CN106434931B - 一种区分大白猪和中国地方猪品种的结构变异sv177及其检测技术 - Google Patents

一种区分大白猪和中国地方猪品种的结构变异sv177及其检测技术 Download PDF

Info

Publication number
CN106434931B
CN106434931B CN201610886973.9A CN201610886973A CN106434931B CN 106434931 B CN106434931 B CN 106434931B CN 201610886973 A CN201610886973 A CN 201610886973A CN 106434931 B CN106434931 B CN 106434931B
Authority
CN
China
Prior art keywords
pig
large white
genotype
place
china
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201610886973.9A
Other languages
English (en)
Other versions
CN106434931A (zh
Inventor
冉雪琴
王嘉福
徐倩
牛熙
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Guizhou University
Original Assignee
Guizhou University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Guizhou University filed Critical Guizhou University
Priority to CN201610886973.9A priority Critical patent/CN106434931B/zh
Publication of CN106434931A publication Critical patent/CN106434931A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN106434931B publication Critical patent/CN106434931B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172—Haplotypes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种区分大白猪和中国地方猪品种的结构变异SV177，其特征在于：SV177位于猪参考基因组Sscrofa 10.2的chrX:100561156‑100562159，SV177缺失基因定为D，正常不缺失的基因定为A。应用本发明所述的检测技术，检测样品的SV177基因型，发现大白猪三个基因型都有并以不缺失的A基因为主，地方猪种则没有杂合的基因型(DA)而且以缺失的D基因为主，可应用结构变异SV177作为分子标记区分大白猪和中国地方猪品种。

