CN1303211C - 用于dna计算芯片的寡核苷酸序列 - Google Patents
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- CN1303211C CN1303211C CN 200510023458 CN200510023458A CN1303211C CN 1303211 C CN1303211 C CN 1303211C CN 200510023458 CN200510023458 CN 200510023458 CN 200510023458 A CN200510023458 A CN 200510023458A CN 1303211 C CN1303211 C CN 1303211C
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Abstract
本发明公开一组用于DNA芯片计算的寡核苷酸序列。该组序列中每条序列的长度为12碱基，满足以下约束条件，生成22条母序列：每条序列G+C含量均为50%；任一序列A与任一其他序列B之间比对得分不超过4，其中：A、B不同；任一序列A与任一序列B的完全互补序列之间的比对得分不超过4，其中：A、B不同，或者A、B相同；应用于光导原位合成法制作芯片，或者应用于点样法制作芯片。这些序列杂交稳定性好，无错配，杂交信号强，可用于计算多种NP问题，具有通用性。
Description
技术领域
本发明涉及的是一种基因技术领域的寡核苷酸序列，特别是一种用于DNA计算芯片的寡核苷酸序列。
背景技术
DNA计算是近年来发展起来的一个新领域。1994年Adleman(Science，1994，266：1021-1024)首次以DNA序列作为信息载体，在试管中利用分子生物学试验技术解决了七顶点的Hamilton路径问题。之后许多学者提出了针对不同NP问题的多种的DNA计算模型，这些DNA计算均是在溶液体系中的计算。尽管在溶液中可以实现多种DNA计算，然而溶液中的反应也存在若干难以克服的问题，如中间产物分离困难、反应体系复杂、中间过程难以监控、反应的可重复性较差、与电子计算机难以实现杂合等，为了解决这些问题，需要发展基于表面的DNA计算，即将DNA序列固定在表面上，然后进行计算反应，如杂交、酶切等，最后输出计算结果。Frutns等在“核酸研究”杂志(Nucleic Acids Research，1997，25：4748-4757)发表了他们设计的一系列DNA表面计算用寡核苷酸序列。他们采用含8碱基的可变序列来代表不同的数据，该8碱基可变序列满足三个要求：(1)每条序列的G+C含量均在50％；(2)集合中任意两条序列A、B之间对应位置相同碱基个数不超过4个；(3)集合中任意一条序列A与任意一条序列B(A、B可以相同)的互补序列对应位置相同碱基个数不超过4个。在以上条件的限制下，从48＝65536个序列中一共筛选出了108种序列。这些序列被固定到固体表面，依据算法对这些序列进行杂交、酶切、解链或延伸等反应，最后输出计算结果。但是对于芯片表面的杂交反应而言，由于寡核苷酸序列杂交稳定性的要求，通常序列长度需要超过12碱基，低于这个长度，杂交稳定性差，信号弱。尽管Frutns等设计了108种序列，但这些序列的可变区长度只有8碱基，如果用于DNA芯片计算，则不能同时保证杂交稳定性和无杂交错配。需要对Frutns等的结果进行改进才能满足我们的DNA表面计算的要求。
发明内容
本发明的目的在于克服现有技术中的不足，提供一种用于DNA计算芯片的寡核苷酸序列。这些序列长度为12碱基，杂交稳定性好，无错配，能够满足芯片计算需要，用于计算多种NP问题，具有通用性。
本发明是通过以下技术方案实现的。本发明的寡核苷酸序列中每条序列的长度为12碱基，满足以下约束条件，生成22条母序列：
每条序列G+C含量均为50％；
任一序列A与任一其他序列B之间比对得分不超过4，其中：A、B不同；
任一序列A与任一序列B的完全互补序列之间的比对得分不超过4，其中：A、B不同，或者A、B相同；
应用于光导原位合成法制作芯片，或者应用于点样法制作芯片。
在Smith和Waterman提出的DNA序列局部比对方法(J.Mol.Biol.1981，147，195-197)基础上，对寡核苷酸序列进行不带空位的局部比对，用比对得分来代表两条序列之间的相似程度。针对长度为m的具体一序列，比对得分的计算原则为：进行的DNA序列不带空位的局部比对，用比对得分来代表两条序列之间的相似程度，配对得1分，错配得-2分，比对得分值限制在m/3-m/2，采用这种程序对用于DNA芯片计算的寡核苷酸序列进行筛选。
以下为筛选出的22条母序列：
01.tgaagcgcgtta 12.caaggacatacg
02.cagactagcctt 13.gtacagtccaac
03.aagacgggaaac 14.aatggggtagct
04.gcagtatccaca 15.acaccactaagc
05.aggaactgagct 16.agcttgtgtcgt
06.ctctgatcttcg 17.aggtcacttacc
07.acccaaatcgca 18.tcgctaaagggt
08.gatcacatgcgt 19.ctgactttctcc
09.gaacacgccata 20.tcggttatcgga
10.gcgtaaatgctg 21.ttctggtcgaac
11.actctcaactcc 22.ggtactactcac
母序列按以下方式扩展一倍：将母序列中的任一序列通过加入其完全互补序列，构成一对序列，则22条母序列扩展为22对，总序列个数变为44条，记为SEQID NO.1，用于DNA计算芯片。每对序列对应于NP问题中一个变量的0和1两种状态，则一共对应NP问题中的22个变量。
由于在本发明涉及的DNA计算芯片算法中，一个变量的两种状态不可能同时用于杂交计算反应，因此，即使这两种状态的对应寡核苷酸链完全互补，也不会对计算产生影响。22对序列如下，记为SEQ ID NO.1，其中01与02为一对序列，03与04为一对序列，依次类推，其中编号为奇数的序列分别对应于上述母序列，而编号为偶数的序列则为对应的奇数序列的完全互补序列：
01.tgaagcgcgtta 23.caaggacatacg
02.taacgcgcttca 24.cgtatgtccttg
03.cagactagcctt 25.gtacagtccaac
04.aaggctagtctg 26.gttggactgtac
05.aagacgggaaac 27.aatggggtagct
06.gtttcccgtctt 28.agctaccccatt
07.gcagtatccaca 29.acaccactaagc
