CN106350606B - 一种用于日本沼虾生长性状分析的微卫星标记及其应用 - Google Patents

一种用于日本沼虾生长性状分析的微卫星标记及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种用于日本沼虾生长性状分析的微卫星标记，包括微卫星标记GL01和微卫星标记GL02；所述微卫星标记GL01与额剑长性状相关联，微卫星标记GL02与尾扇长、第二步足长、第二步足长指节长性状相关联；所述微卫星标记GL01上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；微卫星标记GL02上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示、下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示。同时本发明还公开了所述微卫星标记在日本沼虾的生长性状分析中的应用。本发明提供的微卫星标记的引物具有PCR扩增结果稳定的特点，其微卫星标记可以用于日本沼虾生长性状分析，可以辅助日本沼虾分子标记育种。

Description

一种用于日本沼虾生长性状分析的微卫星标记及其应用
技术领域
本发明涉及沼虾生物学遗传育种领域，具体地说是一种用于日本沼虾生长性状分析的微卫星标记及其应用。
背景技术
SSR(Simple sequence repeat)即简单序列重复，又称为微卫星DNA(microsatellite DNA)，在真核生物基因组中，SSR仅由几个核苷酸(1～6个)组成重复单位，如(GA)n、(AC)n、(GAA)n(其中n为重复次数)等，重复次数10～50，同一类微卫星DNA可分布在整个基因组不同位置上，由于重复次数的不同，或重复程度的不完全，而形成每个座位的多态性。每类微卫星DNA两端的序列多是相对保守的单拷贝序列，可根据两端序列设计一对特异引物，扩增每个位点微卫星序列。
目前，SSR也是发展最快、应用最广的一类标记。SSR标记具有以下特点：①广泛分布于整个基因组，甚至是叶绿体基因组和线粒体基因组；②数量众多，表现出高度的多态性；③具有多等位基因的特性，信息量高；④呈共显性遗传，即能区分纯合子和杂合子；⑤等位基因的分离遵循孟德尔规律；⑥基于PCR技术，可实现自动化记录和分析；⑦具有连锁不平衡现象；⑧重复性较好；⑨适合重现群体的历史。因此，微卫星标记技术目前已广泛地应用于生物DNA指纹图谱、种质资源的鉴定、遗传连锁图谱的构建、遗传多样性、等位基因变异和遗传关系及遗传结构等方面。
日本沼虾(Macrobrachium nipponense)自然分布于中国和日本，经济价值较大的一种重要淡水虾类，河北白洋淀、衡水湖、山东微山湖、江苏洪泽湖都有日本沼虾野生资源的分布。因其肉质细嫩、美味可口、富含维生素、氨基酸以及Mn、Zn等多种人体必需微量元素含量高、药用价值高，深受人们喜爱并得到广泛养殖，据《中国渔业年鉴》公布，目前全国养殖日本沼虾年产量约20万吨，年产值近100亿元，日本沼虾养殖已成为我国农业增效、农民增收的重要途径之一。近年来，随着工业化的快速推进，日本沼虾的栖息环境受到人为干扰、破坏和无序开发，使得其群体生长性状结构遭到了破坏，种质资源质量下降。到目前为，现有技术中很少有关于日本沼虾的微卫星标记的相关研究。因此，开发针对分析日本沼虾生长性状遗传的微卫星引物，采用生物遗传标记的手段分析日本沼虾生长性状，了解日本沼虾的种质资源现状，尽早研究其生长性状以及利用微卫星标记进行育种，这对其日本沼虾种子资源的培育具有十分重要的社会价值。
发明内容
本发明的目的就是提供一种用于日本沼虾生长性现状分析的微卫星标记及其应用，以提供一套日本沼虾生长性状结构分析的微卫星引物，为日本沼虾种质资源生长性状现状的调查研究以及分子生物学育种提供条件和基础。
本发明的目的是通过以下技术方案实现的：一种用于日本沼虾生长性状分析的微卫星标记，包括微卫星标记GL01和微卫星标记GL02；所述微卫星标记GL01与额剑长性状相关联；所述微卫星标记GL02与尾扇长、第二步足长、第二步足长指节长性状相关联；
所述微卫星标记GL01上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；
微卫星标记GL02上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示、下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示。
