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Die
vorliegende Erfindung betrifft transgene Wirte, insbesondere transgene
Pflanzen, Pflanzengewebe, Samen und Zellen, die Trichothecenresistent
sind, und Verfahren zur Herstellung und Verwendung derselben. Die
vorliegende Erfindung betrifft ferner Verfahren zur Prävention
und/oder Reduzierung von Pilzwachstum auf einer Pflanze, einem Pflanzengewebe,
einem Samen oder einer Pflanzenzelle. Die vorliegende Erfindung
betrifft ferner die Prävention
und/oder Reduzierung von Mykotoxin-Kontamination einer Pflanze,
eines Pflanzengewebes oder eines Samens. Die vorliegende Erfindung
betrifft ferner die Verwendung von Trichothecene als selektive Mittel
in Transformationsprotokollen.
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Zahlreiche
Pilze sind ernsthafte Schädlinge
von wirtschaftlich bedeutenden landwirtschaftlichen Anbauten. Ferner
ist die Kulturpflanzenkontamination durch pilzliche Toxine ein Hauptproblem
für die
Landwirtschaft in der Welt. Mykotoxine sind toxische pilzliche Metaboliten,
die häufig
in landwirtschaftlichen Produkten gefunden werden und durch ihre
Fähigkeit
gekennzeichnet sind, Gesundheitsprobleme für Wirbeltiere zu verursachen.
Trichothecene sind Sesquiterpenepoxid-Mykotoxine, die durch Arten
von Fusarium, Trichothecium und Myrothecium erzeugt werden und als
wirksame Inhibitoren der eukaryontischen Proteinsynthese wirken. Fusarium-Arten, die solche
Trichothecene erzeugen, schließen
F. acuminatum, F. crookwellense, F. culmorum, F. equiseti, F. graminearum
(Gibberella zeae), F. lateritium, F. pose, F. sambucinum (G. pulicaris)
und F. sporotrichioides ein (Marasas, W. F. O., Nelson, P. E. und
Toussoun, T. A. 1984).
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Wie
zuvor beschrieben (A. E. Desjardins und T. M. Hohn, Mycotoxins in
plant pathogenesis. Mol. Plant-Microbe Interact. 10 (2): 147–152, 1997),
werden sowohl akute als auch chronische Mykotoxikosen in landwirtschaftlichen
Nutztieren und in Menschen mit dem Verzehr von Weizen, Roggen, Gerste,
Hafer, Reis und Mais in Verbindung gebracht, die mit Fusarium-Arten
kontaminiert sind, die Trichothecen-Mykotoxine erzeugen. Experimente
mit chemisch reinen Trichothecenen in niedrigen Dosierungen haben
viele der Merkmale reproduziert, die bei Schimmelkorn-Toxikosen
in Tieren beobachtet werden, einschließlich Anämie und Immunsuppression, Blutung,
Erbrechen und Futterverweigerung. Historische und epidemiologische
Daten aus menschlichen Populationen zeigen eine Verbindung zwischen
bestimmten Krankheitsepidemien und dem Verzehr von Getreide, das
mit Fusarium-Arten infiziert ist, die Trichothecene erzeugen. Insbesondere
werden Ausbrüche
einer tödlichen,
als alimentäre
toxische Aleukie bekannten Krankheit, die in Russland seitdem 19.
Jahrhundert auftritt, mit dem Verzehr von überwintertem Getreide in Verbindung
gebracht, das mit Fusarium-Arten verunreinigt ist, die das Trichothecen
T-2-Toxin erzeugen. In Japan werden Ausbrüche einer ähnlichen Krankheit, die als
akakabi-byo oder Rotschimmelerkrankung bezeichnet wird, mit Getreide
in Verbindung gebracht, das mit Fusarium-Arten infiziert ist, die
das Trichothecen, Desoxynivalenol (nachfolgendend "DON") erzeugen. Trichothecene
wurden in toxischen Getreibeproben detektiert, die für kürzliche
menschliche Krankheitsausbrüche
in Indien und Japan verantwortlich waren. Es besteht deshalb ein
Bedarf an landwirtschaftlichen Verfahren zur Prävention von Mykotoxin-Kontamination
und Anbauten mit reduzierten Mengen einer solchen Kontamination
von.
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Ferner
sind Trichothecen-erzeugende Fusarium-Arten destruktive Pathogene
und greifen einen weiten Bereich von Pflanzenarten an. Die akute
Phytotoxizität
von Trichothecenen und ihr Auftreten in Pflanzengeweben legen ebenfalls
nahe, daß diese
Mykotoxine eine Rolle in der Pathogenese von Fusarium auf Pflanzen
spielen. Dies impliziert, daß Mykotoxine
eine Rolle in der Krankheit spielen, und deshalb kann die Reduzierung
ihrer Toxizität
für die
Pflanze auch die Krankheit in der Pflanze verhindern oder reduzieren.
Ferner kann die Reduktion der Erkrankungsstärke den zusätzlichen Nutzen der Reduzierung
der Mykotoxin-Kontamination auf der Pflanze und insbesondere in
Getreide haben, wenn die Pflanze eine Getreidepflanze ist.
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Verschiedene
Verfahren zur Bekämpfung
von Krankheiten in Pflanzen wie Maiskolbenfäule, Stengelfäule oder
Weizen-Weißährigkeit
wurden mit verschiedenen Erfolgsgraden verwendet. Ein Verfahren
zur Bekämpfung
von Pflanzenkrankheit besteht im Ausbringen einer antimikrobiellen
Chemikalie auf die Kulturpflanzen. Dieses Verfahren hat zahlreiche
fachlich anerkannte Probleme. Alternativ beinhaltet ein neueres
Verfahren die Verwendung von biologischen Kontrollorganismen ("biologische Bekämpfung"), die natürliche Konkurrenten
oder Inhibitoren des Schädlingsorganismus
sind. Es ist jedoch schwierig, biologische Bekämpfung auf großen Flächen anzuwenden,
und noch schwieriger, diese lebenden Organismen dazu zu bringen,
in der behandelten Fläche
für einen
ausgedehnten Zeitraum zu verbleiben. In neuerer Zeit haben Techniken
der rekombinanten DNA die Möglichkeit
bereitgestellt, in Pflanzenzellen klonierte Gene zu inserieren,
de antimikrobielle Verbindungen exprimieren. Jedoch hat diese Technologie
zu Bedenken über
eine eventuelle mikrobielle Resistenz gegen wohlbekannte, natürlich vorkommende
Antimikrobiotika geführt.
Deshalb besteht ein fortgesetzter Bedarf an der Identifizierung
von natürlich
vorkommenden antimikrobiellen Mitteln wie Proteinen, die durch Pflanzenzellen
direkt durch Translation eines einzelnen Gens gebildet werden können.
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Eine
Trichothecen-3-O-acetyltransferase, die die Acetylierung einer Anzahl
unterschiedlicher Fusarium-Trichothecene, einschließlich DON,
an der C3-Hydroxyl-Gruppe katalysiert, wurde in Fusarium sporotrichioides
identifiziert (S. P. McCormick, N. J. Alexander, S. C. Trapp und
T. M. Hohn. Disruption of TRI101, the gene encoding trichothecene
3-O-acetyltransferase, from Fusarium sporotrichioides. Applied.
Environ. Microbiol. 65 (12): 5252–5256, 1999). Die Acetylierung
von Trichothecenen am C3-OH reduziert ihre Toxizität in Wirbeltieren
und Pflanzen signifikant und führt
zum Reaktionsprodukt 3-Acetyldesoxynivalenol (nachfolgend "3ADON"). Siehe Kimura et
al. unten.
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Die
Sequenz von strukturellen Genen, die Trichothecen-3-O-acetyltransferase
codieren, aus Fusarium graminearum, Fusarium sporotrichioides sowie
Sequenzen anderer Orthologe wurden veröffentlicht. Siehe z. B. Kimura
et al., Biosci. Biotechnol. Biochem., 62 (5) 1033–1036 (1998)
und Kimura et al., FEBS Letters, 435, 163–168 (1998). Ferner wurde spekuliert,
daß das
Gen aus Fusarium sporotrichioides, das eine Trichothecen-3-O-acetyltransferase
codiert, nützlich
in der Entwicklung von Pflanzensorten mit erhöhter Resistenz gegen Fusarium
sein kann. Siehe z. B. Hohn, T. M. et al. Molecular Genetics of
Host-Specific Toxins in Plant Diesease, 17–24 (1998) und Kimura et al.
J. Biological Chemistry, 273 (3) 1654–1661 (1998).
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Vor
der vorliegenden Erfindung machten es jedoch viele Unsicherheiten
bei weitem nicht naheliegend, ob die Expression von Trichothecen-3-O-acetyltransferasen
in einer Pflanze tatsächlich
zu Trichothecen-resistenten Pflanzen führen würde. Zum Beispiel ist die durch
die Fusarium sporotrichoides Trichothecen-3-O-acetyltransferase
katalysierte Reaktion reversibel und könnte deshalb im Schützen von
Pflanzenzellen vor Trichothecenen wie DON versagt haben. Es war
ebenfalls unsicher, ob es vielleicht Esterasen in Pflanzenzellen
geben könnte,
die mit den 3-O- Acetyltransferase-Aktivitäten zur
Erzeugung von toxischem DON aus 3ADON konkurrieren würden. Es
war ebenfalls unsicher, wie der Metabolismus des Reaktionsprodukts
3ADON die Pflanze beeinflussen könnte,
z. B. ob die Einführung
der Trichothecen-3-O-acetyltransferase das Pflanzenwachstum und
die Entwicklung in Weisen verändern
würde,
die einen etwaigen positiven Beitrag der Acetyltransferase ins Negative
umkehren würden,
z. B. durch Wechselwirkung mit den natürlichen Krankheitsresistentzmechanismen
der Pflanze. Es war ebenfalls unsicher, ob 3ADON durch die Pflanze
unter Bildung eines neuen sekundären
Metaboliten mit toxischen Wirkungen metabolisiert werden konnte.
Es war ebenfalls unsicher, selbst falls das durch einen eindringenden
Pilz erzeugte DON wirksam zu 3ADON umgewandelt würde, ob diese Umwandlung der
Pflanze eine gesteigerte Pathogenresistenz verleihen würde. Die
obigen sind nur einige der Unsicherheiten auf diesem Gebiet vor
dem Zeitpunkt der vorliegenden Erfindung.
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Es
ist eine Aufgabe der Erfindung, eine Pflanzenzelle oder -zellen
bereitzustellen, die ein heterologes Polynukleotid umfaßt, das
ein Genprodukt codiert, das in der Pflanzenzelle exprimiert wird,
worin das Genprodukt Trichothecen-Resistenzaktivität umfaßt.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze bereitzustellen,
die die vorstehend beschriebene Pflanzenzelle umfaßt, worin
die Pflanze resisten gegen ein Trichothecen ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze der Erfindung
bereitzustellen, die resistenz gegen ein Trichothecen ist, wobei
das Trichothecen eine C-3-Hydroxyl-Gruppe umfaßt.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze der Erfindung
bereitzustellen, die resistent gegen einen Pilz ist, der ein Trichothecen
erzeugt, vorzugsweise ein Trichothecen, das eine C-3-Hydroxyl-Gruppe
umfaßt.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze der Erfindung
bereitzustellen, die resistent gegen Fusarium, Trichothecium oder
Myrothecium ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze der Erfindung
bereitzustellen, die resistent gegen Fusarium ist, insbesondere,
jedoch nicht einschränkend,
gegen Fusarium graminearum, Fusarium culmorum, Fusarium sporotrichioides,
Fusarium pose, Fusarium sambucinum, Fusarium equiseti, Fusarium
acuminatum, Fusarium lateritium und Fusarium pseudograminearum.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze der Erfindung
bereitzustellen, worin die Pflanze resistent gegen Fusarium graminearum
ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze der Erfindung
bereitzustellen, die ein heterologes Polynukleotid umfaßt, das
ein Genprodukt codiert, das in der Pflanzenzelle exprimiert wird,
worin das Genprodukt Trichothecen-Resistenzaktivität umfaßt, worin
das heterologe Polynukleotid ein mikrobielles Polynukleotid ist,
vorzugsweise eine Polynukleotid aus Hefe oder Pilz.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze der Erfindung
bereitzustellen, worin das Polynukleotid aus Pilz ein Fusarium-Polynukleotid ist,
vorzugsweise ein Polynukleotid aus Fusarium graminearum oder Fusarium
sporotrichioides.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze der Erfindung
bereitzustellen, worin das heterologe Polynukleotid eine Sequenz
umfaßt,
die im wesentlichen gleich zur Nukleinsäuresequenz der SEQ ID NOs:
1, 5 oder 7 ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze der Erfindung
bereitzustellen, worin das heterologe Polynukleotid die Nukleinsäuresequenz
des SEQ ID NO: 1, 5 oder 7 oder Homologe davon umfaßt.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanzen der Erfindung
bereitzustellen, die ein heterologes Polynukleotid umfaßt, das
einen fortlaufenden Teil von wenigstens 80 Basenpaaren umfaßt, der
identisch in der Sequenz zu einem fortlaufenden Teil von 80 Basenpaaren
ist, der in SEQ ID NO: 1, 5 oder 7 dargelegt ist, vorzugsweise ein
fortlaufender Teil von wenigstens 50 Basenpaaren, der identisch
in der Sequenz zu einem fortlaufenden Teil von 50 Basenpaaren ist,
der in SEQ ID NO: 1, 5 oder 7 dargelegt ist, und besonders bevorzugt
ein fortlaufender Teil von wenigstens 21 Basenpaaren, der identisch
in Sequenz zu einem fortlaufenden Teil von 21 Basenpaaren ist, der
in SEQ ID NO: 1, 5 oder 7 dargelegt ist, und am meisten bevorzugt ein
fortlaufender Teil von 18 Basenpaaren, der identisch in Sequenz
zu einem fortlaufenden Teil von 18 Basenpaaren ist, der in SEQ ID
NO: 1, 5 oder 7 dargelegt ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze bereitzustellen,
die gegen ein Trichothecen resistent ist, das aus der Gruppe ausgewählt ist,
die aus T-2-Toxin, HT-2-Toxin, Isotrichodermol, 4,15-Diacetoxyscirpenol
(nachstehend "DAS"), 3-Deacetylcalonectrin,
3,15-Dideacetylcalonectrin,
Scirpentriol, Neosolaniol; Typ B: 15-Acetyl desoxynivalenol, Nivalenol,
4-Acetylnivalenol (Fusarenon-X), 4,15-Diacetylnivalenol, 4,7,15-Acetylnivalenol
und DON besteht.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze der Erfindung
bereitzustellen, die gegen DAS oder DON resistent ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze bereitzustellen,
worin das Genprodukt durch ein erfindungsgemäßes Polynukleotid codiert wird.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze der Erfindung
bereitzustellen, worin das Genprodukt eine 3-O-Acetyltransferase
ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pflanze der Erfindung
bereitzustellen, worin das Genprodukt ein Polypeptid ist, das eine
Sequenz umfaßt,
die im wesentlichen ähnlich
zu der SEQ ID NO: 2, 6 oder 8 ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein Saatgut jeder der erfindungsgemäßen Pflanzen
bereitzustellen.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, jede der zuvor beschriebenen
Pflanzen bereitzustellen, worin die Pflanze eine Weizen-, Mais-,
Gerste- oder Reispflanze ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein Verfahren zum Erzeugen
einer Trichothecen-resistenten Pflanze bereitzustellen, das die
folgenden Schritte umfaßt:
- (a) Transformieren einer Pflanzenzelle mit
einem heterologen Gen, das ein Genprodukt codiert, worin das Genprodukt
die Resistenz gegen ein Trichothecen erhöht; und
- (b) exprimieren des Genprodukts auf einem biologisch signifikanten
Niveau;
- (c) Regenerieren der Pflanzenzelle zu einer Pflanze; und
- (d) Selektieren einer Pflanzen mit erhöhter Resistenz gegen ein Trichothecen.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein wie vorstehend beschriebenes
Verfahren bereitzustellen, das ferner den Schritt des Selektierens
einer Pflanze umfaßt,
auf der ein reduziertes Wachstum eines Pilzes vorliegt, wobei der
Pilz ein Trichothecen erzeugt.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein wie vorstehend beschriebenes
Verfahren bereitzustellen, worin der Pilz aus der Gattung Fusarium
ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Trichothecenresistente
Pflanze bereitzustellen, die gemäß den vorstehend
beschriebenen Verfahren erhältlich
ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein Saatgut bereitzustellen,
das durch Selbsten oder Auskreuzen einer Pflanze der Erfindung,
wie vorstehend beschrieben, erzeugt wird, worin eine aus dem Saatgut kultivierte
Pflanze eine erhöhte
Resistenz gegen Trichothecen aufweist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein Verfahren zur Prävention
von Mycotoxin-Kontamination einer Pflanze, einschließlich eines
Pflanzensaatguts, bereitzustellen, das das Kultivieren einer Pflanze
der Erfindung, wie vorstehend beschrieben, umfaßt, vorzugsweise in einem Gebiet
mit moderatem bis schwerem Pilzbefall, worin die Pflanze vorzugsweise
eine Kulturpflanze ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein Verfahren zur Prävention
von Pilzwachstum auf einer Pflanze bereitzustellen, bevorzugt das
Wachstum eines Pilzes der Gattung Fusarium, das das Kultivieren
einer Pflanze der Erfindung umfaßt, der ein Trichothecen erzeugt,
vorzugsweise ein Trichothecen, das wie vorstehend beschrieben eine
C-3-Hydroxyl-Gruppe umfaßt,
vorzugsweise in einem Gebiet mit moderatem bis schwerem Pilzbefall,
worin die Pflanze vorzugsweise eine Kulturpflanze ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein Verfahren zum Erzeugen
einer Pilz-resistenten Pflanze bereitzustellen, das folgendes umfaßt:
- (a) Transformieren einer Pflanzenzelle mit
einem heterologen Gen, das ein Genprodukt codiert, worin das Genprodukt
die Resistenz gegen ein Trichothecen erhöht;
- (b) Exprimieren des Genprodukts auf einem biologisch signifikanten
Niveau;
- (c) Regenerieren der Pflanzenzelle zu einer Pflanze; und
- (d) Selektieren einer Pflanze mit erhöhter Resistenz gegen ein Trichothecen;
und
- (e) optionales Selbsten oder Auskreuzen der in Schritt (d) erhaltenen
Pflanze.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein Verfahren bereitzustellen,
worin der Pilz aus der Gattung Fusarium ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein Verfahren zum Erzeugen
eines Saatguts bereitzustellen, worin die Pflanze, die aus dem Saatgut
kultiviert wird, Pilz-resistent ist, wobei das Verfahren das Selbsten oder
Auskreuzen der Pflanze der Erfindung umfaßt.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, das vorstehende Verfahren
bereitzustellen, worin das Saatgut resistent gegen einen Pilz aus
der Gattung Fusarium ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein Verfahren zur Selektion
von transformierten Wirtszellen bereitzustellen, wobei das Verfahren
folgendes umfaßt:
Transformieren
einer Wirtszelle mit einem Nukleinsäurekonstrukt, das eine Trichothecen-3-O-acetyltransferase
codiert, und
Kultivieren der transformierten Wirtszelle in
Gegenwart eines Trichothecen-selektiven Mittels.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein Verfahren zum Selektieren
von transformierten Wirtszellen bereitzustellen, worin die Wirtszellen
Pflanzenzellen oder mikrobielle Zellen sind, insbesondere worin die
mikrobiellen Zellen Pilzzellen sind.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein Verfahren zum Selektieren
von transformierten Wirtszellen, wie vorstehend beschrieben, bereitzustellen,
worin die Wirtszelle ferner mit einem zweiten Polynukleotid von
Interesse transformiert ist.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein Verfahren zum Selektieren
von transformierten Wirtszellen bereitzustellen, worin das Trichothecen
aus der Gruppe ausgewählt
ist, die aus T-2-Toxin, HT-2-Toxin, Isotrichodermol, DAS, 3-Desacetylcalonectrin,
3,15-Didesacetylcalonectrin, Scirpentriol, Neosolaniol; Typ B: 15-Acetyldesoxynivalenol,
Nivalenol, 4-Acetylnivalenol (Fusarenon-X), 4,15-Diacetylnivalenol,
4,7,15-Acetylnivalenol und DON besteht.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Trichothecenresistente
Pflanze bereitzustellen, die durch das Verfahren der Erfindung erhalten
wird.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, eine Pilz-resistente Pflanze
bereitzustellen, die durch das Verfahren der Erfindung erhalten
wird.
