EA032330B1 - Способ обнаружения инфекции h. pylori - Google Patents

Способ обнаружения инфекции h. pylori Download PDF

Info

Publication number
EA032330B1
EA032330B1 EA201690151A EA201690151A EA032330B1 EA 032330 B1 EA032330 B1 EA 032330B1 EA 201690151 A EA201690151 A EA 201690151A EA 201690151 A EA201690151 A EA 201690151A EA 032330 B1 EA032330 B1 EA 032330B1
Authority
EA
Eurasian Patent Office
Prior art keywords
protein
fragment
ru1op
hook
ε1ίό
Prior art date
Application number
EA201690151A
Other languages
English (en)
Other versions
EA201690151A1 (ru
Inventor
Маркус Герхард
Бенам Калали
Люка Формичелла
Мохаммед Халифе-Голи
Original Assignee
Технише Университат Мюнхен
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Технише Университат Мюнхен filed Critical Технише Университат Мюнхен
Publication of EA201690151A1 publication Critical patent/EA201690151A1/ru
Publication of EA032330B1 publication Critical patent/EA032330B1/ru

Links

Classifications

    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/569Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
    • G01N33/56911Bacteria
    • G01N33/56922Campylobacter
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/12Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria
    • C07K16/1203Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria from Gram-negative bacteria
    • C07K16/121Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria from Gram-negative bacteria from Helicobacter (Campylobacter) (G)
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2469/00Immunoassays for the detection of microorganisms
    • G01N2469/20Detection of antibodies in sample from host which are directed against antigens from microorganisms

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Electrochemistry (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)

Abstract

Изобретение относится к способу обнаружения инфекции Н. pylori у субъекта, а также соответствующему набору, при этом указанный способ включает обнаружение в образце, полученном от указанного субъекта, иммунного ответа, направленного против FliD, при этом указанный иммунный ответ включает антитело против FliD. Указанный способ включает осуществление реакции указанного образца с FliD или фрагментом FliD, причём указанный фрагмент имеет аминокислотную последовательность, которая достаточно длинная, чтобы было можно идентифицировать указанный фрагмент как фрагмент FliD и исключить то, что указанный фрагмент представляет собой фрагмент белка или полипептида, отличного от FliD, и при этом указанный образец выбран из группы, состоящей из сыворотки крови, плазмы крови, цельной крови и кала.

