CN117904328A - 一种与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物及应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物及应用，属于生物技术领域。本发明依据与淡色羽性状显著关联的基因组结构变异（SV）设计引物，进行PCR检测并进行琼脂糖凝胶电泳，根据检测结果判断个体是否携带淡色羽性状。其有益效果：快速、低成本、准确鉴定鸽淡色羽性状的分子检测方法，提高育种效率。
Description
技术领域
本发明涉及一种与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物及应用，属于生物技术领域。
背景技术
鸽子的羽毛颜色类型多样，是遗传学和发育学研究的重要模型。鸽子的羽色分为有色羽和白羽两大类，其中有色羽包括银（棕）羽、蓝羽、灰红羽、红羽四种基本羽色。同时还存在淡色（Faded）、稀释（Dilution）等其它羽色基因相互作用，从而表现出丰富的羽色表型。
淡色羽色表型常见于泰深鸽（Texon，也称泰森鸽、泰克森鸽等）等品种或群体中，相对于野生型羽色，淡色羽色是单基因控制的显性性状，且具有剂量效应。淡色羽基因（Faded）已经通过杂交实验被定位到Z染色体上，该基因突变后会导致鸽子的羽色在原有基础上出现不同程度的淡化，野生型的非淡色羽等位基因用f或Zf表示，突变型的淡色羽等位基因用F或ZF表示。F/F基因型纯合公鸽（ZF/ZF）的羽毛表现为重度淡色羽色表型，全身呈米白色，颈部周围有一圈棕黑色羽毛。F/f基因型杂合公鸽（ZF/Zf）或F/.基因型母鸽（ZF/W）的羽毛在原有羽色基础上表现为轻度淡色羽色表型，全身呈现浅灰色，翅膀靠近尾巴处有两条明显的黑线，与常见的银羽王鸽等灰二线表型（野生型）个体比较相似。鸽子不具有明显的外生殖器，且雏鸽过于弱小，很难使用翻肛等手段进行雌雄鉴别。淡色羽的伴性遗传模式和易于识别的表型特点使其可以应用于鸽子的早期雌雄自别。非淡色羽纯合公鸽（f/f或Zf/Zf）与淡色羽母鸽（F/.或ZF/W）杂交产生的F1代雏鸽个体（ZF/Zf公鸽或Zf/W母鸽）可在出雏后10日龄前后根据羽色判断性别，进行雏鸽的早期雌雄鉴别。因此，鸽淡色羽性状和基因在早期自别雌雄配套系的培育中具有重大育种价值。
目前国内唯一的雌雄自别商业化品系泰深鸽就是利用了该淡色羽性状实现的纯系早期雌雄自别。然而泰深母鸽的轻度淡色羽色（浅灰色）与当前饲养的银羽王鸽等部分主流品种的羽色较为相近，外观上容易混淆，不利于育种和生产管理。因此，在鸽育种核心群的提纯和选育等方面，缺乏针对淡色羽性状的准确、快速、低成本、稳定可靠的分子标记和鉴定方法。
发明内容
本发明的目的是针对现有技术存在的缺陷，提出一种与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物及应用，对淡色羽性状的鉴定提供新的有效途径。
本发明通过以下技术方案解决技术问题：本发明首先提供一种与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物，所述结构变异分子标记引物含有至少一组引物，第一组引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2和 SEQ ID NO：3所示。
为检测结果的可靠性，本发明进一步提供另一组与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物，第二组引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5和 SEQ ID NO：6所示。
本发明通过对143个个体全基因组重测序，先利用fastp对下机数据进行质控，随后使用BWA将序列比对到Cliv_NAU_1.0参考基因组上，后用samtools和GATK软件得到了单个位点的变异信息，后续结合位点覆盖深度。找到了一个与淡色羽性状显著关联的基因组结构变异SV区域位于Z染色体23.6-24.0Mb之间（Cliv_NAU_1.0参考基因组），该片段内部包含Mlana基因；该结构变异由拷贝数变异片段组成，变异片段的每个单拷贝长度为102kb，由四个串联的基因组序列片段按照A、B、B、C顺序构成，所述片段B和片段B之间具有断点BP1,所述片段C和片段A之间具有断点BP2;所述第一组引物是针对断点BP1处的扩增序列；第二组引物是针对断点BP2处的扩增序列。
