CN116981677A - 用于合成手性硫代磷酸酯的手性合成子 - Google Patents
用于合成手性硫代磷酸酯的手性合成子 Download PDFInfo
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Abstract
本发明涉及可用作用于制备手性硫代磷酸酯的通用合成方法的合成子的式(I)的化合物、其制备及其在用于制备P‑手性硫代磷酸酯的稳健的大规模方法中的用途。
Description
技术领域
本发明涉及可用作用于制备手性硫代磷酸酯的通用合成方法的合成子的新型化合物、其制备及其在用于制备P-手性硫代磷酸酯的稳健的大规模方法中的用途。
背景技术
P-手性硫代磷酸酯键已经被广泛地植入具有生物活性的寡脱氧核糖核苷酸和寡核糖核苷酸中。传统地,P-手性硫代磷酸酯以包括以下的几个步骤合成:
(1)将基于P(III)的亚磷酰胺与第一个核苷偶联,
(2)与第二个核苷偶联,
(3)硫化,以及
(4)脱保护。
方案A:用于合成P-手性硫代磷酸酯的策略
所述策略已经得到了广泛的研究,如由T.Wada等人,J.Am.Chem.Soc.,2003,125,8307-8317;T.Wada等人,J.Am.Chem.Soc.,2008,130,16031-16037;T.Wada等人,J.Org.Chem.,2016,81,2753-2762;WO 2015/107425所例示。然而,此方法涉及与P(III)相关的不稳定的中间体和手性辅基的多步合成。最近,报道了经由P(III)中间体催化不对称且立体发散地合成具有手性硫代磷酸酯键的寡核苷酸(Aaron L.Featherston,YongseokKwon,Matthew M.Pompeo,Oliver D.Engl,David K.Leahy,Scott J.Miller Science,2021,371,702-707)。
方案B:根据Wada等人合成手性二胸苷硫代磷酸酯
(Ph=苯基;THF=四氢呋喃;OTf=三氟甲基磺酰基;Th=胸苷;DMTr=二甲氧基三苯甲基;Ac=乙酰基;Py=吡啶;TEAB=三乙基碳酸氢铵)
Stec等人开发了第一种用于立体化学受控地化学合成PS-寡核苷酸(寡核苷酸的硫代磷酸酯类似物)的方法,其涉及P(III)-氧杂硫代磷杂环戊烷。(Wojciech J.Stec,Andrzej Grajkowski,Anna Kobylafiska,Boledaw Karwowski,Maria KozioHciewicz,Konrad Misiura,Andnej Okruszek,Andrzej Wilk,Piotr Guga和Mdgonata Boczkowska,J.Am.Chem.Soc.1995,117,12019-12029)。然而,此方法规模受限并且具有偶联效率差的问题。同时,所述策略涉及以一个核苷为代价来拆分手性P(V)-氧杂硫代磷杂环戊烷硫化物。
方案C:根据Stec等人立体化学受控地合成PS-寡核苷酸
(DMTr=二甲氧基三苯甲基;iPr=异丙基;DBU=1,8-二氮杂二环[5.4.0]十一-7-烯;R=Ac或R=-COCH2CH2CO-LCA-CPG;B’=Thy、AdeBz、CytBz或GuaiBu、DPC;B=Thy、Ade、Cyt或Gua;R=Ac或R=-COCH CH CO-LCA-CPG;LCA CPG=长链烷基胺可控孔度玻璃)
为了克服上文所提及的问题,最近发明了一种新型的稳定的基于P(V)的手性试剂,缩写为ψ(PSI=磷-硫掺入)(Kyle W.Knouse,Justine N.deGruyter,MichaelA.Schmidt,Bin Zheng,Julien C.Vantourout,Cian Kingston,Stephen E.Mercer,IvarM.Mcdonald,Richard E.Olson,Ye Zhu,Chao Hang,Jason Zhu,Changxia Yuan,QinggangWang,Peter Park,Martin D.Eastgate,Phil S.Baran Science 2018,361,1234-1238),以用于非对映选择性地引入磷-硫,这显著提高了工艺效率并且提供了巨大的益处(如操作简便和易于放大)。所述试剂系统的应用在二脱氧核糖核苷(其由受保护的核苷单体作为单一非对映异构体而制备,产率为50%-88%)的立体受控合成中得到证明。所述化学反应需要非常强的碱DBU(Pka=24.34,作为乙腈中的共轭酸)作为实现寡核苷酸链延长的唯一碱,这限制了核苷、特别是核糖核苷保护基团选择的灵活性。此外,寡核糖核苷酸的合成没有得到充分的证明。
方案D:试剂ψ的合成和用途
(DCM=二氯甲烷;Et=乙基;Me=甲基;TFA=三氟乙酸;B=Thy、AdeBz、CytBz或GuaiBu;B’=Thy、AdeBz、CytBz或GuaiBu;R=TBDPS=叔丁基二苯基甲硅烷基)
在2004年,Stawinski和同事开发了一种用于通过基于吡啶N-氧化物的分子内亲核试剂催化来操纵基于P(V)的中间体从而立体专一性地合成P-手性硫代磷酸酯的替代方法(J.Stawinski等人,Chem.Comm.2004,290-291;WO 2006/066260)。此策略改善了偶联反应动力学并且防止了P-中心处的差向异构化。然而,所述方法需要柱色谱法来以一个核苷为代价分离非对映异构体中间体,并且使得进一步延长以引入第二个P-手性硫代磷酸酯不切实际。此外,大规模生产4-甲氧基-2-吡啶甲醇-1-氧化物及其在反应条件下的稳定性提出了巨大的挑战,并且阻碍了所述方法的广泛应用。
为了解决和规避与P-手性硫代磷酸酯形成有关的上述限制和其他挑战,在核苷酸领域中仍然非常需要开发稳健且有成本效益的方法。
发明目的
本发明的目的是提供可用于合成P-手性硫代磷酸酯的新化合物、特别是新合成子。
本发明的又一目的是提供可用于大规模合成P-手性硫代磷酸酯的新化合物、特别是新合成子。
本发明的又一目的是提供用于使用所述新化合物合成立体富集的核苷酸(如寡脱氧核糖核苷酸和寡核糖核苷酸)的方法。
本发明的又一目的是提供用于合成所述新化合物、特别是P-手性合成子的方法。
本发明的又一目的是提供适合用于合成所述新化合物(其含有一个或多个P-立体异构源中心)的方法的起始和/或中间体化合物。
根据上文和下文的描述以及实施例,本发明的其他目的对于本领域技术人员而言将变得清楚。
发明内容
在本发明的范围内,现在已经出人意料地发现,如下文所述的通式(I)的新化合物可用作克服现有技术的问题的手性合成子。它们是稳定的,并且得到了良好的表征,因为它们是基于P(V)的受正交保护的手性硫代磷酸酯,其在手性醇上带有芴基甲基和吡啶基。它们允许以具立体选择性且可预测的方式精确地构建立体富集的核苷酸,并且同时提供了通过改变偶联顺序或转换到合成子的另一种非对映异构体来制备任一种非对映异构体的可能性。因此,P-立体异构源核苷酸的任一种非对映异构体可以以简单的方式制备,即在不用柱色谱法的情况下制备。这使得要求保护的合成子适合大规模使用。
在第一方面,本发明提供了式(I)的化合物
其中
n是0、1、2、3、4、5或6;
每个X选自由以下组成的组X-G1:
键;
任选地被卤素、-CN、C1-3烷基或-O-C1-3烷基取代的-(CH2)m-;
O;
NRN;和
S;
其中m是1、2、3或4,并且
其中RN选自由以下组成的组RN-G1:H和C1-3烷基;
R1选自由以下组成的组R1-G1:H、C1-6烷基、C3-6环烷基、-CH2-C3-10环烷基、芳基、-CH2-芳基和杂芳基,
其中每个芳基和杂芳基任选地被1-3个选自卤素、-CN、C1-3烷基和-O-C1-3烷基的取代基取代;
R2选自由以下组成的组R2-G1:C1-4烷基、-C(O)OR6和芳基,
其中R2的每个烷基任选地被一个或多个独立地选自卤素、氰基和三甲基甲硅烷基的取代基取代,并且
其中R6选自C1-4烷基;
R3选自由以下组成的组R3-G1:H、C1-6烷基、C3-6环烷基、-CH2-C3-10环烷基、芳基、-CH2-芳基和杂芳基,
其中每个芳基和杂芳基任选地被1-3个选自卤素、-CN、C1-3烷基和-O-C1-3烷基的取代基取代;并且
R4和R5彼此独立地各自选自由以下组成的组R4-G1:H、C1-6烷基、C3-6环烷基、-CH2-C3-10环烷基、芳基、-CH2-芳基和杂芳基,
其中每个芳基和杂芳基任选地被1-3个选自卤素、-CN、C1-3烷基和-O-C1-3烷基的取代基取代;
或其互变异构体、立体异构体或盐。
在又一方面,本发明涉及用于制备通式(I)的化合物的方法和在这些方法中的新中间体化合物。
本发明的又一方面涉及根据本发明的通式(I)的化合物的盐。
根据本发明的另一方面,提供了通式(I)的化合物在合成P-手性硫代磷酸酯中的用途、特别是在大规模合成P-手性硫代磷酸酯中的用途。
根据本发明的另一方面,提供了用于使用式(I)的新化合物合成立体富集的核苷酸(如寡脱氧核糖核苷酸和寡核糖核苷酸)的方法。
根据如上文和下文所述的说明书和实验部分,本发明的其他方面对于本领域技术人员而言将变得清楚。
式(I)的化合物易于由可容易获得且经济的原材料(如(9H-芴-9-基)甲醇和吡啶甲酸)制备。
式(I)的化合物可用作通用合成方法的合成子,所述通用合成方法提供了获得手性硫代磷酸酯的方法,并且允许通过简单的操作以可预测的立体化学有效地制备寡脱氧核糖核苷酸或合成上更复杂的寡核糖核苷酸中的P-手性硫代磷酸酯键,这为在温和的条件下获得P-手性硫代磷酸酯提供了新的途径,并且使得P-手性硫代磷酸酯的立体专一性合成能够大规模有效地进行。式(I)的化合物也可用作合成环二核苷酸(也缩写为CDN)的合成子,环二核苷酸是一类重要的具有令人感兴趣的生物学活性的化合物。
具体实施方式
除非另外说明,否则基团、残基和取代基(特别是n、X、R1、R2、R3和R4)是如上文和下文所定义的。如果残基、取代基或基团在化合物中出现多次,则它们可以具有相同或不同的含义。根据本发明的化合物的个别基团和取代基的一些优选含义将在下文中给出。任何和每个这些定义可以彼此组合。
X:
X-G1:
基团X优选地选自如上文所定义的组X-G1。
X-G2:
在另一个实施方案中,每个基团X选自由以下组成的组X-G2:
键;
任选地被-H、卤素、-CN、-CH3或-O-CH3取代的-(CH2)-;
O;
NRN;和
S;
其中RN选自由以下组成的组RN-G2:H和-CH3。
X-G3:
在另一个实施方案中,每个基团X选自由以下组成的组X-G3:键、O、NH、NCH3和S。
X-G4:
在另一个实施方案中,每个基团X选自由以下组成的组X-G4:键、O、NH和S。
X-G5a:
在另一个实施方案中,每个基团X选自由以下组成的组X-G5a:键和O。
X-G5b:
在另一个实施方案中,每个基团X选自由以下组成的组X-G5b:S和O。
X-G6:
在另一个实施方案中,基团X选自由以下组成的组X-G6:O。
R1:
R1-G1:
基团R1优选地选自如上文所定义的组R1-G1。
R1-G2:
在一个实施方案中,基团R1选自由以下组成的组R1-G2:
H、C1-6烷基、C3-6环烷基、-CH2-C3-10环烷基和-CH2-苯基,
其中苯基任选地被1-3个选自卤素、-CN、CH3和-O-CH3的取代基取代。
R1-G3:
在一个实施方案中,基团R1选自由以下组成的组R1-G3:
H、C1-4烷基、-CH2-C3-6环烷基和-CH2-苯基,
其中苯基任选地被1-3个选自卤素、-CN、CH3和-O-CH3的取代基取代。
R1-G4:
在一个实施方案中,基团R1选自由以下组成的组R1-G4:
H和C1-4烷基。
R1-G5:
在另一个实施方案中,基团R1选自由以下组成的组R1-G5:C1-3-烷基。
R2:
R2-G1:
基团R2优选地选自如上文所定义的组R2-G1。
R2-G2:
在一个实施方案中,基团R2选自由以下组成的组R2-G2:
任选地被一个或多个F或者被一个选自Cl、Br、氰基和三甲基甲硅烷基的取代基取代的C1-4烷基。
R2-G3:
在一个实施方案中,基团R2选自由以下组成的组R2-G3:
任选地被一个或多个F取代的C1-3烷基。
R2-G4:
在一个实施方案中,基团R2选自由以下组成的组R2-G4:
任选地被一至三个F取代的C1-2烷基。
R2-G5:
在一个实施方案中,基团R2选自由以下组成的组R2-G5:
C1-2烷基。
R2-G6:
在另一个实施方案中,基团R2选自由以下组成的组R2-G6:CH3。
R3:
R3-G1:
基团R3优选地选自如上文所定义的组R3-G1。
R3-G2:
在一个实施方案中,基团R3选自由以下组成的组R3-G2:
H和C1-3烷基。
R3-G3:
在另一个实施方案中,基团R3选自由以下组成的组R3-G3:H。
R4:
R4-G1:
基团R4优选地选自如上文所定义的组R4-G1。
R4-G2:
在一个实施方案中,基团R4选自由以下组成的组R4-G2:
H和C1-3烷基。
R4-G3:
在另一个实施方案中,基团R4选自由以下组成的组R4-G3:H。
R5:
R4-G1=R5-G1:
基团R5优选地选自如上文所定义的组R4-G1。
R5-G2:
在一个实施方案中,基团R5选自由以下组成的组R5-G2:
H和C1-3烷基。
R5-G3:
在另一个实施方案中,基团R5选自由以下组成的组R5-G3:H。
n:
n是选自0、1、2、3、4、5和6的整数。
优选地,n选自0、1、2和3。
更优选地,n是0或1。
最优选地,n是0。
使用通式(I.1)至(I.3b)描述了式(I)的化合物的以下优选实施方案,其中包括其任何盐。
在上式(I.1)至(I.3b)中,n以及基团X、R1、R2和R3是如上文所定义的。
在下表中列出了根据本发明的优选子类实施方案(E)的例子,其中每个实施方案的每个取代基根据上文列出的定义进行定义:
/>
/>
本发明的优选实施方案涉及下式的化合物:
其中
X是O;
R1选自H和C1-4烷基;
R2是CH3;并且
R3是H;
或其对映异构体、非对映异构体或盐。
本发明的更优选的实施方案涉及式(I.2)的化合物,其中
X是O;
R1是C1-3烷基;R2是CH3;并且
R3是H;
或其对映异构体、非对映异构体或盐。
本发明的优选化合物包括:
特别优选的化合物(包括它们的立体异构体)及其盐描述于下文的实验部分中。
根据本发明的化合物可以使用本领域技术人员已知并且在有机合成文献中描述的合成方法获得。优选地,化合物类似地通过在下文中更加全面解释(特别是如在实验部分中所述)的制备方法获得。
术语和定义
在本文中没有明确定义的术语应当被给出本领域技术人员根据本公开文本和上下文而给出的含义。然而,如本说明书所用,除非相反地规定,否则以下术语具有所指示的含义并且遵守以下约定。
术语“一种或多种根据本发明的化合物”、“一种或多种式(I)的化合物”、“一种或多种本发明的化合物”等表示根据本发明的式(I)的化合物(包括它们的互变异构体、立体异构体及其混合物)及其盐、以及此类化合物的溶剂化物和水合物(包括此类互变异构体、立体异构体及其盐的溶剂化物和水合物)。
在下文定义的基团(group)、自由基(radical)或部分中,碳原子数量通常在基团之前指定,例如,C1-6-烷基意指具有1至6个碳原子的烷基基团或自由基。通常,对于包含两个或更多个子基团的基团,最后命名的子基团是自由基附接点,例如,取代基“芳基-C1-3-烷基-”意指芳基与C1-3-烷基-基团结合,后者与核心或与取代基所附接的基团结合。
在本发明的化合物以化学名称的形式和作为式描绘的情况下,如果有任何差异,则应以式为准。
取代基的原子的编号开始于与核心或与取代基所附接的基团最靠近的原子。
例如,术语“3-羧基丙基-基团”表示以下取代基:
其中羧基与丙基的第三个碳原子附接。术语“1-甲基丙基-”、“2,2-二甲基丙基-”或“环丙基甲基-”基团表示以下基团:
星号在子式中可以用于指示与如所定义的核心分子连接的键。
在基团的定义中,术语“其中每个X、Y和Z基团任选地被……取代”等表示每个基团X、每个基团Y和每个基团Z各自作为单独的基团或各自作为所构成基团的一部分可以如所定义的被取代。例如,定义“Rex表示H、C1-3-烷基、C3-6-环烷基、C3-6-环烷基-C1-3-烷基或C1-3-烷基-O-,其中每个烷基任选地被一个或多个Lex取代。”等意指在前面提及的包含术语烷基的每一个基团中,即在基团C1-3-烷基、C3-6-环烷基-C1-3-烷基和C1-3-烷基-O-中的每一个中,烷基部分可以被如所定义的Lex取代。
除非明确指示,否则在整个说明书和所附权利要求中,给定的化学式或名称应当包括互变异构体以及所有立体异构体、光学异构体和几何异构体(例如,对映异构体、非对映异构体、E/Z异构体等……)及其外消旋体以及处于不同比例的单独的对映异构体的混合物、非对映异构体的混合物、或任何前述形式的混合物(在存在此类异构体和对映异构体的情况下),以及盐,及其溶剂化物(例如像水合物,包括游离化合物的溶剂化物或化合物的盐的溶剂化物)。
如本文所用,“盐”是指所公开的化合物的衍生物,其中母体化合物通过制备其酸式或碱式盐而被修饰。盐的例子包括但不限于诸如胺等碱性残基的矿物酸盐或有机酸盐;诸如羧酸等酸性残基的碱盐或有机盐;等等。
本发明的盐可以通过常规化学方法由含有碱性或酸性部分的母体化合物合成。通常,此类盐可以通过使这些化合物的游离酸或碱形式与足量的适当的碱或酸在水中或在有机稀释剂(像醚、乙酸乙酯、乙醇、异丙醇或乙腈或其混合物)中反应来制备。
除上文所提及那些之外的其他酸的盐(其例如可用于纯化或分离本发明的化合物)也构成本发明的一部分。
术语卤素通常表示氟、氯、溴和碘。
单独的或与另一个自由基组合的术语“C1-n-烷基”(其中n是从1至n的整数)表示具有1个至n个C原子的无环的、饱和的、支链的或直链的烃自由基。例如,术语C1-5-烷基涵盖自由基H3C-、H3C-CH2-、H3C-CH2-CH2-、H3C-CH(CH3)-、H3C-CH2-CH2-CH2-、H3C-CH2-CH(CH3)-、H3C-CH(CH3)-CH2-、H3C-C(CH3)2-、H3C-CH2-CH2-CH2-CH2-、H3C-CH2-CH2-CH(CH3)-、H3C-CH2-CH(CH3)-CH2-、H3C-CH(CH3)-CH2-CH2-、H3C-CH2-C(CH3)2-、H3C-C(CH3)2-CH2-、H3C-CH(CH3)-CH(CH3)-和H3C-CH2-CH(CH2CH3)-。
单独的或与另一个自由基组合的术语“C3-n-环烷基”(其中n是从4至n的整数)表示具有3个至n个C原子的环状的、饱和的、无支链的烃自由基。环状基团可以是单环的、二环的、三环的或螺环的,最优选地是单环的。此类环烷基的例子包括环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基、环辛基、环壬基、环十二烷基、二环[3.2.1]辛基、螺[4.5]癸基、降蒎烷基(norpinyl)、降莰烷基(norbonyl)、降蒈烷基(norcaryl)、金刚烷基等。
如本文所用,单独的或与另一个自由基组合的术语“芳基”表示含有6个碳原子的碳环芳香族单环基团,其任选地进一步稠合至第二个五元或六元碳环基团(其任选地是芳香族的、饱和的或不饱和的)。芳基包括但不限于苯基、茚满基、茚基、萘基、蒽基、菲基、四氢萘基和二氢萘基。优选地,芳基表示苯基或萘基。更优选地,芳基表示苯基。
上文给出的许多术语可以在式或基团的定义中重复使用,并且在每种情况下彼此独立地具有上文给出的含义之一。
如上文和下文所定义的所有剩余部分和取代基可以被一个或多个F原子取代。
本发明的化合物在合成手性硫代磷酸酯中的用途
用本发明的化合物进行手性硫代磷酸酯的通用合成
方案1
首先使第一个核苷(包括核糖核苷和脱氧核糖核苷)在溶剂(如吡啶和乙腈)中在活化剂(如DMOCP)的存在下与手性合成子偶联。在不进行分离的情况下,将偶联产物用碱(如DBU、TMG、t-BuNH2或三烷基胺(如Et3N或iPr2NEt))处理以除去芴基甲基。在与第一次偶联类似的条件下,使分离的产物与第二个核苷(包括核糖核苷和脱氧核糖核苷)偶联。氢化条件下除去1-(2-吡啶基)乙基得到手性硫代磷酸酯。如果使用DMTr保护核苷,则Pd催化的氢化在有或没有DMTr的情况下都起作用。在路易斯酸(如Zn(OTf)2、Zn(CF3CO2)2、ZnBr2和ZnCl2)的存在下,可以使用各种Pd催化剂(如Pd/C、Pd(OAc)2和Pd(CF3CO2)2)。
可能的活化剂的结构:
以下方案2示出了应用FPPSPr的例子:
方案2