Description

Изобретение относится к способу обнаружения инфекции Η. ρνίοπ у субъекта, а также соответствующему набору, при этом указанный способ включает обнаружение в образце, полученном от указанного субъекта, иммунного ответа, направленного против Е1Ю, при этом указанный иммунный ответ включает антитело против Εΐίϋ. Указанный способ включает осуществление реакции указанного образца с Е1Ю или фрагментом Εΐίϋ, причём указанный фрагмент имеет аминокислотную последовательность, которая достаточно длинная, чтобы было можно идентифицировать указанный фрагмент как фрагмент Е1Ю и исключить то, что указанный фрагмент представляет собой фрагмент белка или полипептида, отличного от Е1Ю, и при этом указанный образец выбран из группы, состоящей из сыворотки крови, плазмы крови, цельной крови и кала.
Настоящее изобретение относится к способу обнаружения инфекции Не11соЬас!ег, в частности инфекции Н. ру1ог1, применению иммунного ответа в качестве биомаркера и набору для применения в способе обнаружения инфекции Не11соЬас!ег, в частности инфекции Н. ру1оп.
НейсоЬас!ет ру1оп (Н. ру1оп) - микроаэрофильная, грамотрицательная бактерия, имеющая форму спириллы, присутствующая приблизительно у половины населения земли и считающаяся специфичным для человека патогеном желудка (М1сйе!б, е! а1., 1999). У большинства зараженных индивидуумов развивается бессимптомный хронический гастрит. Однако у некоторых субъектов инфекция вызывает хронический гастрит, пептическую язву и атрофию и играет важную роль в развитии лимфомы лимфоидных тканей слизистых оболочек (МАЬТ-лимфомы), аденокарциномы желудка и первичной неходжкинской лимфомы желудка (8идапита, е! а1., 2001).
Всемирная организация здравоохранения отнесла Н. ру1ог1 к канцерогену группы I (Со!о, е! а1., 1999), и прямое доказательство канцерогенеза было продемонстрировано в ходе исследований на животных (Нопба, е! а1., 1998; Т. ^а!апаЬе, е! а1., 1998). Эрадикация Н. ру1ог1 может предотвратить развитие рака желудка у людей (Иетцта, е! а1., 2001). Рассматривались стратегии диагностика и лечение в популяциях с высоким риском рака желудка (Уатаока, е! а1., 1998). Однако подобный подход затруднен недостатком эффективных и доступных тест-систем, в особенности в странах с более низким социальноэкономическим положением. В таких странах применяют только серологические тесты, большинство из которых имеет такой недостаток, как низкие рабочие характеристики, или они плохо валидированы. В отношении серологических тестов на Н. ру1ог1 известны и описаны несколько специфичных единичных маркеров. Эти факторы применяют во многих диагностических подходах, но практически все из них имеют значительные ограничения, которые делают их непригодными для диагностики Н. ру1отк Например, цитотоксин-ассоциированный белок (СадА) является очень хорошо изученным белком Н. ру1ог1. Его кодирует сад-РА1 (островок патогенности цитотоксин-ассоциированного гена), и указанный белок описывают как онкогенный (Етапсо, е! а1., 2005; Мита!а-Кат1уа, е! а1., 2007). Этот белок также является высоко иммунногенным антигеном, из-за этого его часто используют как маркер для серологических тестов. Положительную пробу на СадА можно применять как индикатор вирулентности Н. ру1ог1, в связи с тем, что люди, инфицированные СадА-положительными штаммами, имеют повышенный риск развития гастродуоденальных заболеваний. Однако данный белок не походит в качестве единственного маркера, так как только подгруппа штаммов Н. ру1ог1 является СадА-положительными. Более того, положительная проба на СадА не является отличительным признаком инфекции в активной форме, так как у пациентов после избавления от Н. ру1ог1 сохраняются антитела к СадА в течение многих лет (Еиксош, е! а1., 1999). Таким образом, в серологических тестах этот белок всегда нужно комбинировать с другими подходящими антигенами, чтобы подтвердить положительный результат. Другим хорошо изученным белком Н. ру1ог1 является вакуолизирующий цитотоксин (УасА). Сообщалось, что он вызывает вакуолизацию в клетках, подвергнутых воздействию супернатантов Н. ру1ог1 или очищенного белка (Соует & В1а§ег, 1992). Ген уасА кодирует протоксин массой 140 кДа, в котором аминоконцевая сигнальная последовательность и фрагмент на карбоксильном конце протеолитически отщепляются в ходе секреции, в результате чего образуется активный белок с молекулярной массой 88 кДа, который собирается в гексамеры и образует пору (Моп!есиссо & бе Ветпатб, 2003). Данный белок состоит из двух разных областей. Сигнальная последовательность (§1а, §1Ь, §2) и средняя область (т1, т2), обе имеющие множество аллельных вариаций, которые вероятно регулируют цитотоксическую активность (АШейоп, е! а1., 1995). По причине повышенной вариабельности белка УасА он является непригодным для серологического тестирования.
Другой хорошо изученный белок Н. ру1ог1, СгоЕЬ, относится к семейству молекулярных шаперонов, которые необходимы для правильной укладки (фолдинга) многих белков в условиях стресса (Оипп, е! а1., 1992). В ходе различных исследований было показано, что этот белок является высококонсервативным среди различных штаммов Н. ру1ог1 и что его положительная серологическая реакция у инфицированных пациентов была даже выше, чем для СадА (МассЫа, е! а1., 1993; 8иегЬаит, е! а1., 1994). Кроме того, в ходе исследований, выполненных авторами настоящего изобретения, наблюдали, что положительную серологическую пробу по СгоЕЬ чаще обнаруживали у немецких пациентов с раком желудка по сравнению с аналогичными контрольными группами (неопубликованные данные). Кроме того, предполагается, что антитела против СгоЕЬ могут сохраняться дольше после связанной с болезнью потери инфекции Н. ру1ог1. Таким образом, СгоЕЬ может быть подходящим маркером для текущей или прошедшей инфекции и может помочь преодолеть занижение оценки риска развития связанного с Н. ру1ог1 рака желудка из-за клиренса инфекции (Сао е! а1., 2009).
Таким образом, проблемой, лежащей в основе настоящего изобретения, было обеспечение способа обнаружения инфекции Н. ру1ог1 с высокой чувствительностью и/или высокой специфичностью. Другой проблемой, лежащей в основе настоящего изобретения, было обеспечение анализа, который по сравнению с известными анализами, приводит к меньшему количеству ложноположительных и ложноотрицательных результатов, в частности, при подходах популяционного масштаба. Дополнительной проблемой, лежащей в основе настоящего изобретения, было обеспечение средства для осуществления указанных способов и анализов соответственно. Еще одной дополнительной проблемой, лежащей в основе настоя
- 1 032330 щего изобретения, было обеспечение биомаркера для пациентов, инфицированных Н. ργίοτί, при этом указанный биомаркер предпочтительно не проявляет никакой перекрестной реактивности с другими бактериями и любыми белками, пептидами или молекулами нуклеиновой кислоты, кодирующими, в частности, такие белки и пептиды.
Эти и другие проблемы, лежащие в основе настоящего изобретения, решены посредством сущности настоящего изобретения, изложенного в прилагаемых независимых пунктах формулы изобретения. Предпочтительные варианты реализации могут быть взяты из прилагающихся зависимых пунктов формулы изобретения.
Эти и другие проблемы, лежащие в основе настоящего изобретения, также решены посредством следующих вариантов реализации изобретения.
Вариант реализации 1.
Способ обнаружения инфекции Н. ργίοτί у субъекта, при этом указанный способ включает обнаружение в образце, полученном от указанного субъекта, иммунного ответа, направленного против ΕΙίΌ или фрагмента ΕΙίΌ, причём указанный фрагмент имеет аминокислотную последовательность, которая достаточно длинная, чтобы было можно идентифицировать указанный фрагмент как фрагмент ΕΙίΌ и исключить то, что указанный фрагмент представляет собой фрагмент белка или полипептида, отличного от Είίϋ, и при этом указанный образец выбран из группы, состоящей из сыворотки крови, плазмы крови, цельной крови и кала.
Вариант реализации 2.
Способ по варианту реализации 1, в котором если в образце от указанного субъекта обнаруживают иммунный ответ, направленный против ΕΙίΌ, то указанный субъект страдает от инфекции Н. ργίοτί, или указанный субъект перенес в прошлом инфекцию Н. ργίοτί.
Вариант реализации 3.
Способ по любому из вариантов реализации 1. 2, в котором если в образце от указанного субъекта не обнаруживают иммунный ответ, направленный против ΕΙίΌ, то указанный субъект не страдает от инфекции Н. ργίοτί.
Вариант реализации 4.
Способ по любому из вариантов реализации 1, 2, в котором если в образце от указанного субъекта не обнаруживают иммунный ответ, направленный против ΕΙίΌ, то указанный субъект перенес в прошлом инфекцию Н. ργίοτί.
Вариант реализации 5.
Способ по любому из вариантов реализации 1-4, в котором указанный иммунный ответ, направленный против ΕΙίΌ, является гуморальным иммунным ответом против ΕΙίΌ, предпочтительно ответ с участием анти-ΕΙίΌ антител.
Вариант реализации 6.
Способ по варианту реализации 5, в котором указанный иммунный ответ, направленный против ΕΙίΌ, является гуморальным иммунным ответом против ΕΙίΌ и при этом гуморальный иммунный ответ против ΕΙίΌ включает по меньшей мере одно антитело против ΕΙίΌ, выбранное из группы, включающей антитело 1дС и антитело 1дА.
Вариант реализации 7.
Способ по варианту реализации 5, в котором указанный иммунный ответ, направленный против ΕΙίΌ, является иммунным ответом с образованием анти-ΕΙίΌ антител и при этом иммунный ответ с образованием анти-ΕΙίΌ антител включает по меньшей мере одно антитело против ΕΙίΌ, выбранное из группы, включающей антитело 1дС и антитело 1дА.
Вариант реализации 8.
Способ по любому из вариантов реализации 1-7, в котором указанный субъект инфицирован Н. ργίοτί, экспрессирующим ΕΙίΌ.
Вариант реализации 9.
Способ по любому из вариантов реализации 1-8, в котором указанный субъект отличается от субъекта, который является иммуносупрессированным, предпочтительно указанный субъект отличается от субъекта, который получает иммуносупрессивную терапию.
Вариант реализации 10.
Способ по любому из вариантов реализации 1-9, в котором указанный способ дополнительно включает обнаружение одного или более антигенов Н. ργίοτί.
Вариант реализации 11.
Способ по варианту реализации 10, в котором один или несколько антигенов Н. ργίοτί выбраны из группы, включающей СадА, УасА, СгоЕС Ηρ 0231, ΙΗρ 0940 и ΗίτΑ.
Вариант реализации 12.
Способ по любому из вариантов реализации 1-11, в котором указанный способ включает вступление в реакцию образца с ΕΙίΌ или указанным фрагментом ΕΙίΌ.
Вариант реализации 13.
Способ по варианту реализации 13, в котором указанный способ включает вступление в реакцию
- 2 032330 указанного образца с полноразмерным ΕΙίΌ или фрагментом Ε1ίΌ, причём указанный фрагмент имеет аминокислотную последовательность, которая короче, чем аминокислотная последовательность полноразмерного ΕΙίΌ, при этом фрагмент ΕΙίΌ все еще активен как фактор вирулентности.
Вариант реализации 14.
Способ по любому из вариантов реализации 12-13, в котором иммунный ответ, направленный против ΕΙίΌ, содержит по меньшей мере одно из гуморальных соединений, способных взаимодействовать с ΕΙίΌ, и клеточное соединение, способное взаимодействовать с ΕΙίΌ, при этом по меньшей мере одно гуморальное соединение и/или клеточное соединение взаимодействует с ΕΙίΌ, предпочтительно по меньшей мере одно гуморальное соединение и/или клеточное соединение, взаимодействующее с ΕΙίΌ, образует продукт взаимодействия с ΕΙίΌ или указанным фрагментом ΕΙίΌ.
Вариант реализации 15.
Способ по варианту реализации 14, в котором указанный иммунный ответ, направленный против ΕΙίΌ, является гуморальным иммунным ответом против ΕΙίΌ и при этом в результате гуморального иммунного ответа против ΕΙίΌ образуется продукт взаимодействия с ΕΙίΌ или указанным фрагментом ΕΙίΌ.
Вариант реализации 16.
Способ по варианту реализации 14, в котором иммунный ответ, направленный против ΕΙίΌ, является иммунным ответом с образованием анти-ΕΙίΌ антител и в котором в результате иммунного ответа с образованием анти-ΕΙίΌ антител образуется продукт взаимодействия с белком ΕΙίΌ или указанным фрагментом ΕΙίΌ.
Вариант реализации 17.
Способ по варианту реализации 14, в котором иммунный ответ, направленный против ΕΙίΌ, включает по меньшей мере образование одного антитела против ΕΙίΌ и при этом антитело против ΕΙίΌ образует продукт взаимодействия с ΕΙίΌ.
Вариант реализации 18.
Способ по любому из вариантов реализации 14-17, в котором обнаруживают продукт взаимодействия.
Вариант реализации 19.
Способ по варианту реализации 18, в котором указанный продукт взаимодействия обнаруживают напрямую.
Вариант реализации 20.
Способ по варианту реализации 18, в котором указанный продукт взаимодействия обнаруживают косвенно.
Вариант реализации 21.
Способ по любому из вариантов реализации 1-20, в котором обнаружение происходит посредством твердофазного иммуноферментного анализа (ЕЬ18Л) или линейного иммуноанализа.
Вариант реализации 22.
Способ по любому из вариантов реализации 1-20, в котором обнаружение происходит посредством анализа латерального растекания.
Вариант реализации 23.
Способ по любому из вариантов реализации 1-22, в котором образец выбран из группы, включающей сыворотку, плазму и цельную кровь.
Вариант реализации 24.
Способ по любому из вариантов реализации 1-23, в котором указанным субъектом является человек.
Вариант реализации 25.
Способ по варианту реализации 24, в котором ΕΙίΌ, вступающий в реакцию с образцом, является ΕΙίΌ Н. ру1оп.
Вариант реализации 26.
Способ по варианту реализации 25, в котором ΕΙίΌ включает аминокислотную последовательность согласно 8ЕО ΙΌ N0: 1.
Вариант реализации 27.
Способ по любому из вариантов реализации 1-23, в котором указанным субъектом является свинья. Вариант реализации 28.
Способ по варианту реализации 27, в котором Ε1ίΌ, вступающий в реакцию с образцом, является ΕΙίΌ Н. 5Ш5.
Вариант реализации 29.
Способ по варианту реализации 28, в котором ΕΙίΌ включает аминокислотную последовательность согласно 8Е0 ΙΌ N0: 3.
Вариант реализации 30.
Способ по любому из вариантов реализации 1-23, в котором указанным субъектом является кошка. Предпочтительно указанная кошка выбрана из группы, включающей домашнюю кошку, дикую кошку, малую кошку и большую кошку.
- 3 032330
Вариант реализации 31.
Способ по варианту реализации 30, в котором Ρ1ίΌ, вступающий в реакцию с образцом, является белком ΡΙίΌ бактерии Н. Гебе.
Вариант реализации 32.
Способ по варианту реализации 31, в котором ΡΙίΌ включает аминокислотную последовательность согласно 8Еф ΙΌ N0: 5.
Вариант реализации 33.
Способ по любому из вариантов реализации 1-32, в котором чувствительность способа обнаружения инфекции Н. ρνίοπ у человека составляет более 90% и/или 97% или менее.
Вариант реализации 34.
Способ по любому из вариантов реализации 1-33, в котором специфичность способа обнаружения инфекции Н. ρνίοπ у человека составляет более 90% и/или 99% или менее.
Вариант реализации 35.
Применение присутствия у субъекта иммунного ответа, направленного против ΡΙίΌ, в качестве биомаркера.
Вариант реализации 36.
Применение согласно варианту реализации 35, при котором указанный биомаркер является биомаркером инфицирования субъекта Н. ρνίοπ.
Вариант реализации 37.
Применение согласно любому из вариантов реализации 35, 36, при котором указанный биомаркер является биомаркером инфицирования субъекта Н. ρνίοπ. при этом указанным субъектом является человек.
Вариант реализации 38.
Применение любого из вариантов реализации 35-37, при котором указанный биомаркер является прогностическим биомаркером.
Вариант реализации 39.
Применение любого из вариантов реализации 35-38, при котором указанный иммунный ответ является гуморальным иммунным ответом против ΡΙίΌ.
Вариант реализации 40.
Применение любого из вариантов реализации 35-39, при котором указанный иммунный ответ является иммунным ответом против белка ΡΙίΌ с образованием анти-ΡΙίΌ антител.
Вариант реализации 41.
Набор для применения в способе согласно любому из вариантов реализации 1, 7, 13, 21-23, включающий белок ΡΙίΌ или его фрагмент и твёрдую фазу, при этом ΡΙίΌ или его фрагмент прикреплены к указанной твёрдой фазе, где указанный фрагмент имеет аминокислотную последовательность, которая короче, чем аминокислотная последовательность полноразмерного ΡΙίΌ, при этом фрагмент ΡΙίΌ все еще активен как фактор вирулентности.
Вариант реализации 42.
Набор по варианту реализации 41, в котором по меньшей мере один дополнительный компонент выбран из группы, включающей буфер и/или листок-вкладыш с инструкцией.
Вариант реализации 43.
Набор по любому из вариантов реализации 41, 42, в котором ΡΙίΌ является полноразмерным белком ΡΙίΌ.
Вариант реализации 44.
Набор по любому из вариантов реализации 41, 42, в котором ΡΙίΌ включает аминокислотную последовательность и в котором указанная аминокислотная последовательность выбрана из группы, включающей аминокислотную последовательность согласно 8Еф ΙΌ N0: 1, аминокислотную последовательность согласно 8Еф ΙΌ N0: 3 и аминокислотную последовательность согласно 8Еф ΙΌ N0: 5.
Вариант реализации 45.
Набор по любому из вариантов реализации 41-44, в котором указанный набор подходит для применения или служит для применения в способе обнаружения инфекции Η.ρνίοπ у субъекта.
Вариант реализации 46.
Набор по варианту реализации 45, в котором указанный набор подходит для применения или служит для применения в способе по любому из вариантов реализации 1-34.
Авторы настоящего изобретения неожиданно обнаружили, что ΡΙίΌ, который является белком, также называемым гомолог ассоциированного с крюком белка 2, представляет собой маркер инфицирования субъекта Не11соЬас1ег и Н. ρνίοπ в частности. Авторы настоящего изобретения также с удивлением обнаружили, что ΡΙίΌ и/или иммунный ответ, направленный против Ρ1ίΌ, можно выгодно использовать как маркер в серологическом анализе, и в связи с этим соответственно в любом способе и анализе, который основывается на или использует образец, полученный от субъекта, проверяемого на инфекцию НейсцЬаСег и инфекцию Н. ρνίοπ в частности, при этом образец предпочтительно выбирают из группы, включающей образец сыворотки, образец плазмы, образец крови и образец кала. Наконец, авторы на
- 4 032330 стоящего изобретения с удивлением обнаружили, что инфицирование субъекта Не11соЬас1ет и Н. ρνίοπ. в частности, можно обнаружить. взяв за основу Ρ1ίΌ и/или нуклеиновую кислоту. кодирующую Ρ1ίΌ, при этом Ρ1ίΌ и/или нуклеиновая кислота, кодирующая Ρ1ίΌ, используется как единственный маркер. Другими словами, согласно настоящему изобретению инфицирование субъекта НейсоЬас1ег и Н. ру1оп в частности может быть диагностировано исключительно на основе и ссылаясь соответственно на наличие белка Ρ1ίΌ и/или нуклеиновой кислоты, кодирующей таковой. То же самое справедливо для иммунного ответа, направленного против Ρ1ίΌ, который развился у субъекта, инфицированного НеНсоЬас1ет и Н. ру1оп в частности. Согласно настоящему изобретению инфицирование субъекта НейсоЬасЮг и Н. ру1оп в частности может быть диагностировано исключительно на основе и ссылаясь соответственно на наличие иммунного ответа, направленного против Ρ1ίΌ, при этом у субъекта был сформирован иммунный ответ против Ρ1ίΌ. Дополнительное преимущество настоящего изобретения состоит в том, что иммунный ответ, направленный против Ρ1ίΌ, и белок Ρ1ίΌ как таковой могут быть обнаружены в образце, который, как правило, получают неинвазивными способами в отличие от множества известных способов обнаружения, где образец необходимо отобрать посредством инвазивного способа, такого как биопсия.
Специалист в данной области техники согласится, что настоящее изобретение, в целом, может применяться для обнаружения любой инфекции НейсоЬас1ет у субъекта, при условии, что подобный НейсоЬас!ег кодирует и/или экспрессирует Ρ1ίΌ. Специалист в данной области техники также согласится, что, как правило, отдельный вид субъектов, такой как, например, человек, инфицируется определенным видом НейсоЬас1ет. В случае, когда субъектом является человек, видом НеНсоЬас1ет является Н. ру1отг В случае, когда субъектом является свинья, видом НеНсоЬас1ет является Н. 8Ш8. В случае, когда субъектом является кошка, включая больших кошек, видом НеНсоЬас1ет является Н. ГеЙ8. Данное описание изобретения, в частности, относится к обнаружению Н. ру1оп у человека. Подобная ссылка на Н. ру1оп и человека, однако, сделана единственно с целью ясности изложения, и с учетом вышеуказанного любого варианта реализации, относящийся к Н. ру1оп и человеку, равнозначно применим к любому другому НеНсоЬас!ег, экспрессирующему Ρ1ίΌ или его гомолог, и любому другому виду субъекта. Предпочтительно другим видом субъекта является любое млекопитающее, которое страдает или возможно страдает от инфицирования НеНсоЬас1ет и гомологичным Н. ру1оп видом, при этом подобный НеНсоЬас1ет и гомологичный Н. ру1оп вид экспрессирует Ρ1ίΌ или его гомолог.
Специалист в данной области техники также согласится, что для каждого вида НейсоЬас1ег, как правило, существует несколько различных штаммов. Аминокислотная последовательность и последовательность нуклеиновой кислоты для белка Ρ1ίΌ у подобных штаммов вида НейсоЬас1ег, как правило, показывают высокую степень идентичности в отношении аминокислотной последовательности. Более конкретно, биоинформатический анализ показал, что аминокислотная последовательность Ρ1ίΌ присутствует и является высококонсервативной у всех (более 200) штаммов Н. ру1отг Гомологичность Ρ1ίΌ среди приблизительно 200 штаммов Н. ру1оп, которые были проанализированы авторами настоящего изобретения, составляет 97%. Интересно, что за исключением нескольких других, не являющихся пилори, видов НейсоЬасЮг с частичной гомологией, не существует других известных организмов, обладающих значительной геномной или протеомной гомологией с Ρ1ίΌ бактерии Н. ру1отг Сравнительный анализ белка Ρ1ίΌ Н. ру1оп показывает высокую консервативность Ρ1ίΌ у видов НейсоЬас1ет, тогда как он отличается от большинства белков других бактерий, так же как эукариотических организмов. Данный анализ вместе с предположением о высокой антигенности этого белка обеспечивает рациональное основание для фактического отсутствия перекрестной реактивности.
Кроме того, Ρ1ίΌ экспрессируется фактически всеми штаммами, которые инфицируют или способны инфицировать субъект. Это объясняет, почему согласно настоящему изобретению Ρ1ίΌ является маркером для фактически каждого штамма Н. ру1оп и, соответственно, каждого штамма вида НейсоЬас1ет, инфицирующего соответствующий вид субъекта. Другими словами, практически все Н. ру1опположительные пациенты демонстрируют иммунный ответ, направленный против Ρ1ίΌ.
Белок Ρ1ίΌ Н. ру1оп является существенным элементом в сборке функционального жгутика, и мутантные по белку Ρ1ίΌ штаммы являются полностью неподвижными. Флагеллин играет центральную роль в бактериальной подвижности и необходим для колонизации и персистенции инфекции Н. ру1оп (Еа!оп, е! а1., 1996). Подвижность Н. ру1ог1 является фактором вирулентности при патогенезе повреждения слизистой желудка (8. ^а1аиаЬе, е! а1., 1997). Ген Ρ1ίΌ Н. ру1оп кодирует белок массой 76 кДа (К1т, е! а1., 1999). Оперон Ρ1ίΌ Н. ру1оп содержит гены ПаС, Ρ1ίΌ и Ρ118 в заданном порядке под контролем сигма-28-зависимого промотора. Запись о Ρ1ίΌ бактерии Н. ру1оп можно найти в банках данных ИшΡΐΌΐΚΒ/8\νί58-ΡΐΌΐ под номером Р96786.4, предоставляющей среди прочего аминокислотную последовательность белка и мутации Ρ1ίΌ, обнаруженные у различных штаммов Н. ру1отг
Способ согласно настоящему изобретению обнаружения у субъекта инфекции НейсоЬас1ет, предпочтительно инфекции Н. ру1ог1, может быть охарактеризован как способ, включающий этап определения, содержит ли образец от субъекта иммунный ответ, направленный против Ρ1ίΌ, белок Ρ1ίΌ или нуклеиновую кислоту, кодирующую Ρ1ίΌ. Если образец от тестируемого субъекта содержит гуморальный ответ, направленный против Ρ1ίΌ, белок Ρ1ίΌ или нуклеиновую кислоту, кодирующую Ρ1ίΌ, то субъект страдает от инфекции НейсоЬас1ет, предпочтительно инфекции Н. ру1ог1, или перенес в прошлом инфек
- 5 032330 цию Нс11СоЬас1сг. предпочтительно инфекцию Н. ру1оп.
Способ согласно настоящему изобретению обнаружения у субъекта инфекции НейсоЬас!ег. предпочтительно инфекции Н. ру1ог1. может быть также применим по отношению к субъекту. у которого неизвестно. страдает ли он от инфекции НейсоЬас!ег. предпочтительно инфекции Н. ру1оп. или подобный субъект перенес инфекцию НеНсоЬас1ег. предпочтительно инфекцию Н. ру1оп. В этой степени настоящее изобретение относится в дополнительном аспекте к способам определения. страдает ли субъект от инфекции НейсоЬас!ег. предпочтительно инфекции Н. ру1оп. или перенес в прошлом инфекцию НейсоЬас1ег. предпочтительно инфекцию Н. ру1оп.
Предпочтительно используемое в настоящей заявке выражение в прошлом относится к моменту времени. который предшествует моменту времени. когда образец брали или берут у субъекта. при этом подобный образец является образцом. используемым в связи с различными аспектами и/или различными вариантами реализации настоящего изобретения и. в частности. при обнаружении Н. ру1оп и/или инфекции Н. ру1оп у субъекта и при диагностике Н. ру1оп и/или инфекции Н. ру1оп у субъекта.
В связи с различными аспектами настоящего изобретения и различными способами согласно настоящему изобретению в частности специалист в данной области техники согласится. что иммунный ответ и иммунный ответ с образованием анти-ΕΊίΌ антител. формирующийся у субъекта. инфицированного Не11соЬас!ег и Н.ру1оп в частности. сохраняется в течение нескольких лет. Преобладание подобного иммунного ответа с образованием анти-ΕΊίΌ антител. как правило. составляет примерно 50% после 1-5 лет после эрадикации Н.ру1оп. примерно 50% после 6-10 лет после эрадикации Н.ру1оп. примерно 25% после 11-15 лет после эрадикации Н.ру1оп и примерно 25% после 16-20 лет после эрадикации Н. ру1оп. В свете этого. субъект. которому поставили Н.ру1оп-положительный диагноз. может быть субъектом. который действительно страдает от инфекции Н. ру1оп в момент. когда был отобран образец. или субъектом. который перенес инфекцию Н. ру1оп в прошлом с все еще преобладающим иммунным ответом. направленным против ΕΊίΌ.
В тех случаях. когда иммунный ответ. направленный против ΕΊίΌ. является гуморальным иммунным ответом против Ρ1ίΌ и иммунным ответом с образованием анти-ИЮ антител в частности. антитела против Ρ1ίΌ. как правило. представлены иммуноглобулинами классов 1дС или 1дЛ. Эта классовая специфичность может быть использована при обнаружении анти-ИЮ антител путем применения антител к 1§С и/или 1дЛ в качестве обнаруживающих антител или захватывающих антител. В варианте реализации. где субъектом является человек. обнаруживающие антитела и захватывающие антитела являются предпочтительно антителами к 1дС человека и/или 1дЛ человека.
В связи с различными аспектами настоящего изобретения и различными способами согласно настоящему изобретению в частности способы могут в одном из вариантов реализации изобретения дополнительно включать обнаружение одного или более антигенов НейсоЬас!ег или нуклеиновой кислоты. кодирующей подобные антигены Не11соЬас!ег. В одном из вариантов реализации подобные антигены Не11соЬас!ег являются антигенами Н. ру1оп. В одном из других вариантов реализации антигены выбраны из группы. включающей СадА. УасА. СгоЕЬ. Нр 0231. 1Нр 0940 и Н1гА. которые хорошо известны в данной области техники и описаны. например. в УакооЬ Ί. е! а1. (УакооЬ Ί. е! а1.. Си! апб Ыуег. Уо1. 4. Ыо. 3. 8ер!етЬег 2010. рр. 345-350). 8аЬаг1й N. е! а1. (8аЬайй N. е! а1.. 1пЕес1юп апб ΙιηιηιιηίΙν. Ыоу. 2002. р. 64996503). Сао Ь. е! а1. (Сао Ь. е! а1.. Сапсег Кез 2009; 69: (15). Аидиз! 1. 2009. р. 6164 - 6170). Уатаока У. (Уатаока У.. Ί. Меб. МюгоЬю1. 2008 Мау; 57 (Р!5): 545-553). М1ей1ке 8. е! а1. (М1ей1ке 8. е! а1.. Ιη!. Ί. Сапсег: 87. 322-327 (2000)) и АИейоп ЕС. е! а1. (АШейоп ЕС. е! а1.. Сиггеп! МюгоЬю1оду. Уо1. 39(1999). рр. 211-218). Аминокислотная последовательность СадА раскрыта в настоящей заявке как последовательность 8ЕО ΙΌ N0: 7. нуклеотидная последовательность СадА раскрыта в настоящей заявке как последовательность 8ЕО ΙΌ N0:8. аминокислотная последовательность УасА раскрыта в настоящей заявке как последовательность 8ЕО ΙΌ N0: 9. нуклеотидная последовательность УасА раскрыта в настоящей заявке как последовательность 8ЕО ΙΌ N0:10. аминокислотная последовательность СгоЕЬ раскрыта в настоящей заявке как последовательность 8ЕО ΙΌ N0: 11. нуклеотидная последовательность СгоЕЬ раскрыта в настоящей заявке как последовательность 8Е0 ΙΌ N0:12. аминокислотная последовательность Нр0231 раскрыта в настоящей заявке как последовательность 8Е0 ΙΌ N0:13. нуклеотидная последовательность Нр0231 раскрыта в настоящей заявке как последовательность 8Е0 ΙΌ N0:14. аминокислотная последовательность ЕНр0940 раскрыта в настоящей заявке как последовательность 8Е0 ΙΌ N0:15. нуклеотидная последовательность ЕНр0940 раскрыта в настоящей заявке как последовательность 8Е0 ΙΌ N0:16. аминокислотная последовательность Н!гА раскрыта в настоящей заявке как последовательность 8Е0 ΙΌ N0:17 и нуклеотидная последовательность Н1гЛ раскрыта в настоящей заявке как последовательность 8ЕС ΙΌ N0:18.
В варианте реализации способа согласно настоящему изобретению. где инфекция НейсоЬас!ег и более предпочтительно инфекция Н. ру1оп обнаруживают у субъекта посредством обнаружения в образце от субъекта иммунного ответа. направленного против Ε1ΊΌ. и. в частности. анти-ИЮ антител в образце. образец и белок Ε1ΊΌ вступают в реакцию. В одном из вариантов реализации образец добавляют к Ε1ίΌ. Предпочтительно при подобном способе Ε1ίΌ прикреплен к твердой фазе. В рамках настоящего изобретения находится также то. что Ε1ίΌ добавляют к образцу. Предпочтительно Ε1ίΌ добавляют как раствор.
- 6 032330 более предпочтительно как водный раствор, такой как забуференный раствор. В предпочтительном варианте реализации Ε1ίΌ, вступающий в реакцию с образцом, прикреплен к твердой фазе. Специалист в данной области техники согласится, что ΕΙίΌ и образец вступают в реакцию при таких условиях, что если образец содержит иммунный ответ, направленный против ΕΙίΌ, и антитела против ΕΙίΌ в частности, то образуется продукт взаимодействия. Предпочтительно подобный продукт взаимодействия является комплексом ΕΙίΌ и антитела против ΕΙίΌ, содержащегося в образце.
Образованный таким образом продукт взаимодействия может быть обнаружен напрямую или косвенно. В варианте реализации настоящего изобретения, где продукт взаимодействия обнаруживают напрямую, ΕΙίΌ, вступающий в реакцию с образцом, содержит метку, которая позволяет обнаруживать ΕΙίΌ, в частности, при взаимодействии с антителом против ΕΙίΌ. Метки этого типа известны специалистам в данной области техники и охватывают радиоактивные метки, флуоресцентные метки, красители, наночастицы, такие как золото, и ферменты, такие как пероксидаза хрена. Дополнительными метками являются метки, раскрытые в настоящей заявке в связи с мечением антител. В варианте реализации, где продукт взаимодействия определяют косвенно, продукт взаимодействия затем вступает в реакцию с обнаруживающим агентом, при этом обнаруживающий агент специфически связывается с продуктом взаимодействия. Подобным обнаруживающим агентом может быть антитело, предпочтительно анти-1дО или анти-1дА антитело. Обнаруживающий агент сам, как правило, содержит метку, которая позволяет обнаруживать обнаруживающий агент, предпочтительно, когда обнаруживающий агент специфически связан с продуктом взаимодействия.
В предпочтительных вариантах реализации способов согласно настоящему изобретению продукт взаимодействия определяют посредством твердофазного иммуноферментного анализа (ЕЬ18А) или радиоиммуноанализа, который известен специалистам в данной области техники (Еойкреюй Ε. апй ΖοιΕηδ Н. (ейк.), Вюапа1уйк, 8рек1гит АкайетЕсйег Уег1ад Не1йе1Ьегд, 1998). Способ ЕЬ18А может быть непрямым, сендвич-анализом, конкурентным или неконкурентным.
В альтернативных предпочтительных вариантах реализации способов согласно настоящему изобретению продукт взаимодействия обнаруживают посредством анализа латерального растекания, который также известен как иммуно-хроматографический анализ латерального растекания, который, например, описан в патенте США № 6485982. Подобный анализ латерального растекания в одном из вариантов реализации применяют при любом способе согласно настоящему изобретению, где присутствует любое антитело против Ε1ίΌ, и, соответственно, в образце, полученном от субъекта, обнаруживают антитела против Ε1ίΌ. Анализ латерального растекания описывается с целью иллюстрации варианта реализации способа согласно настоящему изобретению, где антитела против Ε1ίΌ обнаруживают в образце от субъекта, при этом субъектом является человек.
В основе технологии анализа латерального растекания лежит серия капиллярных подложек, таких как фрагменты пористой бумаги или полимера. Каждый из этих компонентов обладает способностью стремительно переносить жидкость, например сыворотку, плазму или кровь. Подушка для нанесения образца действует как губка и задерживает избыток жидкости образца. Когда подушка для нанесения образца насыщена, жидкость перемещается на подложку с конъюгатом, на которой расположены наночастицы, предпочтительно золотые наночастицы, конъюгированные с антителом к иммуноглобулину человека. Когда жидкость образца мигрирует к этому элементу, она растворяет частицы и в ходе одной общей реакции смесь образца с конъюгатом протекает через пористую структуру. Таким образом, антитело, иммобилизованное на поверхности наночастиц, связывается с 1дО человека, присутствующим в образце, в то время как мигрируя дальше через следующую капиллярную матрицу. На этом элементе, который, как правило, является гидрофобной мембраной подобной нитроцеллюлозе, антигены, также как и контроль (например, 1дО человека), иммобилизованы в качестве тестовых и контрольных линий. Как только 1дО человека, который сейчас связан с частицами конъюгата, достигнет этих линий, антиген, иммобилизованный на мембране, специфически захватит комплекс антитела. Спустя некоторое время частиц накопится все больше на месте прикрепления антигена и появится легко обнаруживаемая окрашенная полоса. В одном из вариантов реализации присутствует только один антиген, именуемый Ε1ίΌ. В другом варианте реализации кроме Ε1ίΌ присутствует один или более антигенов. Предпочтительно один или более антигенов выбирают из группы, включающей СадА, УасА, ОгоЕЬ, Нр0231, 1Нр 0940 и Н1гА.
В дополнительных альтернативных предпочтительных вариантах реализации способов согласно настоящему изобретению продукт взаимодействия обнаруживают посредством линейного иммуноанализа. Подобный линейный иммуноанализ, как правило, включает множество полосок. На упомянутых полосках фиксируют высокоочищенный рекомбинантный либо белок Ε1ίΌ, либо агент с возможностью взаимодействия, который способен взаимодействовать с Ε1ίΌ. Подобные полоски предпочтительно выполнены из нитроцеллюлозной мембраны. Эти полоски инкубируют с образцом, предпочтительно с разбавленным образцом сыворотки или плазмы, и на тестовых полосках антитела против Ε1ίΌ связываются с Ε1ίΌ в случае, когда Ε1ίΌ иммобилизован для обнаружения анти-РНО антител в образце, или Ε1ίΌ связывается с антителами против Ε1ίΌ в случае, когда антитела против Ε1ίΌ иммобилизованы для обнаружения Ε1ίΌ в образце. На втором этапе полоски инкубируют с антителами к иммуноглобулинам (1дО и 1дА), которые соединены с пероксидазой хрена. Специфически связанные антитела обнаруживают с помощью
