ES2863730T3 - Inhibidores de la farnesiltransferasa para uso en el tratamiento del cáncer - Google Patents

Abstract

Tipifarnib para uso en un método de tratamiento del carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (SCCHN) refractario a cetuximab en un sujeto, en donde el SCCHN tiene una mutación de HRAS.

Description

DESCRIPCIÓN

Inhibidores de la farnesiltransferasa para uso en el tratamiento del cáncer

Campo

La presente descripción se refiere al campo de la biología molecular y la biología del cáncer. En el presente documento se proporcionan métodos para usar biomarcadores de mutaciones de HRAS para predecir la sensibilidad clínica y la respuesta terapéutica al tratamiento con un inhibidor de la farnesiltransferasa en un sujeto que tiene cáncer de células escamosas de cabeza y cuello o cáncer de células escamosas de pulmón que aún no ha sido tratado con un inhibidor de EGFR o que es refractario a un tratamiento con un inhibidor de EGFR. También se proporcionan en el presente documento kits para llevar a cabo estos métodos. La presente invención se refiere a tipifarnib para uso en un método de tratamiento del carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (SCCHN, por sus siglas en inglés) refractario a cetuximab en un sujeto, en donde el SCCHN tiene una mutación de HRAS. La presente invención también se refiere a tipifarnib para uso en un método de tratamiento del carcinoma de células escamosas de pulmón (SCC de pulmón, por sus siglas en inglés) refractario a cetuximab en un sujeto, en el que el SCC de pulmón tiene una mutación de HRAS.

Antecedentes

La estratificación de las poblaciones de pacientes para mejorar la tasa de respuesta terapéutica es cada vez más valiosa en el tratamiento clínico de los pacientes con cáncer. Los inhibidores de la farnesiltransferasa (FTI) son agentes terapéuticos que tienen utilidad en el tratamiento de cánceres, tales como leucemia, linfoma y ciertos tumores sólidos. Sin embargo, diferentes pacientes pueden responder de manera diferente a un tratamiento con FTI. Por lo tanto, los métodos para predecir la capacidad de respuesta de un paciente con cáncer a un tratamiento con FTI o los métodos para seleccionar pacientes para un tratamiento con FTI, presentan aún necesidades no satisfechas. Los métodos y las composiciones de la presente descripción satisfacen esas necesidades y proporcionan otras ventajas relacionadas. El documento WO-A-2015/164862 describe un inhibidor de la farnesiltransferasa, preferiblemente tipifarnib, para uso en el tratamiento del cáncer dirigido por H-RAS, tal como NHSCC.

Compendio de la invención

La invención está definida por las reivindicaciones. Cualquier contenido que quede fuera del alcance de las reivindicaciones se proporciona únicamente con fines informativos. La presente invención se refiere a tipifarnib para uso en un método de tratamiento del carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (SCCHN) refractario a cetuximab en un sujeto, en donde el SCCHN tiene una mutación de HRAS. La presente invención también se refiere a tipifarnib para uso en un método de tratamiento del carcinoma de células escamosas de pulmón (SCC de pulmón) refractario a cetuximab en un sujeto, en donde el SCC de pulmón tiene una mutación de HRAS. En el presente documento se proporcionan métodos para seleccionar una población de pacientes con cáncer de cabeza y cuello para el tratamiento con un FTI. Los métodos proporcionados en el presente documento se basan, en parte, en el descubrimiento de que el estado mutante de HRAS y/o la resistencia de dicho cáncer a los inhibidores de EGFR, se pueden usar para predecir la capacidad de respuesta de un paciente con cáncer de cabeza y cuello frente a un tratamiento con FTI.

En el presente documento se proporcionan métodos para tratar un carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (SCCHN) refractario al inhibidor de EGFR, en donde el SCCHN tiene una mutación de HRAS, que comprende administrar al sujeto un inhibidor de la farnesiltransferasa (FTI). En determinadas realizaciones, dicha mutación de HRAS comprende una sustitución de aminoácidos en un codón seleccionado a partir de un grupo que consiste en G12, G13, Q61, Q22, K117, A146 y cualquier combinación de los mismos. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN no tiene una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN tiene un gen HRAS amplificado o sobreexpresa el ARNm y/o la proteína de HRAS. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN tiene K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es negativo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es positivo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN se encuentra en un estadio avanzado o metastásico. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es un SCCHN recidivante. En realizaciones específicas, el SCCHN es SCCHN de la tráquea. En realizaciones específicas, el SCCHN es SCCHN del maxilar. En realizaciones específicas, el SCCHN es SCCHN de la cavidad oral. De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib.

En el presente documento se proporcionan métodos para tratar un carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (SCCHN o HNSCC) en un sujeto, en donde el SCCHN es refractario a un inhibidor de EGFR, que comprenden (a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS en una muestra procedente de dicho sujeto, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor de la farnesiltransferasa (FTI) a dicho sujeto, si se determina que dicha muestra tiene una mutación de HRAS. También se proporcionan en el presente documento (fuera del alcance reivindicado) métodos para tratar un carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (SCCHN) en un sujeto, en donde el sujeto nunca ha sido tratado con un inhibidor de EGFR, que comprenden (a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS en una muestra procedente de dicho sujeto, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor de la farnesiltransferasa (FTI) a dicho sujeto, si se determina que dicha muestra tiene una mutación de HRAS y no administrar un inhibidor de EGFR. En ciertos aspectos de la descripción, dicha mutación de HRAS comprende una sustitución de aminoácidos en un codón seleccionado a partir de un grupo que consiste en G12, G13, Q61, Q22, K117, A146 y cualquier combinación de los mismos. En determinados aspectos, dicho FTI se administra en combinación con una quimioterapia. En ciertos aspectos, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En determinadas realizaciones, los métodos comprenden además determinar la presencia o ausencia de una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras, en donde dicha muestra no tiene una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras. En determinadas realizaciones, dicha muestra tiene K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre. En realizaciones específicas, la muestra es una biopsia de un tejido. En realizaciones específicas, la muestra es una biopsia de un tumor. En realizaciones específicas, determinar la presencia o ausencia de una mutación de Ras comprende analizar los ácidos nucleicos obtenidos a partir de dicha muestra.

En determinadas realizaciones, la mutación de Ras se determina mediante secuenciación, reacción en cadena de la polimerasa (PCR), micromatriz de ADN, espectrometría de masas (MS), ensayo de polimorfismo de nucleótido único (SNP), cromatografía líquida de alto rendimiento desnaturalizante (DHPLC) o ensayo de polimorfismo de longitud de un fragmento de restricción (RFLP). En realizaciones específicas, la mutación de Ras se determina mediante PCR. En realizaciones específicas, la mutación de Ras se determina mediante secuenciación. En realizaciones específicas, determinar la presencia o ausencia de una mutación de Ras comprende analizar proteínas obtenidas a partir de dicha muestra.

En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es negativo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es positivo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN se encuentra en un estadio avanzado o metastásico. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es un SCCHN recidivante. En determinadas realizaciones, el SCCHN es SCCHN de la tráquea. En determinadas realizaciones, el SCCHN es SCCHN del maxilar. En determinadas realizaciones, el SCCHN es SCCHN de la cavidad bucal.

De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En ciertos aspectos de la descripción, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. De acuerdo con la invención, el inhibidor de la farnesiltransferasa (FTI) es tipifarnib.

En algunas realizaciones, se proporciona en el presente documento un método para tratar un SCCHN en , de una mutación de HRAS. En algunas realizaciones, el SCCHN puede ser un SCCHN negativo para VPH. En algunas realizaciones, el SCCHN puede ser un SCCHN positivo para VPH. En algunas realizaciones, el SCCHN puede ser un SCCHN recidivante/recurrente. En algunas realizaciones, el SCCHN puede ser un SCCHN metastásico. Los métodos proporcionados en el presente documento incluyen (a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS en una muestra procedente del sujeto que tiene SCCHN, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al sujeto si se determina que la muestra tiene una mutación de HRAS. En determinadas realizaciones, dicho tipifarnib se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En el presente documento se proporcionan métodos para tratar un carcinoma de células escamosas de pulmón (SCC de pulmón) refractario al inhibidor de EGFR, en donde el SCC de pulmón tiene una mutación de HRAS, que comprenden administrar al sujeto un inhibidor de la farnesiltransferasa (FTI). En determinadas realizaciones, dicha mutación de HRAS comprende una sustitución de aminoácidos en un codón seleccionado a partir de un grupo que consiste en G12, G13, Q61, Q22, K117, A146 y cualquier combinación de los mismos. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón no tiene una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón tiene un gen HRAS amplificado o que sobreexpresa el ARNm y/o la proteína de HRAS. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón tiene K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es negativo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es positivo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón se encuentra en un estadio avanzado o metastásico. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es SCC de pulmón recidivante. De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib.

En el presente documento se proporcionan métodos para tratar un carcinoma de células escamosas de pulmón (SCC de pulmón) en un sujeto, en donde el SCC de pulmón es refractario a un inhibidor de EGFR, que comprenden (a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS en una muestra de dicho sujeto, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor de la farnesiltransferasa (FTI) a dicho sujeto, si se determina que dicha muestra tiene una mutación de HRAS. También se proporcionan en el presente documento (fuera del alcance reivindicado) métodos para tratar un SCC de pulmón en un sujeto, en donde el sujeto nunca ha sido tratado con un inhibidor de EGFR, que comprenden (a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS en una muestra de dicho sujeto, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor de la farnesiltransferasa (FTI) a dicho sujeto, si se determina que dicha muestra tiene una mutación de HRAS y no administrar un inhibidor de EGFR. En ciertos aspectos de la descripción, dicha mutación de HRAS comprende una sustitución de aminoácidos en un codón seleccionado a partir de un grupo que consiste en G12, G13, Q61, Q22, K117, A146 y cualquier combinación de los mismos. En determinados aspectos, dicho FTI se administra en combinación con una quimioterapia. En ciertos aspectos, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En determinadas realizaciones, los métodos comprenden además determinar la presencia o ausencia de una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras, en donde dicha muestra no tiene una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras. En determinadas realizaciones, dicha muestra tiene K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre. En realizaciones específicas, la muestra es una biopsia de tejido. En realizaciones específicas, la muestra es una biopsia de un tumor. En realizaciones específicas, determinar la presencia o ausencia de una mutación de Ras comprende analizar los ácidos nucleicos obtenidos a partir de dicha muestra.

En determinadas realizaciones, la mutación de Ras se determina mediante secuenciación, reacción en cadena de la polimerasa (PCR), micromatriz de ADN, espectrometría de masas (MS), ensayo de polimorfismo de nucleótido único (SNP), cromatografía líquida de alto rendimiento desnaturalizante (DHPLC) o ensayo de polimorfismo de la longitud de un fragmento de restricción (RFLP). En realizaciones específicas, la mutación de Ras se determina mediante PCR. En realizaciones específicas, la mutación de Ras se determina mediante secuenciación. En realizaciones específicas, determinar la presencia o ausencia de una mutación de Ras comprende analizar proteínas obtenidas a partir de dicha muestra.

En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es negativo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es positivo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón se encuentra en un estadio avanzado o metastásico. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es un SCC de pulmón recidivante.

De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En ciertos aspectos de la descripción, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. De acuerdo con la invención, el inhibidor de la farnesiltransferasa (FTI) es tipifarnib.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporciona un método para tratar un SCC de pulmón en un sujeto, basándose en la presencia de una mutación de HRAS. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón puede ser SCC de pulmón negativo para VPH. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón puede ser SCC de pulmón positivo para VPH. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón puede ser SCC de pulmón recidivante/recurrente. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón puede ser SCC de pulmón metastásico. Los métodos proporcionados en el presente documento incluyen (a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS en una muestra procedente del sujeto que tiene SCC de pulmón, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al sujeto, si se determina que la muestra tiene una mutación de HRAS. En determinadas realizaciones, dicho tipifarnib se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En algunos aspectos de la descripción, el FTI se selecciona a partir del grupo que consiste en tipifarnib, lonafarnib (SCH-66336), CP-609,754, BMS-214662, L778123, L744823, L739749, R208176, AZD3409 y FTI-277. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 1-1000 mg/kg de peso corporal. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 200-1200 mg, dos veces al día (''b.i.d''). En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 600 mg al día por vía oral. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 300 mg b.i.d. por vía oral durante 3 de 4 semanas, en ciclos repetidos de 4 semanas. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 600 mg b.i.d. por vía oral durante 3 de 4 semanas en ciclos repetidos de 4 semanas. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 900 mg b.i.d. por vía oral en semanas alternas (una semana si, una semana no) en ciclos repetidos de 4 semanas (días 1-7 y 15-21 de ciclos repetidos de 28 días). En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 1200 mg b.i.d. por vía oral en semanas alternas (días 1-7 y 15-21 de ciclos repetidos de 28 días). En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 600 mg b.i.d. por vía oral en semanas alternas (días 1-7 y 15­ 21 de ciclos repetidos de 28 días). En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 400 mg b.i.d. por vía oral en semanas alternas (días 1-7 y 15-21 de ciclos repetidos de 28 días). En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 300 mg b.i.d. por vía oral en semanas alternas (días 1-7 y 15-21 de ciclos repetidos de 28 días). En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 200 mg b.i.d. por vía oral en semanas alternas (días 1-7 y 15-21 de ciclos repetidos de 28 días). En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 1200 mg b.i.d. por vía oral, los días 1-5 y 15-19 de ciclos repetidos de 28 días. En algunas realizaciones, los pacientes reciben al menos tres ciclos de tratamiento. En algunas realizaciones, los pacientes reciben al menos seis ciclos de tratamiento.

Breve descripción de los dibujos

FIG. 1A-B. Tomografía computarizada de un tumor del sujeto 1 en (A) punto de partida y (B) ciclo 4, día 22. El tumor se indica con un círculo.

FIG. 2. Volúmenes tumorales de ratones en diferentes grupos durante el tratamiento con tipifarnib en un modelo de xenoinjerto HN1420 de cáncer de cabeza y cuello HUPRIME®, en donde el grupo 01 es el grupo del vehículo y el grupo 02 es el grupo de tipifarnib.

FIG. 3. Volúmenes tumorales de ratones en diferentes grupos durante el tratamiento con tipifarnib en un modelo de xenoinjerto LU1513 de NSCLC HUPRIME®, en donde el grupo 01 es el grupo del vehículo y el grupo 02 es el grupo de tipifarnib.

Descripción detallada

1. Definiciones

Tal y como se usa en el presente documento, los artículos "un", "una" y "el, ella" se refieren a uno o a más de uno de los objetos gramaticales del artículo. A modo de ejemplo, un biomarcador se refiere a un biomarcador o a más de un biomarcador.

Tal y como se usa en el presente documento, el término "sujeto" se refiere a un mamífero. Un sujeto puede ser un mamífero humano o no humano, tal como un perro, gato, mamífero bovino, equino, ratón, rata, conejo o especies transgénicas de los mismos. El sujeto puede ser un paciente o un paciente con cáncer.

Tal y como se usa en el presente documento, el término "cáncer" o "canceroso" se refiere a una afección fisiológica en los mamíferos que se caracteriza normalmente por un crecimiento celular no regulado. Los ejemplos de cáncer incluyen, pero no se limitan a, cánceres hematológicos (p. ej., mieloma múltiple, linfoma y leucemia) y tumores sólidos. Tal y como se usa en el presente documento, la expresión "afección premaligna" se refiere a una afección asociada con un mayor riesgo de cáncer, que, si no se trata, puede conducir a un cáncer. Una afección premaligna también puede referirse a un cáncer no invasivo que no ha progresado hasta un estadio invasivo, agresivo.

Tal y como se usa en el presente documento, el término "tratar", "tratando" y "tratamiento", cuando se usa haciendo referencia a un paciente con cáncer, se refiere a una acción que reduce la gravedad del cáncer, o retarda o ralentiza la evolución del cáncer, incluyendo (a) inhibir el crecimiento del cáncer o detener el desarrollo del cáncer, y (b) provocar una regresión del cáncer, o retrasar o minimizar uno o varios síntomas asociados con la presencia del cáncer.

Tal y como se usa en el presente documento, el término "determinar" se refiere al uso de cualquier forma de medición para evaluar la presencia de una sustancia, ya sea cuantitativa o cualitativamente. La medición puede ser relativa o absoluta. Medir la presencia de una sustancia puede incluir determinar si la sustancia está presente o ausente, o la cantidad de la sustancia.

Tal y como se usa en el presente documento, el término "administrar", "administrando" o "administración" se refiere al acto de suministrar, o hacer que se suministre, un compuesto o una composición farmacéutica en el cuerpo de un sujeto, mediante un método descrito en el presente documento o conocido de otro modo en la técnica. La administración de un compuesto o una composición farmacéutica incluye prescribir un compuesto o una composición farmacéutica para su administración en el cuerpo de un paciente. Las formas de administración ejemplares incluyen formas de dosificación oral, tales como comprimidos, cápsulas, jarabes, suspensiones; formas de dosificación inyectables, tales como intravenosa (IV), intramuscular (IM) o intraperitoneal (IP); formas de dosificación transdérmica, que incluyen cremas, geles, polvos o parches; formas de dosificación bucal; polvos para inhalación, aerosoles, suspensiones y supositorios rectales.

Tal y como se usa en el presente documento, la expresión "cantidad terapéuticamente eficaz" de un compuesto cuando se usa en relación con una enfermedad o un trastorno, se refiere a una cantidad suficiente para proporcionar un beneficio terapéutico en el tratamiento o el control de la enfermedad o el trastorno, o para retrasar o minimizar uno o varios síntomas asociados con la enfermedad o el trastorno. Una cantidad terapéuticamente eficaz de un compuesto significa una cantidad del compuesto, solo o en combinación con otras terapias, que proporciona un beneficio terapéutico en el tratamiento o el control de la enfermedad o el trastorno. La expresión incluye una cantidad que mejora la terapia general, reduce o evita los síntomas o aumenta la eficacia terapéutica de otro agente terapéutico. La expresión también se refiere a la cantidad de un compuesto que provoca de forma suficiente la respuesta biológica o médica de una molécula biológica (p. ej., una proteína, enzima, ARN o ADN), célula, tejido, sistema, animal o ser humano, que está buscando un investigador, veterinario, doctor o médico clínico.

Tal y como se usa en el presente documento, el término "muestra" se refiere a un material o mezcla de materiales que contiene uno o varios componentes de interés. Una muestra procedente de un sujeto se refiere a una muestra obtenida a partir del sujeto, incluyendo muestras de tejido biológico o de origen fluido, obtenidas, conseguidas o recogidas in vivo o in situ. Se puede obtener una muestra a partir de una región de un sujeto que contiene células o tejidos precancerosos o cancerosos. Tales muestras pueden ser, pero no se limitan a, órganos, tejidos, fracciones y células aisladas de un mamífero. Las muestras ejemplares incluyen médula ósea, sangre completa, sangre parcialmente purificada, células mononucleares de sangre periférica ("PBMC") y biopsias de tejidos. Las muestras ejemplares también incluyen un lisado celular, un cultivo celular, una línea celular, un tejido, un tejido oral, un tejido gastrointestinal, un órgano, un orgánulo, un fluido biológico, una muestra de sangre, una muestra de orina, una muestra de piel y similares.

Tal y como se usa en el presente documento, el término "biomarcador" se refiere a un gen que puede estar presente o ausente en sujetos individuales, o puede estar presente pero expresado de manera diferente en sujetos individuales. La presencia de un biomarcador, incluyendo el nivel de expresión del biomarcador, en una muestra procedente de un sujeto, puede indicar la capacidad de respuesta del sujeto frente a un tratamiento particular, tal como un tratamiento con FTI.

Tal y como se usa en el presente documento, el término "expresar" o "expresión" cuando se usa en conexión con un gen, se refiere al proceso por el cual la información transportada por el gen se manifiesta como el fenotipo, incluyendo la transcripción del gen a un ARN mensajero (ARNm), la posterior traducción de la molécula de ARNm a una cadena polipeptídica y su ensamblaje en la proteína final.

Tal y como se usa en el presente documento, la expresión "producto de ARN del biomarcador" se refiere a un transcrito de ARN, transcrito a partir de un biomarcador, y la expresión "producto proteico del biomarcador" se refiere a una proteína o un polipéptido traducido a partir de un producto de ARN de un biomarcador.

Tal y como se usa en el presente documento, la expresión "nivel de expresión" de un biomarcador se refiere a la cantidad o la acumulación del producto de expresión de un biomarcador, como, por ejemplo, la cantidad de un producto de ARN del biomarcador (el nivel de ARN del biomarcador) o la cantidad de un producto proteico del biomarcador (el nivel de proteína del biomarcador). Si el biomarcador es un gen con más de un alelo, el nivel de expresión de un biomarcador se refiere a la cantidad total de acumulación del producto de expresión de todos los alelos existentes para ese gen, a menos que se especifique lo contrario.

Tal y como se usa en el presente documento, la expresión "nivel de expresión de referencia" se refiere a un nivel de expresión predeterminado de un biomarcador que se puede usar para determinar la importancia del nivel de expresión del biomarcador en una muestra procedente de un sujeto. Un nivel de expresión de referencia de un biomarcador puede ser el nivel de expresión del biomarcador en una muestra procedente de un individuo sano. Un nivel de expresión de referencia de un biomarcador también puede ser un valor de corte determinado por un experto en la técnica, a través de un análisis estadístico de los niveles de expresión del biomarcador en una población de muestras y la capacidad de respuesta frente a un tratamiento de los individuos en la población de muestras.

Tal y como se usa en el presente documento, la expresión "capacidad de respuesta" o "que responde" cuando se usa en conexión con un tratamiento, se refiere a la eficacia del tratamiento para reducir o disminuir los síntomas de la enfermedad que se está tratando. Por ejemplo, un paciente con cáncer responde a un tratamiento con FTI, si el tratamiento con FTI inhibe eficazmente el crecimiento del cáncer o detiene el desarrollo del cáncer, provoca una regresión del cáncer o retrasa o minimiza uno o varios síntomas asociados con la presencia del cáncer en ese paciente.

La capacidad de respuesta frente a un tratamiento particular de un paciente con cáncer, se puede caracterizar como una respuesta completa o parcial. "Respuesta completa" o "RC" se refiere a una ausencia de enfermedad clínicamente detectable con normalización de estudios radiográficos previamente anormales, médula ósea y líquido cefalorraquídeo (LCR) o mediciones anormales de proteínas monoclonales. "Respuesta parcial" o "RP" se refiere a al menos aproximadamente un 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% o 90% de disminución en toda la carga tumoral medible (es decir, el número de células malignas presentes en el sujeto, o el volumen medido de masas tumorales o la cantidad de proteína monoclonal anormal) en ausencia de nuevas lesiones.

Una persona con experiencia normal en la técnica entenderá que los estándares clínicos usados para definir RC, RP u otro nivel de capacidad de respuesta de un paciente frente a los tratamientos, pueden variar para diferentes tipos de cáncer. Por ejemplo, para los cánceres hematopoyéticos, el paciente que "responde" a un tratamiento en particular se puede definir como los pacientes que tienen una respuesta completa (RC), una respuesta parcial (RP) o una mejora hematológica (MH) (Lancet et al., Blood 2:2 (2006)). Para los tumores sólidos, un paciente que "responde" a un tratamiento en particular, se puede definir mediante los criterios RECIST (véase, Therasse et al., "New guidelines to evaluate the response to treatment in solid tumors," JNCI 92(3):205-216 (2000)). La MH se puede definir como cualquier recuento de blastos en la médula ósea inferior al 5% o una reducción de los blastos en la médula ósea de al menos la mitad. Por otro lado, un paciente que "no responde" a un tratamiento particular, se puede definir como los pacientes que tienen una enfermedad progresiva (EP) o una enfermedad estable (EE). Enfermedad progresiva (EP) se puede definir como un aumento >50% de los blastos en la médula ósea o el % de blastos circulantes desde el inicio, o una nueva aparición de blastos circulantes (al menos en 2 ocasiones consecutivas). Enfermedad estable (EE) se puede definir como cualquier respuesta que no cumpla los criterios de RC, RP, MH o EP.

Tal y como se usa en el presente documento, el término "probabilidad" se refiere a la probabilidad de un evento. Es "probable" que un sujeto responda a un tratamiento particular cuando se cumple una condición, significa que la probabilidad de que el sujeto responda a un tratamiento particular es mayor cuando se cumple la condición que cuando no se cumple la condición. La probabilidad de responder a un tratamiento en particular puede ser superior a, por ejemplo, un 5%, 10%, 25%, 50%, 100%, 200% o más en un sujeto que cumple una condición particular, en comparación con un sujeto que no cumple la condición. Por ejemplo, el que sea “probable” que un paciente con cáncer responda a un tratamiento con FTI cuando el sujeto es portador de una mutación de HRAS, significa que la probabilidad de que un sujeto responda al tratamiento con FTI es de un 5%, 10%, 25%, 50%, 100%, 200% o más en un sujeto que es portador de una mutación de HRAS, en comparación con un sujeto que no es portador de una mutación de HRAS.

Las proteínas Ras son GTPasas que regulan la proliferación y transducen información biológica desde señales extracelulares al núcleo. Las células de mamíferos expresan tres genes ras que codifican cuatro proteínas Ras, que son HRAS, N-Ras, KA-Ras y KB-Ras. KA-Ras y KB-Ras también se conocen en general como K-Ras. Las proteínas Ras existen en estado activo, unidas a GTP o inactivo, unidas a GDP. Las proteínas RAS mutantes se acumulan en la conformación unida a GTP debido a una actividad GTPasa intrínseca defectuosa y/o a la resistencia a la inactivación a través de las proteínas activadoras de GTPasa (GAPs). Una señalización constitutiva de RAS está mediada por mutaciones que evitan la hidrólisis de GTP, bloqueando RAS en un estado permanentemente activo. Además, las GTPasas de RAS requieren una modificación postraduccional de lípidos en forma de farnesilación o geranilgeranilación, para su actividad transformadora maligna. De las tres especies de RAS (HRAS, KRAS, NRAS), HRAS es única por el hecho de que se puede farnesilar pero no geranilgeranilizar. En consecuencia, se ha mostrado que los inhibidores de la farnesiltransferasa (FTIs) inhiben la farnesilación de HRAS, evitan su asociación con la membrana plasmática, inhiben las vías de transducción de señales aguas abajo e inhiben el crecimiento tumoral (revisado por Berndt et al. Nature Reviews Cancer 11:775-91). Se ha observado la mutación Q22K de HRAS en el síndrome de Costello (Sheffield et al. Ped Dev Pathology 18, 237-244, 2015), un trastorno del desarrollo y de la predisposición a tumores, causado por una mutación de HRAS en la línea germinal, y aunque no se ha establecido su capacidad para impulsar una transformación neoplásica, esa mutación se encuentra en una región altamente conservada entre las proteínas RAS y Q22K de KRAS se ha establecido como una mutación impulsora (Tsukuda et al. Biochem Biophys Res Commun 2000; 278:653-58).

A continuación se proporciona una secuencia de aminoácidos ejemplar y una secuencia de ácido nucleico codificante correspondiente de HRAS humana (GENBANK: CR536579.1 GI: 49168641):

MTEYKLVVVG AGGVGKSALT IQLIQNHFVD EYDPTIEDSY RKQVVIDGET

CLLDILDTAG QEEYSAMRDQ YMRTGEGFLC VFAINNTKSF ED1HQYREQI

KRVKDSDDVP MVLVGNKCDL AARTVESRQA QDLARSYGIP YIETSAKTRQ

GVEDAFYTLV REIRQHKLRK LNPPDESGPG CMSCKCVLS

(SEQ ID NO:l)

ATGACGGAAT ATAAGCTGGT GGTGGTGGGC GCCGGCGGTG TGGGCAAGAG

TGCGCTGACC ATCCAGCTGA TCCAGAACCA CTTTGTGGAC GAATACGACC

CCACTATAGA GGATTCCTAC CGGAAGCAGG TGGTCATTGA TGGGGAGACG

TGCCTGTTGG ACATCCTGGA TACCGCCGGC CAGGAGGAGT ACAGCGCCAT

GCGGGACCAG TACATGCGCA CCGGGGAGGG CTTCCTGTGT GTGTTTGCCA

TCAACAACAC CAAGTCTTTT GAGGACATCC ACCAGTACAG GGAGCAGATC

AAACGGGTGA AGGACTCGGA TGACGTGCCC ATGGTGCTGG TGGGGAACAA

GTGTGACCTG GCTGCACGCA CTGTGGAATC TCGGCAGGCT CAGGACCTCG

CCCGAAGCTA CGGCATCCCC TACATCGAGA CCTCGGCCAA GACCCGGCAG

GGAGTGGAGG ATGCCTTCTA CACGTTGGTG CGTGAGATCC GGCAGCACAA

GCTGCGGAAG CTGAACCCTC CTGATGAGAG TGGCCCCGGC TGCATGAGCT

GCAAGTGTGT GCTCTCCTGA

(SEQ ID NO:2).

