CN114921568B - 一种秦川牛体尺及肉质性状相关的snp分子标记及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种与秦川牛体尺及肉质性状相关的SNP分子标记，位于R3HDM1基因核苷酸序列(XM 024980895.1)第14外显子的多态性T/C位点，即g.62029166T/C位点；该位点与秦川牛体斜长、腰高、胸深、背膘厚、眼肌面积、眼肌深度性状显著相关。可以用于制备检测R3HDM1基因g.62029166T/C位点基因型试剂盒的应用，可提前预测肉牛体尺及肉质性状并用于早期肉用选种，加快肉牛遗传进展，节约生产成本。同时，提供了用于SNP位点检测的试剂盒和操作方法，可实现对肉牛群体快速检测并判定个体基因型，用于犊牛早期选种留种可加快肉牛肉用选育进程。

Description

一种秦川牛体尺及肉质性状相关的SNP分子标记及其应用
技术领域
本发明涉及动物分子标记技术领域，具体地说，涉及一种秦川牛体尺及肉质性状相关的SNP分子标记及其用于制备检测R3HDM1基因g.62029166T/C位点基因型试剂盒的应用。
背景技术
我国有55个地方黄牛品种，是世界上牛品种资源最为丰富的国家之一。秦川牛作为五大地方黄牛之首，是陕甘宁地区分布较广的地方黄牛品种。长期以来，秦川牛为代表的地方黄牛一度以役用为主，但随着科技的发展和畜牧业现代化水平的提高，秦川牛从役用、兼用型逐渐向肉用型转变。然而，由于长期以来我国地方黄牛种质资源保护力度不足、肉用选育强度低，选育技术相对落后，导致我国地方黄牛与国外优良肉用品种相比普遍存在着生长速度慢、胴体产肉性能低等问题。独立制种、供种体系的不足，造成我国肉用种牛长期以来依赖于国外进口。然而，重引进，轻选育导致我国地方黄牛肉用选育一直没有走出“引种——退化——再引种”的怪圈。因此，在我国肉牛产业发展中，优秀肉牛种质资源自主培育这一“卡脖子”的技术问题亟待解决。
近年来，随着基因组测序、基因芯片的快速发展，为开展肉牛分子标记辅助选择育种奠定了基础。通过分子标记辅助选择育种，可将肉牛种公牛育种周期由传统后裔测定所需的5年时间缩短为2年，肉牛遗传进展提升了50%以上。由于分子标记辅助选择不易受环境影响，且没有性别、年龄的限制，用于早期选种，可缩短世代间隔，提高选择强度，从而提高选种的效率和准确性。因此，筛选与开发肉牛经济性状相关的分子标记，开展分子标记辅助育种技术将成为提升我国地方黄牛生产性能的有效手段，对于加快地方黄牛肉用选种、制种，打破国外专门化肉牛种牛的垄断具有重要意义。
R3HDM1（R3H domaincontaining 1）基因是与果蝇Encore蛋白相关的RNA结合蛋白家族成员，包含R3H结构域，该结构域已被证明可以结合单链DNA/RNA。有研究者发现R3HDM1在小鼠大脑、胸腺、睾丸、肌肉等组织中存在高表达，并发现在犬科动物中与犬的体重增加有关。通过全基因组重测序发现，安格斯牛群体中R3HDM1基因受到强烈选择，影响了牛的饲料转化率和肌内脂肪含量。miR-128-1是R3HDM1基因内含子转录出的小RNA，近年来研究发现，miR-128-1在机体骨代谢、脂质代谢、胰岛素信号转导及葡萄糖稳态等过程中都发挥着重要作用，并有文献报道miR-128-1与宿主蛋白R3HDM1表达存在相关性（r=0.337，p=2.05e-26）。上述研究表明，R3HDM1可能是影响肉牛体尺性状和肉质性状潜在的重要候选功能基因。然而，目前秦川牛关于该基因相关信息及分子标记开发的相关研究仍是空白。
发明内容
为了解决肉牛产业发展中肉牛选种、制种中存在的肉牛选育周期长、育种进展缓慢的“卡脖子”的技术问题，本发明提供一种以秦川牛为代表的地方黄牛体尺及肉质性状相关联的SNP分子标记及其用于制备检测R3HDM1基因g.62029166T/C位点基因型试剂盒的应用，可用于地方黄牛早期肉用选种。
为了实现上述任务，本发明采取如下技术解决方案予以实现：
一种秦川牛体尺及肉质性状相关的SNP分子标记，其特征在于，该SNP分子标记位于R3HDM1基因核苷酸序列（XM 024980895.1）第14外显子的多态性T/C位点，即g.62029166T/C位点；该位点与秦川牛体斜长、腰高、胸深、背膘厚、眼肌面积、眼肌深度性状显著相关。
根据本发明，所述g.62029166T/C位点区域序列是：