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Eine
weitere Aufgabe der Erfindung ist es, ein Pflanzensaatgut bereitzustellen,
das durch das Verfahren der Erfindung erhalten wird.
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Zur
Klarheit werden bestimmte, in der Beschreibung verwendete Begriffe
wie folgt definiert und dargestellt:
"Expression" bezeichnet die Transkription und/oder
Translation eines endogenen Gens oder eines Transgens in Pflanzen.
Im Falle von antisense- Konstrukten
kann Expression z. B. allein die Transkription der Antisense-DNA
bezeichnen.
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"Funktionsfähig verbunden/assoziiert" bei Bezugnahme auf
eine regulatorische DNA-Sequenz, die "funktionsfähig verbunden ist mit" oder "assoziiert ist mit" einer DNA-Sequenz,
die für
eine RNA oder ein Protein codiert, bezeichnet die zwei Sequenzen,
die so lokalisiert sind, daß die
regulatorische DNA-Sequenz die Expression der codierenden DNA-Sequenz
beeinflusst.
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Der
Begriff "heterologes
Polynukleotid" oder "heterologe DNA", wie hier verwendet,
bezeichnet jeweils ein Nukleinsäuremolekül, das nicht
natürlich
mit einer Wirtszelle assoziiert ist, in die es eingeführt wird,
einschließlich
genetischer Konstrukte, nicht-natürlich vorkommender multipler
Kopien eines natürlich
vorkommenden Nukleinsäuremoleküls; und
eines ansonsten homologen Nukleinsäuremoleküls, das funktionsfähig mit
einem nicht-nativen Nukleinsäuremolekül verbunden
ist. Somit schließt
ein heterologes Gen in einer Wirtszelle ein Gen ein, das endogen
für die
besondere Wirtszelle ist, aber durch z. B. Verwendung von DNA-Shuffling
modifiziert wurde. Somit umfassen die Begriffe ein DNA-Segment,
das fremd oder heterolog für
die Zelle ist oder homolog für
die Zelle ist, aber in einer Position innerhalb der Wirtszell-Nukleinsäure ist,
in der das Element nicht gewöhnlich
gefunden wird.
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Die
Begriffe "Nukleinsäure" oder "Polynukleotid" bezeichnen Desoxyribonukleotide
oder Ribonukleotide und Polymere davon in entweder einzel- oder doppelsträngiger Form.
Wenn nicht spezifisch darauf beschränkt, umfaßt der Begriff Nukleinsäuren, die
bekannte Analoga von natürlichen
Nukleotiden enthalten, die ähnliche
Bindungseigenschaften wie die Referenz-Nukleinsäure haben und in einer Weise
metabolisiert werden, die ähnlich
den natürlich
vorkommenden Nukleotiden ist. Wenn nicht anders angegeben, umfaßt eine
besondere Nukleinsäuresequenz
auch implizit konservativ modifizierte Varianten davon (z. B. degenerierte
Codon-Substitutionen) und komplementäre Sequenzen sowie die explizit
angegebene Sequenz. Spezifisch können
degenerierte Codon-Substitutionen durch Erzeugung von Sequenzen
erreicht werden, in den die dritte Position eines oder mehrerer
ausgewählter
(oder aller) Codonen mit gemischten Basen- und/oder Desoxyinosin-Resten
substituiert ist (Batzer et al., Nucleic Acid Res. 19: 5081 (1991);
Ohtsuka et al., J. Biol. Chem. 260: 2605–2608 (1985); Rossolini et
al., Mol. Cell. Probes 8: 91–98
(1994)). Die Begriffe "Nukleinsäure" oder "Nukleinsäuresequenz" oder "Polynukleotid" können auch
austauschbar mit Gen, cDNA und mRNA, die durch ein Gen codiert wird,
verwendet werden.
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In
seinem breitesten Sinn bedeutet der Begriff "im wesentlichen ähnlich", wenn hier in Bezug auf ein Nukleinsäuremolekül verwendet,
ein Nukleinsäuremolekül, das einer
Referenz-Nukleotidsequenz entspricht, worin das entsprechende Nukleinsäuremolekül ein Polypeptid
mit im wesentlichen der gleichen Struktur und Funktion wie das durch
die Referenz-Nukleotidsequenz codierte Polypeptid codiert, z. B.
wenn nur Veränderungen
in Aminosäuren,
die nicht die Polypeptidfunktion beeinflussen, auftreten. Wünschenswert
codiert das im wesentlichen ähnliche
Nukleinsäuremolekül das durch
die Referenz-Nukleotidsequenz codierte Polypeptid. Der Begriff "im wesentlichen ähnlich" soll spezifisch
Nukleinsäuremoleküle einschließen, in
denen die Sequenz modifiziert wurde, um die Expression in besonderen
Zellen, z. B. in Pflanzenzellen, zu optimieren. Der Prozentwert
der Identität
zwischen dem im wesentlichen ähnlichen
Nukleinsäuremolekül und der
Referenz-Nukleotidsequenz ist wünschenswert
wenigstens 45%, besonders wünschenswert
wenigstens 65%, besonders wünschenswert
wenigstens 75%, vorzugsweise wenigstens 85%, besonders bevorzugt
wenigstens 90%, noch mehr bevorzugt wenigstens 95%, noch mehr bevorzugt
wenigstens 99%. Bevorzugt existiert der Prozentwert der Identität über eine
Region der Sequenzen, die wenigstens ca. 50 Reste lang ist, besonders
bevorzugt über eine
Region von wenigstens ca. 100 Resten, und am meisten bevorzugt sind
die Sequenzen im wesentlichen ähnlich über wenigstens
ca. 150 Reste. In einer am meisten bevorzugten Ausführungsform
sind die Sequenzen im wesentlichen ähnlich über die gesamte Länge der
codierenden Regionen. Sequenzvergleiche können unter Verwendung eines
Smith-Waterman-Sequenzangleichungsalgorithmus und wie nachfolgend
in größerem Detail
beschrieben durchgeführt
werden (siehe z. B. M. S. Waterman, Introduction to Computational
Biology: Maps, sequences und genomes. Chapman & Hall. London: 1995. ISBN 0-412-99391-0,
oder in http://www-hto.usc.edu/software/seqaln/index.html). Das
lokale S-Programm, Version 1.16, wird mit den folgenden Parametern
verwendet: Übereinstimmung:
1, Fehlübereinstimmungsstrafe:
0,33, offene Lückenstrafe: 2,
ausgedehnte Lückenstrafe:
2.
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Ein
anderer Hinweis, daß eine
Nukleinsäuresequenz
eine im wesentlichen ähnliche
Nukleinsäure
der Erfindung ist, besteht darin, daß sie mit einem Nukleinsäuremolekül der Erfindung
unter stringenten Bedingungen hybridisiert. Der Begriff "spezifisch hybridisierend
mit" bezeichnet
die Bindung, Duplexierung oder Hybridisierung eines Moleküls nur mit
einer besonderen Nukleotidsequenz unter stringenten Bedingungen,
wenn diese Sequenz in einer komplexen Mischung aus (z. B. vollzellulärer) DNA
oder RNA vorhanden ist. "Bindet im
wesentlichen" bezeichnet
die komplementäre
Hybridisierung zwischen einer Sonden-Nukleinsäure und einer Ziel-Nukleinsäure und
umfaßt
geringfügige
Fehlübereinstimmungen,
die durch Reduzierung der Stringenz der Hybridisierungsmedien berücksichtigt
werden können,
um die gewünschte
Detektion der Ziel-Nukleinsäuresequenz
zu erreichen.
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"Stringente Hybridisierungsbedingungen" und "stringente Hybridisierungs-Spülbedingungen" im Zusammenhang
von Nukleinsäure-Hybridisierungsexperimenten
wie Southern- und Northern-Hybridisierungen sind sequenzabhängig und
sind unter unterschiedlichen Umweltparametern verschieden. Längere Sequenzen hybridisieren
spezifisch bei höheren
Temperaturen. Ein umfassender Leitfaden für die Hybridisierung von Nukleinsäuren wird
gefunden in Tijssen (1993) Laboratory Techniques in Biochemistry
and Molecular Biology – Hybridization
with Nucleic Acid Probes, Teil I, Kapitel 2 "Overview of principles of hybridization
and the strategy of nucleic acid probe assays" Elsevier, New York. Allgemein werden
hochstringente Hybridisierungs- und Spülbedingungen ausgewählt, um
ca. 5°C
niedriger als der thermische Schmelzpunkt (Tm)
für die
spezifische Sequenz bei einer definierten Ionenstärke und
einem definierten pH zu sein. Typischerweise wird eine Sonde unter "stringenten Bedingungen" mit ihrer Ziel-Untersequenz
hybridisieren, aber nicht mit anderen Sequenzen.
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Tm ist die Temperatur (unter definierter Ionenstärke und
definiertem pH), bei der 50% der Zielsequenz mit einer perfekt übereinstimmenden
Sonde hybridisieren. Sehr stringente Bedingungen werden ausgewählt, um
gleich dem Tm für eine besonders Sonde zu sein.
Ein Beispiel für
stringente Hybridisierungsbedingungen zur Hybridisierung von komplementären Nukleinsäuren, die
mehr als 100 komplementäre
Reste haben, auf einem Filter in einem Southern- oder Northern-Blot
sind 50% Formamid mit 1 mg Heparin bei 42°C, wobei die Hybridisierung über Nacht
durchgeführt
wird. Ein Beispiel für
hochstringente Spülbedingungen
sind 0,15 M NaCl bei 72°C
für ca.
15 Minuten. Ein Beispiel für
stringente Spülbedingungen
sind eine 0,2 × SSC-Spülung bei
65°C für 15 Minuten
(siehe Sambrook, unten, für
eine Beschreibung von SSC-Puffer). Häufig geht einer Spülung mit
hoher Stringenz eine Spülung
mit geringer Stringenz voraus, um Hintergrund-Sondensignal zu entfernen.
Eine exemplarische mittlere Stringenzspülung für einen Duplex von z. B. mehr
als 100 Nukleotiden ist 1 × SSC
bei 45°C
für 15
Minuten. Eine exemplarische geringe Stringenzspülung für einen Duplex von z. B. mehr
als 100 Nukleotiden ist 4–6 × SSC bei
40°C für 15 Minuten.
Für kurze
Sonden (z. B. ca. 10 bis 50 Nukleotide) beinhalten stringente Bedingungen
typischerweise Salzkonzentrationen von weniger als ca. 1,0 M Na-Ionen,
typischerweise ca. 0,01 bis 1,0 M Na-Ionenkonzentration (oder andere
Salze) bei pH 7,0 bis 8,3, und die Temperatur ist typischerweise
wenigstens ca. 30°C.
Stringente Bedingungen können
auch mit der Zugabe von destabilisierenden Mitteln wie Formamid
erreicht werden. Allgemein zeigt ein Signal-Rausch-Verhältnis vom 2-fachen (oder höher) desjenigen,
das für
eine nicht verwandte Sonde im besonderen Hybridiserungstest beobachtet
wird, die Detektion einer spezifischen Hybridisierung an. Nukleinsäuren, die
nicht miteinander unter stringenten Bedingungen hybridisieren, sind
noch im wesentlichen ähnlich,
falls die Proteine, die sie codieren, im wesentlichen ähnlich sind.
Dies tritt z. B. auf, wenn eine Kopie einer Nukleinsäure unter
Verwendung der maximalen Codon-Degeneriertheit geschaffen wird,
die durch den genetischen Code erlaubt wird.
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Nachfolgend
sind Beispiele für
Sätze von
Hybridisierungs-/Spülbedingungen
aufgeführt,
die zur Identifizierung von homologen Nukleotidsequenzen verwendet
werden können,
die im wesentlichen ähnlich
mit Referenz-Nukleotidsequenzen der vorliegenden Erfindung sind:
eine Testsequenz, die mit der Referenz-Nukleotidsequenz in 7% Natriumdodecylsulfat
(SDS), 0,5 M NaPO4, 1 mM EDTA bei 50°C unter Spülen in 2 × SSC, 0,1%
SDS bei 50°C,
besonders wünschenswert
in 7% Natriumdodecylsulfat (SDS), 0,5 M NaPO4,
1 mM EDTA bei 50°C
unter Spülen
in 1 × SSC,
0,1% SDS bei 50°C,
noch mehr wünschenswert
in 7% Natriumdodecylsulfat (SDS), 0,5 M NaPO4,
1 mM EDTA bei 50°C
unter Spülen
in 0,5 × SSC,
0,1% SDS bei 50°C,
vorzugsweise in 7% Natriumdodecylsulfat (SDS), 0,5 M NaPO4, 1 mM EDTA bei 50°C unter Spülen in 0,1 × SSC, 0,1% SDS bei 50°C, besonders
bevorzugt in 7% Natriumdodecylphosphat (SDS), 0,5 M NaPO4, 1 mM EDTA bei 50°C unter Spülen in 0,1 × SSC, 0,1% SDS bei 65°C hybridisiert.
Das Polynukleotid der Erfindung, das unter den obigen Bedingungen
hybridisiert, umfaßt
vorzugsweise wenigstens 80 Basenpaare, besonders bevorzugt wenigstens
50 Basenpaare und insbesondere wenigstens 21 und ganz besonders
18 Basenpaare. Bevorzugte Homologe zur Verwendung in der Erfindung
schließen
Nukleinsäuremoleküle ein,
die eine Aminosäuresequenz
codieren, die zu wenigstens 45% identisch mit SEQ ID NO: 2, 6 oder
8 gemäß Messung
unter Verwendung der nachfolgend beschriebenen Parameter ist, worin
die durch das Homolog codierte Aminosäuresequenz Trichothecenresistenzaktivität besitzt,
z. B. 3-O-Acetyltransferase-Aktivität.