Las isoformas de Ras están farnesiladas. La farnesiltransferasa (FTasa) tiene funciones cruciales en las modificaciones postraduccionales de las proteínas Ras. Una forma de interferir en la función de Ras es la inhibición de la FTasa, la enzima que acopla un grupo isoprenilo de 15 carbonos con las proteínas Ras, a través de los inhibidores de la farnesiltransferasa ("FTI"). Los FTIs son una clase de fármacos contra el cáncer biológicamente activos que inhiben la farnesilación de una amplia gama de proteínas diana, incluida Ras. Los FTIs bloquean la activación de Ras mediante la inhibición de la FTasa, lo que finalmente da como resultado una detención del crecimiento celular. Por tanto, se había previsto que los FTIs serían agentes terapéuticos eficaces en el tratamiento del cáncer.

Un treinta por ciento de todos los cánceres humanos expresan Ras activada oncogénicamente. La alta prevalencia de Ras mutada, que se encuentra en un 30% de todos los cánceres humanos, hace de esta ruta una diana atractiva para el desarrollo de fármacos contra el cáncer. Inicialmente, se había previsto que la o las mutaciones de Ras que conducían a la ruta de RAS constitutivamente activa, pueden servir como un biomarcador para la respuesta de un paciente frente a los FTIs, lo que se basaba en la evidencia preclínica de que los FTIs podían bloquear las células transformadas con RAS. (Raponi et al., Blood 111:2589-96 (2008)).

Tal y como se usa en el presente documento, la expresión "mutación de HRAS" se refiere a una mutación de activación en un gen HRAS o una proteína HRAS. Una mutación de HRAS puede referirse a una alteración genética en la secuencia de ADN del gen HRAS, lo que da como resultado una activación de la proteína HRAS correspondiente, o la alteración de la secuencia de aminoácidos de una proteína HRAS, lo que da como resultado su activación. Por tanto, la expresión "mutación de HRAS" tal y como se usa en el presente documento, no incluye una alteración en un gen HRAS que no da lugar a la activación de la proteína HRAS, o una alteración de una secuencia de la proteína HRAS que no conduce a su activación. En consecuencia, una muestra o un sujeto que no tiene ninguna "mutación de HRAS" tal y como se usa en el presente documento, aún puede tener una mutación en el gen HRAS que no afecta a la actividad de la proteína HRAS o una mutación que altera la actividad de la proteína HRAS, o tiene una mutación en una proteína HRAS que no afecta a su actividad o una mutación que afecta a su actividad. Una muestra o un sujeto pueden tener varias copias del gen HRAS. Una muestra o un sujeto también pueden tener proteínas HRAS tanto de tipo silvestre como mutantes. Tal y como se usa en el presente documento, una muestra o un sujeto que tienen una mutación de HRAS también pueden tener una copia del gen HRAS de tipo silvestre y/o la proteína HRAS de tipo silvestre. Una muestra o un sujeto que se determina que "tienen HRAS de tipo silvestre", tal y como se usa en el presente documento, se refiere a la muestra o el sujeto que solo tienen el gen HRAS de tipo silvestre y la proteína HRAS de tipo silvestre, y no una mutación de HRAS.

En algunas realizaciones, la mutación de HRAS puede incluir al menos una mutación en un codón seleccionado a partir del grupo que consiste en G12, G13, Q61, Q22 , K117 y A146.

2. Inhibidores de la farnesiltransferasa para el tratamiento del cáncer

2.1. Inhibidores de la farnesiltransferasa

En el presente documento se proporcionan métodos para tratar el carcinoma de células escamosas de la cabeza y el cuello con un FTI en un paciente con cáncer seleccionado o en una población seleccionada de pacientes con cáncer. Los FTIs representativos pertenecen a groso modo a dos clases (Shen et al., Drug Disc. Today 20:2 (2015)). Los FTIs de la primera clase tienen la estructura básica de difosfato de farnesilo (FPP). Por ejemplo, se ha descrito que análogos de FPP con un grupo de ácido malónico (Ta) eran FTIs que compiten con FPP (Duez, S. et al. Bioorg. Med. Chem.

18:543-556 (2010)). Además, los derivados que contienen imidazol unidos por un sustituyente ácido y una cadena de peptidilo, también se sintetizaron como FTIs de bisustrato, y los inhibidores de bisustrato diseñados tienen mejores afinidades que FPP. Los FTIs de la segunda clase son moléculas peptidomiméticas, que se pueden dividir en dos grupos, a saber, FTIs de tiol y no de tiol. Con respecto a los FTIs de tiol, por ejemplo L-739749, un FTI peptidomimético selectivo, muestra una potente actividad antitumoral en ratones atímicos, sin una toxicidad del sistema (Kohl, N.E. et al. PNAS 91:9141-9145 (1994)). Además, también se desarrolló una variedad de inhibidores de tiol, tales como los FTIs de tripeptidilo (Lee, H-Y. et al. Bioorg. Med. Chem. Lett. 12: 1599-1602 (2002)).

Por lo tanto, para los FTIs de no tiol, los heterociclos se usaron ampliamente para sustituir el grupo tiol para que entrara en contacto con el ion zinc en el sitio de unión. De acuerdo con las estructuras de los grupos farmacofóricos, los FTIs de no tiol se pueden dividir en tres clases. La primera clase se caracteriza por diferentes anillos monocíclicos, tal como el L-778123, un FTI en la fase I de ensayos clínicos para tumores sólidos y linfoma. L-778123 se une al sitio del péptido CAAX y compite con el sustrato de CAAX de la farnesiltransferasa. La segunda clase está representada por tipifarnib la fase III de ensayos y BMS-214662 en la fase III de los ensayos, que se componen de diversos anillos monocíclicos y bicíclicos (Harousseau et al. Blood 114:1166-1173 (2009)). El inhibidor representativo de la tercera clase es lonafarnib, que es activo en tumores malignos dependientes e independientes de Ras, y ha entrado en la fase III de ensayos clínicos para combatir el carcinoma, la leucemia y el síndrome mielodisplásico. Lonafarnib es un FTI con un núcleo de triciclo, que contiene un anillo central de siete miembros, fusionado con dos anillos aromáticos de seis miembros.

Por tanto, los FTIs tal y como se describen en el presente documento, pueden adoptar una multitud de formas pero comparten una función inhibidora esencial de interferir o disminuir la farnesilación de proteínas implicadas en el cáncer y las enfermedades proliferativas.

Numerosos FTIs están dentro del alcance de esta descripción e incluyen los descritos en los documentos de patente de EE.UU. n25.976.851; 5.972.984; 5.972.966; 5.968.965; 5.968.952; 6.187.786; 6.169.096; 6.037.350; 6.177.432; 5.965.578; 5.965.539; 5.958.939; 5.939.557; 5.936.097; 5.891.889; 5.889.053; 5.880.140; 5.872.135; 5.869.682; 5.861.529; 5.859.015; 5.856.439; 5.856.326; 5.852.010; 5.843.941; 5.807.852; 5.780.492; 5.773.455; 5.767.274; 5.756.528; 5.750.567; 5.721.236; 5.700.806; 5.661.161; 5.602.098; 5.585.359; 5.578.629; 5.534.537; 5.532.359; 5.523.430; 5.504.212; 5.491.164; 5.420.245; y 5.238.922.

Los FTIs dentro del alcance de esta descripción también incluyen los descritos en Thomas et al., Biologics 1: 415-424 (2007); Shen et al., Drug Disc. Today 20:2 (2015); Appels et al., The Oncologist 10: 565-578 (2005).

En algunos aspectos de la descripción, los FTIs incluyen arglabina (es decir, 1(R)-10-epoxi-5(S),7(S)-guaia-3(4),11(13)-dien-6,12-olida descrita en el documento WO-98/28303 (NuOncology Labs); alcohol perrílico descrito en el documento WO-99/45912 (Wisconsin Genetics); SCH-66336 (lonafarnib), es decir, (+)-(R)-4-[2-[4-(3,10-dibromo-8-cloro-5,6-dihidro-11 H-benzo[5,6]ciclohepta[1,2-b]piridin-11 -il)piperidin-1 -il]-2-oxoetil]piperidin-1 -carboxamida, descrita en el documento de patente de EE.UU. n° 5874442 (Schering); L778123, es decir, 1 -(3-clorofenil)-4-[1 -(4-cianobencil)-5-imidazolilmetil]-2-piperazinona, descrita en el documento WO-00/01691 (Merck); L739749, es decir, el compuesto 2(S)-[2(S)-[2(R)-amino-3-mercapto]propilamino-3(S)-metil]-pentiloxi-3-fenilpropionil-metionina sulfona descrito en el documento w O-94/10138 (Merck); FTI-277, es decir, {N-[2-fenil-4-N[2(R)-amino-3-mecaptopropilamino]benzoil]}-metionato de metilo (Calbiochem); L744832, es decir, éster 1 -metiletilico de ácido (2S)-2-[[(2s )-2-[(2S,3S)-2-[(2R)-2-amino-3-mercaptopropil]amino]-3-metilpentil]oxi]-1-oxo-3-fenilpropil]amino]-4-(metilsulfonil)-butanoico (Biomol International L.P.); CP-609,754 (Pfizer), es decir, (R)-6-[(4-clorofenil)-hidroxil-(1 -metil-1 H-imidazol-5-il)-metil]-4-(3-etinilfenil)-1 -metil-2-(1 H)-quinonlinona y (R)-6-[(4-clorofenil)-hidroxil-(3-metil-3H-imidazol-4-il)-metil]-4-(3-etinilfenil)-1 -metil-2-(1H)-quinolinona; R208176 (Johnson & Johnson), es decir, JNJ-17305457, o (R)-1-(4-clorofenil)-1-[5-(3-clorofenil)tetrazolo[1,5-a]quinazolin-7-il]-1-(1-metil-1H-imidazol-5-il)metanamina; AZD3409 (AstraZeneca), es decir, 2-(2-(4-fluorofenetil)-5-((((2S,4S)-4-(nicotinoiltio)pirrolidin-2-il)metil)amino)benzamido)-4-(metiltio)butanoato de (S)-isopropilo; BMS 214662 (Bristol-Myers Squibb), es decir, (R)-2,3,4,5-tetrahidro-1-(1H-imidazol-4-ilmetil)-3-(fenilmetil)-4-(2-tienilsulfonil)-1H-1,4-benzodiazapina-7-carbonitrilo, descrito en el documento WO 97/30992 (Bristol Myers Squibb) y los compuestos de Pfizer (A) y (B) descritos en los documentos WO-00/12498 y WO-00/12499.

En algunos aspectos de la descripción, los FTIs son los agentes terapéuticos denominados de "molécula pequeña" no peptídicos, tales como las quinolinas o los derivados de quinolina, que incluyen:

7-(3-clorofenil)-9-[(4-clorofenil)-1 H-imidazol-1 -ilmetil]-2,3-dihidro-o-1 H,5H-benzo[ij]quinolizin-5-ona,

7- (3-clorofenil)-9-[(4-clorofenil)-1 H-imidazol-1 -ilmetil]-1,2-dihidro-o-4H-pirrolo[3,2,1-ij]quinolin-4-ona,

8- [amino(4-clorofenil)(1-metil-1 H-imidazol-5-il)metil]-6-(3-clorofenil)-1,2-dihidro-4H-pirrolo[3,2,1-ij]quinolin-4-ona, y

8-[amino(4-clorofenil)(1-metil-1 H-imidazol-5-il)metil]-6-(3-clorofenil)-2,3-dihidro-1 H,5H-benzo[ij]quinolizin-5-ona.

Tipifarnib (el FTI según la invención) es un FTI no peptidomimético (Thomas et al., Biologics 1: 415-424 (2007)). Es un derivado de 1-metilquinolin-2-ona 4,6-disustituido ((B)-6-[amino(4-clorofenil)(1-metil-1H-imidazol-5-il)metil]-4-(3-clorofenil)-1 -metil-2 (1H)-quinolinona)) que se obtuvo mediante la optimización de un plomo de quinolona identificado a partir de una selección del banco de compuestos. Tipifarnib inhibe competitivamente el sitio de unión del péptido CAAX de la FTasa y es un inhibidor extremadamente potente y altamente selectivo de la farnesilación. Tipifarnib tiene un perfil de seguridad manejable como terapia de agente único y se tolera razonablemente bien en el hombre.

El tipifarnib se sintetiza mediante la condensación del anión de 1-metilimidazol con un derivado de 6-(4-clorobenzoil)quinolona, seguido de deshidratación. El producto intermedio de quinolona se preparó en cuatro etapas mediante una ciclación de N-fenil-3-(3-clorofenil)-2-propenamida, acilación, oxidación y N-metilación. Tipifarnib es un potente inhibidor de la FTasa in vitro y es activo por vía oral en una variedad de modelos animales.

En algunos aspectos de la descripción, en el presente documento se proporciona un método para tratar el cáncer en un sujeto con un FTI o una composición farmacéutica que tiene FTI, o para seleccionar un paciente con cáncer para un tratamiento con FTI. Las composiciones farmacéuticas proporcionadas en el presente documento contienen cantidades terapéuticamente eficaces de un FTI y un vehículo, diluyente o excipiente farmacéuticamente aceptable. En algunos aspectos de la descripción, el FTI es tipifarnib; arglabina; alcohol perrílico; lonafarnib (SCH-66336); L778123; L739749; FTI-277; L744832; R208176; BMS 214662; AZD3409; o CP-609,754. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib.

2.2. Formulaciones

El FTI se puede formular en preparaciones farmacéuticas adecuadas, tales como soluciones, suspensiones, comprimidos, comprimidos dispersables, píldoras, cápsulas, polvos, formulaciones de liberación sostenida o elixires, para administración oral o en soluciones o suspensiones estériles para administración oftálmica o parenteral, así como una preparación para parches transdérmicos e inhaladores de polvo seco. Normalmente, el FTI se formula en composiciones farmacéuticas usando técnicas y procedimientos bien conocidos en la técnica (véase, por ejemplo, Ansel Introduction to Pharmaceutical Dosage Forms, séptima edición 1999).

En las composiciones, las concentraciones eficaces de FTI y sales farmacéuticamente aceptables se mezclan con un soporte o un vehículo farmacéutico adecuado. En determinadas realizaciones, las concentraciones del FTI en las composiciones son eficaces para la liberación de una cantidad, después de la administración, que trata, previene o mejora uno o varios de los síntomas y/o la evolución del cáncer, incluidos los cánceres hematológicos y los tumores sólidos.

Las composiciones se pueden formular para una administración de dosificación única. Para formular una composición, la fracción en peso del FTI se disuelve, se suspende, se dispersa o se mezcla de otro modo en un vehículo seleccionado, con una concentración eficaz, de modo que se alivie o mejore la afección tratada. Los soportes o vehículos farmacéuticos adecuados para una administración del FTI proporcionados en el presente documento, incluyen cualquier vehículo conocido por los expertos en la técnica por ser adecuado para el modo de administración particular.

Además, el FTI se puede formular como el único ingrediente farmacéuticamente activo en la composición o se puede combinar con otros ingredientes activos. Las suspensiones liposómicas, que incluyen liposomas dirigidos a tejidos, tales como liposomas dirigidos a tumores, también pueden ser adecuadas como vehículos farmacéuticamente aceptables. Se pueden preparar de acuerdo con métodos conocidos por los expertos en la técnica. Por ejemplo, se pueden preparar formulaciones de liposomas tal y como se conoce en la técnica. Brevemente, se pueden formar liposomas tales como vesículas multilaminares (MLVs) secando fosfatidilcolina de huevo y fosfatidilserina cerebral (relación molar 7:3) en el interior de un matraz. Se añade una solución de un FTI proporcionado en el presente documento, en solución salina tamponada con fosfato que carece de cationes divalentes (PBS) y se agita el matraz hasta que se dispersa la película lipídica. Las vesículas resultantes se lavan para eliminar el compuesto no encapsulado, se sedimentan mediante centrifugación y luego se resuspenden en PBS.

El FTI se incluye en el vehículo farmacéuticamente aceptable en una cantidad suficiente para ejercer un efecto terapéuticamente útil en ausencia de efectos secundarios indeseables en el paciente tratado. La concentración terapéuticamente eficaz se puede determinar empíricamente, sometiendo a ensayo los compuestos en sistemas in vitro e in vivo descritos en el presente documento y luego extrapolándolos de los mismos para dosificaciones para seres humanos.

La concentración de FTI en la composición farmacéutica dependerá de las tasas de absorción, distribución tisular, inactivación y excreción del FTI, las características fisicoquímicas del FTI, la pauta de dosificación y la cantidad administrada, así como otros factores conocidos por los expertos en la materia. Por ejemplo, la cantidad que se administra es suficiente para mejorar uno o varios de los síntomas del cáncer, incluidos los cánceres hematopoyéticos y los tumores sólidos.

En determinadas realizaciones, una dosificación terapéuticamente eficaz debería producir una concentración sérica de ingrediente activo desde aproximadamente 0,1 ng/ml a aproximadamente 50-100 gg/ml. En una realización, las composiciones farmacéuticas proporcionan una dosificación desde aproximadamente 0,001 mg a aproximadamente 2000 mg de compuesto por kilogramo de peso corporal al día. Las formas unitarias de dosificación farmacéutica se preparan para proporcionar desde aproximadamente 1 mg hasta aproximadamente 1000 mg y en ciertas realizaciones, desde aproximadamente 10 hasta aproximadamente 500 mg del ingrediente activo esencial o una combinación de ingredientes esenciales por cada forma unitaria de dosificación.

El FTI se puede administrar en una sola vez o se puede dividir en varias dosis más pequeñas para administrar a intervalos de tiempo. Se entiende que la dosificación precisa y la duración del tratamiento es una función de la enfermedad que se está tratando y se puede determinar empíricamente usando protocolos de ensayo conocidos o mediante una extrapolación de los datos de un ensayo in vivo o in vitro. Cabe señalar que las concentraciones y los valores de la dosificación también pueden variar según la gravedad de la afección que se va a aliviar. Debe entenderse además que para cualquier sujeto en particular, los regímenes de dosificación específicos deben ajustarse a lo largo del tiempo de acuerdo con la necesidad individual y el juicio profesional de la persona que administra o supervisa la administración de las composiciones, y que los intervalos de concentración establecidos en el presente documento son únicamente a modo de ejemplo.

Por tanto, las concentraciones o cantidades eficaces de uno o varios de los compuestos descritos en el presente documento o las sales farmacéuticamente aceptables de los mismos, se mezclan con un soporte o vehículo farmacéutico adecuado para una administración sistémica, tópica o local, para formar composiciones farmacéuticas. Los compuestos se incluyen en una cantidad eficaz para mejorar uno o varios síntomas, o para tratar, retardar la evolución o prevenir. La concentración de compuesto activo en la composición dependerá de las tasas de absorción, distribución tisular, inactivación, excreción del compuesto activo, la pauta de dosificación, la cantidad administrada, la formulación particular, así como otros factores conocidos por los expertos en la técnica.

Las composiciones están destinadas a ser administradas por una vía adecuada, que incluyen, pero no se limitan a, a la vía oral, parenteral, rectal, tópica y local. Para una administración oral, se pueden formular cápsulas, comprimidos, suspensiones y soluciones. Las composiciones están en forma líquida, semilíquida o sólida y se formulan de una manera adecuada para cada vía de administración.

Las soluciones o suspensiones utilizadas para una aplicación parenteral, intradérmica, subcutánea o tópica pueden incluir cualquiera de los siguientes componentes: un diluyente estéril, tal como agua para inyección, solución salina, aceite fijo, polietilenglicol, glicerina, propilenglicol, dimetil acetamida u otro disolvente sintético; agentes antimicrobianos, tales como alcohol bencílico y metil parabenos; antioxidantes, tales como ácido ascórbico y bisulfito de sodio; agentes quelantes, tales como ácido etilendiaminotetraacético (EDTA); tampones, tales como acetatos, citratos y fosfatos; y agentes para el ajuste de la tonicidad tales como cloruro de sodio o dextrosa. Las preparaciones parenterales se pueden incluir en ampollas, plumas, jeringas desechables o viales de dosis única o múltiple, producidos a base de vidrio, plástico u otro material adecuado.

En los casos en los que el FTI muestra una solubilidad insuficiente, se pueden usar métodos para solubilizar compuestos. Tales métodos son conocidos por los expertos en esta técnica e incluyen, pero sin estar limitados a, el uso de codisolventes, tales como dimetilsulfóxido (DMSO), el uso de tensioactivos, como TWEEN® o una disolución en bicarbonato de sodio acuoso.

Al mezclar o añadir el o los compuestos, la mezcla resultante puede ser una solución, una suspensión, una emulsión o similar. La forma de la mezcla resultante depende de varios factores, incluyendo el modo de administración pretendido y la solubilidad del compuesto en el soporte o el vehículo seleccionados. La concentración eficaz es suficiente para mejorar los síntomas de la enfermedad, el trastorno o la afección tratada y se puede determinar empíricamente.

Las composiciones farmacéuticas se proporcionan para administración a seres humanos y animales en formas de dosificación unitaria, tales como comprimidos, cápsulas, píldoras, polvos, gránulos, soluciones o suspensiones parenterales estériles y soluciones o suspensiones orales y emulsiones de aceite en agua que contienen cantidades adecuadas de los compuestos o de sales farmacéuticamente aceptables de los mismos. Los compuestos farmacéutica y terapéuticamente activos y las sales de los mismos se formulan y se administran en formas de dosificación unitarias o formas de dosificación múltiples. Las formas de dosis unitarias tal y como se usan en el presente documento, se refieren a unidades físicamente discretas, adecuadas para sujetos humanos y animales, y que están envasadas individualmente tal y como se conoce en la técnica. Cada dosis unitaria contiene una cantidad predeterminada del compuesto terapéuticamente activo, suficiente para producir el efecto terapéutico deseado, en asociación con el soporte, el vehículo o el diluyente farmacéutico requerido. Ejemplos de formas de dosis unitarias incluyen ampollas y jeringas y comprimidos o cápsulas envasadas individualmente. Las formas de dosis unitarias se pueden administrar en fracciones o múltiplos de las mismas. Una forma de dosis múltiple es una pluralidad de formas de dosificación unitarias idénticas, envasadas en un único recipiente para ser administradas en forma de dosis unitaria, por separado. Ejemplos de formas de dosis múltiples incluyen viales, frascos de comprimidos o cápsulas o frascos de pintas o galones. Por tanto, una forma de dosis múltiple es un múltiplo de dosis unitarias que no están separadas en el envase.

También se pueden preparar preparaciones de liberación sostenida. Ejemplos adecuados de preparaciones de liberación sostenida incluyen matrices semipermeables de polímeros hidrófobos sólidos que contienen el compuesto proporcionado en el presente documento, cuyas matrices están en forma de artículos moldeados, por ejemplo, películas o microcápsulas. Ejemplos de matrices de liberación sostenida incluyen parches de iontoforesis, poliésteres, hidrogeles (por ejemplo, poli(metacrilato de 2-hidroxietilo) o poli(alcohol vinílico)), polilactidas, copolímeros de ácido L-glutámico y etil-L-glutamato, etileno-acetato de vinilo no degradable, copolímeros de ácido láctico-ácido glicólico degradables tales como LUPRON DEPOT™ (microesferas inyectables compuestas de copolímero de ácido lácticoácido glicólico y acetato de leuprolida) y poli(ácido D-(-)-3-hidroxibutírico). Aunque los polímeros tales como etilenoacetato de vinilo y ácido láctico-ácido glicólico permiten una liberación de las moléculas durante más de 100 días, ciertos hidrogeles liberan proteínas durante períodos de tiempo más cortos. Cuando el compuesto encapsulado permanece en el cuerpo durante mucho tiempo, se puede desnaturalizar o agregar como resultado de una exposición a la humedad a 37°C, lo que da lugar a una pérdida de actividad biológica y posibles cambios en su estructura. Se pueden diseñar estrategias racionales para la estabilización, dependiendo del mecanismo de acción involucrado. Por ejemplo, si se descubre que el mecanismo de agregación es la formación de enlaces S-S intermoleculares a través de un intercambio de tio-disulfuro, la estabilización se puede lograr modificando los residuos de sulfhidrilo, liofilizando a partir de soluciones ácidas, controlando el contenido en humedad, usando aditivos apropiados y desarrollando composiciones de matrices poliméricas específicas.

Se pueden preparar formas de dosificación o composiciones que contienen ingrediente activo en el intervalo de 0,005% a 100%, con el resto compuesto por un vehículo no tóxico. Para una administración oral, se forma una composición no tóxica farmacéuticamente aceptable mediante la incorporación de cualquiera de los excipientes normalmente empleados, tales como, por ejemplo, grados farmacéuticos de manitol, lactosa, almidón, estearato de magnesio, talco, derivados de celulosa, croscarmelosa sódica, glucosa, sacarosa, carbonato de magnesio o sacarina de sodio. Esas composiciones incluyen soluciones, suspensiones, comprimidos, cápsulas, polvos y formulaciones de liberación sostenida, tales como, pero sin limitarse a, implantes y sistemas de administración microencapsulados, y polímeros biodegradables y biocompatibles, tales como colágeno, etileno acetato de vinilo, polianhídridos, poli(ácido glicólico), poliortoésteres, poli(ácido láctico) y otros. Los expertos en la técnica conocen métodos para la preparación de esas composiciones. Las composiciones contempladas pueden contener aproximadamente 0,001 %-100% de ingrediente activo, en determinadas realizaciones, aproximadamente 0,1-85% o aproximadamente 75-95%.

El FTI o las sales farmacéuticamente aceptables se pueden preparar con vehículos que protegen el compuesto contra una rápida eliminación desde el cuerpo, tales como formulaciones de liberación prolongada o recubrimientos.

Las composiciones pueden incluir otros compuestos activos para obtener las combinaciones de propiedades deseadas. Los compuestos proporcionados en el presente documento, o sales farmacéuticamente aceptables de los mismos tal y como se describen en el presente documento, también se pueden administrar junto con otro agente farmacológico conocido en la técnica general por ser valioso en el tratamiento de una o varias de las enfermedades o afecciones médicas mencionadas anteriormente, tales como enfermedades relacionadas con el estrés oxidativo.

Las composiciones sin lactosa proporcionadas en el presente documento pueden contener excipientes que son bien conocidos en la técnica y se enumeran, por ejemplo, en U.S. Pharmocopia (USP) SP (XXI)/NF (XVI). En general, las composiciones sin lactosa contienen un ingrediente activo, un aglutinante/carga y un lubricante en cantidades farmacéuticamente compatibles y farmacéuticamente aceptables. Las formas de dosificación sin lactosa ejemplares contienen un ingrediente activo, celulosa microcristalina, almidón pregelatinizado y estearato de magnesio.

También se incluyen composiciones farmacéuticas anhidras y formas de dosificación que contienen un compuesto proporcionado en el presente documento. Por ejemplo, la adición de agua (por ejemplo, 5%) está ampliamente aceptada en las técnicas farmacéuticas como un medio para simular un almacenamiento a largo plazo, con el fin de determinar características tales como la vida útil o la estabilidad de las formulaciones a lo largo del tiempo. Véase, por ejemplo, Jens T. Carstensen, Drug Stability: Principles & Practice, 2a ed., Marcel Dekker, NY, NY, 1995, págs. 379­ 80. En efecto, el agua y el calor aceleran la descomposición de algunos compuestos. Por tanto, el efecto del agua sobre una formulación puede ser de gran importancia, ya que la humedad y/o el contenido en agua ya se tienen comúnmente durante la fabricación, manipulación, envasado, almacenamiento, envío y uso de las formulaciones.

Las composiciones farmacéuticas y formas de dosificación anhidras proporcionadas en el presente documento se pueden preparar usando ingredientes anhidros o que contienen poca humedad y condiciones de baja humedad o bajo contenido en agua. Las composiciones farmacéuticas y las formas de dosificación que comprenden lactosa y al menos un ingrediente activo que comprende una amina primaria o secundaria son anhidros si se espera un contacto sustancial con humedad y/o contenido en agua durante la fabricación, envasado y/o almacenamiento.

Una composición farmacéutica anhidra se debe preparar y almacenar de manera que se conserve su naturaleza anhidra. Por consiguiente, las composiciones anhidras se envasan utilizando materiales que se sabe que evitan la exposición al agua, de modo que se pueden incluir en kits de formularios adecuados. Ejemplos de envases adecuados incluyen, pero no se limitan a, láminas, plásticos, envases de dosis unitarias sellados herméticamente (por ejemplo, viales), envases tipo blíster y envases de tiras.

Las formas de dosificación farmacéuticas orales son sólidas, en forma de gel o líquidas. Las formas de dosificación sólidas son comprimidos, cápsulas, gránulos y polvos a granel. Los tipos de comprimidos orales incluyen comprimidos masticables y comprimidos que pueden tener un recubrimiento entérico, un recubrimiento de azúcar o una película. Las cápsulas pueden ser cápsulas de gelatina dura o blanda, mientras que los gránulos y los polvos se pueden proporcionar en forma no efervescente o efervescente con la combinación de otros ingredientes conocidos por los expertos en la técnica.

