ES2578522T3 - Microorganismos fotosintéticos transgénicos y fotobiorreactor - Google Patents

Microorganismos fotosintéticos transgénicos y fotobiorreactor Download PDF

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Abstract

Una célula de cianobacteria transgénica que comprende una construcción de ADN artificial que comprende, como componentes asociados operativamente en la dirección de transcripción 5' a 3': (a) un promotor funcional en la célula de cianobacteria; (b) (i) un polinucleótido que comprende una secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido que tiene una actividad de disacárido-fosfato-sintasa y una actividad de disacárido-fosfato-fosfatasa; o (ii) un polinucleótido que comprende una secuencia de nucleótidos que codifica un primer polipéptido que tiene una actividad de disacáridofosfato- sintasa y un segundo polipéptido que tiene una actividad de disacárido-fosfato-fosfatasa; o (iii) un primer polinucleótido que comprende una secuencia de nucleótidos que codifica un primer polipéptido que tiene una actividad de disacárido-fosfato-sintasa y un segundo polinucleótido que comprende una secuencia de nucleótidos que codifica un segundo polipéptido que tiene una actividad de disacárido-fosfato-fosfatasa; y (c) una secuencia de terminación de transcripción; donde la célula de cianobacteria transgénica acumula niveles aumentados del disacárido en comparación con una célula de cianobacteria que no comprende la construcción de ADN.

Description

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tps y tpp); SEQ ID NO: 125 (pLybAL36 que codifica tps y tpp); SEQ ID NO: 126 (pLybAL37 que codifica tps y tpp); SEQ ID NO: 130 (pLybAL24 que codifica tps y tpp); SEQ ID NO: 133 (pLybAL33 que codifica tps y tpp); SEQ ID NO: 91 (pLybAL32 que codifica una porina); SEQ ID NO: 102 (pLybAL3f que codifica SS-UPP); SEQ ID NO: 103 (pLybAL5f que codifica SE-UPP); SEQ ID NO: 106 (pLybAL4f que codifica SE-UPP); SEQ ID NO: 107 (pLybAL9f que codifica SE-UPP); SEQ ID NO: 109 (pLybAL6fb que codifica SE-UPP); SEQ ID NO: 110 (pLybAL10fb que codifica SE-UPP); y SEQ ID NO: 91 (pLybAL32 que codifica una porina).
Otro aspecto proporciona un procedimiento de cultivo de una cianobacteria transgénica de acuerdo con la invención. El procedimiento puede usar cualquier fotobiorreactor o dispositivo descrito anteriormente. El procedimiento comprende la inoculación de un soporte de cultivo con una cianobacteria transgénica de la invención; el cultivo de la cianobacteria transgénica en el soporte de cultivo inoculado; y la recogida de al menos una porción de la cianobacteria transgénica cultivada desde el soporte de cultivo. En algunas realizaciones, el procedimiento comprende además el sellado de la barrera física del fotobiorreactor después de la inoculación del soporte de cultivo de manera que la totalidad o una parte sustancial del cultivo de la cianobacteria transgénica tiene lugar mientras se sella la barrera física. En algunas realizaciones, la barrera física se sella de forma liberable. En algunas realizaciones, el procedimiento comprende además el transporte de cada soporte de cultivo a un puesto de inoculación, un puesto de cultivo y un puesto de recogida. En algunas realizaciones, el procedimiento comprende además al menos uno de entre: el suministro de fluido al soporte de cultivo; el suministro de nutrientes al soporte de cultivo; o el suministro de gas al soporte de cultivo. En algunas realizaciones, las cianobacterias transgénicas se cultivan en una densidad de al menos aproximadamente 50 gramos de biomasa en seco por equivalente litro.
Otro aspecto proporciona un procedimiento de producción de un azúcar fermentable. El procedimiento de producción de un azúcar fermentable puede usar cualquier fotobiorreactor o dispositivo descrito anteriormente. El procedimiento de producción de un azúcar fermentable comprende la inoculación de un soporte de cultivo con cianobacterias transgénicas de la invención; el cultivo de las cianobacterias en el soporte de cultivo inoculado; el aislamiento de azúcar fermentable acumulado. En algunas realizaciones, el azúcar fermentable se acumula en las cianobacterias. En algunas realizaciones, el aislamiento del azúcar fermentable acumulado comprende: la recogida de al menos una porción de las cianobacterias transgénicas cultivadas desde el soporte de cultivo; y la recuperación de los azúcares fermentables de la recogida. En algunas realizaciones, el azúcar fermentable acumulado es secretado desde las cianobacterias transgénicas y aislado a partir de un medio de cultivo. En algunas realizaciones, el aislamiento del azúcar fermentable acumulado comprende el aislamiento del azúcar fermentable acumulado desde un medio de cultivo. En algunas realizaciones, el procedimiento comprende además el sellado liberable de la barrera física del fotobiorreactor después de la inoculación del soporte de cultivo de manera que la totalidad o una parte sustancial del cultivo de las cianobacterias transgénicas tiene lugar mientras se sella la barrera física. En algunas realizaciones, el procedimiento comprende además al menos uno de entre: el suministro de fluido al soporte de cultivo; el suministro de nutrientes al soporte de cultivo; o el suministro de gas al soporte de cultivo. En algunas realizaciones, el procedimiento comprende además el transporte del soporte de cultivo a al menos uno de entre un puesto de inoculación, un puesto de cultivo y un puesto de recogida.
