JP2006512923A - 癌関連遺伝子ファミリー - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は更に、1つ以上の発現制御要素と機能しうるように結合されている核酸分子(前記核酸分子を含んでなるベクターを含む)を含む。本発明は更に、本発明の核酸分子を含むよう形質転換された宿主細胞、および本発明の核酸分子により形質転換された宿主細胞を、前記タンパク質が発現される条件下で培養する工程を含むことを特徴とするタンパク質の製造方法を含む。
SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16のアミノ酸配列を含んでなる単離されたポリペプチド;
配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16の、少なくとも10個のアミノ酸よりなる断片を含んでなる単離されたポリペプチド;
配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16の、保存的な(conservative)アミノ酸置換体を含んでなる単離されたポリペプチド;および
配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16の、自然発生アミノ酸配列変異体を含んでなる単離されたポリペプチド
よりなる群から選択される単離されたポリペプチドを提供する。本発明のポリペプチドはまた、配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16に対して、アミノ酸配列同一性が約50%以上、約60%以上、約70%以上または約75%以上(好ましくは、配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16に対して、アミノ酸配列同一性が約80%以上、より好ましくは約90〜95%以上、最も好ましくは約95〜98%以上)であるポリペプチドを含む。
本発明は更に、本発明のポリペプチドと特異的に結合する単離された抗体または抗原結合性抗体断片(モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体を含む)を提供する。
前記核酸を発現する細胞を、薬物に暴露させる工程;および
前記薬物が、前記核酸の発現を調節するか否かを決定する工程
を含んでなり、それらによって前記タンパク質をコードする核酸分子の発現を調節する薬物を同定することを特徴とする薬物の同定方法を提供する。
前記タンパク質を発現する細胞を、薬物に暴露させる工程;および
前記薬物が、前記タンパク質のレベル、または少なくとも1つの活性を調節するか否かを決定する工程
を含んでなり、それらによって前記タンパク質のレベル、または少なくとも1つの活性を調節する薬物を同定することを特徴とする薬物の同定方法を提供する。
前記タンパク質を、結合パートナーの可能性のある物質に暴露させる工程;および
前記物質が、前記タンパク質と結合するか否かを決定する工程
を含んでなり、それらによって前記タンパク質の結合パートナーを同定することを特徴とする結合パートナーの同定方法を提供する。
本発明の他の態様によれば、本発明のタンパク質を、リガンド、治療薬その他のタイプの化学小分子を提供するための、合理的なドラッグデザインの出発点として用いることができる。或いは、上記スクリーニングアッセイにより同定された小分子その他の化合物は、合理的なドラッグデザインにおける「リード化合物」として役立つ場合がある。
本発明は更に、本発明の核酸分子を含むよう修飾されたヒトではないトランスジェニック動物、または、変異核酸分子を含むよう修飾されて、コードされた本発明のポリペプチドの発現が妨げられているヒトではないトランスジェニック動物を含む。
本発明は更に、癌の診断方法であって、被験者から組織、血液、尿その他の試料を取得し、次いで本発明の核酸分子または本発明のポリペプチドの発現レベルを測定する工程を含む診断方法を提供する。
SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16のアミノ酸配列を含んでなる単離されたポリペプチド;
配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16の、少なくとも10個のアミノ酸よりなる断片を含んでなる単離されたポリペプチド;
配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16の、保存的なアミノ酸置換体を含んでなる単離されたポリペプチド;
配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16の、自然発生アミノ酸配列変異体;および
配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16に対して、アミノ酸配列同一性が約50%以上、約60%以上、約70%以上または約75%以上(好ましくは、配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16に対して、アミノ酸配列同一性が約80%以上、より好ましくは約90〜95%以上、最も好ましくは約95〜98%以上)である単離されたポリペプチド
よりなる群から選択されるポリペプチドまたはタンパク質
を含んでなる組成物を含む。
本発明は、部分的には、ヒト癌性組織における発現が、ヒト正常組織における発現に比べて異なる新規な遺伝子ファミリーの同定に基づくものである。これらの遺伝子ファミリーは、配列SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13および15のヒトcDNAに対応する。
本発明の遺伝子およびタンパク質は、癌を検出したり、試料中の癌腫を正常組織から区別するための診断薬またはマーカーとして利用しうる。それらはまた、遺伝子発現または活性を調節する薬物の標的としても役立つ。例えば、癌の増殖に関連する生物学的過程(癌の過形成的(hyperplastic)過程を含む)を調節する薬物を同定しうる。
A.癌関連タンパク質
本発明は、単離されたタンパク質、タンパク質の対立遺伝子変異体(allelic variants)およびタンパク質の保存的なアミノ酸置換体を提供する。本明細書において、「タンパク質」または「ポリペプチド」とは、一つには、SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16に記載のヒトアミノ酸配列を有するタンパク質をいう。これらの用語はまた、自然発生対立遺伝子変異体、および具体的に上記されたアミノ酸配列と若干異なるアミノ酸配列を有するタンパク質をいう。対立遺伝子変異体は、上記のアミノ酸配列と若干異なるアミノ酸配列を有するが、これらのタンパク質が関連するものと同じ、または類似の生物学的機能を依然として有している。
本発明のタンパク質は、好ましくは単離された形態にある。本明細書においては、物理的、機械的または化学的方法を用いて、タンパク質に通常付随する細胞構成分からタンパク質を分離しているときに、タンパク質が単離されているという。当業者は、単離されたタンパク質を、通常の精製方法を用いて容易に得ることができる。
配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16に開示されるアミノ酸配列を有する分子;
これらのタンパク質の約3、4、5、6、10、15、20、25、30、35またはそれ以上のアミノ酸残基からなる連続した配列を有するその断片;
