CN112852944A - 长链非编码rna在制备肝损伤生物标志物中的用途 - Google Patents

长链非编码rna在制备肝损伤生物标志物中的用途 Download PDF

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Abstract

本发明提供了一种检测肝损伤的试剂盒,其包括检测lncRNA的试剂;所述lncRNA包括NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT007487的lncRNA。本发明还提供了该试剂盒在制备检测肝损伤的制剂中的用途以及一种lncRNA在制备肝损伤生物标志物中的用途。所述的用途能够将lncRNA应用于肝损伤生物标志物的制备,尤其是用来检测外源性化合物引起的肝损伤,检测的敏感度高且检测方法和试剂简单,能够被广泛应用于检测药物性肝损伤,其检测结果可靠,可以单独检测或者联合其他指标共同评价肝损伤。

Description

长链非编码RNA在制备肝损伤生物标志物中的用途
技术领域
本发明属于生物技术领域,具体涉及长链非编码RNA在制备肝损伤生物标志物中的用途。
背景技术
肝脏是体内最重要的代谢器官,也是外源性毒物在体内的主要靶器官之一。肝脏对化学物质损伤的易感性是由其特殊的解剖学位置和生理生化功能所决定的。由于肝脏在解剖学上接近来自消化道的血液供应,是经消化道吸收的毒物发挥其毒性作用的首要靶位;肝脏具有浓聚和转化外源性化学物质的能力,在排泄外源性化合物质及其代谢产物到胆汁的过程中发挥重要作用。因此,当机体接触外源性毒物时,肝脏比其他器官更常发生毒性反应。因此急需建立发现和确证新的肝损伤生物标志物,能够早期发现肝损伤,并可以反映肝脏损伤的改善或加重,甚至能反映损伤的机制。
当前常规的肝损伤评价方法,非临床药物安全性评价和临床中常用的肝损伤指标为丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)以及总胆红素(TBIL),再合并组织病理学检查。其中ALT、AST以及TBIL其严重程度可从无症状的血清生化指标的改变到爆发性肝衰竭并导致危及生命的多器官损伤并发症。ALT是目前广泛使用的肝损伤检测指标,主要分布在肝脏组织,而在肾脏、心脏和骨骼肌也有少量分布。因为其在检测肝脏组织损伤情况下假阴性或假阳性率较低而被认为是目前肝损伤检测的金标准,然而,ALT的活性常常在肝脏损伤发生后升高,且与临床前检验的组织病理学结果不总是一致。尤其在临床上组织病理学检查不容易实行的情况下,ALT不能及时准确地预测药物性肝损伤。AST在心脏、脑、骨骼肌和肝脏组织均普遍存在,特异性较ALT差。并且在肝外损伤如肌肉损伤时血清ALT和AST也可以明显升高。不能有效地区分肝损伤与肝外损伤。TBIL是血红素分解代谢的产物,由于只有肝脏才能清除血液中的胆红素,因此,较ALT、AST更加直接的反映肝脏整体功能。但是溶血及其他血液学疾病也会引起TBIL升高,因此TBIL需要联合其他指标共同评价肝损伤。
随着肝损伤研究的逐渐深入,发现了一些新的肝脏毒性损伤的检测指标,如谷氨酸脱氢酶(GLDH)、精氨酸酶(Arginase,ARG)、谷胱甘肽-S-转移酶α(αGST)、血清F蛋白(F-Protein)等,被报道较ALT和AST灵敏性和特异性更高。使用这些新的生物标志物将会提高传统指标对药物肝损伤的监测能力。但由于检测技术复杂和试剂昂贵等方面的原因,尚未在肝损伤的临床评价中广泛应用,仍处于研究阶段。
长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200个核糖核苷酸的缺乏开放阅读框的非编码RNA分子。最初发现时被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶Ⅱ转录的副产物,没有生物学作用。经过深入研究发现,lncRNA在细胞中参与了重要的调控过程,如:调节细胞分化、衰老、增殖、凋亡、坏死以及肿瘤的发生发展。研究发现,尽管与信使RNA相比,lncRNA比较倾向于以低水平表达,但是lncRNA表达比mRNA表达更具有细胞特异性,表明lncRNA可能是细胞命运的关键调节因子。同时有研究显示,lncRNA与肝脏相关疾病和损伤密切相关。但lncRNA数据库非常庞大(迄今共有172,216个),临床检测上尚未开发出与肝损伤尤其是外源性化合物(例如对乙酰氨基酚)引起的肝损伤密切相关的lncRNA。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是为了克服现有技术中肝损伤生物标志物存在敏感度不高、检测方法过于复杂、试剂昂贵、需要联合其他指标共同评价肝损伤以及不能及时准确地预测药物性肝损伤等缺陷,提供了一种长链非编码RNA(lncRNA)在制备肝损伤生物标志物中的用途及含其的试剂盒。所述的用途能够将lncRNA应用于肝损伤生物标志物的制备,尤其是用来检测外源性化合物引起的肝损伤,检测的敏感度高且检测方法和试剂简单,能够被广泛应用于及时检测药物性肝损伤,能在早期及时发现药物性肝损伤,其检测结果可靠,可以单独检测或者联合其他指标共同评价肝损伤。