En determinadas realizaciones, las formulaciones son formas de dosificación sólidas, tales como cápsulas o comprimidos. Los comprimidos, píldoras, cápsulas, trociscos y similares pueden contener cualquiera de los siguientes ingredientes o compuestos de naturaleza similar: un aglutinante; un diluyente; un agente desintegrante; un lubricante; un agente deslizante; un agente edulcorante; y un agente aromatizante.

Ejemplos de aglutinantes incluyen celulosa microcristalina, goma de tragacanto, solución de glucosa, mucílago de acacia, solución de gelatina, sacarosa y pasta de almidón. Los lubricantes incluyen talco, almidón, estearato de magnesio o calcio, licopodio y ácido esteárico. Los diluyentes incluyen, por ejemplo, lactosa, sacarosa, almidón, caolín, sal, manitol y fosfato dicálcico. Los agentes deslizantes incluyen, pero no se limitan a, dióxido de silicio coloidal. Los agentes desintegrantes incluyen croscarmelosa sódica, glicolato de almidón sódico, ácido algínico, almidón de maíz, almidón de patata, bentonita, metilcelulosa, agar y carboximetilcelulosa. Los agentes colorantes incluyen, por ejemplo, cualquiera de los colorantes FD y C solubles en agua, certificados, aprobados, mezclas de los mismos; y colorantes FD y C insolubles en agua suspendidos en hidrato de alúmina. Los agentes edulcorantes incluyen sacarosa, lactosa, manitol y agentes edulcorantes artificiales, tales como sacarina y cualquier cantidad de sabores secados por pulverización. Los agentes aromatizantes incluyen aromas naturales extraídos a partir de plantas tales como frutas y mezclas sintéticas de compuestos que producen una sensación agradable, tales como, pero sin limitarse a, menta piperita y salicilato de metilo. Los agentes humectantes incluyen monoestearato de propilenglicol, monooleato de sorbitán, monolaurato de dietilenglicol y polioxietilen lauril éter. Los recubrimientos eméticos incluyen ácidos grasos, grasas, ceras, goma laca, goma laca con amoniaco y ftalatos acetatos de celulosa. Los recubrimientos de película incluyen hidroxietilcelulosa, carboximetilcelulosa de sodio, polietilenglicol 4000 y ftalato acetato de celulosa.

Cuando la forma unitaria de dosificación es una cápsula, puede contener, además del material del tipo anterior, un vehículo líquido tal como un aceite graso. Además, las formas unitarias de dosificación pueden contener varios otros materiales que modifican la forma física de la unidad de dosificación, por ejemplo, revestimientos de azúcar y otros agentes entéricos. Los compuestos también se pueden administrar como el componente de un elixir, suspensión, jarabe, oblea, rociado, goma de mascar o similares. Un jarabe puede contener, además de los compuestos activos, sacarosa como agente edulcorante y ciertos conservantes, tintes y colorantes y aromas.

Los vehículos farmacéuticamente aceptables incluidos en los comprimidos son aglutinantes, lubricantes, diluyentes, agentes desintegrantes, agentes colorantes, agentes aromatizantes y agentes humectantes. Los comprimidos con recubrimiento entérico, debido al recubrimiento entérico, resisten la acción del ácido del estómago y se disuelven o desintegran en el intestino neutro o alcalino. Los comprimidos recubiertos de azúcar son comprimidos sobre los que se aplican diferentes capas de sustancias farmacéuticamente aceptables. Los comprimidos recubiertos con película son comprimidos que se han recubierto con un polímero u otro recubrimiento adecuado. Los comprimidos múltiples son comprimidos preparados mediante más de un ciclo de compresión utilizando las sustancias farmacéuticamente aceptables mencionadas anteriormente. También se pueden usar agentes colorantes en las formas de dosificación anteriores. Los agentes aromatizantes y edulcorantes se utilizan en comprimidos, comprimidos recubiertos de azúcar, comprimidos múltiples y comprimidos masticables. Los agentes aromatizantes y edulcorantes son especialmente útiles en la formación de comprimidos masticables y pastillas.

Las formas de dosificación oral líquidas incluyen soluciones acuosas, emulsiones, suspensiones, soluciones y/o suspensiones reconstituidas a partir de gránulos no efervescentes y preparaciones efervescentes reconstituidas a partir de gránulos efervescentes. Las soluciones acuosas incluyen, por ejemplo, elixires y jarabes. Las emulsiones son de aceite en agua o de agua en aceite.

Los elixires son preparaciones hidroalcohólicas, transparentes, endulzadas. Los vehículos farmacéuticamente aceptables usados en los elixires incluyen disolventes. Los jarabes son soluciones acuosas concentradas de un azúcar, por ejemplo, sacarosa, y pueden contener un conservante. Una emulsión es un sistema de dos fases en el que un líquido se dispersa en forma de pequeños glóbulos en otro líquido. Los vehículos farmacéuticamente aceptables usados en emulsiones son líquidos no acuosos, agentes emulsionantes y conservantes. Las suspensiones utilizan agentes de suspensión y conservantes farmacéuticamente aceptables. Las sustancias farmacéuticamente aceptables utilizadas en gránulos no efervescentes, para reconstituir en una forma de dosificación oral líquida, incluyen diluyentes, edulcorantes y agentes humectantes. Las sustancias farmacéuticamente aceptables utilizadas en gránulos efervescentes, para reconstituir en una forma de dosificación oral líquida, incluyen ácidos orgánicos y una fuente de dióxido de carbono. Los agentes colorantes y aromatizantes se utilizan en todas las formas de dosificación anteriores.

Los disolventes incluyen glicerina, sorbitol, alcohol etílico y jarabe. Ejemplos de conservantes incluyen glicerina, metil y propilparabeno, ácido benzoico, benzoato de sodio y alcohol. Ejemplos de líquidos no acuosos utilizados en emulsiones, incluyen aceite mineral y aceite de semilla de algodón. Ejemplos de agentes emulsionantes incluyen gelatina, goma arábiga, tragacanto, bentonita y tensioactivos tales como monooleato de polioxietilensorbitán. Los agentes de suspensión incluyen carboximetilcelulosa de sodio, pectina, tragacanto, Veegum y goma arábiga. Los diluyentes incluyen lactosa y sacarosa. Los agentes edulcorantes incluyen sacarosa, jarabes, glicerina y agentes edulcorantes artificiales como la sacarina. Los agentes humectantes incluyen monoestearato de propilenglicol, monooleato de sorbitán, monolaurato de dietilenglicol y éter laurílico de polioxietileno. Los ácidos orgánicos incluyen ácido cítrico y tartárico. Las fuentes de dióxido de carbono incluyen bicarbonato de sodio y carbonato de sodio. Los agentes colorantes incluyen cualquiera de los colorantes FD y C solubles en agua certificados y aprobados, y mezclas de los mismos. Los agentes aromatizantes incluyen aromas naturales extraídos de plantas, tales como frutas y mezclas sintéticas de compuestos que producen una sensación de sabor agradable.

Para una forma de dosificación sólida, la solución o suspensión, por ejemplo, en carbonato de propileno, aceites vegetales o triglicéridos, se encapsula en una cápsula de gelatina. Tales soluciones, y la preparación y encapsulación de las mismas, se describen en los documentos de patente de EE.UU. n° 4.328.245; 4.409.239; y 4.410.545. Para una forma de dosificación líquida, la solución, por ejemplo, en un polietilenglicol, se puede diluir con una cantidad suficiente de un vehículo líquido farmacéuticamente aceptable, por ejemplo, agua, para poder medir fácilmente para administración.

Alternativamente, se pueden preparar formulaciones orales líquidas o semisólidas, disolviendo o dispersando el compuesto activo o la sal en aceites vegetales, glicoles, triglicéridos, ésteres de propilenglicol (por ejemplo, carbonato de propileno) y otros vehículos similares, y encapsulando esas soluciones o suspensiones en capas de cápsulas de gelatina dura o blanda. Otras formulaciones útiles incluyen, pero no se limitan a, aquellas que contienen un compuesto proporcionado en el presente documento, un mono o polialquilenglicol dialquilado, que incluye, pero no se limita a, 1,2-dimetoximetano, diglima, triglima, tetraglima, polietilenglicol-350-dimetiléter, polietilenglicol-550-dimetiléter, polietilenglicol-750-dimetiléter, en donde 350, 550 y 750 se refieren al peso molecular promedio aproximado del polietilenglicol, y uno o varios antioxidantes, tales como hidroxitolueno butilado (BHT), hidroxianisol butilado (BHA), galato de propilo, vitamina E, hidroquinona, hidroxicumarinas, etanolamina, lecitina, cefalina, ácido ascórbico, ácido málico, sorbitol, ácido fosfórico, ácido tiodipropiónico y sus ésteres, y ditiocarbamatos.

Otras formulaciones incluyen, pero no se limitan a, soluciones alcohólicas acuosas que incluyen un acetal farmacéuticamente aceptable. Los alcoholes usados en esas formulaciones son cualquier disolvente miscible en agua farmacéuticamente aceptable que tenga uno o varios grupos hidroxilo, que incluyen pero no se limitan a, propilenglicol y etanol. Los acetales incluyen, pero no se limitan a, di(alquil inferior)acetales de aldehídos de alquilo inferior, tales como acetaldehído dietilacetal.

En todas las realizaciones, las formulaciones de comprimidos y cápsulas se pueden recubrir tal y como es conocido por los expertos en la técnica, para modificar o mantener la disolución del ingrediente activo. Así, por ejemplo, se pueden recubrir con un recubrimiento convencional digerible entéricamente, tal como fenilsalicilato, ceras y ftalato acetato de celulosa.

La administración parenteral, generalmente caracterizada mediante inyección, ya sea por vía subcutánea, intramuscular o intravenosa, también se proporciona en el presente documento. Los inyectables se pueden preparar en formas convencionales, ya sea como soluciones o suspensiones líquidas, formas sólidas adecuadas para solución o suspensión en líquido antes de la inyección, o como emulsiones. Los excipientes adecuados son, por ejemplo, agua, solución salina, dextrosa, glicerol o etanol. Además, si se desea, las composiciones farmacéuticas que se van a administrar también pueden contener cantidades menores de sustancias auxiliares no tóxicas, tales como agentes humectantes o emulsionantes, agentes tamponadores del pH, estabilizadores, potenciadores de la solubilidad y otros agentes similares, tales como por ejemplo, acetato de sodio, monolaurato de sorbitán, oleato de trietanolamina y ciclodextrinas. También se contempla en el presente documento la implantación de un sistema de liberación lenta o de liberación sostenida, de modo que se mantenga un nivel constante de dosificación. Brevemente, un compuesto proporcionado en el presente documento se dispersa en una matriz interna sólida, por ejemplo, polimetilmetacrilato, polibutilmetacrilato, poli(cloruro de vinilo) plastificado o no plastificado, nailon plastificado, polietilentereftalato plastificado, caucho natural, poliisopreno, poliisobutileno, polibutadieno, polietileno, copolímeros de etileno-acetato de vinilo, cauchos de silicona, polidimetilsiloxanos, copolímeros de carbonato de silicona, polímeros hidrófilos tales como hidrogeles de ésteres de ácido acrílico y metacrílico, colágeno, poli(alcohol vinílico) reticulado y poli(acetato de vinilo) parcialmente hidrolizado reticulado, que está rodeado por una membrana polimérica externa, por ejemplo, polietileno, polipropileno, copolímeros de etileno/propileno, copolímeros de etileno/acrilato de etilo, copolímeros de etileno/acetato de vinilo, cauchos de silicona, polidimetilsiloxanos, caucho de neopreno, polietileno clorado, poli(cloruro de vinilo), copolímeros de cloruro de vinilo con acetato de vinilo, cloruro de vinilideno, etileno y propileno, tereftalato de polietileno ionómero, cauchos de epiclorhidrina de caucho butílico, copolímero de etileno/alcohol vinílico, terpolímero de etileno/acetato de vinilo/alcohol vinílico y copolímero de etileno/viniloxietanol, que es insoluble en los fluidos corporales. El compuesto difunde a través de la membrana polimérica exterior en una etapa de control de la tasa de liberación. El porcentaje de compuesto activo contenido en tales composiciones parenterales depende en gran medida de su naturaleza específica, así como de la actividad del compuesto y las necesidades del sujeto.

La administración parenteral de las composiciones incluye administraciones intravenosa, subcutánea e intramuscular. Las preparaciones para administración parenteral incluyen soluciones estériles listas para inyección, productos solubles secos estériles, tales como polvos liofilizados, listos para ser combinados con un disolvente justo antes del uso, incluyendo comprimidos hipodérmicos, suspensiones estériles listas para inyección, productos insolubles secos estériles listos para ser combinados con un vehículo justo antes del uso y emulsiones estériles. Las soluciones pueden ser acuosas o no acuosas.

Si se administra por vía intravenosa, los vehículos adecuados incluyen solución salina fisiológica o solución salina tamponada con fosfato (PBS) y soluciones que contienen agentes espesantes y solubilizantes, tales como glucosa, polietilenglicol y polipropilenglicol y mezclas de los mismos.

Los vehículos farmacéuticamente aceptables usados en preparaciones parenterales incluyen vehículos acuosos, vehículos no acuosos, agentes antimicrobianos, agentes isotónicos, tampones, antioxidantes, anestésicos locales, agentes de suspensión y dispersión, agentes emulsionantes, agentes secuestrantes o quelantes y otras sustancias farmacéuticamente aceptables.

Los ejemplos de vehículos acuosos incluyen inyección de cloruro de sodio, inyección de Ringer, inyección de dextrosa isotónica, inyección de agua estéril, inyección de Ringer dextrosa y lactato. Los vehículos parenterales no acuosos incluyen aceites fijos de origen vegetal, aceite de semilla de algodón, aceite de maíz, aceite de sésamo y aceite de cacahuete. Los agentes antimicrobianos en concentraciones bacteriostáticas o fungistáticas se deben añadir a las preparaciones parenterales envasadas en envases de dosis múltiples que incluyen fenoles o cresoles, mercuriales, alcohol bencílico, clorobutanol, ésteres metílicos y propílicos de ácido p-hidroxibenzoico, timerosal, cloruro de benzalconio y cloruro de bencetonio. Los agentes isotónicos incluyen cloruro de sodio y dextrosa. Los tampones incluyen fosfato y citrato. Los antioxidantes incluyen bisulfato de sodio. Los anestésicos locales incluyen clorhidrato de procaína. Los agentes de suspensión y dispersión incluyen carboximetilcelulosa de sodio, hidroxipropilmetilcelulosa y polivinilpirrolidona. Los agentes emulsionantes incluyen Polysorbate 80 (TWEEN® 80). Un agente secuestrante o quelante de iones metálicos incluye EDTA. Los vehículos farmacéuticos también incluyen alcohol etílico, polietilenglicol y propilenglicol para vehículos miscibles en agua, e hidróxido de sodio, ácido clorhídrico, ácido cítrico o ácido láctico para ajustar el pH.

La concentración del FTI se ajusta de modo que una inyección proporciona una cantidad eficaz para producir el efecto farmacológico deseado. La dosis exacta depende de la edad, el peso y el estado del paciente o animal, tal y como se conoce en la técnica. Las preparaciones parenterales de dosis unitaria se envasan en una ampolla, un vial o una jeringa con una aguja. Todas las preparaciones para administración parenteral deben ser estériles, tal y como se conoce y se practica en la técnica.

De manera ilustrativa, una infusión intravenosa o intraarterial de una solución acuosa estéril que contiene un FTI, es un modo de administración eficaz. Otra realización es una solución o suspensión acuosa u oleosa estéril que contiene un material activo inyectado según sea necesario para producir el efecto farmacológico deseado.

Los inyectables están diseñados para una administración local y sistémica. Normalmente, una dosificación terapéuticamente eficaz se formula para contener una concentración de al menos aproximadamente 0,1% de p/p hasta aproximadamente 90% de p/p o más, tal como más de 1% de p/p del compuesto activo en el o los tejidos tratados. El ingrediente activo se puede administrar en una sola vez o se puede dividir en varias dosis más pequeñas para administrar a intervalos de tiempo. Se entiende que la dosificación precisa y la duración del tratamiento es una función del tejido que se está tratando y se puede determinar empíricamente usando protocolos de ensayo conocidos o mediante una extrapolación de datos de ensayos in vivo o in vitro. Cabe señalar que las concentraciones y los valores de dosificación también pueden variar con la edad del individuo tratado. Debe entenderse además que para cualquier sujeto en particular, los regímenes de dosificación específicos se deben ajustar a lo largo del tiempo de acuerdo con la necesidad individual y el juicio profesional de la persona que administra o supervisa la administración de las formulaciones, y que los intervalos de concentración establecidos en el presente documento son solo a modo de ejemplo y no pretenden limitar el alcance o la puesta en práctica de las formulaciones reivindicadas.

El FTI se puede suspender en forma micronizada o en otra forma adecuada, o se puede derivatizar para producir un producto activo más soluble o para producir un profármaco. La forma de la mezcla resultante depende de varios factores, incluyendo el modo de administración pretendido y la solubilidad del compuesto en el soporte o el vehículo seleccionado. La concentración eficaz es suficiente para mejorar los síntomas de la afección y se puede determinar empíricamente.

También son de interés en el presente documento los polvos liofilizados, que se pueden reconstituir para una administración como soluciones, emulsiones y otras mezclas. También se pueden reconstituir y formular como sólidos o geles.

El polvo liofilizado estéril se prepara disolviendo un FTI proporcionado en el presente documento, o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo, en un disolvente adecuado. El disolvente puede contener un excipiente que mejore la estabilidad u otro componente farmacológico del polvo o la solución reconstituida, preparado a partir del polvo. Los excipientes que se pueden usar incluyen, pero no se limitan a, dextrosa, sorbital, fructosa, jarabe de maíz, xilitol, glicerina, glucosa, sacarosa u otro agente adecuado. El disolvente también puede contener un tampón, tal como citrato, fosfato de sodio o potasio u otro tampón conocido por los expertos en la técnica, en una realización, a aproximadamente un pH neutro. La subsiguiente filtración estéril de la solución seguida de una liofilización en condiciones convencionales conocidas por los expertos en la técnica, proporciona la formulación deseada. Generalmente, la solución resultante se distribuirá en porciones en viales para liofilización. Cada vial contendrá una sola dosificación (que incluye pero no se limita a 10-1000 mg o 100-500 mg) o dosificaciones múltiples del compuesto. El polvo liofilizado se puede almacenar en condiciones apropiadas, tales como entre aproximadamente 4°C y temperatura ambiente.

La reconstitución de ese polvo liofilizado con agua para inyección proporciona una formulación para uso en una administración parenteral. Para la reconstitución, se añaden aproximadamente 1-50 mg, aproximadamente 5-35 mg o aproximadamente 9-30 mg de polvo liofilizado por ml de agua estéril u otro vehículo adecuado. La cantidad precisa depende del compuesto seleccionado. Esa cantidad se puede determinar empíricamente.

Las mezclas tópicas se preparan como se ha descrito para la administración local y sistémica. La mezcla resultante puede ser una solución, suspensión, emulsión o similar y se formula como cremas, geles, ungüentos, emulsiones, soluciones, elixires, lociones, suspensiones, tinturas, pastas, espumas, aerosoles, irrigaciones, aerosoles, supositorios, vendas, parches dérmicos o cualquier otra formulación adecuada para administración tópica.

El FTI o una composición farmacéutica que tiene un FTI, se puede formular como aerosoles para una aplicación tópica, tal como mediante inhalación (véanse, por ejemplo, los documentos de patente de EE.UU. n° 4.044.126, 4.414.209 y 4.364.923, que describen aerosoles para la administración de un esteroide útil para el tratamiento de enfermedades inflamatorias, particularmente asma). Esas formulaciones para administración en el tracto respiratorio pueden estar en forma de aerosol o solución para un nebulizador, o como polvo microfino para insuflación, solo o en combinación con un vehículo inerte tal como lactosa. En tal caso, las partículas de la formulación tendrán diámetros de menos de 50 micrómetros o menos de 10 micrómetros.

El FTI o una composición farmacéutica que tiene un FTI se puede formular para aplicación local o tópica, tal como para aplicación tópica sobre la piel y las membranas mucosas, como en el ojo, en forma de geles, cremas y lociones y para aplicación en el ojo o para aplicación intracisternal o intraespinal. Se contempla la administración tópica para una administración transdérmica y también para la administración en los ojos o las mucosas, o para terapias de inhalación. También se pueden administrar soluciones nasales del compuesto activo solo o en combinación con otros excipientes farmacéuticamente aceptables. Esas soluciones, en particular las destinadas a uso oftálmico, se pueden formular como soluciones isotónicas al 0,01% - 10%, pH de aproximadamente 5-7, con sales apropiadas.

También se contemplan en el presente documento otras vías de administración, tales como parches transdérmicos y administración rectal. Por ejemplo, las formas de dosificación farmacéuticas para administración rectal son supositorios, cápsulas y comprimidos rectales para un efecto sistémico. Por supositorios rectales que se usan en el presente documento se entienden cuerpos sólidos para inserción en el recto que se funden o ablandan a la temperatura corporal, liberando uno o varios ingredientes farmacológica o terapéuticamente activos. Las sustancias farmacéuticamente aceptables utilizadas en los supositorios rectales son bases o vehículos y los agentes para alcanzar el punto de fusión. Los ejemplos de bases incluyen manteca de cacao (aceite de teobroma), gelatina de glicerina, carbowax (polioxietilenglicol) y mezclas apropiadas de mono, di y triglicéridos de ácidos grasos. Se pueden usar combinaciones de las diversas bases. Los agentes para elevar el punto de fusión de los supositorios incluyen esperma de ballena y cera. Los supositorios rectales se pueden preparar o bien por el método de compresión o por moldeo. Un ejemplo del peso de un supositorio rectal es de aproximadamente 2 a 3 gramos. Los comprimidos y las cápsulas para administración rectal se preparan utilizando la misma sustancia farmacéuticamente aceptable y mediante los mismos métodos que para las formulaciones para administración oral.

El FTI o una composición farmacéutica que tiene un FTI proporcionada en el presente documento, se puede administrar mediante medios de liberación controlada o mediante dispositivos de administración que son bien conocidos por los expertos en la técnica. Los ejemplos incluyen, pero no se limitan a, los descritos en los documentos de patente de EE.UU. n° 3.845.770; 3.916.899; 3.536.809; 3.598.123; y 4.008.719, 5.674.533, 5.059.595, 5.591.767, 5.120.548, 5.073.543, 5.639.476, 5.354.556, 5.639.480, 5.733.566, 5.739.108, 5.891.474, 5.922.356, 5.972.891, 5.980.945, 5.993.855, 6.045.830, 6.087.324, 6.113.943, 6.197.350, 6.248.363, 6.264.970, 6.267.981, 6.376.461, 6.419.961.6.589.548, 6.613.358, 6.699.500, 6.740.634. Esas formas de dosificación se pueden usar para proporcionar una liberación lenta o controlada del FTI usando, por ejemplo, hidropropilmetilcelulosa, otras matrices poliméricas, geles, membranas permeables, sistemas osmóticos, revestimientos multicapa, micropartículas, liposomas, microesferas o una combinación de los mismos para proporcionar el perfil de liberación deseado con diferentes proporciones. Las formulaciones de liberación controlada adecuadas conocidas por los expertos en la técnica, incluidas las descritas en el presente documento, se pueden seleccionar fácilmente para uso con los ingredientes activos proporcionados en el presente documento.

Todos los productos farmacéuticos de liberación controlada tienen el objetivo común de mejorar la terapia con fármacos en comparación con la lograda por sus homólogos no controlados. En una realización, el uso de una preparación de liberación controlada diseñada de manera óptima en el tratamiento médico, se caracteriza porque se emplea un mínimo de sustancia farmacológica para curar o controlar la afección en un espacio de tiempo mínimo. En determinadas realizaciones, las ventajas de las formulaciones de liberación controlada incluyen una actividad prolongada del fármaco, una frecuencia de dosificación reducida y un mayor cumplimiento por parte del paciente. Además, las formulaciones de liberación controlada se pueden usar para afectar el tiempo de inicio de la acción u otras características, tales como los niveles sanguíneos del fármaco, y por tanto pueden afectar a la aparición de efectos secundarios (por ejemplo, adversos).

La mayoría de las formulaciones de liberación controlada están diseñadas para liberar inicialmente una cantidad de fármaco (ingrediente activo) que produce rápidamente el efecto terapéutico deseado y liberar de forma gradual y continua otras cantidades de fármaco para mantener ese nivel de efecto terapéutico, durante un período de tiempo prolongado. Para mantener ese nivel constante de fármaco en el cuerpo, el fármaco se debe liberar desde la forma de dosificación con una tasa que reemplace la cantidad de fármaco a medida que se metaboliza y excreta desde el cuerpo. Una liberación controlada de un ingrediente activo se puede estimular mediante diversos requisitos que incluyen, pero no se limitan a, pH, temperatura, enzimas, agua u otras condiciones o compuestos fisiológicos.

En determinadas realizaciones, el FTI se puede administrar usando una infusión intravenosa, una bomba osmótica implantable, un parche transdérmico, liposomas u otros modos de administración. En una realización, se puede usar una bomba (véase, Sefton, CRC Crit. Ref. Biomed. Eng. 14:201 (1987); Buchwald et al., Surgery 88:507 (1980); Saudek et al., N. Engl. J. Med. 321:574 (1989). En otra realización, se pueden usar materiales poliméricos. En otra realización adicional, se puede colocar un sistema de liberación controlada cerca de la diana terapéutica, es decir, requiriendo de este modo solo una fracción de la dosis sistémica (véase, por ejemplo, Goodson, Medical Applications of Controlled Release, vol. 2, págs. 115-138 (1984).

En algunas realizaciones, se introduce un dispositivo de liberación controlada en un sujeto en las proximidades del sitio de una activación inmune inapropiada o un tumor. Otros sistemas de liberación controlada se analizan en la revisión de Langer (Science 249:1527-1533 (1990)). El FTI se puede dispersar en una matriz interna sólida, por ejemplo, de polimetilmetacrilato, polibutilmetacrilato, poli(cloruro de vinilo) plastificado o no plastificado, nailon plastificado, polietilentereftalato plastificado, caucho natural, poliisopreno, poliisobutileno, polibutadieno, polietileno, copolímeros de etileno-acetato vinilo, cauchos de silicona, polidimetilsiloxanos, copolímeros de carbonato de silicona, polímeros hidrófilos tales como hidrogeles de ésteres de ácido acrílico y metacrílico, colágeno, poli(alcohol vinílico) reticulado y poli(acetato de vinilo) reticulado parcialmente hidrolizado, que está rodeado por una membrana polimérica externa, por ejemplo, polietileno, polipropileno, copolímeros de etileno/propileno, copolímeros de etileno/acrilato de etilo, copolímeros de etileno/acetato de vinilo, cauchos de silicona, polidimetilsiloxanos, caucho de neopreno, polietileno clorado, poli(cloruro de vinilo), copolímeros de cloruro de vinilo con acetato de vinilo, cloruro de vinilideno, etileno y propileno, tereftalato de polietileno ionómero, caucho butílico cauchos de epiclorhidrina, copolímero de etileno/alcohol vinílico, terpolímero de etileno/acetato de vinilo/alcohol vinílico y copolímero de etileno/viniloxietanol, que es insoluble en fluidos corporales. A continuación, el ingrediente activo difunde a través de la membrana polimérica exterior en una etapa de control de la tasa de liberación. El porcentaje de ingrediente activo contenido en tales composiciones parenterales depende en gran medida de su naturaleza específica, así como de las necesidades del sujeto.

El FTI o una composición farmacéutica de FTI se puede envasar como artículos de fabricación que contienen material para el envasado, un compuesto o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo proporcionado en el presente documento, que se utiliza para el tratamiento, la prevención o la mejora de uno o varios síntomas o la evolución del cáncer, incluidos los cánceres hematológicos y los tumores sólidos, y un marcador que indica que el compuesto o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo se usa para el tratamiento, la prevención o la mejora de uno o varios síntomas o la evolución del cáncer, incluidos los cánceres hematológicos y los tumores sólidos.

Los artículos de fabricación proporcionados en el presente documento contienen materiales para el envasado. Los materiales para el envasado para uso en el envasado de productos farmacéuticos son bien conocidos por los expertos en la técnica. Véanse, por ejemplo, los documentos de patente de EE.UU. n° 5.323.907, 5.052.558 y 5.033.252. Los ejemplos de materiales para un envasado farmacéutico incluyen, pero no se limitan a, envases de tipo blíster, botellas, tubos, inhaladores, bombas, bolsas, viales, recipientes, jeringas, plumas, botellas y cualquier material para el envasado adecuado para una formulación seleccionada y un modo de administración y tratamiento previstos. Se contempla una amplia gama de formulaciones de los compuestos y composiciones proporcionados en el presente documento.

