CN115198022A - 与鸡体尺性状相关的igf2bp1基因分子标记及其应用和育种方法 - Google Patents

与鸡体尺性状相关的igf2bp1基因分子标记及其应用和育种方法 Download PDF

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Abstract

本发明涉及与鸡体尺性状相关的IGF2BP1基因分子标记及其应用和育种方法。本发明提供了一种与鸡体尺性状相关的IGF2BP1基因分子标记，通过对鸡IGF2BP1基因启动子区的缺失突变与23种鸡体尺性状的相关性进行分析，发现该变异位点中等位基因L1与高体尺性状(爪重、胫长、胸骨长、双翅重等23个性状)显著正相关；等位基因W与鸡低体尺性状呈显著正相关。表明该分子标记能够应用于鸡体尺性状改良育种。本发明还提供了基于IGF2BP1基因分子标记的鸡体尺性状改良育种方法，该方法能够早期、快速、低成本、有效的预测鸡成长后体尺性状，缩短育种时间，加快育种进程，具有极高的经济价值和广阔的应用前景。

Description

与鸡体尺性状相关的IGF2BP1基因分子标记及其应用和育种 方法
技术领域
本发明属于生物育种技术领域，具体涉及与鸡体尺性状相关的IGF2BP1基因分子标记及其应用和育种方法。
背景技术
中国地方鸡品种资源丰富，具有肉质鲜美，抗逆性强等特点，但体型较小，生长速度缓慢，无法满足现代化集约化生产要求。国外的快大型白羽肉鸡具有生长速度快，屠体性能好，导致中国白羽肉鸡种源全部依赖进口。因此，培育具有中国自主知识产权的快大型肉鸡具有重要意义。体尺性状一直是鸡遗传改良的关键经济性状之一。传统育种中通常根据个体测定、同胞测定或者后裔测定的表型性状留种，但传统育种方法无法进行早期选种，增大了世代间隔，降低了选择反应。因此，开发新的分子标记，借助分子标记辅助选择加快育种进程成为鸡种质资源改良的新策略。
IGF2BP1基因，全称胰岛素样生长因子2结合蛋白，具有调节细胞增殖、分化、形态发生及代谢的作用。其作用机制通常为调控靶基因mRNA的定位、稳定性及翻译。近年来，IGF2BP1已经被证实为m6A甲基化的识别蛋白，很可能通过m6A甲基化的调控模式广泛作用于靶基因。IGF2BP1基因敲除小鼠表现出体重体尺降低的表型。而在鸡、鸭的全基因组关联分析及QTL定位研究发现位于IGF2BP1基因上游显著与体重、头重、胸宽、腿重等屠体和体尺性状相关。但影响鸡体尺性状的IGF2BP1基因的致因突变仍然未被阐明。
发明内容
本发明的目的在于提供一种与鸡体尺性状相关的IGF2BP1基因分子标记。
本发明的第二个目的在于提供上述分子标记在鸡体尺性状改良育种中的应用。
本发明的第三个目的在于提供用于检测上述分子标记的基因型的引物及试剂盒。
本发明的第四个目的在于提供一种鸡体尺性状改良育种方法。
为了实现上述目的，本发明采用以下技术方案：
一种与鸡体尺性状相关的IGF2BP1基因分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，5’端起第1210-4443位或5’端起第2993-4547位插入或缺失；所述SEQ ID NO：1的5’端起第1210-4443位的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示，所述SEQ ID NO：1的5’端起第2993-4547位的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示。
上述的分子标记在鸡体尺性状改良育种中的应用。
优选的，检测如SEQ ID NO：1所示核苷酸序列5’端起第1210-4443位或5’端起第2993-4547位插入或缺失，选择SEQ ID NO：1所示核苷酸序列5’端起第1210-4443位缺失的纯合型鸡个体留种。
用于检测权利要求1所述分子标记基因型的引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO：4-6所示。
用于检测权利要求1所述分子标记基因型的试剂盒，所述试剂盒包含如SEQ IDNO：4-6所示的引物。
优选的，所述试剂盒还包括dNTPs、PCR反应缓冲液、DNA聚合酶中的一种或几种。
一种鸡体尺性状改良育种方法，包括如下步骤：
1)提取待测鸡DNA；根据上述分子标记设计引物，利用设计引物进行PCR扩增；
2)根据PCR扩增结果选择SEQ ID NO：1所示核苷酸序列5’端起第1210-4443位缺失的纯合型鸡个体留种。
优选的，步骤1)中利用酚仿抽提法提取DNA，并稀释到60ng/μL。设计引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：4-6所示；利用琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物的条带大小，判断SEQID NO：1所示核苷酸序列5’端起第1210-4443位或2993-4547位插入或缺失并进行基因型鉴定；共分为六种基因型：WW基因型显示2344bp一条带；L2W基因型显示2344bp和790bp两条带；L1W基因型显示2344bp和290bp两条带；L2L2基因型显示790bp一条带；L1L2基因型显示290bp和790bp两条带；L1L1基因型显示290bp一条带；选择基因型为L1L1的鸡个体留种。