開示されるコーディング配列のN末端、C末端または内部に、1つ以上のアミノ酸残基が挿入されたアミノ酸配列変異体;および
1つ以上の残基が置換された、開示される配列のアミノ酸配列変異体、または上記で定義されたその断片
を含む。そのような断片(ペプチドまたはポリペプチドとも称する)には、抗原性領域、タンパク質の機能性領域(既知タンパク質ドメインに対応するアミノ酸配列の領域として同定される)や、明白な親水性を有する領域が含まれていてもよい。それらの領域はいずれも、一般に入手可能なタンパク質配列解析ソフトウェア(例えば、MacVector(Oxford Molecular社製))を用いて、容易に同定しうる。
(1)タンパク質のレベル、または少なくとも1つの活性を調節する薬物の同定に;
(2)タンパク質の結合パートナーの同定に;
(3)モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体を生じる抗原として;
(4)治療薬または治療標的として;また
(5)癌の診断薬またはマーカーとして
利用することができる。
本発明は更に、SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16の配列を有するタンパク質、および本明細書に記載のその関連タンパク質をコードする、好ましくは単離された形態の核酸分子を提供する。本明細書において、「核酸」とは、
・上記に定義したタンパク質またはペプチドをコードする;
・そのようなペプチドをコードする核酸配列に相補的な;
・配列SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13または15の核酸と、適切な厳密な(stringent)条件下でハイブリダイズし、安定な結合を維持する;
・SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16のペプチド配列と、約50%以上、約60%以上、約70%以上または約75%以上(より好ましくは約80%以上、更に好ましくは約90〜95%以上、最も好ましくは約95〜98%以上)を共有するポリペプチドをコードする;または
・配列SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13または15のオープンリーディングフレームに対して、ヌクレオチド配列同一性が約50%以上、約60%以上、約70%以上または約75%以上(より好ましくは約80%以上、更に好ましくは約90〜95%以上、最も好ましくは約95〜98%以上)である
RNAまたはDNAと定義される。
本明細書においては、核酸分子が他のポリペプチドをコードする混入核酸分子から実質的に分離されているとき、核酸分子が「単離されている」という。
上記のように、SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13または15の配列を有する核酸分子の同定・キャラクタリゼーションは、当業者に対し、本明細書に記載の配列のみならず、タンパク質ファミリーの他の要素をコードする核酸分子の単離を可能にする。更に、ここに開示される核酸分子は、当業者に対し、SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16の配列を有するタンパク質のみならず、タンパク質ファミリーの他の要素をコードする核酸分子の単離を可能にする。
本発明は更に、コーディング配列を含む組み換えDNA分子(rDNA)を提供する。本明細書において「rDNA分子」とは、in situで分子操作(molecular manipulation)に付されたDNA分子をいう。rDNA分子を生成する方法は、当該分野において公知であり、例えばSambrookら、Molecular Cloning− A Laboratory Manual, Third Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 2001を参照されたい。好ましいrDNA分子においては、コーディングDNA配列が発現制御配列および/またはベクター配列と機能しうるように結合されている。
機能しうるように結合したタンパク質コーディング配列の発現を調節するために用いられる発現制御要素は、当該分野において公知であり、これには誘導可能(inducible)プロモーター、構成(constitutive)プロモーター、分泌シグナルその他の制御要素が含まれるが、これらに限定されない。好ましくは、誘導可能プロモーターは容易に制御されるもの、例えば宿主の培地中の栄養分に敏感に反応するものである。
本発明は更に、本発明のタンパク質をコードする核酸分子で形質転換された宿主細胞を提供する。宿主細胞は、原核細胞、真核細胞のいずれでもよい。本発明のタンパク質の発現に有用な真核細胞は、細胞株が細胞培養法に適合性を有し、また発現ベクターの増殖および遺伝子産物の発現にも適合性を有する限り、特に限定されない。好ましい真核宿主細胞には、酵母、昆虫および哺乳動物細胞(好ましくは脊椎動物細胞、例えばマウス、ラット、サルまたはヒト細胞株から得られるもの)が含まれるが、これらに限定されない。好ましい真核宿主細胞には、チャイニーズハムスター卵巣細胞(ATCCよりCCL61として入手可能なもの)、NIHスイスマウス胚細胞(NIH/3T3)(ATCCよりCRL1658として入手可能なもの)、新生児ハムスター腎細胞(BHK)および同様の真核細胞組織培養細胞株が含まれる。
本発明のタンパク質をコードするrDNA分子の発現は、あらゆる原核細胞性宿主を用いて行うことができる。好ましい原核細胞性宿主は大腸菌である。
これらのコロニーから得た細胞を培養し、溶解して、Southern(1975)、J.Mol.Biol. 98:503やBerentら(1985)、Biotech. 3:208に記載の方法などの方法によりそのDNA含量を試験し、rDNAの存在を調べたり、細胞から生成したタンパク質を免疫学的手法により試験することができる。
本発明は更に、本明細書に記載の核酸分子を用いて、本発明のタンパク質を製造する方法を提供する。一般的に言って、組み替え型タンパク質の製造には、下記の工程が含まれる。
まず、本発明のタンパク質をコードする核酸分子、例えば、SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13または15の配列、或いは、
配列SEQ ID NO:1における第390〜4883番目または第390〜4880番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:3における第12〜4907番目または第12〜4904番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:5における第424〜1911番目または第424〜1908番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:7における第405〜1838番目または第405〜1835番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:9における第89〜1153番目または第89〜1150番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:11における第223〜1572番目または第223〜1569番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:13における第418〜1395番目または第418〜1392番目のヌクレオチド;或いは