2.3. Dosificaciones

En algunas realizaciones, una cantidad terapéuticamente eficaz de la composición farmacéutica que tiene un FTI, se administra por vía oral o parenteral. En algunas realizaciones, la composición farmacéutica que tiene tipifarnib como ingrediente activo se administra por vía oral en una cantidad de 1 hasta 1500 mg/kg al día, ya sea como dosis única o subdividida en más de una dosis, o más particularmente en una cantidad de 10 a 1200 mg/kg al día. En algunas realizaciones, la composición farmacéutica que tiene tipifarnib como ingrediente activo se administra por vía oral en una cantidad de 100 mg/kg al día, 200 mg/kg al día, 300 mg/kg al día, 400 mg/kg al día, 500 mg/kg al día, 600 mg/kg al día, 700 mg/kg al día, 800 mg/kg al día, 900 mg/kg al día, 1000 mg/kg al día, 1100 mg/kg al día o 1200 mg/kg al día. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib.

En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 200-1500 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 200-1200 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 200 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 300 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 400 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 500 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 600 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 700 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 800 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 900 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 1000 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 1100 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 1200 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 1300 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 1400 mg al día. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib.

En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 200-1400 mg b.i.d. (es decir, dos veces al día). En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 300-1200 mg b.i.d. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 300-900 mg b.i.d. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 600 mg b.i.d. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 700 mg b.i.d. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 800 mg b.i.d. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 900 mg b.i.d. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 1000 mg b.i.d. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 1100 mg b.i.d. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 1200 mg b.i.d. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib.

Tal y como entenderá un experto en la materia, la dosificación varía dependiendo de la forma de dosificación empleada, el estado y la sensibilidad del paciente, la vía de administración y otros factores. La dosificación exacta la determinará el médico, de cara a factores relacionados con el sujeto que requiere el tratamiento. La dosificación y la administración se ajustan para proporcionar niveles suficientes del ingrediente activo o para mantener el efecto deseado. Los factores que se pueden tener en cuenta incluyen la gravedad del estado de enfermedad, la salud general del sujeto, la edad, el peso y el sexo del sujeto, la dieta, el tiempo y la frecuencia de la administración, la combinación de fármacos, la sensibilidad frente a las reacciones y la tolerancia/respuesta a la terapia. Durante un ciclo de tratamiento, se puede variar la dosis diaria. En algunas realizaciones, se puede titular a la baja una dosificación inicial dentro de un ciclo de tratamiento. En algunas realizaciones, se puede titular al alza una dosificación inicial dentro de un ciclo de tratamiento. La dosificación final puede depender de la aparición de una toxicidad limitante de la dosis y de otros factores. En algunas realizaciones, el FTI se administra con una dosis inicial de 300 mg al día y se aumenta a una dosis máxima de 400 mg, 500 mg, 600 mg, 700 mg, 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1100 mg o 1200 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra con una dosis inicial de 400 mg al día y se aumenta a una dosis máxima de 500 mg, 600 mg, 700 mg, 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1100 mg o 1200 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra con una dosis inicial de 500 mg al día y se aumenta a una dosis máxima de 600 mg, 700 mg, 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1100 mg o 1200 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra con una dosis inicial de 600 mg al día y se aumenta a una dosis máxima de 700 mg, 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1100 mg o 1200 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra con una dosis inicial de 700 mg al día y se aumenta a una dosis máxima de 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1100 mg o 1200 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra con una dosis inicial de 800 mg al día y se aumenta a una dosis máxima de 900 mg, 1000 mg, 1100 mg o 1200 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra con una dosis inicial de 900 mg al día y se aumenta a una dosis máxima de 1000 mg, 1100 mg o 1200 mg al día. El aumento de la dosis se puede realizar de una vez o por etapas. Por ejemplo, una dosis inicial de 600 mg al día se puede aumentar hasta una dosis final de 1000 mg al día, incrementando en 100 mg al día en el transcurso de 4 días, o incrementando en 200 mg al día en el transcurso de 2 días o incrementando en 400 mg de una sola vez. En algunas realizaciones, el FTI es tipifarnib.

En algunas realizaciones, el FTI se administra con una dosis inicial relativamente alta y se titula a la baja a una dosis menor dependiendo de la respuesta del paciente y de otros factores. En algunas realizaciones, el FTI se administra con una dosis inicial de 1200 mg al día y se reduce hasta una dosis final de 1100 mg, 1000 mg, 900 mg, 800 mg, 700 mg, 600 mg, 500 mg, 400 mg o 300 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra con una dosis inicial de 1100 mg al día y se reduce hasta una dosis final de 1000 mg, 900 mg, 800 mg, 700 mg, 600 mg, 500 mg, 400 mg o 300 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra con una dosis inicial de 1000 mg al día y se reduce hasta una dosis final de 900 mg, 800 mg, 700 mg, 600 mg, 500 mg, 400 mg o 300 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra con una dosis inicial de 900 mg al día y se reduce hasta una dosis final de 800 mg, 700 mg, 600 mg, 500 mg, 400 mg o 300 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra con una dosis inicial de 800 mg al día y se reduce hasta una dosis final de 700 mg, 600 mg, 500 mg, 400 mg o 300 mg al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra con una dosis inicial de 600 mg al día y se reduce hasta una dosis final de 500 mg, 400 mg o 300 mg al día. La reducción de la dosis se puede realizar de una sola vez o por etapas. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib. Por ejemplo, una dosis inicial de 900 mg al día se puede reducir hasta una dosis final de 600 mg al día disminuyéndola en 100 mg al día en el transcurso de 3 días o disminuyéndola en 300 mg de una sola vez.

Un ciclo de tratamiento puede tener una duración diferente. En algunas realizaciones, un ciclo de tratamiento puede ser una semana, 2 semanas, 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 7 semanas, 8 semanas, 3 meses, 4 meses, 5 meses, 6 meses, 7 meses, 8 meses, 9 meses, 10 meses, 11 meses o 12 meses. En algunas realizaciones, un ciclo de tratamiento son 4 semanas. Un ciclo de tratamiento puede tener una pauta intermitente. En algunas realizaciones, un ciclo de tratamiento de 2 semanas puede tener 5 días de dosificación seguidos de un descanso de 9 días. En algunas realizaciones, un ciclo de tratamiento de 2 semanas puede tener 6 días de dosificación seguidos de un descanso de 8 días. En algunas realizaciones, un ciclo de tratamiento de 2 semanas puede tener 7 días de dosificación seguidos de un descanso de 7 días. En algunas realizaciones, un ciclo de tratamiento de 2 semanas puede tener 8 días de dosificación seguidos de un descanso de 6 días. En algunas realizaciones, un ciclo de tratamiento de 2 semanas puede tener 9 días de dosificación seguidos de un descanso de 5 días.

En algunas realizaciones, el FTI se administra diariamente durante 3 de las 4 semanas en ciclos repetidos de 4 semanas. En algunas realizaciones, el FTI se administra diariamente en semanas alternas (una semana si, una semana no) en ciclos repetidos de 4 semanas. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 300 mg b.i.d. por vía oral durante 3 de 4 semanas en ciclos repetidos de 4 semanas. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 600 mg b.i.d. por vía oral durante 3 de 4 semanas en ciclos repetidos de 4 semanas. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 900 mg b.i.d. por vía oral en semanas alternas (una semana se, una semana no) en ciclos repetidos de 4 semanas. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 1200 mg b.i.d. por vía oral en semanas alternas (días 1-7 y 15-21 de ciclos repetidos de 28 días). En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 1200 mg b.i.d. por vía oral durante los días 1-5 y 15-19 de ciclos repetidos de 28 días.

En algunas realizaciones, se puede usar adoptar un régimen de semanas alternas con 900 mg b.i.d. de tipifarnib. Bajo el régimen, los pacientes reciben una dosis inicial de 900 mg, por vía oral, b.i.d. los días 1-7 y 15-21 de los ciclos de tratamiento de 28 días. En algunas realizaciones, los pacientes reciben dos ciclos de tratamiento. En algunas realizaciones, los pacientes reciben tres ciclos de tratamiento. En algunas realizaciones, los pacientes reciben cuatro ciclos de tratamiento. En algunas realizaciones, los pacientes reciben cinco ciclos de tratamiento. En algunas realizaciones, los pacientes reciben seis ciclos de tratamiento. En algunas realizaciones, los pacientes reciben siete ciclos de tratamiento. En algunas realizaciones, los pacientes reciben ocho ciclos de tratamiento. En algunas realizaciones, los pacientes reciben nueve ciclos de tratamiento. En algunas realizaciones, los pacientes reciben diez ciclos de tratamiento. En algunas realizaciones, los pacientes reciben once ciclos de tratamiento. En algunas realizaciones, los pacientes reciben doce ciclos de tratamiento. En algunas realizaciones, los pacientes reciben más de doce ciclos de tratamiento.

En ausencia de toxicidades incontrolables, los sujetos pueden continuar recibiendo el tratamiento con tipifarnib hasta durante 12 meses o más. La dosis también se puede aumentar a 1200 mg b.i.d., si el sujeto tolera bien el tratamiento. También se pueden incluir reducciones escalonadas de la dosis de 300 mg para controlar las toxicidades que surgen del tratamiento, relacionadas con el tratamiento.

En algunas otras realizaciones, se administra tipifarnib por vía oral en una dosis de 300 mg b.i.d. diariamente durante 21 días, seguidos de 1 semana de descanso, en ciclos de tratamiento de 28 días (pauta de 21 días; Cheng DT et al., J Mol Diagn. (2015) 17(3):251-64). En algunas realizaciones, se adopta una dosificación durante 5 días que varía de 25 a 1300 mg b.i.d., seguidos de un descanso de 9 días (pauta de 5 días; Zujewski J., J Clin Oncol., (2000) febrero; 18(4):927-41). En algunas realizaciones, se adopta una dosificación b.i.d. durante 7 días seguidos de un descanso de 7 días (pauta de 7 días; Lara PN Jr., Anticancer Drugs., (2005) 16(3):317-21; Kirschbaum MH, Leukemia, (2011) Oct; 25(10):1543-7; Kurzrock, Clin Cancer Res (2008), 14(2):509). En la pauta de 7 días, los pacientes pueden recibir una dosis inicial de 300 mg b.i.d. con incrementos de la dosis de 300 mg hasta una dosis máxima planificada de 1800 mg b.i.d. En el estudio de la pauta de 7 días, los pacientes también pueden recibir tipifarnib b.i.d. los días 1-7 y los días 15-21 de los ciclos de 28 días, en dosis de hasta 1600 mg b.i.d.

El FTI puede inhibir el crecimiento de tumores de mamíferos cuando se administra como una pauta de dosificación dos veces al día. La administración de un FTI en una sola dosis diaria durante uno a cinco días, puede producir una supresión marcada del crecimiento tumoral que dura al menos 21 días. En algunas realizaciones, el FTI se administra en un intervalo de dosificación de 50-400 mg/kg. En algunas realizaciones, se administran 200 mg/kg de FTI. El régimen de dosificación para FTIs específicos también es bien conocido en la técnica (p. ej., el documento de patente de EE.UU. n° 6838467). Por ejemplo, las dosificaciones adecuadas para los compuestos arglabina (documento WO98/28303), alcohol perrílico (documento WO 99/45712), SCH-66336 (documento de patente de EE.UU. n° 5.874.442), l 778123 (documento WO 00/01691), 2(S)-[2(S)-[2(R)-amino-3-mercapto]propilamino-3(S)-metil]-pentiloxi-3-fenilpropionil-metionina sulfona (documento WO94/10138), Bm S 214662 (documento WO 97/30992), AZD3409; los compuestos A y B de Pfizer (documentos WO 00/12499 y WO 00/12498), se proporcionan en las memorias descriptivas de las patentes mencionadas anteriormente o son conocidas o pueden ser determinadas fácilmente por un experto en la técnica.

En relación con el alcohol perrílico, se pueden administrar 1-4 g al día de medicamento a cada paciente humano de 68 kg (150 lb). Preferiblemente, 1-2 g al día a cada paciente humano de 68 kg (150 lb). s Ch -66336 se puede administrar normalmente en una dosis unitaria de aproximadamente 0,1 mg a 100 mg, más preferiblemente de aproximadamente 1 mg a 300 mg según la aplicación particular. Los compuestos L778123 y 1-(3-clorofenil)-4-[1-(4-cianobencil)-5-imidazolilmetil]-2-piperazinona se pueden administrar a un paciente humano en una cantidad entre aproximadamente 0,1 mg/kg de peso corporal a aproximadamente 20 mg/kg de peso corporal al día, preferiblemente entre 0,5 mg/kg de peso corporal y aproximadamente 10 mg/kg de peso corporal al día.

Los compuestos A y B de Pfizer se pueden administrar en dosificaciones que varían desde aproximadamente 1,0 mg hasta aproximadamente 500 mg al día, preferiblemente desde aproximadamente 1 hasta aproximadamente 100 mg al día en dosis únicas o divididas (es decir, múltiples). Los compuestos terapéuticos se administrarán normalmente en dosificaciones diarias que oscilan entre aproximadamente 0,01 y aproximadamente 10 mg por kg de peso corporal al día, en dosis únicas o divididas. BMS 214662 se puede administrar en un intervalo de dosificación de aproximadamente 0,05 a 200 mg/kg/día, preferiblemente menos de 100 mg/kg/día en una sola dosis o en 2 a 4 dosis divididas.

2.4. Terapias combinadas

En algunas realizaciones, el tratamiento con FTI se administra en combinación con una radioterapia o una terapia de radiación. La radioterapia incluye el uso de rayos y, rayos X y/o la administración dirigida de radioisótopos a las células tumorales. También se contemplan otras formas de factores que dañan el ADN, tales como microondas, radiación con haces de protones (documentos de patente de EE.UU. n° 5.760.395 y 4.870.287) y radiación UV. Es muy probable que todos esos factores afecten a una amplia gama de lesiones en el ADN, en los precursores del ADN, en la replicación y reparación del ADN y en el ensamblaje y mantenimiento de los cromosomas.

En algunas realizaciones, se administra una cantidad terapéuticamente eficaz de la composición farmacéutica que tiene un FTI que sensibiliza eficazmente un tumor en un hospedador para una radiación (documento de patente de EE.UU. n° 6545020). La radiación puede ser una radiación ionizante y, en particular, una radiación gamma. En algunas realizaciones, la radiación gamma es emitida por aceleradores lineales o por radionúclidos. La radiación del tumor mediante radionucleidos puede ser externa o interna.

La radiación también puede ser una radiación con rayos X. Los intervalos de dosificación para los rayos X varían desde dosis diarias de 50 a 200 roentgen durante períodos prolongados de tiempo (3 a 4 semanas), hasta dosis únicas de 2000 a 6000 roentgen. Los intervalos de dosificación para radioisótopos varían ampliamente y dependen de la semivida del isótopo, la fuerza y el tipo de radiación emitida y la captación por parte de las células neoplásicas.

En algunas realizaciones, la administración de la composición farmacéutica comienza hasta un mes antes, en particular hasta 10 días o una semana antes de la radiación del tumor. Además, la radiación del tumor está fraccionada y la administración de la composición farmacéutica se mantiene en el intervalo entre la primera y la última sesión de radiación.

La cantidad de FTI, la dosis de la radiación y la intermitencia de las dosis de la radiación dependerán de una serie de parámetros tales como el tipo de tumor, su localización, la reacción del paciente frente a la quimioterapia o la radioterapia y, en definitiva, el médico y los radiólogos son los que van a determinarla en cada caso individual.

En algunas realizaciones, los métodos proporcionados en el presente documento incluyen además la administración de una cantidad terapéuticamente eficaz de un segundo agente activo o una terapia de cuidados de apoyo. El segundo agente activo puede ser un agente quimioterapéutico. Un agente o un fármaco quimioterapéutico se puede clasificar por su modo de actividad dentro de una célula, por ejemplo, si afecta al ciclo celular y en qué etapa. Alternativamente, un agente se puede caracterizar basándose en su capacidad para reticular directamente el ADN, intercalarse en el ADN o inducir aberraciones cromosómicas y mitóticas al afectar a la síntesis de ácidos nucleicos.

Ejemplos de agentes quimioterapéuticos incluyen agentes alquilantes, tales como tiotepa y ciclosfosfamida; alquil sulfonatos, tales como busulfán, improsulfán y piposulfán; aziridinas, tales como benzodopa, carbocuona, meturedopa y uredopa; etileniminas y metilamelaminas, que incluyen altretamina, trietilenmelamina, trietilenfosforamida, trietilentiofosforamida y trimetilolomelamina; acetogeninas (especialmente bulatacina y bulatacinona); una camptotecina (que incluye el análogo sintético topotecán); briostatina; calistatina; CC-1065 (que incluye sus análogos sintéticos adozelesina, carzelesina y bizelesina); criptoficinas (particularmente criptoficina 1 y criptoficina 8); dolastatina; duocarmicina (que incluye los análogos sintéticos KW-2189 y CB1-TM1); eleuterobina; pancratistatina; una sarcodictina; espongistatina; mostazas de nitrógeno, tales como clorambucilo, clornafazina, colofosfamida, estramustina, ifosfamida, mecloretamina, clorhidrato de óxido de mecloretamina, melfalán, novembiquina, fenesterina, prednimustina, trofosfamida y mostaza de uracilo; nitrosureas, tales como carmustina, clorozotocina, fotemustina, lomustina, nimustina y ranimnustina; antibióticos, tales como los antibióticos de enedina (p. ej., caliqueamicina, especialmente caliqueamicina gamma1I y caliqueamicina omegaI1); dinemicina, que incluye dinemicina A; bisfosfonatos, tales como clodronato; una esperamicina; así como cromóforo de neocarzinostatina y cromóforos antibióticos de enedina relacionados con cromoproteína, aclacinomisinas, actinomicina, autrarnicina, azaserina, bleomicinas, cactinomicina, carabicina, carminomicina, carzinofilina, cromomicina, dactinomicina, daunorrubicina, detorrubicina, 6-diazo-5-oxo-L-norleucina, doxorrubicina (que incluye morfolino-doxorrubicina, cianomorfolinodoxorrubicina, 2-pirrolino-doxorrubicina y desoxidoxorrubicina), epirrubicina, esorrubicina, idarrubicina, marcelomicina, mitomicinas, tales como mitcinomicina C, ácido micofenólico, nogalarnicina, olivomicinas, peplomicina, potfiromicina, puromicina, quelamicina, rodorrubicina, estreptonigrina, estreptozocina, tubercidina, ubenimex, zinostatina y zorrubicina; antimetabolitos, tales como metotrexato y 5-fluorouracilo (5-FU); análogos del ácido fólico, tales como denopterina, pteropterina y trimetrexato; análogos de purina, tales como fludarabina, 6-mercaptopurina, tiamiprina y tioguanina; análogos de pirimidina, tales como ancitabina, azacitidina, 6-azauridina, carmofur, citarabina, didesoxiuridina, doxifluridina, enocitabina y floxuridina; andrógenos, tales como calusterona, propionato de dromostanolona, epitiostanol, mepitiostano y testolactona; antiadrenales, tales como mitotano y trilostano; reforzadores de ácido fólico, tales como ácido frolínico; aceglatona; glicósido de aldofosfamida; ácido aminolevulínico; eniluracilo; amsacrina; bestrabucilo; bisantreno; edatraxato; defofamina; demecolcina; diazicuona; elformitina; acetato de eliptinio; una epotilona; etoglucid; nitrato de galio; hidroxiurea; lentinán; lonidainina; maitansinoides, tales como maitansina y ansamitocinas; mitoguazona; mitoxantrona; mopidanmol; nitraerina; pentostatina; fenamet; pirarrubicina; losoxantrona; ácido podofilínico; 2-etilhidrazida; procarbazina; complejo de polisacárido PSK; razoxano; rizoxina; sizofirán; espirogermanio; ácido tenuazónico; triazicuona; 2,2',2"-triclorotietilamina; tricotecenos (especialmente toxina T-2, verracurina A, roridina A y anguidina); uretano; vindesina; dacarbazina; manomustina; mitobronitol; mitolactol; pipobromán; gacitosina; arabinósido ("Ara-C"); ciclofosfamida; taxoides, p. ej., paclitaxel y docetaxel gemcitabina; 6-tioguanina; mercaptopurina; complejos de coordinación de platino, tales como cisplatino, oxaliplatino y carboplatino; vinblastina; platino; etopósido (VP-16); ifosfamida; mitoxantrona; vincristina; vinorrelbina; novantrona; tenipósido; edatrexato; daunomicina; aminopterina; xeloda; ibandronato; irinotecán (p. ej., CPT-11); inhibidor de topoisomerasa RFS 2000; difluorometilhilornitina (DMFO); retinoides, tales como ácido retinoico; capecitabina; carboplatino, procarbazina, plicomicina, gemcitabina, navelbina, transplatino y sales, ácidos o derivados farmacéuticamente aceptables de cualquiera de los anteriores.

Los segundos agentes activos pueden ser moléculas grandes (p. ej., proteínas) o moléculas pequeñas (p. ej., moléculas sintéticas inorgánicas, organometálicas u orgánicas). En algunas realizaciones, el segundo agente activo es un agente hipometilante del ADN, un anticuerpo terapéutico que se une específicamente a un antígeno del cáncer, un factor de crecimiento hematopoyético, una citocina, un agente anticancerígeno, un antibiótico, un inhibidor de cox-2, un agente inmunomodulador, una globulina anti-timocitos, un agente inmunosupresor, un corticosteroide o un mutante farmacológicamente activo o un derivado de los mismos.

En algunas realizaciones, el segundo agente activo es un agente hipometilante del ADN, tal como un análogo de citidina (p. ej., azacitidina) o una 5-azadesoxicitidina (p. ej., decitabina). En algunas realizaciones, el segundo agente activo es un agente citorreductor, que incluye, sin limitarse a, inducción, topotecán, hidrea, etopósido PO, lenalidomida, LDAC y tioguanina. En algunas realizaciones, el segundo agente activo es mitoxantrona, etopósido, citarabina o valspodar. En alguna realización, el segundo agente activo es mitoxantrona más valspodar, etopósido más valspodar o citarabina más valspodar. En alguna realización, el segundo agente activo es idarrubicina, fludarabina, topotecán o ara-C. En algunas otras realizaciones, el segundo agente activo es idarrubicina más ara-C, fludarabina más ara-C, mitoxantrona más ara-C o topotecán más ara-C. En algunas realizaciones, el segundo agente activo es una quinina. Se pueden usar otras combinaciones de los agentes especificados anteriormente, y el médico puede determinar las dosificaciones.

En algunas realizaciones, el segundo agente activo es un agente de inmunoterapia. En algunas realizaciones, el segundo agente activo es un anticuerpo anti-PD1 o un anticuerpo anti-PDL1.

En algunas realizaciones, se contempla que el segundo agente activo o la segunda terapia usados en combinación con un FTI, se puedan administrar antes, al mismo tiempo o después del tratamiento con FTI. En algunas realizaciones, el segundo agente activo o la segunda terapia usados en combinación con un FTI, se pueden administrar antes del tratamiento con FTI. En algunas realizaciones, el segundo agente activo o la segunda terapia usados en combinación con un FTI, se pueden administrar al mismo tiempo que un tratamiento con FTI. En algunas realizaciones, el segundo agente activo o la segunda terapia usados en combinación con un FTI, se pueden administrar después del tratamiento con FTI.

El tratamiento con FTI también se puede administrar en combinación con un trasplante de médula ósea. En algunas realizaciones, el FTI se administra antes del trasplante de médula ósea. En otras realizaciones, el FTI se administra después del trasplante de médula ósea.

3. Biomarcadores para el tratamiento con FTI

En el presente documento se proporcionan métodos de selección de pacientes con carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (SCCHN) y carcinoma de células escamosas de pulmón (SCC de pulmón) para el tratamiento con un inhibidor de la farnesiltransferasa (FTI). La farnesiltransferasa (FTasa) tiene funciones cruciales en las modificaciones postraduccionales de las proteínas Ras. Los FTIs son una clase de fármacos contra el cáncer biológicamente activos que inhiben la farnesilación de una amplia gama de proteínas diana, incluyendo Ras. Las proteínas Ras desempeñan un papel fundamental en la transducción de señales estimulantes del crecimiento celular, y la mutación del gen ras conduce a una activación constante de la proteína, lo que finalmente da como resultado una proliferación celular incontrolada. La alta prevalencia de genes ras mutados, que se encuentran en el 30% de todos los cánceres humanos, hace que esta ruta sea una diana atractiva para el desarrollo de fármacos contra el cáncer. Una forma de interferir en la función de Ras es la inhibición de la FTasa, la enzima que acopla un grupo isoprenilo de 15 carbonos a las proteínas Ras, mediante los FTIs. Los FTIs bloquean la activación de Ras mediante una inhibición de la FTasa, lo que finalmente da como resultado la detención del crecimiento celular. Por tanto, se ha previsto que los FTIs sean agentes terapéuticos eficaces en el tratamiento del cáncer.

Sin embargo, no se ha demostrado una correlación entre las mutaciones de ras y la respuesta a los FTIs en estudios clínicos anteriores (Karp et al. Blood 97: 3361-3369 (2001); y el documento de publicación patente de EE.UU. n° 20070048782)). Si bien varios de unos estudios clínicos tempranos se centraron en cánceres, presentaban altas frecuencias de mutaciones de ras, la tasa de respuesta era decepcionantemente baja en esos ensayos. (Mesa Lancet Oncol 6: 279-286 (2006); Rao et al. J Clin Oncol 22: 3950-3957 (2004)).

En estudios tempranos de tipifarnib, un FTI, se realizaron en pacientes con LMA de bajo riesgo y que no se habían tratado previamente (CTEP-20 fase II), y pacientes con LMA con una LMA recidivante/refractaria (INT-17 Fase II). Un estudio de fase III de tipifarnib frente a una mejor atención de apoyo (BSC), no logró demostrar una mejora en la supervivencia general. En la bibliografía se han asociado múltiples genes/proteínas con la actividad de FTI (AKAP13, mDIA, etc.) (Raponi et al. Clin Cancer Res. 13:2254-60 (2007); Kamasani et al. Cancer Biology & Therapy, 6:1418-1423 (2007)), y unos análisis del perfil de expresión génica en muestras de médula ósea procedentes de 2 estudios de LMA (c T e P-20, INT-17) identificaron la relación entre la expresión de 2 genes: RASGRP1 (transductor de la señal de linfocitos T) y APTX (proteína de reparación del ADN), como posible biomarcador de la actividad de tipifarnib en la LMA (Raponi et al. Blood 111:2589-96 (2008)). Sin embargo, un estudio prospectivo posterior que utilizaba la relación entre 2 genes en blastos de médula ósea como criterio de inclusión, no logró demostrar un beneficio clínico significativo de tipifarnib en la LMA (Lancet et al. Blood (ASH) 120: Resumen 1508 (2012)).

La presente invención identifica mutaciones de HRAS como biomarcadores asociados con un mejor pronóstico para un tratamiento con FTI, y en el presente documento se proporcionan métodos novedosos para una selección de pacientes para un tratamiento con FTI. Las mutaciones de HRAS identificadas en la presente solicitud están específicamente asociadas con el beneficio clínico de un tratamiento con FTI, pero no con el beneficio clínico de agentes de otras quimioterapias convencionales.

Tal y como se describe en el presente documento, los métodos también se pueden usar en conexión con otros enfoques de estratificación de pacientes para aumentar aún más la tasa de respuesta de una población de pacientes frente a un tratamiento con FTI. Por ejemplo, en algunas realizaciones, los métodos proporcionados en el presente documento incluyen además la determinación del estado de mutación del gen HRAS y seleccionar un paciente para un tratamiento con FTI, tal y como se describe con mayor detalle a continuación. En algunas realizaciones, los métodos proporcionados en el presente documento incluyen además determinar el estado de mutación de los genes ras y seleccionar un paciente para un tratamiento con FTI, cuando el paciente tiene una mutación de HRAS con K-ras de tipo silvestre y N-ras de tipo silvestre. En otras realizaciones, los métodos proporcionados en el presente documento pueden incluir además el uso de la relación entre 2 genes, RASGRP1 y APTX, como criterio adicional para la selección de pacientes para un tratamiento con FTI (documento de patente de Ee .UU. n° 7.932.036). Los métodos descritos en el presente documento o conocidos en la técnica se pueden usar para determinar el estado de mutación del gen ras, tal como el gen HRAS. En algunas realizaciones, el estado de mutación de un gen ras, tal como HRAS, puede determinarse mediante NGS.

En algunas realizaciones, los métodos proporcionados en el presente documento incluyen determinar el nivel de expresión de un biomarcador. En algunas realizaciones, el nivel de expresión de un biomarcador puede ser el nivel de proteína del biomarcador. En algunas realizaciones, el nivel de expresión de un biomarcador puede ser el nivel de ARN del biomarcador. Se puede usar cualquier método tal y como se describe en el presente documento o se conoce en la técnica, para determinar el nivel de proteína o el nivel de ARN de un gen para determinar el nivel de expresión de un biomarcador en la presente descripción.

Los métodos ejemplares para detectar o cuantificar los niveles de ARNm incluyen, pero no se limitan a, métodos basados en una PCR, transferencias de tipo Northern, ensayos de protección de ribonucleasas y similares. La secuencia de ARNm (p. ej., el ARNm de un biomarcador, tal como CRBN o un CAP, o un fragmento del mismo) se puede usar para preparar una sonda que sea al menos parcialmente complementaria. A continuación, la sonda se puede usar para detectar la secuencia de ARNm en una muestra, usando cualquier ensayo adecuado, tal como los métodos basados en una PCR, transferencia Northern, un ensayo con varilla de medición y similares.

