得る。高い類似性
から弱い類似性までの範囲の個々の整列結果は、ポリペプチド活性および／また
は構造を決定するための基本を提供する。個々の結果を分類するためのパラメー
ターは、以下を含む：最も強い整列が見出される整列領域長の百分率、配列同一
性パーセント、およびｐ値。
【００６１】 アライメント領域長の百分率は、最も強いアライメント領域（例えば、整列し
た問い合わせ配列の対応する領域の残基と同一である残基の最も多くの数を含む
個別配列の連続的な領域）において見出された個別配列の残基の数を計数するこ
とによって算定される。この数を、問い合わせ配列の全残基長で割って、百分率
を算定する。例えば、２０アミノ酸残基の問い合わせ配列を、個別配列の２０ア
ミノ酸領域と整列し得る。個別配列は、問い合わせ配列のアミノ酸残基５、９〜
１５、および１７〜１９に同一であったとする。従って、最も強いアライメント
領域は、残基９〜１９に伸長する領域である１１アミノ酸ストレッチである。ア
ライメント領域長の百分率は、以下の通りである：１１（最も強い整列の領域の
長さ）を２０（問い合わせ配列の長さ）で割ったもの、すなわち５５％。
【００６２】 配列同一性パーセントは、問い合わせ配列と個別配列との間のアミノ酸適合の
数を計数し、そして適合の総数を最も強いアライメント領域において見出された
個別配列の残基の数で割ることによって算定される。従って、上記の例における
同一性パーセントは、１０適合を１１アミノ酸で割ったもの、すなわち約９０．
９％である。
【００６３】 ｐ値は、整列が偶然に生じた確率である。単整列については、ｐ値は、Ｋａｒ
ｌｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９０）８７：２２６
４およびＫａｒｌｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９３
）９０に従って算定され得る。同じ問い合わせ配列を用いる多重アライメントの
ｐ値は、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．（１９９４）６：１１９に
記載の発見的アプローチを用いて算定され得る。ＢＬＡＳＴプログラムのような
アライメントプログラムがｐ値を算定し得る。
【００６４】 同一性または類似性を決定することについて考慮する別の要因は、類似性また
は同一性の位置選定である。強い局地的なアライメントは、たとえアライメント
の長さが短かったとしても、類似であることを示し得る。問い合わせ配列の長さ
全体にわたって分散された配列の同一性もまた、問い合わせ配列とプロフィール
配列との間で類似であることを示し得る。配列が整列する領域の境界は、Ｄｏｏ
ｌｉｔｔｌｅ、前出；ＢＬＡＳＴもしくはＦＡＳＴプログラムに従って；または
配列同一性が最も高い領域を決定することによって、決定され得る。
【００６５】 （高類似性）一般に、高類似性であるとみなされるアライメントの結果では、
アライメント領域長のパーセントは、問い合わせ配列の全長の、代表的には、少
なくとも約５５％；より代表的には、少なくとも約５８％；さらにより代表的に
は、問い合わせ配列の全残基長の少なくとも約６０％である。通常、アライメン
ト領域の長さのパーセントは、約６２％程度の多さ；より通常には、約６４％程
度の多さ；さらにより通常には、約６６％程度の多さであり得る。さらに、高類
似性について、アライメント領域は、代表的には、少なくとも約７５％の配列同
一性；より代表的には、少なくとも約７８％；よりさらに代表的には、少なくと
も約８０％の配列同一性を示し得る。通常、配列同一性パーセントは、約８２％
程度の多さ；より通常には、約８４％程度の多さ；ずっとより通常には、約８６
％程度の多さであり得る。
【００６６】 ｐ値は、これらの方法と併用して使用される。高い類似性が見出された場合、
ｐ値が約１０-2以下であり；より通常には、約１０-3以下であり；さらにより通
常には、約１０-4以下である場合、問い合わせ配列は、プロフィール配列と高い
類似性を有するとみなされる。より代表的には、問い合わせ配列が類似性が高い
とみなされるには、ｐ値は、約１０-5を超えず；より代表的には、約１０-10以
下であり；さらにより代表的には、約１０-15以下である。
【００６７】 （弱類似性）一般に、アライメント結果が弱類似性であるとみなされる場合、
アライメント領域の長さの最少のパーセントも、アライメントの最少の長さも存
在しない。アライメント領域が、代表的には、少なくとも約１５アミノ酸残基長
；より代表的には、少なくとも約２０；さらにより代表的には、少なくとも約２
５アミノ酸残基長であるとき、弱い類似性をより良好に示すとみなされる。通常
、アライメント領域の長さは、約３０アミノ酸残基程度の多さ；より通常には、
約４０程度の多さ；さらにより通常には、約６０アミノ酸残基程度の多さであり
得る。さらに、弱類似性について、アライメント領域は、代表的には、少なくと
も約３５％の配列同一性；より代表的には、少なくとも約４０％；よりさらに代
表的には、少なくとも約４５％の配列同一性を示す。通常、配列同一性パーセン
トは、約５０％程度の多さ；より通常には、約５５％程度の多さ；さらにより通
常には、約６０％程度の多さであり得る。
【００６８】 低い類似性が見出される場合、ｐ値が通常約１０-2以下であり；より通常には
、約１０-3以下であり；ずっとより通常には、約１０-4以下であるとき、問い合
わせ配列は、プロフィール配列と弱類似性を有するとみなされる。より代表的に
は、問い合わせ配列が弱い類似性であるとみなされるには、ｐ値は、約１０-5を
超えず；より通常には；約１０-10以下であり；さらにより通常には、約１０-15 以下である。
【００６９】 （配列同一性のみにより決定された類似性）配列同一性は、単独で、個別配列
に対する問い合わせ配列の類似性を決定するために使用され得、そして配列の活
性を示し得る。このようなアライメントは、好ましくは、配列を整列するために
ギャップを許容する。代表的には、問い合わせ配列は、問い合わせ配列全体にわ
たる配列同一性が、少なくとも約１５％；より代表的には、少なくとも約２０％
；さらにより代表的には、少なくとも約２５％；さらにより代表的には、少なく
とも約５０％である場合、プロフィール配列に関連する。配列同一性は、単独で
、問い合わせ配列が、通常、少なくとも８０残基長；より通常には９０残基；よ
りさらに通常には、少なくとも９５アミノ酸残基長であるとき、類似性の尺度と
して、最も有用である。より代表的には、問い合わせ配列が、好ましくは１００
残基長；より好ましくは１２０残基長；よりさらに好ましくは、１５０アミノ酸
残基長であるとき、配列同一性のみに基づいて、類似性が決定され得る。
【００７０】 （プロフィールおよび多重整列配列との整列からの活性の決定）提供されたポ
リヌクレオチドの翻訳は、タンパク質ファミリーまたは共通モチーフのいずれか
を規定するアミノ酸プロフィールと整列され得る。また、提供されたポリヌクレ
オチドの翻訳は、タンパク質ファミリーまたはモチーフのメンバーのポリペプチ
ド配列を含む多重配列整列（ＭＳＡ）に対して整列され得る。プロフィール配列
またはＭＳＡとの類似性または同一性は、提供されたポリヌクレオチドまたは対
応するｃＤＮＡもしくは遺伝子によりコードされた遺伝子産物（例えば、ポリペ
プチド）の活性を決定するために使用され得る。例えば、ケモカインプロフィー
ルまたはＭＳＡとの同一性または類似性を示す配列は、ケモカイン活性を示し得
る。
【００７１】 プロフィールは、（１）ＭＳＡ（ファミリーに属するメンバーのアミノ酸配列
の整列である）を作製し、そして（２）整列の統計的表示を作成することによっ
て、手動で設計され得る。このような方法は、例えば、Ｂｉｒｎｅｙら、Ｎｕｃ
ｌ．Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．（１９９６）２４（１４）：２７３０−２７３９におい
て記載される。いくつかのタンパク質ファミリーおよびモチーフのＭＳＡは、公
的に入手可能である。例えば、ｈｔｔｐ：／／ｇｅｎｏｍｅ．ｗｕｓｔ１．ｅｄ
ｕ／Ｐｆａｍ／は、５４７の異なるファミリーおよびモチーフのＭＳＡを含む。
これらのＭＳＡは、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９９７）２
８：４０５−４２０にも記載される。世界的ウェブにわたる他の供給源は、ｈｔ
ｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｍｂｌ−ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ．ｄｅ／ａｒｇｏｓ／ａｌ
ｉ／ａｌｉ．ｈｔｍ１のサイトを含む；あるいは、メッセージを、報告のために
ＡＬＩ＠ＥＭＢＬ−ＨＥＩＤＥＬＢＥＲＧ．ＤＥに発信し得る。これらのＭＳＡ
の簡単な説明は、Ｐａｓｃａｒｅｌｌａら、Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．（１９９６）９
（３）：２４９−２５１に報告されている。ＭＳＡからのプロフィール構築のた
めの技術は、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら（前出）；Ｂｉｒｎｅｙら（前出）；およ
び「Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａ
ｒ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ」，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙ
ｍｏｌｏｇｙ（１９９６）２６６、Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐ
ｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．、ａ ｄｉｖｉｓｉｏｎ ｏｆ Ｈａｒｃｏｕｒｔ Ｂｒａ
ｃｅ ＆ Ｃｏ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡに記載
されている。
【００７２】 問い合わせ配列とタンパク質ファミリーまたはモチーフとの間の類似性は、（
ａ）プロフィールに対して問い合わせ配列を比較すること、および／または（ｂ
）問い合わせ配列をファミリーもしくはモチーフのメンバーと整列することによ
って決定され得る。代表的には、Ｓｅａｒｃｈｗｉｓｅのようなプログラムは、
問い合わせ配列を、プロフィールとしてもまた公知である、多重整列の統計的表
示に対して比較するために使用される。このプログラムは、Ｂｉｒｎｅｙら、前
出に記載される。配列およびプロフィールを比較するための他の技術は、Ｓｏｎ
ｎｈａｍｍｅｒら（前出）およびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ（前出）において記載され
る。
【００７３】 次に、Ｆｅｎｇら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．（１９８７）２５：３５１および
Ｈｉｇｇｉｎｓら、ＣＡＢＩＯＳ（１９８９）５：１５１により記載される方法
が、問い合わせ配列を、ＭＳＡとしてもまた公知である、ファミリーもしくはモ
チーフのメンバーと整列させるために使用され得る。コンピュータープログラム
（例えば、ＰＩＬＥＵＰ）が使用され得る。Ｆｅｎｇら（後出）を参照のこと。
一般に、以下の要因が、問い合わせ配列とプロフィールまたはＭＳＡとの間の類
似性が存在するか否かを決定するために使用される：（１）問い合わせ配列中に
見出される保存残基の数、（２）問い合わせ配列中に見出される保存残基のパー
センテージ、（３）フレームシフトの数、および（４）保存残基間の間隔。
【００７４】 配列を翻訳しそして整列することの両方を行ういくつかの整列プログラムは、
最良の整列を作成するためにヌクレオチド配列を翻訳する場合、任意の数のフレ
ームシフトを作成し得る。整列を作成するために必要とされるフレームシフトが
少ないほど、問い合わせとプロフィールもしくはＭＳＡとの間の類似性または同
一性は強くなる。例えば、フレームシフトなしから得られる弱い類似性は、２つ
のフレームシフトから得られる強い類似性よりもよい、問い合わせ配列の活性ま
たは構造の指標であり得る。好ましくは、３以下のフレームシフトが整列におい
て見出され；より好ましくは、２以下のフレームシフトが；なおより好ましくは
、１つ以下のフレームシフトが；なおより好ましくは、フレームシフトのないこ
とが、問い合わせおよびプロフィールまたはＭＳＡの整列において見出される。
【００７５】 保存された残基は、ファミリーまたはモチーフのメンバーの全てまたはいくつ
かにおいて、特定の位置で見出されるアミノ酸である。例えば、ほとんどのケモ
カインは、４つの保存されたシステインを含む。あるいは、特定のクラスのアミ
ノ酸だけが、ファミリーのメンバーの全てまたはいくつかにおいて、特定の位置
で見出される場合、位置は、保存されたと考えられる。例えば、Ｎ末端位置は、
リジン、アルギニン、またはヒスチジンのような正に荷電したアミノ酸を含み得
る。
【００７６】 代表的には、ポリペプチドの残基は、あるクラスのアミノ酸または単一のアミ
ノ酸が、特定の位置において、全てのクラスのメンバーの少なくとも約４０％；
より代表的には、少なくとも約５０％；なおより代表的には、メンバーの少なく
とも約６０％で見出される場合、保存されている。通常、あるクラスまたは単一
のアミノ酸が、ファミリーまたはモチーフのメンバーの少なくとも約７０％；よ
り通常には、少なくとも約８０％；なおより通常には、少なくとも約９０％；さ
らにより通常には、少なくとも約９５％で見出される場合、残基は、保存されて
いる。
【００７７】 ３つの関連していないアミノ酸；より通常には、２つの関連していないアミノ
酸が、メンバーのいくつかまたは全てにおける特定の位置で見出される場合、残
基は保存されていると考えられる。関連していないアミノ酸が、全てのクラスの
メンバーの少なくとも約４０％；より代表的には、少なくとも約５０％；なおよ
り代表的には、メンバーの少なくとも約６０％における特定の位置で見出される
場合、これらの残基は、保存されている。通常、あるクラスまたは単一のアミノ
酸が、ファミリーまたはモチーフのメンバーの少なくとも約７０％；より通常に
は、少なくとも約８０％；なおより通常には、少なくとも約９０％；なおより通
常には、少なくとも約９５％で見出される場合、残基は、保存されている。
【００７８】 問い合わせ配列が、プロフィールまたはＭＳＡの保存された残基の少なくとも
約２５％；より通常には、少なくとも約３０％；なおより通常には、少なくとも
約４０％を含む場合、問い合わせ配列は、プロフィールまたはＭＳＡに対して類
似性を有する。代表的には、問い合わせ配列が、プロフィールまたはＭＳＡの保
存された残基の少なくとも約４５％；より代表的には、少なくとも約５０％；な
おより代表的には、少なくとも約５５％を含む場合、問い合わせ配列は、プロフ
ィール配列またはＭＳＡに対して、より強い類似性を有する。
【００７９】 （Ｂ．タンパク質プロフィールに対するポリヌクレオチドおよびアミノ酸配列
のスクリーニング） 本明細書に記載されたポリヌクレオチドと相関する遺伝子の同定および機能は
、タンパク質ファミリーのプロフィールに対して、そのポリヌクレオチドまたは
それらに対応するアミノ酸配列をスクリーニングすることにより決定され得る。
このようなプロフィールは、各ファミリーのタンパク質間の共通の構造モチーフ
に焦点を当てる。公に利用可能なプロフィールは、上記のセクションＩＶＡに記
載されている。さらなるまたは代替のプロフィールは、以下に記載される。
【００８０】 新規のポリヌクレオチドを公知の配列と比較することにおいて、いくつかの整
列ツールが利用可能である。例としては、多重配列整列を作成するＰｉｌｅＵｐ
を含み、そしてＦｅｎｇら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．（１９８７）２５：３５１
に記載されている。別の方法であるＧＡＰは、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎら、Ｊ．Ｍｏ
ｌ．Ｂｉｏｌ．（１９７０）４８：４４３の整列方法を使用する。ＧＡＰは、配
列の全体的な整列に最も適している。第３の方法であるＢｅｓｔＦｉｔは、Ｓｍ
ｉｔｈら、Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．（１９８１）２：４８２の局所相同性
アルゴリズムを用いて、一致する数を最大にするギャップを挿入することにより
機能する。例示的なタンパク質プロフィールは、以下および実施例に提供される
。
【００８１】 （Ｃ．分泌型および膜結合型のポリペプチドの同定） 本発明の分泌型および膜結合型のポリペプチドの両方は、特に興味深いもので
ある。例えば、分泌型ポリペプチドのレベルは、都合よい体液（例えば、血液、
尿、前立腺液、および精液）中でアッセイされ得る。膜結合型ポリペプチドは、
ワクチン抗原を構築すること、または免疫応答を誘導することのために有用であ
る。このような抗原は、膜結合型ポリペプチドの細胞外領域の全てまたは一部を
含む。分泌型および膜結合型の両方のポリペプチドが、連続する疎水性アミノ酸
のフラグメントを含むので、疎水性予測アルゴリズムが、このようなポリペプチ
ドを同定するために使用され得る。
【００８２】 シグナル配列は、通常、分泌型および膜結合型の両方のポリペプチド遺伝子に
よってコードされ、細胞の表面にポリペプチドを指向させる。シグナル配列は、
通常、疎水性残基のストレッチを含む。このようなシグナル配列は、ヘリックス
構造に折り畳まれ得る。膜結合型ポリペプチドは、代表的には、膜を横断し得る
疎水性アミノ酸のストレッチを有する、少なくとも１つの膜貫通領域を含む。い
くつかの膜貫通領域もまた、ヘリックス構造を示す。ポリペプチド内部の疎水性
フラグメントは、コンピューターアルゴリズムを使用することによって同定され
得る。このようなアルゴリズムは、ＨｏｐｐおよびＷｏｏｄｓ、Ｐｒｏｃ．Ｎａ
ｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８１）７８：３８２４−３８２８；Ｋｙ
ｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９８２）１５７：
１０５−１３２；ならびにＲＡＯＡＲアルゴリズム、Ｄｅｇｌｉ Ｅｓｐｏｓｔ
ｉら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９０）１９０：２０７−２１９を含
む。
【００８３】 分泌型ポリペプチドおよび膜結合型ポリペプチドを同定する別の方法は、本発
明のポリヌクレオチドを、６つ全てのフレームで翻訳し、そして少なくとも８つ
の連続する疎水性アミノ酸が存在するかどうかを決定することである。少なくと
も８；より代表的には１０；さらにより代表的には１２の連続する疎水性アミノ
酸を有する、これらの翻訳されたポリペプチドは、推定の分泌型ポリペプチドま
たは膜結合型ポリペプチドのいずれかであるとみなされる。疎水性アミノ酸は、
アラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニ
ン、フェニルアラニン、プロリン、スレオニン、トリプトファン、チロシン、お
よびバリンを含む。
【００８４】 （ＩＶ．ポリヌクレオチドに対応する全長遺伝子の発現産物の機能の同定） リボザイム、アンチセンス構築物、およびドミナントネガティブ変異体は、本
明細書中で提供されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現産物の機能を決
定するために使用され得る。これらの方法および組成物は、提供される新規のポ
リヌクレオチドが、既知の機能の遺伝子をコードする配列に、有意なまたは実質
的な相同性を示さない場合に特に有用である。アンチセンス分子およびリボザイ
ムは、合成ポリヌクレオチドから構築され得る。代表的には、オリゴヌクレオチ
ド合成のホスホラミダイト法が使用される。Ｂｅａｕｃａｇｅら、Ｔｅｔ．Ｌｅ
ｔｔ．（１９８１）２２：１８５９および米国特許第４，６６８，７７７号を参
照のこと。自動合成装置は、この化学的作用を使用してオリゴヌクレオチドを作
製するために利用可能である。このような装置の例は、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏ
ｓｙｓｔｅｍｓ、ａ ｄｉｖｉｓｉｏｎ ｏｆ Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ Ｃ
ｏｒｐ．、Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡのＢｉｏｓ
ｅａｒｃｈ ８６００、３９２型および３９４型；ならびにＰｅｒｃｅｐｔｉｖ
ｅ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｒａｍｉｎｇｈａｍ、Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔ
ｓ、ＵＳＡのＥｘｐｅｄｉｔｅを含む。合成ＲＮＡ、リン酸アナログオリゴヌク
レオチド、および化学的に誘導体化したオリゴヌクレオチドもまた産生され得、
そして他の分子に共有結合的に結合され得る。ＲＮＡオリゴヌクレオチドは、例
えば、ＲＮＡホスホラミダイトを使用して合成され得る。この方法は、自動合成
機（例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、３９２型および３９４型
、Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡ）で行われ得る。Ａ
ｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｕｓｅｒ Ｂｕｌｌｅｔｉｎ ５３およ
びＯｇｉｌｖｉｅら、Ｐｕｒｅ ＆ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｃｈｅｍ．（１９８７）
５９：３２５を参照のこと。
【００８５】 ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドもまた、アンチセンス構築のために合
成され得る。硫化試薬（例えば、アセトニトリル中のテトラエチルチウラム（ｔ
ｅｔｒａｅｔｈｙｌｔｈｉｒｕａｍ）二硫化物（ＴＥＴＤ））が、室温で１５分
間以内にヌクレオチド間のシアノエチル亜リン酸エステルをホスホロチオエート
トリエステルへ転換するために使用され得る。ＴＥＴＤは、ヨード試薬を置き換
えるが、標準的なホスホラミダイト化学に使用される全ての他の試薬は、ヨード
試薬を残す。このような合成方法は、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔ
ｅｍｓの３９２型および３９４型を使用して自動化され得る。
【００８６】 ２００ヌクレオチド、より代表的には１００ヌクレオチド、より代表的には５
０ヌクレオチド；なおより代表的には３０〜４０ヌクレオチドまでのオリゴヌク
レオチドが合成され得る。これらの合成フラグメントは、より長いフラグメント
を構築するために、アニーリングされ、そして互いに連結され得る。例えば、Ｓ
ａｍｂｒｏｏｋら（前出）を参照のこと。
【００８７】 （Ａ．リボザイム） トランス切断触媒ＲＮＡ（リボザイム）は、エンドリボヌクレアーゼ活性を有
するＲＮＡ分子である。リボザイムは、特定の標的について具体的に設計され、
そしてその標的メッセージは、特定のヌクレオチド配列を含まなければならない
。リボザイムは、細胞ＲＮＡのバックグラウンドにおいて、部位特異的に任意の
ＲＮＡ種を切断するために操作される。その切断事象は、ｍＲＮＡを不安定にし
、そしてタンパク質発現を妨害する。重要なことに、リボザイムは、その表現型
の効果を検出することによって、インビトロまたはインビボの状況における機能
が未知である遺伝子の機能を決定する目的のために、その未知の機能の遺伝子の
発現を阻害するために使用され得る。
【００８８】 １つの一般的に使用されるリボザイムのモチーフは、ハンマーヘッドであり、
その基質配列の必要条件は最小限のものである。ハンマーヘッドリボザイムの設
計は、Ｕｓｍａｎら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（
１９９６）６：５２７に開示されている。リボザイムはまた、Ｌｏｎｇら、ＦＡ
ＳＥＢ Ｊ．（１９９３）７：２５；Ｓｙｍｏｎｓ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃ
ｈｅｍ．（１９９２）６１：６４１；Ｐｅｒｒｏｔｔａら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．（
１９９２）３１：１６；Ｏｊｗａｎｇら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃ
ｉ．（ＵＳＡ）（１９９２）８９：１０８０２；および米国特許第５，２５４，
６７８号に記載されるように調製および使用され得る。ＨＩＶ−Ｉ ＲＮＡのリ
ボザイム切断は、米国特許第５，１４４，０１９号に記載される；リボザイムを
使用してＲＮＡを切断する方法は、米国特許第５，１１６，７４２号に記載され
る；そして、リボザイムの特異性を増加させるための方法は、米国特許第５，２
２５，３３７号、およびＫｏｉｚｕｍｉら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ
．（１９８９）１７：７０５９に記載される。ハンマーヘッド構造のリボザイム
フラグメントの調製および使用もまた、Ｋｏｉｚｕｍｉら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａ
ｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９８９）１７：７０５９によって記載される。ヘアピン
構造のリボザイムフラグメントの調製および使用は、ＣｈｏｗｒｉｒａおよびＢ
ｕｒｋｅ、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９２）２０：２８３５
によって記載される。リボザイムはまた、ＤａｕｂｅｎｄｉｅｋおよびＫｏｏｌ
、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（１９９７）１５（３）：２７３に記載され
るような、ローリング転写によって作製され得る。
【００８９】 リボザイムのハイブリダイズ領域は、改変され得るか、またはＨｏｒｎおよび
Ｕｒｄｅａ、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９８９）１７：６９５
９に記載されるような分枝構造として調製され得る。リボザイムの基本構造はま
た、当業者によく知られた方法で化学的に変更され得、そして化学合成されたリ
ボザイムは、単量体単位で改変される合成オリゴヌクレオチド誘導体として投与
され得る。治療的な状況において、リボザイムのリポソーム媒介送達は、Ｂｉｒ
ｉｋｈら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９７）２４５：１に記載される
ように、細胞取り込みを改善する。
【００９０】 本発明のポリヌクレオチド配列および当該分野で公知の方法を使用して、リボ
ザイムは、対応するｍＲＮＡ種に特異的に結合し、そして切断するように設計さ
れる。従って、リボザイムは、開示されたポリヌクレオチドまたはそれらの全長
遺伝子によってコードされた、いずれかのタンパク質の発現を阻害する手段を提
供する。全長遺伝子は、特定の阻害性リボザイムを設計および使用するために公
知である必要はない。未知の機能のポリヌクレオチドまたは全長ｃＤＮＡの場合
、そのヌクレオチド配列に対応するリボザイムは、その標的転写物を切断する効
力についてインビトロで試験され得る。インビトロでの切断をもたらすリボザイ
ムは、さらにインビボで試験される。リボザイムはまた、Ｂｉｒｉｋｈら（前出
）において記載されるように、疾患に対する動物モデルを生成するためにも使用
され得る。有効なリボザイムは、目的の遺伝子の転写をブロックすること、およ
び細胞内の変化を検出することによって、目的の遺伝子の機能を決定するために
使用される。その遺伝子が疾患における媒介因子であることが見い出される場合
、効果的なリボザイムが、その遺伝子の転写および発現をブロックするための遺
伝子治療において、設計および送達される。
【００９１】 リボザイムの、治療的および機能的ゲノム適用は、阻害される遺伝子のコード
配列の一部がわかることから始まって、前進する。従って、多くの遺伝子につい
て、部分ポリヌクレオチド配列は、効果的なリボザイムを構築するために適切な
配列を提供する。標的切断部位が、標的配列において選択され、そしてリボザイ
ムは、切断部位に隣接する５’および３’ヌクレオチド配列に基づいて構築され
る。レトロウイルスベクターは、標的コード配列のｍＲＮＡを標的化する、単量
体および多量体ハンマーヘッドリボザイムを発現するために操作される。これら
の単量体および多量体リボザイムは、標的ｍＲＮＡを切断する能力についてイン
ビトロで試験される。細胞株は、リボザイムを発現するレトロウイルスベクター
を用いて安定に形質導入され、そしてその形質導入は、ノーザンブロット分析お
よび逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）によって確認される。細胞は
、疾患マーカーの発現の減少、または標的ｍＲＮＡの遺伝子産物の減少といった
指標によって、標的ｍＲＮＡの不活化についてスクリーニングされる。
【００９２】 （Ｂ．アンチセンス） アンチセンス核酸はＲＮＡに特異的に結合するように設計され、これによって
ＤＮＡ複製、逆転写、またはメッセンジャーＲＮＡ翻訳の阻止を伴う、ＲＮＡ−
ＤＮＡハイブリッドまたはＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッドの形成を生じる。選択さ
れたポリヌクレオチド配列に基づくアンチセンスポリヌクレオチドは、対応する
遺伝子の発現を妨害し得る。アンチセンスポリヌクレオチドは、代表的には、転
写された鎖としてのアンチセンス鎖を含むアンチセンス構築物からの発現によっ
て、細胞内で生成される。開示されたポリヌクレオチドに基づくアンチセンスポ
リヌクレオチドは、アンチセンスポリヌクレオチドに相補的な配列を含むｍＲＮ
Ａに結合し、そして／またはそのｍＲＮＡの翻訳を妨害する。コントロール細胞
の発現産物およびアンチセンス構築物で処理した細胞は、アンチセンス構築物が
基づくところのポリヌクレオチドに対応する遺伝子のタンパク質産物を検出する
ために比較される。このタンパク質は、慣用的な生化学的方法を用いて、単離お
よび同定される。
【００９３】 アンチセンス治療における広範な背景の文献および臨床的な経験を考えると、
当業者は、さらなる潜在的な治療剤として本発明の選択されたポリヌクレオチド
を使用し得る。ポリヌクレオチドの選択は、ガン性の細胞のゲノムの「ホットス
ポット」領域に結合することについてそれらを最初に試験することによって狭め
られ得る。ポリヌクレオチドが「ホットスポット」に結合すると同定される場合
、対応するガン細胞においてアンチセンス化合物としてポリヌクレオチドを試験
することは、明確に保証される。
【００９４】 （Ｃ．優性ネガティブ変異） 本明細書中で開示されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子の機能を同定する
ための代替方法として、ホモ多量体として活性な対応するタンパク質についての
優性ネガティブ変異が容易に生成される。変異ポリペプチドは、野生型ポリペプ
チド（他の対立遺伝子から作られる）と相互作用し、そして非機能的多量体を形
成する。従って、変異は、基質結合ドメイン、触媒ドメイン、または細胞局在ド
メイン中に存在する。好ましくは、変異ポリペプチドが過剰産生される。このよ
うな効果を有する点変異が作製される。さらに、タンパク質の末端への種々の長
さの異なるポリペプチドの融合が、優性ネガティブ変異体を産生し得る。一般的
なストラテジーが、優性ネガティブ変異体を作製するために利用可能である（例
えば、Ｈｅｒｓｋｏｗｉｔｚ、Ｎａｔｕｒｅ（１９８７）３２９：２１９を参照
のこと）。このような技術は、機能の損失の変異を作製するために使用され得、
この変異はタンパク質機能を決定するために有用である。
【００９５】 （Ｖ．本発明のポリペプチドおよびそれらの改変体の構築） 本発明のポリペプチドは、開示されたポリヌクレオチドによってコードされる
ポリペプチドを含む。これらのポリペプチドはまた、遺伝コードの縮重によって
、開示されたポリヌクレオチドとは配列が同一でない核酸によってコードされ得
る。従って、本発明は、その範囲内に、配列番号１〜５２５２またはそれらの改
変体のいずれか１つの配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリ
ペプチドを含む。
【００９６】 一般的に、本明細書中で使用される場合、用語「ポリペプチド」は、述べられ
たポリヌクレオチドによってコードされる全長ポリペプチド、述べられたポリヌ
クレオチドによって示される遺伝子によってコードされるポリペプチドの両方、
ならびにそれらの一部またはフラグメントをいう。「ポリペプチド」はまた、天
然に存在するタンパク質の改変体を含み、ここでこのような改変体は、天然に存
在するタンパク質に相同であるか、または実質的に類似であり、そして天然に存
在するタンパク質（例えば、述べられたポリペプチドを天然に発現するヒト、マ
ウス、またはいくつかの他の種、通常は哺乳動物種）と同一の、または異なる種
の起源であり得る。一般的に、改変体のポリペプチドは、上記のパラメーターを
使用するＢＬＡＳＴによって測定されるように、本発明の差示的に発現されるポ
リペプチドと、少なくとも約８０％、通常少なくとも約９０％、およびより通常
には少なくとも約９８％の配列同一性を有する配列を有する。この改変体ポリペ
プチドは、天然に、または非天然にグリコシル化され得、すなわち、そのポリペ
プチドは、対応する天然に存在するタンパク質において見い出されるグリコシル
化パターンと異なるグリコシル化パターンを有する。
【００９７】 本発明はまた、開示されたポリペプチド（または、それらのフラグメント）の
相同体を含み、ここでその相同体は、他の種、すなわち、他の動物種または他の
植物種から単離され、そしてこのような相同体は、通常は哺乳動物種（例えば齧
歯類（例えば、マウス、ラット）；家畜（例えば、ウマ、ウシ、イヌ、ネコ）；
およびヒト）から単離される。相同体は、少なくとも約３５％、通常少なくとも
約４０％、およびより通常少なくとも約６０％のアミノ酸配列同一性を有するポ
リペプチド（上記で定義したような、特に差示的に発現されたタンパク質）を意
味し、ここで配列同一性が、上記に記載されたパラメーターを用いてＢＬＡＳＴ
アルゴリズムを使用して決定される。
【００９８】 一般的に、本発明のポリペプチドは、天然に存在しない環境（例えば、それら
の天然に存在する環境から分離された環境）において提供される。特定の実施態
様において、本タンパク質は、コントロールと比較してそのタンパク質が富化さ
れた組成物中に存在する。そのような場合、精製されたポリペプチドは提供され
、ここで、精製されたとは、タンパク質が非差示的に発現されたポリペプチドを
実質的に含まない組成物中に存在することを意味し、ここで、実質的に含まない
とは、組成物の９０％未満、通常６０％未満、およびより通常には５０％未満が
非差示的に発現されるポリペプチドから構成されることを意味する。
【００９９】 改変体もまた本発明の範囲内にあり；ポリペプチドの改変体は変異体、フラグ
メントおよび融合体を含む。変異体は、アミノ酸置換、付加または欠失を含み得
る。アミノ酸置換は、グリコシル化部位、リン酸化部位もしくはアセチル化部位
を改変するか、または機能に必要ではない１つ以上のシステイン残基の置換もし
くは欠失により誤折り畳みを最小にするような保存的アミノ酸置換、あるいは非
必須アミノ酸を取り除くような置換であり得る。保存的アミノ酸置換は、全体荷
電、疎水性／親水性、および／または置換されたアミノ酸の立体的バルクを保存
する置換である。例えば、以下の群の間の置換は保存的である：Ｇｌｙ／Ａｌａ
、Ｖａｌ／Ｉｌｅ／Ｌｅｕ、Ａｓｐ／Ｇｌｕ、Ｌｙｓ／Ａｒｇ、Ａｓｎ／Ｇｌｎ
、Ｓｅｒ／Ｃｙｓ、Ｔｈｒ、およびＰｈｅ／Ｔｒｐ／Ｔｙｒ。
【０１００】 改変体は、タンパク質の特定の領域（例えば、機能的ドメインおよび／または
、ポリペプチドがタンパク質ファミリーのメンバーである場合、コンセンサス配
列と関連する領域）の生物学的活性を保持するように設計され得る。非限定的な
例で、Ｏｓａｗａら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏｌ．Ｉｎｔ．（１９９４）３４：１
００３は、いくつかの異なる種由来のタンパク質のアクチン結合領域を論議して
いる。これらの種のアクチン結合領域は、それらが「相同残基」内にあるアミノ
酸を有するという事実を基に相同であると考えられている。相同残基は、（一文
字アミノ酸表記を用いる）以下の群に従って判断される：ＳＴＡＧ；ＩＬＶＭＦ
；ＨＲＫ；ＤＥＱＮ；およびＦＹＷ。例えば、そしてＳ、Ｔ、ＡまたはＧが、あ
る１つの位置に存在し得、そして機能（この場合アクチン結合性）が保持される
。
【０１０１】 アミノ酸置換に関するさらなるガイダンスは、タンパク質進化の研究から入手
可能である。Ｇｏら、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ．
（１９８０）１５：２１１は、アミノ酸残基部位を、それらの接近可能性に依存
して内部または外部として分類した。外部部位上のより頻繁な置換が、それらの
生物学的機能および補綴基の存在または非存在に関わらず、８セットの相同体タ
ンパク質ファミリーで一般的であることが確認された。実質的にすべてのタイプ
のアミノ酸残基が、外部上で、内部においてよりも高い変異性を有していた。内
部および外部のそれぞれにおけるアミノ酸残基の変異性と極性との間には相関関
係は観察されなかった。アミノ酸残基は、それらの極性に依存して３つの群のう
ちの１つに分類された：極性（Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ａｓ
ｐ、およびＧｌｕ）；弱い極性（Ａｌａ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、Ｔｈｒ、およびＳｅ
ｒ）、および非極性（Ｃｙｓ、Ｖａｌ、Ｍｅｔ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｐｈｅ、Ｔｙ
ｒ、およびＴｒｐ）。タンパク質進化の間のアミノ酸置換は非常に保存的であっ
た：内部または外部において、それらの８８％および７６％は、それぞれ、これ
ら３つのうち同じ群にあった。群間置換は、弱い極性残基が、内部において非極
性残基によってよりしばしば置換され、そして外部では極性残基によってよりし
ばしば置換されるようである。
【０１０２】 ポリペプチド改変体の生成のためのさらなるガイダンスは、Ｑｕｅｒｏｌら、
Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．（１９９６）９：２６５において提供され、これは、タンパ
ク質の熱安定性を増大するためのアミノ酸置換に対する一般的規則を提供する。
新たなグリコシル化部位は、ＯｌｓｅｎおよびＴｈｏｍｓｅｎ、Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍ
ｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９１）１３７：５７９で論議されるように導入され得
る。さらなるジスルフィド架橋は、ＰｅｒｒｙおよびＷｅｔｚｅｌ、Ｓｃｉｅｎ
ｃｅ（１９８４）２２６：５５５；Ｐａｎｔｏｌｉａｎｏら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉ
ｓｔｒｙ（１９８７）２６：２０７７；Ｍａｔｓｕｍｕｒａら、Ｎａｔｕｒｅ（
１９８９）３４２：２９１；Ｎｉｓｈｉｋａｗａら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．
（１９９０）３：４４３；Ｔａｋａｇｉら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９
０）２６５：６８７４；Ｃｌａｒｋｅら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９３
）３２：４３２２；およびＷａｋａｒｃｈｕｋら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．（
１９９４）７：１３７９によって論議されるように導入され得る。金属結合部位
は、Ｔｏｍａら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９１）３０：９７、およびＨ
ａｅｚｅｒｂｒｏｕｃｋら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．（１９９３）６：６４３
に従って導入され得る。ループ中のプロリンでの置換は、Ｍａｓｕｌら、Ａｐｐ
ｌ．Ｅｎｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９４）６０：３５７９；およびＨａｒ
ｄｙら、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．３１７：８９に従って作製され得る。
【０１０３】 システイン枯渇ムテインは、本発明の範囲内の改変体と考えられる。これらの
改変体は、米国特許第４，９５９，３１４号に開示の方法に従って構築され得、
これは、システインのその他のアミノ酸での置換、ならびに生物学的活性および
置換の効果をアッセイする方法を開示する。このような方法は、例えばジスルフ
ィド結合形成を排除するための、置換に適切であるシステイン残基を有する、本
発明によるタンパク質に適切である。
【０１０４】 改変体はまた、本明細書に開示のポリペプチドのフラグメント、特に生物学的
に活性なフラグメントおよび／または機能的ドメインに対応するフラグメントを
含む。代表的には、目的のフラグメントは、長さが少なくとも約１０ａａ〜少な
くとも約１５ａａ、通常長さが少なくとも約５０ａａ、そして長さが３００ａａ
程度またはより長くあり得るが、通常長さが約１０００ａａを超えず、ここでこ
のフラグメントは、配列番号１〜５２５２のいずかの配列を有するポリヌクレオ
チドによりコードされるポリペプチド、またはその相同体と同一であるアミノ酸
のストレッチを有する。