配列SEQ ID NO:15における第271〜1434番目または第271〜1431番目のヌクレオチド
を含んでなる(或いは、本質的にそれらからなる、またはそれらからなる)核酸分子を得る。コーディング配列がイントロンにより途切れていなければ、これらはオープンリーディングフレームであるから、何らかの宿主における発現に直接に適切である。
本発明の他の実施形態は、本発明のタンパク質(例えば、SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16のアミノ酸配列を有するタンパク質)をコードする核酸の発現を調節する薬物の同定方法を提供する。そのような試験には、本発明の核酸の発現レベル変化を監視するための、利用可能なあらゆる手段を利用してよい。本明細書においては、ある薬物が、細胞内における核酸の発現を上方または下方調整しうる場合、その薬物は本発明の核酸の発現を調節するという。
配列SEQ ID NO:1における第390〜4883番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:3における第12〜4907番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:5における第424〜1911番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:7における第405〜1838番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:9における第89〜1153番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:11における第223〜1572番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:13における第418〜1395番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:15における第271〜1434番目のヌクレオチド;および/または
5‘および/または3’制御要素によって定義されるオープンリーディングフレーム内からのヌクレオチドと、試験可能な何らかの融合パートナー(fusion partner)の間でのレポーター遺伝子融合体(reporter gene fusions)を含む細胞株を調製してよい。試験可能な融合パートナーは数多く知られており、容易に入手可能である。これには、ホタルルシフェラーゼ遺伝子およびクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼをコードする遺伝子(Alamら(1990)、Anal.Biochem. 188:245−254)が含まれる。次いで、レポーター遺伝子融合体を含む細胞株を、適切な条件下、試験すべき薬物に適切な時間だけ曝露する。薬物に曝露した試料とコントロール試料の間で、レポーター遺伝子の発現に差があることで、本発明の核酸の発現を調節する薬物が同定される。
本発明の他の実施形態は、本発明のタンパク質(例えば、SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16のアミノ酸配列を有するタンパク質)のレベル、または少なくとも1つの活性を調節する薬物の同定方法を提供する。そのような方法または試験には、所望の活性を監視または検出するための、あらゆる手段を利用してよく、癌を治療する薬物の同定に特に有用である。
抗体または抗原性断片はまた、現行の技術を用いて、組み替えの手法により製造することもできる。タンパク質の所望の領域に特異的に結合する抗体の領域はまた、複数の種に由来するキメラ(例えばヒト化抗体)の状態で製造することもできる
実施例において提供されているように、本発明のタンパク質(例えば、SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16のアミノ酸配列を有するタンパク質)および核酸は、癌性組織における発現が異なる。タンパク質の発現、またはタンパク質の少なくとも1種の活性を上方または下方に調整或いは調節する薬物、例えばアゴニストまたはアンタゴニストを用いて、これらのタンパク質の機能および活性に関連する生物学的および病理学的プロセスを調節してもよい。これには、本発明の相同体および類似体を用いて同定された薬物が含まれる。
本発明は更に、本発明のタンパク質の発現または少なくとも1種の活性を調節する薬物を1種以上含有する組成物を提供する。個々に必要とされるものは変動するが、各成分の有効量の最適範囲の決定は、当該技術の範囲内である。典型的な投与量は、体重1kgあたり0.1〜100μgである。好ましい投与量は、体重1kgあたり0.1〜10μgからなる。最も好ましい投与量は、体重1kgあたり0.1〜1μgからなる。
経口投与用の適切な処方には、硬または軟ゼラチンカプセル、丸薬、錠剤(コーティング錠を含む)、エリキシル剤、懸濁液、シロップまたは吸入剤(これらの徐放型(controlled release forms)も)が含まれる。
本発明の他の実施形態は、本発明のタンパク質の結合パートナーを単離・同定する方法を提供する。一般には、本発明のタンパク質を、タンパク質の結合パートナーである可能性のあるもの、または細胞の抽出物や画分と、タンパク質の結合パートナーである可能性のあるものが本発明のタンパク質と会合しうる条件下で混合する。混合後、本発明のタンパク質と会合したペプチド、ポリペプチドその他の分子を、混合物から分離する。次いで、本発明のタンパク質と結合している結合パートナーを除去し、更に解析することができる。結合パートナーの単離・同定には、全長タンパク質、例えば、SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16の全長アミノ酸配列を有するタンパク質を用いることができる。或いは、そのタンパク質の断片を用いることができる。
抽出物に見られる非会合細胞性成分を除去した後、従来の方法を用いて複合体から結合パートナーを解離させることができる。例えば、混合物の塩濃度やpHを変えることにより解離を達成することができる。
上記の方法により得られる、本発明のタンパク質の結合パートナーや、その相同体および類似体は、ひとたび単離すれば、種々の目的に利用できる。当該分野において知られる手法を用いて、結合パートナーと結合する抗体を生成するのに、結合パートナーを用いることができる。結合パートナーと結合する抗体は、本発明のタンパク質の活性の検査に、本発明のタンパク質により仲介される生物学的または病理学的プロセスを調節する薬物として、または結合パートナーの精製に用いることができる。これらの用途は以降に詳述する。
本発明の他の実施形態は、本発明のタンパク質と結合パートナーの会合を減少または阻害する薬物の同定方法を提供する。具体的には、本発明のタンパク質を、試験すべき薬物の存在下および非存在下で結合パートナーと混合する。タンパク質の会合が可能な条件で混合した後、2種の混合物を分析・比較し、薬物が本発明のタンパク質と結合パートナーの会合を減少または阻害したか否かを決定する。本発明のタンパク質と結合パートナーの会合を減少または阻害する薬物は、試験すべき薬物を含む試料中に生じる会合の量の減少として同定される。
本発明の薬物は、例えばペプチド、低分子物質、ビタミン誘導体および炭水化物であってもよい。当業者は、本発明の薬物の構造的特性に関して制限がないことを容易に認識することができる。