在室温下,在以吡啶中的2-氯-5,5-二甲基-1,3,2-二氧磷杂环己烷-2-氧化物(DMOCP)作为活化剂的情况下,使N-6-苯甲酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧腺苷与O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-丙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(R)-硫代磷酸酯偶联。在反应完成后,添加水以淬灭反应。然后引入DBU以除去芴基甲基。将产物用有机溶剂(如EtOAc)萃取。通常,以定量产率分离出手性硫代磷酸酯产物。通过硅胶柱色谱法纯化容易地获得分析纯的样品。通常,合成子O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-丙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(R)-硫代磷酸酯的P-手性完全转移给产物,并且整个化学过程是具立体选择性的。换句话说,如果在偶联中使用dr为99:1的合成子,则将分离出dr为99:1的产物。
合成方案
制备本发明的化合物的典型方法描述于实验部分中。
本发明的化合物也可以通过本领域已知的方法(包括下文所述的那些并且包括本领域技术内的变化)来制备。
方案1示出了合成子的合成。所有合成子都通过在室温下在合适的溶剂(如吡啶)中在活化剂(如DMOCP或PivCl)的存在下使手性醇和H-磷酸酯(带有芴基甲基)偶联来制备。产物的硫化通过添加硫或S8来实现。在一些情况下,非对映异构体纯的异构体在添加抗溶剂(如MeOH、CH3CN和水)后通过简单的过滤来分离。通过使用手性醇的对映异构体,以相同的方式制备合成子的对映异构体。
方案3
在方案3中用作起始材料的手性醇可以如下制备:
方案4
如果n是0并且R2是甲基,则在碱(如t-BuOK和LDA)的存在下4-取代的吡啶甲酸甲酯和乙酸酯(如MeOAc和EtOAc)的克莱森缩合得到对应的β-酮酯。
方案5
如果n是0并且R2是甲基,则酮酯在酸性条件下依序经历水解和脱羧以得到甲基酮。
下文所提及的手性醇的合成所需的其他酮可以使用本领域技术人员已知并且在有机合成文献中描述的合成方法获得。
根据n,然后将对应的酮转化成手性醇:
方案6a(对于n=0):
如果n是0,则在野依氢化(Noyori’hydrogenation)条件下,酮可以用催化剂的S-异构体转化为对应的(R)-手性醇。
方案6b(对于n=1):
Ronald L.Reyes,Tomohiro Iwai,Satoshi Maeda和Masaya Sawamura,J.Am.Chem.Soc.2019,141,6817-6821
Andreas Weickgenannt,Marius Mewald,Thomas W.T.Muesmann,MartinOestreich Prof.Dr.,Angewandte Chemie,International Edition 2010,49,2223-2226
方案6c(对于n=2):
Sylvie Condon,Daniel Dupré,Isabelle Lachaise,Jean-Yves Nédélec,Synthesis 2002,12,1752-1758
方案6d(对于n=3):
Boekelheide,V.;Mason,J.H.,Journal of the American Chemical Society1951,73,2356-7方案6e(对于n=2-6):
Nils Aake Bergman,Torbjoern Halvarsson,J.Org.Chem.1989,54,2137-2142。
如以上方案3所描绘,手性醇和[(9H-芴-9-基)甲氧基]次膦酸缩合、随后用S8硫化得到1:1的非对映异构体。在添加CH3CN或MeOH和水后,以高的/优异的非对映选择性分离出(R,Rp)-非对映异构体。在溶剂(如甲苯)中进一步浆化除去残留的S8。固体产物的典型产率为35%-40%。
实验部分
以下的实施例旨在说明本发明而非限制本发明。术语“环境温度”和“室温”可互换使用,并且指定为约20℃的温度。
下文所述的化合物已经通过它们在质谱仪中电离后的特征质量和它们在分析型HPLC上的保留时间来表征。
缩写列表:
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通用实验
除非另外说明,否则所有试剂都是购买的并且在不经进一步纯化的情况下使用。通过RP-HPLC分析来监测反应,关于细节,参见相应章节。NMR波谱在Bruker DRX-600、DRX-500和AMX-400仪器上进行记录,并且使用未氘化的残留溶剂(例如,在7.26ppm 1HNMR、77.16 13C NMR中的CHCl3)进行校准。使用以下缩写来解释多重态:s=单峰,d=双峰,t=三重峰,q=四重峰,m=多重峰,br=宽峰。使用E.Merck硅胶(60,粒度0.043-0.063mm)进行柱色谱法。在Agilent LC/MSD TOF质谱仪上通过电喷雾电离飞行时间反射实验记录高分辨率质谱(HRMS)。
合成子的合成
实施例1
[(9H-芴-9-基)甲氧基]次膦酸的合成
向干净且干燥的反应器中添加乙腈(11.5L)。在将溶剂冷却至-35℃后,一次性添加PCl3(3.78kg,27.5mol,1.20eq.)。然后,在-30℃与-40℃之间的温度下,添加(9H-芴-9-基)甲醇(4.5kg,22.9mol)在乙腈(36L)中的溶液。在-30℃与-40℃之间30min后,将混合物在0.5h内加温至0℃。添加水(0.99kg,55mol,2.4eq.),同时控制温度低于20℃。然后将混合物加温至20℃。在20℃-25℃下2h后,通过过滤收集固体,然后将其用乙腈(8L)洗涤。在40℃下在真空下干燥后,总共获得4.47kg(75%产率)的呈固体的产物。
1H NMR(400MHz,CDCl3):δ7.74(d,J=7.6Hz,2H),7.58(dd,J=0.84,7.52Hz,2H),7.38(t,J=7.48Hz,2H),7.28(dt,J=1.12,7.48Hz,2H),6.75(d,J(P,H)=710.3Hz,1H),4.30(t,J=7.24Hz,2H),4.21(t,J=7.12,1H)。13C NMR(100MHz,CDCl3):δ143.0,141.3,128.0,127.2,125.2,120.1,67.2[d,J(P,C)=5.94Hz],47.9[d,J(P,C)=7.09Hz]。31P NMR(162MHz,CDCl3):δ8.7。
实施例2
O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-甲氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(R)-硫代磷酸酯(FPPSMe)的合成
a)3-(4-甲氧基吡啶-2-基)-3-氧代丙酸甲酯
向干燥且干净的烧瓶中加入KOt-Bu(84.8g,897.3mmol,3.0eq.)和THF(400mL)。将混合物在23℃下搅拌,以获得澄清的溶液。在将溶液冷却至0℃后,添加在THF(100mL)中的4-甲氧基-吡啶-2-甲酸甲酯(50g,299.1mmol,1.0eq.),随后添加乙酸甲酯(51g,688.0mmol,2.2eq.),维持温度低于5℃。在0℃下1h后,将反应淬灭并用12M HCl酸化至pH5。在真空下除去有机溶剂。将产物用EtOAc萃取。将有机层用水洗涤。除去溶剂得到粗酮酯产物,将其直接用于下一步骤。
b)1-(4-甲氧基吡啶-2-基)乙-1-酮
向烧瓶中加入3-(4-甲氧基吡啶-2-基)-3-氧代丙酸甲酯(62g,296.4mmol)、HOAc(248mL)和水(49.6mL),随后添加H2SO4(45.6mL)。然后,将混合物在98℃下加热2h。在将残余物冷却至0℃后,添加6M NaOH以达到pH=5.5。将产物用EtOAc萃取。将有机层用水洗涤。然后将有机溶液用活性炭处理。在浓缩后,产物固化,并且将其在己烷中浆化。收集固体,然后将其用己烷洗涤。在干燥后,分离出42g的产物,产率为94%。
1H-NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.53(d,J=5.60Hz,1H),7.44(d,J=1.80Hz,1H),7.22(dd,J=1.70,5.25Hz,1H),3.90(s,3H),2.62(s,3H)。
c)(1R)-1-(4-甲氧基吡啶-2-基)乙-1-醇
向反应器中添加1-(4-甲氧基吡啶-2-基)乙-1-酮(10g,66.2mmol)、RuCl2[(S)-xylBINAP][(S)-DAIPEN](40.4mg,0.033mmol)、KDMO(0.779g,50%在庚烷中,0.03eq)、2-PrOH(50mL)。将混合物在20℃-21℃下在450psi H2下搅拌14h。将产物通过柱色谱法用在己烷中的0-60%EtOAc纯化。总共分离出8.2g的产物,产率为81%且er为87:13。
1H-NMR(400MHz,DMSO-d6)δ8.28(d,J=5.68Hz,1H),7.05(d,J=2.52Hz,1H),6.81(dd,J=2.60,5.68Hz,1H),5.34(d,J=4.72Hz,1H),4.68(m,1H),3.83(s,3H),1.35(d,J=6.56Hz,3H)。
d)O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-甲氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(R)-硫代磷酸酯(FPPSMe)
向烧瓶中加入(1R)-1-(4-甲氧基吡啶-2-基)乙-1-醇(5.0g,32.6mmol)和(9H-芴-9-基)甲氧基]次膦酸(10.0g,35.9mmol),随后添加吡啶(15.000ml)。添加2,2-二甲基丙酰氯(PivCl)(5.566g,5.685ml,45.7mmol),同时维持温度在20℃与25℃之间。在20℃-25℃下0.5h后,添加水(1.18g,65.283mmol),随后添加硫(1.1g,34.274mmol),维持温度低于35℃。在2-3h后,将混合物用EtOAc稀释并且依次用2M KHSO4和水洗涤。将有机层浓缩。向残余物中添加25mL的MeOH。在过夜后,收集固体,然后将其用10mL的MeOH洗涤。将固体在甲苯中进一步浆化以除去残留的硫。将分离的固体在真空下干燥,以得到3.3g的产物FPPSMe,产率为23.7%。
1H NMR(600MHz,吡啶-d5):8.48(d,J=5.64Hz,1H),7.86(d,J=7.50Hz,1H),7.80(d,J=7.56Hz,2H),7.77(d,J=7.50Hz,1H),7.57(d,J=2.10Hz,1H),7.35(q,J=7.08,13.38Hz,2H),7.25-7.21(m,2H),6.72(dd,J=2.40,5.58Hz,1H),6.29(m,1H),4.77(m,1H),4.63(m,1H),4.48(t,J=7.26Hz,1H),3.57(s,3H),1.93(d,J=6.54Hz,3H)。13C NMR(150MHz,吡啶-d5):166.7,165.5[d,J(P,C)=6.21Hz],150.4,145.1,144.9,141.7,141.7,128.0,127.9,127.4,126.1,125.9,120.3,120.3,109.0,106.7,76.0[d,J(P,C)=5.18Hz],68.8[d,J(P,C)=5.48Hz],55.0,48.9[d,J(P,C)=8.13Hz],23.5[d,J(P,C)=4.17Hz]。HRMS(ES,正离子):C22H23NO4PS(M+H+)的m/z计算值:428.10799,实测值:428.10777。
实施例3
O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-乙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(R)-硫代磷酸酯(FPPSEt)的合成
a)3-(4-乙氧基吡啶-2-基)-3-氧代丙酸乙酯
向干燥且干净的烧瓶中加入KOt-Bu(64.5g,563.5mmol,2.2eq.)和THF(500mL)。将混合物在23℃下搅拌,以获得澄清的溶液。在将溶液冷却至-20℃后,添加乙酸乙酯(55ml,563.5mmol,2.2eq.),维持温度低于在-15℃。在15min后,在0.5h内添加在THF(100mL)中的4-乙氧基-吡啶-2-甲酸乙酯(50g,256.13mmol,1.0eq.),同时维持温度低于0℃。在0℃下0.5h后,将反应用乙酸(43.99ml,768.4mmol)淬灭,随后添加水(400mL)。在真空下除去溶剂。将产物用EtOAc萃取。将有机层用水洗涤。除去溶剂得到产物粗酮酯产物。通过硅胶柱色谱法获得分析样品。
1H NMR(400MHz,CDCl3):δ8.45(d,J=5.64Hz,1H),7.56(d,J=2.40Hz,1H),6.96(dd,J=2.56,5.64Hz,1H),4.22-4.12(m,6H),1.45(t,J=7.0Hz,3H),1.24(t,J=7.16Hz,3H)。13C NMR(100MHz,CDCl3):δ200.0,165.8,155.4,150.1,114.2,107.2,63.9,25.9,14.4。
b)1-(4-乙氧基吡啶-2-基)乙-1-酮
向烧瓶中加入3-(4-乙氧基吡啶-2-基)-3-氧代丙酸乙酯(85.0g;358.3mmol;1.0eq.)和HOAc(212.5mL)和水(85mL),随后添加H2SO4(21.25mL)。然后,将混合物在98℃下加热2h。在真空下除去大部分溶剂。在将残余物冷却至0℃后,添加6M NaOH以达到pH=11。将产物用EtOAc萃取。将有机层用水洗涤。然后将有机溶液用活性炭处理。在浓缩后,将产物用于下一步骤。总产率为93%。通过硅胶柱纯化获得分析样品。
1H NMR(400MHz,CDCl3):δ8.47(dd,J=0.52,5.64Hz,1H),7.54(dd,J=0.68,2.52Hz,1H),6.95(ddd,J=1.0,2.64,5.64Hz,1H),4.14(q,J=6.96,14.0Hz,2H),2.71(s,3H),1.45(t,J=7.0Hz,3H)。13C NMR(100MHz,CDCl3):δ200.0,165.8,155.4,150.1,114.2,107.2,63.9,25.9,14.4。
c)(R)-1-(4-乙氧基吡啶-2-基)乙-1-醇
向反应器中添加1-(4-乙氧基吡啶-2-基)乙-1-酮(10g,60.5mmol)、RuCl2[(S)-xylBINAP][(S)-DAIPEN](147.9mg,0.12mmol)、t-BuOK(271.7mg,2.42mmol)、2-PrOH(40mL)。将混合物在20℃-21℃下在31.03巴(450psi)H2下搅拌14h。将产物通过柱色谱法用在己烷中的0-60%EtOAc纯化。分离出产物,产率为90%且er为97:3。
1H NMR(400MHz,CDCl3):δ8.17(bs,1H),6.80(d,J=2.44Hz,1H),6.57(m,1H),4.76(q,J=6.52,13.04Hz,1H),3.98(q,J=7.08,14.12Hz,2H),1.39(d,J=6.44Hz,3H),1.32(t,J=7.0Hz,3H)。13C NMR(100MHz,CDCl3):δ165.9,165.7,149.2,109.0,105.6,69.3,63.5,24.1,14.4。
手性HPLC条件:Chiralpak AD-3,4.6x250mm;96:4庚烷/乙醇,1.3mL/min,220nm,(R)-异构体,t=15.72min,(S)-异构体,t=16.61min。
d1)O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-乙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(R)-硫代磷酸酯((R,Rp)-FPPSEt)
将(1R)-1-(4-乙氧基吡啶-2-基)乙-1-醇(56g;334.92mmol;1.0eq.)和[(9H-芴-9-基)甲氧基]次膦酸(131.3g;334.92mmol;1.0eq.)的混合物通过与吡啶(2x10mL)共蒸发来干燥。在添加吡啶(196mL)后,添加2,2-二甲基丙酰氯(61.87mL;502.38mmol;1.5eq.)。在30min后,添加水(12.09mL;669.84mmol;2.0eq.),随后添加硫(11.81g;368.41mmol;1.1eq.)。在2h后,添加甲醇(840mL)。在23℃下1h后,收集固体,并且将其用甲醇(504mL)洗涤。在将固体悬浮于甲苯(560mL)中后,收集固体,并且将其用甲苯(112mL)洗涤,然后在真空下干燥。分离出产物,产率为31%且dr>98:2。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6):δ8.51(d,J=6.72Hz,1H),7.84-7.80(m,2H),7.58-7.53(m,2H),7.40-7.34(m,3H),7.32-7.24(m,3H),5.52(m,1H),4.33-4.18(m,2H),4.11(m,1H),4.07-3.96(m,2H),1.44(d,J=6.52,3H),1.35(t,J=6.92Hz,3H)。13C NMR(100MHz,Py-d5):δ167.4,166.6[d,J(P,C)=6.02Hz],146.3[d,J(P,C)=15.2Hz],142.9[d,J(P,C)=3.0Hz],129.2[d,J(P,C)=1.9Hz],128.7,127.3,127.2,121.6[d,J(P,C)=2.4Hz],110.7,108.3,77.2[d,J(P,C)=5.0Hz],70.1[d,J(P,C)=5.6Hz],65.0,50.2[d,J(P,C)=8.3Hz],24.8[d,J(P,C)=4.8Hz],15.7。31P NMR(162MHz,吡啶-d5):δ62.2。HRMS(ES,正离子):C23H25NO4PS(M+H+)的m/z计算值:442.12364,实测值:442.12357。
d2)O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((S)-1-(4-乙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(S)-硫代磷酸酯((S,Sp)-FPPSEt)
将(1S)-1-(4-乙氧基吡啶-2-基)乙-1-醇(38.7g;231.5mmol;1.0eq.)和[(9H-芴-9-基)甲氧基]次膦酸(60.2g;231.5mmol;1.0eq.)的混合物通过与吡啶(2x100mL)共蒸发来干燥。在添加吡啶(194mL)后,添加2,2-二甲基丙酰氯(65.05g;347.2mmol;1.5eq.)。在30min后,添加水(8.36mL;462.9mmol;2.0eq.),随后添加硫(22.27g;694.4mmol;3.0eq.)。在2h后,添加甲醇(774mL)。在23℃下1h后,收集固体,并且将其用甲醇(80mL)洗涤。在将固体悬浮于甲苯(450mL)中后,收集固体,并且将其用甲苯(80mL)洗涤,然后在真空下干燥。分离出34g的产物,产率为33%且dr>98:2。
1H NMR(400MHz,Py-d5):δ13.54(bs,2H),10.00(d,J=1.42Hz,1H),9.37(d,J=7.44Hz,1H),9.32-9.27(m,3H),9.05(d,J=2.52Hz,1H),8.89-8.84(m,2H),8.77-8.72(m,2H),8.27(dd,J=2.52,5.68Hz,1H),7.79(m,1H),6.27(m,1H),6.16(m,1H),5.99(t,J=7.16Hz,1H),5.31(q,J=7.00,14.00Hz,2H),3.45(d,J=6.60Hz,3H),2.67(t,J=6.96Hz,3H)。13CNMR(100MHz,Py-d5):δ167.4,166.6[d,J(P,C)=6.02Hz],146.3[d,J(P,C)=15.2Hz],142.9[d,J(P,C)=3.0Hz],129.2[d,J(P,C)=1.9Hz],128.7,127.3,127.2,121.6[d,J(P,C)=2.4Hz],110.7,108.3,77.2[d,J(P,C)=5.0Hz],70.1[d,J(P,C)=5.6Hz],65.0,50.2[d,J(P,C)=8.3Hz],24.8[d,J(P,C)=4.8Hz],15.7。31P NMR(162MHz,吡啶-d5):δ62.2。HRMS(ES,正离子):C23H25NO4PS(M+H+)的m/z计算值:442.12364,实测值:442.12361。