优选的，步骤1)中分别采用SEQ ID NO：4、6所示引物和SEQ ID NO：5、6所示引物进行PCR扩增反应，反应体系如下：
①2×Rapid Taq PCR Master Mix 10μL,ASP-F 0.5μL,ASP-R 0.5μL,待测鸡DNA模板1μL,ddH2O 8μL；
②2×Rapid Taq PCR Master Mix 10μL,2K-F 0.5μL,ASP-R 0.5μL,待测鸡DNA模板1μL,ddH2O 8μL。
优选的，步骤1)中PCR反应程序：95℃预变性5min；95℃变性15s，60℃退火15s，72℃延伸5s，30个循环；72℃延伸5min。
本发明取得的有益效果：
本发明提供了一种与鸡体尺性状相关的IGF2BP1基因分子标记。发明人首次发现IGF2BP1基因上游存在两种缺失基因型，经PCR和测序证实缺失基因型与高通量测序分析结果完全一致。本发明对鸡IGF2BP1基因启动子区的缺失突变与23种鸡体尺性状的相关性进行了分析，证明该变异位点中等位基因L1与高体尺性状(爪重、胫长、胸骨长、双翅重等23个性状)显著正相关；等位基因W与鸡低体尺性状呈显著正相关。本发明提供的IGF2BP1基因分子标记能够应用于鸡体尺性状改良育种。
本发明进一步提供了基于IGF2BP1基因分子标记的鸡体尺性状改良育种方法，提取待测鸡DNA，通过PCR扩增对应分子标记的基因片段，利用琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物的条带大小，判断SEQ ID NO：1所示核苷酸序列5’端起第1210-4443位或2993-4547位插入或缺失并进行基因型鉴定，选择基因型为L1L1的鸡个体留种，从而获得高体尺性状的鸡种质资源，实现鸡群的体尺性状改良。该方法能够早期、快速、低成本、有效的预测鸡成长后体尺性状，缩短育种时间，加快育种进程，具有极高的经济价值和广阔的应用前景。
附图说明
图1为鸡IGF2BP1启动子区1-2kb缺失和2-3kb缺失的分布频率；
图中，(A)IGF2BP1启动子区1-2kb；(B)IGF2BP1启动子区2-3kb；
图2为鸡IGF2BP1启动子区1-2kb和2-3kb结构变异关联分析；
图中，(A)IGF2BP1启动子区1-2kb；(B)IGF2BP1启动子区2-3kb；
图3为IGF2BP1启动子等位基因结构图；
图4为IGF2BP1启动子区三种等位基因基因组比较结果；
图5为IGF2BP1启动子区等位基因特异性PCR检测结果；
图中，泳道M为DM2000 marker，从下至上maker条带大小分别为：100bp、250bp、500bp、750bp、1000bp、2000bp、3000bp、5000bp；
图6为IGF2BP1引物PCR扩增条件；
图7为PCR测序揭示染色体结构等位基因分布频率；
图8为IGF2BP1启动子区结构变异与体尺性状关联分析。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明作进一步描述，但本发明的保护范围并不仅限于此；实施例及试验例中所用的各类试剂均为市售商品。
实施例1与鸡体尺性状相关的IGF2BP1基因分子标记及应用
该实施例提供了与鸡体尺性状相关的IGF2BP1基因分子标记，其核苷酸序列如SEQID NO：1所示，5’端起第1210-4443位或5’端起第2993-4547位插入或缺失；所述SEQ ID NO：1的5’端起第1210-4443位的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示，所述SEQ ID NO：1的5’端起第2993-4547位的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示。
所述分子标记能够应用于鸡体尺性状改良育种：检测如SEQ ID NO：1所示核苷酸序列5’端起第1210-4443位或5’端起第2993-4547位插入或缺失，选择SEQ ID NO：1所示核苷酸序列5’端起第1210-4443位(SEQ ID NO：2)缺失的纯合型鸡个体留种。从而改良鸡群的体尺性状。
实施例2检测分子标记基因型的引物
该实施例提供了用于检测与鸡体尺性状相关的IGF2BP1基因分子标记基因型的引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO：4-6所示。
用2k-F和Asp-R引物组合鉴定SEQ ID NO：1所示核苷酸序列5’端起第2993-4547位插入或缺失；用Asp-F和Asp-R引物组合鉴定SEQ ID NO：1所示核苷酸序列5’端起第1210-4443位插入或缺失。
实施例3检测分子标记基因型的试剂盒
本实施例提供了用于检测与鸡体尺性状相关的IGF2BP1基因分子标记基因型的试剂盒，该试剂盒包括实施例2提供的SEQ ID NO：4-6所示的检测引物，还包括dNTPs、PCR反应缓冲液、DNA聚合酶中的一种或几种。
实施例4鸡体尺性状改良育种方法
本实施例提供了一种鸡体尺性状改良育种方法，包括如下步骤：
