CZ20032743A3 - Atenuované kmeny viru PRRS - Google Patents
Atenuované kmeny viru PRRS Download PDFInfo
- Publication number
- CZ20032743A3 CZ20032743A3 CZ20032743A CZ20032743A CZ20032743A3 CZ 20032743 A3 CZ20032743 A3 CZ 20032743A3 CZ 20032743 A CZ20032743 A CZ 20032743A CZ 20032743 A CZ20032743 A CZ 20032743A CZ 20032743 A3 CZ20032743 A3 CZ 20032743A3
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- seq
- amino acid
- prrs virus
- virus
- attenuated
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N7/00—Viruses; Bacteriophages; Compositions thereof; Preparation or purification thereof
- C12N7/04—Inactivation or attenuation; Producing viral sub-units
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N7/00—Viruses; Bacteriophages; Compositions thereof; Preparation or purification thereof
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P11/00—Drugs for disorders of the respiratory system
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P15/00—Drugs for genital or sexual disorders; Contraceptives
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
- A61K2039/525—Virus
- A61K2039/5254—Virus avirulent or attenuated
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/10011—Arteriviridae
- C12N2770/10021—Viruses as such, e.g. new isolates, mutants or their genomic sequences
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/10011—Arteriviridae
- C12N2770/10022—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/10011—Arteriviridae
- C12N2770/10061—Methods of inactivation or attenuation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/10011—Arteriviridae
- C12N2770/10061—Methods of inactivation or attenuation
- C12N2770/10062—Methods of inactivation or attenuation by genetic engineering
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Virology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Reproductive Health (AREA)
- Pulmonology (AREA)
- Endocrinology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
Description
Popisují se atenuované evropské viry PRRS, které se atenuovaly mutacemi nukleových kyselin na specifických místech. Popisují se nukleotidové sekvence kódující uvedené viry PRRS a použití uvedených virů při výrobě vakcinačního prostředku pro profylaxi a léčbu infekcí způsobených PRRS.
Dosavadní stav techniky of General 15 lety se
Prasečí reprodukční a respirační syndrom (PRRS) způsobuje virus s obalem obsahující pozitivní řetězec RNA z rodiny arteriviridae (Snijder E. J. , Meulenberg J.J.M. 1998, „The moiecular biology of arteriviruses. Journal
Virology 79(5):961-971). Před přibližně 10 až v Evropě a USA nezávisle objevily dva různé kmeny viru PRRS. Toto onemocnění je nyní v mnoha státech Severní Ameriky, kde se chovají prasata, endemickým. Toto onemocnění je stále hlavním agens způsobující ztrátu plodnosti a respiračni onemocnění u prasat. V USA se výskyt infekce odhaduje až na 70
Virus se přenáší inhalací, požitím, pářením, štípnutím
Virus se replikuje v místních makrofágách. k přetrvávající infekci.
hmyzu nebo v mukozálních, Onemocnění Zvířata injekčními jehlami pulmonárních nebo vede k rozkladu s přetrvávající nebo infekcí vykazují virus v ústních/faryngeálních tekutinách, v krvi, ve stolici, v moči a ve spermatu. Klinické symptomy u prasat jsou potrat nebo předčasné narození nedonošených selat, mrtvě narozená selata a autolyzované plody. Infikovaná nově narozená selata vykazují vysokou úmrtnost nebo trpí zápalem plic. Následný odchov a růst selat je komplikován zápalem plic, další bakteriální infekcí a zvýšenou úmrtností. Samci jsou náchylní k horečkám a dochází k morfologickým změnám semene.
Stejně jako u všech arterivirů genom viru PRRS je molekula jednořetězcové pozitivní RNA o velikosti přibližně 15 kb. ORF (otevřené čtecí rámce) la a lb kódují replikázy, ORF 2 až 5 kódují putativní glykoproteiny (gp 1 až 4) , ORF 6 kódují membránový protein (M) a ORF 7 kóduje nukleokapsidový protein (N) .
Původní popisy infekce PRRS v USA (popisuje se v patentovém dokumentu WO 93/03 760, izolát ATCC VR-2332, uložený 18. července 1991 v instituci American Type Culture Collection in Rockvílle, Maryland, USA, NCBI GeneBank Accession No. U 87392 U00153) a v Evropě (WO 92/21 375, izolát Lelystad Agent (CDI-NL-2.91), přístupové číslo CNCM 1-1102, uložený 5. června 1991 v instituci Institute Pasteur, Paříž, NCBI GeneBank přístupové číslo M 96262 [gi:11125727] , NC 002533 [gi:11138120]) identifikovaly viry, které vykazují genetické a serologické rozdíly. Porovnání ukázalo, že oba kmeny měly společného předka, který divergoval dříve než se popsalo klinické onemocnění v letech 1980. V případě řady virů PRRS jsou popsány genomové sekvence plné délky a oblasti kódující úplný strukturální protein (Snijder et al., 1998, Snijder E. J. , Meulenberg J.J.M. 1998, „The molecular biology of arteriviruses. Journal of General Virology 79(5):961-971, Meulenberg J. J. Μ. , Hulst, Μ. M. et al., 1993. Lelystad virus, the causative agent of porcine . epidemie abortion and respirátory syndrome...., Virology 192, 62-72, Conzelmann K.K.,
Visser N.
Van Woensel P., Thiel H.J., characterization of procine reproductive
1993. Molecular and respirátory syndrome virus, a member of arterivirus group, Virology 103,
Kakach L.T.
1995,
329-339, Murtaugh M.P., Elám M.R.,
Comparison of structural protein coding sequence of the VR2332 a Lelystad virus strains of the PRRS virus, Archives of
Virology 140, 1451-1460, Kapur V., Elám M.R., Pawtovich T.M.
Murtaugh M.P., 1996. Genetic variatíon in porcine reproductíve and respirátory syndrome virus isolates in the midwestern
United States, Journal of General Virology 77, 1271-1276).
Virus PRRS se může replikovat in vitro v plicních makrofágách prasat, v monocytech, gliálních buňkách a ve dvou sub-populacích buněk MA-104 (buňky ledvin embryí opic) známých jako CL-2621 a MARC-145 (K.D. Rossow, Porcine reproductíve and respirátory syndrome, Vet Pathol 35: 1-20, 1998). Dostupné jsou (v patentovém dokumentu EP 0839912) také způsoby rekombinace, při niž vznikají infekční klony PRRS.
Atenuované vakcinační prostředky určené k ochraně prasat jsou běžně dostupné (RespPRRS/Ingelvac®PRRS MLV, Boehringer Ingelheim). Mrtvé vakcinační prostředky (obsahující deaktivovaný celý virus) nebo podjednotkové vakcinační prostředky (běžně izolované nebo heterologně exprimované čištěné virové proteiny) jsou ve většině případů méně hodnotné ve srovnání s vakcinačními prostředky obsahujícími živé viry, co se týče jejich účinnosti při produkci celkové ochranné imunitní odezvy a to dokonce v přítomnosti adjuvans. V případě PRRS se ukázalo, že při srovnání se současně dostupnými mrtvými vakcinačními prostředky, atenuované vakcinační prostředky vyvolaly imunitu proti onemocnění, která trvá déle a je účinnější (Snijder E. J. , Meulenberg J.J.M. 1998, „The molecular biology of arteriviruses. Journal of General Virology 79(5):961-971). V současné době existující vakcinační prostředky PRRS se atenuují sériovým pasážováním viru ve vhodných hostitelských buňkách až do okamžiku, kdy ztratí patogenitu (americký kmen se popisuje v patentovém dokumentu EP 0529584, evropský kmen se popisuje v patentovém dokumentu EP 0676467, EP 0835930).
V současné době existující vakcinační prostředky PRRS stále ponechávají prostor pro své zdokonalení. 1) Nedokáží zabránit opětné infekci, 2) neumožňují serologické rozlišení mezi vakcinovanými zvířaty a zvířaty infikovanými virem. Dále, živé vakcinační prostředky v principu vykazují teoretické nebezpečí návratu neatenuovaného fenotypu. Uvažuje se, že zvláště RNA viry, jako je virus PRRS, mají vysokou frekvenci mutací způsobených nepřesnou replikací genomu RNA, což je výsledkem nesprávného čtení replikačních enzymů RNA. V případě běžně odvozených atenuovaných virů získaných běžným vícenásobným pasážováním, zůstává molekulární původ stejně jako genetická stabilita neznáma a nelze předpovědět rysy revertantů.
Tak problémem vynálezu je vytvořit kmeny viru PRRS, které se mohou použít při výrobě vakcinačních prostředků, které překonávají nevýhody popsané v předchozím stavu techniky.
Podstata vynálezu
Termíny uvedené v jednotném čísle zahrnují i termíny v množném čísle, pokud souvislosti nepředepisují jinak. Například termín „virus PRRS zahrnuje velké množství takových virů. Termín „buňka zahrnuje jednu nebo více buněk a jejich ekvivalenty známé v oboru. Pokud není definováno jinak, všechny technické a vědecké, zde používané, termíny mají stejný význam, jak je obecně známo v oboru. Ačkoliv při testování vynálezu a jeho zavedení do praxe je možné využít libovolné metody a materiály podobné nebo ekvivalentní se zde popsanými, popisují se zde výhodné metody, zařízení a materiály pro použití podle vynálezu. Všechny zde uvedené publikace slouží pro účely popisu a doložení buněčných linií, vektorů a metod.
Vynález popisuje atenuovaný evropský virus PRRS kódovaný nukleovou kyselinou, která obsahuje ORF1, ORF2, ORF3, ORF4,
0RF5, 0RF6 a ORF7 a jejich subtypy, jako je ORFla a ORFlb nebo
ORF2a a ORF2b, charakteristické tím, že
a) ORF2 obsahuje v polohách 11915 až 11935 alespoň jeden z nukleotidů, jak se uvádí v tabulce č. 1:
| A | T | G | A | C | C | A | G | A | A | C | G | A | A | G | A | G | T | C | T | c |
| C | C | A | C | T | T | C | A | C | C | A | A | C | C | A | C | A | c | A | c | A |
| G | G·· | T | G | A | A | G | T | G | G | G | T | G | G | T | G | T | G | T | G | T . |
a v polohách 12037 až 12057 alespoň jeden z nukleotidů uvedených v tabulce č. 2:
| T | G' | T | T | A | A | A | C | G | T | C | A | G | T | T | C | G | T | G | G | G |
| c | A | C | c | C | C | C | T | A | c | T | C | A | C | c | T | A | C | A | A | A. |
| G | T ' | G | G | G | G | G | A | T | G | A | G | T | G | G | A | T | G | T | T | T |
a v polohách 12058 až 12078 alespoň jeden z nukleotidů uvedených v tabulce č. 3:
| T | A' | A | C | C | C | A | T | A | C | A | A | A | A | C | C | G | T | G | T | A |
| C | C | c | T | T | T | C | C | C | T | C | C | C | C | T | T | A | C | A | c | C |
| G | G | G | A | A | A | G | G | G | A | G | G | G | G | A | A | T | G | T | G | G |
a/nebo deleci v uvedené poloze(ách) a/nebo
b) ORF3 obsahuje v polohách 12660 až 12680 alespoň jeden z nukleotidů, jak se uvádí v tabulce č. 4:
| C | A | A | C | A | A | T | T | A | C | A | G | G | T | A | G | G | G | C | A | G |
| T | C | C | T | C | C | c | c | C | T | C | A | A | C | C | A | A | A | T | C | A |
| A | G | G | A | G | G | G | G | G | A | G | T | T | G | G | T | T | T | A | G | T |
a/nebo deleci v uvedené poloze(ách) a/nebo
c) ORF5 obsahuje v polohách 13684 až 13704 alespoň jeden z nukleotidů, jak se uvádí v tabulce č. 5:
| C | T | G | G | A | A | A | C | A | C | G | A | A | A | T | G | G | G | c | C | A |
| T | c | A | A | C | C | C | T | C | T | A | C | C | C | c | A | A | A | T | T | C |
| A | G | T | T | G | G | G | A | G | A | T | G | G | G | G | T | T | T | A | A | G |
a/nebo deleci v uvedené poloze(ách).
Překvapivě se zjistilo, že viry PRRS obsahují specifická místa na jednotlivých virových proteinech, které, jestliže jsou mutovány, vedou ke vzniku atenuovaného fenotypu srovnatelného s původním virulentním kmenem. Evoluční tlak na tato místa, která se od této chvíle nazývají „místa specifická pro virulenci nebo jednoduše „místa podle vynálezu nebo pouze „místa je velký. Zdá se, že tato místa se účastní postupu, který vede k atenuaci vakcinačních kmenů, jenž jsou podobné evropskému viru PRRS. Tato místa jsou popsána v tabulkách 1 až 5 a jsou specifická v případě evropských kmenů (Lelystadovo agens CNCM 1-1102 divokého typu se považuje za referenční kmen) a nevyskytují se u amerických kmenů viru PRRS.
Vynález dále popisuje atenuovaný evropský virus PRRS, kde alespoň jedna ze sekcí sekvence odpovídá SEQ ID NO: 25, 26, 27, 28 nebo 29 je mutována v jedné, ve dvou, ve třech nebo ve více polohách, přičemž maximální počet mutací je deset. Místa SEQ ID NO: 25, 26 a 27 se nacházejí v ORF2 (polohy 130 až 150, 252 až 272 a 273 až 293, jak je zobrazeno na Obr. 1) . Místo sekvence SEQ ID NO: 28 se nachází v ORF3 (v poloze 267 až 287, jak je zobrazeno na Obr. 3) a místa sekvence SEQ ID NO: 29 se nacházejí v ORF5 (poloha 201 až 221, jak je zobrazeno na Obr. 4). Uvedené sekce sekvencí reprezentují místa specifická pro virulenci podle vynálezu. Jestliže je virus virem obsahujícím pozitivní řetězec RNA, pak bude obsahovat RNA sekvenci místo sekvencí DNA uvedených v seznamu sekvencí. To znamená, že bude místo uracilu (U) obsahovat thymin (T) a ribózu místo deoxyribózy.
Rozumí se, že atenuovaný evropský virus PRRS podle vynálezu obsahuje genomovou RNA obsahující sekce sekvencí odpovídající sekvencím DNA se SEQ ID NO: 25, 26, 27, 28 nebo
29, kde alespoň jedna ze sekcí uvedených sekvencí se liší od uvedených sekvencí alespoň jednou mutací. Termín „odpovídající znamená, že virus podle vynálezu obsahuje sekce sekvencí, které se mohou uspořádat s uvedenými sekvencemi pomocí standardního algoritmu uspořádání, jako je BLAST (Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W. and Lipman, D. J. (1990) „Basic local aligment search tool. J. Mol. Biol. 215: 403-410, Gish, W. and States, D. J. (1993) „Identification of protein coding regions by database similarity search. Nátuře Genet. 3: 266-272, Madden, T.L.,
Tatusov, R.L. and Zhang, J. (1996) „Applications of network BLAST server Meth. Enzymol. 266:131-141, Zhang, J. and Madden, T. L. (1997) „PowerBLAST: A new network BLAST application for interactive or automated sequenceanalysis and annotation. Genome Res. 7: 649-656, Altschul, Stephen F. ,
Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller and David J. Lipman (1997), „Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402). Polohy sekvence, které jsou uspořádány do párů za použití uvedeného algoritmu si vzájemně odpovídají.
Při takovém uspořádání se pak sekce mutované sekvence viru bude lišit od odpovídající referenční sekvence („místo, to je buď SEQ ID NO: 25, 26, 27, 28 nebo 29) v jedné, ve dvou, ve třech nebo ve více polohách, maximálně v deseti polohách. Virus podle vynálezu se mutuje ve všech pěti citovaných sekcích sekvence (v místech). Mutace je s výhodou substituce a/nebo delece. Ve výhodném provedení vynálezu mutace vede ke změnám aminokyselinových sekvencí proteinů kódovaných určitým ORF.
Vynález dále popisuje atenuovaný evropský virus PRRS, který vykazuje ORF2 obsahující sekci sekvence odpovídající SEQ ID NO: 25, kde triplet odpovídající polohám 10 až 12 SEQ ID
9
99.9.99 ... ...
NO: 25 je mutován. Je výhodné, aby uvedený triplet nekódoval fenylalanin. Je výhodné, když uvedený triplet kóduje odlišnou aminokyselinu. Ve výhodném provedení vynálezu uvedený triplet kóduje serin. Výhodnější je, když nukleotid odpovídající poloze 11 sekvence SEQ ID NO: 25 je C. Proto ve výhodném provedení vynálezu atenuovaný evropský virus PRRS má ORF2 kódující protein, který neobsahuje v poloze 47 fenylalanin (nebo v odpovídající poloze v uspořádání BLAST). Je výhodné, když uvedený protein má v této poloze serin.
Vynález dále popisuje atenuovaný evropský virus PRRS, který vykazuje 0RF2 obsahující sekci sekvence odpovídající SEQ ID NO: 26, kde triplet odpovídající polohám 10 až 12 sekvence SEQ ID NO: 26 je mutován. Je výhodné, když uvedený triplet nekóduje valin. Je výhodné, když uvedený triplet kóduje odlišnou aminokyselinu. Ve výhodném provedení vynálezu uvedený triplet kóduje fenylalanin. Výhodnější je, když nukleotid odpovídající poloze 10 v sekvenci SEQ ID NO: 26 je T (nebo U v případě RNA). Proto ve výhodném provedení vynálezu atenuovaný evropský virus PRRS má ORF2 kódující protein, který nevykazuje v poloze 88 valin (nebo v odpovídající poloze v uspořádání BLAST). Je výhodné, když uvedený protein má v této poloze fenylalanin.
Vynález popisuje atenuovaný evropský virus PRRS, který má ORF2 obsahující sekci sekvence odpovídající sekvenci SEQ ID NO: 27, kde triplet odpovídající polohám 11 až 13 sekvence SEQ ID NO: 27 je mutován. Je výhodné, když uvedený triplet nekóduje fenylalanin. Je výhodné, když uvedený triplet kóduje odlišnou aminokyselinu. Ve výhodném provedení vynálezu uvedený triplet kóduje leucin. Je výhodnější, když nukleotid odpovídající poloze 11 v sekvenci SEQ ID NO: 27 je C. Proto ve výhodném provedení vynálezu atenuovaný evropský virus PRRS má ORF2 kódující protein, který nemá v poloze 95 fenylalanin (nebo v odpovídající poloze v uspořádání BLAST). Je výhodné, aby uvedený protein měl v této poloze leucin.
Vynález popisuje atenuovaný evropský virus PRRS, který má ORF3 obsahující sekci sekvence odpovídající sekvenci SEQ ID NO: 28, kde triplet odpovídající polohám 11 až 13 sekvence SEQ ID NO: 28 je mutován. Je výhodné, když uvedený triplet nekóduje serin. Je výhodné, když uvedený triplet kóduje odlišnou aminokyselinu. Ve výhodném provedení vynálezu uvedený triplet kóduje prolin. Je výhodnější, když nukleotid odpovídající poloze 11 v sekvenci SEQ ID NO: 28 je C. Proto ve výhodném provedení vynálezu atenuovaný evropský virus PRRS má ORF2 kódující protein, který nemá v poloze 93 serin (nebo v odpovídající poloze v uspořádání BLAST). Je výhodné, aby uvedený protein měl v této poloze prolin.
Vynález popisuje atenuovaný evropský virus PRRS, který má ORF5 obsahující sekci sekvence odpovídající sekvenci SEQ ID NO: 29, kde triplet odpovídající polohám 11 až 13 sekvence SEQ ID NO: 29 je mutován. Je výhodné, když uvedený triplet nekóduje leucin. Je výhodné, když uvedený triplet kóduje odlišnou aminokyselinu. Ve výhodném provedení vynálezu uvedený triplet kóduje fenylalanin. Je výhodnější, když nukleotid odpovídající poloze 11 v sekvenci SEQ ID NO: 29 je T (nebo U v případě RNA). Proto ve výhodném provedení vynálezu atenuovaný evropský virus PRRS má ORF2 kódující protein, který nemá v poloze 71 leucin (nebo v odpovídající poloze v uspořádání BLAST). Je výhodné, aby uvedený protein měl v této poloze fenylalanin.
Vakcinační prostředky obsahující živý virus PRRS založený na evropských kmenech atenuovaných definovanou mutací a/nebo delecemi, které umožňují předejít nevýhodám současných atenovaných vakcinačních prostředků. Jestliže atenuovaný kmen nese definované a známé mutace, může se u něho analyzovat ·· ·«··
• · ··· ···· běžným způsobem kvalita a genetická stabilita. Možnost zavedeni definovaných deleci a/nebo substituci, zvláště dvě nebo vice mutaci, snižuje pravděpodobnost reverze na neatenuovaný nebo virulentní fenotyp. Další výhodou uvedených atenujících mutací je jejich známá molekulová jedinečnost, což umožňuje jejich použití jako odlišujících značek v případě atenuovaných virů PRRS a odlišuje je od virů PRRS. Mohou se vytvořit bezpečné a místně specificky atenuované viry s místy identifikovanými podle vynálezu. Takové viry je možné použít při přípravě bezpečné živé vakcíny vhodné pro použití při prevenci a/nebo léčbě infekcí PRRS.
Vynález popisuje atenuované evropské viry PRRS a jejich způsoby produkce. Termín „atenuovaný znamená virulentní kmen, který se upravil způsobem tak, že se stane méně virulentním nebo patogením, než byl před úpravou. Termín „atenuovaný zvláště znamená, že virus vykazuje podstatně sníženou schopnost způsobit klinické onemocnění, zatímco je schopen se replikovat v hostiteli. Je výhodné, když se virulence nebo patogennost sníží na sílu, která činí virus přijatelným pro aplikaci jako vakcinační prostředek. Ve výhodném provedení vynálezu se virus atenuuje v rozsahu, že nezpůsobuje klinické onemocnění, zatímco je stále schopen se replikovat v hostiteli. Takový atenuovaný kmen je ideální agens pro vakcinaci, protože replikace v hostiteli zajišťuje stimulaci rychlé a jedinečné imunitní odezvy. Ve výhodném provedení vynálezu atenuovaný evropský virus PRRS je méně virulentní než Lelystadovo agens. V jiném provedení vynálezu atenuovaný virus je méně virulentní než rodičovský kmen, ze kterého vznikl. Termín „méně virulentní než Lelystadovo agens viru PRRS (nebo rodičovský kmen, ze kterého se získal) vznikl na základě porovnání klinických symptomů viru, který je středem zájmu s Lelystadovým agens (CDI-NL-2.91/CNCM 1-1102) nebo rodičovského kmene. V příkladech se popisuje výhodný postup pro stanovení, zda virus PRRS je méně virulentní než • *
Lelystadovo agens nebo podobně v případě stanovení, zda virus upravený v souladu s vynálezem je méně virulentní ve srovnání s jeho rodičovským kmenem dříve než byl upraven. Je pravděpodobné, že každá možná, nikoliv každá, mutace nukleové kyseliny v místě, které je specifické pro mutaci vede ke snížené virulenci. Postup popsaný v příkladu 1 poskytuje přesné a přímé experimentální nastavení pro stanovení, zda virus PRRS podle vynálezu je méně virulentní ve srovnání s rodičovským kmenem nebo svou virulenci odpovídá Lelystadovu činidlu.
Vynález popisuje evropské kmeny PRRS, které je možné odlišit od amerických kmenů následujícím způsobem. Brzy po objevení viru (popisuje se v publikaci Wensvoort et al. J. Vet. Diagn. Invest 4: 134-138 (1992)) se pozorovaly rozdíly antigenních charakteristik mezi americkými a evropskými izoláty. U několika prasat se vytvořila séra proti kmenům amerického a evropského typu a porovnávala se zkřížená reaktivita séra proti kmenu evropského typu (LV) a americkému typu (VR-2332) s třemi izoláty amerického viru a čtyřmi evropskými izoláty. Séra proti virům PRRS evropského sérotypu jsou podstatně méně reaktivní s izoláty amerického typu ve srovnání s evropskými izoláty. Dále séra, která se vytvořila proti virům amerického sérotypu, jsou méně reaktivní nebo dokonce nejsou vůbec reaktivní s izoláty evropského viru.
V publikaci Wensvoort et al. J. Vet. Diagn. Invest 4: 134-138 (1992)) je také zobrazena reaktivita séra vytvořeného proti evropským a americkým izolátům se dvěma různými referenčními víry CNCM 1-1102 (evropský typ) a ATCC VR-2332 (americký typ).
V tomto experimentu séra vytvořená proti evropským kmenům nejsou vůbec reaktivní s americkým kmenem. Existují dva zcela odlišné serotypy viru. Je to americký a evropský serotyp, které jsou odlišné na základě jejich serologických vlastností.
| • · | φ | |||
| • · • | • · • | ·· | ·· ···· • · · | |
| • · | • | Λ ♦ ♦ · | ||
| • | * | • · · · | ||
| • · | ·· ·· | ··· | • ·· | • · · · ·· ·· |
To je také možné prokázat na molekulové úrovni. V publikaci Nelson et al. 74th Annual Meeting of the Conference of Research Workers in Animal Disease, November 8-9, 1993 se porovnávají sekvence genů kódujících polymerázu různých izolátů. Experimenty ukázaly, že geny polymerázy vykazují ve skupině amerických serotypů 87 až 95 % homologií. Na základě porovnání nukleových kyselin mezi americkými a evropskými serotypy však existuje homologie pouze 64 až konferenci zmíněné shora v textu Mardassi
%. Na publikoval srovnatelné výsledky, které ukazují, že 530 nukleových kyselin 3-konce Quebeckého PRRS referenčního kmene a evropských izolátů vykazuje homologií pouze 59
Výsledky půblikované v článcích uvedených v shora v textu, pravděpodobné, že americké a evropské minulosti divergovaly, což pak jednoduše vysvětluje jejich genetické rozdíly a jejich serologickou nepříbuznost.
ukazují, že je serotypy v dávné
Americké a evropské serotypy tak mohou být jednoduše diskriminovány. Pro viry evropského serotypů je charakteristické, že při reakci se souborem antisér proti evropskému PRRS viru LV (CNCM 1-1102) v imunoperoxidázovém jednovrstvém testu reagují s vyšším titrem ve srovnání s reakcí se souborem antisér proti americkému PRRS viru (ATCC VR-2332). Jestliže se použije soubor séra získaný 40 dní po infekci a z odlišných zvířat, je možné jednoduše určit libovolný virus patřící buď k evropskému nebo americkému serotypů. V typickém případě reaktivita evropského kmene se souborem protiser proti evropským kmenům je přibližně 400 krát vyšší ve srovnání se souborem antisera proti americkým kmenům. Když evropský kmen reaguje s antiserem vytvořeným proti uloženému evropskému kmeni 1-1102 a uloženému americkému kmeni VR-2332, zjistil se typický rozdíl reaktivity přibližně 55-ti násobek (Wensvoort et al. J. Vet. Diagn. Invest 4: 134-138 (1992)) .
··
| • 0 0 | 0 • 0 0 0 0 | 00 | |
| • | • · • 0 0 0 | ||
| • 0 | 0000 | «00 | 0 0 |
Termín „mutace znamená substituci, deleci nebo začlenění nukleotidu nebo aminokyseliny do dané polohy nukleotidové nebo aminokyselinové sekvence. Termín „substituce znamená nahrazení nukleotidu nebo aminokyseliny jiným nukleotidem nebo aminokyselinou (například T nahradí C). Termín „delece znamená odstranění nukleotidu nebo aminokyseliny. Termín „inzerce znamená, že nukleotid nebo aminokyselina se začlení do dané polohy.