TTTACATCACAGTGGAGGATTCTTATTTTAACTGATGTCTGTGAATCTGTCTCACAGAGAATAAATCCTAATGTCAATACACATATTACCTTATAAGTACTTTGGAGGTGCTCAATGTACTGCTGATAAGAATCTTTTATTTAAGGATAATTACAGAAGCCATATGATAAATGCCAAGCCAACATTATGGAAACTAATGTTTGACTGCACAGTTCTAAACAGATATTTGTACCTGTTTTTGAAAG[T/C]CTGCCTATGCTTTTGCTGCTTCCAGAACTATCACCTCTTGTCAGAACTGAAATTCCACTGAAGCTGCTGGCTTTGGTTACAGCAGGCTTGAAGTTTCGGAGAGAGCTGTCTGAATCTGTGCTACTCCAGGGCCGTGGTTCAGAGTACTTCAAATCATTCTCAGTGCTGCTTTGATGGCTATTTGTTGATCTTCCTGAAGCATCTTTATTAACTCTGTAATTTAGAAATAAAACT。
根据申请人的研究表明，上述与秦川牛体尺及肉质性状相关的SNP分子标记，可以用于制备检测R3HDM1基因g.62029166T/C位点基因型试剂盒的应用，所述试剂盒包含的引物对为：
Primer F：5’- GCCAAGCCAACATTAT -3’；
Primer R：5’- TCCGAAACTTCAAGCCTG -3’。
所述试剂盒用于预测肉牛肉质性状的具体方法是：
检测R3HDM1基因SNP位点g.62029166C>T；其中，g.62029166C>T位点，在体尺性状方面，TT基因型个体的胸深显著高于CC基因型个体（ P<0.05），其他性状在各等位基因之间不存在显著差异，但TT基因型个体体斜长、腰高、性状也均高于CC、CT性状；在肉质性状方面，TT基因型个体背膘厚显著高于CC基因型个体（ P<0.05），其他性状在各等位基因之间不存在显著差异，但同样在眼肌面积、眼肌深度性状上高于CC、CT基因型个体。
其中，所述试剂盒用于犊牛早期预测地方黄牛体尺、肉质性状及选种留种的方法的具体步骤如下：
1）利用试剂盒检测R3HDM1基因SNP位点g.62029166C>T的基因型；
2）对检测的基因型进行牛早期选种，其中g.62029166T/C位点TT基因型胸深、体斜长、腰高、背膘厚、眼肌面积、眼肌深度优于CC、CT基因型个体，选留g.62029166T/C位点TT基因型个体留种。
进一步地，具体操作方法包括如下步骤：
第一步：采集地方黄牛的血液或组织样进行基因组DNA的提取，利用琼脂糖凝胶电泳检查DNA的质量；
第二步：以基因组DNA为模板，按照试剂盒所提供试剂按照如下体积配置反应体系：PCR聚合酶：12.5μL，primer F：0.6μL，primer R：0.6μL，基因组DNA：1μL，即100ng，蒸馏水：10.3μL；
PCR仪扩增并检测R3HDM1基因多态性位点，PCR的反应程序为：95℃预变性，3min；98℃变性，10s；61℃退火，5s；72℃延伸，5 s；共32个循环；72℃延伸，5min；最后4℃保存；
第三步：对PCR产物进行DNA测序，根据测序峰图结果判定g.62029166 T/C位点基因型：TT、CC纯合型或CT杂合型；
第四步：选留g.62029166T/C位点TT基因型犊牛个体，该黄牛个体在体斜长、腰高、胸深、背膘厚、眼肌面积、眼肌深度等性状方面具有优势。
本发明的秦川牛体尺及肉质性状相关的分子标记，所带来的技术创新在于：该SNP分子标记g.62029166T/C是个新发现的SNP分子标记，并可实现肉牛群体快速基因型分型检测，可提前预测肉牛体尺及肉质性状，并用于早期肉用选种，加快肉牛遗传进展，节约生产成本。同时，提供了用于SNP位点检测的试剂盒和操作方法，可作为肉牛育种的分子标记。实现了对肉牛群体快速检测并判定个体基因型，用于犊牛早期选种留种，加快肉牛肉用选育进程。
附图说明
图1为实施例中的秦川牛R3HDM1基因引物对的PCR产物1.2 %琼脂糖凝胶电泳图。
图2为R3HDM1基因突变位点PCR产物测序峰图。
图3为R3HDM1基因在秦川牛各个组织的表达谱结果图。
以下结合附图和实施例对本发明作进一步地详细说明。
具体实施方式
在以下的实施例中，所述体尺及肉质性状为体斜长、腰高、胸深、背膘厚、眼肌面积、眼肌深度。
