CN114908176B - 一种与鸡屠体和生长性状相关的分子标记及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种与鸡屠体和生长性状相关的分子标记及其应用，属于分子标记辅助选择及动物遗传育种技术领域。该分子标记位于鸡APOD基因中的g.12360621位点的碱基处，碱基突变为T或C；碱基突变位点的基因型包括TT、TC或CC。该位点多态性与鸡屠体性状和生长性状相关，通过确定该鸡SNP位点的基因型可对鸡的屠体性状和生长性状进行早期选择，培育出高屠体性能或高生长性能的品系，克服了只能通过屠宰测定对屠体性状进行选育的缺点，且通过该方法还可以节省生产成本、加快选育进展，提高企业利润，具有重要的经济应用价值。

Description

一种与鸡屠体和生长性状相关的分子标记及其应用

技术领域

本发明涉及分子标记辅助选择及动物遗传育种技术领域，特别是涉及一种与鸡屠体和生长性状相关的分子标记及其应用。

背景技术

近年来，环保压力、疫情爆发等因素促进了生鲜上市、分割销售等的加速推进，使得肉鸡屠体性状的遗传改良工作变得愈加重要。目前，关于屠体性状的选育方法，主要通过屠宰测定的方式进行。但屠宰测定的选育方式，加大了人力物力、增加了生产成本，导致屠体性状的遗传选育工作进展缓慢。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP是一种二态的标记，由单个碱基的转换或颠换所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。由于其密度高、遗传稳定性好、富有代表性、易实现自动化分析特点，在遗传学分析中，SNP作为遗传标记被广泛使用。因此，本发明拟筛选一种与鸡屠体和生长性状相关的SNP标记，以加快肉鸡的遗传选育工作。

发明内容

本发明的目的是提供一种与鸡屠体和生长性状相关的分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，该分子标记可以实现鸡的屠体和生长性状的早期选择，培育出高屠体性能或高生长性能的品系，加快选育进展，提高企业利润，具有重要的经济应用价值。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

本发明提供一种与鸡屠体性状相关的分子标记，所述分子标记位于鸡APOD基因中的g.12360621位点的碱基处，碱基突变为T或C。

本发明还提供一种与鸡生长性状相关的分子标记，所述分子标记位于鸡APOD基因中的g.12360621位点的碱基处，碱基突变为T或C。

进一步地，碱基突变位点的基因型包括TT、TC或CC。

本发明还提供一种检测上述的分子标记的引物对，所述引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO：1-2所示。

本发明还提供一种检测鸡屠体和生长性状的方法，利用上述引物对进行PCR扩增，检测待测鸡在所述碱基突变位点的基因型，基因型为TT或TC时屠体性状最佳，基因型为TC时生长性状最佳。

进一步地，PCR扩增反应体系包括：PCR Mix 5.0μL，上下游引物各0.3μL，DNA模板1.0μL，水3.4μL。

进一步地，PCR扩增程序为98℃预变性5min，98℃变性5s，58℃退火10s，72℃延伸10s，72℃后延伸5min，34个循环。

本发明还提供一种鸡屠体和生长性状遗传改良的方法，利用上述引物对检测种群中个体在所述碱基突变位点处的基因型，保留基因型为TT或TC的个体，淘汰基因型为CC的个体，来提高鸡屠体和生长性能。

本发明还提供一种上述的分子标记或上述的引物对在鸡屠体和生长性状选育中的应用。

本发明公开了以下技术效果：

本发明通过分析鸡APOD基因，发现一个与鸡屠体和生长性状相关联的SNP位点，即基因组9号染色体上APOD基因中的g.12360621位点处出现点突变，SNP突变位点g.12360621：T>C，分析该位点多态性与鸡屠体性状和生长性状的相关性，通过确定该鸡SNP位点的基因型对鸡的屠体性状和生长性状进行早期选择，培育出高屠体性能或高生长性能的品系，克服了只能通过屠宰测定对屠体性状进行选育的缺点，且通过该方法还可以节省生产成本、加快选育进展，提高企业利润，具有重要的经济应用价值。

