CN112512589A - 二聚体免疫调节化合物对抗基于cereblon的机制 - Google Patents

二聚体免疫调节化合物对抗基于cereblon的机制 Download PDF

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尼古拉斯·J·劳伦斯
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Abstract

公开了用于增强效应T细胞功能的对抗cereblon的小分子。还公开了制备这些分子的方法和使用它们治疗各种疾病状态的方法。

Description

二聚体免疫调节化合物对抗基于CEREBLON的机制
相关申请的交叉引用
本申请要求2018年7月11日提交的美国临时申请第62/696,508号的优先权权益,所述美国临时申请通过引用以其整体并入本文。
发明背景
其最初作为灾难性致畸剂出现的被称为免疫调节药物的衍生自沙利度胺的类似物,现在正迅速兴起用于癌症的治疗。免疫调节疗法的标志之一是其与T淋巴细胞活化的关联性(McDaniel,J.M.等人,Adv.Hematol.2012:513702,2012)。这类药物的抗癌机制之一是针对内源性肿瘤相关抗原的紧急免疫反应,所述紧急免疫反应可恢复针对肿瘤细胞的功能性免疫监视。许多屏障因复杂性而阻碍了抗肿瘤免疫,所述复杂性已在很大程度上演化来控制自身免疫的识别。使用斑马鱼模型,证明了沙利度胺调节称为cereblon的E3-遍在蛋白连接酶底物受体的功能,所述cereblon随后导致异常的肢体发育(Ito,T.等人,Science327(5971):1345,2010)。Cereblon在所有脊椎动物物种中都是保守的。已经指出,“IMiD药物类似物之间的结构差异将影响底物识别和降解的效力和选择性(Chamberlain,P.P.等人,Structure of the human cereblon-DDB1-lenalidomide complex reveals themolecular basis for responsiveness to thalidomideanalogs.Nat.Struct.Mol.Biol.21:803-9,2014)。已使用纯合Crbn种系敲除证实了Cereblon在T细胞信号传导和体内平衡中的生理作用,所述敲除是在与表达卵子启动子-Cre重组酶的转基因小鼠交配后通过flp介导的外显子3和外显子4的切除实现的(Rajadhyaksha,A.M.等人Behavioural Brain Res.226(2):428,2012)。敲除消除包括造血来源的组织在内的所有组织中的Crbn表达。与3月龄的野生型C57BL6同窝出生仔相比,缺陷型小鼠中的外周血和脾淋巴细胞在表型和数量上相似。为了探索活化Crbn-/-T细胞的内在阈值,已经对完全错配的同种异体宿主和亚致死辐射的同类系(congenic)小鼠进行了体外研究和过继细胞转移。这些研究显示了cereblon在调节IL-2、IFNg和T细胞受体激活中的作用。使用B16黑素瘤,已经证明了cereblon的基因消融(genetic ablation)导致肿瘤生长的显著延迟。
用于增强恶性疾病的免疫疗法的基于cereblon的机制的靶向疗法的新发展将是令人期望的。对于IMiD疗法,许多与Crbn缺乏相关的特征值得注意。(Mcdaniel,J.M.等人,同上;Luptakova,K.J.等人,Cancer immunology,immunotherapy:CII 62(1):39,2013;Zhou,Y.等人,Am.J.Hematol.83(2),144,2008)。使用珠粒和定量质谱(MS)证实了来那度胺(最具免疫活性的免疫调节药物之一)与CRBN-DDB1复合物结合(Kronke,J.等人,Science343(6168):301,2014)。然而,许多屏障因复杂性而阻碍了抗肿瘤免疫,所述复杂性已在很大程度上演化来控制自身免疫的识别。增强检查点阻断疗法的改进方法将扩大免疫疗法在对现有剂的治疗响应有限或对疗法产生耐药性的癌症患者中的应用。因此,需要的是靶向基于cereblon的机制的新化合物以及制备和使用所述新化合物的方法。本文公开的组合物和方法解决了这些和其它需求。
发明内容
根据如本文具体实施和广泛描述的公开材料和方法的目的,一方面,公开的主题涉及化合物、组合物以及制备和使用化合物和组合物的方法。在具体实例中,公开了免疫调节药物的二聚体,例如E3连接酶配体的二聚体。本文公开的二聚体可以是连接在一起的两种相同的免疫调节药物或连接在一起的两种不同的免疫调节药物。
在某些实施方案中,所公开的化合物可具有由式I表示的结构:
Figure BDA0002923774840000031
其中,
Ar为芳基或杂芳基;
L不存在(即,键)或为选自由以下组成的组的接头:-SO2、-SO2R′;SO2R′R″、-SO2NR′R″;-SO2NR′R″C(=O);-NR′SO2R″;-R′SO2NR′R″′;-C(=O);-C(=O)R′;-OC(=O)R′;-C(=O)NR′R″;-NR′C(=O)R″;-NR′C(=O)R″C(=O);-OR′;-NR′R″;-SR′;-N3-C(=O)OR′;-O(CR′R″)rC(=O)R′;-O(CR′R″)rNR″C(=O)R′;-O(CR′R″)rNR″SO2R′;-OC(=O)NR′R″;-NR′C(=O)OR′’;和取代或未取代的C1-C6烷基;
其中R′、R″和R″′各自选自氢;取代或未取代的烷基;取代或未取代的烯基;取代或未取代的醚;取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基、或取代或未取代的胺;并且r为1至6的整数;
R1、R2和R3各自选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的杂环基及其组合;或者
R1和R2组合以形成5-7元杂环;并且当R1和R2组合以形成5-7元杂环时,Ar任选地不与5-7元杂环稠合,而是5-7元杂环的取代基;
R4和R5各自选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、醚、烷氧基、巯基、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合;
R8选自由以下组成的组:氢、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的烷基芳基及其组合;
每个R10独立地选自O、NH、CH2、OCH2、NHCH2、N(CH3)、CH=CH、C≡C、SO2、SO2NH、C(O)、C(O)O、C(O)NH、C(O)CH2、NHSO2、OCH2O、NHCONH、NHCH2CH2O、NH(CH2)3NH和NHCH2CF2CH2
每个R11独立地选自(CR’R”)r、C(=O)NR’、NR’C(O)、C(=O)、-SO2、-SO2R′;SO2R″、-SO2NR′;-SO2NR″C(=O);-NR′SO2R″;-R′SO2NR′;-C(=O)R′;-OC(=O)R′;-C(=O)NR″;-NR′C(=O)R″;-NR′C(=O)R″C(=O);-OR′;-NR′;-SR′;其中r为1至6;
Z不存在、为氨基、C1-C10烷基、C1-C10聚烷氧化物、环烷基或杂环烷基;
Y为E-3连接酶配体;以及
X为0、1或2;
其中键---存在或不存在。
在式I的具体实例中,化合物可具有由式I-A表示的式:
Figure BDA0002923774840000051
所公开的化合物可具有由式II表示的结构:
Figure BDA0002923774840000052
其中,
Ar为芳基或杂芳基;
L不存在或为选自由以下组成的组的接头:-SO2、-SO2R′;SO2R′R″、-SO2NR′R″;-SO2NR′R″C(=O);-NR′SO2R″;-R′SO2NR′R″′;-C(=O);-C(=O)R′;-OC(=O)R′;-C(=O)NR′R″;-NR′C(=O)R″;-NR′C(=O)R″C(=O);-OR′;-NR′R″;-SR′;-N3-C(=O)OR′;-O(CR′R″)rC(=O)R′;-O(CR′R″)rNR″C(=O)R′;-O(CR′R″)rNR″SO2R′;-OC(=O)NR′R″;-NR′C(=O)OR′’;和取代或未取代的C1-C6脂肪族烷基;
其中R′、R″和R″′各自选自氢;取代或未取代的烷基;取代或未取代的烯基;取代或未取代的醚;取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基、或取代或未取代的胺;并且r为1至6的整数;
R1、R2和R3各自选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合,或者
R1和R2组合以形成5-7元杂环;并且其中当R1和R2组合以形成5-7元杂环时,Ar任选地不与5-7元杂环稠合,而是5-7元杂环的取代基;
R4和R5各自选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、醚、烷氧基、巯基、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合;
R8选自由以下组成的组:氢、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的烷基芳基及其组合;
每个R10独立地选自O、NH、CH2、OCH2、NHCH2、N(CH3)、CH=CH、C≡C、SO2、SO2NH、C(O)、C(O)O、C(O)NH、C(O)CH2、NHSO2、OCH2O、NHCONH、NHCH2CH2O、NH(CH2)3NH和NHCH2CF2CH2
每个R11独立地选自(CR’R”)r、C(=O)NR’、NR’C(O)、C(=O)、-SO2、-SO2R′;SO2R″、-SO2NR′;-SO2NR″C(=O);-NR′SO2R″;-R′SO2NR′;-C(=O)R′;-OC(=O)R′;-C(=O)NR″;-NR′C(=O)R″;-NR′C(=O)R″C(=O);-OR′;-NR′;-SR’;其中r为1至6;
Z不存在、为氨基、C1-C10烷基、C1-C10聚烷氧化物、环烷基或杂环烷基;
Y为E-3连接酶配体;以及
X为0、1或2;
y为1至6;以及
其中键---存在或不存在。
在式II的具体实例中,化合物可具有由式II-A表示的式:
Figure BDA0002923774840000081
所公开的化合物可具有由式III表示的结构:
Figure BDA0002923774840000082
其中,
G为C、S、N、取代或未取代的C1-C8烷基,或其组合;
R3选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基、取代或未取代的环烷基及其组合;
R4、R5和R8各自选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、醚、烷氧基、巯基、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的烷基芳基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合;以及
R6和R7各自是氢或C1-C8烷基,或者R6和R7组合以形成=O;
每个R10独立地选自O、NH、CH2、OCH2、NHCH2、N(CH3)、CH=CH、C≡C、SO2、SO2NH、C(O)、C(O)O、C(O)NH、C(O)CH2、NHSO2、OCH2O、NHCONH、NHCH2CH2O、NH(CH2)3NH和NHCH2CF2CH2
每个R11独立地选自(CR’R”)r、C(=O)NR’、NR’C(O)、C(=O)、-SO2、-SO2R′;SO2R″、-SO2NR′;-SO2NR″C(=O);-NR′SO2R″;-R′SO2NR′;-C(=O)R′;-OC(=O)R′;-C(=O)NR″;-NR′C(=O)R″;-NR′C(=O)R″C(=O);-OR′;-NR′;-SR’;其中r为1至6;
Z不存在、为氨基、C1-C10烷基、C1-C10聚烷氧化物、环烷基或杂环烷基;
Y为E-3连接酶配体;以及
x为0、1或2;以及
其中键---存在或不存在。
在式III的具体实例中,化合物可具有由式III-A表示的式:
Figure BDA0002923774840000101
所公开的化合物可具有由式IV表示的结构:
Figure BDA0002923774840000102
其中,
R3选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基及其组合;
R4、R5和R8各自选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、醚、烷氧基、巯基、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的烷基芳基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合;以及
R6和R7各自为=O、氢、C1-C8烷基,或者R6和R7组合以形成=O;
每个R10独立地选自O、NH、CH2、OCH2、NHCH2、N(CH3)、CH=CH、C≡C、SO2、SO2NH、C(O)、C(O)O、C(O)NH、C(O)CH2、NHSO2、OCH2O、NHCONH、NHCH2CH2O、NH(CH2)3NH和NHCH2CF2CH2
每个R11独立地选自(CR’R”)r、C(=O)NR’、NR’C(O)、C(=O)、-SO2、-SO2R′;SO2R″、-SO2NR′;-SO2NR″C(=O);-NR′SO2R″;-R′SO2NR′;-C(=O)R′;-OC(=O)R′;-C(=O)NR″;-NR′C(=O)R″;-NR′C(=O)R″C(=O);-OR′;-NR′;-SR’;其中r为1至6;
Z不存在、为氨基、C1-C10烷基、C1-C10聚烷氧化物、环烷基或杂环烷基;
Y为E-3连接酶配体;以及
x为0、1或2;以及
其中键---存在或不存在。
在具体方面,所公开的主题涉及用于降低受试者患自身免疫性疾病或病症的风险、预防受试者患自身免疫性疾病或病症、或治疗患自身免疫性疾病或病症的受试者的方法。在其它具体方面,所公开的主题涉及诱导细胞中靶蛋白降解的方法。在其它具体方面,所公开的主题涉及用于降低患者的疾病状态或疾患的风险、预防患者的疾病状态或疾患、或治疗所述患者的疾病状态或疾患的方法,其中失调的蛋白质活性是所述疾病状态或疾患的原因。在其它具体方面,所公开的主题涉及抑制cereblon E3遍在蛋白连接酶结合部分(CLM)的方法,所述方法包括施用有效量的本文公开的化合物。在其它具体方面,所公开的主题涉及用于降低受试者的癌症的风险、预防受试者的癌症、或治疗受试者的癌症的方法。在其它具体方面,所公开的主题涉及用于治疗受试者的遗传疾病或病症的方法。
额外的有利方面将在下面的描述中部分阐述,并且部分地将从描述中显而易见,或者可以通过下面描述的方面的实践来了解。下面描述的有利方面将通过在所附权利要求中特别指出的元件和组合来实现和获得。应当理解,前面的概述和下面的详细描述都只是示例性和解释性的,而不是限制性的。
附图说明
结合在本说明书中并构成其一部分的附图示出了下面描述的几个方面。
图1显示了一大类能够靶向cereblon蛋白降解机制的双免疫调节药物。
图2显示了双免疫调节药物SM2-048和SY2-060的结构。
图3显示了O-连接的双免疫调节药物的其它实例。
图4显示了C连接的双免疫调节药物的实例。
图5显示了与VHL-E3连接酶配体连接的Len-免疫调节药物的实例。
图6显示了与VHL-E3连接酶配体连接的沙利度胺免疫调节药物的实例。
图7显示了替代接头单元的实例。
图8A-图8C显示在CD28共刺激不存在的情况下,来那度胺增加人T细胞而不是小鼠T细胞中的IL-2产生。使从健康供体外周血单核细胞(PBMC)纯化的T细胞在10μM来那度胺(Len)或媒介物对照(DMSO)存在的情况下,在递增浓度的抗CD3ε抗体存在的情况下受到刺激。分别测量细胞和培养上清液中的IL-2 mRNA(图8A)和蛋白质分泌(图8B)。在抗CD28抗体不存在的情况下,用递增浓度的单独的抗CD3α刺激T细胞以在DMSO(媒介物对照)或(A)10μM来那度胺(Len)或(图8B)范围为0.1μM至100μM的递增浓度的来那度胺存在的情况下提供共刺激。细胞因子水平通过ELISA来测定。(图8C)用利用DMSO、10μM和20μM来那度胺或泊马度胺(pomolidomide)处理24小时的抗CD3ε5μg/ml+1μg/ml抗CD28抗体刺激的人和小鼠T细胞的蛋白质印迹分析。结果代表三个独立的实验。WB显示IKZF1(也称为Ikaros)、CRBN和β-肌动蛋白的表达。统计分析采用ANOVA,随后采用Dunnett多重比较检验来进行。*=p<0.05,***=p<0.001
图9A-图9C显示了cereblon的结构在不同物种间是保守的。(图9A)是人cereblon(紫色,PDB 4TZ4)、鸡cereblon(蓝色,PDB 4C12)的X射线晶体结构和小鼠(黄色,PDB 4TZ4)cereblon的MD后结构的条带重叠图(ribbon overlay),其中显示残基His378、Trp380、Trp400、Tyr402和配体沙利度胺(黄色)、来那度胺(绿色)和泊马度胺(蓝色)供参考。图9B是hCRBN(红色)、hmCRBN(绿色)和gCRBN(橙色)的诱导配合对接(IFD)之后来那度胺(绿色)针对CRBN沙利度胺结合部位的MD后平衡的系统的配体姿态的叠加图,一起显示的还有hCRBM的MD后平衡的蛋白质结构(红色)以供参考。图9C是人和小鼠cereblon的重叠图(对于mCRBN,为Val380和Ile391;对于hCRBN,为Glu377和Val388),被划为细管。
图10A-10I显示了CRBN缺陷型小鼠的表征。在图10A中,利用野生型(WT)和敲除(KO)特异性引物对来自Crbn+/+、Crbn+/-和Crbn-/- C57BL/6小鼠(NT=无模板对照)的DNA进行PCR扩增,证实种系Crbn敲除(n=2)。确认了所有用于实验的小鼠的基因型。图10B显示相对于从骨髓(BM)、淋巴结(LN)、外周血(PB)、胸腺(TH)、脾脏(SP)、脾B细胞(B)、脾T细胞(T)、CD4+ T细胞和CD8+ T细胞中分离的TATA盒结合蛋白(TBP)的外显子3-4特异性cereblonmRNA的qRT-PCR。在图10C中,通过免疫印迹法在未活化的Crbn+/+、Crbn+/-和Crbn-/-脾T细胞中测定的cereblon蛋白表达显示cereblon缺乏。抗CD3ε或抗CD3ε/抗CD28刺激后,来自Crbn+/+和Crbn-/- CD3+ T细胞的细胞因子产生。图10D显示48小时后的IL-2,72小时后的(图10E)干扰素γ(IFNγ)和(图10F)TNFα,来自Crbn-/-和Crbn+/+小鼠血清的细胞因子(n=3)。图10G-10I显示了使用由抗CD3ε/抗CD28(图10G和图10I)或单独的抗CD3ε(图10H)诱导Crbn+/+T细胞和Crbn-/- T细胞的CellTrace Violet区域(CTV-A)染色测定的体外增殖,其中指示出总曲线下面积。数据通过非配对双因素t检验进行分析,其中显著性数据表明*p≤0.05,**p≤0.01,***p≤0.001,****p≤0.0001。
图11A-图11H显示cereblon缺乏促进抗肿瘤T细胞免疫。在图11A和图11B中,将B16肿瘤皮下注射到Crbn+/+(n=4)或Crbn-/-(n=5)小鼠中,并测量肿瘤体积,持续18天。在图11C中,显示了用20IU的小鼠IL-2(于肿瘤注射后第3天、第4天和第5天施用)注射1x106Crbn+/+(n=9)或Crbn-/-(n=9)小鼠后肿瘤生长。在图11D中,在第14天取出肿瘤并分析抗肿瘤反应性T细胞。用于通过肿瘤浸润性T细胞产生的CD44与Trp2四聚体的相互作用的流式细胞术。在图11E中,粒酶B在TIL上的表达和(图11F)Crbn+/+和Crbn-/-;OT1 T细胞针对B16黑素瘤的细胞毒性;所述B16黑素瘤表达与OT1 CD8+ T细胞表达的转基因T细胞受体反应的同源配体卵清蛋白。图11G显示了在对表达抑制性(图11H)PD-1标志物的CD8+ TIL设门后2-NBDG表达的流式细胞术。
图12显示了人和小鼠T细胞中dBET1的功能活性。右边是CRBN/DDB1/CUL4A和遍在蛋白降解功能的示意图。左边是dBET1和N-甲基-dBET1的结构。人T细胞是从PBMC中纯化,经抗CD3ε/抗CD28活化,并用DMSO(媒介物对照)处理,或用DMSO(0.1%)、10μM JQ1、dBET1或dBET1的无活性对照(M-dBET1)处理。在dBET1处理的细胞中显示了JQ1靶BRD4的降解。对于由JQ1和dBET1通过降解产生的酶促抑制作用,对c-Myc的抑制是明显的。分离小鼠T细胞并用抗CD3ε/抗CD28活化,以及用1μM dBET1处理30分钟或2小时。DMSO在这些实验中用作媒介物对照。用泊马度胺(Pom)(0.5μM)处理未能降低BRD4的表达,但逆转了通过dBET1观察到的降解,表明Pom结合CRBN并竞争与dBET1的相互作用。对用媒介物(DMSO)、JQ1和dBET1以及M-dBET1处理48小时的人和小鼠T细胞中BRD4、c-Myc、CRBN和β-肌动蛋白的表达进行蛋白质印迹分析。显示了人T细胞的CRBN,并提供了人和小鼠T细胞的粘着斑蛋白(vinculin)负荷对照。显示了用媒介物(DMSO,0.1%)、JQ1、dBET1(1μM)处理的小鼠细胞。显示的结果代表三个独立实验。
图13A和13B说明了通过靶向降解靶向CRBN蛋白耗尽。图13A显示了SY2-060和SM2-048的结构。图13B显示了从健康供体的外周血中纯化的抗CD3/抗CD28刺激的人T细胞的蛋白质印迹分析。在用DMSO(0.1%)、泊马度胺(Pom 10μM)、CC122(10μM)处理后以及SY2-060或SM2-048(0.1、1和10μM)处理后,CRBN和粘着斑蛋白的表达显示出SM2-048显著降低CRBN表达。显示了来自两种双功能CRBN降解剂(CRBN degrader)的示例性结果。
图14A、图14C和图14D显示了来自小鼠的数据,图14B显示了来自用抗CD3和抗CD28抗体活化的人CD8+ T细胞的数据。细胞内cereblon水平降低,然后在以后的时间点升高,这表明其可在免疫解决(immune resolution)中起作用。在图14C中,用雷帕霉素处理以阻断mTORC1信号传导的细胞未能增加cereblon。在图14D中,Crbn-/- T细胞具有较高的增殖指数,对雷帕霉素处理敏感。结果表明,较高水平的cereblon与mTOR下游的负反馈回路相关。
在图15A中,将Crbn-/-和Crbn+/+ CD8+ T细胞用抗CD3和抗CD28抗体活化。在Crbn-/- CD8+ T细胞中,增加的效应相关基因(Tbx21、Eomes、Gzmb和Prf1)都显著增加。在图15B中,将Crbn-/- T细胞过继转移到患有B16黑素瘤肿瘤的小鼠中显著延迟了肿瘤生长,这与体内效应功能的改善一致。在图15C中,Crbn在具有Crbnf1/f1;Lck-Cre的T细胞中的细胞特异性基因缺失还导致肿瘤生长减少,表明Crbn-/- T细胞具有改善的抗肿瘤免疫和增强的效应功能,从而产生治疗性假设,即降低T细胞中的cereblon水平可促进它们的抗癌治疗潜力。
图16包括蛋白质印迹,其显示用SM2-145处理24小时后,人T细胞的细胞内cereblon水平降低。用这种治疗耗竭cereblon依赖于遍在蛋白蛋白酶体活性,因为其被三种不同的蛋白酶体抑制剂逆转。显示了对CRBN降解的特异性优于对Ikaros(也称为IKZF1)的特异性,所述Ikaros是免疫调节药物的既定靶标。导致50%的cereblon降解的SM2145浓度(DC50)显示为=2.88nM。Bortez=硼替佐米;MG132=蛋白酶体抑制剂;MLN4924=NEDD8抑制剂。
图17包括蛋白质印迹,其显示在用SM2145(cereblon破坏分子,CDM)而非来那度胺(Len)或接头-Len缀合物(SM3-095)处理24小时后,小鼠CD8+ T细胞中cereblon(CRBN)水平降低。数据表明,小鼠可用于测试需要二聚体结构来降低CRBN水平的这类化合物。
图18是使用蛋白质印迹在10nM下筛选的70种化合物的组合结果的图示,所述蛋白质印迹显示了药物治疗24小时后人CD8+ T细胞中的cereblon(CRBN)水平降低。针对SM2145和其它化合物建立了CRBN/粘着斑蛋白的相对密度。数据表明,几个相关的同二聚或异二聚小分子将CRBN水平降低至低于SM2-145(在40、44、46、47、50、52、53和65-67处显示的条)的水平。该测定是用于CRBN相对于粘着斑蛋白的表达的标准蛋白质印迹测定。每种化合物以10nM的浓度加入人T细胞中,持续24小时。0.1%DMSO用作媒介物对照。结果是相对于同一平板上的SM2-145处理的细胞以CRBN/粘着斑蛋白的比率表示的。每个印迹包含用SM2-145处理的对照。进行光密度测定,并且在印迹上运行每种所表达的化合物相对于SM2-145的比率。
图19显示了从黑素瘤患者体内扩增的T细胞,所述细胞经历了活化和细胞因子分析。用于检测用递增浓度的抗CD3(OKT3)抗体活化后的白细胞介素-2(IL-2)和干扰素-γ(IFN-γ)的细胞因子测定显示了SM2-145(CDM)相较于CC122(avadomide,Ava)的不同分布,表明这些小分子通过不同的机制活跃地增强T细胞功能。Veh=媒介物处理的细胞DMSO0.1%
图20显示了CDM的结构特性诱导不同的靶特异性。用递增剂量的EC1-168处理分离的人CD8+ T细胞。这种分子对Ikaros具有为10pM的DC50,并且对CRBN具有<1pM的DC50。独特的功能特性可通过独特的蛋白质募集来赋予CDM化合物。
图21显示了CDM的结构特性诱导不同的靶特异性。用剂量递增的EC2-134处理分离的人CD8+ T细胞。这种分子对Ikaros具有为10nM的DC50,并且对CRBN具有为100pM的DC50。独特的功能特性可通过独特的蛋白质募集来赋予CDM化合物。
图22是首先在较低剂量下诱导CRBN:CRBN同二聚体(从而导致蛋白酶体依赖性降解)的CDM的选择性的假说的示意图。然后配体饱和阻断这种复合物,从而导致免疫调节药物组分的单体功能,所述单体功能然后降解其靶分子(诸如Ikaros)。独特的功能特性可通过独特的蛋白质募集来赋予CDM化合物。据推测,这些药物比常规免疫调节药物显示出更强的治疗活性。
图23是显示与未受刺激的细胞和对照活化细胞相比,用一系列免疫调节药物活化的人T细胞导致较高水平的活化标志物CD25(IL-2受体α)表达的图。在本测定中,CDM分子EC1-168在10nM下诱导更多的免疫增强。Ctrl=抗CD3/抗CD28刺激的细胞;Veh=媒介物,DMSO 0.1%;Len=来那度胺;Pom=泊马度胺;CC-122=avadomide。
图24是用75mg/kg的单一剂量的SM2-145口服处理的小鼠的纯化脾T细胞的蛋白质印迹结果的图。从处理后的每个时间点(1小时、6小时、12小时和24小时)获得三只小鼠。结果显示在6小时时,cereblon水平部分降低。在药代动力学研究中观察到该化合物稳定性差。
图25包括用75mg/kg的单一剂量的EC2-035和EC2-134口服处理的小鼠的纯化T细胞的蛋白质印迹分析。结果显示在纯化的脾T细胞中在第6小时、第9小时和第12小时的cereblon水平持续降低。
图26是蛋白质印迹分析的结果图,所述蛋白质印迹分析是由从Crbn-/- T细胞(K/O)、野生型Crbn+/+ T细胞和从用12.5mg/kg、25mg/kg和75mg/kg的单一剂量的EC2-134口服处理的小鼠分离的T细胞纯化的T细胞进行的,并且蛋白质印迹分析的结果以图表形式展示。结果显示cereblon的反剂量依赖性水平,表明存在靶标饱和。然而,在最低剂量下,cereblon的水平显著降低,达到Crbn-/- T细胞的水平。