1)收集待测鸡群，翅静脉采血，血液放入抗凝管，利用酚仿抽提法提取DNA，并稀释到60ng/μL。
2)PCR扩增含有分子标记的目的基因：
用2k-F(SEQ ID NO：5)和Asp-R(SEQ ID NO：6)引物组合鉴定SEQ ID NO：1所示核苷酸序列5’端起第2993-4547位插入或缺失；用Asp-F(SEQ ID NO：4)和Asp-R(SEQ ID NO：6)引物组合鉴定SEQ ID NO：1所示核苷酸序列5’端起第1210-4443位插入或缺失。
PCR反应体系：①2×Rapid Taq PCR Master Mix 10μL,ASP-F 0.5μL,ASP-R 0.5μL,DNA模板1μL,ddH2O 8μL；②2×Rapid Taq PCR Master Mix 10μL,2K-F 0.5μL,ASP-R0.5μL,DNA模板1μL,ddH2O 8μL。
PCR反应程序：95℃预变性5min；95℃变性15s，60℃退火15s，72℃延伸5s，30个循环；72℃延伸5min。
3)琼脂糖凝胶电泳结果检测：取同一个样品两个PCR反应产物各5μL，进行琼脂糖凝胶电泳。
W等位基因条带大小为2344bp,L1等位基因条带大小为290bp,L2等位基因条带大小为790bp。共分为六种基因型：WW基因型显示2344bp一条带；L2W基因型显示2344bp和790bp两条带；L1W基因型显示2344bp和290bp两条带；L2L2基因型显示790bp一条带；L1L2基因型显示290bp和790bp两条带；L1L1基因型显示290bp一条带。
4)根据基因判型结果，结合育种程序选择基因型为L1L1的个体留种，从而改良鸡群的体尺性状。
试验例1
本发明对鸡IGF2BP1基因启动子区的缺失突变与鸡体尺性状的相关性进行了分析和验证。
1.高通量测序发现鸡IGF2BP1启动子区结构变异及缺失变异的相关性分析
利用全基因组重测数据，通过比较分析基因组深度和覆盖度的方法以1kb为窗口大小鉴定基因组调控区结构变异，发现IGF2BP1基因的promoter区存在缺失变异(Absence)(突变型和野生型)，且缺失型和野生型在地方鸡和商品鸡品种中存在显著的频率差异(图1)。基于F2群体关联分析发现该结构变异与鸡体尺性状显著关联(图2)。
2.PCR检测鉴定出IGF2BP1启动子区三种结构变异等位基因
对不同鸡品种IGF2BP1基因promoter区进行检测，通过PCR测序对该结构变异进行了基因分型，共发现3个等位基因，突变型(L1型和L2型)：L1型在chr27：6082202-6085435位置存在缺失，缺失长度为3234bp(即SEQ ID NO：1所示序列5’端起第1210-4443位缺失)，L2型在chr27：6083984-6085538位置存在缺失，缺失长度为1555bp(即SEQ ID NO：1所示序列5’端起第2993-4547位缺失)；野生型在该位置不存在缺失(见图3和图4)。
利用等位基因特异性PCR技术鉴定三种等位基因分布，引物序列和条件如表1和图5。根据引物设计的物理位置和扩增组合(图3)，用2k-F和Asp-R引物组合鉴定W和L2等位基因；用Asp-F和Asp-R引物组合鉴定L1等位基因。
表1IGF2BP1启动子三种等位基因特异性引物
Figure BDA0003352761390000051
Figure BDA0003352761390000061
PCR样本为DNA，浓度稀释至60ng/μL。引物浓度均为10μM。
PCR体系：分别利用2K-F&ASP-R，ASP-F&ASP-R进行PCR扩增：
①2×Rapid Taq PCR Master Mix 10μL,ASP-F 0.5μL,ASP-R 0.5μL,DNA模板1μL,ddH2O 8μL；
②2×Rapid Taq PCR Master Mix 10μL,2K-F 0.5μL,ASP-R 0.5μL,DNA模板1μL,ddH2O 8μL；
2×Rapid Taq PCR Master Mix购买自南京诺唯赞、引物合成自上海生工。
PCR反应程序：95℃预变性5min；95℃变性15s，60℃退火15s，72℃延伸5s，30个循环；72℃延伸5min(图6)。
琼脂糖凝胶电泳结果检测：取同一个样品两个PCR反应产物各5μL，进行琼脂糖凝胶电泳。W等位基因条带大小为2344bp,L1等位基因条带大小为290bp,L2等位基因条带大小为790bp。WW基因型显示一条带为2344bp；L2W基因型显示2344bp和790bp两条带；L1W基因型显示2344bp和290bp两条带；L2L2基因型显示790bp一条带；L1L2基因型显示290bp和790bp两条带；L1L1基因型显示290bp一条带(图5)。
3.IGF2BP1启动子区等位基因PCR检测验证结果
利用前述等位基因特异性PCR对固始×安卡F2代资源群734个个体进行分子标记基因型的鉴定，鉴定后与固始×安卡F2代资源群体尺性状一一对应，即一个个体对应一个基因型数据和一组表型数据，将数据输入至SPSS软件中，选择一般线性模型，添加基因型数据为固定效应，分析得到固始×安卡F2代资源群单点变异一般线性模型关联分析的结果，分析结果若p值小于0.05即认为该变异位点与性状显著相关。