本发明进一步提供一种与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物的应用，可用于检测鸽淡色羽性状。
具体包括以下步骤：
步骤一、将鸽子DNA样品用第一组引物进行PCR扩增，得到扩增产物PCR-1;
步骤二、将鸽子DNA样品用第二组引物进行PCR扩增，得到扩增产物PCR-2；
步骤三、用琼脂糖凝胶电泳检测两个PCR反应产物的长度，判别待测个体是否携带结构变异。
上述方法的所述步骤一的PCR扩增的反应体系以25 μl计为
待测鸽子DNA 50 ng
2X Accurate Taq Master Mix（dye plus） 12.5μl
10μM 上游引物BP1-1F 1μl
10μM 下游引物BP1-1R 0.1μl
10μM 下游引物BP1-2R 0.9μl
无菌水 补足至25μl；
BP1-1F和 BP1-1R扩增产物核苷酸序列如SEQ ID NO：7所示；
BP1-1F和 BP1-2R扩增产物核苷酸序列如SEQ ID NO：8所示。
所述步骤二的PCR扩增的反应体系以25 μl计为
待测鸽子DNA 50 ng
2X Accurate Taq Master Mix（dye plus） 12.5μl
10μM 上游引物BP2-1F 1μl
10μM 下游引物BP2-1R 0.1μl
10μM 下游引物BP2-2R 0.9μl
无菌水 补足至25μ；
BP2-1F和 BP2-1R扩增产物核苷酸序列如SEQ ID NO：9所示；
BP2-1F和 BP2-2R扩增产物核苷酸序列如SEQ ID NO：10所示。
所述步骤一和步骤二中PCR扩增的反应条件为94℃预变性5min；94℃变性30sec，60℃退火30sec，72℃延伸60sec，共26循环；72℃延伸5min；20℃保存。
所述步骤三中，判别标准是第一次PCR-1产物电泳结果为两条带，大小分别为330bp和692bp，则BP1断点检测结果为阳性；第一次PCR-1产物电泳结果为一条带，大小为330bp，则BP1断点的检测结果为阴性；第二次PCR-2产物电泳结果为两条带，大小分别为495bp和1175bp，则BP2断点检测结果为阳性；若第二次PCR-2产物电泳结果为一条带，大小为495bp，则BP2断点的检测结果为阴性；待测个体的BP1断点和BP2断点的检测结果均为阳性，则该结构变异的检测结果为阳性；待测个体的BP1断点和BP2断点的检测结果均为阴性，或其中1个断点的检测结果为阴性，则该结构变异的检测结果为阴性。
本发明依据与淡色羽性状显著关联的基因组结构变异（SV）设计引物，进行PCR检测并进行琼脂糖凝胶电泳，根据检测结果判断个体是否携带淡色羽性状。其有益效果：快速、低成本、准确鉴定鸽淡色羽性状的分子检测方法，提高育种效率。
附图说明
图1是重度淡色羽色的泰深鸽纯合公鸽、轻度淡色羽色的泰深鸽纯合母鸽和非淡色羽色的银王鸽个体表型图。
图2是淡色羽性状相关结构变异示意图。
图3是针对BP1断点和BP2断点处的PCR产物凝胶电泳图。
具体实施方式
下面通过实施例和附图进一步说明上述具体实施方式，但并不因此将本发明限制在所述的实施例范围之中。
实施例
本实施例按照以下方法检测鸽淡色羽性状，泰深鸽公鸽、泰深鸽母鸽和银羽王鸽个体表型如图1所示，淡色羽基因相关结构变异如图2所示。
1.基因型分析
（1）实验材料
选取品种来源清晰的且具有系谱记录的泰深鸽121只，银羽王鸽100只， 白羽王鸽20只，天使鸽20只，太湖点子鸽20只，石岐鸽20只。上述品种鸽均为市售，不再赘述。
（2）基因组DNA的提取
对待测鸽子采用翅下静脉采血，抗凝处理后裂解，经蛋白酶K消化后，用饱和氯化钠方法提取，TE溶解之后-20℃保存。
（3）针对BP1断点的PCR扩增
以上述提取的基因组DNA为模板，对BP1侧翼序列进行PCR扩增。
上游引物BP1-1F：5’-TCAGAGTGGGTTTGGATGACT-3’ （SEQ ID NO：1）
下游引物BP1-1R：5’-AGCCTTTAGACCCCTTCAGA-3’ （SEQ ID NO：2）
下游引物BP1-2R：5’-CCACGATCAGACCTGGAGAG-3’ （SEQ ID NO：3）
所述的PCR扩增的反应体系以25 μl计为：
待测鸽子DNA 50 ng
2X Accurate Taq Master Mix（dye plus） 12.5μl