图27是由图26所示的小鼠进行的蛋白质印迹分析的结果与Ikaros评价的图。从Crbn-/- T细胞(K/O)、野生型Crbn+/+ T细胞和从用12.5mg/kg、25mg/kg和75mg/kg的单一剂量的EC2-134口服处理的小鼠分离的T细胞纯化的T细胞具有相似的Ikaros水平。结果显示了特定的靶接合。
图28是蛋白质印迹分析的结果图,所述蛋白质印迹分析是由来自Crbn-/- T细胞(K/O)、野生型Crbn+/+ T细胞和来自从用12.5mg/kg、25mg/kg和75mg/kg的单一剂量的EC2-134口服处理的小鼠分离的T细胞的总脾细胞进行的,并且蛋白质印迹分析的结果以图表形式展示。结果显示包括T细胞在内的更复杂的细胞群中的cereblon的反剂量依赖性水平。
图29显示了对由于CRISPR诱导的基因耗竭而缺乏CRBN的HEK细胞进行的蛋白质印迹分析。结果显示,响应于DNA损伤剂紫杉醇、依托泊苷和顺铂,增加了PARP裂解和细胞死亡。结果支持相关手稿中提出的观点,即cereblon控制DNA损伤诱导的细胞凋亡。基于这一结果的治疗假设是,除了增强T细胞免疫疗法之外,cereblon破坏分子(CDM)还可与放射治疗和DNA损伤化疗组合来提高抗肿瘤活性。
具体实施方式
通过参考以下对所公开主题的特定方面的详细描述、附图和其中包括的实例,可以更容易地理解本文描述的材料、化合物、组合物和方法。
在公开和描述本发明的材料、化合物、组合物和方法之前,应当理解,下面描述的方面不限于特定的合成方法或特定的试剂,因为这些当然可以变化。还应当理解,本文使用的术语仅仅是为了描述特定的方面,而不是为了限制。
此外,在整个说明书中,引用了各种出版物。这些出版物的公开内容以其整体由此通过引用并入本申请中,以便更全面地描述所公开的主题所属的技术状态。针对所公开的参考文献中所包含的材料,所公开的参考文献也被单独地且具体地通过引用并入本文,所述材料在其中依赖该参考文献的句子中进行了讨论。
一般定义
在本说明书和随后的权利要求书中,将提及许多术语,所述术语将被定义为具有以下含义:
在整个说明书和权利要求书中,词语“包括(comprise)”和该词语的其它形式,诸如“包含(comprising)”和“包含(comprises)”,意指包括但不限于,并且不旨在排除例如其它添加剂、组分、整数或步骤。
如在说明书和所附权利要求书中所使用的,除非上下文另有明确规定,否则单数形式“一个/种(a)”、“一个/种(an)”和“该(the)”包括复数个指代物。因此,例如,提及“一种组合物”包括两种或更多种此类种组合物的混合物,提及“一种抑制剂”包括两种或更多种此类抑制剂的混合物,等等。
“任选的”或“任选地”意指随后描述的事件或情况能够或不能发生,并且该描述包括事件或情况发生的情况和其不发生的情况。
尽管阐述本公开的广泛范围的数值范围和参数是近似值,但在具体实例中阐述的数值被尽可能精确地报告。然而,任何数值本身都包含一定的误差,所述误差必然是由它们各自测试测量中的标准偏差引起的。此外,当在本文中阐述变化范围的数值范围时,预期可以使用包括所述值在内的这些值的任意组合。另外,范围在本文中可以表示为从“约”一个特定值,和/或至“约”另一个特定值。当表达这样的范围时,另一方面包括从一个特定值和/或至另一个特定值。类似地,当通过使用先行词“约”将值表示为近似值时,将理解特定值形成另一方面。将进一步理解,每个范围的端点相对于另一个端点都是重要的,并且独立于另一个端点。除非另有说明,否则术语“约”意指由术语“约”修饰的特定值的5%以内(例如,2%或1%以内)
“减少(reduce)”或该词的其它形式,诸如“减少(reducing)”或“减少(reduction)”,意指事件或特征(例如,肿瘤生长、转移)的降低。应当理解,这通常与某一标准或期望值相关,换句话说,这是相对的,但并不总是需要参考标准或相对值。例如,“减少肿瘤生长”是指相对于标准或对照减少肿瘤细胞的数量。
“预防(prevent)”或该词的其它形式,如“预防(preventing)”或“预防(prevention)”,意指停止特定事件或特征,稳定或延迟特定事件或特征的发展或进展,或者最小化特定事件或特征发生的机会。预防不需要与对照进行比较,因为其通常比例如减少更为绝对。如本文中所用,有些事情可以减少但不能预防,但被减少的事情也可以被预防。同样,有些事情是可以预防但不能减少,但有些被预防的事情也可被减少。应当理解,在使用减少或预防的情况下,除非以其它方式明确指出,否则也明确公开了另外的词语的使用。
如本文中所用,“治疗”是指获得有益的或期望的临床结果。有益的或期望的临床结果包括但不限于以下任何一种或多种:一种或多种症状(诸如肿瘤生长或转移)的减轻、癌症程度的下降、稳定的(即,不恶化)癌症状态、延迟癌症的扩散(例如,转移)、延迟癌症的发生或复发、延迟或减缓癌症进展、癌症状态的改善以及缓解(无论是部分还是全部)。
术语“患者”优选是指需要用抗癌剂治疗或出于任何目的进行治疗的人,并且更优选是指需要这种治疗来治疗癌症或癌前状况或病变的人。然而,术语“患者”还可指非人动物,优选哺乳动物,诸如狗、猫、马、牛、猪、羊和非人灵长类动物等,所述动物需要用抗癌剂或治疗进行治疗。
应当理解,在整个本说明书中,标识符“第一”和“第二”仅用于帮助区分所公开主题的各种组分和步骤。标识符“第一”和“第二”并不旨在暗示由这些术语修饰的组分或步骤的任何特定顺序、数量、偏好或重要性。
化学定义
如本文中所用,术语“组合物”旨在包括包含指定量的指定成分的产品,以及由指定量的指定成分的组合直接或间接产生的任何产品。
说明书和结论性权利要求中提及的组合物中特定元素或组分的重量份数表示以重量份数表示的组合物或制品中所述元素或组分与任何其它元素或组分之间的重量关系。因此,在含有2重量份的组分X和5重量份的组分Y的混合物中,X和Y以2∶5的重量比存在,并且以这种比例存在,而不管混合物中是否含有另外的组分。
除非有相反的明确说明,否则组分的重量百分比(wt.%)基于包含所述组分的制剂或组合物的总重量。
如本文中所用,术语“取代的”预期包括有机化合物的所有允许的取代基。在广义上,可允许的取代基包括有机化合物的无环和环状、支链和无支链、碳环和杂环以及芳族和非芳族取代基。说明性取代基包括,例如,下面描述的那些。对于合适的有机化合物,可允许的取代基可以是一个或多个并且可以是相同的或不同的。对于本公开的目的,杂原子诸如氮可具有氢取代基和/或本文所述的满足杂原子的化合价的有机化合物的任何可允许的取代基。本公开不旨在以任何方式受到有机化合物的可允许的取代基的限制。此外,术语“取代(substitution)”或“被......取代(substituted with)”包括隐含条件,即这种取代与被取代的原子和取代基的允许化合价一致,并且所述取代产生稳定的化合物,例如不会自发经历诸如通过重排、环化、消除等的转化的化合物。
如本文中所用,术语“脂肪族的”是指非芳香烃基团,并且包括支链和非支链烷基、烯基或炔基。
如本文中所用,术语“烷基”是1至24个碳原子的支链或非支链饱和烃基,诸如甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、叔丁基、戊基、己基、庚基、辛基、壬基、癸基、十二烷基、十四烷基、十六烷基、二十烷基、二十四烷基等。烷基也可以是取代或未取代的。烷基可以被一个或多个基团取代,所述基团包括但不限于烷基、卤代烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、甲硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或硫醇,如下所述的。
在下面的定义中,符号An在本文中仅用作通用替代基。
如本文中所用,术语“烷氧基”是通过单个末端醚键联键合的烷基;也就是说,“烷氧基”可被定义为-OA1,其中A1是如上定义的烷基。
如本文中所用,术语“烯基”是具有包含至少一个碳-碳双键的结构式的2至24个碳原子的烃基。不对称结构诸如(A1A2)C=C(A3A4)旨在包括E和Z异构体两者。这可以本文的结构式推定,在所述结构式中存在不对称烯烃,或者其可由键符号C=C明确表示。烯基可被一个或多个基团取代,所述基团包括但不限于烷基、卤代烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、甲硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或硫醇,如下所述的。
如本文中所用,术语“炔基”是具有包含至少一个碳-碳三键的结构式的2至24个碳原子的烃基。炔基可被一个或多个基团取代,所述基团包括但不限于烷基、卤代烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、甲硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或硫醇,如下所述的。
如本文中所用,“芳基”是指5元、6元和7元芳环。所述环可以是如上针对烷基所述的任选地被取代的碳环、杂环、稠合碳环、稠合杂环、双碳环或双杂环体系。广义上来定义,如本文中所用,“Ar”包括5元、6元和7元单环芳族基团,其可包含0至4个杂原子。实例包括但不限于苯、吡咯、呋喃、噻吩、咪唑、噁唑、噻唑、三唑、吡唑、吡啶、吡嗪、哒嗪和嘧啶。那些在环结构中具有杂原子的芳基也可称为“杂芳基”、“芳基杂环”或“杂芳族化合物”。芳环可在一个或多个环位置处被诸如上述取代基取代,所述取代基为例如卤素、叠氮化物、烷基、芳烷基、烯基、炔基、环烷基、羟基、烷氧基、氨基、硝基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、杂环基、芳族或杂芳族部分,--CF3和--CN。术语“Ar”还包括具有两个或更多个环的多环环体系,其中两个或更多个碳对于两个相邻的环是共同的(环是“稠环”),其中环中的至少一个环是芳族的,例如,另外的环状环可以是环烷基、环烯基、环炔基、芳基和/或杂环,或者两个环都是芳族的。
如本文中所用,“烷基芳基”或“芳基-烷基”是指被芳基(例如,芳族或杂芳族基团)取代的烷基。
如本文中所用,“杂环”或“杂环的”是指通过含有3-10个环原子,优选5-6个环原子的单环或双环的环碳或氮连接的环状基团,其含有碳和1-4个杂原子,所述杂原子各自选自非过氧化物氧、硫和N(Y),其中Y为不存在或为H、O、(C1-4)烷基、苯基或苄基,并且任选地含有一个或多个双键或三键,以及任选地被一个或多个取代基取代。术语“杂环”还涵盖取代和未取代的杂芳基环。杂环的实例包括但不限于苯并咪唑基、苯并呋喃基、苯并硫代呋喃基、苯并噻吩基、苯并噁唑基、苯并噁唑啉基、苯并噻唑基、苯并三唑基、苯并四唑基、苯并异噁唑基、苯并异噻唑基、苯并咪唑啉基、咔唑基、4aH-咔唑基、咔啉基、苯并二氢吡喃基、色烯基、噌啉基、十氢喹啉基、2H,6H-1,5,2-二噻嗪基、二氢呋喃并[2,3-b]四氢呋喃、呋喃基(furanyl)、呋咱基(furazanyl)、咪唑烷基、咪唑啉基、咪唑基、1H-吲唑基、吲哚烯基(indolenyl)、吲哚啉基、吲哚嗪基、吲哚基、3H-吲哚基、靛红酰基(isatinoyl)、异苯并呋喃基、异苯并二甲酰基(isochromanyl)、异吲哚基、异吲哚啉基、异吲哚基、异喹啉基、异噻唑基、异噁唑基、亚甲基二氧苯基、吗啉基、萘啶基、八氢异喹啉基、噁二唑基、1,2,3-噁二唑基、1,2,4-噁二唑基、1,2,5-噁二唑基、1,3,4-噁二唑基、噁唑烷基、噁唑基、羟吲哚基、嘧啶基、菲啶基、菲咯啉基、吩嗪基、吩噻嗪基、吩噻噁基(phenoxathinyl)、吩噁嗪基、酞嗪基、哌啶基、哌啶基、哌啶酮基、4-哌啶酮基、胡椒基、蝶啶基、嘌呤基、吡喃基、吡嗪基、吡唑烷基、吡唑啉基、吡唑基、哒嗪基、吡哆唑(pyridooxazole)、吡啶并咪唑(pyridoimidazole)、吡啶并噻唑(pyridothiazole)、吡啶基(pyridinyl)、吡啶基(pyridyl)、嘧啶基、吡咯烷基、吡咯啉基、2H-吡咯基、吡咯基、喹唑啉基、喹啉基、4H-喹啉基、喹喔啉基、奎宁环基、四氢呋喃基、四氢异喹啉基、四氢喹啉基、四唑基、6H-1,2,5-噻二嗪基、1,2,3-噻二唑基、1,2,4-噻二唑基、1,2,5-噻二唑基、1,3,4-噻二唑基、噻蒽基、噻唑基、噻吩基、噻吩并噻唑基(thienothiazolyl)、噻吩并噁唑基、噻吩并咪唑基、苯硫基和呫吨基。
本文中所用,“杂芳基”是指含有5个或6个含碳环原子和1个、2个、3个或4个杂原子的单环芳环,所述杂原子各自选自非过氧化物氧、硫和N(Y),其中Y为不存在或为H、O、(C1-C8)烷基、苯基或苄基。杂芳基的非限制性实例包括呋喃基、咪唑基、三唑基、三嗪基、噁唑基、异噁唑基、噻唑基、异噻唑基、吡唑基、吡咯基、吡嗪基、四唑基、吡啶基(或其N-氧化物)、噻吩基、嘧啶基(或其N-氧化物)、吲哚基、异喹啉基(或其N-氧化物)、喹啉基(或其N-氧化物)等。术语“杂芳基”可包括由其衍生的约8至10个环原子的单边稠(ortho-fused)双环杂环的基团,特别是苯并衍生物或通过将丙烯、三亚甲基或四亚甲基双自由基与其稠合而衍生的苯并衍生物。杂芳基的实例包括但不限于呋喃基、咪唑基、三唑基、三嗪基、噁唑基、异噁唑基、噻唑基、异噻唑基、吡咯啉(pyraxolyl)、吡咯基、吡嗪基、四唑基、吡啶基(或其N-氧化物)、噻吩基、嘧啶基(或其N-氧化物)、吲哚基、异喹啉基(或其N-氧化物)、喹啉基(或其N-氧化物)等。
如本文中所用,术语“环烷基”是由至少三个碳原子组成的非芳族碳基环。环烷基的实例包括但不限于环丙基、环丁基、环戊基、环己基等。术语“杂环烷基”是如上定义的环烷基,其中环的至少一个碳原子被杂原子(诸如但不限于氮、氧、硫或磷)取代。环烷基和杂环烷基可以是取代的或未取代的。环烷基和杂环烷基可被一个或多个基团取代,所述基团包括但不限于烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、甲硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或硫醇,如本文所述的。
如本文中所用,术语“环烯基”是由至少三个碳原子组成并含有至少一个双键(即,C=C)的非芳族碳基环。环烯基的实例包括但不限于环丙烯基、环丁烯基、环戊烯基、环戊二烯基、环己烯基、环己二烯基等。术语“杂环烯基”是一种类型的如上定义的环烯基,其中环的至少一个碳原子被杂原子(诸如但不限于氮、氧、硫或磷)取代。环烯基和杂环烯基可以是取代的或未取代的。环烯基和杂环烯基可被一个或多个基团取代,所述基团包括但不限于烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、甲硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或硫醇,如本文所述的。
术语“环状基团”在本文中用于指芳基、非芳基(即,环烷基、杂环烷基、环烯基和杂环烯基)或两者。环状基团具有一个或多个可被取代或未被取代的环体系。环状基团可包含一个或多个芳基、一个或多个非芳基、或者一个或多个芳基和一个或多个非芳基。
如本文中所用,术语“醛”由式-C(O)H表示。在整个说明书中,“C(O)”是C=O的简写符号。
如本文中所用,术语“烷氧基(alkoxyl)”或“烷氧基(alkoxy)”是指具有与其连接的氧自由基的如上定义的烷基。代表性烷氧基包括甲氧基、乙氧基、丙氧基、叔丁氧基等。“醚”是由氧共价连接的两个烃。因此,使烷基成为醚的烷基的取代基是烷氧基或类似于烷氧基,诸如可以由-O-烷基、-O-烯基和-O-炔基之一表示。芳氧基可由-O-芳基或O-杂芳基表示,其中芳基和杂芳基是如下定义的。可以如上针对烷基所描述的,取代烷氧基和芳氧基。
术语“胺”和“氨基”是本领域公认的,并且指未取代的和取代的胺,例如可由以下通式表示的部分:-NA’A”或NA’A”A”’,其中A’、A”和A”’各自独立地表示氢、烷基、烯基,-(CH2)m-A””或A”和A”’与它们所连接的N原子一起构成在环结构中具有4至8个原子的杂环;A””代表芳基、环烷基、环烯基、杂环或多环;m为0或1至8范围内的整数。在一些实施方案中,R9或R10中只有一个可以是羰基,例如,A’、A”和氮一起不形成酰亚胺。在一些实施方案中,术语“胺”不涵盖酰胺,例如,其中A’和A”之一代表羰基。在一些实施方案中,A’和A”(以及任选地A”’)各自独立地表示氢、烷基或环烷基、烯基或环烯基或炔基。因此,如本文中所用,术语“烷基胺”意指具有与其连接的取代(如上针对烷基所描述的)或未取代的烷基的如上定义的胺基,即A’和A”中的至少一个为烷基。
术语“酰氨基”是本领域公认的氨基取代的羰基,并且包括可由通式-CONA’A”表示的部分,其中A’和A”是如上定义的。
如本文中所用,“卤素”是指氟、氯、溴或碘。
如本文中所用,术语“羧酸”由式-C(O)OH表示。如本文中所用,“羧酸根”由式-C(O)O-表示。
如本文中所用,术语“酯”由-OC(O)A1或-C(O)OA1表示,其中A1可以是如上所述的烷基、卤代烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
如本文中所用,术语“醚”由式A1OA2表示,其中A1和A2可以独立地为上述烷基、卤代烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
如本文中所用,术语“酮”由式A1C(O)A2表示,其中A1和A2可以独立地是上述烷基、卤代烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
如本文中所用,术语“卤化物”是指卤素氟、氯、溴和碘。
如本文中所用,术语“羟基”由式-OH表示。
如本文中所用,术语“硝基”由式-NO2表示。
如本文中所用,术语“氰基”由式-CN表示。
如本文中所用,术语“叠氮基”由公式-N3表示。
术语“磺酰基”在本文中用于指由式--S(O)2A1表示的磺基-氧代基团,其中A1可以是上述氢、烷基、卤代烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
如本文中所用,术语“磺酰氨基”或“磺酰胺”由式--S(O)2NH2表示。
如本文中所用,术语“硫醇”由式--SH表示。
如本文中所用,术语“取代的”是指本文所述化合物的所有可允许的取代基。在最广泛的意义上,可允许的取代基包括有机化合物的非环状和环状、支链和非支链、碳环和杂环、芳族和非芳族取代基。说明性取代基包括但不限于卤素、羟基或含有任意数量的碳原子(优选1-14个碳原子)的任何其它有机基团,并且任选地包含一个或多个杂原子,诸如呈直链、支链或环状结构形式中的氧、硫或氮基团。代表性取代基包括烷基、取代的烷基、烯基、取代的烯基、炔基、取代的炔基、苯基、取代的苯基、芳基、取代的芳基、杂芳基、取代的杂芳基、卤基、羟基、烷氧基、取代的烷氧基、苯氧基、取代的苯氧基、芳基氧基、取代的芳基氧基、烷硫基、取代的烷硫基、苯硫基、取代的苯硫基、芳硫基、取代的芳硫基、氰基、异氰基、取代的异氰基、羰基、取代的羰基、羧基、取代的羧基、氨基、取代的氨基、酰胺基、取代的酰胺基、磺酰基、取代的磺酰基、磺酸、磷酰基、取代的磷酰基、膦酰基、取代的膦酰基、聚芳基、取代的聚芳基、C3-C20环状、取代的C3-C20环状、杂环、取代的杂环、氨基酸、肽和多肽基团。
应当理解,“取代”或“取代的”包括隐含条件,即这种取代与被取代的原子和取代基的允许化合价一致,并且所述取代产生稳定的化合物,即不会自发地经历诸如通过重排、环化、消除等的转化的化合物。
应当理解,本文提供的化合物可包含手性中心。此类手性中心可以是(R-)或(S-)构型。本文提供的化合物可以是对映体纯的,或者是非对映体或对映体混合物。应当理解,本文提供的化合物的手性中心可在体内进行差向异构化。因此,本领域技术人员将认识到,对于在体内经历差向异构化的化合物,将化合物以其(R-)形式施用等同于将化合物以其(S-)形式施用。
如本文中所用,基本上纯的是指足够同质,不会出现通过本领域技术人员用于评估这种纯度的标准分析方法(诸如薄层色谱(TLC)、核磁共振(NMR)、凝胶电泳、高效液相色谱(HPLC)和质谱(MS)、气相色谱质谱(GC-MS)和类似方法)确定的容易检测到的杂质,或者足够纯,使得进一步纯化不会可检测地改变所述物质的物理和化学性质,诸如酶促和生物活性。用于纯化化合物以产生基本上化学纯的化合物的常规和现代方法对于本领域技术人员来说都是已知的。然而,基本上化学纯的化合物可以是立体异构体的混合物。
除非相反地指出,否则带有仅显示为实线而不显示为楔形或虚线的化学键的式考虑了每种可能的异构体,例如每种对映体、非对映体和内消旋化合物,以及异构体的混合物,诸如外消旋或半消旋(scalemic)混合物。
“药学上可接受的”组分是适合用于人和/或动物而无过度不良副作用(诸如毒性、刺激和过敏反应),与合理的效益/风险比相称的组分。
“药学上可接受的盐”是指药学上可接受并具有所需药理学性质的盐。此类盐包括可在化合物中存在的酸性质子能够与无机碱或有机碱反应的情况下形成的那些盐。合适的无机盐包括与碱金属例如钠、钾、镁、钙和铝形成的那些盐。合适的有机盐包括与有机碱诸如胺碱(例如乙醇胺、二乙醇胺、三乙醇胺、氨丁三醇、N-甲基葡糖胺等)形成的那些盐。此类盐还包括与无机酸(例如,盐酸和氢溴酸)和有机酸(例如,乙酸、柠檬酸、马来酸和烷烃磺酸和芳烃磺酸,诸如甲磺酸和苯磺酸)形成的酸加成盐。当存在两个酸性基团时,药学上可接受的盐可以是单酸单盐或二盐;类似地,当存在两个以上的酸性基团时,此类基团中的一些或全部可被转化成盐。
“药学上可接受的赋形剂”是指通常用于制备通常安全、无毒且合意的药物组合物的赋形剂,并且包括可用于兽医用途以及人药物用途的赋形剂。此类赋形剂可以是固体、液体、半固体,或者在气雾剂组合物的情况下,可以是气体。
“药学上可接受的载体”是用于将所公开的化合物递送至患者的载体,诸如溶剂、助悬剂或媒介物。载体可以是液体或固体,并且在选择时要考虑计划的施用方式。脂质体也是药物载体。如本文中所用,“载体”包括任何和所有溶剂、分散介质、媒介物、包衣、稀释剂、抗细菌和抗真菌剂、等渗剂和吸收延迟剂、缓冲剂、载体溶液、悬浮液、胶体等。此类介质和用于药物活性物质的剂的用途是本领域中公知的。除了任何常规介质或剂与活性成分不相容的情况之外,其在治疗性组合物中的用途是可预期的。
如本文中所用,术语“治疗有效量”意指研究者、兽医、医生或其它临床医生所寻求的在组织、系统、动物或人体中引发生物或药物反应的活性化合物或药剂的量。关于癌症或其它不想要的细胞增殖,有效量包括足以导致肿瘤缩小和/或降低肿瘤生长速率(诸如抑制肿瘤生长)或者预防或延迟其它不想要的细胞增殖的量。在一些实施方案中,有效量是足以延迟发展的量。在一些实施方案中,有效量是足以防止或延迟发生和/或复发的量。可以一次或多次剂量施用有效量。在癌症的情况下,药物或组合物的有效量可以:(i)减少癌细胞数量;(ii)减小肿瘤尺寸;(iii)在一定程度上抑制、延缓、减缓并优选阻止癌细胞浸润到外周器官中;(iv)抑制(即,在一定程度上减慢并优选停止)肿瘤转移;(v)抑制肿瘤生长;(vi)阻止或延迟肿瘤的发生和/或复发;并且/或者(vii)在一定程度上缓解与癌症相关的一种或多种症状。
本文所述用于治疗哺乳动物受试者的化合物或组合物的有效量可包括约0.1至约1000mg/Kg受试者体重/天,例如约1至约100mg/Kg/天,特别是约10至约100mg/Kg/天。剂量可以是短期的也可以是长期的。广泛范围的所公开的组合物剂量被认为是安全且有效的。
现在将详细参考所公开的材料、化合物、组合物、制品和方法的具体方面,其实例在所附的实施例和附图中示出。
化合物
Cereblon用作DNA损伤结合蛋白1(DDB1)、cullin-4(CUL4A和B)和ROC1复合物(Anger,A.M.等人Structures of the human and Drosophila 80S ribosome.Nature497,80-85,2013)的E3遍在蛋白连接酶(UbL)底物受体组分。CRBN的沙利度胺结合结构域(TBD)与沙利度胺和该类的其它免疫调节药物(包括来那度胺、泊马度胺和CC122)相互作用,并且募集新的蛋白质进行降解,或者阻止其它CRBN结合的蛋白质的降解或调节(Ito,T.等人Identification of a primary target of thalidomide teratogenicity.Science327:1345-1350,2010;Kronke,J.等人Lenalidomide causes selective degradation ofIKZF1 and IKZF3 in multiple myeloma cells.Science 343:301-305,2014;Bjorklund,C.C.等人Rate of CRL4(CRBN)substrate Ikaros and Aiolos degradation underliesdifferential activity of lenalidomide and pomalidomide in multiple myelomacells by regulation of c-Myc and IRF4.Blood Cancer J 5,e354,2015)。IKZF1(ikaros)和IKZF3(aiolos)是公认的药物诱导的靶蛋白(Kronke,J.等人Lenalidomideinduces ubiquitination and degradation of CK1alpha in del(5q)MDS.Nature 523:183-188,2015)。根据目前的数据,在抗CD28共刺激不存在和存在的情况下,这些蛋白质表达的减少似乎足以增强T细胞的IL-2产生(Shannon,E.J.&Sandoval,F.,Thalidomideincreases the synthesis of IL-2 in cultures of human mononuclear cellsstimulated with Concanavalin-A,Staphylococcal enterotoxin A,and purifiedprotein derivative.Immunopharmacology 31:109-116,1995)。Otahal,P.等人Lenalidomide enhances antitumor functions of chimeric antigen receptormodified T cells.Oncoimmunology 5,e1115940,2016;Gandhi,A.K.等人Immunomodulatory agents lenalidomide and pomalidomide co-stimulate T cells byinducing degradation of T cell repressors Ikaros and Aiolos via modulation ofthe E3 ubiquitin ligase complex CRL4(CRBN.).Br.J.Haematol.164:811-821,2014;McDaniel,J.M.等人Reversal of T cell tolerance in myelodysplastic syndromethrough lenalidomide immune modulation.Leukemia 26:1425-1429,2012),这是免疫调节药物类别的标志。相对于经DMSO-(媒介物)处理的细胞,在用抗CD3ε抗体刺激以交联T细胞受体(TCR)并诱导细胞内信号转导的经来那度胺处理的人T细胞中,L2 mRNA(图8A)和蛋白质分泌(图8B)的水平显著升高。如前所述(图8C),在多发性骨髓瘤细胞和T细胞中,在来那度胺(Len)和泊马度胺(Pom)处理后,IKZF1也降低(Kronke,J.等人Lenalidomideinduces ubiquitination and degradation of CK1alpha in del(5q)MDS.Nature 523:183-188,2015;Petzold,G.等人,Structural basis of lenalidomide-induced CK1alphadegradation by the CRL4 ubiquitin ligase.Nature,doi:10.1038/nature16979,2016)。
