ES2556216T3 - Métodos para aumentar la tolerancia al estrés abiótico y/o la biomasa en plantas generadas mediante el mismo - Google Patents
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Abstract
Un método para aumentar la tolerancia de una planta a un estrés abiótico, que comprende expresar en la planta un polinucleótido exógeno que codifica un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos al menos un 90 % homóloga a SEC ID Nº: 12, aumentando de este modo la tolerancia de la planta al estrés abiótico en comparación con la planta no transformada, en el que dicho estrés abiótico se selecciona del grupo que consiste en estrés osmótico, estrés por sequía, salinidad y déficit de nutrientes.
Description
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al menos aproximadamente un 98 %, al menos aproximadamente un 99 %, o mejor un 100 % homóloga a la secuencia de aminoácidos de SEC ID Nº: 12.
La frase "estrés abiótico" usada en el presente documento se refiere a un efecto adverso en el metabolismo, crecimiento, reproducción y/o viabilidad de una planta. Por consiguiente, el estrés abiótico puede inducirse por condiciones ambientales de crecimiento subóptimas, tales como, por ejemplo, salinidad, privación de agua, inundaciones, congelación, temperaturas altas o bajas, toxicidad por metales pesados, anaerobiosis, deficiencia de nutrientes, polución atmosférica o irradiación UV. Las implicaciones del estrés abiótico se discuten en la sección de antecedentes.
La frase "tolerancia al estrés abiótico", tal como se usa en el presente documento, se refiere a la capacidad de una planta para soportar un estrés abiótico sin sufrir una alteración sustancial en el metabolismo, crecimiento, productividad y/o viabilidad. Preferentemente, las plantas modificadas por ingeniería genética de la presente invención muestran al menos un 2% más, 5 % más, 10 % más, 20 % más, 30 % más, 40 % más, 50 % más, 60 % más, 70 % más, 80 % más, 90 % más o una tolerancia incluso mayor al estrés abiótico que las plantas no transgénicas.
Tal como se usa en el presente documento, la expresión "polinucleótido exógeno" se refiere a una secuencia de ácido nucleico que no se expresa de manera natural en la planta pero que, cuando se introduce en la planta de un modo bien estable o transitorio, produce al menos un producto polipeptídico.
La homología (por ejemplo, porcentaje de homología) puede determinarse usando cualquier programa informático de comparación de la homología, incluyendo, por ejemplo, el programa informático BlastP del National Center of Biotechnology Information (NCBI) tal como usando parámetros por defecto.
La identidad (por ejemplo, porcentaje de homología) puede determinarse usando cualquier programa informático de comparación de la homología, incluyendo, por ejemplo, el programa informático BlastN del National Center of Biotechnology Information (NCBI) tal como usando parámetros por defecto.
El polinucleótido de la presente invención se refiere a secuencias de ácido nucleico monocatenarias o bicatenarias que se aíslan y proporcionan en forma de una secuencia de ARN, una secuencia polinucleotídica complementaria (ADNc), una secuencia polinucleotídica genómica y/o secuencias polinucleotídicas compuestas (por ejemplo, una combinación de las anteriores).
Tal como se usa en el presente documento, la frase "secuencia polinucleotídica complementaria" se refiere a una secuencia, que es el resultado de la retrotranscripción de ARN mensajero usando una transcriptasa inversa o cualquier otra ADN polimerasa dependiente de ARN. Dicha secuencia puede amplificarse posteriormente in vivo o in vitro usando una ADN polimerasa dependiente de ADN.
Tal como se usa en el presente documento, la frase "secuencia polinucleotídica genómica" se refiere a una secuencia procedente (aislada) de un cromosoma y por lo tanto representa una porción contigua de un cromosoma.
Tal como se usa en el presente documento, la frase "secuencia polinucleotídica compuesta" se refiere a una secuencia, que es al menos parcialmente complementaria y al menos parcialmente genómica. Una secuencia compuesta puede incluir algunas secuencias exónicas necesarias para codificar el polipéptido de la presente invención, así como algunas secuencias intrónicas interpuestas entre estas. Las secuencias intrónicas pueden ser de cualquier fuente, incluyendo de otros genes, e incluirán típicamente secuencias de señal de corte y empalme conservadas. Dichas secuencias intrónicas pueden incluir además elementos reguladores de la expresión que actúan en cis.
Las secuencias de ácido nucleico de los polipéptidos de la presente invención pueden optimizarse respecto de su expresión. Dichas secuencias optimizadas se proporcionan en las SEC ID Nº: 156, 157, 158 y 159. Los ejemplos de dichas modificaciones de secuencia incluyen, pero sin limitación, un contenido de G/C alterado para aproximarse más al encontrado típicamente en la especie de planta de interés, y la eliminación de codones encontrados de manera atípica en las especies de plantas citada de manera común como optimización por codones.
La frase "optimización por codones" se refiere a la selección de nucleótidos de ADN adecuados para su uso en un gen estructural o un fragmento del mismo que se aproxima al uso de codones en la planta de interés. Por lo tanto, un gen o una secuencia de ácido nucleico optimizada se refieren a un gen en el que la secuencia nucleotídica de un gen nativo o de origen natural se ha modificado para utilizar codones preferidos estadísticamente preferidos o estadísticamente favorecidos en la planta. La secuencia nucleotídica se examina típicamente a nivel de ADN y la expresión en la especie de planta se determina usando cualquier procedimiento adecuado, por ejemplo, tal como se describe en Sardana et al., (1996, Plant Cell Reports 15:677-681). En este método, la desviación estándar del uso de codones, una medición del sesgo del uso de codones, puede calcularse encontrando en primer lugar el cuadrado de la desviación proporcional del uso de cada codon del gen nativo en relación a aquel de genes de plantas altamente expresados, seguido de un cálculo de la desviación cuadrada media. La fórmula usada es: 1 SDCU = n =
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1 N [ (Xn -Yn ) / Yn ] 2 / N, donde Xn se refiere a la frecuencia del uso del codon n en genes de plantas altamente expresados, donde Yn a la frecuencia del uso del codon n en el gen de interés y N se refiere al número total de codones en el gen de interés. Se compila una tabla del uso de codones de genes altamente expresados de plantas dicotiledóneas usando los datos de Murray et al., (1989, Nuc Acids Res. 17:477-498).
Un método para optimizar la secuencia de ácido nucleico de acuerdo con el uso de codones preferido para un tipo de célula vegetal particular está basado en el uso directo, sin efectuar ningún cálculo estadístico adicional, de las tablas de optimización por codones tales como aquellas proporcionadas on-line en la base de datos de uso de codones a través del banco de ADN del NIAS (National Institute of Agrobiological Sciences) en Japón (http://www.kazusa.or.jp/codon/). La base de datos de uso de codones contiene tablas de uso de codones procedentes de una serie de especies diferentes, habiéndose determinado estadísticamente cada tabla de uso de codones basándose en los datos presentes en GenBank.
Al usar las tablas anteriores para determinar los codones más preferidos o más favorecidos para cada aminoácido en una especie particular (por ejemplo, arroz), una secuencia nucleotídica de origen natural que codifica una proteína de interés puede optimizarse por codones para esa especie de planta particular. Esto se efectúa reemplazando codones que pueden tener una baja incidencia estadística en el genoma de la especie particular con los codones correspondientes, en referencia a un aminoácido, que están más favorecidos estadísticamente. Sin embargo, pueden seleccionarse uno o más codones menos favorecidos para eliminar sitios de restricción existentes, para crear nuevos en uniones potencialmente útiles (extremos 5' y 3' para añadir un péptido de señal o casetes de terminación, sitios internos que pueden usarse para cortar y empalmar segmentos para producir una secuencia de longitud completa correcta), o para eliminar secuencias nucleotídicas que puedan afectar negativamente a la estabilidad o expresión de ARNm.