10μM 上游引物BP1-1F 1μl
10μM 下游引物BP1-1R 0.1μl
10μM 下游引物BP1-2R 0.9μl
无菌水 补足至25μl
上述的PCR扩增的反应条件为：94℃预变性5min；94℃变性30sec，60℃退火30sec，72℃延伸60sec，共26循环；72℃延伸5min；20℃保存。
BP1-1F和 BP1-1R扩增产物为330bp，序列为AGCCTTTAGACCCCTTCAGATATTCTACATAGATATTCAGACAATATGTTATATACAAAACTTCAGGTTTATTAATCACTCAAAATATTTTGGATGTATCTTTGATATCCACCTAAAATGACATATTCGGCACAAAAATTCTGCTTTGCTTTGAGTAGAAAGTGATATTTATTTGCCTCACTGTTCAAAAGTGTGTGTGTACTGCCATTTTATTCTAGGGATTCTGCCTCTGCTATACTAGAAGCAAGTACATTTCACAAGTATTAGGAGACATAGAAATGCTTATTCAAGCCAAGTGTGTTACTGTCAAGTCATCCAAACCCACTCTGA（SEQID NO：7）
BP1-1F和 BP1-2R扩增产物为692bp，序列为CCACGATCAGACCTGGAGAGAAACAAATGATAGCAATGTGATTGATAGAAACAGGCTGATGTAAAATAGCTCAGCAGCGTGAACTTATCTTCTCATAAAGGGTGTGTGCTAGCTACATACCTGTCCTGCAGCTTTCTACATCATGAGTTGAGTTCCCATGCATGGGAACATCATCCCATTAGGGCATTTTAAAATTTGAAACACAAGTCACATCTCATTTATTTTGCATATGTAAATTACTAGTAAAACAAAATACTGTGCAGCTTGAAGTTAAAAAGACATGTAATTACACATAAACCAAAGATACATATAAAAATCAATCTTTGAAGAAAGCAAATTCGACTTTTCAGAGCTGGTAAAAAGCCTTTAGACCCCTTCAGATATTCTACATAGATATTCAGACAATATGTTATATACAAAACTTCAGGTTTATTAATCACTCAAAATATTTTGGATGGTATCTTTGATATCCACCTAAAATGACATATTCGGCACAAAAATTCTGCTTTGCTTTGAGTAGAAAGTGATATTTATTTGCCTCACTGTTCAAAAGTGTGTGTGTACTGCCATTTTATTCTAGGGATTCTGCCTCTGCTATACTAGAAGCAAGTACATTTCACAAGTATTAGGAGACATAGAAATGCTTATTCAAGCCAAGTGTGTTACTGTCAAGTCATCCAAACCCACTCTGA（SEQ ID NO：8）
（4）针对BP2断点的PCR扩增
以上述提取的基因组DNA为模板，对BP2侧翼序列进行PCR扩增。
上游引物BP2-1F：5’-GCCAAATCCAGCTTCATCCA-3’（SEQ ID NO：4）
下游引物BP2-1R：5’- GCCACCAACAGAAAACACGT -3’ （SEQ ID NO：5）
下游引物BP2-2R：5’-GCAGAATCCACACCTTCACA-3’ （SEQ ID NO：6）
所述的PCR扩增的反应体系以25 μl计为：
待测鸽子DNA 50 ng
2X Accurate Taq Master Mix（dye plus） 12.5μl
10μM 上游引物BP2-1F 1μl
10μM 下游引物BP2-1R 0.1μl
10μM 下游引物BP2-2R 0.9μl
无菌水 补足至25μl
上述的PCR扩增的反应条件为：94℃预变性5min；94℃变性30sec，60℃退火30sec，72℃延伸60sec，共26循环；72℃延伸5min；20℃保存。