Cereblon的沙利度胺结合结构域(TBD)具有保守的免疫调节化合物结合基序。基于晶体结构,免疫调节化合物与位于cereblon的C末端中的沙利度胺结合结构域(TBD)内的保守口袋结合(图9A)(Chamberlain,P.P.等人Structure of the human cereblon-DDB1-lenalidomide complex reveals basis for responsiveness to thalidomideanalogs.Nat.Struct.Mol.Biol.21:803-809,2014;Fischer,E.S.等人Structure of theDDB1-CRBN E3ubiquitin ligase in complex with thalidomide.Nature 512:49-53,2014)。这些相互作用由氢键合、芳族四极子(aromatic quadrupole)和范德瓦尔斯(VDW)相互作用控制。对分别与沙利度胺、来那度胺和泊马度胺复合的cereblon[人(hCRBN)、小鼠(mCRBN)和鸡(gCRBN)]的X射线晶体结构的分析(图9A)显示,抑制剂姿势之间的均方根偏差(RMSD)变化可以忽略不计。因此,对免疫调节化合物与cereblon复合物的分子结合机制进行了深入的理论研究,以探索小鼠与人cereblon之间由诱导配合、蛋白质柔性或晶体伪影(crystal artifacts)引起的药物相互作用的可能差异。这些结果揭示了小鼠cereblon蛋白质结构与人cereblon蛋白质结构之间的物种间差异很小或没有差异。然而,在小鼠CRBN-TBD中,在Val380(相当于Glu377)和Ile391(相当于Val388)处有微小的物种特异性氨基酸差异(图9B和图9C),这似乎与结构或相应的免疫调节药物结合相互作用无关。
由于cereblon在生理学上的作用尚未确定,并且所述蛋白在结构和功能上是保守的,我们使用了遗传缺陷小鼠来探索其参与免疫调节。如前所示,用WT和KO特异性引物证实了种系缺陷(图10A-图10C)(Rajadhyaksha,A.M.等人Behavioral characterization ofcereblon forebrain-specific conditional null mice:a model for human non-syndromic intellectual disability.Behavioural Brain Res.226:428-434,2012)。定量RT-PCR确定了WT C57BL/6小鼠中造血来源细胞中的Crbn表达,并证实了敲除小鼠的这些组织和细胞中缺乏Crbn mRNA。虽然Crbn-/-小鼠中IL-2、IFN-γ和TNFα的基础水平是正常的,但来自Crbn-/-小鼠的纯化的T细胞在刺激后具有更高的可检测水平的这些TH-1型细胞因子(图10D)。在增殖测定中,与WT T细胞相比,Crbn-/- T细胞显示出明显更高的进展通过第0代的可能性(图10A-图10D);在抗CD3和抗CD3+抗CD28后也观察到了差异。我们的数据表明,Crbn缺乏或功能丧失是免疫调节的原因。
蛋白质磷酸化的调节控制着始于募集使近端信号传导中间体磷酸化的细胞溶胶酪氨酸激酶的T细胞的细胞活化潜能。这些活化事件被磷酸酶和遍在蛋白介导的降解所抵消。E3-Ub连接酶的几个家族参与建立背景性T细胞刺激的阈值。Casitas B谱系淋巴瘤-b(Cbl-b)(Bachmaier,K.等人Negative regulation of lymphocyte activation andautoimmunity by the molecular adaptor Cbl-b.Nature 403:211-216,2000;Chiang,Y.J.等人Cbl-b regulates the CD28 dependence of T cell activation.Nature 403:216-220,2000)、其相关家族成员C-Cbl(Ota,Y.等人,The product of the proto-oncogene c-cbl:a negative regulator of the Syk tyrosine kinase.Science 276:418-420,1997)、瘙痒(Melino,G.等人Itch:a HECT-type E3 ligase regulatingimmunity,skin and cancer.Cell death and differentiation 15:1103-1112,2008)和与淋巴细胞中的无反应性相关的基因(GRAIL)(Seroogy,C.M.等人The gene related toanergy in lymphocytes,an E3 ubiquitin ligase,is necessary for anergyinduction in CD4 T cells.JOmmunol 173:79-85,2004)的基因消融降低了淋巴细胞活化的阈值,并导致自发性T细胞活化。到目前为止,这些分子仍没有被小分子成功靶向,但当在T细胞中遗传缺失时,会产生优异的抗肿瘤免疫反应。将B16黑素瘤肿瘤皮下注射到Crbn+/+小鼠与Crbn-/-小鼠中导致肿瘤生长的显著差异(图11A-图11B)。与Crbn+/+ T细胞相比,Crbn-/- T细胞过继转移到B16荷瘤小鼠中显著减缓了黑素瘤的生长(图11C),表明肿瘤生长的减少可能与内在抗肿瘤T细胞相关。在本实验中,每天两次外源性添加IL-2,持续三天,以确保T细胞存活并改善T细胞扩增。与T细胞对肿瘤反应的改善一致,在肿瘤浸润性淋巴细胞中评估了活化抗原(CD44)和肿瘤抗原反应(抗Trp2反应性T细胞的四聚体染色)。图11D显示,Crbn-/-T细胞具有更优的对肿瘤的反应性(平均48.1%对比平均20.4%)。在Crbn-/- T细胞中,抗原特异性T细胞的溶细胞颗粒表达和细胞毒性得以增强,表明所述细胞具有优越的功能。在图11G和图11H中,结果显示PD-1阳性T细胞的功能增强,表现为对荧光葡萄糖类似物(2-NBDG)的摄取增加。这些结果表明,CRBN利用抗肿瘤反应性T细胞,并暗示着药理抑制或缺失将促进抗肿瘤免疫。总的来说,基于cereblon的机制调节对于抗肿瘤免疫重要的四种主要T细胞功能:1)增殖,2)细胞因子产生,3)细胞毒性,和4)代谢。许多与cereblon缺乏相关的特征,但不是全部,在免疫调节疗法中是值得注意的。
基于作为底物结合蛋白的cereblon的功能,最近开发了一类新的细胞内蛋白降解剂,其具有互补的双功能组分,所述组分:1)与特定的蛋白质底物相互作用;以及2)通过26S蛋白酶体衔接导致多遍在蛋白化和靶特异性降解的E3连接酶。这项技术,创造了蛋白水解靶向嵌合体(PROTAC)(Sakamoto,K.M.等人Protacs:chimeric molecules that targetproteins to the Skp1-Cullin-F box complex for ubiquitination anddegradation.Proc Natl Acad Sci U S A 98,8554-8559,2001),在致癌蛋白可能难以用小分子靶向的情况下具有重大的治疗潜力(Sakamoto,K.M.等人Development of Protacsto target cancer-promoting proteins for ubiquitination and degradation.MolCell Proteomics 2:1350-1358,2003;Sakamoto,K.M.Protacs for treatment ofcancer.Pediatr Res 67:505-508,2010)。三个研究小组(Zengerle,M.等人,SelectiveSmall Molecule Induced Degradation of the BET Bromodomain Protein BRD4.ACSChem.Biol.10:1770-1777,2015;Winter,G.E.等人,Phthalimide conjugation as astrategy for in vivo target protein degradation.Science 348:1376-1381,2015;Lu,J.,et a1.,Hijacking the E3 Ubiquitin Ligase Cereblon to Efficiently TargetBRD4.Chem.Biol.22:755-763,2015)最近选择BRD4作为PROTAC的靶蛋白,因为这种表观遗传调节剂在包括c-MYC在内的几种癌基因的转录调节中起着关键作用。Bradner和Crews实验室都将JQ1(一种已确定的溴结构域和外端结构域(bromodomain and extraterminaldomain)(BET)家族成员的抑制剂)与沙利度胺类似物缀合,以通过cerebron(CRBN)依赖性机制促进BRD4的降解。图12显示dBET1在小鼠和人细胞中均以CRBN依赖性方式降解BRD4。
基于Crbn-/- T细胞相对于经免疫调节药物处理的细胞的优异抗肿瘤免疫,本文公开了一类双功能cereblon降解剂。所述化合物可用于:1)免疫调节,2)抗肿瘤细胞毒性,3)抗PD1治疗反应的修改,4)对于免疫调节药物反应重要的基于cereblon的机制的生化分析,和5)辅助分析对于CRBN代谢调节重要的新区域。图13A和图13B中显示了两种双功能CRBN降解剂的示例性结果。
本文公开了包含免疫调节药物(双免疫调节药物)的二聚体例如E3连接酶配体的二聚体的化合物。本文公开的二聚体可以是连接在一起的两种相同的免疫调节药物或连接在一起的两种不同的免疫调节药物。在具体的实例中,E3连接酶配体是cereblon结合配体。
所公开的化合物能够通过形成二聚IMiD来降解cereblon(Winter,G.E.;等人DrugDevelopment.Phthalimide conjugation as a strategy for in vivo target proteindegradation.Science 348:1376-81,2015)。Cereblon结合配体(例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、CC-122)(Fischer,E.S.;等人Structure of the DDB1-CRBN E3 ubiquitinligase in complex with thalidomide.Nature512:49-53,2014;Kronke,J.;等人,Lenalidomide induces ubiquitination and degradation of CK1alpha in del(5q)MDS.Nature 523:183-8,2015)通过具有可变长度和组成的柔性连接链连接到另一个cereblon结合配体,以提供如图1所示的一般化合物类别1。双-IMiD中的cereblon结合配体可以不同,如类别2中所示。在图1所示的实例中,化合物2结合了沙利度胺和来那度胺配体
制备的前两种双-IMiD衍生物SM2-048和SY2-060如图2所示。这些是通过用双溴乙酰胺(SY2-057和SY2-058型,参见实施例部分和图2)对4-羟基沙利度胺(SM1-176)进行烷基化制备的。通过从双胺开始,接头可以以不同的链长和组成并入双-IMiD中,这将影响对靶E3连接酶cereblon的亲和力和降解。图3中显示了具有不同接头的O-连接的双免疫调节药物3-8的其它实例。
如图4所示,双免疫调节药物的实例通过类型9的双-炔烃与碘或溴免疫调节药物的Sonogashira偶联来制备。双免疫调节药物的减少提供了C连接的双免疫调节药物10。
可将cereblon配体连接至靶向不同E3连接酶的配体。总的来说,这产生了cereblon降解剂。例如,将来那度胺样配体连接至E3连接酶VHL的配体(Gadd,M.S.;等人,Structural basis of PROTAC cooperative recognition for selective proteindegradation.Nat.Chem.Biol.13:514-521,2017;Galdeano,C.;等人,Structure-guideddesign and optimization of small molecules targeting the protein-proteininteraction between the von Hippel-Lindau(VHL)E3 ubiquitin ligase and thehypoxia inducible factor(HIF)alpha subunit with in Vitro nanomolaraffinities.J.Med.Chem.57:8657-63,2014),提供了潜在的cereblon降解剂SR3-078,如图5所示。或者,沙利度胺-VHL配体缀合物14和15的路径如图6所示。
如图7所示,用于将IMiD连接到另一个E3连接酶配体的接头也可包含杂环以在构象上限制整个缀合物,或者包含胺取代基以调节亲和力和溶解性。如图7所示,至IMiD配体的连接点可以是通过NH、O、CH2或炔烃。
所公开的二聚体的每个配体可以分成不同的类别。例如,配体可以属于下列类别之一:
Figure BDA0002923774840000371
Figure BDA0002923774840000381
Figure BDA0002923774840000391
无环酰亚胺/酰胺
Figure BDA0002923774840000392
R=Me,Et,Pr,i-Pr等
Figure BDA0002923774840000393
这些类别的任何成员可以例如使用本文所述的接头L与这些类别的任何其它成员偶联形成二聚体。所述连接可通过本文公开的方法完成,并且可发生在所公开的配体的芳基部分。
在一些方面,本文公开的化合物可以由式I表示:
Figure BDA0002923774840000401
其中,
Ar为芳基或杂芳基;
L不存在或为选自由以下组成的组的接头:-SO2、-SO2R′;SO2R′R″,-SO2NR′R″;-SO2NR′R″C(=O);-NR′SO2R″;-R′SO2NR′R″′;-C(=O);-C(=O)R′;-OC(=O)R′;-C(=O)NR′R″;-NR′C(=O)R″;-NR′C(=O)R″C(=O);-OR′;-NR′R″;-SR′;-N3-C(=O)OR′;-O(CR′R″)rC(=O)R′;-O(CR′R″)rNR″C(=O)R′;-O(CR′R″)rNR″SO2R′;-OC(=O)NR′R″;-NR′C(=O)OR′’;和取代或未取代的C1-C6烷基;
其中R’、R”和R”’各自选自氢;取代或未取代的烷基;取代或未取代的烯基;取代或未取代的醚;取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基、或取代或未取代的胺;并且r为1至6的整数;
R1、R2和R3各自选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的杂环基及其组合;或者
R1和R2组合以形成5-7元杂环;并且当R1和R2组合以形成5-7元杂环时,Ar任选地不与5-7元杂环稠合,而是5-7元杂环的取代基;
R4和R5各自选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、醚、烷氧基、巯基、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合;
R8选自由以下组成的组:氢、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的烷基芳基及其组合;
每个R10独立地选自空、O、NH、CH2、OCH2、NHCH2、CH=CH和C≡C;
每个R11独立地选自空、键、(CR’R”)r、C(=O)NR’、NR’C(O)、C(=O)、-SO2、-SO2R′;SO2R″、-SO2NR′;-SO2NR″C(=O);-NR′SO2R″;-R′SO2NR′;-C(=O)R′;-OC(=O)R′;-C(=O)NR″;-NR′C(=O)R″;-NR′C(=O)R″C(=O);-OR′;-NR′;-SR’;其中r为1至6,其中R’和R”为氢或C1-C6烷基;
Z不存在、为氨基、C1-C12烷基、C1-C12聚烷氧化物、环烷基或杂环烷基;
Y为E-3连接酶配体;以及
X为0、1或2;
其中键---存在或不存在。
在式I的具体实例中,化合物可具有由式I-A表示的式:
Figure BDA0002923774840000421
在式I和IA的一些实例中,Ar可包括芳族基团,诸如苯基、吡咯基、呋喃基、苯硫基、咪唑基、噁唑基、噻唑基、三唑基、吡唑基、吡啶基、吡嗪基、哒嗪基、吡唑基、噁唑基、异噁唑基或嘧啶基、呋喃基、三嗪基、噁唑基、异噁唑基、噻唑基、异噻唑基、吡唑基、吡咯基、吡嗪基、四唑基、吡啶基(或其氮氧化物)、噻吩基、嘧啶基(或其氮氧化物)、吲哚基、异喹啉基(或其氮氧化物)、喹啉基(或其氮氧化物)、异喹啉基、喹啉基、哌啶、哌嗪、嘧啶、噻嗪、噻喃、吗啉、噁嗪、四氢吡喃、吡咯烷、六茜素(pyroline)、咪唑啉、吡唑啉、吲哚啉、苯并呋喃、吲哚啉或吲哚。在某些特定的实例中,Ar包括苯基。
Ar基团可以是取代的或未取代的。例如,Ar上的取代基可选自氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合。在某些实施方案中,Ar上的取代基可选自H、Cl、F、Br、I、CN、NO2、NH2、CF3、CO2H、CO2NH2、CO2NHR5、CO2R5、C(O)R5、C(O)NH2、C(O)NHR5和和任选被烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、甲硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或硫醇取代的C1-C6烷基。
在某些具体实例中,Ar被NO2、NH2、OH、烷基、芳基、卤素、酰胺、醚或其组合取代。
在所公开的式I或1A的化合物中,可以有1至5个不同的取代基R3,例如1个、2个、3个、4个或5个R3取代基。取代基可以相同或不同。在具体实例中,R3为SO2NH2、SO2NHR′或NHSO2R′,其中R’为任选地被C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、羟基或卤化物取代的C1-C6烷基或C1-C6环烷基。在其它实例中,R3为NHC(O)R’,其中R’为任选地被C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、环烷基、环杂烷基、羟基或卤素取代的C1-C6烷基或C1-C6环烷基。在其它实例中,R3为C1-C6烷基或C1-C6环烷基。在其它实例中,R3为C1-C6烷氧基。在其它实例中,R3为卤化物。在其它实例中,n为2,并且每个R3选自由以下组成的组:C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、卤化物、SO2NH2、SO2NHR′和NHSO2R’,其中R’为任选地被C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、羟基或卤化物取代的C1-C6烷基或C1-C6环烷基。在其它实例中,R3为氢、卤素、羟基、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的C1-C6烷基或其组合。在优选实例中,R3为氢。在另外的实例中,R3为OH、Cl、F、Br、CN、CF3、NO2、C1-6烷基、OCH3、OEt、C(O)OH、NH2、NCH3、NHSO2、NHC(O)、杂烷基、芳基、杂芳基、SO2CH3或NHSO2-R’,其中R’为C1-6烷基或NHC(O)NH
在式I或IA的一些实例中,L不存在(即,键)。在式I或IA的其它实例中,L为接头。当L存在时,L可为SO2、-SO2R′;-SO2R′R″、-SO2NR′R″;-SO2NR′R″C(=O);-NR′SO2R″;R′SO2NR′R″′;C(=O);C(=O)R′;-OC(=O)R′;-C(=O)NR′R″;-NR′C(=O)R″;-NR′C(=O)R″C(=O);取代或未取代的C1-C6脂肪族烷基,其中R′、R″和R″’各自选自氢;取代或未取代的烷基;取代或未取代的烯基;取代或未取代的醚;取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基、或取代或未取代的胺;并且r为1至6的整数。
在式I或IA的一些具体实例中,R′、R″和R″’可以独立地选自氢;取代或未取代的C1-C8烷基;取代或未取代的C1-C8醚;或者取代或未取代的胺。在具体的实例中,R’、R”和R”’均为氢。
在式I或IA的一些实施方案中,R1可为氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的杂环基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基及其组合。例如,R1可以选自H、Cl、F、Br、I、CN、NO2、NH2、CF3、CO2H、CO2NH2、CO2NHR5、CO2R5、C(O)R5、C(O)NH2、C(O)NHR5和任选地被烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、甲硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或硫醇取代的C1-C6烷基。
在某些具体实例中,R1可为氢、卤素、羟基、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的C1-C6烷基及其组合。
在其它具体实例中,R1可选自由以下组成的组:氢、取代或未取代的胺、取代或未取代的C1-C6烷基及其组合。
在式I或IA的一些实施方案中,R2可为氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、磺酰胺基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的杂环基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基及其组合。例如,R2可选自H和任选地被烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、甲硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或硫醇取代的C1-C6烷基。
在式I或IA的一些实施方案中,R1和R2可以组合形成5-7元杂环。当R1和R2组合形成5-7元杂环时,L可以不存在或存在。
在式I或IA的一些实施方案中,R4选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、醚、烷氧基、巯基、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合。
在式I或IA的一些实施方案中,R5选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、醚、烷氧基、巯基、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合。
在式I或IA的具体实施方案中,R4和R5均为氢。在式I或式I-A的一些实施方案中,R4和R5之一为氢。
在某些特定的实例中,x为0。
在某些特定的实例中,x为1。
在一些方面,本文公开的化合物可由式II表示:
Figure BDA0002923774840000461
其中,
Ar为芳基或杂芳基;
L不存在或为选自由以下组成的组的接头:-SO2、-SO2R′;SO2R′R″、-SO2NR′R″;-SO2NR′R″C(=O);-NR′SO2R″;-R′SO2NR′R″′;-C(=O);-C(=O)R′;-OC(=O)R′;-C(=O)NR′R″;-NR′C(=O)R″;-NR′C(=O)R″C(=O);-OR′;-NR′R″;-SR′;-N3-C(=O)OR′;-O(CR′R″)rC(=O)R′;-O(CR′R″)rNR″C(=O)R′;-O(CR′R″)rNR″SO2R′;-OC(=O)NR′R″;-NR′C(=O)OR′’;和取代或未取代的C1-C6脂肪族烷基;
其中R’、R”和R”’各自选自氢;取代或未取代的烷基;取代或未取代的烯基;取代或未取代的醚;取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基、或取代或未取代的胺;并且r为1至6的整数;
R1、R2和R3各自选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合,或者
R1和R2组合以形成5-7元杂环;并且其中当R1和R2组合以形成5-7元杂环时,Ar任选地不与5-7元杂环稠合,而是5-7元杂环的取代基;
R4和R5各自选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、醚、烷氧基、巯基、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合;
R8选自由以下组成的组:氢、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的烷基芳基及其组合;
每个R10独立地选自空、O、NH、CH2、OCH2、NHCH2、CH=CH和C≡C;
每个R11独立地选自空、键、(CR’R”)r、C(=O)NR’、NR’C(O)、C(=O)、-SO2、-SO2R′;SO2R″、-SO2NR′;-SO2NR″C(=O);-NR′SO2R″;-R′SO2NR′;-C(=O)R′;-OC(=O)R′;-C(=O)NR″;-NR′C(=O)R″;-NR′C(=O)R″C(=O);-OR′;-NR′;-SR’;其中r为1至6;其中R’和R”为氢或C1-C6烷基;
Z不存在、为氨基、C1-C12烷基、C1-C12聚烷氧化物、环烷基或杂环烷基;
Y为E-3连接酶配体;以及
X为0、1或2;
y为1至6;以及
其中键---存在或不存在。
在式II的具体实例中,化合物可具有由式II-A表示的式:
Figure BDA0002923774840000481
在式II或式II-A的一些实例中,Ar是如本文所述的。例如,Ar可为苯基。如本文中所述,Ar基团可以是取代的或未取代的。例如,Ar基团可以选自H、Cl、F、Br、I、CN、NO2、NH2、CF3、CO2H、CO2NH2、CO2NHR5、CO2R5、C(O)R5、C(O)NH2、C(O)NHR5和任选被烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、甲硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或硫醇取代的C1-C6烷基。在公开的式II或式II-A化合物中,可以有1至5个不同的取代基R3,例如1个、2个、3个、4个或5个R3取代基。
在式II或式II-A的一些实例中,L不存在。在式II或式II-A的其它实例中,L为接头。当L存在时,L可为SO2、-SO2R′;-SO2R′R″、-SO2NR′R″;-SO2NR′R″C(=O);-NR′SO2R″;R′SO2NR′R″′;C(=O);C(=O)R′;-OC(=O)R′;-C(=O)NR′R″;-NR′C(=O)R″;-NR′C(=O)R″C(=O);取代或未取代的C1-C6脂肪族烷基,其中R′、R″和R″’各自选自氢;取代或未取代的烷基;取代或未取代的烯基;取代或未取代的醚;取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基、或取代或未取代的胺;并且r为1至6的整数。
在式II或式II-A的一些具体实例中,R′、R″和R″’可单独地选自氢;取代或未取代的C1-C8烷基;取代或未取代的C1-C8醚;或者取代或未取代的胺。