Vynález dále popisuje způsob nebo postup atenuace evropského viru PRRS charakterizovaného tím, že
a) nukleotidová sekvence uvedeného viru se upraví místně řízenou mutagenezí v alespoň jedné poloze ORF2 odpovídající polohám 130 až 150 a/nebo polohám 252 až 272 a/nebo polohám 273 až 293 v sekvenci SEQ ID NO: 22,
b) se testuje, zda je výsledný virus atenuovaný.
Vynález dále popisuje způsob atenuace evropského viru PRRS charakterizovaného tím, že
a) nukleotidová sekvence uvedeného viru je upravena místně řízenou mutagenezí alespoň v jedné poloze ORF3 odpovídající polohám 267 až 287 sekvence SEQ ID NO: 23,
b) se testuje, zda je výsledný PRRS atenuován.
V dalším provedení vynálezu se popisuje způsob atenuace evropského viru PRRS charakterizovaného tím, že
a) nukleotidová sekvence uvedeného viru je upravena místně řízenou mutagenezí alespoň v jedné poloze ORF5 odpovídající polohám 201 až 221 sekvence SEQ ID NO: 24,
b) se testuje, zda je výsledný PRRS atenuován.
Termín „odpovídající je vysvětlen shora v textu a znamená, že dvě polohy, které si vzájemně odpovídají, jsou ·'· ····
| • ·· | * | |
| • « · | ·· | • · |
| • · | • | |
| • · · | • | |
| • · | • | |
| ·· ···· | ··· | • · |
* · · ^ · · · • · · >
• · · · ·< ·· uspořádány při uspořádání sekvence pomoci BLAST do párů. Je výhodné, když úprava podle vynálezu vede ke změně aminokyselinové sekvence kódovaného proteinu. Ve výhodném provedení vynálezu úpravami jsou delece a/nebo substituce, s výhodou dvojité nebo vícenásobné mutace. Ve výhodném provedení vynálezu se kombinují dvě nebo více shora popsaných úprav. V dalším provedení vynálezu se upravuje sekvence každého ORF2, ORF3 a ORF5. Sekvence ORF2 se s výhodou upravuje alespoň ve dvou, s výhodou ve třech polohách.
Shora uvedený způsob zahrnuje
a) úpravu(y) vedoucí ke vzniku jednoho nebo více následujících rysů: ORF2 kódující protein, který má substituovanou nebo deletovanou aminokyselinu(y) v jedné nebo více polohách aminokyselinové sekvence odpovídající polohám 47, 88 a/nebo 95 sekvence SEQ ID NO: 22, 0RF3 kódující protein, který má substituovanou nebo deletovanou aminokyselinu v poloze aminokyselinové sekvence odpovídající poloze 93 sekvence SEQ ID NO: 23 a/nebo ORF5 kódující protein, jehož aminokyselina v poloze aminokyselinové sekvence odpovídá poloze 71 v sekvenci SEQ ID NO: 24 je substituována nebo deletována. Je výhodné, když všechny shora uvedené polohy jsou mutovány.
Je výhodné, když způsob podle vynálezu obsahuje
a) úpravu(y) vedoucí ke vzniku jednoho nebo více, s výhodou všech následujících rysů: ORF2 kódující protein, který neobsahuje v poloze aminokyselinové sekvence odpovídající poloze 47 SEQ ID NO: 22 fenylalanin, ORF2 kódující protein, který neobsahuje v poloze aminokyselinové sekvence odpovídající poloze 88 SEQ ID NO: 22 valin, 0RF2, který neobsahuje v poloze aminokyselinové sekvence odpovídající poloze • · • ·
SEQ ID NO: 22 fenylalanin, ORF3, který neobsahuje v poloze aminokyselinové sekvence odpovídající poloze
SEQ ID NO: 23 serin a/nebo ORF5 kódující protein, který neobsahuje v poloze aminokyselinové sekvence odpovídající poloze 71 SEQ ID NO: 24 leucin.
Je výhodné, když způsob podle vynálezu obsahuje
a) úpravu(y) s výhodou protein, vedoucí ke vzniku jednoho nebo více, všech následujících rysů: ORF2 kódující který obsahuje v poloze aminokyselinové sekvence odpovídající poloze 47 SEQ ID NO: 22 serin, ORF2 kódující protein, který obsahuje v poloze aminokyselinové sekvence odpovídající poloze 88 SEQ ID NO: 22 fenylalanin, ORF2, který obsahuje v poloze aminokyselinové sekvence odpovídající poloze 95 SEQ ID NO: 22 leucin, ORF3, který neobsahuje v poloze aminokyselinové sekvence odpovídající poloze 93 SEQ ID NO: 23 prolin a/nebo ORF5 kódující protein, který neobsahuje v poloze aminokyselinové sekvence odpovídající poloze 71 SEQ ID NO: 24 fenylalanin.
Je výhodné, když způsob podle vynálezu obsahuje
a) úpravu(y) vedoucí ke vzniku jednoho nebo více, s výhodou všech následujících rysů: ORF2, který obsahuje C v poloze odpovídající poloze 140 SEQ ID NO: 22, ORF2, který obsahuje T v poloze odpovídající poloze 262 SEQ ID NO: 22, ORF2, který obsahuje C v poloze odpovídající poloze 283 SEQ ID NO: 22, ORF3, který obsahuje C v poloze odpovídající poloze 277 SEQ ID NO: 23 a/nebo ORF5, který obsahuje T v poloze odpovídající poloze 211 SEQ ID NO: 24.
Dále vynález popisuje atenuovaný evropský virus PRRS, který je možné získat libovolnou shora uvedenou metodou.
Vynález dále popisuje nukleovou kyselinu obsahující kódující informaci atenuovaného evrospkého viru PRRS, jak se popisuje shora v textu. Jak se uvádí shora v textu, může jít o ribonukleovou kyselinu (RNA). Taková nukleová kyselina může dále být deoxyribonukleovou kyselinou, která je komplementární s takovou ribonukleovou kyselinou, to je cDNA nebo libovolný jiný typ DNA. Ve výhodném provedení vynálezu taková cDNA je přenosná. To znamená, že, jestliže taková cDNA se zavede do vhodné hostitelské buňky, v uvedené buňce se začnou tvořit virové částice. Vynález dále popisuje RNA, cDNA nebo jeho DNA obsahující libovolnou jednu nebo více mutací uvedených shora v textu.
Vynález dále zahrnuje vakcinační prostředek obsahující atenuovaný evropský virus PRRS, jak se popisuje v kombinaci s farmaceuticky přijatelným nosičem.
Dále vynález popisuje způsob vakcinace prasete proti PRRS charakterizované tím, že se účinné množství uvedeného vakcinačního prostředku aplikuje uvedenému praseti.
Vynález popisuje použití atenuovaného evropského viru PRRS pro výrobu vakcinačního prostředku proti PRRS.
Číslování nukleotidů nebo aminokyselin probíhá podle veřejně dostupného Lelystadova agens, jak se popisuje shora v textu. Jak se popisuje na obrázcích 1 až 4, ORF (otevřený čtecí rámec) se číslují odděleně, přičemž některé se překrýváj i.
Nukleotidy na specifických místech, kterými se atenuovaný evropský virus liší od virulentního viru divokého typu jsou nukleotidy 11915 až 11935 v 0RF2 (tabulka 1 odpovídající číslům 130 až 150 na Obr. 1) , 12037 až 12057 (tabulka č. 2, čísla 252 až 272 na Obr. 1), 12058 až 12078 (tabulka č. 3, čísla 273 až 293 na Obr. 1), dále nukleotidy 12660 až 12680 • · · ·
0RF3 (tabulka č. 4, čísla 267 až 287 na Obr. 3) a/nebo nukleotidy 13684 až 13704 v ORF5 (tabulka č. 5, čísla 201 až 221 na Obr. 4). Mutováním Lelystadova agens v jedné nebo několika shora v textu uvedených polohách libovolným nukleotidem uvedeným v tabulkách a delecí uvedených nukleotidů v uvedených polohách se získají živé atenuované evropské vakcinační kmeny viru PRRS. Mutace, jako je nahrazení nebo delece v uvedených polohách, jsou limitovány pouze podmínkami, za kterých musí být virus schopen se replikovat, to znamená musí stále zůstat živým virem. To je možné stanovit bez dalších experimentů. Odborník může na základě veřejně dostupného Lelystadova činidla a vynálezu zavést například jednu mutaci do každého místa popsaného na základě poskytnuté tabulky, například v poloze 11915 může zavést A, C nebo G nebo uvedený nukleotid může deletovat (kterým je T) . Neomezené příklady jsou zobrazeny na obrázcích 1 až 3 (ORF2, ORF3 a ORF5 Lelystadova agens B a atenuovaného viru A) a v příkladu 1.
Vynález zahrnuje takové viry, kde je mutován pouze jeden nukleotid, ale také několik nukleotidů nebo dokonce všechny nukleotidy, například jeden nebo několik tripletů kódujících jednu nebo několik aminokyselin v uvedených polohách. Avšak sekvence nemůže být mutována v rozsahu, že virus není schopný se dále replikovat, to znamená, že podle vynálezu musí být kódován živý virus.
Další nukleové kyseliny mimo uvedené oblasti mohou také být mutovány, ale to není podle vynálezu podstatné (zobrazeno na Obr. 1, například poloha 426 otevřeného čtecího rámce 2 Lelystad-B, kterým je C místo T) . Uvedené mutace se mohou provést standardními metodami genetického inženýrství, které jsou dobře známy v oboru, zvláště pak místně řízenou mutagenezí. Místně řízená mutageneze znamená postup genetického inženýrství, který umožňuje řízenou mutaci předem vybraných míst nukleové kyseliny. V obecném případě takový postup vyžaduje alespoň částečnou znalost sekvence takové nukleové kyseliny. Klasický způsob atenuace opakovaným pasážováním dávky neumožňuje mutaci předem vybraných míst. Takové metody genetického inženýrství jsou dobře známy v oboru (popisuje se v publikaci Sambrook et al (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, Chapter 15, Wu(ed.) (1993), Methods in Enzymology, Vol. 217, p.173-285).
Jako počáteční materiál vhodný pro zavedení mutací, je možné vytvořit klon cDNA virulentního kmene PRSSV, například Lelystadovo agens (CNCM 1-1102), který je dobře známy v oboru (popisuje se v publikaci Boyer et Haenni. Infectious transcripts and cDNA dones of RNA viruses. Virology (1994) 198: 415-426). Může se například připravit infekční kopie PRRSV, jak se popisuje v publikaci WO 00/53 787, Mulenberg et al., Adv. Exp. Biol. (1998) 440: 199-206, Meulenberg et al., J. Virol. (1998) 72(1): 380-387), který se pak mutoval podle vynálezu. V citovaných článcích se popisují detailní postupy, jak získat klony cDNA PRRSV a vytvořit jejich mutace. Mutovaný klon nebo infekční transkripty vytvořené in vitro se mohou pak transfekovat do vhodných hostitelských buněk, které pak budou tvořit atenuovaný virus.
Překvapivě se zjistilo, že místa 11925, 12047 a 12068 ORF2 (zobrazeno na Obr. 1), 12670 ORF3 (zobrazeno na Obr. 2) a/nebo 13694 ORF5 (zobrazeno na Obr. 4) se stále mění ve srovnání s virulentním kmenem Lelystadova agens. Jiným výhodným provedením vynálezu je atenuovaný evropský virus PRRS podle vynálezu charakterizovaný tím, že
a) ORF2 obsahuje v poloze 11925 C, A nebo G a/nebo v poloze 12047 C, T nebo A a/nebo v poloze 12068 A, C nebo G nebo deleci v uvedené poloze a/nebo • 9
b) 0RF3 obsahuje A, C nebo G v poloze 12670 nebo v uvedené poloze obsahuje deleci a/nebo
c) ORF5 obsahuje v poloze 13694 G, A nebo T nebo v uvedené poloze obsahuje deleci.
Zvláště se zjistilo, že místo 11925 ORF2 se mění na C, místo 12047 ORF2 se mění na T a místo 12068 ORF2 se mění na C (zobrazeno na Obr. 1), místo 12670 ORF3 se mění na C (zobrazeno na Obr. 2) a/nebo místo 13694 ORF5 se mění na T (zobrazeno na Obr. 4) ve srovnání s virulentním kmenem
Lelystadova agens. Jiné více výhodné provedení vynálezu popisuje atenuovaný evropský virus PRRS podle vynálezu, kde uvedená nukleová kyselina je dále charakterizována tím, že
a) uvedený ORF2 obsahuje C v poloze 11925 a/nebo T
| v poloze 12047 a/nebo uvedené polohy a/nebo | C | v poloze | 12068 | nebo | deleci | |
| b) | uvedený ORF3 obsahuje v uvedené poloze a/nebo | C | v poloze | 12670 | nebo | deleci |
| c) | uvedený ORF5 obsahuje uvedené polohy. | T | v poloze | 13694 | nebo | deleci |
| Výhodnější provedení vynálezu | popisuje | atenuovaný evropský |
virus PRRS podle vynálezu označený jako atenuovaný virus A, kde uvedená nukleová kyselina je dále charakterizována tím, že
| a) | uvedený v SEQ ID | ORF2 NO: | obsahuj e 1 a/nebo | nukleovou | kyselinu | definovanou |
| b) | uvedený | ORF3 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou |
| v SEQ ID | NO: | 2 a/nebo | ||||
| c) | uvedený | ORF4 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou |
| v SEQ ID | NO: | 3 a/nebo | ||||
| d) | uvedený | ORF5 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou |
| v SEQ ID | NO: | 4 . |
nebo fragment, alelickou variantu, variantu založenou na degenerovaném kódu nukleové kyseliny, fúzni molekulu nebo její chemický derivát.
Termín „fragment podle vynálezu znamená libovolnou imunogenní subjednotku viru PRRS nebo ORF podle vynálezu, to znamená libovolnou podjednotku polypeptidu charakterizovanou tím, že je kódovaná kratší molekulou nukleové kyseliny, která je popsána shora v textu, avšak stále si uchovává svou aktivitu.
Termín „funkční varianta viru PRRS nebo ORF podle vynálezu je virus PRRS nebo ORF, který má biologickou aktivitu (buď funkční nebo strukturální), která je v podstatě stejná s virem PRRS nebo ORF podle vynálezu. Termín „funkční varianta také zahrnuje „fragment, „alelickou variantu, „funkční variantu, „variantu založenou na degenerovaném kódu nukleové kyseliny nebo „chemické deriváty. Taková „funkční varianta může například nést jednu nebo několik bodových mutací, jednu nebo několik změn v nukleové kyselině, delece nebo začlenění nebo jednu nebo několik změn aminokyseliny, delece nebo začlenění. Uvedená funkční varianta si stále uchovává svou biologickou aktivitu, například funguje jako vakcinační kmen, alespoň částečně nebo dokonce dochází ke zlepšení uvedené biologické aktivity.
Termín „varianta založená na degenerovaném genetickém kódu znamená, že jistá aminokyselina může být kódována několika různými nukleotidovými triplety. Uvedená varianta si stále uchovává svou biologickou aktivitu, alespoň částečně nebo dokonce dochází ke zlepšení uvedené biologické aktivity.
Termín „fúzni molekula může být virus PRRS nebo ORF podle vynálezu fúzovaný například s reportní molekulou, jako je například radioaktivní značení, chemická molekula, jako je • · · · · · · • · · · · • · · · • · · · · • · · · · • ··· · · · · fluorescenční značení nebo libovolná jiná molekula známá
v oboru.
Termín „chemický derivát podle vynálezu je virus PRRS nebo ORF podle vynálezu chemicky upravený nebo obsahující další chemické části, které v normálním případě nejsou částmi molekuly. Takové části mohou zlepšit rozpustnost, absorpci, biologický poločas rozpadu uvedené molekuly.
Molekula je „v podstatě podobná jiné molekule, jestliže obě molekuly mají v podstatě podobné struktury nebo biologickou aktivitu. To znamená, že dvě molekuly vykazují podobnou aktivitu a považují se za varianty. Tento termín se použije dokonce, jestliže struktura jedné z molekul se nenachází ve druhé molekule nebo jestliže sekvence aminokyselinových zbytků není shodná.
Jiné nejvýhodnější provedení vynálezu popisuje atenuovaný evropský virus PRRS podle vynálezu (označený jako atenuovaný virus A), kde uvedená nukleové kyselina je charakterizována tím, že:
| a) | uvedený | ORF2 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou |
| v SEQ ID | NO: | 1 a/nebo | ||||
| b) | uvedený | ORF3 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou |
| v SEQ ID | NO: | 2 a/nebo | ||||
| c) | uvedený | ORF4 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou |
| v SEQ ID NO: | 3 a/nebo | |||||
| d) | uvedený | 0RF5 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou |
| v SEQ ID NO: | 4 . |
Jiným výhodným provedením vynálezu je atenuovaný evropský virus PRRS pode vynálezu atenuovaný virus A) , kde charakterizována tím, že (označený na obrázcích jako uvedená nukleové kyselina je obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 5 nebo fragment, alelickou variantu, ·· ····
funkční variantu, variantu založenou na degenerovaném kódu nukleové kyselin, fúzní molekulu nebo její chemický derivát.
Nejvýhodnější provedení vynálezu popisuje atenuovaný evropský virus PRRS podle vynálezu (na obrázcích označený jako atenuovaný virus A) , kde uvedená nukleová kyselina je charakterizována tím, že obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 5.
Jiné výhodné provedení vynálezu popisuje atenuovaný evropský virus PRRS podle vynálezu (na obrázcích značený jako LELYSTAD-B), kde uvedená nukleová kyselina je charakterizována tím, že
| a) uvedený | ORF2 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou |
| v SEQ ID | NO: | 6 a/nebo | |||
| b) uvedený | ORF3 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou |
| v SEQ ID | NO: | 7 a/nebo | |||
| c) uvedený | ORF4 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou |
| v SEQ ID NO: | 8 a/nebo | ||||
| d) uvedený | 0RF5 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou |
v SEQ ID NO: 9 nebo fragment, alelickou variantu, variantu založenou na degenerovaném kódu nukleové kyseliny, fúzní molekulu nebo její chemický derivát.
Jiné výhodné provedení vynálezu popisuje atenuovaný evropský virus PRRS podle vynálezu (na obrázcích značený jako LELYSTAD-B), kde uvedená nukleová kyselina je charakterizována tím, že
| a) | uvedený | ORF2 | obsahuje | nukleovou | kyselinu | definovanou |
| v SEQ ID | NO: | 6 a/nebo | ||||
| b) | uvedený | ORF3 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou |
| v SEQ ID NO: | 7 a/nebo | |||||
| c) | uvedený | ORF4 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou |
| v SEQ ID NO: | 8 a/nebo |
·· ····
d) uvedený 0RF5 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 9.
Jiné důležité provedení vynálezu popisuje atenuovaný evropský virus PRRS podle vynálezu (na obrázcích značený jako
| atenuovaný | virus | A), kde | uvedený | virus | PRRS | je |
| charakterizována tím, | že | |||||
| a) ORFla obsahuje | nukleovou | kyselinu | definovanou | v SEQ | ID | |
| NO: | 10 a/nebo | |||||
| b) ORFlb obsahuje | nukleovou | kyselinu | definovanou | v SEQ | ID | |
| NO: | 11 a/nebo | |||||
| c) ORF2 | obsahuje | nukleovou | kyselinu | definovanou | v SEQ | ID |
| NO: | 12 a/nebo | |||||
| d) ORF3 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou | v SEQ | ID |
| NO: | 13 a/nebo | |||||
| e) ORF4 | obsahuje | nukleovou | kyselinu | definovanou | v SEQ | ID |
| NO: | 14 a/nebo | |||||
| f) ORF5 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou | v SEQ | ID |
| NO: | 15 a/nebo | |||||
| g) ORF6 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou | v SEQ | ID |
| NO: | 16 a/nebo | |||||
| h) ORF7 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou | v SEQ | ID |
| NO: | 17 |
nebo fragment, alelickou variantu, variantu založenou na degenerovaném kódu nukleové kyseliny, fúzní molekulu nebo její chemický derivát.
Jiné důležité provedení vynálezu popisuje atenuovaný evropský virus PRRS podle vynálezu (na obrázcích značený jako atenuovaný virus A), kde uvedený virus PRRS je charakterizována tím, že
a) ORF1 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 10 a/nebo
b) ORFlb obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 11 a/nebo • · · · · ·
• · 9
9 9
9 9 · • 9 9 9 • 99 99
| C) | ORF2 NO: | obsahuje 12 a/nebo | nukleovou | kyselinu | definovanou | v | SEQ | ID |
| d) | ORF3 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou | v | SEQ | ID |
| NO: | 13 a/nebo | |||||||
| e) | ORF4 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou | v | SEQ | ID |
| NO: | 14 a/nebo | |||||||
| f) | ORF5 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou | v | SEQ | ID |
| NO: | 15 a/nebo | |||||||
| g) | ORF6 | obsahuje | nukleovou | kyselinu | definovanou | v | SEQ | ID |
| NO: | 16 a/nebo | |||||||
| h) | ORF7 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou | v | SEQ | ID |
NO: 17.
Jiné důležité provedení vynálezu popisuje atenuovaný evropský virus PRRS podle vynálezu (na obrázcích značený jako LELYSTAD-B), kde uvedený virus PRRS je charakterizována tím, že
| a) | ORF2 NO: | obsahuj e 18 a/nebo | nukleovou | kyselinu | definovanou | v | SEQ | ID |
| b) | ORF3 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou | v | SEQ | ID |
| NO: | 19 a/nebo | |||||||
| c) | ORF4 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou | v | SEQ | ID |
| NO: | 20 a/nebo | |||||||
| d) | ORF5 | obsahuje | nukleovou | kyselinu | definovanou | v | SEQ | ID |
| NO: | 21 |
nebo fragment, alelickou variantu, variantu založenou na degenerovaném kódu nukleové kyseliny, fúzní molekulu nebo její chemický derivát.
Jiné důležité provedení vynálezu popisuje atenuovaný evropský virus PRRS podle vynálezu (na obrázcích značený jako LELYSTAD-B), kde uvedený virus PRRS je charakterizována tím, že
a) ORF2 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID
NO: 18 a/nebo «« ····
• · • ·
| b) | ORF3 NO: | obsahuj e 19 a/nebo | nukleovou | kyselinu | definovanou | v | SEQ | ID |
| c) | ORF4 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou | v | SEQ | ID |
| NO: | 20 a/nebo | |||||||
| d) | ORF5 | obsahuj e | nukleovou | kyselinu | definovanou | v | SEQ | ID |
NO: 21.
Jiné důležité provedeni vynálezu popisuje nukleotidovou sekvenci kódující virus podle vynálezu, jak se popisuje shora v textu. Takové nukleotidové sekvence zahrnují sekvence popsané v seznamu sekvencí (například identifikačními čísly 1 až 9) . Vynález dále popisuje proteiny popsané sekvencí SEQ ID NO: 10 až 21.
Další výhodné provedení vynálezu popisuje nukleotidovou sekvenci podle vynálezu, kde nukleotidová sekvence se upravila tak, aby kódovala markér virulence a/nebo serologický markér. Jak se zmiňuje v úvodních stránkách, pro zdraví prasat je důležité, rozlišit méně virulentní živý vakcinační kmen obsažený ve farmaceutickém přípravku od infekce virulentním virem divokého typu. To je často obtížné, zvláště když klinické symptomy infekce nejsou dostatečně specifické nebo se hodnotí jako následek jiné infekce nebo doba pozorování a hodnocení je krátká. Tvoření virů rekombinací umožňuje zavedené úprav do genetického kódu, čímž je možné získat serologický markér a/nebo markér virulence. Serologický markér znamená antigenně detekovatelnou molekulu, jako je peptid, protein, glykoprotein, který je možné izolovat z infikovaných buněk nebo tělních tekutin, jako je tekutina z hltanu nebo z nosu nebo moč. Markér virulence je markér v genetickém kódu, může identifikovat rekombinantními analytickými jako je PCR a běžné sekvenování. Proto výhodné provedení vynálezu popisuje nukleotidovou sekvenci markéru virulence podle vynálezu, která se upravila tak, aby kódovala markér virulence a/nebo serologický markér. Jako markéry který se metodami, ·· ···· • · · · ♦ · · · «·· ···· ··· ··· ·· ·· virulence a serologické markéry jsou zvláště vhodné mutace nebo delece zavedené pro účely atenuace virů. Sledováním těchto mutací v popsaných místech, které jsou specifické pro virulenci, je možné předpokládat nebezpečí možného návratu virulence už v časném stádiu.
Jiné provedení vynálezu popisuje nukleotidovou sekvenci podle vynálezu, kde nukleotidová sekvence kódující uvedený markér se nachází v libovolném otevřeném čtecím rámci, který kóduje strukturální virové proteiny.
Vynález dále popisuje způsob vytvoření infekčního živého atenuovaného viru PRRS, přičemž uvedená metoda zahrnuje produkci rekombinantní nukleové kyseliny, jenž obsahuje alespoň jednu kopii DNA plné délky nebo kopii RNA přepisovanou in vitro nebo derivát uvedené DNA nebo RNA, přičemž uvedená nukleotidová sekvence je nukleotidovou sekvencí podle vynálezu. Způsob podle vynálezu dává vznik viru PRRS popsaného shora v textu. Pro zavedení mutace(í) za účelem získání viru PRRS může odborník použít místně řízenou mutagenezi (popisuje se v publikaci Sambrook et al., (1989) Moiecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd ed. , Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, Chapter 15, WU(ed.) (1993), Methods in Enzymology, vol. 217, p. 173-285).
Způsob popsaný v následujícím výhodném provedení vynálezu (na úrovni genomu) povede k vytvoření viru PRRS podle vynálezu, jak se popisuje shora v textu. Vynález dále popisuje způsob vytvoření infekčního živého atenuovaného viru PRRS, přičemž uvedená metoda je charakterizována následujícími kroky
a) virus PRRS podle vynálezu se používá k infekci vhodné buněčné linie
b) uvedený virus PRRS se dále atenuuje prostřednictvím pasáží buněčných kultur.
·· · ♦ · · · • · ·
V jiném výhodném provedení vynálezu se popisuje způsob, kde buněčnou linií jsou ledvinové buňky embryí opic nebo výhodné Marcovi buňky nebo jejich deriváty (popisuje se dále v textu).
V jiném provedení vynálezu se popisuje způsob, kde uvedeným virem PRRS je virus podle vynálezu popsaný shora v textu.
Vynález dále popisuje buněčnou linii obsahující virus PRRS podle vynálezu. Příklady takových buněčných linií zahrnují permanentní buněčné linie. S výhodou jde o prasečí, opičí nebo lidské buněčné linie, jako jsou ledvinové buňky lidských embryí (HEK 293, BHK, GH3, H4, U373, NT2, PC12, COS, CHO, Ltk, fibroblasty, myelomy, neuroblastomy, hybridomy, oocyty, embryonální kmenové buňky), hmyzí buněčné linie (například použití bakulovirových vektorů, jako je pPbac nebo pMbac (Stratagene, La Jolla, USA)), kvasinky (například Pichia pastoris nebo použití kvasinkových expresívních vektorů, jako je pYEshis (Invitrogen, San Diego, USA)) a hub.
