CN113046487A - 一对检测猪德尔塔冠状病毒的引物对和试剂盒 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一对检测德尔塔冠状病毒的引物对和试剂盒,属于病毒分子生物学检测技术领域。本发明提供的检测猪德尔塔冠状病毒的引物对,包括上游引物PDCoV‑S3F和下游引物PDCoV‑S3R;所述上游引物PDCoV‑S3F的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,所述下游引物PDCoV‑S3R的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。本发明提供的引物对能够特异检测出猪德尔塔冠状病毒,对猪瘟病毒、猪细小病毒、猪德尔塔冠状病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型病毒无交叉反应;且最低检测限可达1.01ng/μL,灵敏度高,可实现对样品快速、精确且有效地检测。
Description
技术领域
本发明属于病毒分子生物学检测技术领域,尤其涉及一对检测德尔塔冠状病毒的引物对和试剂盒。
背景技术
猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)是一种会造成猪尤其是哺乳仔猪出现腹泻为主要症状的病毒,具有很高的致病力。PDCoV为冠状病毒科、δ冠状病毒属,是有囊膜、不分节段的单股正链RNA病毒,其病毒粒子与其他冠状病毒相似,呈多形性。PDCoV是目前已知冠状病毒家族中最小的,基因组全长约为25.4kb,基因组组成和排列顺序与猪流行性腹泻病毒(PEDV)等冠状病毒相似。PDCoV共编码15个非结构蛋白、4个结构蛋白和3个辅助蛋白;基因组两端有两个非编码区(Untranslatedregion,UTR),基因组顺序从5'UTR开始依次为开放性阅读框1a/lb(OFR1a/1b)、纤突蛋白(Spike)、小膜蛋白(Envelope)、膜糖蛋白(Membrane)、辅助蛋白NS6、核衣壳蛋白(Nucleocapsid)、辅助蛋白NS7、3'UTR,与PEDV基因结构不同的是PDCoVNS6位于M基因和N基因之间,NS7位于N基因的ORF中。PDCo V可以感染不同生长阶段的猪群,其中以哺乳仔猪感染率最高。因此,建立快速、准确的检测PDCoV的方法对预防和控制该病毒的发生具有重要意义。
发明内容
为了解决上述问题,本发明提供了一对检测德尔塔冠状病毒的引物对和试剂盒。采用本发明提供的检测德尔塔冠状病毒的引物对可实现对德尔塔冠状病毒的快速检测,且特异性强,灵敏度高。
为了实现上述发明目的,本发明提供了以下技术方案:
本发明提供了一对检测猪德尔塔冠状病毒的引物对,包括上游引物PDCoV-S3F和下游引物PDCoV-S3R;所述上游引物PDCoV-S3F的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,所述下游引物PDCoV-S3R的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。
本发明提供了一种检测猪德尔塔冠状病毒的试剂盒,包括上述技术方案中所述的引物对。
优选的,所述试剂盒还包括酶混合液、RT PCR缓冲液和RT PCR反应液。
优选的,所述酶混合液包括逆转录酶和TaqDNA聚合酶。
优选的,所述RTPCR反应液包括MgCl2和dNTPs。
优选的,扩增体系每20μL中包括:RNA模板2μL,上游引物PDCoV-S3F0.3μL,下游引物PDCoV-S3R 0.3μL,RTPCR反应液10μL,酶混合液0.4μL和余量水。
优选的,扩增反应的程序为:①42℃,30min;②94℃,5min;③94℃,30s;④58℃,30s;⑤72℃,60s;③~⑤35个循环;⑥72℃,5min。
有益效果:
本发明提供了一对检测猪德尔塔冠状病毒的引物对,包括上游引物PDCoV-S3F和下游引物PDCoV-S3R;所述上游引物PDCoV-S3F的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,所述下游引物PDCoV-S3R的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。本发明提供的引物对能够特异检测出猪德尔塔冠状病毒,对猪瘟病毒、猪细小病毒、猪德尔塔冠状病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型病毒无交叉反应;且最低检测限可达1.01ng/μL,灵敏度高,可实现对样品快速、精确且有效地检测。