在式II或式II-A的一些实施方案中R1可以是如本文所述的。例如,R1可为氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的杂环基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基及其组合。例如,R1可以选自H、Cl、F、Br、I、CN、NO2、NH2、CF3、CO2H、CO2NH2、CO2NHR5、CO2R5、C(O)R5、C(O)NH2、C(O)NHR5和任选地被烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、甲硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或硫醇取代的C1-C6烷基。
在式II或式II-A的一些实施方案中,R2可为氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的杂环基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基及其组合。例如,R2可选自H和任选地被烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、甲硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或硫醇取代的C1-C6烷基。
在式II或式II-A的一些实施方案中,R1和R2可组合以形成5-7元杂环。当R1和R2组合形成5-7元杂环时,L可以不存在或存在。
在式II或式II-A的一些实施方案中,R4选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、醚、烷氧基、巯基、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合。
在式II或式II-A的一些实施方案中,R5选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、醚、烷氧基、巯基、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合。
在式II或式II-A的具体实施方案中,R4和R5均为氢。在式II的一些实施方案中,R4和R5之一为氢。
在式II或式II-A的某些具体实例中,x为0。
在式II或式II-A的某些具体实例中,x为1。
在一些方面,本文公开的化合物可由式III表示:
Figure BDA0002923774840000511
其中,
G为C、S、N、取代或未取代的C1-C8烷基,或其组合;
R3选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基、取代或未取代的环烷基及其组合;
R4、R5和R8各自选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、醚、烷氧基、巯基、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的烷基芳基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合;以及
R6和R7各自为=O、氢、C1-C8烷基,或者R6和R7组合以形成=O;
每个R10独立地选自空、O、NH、CH2、OCH2、NHCH2、N(CH3)、CH=CH、C≡C、SO2、SO2NH、C(O)、C(O)O、C(O)NH、C(O)CH2、NHSO2、OCH2O、NHCONH、NHCH2CH2O、NH(CH2)3NH和NHCH2CF2CH2
每个R11独立地选自空、键、(CR’R”)r、C(=O)NR’、NR’C(O)、C(=O)、-SO2、-SO2R′;SO2R″、-SO2NR′;-SO2NR″C(=O);-NR′SO2R″;-R′SO2NR′;-C(=O)R′;-OC(=O)R′;-C(=O)NR″;-NR′C(=O)R″;-NR′C(=O)R″C(=O);-OR′;-NR′;-SR’;其中r为1至6;其中R’和R”为氢或C1-C6烷基;
Z不存在、为氨基、C1-C12烷基、C1-C12聚烷氧化物、环烷基或杂环烷基;
Y为E-3连接酶配体;以及
x为0、1或2;以及
其中键---存在或不存在。
在式III的具体实例中,化合物可具有由式III-A表示的式:
Figure BDA0002923774840000521
在式III或III-A的一些实例中,R3、R4、R5、R6、R7和R8是如本文所述的。在式III或式III-A的一些实例中,R8选自由以下组成的组:氢、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的烷基芳基及其组合。
在式III的一些实施方案中,所述化合物可具有如下所示的结构
Figure BDA0002923774840000531
在某些实例中,R8为H或C1-C6烷基。
在式III的具体实例中,化合物可具有由式III-B表示的式。
Figure BDA0002923774840000532
在式III-B的一些实例中,R3、R6、R7和R8是如本文所述的。在式III-B的一些实例中,R8选自由以下组成的组:氢、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的烷基芳基及其组合。在具体实例中’R8为H。在其它实例中,R6和R7均为H。在其它实例中,R6和R7一起形成=O。在具体实例中,每个R3为OH、Cl、F、Br、CN、CF3、NO2、C1-6烷基、OCH3、OEt、C(O)OH、NH2、NCH3、NHSO2、NHC(O)、杂烷基、芳基、杂芳基、SO2CH3或NHSO2-R’,其中R’为C1-6烷基或NHC(O)NH。
在一些方面,本文公开的化合物可具有由式IV表示的结构:
Figure BDA0002923774840000541
其中,
R3选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基及其组合;
R4、R5和R8各自选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、醚、烷氧基、巯基、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的烷基芳基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合;以及
R6和R7各自为=O、氢、C1-C8烷基,或者R6和R7组合以形成=O;
每个R10独立地选自空、O、NH、CH2、OCH2、NHCH2、N(CH3)、CH=CH、C≡C、SO2、SO2NH、C(O)、C(O)O、C(O)NH、C(O)CH2、NHSO2、OCH2O、NHCONH、NHCH2CH2O、NH(CH2)3NH和NHCH2CF2CH2
每个R11独立地选自空、键、(CR’R”)r、C(=O)NR’、NR’C(O)、C(=O)、-SO2、-SO2R′;SO2R″、-SO2NR′;-SO2NR″C(=O);-NR′SO2R″;-R′SO2NR′;-C(=O)R′;-OC(=O)R′;-C(=O)NR″;-NR′C(=O)R″;-NR′C(=O)R″C(=O);-OR′;-NR′;-SR’;其中r为1至6;其中R’和R”为H或C1-C6烷基;
Z不存在、为氨基、C1-C12烷基、C1-C12聚烷氧化物、环烷基或杂环烷基;
Y为E-3连接酶配体;以及
x为0、1或2;以及
其中键---存在或不存在。
在式I至式III的具体实例中,R3可为OH、Cl、F、Br、CN、CF3、NO2、C1-6烷基、OCH3、OEt、C(O)OH、NH2、NCH3、NHSO2、NHC(O)、杂烷基、芳基、杂芳基、SO2CH3、NHSO2-R’,其中R’为C1-6烷基或NHC(O)NH。
在式IV至III的任一个中,部分R10R11ZR11R10可为至E-3连接酶配体Y的接头。在许多情况下,Z可为C1-C12烷基、C1-C12杂烷基、C1-C12杂烷基杂环烷基。在许多情况下,该部分可以是聚环氧烷。其它示例如图7所示。在另外的实例中,该部分可表示为C(O)ZC(O)、C(O)OZOC(O)、C(O)ZNH、C(O)OZNH、NHZNH或C(O)NHZNHC(O)、C(S)OZOC(S);其中Z为C1-C10烷基;C1-C10杂烷基;C1-C10烷基胺;C1-C10烷氧基;C1-C10烷酰基氧基;或C1-C10烷基酰胺基,它们中的任一种可以任选地被一个或多个取代基取代,所述取代基包括卤素、烷氧基、烷基、烯基、环烷基、环烯基、杂环烷基、芳基、杂芳基、胺基、氰基、硝基、羟基、羰基、酰基、羧酸(-COOH)、-C(O)R12、-C(O)OR12、羧酸根(-COO-)、伯酰胺(例如,-CONH2)、仲酰胺(例如,-CONHR12)、-C(O)NR12R13、-NR12R13、-NR12S(O)2R13、-NR12C(O)R13、-S(O)2R12、-SR12和-S(O)2NR12R13、硫酰基(例如,-SOR12)和磺酰基(例如,-SOOR12);其中R12和R13可各自独立地为氢、卤素、羟基、烷基、卤代烷基、烯基、炔基、环烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基、羰基、氰基、氨基、烷基氨基、二烷基氨基、烷氧基、芳基氧基、环烷基、烷氧基羰基、氨基羰基、烷基氨基羰基或二烷基氨基羰基。
在其它实例中,所公开的化合物可具有式V:
Figure BDA0002923774840000571
其中
R3选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基及其组合;
R6和R7各自为=O、氢、C1-C8烷基,或者R6和R7组合以形成=O;以及
L为长度为1-20个原子的接头,例如,NH、O、S、(CH2O)1-10、(CH2CH2O)1-6、(CH2)1-20、C≡C、C=C、C(O)NH、NHC(O)、SO2NH、NHSO2、SO2、NHC(O)NH、C(O)、C(O)O,或者
Figure BDA0002923774840000581
其中n为1-6,Z为CH或N;R’为卤素、OH、NHR;并且R为脂肪族、芳基或NO2
在另外的具体实例中,化合物可以具有式VI-A至VI-F:
Figure BDA0002923774840000582
其中A为CH2,或C=O;X为C(O)NH、NHC(O)、SO2NH或NHSO2;Y为SO2、NHC(O)NH、C(O)或C(O)O。在每个式中,接头可以连接在4位、5位、6位或7位。
在式I-IV的具体实例中,R10R11ZR11R10可以一起形成C2-16烷基。
本文公开的一些特定化合物为:
Figure BDA0002923774840000591
Figure BDA0002923774840000601
Figure BDA0002923774840000611
Figure BDA0002923774840000621
其它实例显示在下面的实施例部分。
方法
本文公开了用于治疗患者的疾病状态或疾患的方法,其中失调的蛋白质活性是所述疾病状态或疾患的原因。如本文中所述,所公开的化合物包含E3遍在蛋白连接酶结合部分(“ULM”),其为cereblon E3遍在蛋白连接酶结合部分(“CLM”)。在T细胞活化过程中,Cereblon以时间调节性方式抑制Ikaros和aiolos(分别由IKZF1和IKZF3基因编码)的低分子量同种型的表达。活化后Crbn-/- T细胞中IKZF的这种调节表明cereblon可参与其调节,并且其是CRBN/Cul4A/Rbx1 E3-遍在蛋白连接酶复合物的天然底物。该数据表明,cereblon底物可有非经典的结果。本文公开的化合物在癌症(诸如实体瘤和血源性肿瘤)、心脏病(诸如充血性心力衰竭)以及病毒性、遗传性、炎性、过敏性和自身免疫性疾病中具有显著的治疗潜力。
本文提供了降低受试者患自身免疫性疾病或病症的风险、预防受试者患自身免疫性疾病或病症或治疗所述受试者的自身免疫性疾病或病症的方法。在具体实例中,提供了降低受试者发展移植物抗宿主病(GVHD)的风险、预防受试者的移植物抗宿主病或治疗所述受试者的移植物抗宿主病的方法。GVHD可能是由移植程序涉及免疫原性组织的植入而导致的,所述植入包括但不限于实体器官移植物(诸如心脏、肾脏和肝脏)、组织移植物(诸如皮肤、肠、胰腺、角膜、性腺、骨和软骨)和细胞移植物(诸如来自胰腺、脑和神经组织、肌肉、皮肤、骨、软骨和肝脏的细胞)。在此类手术中,器官排斥是完全康复的障碍。个体的免疫系统将植入组织上的抗原(HLA或次要H抗原)识别为外来物,并对其产生免疫反应,这从而损伤和破坏植入的组织。所述方法可包括向受试者施用有效量的本文公开的化合物或组合物。所述方法还可包括施用第二化合物或组合物,例如免疫抑制剂。
自身免疫性疾病可包括,例如,类风湿性关节炎、多发性硬化症、青少年型糖尿病、系统性红斑狼疮、自身免疫性葡萄膜视网膜炎、自身免疫性血管炎、大疱性天疱疮、重症肌无力、自身免疫性甲状腺炎或桥本氏病(Hashimoto′s disease)、斯耶格伦氏综合征(Sjogren′s syndrome)、肉芽肿性睾丸炎、自身免疫性卵巢炎、克罗恩氏病、结节病、风湿性心脏炎、强直性脊柱炎、格雷夫斯氏病和自身免疫性血小板减少性紫癜。
在一个实施方案中,向有发展自身免疫性疾病或病症的风险或患有自身免疫性疾病或病症并需要其治疗的患者施用有效量的一种或多种本文公开的化合物或组合物。患者可以是人或其它哺乳动物,诸如灵长类动物(猴、黑猩猩、猿等)、狗、猫、牛、猪或马,或其它有发展自身免疫性疾病或病症的风险或患有自身免疫性疾病或病症的动物。
本文还提供了治疗或预防受试者的癌症的方法,其包括向受试者施用有效量的如本文公开的化合物或组合物。所述方法还可包括施用第二化合物或组合物,诸如抗癌剂或抗炎剂。另外,所述方法还可包括向受试者施用有效量的电离辐射。
本文还提供了杀死肿瘤细胞的方法。所述方法包括使肿瘤细胞与有效量的如本文公开的化合物或组合物接触。所述方法还可包括向受试者施用第二化合物或组合物(例如,抗癌剂或抗炎剂)或施用有效量的电离辐射。
本文还提供了对肿瘤进行放射疗法的方法,包括使肿瘤与有效量的如本文公开的化合物或组合物接触,并用有效量的电离辐射照射肿瘤。
还公开了治疗患者的肿瘤病症的方法。在一个实施方案中,向患有肿瘤病症并需要其治疗的患者施用有效量的一种或多种本文公开的化合物或组合物。所公开的方法可以任选地包括鉴定需要或可能需要治疗肿瘤病症的患者。患者可以是人或其它哺乳动物,诸如灵长类动物(猴、黑猩猩、猿等)、狗、猫、牛、猪或马,或者其它患有肿瘤病症的动物。肿瘤病症包括但不限于肛门、胆管、膀胱、骨、骨髓、肠(包括结肠和直肠)、乳腺、眼睛、胆囊、肾、口、喉、食道、胃、睾丸、子宫颈、头、颈、卵巢、肺、间皮瘤、神经内分泌、阴茎、皮肤、脊髓、甲状腺、阴道、外阴、子宫、肝脏、肌肉、胰腺、前列腺、血细胞(包括淋巴细胞和其它免疫系统细胞)和大脑的癌症和/或肿瘤。考虑治疗的具体癌症包括癌、卡波西氏肉瘤、黑素瘤、间皮瘤、软组织肉瘤、胰腺癌、肺癌、白血病(急性淋巴母细胞性、急性髓细胞样、慢性淋巴细胞性、慢性髓性和其它)和淋巴瘤(霍奇金和非霍奇金)和多发性骨髓瘤。
本文还提供了治疗受试者的遗传性疾病或病症的方法,其包括向受试者施用有效量的如本文公开的化合物或组合物。所述方法还可包括施用第二化合物或组合物。
“遗传性病症”可由父母中的至少一个遗传的一个或多个基因的变化引起和/或基于所述变化。实例包括尿素循环障碍、地中海贫血,还包括疾病或症状的具体表现,诸如静脉曲张、阴道炎、抑郁症或婴儿猝死综合症等,所述疾病基于这些变化或由这些变化引起的。遗传性病症可以是表观遗传性的,其被定义为不是由基因序列的改变引起的而是由其它机制/非遗传因素引起的表型或基因表达的遗传性改变。
使用本文公开的化合物治疗的遗传性病症可包括以选自以下的症状或疾病表现自身的病症:尿素循环障碍、地中海贫血、囊性纤维化、类风湿性关节炎、斯耶格伦氏综合征、葡萄膜炎、静脉曲张、多发性肌炎和皮肌炎、动脉硬化、肌萎缩侧索硬化、社交障碍(asociality)、情感障碍、系统性红斑狼疮。其还存在于心血管和神经病学疾病、II型糖尿病、神经变性疾病、鲁宾斯坦-泰比综合征(Rubinstein-Taybi-Syndrome)、Rett综合征、弗里德棘希氏共济失调(Friedreich′s ataxia)、亨廷顿病、多发性硬化症和抑郁症中。其还可能包括粘膜炎、皮肤/粘膜瘙痒、眼睛变性疾病、进食障碍和肥胖、药物引起的体重增加、瘙痒、酒精中毒、白发(grey hair)、脱发、心脏损伤、神经元生长缺乏、骨质疏松症、骨和关节疾病、上皮损伤、结缔组织病、帕金森氏病、骨髓增生异常综合征、纤维化肺病、肝性脑病(hepatic encephalopathies)、人乳头瘤病毒(HPV)感染或自身免疫性疾病或者还有阴道炎或婴儿猝死综合征。一般来说,如“遗传性病症”的定义中所述,所述用法仅指本段中所列的疾病/症状,只要其原因在于遗传性病症,尤其是表观遗传性病症。
一般遗传性疾病包括22q11.2缺失综合征、Angelman综合征、卡纳万病、乳糜泻、夏科-马利-杜斯氏病(Charcot-Marie-Tooth disease)、色盲、猫叫综合征(Cri du chat)、唐氏综合征、囊性纤维化、杜兴肌营养不良症、血友病、克兰费尔特综合征、神经纤维瘤病、苯丙酮尿症、帕-魏二氏综合征(Prader-Willi syndrome)、镰刀形细胞贫血症、泰-萨病(Tay-Sachs disease)、特纳综合征等。
在一些实施方案中,所述组合物可用于治疗选自以下症状或疾病或者以选自以下的症状或疾病表现自身的病症:尿素循环障碍、地中海贫血、囊性纤维化、类风湿性关节炎、斯耶格伦氏综合征、葡萄膜炎、多发性肌炎和皮肌炎、动脉硬化、肌萎缩侧索硬化、社交障碍、情感障碍、系统性红斑狼疮、免疫反应、静脉曲张、阴道炎(包括慢性复发性酵母菌阴道炎)、抑郁症或婴儿猝死综合征(优选选自抑郁症、静脉曲张或婴儿猝死综合征)。
还提供了诱导细胞中靶蛋白降解的方法。所述方法包括使细胞与有效量的如本文公开的化合物或组合物接触。
还提供了抑制cereblon E3遍在蛋白连接酶结合部分(CLM)的方法。所述方法包括使细胞与有效量的如本文公开的化合物或组合物接触。
还提供了降低患者患其它疾病状态或疾患的风险、预防患者的其它疾病状态或疾患或治疗所述患者的其它疾病状态或疾患的方法。在本文所述方法的一些实施方案中,疾病状态或疾患可包括哮喘、多发性硬化、纤毛病、腭裂、糖尿病、心脏病、高血压、炎性肠病、智力低下、心境障碍、肥胖、屈光不正、不育、Angelman综合征、卡纳万病(Canavandisease)、乳糜泻、夏科-马利-杜斯氏病、囊性纤维化、杜兴肌营养不良症、血色素沉着症、血友病、克兰费尔特综合征、神经纤维瘤病、苯丙酮尿症、多囊肾病、(PKD1)或4(PKD2)帕-魏二氏综合征、镰刀形细胞贫血症、泰-萨病、特纳综合征、阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化(卢贾里格症)、神经性厌食症、焦虑症、动脉粥样硬化、注意力缺陷多动症、自闭症、双相情感障碍、慢性疲劳综合征、慢性阻塞性肺病、克罗恩氏病、冠心病、痴呆、抑郁症、1型糖尿病、2型糖尿病、癫痫、格-巴二氏综合征、肠易激综合征、狼疮、代谢综合征、多发性硬化、心肌梗死、肥胖、强迫症、恐慌症、帕金森病、银屑病、类风湿性关节炎、结节病、精神分裂症、中风、血栓闭塞性脉管炎、妥瑞症(Tourette syndrome)、脉管炎。
化合物降低患疾病状态的风险、治疗、预防或抑制疾病状态的活性可使用分子动力学模拟来确定。特别地,分子动力学模拟可使用各种物种中已知的CRBN晶体结构来进行。几种文库可用于筛选抑制剂。
可使用本领域已知的技术来测定所述化合物。例如,生物测定可包括将人CRBN在Crbn -/-小鼠T细胞中过表达,以确定每种独特氨基酸促成与Myc、Ikaros的蛋白质相互作用的能力,并鉴定参与代谢物调节的新底物。CRBN-Cul4体外Ub测定可使用重组体来开发。基于细胞的分析可用于评估Myc的表达,并且Ikaros在经处理的细胞中将用于筛选目的。Myc和Ikaros的表达将使用如前所述的基于荧光素酶的表达测定来可视化。使用IMiD化合物和构建体开发荧光素酶表达的底物靶向减少。结果显示,使用体外遍在蛋白化测定和荧光素酶构建体,测试化学物质“HITS”阻断CRBN-Cul4介导的靶底物遍在蛋白化的能力。
施用
所公开的化合物可以在单独或组合的药物制剂中依次或同时施用。当一种或多种公开的化合物与第二治疗剂组合使用时,每种化合物的剂量可以与单独使用该化合物时的剂量相同或不同。本领域技术人员将容易理解合适的剂量。
提及本发明化合物的术语“施用”及其变形(例如,“施用(administering)”化合物)意指将所述化合物或所述化合物的前药引入需要治疗的动物的系统中。当将本发明的化合物或其前药与一种或多种其它活性剂(例如,细胞毒剂等)组合提供时,“施用”及其变形各自被理解为包括同时和依次引入化合物或其前药以及其它剂。
所公开的化合物和含有它们的组合物的体内应用可以通过本领域技术人员目前或预期已知的任何合适的方法和技术来实现。例如,所公开的化合物可以被配制成生理学上或药学上可接受的形式,并通过本领域已知的任何合适的途径施用,所述途径包括例如口服、鼻内、直肠、局部和胃肠外施用途径。如本文中所用,术语胃肠外施用包括皮下、皮内、静脉内、肌内、腹膜内和胸骨内施用,例如通过注射。所公开的化合物或组合物的施用可以是单次施用,或者是以本领域技术人员容易确定的连续或不同间隔施用。
本文公开的化合物和包含它们的组合物也可以利用脂质体技术、缓释胶囊、可植入泵和生物可降解容器来施用。这些递送方法可以有利地在延长的时间段内提供均匀的剂量。所述化合物还可以以它们的盐衍生物形式或结晶形式施用。
本文公开的化合物可以根据用于制备药学上可接受的组合物的已知方法进行配制。制剂在许多来源中有详细描述,所述来源是本领域技术人员熟知和容易获得的。例如,E.W.Martin(1995)的Remington’s Pharmaceutical Science描述了可与公开的方法结合使用的制剂。一般来说,本文公开的化合物可以被配制成使得有效量的化合物与合适的载体结合,以促进化合物的有效施用。所用的组合物也可采用多种形式。这些形式包括,例如,固体、半固体和液体剂型,诸如片剂、丸剂、粉剂、液体溶液或悬浮液、栓剂、可注射和不溶性溶液以及喷雾剂。优选的形式取决于预期的施用方式和治疗应用。所述组合物还优选包括本领域技术人员已知的常规药学上可接受的载体和稀释剂。与化合物一起使用的载体或稀释剂的实例包括乙醇、二甲基亚砜、甘油、氧化铝、淀粉、盐水和等同的载体和稀释剂。为了提供用于所需治疗性治疗的此类剂量的施用,本文公开的组合物可以有利地包含基于含有载体或稀释剂的总组合物重量的约0.1重量%至99重量%,特别是1重量%至15重量%的一种或多种主题化合物的总量。
适用于施用的制剂包括,例如,无菌注射水溶液,其可含有抗氧化剂、缓冲剂、抑菌剂和使制剂与预期受体的血液等渗的溶质;以及水性和非水性无菌悬浮液,其可包含助悬剂和增稠剂。所述制剂可存在于单位剂量或多剂量容器(例如密封的安瓿和小瓶)中,并且可在使用前在冷冻干燥(冻干)条件下储存,仅需要无菌液体载体例如注射用水的条件。临时注射液和悬浮液可由无菌粉剂、颗粒剂、片剂等制备。应当理解,除了上面特别提及的成分以外,本文公开的组合物还可包含本领域中考虑到所述制剂类型的其它常规剂。
本文公开的化合物和包含它们的组合物可通过与细胞直接接触或通过载体工具递送至细胞。用于向细胞递送化合物和组合物的载体工具是本领域已知的,并且包括例如将组合物包封在脂质体部分中。将本文公开的化合物和组合物递送至细胞的另一种手段包括将化合物连接至被靶向递送至靶细胞的蛋白质或核酸。美国专利第6,960,648号和美国申请公布第20030032594号和第20020120100号公开了可以与另一种组合物偶联并允许所述组合物跨生物膜转运的氨基酸序列。美国申请公布第20020035243号也描述了用于转运生物部分穿过细胞膜用于细胞内递送的组合物。还可将化合物掺入聚合物中,所述聚合物的实例包括用于颅内肿瘤的聚(D-L-丙交酯-乙交酯)共聚物;摩尔比为20:80的聚[双(对羧基苯氧基)丙烷:癸二酸](如在GLIADEL中使用的);软骨素;壳多糖;和壳聚糖。
为了治疗肿瘤学病症,可将本文公开的化合物与其它抗肿瘤或抗癌物质和/或与辐照和/或光动力疗法和/或手术治疗相结合,向有需要治疗的患者施用,以去除肿瘤。可在与本文公开的化合物相同或不同的时间施用这些其它物质或治疗。例如,可将本文公开的化合物与诸如紫杉醇或长春花碱等有丝分裂抑制剂、诸如环磷酰胺或异环磷酰胺等烷化剂、诸如5-氟尿嘧啶或羟基脲等抗代谢物、诸如阿霉素或博莱霉素等DNA嵌入剂、诸如依托泊苷或喜树碱等拓扑异构酶抑制剂、诸如血管抑素等抗血管生成剂、诸如他莫昔芬等抗雌激素和/或其它抗癌药物或抗体,诸如分别例如格列卫(GLEEVEC)(NovartisPharmaceuticals Corporation)和赫赛汀(HERCEPTIN)(Genentech,Inc.)组合使用。
许多肿瘤和癌症在肿瘤或癌细胞中具有病毒基因组。例如,爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)与许多哺乳动物恶性肿瘤相关联。本文公开的化合物也可以单独使用或与抗癌剂或抗病毒剂诸如更昔洛韦、叠氮胸苷(AZT)、拉米夫定(3TC)等组合使用,以治疗感染可引起细胞转化的病毒的患者和/或治疗患有与细胞中病毒基因组的存在相关联的肿瘤或癌症的患者。本文公开的化合物也可以与基于病毒的肿瘤疾病治疗组合使用。例如,所述化合物可与突变型单纯疱疹病毒一起用于治疗非小细胞肺癌(Toyoizumi等人,“Combined therapywith chemotherapeutic agents and herpes simplex virus type IICP34.5 mutant(HSV-1716)in human non-small cell lung cancer,”Human Gene Therapy,1999,10(18):17)。
化合物和/或含有它们的组合物的治疗应用可通过本领域技术人员目前或预期已知的任何合适的治疗方法和技术来实现。另外,本文公开的化合物和组合物已用作制备其它有用的化合物和组合物的原料或中间体。
可将本文公开的化合物和组合物任选地与药学上可接受的载体诸如惰性稀释剂组合,局部施用于一个或多个解剖部位,诸如不想要的细胞生长的部位(诸如肿瘤部位或良性皮肤生长,例如注射或局部施用于肿瘤或皮肤生长)。可将本文公开的化合物和组合物任选地与与药学上可接受的载体诸如惰性稀释剂或用于口服递送的可同化的可食用载体组合,进行全身性施用,诸如静脉内或口服施用。它们可被装入硬壳或软壳明胶胶囊中,可被压制成片剂,或者可以直接与患者饮食中的食物混合。对于口服治疗施用,可将活性化合物与一种或多种赋形剂组合,并以可摄取的片剂、口含片、锭剂、胶囊、酏剂、混悬剂、糖浆剂、薄片、气溶胶喷雾剂等形式使用。
片剂、锭剂、丸剂、胶囊剂等也可含有下列物质:如黄蓍胶、阿拉伯胶、玉米淀粉或明胶等粘合剂;诸如磷酸二钙等赋形剂;诸如玉米淀粉、马铃薯淀粉、海藻酸等崩解剂;诸如硬脂酸镁等润滑剂;以及可以加入诸如蔗糖、果糖、乳糖或阿斯巴甜等甜味剂,或诸如薄荷、冬青油或樱桃香料等调味剂。当单位剂型为胶囊剂时,除了上述类型的材料之外,其还可含有液体载体,诸如植物油或聚乙二醇。各种其它材料可以作为包衣存在或以其它方式改变固体单位剂型的物理形式。例如,片剂、丸剂或胶囊剂可以用明胶、蜡、虫胶或糖等包被。糖浆或酏剂可含有活性化合物、作为甜味剂的蔗糖或果糖、作为防腐剂的对羟基苯甲酸甲酯和对羟基苯甲酸丙酯、染料和诸如樱桃或桔子香料等调味剂。当然,用于制备任何单位剂型的任何材料都应该是药学上可接受的,并且在使用量上基本上无毒。另外,活性化合物可被掺入缓释制剂和装置中。
本文公开的化合物和组合物,包括其药学上可接受的盐、水合物或类似物,可以通过静脉内、肌内或腹膜内输注或注射施用。活性剂或其盐的溶液可以在水中制备,任选与无毒表面活性剂混合。分散体也可以在甘油、液体聚乙二醇、三醋精及其混合物和油中制备。在常规储存和使用条件下,这些制剂可含有防腐剂,以防止微生物的生长。