【０１０５】 本明細書に記載されるタンパク質改変体は、本発明の範囲内にあるポリヌクレ
オチドによりコードされる。遺伝子コードを用いて、適切なコドンを選択し、対
応する改変体を構築し得る。
【０１０６】 （ＶＩ．コンピューター関連実施態様） 一般に、ポリヌクレオチドのライブラリーは、配列情報のコレクションであり
、この情報は、生化学的形態（例えば、ポリヌクレオチド分子のコレクションと
して）、または電子形態（例えば、コンピューターシステム中および／またはコ
ンピュータープログラムの一部として、コンピューターで読み出し可能な形態で
格納されたポリヌクレオチド配列のコレクションとして）のいずれかで提供され
る。ポリヌクレオチドのこの配列情報は、種々の方法（例えば、遺伝子発見の供
給源として、選択された細胞型で発現される配列の代表として（例えば、細胞型
マーカー）、および／または所定の疾患または疾患状態のマーカーとして）で用
いられ得る。一般に、疾患マーカーは、疾患に羅患したすべての細胞に、正常細
胞（例えば、疾患により実質的に影響されていない同じかまたは類似の型の細胞
）と比較して増加したかまたは減少したかいずれかのレベルで存在する遺伝子産
物の代表である。例えば、ライブラリー中のポリヌクレオチド配列は、ｍＲＮＡ
、ポリペプチド、またはポリヌクレオチドによりコードされるその他の遺伝子産
物を表すポリヌクレオチドであり得、これは、正常（すなわち、実質的に疾患し
ていない）胸部細胞と比較して癌に羅患した胸部腺管細胞中で過剰発現されるか
、または少なく発現されるかのいずれかである。
【０１０７】 ライブラリーのヌクレオチド配列情報は、任意の適切な形態、例えば、電子形
態または生化学的形態で具現化され得る。例えば、電子形態で具現化された配列
情報のライブラリーは、例えば、ｉ）癌細胞と正常細胞；ｉｉ）癌細胞と形成異
常細胞；ｉｉｉ）癌細胞と癌以外の疾患または症状に羅患した細胞；ｉｖ）転移
癌細胞と正常細胞および／または非転移癌細胞；ｖ）悪性癌細胞と非悪性癌細胞
（または正常細胞）および／またはｖｉ）正常細胞と比較した形成異常細胞、と
の間のように、差示的に発現される（例えば、過剰発現または少なく発現される
）遺伝子の代表的なヌクレオチド配列を含むアクセス可能なコンピューターデー
タファイル（または生化学的形態での、核酸分子のコレクション）を含む。種々
の疾患または疾患の段階に羅患した細胞の、他の組み合わせおよび比較は、当業
者に容易に明らかである。ライブラリーの生化学的実施態様は、ライブラリー中
の遺伝子の配列を有する核酸のコレクションを含み、ここで、この核酸は、以下
でより詳細に記載されるように、ライブラリー中の全遺伝子またはそのフラグメ
ントに対応し得る。
【０１０８】 本発明のポリヌクレオチドライブラリーは、複数のポリヌクレオチド配列の配
列情報を含み、ここで、少なくとも１つのポリヌクレオチドは、「配列番号１〜
５２５２」の任意の配列を有する。複数とは、少なくとも２、通常少なくとも３
を意味し、そして「配列番号１〜５２５２」のすべてまでを含み得る。ライブラ
リー中のポリヌクレオチドの長さおよび数は、ライブラリーの性質（例えば、ラ
イブラリーがオリゴヌクレオチドアレイ、ｃＤＮＡアレイ、配列情報のコンピュ
ーターデータベースなどである場合）とともに変化する。
【０１０９】 ライブラリーが電子ライブラリーである場合、核酸配列情報は、種々の媒体中
に存在し得る。「媒体」は、本発明の配列情報を含む、単離された核酸分子以外
の製造物をいう。このような製造物は、配列が核酸で存在する場合、配列に直接
適用可能ではない手段により調査され得る形態でゲノム配列またはそのサブセッ
トを提供する。例えば、本発明のヌクレオチド配列、例えば、配列番号１〜５２
５２の任意のポリヌクレオチドの核酸配列は、コンピュータ読み出し可能媒体、
例えば、コンピューターによって直接読みかつアクセスされ得る任意の媒体上に
記録され得る。このような媒体は：フロッピーディスク、ハードディスク格納媒
体、および磁気テープのような磁気格納媒体；ＣＤ−ＲＯＭのような光学的格納
媒体；ＲＡＭおよびＲＯＭのような電子的格納媒体；および磁気／光学的格納媒
体のようなこれらのカテゴリーのハイブリッドを含むがこれらに限定されない。
当業者は、現在知られたコンピューター読み出し可能な媒体のいずれもが、本発
明の配列情報の記録を含む製造物を作製するためにどのように使用され得るかを
容易に認識し得る。「記録された」とは、当該分野で公知の任意のこのような方
法を用いて、コンピューター読み出し可能な媒体上に情報を格納するためのプロ
セスをいう。任意の便利なデータ格納構造が、格納された情報にアクセスするた
めに用いられる手段を基に選択され得る。種々のデータプロセッサプログラムお
よびフォーマット（例えば、ワードプロセッシングテキストファイル、データベ
ースフォーマットなど）が、格納のために用いられ得る。配列情報に加えて、本
発明のライブラリーの電子バージョンが、その他のコンピューター読み出し可能
な情報および／またはその他の型のコンピューター読み出し可能なファイル（例
えば、サーチプログラムソフトウェアなどを含むがこれに限定されない、例えば
、サーチ可能なファイル、実行可能なファイルなど）と連結されるか、または組
み合わされて提供され得る。
【０１１０】 コンピューター読み出し可能な形態でヌクレオチド配列を提供することにより
、この情報は、種々の目的のためにアクセスされ得る。配列情報にアクセスする
ためのコンピューターソフトウェアは、公に利用可能である。例えば、Ｓｙｂａ
ｓｅシステム上のＢＬＡＳＴ（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、前述）およびＢＬＡＺＥ（
Ｂｒｕｔｌａｇら、Ｃｏｍｐ．Ｃｈｅｍ．（１９９３）１７：２０３）サーチア
ルゴリズムを用いて、他の生物由来のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）
に対する相同性を含むゲノム内のＯＲＦを同定し得る。
【０１１１】 本明細書で用いられる場合、「コンピューターを基礎にしたシステム」とは、
本発明のヌクレオチド配列情報を分析するために用いられる、ハードウェア手段
、ソフトウェア手段、およびデータ格納手段をいう。本発明のコンピューターを
基礎にしたシステムの最小のハードウェアは、中央処理装置（ＣＰＵ）、入力手
段、出力手段、およびデータ格納手段を備える。当業者は、現在利用可能なコン
ピューターを基礎にしたシステムの任意の１つが、本発明における使用に適切で
あることを容易に認識し得る。データ格納手段は、上記のように本発明の配列情
報の記録を含む任意の製造物、またはこのような製造物にアクセスし得るメモリ
ーアクセス手段を含み得る。
【０１１２】 「サーチ手段」は、コンピューターを基礎にしたシステム上で実行される１つ
以上のプログラムをいい、標的配列または標的構造モチーフを、格納された配列
情報と比較する。サーチ手段を用いて、特定の標的配列または標的モチーフに一
致するゲノムのフラグメントまたは領域を同定する。種々の既知のアルゴリズム
が公に知られ、そして市販されている（例えば、ＭａｃＰａｔｔｅｒｎ（ＥＭＢ
Ｌ）、ＢＬＡＳＴＮおよびＢＬＡＳＴＸ（ＮＣＢＩ））。「標的配列」は、６以
上のヌクレオチドであるか、または２以上のアミノ酸、好ましくは約１０〜１０
０アミノ酸であるか、または約３０〜３００ヌクレオチド残基の任意のＤＮＡま
たはアミノ酸配列であり得る。
【０１１３】 「標的構造モチーフ」または「標的モチーフ」は、任意の合理的に選択された
配列または配列の組み合わせをいい、ここで配列（単数または複数）は、標的モ
チーフの折り畳みに際し形成される三次元立体配置を基に、または調節もしくは
活性部位のコンセンサス配列を基に選択される。当該分野で公知の種々の標的モ
チーフがある。タンパク質標的モチーフは、酵素活性部位およびシグナル配列を
含むがこれらに限定されない。核酸標的モチーフは、ヘアピン構造、プロモータ
ー配列および転写因子の結合部位のようなその他の発現エレメントを含むが、こ
れらに限定されない。
【０１１４】 入力および出力手段の種々の構造的フォーマットを用いて、本発明のコンピュ
ーターを基礎にしたシステムにおいて情報を入力および出力し得る。出力手段の
１つのフォーマットは、標的配列または標的モチーフに対する変化した程度の相
同性を所有するゲノムのフラグメントをランク付けする。そのような表示は、当
業者に、配列のランク付けを提供し、そして同定されたフラグメントに含まれる
配列類似性の程度を同定する。
【０１１５】 種々の比較手段を用いて、標的配列または標的モチーフを、データ格納手段と
比較し、ゲノムの配列フラグメントを同定し得る。当業者は、公に利用可能な相
同性検索プログラムの任意の１つを、本発明のコンピューターを基礎にしたシス
テムの検索手段として用い得ることを容易に認識し得る。
【０１１６】 上記で論議したように、本発明の「ライブラリー」はまた、「配列番号１−５
２５２」のポリヌクレオチドの生化学的ライブラリー、例えば、提供されたポリ
ヌクレオチドを表す核酸のコレクションを包含する。この生化学的ライブラリー
は、種々の形態、例えば、ｃＤＮＡの溶液、固体支持体の表面と安定に結合した
プローブ核酸のパターン（すなわちアレイ）などをとり得る。特に目的とするの
は、「配列番号１−５２５２」の１つ以上がアレイ上に表されている核酸アレイ
である。アレイにより、基板の表面の１つに少なくとも２つの別個の核酸標的を
有する少なくとも基板を有する製造物の物品を意味し、ここで別個の核酸の数は
、かなり高く，代表的には、少なくとも１０ｎｔ、通常少なくとも２０ｎｔおよ
びしばしば少なくとも２５ｎｔであり得る。種々の異なるアレイフォーマットが
開発され、そして当業者に公知であり、５，２４２，９７４；５，３８４，２６
１；５，４０５，７８３；５，４１２，０８７；５，４２４，１８６；５，４２
９，８０７；５，４３６，３２７；５，４４５，９３４；５，４７２，６７２；
５，５２７，６８１；５，５２９，７５６；５，５４５，５３１；５，５５４，
５０１；５，５５６，７５２；５，５６１，０７１；５，５９９，８９５；５，
６２４，７１１；５，６３９，６０３；５，６５８，７３４；ＷＯ９３／１７１
２６；ＷＯ９５／１１９９５；ＷＯ９５／３５５０５；ＥＰ７４２２８７；およ
びＥＰ７９９８９７に記載されたものを含む。本発明のアレイは、種々の適用に
おける使用を見出し、上記に列挙した例示の特許書類に開示されるような、遺伝
子発現分析、薬物スクリーニング、変異分析などを含む。
【０１１７】 上記の核酸ライブラリーに加えて、ポリペプチドのアナログライブラリーもま
た提供され、ここでライブラリーのポリペプチドは、「配列番号１−５２５２」
によりコードされるポリペプチドの少なくとも一部分を表す。
【０１１８】 （ＶＩＩ．有用性） （Ａ．マッピングにおける、および組織プロファイリングにおけるポリヌクレ
オチドプローブの使用） ポリヌクレオチドプローブは、一般に配列表に示されるようなポリヌクレオチ
ドの少なくとも１２の連続ヌクレオチドを含み、ポリヌクレオチドの染色体マッ
ピングおよび転写レベルの検出のような種々の目的に用いられる。開示されたポ
リヌクレオチド配列の好適な領域についてのさらなる開示は、実施例に見出され
る。本明細書に開示されたポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするプロ
ーブは、他の非関連配列で提供されるバックグラウンドハイブリダイゼーション
より、少なくとも５、１０、または２０倍高い検出シグナルを提供すべきである
。
【０１１９】 （発現レベルの検出におけるプローブ） ヌクレオチドプローブを用いて、提供されたポリヌクレオチドに対応する遺伝
子の発現を検出する。ノザンブロットでは、ｍＲＮＡを電気泳動的に分離し、そ
してプローブと接触させる。プローブは、特定サイズのｍＲＮＡ種にハイブリダ
イズするとして検出される。ハイブリダイゼーションの量が定量されて、例えば
、特定条件下で発現の相対量を決定する。プローブは、細胞に対するインサイチ
ュハイブリダイゼーションのために用いられ、発現を検出する。プローブは、ハ
イブリダイズする配列の診断的検出のためにインビボで用いられ得る。代表的に
は、プローブは放射性同位体で標識される。発色団、蛍光、および酵素のような
、他の型の検出可能な標識が用いられ得る。ヌクレオチドハイブリダイゼーショ
ンアッセイのその他の例は、ＷＯ９２／０２５２６および米国特許第５，１２４
，２４６号に記載される。
【０１２０】 ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）は、少量の標的核酸を検出する別の手段であ
る（例えば、Ｍｕｌｌｉｓら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９８７）１５５
：３３５；米国特許第４，６８３，１９５号；および米国特許第４，６８３，２
０２号を参照のこと）。２つのプライマーポリヌクレオチドヌクレオチドは、標
的核酸とハイブリダイズし、そして反応をプライムするために用いられる。プラ
イマーは、配列表のポリヌクレオチドの３’および５’内の配列から構成され得
る。あるいは、プライマーがこれらのポリヌクレオチドの３’側および５’側に
ある場合、プライマーはそれらまたは相補物にハイブリダイズする必要はない。
熱安定性ポリメラーゼは、もとの標的核酸を鋳型として用い、プライマーから標
的核酸のコピーを生成する。ポリメラーゼにより大量の標的核酸が生成された後
、サザンブロットのような方法により検出される。サザンブロット法を用いる場
合、標識されたプローブは、配列表のポリヌクレオチドまたは相補物にハイブリ
ダイズする。
【０１２１】 さらに、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡは、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、「Ｍｏｌｅｃｕｌ
ａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ」（Ｎｅｗ
Ｙｏｒｋ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１
９８９）に記載される古典的なブロッティング技術によって検出され得る。ポリ
メラーゼ酵素を使用して、ｍＲＮＡから生成されたｍＲＮＡまたはｃＤＮＡは、
ゲル電気泳動を使用して精製および分離され得る。次いで、ゲル上の核酸は、固
体支持体（例えば、ニトロセルロース）上にブロットされる。この固体支持体は
、標識されたプローブに曝露され、次いで洗浄され、任意の非ハイブリダイズプ
ローブを除去する。次に、この標識されたプローブを含む二重鎖が検出される。
代表的には、このプローブは、放射能で標識される。
【０１２２】 （マッピング） 本発明のポリヌクレオチドは、対応する遺伝子が存在する染色体を同定するた
めに使用される。このようなマッピングは、公知の機能を有する他の遺伝子への
その近接によって、このポリペプチド関連遺伝子の機能を同定することにおいて
有用であり得る。機能はまた、特定の症候群または疾患が同じ染色体にマッピン
グされる場合、このポリヌクレオチド関連遺伝子とされ得る。例えば、核酸配列
異常の同定および定量におけるポリヌクレオチドプローブの使用は、米国特許第
５，７８３，３８７号に記載される。
【０１２３】 例えば、正常な中期スプレッド（ｍｅｔａｐｈａｓｅ ｓｐｒｅａｄｓ）に対
する蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）は、ＤＮＡ配列の相
対的なコピー数の変化の全ゲノム評価を可能とする比較ゲノムハイブリダイゼー
ションを容易にする。ＳｃｈｗａｒｔｚおよびＳａｍａｄ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ
．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（１９９４）８：７０；Ｋａｌｌｉｏｎｉｅｍｉら、
Ｓｅｍ．Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｌ．（１９９３）４：４１；Ｖａｌｄｅｓら、Ｍ
ｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９７）６８：
１、Ｂｏｕｌｔｗｏｏｄ、編、Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ、Ｔｏｔｏｗａ、ＮＪ．
を参照のこと。
【０１２４】 ポリヌクレオチドは、例えば、放射線ハイブリッドまたは染色体特異的ハイブ
リッドパネルを使用して特定の染色体にマッピングされる。Ｌｅａｃｈら、Ａｄ
ｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、（１９９５）３３：６３−９９；Ｗａ
ｌｔｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（１９９４） ７：２２；Ｗａｌ
ｔｅｒおよびＧｏｏｄｆｅｌｌｏｗ、Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（
１９９２）９：３５２を参照のこと。放射線ハイブリッドマッピングのパネルは
、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、Ｉｎｃ．、Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ、Ａ
ｌａｂａｍａ、ＵＳＡから利用可能である。種々のパネルを使用したマーカーの
データベースは、ｈｔｔｐ：／Ｆ／ｓｈｇｃ−ｗｗｗ．ｓｔａｎｆｏｒｄ．ｅｄ
ｕ；およびｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ−ｇｅｎｏｍｅ．ｗｉ．ｍｉｔ．ｅｄｕ／ｃｇ
ｉ−ｂｉｎ／ｃｏｎｔｉｇ／ｒｈｍａｐｐｅｒ．ｐｌ．でワールドワイブウェブ
を介して利用可能である。統計プログラムＲＨＭＡＰが使用され、一つの序列対
別の序列の相対的尤度（ｒｅｌａｔｉｖｅ ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ）を測定して
、放射線ハイブリッドからのデータに基づいたマップを構築し得る。ＲＨＭＡＰ
は、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｐｈ．ｕｍｉｃｈ．ｅｄｕ／ｇｒｏｕｐ／ｓｔａ
ｔｇｅｎ／ｓｏｆｔｗａｒｅでワールドワイドウェブを介して利用可能である。
【０１２５】 さらに、市販のプログラムは、疾患（例えば、癌）に共通に関連する染色体の
領域を同定するために利用可能である。本発明のポリヌクレオチドに基づいたポ
リヌクレオチドは、これらの領域をプローブするために使用され得る。例えば、
プロフィール探索を通して、提供されたポリヌクレオチドがキナーゼをコードす
る遺伝子に対応すると同定された場合、その癌関連染色体領域に結合する能力は
、腫瘍細胞発生／増殖の１以上のステージにおいてそのキナーゼとしての役割を
示唆する。いくつかの実験がその役割を明らかとするために必要とされるが、こ
のポリヌクレオチドは、癌診断または癌治療を開発するための能力を有する特異
的なタンパク質を単離するための新しい物質を構成する。
【０１２６】 （組織分類または組織の特徴付け（プロファイリング）） 提供されたポリヌクレオチドに対応する特異的ｍＲＮＡの発現は、異なった細
胞型において変動し得、そして組織特異的であり得る。異なった細胞型における
ｍＲＮＡレベルのこの変化は、組織型を決定するための核酸プローブアッセイを
用いて開発され得る。例えば、配列表に列挙されたポリヌクレオチドと本質的に
同一、または相補的な核酸プローブを利用したＰＣＲ、分岐ＤＮＡプローブアッ
セイまたはブロッティング技術は、対応するｃＤＮＡまたはｍＲＮＡの存在また
は非存在を決定し得る。
【０１２７】 例えば、転移性の病巣は、その器官または組織の特定のマーカーの発現を同定
することによるその発生器官または発生組織源によって同定される。ポリヌクレ
オチドが特定の組織型においてのみ発現され、そして転移性の病巣がそのポリヌ
クレオチドを発現することを見出されば、この病巣の発生源が同定される。特定
のポリヌクレオチドの発現は、対応するｍＲＮＡか、またはタンパク質産物のい
ずれかの検出によってアッセイされる。免疫学的方法（例えば、抗体染色）は、
特定のタンパク質産物を検出するために使用される。ハイブリダイゼーション法
は、特定のｍＲＮＡ種を検出するために使用され得、インサイチューハイブリダ
イゼーションおよびノーザンブロッティングを含むが、これらに限定されない。
【０１２８】 （多型の使用） 本発明のポリヌクレオチドは、遺伝子の対応する領域がヒト集団において多型
である場合、法医学、遺伝分析、マッピングおよび診断適用に有用である。この
提供されたポリヌクレオチドの特定の多型形態は、罹患が疑われる者由来として
のサンプルを同定するか、またはサンプルが罹患が疑われる者由来である可能性
を除外するかのいずれかのために使用され得る。遺伝子中の多型を検出するため
の任意の手段が使用され、これらの手段は、タンパク質多型変異体の電気泳動、
制限酵素切断に対する示差的な感受性、および対立遺伝子特異的なプローブに対
するハイブリダイゼーションを含むが、これらに制限されない。
【０１２９】 （Ｂ．抗体産生） 本発明のポリヌクレオチドの発現産物、対応するｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ、あ
るいは対応する完全な遺伝子が調製され、そして実験、診断および治療目的に関
する抗体を惹起するために使用される。対応する遺伝子が割り当てられていない
ポリヌクレオチドに関して、このことは、対応する遺伝子を同定するさらなる方
法を提供する。このポリヌクレオチドまたは関連ｃＤＮＡは、上記のように発現
され、そして抗体が調製される。これらの抗体は、このポリヌクレオチドによっ
てコードされるポリペプチド上のエピトープに対して特異的であり、そして細胞
もしくは組織調製物において、またはインビトロ発現系の無細胞抽出物において
対応する天然のタンパク質を沈殿あるいは結合し得る。
【０１３０】 抗体を惹起するための免疫原は、本発明のポリヌクレオチドによってコードさ
れるポリペプチドをアジュバントと混合することによって調製される。あるいは
、ポリペプチドは、より大きな免疫原タンパク質との融合タンパク質として作製
される。ポリペプチドはまた、他のより大きな免疫原タンパク質（例えば、キー
ホールリンペット（ｋｅｙｈｏｌｅ ｌｉｍｐｅｔ）ヘモシアニン）と共有結合
される。免疫原は、代表的に、皮内に、皮下に、または筋肉中に投与される。免
疫原は、実験動物（例えば、ウサギ、ヒツジおよびマウス）に対して抗体を作製
するために投与される。必要に応じて、この動物脾臓細胞は、単離され、そして
ミエローマ細胞と融合され、モノクローナル抗体を分泌するハイブリドーマを形
成する。このような方法は、当該分野で周知である。当該分野で公知の別の方法
に従って、この選択されたポリヌクレオチドは、直接（例えば、筋肉中注射によ
って）投与され、そしてインビボで発現される。この発現されたタンパク質は、
種々のタンパク質特異的免疫応答（このタンパク質の投与に匹敵する、抗体産生
を含む）を生じる。
【０１３１】 選択されたポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドに特異的なポ
リクローナル抗体およびモノクローナル抗体の調製は、当該分野で公知の標準方
法を使用して行われる。抗体は、配列表に開示されるポリヌクレオチドによって
コードされるポリペプチドに存在するエピトープに特異的に結合する。代表的に
は、少なくとも６、８、１０または１２個の連続したアミノ酸は、エピトープを
形成するために必要とされる。しかし、非連続なアミノ酸を含むエピトープは、
さらに、例えば少なくとも１５、２５または５０アミノ酸を必要とし得る。次い
で、ポリヌクレオチドの短い配列は、公知のタンパク質との交差反応性の可能性
のために、対応する新規タンパク質を同定するために抗体を惹起するエピトープ
としての使用には適切でないかもしれない。しかし、この抗体は、他の目的につ
いて、特にそれらが公知のタンパク質および本発明のポリヌクレオチドによって
コードされる新規のポリペプチドの共通の構造的特徴を同定する場合、有用であ
り得る。
【０１３２】 この提供されたポリペプチドによってコードされるヒトポリペプチドと特異的
に結合する抗体は、ウエスタンブロットまたは他の免疫化学アッセイで使用され
る場合、他のタンパク質で提供される検出シグナルより少なくとも５、１０また
は２０倍高い検出シグナルを提供するはずである。好ましくは、本発明のポリペ
プチドと特異的に結合する抗体は、検出可能なレベルで免疫化学アッセイにおい
て他のタンパク質と結合せず、そして溶液からこの特異的なポリペプチドを免疫
沈降し得る。
【０１３３】 ヒト集団における本発明のポリペプチドに対する血清抗体の存在を試験するた
めに、ヒト抗体は、当該分野で周知の方法によって精製され得る。好ましくは、
この抗体は、対応する選択されたポリペプチドまたは融合タンパク質が結合され
るカラムに抗血清を通すことによりアフィニティー精製される。次いで、この結
合抗体は、例えば、高塩濃度を有する緩衝液を使用してカラムから溶出され得る
。
【０１３４】 上記で議論した抗体に加えて、遺伝的に操作された抗体誘導体（例えば、単鎖
抗体）が、当該分野で周知の方法に従って作製される。
【０１３５】 （Ｃ．診断のための構築物アレイに対するポリヌクレオチドの使用） ポリヌクレオチドアレイは、サンプル中の多数のポリヌクレオチド配列をアッ
セイし得る高処理能技術を提供する。この技術は、示差的な発現について試験す
るための診断およびツールとして使用され、コードされたタンパク質の機能を決
定し得る。アレイは、２次元マトリックスまたは結合プローブを有するアレイに
おいて基板（例えば、ガラス、ニトロセルロースなど）上にポリヌクレオチドプ
ローブをスポットすることによって作製され得る。このプローブは、共有結合に
よってか、または非特異的相互作用（例えば、疎水性相互作用）によってのいず
れかで基板に結合され得る。ポリヌクレオチドのサンプルは、検出可能に標識さ
れ得（例えば、放射性標識または蛍光標識を使用して）、次いでプローブとハイ
ブリダイズされ得る。プローブポリヌクレオチドに結合した標識化サンプルポリ
ヌクレオチドを含む、二本鎖ポリヌクレオチドは、一旦このサンプルの非結合部
分が洗浄されると、検出され得る。アレイを構築する技術およびこれらのアレイ
を使用する方法は、ＥＰ第０７９９８９７号；ＰＣＴ第ＷＯ ９７／２９２１２
号；ＰＣＴ第ＷＯ ９７／２７３１７号；ＥＰ第０７８５２８０号；ＰＣＴ第Ｗ
Ｏ ９７／０２３５７号；米国特許第５，５９３，８３９号；米国特許第５，５
７８，８３２号；ＥＰ第０７２８５２０号；米国特許第５，５９９，６９５号；
ＥＰ第０７２１０１６号；米国特許第５，５５６，７５２号；ＰＣＴ第ＷＯ ９
５／２２０５８号および米国特許第５，６３１，７３４号に記載される。
【０１３６】 上記で多少詳細に議論されるように、アレイは、遺伝子の示差的発現を試験す
るために使用され得、そして遺伝子機能を決定するために使用され得る。例えば
、即席のポリヌクレオチド配列のアレイが使用され、この提供された任意のポリ
ヌクレオチドが試験細胞とコントロール細胞（例えば、癌細胞および正常細胞）
との間で示差的に発現されるか否かを決定し得る。例えば、癌細胞中での特定の
メッセージの高発現（これは、対応する正常細胞中で観察されない）は、癌特異
的なタンパク質を示し得る。アレイの例示的な使用はさらに、例えば、Ｐａｐｐ
ａｌａｒａｄｏら、Ｓｅｍ．Ｒａｄｉａｔｉｏｎ Ｏｎｃｏｌ．（１９９８）８
：２１７；およびＲａｍｓａｙ、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（１９
９８）１６：４０に記載される。
【０１３７】 （Ｄ．示差的発現） 本発明のポリヌクレオチドはまた、２つの細胞間の発現レベルにおける差異を
検出するために（例えば、ヒトにおける異常組織または疾患組織を同定するため
の方法として）使用され得る。タンパク質ファミリーのプロフィールに対応する
ポリヌクレオチドに関して、組織の選択は、推定の生物学的機能に従って選択さ
れ得る。一般に、特定のポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現は、疾患であ
ると疑われる第１の組織と第２のヒトの正常な組織の間で比較される。異常およ
び疾患であると疑われる組織は、ヒトの異なった組織型由来であり得るが、好ま
しくは、それは、同じ組織型由来である；例えば、腸管のポリープまたは他の異
常な増殖は、正常な腸管組織と比較されるべきである。この正常組織は、試験サ
ンプルの組織と同じ組織、または患者の任意の正常組織、特に目的のポリペプチ
ド関連遺伝子を発現する組織（例えば、脳、胸腺、精巣、心臓、前立腺、胎盤、
脾臓、小腸、骨格筋、膵臓および結腸の粘膜内層）であり得る。例えば、分子量
、アミノ酸もしくはヌクレオチド配列、または相対的な量で比較される、２つの
組織中のポリヌクレオチド関連遺伝子、ｍＲＮＡ、またはタンパク質間の差異は
、疾患であると疑われるヒトの組織で遺伝子、またはその遺伝子を調節する遺伝
子における変化を示す。示差的発現の検出および癌の診断におけるその使用の例
は、米国特許第５，６８８，６４１号および同第５，６７７，１２５号に記載さ
れる。
【０１３８】 この２つの組織中のポリヌクレオチド関連遺伝子は、当該分野で公知の任意の
手段によって比較される。例えば、この２つの遺伝子は、配列決定され得、そし
て疾患であると疑われる組織中の遺伝子配列は、正常組織における遺伝子配列と
比較され得る。この２つの組織における提供されたポリヌクレオチドに対応する
遺伝子またはその一部は、例えば、配列表で示されるヌクレオチド配列に基づい
たヌクレオチドプライマーを使用してポリメラーゼ連鎖反応を使用して増幅され
る。増幅された遺伝子または遺伝子の一部は、配列表で示されるヌクレオチド配
列から選択される検出可能に標識されたヌクレオチドプローブとハイブリダイズ
される。正常なヌクレオチド配列と比較して、疾患であると疑われる組織におい
て単離された遺伝子のヌクレオチド配列における差異は、この疾患における被験
体ポリヌクレオチドによってコードされる遺伝子産物の役割を示唆し、そして治
療剤を調製するための指針を提供する。
【０１３９】 あるいは、この２つの組織中の提供されたポリヌクレオチドに対応するｍＲＮ
Ａが比較される。ポリＡ+ＲＮＡは、当該分野で公知であるように２つの組織か
ら単離される。例えば、当業者は、ノーザンブロットおよび配列表で示されるヌ
クレオチド配列から選択される検出可能に標識されるヌクレオチドプローブを使
用して、この２つの組織間のｍＲＮＡ転写物のサイズまたは量における差異を容
易に決定し得る。正常組織中で同じｍＲＮＡの発現と比較して、罹患している疑
いのある組織サンプル中の所定のｍＲＮＡの発現の増加または減少は、発現され
たタンパク質がこの疾患において役割を有し、そしてまた治療剤を調製するため
の手がかりを提供することを示唆する。
【０１４０】 この比較はまた、適合したサンプル間でポリペプチドを分析することによって
達成され得る。この２つの組織中のタンパク質のサイズは、例えば、本発明の抗
体を使用して、この２つの組織由来のタンパク質抽出物のウエスタンブロットに
おけるポリペプチドを検出して比較される。他の変化（例えば、発現レベルおよ
び細胞内局在）はまた、対応するタンパク質に対する抗体を使用して免疫学的に
検出され得る。正常な組織における同じタンパク質の発現レベルと比較して、罹
患している疑いのある組織における所定のポリペプチドのより高いまたはより低
いレベルの発現は、この発現タンパク質がこの疾患において役割を有し、そして
治療剤を調製するための指針を提供することを示す。
【０１４１】 同様に、罹患している疑いのあるヒト組織とヒトの正常組織の間のポリヌクレ
オチド配列の比較または遺伝子発現産物の比較（例えば、ｍＲＮＡおよびタンパ
ク質）が使用され、ヒトにおける疾患の進行または寛解を追跡する。このような
比較は、上記のようになされる。例えば、腫瘍性であると疑われる組織における
、本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子発現の増加または減少は、組織中
の腫瘍性細胞の存在を示し得る。腫瘍性細胞における所定遺伝子の、正常組織中
の同じ遺伝子の発現と比較した、発現の増加の度合い、または腫瘍性細胞におけ
る所定遺伝子の発現の増加量における経時的な相違は、その組織における新形成
の進行を経時的に評価するため、または治療プロトコルに対する腫瘍性組織の応
答を経時的にモニターするために使用される。
【０１４２】 任意の２つの細胞型（例えば、低転移性腫瘍細胞株および高転移性腫瘍細胞株
、悪性細胞もしくは非悪性細胞、または治療剤に曝露されている組織からの細胞
および曝露されていない組織からの細胞）の発現パターンが比較され得る。ヒト
における疾患に対する遺伝的素因は、正常胎児組織に関連したレベルと、胎児組
織中の本発明のポリヌクレオチドに対応したｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レ
ベルを比較することによって検出される。この目的について使用された胎児組織
は、羊水、絨毛膜絨毛、血液およびインビトロで受精した胚の卵割球を含むが、
これらに限定されない。この匹敵する正常ポリヌクレオチド関連遺伝子は、任意
の組織から得られる。このｍＲＮＡまたはタンパク質は、このポリヌクレオチド
関連遺伝子が発現されるヒトの正常組織から得られる。胎児ポリヌクレオチド関
連遺伝子またはｍＲＮＡの同じ産物のヌクレオチド配列またはサイズにおける変
化、あるいは胎児タンパク質の分子量、アミノ酸配列または相対的な量における
変化のような相違は、胎児のポリペプチド関連遺伝子における生殖系列変異を示
し得、これは、疾患に対する遺伝的素因を示す。開示されたポリヌクレオチドの
特定の診断使用および予後使用は、以下でより詳細に記載される。
【０１４３】 （Ｅ．差示的発現に基づく診断使用、予後使用、および他の使用） 一般に、本発明の診断方法は、疾患（例えば、乳癌、肺癌、結腸癌および／ま
たはそれらの転移形態）を有すると疑われるか、または疾患に罹患しやすいと疑
われる患者から入手した試験サンプルにおける、遺伝子産物、特に差示的に発現
される遺伝子産物のレベルまたは量を検出すること、ならびにその検出されるレ
ベルを、正常細胞（例えば、実質的に癌に罹患していない細胞）および／または
他のコントロール細胞（例えば、形成異常症に罹患している細胞から癌細胞を分
化させるための）で見出される遺伝子産物のレベルに対して比較することを含む
。さらに、その疾患の重篤度は、差示的に発現される遺伝子産物の検出レベルを
、異なった程度の重篤度の疾患に関連する差示的な遺伝子産物のレベルを表すサ
ンプルにおいて検出される、それらのレベルと比較することによって評価され得
る。
【０１４４】 用語「差示的に発現される遺伝子」は、例えば、遺伝子産物（例えば、ポリペ
プチド）をコードするオープンリーディングフレーム、および／またはこのよう
な遺伝子のイントロン、ならびに発現の調節に関与する、隣接５’および３’の
非コードヌクレオチド配列（コード領域を越える約２０ｋｂまでの、しかしいず
れの方向においてもさらに可能である）を含み得るポリヌクレオチドを含むこと
が意図される。この遺伝子は、染色体外維持のための、または宿主ゲノム内への
組込みのための適切なベクターに導入され得る。一般に、少なくとも約２５％、
通常は、少なくとも約５０％〜７５％、より通常には、少なくとも約９０％以上
の発現レベルでの減少に関連する発現レベルでの差異は、目的の、差示的に発現
される遺伝子、すなわち、コントロールサンプルと比較して、試験サンプルにお
いては発現不足であるか、またはダウンレギュレートされる遺伝子を示す。さら
に、コントロールサンプルと比較して、少なくとも約２５％、通常は、少なくと
も約５０％〜７５％、より通常には、少なくとも約９０％であり、そして少なく
とも約１ １／２倍、通常は、少なくとも約２倍〜約１０倍であり得、そして約
１００倍〜約１，０００倍の増加であり得る、発現の上昇に関連する発現レベル
での差異は、目的の、差示的に発現される遺伝子、すなわち、過剰発現、または
アップレギュレートされる遺伝子を示す。
【０１４５】 本明細書において使用される「差示的に発現されるポリヌクレオチド」は、差
示的に発現される遺伝子を表す配列を有する核酸分子（ＲＮＡまたはＤＮＡ）を
意味し、例えば、その差示的に発現されるポリヌクレオチドは、サンプル中で差
示的に発現されるポリヌクレオチドの検出が、サンプル中の差示的に発現される
遺伝子の存在と相関するように、差示的に発現される遺伝子を独自に同定する配
列（例えば、遺伝子産物をコードするオープンリーディングフレーム）を含む。
「差示的に発現されるポリヌクレオチド」はまた、開示されたポリヌクレオチド
のフラグメント（例えば、生物学的活性を保持するフラグメント）、ならびにそ
の開示されたポリヌクレオチドに相同であるか、実質的に類似するか、または実
質的に同一である（例えば、約９０％の配列同一性を有する）核酸を含むことが
意味される。
【０１４６】 診断または予後において有用な本発明の方法は、代表的に、目的のサンプル中
の選択された差示的に発現される遺伝子産物の存在度を、コントロールの遺伝子
産物の存在度と比較して、この遺伝子産物の発現における任意の相対的な差異を
決定することを含み、ここで、この差異は定性的におよび／または定量的に測定
され得る。定量は、例えば、このサンプル中に検出された発現産物のレベルを、
検量線に存在する産物の量と比較することにより達成され得る。比較は、以下に
より視覚的に行われ得る；コンピューター化された補助を用いるか、または用い
ない濃度測定のような技術を使用することによって；試験サンプルから単離され
たｍＲＮＡのｃＤＮＡクローンの代表的なライブラリーを調製し、同じ遺伝子産
物に対応するｃＤＮＡクローンの数を決定するためにライブラリーのクローンを
配列決定して、そしてその同じ遺伝子産物に対応するクローンの数を、コントロ
ールサンプルにおけるその同じ遺伝子産物のクローンの数と比較して分析するこ
とによって；または、選択された配列もしくは配列のセットに対するハイブリダ
イゼーションの相対的なレベルを検出するためのアレイを使用し、そしてコント
ロールのハイブリダイゼーションパターンに対してそのハイブリダイゼーション
パターンを比較することによって。次いで、発現における差異は、異常な発現パ
ターンの存在または非存在と関係づけられる。サンプル中の核酸の存在度を決定
するための種々の異なる方法は、当業者に公知であり、ここで、目的の特定の方
法は、以下に記載される方法を含む：Ｐｉｅｔｕら Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．（
１９９６）６：４９２；Ｚｈａｏら、Ｇｅｎｅ（１９９５）１５６：２０７；Ｓ
ｏａｒｅｓ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（１９７７）８：５
４２；Ｒａｖａｌ、Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｏｘｉｃｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ
（１９９４）３２：１２５；Ｃｈａｌｉｆｏｕｒら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ
（１９９４）２１６：２９９；Ｓｔｏｌｚら、Ｍｏｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．
（１９９６）６：２２５；Ｈｏｎｇら、Ｂｉｏｓｃｉ．Ｒｅｐｏｒｔｓ（１９８
２）２：９０７；およびＭｃＧｒａｗ、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９８４
）１４３：２９８。目的の方法はまた、ＷＯ９７／２７３１７において開示され
る方法であり、その開示は本明細書に参考として援用される。
【０１４７】 一般に、本発明の診断アッセイは、「配列番号１〜５２５２」の配列に対応す
る、ポリヌクレオチド配列の遺伝子産物（例えば、ｍＲＮＡまたはポリペプチド
）の検出を含む。サンプルを入手した患者は、明らかに健康であり得るか、疾患
に罹患しやすくあり得るか（例えば、家族歴、もしくは特定の環境因子に対する
曝露により決定されるように）、または既に、本発明の遺伝子産物の変化した発
現が関係する状態を有すると同定され得る。
【０１４８】 本発明のアッセイにおいて、この診断は、「配列番号１〜５２５２」に示され
る配列を有する、少なくとも１つ、好ましくは、少なくとも２以上、少なくとも
３以上、または少なくとも４以上のポリヌクレオチドによってコードされる遺伝
子産物の、検出された遺伝子産物発現レベルに基づいて決定され得、そして「配
列番号１〜５２５２」の全て、および／またはさらなる診断マーカーとして作用
し得るさらなる配列、および／または参照配列に対応する遺伝子の発現の検出を
含み得る。この診断方法が、患者の癌の存在または癌に対する罹患性を検出する
ために設計される場合、このアッセイは、好ましくは、癌において差示的に発現
されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子によってコードされる遺伝子産物の検
出を含む。例えば、正常サンプルに関連するレベルと比較した、配列番号２０２
４に対応するポリヌクレオチドの、より高い発現レベルは、このサンプルが由来
する患者における癌の存在を示し得る。別の例において、正常レベルと比較した
、より低いレベルでの配列番号５９０に対応するポリヌクレオチドの検出は、そ
の患者における癌の存在を示す。このような差示的に発現されるポリヌクレオチ
ドのさらなる例は、以下の実施例に記載される。本明細書中に提供されるポリヌ
クレオチドおよび提供されるそれらの相対的な発現レベルに関する情報が与えら
れる場合、診断および予後において、このようなポリヌクレオチドおよびそれら
の発現レベルの検出を使用するアッセイは、当業者にとって容易に明らかである
。
【０１４９】 任意の種々の検出可能な標識は、本発明の診断方法の種々の実施態様に関連し
て使用され得る。適切な検出可能な標識は、蛍光色素（例えば、フルオレセイン
イソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、ローダミン、テキサスレッド、フィコエリト
リン、アロフィコシアニン、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、２
’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロ−６−カルボキシフルオレセイン
、６−カルボキシ−Ｘ−ローダミン（ＲＯＸ）、６−カルボキシ−２’，４’，