结果显示该变异位点中基因型L1L1与23个体尺性状均显著正相关。23个体尺性状为：爪重、爪率、12周龄胫长、8周龄胸骨长、12周龄胸骨长、双翅重、全净膛重、半净膛重、头重、屠体重、腿重、腿肌重、12周龄盆骨宽、8周龄胫围、12周龄胫围、8周龄体斜长、12周龄体斜长、肌胃重、6周龄体重、10周龄体重、12周龄体重、褪毛后体重、0～4周龄生长率。
野生型等位基因W主要存在于红原鸡、地方鸡品种，而L1和L2等位基因主要存在于肉商业纯系和合成系，分布频率如图7。基于固始×安卡F2代资源群单点变异一般线性模型关联分析发现，该关联群体中未发现存在等位基因L2型，等位基因L1与鸡高体尺性状(爪重、胫长、胸骨长、双翅重等23个性状)呈显著正相关，等位基因W与鸡低体尺性状呈显著正相关，基因型L1L1与高体尺性状(爪重、胫长、胸骨长、双翅重等23个性状)显著正相关，关联分析结果如图8。
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gagatgctgc tcacagtggg cagtttggtg ccatccttcc aactgcatcg ctctcctcgg 2160
agcaccaaac tgaatccacc agaggggttt gggtggaact tctgtgtatc tgtgtgtgtt 2220
tctgaggctt ctgctgcaac ctcagctcca cattcacagg tgggagggag aaggcaatga 2280
aatttgggaa taaatctcct gcagctccca aagtggctga gaagtggagc gttcaccttc 2340
acccacggac acgtcccaca ggcacagcta gcacaactca tccactgcct gcttcacatc 2400
cagccctaat ctggacccga atacttctgt tgttgctggt ttacagagca ccttccctgt 2460
gtaacacaac cctttaataa tgaaatgaaa gaaaccaacc ccaaaataac aacaacaaca 2520
aaaatcctaa caaagaggga agccttccgt ttagacccac aacgaggaag gctatcagtc 2580
aacctccttc cctcggtgga gcgttccaga tgtaaggtat ttagggaatg caaacagcag 2640
agcccaaatc attgatctgc tgcggggcga tagggctgcg ctcagccccg ggcaggagga 2700
ggggcagctg ggactgcagg gcagctgccc cattgagggc aaagctctac aaaccccccc 2760
gccccccaga agggggaaag ggctcaacct caccaggaac ggcagcagta atccggtggg 2820
atacggggag ctgagcacta tcactcccaa cagcagcgtg gcctcgttcc tcccccagca 2880
cttccctgcg gttttgagct ccctctgagg agcggatttc tttgtgcatt ttacaccacg 2940
ttccgatggg tccctccacg ctctgcagcc acgtgaggct gtgtgtgatt tcatacccaa 3000
aatgtgaccc gggctaaaag ctggtgggtg tttttcgggg gggttgcatg gttgatttgt 3060
tgttgttttg atggcagatt tccaccttgg aatgaggcag aaaggtcctt aatgaatttt 3120
taggattact gtacaacacc aaacaattcc tgttgtcaca cgggagttta agggaacttt 3180
cttaaggtaa aataaaaacc caaaaggtgg gaactgaatg gtgaataatg cacctatgtg 3240
tgcaagggat caatatggaa aggtgcaatt cctgcatagt ggtgaagtac tgttgttgtt 3300
ctgagacaga ggaaaattaa accagaaatg atctctgtgg cagagaagtg gtgaaatgga 3360
gtagttcaca tcctgatatc ttttcaggca gttgccattt gattttgttt taatttgttt 3420
ggattctttt tcggtttggt ttggttgctt ttgtttttaa tgtccggtga tggcactgca 3480
tttccagttg gacaacacag ggaaacacct gaagctctga acaacgctca tttcccagag 3540
ctctcatgta taggtaaagt tacaatcaaa taaagatggg ctgaaggatt tcactgttgc 3600
acttctgtca cggaaggggg aaaaaatcac tatttgattc atgcagaatc tgttacaaac 3660