-
Der
Begriff "im wesentlichen ähnlich", wenn er hier in
Bezug auf ein Protein verwendet wird, bedeutet ein Protein, das
einem Referenzprotein entspricht, worin das Protein im wesentlichen
die gleiche Struktur und Funktion wie das Referenzprotein hat, z.
B. wenn nur Veränderungen
in der Aminosäuresequenz
erfolgen, die nicht die Polypeptidfunktion beeinflussen. Bei Verwendung
für ein
Protein oder eine Aminosäuresequenz
ist der Prozentwert der Identität
zwischen dem im wesentlichen ähnlichen
und dem Referenzprotein oder der Referenz-Aminosäuresequenz wünschenswert
wenigstens 45% Identität,
besonders wünschenswert
wenigstens 65%, noch wünschenswerter
wenigstens 75%, bevorzugt wenigstens 85%, besonders bevorzugt wenigstens 90%,
noch mehr bevorzugt wenigstens 95%, noch mehr bevorzugt wenigstens
99%, unter Verwendung von standardmäßigen BLAST-Analyseparametern und wie in größerem Detail
nachfolgend beschrieben.
-
Bevorzugte
Homologe des Polypeptids zur Verwendung in der Erfindung umfassen
diejenigen mit Aminosäuresequenzen,
die wenigstens zu 45% identisch mit SEQ ID NO: 2, 6 oder 8 sind,
worin die durch das Homolog codierte Aminosäuresequenz Trichothecenresistenzaktivität besitzt,
z. B. 3-O-Acetyltransferase-Aktivität.
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Eine
optimale Angleichung der Nukleinsäure- oder Proteinsequenzen
zum Vergleich kann wie oben beschrieben und z. B. durch den lokalen
Homologiealgorithmus von Smith & Waterman,
Adv. Appl. Math. 2: 482 (1981), durch den Homologie-Angleichungsalgorithmus
von Needleman & Wunsch,
J. Mol. Biol. 48: 443 (1970), durch das Verfahren der Suche nach Ähnlichkeit
von Pearson & Lipman,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 2444 (1988), durch computerisierte
Implementationen dieser Algorithmen (GAP, BESTFIT, FASIA und TFASTA
im Wisconsin Genetics Softwarepaket, Genetics Computer Group, 575
Science Dr., Madison, WI) oder durch visuelle Inspektion (siehe
allgemein Ausubel et al., unten) durchgeführt werden.
-
Ein
Beispiel für
einen Algorithmus, der geeignet zur Bestimmung der prozentualen
Sequenzidentität und
Sequenzähnlichkeit
ist, ist der BLAST-Algorithmus,
der beschrieben wird in Altschul et al., J. Mol. Biol. 215: 403–410 (1990).
Software zur Durchführung
von BLAST-Analysen ist öffentlich
erhältlich
durch das National Center for Biotechnology Information (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).
Dieser Algorithmus beinhaltet zuerst die Identifizierung von Sequenzpaaren
mit hoher Bewertung ("high
scoring sequence pairs",
HSPs) durch Identifizieren von kurzen Worten der Länge W in
der Suchsequenz, die entweder eine Grenzwertbewertung T mit positivem
Wert erfüllen
oder ihr genügen,
bei Angleichung mit einem Wort der gleichen Länge in einer Datenbanksequenz.
T wird als Nachbarschaftswort-Bewertungsgrenzwert bezeichnet (Altschul
et al., 1990). Diese anfänglichen
Nachbarschafts-Worttreffer wirken als Keime zum Einleiten von Recherchen,
um längere
HSPs zu finden, die sie enthalten. Die Worttreffer werden dann in
beiden Richtungen entlang jeder Sequenz so weit erweitert, wie die
kumulative Angleichungsbewertung erhöht werden kann. Kumulative
Bewertungen werden für
Nukleotidsequenzen unter Verwendung der Parameter M (Belohnungsbewertung
für ein
Paar von übereinstimmenden
Resten; immer > 0)
und N (Bestrafungsbewertung für
fehlübereinstimmende
Reste; immer < 0) berechnet.
Für Aminosäuresequenzen
wird eine Bewertungsmatrix durch Berechnung der kumulativen Bewertung
verwendet. Die Ausdehnung der Worttreffer in jede Richtung wird
angehalten, wenn die kumulative Angleichungsbewertung um die Größe X von
ihrem maximal erreichten Wert abfällt, die kumulative Bewertung auf
null oder darunter aufgrund der Ansammlung einer oder mehrerer Resteangleichungen
mit negativer Bewertung fällt
oder das Ende einer Sequenz erreicht ist. Die BLAST-Algorithmusparameter
W, T und X bestimmen die Empfindlichkeit und Geschwindigkeit der
Angleichung. Das BLASTN-Programm
(für Nukleotidsequenzen)
verwendet als Standardeinstellungen eine Wortlänge (W) von 11, eine Erwartung
(E) von 10, einen Grenzwert von 100, M = 5, N = –4 und einen Vergleich beider
Stränge.
Für Aminosäuresequenzen
verwendet das BLASTP-Programm als Standardeinstellungen eine Wortlänge (W)
von 3, eine Erwartung (E) von 10 und die BLOSUM62-Bewertungsmatrix
(siehe Henikoff & Henikoff,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 10915 (1989)).
-
Zusätzlich zur
Berechnung der prozentualen Sequenzidentität führt der BLAST-Algorithmus auch
eine statistische Analyse der Ähnlichkeit
zwischen zwei Sequenzen durch (siehe z. B. Karlin & Altschul, Proc.
Nat'l. Acad. Sci.
USA 90: 5873–5787
(1993)). Ein Maß für die Ähnlichkeit,
das durch den BLAST-Algorithmus bereitgestellt wird, ist die kleinste
Summenwahrscheinlichkeit (P(N)), die eine Angabe für die Wahrscheinlichkeit
liefert, mit der eine Übereinstimmung
zwischen zwei Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen zufällig auftreten würde. Zum
Beispiel wird eine Test-Nukleinsäuresequenz
als mit einer Referenzsequenz ähnlich
betrachtet, falls die kleinste Summenwahrscheinlichkeit in einem
Vergleich der Test-Nukleinsäuresequenz
mit der Referenz-Nukleinsäure
weniger als ca. 0,1 ist, besonders bevorzugt weniger als ca. 0,01
und am meisten bevorzugt weniger als ca. 0,001.
-
Ein
weiterer Hinweis, daß zwei
Nukleinsäuresequenzen
oder Proteine im wesentlichen ähnlich
sind, ist derjenige, daß das
durch die erste Nukleinsäure
codierte Protein immunologisch kreuzreaktiv mit dem durch die zweite
Nukleinsäure
codierten Protein ist oder spezifisch daran bindet. So ist ein Protein
typischerweise im wesentlichen ähnlich
mit einem zweiten Protein, wenn beispielsweise die zwei Proteine
sich nur durch konservative Substitutionen unterscheiden.
-
Der
Begriff "bindet
spezifisch (oder selektiv) an einen Antikörper" oder "spezifisch (oder selektiv) immunreaktiv
mit" bei Bezugnahme
auf ein Protein oder Peptid bezeichnet eine Bindungsreaktion, die
bestimmend für
die Gegenwart des Proteins in Gegenwart einer heterogenen Population
von Proteinen und anderen biologischen Stoffen ist. So binden unter
angegebenen Immuntestbedingungen die angegebenen Antikörper an
ein besonderes Protein und binden nicht in einer signifikanten Menge
an andere in der Probe vorhandene Proteine. Die spezifische Bindung
an einen Antikörper
unter solchen Bedingungen kann einen Antikörper erfordern, der auf seine
Spezifität
für ein
besonderes Protein ausgewählt
wird. Zum Beispiel können
Antikörper, die
gegen das Protein mit der Aminosäuresequenz
erzeugt werden, die durch eine der Nukleinsäuresequenzen der Erfindung
codiert wird, ausgewählt
werden, um Antikörper
zu erhalten, die spezifisch immunreaktiv mit dem Protein und nicht
mit anderen Proteinen sind, ausgenommen polymorphen Varianten. Eine
Vielzahl von Immuntestformaten kann zur Auswahl von Antikörpern verwendet
werden, die spezifisch immunreaktiv mit einem besonderen Protein
sind. Zum Beispiel werden Festphasen-ELISA-Immuntests, Western-Bluts
oder Immunohistochemie routinemäßig zur
Auswahl monoklonaler Antikörper
verwendet, die spezifisch immunreaktiv mit einem Protein sind. Siehe
Harlow und Lane (1988) Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring
Barbor Publications, New York ("Harlow
and Lane") für eine Beschreibung
von Immuntestformaten und die Bedingungen, die zur Bestimmung von
spezifischer Immunreaktivität
verwendet werden können.
Typischerweise wird eine spezifische oder selektive Reaktion wenigstens
zweimal das Hintergrundsignal oder Rauschen und besonders typisch
mehr als 10- bis 100-mal der Hintergrund sein.
-
"Konservativ modifizierte
Variationen" einer
besonderen Nukleinsäuresequenz
bezeichnet diejenigen Nukleinsäuresequenzen,
die identische oder im wesentlichen identische Aminosäuresequenzen
codieren, oder wenn die Nukleinsäuresequenz
keine Aminosäuresequenz
codiert, im wesentlichen identische Sequenzen. Wegen der Entartung
des genetischen Codes codiert eine große Anzahl funktionell identischer
Nukleinsäuren
jedes gegebene Polypeptid. Zum Beispiel codieren die Codonen CGT,
CGC, CGA, CGG, AGA und AGG alle die Aminosäure Arginin. So kann das Codon
in jeder Position, in der ein Arginin durch ein Codon angegeben
wird, zu jedem der entsprechenden beschriebenen Codonen verändert werden,
ohne das codierte Protein zu verändern.
Solche Nukleinsäure-Variationen
sind "stumme Variationen", die eine Art von "konservativ modifizierten
Variationen" sind.
Jede hier beschriebene Nukleinsäuresequenz,
die ein Protein codiert, beschreibt auch jede mögliche stumme Variation, ausgenommen
wenn ansonsten angegeben. Ein Fachmann wird erkennen, daß jedes
Codon in einer Nukleinsäure
(ausgenommen ATG, das gewöhnlich
das einzige Codon für
Methionin ist) zur Lieferung eines funktionell identischen Moleküls durch
Standardtechniken modifiziert werden kann. Entsprechend ist jede "stumme Variation" eine Nukleinsäure, die
ein Protein codiert, implizit ähnlich
jeder beschriebenen Sequenz.
-
Außerdem wird
ein Fachmann erkennen, daß individuelle
Substitutionen, Deletionen oder Additionen, die eine einzelne Aminosäure oder
einen kleinen Prozentanteil von Aminosäuren (typischerweise weniger
als 5%, besonders typisch weniger als 1%) in einer codierten Sequenz
verändern,
addieren oder deletieren, "konservativ
modifizierte Variationen" sind,
wenn die Veränderungen
zur Substitution einer Aminosäure
durch eine chemisch ähnliche
Aminosäure
führen.
Konservative Substitutionstabellen, die funktionell ähnliche
Aminosäuren
liefern, sind allgemein fachbekannt. Die folgenden fünf Gruppen
enthalten jeweils Aminosäuren,
die konservative Substitutionen für einander sind: aliphatisch:
Glycin (G), Alanin (A), Valin (V), Leucin (L), Isoleucin (I); aromatisch:
Phenylalamin (F), Tyrosin (Y), Tryptophan (W); schwefelhaltig: Methionin
(M), Cystein (C); basisch: Arginin (R), Lysin (K), Histidin (H);
sauer: Asparaginsäure
(D), Glutaminsäure
(E), Asparagin (N), Glutamin (Q). Siehe auch Creighton (1984) Proteins,
W. H. Freeman and Company. Zusätzlich
sind individuelle Substitutionen, Deletionen oder Additionen, die
eine einzelne Aminosäure
oder einen geringen Prozentanteil von Aminosäuren in einer codierten Sequenz
verändern,
addieren oder deletieren, auch "konservativ
modifizierte Variationen".
-
Eine "Untersequenz" bezeichnet eine
Sequenz von Nukleinsäuren
oder Aminosäuren,
die einen Teil einer längeren
Sequenz von Nukleinsäuren
bzw. Aminosäuren
(z. B. Protein) umfaßt.
-
Nukleinsäuren sind "verlängert", wenn zusätzliche
Nukleotide (oder andere analoge Moleküle) in der Nukleinsäure aufgenommen
sind. Am häufig sten
wird dies mit einer Polymerase (z. B. einer DNA-Polymerase) durchgeführt, z.
B. mit einer Polymerase, die Sequenzen am 3'-Terminus der Nukleinsäure addiert.
-
Zwei
Nukleinsäuren
sind "rekombiniert", wenn Sequenzen
aus jeder der zwei Nukleinsäuren
in einer Nachkommenschafts-Nukleinsäure kombiniert sind. Zwei Sequenzen
sind "direkt" rekombiniert, wenn
beide Nukleinsäuren
Substrate zur Rekombination sind. Zwei Sequenzen sind "indirekt rekombiniert", wenn die Sequenzen
unter Verwendung einer Zwischenstufe, wie z. B. mit einem Cross-Over-Oligonukleotid,
rekombiniert werden. Zur indirekten Rekombination ist nicht mehr
als eine der Sequenzen ein tatsächliches
Substrat zur Rekombination, und in manchen Fällen ist keine Sequenz ein
Substrat zur Rekombination.
-
Eine "spezifische Bindungsaffinität" zwischen zwei Molekülen, z.
B. einem Ligand und einem Rezeptor, bedeutet eine bevorzugte Bindung
eines Moleküls
für ein
anderes in einer Mischung von Molekülen. Die Bindung der Moleküle kann
als spezifisch betrachtet werden, falls die Bindungsaffinität ca. 1 × 104 M–1 bis ca. 1 × 106 M–1 oder größer ist.
-
Substrat:
Ein Substrat ist das Molekül,
das ein Enzym natürlich
erkennt und zu einem Produkt im biochemischen Reaktionsweg umwandelt,
in dem das Enzym natürlich
seine Funktion durchführt,
oder ist eine modifizierte Version des Moleküls, die auch durch das Enzym
erkannt wird und durch das Enzym zu einem Produkt in einer. enzymatischen
Reaktion umgewandelt wird, die ähnlich
der natürlich
vorkommenden Reaktion ist.
-
Transformation:
Ein Prozess zur Einführung
heterologer DNA in eine Zelle, ein Gewebe oder ein Insekt. Transformierte
Zellen, Gewebe oder Insekten werden so verstanden, daß sie nicht
nur das Endprodukt eines Transformationsprozesses umfassen, sondern
auch transgene Nachkommenschaft davon.
-
"Transformiert", "transgen" und "rekombinant" bezeichnen einen
Wirtsorganismus wie ein Bakterium oder eine Pflanze, in das/die
ein heterologes Nukleinsäuremolekül eingeführt wurde.
Das Nukleinsäuremolekül kann stabil
in das Genom des Wirtes integriert sein, oder das Nukleinsäuremolekül kann auch
als extrachromosomales Molekül
vorhanden sein. Ein solches extrachromosomales Molekül kann selbst-vervielfältigend sein.
Transformierte Zellen, Gewebe oder Pflanzen werden so verstanden,
daß sie
nicht nur das Endprodukt eines Transformationsprozesses umfassen,
sondern auch transgene Nachkommenschaft davon. Ein "nicht-transformierter", "nicht-transgener" oder "nicht-rekombinanter" Wirt bezeichnet
einen Organismus vom Wildtyp, z. B. ein Bakterium oder eine Pflanze,
der nicht das heterologe Nukleinsäuremolekül enthält.
-
Die
vorliegende Erfindung betrifft transgene Wirte, insbesondere transgene
Pflanzen, Pflanzengewebe, Pflanzensamen und Pflanzenzellen, die
ein heterologes Polynukleotid umfassen, das ein Genprodukt codiert,
worin das Genprodukt Trichothecen-Resistenzaktivität umfaßt, und
Verfahren zur Herstellung und Verwendung derselben. Trichothecen-Resistenzaktivität, wie hier
verwendet, bezeichnet eine Aktivität, die die Phytotoxizität eines
Trichothecens, insbesondere gegen einen Pilz und/oder eine Pflanze,
reduziert oder inhibiert, in einer besonderen Ausführungsform
der Erfindung betrifft Trichothecen-Resistenzaktivität eine Aktivität, die ein
Acetat auf die C-3-Position eines Trichothecens überträgt.
-
Ferner
betrifft die vorliegende Erfindung transgene Wirte, insbesondere
transgene Pflanzen, Pflanzengewebe, Pflanzensamen und Pflanzenzellen,
die ein heterologes Polynukleotid exprimieren, das ein Genprodukt
codiert, wobei das Genprodukt Trichothecen-Resistenzaktivität aufweist,
insbesondere ein Acetyltransferase-Genprodukt, insbesondere ein
3-O-Acetyltransferase-Genprodukt, ganz besonders ein Trichothecen-3-O-acetyltransferase-Genprodukt,
und Verfahren zur Herstellung und Verwendung derselben. Die Expression
des heterologen Polynukleotids der Erfindung umfaßt die Synthese
von RNA und kann durch Northern-Blot-Analyse detektiert werden.