La secuencia nucleotídica codificante de origen natural puede, además de cualquier modificación, contener una serie de codones que corresponden a un codon estadísticamente favorecido en una especie de planta particular. Por lo tanto, la optimización por codones de la secuencia nucleotídica nativa puede comprender determinar qué codones, dentro de la secuencia nucleotídica nativa, no están estadísticamente favorecidos con respecto a una planta particular, y modificar estos codones de acuerdo con una tabla de uso de codones de la planta particular para producir un derivado optimizado por codones. Una secuencia nucleotídica modificada puede optimizarse total o parcialmente para el uso de codones de plantas siempre que la proteína codificada por la secuencia nucleotídica modificada se produzca a un nivel mayor que la proteína codificada por el gen correspondiente de origen natural o nativo. La construcción de genes sintéticos mediante la alteración del uso de codones se describe en, por ejemplo, la Solicitud de Patente PCT 93/07278.
Por lo tanto, la presente invención abarca secuencias de ácido nucleico descritas anteriormente en el presente documento; fragmentos de los mismos, secuencias hibridables con las mismas, secuencias homólogas con estas, secuencias que codifican polipéptidos similares tal como se caracteriza por las reivindicaciones adjuntas con un uso de codones diferentes, secuencias alteradas mediante mutaciones, tales como eliminación, inserción o sustitución de uno o más nucleótidos, ya sean de origen natural o inducidas por el hombre, bien al azar o de una manera dirigida.
Los polinucleótidos descritos anteriormente también codifican polipéptidos no caracterizados previamente.
Por lo tanto, la presente invención proporciona un polipéptido que tiene una secuencia de aminoácidos tal como se describe adicionalmente a continuación en el presente documento, al menos un 90 %, al menos aproximadamente un 91 %, al menos aproximadamente un 92 %, al menos aproximadamente un 93 %, al menos aproximadamente un 93 %, al menos aproximadamente un 94 %, al menos aproximadamente un 95 %, al menos aproximadamente un 96 %, al menos aproximadamente un 97 %, al menos aproximadamente un 98 %, al menos aproximadamente un 99 %,
o mejor un 100 % homóloga a la secuencia de aminoácidos de SEC ID Nº: 12.
También se describen en el presente documento fragmentos de los polipéptidos anteriormente descritos y polipéptidos que tienen mutaciones, tales como eliminaciones, inserciones o sustituciones de uno o más aminoácidos, ya sean de origen natural o inducidas por el hombre, bien al azar o de una manera dirigida.
Una planta adecuada para su uso con el método de la presente invención puede ser cualquier planta monocotiledónea o dicotiledónea incluyendo, pero sin limitación, maíz, trigo, cebada, centeno, avena, arroz, soja, cacahuete, guisante, lenteja y alfalfa, algodón, colza, canola, pimiento, girasol, patata, tabaco, tomate berenjena, eucalipto, un árbol, una planta ornamental, una hierba perenne y un cultivo de forraje.
La expresión del polinucleótido exógeno de la presente invención en la planta puede efectuarse transformando una o más células de la planta con el polinucleótido exógeno, seguido de la generación de una planta madura a partir de las células transformadas y cultivar la planta madura en condiciones adecuadas para expresar el polinucleótido exógeno en la planta madura.
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Aunque actualmente se prefiere la transformación estable, la transformación estable de las células foliares, las células meristemáticas o la planta completa también se prevén por la presente invención.
La transformación transitoria puede efectuarse mediante cualquiera de los métodos de transferencia directa de ADN descritos anteriormente o mediante infección viral usando virus de plantas modificados.
Los virus que se ha demostrado que son útiles para la transformación de células vegetales incluyen CaMV, TMV y BV. La transformación de plantas usando virus vegetales se describe en la Patente de Estados Unidos n.º 4.855.237 (BGV), EP-A 67.553 (TMV), la Solicitud Japonesa Publicada n.º 63-14693 (TMV), EPA 194.809 (BV), EPA 278.667 (BV); y Gluzman, Y. et al., Communications in Molecular Biology: Viral Vectors, Cold Spring Harbor Laboratory, Nueva York, págs. 172-189 (1988). Las partículas seudovirales para su uso en la expresión de ADN exógeno en muchos hospedadores, incluyendo plantas, se describen en el documento WO 87/06261.
Preferentemente, el virus no es virulento y por lo tanto es incapaz de provocar síntomas graves, tales como una velocidad de crecimiento reducida, mosaicismo, manchas de anillo, enrollamiento de hojas, amarilleamiento, formación de surcos, formación de viruelas, formación de tumores y picaduras. Un virus no virulento adecuado puede ser un virus no virulento de origen natural o un virus atenuado de manera artificial. La atenuación del virus puede efectuarse usando métodos bien conocidos en la técnica incluyendo, pero sin limitación, calentamiento subletal, tratamiento químico o técnicas de mutagénesis dirigida tales como las descritas, por ejemplo, por Kurihara y Watanabe (Molecular Plant Pathology 4:259-269, 2003), Galon et al. (1992), Atreya et al. (1992) y Huet et al. (1994).
Pueden obtenerse cepas de virus adecuadas de fuentes disponibles, tales como, por ejemplo, la Colección Americana de Cultivos Tipo (ATCC por sus siglas en inglés, American Type Culture Collection) o mediante aislamiento de plantas infectadas. El aislamiento de virus de tejidos vegetales infectados puede efectuarse mediante técnicas bien conocidas en la técnica, tales como las descritas, por ejemplo, por Foster y Tatlor, Eds. "Plant Virology Protocols: From Virus Isolation to Transgenic Resistance (Methods in Molecular Biology (Humana Pr), Vol 81)", Humana Press, 1998. En resumen, los tejidos de una planta infectada que se cree que contienen una alta concentración de un virus adecuado, preferentemente hojas jóvenes y pétalos de flores, se trituran en una solución tampón (por ejemplo, solución de tampón fosfato) para producir una savia infectada por virus que pueda usarse en inoculaciones posteriores.
La construcción de virus de ARN de plantas para la producción y expresión de secuencias polinucleotídicas exógenas no virales en plantas se demuestra por las referencias anteriores así como por Dawson, W. O. et al., Virology (1989) 172:285-292; Takamatsu et al. EMBO J. (1987) 6:307-311; French et al. Science (1986) 231:12941297; y Takamatsu et al. FEBS Letters (1990) 269:73-76.
Cuando el virus es un virus de ADN, pueden efectuarse modificaciones adecuadas al virus en sí. Como alternativa, el virus puede clonarse en primer lugar en un plásmido bacteriano por la facilidad para construir el vector viral deseado con el ADN exógeno. El virus puede entonces cortarse del plásmido. Si el virus es un virus de ADN, puede unirse un origen de replicación bacteriano al ADN viral, que entonces se replica por la bacteria. La transcripción y traducción de este ADN producirá la proteína de la envuelta que encapsidará al ADN viral. Si el virus es un virus de ARN, el virus se clona generalmente como un ADNc y se inserta en un plásmido. Entonces se usa el plásmido para producir todas las construcciones. EL virus de ARN se produce entonces transcribiendo la secuencia viral del plásmido y traduciendo los genes virales para producir la proteína (o las proteínas) de la envuelta que encapsidan al ARN viral.
La construcción de virus de ADN de plantas para la introducción y expresión en plantas de secuencias polinucleotídicas exógenas no virales, tales como aquellas incluidas en la construcción de la presente invención se demuestra por las referencias anteriores así como en la Patente de Estados Unidos Nº 5.316.931.