本发明提供了所述的微卫星标记在日本沼虾的生长性状分析中的应用，其采用的分析方法具体步骤包括：(a)提取待分析群体基因组DNA；(b)以所述DNA为模板，采用所述的微卫星标记引物进行微卫星标记检测；(c)进行生长性状相关分析。
分析方法中：所述的微卫星标记检测是指采用2个微卫星标记引物对DNA模板进行PCR扩增，其扩增体系为：
PCR扩增体系如下：
扩增程序为：
其中55-58℃退火30s具体是指：微卫星标记GL01的退火温度为58℃、微卫星标记GL02的退火温度为55℃。
PCR扩增产物用质量比浓度为10％的聚丙烯酰胺凝胶分离，经银染染色，并记录扩增条带结果。
本发明还公开了所述的微卫星标记在日本沼虾分子育种中的应用，具体方法：
(a)提取待分析样本的基因组DNA；
(b)以所述DNA为模板，采用所述的微卫星标记GL01引物和微卫星标记GL02引物进行PCR扩增；
PCR扩增体系如下：
扩增程序为：
其中55-58℃退火30s具体是指：微卫星标记GL01的退火温度为58℃、微卫星标记GL02的退火温度为55℃。
PCR扩增产物用质量比浓度为10％的聚丙烯酰胺凝胶分离，经银染染色，并记录扩增条带结果；
(c)在扩增待测样品时，若采用微卫星标记GL01引物能够扩增出BB(273bp，273bp)基因型，表明该待测样品为与基因型BB相关联的额剑较长的日本沼虾品系，若采用微卫星标记GL02引物能够扩增出DB(248bp，242bp)和DD(248bp，248bp)基因型，表明该待测样品为与基因型DB和DD相关联的尾扇长、第二步足长、第二步足长指节长均较长的日本沼虾品系。本发明提供的微卫星标记的引物具有PCR扩增结果稳定的特点，其微卫星标记可以用于日本沼虾生长性状分析，可以辅助日本沼虾分子标记育种。
附图说明
图1为本发明中日本沼虾形态参数测量部位示意图。
图2为实施例6中日本沼虾野生群体中引物GL01扩增的电泳图谱。
图3为实施例6中日本沼虾野生群体中引物GL02扩增的电泳图谱。
具体实施方式
下面实施例用于进一步详细说明本发明，但不以任何形式限制本发明。
实施例1 日本沼虾群体生长性状表型值的测量和记录
选取河北白洋淀(BYD)、河北衡水湖(HSH)、山东微山湖(WSH)、江苏洪泽湖(HZH)的日本沼虾鲜活样品各24只。分别对日本沼虾进行称重和测量，测量指标有体重、全长、体长、头胸甲长、头胸甲宽、头胸甲高、腹部长、腹部宽、腹部高、尾扇长、尾扇宽、额剑长、第二步足长、第二步足长指节长14个可量性状。日本沼虾形态参数测量部位示意图如图1所示。测量精确到0.02mm。其中：
体质量(BW)：整体之湿重，称重前先用滤纸吸去体表水分；
全长(TL)：将第二触角与身体拉直，其顶端与尾扇末端的距离；
体长(BL)：从眼柄基部到尾节末端之长；
额剑长(RL)：从眼柄基部到额剑前端的距离；
头胸甲长(CL)：眼柄基部指头胸甲后缘的距离；
头胸甲宽(CW)：头胸甲最宽处的直线距离；
头胸甲高(CH)：头胸甲最高处的直线距离；
腹部长(AL)：头胸甲后缘至尾节末端的距离；
腹部宽(AW)：第一腹节的最大宽度；
腹部高(AH)：第一腹节的最大高度；
尾扇长(FL)：尾扇的最大长度；
尾扇宽(FW)：尾扇的最大宽度；
第二步足长(P2L)：将第二步足拉直，其基部到顶端的距离；
第二步足指节长(P2FL)：第二步足可动指的直线距离。
实施例2 日本沼虾野生群体肌肉总DNA的提取
采用海洋动物基因组提取试剂盒提取肌肉总DNA，具体步骤如下：
(1)切取不多于30mg的组织材料，放入装有200μL GA缓冲液的离心管中，涡旋振荡15s。
(2)加入20μL Proteinase K(20mg/ml)溶液，涡旋混匀，简短离心以去除管盖内壁的水珠。在56℃放置，直至组织完全溶解，简短离心以去除管盖内壁的水珠，再进行下一步骤。
(3)加入200μL缓冲液GB，充分颠倒混匀，70℃放置10min，溶液应变清亮，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
(4)加人200μL无水乙醇，充分颠倒混匀，此时可能会出现絮状沉淀，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
(5)将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中(吸附柱放入收集管中)，12,000rpm(～13,400×g)离心30s，倒掉废液，将吸附柱CB3放回收集管中。
(6)向吸附柱CB3中加入500μL缓冲液GD(使用前请先检查是否已加入无水乙醇)，12,000rpm(～13,400×g)离心30s，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。