Insbesondere kann die Expression des heterologen Polynukleotids
detektiert werden, wenn eine markierte Sonde, die aus dem heterologen
Nukleotid abstammt, insbesondere aus SEQ ID NOs: 1, 5 oder 7, mit
RNA hybridisiert, die aus einer transgenen Pflanze der Erfindung
isoliert ist, in 7% Natriumdodecylsulfat (SDS), 0,5 M Natriumphosphat,
pH 7,0, 1 mM EDTA, 10 mg/ml BSA bei 65°C unter Spülen in 0,5% BSA (Fraktion V),
5% SDS, 40 mM Natriumphosphat, pH 7,0, 1 mM EDTA, 0,25 M Natriumchlorid
bei 65°C,
bevorzugt in 1% SDS, 40 mM Natriumphosphat, pH 7,0, 1 mM EDTA, 0,125
M Natriumchlorid bei 65°C
und vorzugsweise in 1% SDS, 40 mM Natriumphosphat, pH 7,0, 1 mM
EDTA bei 65°C.
-
Ferner
betrifft die Erfindung transgene Pflanzen, Pflanzengewebe, Pflanzensamen
und Pflanzenzellen, die ein heterologes Polynukleotid exprimieren,
worin die Pflanze, Pflanzenzelle, das Pflanzengewebe oder der Pflanzensamen
trichothecenresistent ist. Trichothecenresistente Pflanzen, Pflanzenzellen,
Pflanzengewebe und Pflanzensamen, wie hier verwendet, sind diejenigen,
die zum Stoffwechsel in Gegenwart eines Trichothecens fähig sind,
was, wie im nachfolgenden Beispiel 7 beschrieben, bestimmt werden kann.
In einer besonderen Ausführungsform
haben trichothecenresistente Pflanzen, Pflanzengewebe, Pflanzenzellen
und Pflanzensamen eine spezifische Enzymaktivität von wenigstens 10 nmol Triacetoxyscirpenol
(hier nachfolgend "TAS")/Mikrogramm Protein/15
min Inkubation bei Sättigungssubstratspiegeln,
insbesondere bei wenigstens 5 nmol TAS/Mikrogramm Protein/15 min,
insbesondere wenigstens 1 nmol TAS/Mikrogramm Protein/15 min, insbesondere
wenigstens 0,8 nmol TAS/Mikrogramm Protein/15 min, insbesondere
wenigstens 0,5 nmol TAS/Mikrogramm Protein/15 min, insbesondere
eine spezifische Aktivität
von 0,25 nmol TAS/Mikrogramm Protein/15 min, insbesondere eine spezifische
Aktivität
von 0,1 nmol TAS/Mikrogramm Protein/15 min, insbesondere eine spezifische
Aktivität
von 0,05 nmol TAS/Mikrogramm Protein/15 min und ganz besonders eine
spezifische Aktivität
von 0,01 nmol TAS/Mikrogramm Protein/15 min oberhalb Hintergrundspiegeln
der Aktivität,
die in einer Kontrolle vom Wildtyp natürlich vorkommen, insbesondere
gemäß Bestimmung
in einem Test wie im nachfolgenden Beispiel 6 beschrieben.
-
Trichothecenresistente
Pflanzen der Erfindung umfassen diejenigen mit einem größeren Prozentwert der
Sattgutkeimung und Bildung von Wurzeln in Gegenwart eines Trichothecens
als das Saatgut aus einer Kontrolle vom Wildtyp, worin das Trichothecen
in einer Konzentration von wenigstens 5 Mikrogramm/ml vorhanden
ist, besonders bevorzugt wenigstens 10 Mikrogramm/ml, besonders
bevorzugt wenigstens 15 Mikrogramm/ml, besonders bevorzugt wenigstens
20 Mikrogramm/ml und besonders bevorzugt wenigstens 25 Mikrogramm/ml.
In einer besonders bevorzugten Ausführungsform umfassen trichothecenresistente
Pflanzen der Erfindung diejenigen, von denen wenigstens 10% mehr
Saatgut, besonders bevorzugt wenigstens 20% mehr Saatgut, besonders
bevorzugt wenigstens 30% mehr Saatgut, besonders bevorzugt wenigstens
40% mehr Saatgut, besonders bevorzugt wenigstens 50% mehr Saatgut,
besonders bevorzugt wenigstens 60% mehr Saatgut, besonders bevorzugt
wenigstens 70% mehr Saatgut, besonders bevorzugt wenigstens 80% mehr
Saatgut und besonders bevorzugt wenigstens 90% mehr Saatgut keimen
und Wurzeln bilden in Gegenwart eines Trichothecens als das Saatgut
einer Kontrolle vom Wildtyp.
-
Trichothecene
werden häufig
in mehrere unterschiedliche Struktur-Gruppen unterteilt. Eine besondere Ausführungsform
der vorliegenden Erfindung bezieht sich auf Trichothecene der Gruppe
A und B. Gruppen A und B umfassen die Fusarium-Trichothecene und
werden primär
durch die Abwesenheit (Gruppe A) oder Gegenwart (Gruppe B) einer
funktionellen Carbonyl- Gruppe
in Position C-8 differenziert. Das Trichothecen der Gruppe B, DON,
umfaßt
entsprechend eine Carbonyl-Gruppe in der Position C-8.
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Die
vorliegende Erfindung bezieht sich insbesondere auf die Resistenz
gegen Trichothecene beschrieben, die ein C-3-Hydroxyl enthalten.
Solche Trichothecene schließen
T-2-Toxin, HT-2-Toxin, Isotrichodermol, DAS, 3-Desacetylcalonectrin,
3,15-Didesacetylcalonectrin, Scirpentriol, Neosolaniol; 15-Acetyldesoxynivalenol,
Nivalenol, 4-Acetylnivalenol (Fusarenon-X), 4,15-Diacetylnivalenol,
4,7,15-Acetylnivalenol und DON und ihre verschiedenen acetylierten
Derivate ein.
-
In
einer besonderen Ausführungsform
ist die/das trichothecenresistente Pflanze, Zelle, Gewebe oder Saatgut
davon resistent gegen einen Trichothecen-erzeugenden Pilz, insbesondere
einen Pilz der Gattung Fusarium. Pilzresistenz, wie hier verwendet,
bezeichnet keine Einleitung der Infektion nach Pilzbeimpfung oder reduzierte
Ausbreitung der Infektion nach Pilzbeimpfung im Vergleich mit einer
Kontrolle vom Wildtyp.
-
In
einer bevorzugten Ausführungsform
ist eine pilzresistente transgene Pflanze der Erfindung eine Getreidepflanze
und umfaßt
unter Pilzkontakt weniger infizierte Körner oder Samen im Vergleich
mit einer Kontrolle vom Wildtyp, bevorzugt wenigstens eine 10%ige
Abnahme von infizierten Körnern
oder Samen im Vergleich mit der gleichen Anzahl von Körnern oder
Samen, die in einer Kontrolle vom Wildtyp ausgewertet werden, besonders
bevorzugt wenigstens eine 20%ige Abnahme, besonders bevorzugt wenigstens
eine 40%ige Abnahme und besonders bevorzugt wenigstens eine 50%ige
Abnahme der infizierten Körner
im Vergleich mit der gleichen Anzahl von Körnern oder Samen in einer Kontrolle
vom Wildtyp. Die pilzresistenten transgenen Getreidepflanzen der
Erfindung umfassen ohne Beschränkung
Mais, Weizen, Gerste, Reis und Hafer.
-
In
Weizen kann die Pilzausbreitung in der Ähre, wie im nachfolgenden Beispiel
9 beschrieben, ausgewertet werden, indem die Anzahl von symptomatischen
und asymptomatischen Ährchen
an jeder beimpften Ähre
gezählt
und der Prozentwert der Ährchen
an jeder Ähre,
die symptomatisch sind, berechnet wird. In einer bevorzugten Ausführungsform
umfaßt
der pilzresistente Weizen der Erfindung unter Pilzkontakt weniger
infizierte Ährchen
als die Kontrolle vom Wildtyp, bevorzugt wenigstens eine 10%ige
Abnahme an infizierten Ährchen
im Vergleich mit der gleichen Anzahl von Ährchen, die in einer Kontrolle
vom Wildtyp ausgewertet werden, besonders bevorzugt wenigstens eine
20%ige Abnahme, besonders bevorzugt wenigstens eine 40%ige Abnahme
und besonders bevorzugt wenigstens eine 50%ige Abnahme an infizierten Ährchen im
Vergleich mit der gleichen Anzahl von Ährchen in einer Kontrolle vom
Wildtyp.
-
In
Mais kann die Pilzausbreitung im Kolben durch visuelle Abschätzung des
Prozentwertes der infizierten Körner,
wie weiter im nachfolgenden Beispiel 9 beschrieben, ausgewertet
werden. In einer bevorzugten Ausführungsform umfaßt der pilzresistente
Mais der Erfindung unter Pilzkontakt weniger infizierte Körner als die
Kontrolle vom Wildtyp, bevorzugt wenigstens eine 10%ige Abnahme
an infizierten Körnern
im Vergleich mit der Anzahl von infizierten Körnern in der gleichen Anzahl
von Kolben, sichtbar abgeschätzt
in einer Kontrolle vom Wildtyp, besonders bevorzugt wenigstens eine
20%ige Abnahme, besonders bevorzugt wenigstens eine 30%ige Abnahme,
besonders bevorzugt wenigstens eine 40%ige Abnahme und besonders
bevorzugt wenigstens eine 50%ige Abnahme an infizierten Körnern im
Vergleich mit der gleichen Anzahl von Kolben, sichtbar abgeschätzt in einer
Kontrolle vom Wildtyp. In Mais kann die interne Pilzausbreitung
im Stengel visuell durch Aufspalten des Stengels und Bewerten der
Verfärbungsmenge
ausgewertet werden. In einer bevorzugten Ausführungsform der Erfindung umfaßt der transgene
Mais der Erfindung weniger interne und/oder externe Verfärbung des
Stengels im Vergleich mit einer Kontrolle vom Wildtyp.
-
In
einer anderen bevorzugten Ausführungsform
umfassen pilzresistente Pflanzen der Erfindung diejenigen, von denen
ein größerer Prozentwert
des Saatguts in Gegenwart von Pilzkontakt keimt, als er in der Kontrolle
vom Wildtyp keimt. In einer besonders bevorzugten Ausführungsform
umfassen pilzresistente Pflanzen der Erfindung diejenigen, von denen
wenigstens 10% mehr Saatgut, besonders bevorzugt wenigstens 20% mehr
Saatgut, besonders bevorzugt wenigstens 30% mehr Saatgut, besonders
bevorzugt wenigstens 40% mehr Saatgut, besonders bevorzugt wenigstens
50% mehr Saatgut, besonders bevorzugt wenigstens 60% mehr Saatgut,
besonders bevorzugt wenigstens 70% mehr Saatgut, besonders bevorzugt
wenigstens 80% mehr Saatgut und besonders bevorzugt wenigstens 90%
mehr Saatgut, besonders bevorzugt wenigstens 100% mehr Saatgut,
besonders bevorzugt wenigstens 150% mehr Saatgut in Gegenwart von
Fusarium keimt als Saatgut aus der Kontrolle vom Wildtyp.
-
In
einer anderen bevorzugten Ausführungsform
werden pilzresistente transgene Pflanzen, die Saatgut oder Körner mit
weniger Mykotoxin, z. B. Trichothecen-Kontamination, als das Saatgut
einer Kontrolle vom Wildtyp erzeugen, bereitgestellt.
-
In
einer besonders bevorzugten Ausführungsform
werden Kulturpflanzen und insbesondere Getreidepflanzen, die Saatgut
mit wenigstens 10% weniger Trichothecen, besonders bevorzugt wenigstens
20% weniger Trichothecen, besonders bevorzugt wenigstens 30% weniger
Trichothecen, besonders bevorzugt wenigstens 40% weniger Trichothecen,
besonders bevorzugt wenigstens 50% weniger Trichothecen, besonders
bevorzugt wenigstens 60% weniger Trichothecen, besonders bevorzugt
wenigstens 70% weniger Trichothecen und besonders bevorzugt wenigstens
80% weniger Trichothecen-Termination
als eine Kontrolle vom Wildtyp erzeugen, bereitgestellt. Trichothecen-Kontamination
kann wie im nachfolgenden Beispiel 10 beschrieben bestimmt werden.
-
Die
Polynukleotide zur Verwendung in der Erfindung schließen heterologe
Polynukleotide ein, die Acetyltransferasen codieren, insbesondere
diejenigen, die Acetyltransferasen codieren, die Trichothecenresistenz verleihen
können,
insbesondere diejenigen, die Trichothecen-3-O-acetyltransferasen
codieren. In einer besonderen Ausführungsform können die
heterologen Polynukleotide ohne Beschränkung aus pilzlichem Ursprung stammen,
insbesondere aus Fusarium-, Trichothecium- und Myrothecium-Ursprung, insbesondere
aus einer Fusarium-Art wie F. acuminatum, F. crookwellense, F. culmorum,
F. equiseti, F. graminearum (Giberella zeae), F. lateritium, F.
pose, F. sambucinum (G. pilicaris) und F. sporotrichioides. Heterologe
Polynukleotide zur Verwendung in der Erfindung schließen SEQ
ID NO: 1, 5 und/oder 7 und zu SEQ ID NO: 1, 5 und/oder 7 im wesentlichen ähnliche
Sequenzen ein.
-
Ein
Polynukleotid zur Verwendung in der Erfindung kann in Wirtszellen
wie Pflanzen-, Pilz- oder bakteriellen Zellen unter Verwendung herkömmlicher
rekombinanter DNA-Technik aufgenommen werden. Allgemein beinhaltet
dies das Inserieren des Polynukleotids in ein Expressionssystem,
für das
das Polynukleotid heterolog ist, unter Verwendung von fachbekannten
Standard-Klonierungsverfahren. Der Vektor enthält die notwendigen Elemente
für die
Transkription und Translation des Polynukleotids zur Verwendung
in der Erfindung in einer Wirtszelle, die den Vektor enthält. Eine
große
Anzahl von fachbekannten Vektorsystemen wie Plasmide, Bakteriophagenviren
und andere modifizierte Viren kann verwendet werden. Die Komponenten
des Expressionssystems können
auch zur Erhöhung
der Expression modifiziert werden. Zum Beispiel können trunkierte
Sequenzen, Nukleotid-Substitutionen, Nukleotid-Optimierung oder
andere Modifikationen eingesetzt werden. Fachbekannte Expressionssysteme
können
zur Transformation praktisch jeder Kulturpflanzenzelle unter geeigneten
Bedingungen verwendet werden. Ein heterologes Polynukleotid der
Erfindung wird bevorzugt stabil transformiert und in das Genom der
Wirtszellen integriert. In einer anderen bevorzugten Ausführungsform
befindet sich das heterologe Polynukleotid der Erfindung auf einem
selbst-vervielfältigenden
Vektor. Beispiele für
selbst-vervielfältigende
Vektoren sind Viren, insbesondere Gemini-Viren. Transformierte Zellen
können
zu ganzen Pflanzen regeneriert werden, so daß die gewählte Form des Polynukleotids
Trichothecenresistenz in den transgenen Pflanzen verleiht.
-
Ein
zur Expression in transgenen Pflanzen gedachtes Polynukleotid der
Erfindung wird zuerst in einer Expressionskassette hinter einem
geeigneten Promotor, der in Pflanzen exprimierbar ist, zusammengebaut. Die
Expressionskassetten können
auch etwaige weitere Sequenzen umfassen, die für die Expression des heterologen
Polynukleotids der Erfindung erforderlich oder ausgewählt sind.
Solche Sequenzen schließen
ohne Beschränkung
Transkriptionsterminatoren, Fremdsequenzen zur Steigerung der Expression
wie Introns, vitale Sequenzen und zur Ausrichtung des Genprodukts
auf spezifische Organellen und Zellkompartimente gedachte Sequenzen
ein. Diese Expressionskassetten können dann leicht auf die unten
beschriebenen Pflanzentransformationsvektoren übertragen werden. Es folgt
eine Beschreibung verschiedener Komponenten typischer Expressionskassetten.
-
Die
Auswahl des in den Expressionskassetten verwendeten Promotors wird
das räumliche
und zeitliche Expressionsmuster des heterologen Polynukleotids der
Erfindung in der transformierten Pflanze bestimmen. Ausgewählte Promotoren
werden heterologe Polynukleotide der Erfindung in spezifischen Zelltypen
(wie Blattepidermiszellen, Mesophyllzellen, Wurzelkortexzellen)
oder in spezifischen Geweben oder Organen (Wurzeln, Blätter oder
Blüten
beispielsweise) exprimieren, und die Auswahl wird den gewünschten
Ort der Anreichung des Genprodukts widerspiegeln. Alternativ kann
der ausgewählte
Promotor die Expression des Gens unter verschiedenen induzierenden
Bedingungen antreiben. Promotoren variieren in ihrer Stärke, d.
h. in ihrer Fähigkeit
zur Förderung
der Transkription. In Abhängigkeit
vom verwendeten Wirtszellsystem kann jeder aus einer Anzahl geeigneter
fachbekannter Promotoren verwendet werden. Zum Beispiel kann zur
konstitutiven Expression der CaMV 35S-Promotor, der Reis-Actin-Promotor
oder der Ubiquitin-Promotor verwendet werden. Zur regulierbaren
Expression kann der chemisch induzierbare PR-1-Promotor aus Tabak
oder Arabidopsis verwendet werden (siehe z. B.