实施例4
O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-丙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(R)-硫代磷酸酯((R,Rp)-FPPSPr)的合成
a)4-丙氧基吡啶甲酸丙酯
向4-氯吡啶甲酸(250g;1586.76mmol;1.0eq.)的溶液中加入1-PrOH(2250mL)和H2SO4(100.98mL;1904.1091mmol;1.2eq.)。在90℃下18h后,将1250mL的1-PrOH在35℃下在10毫巴下蒸馏。添加水(250mL),随后小心地添加固体NaHCO3(319.89g;3808.2181mmol;2.4eq.)以达到pH 7-8。将混合物用MTBE(500mL x3)萃取。将合并的有机层用500mL的水洗涤。在浓缩后,分离出产物,产率为57%。
1H NMR(400MHz,CDCl3):δ8.54(d,J=5.64Hz,1H),7.64(d,J=2.56Hz,1H),6.95(dd,J=2.56,5.64Hz,1H),4.37(t,J=6.96Hz,2H),4.04(t,J=6.56Hz,2H),1.90-1.81(m,4H),1.08-1.00(m,6H)。13C NMR(100MHz,CDCl3):δ166.0,165.4,151.0,149.9,113.2,111.7,69.9,67.5,22.2,22.0,10.4。HRMS(ES,正离子):C12H18NO3(M+H+)的m/z计算值:224.12812,实测值:224.12805。
b)3-(4-氯吡啶-2-基)-3-氧代丙酸甲酯
向干燥且干净的反应器中加入KOt-Bu(269.2g,2398.87mmol,2.1eq.)和THF(2L)。在将混合物冷却至-10℃后,在低于Tr=0℃下添加MeOAc(186.2g,2513.1mmol,2.2eq.)。将加注管路物用THF(1L)冲洗至反应器中。在0℃至-5℃下0.5h后,在低于2℃下加入4-氯吡啶甲酸甲酯(200g,1142.3mmol,1.0eq.)在THF(800mL)中的稀浆料。将加注管路物用THF(100mL)冲洗至反应器中。在0℃-5℃下0.5h后,在低于25℃下加入HOAc(205.8g,3426,95mmol,3.0eq.),随后一次性添加H2O(400mL)以获得均相溶液。在30℃-40℃下在真空下除去有机溶剂(约3000mL)。在添加MeOH(1200mL)后,在30℃-35℃下在真空下除去有机溶剂(约600mL)。在将混合物在至少1h内冷却至20℃-23℃后,在0.5h内添加水(1600mL)。在20℃-23℃下1h后,通过过滤收集固体,然后将其用H2O(400mL)洗涤。在真空下通过使氮气经过湿滤饼干燥固体。分离出产物,产率为93%-95%。
c)1-(4-氯吡啶-2-基)乙-1-酮
向干燥且干净的反应器中加入3-(4-氯吡啶-2-基)-3-氧代丙酸甲酯(559g,2.62mol,含有互变异构体)、H2O(999mL)、HOAc(550g)和H2SO4(333g)。在85℃下2h后,将混合物冷却至5℃-20℃。在低于30℃下添加1-甲基吡咯烷(1114g)并且在20℃-30℃下将加注管路物用H2O(838mL)冲洗至低于30℃的反应器中后,将产物用EtOAc(2236mL)萃取。在分割各相后,将有机层用H2O(559mL)洗涤。在低于45℃下在真空下除去溶剂后,将产物通过与甲苯(559mL)共蒸发来干燥。典型产率为85%-90%。
d)1-(4-丙氧基吡啶-2-基)乙-1-酮
程序A:
i)3-氧代-3-(4-丙氧基吡啶-2-基)丙酸丙酯
向干燥的烧瓶中加入KOt-Bu(11.06g;98.5mmol)和THF(100mL)。在将溶液冷却至-10℃后,在低于0℃下添加n-PrOAc(11.40mL;98.5mmol;2.2eq.)。在10min后,在低于0℃下添加4-丙氧基-吡啶-2-甲酸丙酯(10g;44.79mmol;1.0eq.)。在0.5h后,在低于25℃下添加HOAc(8.97mL;156.76mmol;3.500eq.),随后添加水(20mL)以获得均相溶液。在真空下除去THF后,将产物用乙酸乙酯(60mL)萃取并用水(20mL)洗涤。在浓缩后,将产物3-氧代-3-(4-丙氧基吡啶-2-基)丙酸丙酯用于下一步骤。
ii)1-(4-丙氧基吡啶-2-基)乙-1-酮
向烧瓶中加入3-氧代-3-(4-丙氧基吡啶-2-基)丙酸丙酯(270g;1017.7mmol;1.0eq.)、HOAc(277.78mL)、水(405mL)和H2SO4(81.31mL)。在加热至98℃持续2h后,将混合物冷却至0℃,添加水(270mL),随后添加50%NaOH以达到pH=5.5(约376mL)。添加另外的水以溶解盐固体。将产物用EtOAc(330mL)萃取两次。将有机层用NaHCO3水溶液(220mL)和水(220mL)洗涤。将粗产物在室温下用10%活性炭处理。在过滤和浓缩后,分离出产物,产率为89%,并且将其用于下一步骤。
程序B:
向干燥且干净的反应器中加入1-(4-氯吡啶-2-基)乙-1-酮(100g,642mmol)和1-PrOH(1000mL),随后添加H2SO4(75.3g,1.2eq.)。将加注管路物用1-PrOH(300mL)冲洗。将所得混合物在90℃下加热至少20h。在将1100mL的1-PrOH在55℃-60℃下在真空下蒸馏后,添加水。在55℃-60℃下0.5h后,将混合物冷却至23℃。在20℃-25℃下添加吡啶(155.6mL,3.0eq.),随后添加甲苯(600mL)。在分割各相后,将有机层在20℃-25℃下用NaOH水溶液(257mL,0.5M,0.20eq.)洗涤。在分割各相后,将有机层用H2O(300mL)洗涤两次。使有机层以10mL/min的流速经过Cuno碳55。将碳用200mL甲苯洗涤。在浓缩后,将粗产物用于下一步骤。典型产率为70%-75%。
1H NMR(400MHz,CDCl3):δ8.47(d,J=5.64Hz,1H),7.55(s,1H),6.96(m,1H),4.03(t,J=6.56Hz,2H),2.71(s,3H),1.89-1.80(m,2H),1.05(t,J=7.36Hz,3H)。13C NMR(100MHz,CDCl3):δ200.1,166.0,155.4,150.1,114.2,107.3,69.8,25.9,22.2,10.3。HRMS(ES,正离子):C10H14NO2(M+H+)的m/z计算值:180.10191,实测值:180.10182。
e)(R)-1-(4-丙氧基吡啶-2-基)乙-1-醇
向反应器中添加1-(4-丙氧基吡啶-2-基)乙-1-酮(678.2g,3784.0mmol)、RuCl2[(S)-xylBINAP][(S)-DAIPEN](9.24g,7.57mmol)、3,7-二甲基-3-辛酸钾(55.58,50%在庚烷中,113.5mmol)和2-PrOH(3173mL)。将混合物在20℃-21℃下在31.03巴(450psi)H2下搅拌30min。将溶液浓缩,并且添加庚烷(900mL)。将混合物搅拌过夜。收集固体,并且将其用庚烷(700mL)洗涤。总共分离出603g的呈固体的产物,er为99:1且产率为83%。
1H NMR(400MHz,CDCl3):δ8.31(d,J=5.76Hz,1H),6.79(d,J=2.44Hz,1H),6.70(dd,J=2.44,5.76Hz,1H),4.82(q,J=6.56,13.08Hz,1H),4.43(bs,1H),3.97(t,J=6.56Hz,2H),1.87-1.78(m,2H),1.49(d,J=6.52Hz,3H),1.04(t,J=7.40Hz,3H)。13C NMR(100MHz,CDCl3):δ165.9,165.1,149.3,109.1,105.7,69.5,69.0,24.2,22.3,10.4。HRMS(ES,正离子):C10H16NO2(M+H+)的m/z计算值:182.11756,实测值:182.11752。
手性HPLC条件:Chiralpak AD-3,4.6x250mm;94:6庚烷/乙醇,1.3mL/min,220nm,(R)-异构体,t=8.39min,(S)-异构体,t=8.98min。
f1)O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-丙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(R)-硫代磷酸酯((R,Rp)-FPPSPr)
向干燥且干净的反应器中加入(R)-1-(4-丙氧基吡啶-2-基)乙-1-醇(312.9g,1.73mol,1.0eq)和[(9H-芴-9-基)甲氧基]次膦酸(493.89g,1.90mol,1.1eq.)。在添加吡啶(990mL)后,添加PivCl(294.2g,2.42mol,1.4eq.),同时维持温度在20℃-25℃下。在20℃-25℃下超过0.5h后,添加H2O(62.2g,3.45mol,2.0eq.)以淬灭反应。添加硫(59.09g,1.81mol,1.05eq.),同时维持温度低于35℃。在2-3h后,在20℃-25℃下在0.5h内添加MeOH(990mL),随后在20℃-25℃下在0.5h内添加H2O(1980mL)。在20℃-23℃下1h后,收集固体,并且将其用MeOH(1155mL)和H2O(231mL)的溶液洗涤。将湿滤饼加入干净的反应器中,随后添加MeOH(1980mL)。在0.5h后,添加H2O(396mL)。在0.5h后,再次收集固体,并且将其用MeOH(160mL)洗涤。将湿滤饼加入干净的反应器中,然后添加甲苯(2500mL)。在25℃±2℃下2h后,收集固体,并且将其用甲苯(300mL)洗涤。在低于30℃下在真空下干燥后,分离出呈固体的产物,产率为39%且dr>98:2。
1H NMR(600MHz,吡啶-d5):δ8.49(d,J=5.64Hz,1H),7.84(d,J=7.44Hz,1H),7.79-7.76(m,3H),7.56(d,J=2.46Hz,1H),7.34(dd,J=7.14,13.98Hz,2H),7.24-7.21(m,2H),6.74(dd,J=2.46,5.58Hz,1H),6.28(m,1H),4.75-4.71(m,1H),4.66-4.62(m,1H),4.48(t,J=7.26Hz,1H),3.74(t,J=6.48Hz,2H),1.93(d,J=6.60Hz,3H),1.62-1.56(m,2H),0.81(t,J=7.44Hz,3H)。13C NMR(150MHz,吡啶-d5):δ166.1,165.1[d,J(P,C)=5.69Hz],150.1,144.8,144.7,141.4,141.4,127.7,127.7,127.2,127.1,125.8,125.7,120.1,120.1,109.3,107.0,75.7[d,J(P,C)=5.1Hz],69.3,68.6[d,J(P,C)=5.5Hz],48.6[d,J(P,C)=8.5Hz],23.3[d,J(P,C)=4.2Hz],22.2,10.2。HRMS(ES,正离子):C24H27NO4PS(M+H+)的m/z计算值:456.13929,实测值:456.13913。
f2)O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((S)-1-(4-丙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(S)-硫代磷酸酯((S,Sp)-FPPSPr)
向干燥且干净的反应器中加入(S)-1-(4-丙氧基吡啶-2-基)乙-1-醇(4.0g,22.1mmol)和[(9H-芴-9-基)甲氧基]次膦酸(6.48g,24.3mmol,1.1eq.)。在添加吡啶(12mL)后,添加PivCl(4.05g,33.1mmol,1.5eq.),同时维持温度在20℃-25℃下。在20℃-25℃下超过0.5h后,添加H2O(0.8mL,44.1mmol,2.0eq.)以淬灭反应。添加硫(0.78g,24.3mmol,1.1eq.),同时维持温度低于35℃。在2-3h后,在20℃-25℃下在0.5h内添加MeOH(12mL),随后在20℃-25℃下在0.5h内添加H2O(24mL)。在20℃-23℃下1h后,收集固体,并且将其用MeOH(15mL)和H2O(3mL)的溶液洗涤。将湿滤饼加入干净的反应器中,然后添加甲苯(100mL)。在25℃±2℃下2h后,收集固体,并且将其用甲苯(20mL)洗涤。在低于30℃下在真空下干燥后,分离出呈固体的产物,产率为35%且dr>98:2。
HRMS(ES,正离子):C24H27NO4PS(M+H+)的m/z计算值:456.13929,实测值:456.13906。
g1)O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-丙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(S)-硫代磷酸酯((R,Sp)-FPPSPr)的纯化
在分离出O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-丙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(R)-硫代磷酸酯后,将母液浓缩以除去大部分MeOH。将残余物用EtOAc和水稀释。在将有机层用2MKHSO4洗涤以除去吡啶,然后用水洗涤后,在真空下除去有机溶剂。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化。在将柱用己烷平衡后,向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。首先将柱用0-100%EtOAc洗涤。然后,使用在CH2Cl2中的0-10%MeOH洗脱产物。在收集并浓缩级分后,获得呈泡沫状固体的产物。将泡沫状固体与EtOAc混合以制备在EtOAc中的浆料。收集固体,并且将其用EtOAc洗涤。在真空下干燥后,分离出呈固体的产物,dr为90:10。
HRMS(ES,正离子):C24H27NO4PS(M+H+)的m/z计算值:456.13929,实测值:456.13901。
合成子的应用/用途
实施例5
合成单体的通用程序:
B=核苷的含氮碱基
向干燥且干净的烧瓶中加入1g以DMTr作为保护基团的核苷dA、dC、dG或dT以及选自FPPSMe、(R,Rp)-FPPSEt、(S,Sp)-FPPSEt、(R,Rp)-FPPSPr、(S,Sp)-FPPSPr和(R,Sp)-FPPSPr的合成子。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加DMOCP(2.6eq.)。在1-2h后,添加0.1mL的水,将混合物搅拌10min。添加1mL的DBU。在30min后,将混合物用5mL的水、7mL的2M KHSO4水溶液和10ml的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2ml的水洗涤。在浓缩后,分离出粗产物,并且将其直接用于下一步骤。将分析样品通过硅胶柱色谱法纯化。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。首先将柱用0-100%EtOAc洗涤。然后,使用在CH2Cl2中的0-10%MeOH洗脱产物。然后,收集并浓缩级分,获得呈泡沫状固体的产物。
合成单体的具体实施例
实施例5.1.通过使用dA作为核苷和(R,Rp)-FPPSPr作为合成子制备的dA-P(V)
向干燥且干净的烧瓶中加入核苷N-6-苯甲酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧腺苷(dA;1g,1.52mmol)和O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-丙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(R)-硫代磷酸酯((R,Rp)-FPPSPr,0.73g,1.58mmol)。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加2-氯-5,5-二甲基-1,3,2-二氧磷杂环己烷-2-氧化物(DMOCP;0.73g,3.95mmol,2.6eq.)。在1-2h后,添加0.1mL的水,将混合物搅拌10min。添加1mL的DBU。在30min后,将混合物用5mL的水、7mL的2M KHSO4水溶液和10mL的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2ml的水洗涤。在浓缩后,将粗产物通过硅胶柱色谱法纯化。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。首先将柱用0-100%EtOAc洗涤。然后,使用在CH2Cl2中的0-10%MeOH洗脱产物。在收集并浓缩级分后,获得1.31g的呈泡沫状固体的产物,dr>97.5:2.5且产率为94%。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ8.61(s,1H),8.55(s,1H),8.06(d,J=7.3Hz,2H),7.65(t,J=7.3Hz,1H),7.55(t,J=7.8Hz,2H),7.41(s,1H),7.37(d,J=7.35Hz,2H),7.26-7.16(m,8H),6.81(t,J=9.35Hz,4H),6.47(t,J=6.45Hz,1H),5.62(m,1H),5.18(bs,1H),4.39(bs,1H),4.17(t,J=6.4Hz,2H),3.71(s,3H),3.71(s,3H),3.32(m,1H),3.25(m,1H),3.11(m,1H),2.63(m,1H),1.78-1.71(m,2H),1.52(d,J=6.6Hz,3H),0.94(t,J=7.35Hz,3H)。13CNMR(126MHz,DMSO-d6):δ169.7,166.2,161.0,158.5,158.5,152.4,151.9,150.9,145.3,145.2,136.1,135.9,133.9,132.9,130.2,130.1,129.4,129.1,129.0,128.9,128.3,128.2,127.9,127.1,126.4,113.6,111.1,109.6,86.1,85.5[d,J(P,C)=5.6Hz],84.7,76.4,[d,J(P,C)=5.7Hz],71.5,71.0,64.5,37.4,22.5[d,J(P,C)=5.3Hz],22.0,10.5。31PNMR(202MHz,DMSO-d6):δ55.76.HRMS(ES,正离子):C48H50N6O9PS(M+H+)的m/z计算值:917.30921,实测值:917.30886。
实施例5.2.通过使用dC作为核苷和(R,Rp)-FPPSPr作为合成子制备的dC-P(V)