En algunas realizaciones, el procedimiento comprende además la inducción de síntesis del azúcar fermentable por las cianobacterias transgénicas. En algunas realizaciones, la inducción de síntesis del azúcar fermentable comprende la exposición de las cianobacterias transgénicas a un agente de inducción seleccionado de entre el grupo que consiste en temperatura, pH, un metabolito, luz, un agente osmótico, un metal pesado y un antibiótico. En algunas realizaciones, la inducción de síntesis del azúcar fermentable comprende el tratamiento de las cianobacterias transgénicas con un compuesto salino. En algunas realizaciones, el compuesto salino es cloruro de sodio. En algunas realizaciones, el compuesto salino se añade a una concentración de entre aproximadamente 0,01 mM y 1,5 M o entre aproximadamente 0,2 y 0,9 M. En algunas realizaciones, la inducción del agente se aplica a la superficie de crecimiento por nebulización por aerosol. En algunas realizaciones, las cianobacterias transgénicas se cultivan en una densidad de al menos aproximadamente 50 gramos de biomasa en seco por equivalente litro. En algunas realizaciones, el azúcar fermentable comprende al menos un azúcar seleccionado de entre el grupo que consiste en glucosa, fructosa, sacarosa, trehalosa, glucosilglicerol y manosilfructosa. En algunas realizaciones, el azúcar fermentable comprende al menos un azúcar seleccionado de entre el grupo que consiste en sacarosa y trehalosa.
En algunas realizaciones, las cianobacterias se seleccionan de entre el grupo que consiste en Synechococcus o Synechocystis.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS
Los expertos en la materia entenderán que los dibujos, descritos a continuación, tienen sólo fines ilustrativos. Los dibujos no pretenden limitar en ningún modo el alcance de las presentes enseñanzas.
La FIG. 1 ilustra una vista frontal del fotobiorreactor de la invención que incluye un soporte de cultivo sólido, una capa de barrera transparente protectora exterior, un panel selectivo, cierres resellables y elementos de soporte para suspender el dispositivo.
La FIG. 2 ilustra una vista lateral del fotobiorreactor de la invención que incluye un soporte de cultivo sólido, una
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Las cianobacterias, también conocidas como algas verde-azules, forman una amplia variedad de fotoautótrofos oxigénicos. La cianobacteria hospedadora puede ser cualquier microorganismo fotosintético del filo Cianophyta. La cianobacteria hospedadora puede tener una morfología unicelular o colonial (por ejemplo, filamentos, láminas o bolas). Preferentemente, la cianobacteria hospedadora es una cianobacteria unicelular. Los ejemplos de cianobacterias que puede diseñarse para acumular un azúcar disacárido incluyen, pero no se limitan a, el género Synechocystis, Synechococcus, Thermosynechococcus, Nostoc, Prochlorococcu, Microcystis, Anabaena, Spirulina y Gloeobacter. Preferentemente la cianobacteria hospedadora es una Synechocystis spp. o Synechococcus spp. Más preferentemente, la cianobacteria hospedadora es Synechococcus elongatus PCC 7942 (ATCC 33912) y/o Synechocystis spp. PCC 6803 (ATCC 27184).
Sacarosa
La biosíntesis de sacarosa en cianobacterias, puede realizarse a través de la acción catalítica de dos actividades enzimáticas, sacarosa-fosfato-sintasa (sps) y sacarosa-fosfato-fosfatasa (spp), que funcionan en secuencia (véase, por ejemplo, la FIG. 4). Dichas actividades están presentes en algunas cianobacterias para aclimatación a estrés osmótico y por agua mátrica (véase, por ejemplo, Lunn, J. E. 2002. Plant Physiol 128, 1490-1500). Una o las dos de estas actividades pueden diseñarse en una cianobacteria de manera que produzcan acumulación de sacarosa.