７’，４，７−ヘキサクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、５−カルボキシフルオ
レセイン（５−ＦＡＭ）またはＮ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチル−６−カルボ
キシローダミン（ＴＡＭＲＡ））、放射性標識（例えば、32Ｐ、35Ｓ、3Ｈなど
）などを含む。検出可能な標識は、２段階の系（例えば、ビオチン−アビジン、
ハプテン−抗ハプテン抗体など）を含み得る。
【０１５０】 抗体およびヌクレオチドプローブのような、本発明のポリヌクレオチドおよび
ポリペプチドに対して特異的な試薬は、生物学的サンプル中の発現産物の存在を
検出するためのキットの中で供給され得る。このキットはまた、緩衝液、または
標識成分、ならびに生物学的サンプル中の発現産物を検出および定量するための
試薬を使用するための説明書を含み得る。本発明の診断方法の例示的な実施態様
は、以下に、より詳細に記載される。
【０１５１】 （診断におけるポリペプチド検出） １つの実施態様において、試験サンプルを、差示的に発現されるポリペプチド
のレベルについてアッセイする。診断は、試験サンプル中の差示的に発現される
ポリペプチドの非存在、もしくは存在、または変化した量を決定するために多く
の方法のいずれかを使用して達成され得る。例えば、検出は、従来の方法に従っ
て行われる、標識された抗体での細胞または組織学的切片の染色を利用し得る。
細胞は、細胞質分子を染色するために透過化処理され得る。一般に、本発明の差
示的に発現されるポリペプチドに特異的に結合する抗体を、サンプルに添加し、
そしてこのエピトープへの結合を可能にするに十分な時間（通常は少なくとも約
１０分）インキュベートする。この抗体は、直接的な検出のために、検出可能に
標識され得るか（例えば、放射性同位元素、酵素、蛍光剤、化学発光剤などを使
用して）、または結合を検出するための第２段階の抗体（ｓｅｃｏｎｄ ｓｔａ
ｇｅ ａｎｔｉｂｏｄｙ）もしくは試薬（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ
結合化アビジンについてはビオチン、蛍光化合物（例えば、フルオレセイン，ロ
ーダミン、テキサスレッドなど）に結合体化した二次抗体）と共に使用され得る
。抗体結合の非存在または存在は、解離された細胞のフローサイトメトリー、顕
微鏡法、放射線写真法、シンチレーションカウンティングなどを含む種々の方法
によって決定され得る。差示的に発現されるポリペプチドのレベルまたは量の定
性的または定量的な検出の任意の適切な代替方法（例えば、ＥＬＩＳＡ、ウエス
タンブロット、免疫沈降、放射免疫アッセイなど）が、使用され得る。
【０１５２】 一般に、試験サンプル中の差示的に発現されるポリペプチドの検出レベルは、
参照サンプルまたはコントロールサンプル中の（例えば、正常細胞（ネガティブ
コントロール）中の、または公知の疾患状態を有する細胞（ポジティブコントロ
ール）中の）差示的に発現される遺伝子産物のレベルと比較される。
【０１５３】 （ｍＲＮＡ検出） 本発明の診断方法はまた、あるいは代わりに、本発明の差示的に発現されるポ
リヌクレオチドに対応する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡの検出を含み得
る。特異的なｍＲＮＡを検出するための、当該分野で公知の、任意の適切な定性
的または定量的方法が使用され得る。ｍＲＮＡは、例えば、組織切片におけるイ
ンサイチュハイブリダイゼーションによって、逆転写酵素ＰＣＲによって、また
はポリＡ＋ｍＲＮＡを含むノーザンブロットにおいて検出され得る。当業者は、
これらの方法を用いて、２つのサンプル間のｍＲＮＡの転写物の大きさまたは量
における差異を容易に決定し得る。例えば、癌性または形成異常であると疑われ
る組織サンプル中の本発明のｍＲＮＡのレベルを、参照サンプル（例えば、ポジ
ティブコントロールサンプルまたはネガティブコントロールサンプル（例えば、
正常細胞、癌性細胞など））におけるｍＲＮＡの発現と比較する。
【０１５４】 サンプル中のｍＲＮＡ発現レベルを検出および比較するための、任意の適切な
方法は、本発明の診断方法に関して使用され得る（例えば、米国特許第５，８０
４，３８２号を参照のこと）。例えば、サンプル中のｍＲＮＡ発現レベルは、こ
のサンプル由来の発現配列タグ（ＥＳＴ）のライブラリーの生成によって決定さ
れ得、ここで、このＥＳＴライブラリーは、このサンプルに存在する配列の代表
である（Ａｄａｍｓら、（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５２：１６５１）。ラ
イブラリー内のＥＳＴの相対表示の列挙は、出発サンプル内の遺伝子転写物の相
対表示に近似するために使用され得る。次いで、試験サンプルのＥＳＴ分析の結
果は、参照サンプルのＥＳＴ分析と比較され、選択されたポリヌクレオチド、特
に本明細書に記載の差示的に発現される１以上の遺伝子に対応するポリヌクレオ
チドの相対的な発現レベルを決定し得る。
【０１５５】 あるいは、試験サンプル中の遺伝子発現は、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ
）方法論（Ｖｅｌｃｕｌｅｓｃｕら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９５）２７０：４８
４）を使用して実施され得る。要するに、ＳＡＧＥは、各々の転写物内の特定の
位置から、短い独特の配列タグを単離することを含む。この配列タグは、連結さ
れ、クローン化され、そして配列決定される。出発サンプル内の特定の転写物の
頻度は、この関連する配列タグが、この配列集団に遭遇する回数により反映され
る。
【０１５６】 試験サンプルにおける遺伝子発現はまた、ディファレンシャルディスプレイ（
ＤＤ）方法論を使用して分析され得る。ＤＤにおいて、特異的配列の区切文字（
例えば、制限酵素部位）により定義されるフラグメントを、遺伝子の独特の識別
子として使用し、発現される遺伝子内のフラグメントの長さまたはフラグメント
の位置についての情報と組合せられる。次いで、サンプルで発現される遺伝子の
相対表示を、全ての可能なフラグメントのプール内の、その遺伝子と関連するフ
ラグメントの相対表示に基づいて推測し得る。ＤＤを実行するための方法および
組成物は、当該分野で周知である（例えば、米国特許第５，７７６，６８３号；
および米国特許第５，８０７，６８０号を参照のこと）。
【０１５７】 あるいは、ヌクレオチドの相互作用の特異性に基づく、ハイブリダイゼーショ
ン分析を使用するサンプル内の遺伝子発現。オリゴヌクレオチドまたはｃＤＮＡ
を、特異的配列の組成のＤＮＡまたはＲＮＡを選択的に同定または捕獲するため
に使用して、および公知の捕獲配列にハイブリダイズするＲＮＡまたはｃＤＮＡ
の量を、定性的にまたは定量的に決定するために使用して、サンプル中の細胞性
メッセージのプール内の特定のメッセージの相対表示についての情報を提供し得
る。ハイブリダイゼーション分析は、例えば、高密度フォーマットを有するアレ
イに基づいた技術（フィルター、顕微鏡用スライド、もしくはマイクロチップを
含む）または分光学的分析（例えば、質量分析法）を使用する溶液に基づいた技
術を使用することによって、何百〜何千もの遺伝子の相対発現の同時スクリーニ
ングを可能にするために設計され得る。本発明の診断方法におけるアレイの１つ
の例示的な使用は、以下に、より詳細に記載される。
【０１５８】 （診断適用における単一遺伝子の使用） 本発明の診断方法は、単一の差示的に発現される遺伝子の発現に焦点を合わせ
得る。例えば、その診断方法は、差示的に発現される遺伝子、または疾患に関連
する、そのような遺伝子の多型（例えば、コード領域または制御領域における多
型）を検出することを含み得る。疾患に関連する多型は、遺伝子の欠失または切
断、発現レベルを変化させる変異、および／またはコードされるタンパク質の活
性に影響する変異などを含み得る。
【０１５９】 差示的な遺伝子の発現レベルに影響するプロモーターまたはエンハンサー配列
における変化を、当該分野で公知の種々の方法により正常な対立遺伝子の発現レ
ベルに対して比較し得る。プロモーターの強度またはエンハンサーの強度を決定
するための方法は、発現される天然のタンパク質の定量；簡便な定量を提供する
レポーター遺伝子（例えば、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、クロラム
フェニコールアセチルトランスフェラーゼなど）を有するベクター内への改変体
制御エレメントの挿入などを含む。
【０１６０】 多くの方法が、特異的配列の存在について核酸を解析するために利用可能であ
る（例えば、疾患に関連する多型）。多量のＤＮＡが利用可能である場合、ゲノ
ムＤＮＡを、直接的に使用する。あるいは、目的の領域を、適切なベクターにク
ローン化し、そして解析のために十分量に増殖する。差示的に発現される遺伝子
を発現する細胞を、ｍＲＮＡの供給源として使用し得、そのｍＲＮＡは、解析の
ために直接的にアッセイされ得るか、またはｃＤＮＡに逆転写され得る。核酸は
、解析のために十分量を提供するための従来の技術（例えば、ポリメラーゼ連鎖
反応（ＰＣＲ））により増幅され得る。そして検出可能な標識は、検出を容易に
するためにその増幅反応中に（例えば、検出可能に標識されたプライマーまたは
検出可能に標識されたオリゴヌクレオチドを使用して）含まれ得る。ポリメラー
ゼ連鎖反応の使用は、Ｓａｉｋｉら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８５）２３９：４８
７に記載され、そして技術の概要は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、（１９８９）１
４．２．頁に見出され得る。あるいは、種々の方法が、多型を検出する手段とし
てオリゴヌクレオチド連結を利用する当該分野で公知である（例えば、Ｒｉｌｅ
ｙら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９０）１８：２８８７；およびＤ
ｅｌａｈｕｎｔｙら、Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．（１９９６）５８：１２
３９を参照のこと）。
【０１６１】 サンプル核酸（例えば、増幅されたフラグメント、またはクローン化したフラ
グメント）を、当該分野で公知の多くの方法の１つにより解析する。核酸は、ジ
デオキシ法、または他の方法により配列決定され得、その塩基配列を、選択され
た配列に対して（例えば、野性型の配列に対して）比較し得る。多型の配列また
は変異型の配列を用いたハイブリダイゼーションはまた、サンプル中のその存在
を決定するために使用され得る（例えば、サザンブロット、ドットブロッドなど
によって）。米国特許第５，４４５，９３４号またはＷＯ９５／３５５０５に記
載されるような、固体の支持体に固定化されたオリゴヌクレオチドプローブのア
レイに対する多型の配列または変異型の配列、およびコントロール配列のハイブ
リダイゼーションパターンはまた、疾患に関与する多型の配列または変異型の配
列を同定する手段として使用され得る。ゲルマトリックスにおける、一本鎖立体
配座多型（ＳＳＣＰ）解析、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、およびヘテロ
二重鎖解析は、電気泳動の移動度における変化として、ＤＮＡ配列の変異により
生じた立体配座変化を検出するために使用される。あるいは、多型が、制限エン
ドヌクレアーゼのための認識サイトを作製または破壊する場合、そのサンプルを
、そのエンドヌクレアーゼで消化し、そしてその産物を、そのフラグメントが消
化されたか否かを決定するために大きさで分画する。分画を、ゲルまたはキャピ
ラリー電気泳動、特にアクリルアミドゲルもしくはアガロースゲルにより行う。
【０１６２】 差示的に発現される遺伝子における変異のスクリーニングは、そのタンパク質
の機能的特性または抗原性特性に基づき得る。タンパク質短縮化アッセイは、タ
ンパク質の生物学的活性に影響し得る欠失の検出において有用である。タンパク
質の多型性の検出のために設計された種々の免疫アッセイは、スクリーニングの
際に使用され得る。多様な遺伝子変異が特定の疾患の表現型をもたらす場合、機
能タンパク質アッセイは、有効なスクリーニング手段であることが示された。そ
のコードされるタンパク質の活性は、野生型タンパク質と比較することにより決
定され得る。
【０１６３】 （アレイを使用する診断におけるパターン整合） 別の実施態様において、本発明の診断方法および／または予後診断の方法は、
試験サンプル中の遺伝子の選択されたセットの発現の検出をして、試験発現パタ
ーン（ＴＥＰ）を作製することを、含む。ＴＥＰを、参照サンプル（例えば、ポ
ジティブまたはネガティブコントロールサンプル）中の遺伝子の選択されたセッ
トの発現の検出によって生成される、参照発現パターン（ＲＥＰ）に対して比較
する。遺伝子の選択されたセットは、少なくとも１つの本発明の遺伝子（それら
の遺伝子は、配列番号１〜５２５２のポリヌクレオチド配列に対応する）を含む
。その試験サンプルがスクリーニングされるべき疾患において差示的に発現され
る遺伝子を含む選択された遺伝子のセットが、特に対象である。
【０１６４】 差示的遺伝子発現の解析および診断／予後の文脈において、本明細書で使用さ
れる場合、「参照配列」または「参照ポリヌクレオチド」とは、ポリヌクレオチ
ドの選択されたセットをいい、その選択されたセットは、少なくとも１以上の本
明細書に記載の差示的に発現されるポリヌクレオチドを含む。多数の参照配列（
好ましくはポジティブおよびネガティブコントロール配列を含む）が、参照配列
として含まれ得る。さらなる適切な参照配列は、Ｇｅｎｂａｎｋ、Ｕｎｉｇｅｎ
ｅ、および他のヌクレオチド配列データベース（例えば、発現配列タグ（ＥＳＴ
）、部分的および全長配列を含む）に見出される。
【０１６５】 「参照アレイ」とは、サンプルとのハイブリダイゼーションでの使用のための
参照配列を有するアレイを意味し、ここで、参照配列は、全ての、少なくとも１
つの、または任意の本明細書に記載される差示的に発現されるポリヌクレオチド
のサブセットを含む。通常、そのようなアレイは、少なくとも３つの異なる参照
配列を含み、そして任意の１つのまたは全ての提供される差示的に発現される配
列を含み得る。目的のアレイはさらに、多型性を含む、他の遺伝子配列（特に疾
患または障害（例えば、癌、形成異常、あるいは他の関係するまたは無関係の疾
患、障害、もしくは状態）についてのスクリーニングのための他の目的の配列）
の配列を含み得る。アレイ上のオリゴヌクレオチド配列は、通常少なくとも長さ
約１２ｎｔであり、そして提供される配列のおおよその長さであり得るか、また
は長さ１００ｎｔ〜２００ｎｔ以上のフラグメントを生成するように、隣接領域
にまで伸展し得る。
【０１６６】 本明細書で使用される場合、「参照発現パターン」または「ＲＥＰ」とは、選
択された細胞型（例えば、正常細胞、癌性細胞、環境性の刺激に曝露される細胞
など）に関連する遺伝子（特に差示的に発現される遺伝子）の選択されたセット
の発現の相対レベルをいう。「試験発現パターン」または「ＴＥＰ」とは、試験
サンプル（例えば、ｍＲＮＡが単離された、未知のまたは疑わしい疾患状態の細
胞）中の遺伝子（特に差示的に発現される遺伝子）の選択されたセットの発現の
相対レベルをいう。
【０１６７】 本明細書で使用される場合、「診断」とは一般に、被験体の疾患または障害に
対する感受性の決定、被験体が疾患または障害に現在罹患しているか否かの決定
、ならびに疾患または障害に罹患した被験体の予後に関する決定を含む（例えば
、未転移性または転移性癌の状態の同定、癌の段階、あるいは治療に対する癌の
応答性）。本発明は特に、以下の状況における、被験体の診断を含む；乳癌（例
えば、上皮内癌（例えば、腺管上皮内癌）、エストロゲンレセプター（ＥＲ）陽
性乳癌、ＥＲ陰性乳癌、または乳癌の他の形態および／または段階）、肺癌（例
えば、小細胞癌、非小細胞（ｎｏｎ−ｓｍａｌｌ ｃｅｌｌ）癌、中皮腫、およ
び肺癌の他の形態および／または段階）、および結腸癌（例えば、腺腫様ポリー
プ、結腸直腸癌、および結腸癌の他の形態および／または段階）。
【０１６８】 本明細書を通して使用される場合、「サンプル」または「生物学的サンプル」
とは、一般に、生物学的体液または組織のサンプル、特に組織（特に診療適用が
設計された疾患（例えば腺管腺癌）に関する型の細胞）などから得られるサンプ
ルをいうことが意味される。「サンプル」はまた、そのようなサンプルの誘導体
およびフラクション（例えば、細胞溶解物）を含むことが意味される。そのサン
プルが固形組織である場合、その組織の細胞が解離され得るか、または組織切片
が分析され得る。
【０１６９】 ＲＥＰは、当該分野で周知の方法に従って、種々の方法で生成され得る。例え
ば、ＲＥＰはコントロールサンプルをポリヌクレオチドの選択されたセット（特
に、差示的に発現されたポリヌクレオチドの選択されたセット）を有するアレイ
にハイブリダイズさせる工程、アレイからハイブリダイゼーションのデータを獲
得する工程、およびＲＥＰのＴＥＰとの容易な比較を可能にするフォーマットに
そのデータを保存する工程によって作製され得る。あるいは、コントロールサン
プル中の全ての発現される配列は、単離され得、そして配列決定され得る（例え
ば、コントロールサンプルからのｍＲＮＡの単離、ｍＲＮＡのｃＤＮＡへの転換
、およびそのｃＤＮＡの配列決定によって）。生じた配列情報は、大まかにまた
は正確に、そのサンプル中の発現される配列の同一性および相対数を反映する。
その配列情報は次に、ＲＥＰとＴＥＰとの容易な比較を可能にするフォーマット
（例えば、コンピューターに読み込み可能なフォーマット）に保存され得る。Ｒ
ＥＰは、データ保存前または保存後に正規化され得るか、および／あるいは関心
のより低いもの、または解析を複雑にし得る発現される遺伝子の配列を選択的に
除去するように処置され得る（例えば、ハウスキーピング遺伝子に関連するいく
つかのまたは全ての配列は、ＲＥＰデータから除外され得る）。
【０１７０】 ＴＥＰは、例えば、試験サンプルをポリヌクレオチドの選択されたセット（特
に差示的に発現されるポリヌクレオチドの選択されたセット）を有するアレイに
ハイブリダイズさせる工程、アレイからハイブリダイゼーションのデータを獲得
する工程、およびＲＥＰとのＴＥＰの容易な比較を可能にするフォーマットにそ
のデータを保存する工程によって、ＲＥＰに類似の様式で作製され得る。比較に
使用されるＲＥＰおよびＴＥＰは、同時に作製され得るか、またはＴＥＰは、以
前に作製され、そして保存されたＲＥＰに対して比較され得る。
【０１７１】 本発明の１つの実施態様において、ＲＥＰとＴＥＰとの比較は、参照アレイと
試験サンプルをハイブリダイズする工程を含み、ここで、参照アレイは、サンプ
ルとのハイブリダイゼーションにおける使用のための、１以上の参照配列を有す
る。参照配列は、全ての、少なくとも１つの、または任意の本明細書に記載され
る差示的に発現されるポリヌクレオチドのサブセットを含む。その試験サンプル
のハイブリダイゼーションデータを獲得し、そのデータを正規化し、そして作製
されたＴＥＰを、同一のまたは類似の差示的に発現されるポリヌクレオチドの選
択されたセットを有するアレイを使用して、作製されたＲＥＰと比較する。２つ
のサンプル間の差示的に発現される配列に対応するプローブは、他方と相対的に
一方のサンプルについて、減少または増加したハイブリダイゼーション効率を示
す。
【０１７２】 参照アレイは、当該分野で公知の任意の適切な方法に従って作製され得る。例
えば、オリゴヌクレオチドの大きいアレイを作製する方法は、光指向型合成技術
を用いる、米国特許第５，１３４，８５４号および米国特許５，４４５，９３４
号に記載される。コンピューター制御された系を使用して、モノマーの不均一な
アレイを、多くの反応部位での同時結合を経て、ポリマーの不均一なアレイへと
変換する。あるいは、マイクロアレイを、予備合成されたオリゴヌクレオチドの
固体基板上への沈着により作製する（例えば、ＰＣＴ公開出願番号ＷＯ９５／３
５５０５に記載されるように）。
【０１７３】 参照アレイを用いたサンプルのハイブリダイゼーションからのデータの収集の
方法はまた、当該分野で周知である。例えば、参照および試験サンプルのポリヌ
クレオチドは、検出可能な蛍光標識を使用して生成され得、そしてサンプル中の
ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーションは、その検出可能な標識の存在につ
いてマイクロアレイを走査することによって検出され得る。デバイス上の蛍光標
識された標的の検出のための方法およびデバイスは，当該分野で公知である。一
般に、そのような検出デバイスは、基板で、顕微鏡および光を指向するための光
源を含む。フォトンカウンターは、基板から蛍光を検出し、その間に、ｘ−ｙ平
進ステージは、基板の位置を変化する。本方法において使用され得る共焦点検出
デバイスは、米国特許第５，６３１，７３４号において記載される。走査レーザ
ー顕微鏡は、Ｓｈａｌｏｎら、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．（１９９６）６：６３９
において記載される。適切な励起線を使用して、走査を、使用される各々の蛍光
団に対して行う。走査より生成されたデジタル画像を、次に引き続く解析と組み
合わせる。任意の特定のアレイエレメントについて、あるサンプル（例えば、試
験サンプル）からの蛍光シグナルの比を、別のサンプル（例えば、参照サンプル
）からの蛍光シグナルと比較し、そして相対的シグナル強度を決定する。
【０１７４】 アレイに対するハイブリダイゼーションから収集されたデータの解析の方法は
、当該分野で周知である。例えば、ハイブリダイゼーションの検出が蛍光標識を
含む場合、データ解析は、データが収集された基板の位置の関数として、蛍光強
度を決定する工程、アウトライアー（すなわち、予め決定された統計分布から逸
脱するデータ）を除去する工程、そして残存するデータから、その標的の相対的
な結合アフィニティーを計算する工程を含み得る。生じたデータを、標的とプロ
ーブとの間の結合アフィニティーに従って変化する各々の領域における強度を有
する画像として表示し得る。
【０１７５】 一般に、試験サンプルは、試験サンプルから生成されるＴＥＰと、参照サンプ
ル（例えば、癌、または癌の特定の病期、形成異常に関連するサンプル、癌以外
の疾患に罹患したサンプル、正常サンプルなど）から生成される１以上のＲＥＰ
と比較することによって、疾患または非疾患状態に関連するものに対応する遺伝
子発現プロフィールを有するとして分類される。ＴＥＰとＲＥＰとの間の整合ま
たは実質的な整合についての判断基準は、同じセットの参照遺伝子または実質的
に同じセットの参照遺伝子の発現、ならびにこれらの参照遺伝子の実質的に同じ
レベルでの発現を含む（例えば、サンプルの正規化後に選択された参照配列に関
連するシグナルについてサンプル間に有意な差異はないか、または、所定の参照
配列に対するシグナル強度において、少なくとも約２５％〜約４０％より大きな
差異はない）。一般に、ＴＥＰとＲＥＰとの間のパターン整合は、本発明の差示
的に発現される遺伝子の少なくとも１つの、全部の、または任意のサブセットの
発現における整合、好ましくは定性的または定量的な発現レベルにおける整合を
含む。
【０１７６】 パターン整合は、手動で行われ得るか、またはコンピュータープログラムを使
用して行われ得る。基板行列（例えば、アレイ）の調製、そのような行列をとも
なう使用のためのオリゴヌクレオチドの設計、プローブの標識、ハイブリダイゼ
ーションの条件、ハイブリダイズされた行列の走査、および比較解析を含む、生
成されたパターンの解析のための方法は、例えば、米国特許第５，８００，９９
２号に記載される。
【０１７７】 （Ｆ．癌における本発明のポリヌクレオチドの使用） 腫瘍形成は、細胞の自由な増殖、脱分化、および異常な移動を含む。癌性細胞
は、正常組織に対して圧縮する、侵入する、および破壊する能力を有し得る。癌
性細胞はまた、血流またはリンパ系を経て、体の他の部分に転移し得、そしてこ
れら他の領域においてコロニー形成し得る。異なる癌は、癌性細胞が由来する細
胞によって、そしてその細胞の形態学および／または分化の状態から分類される
。
【０１７８】 体細胞性の遺伝子的異常性は、癌のイニシエーションおよび進行を引き起こす
。癌は一般に、クローン的に形成される。すなわち、単一細胞中の癌遺伝子の機
能の獲得および腫瘍抑制遺伝子の機能の欠失は、その細胞を癌性に形質転換し、
そしてその単一細胞は増殖し、そして分裂して癌性病変を形成する。癌のイニシ
エーションおよび進行に関与することが公知の遺伝子は、発生的分化、細胞周期
の調節、細胞シグナル伝達、免疫学的応答、ＤＮＡ複製、およびＤＮＡ修復を含
む、多数の細胞機能に関与する。
【０１７９】 発癌経路に沿った最初期の変化を検出し、そして種々の治療的および予防的介
入の有効性をモニターする、血液または組織における遺伝学的あるいは生化学的
マーカーの同定および特徴付けは、癌研究の主要な目標である。科学者は、結腸
癌の病期を示す便の標本における遺伝学的変化を同定し、そして遺伝子変異、ホ
ルモンレセプター、転移を阻害するタンパク質、および薬物を代謝する酵素のよ
うな他の生物マーカーは全て、重篤度を決定し、乳癌、前立腺癌、肺癌、および
他の癌の過程を予測するために使用される。
【０１８０】 特定の癌の病因論における最近の進歩は、患者の処置の決定において役立って
きた。特定のポリヌクレオチドの発現レベルは、より劣った予後を示し得、従っ
て、患者に対するより攻撃的な化学療法または放射療法を是認し得る。新規の代
替的な腫瘍特異的な特徴と、処置に対する応答および患者における結果との相関
関係は、その腫瘍の分子プロフィールに基づいて仕立てられる治療法を設計し得
る特定の予後の指標を規定した。これらの治療法は、抗体標的化および遺伝子治
療を含む。さらに、有望なレベルの１以上のマーカーポリヌクレオチドは、特定
の患者を攻撃的に処置しないことについての起動力を提供し得、従って攻撃的治
療の有害な副作用を患者に生じさせない。特定のポリヌクレオチドの発現の決定
、ならびに患者のプロフィールと正常組織における公知の発現および疾患の改変
体との比較は、処置の特異性という点および患者の快適さのレベルという点の両
方で、患者に対する最良の可能な処置の決定を可能にする。
【０１８１】 ポリヌクレオチド発現のような、代理の腫瘍マーカーはまた、癌の異なる形態
および疾患の状態をよりよく分類し、そして従って診察および処置するために使
用され得る。本発明のポリヌクレオチドの発現レベルの同定から利益を得ること
が可能である腫瘍学において広く使用される２つの分類は、癌性障害の病期分類
化、および癌性組織の性質の類別である。
【０１８２】 （病期分類化） 病期分類化は、患者において癌性状態がどのくらい進行しているのかを記載す
るために医師により使用されるプロセスである。病期分類化は、予後の決定、処
置の計画、およびそのような処置の結果の評価をする際に医師を補助する。異な
る病期分類化の系は、異なる型の癌に使用されるが、しかし各々は一般に、以下
の決定を含む：腫瘍の型（Ｔと示される）；その癌がリンパ節近辺に転移したか
否か（Ｎと示される）；およびその癌は、体のより離れた部分に転移したか否か
（Ｍと示される）。この病期分類化の系は、ＴＮＭ系と呼ばれる。一般に、癌が
、任意のリンパ節へ広がることなく主要な病変の領域においてのみ検出可能であ
る場合、それを病期Ｉと呼ぶ。癌が、最も近いリンパ節に対してのみ広がった場
合、それを病期ＩＩを呼ぶ。病期ＩＩＩにおいて、その癌は一般に、主要な病変
の部位にほぼ近位のリンパ節に広がった。体の離れた部分（例えば、肝臓、骨、
脳、または別の部位）に広がった癌は、病期ＩＶと呼ばれ、最も進行した状態で
ある。
【０１８３】 現在、病期分類化の決定は、病理学的技術を使用して行われ、そして腫瘍型の
特徴よりむしろ悪性組織の存在または非存在に基づく。悪性組織の存在または非
存在は、主に生検された領域における細胞の全体の形態学に基づく。本発明のポ
リヌクレオチドは、癌の攻撃力（例えば、転移の可能性）、ならびに体の異なる
領域における存在についてのマーカーを同定することによって、病期分類化プロ
セスの細密な調整を容易にし得る。従って、高い転移の可能性の癌を示すポリヌ
クレオチドを有する病期ＩＩの癌は、境界上の病期ＩＩの腫瘍を、病期ＩＩＩの
腫瘍に変化するために使用され得、このことはより積極的な治療を正当化する。
逆に、より低い転移可能性を示すポリヌクレオチドの存在は、腫瘍のより現状を
維持する病期分類化を可能にする。
【０１８４】 （癌の類別） 類別とは、腫瘍がそれと同じ型の正常細胞とどれくらい近く類似するかを記載
するために使用される用語である。腫瘍の微視的な外見に基づいて、病理学者は
、細胞形態、細胞組織化、および他の分化のマーカーのようなパラメーターに基
づく腫瘍の程度を同定する。一般的な規則として、腫瘍の類別は、その増殖速度
または攻撃性に対応する。つまり、未分化のまたは高い程度の腫瘍は、十分に分
化したまたは低い程度の腫瘍より、より急速に増殖する。腫瘍の類別についての
情報は、処置を計画し、そして予後を予測する際に有用である。
【０１８５】 Ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｉｎｔ Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ ｏｎ Ｃａ
ｎｃｅｒは、腫瘍の類別についての以下の指針を推奨した：１）ＧＸ 程度が評
価され得ない；２）Ｇ１ 十分に分化されている；Ｇ２ 中程度によく分化され
ている；３）Ｇ３ 弱く分化されている；４）Ｇ４ 未分化。類別は、ほとんど
の癌を記載するために病理学者により使用されるが、類別は、特定の型について
の処置計画において、他の型の処置計画より重要な役割を果す。１つの例は、前
立腺癌に特異的なグリーソン系であり、それは分化の度合いを記載するための度
数を使用する。より低いグリーソンスコアは、よく分化された細胞を示す。中間
のスコアは、中程度に分化された細胞を有する腫瘍を示す。より高いスコアは、
弱く分化された細胞を示す。類別はまた、脳腫瘍および軟部組織肉腫のいくつか
の型において重要である。
【０１８６】 本発明のポリヌクレオチドは、腫瘍の類別の決定において特に役立ち得る。な
ぜならば、それらは、腫瘍の細胞の分化状態の決定を援助し得るのみならず、そ
れらは、腫瘍の攻撃性（例えば、転移の可能性）を決定するのに役立つ分化以外
の要素も同定し得るからである。
【０１８７】 （家族性癌遺伝子）多くの癌症候群が、特定の癌を発生する素因のメンデル遺
伝に連鎖する。以下の表は、遺伝され得る癌の型のリストを含み、そしてこれに
は、原因である遺伝子が同定されている。列挙されるほとんどの癌の型は、いく
つかの異なる遺伝的状態の一部として生じ得、それぞれ異なる遺伝子の改変によ
り引き起こされる。
【０１８８】
【表２５】 本発明のポリヌクレオチドは、任意の上記の症候群を有する患者をモニターす
るのに特に有用であり得、それらの症候群が全体の形態学的レベルで検出される
前に、分子レベルで潜在的な悪性の事象を検出し得る。表からわかり得るように
、多くの遺伝子が、複数の形態の癌に関与している。したがって、転移性結腸癌
に対して重要であるとして同定された本発明のポリヌクレオチドはまた、胃癌ま
たは子宮内膜癌と診断される患者に対して臨床的関与を有し得る。
【０１８９】 （肺癌）肺癌は、全ての癌症例の約１５％、すなわち毎年１７０，０００の新
症例の原因となる、米国で最も一般的な癌の一つである。現時点で、米国の半分
を超える肺癌の症例は、男性においてであるが、女性において見出される数も増
加しており、そしてすぐに男性と同じ数になるだろう。今日、乳癌で死ぬよりも
肺癌で死ぬ女性が多い。肺癌は、肺の大きな大きさゆえに特に診断および処置が
難しく、何年もの間発見されずに癌を発症させる。事実、肺癌は、何ら徴候を引
き起こすことなく、肺の外側に広がり得る。混乱を増すことに、肺癌の最も一般
的症例（咳の持続）は、しばしば風邪または気管支炎と間違えられ得る。
【０１９０】 １ダースを超える異なる種類の肺癌が存在するが、肺癌の二つの主要な型は、
小細胞および非小細胞であり、それは全ての肺癌の症例の約９０％を包含する。
通常、より大きな気管支の一つで始まる小細胞癌腫（燕麦細胞癌腫とも呼ばれる
）は、かなり急速に増殖し、そして診断時には大きくなっているようである。非
小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）は、３つの一般的サブタイプの肺癌からなる。通常、
類表皮癌腫（扁平上皮細胞癌腫ともよばれる）は、より大きな気管支の一つで始
まり、そして比較的遅く増殖する。これらの腫瘍の大きさは、とても小さなもの
から、かなり大きなものまでにおよび得る。腺癌は、肺の外表面付近での増殖に
始まり、そして大きさおよび増殖速度の両方において変化し得る。いくつかの増
殖の遅い腺癌は、肺胞細胞癌として記載される。大きな細胞癌腫は、肺の表面付
近で始まり、急速に増殖し、そして診断時には、増殖は通常かなり速くなってい
る。他のあまり一般的ではない形態の肺癌は、カルチノイド、円柱腫、粘膜類表
皮性中皮腫、および悪性中皮腫である。
【０１９１】 現在、ＣＴスキャン、ＭＲＩ、Ｘ線、痰細胞学、および生検が、非小細胞肺癌
の診断に用いられている。肺癌の形態および細胞起源は、外科的生検または肺組
織の注射針吸引のいずれか由来の生検を通して主に診断され、そして通常、生検
は、Ｘ線で同定される異常性により促される。いくつかの症例において、痰細胞
学は、通常のＸ線を用いて患者において肺癌を示し得るか、または肺癌の型を決
定し得るが、正確な腫瘍の位置を特定し得ないので、陽性の痰細胞学的検査には
、通常さらなる検査が続けられる。これらの試験は、大部分を組織全体の形態学
に基づくので、特定の種類の腫瘍の診断は、主に主観的であり、そしてこの診断
は、臨床医の間で顕著に異なり得る。
【０１９２】 本発明のポリヌクレオチドは、肺癌の型の識別に用いられ得、ならびに特定の
患者の癌に特異的な形質を同定する。例えば、患者の生体組織検査が、低い転移
の可能性に関連するポリヌクレオチドを発現する場合、病巣を取り除くための手
術において、患者の肺の大部分を残すことを正当化し得る。あるいは、たとえ転
移が、病理学的検査により確認され得なかったとしても、高い転移の可能性に関
連するポリヌクレオチドの発現を有するより小さい病巣は、肺組織および／また
は周囲のリンパ節のより徹底的な除去を正当化し得る。
【０１９３】 同様に、本発明のポリヌクレオチドの発現は、結腸直腸癌の診断、予後、およ
び管理に用いられ得る。過形成におけるポリヌクレオチドの差示的発現は、転移
性の肺癌のための診断マーカーとして用いられ得る。この目的に特に有用である
本発明のポリヌクレオチドは、高い転移性の肺癌対低い転移性の肺癌の間での差
示的発現を示すポリヌクレオチド、すなわち、配列番号：１７４、２５４、４６
６、５７１、５７４、５９０、９２２、１３５５、１４２２、２００７、２０３
８、２２４５、１０、５４、６５、１７１、２０３、２５２、２５３、２８５、
４１９、４２０、４９１、５２５、５２６、５５２、６９３、７００、７２６、
７４２、７４６、８６１、９９０、１０８８、１２８８、１４１７、１４４４、
１４５４、１５７０、１５９７、１９７９、２０２４、２０３４、および２１２
６である。より高い転移の可能性を有する悪性の肺癌の検出は、任意のこれらの
配列単独の発現レベル、または他の公知の遺伝子の発現のレベルとの組み合わせ
た発現レベル、を用いて決定され得る。
【０１９４】 （乳癌）Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＮＣＩ）は
、米国において約８人に１人の女性が、彼女の生涯の間に乳癌を発症すると見積
もっている。臨床的な乳房検査および乳房撮影は、乳癌スクリーニングのために
組み合わされる様式として推奨され、そして癌の性質は、しばしば腫瘍の位置お
よび腫瘍が由来する細胞型に依存する。乳癌の大部分が、腺癌のサブタイプであ
り、それは以下に要約され得る： 腺管癌インサイチュ（ＤＣＩＳ）：腺管癌インサイチュは、非侵襲性の乳癌の
最も一般的な型である。ＤＣＩＳにおいて、悪性の細胞は、その管の壁を通して
乳房の脂肪組織へ転移していない。面皰癌腫は、他の型のＤＣＩＳよりも、腫瘍
摘出後の同じ部位に復帰するようであるＤＣＩＳの型である。それは、他の形態
のＤＣＩＳよりも侵襲性の腺管癌の最終的な発症により密接に結びついている。
【０１９５】 浸潤（または侵襲性）腺管癌（ＩＤＣ）：この型の癌は、その管の壁を通じて
転移しており、そして乳房の脂肪組織を侵襲している。この点において、それは
、身体のより離れた部位への転移のために、リンパ系および血流を利用する可能
性を有する。浸潤性腺管癌は、乳癌の約８０％の原因となる。
【０１９６】 上皮内小葉癌（ＬＣＩＳ）：真性の癌ではないが、ＬＣＩＳ（小葉新生物とも
呼ばれる）は、非侵襲性の乳癌の型として時折分類される。それは、小葉の壁を
通じて浸透しない。それは、それ自体通常侵襲性の癌にならないが、この状態を
伴う女性は、同じ乳房において、または反対の乳房において侵襲性の乳癌を発生
するより高い危険性を有する。
【０１９７】 浸潤（または侵襲性の）小葉癌腫（ＩＬＣ）：ＩＬＣは、それが身体の他の場
所への転移の可能性を有する点でＩＤＣに類似している。約１０％〜１５％の侵
襲性の乳癌が、侵襲性の小葉癌腫である。ＩＬＣは、ＩＤＣよりも乳房Ｘ線像に
よって検出することがより困難であり得る。
【０１９８】 炎症性の乳癌：この珍しい型の侵襲性の乳癌は、乳癌全体の約１％の原因であ
り、そして非常に攻撃的である。この癌に関連する複数の皮膚症状は、乳房を覆
う皮膚中のリンパ管またはリンパチャネルをブロックする癌細胞により引き起こ
される。
【０１９９】 髄様癌腫：この特別な型の浸潤性乳癌は、比較的良好に定義される、腫瘍組織
と正常組織との間の明確な境界を有する。これは乳癌の約５％の原因である。こ
の種類の乳癌についての予後は、他の型の侵襲性の乳癌よりも良い。
【０２００】 粘液性癌腫：この珍しい型の侵襲性の乳癌は、粘液産生細胞から生じる。粘液
性癌腫についての予後は、より一般的な型の侵襲性の乳癌よりも良い。
【０２０１】 乳頭のパジェット病：この型の乳癌は、管の中で発症し、そして乳頭および乳
輪の皮膚へ広がる。それは、全症例の１％だけに起こる、珍しい型の乳癌である
。パジェット病は、インサイチュ癌腫、または浸潤性乳房癌腫と関連があり得る
。乳房組織に塊が感じられ得ず、そして生検がＤＣＩＳを示すが、侵襲性の癌で
はない場合、予後はすばらしい。
【０２０２】 葉状腫瘍：このとても珍しい型の乳房腫瘍は、管または小葉において発症する
癌腫とは対照的に、乳房の支質から形成される。葉状（ｐｈｙｌｌｏｉｄｅｓと
も綴られる）腫瘍は、通常良性であるが、時折まれに悪性である。それにもかか
わらず、悪性の葉状腫瘍は、とても珍しく、そして一年あたりに米国においてこ
の疾患で死亡する女性は１０人に満たない。良性葉状腫瘍は、正常乳房組織の塊
および狭い縁を取り除くことにより、首尾よく処置される。
【０２０３】 管状腺癌：全ての乳癌の約２％の原因となる、管状腺癌は、特殊な型の浸潤乳
癌である。それらは、通常の浸潤性腺管癌または小葉癌腫よりも良好な予後を有
する。
【０２０４】 臨床的乳房検査と組み合わされる高品質な乳房撮影は、乳癌の死亡率の減少に
明らかに結びついた唯一のスクリーニング方法として残っている。より低い用量
のＸ線、フィルムイメージよりもデジタル化したコンピューターイメージ、そし
て診断を補助するコンピュータープログラムの使用は、広範な普及についてほと
んど利用可能である。磁気共鳴映像法、超音波診断を含む、他の技術もまた開発
されている。さらに、非常に低い放射線照射の技術であるポジトロン射出断層撮
影法は、初期の乳癌の検出の可能性を有する。
【０２０５】 組織間の遺伝子発現の違いを分析することにより、非癌性乳房組織と悪性乳房
組織との間を区別することもまた可能である。さらに、種々の可能な型の乳癌を
もたらす、いくつかの可能な改変があり得る。異なる型の乳房腫瘍（例えば、侵
襲性対非侵襲性、管対腋窩リンパ節）は、異なる型の乳房腫瘍組織による遺伝子
発現における差異の同定によって相互に区別し得る（Ｐｏｒｔｅｒ−Ｊｏｒｄａ
ｎら、Ｈｅｍａｔｏｌ Ｏｎｃｏｌ Ｃｌｉｎ Ｎｏｒｔｈ Ａｍ（１９９４）
８：７３）。従って、乳癌は、乳房腫瘍と関連のある遺伝子の発現の検出により
、一般的に診断され得る。十分な情報が、種々の型の乳房腫瘍組織の間での異な
る遺伝子発現について利用可能である場合、特定の型の乳房腫瘍もまた診断され
得る。
【０２０６】 例えば、正常な乳房上皮（ｅｐｉｔｈｉｌｅｕｍ）における増加したエストロ
ゲンレセプター（ＥＲ）発現自体は、悪性組織の指標ではないが、乳癌の発症の
リスクマーカーとして公知である。Ｋｈａｎ ＳＡら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ（
１９９４）５４：９９３。悪性の乳癌は、組織のエストロゲンレセプターの状態
に基づく２つの群、ＥＲ−陽性およびＥＲ−陰性に、しばしば分類される。この
ＥＲ状態は、異なる、生存期間およびホルモン療法への応答を示し、１）疾患の
異なる病期の指標か、または２）２つの類似しているが異なる疾患の間の差異を
もたらす指標のいずれかを示すと考えられる。Ｋ．Ｚｈｕら、Ｍｅｄ．Ｈｙｐｏ
ｔｈ．（１９９７）４９：６９。他の多くの遺伝子は、癌の異なる病期か、また
は類似の乳癌の異なる型のいずれかの間での発現を変化させることが公知である
。
【０２０７】 同様に、本発明のポリヌクレオチドの発現は、乳癌の診断および管理に用いら
れ得る。ヒト乳房腫瘍組織におけるポリヌクレオチドの示差的な発現は、ヒト乳
癌に対する診断マーカーとして用いられ得る。この目的に特に有用である本発明
のポリヌクレオチドは、高い転移の可能性を有する乳ガン組織と低い転移の可能
性を有する乳ガン組織との間で示差的な発現を示すポリヌクレオチドである。す
なわち、配列番号：１５、３６、４４、８９、１７２、２０３、２６１、４１９
、４２０、５０３、５５２、５６４、５７０、５９０、６９３、７０７、７１１
、７２６、７４６、７５６、９９０、１１２２、１１４２、１２８６、１２８９
、１４３５、１８６０、１９３３、１９３４、１９７９、１９８０、２００７、
２０２３、２４０９、２４８６、４５、１４６、１５４、１５９、１６５、１７
４、１８３、３６４、３６６、３８７、４９６、５１０、５１２、５２９、５６
０、６０６、６４４、６４６、７５４、８７５、９０２、９２１、９４２、１０
９５、１１０４、１１３１、１１７０、１１８４、１２０５、１３５４、１３８
７、１５３５、１７５１、１７６４、１７７７、１７９５、１８６９、１８８２
、１８９０、１９１５、２０４０、２０５９、２２２３、２２４５、２３００、