En un ejemplo, se proporciona un polinucleótido viral de planta en el que la secuencia codificante de la proteína de la envuelta nativa se ha eliminado del polinucleótido viral, una secuencia codificante de proteína de la envuelta viral de planta no nativa y un promotor no nativo, preferentemente el promotor subgenómico de la secuencia codificante de la proteína de la envuelta no nativa, capaz de expresión en el hospedador vegetal, empaquetando el polinucleótido viral de planta recombinante, y asegurando una infección sistémica del hospedador mediante el polinucleótido viral de planta recombinante. Como alternativa, el gen de la proteína de la envuelta puede inactivarse mediante la inserción de la secuencia polinucleotídica no nativa en este, de tal forma que se produce la proteína. El polinucleótido viral de planta recombinante puede contener uno o más promotores subgenómicos no nativos adicionales. Cada promotor subgenómico no nativo es capaz de transcribir o expresar genes adyacentes o secuencias polinucleotídicas en el hospedador vegetal e incapaz de recombinarse entre sí y con promotores subgenómicos nativos. Las secuencias polinucleotídicas no nativas (exógenas) pueden insertarse adyacentes al promotor subgenómico viral de planta nativo y un promotor subgenómico viral de planta no nativo si se incluye más de una secuencia polinucleotídica. Las secuencias polinucleotídicas no nativas se transcriben o expresan en la planta hospedadora bajo el control del promotor subgenómico para producir los productos deseados. En un segundo ejemplo, se proporciona un polinucleótido viral de planta recombinante como en el primer ejemplo salvo que la secuencia codificante de la proteína de la envuelta nativa se coloca adyacente a uno de los promotores
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subgenómicos de la proteína de la envuelta no nativos en lugar de la secuencia codificante de la proteína de la envuelta no nativa.
En un tercer ejemplo, se proporciona un polinucleótido viral de planta recombinante en el que el gen de la proteína de la envuelta nativo está adyacente a su promotor subgenómico y se han insertado uno o más promotores subgenómicos no nativos en el polinucleótido viral. Los promotores subgenómicos no nativos insertados son capaces de transcribir o expresar genes adyacentes en un hospedador de planta y son incapaces de recombinar entre sí y con promotores subgenómicos nativos. Las secuencias polinucleotídicas no nativas pueden insertarse adyacentes a promotores virales de planta subgenómicos no nativos de tal forma que las secuencias se transcriben
o expresan en la planta hospedadora bajo el control de promotores subgenómicos para producir el producto deseado.
En un cuarto ejemplo, se proporciona un polinucleótido viral de planta recombinante como en el tercer ejemplo salvo que la secuencia codificante de la proteína de la envuelta se reemplaza por una secuencia codificante de una proteína de envuelta no nativa.
Los vectores virales se encapsidan por las proteínas de envuelta codificadas por el polinucleótido viral de planta recombinante para producir un virus de planta recombinante. El polinucleótido viral de planta recombinante o el virus de planta recombinante se usa para infectar a plantas hospedadoras adecuadas. El polinucleótido viral de planta recombinante es capaz de replicarse en el hospedador, de diseminarse sistémicamente en el hospedador, y de transcripción o expresión de genes exógenos (polinucleótidos exógenos) en el hospedador para producir la proteína deseada.
Las técnicas para la inoculación de virus en plantas pueden encontrarse en Foster y Taylor, eds. "Plant Virology Protocols: From Virus Isolation to Transgenic Resistance (Methods in Molecular Biology (Humana Pr), Vol 81)", Humana Press, 1998; Maramorosh y Koprowski, eds. "Methods in Virology" 7 volúmenes, Academic Press, Nueva York 1967-1984; Hill, S.A. "Methods in Plant Virology", Blackwell, Oxford, 1984; Walkey, D.G.A. "Applied Plant Virology", Wiley, Nueva York, 1985; y Kado y Agrawa, eds. "Principles and Techniques in Plant Virology", Van Nostrand-Reinhold, Nueva York.
Además de lo anterior, el polinucleótido de la presente invención también puede introducirse en un genoma de cloroplasto, permitiendo de este modo la expresión en cloroplastos.
Se conoce una técnica para introducir secuencias polinucleotídicas exógenas al genoma de los cloroplastos. Esta técnica implica los siguientes procedimientos. En primer lugar, las células vegetales se tratan químicamente para reducir el número de cloroplastos por célula a aproximadamente uno. Después, el polinucleótido exógeno se introduce mediante bombardeo de partículas a las células con el objetivo de introducir al menos una molécula de polinucleótido exógeno en los cloroplastos. Los polinucleótidos exógenos se seleccionan de tal modo que son integrables en el genoma del cloroplasto mediante recombinación de homólogos, que se efectúa fácilmente mediante enzimas inherentes al cloroplasto. Para este fin, el polinucleótido exógeno incluye, además de un gen de interés, al menos una serie de polinucleótidos que procede del genoma del cloroplasto. Además, el polinucleótido exógeno incluye un marcador de selección, que sirve como procedimiento de selección secuencial para determinar que la totalidad o prácticamente la totalidad de las copias de los genomas de cloroplasto después de dicha selección incluirán al polinucleótido exógeno. Pueden encontrarse detalles adicionales en referencia a esta técnica en las Patentes de Estados Unidos n.º 4.945.050; y 5.693.507, que se incorporan al presente documento por referencia. Por lo tanto puede producirse un polipéptido mediante el sistema de expresión de proteínas de cloroplastos y quedar integrado en la membrana interna del cloroplasto.
Ya que la tolerancia al estrés abiótico en las plantas puede implicar múltiples genes que actúan de manera aditiva o sinérgica (véase, por ejemplo, en Quesda et al., Plant Physiol. 130:951-063, 2002), la presente invención también prevé la expresión de una diversidad de polinucleótidos exógenos en una sola planta hospedadora para lograr de este modo una tolerancia al estrés abiótico superior.
La expresión de una diversidad de polinucleótidos exógenos en una sola planta hospedadora puede efectuarse introduciendo de manera conjunta múltiples construcciones de ácido nucleico, incluyendo cada una diferentes polinucleótidos exógenos en una sola célula vegetal. La célula transformada puede entonces regenerarse en una planta madura usando los métodos descritos anteriormente en el presente documento.
Como alternativa, la expresión de una diversidad de polinucleótidos exógenos en una sola célula vegetal hospedadora puede efectuarse introduciendo conjuntamente n una sola célula vegetal una sola construcción de ácido nucleico que incluye una diversidad de polinucleótidos exógenos diferentes. Dicha construcción puede diseñarse con una sola secuencia promotora que pueda transcribir un mensaje policistrónico que incluye todas las secuencias polinucleotídicas exógenas diferentes. Para permitir la traducción conjunta de los diferentes polipéptidos codificados por el mensaje policistrónico, las secuencias polinucleotídicas pueden interconectarse mediante una secuencia de sitio de entrada a un ribosoma interno (IRES) que facilita la traducción de secuencias polinucleotídicas posicionadas cadena abajo de la secuencia del IRES. En este caso, una molécula de ARN policistrónico que codifica
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Tal como se usa en el presente documento, la frase "biomasa de planta" se refiere a la cantidad o cuantía de tejido producido por la planta en una temporada de cultivo, que también podría determinar o afectar al rendimiento de la planta o al rendimiento por zona de crecimiento.
Tal como se usa en el presente documento, la frase "vigor de planta" se refiere a la cantidad o cuantía de tejido producido por la planta en un tiempo dado. De este modo, el aumento del vigor podría determinar o afectar al rendimiento de la planta o al rendimiento por tiempo de crecimiento o área de crecimiento.
Tal como se usa en el presente documento, la frase "rendimiento de planta" se refiere a la cantidad o cuantía de tejido producido y cosechado como producto producido por la planta. De este modo, el aumento del rendimiento podría afectar al beneficio económico que podría obtenerse de la planta en un determinado crecimiento y/o tiempo de crecimiento.