Un gen de especial interés para el diseño de un microorganismo fotosintético para acumular sacarosa es el gen de fusión sps/spp activo (asf) de Synechococcus elongatus PCC 7942. Asf tiene funciones biosintéticas sps y spp (véase, por ejemplo, el Ejemplo 4). En algunas realizaciones, se clona una secuencia de nucleótidos que codifica ASF a partir de su fuente natural (por ejemplo, Synechococcus elongatus PCC 7942) y se inserta en una cianobacteria hospedadora (véanse, por ejemplo, los Ejemplos 4-9). En algunas realizaciones, una cianobacteria hospedadora transformada comprende un polinucleótido asf de SEQ ID NO: 1. En algunas realizaciones, una cianobacteria se transforma con una secuencia de nucleótidos que codifica el polipéptido ASF de SEQ ID NO: 2. En realizaciones adicionales, una cianobacteria hospedadora transformada comprende una secuencia de nucleótidos que tiene al menos aproximadamente el 80% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO: 1 o una secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido que tiene actividad sps y spp y al menos aproximadamente el 80% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO: 2. A modo de ejemplo, una cianobacteria hospedadora transformada puede comprender una secuencia de nucleótidos que tiene al menos aproximadamente el 85%, al menos aproximadamente el 90%, al menos aproximadamente el 95% o al menos aproximadamente el 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO: 1, donde la hospedadora transformada muestra actividad de ASF, SPS y/o de SPP y/o acumulación de sacarosa. A modo de ejemplo, una cianobacteria hospedadora transformada puede comprender una secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido que tiene al menos aproximadamente el 85%, al menos aproximadamente el 90%, al menos aproximadamente el 95% o al menos aproximadamente el 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO: 2, donde la hospedadora transformada muestra actividad de ASF, SPS y/o SPP y/o acumulación de sacarosa. Como otro ejemplo, una cianobacteria hospedadora transformada puede comprender una secuencia de nucleótidos que se hibrida en condiciones de astringencia con la SEQ ID NO: 1 en toda la longitud de la SEQ ID NO: 1, y que codifica un polipéptido de fusión SPS/SPP activa (ASF). Como un ejemplo adicional, una cianobacteria hospedadora transformada puede comprender el complemento de cualquiera de las secuencias anteriores.
En algunas realizaciones, se diseña una sacarosa-fosfato-sintasa (sps) (véase, por ejemplo, la SEQ ID NO: 3 que codifica el gen sps y la SEQ ID NO: 4 que codifica el polipéptido SPS), o un homólogo de la misma, para su expresión o sobreexpresión en una cianobacteria transformada. Por ejemplo, una cianobacteria puede transformarse con un nucleótido que tiene una secuencia de SEQ ID NO: 3 de manera que exprese sacarosa-fosfato-sintasa. Como otro ejemplo, una cianobacteria puede transformarse con un nucleótido que tiene al menos aproximadamente el 80%, al menos aproximadamente el 85%, al menos aproximadamente el 90%, al menos aproximadamente el 95%
o al menos aproximadamente el 99% de identidad con la SEQ ID NO: 3 que codifica un polipéptido que tiene sacarosa-fosfato-sintasa. Como otro ejemplo, una cianobacteria hospedadora transformada puede comprender una secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido que tiene al menos aproximadamente el 85%, al menos aproximadamente el 90%, al menos aproximadamente el 95% o al menos aproximadamente el 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO: 4, donde la hospedadora transformada muestra actividad de SPS y/o acumulación de sacarosa.
En algunas realizaciones, se diseña sacarosa-fosfato-fosfatasa (spp) (véase, por ejemplo, la SEQ ID NO: 5 que codifica el gen spp y la SEQ ID NO: 6 que el codifica polipéptido SPP), o un homólogo de la misma, para su expresión o sobreexpresión en una cianobacteria transformada. Por ejemplo, un microorganismo fotosintético, tal como una cianobacteria, puede transformarse con un nucleótido que tiene una secuencia de SEQ ID NO: 5 de
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"Condiciones de hibridación de alta astringencia" se define como hibridación a 65°C en un tampón 6 X SSC (es decir, cloruro de sodio 0,9 M y citrato de sodio 0,09 M). Dadas estas condiciones, puede realizarse una determinación sobre si un conjunto de secuencias dado se hibridará calculando la temperatura de fusión (Tm) de un ADN dúplex entre las dos secuencias. Si un dúplex en particular tiene una temperatura de fusión menor que 65°C en las condiciones salinas de un 6 X SSC, entonces las dos secuencias no se hibridarán. Por otra parte, si la temperatura de fusión es superior a 65°C en las mismas condiciones salinas, entonces las secuencias se hibridarán. En general, la temperatura de fusión para cualquier secuencia de ADN:ADN hibridada puede determinarse usando la siguiente fórmula: Tm = 81,5°C + 16,6(log10[Na+) + 0,41 (contenido de fracción G/C) -0,63(% formamida) -(600/1). Además, la Tm de un híbrido ADN:ADN disminuye en 1-1,5°C por cada 1% de descenso en la identidad de nucleótidos (véase, por ejemplo, Sambrook y Russel, 2006).