申请人通过基因筛选，得到了一种与肉牛肉质性状相关联的SNP分子标记，其位于牛基因组（参考基因组Bos_taurus_UMD_3.1.1）g.62029166 T/C区域的SNP位点，可作为肉牛育种的分子标记。经申请人进一步通过对肉牛R3HDM1基因SNPs筛选、基因分型及与体尺性状、肉质性状关联分析研究发现：该R3HDM1基因编码区g.62029166T/C位点TT基因型为优势基因型，其SNPs突变与秦川牛体尺及肉质性状显著相关，与肉牛体斜长、腰高、胸深、背膘厚、眼肌面积、眼肌深度等性状相关；是一个潜在的秦川牛为代表的地方黄牛肉用选育遗传标记。基于这一发现，申请人研制了通过检测R3HDM1基因型预测秦川牛为代表的地方黄牛体尺及肉质性状的试剂盒，可用于秦川牛为代表的地方黄牛早期选种，为加快我国地方黄牛肉用选育提供工具。
本实施例给出一种与秦川牛体尺及肉质性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于R3HDM1基因核苷酸序列（XM 024980895.1）第14外显子的多态性T/C位点，即g.62029166T/C位点；该位点与秦川牛体斜长、腰高、胸深、背膘厚、眼肌面积、眼肌深度性状显著相关。
上述与秦川牛体尺及肉质性状相关的SNP分子标记，制备成检测R3HDM1基因g.62029166T/C位点基因型试剂盒，所述试剂盒包含的引物对为：
Primer F：5’- GGAGGTGCTCAATGTACTGCT -3’；
Primer R：5’-CCGAAACTTCAAGCCTGCTG -3’。
所述试剂盒用于预测肉牛肉质性状的方法是：
检测R3HDM1基因SNP位点g.62029166C>T；其中，g.62029166C>T位点，在体尺性状方面，TT基因型个体的胸深显著高于CC基因型个体（ P<0.05），其他性状在各等位基因之间不存在显著差异，但TT基因型个体体斜长、腰高、性状也均高于CC、CT性状；在肉质性状方面，TT基因型个体背膘厚显著高于CC基因型个体（ P<0.05），其他性状在各等位基因之间不存在显著差异，但同样在眼肌面积、眼肌深度性状上高于CC、CT基因型个体。
所述试剂盒用于犊牛早期预测地方黄牛体尺、肉质性状及选种留种的方法的具体步骤如下：
1）利用试剂盒检测R3HDM1基因SNP位点g.62029166C>T的基因型；
2）对检测的基因型进行牛早期选种，其中g.62029166T/C位点TT基因型胸深、体斜长、腰高、背膘厚、眼肌面积、眼肌深度优于CC、CT基因型个体，选留g.62029166T/C位点TT基因型个体留种。
具体操作方法包括如下步骤：
第一步：采集地方黄牛的血液或组织样进行基因组DNA的提取，利用琼脂糖凝胶电泳检查DNA的质量；
第二步：以基因组DNA为模板，按照试剂盒所提供试剂按照如下体积配置反应体系：PCR聚合酶：12.5μL，primer F：0.6μL，primer R：0.6μL，基因组DNA：1μL，即100ng，蒸馏水：10.3μL；
PCR仪扩增并检测R3HDM1基因多态性位点，PCR的反应程序为：95℃预变性，3min；98℃变性，10s；61℃退火，5s；72℃延伸，5 s；共32个循环；72℃延伸，5min；对PCR产物进行电泳检测；
第四步：选留g.62029166T/C位点TT基因型犊牛个体，该犊牛个体在成年后体斜长、腰高、胸深、背膘厚、眼肌面积、眼肌深度等性状方面具有优势。
下面是发明人给出的具体试验。
1、试验材料
1.1试验动物
以我国地方黄牛代表秦川牛群体为检测对象，通过静脉采血的方式进行血液样本的采集。
1.2试验试剂
琼脂糖（BIOWEST）；血液基因组提取试剂盒（天根生化（北京）有限公司）；PCR酶（宝生物工程（大连）有限公司）；试剂盒PCR引物由生工生物工程（上海）股份有限公司合成。
1.3 DNA分析软件
PCR引物设计软件：Primer Premier 5；
序列分析软件：DNAMAN、Chromas；
数据分析软件：IBMSPSS statistics 19。
2、基因多态性的检测
基因组DNA的提取，按照TIANGEN公司血液基因组DNA提取试剂盒说明书进行操作，用1.2%琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA的质量，提取的基因组DNA置于-20℃保存备用。