Vynález dále popisuje buněčnou linii podle vynálezu, kterou jsou ledvinové buňky opičích embryí nebo výhodné Marcovy buňky nebo jejich deriváty.
Vynález dále zahrnuje způsob nebo postup atenuace evropského PRRS viru charakterizovaného tím, že
a) nukleotidová sekvence uvedeného viru upravená místně řízenou mutagenezí alespoň v jedné z poloh ORF2 odpovídá polohám 130 až 150 a/nebo polohám 252 až 272 a/nebo polohám 273 až 293 SEQ ID NO: 22,
b) se testuje, zda výsledný virus PRRS je atenuovaný.
Co se týká polohy v sekvenci nukleové kyseliny nebo v aminokyselinové sekvenci termín „odpovídající poloze jiné sekvence znamená, že dvě sekvence vykazují dostatečnou
9999
9· * · 9
9 9 9 • 9 9 9 9
9 9 9 · » 999 99 99 strukturální podobnost, aby se uspořádaly standardním algoritmem, jako je BLAST (Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W. and Lipman, D. J. (1990) „Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol.215: 403-410, Gish, W.
and States, D. J. (1993) „Identification of protein coding regions by database similarity search. Nátuře Genet. 3:266272, Madden, T.L., Tatusov, R.L. and Zhang, J. (1996) „Applications of network BLAST server Math. Enzymol. 266:131141, Zhang, J. and Madden, T. L. (1997) „PowerBlast: A new network BLAST application for Interactive or automated sequence analysis and annotation. Genome Res. 7:649-656, Altschul, Stephen F., Thomas L.Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller and David J. Lipman (197), „Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database seqrch programs, Nucleic Acids Res. 25: 3389-3402) a takové uspořádání se provede, pokud se dvě polohy uspořádají jako pár.
Dále vynález popisuje způsob atenuace evropského viru PRRS charakterizovaného tím, že
a) nukleotidová sekvence uvedeného viru se upravila místně řízenou mutagenezí alespoň v jedné z poloh ORF3, která odpovídá polohám 267 až 287 SEQ ID NO: 23,
b) se testuje, zda je výsledný virus PRRS atenuovaný.
Dále vynález popisuje způsob atenuace evropského viru PRRS charakterizovaného tím, že
a) nukleotidová sekvence uvedeného viru se upravila místně řízenou mutagenezí v alespoň jedné z poloh ORF5, která odpovídá polohám 201 až 221 SEQ ID NO: 24,
b) se testuje, zda je výsledný virus PRRS atenuovaný.
Úpravy popsané shora v textu vedou ke změně aminokyselinové sekvence kódovaného proteinu. Výhodné je, když úpravou je delece nebo substituce. Ve výhodném provedení ·· <··· o ··
0 0 00 ·· 0 * · • · · · 0 0 0 0 0 0 0 0000 0 00 0 0 000· 000 0000 000 000 00 00 vynálezu se upravila sekvence každého 0RF2, 0RF3 a 0RF5.
V jiném výhodném provedení vynálezu sekvence ORF2 se upravila alespoň ve dvou s výhodou alespoň ve třech polohách. Úpravy s výhodou vedou k jednomu nebo více následujících rysů: ORF2 kódující protein vykazující substituovanou nebo deletovanou jednu nebo více poloh aminokyselinové sekvence odpovídající polohám 47, 88 a/nebo 95 aminokyselinové sekvence kódované SEQ ID NO: 22, ORF3 kódující protein vykazující deletovanou nebo substituovanou aminokyselinu odpovídající poloze 93 aminokyselinové sekvence kódované sekvencí SEQ ID NO: 23 a/nebo ORF5 kódující protein vykazující deletovanou nebo substituovanou aminokyselinu odpovídající poloze 71 aminokyselinové sekvence kódované SEQ ID NO: 24.
Výhodnější je, když úprava provedená takovým způsobem vede k jednomu nebo k více, s výhodou ke všem, z následujících rysů: ORF2 kódující protein, který vykazuje serin v poloze odpovídající poloze 47 aminokyselinové sekvence kódované sekvencí SEQ ID NO: 22, ORF2 kódující protein, který vykazuje fenylalanin v poloze odpovídající poloze 88 aminokyselinové
| sekvence | kódované | sekvencí SEQ | ID NO: | 22, | ORF2 vykazující |
| leucin | v poloze | odpovídáj ící | poloze | 95 | aminokyselinové |
| sekvence | kódované | sekvencí SEQ | ID NO: | 22, | ORF3 vykazující |
| prolin | v poloze | odpovídáj ící | poloze | 93 | aminokyselinové |
| sekvence | kódované | sekvencí SEQ | ID | NO: | 23 a/nebo ORF5 |
vykazující fenylalanin v poloze odpovídající poloze 71 aminokyselinové sekvence kódované sekvencí SEQ ID NO: 24.
Ve výhodných provedeních vynálezu úpravy vedou k jednomu nebo více s výhodou ke všem následujících rysů: ORF2 vykazující C v poloze odpovídající poloze 140 v sekvenci SEQ ID NO: 22, ORF2 vykazující T v poloze odpovídající poloze 262 sekvence SEQ ID NO: 22, ORF2 vykazující C v poloze odpovídající poloze 283 sekvence SEQ ID NO: 22, ORF3 vykazující C v poloze odpovídající poloze 277 SEQ ID NO: 23 a/nebo ORF5 vykazující T v poloze odpovídající poloze 211 sekvence SEQ ID NO: 24.
Další provedení vynálezu popisuje atenuovaný evropský virus PRRS, který je možné získat způsobem popsaným shora v textu.
Dále vynález popisuje atenuovaný evropský virus PRRS vykazující ORF2, který se liší od sekvence SEQ ID NO: 22 v jedné nebo ve více polohách 130 až 150 a/nebo v jedné nebo ve více polohách 252 až 272 a/nebo v jedné nebo ve více polohách 273 až 293.
V dalším provedení vynálezu vynález' popisuje atenuovaný evropský virus vykazující ORF3, který se liší od SEQ I NO: 23 v jedné nebo ve více polohách 267 až 287.
Další provedení vynálezu popisuje atenuovaný evropský virus PRRS vykazující ORF5, který se liší od SEQ ID NO: 24 v jedné nebo ve více polohách 201 až 221.
V dalším provedení vynálezu se popisuje atenuovaný evropský virus PRRS vykazující ORF5, který se liší od sekvence SEQ ID NO: 24 v jedné nebo ve více polohách 201 až 221.
Další provedení vynálezu popisuje vakcinační prostředek obsahující atenuovaný evropský virus PRRS, jak se popisuje shora v textu, v kombinaci s farmaceuticky přijatelným nosičem. Další provedení vynálezu popisuje způsob vakcinace prasat proti PRRS charakterizovaný tím, že se uvedenému praseti aplikuje dostatečné množství uvedeného vakcinačního prostředku. V jiném případě vynález popisuje použití popisovaného atenuovaného evropského viru PRRS při výrobě vakcinačního prostředku proti PRRS.
Živý atenuovaný virus PRRS se může použít při léčbě, profylaxi nebo diagnóze onemocnění způsobeného virem PRRS divokého typu. Příklady takového onemocnění a použití jsou uvedeny v příkladu 1. Vynález dále popisuje použití viru podle vynálezu. Jejich definovaný molekulový základ atenuace je činí jedinečnými s viry, které jsou známy v oboru. Zvláště je výhodné použití virů podle vynálezu, které obsahují deleci v místech specifických pro virulenci, protože delece jsou méně náchylné k reverzi.
Jiné výhodné provedení vynálezu popisuje farmaceutický prostředek obsahující jeden nebo několik virů PRRS podle vynálezu, a farmaceuticky přijatelný nosič. Vynález popisuje farmaceutický prostředek obsahující ne pouze uvedený evropský virus PRRS podle vynálezu, ale také atenuovaný americký virus PRRS, přičemž virus se prodává ve farmaceutickém prostředku pod názvem RespPRRS/Ingelvac® PRRS MLV, Boehringer Ingelheim. Farmaceuticky přijatelný nosič může obsahovat fyziologicky přijatelné sloučeniny, které například stabilizují nebo zesilují absorbci nebo tvoří část pomalu se uvolňujícího prostředku obsahující virus PRRS podle vynálezu. Takové fyziologicky přijatelné sloučeniny zahrnují například sacharidy, jako je glukóza, sacharóza nebo dextrany, antioxidanty, jako je kyselina askorbová nebo glutathion, chelatační činidla, proteiny s nízkou molekulovou hmotností nebo jiné stabilizátory nebo ekcipienty (popisuje se například v publikaci Remington's Pharmaceutical Sciences (1990). 18th ed. Mack Publ., Easton). Pro odborníka je zřejmé, že volba farmaceuticky přijatelného nosiče zahrnující fyziologicky přijatelnou sloučeninu závisí například na způsobu aplikace prostředku. Nejvýhodnější je, když prostředek obsahuje supernatant obsahující virus (tekutina z tkáňové kultury) z kultury infikovaných buněk a většinou po přidání stabilizátoru se supernatant lyofilizuje. Lyofilizovaný prostředek se může přímo před aplikací rekonstituovat ve vodě. V jiném příkladu bude vhodným nosičem fyziologický roztok sole. Je výhodné, když se farmaceutický prostředek zavede • · · · · · intramuskulámí nebo intradermální injekcí. Vakcinační prostředek podle vynálezu se může praseti aplikovat v závislosti na vakcinační historii prasnice v 1, 3, 6 nebo 10 týdnech života prasete, prasnici se může aplikovat před pářením a/nebo až 6 týdnů před vržením selat (zesilující vakcinace) nebo kancům každých 6 měsíců (zesilující vakcinace).
V jiném výhodném provedení vynálezu se popisuje použiti viru PRRS podle vynálezu při výrobě vakcinačního prostředku pro profylaxi a léčbu infekcí PRRS.
Následující příklady slouží pro další ilustraci vynálezu, ale rozhodně neomezují rozsah vynálezu.
Přehled obrázků na výkrese
Obr. 1 zobrazuje porovnání sekvence Lelystadova viru divokého typu publikovaného v GenBank, atenuovaného viru A (zkratka Vir.A) a atenuovaného Lelystadova viru B.
oblast genomu : ORF2 počet nukleotidů. 750 tučným písmem a rámečkem jsou označeny mutace (nesynonymní výměny nukleotidů) podle vynálezu (popisuje se také v nároku 2 a 3) .
Obr. 2 zobrazuje porovnání sekvence Lelystadova viru divokého typu publikovaný v GenBank, atenuovaného viru A (zkratka Vir.A) a atenuovaného Lelystadova viru B.
oblast genomu : ORF3 počet nukleotidů. 798 tučným písmem a rámečkem jsou označeny mutace (nesynonymní výměny nukleotidů) podle vynálezu (popisuje se také v nároku 2 a 3) .
Obr. 3 zobrazuje porovnání sekvence Lelystadova víru divokého typu publikovaný v GenBank, atenuovaného viru A (zkratka Vir.A) a atenuovaného Lelystadova viru B.
oblast genomu : ORF4 počet nukleotidů. 552.
Obr. 4 zobrazuje porovnání sekvence Lelystadova viru divokého typu publikovaný v GenBank, atenuovaného viru A (zkratka Vir.A) a atenuovaného Lelystadova viru B.
oblast genomu : ORF5 počet nukleotidů. 606 tučným písmem a rámečkem jsou označeny mutace (nesynonymní výměny nukleotidů) podle vynálezu (popisuje se také v nároku 2 a 3) .
Příklady provedení vynálezu
Příklad 1: Dosažení atenuace
Tento příklad obsahuje jasný návod pro porovnání virulentního charakteru dvou různých kmenů virů PRRS. Jako referenční kmen v případě typického virulentního evropského kmene složí pasážovaná kultura s malým počtem buněk (ne více než 5) Lelystadovo agens (CDI-NL-2.91).
Každá skupina v experimentu zahrnuje alespoň 10 jedinců, kteří se získaly z farmy, kde zvířata nejsou infikována virem PRRS. U zvířat se testovala nepřítomnost protilátek specifických pro virus PRRS v séru a nepřítomnost PRRSV. Všechna zvířata zahrnutá v experimentu pocházejí ze stejného zdroje a to z farmy, kde se nikdy neobjevila infekce PRRSV. Zařazení zvířete do skupiny je náhodné. Senzibilizace se provádí 85. až 90. den březosti intranasální aplikací 1 ml PRRSV s 105 TDCID50 (třetí pasáž) do každé nosní dírky. Každý experiment zahrnuje alespoň tři skupiny.
Jedné skupině se aplikuje Lelystadovo agens (CDI-NL-2.91), jedné testované skupině se aplikuje pravděpodobně atenuovaný virus a jedna skupina je striktně kontrolní skupinou.
Správnost provedení testu je dáno tím, že kontrolní zvířata zůstanou v průběhu studie PRRS negativní a ve skupině imunizované Lelystadovým agens se rodí alespoň o 25 % méně zdravých živých selat ve srovnání s negativní kontrolou.
Atenuace, jinými slovy nižší vírulence, se definuje jako statisticky podstatná změna jednoho nebo více parametrů stanovujících reprodukční činnost: preferuje se podstatné omezení alespoň v jednom z následujících parametrů v testované skupině:
frekvence mrtvě narozených selat potrat před 112 dnem březosti včetně počet mumifikovaných selat počet živých a slabých selat úmrtnost selat, dříve než jsou odstavena nebo další podstatné zvýšení jednoho z následujících parametrů v případě testované skupiny počet selat kojených vztaženo na jednu prasnicí počet živých, zdravých selat narozených vztaženo na jednu prasnici srovnáváno se skupinou infikovanou Lelystadovým agens.
Na základě experimentů se získaly následující výsledky, kdy se použila 147. pasáž buněčné kultury Lelystova agens.
| stupeň pasáže | živé/ zdravé | živé/ slabé | narozené mrtvé | mumifikované | průměr narozených mláďat na jednu prasnici |
| 5 | 30,5% | 45,5% | 17,9% | 6,2% | 11 |
• · · · · · • · · · · ··· ··· ·· ··
| 147 | 71,9% | 10,5% | 17,54% | 0 | 11,4 |
V tabulce jsou dále uvedena data reprodukční činnosti jedné prasnice získaná od prasnic, která se infikovala, jak se popisuje shora v textu, 5. pasáží buněčné kultury Lelystadova agens (skupina 1) a 147. pasáží buněčné kultury Lelystadova agens (skupina 2). Skupina 3 obsahovala zvířata, která složila jako negativní kontroly a infikovaly se pouze supernatantem buněčné kultury, která neobsahuje PRRSV:
| skupina | stupeň pasáže inokula | doba trváni březosti (dny) | celkový počet narozený ch selat | živé/ zdravé | živé/ slabé | mrtvě narozené | mumifiko vaně |
| 1 | 5 | 115 | 15 | 5 | 7 | 2 | 1 |
| 1 | 5 | 111 | 7 | 5 | 1 | 1 | 0 |
| 1 | 5 | 113 | 6 | 2 | 2 | 1 | 1 |
| 1 | 5 | 110 | 14 | 2 | 10 | 2 | 0 |
| 1 | 5 | 115 | 13 | 0 | 8 | 4 | 1 |
| průměr skupina 1 | 11 | 2,8 | 5, 6 | 2,0 | 0, 6 | ||
| O, 0 | 100 | 30, 5 | 45,5 | 17,9 | 6, 2 | ||
| 2 | 147 | 115 | 13 | 11 | 1 | 1 | 0 |
| 2 | 147 | 113 | 12 | 12 | 0 | 0 | 0 |
| 2 | 147 | 115 | 10 | 0 | 4 | 6 | 0 |
| 2 | 147 | 115 | 8 | 8 | 0 | 0 | 0 |
| 2 | 147 | 115 | 14 | 10 | 1 | 3 | 0 |
| průměr skupina 2 | 11,4 | CN oo | 1,2 | 2 | 0 | ||
| O. 0 | 100 | 71,93 | 10,53 | 17,54 | 0 | ||
| 3 | - | 117 | 12 | 11 | 1 | 0 | 0 |
| 3 | - | 115 | 9 | 8 | 1 | 0 | 0 |
| 3 | - | 116 | 14 | 9 | 5 | 0 | 0 |
• · · · · ·
| 3 | - | 115 | 6 | 6 | 0 | 0 | 0 |
| 3 | - | 115 | 14 | 11 | 3 | 0 | 0 |
| 3 | - | 116 | 15 | 14 | 1 | 0 | 0 |
| průměr skupina 3 | 11,7 | 9,8 | 1,8 | 0 | 0 | ||
| o. Ό | 100 | 86,1 | 13, 9 | 0 | 0 |
·· ····
Seznam sekvencí (1) Informace o SEQ ID NO: 1:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 750 párů baží (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcová (D) TOPOLOGIE:
(ii) DRUH MOLEKULY: DNA (íx) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 1:
atgcaatggg gttactgtgg agtaaaatca gccagctgtt cgtggacgcc ttcactgag.t 60·.·.: tccttgttag tgtggttgat attgttattt tccttgccat actgtttggg ttcaccgtcg 120 caggatggtt actggtcttc cttctcagag tggtttgctc cgcgcttctc cgttcgcgct 180' ctgccatťca ctctcccgaa ctatcgaagg tcctatgaag gcttgttgcc caactgtíaga 24Ό ccggatgtcc cacaatttgc attcaagcac ccattgggta fcgctttggca catgcgagtt 300. tcccaattaa ttgatgagat ggtctctcgt cgcattfcacc agaccatgga acattcaggt 360 caagcggcc.t ggaagcaggc ggttggtgag gccactctca cgaagctgtc aaggctcgat 420 atagttactc atttccaaca cctggccgca gtagaggcgg áttcttgccg ctttctcagc 480 tcacgactcg tgatgctaaa aaatcttgcc gttggcaatg tgagcctaca gtacaacacc 540 acgttggacc gcgttgagct catcttcccc acgccaggta cgaggcccaa gttgaccgac 600 ttcagacaat ggctcatcag tgtgcacgct tccatttttt cctctgtggc ttcatctgtt 660 accttgttca tagtgctttg gctfccgaatt ccagctctac gctatgttfct fcggtttccat 720 tggcccacgg caacacatca ttcgagctga 750(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 798 párů baží (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcová (D) TOPOLOGIE:
(ii) DRUH MOLEKULY: DNA (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 2:
·· ···· • · · « · · · • ·· ··· ·«· ·· ·· atggctcatc agtgtgcacg cttccatttt catagtgctt tggcttcgaa ttccagctct ggcaacacat cattcgagct gaccatcaac caagcggctc gccaaaggct cgagcccggt 3-ggtgtgagg agcgtgacca tgatgagttg ctcaaacttg agggttatta tgcttggctg ttccatccgg agttgttcgg gatagggaat cagttcattt gtgccgagca tgatggacag tccgcattat atgcggcata ttaccaccac gaatggctgc ggccactctt ttcctcctgg cgttcgcctg taagccctgt ttctcgacgc cggctgccgg tfctcatggtc cfctcaggaca cagcgcaaga ggaaattccc ttcggaaagt cccagtacat cacgataa ttcctctgtg gcttcatctg ttaccttgtt 60 acgctatgtt tttggtttcc attggcccac 120 tacaccatat gcatgccctg ttctaccagt 180 cgtaacatgt ggtgcaaaat agggtatgac 240 fctaatgccca tcccgtccgg gtacgacaac 3 00 gcttttttgt cctfcttccta cgcggcccaa 360 gtgtcgcgcg tcttcgtgga caagcgacac 420 aattcaaccg tatčtaccgg acacaacatc 480 caaatagacg ggggcaattg gttccatttg 540 cfcggtgctca atatatcafcg gtttctgagg 600 atctatcaga tattgagacc aacacgaccg 660 tcaattgtct ccgacctcac ggggtctcag 720 cgtcccaatg tcgtgaagcc gtcggtactc 780
798 (1) Informace o SEQ ID NO: 3:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 552 párů baží (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcové (D) TOPOLOGIE:
(ii) DRUH MOLEKULY: DNA (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 3:
atggctgcgg ccactctttt cctcctggct ggtgctcaat atatcatggt ttctgaggcg 60 ttcgcctgta agccctgttt ctcgacgcat ctatcagata ttgagaccaa cacgaccgcg 120 gctgccggtt tcatggtcct tcaggacatc aattgtctcc gacctcacgg ggtctcagca 180 gcgcaagagg aaattccctt cggaaagtcg tcccaatgtc gtgaagccgt cggtactccc 240 cagtacatca cgataacggc taacgtgacc gacgaatcat acttgtacaa cgcggacttg 300 ctgatgcttt ctgcgtgcct tttccacgcc tcagaaatga gcgagaaagg ctfccaaagtt 360 atctttggga atgtctctgg cgttgtttcc gcttgtgtca atttcacaga ttatgtggcc 420 catgtgaccc aacataccca gcagcatcat ttggtaattg atcacattcg gttgctgcat 480 ttcctgacac catctgcaat gaggtgggct acaaccattg cttgtttgtt cgccattctc 540, ttggcgatat ga 552.