08.tgtggatactgc 30.gcttagtggtgt
09.aggaactgagct 31.agcttgtgtcgt
10.agctcagttcct 32.acgacacaagct
11.ctctgattcgtc 33.aggtcacttacc
12.gacgaatcagag 34.ggtaagtgacct
13.acccaaatcgca 35.tcgctaaagggt
14.tgcgatttgggt 36.accctttagcga
15.gatcacatgcgt 37.ctgactttctcc
16.acgcatgtgatc 38.ggagaaagtcag
17.gaacacgccata 39.tcggttatcgga
18.tatggcgtgttc 40.tccgataaccga
19.gcgtaaatgctg 41.ttctggtcgaac
20.cagcatttacgc 42.gttcgaccagaa
21.actctcaactcc 43.ggtactactcac
22.ggagttgagagt 44.gtgagtagtacc
利用点样法制作芯片时，为了适合固定，在长12碱基可变序列的5’端加上连接臂，在连接臂末端再结合上与基底反应的活性集团。
本发明具有实质性特点和显著进步，本发明所述的22对寡核苷酸序列可用于22个变量的DNA芯片表面计算使用，杂交稳定性好，无错配情况发生，杂交信号强，适用于任何可采用DNA表面芯片计算的NP问题，具有很大的潜在应用价值。
具体实施方式
实施例1：
12碱基变量母序列(n＝22)配对测试结果(比对得分以矩阵排列表示)：
发明内容中约束条件(3)“任一序列A与任一其他序列B之间比对得分”测试结果，其中第一行和第一列均代表寡核苷酸序列的序号，表格内的数值代表比对得分(对角线的12表示序列与自身的比对得分)：
| 01 | 02 | 03 | 04 | 05 | 06 | 07 | 08 | 09 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | |
| 01 | 12 | 3 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 4 | 2 | 3 | 2 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 2 |
| 02 | 3 | 12 | 4 | 3 | 3 | 2 | 2 | 2 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | 4 | 2 | 2 | 4 |
| 03 | 3 | 4 | 12 | 2 | 4 | 2 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 2 |
| 04 | 2 | 3 | 2 | 12 | 2 | 2 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 4 | 2 | 3 | 2 | 3 | 4 | 2 | 3 |
| 05 | 3 | 3 | 4 | 2 | 12 | 4 | 2 | 2 | 4 | 3 | 4 | 4 | 3 | 4 | 4 | 4 | 3 | 3 | 4 | 3 | 4 | 3 |
| 06 | 3 | 2 | 2 | 2 | 4 | 12 | 3 | 3 | 2 | 3 | 4 | 2 | 3 | 2 | 2 | 4 | 3 | 3 | 4 | 3 | 4 | 3 |
| 07 | 3 | 2 | 3 | 3 | 2 | 3 | 12 | 3 | 3 | 4 | 3 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 2 | 4 | 3 | 2 |
| 08 | 4 | 2 | 2 | 4 | 2 | 3 | 3 | 12 | 3 | 4 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 2 | 2 | 3 | 2 | 4 |
| 09 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 2 | 3 | 3 | 12 | 2 | 3 | 4 | 3 | 2 | 4 | 2 | 3 | 3 | 2 | 2 | 4 | 3 |
| 10 | 4 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 2 | 12 | 2 | 2 | 3 | 4 | 3 | 3 | 2 | 4 | 3 | 2 | 3 | 3 |
| 11 | 2 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | 2 | 12 | 3 | 4 | 2 | 3 | 2 | 3 | 2 | 4 | 2 | 3 | 4 |
| 12 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 2 | 3 | 4 | 4 | 2 | 3 | 12 | 3 | 2 | 3 | 2 | 3 | 4 | 3 | 3 | 2 | 3 |
| 13 | 2 | 3 | 3 | 4 | 3 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 12 | 3 | 3 | 3 | 3 | 2 | 3 | 2 | 4 | 4 |
| 14 | 3 | 4 | 3 | 3 | 4 | 2 | 3 | 3 | 2 | 4 | 2 | 2 | 3 | 12 | 3 | 4 | 3 | 4 | 2 | 3 | 3 | 4 |
| 15 | 4 | 4 | 3 | 4 | 4 | 2 | 3 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 12 | 3 | 4 | 4 | 3 | 2 | 2 | 4 |
| 16 | 3 | 3 | 2 | 2 | 4 | 4 | 3 | 3 | 2 | 3 | 2 | 2 | 3 | 4 | 3 | 12 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 2 |
| 17 | 3 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 12 | 3 | 4 | 3 | 4 | 4 |