(7)向吸附柱CB3中加入600μL漂洗液PW(使用前请先检查是否已加入无水乙醇)，12,000rpm(～13,400×g)离心30s，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。
(8)重复操作步骤7。
(9)将吸附柱CB3放回收集管中，12,000rpm(～13,400×g)离心2min，倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置数分钟，以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。
(10)将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中，向吸附膜的中间部位悬空滴加50-200μL洗脱缓冲液TE，室温放置2-5min，12,000rpm(～13,400×g)离心2min，将溶液收集到离心管中。
(11)DNA的质量检测：取2μL基因组总DNA用质量比浓度为1.5％的琼脂糖凝胶进行电泳，经EB染色、紫外凝胶成像系统成像后观察DNA是否降解以及是否有蛋白质残留；另外，将提取的DNA样品用NanoDrop 2000分光光度计测定其浓度，并以测得DNA浓度为参考，将基因组总DNA样品统一稀释为50ng/μL。
实施例3 微卫星标记引物的开发
(1)日本沼虾购自白洋淀水产市场，在无菌条件下取其肌肉组织，提取肌肉组织总RNA，送生物公司进行转录组测序，获得转录组数据；利用MISA软件对组装得到的长度在1kb以上的unigenes进行SSR的鉴定，识别标准为：含二、三、四、五和六核苷酸类型的精确SSR标记的最小重复数分别为9、6、5、4次，利用SSRHunter1.3进行SSR标记的筛选，保证序列的前后侧翼有足够的长度用于设计引物。以筛选到的SSR使用Primer Permier 6进行引物设计；设计的主要参数设置为：引物长度18-25bp为最适长度，PCR产物片段长度范围100-350bp，最适退火温度55-65℃；GC含量一般在40-60％之间，尽量避免二级结构出现。
(2)对所合成引物进行梯度PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳EB染色初步筛选，并确定每对引物的最适退火温度，选取能扩增出单一清晰条带的引物。
实施例4 EST-SSR分子标记多态性的筛选
(1)随机选取实施例2得到的24个样本统一稀释后的基因组总DNA为模板，采用实施例3筛选出的引物对其进行PCR分型检测，其扩增体系和扩增条件如下所示，PCR扩增产物用质量比浓度为10％的聚丙烯酰胺凝胶分离，经银染染色，并记录扩增结果；通过与pBR322DNA/Msp I marker分子量标准对比估算扩增片段大小范围。
PCR扩增体系如下：
PCR反应程序如下：
(2)根据步骤(1)PCR分型检测结果及其位置确定基因型，利用Popgen32进行群体遗传分析，计算等位基因数(Number of Allele，A)、观测杂合度(ObservedHeterozygosity，Ho)和期望杂合度(Expected Heterozygosity，He)，用PIC-CALC软件对各微卫星位点的多态信息含量进行计算，结果见表1。
表1日本沼虾微卫星标记引物及其扩增的相关信息
实施例5 EST-SSR多态性引物在日本沼虾群体中的基因分型及与生长性状相关性分析
(1)采用所述的微卫星引物进行微卫星标记检测：以步骤实施例2得到的统一稀释后的全部基因组总DNA为模板，采用实施例4获得的引物对其进行PCR分型检测，其扩增体系和扩增条件如下所示，PCR扩增产物用质量比浓度为10％的聚丙烯酰胺凝胶分离，经银染染色，并记录扩增结果；通过与pBR322 DNA/Msp I marker分子量标准对比估算扩增片段大小范围。
PCR扩增体系如下：
PCR反应程序如下：
所述55-58℃退火30s是指：微卫星标记GL01的退火温度为58℃、微卫星标记GL02的退火温度为55℃。
(2)根据步骤(1)PCR分型检测结果及其位置确定基因型，根据条带位置确定基因型，利用Popgen32进行群体遗传分析，计算等位基因数(Number of Allele，A)、观测杂合度(Observed Heterozygosity，Ho)和期望杂合度(Expected Heterozygosity，He)，用PIC-CALC软件对各微卫星位点的多态信息含量进行计算。