本发明人对肝损伤进行长期研究,并经过大量实验,意外地发现一些lncRNA可以作为外源性化合物引起的肝损伤的特异性的生物标志物,在外源性化合物引起的肝损伤的肝组织中高表达,能够发挥其在制备肝损伤生物标志物中用途,从而检测由外源性化合物引起的肝损伤。
为了解决上述技术问题,本发明第一方面提供了一种检测(诊断)肝损伤的试剂盒,所述试剂盒包括检测lncRNA(的水平)的试剂;所述lncRNA包括NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT007487的lncRNA。
较佳地,所述肝损伤为外源性化合物引起的肝损伤;更佳地,所述外源性化合物是对乙酰氨基酚。
较佳地,所述lncRNA还包括NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT009739的lncRNA。
较佳地,所述检测为实时荧光定量PCR检测。
较佳地,所述试剂盒还包括RNA抽提试剂、反转录试剂和/或实时荧光定量PCR试剂。
较佳地,所述试剂可为本领域常规试剂,例如引物等等。
为了解决上述技术问题,本发明第二方面提供了如本发明第一方面所述的试剂盒在制备检测(诊断)肝损伤的制剂(例如为诊断剂)中的用途。
较佳地,所述肝损伤为外源性化合物引起的肝损伤。
更佳地,所述外源性化合物是对乙酰氨基酚。
为了解决上述技术问题,本发明第三方面提供了一种生物标志物组合,其包括NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT007487的lncRNA和NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT009739的lncRNA。
为了解决上述技术问题,本发明第四方面提供了一种lncRNA在制备肝损伤生物标志物中的用途,其中所述lncRNA包括NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT007487的lncRNA。
较佳地,所述lncRNA还包括NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT009739的lncRNA。
较佳地,所述的肝损伤为外源性化合物引起的肝损伤。所述的lncRNA作为肝损伤生物标志物可以用于检测外源性化合物引起的肝损伤。
更佳地,所述外源性化合物是对乙酰氨基酚(APAP)。
较佳地,所述lncRNA作为唯一的肝损伤生物标志物单独使用。
较佳地,所述lncRNA和常规的肝损伤生物标志物联合使用。
更佳地,所述常规的肝损伤生物标志物是丙氨酸氨基转移酶、天冬氨酸氨基转移酶和/或总胆红素。
本发明另一方面还提供了一种测定生物标志物lncRNA水平的试剂在制备诊断肝损伤的诊断剂中的用途;其中所述lncRNA的NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT007487。
较佳地,所述lncRNA还包括NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT009739的lncRNA。
较佳地,所述肝损伤为外源性化合物引起的肝损伤;更佳地,所述外源性化合物是对乙酰氨基酚。
较佳地,所述测定为实时荧光定量PCR检测。
较佳地,所述试剂可为本领域常规试剂,例如引物等等。
本发明另一方面还提供了一种检测lncRNA的引物在制备诊断肝损伤的试剂盒中的应用;其中所述lncRNA的NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT007487。
较佳地,所述lncRNA还包括NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT009739的lncRNA。
较佳地,所述肝损伤为外源性化合物引起的肝损伤;更佳地,所述外源性化合物是对乙酰氨基酚。