(1) Informace o SEQ ID NO: 4:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 606 párů baží (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcové (D) TOPOLOGIE:
• ·φ ···· ·· · · · • · · 9
9 9 9 9
9 9 9 9
999 99 99 (ii) DRUH MOLEKULY: DNA (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 4:
..atgagatgtt ctcacaaatt ggggcgtttc ttgactccgc actcttgctt ctggtggttt 60·· tttttgctgt gtaccggctt gtcctggtcc tttgccgatg gcaacggcaa cagctčgaca 120. taccaataca .tatataactt gacgatatgc gagctgaatg, ggaccgactg gttgfcccagc 180cattttggtt gggcagtcga gacctttgtg ttttacccgg ttgccactca tatcctctca '240· ctgggttttc tcacaacaag ccattttttt gacgcgctcg. gtctcggcgc·tgtatccact.300· gcaggatttg ttggcgggcggtatgtactc tgcagdgtct.acggcgcttg tgctttcgca 360 • gcgttcgtat gtťttgtcat ccgtgctgct aaaaafctgca· tggcctgccg ctatgcccgt 420. acccggttta ccaacttcat tgtagacaac cgggggagag ttcatcgatg gaagtctcca 480 atagtggtag aaaaattggg caaagccgaa gtcgacggca acctcgtcac catcaaacat 540 gtcgtcctcg aaggggttaa agctcaaccc ttgacgagga cttcggctga gcaatgggag 600 gcctag 606
1) Informace o SEQ ID NO: 5:
| (i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | |
| (A) | DÉLKA: 14815 párů baží | |
| (B) | TYP: nukleová kyselina | |
| (C) | DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcová | |
| (D) | TOPOLOGIE: | |
| (ii) | DRUH | MOLEKULY: DNA |
| (ix) | ZNAKY: | |
| (D) | Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu | |
| (xi) | Popis sekvence: SEQ ID NO: 5: |
gganacatac acgacacttc tagtgtttgt gtaccttgga ggcgtgggta cagccccgcc 60 ccaccccttg gcccctgttc tagcccaaca ggtatccttc tctctcgggg cgagtgcgcc 120 gcctgctgct cccttgcagc gggaaggacc tcccgagtat ttccggagag cacctgcttt 180 acgggatctc caccctttaa ccatgtctgg gacgttctcc cggtgcatgt gcaccccggc 240 tgcccgggta ttttggaacg ccggccaagt cttttgcaca cggtgtctca gtgcgcggtc 300 tcttctctct ccagagcttc aggacactga cctcggtgca gttggcttgt tttacaagcc 360 tagggacaag cttcactgga aagtccctat cggcatccct caggtggaat gtactccatc 420 cgggtgctgt tggctctcag ctgttttccc tttggcgcgt atgacctccg gcaatcacaa 480 cttcctccaa cgacttgtga aggttgctga tgttttgtac cgtgacggtt gcttggcacc 540 tcgacacctt cgtgaactcc aagtttacga gcgcggctgc aactggtacc cgatcacggg 600 gcccgtgccc gggatgggtt tgtttgcgaa ctccatgcac gtatccgacc agccgttccc 660 tggtgccacc catgtgttga ctaactcgcc tttgcctcaa caggcttgtc ggcagccgtt 720 ctgtccattt gaggaggctc attctagcgt gtacaggtgg aagaaatttg tggttttcac 780 ggactcctcc ctcaacggtc gatctcgcat gatgtggacg ccggaatccg atgattcagc 840 cgccctggag gtactaccgc ctgagttaga acgtcaggtt gaaatcctca ttcggagttt 900 tcctgctcat caccctgtcg acctggccga ctgggagctc actgagtccc ctgagaacgg 960
9999
9 9
9 9
9 9
9 9 9 • 9 99 tttttccttc aacacgtctc attcttgcgg tcaccttgtc caaaaccccg acgtgtttga 1020 tggcaagtgc tggctctcct gctttttggg ccagtcggcc gaagtgcgct gccatgagga 1080 acatctagct gacgccttcg gttaccaaac caagtggggc gtgcatggta agtacctcca 1140 gcgcaggctt caagttcacg gcattcgtgc tgtagtcgat cctgacggtc. ccattcacgt 1200 tgaagcgctg tcttgccccc agtcttggat caggcacctg actctgaatg atgatgtcac 1260 cccaggattc gttcgcctga catcccttcg cattgtgccg aacacagagc ctaccacttc 1320 ccggatcttt cggtttggag cgcataagtg gtatggcgct gccggcaaac gggctcgtgc 1380 taagcgtgcc gctaaaagtg agaaggattc ggctcccacc cccaaggttg ccctgcctgt 14'40 ccccacctgt ggaattacca cctactctcc accgacagac gggtcttgtg gtfcggcatgt 1500 ccttgccgcc ataatgaacc ggatgataaa tggtgacttc acgtcccctc tgactcagta 1560 caacagacca gaggatgatt gggcttctga ttatgatctt gttcaggcga· ttcaatgtct 1620 acaactgcct gctaccgtgg ttcggaatcg cgcctgtcct aacgccaagt accttataaa 1680 acttaacgga gttcactggg aggtagaggt gaggtctgga atggctcctc gctcccttcc 1740 tcgtgaatgt gtggttggcg tttgctctga aggctgtgtc gcaccgcctt atccagcaga 1800 cgggctacct aaacgtgcac tcgaggcctt ggcgtctgct tacagactac cctccgattg 1860 tgttagctct ggtattgctg actttcttgc taatccacct cctcaggaat tctggaccct 1920 cgacaaaatg ttgacctccc cgtcaccaga gcggtccggc ttctctagtt tgtataaatt 1980 actattagag gttgttccgc aaaaatgcgg tgccacggaa ggggctttca tctatgctgt 2040 ,tgagaggatg ttgaaggatt gtccgagctc caaacaggcc atggcccttc tggcaáaaat 2100 taaagttcca tcctcaaagg ccccgtctgt gtccctggac gggtgtttcc ctacggatgt 2160 tccagccgac ttcgagccag catctccgga aaggccagct ggtctaatta acctggtagg 2220 cgggaatttg tccccctcag actccatgaa agaaaacatg cfecaatagcc gggaagacga 2280 accactggat ttgtcccaac cagcaccagc tgccacaacg acccttgtga gagagcaaac 2340 acccgacaac ccaggttctg atgccggtgc cctccccgtc accgttcgag. aatttgtccc 2400 gacggggcct atactccgtc atgttgagca ctgcggcacg gagtcgggcg acagcagttc 2460 · gcctttggac cagtctgatg cgcaaaccct -ggaccagcct ttaaatctat ccctggccgc 2520'. t-tggccagtg agggccaccg cgtctgaccc tggctgggtc cacggtaggc gcgagččtgt 2580 ttttgtaaag cctcgaaatg ctttctctga tggcgattca gcccttcagt tcggggágct 26401 ttctgaatcc agccctgtca tcgagtttga ccggacaaaa gatgctccgg tggttgacgc, 2700ccctgtcgac ttgacgactt cgaacgaggc cctctctgta gtcgaccctt tcgaatttgc 2760 · cgaactcaag cgcccgcgtt tctccgcaca agccttaatt gaccgaggcg gtccacttgc 2820 cgatgtccat gcgaaaataa agaaccgggt atatgaacag tgccfcccaag cttgtgagcc 2880' cggtagtcgt gcaaccccag ccaccaggga gtggctcgac aaaatgtggg atagggtgga 2940 catgaaaact tggcgctgca cctcgcagtt ccaagctggt cgcattcttg cgtccctcaa 3000 attcctccct gacatgattc aagacacacc gcctcctgtt cccaggaaga accgagctag 3060 tgacaatgcc ggcctgaagc aaccggtggc acagtgggat aggaaattga gtgtgacccc 3120 ccccccaaaa ccggttgggc cagtgcttga ccagaccgtc cctccgccta cggatatcca 3180 gcaagaagat gtcaccccct ccgatgggcc accccatgcg ccggattttc ctagtcgagt 3240 gagcacgggc gggagttgga aaggccttat gctttccggc acccgtctcg cggggtctat 3300 cagtcagcgc ctcatgacat gggtttttga agttttctcc cacctcccag cttttatgct 3360 cacacttttc tcgccacggg gctctatggc tccaggtgat tggttgtttg caggtgtcgt 3420 tttactcgct ctcttgctct gtcgttctta cccgatactc ggatgccttc ccctattggg 3480 tgtcttttct ggttctttgc ggcgtgttcg tctgggtgtt tttggttctt ggatggcttt 3540 tgctgtattt ttattctcga ctccatccaa cccagtcggt tcttcttgtg accacgattc 3600 gccggagtgt catgctgagc ttttggctct tgagcagcgc caactttggg aacctgtgcg 3660 cggccttgtg gtcggcccct'cgggcctctt atgtgtcatt cttggcaagt tactcggtgg 3720 gtcacgttat ctctggcatg ttttcctacg tttatgcatg cttgcggatt tggccctttc 3780 tcttgtttat gtggtgtccc aggggcgttg tcacaagtgt tggggaaagt gtataaggac 3840 agctcctgcg gaggtggctc ttaatgtatt tcctttcttg cgcgccaccc gtgcctctct 3900 tgtatccttg tgtgatcgat tccaaacgcc aaaaggggtt gatcctgtgc acttggcaac 3960 gggttggcgc gggtgctggc gtggtgagag tcccattcat caaccacacc aaaagcccat 4020 agcttatgcc aatttggatg aaaagaaaat atctgctcaa acggtggttg ctgtcecata 4080 cgatcccagt caggctgtca aatgcctgaa agttctgcag gcgggagggg ctatcgtgga 4140 ccagcctaca cctgaggtcg ttcgcgtgtc cgagatcccc ttctcagccc catttttccc 4200 aaaagttcca gtcaacccag attgcagggfc tgtggtagat tcggacactt ttgtggctgc 4260 ggtccgctgc ggttactcga cagcacaact ggtcctgggc cggggcaact ttgccaagtt 4320 ·· ·· ····
aaatcagacc cctfcgcfcgtg cacatcacct atatcctacc ggtcaccctg tattttggtg gttagtgatc cttctttccfc ctcattcttg tctctgggca . ccagtacacc .tatggccgcc .agttggatcc tgttgtaggc cgtcactgct .ccgcatgcac gggcgttgcc atcaactggt •tggcgattcg ttcaaacaaa agaaaccaag „cattaaafctg gctcctagcc ; .CtttttCCtt ctttttgctg ctttgtgctt • .ggcatctctc „fcttggccgct gacatactgc cggtggactc catgctggtt taatctcaga .tttagcttgc gtgctttgta tgccaaggcc tttgtccaag gattgttctg aaggaaaact tactgfccgtg ccctcttttt gafcgaagaaa aatttgggac ccatgctttt cgccccccaa cggtafcfcacg caactgcctt ttgcgacctt cttgaccact ggcggcctag accttaggcc cagggccacg ccgtcccttg gggcatgggg acaaaggcag gacgccccga cataaaggcc ccccccagga gctcaagtgt caagtgtgtg tatggccccg ccattgttct ctcgtctcct ttttcggctt atactcttga gtgttttgtc attggccgct tctgggccac gtccggagag cttctcgaag tcttcccttg gcccatgtgt actttcaaga cctgtggtca gtcgaacccg gggtcacccg cttggttctg ctctčtgacc agtccggcca tccgtccctg ctctggcgca aatgaaattc· gcatgggcca aaccgcaaca gaaafccggga ttcttaccta cataccctcg ggtgatggga aaaggtgttt aagttgtcac tctgcttcaa ctgcgccaag ctcgaggcct cttgggcaac gtgtccgtgc tccaacacac gagaatggtc cactgtgtat aagtctaccg caggacaggt cagggatttg tafcaacaggt gaagctgcca acagctgccg gaacaggctt ttgtaactga ctttagacet ctgttgfcggc ttgacgttct ccgggaatat aactcgagtt acctccaact gccttatcaa actctatctc caccaaaacg acfcggfcgggg cctctfcacac 4380 ctgcgtggac tcttgfcfccat tfccatccfccg gtctttggtt 4440 gccgaggaac cgctgaccca tggtgfctcaa atcctfctfctc 4500 gagttgtgtg ctcctctcga cttfcgtgtgt ctgccgácgg 4550 'cagccgtggc acaactctcc ggtagagagg tggggatttt 4620 tgactgcttt ggcccaccgc atggctctta aggcagacat 4680 tctgtgctta cgcctggccc atgagctccfc ggttaafcctg 4740 a9fc9gSttac ccttcaccct ctcactatgc fcttgggtgca 4800 tgccagcagc cggcatcctc tcactaggga taactggcct 4860 ttacccaggt tgccggaatt attacacctt atgacatcca 4920 gtggtgcagc tgctgtggcc acagccccag aaggcactta 4980 ctgctttaac tgggcgaact ttaatcttca ccccgbctgc 5040 gtgctttcag gactcataaa ccctgcctta acaccgtgaa 5100 gttccggagg ggttttcacc attgatggca gaagaactgt 5160 tgaacggcga cacagctaga gtcaccggcg actcctacaa 5220 ccaatggtga ttatgcctgg tcccatgctg atgactggca 5280 aggttgcgaa ggggtaccgc ggtcgtgcct actggcaaac 5340 gtatcattgg ggaagggttc gccttctgtt ttactaactg-5400 tcatctcaga atctggtgat cttattggaa tccacaccgg 5460 gtcttgtgac aacccctgaa ggggagacct gcaccatcaa 5520 •tttccagaca ttttgcaggc ccaagcgttc ctcfctgggga 5580 tcatccctga tgtaacatcc attccgagtg acttggcatc 5640tagtggaagg cggcctctcg accgttcaac fctttgtgtgt 5700 tgatgggcca tgcctggaca cccattgttg ccgtgggctt 5760 ttccagcagt·tttggtccga gccgtgtttt cttttgcact 5820ccccctggtc tgcacaggtg ttgatgatta gactccťcac 5880;· agctttctct ggcgfctctac gcactcgggg gtgtcgtcgg ‘5940 cttttgctgg cagattgtct gaattgtctc aagctótttc. 6000;· gggtccttgc tafcgaccagt fegtgttccca ccatcatcat 6060· gtgtgattct gtggttattc aaataccggfc gcctccacaa 6120'' gtttctcaag cgccttcttc ctacggtatt ttgcagaggg 6180. cacagtcctg tggcatgaat aacgagtccc taacggctgc 6240 aggctgacct tgattttttg tccagcttaa cgaacttcaa 6300 acatgaaaaa tgctgccggc cagtacattg aagcagcgta 6360 agttggcctc tctagttcag attgacaaaa tgaaaggagt 6420 ttgctgaaac agccaccccg tcccttgaca taggtgacgt '6480 atcctcacgg atccatcctc gatattaatg tggggactga 6540 aagagacccg gagcctaggc ggctccaaat tcagtgtttg 6600 ccgtggacgc cttaaccggc atcccactcc agacaccaac 6660 cgcgtcatcg cagcgaggaa gacgatctta aagtcgagag 6720 ccctcggctt ccacaacatc aatggcaaag tttactgcaa 6780 gtgacacctt ttacacggat gattcccggt acacccaaga 6840 cagccgacta cagagacagg gactatgagg gtgtgcaaac 6900 atccaaagtc tgaaaccccg gttggcaccg ttgtgatcgg 6960 afcctgafccaa aggtaaagag gttctggttc ccaagcctga 7020 agctgtccct tgagcaagct ctcgctggga tgggccaaac 7080 aggtggaaaa gctaaagcgc atcattagtc aactccaagg 7140 fcaaacfcgtta gccgccagcg gcttgacccg ctgtggccgc 7200 aacggcggta aaaattafcaa aafcaccacag cagaactttc 7260 aaaagtcact tccgaggtgg aggtaaagaa atcaactgag 7320 aaactfcatgt tccggtgtca tcttgatgag acctcaccca 7380 tctgaaaccc ggacttgata caacacccgg cattcaacca 7440 gggcgtggac ggttctattt gggattttga aaccgcaccc 7500 atccaagcaa ataatccaag catgtgaagt taggcgcggg 7560 ccctfcacaag ctctatcctg ttagggggga tcctgagcgg 7620 caccaggttt ggagafcttac cttacaaaac tcctcaagac 7680 ·· ··««
·· · · · • · · · • · · · · • · · · · caatccacgc cactaggtac tcatggagta ccaaggctgc ctggggtcct tgttcctccc tcccaacaaa aggagaattg aaaccaggac gtggtgtcac acaaattcaa cctgtgaccg ttgcaggatg caacacagga gtgtgtccaa tgaaaatggg tccttgaaat ccacctttcc cggacccaaa cagggcgaca aggcgcagaa cttgcattga cccgccagga tgagaagtca actatgcgtc gccctgtcac cacctgttgg ctcctcgcac accagtcccg tttctgatgg tgaaggtggc agaccacctg -agactafcgtt caggactccc ggcacgtccc ttcttagact ctgtcggctt ctatttacag ttgaatctaa aggtgctgac agggggccac cccgagcact accagctcca gctgtgggga ccctagagac ccgcttgttc tggggtttta cacattggcc gtatgcgccc ggccgtccac ggggtgaacc gtcgggagta ttggcgatgt ctaggtccct ctaaagccgt ctgagacggc accaagtccg ggtaaatcca ccctatagtg catggcactt tttgtcctgc gcgccgccat ggccagaggt cgcgccgtca tccaagccca tcggcgctca ttggggaaaa gacttggcct ctgtatgaac gacctcgtgg cccgtcacca ttgtcggcct ttcgaggacc gctgaaagac •ggtttcagaa .agaafctgagg fatcacatga •gattcatgtg· gcccggtgcg ·. tgggagaagc gccaaagc.cg catcaacact • cagtgtcagt ccatacaaac ccggggaggt gaagttgafec .ataaacatgg ggttccggaa cccacccatc. ccaggagcct attgccagcgcatctggaca caacttcacc cagctgacca agggaaaaac gcctttggtc gattcatccc ctaaafcaaat gaccctcata cttgtgttca gtagcgaagg tctctcttag gcacataacc gagttggcgc cttgtcgcta •tatgtggtcg ctatacatca gccacagatt cacgcattca aaatacctac ggcagggctg tatctgcaac ggcttgttgc cactcttcaa ccttgattca tgcagaggac acgcctagta atcaacttat ggacgttcag gcaaactgtg catcctgggc ccaggcattc ggagctgcat cagcaccccc tgaagagtac tggtgccttc caccgtatat tcatgaaatt tcagcctatg caattaccac gaaaaccgtc gctagtcccc cgcctcagag ccatgaccct tggttatagc taatgaaggg cgcctgtggg tctgagctgc ggctggcaga tgtcatcatg tcgaggtctc agactaccaa ttgcaatgta gctactgagt fcgatatagtc tttcccacca tggccgagta gctttccaaa tgattcctrc atttggccct ggctaggaac accataccat ctttgatatt tgtagccafcc ggagtttttc tgagctggta aggtccatct ggccagtctg cttttccccg agtggttacc aattgatgcc ctttcttggt tcaggccttg tctcgacgcg caaaggtacc gcctaaggac gtgcactctc atcaaaatgc ctgcacccca catggtttcg cgccctgaca ctccaaaaat cgcagattca cccgccaaga agcatacctg acaccttgta accaacaact atgaagaagg tgcactgtcg gccattgtaa ttgcctagct acaaaacgcg tcactggtaa ggtcttaagt ttggtatact tggtgggtcg ataactgata
-aatcgcgacc tatfcatgcgt gagtggtatg ttcccaggtc aagaagttcc cttgatttgt ggtcaccatg 'tcccctcttgaaggtgggta gttgcagtca gtggtgcctc ctactcagca caagtccagg agtgctctca cctgccaggt tcatacctcg acaccccttg tgttatgtgt aacatttgcg accagggtgg aaagatcgca gtgacattgc actcgggcaa aatctaaccc gttctgaatg cgatttcgag gaagggagct gacagtccag caccagaaca cgctacagca actcctggcg ccagaaacac gctgaggaag acggtggggg fcctgttgccg accgatgtgt tggaaactca acggggcccc agctttatgt ccccttttat acgacctafcc tctttggcca actctatggc aaattgatga ccctcaagaa ttattgcctt cttggaagtc ccggcagatg gatggtttgt atgtgcttaa gtggcctgtc tttatgccca tcctcgagga ctgatgacct agcaccttga aacccagctt gcatcctggc cfcgctgccgc aggacctcat cggcattfctt gccactgcgg gtttgttcca ccggttcaaa atgccgtgct ataaaacaacagaggggtat ttttgccgac agttcatagt acgatgatgt aagtttgcag ccgggccgtg atgaggctgg tgtgtttggg tcgatcagat cagccatcca tttttaccac tcggctctgc atctaccatc gacacgggfct ctgagcgcac cggataatgc tatcagaccc gtatgccact tatttgcacc atcgggcgtg agccaatggt tggtgtcata tcgtttcaac aggcagcaaa ggtgtcatca tagttggagt acctccccga aattagactt agtgtctgat 7740 ccctactgtg 7800 gtgtactaaa 7860 cacccaagga 7920 tattggtaag 7980 agggatcaat 8040 aatgtgtgcc 8100 acagtactgt 8160 ggctcacaga 8220 cccaattgcc 8280 tcttgaggcc 83;40' tgccaacctc 8400 ttgctgccat 8460 gtccggggac 8520 gcacatggta 8580 acagctcaaa 8640 tgtcttgtac 8700 cctgatgctg 8760 cctcggctgc 8820 tgctcttgca 8880 aatcctgatg-894Όctgcggtatt· 9000> cafcgtccatg 9060 catctgcgac 912 0. tfccgcacttt 9180' ggaatgttcg 9240'· aaaacaaatt 9300/ ggccctcgat· .9360 * tgcaggcaat -942-0 ' fctgcaaagac 9480 ·; agggccacca 9540;catttacaca 9600gtattccgtt 9660 ggttaggctt 9720 atattgtaat 9780 tgaccttcag 9840 gcctcagaag 9900 gccttgttac 9960 ccggcctgtg 10020 gataaccata 10080 gccaaagtcc 10140 gttcatttat 10200 tgattgtaac 102S0 agtcacaact 10320 gaggtgcaag 10380 accgcaagtg 10440 tctgccaaaa 10500 gcctgatcga 10560 cggtgcaggg 10620 ctatctcaca 10680 aggacgtata io'74O agaactcccc íosoo cattacatca 10860 aagttcgccc 10920 actccggcca 10980 cagggacgtc 11040
• ·· 9··9 ·· » · 9
9 9 9
9 9 9 9
9 9 9 9 • «99 99 99 cgactaatgg tctggaaagg agccaccgcc tatttccagt tggaagggct tacatggtcg moo gcgctgcccg actatgccag gtttattcag ctgcccaagg atgccgttgt atacafetgat 11160 ccgtgtatag gaccggcaac agccaaccgt aaggtcgtgc gaaccacaga ctggcgggcc 11220
·. gacctagcag tgacaccgta tgattacggc acccagaaca ttttgacaac agcctggttc 11280 gaggacctcg ggccgcagtg gaagattttg gggttacagc cctttaggcg agcatttggc 11340 • tttgaaaaca ctgaggattg ggcaatcctt gcacgccgta fcgaatgacgg caaggactac 11400 actgactata actggaactg tgttcgagaa cgcccacacg ccatctacgg gcgtgctcgt 11460 gaccatacgt atcattttgc ccctggcaca gaattgcagg tagagctagg taaaccccgg 1152 0 ctgccgcctg ggcaagtgcc _gtgaattcgg agtgatgcaa tggggttact gtggagtaaa 11580 atcagccagc tgttcgtgga cgccttcact gagttccttg ttagtgtggt tgatattgtfc 11640 <attttccttg ccatactgtt tgggttcacc gtcgcaggat ggttactggt cttccťtctc 11700 agagtggttt gctccgcgct tctccgttcg cgctctgcca ttcactctcc cgaactatcg 117 60 aaggtcctat gaaggcttgt tgcccaactg cagaccggat gtcccacaat ttgcattcaa 1182o ·. gcacccattg ggtatgcttt ggcacatgcg agtttcccaa ttaattgatg agatggtctc 11880 tcgtcgcatt taccagacca tggaacattc aggtcaagcg gcctggaagc aggcggttgg 11940 ...tgaggccact ctcacgaagc tgtcaaggct cgatatagtt ac.tcatttcc aacacčtggc 12000
- cgcagtagag gcggattctt 'gccgctttct cagctcacga cfccgtgatgc taaaaaatct 12 060 -.tgccgttggc aatgtgagcc tacagtacaa caccacgttg gaccgcgttg agctcatctt 12120 f ccccacgoca ggtacgaggc ccaagttgac cgacttcaga caatggctca tcagtgtgca 12180 ••/cgcttccatt ttttcctctg tggcfctcatc tgttaccttg ttcatagtgc tttggcttcg 12-240 <aattccagct ctacgctatg tttttggttt ccattggccc acggcaacac atcattcgag 12300 :.-ctgaccatca-actacaccat atgcatgccc tgttctacca gtcaagcggc tcgccaaagg 12360 ctcgagcccg gtcgtaacat gtggtgcaaa atagggtatg acaggtgtga ggagcgtgac 1242o catgatgagt tgttaatgcc. catcccgtcc gggtacgaca, acctcaaact tgagggttat. 12480.
..-tatgcttggc tggctttttt gtccttttcc tacgcggccc aattccatcc ggagttgttc 12540 gggataggga--atgtgtcgcg cgtcttcgtg gacaagcgac accagttcat ttgtgccgag 12600 . catgatggac-agaattcaac cgtatctacc ggacacaaca.tctccgcatt atatgcggca 12660 : :tattaccacc.--.accaaataga cgggggcaat tggttccatt'-t-ggaatggct gcggccactc- 12720 •ttttcctcct ggctggtgct caatatatca tggtttctga-ggcgttcgcc tgtaagccct 12780 .-.gtttctcgac :gcatc.tatca gatattgaga ccaacacgac cg.cggctgcc ggfct.tcatgg 12840 .-.jfcccfcfccagga catcaattgt -ctccgacctc acggggtctc agcagcgcaa gaggaaattc 12900 -,-ccttcggaaa gtcgtcccaa tgtcgtgaag ccgtcggtac tccccagtac atcacgataa 12 960 .-.•cggctaacgt gaccgacgaa tcatacttgt acaacgcgga cttgctgatg ctttctgcgt 13 02 0 gcctttt.cca cgcctcagaa atgagcgaga aaggcttcaa agttatcttt gggaatgtct 13 0-80
- ;ctggcgttgt ttccgcttgt gtcaatttca cagattatgt ggcccatgtg acccaacata 13140 .cccagcagca tcatttggta •attgatcaca ttcggttgct gcatttcctg acaccatctg 13200 caatgaggtg ggctacaacc· attgcttgtt tgttcgccat tctcttggcg atatgagatg 13260 ttctcacaaa ttggggcgtt tcttgactcc gcactcttgc ttctggtggt tttttttgct 13320 gtgtaccggc ttgtcctggt cctttgccga tggcaacggc aacagctcga cataccaata 13380 .catatataac ttgacgatat gcgagctgaa tgggaccgac tggttgtcca gccattttgg 13440 ttgggcagtc gagacctttg tgttttaccc ggttcccact catatcctct cactgggttt 13500 tctoacaaca agccattttt ttgacgcgct cggtctcggc gctgtatcca ctgcaggatt 13560 tgttggcggg cggtatgtac tctgcagcgt ctacggcgct tgtgctttcg cagcgttcgt 13620 atgttttgtc atccgtgctg ctaaaaattg catggcctgc cgctatgccc gtacccggtt 13680 taccaacttc attgtagaca accgggggag agtfccatcga tggaagtctc caatagtggt 13 740 .agaaaaattg ggcaaagccg aagtcgacgg caacctcgtc accatcaaac atgtcgtcct 13800 cgaaggggtt aaagctcaac ccttgacgag gacttcggct gagcaatggg aggcctagac 13 860 gatttttgca acgat-cctat cgccgcacaa aagctcgtgc tagcctttag catcacatac 13920 acacctataa tgafeatacgc ccttaaggtg tcacgcggcc gactcctggg gctgttgcac 13980 atcctaatat ttctgaactg ttcctttaca ttcggataca tgacatatgt gcattttcaa 14040 tccaccaacc gtgtcgcact taccctgggg gctgttgtcg cccttctgtg gggtgtttac 14100 agcttcacag aatcatggaa gtttatcact tccagatgca gattgtgttg ccttggccgg 14160 cgatacattc tggcccctgc ccatcacgta gaaagtgctg caggtctcca ttcaatctca 14220 gcgtctggta accgagcata cgctgtgaga aagcccggac taacatcagt gaacggcact 142 80 ctagtaccag gacttcggag cctcgtgctg ggcggcaaac gagctgttaa acgaggagtg 14340 gttaacctcg tcaagtatgg ccggtaaaaa ccagagccag aagaaaaaga aaagtacagc 14400 tccgatgggg aatggccagc cagtcaatca actgtgccag ttgctgggtg caatgataaa 14460 gtcccagcgc cagcaaccta ggggaggaca ggccaaaaag aaaaagcctg agaagccaca 14520 · .fcfcttcccctg gctgcfcgaag afcgacafcccg gcaccacctc. acccagactg aacgcťccct 14580 • ctgcttgcaa tcgatccaga cggctttcaa tcaaggcgca ggaactgcgt cgctttcatc 14640 cagcgggaag gtcagttttc aggttgagtt tatgctgccg gttgcfccata cagtgcgcct 14700 gattcgcgtg acttctacat ccgccagtca gggtgcaagt taatttgaca gtcaggtgaa 14760 tggccgcgat tggcgtgtgg -cctctgagtc acctattcaa ttagggcggt catag ; 14815 (1) Informace o SEQ ID NO: 6:
| (i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | |
| (A) | DÉLKA: 750 párů baží | |
| (B) | TYP: nukleová kyselina | |
| (C) | DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcová | |
| (D) | TOPOLOGIE: | |
| (ii) | DRUH | MOLEKULY: DNA |
| (ix) | ZNAKY: | |
| (D) | Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu | |
| (Xi) | Popis sekvence: SEQ ID NO: 6: |
•.atgcaatggg gtcactgtgg agtaaaatca gccagctgtt cgtggacgcc ttcactgagt60. •fccttgttag tgtggttgat.attgccattt tccttgccat actgttfcggg ttcaccgtcg 12.0.
. caggatggtfc actggtcttt ctfcctcagag tggtttgctc cgcgctfcctc cgtfccgcgct Ί80' · ctgccatt.ca ctcteccgaa ctatcgaagg tcctatgaag gcttgttgcc· caactgcaga 240' ccggatgtcc cacaatttgc agtcaagcac ccattgggya tgttttggca catgcgagtt -3Ό0· tcccacttga ttgatgagat · ggtctctcgt cgcatttacc agaccatgga acattcaggt-.36O :·. caagcggcct ggaagcaggt ggttggtgag gccactctca cgaagctgtc agggctcgat 42.0· atagttactc· atttccaaca cctggccgca gtggaggcgg attctfcgccg ctttctcagc -480
'.· tcacgactcg tgatgctaaa 'aaatcttgcc gttggcaatg tgagcctaca-gtacaacacc, 540 •/acgttggacc gcgttgagct catcttcccc acgccaggta cgaggcccaa gttgaccgafc .60-0.