BP2-1F和 BP2-1R扩增产物为495bp，序列为GCCAAATCCAGCTTCATCCAAGTATTTGAACAAGTTCAAGAACTTACTGAAACTTGATTGTATGGAAAGTTCTGGGTGGATCTACCGTGCGTTATCTGGAAGTGGGATTTTTAATTGTTTGGGGAAGGGGAGTGTTAGCTGGTATATGTATGTTAAAAATACGTGTGTGTGGTCGTGTCCTTTTGTGGAAAATGTGAGCCACTTATAAAATAGTTGCTATGTTACCATTTTCTGGTCTTTCGGGAGAGCGTATTTTCGCTAACTGTTCAGCCATTCCAGGTTCTGGATCCACTTCTTGCCTGCTGATTGTCTGATCAGCAGACCAGTCGGTACGTCACGAGTCTCCTGATTTTCTTGCGTGCTGCAGCACGCAGTACACCATACAGCTTATGCTGCCTCTGTAACTTAGTTGTATTAAAGAGTTACATCTGTTTTTGGAAGCTCATATCTTTCTTGGCTATCATAGGCAGTGCCTACGTGTTTTCTGTTGGTGGC（SEQ ID NO：9）
BP2-1F和 BP2-2R扩增产物为1175bp，序列为GCCAAATCCAGCTTCATCCAAGTATTTGAACAAGTTCAAGAACTTACTGAAACTTGATTGTATGGAAAGTTCTGGGTGGATCTACCGTGCGTTATCTGGAAGTGGGATTTTTAATTGTTTGGGGAAGGGGAGTGTTAGCTGGTATATGTATGTTAAAAATACGTGTGTGTGGTCGTGTCCTTTTGTGGAAAATGTGAGCCACTTATAAAATAGTTGCTATGTTACCATTTTCTGGTCTTTCGGGAGAGCGTATTTTCGCTAACTGTTCAGCCATTCCAGGTTCTGGATCCACTTCTTGCCTGCTGATTGTCTGATCAGCAGACCAGTCGGTACGTCACGAGTCTCCTGATTTTCTTGCGTGCTGCAGCACGCAGTACACCATACAGCTTATGCTGCCTCTGTAACTTAGTTGTATTAAAGAGTTACATCTGTTTTTGGAAGCTCATATCTTTCTTGGCTATCATAGGCAGTGCCTACGTGTTTTCTGTTGGTGGCTCAAGATTTCTGTGAATTAATAAACTTTTTGTTTTGAAACAGGTTTGACAACTCATGTTTCTCTCCTGACTCTTTCTTCTTTTTCCTTCCTTTCCCCCTTTTCTTCTTTCCCTTCCTTTTCCTTCTTTTCCCTTCTTTTTCTTCCTTTTCCCCTTTCTTTTTCCTCTTACGACGTCTTTTCCCCTTTCTTTTCCTTCCTTTTCCCCCTTTCTGTGTGACATTGACTTATTTCCCCCTTTCTTTTTCCTTCCTTTTCCCCCTTTCTTTTCCTTCCTTTTCCCCCTTTCTTTTTCCTTCCTTTTCCCCCTTTCTTTTTCCTTCCTTTTCCCCCTTTCTTTTTCCTTCCTTTTCCCCCTTTCTTTTTCCTTCCTTTTCCCCCTTTCTTTTTCCTTCCTTTTCCCCCTTTCTTTTTCCTTCCTTTTCCCCCTTTCTTTTTCCTTCCTTTTCCCCCTTTCTTTTTCCTTCCTTTTCCCCCTTTCTTTTTCCTTCCTTTTCCCCCTTTCTTTTTTCTCTTTTTTCATCTAGTTTTTTCACAACTGTTTTCTCTTAGCTTCCCATTATTTTTCATGCCTTACCTTGTGTGCCCAGGCCTCCCAACAGAAGCTTGCTCAGAAGCTTTCCTTAAGCCACTTTGATCATGTACCTTTCTACAGTTCCAAATGTGAAGGTGTGGATTCTGC（SEQ ID NO：10）
2.琼脂糖凝胶电泳检测
分别将各个样本的两次PCR产物进行凝胶电泳，结果如图3所示。示例的泰深鸽(淡色羽)个体的两次PCR产物均为两条带，示例的银羽王鸽（非淡色羽）个体的两次PCR产物均为一条带。
3.结果分析
表1. 结构变异基因型和淡色羽性状的相关分析
所有检测个体的淡色羽基因型检测结果，如表1所示。所检测的淡色羽个体均同时携带BP1突变（BP1基因型为+/+或+/-）和BP2突变（BP2基因型为+/+或+/-），说明淡色羽个体均携带该结构变异（SV基因型为+/+或+/-）。非淡色羽个体中，银羽王鸽有4个个体仅携带BP1突变但不携带BP2突变，1个个体仅携带BP2突变但不携带BP1突变。白羽王鸽中有1个个体仅携带BP1突变但不携带BP2突变。天使鸽、太湖点子鸽和石岐鸽中均不携带BP1突变和BP2突变。