実施例において提供されているように、本発明のタンパク質(例えば、SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16のアミノ酸配列を有するタンパク質)および核酸は、癌性組織における発現が異なる。本発明のタンパク質の、結合パートナーとの相互作用を減少または阻害する薬物(同タンパク質の相同体および類似体を用いて同定されたものを含む)を用いて、これらのタンパク質の機能および活性に関連する生物学的および病理学的プロセスを調節してもよい。
本発明は更に、本発明のタンパク質と結合パートナーの会合を阻害する薬物を1種以上含有する組成物を提供する。個々に必要とされるものは変動するが、各成分の有効量の最適範囲の決定は、当該技術の範囲内である。典型的な投与量は、体重1kgあたり0.1〜100μgである。好ましい投与量は、体重1kgあたり0.1〜10μgからなる。最も好ましい投与量は、体重1kgあたり0.1〜1μgからなる。
経口投与用の適切な処方には、硬または軟ゼラチンカプセル、丸薬、錠剤(コーティング錠を含む)、エリキシル剤、懸濁液、シロップまたは吸入剤(これらの徐放型も)が含まれる。
本発明は更に、合理的なドラッグデザインとコンビナトリアルケミストリーを含む。当業者は、適切な方法を認識し、本発明の態様を、癌治療に向けて開発しうる化合物の同定に利用・活用(utilize and exploit)する。ポリペプチドに関する合理的なドラッグデザインでは、設計した薬物が相互作用する第一のペプチドを同定・定義し、その第一の標的ペプチドを用いて、第二のペプチドに対する要件を定義することが必要である。そのような定義された要件に関し、全てまたは実質的に全ての定義された要件を満たす、適切なペプチドまたは非ペプチドを見出す、または調製することができる。合理的なドラッグデザインの1つの目標は、例えばより強力な(または強力でない)形態のリガンドである薬物を形作るために、関心ある生物活性ポリペプチド、またはそれらと相互作用する低分子(例えばアゴニスト、アンタゴニストおよびヌル(null)化合物)の、構造的または機能的類似体を製造することである(例えば、Hodgson(1991)、Bio.Technology 9:19−21を参照)。コンビナトリアルケミストリーは、薬物や材料を、以前に可能だったよりも迅速且つ安価に見出すことを目的として、化合物を1つずつではなくまとめて合成し、その生物活性を試験することの科学である。コンピューター支援によるタンパク質モデリングや薬物発見におけるアプローチの開発により、近年、合理的なドラッグデザインとコンビナトリアルケミストリーはより緊密に関連付けられてきている(例えば、特許文献2、特許文献3、特許文献4、特許文献5および特許文献6を参照)。
他の実施形態においては、タンパク質の機能および活性に関連する生物学的または病理学的プロセスを調節する手段として、遺伝子治療を用いることができる。これは、癌性細胞に対し、SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16の配列を全部または少なくとも一部含んでなるタンパク質をコードする遺伝子構築物、或いはプロモーター要素またはエンハンサー要素と機能しうるように結合した、配列SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13または15の非コード領域を全部または一部含んでなる遺伝子構築物を挿入して、前記タンパク質の発現が、前記癌を抑制するようにする工程であって、前記プロモーター要素またはエンハンサー要素は、前記遺伝子構築物を調節するプロモーター要素またはエンハンサー要素である工程を含む。
上記のいずれの適用方法に関しても、治療性核酸構築物を、好ましくは癌発生箇所に(例えば注射により)適用する。しかし、癌発生箇所周辺の組織、または癌になっていると考えられる細胞への供給を行う血管に適用してもよい。
SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13または15のcDNA配列;
SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16のポリペプチド配列をコードするオープンリーディングフレーム;または
3、4、5、6、10、15、20、25、30、35またはそれ以上のアミノ酸残基の連続した配列を有するそれらの断片
に対応する変異、ノックアウトまたは修飾遺伝子を含むトランスジェニック動物もまた、本発明に含まれる。トランスジェニック動物は、遺伝的に修飾され、実験的に組み替え、外来またはクローン化遺伝物質が移入された動物である。そのような遺伝物質は、しばしば「トランスジーン(transgene)」と呼ばれる。トランスジーンの核酸配列(この場合には、SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13または15の配列の形態)は、そのようにしなければその特定の核酸配列が見出されることのないゲノムの遺伝子座と、トランスジーンの通常の遺伝子座のどちらに統合(integrated)してもよい。トランスジーンを構成する核酸配列が由来するゲノムは、同種のものであってもよく、標的動物とは別種のものであってもよい。
・活性化された癌遺伝子配列を有するもの(特許文献8);
・サルSV40 T−抗原を発現するもの(特許文献10);
・インターフェロン調節因子1(IRF−1)の発現がみられないもの(特許文献11);
・ドーパミン神経の機能不全(dopaminergic dysfunction)を示すもの(特許文献12);
・血圧調整に関与する少なくとも1種のヒト遺伝子を発現するもの(特許文献13);
・自然発生のアルツハイマー病でみられる状態との高い類似性を示すもの(特許文献14);
・細胞接着を仲介する能力の低いもの(特許文献9);
・ウシ成長ホルモン遺伝子を有するもの(Clutterら(1996)、Genetics 143:1753−1760);および
・ヒトの完全な抗体反応を生じる能力を有するもの(McCarthy(1997)、Lancet 349:405)
が含まれる。
本発明の遺伝子およびタンパク質は、癌組織での発現が正常組織に比して異なるので、本発明の遺伝子およびタンパク質を用いて癌を診断または監視したり、疾患の進行を追跡したり、非癌性組織試料から癌性組織を区別することができる。本発明の遺伝子およびタンパク質を用いて癌を診断する手段の一つには、生きている被験者から組織を取得することが含まれる。
癌生検と正常組織の間の遺伝子発現における包括的な変化を、Gene Logic, Inc.社(メリーランド州Gaithersburg)のGeneExpress Oncology Datasuite(登録商標)を用いて調べた。データベースは、多数の異なる臓器から得た正常および癌組織に由来する、Affymetrix Human Genome U95アレイを用いて生成させた遺伝子発現プロファイルを含む。データベース中の組織試料のうち、本出願人らは、乳房、結腸、食道、腎臓、肝臓、肺、リンパ節、卵巣、膵臓、前立腺、直腸および胃より得た正常および癌組織の組み合わせの発現プロファイルを解析した。
(1)各プローブの組について、Affymetrix Microarray Suite(v4.0)により、平均の差の値と絶対的判定を求める。