２３２５、２４６２、２４８８、２４９２である。乳癌の検出は、任意のこれら
の配列の単独の、または組み合わせにおける発現レベルを用いて決定され得る。
乳癌の攻撃的な性質および／または転移の可能性の決定はまた、本発明の１つ以
上のポリヌクレオチドのレベルを比較すること、および癌性組織において変化す
ることが公知の別の配列のレベル（例えば、ＥＲ発現）を比較することにより決
定され得る。さらに、乳癌の発症は、ステロイドホルモン（例えば、テストステ
ロンもしくはエストロゲン）、または他のホルモン（例えば、成長ホルモン、イ
ンシュリン）のレベルに対する配列番号の割合を調べることにより検出され得る
。従って、特定のマーカーポリヌクレオチドの発現は、正常乳房組織と癌性乳房
組織との間の識別、起源の異なる細胞を有する乳癌の間での識別、異なる潜在的
な転移速度を有する乳癌の間での識別など、に用いられ得る。
【０２０８】 乳癌の診断はまた、疾患組織の１つ以上の形態の比較において、悪性ではない
乳房組織サンプルにおける他の配列の発現と、本発明のポリヌクレオチドの発現
とを比較する工程を包含し得る。このサンプル間における本発明の１つ以上のポ
リヌクレオチドの発現の比較は、これらのポリヌクレオチドの相対的レベルにつ
いての情報、ならびに正常と比較した目的の組織における他の配列の発現に対す
る、これらのポリヌクレオチドの割合についての情報を提供する。
【０２０９】 この乳癌の危険性は、ＢＲＣＡ−１またはＢＲＣＡ−２における変異のような
、乳癌に対する遺伝的危険性の存在により有意に高められる。新しい診断の手段
が、より高い危険度の患者の要求に取り組むために開発されており、特に若い女
性の間で、乳癌の早期検出のための乳房Ｘ線撮影法および生理学的検査を補って
いる。片方の乳房または両方の乳房から収集された乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプ
ルにおける抗原または発現マーカーの存在は、危険性の評価または癌の早期検出
に有用であり得る。無作為な細針吸引により得られる乳房の細胞学およびバイオ
マーカーは、異形型を有する過形成、ならびにｐ５３およびＥＧＦＲの過剰発現
の同定に用いられている。本発明のポリヌクレオチドは、乳癌についての危険性
予測物および代わりの終了点バイオマーカーとして、ｐ５３およびＥＧＦＲのよ
うな遺伝子を用いる発現研究と共に多変量解析に用いられ得る。
【０２１０】 診断および危険性の評価に用いられると同様に、特定の遺伝子の発現はまた、
疾患状態の予後と相関関係にあり得る。特定の遺伝子の発現は、ｃ−ｅｒｂＢ−
２、ｐＳ２、ＥＲ、プロゲステロンレセプター、上皮増殖因子レセプター（ＥＧ
ＦＲ）、ｎｅｕ、ｍｙｃ、ｂｃｌ−２、ｉｎｔ２、細胞質のチロシンキナーゼ、
サイクリンＥ、ｐｒａｄ−１、ｈｓｔ、ｕＰＡ、ＰＡＩ−１、ＰＡＩ−２、カテ
プシンＤ、の増加した発現、ならびに多数の癌特異的抗原（例えば、ＣＥＡ、Ｃ
ＡＭ２６、ＣＡＭ２９およびＣＡ１５．３）の存在を含む乳癌に対する予後の指
標として用いられている。Ｄａｖｉｓ、Ｂｒ．Ｊ．Ｂｉｏｍｅｄ Ｓｃｉ．（１
９９６）５３：１５７。好ましくない予後はまた、ｐ５３、Ｒｂ、ｎｍ２３のよ
うな、特定の遺伝子の発現の減少に関連している。本発明のポリヌクレオチド分
子は、高い転移の可能性の組織の腫瘍と、低い転移の可能性の組織の腫瘍との間
で示差的に発現されるので、本発明のポリヌクレオチドの発現は、悪性の乳癌の
転移の可能性を決定するための予後の値であり得る。悪性の乳癌を有する患者に
おけるこれらのポリヌクレオチドのレベルは、正常組織、公知の高い潜在的転移
レベルを有する悪性組織、および公知の、より低い潜在的転移レベルを有する悪
性組織と比較され得、特定の患者の予後を提供する。このような予後は、癌の程
度および性質を予測する。この決定した予後は、疾患の初期の処置、および同一
患者の長期間のモニタリングの両方について、乳癌を有する患者の予後を決定す
る際に有用である。サンプルが、ある時期にわたり同一個人から入手される場合
、その患者に特異的であるポリヌクレオチド発現における差異が同定され得、そ
して詳細に監視され得る。
【０２１１】 （結腸癌）結腸直腸癌は、ヒトにおいて最も一般的な新生物の１つであり、そ
しておそらく、遺伝性の新形成の最も頻繁な形態である。予防および早期検出は
、結腸直腸癌の制御および治癒における重要な要素である。実際に、結腸直腸癌
は、肺癌に次いで、２番目にもっとも予防できる癌である。結腸直腸癌は、小さ
く、結腸内の内層上に形成する細胞の良性増殖である、ポリープとして始まる。
数年の期間にわたり、これらのポリープのいくつかは、さらなる変異を蓄積し、
そして癌性になる。結腸癌の全症例の約２０％が、遺伝と関連していると考えら
れる。現在、複数の家族性の結腸直腸癌障害が同定されており、それは以下に要
約される： 家族性腺腫様ポリープ症（ＦＡＰ）：この状態は、結腸および直腸で数百また
は数千ものポリープを有する個体で生じ、これは、通常、十代の間にまず現れる
。癌は、ほぼ常に、３０代から５０代の間にこれらのポリープのうち１つ以上で
発生する。
【０２１２】 ガードナー症候群：ＦＡＰのように、ガードナー症候群は、若年齢で発生する
ポリープおよび結腸直腸癌を生じる。これは、皮膚、軟結合組織および骨の良性
腫瘍もまた引き起こし得る。
【０２１３】 遺伝性非ポリープ性結腸癌（ｈｅｒｅｄｉｔａｒｙ ｎｏｎｐｏｌｙｐｏｓｉ
ｓ ｃｏｌｏｎ ｃａｎｃｅｒ）（ＨＮＰＣＣ）：この状態を有する人々は、多
くのポリープを最初に有することなく、若年齢で結腸直腸癌を発生する傾向があ
る。ＨＮＰＣＣは、約９０％であると推定される種々の、しかし高浸透度で常染
色体優性の遺伝パターンを有する。ＨＮＰＣＣは、結腸直腸癌の全ての症例のう
ち０．５〜１０％にみられる。ＨＮＰＣＣ発生の背後にある機構の理解は、明ら
かになりつつあり、そして症状が現れる前に遺伝的に試験され（ｇｅｎｅｔｉｃ
ｐｒｅｓｙｍｐｔｏｍａｔｉｃ ｔｅｓｔｉｎｇ）、今や研究背景において行
われており、まもなくこの疾患の危険性があることが認められた個体についての
広範な根拠に対して利用可能である。
【０２１４】 アシュケナージユダヤ人家系の家族性結腸直腸癌：最近の研究では、東ヨーロ
ッパのいくらかのユダヤ人家系の間で結腸直腸癌が発生する遺伝的傾向がみられ
た。ＦＡＰ、ガードナー症候群およびＨＮＰＣＣを有する人々のように、彼らの
危険性の増加は、アメリカユダヤ人の約６％に存在する遺伝的変異に起因する。
【０２１５】 現在では、いくつかの試験が、結腸直腸癌についてスクリーニングするために
使用されており、これらとしては、デジタル直腸試験（ｄｉｇｉｔａｌ ｒｅｃ
ｔａｌ ｅｘａｍｉｎａｔｉｏｎ）、糞便不顕性出血試験（ｆｅｃａｌ ｏｃｃ
ｕｌｔ ｂｌｏｏｄ ｔｅｓｔ）、Ｓ状結腸鏡検査、結腸鏡検査、虚像結腸鏡検
査（ｖｉｒｔｕａｌ ｃｏｌｏｎｏｓｃｏｐｙ）およびＭＲＩが挙げられる。こ
れらの試験の各々は、かなり全体的な形態学的レベルで、潜在的な結腸直腸癌病
変、またはこれらの病変が発生する危険性を同定する。
【０２１６】 多くの遺伝子の配列変化は、悪性腺癌に関連する（ＤＣＣ、ｐ５３、ｒａｓ、
およびＦＡＰの遺伝子を含む）。総説については、例えば、Ｆｅａｒｏｎ ＥＲ
ら、Ｃｅｌｌ（１９９０）６１（５）：７５９；Ｈａｍｉｌｔｏｎ ＳＲら、Ｃ
ａｎｃｅｒ（１９９３）７２：９５７；Ｂｏｄｍｅｒ Ｗら、Ｎａｔ Ｇｅｎｅ
ｔ．（１９９４）４（３）：２１７；Ｆｅａｒｏｎ ＥＲ、Ａｎｎ Ｎ Ｙ Ａ
ｃａｄ Ｓｃｉ．（１９９５）７６８：１０１を参照のこと。従って、分子遺伝
的変化は、結腸直腸癌腫の潜在的な診断および予後指標ならびに結腸直腸癌腫の
分子遺伝学として有望である。なぜなら、分子マーカーを使用して結腸直腸新生
物の異なる型を区別することが可能であるからである。従って、結腸直腸癌は、
一般的に、結腸直腸腫瘍に関連する遺伝子の発現を検出することによって診断さ
れ得る。
【０２１７】 同様に、本発明のポリヌクレオチドの発現は、結腸直腸癌の診断、予後、およ
び管理において使用され得る。過形成におけるポリヌクレオチドの示差的な発現
は、結腸癌についての診断マーカーとして使用され得る。この目的のために特に
有用である本発明のポリヌクレオチドは、悪性転移性結腸癌と正常患者組織との
間で示差的な発現を示すポリヌクレオチドである（すなわち、配列番号２２８、
２８０、３５５、４９１、６０３、６８０、７５２、７５３、１２４１、１２６
４、１４０１、１４４２、１５１４、１８５１、１９１５、２０２４、２０６６
、３３、２５０、２８２、３７０、３８７、４４３、４６０、５４５、５６０、
７０３、７０４、１０９５、１１０４、１２０５、１３５４、１３８７、１７３
４、１７４２、１９５４、２２６２、２３２５、１８９９、２５２、２５３、４
９１、５８１、６９３、７２６、７４６、１７８０、１８９９、６５、２５２、
２５３、５８１、６９３、７１６、７２６、７４６、１７８０、１８９９、およ
び１７８０）。悪性結腸癌の検出は、これらの配列のうちのいずれか単独の発現
レベルを使用するか、またはこの発現のレベルと組み合わせて決定され得る。
【０２１８】 結腸癌の凝集性質および／または転移可能性の決定はまた、本発明の１つ以上
のポリヌクレオチドのレベルを比較すること、および癌性組織で変化することが
公知である別の配列の全体的なレベル（例えば、ｐ５３発現）を比較することに
よって決定され得る。さらに、結腸癌の発生は、オンコジーン（例えば、ｒａｓ
）または腫瘍サプレッサ遺伝子（例えば、ＦＡＰもしくはｐ５３）のレベルに対
する、本発明のポリヌクレオチドのいずれかの割合を調べることによって検出さ
れ得る。従って、特定のマーカーポリヌクレオチドの発現は、正常乳房組織と癌
性乳房組織との間を識別し、起源の異なる細胞を有する乳癌を識別し、異なる潜
在的転移割合を有する乳癌を識別するなどのために用いられ得る。
【０２１９】 （Ｇ．ペプチドアナログおよびアンタゴニストについてスクリーニングする
ためのポリヌクレオチドの使用） 本発明のポリヌクレオチドおよび対応する全長遺伝子によってコードされるポ
リペプチドは、ペプチドライブラリーをスクリーニングして、結合パートナー（
例えば、レセプター）をコードされたポリペプチドの中から同定するために使用
され得る。
【０２２０】 ペプチドのライブラリーは、米国特許第５，０１０，１７５号（’１７５）お
よびＷＯ９１／１７８２３において開示される方法に従って、合成され得る。以
下に簡潔に記載されるように、ペプチドの混合物を調製して、次いで、これをス
クリーニングして、所望のシグナル伝達およびレセプター結合活性を示すペプチ
ドを同定する。’１７５方法において、適切なペプチド合成支持体（例えば、樹
脂）は、適切に保護された、活性化されたアミノ酸の混合物にカップリングされ
る。反応混合物中の各アミノ酸の濃度は、この産物が、開始樹脂にカップリング
したアミノ酸の等モル混合物であるように、そのカップリング反応速度に対して
平衡化されるか、または逆比例で調節される。次いで、結合したアミノ酸は脱保
護され、そして別の平衡化されたアミノ酸混合物と反応して、全ての可能なジペ
プチドの等モル混合物を形成する。このプロセスは、所望の長さ（例えば、ヘキ
サマー）のペプチド混合物が形成されるまで、繰り返される。各工程において全
てのアミノ酸を含む必要はないことに注意のこと：いくつかの工程において１ま
たは２アミノ酸のみを含み得る（例えば、特定のアミノ酸が所定の位置で必須で
あることが公知の場合）ために混合物の複雑性を低減し得る。ペプチドライブラ
リーの合成が完了した後に、ペプチドの混合物は、選択したポリペプチドに対す
る結合についてスクリーニングされる。次いで、このペプチドは、活性を阻害ま
たは増強する能力について試験される。次いで、所望の活性を示すペプチドが単
離され、そして配列決定される。
【０２２１】 ＷＯ９１／１７８２３に記載される方法は、類似している。しかし、合成樹脂
と活性化されたアミノ酸の混合物とを反応させる代わりに、樹脂を２０等分に（
または、その工程で付加される異なるアミノ酸の数に対応する多くの部分に）分
けて、そして各アミノ酸を樹脂のその部分に個々にカップリングさせる。次いで
、この樹脂部分を合わせ、混合し、そして再び第２のアミノ酸との反応のために
多くの等分に分ける。この様式で、各反応を容易に完了させ得る。さらに、並行
して部分を処理することによって、各工程で全ての樹脂を合わせるよりむしろ、
別個の「サブプール」を維持し得る。これは、どのペプチドが任意の観察された
レセプター結合活性またはシグナル伝達活性を担うかを決定するプロセスを簡単
にする。
【０２２２】 このような場合において、例えば、それぞれ１〜２，０００の候補物の各々を
含むサブプールを、本発明の１つ以上のポリペプチドに曝す。次いで、陽性結果
を生じる各サブプールは、例えば、２０〜１００の候補物を含む、より小さなサ
ブプール（サブ−サブプール）の群として再合成され、そして再アッセイされる
。陽性サブ−サブプールは、個々の化合物として再合成され得、そして最終的に
はアッセイされて、高結合定数を示すペプチドを決定し得る。これらのペプチド
は、ネイティブな活性を阻害または増強する能力について試験され得る。ＷＯ９
１／７８２３および米国特許第５，１９４，３９２号（本明細書中に参考として
援用される）に記載される方法は、並行して自動化された技術によって、全ての
合成および再合成が約数日で行われ得るように、このようなプールおよびサブプ
ールの調製を可能にする。
【０２２３】 ペプチドアゴニストまたはアンタゴニストを、任意の利用可能な方法（例えば
、シグナル伝達、抗体結合、レセプター結合、マイトジェンアッセイ、走化性ア
ッセイなど）を使用してスクリーニングする。本明細書中で記載される方法が現
在好ましい。アッセイ条件は、理想的には、ネイティブな活性がインビボで示さ
れる条件（すなわち、生理的ｐＨ、温度、およびイオン強度の下で）に似ている
べきである。適切なアゴニストまたはアンタゴニストは、被験体で毒性の副作用
を引き起こさない濃度で、ネイティブな活性の強力な阻害または増強を示す。ネ
イティブなポリペプチドへの結合について競合するアゴニストまたはアンタゴニ
ストは、ネイティブな濃度以上の濃度を必要とし得るが、一方で、このポリペプ
チドに不可逆的に結合し得るインヒビターは、ネイティブな濃度の桁における濃
度で添加され得る。
【０２２４】 このようなスクリーニングおよび実験法の最終的な結果は、本発明のポリヌク
レオチドに対応する遺伝子またはｃＤＮＡによってコードされる、少なくとも１
つの新規のポリペプチド結合パートナー（例えば、レセプター）、および新規の
結合パートナーの少なくとも１つのペプチドアゴニストまたはアンタゴニストで
ある。このようなアゴニストおよびアンタゴニストは、レセプターがネイティブ
である細胞または遺伝子操作の結果としてレセプターを保有する細胞でのレセプ
ター機能を調節するか、増強するか、または阻害するために使用され得る。さら
に、新規なレセプターが公知のレセプターと生物学的に重要な特徴を共有する場
合、アゴニスト／アンタゴニスト結合についての情報は、公知のレセプターの改
善されたアゴニスト／アンタゴニストの開発を容易にし得る。
【０２２５】 （Ｈ．薬学的組成物および治療的用途） 薬学的組成物は、本願発明のポリペプチド、抗体、またはポリヌクレオチドを
含み得る。この薬学的組成物は、本願発明のポリペプチド、抗体、またはポリヌ
クレオチドのいずれかの治療的有効量を含む。
【０２２６】 本明細書中に使用される用語「治療的有効量」とは、所望の疾患もしくは状態
を処置、回復、または予防するか、あるいは検出可能な治療的効果または予防効
果を示す治療的薬剤の量をいう。この効果は、例えば、化学的マーカーまたは抗
原レベルによって検出され得る。治療的効果はまた、身体的な症状の低減（例え
ば、体温の低下）を含む。被験体のための正確な有効量は、被験体のサイズおよ
び健康状態、状態の性質および程度、ならびに投与のために選択された治療剤ま
たは治療剤の組み合わせに依存する。従って、予め正確な有効量を特定すること
は有益ではない。しかし、所定の状況についての有効量は、慣用的な実験法によ
って決定され、そしてこれは、臨床医の裁量内である。本発明の目的のために、
有効容量は、一般的に、投与される個体におけるＤＮＡ構築物について、約０．
０１ｍｇ／ｋｇ〜５０ｍｇ／ｋｇであるか、または０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約１０
ｍｇ／ｋｇである。
【０２２７】 薬学的組成物はまた、薬学的に受容可能なキャリアを含み得る。用語「薬学的
に受容可能なキャリア」とは、治療的薬剤（例えば、抗体またはポリペプチド、
遺伝子、および他の治療的薬剤）の投与のためのキャリアをいう。この用語は、
任意の薬学的キャリアをいい、これは、それ自体が組成物を受ける個体に有害な
抗体の産生を誘導せず、そして過度の毒性なく投与され得る。適切なキャリアと
しては、大きく、ゆっくりと代謝される高分子（例えば、タンパク質、ポリサッ
カライド、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、ポリマーのアミノ酸、アミノ酸コポリ
マー、および不活化ウイルス粒子）であり得る。このようなキャリアは、当業者
に周知である。
【０２２８】 薬学的に受容可能な塩類が、薬学的組成物中で使用され得る（例えば、塩酸塩
、臭化水素酸塩、リン酸塩、硫酸塩などのような無機酸の塩類；および酢酸塩、
プロピオン酸塩、マロン酸塩、安息香酸塩などのような有機酸の塩類）。薬学的
に受容可能な賦形剤の徹底的な議論は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａ
ｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｍａｃｋ Ｐｕｂ．Ｃｏ．，Ｎ．Ｊ．１
９９１）で利用可能である。
【０２２９】 治療的組成物中の薬学的に受容可能なキャリアは、水、生理食塩水、グリセロ
ールおよびエタノールのような液体を含み得る。補助物質（例えば、湿潤剤また
は乳化剤、ｐＨ緩衝化物質など）もまた、このようなビヒクル中に存在し得る。
代表的には、治療的組成物は、注射可能物として（液体溶液もしくは懸濁物とし
て；注射可能物中の溶液もしくは懸濁液のために適切な固体形態のいずれかとし
て）調製され得、注射前に液体ビヒクルがまた調製され得る。リポソームは、薬
学的に受容可能なキャリアの定義内に含まれる。
【０２３０】 送達方法。一旦処方されると、本発明の組成物は、（１）被験体に直接投与
され得る（例えば、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとして）か；（２）被
験体から得られた細胞にエキソビボで送達され得る（例えば、エキソビボ遺伝子
治療として）か；または（３）組換えタンパク質の発現のためにインビトロで送
達され得る（例えば、ポリヌクレオチド）。組成物の直接送達は、一般的に、皮
下、腹腔内、静脈内、もしくは筋肉内のいずれかで注射によって達成されるか、
または組織の間質腔（ｉｎｔｅｒｓｔｉｔｉａｌ ｓｐａｃｅ）に送達される。
組成物はまた、腫瘍または病巣内に投与され得る。投与の他の様式としては、経
口および肺投与、坐剤、ならびに経皮的適用、針、および遺伝子銃（ｇｅｎｅ
ｇｕｎ）もしくはハイポスプレー（ｈｙｐｏｓｐｒａｙ）が挙げられる。投薬処
置は、単回用量スケジュールまたは複数回用量スケジュールであり得る。
【０２３１】 エキソビボ送達および被験体への形質転換細胞の再移植のための方法は、当該
分野で公知であり、そして例えば、国際公開ＷＯ９３／１４７７８に記載される
。エキソビボ適用で有用な細胞の例としては、例えば、幹細胞、特に造血細胞、
リンパ球、マクロファージ、樹状細胞または腫瘍細胞が挙げられる。一般的に、
エキソビボおよびインビトロ適用の両方についての核酸の送達は、例えば、デキ
ストラン媒介トランスフェクション、リン酸カルシウム沈澱、ポリブレン媒介ト
ランスフェクション、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、リポソー
ムでのポリヌクレオチドの被包化、および核へのＤＮＡの直接マイクロインジェ
クションによって達成され得、これらは全て、当該分野で周知である。
【０２３２】 一旦本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子が、増殖性障害（例えば、新
生物、形成異常、および過形成）と相関することが見いだされると、この障害は
、提供されたポリヌクレオチドまたは対応するポリペプチドに基づいた治療的薬
剤を投与することによって処置に対して敏感に反応し得る。
【０２３３】 アンチセンスポリヌクレオチドの調製は、上記で議論される。アンチセンス組
成物で処置された新生物としては、子宮頚癌、黒色腫、結腸直腸腺癌、ウィルム
ス腫瘍、網膜芽腫、肉腫、筋肉腫、肺癌腫、白血病（例えば、慢性骨髄性白血病
、前骨髄性白血病（ｐｒｏｍｙｅｌｏｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、単球性
白血病、および骨髄性白血病）、ならびにリンパ腫（例えば、細網肉腫）が挙げ
られるが、これらに限定されない。治療的組成物で処置される増殖性障害として
は、遺伝性無発汗性外胚葉性形成異常（ａｎｈｙｄｒｉｃ ｈｅｒｅｄｉｔａｒ
ｙ ｅｃｔｏｄｅｒｍａｌ ｄｙｓｐｌａｓｉａ）、先天性の肺胞の形成異常（
ａｌｖｅｏｌａｒ ｄｙｓｐｌａｓｉａ）、頸部の上皮形成異常、線維性骨形成
異常、および乳房形成異常のような障害が挙げられる。過形成、例えば、子宮内
膜、副腎、乳房、前立腺、もしくは甲状腺の過形成、または皮膚の偽上皮腫性過
形成は、本発明のポリヌクレオチドに基づくアンチセンス治療的組成物を用いて
処置される。対応する遺伝子中での変異が関連しない障害においてすら、本発明
のポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現のダウンレギュレーションまたは阻
害は、治療適用を有し得る。例えば、遺伝子発現を減少させることは、遺伝子の
増強した発現が関連する腫瘍を抑制することを助け得る。
【０２３４】 アンチセンス組成物の用量および投与手段の両方は、治療的組成物の特定の質
、患者の状態、年齢、および体重、疾患の進行、ならびに他の関連する因子に基
づいて決定される。本発明の治療的アンチセンス薬剤の投与としては、局所（ｌ
ｏｃａｌ）または全身投与（注射、経口投与、パーティクルガンまたはカテーテ
ルでの投与を含む）、ならびに局所的（ｔｏｐｉｃａｌ）投与が挙げられる。好
ましくは、治療的アンチセンス組成物は、発現構築物を含み、この発現構築物は
、プロモーターおよび本明細書中に開示されたポリヌクレオチドのアンチセンス
鎖の少なくとも１２、２２、２５、３０、または３５の連続するヌクレオチドの
ポリヌクレオチドセグメントを含む。発現構築物内に、ポリヌクレオチドセグメ
ントがプロモーターの下流に配置され、そしてポリヌクレオチドセグメントの転
写をプロモーターで開始する。
【０２３５】 種々の方法を使用して、身体の特定の部位に治療的組成物を直接投与する。例
えば、小さな転移性病変に配置され、そして治療組成物が腫瘍体内部のいくつか
の異なる位置に数回注射される。あるいは、腫瘍に作用する動脈を同定し、そし
て腫瘍に組成物を直接送達するために、治療的組成物がそのような動脈に注入さ
れる。壊死性の中心を有する腫瘍が吸引され、そしてここで空になった腫瘍の中
心に組成物を直接注入する。アンチセンス組成物は、例えば、組成物の局所的適
用によって、腫瘍の表面に直接投与される。Ｘ線画像化を使用して、特定の上記
の送達方法を補助する。
【０２３６】 アンチセンスポリヌクレオチド、サブゲノムポリヌクレオチド、または特定の
組織に対する抗体を含む治療的組成物のレセプター媒介標的化送達もまた使用さ
れる。レセプター媒介ＤＮＡ送達技術は、例えば、Ｆｉｎｄｅｉｓら、Ｔｒｅｎ
ｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（１９９３）１１：２０２；Ｃｈｉｏｕら、Ｇｅ
ｎｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔ
ｉｏｎｓ Ｏｆ Ｄｉｒｅｃｔ Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ（Ｊ．Ａ．Ｗｏｌ
ｆｆ編）（１９９４）；Ｗｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８８）２６３
：６２１；Ｗｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９４）２６９：５４２；Ｚ
ｅｎｋｅら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）（１９９０）
８７：３６５５；Ｗｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９１）２６６：３３
８に記載される。好ましくは、本発明の抗体を含む治療的組成物のレセプター媒
介標的化送達を使用して、特定の組織に抗体を送達する。
【０２３７】 アンチセンスサブゲノムポリヌクレオチドを含む治療的組成物は、遺伝子治療
プロトコルの局所的投与について約１００ｎｇ〜約２００ｍｇのＤＮＡの範囲で
投与される。約５００ｎｇ〜約５０ｍｇ、約１μｇ〜約２ｍｇ、約５μｇ〜約５
００μｇ、および約２０μｇ〜約１００μｇのＤＮＡの濃度範囲もまた、遺伝子
治療プロトコルの間に使用され得る。作用方法および形質転換および発現の有効
性のような因子は、考慮すべき事項であり、これは、アンチセンスサブゲノムポ
リヌクレオチドの最終的な有効性に必要とされる投薬に影響を及ぼす。より多い
発現が組織のより大きな領域にわたって所望される場合、より多量のアンチセン
スサブゲノムポリヌクレオチドもしくは投与の連続プロトコルでの同量の再投与
、または例えば、腫瘍部位に隣接する異なる組織部分、もしくはそこに近接する
組織部分への数回の投与が陽性の治療結果をもたらすために必要であり得る。全
ての場合において、臨床試験での慣用的な実験法によって、最適な治療効果につ
いての特定の範囲が決定される。遺伝子治療ベクター（特に、レトロウイルスベ
クター）のより完全な記載は、米国特許出願第０８／８６９，３０９号（これは
、明らかに、本明細書中に援用される）および以下のＧ節に含まれる。
【０２３８】 抗炎症活性を有するポリペプチドまたはタンパク質をコードするポリヌクレオ
チドに関連する遺伝子については、適切な使用、用量、および投与が米国特許第
５，６５４，１７３号に記載される。治療的薬剤はまた、本発明のポリヌクレオ
チドによってコードされるタンパク質およびポリペプチドに対する抗体、ならび
に米国特許第５，６５４，１７３号に記載される関連遺伝子が挙げられる。
【０２３９】 （Ｉ．遺伝子治療） 本発明の治療的ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、遺伝子送達ビヒクル
において利用し得る。遺伝子送達ビヒクルは、ウイルスまたは非ウイルス起源で
あり得る（一般的には、Ｊｏｌｌｙ、Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ
（１９９４）１：５１；Ｋｉｍｕｒａ、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ
（１９９４）５：８４５；Ｃｏｎｎｅｌｌｙ、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ
ａｐｙ（１９９５）１：１８５；および Ｋａｐｌｉｔｔ、Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅ
ｎｅｔｉｃｓ（１９９４）６：１４８を参照のこと）。本発明の治療的なコード
配列を含む構築物の送達のための遺伝子治療ビヒクルは、局所的にまたは全身的
にのいずれかで投与され得る。これらの構築物は、ウイルスまたは非ウイルスベ
クターのアプローチを利用し得る。そのようなコード配列の発現は、内因性の哺
乳類のプロモーターまたは異種のプロモーターの使用により誘導され得る。コー
ド配列の発現は、構成的であり得るか、または調節され得るかのいずれかである
。
【０２４０】 本発明は、目的の選択された核酸分子を、運搬または発現するために構築され
る組換えレトロウイルスを利用し得る。利用され得るレトロウイルスベクターは
、以下に記載されているものを含む：ＥＰ ０ ４１５ ７３１；ＷＯ ９０／
０７９３６；ＷＯ ９４／０３６２２；ＷＯ ９３／２５６９８；ＷＯ ９３／
２５２３４；米国特許第５，２１９，７４０号；ＷＯ ９３／１１２３０；ＷＯ
９３／１０２１８；ＶｉｌｅおよびＨａｒｔ、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９
９３）５３：３８６０；Ｖｉｌｅら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９９３）５３
：９６２；Ｒａｍら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９９３）５３：８３；Ｔａｋ
ａｍｉｙａら、Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．Ｒｅｓ．（１９９２）３３：４９３；Ｂ
ａｂａら、Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ．（１９９３）７９：７２９；米国特許第４
，７７７，１２７号；ＧＢ特許第２，２００，６５１号；およびＥＰ０ ３４５
２４２。好ましい組換えレトロウイルスは、ＷＯ ９１／０２８０５に記載さ
れるものを含む。
【０２４１】 前述のレトロウイルスベクター構築物との使用に適したパッケージ細胞株は、
容易に調製され得（例えば、ＷＯ ９５／３０７６３およびＷＯ ９２／０５２
６６を参照のこと）、そして組換えベクター粒子を産生するための生産細胞株（
ベクター細胞株とも呼ばれる）の作製のために用いられ得る。本発明の特に好ま
しい実施態様において、パッケージ細胞株は、ヒト（例えば、ＨＴ１０８０細胞
）またはミンク親細胞株から作られ、それによって、ヒト血清中で不活化状態で
生存し得る、組換えレトロウイルスの産生を可能にする。
【０２４２】 本発明はまた、遺伝子送達ビヒクルとして機能し得るアルファウイルスを基礎
としたベクターも用いる。そのようなベクターは、例えば、シンドビスウイルス
ベクター、セムリキ森林ウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−６７；ＡＴＣＣ ＶＲ−１
２４７）、ロス川ウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−３７３；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２４
６）およびベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−９２３；ＡＴＣＣ
ＶＲ−１２５０；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２４９；ＡＴＣＣ ＶＲ−５３２）を含む
広範な種々のアルファウイルスから構築され得る。そのようなベクター系の代表
的な例としては、米国特許第５，０９１，３０９号、同第５，２１７，８７９号
および同第５，１８５，４４０号；ＷＯ ９２／１０５７８；ＷＯ ９４／２１
７９２；ＷＯ ９５／２７０６９；ＷＯ ９５／２７０４４；およびＷＯ ９５
／０７９９４に記載されるものが挙げられる。本発明の遺伝子送達ビヒクルはま
た、アデノ関連ウイルス（ＡＡＶ）ベクターのようなパルボウイルスを利用し得
る。代表的な例は、ＷＯ ９３／０９２３９のＳｒｉｖａｓｔａｖａ、Ｓａｍｕ
ｓｋｉら、Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９８９）６３：３８２２；Ｍｅｎｄｅｌｓｏｎ
ら、Ｖｉｒｏｌ．（１９８８）１６６：１５４；およびＦｌｏｔｔｅら、ＰＮＡ
Ｓ（１９９３）９０：１０６１３により開示されたＡＡＶベクターを含む。
【０２４３】 アデノウイルスベクターの代表的な例が、以下：Ｂｅｒｋｎｅｒ、Ｂｉｏｔｅ
ｃｈｎｉｑｕｅｓ（１９８８）６：６１６；Ｒｏｓｅｎｆｅｌｄら、Ｓｃｉｅｎ
ｃｅ（１９９１）２５２：４３１；ＷＯ ９３／１９１９１；Ｋｏｌｌｓら、Ｐ
ＮＡＳ（１９９４）９１：２１５；Ｋａｓｓ−Ｅｉｓｌｅｒら、ＰＮＡＳ（１９
９３）９０：１１４９８；Ｇｕｚｍａｎら、Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ（１９９３
）８８：２８３８；Ｇｕｚｍａｎら、Ｃｉｒ．Ｒｅｓ．（１９９３）７３：１２
０２；Ｚａｂｎｅｒら、Ｃｅｌｌ（１９９３）７５：２０７；Ｌｉら、Ｈｕｍ．
Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．（１９９３）４：４０３；Ｃａｉｌａｕｄら、Ｅｕｒ．Ｊ
．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．（１９９３）５：１２８７；Ｖｉｎｃｅｎｔら、Ｎａｔ．
Ｇｅｎｅｔ．（１９９３）５：１３０；Ｊａｆｆｅら、Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．（
１９９２）１：３７２；およびＬｅｖｒｅｒｏら、Ｇｅｎｅ（１９９１）１０１
：１９５に記載されたものが挙げられる。本発明に利用可能な例示的なアデノウ
イルス遺伝子治療ベクターはまた、以下の記載されたものも含む：ＷＯ ９４／
１２６４９、ＷＯ ９３／０３７６９；ＷＯ ９３／１９１９１；ＷＯ ９４／
２８９３８；ＷＯ ９５／１１９８４およびＷＯ ９５／００６５５。Ｃｕｒｉ
ｅｌ、Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．（１９９２）３：１４７に記載されるよう
に殺したアデノウイルスに連結したＤＮＡの投与が、利用され得る。
【０２４４】 他の遺伝子送達ビヒクルおよび方法が、利用され得る。これは、以下を含む：
殺した単独のアデノウイルスに連結した、または連結していないポリカチオンの
凝集ＤＮＡ（例えば、Ｃｕｒｉｅｌ、Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．（１９９２
）３：１４７）；リガンド連結ＤＮＡ（例えば、Ｗｕ、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ
．（１９８９）２６４：１６９８５を参照のこと）；真核生物細胞送達ビヒクル
細胞（例えば、米国特許第５，８１４，４８２号；ＷＯ ９５／０７９９４；Ｗ
Ｏ ９６／１７０７２；ＷＯ ９５／３０７６３およびＷＯ ９７／４２３３８
；を参照のこと）；光重合したヒドロゲル物質の沈殿物；米国特許第５，１４９
，６５５号に記載される携帯型の遺伝子導入パーティクルガン；米国特許第５，
２０６，１５２号およびＷＯ ９２／１１０３３に記載される、電離放射線；核
荷電中性化または細胞膜との融合。さらなるアプローチが、Ｐｈｉｌｉｐ、Ｍｏ
ｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９４）１４：２４１１およびＷｏｆｆｅｎｄｉ
ｎ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９４）９１：１５８１に記
載される。
【０２４５】 裸のＤＮＡもまた、利用し得る。裸のＤＮＡの例示的な導入方法が、ＷＯ ９
０／１１０９２および米国特許第５，５８０，８５９号に記載される。遺伝子送
達ビヒクルとして働き得るリポソームは、米国特許第５，４２２，１２０号；Ｗ
Ｏ ９５／１３７９６；ＷＯ ９４／２３６９７；ＷＯ ９１／１４４４５；お
よびＥＰ ０５２４９６８に記載される。
【０２４６】 使用に適したさらなる非ウイルス送達は、Ｗｏｆｆｅｎｄｉｎら、Ｐｒｏｃ．
Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９４）９１（２４）：１１５８１に
記載されるアプローチのような機械的送達系を含む。さらにコード配列およびそ
のような発現の産物は、光重合したヒドロゲル物質の沈殿物を通じて送達され得
る。コード配列の送達に用い得る遺伝子送達の従来の他の方法は、以下を含む：
例えば、米国特許第５，１４９，６５５号に記載される携帯型の遺伝子導入パー
ティクルガンの使用；米国特許第５，２０６，１５２号およびＷＯ ９２／１１
０３３に記載される、導入された遺伝子の活性化のための電離放射線の使用。
【０２４７】 本発明は、ここで特に有利な実施態様を示す以下の実施例に対する参照によっ
て例証される。しかし、これらの実施態様は例証的であり、そしていかなる方法
においても本発明を制限することとして解釈されないことに注意するべきである
。
【０２４８】 （実施例） （実施例１： 生物学的な物質の供給源および生物学的な物質により発現され
る新規のポリヌクレオチドの概要） Ｋｍ１２Ｌ４−Ａヒト結腸癌細胞株（Ｍｏｒｉｋａ、Ｗ．Ａ．Ｋ．ら、Ｃａｎ
ｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（１９８８）４８：６８６３）を、細胞から単離した
ｍＲＮＡ由来ｃＤＮＡライブラリーの構築のために用いた。前述の概要に記載し
たように、Ｋｍ１２Ｌ４−Ａ細胞株により発現された全てで４，６９３の配列を
、単離および分析した；最も多い配列は、約２７５〜３００ヌクレオチド長のも
のであった。ＫＭ１２Ｌ４−Ａ細胞株は、ＫＭ１２Ｃ細胞株由来である。転位性
に乏しい（低転位性の）ＫＭ１２Ｃ細胞株を、Ｄｕｋｅｓ’ ｓｔａｇｅ Ｂ2
外科用検体由来の培養物において樹立した（Ｍｏｒｉｋａｗａら、Ｃａｎｃｅｒ
Ｒｅｓ．（１９８８）４８：６８６３）。このＫＭＬ４−Ａは、ＫＭ１２Ｃ由
来の高転位性のサブラインである（Ｙｅａｔｍａｎら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．
Ｒｅｓ．（１９９５）２３：４００７；Ｂａｏ−Ｌｉｎｇら、Ｐｒｏｃ．Ａｎｎ
ｕ．Ｍｅｅｔ．Ａｍ．Ａｓｓｏｃ．Ｃａｎｃｅｒ．Ｒｅｓ．（１９９５）２１：
３２６９）。このＫＭ１２ＣおよびＫＭ１２Ｃ由来細胞株（例えば、ＫＭ１２Ｌ
４、ＫＭ１２Ｌ４−Ａなど）は、結腸癌の研究のためのモデル細胞株として当該
分野において充分に認識されている（例えば、Ｍｏｒｉａｋａｗａら、前出；Ｒ
ａｄｉｎｓｋｙら、Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９９５）１：１９；
Ｙｅａｔｍａｎら、（１９９５）前出；Ｙｅａｔｍａｎら、Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．
Ｍｅｔａｓｔａｔｉｓ（１９９６）１４：２４６を参照のこと）。
【０２４９】 この配列をまず、ＸＢＬＡＳＴマスキングプログラム（Ｃｌａｖｅｒｉｅ「Ｅ
ｆｆｅｃｔｉｖｅ Ｌａｒｇｅ−Ｓｃａｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｓｉｍｉｌａ
ｒｉｔｙ Ｓｅａｒｃｈｅｓ」：Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ
Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ、Ｄｏｏ
ｌｉｔｔｌｅ編、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２６６：２１２−２２７ Ａｃａ
ｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、ＮＹ、ＮＹ（１９９６）；特に、Ｃｌａｖｅｒｉｅ、
「Ａｕｔｏｍａｔｅｄ ＤＮＡ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ Ａｎａｌｙｓ
ｉｓ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ」Ａｄａｍｓら編、３６章、２６７頁、Ａｃａｄｅ
ｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、１９９４およびＣｌａｖｅｒｉｅら
、Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ．（１９９３）１７：１９１を参照のこと）を用いて
、低複雑性配列を除去するためにマスクした。一般的に、マスクは、それらの低
い複雑性に起因する比較的関心の低い配列の排除、およびＡｌｕ反復のような複
数の配列に共通な反復領域への類似性に基づく複数の「ｈｉｔ」の除去を除いて
、最終の調査結果には影響しない。マスクにより、４３の配列が排除された。次
いで残る配列を、ＢＬＡＳＴＮ ｖｓ．Ｇｅｎｂａｎｋ調査に用いた。この調査
には、７０％を超える重複、９９％の同一性および１×１０-40未満のｐ値の調
査パラメータを用い、この調査は、１，４３２の配列を破棄した。この調査から
の配列はまた、包括的なパラメータが適合するが、その配列が、リボソームまた
はベクター由来であった場合、破棄される。
【０２５０】 前述の調査により得られた配列は、３つのグループ（以下に示す、１、２およ
び３）に分類され、そしてＢＬＡＳＴＸ ｖｓ．ＮＲＰ（非縮重タンパク質）デ
ータベース調査によって調査された：（１）不明（Ｇｅｎｂａｎｋ調査による該
当無し）、（２）弱い類似性（４５％より大きい同一性、および１×１０-5未満
のｐ値）、および（３）高い類似性（６０％より大きい重複、８０％より大きい
同一性、および１×１０-5未満のｐ値）。この調査により、７０％より大きい重
複、９９％より大きい同一性、および１×１０-40未満のｐ値を有する９８の配
列が破棄された。
【０２５１】 残った配列は、不明（該当無し）、弱い類似性、および高い類似性（上述のパ
ラメータ）に分類された。２つの調査がこれらの配列において実行された。初め
に、ＢＬＡＳＴ ｖｓ．ＥＳＴデータベース調査は、１７７１の配列を破棄した
（９９％より大きい重複、９９％より大きい類似性、および１×１０-40未満の
ｐ値を有する配列；ヒト起源のデータベース配列と比較した場合、１×１０-65
未満のｐ値を有する配列もまた除去された）。第２にＢＬＡＳＴＮ ｖｓ．Ｐａ
ｔｅｎｔ ＧｅｎｅＳｅｑデータベースは、１５の配列を除去した（９９％より
大きい同一性；１×１０-40未満のｐ値；９９％より大きい重複）。
【０２５２】 残っている配列は、他の方法およびデータセットにおける重複性を用いてスク
リーニングに共した。ヒト起源のデータベース配列との関係における１×１０-1 11 未満のｐ値を有する配列が、特に排除された。最終的な結果として、添付した
配列表に挙げた２５０２配列が提供された。配列表は、調査したデータベース上
のいかなる配列とも類似性を有さない配列からはじめ、そして、最も高い類似性
を有する配列で終わるように配置した。同定されたそれぞれのポリヌクレオチド