附图说明
图1为本发明实施例2中猪德尔塔病毒的引物的扩增图;
图2为本发明引物对的特异性测定结果;
图3为本发明引物对的灵敏度测定结果。
具体实施方式
本发明提供了一对检测猪德尔塔冠状病毒的引物对,包括上游引物PDCoV-S3F和下游引物PDCoV-S3R;所述上游引物PDCoV-S3F的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,具体为:5’-CGTGTGAAACCCCTTCTCAACT-3’;所述下游引物PDCOV-S3R的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示,具体为5’-ACTGCTCGGATAAATGATTCTGCAAG-3’。本发明根据猪德尔塔冠状病毒S基因保守区序列设计,扩增的目的片段的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示;所述目的片段的大小为910bp。本发明对引物对的合成没有特殊要求,采用本领域常规合成方法合成即可。本发明提供的引物对具有便捷、高效、高特异性、高灵敏度等特点,对猪德尔塔冠状病毒能够精准鉴定,对猪瘟病毒、猪细小病毒、猪德尔塔冠状病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型病毒无交叉反应;且最低检测限可达1.01ng/μL,灵敏度高,可实现对样品快速、精确且有效地检测。
本发明提供了一种检测猪德尔塔冠状病毒的试剂盒,包括上述技术方案中所述的引物对。本发明所述引物组根据猪德尔塔冠状病毒S基因设计,具有特异性强、灵敏度高、检测用时短的优点。本发明所述RT-PCR优选采用一步法或者两步法。当采用一步法时,本发明所述试剂盒还优选包括酶混合液、RTPCR缓冲液和RTPCR反应液。在本发明中,所述酶混合液优选包括逆转录酶和Taq DNA聚合酶;所述RT PCR反应液优选包括MgCl2和dNTPs。本发明对转录酶、Taq DNA聚合酶、MgCl2和dNTPs的来源没有特殊要求,采用本领域常规市售产品即可。本发明实施例中转录酶、Taq DNA聚合酶、MgCl2和dNTPs购自北京全式金生物科技有限公司。在本发明中,所述一步法的RT-PCR的扩增体系优选每20μL中包括:RNA模板2μL,上游引物PDCoV-S3F 0.3μL,下游引物PDCoV-S3R 0.3μL,RT PCR反应液10μL,酶混合液0.4μL和余量水。一步法RT-PCR的反应程序优选为:①42℃,30min;②94℃,5min;③94℃,30s;④58℃,30s;⑤72℃,60s;③~⑤35个循环;⑥72℃,5min。当采用二步法时,本发明所述试剂盒还优选包括Anchored Oligo(dT)18、2×TS ReactionMix、RT/RI Enzyme Mix、2×EasyTaqPCR SuperMix。本发明对Anchored Oligo(dT)18、2×TS ReactionMix、RT/RI Enzyme Mix、2×EasyTaqPCR SuperMix的来源没有特殊要求,采用普通市售产品即可。本发明实施例中2×TS Reaction Mix、RT/RI Enzyme Mix、2×EasyTaqPCR SuperMix购自北京全式金生物科技有限公司。在本发明中,所述Anchored Oligo(dT)18还可以替换为Random Primer(N9)或基因特异引物(GSP)。本发明所述两步法包括反转录步骤和PCR扩增步骤。在本发明中,所述反转录的体系优选每20μL中包括:RNA模板2μL,Anchored Oligo(dT)181μL,2×TS ReactionMix 10μL,RT/RI Enzyme Mix 1μL和无核酸酶水6μL。在本发明中,所述反转录的条件优选为:42℃,30min;85℃,5min;4℃,反应结束。在本发明中,所述二步法的PCR的扩增体系优选每20μL中包括:cDNA模板2μL,2×EasyTaq PCR SuperMix 10μL,上游引物PDCoV-S3F 0.5μL,下游引物PDCoV-S3R 0.5μL和无核酸酶水7μL。在本发明中,所述二步法的PCR的反应程序优选为:①94℃,5min;②94℃,30s;③58℃,30s;④72℃,60s;②~④35个循环;⑤72℃,5min。