Description

一种区分大白猪和中国地方猪品种的结构变异SV177及其检 测技术
技术领域
本发明涉及分子生物学检测领域，具体来说，涉及一种区分大白猪和中国地方猪品种的结构变异及其检测技术。
技术背景
我国历代祖先均以选育纯种作为生猪品种的培育思路。由于地域环境气候的多样性、复杂性，不同地区的劳动人民坚持不懈地开展当地猪品种的选种配种，经历漫长的岁月，培育出适合当地环境、气候等自然条件的地方猪品种，形成了我国丰富多样的地方猪品种资源。例如贵州地区的香猪、柯乐猪、江口萝卜猪等猪品种，都是经过长期的人工选育形成的，具有性成熟早、耐粗饲、适应性强、肉质好等特点。然而随着我国人口的增长，养猪业发展转为集约化、规模化模式，为了追求经济利益，提高猪肉的产量，大型猪场长期、经常引进大白猪等欧洲猪品种，部分猪场用大白猪与地方猪品种进行杂交，得到的内二元杂交品系既有较快的生长速度又有较好的环境适应性，然而杂交导致的直接后果就是，地方猪种群中被掺入了大量的欧洲猪血统，地方猪品种的纯度呈快速下降趋势，我国大部分地方猪品种的优良基因被污染甚至丢失。
结构变异(SV)包括基因组水平的片段插入/缺失、重复、倒位和易位，是全基因组范围内的遗传变异，涉及的基因组区域较广泛。畜禽基因组学研究表明结构变异可直接影响表型。例如，鸡的SOX5基因的第一个内含子存在重复型变异引起豆状冠；牛的MIMT1基因中110Kb的片段缺失会导致牛流产和死胎。IL1RAPL2是白介素1受体辅助蛋白，属于白细胞介素受体1家族，在固有免疫和适应性免疫系统中具有重要的作用。IL1RAPL2基因编码的蛋白与IL1RAPL1编码的蛋白极其相近，二者共同定位于X染色体上与非特异X连锁MR(精神发育迟滞)相关的区域上。这两个X染色体连锁的基因享有共同的区域，相同的外显子-内含子结构，在中枢神经系统中特异性表达(贺波，2008年)。
发明内容
本发明要解决的技术问题是：提供结构变异SV177的检测技术，用于区分大白猪和中国地方猪品种。
本发明的技术方案是：一种区分大白猪和中国地方猪品种的结构变异SV177，位于猪参考基因组Sscrofa 10.2的chrX:100561156-100562159，结构变异SV177的三种基因型分别命名为AA、DA和DD型，其中AA为正常基因型、DD为纯合缺失的基因型、DA为杂合缺失的基因型。
本发明还提供用于检测猪品种结构变异SV177类型的一组引物，所述的引物分别为：上游引物F1：5’-GTAGCAGATTCCCTCAGCATCC-3’，下游引物R1：5’-CGGCTCTGATTTATGGGCTTG-3’，目的序列分别为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2，SEQ ID No.3为缺失区间序列。
本发明还提供所述结构变异SV177基因型的检测技术。
该技术包括以下步骤：
(1)提取待测大白猪、香猪、柯乐猪、荣昌猪和江口萝卜猪这五种猪品的基因组DNA；
(2)以上述5个猪品种的基因组DNA为模板，分别利用引物F1、R1，进行PCR检测；
(3)1.0％琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物，凝胶成像系统记录条带并判断SV177的基因型。
步骤(2)中进行PCR所使用的扩增体系为20μL，即：2×Taq PCR Master Mix 10μL，10μmol/L的引物F1、R1各0.3μL，ddH2O 8.4μL，10ng/μL基因组DNA 1μL。进行PCR采用的反应条件：①预变性：94.0℃5min；②扩增反应：变性：94.0℃30sec，退火：56.0℃30sec，延伸：72.0℃45sec，35个循环；③72.0℃10min；4℃保存。
本发明进一步提供所述结构变异在区分大白猪和中国地方猪品种中的检测技术。
前述的检测技术包括以下步骤：
(1)采用PCR技术检测结构变异SV177的基因型；
(2)应用SPSS v20.0进行卡方检验，分析大白猪和其它4个猪品种的SV177分布频率，进行差异显著性检验。
(3)根据结构变异SV177的基因型和等位基因频率区分大白猪和中国地方猪种。
本发明所述结构变异SV177可作为区分大白猪和中国地方猪品种的分子标记。
本发明的有益效果：(1)本发明提供的分子标记可不受猪的年龄、性别和饲养等因素的限制，可用于大白猪和中国地方猪品种的个体选择。
(2)本发明所选的检测地方猪种的结构变异SV177方法准确可靠，操作简便。
附图说明
图1为本发明实施例1中SV177基因型检测结果；A.1-4泳道为DD型；B.5-7泳道为AA型；C.8、9泳道为DA型；
图2为本发明实施例2中5个猪品种SV177的等位基因频率。
具体实施方式
以下实例对本发明做进一步的解释，但不限定本发明的范围，若无特别指明，实施例中所用的技术方法和条件均为本领域技术人员所熟知的技术方法和常规实验条件，或按照相关试剂厂商说明书建议的方法和条件。
实施例1区分猪品种的结构变异SV177的检测技术，步骤如下：
1、基因组DNA的提取
本发明采用购自天根生化科技(北京)有限公司的血液/细胞/组织基因组DNA提取试剂盒，用于从血液或组织中提取基因组DNA，具体方法如下：
1)处理材料
提取材料为血液时，可直接使用200μL新鲜、冷冻或加入各种抗凝剂的血液，不足200μL可加缓冲液GA补足。
提取材料为动物组织时(脾组织用量应少于10mg)打碎处理为细胞悬浮液，然后10，000rpm(11，200×g)离心1min，倒尽上清，加200μL缓冲液GA，振荡至彻底悬浮。
注意：去除RNA，可加入4μL RNaseA溶液，振荡15sec，室温放置5min。
2)提取血液基因组时，加入20μL蛋白酶K，混匀，即可继续进行下一步；提取组织基因组时，加入蛋白酶K并混匀后，于56.0℃水浴2-4h(每小时混匀样品2～3次)直至组织块完全溶解；
3)加入200μL缓冲液GB，充分颠倒混匀，70.0℃水浴10min，可见溶液变清亮；
4)加入200μL无水乙醇，充分振荡混匀15sec，此时可能会出现絮状沉淀；
5)将步骤4)所得的溶液和沉淀都加入吸附柱CB3中(吸附柱放入收集管中)，12000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放回收集管中；
6)向吸附柱CB3中加入500μL缓冲液GD(已加入无水乙醇)，12000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放回收集管中；
7)向吸附柱CB3中加入600μL漂洗液PW(已加入无水乙醇)，12000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放回收集管中；
8)重复操作步骤7)一次；
9)将吸附柱CB3放回收集管中12000rpm离心2min，倒掉废液，将吸附柱CB3置于室温放置数分钟，以彻底晾干吸附材料中残留的漂洗液；