は、少なくとも一部のｍＲＮＡ転写産物からの配列を示した。新規であると決定
されたポリヌクレオチドは、配列番号を割り当てた。
【０２５３】 新しいポリヌクレオチドを、配列番号１〜２５０２に割り当てた。新しいポリ
ヌクレオチドに対応しているＤＮＡ配列を、配列表に提供する。配列の大多数は
、５’から３’方向に配列表に表わされる。少数の配列は、５’から３’の方向
に配列表に列挙されるが、書かれたこの配列は、実際は３’から５’である。こ
れらの配列は、表１（後で示される）に配列名で「ＡＲ」の名称で、容易に同定
される。配列表において、５’から３’方向へ正しく列挙された配列は、「ＡＦ
」と命名される。表１は、以下を提供する１）本明細書における使用のための各
配列に割り当てられた配列番号；２）配列が最初に提出された米国優先権出願の
出願データ；３）優先権出願における配列に対して割り当てられた配列番号；４
）配列の内部ＩＤとして使用される配列名；５）配列が単離されたクローンに対
して割り当てられた名前；および６）配列が決定されるクラスターの数（クラス
ターＩＤ；クラスターＩＤが０である場合、配列は、いずれのクラスターに対し
ても割り当てられない）。
【０２５４】 提供されたポリヌクレオチドは、部分的なｍＲＮＡ転写産物を示すため、本発
明の２つ以上のポリヌクレオチドは、同じｍＲＮＡ転写産物および同じ遺伝子の
異なる領域を示し得る。従って、２つ以上の配列番号が、同じクローンに属する
と同定された場合、次いで、いずれの配列も、全長ｍＲＮＡまたは遺伝子を獲得
するために用いられ得る。さらに、いくつかの配列は、これらの配列が１より多
いファイリングに存在するために、複数の配列番号で同定される。例えば、配列
番号８７および配列番号１０００は同じ配列を示す。
【０２５５】 配列番号１〜２５０２の配列を確認するために、これらのポリヌクレオチドに
対応したクローンのインサートが、再び配列決定された。これらの「確証（ｖａ
ｌｉｄａｔｉｏｎ）」配列は、配列番号２５０３〜５１０６に提供される。これ
らの確証配列のうち、配列番号３０４０、３５４５、３８６３、４５１１、４７
２６、および４７４９は本当の確証配列ではない。代わりに、配列番号３５４５
、４５１１、４７２６、および４７４９は「プレースホルダー（ｐｌａｃｅｈｏ
ｌｄｅｒ）」配列、すなわち配列表の作成の間に、続く配列の再ナンバリングを
防ぐためだけに配列表に挿入された配列を表す。従って、「配列番号１〜５２５
２」、「配列番号１〜５１０６」またはこれらのプレースホルダー配列を含む配
列番号の他の範囲は、配列番号３５４５、４５１１、４７２６、および４７２９
を排除するように読まれるべきである。
【０２５６】 これらの確証配列は、しばしば、それらが確認されるもとのポリヌクレオチド
配列よりも長かった。従って、しばしばさらなる配列情報を提供する。確証配列
は、表１を参照することによりそれらが確証されるもとの配列と相関関係であり
得る。例えば、配列番号２５０３〜３０３９、３０４１〜３５４４、３５４６〜
３８６２、３８６４〜４５１０、および４５１２〜４７２５の確証配列は、それ
らが確認される配列番号１〜２５０２の配列のクローン名を共有する。
【０２５７】 （実施例２：遺伝子産物の機能を同定するための公共データベース調査の結果
） 配列番号１〜２５０２ならびに確証配列の配列番号２５０３〜３０３９、３０
４１〜３５４４、３５４６〜３８６２、３８６４〜４５１０、および４５１２〜
４７２５ ｘｘ：ｃｌｆは、個々の配列でベストの整列を決定するために３つ全
てのリーディングフレームにおいて、翻訳された。これらのアミノ酸配列および
ヌクレオチド配列は、一般的に個々の整列に対して配置された照会配列として参
照される。照会および個々の配列は、ｈｔｔｐ：／／ｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．
ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／で世界中のウェブにわたって利用可能であるＢＬ
ＡＳＴプログラムを用いて整列された。再度この配列を、上記の実施例１に記載
した、低複雑性をマスクするためのＸＢＬＡＳＴプログラムを用いて、反復配列
またはポリＡ配列の調査を妨げる種々の範囲に対してマスクした。
【０２５８】 表２（後に示される）は、整列の結果を示す。表２は、その配列番号、：Ｇｅ
ｎｂａｎｋおよび比縮重タンパク質の調査からの最も近縁物の受託番号および記
述、ならびにその調査結果のｐ値によりそれぞれの配列を言及する。
【０２５９】 「配列番号１〜５１０６」のそれぞれについて、タンパク質配列またはＤＮＡ
配列のベストな整列が、表２に含まれる。「配列番号１〜５１０６」にコードさ
れたポリペプチドの活性が、表２において報告された最も近縁であるものに同じ
かまたは類似している。最も近縁なものの受託番号が報告され、最も近縁なもの
により提示された活性に対する参照を提供する。調査プログラムおよびデータベ
ースが、整列のために用いられ、またｐ値の算出のために同様に示された。
【０２６０】 最も近縁なポリヌクレオチド配列の全長の配列またはフラグメントが、「配列
番号１〜５１０６」の全長配列の同定および単離のためにプローブおよびプライ
マーとして用いられ得る。最も近縁な配列が、「配列番号１〜５１０６」の全長
配列のためのライブラリー構築に用いるべき組織または細胞型を示し得る。
【０２６１】 「配列番号１〜５１０６」およびそれらの翻訳産物は、他の種の公知遺伝子の
ヒトホモログ、または公知のヒト遺伝子の新しい対立遺伝子変異体であり得る。
そのような場合において、これらの新規のヒト配列は、診断用または治療用とし
て適している。診断において、「配列番号１〜５１０６」のヒト配列は、他の種
のホモログよりもヒト細胞株および細胞型の検出および分化において、より特異
性を示す。「配列番号１〜５１０６」によってコードされるヒトポリペプチドは
、ヒトに投与した場合、他の種からのホモログよりも低免疫原性であるようであ
る。さらに、ヒトへの投与において、「配列番号１〜５１０６」でコードされる
ポリペプチドは、より特異性を示し得るか、または他の種からのホモログである
よりも他のヒトタンパク質によってよりよく調節され得る。
【０２６２】 （実施例３：タンパク質ファミリーのメンバー） 確証配列（「配列番号２５０３〜５１０６」）を使用して、上記の本明細書に
記載のプロフィール調査を行なった。本発明のポリヌクレオチドのいくつかが、
公知のタンパク質ファミリーの属するポリペプチドの特徴を有するポリペプチド
（従って、これらのタンパク質ファミリーの新しいメンバーを表す）および／ま
たは、公知の機能的ドメインを含有するポリペプチドをコードすることが見出さ
れた（表３、後に示される）。従って、本発明は、本明細書において同定された
タンパク質ファミリー、および／または機能的なドメインと関係した生物学的活
性を保持する、そのようなポリヌクレオチドのフラグメント、融合体、および改
変体を包含する。
【０２６３】 開始および停止は、示した配列番号を有する照会配列と整列した個々の配列内
の位置を示す。方向（Ｄｉｒ）は、個々の配列に関する照会配列の方向を示し、
ここで正方向（ｆｏｒ）は、整列が、配列表に提供した配列と同じ方向（左から
右）であることを示し、そして逆方向（ｒｅｖ）は、整列が配列表に提供した配
列に相補的な配列によることを示す。
【０２６４】 いくつかのポリヌクレオチドは、複数のプロフィールヒットを示した。なぜな
ら、例えば、特定の配列は、重複するプロフィール領域を含み、そして／または
この配列は２つの異なる機能的ドメインを含むからである。これらのプロフィー
ルヒットは、以下でより詳細に記載される。表３で使用される略語は、それらが
参照するタンパク質ファミリーまたは機能的ドメインのフルネームに続いて、括
弧内に提供される。
【０２６５】 ａ）７回膜貫通内在性膜タンパク質−ロドプシンファミリー（７ｔｍ １）。
いくつかの確証配列、従って配列番号１〜２５０２内のそれらの対応する配列は
、７回膜貫通レセプターロドプシンファミリーのメンバーであるポリペプチドを
コードする配列に対応する。７回膜貫通ロドプシンファミリーのＧタンパク質共
役レセプター（Ｒ７Ｇとも呼ばれる）は、細胞外シグナルをグアニンヌクレオチ
ド結合（Ｇ）タンパク質との相互作用により情報伝達する、ホルモン、神経伝達
物質、および光レセプターの広範なグループである（Ｓｔｒｏｓｂｅｒｇ，Ａ．
Ｄ．、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９１）１９６：１；Ｋｅｒｌａｖａ
ｇｅ，Ａ．Ｒ．、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９１）
１：３９４；およびＰｒｏｂｓｔら、ＤＮＡ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．（１９９２
）１１：１；Ｓａｖａｒｅｓｅら，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．（１９９２）２８３：
１、ｈｔｔｐ:／／ｗｗｗ．ｇｃｒｄｂ．ｕｔｈｓｃｓａ．ｅｄｕ／、Ｈｔｔｐ
：／／ｓｗｉｆｔ．ｅｍｂｌ−ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ．ｄｅ／７ｔｍ／）。この
ファミリーに属する現在公知のレセプターは、以下である：１）５−ヒドロキシ
トリプタミン（セロトニン）１Ａ〜１Ｆ、２Ａ〜２Ｃ、４、５Ａ、５Ｂ、６およ
び７（Ｂｒａｎｃｈｅｋ Ｔ．、Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．（１９９３）３：３１５
）；２）アセチルコリン、ムスカリン型、Ｍ１〜Ｍ５；３）アデノシンＡ１、Ａ
２Ａ、Ａ２Ｂ、およびＡ３（Ｓｔｉｌｅｓ Ｇ．Ｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．
（１９９２）２６７：６４５１）；４）アドレナリンα−１Ａ〜１Ｃ；α−２Ａ
〜２Ｄ；β−１〜−３（Ｆｒｉｅｌｌ Ｔ．ら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｎｅｕｒｏｓｃ
ｉ．（１９８８）１１：３２１）；５）Ｉ型、およびＩＩ型アンジオテンシンＩ
Ｉ；６）ボンベシンサブタイプ３および４；７）ブラジキニンＢ１およびＢ２；
８）ｃ３ａおよびＣ５ａアナフィラトキシン；９）カンナビノイドＣＢ１および
ＣＢ２；１０）ケモカインＣ−Ｃ ＣＣ−ＣＫＲ−１〜ＣＣ−ＣＫＲ−８；１１
）ケモカインＣ−Ｘ−Ｃ ＣＸＣ−ＣＫＲ−１〜ＣＸＣ−ＣＫＲ−４；１２）コ
レシストキニン−Ａおよびコレシストキニン−Ｂ／ガストリンドーパミンＤ１〜
Ｄ５（Ｓｔｅｖｅｎｓ Ｃ．Ｆ．、Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．（１９９１）１：２０
）；１３）エンドセリンＥＴ−ａおよびＥＴ−ｂ（Ｓａｋｕｒａｉ Ｔ．ら、Ｔ
ｒｅｎｄｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｃｉ．（１９９２）１３：１０３−１０７
）；１４）ｆＭｅｔ−Ｌｅｕ−Ｐｈｅ（ｆＭＬＰ）（Ｎホルミルペプチド）；１
５）卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ−Ｒ）；１６）Ｇａｌａｎｉｎ；１７）ガストリ
ン放出ペプチド（ＧＲＰ−Ｒ）；１８）ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧＮＲＨ
−Ｒ）；１９）ヒスタミンＨ１およびＨ２（ガストリンレセプターＩ）；２０）
ルトロピン−絨毛性ゴナドトロピンホルモン（ＬＳＨ−Ｒ）（Ｓａｌｅｓｓｅ
Ｒ．ら、Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ（１９９１）７３：１０９）；２１）メラノコルチ
ンＭＣ１Ｒ〜ＭＣ５Ｒ；２２）メラトニン；２３）ニューロメディンＢ（ＮＭＢ
−Ｒ）；２４）ニューロメディンＫ（ＮＫ−３Ｒ）；２５）１〜６型ニューロペ
プチドＹ；２６）ニューロテンシン（ＮＴ−Ｒ）；２７）オクトパミン（チラミ
ン）、昆虫由来；２８）臭気物質（Ｌａｎｃｅｔ Ｄ．ら、Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ
．（１９９３）３：６６８）；２９）δ型、κ型、およびμ型オピオイド（Ｕｈ
ｌ Ｇ．Ｒ．ら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．（１９９４）１７：８９；
３０）オキシトシン（ＯＴ−Ｒ）；３１）血小板活性化因子（ＰＡＦ−Ｒ）；３
２）プロスタサイクリン；３３）プロスタグランジンＤ２；３４）プロスタグラ
ンジンＥ２、ＥＰ１〜ＥＰ４サブタイプ；３５）プロスタグランジンＦ２；３６
）プリンレセプター（ＡＴＰ）（Ｂａｒｎａｒｄ Ｅ．Ａ．ら、Ｔｒｅｎｄｓ
Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｃｉ．（１９９４）１５：６７；３７）１〜５型ソマト
スタチン；３８）サブスタンスＫ（ＮＫ−２Ｒ）；サブスタンス−Ｐ（ＮＫ−１
Ｒ）；３９）トロンビン；４０）トロンボキサンＡ２；４１）甲状腺刺激ホルモ
ン（ＴＳＨ−Ｒ）（Ｓａｌｅｓｓｅ Ｒ．ら、Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ（１９９１）
７３：１０９）；４２）甲状腺刺激ホルモン放出因子（ＴＲＨ−Ｒ）；４２）バ
ソプレッシンＶ１ａ、Ｖ１ｂおよびＶ２；４３）視覚色素（オプシンおよびロド
プシン）（Ａｐｐｌｅｂｕｒｙ Ｍ．Ｌ．ら、Ｖｉｓｉｏｎ Ｒｅｓ．（１９８
６）２６：１８８１；４４）プロトオンコジーンｍａｓ；４５）哺乳動物および
鳥類由来の多くのオーファンレセプター（そのリガンドは知られてない）；４６
）Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ ｅｌｅｇａｎｓ推定レセプターＣ０６Ｇ４．
５、Ｃ３８Ｃ１０．１、Ｃ４３Ｃ３．２；４７）Ｔ２７Ｄ１．３およびＺＣ８４
．４；４８）サイトメガロウイルスのゲノムにコードされる３つの推定レセプタ
ー：ＵＳ２７、ＵＳ２８およびＵＬ３３；および４９）ＥＣＲＦ３、ヘルペスウ
イルスサイミリのゲノムにコードされる推定レセプター。
【０２６６】 これらのレセプターの構造は、同一であると考えられる。それらは、７つの疎
水領域を有し、その各領域はおそらく膜に広がっているはずである。Ｎ末端は、
膜の細胞外側に位置し、そしてしばしばグリコシル化される。一方、Ｃ末端は、
細胞質側に位置し、そして一般にリン酸化される。３つの細胞外ループは、７つ
の膜貫通領域を結合するために、３つの細胞内ループと交替する。これらの全て
ではないが大部分のレセプターは、シグナルペプチドを欠失している。これらの
タンパク質の保存された部分のほとんどは、膜貫通領域であり、かつ第１の２つ
の細胞質ループである。保存された酸性Ａｒｇ芳香族性トリプレットは、第２の
細胞質ループのＮ末端の先端に存在し（Ａｔｔｗｏｏｄ Ｔ．Ｋ．，Ｅｌｉｏｐ
ｏｕｌｏｓ Ｅ．Ｅ．，Ｆｉｎｄｌａｙ Ｊ．Ｂ．Ｃ．Ｇｅｎｅ（１９９１）９
８：１５３−１５９）、そしてＧタンパク質との相互作用において関係し得る。
【０２６７】 保存されたトリプレットを含み、そしてまた第３の膜貫通ヘリックスの主な部
分に広がるコンセンサスパターンを使用して、この幅広いタンパク質のファミリ
ーを検出する：［ＧＳＴＡＬＩＶＭＦＹＷＣ］−［ＧＳＴＡＮＣＰＤＥ］−｛Ｅ
ＤＰＫＲＨ｝−×（２）−［ＬＩＶＭＮＱＧＡ］−×（２）−［ＬＩＶＭＦＴ］
−［ＧＳＴＡＮＣ］−［ＬＩＶＭＦＹＷＳＴＡＣ］−［ＤＥＮＨ］−Ｒ−［ＦＹ
ＷＣＳＨ］−×（２）−［ＬＩＶＭ］。
【０２６８】 ｂ）７回膜貫通内在性膜タンパク質−−セクレチンファミリー（７ｔｍ ２）
。いくつかの確証配列（従って、それらの配列番号１〜２５０２の範囲内で対応
するする配列）は、７回膜貫通レセプターセレクチンファミリーのメンバーであ
るポリペプチドをコードする配列に対応する。Ｇ−タンパク質結合レセプターに
結合する多くのペプチドホルモン（一方では、大多数のＧ−タンパク質結合レセ
プター（Ｒ７Ｇ）に構造的に類似している（７回膜貫通レセプター（ロドプシン
ファミリー）についてのプロフィールを参照のこと））は、これらの配列レベル
で全く類似性を示さない。従って、新規のファミリーの現在公知のメンバーは以
下である（Ｊｕｅｐｐｎｅｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９１）２５４：１０２４
；Ｈａｍａｎｎら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ（１９９６）３２：１４４）：１）カルシ
トニンレセプター、２）カルシトニン遺伝子関連ペプチドレセプター；３）コル
チコトロピン放出因子レセプター１型および２型；４）胃抑制ポリペプチドレセ
プター；５）グルカゴンレセプター；６）グルカゴン様ペプチド１レセプター；
７）成長ホルモン放出ホルモンレセプター；７）副甲状腺ホルモン／副甲状腺ホ
ルモン関連ペプチド１型および２型；８）下垂体アデニル化シクラーゼ活性化ポ
リペプチドレセプター；９）セレクチンレセプター；１０）血管作用性腸ペプチ
ドレセプター１型および２型；１０）昆虫利尿ホルモンレセプター；１１）Ｃａ
ｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ ｅｌｅｇａｎｓの推定レセプターＣ１３Ｂ９．４；
１２）Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ ｅｌｅｇａｎｓの推定レセプターＺＫ６
４３．３；１３）ヒト白血球（ｌｅｕｃｏｃｙｔｅ）ＣＤ９７（これはそのＮ末
端切片中に３ＥＧＦ様ドメインを含む）；１４）ヒト細胞表面糖タンパク質ＥＭ
Ｒ１（これはそのＮ末端切片中に６ＥＧＦ様ドメインを含む）；および１５）マ
ウス細胞表面糖タンパク質Ｆ４／８０（これはそのＮ末端切片中に７ＥＧＦ様ド
メインを含む）。１）から１０）の全ては、アデニリルシクラーゼおよびホスフ
ァチジルイノシトール−カルシウム経路の両方を活性化するＧタンパク質に結合
される。
【０２６９】 ７つの膜貫通タンパク質の古典的なＲ７Ｇ様セクレチンファミリーは、７つの
膜貫通領域を含む。これらのＮ末端は、膜の細胞外側に位置し、そして潜在的に
グリコシル化されているが、一方これらのＣ末端は、細胞質内にある。しかし、
これらの位相幾何学的類似性を除けば、それらは、いかなる配列類似性領域も共
有せず、それゆえおそらく進化的に関連しない。
【０２７０】 ７つの膜貫通セクレチンファミリーにおける各レセプターは、複数のエキソン
上にコードされ、そしてこれらの機能的に異なる産物のいくつかである。これら
のレセプターのＮ末端細胞外ドメインは、５つの保存的システイン残基を含み、
最初の３つのシステインにわたる領域におけるコンセンサスパターンとのジスフ
ィルド結合に関連し得る。最も高度に保存された領域の１つは、最後の膜貫通領
域のＣ末端部分および隣接する細胞内領域の開始点にわたる。この第２の領域は
、第２の特徴パターンとして用いられる。この２つのコンセンサスパターンは、
以下である： １）Ｃ−ｘ（３）−［ＦＹＷＬＩＶ］−Ｄ−ｘ（３，４）−Ｃ−［ＦＷ］−ｘ（
２）[ＳＴＡＧＶ]−ｘ（８，９）−Ｃ−［ＰＦ］ ２）Ｑ−Ｇ−［ＬＭＦＣＡ］−［ＬＩＶＭＦＴ］−［ＬＩＶ］−ｘ−［ＬＩＶＦ
ＳＴ］−［ＬＩＦ］−［ＶＦＹＨ］−Ｃ−［ＬＦＹ］−ｘ−Ｎ−ｘ（２）−Ｖ。
【０２７１】 ｃ）Ａｎｋ反復（ＡＮＫ）。配列番号２６５６、および従って、配列番号１〜
２５０２内の対応するその配列は、Ａｎｋ反復含有タンパク質をコードするポリ
ヌクレオチドを示す。アンキリンモチーフは、２４個のタンデムな３３アミノ酸
モチーフを有するタンパク質アンキリンにちなんで名付けられた３３アミノ酸配
列である。Ａｎｋ反復は、もともと細胞周期制御タンパク質ｃｄｃ１０（Ｂｒｅ
ｅｄｅｎら，Ｎａｔｕｒｅ（１９８７）３２９：６５１）において同定された。
アンキリン反復を含有するタンパク質としては、アンキリン、ミオトロピン（ｍ
ｙｏｔｒｏｐｉｎ）、Ｉ−κＢタンパク質、細胞周期タンパク質ｃｄｃ１０、Ｎ
ｏｔｃｈレセプター（Ｍａｔｓｕｎｏら，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ （１９９７
）１２４（２１）：４２６５）；主要組織適合遺伝子複合体のクラスＩＩＩ領域
のＧ９ａ（またはＢＡＴ８）（Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ．２９０：８１１−８１８，
１９９３）、ＦＡＢＰ、ＧＡＢＰ、５３ＢＰ２、Ｌｉｎ１２、ｇｌｐ−１、ＳＷ
１４、およびＳＷ１６が挙げられる。アンキリン反復の機能は、タンパク質間相
互作用における役割と適合する（Ｂｏｒｋ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９９３）１７
（４）：３６３；ＬａｍｂｅｒｔおよびＢｅｎｎｅｔ、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈ
ｅｍ．（１９９３）２１１：１；Ｋｅｒｒら，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐ．Ｃｅｌｌ
Ｂｉｏｌ．（１９９２）４：４９６；Ｂｅｎｎｅｔら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅ
ｍ．（１９８０）２５５：６４２４）。
【０２７２】 アンキリンの９０ｋＤのＮ末端ドメインは、一連の２４個の３３アミノ酸ａｎ
ｋ反復を含む。（Ｌｕｘら，Ｎａｔｕｒｅ（１９９０）３４４：３６−４２，Ｌ
ａｍｂｅｒｔら，ＰＮＡＳ ＵＳＡ（１９９０）８７：１７３０）。２４個のａ
ｎｋ反復は、それぞれ６反復からなる４つの折り畳まれたサブドメインを形成す
る。これらの４つの反復サブドメインは、少なくとも７個の異なるファミリーの
膜タンパク質との相互作用を媒介する。アンキリンは、陰イオン交換体ダイマー
に対する２つの別個の結合部位を含有する。一方の部位は、反復サブドメイン２
（反復７〜１２）を利用し、そして他方は両方の反復サブドメイン３および４（
反復１３〜２４）を必要とする。陰イオン交換体はダイマーで存在するので、ア
ンキリンは、４つの陰イオン交換体を同時に結合する（Ｍｉｃｈａｅｌｙおよび
Ｂｅｎｎｅｔｔ、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９５）２７０（３７）：２２
０５０）。反復モチーフは、チューブリン、スペクトリン、および他の膜タンパ
ク質とのアンキリン相互作用に関与する（Ｌｕｘら，Ｎａｔｕｒｅ（１９９０）
３４４：３６）。
【０２７３】 Ｒｅｌ／ＮＦ−κＢ／Ｄｏｒｓａｌファミリーの転写因子は、Ｉ−κＢと呼ば
れる阻害タンパク質に関連した細胞質における隔離により制御される活性を有す
る（Ｇｉｌｍｏｒｅ，Ｃｅｌｌ（１９９０）６２：８４１；ＮｏｌａｎおよびＢ
ａｌｔｉｍｏｒｅ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｇｅｎｅｔ Ｄｅｖ．（１９９２）２
：２１１；Ｂａｅｕｅｒｌｅ，Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ（１
９９１）１０７２：６３；Ｓｃｈｍｉｔｚら，Ｔｒｅｎｄｓ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏ
ｌ．（１９９１）１：１３０）。Ｉ−κＢタンパク質は、５〜８コピーの３３ア
ミノ酸アンキリン反復を含み、そして特定のＮＦ−κＢ／ｒｅｌタンパク質はま
た、一連のアンキリン反復を含むｐ１０５ＮＦ−κＢを含むシス作用性アンキリ
ン反復含有ドメインにより調節される（ＤｉｅｈｌおよびＨａｎｎｉｎｋ，Ｊ．
Ｖｉｒｏｌ．（１９９３）６７（１２）：７１６１）。Ｉ−κＢおよびＣａｃｔ
ｕｓ（これもまたアンキリン反復を含む）は、Ｒｅｌ相同性ドメインとの差示的
な相互作用を介してアクチベーターを阻害する。この遺伝子ファミリーは、プロ
トオンコジーンを含み、従って、正常な遺伝子発現および細胞を癌性にする異常
な遺伝子発現の両方の制御におけるＩ−κＢに広範に関連する（Ｎｏｌａｎおよ
びＢａｌｔｉｍｏｒｅ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｇｅｎｅｔ Ｄｅｖ．（１９９２
）２（２）：２１１−２２０）。ｒｅｌ／ＮＦ−κＢおよびｐｐ４０／Ｉ−κＢ
の場合、アンキリン反復およびカルボキシ末端ドメインの両方は、ＤＮＡ結合活
性、およびｐｐ４０／Ｉ−κＢのｒｅｌ／ＮＦ−κＢタンパク質との直接的な会
合を阻害するために必要とされる。ｐｐ４０／Ｉ−κＢのアンキリン反復および
カルボキシ末端は、ｒｅｌ相同ドメインと会合してＤＮＡ結合活性を阻害する構
造を形成する（Ｉｎｏｕｅら，ＰＮＡＳ ＵＳＡ（１９９２）８９：４３３３）
。
【０２７４】 転写因子サブユニットＧＡＢＰのアミノ末端における４個のアンキリン反復は
、ＧＡＢＰサブユニットと相互作用して機能的な高親和性ＤＮＡ結合タンパク質
を形成するために必要とされる。これらの反復は、ＧＡＢＰがその標的配列に結
合される場合にＤＮＡに架橋され得る（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら，Ｓｃｉｅｎｃｅ（
１９９１）２５３：７６２；ＬａＭａｒｃｏら，Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９１）２
５３：７８９）。心肥大の開始に重要な役割を有する１２．５ｋＤａタンパク質
であるミオトロフィン（ｍｙｏｔｒｏｐｈｉｎ）は、アンキリン反復を含む。ア
ンキリン反復は、ヘアピン様突出チップ、それに続くヘリックスターンヘリック
スモチーフに特有である。反復のＶ型ヘリックスターンヘリックスは、順番に束
に積み重なり、そして緻密な疎水性コアにより安定化され、一方、突出チップは
それほど順番つけられていない。
【０２７５】 ｄ）真核生物のアスパルチルプロテアーゼ（ａｓｐ）。いくつかの確証配列、
および従って、配列番号１〜２５０２内の対応するそれらの配列は、新規な真核
生物のアスパルチルプロテアーゼをコードする配列に対応する。酸プロテアーゼ
として公知であるアスパルチルプロテアーゼ（ＥＣ３．４．２３．−）は、脊椎
動物、真菌、植物、レトロウイルスおよびいくつかの植物ウイルスに存在するこ
とが公知である、広範に分布したタンパク質分解酵素のファミリーである（Ｆｏ
ｌｔｍａｎｎ Ｂ．、Ｅｓｓａｙｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９８１）１７：５２
；Ｄａｖｉｅｓ Ｄ．Ｒ．、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．（
１９９０）１９：１８９；Ｒａｏ Ｊ．Ｋ．Ｍ．ら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ
（１９９１）３０：４６６３）。真核生物のアスパルチル（ａｓｐａｒｔａｔｅ
）プロテアーゼは、２つのドメインからなる単量体酵素である。各ドメインは、
触媒性アスパルチル残基の中心に活性部位を含む。この２つのドメインは、最も
おそらく、始原的なドメインをコードする祖先の遺伝子の複製から進化した。現
在公知である真核生物のアスパルチルプロテーゼは、以下を含む；１）脊椎動物
の胃のペプシンＡおよびＣ（ガストリクシンとしても公知である）；２）消化に
関与し、そしてチーズの製造に使用される、脊椎動物のキモシン（レンニン）；
３）脊椎動物のリソソームのカテプシンＤ（ＥＣ３．４．２３．５）およびＥ（
ＥＣ３．４．２３．３４）；４）血漿中でアンギオテンシノゲンからアンギジオ
テンシンＩを生成する機能である哺乳動物のレニン（ＥＣ３．４．２３．１５）
；５）アスペルギロペプシンＡ（ＥＣ３．４．２３．１８）、カンジダペプシン
（ＥＣ３．４．２３．２４）、ムコロペプシン（ｍｕｃｏｒｏｐｅｐｓｉｎ）（
ＥＣ３．４．２３．２３）（ｍｕｃｏｒレンニン）、エンドチアペプシン（ｅｎ
ｄｏｔｈｉａｐｅｐｓｉｎ）（ＥＣ３．４．２３．２２）、ポリポロペプシン（
ｐｏｒｙｐｏｒｏｐｅｐｓｉｎ）（ＥＣ．３．４．２３．２９）、およびリゾプ
スペプシン（ｒｈｉｚｏｐｕｓｐｅｐｓｉｎ）（ＥＣ．３．４．２３．２１）の
ような真菌のプロテアーゼ；ならびに６）酵母サッカロペプシン（ｓａｃｃｈａ
ｒｏｐｅｐｓｉｎ）（ＥＣ．３．４．２３．２５）（プロテイナーゼＡ）（遺伝
子ＰＥＰ４）。ＰＥＰ４は、液胞の加水分解酵素の翻訳後調節に関与する；７）
酵母バリアペプシン（ＥＣ．３．４．２３．３５）（遺伝子ＢＡＲ１）；α因子
を切断し、従って、交配フェロモンのアンタゴニストとして作用するプロテアー
ゼ；ならびに８）交配フェロモンを分解することかまたはプロセスすることに関
与する分裂酵母ｓｘａｌ。
【０２７６】 大部分のレトロウイルスおよびいくつかの植物ウイルス（例えば、ｂａｄｎａ
ｖｉｒｕｓ）は、約９５〜１２５アミノ酸鎖のホモ二量体であるアスパルチルプ
ロテアーゼをコードする。大部分のレトロウイルスにおいて、このプロテアーゼ
は、ウイルスの成熟プロセスの際に切断される、ポリタンパク質のセグメントと
してコードされる。それは、一般に、ｐｏｌポリタンパク質の部分であり、そし
てさらに例外的には、ｇａｇポリタンパク質の部分である。真核生物のアスパル
チルプロテアーゼの２つのアスパラギン酸の周囲およびウイルスプロテアーゼの
単一活性部位の周囲の配列が、保存されているので、単一指示（ｓｉｇｎａｔｕ
ｒｅ）パターンを使用し、プロテアーゼの両方の群のメンバーを同定し得る。こ
のコンセンサスパターンは、［ＬＩＶＭＦＧＡＣ］−［ＬＩＶＭＴＡＤＮ］−［
ＬＩＶＦＳＡ］−Ｄ−［ＳＴ］−Ｇ−［ＳＴＡＶ］−［ＳＴＡＰＤＥＮＱ］−ｘ
−［ＬＩＶＭＦＳＴＮＣ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＧＴＡ］であり、ここでＤは、活
性部位残基である。
【０２７７】 ｅ）種々の細胞活性と関連付けられるＡＴＰａｓｅ（ＡＴＰａｓｅ）。いくつ
かの確証配列、および従って、配列番号１〜２５０２内の対応するそれらの配列
は、「多様な細胞活性と関連付けられるＡＴＰａｓｅ」（ＡＡＡ）タンパク質フ
ァミリーの新規メンバーをコードする配列に対応する。ＡＡＡタンパク質ファミ
リーは、ＡＴＰ結合部位を含む約２２０アミノ酸の保存された領域を共有する多
数のＡＴＰａｓｅから構成される（Ｆｒｏｅｈｌｉｃｈら，Ｊ．Ｃｅｌｌ Ｂｉ
ｏｌ．（１９９１）１１４：４４３；Ｅｒｄｍａｎｎら Ｃｅｌｌ（１９９１）
６４：４９９；Ｐｅｔｅｒｓら，ＥＭＢＯ Ｊ．（１９９０）９：１７５７；Ｋ
ｕｎａｕら，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ（１９９３）７５：２０９−２２４；Ｃｏｎｆ
ａｌｏｎｉｅｒｉら，ＢｉｏＥｓｓａｙｓ（１９９５）１７：６３９；ｈｔｔｐ
：／／ｙｅａｍｏｂ．ｐｃｉ．ｃｈｅｍｉｅ．ｕｎｉ−ｔｕｅｂｉｎｇｅｎ．ｄ
ｅ／ＡＡＡ／Ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ．ｈｔｍｌ）。このファミリーに属するタ
ンパク質は、１個または２個のいずれかのＡＡＡドメインを含む。
【０２７８】 ２個のＡＡＡドメインを含有するタンパク質は以下を含む：１）小胞体とゴル
ジとの間、ならびに異なるゴルジ嚢間の細胞内輸送に関与する哺乳動物およびキ
イロショウジョウバエ属（ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）ＮＳＦ（Ｎ−エチルマレイミ
ド感受性融合タンパク質）および真菌ホモログであるＳＥＣ１８。；２）小胞体
からゴルジ装置への膜移動に関与する、哺乳動物移行小胞体ＡＴＰａｓｅ（以前
にｐ９７またはＶＣＰとして知られた）。このＡＴＰａｓｅは、６個のサブユニ
ットから構成される環状ホモオリゴマーを形成する。酵母ホモログであるＣＤＣ
４８は、紡錘極増殖に役割を果たす。；３）ペルオキシソームアセンブリに必須
の酵母タンパク質ＰＡＳ１およびＰｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ由来の関連タ
ンパク質ＰＡＳ１；４）酵母タンパク質ＡＦＧ２；５）光を細胞分裂に連結する
情報伝達経路の一部であり得る、Ｓｕｌｆｏｌｏｂｕｓ ａｃｉｄｏｃａｌｄａ
ｒｉｕｓタンパク質ＳＡＶおよびＨａｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓａｌｉｎａｒ
ｉｕｍ ｃｄｃＨ。
【０２７９】 単一のＡＡＡドメインを含有するタンパク質は、以下を含む：１）Ｅｓｃｈｅ
ｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉおよび他の細菌のｆｔｓＨ（またはｈｆｌＢ）タンパク
質。ＦｔｓＨは、熱ショックσ−３２因子を分解するＡＴＰ依存性ジンクメタロ
ペプチダーゼであり、そしてＡＡＡドメインおよびプロテアーゼドメインの両方
を含む大きな細胞質Ｃ末端ドメインを有する内在性膜タンパク質である；２）ミ
トコンドリア区画の統合性を維持するために重要なタンパク質である酵母タンパ
ク質ＹＭＥ１。ＹＭＥ１もまた、ジンク依存性プロテアーゼである；３）酵母タ
ンパク質ＡＦＧ３（またはＹＴＡ１０）。このタンパク質もまた、ＡＡＡドメイ
ン、続いてジンク依存性プロテアーゼドメインを含む；４）ユビキチン化タンパ
ク質のＡＴＰ依存性分解に関与する２６Ｓプロテアソーム（Ｈｉｌｔら，Ｔｒｅ
ｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９９６）２１：９６）の調節複合体由来
のサブユニット（このサブユニットは、以下を含む：ａ）哺乳動物４、ならびに
他の高等真核生物のホモログ、酵母のホモログ（遺伝子ＹＴＡ５）、および分裂
酵母のホモログ（遺伝子ｍｔｓ２）；ｂ）哺乳動物６（ＴＢＰ７）、ならびに他
の高等真核生物のホモログおよび酵母のホモログ（遺伝子ＹＴＡ２）；ｃ）哺乳
動物サブユニット７（ＭＳＳ１）、ならびに他の高等真核生物のホモログおよび
酵母のホモログ（遺伝子ＣＩＭ５またはＹＴＡ３）；ｄ）哺乳動物サブユニット
８（Ｐ４５）、ならびに他の高等真核生物のホモログおよび酵母のホモログ（Ｓ
ＵＧ１またはＣＩＭ３またはＴＢＹ１）および分裂酵母のホモログ（遺伝子ｌｅ
ｔ１）；ｅ）他の有望なサブユニットとしては、ヒトＴＢＰ１（これは、ウイル
スのｔａｔトランスアクチベータータンパク質と相互作用することによりＨＩＶ
遺伝子発現に影響を与える）、ならびに酵母ＹＴＡ１およびＹＴＡ６が挙げられ
る）；５）酵母タンパク質ＢＣＳ１（Ｒｉｅｓｋｅ鉄−硫黄タンパク質の発現に
必須のミトコンドリアタンパク質）；６）タンパク質のミトコンドリア内局在に
関与するタンパク質である、酵母タンパク質ＭＳＰ１；７）酵母タンパク質ＰＡ
Ｓ８ならびにＰｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ由来の対応するタンパク質ＰＡＳ
５およびＹａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ由来のＰＡＹ４；８）マウス
タンパク質ＳＫＤ１およびその分裂酵母ホモログ（ＳｐＡＣ２Ｇ１１．０６）；
９）線虫（Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ ｅｌｅｇａｎｓ）減数分裂紡錘形成
タンパク質ｍｅｉ−１；１０）酵母タンパク質ＳＡＰ１；１１）酵母タンパク質
ＹＴＡ７；ならびに１２）Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ仮想タン
パク質（ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ ｐｒｏｔｅｉｎ）Ａ２１２６Ａ。
【０２８０】 一般に、これらのタンパク質におけるＡＡＡドメインは、ＡＴＰ依存性タンパ
ク質クランプとして作用する（Ｃｏｎｆａｌｏｎｉｅｒｉら（１９９５）Ｂｉｏ
Ｅｓｓａｙｓ １７：６３９）。このドメインのＮ末端側半分に位置するＡＴＰ
結合「Ａ」および「Ｂ」モチーフに加えて、非常に保存された領域が、特徴パタ
ーンの開発に用いられたドメインの中心部分に位置する。コンセンサスパターン
は、［ＬＩＶＭＴ］−ｘ−［ＬＩＶＭＴ］−［ＬＩＶＭＦ］−ｘ−［ＧＡＴＭＣ
］−［ＳＴ］−［ＮＳ］−ｘ（４）−［ＬＩＶＭ］−Ｄ−ｘ−Ａ−［ＬＩＦＡ］
−ｘ−Ｒである。
【０２８１】 ｆ）Ｂｃｌ−２ファミリー（Ｂｃｌ−２）。配列番号３４０４、および従って
、それと確認される対応する配列は、Ｂｃｌ−２ファミリーのアポトーシス調節
タンパク質をコードするポリヌクレオチドを表す。活性な細胞自殺（アポトーシ
ス）は、増殖因子の撤退のような事象、および毒素により誘導される。それは、
調節因子により制御され、その調節因子は、プログラムされた細胞死に対する阻
害効果（抗アポトーシス性）を有するか、またはインヒビターの防御効果をブロ
ックする（プロアポトーシス性）かのいずれかである（Ｖａｕｘ，１９９３，Ｃ
ｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．３：８７７−８７８、およびＷｈｉｔｅ、１９９６、Ｇｅｎ
ｅｓ Ｄｅｖ．１０：２８５９−２８６９）。多くのウイルスは、それら自身が
抗アポトーシス遺伝子をコードすることにより、防御的なアポトーシスを無効に
する方法を見出し、それらの標的細胞が早熟期に死ぬことを防いでいる。
【０２８２】 Ｂｃｌ−２ファミリー（Ｒｅｅｄら、１９９６、Ａｄｖ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂ
ｉｏｌ．４０６：９９−１１２）に属する全てのタンパク質は、ＢＨ１、ＢＨ２
、ＢＨ３、またはＢＨ４ドメインのいずれかを有する。全ての抗アポトーシスタ
ンパク質は、ＢＨ１およびＢＨ２ドメインを有し；それらのいくらかは、さらに
、Ｂｃｌ−ｘ（Ｓ）を除く、プロアポトーシスタンパク質に決して見られない、
Ｎ末端ＢＨ４ドメイン（Ｂｃｌ−２、Ｂｃｌ−ｘ（Ｌ）、Ｂｃｌ−ｗ）を有する
。一方、全てのプロアポトーシスタンパク質は、Ｂｃｌ−２ファミリーの他のタ
ンパク質のダイマー化に必要で、かつそれらの殺傷活性に重要なＢＨ３ドメイン
（Ｂａｄを除く）を有し；それらのいくつかはまた、ＢＨ１およびＢＨ２ドメイ
ン（Ｂａｘ、Ｂａｋ）を有する。ＢＨ３ドメインはまた、Ｂｃｌ−２またはＢｃ
ｌ−ｘ（Ｌ）のような、いくつかの抗アポトーシスタンパク質に存在している。
これらのドメインを有することが公知のタンパク質を、以下に列挙する。
【０２８３】 １．脊椎動物タンパク質Ｂｃｌ−２．Ｂｃｌ−２は、アポトーシスをブロック
する；それは、必要とされる増殖因子の非存在下および細胞死を誘導する種々の
刺激の存在下でも、造血細胞の生存を引き延ばす。ｂｃｌ−２の２つのアイソフ
ォーム（αおよびβ）は、選択的スプライシングにより生成される。Ｂｃｌ−２
は、広範な組織において、発生中の種々の時期に発現される。それはＢａｘタン
パク質とヘテロダイマーを形成する。
【０２８４】 ２．脊椎動物タンパク質Ｂｃｌ−ｘ。Ｂｃｌ−ｘの２つのアイソフォーム（Ｂ
ｃｌ−ｘ（Ｌ）およびＢｃｌ−ｘ（Ｓ））は、選択的スプライシングにより生成
される。より長い産物は（Ｂｃｌ−ｘ（Ｌ））、増殖因子依存性の細胞株をアポ
トーシスから防御し得るが、より短い形態は、Ｂｃｌ−２およびＢｃｌ−ｘ（Ｌ
）の防御効果をブロックし、そして抗−抗アポトーシスタンパク質として作用す
る。
【０２８５】 ３．哺乳動物タンパク質Ｂａｘ。Ｂａｘは、それがヘテロダイマーを形成する
Ｂｃｌ−２の抗アポトーシス能力をブロックする。ＢａｘがＢｃｌ−２の非存在
下で任意の活性を有するという証拠は全くない。ｂａｘの３つのアイソフォーム
（α、β、およびγ）は、選択的スプライシングにより生成される。
【０２８６】 ４．細胞死を促進し、そしてＢｃｌ−２により提供されるアポトーシスからの
防御を相殺する、哺乳動物タンパク質Ｂａｋ。
【０２８７】 ５．細胞生存を促進する、哺乳動物タンパク質Ｂｃｌ−ｗ。
【０２８８】 ６．細胞死を促進し、そしてＢｃｌ−ｘ（Ｌ）により提供されるアポトーシス
からの防御を相殺するが、Ｂｃｌ−２のそれを相殺しない、哺乳動物タンパク質
ｂａｄ。
【０２８９】 ７．細胞死を促進するが、Ｂｃｌ−２により提供されるアポトーシスからの防
御を相殺し得ない、ヒトタンパク質Ｂｉｋ。
【０２９０】 ８．カスパーゼおよびアポトーシスを誘導し、そしてＢｃｌ−２により提供さ
れるアポトーシスからの防御を相殺する、マウスタンパク質Ｂｉｄ。
【０２９１】 ９．ヒト誘導性骨髄性白血病細胞分化タンパク質ＭＣＬ１。ＭＣＬ１は、おそ
らく、分化をプログラムすること、および生存能力（増殖ではない）を同時に維
持することに関与する。その発現は、骨髄性白血病細胞株ＭＬ−１において、早
期のホルボールエステル誘導性分化を増加する。
【０２９２】 １０．マウス造血特異的初期応答タンパク質Ａ１。
【０２９３】 １１．哺乳動物のアポトーシスの活性化因子ハラキリ（Ｈａｒａｋｉｒｉ）（
Ｉｎｏｈａｒａら、１９９７、ＥＭＢＯ Ｊ．１６：１６８６−１６９４）（ま
たニューロン死タンパク質Ｄｐ５としても公知である）。これは、アポトーシス
を活性化する９２残基の小さいタンパク質である。これは、ＢＨ３ドメインを有
するが、ＢＨ１、ＢＨ２、またはＢＨ４ドメインを有さない。
【０２９４】 以下のコンセンサスパターンは、４つのＢＨドメインについて発達した。
【０２９５】 １）［ＬＶＭＥ］−［ＦＴ］−ｘ−［ＧＳＤ］−［ＧＬ］−ｘ（１，２）−［
ＮＳ］−［ＹＷ］−Ｇ−Ｒ−［ＬＩＶ］−［ＬＩＶＣ］−［ＧＡＴ］−［ＬＩＶ
ＭＦ］（２）−ｘ−Ｆ−［ＧＳＡＥ］−［ＧＳＡＲＹ］ ２）Ｗ−［ＬＩＭ］−ｘ（３）−［ＧＲ］−Ｇ−［ＷＱ］−［ＤＥＮＳＡＶ］
−ｘ−［ＦＬＧＡ］−［ＬＩＶＦＴＣ］ ３）［ＬＩＶＡＴ］−ｘ（３）−Ｌ−［ＫＡＲＱ］−ｘ−［ＩＶＡＬ］−Ｇ−
Ｄ−［ＤＥＳＧ］−［ＬＩＭＦＶ］−［ＤＥＮＳＨＱ］−［ＬＶＳＨＲＱ］−［
ＮＳＲ］ ４）［ＤＳ］−［ＮＴ］−Ｒ−［ＡＥ］−［ＬＩ］−Ｖ−ｘ−［ＫＤ］−［Ｆ
Ｙ］−［ＬＩＶ］−［ＧＨＳ］−Ｙ−Ｋ−Ｌ−［ＳＲ］−Ｑ−［ＲＫ］−Ｇ−［
ＨＹ］−ｘ−［ＣＷ］。
【０２９６】 ｇ）ブロモドメイン（ブロモドメイン）。配列番号４０３６および４４８９、
ならびに従って、それらが確認される対応する配列は、以下のタンパク質に見出
される約７０アミノ酸の保存された領域であるブロモドメイン領域（Ｈａｙｎｅ
ｓら，１９９２，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２０：２６９３−２６
０３，Ｔａｍｋｕｎら，１９９２，Ｃｅｌｌ ６８：５６１−５７２，およびＴ
ａｍｋｕｎ，１９９５，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．Ｄｅｖ．５：４７３
−４７７）を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを表す：１）高