本发明提供的试剂盒能够特异检测出猪德尔塔冠状病毒,对猪瘟病毒、猪细小病毒、猪德尔塔冠状病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型病毒无交叉反应,特异性好,灵敏度高,可实现对样品快速、精确且有效地检测。
为了进一步说明本发明,下面结合实施例对本发明提供的一对检测德尔塔冠状病毒的引物对和试剂盒进行详细地描述,但不能将它们理解为对本发明保护范围的限定。
实施例1
一对检测猪德尔塔冠状病毒的引物对,由上游引物PDCoV-S3F和下游引物PDCoV-S3R组成;其中上游引物PDCoV-S3F的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,具体序列为:5’-CGTGTGAAACCCCTTCTCAACT-3’;下游引物PDCoV-S3R的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示,具体序列为:5’-ACTGCTCGGATAAATGATTCTGCAAG-3’。
实施例2
本发明的引物对的特异性测定
采用人工合成序列的方式得到实施例1的引物对,上述引物由上海生工生物工程有限公司合成得到。采用该引物对对猪德尔塔冠状病毒的阴性样品和阳性样品进行RT-PCR扩增。
RT-PCR扩增体系如下:RNA模板2μL,上游引物PDCoV-S3F 0.3μL,下游引物PDCoV-S3R 0.3μL,RT PCR反应液10μL,酶混合液0.4μL和无核酸酶7μL,总体积为20μL。2×One-Step Reaction Mix、One-Step Enzyme Mix和无核酸酶水购自购自北京全式金生物科技有限公司。
RT-PCR扩增程序:42℃、30min;94℃、5min;循环94℃、30s,58℃、30s,72℃、60s,共35个循环;再72℃延伸10min。
检测的样品:对阴性对照样品(DEPC水)、阳性对照样品(猪德尔塔冠状病毒目的片段的阳性质粒)和携带有猪细小病毒、猪圆环病毒2型病毒、猪流行性腹泻病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪德尔塔冠状病毒的样品,考察本发明的猪德尔塔冠状病毒巢式RT-PCR检测的引物组的特异性。其中,猪细小病毒的毒株购自福建农业科学院,猪圆环病毒2型病毒、猪流行性腹泻病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒的毒株购自兆丰华生物科技有限公司,猪德尔塔冠状病毒购自派生特生物科技有限公司。
得到扩增产物后,进行凝胶电泳检测,检测结果见图1和图2。
图1为本发明实施例2中猪德尔塔病毒的引物的扩增图;从左向右依次为:Marker,阳性对照样品、携带有猪德尔塔冠状病毒的样品、阴性对照样品和空白对照。
图2为本发明引物对的特异性测定结果;从左向右依次为:Marker,阳性对照样品、携带有猪德尔塔冠状病毒样品、猪细小病毒、猪圆环病毒2型病毒、猪流行性腹泻病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、阴性对照样品和空白对照。
由图1的结果可知,空白对照和阴性对照样品无扩增,阳性对照样品和携带有猪德尔塔冠状病毒样品扩增出了一个523bp的核酸片段,说明扩增正常,可以用于猪德尔塔冠状病毒的检测。
由图2的结果可知,猪德尔塔冠状病毒有对应扩增,猪细小病毒、猪圆环病毒2型病毒、猪流行性腹泻病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒无扩增,说明该引物特异性强,可以应用于区分猪德尔塔冠状病毒与其他病毒的PCR的扩增和检测。
实施例3
本发明的引物对的灵敏度测定
将提取的德尔塔冠状病毒的RNA反转录为cDNA,然后再用ddH2O做10倍梯度稀释,每个稀释度的模板进行PCR反应,考察本发明的引物组的敏感型。
反转录反应体系如下:
RNA模板2μL;Anchored Oligo(dT)181μL;2×TS Reaction Mix 10μL;RT/RIEnzyme Mix 1μL;无核酸酶水6μL;总体积20μL。Anchored Oligo(dT)18、2×TS ReactionMix、RT/RI Enzyme Mix、无核酸酶水购自北京全式金生物科技有限公司。
将配置好的体系瞬时离心混匀,于PCR仪上进行反转录,反转录的条件为:
①42℃,30min;②85℃,5min;③4℃,反应结束。
PCR体系:
稀释好的cDNA模板2μL;2×EasyTaq PCR SuperMix 10μL;上游引物PDCoV-S3F0.5μL,下游引物PDCoV-S3R 0.5μL;无核酸酶水7μL;总体积20μL。2×EasyTaqPCR SuperMix购自北京全式金生物科技有限公司。
将配置好的体系瞬时离心混匀,于PCR仪上进行扩增,PCR扩增条件为:
①94℃,5min;②94℃,30s;③58℃,30s;④72℃,60s;②~④35个循环;⑤72℃,5min;反应结束。
将PCR产物分别取5μL进行凝胶电泳,结果如图3。图3为本发明引物对的灵敏度测定结果;从左向右依次为:Marker,10100.5ng/μL,1010.05ng/μL,101.00ng/μL,10.10ng/μL,1.01ng/μL,0.1ng/μL,阴性对照样品。由图3的结果可知,本发明的引物对的最低检测限为1.01ng/μL。
实施例4
临床样本评价
将42份福建省各猪场采集的猪粪便样本,以本发明引物组进行猪德尔塔冠状病毒检测。其中,在42样品中,已知12份PDCOV阳性样品,14份PEDV阳性样品,6份PDCOV、PEDV混合感染样品,阴性样品10份。检测结果见表1。由表1的结果可知,检测出德尔塔冠状病毒18份,阳性符合率为100%;检出阴性样本24份,阴性符合率100%。采用本发明提供的引物对德尔塔冠状病毒进行鉴定,具有良好的特异性和灵敏度,准确率100%。
表1临床血液样本的检测结果
结果 | 数量 | 符合率% |
PDCoV阳性 | 18 | 100% |
PDCoV阴性 | 24 | 100% |
实施例的结果表明,本发明提供的检测猪德尔塔冠状病毒的引物对具有特异性强、灵敏度高、检测速度快的优势。
综合上述实施例的结果,表明本发明提供的引物对能够特异检测出猪德尔塔冠状病毒,特异性良好;且最低检测限可达1.01ng/μL,灵敏度高,可实现对样品快速、精确且有效地检测。
尽管上述实施例对本发明做出了详尽的描述,但它仅仅是本发明一部分实施例,而不是全部实施例,人们还可以根据本实施例在不经创造性前提下获得其他实施例,这些实施例都属于本发明保护范围。
序列表
<110> 派生特(福州)生物科技有限公司
<120> 一对检测猪德尔塔冠状病毒的引物对和试剂盒
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
cgtgtgaaac cccttctcaa ct 22
<210> 2
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
actgctcgga taaatgattc tgcaag 26
Claims (7)
1.一对检测猪德尔塔冠状病毒的引物对,其特征在于,包括上游引物PDCoV-S3F和下游引物PDCoV-S3R;所述上游引物PDCoV-S3F的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,所述下游引物PDCoV-S3R的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。
2.一种检测猪德尔塔冠状病毒的试剂盒,其特征在于,包括权利要求1所述的引物对。
3.根据权利要求2所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括酶混合液、RTPCR缓冲液和RTPCR反应液。
4.根据权利要求3所述的试剂盒,其特征在于,所述酶混合液包括逆转录酶和Taq DNA聚合酶。
5.根据权利要求3所述的试剂盒,其特征在于,所述RT PCR反应液包括MgCl2和dNTPs。
6.根据权利要求2所述的试剂盒,其特征在于,扩增体系每20μL中包括:RNA模板2μL,上游引物PDCoV-S3F 0.3μL,下游引物PDCoV-S3R 0.3μL,RT PCR反应液10μL,酶混合液0.4μL和余量水。
7.根据权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,扩增反应的程序为:①42℃,30min;②94℃,5min;③94℃,30s;④58℃,30s;⑤72℃,60s;③~⑤35个循环;⑥72℃,5min。
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