10)将吸附柱CB3转入一个干净的1.5mL离心管中，向吸附柱中部悬空滴加50-200μL洗脱液TE，室温放置2-5min,12000rpm离心2min，将溶液收集到离心管中；
11)为增加基因组DNA的得率，可将离心得到的TE溶液再重复加入吸附柱CB3中，放置2min，12000rpm离心2min；
12)基因组DNA放于4.0℃备用或-20.0℃保存。
2、目标序列的扩增
本发明中SV177位于chrX:100561156-100562159，参考NCBI Genbank收录的相应序列，使用Primer Premier 5.0软件设计两条特异性引物，上游引物F1：5’-GTAGCAGATTCCCTCAGCATCC-3’，下游引物R1：5’-CGGCTCTGATTTATGGGCTTG-3’，组合进行PCR检测，目的片段长度为1986bp或982bp，测序后得出目标序列分别为SEQ ID No.1和SEQ IDNo.2，SEQ ID No.3为缺失区间序列。
PCR所使用的扩增体系为20μL，包括：2×Taq PCR Master Mix10μL，10μmol/L的上、下游引物取各取0.3μL，ddH2O取8.4μL，10ng/μL基因组DNA取1μL。
进行PCR采用的反应条件：1)预变性：94.0℃5min；2)扩增反应：变性：94.0℃30sec，退火：56℃30sec，延伸：72.0℃45sec，35个循环；72.0℃10min；4℃保存。
3、PCR产物琼脂糖凝胶电泳检测及基因型判断
PCR结束后，取4μL PCR产物经1.0％的琼脂糖电泳检测，0.5μg/mL溴乙锭染色，凝胶成像系统记录条带。
每个基因组，以引物F1、R1组合进行PCR检测。若扩增出单条带且大小为1986bp，将基因型定义为AA型；若扩增两条带，一条带大小为1986bp而另一条带为982bp，则基因型定义为DA型；若扩增出单条带而且大小为982bp，将基因型定义为DD型(图1)。
实施例2结构变异SV177基因型的检测应用
按照实施例1所述的方法，以采自贵州从江县和清镇的香猪共299头、铜仁市江口县的江口萝卜猪41头、毕节市的柯乐猪34头和大白猪52头以及重庆市荣昌县的荣昌猪44头为试验材料，以chrX:100561156-100562159为候选SV177，利用PCR技术检测该SV177基因型在5个群体中的分布情况，应用SPSS v20.0软件中的卡方检验分析SV177基因型的差异关系。结果显示，(表1，图2)大白猪具有三个基因型，而其它四个地方猪种最多只有两个纯合基因型(AA、DD)，没有杂合基因型(DA)；大白猪和4个地方猪品种SV177基因型的分布频率之间的差异极显著(P<0.001)。
结构变异SV177位于基因的第一个内含子中，利用预测软件(http://www.gene- regulation.com/cgi-bin/pub/programs/match/bin/match.cgi)分析，得出SV177缺失片段1004bp中存在两个转录因子结合位点。
表1 SV177的基因型和基因频率
备注：P<0.01表示差异极显著。
序列表
<110> 贵州大学
<120> 一种区分大白猪和中国地方猪品种的结构变异SV177及其检测技术
<160> 5
<210> 1
<211> 1986
<212> DNA
<213> 大白猪SV177不缺失时的序列
<400> 1
GTAGCAGATTCCCTCAGCATCCTGTCTTCTTTAGGAGAAAAATTTCCGGTTTTTAATACT 60
TTCTTATAGGACTTTCCACGAATAAGGCTAGCTTCCTCGGGCATACTCTAATGAAGTGTG 120
TCAGGAAACTTAAAGTATGAGACCATACACTAAAAGTGGCCAAAATCTTATAGAGAATAG 180
GATACTGACTTCCTGTCATCTGAACACTATATAAAATGAGATCATTTGTATGAAAGCACT 240
TTTCACAATGTAAAGCAGCATGCTCATGGAAGGTATCATTATTATTATAAATGTAACTTG 300
AGATTGTGTTAGCTTATTCAGCAGCCACATCACACTGTTGGCCAGTATTTTAAACTTGTG 360
GTCAGCTAAATCCTCAAACCTTTTTCACAGGAATTGCTACATGAAAGAGCCCCATAATCA 420
TTTGTTCCATGGTCAGTAATAAATACACCATCCATTTTTTTGCCTTTGAGAAAATAGACT 480
TAATAGTGTTTTGATTTCCAGGGCTAACTACCAATTTAAAATTTTTGATAAGATTTAGGT 540
CCTATCAACCCACACAAACCACTTTAACCTAATTCAGTGCTTTTTTTTTTTTTTATTATT 600
TTCCCACTGTACAGCAAGGGGGTCAGGTCATCCTTAGATGTATACATTGCAGTTACAGTT 660
TTTTTCCCCCACCCTTTCTTCTGTTGCGACATGAGTATCTAGACATAGTTCTCAATGCTA 720
TTCAGCAGGATCTCCTTATAAATCTATTCTAGGTTGTGTCTGATAAGCCCAAGCTCCCGA 780
TTCCTCCCACTCCCTCCCCCTCCCATCAGGCAGCCACAAGTCTCTTCTCCAAGTCCATGA 840
TTTTCTTTTCTGAGGAGATGTTCATTTGCGCTGGATATTAGATTCCAGTTATAAGTGATA 900
TCATATGGTATTTGTCTTTGTCTTTCTGGCTCATTTCACTCAGGATGAGATTCTCTAGTT 960
CCATCCATGTTGCTGCAAATGGCATTATGTCATCCTTTTTTATGGCTGAGTAGTATTCCA 1020
TTGTGTATATATACCACCTCTTCCGAATCCAATCCTCTGTTGATGGACATTTGGGTTGTT 1080
TCCATGTCCTGGCTATTGTGAATAGGGCTGCAATGAACATGCGGGTGCATGTGTCTCTTT 1140
TAAGTAGAGCTTTGTCCGGATAGATGCCCAAGAGTGGGATTGCAGGGTCATATGGAAGTT 1200
CTATGTATAGATTTCTAAGGTATCTCCAAACTGTTCTCCATAGTGGCTGTACCAGTTTAC 1260
ATTCCCACCAGCAGTGCAGGAGGGTTCCCTTTTCTCCACAGCCCCTCCAGCACTTGTTAT 1320
TTGTGGATTTATTAATGATGGTCATTCTGCCTGGTGTGAGGTGGTATCTCATGGTAGTTT 1380
TGATTTGCATTTCTCTTATAATCAGCAATGTTGAGCATTTTTTCATGTGTTTGTTGGCCA 1440