Los métodos comúnmente usados conocidos en la técnica para la cuantificación de la expresión de ARNm en una muestra incluyen la transferencia Northern y la hibridación in situ (Parker &Barnes, Methods in Molecular Biology 106:247-283 (1999)); ensayos de protección de ARNasa (Hod, Biotechniques 13:852- 854 (1992)); y la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) (Weis et al., Trends in Genetics 8:263-264 (1992)). Alternativamente, se pueden emplear anticuerpos que pueden reconocer dúplex específicos, incluyendo dúplex de ADN, dúplex de ARN y dúplex híbridos de ADN-ARN o dúplex de ADN-proteína. Los métodos representativos para un análisis de la expresión génica basada en la secuenciación, incluyen el análisis en serie de la expresión génica (SAGE) y el análisis de la expresión génica mediante una secuenciación masiva en paralelo de la firma (MPSS).

Un método cuantitativo sensible y flexible es la PCR. En la bibliografía se pueden encontrar ejemplos de métodos de PCR. Se pueden encontrar ejemplos de ensayos de PCR en el documento de patente de e E.UU. n° 6.927.024. Se pueden encontrar ejemplos de métodos de RT-PCR en el documento de patente de EE.UU. n° 7.122.799. Un método de PCR in s itu fluorescente se describe en el documento de patente de EE.UU. n° 7.186.507.

Sin embargo, se observa que también se pueden usar otros protocolos de amplificación de ácidos nucleicos (es decir, distintos de la PCR) en los métodos analíticos de ácidos nucleicos descritos en el presente documento. Por ejemplo, los métodos de amplificación adecuados incluyen la reacción en cadena de la ligasa (véase, por ejemplo, Wu & Wallace, Genomics 4:560-569, 1988); el ensayo de desplazamiento de cadena (véase, por ejemplo, Walker et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:392-396, 1992; el documento de patente de EE.UU. n° 5.455.166); y varios sistemas de amplificación basados en la transcripción, que incluyen los métodos descritos en los documentos de patente de EE.UU. n° 5.437.990; 5.409.818; y 5.399.491; el sistema de amplificación de la transcripción (TAS) (Kwoh et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 1173-1177, 1989); y la replicación de secuencia autosostenida (3SR) (Guatelli et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 1874-1878, 1990; documento WO 92/08800). Alternativamente, se pueden utilizar métodos que amplifiquen la sonda a niveles detectables, tales como la amplificación con Q-replicasa (Kramer y Lizardi, Nature 339: 401-402, 1989; Lomeli et al., Clin. Chem. 35: 1826-1831, 1989). Se proporciona una revisión de los métodos de amplificación conocidos, por ejemplo, por Abramson y Myers en Current Opinion in Biotechnology 4: 41-47 (1993).

El ARNm se puede aislar a partir de la muestra de tejido inicial. Los métodos generales para la extracción de ARNm son bien conocidos en la técnica y se describen en libros de texto convencionales de biología molecular, que incluyen Ausubel et al., Current Protocols of Molecular Biology, John Wiley and Sons (1997). En particular, el aislamiento de ARN se puede realizar utilizando un kit de purificación, un conjunto de tampones y proteasa de fabricantes comerciales, como Qiagen, de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Por ejemplo, el ARN total de las células en un cultivo se puede aislar utilizando minicolumnas de Qiagen RNeasy. Otros kits de aislamiento de ARN disponibles comercialmente incluyen MASTERPURE® Complete DNA y el kit de RNA Purification (EPICENTRE®, Madison, Wis.), y el kit de Paraffin Block RNA Isolation (Ambion, Inc.). El ARN total procedente de las muestras de un tejido se puede aislar utilizando RNA Stat-60 (Tel-Test). El ARN preparado a partir de un tumor se puede aislar, por ejemplo, mediante centrifugación en gradiente de densidad de cloruro de cesio.

En algunas realizaciones, la primera etapa en el perfil de expresión génica mediante PCR es la transcripción inversa de la plantilla de ARN en ADNc, seguida de su amplificación exponencial en una reacción PCR. En otras realizaciones, se puede usar una reacción combinada de transcripción inversa-reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR), por ejemplo, tal y como se describe en los documentos de patente de EE.UU. n° 5.310.652; 5.322.770; 5.561.058; 5.641.864; y 5.693.517. Las dos transcriptasas inversas comúnmente utilizadas son la transcriptasa inversa del virus de la mieloblastosis aviar (AMV-RT) y la transcriptasa inversa del virus de la leucemia murina de Moloney (MMLV-RT). La etapa de transcripción inversa se prepara normalmente usando cebadores específicos, hexámeros aleatorios o cebadores oligo-dT, según las circunstancias y el objetivo del perfil de expresión. Por ejemplo, el ARN extraído se puede transcribir de forma inversa utilizando un kit de PCR de ARN de GENEAMP™ (Perkin Elmer, California, EE.UU.), siguiendo las instrucciones del fabricante. El ADNc obtenido se puede utilizar luego como molde en la siguiente reacción de PCR.

En algunas realizaciones, la PCR con transcripción inversa en tiempo real (qRT-PCR) se puede usar tanto para la detección como para la cuantificación de las dianas de ARN (Bustin et al., 2005, Clin. Sci. 109:365-379). Se pueden encontrar ejemplos de métodos basados en qRT-PCR, por ejemplo, en el documento de patente de EE.UU. n° 7.101.663. Los instrumentos para una PCR en tiempo real, como los de Applied Biosystems 7500, están disponibles comercialmente, al igual que los reactivos, tales como la química de detección de secuencias TaqMan.

Por ejemplo, se pueden utilizar los ensayos de expresión génica TaqMan®, siguiendo las instrucciones del fabricante. Esos kits son ensayos de expresión génica formulados previamente para una detección y cuantificación rápidas y fiables de transcritos de ARNm de seres humanos, ratones y ratas. Se puede emplear un ensayo TaqMan® o 5'-nucleasa, tal y como se describe en los documentos de patente de EE.UU. n° 5.210.015; 5.487.972; y 5.804.375; y Holland et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:7276-7280. TAQMAN® PCR normalmente utiliza la actividad nucleasa 5’ de la polimerasa Taq o Tth para hidrolizar una sonda de hibridación unida a su amplicón diana, pero se puede usar cualquier enzima con una actividad nucleasa 5' equivalente. Se utilizan dos cebadores de oligonucleótidos para generar un amplicón típico de una reacción de PCR. Se diseña un tercer oligonucleótido, o sonda, para detectar una secuencia de nucleótidos ubicada entre los dos cebadores de PCR. La sonda no se puede extender con una enzima Taq ADN polimerasa y está marcada con un colorante fluorescente indicador y un colorante fluorescente inactivador. Cualquier emisión inducida por láser del colorante indicador se extingue con el colorante inactivador, cuando los dos colorantes están ubicados muy juntos, tal y como lo están en la sonda. Durante la reacción de amplificación, la enzima Taq ADN polimerasa escinde la sonda de una manera dependiente del molde. Los fragmentos de sonda resultantes se disocian en solución y la señal procedente del colorante indicador liberado está libre del efecto inactivador del segundo fluoróforo. Se libera una molécula de colorante indicador por cada nueva molécula sintetizada, y la detección del colorante indicador que no se ha extinguido, proporciona la base para la interpretación cuantitativa de los datos.

Cualquier método adecuado para detectar un producto de degradación se puede usar en un ensayo de nucleasa 5'. A menudo, la sonda de detección se marca con dos colorantes fluorescentes, uno de los cuales es capaz de extinguir la fluorescencia del otro colorante. Los colorantes se fijan a la sonda, preferiblemente uno se fija en el extremo 5’ y el otro se fija en un sitio interno, de modo que la inactivación se produce cuando la sonda está en un estado no hibridado y de modo que la escisión de la sonda a través de la actividad exonucleasa 5’ a 3’ de la ADN polimerasa, se produce entre los dos colorantes.

La amplificación da como resultado la escisión de la sonda entre los colorantes con una eliminación concomitante de la inactivador y un aumento de la fluorescencia observable del colorante inicialmente extinguido. La acumulación de producto de degradación se controla midiendo el aumento de la fluorescencia de la reacción. Los documentos de patente de EE.UU. n° 5.491.063 y 5.571.673 describen métodos alternativos para detectar la degradación de la sonda que tiene lugar de forma concomitante a la amplificación. Los datos del ensayo de la nucleasa 5' se pueden expresar inicialmente como Ct o ciclo umbral. Como se ha descrito anteriormente, los valores de fluorescencia se registran durante cada ciclo y representan la cantidad de producto amplificado hasta ese punto en la reacción de amplificación. El punto en el que la señal fluorescente se registra por primera vez como estadísticamente significativa, es el umbral del ciclo (Ct).

Para minimizar los errores y el efecto de la variación de una muestra a otra, la PCR generalmente se realiza utilizando un patrón interno. El patrón interno ideal se expresa a un nivel constante entre los diferentes tejidos y no está afectado por el tratamiento experimental. Los ARNs que se utilizan con más frecuencia para normalizar los patrones de expresión génica son los ARNm para los genes constitutivos de la gliceraldehído-3-fosfato-deshidrogenasa (GAPDH) y P-actina.

Los cebadores y sondas de la PCR se diseñan basándose en secuencias de intrones presentes en el gen que se va a amplificar. En esta realización, la primera etapa en el diseño del cebador/sonda es la delimitación de las secuencias de intrones dentro de los genes. Esto se puede realizar mediante un programa informático disponible públicamente, tal como el programa informático DNA BLAT desarrollado por Kent, W., Genome Res. 12(4):656-64 (2002)), o por el programa informático BLAST, incluidas sus variaciones. Las etapas posteriores siguen métodos bien establecidos para el diseño de cebadores y sondas de PCR.

Para evitar señales inespecíficas, puede ser importante enmascarar secuencias repetitivas dentro de los intrones cuando se diseñan los cebadores y las sondas. Esto se puede lograr fácilmente utilizando el programa Repeat Masker disponible en línea a través de Baylor College of Medicine, que escruta las secuencias de ADN frente a un banco de elementos repetitivos y restituye una secuencia de consulta en la que los elementos repetitivos están enmascarados. Las secuencias de intrones enmascaradas se pueden usar para diseñar secuencias de cebador y sonda usando cualquier paquete de diseño de cebador/sonda comercial o de otro modo disponible públicamente, tal como Primer Express (Applied Biosystems); MGB assay-by-design (Applied Biosystems); Primer3 (Rozen y Skaletsky (2000) Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. In: Krawetz S, Misener S (compiladores) Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, N.J., pp 365-386).

Los factores considerados en el diseño de un cebador de PCR incluyen la longitud del cebador, la temperatura de fusión (Tm) y el contenido en G/C, la especificidad, las secuencias del cebador complementarias y la secuencia del extremo 3’. En general, los cebadores de PCR óptimos generalmente tienen una longitud de 17-30 bases y contienen aproximadamente un 20-80%, tal como, por ejemplo, aproximadamente un 50-60% de bases G+C. Se prefieren normalmente unas Tm entre 50 y 80°C, p. ej., de aproximadamente 50 a 70°C. Para obtener más pautas para el diseño de sondas y cebadores de PCR, véase, p. ej., Dieffenbach et al, "General Concepts for PCR Primer Design" in: PCR Primer, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 1995, págs. 133-155; Innis y Gelfand, "Optimization of PCRs" in: PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications, CRC Press, London, 1994, págs 5­ 11; y Plasterer, T. N. Primerselect: Primer and probe design. Methods Mol. Biol. 70:520- 527 (1997).

Un programa de PCR a modo de ejemplo es, por ejemplo, 50°C durante 2 minutos, 95°C durante 10 minutos, 40 ciclos a 95°C durante 15 segundos, luego 60°C durante 1 minuto. Para determinar el número del ciclo en donde la señal de fluorescencia asociada con una acumulación de amplicón en particular cruza el umbral (denominado CT), los datos se pueden analizar, por ejemplo, utilizando un programa informático de detección de secuencias del sistema de PCR en tiempo real 7500, v1.3, utilizando el método de cálculo de cuantificación relativa de CT comparativo. Empleando ese método, el resultado se expresa como un cambio de número de veces de los niveles de expresión. En algunas realizaciones, el nivel umbral se puede seleccionar para que el programa informático lo determine automáticamente. En algunas realizaciones, el nivel umbral se establece para que sea superior a la línea de base pero lo suficientemente bajo para estar dentro de la región de crecimiento exponencial de una curva de amplificación.

RNA-Seq, también llamada secuenciación de escopeta de transcriptoma completo (WTSS) se refiere al uso de tecnologías de secuenciación de alto rendimiento para secuenciar ADNc con el fin de obtener información sobre el contenido de ARN en una muestra. Las publicaciones que describen RNA-Seq incluyen: Wang et al., Nature Reviews Genetics 10(1): 57-63 (enero de 2009); Ryan et al. BioTechniques 45(1): 81-94 (2008); y Maher et al., Nature 458(7234): 97-101 (enero de 2009).

La expresión génica diferencial también se puede identificar o confirmar usando la técnica de micromatrices. En este método, las secuencias de polinucleótidos de interés (incluidos los ADNc y los oligonucleótidos) se colocan en placas o se agrupan sobre un sustrato de microchip. A continuación, las secuencias agrupadas en las matrices se hibridan con sondas de ADN específicas de células o tejidos de interés.

En una realización de la técnica de micromatrices, insertos de clones de ADNc amplificados por PCR se aplican a un sustrato en una matriz densa. Preferiblemente, se aplican al sustrato al menos 10.000 secuencias de nucleótidos. Los genes en las micromatrices, inmovilizados sobre el microchip con 10.000 elementos cada uno, son adecuados para una hibridación en condiciones estrictas. Se pueden generar sondas de ADNc marcadas con fluorescencia mediante la incorporación de nucleótidos fluorescentes mediante transcripción inversa de un ARN extraído a partir de tejidos de interés. Las sondas de ADNc marcadas aplicadas al chip se hibridan con especificidad con cada punto de ADN sobre la matriz. Después de un lavado riguroso para eliminar las sondas unidas de forma no específica, el chip se examina mediante microscopía láser confocal o mediante otro método de detección, como una cámara CCD. La cuantificación de la hibridación de cada elemento en la matriz permite la evaluación de la correspondiente abundancia de ARNm. Con fluorescencia de color doble, las sondas de ADNc marcadas por separado generadas a partir de dos fuentes de ARN, se hibridan por parejas con la matriz. La abundancia relativa de los transcritos procedentes de las dos fuentes correspondientes a cada gen especificado, se determina de este modo simultáneamente. La escala miniaturizada de la hibridación permite una evaluación rápida y conveniente del patrón de expresión para un gran número de genes. Se ha mostrado que tales métodos tienen la sensibilidad necesaria para detectar transcritos raros, que se expresan con unas pocas copias en cada célula, y para detectar de forma reproducible, al menos aproximadamente el doble de diferencias en los niveles de expresión (Schena et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93(2): 106-149 (1996)). El análisis de micromatrices se puede realizar con un equipo disponible comercialmente, siguiendo los protocolos del fabricante, tal como mediante el uso de la tecnología Affymetrix GENCHIP™ o la tecnología de micromatrices de Incyte.

El análisis en serie de la expresión génica (SAGE) es un método que permite el análisis simultáneo y cuantitativo de un gran número de transcritos de genes, sin la necesidad de proporcionar una sonda de hibridación individual para cada transcrito. En primer lugar, se genera un marcador de secuencia corta (aproximadamente 10-14 pb) que contiene información suficiente para identificar de forma única un transcrito, siempre que el marcador se obtenga a partir de una posición única dentro de cada transcrito. A continuación, muchos transcritos se unen entre sí para formar moléculas de serie largas, que se pueden secuenciar, revelando la identidad de los múltiples marcadores simultáneamente. El patrón de expresión de cualquier población de transcritos se puede evaluar cuantitativamente, determinando la abundancia de marcadores individuales e identificando el gen correspondiente para cada marcador. Para obtener más detalles, véase, p. ej., Velculescu et al., Science 270: 484-487 (1995); y Velculescu et al., Cell 88: 243-51 (1997).

La tecnología MassARRAY (Sequenom, San Diego, California) es un método automatizado de alto rendimiento para el análisis de la expresión génica que utiliza espectrometría de masas (MS) para la detección. Según este método, después del aislamiento del ARN, la transcripción inversa y la amplificación con PCR, los ADNc se someten a una extensión del cebador. Los productos de extensión de cebadores obtenidos a partir del ADNc se purifican y se distribuyen sobre una matriz de chips que está cargada previamente con los componentes necesarios para la preparación de muestras MALTI-TOF MS. Los diversos ADNc presentes en la reacción se cuantifican analizando las áreas de los picos en el espectro de masas obtenido.

El nivel de ARNm también se puede medir mediante un ensayo basado en la hibridación. Un método de ensayo de ARNm típico puede contener las etapas de 1) obtener sondas de sujetos unidas a la superficie; 2) hibridar una población de ARNm con las sondas unidas a la superficie con condiciones suficientes para proporcionar una unión específica (3) lavar después de la hibridación para eliminar los ácidos nucleicos no unidos en la hibridación; y (4) detectar los ARNm hibridados. Los reactivos utilizados en cada una de esas etapas y sus condiciones de uso pueden variar según la aplicación en particular.

Se puede usar cualquier plataforma de ensayo adecuada para determinar el nivel de ARNm en una muestra. Por ejemplo, un ensayo puede tener la forma de una varilla de medición, una membrana, un chip, un disco, una tira reactiva, un filtro, una microesfera, un portaobjetos, una placa de pocillos múltiples o una fibra óptica. Un sistema de ensayo puede tener un soporte sólido sobre el cual se fija un ácido nucleico correspondiente al ARNm. El soporte sólido puede tener, por ejemplo, un plástico, silicio, un metal, una resina, vidrio, una membrana, una partícula, un precipitado, un gel, un polímero, una lámina, una esfera, un polisacárido, un capilar, una película, una placa o un portaobjetos. Los componentes del ensayo se pueden preparar y envasar juntos como un kit para detectar un ARNm.

El ácido nucleico se puede marcar, si se desea, para formar una población de ARNm marcados. En general, una muestra se puede marcar usando métodos que son bien conocidos en la técnica (p. ej., usando ADN ligasa, transferasa terminal o marcando la estructura principal del ARN, etc.; véase, p. ej., Ausubel, et al., Short Protocols in Molecular Biology, 3a ed., Wiley & Sons 1995 y Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, tercera edición, 2001 Cold Spring Harbor, N.Y.). En algunas realizaciones, la muestra se marca con un marcador fluorescente. Los colorantes fluorescentes ejemplares incluyen, pero no se limitan a, colorantes de xanteno, colorantes de fluoresceína, colorantes de rodamina, isotiocianato de fluoresceína (FITC), 6-carboxifluoresceína (FAM), 6-carboxi-2',4',7',4,7-hexaclorofluoresceína (HEX), 6-carboxi-4',5'-dicloro-2',7'-dimetoxifluoresceína (JOE o J), N,N,N',N'-tetrametil-6-carboxirodamina (TAMRA o T), 6-carboxi-X-rodamina (ROX o R), 5-carboxirodamina 6G (R6G5 o G5), 6-carboxirodamina 6G (R6G6 o G6) y rodamina 110; colorantes de cianina, p. ej., colorantes Cy3, Cy5 y Cy7; colorantes de Alexa, p. ej., Alexa-fluor-555; cumarina, dietilaminocumarina, umbeliferona; colorantes de bencimida, p. ej., Hoechst 33258; colorantes de fenantridina, p. ej., rojo de Texas; colorantes de etidio; colorantes de acridina; colorantes de carbazol; colorantes de fenoxazina; colorantes de porfirina; colorantes de polimetina, colorantes BODIPY, colorantes de quinolina, pireno, clorotriazinilo de fluoresceína, R110, eosina, JOE, R6G, tetrametilrodamina, lisamina, ROX, naftofluoresceína y similares.

La hibridación se puede llevar a cabo en condiciones de hibridación adecuadas, en las que se puede variar el rigor según se desee. Las condiciones típicas son suficientes para producir complejos de sonda/diana sobre una superficie sólida entre miembros de unión complementarios, es decir, entre las sondas de un sujeto unidas a la superficie y los ARNm complementarios en una muestra. En determinadas realizaciones, se pueden emplear condiciones de hibridación rigurosas.

La hibridación se realiza normalmente bajo condiciones de hibridación estrictas. Las técnicas de hibridación convencionales (p. ej., en condiciones suficientes para proporcionar una unión específica de los ARNm diana en la muestra con las sondas) se describen en Kallioniemi et al., Science 258: 818-821 (1992) y el documento WO 93/18186. Están disponibles diversas guías de técnicas generales p. ej., Tijssen, Hybridization with Nucleic Acid Probes, Partes I y II (Elsevier, Amsterdam 1993). Para descripciones de técnicas adecuadas para hibridaciones in situ, véase Gall et al. Meth. Enzymol., 21:470-480 (1981); y Angerer et al. en Genetic Engineering: Principies and Methods (Setlow y Hollaender compiladores) vol. 7, págs 43-65 (Plenum Press, Nueva York 1985). Una selección de las condiciones apropiadas, incluyendo la temperatura, la concentración de sales, la concentración de polinucleótidos, el tiempo de hibridación, el rigor de las condiciones de lavado y similares, dependerá del diseño experimental, incluyendo la fuente de la muestra, la identidad de los agentes de captura, el grado de complementariedad esperado, etc., y se puede determinar como una cuestión de experimentación rutinaria para los expertos en la técnica. Los expertos en la materia reconocerán fácilmente que se pueden utilizar condiciones de hibridación y lavado alternativas pero comparables para proporcionar condiciones con un rigor similar.

Después de proceder a hibridar el ARNm, los polinucleótidos unidos a la superficie se lavan normalmente para eliminar los ácidos nucleicos no unidos. El lavado se puede realizar usando cualquier protocolo de lavado conveniente, en donde las condiciones de lavado son normalmente estrictas, como se han descrito anteriormente. A continuación, se detecta la hibridación de los ARNm diana con las sondas usando técnicas convencionales.

Se ha mostrado que la tinción IHC de secciones de tejido es un método fiable para evaluar o detectar la presencia de proteínas en una muestra. Las técnicas de inmunohistoquímica utilizan un anticuerpo para analizar y visualizar antígenos celulares in situ, generalmente mediante métodos cromogénicos o fluorescentes. Por tanto, para detectar la expresión se utilizan anticuerpos o antisueros, preferiblemente antisueros policlonales, y lo más preferiblemente anticuerpos monoclonales específicos para cada marcador. Como se describe con mayor detalle a continuación, los anticuerpos se pueden detectar marcando directamente los propios anticuerpos, por ejemplo, con marcadores radiactivos, marcadores fluorescentes, marcadores de hapteno tales como biotina o una enzima tal como peroxidasa de rábano picante o fosfatasa alcalina. Alternativamente, el anticuerpo primario sin marcar se usa junto con un anticuerpo secundario marcado, que comprende antisueros, antisueros policlonales o un anticuerpo monoclonal específico para el anticuerpo primario. Los kits y protocolos de inmunohistoquímica son bien conocidos en la técnica y están disponibles comercialmente. Los sistemas automatizados para la preparación de portaobjetos y el procesamiento IHC están disponibles comercialmente. El sistema Ventana® BenchMark XT es un ejemplo de un sistema automatizado de ese tipo.

Los procedimientos convencionales inmunológicos e inmunoensayos se pueden encontrar en Basic and Clinical Immunology (Stites & Terr compiladores, 7a ed. 1991). Además, los inmunoensayos se pueden realizar en cualquiera de varias configuraciones, que se revisan ampliamente en Enzyme Immunoassay (Maggio, compilador, 1980); y Harlow & Lane, supra. Para una revisión de los inmunoensayos generales, véase también Methods in Cell Biology: Antibodies in Cell Biology, volumen 37 (Asai, compilador 1993); Basic and Clinical Immunology (Stites & Ten, compiladores, 7a ed. 1991).

Los ensayos comúnmente utilizados para detectar el nivel de proteína de un biomarcador, incluyen ensayos no competitivos, por ejemplo, ensayos de tipo sándwich y ensayos competitivos. Normalmente, se puede utilizar un ensayo tal como un ensayo ELISA. Los ensayos ELISA son conocidos en la técnica, por ejemplo, para analizar una amplia variedad de tejidos y muestras, que incluyen sangre, plasma, suero o médula ósea.

Se encuentra disponible una amplia gama de técnicas de inmunoensayo que utilizan un formato de ensayo de este tipo, véanse, por ejemplo, los documentos de patente de EE.UU. n° 4.016.043, 4.424.279 y 4.018.653. Estos incluyen ensayos de un solo sitio y de dos sitios o de tipo "sándwich" de los tipos no competitivos, así como en los ensayos de unión competitiva tradicionales. Estos ensayos también incluyen una unión directa de un anticuerpo marcado con un biomarcador diana. Los ensayos de tipo sándwich son ensayos de uso común. Existe una serie de variaciones de la técnica de ensayo de tipo sándwich. Por ejemplo, en un ensayo directo típico, un anticuerpo sin marcar se inmoviliza sobre un sustrato sólido y la muestra que se va a analizar se pone en contacto con la molécula unida. Después de un período de incubación adecuado, durante un período de tiempo suficiente para permitir la formación de un complejo anticuerpo-antígeno, se añade y se incuba un segundo anticuerpo específico del antígeno, marcado con una molécula informadora capaz de producir una señal detectable, dejando pasar un tiempo suficiente para la formación de otro complejo de anticuerpo-antígeno y anticuerpo marcado. Cualquier material que no haya reaccionado se elimina por lavado y la presencia del antígeno se determina mediante la observación de una señal producida por la molécula informadora. Los resultados pueden ser cualitativos, mediante una simple observación de la señal visible, o se pueden cuantificar comparándolos con una muestra de control que contiene cantidades conocidas de biomarcador.

Las variaciones en el ensayo directo incluyen un ensayo simultáneo, en el que tanto la muestra como el anticuerpo marcado se añaden simultáneamente al anticuerpo unido. Estas técnicas son bien conocidas por los expertos en la técnica, incluyendo variaciones menores que serán evidentes. En un ensayo de tipo sándwich directo típico, un primer anticuerpo que tiene especificidad hacia el biomarcador se une de forma covalente o pasiva a una superficie sólida. La superficie sólida puede ser vidrio o un polímero, siendo los polímeros más comúnmente usados celulosa, poliacrilamida, nailon, poliestireno, poli(cloruro de vinilo) o polipropileno. Los soportes sólidos pueden estar en forma de tubos, perlas, discos de microplacas o cualquier otra superficie adecuada para realizar un inmunoensayo. Los procedimientos de unión son bien conocidos en la técnica y generalmente consisten en un entrecruzamiento con unión covalente o adsorción física, el complejo polímero-anticuerpo se lava como preparación para la muestra de la prueba. A continuación, se añade una parte alícuota de la muestra que se va a analizar al complejo en fase sólida y se incuba durante un período de tiempo suficiente (por ejemplo, de 2-40 minutos o durante una noche si es más conveniente) y en condiciones adecuadas (por ejemplo, desde temperatura ambiente a 40°C, tal como entre 25°C y 32°C, inclusive) para permitir la unión de cualquier subunidad presente en el anticuerpo. Después del período de incubación, la fase sólida de la subunidad del anticuerpo se lava y se seca y se incuba con un segundo anticuerpo específico para una porción del biomarcador. El segundo anticuerpo se une a una molécula informadora que se usa para indicar la unión del segundo anticuerpo al marcador molecular.

En algunas realizaciones, se puede usar citometría de flujo (FACS) para detectar el nivel de proteína de un biomarcador. Las proteínas de superficie se pueden detectar utilizando anticuerpos contra biomarcadores específicos. El citómetro de flujo detecta e informa de la intensidad del anticuerpo marcado con fluorocromo, lo que indica el nivel de expresión del biomarcador. También se pueden observar proteínas citoplasmáticas no fluorescentes mediante una tinción de células permeabilizadas. La tinción puede ser a base de un compuesto de fluorescencia capaz de unirse a ciertas moléculas o de un anticuerpo marcado con fluorocromo para unirse a la molécula seleccionada.

Un método alternativo implica inmovilizar los biomarcadores diana en la muestra y luego exponer la diana inmovilizada a un anticuerpo específico, que puede estar marcado o no con una molécula informadora. Dependiendo de la cantidad de diana y de la intensidad de la señal de la molécula informadora, una diana unida se puede detectar marcando directamente con el anticuerpo. Alternativamente, un segundo anticuerpo marcado, específico del primer anticuerpo, se expone al complejo de diana-primer anticuerpo para formar un complejo terciario de diana-primer anticuerposegundo anticuerpo. El complejo es detectado por la señal emitida por una molécula informadora marcada.