(2)所与の(given)試料の組において、MatLabプログラム(The MathWorks,Inc.社、マサチューセッツ州Natick)を用いる主成分分析(PCA)によって、組織試料中のアウトライヤーを検出した。PCAで用いたデータポイントは、無作為に選択したプローブの組(5,000〜6,000組)における平均の差であった。以降の解析からアウトライヤーを除外した。
(3)GeneExpressプログラムの倍率変化解析ツール(Fold Change Analysis tool)を用いて、遺伝子発現の変動を解析した。癌性試料の組における各遺伝子についての平均の差の平均値を、正常試料の組における同遺伝子についての平均の差の平均値と比較して、倍率変化(癌性/正常)を計算した。発現レベルにおいて3倍以上の増加または減少の見られる遺伝子を得た。分散分析試験(Analysis of Variance Test)により測定したp値が0.05以下のとき、遺伝子を解析に含めた(Steelら、Principles and Procedures of Statistics:A Biometrical Approach,Third Ed.,McGraw−Hill,1997)。
(4)5種以上の異なる癌において発現に差の見られる遺伝子を選択した。
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)と、ヒト心臓由来のcDNAライブラリー(ResGen社、アラバマ州Huntsville)を用いるcDNA末端迅速増幅(rapid amplification of cDNA ends)(RACE)により、配列SEQ ID NO:1または3を有する全長cDNAを取得した。Human Genome Browser(カリフォルニア大学、Santa Cruz)を用いて予測した、91875_s_atの配列を含む遺伝子に基づいて、PCR用(5´−CACCCTTTGCCTCTGTCACTTCCGCA−3´(SEQ ID NO:21)、5´−GCTGGAGCACCAGGACTGCATTG−3´(SEQ ID NO:22)、5´−GGAGCTGAGCAGCAGTGTAATGAA−3´(SEQ ID NO:23)、5´−GAGGCCTGCCTGAAGGAGGAGCTTC−3´(SEQ ID NO:24)、5´−TCTGGAAGTAGTGCAGACGCCTCAGG−3´(SEQ ID NO:25)、5´−AGCCAACGTCGGCTTTGTTATCCAGC−3´(SEQ ID NO:26)、5´−GCTGTCAGATATGATGGTTCTGGAC−3´(SEQ ID NO:27)、5´−CCAGCCTCACCACTGTTGGGTTGC−3´(SEQ ID NO:28)、5´−CATTCTCTGAGCTGTATTAGTGT−3´(SEQ ID NO:29)、5´−CCTGAGCTGGAATGACCTGCA−3´(SEQ ID NO:30)、5´−CTTTGTGTTGGCTGCAGCCACA−3´(SEQ ID NO:31)、5´−TGAGGAGAGACTTTGCTGACTGGT−3´(SEQ ID NO:32)、5´−GTCCTGTCTGGCGGTGCCGA−3´(SEQ ID NO:33)、5´−GCTCCAGGATCCCCTGTCACCTGGGCCTTCTGCCTTTTGGCT−3´(SEQ ID NO:34)、5´−CCATATGGAGAGGAGAGCAGCGGGCCCA−3´(SEQ ID NO:35)、5´−GAAGGAGGAACATGGAGAGGAGA−3´(SEQ ID NO:36)、5´−CCATATGCCCCGGGTAGTCTACTGCAT−3´ (SEQ ID NO:37)および5´−GTCGACTCGAGTCACTTCCGCAAAAACTTCTTG−3´(SEQ ID NO:38))およびRACE用(5´−TCCATTCCGAAGGCTCTCCTCC−3´(SEQ ID NO:39)、5´−GTCTGTGTGACGGAAATGTAAGC−3´(SEQ ID NO:40)および5´−GAAGGTCGAAGGCAGACCGATGT−3´(SEQ ID NO:41))の遺伝子特異的なオリゴマー(oligos)を設計した。これらのプライマーを用いて増幅した産物を、Topo Cloning System(Invitrogen社、カリフォルニア州Carlsbad)を用いてPCR4−Topoベクターに組み込み、次いで配列決定を行った。
cDNAヌクレオチド配列SEQ ID NO:1内のオープンリーディングフレーム(第390〜4880番目(停止コドンを含めて第390〜4883番目)のヌクレオチド)は、1497アミノ酸からなるタンパク質をコードする。SEQ ID NO:1がコードする、予測されるタンパク質に対応するアミノ酸配列を、SEQ ID NO:2に記載する。図2は、SEQ ID NO:2のアミノ酸配列の、Kyte−Doolittle値(KyteおよびDoolittle(1982)、J.Mol.Biol. 157:105−142)を用いた疎水性解析の結果を示す。上記のように、親水性領域は抗原性ペプチドの製造に用いうる。
SEQ ID NO:2のタンパク質配列は、SEQ ID NO:4のそれと同一である。ただし、SEQ ID NO:2には、SEQ ID NO:4のN末端側の初めの134アミノ酸がないことを除く。
マーカーLFG1に替えてマーカーLFG2を用いた以外は、実施例1の方法を繰り返した。
チップデータの解析により、正常組織からの試料に比べ、癌性組織からの試料では、マーカーLFG2の発現が有意に下方調整されていることが示された。LFG2(SEQ ID NO:5)の発現レベルは、Affymetrix GeneChips(登録商標)U95上のチップ配列断片no.82941_atにより測定できる。82941_at配列は、EST AI277612に由来する。種々の悪性腫瘍における82941_atの発現レベルを、対照の正常組織と比較して表2に示す(倍率変化、変化の方向性(上方または下方調整)およびp値も示す)。癌性試料の組における平均の差の幾何平均を、正常試料の組における平均の差の幾何平均と比較して、倍率変化(癌性/正常)を計算した。倍率変化が1.5を超えるものを有意とした(Wodickaら(1997)、Nature Biotech. 15:1359−1367)。各種の組織に関しての、「存在」、「不在」または「境界的」と判定された試料数も、その試料の組の総試料数と共に、表2に示されている。これらのデータは、LFG2の下方調整が癌の診断に役立つものでありうることを示している。
GeneTrapper試験(Life Technologies社、メリーランド州Rockville)を用いるオリゴプリング(oligo−pulling)法により、配列SEQ ID NO:5を有する全長cDNAを取得した。簡単に言えば、82941_at配列を含むESTの配列に基づいて、遺伝子特異的なオリゴマー(5´−GAATGTGTCAGAGACAAGTGCAGC−3´(SEQ ID NO:42))を設計した。オリゴマーをビオチンでラベルし、これを用いて、あまり差のなかった胃腺癌ライブラリー由来の1本鎖プラスミドDNA(cDNA組み替え体)(NCI CGAP Gas4)(ResGen社、アラバマ州Huntsville)5μgとのハイブリダイゼーションを、Sambrookらの手順に従って行った。ハイブリダイズしたcDNAを、ストレプトアビジンを結合させたビーズにより分離し、加熱により溶出させた。溶出したcDNAを二本鎖プラスミドDNAに変換し、これを用いて大腸菌(DH10B)細胞を形質転換して、最長のcDNAをスクリーニングした。遺伝子特異的なプライマーを用いるPCRにより陽性の選択を確認した後、cDNAをDNA配列決定に付した。