TCTGTATATCTTCTTTGGAGAAATGTCTATTCAGGTCTTTTGCCCATTTTTCCATTGGGT 1500
TGTTGGTTTTTTTGCTGTTGAGTTGTATAAGTTGCTTGTATATTCTAGAGATTAAGCCCT 1560
TGTCAGTTGCATCATTTGAAACTATTTGTTGTTTTTTTAAAGTACAAATTCAGTTAGCTA 1620
AGCATTTTTTTAAAATTTGTATCTGCATGACAACAAATACCTGATTTAAGGCCTCTTTTT 1680
ATCTACTTGTAGTATTGGTGTGGGAACAGCATTAAACTTTTGATTTCCTCTTTAGTAGCT 1740
AATGCTTTTGTTGTAATTAACTGATTTCTGTAGTCAAAAACTGCGCATTTTCTTGGAATT 1800
TGCAAACAGGGAGACCAGTTTAAATTATACAGAAGCACAGAAATCATAAATAATAGCAGC 1860
CTTGAGATCTCATGATTAGTATAGTTAAAGCAGAAATATGGGAATACATACCTTTTCCAC 1920
CATATTCTTTTCCCTCTCTAGGAACGTTATGGATCATTTACTTCTCAAGCCCATAAATCA 1980
GAGCCG 1986
<210> 2
<211>982
<212> DNA
<213> 大白猪SV177发生缺失后的序列
<400> 2
GTAGCAGATTCCCTCAGCATCCTGTCTTCTTTAGGAGAAAAATTTCCGGTTTTTAATACT 60
TTCTTATAGGACTTTCCACGAATAAGGCTAGCTTCCTCGGGCATACTCTAATGAAGTGTG 120
TCAGGAAACTTAAAGTATGAGACCATACACTAAAAGTGGCCAAAATCTTATAGAGAATAG 180
GATACTGACTTCCTGTCATCTGAACACTATATAAAATGAGATCATTTGTATGAAAGCACT 240
TTTCACAATGTAAAGCAGCATGCTCATGGAAGGTATCATTATTATTATAAATGTAACTTG 300
AGATTGTGTTAGCTTATTCAGCAGCCACATCACACTGTTGGCCAGTATTTTAAACTTGTG 360
GTCAGCTAAATCCTCAAACCTTTTTCACAGGAATTGCTACATGAAAGAGCCCCATAATCA 420
TTTGTTCCATGGTCAGTAATAAATACACCATCCATTTTTTTGCCTTTGAGAAAATAGACT 480
TAATAGTGTTTTGATTTCCAGGGCTAACTACCAATTTAAAATTTTTGATAAGATTTAGGT 540
CCTATCAACCCACACAAACCACTTTAACCTAATTCAGTGCTTTTTTTTTTTTTTAAAGTA 600
CAAATTCAGTTAGCTAAGCATTTTTTTAAAATTTGTATCTGCATGACAACAAATACCTGA 660
TTTAAGGCCTCTTTTTATCTACTTGTAGTATTGGTGTGGGAACAGCATTAAACTTTTGAT 720
TTCCTCTTTAGTAGCTAATGCTTTTGTTGTAATTAACTGATTTCTGTAGTCAAAAACTGC 780
GCATTTTCTTGGAATTTGCAAACAGGGAGACCAGTTTAAATTATACAGAAGCACAGAAAT 840
CATAAATAATAGCAGCCTTGAGATCTCATGATTAGTATAGTTAAAGCAGAAATATGGGAA 900
TACATACCTTTTCCACCATATTCTTTTCCCTCTCTAGGAACGTTATGGATCATTTACTTC 960
TCAAGCCCATAAATCAGAGCCG 982
<210> 3
<211> 1004
<212> DNA
<213> 大白猪SV177实际缺失的序列
<400> 3
TTATTATTTTCCCACTGTACAGCAAGGGGGTCAGGTCATCCTTAGATGTATACATTGCAG 60
TTACAGTTTTTTTCCCCCACCCTTTCTTCTGTTGCGACATGAGTATCTAGACATAGTTCT 120
CAATGCTATTCAGCAGGATCTCCTTATAAATCTATTCTAGGTTGTGTCTGATAAGCCCAA 180
GCTCCCGATTCCTCCCACTCCCTCCCCCTCCCATCAGGCAGCCACAAGTCTCTTCTCCAA 240
GTCCATGATTTTCTTTTCTGAGGAGATGTTCATTTGCGCTGGATATTAGATTCCAGTTAT 300
AAGTGATATCATATGGTATTTGTCTTTGTCTTTCTGGCTCATTTCACTCAGGATGAGATT 360
CTCTAGTTCCATCCATGTTGCTGCAAATGGCATTATGTCATCCTTTTTTATGGCTGAGTA 420
GTATTCCATTGTGTATATATACCACCTCTTCCGAATCCAATCCTCTGTTGATGGACATTT 480
GGGTTGTTTCCATGTCCTGGCTATTGTGAATAGGGCTGCAATGAACATGCGGGTGCATGT 540
GTCTCTTTTAAGTAGAGCTTTGTCCGGATAGATGCCCAAGAGTGGGATTGCAGGGTCATA 600
TGGAAGTTCTATGTATAGATTTCTAAGGTATCTCCAAACTGTTCTCCATAGTGGCTGTAC 660
CAGTTTACATTCCCACCAGCAGTGCAGGAGGGTTCCCTTTTCTCCACAGCCCCTCCAGCA 720
CTTGTTATTTGTGGATTTATTAATGATGGTCATTCTGCCTGGTGTGAGGTGGTATCTCAT 780
GGTAGTTTTGATTTGCATTTCTCTTATAATCAGCAATGTTGAGCATTTTTTCATGTGTTT 840
GTTGGCCATCTGTATATCTTCTTTGGAGAAATGTCTATTCAGGTCTTTTGCCCATTTTTC 900
CATTGGGTTGTTGGTTTTTTTGCTGTTGAGTTGTATAAGTTGCTTGTATATTCTAGAGAT 960
TAAGCCCTTGTCAGTTGCATCATTTGAAACTATTTGTTGTTTTT 1004
<210> 4
<211>22
<212>DNA
<213>人工合成
<400>4
GTAGCAGATTCCCTCAGCATCC
<210> 5
<211>21
<212>DNA
<213>人工合成
<400>5
CGGCTCTGATTTATGGGCTTG