US-PS 5,689,044 ).
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Eine
Vielzahl von Transkriptionsterminatoren sind zur Verwendung in Expressionskassetten
verfügbar. Diese
sind verantwortlich für
die Termina tion der Transkription über das heterologe Polynukleotid
der Erfindung hinaus und seine korrekte Polyadenylierung. Geeignete
Transkriptionsterminatoren sind diejenigen, die dafür bekannt
sind, in Pflanzen zu funktionieren, und schließen den CaMV 35S-Terminator,
den tml-Terminator, den Nopalinsynthase-Terminator und den rbcS
E9-Terminator aus Erbse sein. Diese können in sowohl einkeimblättrigen
als auch zweikeimblättrigen
Pflanzen verwendet werden.
-
Es
wurde festgestellt, daß zahlreiche
Sequenzen die Genexpression aus der Transkriptionseinheit heraus
steigern, und diese Sequenzen können
in Verbindung mit den Polynukleotiden dieser Erfindung zur Steigerung
ihrer Expression in transgenen Pflanzen verwendet werden. Zum Beispiel
wurde gezeigt, daß verschiedene
Intronsequenzen wie Introns des Mais-AdhI-Gens die Expression steigern,
insbesondere in einkeimblättrigen
Zellen. Zusätzlich
sind eine Reihe von nicht-translatierten Leitsequenzen, die aus
Viren stammen, ebenfalls dafür
bekannt, die Expression zu steigern, und diese sind besonders wirksam
in zweikeimblättrigen
Zellen.
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Die
codierende Sequenz des ausgewählten
Gens wird gegebenenfalls gentechnisch durch Veränderung der codierenden Sequenz
zur optimalen Expression in der Kulturpflanzenart von Interesse
manipuliert. Verfahren zur Modifizierung von codierenden Sequenzen
zum Erreichen einer optimalen Expression in einer besonderen Kulturpflanzenart
sind wohlbekannt (siehe z. B. Perlak et al., Proc. Natl. Acad. Sci.
USA 88: 3324 (1991); und Koziel et al., Bio/technol. 11: 194 (1993);
Fennoy und Bailey-Serres. Nucl. Acids Res. 21: 5294–5300 (1993)).
Verfahren zur Modifizierung von codierenden Sequenzen durch Berücksichtigung
der Codonenverwendung in Pflanzengenen und in höheren Pflanzen, Grünalgen und
Cyanobakterien sind wohlbekannt (siehe Tabelle 4 in: Murray et al.
Nucl. Acids Res. 17: 477–498
(1989); Campbell und Gowri Plant Physiol. 92: 1–11 (1990)).
-
Von
verschiedene Mechanismen zur Ausrichtung von Genprodukten ist bekannt,
daß sie
in Pflanzen existieren, und die Sequenzen, die das Funktionieren
dieser Mechanismen kontrollieren, wurden in einem gewissen Detail
charakterisiert. Zum Beispiel wird die Ausrichtung der Genprodukte
auf den Chloroplasten durch eine Signalsequenz kontrolliert, die
am Aminoterminalen Ende verschiedener Proteine gefunden wird, die
während
des Chloroplastenimports abgespalten wird, um das reife Protein
zu liefern (z. B. Comai et al. J. Biol. Chem. 263: 15104–15109 (1988)).
Andere Genprodukte befinden sich in anderen Organellen wie dem Mitochondrium
und dem Peroxisom (z. B. Unger et al. Plant Molec. Biol. 13: 411–418 (1989)).
Die cDNAs, die diese Produkte codieren, können auch manipuliert werden,
um die Ausrichtung von heterologen Produkten, die durch DNA-Sequenzen
codiert werden, auf diese Organellen zu bewirken. Zusätzlich wurden
Sequenzen charakterisiert, die die Ausrichtung von Produkten, die
durch DNA-Sequenzen codiert werden, auf andere Zellkompartimente
verursachen. Amino-terminale Sequenzen sind verantwortlich für die Ausrichtung
auf das endoplasmatische Retikulum, den Apoplast und die extrazelluläre Sekretion
aus Aleuronzellen (Koehler & Ho, Plant
Cell 2: 769–783
(1990)). Zusätzlich
sind Amino-terminale
Sequenzen in Verbindung mit Carboxy-terminalen Sequenzen verantwortlich
zur vakuolaren Ausrichtung von Genprodukten (Shinshi et al. Plant
Molec. Biol. 14: 357–368
(1990)). Durch die Fusion der oben beschriebenen geeigneten Ausrichtungssequenzen
mit einem heterologen Polynukleotid der Erfindung ist es möglich, ein
resultierendes Produkt auf jede Organelle oder jedes Zellkompartiment
auszurichten.
-
Zahlreiche
Transformationsvektoren, die zur Pflanzentransformation verfügbar sind,
sind dem Durchschnittsfachmann auf dem Gebiet der Pflanzentransformation
bekannt, und die für
diese Erfindung relevanten Polynukleotide können in Verbindung mit allen
solchen Vektoren verwendet werden. Die Auswahl des Vektors wird
von der bevorzugten Transformationstechnik und der Zielart zur Transformation
abhängen.
Für bestimmte Zielarten
können
unterschiedliche Selektionsmarker bevorzugt sein. Selektionsmarker,
die routinemäßig in der Transformation
verwendet werden, schließen
das nptII-Gen ein, das Resistenz gegen Kanamycin und verwandte Antibiotika
verleiht (Messing & Vierra.
Gene 19: 259–268
(1982); Bevan et al., Nature 304: 184–187 (1983)), das bar-Gen,
das Resistenz gegen das Herbizid Phosphinothricin verleiht (White
et al., Nucl. Acids Res. 18: 1062 (1990), Spencer et al. Theor.
Appl. Genet. 79: 625–631
(1990)), das hph-Gen, das Resistenz gegen das Antibiotikum Hygromycin
verleiht (Blochinger & Diggelmann,
Mol. Cell Biol. 4: 2929–2931),
und das dhfr-Gen, das Resistenz gegen Methotrexat verleiht (Bourouis
et al., EMBO J. 2(7): 1099–1104
(1983)), und das EPSPS-Gen, das Resistenz gegen Glyphosat verleiht
(
US-PSen 4,940,935 und
5,188,642 ), das Phosphomannoseisomerase-Gen,
manA, das einen selektiven Stoffwechselvorteil in Gegenwart von
Mannose verleiht (US-Patentanmeldung
Nr. 5,767,378 und Miles & Guest,
GENE, 32: 41–48
(1984)). PAT-selektierbare Marker, die Resistenz gegen BASTA verleihen
(Sung H. Park et al., In Vitro Cell. Dev. Biol.-Plant, 34: 117–121 (1998)).
-
Viele
Vektoren sind zur Transformation unter Verwendung von Agrobacterium
tumefaciens verfügbar. Diese
tragen typischerweise wenigstens eine t-DNA-Randsequenz und schließen Vektoren
wie pBIN19 ein (Bevan, Nucl. Acids Res. (1984)). Typische Vektoren,
die zur Agrobacterium-Transformation geeignet sind, schließen die
binären
Vektoren pCIB200 und pCIB2001 sowie den binären Vektor pCIB10 und Hygromycin-Selektionsderivate
davon ein (siehe z. B.
US-PS
5,639,949 ).
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Die
Transformation ohne die Verwendung von Agrobacterium tumefaciens
umgeht das Erfordernis für T-DNA-Sequenzen
im gewählten
Transformationsvektor, und entsprechend können Vektoren, denen diese
Sequenzen fehlen, zusätzlich
zu Vektoren wie den oben beschriebenen verwendet werden, die T-DNA-Sequenzen
enthalten. Transformationstechniken, die nicht auf Agrobacterium
beruhen, schließen
die Transformation über
Partikelbombardierung, Protoplastenaufnahme (z. B. PEG und Elektroporation)
und Mikroinjektion ein. Die Wahl des Vektors hängt weitgehend von der bevorzugten
Selektion der zu transformierenden Art ab. Typische Vektoren, die
zur Nicht-Agrobacterium-Transformation
geeignet sind, schließen
pCIB3064, pSOG19 und pSOG35 ein. (Siehe z. B.
US-PS 5,369,949 ).
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Sobald
das Polynukleotid von Interesse in ein Expressionssystem kloniert
wurde, wird es in eine Pflanzenzelle transformiert. Verfahren zur
Transformation und Regeneration von Pflanzen sind allgemein fachbekannt.
Zum Beispiel wurden Ti-Plasmidvektoren zur Übertragung von Fremd-DNA sowie
die direkte DNA-Aufnahme, Liposomen, Elektroporation, Mikroinjektion
und Mikroprojektile verwendet. Zusätzlich können Bakterien aus der Gattung
Agrobacterium zur Transformation von Pflanzenzellen verwendet werden.
-
Transformationstechniken
für zweikeimblättrige Pflanzen
sind allgemein fachbekannt und schließen Agrobacterium-basierte
Technik und Techniken ein, die kein Agrobacterium erfordern. Nicht-Agrobacterium-Techniken beinhalten
die Aufnahme von exogenem genetischem Material direkt durch Protoplasten
oder Zellen. Dies kann durch PEG- oder Elektroporationvermittelte
Aufnahme, Partikelbombardierung-vermittelte Übertragung oder Mikroinjektion
erreicht werden. In jedem Fall werden die transformierten Zellen
zu ganzen Pflanzen unter Verwendung von fachbekannten Standardtechniken
regeneriert.
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Die
Transformation der meisten einkeimblättrigen Arten ist jetzt Routine
geworden. Bevorzugte Techniken schließen den direkten Gentransfer
in Protoplasten unter Verwendung von PEG- oder Elektroporationstechniken,
die Partikelbombardierung in Callusgewebe sowie die Agrobacterium-vermittelte
Transformation ein. Zielgewebe können
aus solchen Quellen wie Weizen Sorte UC703 oder Mais Genotyp CG000526
abgeleitet werden. Zum Beispiel kann die Agrobacterium-vermittelte
Transformation von Mais wie in US-Patentanmeldung 09/089,111 beschrieben
durchgeführt
werden, das entsprechend als
WO
98/54961 veröffentlicht wurde,
und die von Gerste kann durchgeführt
werden wie beschrieben von: M. Cho, J. Wong, C. Marx, W. Jiang,
P. Lemaux und B. Buchanan (1999), Overexpression of thioredoxin
h leads to enhanced activity of starch debranching enzyme (pullulanase)
in barley grain. PNAS 96: 14641–14646;
S. Zhang, M. Cho, T. Koprek, R. Yun, P. Bregitzer und P. Lemaux
(1999). Genetic transformation of commercial cultivars of oat (Avena
Sativa L.) and barley (Hordeum vulgare L.) using in vitro shoot
meristematic cultures derived from germinated seedlings. Plant Cell
Rep. 18: 959–966;
P. Bregitzer, S. Harlbert und P. Lemaux (1998). Somaclonal variation
in the progeny of transgenic barley. TAG 96: 421–425; M. Cho, W. Jiang und
P. Lemaux (1998). Transformation of recalcitrant barley cultivars
through improvement of regenerability and decreased albinism. Plant
Sci. 138: 229–244;
P. Lemaux, M. Cho, S. Zang und P. Bregitzer (1998). Transgenic cereals:
Hordeum vulgare L. – current
status and future prospects. In: Vasil I., Philips R (Hrsg) Molecular
Improvement of Cereal Crops, Kluwer Academic Publ., Dordrecht, Niederlande,
Seiten 255–316;
S. Zhang, R. Williams-Carrier, D. Jackson und P. Lemaux (1998).
Expression of CDC2Zm and KNOTTED1 during in vitro auxillary shoot
meristem proliferation and adventitious shoot meristem formation
in maize (Zea mays L.) and barley (Hordeum vulgare L.). Planta 204:
542–549;
D. McElroy, J. Louwerse, S. McElroy und P. Lemaux (1997). Development
of a simple transient assay for Ac/Ds activity in cells of intact
barley tissue. Plant J. 11: 157–165;
S. Tingay, D. McElroy, R. Kalla, S. Fieg, M. Wang, S. Thornton und
R. Brettell (1997). Agrobacterium tumefaciens-mediated bareley transformation.
The Plant J. 11: 1369–1376;
J. Qureshi, Z. Basri, R. Singh, R. Burton, M. Dalton, J. Kollmorgen
und G. Fincher. 1988. Agrobacteriummediated transformation of two
varieties of barlay (Hordeum vulgare L.) Proc. 42
nd.
Conference of Australian Society for Biochemistry and Molecular
Biology, 28. September bis 1. Oktober 1998, Adelaide, Australien;
J. Qureshi, R. Singh, Z. Basri, R. Stewart, R. Burton, J. Kollmorgen
und G. Fincher (1997). Strategies for genetic transformation of
elite Australian barley varieties. Proc. 8th. Aust. Barley Technical
Symp. Gold Coast, Queensland, 7. bis 12. September 1997. 2: 8.9–11; P.
Lemaux, M. Cho, J. Louwerse, R. Williams und Y. Wan (1996). Bombardment-mediated
transformation methods for barley. Bio-Rad US/EG Bull 2007: 1–6; T. Koprek,
R. Hansch, A. Nerlich, R. Mendel und J. Schulze (1996). Fertile
transgenic barley of differenz cultivars obtained by adjustment
of bombardment conditions to tissue response. Plant Sci. 119: 79–91; T.
Hagio, T. Hirabayashi, H. Machii und H. Tomutsune (1995). Production
of fertile transgenic barley (Hordeum vulgare L.) plants using the
hygromycinresistance marker. Plant Cell Rep. 14: 329–334; H.
Funatsuki, H. Kuroda, M. Kihara, P. Lazzeri, E. Muller, H. Lorz
und I. Kishinami (1995). Fertile transgenic barley regenerated by
direct DNA transfer to protoplasts. TAG 91: 707–712; A. Jahne, D. Becker,
R. Brettschneider und H. Lorz (1994). Regeneration of transgenic,
microscpore-derived, fertile barley. TAG 89: 525–533; Y. Wan und P. Lemaux
(1994). Generation of large numbers of independently transformed
fertile barley plants. Plant Physiol. 104: 37–48.
-
Die
Polynukleotide der Erfindung können
zum Verleihen von Trichothecenresistenz auf eine große Vielzahl
von Pflanzenzellen, einschließlich
derjenigen von Nacktsamern, Einkeimblättrigen und Zweikeimblättrigen,
verwendet werden. Obwohl das heterologe Polynukleotid der Erfindung
in jede Pflanzenzelle inseriert, z. B. transformiert, werden kann,
die in diese breiten Klassen fällt,
ist es besonders nützlich
in Kulturpflanzenzellen wie Reis, Weizen, Gerste, Roggen, Mais,
Hafer, Kartoffel, Süßkartoffel,
Rübe, Kürbis ("squash"), Kürbis ("pumpkin"), Zucchini, Melone,
Sojabohne und Sorghum. Die Polynukleotide zur Verwendung in der
Erfindung, die eine Pflanze trichothecenresistent machen, können in
Kombination mit anderen Eigenschaften verwendet werden, die wichtig
für Produktion
und Qualität
sind. Die Polynukleotide der Erfindung können in Pflanzenlinien durch
Züchtungsansätze und
fachbekannte Techniken eingefügt
werden.
-
Wenn
ein trichothecenresistentes Gen-Allel durch Transformation in eine
Kulturpflanze oder Pflanzenzellkultur, aus der eine Kulturpflanze
regeneriert werden kann, erhalten wird, wird es in kommerzielle
Sorten unter Verwendung herkömmlicher
Züchtungstechniken
bewegt, um einen trichothecenresistenten Anbau ohne die Notwendigkeit
zur gentechnischen Manipulation des Allels und Transformation in
die Pflanze zu entwickeln.
-
Die
verschiedenen Züchtungsschritte
sind durch einen wohldefinierten menschlichen Eingriff wie die Selektion
der zu kreuzenden Linien, die Ausrichtung der Bestäubung der
Elternlinien oder die Selektion geeigneter Nachkommenschaftspflanzen
gekennzeichnet. In Abhängigkeit
von den gewünschten
Eigenschaften werden unterschiedliche Züchtungsmaßnahmen ergriffen. Die relevanten
Techniken sind allgemein fachbekannt und schließen ohne Beschränkung Hybridisierung,
Inzucht, Rückkreuzungszüchtung, Multilinienzüchtung,
Sortenmischung, Interartenhybridisierung, aneuploide Techniken etc.
ein. Hybridisierungstechniken schließen auch die Sterilisation
von Pflanzen ein, um männlich-
oder weiblich-sterile Pflanzen durch mechanische, chemische oder
biochemische Mittel zu erzielen. Die Kreuzbestäubung einer männlich-sterilen
Pflanze mit Pollen einer unterschiedlichen Linie stellt sicher,
daß das
Genom der männlich-sterilen,
aber weiblich-fruchtbaren Pflanze gleichförmig Eigenschaften beider Elternlinien
erhalten wird. So können
die erfindungsgemäßen transgenen
Samen und Pflanzen zur Züchtung
von verbesserten Pflanzenlinien verwendet werden, die kein oder
ein reduziertes Pilzwachstum auf der Pflanze, dem Pflanzengewebe
oder Saatgut aufweisen, wodurch die Mykotoxin-Kontamination der
Pflanze, des Pflanzengewebes oder Saatguts verhindert und/oder reduziert
wird.