Las células hospedadoras pueden transformarse usando una diversidad de técnicas estándar conocidas en el estado de la técnica (véase, por ejemplo, Sambrook y Russel (2006) Condensed Protocols from Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, ISBN-10: 0879697717; Ausubel y col. (2002) Short Protocols in Molecular Biology, 5th ed., Current Protocols, ISBN-10: 0471250929; Sambrook y Russel (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, ISBN-10: 0879695773; Elhai,
J. y Wolk, C. P. 1988. Methods in Enzymology 167, 747-754). Estas técnicas incluyen, pero no se limitan a, infección vírica, transfección de fosfato de calcio, transfección mediada por liposomas, suministro mediado por microproyectiles, captación mediada por receptores, fusión celular, electroporación y similares. Las células transfectadas pueden seleccionarse y propagarse para proporcionar células hospedadoras recombinantes que comprenden el vector de expresión integrado de forma estable en el genoma de la célula hospedadora.
Promotor
Una o más de las secuencias de nucleótidos expuestas anteriormente (por ejemplo, asf, sps, spp, tps, tpp, mps, mpp, gps, gpp) pueden estar unidas operativamente con un promotor que puede actuar en las cianobacterias hospedadoras. Preferentemente, el promotor puede actuar de forma eficiente en las cianobacterias y en bacterias, tales como E. coli. La selección del promotor puede permitir la expresión de un producto génico deseado en una diversidad de condiciones.
Los promotores pueden seleccionarse para una función óptima en una cianobacteria, de manera que se inserte la construcción del vector. Los promotores pueden seleccionarse también basándose en sus características reguladoras. Los ejemplos de dichas características incluyen mejora de la actividad de transcripción e inducibilidad.
El promotor puede ser un promotor inducible. Por ejemplo, el promotor puede inducirse de acuerdo con la temperatura, el pH, una hormona, un metabolito (por ejemplo, lactosa, manitol, un aminoácido), la luz (por ejemplo, longitud de onda específica), el potencial osmótico (por ejemplo, sal inducida), un metal pesado o un antibiótico. Los expertos en la materia conocen numerosos promotores inducibles estándar.
En algunas realizaciones, el promotor es un promotor inducible por temperatura. Por ejemplo, el promotor Lambda es un promotor inducible por temperatura que puede actuar en cianobacterias. Sorprendentemente, el promotor Lambda actúa a una temperatura diferente que cuando se usa en E. coli. En E. coli, el promotor Lambda alcanza su actividad máxima a 42°C, una temperatura por encima del intervalo de viabilidad normal para las cianobacterias. Generalmente, en E. coli, el promotor Lambda tiene aproximadamente un aumento del 5% al 10% de la expresión desde aproximadamente 30°C a 35°C y a aproximadamente 37°C tiene aproximadamente un aumento del 20% de la expresión; pero de aproximadamente 37°C a 42°C proporciona aproximadamente un aumento del 100% de la expresión. En cianobacterias, el promotor Lambda alcanza su actividad máxima aproximadamente a entre 30°C y 35°C, un intervalo de temperatura de crecimiento ideal para las cianobacterias y un intervalo mucho menor que la expresión óptima del promotor Lambda en E. coli. Así, el promotor Lambda proporciona una expresión efectiva de la actividad biosintética de disacáridos en las cianobacterias.
Los ejemplos de promotores que pueden insertarse en el plásmido incluyen, pero no se limitan a, carB, nirA, psbAII, dnaK, kaiA y PR (véase, por ejemplo, el Ejemplo 6). En algunas realizaciones, el promotor puede actuar de manera eficiente en las cianobacterias y en E. coli. En algunas realizaciones, la región codificante de asf comprende un promotor con dicha región codificante (véase, por ejemplo, el Ejemplo 8). Por ejemplo, la región codificante asf puede comprender un promotor delante del dominio SPP de asf (véase, por ejemplo, la FIG. 10). Dicho promotor interno puede producirse con o sin promotor en el inicio de la región codificante asf.
El término "quimérico" se entiende como referido al producto de la fusión de porciones de dos o más moléculas de polinucleótidos diferentes. "Promotor quimérico" se entiende como referido a un promotor producido a través de la manipulación de promotores conocidos u otras moléculas de polinucleótidos. Dichos promotores quiméricos pueden combinar dominios potenciadores que pueden conferir o modular expresión génica de uno o más promotores o elementos reguladores, por ejemplo, mediante fusión de un dominio potenciador heterólogo de un primer promotor a un segundo promotor con sus propios elementos reguladores parciales o completos. Así, el diseño, la construcción y el uso de promotores quiméricos de acuerdo con los procedimientos divulgados en la presente memoria descriptiva para modular la expresión de secuencias de polinucleótidos ligadas operatoriamente está comprendido por la presente invención.