cDNAヌクレオチド配列SEQ ID NO:5内のオープンリーディングフレーム(第424〜1908番目(停止コドンを含めて第424〜1911番目)のヌクレオチド)は、495アミノ酸からなるタンパク質をコードする。SEQ ID NO:5がコードする、予測されるタンパク質に対応するアミノ酸配列を、SEQ ID NO:6に記載する。
マーカーLFG1に替えてマーカーLFG3を用いた以外は、実施例1の方法を繰り返した。
チップデータの解析により、正常組織からの試料に比べ、癌性組織からの試料では、マーカーLFG3の発現が有意に下方調整されていることが示された。LFG3(SEQ ID NO:7)の発現レベルは、Affymetrix GeneChips(登録商標)U95上のチップ配列断片no.46104_atにより測定できる。46104_at配列は、EST AA772055に由来する。種々の悪性腫瘍における46104_atの発現レベルを、対照の正常組織と比較して表3に示す(倍率変化、変化の方向性(上方または下方調整)およびp値も示す)。癌性試料の組における平均の差の幾何平均を、正常試料の組における平均の差の幾何平均と比較して、倍率変化(癌性/正常)を計算した。倍率変化が1.5を超えるものを有意とした(Wodickaら(1997)、Nature Biotech. 15:1359−1367)。各種の組織に関しての、「存在」、「不在」または「境界的」と判定された試料数も、その試料の組の総試料数と共に、表3に示されている。これらのデータは、LFG3の下方調整が癌の診断に役立つものでありうることを示している。
GeneTrapper試験(Life Technologies社、メリーランド州Rockville)を用いるオリゴプリング法により、配列SEQ ID NO:7を有する全長cDNAを取得した。簡単に言えば、46104_at配列を含むESTの配列に基づいて、遺伝子特異的なオリゴマー(5´−GTATGCATCAGAATTCCCTATAGATCTTT−3´(SEQ ID NO:44))を設計した。オリゴマーをビオチンでラベルし、これを用いて、ヒト胎児腎臓由来の1本鎖プラスミドDNA(cDNA組み替え体)(ResGen社、アラバマ州Huntsville)5μgとのハイブリダイゼーションを、Sambrookらの手順に従って行った。ハイブリダイズしたcDNAを、ストレプトアビジンを結合させたビーズにより分離し、加熱により溶出させた。溶出したcDNAを二本鎖プラスミドDNAに変換し、これを用いて大腸菌(DH10B)細胞を形質転換して、最長のcDNAをスクリーニングした。遺伝子特異的なプライマーを用いるPCRにより陽性の選択を確認した後、cDNAをDNA配列決定に付した。LFG3の5´末端は、ヒト胎児腎臓より調製したcDNA(Clontech社、カリフォルニア州Palo Alto)および遺伝子特異的なプライマー(5´−TTCCTTCACCAAAGGCATCCAGCCATTCTATG−3´(SEQ ID NO:46))を用いるcDNA末端迅速増幅(RACE)により同定した。
cDNAヌクレオチド配列SEQ ID NO:7内のオープンリーディングフレーム(第405〜1835番目(停止コドンを含めて第405〜1838番目)のヌクレオチド)は、477アミノ酸からなるタンパク質をコードする。SEQ ID NO:7がコードする、予測されるタンパク質に対応するアミノ酸配列を、SEQ ID NO:8に記載する。
マーカーLFG1に替えてマーカーLFG4を用いた以外は、実施例1の方法を繰り返した。
チップデータの解析により、正常組織からの試料に比べ、癌性組織からの試料では、マーカーLFG4の発現が有意に下方調整されていることが示された。LFG4(SEQ ID NO:9)の発現レベルは、Affymetrix GeneChips(登録商標)U95上のチップ配列断片no.62158_atにより測定できる。62158_at配列は、EST AI123532に由来する。種々の悪性腫瘍における62158_atの発現レベルを、対照の正常組織と比較して表5に示す(倍率変化、変化の方向性(上方または下方調整)およびp値も示す)。癌性試料の組における平均の差の幾何平均を、正常試料の組における平均の差の幾何平均と比較して、倍率変化(癌性/正常)を計算した。倍率変化が1.5を超えるものを有意とした(Wodickaら(1997)、Nature Biotech. 15:1359−1367)。各種の組織に関しての、「存在」、「不在」または「境界的」と判定された試料数も、その試料の組の総試料数と共に、表5に示されている。これらのデータは、LFG4の下方調整が癌の診断に役立つものでありうることを示している。
cDNA末端迅速増幅(RACE)により、配列SEQ ID NO:9を有する全長cDNAを取得した。簡単に言えば、62158_at配列を含むESTの配列に基づいて、遺伝子特異的なオリゴマー(5´−TAATGTTAGAGTAACAGCATTTTCCTTCAA−3´(SEQ ID NO:49)および5´−TGCCCCACACTAACTCAGTTCTTGTGATG−3´(SEQ ID NO:50))を設計した。これらのオリゴマーを用いて、ヒト脳より調製したcDNA(Clontech社、カリフォルニア州Palo Alto)のPCT増幅を行った。これらのプライマーを用いて増幅した産物を、Topo Cloning System(Invitrogen社、カリフォルニア州Carlsbad)を用いてPCR4−Topoベクターに組み込み、次いで配列決定を行った。
cDNAヌクレオチド配列SEQ ID NO:9内のオープンリーディングフレーム(第89〜1150番目(停止コドンを含めて第89〜1153番目)のヌクレオチド)は、354アミノ酸からなるタンパク質をコードする。SEQ ID NO:9がコードする、予測されるタンパク質に対応するアミノ酸配列を、SEQ ID NO:10に記載する。
マーカーLFG1に替えてマーカーLFG5を用いた以外は、実施例1の方法を繰り返した。
チップデータの解析により、正常組織からの試料に比べ、癌性組織からの試料では、マーカーLFG5の発現が有意に下方調整されていることが示された。LFG5(SEQ ID NO:11)の発現レベルは、Affymetrix GeneChips(登録商標)U95上のチップ配列断片no.46659_atにより測定できる。種々の悪性腫瘍における46659_atの発現レベルを、対照の正常組織と比較して表6に示す(倍率変化、変化の方向性(上方または下方調整)およびp値も示す)。癌性試料の組における平均の差の幾何平均を、正常試料の組における平均の差の幾何平均と比較して、倍率変化(癌性/正常)を計算した。各種の組織に関しての、「存在」、「不在」または「境界的」と判定された試料数も、その試料の組の総試料数と共に、表6に示されている。これらのデータは、LFG5の調整の差が癌の診断に役立つものでありうることを示している。
GeneTrapper試験(Life Technologies社、メリーランド州Rockville)を用いるオリゴプリング法により、配列SEQ ID NO:11を有する全長cDNAを取得した。簡単に言えば、46659_at配列を含むESTの配列に基づいて、遺伝子特異的なオリゴマー(5´−GAGAAGACCAGGGAAGAAGCAG−3´(SEQ ID NO:53))を設計した。オリゴマーをビオチンでラベルし、これを用いて、ヒト心臓ライブラリー由来の1本鎖プラスミドDNA(cDNA組み替え体)(NCI CGAP Gas4)(ResGen社、アラバマ州Huntsville)5μgとのハイブリダイゼーションを、Sambrookらの手順に従って行った。ハイブリダイズしたcDNAを、ストレプトアビジンを結合させたビーズにより分離し、加熱により溶出させた。溶出したcDNAを二本鎖プラスミドDNAに変換し、これを用いて大腸菌(DH10B)細胞を形質転換して、最長のcDNAをスクリーニングした。遺伝子特異的なプライマーを用いるPCRにより陽性の選択を確認した後、cDNAをDNA配列決定に付した。