-
Die
in die oben erwähnten
transgenen Samen und Pflanzen manipulierte Trichothecenresistenz
wird durch geschlechtliche Vermehrung oder vegetatives Wachstum
weitergeführt
und kann somit in Nachkommenschaftspflanzen aufrechterhalten und
vermehrt werden. Allgemein machen die Aufrechterhaltung und Vermehrung
Gebrauch von bekannten landwirtschaftlichen Verfahren, die entwickelt
wurden, um für
spezifische Zwecke wie die Bodenbearbeitung, das Aussäen oder
Ernten zu passen. Da der wachsende Anbau anfällig für Befall und Schädigungen
ist, die durch Insekten oder Infektionen verursacht werden, werden
Maßnahmen
ergriffen, um Pflanzenkrankheiten, Insekten, Nematoden und andere
nachteilige Bedingungen zur Verbesserung des Ertrags zu bekämpfen. Diese
schließen
mechanische Maßnahmen
wie die Bodenbearbeitung oder die Entfernung von infizierten Pflanzen
sowie die Ausbringung von Agrochemikalien wie Fungiziden, Gametoziden,
Nematoziden, Wachstumsregulatoren, Reifungsmitteln und Insektiziden
ein.
-
In
der Saatgutproduktion sind die Keimungsqualität und Gleichförmigkeit
von Samen wesentliche Produkteigenschaften, wohingegen die Keimungsqualität und Gleichförmigkeit
von Samen, die geerntet und vom Landwirt verkauft werden, nicht
wichtig sind. Da es schwierig ist, einen Anbau frei von anderen
Anbau- und Unkrautsamen zu halten, saatgutbürtige Krankheiten zu bekämpfen und
Saatgut mit guter Keimung zu erzeugen, wurden relativ umfangreiche
und wohldefinierte Saatgutproduktionspraktiken von den Saatgutherstellern entwickelt,
die erfahren auf dem Gebiet der Kultivierung, Konditionierung und
Vermarktung von reinem Saatgut sind. So ist es übliche Praxis für den Landwirt,
zertifiziertes Saatgut zu kaufen, das spezifische Qualitätsstandards
erfüllt,
anstelle Saatgut zu verwenden, das von seinem eigenen Anbau geerntet
wurde. Fortpflanzungsmaterial zur Ver wendung als Samen wird üblicherweise
mit einem Schutzüberzug
behandelt, der Herbizide, Insektizide, Fungizide, Bakterizide, Nematozide,
Molluskizide oder Mischungen daraus umfaßt. üblicherweise verwendete Schutzüberzüge umfassen
Verbindungen wie Captan, Carboxin, Thiram (TMTD®),
Methalaxyl (Apron®) und Pirimiphos-methyl
(Actillic®).
Nach Wunsch werden diese Verbindungen zusammen mit weiteren Trägern, Tensiden
oder die Ausbringung unterstützenden
Hilfsstoffen formuliert, die herkömmlich auf dem Gebiet der Formulierung
eingesetzt werden, um Schutz gegen Schädigung bereitzustellen, die
durch bakterielle, pilzliche oder tierische Schädlinge verursacht wird. Die
Schutzüberzüge können durch
Imprägnieren
von Fortpflanzungsmaterial mit einer flüssigen Formulierung oder durch Überziehen
mit einer kombinierten nassen oder trockenen Formulierung aufgetragen
werden. Andere Auftragungsverfahren sind ebenfalls möglich, wie z.
B. die auf die Knospen oder Frucht gerichtete Behandlung.
-
Es
ist ein weiterer Aspekt der vorliegenden Erfindung neue landwirtschaftliche
Verfahren wie die oben exemplarisch dargestellten Verfahren, die
durch die Verwendung von transgenen Pflanzen, transgenem Pflanzenmaterial
oder transgenem Saatgut gemäß der vorliegenden
Erfindung gekennzeichnet sind, bereitzustellen.
-
In
einer anderen Ausführungsform
betrifft die vorliegende Erfindung ein(e) transgene(s) Pflanzenzelle, Gewebe,
Organ, Saatgut oder Pflanzenteile, die aus der transgenen Pflanze
erhalten werden. Ebenfalls eingeschlossen innerhalb der Erfindung
sind transgene Nachfahren der Pflanze sowie transgene Pflanzenzellen, Gewebe,
Organe, Samen und Pflanzenteile, die aus den Nachkommen erhalten
werden.
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In
einer anderen Ausführungsform
kann das heterologe Polynukleotid zur Verwendung in der Erfindung
auch als selektierbarer Marker in Transformationsverfahren verwendet
werden. In diesem Aspekt wird die Wirtszelle mit einem zweiten heterologen
Polynukleotid von Interesse sowie einem heterologen Polynukleotid
der Erfindung, das ein Genprodukt codiert, das Trichothecenresistenzaktivität umfaßt, unter
Verwendung von Expressionskassetten und Transformationstechniken
transformiert, die oben exemplarisch dargestellt wurden und fachbekannt
sind. Nach der Transformation werden die transformierten Zellen
auf ihre Fähigkeit zum Überleben
bei Kontakt mit einem Trichothecen, insbesondere DAS oder DON oder
T-2-Toxin, selektiert. Die Wirtszelle kann eine eukaryontische oder
prokaryontische Wirtszelle unter Verwendung von fachbekannten Transformations-
und Expressionssystemen sein. Die Wirtszelle kann eine Pflanzenzelle,
eine Pilzzelle, eine bakterielle Zelle, eine Hefezelle, eine tierische
Zelle oder eine Insektenzelle sein.
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In
einer besonders bevorzugten Ausführungsform
der Erfindung wird ein Polynukleotid, das ein Genprodukt codiert,
das Trichothecenresistenzaktivität
umfaßt,
als selektierbarer Marker in Pflanzenzelltransformationsverfahren
verwendet. Zum Beispiel können
Pflanzen, Pflanzengewebe, Pflanzensamen oder Pflanzenzellen, die
wenigstens eine zweite heterologe DNA-Sequenz von Interesse exprimieren,
auch zur Expression einer Sequenz transformiert werden, die ein
Polypeptid codiert, das eine Sequenz umfaßt, die im wesentlich ähnlich derjenigen
von SEQ ID NO: 2, 6 oder 8 ist. Die transformierten Zellen werden
auf ein Medium überführt, das
ein phytotoxisches Trichothecen enthält, insbesondere DAS und/oder
DON und/oder T-2-Toxin,
in einer Menge, die ausreichend zur Inhibierung des Wachstums oder
der Überlebensfähigkeit
von Pflanzenzellen ist, die nicht das Polypeptid exprimieren, das
im wesentlichen ähnlich
demjenigen mit der Aminosäuresequenz
von SEQ ID NO: 2, 6 oder 8 ist, worin nur die transformierten Zellen
wachsen werden oder unverkrüppelt sein
werden. Konzentrationen von Trichothecenen, die nützlich zur
Selektion von Pflanzen sind, die das Polypeptid exprimieren, das
im wesentlichen ähnlich
demjenigen mit der Aminosäuresequenz
von SEQ ID NO: 2, 6 oder 8 ist, reichen von 1 bis 90 μg/ml. Das
Verfahren ist anwendbar für
jede Pflanzenzelle, die ein Polynukleotid exprimieren kann, das
eine Nukleotidsequenz umfaßt,
die im wesentlichen ähnlich
derjenigen von SEQ ID NO: 1, 5 oder 7 ist, und kann mit jeder heterologen
DNA-Sequenz von Interesse verwendet werden. Die Expression der zweiten
heterologen DNA-Sequenz und des heterologen Polynukleotids der Erfindung
und wie hier beschrieben kann durch den gleichen Promotor angetrieben
werden, der in Pflanzenzellen funktionell ist, oder durch separate
Promotoren.
-
Beschreibung der Sequenzen:
-
- SEQ ID NO: 1 ist eine cDNA-Sequenz aus Fusarium sporotrichioides,
die ein Polypeptid der Erfindung mit Trichothecenresistenzaktivität codiert.
- SEQ ID NO: 2 ist das Polypeptid mit Trichothecenresistenzaktivität, das durch
SEQ ID NO: 1 codiert wird.
- SEQ ID NO: 3 ist ein DNA-Primer.
- SEQ ID NO: 4 ist ein DNA-Primer.
- SEQ ID NO: 5 ist eine DNA-Sequenz aus Fusarium graminearum,
die ein Polypeptid der Erfindung mit Trichothecenresistenzaktivität codiert.
- SEQ ID NO: 6 ist das Polypeptid mit Trichothecenresistenzaktivität, das durch
SEQ ID NO: 3 codiert wird.
- SEQ ID NO: 7 ist eine DNA-Sequenz aus Saccharomyces cerevisiae,
die ein Polypeptid der Erfindung mit Trichothecenresistenzaktivität codiert.
- SEQ ID NO: 8 ist das Polypeptid mit Trichothecenresistenzaktivität, das durch
SEQ ID NO: 5 codiert wird.
- SEQ ID NO: 9 ist die DNA-Sequenz von pCIB9818.
- SEQ ID NO: 10 ist die DNA-Sequenz von pAgroTRIr.
- SEQ ID NO: 11 ist die DNA-Sequenz von pNOV1704.
-
Beispiele
-
Die
folgenden Beispiele beschreiben ferner die Materialien und Methoden,
die bei der Durchführung der
Erfindung und in den anschließenden
Ergebnissen verwendet wurden. Sie werden zur Veranschaulichung angeboten,
und ihre Aufführung
sollte nicht als Beschränkung
der beanspruchten Erfindung betrachtet werden.
-
Beispiel 1: Zusammensetzung von pNOV1700,
pCIB9818, pAgroTRIr und pNov1704
-
1. pNOV1700:
-
pNOV1700
wurde unter den Bedingungen des Budapester Vertrages am 19. März 1999
bei dem Agricultural Research Service, Patent Culture Collection
(NRRL), Northern Regional Research Center, 1815 Northern University
Street, Peoria, Illinois 61604, USA hinterlegt und der Eingangsnummer
NRRL B-30117 zugewiesen.
-
Entsprechend
umfaßt
pNOV1700 SEQ ID NO: 1, funktionsfähig verbunden mit dem Z. mays
Ubiquitin-Promotor, einschließlich
eines Teils des Exons und Introns, und mit dem Nopalinsynthase-Polyadenylierungssignal.
-
2. pCIB9818
-
Plasmid
pCIB9818 ist ein ringförmiges
Plasmid mit 6111 Basenpaaren mit einer DNA-Sequenz gemäß SEQ ID
NO: 9. Der Z. mays Ubiquitin-Protomor, Basen 12 bis 1993 von SEQ
ID NO: 9, einschließlich
eines Teils des Exons, Basen 896 bis 1011, und das Intron, Basen
1047 bis 1993, ist funktionsfähig
mit dem selektierbaren Phosphatmannoseisomerase-Marker, Basenpaare
2090 bis 3193, dem invertierten PEPC-Intron #9 von Base 3248 bis
3355 und der Terminationssequenz des CaMV 35S-Gens, Basen 3357 bis
3434, verbunden.
-
3. pAgroTRIr
-
Plasmid
pAgroTRIr ist ein ringförmiger
binärer
Vektor mit 13.737 Basenpaaren mit einer DNA-Sequenz gemäß SEQ ID
NO: 10. Entsprechend umfaßt
pAgroTRIr einen selektierbaren Marker, der funktionsfähig mit einem
Promotor und einer Terminationssequenz verbunden ist, und die Polynukleotidregion
von SEQ ID NO: 1 hinter und im Raster mit dem Arabidopsis thaliana
UBI 3-Promotor (S. Norris, S. Meyer und J. Callus, Plant Molecular
Biology 22: 895–906,
(1993)) und vor und im Raster mit dem nos-Polyadenylierungssignal.
-
4. pNov1704
-
Plasmid
pNOV1704 ist ein ringförmiger
binärer
Vektor mit 12949 Basenpaaren mit einer DNA-Sequenz gemäß SEQ ID
NO: 11. Der Z. mays Ubiquitin-Promotor, Basen 11 bis 1992 von SEQ
ID NO: 11 (einschließlich
Exon 1: 895 bis 1010 und Intron 1: 1046 bis 1992), ist funktionsfähig mit
der selektierbaren Phosphatmannoseisomerase-Markersequenz, Basen
2089 bis 3192, und der Nopalinsynthase-Terminationssequenz, Basen
3557 bis 3688, verbunden. pNOV1704 umfaßt ferner den Z. mays Ubiquitin-Promotor,
Basen 9218 bis 11218 (einschließlich
Exon 1:10110 bis 10224 und Intron 1:10225 bis 11218), funktionsfähig verbunden
mit der Trichothecen-3-O-acetyltransferase-Sequenz von SEQ ID NO:
1 bei Base 11234 bis 12662 und der nos-Terminationssequenz 12667 bis 12935.
-
Beispiel 2: Weizentransformation, -selektion
und -regeneration Transformation
-
Unreife
zygotische Embryos (0,75–1,25
mm) werden von oberflächensterilisierten
Weizenkaryopsen (10% Chlorox × 10
Minuten) seziert, dann mit dem Scutellum nach oben auf ein MS-basiertes
Medium ausplattiert (Murashige und Skoog, (1962) Physiol. Plant
15: 473–439),
das mit 3% Saccharose, 3 mg/l 2,4-D (Dichlorphenoxyessigsäure), 150
mg/l Glutamin und 75 mg/l Asparagin ergänzt und mit 0,7% Phytagar verfestigt ist
(3MS3S-Medium).
Die Embryos werden in der Dunkelheit bei 28°C für 5–10 Tage vor der Bombardierung inkubiert.
Die optimale Zeit für
die Bombardierung ist 6–7
Tage nach dem Ausplattieren. 4 Stunden vor der Bombardierung werden
die Embryos auf ein Plasmolysemedium gesetzt (das gleiche Medium
wie oben beschrieben, aber mit 15% Maltose versetzt, anstelle der
Saccharose) und in einem Kreis mit 2,5 cm Durchmesser mit dem Scutellum
nach oben angeordnet.
-
pNOV1700,
oben beschrieben in Beispiel 1, wird mit PvuII und XmnI verdaut,
und ein 4117 bp Fragment, das eine Polynukleotidregion mit einer Sequenz
gemäß SEQ ID
NO: 1 sowie den Ubiquitin-Promotor und NOS-Polyadenylierungssignal umfaßt, wird
isoliert. pCIB9818, ebenfalls oben in Beispiel 1 beschrieben, wird mit
AscI verdaut, und das 4246 bp Fragment wird isoliert, das den UBI-Maispromotor,
einen selektierbaren Marker und eine CaMV 35S-Terminationssequenz
umfaßt.
-
Die
isolierten DNA-Fragmente werden auf 0,3 μm Goldpartikel unter Verwendung
des standardmäßigen Stanford-Verfahrens
präzipitiert.
Unter kontinuierlichem Verwirbeln werden 5 μg der isolierten Fragment-DNA
pro Konstrukt, 50 μl
2,5 M CaCl2 und 20 μl 0,1 M Spermidin zu einem Eppendorf-Röhrchen hinzugegeben, das 50 μl 50%iges
Glycerin und 3 mg Gold enthält.
Die DNA/Gold-Mischung wird zweimal mit Ethanol gespült. Nach
Verwerfen des Überstands
aus der letzten Spülung
wird Ethanol auf ein Endvolumen von 70 μl hinzugegeben. Dies liefert
sechs Schüsse
pro Röhrchen
mit Gold/DNA. Die Zielplatten werden zweimal beschossen, so daß es eine Übertragung
von ca. 3 μg
DNA (falls 5 μg
jedes der zwei Konstrukte verwendet werden, was gewöhnlich der
Fall ist) und 1,0 mg Gold pro Zielplatte ergibt. Der verwendete
Berstdruck beträgt 7,584
MPa (1100 psi). Nach der Bombardierung werden die Zielplatten über Nacht
in die Dunkelheit zurückgebracht.
Nach ca. 24 Stunden Plasmolyse werden die Embryos auf 3MS3S entfernt
und für
3 Wochen zur Callus-Einleitung in die Dunkelheit zurückgebracht.
Keine Subkultivierung erfolgt während
dieses Zeitraums.
-
Selektion/Regeneration
-
Das
embryogene Gewebe, das sich während
des 3-wöchigen
Einleitungszeitraums entwickelt, wird vom nicht-embryogenen Gewebe
wegseziert und auf ein Regenerations-/Selektionsmedium plaziert.
Das grundsätzliche
Regenerationsmedium ist 3MS3S ohne 2,4-D, aber mit stattdessen hinzugegebenem
1 mg/l GA3 (Gibberellin A3), NAA (1-Naphthalinessigsäure) und
NAA (als NG-Medium
bezeichnet). 10 g/l Mannose und 5 g/l Saccharose werden hinzugegeben
(NG1M.5S). Das Gewebe wird dieser Anfangsphase der Regeneration
und Selektion für
2 Wochen unterworfen. Für
den Großteil
des 2-wöchigen
Zeitraums befindet sich das Gewebe im hellen Raum. Die Schösslings-
und Wurzelentwicklung beginnt während
dieser Phase, und nach 2 Wochen wird das gesamte Gewebe in die nächste Stufe überführt.