| 18 | 3 | 3 | 3 | 2 | 3 | 3 | 4 | 2 | 3 | 4 | 2 | 4 | 2 | 4 | 4 | 3 | 3 | 12 | 2 | 3 | 3 | 3 |
| 19 | 3 | 4 | 3 | 3 | 4 | 4 | 2 | 2 | 2 | 3 | 4 | 3 | 3 | 2 | 3 | 3 | 4 | 2 | 12 | 2 | 4 | 3 |
| 20 | 4 | 2 | 3 | 4 | 3 | 3 | 4 | 3 | 2 | 2 | 2 | 3 | 2 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 2 | 12 | 3 | 3 |
| 21 | 3 | 2 | 3 | 2 | 4 | 4 | 3 | 2 | 4 | 3 | 3 | 2 | 4 | 3 | 2 | 4 | 4 | 3 | 4 | 3 | 12 | 3 |
| 22 | 2 | 4 | 2 | 3 | 3 | 3 | 2 | 4 | 3 | 3 | 4 | 3 | 4 | 4 | 4 | 2 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 12 |
发明内容中约束条件(4)“任一序列A与任一序列B(A、B可以相同)的完全互补序列之间的比对得分”测试结果：
| 01 | 02 | 03 | 04 | 05 | 06 | 07 | 08 | 09 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | |
| 01 | 4 | 3 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 4 | 3 | 2 | 3 | 3 |
| 02 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 4 | 2 | 2 | 2 | 3 | 3 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 2 | 4 | 3 |
| 03 | 3 | 3 | 2 | 3 | 2 | 4 | 3 | 3 | 2 | 3 | 3 | 2 | 3 | 2 | 2 | 3 | 3 | 2 | 4 | 3 | 3 | 2 |
| 04 | 2 | 3 | 3 | 2 | 4 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 4 |
| 05 | 3 | 3 | 2 | 4 | 4 | 3 | 2 | 3 | 2 | 3 | 4 | 2 | 4 | 4 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 |
| 06 | 3 | 4 | 4 | 3 | 3 | 2 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 2 | 2 | 3 | 2 | 3 | 3 | 4 | 3 |
| 07 | 3 | 2 | 3 | 2 | 2 | 4 | 2 | 4 | 2 | 3 | 1 | 2 | 2 | 4 | 2 | 3 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 |
| 08 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 3 | 2 | 3 | 2 | 3 | 2 | 4 | 2 | 3 | 3 | 3 | 2 | 2 |
| 09 | 4 | 2 | 2 | 2 | 2 | 3 | 2 | 4 | 2 | 4 | 2 | 2 | 2 | 4 | 2 | 4 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 | 2 |
| 10 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 2 | 2 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 2 | 3 |
| 11 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 1 | 2 | 2 | 2 | 1 | 3 | 3 | 2 | 2 | 3 | 2 | 2 | 3 | 3 | 2 | 2 |
| 12 | 3 | 4 | 2 | 4 | 2 | 3 | 2 | 3 | 2 | 4 | 3 | 2 | 4 | 3 | 2 | 4 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 |
| 13 | 3 | 4 | 3 | 3 | 4 | 3 | 2 | 2 | 2 | 3 | 3 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 2 | 4 | 3 | 3 | 4 |
| 14 | 3 | 3 | 2 | 3 | 4 | 3 | 4 | 3 | 4 | 3 | 2 | 3 | 3 | 4 | 3 | 4 | 4 | 4 | 2 | 2 | 2 | 4 |
| 15 | 3 | 3 | 2 | 3 | 3 | 2 | 2 | 2 | 2 | 3 | 2 | 2 | 3 | 3 | 2 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 |
| 16 | 4 | 3 | 3 | 4 | 4 | 2 | 3 | 4 | 4 | 3 | 3 | 4 | 3 | 4 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | 2 | 3 | 3 |
| 17 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 2 | 2 | 4 | 2 | 3 | 3 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 3 | 4 |
| 18 | 4 | 4 | 2 | 2 | 3 | 2 | 4 | 3 | 2 | 3 | 2 | 2 | 2 | 4 | 3 | 3 | 3 | 2 | 4 | 3 | 3 | 2 |
| 19 | 3 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 2 | 3 | 3 | 4 | 4 | 2 | 3 | 3 | 3 |
