CN1380299A - 提纯5'-保护2'-脱氧嘌呤核苷的方法 - Google Patents

提纯5'-保护2'-脱氧嘌呤核苷的方法 Download PDF

Info

Publication number
CN1380299A
CN1380299A CN02105991A CN02105991A CN1380299A CN 1380299 A CN1380299 A CN 1380299A CN 02105991 A CN02105991 A CN 02105991A CN 02105991 A CN02105991 A CN 02105991A CN 1380299 A CN1380299 A CN 1380299A
Authority
CN
China
Prior art keywords
compound
inclusion
solvent
formula
purifying
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN02105991A
Other languages
English (en)
Other versions
CN1176097C (zh
Inventor
小松弘典
河野敏之
土屋克敏
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Mitsui Chemicals Inc
Mitsui Chemical Industry Co Ltd
Original Assignee
Mitsui Chemical Industry Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Mitsui Chemical Industry Co Ltd filed Critical Mitsui Chemical Industry Co Ltd
Publication of CN1380299A publication Critical patent/CN1380299A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN1176097C publication Critical patent/CN1176097C/zh
Anticipated expiration legal-status Critical
Expired - Fee Related legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/16Purine radicals
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/16Purine radicals
    • C07H19/173Purine radicals with 2-deoxyribosyl as the saccharide radical
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H1/00Processes for the preparation of sugar derivatives
    • C07H1/06Separation; Purification

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Abstract

一种有效的提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,以前该物质的有效生产是困难的。为了获得高纯度的5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷,通过获得一种5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的包合结晶体,杂质被分离出去。该包合结晶体包括一种溶剂如具有腈结构的溶剂。本发明能够很容易实现大量合成高纯度的5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷,以前是利用柱色谱法来提纯高纯度的5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷。