考虑到通过SNP检测秦川牛相关性状时，所选择的SNP单倍型出现的比例不能过低，本发明随机选择了10个样本的DNA来检测秦川牛R3HDM1基因外显子中的基因突变或基因多态性。
根据NCBI数据库中牛R3HDM1基因序列（GenBank号：XM_024980895）设计引物，通过PCR技术扩增外显子片段（图1），进行测序，筛选发现了R3HDM1基因编码区g.62029166 T/CSNP位点（图2）。
该R3HDM1基因编码区g.62029166T/C位点区域序列为：
TTTACATCACAGTGGAGGATTCTTATTTTAACTGATGTCTGTGAATCTGTCTCACAGAGAATAAATCCTAATGTCAATACACATATTACCTTATAAGTACTTTGGAGGTGCTCAATGTACTGCTGATAAGAATCTTTTATTTAAGGATAATTACAGAAGCCATATGATAAATGCCAAGCCAACATTATGGAAACTAATGTTTGACTGCACAGTTCTAAACAGATATTTGTACCTGTTTTTGAAAG[T/C]CTGCCTATGCTTTTGCTGCTTCCAGAACTATCACCTCTTGTCAGAACTGAAATTCCACTGAAGCTGCTGGCTTTGGTTACAGCAGGCTTGAAGTTTCGGAGAGAGCTGTCTGAATCTGTGCTACTCCAGGGCCGTGGTTCAGAGTACTTCAAATCATTCTCAGTGCTGCTTTGATGGCTATTTGTTGATCTTCCTGAAGCATCTTTATTAACTCTGTAATTTAGAAATAAAACT。
3、SNP基因分型及秦川牛体尺、肉质性状关联分析
用所提供的试剂盒引物对扩增包含g.62029166T/C位点的片段。
引物对：
PrimerF：5’- GGAGGTGCTCAATGTACTGCT-3’
Primer R：5’-CCGAAACTTCAAGCCTGCTG -3’
PCR试剂盒反应体系如下表：
试 剂 用 量
Prime STAR Max Premix （2×） 12.5 μL
Primer F 0.6 μL
Primer R 0.6 μL
Template 1.0 μL
灭菌蒸馏水 10.3 μL
总体积 30 μL
PCR反应条件：95℃预变性3min；98℃变性10s，61℃退火5s，72℃延伸5s，32个循环；72℃延伸5min，最后4℃保存。
1.2%琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物，目的片段大小为241bp。
PCR产物进行测序分析，对肉牛群体g.62029166T/C 位点SNP进行基因分型，g.62029166T/C位点在秦川牛群体中相关遗传参数分析结果如下表1所示：
表1：g.62029166T/C相关遗传参数分析
位点 基因型 基因型  频率  （头数） 等位  基因 等位基因频率 有效等位基因数Ne 杂合度 多态信息含量 卡方检验（P值）
g.62029166T/C TT 0.046（17） T 0.192 1.449 0.31 0.262 0.271
CT 0.292（109） C 0.808
CC 0.662（247）  
从表1中可以看出，对于g.62029166 T/C突变位点，秦川牛群体中TT基因型有17头，CT基因型109头，CC基因型247头。C等位基因占优势，以CC为主要的基因型，且处于Hardy-Weinberg 平衡状态（ P>0.05）。
表2：g.62029166 T/C与秦川牛体尺性状及肉质的相关性
注：同一个性状在平均数±标准误一栏里用不同字母标注表示具有显著性差异（ P<0.05），同一个性状在平均数±标准误一栏里用相同字母标注表示差异不显著（ P>0.05）。
g.62029166 T/C位点多态性与秦川牛体尺和肉质性状关联分析结果表明（表2）：
在体尺性状方面，TT基因型个体的胸深显著高于CC基因型个体（ P<0.05），其他性状在各等位基因之间不存在显著差异，但TT基因型个体体斜长（ P= 0.06）、腰高（ P=0.478）、性状也均高于CC、CT性状。在肉质性状方面，TT基因型个体背膘厚显著高于CC基因型个体（ P<0.05），其他性状在各等位基因之间不存在显著差异，但同样在眼肌面积（ P=0.845）、眼肌深度（ P= 0.178）性状上高于CC、CT基因型个体。