Preferentemente, las plantas modificadas por ingeniería genética de la presente invención muestran al menos un 2% más, 5 % más, 10 % más, 20 % más, 30 % más, 40 % más, 50 % más, 60 % más, 70 % más, 80 % más, 90 % o más o incluso una biomasa, vigor y/o rendimiento mayor que las plantas no transgénicas.
Los métodos para ensayar el vigor, rendimiento y biomasa de las plantas se conocen bien en la técnica (véase el ejemplo 10).
Por lo tanto, la presente invención tiene un alto valor agrícola para promover el rendimiento de cultivos deseados comercialmente (por ejemplo, la biomasa de órganos vegetativos, tales como la madera de álamo, o de órganos reproductivos, tales como el número de semillas o la biomasa de las semillas).
Tal como se usa en el presente documento, el término "aproximadamente" se refiere a ± 10 %.
Los objetos, ventajas y características novedosas adicionales de la presente invención serán evidentes para un experto habitual en la materia tras el examen de los siguientes ejemplos. Además, cada una de las diversas realizaciones y aspectos de la presente invención tal como se han descrito anteriormente en el presente documento y tal como se reivindican en la sección reivindicatoria tienen apoyo experimental en los siguientes ejemplos.
Ejemplos
A continuación se hace referencia a los siguientes ejemplos, que junto con las descripciones anteriores ilustran la invención.
En general, la nomenclatura usada en el presente documento y los procedimientos de laboratorio utilizados en la presente invención incluyen técnicas moleculares, bioquímicas, microbiológicas y de ADN recombinante. Dichas técnicas se explican exhaustivamente en la bibliografía. Véase, por ejemplo, "Molecular Cloning: A laboratory Manual" Sambrook et al., (1989); "Current Protocols in Molecular Biology" Volúmenes I-III Ausubel, R. M., ed. (1994); Ausubel et al., "Current Protocols in Molecular Biology", John Wiley and Sons, Baltimore, Maryland (1989); Perbal, "A Practical Guide to Molecular Cloning", John Wiley & Sons, Nueva York (1988); Watson et al., "Recombinant DNA", Scientific American Books, Nueva York; Birren et al. (eds) "Genome Analysis: A Laboratory Manual Series", Volúmenes 1-4, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Nueva York (1998); metodologías tal como se exponen en las Patentes de Estados Unidos n.º 4.666.828; 4.683.202; 4.801.531; 5.192.659 y 5.272.057; "Cell Biology: A Laboratory Handbook", Volúmenes I-III Cellis, J. E., ed. (1994); "Current Protocols in Immunology" Volúmenes I-III Coligan J. E., ed. (1994); Stites et al. (eds), "Basic and Clinical Immunology" (8ª edición), Appleton & Lange, Norwalk, CT (1994); Mishell y Shiigi (eds), "Selected Methods in Cellular Immunology", W. H. Freeman and Co., Nueva York (1980); los inmunoensayos disponibles se describen exhaustivamente en la bibliografía de patente y científica, véase, por ejemplo, Patente de Estados Unidos n.º 3.791.932; 3.839.153; 3.850.752; 3.850.578; 3.853.987; 3.867.517; 3.879.262; 3.901.654; 3.935.074; 3.984.533; 3.996.345; 4.034.074; 4.098.876; 4.879.219;
5.011.771 y 5.281.521; "Oligonucleotide Synthesis" Gait, M. J., ed. (1984); "Nucleic Acid Hybridization" Hames, B. D., y Higgins S. J., eds. (1985); "Transcription and Translation" Hames, B. D., y Higgins S. J., eds. (1984); "Animal Cell Culture" Freshney, R. I., ed. (1986); "Immobilized Cells and Enzymes" IRL Press, (1986); "A Practical Guide to Molecular Cloning" Perbal, B., (1984) y "Methods in Enzymology" Vol. 1-317, Academic Press; "PCR Protocols: A Guide To Methods And Applications", Academic Press, San Diego, CA (1990); Marshak et al., "Strategies for Protein Purification and Characterization -A Laboratory Course Manual" CSHL Press (1996); todas las cuales se incorporan por referencia como si se hubiesen expuesto por completo en el presente documento. A lo largo del presente documento se proporcionan otras referencias generales. Se cree que los procedimientos en estos se conocen bien en la técnica y se proporcionan por conveniencia del lector.
A menos que se definan de otro modo, todos los términos técnicos y científicos utilizados en este documento tienen el mismo significado que el normalmente entendido por un experto habitual en la materia a la cual pertenece esta invención. Aunque pueden usarse métodos y materiales similares o equivalentes a aquellos descritos en el presente documento en la puesta en práctica o la prueba de la presente invención, los métodos y materiales adecuados se describen a continuación.
5
15
25
35
45
55
65
EJEMPLO 1
Identificación de genes de tolerancia al estrés abiótico de monocotiledóneas
Los genes de tolerancia al estrés abiótico (ABST) se identificaron y validaron in vivo tal como se había descrito anteriormente en el documento WO 2004/104162 del presente cesionario. Se identificó una serie de genes de ABS de polipéptidos codificados de este modo de plantas dicotiledóneas (SEC ID Nº: 122-126 y 127-131, respectivamente). La exploración respecto de secuencias ortólogas se llevó a cabo en bases de datos genómicas de monocotiledóneas, NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov), y TIGR (http://www.tigr.org/) bases de datos de maíz, sorgo, arroz y cebada.
Los marcadores de secuencia expresados (EST) y las secuencias de ADNc se agruparon y ensamblaron usando el programa informático LEADS™ (Compugen) y se compararon con las bases de datos de TIGR (http://www.tigr.org/) de las monocotiledóneas anteriores. En su conjunto, el agrupamiento de 372.000 EST de maíz dio como resultado
41.990 grupos siendo 19.870 de estos únicos. En el sorgo se agruparon aproximadamente 190.000 EST en 39.000 agrupamientos, mientras que en la cebada 370.500 EST generaron 50.000 grupos diferentes representando cada un gen diferente. Se encontraron números similares de secuencias y genes agrupados en la base de datos genómica de arroz.
Se compiló un resumen de perfil de expresión digital para cada grupo de acuerdo con todas las palabras clave incluidas en los registros de secuencia que comprenden el agrupamiento. La expresión digital, también conocida como transferencia de Northern digital, es una herramienta que muestra el perfil de expresión virtual basado en las secuencias EST que forman el agrupamiento del gen. La herramienta puede proporcionar el perfil de expresión de un agrupamiento en términos de anatomía de la planta (en qué tejidos/órganos se expresa el gen), estado de desarrollo (los estados de desarrollo en los que puede encontrarse un gen) y el perfil de tratamiento (proporciona las condiciones fisiológicas en las que se expresa un gen, tales como sequía, frío, infecciones por patógenos, etc.). Dada una distribución al azar de los EST en los diferentes agrupamientos, la expresión digital proporciona un valor de probabilidad que describe la probabilidad de que un grupo tenga un total de N EST para que contenga X EST de una determinada colección de bibliotecas. Para los cálculos de probabilidad se tienen en consideración: a) el número de EST en el agrupamiento, b) el número de EST de las bibliotecas implicadas y relacionadas, c) el número total de EST disponibles que representan a la especie. De este modo las agrupaciones con valores de probabilidad bajos están altamente enriquecidos con EST del grupo de las bibliotecas de interés indicando una expresión especializada.
Los conceptos de ortología y paralogía se han aplicado recientemente a las caracterizaciones y clasificaciones funcionales en la escala de comparaciones de genoma completo. Los ortólogos y parálogos constituyen dos tipos principales de homólogos: Los primeros evolucionaron a partir de un ancestro común mediante especialización, y los últimos están relacionados mediante eventos de duplicación. Se asume que es probable que los parálogos que surgen a partir de sucesos de duplicación antiguos hayan divergido en su función mientras que es más probable que los ortólogos retengan una función idéntica a lo largo del tiempo evolutivo.