- 7 032330 реакции окрашивания, катализируемой пероксидазой. Если произошла реакция антиген-антитело с образованием продукта взаимодействия, то появится темная полоса на полоске в соответствующей точке. В одном из вариантов реализации настоящего изобретения контрольные полосы на верхнем конце тестовых полосок представляют собой:
a) контрольную полосу прохождения реакции, находящуюся под номером полоски, которая должна показывать выполнение реакции для каждого образца;
b) контрольные полосы для конъюгата (1дС. 1дА), которые используют для проверки класса обнаруживаемых антител. Если, например, используют тестовую полоску для обнаружения антител класса 1дС. то конъюгат 1§С покажет четкую полосу;
c) контроль порогового значения. Интенсивность этой полосы позволяет оценить реактивность отдельных полос антигенов.
Анализ, имеющий такой принцип устройства, с антигенами, отличающимися от ΕΙίΌ, по существу, доступен от компании М1кгодеп ОтЬН, Нойрид, Германия, как гесотЬте Не11соЬас!ег 1дС или гесотЬте НейсоЬас!ег 1дА (ссылка: ййр://тетете.т1кгодеп.бе/ир1оаб8/!х_оет1кгодеп!аЬ1е8/ бокитеп!е/6АКГНР001ЕИ.рб£).
В одном из вариантов реализации способа согласно настоящему изобретению обнаружения у субъекта инфекции Не1юоЬас!ег и более предпочтительно инфекции Н. ру1огг где способ включает обнаружение в образце от субъекта белка Γ1ίΌ, Γ1ίΌ обнаруживают посредством масс-спектрометрии, которая, например, описана в Гойкреюй Г. апб йогЬах Н. (еб§.), В1оапа1уйк, 8рек!гит Акабетщсйег Уег1ад НеИе1Ьегд, 1998.
В этих вариантах реализации способов согласно настоящему изобретению, где Ε1ίΌ обнаруживают в образце от субъекта, агент с возможностью взаимодействия, образующий вместе с Ε1ίΌ продукт взаимодействия, предпочтительно выбран из группы, включающей антитело, аптамер и шпигельмер. Создание подобных агентов с возможностью взаимодействия находится в пределах квалификации специалиста в данной области техники.
Создание антитела, связывающегося, а конкретнее специфически связывающегося с Ε1ίΌ, хорошо известно специалисту в данной области техники и, например, описано в Наг1оте, Е., аиб Гапе, Ό., ΛπΙίЬоб1е§: А ЬаЬога!огу Мапиа1, Со1б 8рппд НагЬог ЬаЬога!огу, Со1б 8рппд НагЬог, ΝΥ, (1988). Предпочтительно применительно к настоящему изобретению можно использовать моноклональные антитела, которые можно получить согласно протоколу Сезаря Милыптейна и дополнительных разработок, основанных на нем. Используемое в настоящей заявке понятие антитела включает, но не ограничивается полными антителами, фрагментами антител или производными, такими как ГаЬ-фрагменты, Гс-фрагменты и одноцепочечные антитела, при условии, что они подходят и способны связывать белок Γ1ίΌ. Кроме моноклональных антител, можно использовать и/или создавать также поликлональные антитела. Создание поликлональных антител также хорошо известно специалисту в данной области техники и, например, описано в Наг1оте, Е., апб Ьапе, Ό., АпйЬоЛек: А ЬаЬога!огу Мапиа1, Со1б 8ргшд НагЬог ЬаЬога!огу, Со1б 8ргшд НагЬог, ΝΥ, (1988).
Антитела, которые можно использовать согласно настоящему изобретению, могут иметь один или несколько маркеров или меток. Подобные маркеры или метки могут быть полезны для обнаружения антитела. Предпочтительно маркеры и метки выбирают из группы, включающей авидин, стрептавидин, биотин, золото, ферменты, такие как пероксидаза хрена, и флуоресцеин, и используют, например, в способах ЕЫ8А. Эти и дополнительные маркеры, так же как способы, описаны в Наг1оте, Е., апб Ьапе, Ό., АпйЬоЛек: А ЬаЬога!огу Мапиа1, Со1б 8ргшд НагЬог ЬаЬога!огу, Со1б 8ргшд НагЬог, ΝΥ, (1988).
Аптамеры являются Ό-нуклеиновыми кислотами, которые являются либо одноцепочечными, либо двухцепочечными и которые специфически взаимодействуют с целевой молекулой, такой как Γ1ίΌ в настоящем изобретении. Получение или выбор аптамеров описан, например, в европейском патенте ЕР № 0533838. В основном выполняют следующие этапы. Во-первых, обеспечивают смесь нуклеиновых кислот, то есть потенциальных аптамеров, в которой каждая нуклеиновая кислота, как правило, включает сегмент из нескольких, предпочтительно по меньшей мере из восьми, последовательных рандомизированных нуклеотидов. Эта смесь затем вступает в контакт с целевой молекулой, при этом нуклеиновая кислота (кислоты) связывается с целевой молекулой, например, на основании повышенной аффинности к целевой молекуле или связывается с ней сильнее по сравнению с потенциальной смесью. После этого связывающуюся нуклеиновую кислоту (кислоты) отделяют от остатков смеси. При необходимости полученную таким образом нуклеиновую кислоту (кислоты) амплифицируют, используя, например, полимеразную цепную реакцию. Эти этапы могут быть повторены несколько раз с получением в конце смеси, имеющей повышенную долю специфически связывающихся с целевой молекулой нуклеиновых кислот, из которой при необходимости затем выбирают конечную связывающуюся нуклеиновую кислоту. Эти специфически связывающиеся нуклеиновые кислоты называются аптамерами. Очевидно, что на любом этапе способа создания или идентификации аптамеров могут быть отобраны образцы смеси отдельных нуклеиновых кислот для определения их последовательности с использованием стандартных методик. В рамках настоящего изобретения находится то, что аптамеры могут быть стабилизированы, например, путем введения определенных химических групп, которые известны специалисту в области создания
- 8 032330 аптамеров. Подобные модификации могут, например, состоять в введении аминогруппы в 2' положение остатка сахара нуклеотидов.
Создание или получение шпигельмеров, связывающихся, а конкретнее специфически связывающихся, с Ε1ίΌ в качестве целевой молекулы, основано на схожем принципе. Получение шпигельмеров описано в международной заявке на патент \УО 98/08856. Шпигельмеры являются Ь-нуклеиновыми кислотами, что означает, что они состоят из Ь-нуклеотидов, а не из Ό-нуклеотидов, как аптамеры. Шпильгельмерам свойственен тот факт, что они имеют очень высокую стабильность в биологической системе и по сравнению с аптамерами специфически взаимодействуют с целевой молекулой, против которой они направлены. С целью создания шпигельмеров создают гетерогенную популяцию Ό-нуклеиновых кислот, и эта популяция вступает в контакт с оптическим антиподом целевой молекулы, в настоящем случае, например, с Ό-энантиомером встречающегося в природе Ь-энантиомера белка Ε1ίΌ. После этого отделяют те Ό-нуклеиновые кислоты, которые не взаимодействуют с оптическим антиподом целевой молекулы. Однако те Ό-нуклеиновые кислоты, взаимодействующие с оптическим антиподом целевой молекулы, отделяют, при необходимости определяют и/или секвенируют, а затем синтезируют соответствующие Ьнуклеиновые кислоты на основе информации о последовательностях нуклеиновых кислот, полученной от Ό-нуклеиновых кислот. Эти Ь-нуклеиновые кислоты, которые в отношении последовательности идентичны вышеупомянутым Ό-нуклеиновым кислотам, взаимодействующим с оптическим антиподом целевой молекулы, будут специфически взаимодействовать с встречающейся в природе целевой молекулой, а не с оптическим антиподом таковой. Подобно способу создания аптамеров также возможно повторение по нескольку раз различных этапов создания шпигельмеров, таким образом увеличивая количество тех нуклеиновых кислот, которые специфически взаимодействуют с оптическим антиподом целевой молекулы.
В вариантах реализации способа согласно настоящему изобретению обнаружения инфекции НеНсоЬас1ет и более предпочтительно инфекции Н. ру1оп, у субъекта, где способ включает обнаружение в образце от субъекта нуклеиновой кислоты, кодирующей белок Ε1ίΌ, агент с возможностью взаимодействия выбирают из группы, включающей праймер и зонд. С учетом раскрытой в настоящей заявке нуклеотидной и аминокислотной последовательностей белка Ε1ίΌ разработка и приготовление подобных праймера и зонда находится в пределах квалификации специалиста (см., например, ЬоИзреюй Ε. апй 2отЬа§ Н. (ейк.), Вюапа1у11к, 8рек1тит Акайетксйет Уег1ад Не1йе1Ьегд, 1998). На подобный агент с возможностью взаимодействия можно поставить метку. Различные метки и способы мечения агента с возможностью взаимодействия известны специалисту в данной области техники. В одном из вариантов реализации метки являются такими же, как приведено выше в части, касающейся антител.
Продукт взаимодействия, включающий молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую белок Ε1ίΌ или его фрагмент, и агент с возможностью взаимодействия, можно обнаружить с помощью средств, известных специалисту в данной области техники, и описанных, например, в ЬоЩреюй Е. апй 2отЬа§ Н. (ейк.), Вюапа1уйк, 8рек1шт Акайетксйет Уег1ад Не1йе1Ьегд, 1998.
В одном из вариантов реализации способа согласно настоящему изобретению обнаружения инфекции НеНсоЬас1ет и более предпочтительно инфекции Н. ру1оп у субъекта, где способ включает обнаружение в образце от субъекта нуклеиновой кислоты, кодирующей Ε1ίΌ, нуклеиновую кислоту, кодирующую Ε1ίΌ, обнаруживают посредством масс-спектрометрии, которая описана, например, в Ьойзреюй Е. апй 2отЬа§ Н. (ей§.), Вюапа1у11к, 8рек1тит Акайетксйет Ует1ад Не1йе1Ьегд, 1998.
В одном из вариантов реализации способа согласно настоящему изобретению обнаружения инфекции НеНсоЬас1ет и более предпочтительно инфекции Н. ру1оп у субъекта, где способ включает обнаружение в образце от субъекта, нуклеиновой кислоты, кодирующей Ε1ίΌ, нуклеиновую кислоту, кодирующую Ε1ίΌ, обнаруживают посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР) в ее различных формах, которые описаны, например, в ЬоЩреюй Ε. апй 2отЬа§ Н. (ей§.), Вюапа1у11к, 8рек1шт Акайетксйет Уег1ад Не1йе1Ьегд, 1998. Альтернативно, нуклеиновую кислоту, кодирующую Ε1ίΌ, обнаруживают посредством гибридизационного анализа, как описано, например, в ЬоИзреюй Ε. апй 2отЬа§ Н. (ей§.), Вюапа1у11к, 8рек1тит Акайетксйет Уег1ад Не1йе1Ьегд, 1998.
Касательно тех аспектов настоящего изобретения, относящихся к биомаркеру, не вызовет возражений, что иммунный ответ, направленный против Ε1ίΌ, как описано в настоящей заявке, белок Ε1ίΌ и нуклеиновая кислота, кодирующая Ε1ίΌ, каждый из них действуют как прогностический биомаркер, так как наличие упомянутого иммунного ответа против Ε1ίΌ, как описано в настоящей заявке, белка Ε1ίΌ и/или нуклеиновой кислоты, кодирующей Ε1ίΌ, коррелирует с результатами гистологических анализов и воспалением у пациентов, не подвергавшихся лечению.
Специалист в данной области техники согласится, что с учетом представленного в настоящей заявке раскрытия изобретения конкретная разработка набора согласно настоящему изобретению находится в пределах квалификации специалиста в данной области. В одном из вариантов реализации настоящего изобретения набор является готовым к применению набором.
В дополнительном аспекте настоящего изобретения настоящее изобретение относится к применению агентов с возможностью взаимодействия, как раскрыто в настоящей заявке, для обнаружения Ε1ίΌ, как раскрыто в настоящей заявке.
- 9 032330
Предпочтительно использующееся в настоящей заявке понятие образец относится к образцу, сразу полученному от субъекта, или образцу, который был подготовлен перед использованием в связи с настоящим изобретением и, в частности, со способами согласно настоящему изобретению.
В одном из вариантов реализации различных аспектов настоящего изобретения и вариантах реализации настоящего изобретения субъект является субъектом, который предположительно страдает или подозревают, что он страдает от инфекции Н. ργίοτί.
В одном из вариантов реализации инфекция ΗοΙχοΕκΙΟΓ представляет собой инфицирование НейссЬас1:ег или предполагаемое или подозреваемое инфицирование Ней^Ьа^ег.
В одном из вариантов реализации любого аспекта настоящего изобретения, где первое соединение специфически взаимодействует или специфически связывается со вторым соединением, взаимодействие или связывание между упомянутым первым соединением и упомянутым вторым соединением характеризуется константой диссоциации Кс, составляющей 1 мкМ или менее, предпочтительно Кс, составляющей 0,25 мкМ или менее, и более предпочтительно Кс, составляющей 0,1 мкМ или менее.
Специалисту в данной области будет понятно, что те варианты реализации, где обнаруживают ΕΙίΌ, белок ΕΙίΌ может быть представлен или как полноразмерный ΕΙίΌ или фрагмент ΕΙίΌ или как фрагмент полноразмерного ΕΙίΌ. Предпочтительно использующееся в настоящей заявке понятие «полноразмерный ΕΗΌ» представляет собой синтезируемый НейтоЬаЛег белок ΕΙίΌ, который является активным в качестве фактора вирулентности. В одном из вариантов реализации настоящего изобретения полноразмерный ΕΙίΌ является предпочтительно белком ΕΙίΌ, синтезируемым Ней^Ьа^ег. Фрагмент полноразмерного ΕΙίΌ является фрагментом, аминокислотная последовательность которого короче, чем аминокислотная последовательность полноразмерного ΕΙίΌ, при этом фрагмент ΕΙίΌ все еще активен как фактор вирулентности. Фрагмент ΕΙίΌ предпочтительно является фрагментом ΕΙίΌ, предпочтительно полноразмерного ΕΙίΌ, при этом фрагмент имеет аминокислотную последовательность, которая достаточно длинная, чтобы позволить специалисту в данной области техники идентифицировать фрагмент как фрагмент ΕΙίΌ и полноразмерного ΕΙίΌ в частности и исключить возможность того, что фрагмент является фрагментом белка или полипептида, отличного от ΕΙίΌ и полноразмерного ΕΙίΌ в частности. В одном из предпочтительных вариантов реализации полноразмерный ΕΙίΌ включает аминокислотную последовательность согласно 8ЕЦ ΙΌ N0: 1.
Аналогичные замечания и определения применимы в равной степени к нуклеиновой кислоте, кодирующей ΕΙίΌ. В соответствии с этим специалисту в данной области будет понятно, что в тех вариантах реализации, где обнаруживают нуклеиновую кислоту, кодирующую ΕΙίΌ, нуклеиновая кислота, кодирующая ΕΙίΌ, может быть представлена как нуклеиновая кислота, кодирующая полноразмерный ΕΙίΌ, или как нуклеиновая кислота, кодирующая фрагмент ΕΙίΌ, или как нуклеиновая кислота, кодирующая фрагмент полноразмерного ΕΙίΌ. Предпочтительно использующееся в настоящей заявке понятие полноразмерный ΕΗΌ представляет собой синтезируемый Ней^Ьа^ег белок ΕΙίΌ, который является активным в качестве фактора вирулентности. В одном из вариантов реализации полноразмерный ΕΙίΌ является предпочтительно белком ΕΙίΌ, синтезируемым Ней^^Сет. Фрагмент полноразмерного ΕΙίΌ является фрагментом, аминокислотная последовательность которого короче, чем аминокислотная последовательность полноразмерного ΕΙίΌ, при этом фрагмент ΕΙίΌ все еще активен как фактор вирулентности. Фрагмент ΕΙίΌ предпочтительно является фрагментом ΕΙίΌ, предпочтительно полноразмерного ΕΙίΌ, при этом фрагмент имеет аминокислотную последовательность, которая достаточно длинная, чтобы позволить специалисту в данной области техники идентифицировать фрагмент как фрагмент ΕΙίΌ и полноразмерного ΕΙίΌ в частности и исключить возможность того, что фрагмент является фрагментом белка или полипептида, отличного от ΕΙίΌ и полноразмерного ΕΙίΌ в частности. В одном из предпочтительных вариантов реализации нуклеиновая кислота, кодирующая полноразмерный ΕΙίΌ, включает нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ΙΌ N0: 2.
Фрагмент нуклеиновой кислоты, кодирующей ΕΙίΌ, предпочтительно является фрагментом нуклеиновой кислоты, кодирующей ΕΙίΌ, предпочтительно полноразмерный ΕΙίΌ, при этом фрагмент нуклеиновой кислоты имеет нуклеотидную последовательность, которая достаточно длинная, чтобы позволить специалисту в данной области техники идентифицировать фрагмент как фрагмент нуклеиновой кислоты, кодирующей ΕΙίΌ и полноразмерный ΕΙίΌ в частности, и исключить возможность того, что фрагмент нуклеиновой кислоты является фрагментом нуклеиновой кислоты, кодирующей белок или полипептид, отличный от ΕΙίΌ и полноразмерного ΕΙίΌ в частности.
Специалисту в данной области техники также будет понятно, что в тех вариантах реализации способов согласно настоящему изобретению, где обнаруживают иммунный ответ, направленный против ΕΙίΌ, как описано в настоящей заявке, ΕΙίΌ, который вступает в реакцию с соединениями, характерными для иммунного ответа против ΕΙίΌ, как описано в настоящей заявке, может быть белком ΕΙίΌ, синтезированным видом Ней^Ьа^ег, инфицирующим субъект или предположительно инфицирующим субъект, может быть полноразмерным ΕΙίΌ, как описано в настоящей заявке, или может быть фрагментом ΕΙίΌ, как описано в настоящей заявке. Кроме того, фрагмент ΕΙίΌ является в одном из вариантов реализации настоящего изобретения фрагментом ΕΙίΌ, имеющим более короткую аминокислотную последовательность, чем ΕΙίΌ, при этом фрагмент может быть использован в упомянутых вариантах реализации спосо
- 10 032330 бов согласно настоящему изобретению, вместе с тем допуская специфическое взаимодействие с соединениями, характерными для иммунного ответа против Ε1ίΌ, или специфическое обнаружение иммунного ответа против Ε1ίΌ, как описано в настоящей заявке.
В связи с настоящим изобретением праймер, имеющий целью нуклеиновую кислоту, кодирующую Ε1ίΌ, используемый в связи с различными аспектами настоящего изобретения и/или в связи с различными вариантами реализации настоящего изобретения выбран из группы, включающей праймер, включающий нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 21, праймер, включающий нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 22, праймер, включающий нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 23, праймер, включающий нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 24, праймер, включающий нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 25, праймер, включающий нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 26, праймер, включающий нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 27, и праймер, включающий нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 28. Предпочтительно праймер является комбинацией по меньшей мере двух праймеров, при этом первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 21, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 22;
первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 21, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 24;
первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 21, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 26;
первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 21, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 28;
первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 23, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 22;
первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 23, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 24;
первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 23, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 26;
первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 23, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 28;
первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 25, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 22;
первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 25, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 24;
первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 25, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 26;
первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 25, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 28;
первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 27, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 22;
первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 27, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 24;
первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 27, и второй праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 26; или первый праймер по меньшей мере из двух праймеров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8Е0 ГО N0: 27, и второй праймер по меньшей мере из двух прай
- 11 032330 меров является праймером, включающим нуклеотидную последовательность согласно 8ЕС ГО N0: 28.
Различные последовательности, на которые ссылаются в настоящей заявке, соединения, представленные упомянутыми последовательностями, организмы, из которых были взяты упомянутые последовательности, и в некоторых случаях указания на соответствующий номер записи последовательности в общедоступных банках данных обобщены в следующей табл. 1.
Таблица 1
8Е0 ГО N0: 1 является аминокислотной последовательностью белка Ε1ίΌ, экспрессируемого Н. ру1огг которая соответствует в Сеийапк номеру записи АС127464.1.
8Е0 ГО N0: 2 является нуклеотидной последовательностью (кодирующей ДНК) белка Ε1ίΌ, экспрессируемого Н. ру1огг которая соответствует в Сеийапк номеру записи СР001173.1.
8ЕС ГО N0: 3 является аминокислотной последовательностью белка Ε1ίΌ, экспрессируемого Н. 8Ш8, которая соответствует в банке данных NСΒI референтной последовательности АР_006563874.1.
8ЕС ГО N0: 4 является нуклеотидной последовательностью (кДНК) белка Ε1ίΌ, экспрессируемого Н. 8Ш8, которая соответствует в Сеийапк номеру записи А0СУ01000008.1.
8ЕС ГО N0: 5 является аминокислотной последовательностью белка Ε1ίΌ, экспрессируемого Н. £еЙ8, которая соответствует в банке данных NСΒI референтной последовательности УР_004073770.1.
8ЕС ГО N0: 6 является нуклеотидной последовательностью (кДНК) белка Ε1ίΌ, экспрессируемого Н. £еЙ8, которая соответствует в СепВапк номеру записи БС670179.2.
8ЕС ГО N0: 7 является аминокислотной последовательностью белка СадА штамма Н. ру1оп С27, которая соответствует в базе данных NСВI референтной последовательности УР_002266135.1.
8ЕС ГО N0: 8 является нуклеотидной последовательностью (кДНК) белка СадА штамма Н. ру1оп С27, которая соответствует в СепВапк номеру записи Ю318032.1.
8ЕС ГО N0: 9 является аминокислотной последовательностью белка УасА штамма Н. ру1оп С27, которая соответствует в базе данных NСВI референтной последовательности УР_002266461.1.
8ЕС ГО N0: 10 является последовательностью нуклеиновой кислоты (кДНК) белка УасА штамма Н. ру1оп С27, которая соответствует в банке данных NСВI референтной последовательности N^011333.1.
8ЕС ГО N0: 11 является аминокислотной последовательностью белка СгоЕЕ штамма Н. ру1оп С27, которая соответствует в базе данных NСВI референтной последовательности УР_002265651.1.
8ЕС ГО N0: 12 является нуклеотидной последовательностью (кДНК) белка СгоЕБ штамма о£ Н. ру1оп С27, которая соответствует в базе данных NСВI референтной последовательности N^011333.1.
8ЕС ГО N0: 13 является аминокислотной последовательностью белка Нр0231 штамма Н. ру1оп 26695, которая соответствует в базе данных NСВI референтной последовательности ИР_207029.1.
8ЕС ГО N0: 14 является нуклеотидной последовательностью (кДНК) белка Нр0231 штамма Н. ру1оп 26695, которая соответствует в базе данных NСВI референтной последовательности N^000915.1.
8ЕС ГО N0: 15 является аминокислотной последовательностью белка Шр0940 штамма Н. ру1оп 199, которая соответствует в базе данных NСВI референтной последовательности НР_223657.1.
8ЕС ГО N0: 16 является нуклеотидной последовательностью (кДНК) белка Шр0940 штамма Н. ру1оп 199, которая соответствует в базе данных NСВI референтной последовательности N^000921.1.
8ЕС ГО N0: 17 является аминокислотной последовательностью белка Н1гЛ штамма Н. ру1оп С27, которая соответствует в базе данных NСВI референтной последовательности УР_002266040.1.
8ЕС ГО N0: 18 является нуклеотидной последовательностью (кДНК) белка Н1гА штамма Н. ру1оп С27, которая соответствует в базе данных NСВI референтной последовательности N^011333.1.
8ЕС ГО N0: 19 является праймером, используемым при клонирование гена Е1ГО, полученного от Н. ру1оп.
8ЕС ГО N0: 20 является праймером, используемым при клонирование гена Е1ГО, полученного от Н. ру1оп.
8ЕС ГО N0: 21 является прямым праймером, используемым при ПЦР1 в примере 9.
8ЕС ГО N0: 22 является обратным праймером, используемым при ПЦР1 в примере 9.
8ЕС ГО N0: 23 является прямым праймером, используемым при ПЦР2 в примере 9.
8ЕС ГО N0: 24 является обратным праймером, используемым при ПЦР2 в примере 9.
8ЕС ГО N0: 25 является прямым праймером, используемым при ПЦР3 в примере 9.
8ЕС ГО N0: 26 является обратным праймером, используемым при ПЦР3 в примере 9.
8ЕС ГО N0: 27 является прямым праймером, используемым при ПЦР4 в примере 9.
8ЕС ГО N0: 28 является обратным праймером, используемым при ПЦР4 в примере 9.
Специалисту в данной области будет понятно, что в случае, когда нуклеотидная последовательность является последовательностью ДНК и, в частности, последовательностью кДНК, в настоящей заявке также раскрыта последовательность РНК, отличающаяся от такой последовательности ДНК и последовательности кДНК только тем, что остаток сахара представляет собой рибонуклеотид, а не дезоксирибонуклеотид.
Настоящее изобретение далее дополнительно проиллюстрировано следующими фигурами и примерами, которые не ограничивают объем защиты настоящего изобретения. Из упомянутых фигур и примеров могут быть взяты дополнительные признаки, варианты реализации и преимущества изобретения, где
- 12 032330 на фиг. 1 показан вариант реализации линейного иммуноанализа, применяемого в способах согласно настоящему изобретению для определения анти-ΕΙίΌ антител в образцах сыворотки, полученных от 20 пациентов, которые были диагностированы как Н. ру1ой-положительные по результатам гистологического анализа;
на фиг. 2 показан один из вариантов реализации анализа латерального растекания, который можно применять в способах согласно настоящему изобретению для обнаружения анти-ΕΙίΌ антител в образце, таком как цельная кровь, полученном от субъекта-человека, при этом на фиг. 2А показано схематическое изображение анализа, а на фиг. 2В представлен результат анализа;
на фиг. 3 показана диаграмма, указывающая на преобладание иммунного ответа, направленного против Ε1ίΌ в образцах, полученных от человека, как функции от количества лет после эрадикации Н. ру1оп;
на фиг. 4 показана ВОС-кривая для белка Ε1ίΌ по сравнению с двумя хорошо известными антигенами;
на фиг. 5 показан результат вестерн-блоттинга, обнаруживающего Ε1ίΌ при различных концентрациях с применением антисыворотки мыши к Ε1ίΌ, но не обнаруживается Тф или ГГТ;
на фиг. 6 показана серия саузерн-блотов с применением полимеразной цепной реакции 1 (ПЦР1), полимеразной цепной реакции 2 (ПЦР2), полимеразной цепной реакции 3 (ПЦР3), полимеразной цепной реакции 4 (ПЦР4) для обнаружения геномной ДНК в репрезентативных образцах, полученных от пациентов, которые были диагностированы как Н. ру1ой-положительные;
на фиг. 7 показан результат репрезентативного вестерн-блоттинга, выполненного с использованием полных лизатов белков культивируемой Н. ру1оп; и на фиг. 8 показан результат двух вестерн-блоттингов для определения, экпрессировался ли Ε1ίΌ микроорганизмами, указанными внизу под каждым из вестерн-блотов.
Пример 1. Клонирование гена Ε1ίΌ бактерии Н. ру1оп.
Все операции с ДНК выполняли при стандартных условиях, как описано 8ашЬгоок е! а1. (8атЬгоок, е! а1., 1989). Вкратце, ген Ε1ίΌ амплифицировали посредством ПЦР, используя геномную ДНК из штамма Н. ру1оп 199 в качестве матрицы. Следующие олигонуклеотиды применяли в качестве праймеров: 5'-САТ АТС ОСА АТА СОТ ТСА ТТА А-3' (8ЕО ΙΌ N0: 19) и 5'-СТС ОАО АТТ СТТ ТТТ АСС ССС ТСС-3' (8ЕС ΙΌ N0: 20). Используя данный подход, вводили сайт ΝάοΙ на 5'-конце прямых праймеров и сайт Х1о1 на 5-конце обратных праймеров. После амплификации ПЦР продукт (2058 пар оснований) лигировали в клонирующий вектор рТ257В/Т (1и8ТАс1оие™ РСВ С1ошид Κίΐ, ΜΒΙ РегшеШак, Литва). После этого вставку подтверждали с помощью ПЦР и секвенирования и клонировали ее в экспрессионный вектор РЕТ-28а(+) Оа^ен. США), используя ферменты рестрикции Ше1 и Хйо1.
Пример 2. Экспрессия, очистка и распознавание рекомбинантного Ε1ίΌ.
Компетентные клетки штамма Е. сой ВЬ21 (Р1адеи, США) трансформировали вектором рЕТ-28а(+)11ίΌ и высеивали на среду ЬВ с антибиотиком (канамицин, 50 мкг/мл). Экспрессию индуцировали путем добавления 1 ммоль/л изопропил-Р-О-1-тиогалактопиранозида (ИПТГ) при оптической плотности при 600 нм, составляющей 0,6. После 4 ч клетки собирали и проводили анализ белков полного лизата посредством электрофореза в полиакриламидном геле в присутствии додецилсульфата натрия (ДСН-ПААГэлектрофорез). Растворимые белки с гистидиновой меткой очищали с помощью аффинной хроматографии (НщТгар сгибе, ОЕ Неаййсаге). В качестве второго этапа очистки и для замены буфера проводили гель-хроматографию (8ирегбех 75, ОЕ НеИйсаге). Необходимые фракции собирали и концентрировали с помощью центрифужного фильтрующего устройства (Мййроге) с порогом отсечения 10 кДа и хранили при -80°С. Очищенный рекомбинантный белок оценивали с помощью вестерн-блоттинга, используя антитело к гистидиновой метке, конъюгированное с пероксидазой хрена, а также антитело мыши к Н. ру1оп, конъюгированное с пероксидазой хрена (Р1егсе, Рокфорд, США), и обнаруживали с помощью системы ЕСЬ (ОЕ Неаййсаге, Уппсала, Швеция).
Амплификация гена Ε1ίΌ из ДНК штамма Н. ру1оп 199 выявила единичный продукт ПЦР массой 2,05 тысяч оснований (данные не показаны), который подтверждали секвенированием, и лигировали его в экспрессионный вектор рЕТ-28а(+). После трансформации в экспрессирующий штамм Е. сой ВЬ21 ИЕ3 и индукции ИПТГ можно было наблюдать четкую единичную полосу на вестерн-блоте, применяя коммерческую поликлональную антисыворотку к Н. ру1огг Белок очищали, как описано в материалах и способах, до чистоты более 90% (данные не показаны) и снова подтверждали с помощью вестерн-блоттинга (данные не показаны).
Пример 3. Получение и очистка специфического антитела к рекомбинантному Ε1ίΌ.
Взрослого белого новозеландского кролика иммунизировали очищенным белком в соответствии с протоколом Нау е! а1. с небольшими модификациями (Нау, е! а1., 2002). Вкратце, иммунизацию выполняли путем внутримышечных инъекций 250 мкг очищенного рекомбинантного белка (0,5 мл) с таким же объемом (0,5 мл) полного адъюванта Фрейнда. Для повторных иммунизаций кролика стимулировали 125 мкг очищенного белка, приготовленного в том же объеме (0,5 мл) неполного адъюванта Фрейнда 4, 6, 8 и 10 недель спустя. В качестве негативного контроля брали образец сыворотки перед иммунизацией. На
- 13 032330 конец, две недели спустя после последней иммунизации собирали кровь и отделяли сыворотки. Поликлональное антитело класса 1дС очищали с помощью аффинной хроматографии на сорбенте ЗерЬагоке4В с использованием колонок с конъюгированным рекомбинантным Ε1ίΌ, подготовленными в соответствии с протоколом производителя (РЬагташа, 1988). Экспрессию белка Ε1ίΌ бактерии Н. ру1оп (штамм 199) обнаруживали посредством вестерн-блоттинга, применяя супернатант после ультразвука с концентрацией белка 50 мкг/мл. Поликлональное антитело кролика класса 1дС, индуцированное против рекомбинантного белка Ε1ίΌ, использовали как первое антитело (разведение 1:5000), антитело овцы к 1дС кролика, меченное пероксидазой хрена, (Научно-исследовательский институт Авиценны, Тегеран, Иран) как второе антитело (разведение 1:3000) и для обнаружения использовали систему ЕСЬ (СЕеп, е! а1., 2001).
Кроме того, чтобы протестировать антигенные свойства рекомбинантного Ε1ίΌ и сравнить их с нативным белком, получали поликлональную антисыворотку кролика. Титры антител определяли уже после третьей иммунизации, и после четвертой иммунизации они достигали высоких уровней, подтверждая хорошую иммуногенность Ε1ίΌ. Антисыворотка кролика была способна распознавать очищенный рекомбинантный Ε1ίΌ и Е1Ю в лизате Н. ру1оп (данные не показаны).
Пример 4. Разработка ЕЫ8А.
Планшеты для ЕЫ8А покрывали 100 мкл рекомбинантного белка Е1Ю с концентрацией 1 мкг/мл в фосфатно-солевом буфере (ФСБ) и инкубировали при 4°С в течение ночи. Покрытые лунки блокировали ФСБ, содержащим 2,5% бычьего сывороточного альбумина (БСА, 81дта), в течение 2 ч при 37°С. Все Н. ру1ог1-положительные и Н. ру1оп-отрицательные серологические образцы, использованные в ходе этого исследования, тестировали на наличие антител к Е1Ю, применяя оптимальное разведение сывороток пациентов (разведение 1:100) в качестве первого антитела, антитело к 1дС человека, конъюгированное с пероксидазой хрена, (Рго те да, Мангейм, Германия) (разведение 1:100) в качестве второго антитела и 3,3',5,5'- тетраметилбензидин (ТМБ) в качестве субстрата. Кроме того, были оставлены непокрытые лунки в качестве контроля для каждой сыворотки. Результат ЕЫ8А для образца сыворотки пациента признавался положительным, если значение его оптической плотности при 450 нм было выше среднего значения плюс 3 стандартных отклонения отрицательных образцов сыворотки (СЕеп, е! а1., 2001).
Пример 5. Разработка линейного иммуноанализа Ε1ίΌ.
Подготовили линейный иммуноанализ, основанный на рекомбинантных белках Н. ру1оп, иммобилизованных на нитроцеллюлозе. По сравнению с ЕЫ8А принцип анализа позволяет идентифицировать специфические антитела к различным антигенам Н. ру1оп посредством раздельного нанесения различных единичных антигенов.
Рекомбинантный Е1Ю иммобилизовывали на полосках нитроцеллюлозной мембраны вместе с другими высокоочищенными рекомбинантными антигенами Н. ру1оп (СадА, УасА, СгоЕЬ, ИгеА (уреаза А), НсрС (цистеин-богатый белок С) (М1!!е1 е! а1., 2003) и гамма-глутамилтрансферазой (ГГТ). Подходящие условия для линейного иммуноанализа рекомбинантного Ε1ίΌ определяли эмпирически с выбором стандартных образцов сыворотки из описанной ранее исследуемой выборки, включающей 20 Н. ру1опположительных образцов по результатам гистологического анализа и 20 Н. ру1оп-отрицательных образцов по результатам гистологического анализа. Оптимальную концентрацию антигена и идеальный выбор добавок, таких как детергент, дитиотреитол и ЫаС1, подбирали для каждого антигена путем повторяющихся циклов линейного иммуноанализа и тестирования. Условия, при которых происходит наилучшее представление антигенных эпитопов и оптимальное связывание с мембраной, наблюдаемое по превосходному проявлению полосы и наилучшему разделению отрицательных и положительных образцов, выбирали для создания идеальных спецификаций первых партий продукта. Добавляли контрольные полосы на верхний конец полоски, включающий антитела кролика к 1дС/1дМ/1дА человека в качестве контроля инкубации и антитела человека класса 1дС, 1дМ или 1дА в качестве контроля конъюгата, а также контроль порогового значения, который позволяет оценить реактивность отдельных полос антигенов.
После сканирования и денситометрического анализа интенсивностей полос, контроль использовали как внутренний стандарт для оценки отношений для каждой полосы. Как правило, контрольные полосы порогового значения достигают значений между 20 и 30, тогда как яркие положительные полосы могут достигать значения до 600 единиц. Каждая полоса, достигающая значения выше значения для индивидуального контроля каждой полоски, считается положительной (отношение больше 1).
Соответствующий линейный иммуноферментный анализ представлен на фиг. 1.
Пример 6. Прототип анализа латерального растекания для диагностирования инфекции Н. ру1оп.
С использованием указанных выше материалов был разработан анализ латерального растекания, основывающийся на принципах, раскрытых в настоящей заявке, которые относятся к разработке анализа латерального растекания.
Прототип подобного латерального жидкостного анализа изображен на фиг. 2, при этом на фиг. 2А показано схематическое изображение анализа, а на фиг. 2В отражен результат анализа образца, полученного от человека, с помощью анализа латерального растекания, где обнаруживали антитела против Ε1ίΌ.