向干燥且干净的烧瓶中加入核苷5'-O-二甲氧基三苯甲基-N-苯甲酰基-脱氧胞苷(dC;1g,1.58mmol)和O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-丙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(R)-硫代磷酸酯((R,Rp)-FPPSPr;0.76g,1.64mmol)。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加2-氯-5,5-二甲基-1,3,2-二氧磷杂环己烷-2-氧化物(DMOCP;0.76g,4.10mmol,2.6eq.)。在1-2h后,添加0.1mL的水,将混合物搅拌10min。添加1mL的DBU。在30min后,将混合物用5mL的水、7mL的2M KHSO4水溶液和10ml的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2mL的水洗涤。在浓缩后,将粗产物通过硅胶柱色谱法纯化。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。首先将柱用0-100%EtOAc洗涤。然后,使用在CH2Cl2中的0-10%MeOH洗脱产物。在收集并浓缩级分后,获得1.35g的呈泡沫状固体的产物,dr>99:1且产率为96%。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ8.58(d,J=6.55Hz,1H),8.12(d,J=7.45Hz,1H),8.00(d,J=7.35Hz,2H),7.63(t,J=7.40Hz,1H),7.52(t,J=7.90Hz,2H),7.42-7.38(m,3H),7.33-7.15(m,9H),6.89(dd,J=1.35,8.75Hz,4H),6.13(t,J=6.35Hz,1H),5.59(m,1H),5.08(m,1H),4.33(m,1H),4.20(t,J=6.25Hz,2H),3.73(s,3H),3.73(s,3H),3.39(dd,J=4.65,10.65Hz,1H),3.25(dd,J=2.45,10.91Hz,1H),2.59(m,1H),2.24(m,1H),1.81-1.72(m,2H),1.50(d,J=6.60Hz,3H),0.96(t,J=7.30Hz,3H)。13C NMR(126MHz,DMSO-d6):δ169.9,167.9,163.5,160.7,158.6,158.6,154.7,144.9,144.6,135.8,135.6,133.6,133.2,130.3,130.2,129.4,128.9,128.9,128.4,128.2,113.7,113.2,111.3,109.7,96.6,86.9,86.6,85.5[d,J(P,C)=6.6Hz],75.3,71.6,70.7,63.6,55.5,55.5,22.3[d,J(P.C)=5.7Hz],21.9,10.51。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ55.80。
实施例5.3.通过使用dG作为核苷和(R,Rp)-FPPSPr作为合成子制备的dG-P(V)
向干燥且干净的烧瓶中加入核苷5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-N-异丁基-脱氧鸟苷(dG;1g,1.56mmol)和O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-丙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(R)-硫代磷酸酯((R,Rp)-FPPSPr;0.75g,1.63mmol)。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加2-氯-5,5-二甲基-1,3,2-二氧磷杂环己烷-2-氧化物(DMOCP)(0.75g,4.06mmol,2.6eq.)。在1-2h后,添加0.1mL的水,将混合物搅拌10min。添加1mL的DBU。在30min后,将混合物用5mL的水、7mL的2M KHSO4水溶液和10ml的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2mL的水洗涤。在浓缩后,将粗产物通过硅胶柱色谱法纯化。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。首先将柱用0-100%EtOAc洗涤。然后,使用在CH2Cl2中的0-10%MeOH洗脱产物。在收集并浓缩级分后,获得1.3g的呈泡沫状固体的产物,dr>99:1且产率为93%。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ12.04(s,1H),11.74(s,1H),8.56(d,J=6.55Hz,1H),8.04(s,1H),7.38(s,1H),7.34(d,J=7.35Hz,2H),7.25-7.18(m,8H),6.82(d,J=9.15Hz,2H),6.80(d,J=9.15Hz,2H),6.27(m,2H),5.55(m,1H),5.02(m,1H),4.30(m,1H),4.17(t,J=6.30Hz,2H),3.72(s,6H),3.29(m,1H),3.12(m,1H),2.81(m,1H),2.73(m,1H),2.56(m,1H),1.78-1.72(m,2H),1.47(d,J=6.65Hz,3H),1.12(d,J=6.80Hz,6H),0.95(t,J=7.35Hz,3H)。13C NMR(126MHz,DMSO-d6):δ180.5,169.7,160.9,158.5,158.5,155.3,149.1,148.6,145.2,137.5,135.9,135.9,130.2,130.1,128.2,128.2,127.1,120.8,113.6,111.1,109.6,86.1,85.4[d,J(P,C)=6.01Hz],83.7,76.3[d,J(P,C)=5.75Hz],71.5,70.9,64.7,55.5,55.4,38.0,35.3,22.4[d,J(P,C)=4.81Hz],21.9,19.2,10.5。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ55.10。HRMS(ES,正离子):C45H52N6O10PS(M+H+)的m/z计算值:899.31978,实测值:899.31999。
实施例5.4.通过使用dT作为核苷和(R,Rp)-FPPSPr作为合成子制备的dT-P(V)
向干燥且干净的烧瓶中加入核苷5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)胸苷(dT;1g,1.84mmol)和O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-丙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(R)-硫代磷酸酯((R,Rp)-FPPSPr;0.88g,1.01mmol)。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加2-氯-5,5-二甲基-1,3,2-二氧磷杂环己烷-2-氧化物(DMOCP)(0.88g,4.77mmol,2.6eq.)。在1-2h后,添加0.1mL的水,将混合物搅拌10min。添加1mL的DBU。在30min后,将混合物用5mL的水、7mL的2M KHSO4水溶液和10mL的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2mL的水洗涤。在浓缩后,将粗产物通过硅胶柱色谱法纯化。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。首先将柱用0-100%EtOAc洗涤。然后,使用在CH2Cl2中的0-10%MeOH洗脱产物。在收集并浓缩级分后,获得1.4g的呈泡沫状固体的产物,dr>99:1且产率为95%。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.37(s,1H),8.57(d,J=6.55Hz,1H),7.49(s,1H),7.42-7.39(m,3H),7.32-7.22(m,8H),6.89(d,J=8.75Hz,4H),6.19(m,1H),5.61(m,1H),5.14(m,1H),4.23(s,1H),4.18(m,2H),3.73(s,6H),3.35(m,1H),3.15(m,1H),2.39-2.29(m,2H),1.78-1.71(m,2H),1.49(d,J=6.65Hz,3H),1.36(s,3H),0.95(t,J=7.35Hz,3H)。13C NMR(126MHz,DMSO-d6):δ169.9,164.1,160.7,158.7,158.6,150.8,145.1,135.9,135.8,135.6,130.2,130.2,128.4,128.1,127.3,113.8,111.3,110.2,110.0,86.6,84.9[d,J(P,C)=5.63Hz],84.3,76.3[d,J(P,C)=5.67Hz],71.6,70.8,64.3,55.5,55.5,38.6[d,J(P,C)=4.35Hz],21.9,12.0,10.5。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ55.76。HRMS(ES,正离子):C41H47N3O10PS(M+H+)的m/z计算值:804.27143,实测值:804.27152。
类似地制备:
5.5.由FPPSMe制备的dT-P(V)
/>
1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.37(s,1H),8.54(d,J=6.35Hz,1H),7.50(s,1H),7.41(s,1H),7.39(s,2H),7.32-7.22(m,8H),6.89(d,J=7.75Hz,4H),6.19(t,J=8.1Hz,1H),5.59(m,1H),5.14(m,1H),4.26(s,1H),3.96(s,3H),3.73(s,6H),3.36(m,1H),3.15(m,1H),2.34-2.31(m,2H),1.48(d,J=6.55Hz,3H),1.36(s,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ168.9,164.1,161.5,158.7,158.6,150.8,145.9,145.1,135.9,135.8,135.6,130.2,128.4,128.1,127.3,113.8,110.7,110.6,110.3,109.0,86.6,84.9[d,J(P,C)=5.4Hz],84.3,76.3[d,J(P,C)=5.2Hz],71.3,64.4,57.5,55.5,55.5,38.6[d,J(P,C)=3.9Hz],24.1[d,J(P,C)=4.9Hz],12.0。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ55.32。
5.6.由FPPSEt制备的dT-P(V)
1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.4(s,1H),8.55(d,J=6.45Hz,1H),7.50(s,1H),7.40(s,1H),7.39(s,2H),7.31(t,J=7.5Hz,2H),7.28-7.22(m,6H),6.88(d,J=7.80Hz,4H),6.19(m,1H),5.58(m,1H),5.14(m,1H),4.30-4.24(m,3H),3.73(s,6H),3.35(m,1H),3.15(m,1H),2.37-2.28(m,2H),1.49(d,J=6.55Hz,3H),1.36-1.32(m,6H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ169.5,164.1,161.0,158.7,158.6,150.8,145.2,145.1,135.9,135.8,135.6,130.2,130.2,128.4,128.1,127.3,113.8,111.2,110.2,109.5,85.6,84.9[d,J(P,C)=5.4Hz],84.3,76.2[d,J(P,C)=4.79Hz],70.9,66.0,64.4,55.5,55.5,38.6[d,J(P,C)=4.25Hz],22.5[d,J(P,C)=4.93Hz],,14.5,12.0。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ55.58。
5.7.F-P(V)
/>
向干燥且干净的反应器中加入N-{9-[(2R,3R,4R,5R)-4-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-3-氟-5-(羟甲基)氧戊环-2-基]-9H-嘌呤-6-基}苯甲酰胺(100g,98.4wt%,160.85mmol)、O-((9H-芴-9-基)甲基)O-((R)-1-(4-丙氧基吡啶-1-鎓-2-基)乙基)(R)-硫代磷酸酯((R,Rp)-FPPSPr;76.97g,99.0wt%,160.3mmol,1.04eq.)和吡啶(600mL)。在低于40℃下在真空下除去吡啶(450mL)后,在20℃-23℃下添加乙腈(100mL)。在不到10min内添加在吡啶(100mL)中的DMOCP(77.19g,418.2mmol,2.6eq)。在1h后,在低于35℃下,添加H2O(10mL),随后添加DBU(100mL)。在30min后,在20℃-25℃下,添加水(500mL)和EtOAc(1L),随后添加2M KHSO4(700mL)。在分割各相后,将有机层用2M KHSO4洗涤直到水相达到pH 2-3,随后用水(200mL)洗涤。将有机层冷却至-5℃并搅拌1h,通过经由硅藻土床过滤除去固体。将滤液浓缩以得到产物,产率为98%。通过硅胶色谱法制备分析样品,用在己烷中的0-100%EtOAc、随后是在CH2Cl2中的0-10%MeOH作为洗脱液。
1H NMR(600MHz,DMSO-d6):δ11.22(s,1H),8.76(s,1H),8.65(s,1H),8.49(d,J=6.30,2H),8.04(d,J=7.44,2H),7.67-7.63(m,5H),7.54(t,J=7.8Hz,2H),7.49-7.42(m,6H),7.30(s,1H),7.16(bs,1H),6.44(dd,J=4.2,15.6Hz,1H),5.47(m,1H),5.33(dt,J=4.2,52.08Hz,1H),4.79(m,1H),4.26(bs,1H),4.11(t,J=5.4Hz,2H),4.01(m,1H),3.74(m,1H),1.74-1.68(m,2H),1.36(d,J=6.6Hz,3H),0.92(t,J=7.38,3H)。13C NMR(150MHz,DMSO-d6):δ168.9,165.6,160.5,151.8,151.7,150.4,144.9,142.7,135.3,135.3,133.3,132.4,132.2,130.1,130.1,128.5,128.4,128.0,127.9,125.4,110.5,108.8,92.9,91.6,85.2[d,J(P,C)=32.61Hz],83.7[d,J(P,C)=7.44Hz],71.7[d,J(P,C)=14.45Hz],70.8,70.4,64.3[d,J(P,C)=4.92Hz],26.7,21.7[d,J(P,C)=4.82Hz],21.4,18.9,10.0。31P NMR(243MHz,DMSO-d6):δ56.97。19F NMR(565MHz,DMSO-d6):δ-208.05。
实施例6
合成硫代磷酸酯二聚体的实施例
底物合成
向dG(15g,23.45mmol)在DMF(30mL)中的溶液中加入咪唑(3.99g,58.62mmol)和TBDPSCl(9.7g,35.17mmol)。在23℃下5h后,将反应混合物缓慢地添加到水(1L)中。收集固体,然后将其用水洗涤。添加CH2Cl2以溶解固体。在分割各相以除去部分水后,将溶液浓缩,然后在硅胶柱上用在己烷中50%-80%EtOAc纯化。
将产物(10g,11.4mmol)溶解于THF(30mL)和CH2Cl2(30mL)中。在添加0.1g的Pd/C后,将反应混合物在6.8巴(100psi)的H2下加压过夜。在过滤出碳后,将粗产物浓缩,然后通过硅胶色谱法用在己烷中的0-100%EtOAc纯化。
合成硫代磷酸酯二聚体的通用程序:
向干燥且干净的烧瓶中加入1g以DMTr作为保护基团的硫代磷酸核苷以及以TBDPS作为保护基团的单体dA、dC、dG或dT。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加DMOCP(2.8eq)。在2h后,添加0.1mL的水,将混合物用5mL的水、7mL的2MKHSO4水溶液和10mL的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2mL的水洗涤。在浓缩后,获得粗产物。通过硅胶柱色谱法获得分析纯的样品。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。首先将柱用0-100%EtOAc洗涤。在收集并浓缩级分后,获得呈泡沫状固体的产物。
合成硫代磷酸酯二聚体的具体实施例
6.1.dA-dA
向干燥且干净的烧瓶中加入硫代磷酸核苷dA-P(V)(0.73g,0.796mmol)和以TBDPS作为保护基团的dA(0.47g,0.796mmol,1.0eq.)。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加2.2mL的吡啶后,一次性添加DMOCP(0.41g,2.22mmol,2.8eq)。在2h后,添加0.1mL的水,将混合物用5mL的水、3.5mL的2M KHSO4水溶液和10mL的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2mL的水洗涤。在浓缩后,获得粗产物,dr>99:1且溶液产率为85%。通过经由硅胶柱色谱法纯化获得分析纯的样品。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。首先将柱用0-100%EtOAc洗涤。在收集并浓缩级分后,获得呈泡沫状固体的产物。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.20(bs,2H),8.64(s,1H),8.57(s,1H),8.56(s,1H),8.49(s,1H),8.22(d,J=6.5Hz,1H),8.07-8.03(m,4H),7.65-7.62(m,6H),7.59-7.52(m,4H),7.35-7.31(m,2H),7.22-7.19(m,6H),7.16-7.14(m,1H),6.90(s,1H),6.80-6.77(m,5H),6.57(t,J=6.80Hz,1H),6.43(t,J=6.90Hz,1H),5.45(m,1H),5.35(bs,1H),4.63(bs,1H),4.23(s,1H),4.19(s,1H),4.02(m,1H),3.88-3.85(m,3H),3.68(bs,6H),3.33-3.29(m,2H),3.24-3.19(m,2H),2.70(m,1H),2.56(m,1H),2.41(m,1H),1.62-1.57(m,2H),1.49(d,J=6.40Hz,3H),1.06(s,9H),0.84(t,J=7.20Hz,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6)δ166.1,166.0,165.7,161.2[d,J(P,C)=5.69Hz],158.5,158.5,152.2,152.2,151.9,151.8,151.0,150.9,150.9,145.1,144.0,143.5,135.9,135.8,135.7,133.8,133.1,133.0,133.0,132.9,130.6,130.1,130.1,129.0,129.0,128.9,128.9,128.5,128.5,128.2,128.1,127.1,126.6,126.4,113.6,109.8,107.5,86.2,85.5[d,J(P,C)=8.73Hz],84.5,84.3,84.3,79.2[d,J(P,C)=4.75Hz],78.6[d,J(P,C)=5.15Hz],74.0,69.6,67.6[d,J(P,C)=4.4Hz],63.5,55.4,55.4,39.0,36.4,27.2,22.2[d,J(P,C)=4.98Hz],22.1,19.1,10.6。31P(202MHz,DMSO-d6)δ65.64Hz。