Description

提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法
技术领域
本发明涉及一种提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷和其中的一种衍生物的方法以及通过该方法获得的溶剂包合化合物。更具体地说,本发明涉及一种制造5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的提纯方法以及通过该提纯方法获得的一种5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的溶剂包合化合物。
背景技术
5’-保护2’-脱氧-β-嘌呤核苷是一种最新研制出的用作反义DNA及其类似物的原料的化合物。
最近几年,随着制造基因药物的发展,反义DNA药物及其类似物的制造也在迅速发展。同时,对于作为原料的DNA低聚物以及用于制备该低聚物的保护脱氧核苷的需求急速增长,因此,必须使用非常高纯度的中间产物来尽可能降低作为杂质的副产品的生成。
根据日本专利58-180500和63-179889,国际专利申请国家公开号6-507883等,到目前为止,5’-保护脱氧嘌呤核苷是通过柱色谱法提纯的。利用这种方法,对于那些与提纯物在极性和结构方面有很大差距的杂质很容易被分离,但是去掉那些有类似结构的杂质是困难的。特别是,在许多情况下,去掉一种特别令人头疼的杂质---3’-替代异构体是困难的。此外,因为这种方法需要体积很大的提纯设备,从将来大量生产和大量供应的观点来看,不得不说这种方法存在很大问题。
目前,已经对了关于使用柱色谱法之外的方法去除杂质做了研究。特别地,通过再沉淀提纯的方法在日本专利60-152495和PCT申请WO200075154中公开了。再沉淀的方法是一种在粗化合物溶于一种有机溶剂之后,通过加入一种不溶溶剂或者倒入一种不溶溶剂中进行强制沉淀化合物的方法。但其结果是提纯能力较低。另外,在工业中,恰当地控制可溶溶剂和不溶溶剂的比例也是很困难的。此外,如果这些溶剂混合比例不恰当,很容易导致油质化(oilification)或产生一种粘稠沉淀物,以致提纯失败。实际上,根据日本专利60-152495所述方法,在一些情况下,所获提纯物类似一种粘稠糖浆状物质,从工业的角度来考虑,这是一个问题。虽然通过再沉淀形成非结晶体的方法现在已经公开了,但是通过结晶或再结晶获得一种结晶体的方法还不为人所知。
发明内容
本发明的实现考虑到了传统的问题,并且本发明的目的就是提供一种提纯方法,这种方法非常有效并且不需要特殊的设备,通过这种方法可以获得高纯度的5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷。
经过本发明人对上述目的的深入细致研究,已经发现使用一种腈类溶剂如乙腈,5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷可以作为一种含有溶剂的结晶体,然后可以利用结晶或再结晶的提纯方法来提纯,从而使本发明得以实现。
这样,本发明包括以下实施例:
(1)一种提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,其包括以下步骤:
获得下式(1)表示的化合物,
其中R1表示一个4-甲氧三苯甲基、4,4’-二甲氧三苯甲基或三苯甲基,B表示一个嘌呤基,其中氨基被保护;包合结晶体包含一种溶剂;液体介质包括用于包合的溶剂;
收回液体介质中的包合结晶体。
(2)一种根据上述部分(1)提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,其中,用于包合的溶剂是一种由更小的烃基和芳基取代的腈化合物。
(3)一种根据上述部分(2)提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,其中,用于包合的溶剂是乙腈。
(4)一种根据上述部分(1)到(3)任意一种提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,其中,粗制备物包括(1)式的化合物和下面(2)式的化合物:
Figure A0210599100061
其中R2表示一个氢原子、4-甲氧三苯甲基、4,4’-二甲氧三苯甲基或者三苯甲基,R1和B与上述表示相同;粗制备物溶于液体介质中,并且经过从液体介质中回收(1)式化合物形成的包合结晶体,(2)式的化合物留在了液体介质中。
(5)一种根据上述部分(1)到(4)任一种提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,其中,(1)式的化合物是下面(3)式所表示的化合物
Figure A0210599100062
或者下面(4)式所表示的化合物
Figure A0210599100063
(6)一种根据上述部分(1)到(5)任一种提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,其中,(1)式化合物的包合结晶体包含用于包合的溶剂,该化合物从用作包合的溶剂组成的液体介质中再结晶。
(7)一种根据上述部分(1)到(6)任一种提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,其中,液体介质是由用作包合的单一溶剂组成。
(8)一种由(5)式表示的包合化合物
Figure A0210599100071
其中R1和B与上述表示相同;m和n是相互独立的整数,R3表示较小的烷基或芳基。
具体实施方式优选实施例
下面将对本发明作详细的描述。
由(1)式中B表示的嘌呤基代表天然或人工核苷的核酸嘌呤碱基,具体的例子包括腺嘌呤和鸟嘌呤。
对于嘌呤基上的氨基的保护基,其实例包括烷基、烷基酰基和苯甲酰基。
就保护基能够被维持这种功能而言,烃基可以是直链的或支链的,或者另外的官能团加入其中。烷基的实例包括甲基、乙基、正丙基、2-丙基、正丁基、异丁基等。
就保护基能够被维持这种功能而言,烷基酰基可以是直链的或支链的,或者可以形成环状的,或者另外的官能团加入其中。烷基酰基的实例包括乙酰基、丙酰基、正丁酰基、异丁酰基、新戊酰基、正戊酰基、异戊酰基、环丙羰基、苯氧乙酰基等。
就保护基能够被维持这种功能而言,苯甲酰基可以不被取代也可以被取代。取代基可以在苯基的2、3、4任一位置上。而且,取代基也可以在多处位置上。取代基的实例包括烷基如甲基、乙基、2-丙基、正丁基或者叔丁基;羟基;烷氧基如甲氧基、乙氧基、正丙氧基、2-丙氧基、正丁氧基;硝基;卤代基如氟、氯、溴或碘;氨基;烷基氨基如甲氨基、乙氨基、正丙氨基、二甲氨基、二乙氨基或二异丙氨基;酰基如乙酰基、丙酰基或苯甲酰基;苯基;吡啶基等。
苯甲酰基类的具体实例包括苯甲酰基、2-氯苯基、3-氯苯基、4-氯苯基、2-溴苯基、3-溴苯基、4-溴苯基、2-氟苯基、3-氟苯基、4-氟苯基、2-甲氧苯基、3-甲氧苯基、4-甲氧苯基、2-硝基苯基、3-硝基苯基、4-硝基苯基、2-氨基苯基、3-氨基苯基、4-氨基苯基、2-甲氨苯基、3-甲氨苯基、4-甲氨苯基、2-二甲氨苯基、3-二甲氨苯基、4-二甲氨苯基、4-联苯基、4-乙酰苯基等。