较佳地,所述检测为实时荧光定量PCR检测。
在符合本领域常识的基础上,上述各优选条件,可任意组合,即得本发明各较佳实例。
本发明所用试剂和原料均市售可得。
本发明的积极进步效果在于:本发明所述的用途能够将lncRNA应用于肝损伤生物标志物的制备,尤其是用来检测外源性化合物引起的肝损伤,检测的敏感度高且检测方法和试剂简单,能够被广泛应用于检测肝损伤,其检测结果可靠,可以单独检测或者联合其他指标共同评价肝损伤。
附图说明
图1为对乙酰氨基酚给药组大鼠血清ALT、AST、ALP和TBIL活性的改变,其中﹡代表与溶媒组相比P<0.05。
具体实施方式
下面通过实施例的方式进一步说明本发明,但并不因此将本发明限制在所述的实施例范围之中。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,按照常规方法和条件,或按照商品说明书选择。
实施例1寻找肝损伤生物标志物
1.1肝损伤模型的建立
1.1.1实验试剂和仪器、实验动物
(1)阳性药:对乙酰氨基酚(批号:P1395820,购自国药集团化学试剂有限公司);
(2)溶媒对照品:0.5%羧甲基纤维素钠(0.5%CMC-Na);
ALT,AST,ALP,TBIL检测试剂盒由日本和光纯药工业株式会社生产;
HITACHI 7060型全自动生化分析仪购于日本日立产业株式会社。
(3)实验动物
雄性SD大鼠20只,SPF级,体重180~200g,7~9周龄,购自北京维通利华实验动物技术有限公司[许可证号:SCXK(京)2016-0006]。动物采用耳标和笼牌标识,5只/笼,动物饲养于上海益诺思生物技术股份有限公司(国家上海新药安全评价研究中心)的SPF级动物房,动物房温度控制在22~26摄氏度,湿度控制在40~70%之间,每分钟通气次数≥15次,12小时/12小时的明暗光照周期,动物自由摄食,经钴60辐照灭菌的SPF大、小鼠维持饲料由北京科澳协力饲料有限公司提供,动物通过饮水瓶自由饮用自制的去离子水。
1.1.2实验方法
1.1.2.1阳性药的配制
对乙酰氨基酚(APAP)的混悬液配制:分别称量3.75g对乙酰氨基酚,转移至玻璃瓶中并加入适量的0.5%CMC-Na(W/W)。用玻棒初步进行搅拌,打开匀浆机进行工作,充分分散后关机,加入0.5%CMC-Na至所需体积后将其混匀,配制成1250mg/kg的混悬液,保证上下均一性,室温、避光、放置待用。配制过程需避光。
1.1.2.2动物试验剂量设置
采用随机区组设计的分组,将20只大鼠根据体重随机分配到2组:溶媒组(0.5%CMC-Na)、给药组(1250mg/kg对乙酰氨基酚),详见表1。
表1实验剂量设计
Figure BDA0002787619880000061
1.1.2.3给药及观察检查
阴性对照组和对乙酰氨基酚给药组的给药途径均为经口灌胃给药,单次给药,给药容量为10mg/kg。给药体积根据最近一次测得的体重进行计算。
在给药后24小时后,采用3%戊巴比妥钠麻醉,腹主动脉采集全血置于分离胶真空采血管中用于血清的分离:3500rpm,4℃,5min,吸取血清分装于EP管中,保存于-80℃冰箱,用于肝功能指标的检测。同时采集肝组织分成两部分,第一部分摘取肝脏左外叶和右外叶,用于肝脏组织病理形态学观察(方法见2.2.3);第二部分摘取剩余肝组织分装于EP管中,每管约30mg左右,样本保存于-80℃冰箱,用于lncRNA芯片检测。
1.1.2.4血清生化检测结果
本实验主要检测了临床前和临床中肝损伤评价普遍使用的血液学指标ALT(丙氨酸氨基转移酶)、AST(天冬氨酸氨基转移酶)、ALP(碱性磷酸酶)和TBIL(总胆红素)的变化。如图1结果显示,1250mg/kg对乙酰氨基酚给药24h后,给药组大鼠血清中ALT、AST与溶媒组相比显著性升高(P<0.05)。
1.1.2.5组织病理学检查结果
肝脏组织病理学检查显示,溶媒组大鼠未见明显异常,给药组见不同程度肝细胞坏死,并伴炎细胞浸润,小叶周边细胞空泡变性,甚至坏死。详细评分见表2所示。
表2乙酰氨基酚暴露24h后肝脏组织病理形态学观察结果
Figure BDA0002787619880000071
“N”代表无明显异常。
“肝细胞坏死,伴炎细胞浸润”一栏中,“0”代表无肝细胞坏死,未伴有炎细胞浸润;“1”代表较少肝细胞坏死,伴有较轻微伴炎细胞浸润;“2”代表少许肝细胞坏死,伴有轻微炎细胞浸润;“3”代表中度的肝细胞坏死,伴有中度炎细胞浸润;“4”代表重度的肝细胞坏死,伴有重度炎细胞浸润。