适用于注射或输注的药物剂型可包括包含活性成分的无菌水溶液或分散体或无菌粉末,其适用于临时制备无菌可注射或可输注的溶液或分散体(任选包封在脂质体中)。最终剂型在生产和储存条件下应该是无菌的、流体的和稳定的。液体载体或媒介物可以是溶剂或液体分散介质,其包括例如水、乙醇、多元醇(例如,甘油、丙二醇、液体聚乙二醇等)、植物油、无毒甘油酯及其合适的混合物。适当的流动性可以例如通过脂质体的形成、在分散体的情况下通过保持所需的粒度或通过使用表面活性剂来保持。任选地,可以通过各种其它抗细菌和抗真菌剂(例如对羟基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、山梨酸、硫柳汞等)来防止微生物的作用。在许多情况下,优选包括等渗剂,例如糖、缓冲液或氯化钠。可注射组合物的延长吸收可通过包含延迟吸收的剂例如单硬脂酸铝和明胶来实现。
无菌注射液是通过将本文公开的化合物和/或剂以所需量与上述列举的各种其它成分按需要混合在合适的溶剂中,然后过滤灭菌来制备的。在用于制备无菌注射液的无菌粉剂的情况下,优选的制备方法是真空干燥和冷冻干燥技术,其产生活性成分加上存在于先前无菌过滤的溶液中的任何额外的所需成分的粉末。
对于局部施用,本文公开的化合物和剂可以以液体或固体形式施用。然而,通常希望将它们作为组合物,与皮肤病学上可接受的载体(其可以是固体或液体)组合,局部施用到皮肤上。本文公开的化合物、剂和组合物可局部施用于受试者的皮肤,以减小恶性或良性生长的尺寸(并可包括完全去除),或治疗感染部位。本文公开的化合物和剂可以直接施用于生长或感染部位。优选地,化合物和剂以诸如软膏、乳膏、洗液、溶液、酊剂等制剂的形式施用于生长或感染部位。还可使用用于将药理学物质递送至皮肤损伤的药物递送系统,诸如美国专利第5,167,649号中所述的递送系统。
有用的固体载体包括细粉状固体,诸如滑石、粘土、微晶纤维素、二氧化硅、氧化铝等。有用的液体载体包括水、醇或二醇或水-醇/二醇共混物,其中化合物可以任选地借助无毒表面活性剂以有效水平溶解或分散。可添加香料和其它抗微生物剂等佐剂,以优化给定用途的性能。所得液体组合物可以从吸收垫上施用,用于浸渍绷带和其它敷料,或者使用例如泵型或气溶胶喷雾器喷洒到受累区域。
增稠剂诸如合成聚合物、脂肪酸、脂肪酸盐和酯、脂肪醇、改性纤维素或改性矿物材料也可以与液体载体一起使用,以形成可涂抹的糊剂、凝胶、软膏、肥皂等,用于直接施用于使用者的皮肤。美国专利第4,608,392号、美国专利第4,992,478号、美国专利第4,559,157号和美国专利第4,820,508号公开了可用于将化合物递送至皮肤的有用的皮肤病学组合物的实例。
本文公开的化合物和剂以及药物组合物的有用剂量可以通过比较在动物模型中它们的体外活性和体内活性来确定。将小鼠和其它动物的有效剂量外推至人的方法是本领域已知的;例如,参见美国专利第4,938,949号。
还公开了包含本文公开的化合物与药学上可接受的载体的组合的药物组合物。适于口服、局部或肠胃外施用,包含一定量的化合物的药物组合物构成优选方面。向患者(尤其是人)施用的剂量应足以在合理的时间范围内实现患者的治疗反应,而没有致死毒性,并且优选不引起超过可接受水平的副作用或发病率。本领域技术人员将认识到,剂量将取决于多种因素,包括受试者的状况(健康)、受试者的体重、同时治疗的种类(如果有的话)、治疗频率、治疗比例以及病理状况的严重程度和阶段。
对于治疗肿瘤病症,可将本文公开的化合物、剂和组合物在其它抗肿瘤或抗癌剂或物质(例如,化学治疗剂、免疫治疗剂、放射治疗剂、细胞毒性剂等)之前、之后向需要治疗的患者施用,或者与其它抗肿瘤或抗癌剂或物质和/或与放射疗法和/或与除去肿瘤的手术治疗组合以去除肿瘤来向所述患者施用。例如,本文公开的化合物、剂和组合物可用于治疗癌症的方法,其中患者将用诸如紫杉醇或长春花碱等有丝分裂抑制剂、诸如环磷酰胺或异环磷酰胺等烷化剂、诸如5-氟尿嘧啶或羟基脲等抗代谢物、诸如阿霉素或博莱霉素等DNA嵌入剂、诸如依托泊苷或喜树碱等拓扑异构酶抑制剂、诸如血管抑素等抗血管生成剂、诸如他莫昔芬等抗雌激素和/或其它抗癌药物或抗体,诸如分别例如格列卫(NovartisPharmaceuticals Corporation)和赫赛汀(Genentech,Inc.)进行治疗,或者用所述药物治疗或已用所述药物治疗。这些其它物质或放射治疗可以在与本文公开的化合物相同或不同的时间进行。其它合适的化学治疗剂的实例包括但不限于:六甲蜜胺、博莱霉素、硼替佐米(VELCADE)、白消安、亚叶酸钙、卡培他滨、卡铂、卡莫司汀、苯丁酸氮芥、顺铂、克拉屈滨、克立他酶、环磷酰胺、阿糖胞苷、达卡巴嗪、更生霉素、柔红霉素、多西他赛、多柔比星、表柔比星、依托泊苷、氟达拉滨、氟尿嘧啶、吉非替尼(IRESSA)、吉西他滨、羟基脲、伊达比星、异环磷酰胺、伊马替尼(GLEEVEC)、伊立替康、脂质体多柔比星、洛莫司汀、美法仑、巯基嘌呤、甲氨蝶呤、丝裂霉素、米托蒽醌、奥沙利铂、紫杉醇、喷司他丁、甲基苄肼、雷替曲塞、链脲佐菌素、替加氟-尿嘧啶、替莫唑胺、噻替派、硫鸟嘌呤/硫鸟嘌呤、托泊替康、曲奥舒凡、长春花碱、长春新碱、长春地辛、长春瑞滨。在一个示例性实施方案中,化学治疗剂是美法仑。合适的免疫治疗剂的实例包括但不限于阿仑单抗、西妥昔单抗(ERBITUX)、吉妥珠单抗、碘131托西莫单抗、利妥昔单抗、曲妥珠单抗(HERCEPTIN)。细胞毒性剂包括,例如,放射性同位素(如I131、I125、Y90、P32等),以及细菌、真菌、植物或动物来源的毒素(例如,蓖麻毒素、肉毒杆菌毒素、炭疽毒素、黄曲霉毒素、水母毒液类(例如,箱形水母(box jellyfish))等)。还公开了用于治疗肿瘤病症的方法,其包括在施用化学治疗剂、免疫治疗剂、放射治疗剂或放射疗法之前、之后和/或与施用化学治疗剂、免疫治疗剂、放射治疗剂或放射疗法组合施用有效量的本文公开的化合物和/或剂。
试剂盒
还提供了用于实施本发明方法的试剂盒。“试剂盒”意指包含至少一种试剂(例如表1中描述的任一种化合物)的任何制品(例如,包装或容器)。试剂盒可以作为实施本发明方法的单元进行推广、分发或销售。另外,试剂盒可包含描述试剂盒及其使用方法的包装插页。任何或所有试剂盒试剂可提供在保护它们免受外部环境影响的容器中,诸如密封容器或小袋中。
为了提供用于所需治疗性治疗的此类剂量的施用,在一些实施方案中,基于包含载体或稀释剂的总组合物的重量,本文公开的药物组合物可包含按总的重量计约0.1%至45%,尤其是1%至15%的一种或多种化合物。说明性地,施用的活性成分的剂量水平可以是:静脉内,0.01至约20mg/kg动物(体重);腹膜内,0.01至约100mg/kg动物(体重);皮下,0.01至约100mg/kg动物(体重);肌内,0.01至约100mg/kg动物(体重);口服,0.01至约200mg/kg动物(体重),优选约1至100mg/kg动物(体重);鼻内滴注,0.01至约20mg/kg动物(体重);和气雾剂,0.01至约20mg/kg动物(体重)。
还公开了在一个或多个容器中包含本文公开的化合物的组合物的试剂盒。所公开的试剂盒可以任选地包括药学上可接受的载体和/或稀释剂。在一个实施方案中,试剂盒包括一种或多种本文所述的其它组分、助剂或佐剂。在另一个实施方案中,试剂盒包括一种或多种抗癌剂,诸如本文所述的那些剂。在一个实施方案中,试剂盒包括描述如何施用试剂盒的化合物或组合物的说明书或包装材料。试剂盒的容器可以是任何合适的材料,例如玻璃、塑料、金属等,并且具有任何合适的尺寸、形状或构造。在一个实施方案中,本文公开的化合物和/或剂在试剂盒中以固体形式,诸如片剂、丸剂或粉末形式提供。在另一个实施方案中,本文公开的化合物和/或剂在试剂盒中以液体或溶液的形式提供。在一个实施方案中,试剂盒包括安瓿或注射器,其含有本文公开的以液体或溶液形式存在的化合物和/或试剂。
实施例
在下文中阐述了以下实施例以说明根据公开的主题的方法和结果。这些实施例并不旨在包含本文公开的主题的所有方面,而是说明代表性方法、组合物和结果。这些实施例不旨在排除本发明的等同物和变化,这对本领域技术人员来说是显而易见的。
已经努力确保关于数字(例如,量、温度等)的准确性但应当考虑一些误差和偏差。除非另外指出,否则份数均为重量份,温度按℃计或为环境温度,以及压力均为大气压或接近大气压。有许多反应条件例如组分浓度、温度、压力和其它反应范围和条件的变化和组合,可用于优化从所述方法获得的产品纯度和产率。仅需要合理的常规实验来优化此类工艺条件。
所有试剂均购自商业供应商,并且无需进一步纯化即可使用(除非另有说明)。1HNMR谱记录在Agilent-Varian Mercury 400MHz光谱仪上,以DMSO-d6为溶剂。所有的耦合常数都是以赫兹为单位测量的,并且化学位移(δH)以相对于TMS(δ0)的百万分率表示,所述TMS(δ0)被用作内标。在Agilent 6210 LC-MS(ESI-TOF)系统上进行高分辨率质谱。使用配有PU-2089 Plus四元梯度泵和UV-2075 Plus UV-Vis检测器的JASCO HPLC系统,利用Alltech Kromasil C-18色谱柱(150×4.6mm,5μm)和Agilent Eclipse XDB-C18柱(150×4.6mm,5μm)进行HPLC分析。如通过HPLC所测定的,用于生物化学和功能研究的最终化合物的纯度>95%。熔点记录在Optimelt自动熔点系统(Stanford Research Systems)上。使用硅胶60 F254板(Fisher Scientific)进行薄层色谱,必要时在紫外线下观察。无水二甲基甲酰胺按照从Sigma Aldrich购买的使用。Burdick和Jackson HPLC-级溶剂购自VWR,用于HPLC、HPLC-MS和高分辨率质量分析。下面提供了N-甲基-来那度胺和N-甲基-dBET1的详细理论计算和合成。
一般方法A:将酸(1.2-1.5当量)、HATU(2.0当量)、DIPEA(4.0当量)在DMF(0.3-1M)中的混合物在室温下搅拌30分钟。将胺(1.0当量)加入到酸混合物中,并将溶液在室温下搅拌过夜。将混合物减压浓缩。加入水(10mL),并用DCM(2×10mL)萃取。将合并的有机层干燥(Na2SO4)并浓缩。将所得残留物通过SiO2柱色谱(用DCM中的MeOH洗脱(0-8%MeOH,梯度洗脱))纯化,得到标题化合物。
一般方法B:胺SG5-046B3(1当量)和Et3N(3.0当量)在THF(0.5mL)中的混合物冷却至0℃。添加相应的酰氯(1.5当量)。将混合物温热至室温并搅拌直至反应完成。加入水(10mL),并用EtOAc(2×10mL)萃取。将合并的有机层干燥(Na2SO4)并浓缩。将所得残留物通过SiO2柱色谱(用DCM中的MeOH洗脱(0-10%MeOH,梯度洗脱))纯化,得到标题化合物。
合成方案1:
Figure BDA0002923774840000771
4-[(3-甲氧基丙基)氨基]-4-氧代丁酸(SM1-131):向二噁烷(10mL)中的琥珀酸酐(2.47g,24.68mmol)中缓慢加入10mL二噁烷(10mL)中的3-甲氧基丙-1-胺(2.29mL,22.44mmol)。将所得溶液加热至80℃,并搅拌30分钟,然后冷却至室温。将所得白色晶体过滤、干燥,并从二噁烷中重结晶,得到为白色固体的标题化合物(2.13g,50%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ12.05(s,1H),7.81(t,J=5.7Hz,1H),3.30(t,J=6.4Hz,3H),3.21(s,3H),3.06(td,J=5.6,7.0Hz,2H),2.41(t,J=7.1Hz,2H),2.28(t,J=6.9Hz,2H),1.62-1.57(m,2H).HPLC-MS(ESI+):m/z 190.2[100%,(M+H)+]。
N1-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-N4-(3-甲氧基丙基)琥珀酰胺(SM1-133):使用一般方法A由来那度胺(100mg,0.385mmol)、SM1-131(87.6mg,0.463mmol)、HATU(293.3mg,0.771mmol)、DIPEA(0.269mL,1.54mmol)在DMF(1mL)中合成。分离出为白色固体的标题化合物(123mg,74%)。HPLC:99%[tR=6.9min,梯度MeOH 5-95%水(含有0.1%TFA),流速:1.0mL/min,20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.03(s,1H),9.86(s,1H),8.03-7.75(m,2H),7.61-7.31(m,2H),5.15(dd,J=13.3,5.1Hz,1H),4.35(q,J=17.5Hz,2H),3.30(t,J=6.4Hz,2H),3.23-3.16(m,3H),3.07(q,J=6.7Hz,2H),2.92(ddd,J=17.2,13.6,5.4Hz,1H),2.66-2.54(m,3H),2.46-2.23(m,3H),2.10-1.98(m,1H),1.63-1.59(m,2H).HPLC-MS(ESI+):m/z 861.4[20%,(2M+H)+],431.2[40%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C13H14N2O3(M+Na)+的m/z的计算值为453.1745,实测值为453.1762。
N1-(3-甲氧基丙基)-N4-(2-(1-甲基-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)琥珀酰胺(SM1-136):使用一般方法A由SG5-046B2(50mg,0.161mmol)、SM1-131(45.8mg,0.242mmol)、HATU(122.8mg,0.323mmol)、DIPEA(0.112mL,0.646mmol)在DMF(0.5mL)中合成。得到为白色固体的标题化合物(60mg,84%)。HPLC:98%[tR=6.9min,梯度MeOH 5-95%水(含有0.1%TFA),流速:1.0mL/min,20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.86(s,1H),7.87(t,J=5.4Hz,1H),7.81(d,J=7.2Hz,1H),7.49(q,J=7.5Hz,2H),5.22(dd,J=13.4,5.0Hz,1H),4.42-4.27(m,2H),3.30(t,J=6.4Hz,2H),3.18(d,J=11.1Hz,3H),3.06(dt,J=12.7,6.2Hz,2H),3.03-2.95(m,3H),2.77(d,J=18.7Hz,1H),2.65-2.56(m,2H),2.46-2.23(m,4H),2.08-2.00(m,1H),1.63-1.57(m,2H).HPLC-MS(ESI+):m/z 911.4[35%,(2M+Na)+],467.1[50%,(M+Na)+],445.2[100%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C13H14N2O3(M+Na)+的m/z的计算值为467.1901,实测值为467.1919。
合成方案2:
Figure BDA0002923774840000781
N-(2-(1-甲基-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)丙酰胺(SM1-146-1):使用一般方法B由SG5-046B3(40mg,0.129mmol)、丙酰氯(0.017mL,0.194mmol)、Et3N(0.054mL,0.387mmol)在DMF(0.5mL)中合成。得到为白色固体的标题化合物(29mg,70%)。HPLC:99%[tR=11.5min,梯度MeOH 5-95%水(含有0.1%甲酸),流速:1.0mL/min,20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.76(s,1H),7.81(dd,J=7.3,1.6Hz,1H),7.55-7.46(m,2H),5.22(dd,J=13.5,5.1Hz,1H),4.44-4.29(m,2H),3.02(s,4H),2.77(m,1H),2.42-2.32(m,3H),2.04(m,1H),1.10(t,J=7.5Hz,3H).HPLC-MS(ESI+):m/z 681.3[100%,(2M+Na)+],330.2[70%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C17H19N3O4(M+H)+的m/z的计算值为330.1448,实测值为330.1446。
N-(2-(1-甲基-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺(SM1-146-2):使用一般方法B由SG5-046B3(40mg,0.129mmol)、乙酰氯(0.014mL,0.194mmol)、Et3N(0.054mL,0.387mmol)在DMF(0.5mL)中合成。得到为白色固体的标题化合物(30mg,72%)。HPLC:98%[tR=10.5min,梯度MeOH 5-95%水(含有0.1%甲酸),流速:1.0mL/min,20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.84(s,1H),7.84-7.76(m,1H),7.56-7.43(m,2H),5.22(dd,J=13.5,5.1Hz,1H),4.43-4.28(m,2H),3.07-2.89(m,4H),2.76(m,1H),2.36(qd,J=13.4,4.5Hz,1H),2.13-1.94(m,4H).HPLC-MS(ESI+):m/z 653.3[100%,(2M+Na)+],316.2[70%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C16H17N3O4(M+H)+的m/z的计算值为346.1292,实测值为346.1292。
合成方案3:
Figure BDA0002923774840000791
2-溴-N-乙基乙酰胺(SM2-016):该化合物使用报道的程序(Shaw,S.J.;等人,Structure-activity relationships of 9-substituted-9-dihydroerythromycin-basedmotilin agonists:optimizing for potency and safety.Journal of medicinalchemistry 2009,52,6851-9)来制备。在-78℃下,向溴乙酰溴(0.645mL,7.43mmol)和碳酸氢钠(1.25g,14.86mmol)在四氢呋喃(50mL)中的混合物中加入乙胺(2M,于THF中,5.58mL,11.15mmol)。使所得混合物在14h内升温至室温,并在EtOAc和NaHCO3之间分配。将有机层用盐水洗涤,干燥(MgSO4),并浓缩,得到为黄色固体的标题化合物(0.72g,57%)。1H NMR(500MHz,CDCl3)δ6.46(s,1H),3.88(s,2H),3.34(qd,J=5.6,7.3Hz,2H),1.19(t,J=7.3Hz,3H)。
2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氧基)-N-乙基乙酰胺(SM2-018):将SM1-176(80.0mg,0.292mmol)溶解在DMF(0.5mL)中,并加入碳酸钾(60.5mg,0.438mmol),然后加入SM2-016(72.7mg,0.438mmol),并将混合物在室温下搅拌3h。使用BIOTAGETM V-10蒸发器除去溶剂。将所得残留物通过SiO2色谱(用DCM中的MeOH洗脱(0-10%MeOH,梯度洗脱))纯化,,得到为白色固体的标题化合物(68.1mg,65%)。HPLC:99%[tR=9.41min,35%的于0.1%TFA/水中的CH3OH,20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.12(s,1H),7.95(t,J=5.6Hz,1H),7.82(dd,J=7.3,8.5Hz,1H),7.51(d,J=7.2Hz,1H),7.41(d,J=8.4Hz,1H),5.13(dd,J=5.4,12.8Hz,1H),4.76(s,2H),3.21-3.15(m,2H),2.90(ddd,J=5.5,13.8,16.9Hz,1H),2.65-2.52(m,2H),2.05(dtd,J=2.1,5.2,12.9Hz,1H),1.06(t,J=7.2Hz,3H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ173.24,170.34,167.19,166.96,165.97,155.53,137.42,133.49,120.93,117.30,116.53,68.17,49.27,33.76,31.41,22.46,15.11.HPLC-MS(ESI+):m/z 360.2[100%,(M+H)+],741.2[70%,(2M+Na)+].HRMS(ESI+):C17H17N3O6(M+Na)+的m/z的计算值为382.1010,实测值为382.1016。
合成方案4:
Figure BDA0002923774840000811
呋喃-2(3H)-酮和呋喃-2(5H)-酮(SM1-172):呋喃酮SM1-172使用报道的程序(Cao,R.;等人,A convenient synthesis of 2(5H)-Furanone.Organic Preparationsand Procedures International 1996,28,215-216)来制备。在室温下,向配备有搅拌棒的250mL烧瓶中加入糠醛(14.40g,149.87mmol)、DCM(30mL)和硫酸钠(18.09g,127.39mmol)。然后在60至70℃下搅拌2h下,滴加35%过氧化氢(33mL,383.66mmol)。将混合物回流10h,冷却至室温并过滤。用DCM(2×20mL)萃取水层,将合并的有机层干燥(Na2SO4),浓缩,得到为红色液体的SM1-172(6.88g,54%)。其无需纯化即可用于下一步骤。
3-羟基邻苯二甲酸酐(SM1-175):该化合物使用报道的程序(
Figure BDA0002923774840000812
J.-A.H.AVersatile Synthetic Route to 3-Hydroxyphthalic Anhydride.Synthesis 1985,1985,788-789)由SM1-172来制备。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.72(s,1H),7.78(t,J=7.8Hz,1H),7.46(d,J=7.3Hz,1H),7.34(d,J=8.4Hz,1H)。
2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-羟基异吲哚啉-1,3-二酮(SM1-176)(WO2017024317(A2)):将3-羟基邻苯二甲酸酐(SM1-175)(2.00g,12.19mmol)和3-氨基哌啶-2,6-二酮盐酸盐(2.01g,12.19mmol)溶解在吡啶(19mL)中,并加热至110℃,持续16小时。将混合物浓缩并通过SiO2色谱(用5%的DCM中的MeOH洗脱)纯化,然后用MeOH研磨,得到为灰白色固体的标题化合物SM1-175(2.15g,64%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.18(s,1H),11.09(s,1H),7.68-7.62(m,1H),7.32(d,J=7.1Hz,1H),7.25(d,J=8.4Hz,1H),5.07(dd,J=5.4,12.8Hz,1H),2.88(ddd,J=5.4,13.8,16.9Hz,1H),2.63-2.51(m,2H),2.00-2.03(m,J=3.2,10.5Hz,1H).HPLC-MS(ESI+):m/z 571.1[100%,(2M+Na)+],297.1[50%,(M+Na)+],275.2[30%,(M+H)+].HRMS(ESI-):C13H10N2O5(M-H)-的m/z计算值为273.0517,实测值为273.0516。
N,N’-((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(乙烷-2,1-二基))双(2-((2-(2,6-二氧代哌嗪-3-基)-1,3-二氧代吲哚啉-4-基)氧基)乙酰胺(SM2-048):向SM1-176(73.8mg,0.269mmol)和K2CO3(44.3mg,0.320mmol)在DMF(0.5mL)中的混合物中加入SY2-057(50.0mg,0.128mmol)。将混合物在室温下搅拌5.5h。除去溶剂,并将所得残留物通过SiO2色谱(用DCM中的MeOH洗脱(0-10%MeOH,梯度洗脱))纯化,得到为灰白色固体的标题化合物(20.0mg,20%)。HPLC:99%[tR=5.52min,于0.1%TFA/水中的CH3OH,20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.12(s,2H),7.99(t,J=5.7Hz,2H),7.80(dd,J=8.5,7.3Hz,2H),7.49(d,J=7.2Hz,2H),7.39(d,J=8.5Hz,2H),5.11(dd,J=12.8,5.4Hz,2H),4.78(s,4H),3.52(s,4H),3.45(t,J=5.7Hz,4H),3.31(d,J=5.8Hz,4H),2.89(ddd,J=16.8,13.8,5.4Hz,2H),2.64-2.51(m,4H),2.04(dtd,J=12.9,5.2,2.1Hz,2H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ173.23,170.33,167.36,167.18,165.90,155.42,137.39,133.49,120.80,117.21,116.51,70.05,69.30,67.96,49.27,38.86,31.41,22.46.HPLC-MS(ESI+):m/z 799.3[100%,(M+Na)+],777.2[50%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C13H14N2O3(M+Na)+的m/z的计算值为799.2182,实测值为799.2178。
合成方案5:
Figure BDA0002923774840000831
N,N’-(氧基双(丙烷-3,1-二基))双(2-溴乙酰胺(SM2-122):将3,3’-氧基双(丙-1-胺)(0.20g,1.51mmol)溶解在DCM(2mL)中,加入K2CO3(0.52g,3.78mmol)和溴乙酰溴(0.76g,3.78mmol),并将混合物在室温下搅拌7h。用水淬灭反应,并用DCM(3×20mL)萃取混合物。将合并的有机提取物经MgSO4干燥,过滤,并浓缩滤液。将所得残留物通过SiO2色谱(用DCM中的MeOH洗脱(0-8%MeOH,梯度洗脱))纯化,得到为白色固体的标题化合物(275.0mg,49%)。1H NMR(500MHz,CDCl3)δ7.05(s,2H),3.90(s,4H),3.53(t,J=5.6Hz,4H),3.44(q,J=6.0Hz,4H),1.87-1.80(m,4H).HPLC-MS(ESI+):m/z 397.0[100%,(M+Na)+],375.1[84%,(M+H)+]。