(3)采用TESSLE2.1软件中的GLM(general linear mode)模型进行性状和标记之间的关联分析，为避免群体结构的存在影响关联分析的准确性，将日本沼虾自然群体各个体的相应Q值作为协变量，基于GLM模型利用实施例4获得的引物对日本沼虾扩增数据和96个个体的14个表型性状，包括体重、全长、体长、头胸甲长、头胸甲宽、头胸甲高、腹部长、腹部宽、腹部高、尾扇长、尾扇宽、额剑长、第二步足长、第二步足长指节长进行关联分析。标记的P值<0.01时则认为与性状存在关联。其最终筛选出2对引物标记序列如表1所示；关联分析结果见表2。在显著性P<0.01条件下，与额剑长显著相关联的位点为GL01，其表型解释率为43.83％；与尾扇长、第二步足长、第二当步足长指节长都与GL02位点显著相关联。变异解释率分别为24.46％，33.53％和32.57％。
表2与性状显著关联的SSR位点
实施例6 日本沼虾生长性状显著相关的EST-SSR分子标记在分子育种中的应用
(1)选取河北白洋淀(BYD)、河北衡水湖(HSH)、山东微山湖(WSH)、江苏洪泽湖(HZH)的日本沼虾鲜活样品各24只。分别对日本沼虾进行称重和测量，测量指标有尾扇长、额剑长、第二步足长、第二步足长指节长4个可量性状。数据如表所示。
表3日本沼虾群体生长性状表型值
(2)基因组DNA的提取：具体步骤同实施例2；
(3)利用分子标记GL01和GL02对所挑选日本沼虾群体进行基因分型(方法同实施例5)，结果如图2和图3所示，图2为引物GL01对96个日本沼虾样本DNA扩增后的电泳图谱；图3为引物GL02对96个日本沼虾样本DNA扩增后的电泳图谱；
(4)逐个分析标记时，剔除该位点基因型信息不全的样本，样本少于3的基因型缺少统计意义，一并去除。应用SPSS22软件，采用一般线性模型(General Linear Model,GLM)，以分子标记GL01和GL02在日本沼虾中的基因分型为自变量，生长典型性状尾扇长；额剑长、第二步足长和第二步足长指节长为因变量，进行标记不同基因型间的多重比较。结果如表4和表5所示：标记GL01在日本沼虾群体中的基因分型有BB、BC、BE、CC、CE、CF和EE，其中基因型BB所占比例最大，为32.97％，且其形态性状额剑长均值仅比稀有基因型EE小，大于其他基因型均值，为12.155，是生长性状额剑长的相关联基因型。GL01标记核心序列(TAA)n为n＝13，片段大小为261bp；基因型BB指n＝17，片段大小为273bp。标记GL02在日本沼虾群体中的基因分型有CA、CB、CC、DA、DB、DC和DD，其中基因型CA，属于稀有基因型，出现概率仅为4.0％，在实际育种工作中该基因型可不予考虑；基因型DD和DB的尾扇宽、第二步足长和第二步足长指节长3个生长性状均值均大于其他基因型，基因型DD和DB是生长性状尾扇宽、第二步足长和第二步足长指节长的相关联基因型。GL02标记核心序列(GAT)n为n＝11，片段大小为230bp，基因型DB指n＝15和17，片段大小为242bp和248bp；基因型DD指n＝17，片段大小为248bp。
表4微卫星位点GL01不同基因型个体比较
表5微卫星位点GL02不同基因型个体比较
(5)进行分子标记选择育种，选择微卫星标记GL01引物能够扩增出BB(273，273)基因型的个体，可以作为额剑较长的日本沼虾品系亲虾进行繁育生产；选择微卫星标记GL02引物能够扩增出DB(248，242)和DD(248，248)基因型的个体，可以作为尾扇长、第二步足长、第二步足长指节长均较长的日本沼虾品系亲虾进行繁育生产。
SEQUENCE LISTING
<110> 河北大学
<120> 一种用于日本沼虾生长性状分析的微卫星标记及其应用
<130>
<160> 4
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 22
<212> DNA
<213> GL01上游引物的核苷酸
<400> 1
accatcaatc actggatcac tc 22
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<211> 22
<212> DNA
<213> GL01下游引物的核苷酸
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<211> 22
<212> DNA
<213> GL02下游引物的核苷酸
<400> 4
ggtagtaact gctgttgctt ct 22

Claims (6)