作为形成包合结晶体的溶剂,具有较小烷基或芳基的腈化合物的优选实例可以由R3-CN表示,其中R3表示较小烷基或芳基。烷基的实例包括甲基、乙基、正丙基、2-丙基、正丁基和异丁基。芳基的实例包括苯基、4-甲基苯基、4-甲氧苯基。
具有较小烷基或芳基的腈化合物实例包括:乙腈、丙腈、正丁腈、异丁腈、正戊腈、正己腈、苯基腈等。至少可以使用这些腈化物中的一种。
对于(5)式中的整数m和n,m最好是从1-5中选择,n也最好从1-5中选择。
用于包合结晶体形成的液体介质既可以由包含在结晶体的那种溶剂组成,也可以由用于包合的溶剂与不形成包合结晶体的其它溶剂按一定比例混和的混合物组成。与用于包合的溶剂混和的其它溶剂的实例包括醇类如甲醇、乙醇、异丙醇;酯类如乙酸乙酯和乙酸丁酯;酮类如丙酮、甲基乙基酮和甲基异丁基酮;醚类如二乙基醚、二异丙基醚、二氧杂环己烷和四氢呋喃(THF);芳烃类如苯、甲苯、异丙基苯、二甲苯、1,3,5-三甲基苯、二异丙基苯和三异丙基苯;卤代烃类如二氯甲烷、三氯甲烷和二氯乙烷;吡啶类如吡啶、二甲基吡啶、喹啉;叔胺类如三乙胺和三丁胺;极性溶剂如二甲基甲酰胺(DMF)、二甲基咪唑啉酮(DMI)和二甲亚砜(DMSO);水等。这些溶剂中至少有一种可以用作其它溶剂。上述所列的其它溶剂相对于包合的溶剂重量的混合比例是100%或低于100%,混合比例为20%或低于20%比较好,最好是10%或低于10%。
此处使用包含一种溶剂的“包合结晶体”术语表示溶剂起着一种形成晶体结构的辅助作用,以使结晶体以一定的形式形成,其中溶剂包含在晶格中,或者通过晶体和溶剂之间的弱的相互作用形成一种配合物。
在结晶和再结晶中腈溶剂的量并没有特殊的限定。只要所用量低于要提纯的化合物溶液的饱和溶解度就可以。但所用量是(1)式所示化合物重量的5倍到150倍之间为较好,所用量最好是(1)式所示化合物的重量的8倍到50倍。
对于结晶和再结晶的温度并没有特殊限定,但是最好在-10℃到溶剂或液体介质的沸点范围内。一般来说,经过一次再结晶进行提纯就足够了,但是,更高纯度的提纯要经过重复再结晶来实现,对于再结晶的液体介质最好是由用于包合的单一溶剂组成。但在结晶和再结晶中使用同一种单一溶剂为更好。
由上所述,根据本发明,进行有效地提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷是可能的。
实施例
在下述实施例中将对本发明详细描述。但实施例并不意味着限制本
发明的范围。
实施例1
N2-异丁酰-5’-O-(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧鸟苷和乙腈(2∶1)配合物的制备。
使用吡啶将110g(含量为95%)N2-异丁酰-2-脱氧鸟苷共沸脱水,然后溶解在2.4L的吡啶中。在室温条件下加入118.3g 4,4’-二甲氧三苯甲基氯,将该混合物在室温条件下搅拌3小时。用碳酸氢钠中和溶液中的盐酸,然后将该反应溶液浓缩到大约400g。加入1.5L乙酸乙酯和1.5L水之后,混合溶液被分离,然后反复用水冲洗直到有机层中没有作为原料的N2-异丁酰-2-脱氧鸟苷存在。用1kg 20%的氯化钠溶液冲洗,然后用硫酸钠干燥。过滤之后,溶剂被去除了,然后加入乙酸乙酯以使溶液总量为700g。
将该溶液倒入3200g的二异丙基醚中,同时用力的搅拌,然后将得到的溶液在室温下搅拌2小时。经过滤所得的固体物质在50℃下真空干燥,确认为恒重后,将其在室温下溶于4.4L的乙腈中。在室温条件下搅拌4小时,然后过滤出沉积的固体物质。将得到的产物在室温下经真空干燥4小时,然后进行NMR分析,经过分析发现,每摩尔要提纯的目标化合物中所获得的产物包括2摩尔的乙腈。将得到的产物在40℃下真空干燥12小时的情况下,再经NMR分析,发现每摩尔要提纯的目标化合物中所获得的产物包含1摩尔的乙腈。
在50℃下真空干燥15小时的情况下,再经NMR分析,发现每摩尔要提纯的目标化合物中所获得的产物包含0.67摩尔的乙腈。进一步,在55℃真空干燥直到恒重(24小时)的情况下,再经NMR分析,发现每摩尔要提纯的目标化合物中所获得的产物包含0.5摩尔的乙腈。通过X-射线衍射(XRD),发现在上述任一干燥条件下得到的产物都是一种结晶体。另外,通过TG-DTA分析,经干燥发现,每摩尔要提纯的目标化合物中所获得的恒重的结晶体包含0.5摩尔乙腈,结晶体的重量直到温度升高到吸热反应的温度(81℃-93℃),其重量才逐渐减小,结晶体并没有粘附溶剂。提纯物的产量是168g(产出率84.8%)。通过HPLC(UV 254nm)分析,面积纯度为99.7%。最多的杂质是N2-异丁酰-3’,5’-O-双(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧鸟苷(占面积的0.17%)。
NMR(DMSO-d6)δ:12.1(s,1H),11.7(s,1H),8.1(s,1H),7.3(m,2H),7.3-7.3(m,7H),6.9-6.8(m,4H),6.3(t,J=6Hz,1H),5.4(m,1H),4.4(m,1H),3.97(m,1H),3.724(s,3H),3.719(s,3H),3.2(m,1H),3.1(m,1H),2.8(m,1H),2.4(m,1H),2.1(s,3/2H,乙腈),1.1(d,J=6.8Hz,6H)。1R(KBr)cm-1:3398,3238,2935,2838,1679,1609,1561,1509,1252,1178,1034,830(腈衍生物乙腈的吸收较弱并没有观察到)
实施例2
N6-苯甲酰基-5’-O-(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧腺苷的制备。
将45.0g(0.127mol)N6-苯甲酰基脱氧腺苷溶解于500ml吡啶中,然后共沸脱水,再将得到的产物溶解在500ml的吡啶中。加入42.9g(0.127mol)4,4’-二甲氧三苯甲基氯,同时搅拌,将该混合物在室温条件下进一步搅拌2.5小时。在加入12.8g碳酸氢钠后,将混合物在室温下搅拌30分钟,在减压的条件下去除溶剂。对于剩余物,加入830ml甲基异丁基酮,同时搅拌并进一步加入830ml水,然后搅拌10分钟。随后,收集其中的有机层,并用饱和食盐水冲洗,用硫酸钠干燥,在减压的条件下去除溶剂。将剩余物倒入800ml的二异丙基醚中,用力搅拌,通过过滤收集产生的沉淀物。
沉淀物从750ml的乙腈中再结晶,通过过滤收集结晶产物。经NMR分析,结果是每摩尔要提纯的目标化合物中所获得的产物中包含1摩尔的乙腈。当结晶产物经真空干燥,乙腈就消失了。最后的重量为66.7g。当将得到的产物经高性能液相色谱仪分析(ODS:十八基硅胶柱,乙腈/水(8∶2)〕,其纯度为99.5%,该液相色谱仪使用一个UV检测器(254nm)。N6-苯甲酰基-5’-O-(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧腺苷的产出为79.4%。最多的杂质是N6-苯甲酰基-3’,5’-O-双(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧腺苷(占面积的0.15%)。参考例1