N,N’-(氧基双(丙烷-3,1-二基))双(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代吲哚啉-4-基)氧基)乙酰胺(SM2-126):向SM1-176(77.0mg,0.281mmol)和K2CO3(46.2mg,0.334mmol)在DMF(0.5mL)中的混合物中加入SM2-122(50.0mg,0.134mmol)。将混合物在室温下搅拌5h。除去溶剂,并将所得残留物通过SiO2色谱(用DCM中的MeOH洗脱(0-8%MeOH,梯度洗脱))纯化,得到为灰白色固体的标题化合物(24.0mg,24%)。HPLC:95%[tR=9.63min,梯度20-95%MeOH/水(含有0.1%TFA),20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.11(s,2H),7.95(t,J=5.7Hz,2H),7.80(dd,J=7.3,8.5Hz,2H),7.49(d,J=7.2Hz,2H),7.38(d,J=8.5Hz,2H),5.11(dd,J=5.5,12.8Hz,2H),4.76(s,4H),3.36(t,J=6.2Hz,4H),3.20(q,J=6.7Hz,4H),2.89(ddd,J=5.5,13.8,16.9Hz,2H),2.64-2.51(m,4H),2.03(dtd,J=2.1,5.3,12.9Hz,2H),1.65(p,J=6.5Hz,4H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ173.23,170.33,167.19,165.93,155.50,137.39,133.49,120.84,117.26,116.51,68.09,68.05,55.38,49.27,36.20,31.41,29.69,22.46.HPLC-MS(ESI+):m/z 783.3[100%,(M+Na)+],761.3[90%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C36H36N6O13(M+Na)+的m/z的计算值为783.2233,实测值为783.2230。
合成方案6:
Figure BDA0002923774840000841
3-碘-2-甲基苯甲酸甲酯(SM2-079)(WO2006117669(A1)):在0℃下,向3-碘-2-甲基苯甲酸(5.00g,19.08mmol)在MeOH(20mL)中的溶液中滴加SOCl2(4.16mL,57.24mmol)在MeOH(10mL)中的溶液。将混合物加热至回流持续3小时。浓缩混合物,并使用SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(0-15%EtOAc,梯度洗脱))纯化所得残留物,得到为棕色油状物的标题化合物5(4.00g,75%)。1H NMR(500MHz,CDCl3)δ8.00(dd,J=1.3,7.9Hz,1H),7.76(dd,J=1.3,7.7Hz,1H),6.95(td,J=0.7,7.8Hz,1H),3.93(s,3H),2.69(s,3H).HPLC-MS(ESI+):m/z 276.9[100%,(M+H)+],761.3[72%,(M+Na)+]。
2-(溴甲基)-3-碘苯甲酸甲酯(SM2-080):在室温下向SM2-079(4.00g,14.49mmol)在苯(66mL)(小心)中的溶液中加入N-溴琥珀酰亚胺(NBS)(3.09g,17.39mmol)和AIBN(237.9mg,1.45mmol)。将反应物回流6h,将混合物冷却至室温,并过滤所得固体。将滤液用EtOAc稀释,并用饱和NaHCO3溶液、盐水洗涤,干燥(MgSO4)并浓缩。将残留物通过SiO2色谱(用EtOAc/己烷(0%至10%EtOAc,梯度洗脱))纯化,得到为白色固体的标题化合物6(4.95g,96%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.15(dd,J=1.3,7.9Hz,1H),7.85(dd,J=1.4,7.8Hz,1H),7.21(t,J=7.8Hz,1H),5.03(s,2H),3.88(s,3H)。
3-(4-碘-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(SM2-081):将SM2-080(3.50g,9.86mmol)、3-氨基哌啶-2,6-二酮盐酸盐(2.43g,14.79mmol)和三乙胺(2.27mL,16.27mmol)在CH3CN(20mL)中的混合物在80℃下搅拌16h。蒸发溶液以除去大部分溶剂。加入EtOAc(20mL)和水(20mL),过滤所得固体,用水和EtOAc洗涤,得到为紫色固体的标题化合物(WO2018052949(A1))(2.68g,73%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.00(s,1H),8.04(dd,J=0.9,7.8Hz,1H),7.77(dd,J=0.9,7.5Hz,1H),7.35(t,J=7.7Hz,1H),5.15(dd,J=5.2,13.3Hz,1H),4.29(d,J=17.4Hz,1H),4.14(d,J=17.5Hz,1H),2.91(ddd,J=5.4,13.7,17.3Hz,1H),2.59(ddd,J=2.3,4.5,17.3Hz,1H),2.46(dd,J=4.6,13.3Hz,1H),2.02(dtd,J=2.2,5.3,12.7Hz,1H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ172.83,170.88,167.63,146.37,140.49,133.28,130.23,122.90,91.64,51.69,51.11,31.19,22.27.HPLC-MS(ESI+):m/z762.9[100%,(M+Na)+],371.0[50%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C13H11IN2O3(M+H)+的m/z的计算值为370.9887,实测值为370.9891。
叔丁基-3-(4-碘-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸酯(SM2-099):在室温下,向SM2-081(2.00g,5.40mmol)和二碳酸二叔丁酯(1.77g,8.10mmol)在1,4-二噁烷(10.0mL)中的搅拌悬浮液中加入N,N-二甲基氨基吡啶(66.0mg,0.54mmol)。将溶液在室温下搅拌18h。
向混合物中加入水和EtOAc,并用EtOAc(3×20mL)萃取水层。将合并的有机层用盐水洗涤,干燥(MgSO4),过滤,浓缩,并用EtOAc/己烷研磨残留物,然后用MeOH研磨,得到为灰白色固体的标题化合物(1.85g,74%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.05(dd,J=0.9,7.8Hz,1H),7.78(dd,J=0.9,7.6Hz,1H),7.35(t,J=7.6Hz,1H),5.37(dd,J=5.1,13.4Hz,1H),4.32(d,J=17.4Hz,1H),4.17(d,J=17.4Hz,1H),3.16-3.07(m,1H),2.79(ddd,J=2.3,4.5,17.6Hz,1H),2.59(td,J=4.6,13.2Hz,1H),2.08(dtd,J=2.2,5.3,15.1Hz,1H),1.49(s,9H).13C NMR(126MHz,CDCl3)δ168.99,168.70,167.49,148.02,146.28,141.14,133.20,130.26,124.03,90.59,87.23,51.85,51.10,31.83,27.56,22.81.HPLC-MS(ESI+):m/z963.0[100%,(2M+Na)+],493.1[50%,(M+Na)+].HRMS(ESI+):C18H19IN2O5(M+Na)+的m/z的计算值为493.0231,实测值为493.0233。
3-(4-碘-1-氧代异吲哚啉-2-基)-1-甲基哌啶-2,6-二酮(SM3-098):将K2CO3(448.1mg,3.24mmol)和MeI(0.25mL,4.05mmol)加入SM2-081(1.00g,2.70mmol)在DMF(8.0mL)中的溶液中,并将混合物在60℃搅拌3h。向混合物中加入水和EtOAc。用EtOAc(3×20mL)萃取水层,并将合并的有机层用盐水洗涤,干燥(Na2SO4),过滤并浓缩。标题化合物通过用EtOAc/己烷和MeOH研磨获得,为白色固体(0.65g,62%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.04(dd,J=0.9,7.8Hz,1H),7.78(dd,J=0.9,7.6Hz,1H),7.35(t,J=7.6Hz,1H),5.22(dd,J=5.1,13.5Hz,1H),4.28(d,J=17.4Hz,1H),4.14(d,J=17.4Hz,1H),3.03-2.95(m,4H),2.78-2.73(m,1H),2.48-2.41(m,1H),2.00-2.05(m,1H).13C NMR(126MHz,CDCl3)δ171.20,169.99,168.97,146.28,140.99,133.52,130.23,124.00,90.57,52.65,51.36,32.16,27.35,22.88.HPLC-MS(ESI+):m/z 791.0[100%,(2M+Na)+],385.0[50%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C14H13IN2O3(M+H)+的m/z的计算值为385.0044,实测值为385.0039。
一般方法C:
正如由Jervis等人(Jervis,P.J.;等人,Towards multivalent CD1d ligands:synthesis and biological activity of homodimeric alpha-galactosyl ceramideanalogues.Carbohydrate research 2012,356,152-62)所描述的,将氢化钠(60%w/w,于矿物油中,3当量)在0℃下于氩气下加入到合适的二醇(1当量)在无水THF(0.2M)中的溶液中。依次添加催化量的Bu4NI(0.05当量)和炔丙基溴(3或4当量)。将混合物在室温下搅拌过夜,减压浓缩。通过SiO2色谱纯化残留物,得到所需的二炔。
一般方法D:
在氩气下,向二炔(1.0当量)和SM2-099B2(2.1当量)在DMF(0.2M)中的溶液中加入Pd(PPh3)2Cl2(0.03当量)和CuI(0.03当量)。将混合物脱气并用氩气吹扫10分钟。加入三乙胺(1/4的DMF),并将反应物在室温下搅拌过夜。加入水(10mL),并用EtOAc(2×10mL)萃取。将合并的有机层用盐水洗涤并干燥(Na2SO4),浓缩。将所得残留物通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(梯度洗脱))纯化,得到标题化合物。
一般方法E:
将10%的Pd/C(0.2当量)在EtOAc(0.1M)中的混合物用氩气脱氧15min,并在氩气下加入适当的炔烃(1.0当量)。将烧瓶抽真空并用氩气吹扫(三次)。将氩气抽真空,并将一个氢气球系于系统上。将反应混合物在室温下搅拌24h,用硅藻土短塞过滤,用EtOAc洗涤,并减压浓缩。将所得残留物通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(梯度洗脱))纯化,得到标题化合物。
一般方法F:
用于二噁烷(2mL)中的4N HCl处理Boc保护的双免疫调节药物(1当量),并将混合物在室温下搅拌14h。浓缩所得溶液,得到所需化合物。
合成方案7:
Figure BDA0002923774840000881
3,3’-((氧基双(丙-1-炔-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(SM2-136):用一般方法D由3-(丙-2-炔-1-基氧基)丙-1-炔(50.0mg,0.53mmol)、SM2-099B2(524.6mg,1.12mmol)、Pd(PPh3)2Cl2(11.2mg,15.94μmol)、CuI(3.04mg,15.94μmol)和三甲胺(0.8mL)在DMF(3.2mL)中合成。得到为灰白色固体的标题化合物SM2-136(298.0mg,72%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.79(d,J=7.5Hz,2H),7.75(d,J=7.7Hz,2H),7.57(t,J=7.5Hz,2H),5.37(dd,J=4.9,13.3Hz,2H),4.62(s,4H),4.54(dd,J=4.9,17.9Hz,2H),4.39(d,J=17.8Hz,2H),3.17-3.09(m,2H),2.78(ddt,J=2.3,4.5,17.6Hz,2H),2.61-2.52(m,2H),2.09-2.03(m,2H),1.48(s,18H).HPLC-MS(ESI+):m/z801.3[100%,(M+Na)+]。
3,3’-((氧基双(丙烷-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(SM2-141):使用一般方法E由SM2-136(270.0mg,0.346mmol)和10%Pd/C(73.8mg,0.069mmol)合成,并通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(20-65%EtOAc,梯度洗脱))纯化。获得灰白色固体形式的标题化合物(81.8mg,30%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.58(dd,J=3.5,5.2Hz,2H),7.46(d,J=5.2Hz,4H),5.35(dd,J=5.1,13.3Hz,2H),4.49(d,J=17.0Hz,2H),4.33(d,J=17.0Hz,2H),3.37(t,J=6.9Hz,4H),3.17-3.09(m,2H),2.82-2.75(m,2H),2.69(d,J=7.7Hz,4H),2.55-2.52(m,1H),2.55-2.45(m,2H),2.09-2.03(m,2H),1.89-1.81(m,4H),1.47(s,18H).HPLC-MS(ESI+):m/z 809.4[100%,(M+Na)+]。
3,3’-((氧基双(丙烷-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(SM2-144):使用一般方法F由SM2-141(60.0mg,0.076mmol)和于二噁烷(2.0mL)中的4NHCl合成,得到为白色固体的标题化合物(42.4mg,95%)。HPLC:99%[tR=12.39min,梯度45-85%MeOH/水(含有0.1%甲酸),20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.92(s,2H),7.53-7.47(m,2H),7.39(d,J=4.3Hz,4H),5.07(dd,J=5.0,13.3Hz,2H),4.39(d,J=17.1Hz,2H),4.24(d,J=17.1Hz,2H),3.30(t,J=6.2Hz,4H),2.89-2.82(m,2H),2.62(t,J=7.6Hz,4H),2.57-2.48(m,2H),2.35-2.29(m,2H),1.95-1.92(m,2H),1.78(dt,J=8.2,13.5Hz,4H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ173.34,171.52,168.82,141.11,137.47,132.01,131.97,128.77,121.15,69.65,52.00,46.66,31.66,29.77,28.30,22.99.HPLC-MS(ESI+):m/z609.3[100%,(M+Na)+],587.3[60%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C32H34N4O7(M+Na)+的m/z的计算值为609.2320,实测值为609.2319。
合成方案8:
Figure BDA0002923774840000901
1,2-双(丙-2-炔-1-基氧基)乙烷(SM2-137):使用一般方法C由乙二醇(1.00g,16.11mmol)、炔丙基溴(5.75g,48.33mmol)、NaH(60%w/w,于矿物油中,1.16g,48.33mmol)和Bu4NI(297.7mg,0.806mmol)合成,并通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc(0-5%EtOAc,梯度洗脱)洗脱)纯化。得到为黄色油状物的标题化合物(1.32g,59%)。1H NMR(500MHz,CDCl3)δ4.20(d,J=2.4Hz,4H),3.71(s,4H),2.43(t,J=2.4Hz,2H).13C NMR(126MHz,CDCl3)δ79.59,74.76,68.93,58.51.HPLC-MS(ESI+):m/z 139.1[70%,(M+H)+]。
3,3’-(((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(丙-1-炔-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(SM2-140):使用一般方法D由SM2-137(30.0mg,0.217mmol)、SM2-099B2(214.4mg,0.456mmol)、Pd(PPh3)2Cl2(4.6mg,6.51μmol)、CuI(1.24mg,6.51μmol)、三乙胺(0.25mL)和DMF(1.0mL)合成,并通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(20-60%EtOAc,梯度洗脱))纯化。得到为灰白色固体的标题化合物(84.0mg,47%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.79-7.75(m,2H),7.72(dt,J=1.1,7.6Hz,2H),7.55(td,J=1.0,7.6Hz,2H),5.37(dd,J=5.1,13.3Hz,2H),4.52(dd,J=2.9,17.6Hz,2H),4.48(s,4H),4.36(d,J=17.7Hz,2H),3.74(s,4H),3.16-3.09(m,2H),2.80-2.74(m,2H),2.60-2.53(m,2H),2.08-2.05(m,2H),1.47(s,18H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ170.06,168.53,167.56,148.44,144.00,134.51,131.82,128.77,123.55,117.50,91.33,85.85,81.34,68.59,58.12,51.62,47.08,30.88,27.04,21.35.HPLC-MS(ESI+):m/z 845.3[100%,(M+Na)+].HRMS(ESI+):C44H46N4O12(M+Na)+的m/z的计算值为845.3004,实测值为845.2998。
3,3’-(((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(丙烷-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(SM2-143):使用一般方法E由SM2-140(84.0mg,0.102mmol)和10%Pd/C(21.7mg,0.0204mmol)合成,并通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc(80%)洗脱)纯化。得到为灰白色固体的标题化合物(45.0mg,53%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.57(dd,J=2.1,6.5Hz,2H),7.49-7.41(m,4H),5.35(dd,J=5.0,13.3Hz,2H),4.48(d,J=17.0Hz,2H),4.32(d,J=16.9Hz,2H),3.48(s,4H),3.43-3.36(m,4H),3.18-3.10(m,2H),2.81-2.75(m,2H),2.69(t,J=7.6Hz,4H),2.54-2.44(m,2H),2.08-2.03(m,2H),1.87-1.81(m,4H),1.47(s,18H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ170.10,168.63,168.43,148.48,140.68,136.99,131.68,131.27,128.35,120.74,85.83,69.51,69.37,51.51,46.33,30.89,29.22,27.65,27.04,21.55.HPLC-MS(ESI+):m/z 853.4[100%,(M+Na)+].HRMS(ESI+):C44H54N4O12(M+Na)+的m/z的计算值为853.3630,实测值为853.3635。
3,3’-(((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(丙烷-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(SM2-145):使用一般方法F由SM2-143(40.0mg,0.048mmol)和于二噁烷(2.0mL)中的4N HCl合成。使用梯度为45-85%的MeOH/水(含有0.1%甲酸,20min)进行制备型HPLC纯化,得到为白色固体形式的纯产物(11.0mg,37%)。HPLC:99%[tR=12.91min,梯度45-85%MeOH/水(含有0.1%甲酸),20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.99(s,2H),7.56(dd,J=2.6,6.0Hz,2H),7.49-7.40(m,4H),5.12(dd,J=4.8,13.3Hz,2H),4.45(d,J=17.1Hz,2H),4.29(d,J=16.9Hz,2H),3.49(s,4H),3.39(t,J=6.4Hz,4H),2.95-2.88(m,2H),2.68(t,J=7.6Hz,4H),2.62-2.54(m,2H),2.46-2.33(m,2H),2.03-1.97(m,2H),1.86-1.78(m,4H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ173.35,171.52,168.80,141.11,137.39,132.01,128.75,121.16,69.99,69.85,51.99,46.64,31.66,29.71,28.15,22.99.HPLC-MS(ESI+):m/z 653.3[100%,(M+Na)+],631.3[60%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C34H38N4O8(M+H)+的m/z的计算值为631.2762,实测值为631.2759。
合成方案9:
Figure BDA0002923774840000921
3-(2-(2-(丙-2-炔-1-基氧基)乙氧基)乙氧基)丙-1-炔(SM2-101):使用一般方法C由二乙二醇(5.00g,47.12mmol)、炔丙基溴(16.81g,141.35mmol)、氢化钠(60%w/w,于矿物油中,5.65g,141.35mmol)和Bu4NI(870.2mg,2.36mmol)合成,并通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(5%至15%EtOAc))纯化。得到为浅黄色油状物的标题化合物(7.31g,85%)。1H NMR(500MHz,CDCl3)δ4.19(d,J=2.4Hz,4H),3.72-3.65(m,8H),2.42(t,J=2.4Hz,2H).13C NMR(126MHz,CDCl3)δ79.64,74.52,70.44,69.11,58.41。
3,3’-((((氧基双(乙烷-2,1-二基))双(氧基))双(丙-1-炔-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(SM2-108):使用一般方法D由SM2-101(30.0mg,0.165mmol)、SM2-099B2(170.3mg,0.363mmol)、Pd(PPh3)2Cl2(3.5mg,4.95μmol)、CuI(0.941mg,4.95μmol)、三乙胺(0.20mL)在DMF(0.8mL)中合成,并通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(30-80%EtOAc,梯度洗脱))纯化。得到为灰白色固体的标题化合物(83.0mg,58%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.76(dd,J=1.1,7.5Hz,2H),7.71(d,J=7.6Hz,2H),7.55(t,J=7.7Hz,2H),5.37(dd,J=5.1,13.3Hz,2H),4.52(dd,J=2.1,17.7Hz,2H),4.46(s,4H),4.36(d,J=17.7Hz,2H),3.68-3.65(m,4H),3.61-3.55(m,4H),3.16-3.09(m,2H),2.81-2.75(m,2H),2.60-2.53(m,2H),2.10-2.04(m,2H),1.47(s,18H).HPLC-MS(ESI+):m/z 889.3[100%,(M+Na)+],HRMS(ESI+):C34H38N4O8(M+Na)+的m/z的计算值为889.3267,实测值为889.3262。
3,3’-((((氧基双(乙烷-2,1-二基))双(氧基))双(丙烷-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(SM2-127):使用一般方法E由SM2-108(70.0mg,0.081mmol)和10%Pd/C(17.2mg,0.01615mmol)合成,并通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(40%-100%EtOAc,梯度洗脱))纯化。得到为白色固体的标题化合物(38.0mg,54%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.57(dd,J=5.2,3.4Hz,2H),7.45(dd,J=4.3,1.3Hz,4H),5.36(dd,J=13.4,5.1Hz,2H),4.48(dd,J=17.1,2.1Hz,2H),4.31(d,J=17.0Hz,2H),3.58-3.51(m,4H),3.48-3.46(m,4H),3.40-3.36(m,4H),3.17-3.10(m,2H),2.79(ddd,J=17.6,4.6,2.3Hz,2H),2.68(t,J=7.7Hz,4H),2.55-2.51(m,2H),2.08-2.04(m,2H),1.87-1.79(m,4H),1.47(s,18H).HPLC-MS(ESI+):m/z 897.4[100%,(M+Na)+]。