: •.ttcagacaat. ggctcatcag tgtgcacgct tccattttfct· cctctgtggc · ttcatctgtt.: 660.;accttgttca tagfcgctttg· gctfccgaatt ccagcfcctac gctatgtttt, tggtttccat-720 · tggcccacgg caaca.catca·.· fctcgagctga .......· . 750’ (1) Informace o SEQ ID NO: 7:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
| (A) | DÉLKA: 798 párů baží | |
| (B) | TYP: nukleová kyselina | |
| (C) | DRUH ŘETĚZCE: jednořet | |
| (D) | TOPOLOGIE: | |
| (ii) | DRUH | MOLEKULY: DNA |
| (ix) | ZNAKY: |
Φ · · · · · • · · · · · · · · ·· · · φφφφ φφφ ···· ··· Φ·· φφ φφ (D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xi)Popis sekvence: SEQ ID NO: 7: atggcfccatc agtgtgcacg cfctccafcttt fctcctctgtg gcfctcatcfcg ttaccttgtt: 60< catagtgctt tggcttcgaa ttccagctct acgctatgtt tttggtttcc attggc.ccac 120 ggcaacacat cattcgagct gaccatcaac tacaccatat gcatgccctg ttctaccagt 180 caagcggctc gccaaaggct cgagcccggt catagcatgt ggtgcaaaat agggcatgac 240 aggtgtgagg agcgtgacca tgatgagttg ttaatgccca tcccgtccgg gtacgacaac 300 ctcaaacfctg agggttatta tgcttggctg gcttttfctgt ccttttccta· cgcggcccaa 3S0 ttccatccgg agttgttcgg gatagggaafc gtgtcgcgcg tcfctcgtgga caagcgacac 420 cagttcattt gtgccgagca tgafcggacac aattcaaccg tgtctaccgg acacaacatc 480 tccgcattat atgcggcata ttaccaccac caaatagacg ggggcaafctg gttccatttg 540 gaatggctgc ggccactctt fctcttccfcgg ctggtgctca acatatcatg gtttctgagg 600 cgttcgcctg taagcccfcgt ttctcgacgc atctatcaga tattaagacc aacacgaccg 660 cggctgccgg tttcatggtc ctfccaggaca fccaattgfctfc ccgacctcac ggggtcfccag 720 .cagcgcaaga gaaaatttcc ttcggaaagt cgtcccaatg tcgtgaagcc gtcggtactc 780 cccagtaeat cacgataa ·. 798 (1) Informace o SEQ ID NO: 8:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 552 párů baží (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcová (D) TOPOLOGIE:
(ii) DRUH MOLEKULY: DNA (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 8:
atggctgcgg ccactctttt cttcctggct ggtgctcaac atatcatggt ttctgaggcg 60 ttcgcctgta agccctgttt ctcgacgcat ctatcagata ttaagaccaa- cacgaccgcg 120 gctgccggtt tcatggtcct tcaggacatc aattgtttcc gacctcacgg ggtctcagca 180 gcgcaagaga aaatttcctt cggaaagtcg tcccaatgtc gtgaagccgt cggtactccc 240 cagtacatca cgafcaacggc taacgtgacc gacgaatcat acttgtacaa cgcggacctg 300 ctgatgcttt cfcgcgtgcct tttctacgcc tcaaaaatga gcgagaaagg cttcaaagtc 360 atctttggga atgtctctgg cgttgtfctct gcttgtgtca atttcacaga ttatgtggcc 420 catgtgaccc aacataccca gcagcatcat ctggtagttg atcacattcg gttgctgcat 480 ttcctgacac catctgcaat gaggtgggct acaaccattg cttgtttgct cgccaťtctc 540 ttggcnatat ga · · . 552 (1) Informace o SEQ ID NO: 9:
(í) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 606 párů baží (B) TYP: nukleová kyselina • · · · · ·
| (C) | • · · · · · · · · • · · · ···· DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcová |
| (D) | TOPOLOGIE: |
| DRUH | MOLEKULY: DNA |
| ZNAKY: | |
| (D) | Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu |
| Popis sekvence: SEQ ID NO: 9: |
.atgagatgfct ctcacaaatt ggggcgttcc ttgactccgc actcttgctt-ctggtggctt · 60 ·.
· tttttgctgt · gtaccggctt gtcctggtcc tttgccgatg gcaacggcga-cagctcgaca 120·' itaccaataca tatatgactt gacgatatgc gagctgaatg ggaccgactg gttgtccagc 180 . cattttggtt · gggcagtcga gacctttgtg · ttttacccgg ttgccactca tatcctctca 240.
•ctgggttttc ..tcacaacaag ccattttttt gacgcgctcg gtctcggcgc tgtatccact. 300. •gcaggatttg· ttggcgggcg gtacgtactc tgcagcgtct acggcgcttg tgctttcgca;360 gcgttcgtat gtttťgtcat ccgtgctgcť aaaaattgca tggcctgccg ctatgcccgt 420· acccggttta ccaaettcat tgtggacgao; cgggggagag ttcatcgatg gaagtctcca 48 0 atagtggtag aaaaattggg caaagccgaa gtcgatggca acctcgtcac catcaaacat 540 gtcgtcctcg aaggggttaa agctcaaccc ttgacgagga cttcggctga gcaatgggag 600 gcctag · · 606 (1) Informace o SEQ ID NO: 10:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 2 396 aminokyselinových zbytků (B) TYP: aminokyselinová (ii) DRUH MOLEKULY: protein (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 10:
| Met 1 | Ser | Gly | Thr | Phe 5 | Ser | Arg | Cys | Met | Cys 10 | Thr | Pro | Ala | Ala | Arg 15 | Val |
| Phe | Trp | Asn | Ala 20 | Gly | Gin | Val | Phe· | Cys 25 | Thr | Arg | Cys | Leu | Ser 30 | Ala | Arg |
| Ser | Leu | Leu 35 | Ser | Pro | Glu | Leu | Gin 4Ό | Asp | Thr | Asp | Leu | Gly 45 | Ala | Val | Gly |
| Leu | Phe 50 | Tyr | Lys | Pro | Arg | Asp 55 | Lys | Leu | His | Trp | Lys 60 | Val | Pro | Ile | Gly |
| Ile 65 | Pro | Gin | Val | Glu | Cys 70 | Thr | Pro | Ser | Gly | Cys 75 | Cys | Trp | Leu | Ser | Ala 80 |
| Val | Phe | Pro | Leu | Ala 85 | Arg | Met | Thr | Ser | Gly 90 | Asn | His | Asn | Phe | Leu 95 | Gin |
• ·
| Arg | Leu | Val | Lys | Val | Ala | Asp | Val | Leu Tyr | Arg | Asp | Gly | Cys | Leu | . Ala |
| 100 | 105 | 110 | ||||||||||||
| Pro | Arg | His | Leu | Arg | Glu | . Leu | . Gin | . Val Tyr | Glu | Arg | Gly | Cys | Asn | . Trp |
| 115 | 120 | 125 | ||||||||||||
| Tyr | Pro | Ile | Thr | Gly | Pro | Val | Pro | Gly Met | Gly | Leu | Phe | Ala | Asn | Ser |
| 130 | 135 | 140 | ||||||||||||
| Met | His | Val | Ser | Asp | Gin | Pro | Phe | Pro Gly | Ala | Thr | His | Val | Leu | Thr |
| 145 | 150 | 155 | 160 | |||||||||||
| Asn | Ser | Pro | Leu | Pro | Gin | Gin | Ala | Cys Arg | Gin | Pro | Phe | Cys | Pro | Phe |
| 165 | 170 | 175 | ||||||||||||
| Glu | Glu | Ala | His | Ser | Ser | Val | Tyr | Arg Trp | Lys | Lys | Phe | Val | Val | Phe |
| 180 | 185 | 190 | ||||||||||||
| Thr | Asp | Ser | Ser | Leu | Asn | Gly Arg | Ser Arg | Met | Met | Trp | Thr | Pro | Glu | |
| 195 | 200 | 205 | ||||||||||||
| . Ser | Asp | Asp | Ser | Ala | Ala | Leu | Glu | Val Leu | Pro | Pro | Glu | Leu | Glu | Arg |
| 210 | 1 | 215 | 220 | |||||||||||
| Gin | Val | Glu | Ile | Leu | Ile· | Arg | Ser | Phe- Pro | Ala | His | His | Pro | Val | Asp |
| 225 | 230 | 23 5 | 240 | |||||||||||
| Leu | Ala | Asp | Trp | Glu | Leu | Thr | Glu; | Ser .Pro | Glu | Asn | Gly | Phe | Ser | Phe |
| 245 | 250 | 255 | ||||||||||||
| Asn | Thr | Ser | His | Ser | Cys | Gly | His | Leu Val | Gin | Asn | Pro | Asp | Val | Phe |
| 260 | 265 | 270 | ||||||||||||
| Asp | Gly | Lys | Cys | Trp | Leu | Ser | Cys | Phe Leu | Gly | Gin | Ser | Ala | Glu | Val |
| 275 | 280 | 285 | ||||||||||||
| Arg | Cys | His | Glu | Glu | His | Leu | Ala | Asp Ala | Phe | Gly | Tyr | Gin | Thr | Lys |
| 290 | 295 | 300 | ||||||||||||
| Trp | Gly | Val | His | Gly | Lys | Tyr | Leu | Gin Arg | Arg | Leu | Gin | Val | His | Gly |
| 305 | 310 | 315 | 320 | |||||||||||
| Ile | Arg | Ala | Val | Val | Asp | Pro | Asp | Gly Pro | Ile | His | Val | Glu | Ala | Leu |
| 325 | 330 | 335 | ||||||||||||
| Ser | Cys | Pro | Gin | Ser | Trp | Ile | Arg | His Leu | Thr | Leu | Asn | Asp | Asp | Val |
| 340 | 345 | 350 | ||||||||||||
| Thr | Pro | Gly | Phe | Val | Arg | Leu | Thr | Ser Leu | Arg | Ile | Val | Pro | Asn | Thr |
| 355 | 360 | 365 | ||||||||||||
| Glu | Pro | Thr | Thr | Ser . | Arg | Ile | Phe . | Arg Phe | Gly | Ala | His | Lys | Trp | Tyr |
| 370 | 375 | 380 | ||||||||||||
| Gly | Ala | Ala | Gly Lys . | Arg . | Ala | Arg . | Ala Lys . | Arg | Ala | Ala | Lys | Ser | Glu |
• · · ·
| 385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
| Lys | Asp | Ser | Ala | Pro | Thr | Pro | Lys | Val | Ala | Leu | Pro | Val | Pro | Thr | Cys |
| 405 | 410 | 415 | |||||||||||||
| Gly | Ile | Thr | Thr | Tyr | Ser | Pro | Pro | Thr | Asp | Gly | Ser | Cys | Gly Trp | His | |
| 420 | 425 | 430 | |||||||||||||
| Val | Leu | Ala | Ala | Ile | Met | Asn | Arg | Met | Ile | Asn | Gly | Asp | Phe | Thr | Ser |
| 435 | 440 | 445 | |||||||||||||
| Pro | Leu | Thr | Gin | Tyr | Asn | Arg | Pro | Glu | Asp | Asp | Trp | Ala | Ser | Asp | Tyr |
| 450 | 455 | 460 | |||||||||||||
| Asp | Leu | Val | Gin | Ala | Ile | Gin | Cys | Leu | Gin | Leu | Pro | Ala | Thr | Val | Val |
| 465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
| Arg | Asn | Arg | Ala | Cys | Pro | Asn | Ala | Lys | Tyr | Leu | Ile | Lys | Leu | Asn | Gly |
| 485 | 490 | 495 | |||||||||||||
| Val | His | Trp | Glu | Val | Glu | Val | Arg | Ser | Gly | Met | Ala | Pro | Arg | Ser | Leu |
| 500 | 505 | 510 | |||||||||||||
| Pro | Arg | Glu | Cys | Val | Val | Gly | Val | Cys | Ser | Glu· | Gly | Cys | Val | Ala | Pro |
| 515 | 520 | 525 | |||||||||||||
| Pro | Tyr | Pro | Ala | Asp | Gly | Leu | Pro | Lys | Arg | Ala | Leu | Glu | Ala | Leu | Ala |
| 530 | 535 | 540 | |||||||||||||
| Ser | Ala | Tyr | Arg | Leu | Pro | Ser | Asp | Cys | Val | Ser | Ser | Gly | Ile | Ala | Asp |
| 545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
| Phe | Leu | Ala | Asn | Pro | Pro | Pro | Gin | Glu | Phe | Trp | Thr | Leu | Asp | Lys | Met |
| 565 | 570 | 575 | |||||||||||||
| Leu | Thr | Ser | Pro | Ser | Pro | Glu | Arg | Ser | Gly | Phe | Ser | Ser | Leu | Tyr | Lys |
| 580 | 585 | 590 | |||||||||||||
| Leu | Leu | Leu | Glu | Val | Val | Pro | Gin | Lys | Cys | Gly | Ala | Thr | Glu | Gly | Ala |
| 595 | 600 | 605 | |||||||||||||
| Phe | Ile | Tyr | Ala | Val | Glu | Arg | Met | Leu | Lys | Asp | Cys | Pro | Ser | Ser | Lys |
| 610 | 615 | 620 | |||||||||||||
| Gin | Ala | Met | Ala | Leu | Leu | Ala | Lys | Ile | Lys | Val | Pro | Ser | Ser | Lys | Ala |
| 625 | 630 | 635 | 640 | ||||||||||||
| Pro | Ser | Val | Ser | Leu | Asp | Gly | Cys | Phe | Pro | Thr | Asp | Val | Pro | Ala | Asp |
| 645 | 650 | 655 | |||||||||||||
| Phe | Glu | Pro | Ala | Ser | Pro | Glu | Arg | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa |
660 665 670
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa 675 680 685
| Xaa | Xaa 690 | Xaa Xaa | Xaa Xaa | Xaa 695 | Xaa | Xaa Xaa | Xaa Xaa Xaa 700 | Xaa Xaa Xaa | ||||||||
| Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | |
| 705 | 710 | 715 | 720 | |||||||||||||
| Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | Xaa | |
| 725 | 730 | 735 | ||||||||||||||
| Xaa | Xaa | Xaa | Ala | Gly | Leu | Ile | Asn | Leu | Val | Gly | Gly | Asn | Leu | Ser | Pro | |
| • | 740 | 745 | 750 | |||||||||||||
| - | Ser | Asp | Ser | Met | Lys | Glu | Asn | Met | Leu | Asn | Ser | Arg | Glu | Asp | Glu | Pro |
| 755 | 760 | 765 | ||||||||||||||
| Leu | Asp | Leu | Ser | Gin | Pro | Ala | Pro | Ala | Ala | Thr | Thr | Thr | Leu | Val | Arg | |
| 770 | 775 | 780 | ||||||||||||||
| Glu | Gin | Thr | Pro | Asp | Asn | Pro | Gly | Ser | Asp | Ala | Gly | Ala | Leu | Pro | Val | |
| 785 | 790 | 795 | 800 | |||||||||||||
| .Thr | Val | Arg | Glu | Phe | Val | Pro | Thr | Gly | Pro | Ile | Leu | Arg | His | Val | Glu | |
| 805 | 810 | 815 | ||||||||||||||
| His | Cys | Gly | Thr | Glu | Ser | Gly Asp | Ser | Ser | Ser | Pro | Leu | Asp | Gin | Ser | ||
| 820 | 825 | 830 | ||||||||||||||
| Asp | Ala | Gin | Thr | Leu | Asp | Gin | Pro | Leu | Asn | Leu | Ser | Leu | Ala | Ala | Trp | |
| 835 | 840 | 845 | ||||||||||||||
| Pro | Val | Arg | Ala | Thr | Ala | Ser | Asp | Pro | Gly | Trp | Val | His | Gly | Arg | Arg | |
| 850 | 855 | 860 | ||||||||||||||
| Glu | Pro | Val | Phe | Val | Lys | Pro | Arg | Asn | Ala | Phe | Ser | Asp | Gly Asp | Ser | ||
| 865 | 870 | 875 | 880 | |||||||||||||
| Ala | Leu | Gin | Phe | Gly | Glu | Leu | Ser | Glu | Ser | Ser | Pro | Val | Ile | Glu | Phe | |
| 885 | 890 | 895 | ||||||||||||||
| Asp | Arg | Thr | Lys | Asp | Ala | Pro | Val | Val' | Asp | Ala | Pro | Val | Asp | Leu | Thr | |
| 900 | 905 | 910 | ||||||||||||||
| Thr | Ser | Asn | Glu | Ala | Leu | Ser | Val | Val | Asp | Pro | Phe | Glu | Phe | Ala | Glu | |
| 915 | 920 | 925 | ||||||||||||||
| • | Leu | Lys | Arg | Pro | Arg | Phe | Ser | Ala | Gin | Ala | Leu | Ile | Asp | Arg | Gly | Gly |
| 930 | 935 | 940 | ||||||||||||||
| Pro | Leu | Ala | Asp | Val | His | Ala | Lys | Ile | Lys | Asn | Arg | Val | Tyr | Glu | Gin | |
| 945 | 950 | 955 | 960 | |||||||||||||
| Cys | Leu | Gin | Ala | Cys | Glu | Pro | Gly | Ser | Arg | Ala | Thr | Pro | Ala | Thr . | Arg |
965 970 975
Glu Trp Leu Asp Lys Met Trp Asp Arg Val Asp Met Lys Thr Trp Arg 980 985 990
| Cys | Thr Ser 995 | Gin Phe Gin Ala Gly Arg Ile Leu Ala 1000 | Ser 1005 | Leu | Lys | Phe |
| Leu | Pro Asp | Met Ile Gin Asp Thr Pro Pro Pro Val | Pro | Arg | Lys | Asn |
| 1010 | 1015 1020 | |||||
| Arg Ala Ser | Asp Asn Ala Gly Leu Lys Gin Pro Val | Ala | Gin | Trp | Asp | |
| 1025 | 1030 1035 | 1040 | ||||
| Arg | Lys Leu | Ser Val Thr Pro Pro Pro Lys Pro Val | Gly | Pro | Val | Leu |
| 1045 1050 | 1055 | |||||
| Asp | Gin Thr | Val Pro Pro Pro Thr Asp Ile Gin Gin | Glu | Asp | Val | Thr |
| 1060 1065 | 1070 | |||||
| Pro | Ser Asp | Gly Pro Pro His Ala Pro Asp Phe Pro | Ser | Arg | Val | Ser |
| 1075 | 1080 : | 1085 | ||||
| Thr | Gly Gly | Ser Trp Lys Gly Leu Met Leu Ser Gly | Thr | Arg | Leu | Ala |
| 1090 | 1095 1100 | |||||
| Gly Ser Ile | Ser Gin Arg Leu Met Thr Trp Val Phe | Glu | Val | Phe | Sér | |
| ' 1105 | 1110 1115 | 1120 | ||||
| His | Leu Pro | Ala Phe Met Leu Thr Leu Phe Ser Pro | Arg | Gly | Ser | Met |
| 1125 1130 | 1135 | |||||
| Ala | Pro Gly | Asp Trp Leu Phe Ala Gly Val Val Leu | Leu | Ala | Leu | Leu |
| 1140 1145 | 1150 | |||||
| Leu | Cys Arg | Ser Tyr Pro Ile Leu Gly Cys Leu Pro | Leu | Leu | c-iy | Val |
| 1155 | 1160 1165 | |||||
| Phe | Ser Gly | Ser Leu Arg Arg Val Arg Leu Gly Val | Phe | Gly | Ser | Trp |
| 1170 | 1175 1180 | |||||
| Met | Ala Phe | Ala Val Phe Leu Phe Ser Thr Pro Ser | Asn | Pro | Val | Gly |
| 1185 | 1190 1195 | 1200 | ||||
| Ser | Ser Cys | Asp His Asp Ser Pro Glu Cys His Ala | Glu | Leu | Leu | Ala |
| 1205 1210 | 1 | .215 | ||||
| Leu | Glu Gin | Arg Gin Leu Trp Glu Pro Val Arg Gly | Leu | Val | Val | Gly |
| 1220 1225 | 123 0 | |||||
| Pro | Ser Gly | Leu Leu Cys Val Ile Leu Gly Lys Leu | Leu | Gly Gly | Ser | |
| 1235 | 1240 1245 | |||||
| Arg | Tyr Leu | Trp His Val Phe Leu Arg Leu Cys Met | Leu | Ala | Asp | Leu |
| 1250 | 1255 1260 | |||||
| Ala | Leu Ser | Leu Val Tyr Val Val Ser Gin Gly Arg | Cys | His | Lys | Cys |
1265 1270 1275 1280
Trp Gly Lys Cys Ile Arg Thr Ala Pro Ala Glu Val Ala Leu Asn Val
1285 1290 1295
| Phe | Pro | Phe Leu Arg 1300 | Ala Thr Arg | Ala Ser Leu Val 1305 | Ser Leu 1310 | Cys Asp |
| Arg | Phe | Gin Thr Pro | Lys Gly Val | Asp Pro Val His | Leu Ala | Thr Gly |
| 1315 | 1320 | 1325 | ||||
| Trp | Arg | Gly Cys Trp | Arg Gly Glu | Ser Pro Ile His | Gin Pro | His Gin |
| 1330 | 1335 | 1340 | ||||
| Lys | Pro | Ile Ala Tyr | Ala Asn Leu | Asp Glu Lys Lys | Ile Ser | Ala Gin |
| 1345 | 1350 | 1355 | 1360 | |||
| Thr | Val | Val Ala Val | Pro Tyr Asp | Pro Ser Gin Ala | Val Lys | Cys Leu |
| 13 65 | 1370 | 1375 | ||||
| Lys | Val | Leu Gin Ala | Gly Gly Ala | Ile Val Asp Gin | Pro Thr | Pro Glu |
| 1380 | 1385 | 1390 | ||||
| Val | Val | Arg Val Ser | Glu Ile Pro | Phe Ser Ala Pro | Phe Phe | Pro Lys |
| 1395 | 1400 | 1405 | ||||
| Val | Pro .Val Asn Pro | Asp Cys Arg | Val Val Val Asp | Ser Asp | Thr Phe | |
| 1410 | 1415 | 1420 | ||||
| Val | Ala | Ala Val Arg | Cys Gly Tyr | Ser Thr Ala Gin | Leu Val | Leu Gly |
| 1425 | 1430 | 1435 | 1440 | |||
| Arg | Gly | Asn Phe Ala | Lys Leu Asn | Gin Thr Pro Pro | Arg Asn | Ser Ile |
| 1445 | 1450 | 1455 | ||||
| Ser | Thr | Lys Thr Thr | Gly Gly Ala | Ser Tyr Thr Leu | Ala Val | Ala Gin |
| 1460 | 1465 | 1470 | ||||
| Val | Ser | Ala Trp Thr | Leu Val His | Phe Ile Leu Gly | Leu Trp | Phe Thr |
| 1475 | 1480 | 1485 | ||||
| Ser | Pro | Gin Val Cys | Gly Arg Gly | Thr Ala Asp Pro | Trp Cys | Ser Asn |
| 1490 | 1495 | 1500 | ||||
| Pro | Phe | Ser Tyr Pro | Thr Tyr Gly | Pro Gly Val Val | Cys Ser | Ser Arg |
| 1505 | 1510 | 1515 | 1520 | |||
| Leu | Cys | Val Ser Ala | Asp Gly Val | Thr Leu Pro Leu | Phe Ser | Ala Val |
| 1525 | 1530 | 1535 | ||||
| Ala | Gin | Leu Ser Gly | Arg Glu Val | Gly Ile Phe Ile | Leu Val | Leu Val |
| 1540 | 1545 | 1550 | ||||
| Ser | Leu | Thr Ala Leu | Ala His Arg | Met Ala Leu Lys | Ala Asp | Met Leu |
1555 1560 1565
Val Ile Phe Ser Ala Phe Cys Ala Tyr Ala Trp Pro Met Ser Ser Trp 1570 1575 1580 « 9 ·99 *
| Leu Ile 1585 | Cys | Phe Phe Pro 1590 | Ile | Leu | Leu | Lys | Trp 1595 | Val | Thr | Leu | His | Pro 1600 |
| Leu Thr | Met | Leu Trp Val | His | Ser | Phe | Leu | Val | Phe | Cys | Leu | Pro | Ala |
| 1605 | 1610 | 1615 | ||||||||||
| Ala Gly | Ile | Leu Ser Leu | Gly | Ile | Thr | Gly | Leu | Leu | Trp | Ala | Ile | Gly |
| 1620 | 1625 | 1630 | ||||||||||
| Arg Phe | Thr | Gin Val Ala | Gly | Ile | Ile | Thr | Pro | Tyr Asp | Ile | His | Gin | |
| 1635 | 1640 | 1645 | ||||||||||
| Tyr Thr | Ser | Gly Pro Arg | Gly | Ala | Ala | Ala | Val | Ala | Thr | Ala | Pro | Glu |
| 1650 | 1655 | 1660 | ||||||||||
| Gly Thr | Tyr | Met Ala Ala | Val | Arg | Arg | Ala | Ala | Leu | Thr | Gly Arg | Thr | |
| 1665 | 1670 | 1675 | 1680 | |||||||||
| 'Leu Ile | Phe | Thr Pro Ser | Ala | Val | Gly | Ser | Leu | Leu | Glu | Gly Ala | Phe | |
| 1685 . | 1690 | 1695 | ||||||||||
| Arg Thr | His | Lys Pro Cys | Leu | Asn | Thr | Val | Asn | Val | Val | Gly | Ser | Ser |
| 1700 | 1705 | 1710 | ||||||||||
| Leu Gly | Ser | Gly Gly Val | Phe | Thr | Ile | Asp | Gly Arg | Arg | Thr | Val | Val | |
| 1715 | 1720 | 1725 | ||||||||||
| Thr Ala | Ala | His Val Leu | Asn | Gly Asp | Thr | Ala | Arg Val | Thr | Gly | Asp | ||
| 1730 | 1735 | 1740 | ||||||||||
| Ser Tyr | Asn | Arg Met His | Thr | Phe | Lys | Thr | Asn | Gly Asp | Tyr | Ala | Trp | |
| 1745 | 1750 | 1755 | 1760 | |||||||||
| Ser His | Ala | Asp Asp Trp | Gin | Gly | Val | Ala | Pro | Val | Val | Lys | Val | Ala |
| 1765 | 1770 | 1775 | ||||||||||
| Lys Gly | Tyr | Arg Gly Arg | Ala | Tyr | Trp | Gin | Thr | Ser | Thr | Gly | Val | Glu |
| 1780 | 1785 | 1790 | ||||||||||
| Pro Gly | Ile | Ile Gly Glu | Gly | Phe | Ala | Phe | Cys | Phe | Thr | Asn | cys | Gly |
| 1795 | 1800 | 1805 | ||||||||||
| Asp Ser | Gly | Ser Pro Val | Ile | Ser | Glu | Ser | Gly Asp | Leu | Ile | Gly | Ile | |
| 1810 | 1815 | 1820 | ||||||||||
| His Thr | Gly | Ser Asn Lys | Leu | Gly | Ser | Gly | Leu | Val | Thr | Thr | Pro | Glu |
| 1825 | 1830 | 1835 | 1840 | |||||||||
| Gly Glu | Thr | Cys Thr Ile | Lys | Glu | Thr | Lys | Leu | Ser | Asp | Leu | Ser | Arg |
| 1845 | 1850 | 1855 | ||||||||||
| His Phe | Ala | Gly Pro Ser | Val | Pro | Leu Gly | Asp | Ile | Lys | Leu | Ser | Pro | |
| 1860 | 1865 | 1870 | ||||||||||
| Ala Ile | Ile | Pro Asp Val | Thr | Ser | Ile | Pro | Ser | Asp | Leu | Ala | Ser | Leu |
1875 1880 1885
| Leu Ala 1890 | Ser Val | Pro | Val Val 1895 | Glu Gly Gly Leu Ser 1900 | Thr | Val Gin Leu |
| Leu Cys | Val Phe | Phe | Leu Leu | Trp Arg Met Met Gly | His | Ala Trp Thr |
| 1905 | 1910 | 1915 | 1920 | |||
| Pro Ile | Val Ala | Val | Gly Phe | Phe Leu Leu Asn Glu | Ile | Leu Pro .Ala |
| 1925 | 1930 | 1935 | ||||
| Val Leu | Val Arg | Ala | Val Phe | Ser Phe Ala Leu Phe | Val | Leu Ala Třp |
| 1940 | 1945 | 1950 | ||||
| Ala Thr | Pro Trp | Ser | Ala Gin | Val Leu Met Ile Arg | Leu | Leu Thr Ala |
| 1955 | 1960 1965 | |||||
| Ser Leu | Asn Arg | Asn | Lys Leu | Sér Leu Ala Phe Tyr | Ala | Leu Gly Gly |
| 1970 | 1975 | 1980 | ||||
| Val Val | Gly Leu | Ala | Ala Glu | Ile Gly Thr Phe Ala | Gly Arg Leu Ser | |
| 1985 | 1990 | 1995 | 2000 | |||
| Glu Leu | Ser Gin | Ala | Leu Ser | Thr Tyr Cys Phe Leu | Pro Arg Val Leu | |
| 2005 | 2010 | 2015 | ||||