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cultivo en fase sólida. Normalmente, los nutrientes se suministran en una composición con base de agua. Puede ser ventajoso proporcionar línea o líneas de suministro de agua y línea o líneas de suministro de nutrientes diferentes de manera que se proporcione un control independiente de niveles de humedad y nutrientes. El fotobiorreactor puede tener una línea de recogida del producto de manera que proporcione la recogida de cianobacterias y/o productos líquidos en suspensión/solubles. El fotobiorreactor puede tener una línea de inoculación de manera que proporcione inoculación de cianobacterias. En algunas realizaciones, pueden combinarse las líneas de fluidos, nutrientes y/o inoculación.
En la FIG. 1 (vista frontal) y FIG. 2 (vista lateral) se representa una realización de un fotobiorreactor de fase sólida. En estas realizaciones, un soporte de cultivo en fase sólida (2) está confinado por la barrera protectora (7). La FIG. 2 muestra que el soporte de cultivo sólido está entre capas de barrera protectora (3) que comprenden la barrera protectora (7). El soporte de cultivo sólido (2) proporciona la superficie en la que se cultivan cianobacterias. Las capas de barrera protectora (3) que conforman la barrera protectora (7) son transparentes para permitir que la radiación actínica to llegue a la superficie del soporte de cultivo sólido (2) para soportar el crecimiento de cianobacterias. Unos cierres resellables (4) permiten sellar la barrera protectora (7) de forma liberable. El intercambio de gases y vapor tiene lugar a través de un panel selectivo (5) de material que se incorpora en la barrera protectora (7). El fotobiorreactor (1) puede estar suspendido por elementos de soporte (6) para permitir una orientación vertical o no horizontal.
En la FIG. 12A (vista frontal) y la FIG. 12B (vista lateral) se representa otra realización de un fotobiorreactor de fase sólida. El reactor (1) puede diseñarse en un formato segmentado, que puede ayudar en el servicio y reduce al mínimo la posible contaminación de la superficie y/o las conducciones. Cada segmento puede estar conectado al reactor a través de las conducciones (por ejemplo, conducciones de tipo conexión rápida) de varias líneas de suministro y recogida del producto. El reactor puede estar soportado por un elemento de suspensión (6) a partir, por ejemplo, de rieles, que permite el reactor (1) se suspenda en el espacio y ayuda a un servicio rápido de cada segmento. La barrera protectora externa (7) puede ser un material transparente que permite la penetración de luz para facilitar la fotosíntesis en la superficie de crecimiento (2), a la vez que evita la contaminación ambiental y la pérdida de humedad por evaporación. La superficie de crecimiento (2) puede estar compuesta por un material que conserva la humedad, suministra nutrientes, evacua los productos y/o permite un crecimiento de alta densidad de las cianobacterias. La superficie de crecimiento (2) puede ser atendida por conducciones que proporcionan una alimentación/recogida del producto continuas desde la superficie por el medio de cultivo líquido. Los conductos del medio (8) pueden ser un tubo flexible poroso que infiltra líquido en la superficie (2), que puede percolarse a través de la superficie de crecimiento (2) por gravedad. El líquido puede recogerse en la parte inferior del reactor mediante un tubo de recogida (9), que recoge los productos y el exceso de medio líquido para su transporte desde el reactor (1). Pueden suministrarse gases, como dióxido de carbono y aire, al reactor mediante un tubo de dispersión de gas (10). El tubo de suministro de gas (10) puede proporcionar un entorno de presión positiva y se espera que suministre los gases necesarios para el crecimiento de una forma controlada y eficiente. La línea de suministro de gas (10) puede ayudar también a reducir al mínimo la pérdida de humedad mediante la humidificación de los flujos de gases de entrada. El exceso de gas del reactor puede purgarse mediante un panel transpirable (5) (en el lado inverso, no mostrado) que es un material poroso que permite el paso de gas pero reduce al mínimo o elimina la contaminación ambiental. Se espera que la contaminación se reduzca al mínimo mediante la configuración de presión positiva del reactor (1) a través de la filtración del gas de entrada suministrado por la línea de suministro (10). La presión positiva puede evitar también la contaminación desde el entorno al proporcionar una vía de salida para el flujo de gas.
En la realización representada en la FIG. 12B, se representan las características del reactor (1) en una orientación con respecto a la superficie de crecimiento. El panel transpirable (5) que permite el escape del exceso de gas del reactor (1) puede estar situado hacia la parte inferior del dispositivo para proporcionar una vía para que el gas migre a través de la superficie de crecimiento (2). La posición del panel transpirable (5) en la parte inferior de la superficie de la barrera (7) también reduce al mínimo o evita la posibilidad de segregación del dióxido de carbono y la acumulación resultante de su densidad más elevada con respecto al aire. Las dimensiones del panel transpirable (5) pueden determinarse basándose en los requisitos de velocidad de flujo de gas para el crecimiento óptimo en la superficie de cultivo (2).