如图3所示，本实施例还构建了R3HDM1基因在秦川牛各组织的表达谱，目的是分析R3HDM1基因在秦川牛肝、脾、肺、大肠、小肠、背肌、内脏脂肪、肌内脂肪等组织中的相对表达量。
结果表明：R3HDM1基因在成年牛背最长肌表达量极显著高于其他组织（ P<0.01），而且在内脏脂肪（内脂）和肌内脂肪（肌脂）中表达量极显著高于肺、脾、大肠等组织（ P<0.01），显著高于肝脏组织（ P<0.01）。组织表达谱结果表明，该基因在牛脂肪组织中高表达，从另外一个方面也说明R3HDM1可能是一个影响秦川牛肉质性状的潜在候选功能基因。
需要说明的是，以上实施例是本申请较优的例子，仅用于说明本发明的技术方案，便于本领域技术人员充分理解本发明，本发明不限于上述实施例。在本发明的技术方案的基础上，可以对其中的技术特征做一些添加或替换，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明技术方案的基础上，所做的添加或替换均属于本发明要求保护的范围。
核苷酸或氨基酸序列表
<110> 西北农林科技大学、内蒙古大学
<120> 一种秦川牛体尺及肉质性状相关的SNP分子标记及其应用
<140>
<141>
<160> 3
<210> 1
<211> 480
<212> DNA
<213> g.62029166 T/C 位点区域序列
<400> 1
tttacatcacagtggaggattcttattttaactgatgtctgtgaatctgtctcacagagaataaa
tcctaatgtcaatacacatattaccttataagtactttggaggtgctcaatgtactgctgataag
aatcttttatttaaggataattacagaagccatatgataaatgccaagccaacattatggaaact
aatgaaagactgcacagttctaaacagatatttgtacctgtttttgaaagtctgcctatgctttt
gctgcttccagaactatcacctcttgtcagaactgaaattccactgaagctgctggctttggtaa
cagcaggcttgaagtttcggagagagctgtctgaatctgtgctactccagggccgtggttcagag
tacttcaaatcattctcagtgctgctttgatggctatttgttgatcttcctgaagcatctttatt
aactctgtaatttagaaataaaact
<210> 2
<211> 16
<212> DNA
<213> 引物对上游引物
<400>2
ggaggtgctcaatgtactgct
<210> 3
<211> 18
<212> DNA
<213> 引物对下游引物
<400>3
ccgaaacttcaagcctgctg

Claims (5)

1.一种SNP分子标记用于秦川牛体尺及肉质性状鉴定中的应用，其特征在于，所述SNP分子标记为SIQ ID NO.1所示，所述SIQ ID NO.1所示的核苷酸序列自5′端起第246位存在T/C碱基突变，即g.62029166T/C位点；该位点与秦川牛体斜长、腰高、胸深、背膘厚、眼肌面积、眼肌深度性状显著相关。
2.如权利要求1所述的应用，其特征在于，用于检测所述SNP分子标记的引物对为：
Primer F：5’-GGAGGTGCTCAATGTACTGCT-3’；
Primer R：5’-CCGAAACTTCAAGCCTGCTG-3’。
3.如权利要求2所述的应用，其特征在于，所述引物对用于预测肉牛肉质性状的方法是：
检测R3HDM1基因SNP位点g.62029166C>T；其中，g.62029166C>T位点，在体尺性状方面，TT基因型个体的胸深显著高于CC基因型个体(P<0.05)，其他性状在各等位基因之间不存在显著差异，但TT基因型个体体斜长、腰高、性状也均高于CC、CT性状；在肉质性状方面，TT基因型个体背膘厚显著高于CC基因型个体，P<0.05，其他性状在各等位基因之间不存在显著差异，但同样在眼肌面积、眼肌深度性状上高于CC、CT基因型个体。
4.如权利要求2所述的应用，其特征在于，所述引物对用于犊牛早期预测秦川牛体尺、肉质性状及选种留种的方法的具体步骤如下：
1)利用引物对检测R3HDM1基因SNP位点g.62029166C>T的基因型；
2)对检测的基因型进行牛早期选种，其中g.62029166T/C位点TT基因型胸深、体斜长、腰高、背膘厚、眼肌面积、眼肌深度优于CC、CT基因型个体，选留g.62029166T/C位点TT基因型个体留种。
5.如权利要求4所述的应用，其特征在于，具体操作方法包括如下步骤：
第一步：采集秦川牛的血液或组织样进行基因组DNA的提取，利用琼脂糖凝胶电泳检查DNA的质量；
第二步：以基因组DNA为模板，按照试剂盒所提供试剂按照如下体积配置反应体系：PCR聚合酶：12.5μL，primer F：0.6μL，primer R：0.6μL，基因组DNA：1μL，即100ng，蒸馏水：10.3μL；
PCR仪扩增并检测R3HDM1基因多态性位点，PCR的反应程序为：95℃预变性，3min；98℃变性，10s；61℃退火，5s；72℃延伸，5s；共32个循环；72℃延伸，5min；最后4℃保存；
第三步：对PCR产物进行DNA测序，根据测序峰图结果判定g.62029166T/C位点基因型：TT、CC纯合型或CT杂合型；
第四步：选留g.62029166T/C位点TT基因型犊牛个体，该秦川牛个体在体斜长、腰高、胸深、背膘厚、眼肌面积、眼肌深度等性状方面具有优势。
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Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109563547A (zh) * 2016-04-15 2019-04-02 外来体诊断公司 间变性淋巴瘤激酶(alk)核酸和alk融合转录物的基于血浆的检测及其在癌症诊断和治疗中的用途
CN113186301A (zh) * 2021-05-08 2021-07-30 西北农林科技大学 一种与肉牛肉质性状相关联的bbs2分子标记及其检测试剂盒

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109563547A (zh) * 2016-04-15 2019-04-02 外来体诊断公司 间变性淋巴瘤激酶(alk)核酸和alk融合转录物的基于血浆的检测及其在癌症诊断和治疗中的用途
CN113186301A (zh) * 2021-05-08 2021-07-30 西北农林科技大学 一种与肉牛肉质性状相关联的bbs2分子标记及其检测试剂盒

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
AGL_CJW 等.dbSNP build 148 rs110050030.《UCSC》.2016,第1-6页. *
Chugang Mei 等.Insights into adaption and growth evolution: a comparative genomics study on two distinct cattle breeds from Northern and Southern China.《Molecular Therapy: Nucleic Acids》.2021,第23卷第959-967页. *
R.C. Gomes 等.Protein synthesis and degradation gene SNPs related to feed intake, feed efficiency, growth, and ultrasound carcass traits in Nellore cattle.《Genetics and Molecular Research》.2013,第12卷(第3期),第2923-2936页. *
Yaxing Li 等.Effect of Expressions and SNPs of Candidate Genes on Intramuscular Fat Content in Qinchuan Cattle.《Animals》.2020,第10卷(第1370期),第1-6页. *

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