上述296个个体中，121个淡色羽个体均携带该结构变异，175个非淡色羽个体均不携带该结构变异。表明鸽淡色羽性状与Z染色体的该结构变异完全关联，因此可以通过检测Z染色体的该结构变异来判断是否存在鸽淡色羽性状。这种检测方法用于育种实践，可以克服羽色表型混淆等难题，加速群体提纯和育种效率。
原则上，利用本实施例中的第一组引物即可初步判断淡色羽性状的有无，但是为了提高结果的可靠性，本实施例要求同时检验BP1断点和BP2断点，综合判断是否携带该结构变异，从而鉴定个体是否具有淡色羽性状，以保证判断结果的准确性。
除上述实施外，本发明还可以有其他实施方式。凡采用等同替换或等效变换形成的技术方案，均落在本发明要求的保护范围。
Claims (9)
1.一种与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物，其特征在于：所述结构变异分子标记引物含有至少一组引物，第一组引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示。
2. 根据权利要求1所述与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物，其特征在于：含有第二组引物，所述第二组引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5和 SEQ IDNO：6所示。
3.根据权利要求1或2所述与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物，其特征在于：与淡色羽性状显著关联的基因组结构变异SV区域位于Z染色体23.6-24.0Mb之间，片段内部包含Mlana基因；该结构变异由拷贝数变异片段组成，变异片段的每个单拷贝长度为102kb，由四个串联的基因组序列片段按照A、B、B、C顺序构成，所述片段B和片段B之间具有断点BP1,所述片段C和片段A之间具有断点BP2;所述第一组引物是针对断点BP1处的扩增序列；第二组引物是针对断点BP2处的扩增序列。
4.根据权利要求1所述与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物的应用，其特征在于：用于检测鸽淡色羽性状。
5.根据权利要求4所述与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物的应用，包括以下步骤：
步骤一、将鸽子DNA样品用第一组引物进行PCR扩增，得到扩增产物PCR-1;
步骤二、将鸽子DNA样品用第二组引物进行PCR扩增，得到扩增产物PCR-2；
步骤三、用琼脂糖凝胶电泳检测两个PCR反应产物的长度，判别待测个体是否携带结构变异。
6.根据权利要求5所述与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物的应用，其特征在于：所述步骤一的PCR扩增的反应体系以25 μl计为
待测鸽子DNA 50 ng
2X Accurate Taq Master Mix（dye plus） 12.5μl
10μM 上游引物BP1-1F 1μl
10μM 下游引物BP1-1R 0.1μl
10μM 下游引物BP1-2R 0.9μl
无菌水 补足至25μl；
BP1-1F和 BP1-1R扩增产物核苷酸序列如SEQ ID NO：7所示；
BP1-1F和 BP1-2R扩增产物核苷酸序列如SEQ ID NO：8所示。
7.根据权利要求5所述与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物的应用，其特征在于： 所述步骤二的PCR扩增的反应体系以25 μl计为
待测鸽子DNA 50 ng
2X Accurate Taq Master Mix（dye plus） 12.5μl
10μM 上游引物BP2-1F 1μl
10μM 下游引物BP2-1R 0.1μl
10μM 下游引物BP2-2R 0.9μl
无菌水 补足至25μ；BP2-1F和 BP2-1R扩增产物核苷酸序列如SEQ ID NO：9所示；
BP2-1F和 BP2-2R扩增产物核苷酸序列如SEQ ID NO：10所示。