附图说明

为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。

图1为SNP引物特异性检测结果；

图2为SNP突变位点分型的示意图。

具体实施方式

现详细说明本发明的多种示例性实施方式，该详细说明不应认为是对本发明的限制，而应理解为是对本发明的某些方面、特性和实施方案的更详细的描述。

应理解本发明中所述的术语仅仅是为描述特别的实施方式，并非用于限制本发明。另外，对于本发明中的数值范围，应理解为还具体公开了该范围的上限和下限之间的每个中间值。在任何陈述值或陈述范围内的中间值以及任何其他陈述值或在所述范围内的中间值之间的每个较小的范围也包括在本发明内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括或排除在范围内。

除非另有说明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所述领域的常规技术人员通常理解的相同含义。虽然本发明仅描述了优选的方法和材料，但是在本发明的实施或测试中也可以使用与本文所述相似或等同的任何方法和材料。本说明书中提到的所有文献通过引用并入，用以公开和描述与所述文献相关的方法和/或材料。在与任何并入的文献冲突时，以本说明书的内容为准。

在不背离本发明的范围或精神的情况下，可对本发明说明书的具体实施方式做多种改进和变化，这对本领域技术人员而言是显而易见的。由本发明的说明书得到的其他实施方式对技术人员而言是显而易见得的。本发明说明书和实施例仅是示例性的。

关于本文中所使用的“包含”、“包括”、“具有”、“含有”等等，均为开放性的用语，即意指包含但不限于。

实施例1

1.实验材料

实施例中待测鸡为杏花鸡×隐性白洛克鸡全同胞F2资源群，该资源群由杏花鸡和隐性白洛克鸡杂交而得到(LEI,M M,NIE,Q H and PENG,X,et al.,2005)。饲养期间采用平养的饲养方式，饲喂符合国际配方标准的玉米-豆粕型饲料，隐性白洛克鸡是一种快大型肉鸡，而杏花鸡是中国广东本土的品种肉鸡。该资源群具有深度表型记录，1-12周龄时测定其体重、体尺性状，总共256只第二代个体(其中有145只公鸡和111只母鸡)在13周龄时对其进行屠宰实验，并测定其生长性状、屠体性状和肉质性状。

2.提取待测鸡血液DNA，按照采样试剂盒(OMEGA品牌的NRBC Blood DNA Kit，购买自贝瑞(广州)生物科技有限公司)的方法抽提待测鸡血液DNA。

3.鸡APOD基因5’-侧翼区SNP位点的测定

(1)从https://www.ncbi.nlm.nih.gov/找到鸡APOD基因5’-侧翼区基因序列，两翼序列各扩展500bp，利用Primer premier 5.0软件设计出引物对，将设计的引物对序列发往擎科生物公司合成，引物对信息如下(引物序列5’→3’)：F：TTGAGCACACTGAGGGTC(SEQ IDNO：1)；R：CGTACTGGTGGGAAACAGA(SEQ ID NO：2)。

(2)随机选择10个F2资源群体(杏花鸡×隐性白洛克肉鸡)的DNA样本，使用上述引物对对血液DNA进行PCR，PCR扩增体系为10μL，其中PCR Mix 5.0μL，引物各0.3μL，DNA 1.0μL，水3.4μL。扩增程序为：98℃预变性5分钟，98℃变性5秒，58℃退火10秒，72℃延伸10秒，72℃后延伸5分钟，4℃保存，共34个循环。测试引物的特异性，结果如图1所示(图1中1：DNA样本1，2：DNA样本2，M：Marker)。将获得的PCR产物送往生工生物公司测序，其中，PCR产物核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示。