Para investigar e identificar adicionalmente los genes ortólogos putativos de ABST de especies de monocotiledóneas, se integraron dos métodos asistidos por ordenador:
- (i)
- Método para alineamientos de secuencias de ortólogos -el método se efectúa construyendo grupos de ortólogos ente diversos taxones eucariotas, usando modificaciones en algoritmo de agrupación de Markov para agrupar ortólogos y parálogos putativos. Estos ortólogos putativos se organizaron en un filograma, un diagrama ramificado (de árbol) que se supone que es una estimación de una filogenia de los genes.
- (ii)
- Método para generar un perfil de expresión de genes "Expresión digital" -Los presentes inventores han llevado a cabo un trabajo considerable dirigido a anotar secuencias. Los datos de expresión se analizaron y se clasificaron las librerías de EST usando un vocabulario fijo de términos propios, tales como tratamientos experimentales. Las anotaciones de todos los EST agrupados a un gen se analizaron estadísticamente comparando su frecuencia en la agrupación frente a su abundancia en la base de datos, permitiendo construir un perfil de expresión numérico y gráfico de ese gen, lo que se denomina "expresión digital".
El razonamiento para usar estos dos métodos complementarios se basan en la suposición de que los ortólogos auténticos tienen probabilidad de mantener una función idéntica a lo largo del tiempo evolutivo. Estos dos métodos (secuencia y patrón de expresión) proporcionan dos conjuntos diferentes de indicaciones de similitudes de función entre dos genes homólogos, similitudes a nivel de secuencia -aminoácidos idénticos en los dominios de proteína y similitud en los perfiles de expresión.
Cuando se compararon las secuencias de monocotiledóneas con los genes de ABST de tomate, los niveles de homología entre los genes de tomate y su mejor gen ortólogo de monocotiledóneas difirieron dramáticamente, variando del 45% al 88%. Además, el perfil de expresión in silico de los genes de monocotiledónea no siempre se ajusta a un gen implicado en la tolerancia a ABS. De este modo, se efectuó una búsqueda extensiva del ortólogo funcional de monocotiledóneas de cada gen de tomate (SEC ID Nº: 122-131).
En un intento para identificar los mejores ortólogos de los genes de ABST de tomate, se efectuaron dos conjuntos de análisis. En primer lugar, se compararon las secuencias de 5 genes de ABST de tomate (SEC ID Nº: 122-126) y sus secuencias polipeptídicas deducidas (SEC ID Nº: 127-131) con todas las proteínas putativas de monocotiledóneas, codificadas por secuencias de ADN de los grupos de genes mencionados anteriormente. La comparación se efectuó 5 a nivel de proteína en la búsqueda de una identidad mayor del 45 % a lo largo de la secuencia de proteína completa.
La tabla 1 a continuación muestra los mejores genes homólogos y su nivel de identidad con las proteínas de ABST de tomate. A continuación, estas proteínas de monocotiledóneas originarias de diferentes especies de monocotiledóneas (cebada, sorgo y maíz) se exploraron basándose en su patrón de expresión durante el desarrollo 10 de varias especies de monocotiledóneas. Esta exploración se basó en la expresión digital de los genes, tal como se describe anteriormente. La expresión digital representa la distribución de los EST que componen cada gen in silico y la desviación de la distribución real de la distribución al azar. Los genes se seleccionaron basándose en tres criterios: genes con mayor expresión en raíces, tallos y hojas y/o inducidos mediante tratamientos que representan condiciones de estrés en el suelo (sequía, salinidad, deficiencias del suelo). Un aumento en la expresión se
15 consideró únicamente en los casos donde era evidente un aumento de más de 2 veces (en relación a la distribución de EST al azar) con una probabilidad de significación menor de 0,05. La tabla 2 a continuación resume el perfil de expresión de los genes en diferentes órganos o tejidos y los tratamientos que desencadenan una elevación significativa en su nivel de expresión.
20 Tabla 1: Nivel de homología entre los genes ABST de tomate y sus genes homólogos de monocotiledóneas.
- SEC ID Nº del gen de tomate
- Nombre TIGR/n.º de ref. del gen homólogo Origen de planta Nivel de homología (valor de e) % de identidad (Porcentaje respecto de la secuencia completa de la proteína)
- 122
- TC104838 SEC ID Nº: 1 Sorgo 2E-70 88%
- TC103857
- Sorgo 2E-70 88%
- TC258871
- Maíz 1E-69 86%
- TC139195
- Cebada 5E-69 86%
- 123
- TC94284 SEC ID Nº: 3 Sorgo 3E-43 45%
- TC132394
- Cebada 6E-40 44%
- 124
- TC102291 SEC ID Nº: 5 Sorgo 1E-72 54%
- TC146720
- Cebada 3E-99 58%
- 125
- TC92953 SEC ID Nº: 7 Sorgo 7E-59 47%
- TC91426 SEC ID Nº: 9
- Sorgo 4E-98 74%
- TC91474
- Sorgo 5E-98 72%
- TC263205
- Maíz 2E-97 74%
- 126
- TC103772 SEC ID Nº: 11 Sorgo 1E-52 49%
- TC148356
- Cebada 1E-54 46%
- TC260731
- Maíz 1E-54 46%
Tabla 2: Perfil de expresión de los genes in silico homólogos de ABST representado por el análisis estadístico de su distribución de EST
- Nombre del gen homólogo
- Especie de planta Órganos/tejidos con la mayor expresión génica Factor de cambio (Todos los resultados son significativos en valor de P > 0,05) Tratamientos que inducen el nivel de expresión Factor de cambio (Todos los resultados son significativos en valor de P > 0,05)
- TC104838 SEC ID Nº: 1
- Sorgo Polen en estado pre-antesis 3 Etileno, sequía 2
- TC103857
- Sorgo Expresión diversa 2 Ninguno* Ninguno*
- Nombre del gen homólogo
- Especie de planta Órganos/tejidos con la mayor expresión génica Factor de cambio (Todos los resultados son significativos en valor de P > 0,05) Tratamientos que inducen el nivel de expresión Factor de cambio (Todos los resultados son significativos en valor de P > 0,05)
- TC258871
- Maíz Expresión diversa, preferentemente en la región de lignificación celular de las hojas 2 Ninguno* Ninguno*
- TC139195
- Cebada En diversos tejidos del grano 2-3,5 Ninguno Ninguno
- TC94284 SEC ID Nº: 3
- Sorgo Hojas, raíces durante la carga del fruto 4,5 2 Sequía, deficiencias de nitrógeno, acidez del suelo 4 2 2
- TC132394
- Cebada Hojas, coleoptilo principalmente durante el desarrollo del fruto 2,5 3 Ninguno Ninguno
- TC102291 SEC ID Nº: 5
- Sorgo Callo y suspensión celular 3 Estrés por salinidad y sequía 3
- TC146720
- Cebada Semillas, preferentemente en el embrión y escutelo durante la maduración 2 Estrés por frío, infección por Fusarium 3 3,5
- TC92953 SEC ID Nº: 7
- Sorgo hojas durante la carga del fruto 2 Sequía, Deficiencia de nitrógeno, salinidad (150 mM) 4 4 2,5
- TC91426 SEC ID Nº: 9
- Sorgo Raíces jóvenes 12 Etileno, etiolación, acidez del suelo 4 3 12
- TC91474
- Sorgo Plántula completa 2 Etiolación 16
- TC263205
- Maíz Sistema de raíz primario en estado de plántula 3 Sequía 2
- TC103772 SEC ID Nº: 11
- Sorgo Raíces jóvenes 2 Sequía, acidez del suelo 2 2
- TC148356
- Cebada Callo, hojas en el estado vegetativo 4,2 Infección por Blumeria graminis 2
- TC260731
- Maíz Raíz, preferentemente raíces primarias 2,5 Ninguno Ninguno
- Ninguno* -Ninguno de los tratamientos con una elevación significativa en la expresión digital podría considerarse como tratamiento con estrés de suelo
La combinación de la exploración anterior tal como se describe en la tabla 1 y la tabla 2 anteriores reveló la lista final de genes de monocotiledóneas que se predice que son las más relacionadas con los genes de ABST de tomate (SEC ID Nº: 1, 3, 5, 7, 9).