3,3’-((((氧基双(乙烷-2,1-二基))双(氧基))双(丙烷-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(SM2-129):使用一般方法F由SM2-127(30.0mg,0.034mmol)和于二噁烷(2.0mL)中的4N HCl合成。得到为白色固体的标题化合物(21.5mg,93%)。HPLC:93%[tR=14.81min,30%的于0.1%TFA/水中的CH3OH,20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.99(s,2H),7.56(t,J=4.3Hz,2H),7.48-7.39(m,4H),5.13(dd,J=5.1,13.3Hz,2H),4.45(dd,J=2.1,17.1Hz,2H),4.29(d,J=17.0Hz,2H),3.56-3.50(m,4H),3.50-3.43(m,4H),3.41-3.34(m,4H),2.92(ddd,J=5.4,13.7,17.3Hz,2H),2.67(t,J=7.7Hz,4H),2.62-2.52(m,2H),2.43-2.36(m,2H),2.03-1.98(m 2H),1.86-1.78(m,4H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ173.35,171.51,168.81,141.11,137.39,132.00,128.75,121.15,70.30,69.98,69.82,51.99,46.64,31.67,29.71,28.15,22.98.HPLC-MS(ESI+):m/z 697.3[100%,(M+Na)+],675.4[50%,(M+H)+],HRMS(ESI+):C36H42N4O9(M+H)+的m/z的计算值为675.3025,实测值为675.3023。
合成方案10:
Figure BDA0002923774840000941
4,7,10,13-四氧杂十六-1,15-二炔(SM2-131):使用一般方法C由三乙二醇(1.00g,6.66mmol)、炔丙基溴(80%wt%的于甲苯中的溶液,3.96g,26.64mmol)、NaH(60%w/w,于矿物油中,0.799g,19.98mmol)和Bu4NI(123.0mg,0.333mmol)合成,并通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(5%-15%EtOAc,梯度洗脱))纯化。得到为浅黄色油状物的标题化合物(1.45g,96%)。1H NMR(500MHz,CDCl3)δ4.05(dd,J=1.1,2.5Hz,4H),3.57-3.52(m,8H),3.51(d,J=1.1Hz,4H),2.27(t,J=2.4Hz,2H).13C NMR(126MHz,CDCl3)δ79.68,74.49,70.62,70.43,69.12,58.41.HPLC-MS(ESI+):m/z 249.2[100%,(M+Na)+],227.2[40%,(M+H)+]。
3,3’-((4,7,10,13-四氧杂十六-1,15-二炔-1,16-二基)双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(SM2-134):使用一般方法D由SM2-131(50.0mg,0.221mmol)、SM2-099B2(228.6mg,0.486mmol)、Pd(PPh3)2Cl2(4.7mg,6.66μmol)、CuI(1.26mg,6.66μmol)、三乙胺(0.28mL)在DMF(1.12mL)中合成,并通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(30-80%EtOAc,梯度洗脱))纯化。得到为白色固体的标题化合物(125.0mg,62%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.76(dd,J=1.2,7.6Hz,2H),7.71(dd,J=1.0,7.7Hz,2H),7.55(t,J=7.6Hz,2H),5.36(dd,J=5.1,13.4Hz,2H),4.52(dd,J=1.7,17.6Hz,2H),4.45(s,4H),4.36(d,J=17.7Hz,2H),3.68-3.62(m,4H),3.61-3.56(m,4H),3.54(s,4H),3.16-3.09(m,2H),2.78(m,2H),2.59-2.52(m,2H),2.10-2.04(m,2H),1.48(s,18H).HPLC-MS(ESI+):m/z 933.3[100%,(M+Na)+]。
3,3’-((4,7,10,13-四氧杂十六烷-1,16-二基)双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(SM2-135):使用一般方法E由SM2-134(115.0mg,0.126mmol)和10%Pd/C(26.9mg,0.0252mmol)合成,并通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(30%-80%EtOAc,梯度洗脱))纯化。得到为白色固体的标题化合物(52.0mg,45%)。1HNMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.57(dd,J=3.4,5.1Hz,2H),7.48-7.42(m,4H),5.36(dd,J=5.1,13.3Hz,2H),4.48(d,J=17.1Hz,2H),4.32(d,J=17.0Hz,2H),3.52-3.50(m,8H),3.48-3.43(m,4H),3.37(td,J=3.2,6.3Hz,4H),3.18-3.10(m,2H),2.82--2.77(m,2H),2.67(t,J=7.7Hz,4H),2.55-2.51(m,2H),2.10-2.04(m,2H),1.85-1.78(m,4H),1.47(s,18H).HPLC-MS(ESI+):m/z 941.4[100%,(M+Na)+]。
3,3’-((4,7,10,13-四氧杂十六烷-1,16-二基)双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(SM2-139):使用一般方法F由SM2-135(50.0mg,0.054mmol)和于二噁烷(2.0mL)中的4N HCl合成,得到为白色固体的标题化合物(36.0mg,92%)。HPLC:96%[tR=10.85min,梯度35-85%MeOH/水(含有0.1%TFA),20min]。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.99(s,2H),7.56(t,J=4.3Hz,2H),7.44(d,J=4.2Hz,4H),5.13(dd,J=5.1,13.3Hz,2H),4.45(d,J=17.0Hz,2H),4.29(d,J=17.1Hz,2H),3.52-3.50(m,8H),3.47-3.45(m,4H),3.37(t,J=6.5Hz,4H),2.96-2.88(m,2H),2.67(t,J=7.7Hz,4H),2.63-2.56(m,2H),2.44-2.37(m,2H),2.03-1.98(m,2H),1.85-1.78(m,4H).HPLC-MS(ESI+):m/z 741.4[100%,(M+Na)+],719.4[70%,(M+H)+],HRMS(ESI+):C38H46N4O10(M+Na)+的m/z的计算值为741.3106,实测值为741.3101。
合成方案11:
Figure BDA0002923774840000961
4,7,10,13,16-五氧杂十九-1,18-二炔(SM2-146):使用一般方法C由四乙二醇(1.00g,5.15mmol)、炔丙基溴(80%wt%的于甲苯中的溶液,3.06g,20.59mmol)、氢化钠(60%w/w,于矿物油中,0.618g,15.45mmol)和Bu4NI(95.7mg,0.257mmol)合成,并通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(0%-20%EtOAc,梯度洗脱))纯化。得到为浅黄色油状物的标题化合物(1.24g,85%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ4.14(d,J=2.4Hz,4H),3.57-3.53(m,8H),3.52(s,8H),3.42(t,J=2.4Hz,2H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ80.80,77.55,70.23,69.96,68.98,57.95.HPLC-MS(ESI+):m/z 293.2[100%,(M+Na)+]。
3,3’-((4,7,10,13,16-五氧杂十九-1,18-二炔-1,19-二基)双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(SM2-148):使用一般方法D由SM2-146(60.0mg,0.222mmol)、SM2-099B2(219.2mg,0.466mmol)、Pd(PPh3)2Cl2(4.7mg,6.67μmol)、CuI(1.27mg,6.67μmol)、三甲胺(0.28mL)在DMF(1.12mL)中合成,并通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(30-80%EtOAc梯度洗脱))纯化。得到为浅黄色固体的标题化合物(133.0mg,63%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.77(d,J=7.5Hz,2H),7.72(d,J=7.6Hz,2H),7.56(t,J=7.6Hz,2H),5.37(dd,J=5.1,13.4Hz,2H),4.52(d,J=17.6Hz,2H),4.45(s,4H),4.36(d,J=17.7Hz,2H),3.65(dd,J=3.5,5.9Hz,4H),3.57(dd,J=3.5,5.8Hz,4H),3.51(s,8H),3.16-3.09(m,2H),2.81-2.76(m,2H),2.60-2.53(m,2H),2.09-2.04(m,2H),1.48(s,18H).HPLC-MS(ESI+):m/z 977.4[100%,(M+Na)+]。
3,3’-((4,7,10,13,16-五氧杂十九烷-1,19-二基)双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(SM2-150):使用一般方法E由SM2-146(118.0mg,0.123mmol)和10%Pd/C(26.3mg,0.025mmol)合成,并通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(50%-100%EtOAc,梯度洗脱))纯化。得到为白色固体的标题化合物(69.0mg,51%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.58(dd,J=2.9,5.7Hz,2H),7.47(q,J=3.0,3.9Hz,4H),5.36(dd,J=5.1,13.4Hz,2H),4.49(d,J=17.1Hz,2H),4.33(d,J=17.1Hz,2H),3.57-3.41(m,16H),3.40-3.35(m,4H),3.18-3.11(m,2H),2.83-2.78(m,2H),2.69(t,J=7.6Hz,4H),2.56-2.46(m,2H),2.09-2.05(m,2H),1.83(ddt,J=4.9,9.5,13.7Hz,4H),1.48(s,18H).HPLC-MS(ESI+):m/z 985.4[100%,(M+Na)+]。
3,3’-((4,7,10,13,16-五氧杂十九烷-1,19-二基)双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(SM2-156):使用一般方法F由SM2-150(60.0mg,0.062mmol)和于二噁烷(2.0mL)中的4N HCl合成,得到为白色固体的标题化合物(39.0mg,83%)。HPLC:96%[tR=6.17min,55%的于0.1%TFA/水中的CH3OH,20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.99(s,2H),7.59-7.54(m,2H),7.45-7.44(m,4H),5.13(dd,J=5.1,13.3Hz,2H),4.45(d,J=17.1Hz,2H),4.30(d,J=17.1Hz,2H),3.53-3.44(m,16H),3.37(t,J=6.3Hz,4H),2.96-2.88(m,2H),2.67(t,J=7.6Hz,4H),2.62-2.54(m,2H),2.46-2.40(m,2H),2.04-1.98(m,2H),1.85-1.80(m,4H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ173.35,171.51,168.81,141.12,137.40,132.01,128.75,121.15,70.30,70.27,70.24,69.95,69.81,52.00,46.65,31.67,29.71,28.15,22.99.HPLC-MS(ESI+):m/z 785.3[100%,(M+Na)+],763.4[40%,(M+H)+],HRMS(ESI+):C40H50N4O11(M+H)+的m/z的计算值为763.3549,实测值为741.3544。
合成方案12:
Figure BDA0002923774840000981
3,3’-(((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(丙-1-炔-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(1-甲基哌啶-2,6-二酮)(SM3-102):使用一般方法D由SM2-137B2(80.0mg,0.579mmol)、SM3-098(467.1mg,1.22mmol)、Pd(PPh3)2Cl2(12.2mg,0.017mmol)、CuI(3.3mg,0.017mmol)、三乙胺(0.72mL)在DMF(2.88mL)中合成,并通过SiO2色谱(用DCM中的MeOH洗脱(0-6%MeOH,梯度洗脱))纯化。得到为灰白色固体的标题化合物(255.0mg,68%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.77(dt,J=1.3,7.6Hz,2H),7.72(dt,J=1.2,7.7Hz,2H),7.56(td,J=1.5,7.7Hz,2H),5.22(dd,J=5.1,13.4Hz,2H),4.53-4.44(m,6H),4.34(d,J=17.7Hz,2H),3.73(s,4H),3.06-2.92(m,8H),2.77-2.71(m,2H),2.46-2.37(m,2H),2.04-2.00(m,2H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ172.33,171.02,167.96,144.44,134.88,132.53,129.18,124.02,117.92,91.69,81.87,69.06,58.59,52.57,47.34,31.80,27.04,22.10.m/z 673.2[60%,(M+Na)+]。
3,3’-(((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(丙烷-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(1-甲基哌啶-2,6-二酮)(SM3-104):在氩气下,向10%Pd/C(35.98mg,0.034mmol)在THF(3.0mL,用氩气脱氧15分钟)中的混合物中加入SM3-102(110.0mg,0.169mmol)。将烧瓶抽真空并用氩气吹扫(三次)。将氩气抽真空,并将一个氢气球系于系统上。将烧瓶抽真空并用H2吹扫(三次)。将反应混合物在室温下搅拌6h。将混合物通过硅藻土短塞过滤,用THF洗涤并浓缩。将所得残留物通过SiO2色谱(用DCM中的MeOH洗脱(0-4%MeOH,梯度洗脱))纯化,得到为白色固体的标题化合物(80mg,72%)。HPLC:96%[tR=6.17min,50%于0.1%TFA/水中的CH3OH,20min]。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.57(dd,J=2.8,5.9Hz,2H),7.49-7.41(m,4H),5.20(dd,J=5.0,13.9Hz,2H),4.44(d,J=17.2Hz,2H),4.28(d,J=17.1Hz,2H),3.48(s,4H),3.39(td,J=2.3,6.3Hz,4H),3.05-2.93(m,8H),2.77-2.71(m,2H),2.68(t,J=7.7Hz,4H),2.43-2.35(m,2H),2.04-1.97(m,2H),1.87-1.79(m,4H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ172.36,171.14,168.81,141.12,137.37,132.04,131.99,128.77,121.21,69.98,69.83,52.47,46.58,31.81,29.72,28.16,27.02,22.26.HPLC-MS(ESI+):m/z 681.3[60%,(M+Na)+].HRMS(ESI+):C36H42N4O8(M+Na)+的m/z的计算值为681.2895,实测值为681.2887。
合成方案13:
Figure BDA0002923774840000991
3-溴-2-(溴甲基)苯甲酸甲酯(SM2-055)(Zhou,B.;等人,Discovery of a Small-Molecule Degrader of Bromodomain and Extra-Terminal(BET)Proteins withPicomolar Cellular Potencies and Capable of Achieving TumorRegression.Journal of medicinal chemistry 2018,61,462-481):将3-溴-2-甲基苯甲酸甲酯(3.00g,13.10mmol)、N-溴琥珀酰亚胺(2.80g,15.72mmol)和2,2’-偶氮双(异丁腈)(215.1mg,1.31mmol)在苯(60mL)中的溶液(小心)在回流下加热6h。过滤反应混合物,并用二乙基醚洗涤所得固体。浓缩滤液,并将残留物通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(0-10%EtOAc,梯度洗脱))纯化,得到为无色油状物的标题化合物(3.51g,85%)。1H NMR(500MHz,CDCl3)δ7.88(dd,J=1.4,7.8Hz,1H),7.76(dd,J=1.3,8.0Hz,1H),7.23(t,J=7.9Hz,1H),5.13(s,2H),3.95(s,3H)。
3-(4-溴-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(SM2-056)(Zhou,B.;等人,Discovery of a Small-Molecule Degrader of Bromodomain and Extra-Terminal(BET)Proteins with Picomolar Cellular Potencies and Capable of Achieving TumorRegression.Journal of medicinal chemistry 2018,61,462-481):将3-氨基哌啶-2,6-二酮盐酸盐(1.96g,11.88mmol)和TEA(1.81mL,12.96mmol)加入到SM2-055(3.00g,9.74mmol)在MeCN(20mL)中的搅拌溶液中。将溶液在80℃下搅拌12h,然后冷却至室温并浓缩。向残留物中加入EtOAc(30mL)和H2O(30mL),并过滤所得固体,得到为紫色固体的标题化合物(2.41g,76%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.02(s,1H),7.87(d,J=7.9Hz,1H),7.77(d,J=7.4Hz,1H),7.51(t,J=7.7Hz,1H),5.15(dd,J=5.1,13.3Hz,1H),4.42(d,J=17.6Hz,1H),4.26(d,J=17.6Hz,1H),2.95-2.88(m,1H),2.64-2.55(m,1H),2.47-2.43(m,1H),2.04-1.99(m,1H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ172.83,170.84,167.20,142.10,134.62,133.92,130.50,122.48,117.31,51.73,47.98,31.18,22.27.HPLC-MS(ESI+):m/z669.1[100%,(M+Na)+],323.0[80%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C13H11BrN2O3(M+H)+的m/z的计算值为323.0026,实测值为323.0032。
合成方案14:
Figure BDA0002923774840001011
3-(2-甲氧基乙氧基)丙-1-炔(SM3-071)(Y.,N.;等人,Investigation ofcatalyst-transfer condensation polymerization for the synthesis of n-type π-conjugated polymer,poly(2-dioxaalkylpyridine-3,6-diyl).Journal of PolymerScience PartA:Polymer Chemistry 2012,50,3628-3640):向2-甲氧基乙醇(4.00g,52.57mmol)在无水THF(80mL)中的溶液中加入氢化钠(60%,于油中,2.52g,63.08mmol),并将反应混合物在0℃下于氩气气氛下搅拌1h。然后在0℃下加入炔丙基溴(8.98g,60.45mmol),并将混合物在室温下搅拌17h。将反应用冰水淬灭,并用DCM(3×30mL)萃取。将合并的有机层经MgSO4干燥并浓缩。将所得残留物通过SiO2色谱(用己烷中的EtOAc洗脱(0-5%EtOAc,梯度洗脱))纯化,得到为无色油状物的标题化合物(4.20g,70%)。1H NMR(500MHz,CDCl3)δ4.21(dd,J=0.8,2.4Hz,2H),3.73-3.67(m,2H),3.60-3.55(m,2H),3.39(d,J=0.8Hz,3H),2.43(t,J=2.4Hz,1H)。
2-(2,6-二氧代哌嗪-3-基)-4-(3-(2-甲氧基乙氧基)丙-1-炔-1-基)异吲哚啉-1,3-二酮(SM3-090):在20mL的微波小瓶中,将SY2-062(400.0mg,1.19mmol)和SM3-071(270.9mg,2.37mmol)加入到CuI(45.2mg,0.237mmol)和Pd(PPh3)2Cl2(83.3mg,0.119mmol)在DMF(6mL)中的混合物中。用氩气吹扫并再次充入氩气三次。然后加入三乙胺(3.0mL)。用氩气吹扫溶液并再次充入氩气。将小瓶密封,并将混合物在80℃下于氩气下于搅拌3h。加入水(10mL),并用EtOAc(3×10mL)萃取,将合并的有机层用盐水洗涤,干燥(Na2SO4)并浓缩。将所得残留物通过SiO2色谱(用甲醇DCM中的MeOH洗脱(0-4%MeOH,梯度洗脱))纯化,得到为浅黄色固体的标题化合物(285.6mg,65%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.13(s,1H),7.96-7.83(m,3H),5.15(dd,J=5.4,12.9Hz,1H),4.49(s,2H),3.76-3.68(m,2H),3.55-3.47(m,2H),3.26(s,3H),2.93-2.85(m,1H),2.69-2.52(m,2H),2.09-2.04(m,1H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ172.75,169.79,166.19,165.60,138.26,134.81,132.07,130.40,123.41,118.49,93.45,80.94,70.98,68.47,58.05,58.03,49.00,30.92,21.90.HPLC-MS(ESI+):m/z 393.1[100%,(M+Na)+],763.2[50%,(2M+Na)+]。
3-(4-(3-(2-甲氧基乙氧基)丙-1-炔-1-基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(SM3-091):使用针对SM3-090的合成所述的方法,由SM2-056(400.0mg,1.24mmol)、SM3-071(282.6mg,2.48mmol)、Pd(PPh3)2Cl2(86.9mg,0.124mmol)、CuI(47.2mg,0.248mmol)、三乙胺(3mL)在DMF(6mL)中合成。反应时间为10h,得到为白色固体的标题化合物(247.0mg,56%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.00(s,1H),7.75(dd,J=7.6,23.8Hz,2H),7.56(t,J=7.6Hz,1H),5.15(dd,J=5.1,13.3Hz,1H),4.49(d,J=17.7Hz,1H),4.45(s,2H),4.34(d,J=17.7Hz,1H),3.69-3.63(m,2H),3.51-3.49(m,2H),3.25(s,3H),2.95-2.88(m,1H),2.62-2.57(m,1H),2.47-2.41(m,1H),2.04-1.99(m,1H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ172.84,170.94,167.46,143.98,134.34,132.09,128.73,123.48,117.50,91.36,81.30,71.02,68.56,58.08,58.05,51.63,46.91,31.18,22.35.HPLC-MS(ESI+):m/z 735.3[100%,(M+Na)+],357.2[50%,(M+H)+]。
2-(2,6-二氧代哌嗪-3-基)-4-(3-(2-甲氧基乙氧基)丙基)异吲哚啉-1,3-二酮(SM3-094):在氩气下,向10%Pd/C(57.5mg,0.054mmol)在THF(4.0mL,用氩气脱氧15分钟)中的混合物中加入SM3-090(100.0mg,0.270mmol)。将烧瓶抽真空并用氩气吹扫(三次)。将氩气抽真空,并将一个氢气球系于系统上。将烧瓶抽真空并用H2吹扫(三次)。将反应混合物在室温下搅拌4h。反应完成后(通过TLC监测),将混合物通过硅藻土短塞过滤,用THF洗涤并浓缩。将所得残留物通过SiO2色谱(用DCM中的MeOH洗脱(0-5%MeOH,梯度洗脱))纯化,得到为白色固体的标题化合物(91mg,90%)。HPLC:96%[tR=5.00min,50%的于0.1%TFA/水中的CH3OH,20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.11(s,1H),7.79-7.74(m,2H),7.70(d,J=7.6Hz,1H),5.13(dd,J=5.4,12.7Hz,1H),3.49-3.47(m,2H),3.45-3.38(m,4H),3.24(s,3H),3.07(t,J=7.6Hz,2H),2.93-2.85(m,1H),2.66-2.53(m,2H),2.08-2.03(m,1H),1.87-1.82(m,2H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ173.24,170.36,168.08,167.49,142.48,136.57,134.95,132.32,128.12,121.71,71.74,70.04,69.72,58.56,49.27,31.41,30.53,27.79,22.47.HPLC-MS(ESI+):m/z 397.2[100%,(M+Na)+].HRMS(ESI+):C19H22N2O6(M+Na)+的m/z的计算值为397.1370,实测值为397.1366。