cDNAヌクレオチド配列SEQ ID NO:11内のオープンリーディングフレーム(第223〜1569番目(停止コドンを含めて第223〜1572番目)のヌクレオチド)は、449アミノ酸からなるタンパク質をコードする。SEQ ID NO:11がコードする、予測されるタンパク質に対応するアミノ酸配列を、SEQ ID NO:12に記載する。
マーカーLFG1に替えてマーカーLFG6を用いた以外は、実施例1の方法を繰り返した。
チップデータの解析により、正常組織からの試料に比べ、癌性組織からの試料では、マーカーLFG6の発現が有意に上方調整されていることが示された。LFG6(SEQ ID NO:13または15)の発現レベルは、Affymetrix GeneChips(登録商標)U95上のチップ配列断片no.44103_atにより測定できる。44103_at配列は、EST AA865614に由来する。種々の悪性腫瘍における44103_atの発現レベルを、対照の正常組織と比較して表7に示す(倍率変化、変化の方向性(上方または下方調整)およびp値も示す)。癌性試料の組における平均の差の幾何平均を、正常試料の組における平均の差の幾何平均と比較して、倍率変化(癌性/正常)を計算した。倍率変化が1.5を超えるものを有意とした(Wodickaら(1997)、Nature Biotech. 15:1359−1367)。各種の組織に関しての、「存在」、「不在」または「境界的」と判定された試料数も、その試料の組の総試料数と共に、表7に示されている。これらのデータは、LFG6の上方調整が癌の診断に役立つものでありうることを示している。
GeneTrapper試験(Life Technologies社、メリーランド州Rockville)を用いるオリゴプリング法により、配列SEQ ID NO:13または15を有する全長cDNAを取得した。簡単に言えば、44103_at配列を含むESTの配列に基づいて、遺伝子特異的なオリゴマー(5´−CGCTGGGTCATCGGACGGT−3´(SEQ ID NO:56))を設計した。オリゴマーをビオチンでラベルし、これを用いて、十分に差があった胃腺癌ライブラリー由来の1本鎖プラスミドDNA(cDNA組み替え体)(NCI CGAP Gas4)(ResGen社、アラバマ州Huntsville)5μgとのハイブリダイゼーションを、Sambrookらの手順に従って行った。ハイブリダイズしたcDNAを、ストレプトアビジンを結合させたビーズにより分離し、加熱により溶出させた。溶出したcDNAを二本鎖プラスミドDNAに変換し、これを用いて大腸菌(DH10B)細胞を形質転換して、最長のcDNAをスクリーニングした。遺伝子特異的なプライマーを用いるPCRにより陽性の選択を確認した後、cDNAをDNA配列決定に付した。
cDNAヌクレオチド配列SEQ ID NO:13内のオープンリーディングフレーム(第418〜1392番目(停止コドンを含めて第418〜1395番目)のヌクレオチド)は、325アミノ酸からなるタンパク質をコードする。SEQ ID NO:13がコードする、予測されるタンパク質に対応するアミノ酸配列を、SEQ ID NO:14に記載する。図9は、SEQ ID NO:14のアミノ酸配列の、Kyte−Doolittle値(KyteおよびDoolittle(1982)、J.Mol.Biol. 157:105−142)を用いた疎水性解析の結果を示す。上記のように、親水性領域は抗原性ペプチドの製造に用いうる。
Claims (33)
- (a)SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13または15の配列を含んでなる単離された核酸分子;
(b)SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16の配列をコードする単離された核酸分子;
(c)癌において発現され、SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13または15の連続する全配列に対して、ヌクレオチド配列同一性が75%以上であるタンパク質をコードする単離された核酸分子;および
(d)前記(a)、(b)または(c)の核酸分子の相補体を含んでなる単離された核酸分子
よりなる群から選択される単離された核酸分子。 - 配列SEQ ID NO:1における第390〜4880番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:3における第12〜4904番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:5における第424〜1908番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:7における第405〜1835番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:9における第89〜1150番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:11における第223〜1569番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:13における第418〜1392番目のヌクレオチド;または
配列SEQ ID NO:15における第271〜1431番目のヌクレオチド
を含んでなることを特徴とする請求項1に記載の単離された核酸分子。 - 配列SEQ ID NO:1における第390〜4883番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:3における第12〜4907番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:5における第424〜1911番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:7における第405〜1838番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:9における第89〜1153番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:11における第223〜1572番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:13における第418〜1395番目のヌクレオチド;または
配列SEQ ID NO:15における第271〜1434番目のヌクレオチド