Claims (4)

1.一种区分大白猪和中国地方猪品种的分子标记SV177，其特征在于：分子标记SV177位于猪参考基因组Sscrofa 10.2的chrX: 100561156-100562159， SV177的两种等位基因设为A和D，三种基因型分别命名为AA、DA和DD型，其中AA为正常基因型、DD为纯合缺失的基因型、DA为杂合缺失的基因型，所述的地方猪品种为香猪、柯乐猪、江口萝卜猪和荣昌猪。
2.根据权利要求1所述的一种区分大白猪和中国地方猪品种的分子标记SV177，其特征在于：SV177的一组引物，所述的引物分别为：上游引物F1：5’- GTAGCAGATTCCCTCAG CATCC-3’，下游引物R1：5’- CGGCTCTGATTTATGGGCTTG -3’，目的序列分别为SEQ ID No.1和SEQID No.2，SEQ ID No.3为缺失区间序列。
3.如权利要求2所述的一种区分大白猪和中国地方猪品种的分子标记SV177的检测方法，其特征在于：包括以下步骤：（1）提取待测大白猪和地方猪品种的基因组DNA；（2）以5个待测猪品种的基因组DNA为模板，分别利用引物F1、R1，进行PCR检测，分析SV的基因型；（3）1.0%琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物，凝胶成像系统记录条带并判断基因型，应用SPSS v20.0中的卡方检验进行双侧检验，分析大白猪与地方猪品种的SV177的基因型分布频率；根据个体基因型和SV177的等位基因频率区分大白猪和中国地方猪品种；所述的地方猪品种为香猪、柯乐猪、江口萝卜猪和荣昌猪。
4.根据权利要求3所述的一种区分大白猪和中国地方猪品种的分子标记SV177的检测方法，其特征在于：步骤（2）中进行PCR所使用的扩增体系为20 μL，计为：2×Taq PCRMaster Mix 10 μL，10 μmol/L 引物F1、R1各 0.3 μL， ddH2O 8.4 μL，10 ng/μL基因组DNA1 μL；进行PCR采用的反应条件：1）预变性：94.0℃ 5 min；2）扩增反应：变性：94.0℃ 30sec，退火：56℃ 30 sec，延伸：72.0℃ 45 sec，35个循环；72.0℃ 10 min，4℃保存。
CN201610886973.9A 2016-10-11 2016-10-11 一种区分大白猪和中国地方猪品种的结构变异sv177及其检测技术 Active CN106434931B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201610886973.9A CN106434931B (zh) 2016-10-11 2016-10-11 一种区分大白猪和中国地方猪品种的结构变异sv177及其检测技术