aaacctcagc caccagaaat aagccgagca cagagcaagg ctgtccctga aacacaggtg 3720
ggaactgagc agaatgagag gggtgagggt gcagttgggg aatatttcct ttctcttacg 3780
tgggatccca gttcagacca ccttttgttc atttttttgt taggaggaaa acatttgtgc 3840
atggaaaagg aatctcctat gtccaagctg atcccatgga ttaaagctgg agtgcacaaa 3900
tcagttgaga atcaaactta ctgcaggatc accaatttta tttaaaacaa aattccagcc 3960
tggcattgat tattaataat ttcctgattc tgtgtgcact ttggacacag ctctgatccc 4020
caagggctgc ttcctgaagc tgaggggcag agcagcatcc tgccccgggg ggaaatgccc 4080
ctctgccccg ggtgggaggg gggggctgta agggtggggg gatcccaggg ggcagtgctg 4140
agggtgggga tggctcccag tgctggacac tgcccgacaa aaagcacaac acaacactgc 4200
catcaactca ggctgcagca tcagctcaca ttctgacaaa tccttttgtt ctgctgctga 4260
aagatggggc tccttccaaa caacggcaaa ccacaaccaa actcttattt acttctccct 4320
ccatctgcct gggagctgct tctgtgctca ctgcagggca gggtgctctg ctcttgcact 4380
cctgcagcag caatctgaat tctccactgg gactttgcaa acggaccgag tgctgttcag 4440
acttcagcaa aacaaagcta ctttgcatcg atttgttttt aattattttt aatcattttt 4500
tattctcccc cccccccctc cacgatggaa atgatttgct ttcattttgg tgcttcagtc 4560
cttttctttg gctaaaaggt aaatcccaaa cacagggaga gggaaatgct gactggaagg 4620
agccctgaaa ttgtgcagtt caaagagtcc ctctaatttt tcatttcccc cctctttaat 4680
gcagctttca aatatacccc cacttcttcc cagcagacct tct 4723
<210> 2
<211> 3234
<212> DNA
<213> 家鸡（Gallus gallus）
<221> 第1210-4443位插入或缺失片段
<400> 2
ctcccttcct ctttccctct tcgccttttc tggaggcttt ttatttttag gctcgagatg 60
gattgaaaat agcagcgacc ccccccccca cccccatctc ccccccacct ccccaaccgg 120
caccacccac ccggccgcct tcctgctgcc tcccccgacg gggcgggcgg gggaccccgg 180
tgcgccgggg gctcggcgcg ggcggctgcc gggcgcggag gggcgggggc ggccgtgact 240
ccctcccgtg catgtagagg cacgggccgg cccctccgcg cctgcaatta aatgtaacgc 300
gctcctgcct gtcttgcccg ccgggccgga ggttccgctc tccccgtccc cccgatcaaa 360
aaaaaataaa aataaaataa aaaataaaat aaaataaaat aaagaatttc cgatttaaat 420
aataatagca ataatttttc ctccatagaa agaagctttc cggttaccct gagcgatata 480
cgggcactgc gcccacccca cccccccccc ccgcatccca gccgggggtg gcacagtgct 540
gcgatgcggt cgggacggac ccccccctcc cgcactgctg agccgttctt cgggttctca 600
tcgtccatcc ggccgctgtg gcagcgctga ggggaagagc cacgtggaga atttgttagt 660
aaataaattt ggtcgtatta ttcgagaagg agaagttgtg taaagcttta gaaataggcg 720
cacctaccca ggggtatttc agtgcgttca gtgctgcggc cacgtaggaa actcgtcaga 780