N2-异丁酰-3’,5’-O-双(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧鸟苷的制备。
在实施例1中,通过再结晶得到的滤液是浓缩的,该浓缩的残渣经柱色谱法提纯(乙基 乙酸基/己烷)。将提纯部分浓缩,得到一种黄色油性产物。将该黄色油性产物倒入二异丙基醚中并将所形成的沉淀物通过过滤、干燥然后回收,从而得到一种浅黄色粉末状的标题所指的化合物。1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ12.1(1H,s),11.5(1H,s),7.9(1H,s),7.5-7.2(18H,m),6.8(8H,m),6.2(1H,m),4.4(1H,m),3.8(1H,m),3.7(12H,s),3.6(1H,m),3.0(1H,m),2.8(1H,m),2.4(1H,m),1.8(1H,m),1.1(6H,m),1.0(6H,m)参考例2
N2-异丁酰-5’-O-(叔丁基二甲硅烷基)-2’-脱氧鸟苷的制备。
将N2-异丁酰-2’-脱氧鸟苷(20.5g)溶解于200ml的DMF中,再加18.5g的咪唑溶解于上面所得的溶液中,然后再加21.4g的叔丁基二甲硅烷氯。进一步加入DMF(100ml),然后在室温下搅拌溶液。过8小时后,用三氯甲烷萃取,然后用饱和的氯化钠水溶液冲洗有机层,并用无水硫酸镁干燥。萃取物经浓缩之后,通过柱色谱法(甲醇/三氯甲烷)分离目标化合物。将所得的含有目标化合物的那部分溶液浓缩,得到了20.5g的标题所指的化合物(产出率:74%)。1H NMR(400MHz,CDCl3)δ:12.4(1H,s),10.9(1H,s),8.0(1H,s),6.0(1H,dd,J=6.4,6.4Hz),4.6(2H,m),4.1(1H,d,J=2.0Hz),3.8(2H,m),2.9(1H,m),2.4(2H,m),1.3(6H,m),0.8(9H,s),0.02(6H,s)参考例3
N2-异丁酰-5’-O-(叔丁基二甲硅烷基)-3’-O-(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧鸟苷的制备。
将N2-异丁酰-5’-O-(叔丁基二甲硅烷基)-2’-脱氧鸟苷(19.8g)溶解于100ml的无水吡啶中,再加4,4’-二甲氧三苯甲基氯(1.66g)溶解于上面所得的溶液中,进一步加入140ml的无水吡啶,然后在40℃下搅拌。在反应完成后,用碳酸氢钠中和反应混合物并将吡啶蒸馏出去。用三氯甲烷萃取,然后用饱和的氯化钠水溶液冲洗萃取物,并用无水硫酸镁干燥该萃取物。萃取物经浓缩之后,通过柱色谱法(乙基 乙酸基/己烷)提纯得到25.8g的标题所指的化合物(产出率:78%)。1H NMR(400MHz,CDCl3)δ:11.9(1H,s),8.1(1H,s),7.8(1H,s),7.5-7.2(9H,m),6.8(4H,m),6.2(1H,dd,J=6.0,8.4Hz),4.4(1H,m),4.1(1H,m),3.8(6H,s),3.6(1H,dd,J=8.8,11.2Hz),3.3(1H,dd,J=2.8,11.2Hz),2.6(1H,m),2.0-1.6(2H,m),1.3(6H,m),0.8(9H,s),0.02(6H,s)参考例4
N2-异丁酰-3’-O-(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧鸟苷的制备。
将N2-异丁酰-5’-O-(叔丁基二甲硅烷基)-3’-O-(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧鸟苷(25g)溶解于200ml干燥的THF中,再将四丁铵氟化物的THF溶液(40ml)加入上面所得的溶液中,进一步加入100ml干燥THF,然后在室温下搅拌。过8小时后,用三氯甲烷萃取,然后用饱和的氯化钠溶液冲洗萃取物,并用无水硫酸镁干燥该萃取物。萃取物经浓缩之后,通过柱色谱法(乙基 乙酸基/己烷/甲醇)提纯得到12.9g标题所指的白色粉状的化合物(产出率:60%)。1H NMR(400MHz,CDCl3)δ:12.0(1H,s),8.3(1H,s),7.7(1H,s),7.5-7.2(9H,m),6.8(4H,m),6.2(1H,dd,J=5.2,10Hz),4.5(1H,m),4.0(1H,m),3.8(6H,s),3.7(1H,m),3.3(1H,m),2.6(1H,m),2.4(1H,m),1.7(1H,m),1.2(6H,m)对比例1
对于去除杂质如3’-取代异构体〔N2-异丁酰-3’-O-(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧鸟苷〕或3’,5’-多取代物〔N2-异丁酰-3’,5’-O-双(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧鸟苷〕的能力,现对下述两种方法做比较,一种是使用乙腈溶剂的再结晶方法,另一种是使用二氯甲烷作为可溶性溶剂和使用己烷或甲苯作为不可溶溶剂的再沉淀提纯方法。另外,比较两种方法中的产物〔N2-异丁酰-5’-O-(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧鸟苷〕的产出率并且将所获得的结晶体进行热分析(即DSC:吸热峰值,吸热能量)。所获得的结果显示在表1中,其中包括:在粗结晶体产物中的3’异构体和多取代化合物的含量,以及使用每种溶剂再结晶后的结晶体的含量。
表1
                                  提纯溶剂
  粗结晶体     乙腈 二氯甲烷/己烷   二氯甲烷/甲苯
  3’-异构体     4.9%     0.08%     3.06%     0.76%
  多取代化合物     2.76%     0%     2.27%     0.36%
  产出率     95%     83%     76%
  吸热峰值     81℃     未显示出清楚的吸热峰值
  吸热能量     28J/g
(%为重量百分比)
从DSC分析结果可以清楚地显示出,由于化合物的吸热峰值不同,化合物的结晶类型也是不同的。对于大的吸热能量,进一步显示出,只有从乙腈中所获的产物形成了结晶体。参考例5
N6-苯甲酰基-3’,5’-O-双(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧腺苷的制备。