Soporte de cultivo en fase sólida
El soporte de cultivo en fase sólida de un fotobiorreactor tal como se describe en la presente memoria descriptiva proporciona una superficie sobre y/o en la que puede crecer una cianobacteria. Preferentemente, el soporte de cultivo en fase sólida comprende un material que proporciona o facilita el suministro y/o retención de humedad y/o nutrientes en los organismos, de manera que promueva y sostenga el crecimiento. Las realizaciones de la invención no se limitan al tipo o cepa de cianobacterias que pueden cultivarse. Un experto en la materia reconocerá que la cantidad de humedad y la cantidad y composición de nutrientes deseables para el crecimiento celular variarán con el tipo o cepa de cianobacterias y con la aplicación para la cual se cultivarán. En general se evitan los materiales (o las sustancias contenidas sobre o dentro de esos materiales) que pueden tener un efecto perjudicial en el crecimiento de cianobacterias.
Puede usarse un único fotobiorreactor para cultivar un único tipo o múltiples tipos o cepas de cianobacterias. Además, el soporte de cultivo sólido puede comprender material o materiales de manera que sean adecuados para
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un único ciclo de cultivo o múltiples ciclos de cultivo, con o sin esterilización entre ciclos de cultivo. Además, un fotobiorreactor puede configurarse para cultivar un único tipo o cepa de microorganismo o múltiples tipos o cepas de microorganismos en un único o en múltiples soportes sólidos. En algunas realizaciones, en lugar de un cultivo axénico, puede cultivarse conjuntamente una comunidad de diferentes cianobacterias, o una comunidad de cianobacterias y microorganismos no fotosintéticos, de forma simultánea en un soporte de cultivo. Un único fotobiorreactor puede comprender también múltiples soportes de cultivo. Así en otra realización, pueden cultivarse múltiples soportes de cultivo dentro de una única barrera protectora de uno o más tipos o cepas de cianobacterias simultáneamente.
El soporte de cultivo sólido comprende preferentemente un material relativamente poroso. Un material relativamente poroso tiene generalmente un área superficial incrementada y puede retener y/o absorber más humedad que un material relativamente no poroso. También se prefiere un soporte de cultivo sólido que tiene una o varias superficies texturizadas o topográficas. Una superficie texturizada o topográfica puede potenciar la densidad celular en comparación con una superficie lisa o relativamente no texturizada. Aunque la elección de material de soporte y topografía superficial se selecciona normalmente para potenciar la adhesión de microorganismos al soporte, en general es deseable que los organismos no se adhieran con tanta firmeza como para que impidan su evacuación o recogida. En algunas realizaciones, el soporte de cultivo sólido comprende un material adecuado para la adhesión y el crecimiento de microorganismos. En algunas realizaciones, el soporte de cultivo sólido comprende un material que reduce o elimina la formación de biopelículas.
Según se cree los soportes de fase sólida de los fotobiorreactores descritos en la presente memoria descriptiva son diferentes de los soportes sólidos que se han usado en la técnica (por ejemplo, el soporte de fase sólida usado más comúnmente para el desarrollo de microorganismos es agar). El agar suele verterse en formas rígidas, tales como una placa de Petri, y se usan en las mismas para mantener su integridad física dado que el agar tiende a romperse o a desgarrarse cuando se somete a niveles mínimos de estrés, tensión o ambos. En cambio, varias realizaciones del soporte de cultivo son suficientemente intensas y duraderas como para poder usarse en un fotobiorreactor a la vez que se mantiene la integridad física sin necesidad de un “marco” más resistente y duradero. Dicho de otro modo, el estado de la técnica implicaba que una porción suficiente del soporte de agar débil estuviera en contacto con un material sustancialmente más intenso y duradero (por ejemplo, una placa de Petri) de manera que se forme un compuesto. Así, los soportes de fase sólida de diversas realizaciones del fotobiorreactor son adecuados de por sí para el cultivo de microorganismos y son suficientemente intensos y duraderos.
A continuación se describen otras características físicas y/o parámetros operativos deseables del soporte en fase sólida. Por ejemplo, el soporte puede ser relativamente plano y rígido (como una placa) o puede consistir en una multiplicidad de secciones planas y rígidas conectadas de forma rígida, por ejemplo, por bisagras, muelles, cables, roscas, etc. Los materiales rígidos adecuados incluyen, pero no se limitan a, diversos metales, polímeros, cerámicas y compuestos de los mismos. Los materiales rígidos tienen preferentemente topografías de superficie que potencian la adherencia de las cianobacterias. Además, los materiales rígidos pueden formarse con un nivel deseado de porosidad para potenciar la capacidad de suministrar humedad y/o nutrientes a las cianobacterias. Por otra parte, los materiales rígidos pueden estar recubiertos con formulaciones de polímero absorbentes o superabsorbentes (véase más adelante). Alternativamente, el soporte puede consistir esencialmente de flexible material, tal como un material textil. Los materiales textiles para su uso en un soporte en fase sólida incluyen, pero no se limitan a, algodón, poliéster y/o mezclas de poliéster y algodón, recubiertos opcionalmente con formulaciones de polímero absorbentes
o superabsorbentes. La flexibilidad del soporte de cultivo puede ser enormemente ventajosa dado que permite plegar, retorcer, envolver o enrollar el soporte de cultivo para almacenamiento, transporte o manipulación.