| Ala Met | Thr Ser | Cys | Val Pro | Thr Ile Ile Ile Gly | Gly | Leu His Thr |
| 2020 | . 2025 | 2030 | ||||
| Leu Gly | Val Ile | Leu | Trp Leu | Phe Lys Tyr Arg Cys | Leu | His Asn Met |
| 2035 | 2040 2045 | |||||
| Leu Val | .Gly Asp | Gly | Ser Phe | Ser Ser Ala Phe Phe | Leu | Arg Tyr Phe |
| 2050 | 2055 | 2060 | ||||
| Ala Glu | Gly Asn | Leu | Arg Lys | Gly Val Ser Gin Ser | Cys | Gly Met Asn |
| 2065 | 2070 | 2075 | 2080 | |||
| Asn Glu | Ser Leu | Thr | Ala Ala | Leu Ala Cys Lys Leu | Ser | Gin Ala Asp |
| 2 OB 5 | 2090 | 2095 | ||||
| Leu Asp | Phe Leu | Ser | Ser Leu | Thr Asn Phe Lys Cys | Phe | Val Ser Ala |
| 2100 | 2105 | 2110 | ||||
| Ser Asn | Met Lys | Asn | Ala Ala | Gly Gin Tyr Ile Glu | Ala | Ala Tyr Ala |
| 2115 | 2120 . 2125 | |||||
| Lys Ala | Leu Arg | Gin | Glu Leu | Ala Ser Leu Val Gin | Ile | Asp Lys Met |
| 2130 | 2135 | 2140 | ||||
| Lys Gly | Val Leu | Ser | Lys Leu | Glu Ala Phe Ala Glu | Thr | Ala Thr Pro |
| 2145 | 2150 | 2155 | 2160 | |||
| Ser Leu | Asp Tle | Gly Asp Val | Ile Val Leu Leu Gly | Gin | His Pro His | |
| 2165 | 2170 | 2175 |
Gly Ser Ile Leu Asp Ile Asn Val Gly Thr Glu Arg Lys Thr Val Ser • Φ · · · ·
2180 2185 2190
| Val Gin Glu Thr Arg Ser Leu Gly Gly Ser Lys Phe Ser Val Cys Thr | ||
| 2195 | 2200 | 2205 |
| Val Val Ser 2210 | Asn Thr Pro Val Asp 2215 | Ala Leu Thr Gly Ile Pro Leu Gin 2220 |
| Thr Pro Thr 2225 | Pro Leu Phe Glu Asn 2230 | Gly Pro Arg His Arg Ser Glu Glu 2235 2240 |
| Asp Asp Leu | Lys Val Glu Arg Met 2245 | Lys Lys His Cys Val Ser Leu Gly 2250 2255 |
| Phe His Asn Ile Asn Gly Lys Val Tyr Cys Lys Ile Trp Asp Lys Ser 2260 2265 2270 | ||
| 1 ' ’ , * Thr Gly Asp 2275 | Thr Phe Tyr Thr Asp 2280 | Asp Ser Arg Tyr Thr Gin Asp His 2285 |
| Ala Phe Gin 2290 | Asp Arg Ser Ala Asp 2295 | Tyr Arg Asp Arg Asp Tyr Glu Gly 2300 |
| Val Gin Thr 2305 | Ala Pro Gin Gin Gly 2310 | Phe Asp Pro Lys Ser Glu Thr Pro 2315 2320 |
| Val Gly Thr | Val Val Ile Gly Gly 2325 | Ile Thr Tyr Asn Arg Tyr Leu Ile 2330 2335 |
| Lys Gly Lys Glu Val Leu Val Pro Lys Pro Asp Asn Cys Leu Glu. Ala 2340 2345 2350 | ||
| Ala Lys Leu 2355 | Ser Leu Glu Gin Ala 2360 | Leu Ala Gly Met Gly Gin Thr Cys 2365 |
| Asp Leu Thr | Ala Ala Glu Val Glu | Lys Leu Lys Arg Ile Ile Ser Gin |
2370 2375 2380
Leu Gin Gly Leu Thr Thr Glu Gin Ala Leu Asn Cys 2385 2390 2395
| • | ·· | • · |
| ·· | • · | ·· ·· |
| • | ♦ | • · |
| • | • · | • · |
| • | • | • · |
| ·«< | ·· ·· | ··· ·· |
(1) Informace o SEQ ID NO: 11:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1 463 aminokyselinových zbytků (B) TYP: aminokyselinová (ii) DRUH MOLEKULY: protein (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 11:
Thr Gly Phe Lys Leu Leu Ala Ala Ser Gly Leu Thr Arg Cys Gly Arg
5 10 15
Gly Gly Leu Val Val Thr Glu Thr Ala Val Lys Ile Ile Lys Tyr His
25 30
Ser Arg Thr Phe Thr Leu Gly Pro Leu Asp Leu Lys Val Thr Ser Glu
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Val | Glu | Val | Lys | Lys | Ser | Thr | Glu | Gin | Gly | His | Ala | Val | Val | Ala | Asn |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Leů | Cys | Ser | Gly | Val | Ile | Leu | .Met | Arg | Pro | His | Pro | Pro | Ser | Leu | Val |
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Asp | Val | Leu | Leu | Lys | Pro | Gly | Leu | Asp | Thr | Thr | Pro | Gly | Ile | Gin | Pro |
| 85 | 90 | 95 |
* *· * · ···*·· ♦ · · · ♦· ·· · · · • · · · · · · • ··· « · · · · * * * · ···· ··· ···· ··· ·♦· ··
Gly His Gly Ala Gly Asn Met Gly Val Asp Gly Ser Ile Trp Asp Phe 100 105 110
Glu Thr Ala Pro Thr Lys Ala Glu Leu Glu Leu Ser Lys Gin Ile Ile 115 120 125
Gin Ala Cys Glu Val Arg Arg Gly Asp Ala Pro Asn Leu Gin Leu Pro 130 : 135 140
| Tyr 145 | Lys | Leu | Tyr | Pro | Val 150 | Arg | Gly | Asp | Pro | Glu 155 | Arg | His | Lys | Gly | Arg 1.60 |
| Leu | Ile | Asn | Thr | Arg 165 | Phe | Gly | Asp | Leu | Pro 170 | Tyr | Lys | Thr | Pro | Gin 175 | Asp |
| Thr | Lys | Ser | Ala 180 | Ile | His | Ala | Ala | Cys 185 | Cys | Leu | His | Pro | Asn 190 | Gly | Ala |
| Pro | Val | Ser 195 | Asp | Gly Lys | Ser | Thr 200 | Leu | Gly | Thr | Thr | Leu 205 | Gin | His | Gly | |
| Phe | Glu 210 | Leu | Tyr | Val | Pro | Thr .215 | Val | Pro | Tyr | Ser | Val 220 | Met | Glu | Tyr | Leu |
| Asp 225 | Ser | Arg | Pro | Asp | Thr 230 | Pro | Phe | Met | Cys | Thr 235 | Lys | His | Gly | Thr | Ser 240 |
| Lys | Ala | Ala | Ala | Glu 245 | Asp | Leu | Gin | Lys | Tyr 250 | Asp | Leu | Ser | Thr | Gin 255 | Gly |
| Phe | Val | Leu | Pro 250 | Gly | Val | Leu | Arg | Leu 255 | Val | Arg | Arg | Phe | Ile 270 | Phe | Gly |
| His | Ile | Gly 275 | Lys | Ala | Pro | Pro | Leu 280 | Phe | Leu | Pro | Ser | Thr 285 | Tyr | Pro | Ala |
| Lys | Asn 290 | Ser | Met | Ala | Gly | Ile 295 | Asn | C-lv | Gin | Arg | Phe 300 | Pro | Thr | Lys | Asp |
| Val 305 | Gin | Ser | Ile | Pro | Glu 310 | Ile | Asp | Glu | Met | Cys 315 | Ala | Arg | Ala | Val | Lys 320 |
| Glu | Asn | Trp | Gin | Thr 325 | Val | Thr | Pro | Cys | Thr 330 | Leu | Lys | Lys | Gin | Tyr 335 | Cys |
| Ser | Lys | Pro | Lys | Thr | Arg | Thr | Ile | Leu | Gly | Thr | Asn | Asn | Phe | Ile | Al-a |
• · · · · « • · · · · · • φ · · · · · · · φ
| 340 | 345 | 350 | |
| Leu | Ala His Arg Ser Ala 355 | Leu Ser Gly Val Thr Gin Ala 360 365 | Phe Met Lys |
| Lys | Ala Trp Lys Ser Pro 370 | Ile Ala Leu Gly Lys Asn Lys 375 380 | Phe Lys Glu |
| Leu 385 | His Cys Thr Val Ala 390 | Gly Arg Cys Leu Glu Ala Asp 395 | Leu Ala Ser 400 |
| Cys | Asp Arg Ser Thr Pro 405 | Ala Ile Val Arg Trp Phe Val 410 | Ala Asn Leu 415 |
| Leu | Tyr Glu Leu Ala Gly 420 | Cys Glu Glu Tyr Leu Pro Ser 425 | Tyr Val Leu 43 0 |
| Asn | Cys Cys His Asp Leu 435 | Val Ala Thr Gin Asp Gly Ala 440 445 | Phe Thr Lys |
| Arg | Gly Gly Leu Ser Ser 450 | Gly Asp Pro Val Thr Ser Val 455 460 | Ser Asn Thr |
| Val 465 | Tyr Ser Leu Val Ile 470 | Tyr Ala Gin His Met Val Leu 475 | Ser Ala Leu 480 |
| Lys | Met Gly His Glu Ile 485 | Gly Leu Lys Phe Leu Glu Glu 490 | Gin Leu Lys 495 |
| Phe | Glu Asp Leu Leu Glu 500 | Ile Gin Pro Met Leu Val Tyr 505 | Ser Asp Asp 510 |
| Leu | Val Leu Tyr Ala Glu 515 | Arg Pro Thr Phe Pro Asn Tyr 520 525 | His Trp Trp |
| Val | Glu His Leu Asp Leu 530 | Met Leu Gly Phe Arg Thr Asp 535 540 | Pro Lys Lys |
| Thr 545 | Val Ile Thr Asp Lys 550 | Pro Ser Phe Leu Gly Cys Arg 555 | Ile Glu Ala 560 |
| Gly | Arg Gin Leu Val Pro 565 | Asn Arg Asp Arg Ile Leu Ala 570 | Ala Leu Ala 575 |
| Tyr | His Met Lys Ala Gin 580 | Asn Ala Ser Glu Tyr Tyr Ala 585 | Ser Ala Ala 590 |
| Ala | Ile Leu Met Asp Ser 595 | Cys Ala Cys Ile Asp His Asp 600 605 | Pro Glu Trp |
| Tyr | Glu Asp Leu Ile Cys 610 | Gly Ile Ala Arg Cys Ala Arg 615 620 | Gin Asp Gly |
| Tyr 625 | Ser Phe Pro Gly Pro 630 | Ala Phe Phe Met Ser Met Trp 635 | Glu Lys Leu 640 |
·· ·>··
| Arg Ser His Asn Glu 645 | Gly Lys Lys | Phe Arg His 650 | Cys | Gly Ile | Cys Asp 655 | |||||||||||
| Ala | Lys | Ala | Asp | Tyr | Ala | Ser | Ala | Cys | Gly | Leu | Asp | Leu | Cys | Leu | Phe | |
| 660 | 665 | 670 | ||||||||||||||
| His | Ser | His | Phe | His | Gin | His | Cys | Pro | Val | Thr | Leu | Ser | Cys | Gly | His | |
| 675 | 680 | 685 | ||||||||||||||
| His | Ala | Gly | Ser | Lys | Glu | Cys | Ser | Gin | Cys | Gin | Ser | Pro | Val | Gly | Ala | |
| 690 | 695 | 700 | ||||||||||||||
| Gly | Arg | Ser | Pro | Leu | Asp | Ala | Val | Leu | Lys | Gin | Ile | Pro | Tyr | Lys | Pro | |
| - | 705 | 710 | 715 | 720 | ||||||||||||
| Pro | Arg | Thr | Val | Ile | Met | Lys | Val | Gly | Asn | Lys | Thr | Thr | Ala | Leu | Asp | |
| - | 725 | 73 0 | 735 | |||||||||||||
| Pro | Gly | Arg | Tyr | Gin | Ser | Arg | Arg | Gly | Leu | Val | Ala | Val | Lys | Arg | Gly | |
| 740 | 745 | 750 | ||||||||||||||
| Ile | Ala | Gly | Asn | Glu | Val | Asp | Leu | Ser | Asp | Gly Asp | Tyr | Gin | Val | Val | ||
| 755 | 760 | 765 | ||||||||||||||
| Pro | Leu | Leu | Pro | Thr | Cys | Lys | Asp | Ile | Asn | Met | Val | Lys | Val | Ala | Cys | |
| 770 | 775 | 780 | ||||||||||||||
| Asn | Val | Leu | Leu | Ser | Lys | Phe | Ile | Val | Gly | Pro | Pro | Gly | Ser | Gly | Lys | |
| 785 | 790 | 795 | 800 | |||||||||||||
| Thr | Thr | Trp | Leu | Leu | Ser | Gin | Val | Gin | Asp | Asp | Asp | Val | Ile | Tyr | Thr | |
| 805 | 810 | 815 | ||||||||||||||
| Pro | Thr | His | Gin | Thr | Met | Phe | Asp | Ile | Val | Ser | Ala | Leu | Lys | Val | Cys | |
| 820 | 825 | 830 | ||||||||||||||
| Arg | Tyr | Ser | Val | Pro | Gly | Ala | Ser | Gly | Leu | Pro | Phe | Pro | Pro | Pro | Ala | |
| 835 | 840 | 845 | ||||||||||||||
| Arg | Ser | Gly | Pro | Trp | Val | Arg | Leu | Ile | Ala | Ser | Gly | His | Val | Pro | Gly | |
| 850 | 855 | 860 | ||||||||||||||
| - | Arg | Val | Ser | Tyr | Leu | Asp | Glu | Ala | Gly | Tyr | Cys | Asn | His | Leu | Asp | Ile |
| 865 | 870 | 875 | 880 | |||||||||||||
| Leu | Arg | Leu | Leu | Ser | Lys | Thr | Pro | Leu | Val | Cys | Leu | Gly Asp | Leu | Gin | ||
| 885 | 890 | 895 | ||||||||||||||
| Gin | Leu | His | Pro | Val | Gly | Phe | Asp | Ser | Xaa | Cys | Tyr | Val | Phe | Asp | Gin | |
| 900 | 905 | 910 | ||||||||||||||
| Met | Pro | Gin | Lys | Gin | Leu | Thr | Thr | Ile | Tyr Arg | Phe | Gly | Pro | Asn | Ile | ||
| 915 | 920 | 925 | ||||||||||||||
| Cys | Ala | Ala | Ile | Gin | Pro | Cys | Tyr | Arg | Glu | Lys | Leu | Glu | Ser | Lys | Ala | |
| 930 | 935 | 940 |
··· ·
| Arg 945 | Asn. Thr Arg Val | Val Phe Thr Thr Arg 950 | Pro Val 955 | Ala | Phe | Gly Gin 960 |
| Val | Leu Thr Pro Tyr | His Lys Asp Arg Ile | Gly Ser | Ala | Ile | Thr Ile |
| 965 | 970 | 975 | ||||
| Asp | Ser Ser Gin Gly | Ala Thr Phe Asp Ile | Val Thr | Leu | His | Leu Pro |
| 980 | 985 | 990 | ||||
| Ser | Pro Lys Ser Leu | Asn Lys Ser Arg Ala | Leu Val | Ala | Ile | Thr Ařg |
| 995 | 1000 | 1005 | ||||
| Ala | Arg His Gly Leu | Phe Ile Tyr Asp Pro | His Asn | Gin | Leu | Gin Glu |
| 1010 | 1015 | 1020 | ||||
| Phe | Phe Asn Leu Thr | Pro Glu Arg Thr Asp | Cys Asn | Leu | Val | Phe Ser |
| 1025 1030 ; | L035 | 1040 | ||||
| Cys | Gly Asp Glu Leu | Val Val Leu Asn Ala | Asp Asn | Ala | Val | Thr Thr |
| 1045 | 1050 | 1055 | ||||
| Val | Ala Lys Ala Leu | Glu Thr Gly Pro Ser | Arg Phe | Arg | Val | Ser Asp |
| 1060 | 1065 | 1070 | ||||
| Pro | Arg Cys Lys Ser | Leu Leu Ala Ala Cys | Ser Ala | Ser | Leu | Glu Gly |
| 1075 | 1080 | 1085 | ||||
| Ser | Cys Met Pro Leu | Pro Gin Val Ala His | Asn Leu | Gly | Phe | Tyr Phe |
| 1090 | 1095 | 1100 | ||||
| Ser | Pro Asp Ser Pro | Val Phe Ala Pro Leu | Pro Lys | Glu | Leu | Ala Pro- |
| 1105 1110 1115 | 1120 | |||||
| His | Trp Pro Val Val | Thr His Gin Asn Asn | Arg Ala | Trp | Pro | Asp Arg |
| 1125 | 1130 | 1135 | ||||
| Leu | Val Ala Ser Met | Arg Pro Ile Asp Ala | Arg Tyr | Ser | Lys | Pro Met |
| 1140 | 1145 | 1150 | ||||
| Val | Gly Ala Gly Tyr | Val Val Gly Pro Ser | Thr Phe | Leu | Gly | Thr Pro |
| 1155 | 1160 | 1165 | ||||
| Gly | Val Val Ser Tyr | Tyr Leu Thr Leu Tyr | Ile Arg | Gly | Glu | Pro Gin |
| 1170 | 1175 | 1180 | ||||
| Ala | Leu Pro Glu Thr | Leu Val Ser Thr Gly Arg Ile | Ala | Thr | Asp Cys | |
| 1185 | 1190 1195 | 1200 | ||||
| Arg | Glu Tyr Leu Asp . | Ala Ala Glu Glu Glu . | Ala Ala | Lys | Glu | Leu Pro |
1205 1210 1215
His Ala Phe Ile Gly Asp Val Lys Gly Thr Thr Val Gly Gly Cys His 1220 1225 1230
His Ile Thr Ser Lys Tyr Leu Pro Arg Ser Leu Pro Lys Asp Ser Val • 9 ····
| 9 »9 | 9 | |
| • 9 9 9 | • 9 | • 9 |
| 9 9 | • | |
| • 9 9 | 9 | |
| • 9 | 9 | |
| • 99 9999 | 999 | 99 |
* · · • · · • · · • 9 9 9
99
1235 1240 1245
| Ala Val 1250 | Val Gly Val | Ser | Ser 1255 | Pro Gly Arg Ala Ala Lys Ala Val Cys 1260 |
| Thr Leu. | Thr Asp Val | Tyr | Leu | Pro Glu Leu Arg Pro Tyr Leu Gin Pro |
| 1265 | 1270 | 1275 1280 | ||
| Glu Thr | Ala Ser Lys | Cys | Trp | Lys Leu Lys Leu Asp Phe Arg Asp Val |
| 1285 | 1290 1295 | |||
| Arg Leu | Met Val Trp | Lys | Gly | Ala Thr Ala Tyr Phe Gin Leu Glu Gly |
| 1300 | 1305 1310 | |||
| Leu Thr | Trp Ser Ala | Leu | Pro | Asp. Tyr Ala Arg Phe Ile Gin Leu Pro |
| 1315 | 1320 1325 | |||
| Lys Asp | Ala Val Val | Tyr | Ile | Asp Pro Cys Ile Gly Pro Ala Thr Ala |
| 1330 | 1335 | 1340 | ||
| Asn Arg | Lys Val Val | Arg | Thr | Thr Asp Trp Arg Ala Asp Leu Ala Val |
| 1345 | 1350 | 1355 1360 | ||
| Thr Pro | Tyr Asp Tyr | Gly | Ala | Gin Asn Ile. Leu Thr Thr Ala Trp Phe |
| 1365 | 1370 1375 | |||
| Glu Asp | Leu Gly Pro | Gin | Trp | Lys Ile Leu Gly Leu Gin Pro Phe Arg |
| 1380 | 1385 1390 | |||
| Arg Ala | Phe Gly Phe | Glu | Asn | Thr Glu Asp Trp Ala Ile Leu Ala Arg |
| 13 95 | 1400 1405 | |||
| Arg Met | •Asn Asp Gly Lys | Asp | Tyr Thr Asp Tyr Asn Trp Asn Cys Val | |
| 1410 | 1415 | 1420 | ||
| Arg Glu | Arg Pro His | Ala | Ile | Tyr Gly Arg Ala Arg Asp His Thr Tyr |
| 1425 | 1430 | 1435 1440 | ||
| His Phe | Ala Pro Gly Thr | Glu | Leu Gin Val Glu Leu Gly Lys Pro Arg |
1445 1450 1455
Leu Pro Pro Gly Gin Val Pro 1460
(1) Informace o SEQ ID NO: 12:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 249 aminokyselinových zbytků (C) TYP: aminokyselinová (ii) DRUH MOLEKULY: protein (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xí) Popis sekvence: SEQ ID NO: 12:
Met Gin Trp Gly Tyr Cys Gly Val Lys Ser Ala Ser.Cys Ser Trp Thr
S 10 - 15
Pro Ser Leu Ser Ser Leu Leu Val Trp Leu Ile Leu Leu Phe Ser Leu
25 30
| Pro | Tyr | Cys 35 | Leu | Gly | Ser | Pro | Ser 40 | Gin | Asp | Gly | Tyr | Trp 45 | Ser | Ser | Phe |
| Ser | Glu 50 | Trp | Phe | Ala | Pro | Arg 55 | Phe | Ser | Val | Arg | Ala 60 | Leu | Pro | Phe | Thr |
| Leu 65 | Pro | Asn | Tyr | Arg | Arg 70 | Ser | Tyr | Glu | Gly | Leu 75 | Leu | Pro | Asn | Cys | .Arg 80 |
| Pro | Asp | Val | Pro | Gin 85 | Phe | Ala | Phe | Lys | His 90 | Pro | Leu | Gly | Met | Leu 95 | Trp |
| His | Met | Arg | Val 100 | Ser | Gin | Leu | Ile | Asp 105 | Glu | Met | Val | Ser | Arg Arg 110 | Ile | |
| Tyr | Gin | Thr 115 | Met | Glu | His | Ser | Gly 120 | Gin | Ala | Ala | Trp | Lys 125 | Gin | Ala | Vál |
| Gly | Glu 13 0 | Ala | Thr | Leu | Thr | Lys 135 | Leu | Ser | Arg | Leu | Asp 140 | Ile | Val | Thr | His |
| Phe 145 | Gin | His | Leu | Ala | Ala 150 | Val | Glu | Ala | Asp | Ser 155 | Cys | Arg | Phe. | Leu | Ser 160 |
| Ser | Arg | Leu | Val | Met 165 | Leu | Lys | Asn | Leu | Ala 170 | Val | Gly | Asn | Val | Ser 175 | Leu' |
| Gin | Tyr | Asn | Thr 180 | Thr | Leu | Asp | Arg | Val 185 | Glu | Leu | Ile | Phe | Pro 190 | Thr | ' Pro |
• · · ·
| Gly Thr | Arg Pro Lys Leu Thr Asp Phe Arg Gin Trp Leu Ile | Ser | Val | ||||||||||||
| 195 | 200 | : 205 | |||||||||||||
| His | Ala 210 | Ser | Ile | Phe | Ser | Ser 215 | Val | Ala | Ser | Ser | Val 220 | Thr | Leu | Phe | Ile |
| Val 225 | Leu | Trp | Leu | Arg | Ile 230 | Pro | Ala | Leu | Arg | Tyr 235 | Val | Phe | Gly | Phe | His 2.40 |
| Trp | Pro | Thr | Ala | Thr 245 | His | His | Ser | Ser |
(1) Informace o SEQ ID NO; 13;
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 265 aminokyselinových zbytků (B) TYP: aminokyselinová (ii) DRUH MOLEKULY: protein (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 13:
| Met 1 | Ala | His | Gin Cys 5 | Ala | Arg | Phe | |
| Cys | Tyr | Leu | Val | His | Ser Ala | Leu | |
| 20 | |||||||
| Cys | Phe | Trp ' 35 | Phe | Pro | Leu | Ala | His 40 |
| Ile | Asn | Tyr | Thr | Ile | Cys | Met | Pro |
| 50 | 55 | ||||||
| Gin | Arg | Leu | Glu | Pro | Gly | Arg | Asn |
| 65 | 70 | ||||||
| Arg | Cys | Glu | Glu | Arg | Asp | His | Asp |
| 85 | |||||||
| Gly | Tyr | Asp | Asn | Leu | Lys | Leu | Glu |
100
| His | Phe 10 | Phe | Leu | Cys | Gly | Phe 15 | Ile |
| Ala 25 | Ser | Asn | Ser | Ser | Ser 30 | Thr | Leu |
| Gly | Asn | Thr | Ser | Phe 45 | Glu | Leu | Thr |
| Cys | Ser | Thr | Ser 60 | Gin | Ala | Ala | Arg |
| Met | Trp | Cys 75 | Lys | Ile | Gly | Tyr | Asp 80 |
| Glu | Leu 90 | Leu | Met | Pro | Ile | Pro 95 | ser |
| Gly Tyr 105 | Tyr | Ala | Trp | Leu 110 | Ala | Phe |
| Leu Ser Phe | Ser | Tyr | Ala Ala Gin Phe His 120 | Pro | Glu Leu 125 | Phe | Gly | Ile | |
| • | Ί15 | ||||||||
| Gly Asn | Val | Ser | Arg | Val Phe Val Asp Lys | Arg | His Gin | Phe | Ile | Cys |
| 130 | 135 | 140 | |||||||
| Ala Glu | His | Asp | Gly | Gin Asn Ser Thr Val | Ser | Thr Gly | His | Asn | Ile |
| 145 | 150 | 155 | 160 | ||||||
| Ser Ala | Leu | Tyr | Ala | Ala Tyr Tyr His His | Gin | Ile Asp | Gly | Gly | Asn |
| 165 | 170 | 175 | |||||||
| Trp Phe | His | Leu | Glu | Trp Leu Arg Pro Leu | Phe | Ser Ser | Trp | Leu | Val |
| > | ISO | 185 | ! | 190 | |||||
| Leu Asn | Ile | Ser | Trp | Phe Leu Arg Arg Ser | Pro | Val Ser | Pro | Val | Ser· |
| 195 | 200 | 205 | |||||||
| Arg Arg | Ile | Tyr | Gin | Ile Leu Arg Pro Thr | Arg | Pro Arg | Leu | Pro | Val |
| 210 | 215 | 220 | |||||||
| Ser Trp | Ser | Phe | Arg | Thr Ser Ile Val Ser | Asp | Leu Thr | Gly | Ser | Gin |
| 225 | 230 | 235 | 240 | ||||||
| Gin Arg | Lys | Arg | Lys | Phe Pro Ser Glu Ser | Arg | Pro A.sn | Val | Val | Lys |
| 245 | 250 | 255 | |||||||
| Pro Ser | Val | Leu | Pro | Ser Thr Ser Arg |
260 265 (1) Informace o SEQ ID NO: 14:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 183 aminokyselinových zbytků (B) TYP: aminokyselinová (ii) DRUH MOLEKULY: protein (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 14:
Met Ala Ala Ala Thr Leu Phe Leu Leu Ala Gly Ala Gin Tyr Ile Met 1 5 10 15
Val Ser Glu Ala Phe Ala Cys Lys Pro Cys Phe Ser Thr His Leu Ser
9
99
9 9 9 19 • 99 999 99 9·
25 30
| Asp | Ile Glu Thr Asn Thr Thr Ala Ala Ala Gly Phe Met Val | Leu | Gin | ||||||||||||
| •35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Asp | Ile | Asn | Cys | Leu | Arg | Pro | His | Gly | Val | Ser | Ala | Ala | Gin | Glu | Glu |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Ile | Pro | Phe | Gly | Lys | Ser | Ser | Gin | Cys | Arg | Glu | Ala | Val | Gly | Thr | Pro |
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Gin | Tyr | Ile | Thr | Ile | Thr | Ala | Asn | Val | Thr | Asp | Glu | Ser | Tyr | Leu | Tyr |
| 85 | 90 | 95 | |||||||||||||
| Asn | Ala | Asp | Leu | Leu | Met | Leu | Ser | Ala | Cys | Leu | Phe | His | Ala | Ser | Glu |
| 100 | • | 105 | 110 | ||||||||||||
| Met | Ser | Glu | Lys | Gly | Phe | Lys | Val | Ile | Phe | Gly | Asn | Val | Ser | Gly | Val |
| 115 | 120 | 125 | |||||||||||||
| Val | Ser | Ala | Cys | Val | Asn | Phe | Thr | Asp | Tyr | Val | Ala | His | Val | Thr | Gin |
| 1 | 13 0 | 135 | 140 | ||||||||||||
| His | Thr | Gin | Gin | His | His | Leu | Val | Ile | Asp | His | Ile | Arg | Leu | Leu | His |
| 145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
| Phe | Leu | Thr | Pro | Ser | Ala | Met | Arg | Trp | Ala | Thr | Thr | Ile | Ala | Cys | Leu |
| 165 | 170 | 175 | |||||||||||||
| Phe | Ala | Ile | Leu | Leu | Ala | Ile |
180 (1) Informace o SEQ ID NO: 15:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 201 aminokyselinových zbytků (B) TYP: aminokyselinová (ii) DRUH MOLEKULY: protein (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu
| 1 | (xi) | Popi | .s s< | ekve | :nce: | : SE | Q ID | NO: | : 15 | ||||||
| Met | Arg | Cys | Ser | His | Lys | Leu | Gly | Arg | Phe | Leu | Thr | Pro | His | Ser | Cys |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