将实施例2中通过再结晶得到的滤液浓缩,然后利用柱色谱法(乙基乙酸酯/己烷)将浓缩滤液提纯。提纯的部分经浓缩获得一种黄色油状产物。然后将这种黄色油状产物倒入二异丙基醚中并且通过过滤和干燥将所形成的沉淀物回收。因此获得了标题所指的浅黄色粉末状化合物。1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ:11.2(1H,br),8.6(1H,s),8.5(1H,s),8.0(2H,m),7.7-6.7(29H,m),6.4(1H,m),4.3(1H,m),4.1(1H,m),3.8(14H,s),3.6(1H,m),3.0(1H,m),1.0(6H,m)参考例6
N6-苯甲酰基-5’-O-(叔丁基二甲硅烷基)-2’-脱氧腺苷的制备。
将N6-苯甲酰基-2’-脱氧腺苷(20.95g)溶于200ml DMF中。将咪唑(15.7g)加入上述所得的溶液中并溶解。然后加入20.8g的叔丁基二甲硅烷氯。进一步加入DMF(100ml)在室温下搅拌溶液。8小时后,利用三氯甲烷进行萃取并且用饱和氯化钠水溶液冲洗有机层并用无水硫酸镁干燥。将萃取液浓缩之后,通过柱色谱法(甲醇/三氯甲烷)将目标化合物提纯,得到了16.1g的标题所指的化合物(产出率:61%)。1H NMR(400MHz,CDCl3)δ:9.1(1H,s),8.8(1H,s),8.3(1H,s),8.0(2H,d,J=12.4Hz),7.6-7.5(3H,m),6.6(1H,dd,J=6.8,6.8Hz),4.7(1H,m),4.1(1H,m),3.9(2H,m),2.8(1H,m),2.6(1H,m),0.9(9H,s),0.1(6H,s)参考例7
N6-苯甲酰基-5’-O-(叔丁基二甲硅烷基)-3’-O-(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧腺苷的制备。
将N6-苯甲酰基-5’-O-(叔丁基二甲硅烷基)-2’-脱氧腺苷(16.1g)溶于100ml无水吡啶中。进一步加入4,4’-二甲氧三苯甲基氯(12.8g)和无水吡啶(140ml),并在45℃下搅拌溶液。在反应完成之后,用碳酸氢钠中和反应混合物,并且将吡啶蒸馏出去。利用三氯甲烷进行萃取并且用饱和氯化钠水溶液冲洗萃取液并用无水硫酸镁干燥。将萃取液浓缩之后,通过柱色谱法(乙基乙酸酯/己烷)将萃取液提纯,得到了16.7g的标题所指的化合物(产出率:63%)。1H NMR(400MHz,CDCl3)δ:9.1(1H,s),8.9(1H,s),8.3(1H,s),8.1(2H,d,J=7.2Hz),7.7-7.3(12H,m),6.9(4H,m),6.7(1H,dd,J=5.6,8.4Hz),4.5(1H,m),4.2(2H,m),3.9(6H,s),3.7(1H,dd,J=2.4,11.2Hz),3.4(1H,dd,J=8.4,11.2Hz),2.2-2.1(2H,m),2.0-1.6(2H,m),1.3(1.5H,m),0.9(9H,s),0.03(6H,s)参考例8
N6-苯甲酰基-3’-O-(二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧腺苷的制备。
将N6-苯甲酰基-5’-O-(叔丁基二甲硅烷基)-3’-O-(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧腺苷(16.2g)溶于200ml干燥的THF中。将四丁铵氟化物的THF溶液(31ml)加入上述溶液中,进一步加入100ml干燥的THF中,并在室温下搅拌溶液。8小时后,THF被蒸馏出去并且利用三氯甲烷进行萃取。然后用饱和氯化钠水溶液冲洗萃取液并用无水硫酸镁干燥。将萃取液浓缩之后,通过柱色谱法(乙基乙酸酯/己烷/甲醇)将萃取液提纯,得到了13.8g标题所指的白色粉末状化合物(产出率:98%)。1H NMR(400MHz,CDCl3)δ:9.0(1H,br),8.7(1H,s),8.1(1H,s),8.0(2H,m),7.7-7.2(12H,m),6.9(4H,m),6.4(1H,m),4.6(1H,m),4.1(1.3H,m),3.8(6H,s),3.7(1H,m),3.3(1H,m),2.7(1H,m),2.0(2H,m),2.0-1.6(2H,m),1.7(1H,m),1.3(2H,m)对比例2
对于去除杂质如3’-取代异构体〔N6-苯甲酰基-3’-O-(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧腺苷〕或3’,5’-多取代物〔N6-苯甲酰基-3’,5’-O-双(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧腺苷〕的能力,现对下述两种提纯方法做比较,一种是使用乙腈溶剂的再结晶方法,另一种是使用可溶性溶剂二氯甲烷和不可溶溶剂t-丁基甲基醚与己烷的混合溶液(1∶2)进行再沉淀方法。另外,比较两种方法中产物〔N6-苯甲酰基-5’-O-双(4,4’-二甲氧三苯甲基)-2’-脱氧腺苷〕的产出率并且将所获得的结晶体进行热分析(即DSC:吸热峰值,吸热能量)。所获得的结果显示在表2中,其中包括在粗结晶体产物中的3’异构体和多取代化合物的含量,以及使用每种溶剂再结晶后结晶体的含量。
表2
                                   提纯溶剂
粗结晶体 乙腈 二氯甲烷/t-丁基甲基醚与己烷的混合物(1∶2)
  3’-异构体     1.84%     0.06%     2.24%
  多取代化合物     4.03%     0%     1.43%
  产出率     87%     96%
  吸热峰值     114℃     125℃
  吸热能量     34J/g
(%为重量百分比)
从DSC分析结果可以清楚地显示出,由于化合物的吸热峰值不同,化合物的结晶类型也是不同的。对于大的吸热能量,进一步显示出只有从乙腈中所获的产物形成了结晶体。
对于每种化合物的HPLC条件如下:(1)对比例1和2的HPLC条件(多取代形成物量的分析):柱:Develosil TMS-UG-5
 150mm×Φ4.6流动速率:1.0mL/min柱温度:40℃探测波长:254nm流动相:梯度条件
时间(分钟)    液体B(%)
   0           20
   15          70
   35          100
    40        100
    45        20
    60        停止[液体A]
100mL的100mM三乙胺乙酸(PH7)/880mL的水/20mL的乙腈。[液体B]
100mL的100mM三乙胺乙酸(PH7)/900mL的乙腈。(2)对比例1和2的HPLC条件(3’-异构体量的分析):柱:Develosil TMS-UG-5
150mm×Φ4.6流动相:乙腈-水(55∶45)流动速率:1.0mL/min柱温度:40℃探测波长:254nm热分析条件:
装置:DSC-7(PerkinElmer)
温度上升速率:10℃/minXRD条件:
装置:RAD-RVC(RIGAKU)
X射线目标:Cu 50kV 200mA
根据本发明,一种批量生产的方法能够比传统方法更有效地生产高纯度的5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷。