Как можно видеть из фиг. 2А, в анализе использовали наночастицы золота, покрытые антителами к 1дС человека. Рекомбинантный Ε1ίΌ, как и рекомбинантный СадА присутствовали в качестве антигенов. 1дС человека так же иммобилизовали, он служил в качестве контроля. Пористая структура была образо
- 14 032330 вана нитроцеллюлозой. Контрольная полоса указывала на надлежащую работу системы. Полоса ΡΙίΌ указывала на то, что у пациента активная инфекция или инфекция, которую недавно начали лечить. Полоса СадА в случае активной инфекции (+Ρ11Ό полоса) указывает на то, что эту инфекцию нужно лечить.
Пример 7. Анализы образцов, полученных от человека.
Всего участвовало в исследовании шестьсот восемнадцать (618) пациентов (308 мужчин, 310 женщин). Получив объяснение цели исследования, было получено информированное согласие от каждого пациента, и был взят образец крови во время эндоскопического исследования перед началом какого-либо лечения. Сыворотки отделяли и хранили при -20°С. Диагностирование инфекции основывали на результатах гистопатологии как золотого стандарта. Пациенты считались Н. ρу1ο^^-положительными, если результаты гистопатологии был положительным. Все пациенты тестировались с помощью линейного иммуноанализа на ΡΙίΌ и выборка из 246 сывороток тестировали с помощью ЕЫ8А на Ρ1ίΌ, как описано выше, и с помощью линейного иммуноанализа, как описано выше.
В табл. 2 показаны результаты применения упомянутого ЕЫ8А на Ρ1ίΌ. Конкретнее в табл. 2 показан серологический ответ в способе ЕИ18А, сравнивающий Н. ρу1ο^^-отрицательных и Н. ργΙοΓΪположительных пациентов.
Таблица 2
Результаты гистологического анализа Итого
Отрицательный Положительный
Результаты ЕЫ8А
Отрицательный 73 8 81
Положительный 3 162 165
Итого 76 170 246
В табл. 3 показаны результаты применения линейного иммуноанализа для выборки из группы пациентов. Конкретнее в табл. 3 показан серологический ответ на ΡΙίΌ при линейном иммуноанализе, сравнивающий Н. ρу1ο^^-отрицательных и Н. ρу1ο^^-положительных пациентов.
_____________________________________________________________________________Таблица 3
Результаты гистологического анализа Итого
Отрицательный Положительный
Результаты линейного иммуноанализа Отрицательный 76 14 90
Положительный 0 156 156
Итого 76 170 246
С помощью способа ЕЫ8А на ΡΙίΌ среди 170 заявленных положительных образцов обнаружили 165 положительных образцов, тогда как среди 76 заявленных отрицательных образцов 73 повторно подтвердили как отрицательные согласно ЕЫ8А (табл. 2). Совокупно применение ΡΙίΌ в диагностировании инфекции Н. ργΙοΓΐ, основанном на ЕЫ8А, обладает специфичностью в 96% и чувствительностью в 97%. Интересно, что пять случаев, которые согласно результатам ЕЫ8А были отрицательными, имели также низкие, но почти положительные оценки при линейном иммуноанализе, которые были немногим выше порогового значения (отношения от 1,2 к 2,2). Один из них также считали Н. ρу1ο^^-отрицательным по результатам линейного иммуноанализа, хотя другие четыре были положительными по результатам линейного иммуноанализа, вступая в реакцию с несколькими другими антигенами (данные не показаны). Важно отметить, что только один образец был отрицательным по результатам обоих тестов.
Вся группа из 618 пациентов (часть из которых была протестирована с помощью ЕЫ8А) анализировали с использованием линейного иммуноанализа, как гуморальный ответ, направленный против Ρ1ίΌ. Высокая чувствительность (97,4%) линейного иммуноанализа, при котором выявлено 310 пациентов с положительными результатами из 318 пациентов, оцененных положительно по результатам гистопатологии, тогда как специфичность линейного анализа достигает 99% (табл. 2). Результаты пациентов, у которых были получены противоречивые результаты, тщательно изучили. 8 сывороток были отрицательными по результатам линейного иммуноанализа на Ρ1ίΌ, но показали реактивность по отношению к другим антигенам, что свидетельствует о том, что в этом случае действительно ΡΙίΌ не был распознан как антиген. Среди этих 8 образцов у одного совсем не было реакции на ΡΙίΌ полосе. Семь имели слабую реактивность, которая была чуть ниже порогового значения (отношения между 0,6 и 0,95), и четыре из них имели слабую реактивность против всех других распознанных антигенов в целом (не показано). Все три образца, в которых ΡΙίΌ дал ложноположительный результат, также показали реактивность с другими полосами. Все эти полосы, включая Ρ1ίΌ, были сравнительно слабыми, но четко выше порогового значения.
- 15 032330
По результатам анализа указанных образцов определяли преобладание иммунного ответа с образованием анти-ΕΊΐΙ) антител как функцию количества лет после эрадикации. Результат показан на фиг. 3. Как можно видеть из фиг. 3, всё еще сохраняется преобладание иммунного ответа с образованием антиΕ1ΪΌ антител приблизительно на уровне 25% спустя 16-20 лет после эрадикации Н. ру1оп.
По результатам анализа указанных образцов подготовили кривые ошибок (КОС-кривые) для Ε1ΪΌ, СадА и ИгеА. Результат показан на фиг. 4. Из фиг. 4 очевидно, что Ε1ΪΌ имеет преимущество по сравнению с двумя известными антигенами, используемыми ранее при обнаружении инфекции Н. ру1оп.
Пример 8. Биоинформатический анализ последовательностей Ε1ΪΌ.
Применяя средства биоинформатики, провели крупномасштабное сравнение белка Ε1ΪΌ штамма Н. ру1ог1 027 с другими организмами, преимущественно прокариотами. Этот анализ показал более 97% гомологии между более 200 штаммами Н. ру1оп.
Результаты показаны в табл. 4.
Таблица 4
Поме .....
Р запис Название Дли Идентичн Резуль
и записи Названия белка Организм на ость тат
Β5Ζ7Β Β5Ζ7Β5ΗΕ Предполагаемый жгутиковый
5 БРСЗ ассоциированный с крюком белок 2 НейсоЬас!ег ру1оп (штамм 027) 685 100.0% 3412
юкьк ДЖЕК. 1 НЕ Предполагаемый жгутиковый
1 ЬРХ ассоциированный с крюком белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-27 685 99.0% 3383
Ι9ΚΡ8 Ι9Κ.Ρ80ΗΕ
0 БРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас!ег ру1оп Нр А-20 685 99.0% 3381
ЮМУ ЮМУ71Н Предполагаемый жгутиковый
71 ЕБРХ ассоциированный с крюком белок 2 НейсоЬас!ег ру1оп Нр А-27 685 99.0% 3379
ЮЦБб •ЮОБ62НЕ
2 ЬРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас!ег ру1оп Нр Н-11 685 99.0% 3375
Ι0Α5Ρ Ί0Α5Ρ7ΗΕ
7 БРХ Жгутиковый копирующий белок НеНсоЬас!ег ру1оп Нр А-9 685 98.0% 3372
10ΐυ02_ΗΕ
.югиог ЬРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас(ег ру1оп Νζ)4228 685 99.0% 3371
К2Б7 К2Б7Н4Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Н4 ЕБРХ белок 2 НейсоЬас!ег ру1оп К0366 685 98.0% 3370
ЮТрК 10Т0К4НЕ Предполагаемый жгутиковый
4 ЬРХ ассоциированный с крюком белок 2 НейсоЬас!ег ру1оп Нр Р-30 685 99.0% 3369
М7КТ Μ7ΚΊΊ4Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
14 ЕБРХ белок 2 НейсоЬас!ег ру1оп ЕГМВ О1 685 98.0% 3367
К2Б53 К2Б537 НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
7 БРХ белок 2 НейсоЬас!ег ру1оп К055а 685 99.0% 3367
ТО8А ТО8АМ4Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
М4 ЕБРХ белок 2 НейсоЬас!ег ру1оп Нр Р-15Ь 685 99.0% 3367
ТОМ13 ТОМ138НЕ Предполагаемый жгутиковый
8 БРХ ассоциированный с крюком белок 2 НейсоЬас!ег ру1оп Нр Н-45 685 99.0% 3367
Ι9\Υν Ι9\νν\Υ7_Η
ΧΥ7 ЕБРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас!ег ру1оп Нр Р-15 685 99.0% 3367
кгки К2КЦЕ2Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Е2 ЕБРХ белок 2 НейсоЬас!ег ру1оп КОЗОЬ 685 99.0% 3365
Ι0ΕΗ8 Ι0ΕΗ82ΗΕ
2 БРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас!ег ру1оп РеСап18 685 98.0% 3365
Н8Н4 Н8Н4Е1Н
Е1 ЕБРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас!ег ру1оп ЕБ837 685 98.0% 3362
Κ2ΕΝ Κ2ΕΝΟ6Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
Об ЕБРХ белок 2 НейсоЬас!ег ру1оп К038Ь 685 98.0% 3361
Ό0Ι88 Ό0Ι888 ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
8 БР1 белок 2 НейсоЬас!ег ру1оп (штамм 51) 685 98.0% 3360
Ν4Τ9 Ν4Τ9Β5Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
В5 ЕБРХ белок 2 НейсоЬас!ег ру1оп Нр А-11 685 98.0% 3359
- 16 032330
Ε1ΡΖΕ 2 Ε1ΡΖΕ2ΗΕ БРМ Жгутиковый копирующий белок НеНсоЬасШг ру1оп (штамм 8ΙΜ180) 685 98.0% 3358
ιοινυ ιοινυδΗΕ
8 БРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп N04099 685 98.0% 3358
ТОЕПЕ 60ΓΟΕ4ΗΕ Предполагаемый жгутиковый
4 БРХ ассоциированный с крюком белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-16 685 98.0% 3358
Ц1СТ Ц1СТВ8Н Предполагаемый жгутиковый НейсоЬас1ег ру1оп (штамм
Β8 ЕЬРН ассоциированный с крюком белок 2 НРАО1) 685 98.0% 3357
Е8ЦР Ε8()ΡΝ8_Η НеНсоЬасШг ру1оп (штамм
N8 ЕБРК Жгутиковый копирующий белок Ей1шаша75) 685 98.0% 3355
кгки Κ2ΚυΧ6_Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
Х6 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп К32Ь 685 98.0% 3355
Κ2ΚΜ Κ2ΚΜυ9_Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
υ9 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп К037с 685 98.0% 3355
тонпт ТОНПТЗНЕ
3 БРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп СРУ1124 685 98.0% 3355
Ι9ΧΕ5 Ι9ΧΕ52ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
2 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-74 685 98.0% 3355
Ι9Η4Η Ι9Η4Η5ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
5 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр А-26 685 98.0% 3355
ϋ7ΕΕ ϋ7ΕΕΑ9_Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
Α9 ЕБРЗ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп (штамм В8) 685 98.0% 3354
Ι9υ§7 19и§75_НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
5 БРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп Нр Н-9 685 98.0% 3354
Β9ΧΖ Β9ΧΖΚ1Η
ΚΙ ЕЬРХ Предполагаемый неспецифический белок НеНсоЬас1ег ру1оп В128 685 98.0% 3354
ТО19Ц 1019Ц0НЕ
0 БРХ Жгутиковый копирующий белок НеПсоЬас1ег ру1оп N04076 685 98.0% 3353
Ι9()ΖΒ Ι9ΡΖΒ4ΗΕ
4 ЕРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬасШг ру1оп N04110 685 98.0% 3353
Ο2Μ3 О2МЗРЗН
Ρ3 ЕЬРХ Жгутиковый копирующий белок НеНсоЬас1ег ру1оп Рипо120 685 98.0% 3352
ΕΙΡΒ Е1ЦВВ7Н НеНсоЬасЗег ру1оп (штамм
Β7 ЕБРС Жгутиковый копирующий белок Сиг20) 685 98.0% 3351
ТОБК 6ОЬКМ5_Н
Μ5 ЕЬРХ Жгутиковый копирующий белок НеПсоЬас1ег ру1оп Нр Н-43 685 98.0% 3351
Ε6ΝΚ Ε6ΝΚΤ1Η
ΤΙ ЕЕРЦ Жгутиковый копирующий белок НеНсоЬас1ег ру1оп (штамм Г57) 685 98.0% 3350
Μ3Μ МЗМУК5_ Жгутиковый ассоциированный с крюком
νΚ5 НЕБРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп ОАМ114ΑΪ 685 98.0% 3350
Κ2ΚΚ К2ККХ5Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Χ5 ЕЬРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп КО 18с 685 98.0% 3350
Κ2ΚΕ К2КЕЦ1Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Ωΐ ЕЬРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп К056а 685 98.0% 3350
- 17 032330
ΙΟΙΟΝ ТОКЖ4_НЕ
4 ЬРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп N(^4216 685 98.0% 3349
Е681О Ε681Ο8ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
8 ЬРЕ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп (штамм 35А) 685 98.0% 3348
19УЖ 19УЖ2НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
2 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-13Ь 685 98.0% 3348
Ι9\ΥΤ5 19\¥Т57_НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
7 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-13 685 98.0% 3348
Ι9υΐ6 191Л61НЕ
1 ЬРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп Нр А-14 685 98.0% 3348
ВбТЬУ ВбЛ/УбНЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
6 ЬР2 белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп (штамм Р12) 685 98.0% 3347
Κ2Κ5 К2К5Г9Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Ε9 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп К046\¥а 685 98.0% 3347
19Х1Л 19ХШ1-НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
1 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп СРУ1313 685 98.0% 3347
19РУ1 19РУ13НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
3 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп СРУ6311 685 98.0% 3347
19РШ Ι9ΡΕΒ.1ΗΕ
1 ЬРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп СРУ6261 685 98.0% 3347
Ь8У\¥ Ь8У\У83_Н
83 ЕЬРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп А45 685 98.0% 3346
Κ7Υ5 Κ7Υ5Κ8Η
Κ8 ЕЬРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп Ак1ауИ<117 685 98.0% 3346
ТОТ 14 ТОТ145НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
5 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр М2 685 98.0% 3346
Ι9Τ4Ζ Ι9Τ4Ζ9ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
9 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-44 685 98.0% 3346
Ε8(2Γ Е8ОЕО7Н НейсоЬас1ег ру1оп (штамм
Ω7 ЕЬР7 Жгутиковый копирующий белок 1псйа7) 685 98.0% 3345
С7ВХ С7ВХ84Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
84 ЕЬРВ белок 2 Εΐίϋ НейсоЬас1ег ру1оп (штамм В38) 685 98.0% 3345
Ι9ΧΥ7Ζ Ι9\ν7Ζ2_ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
2 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-2 685 98.0% 3345
ΙΟΖΒΑ Ι0ΖΒΑ9ΗΕ
9 ЬРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп Р79 685 98.0% 3345
Γ4Ό5Ι Γ4Ό5Ι7ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
7 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп 83 685 98.0% 3345
Β9χυ В9ХЦМ1Н
ΜΙ ЕЬРХ Предполагаемый неспецифический белок НейсоЬас1ег ру1оп 98-10 685 98.0% 3345
Жгутиковый ассоциированный с крюком НейсоЬас1ег ру1оп (штамм
Ρ9678 ЕЬШНЕЕР белок 2 (НАР2) (Копирующий белок АТСС 700392 / 26695)
6 У филамента) (Жгутиковый копирующий белок) (Сашру1оЬас1ег ру1оп) 685 98.0% 3345
Μ38Ό Μ38ΌΙ9Η Жгутиковый ассоциированный с крюком НейсоЬас1ег ру1оп
19 ЕЬРХ белок 2 ОАМсМзТОбВ 685 98.0% 3344
- 18 032330
Ι9ΧΑ 19ХАиЗ_Н
из ЕЬРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-23 685 98.0% 3344
Ι9ΡΤΝ Ι9ΡΤΝ1ΗΕ
1 БРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ρνίοπ ΟΡΥ6271 685 98.0% 3344
О2М8 О2М8С7Н
С7 ЕЬРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп Рипо135 685 98.0% 3344
Е1()6Р Ε1ζ)6Ρ5_ΗΕ НеНсоЬасЩг ру1оп (штамм
5 ЬРР Жгутиковый копирующий белок РеСап4) 685 98.0% 3343
мзк Μ3Κ\ΥΤ6_ Жгутиковый ассоциированный с крюком
\¥Т6 НЕБРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ОАМ119ΒΪ 685 98.0% 3343
ΙΟΖΟΥ ΙΟΖΟΥ9ΗΕ НейсоЬас1ег ру1оп ΝΟΤΟ 11637
9 БРХ Жгутиковый копирующий белок = ССиО 17874 685 98.0% 3343
Ι2ΌΡΤ Ι2ΌΕΤ2ΗΕ
2 БРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп ΧΖ274 685 98.0% 3342
Ε6ΝΚ Ε6ΝΚΟ5Η
Ό5 ЕЬРЕ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп (штамм Е32) 685 98.0% 3341
Ε6ΝΙ8 Ε6ΝΙ85ΗΕ
5 ЬРК Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп (штамм ЕЗО) 685 98.0% 3341
Ι9ΖΡ8 Ι9ΖΡ80ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
0 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Ν()4161 685 98.0% 3341
Ι9ΚΚ Ι9ΚΚΜ1Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
М1 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр А-17 685 98.0% 3341
Σ0Α0Ν Ι0Α0Ν9_ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
9 БРХ белок НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-26 685 97.0% 3340
19(^0 19СЮН5Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Н5 ЕЙРХ белок 2 НейсоЬас1ег ρνίοπ N04053 685 98.0% 3340
Ό6ΧΡ ϋόΧΡΖΙΗ Жгутиковый ассоциированный с крюком НейсоЬас1ег ру1оп (штамм
Ζ1 БИРУ белок 2 ν225ά) 685 98.0% 3339
Μ5ΥΖ Μ5ΥΖΕ4Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
Ь4 ЕБРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп СгАМс1г181241 685 97.0% 3339
Μ5Υ Μ5ΥΜΑ1 Жгутиковый ассоциированный с крюком
МА1 НЕБРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп САМсЫС! 14ΐ 685 97.0% 3339
Μ4ΖΝ Μ4ΖΝΑ5Η
А5 ЕБРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп ОКЗ10 685 97.0% 3339
Μ3ΝΝ Μ3ΝΝ80_Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
80 ЕБРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ246ΑΪ 685 97.0% 3339
мзмв Μ3ΜΒΝ7_ Жгутиковый ассоциированный с крюком
N7 НЕБРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ105ΑΪ 685 97.0% 3339
Ι98784 ΗΕ
198784 БРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-28 685 98.0% 3339
Ι0Ε4Κ Ι0Ε4Κ1ΗΕ
1 БРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп 8Ы417 685 98.0% 3339
ТОР747 НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
Σ0Ρ747 БРХ белок НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-23 685 97.0% 3338
- 19 032330
Ι0Ν2Η 0 1ΌΝ2Η0ΗΕ ЬРХ Жгутиковый белок ассоциированный с крюком НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-4 685 97.0% 3338
ЮЕЭ4 Ι0ΕΌ42ΗΕ
2 ЬРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп 8Ы112 685 98.0% 3338
М788 М788О1Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
ΟΙ ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΡΥ1662 685 97.0% 3337
Μ5Υ9 Μ5Υ955 Η Жгутиковый ассоциированный с крюком НейсоЬас1ег ру1оп
55 ЕЬРХ белок 2 ОАМсШз! 17 Αΐ 685 97.0% 3337
Μ4ΖΚ Μ4ΖΚΑ3Η
АЗ ЕЬРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп ОК113 685 98.0% 3337
МЗЬА МЗЬАЗЗН Жгутиковый ассоциированный с крюком
33 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ОАМ231 Αΐ 685 97.0% 3337
Ι9ΖΟΟ Ι9Ζ0Ο2ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
2 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-28Ь 685 97.0% 3337
Ι983Μ Ι983Μ7ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
7 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-24 685 98.0% 3337
Ι0Ε\ν 10Е\¥О9_Н
09 ЕЬРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп НЦР-В14 685 97.0% 3337
МЗР8 МЗР8О4Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
04 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ96ΑΪ 685 97.0% 3336
10и813_НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
ιου8ΐ3 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-ЗЬ 685 97.0% 3336
ιοκυδ Ι0Κυ82_ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
2 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-5Ь 685 97.0% 3336
ΐοροϋ Ι0Ρ0Ό5ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
5 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-4 685 97.0% 3336
ТОР8В ТОР8В5НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
5 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-3 685 97.0% 3336
Ι9Υ93 Ι9Υ932 ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
2 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-4с 685 97.0% 3336
Ι9Χ\ν Ι9Χ\Υ(34_Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
Ω4 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Ρ-4ά 685 97.0% 3336
Ε6ΝΟΙ Ε6ΝΟΙ6ΗΕ
6 ЬР1 Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп (штамм Р16) 685 97.0% 3334
Μ3ΡΌ Μ3ΡΌΓ1Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
ΡΙ ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ80ΑΪ 685 97.0% 3334
Μ3<35 МЗР5В9Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Β9 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ42ΑΪ 685 97.0% 3334
Μ3Ρ64 МЗР646 НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
6 ЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп САМ245Αΐ 685 97.0% 3334
МЗЬУ МЗЬУ71_Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
71 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ОАМ112ΑΪ 685 97.0% 3334
МЗЬб МЗЬ655_Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
55 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΘΑΜΙΟΙΒίν 685 97.0% 3334
- 20 032330
Е188К 1 Е188К1НЕ БР9 Жгутиковый белок ассоциированный с крюком НейсоЬас1ег ру1оп (штамм 908) 685 97.0% 3333
Е1РУ1 Е1РУ14НЕ НейсоЬас1ег ру1оп (штамм
4 БРТ Жгутиковый копирующий белок 8а1464) 685 98.0% 3333
ΌΟΙΖΟ Ό01ΖΟ3_ΗΕ
3 БР5 Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп (штамм 52) 685 97.0% 3333
МЗК8 МЗК844 Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
44 ЕЕРХ белок 2 НеисоЬасгег ру1оп НР116ΒΪ 685 97.0% 3333
мзко Μ3ΒΌ05Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
05 ЕБРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ264ΑΪ 685 97.0% 3333
МЗМ1 МЗМ119Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
19 ЕБРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ103ΒΪ 685 97.0% 3333
101156НЕБ
101156 РХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп СРУ3281 685 98.0% 3333
10А18 10А185НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
БРХ белок НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-16 685 97.0% 3333
Ι0Ε947 НЕ
Ι0Ε947 БРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп 8Ы169 685 98.0% 3333
Е21ЕТ Е21ЕТ0НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
0 БР9 белок НейсоЬас1ег ру1оп 2018 685 97.0% 3333
Е21АТ Е21АТ7НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
7 БР9 белок НейсоЬас1ег ру1оп 2017 685 97.0% 3333
Жгутиковый ассоциированный с крюком
()9ΖΕ9 ЕЕШНЕБР белок 2 (НАР2) (Копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп (штамм 199)
1 1 филамента) (Жгутиковый копирующий белок) (Сашру1оЬас1ег ру1оп 199) 685 97.0% 3333
Μ3ΝΙ Μ3ΝΠ30Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
Ό0 ЕБРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ270Α8Ϊ 685 97.0% 3332
тоос тооси5_н Жгутиковый ассоциированный с крюком
и5 ЕБРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-6 685 97.0% 3332
19У40 19У408 НЕ
8 БРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-10 685 97.0% 3332
юизо ТОиЗО8_НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
8 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-62 685 97.0% 3331
198БЗ 198Ь37_НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
7 БРХ белок НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-29 685 97.0% 3331
Е8()М Е8()М56_Н НейсоЬас1ег ру1оп (штамм
56 ЕЙР4 Жгутиковый копирующий белок ОашЫа94/24) 685 97.0% 3330
Μ5ΥΝ Μ5ΥΝΥ6Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
Уб ЕБРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜο1ι18136ΐ 685 97.0% 3330
МЗТ() МЗТ()89_Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
89 ЕБРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΗΡ260ΒΪ 685 97.0% 3330
М3()1 МЗ()1У4_Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
У4 ЕБРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ260ΒΪ 685 97.0% 3330
М3(}2 МЗР2Б5Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Б5 ЕБРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ263ΒΕΪ 685 97.0% 3330
- 21 032330
МЗМ5 83 Μ3Μ583 Η ЕЙРХ Жгутиковый белок 2 ассоциированный с крюком НейсоЬас1ег ру1оп ОАМ115Αΐ 685 97.0% 3330
ТО8ЕХ ТО8ЕХ5НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
5 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-25с 685 97.0% 3330
тоне тонооон Жгутиковый ассоциированный с крюком
ΩΟ ЕЙРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-25Й 685 97.0% 3330
Ι9Χ9Ι1ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
19X911 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-25 685 97.0% 3330
19УСТ 19УСТ9_НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
9 БРХ белок НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-19 685 97.0% 3330
М3 87 М387О6Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Об ЕЙРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ОАМ83Т 685 97.0% 3329
МЗРЕ МЗРЕУ1Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
VI ЕБРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΗΑΜ244ΑΪ 685 97.0% 3329
МЗР9 МЗР9ГЗН Жгутиковый ассоциированный с крюком
ЕЗ ЕЙРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ83ΒΪ 685 97.0% 3329
Μ3ΝΡ Μ3ΝΡΟ4_Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
С4 ЕЙРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ОАМ118ΒΪ 685 97.0% 3329
Κ8ΟΥ Κ8ΟΥ42Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
42 ЕЙРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜΙΟΟΑΐ 685 97.0% 3329
тоиги тоири9НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
9 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр М9 685 97.0% 3329
ТОТ5Р ТОТ5РЗНЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
3 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр М4 685 97.0% 3329
ТОВЕЕ ТОКЕЬЗНЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
3 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-24с 685 97.0% 3329
ТО1743_НЕЬ Жгутиковый ассоциированный с крюком
ТО1743 РХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр М5 685 97.0% 3329
ТОШ2_НЕЬ Жгутиковый ассоциированный с крюком
ТОШ2 РХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр М3 685 97.0% 3329
ТОЮК ТОНГК5НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
5 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр М1 685 97.0% 3329
Ι9ΖΥΡ Ι9ΖΥΡ3ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
3 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Мб 685 97.0% 3329
19ХЛ6НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
19ХЛ6 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-24Ь 685 97.0% 3329
М31Л8 М31Л84НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
4 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп НР260ВГЙ 685 97.0% 3328
мзи8 мзи8ро_н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Е0 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΗΡ250Β8Ϊ 685 97.0% 3328
МЗТ9 МЗТ9М6Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Мб ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΗΡ250Α8Ϊ 685 97.0% 3328
МЗТ4 Μ3Τ443 Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
43 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру!оп НР250А8Й 685 97.0% 3328
- 22 032330
М3 то ш МЗТОШН ЕЬРХ Жгутиковый белок 2 ассоциированный с крюком НейсоЬас1ег ру1оп ΗΡ250ΑΕϊν 685 97.0% 3328
Μ38\Υ М38\¥Е6_Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Е6 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΗΡ250ΒΕΐν 685 97.0% 3328
М38Р М38Р57Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
57 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΗΡ250ΑΓΐΐΐ 685 97.0% 3328
М3 86 М386Е4Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Е4 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΗΡ250ΒΕΐΐΐ 685 97.0% 3328
МЗК7 МЗК7Т2Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Т2 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп НР250АЕЙ 685 97.0% 3328
мзру МЗ(2У83_Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
83 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ260Β8Ϊ 685 97.0% 3328
М3 <38 МЗ(2841_Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
41 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп НР250ВЕЙ 685 97.0% 3328
М3 (2(2 мз(2(2б4_н Жгутиковый ассоциированный с крюком
64 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΗΡ250ΒΕΪ 685 97.0% 3328
М3(261 Μ3ζ)6Ι7_ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
7 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ОАМ250Т 685 97.0% 3328
Μ3Νν Μ3ΝΎ58Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
58 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ252ΒΪ 685 97.0% 3328
Μ3ΝΚ Μ3ΝΚΟ5Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
С5 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ОАМ252Т 685 97.0% 3328
мзьг Μ3ΕΖΧ8Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
Х8 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ250ΑΕΪ 685 97.0% 3328
,ЮСЕ(2 ТОСБРЗНЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
3 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр А-16 685 97.0% 3328
Ι9ΧΤΖ Ι9ΧΤΖ6ΗΕ
6 БРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп СРУ1962 685 98.0% 3328
вгит В2иТ80_Н НейсоЬас1ег ру1оп (штамм
80 ЕБР8 Жгутиковый копирующий белок 8Ы470) 685 97.0% 3327
Μ78\Υ Μ78\Υ73_Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
73 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-1 685 97.0% 3327
МЗР12 МЗР129 НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
9 БРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ254ΑΪ 685 97.0% 3327
Ι9Ρ985 НЕ
Ι9Ρ985 БРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп ΕΡΥ608 Ι 685 97.0% 3326
Κ7ΥΑ Κ7ΥΑ88Η
88 ЕЬРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп Ак1ау1к86 685 97.0% 3325
Μ3ΚΙ МЗКПС8Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
К8 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ93ΒΪ 685 97.0% 3324
ТОМ8 10М8и8_Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
и8 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр А-6 685 97.0% 3324
Μ3ΝΟ Μ3ΝΟΡ1Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
Р1 ЕЬРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ОАМ265В8Й 685 97.0% 3323
- 23 032330
Μ3ΚΖ М7 Μ3ΚΖΜ7_ НЕЕРХ Жгутиковый белок 2 ассоциированный с крюком НеНсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ120ΑΪ 685 97.0% 3323
мзри мзрирбн Жгутиковый ассоциированный с крюком
Об ЕЬРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ρνίοπ ΘΑΜ249Τ 685 97.0% 3322
МЗРС МЗРСБ7Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Ь7 ЕЕРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ239ΒΪ 685 97.0% 3322
Μ3Ν Μ3ΝΜ23Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
М23 ЕЕРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп ОАМ121 Ап 685 97.0% 3322
ιοι\νκ Ι0ΙΧΥΚ3ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
3 ЕРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп Νζ)4200 685 97.0% 3322
ТОРЕР ТОРЕРОНЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
0 ЕРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп Нр Р-1 685 97.0% 3321
Ι9ΧΡ8 Ι9ΧΡ87ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
7 ЕРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп Нр Р-1Ь 685 97.0% 3321
Ι0Ν25 Ι0Ν254_ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
4 ЕРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп Нр Н-3 685 97.0% 3320
мзи8 МЗи8В7_Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
В7 ЕЕРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп НР260АЕЙ 685 97.0% 3319
мзиг МЗи287_Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
87 ЕЕРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп ΗΡ260ΑΕΪ 685 97.0% 3319
мзкь Μ3ΚΕΙ9Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
19 ЕЕРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп НР260А8Й 685 97.0% 3319
М3 (^7 МЗ<3751_Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
51 ЕЬРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп ОАМ268Вй 685 97.0% 3319
МЗР4 мзР4из_н Жгутиковый ассоциированный с крюком
из ЕЕРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ260Α8Ϊ 685 97.0% 3319
М3 IX МЗЕЕЕ6Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
Еб ЕЬРХ белок 2 НеПсоЬас1ег ру1оп 6ΑΜ20 Ι Αΐ 685 97.0% 3318
ТО1Т98НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
Ι0ΙΤ98 ЕРХ белок 2 НеисоЬасгег ру1оп Нр А-5 680 98.0% 3318
Ι98ϋ(3 Ι98ϋ(26_ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
6 ЕРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп Нр Н-30 677 97.0% 3314
Ι0ΒΝΒ Ι0ΒΝΒ3 ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
3 ЕРХ белок НеНсоЬас1ег ру1оп Нр Н-42 680 97.0% 3311
О2МЕ Θ2ΜΕΟ6Η
Об ЕЕРХ Жгутиковый копирующий белок НеНсоЬас1ег ру1оп 8ΝΤ49 685 97.0% 3311
тоивр ТОЦВРЗНЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
3 БРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп Нр Р-2Ь 677 97.0% 3308
Ι9(2ΝΒ Ι9ζ)ΝΒ9ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
9 ЕРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп Νζ)4044 685 96.0% 3302
Ι9ΖΖΜ Ι9ΖΖΜ5 НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
5 БРХ белок 2 НеПсоЬас1ег ру1оп Нр А-4 677 97.0% 3300
М78Н М78ННЗН Жгутиковый ассоциированный с крюком
НЗ ЕЕРХ белок 2 НеНсоЬас1ег ру1оп ССН133 677 97.0% 3297
- 24 032330
Ι9ΉΑ Ι9ΊΊΑ1ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
1 ЕРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр А-8 677 97.0% 3297
Μ3Ν Μ3ΝΜΧΥ6_ Жгутиковый ассоциированный с крюком
М\¥6 НЕЕРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп ΟΑΜ210ΒΪ 685 96.0% 3296
19УЬ0 19УЬ06_НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
6 ЕРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-11Ь 677 97.0% 3293
Ι9ΧΥ86 Ι9ΧΥ867 ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
7 ЕРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-11 677 97.0% 3293
ТОРС8 10РС82НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
2 ЕРХ белок НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-34 677 97.0% 3292
19УШ 19УШ4НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
4 ЕРХ белок НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-21 677 97.0% 3292
ТОРУ6 10РУ65НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
5 ЕРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-8 677 97.0% 3291
19 ΥΗ Ι9ΥΗΜ9Η Жгутиковый ассоциированный с крюком
Μ9 ЕЕРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-8Ь 677 97.0% 3291
тоти ιοτυχνοΗ Жгутиковый ассоциированный с крюком
χνο ЕЕРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Р-41 677 97.0% 3289
1ΌΝ8Κ 1ΌΝ8Κ5ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
5 ЕРХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-18 677 97.0% 3289
ίΟΒΑΕ ЮВАЕЗ-НЕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
3 ЕРХ белок НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-36 677 97.0% 3289
Ι0ΕΙ78 ΗΕΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком
10Ы78 РХ белок 2 НейсоЬас1ег ру1оп Нр Н-41 677 96.0% 3278
Ε80Κ Е8ОКУЗН НейсоЬас1ег ру1оп (штамм
УЗ ЕЬРХУ Жгутиковый копирующий белок 8ои111А1'пса7) 685 95.0% 3264
ζ)Ι7Υ0 017Υ06 ΗΕ Жгутиковый ассоциированный с крюком НейсоЬас1ег астопусЫз (штамм
6 ЙАН белок ЗйееЬа) 685 94.0% 3249
НейсоЬас1ег ру1оп (штамм
Κ4ΝΚ Κ4ΝΒ82Η АТСС 700392 / 26695)
82 ΕΕΡΥ Жгутиковый копирующий белок (Сашру1оЬас1ег ру1оп) 674 97.0% 3190
Κ4ΝΕ Κ4ΝΕ36Η
36 ЕЕРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп ΚΪ12 674 97.0% 3190
Κ4ΝΗ Κ4ΝΗ9ΗΕ
9 ЕРХ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ру1оп КИТ 674 97.0% 3190
мзру МЗСУУ4Н Жгутиковый ассоциированный с крюком
У4 ЕЕРХ белок 2 (Фрагмент) НейсоЬас1ег ру1оп ОАМ71 Αΐ 647 97.0% 3146
ЮЕТ Ι0ΕΤΧΥ0Η НейсоЬас1ег се1огиш (штамм
ΧΥΟ ЕЕСМ Жгутиковый копирующий белок АТСС ВАА-540 / ΜΙΤ 99-5656) 685 88.0% 3065
ГОЕМ Ι0ΕΜΚ1Η НейсоЬас1ег се1огиш (штамм
К1 ЕЕС0 Жгутиковый копирующий белок АТСС ВАА-429 / ΜΙΤ 00-7128) 685 81.0% 2861
Е7АТ) Е7АОСЗН Жгутиковый ассоциированный с крюком НейсоЬас1ег ЕеНз (штамм АТСС
СЗ ЕЕГС белок 49179/ЖТС 12436/С81) 684 63.0% 2190
Ε7ΓΥΙ Ε7ΡΥΙ69Η
6 ΕΕΙ Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег 8Ш8 Н81 689 61.0% 2158
- 25 032330
Р8КТ НЗ Р8КТНЗН ЕБВС Жгутиковый ассоциированный белок Ρΐίϋ с крюком НейсоЬас1ег Ыггогегопй (штамм 59.0% 2091
СШ-1) 694
К4КН К4КНРЗН Жгутиковый ассоциированный с крюком
РЗ ЕЙНЕ белок Ρΐίϋ НейсоЬас1ег йейшаппй А8В1.4 691 58.0% 2073
НейсоЬас1ег шиз!е1ае (штамм
АТСС 43772 / ЙМС 18044 /
эзис Ό3υθΜ5_Η Предполагаемый жгутиковый МПС 12198 / 12198)
М5 ЕЕМ1 ассоциированный с крюком белок 2 (Сашру1оЬас1ег шиз!е1ае) 674 52.0% 1778
О7У11 07У119НЕ Жгутиковый копирующий белок филамента НейсоЬас1ег йерайсиз (штамм
9 ЙНР Ρΐίϋ АТСС 51449/ЗВ 1) 682 51.0% 1698
12РОС 12РОС5НЕ НейсоЬас1ег стаесй (штамм
5 БСР Жгутиковый копирующий белок РАОибИ) 682 51.0% 1690
Ι7ΟΖΙ Ι7ΟΖΙ09Η НейсоЬас1ег стаесй АТСС ВАА-
0 ΕΕΙ Жгутиковый копирующий белок 847 682 51.0% 1689
Е4УН Ε4ΥΗΕ69
Б6 НЕЙ1 Жгутиковый крюк-белок 2 НейсоЬас1ег стаесй ССиО 18818 682 51.0% 1689
Ν2Β(^ Ν2Β0Ν79
N7 НЕЙ1 Неспецифический белок НейсоЬас1ег ЫНз \¥1\¥а 679 45.0% 1589
СЗХГ) СЗХОТ19
Т1 НЕЙ1 Жгутиковый копирующий белок НейсоЬас1ег ЫНз АТСС 43879 679 45.0% 1583
(^7МА О7МАМЗ_ Жгутиковый ассоциированный с крюком \Уо1те11а зисстодепез (штамм
М3 \ΥΟΕ8υ белок 2 АТСС 29543 / Ό8Μ 1740 / ЙМС 682 45.0% 1479
7466 / МПС 11488 / ЕОС 602\Υ)
(νΐΗπο зисстодепез)
С5ЕХ С5ЕХР09Н НейсоЬас1ег риПошт ΜΙΤ 98-
Р0 ΕΕΙ Жгутиковый крюк-белок 2 5489 685 39.0% 1272
Жгутиковый ассоциированный с крюком