“小叶周边空泡变性”一栏中,“0”代表小叶周边空泡无变性;“1”代表小叶周边空泡较轻微变性;“2”代表小叶周边空泡轻微变性;“3”代表小叶周边空泡中度变性;“4”代表小叶周边空泡重度变性。
1.1.2.6结论
本部分实验采用SD大鼠经口灌胃给予1250mg/kg对乙酰氨基酚和0.5%羧甲基纤维素钠,24小时后采血进行血清生化检测、和组织病理学检查,乙酰氨基酚诱导的肝损伤情况。
在血清生化检测中,给药后24小时后,1250mg/kg APAP组动物的ALT和AST均显著升高。病理组织学检查主要可见不同程度肝细胞坏死,并伴炎细胞浸润,小叶周边细胞空泡变性,坏死。
综上可见,SD大鼠经口灌胃给予对乙酰氨基酚后成功地诱导了大鼠肝损伤,因此对乙酰氨基酚诱导肝损伤模型成立,可用于肝损伤生物标志物的筛选和验证。
1.2lncRNA表达谱芯片的制备
1.2.1取样
取相同品种属种、年龄相近大小一致的正常大鼠和已经建立好的肝损伤模型的大鼠各4只。大鼠解剖后立刻取肝脏称重,称重后取约0.5×0.5cm大小的肝脏组织,立刻放入无核酶的冻存管中,液氮速冻1小时,随后转入-80℃超低温冰箱保存备用。
1.2.2总RNA的提取
采用TAKARA RNAiso Plus#9109并且根据生产厂商提供的标准操作流程进行样品的总RNA抽提,抽提所得总RNA经Agilent Bioanalyzer 2100(Agilent technologies,Santa Clara,CA,US)电泳质检合格后使用NucleoSpin RNA Clean-upXS kit(Cat#740903,MN,Germany)和RNase-Free DNase Set(Cat#79254,QIAGEN,GmBH,Germany),纯化总RNA。
1.2.3RNA质量鉴定
芯片实验起始样本为总RNA,总RNA经NanoDrop ND-2000分光光度计及AgilentBioanalyzer 2100(Agilent technologies,Santa Clara,CA,US)进行质检,质检合格的RNA可进行后续的芯片实验。
1.2.4RNA的放大和标记
实验样品RNA采用Agilent表达谱芯片配套试剂盒,Low Input Quick AmpLabeling Kit,One-Color(Cat.#5190-2305,Agilent technologies,Santa Clara,CA,US)和标准操作流程对样品总RNA进行放大和标记,并用RNeasy mini kit(Cat.#74106,QIAGEN,GmBH,Germany)纯化标记后的cRNA。
操作步骤如下:
1.2.4.1准备单标的spike-in:按照不同的RNA起始量,用Dilution Buffer稀释spike-in(一种外源内参,稀释不同浓度是为了监控实验过程,例如监测不同浓度下的信号值等),详见下表3。
表3
Figure BDA0002787619880000091
上表中,“/”代表不存在或未检测。
1.2.4.2反转录
①.配置如下表4中的反应溶液。
表4
组分名称 体积
总RNA 10-200ng 1.5μL
稀释好的spike in 2.0μL
T7 Promoter Primer 0.8μL
Nuclease-free water(white cap) 1.0μL
总体积 5.3μL
②.PCR仪器上65℃保温10min,冰浴5min。
③.同时将5×First Strand Buffer在80℃预热3min,室温备用。
④.配置反转录mix。
表5
组分名称 体积
5×First Strand Buffer 2.0μL
0.1MDTT 1.0μL
10mM dNTP mix 0.5μL
AffinityScript RNase Block Mix 1.2μL
总体积 4.7μL
⑤.将上述4.7μL mix加入变性后的冰浴的RNA中,混匀,离心。
⑥.PCR:40℃反应2小时;70℃灭活15分钟;4℃反应5分钟。
1.2.4.3荧光标记
①.配置标记mix。
表6
组分名称 体积
Nuclease-free water 0.75μL
5×Transcription buffer 3.2μL
0.1M DTT 0.6μL
NTP mix 1.0μL
T7 RNA Polymerase Blend 0.21μL
Cy3-CTP 0.24μL
总体积 6.0μL
②.标记产物纯化
1)加84μL的Nuclease-free water,总体积至100μL。
2)加350μL的RLT,混匀。
3)加250μL的无水乙醇,混匀,不要离心。