-
Für die zweite
Phase der Regeneration und Selektion mit Mannose-Selektion wird Mannose auf 5 g/l verringert
und die Saccharose auf 20 g/l erhöht (MS2S.5M). Das Gewebe bleibt
normalerweise auf diesen Medien für ca. 4 Wochen, wobei eine
weitere Schösslings-
und Wurzelentwicklung erfolgt.
-
Kräftig wachsende
Pflänzchen
mit guter Farbe und Wurzel- und Schösslingsentwicklung werden von den
Platten entfernt und in größere, als
GA7 bezeichnete Behälter
plaziert. Dies ist die Endstufe der Selektion und Regeneration.
Das Medium enthält
nur 1/2 MS-Salze und 15 g/l Mannose. Der beste Indikator, daß eine Pflanze
transformiert werden kann, ist die Beobachtung von aktivem Wurzelwachstum
in das Medium. Blattgewebe aus aktiv wachsenden Pflänzchen wird
gesammelt, und eine PCR-Reaktion wird für entweder das Gen von Interesse
oder den selektierbaren Marker vor der Überführung in das Gewächshaus
durchgeführt.
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Beispiel 3: Arabidopsis-Transformation
-
Das
vorstehend in Beispiel 1 beschriebene binäre Vektorkonstrukt pAgroTRIr
wird in dem Agrobacterium tumefaciens-Stamm GV3101 (N. Bechtold
et al., CR Acad. Sci. Paris, Science de la vie, 316; 1194–1199 (1993))
durch Elektroporation (W. J. Dower, Mol. Biol. Rep. 1: 5 (1987))
transformiert. Eine 25 ml-Kultur einer einzelnen Kolonie des GV3101-Agrobacteriums,
enthaltend pAgroTRIr-Plasmide, in YEB + Rifampicin 100 und Kanamycin
100, wird bei 30°C über Nacht
inkubiert. Größere Kulturen
werden durch Animpfen von 500 ml des gleichen Mediums mit 5 ml der
kleinen Kultur gestartet und über
Nacht bei 30°C
inkubiert. Die Kultur-OD bei 600 nm wird bestimmt und die Kulturen
werden dann bei 5 K im GSA-Rotor für 15 Minuten abzentrifugiert.
Die Zellen werden in "IM-modifizierten
Infiltrationsmedium" resuspendiert,
um eine End-OD bei 600 nm von 0,08 zu erreichen. 200 Mikroliter
an Silwet pro Liter suspendierter Zellen wird zugesetzt. Drei Gefäße von vorzeitig Samen-bildender
Arabidopsis var Columbia-Pflanzen, ungefähr 4 Pflanzen pro Gefäß, werden
in etwa 500 ml einer Zellsuspension invertiert. Die Blüten werden
in der Zellsuspension geschüttelt,
um die Luftblasen zu entfernen, und die Pflanzen werden in der Zellsuspension
für 15
Minuten inkubiert. Eine Haube wird auf das Tablett gesetzt, um die
Pflanzen über
Nacht unter Feuchtigkeit zu belassen.
-
Den
Pflanzen wird ermöglicht
etwa 3 bis 4 Wochen zu wachsen, wobei die Pflanzen danach für bis zu 1
Woche nicht gewäßert werden.
Samenhülsen
werden gesammelt und in einem Trockenraum für etwa 1 1/2 Wochen getrocknet.
Die Samen werden gepflanzt und es ihnen ermöglicht für etwa 2 Wochen zu wachsen.
Die Pflanzen werden mit dem Selektionsmittel besprüht und erneut
2 und 4 Tage später
besprüht.
Nach etwa 3 Tagen können
die überlebenden
Pflanzen in neue Töpfe
umgesetzt werden.
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Beispiel 4: Biolistische Maistransformation
-
Embryonale
Kallus-Kulturen vom Typ I (Green et al. 1983, Somatic cell genetic
systems in corn. A. Fazelahmad, K. Downey, J. Schultz, R. W. Voellmy,
Hrsg. Advances in Gene Technology: Molecular Genetics of Plants
and Animals. Miami Winter Symposium Series, Bd. 20, Academic Press,
NY) werden aus unreifen Mais-Embryonen initiiert, die 1,5 bis 2,0
mm in Länge
sind, von im Gewächshaus
gewachsenen Material. Die Embryos werden aseptisch aus den Oberflächen-sterilisierten
Kolben ungefähr
14 Tage nach Bestäubung
herausgeschnitten. Die Embryos werden auf D-Kallus-Initiationsmedium
(Duncan et al. (1985), Plants 165: S. 322–332) mit 2% Saccharose und
5 mg/l Chloramben gesetzt. Die Embryos und embryogenen Kulturen
werden anschließend
im Dunkeln kultiviert. Die embryogenen Reaktionen werden von den
Explantaten nach etwa 14 Tagen herausgeschnitten. Die Reaktionen
werden auf D-Kallus-Beibehaltungsmedium mit 2% Saccharose und 0,5
mg/l 2,4-D gesetzt. Nach etwa 6 Wochen einer wöchentlichen selektiven Subkultur
in frisches Beibehaltungsmedium werden hochqualitative kompakte
embryogene Kulturen gebildet. Aktiv wachsende embryogene Kallus-Stücke werden
als Zielgewebe für
die Genübertragung
ausgewählt.
Die Kallus-Stücke
werden auf Zielplatten, enthaltend Beibehaltungsmedium mit 12% Saccharose,
ca. 4 Stunden vor der Genübertragung
gesetzt.
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Die
Kallus-Stücke
werden in Kreisen angeordnet, mit Durchmessern von 8 und 10 mm ausgehend
vom Zentrum der Zielplatte.
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pNOV1700,
vorstehend in Beispiel 1 beschrieben, wird mit PvuII und XmnI verdaut
und ein Fragment von 4117 bp, umfassend eine Polynukleotidregion
mit einer Sequenz gemäß der SEQ
ID NO: 1 sowie einen Promotor und ein Polyadenylierungssignal, wird
isoliert. pCIB9818, ebenfalls vorstehend in Beispiel 1 beschrieben,
wird mit AscI verdaut und das Fragment von 4246 bp, umfassend das
Marker-Gen, den Promotor und das Terminationssignal, wird isoliert.
Die isolierten DNA-Fragmente werden auf einen Gold-Mikroträger, wie
in dem Biolistics-Handbuch von DuPont beschrieben, präzipitiert.
2 bis 3 μg
jedes Plasmidkonstrukts wird in jeder der 6 Schußmikroträger ("shot microcarrier")-Zubereitungen verwendet. Die Polynukleotide
der Erfindung werden unter Verwendung der PDS-1000He-Biolistic-Vorrichtung
in die Ziel-Gewebezelle übertragen. Die
Einstellungen der Biolistic-Vorrichtungen sind wie folgt: 8 mm zwischen
der Berstscheibe und dem Makroträger,
10 mm zwischen dem Makroträger
und dem Sperrfilter und 7 cm zwischen dem Sperrfilter und dem Ziel. Jede
Zielplatte wird zweimal unter Verwendung von Berstscheiben bei 4,482
mPa (650 psi) beschossen. Ein 200 × 200-Siebgewebe aus rostfreiem
Stahl (McMaster-Carr, New Brunswick, NJ) wird zwischen den Sperrfilter
und dem Zielgewebe plaziert. 7 Tage nach der Genübertragung werden die Zielgewebestücke aus
dem hochosmotischen Medium in ein Selektionsmedium überführt.
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Das
Zielgewebe wird auf ein Beibehaltungsmedium gesetzt, das keine Saccharose
und 1% Mannose enthält.
Nach 3 bis 5 Wochen werden die wachsenden Kallus-Stücke zum
Beibehaltungsmedium subkultiviert, das keine Saccharose und 1,5%
Mannose enthält.
Der embryogene Kallus, der auf dem Selektionsmedium wächst, wird
alle zwei Wochen für
6 bis 10 Wochen subkultiviert, bis genug Kallus produziert wird,
um 10 bis 20 Pflanzen zu erzeugen. Gewebe, das ausgehend vom ursprünglichen
Zielgewebestück
die Selektion überlebt,
wird als eine Einzelkolonie subkultiviert und als ein unabhängiges Transformationsereignis
bestimmt. Kolonien werden in ein modifiziertes MS-Medium (Murashige
und Skoog, 1962 (1962), A revised medium for rapid growth and bioassays
with tobacco tissue cultures. Pysiol. Plant 15: 473–497) überführt, das
2% Saccharose und 1% Mannose (MS2S + 1M) mit 0,25 mg/l Ancymidol
und 0,5 mg/l Kinetin enthält.
Nach 2 Wochen werden die regenerierten Kolonien dann in MS2S + 1M
ohne Hormone überführt. Die
regenerierten Sprößlinge mit oder
ohne Wurzeln aller Kolonien werden in Magentakisten überführt, die
MS3S-Medium enthalten, und kleine Pflanzen mit Wurzeln werden gewonnen
und in Erdboden im Gewächshaus überführt.
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Beispiel 5: Analysen der transgenen Pflanzenexpression
-
Gewebe
aus transformierten Pflanzen wird auf Gegenwart eines Polynukleotids
analysiert, das die Sequenz von SEQ ID NO: 1 umfaßt. DNA
wird aus transformierten Pflanzen extrahiert, und PCR-Analysen werden
gemäß Standardprotokollen
durchgeführt.
Die für
die Amplifikation der Genkonstrukte verwendeten Primer sind (5'-acgaatcattcaccgaggag-3') (SEQ ID NO: 3)
und (5'-ctcacactctcaggcttacc-3') (SEQ ID NO: 4).
Ein 650 nt-Fragment innerhalb der Sequenz von SEQ ID NO: 1 in Weizen,
erhalten gemäß dem obigen
Beispiel 2, wird detektiert.
-
b. Northern-Analyse
-
Transformierte
Pflanzen werden auf Gegenwart von RNA durch Northern-Blot-Hybridisierung
analysiert. Für
die Northern-Blot-Analyse wird aus Pflanzengewebe extrahierte RNA
nach Größe getrennt
und auf eine Nylon-Membran
getüpfelt.
Diese Membran wird anschließend
mit einer radioaktiven Sonde hybridisiert, die aus dem 429 nt StyI-Fragment
des Polynukleotids gemäß SEQ ID
NO: 1 abgeleitet ist. RNA wird in Weizenpflanzen und Arabidopsis-Pflanzen
detektiert, die gemäß den obigen
Beispielen 2 und 3 transformiert wurden.
-
Beispiel 6: Enzymatischer Test auf Trichothecen-3-O-acetyltransferase-Aktivität.
-
(a) Extraktion von Pflanzengewebe für Enzymtests:
-
Drei
Blattstücke
mit 1 × 3,175
mm (1/8 in) (ca. 50 mg) aus transgenen Pflanzen der Erfindung und
wie hier beschrieben, einschließlich
derjenigen, die gemäß den obigen
Beispielen 2–4
transformiert und regeneriert wurden, werden ausgewählt.
-
(b) Glasperlenmühle:
-
Gewebe
wird in ein rundbödiges
2 ml-Reagenzglas gegeben und der Deckel geschlossen. Das Reagenzglas
wird in flüssigen
Stickstoff getaucht und über
Nacht bei –80°C inkubiert.
Das Reagenzglas wird auf Saws-all 24 Sekunden geschüttelt, und
0,4 ml Natriumphosphatpuffer werden hinzugegeben. Das Reagenzglas
wird für
ca. 10 Sekunden verwirbelt und auf Eis gestellt. Das Reagenzglas
wird für
weitere 5 Minuten verwirbelt und dann mit 14.000 U/min in einer
Eppendorf-Zentrifuge für
5 min zentrifugiert. Der Überstand
wird entfernt und in ein sauberes Reagenzglas gegeben.
-
Die
folgenden Komponenten werden vermischt:
- Trichothecensubstrat,
2 μl DAS
(20% Aceton in 50 mM Natriumphosphatpuffer pH 7,0). DON kann auch
verwendet werden.
- Acetyl-CoA-Substrat, 2 μl
[14C]-Acetyl-CoA, NEN-Katalog # NEC313 (60
mCi/mmol und 0,02 mCi/ml)
- Puffer auf ein Endvolumen von 50 μl mit Natriumphosphatpuffer,
pH 7,0.
- Der Test wird durch Zugabe der folgenden Enzymzubereitung eingeleitet
und bei 30°C
für 15
Minuten inkubiert.
- Enzymzubereitung, 10 μl
Pflanzenextrakt in Natriumphosphatpuffer, pH 7.0.
-
Nach
15 Minuten werden 100 μl
Ethylacetat hinzugegeben, und das Reagenzglas wird zweimal für mehrere
Sekunden verwirbelt. Das Reagenzglas wird für 2 Minuten bei 14.000 U/min
in einer Eppendorf-Zentrifuge zentrifugiert. 50 μl der Ethylacetatphase werden
entfernt und in ein Fläschchen
gegeben, das eine Szintillationsmischung enthält. Das Reagenzglas wird für 2 min
unter Verwendung eines Szintillationszählers gezählt.
-
Zwanzig
separate Weizenpflanzen, erhalten gemäß dem obigen Beispiel 2 und
mit spezifischen Aktivitäten
von 0,60 bis 13,4 nmol acetyliertes Produkt/μg Protein/15 min, werden identifiziert.
Die spezifischen Aktivitäten in
den transformierten Weizenpflanzen sind signifikant größer als
die Negativkontrolle. Die Negativkontrolle ist eine nicht-transformierte
Weizensorte, die eine spezifische Aktivität von 0,1 bis 0,2 nmol acetyliertes
Produkt/μg
Protein/15 min hat.
-
Fünf separate
Arabidopsis-Pflanzen, erhalten gemäß dem obigen Beispiel 2 und
mit spezifischen Aktivitäten
von 3,8 bis 28 nmol acetyliertes Produkt/μg Protein/15 min, werden identifiziert.
Die spezifischen Aktivitäten
in den transformierten Pflanzen sind signifikant größer als
die Negativkontrolle. Die Negativkontrolle ist eine Arabidopsis
thaliana var Colubia, die mit einem Nukleinsäurekonstrukt für die Expression
des selektierbaren Markers transformiert ist, die eine spezifische
Aktivität
von weniger als 0,1 nbmol acetyliertes Produkt/μg Protein/15 min hat.
-
Maispflanzen
von wenigstens zwei unterschiedlichen Transformaten, erhalten gemäß dem obigen
Beispiel 4 und mit spezifischen Aktivitäten von 11,1 bis 17,9 nmol
acetyliertes Produkt/ug Protein/15 min, werden identifiziert. Die
spezifischen Aktivitäten
in den transformierten Pflanzen sind signifikant größer als
die Negativkontrolle. Die Negativkontrolle ist eine nicht-transformierte
Maissorte, die eine spezifische Aktivität von weniger als 0,2 nmol
acetyliertes Produkt/ug Protein/15 min hat.
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Maispflanzen
von wenigstens 16 verschieden Transformanten, erhalten durch Verwendung
einer Agrobacterium-vermittelten Transformation von pNOV1704, mit
spezifischen Aktivitäten
im Bereich von 17 bis 183 μmol/μg/15 min
werden identifiziert.
-
Beispiel 7: Biotest auf Trichothecenresistenz
in transgenen Pflanzen
-
250
ml CPR-Medium mit den folgenden Komponenten wird hergestellt und
der pH auf 6,5 mit KOH eingestellt.
1/2 MS-Salze 0,54 g
1/2
MS-Vitamine 1,25 ml
Saccharose 1% (optional) 2,50 g
-
Agarose
wird zum obigen Medium auf eine Konzentration von 1% hinzugegeben
(2,50 g), und das Medium wird autoklaviert. 25 ml von 50 mg/ml Chlorphenolrot
werden zum Medium hinzugegeben.
-
Während das
Medium auf 55°C
gehalten wird, wird DAS oder DON in Aceton mit verschiedenen Konzentrationen
hinzugegeben (d. h. DON mit 4, 8 oder 16 μl von 10 mg/ml oder DAS mit
2, 4 oder 6 μl
von 50 mg/ml DAS auf 1,7 ml). Ca. 0,5 ml Medium werden in jede Vertiefung
einer Mikrotiterplatte mit 48 Vertiefungen abgeteilt.
-
Stücke von
transformiertem Blattgewebe mit 8,467 mm × 3,175 mm (1/3 × 1/8 Zoll)
werden zu den Vertiefungen der Mikrotiterplatte sowie Kontrollgewebe
aus untransformierten Kontrollen vom Wildtyp gegeben. Man lässt die
Blattstücke
in eine Petrischale fallen und drückt sie mit Pinzetten in das
Medium in den Vertiefungen in der Mikrotiterplatte. Die Mikrotiterplatten
werden für
2 bis 4 Tage bei 20°C
unter Licht inkubiert. Der Blattstückstoffwechsel führt zu einer
Farbveränderung
(Abfall des pH) von Rot nach Gelb. Trichothecenresistenzaktivität oder eine
reduzierte Empfindlichkeit für
Trichothecene durch die Transformanten führt zu gelb gefärbten Vertiefungen
in Gegenwart von DAS oder DON.