6.2.dA-dC
向干燥且干净的烧瓶中加入硫代磷酸核苷dA-P(V)(1.4g,1.53mmol)和以TBDPS作为保护基团的dC(0.96g,1.68mmol,1.1eq.)。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加DMOCP(0.79g,4.3mmol,2.8eq)。在2h后,添加0.1mL的水,将混合物用5mL的水、7mL的2M KHSO4水溶液和10mL的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2mL的水洗涤。在浓缩后,获得粗产物,dr为97.5:2.5且溶液产率为78%。通过经由硅胶柱色谱法纯化获得分析纯的样品。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。首先将柱用0-100%EtOAc洗涤。在收集并浓缩级分后,获得呈泡沫状固体的产物。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.23(bs,2H),8.58(bs,2H),8.22(d,J=5.65Hz,1H),8.06(d,J=7.50Hz,2H),7.98(d,J=7.50Hz,2H),7.94(d,J=7.25Hz,1H),6.67-7.35(m,18H),7.27-7.15(m,8H),6.90(d,J=2.25Hz,1H),6.81-6.79(m,3H),6.48(t,J=6.95Hz,1H),6.24(t,J=6.70Hz,1H),5.49(m,1H),5.38(m,1H),4.35(m,1H),4.27(m,1H),4.16(m,1H),3.97(m,1H),3.89-3.82(m,3H),6.39(s,3H),3.69(s,3H),3.28-3.25(m,2H),2.62(m,1H),2.35(m,1H),1.81(m,1H),1.63(m,2H),1.54(d,J=6.5Hz,3H),1.03(s,9H),0.86(t,J=7.35Hz,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ165.7,163.6,161.1[d,J(P,C)=5.51Hz],158.5,158.5,154.7,152.3,151.8,151.0,150.9,145.1,144.5,144.0,135.8,135.8,133.8,133.5,133.2,133.0,133.0,132.9,130.6,130.1,130.1,129.0,128.9,128.9,128.5,128.2,128.1,127.1,126.5,113.6,109.7,107.6,96.7,86.9,85.7[d,J(P,C)=8.80Hz],84.5,84.3[d,J(P,C)=6.41Hz],73.6,69.6,68.2,67.5,63.5,55.4,55.4,41.0,36.5,27.1,22.4[d,J(P,C)=5.08Hz],21.2,19.1,10.6。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ65.86。
6.3.dA-dG
向干燥且干净的烧瓶中加入硫代磷酸核苷dA-P(V)(1.4g,1.53mmol)和以TBDPS作为保护基团的dG(0.967g,1.68mmol,1.1eq.)。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加DMOCP(0.79g,4.3mmol,2.8eq)。在2h后,添加0.1mL的水,将混合物用5mL的水、7mL的2M KHSO4水溶液和10mL的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2mL的水洗涤。在浓缩后,获得粗产物,dr为96.3:3.7且溶液产率为75%。通过硅胶柱纯化获得分析纯的样品。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。将柱用0-100%EtOAc洗脱。在收集并浓缩级分后,获得呈泡沫状固体的产物。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ12.08(s,1H),11.56(s,1H),11.20(s,1H),8.57(s,1H),8.56(s,1H),8.21(d,J=5.45Hz,1H),8.05(d,J=7.50Hz,2H),8.01(s,1H),7.66-7.53(m,7H),7.48-7.41(m,6H),7.33(d,J=7.55Hz,2H),7.21-7.14(m,7H),6.88(s,1H),6.80-6.77(m,5H),6.45(t,J=6.65Hz,1H),6.33(t,J=6.60Hz,1H),5.44(m,1H),5.34(m,1H),4.39(bs,1H),4.24(bs,1H),4.13(bs,1H),3.87-3.80(m,4H),3.69(s,6H),3.29(m,1H),3.23-3.16(m,2H0,2.76(m,1H),2.56(m,1H),2.47(m,1H),2.33(m,1H),1.64-1.60(m,2H),1.51(d,J=6.2Hz,3H),1.17(d,J=7.45Hz,3H),1.16(d,J=7.45Hz,3H),1.03(s,9H),0.86(t,J=7.30Hz,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ180.0,165.5,165.2,160.6[d,J(P,C)=5.6Hz)],158.0,158.0,154.7,151.7,151.3,150.5,150.4,148.4,148.1,144.6,143.6,136.9,135.3,135.2,135.2,133.3,132.4,132.4,132.3,130.1,129.6,129.6,128.4,128.4,128.0,128.0,127.7,127.6,126.6,126.1,120.3,85.7,85.2[d,J(P,C)=8.4Hz)],84.1,83.8[d,J(P,C)=6.15Hz)],83.2,73.7,69.1,67.2,54.9,54.9,35.7,34.7,26.7,21.8[d,J(P,C)=5.2Hz)],21.6,18.8,18.7,18.5,10.0。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ65.66。
6.4.dA-dT
向干燥且干净的烧瓶中加入硫代磷酸核苷dA-P(V)(1.4g,1.53mmol)和以TBDPS作为保护基团的dT(0.81g,1.68mmol,1.1eq.)。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加DMOCP(0.79g,4.3mmol,2.8eq)。在2h后,添加0.1mL的水,将混合物用5mL的水、7mL的2M KHSO4水溶液和10mL的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2mL的水洗涤。在浓缩后,获得粗产物,dr>98.2:2.2且溶液产率为84%。通过硅胶柱纯化获得分析纯的样品。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。将柱用0-100%EtOAc洗脱。在收集并浓缩级分后,获得呈泡沫状固体的产物。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.33(bs,1H),11.21(bs,1H),8.60(s,1H),8.58(s,1H),8.22(d,J=5.70Hz,1H),8.06(d,J=7.55Hz,2H),7.65(t,J=7.45Hz,1H),7.59-7.54(m,6H),7.47-7.39(m,6H),7.35(d,J=7.50Hz,2H),7.23-7.15(m,8H),6.87(d,J=2.1Hz,1H),6.82-6.78(m,5H),6.45(t,J=6.90Hz,1H),6.27(t,J=5.90Hz,1H),4.28(m,1H),4.19(m,1H),4.01(m,1H),3.89(t,J=6.5Hz,2H),3.84(m,1H),3.74(m,1H),3.70(s,3H),3.70(s,3H),3.33-3.30(m,1H),3.27-3.21(m,2H),2.60(m,1H),2.03(m,1H),1.78(m,1H),1.68-1.62(m,2H),1.66(s,1H),1.54(d,J=6.5Hz,3H),1.02(s,9H),0.90(t,J=7.35Hz,3H)。13CNMR(125MHz,DMSO-d6)δ166.1,165.7,164.0,161.1[d,J(P,C)=5.55Hz],152.3,151.9,151.0,150.9,150.8,145.1,144.0,135.8,135.8,135.7,135.7,135.5,133.8,133.0,132.9,130.6,130.6,130.1,130.1,129.0,129.0,128.5,128.5,128.2,128.1,127.1,126.6,113.6,110.4,109.6,107.6,86.2,85.1[d,J(P,C)=8.63Hz],84.5,84.4,84.3[d,J(P,C)=6.25Hz],79.2[d,J(P,C)=4.54Hz],78.7[d,J(P,C)=4.56Hz],73.8,69.6,67.8[d,J(P,C)=5.99Hz],63.4,36.5,27.1,22.3[d,J(P,C)=5.19Hz],22.1,19.0,12.6,10.6。31PNMR(202MHz,DMSO-d6):δ65.88。
6.5.dA-dT(无TBDPS)
向干净的烧瓶中加入dA-dT(0.5g,0.36mmol)和THF(5mL)。在20℃-25℃下添加在THF中的1M TBAF(0.73mL,0.725mmol)。在0.5h后,将混合物用EtOAc稀释,然后用水洗涤。在浓缩后,将粗产物通过硅胶柱色谱法用在CH2Cl2中的0-10%MeOH纯化,以便以定量产率得到0.41g的呈泡沫状固体的产物。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.33(bs,1H),11.22(bs,1H),8.60(bs,2H),8.32(d,J=5.7Hz,1H),8.06(d,J=7.5Hz,2H),7.65(t,J=7.3Hz,1H),7.56(t,J=7.7Hz,2H),7.39-7.36(m,3H),7.26-7.24(m,6H),7.19(m,1H),6.97(d,J=2.55Hz,1H),6.88(m,1H),6.85-6.81(m,4H),6.52(t,J=13.85Hz,1H),6.20(m,1H),5.60(m,1H),5.45-5.44(m,2H),4.37(m,1H),4.22-4.16(m,3H),3.96-3.94(m,3H),3.72(s,1H),3.72(s,1H),3.39-3.28(m,2H),2.71(m,1H),2.05(m,1H),1.95(m,1H),1.71-1.65(m,5H),1.60(d,J=6.5Hz,3H),0.92(t,J=7.35Hz,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6)δ166.1,165.8,164.1,161.2[d,J(P,C)=5.7Hz],158.6,158.6,152.2,151.9,151.0,150.9,150.8,145.1,144.0,135.9,135.8,135.8,133.8,132.9,130.2,130.1,128.9,128.9,128.2,128.1,127.2,126.6,113.6,110.3,109.8,107.6,86.3,84.7[d,J(P,C)=8.7Hz],84.5,84.4,84.3[d,J(P,C)=6.4Hz],79.3[d,J(P,C)=4.9Hz],78.7[d,J(P,C)=4.75Hz],70.8,69.6,68.5[d,J(P,C)=5.5Hz],63.6,55.5,55.4,39.4,36.5,22.4[d,J(P,C)=5.03Hz],22.1,12.6,10.6。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ65.91。
6.6.dC-dC
/>
向干燥且干净的烧瓶中加入硫代磷酸核苷dC-P(V)(1.4g,1.58mmol)和以TBDPS作为保护基团的dC(0.90g,1.58mmol,1.0eq.)。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加DMOCP(0.82g,4.6mmol,2.8eq)。在2h后,添加0.1mL的水,将混合物用5mL的水、7mL的2M KHSO4水溶液和10mL的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2mL的水洗涤。在浓缩后,获得粗产物,dr为98.5:1.5且溶液产率为82%。通过硅胶柱纯化获得分析纯的样品。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。将柱用0-100%EtOAc洗脱。在收集并浓缩级分后,获得呈泡沫状固体的产物。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.28(s,1H),11.24(s,1H),8.22(d,J=5.60Hz,1H),8.14(d,J=7.05Hz,1H),8.02-7.99(m,4H),7.90(d,J=7.15Hz,1H),7.64-7.57(m,6H),7.54-7.36(m,13H),7.30-7.19(m,9H),6.89-6.85(m,5H),6.80(d,J=5.50Hz,1H),6.22(t,J=6.50Hz,1H),6.14(t,J=6.35Hz,1H),5.45(m,1H),5.11(bs,1H),4.33(s,1H),4.25(s,1H),4.13(s,1H),3.93-3.85(m,3H),3.84(m,1H),3.71(s,6H),2.65(m,1H),2.38-2.33(m,2H),1.81(m,1H),1.67-1.59(m,2H),1.52(d,J=6.40Hz,3H),1.02(s,9H),0.87(t,J=7.35Hz,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6)δ167.7,167.6,165.7,163.7,163.6,161.1[d,J(P,C)=5.61Hz],158.7,158.6,154.7,154.6,150.9,145.0,144.8,144.6,135.7,135.6,135.5,133.6,133.5,133.2,133.0,132.9,130.6,130.2,130.1,128.9,128.9,128.5,128.3,128.2,127.3,113.7,109.8,107.6,96.7,96.6,87.1,87.0,86.7,85.7[d,J(P,C)=7.53Hz],84.7[d,J(P,C)=7.03Hz],78.8[d,J(P,C)=4.86Hz],78.7,73.6,69.6,67.5[d,J(P,C)4.39Hz],63.1,55.4,41.0,39.3,27.1,22.3[d,J(P,C)=5.30Hz],22.1,19.0,10.6。31P NMR(202MHz,DMSO-d6)δ65.76Hz。
6.7.dC-dG
向干燥且干净的烧瓶中加入硫代磷酸核苷dC-P(V)(1.4g,1.57mmol)和以TBDPS作为保护基团的dG(0.993g,1.73mmol,1.1eq.)。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加DMOCP(0.81g,4.4mmol,2.8eq)。在2h后,添加0.1mL的水,将混合物用5mL的水、7mL的2M KHSO4水溶液和10mL的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2mL的水洗涤。在浓缩后,获得粗产物,dr为99:1且溶液产率为83%。通过硅胶柱纯化获得分析纯的样品。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。将柱用0-100%EtOAc洗脱。在收集并浓缩级分后,获得呈泡沫状固体的产物。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ12.07(s,1H),11.55(s,1H),11.29(s,1H),8.22(d,J=5.50Hz,1H),8.12(d,J=6.70Hz,1H),8.01(d,J=7.60Hz,2H),7.98(s,1H),7.63-7.57(m,5H),7.52-7.50(m,2H),7.48-7.41(m,6H),7.35-7.33(m,2H),7.29-7.26(m,2H),7.22-7.18(m,6H),6.86-6.85(m,5H),6.80(d,J=5.50Hz,1H),6.31(t,J=6.65Hz,1H),6.10(t,J=6.15Hz,1H),5.40(m,1H),5.08(m,1H),4.38(bs,1H),4.20(bs,1H),4.14-4.10(m,1H),3.89-3.78(m,4H),3.70(s,6H),3.27(bs,2H),2.76(m,1H),2.60(m,1H),2.32-2.30(m,2H),1.66-1.60(m,2H),1.49(d,J=6.2Hz,3H),1.12(d,J=6.75Hz,3H),1.11(d,J=6.75Hz,3H),1.03(s,9H),0.87(t,J=7.30Hz,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ180.0,167.2,165.2,163.2,160.6[d,J(P,C)=5.78Hz)],158.1,158.1,154.7,154.1,150.4,148.4,148.1,144.4,144.2,137.0,135.2,135.1,134.9,133.0,132.7,132.5,132.3,130.1,129.7,129.6,128.4,128.0,127.8,127.6,126.7,120.3,113.2,109.3,107.0,96.1,86.5,86.2,85.1[d,J(P,C)=8.56Hz)],84.2[d,J(P,C)=4.86Hz)],83.1,78.1[d,J(P,C)=4.58Hz)],78.0[d,J(P,C)=4.94Hz)],73.7,69.1,67.1[d,J(P,C)=4.65Hz)],62.4,54.0,39.0,38.8,34.7,26.6,21.7[d,J(P,C)=4.95Hz)],21.6,18.8,18.8,18.5,10.1。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ65.63。
6.8.dC-dG(无DMTr)