を含んでなることを特徴とする請求項1に記載の単離された核酸分子。 - 配列SEQ ID NO:1における第390〜4883番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:3における第12〜4907番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:5における第424〜1908番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:7における第405〜1835番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:9における第89〜1153番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:11における第223〜1569番目のヌクレオチド;
配列SEQ ID NO:13における第418〜1395番目のヌクレオチド;または
配列SEQ ID NO:15における第271〜1434番目のヌクレオチド
よりなることを特徴とする請求項1に記載の単離された核酸分子。 - 1つ以上の発現制御要素と機能しうるように結合されていることを特徴とする請求項1〜4のいずれかに記載の単離された核酸分子。
- 請求項1〜4のいずれかに記載の単離された核酸分子を含んでなるベクター。
- 請求項1〜4のいずれかに記載の核酸分子を含むよう形質転換された宿主細胞。
- 請求項6に記載のベクターを含んでなる宿主細胞。
- 原核宿主細胞および真核宿主細胞よりなる群から選択されることを特徴とする請求項8に記載の宿主細胞。
- 請求項1〜4のいずれかに記載の核酸分子により形質転換された宿主細胞を、前記核酸分子にコードされるタンパク質が発現される条件下で培養する工程を含むことを特徴とするポリペプチドの製造方法。
- 前記宿主細胞は、原核宿主細胞および真核宿主細胞よりなる群から選択されることを特徴とする請求項10に記載の製造方法。
- 請求項10に記載の製造方法により製造される単離されたポリペプチド。
- SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16のアミノ酸配列を含んでなるタンパク質;および
配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16に対して、アミノ酸配列同一性が75%以上であるタンパク質
よりなる群から選択される単離されたポリペプチドまたはタンパク質。 - 請求項13に記載のタンパク質と結合する単離された抗体または抗原結合性抗体断片。
- モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体であることを特徴とする請求項14に記載の抗体。
- 請求項13に記載のタンパク質をコードする核酸の発現を調節する薬物の同定方法であって、
前記核酸を発現する細胞を、薬物に暴露させる工程;および
前記薬物が、前記核酸の発現を調節するか否かを決定する工程
を含んでなり、それらによって前記タンパク質をコードする核酸の発現を調節する薬物を同定することを特徴とする薬物の同定方法。 - 請求項13に記載のタンパク質のレベル、または少なくとも1つの活性を調節する薬物の同定方法であって、
前記タンパク質を発現する細胞を、薬物に暴露させる工程;および
前記薬物が、前記タンパク質のレベル、または少なくとも1つの活性を調節するか否かを決定する工程
を含んでなり、それらによって前記タンパク質のレベル、または少なくとも1つの活性を調節する薬物を同定することを特徴とする薬物の同定方法。 - 前記薬物は、前記タンパク質の1つの活性を調節することを特徴とする請求項17に記載の薬物の同定方法。
- 請求項13に記載のタンパク質をコードする核酸の発現の調節方法であって、前記タンパク質をコードする核酸の発現を調節する薬物を、有効量で投与する工程を含むことを特徴とする発現の調節方法。
- 請求項13に記載のタンパク質の少なくとも1つの活性の調節方法であって、前記タンパク質の少なくとも1つの活性を調節する薬物を、有効量で投与する工程を含むことを特徴とする活性の調節方法。
- 請求項13に記載のタンパク質の結合パートナーの同定方法であって、
前記タンパク質を、結合パートナーの可能性のある物質に暴露させる工程;および
前記物質が、前記タンパク質と結合するか否かを決定する工程
を含んでなり、それらによって前記タンパク質の結合パートナーを同定することを特徴とする結合パートナーの同定方法。 - 請求項21に記載の結合パートナーと、請求項13に記載のタンパク質の間の相互作用を調節する薬物の同定方法であって、
前記タンパク質を、前記結合パートナーと共に薬物に暴露させる工程;および
前記薬物が、前記結合パートナーと前記タンパク質の会合を調節するか否かを決定する工程
を含んでなり、それらによって前記結合パートナーと前記タンパク質の会合を調節する薬物を同定することを特徴とする薬物の同定方法。 - 請求項21に記載の結合パートナーと、請求項13に記載のタンパク質の間の相互作用の調節方法であって、前記結合パートナーと前記タンパク質の会合を調節する薬物を、有効量で投与する工程を含むことを特徴とする相互作用の調節方法。
- 請求項1〜4のいずれかに記載の核酸分子を含むよう修飾されたヒトではないトランスジェニック動物。
- 前記核酸分子は、コードされるタンパク質の発現を妨げる変異を含むことを特徴とする請求項24に記載のトランスジェニック動物。
- 被験者における病気状態の治療方法であって、病的な細胞に対し、プロモーター要素またはエンハンサー要素と結合した、請求項1〜4のいずれかに記載の単離された核酸分子を含んでなる遺伝子構築物を挿入して、前記核酸分子の発現が、前記病気を抑制するようにする工程を含む病気状態の治療方法。
- 前記病的な細胞に対する挿入をin vivoで完了することを特徴とする請求項26に記載の病気状態の治療方法。
- 前記病的な細胞に対する挿入は、ウィルス性またはプラスミド性薬物の使用を更に含み、in vitroまたはin vivoのいずれかで完了されることを特徴とする請求項26に記載の病気状態の治療方法。
- 請求項1〜4のいずれかに記載の核酸分子、または請求項13に記載のタンパク質の発現レベルを測定する工程を含む、被験者における病気状態の診断方法。
- 前記病気状態は、癌であることを特徴とする請求項26または29に記載の方法。
- 前記病気状態は、悪性腫瘍であることを特徴とする請求項26または29に記載の方法。
- 前記悪性腫瘍は、乳房、結腸、食道、腎臓、肝臓、肺、リンパ節、卵巣、膵臓、前立腺、直腸および/または胃に生じることを特徴とする請求項31に記載の方法。
- 希釈剤、並びに
SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16のアミノ酸配列を含んでなる単離されたポリペプチド;
配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16の、少なくとも10個のアミノ酸よりなる断片を含んでなる単離されたポリペプチド;
配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16の、保存的なアミノ酸置換体を含んでなる単離されたポリペプチド;
配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16の、自然発生アミノ酸配列変異体を含んでなる単離されたポリペプチド;および
配列SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14または16に対して、アミノ酸配列同一性が75%以上である単離されたポリペプチド
よりなる群から選択されるポリペプチドまたはタンパク質
を含んでなる組成物。
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