Ο5Ζ\Υ Ο5Ζ\ΥΤ4_9 белок НейсоЬас1ег сапас1епз1з ΜΙΤ 98-
Т4 ΗΕΕΙ (Жгутиковый крюк-белок 2) 5491 689 39.0% 1262
Н5УЕ Н5УЕС0Н Жгутиковый ассоциированный с крюком НейсоЬас1ег Ыггогегопй ССиСг
СО ΕΕΒΙ белок Ρΐΐϋ 35545 458 53.0% 1185
СЗХБ СЗХЕ84 9Н Жгутиковый ассоциированный с крюком НейсоЬас1ег хутдЬатепзГ
84 ΕΕΙ белок 2 АТСС ВАА-430 689 37.0% 1175
Н5УЕ Н5УЕС1Н Жгутиковый ассоциированный с крюком НейсоЬас1ег Ыггогегопй ССиСг
С1 ΕΕΒΙ белок Ρΐΐϋ 35545 231 66.0% 807
Н8С81 Н8С811С С атру1 оЬ ас!ег ΐ е) иш зиЬ зр.) е) иш
1 Амти Жгутиковый копирующий белок ЙМС! 9872 645 27.0% 474
Сатру1оЬас1ег 1ап (штамм
В9КО В9КОА6С Жгутиковый копирующий белок филамента КМ2100 / Ό67 / АТСС ВАА-
А6 АМЙК Ρΐΐϋ 1060) 766 26.0% 471
Эффлюксный переносчик 8МК-типа,
С6КО С6КОО29 обеспечивающий множественную
02 ΡΚΟΤ лекарственную устойчивость Сатру1оЬас1ег зйохуае КМ3277 577 29.0% 465
Ό2ΜΧ ϋ2ΜΧ77_Ο Жгутиковый ассоциированный с крю ком С атру1 оЬ ас!ег ΐ е) иш зиЬ зр.) е) иш
77 Амти белок 414 642 28.0% 461
- 26 032330
М3108 3 Μ3Ι083 9Ρ КОТ Жгутиковый копирующий белок Сашру1оЬас1ег зЬосуае СС57С 577 28.0% 457
Н78А Н78А14_С
14 АМСО Жгутиковый копирующий белок Сашру1оЬас1ег сой 84-2 644 26.0% 452
Ό2Μ8 О2М844_С Жгутиковый ассоциированный с крю ком С ашру1 оЬ ас!ег ΐ е) иш зиЬ зр.) е) иш
44 АМЮ белок Εΐίϋ 1336 647 26.0% 451
Н7ХВ Н7ХВН0С СатруРЬасШщещт зиЬзр. )е)ит
НО АМЮ Жгутиковый копирующий белок ЙМС 23216 648 26.0% 451
Η7ΥΚ Η7ΥΚΝ9Ο СатруРЬасШщещт зиЬзр. ΐ ерш
N9 АМЮ Жгутиковый копирующий белок ЬМО 23357 648 27.0% 449
ЗиИипшопаз бепйпйсапз (штамм АТСС 33889 / Ό8Μ
1251) (ТЫопмсгозрйа
ЦЗОШ цзои48_§и (Жгутиковый ассоциированный с крюком бепйпйсапз (штамм АТСС
ЫЖ белок 2)-подобный белок 33889 / Ό8Μ 1251)) 462 31.0% 441
Η8Β\Υ В9 Н8В\¥В9_С солирующий белок Сашру1оЬас1ег)е)иш зиЬзр. )е)иш
АМЮ Жгутиковый I 1213 642 27.0% 447
Η8Α\Υ Н8А\¥Ш_С СатруРЬасШщерш зиЬзр. ΐ ерш
N7 АМЮ Жгутиковый копирующий белок 1997-11 643 26.0% 447
Α3ΖΌ Α3ΖΌΚ2 С Жгутиковый ассоциированный с крю ком С атру1 оЬ ас!ег ΐ е) иш зиЬ зр.) е) иш
К2 АМЮ белок Εΐίϋ НВ93-13 643 26.0% 447
Сатру1оЬас1ег )е)иш зиЬзр.
Α7Η4Ι А7Н4П СА Жгутиковый ассоциированный с крюком боу1е1 (зйат АТСС ВАА-1458 /
4 мю белок Εΐίϋ КМ4099/269.97) 646 26.0% 447
Α3ΥΚΙ АЗУК13С Жгутиковый ассоциированный с крю ком С атру1 оЬ ас!ег ΐ е) иш зиЬ зр.) е) иш
3 АМЮ белок Εΐίϋ 260.94 642 25.0% 442
Н7\¥Е Н7\¥ЕН0_С
НО АМСО Жгутиковый копирующий белок Сатру1оЬас1ег сой Н8 637 26.0°/о 441
Сатру1оЬас1ег)е)иш зиЬзр. ΐ ерш
Е1РЙ Е1РЕЦ8С Жгутиковый ассоциированный с крюком зегсбуре Н821 (штамм М1 /
Ω8 ΑΜΙΜ белок 2 99/308) 643 27.0% 441
Пример 9. Наличие и экспрессия белка ΕΗΌ в Н. ру1оп.
Образцы.
В исследовании участвовали 81 образец Н. ру1оп. полученные от пациентов. Образцы диагностировали как Н. ру1оп-положительные посредством стандартного бактериального культивирования на селективных пластинках. В ходе такого тестирования бактерии выращивали на чашках с кровяным агаром Уилкинса-Чалгрена в микроаэробных условиях (10% СО2. 5% О2. 8.5% N2 и 37°С) в течение 36 ч и подтверждали биохимическим анализом положительный результат анализа на оксидазу. каталазу и уреазу. Часть культивированных бактерий использовали для выделения ДНК. а остаток применяли для приготовления лизата белков для вестерн-блоттинга.
Поликлональная антисыворотка мыши к ΕΗΌ.
Трёх мышей линии С57ББ6 иммунизировали 3 раза (еженедельно) 30 мкг рекомбинантного белка Ε11Ό бактерии Н. ру1оп в качестве антигена и 10 мкг холерного токсина в качестве адъюванта. повторно суспендировали в ФСБ. Через одну неделю после последней иммунной стимуляции мышей обескровили и сыворотку объединили. Антигенность и специфичность объединенной сыворотки тестировали с помощью вестерн-блоттинга.
Вестерн-блоттинг.
С целью установки оптимальных условий анализа различные концентрации рекомбинантного белка Ε11Ό. также как и других рекомбинантных контрольных белков (Т1д (Тпддег £ас!ог (ТотЬ е! а1.. 1997)) и ГТТ). созданных и очищенных при одинаковых условиях. наносили на 8% гель. содержащий ДСН. После блоттинга белков на нитроцеллюлозной мембране (Ака!тап/СЕ Неа1!ксаге. Фрайбург. Германия). мембраны блокировали в 5% обезжиренном молоке в течение 1 ч при комнатной температуре и инкубировали в течение ночи с различными разведениями антисыворотки в качестве первичных антител. После инкубации мембран с антителами мыши класса ^С. меченными пероксидазой хрена. полосы обнаруживали. добавляя реагенты системы ЕСЬ Аез!егп Б1о!!шд Бе!ес!юп.
Результаты показаны на фиг. 5. где на правой стороне показанного геля. содержащего ДСН. указаны антиген и его количество. нанесенное на отдельные дорожки. Использовали оптимальное разведение (1:2000) антисыворотки мыши.
ПЦР анализ наличия открытой рамки считывания белка Ε11Ό в геноме Н. ру1оп.
Разработали четыре варианта ПЦР на основе последовательности ДНК белка Ε1ΪΌ в качестве объек
- 27 032330 та согласно последовательности 8Е^ ΙΌ ΝΟ: 2. Специфичность каждой пары праймеров, как указано в табл. 5, была подтверждена ВйА8Т-аналнзом напротив всех бактериальных нуклеотидных последовательностей банка генов. Проводили ПЦР, используя ДНК Н. ру1ог1 в качестве положительного контроля и геномную ДНК других 10 микроорганизмов в качестве отрицательного контроля. Проводили ПЦР с использованием мастер-микса СоТад-полимеразы (Рготеда), температуры отжига в 56°С и временем элонгации 30 с.
Таблица 5
Праймеры, использованные для ПЦР анализа
Прямой праймер Обратный праймер Длина ампликона (пар оснований)
ПЦР1 АОС ТСА ТТА ООО СТТ ООС АО (8Ε()ΙΟΝΟ: 21) ОСТ СОС ОСТ САА СОС АТС (8Е(2 Ш ΝΟ: 22) 246
ПЦР2 АТС АСО ОАС ОСТ АСС ААТ СО (8Е() Ш ΝΟ: 23) АОО ОАС ТТС АТС САТ ОСТ СС (8Е(2 Ш ΝΟ: 24) 288
ПЦРЗ САС АСА СОС ТАТ САТ ТСА АОС (8Е(2 Ш ΝΟ: 25) ССС ОСТ ОАТ САС АТС АТТ ОАС (8Е(2 Ш ΝΟ: 26) 300
ПЦР4 СОС ТАА ССТ САТ АСА ТОО АОО (8Е(2 Ш ΝΟ: 27) ТАА ОСО ОСА ААО СОС ТСС О (8Е(2 Ш ΝΟ: 28) 150
Результаты.
Открытая рамка считывания белка Ρ1ΪΌ присутствует во всех изолятах Н. ру1ог1, полученных от пациентов (культивированные бактерии, выделенные из образцов биопсий пациентов). Наличие открытой рамки считывания белка Ρ1ΪΌ можно подтвердить всеми четырьмя вариантами ПЦР, использованными для этого анализа. Результаты проведенных ПЦР1, ПЦР2 и ПЦР3 для ДНК, выделенных из 81 образца Н. ру1ог1, были в целом положительными. В то время как результат ПЦР4 был положительным для 79 образцов (фиг. 6). Специфичность анализа подтверждали применением ДНК, выделенной из Р. аегидтоза (АТСС 27813), К1еЬ§1е11а оху!оса (АТСС 700324), Сапб1ба а1Ь1сап§ (АТСС 90028), Еп!гососси§ Гаесайз (АТСС 29292), 8!гер. Сгоир А (АТСС 19615), 8.!йурй1типит (АТСС 13311), 8.аигеи§ (АТСС 25923), 8.ер1бегт1б18 (АТСС 18228), Н.тйиепзае (АТСС 49247) и Е.сой (АТСС 25922).
Как можно видеть на фиг. 6, показывающей результаты репрезентативного ПЦР-анализа, проведенного с использованием геномной ДНК, которая выделена из культивируемых клеток Н. ру1ог1, выделенных из образцов биопсий пациентов, открытая рамка считывания белка Ρ1ΪΌ присутствует почти во всех изолятах Н. ру1ог1. Таким образом, результаты ПЦР подтверждают наличие Ρ1ΪΌ в геномной ДНК. На фиг. 6 числа над дорожками обозначают внутренний номер образца.
Касательно обнаружения Ρ1ΪΌ белка в образцах, полученных от пациентов, которых диагностировали как Н. ру1оп-положительных, белок Ρ1ΪΌ обнаруживают в 97,5% образцов. Применяя вестернблоттинг можно показать, что экспрессию белка Ρ1ΪΌ обнаруживают в 79 из 81 лизата белков Н. ру1ог1. Результаты показаны на фиг. 7. На фиг. 7 числа над дорожками обозначают внутренний номер образца.
Специфичность анализа подтверждали с помощью отрицательных результатов, когда лизаты белков из других микроорганизмов анализировали посредством вестерн-блоттинга. Результаты этого анализа показаны на фиг. 8. Как можно видеть на фиг. 8, кроме рекомбинантного Ρ1ΪΌ с меткой стрептавидина (дорожка 2 в обоих вестерн-блотах) и без метки стрептавидина (дорожка 3 в обоих вестерн-блотах), лизаты белков, полученные из Р. аегидтоза (АТСС 27813) (левый вестерн-блот, дорожка 4), К1еЬ§1е11а оху!оса (АТСС 700324) (левый вестерн-блот, дорожка 5), Сапб1ба а1Ысап§ (АТСС 90024) (левый вестернблот, дорожка 6), Еп!егососсиз Гаесайз (АТСС 29292) (левый вестерн-блот, дорожка 7), 8!гер!ососси§ Сгоир А (АТСС 19615) (левый вестерн-блот, дорожка 8), 8. !йурй1тигшт (АТСС 13311) (правый вестернблот, дорожка 4), 8. аигеиз (АТСС 25923) (правый вестерн-блот, дорожка 5), 8. ер1бегт1б18 (АТСС 18228) (правый вестерн-блот, дорожка 6), Н. тйиепзае (АТСС 49247) (правый вестерн-блот, дорожка 7) и Е. сой (АТСС 25922) (правый вестерн-блот, дорожка 8).
В настоящем описании изобретения присутствуют ссылки на различные документы известного уровня техники, полные ссылки которых представлены ниже и которые включены в настоящую заявку посредством ссылки.
АтоШ, I. С., ΗίΐζΙβΓ, I., & Ми11ег, А. (2012). ТНе 1тшипошос1и1а1огу Ргорегйез о£Не11соЬас1ег ру1оп СопРег Рго1ес1юп Адатз! А11егд1с апс! Сйготс 1пйатта1огу ΌΐβοπΙεΓβ. Ргоп! Се111п1ес!
М1сгоЫо1, 2, 10.
А1ИеПоп, I С., Сао, Р., Реек, К. М., 1г., Титтиги, М. К., В1азег, М. к, & Соуег, Т. Й. (1995).
Мо8а1С18т ϊη уасио1айпд су!о!охт а11е1ез о£ НеНсоЬас1ег ру1оп. АззосхаПоп оГ зресШс уасА
1урез ννΐίΗ су!о!охт ргодисйоп апс! рерйс и1сегайоп. 1 Βΐοΐ Скет, 270(30), 17771-17777.
- 28 032330
СЬеп, Υ., \¥апд, I., & 8Ы, й. (2001). [Ιη νίΐΐΌ з(иЬу о(' (Ье Ь1о1о§1са1 асйуЖез апс! 1шшипо§ешс11у о(' гесотЬтап! асШезт о£НейоЬас(ег ру1оп гНраА]. гЬопуЬиа Υΐ Хие 2а ΖΗΐ, 81(5), 276-279.
Соуег, Т. Й., & В1азег, Μ. 1. (1992). Рипйсайоп апс! сЬагас(епга(юп о(' Ле уасио! аЬпд ΐοχίη йот НеНсоЬас(ег ру1оп. ΙΒίοΙ СЬет, 267(15), 10570-10575.
ϋιιηη, В. Ε., Коор, К. Μ., 2ηά, 8ипд, С. С., 8Ьагта, 8. А., Регег-Регег, О. I., & В1азег, Μ. 1. (1992). Мепййсайоп апс! рипйсайоп о(' а српбО ИеаГ зЬоск рго(ет Ьото1од (гот НейсоЬас(ег ру1оп. 1п(ес( 1ттип, 60(5), (946-(95(.
Еа(оп, К. А., 8иегЬаит, 8., 1озепЬапз, С., & Кгакохука, 8. ((996). Со1отгайоп о('§по(оЬ1ойс ρί§1ε(8 Ьу НеНсоЬас(ег ру1оп с1ейс1еп1 ίη ΐ\νο йадеШп депез. 1п(ес( 1ттип, 64(7), 2445-2448.
Егапсо, А. Т., 1згае1, Ό. А., \УазЫпд(оп, М. К., КпзЬпа, и., Еох, 1. О., Кодегз, А. В., е( а1. (2005). Асйуайоп о£Ье(а-са(етп Ьу сагстодетс НейсоЬас(ег ру1оп. Ргос №11 Асас! 8οΐ и 8 А,(02(30), (0646-(065(.
Еизсот, М., Уайа, Ό., МепедаШ, М., ЕаппеШ, 8., Е1дига, Ν., Ηοΐίοη, 1., е( а1. ((999). Апй-СадА геасйуйу ϊη НейсоЬас(ег ру1оп-педайуе зиЬ)ес(з: а сотрапзоп о(' (Ьгее Л(Гегеп( тейюЬз. О1д ϋΐ8 8οΐ, 44(8), (69(-(695.
Оао, й., М1сЬе1, А., \¥еск, Μ. Ν., АгпсЙ, V., Ра\у1йа, М., & Вгеппег, Н. (2009). НейсоЬас(ег ру1оп тЕесйоп апс! даз(пс сапсег пзк: еуа1иайоп οί 15Н. ру1оп рго(етз άβίβπηΐηβά Ьу ηονβΐ ти1йр1ех 8его1оду. Сапсег Кез, 69((5), 6(64-6(70.
Οοίο, Т., ΝΐδΗΐζοηο, А., Еирока, Т., 1ке\уак1,1., Мйипе, К., & Иази, М. ((999). Йоса1 зесге(огу 1ттипод1оЬи1т А апс! розйттитгайоп даз(п(18 согге1а(е χνίΐΗ рго(есйоп адатз( НеНсоЬас(ег ру1оп тГесйоп айег ога1 уасстайоп о('пн се. 1п(ес( 1ттип, 67(5), 253(-2539.
Нау, Е. С., λΥεδίννοοά, О. Μ. К., Νείδοη, Р. Ν., & Нийзоп, Й. (2002). Ргасйса1 1ттипо1оду: \УИеу-В1аск\¥е11.
Нопс1а, 8., Еирока, Т., ТоИеЬа, М., 8а(оЬ, К., ΝΐδΗΐζοηο, А., & Иази, М. ((998). ϋενείορκηεηί о£НеНсоЬас(ег ру1оп-тс1исеЬ даз(пс сагстота ίη МопдоНап дегЬйз. Сапсег Кез, 58((9), 42554259.
Κίκη, 1. 8., СЬапд, 1. Н., СЬипд, 8.1., & Уит, 1. 8. ((999). Мо1еси1аг с1отпд апс! сЬагас(епгайоп о(' (Ье НеНсоЬас(ег ру1оп Είϋ депе, ап еззепйа1 (ас(ог ίη йадеПаг з(гис(иге апс! тоЫйу. 1 Вас(епо1, (8((22), 6969-6976.
Μίίίεΐ Р. К. Е., йие(Ьу й., КетЬагЛ С., 1о11ег Н. (2003). ϋείεοίίοη оЕ ЫдЬ (йегз оЕ апйЬоЬу адатз( НейсоЬас(ег суз(ете-псЬ рго(етз А, В, С, апс! Ε ίη НейсоЬас(ег ру1оп-т(ес(еЬ тЬМЬиак. С1т. О1адп. йаЬ. ТттипоЕ (0:542- 545.
- 29 032330
МассЫа, О., Маззопе, А., Виггош, Ό., Соуассц А., Сепз1ш, 8., & Карриой, К. (1993). Тйе НзрбО ρΐΌΐείη о£ НеНсоЬас!ег ру1оп: з!гис!иге ап б 1шшипе гезропзе ίη райеп!з \νίΛ даз!гобиобепа1 б18еазе8. Мо1 М1сгоЫо1, 9(3), 645-652.
М1сйеЛ, Р., Кге188, С., ΚοΐΙοίΤ, К. Б., Рог!а, Ν., В1апсо, Е Б., ВасЬшапп, Ό., е! а1. (1999). Ога1 тшишгайоп \νίΛ игеазе апб ЕзсйепсЫа соН йеа!-1аЫ1е еп!его!охт ΐδ за£е апб 1шшиподешс ίη НейсоЬас!ег ру1оп-1п£ес!еб абиЕз. Оаз!гоеп!его1оду, 116(4), 804-812.
Моп!есиссо, С., & бе Вегпагб, М. (2003). Мо1еси1аг апб се11и1аг шесйашзшз о£ асйоп о£ Ле уасио1айпд ογίοίοχίη (УасА) апб пеЛгорйб-асЙуайпд рго!ет (ΗΡ-ΝΑΡ) νίαιίεηοε £ас!огз о£ НейсоЬас!ег ру1оп. МтсгоЬез 1п£ес!, 5(8), 715-721.
Мига!а-Каш1уа, Ν., КигазЫша, Υ., Те1зЫка!а, Υ., УашайазЫ, Υ., 8айо, Υ., ЕПдазЫ, Н., е! а1. (2007). НеНсоЬас!ег ру1оп С ад А т!егас!з ν/ϊΐΐι Е-сабЬепп апб бегеди1а!ез Ле Ье!а-са!ешп 81§па1 Ла! ргошо!ез т!езйпа1 !гап8Й1йегепйайоп ίη §аз!пс ер1ЛеНа1 се11з. Опсодепе, 26(32), 46174626.
ОегЛ, М., 8ипбдшз!, Μ., ΗίίζΙεη Б, Епд1ег, Ό. В., Агпо1б, Б С., КеЛег, 8., е! а1. (2012). ОСбепуеб ΙΕ-18 бпуез Тгед бйТегепйайоп, шиппе НеНсоЬас!ег ру1оп-зрес1йс 1шшипе Л1егапсе, апб азЛша рго!есйоп. I С1ш 1пуез!, 122(3), 1082-1096.
Ораго, Р., Ми11ег, Б, КоПап, А., Уа1епгие1а, Р., ΥϋδεΙενΐΛ, А., Оагаа-бе 1а Оиагба, К., е! а1. (1999). 8его1од1са1 гезропзе !о НеНсоЬас!ег ру1оп гесошЫпап! апйдепз ίη СЛПеап Л£ес!еб райеЛз \νίΛ биобепа1 и1сег, поп-и1сег бузрерз1а апб даз!пс сапсег. ΑΡΜΙ8,107(12), 1069-1078. Р11агшас1а. (1988). АШпйу сЬгота!одгарЬу ЕКВ Вю!ес1то1оду Цррза1а, 8\уебеп.
8атЬгоок, I., Еп!зсй, Е., & Машайз, Т. (1989). Мо1еси1ег С1оптд: А БаЬога!огу Мапие1, Воок 1: Νε\ν Уогк: Со1б 8рппд НаЛог ЕаЬога!огу Ргезз.
8иегЬаит, 8., ТЫЬегде, Ε М., Капзаи, Б, Ееггего, К. Е., & БаЫдпе, А. (1994). НеНсоЬас!ег ру1оп НзрА-йзрВ йеа!-зйоск депе с1из!ег: пискойбе зедиепсе, ехргеззюп, ри!айуе йипсйоп апб ттиподешсйу. Мо1 М1сгоЫо1, 14(5), 959-974.
8идапита, М., Кигизи, М., ОкаЬе, 8., 8иеока, Ν., УозЫба, М., \Уака!зи1б, Υ., е! а1. (2001). НейсоЬас!ег ру1оп тетЬгапе рго!ет 1: а пе\у сагстодешс 1ас!ог о£НеНсоЬас!ег ру1оп. Сапсег Кез, 61(17), 6356-6359.
ТотЬ Е Г., е! а1. 1997. Тйе сотр1е!е депоте зедиепсе о£ Ле даз!пс раЛодеп НеНсоЬас!ег ру1огШа!иге, 7; 388(6642):539-47.
иетига, Ν., ОкатоЛ, 8., Уатато!о, 8., Ма!зитига, Ν., УатадисЫ, 8., УатаЮбо, М., е! а1. (2001). НеНсоЬас!ег ру1оп тйесйоп апб Ле беуе1ортеп! ой даз!пс сапсег. N Епд1 I Меб, 345(11), 784- 789.
- 30 032330
Цгйа, Υ., Ыке, К., Τοπΐ, Ν., К1кисЫ, Υ., Кигака1а, Н., Капда, Ε., εΐ а1. (2004). Сошрапзоп о£ зегит 1§А апд 1дО апйЬосНез 1ог декесдпд НеНсоЬаскег ру1оп ίηίεεΐίοη. Ιηΐειτι Мей, 43(7), 548552.
\Уа1апаЬе, 8., Така§1, А., Тада, и., КаЬи, А. М., Кода, Υ., Каппуа, 8., εΐ а1. (1997). Су1о1ох1сйу апд ιηοΐίΐίΐν о£НеНсоЬас1ег ру1оп. I СНп Оа81гоеп1его1, 25 8ирр1 1, 8169-171.
\Уа1апаЬе, Т., Тада, М., Хада1, Н., 8азак1, 8., & №као, М. (1998). НеНсоЬаскег ру1оп ίηίεεΐίοη шдисез дазШс сапсег ίη шопдоНап дегЬПз. Оаз1гоеп1его1оду, 115(3), 642-648.
Уатаока, У., Кодаша, Т., Кка, М., кпашзЫ, I., КазЫша, К., & СгаЬат, ϋ. Υ. (1998).
Ке1адопзЫр о£уасА депо!урез о£НеНсоЬас1ег ру1оп ΐο садА зШиз, ογΐοΐοχίη ргодисдоп, апд сНшса1 оЩсоте. НеНсоЬас1ег, 3(4), 241-253.
Уап, I., Ыапд, 8. Н., Мао, Υ. Г., П, Ь. XV., & П, 8. Р. (2003). Сопз1гисдоп о£ехргеззюп 8уз1етз £ог ЙаА апд 11 аВ депез о£ НеНсоЬаскег ру1оп апд де1егттадоп о£ 1ттипогеасдуйу апд апддешсйу о£ гесотЬтап! ρΐΌΐείηδ. \Уог1д I Оаз1гоеп1его1, 9(10), 2240-2250.
Уап, I., & Мао, Υ. Г. (2004). Соп81гисдоп о£ а ргокагуодс ехргеззюп зуз1ет о£уасА депе апд декесдоп о£ уасА депе, УасА ρΐΌΐείη ίη НеНсоЬаскег ру1оп ΐ8о1акез апд апЬУасА апдЬоду ίη радеШз' зега. \¥ог!д 1 Оаз1гоеп1его1, 10(7), 985-990.
Признаки настоящего изобретения, раскрытые в описании изобретения, перечне последовательностей, формуле изобретения и/или чертежах, могут по отдельности и в любой их комбинации быть материалом для воплощения изобретения в различных его формах.
ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ <110> Мюнхенский технический университет <120> Способ обнаружения инфекции Н. ру1ог1 <130> О 10023 РСТ <150> ЕР 13 004 038.9 <151> 2013-08-13 <160> 28 <170> РабепЫп версия 3.3 <210> 1 <211> 685 <212> РКТ <213> Н. ру1ог1 <220>
<221> М13С_ЕЕАТиКЕ <223> Н. ру1ог1 штамм 027 <400> 1
Меб А1а 1 11е О1у Зег 5 Ьеи Зег Зег Ьеи О1у Ьеи О1у Зег Ьуз Уа1 Ьеи
10 15
Азп Туг Азр Уа1 11е Азр Ьуз Ьеи Ьуз Азр А1а Азр О1и Ьуз А1а Ьеи
20 25 30
11е А1а Рго Ьеи Азр Ьуз Ьуз Меб О1и О1п Азп Уа1 О1и Ьуз О1п Ьуз
35 40 45
- 31 032330
А1а Ьеи 50 Уа1 О1и 11е Ьуз ТЬг 55 Ьеи Ьеи 5ег 5ег Ьеи 60 Ьуз О1у Рго Уа1
Ьуз ТЬг Ьеи 5ег Азр Туг 5ег ТЬг Туг 11е 5ег Агд Ьуз 5ег Азп Уа1
65 70 75 80
ТЬг О1у Азр А1а Ьеи 5ег А1а 5ег Уа1 О1у А1а О1у Уа1 Рго 11е О1п
85 90 95
Азр 11е Ьуз Уа1 Азр Уа1 О1п Азп Ьеи А1а О1п О1у Азр 11е Азп О1и
100 105 110
Ьеи О1у А1а Ьуз Рке 5ег 5ег Агд Азр Азр 11е Рке 5ег О1п Уа1 Азр
115 120 125
ТЬг ТЬг Ьеи Ьуз Рке Туг ТЬг О1п Азп Ьуз Азр Туг А1а Уа1 Азп 11е
130 135 140
Ьуз А1а О1у МеЬ ТЬг Ьеи О1у Азр Уа1 А1а О1п 5ег 11е ТЬг Азр А1а
145 150 155 160
ТЬг Азп О1у О1и Уа1 МеЬ О1у 11е Уа1 МеЬ Ьуз ТЬг О1у О1у Азп Азр
165 170 175
Рго Туг О1п Ьеи МеЬ Уа1 Азп ТЬг Ьуз Азп ТЬг О1у О1и Азр Азп Агд
180 185 190
11е Туг Рке О1у 5ег Н1з Ьеи О1п 5ег ТЬг Ьеи ТЬг Азп Ьуз Азп А1а
195 200 205
Ьеи 5ег Ьеи О1у Уа1 Азр О1у 5ег О1у Ьуз 5ег О1и Уа1 5ег Ьеи Азп
210 215 220
Ьеи Ьуз О1у А1а Азр О1у Азп ТЬг Н1з О1и Уа1 Рго 11е МеЬ Ьеи О1и
225 230 235 240
Ьеи Рго О1и 5ег А1а 5ег 11е Ьуз О1п Ьуз Азп ТЬг А1а 11е О1п Ьуз
245 250 255
А1а 11е О1и О1п А1а Ьеи О1и Азп Азр Рго Азп Рке Ьуз Азр Ьеи 11е
260 265 270
А1а Азп О1у Азр 11е 5ег 11е Азр ТЬг Ьеи Н1з О1у О1у О1и 5ег Ьеи
275 280 285
11е 11е Азп Азр Агд Агд О1у О1у Азп 11е О1и 11е Ьуз О1у 5ег Ьуз
- 32 032330
290
295
300
А1а 305 Ьуз О1и Ьеи О1у Рке 310 Ьеи О1п ТЬг ТЬг ТЬг 315 О1п О1и 5ег Азр Ьеи 320
Ьеи Ьуз 5ег 5ег Агд ТЬг 11е Ьуз О1и О1у Ьуз Ьеи О1и О1у Уа1 11е
325 330 335
5ег Ьеи Азп О1у О1п Ьуз Ьеи Азр Ьеи Ьуз А1а Ьеи ТЬг Ьуз О1и О1у
340 345 350
Азп ТЬг 5ег О1и О1и Азп ТЬг Азр А1а 11е 11е О1п А1а 11е Азп А1а
355 360 365
Ьуз О1и О1у Ьеи 5ег А1а Рке Ьуз Азп А1а О1и О1у Ьуз Ьеи Уа1 11е
370 375 380
Азп 5ег Ьуз ТЬг О1у МеЕ Ьеи ТЬг 11е Ьуз О1у О1и Азр А1а Ьеи О1у
385 390 395 400
Ьуз А1а 5ег Ьеи Ьуз Азр Ьеи О1у Ьеи Азп А1а О1у МеЕ Уа1 О1п 5ег
405 410 415
Туг О1и А1а 5ег О1п Азр ТЬг Ьеи Рке МеЕ 5ег Ьуз Азп Ьеи О1п Ьуз
420 425 430
А1а 5ег Азр 5ег О1п Рке ТЬг Туг Азп О1у Уа1 5ег 11е ТЬг Агд Рго
435 440 445
ТЬг Азп О1и Уа1 Азп Азр Уа1 11е Азп О1у Уа1 Азп 11е ТЬг Ьеи О1и
450 455 460
О1п ТЬг ТЬг О1и Рго Азп Ьуз Рго А1а 11е 11е 5ег Уа1 5ег Агд Азр
465 470 475 480
Азп О1п А1а 11е 11е Азр 5ег Ьеи Ьуз О1и Рке Уа1 Ьуз А1а Туг Азп
485 490 495
О1и Ьеи 11е Рго Ьуз Ьеи Азр О1и Азр ТЬг Агд Туг Азр А1а Азр ТЬг
500 505 510
Ьуз 11е А1а О1у 11е Рке Азп О1у Уа1 О1у Азр 11е Агд ТЬг 11е Агд
515 520 525
5ег 5ег Ьеи Азп Азп Уа1 Рке 5ег Туг 5ег Уа1 Н1з ТЬг Азр Азп О1у
530 535 540
- 33 032330
Уа1 545 О1и Бег Ьеи МеЬ Ьуз 550 Туг О1у Ьеи Бег Ьеи 555 Азр Азр Ьуз О1у Уа1 560
МеЬ Бег Ьеи Азр О1и А1а Ьуз Ьеи Бег Бег ТЪг Ьеи Азп Бег Азп Рго
565 570 575
Ьуз А1а ТЪг О1п Азр РЪе РЪе Туг О1у Бег Азр Бег Ьуз Азр МеЬ О1у
580 585 590
О1у Агд О1и 11е Н1з О1п О1и О1у 11е РЪе Бег Ьуз РЪе Азп О1п Уа1
595 600 605
11е А1а Азп Ьеи 11е Азр О1у О1у Азп А1а Ьуз Ьеи Ьуз 11е Туг О1и
610 615 620
Азр Бег Ьеи Азр Агд Азр А1а Ьуз Бег Ьеи ТЪг Ьуз Азр Ьуз О1и Азп
625 630 635 640
А1а О1п О1и Ьеи Ьеи Ьуз ТЪг Агд Туг Азп 11е МеЬ А1а О1и Агд РЪе
645 650 655
А1а А1а Туг Азр Бег О1п 11е Бег Ьуз А1а Азп О1п Ьуз РЪе Азп Бег
660 665 670
Уа1 О1п МеЬ МеЬ 11е Азр О1п А1а А1а А1а Ьуз Ьуз Азп
675 680 685
<210> 2 <211> 2058 <212> ДНК <213> Н. ру1ог1 <220>
<221> т1зс_£еаЪиге <223> Н. ру1ог1 штамм 027 <400> 2 аЬддсааЬад аЬЬдасаадс дадсааааЬд аааддсссдд асаддсдаЬд даЬдЬдсааа дасдаЬаЁЁЬ дссдЬЬааЬа дЬЬсаЬЬаад ЬЬааддасдс ЬЬдаааадса ЁЬаааасдсЬ сдЬЬдадЬдс аЬЁЬадсдса ЁЬадссаадЬ ЬЬааадсадд сЁсаЬЬаддд сдаЬдааааа аааадсссЬЬ 55сдда55а5 дадЬдЬдддд аддсдаЬаЬЬ ддаЬассасд ааЬдасЁЁЬа сЁЬддсадЬа дсдЬЬааЬсд дЬадаааЬЬа 5ссас55а5а дсЬддсдЬдс аасдаасЬад с5сааа5555 ддсдаЬдЬдд аддЬЁЁЬдаа сссссЬЬада ааасдсЬссЬ Ьсадссдааа сЁаЬЬсаада дддсдаааЬЬ асасдсаааа сЬсааадсаЬ
ЬЬасдаЬдЬд саадааааЬд 55са5с5с5а аадсааЬдЬЬ саЬЬааадЬд 55с55саада сааддасЬас сасддасдсЬ
120
180
240
300
360
420
480
- 34 032330
ассааЕддсд аадЕдаЕддд саЕЕдЕдаЕд аааасаддад ддааЕдассс сЕассааЕЕа 540
аЕддЕдааЕа ссааааасас сддсдаадас аассдсаЕсЕ аЕЕЕЕддсЕс асассЕссаа 600
ЕссасдсЕса сЕаасааааа сдсссЕЕЕсЕ ЕЕдддддЕЕд аЕддаадсдд ааададЕдаа 660
дЕдадЕЕЕда аЕЕЕаааддд ддсЕдаЕддд аасасдсаЕд аадЕссссаЕ саЕдсЕадад 720
сЕсссЕдааа дсдсЕЕсЕаЕ сааасааааа аасассдсда Ессааааадс даЕададсад 780
дсЕЕЕадааа асдасссЕаа ЕЕЕЕааадас ЕЕдаЕсдсЕа аЕддддаЕаЕ ЕЕссаЕадас 840
асЕсЕЕсаЕд ддддддааЕс ЕЕЕааЕсаЕЕ ааЕдасаддс дЕдддддааа саЕЕдаааЕЕ 900
ааадддадса аддсЕааада дсЕЕдддЕЕЕ ЕЕдсааасса ссасссаада аадсдаЕЕЕд 960
ЕЕааааадсЕ сЕсдсассаЕ ЕааададддЕ аааЕЕадаад дддЕааЕЕад сЕЕдааЕддс 1020
сааааасЕдд аЕЕЕаааадс сЕЕаассааа дадддсааса ссадсдаада ааасасадас 1080
дсЕаЕсаЕЕс аадсдаЕЕаа сдсЕааадаа ддсЕЕдадЕд сдЕЕЕааааа сдссдааддс 1140
аадсЕЕдЕда ЕсааЕЕсЕаа аассддааЕд сЕаасдаЕЕа адддсдадда сдсЕЕЕаддс 1200
ааддссадЕЕ ЕдааддаЕЕЕ дддЕЕЕдаас дсЕддсаЕдд ЕдсааЕсЕЕа ЕдаадсЕЕса 1260
саадасасдс ЕЕЕЕЕаЕдЕс ЕаадааЕЕЕд сааааадсда дсдаЕЕсдса аЕЕсасЕЕаЕ 1320
ааЕддддЕда дсаЕсасасд ссссасЕааЕ даддЕсааЕд аЕдЕдаЕЕаа сддддЕЕааЕ 1380
аЕсасЕЕЕад адсааассас ададссЕааЕ ааассЕдсда ЕЕаЕсадсдЕ дадсадддас 1440
ааЕсаадсса ЕЕаЕадасад ссЕЕааадаа ЕЕЕдЕсааад ссЕаЕааЕда дсЕЕаЕсссЕ 1500
ааасЕадаЕд аадасасдсд ЕЕаЕдасдсЕ дасасЕаааа ЕсдсЕдддаЕ ЕЕЕЕаасддс 1560
дЕдддсдаЕа ЕЕсдсассаЕ ЕадаЕссЕсЕ сЕЕааЕаасд ЕдЕЕЕЕсЕЕа ЕадсдЕдсаЕ 1620
асддаЕаасд дддЕадааад сЕЕдаЕдааа ЕасдддсЕЕа дЕЕЕадасда ЕаадддсдЕд 1680
аЕдадЕЕЕад аЕдаддсЕаа аЕЕдадЕадс ассЕЕаааЕЕ сЕаасссЕаа адсдасЕсаа 1740
даЕЕЕЕЕЕсЕ аЕдддадсда ЕадсааддаЕ аЕддддддса дадаааЕсса ссаададддс 1800
аЕЕЕЕЕЕсЕа ааЕЕсааЕса адЕсаЕсдсЕ ааЕсЕсаЕад аЕддадддаа сдсЕаааЕЕа 1860
аадаЕЕЕаЕд аадаЕЕсссЕ адасададас дсЕаааадсЕ Едассааада сааадаааас 1920
дсЕсаададс ЕЕЕЕааааас ссдсЕасаас аЕсаЕддсдд адсдсЕЕЕдс ддсЕЕаЕдас 1980
адссаааЕсЕ сЕааадссаа ЕсаааааЕЕс ааЕЕссдЕдс аааЕдаЕдаЕ сдаЕсаадсд 2040
дсддсЕаааа адааЕЕаа 2058
<210>
<211>
<212>
<213>
<400>
689
РКТ
Н. зшз
МеЕ А1а 11е О1у Ьуз Ьеи 5ег 5ег Ьеи О1у 11е О1у 5ег Ьуз Уа1 Ьеи
- 35 032330
Азп Туг Азр Уа1 20 11е Азр Ьуз Ьеи Ьуз 25 5ег А1а Азр О1и Ьуз 30 ТЬг МеЬ
Уа1 А1а Рго 11е Азр Агд Ьуз МеЬ О1и Уа1 Азп Ьеи О1и Ьуз О1п Ьуз
35 40 45
А1а Ьеи Уа1 О1и 11е Ьуз ТЬг Ьеи Ьеи А1а Азп Ьеи Ьуз А1а Рго Уа1
50 55 60
5ег А1а Ьеи ТЬг Азр Туг 5ег ТЬг Туг ТЬг 5ег Агд 5ег 5ег 5ег Уа1
65 70 75 80
5ег 5ег О1у А1а Ьеи Ьуз А1а 5ег Уа1 5ег Рго О1у 11е Рго Уа1 О1п
85 90 95
Азр 11е Ьуз Уа1 О1и Уа1 О1и Азр Ьеи А1а О1п О1у Азр 11е Азп О1и
100 105 110
Уа1 О1у ТЬг Н1з Рке Агд Азр Агд Азр Азр А1а Рке 5ег О1п А1а Азп
115 120 125
ТЬг Ьуз Ьеи Н1з Рке Туг ТЬг Азп Азп Ьуз Азп Туг ТЬг Уа1 Азп 11е
130 135 140
Ьуз А1а О1у Ме-Ь 5ег Уа1 О1у Азр Уа1 А1а О1п А1а 11е ТЬг Азр А1а
145 150 155 160
ТЬг О1у О1у О1и Уа1 МеЬ О1у 11е Уа1 МеЬ Ьуз ТЬг О1у О1у Азр Ьуз
165 170 175
Рго Туг О1п Ьеи МеЬ 11е Азп ТЬг Ьуз Азп Рго О1у А1а Азп Азп Агд
180 185 190
Ьеи Туг Рке О1у 5ег 5ег Уа1 11е 5ег ТЬг Ьеи А1а 5ег Азр А1а Рго
195 200 205
11е Азп Ьеи А1а 11е О1у О1у ТЬг ТЬг А1а Азр О1у Ьуз 5ег ТЬг О1и
210 215 220
Азр Азр Рке Рке 11е Ьуз Уа1 Ьуз Азр Азр Ьуз О1у О1и Уа1 Уа1 Ьуз
225 230 235 240
11е Рго 11е 5ег Ьеи Азп Ьеи Азр Ьуз А1а 5ег Уа1 О1п Азр Ьуз Азп
245 250 255
- 36 032330
Ьуз А1а Ьеи О1п 260 ТЪг А1а 11е Ьуз Ьуз 265 А1а Ьеи О1и Азр Азп 270 А1а О1п
ТЪг Ьуз Азр Ьеи Уа1 Азр 5ег О1у О1п 11е Азп 11е О1у Ьеи 11е Азп
275 280 285
Азр О1у Ьуз 5ег Ьеи Уа1 Ьеи Азп Азр О1п Агд О1у Ьеи О1и Уа1 О1и
290 295 300
Уа1 О1у О1у А1а Ьуз А1а А1а О1и Ьеи О1у РЪе Уа1 Ьуз ТЪг Ьуз 5ег
305 310 315 320
Азр О1п О1и Азр Ьеи Ьеи Ьуз О1у ТЪг А1а О1у 11е А1а 5ег О1у О1п
325 330 335
11е Ьуз О1у ТЪг 11е Азп РЪе Азп О1у О1п А1а 11е Азп Ьеи О1у А1а
340 345 350
11е ТЪг А1а ТЪг О1у Азп 5ег 5ег Азр А1а Азп А1а О1п А1а 11е Уа1
355 360 365
Ьуз А1а 11е Азп О1у 11е О1п О1у Ьеи Н1з А1а 5ег Ьеи О1у ТЪг Азр
370 375 380
О1у Ьуз Ьеи 11е Ьеи Азп 5ег О1и 5ег О1у О1и Ьеи Агд 11е ТЪг О1у
385 390 395 400
Уа1 О1у А1а Азр О1у Ьуз А1а А1а Уа1 Азп 5ег Ьеи О1у Ьеи 5ег О1и
405 410 415
О1у Ьеи 5ег О1п 5ег Туг А1а Ьуз Ьеи Н1з Азр Ьеи РЪе А1а РЪе Ьуз
420 425 430
Ьуз Ьеи О1п 5ег А1а 5ег Азр А1а Агд РЪе ТЪг Туг Азп О1у А1а ТЪг
435 440 445
11е ТЪг Агд Рго ТЪг Азп О1и Уа1 Азп Азр Уа1 11е Азп О1у Уа1 5ег
450 455 460
Ьеи 5ег Ьеи Ьеи А1а Ьуз ТЪг О1и Рго О1у Ьуз Рго А1а 11е 11е 5ег
465 470 475 480
11е ТЪг Агд Азр 5ег Ьуз А1а 11е Уа1 Азр Н1з Уа1 Ьуз О1и РЪе Уа1
485 490 495
Ьуз А1а Туг Азп А1а Ьеи 11е Рго Ьуз Ьеи Азр О1и ТЪг ТЪг Агд Туг
500 505 510
- 37 032330
Азр Рго Азр 515 ТЬг Ьуз 11е А1а О1у Уа1 520 Рке Азп О1у Уа1 525 О1у Азр 11е
Агд ТЬг 11е Агд 5ег 5ег 11е Азп Азп А1а 11е А1а Рке ТЬг 11е ТЬг
530 535 540
ТЬг А1а Ьуз О1у Уа1 Азр 5ег Ьеи МеЬ Ьуз Туг О1у 11е ТЬг Ьеи Азр
545 550 555 560
О1и Н1з О1у Ьуз МеЬ 5ег Ьеи Азр О1и 5ег Агд Ьеи ТЬг Азп А1а Ьеи
565 570 575
Азп А1а Азр Рго О1п А1а А1а О1п Азр Рке Рке Туг О1у О1у Азр 11е
580 585 590
Ьуз 5ег МеЬ О1у О1у Ьуз О1и 11е Н1з О1п Азр О1у 11е Рке 11е Ьуз
595 600 605
Ьеи Азр Ьуз Уа1 Ьеи О1п О1у Ьеи Уа1 Азр О1у О1у Азп А1а Агд Ьеи
610 615 620
Ьуз Ьеи Туг О1и Азр 5ег Ьеи Азр О1п Азр А1а Ьуз Азп Ьеи Агд Агд
625 630 635 640
Азр Ьуз О1и Азп А1а МеЬ О1и МеЬ Ьеи Ьуз ТЬг Агд Туг Азр МеЬ МеЬ
645 650 655
А1а О1и Агд Рке А1а А1а Туг Азр О1и Агд 11е 5ег Ьуз А1а Азп Ьуз
660 665 670
5ег Рке Азр А1а Уа1 О1п МеЬ МеЬ 11е Азр О1п А1а А1а А1а Ьуз Ьуз
675 680 685
Азп <210> 4 <211> 2070 <212> ДНК <213> Н. зибз <400> 4
аЬддсдаЬЬд дааадЬЬаад ЬЬсЬЬЬаддд аЬЬдддадса аддЬЬЬЬааа сЬасдаЬдЬд 60
аЬЬдаЬааас ЬЬаааадсдс ЬдаЬдааааа асЬаЬддЬдд сЬсссаЬЬда ЬсдаааааЬд 120
даадЬсааЬс ЬЬдаааааса аааддсЬЬЬа дЬЬдадаЬЬа ааасЬЬЬдсЬ ЬдссааЬсЬЬ 180
ааадсдсссд ЬЬадЬдсЬЬЬ аасддаЬЬаЬ ЬсаасЬЬаЬа сдадссдсад ЬадсадЬдЬд 240
- 38 032330
адсадЕддад сдсЕЕааадс садЕдЕаадс ссдддЕаЕсс сЕдЕдсаада ЕаЕЕааадЕа 300
даадЕЕдадд аЕЕЕддсЕса аддсдаЕаЕЕ ааЕдаадЕсд дЕасасаЕЕЕ ЕададаЕсдс 360
даЕдаЕдссЕ ЕЕадссаадс Еаасассааа ЕЕасасЕЕЕЕ аЕассааЕаа ЕааааасЕас 420
асадЕсааЕа ЕЕааддсЕдд ЕаЕдадЕдЕа ддсдаЕдЕсд сссаадссаЕ ЕасадаЕдсЕ 480
асддддддсд аддЕдаЕддд даЕЕдЕдаЕд аааассдддд дддаЕааасс сЕаЕсадЕЕа 540
аЕдаЕЕааЕа сЕааааассс сддддсЕааЕ аассдсЕЕдЕ аЕЕЕЕддсЕс ЕадЕдЕЕаЕЕ 600
ЕсЕасЕсЕЕд сЕадЕдаЕдс дссЕаЕЕааЕ ЕЕадссаЕад ддддсасЕас ЕдсадаЕддд 660
аааадЕасад аадаЕдаЕЕЕ ЕЕЕЕаЕЕааа дЕЕааадаЕд аЕаадддсда адЕддЕЕааа 720
аЕсссЕаЕЕа дЕсЕЕааЕсЕ ЕдаЕааддсЕ ЕсЕдЕдсаад аЕаааааЕаа адсссЕдсаа 780
асадсЕаЕЕа ааааадсссЕ ададдаЕааЕ дсасааасса аадассЕадЕ адаЕадсдда 840
садаЕсааЕа ЕсддЕЕЕдаЕ ЕааЕдаЕддс аааЕсЕЕЕад ЕасЕЕаасда Есааададдд 900
ЕЕадаадЕЕд аадЕЕддддд адсЕааадса дсЕдаасЕад дЕЕЕЕдЕЕаа аасЕаааЕса 960
даЕсаадаад аЕЕЕасЕсаа аддсасадса дддаЕЕдсаЕ ссддЕсаааЕ саадддсасЕ 1020
аЕЕааЕЕЕЕа аЕдддсаадс саЕЕааЕЕЕа ддддсЕаЕса ссдсаасддд сааЕЕсЕадс 1080
даЕдсЕаасд сЕсаадссаЕ сдЕЕааадсс аЕЕааЕддса ЕЕсаадддЕЕ дсасдсЕЕсЕ 1140
ЕЕаддсасдд асдддаааЕЕ ааЕссЕЕааЕ адЕдааадсд дсдадЕЕдсд ЕаЕаассддЕ 1200
дЕдддддссд аЕддЕааадс ддсЕдЕаааЕ адЕЕЕаддЕЕ ЕдЕсЕдаддд сЕЕаадссаа 1260
ЕссЕаЕдсЕа ааЕЕасасда ЕсЕсЕЕЕдсс ЕЕЕаааааас ЕасааадЕдс сЕсЕдаЕдсЕ 1320
адаЕЕЕасЕЕ асааЕддЕдс дасааЕсасс сдсссЕасаа аЕдаддЕааа сдаЕдЕдаЕЕ 1380
аасддЕдЕаЕ сЕЕЕдадЕЕЕ аЕЕадссааа асЕдадссдд дЕааассадс саЕЕаЕЕадс 1440
аЕЕасссдсд асадЕааддс саЕЕдЕЕдаЕ саЕдЕЕааад ааЕЕЕдЕсаа адссЕаЕааЕ 1500
дсаЕЕааЕсс сЕааасЕада Едааасаасс сдЕЕасдаЕс садаЕасЕаа ааЕЕдссддс 1560
дЕдЕЕЕааЕд дсдЕддддда ЕаЕссдсаса аЕЕсдсЕсЕЕ сааЕЕааЕаа ЕдссаЕЕдсЕ 1620
ЕЕЕасааЕса саасддсЕаа аддЕдЕддаЕ адЕсЕсаЕда адЕаЕдддаЕ ЕасасЕЕдаЕ 1680
дадсаЕддаа адаЕдадсЕЕ адаЕдададс адасЕсасаа асдсдсЕЕаа ЕдссдаЕсса 1740
саадссдсЕс аадаЕЕЕсЕЕ сЕаЕддЕддс даЕаЕЕаааа дЕаЕдддддд ЕааддадаЕЕ 1800
сассаадасд ддаЕЕЕЕЕаЕ саадЕЕадаЕ ааадЕЕЕЕдс ааддЕЕЕддЕ сдаЕддЕддЕ 1860
аасдсдаддЕ ЕдаадЕЕаЕа сдаддаЕЕсЕ ЕЕадаЕсаад асдсЕааааа ЕЕЕдадаада 1920
даЕааддада аЕдсааЕдда даЕдсЕЕааа асссдЕЕаЕд асаЕдаЕддс адаасдсЕЕЕ 1980
дсадсЕЕаЕд аЕдадсдЕаЕ ЕЕсЕааддсд ааЕаааЕссЕ ЕЕдаЕдсддЕ дсадаЕдаЕд 2040
аЕсдаЕсаад садссдссаа ааадааЕЕаа 2070
- 39 032330 <210>
<211>
<212>
<213>
684
РКТ
Н. ЬеИз <400> 5
МеЕ 1 А1а Уа1 О1у О1п 5 Ьеи 5ег 5ег Ьеи О1у 10 11е О1у 5ег Ьуз Уа1 15 Ьеи
Азп Туг Азр Уа1 11е Азр Ьуз Ьеи Ьуз Ьуз А1а Азр О1и Азп ТЬг МеЕ
20 25 30
Уа1 Ьуз Рго 11е О1и Агд Ьуз МеЕ О1и А1а Азп Ьеи О1и Ьуз О1п Ьуз
35 40 45
А1а Ьеи Уа1 О1и 11е О1п ТЬг Ьеи Ьеи О1у Азп Ьеи Агд ТЬг Рго Уа1
50 55 60
Агд А1а Ьеи 5ег Азр Туг 5ег ТЬг Туг ТЬг А1а Агд Н1з 5ег Азп Уа1
65 70 75 80
ТЬг О1у Азр А1а Ьеи Ьуз Уа1 5ег Уа1 5ег Рго О1у 11е Рго 11е О1п
85 90 95
Азп 11е Ьуз Уа1 Азр Уа1 О1и 5ег Ьеи А1а О1п О1у Азр 11е Азп О1и
100 105 110
Уа1 О1у ТЬг Н1з Рке 5ег 5ег Агд Азр Азр 5ег Рке А1а О1п Рке Азр
115 120 125
ТЬг ТЬг Ьеи Н1з Рке Туг ТЬг Азп Н1з О1п Азр Туг А1а Уа1 Ьуз 11е
130 135 140
Ьуз А1а О1у МеЕ ТЬг Ьеи 5ег Азр Уа1 А1а О1п А1а 11е ТЬг Азр А1а
145 150 155 160
ТЬг Азр О1у Ьуз Уа1 МеЕ О1у 11е Уа1 МеЕ Ьуз ТЬг О1у О1у Азп Ьуз
165 170 175
Рго Туг О1п Ьеи МеЕ 11е Азп 5ег Ьуз О1у ТЬг О1у А1а Азр Азп Агд
180 185 190
11е Рке Рке О1у 5ег 5ег Уа1 11е 5ег Н1з Ьеи 5ег Азп Азр А1а ТЬг
195 200 205
11е Азп Ьеи О1и А1а Ьуз 5ег О1и ТЬг Ьуз Рго О1и Азр Азр Рке Рке
210 215 220
- 40 032330
11е 225 Ьуз Уа1 Н1з Азр О1и 230 О1п Азп Уа1 11е О1и 235 11е Рго 11е А1а Ьеи 240
Ьуз Ьеи О1п О1у 5ег 11е О1и 5ег Ьуз Азп А1а А1а Ьеи Агд А1а А1а
245 250 255
11е О1п Ьуз А1а Ьеи О1и Азр Азп Рго А1а ТЬг Ьуз 5ег Ьеи А1а Азр
260 265 270
Азп О1у О1п Ьеи Азп Уа1 О1у Уа1 11е Азп О1и О1у Ьуз 5ег Ьеи Уа1
275 280 285
11е Азп Азр Ьуз Агд О1у Ьеи 5ег Уа1 О1и Уа1 О1у О1у А1а Ьуз А1а
290 295 300
Агд О1и Ьеи О1у Рке 11е О1п Азр Ьуз 5ег О1п А1а О1и О1у Азр Ьеи
305 310 315 320
Ьеи Ьуз А1а Ьеи ТЬг А1а Рго О1п 5ег О1у Ьуз 11е Ьуз О1у 11е 11е
325 330 335
5ег Ьеи Азп О1у О1п Азп 11е Азр МеЬ О1у А1а 11е ТЬг А1а О1и Н1з
340 345 350
Азп 5ег 5ег О1п Азр Азп А1а Азп А1а Ьеи 11е Ьуз А1а Уа1 Азп О1у
355 360 365
11е А1а О1у Ьеи 5ег А1а 5ег Уа1 О1у А1а Азр О1у Ьуз Ьеи Уа1 Ьеи
370 375 380
Азп 5ег А1а 5ег О1у О1п Ьеи Агд Ьеи ТЬг О1у А1а Азп А1а О1и О1у
385 390 395 400
Ьуз Ьуз А1а Ьеи Ьуз Азр Ьеи О1у Ьеи 5ег О1и О1у Рке 5ег Агд 5ег
405 410 415
Туг А1а Азп А1а О1п О1и Ьеи Рке 5ег Уа1 Ьуз Азп Ьеи О1п 5ег А1а
420 425 430
5ег Азр А1а Ьуз Рке ТЬг Туг Азп О1у А1а 5ег 11е ТЬг Агд Рго ТЬг
435 440 445
Азп О1и Уа1 Азп Азр Уа1 11е Азп О1у Уа1 5ег Ьеи 5ег Ьеи Ьеи О1у
450 455 460
ТЬг ТЬг О1и Рго О1у Ьуз О1у А1а Уа1 Уа1 5ег 11е ТЬг Агд Азр Азр
465 470 475 480
- 41 032330
Ьуз А1а 11е 11е Азр Азп 485 Уа1 Ьуз О1и РЪе 490 Уа1 Ьуз А1а Туг Азп 495 О1и
Ьеи МеЬ Рго Ьуз Ьеи Азр О1и ТЪг ТЪг Агд Туг Азр Рго Азр ТЪг Агд
500 505 510
11е А1а О1у 11е РЪе Азп О1у Уа1 Бег Азр 11е Агд ТЪг 11е Агд Бег
515 520 525
Бег Ьеи 11е Бег А1а Уа1 ТЪг РЪе ТЪг 11е ТЪг Азп Бег Ьуз О1у Уа1
530 535 540
А1а Бег Ьеи МеЬ Ьуз Туг О1у 11е МеЬ Ьеи Азр Азр Н1з О1у Ьуз МеЬ
545 550 555 560
Бег Ьеи Азр О1и Бег Агд Ьеи А1а Бег А1а 11е Азп А1а Азр Рго О1п
565 570 575
О1у ТЪг О1п Азр РЪе РЪе Туг О1у Бег Азр Уа1 Ьуз Бег МеЬ О1у О1у
580 585 590
Ьуз О1и ТЪг Н1з О1п Азр О1у 11е РЪе О1и Агд Уа1 Азр Ьуз Уа1 Ьеи
595 600 605
А1а Азп Ьеи Уа1 Азр О1у О1у Н1з А1а Агд Ьеи Ьуз Ьеи Туг О1и Азр
610 615 620
Бег Ьеи Азр О1п Азр А1а Ьуз Бег Ьеи Ьуз Ьуз Азр Ьуз О1и Азп А1а
625 630 635 640
МеЬ О1и Ьеи Ьеи Ьуз ТЪг Агд Туг Азр 11е МеЬ А1а О1и Агд РЪе А1а
645 650 655
А1а Туг Азр О1и О1п 11е Бег Ьуз А1а Азп Агд Бег РЪе Азп А1а Уа1
660 665 670
О1п МеЬ МеЬ 11е Азр О1п А1а А1а А1а Ьуз Ьуз Азп
675 680
<210> 6 <211> 2055 <212> ДНК <213> Н. ЕеИз
<400> 6
аЬддсадЬад ддсааЬЬаад ЖсЁЖддда аЬЬддЬадса аадЬЬЬЬааа сЬасдаЬдЬд 60
аЬсдаЬаадс ЬЬаааааадс ддасдаааас асдаЬддЬЬа аасссаЬсда дадааадаЬд 120
- 42 032330
даддссаабб бадаааааса аааадсссбб дбадааабсс ааасбббдсб бдддаабббд 180
сдсасассбд бсададсбсб аадсдаббаб бссасббаба садсбадаса бадсаабдба 240
ассддддабд сдсббааадб дадбдбдадб ссдддбабсс ссаббсаааа бабсааадбд 300
дабдбадада дбббадсаса дддддабабб аабдаддбдд дсасбсаббб бадсбссада 360
дасдасбсдб ббдсдсадбб бдабасбасб ббдсаббббб абассаабса бсаддаббас 420
дсддббаааа ббааадсбдд дабдассбба адсдабдбсд сбсаддсааб сасддабдсб 480
асбдабддса аддбдабддд даббдбдабд аааассдддд ддаабааасс сбабсадсба 540
абдабсааба дбаадддсас дддсдсддаб аабсдбабсб бббббддббс бадбдбсабс 600
бсссабббда дсаабдабдс дассаббааб ббадаадсса ададсдадас ааадссбдад 660
дабдаббббб ббабсааадб дсабдасдаа саааабдбда бадаааббсс бабсдсбсбс 720
аадббдсадд дсбсбаббда дадбааааас дсддсбсбдс дбдсадссаб ссааааадсс 780
ббададдаба абсссдсбас аааабсббба дсадасаабд ддсадббааа бдбдддддбс 840
абсаабдадд дбааабсббб ддбдабсааб дабааасдад дбббдадсдб ададдбаддд 900
ддддсбаадд сдсдсдаасб аддбббсабс саадабаааб сссаадсбда дддбдаббба 960
сбаааадссс бсассдсссс дсаабсбддс аадабсааад дсаббаббад бсбдаабдда 1020
саааасаббд асабдддддс дабсасадсб даасабаабб сбадбсаада саасдсбаас 1080
дсбсбдабба аадсбдбсаа бддсаббдса ддбббдадсд сдбсбдбддд сдсддабддд 1140
аадббадбдс бсаабадбдс садсдддсаа ббасдсббаа ссддадсбаа бдсададддб 1200
аааааддсбс бсааадаббб аддссбсбса даддддббба дссдсбсбба бдсбаабдсб 1260
саадаасбсб бббсбдббаа ааасббасад адбдсбадсд абдсбааабб бассбасааб 1320
ддддсбадба бсасдсдссс бассаабдаа дббаабдабд бааббаабдд сдбдбсббба 1380
адбббдсбад дсасаасада дссдддсаад ддддсбдббд бдадсабсас асдадабдас 1440
ааддсдабса бсдабаабдб сааададббб дбсааадссб абаабдадбб дабдссаааа 1500
ббадабдада ссасссдбба сдабссддас асаадааббд ссдддабсбб баабддадбд 1560
адсдабабсс дсасбабссд сбсббсасбб абсадбдсад ббасббббас аабсасбааб 1620
адсаадддсд бддсбадсбб дабдаадбаб дддабсабдс бадабдасса бддсаадабд 1680
адбббадасд ааадссдбсб бдсбадсдса абсаасдссд абссдсаадд сасссаадас 1740
ббсббббабд даадсдабдб даададбабд дддддсаадд ааасссасса адабддаабс 1800
бббдадсдсд бддабааадб бббддсбааб ббддбсдабд дбддбсабдс дсдбббдаад 1860
сбсбабдаад асбсбсбада бсаадабдсс аааадссбса ааааадабаа ададаасдсб 1920
абддадббаб бааааасссд сбабдасабс абддсададс дббббдсбдс сбабдасдад 1980
садабббсба аддсбаассд абсабббаас дсбдбдсада бдабдабсда бсаадсбдсб 2040
- 43 032330 дсЕаадаааа асЕаа
2055
<210> 7
<211> 1230
<212> РЕТ
<213> Н. ру1ог1
<220>
<221> М15С_РЕАТиКЕ
<223> Н. ру1ог1 штамм 027
<400> 7
МеЕ 1 ТЪг Азп О1и ТЪг 5 11е Азп О1п О1п Рго 10 О1п ТЪг О1и А1а А1а 15 РЪе
Азп Рго О1п О1п РЪе 11е Азп Азп Ьеи О1п Уа1 А1а РЪе Ьеи Ьуз Уа1
20 25 30
Азр Азп А1а Уа1 А1а Еег Туг Азр Рго Азр О1п Ьуз Рго 11е Уа1 Азр
35 40 45
Ьуз Азп Азр Агд Азр Азп Агд О1п А1а РЪе Азп О1у 11е Еег О1п Ьеи
50 55 60
Агд О1и О1и Туг Еег Азп Ьуз А1а 11е Ьуз Азп Рго А1а Ьуз Ьуз Азп
65 70 75 80
О1п Туг РЪе Еег Азр РЪе 11е Азр Ьуз Еег Азп Азп Ьеи 11е Азп Ьуз
85 90 95
Азр А1а Ьеи 11е Азр Уа1 О1и Еег Еег ТЪг Ьуз Еег РЪе О1п Ьуз РЪе
100 105 110
О1у Азр О1п Агд Туг О1п 11е РЪе ТЪг Еег Тгр Уа1 Еег Н1з О1п Азп
115 120 125
Азр Рго Еег Ьуз 11е Азп ТЪг Агд Еег 11е Агд Азп РЪе МеЕ О1и Азп
130 135 140
11е 11е О1п Рго Рго 11е Рго Азр Азр Ьуз О1и Ьуз А1а О1и РЪе Ьеи
145 150 155 160
Ьуз Еег А1а Ьуз О1п Еег РЪе А1а О1у 11е 11е 11е О1у Азп О1п 11е
165 170 175
Агд ТЪг Азр О1п Ьуз РЪе МеЕ О1у Уа1 РЪе Азр О1и Еег Ьеи Ьуз О1и
180 185 190
- 44 032330
Агд О1п О1и 195 А1а О1и Ьуз Азп О1у О1у 200 Рго ТЬг О1у О1у 205 Азр Тгр Ьеи
Азр 11е Рке Ьеи 5ег Рке 11е Рке Азр Ьуз Ьуз О1п 5ег 5ег Азр Уа1
210 215 220
Ьуз О1и А1а 11е Азп О1п О1и Рго Уа1 Рго Н1з Уа1 О1п Рго Азр 11е
225 230 235 240
А1а ТЬг ТЬг ТЬг ТЬг Азр 11е О1п О1у Ьеи Рго Рго О1и А1а Агд Азр
245 250 255
Ьеи Ьеи Азр О1и Агд О1у Азп Рке 5ег Ьуз Рке ТЬг Ьеи О1у Азр МеЕ
260 265 270
О1и МеЕ Ьеи Азр Уа1 О1и О1у Уа1 А1а Азр 11е Азр Рго Азп Туг Ьуз
275 280 285
Рке Азп О1п Ьеи Ьеи 11е Н1з Азп Азп А1а Ьеи 5ег 5ег Уа1 Ьеи МеЕ
290 295 300
О1у 5ег Н1з Азп О1у 11е О1и Рго О1и Ьуз Уа1 5ег Ьеи Ьеи Туг О1у
305 310 315 320
О1у Азп О1у О1у Рго Ьуз А1а Ьуз Н1з Азр Тгр Азп А1а ТЬг Уа1 О1у
325 330 335
Туг Ьуз Азр О1п О1п О1у Азп Азп Уа1 А1а ТЬг 11е 11е Азп Уа1 Н1з
340 345 350
МеЕ Ьуз Азп О1у 5ег О1у Ьеи Уа1 11е А1а О1у О1у О1и Ьуз О1у 11е