| Phe | Trp | Trp | Phe | Phe | Leu | Leu | Cys | Thr | Gly | Leu | Ser | Trp | Ser | Phe | Ala |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Asp | Gly | Asn | Gly | Asn | Ser | Ser | Thr | Tyr | Gin | Tyr | Ile | Tyr | Asn | Leu | Thr |
| 35 | 40 | 45 |
t ·
| Ile | Cys 50 | Glu | Leu | Asn | Gly | Thr 55 | Asp | Trp | Leu | Ser | Ser 60 | His | Phe | Gly | Trp |
| Ala 65 | Val | Glu | Thr | Phe | Val 70 | Phe | Tyr | Pro | Val | Ala 75 | Thr | His | Ile | Leu | Ser 80 |
| Leu | Gly | Phe | Leu | Thr 85 | Thr | Ser | His | Phe | Phe 90 | Asp | Ala | Leu | Gly | Leu 95 | Gly |
| Ala | Val | Ser | Thr 100 | Ala | Gly | Phe | Val | Gly 105 | Gly | Arg | Tyr | Val | Leu 110 | Cys | Ser |
| Val | Tyr | Gly 115 | Ala | Cys | Ala | Phe | Ala 120 | Ala | Phe | Val | Cys | Phe 125 | Val | Ile | Arg |
| Ala | Ala 13 0 | Lys | Asn | Cys | Met | Ala 135 | Cys | Arg | Tyr | Ala | Arg 140 | Thr | Arg | Phe | -Thr |
| Asn 145 | Phe | Ile | Val | Asp | Asn 150 | Arg | Gly Arg | Val | His 155 | Arg | Trp | Lys | Ser | Pro l'60 | |
| Ile | Val | Val | Glu | Lys 165 | Leu | Gly | Lys | Ala | Glu 170 | Val | Asp | Gly | Asn | Leu 175 | Val |
| Thr | Ile | Lys | His 180 | Val | Val | Leu | Glu | Gly 185 | Val | Lys | Ala | Gin | Pro 190 | Leu | Thr |
| Arg | Thr | Ser | Ala | Glu | Gin | Trp | Glu | Ala |
195 200
1) Informace o SEQ ID NO: 16:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 173 aminokyselinových zbytků (B) TYP: aminokyselinová (ii) DRUH MOLEKULY: protein (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 16:
Met Gly Gly Leu Asp Asp Phe Cys Asn. Asp Pro Ile Ala Ala Gin Lys 1 5 10 15
Leu Val Leu Ala Phe Ser Ile Thr Tyr Thr Pro Ile Met Ile 20 25 30
Tyr Ala
| Leu | Lys | Val | Ser | Arg | Gly | Arg | Leu | Leu | Gly | Leu | Leu | His | Ile | Leu | Ile |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Phe | Leu | Asn | Cys | Ser | Phe | Thr | Phe | Gly | Tyr | Met | Thr | Tyr | Val | His | Phe |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Gin | Ser | Thr | Asn | Arg | Val | Ala | Leu | Thr | Leu | Gly | Ala | Val | Val | Ala | Leu |
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Leu | Trp | Gly | Val | Tyr | Ser | Phe | Thr | Glu | Ser | Trp | Lys | Phe | Ile | Thr | Ser |
| 85 | 90 | 95 | |||||||||||||
| Arg | Cys | Arg | Leu | Cys | Cys | Leu | Gly Arg | Arg | Tyr | Ile | Leu | Ala | Pro | Ala | |
| 100 | 105 | 110 | |||||||||||||
| His | His | Val | Glu | Ser | Ala | Ala | C-ly | Leu | His | Ser | Ile | Ser | Ala | Ser | Gly |
| 115 | 120 | 125 | |||||||||||||
| Asn | Arg | Ala | Tyr | Ala | Val | Arg | Lys | Pro | Gly | Leu | Thr | Ser | Val | Asn | Gly |
| 130 | 135 | 140 | |||||||||||||
| Thr | Leu | Val | Pro | Gly | Leu | Arg | Ser | Leu | Val | Leu | Gly | Gly | Lys | Arg | Ala |
| 145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
| Val | Lys | Arg | Gly | Val | Val | Asn | Leu | Val | Lys | Tyr | Gly | Arg |
165
170
1) Informace o SEQ ID NO: 17:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 128 aminokyselinových zbytků (B) TYP: aminokyselinová (ii) DRUH MOLEKULY: protein (ix) ZNAKY (D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu
| (Xi) | Popis sekvence: | SEQ ID NO | : 17 | ί | ||||||
| Met 1 | Ala | Gly Lys Asn Gin 5 | Ser Gin Lys | Lys 10 | Lys | Lys | Ser | Thr | Ala 15 | Pro |
| Met | Gly | Asn Gly Gin Pro 20 | Val Asn Gin 25 | Leu | Cys | Gin | Leu | Leu 30 | Gly | Ala |
| Met | Ile | Lys Ser Gin Arg 35 | Gin Gin Pro 40 | Arg | Gly | Gly | Gin 45 | Ala | Lys | Lys |
| Lys | Lys 50 | Pro Glu Lys Pro | His Phe Pro 55 | Leu | Ala | Ala 60 | Glu | Asp | Asp | Ile |
• · · · · · • · · ··· · · · ·
| Arg •65 | His | His | Leu | Thr | Gin 70 | Thr | Glu | Arg | Ser | Leu 75 | Cys | Leu | Gin | Ser | Ile 80 |
| Gin | Thr | Ala | Phe | Asn 85 | Gin | Gly | Ala | Gly | Thr 90 | Ala | Ser | Leu | Ser | Ser 95 | Ser- |
| cly | Lys | Val | Ser 100 | Phe | Gin | Val | Glu | Phe 105 | Met | Leu | Pro | Val | Ala 110 | His | Thr |
| Val | Arg | Leu | Ile | Arg | Val | Thr | Ser | Thr | Ser | Ala | Ser | Gin | Gly | Ala | Ser |
115 120 125 (1) Informace o SEQ ID NO: 18:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 249 aminokyselinových zbytků (B) TYP: aminokyselinová (ii) DRUH MOLEKULY: protein (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 18:
| Met 1 | Gin | Trp | Gly | His 5 | Cys | Gly | Val | Lys | Ser 10 | Ala | Ser | Cys | Ser | Trp 15 | Thr |
| Pro | Ser | Leu | Ser 20 | Ser | Leu | Leu | Val | Trp 25 | Leu | Ile | Leu | Ser | Phe 30 | Ser | Leu |
| Pro | Tyr | Cys 35 | Leu | Gly | Ser | Pro | Ser 40 | Gin | Asp | Gly | Tyr | Trp 45 | Ser | Ser | Phe |
| Ser | Glu 50 | Trp | Phe | Ala | Pro | Arg 55 | Phe | Ser | Val | Arg | Ala 60 | Leu | Pro | Phe | Thr |
| Leu 65 | Pro | Asn | Tyr | Arg | Arg 70 | Ser | Tyr | Glu | Gly | Leu 75 | Leu | Pro | Asn | Cys | Arg 80 |
| Pro | Asp | Val | Pro | Gin 85 | Phe | Ala | Phe | Lys | His 90 | Pro | Leu | Gly | Met | Leu 95 | Trp |
| His | Met | Arg | Val 100 | Ser | His | Leu | Ile | Asp 105 | Glu | Met | Val | Ser | Arg 110 | Arg | Ile |
| 68 | • • | • · • · · • • · • • · · ·· · | • · • · · | • * • · • • | ·· ·· • • * • · • 9 · | ||||||||||
| Tyr | Gin | Thr 115 | Met | Glu | His | Ser | Gly 120 | Gin | Ala | Ala | Trp | Lys 125 | Gin | Val | Val |
| Gly | Glu 130 | Ala | Thr | Leu | Thr | Lys 135 | Leu | Ser | Gly | Leu | Asp 140 | Ile | Val | Thr | His |
| Phe 145 | Gin | Xaa | Leu | Ala | Ala 150 | Val | Glu | Ala | Asp | Ser 155 | Cys | Arg | Phe | Leu | Ser 160 |
| Ser | Arg | Leu | Val | Met 165 | Leu | Lys | Ann | Leu | Ala 170 | Val | Gly | Asn | Val | Ser 175 | Leu |
| Gin | Tyr | Asn | Thr 180 | Thr | Leu | Asp | Arg | Val 185 | Glu | Leu | Ile | Phe | Pro 190 | Thr | Pro |
| Gly | Thr | Arg 195 | Pro | Lys | Leu | Thr | Asp 200 | Phe | Arg | Gin | Trp | Leu 205 | Ile | Ser | Val |
| His | Ala 210 | Ser | Ile | Phe | Ser | Ser 215 | Val | Ala | Ser | Ser | Val 220 | Thr | Leu | Phe | Ile |
| Val 225 | Leu | Trp | Leu | Arg | Ile 230 | Pro | Ala | Leu | Arg | Tyr 235 | Val | Phe | Gly | Phe | His 240 |
| Trp | Pro | Thr | Ala | Thr | His | His | Ser | Ser |
245
1) Informace o SEQ ID NO: 19:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 265 aminokyselinových zbytků (B) TYP: aminokyselinová (ii) DRUH MOLEKULY: protein (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 19:
| Met 1 | Ala | His | Gin | Cys 5 | Ala | Arg | Phe | His | Phe 10 | Phe | Leu | Cys | Gly | Phe 15 | Ile |
| Cys | Tyr | Leu | Val 20 | His | Ser | Ala | Leu | Ala 25 | Ser | Asn | Ser | Ser | Ser 30 | Thr | Leu |
| Cys | Phe | Trp | Phe | Pro | Leu | Ala | His | Gly | Asn | Thr | Ser | Phe | Glu | Leu | Thr |
40 45
Ile Asn Tyr Thr Ile Cys Met Pro Cys Ser Thr Ser Gin Ala Ala Arg 50 55 60
| 69 | 4 | • « • · • • · | • • • | • • · • • | • • · • • | • · · • · • · • » · • · | ||||||||
| Gin | Arg | Leu | Glu | Pro | Gly | His | Ser Met | Trp | Cys | Lys | Ile | Gly | His | Asp |
| 65 | 70 | 75 | 80 | |||||||||||
| Arg | Cys | Glu | Glu | Arg | Asp | His | Asp Glu | Leu | Leu | Met | Pro | Ile | Pro | Ser |
| 85 | 90 | 95 | ||||||||||||
| Gly | Tyr | Asp | Asn | Leu | Lys | Leu | Glu Gly | Tyr | Tyr | Ala | Trp | Leu | Ala | Phe |
| 100 | 105 | 110 | ||||||||||||
| Leu | Ser | Phe | Ser | Tyr | Ala | Ala | Gin Phe | His | Pro | Glu | Leu | Phe | Gly | Ile |
| 115 | 120 | 125 | ||||||||||||
| Gly | Asn | Val | Ser | Arg | Val | Phe | Val Asp | Lys | Arg | His | Gin | Phe | Ile | Cys |
| 130 | 135 | 140 | ||||||||||||
| Ala | Glu | His | Asp | Gly | His | Asn | Ser Thr | Val | Ser | Thr | Gly | His | Asn | Ile |
| 145 | 150 | 155 | 160 | |||||||||||
| Ser | Ala | Leu | Tyr | Ala | Ala | Tyr | Tyr His | His | Gin | Ile | Asp | Gly | Gly | Asn |
| 165 | 1 , | 170 | 175 | |||||||||||
| Trp | Phe | His | Leu | Glu | Trp | Leu | Arg Pro | Leu | Phe | Ser | Ser | Trp | Leu | Val |
| 180 | , 185 | 190 | ||||||||||||
| Leu | Asn | Ile | Ser | Trp | Phe | Leu | Arg Arg | Ser | Pro | Val | Ser | Pro | Val | Ser |
| 195 | 200 | 205 | ||||||||||||
| Arg | Arg | Ile | Tyr | Gin | Ile | Leu | Arg Pro | Thr | Arg | Pro | Arg | Leu | Pro | Val |
| 210 | 215 | 220 | ||||||||||||
| Ser | Trp | Ser | Phe | Arg | Thr | Ser | Ile Val | Ser | Asp | Leu | Thr | Gly | Ser | Gin |
| 225 | 230 | 235 | 240. | |||||||||||
| Gin | Arg | Lys | Arg | Lys | Phe | Pro | Ser Glu | Ser | Arg | Pro | Asn | Val | Val | Lys |
| 245 | 250 | 255 | ||||||||||||
| Pro | Ser | Val | Leu | Pro | Ser | Thr | Ser Arg |
260 265 (1) Informace o SEQ ID NO: 20:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 183 aminokyselinových zbytků (B) TYP: aminokyselinová (ii) DRUH MOLEKULY: protein (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu Popis sekvence: SEQ ID NO: 20:
(xi) • · · ·
| Met 1 | Ala | Ala | Ala | Thr 5 | Leu | Phe | Phe | Leu | Ala 10 | Gly | Ala | Gin | His | Ile 15 | Met |
| Val | Ser | Glu | Ala 20 | Phe | Ala | Cys | Lys | Pro 25 | Cys | Phe | Ser | Thr | His 30 | Leu | Ser |
| Asp | Ile | Lys 35 | Thr | Asn | Thr | Thr | Ala 40 | Ala | Ala | Gly | Phe | Met 45 | Val | Leu | Gin |
| Asp | Ile | Asn | Cys | Phe | Arg | Pro | His | Gly | Val | Ser | Ala | Ala | Gin | Glu | Lys |
| 50 | 55 | 6.0 |
Ile Ser Phe Gly Lys Ser Ser Gin Cys Arg Glu Ala Val Gly Thr Pro
70 75 80
Gin Tyr Ile Thr Ile Thr Ala Asn Val Thr Asp Glu Ser Tyr Leu Tyr
90 95
Asn Ala Asp Leu Leu Met Leu Ser Ala Cys Leu Phe Tyr Ala Ser Glu
100 · 105 · 110
Met Ser Glu Lys Gly Phe Lys Val Ile Phe Gly Asn Val Ser Gly Val •115 120 125 ,
Val Ser Ala Cys Val Asn Phe Thr Asp Tyr Val Ala His Val Thr Gin 130 135 140
His Thr Gin Gin His His Leu Val Val Asp His Ile Arg Leu Leu His 145 ·.·> 150 155 . - 160
Phe Leu Thr Pro Ser Ala Met Arg Trp Ala Thr Thr Ile Ala Cys Leu 165 170 · 175
Leu Ala Ile Leu Leu Ala Ile 180 • fcfcfc fc · * · · · • fc fcfcfcfc ··· .♦· ·· »» (1) Informace o SEQ ID NO: 21:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 201 aminokyselinových zbytků (B) TYP: aminokyselinová (ii) DRUH MOLEKULY: protein (ix) ZNAKY:
(D) Jiné informace: virus prasečího reprodukčního a respiračního syndromu (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 21:
| Met 1 | Arg | Cys Ser | His 5 | Lys Leu Gly Arg Ser Leu Thr Pro His Ser | Cys | |
| 10 | 15 | |||||
| Phe | Trp | Trp Leu | Phe | Leu Leu Cys Thr Gly Leu Ser Trn Ser | Phe | Ala |
| 20 | 25 ' 30 | |||||
| Asp | Gly | Asn Gly | Asp | Ser Ser Thr Tyr Gin Tyr Ile Tyr Asp | Leu | Thr |
| 35 | 40 45 | |||||
| Ile | Cys | Glu Leu | Asn | Gly Thr Asp Trp Leu Ser Ser His Phe | Gly | Trp |
| 50 | 55 60 | |||||
| Ala | Val | Glu Thr | Phe | Val Phe Tyr Pro Val Ala Thr His Ile | Leu | Ser |
| 65 | 70 75 | 80 | ||||
| Leu | Gly | Phe Leu | Thr | Thr Ser His Phe Phe Asp Ala Leu Gly | Leu | Gly |
| 85 | 90 | 95 | ||||
| Ala | Val | Ser Thr | Ala | Gly Phe Val Gly Gly Arg Tyr Val Leu | Cys . | Sér |
| 100 | 105 110 | |||||
| Val | Tyr | Gly Ala | Cys | Ala Phe Ala Ala Phe Val Cys Phe Val | Ile | Arg |
| 115 | 120 125 | |||||
| Ala | Ala | Lys Asn | Cys | Met Ala Cys Arg Tyr Ala Arg Thr Arg | Phe | Thr |
| 130 | 135 140 | |||||
| Asn | Phe | Ile Val | Asp | Asp Arg Gly Arg Val His Arg Trp Lys | Ser | Pro |
| 145 | 150 155 | 160 | ||||
| Ile | Val | Val Glu | Lys | Leu Gly Lys Ala Glu Val Asp Gly Asn | Leu | Val |
| 165 | 170 | 175 | ||||
| Thr | Ile | Lys His | Val | Val Leu Glu Gly Val Lys Ala Gin Pro | Leu | Thr |
| 180 | 185 190 | |||||
| Arg | Thr | Ser Ala | Glu | Gin Trp Glu Ala | ||
| 195 | . 200 |
9· 999· « 9 9 9 · · 9 9 9 · • 99 999 99 ·· (1) Informace ο SEQ ID NO: 22:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
| (A) | DÉLKA: 750 párů bázi | |
| (B) | TYP: nukleová kyselina | |
| (C) | DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcová | |
| (D) | TOPOLOGIE: | |
| (ii) | DRUH | MOLEKULY: DNA |
| (ix) | ZNAKY: | |
| (D) | ORF2 PRRSV Lelystadova agens |
(xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 22:
ATGCAATGGG GTCACTGTGG AGTAAAATCA GCCAGCTGTT CGTGGACGCC TTCACTGAGT 60 TCCTTGTTAG TGTGGTTGAT ATTGCCATTT TCCTTGCCAT ACTGTTTGGG TTCACCGTCG 120 CAGGATGGTT ACTGGTCTTT CTTCTCAGAG TGGTTTGCTC CGCGCTTCTC CGTTCGCGCT 18 0' CTGCCATTCA CTCTCCCGAA CTATCGAAGG TCCTATGAAG GCTTGTTGCC CAACTGCAGA 240 CCGGATGTCC CACAATTTGC AGTCAAGCAC CCATTGGGyA TGTTTTGGCA CATGCGAGTT 3 00 TCCCACTTGA TTGATGAGAT GGTCTCTCGT CGCATTTACC AGACCATGGA ACATTCAGGT 360’ CAAGCGGCCT GGAAGCAGGT GGTTGGTGAG GCCACTCTCA CGAAGCTGTC AGGGCTCGAT 42 0' ATAGTTACTC ATTTCCAACA CCTGGCCGCA GTGGAGGCGG ATTCTTGCCG CTTTCTCAGC 48 0'TCACGACTCG TGATGCTAAA AAATCTTGCC GTTGGCAATG TGAGCCTACA GTACAACACC 54 0 ACGTTGGACC GCGTTGAGCT CATCTTCCCC ACGCCAGGTA CGAGGCCCAA GTTGACCGAT 60 0 TTCAGACAAT GGCTCATCAG TGTGCACGCT TCCATTTTTT CCTCTGTGGC TTCATCTGTT 660 ACCTTGTTCA TAGTGCTTTG GCTTCGAATT CCAGCTCTAC GCTATGTTTT TGGTTTCCAT 720 TGGCCCACGG CAACACATCA TTCGAGCTGA 750 (1) Informace o SEQ ID NO: 23:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
| (A) | DÉLKA: 798 párů baží | |
| (B) | TYP: nukleová kyselina | |
| (C) | DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcová | |
| (D) | TOPOLOGIE: | |
| (ii) | DRUH | MOLEKULY: DNA |
| (ix) | ZNAKY: | |
| (D) | ORF3 PRRSV Lelystadova agens |
(xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 23:
ATGGCTCATC AGTGTGCACG CTTCCATTTT TTCCTCTGTG GCTTCATCTG TTACCTTGTT 60 CATAGTGCTT TGGCTTCGAA TTCCAGCTCT ACGCTATGTT TTTGGTTTCC ATTGGCCCAC 120 GGCAACACAT CATTCGAGCT GACCATCAAC TACACCATAT GCATGCCCTG TTCTACCAGT 18 0' CAAGCGGCTC GCCAAAGGCT CGAGCCCGGT CGTAACATGT GGTGCAAAAT AGGGCATGAC 240
AGGTGTGAGG AGCGTGACCA TGATGAGTTG TTAATGTCCA TCCCGTCCGG GTACGGACAA 3 00 CTCAAACTTG AGGGTTATTA TGGTTGGCTG GCTTTTTTGT CCTTTTCCTA CGCGGCCCAA 3 60 TTCCATCCGG AGTTGTTCGG GATAGGGAAT GTGTCGCGCG TCTTCGTGGA CAAGCGACAC 420 CAGTTCATTT GTGCCGAGCA TGATGGACAC AATTCAACCG TATCTACCGG ACACAACATC 480 TCCGCATTAT ATGCGGCATA TTACCACCAC CAAATAGACG GGGGCAATTG GTTCCATTTG 540 GAATGGCTGC GGCCACTCTT TTCTTCCTGG CTGGTGCTCA ACATATCATG GTTTCTGAGG 600 CGTTCGCCTG TAAGCCCTGT TTCTCGACGC ATCTATCAGA TATTGAGACC AACACGACCG 660 CGGCTGCCGG TTTCATGGTC CTTCAGGACA TCAATTGTTT CCGACCTCAC GGGGTCTCAG 720 CAGCGCAAGA GAAAATTTCC TTCGGAAAGT CGTCCCAATG TCGTGAAGCC GTCGGTACTC 78 0 CCCAGTACAT CACGATAA · 798 (1) Informace o SEQ ID NO: 24:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
| (A) | DÉLKA: 606 párů baží | |
| (B) | TYP: nukleová kyselina | |
| (C) | DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcová | |
| (D) | TOPOLOGIE: | |
| (ii) | DRUH MOLEKULY: DNA | |
| (ix) | ZNAKY: | |
| (D) | ORF2 PRRSV Lelystadova agens | |
| (Xi) | Popis | sekvence: SEQ ID NO: 24: |
ATGAGATGTT CTCACAAATT GGGGCGTTTC TTGACTCCGC ACTCTTGCTT CTGGTGGCTT 60 TTTTTGCTGT GTACCGGCTT GTCCTGGTCC TTTGCCGATG GCAACGGCGA CAGCTCGACA 120 TACCAATACA TATATAACTT GACGATATGC GAGCTGAATG GGACCGACTG GTTGTCCAGC 80 CATTTTGGTT GGGCAGTCGA GACCTTTGTG CTTTACCCC-G TTGCCACTCA TATCCTCTCA 24 0 CTGGGTTTTC TCACAACAAG CCATTTTTTT GACGCGCTCG GTCTCGGCGC TGTATCCACT 300. GCAGGATTTG TTGGCGGGCG GTACGTACTC TGCAGCGTCT ACGGCGCTTG TGCTTTCGCA 3.6 0 GCGTTCGTAT GTTTTGTCAT CCGTGCTGCT AAAAATTGCA TGGCCTGCCG CTATGGCCGT 42 0 ACCCGGTTTA CCAACTTCAT TGTGGACGAC CGGGGGAGAG TTCATCGATG GAAGTCTCCA 48 0 ATAGTGGTAG AAAAATTGGG CAAAGCCGAA GTCGATGGCA ACCTCGTCAC CATCAAACAT 54 0 GTCGTCCTCG AAGGGGTTAA AGCTCAACCC TTGACGAGGA CTTCGGCTGA GCAATGGGAG 600 GCCTAG 606 (1) Informace o SEQ ID NO: 25:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
| (A) | DÉLKA: 21 párů baží | |
| (B) | TYP: nukleová kyselina | |
| (C) | DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcová | |
| (D) | TOPOLOGIE: | |
| (ii) | DRUH | MOLEKULY: DNA |
| (ix) | ZNAKY: |
9999 ·
• · • 4
4 4 (D) místo atenuace I ORF2 PRRSV (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 25:
TACTGGTCTT TCTTCTCAGA G (1) Informace o SEQ ID NO: 26:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
| (A) | DÉLKA: 21 párů baží | |
| (B) | TYP: nukleová kyselina | |
| (C) | DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcová | |
| (D) | TOPOLOGIE: | |
| (li) | DRUH | MOLEKULY: DNA |
(ix) ZNAKY:
(D) místo atenuace II ORF2 PRRSV (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 26:
ACAATTTGCA GTCAAGCACC C
| Informace o | SEQ ID NO: 27: |
| (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | |
| (A) | DÉLKA: 21 párů baží |
| (B) | TYP: nukleová kyselina |
| (C) | DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcová |
| (D) | TOPOLOGIE: |
| (ii) DRUH | MOLEKULY: DNA |
| (ix) ZNAKY: | |
| (D) | místo atenuace III ORF2 PRRSV |
| (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 27: |
ATTGGGyATG TTTTGGCACA T (1) Informace o SEQ ID NO: 28:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů baží (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcová (D) TOPOLOGIE:
• · * ·
| (ii) | • ·· 75 . • · DRUH MOLEKULY: DNA |
| (ix) | ZNAKY: |
| (xi) | (D) místo atenuace ORF3 PRRSV Popis sekvence: SEQ ID NO: 28: |
| GTTGTTAAT GTCCATCCCGT C Informace o SEQ ID NO: 29: | |
| (i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: |
| (ii) | (A) DÉLKA: 21 párů baží (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: jednořetězcová (D) TOPOLOGIE: DRUH MOLEKULY: DNA |
| (ix) | ZNAKY: |
| (xi) | (D) místo atenuace ORF5 PRRSV Popis sekvence: SEQ ID NO: 29: |
GACCTTTGTG CTTTACCCGG T
4 4 4 4 4
44
4 4 4 4
4
4 4
1. Atenuovaný evropský virus PRRS kódovaný nukleovou kyselinou obsahující ORFl, ORF2, ORF3, ORF4, ORF5, ORF6 a ORF7 charakterizovaný tím, že
a) ORF2 obsahuje v polohách 11915 až 11935 alespoň jeden z nukleotidů, jak je uvedeno v tabulce č. 1:
4 I
4 4
4 4 4
4 4 4
4 44
Claims (37)
- PATENTOVÉNÁROKY
A T G A C C A G A A C G' A A G A G T c T C C c A C T T C A C C A A C C A C A C A c A G G T G A A G T G G G T G G T G T Ig T G T a v polohách 12037 až 12057 alespoň jeden z nukleotidů, jak je uvedeno v tabulce č. 2:T G T T A A A C G T C A G T T C G T G G G C A c C C C C T A c T C A c c T A C A A A G T G G G G G A T G A G T G G A T G T T T a v polohách 12058 až 12078 alespoň jeden z nukleotidů, jak je uvedeno v tabulce č. 3:T A A C C C A T A C A A A A C C G T G T A c C C T T T C C C T C C C C T T A c A c C G G G A A A G G G A G G G G A A T G T G G a/nebo deleci v uvedené poloze(polohách) a/nebo b) ORF3 obsahuje v polohách 12660 až 12680 alespoň jeden z nukleotidů, jak je uvedeno v tabulce č. 4:C A A C A A T T A C A G G T A G G G C A G T C C T C C C C C T C A A c C A A A T C A A G G A G G G G G A G T T G G T T T A G T a/nebo deleci v uvedené poloze(polohách) a/nebo • · · · · 9 • 9 9 0 4 9 • 90 000 00 ··c) 0RF5 obsahuje v polohách 13684 až 13704 alespoň jeden z nukleotidů, jak je uvedeno v tabulce č. 5:c T G G A A A C A C G A A A T G G G c c A T c A A C C C T C T A C C C c A A A T T C A G T T G G G A G A T G G G G T T T A A G a/nebo deleci v uvedené poloze(polohách). - 2. Atenuovaný evropský virus PRRS podle nároku 1 charakterizovaný tím, žea) ORF2 obsahuje C, A nebo G v poloze 11925 a/nebo C, T nebo A v poloze 12047 a/nebo A, C nebo G v poloze 12068 nebo deleci v uvedené poloze(polohách) a/nebob) ORF3 obsahuje A, C nebo G v poloze 12670 nebo deleci v uvedené poloze a/neboc) ORF5 obsahuje G, A nebo T v poloze 13694 nebo deleci v uvedené poloze.