向干净的烧瓶中加入dC-dG(1.0g,0.689mmol)和CH2Cl2(10mL)。一次性添加二氯乙酸(0.57mL,6.893mmol)。在将混合物在20℃-23℃下搅拌0.5h后,反应完成,并且将其用NaHCO3水溶液淬灭。将产物用EtOAc萃取,然后用水洗涤。将粗产物在硅胶柱上用在CH2Cl2中的0-10%MeOH纯化,以得到0.75g的纯产物,产率为94%。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ12.09(bs,1H),11.57(s,1H),11.27(s,1H),8.33(d,J=8.50Hz,1H),8.26(d,J=5.70Hz,1H),8.04(s,1H),8.03(d,J=7.25Hz,2H),7.64-7.60(m,5H),7.53-7.48(m,8H),7.40(m,1H),6.90(d,J=2.25Hz,1H),6.82(dd,J=2.4,5.7Hz,1H),6.33(m,1H),6.15(m,1H),5.44(m,1H),5.26(bs,1H),5.06(m,1H),4.44(m,1H),4.17(m,1H),4.13(m,1H),3.97-3.90(m,3H),3.89-3.83(m,1H),3.64-3.57(m,2H),2.79(m,1H),2.60-2.54(m,2H),2.34(m,1H),2.22(m,1H),1.69-1.64(m,2H),1.55(d,J=6.5Hz,3H),1.14(d,J=2.0Hz,3H),1.12(d,J=2.0Hz,3H),1.05(s,9H),0.90(t,J=7.35Hz,3H)。13CNMR(125MHz,DMSO-d6):δ180.5,167.8,165.7,163.7,161.1[d,J(P,C)=6.06Hz)],155.2,154.8,150.8,149.0,148.6,145.2,137.6,135.7,133.2,133.0,132.8,130.7,130.6,128.9,128.9,128.5,128.5,120.9,109.9,107.5,96.7,86.8,86.5[d,J(P,C)=5.44Hz)],85.7[d,J(P,C)=8.66Hz)],83.7,79.6[d,J(P,C)=4.96Hz)],78.5[d,J(P,C)=4.93Hz)],74.1,69.6,67.6[d,J(P,C)=4.85Hz)],61.2,39.5,39.2,35.3,27.2,22.2[d,J(P,C)=4.8Hz)],22.1,19.3,19.3,19.1,10.6。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ65.49。
6.9.dC-dT
向干燥且干净的烧瓶中加入硫代磷酸核苷dC-P(V)(1.4g,1.58mmol)和以TBDPS作为保护基团的dT(0.76g,1.58mmol,1.0eq.)。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加DMOCP(0.82g,4.6mmol,2.8eq)。在2h后,添加0.1mL的水,将混合物用5mL的水、7mL的2M KHSO4水溶液和10mL的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2mL的水洗涤。在浓缩后,获得粗产物,dr为98.5:1.5且溶液产率为85%。通过硅胶柱纯化获得分析纯的样品。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。将柱用0-100%EtOAc洗脱。在收集并浓缩级分后,获得呈泡沫状固体的产物。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.32(s,1H),11.30(s,1H),8.22(d,J=5.55Hz,1H),8.14(d,J=7.05Hz,1H),8.02(d,J=7.60Hz,2H),7.63(t,J=7.30Hz,1H),7.59-7.51(m,6H),7.48-7.36(m,8H),7.30(t,J=7.35Hz,2H),7.25-7.21(m,7H),6.88-6.85(m,5H),6.81(d,J=5.45Hz,1H),6.25(t,J=6.70Hz,1H),6.12(t,J=6.20Hz,1H),5.44(m,1H),5.11(bs,1H),4.24(bs,1H),4.16(bs,1H),3.98(bs,1H),3.89(t,J=6.25Hz,2H),3.77(m,1H),3.72(s,6H),3.69(m,1H),3.30(bs,2H),2.63(m,1H),2.38(m,1H),2.04-2.00(m,1H),1.78-1.73(m,1H),1.69-1.64(m,1H),1.66(s,3H),1.52(d,J=6.25Hz,3H),1.01(s,9H),0.91(t,J=7.30Hz,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6)δ167.8,165.7,164.0,163.7,161.0[d,J(P,C)=5.45Hz],158.7,158.7,154.7,150.9,150.8,145.0,144.8,135.7,135.7,135.6,135.5,133.5,133.2,133.0,132.9,130.6,130.6,130.2,130.2,128.9,128.4,128.4,128.2,127.3,113.7,110.4,110.0,107.6,96.6,87.0,86.7,85.0[d,J(P,C)=8.67Hz],84.5,78.7[d,J(P,C)=4.66Hz],78.5[d,J(P,C)=4.46Hz],73.8,69.6,67.8[d,J(P,C)=7.08Hz],62.9,55.5,39.3,27.1,22.3[d,J(P,C)=5.15Hz],19.0,12.5,10.6。31P NMR(202MHz,DMSO-d6)δ65.85Hz。
6.10.dG-dG
向干燥且干净的烧瓶中加入硫代磷酸核苷dG-P(V)(1.4g,1.56mmol)和以TBDPS作为保护基团的dG(0.99g,1.71mmol,1.1eq.)。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加DMOCP(0.81g,4.4mmol,2.8eq)。在2h后,添加0.1mL的水,将混合物用5mL的水、7mL的2M KHSO4水溶液和10mL的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2mL的水洗涤。在浓缩后,获得粗产物,dr为97.1:2.9且溶液产率为79%。通过硅胶柱纯化获得分析纯的样品。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。将柱用0-100%EtOAc洗脱。在收集并浓缩级分后,获得呈泡沫状固体的产物。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ12.07(bs,2H),11.57(s,1H),11.56(s,1H),8.18(d,J=5.55Hz,1H),1H),8.08(s,1H),7.96(s,1H),7.63-7.57(m,4H),7.48-7.39(m,6H),7.31-7.30(m,2H),7.26-7.16(m,7H),6.84(s,1H),6.80-6.76(m,5H),6.31(t,J=6.65Hz,1H),6.15(t,J=6.60Hz,1H),5.39(m,1H),5.15(bs,1H),4.33(bs,1H),4.10-4.09(m,2H),3.89-3.85(m,3H),3.75-3.74(m,1H),3.69(s,6H),3.22(m,1H),3.14(m,1h),2.98(m,1H),2.76-2.73(m,2H),2.41(m,1H),2.32(m,1H),1.64-1.59(m,2H),1.48(d,J=6.25Hz,3H),1.12-1.11(m,12H),1.02(s,9H),0.86(t,J=7.30Hz,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ180.0,180.0,165.2,160.4[d,J(P,C)=5.29Hz)],158.0,158.0,154.7,154.7,150.4,148.6,148.4,148.1,148.1,144.5,137.1,136.8,135.2,135.2,132.4,132.3,130.2,129.6,129.6,127.9,127.7,127.6,126.6,120.5,120.2,113.0,113.0,109.2,107.3,85.8,85.2[d,J(P,C)=8.83Hz)],83.9[d,J(P,C)=5.95Hz)],83.1,82.8,78.9[d,J(P,C)=4.66Hz)],78.0[d,J(P,C)=5.03Hz)],73.6,69.1,67.3,63.3,54.9,54.9,36.3,34.7,34.7,26.6,21.8[d,J(P,C)=5.30Hz)],21.6,18.8,18.5,10.0。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ65.74。
6.11.dG-dT
向干燥且干净的烧瓶中加入硫代磷酸核苷dG-P(V)(1.4g,1.56mmol)和以TBDPS作为保护基团的dT(0.82g,1.71mmol,1.1eq.)。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加DMOCP(0.81g,4.4mmol,2.8eq)。在2h后,添加0.1mL的水,将混合物用5mL的水、7mL的2M KHSO4水溶液和10mL的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2mL的水洗涤。在浓缩后,获得粗产物,dr为98.2:1.8且溶液产率为86%。通过硅胶柱纯化获得分析纯的样品。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。将柱用0-100%EtOAc洗脱。在收集并浓缩级分后,获得呈泡沫状固体的产物。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ12.08(s,1H),11.54(s,1H),11.34(s,1H),8.21(d,J=5.45Hz,1H),8.10(s,1H),7.58-7.55(m,4H),7.46-7.37(m,6H),7.33-7.31(m,2H),7.24-7.18(m,8H),6.84(s,1H),6.80-6.77(m,5H),6.25(t,J=6.75Hz,1H),6.19(t,J=6.65Hz,1H),5.45(m,1H),5.19(bs,1H),4.24(bs,1H),4.10(bs,1H),3.98(bs,1H),3.87(t,J=6.30Hz,2H),3.80(m,1H),3.70(bs,7H),3.25-3.18(m,2H),3.03(m,1H),2.78(m,1H),2.54(m,1H),2.05(m,1H),1.77(m,1H),1.66-1.62(m,5H),1.51(d,J=6.20Hz,3H),1.12(d,J=6.60Hz,6H),1.00(s,9H),0.89(t,J=7.30Hz,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ180.0,165.2,163.5,160.4[d,J(P,C)=5.49Hz)],158.1,158.0,154.7,150.4,150.3,148.6,148.1,144.5,137.1,135.2,135.2,135.1,132.4,130.1,129.7,129.6,128.0,127.7,127.6,126.7,120.5,113.0,113.0,109.9,109.1,107.3,85.8,84.5[d,J(P,C)=9.09Hz)],84.1,84.0[d,J(P,C)=6.05Hz)],82.8,78.8[d,J(P,C)=5.04Hz)],78.2[d,J(P,C)=4.69Hz)],73.2,69.1,67.4,63.2,54.9,54.9,36.5,34.8,26.6,21.8[d,J(P,C)=5.15Hz)],21.6,18.8,18.8,18.5,12.0,10.0。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ66.00。
6.12.dT-dT
向干燥且干净的烧瓶中加入硫代磷酸核苷dT-P(V)(1.5g,1.87mmol)和以TBDPS作为保护基团的dT(0.90g,1.87mmol,1.0eq.)。将混合物通过蒸发3mL的吡啶来干燥。在添加3mL的吡啶后,一次性添加DMOCP(0.96g,5.23mmol,2.8eq)。在2h后,添加0.1mL的水,将混合物用5mL的水、7mL的2M KHSO4水溶液和10mL的EtOAc稀释。在分割各相后,将有机层用8mL的2M KHSO4水溶液洗涤,然后用2mL的水洗涤。在浓缩后,获得粗产物,dr为98.1:1.9且溶液产率为88%。通过硅胶柱纯化获得分析纯的样品。向柱中预装入CH2Cl2,然后在CH2Cl2的帮助下将粗产物装入柱中。将柱用0-100%EtOAc洗脱。在收集并浓缩级分后,获得呈泡沫状固体的产物。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.4(bs,1H),11.31(bs,1H),8.21(d,J=5.50Hz,1H),7.57-7.54(m,4H),7.48(s,1H),7.45-7.36(m,8H),7.29(t,J=7.40Hz,2H),7.28-7.19(m,6H),6.88-6.80(m,5H),6.81(d,J=5.35Hz,1H),6.23(t,J=7.20Hz,1H),6.18(t,J=6.85Hz,1H),5.43(m,1H),5.19(bs,1H),4.22(m,1H),4.03(m,1H),3.96(bs,1H),3.89(t,J=6.30Hz,2H),3.77(m,1H),3.66(m,1H),3.25-3.18(m,2H),2.46(m,1H),2.36(m,1H),2.02-1.98(m,1H),1.77-1.71(m,1H),1.68-1.64(m,5H),1.51(d,J=6.30Hz,3H),1.46(s,3H),1.00(s,9H),0.90(t,J=7.30Hz,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ165.2,163.5,163.4,160.5[d,J(P,C)=5.25Hz)],158.2,158.2,150.4,150.3,150.2,144.4,135.4,135.2,135.2,135.0,135.0,132.5 132.4,130.1,130.1,129.7,129.6,128.0,127.9,127.6,126.8,113.2,109.9,109.9,109.2,107.1,86.1,84.5[d,J(P,C)=9.25Hz)],84.0,83.8,83.3[d,J(P,C)=6.06Hz)],78.8[d,J(P,C)=4.46Hz)],78.2[d,J(P,C)=4.74Hz)],73.3,69.1,67.2[d,J(P,C)=5.91Hz)],63.0,55.0,55.0,37.3,26.6,21.8[d,J(P,C)=5.29Hz)],21.6,18.5,12.0,11.6,10.1。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ66.02。
6.13.F-A-3’-OH
i)向烧瓶中加入(R,Rp)-FPPSPr(0.42,0.88mmol)和N-{9-[(2R,3R,4R,5R)-4-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-3-氟-5-(羟甲基)氧戊环-2-基]-9H-嘌呤-6-基}苯甲酰胺(0.5g,0.80mmol)。在将混合物通过蒸发5mL的吡啶干燥后,加入吡啶(1.5mL),随后添加DMOCP(0.39g,2.1mmol)。在23℃下1h后,加入水(0.05mL)以淬灭反应。添加DBU(0.5mL)。在30min后,将混合物用4mL的2M KHSO4和5mL的水和5mL的EtOAc稀释。将有机层用4mL的2MKHSO4和5mL的水洗涤。在浓缩后,以定量产率分离出0.7g的粗产物,并且将其直接用于下一步骤。
ii)将(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-4-氟氧戊环-2-基]甲氧基}[(1R)-1-(4-丙氧基吡啶-2-基)乙氧基]硫烷亚基次亚膦酸(0.70g,0.804mmol)和A-3’-OH(0.633g,0.804mmol)加入干燥的烧瓶中。在将混合物通过在低于40℃下在真空下蒸发吡啶(2x10mL)干燥后,添加吡啶(1.75mL),随后添加DMOCP(0.371g,2.0mmol)。在23℃下2h后,将反应用水淬灭。将产物用EtOAc萃取,并且用2M KHSO4洗涤,然后用水洗涤。将有机层浓缩,并且获得粗产物,dr为99:1且溶液产率为92%。通过在硅胶柱上用在己烷中的0-100%EtOAc纯化获得分析纯的样品。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.12(s,1H),8.47(s,1H),8.45(s,1H),8.42(s,1H),8.39(s,1H),8.19(d,J=5.65Hz,1H),7.97-7.93(m,4H),7.66-7.62(m,4H),7.57-7.53(m,2H),7.47-7.33(m,10H),7.30-7.29(m,2H),7.16-7.09(m,7H),6.81(m,1H),6.79-6.78(m,1H),6.74-6.72(m,4H),6.35(d,J=20.05Hz,1H),5.92(d,J=7.3Hz,1H),5.40-5.34(m,1.5H),5.27(m,0.5H),5.16(m,1H),5.04-4.96(m,2H),4.36-4.23(m,3H),3.83(t,J=10.75Hz,2H),3.63(s,1H),3.63(s,1H),3.20(m,1H),3.08(m,1H),1.56-1.52(m,2H),1.33(d,J=6.5Hz,3H),1.05(s,9H),0.77(t,J=7.35Hz,3H),0.42(s,9H),-0.35(s,3H),-0.51(s,3H)。13CNMR(125MHz,DMSO-d6):δ166.0,166.0,165.7,161.3[d,J(P,C)=7.5Hz],158.6,152.4,151.9,151.8,151.7,151.2,151.1,150.9,145.1,144.3,144.0,135.9,135.9,135.7,135.5,133.8,132.9,132.7,132.6,130.8,130.7,130.2,130.1,129.0,128.9,128.9,128.5,128.4,128.2,128.0,127.1,126.5,126.3,113.6,113.6,109.8,107.1,93.4,91.9,87.6,87.4,87.1,86.3,82.5,81.6[d,J(P,C)=8.3Hz],78.4,78.4,72.3[d,J(P,C)=7.4Hz],71.4[d,J(P,C)=15.9Hz],69.6,68.3,63.2,55.5,27.2,25.5,22.3[d,J(P,C)=3.9Hz],19.4,17.7,10.6,-4.8,-5.3。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ67.43。19F NMR(470MHz,DMSO-d6):δ-201.7。
6.14.F-C-3’-OH
i)向烧瓶中加入(R,Rp)-FPPSPr(0.42,0.88mmol)和N-{9-[(2R,3R,4R,5R)-4-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-3-氟-5-(羟甲基)氧戊环-2-基]-9H-嘌呤-6-基}苯甲酰胺(0.5g,0.80mmol)。在将混合物通过蒸发5mL的吡啶干燥后,加入吡啶(1.5mL),随后添加DMOCP(0.39g,2.1mmol)。在23℃下1h后,加入水(0.05mL)以淬灭反应。添加DBU(0.5mL)。在30min后,将混合物用4mL的2M KHSO4和5mL的水和5mL的EtOAc稀释。将有机层用4mL的2MKHSO4和5mL的水洗涤。在浓缩后,以定量产率分离出0.7g的粗产物,并且将其直接用于下一步骤。