4)将700μL的mix,转到柱子上。13000rpm,4℃离心30sec。丢弃流过液。
5)加500μL的RPE,13000rpm,4℃离心30sec。丢弃流过液。
6)另加500μL的RPE,13000rpm,4℃离心60sec。丢弃流过液。
7)换新的套管,13000rpm,4℃空转30sec。并将柱子转入到洗脱管中。
8)加30μL的Nuclease-free water,静置1min,13000rpm,4℃离心30sec。
9)重新将洗脱管中的30μL样品转回柱子,静置1min,13000rpm,4℃离心30sec。
10)用NanoDrop测得RNA浓度,Cy3浓度,260/280。
11)探针量的要求:
表7
1×芯片 cRNA>5μg Cy3>6pmol/μg
2×芯片 cRNA>3.75μg Cy3>6pmol/μg
4×芯片 cRNA>1.65μg Cy3>6pmol/μg
5×芯片 cRNA>0.825μg Cy3>6pmol/μg
1.2.5芯片杂交
按照Agilent表达谱芯片配套提供的杂交标准流程和配套试剂盒,GeneExpression Hybridization Kit(Cat.#5188-5242,Agilent technologies,Santa Clara,CA,US),在滚动杂交炉Hybridization Oven(Cat.#G2545A,Agilent technologies,SantaClara,CA,US)中65℃,10rpm,滚动杂交17小时,杂交cRNA上样量600μg,并在洗缸stainingdishes(Cat.#121,Thermo Shandon,Waltham,MA,US)中洗片,洗片所用的试剂为GeneExpression Wash Buffer Kit(Cat.#5188-5327,Agilent technologies,Santa Clara,CA,US)。操作如下:
1)按以下表格8配片段化mix;
表8
组分名称
Cy3-cRNA 5μg 3.75μg 1.65μg 600ng
10×Blocking Agent 50μl 25μl 11μl 5μl
Nuclease-free water 至240μl 至120μl 至52.8μl 至24μl
25×Fragmentation Buffer 10μl 5μl 2.2μl 1μl
总体积 250μl 125μl 55μl 25μl
2)60℃保温30min。
3)冰浴1min,短暂离心。
4)加等体积的2×GEx Hybridization Buffer HI-RPM,混匀。
5)13,000rpm,离心1min。
6)置于冰上。
7)将杂交仓放在水平桌面上,放上带垫圈盖玻片。
8)按以下表9中的体积加入样品。
表9
组分名称
准备的体积 500μl 250μl 110μl 50μl
杂交用的体积 490μl 240μl 100μl 40μl
9)将芯片上带有“Agilent”面朝下,盖到盖玻片上。
10)迅速组装好杂交仓。
11)在杂交炉中,65℃,10rpm,杂交17h。
1.2.6芯片洗涤和扫描
完成杂交的芯片采用Agilent Microarray Scanner(Cat.#G2565CA,Agilenttechnologies,Santa Clara,CA,US)进行扫描,软件设置Dye channel:Green,Scanresolution=3μm,PMT 100%,20bit。用Feature Extraction software12.0(Agilenttechnologies,Santa Clara,CA,US)读取数据,最后采用R软件中limma包进行归一化处理,所用的算法为Quantile。操作步骤如下:
1)洗液1和洗液2加入2mL的10%Triton X-102,洗液2需要37℃预热过夜。
2)将已经完成杂交的芯片从杂交炉中取出,拆开杂交仓,按以下步骤洗涤芯片。
表10
拆片 GE Wash Buffer 1 室温
洗1 GE Wash Buffer 1 室温 1min
洗2 GE Wash Buffer 2 37℃ 1min
3)将洗好的芯片装入片夹中,放入扫描仪进行扫描,扫描参数如下表11所示:
表11
Figure BDA0002787619880000131
1.2.7芯片实验质控情况
CV值通过两组数据之间的比较分析来判断该体系是否稳定。在Agilent表达谱芯片实验中,用重复探针点(10次重复)信号的CV值来计算芯片的稳定性和技术的稳定性。根据不同的芯片,这样的探针点从10到100个不等。结果显示,除个别样品外,大部分样品的CV值均控制在10%以内,结果可靠,可用于进一步分析。