| 20 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 2 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 2 | 3 | 2 |
| 21 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 2 | 3 | 2 | 2 | 3 | 3 | 2 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 2 |
| 22 | 3 | 3 | 2 | 4 | 4 | 3 | 3 | 2 | 2 | 3 | 2 | 3 | 4 | 4 | 3 | 3 | 4 | 2 | 3 | 2 | 2 | 4 |
以上测试结果表明所选的22条序列均满足说明书中发明内容中的第(3)条和第(4)条约束条件，即对比得分均不大于4。
实施例2
以母序列来编码一个4变量的SAT问题，并排布为计算芯片。
对一个4变量的SAT问题如
F＝(w∨x∨y)∧(w∨
y∨z)∧(
x∨y)∧(
w∨
y)
4个变量的8种状态采用母序列中任选的8个寡核苷酸序列进行编码，例如，采用以下任选的8个序列：
| gcagtatccaca aggaactgagctctctgattcgtc acccaaatcgcagatcacatgcgt tgaagcgcgttaaagacgggaaac gcgtaaatgctg |
4个变量的8种状态与寡核苷酸序列的对应如下，与基底反应的活性基团采用NH2，连接臂采用长度为15的碱基A，相应的配对探针可采用荧光、同位素、化学发光底物等进行标记，这里采用荧光物质FAM标记。
| 变量取值 | 固定于芯片上的序列(5’-3’) | 完全配对探针(5’-3’) |
| X＝1 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA gcagtatccaca | FAM-tgtggatactgc |
| X＝0 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA aggaactgagct | FAM-agctcagttcct |
| Y＝1 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA ctctgattcgtc | FAM-gacgaatcagag |
| Y＝0 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA acccaaatcgca | FAM-tgcgatttgggt |
| Z＝1 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA gatcacatgcgt | FAM-acgcatgtgatc |
| Z＝0 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA tgaagcgcgtta | FAM-taacgcgcttca |
| W＝1 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA aagacgggaaac | FAM-gtttcccgtctt |
| W＝0 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA gcgtaaatgctg | FAM-cagcatttacgc |
DNA计算芯片计算此问题的步骤如下：
(1)生成DNA表面计算芯片
①该SAT问题包含4个变量(w，x，y，z)和4个子句，每个变量取值为1或0，则该问题的完全数据池含24＝16个数据，按wxyz顺序排列，16个数据如下：0000，0001，0010，0011，0100，0101，0110，0111，1000，1001，1010，1011，1100，1101，1110，1111
将四个变量在阵列中的每个分单元做如下位置对应，以便寻址：
将完全数据池排布为如下阵列
| 0 00 0 | 0 00 1 | 0 01 0 | 0 01 1 |
| 0 10 0 | 0 10 1 | 0 11 0 | 0 11 1 |
| 1 00 0 | 1 00 1 | 1 01 0 | 1 01 1 |
| 1 10 0 | 1 10 1 | 1 11 0 | 1 11 1 |
②将以上SAT问题4个变量的8种状态编码的寡核苷酸序列依照以上阵列形式点样排布在芯片上，得到一个8*8的阵列。采用可以与NH2反应的基底如醛基、环氧基、异硫氰基等修饰的玻片来固定寡核苷酸链。
(2)对SAT问题设计相应的DNA芯片计算算法如下：
a.给定已制备好的可明确寻址的寡核苷酸芯片，以满足第一个子句的所有寡核苷酸序列的互补链进行杂交，采集到第一幅图像；然后进行解链，再用满足第二个子句的所有寡核苷酸序列的互补链进行杂交，采集到第二幅图像；进行解链-杂交循环，直到所有子句的杂交图像都采集到。杂交缓冲液为5×SSC，0.2％SDS，杂交温度为28℃，杂交时间为3小时。该反应条件保证不存在错配情况。
b.对所有的杂交图像利用专用图像处理计算软件进行处理，对SAT问题，专用图像处理计算软件的编程原则为：首先依据阵列形式将图像划分为同样的矩阵方格，然后对每个方格做杂交亮点检测，方格中只要有杂交亮点，不管亮点数目有多少，均对此方格输出值为1，如果方格中没有杂交亮点，则输出值为0，这样每幅杂交图像将抽象为一个由0和1组成的矩阵，如下：
将所有抽象出的矩阵相加得到一个最终矩阵，如下左，该最终矩阵中如果存在等于SAT子句数目的数值，则此SAT问题有解，对应寻址，可以得到相应的全部解，如下右。
| 3 3 3 43 3 3 44 4 3 33 3 3 3 |
| w x y z0 0 1 10 1 1 11 0 0 01 0 0 1 |
实施例3
以扩展后的序列来编码如实施例2的同一个4变量的SAT问题，并排布为计算芯片。
4个变量的8种状态采用扩展后序列中任选的4对寡核苷酸序列进行编码，例如，采用以下任选的4对序列：
| 第一对：cagactagcctt aaggctagtctg第二对：ctctgattcgtc gacgaatcagag第三对：caaggacatacg cgtatgtccttg第四对：tcgctaaagggt accctttagcga |
4个变量的8种状态与4对寡核苷酸序列的对应如下，与基底反应的活性基团采用NH2，连接臂采用长度为15的碱基A，相应的配对探针采用荧光物质FAM标记。
| 变量取值 | 固定于芯片上的序列(5’-3’) | 完全配对探针(5’-3’) |