5 Las secuencias polinucleotídicas seleccionadas (tabla 3 a continuación) se analizaron respecto de la presencia de ORG usando el paquete informático Vector NTI (InforMax, R.U.) versión 6 (Hasting Software, Inc: www.generunner.com/). Los ORF identificados en cada una de estas secuencias polinucleotídicas se compararon con secuencias de las bases de datos de GenBank, usando Blast (www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/); el ORF que
10 mostraba la mayor homología con una secuencia o secuencias de GenBank se mapeó para identificar un codon de inicio de ATG. La posición del codon de inicio de ATG de este ORF se comparó entonces con la de la secuencia polinucleotídica identificada para verificar que cada una de las cinco secuencias descritas en el presente documento incluye un ORF de longitud completa y un codon de inicio de ATG (por lo tanto puede clasificarse como un "gen de ABST de monocotiledónea putativo").
15
Tabla 3
- Genes de ABST de monocotiledóneas
- SEC ID Nº: de ABST de tomate
- SEC ID Nº: de gen de ABST de monocotiledónea homólogo SEC ID Nº: de gen de ABST* optimizado artificialmente
- 122
- 1 156
- 123
- 3 157
- 124
- 5 158
- 125
- 7
- 125
- 9
- 126
- 11 159
- * -Descrito adicionalmente en el ejemplo 2 a continuación.
Los polipéptidos con una homología significativa con los genes de ABST de monocotiledóneas se han identificado a partir de las bases de datos del NCBI usando el programa informático BLAST (Tabla 4).
Tabla 4
- Homólogos de ABST
- SEC ID Nº: de gen putativo de ABST de monocotiledónea
- Homólogo de polipéptido de ABST, codificado por el número de referencia de TIGR/SEC ID Nº: Organismo de origen SEC ID Nº: de homólogo de polipéptido de ABST Homología en la secuencia polipeptídica (%)
- 1
- TC270110/160 Zea mays 13 100
- 1
- TC56855/161 Saccharum officinarum 14 100
- 1
- TC104838/162 sorgo 15 100
- 1
- TC57929/163 Saccharum officinarum 16 98
- 1
- TC103857/164 sorgo 17 98
- 1
- TC262554/165 Oryza sativa 18 98
- 1
- TC258871/166 Zea mays 19 97
- 1
- TC139195/167 Hordeum vulgare 20 96
- 1
- TC262556/168 Oryza sativa 21 95
- 1
- TC232174/169 Triticum aestivum 22 95
- 1
- TC232139/170 Triticum aestivum 23 95
- 1
- TC139194/171 Hordeum vulgare 24 95
- 1
- CA486561/172 Triticum aestivum 25 100
- 1
- TC258873/173 Zea mays 26 100
- 1
- CA187014/174 Saccharum officinarum 27 90
- Homólogos de ABST
- SEC ID Nº: de gen putativo de ABST de monocotiledónea
- Homólogo de polipéptido de ABST, codificado por el número de referencia de TIGR/SEC ID Nº: Organismo de origen SEC ID Nº: de homólogo de polipéptido de ABST Homología en la secuencia polipeptídica (%)
- 1
- TC233455/175 Triticum aestivum 28 96
- 1
- CF063450/176 Zea mays 29 98
- 1
- CA617041/177 Triticum aestivum 30 97,92
- 3
- TC94284/178 sorgo 31 100
- 3
- TC49791/179 Saccharum officinarum 32 96,23
- 180
- TC93449/180 sorgo 33 100
- 180
- TC49718/181 Saccharum officinarum 34 97,74
- 180
- TC49720/182 Saccharum officinarum 35 97,47
- 7
- TC92953/183 sorgo 36 100
- 7
- TC66617/184 Saccharum officinarum 37 90
- 7
- TC273860/185 Zea mays 38 91
- 7
- TC253191/186 Zea mays 39 90
- 11
- TC103772/187 sorgo 40 100
- 11
- TC272084/188 Zea mays 41 92
- 11
- TC60928/189 Saccharum officinarum 42 94
- 1
- TC5422/191, 190 canola 43 88
- 1
- TC904/191 canola 44 88
- 1
- TC121774/192 Solanum tuberosum 45 88
- 1
- TC40342/194, 193 Gossypium 46 88
- 1
- TC40115/194 Gossypium 47 88
- 1
- TC155918/196, 195 Lycopersicon esculentum 48 88
- 1
- TC154398/197, 196 Lycopersicon esculentum 49 88
- 1
- TC154397/198, 197 Lycopersicon esculentum 50 88
- 1
- TC153989/198 Lycopersicon esculentum 51 88
- 1
- TC120511/200, 199 Solanum tuberosum 52 88
- Homólogos de ABST
- SEC ID Nº: de gen putativo de ABST de monocotiledónea
- Homólogo de polipéptido de ABST, codificado por el número de referencia de TIGR/SEC ID Nº: Organismo de origen SEC ID Nº: de homólogo de polipéptido de ABST Homología en la secuencia polipeptídica (%)
- 1
- TC113582/201, 200 Solanum tuberosum 53 88
- 1
- TC112701/202, 201 Solanum tuberosum 54 88
- 1
- TC111912/202 Solanum tuberosum 55 88
- 1
- TC4674/203 Capsicum annum 56 88
- 1
- TC270923/204 Arabidopsis 57 87
- 1
- CD823817/205 canola 58 86
- 1
- TC526/206 canola 59 86
- 1
- TC525/207 canola 60 86
- 1
- BG442528/208 Gossypium 61 87
- 1
- TC33702/209 Gossypium 62 87
- TC32714/210
- Gossypium 63 87
- 1
- TC270782/211 Arabidopsis 64 87
- 1
- TC225449/212 Glycine max 65 87
- 1
- TC5255/213 Capsicum annum 66 88
- 1
- TC28221/214 Populus 67 84
- 1
- TC108140/215 Medicago 68 85
- 1
- TC28222/216 Populus 69 84
- 1
- TC94402/217 Medicago 70 84
- 1
- TC28223/218 Populus 71 83
- 1
- TC102506/219 Medicago 72 85
- 1
- NP890576/222 Oryza sativa 73 76
- 1
- TC280376/223 Oryza sativa 74 73
- 1
- CN009841/224 Triticum aestivum 75 75
- 1
- BI948270/225 Hordeum vulgare 76 75
- 1
- TC259334/226 Arabidopsis 77 75
- 1
- BQ767154/227 Hordeum vulgare 78 73
- 1
- TC60345/228 Saccharum officinarum 79 73
- 1
- TC138474/229 Hordeum vulgare 80 85
- Homólogos de ABST
- SEC ID Nº: de gen putativo de ABST de monocotiledónea
- Homólogo de polipéptido de ABST, codificado por el número de referencia de TIGR/SEC ID Nº: Organismo de origen SEC ID Nº: de homólogo de polipéptido de ABST Homología en la secuencia polipeptídica (%)
- 1
- TC41472/230 Populus 81 72
- 1
- BJ458177/231 Hordeum vulgare 82 72
- 1
- CB674176/232 Oryza sativa 83 82
- 1
- TC216405/233 Glycine max 84 88
- 1
- AJ777371/234 Populus 85 70
- 1
- CV019213/235 Tabaco 86 85
- 1
- CK215690/236 Triticum aestivum 87 80
- 1
- CD830784/237 canola 88 85
- 1
- CA624722/238 Triticum aestivum 89 85
- 1
- TC32906/239 Populus 90 76
- 1
- CR285127/240 Oryza sativa 91 89
- 1
- TC251945/241 Triticum aestivum 92 62,89
- 3
- TC132394/243 Hordeum vulgare 94 75
- 3
- TC267180/244 Triticum aestivum 95 77
- 3
- TC261921/245 Zea mays 96 87
- 3
- TC267181/246 Triticum aestivum 97 74
- 3
- TC261922/247 Zea mays 98 81
- 3
- TC267182/248 Triticum aestivum 99 73
- 180
- TC249531/249 Zea mays 100 87,89
- 180
- TC232170/250 Triticum aestivum 101 88,64
- 180
- TC146720/251 Hordeum vulgare 102 88,93
- 180
- TC249329/252 Oryza sativa 103 85,99
- 180
- TC249532/253 Zea mays 104 89,72
- 180
- TC232150/254 Triticum aestivum 105 86,18
- 180
- TC249330/256, 255 Oryza sativa 106 78,03
- 180
- CB672603/256 Oryza sativa 107 78,01
- Homólogos de ABST