En el caso de un inmunoensayo enzimático, se conjuga una enzima con el segundo anticuerpo, generalmente mediante glutaraldehído o peryodato. Sin embargo, como se reconocerá fácilmente, existe una amplia variedad de técnicas de conjugación diferentes, que están fácilmente disponibles para el experto en la materia. Las enzimas comúnmente utilizadas incluyen peroxidasa de rábano picante, glucosa oxidasa, beta-galactosidasa y fosfatasa alcalina, y otras se describen en el presente documento. Los sustratos que se van a utilizar con las enzimas específicas se eligen generalmente para la producción, después de la hidrólisis con la enzima correspondiente, de un cambio de color detectable. Ejemplos de enzimas adecuadas incluyen fosfatasa alcalina y peroxidasa. También es posible emplear sustratos fluorogénicos, que producen un producto fluorescente en lugar de los sustratos cromogénicos indicados anteriormente. En todos los casos, el anticuerpo marcado con enzima se añade al complejo de primer anticuerpo-marcador molecular, se deja que se una y luego se lava el exceso de reactivo. A continuación se añade una solución que contiene el sustrato apropiado al complejo de anticuerpo-antígeno-anticuerpo. El sustrato reaccionará con la enzima ligada al segundo anticuerpo, proporcionando una señal visual cualitativa, que se puede cuantificar adicionalmente, generalmente de forma espectrofotométrica, para proporcionar una indicación de la cantidad de biomarcador que estaba presente en la muestra. Alternativamente, los compuestos fluorescentes, tales como la fluoresceína y la rodamina, se pueden acoplar químicamente a los anticuerpos sin alterar su capacidad de unión. Cuando se activa mediante iluminación con luz de una longitud de onda particular, el anticuerpo marcado con fluorocromo adsorbe la energía luminosa, induciendo un estado de excitabilidad en la molécula, seguido por una emisión de luz en un color característico detectable visualmente con un microscopio óptico. Como en el EIA, se permite que el anticuerpo marcado con fluorescencia se una al complejo de primer anticuerpo-marcador molecular. Después de eliminar por lavado el reactivo no unido, el complejo terciario restante se expone a luz con una longitud de onda apropiada, la fluorescencia observada indica la presencia del marcador molecular de interés. Las técnicas de inmunofluorescencia y EIA están ambas muy bien establecidas en la técnica y se describen en el presente documento.

En algunas realizaciones, los métodos proporcionados en el presente documento incluyen determinar los niveles de proteína de dos o más de estos biomarcadores. En algunas realizaciones, los métodos incluyen determinar los niveles de proteína de tres o más de estos biomarcadores. En algunas realizaciones, los métodos incluyen determinar los niveles de proteína de cuatro o más de estos biomarcadores. En algunas realizaciones, los métodos incluyen determinar los niveles de proteína de cinco de estos biomarcadores.

3.4. Niveles de referencia y relaciones de referencia

En algunas realizaciones, el nivel de expresión de referencia de un biomarcador o la relación de referencia entre los niveles de expresión de dos biomarcadores, se puede determinar basándose en un análisis estadístico de los datos de ensayos clínicos previos, incluyendo el resultado de un grupo de pacientes, es decir, la capacidad de respuesta de los pacientes frente a un tratamiento con FTI, así como los niveles de expresión del biomarcador o la relación de los niveles de expresión entre los biomarcadores del grupo de pacientes. Se conocen bien en la técnica diversos métodos estadísticos para determinar el nivel de referencia (o el denominado "valor de corte") de uno o varios biomarcadores, cuando se utilizan para predecir la capacidad de respuesta de un paciente frente a un tratamiento particular, o para estratificar los pacientes para un tratamiento en particular.

Un método de la invención incluye analizar los perfiles de expresión génica para biomarcadores identificados en el presente documento que distinguen a un respondedor de no respondedor, para determinar el nivel de expresión de referencia para uno o varios biomarcadores. Las comparaciones entre respondedores y no respondedores se pueden realizar utilizando la prueba U de Mann-Whitney, la prueba de chi-cuadrado o la prueba exacta de Fisher. Se pueden realizar análisis de estadísticas descriptivas y comparaciones utilizando el programa informático SigmaStat (Systat Software, Inc., San José, CA, EE.UU.).

En algunas realizaciones, se puede adoptar un análisis de árbol de clasificación y regresión (CART) para determinar el nivel de referencia. El análisis CART se basa en un algoritmo binario de partición recursiva y permite el descubrimiento de interacciones complejas de variables predictoras que pueden no ser evidentes con métodos más tradicionales, tales como la regresión lineal múltiple. Una partición recursiva binaria se refiere al análisis que es: 1) binario, que significa que había dos posibles variables como resultado, a saber, "respondedores" y "no respondedores", con el efecto de dividir los pacientes en 2 grupos; 2) recursivo, que significa que el análisis se puede realizar varias veces; y 3) particionado, que significa que todo el conjunto de datos se puede dividir en secciones. Este análisis también tiene la capacidad de eliminar variables predictoras con bajo rendimiento. El árbol de clasificación se puede construir usando Salford Predictive Modeler v6.6 (Salford Systems, San Diego, CA, EE.UU.).

Los artículos de esta descripción son representaciones de los perfiles de expresión génica útiles para predecir la capacidad de respuesta de un paciente con cáncer frente a un tratamiento con FTI, que se reducen a un medio que se puede leer automáticamente, tal como los medios legibles por ordenador (magnéticos, ópticos y similares). Los artículos también pueden incluir instrucciones para evaluar los perfiles de expresión génica en esos medios. Por ejemplo, los artículos pueden comprender un CD-ROM con instrucciones informáticas para comparar los perfiles de expresión génica de los biomarcadores descritos anteriormente. Los artículos también pueden tener perfiles de expresión génica registrados digitalmente en ellos, para que se puedan comparar con los datos de expresión génica de muestras de pacientes. Alternativamente, los perfiles se pueden registrar en diferentes formatos de representación. Los algoritmos de agrupamiento tales como los incorporados en los programas informáticos "OMNIVIZ" y "TREE VIEW" mencionados anteriormente, pueden ayudar mejor en la visualización de tales datos.

Un análisis de la característica del operador del receptor (ROC) se puede utilizar para determinar el nivel de expresión de referencia, o la relación de expresión de referencia, o analizar el valor predictivo global de genes individuales y/o clasificadores multigénicos. Se puede encontrar una revisión del análisis ROC en Soreide, J Clin Pathol 10.1136 (2008).

El nivel de referencia se puede determinar a partir de la curva ROC del conjunto de instrucción para garantizar una alta sensibilidad y una alta especificidad. Para determinar cuántos biomarcadores se necesitan para incluirlos en el predictor, se puede utilizar la validación cruzada excluyendo uno (LOOCV). Se registran las puntuaciones de respuestas para las muestras "excluidas" basadas en diferentes números de genes. Los rendimientos de los predictores con diferentes números de genes se pueden evaluar en función de la tasa de error de una clasificación errónea, la sensibilidad, la especificidad, los valores de p que miden la separación de las curvas de Kaplan-Meier de los dos grupos previstos.

El algoritmo Top Scoring Pair (TSP) introducido por primera vez por Geman et al. (2004) se puede utilizar. En esencia, el algoritmo clasifica todas las parejas de genes (genes i y j) basándose en la diferencia absoluta (Dij) de la frecuencia del evento en donde el gen i tiene un valor de expresión más alto que el gen j en muestras entre la clase C1 a C2. En los casos en que existen múltiples parejas con puntuaciones máximas (todas comparten la misma Dij), se selecciona la pareja superior mediante una puntuación de intervalo secundario que mide la magnitud a la que se producen las inversiones de los niveles de expresión génica de una clase a otra dentro de una pareja de genes. La pareja superior con la frecuencia más alta de Dij absoluta >2 veces en todas las muestras, se seleccionará como pareja candidata. A continuación, la pareja de candidatos se puede evaluar en un conjunto de datos de prueba independientes. La validación cruzada excluyendo uno (LOOCV) se puede llevar a cabo en el conjunto de datos de instrucción para evaluar cómo funciona el algoritmo. El rendimiento de los predictores se puede evaluar en función de la tasa máxima de error de una clasificación errónea. Todos los análisis estadísticos se pueden realizar utilizando R (R Development Core Team, 2006).

Se puede encontrar una revisión de los métodos y herramientas estadísticas útiles para determinar un nivel de referencia en James Westgard, Ph.D., Basic Methods Validation, 3a edición (2008). Se hacen referencias específicas al Capítulo 9 ("How is reportable range of a method determined") y al Capítulo 15 ("How is a reference interval verified").

El intervalo clínicamente informativo (CRR) es el intervalo de valores de analitos que un método puede medir, lo que permite la dilución de la muestra, la concentración u otro tratamiento previo utilizado para extender el intervalo de medición analítica directa. Tal y como se indica en la Validación de Métodos Básicos por el Dr. Westgard, el experimento que se realiza a menudo se denomina "experimento de linealidad", aunque técnicamente no existe el requisito de que un método proporcione una respuesta lineal a menos que se utilice una calibración de dos puntos. Este intervalo también se puede denominar "intervalo lineal", "intervalo analítico" o "intervalo de trabajo" para un método.

El intervalo notificable se evalúa mediante una inspección del gráfico de linealidad. Esa inspección puede implicar trazar manualmente la mejor línea recta a través de la porción lineal de los puntos, dibujar una línea punto a punto a través de todos los puntos y luego comparar con la mejor línea recta, o ajustar una línea de regresión a través de los puntos en el intervalo lineal. Existen cálculos estadísticos más complicados que se recomiendan en algunas directrices, como el protocolo EP-6 del Instituto de Estándares de Laboratorio Clínico (CLSI) para evaluar la linealidad de métodos analíticos. Pero comúnmente se acepta que el intervalo notificable se puede determinar adecuadamente a partir de una evaluación "visual", es decir, dibujando manualmente la mejor línea recta que se ajuste a los puntos más bajos de la serie. El Instituto de Estándares de Laboratorio Clínico (CLSI) recomienda un mínimo de al menos 4 niveles de concentración, preferiblemente 5 diferentes. Se pueden usar más de 5, especialmente si se debe maximizar el límite superior del intervalo notificable, pero 5 niveles son convenientes y casi siempre suficientes.

Un intervalo de referencia se establece típicamente analizando muestras que se obtienen a partir de individuos que cumplen con criterios cuidadosamente definidos (grupo de muestra de referencia). Protocolos como los del Panel de Expertos de la Federación Internacional de Química Clínica (IFCC) sobre la Teoría de los Valores de Referencia y el CLSI definen procedimientos sistemáticos integrales que utilizan grupos de muestras de referencia cuidadosamente seleccionados para establecer intervalos de referencia. Esos protocolos generalmente requieren un mínimo de 120 individuos de referencia para cada grupo (o subgrupo) que se debe caracterizar.

La directriz aprobada por el CLSI, C28-A2, describe diferentes formas en las que un laboratorio puede validar la transferencia de los intervalos de referencia establecidos al laboratorio individual, que incluyen: 1. Juicio divino, en el que el laboratorio simplemente revisa la información presentada y verifica subjetivamente que los intervalos de referencia son aplicables a la población de pacientes y los métodos de prueba del laboratorio adoptante; 2. Verificación con 20 muestras, en donde la validación experimental se realiza mediante una recogida y análisis de muestras de 20 individuos que representan la población de la muestra de referencia; 3. Estimación con 60 muestras, en la que se realiza una validación experimental mediante la recogida y el análisis de muestras de 60 individuos que representan la población de la muestra de referencia, y el intervalo de referencia real se estima y se compara con el intervalo declarado o informado, utilizando una fórmula estadística que compara las medias y las desviaciones estándar de las dos poblaciones; y 4. Cálculo a partir del método comparativo, en el que se puede ajustar o corregir los intervalos de referencia declarados o indicados basándose en el sesgo metodológico observado y la relación matemática demostrada entre los métodos analíticos utilizados.

Una persona con experiencia normal en la técnica entenderá que el nivel de expresión de referencia de los biomarcadores descritos en el presente documento, así como las relaciones de referencia entre dos biomarcadores, se pueden determinar mediante uno o varios métodos tal y como se proporcionan en el presente documento u otros métodos conocidos en la técnica.

5. HRAS mutante como biomarcador para el tratamiento con FTI

5.1. Estado de la mutación de HRAS

La proteína HRAS participa en la regulación de la división celular como respuesta a una estimulación del factor de crecimiento. Los factores de crecimiento actúan uniéndose a los receptores de la superficie celular que atraviesan la membrana plasmática de la célula. Una vez activados, los receptores estimulan eventos de transducción de señales en el citoplasma, un proceso mediante el cual las proteínas y los segundos mensajeros transmiten señales desde el exterior de la célula al núcleo celular y dan instrucciones a la célula para crecer o dividirse. HRAS se localiza en la membrana plasmática y es un participante temprano en muchas vías de transducción de señales. HRAS actúa como un interruptor de encendido/apagado molecular: una vez que se enciende, recluta y activa las proteínas necesarias para la propagación de la señal del receptor. En ciertos tumores, las mutaciones en HRAS o sus efectores aguas arriba, hacen que esté permanentemente encendida, lo que da lugar a una activación persistente de las señales de crecimiento y proliferación aguas abajo, las cuales dirigen el crecimiento de las células tumorales. Los FTIs funcionan para prevenir el crecimiento aberrante y la proliferación de células que dependen de estas vías de señalización, mediante una inhibición de la farnesilación de proteínas y la posterior localización en la membrana de HRAS, desactivando de este modo a HRAS.

Los FTIs, tales como tipifarnib, evitan la farnesilación de proteínas, un tipo de modificación de las proteínas conocida como prenilación, que junto con otras modificaciones de proteínas, permite la localización en la membrana de HRAS en donde puede recibir y transmitir señales extracelulares implicadas en el inicio y el desarrollo del cáncer. Los FTIs tales como tipifarnib pueden bloquear la farnesilación de HRAS y la posterior localización en la membrana, e inhibir la transformación celular oncogénica impulsada por HRAS in vitro e in vivo. Si bien K-ras y N-ras utilizan de manera similar la farnesilación de proteínas, también pueden utilizar una vía de prenilación relacionada que también conduce a la localización en la membrana. Mientras que la localización en la membrana de HRAS depende únicamente de la farnesilación de proteínas.

Los cánceres de cabeza y cuello y los cánceres de pulmón que se van a tratar mediante los métodos proporcionados en el presente documento, tienen mutaciones de HRAS. Los métodos proporcionados en el presente documento o conocidos de otro modo en la técnica se pueden usar para determinar el estado de mutación de un gen HRAS. En algunas realizaciones, el estado de mutación de un gen HRAS se puede determinar mediante un ensayo basado en NGS. En algunas realizaciones, el estado de mutación de un gen HRAS se puede determinar mediante un ensayo cualitativo basado en PCR. Un ensayo cualitativo basado en PCR puede ser técnicamente similar a los ensayos basados en PCR ya desarrollados y aprobados por la FDA para K-ras. En algunas realizaciones, el estado de mutación de un gen HRAS se puede determinar en forma de un diagnóstico complementario al tratamiento con FTI, tal como el tratamiento con tipifarnib. El diagnóstico complementario se puede realizar en el lugar de la clínica en donde el paciente recibe el tratamiento con tipifarnib, o en otro lugar.

En el presente documento se proporcionan métodos para tratar el carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (SCCHN) refractario al inhibidor de EGFR, en donde el SCCHN tiene una mutación de HRAS, que comprenden administrar al sujeto un inhibidor de la farnesiltransferasa (FTI). En determinadas realizaciones, dicha mutación de HRAS comprende una sustitución de aminoácidos en un codón seleccionado a partir de un grupo que consiste en G12, G13, Q61, Q22, K117, A146 y cualquier combinación de los mismos. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN no tiene una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN tiene K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es negativo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es positivo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN se encuentra en un estadio avanzado o metastásico. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es un SCCHN recidivante. En realizaciones específicas, el SCCHN es SCCHN de la tráquea. En realizaciones específicas, el SCCHN es SCCHN del maxilar. En realizaciones específicas, el SCCHN es SCCHN de la cavidad oral. De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En ciertos aspectos de la descripción, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib. En determinadas realizaciones, dicho FTI se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, taxano o una combinación de los mismos.

En el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCCHN en un sujeto con un FTI o para seleccionar pacientes con SCCHN para un tratamiento con FTI, basándose en la presencia de una mutación de HRAS, en donde el SCCHN es refractario al tratamiento con un inhibidor de EGFR. En algunas realizaciones, el SCCHN es negativo para el VPH. En algunas realizaciones, dicho SCCHN es positivo para el VPH. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que el SCCHN es refractario frente al tratamiento con un inhibidor de EGFR, (b) determinar que el paciente con SCCHN tiene una mutación de HRAS y, posteriormente, (c) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al paciente. En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello resistente al inhibidor de EGFR en un sujeto con un FTI. De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En ciertos aspectos de la descripción, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. En determinadas realizaciones, dicho tipifarnib se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En algunos aspectos de la descripción, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCCHN en un sujeto con un FTI o para seleccionar pacientes con SCCHN para un tratamiento con FTI basándose en la presencia de una mutación de HRAS, en donde el paciente nunca ha sido tratado con un inhibidor de EGFR. En algunos aspectos, el SCCHN es negativo para el VPH. En algunos aspectos, dicho SCCHN es positivo para el VPH. En algunos aspectos, los métodos incluyen (a) determinar que el paciente nunca ha sido tratado con un inhibidor de EGFR, (b) determinar que el paciente con SCCHN tiene una mutación de HRAS y, posteriormente, (c) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al paciente y no administrar un inhibidor de EGFR. En algunas realizaciones, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. En determinadas realizaciones, dicho tipifarnib se administra en combinación con una quimioterapia. En ciertos aspectos, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En el presente documento se proporcionan métodos para tratar un carcinoma de células escamosas de pulmón (SCC de pulmón) refractario al inhibidor de EGFR, en donde el SCC de pulmón tiene una mutación de HRAS, que comprende administrar al sujeto un inhibidor de la farnesiltransferasa (FTI). En determinadas realizaciones, dicha mutación de HRAS comprende una sustitución de aminoácidos en un codón seleccionado a partir de un grupo que consiste en G12, G13, Q61, Q22, K117, A146 y cualquier combinación de los mismos. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón no tiene una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón tiene K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es negativo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es positivo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón se encuentra en un estadio avanzado o metastásico. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es SCC de pulmón recidivante. De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En ciertos aspectos de la descripción, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib. En determinadas realizaciones, dicho FTI se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCC de pulmón en un sujeto con un FTI o para seleccionar pacientes con SCC de pulmón para un tratamiento con FTI, basándose en la presencia de una mutación de HRAS, en donde el SCC de pulmón es refractario a un tratamiento con un inhibidor de EGFR. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón es negativo para el VPH. En algunas realizaciones, dicho SCC de pulmón es positivo para el VPH. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que el SCC de pulmón es refractario al tratamiento con un inhibidor de EGFR, (b) determinar que el paciente con SCC de pulmón tiene una mutación de HRAS y, posteriormente, (c) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al paciente. En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un carcinoma de células escamosas de pulmón resistente al inhibidor de EGFR en un sujeto, con un FTI. De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En ciertos aspectos de la descripción, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. En determinadas realizaciones, dicho tipifarnib se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En algunos aspectos de la descripción, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCC de pulmón en un sujeto con un FTI o para seleccionar pacientes con SCC de pulmón para un tratamiento con FTI, basándose en la presencia de una mutación de HRAS, en donde el paciente nunca ha sido tratado con un inhibidor de EGFR. En algunos aspectos, el SCC de pulmón es negativo para el VPH. En algunos aspectos, dicho SCC de pulmón es positivo para el VPH. En algunos aspectos, los métodos incluyen (a) determinar que el paciente nunca ha sido tratado con un inhibidor de EGFR, (b) determinar que el paciente con SCC de pulmón tiene una mutación de HRAS y, posteriormente, (c) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al paciente y no administrar un inhibidor de EGFR. En algunas realizaciones, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. En determinadas realizaciones, dicho tipifarnib se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En algunas realizaciones, la mutación de HRAS es una mutación en un codón seleccionado a partir del grupo que consiste en G12, G13, Q61, Q22, K117 y A146. En algunas realizaciones, la mutación de HRAS puede ser una mutación seleccionada a partir del grupo que consiste en las sustituciones de aminoácidos de G12R, G12V, G13C, G13R, Q61L, Q61R, Q22K, K117N y A146P. En algunas realizaciones, la mutación puede ser una mutación en otro codón que da como resultado la activación de la proteína HRAS.

En algunas realizaciones, los métodos proporcionados en el presente documento incluyen además (a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de K-Ras y una mutación de N-Ras en una muestra del sujeto, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un FTI al sujeto si la muestra no tiene la mutación de K-Ras o la mutación de N-Ras. En algunas realizaciones, el método incluye administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un FTI al sujeto si la muestra tiene K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre. En determinadas realizaciones, dicho FTI se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En algunas realizaciones, la mutación de K-Ras es una mutación de KA-Ras. En algunas realizaciones, la mutación de K-Ras es una mutación de KB-Ras. En algunas realizaciones, la mutación de K-Ras es una combinación de la mutación de KA-Ras y la mutación de KB-Ras. La mutación de K-Ras puede incluir una mutación en un codón seleccionado a partir del grupo formado por G12, G13 y Q61 de KA-Ras, KB-Ras, o ambos. En algunas realizaciones, la mutación de KA-Ras de Ras puede incluir una mutación seleccionada a partir del grupo que consiste en las sustituciones de aminoácidos G12C, G12D, G12A, G12V, G12S, G12F, G12R, G12N, G13C, G13D, G13R, G13S, G13N, Q61K, Q61H, Q61L, Q61P, Q61R y A146V. En algunas realizaciones, la mutación de KB-Ras puede incluir una mutación seleccionada a partir del grupo que consiste en las sustituciones de aminoácidos G12C, G12D, G12A, G12V, G12S, G12F, G12R, G12N, G13C, G13D, G13R, G13S, G13N, Q61K, Q61H, Q61L, Q61P, Q61R y A146V.

En algunas realizaciones, la mutación de N-Ras puede incluir al menos una mutación en un codón seleccionado a partir del grupo que consiste en G12, G13, G15, G60 y Q61. En algunas realizaciones, la mutación de N-Ras puede incluir al menos una mutación en un codón seleccionado a partir del grupo que consiste en G12, G13 y Q61. En algunas realizaciones, la mutación de N-Ras puede incluir al menos una mutación seleccionada a partir del grupo que consiste en las sustituciones de aminoácidos de G12C, G12D, G12F, G12S, G12A, G12V, G12R, G13C, G13R, G13a , G13D, G13V, G15W, G60E, Q61 P, Q61L, Q61 R, Q61K, Q61H y Q61 E.

En algunas realizaciones, se determina que la muestra no tiene una sustitución de aminoácidos en G12, G13 y Q61 de K-Ras, y tampoco tiene sustitución de aminoácidos en G12, G13 y Q61 de N-Ras. En algunas realizaciones, se determina que la muestra no tiene ninguna mutación de K-Ras o ninguna mutación de N-Ras. En algunas realizaciones, se determina que la muestra tiene K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre.

En algunas realizaciones, el método proporcionado en el presente documento incluye (a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS, una mutación de K-Ras y una mutación de N-Ras en una muestra del sujeto, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un FTI al sujeto si se determina que la muestra tiene una mutación de HRAS, pero no una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras. La muestra puede ser una muestra de tumor. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que el paciente con SCCHN tiene una mutación de HRAS y K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un FTI al sujeto. En algunas realizaciones, el FTI es tipifarnib. En determinadas realizaciones, dicho FTI se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCCHN en un sujeto con un FTI y métodos para seleccionar pacientes con cáncer para un tratamiento con FTI basándose en la presencia de una mutación de HRAS. En el presente documento también se proporcionan métodos para tratar una afección premaligna de cabeza y cuello en un sujeto con un FTI, y métodos para seleccionar pacientes con una afección premaligna de cabeza y cuello para un tratamiento con FTI basándose en el estado de una mutación de HRAS.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCCHN en un sujeto con un FTI o para seleccionar pacientes con SCCHN para un tratamiento con FTI basándose en la presencia de una mutación de HRAS. El cáncer puede estar relacionado con el virus del papiloma humano (VPH+ o positivo para el VPH) o no estar relacionado con el VPH (VPH- o negativo para el VPH).

En el presente documento se proporcionan métodos para predecir la capacidad de respuesta del paciente con SCCHN a un tratamiento con FTI, métodos para la selección de una población de pacientes con SCCHN para un tratamiento con FTI y métodos para tratar un SCCHN en un sujeto con una cantidad terapéuticamente eficaz de un FTI, basándose en la presencia de una mutación de HRAS en una muestra del paciente. El estado de mutación de HRAS se puede detectar a nivel de ácido nucleico o de proteína. En algunas realizaciones, el estado de mutación de HRAS se determina analizando los ácidos nucleicos obtenidos de la muestra. En algunas realizaciones, el estado de mutación de HRAS se determina analizando la proteína obtenida de la muestra.

En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que el paciente con SCC de pulmón tiene una mutación de HRAS y K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un FTI al sujeto. En algunas realizaciones, el FTI es tipifarnib. En determinadas realizaciones, dicho FTI se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCC de pulmón en un sujeto con un FTI y métodos para seleccionar pacientes con cáncer para un tratamiento con FTI basándose en la presencia de una mutación de HRAS. En el presente documento también se proporcionan métodos para tratar una afección pulmonar premaligna en un sujeto con un FTI, y métodos para seleccionar pacientes con una afección pulmonar premaligna para un tratamiento con FTI basándose en el estado de mutación de HRAS.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCC de pulmón en un sujeto con un FTI o para seleccionar pacientes con SCC de pulmón para un tratamiento con FTI basándose en la presencia de una mutación de HRAS. El cáncer puede estar relacionado con el virus del papiloma humano (VPH+ o positivo para el VPH) o no estar relacionado con el VPH (VPH- o negativo para el VPH).

En el presente documento se proporcionan métodos para predecir la capacidad de respuesta de un paciente con SCC pulmonar frente a un tratamiento con FTI, métodos para la selección de una población de pacientes con SCC pulmonar para un tratamiento con FTI y métodos para tratar un SCC pulmonar en un sujeto con una cantidad terapéuticamente eficaz de un FTI, basándose en la presencia de una mutación de HRAS en una muestra del paciente. El estado de mutación de HRAS se puede detectar a nivel de ácido nucleico o de proteína. En algunas realizaciones, el estado de mutación de HRAS se determina analizando los ácidos nucleicos obtenidos de la muestra. En algunas realizaciones, el estado de mutación de HRAS se determina analizando una proteína obtenida de la muestra.

En algunas realizaciones, el estado de mutación de HRAS se determina analizando los ácidos nucleicos obtenidos de la muestra. Los ácidos nucleicos pueden ser moléculas de ARNm o de ADN genómico del sujeto de la prueba. Los métodos para determinar el estado de una mutación de Ras mediante el análisis de ácidos nucleicos, son bien conocidos en la técnica. En algunas realizaciones, los métodos incluyen una secuenciación, reacción en cadena de la polimerasa (PCR), micromatriz de ADN, espectrometría de masas (MS), ensayo de polimorfismo de nucleótido único (SNP), cromatografía líquida de alto rendimiento desnaturalizante (DHPLC) o ensayo del polimorfismo de la longitud de fragmentos de restricción (RFLP). En algunas realizaciones, el estado de la mutación de Ras se determina usando métodos de secuenciación convencionales, que incluyen, por ejemplo, secuenciación de Sanger, secuenciación de próxima generación (NGS). En algunas realizaciones, el estado de la mutación de Ras se determina usando MS.

En algunas realizaciones, el estado de mutación de HRAS se determina analizando una proteína obtenida de la muestra. La proteína H de Ras mutada se puede detectar mediante una variedad de enfoques de inmunohistoquímica (IHC), ensayo de inmunotransferencia, ensayo de inmunoabsorción ligado a enzimas (ELISA) u otros métodos de inmunoensayos conocidos en la técnica.

Tal y como entenderá un experto en la técnica, cualquier método descrito en el presente documento o conocido de otro modo en la técnica, para analizar una mutación de Ras, se puede usar para determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS.

5.2. Muestras

En algunas realizaciones, los métodos proporcionados en el presente documento incluyen obtener una muestra a partir del sujeto. En algunas realizaciones, la muestra es una muestra de tumor. En algunas realizaciones, la muestra utilizada en los presentes métodos incluye una biopsia (una biopsia de tumor). La biopsia puede proceder de cualquier órgano o tejido, por ejemplo, piel, hígado, pulmón, corazón, colon, riñón, médula ósea, dientes, ganglios linfáticos, cabello, bazo, cerebro, mama u otros órganos. Se puede utilizar cualquier técnica para biopsias, conocida por los expertos en la técnica para aislar una muestra de un sujeto, por ejemplo, biopsia abierta, biopsia cerrada, biopsia central, biopsia incisional, biopsia por escisión o biopsia por aspiración con aguja fina.