-
Eine
Farbveränderung
von Rot nach Gelb im Vergleich mit der Kontrolle, die rot bleibt,
wird in Weizenpflanzen der Erfindung und wie hier beschrieben beobachtet.
Außerdem
besitzen die individuellen Blattstücke eine signifikant geringere
Chlorose als die entsprechende Kontrolle.
-
Beispiel 8: Keimungstest
-
A. Trichothecenresistenz-Keimungstest
-
Saatgut
aus transgenen Pflanzen der Erfindung wird unter Selektionsdruck
aus dem Selektionsmittel kultiviert, und die resultierenden Pflanzen
werden geselbstet. Das resultierende Saatgut wird auf MS3S-Medium
(MS-Salze 4,3 g/l, MS-Vitamine 100X, Saccharose 30 g/l und Phytagar
8 g/l) ausplattiert und mit entweder DAS oder DON (mit 20 mg/ml)
in einer Dichte von 1.000 bis 1.200 Samen/Petrischale (100 mm Durchmesser) ergänzt. Nach
Inkubation im Licht für
4 Tage werden die Platten auf Sämlingswachstum
untersucht.
-
Arabidopsis-Saatgut
aus Pflanzen, erhalten gemäß dem obigen
Beispiel 3 und kultiviert in Medium, das DAS umfaßt, weist
zahlreiche Pflanzen auf, mit sowohl Wurzel- als auch Sprößlingsentwicklung.
Während Kontrollsaatgut
(parentale Arabidopsis-Linie, var. Colubia) schwach keimt und keine
Wurzel ausbildet, wenn in DAS-ergänzten Medium kultiviert. Es
werden keine Unterschiede zwischen transformierten und Kontrollsaatgut
beobachtet, die im gleichen Medium ohne DAS kultiviert werden.
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B. Pilzresistenz-Keimungstest zur Detektion
von Resistenz gegen Streifenkrankheit ("Seedling Blight")
-
1. Pilzresistenz-Keimungstest für Weizen:
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Pilzresistenz-Keimungstests
in Weizen werden im wesentlichen wie von R. H. Proctor, T. M. Hohn
und S. P. McCormick beschrieben durchgeführt (Reduced virulence of Gibberella
zaea caused by disruption of a trichothecene toxin biosynthetic
gene. Mol. Plant-Microbe Interact. 8(4): 593–601, 1995).
-
Inokulum
besteht aus Makrokonidien of F. graminearum, verdünnt in Wasser
auf 1 × 106 Konidien pro ml. Inokulum wird durch Spülen der
Makrokonidien aus V-8-Juice-Agar-Kulturen hergestellt, die unter
weißem und
nahem UV-Fluoreszenzlicht für
7–10 Tage
kultiviert wurden. In Sämlingstests
werden Samen aus zwei unterschiedlichen transgenen Weizenereignissen
aus dem obigen Beispiel 2 und der Kontrolle vom Wildtyp durch Spülen in einer
Lösung
mit 10% Bleiche und 0,05% Tween für ca. 15 min oberflächensterilisiert
und fünfmal mit
sterilem destilliertem Wasser gespült. Die Samen werden in einer
Suspension der Makrokonidien für
ca. 10 min getränkt
und dann in Vermiculit ausgesät,
das in 10 cm-Plastiktöpfen
enthalten ist (20 Samen pro Topf). Vor dem Aussäen werden die Töpfe zu ca.
3/4 mit Vermiculit gefüllt
und in 2–4
cm Wasser gestellt, bis die Oberseite des Vermiculits nass ist.
Nach dem Aussäen
werden die Samen mit zusätzlichen
1–2 cm
Vermiculit bedeckt, und die Töpfe
werden individuell in Kunststoffbeutel gestellt und in einer Wachstumskammer
bei 22°C mit
16 h Licht und 8 h Dunkelheit für
1 Woche inkubiert. Nach etwa 1 Woche werden die Töpfe aus
den Beuteln entfernt, und nach 2 Wochen wird die Krankheit durch
Zellen der Anzahl der Sämlinge
ausgewertet, die in jedem Topf aufgehen. Kontrollen werden wie oben
beschrieben behandelt, außer
daß die
Samen in sterilem Wasser getränkt
werden und 40 Samen verwendet werden.
-
50%
und 43% des Saatguts aus den zwei unterschiedlichen transgenen Pflanzenereignissen
keimen im Vergleich mit dem gleichen transgenen Saatgut, das mit
Wasser behandelt wurde, wohingegen 17% der Kontrolle vom Wildtyp
im Vergleich mit dem gleichen Saatgut keimen, das mit Wasser behandelt
wurde.
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2. Pilzresistenz-Keimungstest für Mais:
-
Ein
Inokulum wird aus F. graminearum-Kulturen, kultiviert auf Mung-Bohnen-Agar (hergestellt
aus Flüssigkeit
von gekochten Mung-Buhen) unter über
12 h wechselnden Licht- und Dukelheits-Zyklen bei 25°C, hergestellt.
Sporen werden zunächst
durch Überschwemmen
der Platte mit sterilem Wasser und dann durch Schaben der Platte
unter Verwendung eines Glasstabs geernetet. Die Lösung wird
gesammelt und die Spurenkonzentration auf 1 × 106 Sporen/ml
mit 2-fach destilliertem sterilem Wasser ab dem Tag der Animpfung eingestellt.
-
Erdboden,
bestehend aus einem sterilisierten Gemisch aus Erdboden, Torf und
Vermikulit, wird mit 1 ml an Spurenlösung pro Liter Erdboden in 5
l-Sandbänke
angeimpft, und der angeimpfte Erdboden wird in einem Zementmischer
für 2 Minuten
pro Ladung gemischt. Die Kontrollbehandlungen bestehen aus nicht-befallenem
Erdboden. Die Sandbänke
werden jeweils mit 30 Körnern
des erfindungsgemäßen transgenen
Saatguts oder mit Wildtypkontrolle bepflanzt und in Gewächskammern
inkubiert, gehalten unter halbgesättigten Erdbodenbedingungen
bei 12,8°C
(55°F) für bis zu
4 Wochen. Die Lichtmengen sind unter 24 Stunden Dunkelheit für 14 Tage
nach Pflanzung und 12 Stunden Licht 15 bis 24 Tage nach Pflanzung.
Markierte Stangen werden zu den Sandbänken gegeben, und die Sandbänke werden
in die Gewächskammer
umgesetzt und randomisiert.
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Die
Pflanzenzählungen
werden intiiert sobald das Hervortreten beginnt und werden täglich oder
alle zwei Tage durchgeführt,
bis es keine weitere Änderung
im Pflanzenhervortreten gibt.
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Symptome
von visueller Verfärbung
und Umfallkrankheit (damping-off) des Keimlingauswuchses werden
bestimmt und zum Charakterisieren des Grads der Pflanzenresistenz
im Vergleich zu den Wildtypkontrollen verwendet. Pflanzen mit weniger
visueller Verfärbung
und/oder Umfallkrankheit des Keimlingauswuchses als die Wildtypkontrolle
werden ausgewählt.
-
Beispiel 9: Pilzresistenztest
-
A. Untersuchung von transgenen Weizenpflanzen
-
Weizen-Weißährigkeit
("head blight", "head scab") wird durch Fusarium
graminearum verursacht (Teleomorph: Gibberella zeae). F. graminearum-Kulturen werden auf
V-8-Agar-Medium, hergestellt mit V-8-Juice) oder auf Mungbohnenagar
(hergestellt mit Flüssigkeit
aus gekochten Mungbohnen) unter 12-stündigen abwechselnden Hell-/Dunkel-Zyklen
bei 25°C
kultiviert. Sporen werden geerntet, indem zuerst die Platte mit
sterilem Wasser geflutet und dann die Platte unter Verwendung eines
Glasstabs abgeschabt wird. Die Lösung wird
aufgefangen und die Spurenkonzentration auf 5 × 104 Sporen/ml
mit doppelt destilliertem, sterilem Wasser am Tag der Inkubation
eingestellt.
-
Transgene
Pflanzen werden wie im obigen Beispiel 2 beschrieben erhalten, und
Kontrollpflanzen können
im Gewächshaus
bis zur Blütezeit
oder Ährenbildung
kultiviert werden. Ähren
werden durch Injizieren von ca. 20 μl (ca. 1.000 Sporen) Inokulum
zwischen das Lemma und die Palea einer Blüte nahe der Mitte der Ähre beimpft.
Einige Ähren
werden unbeimpft belassen oder werden mit sterilem Wasser als Kontrollen
beimpft. Die Pflanzen werden dann in eine Wachstumskammer gebracht
und unter hoher Feuchtigkeit für
bis zu 21 Tage inkubiert, oder Pflanzen werden zuerst in einer Nebelkammer
für 72
h bei 18,3 bis 21,1°C
(65 bis 70°F)
inkubiert und dann im Gewächshaus
für weitere
18 Tage inkubiert.
-
Transgene
Pflanzen der Erfindung und wie hier beschrieben und Kontrollpflanzen
können
auch auf dem Feld kultiviert werden, wo die Ähren durch Besprühen beimpft
werden.
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Die
Krankheit wird durch Zählen
der Anzahl von symptomatischen und asymptomatischen Ährchen auf
jeder beimpften Ähre
auf einer repräsentativen
Anzahl von transgenen Ähren
und Kontrollähren
vom Wildtyp und daraus durch Berechnung des Prozentanteils von Ährchen auf
jeder Ähre,
die symptomatisch sind, ausgewertet. Symptome bestehend aus einem
verfrühten
Weißwerden
im Vergleich mit den Kontrollpflanzen und in manchen Fällen in
der Nekrose von Ährchen.
Pflanzen mit weniger symptomatischen Ährchen als die Kontrolle vom
Wildtyp werden selektiert.
-
Sechs
unterschiedliche transgene Pflanzen mit unterschiedlichen Kopiezahlen
von SEQ ID NO: 1 und unterschiedlichen Zahlen von Insertionsorten
gemäß Southern-Daten
haben einen durchschnittlichen Prozentwert von symptomatischen Ährchen pro Ähre im Bereich
von 10,40% bis 31,20% im Vergleich mit 44,75% für die Kontrolle vom Wildtyp,
wenn die transgenen Pflanzen und Kontrollen im Gewächshaus,
wie oben beschrieben, inkubiert werden. Die gleichen transgenen
Pflanzen haben enzymatische Aktivitäten, gemessen wie im obigen
Beispiel 6 beschrieben, im Bereich von 0,874 bis 29,1 nmol/μg/15 min.
-
B. Testen der transgenen Maispflanzen
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Test auf Maisährenverwesung
-
Getreideährenverwesung
wird durch Fusarium graminearum (teleomorph: Gibberella zeae) verursacht.
F. graminearum-Kulturen werden auf V-8-Agarmedium (hergestellt mit
V-8-Saft) unter 12-stündigem Wechsel
von Licht- und Dunkehleitszyklen bei 25°C kultiviert. Sporen werden
zunächst
durch Überschwemmen
der Platten mit sterilem Wasser und dann durch Schaben der Platten
mit einem Glasstab geerntet. Die Lösung wird gesammelt und die
Sporenkonzentration auf 5 × 105 Sporen/ml mit zweifach destilliertem sterilem Wasser
am Tag der Animpfung eingestellt. Die transgenen Pflanzen und Kontrollpflanzen
werden im Gewächshaus
oder auf dem Feld gezüchtet.
Bei Züchtung
im Gewächshaus
verbleiben die transgenen und Kontrollpflanzen im Gewächshaus
4 bis 7 Tage nach Seidenauswuchs, wenn eine 2 ml-Sporensuspension
in den Seidenkanal (innerhalb der Schotenhülle und oberhalb des Kolbens)
eingeführt
wird. Dies wird unter Verwendung einer hyperdermischen 18-Gauge-Nadel
aus rostfreiem Stahl, die mit einer großen Spritze verbunden ist,
erreicht. Zusätzlich
zur Seidenkanalanimpfung wird das Kornanimpfungsverfahren verwendet,
um Krankheitsresistenz zu testen. Die Kornanimpfung beinhaltet das
Einführen
der Sporensuspension (ca. 0,4 ml) in einer Gruppe von vier Körnern durch
mehrfache Injektion mit einer 18-Gaugenadel, die mit einer Spritze
verbunden ist. Die Erkrankung wird durch visuelle Inspektion der Ähren, die
5 bis 7 Wochen nach Animpfung geerntet werden, auf sichtlich imfizierte
Körner
beurteilt. Die Beurteilungsskala der Krankheit für Ähren mit einer Hülse basiert
auf einer visuellen Schätzung
des Prozentsatzes an sichtlich infizierten Körnern auf einer Ähre wie
folgt: 1 ist 0%; 2 ist 1 bis 3%; 3 ist 4 bis 10%, 4 ist 11 bis 25%;
5 ist 26 bis 50%, 6 ist 51 bis 75%; 7 ist 76 bis 100%. Maispflanzen
werden ausgewählt,
die einen niedrigen Prozentsatz an sichtlich infizierten Körnern aufweisen im
Vergleich zur Wildtypkontrolle.
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Beispiel 10: Mykotoxin-Kontaminationstest
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Proben
werden zur Mykotoxin-Konzentrationsanalyse wie folgt hergestellt.
Saatgut wird aus transgenen Pflanzen der Erfindung und wie hier
beschrieben gesammelt, gewogen und vereinigt. Wenn Weizensaatgut
getestet wird, wird Weizensaatgut aus den Ähren der gleichen transgenen
Pflanzen der Erfindung und wie hier beschrieben gesammelt und gewogen
und vereinigt. Wenn transgener Mais untersucht wird, werden Maiskolben
auf ein niedriges Feuchtigkeitsniveau getrocknet, die von Hand geschält und die
Körner
von den Kolben der gleichen transgenen Pflanze gewonnen und zusammengegeben.
Jede Saatgut- oder Körnerprobe
wird sorgfältig
zur Unterstützung
einer zufälligen
Verteilung des Saatguts vermischt. Eine Saatgut- oder Körnerprobe von 50 g wird zu
einem feinen Pulver in einer Mühle
gemahlen (z. B. Retsch Ultrazentrifugenmühle, Typ ZM1, Brinkman Instruments,
Inc., Rexdale, Ontario, Romer Series II Mill, Union, Missouri, USA).
Die Konzentration des Mykotoxins von Interesse, wie z. B. DON, wird
dann unter Verwendung der handelsüblichen Tests, wie DONtest
TAGTM Mykotoxin-Testsystem (VICAM, LP, 313
Pleasant Street, Watertown, MA 02472), bestimmt oder durch eine
kommerzielle Analysenfirma analysiert (z. B. Romer Labs, Inc., Union,
Missouri, USA oder Trilogy Analytical Laboratory, Inc., Beaufort,
Missouri, USA). Die Herstelleranleitungen werden für alle Aspekte der
Analyse befolgt. Für
das DONtest TAGTM Mykotoxin-Testsystem wird
eine letzte fluorometrische Messung für DON durchgeführt. Pflanzen,
die Saatgut mit weniger Mykotoxin, wie DON, als die Kontrolle vom
Wildtyp erzeugen, werden selektiert.
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Beispiel 11: Verwendung eines Polynukleotids
gemäß SEQ ID.NO:
1 als einen selektierbarer Marker
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A. Selektierbarer Marker in Pilzzellen
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Ashbya
gossypi wird unter Verwendung von Standard-Pilztransformationstechniken
mit einem DNA-Konstrukt, das ein Polynukleotid mit der Sequenz SEQ
ID NO: 1 funktionsfähig
verbunden mit dem Galactosidase-Promotor umfaßt, transformiert. Transformierte
Zellen wachsen in einem Medium, das DAS bei einer Konzentration
im Bereich von 1,56 ng/ml bis 196 pg/ml umfaßt, während die untransformierten
Wildtyp-Pilzzellen dies nicht tun.
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Selektierbarer Marker in Pflanzenzellen
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Saatgut
von Arabidopsis-Pflanzen, die gemäß dem obigen Beispiel 3 transformiert
sind, jedoch noch nicht einer Selektion unterzogen wurden, werden
in einem 0,1%igen Agarosemedium, enthaltend 0, 5 oder 10 μg/ml DAS,
ausplattiert. Nach Inkubation in einem Gewächsraum bei 22°C mit 16
h Licht und 8 h Dunkelheit für
2 Wochen werden die größeren nicht
verstümmelten
Pflanzen von einer DAS-Platte und eine entsprechende Anzahl wird
von der Kontrollplatte verpflanzt.
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Blätter der
Arabidopsis-Pflanzen, die von der 5 μg/ml-Platte verpflanzt werden,
werden auf enzymatische Aktivität
nach einem zweiwöchigen
Wachstumszeitraum untersucht, und es ist gezeigt, daß 11 von
11 unverstümmelten
Pflanzen enzymatisch aktiv waren, wie durch Beispiel 6 gemessen,
während
9 von 10 Pflanzen, die nicht durch DAS selektiert waren, negativ
im gleichen Test waren. Die eine nicht-selektierte Pflanze, die enzymatisch
aktiv war, war weitaus weniger aktiv als jede der DAS-selektierten
getesteten Pflanzen.
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Die
oben offenbarten Ausführungsformen
sind illustrativ. SEQUENZPROTOKOLL