Además, el soporte en fase sólida de cultivo es preferentemente estable estructuralmente a temperaturas elevadas (por ejemplo, aproximadamente 120°C y superiores), a las que normalmente se encontraría durante esterilización en autoclave, y no se fundirá como el agar. Así, en una realización, el soporte de cultivo puede esterilizarse mediante introducción en autoclave y después colocare en la barrera protectora de la invención. En otra realización, el soporte de cultivo puede colocarse en la barrera protectora, y a continuación puede introducirse en autoclave todo el fotobiorreactor. Aunque la introducción en autoclave es un procedimiento para esterilización, los expertos en la materia reconocerán que puede usarse cualquier otro procedimiento de esterilización apropiado.
El soporte de cultivo sólido de la presente invención puede comprender o estar hecho de cualquier material apropiado para el soporte del cultivo de cianobacterias. Por ejemplo, el soporte puede estar compuesto de materiales naturales, materiales naturales modificados, materiales sintéticos, o cualquier combinación de los mismos. Los materiales naturales pueden incluir, pero no se limitan a, algodón, lana, fibras vegetales trenzadas procesadas y polisacáridos naturales (por ejemplo, agar, almidones, material celulósico). Los materiales naturales modificados pueden incluir, pero no se limitan a, fibras vegetales modificadas químicamente tales como ésteres de nitrocelulosa o celulosa, además de fibras naturales cotrenzadas o fundidas con fibras de poliéster o poliamida. Los materiales sintéticos pueden incluir, pero no se limitan a, fibras compuestas por nailon, fibra de vidrio, polisiloxanos, poliéster, poliolefinas, poliamida, copoliéster polietileno, poliacrilatos o polisulfonatos. Los ejemplos adicionales de materiales de soporte de cultivo sólido incluyen malla metálica, espumas de poliuretano, espumas de polietileno, espumas de carbón vítreo, espumas de poliéster/polietileno, espumas de poliimida, espumas de poliisocianato, espumas de poliestireno y espumas de poliéter, o combinaciones de los mismos.
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Tabla 1: Nucleótidos que rodean inmediatamente al codón de inicio spp propuesto. Los nucleótidos que rodean inmediatamente al codón de inicio spp propuesto se comparan con el consenso de 72 genes de cianobacterias. Los nucleótidos que coinciden con el consenso están en cursiva, mientras que los nucleótidos que no coinciden con el consenso están subrayados. Los números de nucleótido se indican con respecto al primer nucleótido del codón de inicio.
NT#
-10 -9 -8 -7 -6 -5 -4 -3 -2 -1 123 4 5 6
Consenso
A/G A/G A/T A/T A/T A/T A/T A/T C/T T/C ATG A/G C C/T
Selo7942 asf
T G A C T A G C G C GTG G C A
Selo7942 spp
T C G C A A A C G C TTG A T T
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Claims (3)

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    (iv)
    la barrera física es suficientemente impermeable al vapor de agua de manera que el soporte de cultivo al humedecerse retendrá suficiente humedad de modo que la cianobacteria transgénica permanezca adecuadamente hidratada durante el cultivo;
    (v)
    la barrera física está configurada para confinar el soporte de cultivo y cualquier cianobacteria transgénica del mismo, y para sellarla de forma liberable durante al menos una porción del cultivo de la cianobacteria transgénica;
    (vi)
    la barrera física es flexible;
    (vii) la barrera física comprende además una primera porción que es al menos sustancialmente impermeable a partículas sólidas, líquido, gas y vapor, y una segunda porción que es permeable a gas y vapor pero al menos sustancialmente impermeable a partículas sólidas y líquido;
    (viii) la barrera física comprende además una primera porción que es al menos sustancialmente impermeable a partículas sólidas, líquido, gas y vapor, y una segunda porción que es permeable a gas y vapor pero al menos sustancialmente impermeable a partículas sólidas y líquido, donde la segunda porción de la barrera tiene (1) una tasa de intercambio de vapor o gas que es de al menos aproximadamente 5 Gurley segundos a no más de aproximadamente 10.000 Gurley segundos o (2) comprende una membrana selectiva que comprende fibra de olefina o material de fibra de polietileno, medio de filtración de politetrafluoroetileno, material de filtro celulósico, material de filtro de fibra de vidrio, material de filtro de poliéster, material de filtro de poliacrilato, membranas de polisulfona o membranas de nailon; o
    (ix) la barrera física comprende además una primera porción que es al menos sustancialmente impermeable a partículas sólidas, líquido, gas y vapor, y una segunda porción que es permeable a gas y vapor pero al menos sustancialmente impermeable a partículas sólidas y líquido, donde la primera porción es al menos sustancialmente transparente a la radiación actínica y la segunda porción no es al menos sustancialmente transparente a la radiación actínica, y la configuración de las porciones primera y segunda entre sí y al menos dicha porción de la superficie del soporte de cultivo son tales que existe una cantidad suficiente de radiación actínica e intercambio de gases para soportar fotosíntesis por cianobacterias transgénicas.