Claims (8)

1.一种提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,其包括以下步骤:获得下式(1)表示的化合物,
Figure A0210599100021
其中R1表示一个4-甲氧三苯甲基、4,4’-二甲氧三苯甲基或三苯甲基,B表示一个嘌呤基,其中氨基被保护;包合结晶体包含一种溶剂;液体介质包括用于包合的溶剂;
收回液体介质中的包合结晶体。
2.根据权利要求1的提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,其中用于包合的溶剂是一种由更小烷基或芳基取代的腈化合物。
3.根据权利要求2的提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,其中用于包合的溶剂是乙腈。
4.根据权利要求1到3的任意一种提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,其中粗制备物包括(1)式的化合物和下面(2)式的化合物:
其中R2表示一个氢原子、4-甲氧三苯甲基、4,4’-二甲氧三苯甲基或者三苯甲基,R1和B与上述表示相同;粗制备物溶于液体介质中,并且经过从液体介质中回收(1)式化合物形成的包合结晶体,(2)式的化合物留在了液体介质中。
5.根据权利要求1到4的任意一种提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,其中,(1)式的化合物是下面(3)式所表示的化合物
Figure A0210599100031
或者下面(4)式所表达的化合物
Figure A0210599100032
6.根据权利要求1到5的任意一种提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,其中,(1)式表示化合物的包合结晶体包含用于包合的溶剂,从由用于包合的溶剂组成的液体介质中再结晶。
7.根据权利要求1到6的任意一种提纯5’-保护2’-脱氧嘌呤核苷的方法,其中,液体介质是由用于包合的单一的溶剂组成。
8.一种包合化合物,由(5)式表示
Figure A0210599100033
其中R1和B与上述表示相同;m和n是独立的整数,R3表示较小的烷基或芳基。
CNB021059918A 2001-04-12 2002-04-11 提纯5'-保护2'-脱氧嘌呤核苷的方法 Expired - Fee Related CN1176097C (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2001113835 2001-04-12
JP2001113835 2001-04-12