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201610886973.9A CN106434931B (zh) 2016-10-11 2016-10-11 一种区分大白猪和中国地方猪品种的结构变异sv177及其检测技术

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN106434931A CN106434931A (zh) 2017-02-22
CN106434931B true CN106434931B (zh) 2019-08-23

Family

ID=58173413

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201610886973.9A Active CN106434931B (zh) 2016-10-11 2016-10-11 一种区分大白猪和中国地方猪品种的结构变异sv177及其检测技术

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN106434931B (zh)

Families Citing this family (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110373482A (zh) * 2019-08-31 2019-10-25 贵州大学 一种鉴别大白猪和贵州地方猪品种的lcorl基因中结构变异sv426分子标记
CN110452996A (zh) * 2019-08-31 2019-11-15 贵州大学 一种与香猪产仔数相关的fstl5基因中sv477标记及其检测方法
CN110373481A (zh) * 2019-08-31 2019-10-25 贵州大学 一种区分大白猪和贵州地方猪品种的dkk2基因中结构变异sv91及其检测技术
CN110343774A (zh) * 2019-08-31 2019-10-18 贵州大学 一种鉴别贵州地方猪种与大白猪的klf8基因中sv103分子标记及其检测技术
CN110343772A (zh) * 2019-08-31 2019-10-18 贵州大学 一种鉴别香猪与大白猪的结构变异smc1a基因中sv320分子标记及其检测技术
CN110343771A (zh) * 2019-08-31 2019-10-18 贵州大学 一种用于鉴定中国地方猪种香猪的结构变异klf8基因中sv322分子标记及其检测技术
CN110343773A (zh) * 2019-08-31 2019-10-18 贵州大学 一种用于鉴定香猪品种的结构变异tro基因中sv108分子标记及其检测技术
CN110373483A (zh) * 2019-08-31 2019-10-25 贵州大学 一种与香猪产仔数相关的nelfa基因中sv40分子标记及应用
CN112501316A (zh) * 2020-12-24 2021-03-16 贵州大学 一种利用msh4基因中sv313分子标记区分大白猪和江口萝卜猪的检测技术
CN112646896A (zh) * 2020-12-24 2021-04-13 贵州大学 一种依据arnt基因中结构变异sv323区分大白猪和贵州地方猪品种的检测技术
CN112626231A (zh) * 2020-12-24 2021-04-09 贵州大学 一种利用smad5基因中sv314分子标记区分中国地方猪品种与大白猪的检测技术
CN112626230A (zh) * 2020-12-24 2021-04-09 贵州大学 一种利用dgkk基因中sv119分子标记区分大白猪和香猪的检测技术
CN112538536B (zh) * 2020-12-24 2023-07-25 贵州大学 一种区分香猪和大白猪的sv289分子标记及其检测技术