PCR产物序列(SEQ ID NO：3)：

TTGAGCACACTGAGGGTCTGTGGGACGTGGGGCAGGGGACAGGCTCTGTGCGAGGTGGGACATCTCACCCGGGAGCACAGTGATGGGCCAGTGCAATAGGGCAGGGCTGCTGCGCCTTCTGCGGGGTTCTCCCTCCCGCTGTGTGCAGCTGCAGGGCTGTGTGAGCGGTTGGCCCAGGCTGCCCAGCAGCAGGGAGTGGAGCGCGGAGACGAGGGGTGCTGTTTGCATGGGTGAGCAGCCAAGGCGCAGCCCATCCCTGGCCCCATACCAGCTGCGGATCTAAGGCAGCTGACCGGCCCTCCGCAAAGCAAAACACGTCCAGGGCCAGGGAGTGGCTTGTGCTGGTGCTGAATAATGAGAATCCTGGCAGGCTTATAAAACGAGGCGTGGAGAGCTTCCTGAGGGGCTGTTCTGTGCGGACCTGGTCCTCTGTGGAGCATCGCTGTGCCTCGTCAGCCAAGGTATGTGTCTGAACTAGGAGATGCTGTGTTTGTCCGCAGGGAGTCCGTGCCCTGCAGCTGGAGGCAGACTGGGCTCGTCTTCAAAACTTGGGGAAATGCCGCTGCCGTTCCTTGCTGGACGCAGAGCAGCTCCATGCCTGGAGCATGTGGGGTGGGTGGCACAGGTCTCACCCGGCTCTGCACTGGTCTGCACATCACAAAGGATGCTGCATTATGCCCGGGGCTGGGGGCTGTGTGGGAAACGTGCCCTCTGCTTCCTCACAGCACACCTCGCAGGGGTCGGATCACACTTTATTTGGTGTCGATAAAGTTGTGAGCACCCCAGCACCTGAAGCTGTGCTGTCCCTCCCGCCGCCTCGCAGGGCCAGATGCAGCTGTTTTCCTCCTTCGCAGGTCTGTTTCCCACCAGTACG。

测序结果用DNAStar软件的SeqMan程序进行分析，检测得到鸡APOD基因5’-侧翼区序列上SNP突变位点g.12360621：T>C，其测序结果中SNP位点g.12360621：T>C的峰图如图2所示。

(3)将上述256只待测鸡血液DNA全部进行PCR特异性扩增，统计SNP突变位点g.12360621：T>C的基因型情况，随后将其与鸡屠体性状进行关联分析。方法如下：利用SPSS21.0软件中的混合线性模型分析两个SNPs与屠体性状之间的相关关系。模型如下：

Yijklm＝μ+Gi+Sj+Hk+fl+eijklm

其中：Yijklm是个体性状表型值，μ是群体均值，Gi是标记基因型效应(i＝3)，fl是家系效应(l＝7)，Sj是性别效应(j＝2)，Hk是批次效应(k＝2)，eijklm是随机误差，Gi、Sj、Hk是固定因子，fl是随机因子。

鸡APOD基因5’-侧翼区序列上SNP突变位点g.12360621：T>C与鸡屠体性状和生长性状的关联分析结果见表1和表2。从表1可以看出，g.12360621：T>C位点与鸡的屠体重、半净膛重、腿肉重、胫爪重和翅重显著相关，多重比较结果显示TT基因型个体的屠体重、腿肉重、翅重均大于CC基因型个体；TC基因型个体的半净膛重和翅重均大于CC基因型个体。在表2可看到，g.12360621：T>C位点与鸡70日龄体重、77日龄胫长、84日龄体重和4-8周龄日增重呈现显著相关，且TC基因型个体在56日龄胫长、70日龄体重、77日龄胫长、84日龄体重和4-8周日增重方面均大于CC基因型个体。针对肉鸡屠体品质的选育工作，TT或TC为优势基因型，针对肉鸡高生长性能的选育工作，TC为优势基因型。

表1g.12360621：T>C位点与鸡屠体性状的关联分析

表2g.12360621：T>C位点与鸡生长性状的关联分析

以上所述的实施例仅是对本发明的优选方式进行描述，并非对本发明的范围进行限定，在不脱离本发明设计精神的前提下，本领域普通技术人员对本发明的技术方案做出的各种变形和改进，均应落入本发明权利要求书确定的保护范围内。