atgaaggatt aaaacaaaaa caatctggga aatttaaagc gaggaacctt cagctctccc 840
tcctctgtct gatgcattct gctgtcctgg ggttttggct ttcccaacac agagatgctg 900
ctcacagtgg gcagtttggt gccatccttc caactgcatc gctctcctcg gagcaccaaa 960
ctgaatccac cagaggggtt tgggtggaac ttctgtgtat ctgtgtgtgt ttctgaggct 1020
tctgctgcaa cctcagctcc acattcacag gtgggaggga gaaggcaatg aaatttggga 1080
ataaatctcc tgcagctccc aaagtggctg agaagtggag cgttcacctt cacccacgga 1140
cacgtcccac aggcacagct agcacaactc atccactgcc tgcttcacat ccagccctaa 1200
tctggacccg aatacttctg ttgttgctgg tttacagagc accttccctg tgtaacacaa 1260
ccctttaata atgaaatgaa agaaaccaac cccaaaataa caacaacaac aaaaatccta 1320
acaaagaggg aagccttccg tttagaccca caacgaggaa ggctatcagt caacctcctt 1380
ccctcggtgg agcgttccag atgtaaggta tttagggaat gcaaacagca gagcccaaat 1440
cattgatctg ctgcggggcg atagggctgc gctcagcccc gggcaggagg aggggcagct 1500
gggactgcag ggcagctgcc ccattgaggg caaagctcta caaacccccc cgccccccag 1560
aagggggaaa gggctcaacc tcaccaggaa cggcagcagt aatccggtgg gatacgggga 1620
gctgagcact atcactccca acagcagcgt ggcctcgttc ctcccccagc acttccctgc 1680
ggttttgagc tccctctgag gagcggattt ctttgtgcat tttacaccac gttccgatgg 1740
gtccctccac gctctgcagc cacgtgaggc tgtgtgtgat ttcataccca aaatgtgacc 1800
cgggctaaaa gctggtgggt gtttttcggg ggggttgcat ggttgatttg ttgttgtttt 1860
gatggcagat ttccaccttg gaatgaggca gaaaggtcct taatgaattt ttaggattac 1920
tgtacaacac caaacaattc ctgttgtcac acgggagttt aagggaactt tcttaaggta 1980
aaataaaaac ccaaaaggtg ggaactgaat ggtgaataat gcacctatgt gtgcaaggga 2040
tcaatatgga aaggtgcaat tcctgcatag tggtgaagta ctgttgttgt tctgagacag 2100
aggaaaatta aaccagaaat gatctctgtg gcagagaagt ggtgaaatgg agtagttcac 2160
atcctgatat cttttcaggc agttgccatt tgattttgtt ttaatttgtt tggattcttt 2220
ttcggtttgg tttggttgct tttgttttta atgtccggtg atggcactgc atttccagtt 2280
ggacaacaca gggaaacacc tgaagctctg aacaacgctc atttcccaga gctctcatgt 2340
ataggtaaag ttacaatcaa ataaagatgg gctgaaggat ttcactgttg cacttctgtc 2400
acggaagggg gaaaaaatca ctatttgatt catgcagaat ctgttacaaa caaacctcag 2460
ccaccagaaa taagccgagc acagagcaag gctgtccctg aaacacaggt gggaactgag 2520
cagaatgaga ggggtgaggg tgcagttggg gaatatttcc tttctcttac gtgggatccc 2580
agttcagacc accttttgtt catttttttg ttaggaggaa aacatttgtg catggaaaag 2640
gaatctccta tgtccaagct gatcccatgg attaaagctg gagtgcacaa atcagttgag 2700