等真核生物転写開始因子ＴＦＩＩＤ ２５０ Ｋｄサブユニット（ＴＢＰ関連因
子ｐ２５０）（遺伝子ＣＣＧ１）；Ｐ２５０は、ＴＦＩＩＤ ＴＡＴＡボックス
結合タンパク質と会合し、そして細胞周期のＧ１期の進行に必須なようである。
２）ＭＨＣクラスＩＩ遺伝子座にコードされる機能不明のタンパク質である、ヒ
トＲＩＮＧ３；３）リン酸化されたＣＲＥＢタンパク質に特異的に結合すること
によりｃＡＭＰ遺伝子調節を媒介する、哺乳動物ＣＲＥＢ結合タンパク質（ＣＢ
Ｐ）；４）ｂｒａｈｍａの哺乳動物ホモログ（３つのｂｒａｈｍａ様ヒト（ＳＮ
Ｆ２ａ（ｈＢＲＭ）、ＳＮＦ２ｂ、およびＢＲＧ１）を含む）；５）アデノウイ
ルスＥ１Ａに結合し、Ｅ１Ａのトランス活性化を阻害するタンパク質、ヒトＢＳ
６９；６）ヒトｐｅｒｅｇｒｉｎ（またはＢｒ１４０）。
【０２９７】 ブロモドメインは、タンパク質間相互作用に関与すると考えられ、そして転写
活性化に関与する多成分複合体のアセンブリまたは活性に重要であり得る。ブロ
モドメインの主要部分にまたがるコンセンサスパターンは、［ＳＴＡＮＶＦ］−
ｘ（２）−Ｆ−ｘ（４）−［ＤＮＳ］−ｘ（５，７）−［ＤＥＮＱＴＦ］−Ｙ−
［ＨＦＹ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＦＹ］−ｘ（３）−［ＬＩＶＭ］−ｘ（４）
−［ＬＩＶＭ］−ｘ（６，８）−Ｙ−ｘ（１２，１３）−［ＬＩＶＭ］−ｘ（２
）−Ｎ−［ＳＡＣＦ］−ｘ（２）−［ＦＹ］である。
【０２９８】 ｈ）塩基性領域およびロイシンジッパー転写因子（ＢＺＩＰ）。配列番号３４
０８、２９５１、および４８５０、ならびにこれらの配列が確認されるその対応
する配列は、塩基性領域およびロイシンジッパー転写因子のファミリーの新規メ
ンバーをコードするポリヌクレオチドを表す。真核生物ＤＮＡ結合転写因子のｂ
ＺＩＰスーパーファミリー（Ｈｕｒｓｔ，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｒｏｆ．（１９９
５）２：１０５；およびＥｌｌｅｎｂｅｒｇｅｒ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒ
ｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９４）４：１２）は、配列特異的ＤＮＡ結合を媒介す
る塩基性領域、続いてダイマー化に必要とされるロイシンジッパーを含有するタ
ンパク質を包含する。このファミリーのメンバーは、ＳＶ４０およびメタロチオ
ネインＩＩＡのシス調節領域におけるエンハンサーエレメントに選択的に結合す
る転写因子ＡＰ−１を含む。ｃ−ｊｕｎとしても公知のＡＰ−１は、トリ肉腫ウ
イルス１７（ＡＳＶ１７）オンコジーンｖ−ｊｕｎの細胞ホモログである。この
タンパク質ファミリーの他のメンバーは、ｊｕｎ−Ｂおよびｊｕｎ−Ｄ（ｊｕｎ
／ＡＰ−１に非常に類似する有望な転写因子）；ｆｏｓタンパク質（ｃ−ｊｕｎ
と非共有結合ダイマーを形成するプロトオンコジーン）；ｆｏｓ関連タンパク質
ｆｒａ−１、およびｆｏｓＢ；ならびに哺乳動物ｃＡＭＰ応答エレメント（ＣＲ
Ｅ）結合タンパク質ＣＲＥＢ、ＣＲＥＭ、ＡＴＦ−１、ＡＴＦ−３、ＡＴＦ−４
、ＡＴＦ−５、ＡＴＦ−６、およびＬＲＦ−１を含む。このタンパク質ファミリ
ーについてのコンセンサスパターンは、［ＫＲ］−ｘ（１，３）−［ＲＫＳＡＱ
］−Ｎ−ｘ（２）−［ＳＡＱ］（２）−ｘ−［ＲＫＴＡＥＮＱ］−ｘ−Ｒ−ｘ−
［ＲＫ］である。
【０２９９】 ｉ）サイクリン（サイクリン）。配列番号３６１８、３８９５、および４５３
６、ならびにこれらの配列が確認されるその対応する配列は、サイクリン、なら
びにその対応する全長ヌクレオチドを示す、配列番号５５および５６をコードす
るポリヌクレオチドをそれぞれ表す。配列番号５７および５８は、配列番号５５
および５６の翻訳産物をそれぞれ示す。サイクリン（Ｎｕｒｓｅ、１９９０、Ｎ
ａｔｕｒｅ ３４４：５０３−５０８；Ｎｏｒｂｕｒｙら、１９９１、Ｃｕｒｒ
．Ｂｉｏｌ．１：２３−２４；およびＬｅｗら、１９９２、Ｔｒｅｎｄｓ Ｃｅ
ｌｌ Ｂｉｏｌ．２：７７−８１）は、核細胞分裂周期の制御において活性な役
割を果す真核生物タンパク質である。２つの主要なサイクリンのグループが存在
する。Ｇ２／Ｍサイクリンは、Ｇ２／Ｍ（有糸分裂）移行での細胞周期の制御に
必須である。Ｇ２／Ｍサイクリンは、Ｇ２期に安定的に蓄積され、有糸分裂から
の細胞が出現するとき（Ｍ期の最後に）急激に破壊される。Ｇ１／Ｓサイクリン
は、Ｇ１／Ｓ（開始）移行での細胞周期の制御に必須である。
【０３００】 サイクリン配列の中心部分において最もよく保存されている領域は、「サイク
リンボックス」として知られ、そこから３２残基のコンセンサスパターンが導き
出される：Ｒ−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＳＡ］−ｘ（２）−［ＦＹＷＳ］−［ＬＩ
ＶＭ］−ｘ（８）−［ＬＩＶＭＦＣ］−ｘ（４）−［ＬＩＶＭＦＹＡ］−ｘ（２
）−［ＳＴＡＧＣ］−［ＬＩＶＭＦＹＱ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹＣ］−［ＬＩＶ
ＭＦＹ］−Ｄ−［ＲＫＨ］−［ＬＩＶＭＦＹＷ］。
【０３０１】 ｊ）真核生物チオール（システイン）プロテアーゼ活性部位（Ｃｙｓ−プロテ
アーゼ）。配列番号３３４４、３６８４、３６８８、および４８０１、ならびに
、従ってこれらが有効にする配列もまた、真核生物チオール（システイン）プロ
テアーゼ活性部位を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを示す。真
核生物チオールプロテアーゼ（Ｄｕｆｏｕｒ Ｅ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ（１９
８８）７０：１３３５）は、活性部位のシステインを含むタンパク質分解酵素の
ファミリーである。触媒作用は、チオエステル中間体を通して進行し、そして隣
接するヒスチジン側鎖によって容易にされる；アスパラギンは、必須の触媒的３
要素を完全にする。このファミリーに属するプロテアーゼは、１）脊椎動物リソ
ソームカテプシンＢ（Ｋｉｒｓｃｈｋｅ Ｈ．ら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｒｏｆ．
（１９９５）２：１５８７−１６４３）；２）脊椎動物リソソームジペプチジル
ペプチダーゼＩ（カテプシンＣとしても知られる）（Ｋｉｒｓｃｈｋｅ Ｈ．ら
、前出）；３）脊椎動物カルパイン（カルパインは、Ｎ−末端触媒ドメインおよ
びＣ−末端カルシウム結合ドメインの両方を含む、細胞内カルシウム活性化チオ
ールプロテアーゼである）；４）哺乳動物カテプシンＫ、これは、破骨の骨再吸
収に関与するらしい（Ｓｈｉ Ｇ．−Ｐ．ら、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．（１９９５
）３５７：１２９）；５）ヒトカテプシンＯ（［４］Ｖｅｌａｓｃｏ Ｇ．，Ｆ
ｅｒｒａｎｄｏ Ａ．Ａ．，Ｐｕｅｎｔｅ Ｘ．Ｓ．，Ｓａｎｃｈｅｚ Ｌ．Ｍ
．，Ｌｏｐｅｚ−Ｏｔｉｎ Ｃ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９４）２６９
：２７１３６）；６）ブレオマイシンヒドロラーゼ（抗腫瘍薬剤ＢＬＭ（糖ペプ
チド）の不活性化を触媒する）；７）植物酵素、例えば、オオムギアロイレイン
（ａｌｅｕｒａｉｎ）、ＥＰ−Ｂ１／Ｂ４；インゲンマメＥＰ−Ｃ１、シマツル
アズキＳＨ−ＥＰ；キーウィフルーツアクチニジン；パパイヤラテックスパパイ
ン（ｐａｐｉｎ）、キモパパイン、カリカイン（ｃａｒｉｃａｉｎ）、およびプ
ロテイナーゼＩＶ；エンドウ膨圧反応性タンパク質１５Ａ；パイナップル茎ブロ
メライン（ｂｒｏｍｅｌａｉｎ）；セイヨウアブラナＣＯＴ４４；イネオリザイ
ン（ｏｒｙｚａｉｎ）α、β、およびγ；トマト低温誘導性、Ａｒａｂｉｄｏｐ
ｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎａ Ａ４９４、ＲＤ１９Ａ、およびＲＤ２１Ａ；８）ハ
ウスダストダニアレルゲンＤｅｒＰ１およびＥｕｒＭ１；９）虫Ｃａｅｎｏｒｈ
ａｂｄｉｔｉｓ ｅｌｅｇａｎｓ（ｇｃｐ−１遺伝子、ｃｐｒ−３遺伝子、ｃｐ
ｒ−４遺伝子、ｃｐｒ−５遺伝子、およびｃｐｒ−６遺伝子）、Ｓｃｈｉｓｔｏ
ｓｏｍａ ｍａｎｓｏｎｉ（ＳＭ３１抗原）およびＪａｐｏｎｉｃａ（ＳＪ３１
抗原）、Ｈａｅｍｏｎｃｈｕｓ ｃｏｎｔｏｒｔｕｓ（ＡＣ−１遺伝子およびＡ
Ｃ−２遺伝子）、ならびにＯｓｔｅｒｔａｇｉａ ｏｓｔｅｒｔａｇｉ（ＣＰ−
１およびＣＰ−３）由来のカテプシンＢ様プロテイナーゼ；１０）粘菌システイ
ンプロテイナーゼＣＰ１およびＣＰ２；１１）Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｃｒｕ
ｚｉおよびｂｒｕｃｅｉ由来のクルジパイン（ｃｒｕｚｉｐａｉｎ）；１２）種
々のＰｌａｓｍｏｄｉｕｍ種由来のｔｈｒｏｐｈｏｚｏｉｔｅシステインプロテ
イナーゼ（ＴＣＰ）；１３）Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ ｍｅｘｉｃａｎａ、Ｔｈｅ
ｉｌｅｒｉａ ａｎｎｕｌａｔａ およびＴｈｅｉｌｅｒｉａ ｐａｒｖａ由来
のプロテアーゼ；１４）バキュロウイルスカテプシン様酵素（ｖ−ｃａｔｈ）；
１５）Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ小視葉タンパク質（ｓｏｌ遺伝子）、カルパイン様
ドメインを含む神経細胞タンパク質；１６）酵母チオールプロテアーゼＢＬＨ１
／ＹＣＰ１／ＬＡＰ３；１７）Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ ｅｌｅｇａｎｓ
の仮定タンパク質Ｃ０６Ｇ４．２（カルパイン様タンパク質）である。
【０３０２】 さらに、２つの細菌のペプチダーゼもまた、このファミリーの一部である：１
）Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ由来のアミノペプチダーゼＣ（ｐｅｐ
Ｃ遺伝子）（Ｃｈａｐｏｔ−Ｃｈａｒｔｉｅｒ Ｍ．Ｐ．ら、Ａｐｐｌ．Ｅｎｖ
ｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９３）５９：３３０）；および２）Ｐｏ
ｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ由来のチオールプロテアーゼｔ
ｐｒ。３つの他のタンパク質が、構造的にこのファミリーに関連するが、それら
のタンパク質分解活性を失ったのかもしれない。これらには、１）ダイズ油ボデ
ィータンパク質Ｐ３４（これは、その活性部位のシステインがグリシンに置換さ
れている）；２）ラットテスチン（ｔｅｓｔｉｎ）（これは、カテプシンＬに高
度に類似したセルトーリ細胞分泌タンパク質であるが、活性部位のシステインが
セリンに置換されている）；および３）Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｆａｌｃｉｐａ
ｒｕｍセリン反復タンパク質（ＳＥＲＡ）（これは、主要な血液段階の抗原であ
り、そしてＣ末端チオールプロテアーゼ様ドメイン（Ｈｉｇｇｉｎｓ Ｄ．Ｇ．
ら、Ｎａｔｕｒｅ（１９８９）３４０：６０４）を有し、活性部位のシステイン
がセリンで置換されている）が含まれる。
【０３０３】 ３つの活性部位残基の周辺の配列はよく保存されており、そして特性パターン
として使用され得る： コンセンサスパターン＃１：Ｑ−ｘ（３）−［ＧＥ］−ｘ−Ｃ−［ＹＷ］−ｘ
（２）−［ＳＴＡＧＣ］−［ＳＴＡＧＣＶ］（ここでＣが活性部位残基である） コンセンサスパターン＃２：［ＬＩＶＭＧＳＴＡＮ］−ｘ−Ｈ−［ＧＳＡＣＥ
］−［ＬＩＶＭ］−ｘ−［ＬＩＶＭＡＴ］（２）−Ｇ−ｘ−［ＧＳＡＤＮＨ］（
ここでＨが活性部位残基である）； コンセンサスパターン＃３：［ＦＹＣＨ］−［ＷＩ］−［ＬＩＶＴ］−ｘ−［
ＫＲＱＡＧ］−Ｎ−［ＳＴ］−Ｗ−ｘ（３）−［ＦＹＷ］−Ｇ−ｘ（２）−Ｇ−
［ＬＦＹＷ］−［ＬＩＶＭＦＹＧ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦ］（ここでＮが活性部位
残基である）。
【０３０４】 ｋ）ホルボールエステル／ジアシルグリセロール結合（ＤＡＧ＿ＰＥ＿結合）
。配列番号４６５９、および、従ってこれらが有効にする配列は、ホルボールエ
ステル／ジアシルグリセロール結合タンパク質を含むファミリーに属するタンパ
ク質をコードするポリヌクレオチドを表す。ジアシルグリセロール（ＤＡＧ）は
、重要なセカンドメッセンジャーである。ホルボールエスエル（ＰＥ）は、ＤＡ
Ｇのアナログであり、そして細胞および組織の両方に投与される場合、種々の生
理的な変化を生じる強力な腫瘍プロモーターである。ＤＡＧは、プロテインキナ
ーゼＣ（ＰＫＣ）として集団的に公知である、セリン／トレオニンプロテインキ
ナーゼのファミリーを活性化する（Ａｚｚｉら，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．
（１９９２）２０８：５４７）。ホルボールエステルは、直接的にＰＫＣを刺激
し得る。Ｃ１として公知である、ＰＫＣのＮ末端領域は、リン脂質依存性および
亜鉛依存性の様式で、ＰＥおよびＤＡＧに結合することが示されている（Ｏｎｏ
ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８９）８６：４８６
８）。このＣ１領域は、約５０アミノ酸残基長のシステインに富んだドメインの
１つまたは２つのコピー（ＰＫＣのアイソザイムに依存する）を含み、そしてＤ
ＡＧ／ＰＥ結合に必須である。このようなドメインはまた、例えば、以下のタン
パク質に見出されている。
【０３０５】 （１）ＤＡＧをホスファチジン酸に変換する酵素であるジアシルグリセロール
キナーゼ（ＥＣ２．７．１．１０７）（ＤＧＫ）（Ｓａｋａｎｅら，Ｎａｔｕｒ
ｅ（１９９０）３４４：３４５）。これは、そのＮ末端節において２コピーのＤ
ＡＧ／ＰＥ結合ドメインを含む。少なくとも５つの異なる型のＤＧＫが、哺乳動
物において公知である；ならびに （２）脳特異的タンパク質である、Ｎ−キマエリン（ｃｈｉｍａｅｒｉｎ）は
、そのＣ末端部分において、ＢＣＲタンパク質と配列類似性を示し、そしてその
Ｎ末端部分において単一コピーのＤＡＧ／ＰＥ結合ドメインを含む。それは、ホ
ルボールエステルに結合し得ることが示されている（Ａｈｍｅｄら、Ｂｉｏｃｈ
ｅｍ．Ｊ．（１９９０）２７２：７６７、およびＡｈｍｅｄら、Ｂｉｏｃｈｅｍ
．Ｊ．（１９９１）２８０：２３３）。
【０３０６】 このＤＡＧ／ＰＥ結合ドメインは、２つの亜鉛イオンを結合する；これらの金
属イオンに対するリガンドは、おそらく、このドメインにおいて保存される６つ
のシステインおよび２つのヒスチジンである。この特性パターンは、このＤＡＧ
／ＰＥドメインに完全にまたがっている。このコンセンサスパターンは、Ｈ−ｘ
−［ＬＩＶＭＦＹＷ］−ｘ（８，１１）−Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−ｘ（３）−［ＬＩ
ＶＭＦＣ］−ｘ（５，１０）−Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−ｘ（４）−［ＨＤ］−ｘ（２
）−Ｃ−ｘ（５，９）−Ｃである。全てのＣおよびＨは、結合亜鉛におそらく関
与する。
【０３０７】 ｌ）ＤＥＡＤおよびＤＥＡＨボックスファミリーＡＴＰ−依存性ヘリカーゼの
特性（Ｄｅａｄボックスヘリック）。配列番号４８２１および５０８３、ならび
に従ってこれらが有効にする配列は、ＤＥＡＤボックスファミリーの新規なメン
バーをコードするポリヌクレオチドを表す。多くの真核生物および原核生物タン
パク質が、それらの構造的な類似性に基づいて特徴付けられている（Ｓｃｈｍｉ
ｄ Ｓ．Ｒ．ら、Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９２）６：２８３；Ｌｉ
ｎｄｅｒ Ｐ．ら、Ｎａｔｕｒｅ（１９８９）３３７：１２１；Ｗａｓｓａｒｍ
ａｎ Ｄ．Ａ．ら、Ｎａｔｕｒｅ（１９９１）３４９：４６３）。すべてがＡＴ
Ｐ依存性に核酸をほどくことに関与している。このファミリーに属することが現
在知られているタンパク質は： １）開始因子ｅＩＦ−４Ａ。真核生物に見い出され、このタンパク質は、５’
キャップ認識およびｍＲＮＡのリボソームへの結合に関与する、高分子量複合体
のサブユニットである。これは、ＡＴＰ依存性ＲＮＡヘリカーゼである。
【０３０８】 ２）ＰＲＰ５およびＰＲＰ２８。酵母のこれらのタンパク質は、プレｍＲＮＡ
スプライシングプロセスの種々のＡＴＰ要求性の段階に関与する。
【０３０９】 ３）Ｐ１１０、精子形成の間に特異的に発現されるマウスのタンパク質。
【０３１０】 ４）Ａｎ３、Ｐ１１０に密接に関連するＸｅｎｏｐｕｓの推定ＲＮＡヘリカー
ゼ。
【０３１１】 ５）ＳＰＰ８１／ＤＥＤ１およびＤＢＰ１、プレｍＲＮＡスプライシングに関
与し、かつＰ１１０に関連する２つの酵母タンパク質。
【０３１２】 ６）Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ ｅｌｅｇａｎｓヘリカーゼｇｌｈ−１。
【０３１３】 ７）ＭＳＳ１１６、ミトコンドリアスプライシングに必要な酵母タンパク質。
【０３１４】 ８）ＳＰＢ４、２５ＳリボソームＲＮＡの成熟に関与する酵母タンパク質。
【０３１５】 ９）ｐ６８、ヒト核抗原。ｐ６８は、インビトロでＡＴＰａｓｅ活性およびＤ
ＮＡヘリカーゼ活性を有する。これは、細胞増殖および細胞分裂に関与する。
【０３１６】 １０）Ｒｍ６２（ｐ６２）、ｐ６８に関連するＤｒｏｓｏｐｈｉｌａ推定ＲＮ
Ａヘリカーゼ。
【０３１７】 １１）ＤＢＰ２、ｐ６８に関連する酵母タンパク質。
【０３１８】 １２）ＤＨＨ１、酵母タンパク質。
【０３１９】 １３）ＤＲＳ１、リボソームアセンブリに関与する酵母タンパク質。
【０３２０】 １４）ＭＡＫ５、ｄｓＲＮＡキラープラスミドの維持に関与する酵母タンパク
質。
【０３２１】 １５）ＲＯＫ１、酵母タンパク質。
【０３２２】 １６）ｓｔｅ１３、分裂酵母タンパク質。
【０３２３】 １７）Ｖａｓａ、卵母細胞形成および胚の尾側構造の特定化に重要なＤｒｏｓ
ｏｐｈｉｌａタンパク質。
【０３２４】 １８）Ｍｅ３１Ｂ、母性的に発現される機能が未知のＤｒｏｓｏｐｈｉｌａタ
ンパク質。
【０３２５】 １９）ｄｂｐＡ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ推定ＲＮＡヘリカーゼ。
【０３２６】 ２０）ｄｅａＤ、リボソームタンパク質Ｓ２についてのｒｐｓＢ遺伝子におけ
る変異を抑制し得る、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ推定ＲＮＡヘリカーゼ
。
【０３２７】 ２１）ｒｈｌＢ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ推定ＲＮＡヘリカーゼ。
【０３２８】 ２２）ｒｈｌＥ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ推定ＲＮＡヘリカーゼ。
【０３２９】 ２３）ｒｒｎＢ、２３ＳリボソームＲＮＡと相互作用する、ＲＮＡ依存性ＡＴ
Ｐａｓｅ活性を示すＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉタンパク質。
【０３３０】 ２４）Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ ｅｌｅｇａｎｓ仮定タンパク質Ｔ２６
Ｇ１０．１、ＺＫ５１２．２、およびＺＫ６８６．２。
【０３３１】 ２５）酵母仮定タンパク質ＹＨＲ０６５ｃ。
【０３３２】 ２６）酵母仮定タンパク質ＹＨＲ１６９ｗ。
【０３３３】 ２７）分裂酵母仮定タンパク質ＳｐＡＣ３１Ａ２．０７ｃ。
【０３３４】 ２８）Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ仮定タンパク質ｙｘｉＮ。
【０３３５】 上記のタンパク質のすべては、多くの保存された配列モチーフを共有する。そ
れらのいくつかは、このファミリーに特異的であり、一方、他のモチーフは他の
ＡＴＰ結合タンパク質によって共有されるか、またはヘリカーゼ「スーパーファ
ミリー」に属するタンパク質によって共有される（Ｈｏｄｇｍａｎ Ｔ．Ｃ．、
Ｎａｔｕｒｅ（１９８８）３３３：２２およびＮａｔｕｒｅ（１９８８）３３３
：５７８（Ｅｒｒａｔａ）；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｗｗ
ｗ／ｌｉｎｄｅｒ／ＨＥＬＡＣＡＳＥＳ＿ＴＥＸＴ．ｈｔｍｌ）。これらのモチ
ーフの１つは、「Ｄ−Ｅ−Ａ−Ｄ−ボックス」と呼ばれており、ＡＴＰ結合タン
パク質のＢモチーフの特別なバージョンを示す。いくつかの他のタンパク質は、
第２のＡｓｐの代わりにＨｉｓを有するサブファミリーに属し、従って「Ｄ−Ｅ
−Ａ−Ｈ−ボックス」タンパク質といわれる（Ｗａｓｓａｒｍａｎ Ｄ．Ａ．ら
、Ｎａｔｕｒｅ（１９９１）３４９：４６３；Ｈａｒｏｓｈ Ｉ．ら、Ｎｕｃｌ
ｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９１）１９：６３３１；Ｋｏｏｎｉｎ Ｅ
．Ｖ．ら、Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９２）７３：９８９；ｈｔｔｐ：／
／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｗｗｗ／ｌｉｎｄｅｒ／ＨＥＬＡＣＡＳＥＳ＿
ＴＥＸＴ．ｈｔｍｌ）。このＤＥＡＨサブファミリーに属することが現在知られ
ているタンパク質は： １）ＰＲＰ２、ＰＲＰ１６、ＰＲＰ２２およびＰＲＰ４３。これらの酵母タン
パク質は、すべてプレｍＲＮＡスプライシングプロセスの種々のＡＴＰ要求性段
階に関与する。２）分裂酵母ｐｒｈ１、これはプレｍＲＮＡスプライシングに関
与し得る。３）Ｍａｌｅ−ｌｅｓｓ（ｍｌｅ）、Ｘ染色体連鎖遺伝子の遺伝子量
補償のために、雄性に必要なＤｒｏｓｏｐｈｉｌａタンパク質。４）酵母由来の
ＲＡＤ３。ＲＡＤ３は、ＵＶ光、かさばった付加物、または架橋剤によって損傷
を受けたＤＮＡの除去修復に関与するＤＮＡヘリカーゼである。分裂酵母ｒａｄ
１５（ｒｈｐ３）および哺乳動物ＤＮＡ除去修復タンパク質ＸＰＤ（ＥＲＣＣ−
２）は、ＲＡＤ３のホモログである。５）酵母ＣＨＬ１（またはＣＴＦ１）、こ
れは、染色体伝達、およびＧ（２）／Ｍ期における正常な細胞周期の進行に重要
である。６）酵母ＴＰＳ１。７）酵母仮定タンパク質ＹＫ０７８ｗ。８）Ｃａｅ
ｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ ｅｌｅｇａｎｓ仮定タンパク質Ｃ０６Ｅ１．１０およ
びＫ０３Ｈ１．２。９）ポックスウイルス初期転写因子７０Ｋｄサブユニット。
これは、初期遺伝子プロモーターからの転写を開始するためにＲＮＡポリメラー
ゼと作用する。１０）Ｉ８、推定ワクシニアウイルスヘリカーゼ。１１）ｈｒｐ
Ａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ推定ＲＮＡヘリカーゼ。
【０３３６】 以下の特性パターンを使用して、両方のサブファミリーのメンバーを同定する
： コンセンサスパターン：［ＬＩＶＭＦ］（２）−Ｄ−Ｅ−Ａ−Ｄ−［ＲＫＥＮ
］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹＧＳＴＮ］ コンセンサスパターン：［ＧＳＡＨ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦ］（３）−Ｄ−Ｅ−
［ＡＬＩＶ］−Ｈ−［ＮＥＣＲ］。
【０３３７】 ｍ）ＥＦハンド（ＥＦハンド）。いくつかの有効な配列、従ってそれらが有効
にする配列は、ＥＦハンドタンパク質のファミリーにおける新規タンパク質をコ
ードするポリヌクレオチドに対応する。多くのカルシウム結合タンパク質は、同
じ進化ファミリーに属し、そしてＥＦハンドとして公知の型のカルシウム結合ド
メインを共有する（Ｋａｗａｓａｋｉら，Ｐｒｏｔｅｉｎ．Ｐｒｏｆ．（１９９
５）２：３０５−４９０）。この型のドメインは、両方の側に１２残基のαヘリ
ックスドメインが隣接する１２残基ループからなる。ＥＦハンドループでは、カ
ルシウムイオンは、五角双角錐（ｐｅｎｔａｇｏｎａｌ ｂｉｐｙｒａｍｉｄａ
ｌ）配置において配位結合する。結合に関与する６残基は、１位、３位、５位、
７位、９位、および１２位に存在し；これらの残基はＸ、Ｙ、Ｚ、−Ｙ、−Ｘ、
および−Ｚにより示される。１２位の不変のＧｌｕまたはＡｓｐ（二座配位子）
は、Ｃａを連結する２つの酸素を提供する。
【０３３８】 ＥＦハンド領域を含むことが公知のタンパク質は以下を含む：カルモジュリン
（酵母においてＣａ＝３であることを除いてＣａ＝４）（「Ｃａ＝」は、ＥＦハ
ンド領域のおよその数を示す）；ジアシルグリセロールキナーゼ（ＥＣ２．７．
１．１０７）（ＤＧＫ）（Ｃａ＝２）；２）哺乳動物由来のＦＡＤ依存性グリセ
ロール−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＥＣ１．１．９９．５）（Ｃａ＝１）；
グアニル酸シクラーゼ活性化タンパク質（ＧＣＡＰ）（Ｃａ＝３）；ＭＩＦ関連
タンパク質８（ＭＲＰ−８またはＣＦＡＧ）およびＭＩＦ関連タンパク質１４（
ＭＲＰ−１４）（Ｃａ＝２）；ミオシン調節軽鎖（Ｃａ＝１）；オンコモジュリ
ン（ｏｎｃｏｍｏｄｕｌｉｎ）（Ｃａ＝２）；オステオネクチン（基底膜タンパ
ク質ＢＭ−４０）（ＳＰＡＲＣ）；ならびに「オステオネクチン」ドメインを含
有するタンパク質（ＱＲ１、マトリックス糖タンパク質ＳＣ１）。
【０３３９】 コンセンサスパターンは、完全なＥＦハンドループならびにループに続きかつ
常に疎水性であるようである最初の残基を含む：Ｄ−ｘ−［ＤＮＳ］−｛ＩＬＶ
ＦＹＷ｝−［ＤＥＮＳＴＧ］−［ＤＮＱＧＨＲＫ］−｛ＧＰ｝−［ＬＩＶＭＣ］
−［ＤＥＮＱＳＴＡＧＣ］−ｘ（２）−［ＤＥ］−［ＬＩＶＭＦＹＷ］。
【０３４０】 ｎ）Ｅｔｓドメイン（Ｅｔｓ Ｎｔｅｒｍ）。配列番号２８４９、従って、そ
れが有効にする配列は、ＥＴＳドメインにおけるＮ−末端相同性を有するポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドを示す。このファミリーのタンパク質は保
存性ドメインである「ＥＴＳドメイン」を含み、これはＤＮＡ結合に関与する。
このドメインは、プリンに富む配列を認識するらしい；それは約８５〜９０アミ
ノ酸長であり、そして芳香族および正に荷電した残基に富む（Ｗａｓｙｌｙｋら
、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９３）２１１：７１８）。
【０３４１】 ｅｔｓ遺伝子ファミリーは、ＤＮＡ結合タンパク質の新規なクラスをコードし
、それらの各々は特異的なＤＮＡ配列に結合する。これらのタンパク質は、共通
のコアである３つのヌクレオチド配列ＧＧＡを含む配列と特異的に相互作用する
ｅｔｓドメインを含む。ｅｔｓドメインに加えて、ネイティブなｅｔｓタンパク
質は、タンパク質の生物学的特異性を調節し得る他の配列を含む。ｅｔｓ遺伝子
およびタンパク質は、細胞増殖、分化、および発生を含む種々の本質的な生物学
的プロセスに関与する。そして３つのメンバーが発ガン性のプロセスに関係して
いる。
【０３４２】 ｏ）ＩＩ型フィブロネクチンコラーゲン結合ドメイン（ＦｎｔｙｐｅＩＩ）。
少数の有効な配列、従ってそれらが有効にする配列は、ＩＩ型フィブロネクチン
コラーゲン結合ドメインを有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを
示す。フィブロネクチンは、細胞表面および種々の化合物（コラーゲン、フィブ
リン、ヘパリン、ＤＮＡ、およびアクチンを含む）に結合する血漿タンパク質で
ある。フィブロネクチンの配列の主要な部分は、Ｉ型、ＩＩ型、およびＩＩＩ型
と呼ばれる３つの型のドメインの繰り返しからなる（Ｓｋｏｒｓｔｅｎｇａａｒ
ｄ Ｋ．ら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９８６）１６１：４４１）。Ｉ
Ｉ型ドメインは、約４０残基長であり、ジスルフィド結合に関与する４つの保存
されたシステインを含み、そしてフィブロネクチンのコラーゲン結合領域の一部
である。フィブロネクチンにおいて、ＩＩ型ドメインは重復している。ＩＩ型ド
メインはまた、以下のタンパク質において見い出されてきた：１）血液凝固因子
ＸＩＩ（ハーゲマン因子）（１コピー）；２）ウシ精漿タンパク質ＰＤＣ−１０
９（ＢＳＰ−Ａ１／Ａ２）およびＢＳＰ−Ａ３（Ｓｅｉｄａｈ Ｎ．Ｇ．ら、Ｂ
ｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．（１９８７）２４３：１９５）（２回）；３）カチオン非依
存性マンノース−６−リン酸レセプター（これは、インスリン様増殖因子ＩＩレ
セプターでもある）Ｋｏｒｎｆｅｌｄ Ｓ．、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅ
ｍ．（１９９２）６１：３０７（１コピー）；４）マクロファージのマンノース
レセプター（Ｔａｙｌｏｒ Ｍ．Ｅ．ら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９０
）２６５：１２１５６）（１コピー）；５）１８０Ｋｄ分泌ホスホリパーゼＡ２
レセプター（１コピー）Ｌａｍｂｅａｕ Ｇ．ら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（
１９９４）２６９：１５７５；６）ＤＥＣ−２０５レセプター（１コピー）；６
）Ｊｉａｎｇ Ｗ．ら、Ｎａｔｕｒｅ（１９９５）３７５：１５１）；７）７２
Ｋｄ ＩＶ型コラゲナーゼ（ＥＣ３．４．２４．２４）（ＭＭＰ−２）（Ｃｏｌ
ｌｉｅｒ Ｉ．Ｅ．ら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８８）２６３：６５７
９）（３コピー）；７）９２Ｋｄ ＩＶ型コラゲナーゼ（ＥＣ３．４．２４．２
４）（ＭＭＰ−９）（３コピー）；８）肝細胞増殖因子アクチベーター（Ｍｉｙ
ａｚａｗａ Ｋ．ら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９３）２６８：１００２
４）（１コピー）。
【０３４３】 不変の残基の位置の図的表現、およびフィブロネクチンＩＩ型ドメインにおけ
るジスルフィド結合のトポロジーを以下に示す： ｘｘＣｘｘＰＦｘ＃ｘｘｘｘｘｘｘＣｘｘｘｘｘｘｘｘＷＣｘｘｘｘｘ＃ｘ
ｘｘ＃ｘ＃Ｃｘｘ ここで「Ｃ」は、ジスルフィド結合に関与する保存性システインを示し、そして
「＃」は、大きな疎水性残基を示す。このファミリーのメンバーを同定するため
のコンセンサスパターン（このパターンは、このドメイン全体にわたる）は、Ｃ
−ｘ（２）−Ｐ−Ｆ−ｘ−［ＦＹＷＩ］−ｘ（７）−Ｃ−ｘ（８，１０）−Ｗ−
Ｃ−ｘ（４）−［ＤＮＳＲ］−［ＦＹＷ］−ｘ（３，５）−［ＦＹＷ］−ｘ−［
ＦＹＷＩ］−Ｃである（ここで、４つのＣは、ジスルフィド結合に関与する）。
【０３４４】 ｐ）Ｇ−タンパク質αサブユニット（Ｇ−α）。いくつかの有効な配列、従っ
てそれらが有効にする配列は、Ｇ−タンパク質αサブユニットファミリーの新規
なポリペプチドをコードする遺伝子に対応する。グアニンヌクレオチド結合タン
パク質（Ｇタンパク質）は、細胞外活性化内在性膜レセプターを細胞内エフェク
ター（例えば、セカンドメッセンジャー分子の濃度を変動するイオンチャネルお
よび酵素）に共役させる膜会合タンパク質のファミリーである。Ｇタンパク質は
、静止状態では、形質膜の内面において三量体として会合する３つのサブユニッ
ト（α、βおよびγ）からなる。このαサブユニットは、それに結合するグアノ
シンジホスフェート（ＧＤＰ）の分子を有する。活性化レセプターによるＧタン
パク質の刺激は、ＧＤＰのＧＴＰ（グアノシントリホスフェート）との交換を生
じる。これは、二量体としていつも密接に会合したままである、βおよびγサブ
ユニットからのαサブユニットの分離を生じる。次いで、αサブユニットおよび
β−γサブユニットの両方は、個別的かまたは共同的な様式のいずれかで、エフ
ェクターと相互作用し得る。このαサブユニットの内因性ＧＴＰアーゼ活性は、
結合ＧＴＰをＧＤＰに加水分解する。これは、αサブユニットをその不活性な立
体配座に戻し、そしてそれとβ−γサブユニットとの再会合を可能にし、従って
、この系をその静止状態に回復する。
【０３４５】 Ｇタンパク質αサブユニットは、３５０〜４００アミノ酸長であり、そして４
０〜４５ｋＤａの範囲の分子量を有する。１７個の異なる型のαサブユニットが
、哺乳動物において同定されている。これらは、配列類似性および機能の両方に
基づいて４つの主要な群に分類される：α−ｓ、α−ｑ、α−ｉおよびα−１２
（Ｓｉｍｏｎら，Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９３）２５２：８０２）多数のαサブユ
ニットは、コレラまたは百日咳毒素によるＡＤＰリボシル化に対する基質である
。それらは、通常、ミリスチン酸および／またはパルミチン酸（ｐａｌｍｙｔｏ
ｙｌａｔｅ）で、Ｎ末端がしばしばアシル化され、そしてこれらの脂肪酸修飾は
、おそらく、膜結合および他のタンパク質との高親和性相互作用のために重要で
ある。哺乳動物の視覚に関与するＧタンパク質のαサブユニットであるトランス
デューシンの原子構造は、ＧＴＰ結合形態およびＧＤＢ結合形態の両方において
解明されており、そしてヌクレオチド結合領域において、他のグアニンヌクレオ
チド結合タンパク質（例えば、ｐ２１−ｒａｓおよびＥＦ−Ｔｕ）に対して、一
次構造および三次構造の両方において考慮すべき類似性を示す。
【０３４６】 ｑ）Ｃ末端ドメインを保存されたヘリカーゼ（ヘリカーゼＣ）。配列番号２５
０３、４４６９、および５０２０（従って、それらが確証する配列）は、ＤＥＡ
Ｄ／Ｈヘリカーゼファミリーの新規のメンバーをコードするポリヌクレオチドを
表す。このＤＥＡＤおよびＤＥＡＨファミリーは、上記に記載される。
【０３４７】 ｒ）ホメオボックスドメイン（ホメオボックス）。配列番号４２４１（従って
、それが確証する配列）は、ホメオボックスドメインを有するタンパク質をコー
ドするポリヌクレオチドを表す。「ホメオボックス」は、多数のＤｒｏｓｏｐｈ
ｉｌａ ホメオティックタンパク質および分節（ｓｅｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ）タ
ンパク質において最初に同定された、６０のアミノ酸のタンパク質ドメインであ
る（Ｇｅｈｒｉｎｇ「Ｇｕｉｄｅｂｏｏｋ ｔｏ ｔｈｅ Ｈｏｍｅｏｂｏｘ
Ｇｅｎｅｓ」、Ｄｕｂｏｕｌｅ Ｄ．編、第１〜１０頁、Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉ
ｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｏｘｆｏｒｄ（１９９４）；Ｂｕｅｒｇｌｉｎ「
Ｇｕｉｄｅｂｏｏｋ ｔｏ ｔｈｅ Ｈｏｍｅｏｂｏｘ Ｇｅｎｅｓ」、第２５
〜７２頁、Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｏｘｆｏｒｄ（
１９９４）；Ｇｅｈｒｉｎｇ Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９
９２）１７：２７７−２８０；Ｇｅｈｒｉｎｇら、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅ
ｔ．（１９８６）２０：１４７−１７３；Ｓｃｈｏｆｉｅｌｄ Ｔｒｅｎｄｓ
Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．（１９８７）１０：３−６；ｈｔｔｐ：／／ｃｏｐａｎ．ｂ
ｉｏｚ．ｕｎｉｂａｓ．ｃｈ／ｈｏｍｅｏ．ｈｔｍｌ）。それは、脊椎動物を含
む、多くの他の動物において極めてよく保存されている。このドメインは、へリ
ックスターンへリックス型の構造を通して、ＤＮＡに結合する。ホメオボックス
ドメインを含むいくつかのタンパク質は、発生において重要な役割を果たす。こ
れらのタンパク質のほとんどは、配列特異的ＤＮＡ結合転写因子である。ホメオ
ボックスドメインはまた、酵母接合型タンパク質の領域に非常に類似している。
これらは、細胞型特異的様式における遺伝子発現を制御することにより、酵母の
分化におけるマスタースイッチとして作用する、配列特異的ＤＮＡ結合タンパク
質である。
【０３４８】 ホメオボックスドメインの略図は、以下に示される。へリックスターンへリッ
クス領域は記号「Ｈ」（ヘリックス）、および「ｔ」（ターン）で示される。
【０３４９】
【化１】 このパターンは、２４残基長のホメオボックス配列を検出し、そしてホメオボッ
クスドメインの位置３４〜５７にわたる。コンセンサス配列は以下の通りである
。：［ＬＩＶＭＦＹＧ］−［ＡＳＬＶＲ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＳＴＡＣＮ］
−ｘ−［ＬＩＶＭ］−ｘ（４）−［ＬＩＶ］−［ＲＫＮＱＥＳＴＡＩＹ］−［Ｌ
ＩＶＦＳＴＮＫＨ］−Ｗ−［ＦＹＶＣ］−ｘ−［ＮＤＱＴＡＨ］−ｘ（５）−［
ＲＫＮＡＩＭＷ］。
【０３５０】 ｘ）ＭＡＰキナーゼキナーゼ（ｍｋｋ）。いくつかの確証配列（従って、それ
らが確証する配列）は、ＭＡＰキナーゼキナーゼファミリーの新規のメンバーを
表す。ＭＡＰキナーゼ（ＭＡＰＫ）はシグナル伝達に関与し、そして細胞周期お
よび細胞増殖制御において重要である。ＭＡＰキナーゼキナーゼ（ＭＡＰＫＫ）
は、ＭＡＰキナーゼをリン酸化および活性化する両特異性（ｄｕａｌ−ｓｐｅｃ
ｉｆｉｃｉｔｙ）プロテインキナーゼである。ＭＡＰＫＫホモログは、酵母、無
脊椎動物、両生類、および哺乳動物において見出されている。さらに、ＭＡＰＫ
Ｋ／ＭＡＰＫリン酸化スイッチは、酵母と脊椎動物において異なる経路において
活性化される基本モジュール（ｂａｓｉｃ ｍｏｄｕｌｅ）を構成する。ＭＡＰ
ＫＫ調節研究は、高等生物における、少なくとも４つのＭＡＰＫＫ収束（ｃｏｎ
ｖｅｒｇｅｎｔ）経路の発見へと導いた。これらのうちの１つはｓｔｅ１１プロ
テインキナーゼを含む酵母のフェロモン応答経路に類似する。他の２つの経路は
、セリン／トレオニンキナーゼをコードする癌遺伝子ｃ−Ｒａｆ−１およびｃ−
Ｍｏｓの１つまたは両方のいずれかの活性化を必要とする。さらに、いくつかの
研究は、ＭＡＰＫＫ活性に対する細胞周期制御レギュレーターサイクリン依存性
キナーゼ１（ｃｄｃ２）の可能な効果を示唆する。結局、ＭＡＰＫＫは明らかに
、シグナルが核に到達する前に通過しなけらばならない必須のトランスデューサ
ーである。総説として、例えば、Ｂｉｏｌｏｇｉｑｕｅ、Ｂｉｏｌ Ｃｅｌｌ（
１９９３）７９：１９３−２０７；Ｎｉｓｈｉｄａら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃ
ｈｅｍ Ｓｃｉ（１９９３）１８：１２８−３１；Ｒｕｄｅｒｍａｎ、Ｃｕｒｒ
Ｏｐｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ（１９９３）５：２０７−１３；Ｄｈａｎａｓ
ｅｋａｒａｎら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ（１９９８）１７：１４４７−５５；Ｋｉｅ
ｆｅｒら、Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｓｏｃ Ｔｒａｎｓ（１９９７）２５：４９１−８
；およびＨｉｌｌ、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌ（１９９６）８：５３３−４４を参
照のこと。
【０３５１】 ｙ）３’５’−環状ヌクレオチドホスホジエステラーゼシグネチャー（ＰＤＥ
ａｓｅ）。配列番号４４８２（従って、それが確証する配列）は、新規の３’５
’−環状ヌクレオチドホスホジエステラーゼ（ＰＤＥａｓｅ）をコードするポリ
ヌクレオチドを表す。ＰＤＥａｓｅは、対応するヌクレオシド５’一リン酸への
ｃＡＭＰまたはｃＧＭＰの加水分解を触媒する（Ｃｈａｒｂｏｎｎｅａｕ Ｈ．
ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．（１９８６）８３：
９３０８）。ＰＤＥａｓｅの少なくとも７つの異なるサブファミリーが存在する
（Ｂｅａｖｏ Ｊ．Ａ．ら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｃｉ．（１
９９０）１１：１５０；ｈｔｔｐ：／／ｗｅｂｅｒ．ｕ．ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ
．ｅｄｕ／〜ｐｄｅ／： １）１型、カルモジュリン／カルシウム依存性ＰＤＥ
ａｓｅ；２）２型、ｃＧＭＰ刺激ＰＤＥａｓｅ；３）３型、ｃＧＭＰ阻害ＰＤＥ
ａｓｅ；４）４型、ｃＡＭＰ特異的ＰＤＥａｓｅ；５）５型、ｃＧＭＰ特異的Ｐ
ＤＥａｓｅ；６）６型、ロドプシン感受性ｃＧＭＰ特異的ＰＤＥａｓｅ；および
７）７型、高親和性ｃＡＭＰ特異的ＰＤＥａｓｅ。
【０３５２】 全てのＰＤＥａｓｅ型は、約２７０残基の保存されたドメインを共有する。こ
のシグネチャーパターンは、２つの保存されたヒスチジンを含む１２残基の伸長
から決定される：Ｈ−Ｄ−［ＬＩＶＭＦＹ］−ｘ−Ｈ−ｘ−［ＡＧ］−ｘ（２）
−［ＮＱ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹ］。
【０３５３】 ｚ）プロテインキナーゼ（ｐｒｏｔｋｉｎａｓｅ）。いくつかの確証配列（従
って、それらが確証する配列）は、プロテインキナーゼをコードするポリヌクレ
オチドを表す。プロテインキナーゼは、種々の経路においてタンパク質のリン酸
化を触媒し、そして癌に関係する。真核生物のプロテインキナーゼ（Ｈａｎｋｓ
Ｓ．Ｋ．ら、ＦＡＳＥＢ Ｊ．（１９９５）９：５７６；Ｈｕｎｔｅｒ Ｔ．
、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９９１）２００：３；Ｈａｎｋｓ Ｓ．Ｋ．
ら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９９１）２００：３８；Ｈａｎｋｓ Ｓ．
Ｋ．、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９１）１：３６９
；Ｈａｎｋｓ Ｓ．Ｋ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８８）２４１：４２）は、セ
リン／トレオニンプロテインキナーゼおよびチロシンプロテインキナーゼの両方
に共通の保存された触媒コアを共有する非常に広範なタンパク質のファミリーに
属する酵素である。プロテインキナーゼの触媒ドメインにおいて多数の保存され