ii)将(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-4-氟氧戊环-2-基]甲氧基}[(1R)-1-(4-丙氧基吡啶-2-基)乙氧基]硫烷亚基次亚膦酸(0.70g,0.804mmol)和C-3’-OH(0.531g,0.804mmol)加入干燥的烧瓶中。在将混合物通过在低于40℃下在真空下蒸发吡啶(2X 10mL)干燥后,添加吡啶(1.75mL),随后添加DMOCP(0.371g,2.0mmol,2.5eq)。在23℃下2h后,将反应用水淬灭。将产物用EtOAc萃取,并且用2M KHSO4洗涤,然后用水洗涤。将有机层浓缩,并且获得粗产物,dr为98.9:1.1且溶液产率为90%。通过在硅胶柱上用在己烷中的0-100%EtOAc纯化获得分析纯的样品。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.27(bs,2H),8.57(s,1H),8.53(s,1H),8.24(d,J=6.35Hz,1H),8.18(bs,1H),8.07-8.04(m,4H),7.75-7.73(m,4H),7.70-7.66(m,3H),7.60-7.47(m,10H),7.40-7.39(m,2H),7.34-7.31(m,2H),7.27-7.26(m,5H),7.18(bs,1H),6.90(d,J=7.7Hz,4H),6.86(bs,2H),6.45(d,J=19.95Hz,1H),5.90(d,J=4.35Hz,1H),5.48(m,0.5H),5.41-5.35(m,1.5H),5.12-5.06(m,1H),4.93-4.89(m,1H),4.44(t,J=4.25Hz,1h),4.37-4.34(m,2H),4.22(m,1H),4.03(m,1H),3.94(t,J=6.45Hz,2H),3.78(s,3H),3.78(s,3H),3.32-3.27(m,2H),1.71-1.67(m,2H),1.41(d,J=6.45Hz,3H),1.15(s,9H),0.94(t,J=7.35Hz,3H),0.74(s,9H),0.00(s,3H),-0.08(s,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ167.8,166.0,165.6,163.8,161.0,[d,J(P,C)=6.66Hz],158.7,158.7,154.8,151.8,151.7,151.1,150.8,144.6,144.2,135.9,135.8,135.5,135.2,133.8,133.5,133.3,132.9,132.7,132.5,130.8,130.7,130.2,130.2,129.0,129.0,128.5,128.4,128.3,128.2,127.4,126.3,113.7,109.7,107.3,97.0,92.6[d,J(F,C)=187.9Hz],89.6,87.3[d,J(P,C)=35.4Hz],86.8,81.6,81.5,79.1,78.3[d,J(P,C)=4.56Hz],76.2,74.5,71.3[d,J(P,C)=15.7Hz],69.6,68.2,62.4,55.5,55.4,27.1,25.8,22.1,22.0,19.3,18.0,10.6,-4.7,-5.0。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ67.32。19F NMR(470MHz,DMSO-d6):δ-200.88。
6.15.F-G-3’-OH
i)向烧瓶中加入(R,Rp)-FPPSPr(0.42,0.88mmol)和N-{9-[(2R,3R,4R,5R)-4-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-3-氟-5-(羟甲基)氧戊环-2-基]-9H-嘌呤-6-基}苯甲酰胺(0.5g,0.80mmol)。在将混合物通过蒸发5mL的吡啶干燥后,加入吡啶(1.5mL),随后添加DMOCP(0.39g,2.1mmol)。在23℃下1h后,加入水(0.05mL)以淬灭反应。添加DBU(0.5mL)。在30min后,将混合物用4mL的2M KHSO4和5mL的水和5mL的EtOAc稀释。将有机层用4mL的2MKHSO4和5mL的水洗涤。在浓缩后,以定量产率分离出0.7g的粗产物,并且将其直接用于下一步骤。
ii)将(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-4-氟氧戊环-2-基]甲氧基}[(1R)-1-(4-丙氧基吡啶-2-基)乙氧基]硫烷亚基次亚膦酸(0.7g,0.804mmol)和G-3’-OH(0.619g,0.804mmol)加入干燥的烧瓶中。在将混合物通过在低于40℃下在真空下蒸发吡啶(2x10mL)干燥后,添加吡啶(1.75mL),随后添加DMOCP(0.371g,2.0mmol)。在23℃下2h后,将反应用水淬灭。将产物用EtOAc萃取,并且用2M KHSO4洗涤,然后用水洗涤。将有机层浓缩,并且获得粗产物,dr为98:2且溶液产率为85%。通过在硅胶柱上用在己烷中的0-100%EtOAc纯化获得分析纯的样品。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ12.30(s,1H),11.85(s,1H),11.43(s,1H),8.81(s,1H),8.69(s,1H),8.51(d,J=5.70Hz,1H),8.25-8.24(m,3H),7.95-7.93(m,4H),7.87(t,J=7.40Hz,1H),7.78-7.67(m,8H),7.56-7.55(m,2H),7.50-7.42(m,7H),7.12(m,1H),7.09-7.06(m,5H),6.69(d,J=20.35Hz,1H),6.03(d,J=7.9Hz,1H),5.68-5.58(m,2H),5.36-5.31(m,1H),5.13(m,1H),4.99(m,1H),4.58(m,2H),4.39(m,1H),4.15-4.12(m,3H),3.97(s,6H),3.40(m,2H),2.92(m,1H),1.87-1.83(m,2H),1.74(d,J=6.5Hz,3H),1.35(s,9H),1.33-1.30(m,6H),1.09(t,J=7.40Hz,3H),0.71(s,9H),-0.03(s,3H),-0.14(s,3H)。13CNMR(126MHz,DMSO-d6):δ180.5,165.9,165.7,160.9[d,J(P,C)=7.0Hz],158.7,158.7,155.1,151.7,151.7,151.1,151.0,149.6,149.0,145.0,144.4,136.7,135.9,135.8,135.5,135.4,133.7,132.9,132.6,132.5,130.8,130.8,128.9,128.9,128.6,128.4,128.3,128.0,127.3,126.3,120.4,113.6,109.9,107.6,92.8[d,J(F,C)=187.2Hz],87.5[d,J(P,C)=35.2Hz],86.4,85.2,83.0,81.7[d,J(P,C)=8.9Hz],78.8[d,J(P,C)=5.1Hz],78.5[d,J(P,C)=4.6Hz],74.6[d,J(P,C)=7.3Hz],71.5[d,J(P,C)=15.7Hz],69.6,68.9,63.6,55.5,55.5,35.3,27.1,25.7,25.4,22.3[d,J(P,C)=4.3Hz],22.1,21.2,19.3,17.7,10.5,-4.9,-5.5。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ67.96。19F NMR(470MHz,DMSO-d6):δ-201.2。
6.16.F-U-3’-OH
i)向烧瓶中加入(R,Rp)-FPPSPr(0.42,0.88mmol)和N-{9-[(2R,3R,4R,5R)-4-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-3-氟-5-(羟甲基)氧戊环-2-基]-9H-嘌呤-6-基}苯甲酰胺(0.5g,0.80mmol)。在将混合物通过蒸发5mL的吡啶干燥后,加入吡啶(1.5mL),随后添加DMOCP(0.39g,2.1mmol)。在23℃下1h后,加入水(0.05mL)以淬灭反应。添加DBU(0.5mL)。在30min后,将混合物用4mL的2M KHSO4和5mL的水和5mL的EtOAc稀释。将有机层用4mL的2MKHSO4和5mL的水洗涤。在浓缩后,以定量产率分离出0.7g的粗产物,并且将其直接用于下一步骤。
ii)将(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-4-氟氧戊环-2-基]甲氧基}[(1R)-1-(4-丙氧基吡啶-2-基)乙氧基]硫烷亚基次亚膦酸(0.7g,0.804mmol)和U-3’-OH(0.531g,0.804mmol)加入干燥的烧瓶中。在将混合物通过在低于40℃下在真空下蒸发吡啶(2x10mL)干燥后,添加吡啶(1.75mL),随后添加DMOCP(0.371g,2.0mmol,2.5eq)。在23℃下2h后,将反应用水淬灭。将产物用EtOAc萃取,并且用2M KHSO4洗涤,然后用水洗涤。将有机层浓缩,并且获得粗产物,dr为96.4:1.4且溶液产率为87%。通过在硅胶柱上用在己烷中的0-100%EtOAc纯化获得分析纯的样品。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.58(s,1H),11.29(s,1H),8.64(s,1H),8.59(s,1H),8.31(d,J=5.15Hz,1H),8.12(d,J=7.45Hz,2H),7.83-7.80(m,4H),7.76(t,J=7.35Hz,1H),7.67-7.64(m,3H),7.63-7.55(m,6H),7.42-7.37(m,4H),7.33(m,1H),7.28-7.27(m,4H),6.97-6.92(m,6H),6.52(d,J=20Hz,1H),5.91(d,J=6.7Hz,1H),5.58-5.45(m,3H),5.17(m,1H),4.98(m,1H),4.51-4.40(m,3H),4.29-4.08(m,2H),3.99(t,J=6.25Hz,2H),3.84(bs,6H),3.19(m,2H),1.78-1.71(m,2H),1.43(d,J=6.25Hz,1H),1.23(s,9H),1.00(t,J=7.30Hz,3H),0.79(s,9H),0.02(s,3H),0.00(s,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ166.0,165.6,163.1,161.1[d,J(P,C)=6.94Hz)],158.7,158.7,151.8,151.7,151.0,150.9,150.8,144.7,144.2,139.9,135.9,135.8,135.3,135.0,133.8,132.9,132.7,132.5,130.8,130.7,130.1,128.9,128.9,120.5,120.4,120.4,127.9,127.3,126.3,113.7,113.7,109.8,107.3,102.8,92.5[d,J(F,C)=186.8Hz)],87.2,86.8,82.1,81.4[d,J(P,C)=9.24Hz)],78.4[d,J(P,C)=4.59Hz)],77.5,73.5[d,J(P,C)=6.19Hz)],71.3[d,J(P,C)=15.4Hz)],69.6,68.0,63.1,55.5,55.5,27.2,25.9,25.7,22.1,19.3,17.9,10.6,-4.77,-5.06。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ67.66。19F NMR(470MHz,DMSO-d6):δ-201.5。
6.17.F-A-2’-OH
i)向烧瓶中加入(R,Rp)-FPPSPr(0.42,0.88mmol)和N-{9-[(2R,3R,4R,5R)-4-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-3-氟-5-(羟甲基)氧戊环-2-基]-9H-嘌呤-6-基}苯甲酰胺(0.5g,0.80mmol)。在将混合物通过蒸发5mL的吡啶干燥后,加入吡啶(1.5mL),随后添加DMOCP(0.39g,2.1mmol)。在23℃下1h后,加入水(0.05mL)以淬灭反应。添加DBU(0.5mL)。在30min后,将混合物用4mL的2M KHSO4和5mL的水和5mL的EtOAc稀释。将有机层用4mL的2MKHSO4和5mL的水洗涤。在浓缩后,以定量产率分离出0.7g的粗产物,并且将其直接用于下一步骤。
ii)将(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-4-氟氧戊环-2-基]甲氧基}[(1R)-1-(4-丙氧基吡啶-2-基)乙氧基]硫烷亚基次亚膦酸(0.7g,0.804mmol)和(2R,3S,4R,5R)-5-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-2-{[双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-4-羟基氧戊环-3-基苯甲酸酯(0.656g,0.844mmol)加入干燥的烧瓶中。在将混合物通过在低于40℃下在真空下蒸发吡啶(2x10mL)干燥后,添加吡啶(1.75mL),随后添加DMOCP(0.371g,2.0mmol,2.5eq)。在23℃下2h后,将反应用水淬灭。将产物用EtOAc萃取,并且用2M KHSO4洗涤,然后用水洗涤。将有机层浓缩,并且获得粗产物,dr为96.8:3.2且溶液产率为85%。通过在硅胶柱上用在己烷中的0-100%EtOAc纯化获得分析纯的样品。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.24(s,1H),11.18(s,1H),8.61(s,1H),8.53(s,1H),8.49(s,1H),8.47(s,1H),8.17(d,J=5.75Hz,1H),8.07-8.03(m,4H),7.90(d,J=7.35Hz,2H),7.66-7.62(m,7H),7.56-7.52(m,4H),7.47-7.36(m,10H),7.25-7.14(m,7H),6.82-6.76(m,6H),6.44(m,1H),6.29(d,J=19.2Hz,1H),6.09(m,1H),5.98(m,1H),5.31-5.20(m,2H),4.88(m,1H),4.46(m,1H),4.20-4.14(m,3H),3.94-3.84(m,3H),3.68(s,6H),3.43-3.35(m,2H),1.69-1.65(m,2H),1.06(s,9H),0.91(t,J=7.35Hz,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ164.0,163.9,163.5,163.0,158.9[d,J(P,C)=6.84Hz],156.4,150.1,150.0,149.8,149.6,149.0,148.8,148.5,142.9,141.9,141.7,133.7,133.6,133.6,133.5,132.0,131.7,131.6,130.8,130.8,130.5,130.4,128.6,128.5,128.1,128.0,127.7,127.1,126.9,126.9,126.8,126.3,126.2,126.1,126.0,125.0,124.1,124.1,111.5,107.7,104.7,90.2[d,J(F,C)=188.4Hz],85.0[d,J(P,C)=11.5Hz],84.7,84.2,79.3[d,J(P,C)=5.0Hz],79.0,76.4[d,J(P,C)=5.0Hz],74.1,69.3[d,J(P,C)=4.8Hz],69.0[d,J(P,C)=15.7Hz],67.4,65.7,60.7,53.3,53.3,25.0,25.0,20.0,20.0,17.2,8.5。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ66.76。19F NMR(470MHz,DMSO-d6):δ-201.5。
F-A-2-OH-DTBS
1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.21(bs,2H),8.62(s,1H),8.55(s,1H),8.49(s,1H),8.48(s,1H),8.21(d,J=5.70Hz,1H),8.05(d,J=7.45Hz,2H),8.01(d,J=7.50Hz,2H),7.68-7.67(m,4H),7.64-7.61(m,2H),7.56-7.51(m,4H),7.49-7.41(m,6H),6.86(d,J=2.1Hz,1H),6.80(m,1H),6.34(d,J=19.55Hz,1H),6.24(s,1H),5.44-5.35(m,2.5H),5.28(m,0.5H),4.93(m,1H),4.33-4.30(m,3H),4.12(m,1H),3.94-3.91(m,3H),3.84(m,1H),1.71-1.67(m,2H),1.36(d,J=6.45Hz,3H),1.08(s,9H),0.99(s,9H),0.92(t,J=7.35Hz,3H),0.83(s,9H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ166.2,166.1,165.7,161.1[d,J(P,C)=6.74Hz],152.2,151.8,151.8,151.6,151.1,151.0,150.8,144.0,143.9,135.8,135.8,133.7,132.0,132.9,130.8,130.7,129.0,128.9,128.9,128.5,128.4,126.1,126.0,109.3,107.4,92.4[d,J(F,C)=188.4Hz],88.7,87.0[d,J(P,C)=34.63Hz],81.7[d,J(P,C)=8.35Hz],78.5[d,J(P,C)=5.6Hz],78.4[d,J(P,C)=5.6Hz],74.6,74.6,71.3[d,J(P,C)=15.67Hz],69.6,67.9,67.0,27.5,27.1,27.1,22.6,22.4,22.3,22.1,20.2,19.3,10.7。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ65.76。19F NMR(470MHz,DMSO-d6):δ-201.5。
6.18.F-C-2’-OH
i)向烧瓶中加入(R,Rp)-FPPSPr(0.42,0.88mmol)和N-{9-[(2R,3R,4R,5R)-4-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-3-氟-5-(羟甲基)氧戊环-2-基]-9H-嘌呤-6-基}苯甲酰胺(0.5g,0.80mmol)。在将混合物通过蒸发5mL的吡啶干燥后,加入吡啶(1.5mL),随后添加DMOCP(0.39g,2.1mmol)。在23℃下1h后,加入水(0.05mL)以淬灭反应。添加DBU(0.5mL)。在30min后,将混合物用4mL的2M KHSO4和5mL的水和5mL的EtOAc稀释。将有机层用4mL的2MKHSO4和5mL的水洗涤。在浓缩后,以定量产率分离出0.7g的粗产物,并且将其直接用于下一步骤。