aatcaaactt actgcaggat caccaatttt atttaaaaca aaattccagc ctggcattga 2760
ttattaataa tttcctgatt ctgtgtgcac tttggacaca gctctgatcc ccaagggctg 2820
cttcctgaag ctgaggggca gagcagcatc ctgccccggg gggaaatgcc cctctgcccc 2880
gggtgggagg ggggggctgt aagggtgggg ggatcccagg gggcagtgct gagggtgggg 2940
atggctccca gtgctggaca ctgcccgaca aaaagcacaa cacaacactg ccatcaactc 3000
aggctgcagc atcagctcac attctgacaa atccttttgt tctgctgctg aaagatgggg 3060
ctccttccaa acaacggcaa accacaacca aactcttatt tacttctccc tccatctgcc 3120
tgggagctgc ttctgtgctc actgcagggc agggtgctct gctcttgcac tcctgcagca 3180
gcaatctgaa ttctccactg ggactttgca aacggaccga gtgctgttca gact 3234
<210> 3
<211> 1555
<212> DNA
<213> 家鸡（Gallus gallus）
<221> 第2993-4547位插入或缺失片段
<400> 3
atacccaaaa tgtgacccgg gctaaaagct ggtgggtgtt tttcgggggg gttgcatggt 60
tgatttgttg ttgttttgat ggcagatttc caccttggaa tgaggcagaa aggtccttaa 120
tgaattttta ggattactgt acaacaccaa acaattcctg ttgtcacacg ggagtttaag 180
ggaactttct taaggtaaaa taaaaaccca aaaggtggga actgaatggt gaataatgca 240
cctatgtgtg caagggatca atatggaaag gtgcaattcc tgcatagtgg tgaagtactg 300
ttgttgttct gagacagagg aaaattaaac cagaaatgat ctctgtggca gagaagtggt 360
gaaatggagt agttcacatc ctgatatctt ttcaggcagt tgccatttga ttttgtttta 420
atttgtttgg attctttttc ggtttggttt ggttgctttt gtttttaatg tccggtgatg 480
gcactgcatt tccagttgga caacacaggg aaacacctga agctctgaac aacgctcatt 540
tcccagagct ctcatgtata ggtaaagtta caatcaaata aagatgggct gaaggatttc 600
actgttgcac ttctgtcacg gaagggggaa aaaatcacta tttgattcat gcagaatctg 660
ttacaaacaa acctcagcca ccagaaataa gccgagcaca gagcaaggct gtccctgaaa 720
cacaggtggg aactgagcag aatgagaggg gtgagggtgc agttggggaa tatttccttt 780
ctcttacgtg ggatcccagt tcagaccacc ttttgttcat ttttttgtta ggaggaaaac 840
atttgtgcat ggaaaaggaa tctcctatgt ccaagctgat cccatggatt aaagctggag 900
tgcacaaatc agttgagaat caaacttact gcaggatcac caattttatt taaaacaaaa 960
ttccagcctg gcattgatta ttaataattt cctgattctg tgtgcacttt ggacacagct 1020
ctgatcccca agggctgctt cctgaagctg aggggcagag cagcatcctg ccccgggggg 1080
aaatgcccct ctgccccggg tgggaggggg gggctgtaag ggtgggggga tcccaggggg 1140
cagtgctgag ggtggggatg gctcccagtg ctggacactg cccgacaaaa agcacaacac 1200
aacactgcca tcaactcagg ctgcagcatc agctcacatt ctgacaaatc cttttgttct 1260