- 3. Atenuovaný evropský virus PRRS podle nároku 1 nebo 2, kde uvedená nukleová kyselina je dále charakterizována tím, že:a) uvedený ORF2 obsahuje C v poloze 11925 a/nebo T v poloze 12047 a/nebo C v poloze 12068 nebo deleci v uvedené poloze(polohách) a/nebob) uvedený ORF3 obsahuje C v poloze 12670 nebo deleci v uvedené poloze a/neboc) uvedený ORF5 obsahuje T v poloze 13694 nebo deleci v uvedené poloze.
- 4. Atenuovaný evropský virus PRRS podle libovolného z nároků 1 až 3, kde uvedená nukleová kyselina je dále charakterizována tím, že:a) uvedený ORF2 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 1 a/neboi. · · ««♦· ··· ··*· ··· 1*· ·· ··
b) uvedený ORF3 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 2 a/nebo c) uvedený ORF4 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 3 a/nebo d) uvedený ORF5 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 4 nebo fragment, alelickou variantu, funkční variantu, variantu založenou na degenerovaném kódu nukleové kyseliny, fúzní molekulu nebo její chemický derivát. - 5. Atenuovaný evropský virus PRRS podle libovolného z nároků 1 až 4, kde uvedená nukleová kyselina je charakterizována tím, že
a) uvedený ID NO: 1 ORF2 obsahuje a/nebo nukleovou kyselinu definovanou v SEQ b) uvedený ORF3 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 2 a/nebo c) uvedený ORF4 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 3 a/nebo d) uvedený ORF5 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 4 - 6. Atenuovaný evropský virus PRRS podle libovolného z nároků 1 až 5, kde uvedená nukleová kyselina je charakterizována tím, že obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 5 nebo fragment, alelickou variantu, funkční variantu, variantu založenou na degenerovaném kódu nukleové kyseliny, fúzní molekulu nebo její chemický derivát.
- 7. Atenuovaný evropský virus PRRS podle libovolného z nároků 1 až 6, kde uvedená nukleová kyselina je charakterizována tím, že obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 5.·· ·*»·
- 8. Atenuovaný evropský virus PRRS podle libovolného z nároků 1 až 3, kde uvedená nukleová kyselina je charakterizována tím, že ·· · · ·79 : .·.• · ····*·· · • · · • · · • · · · • · · · ·· ··
a) uvedený ID NO: 6 ORF2 obsahuje a/nebo nukleovou kyselinu definovanou v SEQ b) uvedený ORF3 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 7 a/nebo c) uvedený ORF4 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 8 a/nebo d) uvedený ORF5 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 9 a/nebo fragment, alelickou variantu, funkční variantu, variantu založenou na degenerovaném kódu nukleové kyseliny, fúzní molekulu nebo její chemický derivát. - 9. Atenuovaný evropský virus PRRS podle libovolného z nároků 1
až 3 nebo 8, kde charakterizována tím, uvedená i že nukleová kyselina je dále a) uvedený ORF2 obsahuje ID NO: 6 a/nebo nukleovou kyselinu definovanou v SEQ b) uvedený ORF3 obsahuje ID NO: 7 a/nebo nukleovou kyselinu definovanou v SEQ c) uvedený ORF4 obsahuje ID NO: 8 a/nebo nukleovou kyselinu definovanou v SEQ d) uvedený ORF5 obsahuje ID NO: 9. nukleovou kyselinu definovanou v SEQ 10 .Atenuovaný evropský virus PRRS, kde uvedená nukleová kyselina je dále charakterizována tím, žea) ORFla obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: - 10 a/nebob) ORFlb obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO:
- 11 a/neboc) ORF2 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 12 a/nebo00 0000
• ·* • ·· · · ·· 00 • 0 0 • 0 · 0 • · 0 • 00 ···· 000 00 d) ORF3 obsahuje a/nebo nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 13 e) ORF4 obsahuje a/nebo nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 14 f) ORF5 obsahuje a/nebo nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 15 g) ORF6 obsahuje a/nebo nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 16 h) ORF7 obsahuje nukleovou kyselinu definovanou v SEQ ID NO: 17 nebo fragment, alelickou variantu, funkční variantu, glykosylační variantu, fúzní molekulu nebo její chemický derivát.11.Atenuovaný evropský virus PRRS podle nároku 10, kde uvedený virus PRRS je charakterizován tím, že:a) ORFla obsahuje a/nebo aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO: 10 b) ORFlb obsahuje a/nebo aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO: 11 c) ORF2 obsahuje a/nebo aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO: 12 d) ORF3 obsahuje a/nebo aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO: 13 e) ORF4 obsahuje a/nebo aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO: 14 f) ORF5 obsahuje a/nebo aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO: 15 g) ORF6 obsahuje aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO: 16 a/neboh) ORF7 obsahuje aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO: 17. - 12.Atenuovaný evropský virus PRRS, který je charakterizovaný tím, žea) ORF2 obsahuje aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO: 18 a/nebo • ·
b) ORF3 obsahuje aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO: 19 a/nebo c) ORF4 obsahuje aminokyselinu a/nebo definovanou v SEQ ID NO: 2 0 d) ORF5 obsahuje aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO: 21 nebo fragment, alelickou variantu, funkční variantu, glykosylační variantu, fúzní molekulu nebo její chemický derivát. - 13. Atenuovaný evropský charakterizovaný tím,a) uvedený ORF2 obsahuje18 a/nebob) uvedený ORF3 obsahuje19 a/neboc) uvedený ORF4 obsahuje20 a/nebod) uvedený ORF5 obsahuje21.virus PRRS pode nároku 14, který je že aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO:aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO:aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO:aminokyselinu definovanou v SEQ ID NO:
- 14. Nukleotidová sekvence kódující virus podle libovolného z nároků 1 až 13.
- 15. Nukleotidová sekvence podle nároku 14, která se upravila tak, že kóduje markér virulence a/nebo serologický markér.
- 16.Nukleotidová sekvence podle nároku 14 nebo 15, nukleová kyselina kódující uvedený markér v libovolných otevřených čtecích rámcích strukturální virové proteiny.kde uvedená se nachází kóduj ících
- 17.Způsob vytvoření infekčního živého atenuovaného viru PRRS, vyznačující se tím, že zahrnuje produkci rekombinantní nukleové kyseliny obsahující alespoň jednu kopii DNA plné délky nebo kopii RNA přepisovanou in vitro nebo derivát uvedené DNA nebo RNA, přičemž uvedená • · · · · · nukleotidová sekvence je nukleotidová sekvence podle libovolného z nároků 14 až 16.
- 18. Způsob vytvoření infekčního živého atenuovaného viru PRRS, vyznaCujlci se tlm, že zahrnuje následující kroky:a) virus PRRS podle libovolného z nároků 1 až 13 se používá k infekci vhodné buněčné linie,b) uvedený virus PRRS je atenuovaný prostřednictvím pasáží buněčné kultury.
- 19. Způsob podle nároku 18, vyznačující se tím, ž e uvedená buněčná linie je Marcova buňka nebo její derivát.
- 20. Způsob podle libovolného z nároků 18 nebo 19, vyznačující se tím, že uvedený virus PRRS je virus podle libovolného z nároků 1 až 13.
- 21. Způsob podle libovolného z nároků 18 až 20, vyznačující se tím, že uvedený virus PRRS je virem podle nároku 5, 9, 11 nebo 13.
- 22. Buněčná linie obsahující virus PRRS podle libovolného z nároků 1 až 13.
- 23. Buněčná linie podle nároku 22, kterou je Marcova buňka nebo její derivát.
- 24. Farmaceutický prostředek, vyznačuj ící se tím, že obsahuje virus PRRS podle libovolného z nároků 1 až 13 a farmaceuticky přijatelný nosič.
- 25. Použití viru PRRS podle libovolného z nároků 1 až 13 při výrobě vakcinačního prostředku pro profylaxi nebo léčbu infekcí PRRS.
- 26. Způsob atenuace evropského viru PRRS, vyznačuj ící se tím, žea) nukleotidové sekvence uvedeného viru se upraví místně řízenou mutagenezí v alespoň jedné z poloh 0RF2 odpovídající polohám 130 až 150 a/nebo v polohách 252 až 272 a/nebo v polohách 273 až 293 SEQ ID NO: 22,b) testuje se, zda výsledný virus PRRS je atenuovaný.
- 27. Způsob atenuace evropského viru PRRS, vyznačuj ící se tím, žea) nukleotidové sekvence uvedeného viru se upraví místně řízenou mutagenezí alespoň v jedné z poloh ORF3 odpovídající polohám 267 až 287 SEQ ID NO: 23,b) testuje se, zda výsledný virus PRRS je atenuovaný.
- 28. Způsob atenuace evropského viru PRRS, vyznačuj ící setím, žea) nukleotidové sekvence uvedeného viru se upraví místně řízenou mutagenezí alespoň v jedné z poloh odpovídající polohám 201 až 221 ORF5 SEQ ID NO: 24,
c) testuje se, zda výsledný virus PRRS je atenuovaný. 29.Způsob podle libovolného z nároků 26 až 28, vyznačuj i c í se tím, ž e úprava vede ke změně aminokyselinové sekvence kódovaného proteinu. 30.Způsob podle libovolného z nároků 26 až 29, vyznačuj 1 c í se tím, ž e úpravou je delece nebo substituce. 31.Způsob podle libovolného z nároků 26 až 30, vyznačuj í c 1 se tím, ž e sekvence každého ORF2, ORF3 a ORF5 je upravena. - 32.Způsob podle nároku 31, vyznačující se tím, ž e sekvence ORF2 jee upravena alespoň ve dvou výhodně alespoň ve třech polohách.• · · · · ·
- 33.Způsob podle libovolného z nároků az vyznačuj ící se tím, úprava32, vede k jednomu nebo více z následujících rysů: ORF2 kódující protein vykazující substituovanou nebo deletovanou aminokyselinu v jedné nebo ve více polohách aminokyselinové sekvence odpovídající polohám 47,88 a/nebo 95 aminokyselinové sekvence kódované sekvencí SEQ ID NO: 22, ORF3 kódující protein vykazující substituovanou nebo deletovanou aminokyselinu odpovídající poloze 93 aminokyselinové sekvence kódované sekvencí SEQ ID NO: 23 a/nebo ORF5 kódující protein vykazující substituovanou nebo deletovanou aminokyselinu odpovídající poloze 71 aminokyselinové sekvence kódované sekvencí SEQ ID NO: 24.
- 34.Způsob podle nároku 33, vyznačující se tím, ž e výsledkem úpravy je jeden nebo více, s výhodou všechny, následující rysy: ORF2 kódující protein vykazující serin v poloze odpovídající poloze 47 aminokyselinové sekvence kódované sekvencí SEQ ID NO: 22, ORF2 kódující protein vykazující fenylalalnin v poloze odpovídající poloze 88 aminokyselinové sekvence kódované sekvencí SEQ ID NO: 22, ORF2 vykazující leucin v poloze odpovídající poloze 95 aminokyselinové sekvence kódované sekvencí SEQ ID NO: 22, ORF3 vykazující prolin v poloze odpovídající poloze 93 aminokyselinové sekvence kódované sekvencí SEQ ID NO: 23 á/nebo ORF5 vykazující fenylalanin v poloze odpovídající poloze 71 aminokyselinové sekvence kódované sekvencí SEQ ID NO: 24.
- 35.Způsob podle nároku 34, vyznačující se tím, ž e výsledkem úpravy je jeden nebo více, s výhodou všechny, následující rysy: ORF2 vykazuje C v poloze odpovídající poloze 140 SEQ ID NO: 22, ORF2 vykazuje T v poloze odpovídající poloze 262 SEQ ID NO: 22, ORF2 vykazuje C v poloze odpovídající poloze 283 SEQ ID NO: 22, ORF3 vykazuje C v poloze odpovídající poloze 277 SEQ ID NO: 23 a/nebo ORF5 vykazuje T v poloze odpovídající poloze 211 SEQID NO: 24.
36.Atenuovaný libovolného evropský z nároků virus 26 až PRRS 35. získatelný způsobem podle 37.Atenuovaný evropský virus PRRS vykazuj ící ORF2, který se liší od SEQ ID NO: 22 v jedné nebo ve více polohách 130 až 150 a/nebo v jedné nebo ve více polohách 252 až 272 a/nebo v jedné nebo ve více polohách 273 až 293. - 38. Atenuovaný evropský virus PRRS vykazující ORF3, který se liší od SEQ ID NO: 23 v jedné nebo ve více polohách 267 až 287 .
- 39. Atenuovaný evropský virus PRRS vykazující ORF5, který se liší od SEQ ID NO: 24 v jedné nebo ve více polohách 201 až 221.
- 40. Vakcinační prostředek, vyznačující se tím, ž e obsahuje atenuovaný evropský virus PRRS podle libovolného z nároku 36 až 39 v kombinaci s farmaceuticky přijatelným nosičem.
- 41. Způsob vakcinace prasat proti PRRS, vyznačuj ící se tím, že se uvedenému praseti aplikuje účinné množství vakcinačního prostředku podle nároku 40.
- 42 Použití atenuovaného evropského viru PRRS podle libovolného z nároků 1 až 41 při výrobě vakcinačního prostředku proti PRRS.1/6Obr. ΙΑ10 20 30 40 50 60Lelystad ATGCAATGGG GTCACTGTGG AGTAAAATCA' GCCAGCTGTT CGTGGACGCC TTCACTGAGTVir.A ............T...............................................Lelystad-b ..............................................................Lelystad Vir. A Lelystad-b70 80 90 100 110 120TCCTTGTTAG TGTGGTTGAT ATTGCCATTT TCCTTGCCAT ACTGTTTGGG ŤTCACCGTCG........................TT..........................................................T...................................Lelystad ‘ Vir. A Lelystad-b
130 14( 150 160 170 180 CAGGATGGTT ACTGGTCTT5 . . . ...... Γ CTTCTCAGAG 1 TGGTTTGCTC CGCGCTTCTC GGTTCGCGCT •t 190 200 210, 220 230 240Lelystad ''CTGCCATTCA CTCTCCCGAA CTATCGAAGG TCCTATGAAG GCTTGTTGCC CAACTGCAGAVir. A ............................................................
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US27460301P | 2001-03-09 | 2001-03-09 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CZ20032743A3 true CZ20032743A3 (cs) | 2004-02-18 |
Family
ID=23048885
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CZ20032743A CZ20032743A3 (cs) | 2001-03-09 | 2002-03-07 | Atenuované kmeny viru PRRS |
Country Status (12)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP1421184A2 (cs) |
| JP (1) | JP2004534522A (cs) |
| KR (1) | KR20030082960A (cs) |
| BR (1) | BR0207988A (cs) |
| CA (1) | CA2439254A1 (cs) |
| CZ (1) | CZ20032743A3 (cs) |
| HU (1) | HUP0303431A2 (cs) |
| MX (1) | MXPA03007751A (cs) |
| PL (1) | PL370541A1 (cs) |
| RU (1) | RU2003129068A (cs) |
| SK (1) | SK11282003A3 (cs) |
| WO (1) | WO2002072802A2 (cs) |
Families Citing this family (18)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP1438969A1 (en) * | 2003-01-14 | 2004-07-21 | Universiteit Utrecht | Arterivirus marker vaccine |
| KR20050040172A (ko) * | 2003-10-27 | 2005-05-03 | 주식회사 중앙백신연구소 | 돼지 생식기호흡기 증후군 바이러스 불활화 백신의 제조방법 |
| AU2005306781B2 (en) * | 2004-11-19 | 2011-12-22 | Intervet International B.V. | Porcine reproductive and respiratory syndrome virus strains and compositions |
| EP1856141A1 (en) * | 2005-02-25 | 2007-11-21 | Pfizer Products Inc. | N protein mutants of porcine reproductive and respiratory syndrome virus |
| WO2009008924A2 (en) | 2007-04-05 | 2009-01-15 | Mount Sinai School Of Medicine Of New York University | Methods of preventing and treating viral infections by inhibiting the deisgylation activity of otu domain-containing viral proteins |
| CN101454442A (zh) * | 2007-06-15 | 2009-06-10 | 普泰克国际有限公司 | 嵌合体prrsv的构建，组合物及疫苗的制备 |
| US7666585B2 (en) | 2007-06-15 | 2010-02-23 | Protatek International, Inc. | Construction of chimera PRRSV, compositions and vaccine preparations |
| ES2550258T3 (es) * | 2011-02-17 | 2015-11-05 | Boehringer Ingelheim Vetmedica Gmbh | Nueva cepa del PRRSV europea |
| KR101420850B1 (ko) * | 2011-05-30 | 2014-08-13 | 건국대학교 산학협력단 | 돼지 생식기 호흡기 증후군 바이러스 유사입자 및 이를 이용한 백신 |
| KR101281361B1 (ko) * | 2011-07-18 | 2013-07-02 | 서울대학교산학협력단 | 북미형 돼지 생식기 호흡기 증후군 바이러스 예방 백신 조성물 및 이를 포함하는 혼합백신 조성물 |
| KR101245029B1 (ko) * | 2012-01-18 | 2013-03-18 | 서울대학교산학협력단 | 한국형 돼지 생식기 호흡기 증후군 바이러스 예방 백신 조성물 |
| WO2013173443A1 (en) * | 2012-05-17 | 2013-11-21 | Zoetis Llc | Effective vaccination against porcine reproductive and respiratory syndrome (prrs) virus prior to weaning |
| CN103290142B (zh) * | 2013-03-29 | 2015-03-11 | 云南农业大学 | 荧光定量rt-pcr检测猪蓝耳病弱毒疫苗病毒含量的方法 |
| KR101624485B1 (ko) | 2014-08-13 | 2016-05-26 | 전북대학교산학협력단 | 돼지생식기호흡기증후군 바이러스(prrsv) 변이주 및 이를 포함하는 돼지 생식기 호흡기 증후군 예방 또는 치료용 백신 조성물 |
| CN104694561B (zh) * | 2015-02-10 | 2018-02-23 | 中国农业科学院上海兽医研究所 | 表达海肾或萤火虫荧光素酶基因的prrsv重组质粒的构建方法以及应用 |
| AU2019463018A1 (en) * | 2019-08-29 | 2022-02-03 | Elanco Uk Ah Limited | Porcine reproductive and respiratory syndrome vaccine virus |
| KR102276341B1 (ko) * | 2020-01-29 | 2021-07-12 | 주식회사 바이오포아 | 유럽형 돼지 생식기 호흡기 증후군 바이러스의 제조 방법 및 이의 용도 |
| EP4098741A4 (en) * | 2020-01-29 | 2024-04-03 | Biopoa, Inc. | MUTANT STRAIN OF EUROPEAN SWINE REPRODUCTIVE AND RESPIRATORY SYNDROME VIRUS, AND VACCINE USING SAME |
Family Cites Families (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CA2290906C (en) * | 1991-06-06 | 2003-04-01 | Stichting Centraal Diergeneeskundig Instituut | Causative agent of the mystery swine disease, vaccine compositions and diagnostic kits |
| US6592873B1 (en) * | 1992-10-30 | 2003-07-15 | Iowa State University Research Foundation, Inc. | Polynucleic acids isolated from a porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) and proteins encoded by the polynucleic acids |
| CN1259141B (zh) * | 1997-05-06 | 2013-03-27 | 勃林格殷格汉动物保健有限公司 | 用于疫苗或诊断测试中的鉴定prrs病毒的肽序列的prrsv抗原位点 |
| WO1998055626A2 (en) * | 1997-06-05 | 1998-12-10 | Origen, Inc. | Recombinant porcine reproductive and respiratory syndrome virus (prrsv) for use as a vaccine |
| EP1157121B1 (en) * | 1999-03-08 | 2013-04-24 | Boehringer Ingelheim Vetmedica GmbH | Prrsv replicon |
| WO2002095040A1 (en) * | 2001-05-21 | 2002-11-28 | Id-Lelystad, Instituut Voor Dierhouderij En Diergezondheid B.V. | Delections in arterivirus replicons |
| BR0107827A (pt) * | 2000-01-26 | 2002-11-05 | Boehringer Ingelheim Vetmed | Atenuação recombinante de prrsv |
| EP1156111A1 (en) * | 2000-05-19 | 2001-11-21 | Stichting Dienst Landbouwkundig Onderzoek | Chimeric arterivirus-like particles |
| MXPA02011545A (es) * | 2000-05-24 | 2003-06-06 | Merial Sas | Virus del sindrome respiratorio y reproductor porcino (peesv), vacuna recombinante para el virus de la viruela. |
-
2002
- 2002-03-07 CZ CZ20032743A patent/CZ20032743A3/cs unknown
- 2002-03-07 SK SK1128-2003A patent/SK11282003A3/sk unknown
- 2002-03-07 KR KR10-2003-7011656A patent/KR20030082960A/ko not_active Withdrawn
- 2002-03-07 CA CA002439254A patent/CA2439254A1/en not_active Abandoned
- 2002-03-07 PL PL02370541A patent/PL370541A1/xx not_active Application Discontinuation
- 2002-03-07 HU HU0303431A patent/HUP0303431A2/hu unknown
- 2002-03-07 WO PCT/EP2002/002486 patent/WO2002072802A2/en not_active Application Discontinuation
- 2002-03-07 JP JP2002571858A patent/JP2004534522A/ja active Pending
- 2002-03-07 MX MXPA03007751A patent/MXPA03007751A/es unknown
- 2002-03-07 EP EP02726146A patent/EP1421184A2/en not_active Withdrawn
- 2002-03-07 BR BR0207988-7A patent/BR0207988A/pt not_active Application Discontinuation
- 2002-03-07 RU RU2003129068/13A patent/RU2003129068A/ru not_active Application Discontinuation
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CA2439254A1 (en) | 2002-09-19 |
| PL370541A1 (en) | 2005-05-30 |
| WO2002072802A2 (en) | 2002-09-19 |
| HUP0303431A2 (hu) | 2004-01-28 |
| JP2004534522A (ja) | 2004-11-18 |
| SK11282003A3 (sk) | 2004-02-03 |
| EP1421184A2 (en) | 2004-05-26 |
| MXPA03007751A (es) | 2004-11-12 |
| KR20030082960A (ko) | 2003-10-23 |
| WO2002072802A3 (en) | 2004-03-11 |
| RU2003129068A (ru) | 2005-04-10 |
| BR0207988A (pt) | 2004-10-26 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| AU2021201224B2 (en) | PRRS virus variant, European PRRS virus cDNA clone, and uses thereof | |
| EP0776209B1 (en) | Polynucleic acids and proteins from a porcine reproductive and respiratory syndrome virus and uses thereof | |
| US6773908B1 (en) | Proteins encoded by polynucleic acids of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) | |
| US7517976B2 (en) | Polynucleic acids isolated from a porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) | |
| US6251397B1 (en) | Proteins encoded by polynucleic acids isolated from a porcine reproductive and respiratory syndrome virus and immunogenic compositions containing the same | |
| KR101321153B1 (ko) | Ｐｒｒｓ 바이러스, 감염성 클론, 그의 돌연변이체, 및사용 방법 | |
| KR100696339B1 (ko) | 돼지 생식기 및 호흡기 증후군 바이러스(ｐｒｒｓｖ)의 다핵산에 의해 코딩되는 단백질 | |
| CZ20032743A3 (cs) | Atenuované kmeny viru PRRS | |
| WO1996006619A9 (en) | Polynucleic acids and proteins from a porcine reproductive and respiratory syndrome virus and uses thereof | |
| US20020012670A1 (en) | Recombinant attenuation of porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRSV) | |
| US7312030B2 (en) | Adaptation sites of porcine reproductive and respiratory syndrome virus | |
| WO2001055353A2 (en) | Recombinant attenuation of prrsv | |
| AU2002256653A1 (en) | Life attenuated strains of PRRS virus | |
| HK1128930A (en) | Polynucleic acids and proteins from a porcine reproductive and respiratory syndrome virus and uses thereof |