355 360 365
Азп Азп Рго 5ег Рке Туг Ьеи Туг Ьуз О1и Азр О1п Ьеи ТЬг О1у 5ег
370 375 380
О1п Агд А1а Ьеи 5ег О1п О1и О1и 11е Агд Азп Ьуз Уа1 Азр Рке МеЕ
385 390 395 400
О1и Рке Ьеи А1а О1п Азп Азп А1а Ьуз Ьеи Азр Азп Ьеи 5ег О1и Ьуз
405 410 415
О1и О1и О1и Ьуз Рке Агд Азп О1и 11е Ьуз Азр Рке О1п Ьуз Азр 5ег
420 425 430
Ьуз А1а Туг Ьеи Азр А1а Ьеи О1у Азп Азр Агд 11е А1а Рке Уа1 5ег
435 440 445
- 45 032330
Ьуз Ьуз 450 Азр ТЬг Ьуз Н1з 5ег 455 А1а Ьеи 11е ТЬг О1и 460 Рке О1у Азп О1у
Азр Ьеи 5ег Туг ТЬг Ьеи Ьуз Азр Туг О1у Ьуз Ьуз А1а Азр Ьуз А1а
465 470 475 480
Ьеи Азр Агд О1и Ьуз Азп Уа1 ТЬг Ьеи О1п О1у Азп Ьеи Ьуз Н1з Азр
485 490 495
О1у Уа1 МеЕ Рке Уа1 Азр Туг 5ег Азп Рке Ьуз Туг ТЬг Азп А1а 5ег
500 505 510
Ьуз Азп Рго Азп Ьуз О1у Уа1 О1у Уа1 ТЬг Азп О1у Уа1 5ег Н1з Ьеи
515 520 525
О1и А1а О1у Рке 5ег Ьуз Уа1 А1а Уа1 Рке Азп Ьеи Рго Азр Ьеи Азп
530 535 540
Азп Ьеи А1а 11е ТЬг 5ег Ьеи Уа1 Агд Агд Азр Ьеи О1и Азр Ьуз Ьеи
545 550 555 560
11е А1а Ьуз О1у Ьеи 5ег Рго О1п О1и ТЬг Азп Ьуз Ьеи Уа1 Ьуз Азр
565 570 575
Рке Ьеи 5ег 5ег Азп Ьуз О1и Ьеи Уа1 О1у Ьуз А1а Ьеи Азп Рке Азп
580 585 590
Ьуз А1а Уа1 А1а О1и А1а Ьуз Азп ТЬг О1у Азп Туг Азр О1и Уа1 Ьуз
595 600 605
О1п А1а О1п Ьуз Азр Ьеи О1и Ьуз 5ег Ьеи Ьуз Ьуз Агд О1и Агд Ьеи
610 615 620
О1и Ьуз О1и Уа1 А1а Ьуз Ьуз Ьеи О1и 5ег Ьуз 5ег О1у Азп Ьуз Азп
625 630 635 640
Ьуз МеЕ О1и А1а Ьуз 5ег О1п А1а Азп 5ег О1п Ьуз Азр О1и 11е Рке
645 650 655
А1а Ьеи 11е Азп Ьуз О1и А1а Азп Агд О1и А1а Агд А1а 11е ТЬг Туг
660 665 670
А1а О1п Азп Ьеи Ьуз О1у 11е Ьуз Агд О1и Ьеи 5ег Азр Ьуз Ьеи О1и
675 680 685
Азп Уа1 Азп Ьуз Азп Ьеи Ьуз Азр Рке 5ег Ьуз 5ег Рке Азр О1и Рке
- 46 032330
690
695
700
Ьуз 705 Азп О1у Ьуз Азп Ьуз 710 Азр Рке Зег Ьуз Зег 715 О1и О1и ТЬг Ьеи Ьуз 720
А1а Ьеи Ьуз О1у Зег Уа1 Ьуз Азр Ьеи О1у 11е Азп Рго О1и Тгр 11е
725 730 735
Зег Ьуз Уа1 О1и Азп Ьеи Азп А1а А1а Ьеи Азп О1и Рке Ьуз Азп О1у
740 745 750
Ьуз Азп Ьуз Азр Рке Зег Ьуз Уа1 ТЬг О1п А1а Ьуз Зег Азр Ьеи О1и
755 760 765
Азп Зег Уа1 Ьуз Азр Уа1 11е 11е Азп О1п Ьуз Уа1 ТЬг Азр Ьуз Уа1
770 775 780
Азр Азп Ьеи Азп О1п А1а Уа1 Зег Уа1 А1а Ьуз А1а ТЬг О1у Азр Рке
785 790 795 800
Зег Агд Уа1 О1и О1п А1а Ьеи А1а Азр Ьеи Ьуз Азп Рке Зег Ьуз О1и
805 810 815
О1п Ьеи А1а О1п О1п А1а О1п Ьуз Азп О1и Азр Рке Азп ТЬг О1у Ьуз
820 825 830
Азп Зег А1а Ьеи Туг О1п Зег Уа1 Ьуз Азп О1у Уа1 Азп О1у ТЬг Ьеи
835 840 845
Уа1 О1у Азп О1у Ьеи Зег Ьуз А1а О1и А1а ТЬг ТЬг Ьеи Зег Ьуз Азп
850 855 860
Рке Зег Азр 11е Ьуз Ьуз О1и Ьеи Азп А1а Ьуз Ьеи О1у Азп Рке Азп
865 870 875 880
Азп Азп Азп Азп Азп О1у Ьеи Ьуз Азп Зег ТЬг О1и Рго 11е Туг А1а
885 890 895
Ьуз Уа1 Азп Ьуз Ьуз Ьуз А1а О1у О1п А1а А1а Зег Рго О1и О1и Рго
900 905 910
11е Туг А1а О1п Уа1 А1а Ьуз Ьуз Уа1 Азп А1а Ьуз 11е Азр Агд Ьеи
915 920 925
Азп О1п 11е А1а Зег О1у Ьеи О1у Уа1 Уа1 О1у О1п А1а Уа1 О1у Рке
930 935 940
- 47 032330
Рго Ьеи Ьуз Агд Н1з Азр Ьуз Уа1 О1у Азр Ьеи 5ег Ьуз Уа1 О1у О1п
945 950 955 960
5ег Уа1 5ег Рго О1и Рго 11е Туг А1а Ткг 11е Азр Азр Ьеи О1у О1у
965 970 975
Рго Рке Рго Ьеи Ьуз Агд Н1з Азр Ьуз Уа1 О1у Азр Ьеи 5ег Ьуз Уа1
980 985 990
О1у Ьеи 5ег Уа1 5ег Рго О1и Рго 11е Туг А1а Ткг 11е Азр Азр Ьеи
995 1000 1005
О1у О1у 1010 Рго Рке Рго Ьеи Ьуз 1015 Агд Н1з Азр Ьуз Уа1 1020 О1у Азр Ьеи
5ег Ьуз Уа1 О1у Ьеи 5ег Агд О1и О1п О1п Ьеи Ьуз О1п Ьуз 11е
1025 1030 1035
Азр Азп Ьеи 5ег О1п А1а Уа1 5ег О1и А1а Ьуз А1а О1у Рке Рке
1040 1045 1050
О1у Азп Ьеи О1и О1п ТЬг 11е Азр Азп Ьеи Ьуз Азр 5ег А1а Ьуз
1055 1060 1065
Азп Азп Рго Уа1 5ег Ьеи Тгр А1а О1и О1у А1а Ьуз Ьуз Уа1 Рго
1070 1075 1080
А1а 5ег Ьеи 5ег А1а Ьуз Ьеи Азр Азп Туг А1а ТЬг Азп 5ег Н1з
1085 1090 1095
ТЬг Агд 11е Азп 5ег Азп 11е О1п 5ег О1у А1а 11е Азп О1и Ьуз
1100 1105 1110
А1а ТЬг О1у МеЬ Ьеи ТЬг О1п Ьуз Азп Рго О1и Тгр Ьеи Ьуз Ьеи
1115 1120 1125
Уа1 Азп Азр Ьуз 11е Уа1 А1а Н1з Азп Уа1 О1у 5ег Уа1 Рго Ьеи
1130 1135 1140
Ьеи О1и Туг Азр Ьуз 11е О1у Рке Азп О1п Ьуз 5ег МеЬ Ьуз Азр
1145 1150 1155
Туг 5ег Азр 5ег Рке Ьуз Рке 5ег ТЬг О1и Ьеи Азп Азп А1а Уа1
1160 1165 1170
Ьуз Азр Уа1 Ьуз 5ег О1у Рке ТЬг О1п Рке Ьеи А1а Азп А1а Рке
1175 1180 1185
- 48 032330
5ег ТАг 1190 О1у Туг Туг Агд Ьеи 1195 А1а О1у О1и Азп А1а 1200 О1и Н1з О1у
11е Ьуз Азп Уа1 Азп Ткг Ьуз О1у О1у 5ег Ьуз Азп Ьеи Ьуз О1у
1205 1210 1215
Ьеи Агд Азп Ткг Ьуз Азп А1а Ьуз ТЬг ТЬг Рго Суз
1220 1225 1230
<210> 8 <211> 3726 <212> ДНК <213> Н. ру1ог1 <220>
<221> т1зс_£еаЬиге <223> Н. ру1ог1 штамм 027 <400> 8 ааддадааас асссдсадса сЬЬсаЬЬЬда сЬЬЬЬдаЬдд ссааааадаа асааЬсЬсаЬ ассдааЬЬЬЬ сдаЬссдааа сададЬЬЬЬЬ даасддаЬса аааааааЬдд асааааааса адссадаЬаЬ ЬдсЬЬдаЬда ЬЬдадддЬдЬ асдсЬсЬдЬс ЬаЬЬдЬаЬдс аЬааадасса дЬддсЬЬадЬ аадаадасса ааЬдасЬаас аЬЬЬаЬсааЬ ЬссЬдаЬсаа ааЬсЬсдсаа ЬсадЬаЬЬЬЬ ЬдаЬдЬддаа сасаадЬЬдд ЬЬЬЬаЬддаа даааЬсЬдсс ааадЬЬсаЬд ададссЬасЬ аЬсЬЬсЬдаЬ адссасЬасЬ ааддддЬааЬ сдсЬдасаЬЬ ЬЬсЬдЬдЬЬа дддсааЬддЬ асааддЬаас саЬадсаддЬ асЬсасаддс дааасЬаЬЬд ааЬсЬЬсаад ааассааЬсд ЬЬаадддаад ЬсадасЬЬЬа ЬсЬЬссасаа дЬдЬсссаЬс ааЬаЬсаЬас ааасааЬсЬЬ ддсдЬдЬЬЬд ддЬддддаЬЬ дЬсааадаад ассассдаса ЬЬЬЬсЬаааЬ даЬссЬааЬЬ аЬддддадЬс ддЬЬЬЬддад ааЬдЬддсЬа ддЬдадааад Ьсасаасдад ассаасаасс ЬадсЬЬЬЬсЬ ЬЬдаЬаадаа ааЬасЬссаа ЬсааЬаадад ададсЬЬЬса аааасдаЬсс аасссссЬаЬ ЬЬдсаддааЬ аЬдааЬссЬЬ ддЬЬддаЬаЬ сааЬсааЬса ЬасааддсЬЬ ЬсасЬсЬЬдд асаадЬЬсаа аЬааЬддсаЬ ссаадсасда сааЬааЬЬаа ддаЬЬаасаа саЬЬдадЬса асааассдаа ЬаадсЬЬдаЬ сдаЬадддаЬ ЬааадсдаЬс сааЬдаЬЬЬа даааЬЬЬддд дЬсЬааааЬс ссаЬдаЬдас ЬаЬсаЬаддд дааадааадд ЬЬЬЬЬЬаЬса адаассадЬЬ ассдссЬдаа сдаЬаЬддаа ЬсааЬЬаЬЬд адаассЬдаа ЬЬддаасдсс ЬдЬдсаЬаЬд сссЬадЬЬЬЬ адаададаЬс дсддсЬЬЬЬа аасдсЬдЬсд аасаддсаад аааааЬссЬа аЬсаасааад даЬсадсдЬЬ аасасссдаЬ ааадааааад ааЬсаааЬсс саадаадсад ЬЬЬаЬаЬЬЬд ссЬсаЬдЬсс ЬсЬадддаЬЬ аЬдЬЬадаЬд аЬЬсасааЬа ааадЬЬЬсаЬ ассдЬЬддЬЬ ааааасддса ЬаЬсЬсЬаса сдааасаааа
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
- 49 032330
ЬадаЬЬЬсаЬ ддааЬЬЬсЬЬ дсасааааса аЬдсЬаааЬЬ адасаасЬЬд адсдадааад 1260
адааадаааа аЬЬссдаааЬ дадаЬЬаадд аЬЬЬссаааа адасЬсЬаад дсЬЬаЬЬЬад 1320
асдсссЬадд дааЬдаЬсдЬ аЬЬдссЬЬЬд ЬЬЬсЬааааа адасссаааа саЬЬсадсЬЬ 1380
ЬааЬЬасЬда дЬЬЬддЬаад ддддаЬЬЬда дсЬасасЬсЬ сааадаЬЬаЬ дддаааааад 1440
садаЬааадс ЬЬЬадаЬадд дадаааааЬд ЬсасЬсЬЬса аддЬаассЬа ааасаЬдаЬд 1500
дсдЬдаЬдЬЬ ЬдЬЬдаЬЬаЬ ЬсЬааЬЬЬса ааЬасассаа сдссЬссаад ааЬсссааЬа 1560
адддЬдЬадд сдЬЬасдааЬ ддсдЬЬЬссс аЬЬЬадасдс аддсЬЬЬадс ааддЬадсЬд 1620
ЬсЬЬЬааЬЬЬ дссЬдаЬЬЬа ааЬааЬсЬсд сЬаЬсасЬад ЬЬЬсдЬаадд сддаасЬЬад 1680
аддаЬааасЬ ааЬЬдсЬааа ддаЬЬдассс сасаадаадс ЬааЬаадсЬЬ аЬсааадаЬЬ 1740
ЬЬЬЬдадсад саасааадаа ЬЬддЬЬддаа аадсЬЬЬааа сЬЬсааЬааа дсЬдЬадсЬд 1800
асдсЬааааа сасаддсаас ЬаЬдасдадд Ьдаааааадс ЬсадааадаЬ сЬЬдаааааЬ 1860
сЬсЬааддаа асдададсаЬ ЬЬададааад аадЬададаа ааааЬЬддад адсаааадсд 1920
дсаасааааа ЬааааЬддаа дсаааадсЬс аадсЬаасад ссааааадаЬ дадаЬЬЬЬЬд 1980
сдЬЬдаЬсаа ЬааададдсЬ ааЬададасд саададсааЬ сасЬЬасдсЬ сааааЬсЬЬа 2040
ааддсаЬсаа аадддааЬЬд ЬсЬдаЬааас ЬЬдааааЬаЬ саасаадааЬ ЬЬдааадасЬ 2100
ЬЬадЬаааЬс ЬЬЬЬдаЬдаа ЬЬсаааааЬд дсаааааЬаа ддаЬЬЬсадс ааддсадаад 2160
ааасдсЬааа адсссЬЬааа ддсЬсддЬда аадаЬЬЬадд ЬаЬсааЬссд дааЬддаЬЬЬ 2220
саааадЬЬда ааассЬЬааЬ дсадсЬЬЬда аЬдасЬЬсаа аааЬддсааа ааЬааддаЬЬ 2280
ЬсадсааддЬ аасдсаадса аааадсдасс ЬЬдааааЬЬс сдЬЬааадаЬ дЬдаЬсаЬса 2340
аЬсаааадаЬ аасддаЬааа дЬЬдаЬдаЬс ЬсааЬсаадс ддЬаЬсадЬд дсЬааадсаа 2400
сдддЬдаЬЬЬ садЬадддЬа дддсаадсдЬ ЬадссдаЬсЬ саааааЬЬЬс Ьсаааддадс 2460
ааЬЬддсЬса асааасЬсаа аааааЬдааа дЬЬЬсааЬдЬ Ьддааааааа ЬсЬдаааЬаЬ 2520
аЬсааЬссдЬ ЬаадааЬддЬ дЬдаасддаа сссЬадЬсдд ЬааЬдддЬЬа ЬсЬсаадсад 2580
аадссасаас ЬсЬЬЬсЬааа аасЬЬЬЬсдд асаЬсаадаа ададЬЬдааЬ дсаааасЬЬЬ 2640
ЬЬддаааЬЬЬ сааЬаасааЬ аасааЬааЬд ддсЬсааааа садсасадаа сссаЬЬЬаЬд 2700
сЬааадЬЬаа Ьааааадааа асаддасаад ЬадсЬадссс Ьдаадаассс аЬЬЬаЬдсЬс 2760
аадЬЬдсЬаа аааддЬаааЬ дсаааааЬЬд ассаасЬсаа Ьсаадсадса адЬддЬЬЬсд 2820
дЬддЬдЬадд дсаадсадсд ддсЬЬсссЬЬ Ьдааааддса ЬдаЬааадЬЬ даЬдаЬсЬса 2880
дЬааддЬадд дсдаЬсддЬЬ адсссЬдаас ссаЬЬЬаЬдс ЬасааЬЬдаЬ даЬсЬсддсд 2940
дассЬЬЬссс ЬЬЬдаааадд саЬдаЬааад ЬЬдаЬдаЬсЬ садЬааддЬа дддсдаЬсдд 3000
ЬЬадсссЬда асссаЬЬЬаЬ дсЬасааЬЬд аЬдаЬсЬсдд сддассЬЬЬс ссЬЬЬдаааа 3060
- 50 032330
ддсаЕдаЕаа адЕЕдаЕдаЕ сЕсадЕаадд ЕадддсЕЕЕс аадддадсаа сааЕЕдааас 3120
адаадаЕЕда саадЕЕсдаЕ саадсддЕаЕ садаадсЕаа адЕаддЕЕаЕ ЕЕЕддсааЕс 3180
Еададсааас даЕадасаад сЕсааадаЕЕ сЕдсааааЕа сааЕассаЕд ааЕсЕаЕддд 3240
сЕдааадЕдс ааааааадЕд ссЕдсЕадЕЕ ЕдЕсадсдаа аЕЕддасааЕ ЕасдсЕасЕа 3300
асадссасас асдсаЕЕааЕ адсааЕаЕсс ааааЕддадс ааЕсааЕдаа ааадсдассд 3360
дЕаЕдсЕаас дсааааааас ссЕдадЕддс ЕсаадсЕсдЕ дааЕдаЕаад аЕсдЕЕдсас 3420
аЕааЕдЕддд аадсдЕЕссЕ ЕЕдЕсададЕ аЕдаЕааааЕ ЕддсЕЕсаас садаадааЕа 3480
ЕдааадаЕЕа ЕЕсЕдаЕЕсд ЕЕсаадЕЕЕЕ ссассаадЕЕ даасааЕдсЕ дЕаааадаса 3540
ЕЕаадЕсЕдд сЕЕЕасдсаа ЕЕЕЕЕадсса аЕдсаЕЕЕЕс ЕасаддаЕаЕ ЕасЕдсЕЕдд 3600
сдддддаааа ЕдсддадсаЕ ддааЕсаааа аЕдЕЕааЕас ааааддЕддЕ ЕЕссаааааЕ 3660
сЕЕаааддаЕ ЕааддааЕас сааааасдса аааассдссс сЕЕдсЕаааа дсадддддЕЕ 3720
ЕЕЕЕаа 3726
<210> 9 <211> 1294 <212> РЕТ <213> Н. ру1ог1 <220>
<221> М15С_ЕЕАТиЕЕ <223> Н. ру1ог1 штамм 027 <400> 9
МеЕ 1 О1и 11е О1п О1п 5 ТЬг Н1з Агд Ьуз МеЕ 10 Азп Агд Рго Ьеи Уа1 15 5ег
Ьеи Уа1 Ьеи А1а О1у А1а Ьеи 11е 5ег А1а 11е Рго О1п О1и 5ег Н1з
20 25 30
А1а А1а РЬе РЬе ТЬг ТЬг Уа1 11е 11е Рго А1а 11е Уа1 О1у О1у 11е
35 40 45
А1а ТЬг О1у ТЬг А1а Уа1 О1у ТЬг Уа1 5ег О1у Ьеи Ьеи 5ег Тгр О1у
50 55 60
Ьеи Ьуз О1п А1а О1и О1и А1а Азп Ьуз Азп Рго Азр Ьуз Рго Азр Ьуз
65 70 75 80
Уа1 Тгр Агд 11е О1п А1а О1у Ьуз О1у РЬе Азп О1и РЬе Рго Азп Ьуз
85 90 95
О1и Туг Азр Ьеи Туг Ьуз 5ег Ьеи Ьеи 5ег 5ег Ьуз 11е Азр О1у О1у
100 105 110
- 51 032330
Тгр Азр Тгр 115 О1у Азп А1а А1а Агд 120 Н1з Туг Тгр Уа1 Ьуз 125 О1у О1у О1п
Тгр Азп Ьуз Ьеи О1и Уа1 Азр МеЕ Ьуз Азр А1а Уа1 О1у ТЪг Туг Ьуз
130 135 140
Ьеи 5ег О1у Ьеи Агд Азп РЪе ТЪг О1у О1у Азр Ьеи Азр Уа1 Азп МеЕ
145 150 155 160
О1п Ьуз А1а ТЪг Ьеи Агд Ьеи О1у О1п РЪе Азп О1у Азп 5ег РЪе ТЪг
165 170 175
5ег Туг Ьуз Азр А1а А1а Азр Агд ТЪг ТЪг Агд Уа1 Азп РЪе Азп А1а
180 185 190
Ьуз Азп 11е 5ег 11е Азр Азп РЪе Уа1 О1и 11е Азп Азп Агд Уа1 О1у
195 200 205
5ег О1у А1а О1у Агд Ьуз А1а 5ег 5ег ТЪг Уа1 Ьеи ТЪг Ьеи О1п А1а
210 215 220
5ег О1и О1у 11е ТЪг 5ег Азр Ьуз Азп А1а О1и 11е 5ег Ьеи Туг Азр
225 230 235 240
О1у А1а ТЪг Ьеи Азп Ьеи А1а 5ег 5ег 5ег Уа1 Ьуз Ьеи МеЕ О1у Азп
245 250 255
Уа1 Тгр МеЕ О1у Агд Ьеи О1п Туг Уа1 О1у А1а Туг Ьеи А1а Рго 5ег
260 265 270
Туг 5ег ТЪг 11е Азп ТЪг 5ег Ьуз Уа1 ТЪг О1у О1и Уа1 Азп РЪе Азп
275 280 285
Н1з Ьеи ТЪг Уа1 О1у Азр Ьуз Азп А1а А1а О1п А1а О1у 11е 11е А1а
290 295 300
5ег Азп Ьуз ТЪг Н1з 11е О1у ТЪг Ьеи Азр Ьеи Тгр О1п 5ег А1а О1у
305 310 315 320
Ьеи Азп 11е 11е А1а Рго Рго О1и О1у О1у Туг Ьуз Азр Ьуз Рго Азп
325 330 335
Азп ТЪг Рго 5ег О1п 5ег О1у ТЪг Ьуз Азп Азр Ьуз Азп О1и 5ег А1а
340 345 350
Ьуз Азп Азр Ьуз О1п О1и 5ег 5ег О1п Азп Азп 5ег Азп ТЪг О1п Уа1
- 52 032330
355
360
365
11е Азп 370 Рго Рго Азп 5ег ТЬг 375 О1п Ьуз ТЬг О1и 11е 380 О1п Рго ТЬг О1п
Уа1 11е Азр О1у Рго Рке А1а О1у О1у Ьуз Азр ТЬг Уа1 Уа1 Азп 11е
385 390 395 400
Азп Агд 11е Азп ТЬг Азп А1а Азр О1у ТЬг 11е Агд Уа1 О1у О1у Рке
405 410 415
Ьуз А1а 5ег Ьеи ТЬг ТЬг Азп А1а А1а Н1з Ьеи Н1з 11е О1у Ьуз О1у
420 425 430
О1у Уа1 Азп Ьеи 5ег Азп О1п А1а 5ег О1у Агд ТЬг Ьеи Ьеи Уа1 О1и
435 440 445
Азп Ьеи ТЬг О1у Азп 11е ТЬг Уа1 Азр О1у Рго Ьеи Агд Уа1 Азп Азп
450 455 460
О1п Уа1 О1у О1у Туг А1а Ьеи А1а О1у 5ег 5ег А1а Азп Рке О1и Рке
465 470 475 480
Ьуз А1а О1у Уа1 Азр ТЬг Ьуз Азп О1у ТЬг А1а ТЬг Рке Азп Азп Азр
485 490 495
11е 5ег Ьеи О1у Агд Рке Уа1 Азп Ьеи Ьуз Уа1 Азр А1а Н1з ТЬг А1а
500 505 510
Азп Рке Ьуз О1у 11е Азр ТЬг О1у Азп О1у О1у Рке Азп ТЬг Ьеи Азр
515 520 525
Рке 5ег О1у Уа1 ТЬг Азр Ьуз Уа1 Азп 11е Азп Ьуз Ьеи 11е ТЬг А1а
530 535 540
5ег ТЬг Азп Уа1 А1а Уа1 Ьуз Азп Рке Азп 11е Азп О1и Ьеи 11е Уа1
545 550 555 560
Ьуз ТЬг Азп О1у 11е 5ег Уа1 О1у О1и Туг ТЬг Н1з Рке 5ег О1и Азр
565 570 575
11е О1у 5ег О1п 5ег Агд 11е Азп ТЬг Уа1 Агд Ьеи О1и ТЬг О1у ТЬг
580 585 590
Агд 5ег 11е Рке 5ег О1у О1у Уа1 Ьуз Рке Ьуз 5ег О1у О1и Ьуз Ьеи
595 600 605
- 53 032330
Уа1 11е 610 Азр О1и РЪе Туг Туг 615 Бег Рго Тгр Азп Туг 620 РЪе Азр А1а Агд
Азп Уа1 Ьуз Азп Уа1 О1и 11е ТЪг Агд Ьуз РЪе А1а Бег Бег ТЪг Рго
625 630 635 640
О1и Азп Рго Тгр О1у ТЪг Бег Ьуз Ьеи МеЬ РЪе Азп Азп Ьеи ТЪг Ьеи
645 650 655
О1у О1п Азп А1а Уа1 МеЬ Азр Туг Бег О1п РЪе Бег Азп Ьеи ТЪг 11е
660 665 670
О1п О1у Азр РЪе 11е Азп Азп О1п О1у ТЪг 11е Азп Туг Ьеи Уа1 Агд
675 680 685
О1у О1у Ьуз Уа1 А1а ТЪг Ьеи Бег Уа1 О1у Азп А1а А1а А1а МеЬ МеЬ
690 695 700
РЪе Азп Азп Азр 11е Азр Бег А1а ТЪг О1у РЪе Туг Ьуз Рго Ьеи 11е
705 710 715 720
Ьуз 11е Азп Бег А1а О1п Азр Ьеи 11е Ьуз Азп ТЪг О1и Н1з Уа1 Ьеи
725 730 735
Ьеи Ьуз А1а Ьуз 11е 11е О1у Туг О1у Азп Уа1 Бег ТЪг О1у ТЪг Азп
740 745 750
Бег 11е Бег Азп Уа1 Азп Ьеи О1и О1и О1п РЪе Ьуз О1и Агд Ьеи А1а
755 760 765
Ьеи Туг Азп Азп Азп Азп Агд МеЬ Азр ТЪг Суз Уа1 Уа1 Агд Азп ТЪг
770 775 780
Азр Азр 11е Ьуз А1а Суз О1у МеЬ А1а 11е О1у Азп О1п Бег МеЬ Уа1
785 790 795 800
Азп Азп Рго Азр Азп Туг Ьуз Туг Ьеи 11е О1у Ьуз А1а Тгр Ьуз Азп
805 810 815
11е О1у 11е Бег Ьуз ТЪг А1а Азп О1у Бег Ьуз 11е Бег Уа1 Туг Туг
820 825 830
Ьеи О1у Азп Бег ТЪг Рго ТЪг О1и Азп О1у О1у Азп ТЪг ТЪг Азп Ьеи
835 840 845
Рго ТЪг Азп ТЪг ТЪг Азп Азп А1а Агд Бег А1а Азп Туг А1а Ьеи Уа1
850 855 860
- 54 032330
Ьуз 865 Азп А1а Рго Рке А1а 870 Н1з 5ег А1а ТЬг Рго 875 Азп Ьеи Уа1 А1а 11е 880
Азп О1п Н1з Азр Рке О1у ТЬг 11е О1и 5ег Уа1 Рке О1и Ьеи А1а Азп
885 890 895
Агд 5ег Ьуз Азр 11е Азр ТЬг Ьеи Туг ТЬг Н1з 5ег О1у Уа1 О1п О1у
900 905 910
Агд Азр Ьеи Ьеи О1п ТЬг Ьеи Ьеи 11е Азр 5ег Н1з Азр А1а О1у Туг
915 920 925
А1а Агд О1п МеЕ 11е Азр Азп ТЬг 5ег ТЬг О1у О1и 11е ТЬг Ьуз О1п
930 935 940
Ьеи Азп А1а А1а ТЬг Азр А1а Ьеи Азп Азп 11е А1а 5ег Ьеи О1и Н1з
945 950 955 960
Ьуз ТЬг 5ег О1у Ьеи О1п ТЬг Ьеи 5ег Ьеи 5ег Азп А1а МеЕ 11е Ьеи
965 970 975
Азп 5ег Агд Ьеи Уа1 Азп Ьеи 5ег Агд Ьуз Н1з ТЬг Азп Н1з 11е Азр
980 985 990
5ег Рке А1а О1п Агд Ьеи О1п А1а
Ьеи Ьуз О1у О1п Агд Рке А1а 5ег
995
1000
1005
Ьеи О1и 1010 5ег А1а А1а О1и Уа1 1015 Ьеи Туг О1п Рке А1а 1020 Рго Ьуз Туг
О1и Ьуз Рго ТЬг Азп Уа1 Тгр А1а Азп А1а 11е О1у О1у А1а 5ег
1025 1030 1035
Ьеи Азп Азп О1у О1у Азп А1а 5ег Ьеи Туг О1у ТЬг 5ег А1а О1у
1040 1045 1050
Уа1 Азр А1а Туг Ьеи Азп О1у О1и Уа1 О1и А1а 11е Уа1 О1у О1у
1055 1060 1065
Рке О1у 5ег Туг О1у Туг 5ег 5ег Рке 5ег Азп Агд А1а Азп 5ег
1070 1075 1080
Ьеи Азп 5ег О1у А1а Азп Азп А1а Азп Рке О1у Уа1 Туг 5ег Агд
1085 1090 1095
11е Рке А1а Азп О1п Н1з О1и Рке Азр Рке О1и А1а О1п О1у А1а
1100 1105 1110
- 55 032330
Ьеи О1у 1115 5ег Азр О1п 5ег 5ег 1120 Ьеи Азп Рке Ьуз 5ег 1125 А1а Ьеи Ьеи
О1п Азр Ьеи Азп О1п 5ег Туг Н1з Туг Ьеи А1а Туг 5ег А1а А1а
1130 1135 1140
ТЬг Агд А1а 5ег Туг О1у Туг Азр Рке А1а Рке Рке Агд Азп А1а
1145 1150 1155
Ьеи Уа1 Ьеи Ьуз Рго 5ег Уа1 О1у Уа1 5ег Туг Азп Н1з Ьеи О1у
1160 1165 1170
5ег ТЬг Азп Рке Ьуз 5ег 5ег 5ег Азп О1п Уа1 А1а Ьеи Ьуз Азп
1175 1180 1185
О1у 5ег 5ег 5ег О1п Н1з Ьеи Рке Азп А1а Азп А1а Азп Уа1 О1и
1190 1195 1200
А1а Агд Туг Туг Туг О1у Азр ТЬг 5ег Туг Рке Туг МеЕ Азп А1а
1205 1210 1215
О1у Уа1 Ьеи О1п О1и Рке А1а Агд Рке О1у 5ег Азп Азп А1а А1а
1220 1225 1230
5ег Ьеи Азп ТЬг Рке Ьуз Уа1 Азп ТЬг А1а Агд Азп Рго Ьеи Азп
1235 1240 1245
ТЬг Н1з А1а Агд Уа1 МеЕ МеЕ О1у О1у О1и Ьеи О1п Ьеи А1а Ьуз
1250 1255 1260
О1и Уа1 Рке Ьеи Азп Ьеи О1у Уа1 Уа1 Туг Ьеи Н1з Азп Ьеи 11е
1265 1270 1275
5ег Азп 11е О1у Н1з Рке А1а 5ег Азп Ьеи О1у МеЕ Агд Туг 5ег
1280 1285 1290
Рке
<210> 10
<211> 3885
<212> ДНК
<213> Н. ру1ог1
<220>
<221> т1зс_£еаЕиге
<223> Н. ру1ог1 штамм 027
- 56 032330
<400> 10 абддааабас аасааасаса ссдсаааабд аабсдсссбб бадбббсбсб сдббббадса 60
ддадсдббаа ббадсдссаб ассдсаадаа адбсабдссд ссбббббсас дассдбдабс 120
аббссадсса ббдббддддд бабсдссаса ддсассдсбд баддаасддб сбсадддсбб 180
сббадсбддд ддсбсаааса адссдаадаа дсдаабаааа асссддасаа асссдабааа 240
дбббддсдса ббсаадсадд ааааддсббб аабдааббсс сбаасаадда абасдасбба 300
басааабссс ббббабссад баадаббдаб ддаддббддд асбдддддаа сдссдсбадд 360
саббаббддд бсаааддсдд дсаабддаас аадсббдаад бддабабдаа адасдсбдба 420
дддасббаба аасбабсадд дсббадааас бббасбддбд дддабббада бдбсаабабд 480
сааааадсса сбббасдсбб дддссааббс аабддсаабб сбббсасаад сбабааддаб 540
дсддсбдабс дсассасдад ддбдаабббс аасдсбаааа абабсбсааб бдабаабббб 600
дбадааабса абаабсдбдб дддббсбдда дссдддадда аадссадсбс басддббббд 660
асбббдсаад сббсадаадд дабсасбадс дабааааасд сбдааабббс бсбббабдаб 720
ддсдссасдс бсаабббддс ббсаадсадс дббаааббаа бдддбаабдб дбддабдддс 780
сдбббдсааб асдбдддадс дбабббддсс ссббсабаса дсасдабааа сасббсаааа 840
дбаасадддд аадбдааббб баассассбс асбдббддсд абааааасдс сдсбсаадсд 900
ддсаббабсд сбадсаасаа дасбсабабб ддсасасбдд абббдбддса аадсдссддд 960
ббааасабба бсдсбссбсс сдааддбддс бабааддаба аассбаабаа бассссббсб 1020
сааадбддса сбааааасда сааааабдаа адсдсбаааа асдасаааса адададсадб 1080
саааабааба дбаасасбса ддбсаббаас ссасссааба дсасдсаааа аасадааабб 1140
саасссасдс аадбсаббда бдддссбббб дсдддсддса аадасасддб бдбсаабабс 1200
аассдсабса асасбаасдс бдабддсасд аббададбдд дадддбббаа адсббсбсбб 1260
ассассаабд сддсбсаббб дсабабсддс аааддсддбд бсаабсбдбс саабсаадсд 1320
адсдддсдса сссббббадб ддаааабсба ассдддааба бсассдббда бдддссббба 1380
ададбдааба абсаадбддд бддсбабдсб ббддсаддаб саадсдсдаа ббббдааббб 1440
ааддсбддбд бддабасбаа ааасддсаса дссасбббса абаасдабаб бадссбддда 1500
адабббдбда абббаааддб ддабдсбсаб асадсбаабб ббаааддбаб бдабасдддб 1560
аабддбддбб бсаасассбб адаббббадб ддбдббасад асааадбсаа бабсаасаад 1620
сбсабсасдд сббссасбаа бдбддссдбб ааааасббса асаббаабда аббдаббдбб 1680
аааассаабд ддабаадбдб дддддаабас асбсабббба дсдаадабаб аддсадбсаа 1740
бсдсдсабса абассдбдсд бббддааасб ддсасбаддб саабсббббс бдддддбдбс 1800
ааабббаааа дсддсдаааа аббддббаба дабдадбббб асбабадссс ббддааббаб 1860
- 57 032330
ЕЕЕдасдсЕа ддааЕдЕЕаа аааЕдЕЕдаа аЕсассадаа ааЕЕсдсЕЕс ЕЕсаасссса 1920
даааасссЕЕ ддддсасаЕс аааасЕЕаЕд ЕЕЕааЕааЕс ЕаасссЕддд ЕсааааЕдсд 1980
дЕсаЕддасЕ аЕадЕсааЕЕ ЕЕсаааЕЕЕа ассаЕссаад дддаЕЕЕЕаЕ саасааЕсаа 2040
ддсасЕаЕса асЕаЕсЕддЕ ссдаддсддд ааадЕддсаа ссЕЕаадсдЕ аддсааЕдса 2100
дсадсЕаЕда ЕдЕЕЕааЕаа ЕдаЕаЕадас адсдсдассд даЕЕЕЕасаа ассдсЕсаЕс 2160
аадаЕЕааса дЕдсЕсаада ЕсЕсаЕЕааа ааЕасададс аЕдЕЕЕЕаЕЕ дааадсдааа 2220
аЕсаЕЕддЕЕ аЕддЕааЕдЕ ЕЕсЕасаддЕ ассааЕадса ЕЕадЕааЕдЕ ЕааЕсЕадаа 2280
дадсааЕЕса аададсдссЕ адсссЕЕЕаЕ аасаасааЕа ассдсаЕдда ЕасЕЕдЕдЕд 2340
дЕдсдаааЕа сЕдаЕдасаЕ ЕааадсаЕдс ддЕаЕддсЕа ЕсддсааЕса аадсаЕддЕд 2400
ааЕаасссЕд асааЕЕасаа дЕаЕсЕЕаЕс ддЕааддсаЕ ддаааааЕаЕ аддсаЕсадЕ 2460
аааасддсЕа асддсЕсЕаа ааЕЕЕсддЕд ЕаЕЕаЕЕЕад дсааЕЕсЕас дссЕасЕдад 2520
ааЕддЕддса аЕассассаа сЕЕасссасс аасассасЕа аЕааЕдсдсд ЕЕсЕдсЕаас 2580
ЕасдсссЕсд Едаадаасдс ЕссЕЕЕсдсЕ сасадЕдсса сЕссЕааЕЕЕ адЕсдсЕаЕс 2640
ааЕсадсаЕд аЕЕЕЕддсас ЕаЕЕдааадс дЕдЕЕЕдааЕ ЕддсЕаассд сЕсЕааадаЕ 2700
аЕЕдасасдс ЕЕЕаЕасЕса ЕЕсаддсдЕд сааддЕаддд аЕсЕсЕЕаса аассЕЕаЕЕд 2760
аЕЕдаЕадсс аЕдаЕдсддд ЕЕаЕдссада саааЕдаЕЕд аЕаасасаад сассддЕдаа 2820
аЕсассааас ааЕЕдааЕдс ддссасЕдас дсЕЕЕаааса асаЕадссад ЕЕЕададсаЕ 2880
аааассадсд дсЕЕдсааас ЕЕЕдадсЕЕд адЕааЕдсда ЕдаЕЕЕЕааа ЕЕсЕсдЕЕЕа 2940
дЕсааЕсЕсЕ ссаддаадса сассаассаЕ аЕЕдасЕсдЕ ЕсдсЕсаасд сЕЕасаадсЕ 3000
ЕЕааааддсс ааадаЕЕсдс ЕЕсЕЕЕадад адсдсддсад аадЕдЕЕдЕа ЕсааЕЕЕдсс 3060
ссЕаааЕаЕд ааааассЕас сааЕдЕЕЕдд дсЕаасдсЕа ЕЕдддддадс дадсЕЕдааЕ 3120
ааЕддсддса асдсЕЕсаЕЕ дЕаЕддсаса адЕдссддЕд ЕадасдсЕЕа ссЕЕааЕддд 3180
даадЕддаад ссаЕЕдЕддд сдддЕЕЕдда адсЕаЕддЕЕ аЕадсЕсЕЕЕ ЕадЕааЕсдЕ 3240
дсдаасЕсЕс ЕЕаасЕсЕдд ддсЕааЕаас дсЕааЕЕЕЕд дсдЕдЕаЕад ссдЕаЕЕЕЕЕ 3300
дсЕаассадс аЕдааЕЕЕда ЕЕЕЕдаадсЕ сааддддсдс ЕадддадЕда ЕсааЕсаадс 3360
ЕЕдааЕЕЕса ааадЕдсЕсЕ асЕдсаадаЕ ЕЕдааЕсааа дсЕаЕсаЕЕа ЕЕЕадссЕаЕ 3420
адсдсЕдсаа саададсдад сЕаЕддЕЕаЕ дасЕЕЕдсдЕ ЕЕЕЕсаддаа сдсЕЕЕадЕд 3480
ЕЕаааассаа дсдЕдддсдЕ дадсЕаЕаас саЕЕЕаддЕЕ саассаасЕЕ Еаааадсадс 3540
адсааЕсаад ЕддсЕЕЕдаа аааЕддсЕсЕ адсадЕсадс аЕсЕаЕЕсаа сдсЕаасдсЕ 3600
ааЕдЕддаад сдсдсЕаЕЕа ЕЕаЕддддас асЕЕсаЕасЕ ЕсЕаЕаЕдаа сдсЕддадЕЕ 3660
ЕЕасаададЕ ЕсдсЕсдсЕЕ ЕддаЕсЕааЕ аасдссдсдЕ сЕЕЕааасас сЕЕЕааадЕд 3720
- 58 032330
ааЕассдсЕс дсаасссЕЕЕ аааЕасссаЕ дссададЕда ЕдаЕдддЕдд ддааЕЕдсаа 3780
ЕЕадсЕааад аадЕдЕЕЕЕЕ дааЕЕЕдддс дЕЕдЕЕЕаЕЕ ЕдсасааЕЕЕ даЕЕЕссааЕ 3840
аЕаддссаЕЕ ЕсдсЕЕссаа ЕЕЕаддааЕд аддЕаЕадЕЕ ЕсЕаа 3885
<210> 11
<211> 546
<212> РЕТ
<213> Н. ру1ог1
<220>
<221> М15С_РЕАТиКЕ
<223> Н. ру1ог1 штамм 027
<400> 11
МеЕ 1 А1а Ьуз О1и 11е 5 Ьуз РЬе Еег Азр Еег А1а Агд 10 Азп Ьеи Ьеи 15 РЬе
О1и О1у Уа1 Агд О1п Ьеи Н1з Азр А1а Уа1 Ьуз Уа1 ТЬг МеЕ О1у Рго
20 25 30
Агд О1у Агд Азп Уа1 Ьеи 11е О1п Ьуз Еег Туг О1у А1а Рго Еег 11е
35 40 45
ТЬг Ьуз Азр О1у Уа1 Еег Уа1 А1а Ьуз О1и 11е О1и Ьеи Еег Суз Рго
50 55 60
Уа1 А1а Азп МеЕ О1у А1а О1п Ьеи Уа1 Ьуз О1и Уа1 А1а Еег Ьуз ТЬг
65 70 75 80
А1а Азр А1а А1а О1у Азр О1у ТЬг ТЬг ТЬг А1а ТЬг Уа1 Ьеи А1а Туг
85 90 95
Еег 11е РЬе Ьуз О1и О1у Ьеи Агд Азп 11е ТЬг А1а О1у А1а Азп Рго
100 105 110
11е О1и Уа1 Ьуз Агд О1у МеЕ Азр Ьуз А1а А1а О1и А1а 11е 11е Азп
115 120 125
О1и Ьеи Ьуз Ьуз А1а Еег Ьуз Ьуз Уа1 О1у О1у Ьуз О1и О1и 11е ТЬг
130 135 140
О1п Уа1 А1а ТЬг 11е Еег А1а Азп Еег Азр Н1з Азп 11е О1у Ьуз Ьеи
145 150 155 160
11е А1а Азр А1а МеЕ О1и Ьуз Уа1 О1у Ьуз Азр О1у Уа1 11е ТЬг Уа1
165 170 175
- 59 032330
О1и О1и А1а Ьуз О1у 11е О1и Азр О1и 185 Ьеи Азр Уа1 Уа1 О1и 190 О1у МеЬ
180
О1п РАе Азр Агд О1у Туг Ьеи 5ег Рго Туг РАе Уа1 ТАг Азп А1а О1и
195 200 205
Ьуз МеЬ ТАг А1а О1п Ьеи Азр Азп А1а Туг 11е Ьеи Ьеи ТАг Азр Ьуз
210 215 220
Ьуз 11е 5ег 5ег МеЬ Ьуз Азр 11е Ьеи Рго Ьеи Ьеи О1и Ьуз ТАг МеЬ
225 230 235 240
Ьуз О1и О1у Ьуз Рго Ьеи Ьеи 11е 11е А1а О1и Азр 11е О1и О1у О1и
245 250 255
А1а Ьеи ТАг ТАг Ьеи Уа1 Уа1 Азп Ьуз Ьеи Агд О1у Уа1 Ьеи Азп 11е
260 265 270
А1а А1а Уа1 Ьуз А1а Рго О1у РАе О1у Азр Агд Агд Ьуз О1и МеЬ Ьеи
275 280 285
Ьуз Азр 11е А1а Уа1 Ьеи ТАг О1у О1у О1п Уа1 11е 5ег О1и О1и Ьеи
290 295 300
О1у Ьеи 5ег Ьеи О1и Азп А1а О1и Уа1 О1и РАе Ьеи О1у Ьуз А1а О1у
305 310 315 320
Агд 11е Уа1 11е Азр Ьуз Азр Азп ТАг ТАг 11е Уа1 Азр О1у Ьуз О1у
325 330 335
Н1з 5ег Азр Азр Уа1 Ьуз Азр Агд Уа1 А1а О1п 11е Ьуз ТАг О1п 11е
340 345 350
А1а 5ег ТАг ТАг 5ег Азр Туг Азр Ьуз О1и Ьуз Ьеи О1п О1и Агд Ьеи
355 360 365
А1а Ьуз Ьеи 5ег О1у О1у Уа1 А1а Уа1 11е Ьуз Уа1 О1у А1а А1а 5ег
370 375 380
О1и Уа1 О1и МеЬ Ьуз О1и Ьуз Ьуз Азр Агд Уа1 Азр Азр А1а Ьеи 5ег
385 390 395 400
А1а ТАг Ьуз А1а А1а Уа1 О1и О1и О1у 11е Уа1 11е О1у О1у О1у А1а
405 410 415
А1а Ьеи 11е Агд А1а А1а О1п Ьуз Уа1 Н1з Ьеи Азп Ьеи Н1з Азр Азр
420 425 430
- 60 032330
О1и Ьуз Уа1 435 О1у Туг О1и 11е 11е 440 Меб Агд А1а 11е Ьуз 445 А1а Рго Ьеи
А1а О1п 11е А1а 11е Азп А1а О1у Туг Азр О1у О1у Уа1 Уа1 Уа1 Азп
450 455 460
О1и Уа1 О1и Ьуз Н1з О1и О1у Н1з Рке О1у Рке Азп А1а Зег Азп О1у
465 470 475 480
Ьуз Туг Уа1 Азр Меб Рке Ьуз О1и О1у 11е 11е Азр Рго Ьеи Ьуз Уа1
485 490 495
О1и Агд 11е А1а Ьеи О1п Азп А1а Уа1 Зег Уа1 Зег Зег Ьеи Ьеи Ьеи
500 505 510
ТЬг ТЬг О1и А1а ТЬг Уа1 Н1з О1и 11е Ьуз О1и О1и Ьуз А1а А1а Рго
515 520 525
А1а Меб Рго Азр Меб О1у О1у Меб О1у О1у Меб О1у О1у Меб О1у О1у
530 535 540
Меб Меб
545
<210> 12 <211> 1641 <212> ДНК <213> Н. ру1ог1
<220> <221> т1зс_£еабиге <223> Н. ру1ог1 штамм 027
<400> 12 абддсаааад ааабсааабб ббсадабадб дсаадааасс ббббабббда аддсдбдада 60
саасбссабд абдсбдбсаа адбаассабд дддссаадад дсаддаабдб дббдаббсаа 120
аааадсбабд дсдсбссаад сабсассааа дабддсдбда дсдбддсбаа ададаббдаа 180
ббаадббдсс сддбддсбаа сабдддсдсб саасбсдбба аададдбадс дадсаааасс 240
дсбдабдсбд ссддсдабдд сасдассаса дсдассдбдс бддсббабад сабббббааа 300
дааддбббда ддаабабсас ддсбддддсб аасссбаббд аадбдааасд аддсабддаб 360
ааадссдсбд аадсдабсаб саабдадсбб аааааадсда дсаааааадб аддсддбааа 420
даадааабса сссаадбадс дассабббсб дссаасбссд абсасаабаб сдддааасбс 480
абсдсбдасд сбабддаааа адбдддбааа дабддсдбда бсасбдббда ададдсбаад 540
ддсаббдаад асдааббада бдбсдбадаа ддсабдсааб ббдабададд сбабсбсбсс 600
- 61 032330
ссЕЕаЕЕЕЕд Еаасдаасдс ЕдадааааЕд ассдсЕсааЕ ЕддаЕаасдс ЕЕасаЕссЕЕ 660
ЕЕаасддаЕа ааааааЕсЕс ЕадсаЕдааа дасаЕссЕсс сдсЕаЕЕдда ааааассаЕд 720
ааададддса аассдсЕЕЕЕ ааЕсаЕсдсЕ даадасаЕЕд адддсдаадс ЕЕЕаасдасЕ 780
сЕадЕддЕда аЕаааЕЕаад аддсдЕдЕЕд ааЕаЕсдсад сддЕЕааадс ЕссаддсЕЕЕ 840
ддддасадда даааадаааЕ дсЕсааадас аЕсдсЕдЕЕЕ Еаассддсдд ЕсаадЕсаЕЕ 900
адсдаадааЕ ЕдддсЕЕдад ЕсЕадаааас дсЕдаадЕдд адЕЕЕЕЕадд сааадссдда 960
аддаЕЕдЕда ЕЕдасааада саасассасд аЕсдЕадаЕд дсаааддсса ЕадсдаЕдаЕ 1020
дЕЕааадаса дадЕсдсдса ааЕсаааасс саааЕЕдсаа дсасдасаад сдаЕЕаЕдас 1080
ааадаааааЕ Едсаадааад дЕЕддссааа сЕсЕсЕддсд дЕдЕддсЕдЕ даЕЕааадЕд 1140
ддсдсЕдсда дЕдаадЕдда ааЕдааадад аааааадасс дддЕддаЕда сдсдЕЕдадс 1200
дсдасЕааад сддсддЕЕда адааддсаЕЕ дЕдаЕЕддсд дсддЕдсддс ЕсЕЕаЕЕсдс 1260
дсддсЕсааа аадЕдсаЕЕЕ дааЕЕЕасас даЕдаЕдааа аадЕдддсЕа ЕдаааЕсаЕс 1320
аЕдсдсдсса ЕЕааадсссс аЕЕадсЕсаа аЕсдсЕаЕса аЕдссддЕЕа ЕдаЕддсддЕ 1380
дЕддЕсдЕда аЕдаадЕада аааасасдаа дддсаЕЕЕЕд дЕЕЕЕаасдс ЕадсааЕддс 1440
аадЕаЕдЕдд асаЕдЕЕЕаа адааддсаЕЕ аЕЕдассссЕ ЕаааадЕада ааддаЕсдсЕ 1500
ЕЕдсааааЕд сддЕЕЕсддЕ ЕЕсаадссЕд сЕЕЕЕаасса садаадссас сдЕдсаЕдаа 1560
аЕсааадаад ааааадсддс сссддсааЕд ссЕдаЕаЕдд дЕддсаЕддд сддЕаЕддда 1620
ддсаЕдддсд дсаЕдаЕдЕа а 1641
<210> 13 <211> 265 <212> РЕТ <213> Н. ру1ог1 <220>
<221> М15С_ЕЕАТиЕЕ <223> Н. ру1ог1 26695 <400> 13
МеЕ 1 11е Ьеи Агд А1а 5 Еег Уа1 Ьеи Еег А1а 10 Ьеи Ьеи Ьеи Уа1 О1у Ьеи 15
О1у А1а А1а Рго Ьуз Н1з Еег Уа1 Еег А1а Азп Азр Ьуз Агд МеЕ О1п
20 25 30
Азр Азп Ьеи Уа1 Еег Уа1 11е О1и Ьуз О1п ТЪг Азп Ьуз Ьуз Уа1 Агд
35 40 45
11е Ьеи О1и 11е Ьуз Рго Ьеи Ьуз Еег Еег О1п Азр Ьеи Ьуз МеЕ Уа1
- 62 032330
Уа1 65 11е О1и Азр Рго Азр 70 ТЬг Ьуз Туг Азп 11е 75 Рго Ьеи Уа1 Уа1 5ег 80
Ьуз Азр О1у Азп Ьеи 11е 11е О1у Ьеи 5ег Азп 11е Рке Рке 5ег Азп
85 90 95
Ьуз 5ег Азр Азр Уа1 О1п Ьеи Уа1 А1а О1и ТЬг Азп О1п Ьуз Уа1 О1п
100 105 110
А1а Ьеи Азп А1а ТЬг О1п О1п Азп 5ег А1а Ьуз Ьеи Азп А1а 11е Рке
115 120 125
Азп О1и 11е Рго А1а Азр Туг А1а 11е О1и Ьеи Рго 5ег ТЬг Азп А1а
130 135 140
А1а Азп Ьуз Азр Ьуз 11е Ьеи Туг 11е Уа1 5ег Азр Рго МеЕ Суз Рго
145 150 155 160
Н1з Суз О1п Ьуз О1и Ьеи ТЬг Ьуз Ьеи Агд Азр Н1з Ьеи Ьуз О1и Азп
165 170 175
ТЬг Уа1 Агд МеЕ Уа1 Уа1 Уа1 О1у Тгр Ьеи О1у Уа1 Азп 5ег А1а Ьуз
180 185 190
Ьуз А1а А1а Ьеи 11е О1п О1и О1и МеЕ А1а Ьуз А1а Агд А1а Агд О1у
195 200 205
А1а 5ег Уа1 О1и Азр Ьуз 11е 5ег 11е Ьеи О1и Ьуз 11е Туг 5ег ТЬг
210 215 220
О1п Туг Азр 11е Азп А1а О1п Ьуз О1и Рго О1и Азр Ьеи Агд ТЬг Ьуз
225 230 235 240
Уа1 О1и Азп ТЬг ТЬг Ьуз Ьуз 11е Рке О1и 5ег О1у Уа1 11е Ьуз О1у
245 250 255
Уа1 Рго Рке Ьеи Туг Н1з Туг Ьуз А1а
260 265
<210> 14
<211> 798
<212> ДНК
<213> Н. ру1ог1
<220>
<221> т1зс_£еаЕиге
- 63 032330 <223> Н. ру1ог1 26695
<400> 14 аЁдаЬаЁЬаа дадсдадЬдЬ дЬЬдадсдсд ЁЬасЁЁсЁЬд ЬаддсЬЬадд ддсадссссЬ 60
ааасаЬЬсад ЁЁЬсадсЬаа Ьдасааасдд аЬдсаддаЬа аЁЁЬадЬдад сдЬдаЬЬдаа 120
ааасадасса аЬаааааддЬ дсдЁаЬЁЁЬа даааЬсааас сЁЁЬааааЬс ЬадссаддаЬ 180
ЬЬаааааЬдд ЁсдЬЁаЁЬда адаЬссддас асЬаааЬаса аЬаЬсссдсЬ ЬдЬддЬдадЬ 240
ааддаЬддЬа аЁЬЁааЁсаЬ адддсЬЬадс аасаЁаЬЁсЬ ЬЬадсааЬаа аадсдаЬдаЬ 300
дЬдсааЬЬад ЬЬдсадааас сааЬсааааа дЁЬсаадсЬс ЬЬаасдссас ссаасааааЬ 360
адсдсдаааЬ ЬдаасдсЬаЬ ЁЬЁЁааЬдаа аЬассддсЬд аЁЬаЁдсдаЬ ададЬЬдссс 420
ЬсЬасЬаасд сЬдсаааЬаа ддаЬааааЬс сЁЬЁаЁаЁЬд ЁсЁсЬдаЬсс саЬдЬдссса 480
саЬЬдссааа аададсЬсас ЬааасЬЬадд даЁсаЬЁЬаа аадаааасас сдЬдадааЬд 540
дЬсдЬддЬдд ддЬддсььдд ддЬсааЬЬса дсЬаааааад сддсЁЁЬааЬ ссаадаадаа 600
аЬддсдааад сЬадддсЬад дддадсдадс дЬддаадаЬа адаЁсЬсЁаЬ ЬсЬЬдаааад 660
аЬЁЁаЁЬсса сссааЬасда ЁаЁЬаасдсЬ сааааададс сЁдаадаЬЁЬ асдсасЬааа 720
дЬддааааЬа ссасЬааааа даЁЬЁЁЬдаа ЬсЬддсдЬда ЁЁаадддЬдЬ дссЁЁЁсЁЬа 780
ЁассаЁЬаЬа аддсаЬда 798
<210> 15 <211> 325 <212> РЕТ <213> Н. ру1ог1 <220>
<221> М15С_РЕАТиКЕ <223> Н. ру1ог1 Э99 <400> 15
МеЬ 1 Рго Ткг 11е Азр 5 Рке Ткг Рке Суз О1и 10 11е Азп Рго Ьуз Ьуз 15 О1у
Рке О1у О1у А1а Азп О1у Азп Ьуз 11е Еег Ьеи Рке Туг Азп Азп О1и
20 25 30
Ьеи Туг МеЬ Уа1 Ьуз Рке Рго Рго Ьуз Рго Еег Ткг Н1з Ьуз О1и МеЬ
35 40 45
Еег Туг Ткг Азп О1у Суз Рке Еег О1и Туг Уа1 А1а Суз Н1з 11е Уа1
50 55 60
Азп Еег Ьеи О1у Ьеи Ьуз Уа1 О1п О1и Ткг Ьеи Ьеи О1у Ткг Туг Ьуз
65 70 75 80
- 64 032330
Азп Ьуз 11е Уа1 Уа1 85 А1а Суз Ьуз Азр Рке 90 ТЬг ТЬг Н1з О1п Туг 95 О1и
Ьеи Уа1 Азр Рке Ьеи 5ег Ьеи Ьуз Азп ТЬг МеЬ 11е О1и Ьеи О1и Ьуз
100 105 110
5ег О1у Ьуз Азр ТЬг Азп Ьеи Азп Азр Уа1 Ьеи Туг А1а 11е Азр Азп
115 120 125
О1п Н1з Рке 11е О1и Рго Ьуз Уа1 Ьеи Ьуз Суз Рке Рке Тгр Азр МеЬ
130 135 140
Рке Уа1 А1а Азр ТЬг Ьеи Ьеи О1у Азп Рке Азр Агд Н1з Азп О1у Азп
145 150 155 160
Тгр О1у Рке Ьеи Агд А1а 5ег Азп 5ег Ьуз О1и Туг О1п 11е А1а Рго
165 170 175
11е Рке Азр Суз О1у 5ег Суз Ьеи Туг Рго О1п А1а Азр Азр Уа1 Уа1
180 185 190
Суз О1п Ьуз Уа1 Ьеи 5ег Азп 11е Азр О1и Ьеи Азп А1а Агд 11е Туг
195 200 205
Азп Рке Рго О1п 5ег 11е Ьеи Ьуз Азр Азр Азп Азр Ьуз Ьуз 11е Азп
210 215 220
Туг Туг Азр Рке Ьеи ТЬг О1п ТЬг Азп Азп Ьуз Азр Суз Ьеи Азр А1а
225 230 235 240
Ьеи Ьеи Агд 11е Туг Рго Агд 11е Азр МеЬ Азп Ьуз 11е Н1з 5ег 11е
245 250 255
11е Азр Азп ТЬг Рго Рке МеЬ 5ег О1и 11е Н1з Ьуз О1и Рке Ьеи Н1з
260 265 270
ТЬг МеЬ Ьеи Азр О1и Агд Ьуз 5ег Ьуз 11е 11е Азр Уа1 А1а Н1з ТЬг
275 280 285
Агд А1а 11е О1и Ьеи 5ег Ьеи О1п Н1з Ьуз О1п А1а Н1з 5ег Азп Рго
290 295 300
Туг Азр Азп А1а Азр Азр Ьеи Азр Азп 5ег Азп О1и Туг ТЬг Рго ТЬг
305 310 315 320
Рго Ьуз Агд Агд Агд
325
- 65 032330
<210> 16
<211> 978
<212> ДНК
<213> Н. ру1ог1
<220>
<221> т1зс_£еаЕиге <223> Н. ру1ог1 Д99
<400> 16 аЕдссаасса ЕЕдаЕЕЕЕас ЕЕЕЕЕдЕдад аЕЕаасссЕа аааааддЕЕЕ Едддддадса 60
ааЕддаааЕа аааЕЕадсЕЕ аЕЕЕЕаЕааЕ ааЕдаасЕсЕ асаЕддЕсаа аЕЕссссссЕ 120
аадссЕЕсЕа сасаЕааада ааЕдЕссЕаЕ ассааЕддЕЕ дЕЕЕЕадЕда аЕаЕдЕадса 180
ЕдЕсаЕаЕад ЕсааЕадсЕЕ аддсЕЕааад дЕЕсаадааа саЕЕдсЕадд сасЕЕаЕааа 240
ааЕааааЕсд ЕддЕЕдсЕЕд ЕааадаЕЕЕЕ ассасссаЕс ааЕасдадсЕ ЕдЕадаЕЕЕЕ 300
сЕаадЕсЕаа ааааЕасЕаЕ даЕЕдааЕЕа даааааЕсад дсааадасас ЕааЕЕЕдааЕ 360
даЕдЕдсЕЕЕ аЕдссаЕада ЕаассадсаЕ ЕЕЕаЕЕдадс саааадЕЕЕЕ ааааЕдЕЕЕс 420
ЕЕЕЕдддаЕа ЕдЕЕЕдЕадс адаЕасаЕЕд сЕаддЕааЕЕ ЕЕдаЕаддса ЕааЕддЕааЕ 480
ЕдддддЕЕсЕ ЕаададссЕс аааЕЕсаааа дааЕаЕсааа ЕадсЕсссаЕ ЕЕЕЕдаЕЕдЕ 540
ддсЕсЕЕдЕс ЕаЕассссса адсЕдаЕдаЕ дЕддЕаЕдсс ааааадЕЕЕЕ аадЕааЕаЕЕ 600
даЕдаасЕса аЕдсааддаЕ ЕЕаЕааЕЕЕс ссссааЕсЕа ЕсЕЕаааада ЕдасаасдаЕ 660
аааааааЕЕа асЕасЕаЕда ЕЕЕсЕЕаасЕ сааассааЕа аЕааадаЕЕд ссЕЕдаЕдса 720
сЕасЕЕадда ЕаЕасссасд саЕадаЕаЕд ааЕааааЕсс аЕЕсааЕЕаЕ ЕдаЕаасаса 780
сссЕЕЕаЕда дсдаааЕаса сааадааЕЕЕ ЕЕасаЕасаа ЕдсЕЕдаЕда аадааааЕса 840
аадаЕЕаЕад аЕдЕадсаса сасЕададсЕ аЕЕдадЕЕаЕ ссЕЕасааса сааасаадсЕ 900
сасЕсааасс сЕЕаЕдасаа сдсадаЕдаЕ ЕЕадасааЕЕ ссааЕдааЕа сасссссаса 960
ссЕаадсдЕа дасдаЕаа 978
<210> <211> <212> <213> 17 476 РЕТ Н. ру1ог1
<220> <221> <223> М15С_РЕАТиЕЕ Н. ру1ог1 штамм 027
<400> 17
МеЕ МеЕ Ьуз Ьуз ТЪг Ьеи Рке 11е Оег Ьеи А1а Ьеи А1а Ьеи Оег Ьеи
5 10 15
- 66 032330
Азп А1а О1у Азп 20 11е О1п 11е О1п Азп 25 МеЬ Рго Ьуз Уа1 Ьуз 30 О1и Агд
Уа1 Бег Уа1 Рго Бег Ьуз Азр Азр ТЪг 11е Туг Бег Туг Н1з Азр Бег
35 40 45
11е Ьуз Азр Бег 11е Ьуз А1а Уа1 Уа1 Азп 11е Бег ТЪг О1и Ьуз Ьуз
50 55 60
11е Ьуз Азп Азп РЪе 11е О1у О1у О1у Уа1 РЪе Азп Азр Рго РЪе РЪе
65 70 75 80
О1п О1п РЪе РЪе О1у Азр Ьеи О1у О1у МеЬ 11е Рго Ьуз О1и Агд МеЬ
85 90 95
О1и Агд А1а Ьеи О1у Бег О1у Уа1 11е 11е Бег Ьуз Азр О1у Туг 11е
100 105 110
Уа1 ТЪг Азп Азп Н1з Уа1 11е Азр О1у А1а Азр Ьуз 11е Ьуз Уа1 ТЪг
115 120 125
11е Рго О1у Бег Азп Ьуз О1и Туг Бег А1а ТЪг Ьеи Уа1 О1у ТЪг Азр
130 135 140
Бег О1и Бег Азр Ьеи А1а Уа1 11е Агд 11е ТЪг Ьуз Азр Азп Ьеи Рго
145 150 155 160
ТЪг 11е Ьуз РЪе Бег Азр Бег Азп Азр 11е Бег Уа1 О1у Азр Ьеи Уа1
165 170 175
РЪе А1а 11е О1у Азп Рго РЪе О1у Уа1 О1у О1и Бег Уа1 ТЪг О1п О1у
180 185 190
11е Уа1 Бег А1а Ьеи Азп Ьуз Бег О1у 11е О1у 11е Азп Бег Туг О1и
195 200 205
Азп РЪе 11е О1п ТЪг Азр А1а Бег 11е Азп Рго О1у Азп Бег О1у О1у
210 215 220
А1а Ьеи 11е Азр Бег Агд О1у О1у Ьеи Уа1 О1у 11е Азп ТЪг А1а 11е
225 230 235 240
11е Бег Ьуз ТЪг О1у О1у Азп Н1з О1у 11е О1у РЪе А1а 11е Рго Бег
245 250 255
Азп МеЬ Уа1 Ьуз Азр 11е Уа1 ТЪг О1п Ьеи 11е Ьуз ТЪг О1у Ьуз 11е
260 265 270
- 67 032330
О1и Агд О1у 275 Туг Ьеи О1у Уа1 О1у Ьеи 280 О1п Азр Ьеи 5ег 285 О1у Азр Ьеи
О1п Азп 5ег Туг Азр Азп Ьуз О1и О1у А1а Уа1 Уа1 11е 5ег Уа1 О1и
290 295 300
Ьуз Азр 5ег Рго А1а Ьуз Ьуз Уа1 О1у 11е Ьеи Уа1 Тгр Азр Ьеи 11е
305 310 315 320
ТЪг О1и Уа1 Азп О1у Ьуз Ьуз Уа1 Ьуз Азп ТЪг Азп О1и Ьеи Агд Азп
325 330 335
Ьеи 11е О1у 5ег МеЬ Ьеи Рго Азп О1п Агд Уа1 ТЪг Ьеи Ьуз Уа1 11е
340 345 350
Агд Азр Ьуз Ьуз О1и Агд ТЪг РЪе ТЪг Ьеи ТЪг Ьеи А1а О1и Агд Ьуз
355 360 365
Азп Рго Азп Ьуз Ьуз О1и ТЪг 11е 5ег А1а О1п Азп О1у А1а О1п О1у
370 375 380
О1п Ьеи Азп О1у Ьеи О1п Уа1 О1и Азр Ьеи ТЪг О1п Ьуз ТЪг Ьуз Агд
385 390 395 400
5ег МеЬ Агд Ьеи 5ег Азр Азр Уа1 О1п О1у Уа1 Ьеи Уа1 5ег О1п Уа1
405 410 415
Азп О1и Азп 5ег Рго А1а О1и О1п А1а О1у РЪе Агд О1п О1у Азп 11е
420 425 430
11е ТЪг Ьуз 11е О1и О1и 11е О1и Уа1 Ьуз 5ег Уа1 А1а Азр РЪе Азп
435 440 445
Н1з А1а Ьеи О1и Ьуз Туг Ьуз О1у Ьуз Рго Ьуз Агд РЪе Ьеи Уа1 Ьеи
450 455 460
Азр Ьеи Азп О1п О1у Туг Агд 11е 11е Ьеи Уа1 Ьуз
465 470 475
<210> 18
<211> 1431
<212> ДНК
<213> Н. ру1ог1
<220>
<221> т1зс_£еаЬиге
<223> Н. ру1ог1 027
- 68 032330
<400> 18 аЕдаЕдаааа ааасссЕЕЕЕ ЕаЕсЕсЕЕЕд дсЕЕЕадсдЕ ЕаадсЕЕдаа ЕдсдддсааЕ 60
аЕссаааЕсс аааасаЕдсс сааадЕЕааа дадсдадЕда дЕдЕссссЕс ЕааадасдаЕ 120
асдаЕсЕаЕЕ сЕЕассасда ЕЕсЕаЕЕаад даЕЕсдаЕЕа аадсддЕддЕ дааЕаЕсЕсЕ 180
асЕдаааада адаЕЕааааа сааЕЕЕЕаЕа ддЕддсддЕд ЕдЕЕЕааЕда ссссЕЕЕЕЕс 240
саасааЕЕЕЕ ЕЕддддаЕЕЕ дддсддсаЕд аЕсссЕааад ааадааЕдда аадддсЕЕЕа 300
ддсадсддсд ЕааЕсаЕЕЕс ЕааадаЕддс ЕаЕаЕЕдЕаа сЕаасаасса ЕдЕдаЕЕдаЕ 360
ддЕдсддаЕа адаЕЕааадЕ ЕассаЕЕсса дддадсааЕа аададЕаЕЕс сдсЕасЕЕЕа 420
дЕаддсассд аЕЕсЕдааад сдаЕЕЕадсс дЕдаЕЕсдса ЕсасЕааада сааЕсЕдссс 480
ассаЕсаааЕ ЕсЕсЕдаЕЕс ЕаасдаЕаЕЕ ЕсадЕдддсд аЕЕЕддЕЕЕЕ ЕдсдаЕЕддЕ 540
аасссЕЕЕЕд дсдЕдддЕда аадсдЕЕасЕ сааддсаЕЕд ЕЕЕсадсдсЕ сааЕаааадс 600
дддаЕЕддда ЕсаасадсЕа ЕдааааЕЕЕс аЕЕсааасад асдсЕЕссаЕ сааЕссЕдда 660
ааЕЕссддсд дсдсЕЕЕааЕ ЕдаЕадссдЕ ддадддЕЕад ЕддддаЕсаа ЕассдссаЕЕ 720
аЕсЕсЕаааа ссдддддсаа ссасддсаЕЕ ддсЕЕЕдсса ЕсссЕЕсЕаа саЕддЕЕааа 780
даЕаЕЕдЕаа сссаасЕсаЕ саааассддЕ аадаЕЕдааа даддЕЕасЕЕ дддсдЕдддс 840
ЕЕдсаадаЕЕ Едадсддсда ЕЕЕдсааааЕ ЕсЕЕаЕдаса аЕааадаадд ддсддЕадЕс 900
аЕЕадсдЕад ааааадасЕс ЕссддсЕааа ааадЕаддда ЕЕЕЕддЕдЕд ддаЕЕЕдаЕс 960
асЕдаадЕса аЕдддааааа ддЕЕааааас асдааЕдадЕ ЕаадаааЕсЕ ааЕсддсЕсс 1020
аЕдсЕассса аЕсааададЕ аассЕЕаааа дЕсаЕЕадад асаааааада асдсасЕЕЕс 1080
асссЕсасЕс ЕЕдсЕдааад дааааасссЕ аасаааааад ааассаЕЕЕс ЕдсЕсаааас 1140
ддсдсдсаад дссааЕЕдаа сдддсЕЕсаа дЕадаадаЕЕ Еаасссаааа аассаааадд 1200
ЕсЕаЕдсдЕЕ ЕдадсдаЕда ЕдЕЕсааддд дЕЕЕЕадЕсЕ сЕсаадЕдаа ЕдааааЕЕсс 1260
ссадсададс аадсЕддсЕЕ Еаддсааддс ааЕаЕсаЕса саааааЕЕда ададаЕЕдаа 1320
дЕдаааадсд ЕЕдсддаЕЕЕ ЕаассаЕдсЕ ЕЕадаааадЕ аЕаааддсаа асссааасда 1380
ЕЕсЕЕадЕЕЕ ЕадаЕЕЕдаа ЕсааддЕЕаЕ аддаЕсаЕЕЕ ЕддЕдаааЕд а 1431
<210> <211> <212> <213> 19 22 ДНК Искусственная
<220> <223> Синтетический
<400> 19
саЕаЕддсаа ЕаддЕЕсаЕЕ аа
- 69 032330 <210> 20 <211> 24 <212> ДНК <213> Искусственная <220>
<223> Синтетический <400> 20 сЕсдадаЕЕс ЕЕЕЕЕадссд сЕдс <210> 21 <211> 20 <212> ДНК <213> Искусственная <220>
<223> Праймер <400> 21 адсЕсаЕЕад ддсЕЕддсад <210> 22 <211> 18 <212> ДНК <213> Искусственная <220>
<223> Праймер <400> 22 дсЕсдсдсЕс аасдсаЕс <210> 23 <211> 20 <212> ДНК <213> Искусственная <220>
<223> Праймер <400> 23 аЕсасддасд сЕассааЕдд <210> 24 <211> 20 <212> ДНК <213> Искусственная <220>
<223> Праймер <400> 24 адддасЕЕса ЕдсаЕдсЕсс
<210> 25
<211> 21
<212> ДНК
- 70 032330 <213> Искусственная <220>
<223> Праймер <400> 25 сасадасдсЕ аЕсаЕЕсаад с
<210> 26
<211> 21
<212> ДНК
<213> Искусственная
<220> <223> Праймер
<400> 26
сссдсЕдаЕс асаЕсаЕЕда с
<210> <211> <212> <213> 27 21 ДНК Искусственная
<220> <223> Праймер
<400> 27
сдсЕаассЕс аЕадаЕддад д
<210> 28 <211> 19 <212> ДНК <213> Искусственная <220>
<223> Праймер <400> 28
Еаадсддсаа адсдсЕссд