  2. 14. Un dispositivo para el cultivo de cianobacteria transgénica, que comprende:
    al menos un fotobiorreactor de cualquiera de las reivindicaciones 12 a 13;
    una estructura a la que está unido el al menos un fotobiorreactor que orienta al menos un soporte de cultivo del al menos un fotobiorreactor de forma no horizontal; y
    opcionalmente, una o más de las características siguientes:
    (a)
    el al menos un fotobiorreactor está suspendido de la estructura;
    (b)
    la estructura está cubierta sustancialmente por la barrera física;
    (c)
    la estructura comprende un sistema de cinta transportadora o un componente de la misma de manera que el al menos un soporte de cultivo puede ser transportado a lo largo del recorrido del sistema de cinta transportadora;
    (d)
    el dispositivo comprende además (1) un puesto de inoculación de manera que cada soporte de cultivo según es transportado a lo largo del recorrido del sistema de cinta transportadora puede ser inoculado con la cianobacteria transgénica; (2) un puesto de cultivo de manera que la cianobacteria transgénica en cada soporte de cultivo inoculado se cultiva mientras cada soporte es transportado a lo largo del recorrido del sistema de cinta transportadora; y (3) un puesto de recogida al que es transportado el soporte de cultivo de manera que al menos una porción de la cianobacteria transgénica cultivada puede ser recogida de cada soporte de cultivo;
    (e)
    el dispositivo comprende además (1) un puesto de inoculación de manera que cada soporte de cultivo según es transportado a lo largo del recorrido del sistema de cinta transportadora puede ser inoculado con la cianobacteria transgénica; (2) un puesto de cultivo de manera que la cianobacteria transgénica en cada soporte de cultivo inoculado se cultiva mientras cada soporte es transportado a lo largo del recorrido del sistema de cinta transportadora; y (3) un puesto de recogida al que es transportado el soporte de cultivo de manera que al menos una porción de la cianobacteria transgénica cultivada puede ser recogida de cada soporte de cultivo; donde el puesto de inoculación y el puesto de recogida son sustancialmente adyacentes entre sí o son sustancialmente coextensivos;
    (f)
    el dispositivo comprende además una inducción de un puesto para inducción de la síntesis de azúcar fermentable por cianobacteria transgénica en cada soporte de cultivo; o
    (g)
    el dispositivo comprende además al menos uno de entre un sistema de suministro de fluidos, un sistema de suministro de nutrientes, un sistema de suministro de gas o un sistema de suministro de cianobacterias transgénicas.
    244
  3. 15. Un procedimiento de cultivo de una cianobacteria transgénica, comprendiendo el procedimiento:
    inoculación de un soporte de cultivo de un fotobiorreactor con una cianobacteria transgénica de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9; cultivo de la cianobacteria transgénica en el soporte de cultivo inoculado;
    5 recogida de al menos una porción de la cianobacteria transgénica cultivada desde el soporte de cultivo; y opcionalmente, una o más de las características siguientes:
    (a) sellado de una barrera física del fotobiorreactor después de la inoculación del soporte de cultivo de manera que la totalidad o una parte sustancial del cultivo de la cianobacteria transgénica tiene lugar mientras se sella la barrera física;
    10 (b) sellado liberable de la barrera física del fotobiorreactor después de la inoculación del soporte de cultivo de manera que la totalidad o una parte sustancial del cultivo de la cianobacteria transgénica tiene lugar mientras se sella la barrera física;
    (c) transporte de cada soporte de cultivo a un puesto de inoculación, un puesto de cultivo y un puesto de recogida;
    (d) al menos uno de entre (1) suministro de fluido al soporte de cultivo; (2) suministro de nutrientes al soporte de 15 cultivo; o (3) suministro de gas al soporte de cultivo; o
    (e) la cianobacteria transgénica se cultiva a una densidad de al menos 50 gramos de biomasa en seco por equivalente litro.
    245
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