- SEC ID Nº: de gen putativo de ABST de monocotiledónea
- Homólogo de polipéptido de ABST, codificado por el número de referencia de TIGR/SEC ID Nº: Organismo de origen SEC ID Nº: de homólogo de polipéptido de ABST Homología en la secuencia polipeptídica (%)
- 180
- TC32440/257 Gossypium 108 81
- 5
- TC119105/258 Solanum tuberosum 109 72
- 7
- TC247999/259 Triticum aestivum 110 78
- 7
- TC247359/260 Triticum aestivum 111 77
- 7
- TC132566/261 Hordeum vulgare 112 77
- 7
- TC248676/262 Triticum aestivum 113 74
- 7
- TC249667/263 Oryza sativa 114 77
- 7
- TC66618/264 Saccharum officinarum 115 88
- 11
- TC253495/282 Oryza sativa 116 79,3
- 11
- TC267485/283 Triticum aestivum 117 77
- 11
- TC148621/284 Hordeum vulgare 118 76
- 11
- TC275474/285 Oryza sativa 119 85
- 9
- TC275473/265 Oryza sativa 139 90,53
- 9
- TC224823/266 Glycine max 140 75
- 9
- TC234990/267 Triticum aestivum 141 74
- 9
- TC266178/268 Triticum aestivum 142 73
- 9
- TC119051/269 Solanum tuberosum 143 83
- 9
- TC56409/270 Saccharum officinarum 144 75
- 9
- TC35873/271 Populus 145 80
- 9
- TC119052/272 Solanum tuberosum 146 82
- 9
- TC112169/274 Solanum tuberosum 148 84
- 9
- TC254696/276, 275 Zea mays 149 79
- 9
- TC254696/276 Zea mays 150 82
- 9
- TC248906/277 Oryza sativa 151 77
5
15
25
35
45
55
65
La transformación de plantas To se efectuó invirtiendo cada planta en suspensión de Agrobacterium, de tal forma que el tejido vegetal por encima del suelo se sumergió durante 3-5 segundos. Cada planta To inoculada se colocó inmediatamente en una bandeja de plástico, después se cubrió con una cubierta de plástico transparente para mantener la humedad y se mantuvo en la oscuridad a temperatura ambiente durante 18 horas, para facilitar la infección y la transformación. Las plantas transformadas (transgénicas) se destaparon y se transfirieron a un invernadero para su recuperación y maduración. Las plantas transgénicas To se cultivaron en el invernadero durante 3-5 semanas hasta que las silicuas estaban marrones y secas. Se cosecharon las semillas de las plantas y se mantuvieron a temperatura ambiente hasta la siembra.
Para generar plantas transgénicas de T1 y T2 que portaban los genes, las semillas recogidas de plantas To transgénicas se esterilizaron superficialmente empapándolas en etanol al 70 % durante 1 minuto, seguido de empapamiento en hipoclorito de sodio al 5 % y triton al 0,05% durante 5 minutos. Las semillas esterilizadas superficialmente se lavaron exhaustivamente en agua destilada estéril y después se colocaron en placas de cultivo que contenían medio Murashige-Skoog de fuerza media (Duchefa); sacarosa al 2%; agar de plantas al 0,8%; kanamicina 50 mM; y carbenicilina 200 mM (Duchefa). Las placas de cultivo se incubaron a 4 °C durante 48 horas y después se transfirieron a una sala de cultivo a 25 °C durante una semana adicional de incubación. Las plantas de Arabidopsis de T1 vitales se transfirieron a placas de cultivo nuevas durante otra semana de incubación. Después de incubar, las plantas de T1se retiraron de las placas de cultivo y se plantaron en mezcla de cultivo contenida en macetas de 250 ml. Se dejaron crecer las plantas transgénicas en un invernadero hasta su madurez. Las semillas cosechadas de T1 se cultivaron hasta la madurez como plantas de T2 en las mismas condiciones usadas para cultivar y crecer las plantas de T1.
EJEMPLO 7
Evaluación de la germinación de plantas transgénicas cultivadas en condiciones de estrés abiótico
La tolerancia al estrés por salinidad u osmótico se dirige a identificar genes que confieren una mejor germinación, vigor de la plántula o crecimiento con alta salinidad, sequía o una combinación de estos y otros estreses ambientales. Las plantas difieren en su tolerancia a la sal (NaCl) dependiendo de su estadío de desarrollo, por lo tanto, se evalúan la germinación de la semilla, el vigor de la plántula y las respuestas al crecimiento de la planta.
Se efectúa una prueba de tolerancia a la salinidad tomando plantas en diferentes estados de desarrollo e irrigándolas con concentraciones crecientes de NaCl (por ejemplo, 50 mM, 100 mM, 200 mM, 400 mM). Las plantas transgénicas se comparan con plantas de control en cuanto a su apariencia fenotípica externa, grado de marchitamiento, y éxito general para alcanzar la madurez y rendir una descendencia a concentraciones inhibidoras para las plantas de control. Los parámetros cuantitativos de tolerancia medidos son como para el caso anterior el peso medio húmedo y seco, y el peso de las semillas producidas, el tamaño medio de las semillas y el número de semillas producidas por planta. Los ensayos de estrés osmótico (incluyendo ensayos de NaCl y de manitol) se llevan a cabo para determinar si un fenotipo tolerante al estrés osmótico es específico de NaCl o si es un fenotipo relacionado con el estrés osmótico en general. Las plantas tolerantes al estrés osmótico son en general más tolerantes a la sequía, a la salinidad y a las condiciones heladas y por lo tanto son muy valiosas en cuanto a sus rasgos agrícolas.
Métodos:
El método usado para ensayar las plantas respecto de la tolerancia al estrés abiótico incluye la prueba de la germinación y de crecimiento de la plántula en condiciones adversas, tales como alta salinidad y alta osmoticidad.
Ensayo de germinación -Las pruebas de germinación comparan el porcentaje de semillas de plantas transgénicas que pueden completar el proceso de germinación (protrusión de la radícula desde la envuelta de la semilla y la apertura completa de los cotiledones) al porcentaje de semillas de plantas de control tratadas del mismo modo. La evaluación de la germinación y vigor de la plántula se lleva a cabo durante tres semanas después de plantar. Para medir la germinación y el crecimiento de la plántula, las plantas de T2 se esterilizan superficialmente y se siembran individualmente en placas de agar cuadradas que contienen, por ejemplo, medio basal solidificado suplementado con alta salinidad (por ejemplo, 50 mM, 100 mM, 200 mM, 400 mM) o alta osmoticidad (por ejemplo, 50 mM, 100 mM, 200 mM, 400 mM de manitol). El medio basal es medio Murashige-Skoog al 50 % (MS) + vitaminas suplementado con agar de planta al 0,8 % como agente solidificante. Después de la siembra, las placas se transfieren durante 2-3 días a 4 °C para su estratificación y después se cultivan durante tres semanas.