ii)将(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-4-氟氧戊环-2-基]甲氧基}[(1R)-1-(4-丙氧基吡啶-2-基)乙氧基]硫烷亚基次亚膦酸(0.7g,0.804mmol)和(2R,3S,4R,5R)-5-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-2-{[双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-4-羟基氧戊环-3-基苯甲酸酯(0.606g,0.804mmol)加入干燥的烧瓶中。在将混合物通过在低于40℃下在真空下蒸发吡啶(2x10mL)干燥后,添加吡啶(1.75mL),随后添加DMOCP(0.371g,2.0mmol,2.5eq)。在23℃下2h后,将反应用水淬灭。将产物用EtOAc萃取,并且用2M KHSO4洗涤,然后用水洗涤。将有机层浓缩,并且获得粗产物,dr为97.1:2.9且溶液产率为86%。通过在硅胶柱上用在己烷中的0-100%EtOAc纯化获得分析纯的样品。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.37(s,1H),11.18(s,1H),8.52(s,1H),8.51(s,1H),8.25(s,1H),8.24(s,1H),8.03(d,J=7.70Hz,4H),7.85(d,J=7.35Hz,2H),7.69-7.61(m,7H),7.54-7.51(m,4H),7.46-7.35(m,10H),7.30-7.17(m,8H),6.89(d,J=2.2Hz,1H),6.85-6.80(m,5H),6.39(dd,J=1.95,18.75Hz,1H),5.99(d,J=2.5Hz,1H),5.70(m,1H),5.47(m,1H),5.39(m,0.5H),5.31-5.28(m,1.5H),4.95(m,1H),4.39-4.30(m,3H),4.12(m,1H),3.97-3.90(m,2H),3.68(s,6H),3.40(m,2H),1.68-1.64(m,2H),1.17(t,J=7.15Hz,3H),1.08(s,9H),0.89(t,J=7.35Hz,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ167.9,166.0,165.7,165.1,164.3,161.3[d,J(P,C)=6.83Hz],158.6,158.6,154.6,151.9,151.8,151.0,150.7,146.6,144.7,143.8,135.8,135.8,135.5,135.5,134.1,133.8,133.5,133.3,132.9,132.7,132.6,130.7,130.6,130.1,130.1,129.9,129.8,129.2,129.1,129.0,128.9,128.9,128.4,128.4,128.1,127.3,126.2,113.7,109.8,106.8,97.2,93.0,91.5,86.9,86.7,81.5[d,J(P,C)=7.84Hz],80.4,78.3[d,J(P,C)=4.74Hz],77.5,71.2[d,J(P,C)=15.16Hz],70.5,69.6,67.6,64.5,55.4,27.1,22.2,22,1[d,J(P,C)=4.11Hz],19.3,10.6。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ66.76。19F NMR(470MHz,DMSO-d6):δ-201.5。
6.19.F-G-2’-OH
i)向烧瓶中加入(R,Rp)-FPPSPr(0.42,0.88mmol)和N-{9-[(2R,3R,4R,5R)-4-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-3-氟-5-(羟甲基)氧戊环-2-基]-9H-嘌呤-6-基}苯甲酰胺(0.5g,0.80mmol)。在将混合物通过蒸发5mL的吡啶干燥后,加入吡啶(1.5mL),随后添加DMOCP(0.39g,2.1mmol)。在23℃下1h后,加入水(0.05mL)以淬灭反应。添加DBU(0.5mL)。在30min后,将混合物用4mL的2M KHSO4和5mL的水和5mL的EtOAc稀释。将有机层用4mL的2MKHSO4和5mL的水洗涤。在浓缩后,以定量产率分离出0.7g的粗产物,并且将其直接用于下一步骤。
ii)将(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-4-氟氧戊环-2-基]甲氧基}[(1R)-1-(4-丙氧基吡啶-2-基)乙氧基]硫烷亚基次亚膦酸(0.25g,0.287mmol)和G-2’-OH(0.218g,0.287mmol)加入干燥的烧瓶中。在将混合物通过在低于40℃下在真空下蒸发吡啶(2x10mL)干燥后,添加吡啶(1.75mL),随后添加DMOCP(0.132g,0.718mmol,2.5eq)。在23℃下2h后,将反应用水淬灭。将产物用EtOAc萃取,并且用2M KHSO4洗涤,然后用水洗涤。将有机层浓缩,并且获得粗产物,dr为97.7:2.3且溶液产率为82%。通过在硅胶柱上用在己烷中的0-100%EtOAc纯化获得分析纯的样品。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ8.44(s,1H),8.43(s,1H),8.16(d,J=5.60Hz,1H),8.05(d,J=7.35Hz,2H),8.01(s,1H),7.86(d,J=7.40Hz,2H),7.66-7.63(m,6H),7.54(t,J=7.70Hz,2H),7.46-7.38(m,8H),7.35(d,J=6.50Hz,2H),7.29-7.15(m,7H),6.86-6.78(m,2H),6.76-6.74(m,2H),6.27(d,J=18.7Hz,1H),6.19(d,J=5.60Hz,1H),5.80(m,1H),5.72(m,1H),5.30-5.25(m,1.5H),5.18(m,0.5H),4.93-4.87(m,1H),4.41(m,1H),4.23-4.19(m,2H),3.91-3.84(m,3H),3.69(s,6H),3.49(m,1H),3.33(m,1H),2.68(m,1H),1.67-1.62(m,2H),1.18(d,J=6.45Hz,3H),1.08-1.05(m,15H),0.89(t,J=7.40Hz,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ178.5,164.0,163.5,162.9,158.8[d,J(P,C)=7.25Hz],156.5,156.5,154.4,150.0,149.4,149.1,148.5,147.6,142.9,141.7,135.2,133.7,133.6,132.0,131.9,130.6,130.4,128.6,128.5,128.1,128.0,127.6,127.1,127.0,126.9,126.8,126.2,126.1,126.0,125.1,124.1,118.6,111.5,107.6,104.7,90.3[d,J(F,C)=187.75Hz],84.9[d,J(P,C)=34.6Hz],84.3,83.5,79.9,79.2[d,J(P,C)=7.94Hz],76.4[d,J(P,C)=4.8Hz],74.6,70.0,69.0[d,J(P,C)=15.5Hz],67.4,65.8,61.8,53.3,33.3,25.0,20.0,17.4,17.3,17.2。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ66.76。19F NMR(470MHz,DMSO-d6):δ-201.04。
6.20.F-U-2’-OH
i)向烧瓶中加入(R,Rp)-FPPSPr(0.42,0.88mmol)和N-{9-[(2R,3R,4R,5R)-4-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-3-氟-5-(羟甲基)氧戊环-2-基]-9H-嘌呤-6-基}苯甲酰胺(0.5g,0.80mmol)。在将混合物通过蒸发5mL的吡啶干燥后,加入吡啶(1.5mL),随后添加DMOCP(0.39g,2.1mmol)。在23℃下1h后,加入水(0.05mL)以淬灭反应。添加DBU(0.5mL)。在30min后,将混合物用4mL的2M KHSO4和5mL的水和5mL的EtOAc稀释。将有机层用4mL的2MKHSO4和5mL的水洗涤。在浓缩后,以定量产率分离出0.7g的粗产物,并且将其直接用于下一步骤。
ii)将(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-4-氟氧戊环-2-基]甲氧基}[(1R)-1-(4-丙氧基吡啶-2-基)乙氧基]硫烷亚基次亚膦酸(0.7g,0.804mmol)和(2R,3S,4R,5R)-5-(6-苯甲酰胺基-9H-嘌呤-9-基)-2-{[双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-4-羟基氧戊环-3-基苯甲酸酯(0.656g,0.844mmol,1.05eq.)加入干燥的烧瓶中。在将混合物通过在低于40℃下在真空下蒸发吡啶(2x10mL)干燥后,加入吡啶(1.75mL),随后添加DMOCP(0.37g,2.0mmol,2.5eq)。在23℃下2h后,将反应用水淬灭。将产物用EtOAc萃取并且依序用2M KHSO4和水洗涤。将有机层浓缩,并且获得粗产物,dr为97.1:2.9且溶液产率为87%。通过在硅胶柱上用在己烷中的0-100%EtOAc纯化获得分析纯的样品。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.49(s,1H),11.17(s,1H),8.47(bs,2H),8.20(d,J=5.35Hz,1H),8.02(d,J=7.40Hz,2H),7.83(d,J=7.55Hz,2H),7.68-7.60(m,7H),7.54(t,J=7.30Hz,2H),7.47-7.39(m,8H),7.34-7.33(m,2H),7.25-7.17(m,7H),6.84-6.82(m,5H),6.79(d,J=5.30Hz,1H),6.35(d,J=19.4Hz,1H),5.96(d,J=3.4Hz,1H),5.60(m,1H),5.45-5.39(m,2H),5.34-5.24(m,2H),4.96-4.92(m,1H),4.30-4.23(m,3H),4.08-4.01(m,1H),3.93-3.89(m,2H),3.69(s,6H),3.38-3.29(m,2H),1.69-1.65(m,2H),1.18(d,J=6.30Hz,3H),1.08(s,9H),0.91(t,J=7.25Hz,3H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):δ166.0,165.7,165.0,163.3,161.1[d,J(P,C)=7.24Hz)],158.6,158.6,151.9,151.7,151.0,150.7,150.6,144.9,144.0,141.7,135.8,135.8,135.5,135.4,134.1,133.8,132.9,132.7,132.6,130.7,130.7,130.2,130.1,129.8,129.1,129.0,129.0,128.9,128.5,128.4,128.3,128.1,127.3,126.2,113.7,109.8,106.7,102.7,92.3[d,J(F,C)=188.2Hz)],89.9,87.0[d,J(P,C)=34.19Hz)],86.6,81.3[d,J(P,C)=9.55Hz)],80.7,78.4[d,J(P,C)=4.66Hz)],76.6,71.2,71.1,69.6,67.6,63.1,55.5,55.5,27.1,22.1,22.1,22.1,21.2,19.3,10.7。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ67.07。19F NMR(470MHz,DMSO-d6):δ-201.4。
实施例7
四聚体的合成
步骤1:dC-dG-P(V)的合成
向干燥的烧瓶中加入没有DMTr的dC-dG(350mg,0.305mmol)、FPPSPr(145.9mg,0.317mmol)和吡啶(1.05mL)。然后,添加氯磷酸二异丙酯(157.6mg,0.762mmol,2.5eq)。在23℃下2h后,添加水(0.035mL)。在10min后,添加DBU(0.35mL)。在10min后,将产物用EtOAc萃取,然后用2M KHSO4洗涤。分离出粗产物,dr为94:6,并且将其直接用于下一步骤。通过在硅胶上用在CH2Cl2中的0-10%MeOH纯化获得分析样品。
步骤2:dC-dG-dT-dA的合成
向干燥的烧瓶中加入dC-dG-P(V)(0.1g,0.071mmol)和没有TBDPS的dA-dT(0.081g,0.071mmol)。将混合物通过与吡啶共蒸发来干燥。在加入吡啶(0.25mL)后,添加DMOCP(0.033g,0.178mmol)。在23℃下2h后,反应得到完全转化。将产物用EtOAc萃取,然后用2M KHSO4洗涤。将粗产物在C18反向柱上用在水中的0-100%MeOH纯化并分离,产率为87%。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ12.06(s,1H),11.54(s,1H),11.33(s,1H),11.27(s,1H),11.19(s,1H),8.56(s,1H),8.54(s,1H),8.29(d,J=4.8Hz,1H),8.25(d,J=4.75Hz,1H),8.22(d,J=4.70Hz,1H),8.11(d,J=6.1Hz,1H),8.04(d,J=6.25Hz,2H),7.99(s,1H),7.98(d,J=7.3Hz,2H),7.65-7.53(m,8H),7.50-7.42(m,8H),7.37-7.32(m,3H),7.28(s,1H),7.21-7.18(m,6H),7.15(m,1H),6.94(d,J=1.9Hz,1H),6.91(d,J=1.9Hz,1H),6.86(d,J=1.9Hz,1H),6.82-6.76(m,7H),6.46(t,J=5.8Hz,1H),6.31(m,1H),6.12-6.08(m,2H),5.54-5.51(m,2H),5.43-5.40(m,2H),5.06(m,1H),4.96(m,1H),4.39(bs,1H),4.32-4.28(m,2H),4.27-4.24(m,2H),4.17-4.12(m,2H),4.09(bs,2H),3.93-3.84(m,8H),3.69(s,3H),3.68(s,3H),3.29-3.24(m,5H),2.76(m,1H),2.63(m,1H),2.55(m,1H),2.31(m,1H),2.25(m,1H),2.08(m,1H),1.67-1.61(m,9H),1.56-1.51(m,9H),1.28-1.19(m,4H),1.11(d,J=5.7Hz,6H),1.03(s,9H),0.91-0.84(m,9H)。13C NMR(125MHz,DMSO-d6):由于NMR复杂,没有收集到数据。31P NMR(202MHz,DMSO-d6):δ65.65,65.62。
Claims (21)
1.一种式(I)的化合物
其中
n是0、1、2、3、4、5或6;
每个X选自:
键;
任选地被卤素、-CN、C1-3烷基或-O-C1-3烷基取代的-(CH2)m-;
O;
NRN;和
S;
其中m是1、2、3或4,并且
其中RN是H或C1-3烷基;
R1选自H、C1-6烷基、C3-6环烷基、-CH2-C3-10环烷基、芳基、-CH2-芳基和杂芳基,
其中每个芳基和杂芳基任选地被1-3个选自卤素、-CN、C1-3烷基和-O-C1-3烷基的取代基取代;
R2选自C1-4烷基、-C(O)OR6和芳基,
其中R2的每个烷基任选地被卤素、氰基或三甲基甲硅烷基取代,并且
其中R6选自C1-4烷基;
R3选自H、C1-6烷基、C3-6环烷基、-CH2-C3-10环烷基、芳基、-CH2-芳基和杂芳基,
其中每个芳基和杂芳基任选地被1-3个选自卤素、-CN、C1-3烷基和-O-C1-3烷基的取代基取代;并且
R4和R5彼此独立地各自选自H、C1-6烷基、C3-6环烷基、-CH2-C3-10环烷基、芳基、-CH2-芳基和杂芳基,
其中每个芳基和杂芳基任选地被1-3个选自卤素、-CN、C1-3烷基和-O-C1-3烷基的取代基取代;
或其互变异构体、立体异构体或盐。
2.根据权利要求1所述的式(I)的化合物,其中
n是0或1;
X选自键、O、NH、NCH3和S;
R1选自H、C1-4烷基、-CH2-C3-6环烷基和-CH2-苯基,
其中所述苯基任选地被1至3个选自卤素、-CN、CH3和-O-CH3的取代基取代;
R2选自任选地被一个或多个F或者被一个选自Cl、Br、氰基和三甲基甲硅烷基的取代基取代的C1-4烷基;
R3选自H和C1-3烷基;
R4选自H和C1-3烷基;并且
R5选自H和C1-3烷基;
或其互变异构体、立体异构体或盐。
3.根据权利要求2所述的式(I)的化合物,其中
n是0或1;
X选自键、O、NH和S;
R1选自H和C1-4烷基;
R2选自任选地被一个或多个F取代的C1-3烷基;
R3选自H和C1-3烷基;
R4选自H和C1-3烷基;并且
R5选自H和C1-3烷基;
或其对映异构体、非对映异构体或盐。
4.根据权利要求3所述的式(I)的化合物,其中
n是0;
X选自键和O;
R1选自H和C1-4烷基;
R2选自任选地被一至三个F取代的C1-2烷基;
R3选自H;
R4选自H;并且
R5选自H;
或其对映异构体、非对映异构体或盐。
5.根据权利要求4所述的式(I)的化合物,其中
n是0;
X选自键和O;
R1选自H和C1-4烷基;
R2选自C1-2烷基;
R3选自H;
R4选自H;并且
R5选自H;
或其对映异构体、非对映异构体或盐。
6.根据权利要求5所述的式(I)的化合物,其中
n是0;
X选自键和O;
R1选自H和C1-4烷基;
R2选自CH3;
R3选自H;
R4选自H;并且
R5选自H;
或其对映异构体、非对映异构体或盐。
7.根据权利要求1所述的化合物,所述化合物具有下式:
其中
X是O;
R1选自H和C1-4烷基;
R2是CH3;并且
R3是H;
或其对映异构体、非对映异构体或盐。
8.根据权利要求7所述的式(I.2)的化合物,
其中
X是O;
R1是C1-3烷基;R2是CH3;并且
R3是H;
或其对映异构体、非对映异构体或盐。
9.根据权利要求7或8中任一项所述的化合物,所述化合物具有下式I.2a或I.2b中所示的结构和立体化学:
10.根据权利要求1所述的化合物,所述化合物选自:
11.根据权利要求1至10中任一项所述的化合物用于制备手性硫代磷酸酯的用途。
12.根据权利要求11所述的用途,其中所述手性硫代磷酸酯是二聚体。
13.根据权利要求11所述的用途,其中所述手性硫代磷酸酯是四聚体。
14.一种用于制备手性硫代磷酸酯的方法,其特征在于将根据权利要求1至10中任一项所述的化合物用作合成子。
15.根据权利要求14所述的用于制备手性硫代磷酸脂的方法,其特征在于
a)在活化剂的存在下,使第一个核苷与根据权利要求1至10中任一项所述的化合物偶联;
b)将芴基甲基从步骤a)得到的产物中除去,
c)使从步骤b)得到的产物与第二个核苷偶联,
d)将1(-2-吡啶基)乙基从步骤c)得到的产物中除去,这得到所述手性硫代磷酸酯。
16.根据权利要求15所述的方法,其中在活化剂的存在下使用根据权利要求10所述的化合物。
17.根据权利要求15或16所述的方法,其中在步骤a)中,将DMOCP用作活化剂。
18.根据权利要求15至17中任一项所述的方法,其中在步骤b)中,使用碱来除去芴基甲基。
19.根据权利要求18所述的方法,其中所述碱选自DBU、TMG、t-BuNH2和三烷基胺。
20.根据权利要求15至19中任一项所述的方法,其中在步骤c)中,将DMOCP用作活化剂。
21.根据权利要求15至20中任一项所述的方法,其中将1(-2-吡啶基)乙基在氢化条件下除去。
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