た領域が存在する。２つの保存された領域は、プロテインキナーゼのプロフィー
ルにおけるシグネチャーパターンのための基礎である。触媒ドメインのＮ最末端
に位置する第１の領域は、リジン残基の近傍におけるグリシンに富んだ残基の伸
長であり、この領域は、ＡＴＰ結合に関与することが示されている。触媒ドメイ
ンの中央部分に位置する第２の領域は、この酵素の触媒活性に重要である保存さ
れたアスパラギン酸残基を含む（Ｋｎｉｇｈｔｏｎ Ｄ．Ｒ．ら、Ｓｃｉｅｎｃ
ｅ（１９９１）２５３：４０７）。このプロテインキナーゼプロフィールは、こ
の第２の領域に対して２つのシグネチャーパターンを含む：１つは、セリン／ト
レオニンキナーゼに対して特異的であり、他方は、チロシンキナーゼに対して特
異的である。第３のプロフィールは、（Ｈａｎｋｓ Ｓ．Ｋ．ら、ＦＡＳＥＢ
Ｊ．（１９９５）９：５７６）のアライメントに基づき、そして触媒ドメインの
全体をカバーする。このコンセンサスパターンは、以下である： １）コンセンサスパターン：［ＬＩＶ］−Ｇ−｛Ｐ｝−Ｇ−｛Ｐ｝−［ＦＹＷ
ＭＧＳＴＮＨ］−［ＳＧＡ］−｛ＰＷ｝−［ＬＩＶＣＡＴ］−｛ＰＤ｝−ｘ−［
ＧＳＴＡＣＬＩＶＭＦＹ］−ｘ（５，１８）−［ＬＩＶＭＦＹＷＣＳＴＡＲ］−
［ＡＩＶＰ］−［ＬＩＶＭＦＡＧＣＫＲ］−Ｋ、ここでＫは、ＡＴＰを結合する
。大多数の公知のプロテインキナーゼは、このパターンによって検出される。こ
のコンセンサスによって検出されないプロテインキナーゼは、この領域において
非常に異なっており、そしてこのパターンに完全に見逃される、ウイルス性キナ
ーゼを含む。
【０３５４】 ２）コンセンサスパターン：［ＬＩＶＭＦＹＣ］−ｘ−［ＨＹ］−ｘ−Ｄ−［
ＬＩＶＭＦＹ］−Ｋ−ｘ（２）−Ｎ−［ＬＩＶＭＦＹＣＴ］（３）、ここでＤは
活性部位残基である。このコンセンサス配列は、大部分のセリン／トレオニン特
異的プロテインキナーゼを同定する。ただし１０の例外がある。例外の半分は、
ウイルス性キナーゼであるが、他の例外は、保存されるＬｙｓの代わりにそれぞ
れＳｅｒおよびＡｒｇを有する、エプスタイン−バーウイルスＢＧＬＦ４および
Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｎｉｎａＣを含む。これらの後者の２つのプロテインキ
ナーゼは、以下に記載されるチロシンキナーゼ特異的パターンによって検出され
る。
【０３５５】 ３）コンセンサスパターン：［ＬＩＶＭＦＹＣ］−ｘ−［ＨＹ］−ｘ−Ｄ−［
ＬＩＶＭＦＹ］−［ＲＳＴＡＣ］−ｘ（２）−Ｎ−［ＬＩＶＭＦＹＣ］、ここで
Ｄは、活性部位残基である。全てのチロシン特異的プロテインキナーゼは、この
コンセンサスパターンによって検出される。ただしヒトＥＲＢＢ３およびマウス
ｂｌｋの例外がある。このパターンはまた、プロテインキナーゼに構造的および
進化的に関係する、大部分の細菌性アミノグリコシドホスホトランスフェラーゼ
（Ｂｅｎｎｅｒ Ｓ．、Ｎａｔｕｒｅ（１９８７）３２９：２１；Ｋｉｒｂｙ
Ｒ．、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．（１９９２）３０：４８９）およびヘルペスウイ
ルスのガンシクロビルキナーゼ（Ｌｉｔｔｌｅｒ Ｅ．ら、Ｎａｔｕｒｅ（１９
９２）３５８：１６０）を検出する。
【０３５６】 このプロテインキナーゼプロフィールはまた、レセプターグアニル酸シクラー
ゼおよび２−５Ａ依存性リボヌクレアーゼを検出する。これらの２つのファミリ
ーとこの真核生物のプロテインキナーゼファミリーとの間の配列類似性は、以前
に注目されていた。このプロフィールはまた、その触媒活性を消失したようであ
るＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎａキナーゼ様タンパク質ＴＭＫＬ１
を検出する。
【０３５７】 分析されるタンパク質が、２つの上記のプロテインキナーゼのシグネチャーを
含む場合、それがプロテインキナーゼである確率は、１００％に近い。真核生物
型のプロテインキナーゼはまた、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ ｘａｎｔｈｕｓ（Ｍｕ
ｎｏｚ−Ｄｏｒａｄｏ Ｊ．ら、Ｃｅｌｌ（１９９１）６７：９９５）およびＹ
ｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓのような原核生物に見
出されている。上記に示されるこのパターンは、（Ｂａｉｒｏｃｈ Ａ．ら、Ｎ
ａｔｕｒｅ（１９８８）３３１：２２）中のそれらの出版物以来、最新のものに
されている。
【０３５８】 ａａ）Ｒａｓファミリータンパク質（ｒａｓ）。配列番号３６７１（従って、
それが確証する配列）は、低分子ＧＴＰ／ＧＤＰ結合タンパク質のｒａｓファミ
リーをコードするポリヌクレオチドを表す（Ｖａｌｅｎｃｉａら、１９９１、Ｂ
ｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３０：４６３７−４６４８）。Ｒａｓファミリーメン
バーは、一般に、特定のグアニンヌクレオチド交換因子（ＧＥＦ）およびＧＴＰ
ａｓｅ活性全体の刺激因子として特定のＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質（ＧＡＰ
）を必要とする。ｒａｓ関連タンパク質について、最も高い程度の配列保存が、
グアニンヌクレオチド結合に直接関与する４つの領域において見られる。初めの
２つが、ほとんどのリン酸およびＭｇ２＋結合部位（ＰＭ部位）を構成し、そし
てＧドメインの前半に位置される。その他の２つの領域は、グアノシン結合に関
与し、そして分子のＣ末端側の半分に位置される。ｒａｓ関連タンパク質のモチ
ーフおよび保存された構造特性は、Ｖａｌｅｎｃｉａら、１９９１、Ｂｉｏｃｈ
ｅｍｉｓｔｒｙ ３０：４６３７−４６４８に記載される。
【０３５９】 ｒａｓタンパク質の主要なコンセンサスパターンは、以下の通りである：Ｄ−
Ｔ−Ａ−Ｇ−Ｑ−Ｅ−Ｋ−［ＬＦ］−Ｇ−Ｇ−Ｌ−Ｒ−［ＤＥ］−Ｇ−Ｙ−Ｙ。
【０３６０】 ｂｂ）チオレドキシンファミリー活性部位（Ｔｈｉｏｒｅｄｏｘ）。配列番号
３９３６（従って、それが確証する配列）は、チオレドキシンファミリー活性部
位を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを表す。チオレドキシン（
Ｈｏｌｍｇｒｅｎ Ａ．，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９８５）５
４：２３７；Ｇｌｅａｓｏｎ Ｆ．Ｋ．ら、ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｒ
ｅｖ．（１９８８）５４：２７１；Ｈｏｌｍｇｒｅｎ Ａ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈ
ｅｍ．（１９８９）２６４：１３９６３；Ｅｋｌｕｎｄ Ｈ．ら、Ｐｒｏｔｅｉ
ｎｓ（１９９１）１１：１３）は、活性中心のジスルフィド結合の可逆的な酸化
を通して種々のレドックス反応に関与する約１００アミノ酸残基の低分子タンパ
ク質である。２つのシステイン残基が分子内ジスルフィド結合で結合される場合
、それらは、還元型または酸化型のいずれかで存在する。チオレドキシンは、原
核生物および真核生物に存在し、そしてレドックス活性ジスルフィド結合の周囲
の配列は、よく保存される。
【０３６１】 多くの真核生物のタンパク質は、チオレドキシンに進化的に関係したドメイン
を含み、そしてそれらの全てが、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ（ＰＤＩ
）である。ＰＤＩ（Ｆｒｅｅｄｍａｎ Ｒ．Ｂ．ら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．
Ｔｒａｎｓ．（１９８８）１６：９６；Ｋｉｖｉｒｉｋｋｏ Ｋ．Ｉ．ら、ＦＡ
ＳＥＢ Ｊ．（１９８９）３：１６０９；Ｆｒｅｅｄｍａｎ Ｒ．Ｂ．ら、Ｔｒ
ｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９９４）１９：３３１）は、種々のタ
ンパク質においてジスルフィド結合の再配置を触媒する小胞体酵素である。現在
公知である種々の形態のＰＤＩは、以下である： １）ＰＤＩ主要アイソザイム
；プロリル４−ヒドロキシラーゼ（ＥＣ１．１４．１１．２）のβサブユニット
としても、オリゴサッカリルトランスフェラーゼ（ＥＣ２．４．１．１１９）の
成分としても、チロキシン脱ヨウ素酵素（ｄｅｉｏｄｉｎａｓｅ）としても、グ
ルタチオン−インスリントランスヒドロゲナーゼとしても、そして甲状腺ホルモ
ン結合タンパク質としてもまた機能する多機能性タンパク質；２）ＥＲｐ６０（
ＥＲ−６０；５８Ｋｄミクロソームタンパク質）、これはプロテアーゼである；
３）ＥＲｐ７２；および４）Ｐ５。
【０３６２】 全てのＰＤＩは、チオレドキシンドメインの２つまたは３つ（ＥＲｐ７２）の
コピーを含む。コンセンサスパターンは以下の通りである：［ＬＩＶＭＦ］−［
ＬＩＶＭＳＴＡ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹＣ］−［ＦＹＷＳＴＨＥ］−ｘ（２）−
［ＦＹＷＧＴＮ］−Ｃ−［ＧＡＴＰＬＶＥ］−［ＰＨＹＷＳＴＡ］−Ｃ−ｘ（６
）−［ＬＩＶＭＦＹＷＴ］（ここで、２つのＣは、レドックス活性結合を形成す
る）。
【０３６３】 ｃｃ）ＴＮＦＲ／ＮＧＦＲファミリーシステインリッチ領域（ＴＮＦＲ ｃ６
）。配列番号３９２７（従って、それが確証する配列）は、ＴＮＦＲ／ＮＧＦＲ
ファミリーシステインリッチ領域を有するタンパク質をコードするポリヌクレオ
チドを表す。多くのタンパク質（これらのいくつかは、増殖因子についてのレセ
プターであることが公知である）が、６つの保存されたシステインを含む約４０
残基の４つ（あるいは、いくつかの場合のおいては３つ）のモジュールに細分さ
れ得る、それらのＮ末端部分において約１１０〜１６０アミノ酸のシステインリ
ッチドメインを含むことを見出されている。このファミリー（Ｍａｌｌｅｔ Ｓ
．ら、Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ（１９９１）１２：２２０；Ｓｐｒａｎｇ
Ｓ．Ｒ．，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９９０）１５：３６６
；Ｋｒａｍｍｅｒ Ｐ．Ｈ．ら、Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．（１９９２）２：３８３
；Ｂａｚａｎ Ｊ．Ｆ．，Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．（１９９３）３：６０３）に属
する公知のタンパク質は以下である： １）腫瘍壊死因子Ｉ型およびＩＩ型レセ
プター（ＴＮＦＲ）（両レセプターは、ＴＮＦ−αおよびＴＮＦ−βに結合する
が、システインリッチ領域だけは類似している。）；２）ショープ線維腫ウイル
ス可溶性ＴＮＦレセプター（タンパク質Ｔ２）；３）リンホトキシンα／βレセ
プター；４）低親和性神経発育因子レセプター（ＬＡ−ＮＧＦＲ）；５）ＣＤ４
０（Ｂｐ５０）、ＣＤ４０Ｌ（またはＴＲＡＰ）サイトカインについてのレセプ
ター；６）ＣＤ２７、ＣＤ２７Ｌサイトカインについてのレセプター；８）ＣＤ
３０、ＣＤ３０Ｌサイトカインについてのレセプター；９）Ｔ細胞タンパク質４
−１ＢＢ、４−１ＢＢＬ推定サイトカインについてのレセプター；１０）ＦＡＳ
抗原（またはＡＰＯ−１）、ＦＡＳＬについてのレセプター、アポトーシス（プ
ログラムされた細胞死）に関与するタンパク質；１１）Ｔ細胞抗原ＯＸ４０、Ｏ
Ｘ４０Ｌサイトカインについてのレセプター；１２）Ｗｓｌ−１、アポトーシス
を媒介する（まだ定義されていないリガンドについての）レセプター；１３）ワ
クシニアウイルスタンパク質Ａ５３（ＳａｌＦ１９Ｒ）。
【０３６４】 ６つのシステインは、全て鎖内ジスルフィド結合に関与した（Ｂａｎｎｅｒ
Ｄ．Ｗ．ら、Ｃｅｌｌ（１９９３）７３：４３１）。これらのレセプターの４０
残基モジュールの構造の略図は、以下に示される。
【０３６５】
【化２】 ここで「Ｃ」は、ジスルフィド結合に関与した保存されたシステインを表す。シ
ステインリッチ領域についてのシグネチャーパターンは、それぞれの反復におけ
る６つの保存されたシステインの位置に主に基づく：コンセンサスパターンは以
下の通りである：Ｃ−ｘ（４，６）−［ＦＹＨ］−ｘ（５，１０）−Ｃ−ｘ（０
，２）−Ｃ−ｘ（２，３）−Ｃ−ｘ（７，１１）−Ｃ−ｘ（４，６）−［ＤＮＥ
ＱＳＫＰ］−ｘ（２）−Ｃ（ここで、６つのＣは、ジスルフィド結合に関与する
）。
【０３６６】 ｄｄ）４回膜貫通内在性膜タンパク質（膜貫通４）。いくつかの確証配列（従
って、それらが確証する配列）は、４回膜貫通セグメント内在性膜タンパク質フ
ァミリー（膜貫通４ファミリー）のメンバーであるポリペプチドをコードする配
列に対応する。膜貫通４ファミリーのタンパク質は、多数の進化的に関連した真
核生物細胞表面抗原を含む（Ｌｅｖｙら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，（１９９
１）２６６：１４５９７；Ｔｏｍｌｉｎｓｏｎら，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ
．（１９９３）２３：１３６；Ｂａｒｃｌａｙら Ｔｈｅ ｌｅｕｃｏｃｙｔｅ
ａｎｔｉｇｅｎ ｆａｃｔｂｏｏｋｓ．（１９９３）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒ
ｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ／Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ）。このファミリーに属するタンパ
ク質は、以下を含む：１）哺乳動物抗原ＣＤ９（ＭＩＣ３）（これは、血小板活
性化および凝集に関与する）；２）哺乳動物白血球抗原ＣＤ３７（Ｂリンパ球上
に発現される）；３）哺乳動物白血球抗原ＣＤ５３（ＯＸ−４４）（これは、造
血細胞における増殖調節に関与する）；４）哺乳動物リソソーム膜タンパク質Ｃ
Ｄ６３（黒色腫関連抗原ＭＥ４９１；抗原ＡＤ１）；５）哺乳動物抗原ＣＤ８１
（細胞表面タンパク質ＴＡＰＡ−１）（これはリンパ腫細胞増殖の調節に関与す
る）；６）哺乳動物抗原ＣＤ８２（タンパク質Ｒ２；抗原Ｃ３３；Ｋａｎｇａｉ
１（ＫＡＩ１））（これは、ＣＤ４またはＣＤ８に関連し、そしてＴＣＲ／Ｃ
Ｄ３経路についての同時刺激性シグナルを送達する）；７）哺乳動物抗原ＣＤ１
５１（ＳＦＡ−１；血小板内皮４回貫通抗原３（ｐｌａｔｅｌｅｔ−ｅｎｄｏｔ
ｈｅｌｉａｌ ｔｅｔｒａｓｐａｎ ａｎｔｉｇｅｎ ３）；ＰＥＴＡ−３））
；８）哺乳動物細胞表面糖タンパク質Ａ１５（ＴＡＬＬＡ−１；ＭＸＳ１）；９
）哺乳動物新規抗原２（ＮＡＧ−２）；１０）ヒト腫瘍関連抗原ＣＯ−０２９；
１１）Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ ｍａｎｓｏｎｉおよびＳｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ
ｊａｐｏｎｉｃｕｍ２３Ｋｄ表面抗原（ＳＭ２３／ＳＪ２３）。
【０３６７】 ４回膜貫通ファミリーのメンバーは、いくつかの特徴を共有する。第１に、こ
れらは全て、明らかにＩＩＩ型膜タンパク質であり、これは、生合成の間に切断
されず、かつトランスロケーションシグナルおよび膜アンカーの両方として機能
するＮ末端膜アンカードメインを含有する内在性膜タンパク質である。このファ
ミリーのメンバーはまた、３つのさらなる膜貫通領域、少なくとも７個の保存さ
れたシステイン残基を含み、そしてほぼ同じサイズである（２１８〜２８４残基
）。これらのタンパク質は、総称して、「膜貫通４スーパーファミリー」（ＴＭ
４）として公知である。なぜなら、これらは、原形質膜を４回貫通するからであ
る。 これらのタンパク質のドメイン構造の模式図は、以下の通りである：
【０３６８】
【化３】 ここで、Ｃｙｔは、細胞質ドメインであり、ＴＭａは膜貫通アンカーであり；Ｔ
Ｍ２〜ＴＭ４は膜貫通領域２〜４を表し、「Ｃ」は保存されたシステインであり
、そして「*」はコンセンサスパターンの位置を示す。コンセンサスパターンは
、２つの膜貫通ドメインの間の短い細胞質ループ内に位置する２つのシステイン
を含む保存された領域にまたがる。コンセンサスパターン：Ｇ−ｘ（３）−［Ｌ
ＩＶＭＦ］−ｘ（２）−［ＧＳＡ］−［ＬＩＶＭＦ］（２）−Ｇ−Ｃ−ｘ−［Ｇ
Ａ］−［ＳＴＡ］−ｘ（２）−［ＥＧ］−ｘ（２）−［ＣＷＮ］−［ＬＩＶＭ］
（２）。
【０３６９】 ｅｅ）トリプシン（トリプシン）。 配列番号３３８１、４６８４、および４
６８８、従ってそれらによって確証される配列は、トリプシンファミリーの新規
なセリンプロテアーゼに対応する。トリプシンファミリー由来のセリンプロテア
ーゼの触媒活性は、ヒスチジン（それ自体がセリンに水素結合されている）に対
して水素結合したアスパラギン酸残基を含む荷電リレーシステムにより提供され
る。活性部位のセリンおよびヒスチジン残基に近接する配列は、プロテアーゼの
このファミリーでよく保存されている（Ｂｒｅｎｎｅｒ Ｓ．，Ｎａｔｕｒｅ（
１９８８）３３４：５２８）。トリプシンファミリーに属することが公知のプロ
テアーゼとしては以下が挙げられる：１）アクロシン；２）血液凝固因子ＶＩＩ
、ＩＸ、Ｘ、ＸＩおよびＸＩＩ、トロンビン、プラスミノーゲンならびにプロテ
インＣ；３）カテプシンＧ；４）キモトリプシン；５）補体成分Ｃ１ｒ、Ｃ１ｓ
、Ｃ２および補体因子Ｂ，ＤおよびＩ；６）ＲＡ−反応性因子の補体活性化成分
；７）細胞傷害性細胞プロテアーゼ（グランザイムＡ〜Ｈ）；８）デューデナー
ゼ（Ｄｕｏｄｅｎａｓｅ）Ｉ；９）エラスターゼ１、２、３Ａ、３Ｂ（プロテア
ーゼＥ）、白血球（ｍｅｄｕｌｌａｓｉｎ）；１０）エンテロキナーゼ（ＥＣ３
．４．２１．９）（エンテロペプチダーゼ）；１１）肝細胞成長因子アクティベ
ーター；１２）ヘプシン（Ｈｅｐｓｉｎ）；１３）腺（組織）カリクレイン（Ａ
型、Ｂ型、およびＣ型 ＥＧＦ結合タンパク質、ＮＧＦ−γ鎖、γ−レニン、前
立腺特異的抗原（ＰＳＡ）およびトニンを含む）；１４）血漿カリクレイン；１
５）肥満細胞プロテアーゼ（ＭＣＰ）１（キマーゼ）〜８；１６）Ｍｙｅｌｏｂ
ｌａｓｔｉｎ（プロテイナーゼ３）（Ｗｅｇｅｎｅｒ’ｓ自己抗原）；１７）プ
ラスミノーゲンアクチベータ（ウロキナーゼ型、および組織型）；１８）トリプ
シンＩ、ＩＩ、ＩＩＩおよびＩＶ；１９）トリプターゼ；２０）アンクロド、バ
トロキソビン（ｂａｔｒｏｘｏｂｉｎ）、セラストビン（ｃｅｒａｓｔｏｂｉｎ
）、フラボキソビン（ｆｌａｖｏｘｏｂｉｎ）およびプロテインＣアクチベータ
のようなヘビ毒プロテアーゼ；２１）通常ウシバエ由来のコラゲナーゼおよびＡ
ｔｌａｎｔｉｃ ｓａｎｄ Ｆｉｄｄｌｅｒ ｃｒａｂ（カニ）由来の膠原溶解
性のプロテアーゼ；２２）アポリポプロテイン（ａ）；２３）吸血セルカリアプ
ロテアーゼ；２４）Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａトリプシン様プロテアーゼ：α、イー
スター（ｅａｓｔｅｒ）、ヘビ遺伝子座（ｓｎａｋｅ−ｌｏｃｕｓ）；２５）Ｄ
ｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｐｒｏｔｅａｓｅ ｓｔｕｂｂｌｅ（遺伝子ｓｂ）；およ
び２６）主なダニ糞便アレルゲンＤｅｒ ｐ ＩＩＩ。上記のタンパク質の全て
は、ペプチダーゼの分類におけるＳ１ファミリー（Ｒａｗｌｉｎｇｓ Ｎ．Ｄ．
ら，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９９４）２４４：１９；ｈｔｔｐ：／／ｗ
ｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｌｉｓｔｓ？ｐｅｐｔｉｄａｓ．
ｔｘｔ）に属し、そして真核生物の種に起源する。Ｓ２Ａファミリーに属する細
菌のプロテアーゼが同じパターンでピックアップされ得る活性部位残基の領域に
十分に類似であることに注目するべきである。
【０３７０】 このトリプシンタンパク質ファミリーについてのコンセンサスパターンは、以
下である：１）［ＬＩＶＭ］−［ＳＴ］−Ａ−［ＳＴＡＧ］−Ｈ−Ｃ（ここでＨ
は、活性部位残基である）。このクラスに属することが公知のすべての配列は、
補体成分Ｃ１ｒおよびＣ１ｓ、ブタプラスミノーゲン、ウシプロテインＣ、げっ
歯類のウロキナーゼ、アンクロド、ジャイロキシン（ｇｙｒｏｘｉｎ）ならびに
２つの昆虫トリプシンを除き、このパターンにより検出した；２）［ＤＮＳＴＡ
ＧＣ］−［ＧＳＴＡＰＩＭＶＱＨ］−ｘ（２）−Ｇ−［ＤＥ］−Ｓ−Ｇ−［ＧＳ
］−［ＳＡＰＨＶ］−［ＬＩＶＭＦＹＷＨ］−［ＬＩＶＭＦＹＳＴＡＮＱＨ］（
ここでＳは、活性部位残基である）。このファミリーに属することが公知のすべ
ての配列は、最初の保存されたグリシンを損失した１８個の異なるプロテアーゼ
を除き、上記の共通配列により検出される。タンパク質がセリンおよびヒスチジ
ン活性部位サインの両方を含む場合、それがトリプシンファミリーセリンプロテ
アーゼである可能性は、１００％である。
【０３７１】 ｆｆ）ＷＤドメイン、Ｇ−β反復（ＷＤドメイン）。少数の確認配列およびそ
れらによって確認される配列は、ＷＤドメイン／Ｇβ反復ファミリーの新規なメ
ンバーを示す。βトランスデューシン（Ｇβ）は、膜貫通レセプターによって産
生されたシグナルの伝達において媒介物として作用するグアニンヌクレオチド結
合タンパク質（Ｇタンパク質）の３つのサブユニット（α、βおよびγ）の１つ
である（Ｇｌｉｍａｎ、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９８７）５６
：６１５）。このαサブユニットは、ＧＴＰに結合し、そして加水分解する；こ
のβおよびγサブユニットの機能は、十分に明白ではないが、それらはＧＤＰの
ＧＴＰによる置換、ならびに膜付着およびレセプター認識を必要とするようであ
る。
【０３７２】 より高等な真核生物において、Ｇβは、約３４０アミノ酸残基の高度に保存さ
れたタンパク質の小さな複数遺伝子ファミリーとして存在する。構造的に、Ｇβ
は、それぞれ中央Ｔｒｐ−Ａｓｐモチーフを含む約４０残基の８つの直列反復か
らなる（反復のこのタイプは、時々、ＷＤ−４０反復と呼ばれる）。このような
反復性のセグメントは、以下を含む他の多数のタンパク質に存在することが示さ
れている：ヒトＬＩＳ１、脳回欠損１型に関連する神経細胞のタンパク質；およ
び哺乳動物コアトマー（ｃｏａｔｏｍｅｒ）β’サブユニット（β’−ＣＯＰ）
、生合成タンパク質輸送を媒介する小胞を形成するゴルジ膜と可逆的に結合する
サイトゾルのタンパク質複合体の成分。
【０３７３】 ＷＤドメイン／Ｇβ反復ファミリーについてのコンセンサスパターンは以下で
ある：［ＬＩＶＭＳＴＡＣ］−［ＬＩＶＭＦＹＷＳＴＡＧＣ］−［ＬＩＭＳＴＡ
Ｇ］−［ＬＩＶＭＳＴＡＧＣ］−ｘ（２）−［ＤＮ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＷ
ＳＴＡＣ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＳＴＡＧ］−Ｗ−［ＤＥＮ］−［ＬＩＶＭＦＳＴ
ＡＧＣＮ］。
【０３７４】 ｇｇ）発生的シグナル伝達タンパク質のｗｎｔファミリー（ｗｎｔ＿ｄｅｖ＿
ｓｉｇｎ）。いくつかの確認配列、従ってそれらによって確認される配列は、発
生的シグナル伝達タンパク質のｗｎｔファミリーの新規なメンバーに対応する。
Ｗｎｔ−１（ｉｎｔ−１としてすでに公知）つまりこのファミリーの精液のメン
バー（Ｎｕｓｓｅ Ｒ．Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．（１９８８）４：２９１）
は、マウス乳腺癌ウイルスの組み込みにより導入された前癌遺伝子である。これ
は細胞内コミュニケーションにおいてある役割を果たすと考えられ、そして中枢
神経系（ＣＮＳ）の発生において重要なシグナル伝達分子であるようである。ｗ
ｎｔ−１の配列は、哺乳動物、魚類および両生類において高度に保存されている
。Ｗｎｔ−１は、すべてが発生レギュレーターであると考えられる関連タンパク
質の大きなファミリーのメンバーであることが見出された（Ｎｕｓｓｅ Ｒら、
Ｃｅｌｌ（１９９２）６９：１０７３；ＭｃＭａｈｏｎ Ａ．Ｐ．Ｔｒｅｎｄｓ
Ｇｅｎｅｔ．（１９９２）８：１；Ｍｏｏｎ Ｒ．Ｔ．，ＢｉｏＥｓｓａｙｓ
（１９９３）１５：９１）。これらのタンパク質は、ｗｎｔ−２（ｉｒｐとして
も公知）、ｗｎｔ−３、−３Ａ、−４、−５Ａ、−５Ｂ、−６、−７Ａ、−７Ｂ
、−８、−８Ｂ、−９および−１０として公知である。このファミリーの少なく
とも４つのメンバーがＤｒｏｓｏｐｈｉｌａに存在する；これらの１つ、無翅（
ｗｇ）は、分節極性を意図する。
【０３７５】 これらのタンパク質の全ては分泌タンパク質の以下の特徴を共有する：シグナ
ルペプチド、いくつかの潜在的Ｎ−グリコシル化部位および２２の保存されたシ
ステイン（これはおそらくジスルフィド結合に関連する）。このＷｎｔタンパク
質は、分泌細胞の原形質膜に接着するようであり、従って、わずかな細胞直径を
超えてしかシグナル伝達しないようである。３つのシステインを含む高度に保存
された領域に基づくこのコンセンサスパターンは、以下のようである：Ｃ−Ｋ−
Ｃ−Ｈ−Ｇ−［ＬＩＶＭＴ］−Ｓ−Ｇ−ｘ−Ｃ。このファミリーに属することが
公知であるすべての配列は、提供された共通のパターンにより検出される。
【０３７６】 ｈｈ）プロテインチロシンホスファターゼ（Ｙ＿ホスファターゼ）。いくつか
の確認配列、従ってそれによって確認される配列は、プロテインチロシンキナー
ゼをコードするポリヌクレオチドを表す。チロシン特異的プロテインホスファタ
ーゼ（ＥＣ３．１．３．４８）（ＰＴＰアーゼ）（Ｆｉｓｃｈｅｒら、Ｓｃｉｅ
ｎｃｅ（１９９１）２５３：４０１；Ｃｈａｒｂｏｎｎｅａｕら、Ａｎｎｕ．Ｒ
ｅｖ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．（１９９２）８：４６３；；Ｔｒｏｗｂｒｉｇｅ、
Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９１）２６６：２３５１７；Ｔｏｎｋｓら、Ｔ
ｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９８９）１４：４９７；およびＨｕ
ｎｔｅｒ、Ｃｅｌｌ（１９８９）５８：１０１３）は、チロシン残基に付着した
リン酸基の除去を触媒する。これらの酵素は、細胞成長、細胞増殖、細胞分化お
よび細胞形質転換の制御において非常に重要である。複数の型のＰＴＰアーゼが
特徴付けられており、そして２つのカテゴリーに分類され得る：可溶性ＰＴＰア
ーゼおよびＰＴＰアーゼドメインを含む膜貫通型レセプタータンパク質。
【０３７７】 可溶性ＰＴＰアーゼは、Ｎ末端バンド４．１様ドメインを含み、そしてこの膜
と細胞骨格との間の接合部において作用し得る酵素である、ＰＴＰＮ３（Ｈ１）
およびＰＴＰＮ４（ＭＥＧ）；そのＮ最末端において２コピーのＳＨ２ドメイン
を含む酵素である、ＰＴＰＮ６（ＰＴＰ−１Ｃ；ＨＣＰ；ＳＨＰ）およびＰＴＰ
Ｎ１１（ＰＴＰ−２Ｃ；ＳＨ−ＰＴＰ３；Ｓｙｐ）を含む。
【０３７８】 二重特異性ＰＴＰアーゼは、Ｔｈｒ−１８３およびＴｙｒ−１８５の両方にお
いてＭＡＰキナーゼを脱リン酸化する、ＤＵＳＰ１（ＰＴＰＮ１０；ＭＡＰキナ
ーゼホスファターゼ−１；ＭＫＰ−１）；ならびにＴｈｒ残基およびＴｙｒ残基
の両方においてＭＡＰキナーゼＥＲＫ１およびＥＲＫ２を脱リン酸化する核酵素
であるＤＵＳＰ２（ＰＡＣ−１）を含む。
【０３７９】 構造的に、公知であるレセプターＰＴＰアーゼは全て、可変性の長さの細胞外
ドメイン、続く膜貫通領域およびＣ末端触媒細胞質ドメインで構成される。レセ
プターＰＴＰアーゼのいくつかは、それらの細胞外領域において、ＩＩＩ型フィ
ブロネクチン（ＦＮ−ＩＩＩ）反復、免疫グロブリン様ドメイン、ＭＡＭドメイ
ンまたは炭酸脱水酵素様ドメインを含む。この細胞質領域は、一般に、２コピー
のＰＴＰアーゼドメインを含む。この第１は、酵素活性を有するようであり、一
方、この第２は、不活性であるが、この第１の基質特異性に影響するようである
。これらのドメインにおいて、この触媒システインは、一般に、保存されるが、
いくつかの他の（おそらく重要である）残基は、保存されない。
【０３８０】 ＰＴＰアーゼドメインは、約３００アミノ酸からなる。２つの保存されたシス
テインが存在し、そしてこの第２のシステインは、活性のために絶対的に必要と
されることが示されている。さらに、そのすぐ近傍における多数の保存された残
基もまた、重要であることが示されている。ＰＴＰアーゼに対するこのコンセン
サスパターンは、［ＬＩＶＭＦ］−Ｈ−Ｃ−ｘ（２）−Ｇ−ｘ（３）−［ＳＴＣ
］−［ＳＴＡＧＰ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹ］であり、Ｃは活性部位残基である。
【０３８１】 ｉｉ）ジンクフィンガー、Ｃ２Ｈ２型（ジンクフィンガー Ｃ２Ｈ２）。確証
配列のいくつか、および従って、それらが確認する配列は、Ｃ２Ｈ２型ジンクフ
ィンガータンパク質ファミリーの新規なメンバーをコードするポリヌクレオチド
に対応する。ジンクフィンガードメイン（Ｋｌｕｇら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃ
ｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９８７）１２：４６４；Ｅｖａｎｓら、Ｃｅｌｌ（１９８
８）５２：１；Ｐａｙｒｅら、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．（１９８８）２３４：２４
５；Ｍｉｌｌｅｒら、ＥＭＢＯ Ｊ．（１９８５）４：１６０９；およびＢｅｒ
ｇ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８８）８５：９９）
は、Ｘｅｎｏｐｕｓ転写因子ＴＦＩＩＩＡにおいて最初に同定された核酸結合タ
ンパク質構造である。これらのドメインは、以来多くの核酸結合タンパク質で見
出されている。ジンクフィンガードメインは、２５〜３０アミノ酸残基で構成さ
れる。２つのシステインまたはヒスチジン残基が、亜鉛原子の４面体配位に関与
するドメインの両端に位置する。そのようなドメインは、約５つのヌクレオチド
と相互作用することが、提唱されている。
【０３８２】 ジンクフィンガーの多くのクラスは、亜鉛原子の配位に関与するヒスチジンお
よびシステイン残基の数および位置に従って特徴づけされる。Ｃ２Ｈ２と呼ばれ
る特徴付けられた第１のクラスにおいて、亜鉛配位残基の第１の対は、システイ
ンであり、第２の対は、ヒスチジンである。多くの実験報告書は、このクラスの
いくつかのメンバーの亜鉛依存ＤＮＡまたはＲＮＡ結合特性を実証している。
【０３８３】 Ｃ２Ｈ２ジッパーを有する哺乳動物タンパク質は、以下を含む（括弧内の数字
は、タンパク質内のジンクフィンガー領域の数を示す）：バソヌクリン（ｂａｓ
ｏｎｕｃｌｉｎ）（６）、ＢＣＬ−６／ＬＡＺ−３（６）、赤血球クルッペル（
ｋｒｕｅｐｐｅｌ）様転写因子（３）、転写因子Ｓｐ１（３）、Ｓｐ２（３）、
Ｓｐ３（３）、およびＳｐ４（３）、転写リプレッサーＹＹ１（４）、ウィルム
ス腫瘍タンパク質（４）、ＥＧＲ１／Ｋｒｏｘ２４（３）、ＥＧＲ２／Ｋｒｏｘ
２０（３）、ＥＧＲ３／Ｐｉｌｏｔ（３）、ＥＧＲ４／ＡＴ１３３（４）、Ｅｖ
ｉ−１（１０）、ＧＬＩ１（５）、ＧＬＩ２（４＋）、ＧＬＩ３（３＋）、ＨＩ
Ｖ−ＥＰ１／ＺＮＦ４０（４）、ＨＩＶ−ＥＰ２（２）、ＫＲ１（９＋）、ＫＲ
２（９）、ＫＲ３（１５＋）、ＫＲ４（１４＋）、ＫＲ５（１１＋）、ＨＦ．１
２（６＋）、ＲＥＸ−１（４）、ＺｆＸ（１３）、ＺｆＹ（１３）、Ｚｆｐ−３
５（１８）、ＺＮＦ７（１５）、ＺＮＦ８（７）、ＺＮＦ３５（１０）、ＺＮＦ
４２／ＭＺＦ−１（１３）、ＺＮＦ４３（２２）、ＺＮＦ４６／Ｋｕｐ（２）、
ＺＮＦ７６（７）、ＺＮＦ９１（３６）、ＺＮＦ１３３（３）。
【０３８４】 保存された亜鉛リガンド残基に加えて、他の多くの位置もまたＣ２Ｈ２ジンク
フィンガーの構造の保存性に重要であることが示されている。（Ｒｏｓｅｎｆｅ
ｌｄら、Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｄｙｎ．（１９９３）１１：５５７
）。最もよく保存されている位置は、第２のシステインの４残基後に見られ；一
般的にそれは芳香族または脂肪族の残基である。Ｃ２Ｈ２ジンクフィンガーのコ
ンセンサスパターンは、以下である：Ｃ−ｘ（２，４）−Ｃ−ｘ（３）−［ＬＩ
ＶＭＦＹＷＣ］−ｘ（８）−Ｈ−ｘ（３，５）−Ｈ。２つのＣおよび２つのＨが
亜鉛リガンドである。
【０３８５】 ｊｊ）ジンクフィンガー、Ｃ３Ｈ４型（ＲＩＮＧフィンガー）、特徴（ジンク
フィンガー Ｃ３Ｈ４）。配列番号３７７４および４４７７、ならびに従って、
それらが確認する配列は、Ｃ３Ｈ４型ジンクフィンガーの特徴を有するポリペプ
チドをコードするポリヌクレオチドを表示する。多くの真核生物およびウイルス
タンパク質はこの特徴を含み、これは主に４０〜６０残基の保存されたシステイ
ン−リッチドメインである（Ｂｏｒｄｅｎ Ｋ．Ｌ．Ｂ．ら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉ
ｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９６）６：３９５）。システインリッチ−
ドメインは、亜鉛の２つの原子と結合し、そしてタンパク質−タンパク質相互作
用の媒介におそらく関与する。亜鉛結合システムの３次元構造は、ＲＩＮＧドメ
インに独特のものであり、そして「交叉−梁（ｃｒｏｓｓ−ｂｒａｃｅ）」モチ
ーフとして言及される。そのようなドメインでのシステインのスペーシングは、
Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−ｘ（９〜３９）−Ｃ−ｘ（１〜３）−Ｈ−ｘ（２〜３）−Ｃ
−ｘ（２）−Ｃ−ｘ（４〜４８）−Ｃ−ｘ（２）−Ｃである。Ｃ３Ｈ４ドメイン
を含むタンパク質は、以下を含む： １）哺乳類Ｖ（Ｄ）Ｊ組換え活性化タンパク質（ＲＡＧ１）。ＲＡＧ１は、免
疫グロブリンおよびＴ細胞レセプター遺伝子の再構成を活性化する。
【０３８６】 ２）マウスｒｐｔ−１。ｒｐｔ−１は、インターロイキン２レセプターα鎖の
プロモーター領域またはＨＩＶ−１のＬＴＲプロモーター領域によって方向付け
られる遺伝子発現を調節するトランス作用因子である。
【０３８７】 ３）ヒトｒｆｐ。ｒｆｐは、雄性胚細胞の発生において機能し得る発生的に調
節されたタンパク質である。ｒｆｐのＮ末端部分のタンパク質チロシンキナーゼ
との組換えは、ｒｅｔ形質転換タンパク質を産生する。
【０３８８】 ４）ヒト５２Ｋｄ Ｒｏ／ＳＳ−Ａタンパク質。Ｒｏ／ＳＳ−Ａリボヌクレオ
タンパク質複合体由来の機能が未知のタンパク質。全身性エリテマトーデスまた
は原発性シェーグレン症候群を有する患者からの血清は、しばしば、Ｒｏタンパ
ク質と反応する抗体を含む。
【０３８９】 ５）ヒト組織適合性遺伝子座タンパク質ＲＩＮＧ１。
【０３９０】 ６）ヒトＰＭＬ、有望な転写因子。レチノインレセプターαとのＰＭＬの染色
体転移は、急性前骨髄細胞白血病（ＡＰＬ）を引き起こす融合タンパク質を作出
する。
【０３９１】 ７）哺乳動物乳癌１型感受性タンパク質（ＢＲＣＡ１）（［Ｅ１］ｈｔｔｐ：
／／ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．ｗｅｉｚｍａｎｎ．ａｃ．ｉｌ／ｈｏｔｍ
ｏｌｅｃｂａｓｅ／ｅｎｔｒｉｅｓ／ｂｒｃａｌ．ｈｔｍ）。
【０３９２】 ８）哺乳動物ｃｂ１プロトオンコジーン。
【０３９３】 ９）哺乳動物ｂｍｉ−１プロトオンコジーン。
【０３９４】 １０）脊椎動物ＣＤＫ活性化キナーゼ（ＣＡＫ）アセンブリ因子ＭＡＴ１、こ
れは、ＣＤＫ７キナーゼとサイクリンＨとの間の複合体を安定化させるタンパク
質である（ＭＡＴ１は、「三角関係」を表す）。
【０３９５】 １１）哺乳動物ｍｅｌ−１８タンパク質。種々の腫瘍細胞で発現されるｍｅｌ
−１８は、特異的なＤＮＡ配列を認識および結合する転写リプレッサーである。
【０３９６】 １２）ペルオキシソームの生合成に何らかの関連を有する哺乳動物ペルオキシ
ソームアセンブリ因子−１（ＰＡＦ−１）（ＰＭＰ３５）。ヒトにおいて、ＰＡ
Ｆ−１の欠損は、ペルオキシソームの欠損に関連した常染色体性の劣勢障害であ
るツェルヴェーガー症候群の形成の原因である。
【０３９７】 １３）ＣＤＫ７サイクリンＨ複合体と相互作用するヒトＭＡＴ１タンパク質。
【０３９８】 １４）ヒトＲＩＮＧ１タンパク質。
【０３９９】 １５）Ｘｅｎｏｐｕｓ ＸＮＦ７タンパク質（おそらく転写因子である）。
【０４００】 １６）トリパノソーマタンパク質ＥＳＡＧ−８（Ｔ−ＬＲ）。これは、ＶＳＧ
発現部位における遺伝子の転写後調節に関与し得るかまたはその活性を調節する
ためにアデニル酸シクラーゼと相互作用し得る。
【０４０１】 １７）Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａタンパク質Ｐｏｓｔｅｒｉｏｒ Ｓｅｘ Ｃｏｍ
ｂ（Ｐｓｃ）およびＳｕｐｐｒｅｓｓｒ ｔｗｏ ｏｆ ｚｅｓｔｅ（Ｓｕ（ｚ
）２）。この２つのタンパク質は、ホメオティックセレクター遺伝子のセグメン
ト特異的抑制を維持するために必要とされる遺伝子のポリコウム群に属する。
【０４０２】 １８）Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａタンパク質雄性特異的ｍｓｌ−２は、Ｘ染色体投
薬量補強（男性一本鎖Ｘ染色体の転写の上昇）に関与するＤＮＡ結合タンパク質
である。
【０４０３】 １９）光形態形成の調節に関与するＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎ
ａタンパク質ＣＯＰ１。
【０４０４】 ２０）真菌ＤＮＡ修復タンパク質ＲＡＤ５、ＲＡＤ１６、ＲＡＤ１８およびｒ
ａｄ８。
【０４０５】 ２１）ヘルペスウイルストランス作用転写タンパク質ＩＣＰ０／ＩＥ１１０。
多くの異なるヘルペスウイルスにおいて特徴付けられているこのタンパク質は、
多くのウイルスプロモーターおよび細胞プロモーターの発現のトランス活性化因
子および／またはトランスリプレッサー因子である。
【０４０６】 ２２）バキュロウイルスタンパク質ＣＧ３０。
【０４０７】 ２３）バキュロウイルス主要前初期タンパク質（ＰＥ−３８）。
【０４０８】 ２４）バキュロウイルス前初期調節タンパク質ＩＥ−Ｎ／ＩＥ−２。
【０４０９】 ２５）Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ ｅｌｅｇａｎｓ仮想タンパク質Ｆ５４
Ｇ８．４、Ｒ０５Ｄ３．４およびＴ０２Ｃ１．１。
【０４１０】 ２６）酵母仮想タンパク質ＹＥＲ１１６ｃおよびＹＫＲ０１７ｃ。
【０４１１】 Ｃ３Ｈ４フィンガーに対するこの特徴パターンは、ドメインの中心領域に基づ
く： コンセンサスパターン：Ｃ−ｘ−Ｈ−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹ］−Ｃ−ｘ（２）−Ｃ
−［ＬＩＶＭＹＡ］。
【０４１２】 （実施例４：本発明のポリヌクレオチドの示差的発現：ライブラリーの記述お
よび示差的発現の検出） 本発明のポリヌクレオチドの相対的な発現レベルを、細胞株および患者組織サ
ンプルを含む種々の供給源から調製されたいくつかのライブラリーにおいて評価
した。表４は、これらのライブラリーの概要を提供する。これには、省略したラ
イブラリー名（本明細書において以後使用）、ｃＤＮＡライブラリーを調製する
のに用いたｍＲＮＡ供給源、以下の表で用いられるライブラリーの「ニックネー
ム」（引用符で囲んで）、およびライブラリーにおけるおよそのクローン数が挙
げられる。
【０４１３】
【表４】 ＫＭ１２Ｌ４細胞株およびＫＭ１２Ｃ細胞株を、上記実施例１に記載する。Ｍ
ＤＡ−ＭＢ２３１細胞株は、もともと胸膜の浸出液から単離された（Ｃａｉｌｌ
ｅａｕ，Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ．Ｉｎｓｔ．（１９７４）５３：６６１）
。これは転移性能力が高く、そして乳癌に一致するヌードマウスにおける少し分
化された第二段階の腺癌を形成する。ＭＣＦ７細胞株は、乳房腺癌の胸膜浸出液
に由来しており、そして非転移性である。ＭＶ−５２２細胞株は、ヒト肺癌腫に
由来し、そして転移能力が高い。ＵＣＰ−３細胞株は、低い転移性のヒト肺癌腫
細胞株である；ＭＶ−５２２はＵＣＰ−３の高い転移性改変体である。これらの
細胞株は、ヒトの乳癌および肺癌の研究のためのモデルとして当該分野で広く認
知されている（例えば、以下を参照のこと：Ｃｈａｎｄｒａｓｅｋａｒａｎら、
Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９７９）３９：８７０（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およ
びＭＣＦ−７）；Ｇａｓｔｐａｒら、Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ（１９９８）４１：
４９６５（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＣＦ−７）；Ｒａｎｓｏｎら、Ｂｒ
Ｊ Ｃａｎｃｅｒ（１９８８）７７：１５８６（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭ
ＣＦ−７）；Ｋｕａｎｇら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ（１９９８）
２６：１１１６（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＣＦ−７）；Ｖａｒｋｉら，Ｉ
ｎｔ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ（１９８７）４０：４６（ＵＣＰ−３）；Ｖａｒｋｉら
、Ｔｕｍｏｕｒ Ｂｉｏｌ．（１９９０）１１：３２７；（ＭＶ−５２２および
ＵＣＰ−３）；Ｖａｒｋｉら、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９９０）１
０：６３７；（ＭＶ−５２２）；Ｋｅｌｎｅｒら、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅ
ｓ（１９９５）１５：８６７（ＭＶ−５２２）；およびＺｈａｎｇら、Ａｎｔｉ
ｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇｓ（１９９７）８：６９６（ＭＶ５２２））。ライブラ
リー１５〜２０のサンプルは、２人の異なる患者（ＵＣ＃２およびＵＣ＃３）に