| X＝1 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA cagactagcctt | FAM-aaggctagtctg |
| X＝0 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA aaggctagtctg | FAM-cagactagcctt |
| Y＝1 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA ctctgattcgtc | FAM-gacgaatcagag |
| Y＝0 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA gacgaat cagag | FAM-ctctgattcgtc |
| Z＝1 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA caaggacatacg | FAM-cgtatgtccttg |
| Z＝0 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA cgtatgtccttg | FAM-caaggacatacg |
| W＝1 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA tcgctaaagggt | FAM-accctttagcga |
| W＝0 | NH2-AAA AAA AAA AAA AAA accctttagcga | FAM-tcgctaaagggt |
采用与实施例2相同的DNA表面计算算法和排布方式，杂交的图像中也不存在错配情况，计算结果正确。
本发明涉及的序列及记号分列如下：
(1)SEQ ID NO.1的信息
(i)序列特征：
(A)长度：12碱基
(B)类型：核苷酸
(C)链性：单链
(D)拓扑结构：线性
(ii).分子类型：寡核苷酸
(iii).序列描述：SEQ ID NO.1
<110>上海交通大学
<120>用于DNA计算芯片的寡核苷酸序列
<160>44
<210>1
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>1
tgaagcgcgt ta 12
<210>2
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>2
taacgcgctt ca 12
<210>3
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>3
cagactagcc tt 12
<210>4
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>4
aaggctagtc tg 12
<210>5
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>5
aagacgggaa ac 12
<210>6
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>6
gtttcccgtc tt 12
<210>7
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>7
gcagtatcca ca 12
<210>8
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>8
tgtggatact gc 12
<210>9
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>9
aggaactgag ct 12
<210>10
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>10
agctcagttc ct 12
<210>11
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>11
ctctgattcg tc 12
<210>12
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>12
gacgaatcag ag 12
<210>13
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>13
acccaaatcg ca 12
<210>14
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>14
tgcgatttgg gt 12
<210>15
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>15
gatcacatgc gt 12
<210>16
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>16
acgcatgtga tc 12
<210>17
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>17
gaacacgcca ta 12
<210>18
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>18
tatggcgtgt tc 12
<210>19
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>19
gcgtaaatgc tg 12
<210>20
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>20
cagcatttac gc 12
<210>21
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>21
actctcaact cc 12
<210>22
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>22
ggagttgaga gt 12
<210>23
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>23
caaggacata cg 12
<210>24
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>24