8.根据权利要求5所述与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物的应用，其特征在于：所述步骤一和步骤二中PCR扩增的反应条件为94℃预变性5min；94℃变性30sec，60℃退火30sec，72℃延伸60sec，共26循环；72℃延伸5min；20℃保存。
9.根据权利要求5所述与鸽淡色羽性状有关的结构变异分子标记引物的应用，其特征在于：所述步骤三中，判别标准是第一次PCR-1产物电泳结果为两条带，大小分别为330bp和692bp，则BP1断点检测结果为阳性；第一次PCR-1产物电泳结果为一条带，大小为330bp，则BP1断点的检测结果为阴性；第二次PCR-2产物电泳结果为两条带，大小分别为495bp和1175bp，则BP2断点检测结果为阳性；第二次PCR-2产物电泳结果为一条带，大小为495bp，则BP2断点的检测结果为阴性；待测个体的BP1断点和BP2断点的检测结果均为阳性，则该结构变异的检测结果为阳性；待测个体的BP1断点和BP2断点的检测结果均为阴性，或其中1个断点的检测结果为阴性，则该结构变异的检测结果为阴性。
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Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20160326601A1 (en) * | 2013-08-21 | 2016-11-10 | China Agriculture University | Method for detecting a chicken beard trait |
| CN111334588A (zh) * | 2020-04-20 | 2020-06-26 | 四川农业大学 | 一种与鸭黑色和褐色羽性状相关的分子标记及其应用 |
| CN114317781A (zh) * | 2022-03-07 | 2022-04-12 | 南京农业大学 | 一种与鸽长短绒性状相关的分子标记及其应用 |
| CN115198022A (zh) * | 2021-04-14 | 2022-10-18 | 河南农业大学 | 与鸡体尺性状相关的igf2bp1基因分子标记及其应用和育种方法 |
| CN116426652A (zh) * | 2023-04-12 | 2023-07-14 | 河北农业大学 | 一种基于pcr反应的白羽鸽选育方法及所用引物和试剂盒 |
-
2024
- 2024-03-20 CN CN202410317809.0A patent/CN117904328B/zh active Active
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20160326601A1 (en) * | 2013-08-21 | 2016-11-10 | China Agriculture University | Method for detecting a chicken beard trait |
| CN111334588A (zh) * | 2020-04-20 | 2020-06-26 | 四川农业大学 | 一种与鸭黑色和褐色羽性状相关的分子标记及其应用 |
| CN115198022A (zh) * | 2021-04-14 | 2022-10-18 | 河南农业大学 | 与鸡体尺性状相关的igf2bp1基因分子标记及其应用和育种方法 |
| CN114317781A (zh) * | 2022-03-07 | 2022-04-12 | 南京农业大学 | 一种与鸽长短绒性状相关的分子标记及其应用 |
| CN116426652A (zh) * | 2023-04-12 | 2023-07-14 | 河北农业大学 | 一种基于pcr反应的白羽鸽选育方法及所用引物和试剂盒 |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN117925859A (zh) * | 2024-03-20 | 2024-04-26 | 南京农业大学 | 一种与鸽淡色羽性状相关的分子标记特异性引物及其应用 |
| CN117925859B (zh) * | 2024-03-20 | 2024-06-11 | 南京农业大学 | 一种与鸽淡色羽性状相关的分子标记特异性引物及其应用 |
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