Para seguir la germinación y crecimiento en condiciones adversas las placas se exploran manualmente o automáticamente y se determina el tamaño de la planta. Pueden analizarse de cinco a diez eventos a partir de cada construcción. Las plantas que expresan los genes de esta invención se comparan con plantas de control sembradas en las mismas placas en las mismas condiciones o con la medida media de todas las construcciones, semillas y eventos sembrados.
planta de los diferentes eventos en los diferentes instantes. Los eventos 1, 2, 3 y 4 son significativamente más tolerantes a la osmoticidad (p < 0,05). Otras construcciones de esta solicitud también protegen a las plantas de los efectos de la alta osmoticidad. De nuevo, cuatro de cinco eventos de transformación independientes que expresaban la SEC ID Nº: 159 mostraron una capacidad significativamente aumentada para crecer en condiciones de alta osmoticidad (tabla 5 a continuación, filas 6-10). Además, uno de los eventos que expresaban la SEC ID Nº: 158 mostró una tolerancia significativamente alta a la alta osmoticidad que sus correspondientes plantas de control.
Tabla 5
- Media LS de plantas transgénicas de Arabidopsis de T2 cultivadas en presencia de manitol 210 mM
- Número de fila
- Transgén (SEC ID Nº) n.º de evento Número de plantas ensayadas Media de mínimos cuadrados de áreas medidas (cm2) Error estándar
- 1
- 156 Evento 1 n = 6 0,1635 0,0091
- 2
- 156 Evento 2 n = 6 0,1566 0,0091
- 3
- 156 Evento 3 n = 6 0,1547 0,0091
- 4
- 156 Evento 4 n = 6 0,1480 0,0091
- 5
- CONTROL de eventos 1-4 SEC ID Nº: 156 y evento 1, SEC ID Nº: 158 - n = 6 0,1150 0,0091
- 6
- 159 Evento 1 n = 6 0,1141 0,0050
- 7
- 159 Evento 2 n = 6 0,1104 0,0050
- 8
- 159 Evento 3 n = 6 0,1020 0,0050
- 9
- 159 Evento 4 n = 6 0,0824 0,0050
- 10
- CONTROL de eventos 1-4 SEC ID Nº: 159 - n = 6 0,0681 0,0050
- 11
- 158 Evento 1 n = 6 0,1703 0,0090
10 Los resultados de las pruebas de tolerancia a la salinidad se resumen en la tabla 6 a continuación. Tal como se detalla en la tabla 6 (filas 1-4), tres eventos transgénicos independientes con una construcción que contenía a la SEC ID Nº: 156 mostraron una tolerancia significativamente mayor al estrés por salinidad que las plantas de control en el experimento (p < 0,05). Se obtuvieron resultados similares con plantas que expresaban a la SEC ID Nº: 159. También en este caso, tres eventos transgénicos diferentes mostraron una tolerancia aumentada significativa al
15 estrés por salinidad en comparación con sus plantas de control coincidentes (véase la tabla 6, filas 5-9).
Tabla 6 5
- Media LS de plantas transgénicas de Arabidopsis de T2 cultivadas en presencia de NaCl 150 mM
- Número de fila
- Transgén (SEC ID Nº) Promotor Número de plantas ensayada s Media de mínimos cuadrados de áreas medidas (cm2) Error estándar
- 1
- 156 Evento 1 n = 6 0,3146 0,0112
- 2
- 156 Evento 2 n = 6 0,2459 0,0112
- 3
- 156 Evento 3 n = 6 0,2445 0,0112
- 4
- CONTROL de todos los eventos SEC ID Nº: 156 - n = 48 0,2165 0,003722
- 5
- 159 Evento 1 n = 6 0,2541 0,0110
- 6
- CONTROL de evento 1 SEC ID Nº: 159 - n = 6 0,2154 0,0110
- 7
- 159 Evento 2 n = 6 0,2278 0,0122
10
15
20
25
30
35
40
45
50
- Media LS de plantas transgénicas de Arabidopsis de T2 cultivadas en presencia de NaCl 150 mM
- Número de fila
- Transgén (SEC ID Nº) Promotor Número de plantas ensayada s Media de mínimos cuadrados de áreas medidas (cm2) Error estándar
- 8
- 159 Evento 3 n = 6 0,2261 0,0122
- 9
- CONTROL de evento 2 y evento 3 SEC ID Nº: 159 - n = 6 0,1906 0,0122
Se llevaron a cabo experimentos independientes para evaluar la capacidad de las construcciones para proporcionar salinidad y alta tolerancia osmótica como parte de este estudio. Se encontró que los genes protegían a las plantas transgénicas contra los efectos perjudiciales de ambos estreses. Estos resultados tomados en su conjunto demuestran claramente la capacidad de los genes y construcciones incluidas en la presente solicitud para proporcionar tolerancia al estrés abiótico.
Ejemplo 9
Evaluación de cambios en la arquitectura de la raíz debido a la expresión de genes de ABST de monocotiledónea
Muchos rasgos clave en la agricultura moderna pueden explicarse mediante cambios en la arquitectura de la raíz. El tamaño de la raíz y la profundidad se correlaciona con la tolerancia a la sequía y la eficacia del uso de fertilizante. Los sistemas radiculares profundos pueden acceder al agua almacenada en capas de suelo más profundas. De manera similar, un sistema radicular altamente ramificado proporciona una mejor cobertura del suelo y por lo tanto puede absorber de manera eficaz todos los macro y micronutrientes disponibles, dando como resultado una eficacia potenciada del uso de fertilizante. Para probar si las plantas transgénicas producen una estructura radicular diferente, las plantas se cultivan en placas de agar situadas verticalmente. Las placas se fotografían cada pocos días y se evalúa el tamaño, la longitud y el área abarcada por las raíces de las plantas. A partir de cada construcción creada, se comprueban varios eventos de transformación independientes. Para evaluar diferencias significativas entre características radiculares, es posible aplicar ANOVA de una y dos vías usando la prueba de la t de Student o la prueba de HSD de Turkey para identificar los eventos que muestran características radiculares sobresalientes y para proporcionar una puntuación estadística a los hallazgos (véase el ejemplo 8 anterior).
Ejemplo 10
Aumento de biomasa de las plantas transgénicas de la presente invención
Las plantas transgénicas de T1 o T2 generadas tal como se describe anteriormente se trasplantan individualmente a macetas que contienen una mezcla de crecimiento de turba y vermiculita (relación de volumen 3:2, respectivamente). Las macetas se cubren durante un periodo de 24 h para el fortalecimiento, después se colocan en el invernadero en un orden completamente aleatorio y se irrigan con agua corriente (proporcionada a través del fondo de la maceta cada 3-5 días) durante siete días. A continuación, se irriga a la mitad de las plantas con una solución salina (NaCl 100 mM y CaCl2 5 mM) para inducir el estrés por salinidad (condiciones de estrés). La otra mitad de las plantas sigue irrigándose con agua corriente (condiciones normales). Todas las plantas se cultivan en el invernadero con una HR del 100 % durante 28 días, después se cosechan (el tejido en la superficie) se pesan (inmediatamente o después de secarlas en un horno a 50°C durante 24 h).
Se apreciará que determinadas características de la invención, que por claridad se describen en el contexto de realizaciones separadas, también pueden proporcionarse en combinación en una sola realización. Por el contrario, diversas características de la invención, que por brevedad, se describen en el contexto de una sola realización, también pueden proporcionarse por separado o en cualquier combinación adecuada.
Referencias citadas
(Se citan referencias adicionales anteriormente en el presente documento)
- 1.
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- 2.
- www.fao.org/ag/agl/aglw/watermanagement/introduc.stm
- 3.
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884.
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-
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