Claims (10)

  1. ФОРМУЛА ИЗОБРЕТЕНИЯ
    1. Способ обнаружения инфекции Н. ру1оп у субъекта, при этом указанный способ включает обнаружение в образце, полученном от указанного субъекта, иммунного ответа, направленного против Ε1ίΌ, причём указанный иммунный ответ представляет собой присутствие антитела против Ε1ίΌ, при этом указанный способ включает осуществление реакции указанного образца с Ε1ίΌ или фрагментом Ε1ίΌ, причём указанный фрагмент имеет аминокислотную последовательность, которая достаточно длинная, чтобы было можно идентифицировать указанный фрагмент как фрагмент Ε1ίΌ и исключить то, что указанный фрагмент представляет собой фрагмент белка или полипептида, отличного от Ε1ίΌ, и при этом указанный образец выбран из группы, состоящей из сыворотки крови, плазмы крови, цельной крови и кала.
  2. 2. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный способ включает осуществление реакции указанного образца с полноразмерным Ε1ίΌ или фрагментом Ε1ίΌ, причём указанный фрагмент имеет аминокислотную последовательность, которая короче, чем аминокислотная последовательность полноразмерного Ε1ίΌ, при этом фрагмент Ε1ίΌ все еще активен как фактор вирулентности.
  3. 3. Способ по п.1 или 2, отличающийся тем, что указанное антитело против Ε1ίΌ представляет собой антитело ΙβΟ и/или антитело ΙβΑ.
  4. 4. Способ по любому из пп.1-3, отличающийся тем, что указанное обнаружение осуществляют по- 71 032330 средством твердофазного иммуноферментного анализа (ЕБ18А), анализа латерального растекания или линейного иммуноанализа.
  5. 5. Способ по любому из пп.1-4, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает обнаружение одного или более антигенов Не11соЬас!ег, предпочтительно Н. ру1оп, при этом один или более антигенов выбраны из группы, состоящей из СадА, УасА, СгоЕЬ, Нр 0231, Шр 0940 и Н1гА.
  6. 6. Применение набора, содержащего Ε1ΪΏ или его фрагмент и твёрдую фазу, при этом Ε1ΪΏ или его фрагмент прикреплены к указанной твёрдой фазе, в способе по любому из пп.1-5, причём указанный фрагмент имеет аминокислотную последовательность, которая достаточно длинная, чтобы было можно идентифицировать указанный фрагмент как фрагмент Ε1ΪΏ и исключить то, что указанный фрагмент является фрагментом белка или полипептида, отличного от Ε1ΪΏ.
  7. 7. Применение по п.6, где указанный набор дополнительно содержит буфер и/или листок-вкладыш с инструкцией.
  8. 8. Применение по п.6 или 7, отличающееся тем, что указанный набор содержит полноразмерный Ε1ΪΏ или фрагмент Ε1ΪΏ, причём указанный фрагмент имеет аминокислотную последовательность, которая короче, чем аминокислотная последовательность полноразмерного Ε1ΪΏ, при этом фрагмент Ε1ΪΏ все еще активен как фактор вирулентности.
  9. 9. Набор для применения в способе согласно любому из пп.1-5, указанный набор содержит полноразмерный Ε1ΪΏ или его фрагмент и твёрдую фазу, при этом Ε1ΪΏ или его фрагмент прикреплены к указанной твёрдой фазе, где указанный фрагмент имеет аминокислотную последовательность, которая короче, чем аминокислотная последовательность полноразмерного Ε1ΪΏ, при этом фрагмент Ε1ΪΏ все еще активен как фактор вирулентности.
  10. 10. Набор по п.9, отличающийся тем, что указанный набор дополнительно содержит буфер и/или листок-вкладыш с инструкцией.
EA201690151A 2013-08-13 2014-08-13 Способ обнаружения инфекции h. pylori EA032330B1 (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP13004038.9A EP2837939A1 (en) 2013-08-13 2013-08-13 Method for the detection of H.pylori infection
PCT/EP2014/002230 WO2015022075A2 (en) 2013-08-13 2014-08-13 Method for the detection of h.pylori infection