La muestra utilizada en los métodos proporcionados en el presente documento incluye fluidos corporales de un sujeto. Ejemplos no limitantes de fluidos corporales incluyen sangre (p. ej., sangre completa periférica, sangre periférica), plasma sanguíneo, médula ósea, líquido amniótico, humor acuoso, bilis, linfa, menstruación, suero, orina, líquido cefalorraquídeo que rodea el cerebro y la médula espinal, líquido sinovial que rodea las articulaciones óseas.

En una realización, la muestra es una muestra de médula ósea. Los procedimientos para obtener una muestra de médula ósea son bien conocidos en la técnica, incluyendo, pero que no se limitan a, biopsia de médula ósea y aspiración de médula ósea. La médula ósea tiene una porción fluida y una porción más sólida. En una biopsia de médula ósea, se toma una muestra de la porción sólida. En una aspiración de médula ósea, se toma una muestra de la porción de líquido. La biopsia de médula ósea y la aspiración de médula ósea se pueden realizar al mismo tiempo y se denominan examen de médula ósea.

En algunas realizaciones, la muestra es una muestra de sangre. La muestra de sangre se puede obtener utilizando técnicas convencionales, tal y como se describen, p. ej., en Innis et al., compiladores, PCR Protocols (Academic Press, 1990). Los glóbulos blancos se pueden separar de las muestras de sangre utilizando técnicas convencionales o kits disponibles comercialmente, p. ej., el kit RosetteSep (Stein Cell Technologies, Vancouver, Canadá). Subpoblaciones de glóbulos blancos, p. ej., células mononucleares, células NK, linfocitos B, linfocitos T, monocitos, granulocitos o linfocitos se pueden aislar adicionalmente utilizando técnicas convencionales, p. ej., una clasificación de células activadas magnéticamente (MACS) (Miltenyi Biotec, Auburn, California) o una clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS) (Becton Dickinson, San José, California).

En determinadas realizaciones, la muestra utilizada en los métodos proporcionados en el presente documento incluye una pluralidad de células. Tales células pueden incluir cualquier tipo de células, p. ej., células madre, células sanguíneas (p. ej., PBMC), linfocitos, células NK, linfocitos B, linfocitos T, monocitos, granulocitos, células inmunes o células tumorales o cancerosas. Se pueden obtener poblaciones de células específicas utilizando una combinación de anticuerpos disponibles comercialmente (p. ej., Quest Diagnostic (San Juan Capistrano, Calif.); Dako (Dinamarca)).

En ciertas realizaciones, la muestra utilizada en los métodos proporcionados en el presente documento procede de un tejido enfermo, p. ej., de un individuo que tiene SCCHN. En algunas realizaciones, las células se pueden obtener a partir del tumor o de células cancerosas o de un tejido tumoral, tal como una biopsia de tumor o explantes tumorales. En ciertas realizaciones, el número de células utilizadas en los métodos proporcionados en el presente documento puede variar desde una única célula hasta aproximadamente 109 células. En algunas realizaciones, el número de células utilizadas en los métodos proporcionados en el presente documento es de aproximadamente 1 x 104, 5 x 104, 1 x 105, 5 x 105, 1 x 106, 5 x 106, 1 x 107, 5 x 107, 1 x 108 o 5 x 108.

El número y el tipo de células recogidas de un sujeto se puede controlar, por ejemplo, midiendo los cambios en la morfología y los marcadores de la superficie celular usando técnicas convencionales de detección celular, tales como citometría de flujo, clasificación celular, inmunocitoquímica (p. ej., tinción con anticuerpos específicos de tejido o marcadores celulares específicos), clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS), clasificación de células activadas magnéticamente (MACS), mediante un examen de la morfología de las células usando microscopía óptica o confocal, y/o midiendo los cambios en la expresión génica usando técnicas bien conocidas en la técnica, tales como PCR y perfiles de expresión génica. Estas técnicas también se pueden usar para identificar células que son positivas para uno o varios marcadores particulares. La clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS) es un método bien conocido para separar partículas, incluidas las células, en función de las propiedades fluorescentes de las partículas (Kamarch, 1987, Methods Enzymol, 151:150-165.). La excitación con láser de restos fluorescentes en las partículas individuales, da como resultado una pequeña carga eléctrica que permite la separación electromagnética de las partículas positivas y negativas a partir de una mezcla. En una realización, los ligandos o anticuerpos específicos de marcadores de superficie celular se marcan con distintos marcadores fluorescentes. Las células se procesan a través del clasificador de células, lo que permite una separación de las células en función de su capacidad para unirse a los anticuerpos utilizados. Las partículas clasificadas por FACS se pueden depositar directamente en pocillos individuales de placas de 96 o 384 pocillos para facilitar la separación y la clonación.

En determinadas realizaciones, se utilizan subconjuntos de células en los métodos proporcionados en el presente documento. Los métodos para clasificar y aislar poblaciones específicas de células son bien conocidos en la técnica y se pueden basar en el tamaño celular, la morfología o los marcadores intracelulares o extracelulares. Esos métodos incluyen, pero no se limitan a, citometría de flujo, clasificación por flujo, FACS, separación basada en perlas, tal como clasificación de células magnética, separación basada en tamaño (p. ej., un tamiz, una matriz de obstáculos o un filtro), clasificación en un dispositivo de microfluidos, separación basada en anticuerpos, sedimentación, adsorción por afinidad, extracción por afinidad, centrifugación en gradiente de densidad, microdisección por captura láser, etc.

5.3. Cánceres

En el presente documento se proporcionan métodos para tratar un carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (SCCHN) refractario al inhibidor de EGFR, en donde el SCCHN tiene una mutación de HRAS, que comprenden administrar al sujeto un inhibidor de la farnesiltransferasa (FTI). En determinadas realizaciones, dicha mutación de HRAS comprende una sustitución de aminoácidos en un codón seleccionado a partir de un grupo que consiste en G12, G13, Q61, Q22, K117, A146 y cualquier combinación de los mismos. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN no tiene una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN tiene K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es negativo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es positivo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN se encuentra en un estadio avanzado o metastásico. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es un SCCHN recidivante. En realizaciones específicas, el SCCHN es SCCHN de la tráquea. En realizaciones específicas, el SCCHN es SCCHN del maxilar. En realizaciones específicas, el SCCHN es SCCHN de la cavidad oral. De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En ciertos aspectos de la descripción, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib. En determinadas realizaciones, dicho FTI se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCCHN refractario al inhibidor de EGFR en un sujeto que tiene una mutación de HRAS, que comprenden administrar al sujeto un FTI. En determinadas realizaciones, dicha mutación de HRAS comprende una sustitución de aminoácidos en un codón seleccionado a partir de un grupo que consiste en G12, G13, Q61, Q22, K117, A146 y cualquier combinación de los mismos. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN no tiene una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN tiene K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es negativo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es positivo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN se encuentra en un estadio avanzado o metastásico. En determinadas realizaciones, dicho SCCHN es un SCCHN recidivante. En realizaciones específicas, el SCCHN es SCCHN de la tráquea. En realizaciones específicas, el SCCHN es SCCHN del maxilar. En realizaciones específicas, el SCCHN es SCCHN de la cavidad oral. De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En ciertos aspectos de la descripción, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib. En determinadas realizaciones, dicho FTI se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCCHN en un sujeto con un FTI o para seleccionar pacientes con SCCHN para un tratamiento con FTI, basándose en la presencia de una mutación de HRAS. En algunas realizaciones, el SCCHN es negativo para el VPH. En algunas realizaciones, dicho SCCHN es positivo para el VPH. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que un paciente con SCCHN negativo para VPH tiene una mutación de HRAS, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al paciente. En determinadas realizaciones, dicho tipifarnib se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCCHN en un sujeto con un FTI o para seleccionar pacientes con SCCHN para un tratamiento con FTI, basándose en la presencia de una mutación de HRAS y resistencia a un inhibidor de EGFR. En algunas realizaciones, el SCCHN es negativo para el VPH. En algunas realizaciones, dicho SCCHN es positivo para el VPH. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que un paciente con SCCHN negativo para VPH tiene una mutación de HRAS y es resistente a un inhibidor de EGFR, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al paciente. En determinadas realizaciones, dicho tipifarnib se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

El carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (SCCHN) es el 6° cáncer más común en todo el mundo, con aproximadamente 650.000 casos y 200.000 muertes por año en todo el mundo, y aproximadamente 54.000 casos nuevos por año en los EE.UU. También es el cáncer más común en Asia central.

El SCCHN tiene 2 etiologías diferentes y tipos de tumores correspondientes. El primer subtipo está asociado con el tabaquismo y el consumo de alcohol, y no está relacionado con el virus del papiloma humano (VPH- o negativo para el VPH). El segundo subtipo está asociado con una infección con VPH de alto riesgo (VPH+ o positivo para el VPH). El segundo subtipo se limita en gran medida a los cánceres de orofaringe. Los tumores VPH+ son una entidad distinta con mejor pronóstico y pueden requerir tratamientos diferenciales.

Una proporción significativa de SCCHN, en particular los cánceres de orofaringe, están causados por una infección con Vp H. El subtipo 16 de VPH de alto riesgo representa el 85% de todos los tumores VPH+ en SCCHN. P16 se puede utilizar como un marcador sustituto de una infección con VPH en SCCHN, particularmente en la orofaringe. Hay disponibles pruebas de VPH más precisas y se basan en la detección de E6/E7 (Liang C et al. Cancer Res. 2012; 72: 5004-5013).

Los SCCHN VPH+ muestran niveles de expresión de EGFR significativamente más bajos que los SCCHN VPH-. La amplificación de EGFR solo ocurre en SCCHN VPH-. El alto número de copias del gen EGFR y la expresión de proteínas se asocian con un resultado clínico desfavorable en un SCCHN avanzado

Actualmente, la terapia de primera línea para un SCCHN recurrente/metastásico incluye un doblete a base de platino (p. ej., cisplatino/5-FU o carboplatino/paclitaxel), opcionalmente en combinación con una terapia con anticuerpos anti-EGFR (p. ej., Cetuximab, Panitumumab, Afatinib). La terapia de segunda línea incluye taxanos, metotrexato y/o cetuximab. La terapia con anticuerpos anti-EGFR, tales como Cetuximab (una IgG1 quimérica) o Panitumumab, se puede usar como un agente único, con quimioterapia (p. ej., Platino/5-FU, Cisplatino) o con radioterapia. A pesar de los altos niveles de expresión de EGFR en SCCHN, la tasa de respuesta de un agente único para Cetuximab es solo del 13% con una tasa de SD del 33%, y actualmente no hay un biomarcador predictivo disponible.

Los fármacos en desarrollo para SCCHN incluyen aquellos que se dirigen a la ruta de PI3K: BKM120 (buparlisib) cetuximab, BYL719 cetuximab, Temsirolimus cetuximab, Rigosertib cetuximab; los que se dirigen a la ruta de MET: Tivantinib cetuximab, Ficlatuzumab cetuximab; los que se dirigen a la ruta de EGFR/HER3: Afatinib cetuximab ± paclitaxel, Patritumab; los que se dirigen a la ruta de FGFR: BGJ398; los que se dirigen a la ruta de CDK4/6-ciclo celular: Palbociclib, LEE011; inhibidor de RTK: Anlotinib y quimioterapia: Azacitidina oral. Las opciones terapéuticas más recientes para SCCHN incluyen la inmunoterapia, como anticuerpos anti-PD1 o anti-PDL1.

Si bien se han logrado altas tasas de curación para enfermedades localizadas y locorregionales mediante cirugía, radiación, quimiorradiación y quimioterapia de inducción, las tasas de supervivencia para enfermedades recurrentes/metastásicas siguen siendo muy bajas y se necesitan mejores opciones de tratamiento.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCCHN en un sujeto con FTI o para seleccionar pacientes con SCCHN para un tratamiento con FTI basándose en la presencia de una mutación de HRAS, en donde el SCCHN es refractario al tratamiento con un inhibidor de EGFR. En algunas realizaciones, el SCCHN es negativo para el VPH. En algunas realizaciones, dicho SCCHN es positivo para el VPH. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que SCCHN es refractario al tratamiento con un inhibidor de EGFR, (b) determinar que el paciente con SCCHN tiene una mutación de HRAS y, posteriormente, (c) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al paciente. En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un carcinoma de células escamosas resistente al inhibidor de EGFR en un sujeto con un FTI. De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En algunos aspectos de la descripción, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. En algunas realizaciones, el paciente ha sido tratado con un inhibidor de EGFR, lo que ha dado lugar a una enfermedad progresiva. En determinadas realizaciones, dicho tipifarnib se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En algunos aspectos de la descripción, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCCHN en un sujeto con un FTI o para seleccionar pacientes con SCCHN para un tratamiento con FTI basándose en la presencia de una mutación de HRAS, en donde el paciente nunca ha sido tratado con un inhibidor de EGFR. En algunas realizaciones, el SCCHN es negativo para el VPH. En algunas realizaciones, dicho SCCHN es positivo para el VPH. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que el paciente nunca ha sido tratado con un inhibidor de EGFR, (b) determinar que el paciente con SCCHN tiene una mutación de HRAS y, posteriormente, (c) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al paciente y no administrar un inhibidor de EGFR. En algunas realizaciones, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En algunos aspectos de la descripción, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. En determinadas realizaciones, dicho tipifarnib se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

El inhibidor de EGFR al que el SCCHN es refractario, puede ser cualquier inhibidor de EGFR conocido en la técnica. El inhibidor de EGFR puede ser un anticuerpo anti-EGFR o un fragmento del mismo que se une a antígeno, por ejemplo, cetuximab (ERBITUX®; Bristol-Myers Squibb/Lilly), panitumumab (VECTIBIX®; Amgen) o zalutumumab (Genmab). El inhibidor de EGFR también puede ser un inhibidor de molécula pequeña. Ejemplos de inhibidores de EGFR incluyen, sin limitarse a, inhibidores reversibles e irreversibles, tales como erlotinib (TARCEVA®; Genentech/Astellas Oncology), AZD9291 (AstraZeneca), gefitinib (IRESSA®; AstraZeneca), icotinib (BPI-2009H; Beta Pharma), rociletinib (CO-1686, AVL-301; Clovis Oncology), poziotinib (NOV120101, HM781-36B; Hanmi Pharmaceuticals/Spectrum Pharmaceuticals), afatinib (BIBW2292; Boehringer Ingelheim), pelitinib (EKB-569; Wyeth PHarmaceuticals), ASP8273 (Astellas), Luminespib (AUY922; Vernalis/Novartis) y XL647 (Exelixis). De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporciona un método para tratar un SCCHN en un sujeto basándose en la presencia de una mutación de HRAS y resistencia a un inhibidor de EGFR. En algunas realizaciones, el SCCHN puede ser un SCCHN negativo para VPH. En algunas realizaciones, el SCCHN puede ser un SCCHN positivo para VPH. En algunas realizaciones, el SCCHN puede ser un SCCHN recidivante/recurrente. En algunas realizaciones, el SCCHN puede ser un SCCHN metastásico. El método proporcionado en el presente documento incluye (a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS en una muestra del sujeto, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente efectiva de un FTI al sujeto si se determina que la muestra tiene una mutación de HRAS. El método proporcionado en el presente documento incluye (a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS en una muestra del sujeto, (b) determinar la resistencia a un inhibidor de EGFR y, posteriormente, (c) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un FTI al sujeto si se determina que la muestra tiene una mutación de HRAS y es resistente a un inhibidor de EGFR. La muestra puede ser una muestra tumoral. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que un paciente con SCCHN tiene una mutación de HRAS, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un FTI al sujeto. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que un paciente con SCCHN tiene una mutación de HRAS y (b) determinar la resistencia a un inhibidor de EGFR y, posteriormente (c) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un FTI al sujeto. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib. En determinadas realizaciones, dicho FTI se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En el presente documento se proporcionan métodos para tratar un carcinoma de células escamosas de pulmón (SCC de pulmón) refractario al inhibidor de EGFR, en donde el SCC de pulmón tiene una mutación de HRAS, que comprenden administrar al sujeto un inhibidor de la farnesiltransferasa (FTI). En determinadas realizaciones, dicha mutación de HRAS comprende una sustitución de aminoácidos en un codón seleccionado a partir de un grupo que consiste en G12, G13, Q61, Q22, K117, A146 y cualquier combinación de los mismos. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón no tiene una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón tiene K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es negativo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es positivo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón se encuentra en un estadio avanzado o metastásico. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es SCC de pulmón recidivante. De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En ciertos aspectos de la descripción, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib. En determinadas realizaciones, dicho FTI se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCC de pulmón refractario al inhibidor de EGFR en un sujeto que tiene una mutación de HRAS, que comprenden administrar al sujeto un FTI. En determinadas realizaciones, dicha mutación de HRAS comprende una sustitución de aminoácidos en un codón seleccionado a partir de un grupo que consiste en G12, G13, Q61, Q22, K117, A146 y cualquier combinación de los mismos. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón no tiene una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón tiene K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es negativo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es positivo para el VPH. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón se encuentra en un estadio avanzado o metastásico. En determinadas realizaciones, dicho SCC de pulmón es SCC de pulmón recidivante. De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En ciertos aspectos de la descripción, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En ciertos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib. En determinadas realizaciones, dicho FTI se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCC de pulmón en un sujeto con un FTI o para seleccionar pacientes con SCC de pulmón para un tratamiento con FTI basándose en la presencia de una mutación de HRAS. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón es negativo para el VPH. En algunas realizaciones, dicho SCC de pulmón es positivo para el VPH. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que un paciente con SCC de pulmón negativo para el VPH tiene una mutación de HRAS, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al paciente. En determinadas realizaciones, dicho tipifarnib se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCC de pulmón en un sujeto con un FTI o para seleccionar pacientes con SCC de pulmón para un tratamiento con FTI basándose en la presencia de una mutación de HRAS y una resistencia a un inhibidor de EGFR. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón es negativo para el VPH. En algunas realizaciones, dicho SCC de pulmón es positivo para el VPH. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que un paciente con SCC de pulmón negativo para el VPH tiene una mutación de HRAS y es resistente a un inhibidor de EGFR, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al paciente. En determinadas realizaciones, dicho tipifarnib se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCC de pulmón en un sujeto con un FTI o para seleccionar pacientes con SCC de pulmón para un tratamiento con FTI basándose en la presencia de una mutación de HRAS, en donde el SCC de pulmón es refractario al tratamiento con un inhibidor de EGFR. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón es negativo para el VPH. En algunas realizaciones, dicho SCC de pulmón es positivo para el VPH. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que el SCC de pulmón es refractario al tratamiento con un inhibidor de EGFR, (b) determinar que el paciente con SCC de pulmón tiene una mutación de HRAS, y posteriormente (c) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al paciente. En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un carcinoma de células escamosas resistente al inhibidor de EGFR en un sujeto, con un FTI. De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En algunos aspectos de la descripción, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. En algunas realizaciones, el paciente ha sido tratado con un inhibidor de EGFR, lo que ha dado lugar a una enfermedad progresiva.

En determinadas realizaciones, dicho tipifarnib se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

En algunos aspectos de la descripción, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCC de pulmón en un sujeto con un FTI o para seleccionar pacientes con SCC de pulmón para un tratamiento con FTI basándose en la presencia de una mutación de HRAS, en donde el paciente nunca ha sido tratado con un inhibidor de EGFR. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón es negativo para el VPH. En algunas realizaciones, dicho SCC de pulmón es positivo para el VPH. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que el paciente nunca ha sido tratado con un inhibidor de EGFR, (b) determinar que el paciente con SCC de pulmón tiene una mutación de HRAS, y posteriormente (c) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al paciente y no administrar un inhibidor de EGFR. De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es erlotinib. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es gefitinib. En algunos aspectos, el inhibidor de EGFR es panitumumab. En determinadas realizaciones, dicho tipifarnib se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

El inhibidor de EGFR para el que el SCC de pulmón es refractario, puede ser cualquier inhibidor de EGFR conocido en la técnica. El inhibidor de EGFR puede ser un anticuerpo anti-EGFR o un fragmento del mismo que se une a antígeno, por ejemplo, cetuximab (ERBITUX®; Bristol-Myers Squibb/Lilly), panitumumab (VECTIBIX®; Amgen) o zalutumumab (Genmab). El inhibidor de EGFR también puede ser un inhibidor de molécula pequeña. Ejemplos de inhibidores de EGFR incluyen, sin limitarse a, inhibidores reversibles e irreversibles, tales como erlotinib (TARCEVA®;

Genentech/Astellas Oncology), AZD9291 (AstraZeneca), gefitinib (IRESSA®; AstraZeneca), icotinib (BPI-2009H; Beta Pharma), rociletinib (CO-1686, AVL-301; Clovis Oncology), poziotinib (NOV120101, HM781-36B; Hanmi Pharmaceuticals/Spectrum Pharmaceuticals), afatinib (BIBW2292; Boehringer Ingelheim), pelitinib (EKB-569; Wyeth PHarmaceuticals), ASP8273 (Astellas), Luminespib (AUY922; Vernalis/Novartis) y XL647 (Exelixis). De acuerdo con la invención, el inhibidor de EGFR es cetuximab.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporciona un método para tratar un SCC de pulmón en un sujeto basándose en la presencia de una mutación de HRAS y la resistencia a un inhibidor de EGFR. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón puede ser SCC de pulmón negativo para VPH. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón puede ser SCC de pulmón positivo para VPH. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón puede ser SCC de pulmón recidivante/recurrente. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón puede ser SCC de pulmón metastásico.

El método proporcionado en el presente documento incluye (a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS en una muestra del sujeto, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente efectiva de un FTI al sujeto si se determina que la muestra tiene una mutación de HRAS. El método proporcionado en el presente documento incluye (a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS en una muestra del sujeto, (b) determinar la resistencia a un inhibidor de EGFR y, posteriormente, (c) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un FTI al sujeto, si se determina que la muestra tiene una mutación de HRAS y es resistente a un inhibidor de EGFR. La muestra puede ser una muestra de tumor. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que un paciente con SCC de pulmón tiene una mutación de HRAS, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un FTI al sujeto. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que un paciente con SCC de pulmón tiene una mutación de HRAS y (b) determinar la resistencia a un inhibidor de EGFR y, posteriormente (c) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un FTI al sujeto. De acuerdo con la invención, el FTI es tipifarnib. En determinadas realizaciones, dicho FTI se administra en combinación con una quimioterapia. En determinadas realizaciones, dicha quimioterapia comprende una terapia basada en platino, un taxano o una combinación de los mismos.

5.4. FTIs ejemplares y dosificaciones

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporcionan métodos para tratar un SCCHN en un sujeto con tipifarnib o para seleccionar pacientes con SCCHN para el tratamiento con tipifarnib basándose en la presencia de una mutación de HRAS. En algunas realizaciones, los métodos incluyen tratar al sujeto con otro FTI descrito en el presente documento o conocido de otro modo en la técnica. En algunas realizaciones, el FTI se selecciona a partir del grupo que consiste en tipifarnib, arglabina, alcohol perrílico, lonafarnib (SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 y BMS-214662.

En algunas realizaciones, el FTI se administra por vía oral, parenteral, rectal o tópica. En algunas realizaciones, el FTI se administra por vía oral. En algunas realizaciones, el tipifarnib se administra por vía oral, parenteral, rectal o tópica. En algunas realizaciones, el tipifarnib se administra por vía oral.

En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 1-1000 mg/kg de peso corporal. En algunas realizaciones, el FTI se administra dos veces al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 200-1200 mg dos veces al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 600 mg dos veces al día. En algunas realizaciones, el FTI se administra en una dosis de 900 mg dos veces al día. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 1-1000 mg/kg de peso corporal. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra dos veces al día. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 200-1200 mg dos veces al día En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 600 mg dos veces al día. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en una dosis de 900 mg dos veces al día.

En algunas realizaciones, el FTI se administra en ciclos de tratamiento. En algunas realizaciones, el FTI se administra en semanas alternas. En algunas realizaciones, el FTI se administra los días 1-7 y 15-21 de un ciclo de tratamiento de 28 días. En algunas realizaciones, el FTI se administra por vía oral en una dosis de 900 mg dos veces al día, los días 1-7 y 15-21 de un ciclo de tratamiento de 28 días. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en ciclos de tratamiento. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra en semanas alternas. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra los días 1-7 y 15-21 de un ciclo de tratamiento de 28 días. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra por vía oral en a una dosis de 900 mg dos veces al día, los días 1-7 y 15-21 de un ciclo de tratamiento de 28 días.

En algunas realizaciones, el FTI se administra durante al menos 3 ciclos. En algunas realizaciones, el FTI se administra durante al menos 6 ciclos. En algunas realizaciones, el FTI se administra hasta durante 12 ciclos. En algunas realizaciones, el FTI se administra por vía oral en una dosis de 900 mg dos veces al día, los días 1-7 y 15-21 de un ciclo de tratamiento de 28 días durante al menos tres ciclos. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra durante al menos 3 ciclos. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra durante al menos 6 ciclos. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra hasta durante 12 ciclos. En algunas realizaciones, tipifarnib se administra por vía oral en una dosis de 900 mg dos veces al día, los días 1-7 y 15-21 de un ciclo de tratamiento de 28 días durante al menos tres ciclos.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporciona un método para tratar un SCCHN en un sujeto con tipifarnib, basándose en la presencia de una mutación de HRAS. En algunas realizaciones, el SCCHN puede ser un SCCHN negativo para VPH. En algunas realizaciones, el SCCHN puede ser un SCCHN positivo para VPH. En algunas realizaciones, el SCCHN puede ser un SCCHN recidivante/recurrente. En algunas realizaciones, el SCCHN puede ser un SCCHN metastásico. El método proporcionado en el presente documento incluye (a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS en una muestra del sujeto, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al sujeto, si se determina que la muestra tiene una mutación de HRAS. La muestra puede ser una muestra de tumor. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que un paciente con SCCHN tiene una mutación de HRAS, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al sujeto. En algunas realizaciones, los métodos incluyen administrar al sujeto otro FTI descrito en el presente documento o conocido de otro modo en la técnica. En algunas realizaciones, el FTI se selecciona a partir del grupo que consiste en tipifarnib, arglabina, alcohol perrílico, lonafarnib (SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 y BMS-214662.

En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que un paciente con SCCHN es resistente a un inhibidor de EGFR y que tiene una mutación de HRAS, y posteriormente (b) administrar tipifarnib al sujeto, en donde el tipifarnib se administra por vía oral en una dosis de 900 mg dos veces al día, los días 1-7 y 15-21 de un ciclo de tratamiento de 28 días. En algunas realizaciones, el paciente con SCCHN tiene SCCHN recidivante/refractario. En algunas realizaciones, el paciente con SCCHN tiene SCCHN negativo para el VPH. En algunas realizaciones, el paciente con SCCHN tiene SCCHN positivo para el VPH

En algunas realizaciones, los métodos comprenden además administrar una segunda terapia al paciente que tiene SCCHN con una mutación de HRAS. En algunas realizaciones, la segunda terapia es una quimioterapia, tal como cisplatino, 5-FU, carboplatino, paclitaxel o un doblete a base de platino (por ejemplo, cisplatino/5-FU o carboplatino/paclitaxel). En algunas realizaciones, la segunda terapia son taxanos y/o metotrexato. En algunas realizaciones, la segunda terapia es una radioterapia. En algunas realizaciones, la segunda terapia incluye aquellas dirigidas a la ruta de PI3K: BKM120 (buparlisib), BYL719, Temsirolimus, Rigosertib; las que se dirigen a la ruta de MET: Tivantinib, Ficlatuzumab; las que se dirigen a la ruta de HER3, Patritumab; las que se dirigen a la ruta de FGFR: BGJ398; las que se dirigen a la ruta de CDK4/6-ciclo celular: Palbociclib, LEE011; inhibidor de RTK: Anlotinib y quimioterapia: Azacitidina oral. En algunas realizaciones, la segunda terapia es una inmunoterapia, tal como anticuerpos anti-PD1 o anti-PDL1. En algunas realizaciones, la segunda terapia es un taxano.

En algunas realizaciones, en el presente documento se proporciona un método para tratar un SCC de pulmón en un sujeto con tipifarnib basándose en la presencia de una mutación de HRAS. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón puede ser SCC de pulmón negativo para VPH. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón puede ser SCC de pulmón positivo para VPH. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón puede ser SCC de pulmón recidivante/recurrente. En algunas realizaciones, el SCC de pulmón puede ser SCC de pulmón metastásico. El método proporcionado en el presente documento incluye (a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS en una muestra del sujeto, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al sujeto si se determina que la muestra tiene una mutación de HRAS. La muestra puede ser una muestra de tumor. En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que un paciente con SCC de pulmón tiene una mutación de HRAS, y posteriormente (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de tipifarnib al sujeto. En algunas realizaciones, los métodos incluyen administrar al sujeto otro FTI descrito en el presente documento o conocido de otro modo en la técnica. En algunas realizaciones, el FTI se selecciona a partir del grupo que consiste en tipifarnib, arglabina, alcohol perrílico, lonafarnib (SCH-66336), L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609,754, R208176, AZD3409 y BMS-214662.