1.3芯片分析结果
1.3.1概述
利用聚类分析绘制4对样本中差异有统计学意义(P<0.05)且倍数变化(Foldchanges,FC)值>2倍以上变化的lncRNA。结果显示(表12中列出了部分lncRNA的变化倍数):与溶媒组比较,肝损伤组FC(abs,绝对值)2倍以上变化且p<0.05的有902条,其中上调的有566条,下调的有336条;4倍以上变化且p<0.05的有182条,其中上调的有125条,下调的有57条;10倍以上变化且p<0.05的有35条,其中上调的有23条,下调的有12条。提示这些差异表达的lncRNAs可能与药物性肝损伤发生,发展及分子调控密切相关。其中LncRNA(NONCODETRANSCRIPT ID:NONRATT007487)在给药组大鼠肝脏组织中的表达量是对照组中的19.15倍,LncRNA(NONCODE TRANSCRIPT ID:NONRATT009739)在给药组大鼠肝脏组织中的表达量是对照组中的28.29倍。
表12
Figure BDA0002787619880000141
1.3.2GO分析结果
用R/bioconductor/clusterProfiler数据包对差异表达的lncRNAs靶基因mRNAs进行GO分析。预测分析纳入的mRNAs分子标准为差异倍数>2,p<0.05。GO功能注释分析发现,差异表达的lncRNAs顺式调节的靶基因mRNAs主要集中在生物学过程:成纤维细胞增殖的正调节、脂质氧化、脂肪酸氧化、脂肪酸分解代谢过程、能量稳态;分子功能:氧化还原酶的活性、黄素腺嘌呤二核苷酸结合。差异表达的lncRNAs反式调节的靶基因mRNAs主要集中在生物学过程:外源性物质的代谢过程、外源性物质的葡萄糖醛酸化、细胞对外源性物质刺激的反应。
1.3.3KEGG分析结果
利用R/bioconductor/clusterProfiler数据包进一步对差异表达的lncRNAs预测靶基因mRNAs进行KEGG分析。预测分析纳入的mRNAs分子标准为差异倍数>2,p<0.05。KEGG分析发现差异表达的lncRNAs预测靶基因mRNAs主要集中在机体系统:免疫系统通路、内分泌系统;代谢通路:外源性物质代谢、碳水化合物代谢、能量代谢、脂质代谢、辅助因子和维生素的代谢;细胞通路:蛋白质翻译、信号传导、细胞增殖和凋亡。提示差异表达的lncRNAs可能通过调控预测靶基因mRNAs从而参与这些通路的调节。
1.3.4总结
本实验肝组织的lncRNA芯片结果显示,肝组织中差异表达的lncRNA数非常多,其中lncRNA(NONCODE TRANSCRIPT ID:NONRATT007487)在给药组大鼠肝脏组织中的表达量是对照组中的19.15倍,LncRNA(NONCODE TRANSCRIPT ID:NONRATT009739)在给药组大鼠肝脏组织中的表达量是对照组中的28.29倍(参见表12),表达倍数非常高,说明lncRNA(NONCODETRANSCRIPT ID:NONRATT007487)或者与其他lncRNA(NONCODE TRANSCRIPT ID:NONRATT009739)共同地可以作为肝损伤生物标志物检测外源性化合物引起的肝损伤。
随后本发明人使用了实时荧光定量PCR进行验证,证明了使用NONRATT007487和/或NONRATT009739作为生物标志物时,能够及时检测,检测结果可靠。

Claims (10)

1.一种检测肝损伤的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括检测lncRNA的试剂;所述lncRNA包括NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT007487的lncRNA。
2.如权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述肝损伤为外源性化合物引起的肝损伤;所述外源性化合物优选对乙酰氨基酚;
和/或,所述lncRNA还包括NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT009739的lncRNA。
3.如权利要求1或2所述的试剂盒,其特征在于,所述检测为实时荧光定量PCR检测,和/或,所述试剂盒还包括RNA抽提试剂、反转录试剂和/或实时荧光定量PCR试剂。
4.如权利要求1~3任一项所述的试剂盒在制备检测肝损伤的制剂中的用途;