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105603089A (zh) * 2016-02-03 2016-05-25 漳州傲农现代农业开发有限公司 一组用于鉴别猪种的snp标记及其应用

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105603089A (zh) * 2016-02-03 2016-05-25 漳州傲农现代农业开发有限公司 一组用于鉴别猪种的snp标记及其应用

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Detection of genomic structural variations in Guizhou indigenous pigs and the comparison with other breeds;Chang Liu，et al;《PLOS ONE》;20180320;1-23页
Identification of Low-Confidence Regions in the Pig Reference Genome(Sscrofa10.2);AmandaWarr，et al;《FrontiersinGenetics》;20151127;第6卷;1-8页
Snapshot of Structural Variations in the Tibetan Wild Boar Genome at Single-Nucleotide Resolution;Snapshot of Structural Variations in the Tibetan Wild Boar Genom;《Journal of Genetics and Genomics》;20141022;653-657页

Also Published As

Publication number Publication date
CN106434931A (zh) 2017-02-22

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN106434931B (zh) 一种区分大白猪和中国地方猪品种的结构变异sv177及其检测技术
CN106399523B (zh) 一种区分中国地方猪种和大白猪的分子标记sv193及其应用技术
CN105506086B (zh) 鸡受精持续时间性状相关的snp分子标记及其应用
CN104561367B (zh) 一种影响猪脂肪沉积性状的snp及其应用
CN109295052A (zh) 瓢鸡无尾基因及检测瓢鸡无尾性状的方法、引物、试剂盒
CN107580631A (zh) 预测实验油棕榈植物棕榈油产量的方法和snp 检测试剂盒
CN109402270A (zh) 一种与大白猪生长性状相关的snp分子标记及其应用
CN103866032B (zh) 一种检测山羊stat3基因单核苷酸多态性的方法及其应用
CN102534006B (zh) 一种检测乌骨鸡纤维黑色素基因纯合或杂合的方法
CN112980962B (zh) 一种与猪初生重性状相关的snp标记及应用
KR102235340B1 (ko) 토종닭의 성장 형질을 예측하기 위한 snp 마커 세트 및 이의 용도
Mishra et al. Analysis of genetic diversity in Berari goat population of Maharashtra state
CN107868832A (zh) 与猪多个经济性状相关的snp分子标记及其应用
CN117070638A (zh) 与鸡产蛋期体增重相关的snp遗传标记在鸡遗传育种中的应用
CN102220410B (zh) 一种辅助鉴定具有不同体重性状鸡的方法
CN108004332B (zh) 一种影响猪主蹄生长的分子标记及其应用
CN102816759A (zh) 北京鸭stmn1基因单核苷酸多态性及其分子标记的检测方法
CN109825600A (zh) 一种与苏淮猪肌肉滴水损失相关的snp标记及检测方法
CN108220470B (zh) 一种检测青稞籽粒蛋白的试剂盒和方法
CN109055578A (zh) 一种plag1基因snp标记辅助快速检测黄牛生长性状的方法及其应用
CN106282379B (zh) 杂交黄颡鱼的ch4酶切鉴定方法
CN103740830A (zh) 一种用thrsp基因预示秦川牛肌肉嫩度和系水力的分子标记方法
CN102660540B (zh) 黄牛I‑mfa基因的单核苷酸多态性位点及其检测方法
CN102649962A (zh) 黄牛wnt10b基因的单核苷酸多态性位点及其检测方法
CN110343772A (zh) 一种鉴别香猪与大白猪的结构变异smc1a基因中sv320分子标记及其检测技术

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant