CN113215270B - 一种鸡胫长性状相关的snp分子标记及其应用 - Google Patents

一种鸡胫长性状相关的snp分子标记及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种鸡胫长性状相关的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记位于galGal6版鸡基因组1号染色体的第135355110位核苷酸，对应于鸡TMEM182基因中的突变位点g.602G>A，所述SNP分子标记的基因型为AA、GA和GG。其中AA基因型个体胫长和胫直径显著长于GA和GG基因型个体。本发明的SNP分子标记，即鸡TMEM182基因内含子1序列中的突变位点g.602G>A与胫长性状相关，是一个新的分子标记，通过确定该鸡SNP位点的基因型对鸡胫长性状进行早期选择，可以节省生产成本并加快遗传进展，更好地应用于鸡选育中，具有很大的经济应用价值和科研价值。

Description

一种鸡胫长性状相关的SNP分子标记及其应用
技术领域
本发明涉及遗传工程技术领域，特别涉及一种鸡胫长性状相关的SNP分子标记及其应用。
背景技术
消费市场很大程度上决定了鸡的育种方向。在我国，因鸡爪富含胶原蛋白、磷脂、铜等营养物质，具有降脂降压、促进身体各组织系统发育修复等功效，同时风味独特、料理方式丰富，深受消费者(尤其是南方地区、东部沿海地区群众)喜爱。但由于国外家禽品种多为白羽快大型，其鸡爪大，胶原蛋白多，外观整洁、光亮，所以大中型批发市场上供应的鸡爪多为进口货，深受国内经销商及部分消费者的青睐，而国产鸡爪相比偏小，而胫长是影响消费者采购鸡爪的重要因素之一。
然而传统的育种方式是采用杂交育种的方式，将父母本杂交，形成不同的遗传多样性，再通过对杂交后代的筛选，获得胫长较优的后代。但是其育种过程缓慢，需要耗费大量时间。育种的结果复杂而不可预期，需要大量的选种、制种工作。
发明内容
本发明目的在于提供一种鸡胫长性状相关的SNP分子标记及其应用，以解决现有技术中所存在的一个或多个技术问题，至少提供一种有益的选择或创造条件。
本发明第一方面提供了一种SNP分子标记。所述SNP分子标记位于galGal6版鸡基因组1号染色体的第135355102位核苷酸，对应于鸡TMEM182基因内含子1序列中的突变位点g.594G>A，所述SNP分子标记的基因型为AA、GA和GG。
本发明第二方面提供特异性扩增上述SNP分子标记的引物对，优选为上游引物PCR-F和下游引物PCR-R，具体为：
上游引物PCR-F：5′–ACAAGACGACCTTCAA–3′(SEQ ID No.1)，
下游引物PCR-R：5′–ACACCATTCCCACCT–3′(SEQ ID No.2)。
本发明第三方面提供所述SNP分子标记在鸡胫长性状相关育种中的应用。
具体的应用包括利用所述SNP分子标记的基因型对鸡胫长性状进行早期选择。
在本发明的一些应用实施方式中，所述方法包括如下步骤：
1)提取待测鸡的DNA；
2)以待测鸡的DNA为模板，利用核苷酸序列分别如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的上游引物、下游引物进行PCR扩增，获得含鸡TMEM182基因片段的PCR产物；
3)检测鸡TMEM182基因片段的突变位点g.594G>A的基因型；
4)基于步骤3)检测所得的基因型对待测鸡的胫长性状进行早期选择，其中AA基因型个体胫长和胫直径显著长于GA和GG基因型个体。
在本发明的一些应用实施例中，步骤2)检测所得PCR产物的核苷酸序列如SEQ IDNo.3所示。该所述PCR产物的长度为762bp，所述SNP分子标记位于所述PCR产物的第153位碱基。
与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：
本发明的SNP分子标记，即鸡TMEM182基因内含子1序列中的突变位点g.594G>A与胫长性状相关，是一个新的分子标记，通过确定该鸡SNP位点的基因型对鸡胫长性状进行早期选择，可以节省生产成本并加快遗传进展，更好地应用于鸡选育中，具有很大的经济应用价值和科研价值。
附图说明
图1为本发明实施例中的基因分型结果图。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明进行具体描述，以便于所属技术领域的人员对本发明的理解。有必要在此特别指出的是，实施例只是用于对本发明做进一步说明，不能理解为对本发明保护范围的限制，所属领域技术熟练人员，根据上述发明内容对本发明作出的非本质性的改进和调整，应仍属于本发明的保护范围。同时下述所提及的原料未详细说明的，均为市售产品；未详细提及的工艺步骤或制备方法为均为本领域技术人员所知晓的工艺步骤或制备方法。
实施例
待测鸡为杏花鸡与隐性白洛克鸡全同胞F2资源群体，其中隐性白洛克鸡为快大型鸡，杏花鸡为中国广东本土的品种鸡。鸡群采用平养的方式饲养，饲喂符合国际配方标准的玉米-豆粕型饲料。然后测量鸡1～17周龄各周的胫长和胫直径。屠宰前进行翅下静脉采血，收集血液储存在含2％ EDTA抗凝血剂的离心管里，用于血液DNA提取。
一、提取杏花鸡×隐性白洛克鸡F2代资源群全同胞家系待测鸡血液DNA
所有个体的基因组DNA根据
Figure GDA0003918519040000022
Plant Mini Kit(Qiagen,Hilden,CA；Cat#69104)试剂盒说明书步骤抽提血液DNA，检测质量和浓度后稀释至50ng/μL，4℃保存备用。
二、SNP检测及DNA混池测序
1、引物设计及特异性检测：
从https://www.ncbi.nlm.nih.gov/找到TMEM182基因序列，设计出引物对，引物对信息如表1所示(引物序列5′→3′)，将设计的引物对序列发往广州生工生物公司合成，并用该引物对对血液DNA进行PCR扩增，测试引物的特异性，结果附图1所示。
表1 TMEM182的SNP筛选的引物信息
Figure GDA0003918519040000021
2、DNA混池测序：
从提取的DNA总样品中随机挑选30个DNA样品构建混池，每三个样品(每个样品约0.33μL)混合为一个混合样品，共计10个。将混池样品进行PCR扩增，所用引物与上述SNP检测中所用的引物对相同，将获得的PCR产物送往生工生物公司测序，测序结果检测得到鸡TMEM182基因SNP突变位点g.594G>A。
三、确定TMEM182突变位点g.594G>A的基因型
将实施例所有待测鸡血液DNA全部进行PCR特异性扩增得到鸡TMEM182基因目的片段的PCR产物，所用到的引物对信息如表1所示。DNA测序后，对每一个测序结果的基因型进行分析。在该实验例中成功分型301个个体，接着对各个基因型进行统计分析以得到该位点的基因型频率和等位基因频率。该SNP突变位点g.594G>A的基因及基因型频率统计结构如下表2所示。其中：
(1)基因型频率是指群体中某一基因型个体数占基因型总数的比值：
基因型频率＝某基因型总数/该群体总数×100％；
(2)基因频率是指群体中某一基因占其同一位点全部基因的比值：
基因频率＝某基因个数/群体中同一位点基因总数×100％。
由表2结构可以看出，AA基因型为待测鸡群体优势基因型。
表2 TMEM182基因突变位点g.594G>A的基因及基因型频率
Figure GDA0003918519040000031
四、SNP突变位点g.594G>A与鸡胫长性状的关联分析
采用SAS统计分析软件包的GLM过程进行统计分析，对供试鸡群的基因型和鸡胫长性状进行关联分析。其数学模型如下：
Yijkl＝μ+Gi+Dj+Hk+eijkl
Y为生长性状观察值，μ为生长性状群体均数，G为基因型效应，D为家系效应，H为批次效应，e为随机误差效应。
关联分析结果如下表3所示。由表中可以得出该位点与鸡42日龄胫长，49、63、77、105日龄胫长和胫直径呈显著相关(P<0.05)或极显著相关(P<0.01)。其中AA基因型个体在各日龄胫长和胫直径明显比GA和GG基因型个体长。该SNP位点可以作为提高鸡胫长性状的辅助选择和分子遗传育种标记。
表3 TMEM182基因突变位点g.594G>A与鸡胫长性状关联分析
Figure GDA0003918519040000032
注：同行肩标不同小写字母表示差异显著(P<0.05)，肩标不同大写字母表示差异极显著(P<0.01)，肩标相同字母表示差异不显著。
对于本领域技术人员而言，显然本发明不限于上述示范性实施例的细节，而且在不背离本发明的精神或基本特征的情况下，能够以其他的具体形式实现本发明。因此，无论从哪一点来看，均应将实施例看作是示范性的，而且是非限制性的，本发明的范围由所附权利要求而不是上述说明限定，因此旨在将落在权利要求的等同要件的含义和范围内的所有变化囊括在本发明内。
SEQUENCE LISTING
<110> 华南农业大学
<120> 一种鸡胫长性状相关的SNP分子标记及其应用
<130> 2021
<160> 3
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
acaagacgac cttcaa 16
<210> 2
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
acaccattcc cacct 15
<210> 3
<211> 762
<212> DNA
<213> TMEM182
<400> 3
acaagacgac cttcaaaacc tcttgtaaac agctgtaatc aagtctaaaa ttgattcatc 60
ttttatgata ctacttttgc aataagacat actttcaaag gaactataac tgtatagaca 120
ggctatagct aacctacgtt cagacaggct gtgtcactgt gatagtgtta ttttttacct 180
aaatatctta atttcacttg aacttgattc tttcagctgt ttgaaaaata gtatgataaa 240
ggctttcatt tttattttta cttttcatag acagagaagg ccacttttca tcatgaaggt 300
ttcttctgga ggtgctggtt tagtggaaat gtaagagagc ataacaccag catgtggaag 360
ttctggtaca gtaagtaata cctttctttt tatgttatct acaacagttg gatctcaaag 420
ctgtggagct ttttttagcg cttatgaagc attgaatttc atttggtgtc ttcagtgatc 480
aggttcttaa tctatcttca cattcaaaag cgacactttt aaaatctgta ctaaaggata 540
tcccaggaca aaatcatcca tgtttaacta tcagcttact ctttcagtag tagcctgtca 600
tcttaactga gagtccattt ttgtcaagac agtctcttgc aatgttgtta atggattgtt 660
catttccata aagcagggaa aaagagcttc atggttagga tggtccataa gtttttgcct 720
gcagtttctc cagctagttc tgtgagaagg tgggaatggt gt 762

Claims (1)

1.一种特异性扩增SNP分子标记的引物对在鸡胫长性状育种中的应用，其特征在于，所述鸡为杏花鸡和隐性白洛克鸡杂交出来的F2代鸡，所述SNP分子标记位于galGal6版鸡基因组1号染色体的第135355102位核苷酸，对应于鸡TMEM182基因序列中的突变位点g.594G>A，所述SNP分子标记的基因型为AA、GA和GG；所述引物对为核苷酸序列分别如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的上游引物、下游引物；
根据所述SNP分子标记的基因型对待测鸡的胫长性状进行早期选择，包括步骤：
1）提取待测鸡的DNA；
2）以待测鸡的DNA为模板，利用所述引物对进行PCR扩增，获得长度为762bp的含鸡TMEM182基因片段的PCR产物；
3）检测PCR产物第153位碱基的突变位点g.594G>A的基因型；
4）基于步骤3）检测所得的基因型对待测鸡的胫长性状进行早期选择，其中AA基因型个体胫长和胫直径长于GA和GG基因型个体。
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