cgtatgtcct tg 12
<210>25
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>25
gtacagtcca ac 12
<210>26
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>26
gttggactgt ac 12
<210>27
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>27
aatggggtag ct 12
<210>28
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>28
agctacccca tt 12
<210>29
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>29
acaccactaa gc 12
<210>30
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>30
gcttagtggt gt 12
<210>31
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>31
agcttgtgtc gt 12
<210>32
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>32
acgacacaag ct 12
<210>33
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>33
aggtcactta cc 12
<210>34
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>34
ggtaagtgac ct 12
<210>35
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>35
tcgctaaagg gt 12
<210>36
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>36
accctttagc ga 12
<210>37
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>37
ctgactttct cc 12
<210>38
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>38
ggagaaagtc ag 12
<210>39
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>39
tcggttatcg ga 12
<210>40
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>40
tccgataacc ga 12
<210>41
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>41
ttctggtcga ac 12
<210>42
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>42
gttcgaccag aa 12
<210>43
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>43
ggtactactc ac 12
<210>44
<211>12
<212>DNA
<213>人工序列
<400>44
gtgagtagta cc 12
Claims (1)
1、一种用于DNA计算芯片的寡核苷酸序列，其特征在于，该组序列中每条序列的长度为12碱基，在SEQ ID NO.1中编号为奇数的22条序列满足以下约束条件：
①每条序列G+C含量均为50％；
②任一序列A与任一其他序列B之间比对得分不超过4，其中：A、B不同；
③任一序列A与任一序列B的完全互补序列之间的比对得分不超过4，其中：A、B不同，或者A、B相同；
其中，比对得分的计算原则为：基于Smith-Waterman算法，进行DNA序列不带空位的局部比对，用比对得分来代表两条序列之间的相似程度：配对得1分，错配得-2分；
在SEQ ID NO.1中编号为偶数的22条序列分别为以上编号为奇数序列的完全互补序列，每对完全互补序列分别对应于NP问题中一个变量的0和1两种状态，用于构建DNA计算芯片。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN 200510023458 CN1303211C (zh) | 2005-01-20 | 2005-01-20 | 用于dna计算芯片的寡核苷酸序列 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN 200510023458 CN1303211C (zh) | 2005-01-20 | 2005-01-20 | 用于dna计算芯片的寡核苷酸序列 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN1657615A CN1657615A (zh) | 2005-08-24 |
| CN1303211C true CN1303211C (zh) | 2007-03-07 |
Family
ID=35007324
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN 200510023458 Expired - Fee Related CN1303211C (zh) | 2005-01-20 | 2005-01-20 | 用于dna计算芯片的寡核苷酸序列 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN1303211C (zh) |
-
2005
- 2005-01-20 CN CN 200510023458 patent/CN1303211C/zh not_active Expired - Fee Related
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN1657615A (zh) | 2005-08-24 |
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