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN1380299A true CN1380299A (zh) 2002-11-20
CN1176097C CN1176097C (zh) 2004-11-17

Family

ID=18965005

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CNB021059918A Expired - Fee Related CN1176097C (zh) 2001-04-12 2002-04-11 提纯5'-保护2'-脱氧嘌呤核苷的方法

Country Status (8)

Country Link
US (2) US6958391B2 (zh)
EP (1) EP1253154B1 (zh)
KR (1) KR100461709B1 (zh)
CN (1) CN1176097C (zh)
AT (1) ATE441658T1 (zh)
BR (1) BR0201234A (zh)
CA (1) CA2381367A1 (zh)
DE (1) DE60233541D1 (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102288692A (zh) * 2011-06-16 2011-12-21 深圳市华测检测技术股份有限公司 一种用高效液相色谱仪检测n6-苯甲酰基-5′-o-(4,4′-二甲氧基三苯基)-2′-脱氧腺苷的方法

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10586282B2 (en) * 1996-03-25 2020-03-10 Cfph, Llc System and method for trading based on tournament-style events
GB2437205B (en) * 2004-12-10 2010-03-17 Pharmed Medicare Pvt Ltd Control of ph by direct addition of carbonates and bicarbonates during concentration of organic solvent extracts of 6-acetyl-4,1',6'trichlorogalactosucrose
WO2011113476A2 (en) * 2010-03-16 2011-09-22 Cilag Ag Method for producing 2'-deoxyadenosine compounds