1.一种用于日本沼虾生长性状分析的微卫星标记的引物，其特征在于，所述的微卫星标记包括微卫星标记GL01和微卫星标记GL02；所述微卫星标记GL01与额剑长性状相关联；所述微卫星标记GL02与尾扇长、第二步足长、第二步足长指节长性状相关联；
所述微卫星标记GL01上游引物的核苷酸序列如 SEQ ID NO:1所示、下游引物的核苷酸序列如 SEQ ID NO:2所示；
微卫星标记GL02上游引物的核苷酸序列如 SEQ ID NO:3所示、下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示。
2.一种权利要求1所述的引物在日本沼虾的生长性状分析中的应用，其特征是，若采用微卫星标记GL01的引物能够扩增出BB基因型，表明待测样品为与基因型BB相关联的额剑较长的日本沼虾品系，所述BB基因型中的B基因是指条带大小为273bp的DNA片段；若采用微卫星标记GL02的引物能够扩增出DB和DD基因型，表明待测样品为与基因型DB和DD相关联的尾扇长、第二步足长、第二步足长指节长均较长的日本沼虾品系，所述DB和DD基因型中的D基因是指条带大小为248bp的DNA片段，所述DB基因型中的B基因是指条带大小为242bp的DNA片段。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，通过以下方法分析，具体步骤包括：
（a）提取待分析群体样本的基因组DNA；
（b）以所述基因组DNA为模板，采用权利要求1所述的微卫星标记的引物进行PCR微卫星标记检测；
（c）进行生长性状遗传结构的分析。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述PCR微卫星标记检测的扩增体系为2×EX Taq Master Mix 5 μL、2.5 µmol/L的上游引物1.0 μL、2.5 µmol/L的下游引物1.0 μL、50 ng/μL DNA模板1.0 μL、ddH2O 2 μL。
5.根据权利要求3或4所述的应用，其特征在于，所述PCR分子标记检测的扩增程序为：94℃预变性3min；94℃变性30 s、55-58℃退火30 s、72℃延伸30s，35个循环；72℃终延伸10min。
6.根据权利要求1所述的引物在日本沼虾分子育种中的应用，其特征是，若采用微卫星标记GL01的引物能够扩增出BB基因型，表明待测样品为与基因型BB相关联的额剑较长的日本沼虾品系，所述BB基因型中的B基因是指条带大小为273bp的DNA片段；若采用微卫星标记GL02的引物能够扩增出DB和DD基因型，表明待测样品为与基因型DB和DD相关联的尾扇长、第二步足长、第二步足长指节长均较长的日本沼虾品系，所述DB和DD基因型中的D基因是指条带大小为248bp的DNA片段，所述DB基因型中的B基因是指条带大小为242bp的DNA片段。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108184736B (zh) * 2018-03-06 2021-12-21 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心 一种克氏原螯虾的活体无损取样方法及应用
CN109207482B (zh) * 2018-09-18 2022-04-01 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心 青虾gem基因及其编码蛋白和应用
CN114410801A (zh) * 2022-01-26 2022-04-29 广西壮族自治区药用植物园 影响罗氏沼虾生长性状的snp标记及其应用

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101403013A (zh) * 2008-11-18 2009-04-08 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心 磁珠富集法筛选日本沼虾微卫星标记的方法

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Artificial interspecific hybridization between Macrobrachium species;Fu H T et al.;《Aquaculture》;20041231;215-223 *

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