较佳地,所述肝损伤为外源性化合物引起的肝损伤;更佳地,所述外源性化合物是对乙酰氨基酚。
5.一种生物标志物组合,其特征在于,其包括NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT007487的lncRNA和NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT009739的lncRNA。
6.一种lncRNA在制备肝损伤生物标志物中的用途,其特征在于,所述lncRNA包括NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT007487的lncRNA。
7.如权利要求6所述的用途,其特征在于,所述lncRNA还包括NONCODE TRANSCRIPT ID为NONRATT009739的lncRNA。
8.如权利要求6或7所述的用途,其特征在于,所述的肝损伤为外源性化合物引起的肝损伤;较佳地,所述外源性化合物是对乙酰氨基酚。
9.如权利要求6~8任一项所述的用途,其特征在于,所述lncRNA作为唯一的肝损伤生物标志物单独使用,或者所述lncRNA和常规的肝损伤生物标志物联合使用。
10.如权利要求9所述的用途,其特征在于,所述常规的肝损伤生物标志物是丙氨酸氨基转移酶、天冬氨酸氨基转移酶和/或总胆红素。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN116926189A (zh) * 2023-09-12 2023-10-24 上海益诺思生物技术股份有限公司 外泌体lncRNA在检测药源性心肌损伤中的应用

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2017201422A1 (en) * 2016-05-20 2017-11-23 The General Hospital Corporation Using micrornas to control activation status of hepatic stellate cells and to prevent fibrosis in progressive liver diseases
CN110129424A (zh) * 2018-04-27 2019-08-16 首都医科大学附属北京朝阳医院 包含生物小分子及基因的肝损伤生物标志物、方法及应用

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2017201422A1 (en) * 2016-05-20 2017-11-23 The General Hospital Corporation Using micrornas to control activation status of hepatic stellate cells and to prevent fibrosis in progressive liver diseases
CN110129424A (zh) * 2018-04-27 2019-08-16 首都医科大学附属北京朝阳医院 包含生物小分子及基因的肝损伤生物标志物、方法及应用

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
MANLI YU ET AL.: "RNA‐ Seq analysis and functional characterization revealed lncRNA NONRATT007560.2 regulated cardiomyocytes oxidative stress and apoptosis induced by high glucose", 《J CELL BIOCHEM》 *
周军等: "长链非编码RNA在药物性肝损伤小鼠肝组织中表达谱的变化", 《中西医结合肝病杂志》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN116926189A (zh) * 2023-09-12 2023-10-24 上海益诺思生物技术股份有限公司 外泌体lncRNA在检测药源性心肌损伤中的应用
CN116926189B (zh) * 2023-09-12 2023-12-01 上海益诺思生物技术股份有限公司 外泌体lncRNA在检测药源性心肌损伤中的应用

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