gctgctgaaa gatggggctc cttccaaaca acggcaaacc acaaccaaac tcttatttac 1320
ttctccctcc atctgcctgg gagctgcttc tgtgctcact gcagggcagg gtgctctgct 1380
cttgcactcc tgcagcagca atctgaattc tccactggga ctttgcaaac ggaccgagtg 1440
ctgttcagac ttcagcaaaa caaagctact ttgcatcgat ttgtttttaa ttatttttaa 1500
tcatttttta ttctcccccc cccccctcca cgatggaaat gatttgcttt cattt 1555
<210> 4
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<221> ASP-F
<400> 4
cccccgtccc tagaaaccag caaaac 26
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<221> 2K-F
<400> 5
caactcatcc actgcctgct t 21
<210> 6
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<221> ASP-R
<400> 6
gtctgctggg aagaagtggg ggtatatttg 30

Claims (10)

1.一种与鸡体尺性状相关的IGF2BP1基因分子标记，其特征在于，其核苷酸序列如SEQID NO：1所示，5’端起第1210-4443位或5’端起第2993-4547位插入或缺失；所述SEQ ID NO：1的5’端起第1210-4443位的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示，所述SEQ ID NO：1的5’端起第2993-4547位的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示。
2.如权利要求1所述的分子标记在鸡体尺性状改良育种中的应用。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，判断如SEQ ID NO：1所示核苷酸序列5’端起第1210-4443位或5’端起第2993-4547位插入或缺失，选择SEQ ID NO：1所示核苷酸序列5’端起第1210-4443位缺失的纯合型鸡个体留种。
4.用于检测权利要求1所述分子标记基因型的引物，其特征在于，其核苷酸序列如SEQID NO：4-6所示。
5.用于检测权利要求1所述分子标记基因型的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含如SEQ ID NO：4-6所示的引物。
6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括dNTPs、PCR反应缓冲液、DNA聚合酶中的一种或几种。
7.一种鸡体尺性状改良育种方法，包括如下步骤：
1)提取待测鸡DNA；根据权利要求1所述的分子标记设计引物，利用设计引物进行PCR扩增；
2)根据PCR扩增结果选择SEQ ID NO：1所示核苷酸序列5’端起第1210-4443位缺失的纯合型鸡个体留种。
8.根据权利要求7所述的鸡体尺性状改良育种方法，其特征在于，步骤1)中，设计引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：4-6所示；利用琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物的条带大小，判断SEQ ID NO：1所示核苷酸序列5’端起第1210-4443位或2993-4547位插入或缺失并进行基因型鉴定；共分为六种基因型：WW基因型显示2344bp一条带；L2W基因型显示2344bp和790bp两条带；L1W基因型显示2344bp和290bp两条带；L2L2基因型显示790bp一条带；L1L2基因型显示290bp和790bp两条带；L1L1基因型显示290bp一条带；选择基因型为L1L1的鸡个体留种。
9.根据权利要求7或8所述的鸡体尺性状改良育种方法，其特征在于，步骤1)中分别采用SEQ ID NO：4、6所示引物和SEQ ID NO：5、6所示引物进行PCR扩增反应，反应体系如下：
①2×Rapid Taq PCR Master Mix 10μL,ASP-F 0.5μL,ASP-R 0.5μL,待测鸡DNA模板1μL,ddH2O 8μL；
②2×Rapid Taq PCR Master Mix 10μL,2K-F 0.5μL,ASP-R 0.5μL,待测鸡DNA模板1μL,ddH2O 8μL。
10.根据权利要求9所述的鸡体尺性状改良育种方法，其特征在于，步骤1)中PCR反应程序：95℃预变性5min；95℃变性15s，60℃退火15s，72℃延伸5s，30个循环；72℃延伸5min。
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