Publications (2)

Publication Number Publication Date
EA201690151A1 EA201690151A1 (ru) 2016-07-29
EA032330B1 true EA032330B1 (ru) 2019-05-31

Family

ID=48979516

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
EA201690151A EA032330B1 (ru) 2013-08-13 2014-08-13 Способ обнаружения инфекции h. pylori

Country Status (23)

Country Link
US (1) US10018628B2 (ru)
EP (2) EP2837939A1 (ru)
JP (1) JP6461151B2 (ru)
KR (1) KR102218839B1 (ru)
CN (1) CN105452864B (ru)
AU (1) AU2014308141B2 (ru)
BR (1) BR112016003129B1 (ru)
CA (1) CA2920417C (ru)
CY (1) CY1121282T1 (ru)
DK (1) DK3033623T3 (ru)
EA (1) EA032330B1 (ru)
ES (1) ES2683628T3 (ru)
HR (1) HRP20181280T1 (ru)
HU (1) HUE039663T2 (ru)
IL (1) IL244077B (ru)
LT (1) LT3033623T (ru)
MX (1) MX367105B (ru)
PL (1) PL3033623T3 (ru)
PT (1) PT3033623T (ru)
RS (1) RS57773B1 (ru)
SG (1) SG11201601051SA (ru)
SI (1) SI3033623T1 (ru)
WO (1) WO2015022075A2 (ru)

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
SE541618C2 (en) * 2017-02-24 2019-11-12 Biotome Pty Ltd Novel peptides and their use in diagnosis
CN108287244B (zh) * 2018-03-28 2020-03-24 深圳市伯劳特生物制品有限公司 热休克蛋白groEL在制备幽门螺杆菌检测的试剂中的应用
CN108956989B (zh) * 2018-09-27 2021-08-13 重庆新赛亚生物科技有限公司 一种幽门螺杆菌分型检测用检测试剂卡及其制备方法
RU2756418C1 (ru) * 2021-02-16 2021-09-30 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Смоленский государственный медицинский университет" министерства здравоохранения Российской Федерации Способ оценки степени тяжести течения язвенной болезни желудка с локализацией язвы в антральном отделе желудка, ассоциированной с Helicobacter pylori и вирусом Эпштейн-Барр
KR20230103458A (ko) * 2021-12-31 2023-07-07 주식회사 케이티앤지 에어로졸 생성장치 및 이를 포함하는 시스템

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1998027432A1 (en) * 1996-12-19 1998-06-25 Chiron Corporation Helicobacter pylori diagnostics
WO2004094467A2 (en) * 2003-04-22 2004-11-04 Intercell Ag H. pylori antigens

Family Cites Families (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2684488A (en) 1988-06-27 1990-01-04 Carter-Wallace, Inc. Test device and method for colored particle immunoassay
DK0786469T3 (da) 1990-06-11 2006-07-10 Gilead Sciences Inc Nukleinsyreligander
US5972336A (en) * 1992-11-03 1999-10-26 Oravax Merieux Co. Urease-based vaccine against helicobacter infection
WO1996040893A1 (en) 1995-06-07 1996-12-19 Astra Aktiebolag Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori for diagnostics and therapeutics
WO1998008856A2 (de) 1996-08-30 1998-03-05 Fuerste Jens Peter Spiegelselektion und spiegelevolution von nucleinsäuren
US20040052799A1 (en) 1996-11-15 2004-03-18 Astra Aktiebolag Nucleic acid and amino acid sequences relating to Helicobacter pylori for diagnostics and therapeutics
KR100211286B1 (ko) * 1997-06-23 1999-08-02 허영섭 헬리코박터 파이로리의 외막단백질 유전자 및 그를 발현하는 재조합 미생물
WO2002060934A2 (en) * 2001-01-31 2002-08-08 Hybrigenics IDENTIFICATION OF THE ANTI-σ28 FACTOR IN HELICOBACTER PYLORI, IN CAMPYLOBACTER JEJUNI AND IN PSEUDOMONAS AERUGINOSA AND APPLICATION THEREOF
JP2004123737A (ja) * 2002-09-10 2004-04-22 New Industry Research Organization 新規抗体及びその利用法
JP2006284567A (ja) * 2005-03-08 2006-10-19 Pharma Foods International Co Ltd ヘリコバクター・ピロリ感染の診断方法及び診断キット
CN101435821A (zh) * 2008-12-19 2009-05-20 周炬华 一种幽门螺旋杆菌抗体的免疫检测试剂盒及其检测方法
CN103185793B (zh) * 2011-12-30 2015-01-07 深圳市亚辉龙生物科技有限公司 一种检测幽门螺杆菌抗体的试剂装置及其方法
CN102967705A (zh) * 2012-11-26 2013-03-13 深圳市伯劳特生物制品有限公司 一种幽门螺杆菌分型检测的试剂盒

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1998027432A1 (en) * 1996-12-19 1998-06-25 Chiron Corporation Helicobacter pylori diagnostics
WO2004094467A2 (en) * 2003-04-22 2004-11-04 Intercell Ag H. pylori antigens

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
MOHAMMAD KHALIFEH GHOLI, KALALI BEHNAM, FORMICHELLA LUCA, G�TTNER GEREON, SHAMSIPOUR FERESHTEH, ZARNANI AMIR HASSAN, HOSSEINI MOST: "Helicobacter pylori FliD protein is a highly sensitive and specific marker for serologic diagnosis of H. pylori infection", INTERNATIONAL JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY, URBAN & FISCHER, vol. 303, no. 8, 8 December 2013 (2013-12-08), pages 618 - 623, XP055097738, ISSN: 14384221, DOI: 10.1016/j.ijmm.2013.08.005 *

Also Published As

Publication number Publication date
IL244077B (en) 2019-02-28
LT3033623T (lt) 2018-10-25
EP3033623B1 (en) 2018-07-11
JP2016528499A (ja) 2016-09-15
CA2920417A1 (en) 2015-02-19
KR102218839B1 (ko) 2021-02-24
AU2014308141A1 (en) 2016-02-18
SI3033623T1 (sl) 2018-11-30
CN105452864B (zh) 2018-06-01
PL3033623T3 (pl) 2019-03-29
AU2014308141B2 (en) 2020-03-05
MX367105B (es) 2019-08-05
CN105452864A (zh) 2016-03-30
EP3033623A2 (en) 2016-06-22
BR112016003129B1 (pt) 2023-11-07
CA2920417C (en) 2022-08-09
HRP20181280T1 (hr) 2018-11-16
JP6461151B2 (ja) 2019-01-30
EP2837939A1 (en) 2015-02-18
KR20160043984A (ko) 2016-04-22
PT3033623T (pt) 2018-10-04
HUE039663T2 (hu) 2019-01-28
RS57773B1 (sr) 2018-12-31
ES2683628T3 (es) 2018-09-27
WO2015022075A2 (en) 2015-02-19
US20160195528A1 (en) 2016-07-07
IL244077A0 (en) 2016-04-21
SG11201601051SA (en) 2016-03-30
BR112016003129A2 (pt) 2017-10-17
DK3033623T3 (en) 2018-08-20
EA201690151A1 (ru) 2016-07-29
WO2015022075A3 (en) 2015-06-04
US10018628B2 (en) 2018-07-10
CY1121282T1 (el) 2020-05-29
MX2016001828A (es) 2016-06-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Goettner et al. Improvement of Lyme borreliosis serodiagnosis by a newly developed recombinant immunoglobulin G (IgG) and IgM line immunoblot assay and addition of VlsE and DbpA homologues
Heikkilä et al. Species-SpecificSerodiagnosis of Lyme Arthritis and Neuroborreliosis Due to Borreliaburgdorferi Sensu Stricto, B. afzelii, and B. garinii by Using Decorin Binding ProteinA
Weiss et al. Comparison of PCR and other diagnostic techniques for detection of Helicobacter pylori infection in dyspeptic patients
Sambri et al. Western immunoblotting with five Treponema pallidum recombinant antigens for serologic diagnosis of syphilis
Friedman et al. Infections with the chlamydia-like microorganism Simkania negevensis, a possible emerging pathogen
Butt et al. Association of S treptococcus gallolyticus subspecies gallolyticus with colorectal cancer: Serological evidence
EA032330B1 (ru) Способ обнаружения инфекции h. pylori
Ching et al. Early diagnosis of scrub typhus with a rapid flow assay using recombinant major outer membrane protein antigen (r56) of Orientia tsutsugamushi
Cugini et al. Regulation of expression of the Borrelia burgdorferi β3-chain integrin ligand, P66, in ticks and in culture
Oliver Jr et al. Antibody profiling of canine IgG responses to the OspC protein of the Lyme disease spirochetes supports a multivalent approach in vaccine and diagnostic assay development
Heikkilä et al. Recombinant or peptide antigens in the serology of Lyme arthritis in children
Miller et al. Borrelia burgdorferi B31 Erp proteins that are dominant immunoblot antigens of animals infected with isolate B31 are recognized by only a subset of human Lyme disease patient sera
Panelius et al. Recombinant flagellin A proteins from Borrelia burgdorferi sensu stricto, B. afzelii, and B. garinii in serodiagnosis of Lyme borreliosis
Portig et al. Characterization of the humoral immune response to Chlamydia outer membrane protein 2 in chlamydial infection
Liang et al. C-terminal invariable domain of VlsE is immunodominant but its antigenicity is scarcely conserved among strains of Lyme disease spirochetes
Perez-Perez et al. Detection of anti-VacA antibody responses in serum and gastric juice samples using type s1/m1 and s2/m2 Helicobacter pylori VacA antigens
JP2017531657A (ja) 組換えボレリアタンパク質およびその使用のための方法
Shelburne et al. Serum antibodies to Porphyromonas gingivalis chaperone HtpG predict health in periodontitis susceptible patients
Gilmore Jr et al. The Borrelia burgdorferi 37-kilodalton immunoblot band (P37) used in serodiagnosis of early Lyme disease is the flaA gene product
Heikkilä et al. Recombinant BBK32 protein in serodiagnosis of early and late Lyme borreliosis
Bannantine et al. Monoclonal antibodies bind a SNP-sensitive epitope that is present uniquely in Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis
Joyce et al. Differential gene expression from two transcriptional units in the cag pathogenicity island of Helicobacter pylori
Psaroulaki et al. In the search of potential serodiagnostic proteins to discriminate between acute and chronic Q fever in humans. Some promising outcomes
US10288610B2 (en) Vitro assays for detecting Salmonella enterica serotype typhi
Sorenson et al. Improved diagnosis of melioidosis using a 2-dimensional immunoarray