En algunas realizaciones, los métodos incluyen (a) determinar que un paciente con SCC de pulmón es resistente a un inhibidor de EGFR y que tiene una mutación de HRAS, y posteriormente (b) administrar tipifarnib al sujeto, en donde el tipifarnib se administra por vía oral en una dosis de 900 mg dos veces al día, los días 1-7 y 15-21 de un ciclo de tratamiento de 28 días. En algunas realizaciones, el paciente con SCC de pulmón tiene SCC de pulmón recidivante/refractario. En algunas realizaciones, el paciente con SCC de pulmón tiene SCC de pulmón negativo para VPH. En algunas realizaciones, el paciente con SCC de pulmón tiene SCC de pulmón positivo para VPH.

En algunas realizaciones, los métodos comprenden además administrar una segunda terapia al paciente que tiene SCC de pulmón con una mutación de HRAS. En algunas realizaciones, la segunda terapia es una quimioterapia, tal como cisplatino, 5-FU, carboplatino, paclitaxel o un doblete a base de platino (por ejemplo, cisplatino/5-FU o carboplatino/paclitaxel). En algunas realizaciones, la segunda terapia es taxanos y/o metotrexato. En algunas realizaciones, la segunda terapia es una radioterapia. En algunas realizaciones, la segunda terapia incluye aquellas dirigidas a la ruta de PI3K: BKM120 (buparlisib), BYL719, Temsirolimus, Rigosertib; las que se dirigen a la ruta de MET: Tivantinib, Ficlatuzumab; las que se dirigen a la ruta de HER3, Patritumab; las que se dirigen a la ruta de FGFR: BGJ398; las que se dirigen a la ruta de CDK4/6-ciclo celular: Palbociclib, LEE011; inhibidor de RTK: Anlotinib y quimioterapia: Azacitidina oral. En algunas realizaciones, la segunda terapia es una inmunoterapia, tal como anticuerpos anti-PD1 o anti-PDL1. En algunas realizaciones, la segunda terapia es un taxano.

6. Ejemplos

Los siguientes ejemplos están destinados s ilustrar pero no a limitar la presente invención.

Ejemplo I

Ensayo clínico de tipifarnib en pacientes con tumores sólidos estratificados basándose en la mutación de HRAS

Se inició un ensayo clínico de fase 2 para el uso de tipifarnib en el tratamiento de neoplasias malignas no hematológicas, localmente avanzadas, no extirpables o metastásicas, recidivantes y/o refractarias con una mutación conocida de HRAS. Los segundos objetivos incluyen la seguridad y tolerabilidad de dichas neoplasias. El primer objetivo exploratorio es explorar la actividad antitumoral en términos de supervivencia exenta de evolución (PFS) y duración de la respuesta (DOR) de tipifarnib en dichas neoplasias. El segundo objetivo exploratorio es explorar la posibilidad de recoger biopsias de archivo y analizar esas biopsias para la detección de biomarcadores tisulares potencialmente relacionados con la actividad de tipifarnib.

El diseño del ensayo clínico incluye la inscripción de 2 cohortes de 18 pacientes cada una. La cohorte 1 incluye sujetos con tumores malignos de tiroides con mutaciones de HRAS, independientemente de la histología tiroidea. La cohorte 2 incluye, en el estadio 1, a cualquier sujeto con un tumor mutante de HRAS no hematológico distinto del cáncer de tiroides que cumpla los criterios de elegibilidad, y en el estadio 2 , carcinomas de células escamosas de cabeza y cuello (SCCHN/HNSCC). En base a la actividad antitumoral observada durante el estadio 1 de la cohorte 2, el protocolo se modificó para restringir la inclusión en el estadio 2 de la cohorte 2 a sujetos con SCCHN con mutaciones de HRAS únicamente.

Este ensayo clínico fue diseñado para incluir dos estadios, en donde el primer estadio incluye 11 pacientes evaluables y el segundo estadio incluye 7 pacientes evaluables adicionales, y una cohorte no pasaría al segundo estadio si se observa una o ninguna respuesta objetiva en una cohorte en el primer estadio. El ensayo clínico se considera positivo si se observan al menos 4 respuestas en una cohorte de 18 sujetos. El criterio de valoración principal es la tasa de respuesta objetiva, y las evaluaciones de la respuesta tumoral se realizan de acuerdo con los criterios de evaluación de respuesta en tumores sólidos versión 1.1 (se requiere confirmación de la respuesta).

De acuerdo con el protocolo, se administra a los pacientes inscritos una dosis inicial de tipifarnib de 900 mg, por vía oral, con alimentos, dos veces al día (b.i.d.) durante 7 días en semanas alternas (días 1-7 y 15-21) en ciclos de 28 días. En ausencia de toxicidades incontrolables, los sujetos pueden continuar recibiendo un tratamiento con tipifarnib hasta durante 12 meses en ausencia de una evolución de la enfermedad y una toxicidad incontrolable. El tratamiento puede continuar más allá de los 12 meses con el acuerdo del investigador y el patrocinador. A discreción del investigador, la dosis de tipifarnib puede aumentarse hasta 1200 mg b.i.d. si el sujeto no ha experimentado toxicidades limitantes de la dosis a un nivel de dosis de 900 mg.

Las evaluaciones de los tumores se realizan en la selección y aproximadamente cada 8 semanas durante los primeros 6 meses (ciclos 2, 4, 6) y luego cada 12 semanas (ciclos 9, 12, 15, etc.) hasta la evolución de la enfermedad, comenzando al final del ciclo 2.

Los sujetos que desarrollan eventos adversos graves (SAE) o eventos adversos emergentes del tratamiento (TEAE) > de grado 2, que se consideren relacionados con tipifarnib y que duren > 14 días, no se someterán a un aumento de la dosis. También se permiten reducciones escalonadas de la dosis de 300 mg para controlar las toxicidades emergentes del tratamiento, relacionadas con el tratamiento.

Los sujetos que desarrollan eventos adversos graves (SAE) o eventos adversos emergentes del tratamiento (TEAE) > de grado 2, que se consideren relacionados con tipifarnib y que duren > 14 días, no se someterán a un aumento de la dosis. También se permiten reducciones escalonadas de la dosis de 300 mg para controlar las toxicidades emergentes del tratamiento, relacionadas con el tratamiento.

Evaluaciones del estudio:

Selección. Como parte de los procedimientos de selección, todos los sujetos del estudio se someten a lo siguiente: completar el formulario de consentimiento informado (ICF), evaluación de los criterios de inclusión/exclusión, recopilación de información sobre el estado de HRAS en el tumor, historial médico que incluye el resultado y la duración de la respuesta hasta antes de la última terapia anticancerígena anterior, examen físico completo, incluido el peso y los signos vitales, uso de medicamentos concomitantes, evaluación de eventos adversos, ECG de 12 derivaciones, estado funcional del ECOG, conjunto de pruebas de laboratorio convencionales que incluyen hematología, química, coagulación y análisis de orina, prueba de embarazo en mujeres con potencial fértil y formación de imágenes tumorales de referencia. Los marcadores de la carga tumoral en suero también se pueden recoger en ese punto si el investigador lo considera de interés. Se recomienda la recogida de anticuerpos anti-tiroglobulina y tiroglobulina para el cáncer de tiroides diferenciado y calcitonina y CEA para el cáncer de tiroides medular.

Fase de tratamiento. Las evaluaciones que se realizarán el Día 1 (+/- 2 días) en cada ciclo de tratamiento incluyen: examen físico basado en los síntomas, ECG de 12 derivaciones (solo en el ciclo 1), estado funcional de ECOG, conjunto de pruebas de laboratorio convencionales, prueba de embarazo en mujeres en edad fértil potencial y evaluación de medicamentos concomitantes y eventos adversos. La formación de imágenes del tumor se repetirá aproximadamente cada 8 semanas durante los primeros 6 meses (ciclos 2, 4, 6) y luego cada 12 semanas (ciclos 9, 12, 15, etc.) hasta que haya una evidencia de la evolución de la enfermedad, comenzando al final del ciclo 2 (Día 22 /- 5 días) o con más frecuencia si el Investigador lo considera necesario. Las muestras de sangre para la evaluación de los marcadores de la carga tumoral en suero, también se recogerán en los mismos momentos que las evaluaciones de la formación de imágenes de tumores, si las muestras se recogieron previamente durante los procedimientos de selección.

Consulta de fin de tratamiento. Una consulta de fin de tratamiento se lleva a cabo aproximadamente en los 30 días posteriores a la última dosis del tratamiento del ensayo o inmediatamente antes del inicio de cualquier otra terapia contra el cáncer, lo que ocurra primero. Los sujetos se someten a un examen físico completo, estado funcional de ECOG, un ECG de 12 derivaciones, conjunto de pruebas de laboratorio convencionales, una prueba de embarazo para mujeres en edad fértil y una evaluación de los medicamentos concomitantes y los eventos adversos. Se programa un seguimiento de seguridad adicional en ausencia de recuperación de los eventos adversos relacionados con el tratamiento.

Seguimiento adicional. La formación de imágenes tumorales y las muestras para la evaluación de los marcadores de la carga tumoral en suero, continúan repitiéndose en intervalos de aproximadamente 8 semanas durante los primeros 6 meses (ciclos 2, 4, 6) y luego cada 12 semanas (ciclos 9, 12, 15, etc.) hasta que hay una evidencia de evolución de la enfermedad. Tras una evolución de la enfermedad, se contacta con los sujetos para la supervivencia y el uso de otros tratamientos contra el cáncer cada 12 semanas hasta la muerte o 12 meses después de que se haya completado la incorporación en la cohorte del estudio del sujeto.

Ejemplo II

Respuestas objetivas con tipifarnib en carcinoma escamoso de cabeza y cuello con mutaciones de HRAS después de un fallo del tratamiento con cetuximab

Tres sujetos con un diagnóstico de carcinoma de células escamosas de carcinoma de cabeza y cuello (SCCHN) se inscribieron en el estudio exploratorio abierto de fase 2 del Ejemplo I. El sujeto 1 es un hombre blanco de 77 años con un diagnóstico de carcinoma de células cilíndricas de la cavidad nasal/carcinoma de células de transición y SCCHN de la tráquea como segundo primario que se unió al estudio de tipifarnib tras una recaída local después de una terapia previa con paclitaxel, carboplatino y cetuximab. La mejor respuesta frente a una terapia con cetuximab con quimioterapia para este sujeto, fue una estabilización de la enfermedad. El sujeto 2 es un hombre blanco de 21 años con diagnóstico de SCC maxilar y SCCHN de cavidad oral como segundo primario y metástasis pulmonar. El sujeto 3 es un hombre blanco de 59 años con un SCCHN de la cavidad oral. Los sujetos 2 y 3 recibieron una terapia solo con cetuximab o en combinación con quimioterapia, respectivamente, el sujeto 2 con una evolución de corta duración (2 ciclos), seguido de enfermedad progresiva y el sujeto 3 con una mejor respuesta de enfermedad progresiva. Una secuenciación tumoral de próxima generación reveló la presencia de la mutación Q22K de HRAS en el tumor del sujeto 1 y la mutación Q61K de HRAS en los sujetos 2 y 3. No se encontraron mutaciones de CASP8, TP53 o PIK3CA. El tumor del sujeto 2 también es portador de una mutación E322K de MAPK1 así como mutaciones puntuales en ABL1, NOTCH3, RET y ROS1. El estado del VPH para estos sujetos está pendiente.

Como parte del ensayo de fase 2 con tipifarnib, los sujetos recibieron tratamiento con tipifarnib con una dosis inicial de 900 mg, por vía oral, dos veces al día, los días 1-7 y 15-21 de los ciclos de tratamiento de 28 días. El sujeto 1 recibió un tratamiento de 900 mg b.i.d. durante 11 ciclos, momento en el cual su dosis de tipifarnib se redujo a 600 mg b.i.d. debido a la aparición de una neuropatía periférica NCI CTCAE 4.03 de grado 2. Continúa en tratamiento y actualmente lleva más de un año en estudio. Al sujeto 2 se le redujo la dosis a 600 mg b.i.d. y luego a 300 mg b.i.d. durante el ciclo 1 debido a una neuropatía periférica de grado 2 y se continuó con el tratamiento durante 6 ciclos adicionales hasta un deterioro sintomático/retirada del sujeto en el ciclo 7. El sujeto 3 recibió 8 ciclos de tratamiento en una dosis de 900 mg b.i.d. y continúa en estudio. Otras toxicidades observadas en estos sujetos eran consistentes con el perfil de seguridad global, descrito previamente para tipifarnib (Mesa. Expert Rev Anticancer Ther. 2006; 6 : 313­ 90).

Las evaluaciones de los tumores se realizaron en la selección de los sujetos y aproximadamente cada 8 semanas durante los primeros 6 meses (ciclos 2, 4, 6) y luego cada 12 semanas (ciclos 9, 12, 15, etc.) hasta la evolución de la enfermedad, comenzando al final del ciclo 2. Se pueden realizar evaluaciones de tumores adicionales si el investigador lo considera necesario o para confirmar una respuesta objetiva. Tanto el sujeto 1 como el 3 experimentaron respuestas parciales objetivas confirmadas de acuerdo con los criterios RECIST 1.1. Las respuestas se ajustaron a los criterios después de 6 y 2 ciclos de tratamiento, respectivamente. El sujeto 2 experimentó una estabilización de la enfermedad con una regresión menor del 8%. Su última exploración tumoral en el estudio no se ajustó a los criterios de formación de imagen para la evolución de la enfermedad, pero abandonó el estudio después de siete meses de estabilización de la enfermedad debido a un deterioro sintomático. Las tomografías computarizadas de la respuesta tumoral en el paciente 1 al inicio del estudio y en el ciclo 4, día 22, se muestran en la Figura 1A-B.

En resumen, en el presente documento se describen los resultados de tres sujetos con SCCHN mutante de HRAS avanzado que recibieron un beneficio clínico significativo por la terapia con tipifarnib. Se sabe que HRAS tiene un papel más importante que otras especies de RAS en SCCHN, particularmente en los tumores de la cavidad oral y aquellos que son negativo para el VPH (Saranath et al. Br J Cancer. 1991; 63: 573-578; Anderson et al. J Otolaryngol.

1992; 21: 321-326; Anderson et al. Arch Otolaryngol Head Neck Surg. 1994; 120:755-760). En general, aproximadamente el 5% de los carcinomas SCCHN, pero hasta el 16%, en el carcinoma oral se ha descrito que son negativos para el VPH (Nat Commun. 2013; 4:2873). Una caracterización genómica completa reciente de SCCHN realizada por la Cancer Genome Atlas Network (Nature 517, 576-582, 2015) ha revelado la existencia de un subgrupo de tumores de la cavidad oral con alteraciones poco frecuentes en el número de copias, junto con mutaciones activadoras de HRAS o PIK3CA, acopladas con mutaciones inactivadoras de CASP8, NOTCH1 y TP53. De acuerdo con ese grupo, la constelación de tres genes de TP53 de tipo silvestre con HRAS mutante y/o CASP8, puede constituir una ruta alternativa para la tumorigénesis.

Cetuximab está aprobado actualmente para uso como tratamiento de primera línea de SCCHN en combinación con quimioterapia o radiación, o en el entorno de segunda línea como tratamiento de agente único después de un fallo de una terapia basada en platino. No existen restricciones o recomendaciones para el uso en SCCHN de acuerdo con el estado del gen RAS. En nuestro estudio, el sujeto 1 tenía una mejor respuesta de enfermedad estable frente a su último régimen anticanceroso previo (combinación de quimioterapia y cetuximab), mientras que los sujetos 2 y 3 eran refractarios a la monoterapia previa con cetuximab o en combinación con quimioterapia, respectivamente. De interés, los sujetos 2 y 3 tenían tumores de la cavidad oral que eran portadores de la mutación clave Q61K, mientras que el sujeto 1 tenía la mutación Q22K poco común. No está claro si el resultado diferencial frente al tratamiento con cetuximab podría estar relacionado en parte con la histología o el tipo de mutación de HRAS.

Tipifarnib es un FTI potente y selectivo. Los ensayos de fase II y III de este agente como monoterapia para tumores sólidos han sido decepcionantes, mientras que se ha observado alguna actividad prometedora en pacientes con síndrome mielodisplásico y leucemia mieloide aguda (Mesa. Expert Rev Anticancer Ther. 2006; 6:313-90). Asimismo, un estudio previo de otro FTI, lonafarnib, en pacientes con SCCHN recurrente, después de una terapia basada en platino, se cerró en el análisis provisional debido a la ausencia de respuestas objetivas (Hanrahan et al. Am J Clin Oncol. 2009; 32: 274-9). Nuestros resultados apoyan firmemente la hipótesis de que la mutación de HRAS tumoral puede contribuir a la identificación de pacientes con SCCHN, los cuales se podrían beneficiar de una terapia con tipifarnib. Las mutaciones de HRAS también pueden impulsar una resistencia primaria o adquirida frente al tratamiento con la terapia convencional basada en cetuximab. Se justifica una investigación adicional de estas hipótesis.

Ejemplo III

Experimentos de eficacia realizados con tipifarnib en un modelo de xenoinjerto obtenido a partir de un paciente, de carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello humano con mutación de HRAS

Métodos y procedimientos experimentales. Se recogieron fragmentos tumorales de un grupo de ratones inoculados con tejidos de cáncer de cabeza y cuello humanos primarios seleccionados y se usaron para la inoculación en ratones BALB/c atímicos. Cada ratón fue inoculado por vía subcutánea en el flanco derecho con el fragmento HN1420 del modelo de cáncer de cabeza y cuello humano primario (R4P5, 2-4 mm de diámetro) para desarrollo tumoral, el día -26. HN1420 tiene la mutación A146P de HRAS y TP53 de tipo silvestre y es resistente a cetuximab. Los ratones se agruparon cuando el tamaño promedio del tumor alcanzó aproximadamente 224 mm3 el día 0. Los ratones se asignaron al azar en 2 grupos experimentales según el tamaño de sus tumores. Cada grupo consistía en 3 ratones, 3 ratones por jaula. El día se denominó día 0. Los artículos de la prueba se administraron a los ratones portadores de tumores desde el día 1 hasta el día 21 con una pauta de dos veces al día (BID) x 21, de acuerdo con un régimen predeterminado que se muestra en la Tabla 1.

Tabla 1. Diseño del estudio

El tamaño del tumor se midió dos veces por semana en dos dimensiones utilizando un calibre, y el volumen se expresaba en mm3 usando la fórmula: TV = 0,5 a x b2, en donde a y b son los diámetros largo y corto del tumor, respectivamente. Después, el tamaño del tumor se usa para los cálculos de inhibición del crecimiento tumoral (TGI) y T/C, como se describe a continuación:

Inhibición del crecimiento tumoral, % de TGI = (1 -(Ti-T0)/(Vi-Vü))*100 ; Ti como el volumen tumoral medio del grupo de tratamiento el día de la medición; T0 como el volumen tumoral medio del grupo de tratamiento el día 1; Vi como el volumen tumoral medio del grupo de control el día de la medición; V0 como el volumen tumoral del grupo de control el día 1.

El valor T/C (%) es un indicador de la respuesta del tumor frente al tratamiento y uno de los criterios de valoración de la actividad antitumoral comúnmente utilizados; T y C son el volumen tumoral medio de los grupos tratados y de los grupos de control, respectivamente, un día determinado.

Se proporcionan estadísticas resumidas, incluida la media y el error estándar de la media (SEM), para el volumen tumoral de cada grupo, en cada punto de tiempo. Un análisis estadístico de la diferencia en el volumen tumoral entre los grupos al final del estudio, se realizó utilizando una prueba t de muestra independiente. Todos los datos se analizaron con SPSS 16.0. P <0,05 se consideró estadísticamente significativo.

Resumen y discusión de los resultados. Se evaluó la eficacia de Tipifarnib (R115777) en el tratamiento del modelo de xenoinjerto HN1420 de cáncer de cabeza y cuello HUPRIME® en ratones hembra BALB/c atímicos.

En el grupo 1 (vehículo, p.o., BID x 21) y el grupo 2 (Tipifarnib, 80 mg/kg, p.o., BID x 21), el cambio de peso corporal al finalizar el estudio, una semana después de la última dosis, era del 6,95% y del 1,12%, respectivamente (no se muestra). No hubo muertes de animales, pérdida significativa de peso corporal ni días sin dosificación durante el estudio. Por tanto, el compuesto de la prueba, tipifarnib, era bien tolerado en los ratones portadores del tumor HN1420.

Como se muestra en la Tabla 2, el tamaño de los tumores aumentaba rápidamente en los animales tratados con el vehículo, alcanzando un promedio de aproximadamente 650 mm3 después de una semana, más de 1000 mm3 en dos semanas y más de 1700 mm3 al final del estudio. Por el contrario, los tumores en los animales que recibieron tipifarnib, permanecían esencialmente sin cambios durante las dos primeras semanas y solo aumentaron de tamaño con un promedio de 150 mm3 durante el curso de la cuarta semana del experimento.

Tabla 2 Tamaños de los tumores HN1420 en los diferentes grupos de tratamiento

Nota: datos expresados como Media ± SEM.

Como se muestra en la Figura 2, el tamaño tumoral medio de los ratones tratados con vehículo alcanzaba 1494,1 mm3 el día 21. La estabilización del volumen tumoral se consiguió en ratones tratados con tipifarnib, con TGI de 99% y T/C de 16% (P <0,001). Los resultados de los tamaños tumorales en diferentes grupos en diferentes puntos de tiempo después de los tratamientos, se muestran en la Tabla 3.

Tabla 3. Actividad antitumoral de tipifarnib en el tratamiento del modelo de xenoinjerto HN1420 de cáncer de cabeza y cuello HUPRIME®

Nota: a. Media ± SEM; b. Comparado con el vehículo mediante una prueba t de muestra independiente.

En resumen, Tipifarnib (R115777) producía una actividad antitumoral significativa contra el modelo de xenoinjerto HN1420 de cáncer de cabeza y cuello HUPRIME® primario en este estudio.

Ejemplo IV

Experimentos de eficacia realizados con tipifarnib en un modelo de xenoinjerto obtenido a partir de un paciente de carcinoma de células escamosas de pulmón con mutación de HRAS

Métodos y procedimientos experimentales. Se recogieron fragmentos tumorales a partir de un grupo de ratones inoculados con tejidos de NSCLC humano primario seleccionados y se usaron para la inoculación en ratones atímicos BALB/c. Cada ratón fue inoculado por vía subcutánea en el flanco derecho con el fragmento LU1513 del modelo de NSCLC humano primario (R4P6, 2-4 mm de diámetro) para el desarrollo del tumor. LU1513 tiene la mutación Q61K de HRAS y la mutación V216M de TP53 y es resistente a cetuximab. Los ratones se agruparon cuando el tamaño promedio del tumor alcanzó aproximadamente 212 mm3 después de 55 días. Los ratones se asignaron al azar en 2 grupos experimentales según el tamaño de sus tumores. Cada grupo consistía en 3 ratones, 3 ratones por jaula. El día se denominó día 0. Los artículos de la prueba se administraron a los ratones portadores de tumores desde el día 1 hasta el día 21 con una pauta de dos veces al día (BID) x 21, de acuerdo con un régimen predeterminado también utilizado para el modelo HN1420 y que se muestra en Tabla 1 anterior. El tamaño del tumor se midió dos veces por semana en dos dimensiones utilizando un calibre, y el volumen se expresaba en mm3 usando la fórmula: TV = 0,5 a x b2, en donde a y b son los diámetros largo y corto del tumor, respectivamente. El tamaño del tumor se usa luego para los cálculos de TGI, T/C, como se ha descrito anteriormente en el Ejemplo III. Los análisis estadísticos se realizaron y se interpretaron como para el modelo HN1420.

Resumen y discusión de los resultados. Se evaluó la eficacia de Tipifarnib (R115777) en el tratamiento del modelo de xenoinjerto LU1513 de NSCLC HUPRIME® en ratones hembra BALB/c atímicos.

En el grupo 1 (vehículo, p.o., BID x 21) y el grupo 2 (Tipifarnib, 80 mg/kg, p.o., BID x 21), el cambio del peso corporal al final del estudio era de -5,13% y -0,54%, respectivamente (Figura 3). No hubo muertes de animales, pérdida significativa de peso corporal, ni días sin dosificación durante el estudio. Por tanto, el compuesto de la prueba, tipifarnib, era bien tolerado en los ratones portadores del tumor LU1513.

Como se muestra en la Tabla 4, el tamaño de los tumores aumentaba con bastante rapidez en los animales tratados con el vehículo, alcanzando un promedio de aproximadamente 375 mm3 después de una semana, más de 500 mm3 al cabo de dos semanas y más de 1000 mm3 al final del estudio. Por el contrario, los tumores de los animales que recibieron tipifarnib apenas crecieron en ningún momento durante el transcurso del experimento; de hecho, después de 28 días, el tamaño promedio del tumor era ligeramente menor que el día 1. Entre los animales que eran portadores de tumores individuales, un tumor había aumentado ligeramente de tamaño, uno permaneció estático y un tercero retrocedió aproximadamente en un 75%.

Tabla 4. Tamaños tumorales de LU1513 en los diferentes grupos de tratamiento

0 224,40±15,45 198,64±28,54

4 257,86±29,70 209,42±36,66

7 372,40±11,63 212,62±38,76

11 420,36±26,88 179,72±43,67

14 509,08±26,34 150,11 ±36,87

18 677,45±19,63 158,82±49,17

21 788,69±14,38 175,78±56,99

25 850,24±104,73 154,50±53,59

28 1058,26±152,35 189,94± 70,66

Nota: datos expresados como Media ± SEM.

Tal y como se muestra en la Figura 2, el tamaño medio tumoral de los ratones tratados con vehículo llegaba a 1058,26 mm3 al finalizar el estudio. La estabilización del volumen tumoral se logró en los ratones tratados con Tipifarnib con TGI de 101% y T/C de 18% (P = 0,007). Los resultados de los tamaños tumorales en diferentes grupos en diferentes puntos de tiempo después de los tratamientos, se muestran en la Tabla 5.

Tabla 5. Actividad antitumoral de tipifarnib en el tratamiento del modelo de xenoinjerto LU1513 de NSCLC HUPRIME®

Tratamiento ^{Tamaño del tumor (mm3)a el día 0} Tamaño del tumor (mm3)a el día 28 TGI T/C Valor de _{del tratamiento} del tratamiento (%) (%) P0

G1 Vehículo 224,40±15,45 1058,26±152,35 - - -G2

_Tipifarnib 198,64±28,54 189,94±70,66 101 18 0,007

Nota: a Media ± SEM; b. Comparado con el vehículo mediante una prueba t de muestra independiente.

En resumen, el compuesto de la prueba Tipifarnib (R115777) producía una actividad antitumoral significativa contra el modelo de xenoinjerto LU1513 de NSCLC HUPRlME® primario en este estudio.

Claims (13)

REIVINDICACIONES

1. Tipifarnib para uso en un método de tratamiento del carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (SCCHN) refractario a cetuximab en un sujeto, en donde el SCCHN tiene una mutación de HRAS.

2. Tipifarnib para uso en un método de tratamiento del carcinoma de células escamosas de pulmón (SCC de pulmón) refractario a cetuximab en un sujeto, en donde el SCC de pulmón tiene una mutación de HRAS.

3. El tipifarnib para uso según la reivindicación 1 o 2, en donde dicho SCCHN o dicho SCC de pulmón no tiene una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras.

4. El tipifarnib para uso según la reivindicación 3, en donde dicho SCCHN o dicho SCC de pulmón tiene K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre.

5. El tipifarnib para uso según la reivindicación 1 o 2, en donde el método comprende:

(a) determinar la presencia o ausencia de una mutación de HRAS en una muestra procedente de dicho sujeto, y posteriormente

(b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de dicho tipifarnib a dicho sujeto si se determina que dicha muestra tiene una mutación de HRAS.

6. El tipifarnib para uso según la reivindicación 5, en donde el método comprende además determinar la presencia o ausencia de una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras; y en donde se determina que dicha muestra no tiene una mutación de K-Ras o una mutación de N-Ras.

7. El tipifarnib para uso según la reivindicación 6, en donde se determina que dicha muestra tiene K-Ras de tipo silvestre y N-Ras de tipo silvestre.

8. El tipifarnib para uso según una cualquiera de las reivindicaciones 5 a 7, en donde dicha muestra es una biopsia de tejido o una biopsia de tumor.

9. El tipifarnib para uso según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en donde dicho SCCHN o dicho SCC de pulmón es negativo para VPH (virus del papiloma humano).

10. El tipifarnib para uso según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, en donde dicho SCCHN o dicho SCC de pulmón se encuentra en un estadio avanzado o metastásico.

11. El tipifarnib para uso según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10, en donde dicho SCCHN es SCCHN recidivante o dicho SCC de pulmón es SCC de pulmón recidivante.

12. El tipifarnib para uso según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 11, en donde dicho SCCHN es SCCHN de la tráquea, SCCHN del maxilar o SCCHN de la cavidad oral.

13. El tipifarnib para uso según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12, en donde dicha mutación de HRAS comprende una sustitución de aminoácidos en un codón seleccionado a partir de un grupo que consiste en G12, G13, Q61, Q22, K117, A146 y cualquier combinación de los mismos.