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4415732A (en) 1981-03-27 1983-11-15 University Patents, Inc. Phosphoramidite compounds and processes
EP0090789A1 (en) 1982-03-26 1983-10-05 Monsanto Company Chemical DNA synthesis
JPS60152495A (ja) 1984-01-18 1985-08-10 Nippon Zeon Co Ltd 保護化ヌクレオシドの製造法
US5034518A (en) * 1989-05-23 1991-07-23 Southern Research Institute 2-fluoro-9-(2-deoxy-2-fluoro-β-D-arabinofuranosyl) adenine nucleosides
US5672697A (en) 1991-02-08 1997-09-30 Gilead Sciences, Inc. Nucleoside 5'-methylene phosphonates
US5719273A (en) * 1993-06-14 1998-02-17 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. Palladium catalyzed nucleoside modifications methods using nucleophiles and carbon monoxide
DE19529599A1 (de) * 1995-08-11 1997-02-13 Basf Ag Verfahren zur Herstellung einer wäßrigen Polymerisatdispersion
US6414137B1 (en) * 1998-12-23 2002-07-02 Alliedsignal Inc. Selective solvent extraction for the purification of protected nucleosides
WO2000075154A2 (en) * 1999-06-04 2000-12-14 Alliedsignal Inc. Protected nucleosides

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102288692A (zh) * 2011-06-16 2011-12-21 深圳市华测检测技术股份有限公司 一种用高效液相色谱仪检测n6-苯甲酰基-5′-o-(4,4′-二甲氧基三苯基)-2′-脱氧腺苷的方法

Also Published As

Publication number Publication date
CA2381367A1 (en) 2002-10-12
EP1253154B1 (en) 2009-09-02
US20030009028A1 (en) 2003-01-09
KR100461709B1 (ko) 2004-12-14
ATE441658T1 (de) 2009-09-15
EP1253154A1 (en) 2002-10-30
KR20030022672A (ko) 2003-03-17
US6958391B2 (en) 2005-10-25
US7074917B2 (en) 2006-07-11
DE60233541D1 (de) 2009-10-15
US20060009635A1 (en) 2006-01-12
BR0201234A (pt) 2003-02-25
CN1176097C (zh) 2004-11-17

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN101541818B (zh) 4'-叠氮基胞苷衍生物的制备方法
CN102219817A (zh) 活性偶联剂用于氟化嘧啶化合物烷氧羰酰化的方法
CN1900103A (zh) 用于rna寡核苷酸合成中的核苷亚磷酰胺及其合成方法
CN102933585B (zh) Carba-核苷合成及其中使用的新型中间体
CN101875680A (zh) 一种核苷类化合物及其制备方法和应用
CN1380299A (zh) 提纯5'-保护2'-脱氧嘌呤核苷的方法
CN1228342C (zh) 以1,6-脱水-β-D-葡萄糖为原料制备2'-脱氧-2',2'-二氟-β-核胞苷或其药用盐的方法
CN1910194A (zh) 海绵核苷的合成
CN1886415A (zh) 改进的2-取代腺苷的合成
JP4326841B2 (ja) 保護化2’−デオキシシチジン類の精製法
CN106336443B (zh) 一类核苷类化合物的合成方法
CN1159331C (zh) 制备2′,3′-二脱氢-3′-脱氧胸苷的新方法
Chattopadhyay et al. A facile and simple entry into isodideoxynucleosides
JP2009256335A (ja) 2’位にアルキル型保護基を有するリボ核酸の製造法
BR112015023591B1 (pt) (1r,4s,5s)-2-iodo-4,5-isopropilidenodióxi-1-(tritiloxi-metil)ciclopent-2-enol e processos de preparação
JP3983085B2 (ja) 5’位保護化2’−デオキシプリンヌクレオシド類の包接化合物の製法
JP7117796B2 (ja) 化合物並びにブリバラセタム(Brivaracetam)の中間体及び原薬の合成におけるその用途
CN109096321B (zh) 一种脱氧鸟苷类有机合成中间体的制备方法
CN116981677A (zh) 用于合成手性硫代磷酸酯的手性合成子
CN1385437A (zh) 提纯5’-保护胸腺嘧啶核苷及其新型衍生物的方法
EP2049558B8 (en) Naphthalene 2-carboxylate derivative useful for synthesizing gemcitabine and a method for preparing the same
JP2006248956A (ja) トリチル型化合物
CN101054360A (zh) 一种n-取代丙烯酰基-2,5-吡咯二酮类化合物的制备方法
Wang et al. Study on disulfur-backboned nucleic acid: Part 2. Efficient synthesis of 3′, 5′-dithiothymidine
CN117700369A (zh) 一种2-(2-氯嘧啶-5-基)乙酸/酯的制备方法

Legal Events

Date Code Title Description
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C14 Grant of patent or utility model
GR01 Patent grant
CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee

Granted publication date: 20041117

Termination date: 20150411

EXPY Termination of patent right or utility model