序列表

<110> 华南农业大学

<120> 一种与鸡屠体和生长性状相关的分子标记及其应用

<140> 202210547493.5

<141> 2022-05-18

<160> 3

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 1

ttgagcacac tgagggtc 18

<210> 2

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

cgtactggtg ggaaacaga 19

<210> 3

<211> 874

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

ttgagcacac tgagggtctg tgggacgtgg ggcaggggac aggctctgtg cgaggtggga 60

catctcaccc gggagcacag tgatgggcca gtgcaatagg gcagggctgc tgcgccttct 120

gcggggttct ccctcccgct gtgtgcagct gcagggctgt gtgagcggtt ggcccaggct 180

gcccagcagc agggagtgga gcgcggagac gaggggtgct gtttgcatgg gtgagcagcc 240

aaggcgcagc ccatccctgg ccccatacca gctgcggatc taaggcagct gaccggccct 300

ccgcaaagca aaacacgtcc agggccaggg agtggcttgt gctggtgctg aataatgaga 360

atcctggcag gcttataaaa cgaggcgtgg agagcttcct gaggggctgt tctgtgcgga 420

cctggtcctc tgtggagcat cgctgtgcct cgtcagccaa ggtatgtgtc tgaactagga 480

gatgctgtgt ttgtccgcag ggagtccgtg ccctgcagct ggaggcagac tgggctcgtc 540

ttcaaaactt ggggaaatgc cgctgccgtt ccttgctgga cgcagagcag ctccatgcct 600

ggagcatgtg gggtgggtgg cacaggtctc acccggctct gcactggtct gcacatcaca 660

aaggatgctg cattatgccc ggggctgggg gctgtgtggg aaacgtgccc tctgcttcct 720

cacagcacac ctcgcagggg tcggatcaca ctttatttgg tgtcgataaa gttgtgagca 780

ccccagcacc tgaagctgtg ctgtccctcc cgccgcctcg cagggccaga tgcagctgtt 840

ttcctccttc gcaggtctgt ttcccaccag tacg 874

Claims (8)

1.一种采用SNP分子标记检测鸡屠体和生长性状的方法，其特征在于，所述SNP分子标记位于鸡基因组参考序列第12360621bp处，该处碱基为T或C，所述鸡基因组参考序列的登录号为NC_052540.1，利用PCR扩增所述SNP分子标记，检测待测鸡在所述SNP分子标记处的基因型，基因型为TT或TC时屠体性状最佳，基因型为TC时生长性状最佳，所述鸡为杏花鸡×隐性白洛克鸡全同胞F2资源群，所述屠体性状为屠体重、半净膛重、腿肉重、胫爪重和翅重，所述生长性状为56日龄胫长、70日龄体重、77日龄胫长、84日龄体重和4-8周日增重。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的引物对的核苷酸序列如SEQID NO: 1-2所示。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，PCR扩增反应体系包括：PCR 混合液 5.0μL，上下游引物各0.3μL，DNA模板1.0μL，水3.4μL。

4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，PCR扩增程序为98℃预变性5min；98℃变性5s，58℃退火10s，72℃延伸10s，34个循环；72℃后延伸5min。

5.一种采用SNP分子标记对鸡屠体和生长性状遗传进行改良的方法，其特征在于，所述SNP分子标记位于鸡基因组参考序列第12360621bp处，该处碱基为T或C，所述鸡基因组参考序列的登录号为NC_052540.1，利用PCR扩增所述SNP分子标记，检测种群中个体在所述SNP分子标记处的基因型，保留基因型为TT或TC的个体，淘汰基因型为CC的个体，来提高鸡屠体和生长性能，所述鸡为杏花鸡×隐性白洛克鸡全同胞F2资源群，所述屠体性状为屠体重、半净膛重、腿肉重、胫爪重和翅重，所述生长性状为56日龄胫长、70日龄体重、77日龄胫长、84日龄体重和4-8周日增重。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的引物对的核苷酸序列如SEQID NO: 1-2所示。

7.一种检测如权利要求1中所述的SNP分子标记的试剂在鸡屠体和生长性状选育中的应用，其特征在于，所述SNP分子标记的基因型为TT或TC时屠体性状最佳，基因型为TC时生长性状最佳，所述鸡为杏花鸡×隐性白洛克鸡全同胞F2资源群，所述屠体性状为屠体重、半净膛重、腿肉重、胫爪重和翅重，所述生长性状为56日龄胫长、70日龄体重、77日龄胫长、84日龄体重和4-8周日增重。

8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述试剂为扩增所述SNP分子标记的引物对，所述引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO: 1-2所示。

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