由来する。ｂ−ＦＧＦ処理ＨＭＥＣを、２時間１０ｎｇ／ｍｌのｂＦＧＦと共に
インキュベートすることにより調製した；ＶＥＧＦ処理ＨＭＥＣを、２時間２０
ｎｇ／ｍｌのＢＥＧＦと共にインキュベートすることにより調製した。それぞれ
の増殖因子とのインキュベーション後、細胞を洗浄し、そして溶菌緩衝液をＲＮ
Ａ調製のために添加した。
【０４１４】 各ライブラリーは、ｃＤＮＡクローンのコレクションから構成され、このｃＤ
ＮＡクローンは、順に、示されたｍＲＮＡ供給源中で発現されるｍＲＮＡの代表
である。各ライブラリーにおける何百万の配列の分析を容易にするために、この
配列をクラスターに割り当てた。「クローンのクラスター」の概念を概算で３０
０個の７ｂｐのオリゴヌクレオチドプローブのパネルに対するこれらのハイブリ
ダイゼーションパターンに基づいたｃＤＮＡクローンの識別／グループ化から導
き出す（Ｄｒｍａｎａｃら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ（１９９６）３７（１）：２９を
参照のこと）。組織ライブラリーからのランダムなｃＤＮＡクローンを３００個
の７ｂｐオリゴヌクレオチドに対して中程度のストリージェンシーでハイブリダ
イズする。各オリゴヌクレオチドは、その特異的クローンに対する特異的なハイ
ブリダイゼーションのある測定を有する。３００プローブのハイブリダイゼーシ
ョンの、３００のこれらの測定の組み合わせは、特異的クローンの「ハイブリダ
イゼーションサイン」と等しい。同様の配列を有するクローンは、同様のハイブ
リダイゼーションサインを有する。これらのサインを分析するための識別／グル
ープ化アルゴリズムを開発することによって、ライブラリー中のクローン群を同
定し得、そして計算上、一緒にもたらされ得る。これらのクローン群は、「クラ
スター」と呼ばれる。アルゴリズムにおける選択したストリージェンシーに依存
して（古典的なライブラリーｃＤＮＡスクリーニングプロトコールにおけるハイ
ブリダイゼーションのストリージェンシーに類似）、各クラスターの「純度」を
制御し得る。例えば、クラスター化の人為的結果は、人為的結果が最も高いスト
リージェンシーでさえ、４００ｂｐのｃＤＮＡフラグメントを用いてｃＤＮＡラ
イブラリーの「湿潤実験（ｗｅｔ−ｌａｂ）」スクリーニングでちょうど生じ得
るように、計算上のクラスターにおいて生じ得る。本明細書中においてクラスタ
ーの実行で使用されるストリージェンシーは、一般に、同じｃＤＮＡまたは密接
に関連したｃＤＮＡ由来のクローン群を提供する。密接に関連したクローンは、
同じｃＤＮＡの異なった長さのクローン、高度に関連した遺伝子ファミリー由来
の密接に関連したクローン、または同じｃＤＮＡのスプライス改変体の結果であ
り得る。
【０４１５】 選択されたクラスターの差示的発現を、第一のライブラリー中の選択クラスタ
ーに対応するｃＤＮＡクローン（１ｓｔにおけるクローン）の数の最初の決定、
および第二のライブラリー中の選択クラスターに対応するｃＤＮＡクローン（２
ｎｄにおけるクローン）の数の決定によって評価した。第二のライブラリーと比
較した第一のライブラリーの選択クラスターの差示的発現をこの２つのライブラ
リー間の発現百分率の「比」として表現する。一般に、この「比」を以下により
計算する：１）第一のライブラリーから分析された全クローン数で、第一のライ
ブラリー中での選択されたクラスターに対応するクローン数を除算することによ
って、第一のライブラリー中の選択クラスターの発現百分率を計算する工程；２
）第二のライブラリーから分析された全クローン数で、第二のライブラリー中の
選択クラスターに対応するクローン数を除算することによって、第二のライブラ
リー中の選択クラスターの発現百分率を計算する工程；３）第二のライブラリー
からの計算された発現百分率で、第一のライブラリーからの計算された発現百分
率を除算する工程。ライブラリー中の選択されたクラスターに対応する「クロー
ン数」がゼロである場合、この値は、計算における補助のため１に設定される。
この比の計算に使用される式は、比較されている各ライブラリーの「深さ」（す
なわち、各ライブラリーで分析される全クローン数）を考慮に入れる。
【０４１６】 一般に、ポリヌクレオチドは、この比値が少なくとも約２より大きい、好まし
くは少なくとも約３より大きい、より好ましくは少なくとも約５より大きい場合
、２つのサンプル間で有意に差示的発現されるといわれ、ここでこの比値を上記
の方法を使用して計算する。差示発現の重要性をＺスコア試験を使用して、決定
する（Ｚａｒ、Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ａｎａｌｙｓｉｓ、Ｐｒｅｎｔ
ｉｃｅ Ｈａｌｌ，Ｉｎｃ．，ＵＳＡ、「Ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ ｂｅｔｗｅ
ｅｎ Ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎｓ」、２９６−２９８頁（１９７４））。
【０４１７】 （実施例５：低転移性の乳癌細胞に対して高転移能乳癌細胞において差示的に
発現されるポリヌクレオチド） 高転移能乳癌組織由来の細胞および低転移性の乳癌細胞間で差示的に発現され
る多くのポリヌクレオチド配列が同定されている。乳癌におけるこれらの配列の
発現は、診断上、予後上、および／または処置上の情報の決定において価値があ
り得る。例えば、高転移能細胞中で高度に発現される配列は、転移プロセスに関
与する遺伝子または調節配列の発現の増加を示し得る。従って、１以上のこれら
のポリペプチドのレベルの増加を示す患者のサンプルは、より積極的な処置を保
証し得る。別の実施例において、低転移能細胞中でより高い発現を示す配列は、
転移を阻害する遺伝子または調節配列と関連し得、従って、サンプル中のこれら
のポリペプチドの発現は、示唆されるひどい病状よりポジティブな予後を保証し
得る。
【０４１８】 これらのポリヌクレオチドの差示的発現は、診断マーカー、予後マーカーとし
て、リスク評価、患者の処置などのために使用され得る。これらのポリヌクレオ
チド配列はまた、別の公知の分子および／または生化学的マーカーと組み合わせ
て使用され得る。
【０４１９】 以下の表は、高転移能乳癌細胞と低転移能の乳癌細胞間で差示的に発現される
ポリヌクレオチドを要約する。
【０４２０】
【表５】
【０４２１】
【表６】 （実施例６：低転移性肺癌細胞に対して高転移能肺癌細胞で差示的に発現され
るポリヌクレオチド） 高転移能肺癌組織由来の細胞と低転移性肺癌細胞間で差示的に発現される多く
のポリヌクレオチド配列が同定されている。肺癌組織中でのこれらの配列の発現
は、診断、予後および／または処置の情報の決定において価値があり得る。例え
ば、関連する高転移能細胞中で高度に発現される配列は、転移プロセスに関与す
る遺伝子または調節配列の発現増加を示し得る。従って、１以上のこれらのポリ
ヌクレオチドの増加したレベルを示す患者のサンプルは、より積極的な処置を保
証し得る。別の実施例において、低転移能細胞中でのより高い発現を示す配列は
、転移を阻害する遺伝子または調節配列に関連し得、従って、サンプル中のこれ
らのポリヌクレオチドの発現は、示唆されるひどい病状よりさらにポジティブな
予後を保証し得る。
【０４２２】 これらのポリヌクレオチドの差示的発現は、診断マーカー、予後マーカーとし
て、リスク評価、患者の処置などのために使用され得る。これらのポリヌクレオ
チド配列もまた、他の公知の分子マーカーおよび／または生化学的マーカーと組
み合わせて使用され得る。
【０４２３】 以下の表は、高転移能肺癌細胞と低転移能肺細胞間で差示的に発現されるポリ
ヌクレオチドを要約する：
【０４２４】
【表７】
【０４２５】
【表８】 （実施例７：低転移性結腸癌細胞に対して高転移能結腸癌細胞において差示的
に発現されるポリヌクレオチド） 高転移能結腸癌組織由来の細胞と低転移性結腸癌細胞間で差示的に発現される
多くのポリヌクレオチド配列が同定されている。結腸癌組織中のこれらの配列の
発現は、診断、予後および／または処置の情報の決定において価値があり得る。
例えば、高転移能細胞中で高度に発現される配列は、転移プロセスに関与する遺
伝子または調節配列の発現増加を示し得る。従って、１以上のこれらのポリヌク
レオチドのレベル増加を示す患者のサンプルは、より積極的な処置を保証し得る
。別の実施例において、低転移能細胞中でより高い発現を示す配列は、転移を阻
害する遺伝子または調節配列と関連し得、従って、サンプル中のこれらのポリヌ
クレオチドの発現は、示唆されるひどい病状よりさらにポジティブな予後を保証
し得る。
【０４２６】 これらのポリヌクレオチドの差示的発現は、診断マーカー、予後マーカーとし
て、リスク評価、患者の処置などのために使用され得る。これらのポリヌクレオ
チド配列もまた、他の公知の分子マーカーおよび／または生化学的マーカーと組
み合わせて使用され得る。
【０４２７】 以下の表は、高転移能結腸癌細胞と低転移能結腸癌細胞間での差示的発現を有
する、同定されたポリヌクレオチドを要約する：
【０４２８】
【表９】
【０４２９】
【表１０】 （実施例８：正常患者組織に対して高転移能結腸癌患者組織において差示的に
発現されるポリヌクレオチド） 高転移能結腸癌組織由来の細胞および正常組織由来の細胞間で差示的に発現さ
れる多くのポリヌクレオチド配列が同定されている。結腸癌組織中のこれらの配
列の発現は、診断、予後および／または処置の情報の決定において価値があり得
る。例えば、関連する高転移性の細胞中で高度に発現される配列は、新脈管形成
、脱分化、細胞複製および転移のようなプロセスを含む、進行型の疾患状態に関
与する遺伝子または調節配列の発現増加を示し得る。従って、１以上のこれらの
ポリヌクレオチドのレベルの増加を示す患者のサンプルは、より積極的な処置を
保証し得る。
【０４３０】 これらのポリヌクレオチドの差示的発現は、診断マーカー、予後マーカーとし
て、リスク評価、患者の処置などのために使用され得る。これらのポリヌクレオ
チド配列もまた、他の公知の分子マーカーおよび／または生化学的マーカーと組
み合わせて使用され得る。
【０４３１】 以下の表は、高転移能結腸癌細胞と正常な結腸細胞間で差示的に発現されるポ
リヌクレオチドを要約する：
【０４３２】
【表１１】
【０４３３】
【表１２】 （実施例９：転移した結腸癌患者組織に対して高結腸腫瘍能患者組織において
差示的に発現するポリヌクレオチド） 高腫瘍能結腸癌組織由来の細胞と高転移能結腸癌細胞由来の細胞間で差示的に
発現される多くのポリヌクレオチド配列が同定されている。結腸癌組織中でのこ
れらの配列の発現は、悪性組織への前癌組織の形質転換と関連する、診断、予後
および／または処置の情報の決定において価値があり得る。この情報は、これら
の組織における進行した悪性状態を達することを予防することにおいて有用であ
り得、そして患者のリスク評価において重要であり得る。
【０４３４】 以下の表は、高腫瘍能結腸癌組織と高転移能結腸癌細胞由来の細胞間の差示的
発現を有する、同定されたポリヌクレオチドを要約する：
【０４３５】
【表１３】 （実施例１０：正常患者組織に対して高腫瘍能結腸癌患者組織で差示的に発現
されるポリヌクレオチド） 高腫瘍能結腸癌組織由来の細胞と正常組織由来の細胞間で差示的に発現される
多くのポリヌクレオチド配列が同定されている。結腸癌組織中のこれらの配列の
発現は、これらの組織における悪性状態に達することの予防に関連する、診断、
予後および／または処置の情報の決定において価値があり得、そして、患者のリ
スク評価において重要であり得る。例えば、潜在性の結腸癌細胞中で高度に発現
される配列は、初期の腫瘍進行に関与する遺伝子または調節配列の発現増加に関
連するか、またはそれを示し得る。従って、１以上のこれらのポリヌクレオチド
のレベル増加を示す患者のサンプルは、できるだけ早く悪性状態を捕捉するため
のより周到な注意またはより頻度の高いスクリーニング手順を保証し得る。
【０４３６】 以下の表は、高転移能結腸癌細胞と正常結腸細胞間で差示的に発現されるポリ
ヌクレオチドを要約する：
【０４３７】
【表１４】
【０４３８】
【表１５】 （実施例１１：未処理ＨＭＥＣと比較して増殖因子刺激ヒト微小血管内皮細胞
（ＨＭＥＣ）中で差示的に発現されるポリヌクレオチド） 未処理ＨＭＥＣと比較して増殖因子で処理されているヒト微小血管内皮細胞（
ＨＭＥＣ）間で差示的に発現される多くのポリヌクレオチド配列が同定されてい
る。
【０４３９】 増殖因子処理ＨＭＥＣと未処理ＨＭＥＣ間で差示的に発現される配列は、新脈
管形成、転移（細胞遊走）、ならびに他の発生および腫瘍形成のプロセスに関連
する遺伝子産物をコードする配列を示し得る。例えば、未処理ＨＭＥＣと比較し
て増殖因子（例えば、ｂＦＧＦまたはＶＥＧＦ）で処理されたＨＭＥＣ中でより
高度に発現される配列は、より高度な転移性能の癌細胞のマーカーとして使用さ
れ得る。結腸癌組織におけるこれらの配列の発現検出は、これらの組織における
悪性状態に達することの予防に関連する、診断、予後および／または処置の情報
の決定において価値があり得、そして患者のリスク評価において重要であり得る
。従って、１以上のこれらのポリヌクレオチドのレベル増加を示す患者のサンプ
ルは、できるだけ早期の悪性状態を捕捉するためのより周到な注意またはより頻
度の高いスクリーニング手順を保証し得る。
【０４４０】 以下の表は、増殖因子処理ＨＭＥＣと未処理ＨＭＥＣ間での差示的発現を有す
る同定されたポリヌクレオチドを要約する。
【０４４１】
【表１６】
【０４４２】
【表１７】 （実施例１２：複数のライブラリーにわたり示差的に発現されるポリヌクレ
オチド） 試験された全ての３つの組織型（すなわち、乳房、結腸、および肺）にわたり
癌性細胞と正常細胞との間で示差的に発現される、多くのポリヌクレオチド配列
が同定された。組織または任意の起源におけるこれらの配列の発現は、診断上、
予後上、および／または処置上の、これらの組織における悪性状態の達成の予防
に関連する情報を決定する際に役に立ち得、そして患者に対するリスク評価にお
いて重要であり得る。これらのポリヌクレオチドはまた、非組織特異的マーカー
（例えば、腫瘍転移のリスクについての非組織特異的マーカー）としても使用さ
れ得る。以下の表は、試験された乳房、結腸、および肺のライブラリーにおいて
組織型特異性を伴わずに示差的に発現される、同定されたポリヌクレオチドにつ
いて要約する。
【０４４３】
【表１８】 （実施例１２：結腸特異的発現を示すポリヌクレオチド） 本明細書に記載されるｃＤＮＡライブラリーはまた、結腸細胞または組織にお
いて特異的に発現されるそれらのポリヌクレオチド（すなわち、結腸細胞系また
は組織から調製されたライブラリーにおいて同定され、乳房または肺起源のライ
ブラリーにおいては同定されないポリヌクレオチド）を同定するために分析され
た。結腸細胞系および／または結腸組織において発現されるが、本明細書に記載
される乳房または肺のｃＤＮＡライブラリーにおいて存在するポリヌクレオチド
を、表１９に示す（後に記載）。
【０４４４】 上記の表中の結腸特異的ポリヌクレオチドに対応するクローンは、ライブラリ
ー３、４、８、９、１２、１３、１４または１５のいずれにも全く存在しなかっ
た。上記に提供されるポリヌクレオチドは、上記されるように、結腸起源の細胞
のマーカーとして使用され得、そして参照整列（アレイ）における特定の使用を
見出され得る。
【０４４５】 （実施例１３：本発明のポリヌクレオチドを有する隣接配列の同定） 新規のポリヌクレオチドを、配列番号１〜２５０２の任意のポリヌクレオチド
が隣接配列の同定を促進するか否か（例えば、このポリヌクレオチドが、提供さ
れるポリヌクレオチドおよび他のＤＮＡ配列から構成されるより長い隣接配列の
産生を生じる別のＤＮＡ配列の５’伸長を生じる配列を提供するか）を決定する
ため、公に入手可能なデータベースおよび特許されたデータベースをスクリーニ
ングするために使用した。コンティグを、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ．大学のＧＣＧの
Ｇｅｌｍｅｒｇｅ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ（デフォルト設定）を用いて実施し
た。
【０４４６】 これらのパラメーターを使用して、１４６のコンティグ配列を作製した。これ
らのコンティグ配列は配列番号５１０７〜５２５２として提供される（表１を参
照のこと）。このコンティグ配列は配列番号１〜２５０２の配列と関連され得、
ここでコンティグ配列は、例えば、表１において同じクローン名を共有する配列
番号１〜２５０２のこれらの配列および配列番号５１０７〜５２５２のコンティ
グ配列を同定することにより根拠付けられる。
【０４４７】 従って、コンティグ配列（配列番号５１０７〜５２５２）は、本発明のポリヌ
クレオチド配列を含むより長い配列を表した。次いで、コンティグ配列を配列番
号１〜２５０２および配列番号「２５０３〜５１０６」の確証配列について上記
されたように、ＢＬＡＳＴプログラムを使用して個々の配列との最適整列を決定
するために、３つの全ての読み取り枠において翻訳した。再度、この配列を、実
施例１において上記されるように、低複雑性をマスクする（ｍａｓｋ）ためのＸ
ＢＬＡＳＴプログラムを使用してマスクした（表２）。いくつかのコンティグ配
列は、公知のタンパク質ファミリーに属するポリペプチド（従って、これらのタ
ンパク質ファミリーの新しいメンバーを代表する）および／または公知の機能ド
メインを含むポリペプチドの特性を有するポリペプチドをコードすることが見出
された（表２０）。従って、本発明は本明細書で同定されたタンパク質ファミリ
ーおよび／または機能ドメインに関連する生物学的活性を保持するようなポリヌ
クレオチドのフラグメント、融合体、および変異体を含む。
【０４４８】
【表２０】 示されるタンパク質ファミリーおよび機能的ドメインについてのプロフィール
の詳細は、上記の実施例３に提供される。
【０４４９】 当業者らは、慣用的な実験以上のことを使用せずして、本明細書に記載される
本発明の特定の実施態様に対する多くの等価物を認識し、または確認し得る。そ
のような特定の実施態様および等価物は上記の請求の範囲により含まれることが
意図される。
【０４５０】 本明細書中で引用される全ての刊行物および特許出願は、それぞれの個々の刊
行物または特許出願が、参照により特異的および個々に組み込まれることが示さ
れるように、本明細書中で参考として援用される。任意の刊行物の引用は、出願
日以前の開示についてであり、そして本発明が先願の効力によりそのような刊行
物の日付を早めるために権利を付与されないという認可として構築されるべきで
はない。
【０４５１】 前述の本発明は、理解の明確化の目的のため、例証および実施例として幾分詳
細に記載されているが、本発明の教示を考慮すれば、添付された請求項の意図ま
たは範囲から逸脱することなく、それに対する特定の変化および改変がなされ得
ることは、当業者に容易に明らかである。
【０４５２】 （寄託情報） 以下の材料はアメリカンタイプカルチャーコレクション（Ａｍｅｒｉｃａｎ
Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）に寄託された：ＣＭＣＣ＝
（カイロンマスター培養コレクション）
【０４５３】
【表２６】 さらに、選択されたクローンのライブラリーを寄託した。これらの寄託物の詳
細は表２１〜２４に提供される。
【０４５４】 この寄託は、単に当業者への利便性として提供され、これは米国特許法第１１
２条の下で必要とされる寄託の承認ではない。寄託された材料内に含まれるポリ
ヌクレオチドの配列、およびそれらにコードされるポリペプチドのアミノ酸配列
は、本明細書中で参考として援用され、そして本明細書における配列の明細とな
んらかのコンフリクトとなった場合に規制されている。寄託された材料を作製、
使用、または販売するためには認可が必要であり得、そしてそのような認可はこ
こで譲渡されない。
【０４５５】 （プールされたクローン寄託物由来の個々のクローンの回収） ＡＴＣＣ寄託物がｃＤＮＡクローンのプールから構成される場合、寄託物は、
まず各クローンを別の細菌細胞中にトランスフェクトすることにより調製された
。次いで、このクローンは、複合性の寄託物中に同じ割合の混合物のプールとし
て寄託された。特定のクローンは、当該分野において周知の方法を使用して、複
合性寄託物から得られ得る。例えば、特定のクローンを含有する細菌細胞は、シ
ングルコロニーを単離すること、およびそのクローン挿入物の配列に特異的にハ
イブリダイズするように設計されたオリゴヌクレオチドプローブ（例えば、指示
される配列番号を有する、コードするポリヌクレオチドのマスクされない（ｕｎ
ｍａｓｋｅｄ）配列に基づくプローブ）を使用する、標準的なコロニーハイブリ
ダイゼーション技術を通して特定のクローンを含むコロニーを同定することによ
り同定され得る。このプローブは約８０℃（各ＡまたはＴについて２℃、および
各ＧまたはＣについて４℃を想定する）のＴmを有するように設計されるべきで
ある。次いで、陽性コロニーは、選び出され得、培養で増殖され得、そして組み
替えクローンが単離され得る。あるいは、この様式において設計されたプローブ
は、当該分野で周知の方法（例えば、寄託された培養プールからｃＤＮＡを精製
すること、および所望のポリヌクレオチド配列の対応物を有する増幅された産物
を産生するために、ＰＣＲ反応においてプローブを使用することによる）に従っ
てプールされたクローンから核酸分子を単離するために、ＰＣＲに使用され得る
。
【０４５６】
【表１】
【０４５７】
【表２】
【０４５８】
【表３】
【表１９】
【表２１】
【表２２】
【表２３】
【表２４】
【配列表】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｃ１２Ｎ 1/21 1/19 Ｃ１２Ｑ 1/68 1/21 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ 5/10 5/00 Ａ Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｆ (31)優先権主張番号 ６０／０８０，１１４ (32)優先日 平成10年３月31日(1998．3．31) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ６０／０８０，５１５ (32)優先日 平成10年４月３日(1998．4．3) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ６０／０８０，６６６ (32)優先日 平成10年４月３日(1998．4．3) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ６０／１０５，２３４ (32)優先日 平成10年10月21日(1998．10．21) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ６０／１０５，８７７ (32)優先日 平成10年10月28日(1998．10．28) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＺ，ＵＧ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ) ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ， ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，Ｄ Ｋ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ， ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，Ｌ Ｔ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ， ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，Ｕ Ａ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＷ (72)発明者 エスコベド， ジェイム アメリカ合衆国 カリフォルニア 94507， アラモ， ラボーナ ロード 1470 (72)発明者 イニス， マイケル エイ． アメリカ合衆国 カリフォルニア 94556， モラガ， コンスタンス プレイス 315 (72)発明者 ガルシア， パブロ ドミンゲズ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94131， サン フランシスコ， チェネリー ス トリート 882 (72)発明者 サデュス−クリンガー， ジュリー アメリカ合衆国 カリフォルニア 94707， ケンジントン， レクシントン ロード 280 (72)発明者 レインハード， クリストフ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94501， アラメダ， クリントン アベニュー 1633 (72)発明者 ギース， クラウス アメリカ合衆国 カリフォルニア 94107， サン フランシスコ， キャロライナ ストリート 1009 (72)発明者 ランダッゾ， フィリッポ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94608， エミリービル， クリスティー アベニ ュー ナンバー2511 6363 (72)発明者 ケネディ， ギリア シー． アメリカ合衆国 カリフォルニア 94116， サン フランシスコ， カステナダ ア ベニュー 360 (72)発明者 ポット， デイビッド アメリカ合衆国 カリフォルニア 94112， サン フランシスコ， フィフス アベ ニュー ナンバー102 1565 (72)発明者 カッサム， アルタフ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94602， オークランド， ハロルド ストリート 2659 (72)発明者 ラムソン， ジョージ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94556， モラガ， サンドリンガム ドライブ 232 (72)発明者 ドラマナク， ラドージェ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94303， パロ アルト， イースト グリニッチ プレイス 850 (72)発明者 クルクベンジャコフ， ラドマイア アメリカ合衆国 カリフォルニア 94068， サニーベール， ハバーヒル ドライブ 762 (72)発明者 ディクソン， マーク アメリカ合衆国 カリフォルニア 95025， ホリスター， ガビラン ドライブ ナ ンバービー 1411 (72)発明者 ドラマナク， スネザーナ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94303， パロ アルト， イースト グリニッチ プレイス 850 (72)発明者 ラバット， イバン アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベール， アカラネス ドライブ 140 (72)発明者 レシュコウィッツ， デナ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94087， サニーベール， ダーシャー ウェイ 678 (72)発明者 キタ， デイビッド アメリカ合衆国 カリフォルニア 94404， フォスター シティ， バウンティ ド ライブ 899 (72)発明者 ガルシア， ベロニカ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベール， アパートメント 412， アノ ヌーボ 396 (72)発明者 ジョーンズ， リー ウイリアム アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベール， アパートメント 412， アノ ヌーボ 396 (72)発明者 スターシェ−クライン， バージット アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベール， サウス メアリー ア ベニュー 345 Ｆターム(参考） 4B024 AA11 BA80 CA04 DA01 DA02 DA05 DA11 EA04 GA11 4B063 QA01 QA13 QA18 QQ02 QQ42 QQ53 QR55 QS34 4B065 AA01X AA57X AA87X AA93Y AB01 AC14 BA02 CA24 CA44 CA46 4H045 AA10 AA11 BA10 CA40 DA76 EA20 EA50

Claims (21)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 ポリヌクレオチドのライブラリーであって、配列番号１〜３
    ５４４、３５４６〜４５１０、４５１２〜４７２５、４７２７〜４７４８、およ
    び４７５０〜５２５２の少なくとも１つの配列情報を含む、ライブラリー。
  2. 【請求項２】 前記ライブラリーが、核酸アレイ上に提供される、請求項１
    に記載のライブラリー。
  3. 【請求項３】 前記ライブラリーが、コンピューター読み出し可能フォーマ
    ットで提供される、請求項１に記載のライブラリー。
  4. 【請求項４】 前記ライブラリーが、配列番号６５、１７４、２０３、２５
    ２、２５３、３８７、４１９、４２０、４９１、５５２、５６０、５８１、５９
    ０、６４８、６９３、７２６、７４６、９９０、１０９５、１１２４、１２０５
    、１３５４、１３８７、１７８０、１８９９、１９１５、１９７９、２００７、
    ２０２４、２２４５、および２３２５からなる群から選択される配列を含む示差
    発現されるポリヌクレオチドを含む、請求項１に記載のライブラリー。
  5. 【請求項５】 前記ライブラリーが、ヒト乳ガン細胞において示差発現され
    るポリヌクレオチドを含み、該ポリヌクレオチドは、配列番号１５、３６、４４
    、４５、８９、１４６、１５４、１５９、１６５、１７４、１７２、１８３、２
    ０３、２６１、３６４、３６６、３８７、４１９、４２０、４９６、５０３、５
    １０、５１２、５２９、５５２、５６０、５６４、５７０、５９０、６０６、６
    ４４、６４６、６９３、７０７、７１１、７２６、７４６、７５４、７５６、８
    ７５、９０２、９２１、９４２、９９０、１０９５、１１０４、１１２２、１１
    ３１、１１４２、１１７０、１１８４、１２０５、１２８６、１２８９、１３５
    ４、１３８７、１４３５、１５３５、１７５１、１７６４、１７７７、１７９５
    、１８６０、１８６９、１８８２、１８９０、１９１５、１９３３、１９３４、
    １９７９、１９８０、２００７、２０２３、２０４０、２０５９、２２２３、２
    ２４５、２３００、２３２５、２４０９、２４６２、２４８６、２４８８、およ
    び２４９２からなる群から選択される配列を含む、請求項１に記載のライブラリ
    ー。
  6. 【請求項６】 前記ライブラリーが、ヒト結腸ガン細胞において示差発現さ
    れるポリヌクレオチドを含み、該ポリヌクレオチドは、配列番号３３、６５、２
    ２８、２５０、２５２、２５３、２８０、２８２、３５５、３７０、３８７、４
    ４３、４６０、４９１、５４５、５６０、５８１、６０３、６８０、６９３、７
    ０３、７０４、７１６、７２６、７４６、７５２、７５３、１０９５、１１０４
    、１２０５、１２４１、１２６４、１３５４、１３８７、１４０１、１４４２、
    １５１４、１７３４、１７４２、１７８０、１８５１、１８９９、１９１５、１
    ９５４、２０２４、２０６６、２２６２、および２３２５からなる群から選択さ
    れる配列を含む、請求項１に記載のライブラリー。
  7. 【請求項７】 前記ライブラリーが、ヒト肺ガン細胞において示差発現され
    るポリヌクレオチドを含み、該ポリヌクレオチドは、配列番号１０、５４、６５
    、１７１、１７４、２０３、２５２、２５３、２５４、２８５、４１９、４２０
    、４６６、４９１、５２５、５２６、５５２、５７１、５７４、５９０、６９３
    、７００、７２６、７４２、７４６、８６１、９９０、９２２、１０８８、１２
    ８８、１３５５、１４１７、１４２２、１４４４、１４５４、１５７０、１５９
    ７、１９７９、２００７、２０２４、２０３４、２０３８、２１２６、および２
    ２４５からなる群から選択される配列を含む、請求項１に記載のライブラリー。
  8. 【請求項８】 前記ライブラリーが、ヒトガン細胞において示差発現される
    ポリヌクレオチドを含み、該ポリヌクレオチドは、配列番号６４８および１８９
    ９からなる群より選択される配列を含む、請求項１に記載のライブラリー。
  9. 【請求項９】 配列番号１〜３５４４、３５４６〜４５１０、４５１２〜４
    ７２５、４７２７〜４７４８、および４７５０〜５２５２またはそれらの縮重改
    変体もしくはフラグメントの同定する配列と、少なくとも９０％の配列同一性を
    有するヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
  10. 【請求項１０】 前記ポリヌクレオチドが、配列番号２５０３、２５０４、
    ２５５０、２５５５、２５７８、２６５６、２６６７、２７１２、２７２３、２
    ７２８、２７３８、２７３４、２７５４、２７５８、２７６０、２８３２、２８
    ３５、２８４２、２８４３、２８４９、２８９３、２９３３、２９５６、２９７
    １、２９８１、３００９、３０１８、３０１９、３０４６、３０８４、３１９０
    、３１２９、３１７３、３２２６、３２２７、３２７４、３２９０、３３５６、
    ３３６５、３３７７、３３８１、３３９０、３３９１、３４０４、３４０７、３
    ４０８、３４０９、３４１８、３４１９、３４５１、３５９７、３６００、３６
    １８、３６３２、３６３５、３６４６、３６４８、３６５７、３６６５、３６６
    ９、３６７０、３６７１、３６５６、３６８０、３６８６、３６９５、３６９６
    、３７００、３７１０、３７３６、３７６２、３７６３、３７７４、３７７５、
    ３７９１、３８０４、３８０６、３８３６、３８９５、３９０５、３９１９、３
    ９２０、３９２７、３９３６、３９５１、３９７４、３９９８、４０３６、４０
    ３８、４０４４、４０５６、４０７２、４１１７、４１１９、４１５２、４１５
    ３、４１５４、４１７２、４１７５、４１５９、４１７５、４２０５、４２１６
    、４２２３、４２２８、４２３８、４２４１、４２４３、４２５１、４２５３、
    ４２６１、４２６３、４２７８、４２８８、４３２２、４３３０、４３４３、４
    ３５９、４３６３、４３６４、４３６５、４３７３、４３７５、４３８４、４３
    ８５、４４０６、４４０９、４４３１、４４３４、４４４１、４４４２、４４４
    ４、４４５５、４４６９、４４７３、４４７７、４４８２、４４８９、４４９５
    、４４９６、４４９８、４５２５、４５３５、４５３６、４５４０、４５６０、
    ４６１６、４５６２、４５８６、４６０５、４６２９、４６５３、４６５４、４
    ６５８、４６５９、４６６０、４６６１、４６６４、４６６５、４６６８、４６
    ８４、４６８２、４６８８、４６８９、４７１０、４７１８、４７３３、４７２
    ４、４７３３、４７４６、４７５５、４７６０、４７１０、４７７７、４７８５
    、４７９２、４７９４、４８０１、４８０７、４８２１、４８２２、４８４７、
    ４８５０、４８５４、４８５６、４８６６、４８８５、４９００、４９０１、４
    ９０５、４９１４、４９２５、４９２９、４９３１、４９４３、４９４４、４９
    ５９、５１１１、５０２０、５０４１、５０４６、５０５９、５０８３、５０９
    ０、５０９４、５１０２、５１２５、５１７４、５１９７、５２０８、５２１７
    、５２３７、５２３９、５２４１、５２４３、５２４８、および５２５２の１つ
    の配列を含む、請求項９に記載のポリヌクレオチド。
  11. 【請求項１１】 請求項９に記載のポリヌクレオチドを含む、組換え宿主細
    胞。
  12. 【請求項１２】 請求項９に記載のポリヌクレオチドによってコードされる
    、単離したポリペプチド。
  13. 【請求項１３】 請求項１２に記載のポリぺプチドに特異的に結合する、抗
    体。
  14. 【請求項１４】 請求項９に記載のヌクレオチドを含む、ベクター。
  15. 【請求項１５】 ＡＴＣＣ受託番号ｘｘ、ｘｘ、ｘｘ、ｘｘ、ｘｘ、ｘｘ、
    ｘｘ、ｘｘ、またはｘｘとして寄託されたクローンに含まれるヌクレオチドの挿
    入配列を含む、ポリヌクレオチド。
  16. 【請求項１６】 哺乳動物細胞のガン性状態に関連して示差発現された遺
    伝子を検出する方法であって、該方法は以下の工程： ガン化していると推定される細胞に由来する試験サンプルにおいて示差発現さ
    れた遺伝子産物の少なくとも１つを検出する工程であって、ここで該遺伝子産物
    は、配列番号１０、１５、３３、３６、４４、４５、５４、６５、８９、１４６
    、１５４、１５９、１６５、１７１、１７２、１７４、１８３、２０３、２２８
    、２５０、２５２、２５３、２５４、２６１、２８０、２８２、２８５、３５５
    、３６４、３６６、３７０、３８７、４１９、４２０、４４３、４６０、４６６
    、４９１、４９６、５０３、５１０、５１２、５２５、５２６、５２９、５４５
    、５５２、５６０、５６４、５７０、５７１、５７４、５８１、５９０、６０３
    、６０６、６４４、６４６、６４８、６８０、６９３、７００、７０３、７０４
    、７０７、７１１、７１６、７２６、７４２、７４６、７５２、７５３、７５４
    、７５６、８６１、８７５、９０２、９２１、９２２、９４２、９９０、１０８
    ８、１０９５、１１０４、１１２２、１１３１、１１４２、１１７０、１１８４
    、１２０５、１２８６、１２８８、１２８９、１３５４、１３５５、１３８７、
    １４１７、１４３５、１４４４、１４５４、１５３５、１５７０、１５９７、１
    ７３４、１７４２、１７５１、１７６４、１７７７、１７８０、１７９５、１８
    ６０、１８６９、１８８２、１８９０、１８９９、１９１５、１９３３、１９３
    ４、１９５４、１９７９、１９８０、２００７、２０２３、２０２４、２０３４
    、２０４０、２０５９、２１２６、２２２３、２２４５、２２６２、２３００、
    ２３２５、２４０９、２４８６、２４６２、２４８８、２４９２、１２４１、１
    ２６４、１４０１、１４２２、１４４２、１５１４、１８５１、１９１５、２０
    ０７、２０２４、２０３８、２０６６、および２２４５の少なくとも１つの配列
    に対応する遺伝子によってコードされ； ここで該示差発現された遺伝子産物の検出は、試験サンプルが由来する細胞の
    ガン性状態に関連される、工程、 を包含する、方法。
  17. 【請求項１７】 前記検出工程は、参照アレイに対する試験サンプルのハイ
    ブリダイゼーションによっており、該参照アレイが、配列番号６５、１７４、２
    ０３、２５２、２５３、３８７、４１９、４２０、４９１、５５２、５６０、５
    ８１、５９０、６４８、６９３、７２６、７４６、９９０、１０９５、１１２４
    、１２０５、１３５４、１３８７、１７８０、１８９９、１９１５、１９７９、
    ２００７、２０２４、２３２５、および２２４５の少なくとも１つの同定する配
    列を含む、請求項１６に記載の方法。
  18. 【請求項１８】 前記細胞が、胸部組織に由来する細胞であって、前記示差
    発現された遺伝子産物が、配列番号３６、４４、４５、８９、１４６、１５４、
    １５９、１６５、１７２、１７４、１８３、２０３、２６１、３６４、３６６、
    ３８７、４１９、４２０、４９６、５０３、５１０、５１２、５２９、５５２、
    ５６０、５６４、５７０、５９０、６０６、６４４、６４６、６９３、７０７、
    ７１１、７２６、７４６、７５４、７５６、８７５、９０２、９２１、９４２、
    ９９０、１０９５、１１０４、１１２２、１１３１、１１４２、１１７０、１１
    ８４、１２０５、１２８６、１２８９、１３５４、１３８７、１４３５、１５３
    ５、１７５１、１７６４、１７７７、１７９５、１８６０、１８６９、１８８２
    、１８９０、１９１５、１９３３、１９３４、１９７９、１９８０、２００７、
    ２０２３、２０４０、２０５９、２２２３、２２４５、２３００、２３２５、２
    ４０９、２４６２、２４８６、２４８８、および２４９２の少なくとも１つの配
    列に対応する遺伝子によってコードされる、請求項１６に記載の方法。
  19. 【請求項１９】 前記細胞が、結腸組織に由来する細胞であって、前記示差
    発現された遺伝子産物が、配列番号３３、６５、２２８、２５０、２５２、２５
    ３、２８０、２８２、３５５、３７０、３８７、４４３、４６０、４９１、５４
    ５、５６０、５８１、６０３、６８０、６９３、７０３、７０４、７１６、７２
    ６、７４６、７５２、７５３、１０９５、１１０４、１２０５、１２４１、１２
    ６４、１３５４、１３８７、１４０１、１４４２、１５１４、１７３４、１７４
    ２、１７８０、１８５１、１８９９、１９１５、１９５４、２０２４、２０６６
    、２２６２、および２３２５の少なくとも１つの配列に対応する遺伝子によって
    コードされる、請求項１６に記載の方法。
  20. 【請求項２０】 前記細胞が、胚組織に由来する細胞であって、前記示差発
    現された遺伝子産物が、配列番号１０、５４、６５、１７１、１７４、２０３、
    ２５２、２５３、２５４、２８５、４１９、４２０、４６６、４９１、５２５、
    ５２６、５５２、５７１、５７４、５９０、６９３、７００、７２６、７４２、
    ７４６、８６１、９２２、９９０、１０８８、１２８８、１３５５、１４１７、
    １４２２、１４４４、１４５４、１５７０、１５９７、１９７９、２００７、２
    ０２４、２０３４、２０３８、２１２６、および２２４５の少なくとも１つの配
    列に対応する遺伝子によってコードされる、請求項１６記載の方法。
  21. 【請求項２１】 前記示差発現された遺伝子産物が、配列番号６４８および
    １８９９の少なくとも１つの配列に対応する遺伝子によってコードされる、請求
    項１６に記載の方法。
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