3-(4-(3-(2-甲氧基乙氧基)丙基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(SM3-095):使用针对SM3-094的合成所述的方法,由SM2-091(100.0mg,0.281mmol)、10%Pd/C(59.8mg,0.056mmol)在THF(6.0mL)中合成。反应时间为10h。得到为白色固体的标题化合物(94.0mg,93%)。%)。HPLC:>99%[tR=3.95min,50%的于0.1%TFA/水中的CH3OH,20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.99(s,1H),7.57(dd,J=3.3,5.3Hz,1H),7.50-7.42(m,2H),5.13(dd,J=5.1,13.3Hz,1H),4.46(d,J=17.2Hz,1H),4.30(d,J=17.1Hz,1H),3.50-3.45(m,2H),3.45-3.41(m,2H),3.38(td,J=2.7,6.3Hz,2H),3.24(s,3H),2.92(ddd,J=5.4,13.7,17.3Hz,1H),2.69(t,J=7.7Hz,2H),2.64-2.58(m,1H),2.46-2.37(m,1H),2.04-1.99(m,1H),1.90-1.79(m,2H).13CNMR(126MHz,DMSO-d6)δ173.36,171.51,168.82,141.17,137.40,132.01,128.77,121.15,71.77,69.78,69.77,58.59,52.00,46.64,31.67,29.76,28.13,22.99.HPLC-MS(ESI+):m/z 383.2[100%,(M+Na)+],361.2[60%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C19H24N2O5(M+Na)+的m/z的计算值为383.1577,实测值为383.1579。
一般方法G:(Y.,K.;Y等人,Polyacrylamide pseudo crown ethers viahydrogen bond-assisted cyclopolymerization.Journal of Polymer Science Part A:Polymer Chemistry 2016,54,3294-3302):
在25mL圆底烧瓶中,在0℃下于氩气下,将丙烯酰氯(2.5当量)滴加到双胺(1.0当量)和三乙胺(2.5当量)或6N NaOH水溶液(2.5当量)在二氯甲烷(0.3-0.5M)中的溶液中。将反应混合物在室温下搅拌过夜,并过滤所得固体。浓缩滤液,并将所得残留物用SiO2色谱(用EtOAc中的MeOH洗脱(梯度洗脱))纯化,得到为无色油状物的标题化合物。
一般方法H:Heck交叉偶联产物的合成
在5mL的微波小瓶中,将三乙胺(2.5当量)加入到二芳基酰胺(1.0当量)、SSM2-056(2.02当量)、Pd(OAc)2(5.0mol%)和PPh3(10mol%)在DMF(0.156M)中的混合物中。将小瓶抽真空并用氩气吹扫(三次),密封并加热至150℃,持续5h或6h。使用BIOTAGETM V-10蒸发器除去溶剂。将残留物用SiO2柱色谱(用DCM中的MeOH洗脱(0-10%MeOH,梯度洗脱))纯化,得到所需产物。
一般方法I:
在氩气下,向10%Pd/C(0.2当量)在EtOAc/MeOH(v/v=1/1,0.02M或0.004M,用氩气脱氧15min)中的混合物中加入SM3-003或SM3-006或SM3-009(1当量)中。将烧瓶抽真空并用氩气吹扫(三次)。将氩气抽真空,并将一个氢气球系于系统上。将烧瓶抽真空并用H2吹扫(三次),并将反应混合物在室温下搅拌5h。将混合物通过硅藻土短塞过滤,用EtOAc/MeOH洗涤,并减压浓缩,得到所需产物。
合成方案15:
Figure BDA0002923774840001051
N,N’-(氧基双(乙烷-2,1-二基))二芳基酰胺(SM3-004):使用一般方法G由2,2’-氧基双(乙-1-胺)(200.0mg,1.92mmol)、丙烯酰氯(0.391mL,4.80mmol)、三乙胺(0.669mL,4.80mmol)在DCM(5.0mL)中合成,并通过SiO2色谱(用EtOAc中的MeOH洗脱(0-20%MeOH,梯度洗脱))纯化。得到为无色油状物的标题化合物(255.0mg,52%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.14(t,J=5.7Hz,2H),6.25(dd,J=10.2,17.1Hz,2H),6.08(dd,J=2.2,17.1Hz,2H),5.57(dd,J=2.2,10.2Hz,2H),3.45(t,J=5.8Hz,4H),3.29(q,J=5.7Hz,4H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ165.16,132.16,125.55,69.25,38.99.HPLC-MS(ESI+):m/z 213.2[100%,(M+H)+],235.2[30%,(M+Na)+]。
(2E,2′E)-N,N′-(氧基双(乙烷-2,1-二基))双(3-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)丙烯酰胺)(SM3-006):使用一般方法H由SM3-004(60.0mg,0.282mmol)、SM2-056(184.5mg,0.571mmol)、Pd(OAc)2(3.17mg,0.014mmol)、PPh3(7.41mg,0.028mmol)、Et3N(0.099mL,0.706mmol)在DMF(1.8mL)中合成,并通过SiO2色谱(用DCM中的MeOH洗脱(0-25%MeOH,梯度洗脱))纯化。得到为灰白色固体的标题化合物(104.4mg,53%)。HPLC:99%[tR=5.73min,40%的于0.1%TFA/水中的CH3OH,20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.03(s,2H),8.26-8.19(m,2H),7.84-7.76(m,2H),7.72(dt,J=1.2,7.6Hz,2H),7.55(td,J=1.6,7.6Hz,2H),7.48(dd,J=1.5,16.0Hz,2H),6.68(dd,J=1.9,15.9Hz,2H),5.18(dd,J=5.2,13.3Hz,2H),4.62(dd,J=3.8,17.6Hz,2H),4.44(dd,J=1.7,17.5Hz,2H),3.52(t,J=5.7Hz,4H),3.39(q,J=5.7Hz,4H),2.98-2.91(m,2H),2.66-2.59(m,2H),2.47-2.38(m,2H),2.07-2.01(m,2H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ172.86,170.98,167.64,164.74,140.39,134.50,132.39,130.87,130.34,128.80,125.14,123.77,68.87,51.52,47.11,38.73,31.16,22.55.HPLC-MS(ESI+):m/z 719.3[100%,(M+Na)+],697.2[90%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C36H36N6O9(M+Na)+的m/z的计算值为719.2436,实测值为719.2431。
N,N′-(氧基双(乙烷-2,1-二基))双(3-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)丙酰胺)(SM3-010):使用一般方法I由SM3-006(50.0mg,0.072mmol)、10%Pd/C(15.3mg,0.0144mmol)和EtOAc/MeOH(20.0mL)合成。得到为白色固体的标题化合物(46.3mg,92%)。HPLC:98%[tR=4.91min,40%的于0.1%TFA/水中的CH3OH,20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.98(s,2H),7.88(t,J=5.6Hz,2H),7.56(dd,J=3.4,5.2Hz,2H),7.47-7.37(m,4H),5.13(dd,J=5.2,13.3Hz,2H),4.48(d,J=17.1Hz,2H),4.32(d,J=17.1Hz,2H),3.31(t,J=5.8Hz,4H),3.16(q,J=5.8Hz,4H),2.97-2.83(m,6H),2.63-2.58(m,2H),2.47-2.36(m,6H),12.02-1.97(m,2H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ172.85,171.19,170.98,168.27,140.62,136.52,131.51,131.29,128.24,120.78,68.84,51.53,46.21,38.41,35.12,31.19,27.05,22.54.HPLC-MS(ESI+):m/z 723.3[100%,(M+Na)+],701.3[40%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C36H40N6O9(M+Na)+的m/z的计算值为723.2749,实测值为723.2748。
合成方案16:
Figure BDA0002923774840001071
N,N′-((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(乙烷-2,1-二基))二芳基酰胺(SM3-002):使用一般方法G由2,2′-(乙烷-1,2-二基双(氧基))双(乙-1-胺)(500.0mg,3.37mmol)、丙烯酰氯(0.685mL,8.43mmol)、三乙胺(1.180mL,8.43mmol)和DCM(10.0mL)合成,并通过SiO2色谱(用EtOAc中的MeOH洗脱(0-30%MeOH,梯度洗脱))纯化。得到为无色油状物的标题化合物(460.0mg,53%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.15(t,J=5.9Hz,2H),6.24(dd,J=10.1,17.1Hz,2H),6.07(dd,J=2.3,17.1Hz,2H),5.57(dd,J=2.3,10.2Hz,2H),3.52(s,4H),3.44(t,J=5.8Hz,4H),3.28(q,J=5.8Hz,4H).13C NMR(126MHz,CDCl3)δ165.81,130.96,126.60,70.40,69.87,39.42.HPLC-MS(ESI+):m/z 257.2[100%,(M+H)+],279.2[40%,(M+Na)+]。
(2E,2′E)-N,N′-((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(乙烷-2,1-二基))双(3-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)丙烯酰胺)(SM3-003):使用一般方法H由SM3-002(60.0mg,0.234mmol)、SM2-056(152.8mg,0.473mmol)、Pd(OAc)2(2.63mg,0.012mmol)、PPh3(6.14mg,0.023mmol)、三乙胺(0.082mL,0.585mmol)在DMF(1.5mL)中合成,并通过SiO2色谱(用DCM中的MeOH洗脱(0-10%MeOH,梯度洗脱))纯化。得到为白色固体的标题化合物(82.0mg,47%)。HPLC:98%[tR=6.96min,HPLC:98%[tR=6.96min,梯度40-95%MeOH/水(含有0.1%甲酸),20min]。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.03(s,2H),8.23(t,J=5.7Hz,2H),7.82(d,J=7.6Hz,2H),7.74(dd,J=1.0,7.6Hz,2H),7.58(t,J=7.6Hz,2H),7.48(d,J=16.0Hz,2H),6.68(d,J=16.0Hz,2H),5.18(dd,J=5.2,13.3Hz,2H),4.63(d,J=17.5Hz,2H),4.44(d,J=17.4Hz,2H),3.56(s,4H),3.50(t,J=5.7Hz,4H),3.36(q,J=5.6Hz,4H),2.99-2.90(m,2H),2.66-2.60(m,2H),2.46-2.38(m,2H),2.08-2.02(m,2H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ172.83,170.95,167.63,164.70,140.37,134.53,132.39,131.00,130.36,128.80,125.16,123.76,69.56,69.15,51.52,47.14,38.81,31.15,22.54.HPLC-MS(ESI+):m/z 763.3[100%,(M+Na)+],741.3[70%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C38H40N6O10(M+Na)+的m/z的计算值为763.2698,实测值为763.2704。
N,N′-((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(乙烷-2,1-二基))双(3-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)丙酰胺)(SM3-005):使用一般方法I由SM3-003(60.0mg,0.081mmol)、10%Pd/C(17.2mg,0.0162mmol)和EtOAc/MeOH(5.0mL)合成。得到为白色固体的标题化合物(57.0mg,95%)。HPLC:99%[tR=5.80min,40%的于0.1%TFA/水中的CH3OH,20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.98(s,2H),7.90(t,J=5.7Hz,2H),7.60-7.52(m,2H),7.48-7.41(m,4H),5.13(dd,J=5.2,13.3Hz,2H),4.48(d,J=17.1Hz,2H),4.32(d,J=17.1Hz,2H),3.43(s,4H),3.33(t,J=5.9Hz,4H),3.17(dd,J=3.4,5.5Hz,4H),2.96-2.88(m,2H),2.86(t,J=7.6Hz,4H),2.64-2.58(m,2H),2.44(t,J=7.5Hz,4H),2.42-2.34(m,2H),2.04-1.97(m,2H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ172.84,171.17,170.97,168.27,140.63,136.52,131.51,131.34,128.24,120.78,69.46,69.09,51.52,46.20,38.51,35.13,31.18,27.08,22.54.HPLC-MS(ESI+):m/z 767.3[100%,(M+Na)+],745.4[40%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C38H44N6O10(M+Na)+的m/z的计算值为767.3011,实测值为767.3009。
合成方案17:
Figure BDA0002923774840001091
N,N′-(((氧基双(乙烷-2,1-二基))双(氧基))双(乙烷-2,1-二基))二芳基酰胺(SM3-008):使用一般方法G由2,2′-((氧基双(乙烷-2,1-二基))双(氧基))双(乙-1-胺)(150.0mg,0.780mmol)、丙烯酰氯(0.159mL,1.95mmol)、6N NaOH水溶液(0.325mL,1.95mmol)在DCM(1.0mL)中合成,并通过SiO2色谱(用EtOAc中的MeOH洗脱(0-10%MeOH,梯度洗脱))纯化。得到为无色油状物的标题化合物(156.0mg,66%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.14(d,J=5.9Hz,2H),6.24(dd,J=10.1,17.1Hz,2H),6.07(dd,J=2.3,17.1Hz,2H),5.57(dd,J=2.3,10.2Hz,2H),3.51(s,8H),3.44(t,J=5.8Hz,4H),3.28(q,J=5.8Hz,4H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ164.62,131.71,125.00,69.69,69.56,69.01,38.59.HPLC-MS(ESI+):m/z 301.2[100%,(M+H)+],323.2[80%,(M+Na)+]。
(2E,2′E)-N,N′-(((氧基双(乙烷-2,1-二基))双(氧基))双(乙烷-2,1-二基))双(3-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)丙烯酰胺)(SM3-009):使用一般方法H由SM3-008(80.0mg,0.266mmol)、SM2-056(173.9mg,0.538mmol)、Pd(OAc)2(2.99mg,0.013mmol)、PPh3(6.99mg,0.027mmol)、Et3N(0.093mL,0.665mmol)在DMF(1.7mL)中合成,并通过SiO2色谱(用DCM中的MeOH洗脱(0-10%MeOH,梯度洗脱))纯化。得到为白色固体的标题化合物(98.0mg,47%)。HPLC:98%[tR=6.96min,HPLC:98%[tR=11.64min,梯度30-95%MeOH/水(含有0.1%TFA),20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.04(s,2H),8.22(t,J=5.7Hz,2H),7.82(d,J=7.6Hz,2H),7.74(d,J=7.1Hz,2H),7.58(t,J=7.6Hz,2H),7.49(d,J=16.0Hz,2H),6.67(d,J=16.0Hz,2H),5.18(dd,J=5.1,13.3Hz,2H),4.63(d,J=17.5Hz,2H),4.44(d,J=17.5Hz,2H),3.54(s,8H),3.48(t,J=5.7Hz,4H),3.35(q,J=5.7Hz,4H),2.99-2.91(m,2H),2.66-2.60(m,2H),2.47-2.38(m,2H),2.08-2.02(m,2H).13CNMR(126MHz,DMSO-d6)δ172.84,170.95,167.63,164.67,140.38,134.50,132.40,130.99,130.37,128.81,125.18,123.76,69.72,69.59,69.13,51.52,47.14,38.82,31.15,22.55.HPLC-MS(ESI+):m/z 807.3[100%,(M+Na)+],785.4[30%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C40H44N6O11(M+Na)+的m/z的计算值为807.2960,实测值为807.2954。
N,N′-(((氧基双(乙烷-2,1-二基))双(氧基))双(乙烷-2,1-二基))双(3-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)丙酰胺)(SM3-011):使用一般方法I由SM3-009(60.0mg,0.076mmol)、10%Pd/C(16.3mg,0.0152mmol)和EtOAc/MeOH(5.0mL)合成。得到为白色固体的标题化合物(56.0mg,93%)。%)。HPLC:99%[tR=6.69min,40%的0.1%甲酸/水中的CH3OH,20min]。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.98(s,2H),7.90(t,J=5.6Hz,2H),7.56(dd,J=3.5,5.2Hz,2H),7.49-7.40(m,4H),5.13(dd,J=5.2,13.2Hz,2H),4.48(d,J=17.1Hz,2H),4.32(d,J=17.0Hz,2H),3.54-3.38(m,8H),3.34(t,J=5.9Hz,4H),3.17(q,4H),2.97-2.89(m,2H),2.86(t,J=7.6Hz,4H),2.64-2.58(m,2H),2.46-2.38(m,6H),2.03-1.98(m,2H).13C NMR(126MHz,DMSO-d6)δ172.86,171.16,170.99,168.27,140.63,136.52,131.51,131.33,128.24,120.77,69.66,69.52,69.10,51.52,46.20,38.52,35.12,31.19,27.08,22.55.HPLC-MS(ESI+):m/z 811.3[100%,(M+Na)+],789.4[30%,(M+H)+].HRMS(ESI+):C40H48N6O11(M+Na)+的m/z的计算值为811.3273,实测值为811.3261。
合成方案18:VHL-IMID探针的合成
Figure BDA0002923774840001111
试剂和条件.(a)Pd(PPh3)2Cl2,CuI,TEA,DMF,75℃,9.5h,60%;(b)Pd/C,MeOH,氢气,室温,18h,57%;(c)于二噁烷中的4M HCl,0℃至室温,2.5h,84%;(d)HATU,DIPEA,DMF,室温,24h,34%.
Figure BDA0002923774840001112
叔丁基-2-(2-(2-((3-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)丙-2-炔-1-基)氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸酯(MA8-126):在烘箱干燥的圆底烧瓶(50mL)中,将Pd(PPh3)4(104.1mg,0.15mmol)和CuI(56.4mg,0.30mmol)溶解在无水DMF(19mL)中,并向混合物中鼓入氩气约10分钟。在氩气下加入SY2-062(500mg,1.48mmol)和SR2-060B2(574.7mg,2.22mmol),然后加入TEA(3.10mL,22.2mmol)。将反应物在75℃(油浴温度)下搅拌9.5h,此时HPLC-MS和TLC显示起始材料的完全消耗。减压蒸发DMF,用EtOAc(约100mL)稀释粗产物,并将其通过硅藻土短塞过滤。蒸发溶剂,在Isolera纯化系统上使用SiO2色谱(用EtOAc-己烷(0至50%EtOAc)梯度洗脱)纯化粗混合物,得到为无色油状物的MA8-126(459mg,60%)。1H NMR(400MHz,DMSO-d6):δ11.13(s,1H),7.97-7.83(m,3H),5.15(dd,J=12.9,5.4Hz,1H),4.50(s,2H),3.98(s,2H),3.72(dd,J=5.5,4.0Hz,2H),3.62-3.53(m,6H),2.89(ddd,J=16.9,13.9,5.4Hz,1H),2.66-2.55(m,2H),2.12-2.03(m,1H),1.41(s,9H).HPLC-MS(ESI+):m/z 537.1(M+Na)+
Figure BDA0002923774840001121
叔丁基-2-(2-(2-(3-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)丙氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸酯(MA8-132):将两颈圆底烧瓶(25mL)抽真空并用氩气回填(两次),然后加入10%Pd/C(62mg,0.058mmol)。用EtOAc(约2mL)从烧瓶颈部冲洗掉残留的Pd/C。向烧瓶中加入MeOH(5mL),并将氩气鼓泡通过混合物约15分钟。将隔膜附接到烧瓶后,将其抽真空并用氩气回填(两次)。最后,将氩气管线(argon line)换成了氢气球;将烧瓶再一次抽真空,并小心地填充氢气。通过注射器将MA8-126(300mg,0.58mmol,溶于5mL MeOH中)加入烧瓶中,并将反应混合物在氢气气氛下搅拌18h。反应完成后(通过TLC监测),将反应混合物通过硅藻土短塞,并将滤液减压浓缩。在Biotage Isolera纯化系统上使用SiO2柱纯化产物,同时用EtOAc-己烷(0至100%EtOAc)梯度洗脱。标题化合物以部分纯的形式获得,其为无色油状物(172mg,57%),并且无需进一步纯化即可用于下一步。HPLC-MS(ESI+):m/z541.1(M+Na)+
Figure BDA0002923774840001122
2-(2-(2-(3-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)丙氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸(MA8-135):在闪烁小瓶(20mL)中,将MA8-132(166mg,0.32mmol)溶解在无水1,4-二噁烷(3mL)中。将混合物冷却至0℃,并使用注射器滴加4M HCl(于1,4-二噁烷中,3.2mL)(约3分钟)。约30分钟后,移开冰水浴,在室温下继续搅拌另外4h。HPLC-MS表明反应完成。减压蒸发挥发物,加入DCM(5mL×2),并蒸发粗混合物,得到为黄色油状物的标题化合物(124mg,84%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ12.56(s,1H),11.11(s,1H),7.79-7.72(m,2H),7.70(dd,J=6.9,1.9Hz,1H),5.12(dd,J=12.7,5.5Hz,1H),4.02(s,1H),4.01(s,2H),3.59-3.54(m,2H),3.55-3.50(m,4H),3.49-3.46(m,2H),3.44-3.40(m,2H),3.07(dd,J=8.5,6.8Hz,2H),2.89(ddd,J=16.8,13.8,5.4Hz,1H),2.64-2.54(m,1H),2.09-2.00(m,1H),1.90-1.79(m,2H).HPLC-MS(ESI+):m/z 485.2(M+Na)+,463.2(M+H)+
Figure BDA0002923774840001131
(2S,4R)-1-((2S)-2-(叔丁基)-15-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-1-基)-4-氧代-6,9,12-三氧杂-3-氮杂十五烷酰基)-4-羟基-N-(4-(4-甲基噻唑-5-基)苄基)吡咯烷-2-甲酰胺(MA8-150):在氩气下于10mL微波反应小瓶中,将COMU(66.2mg,0.15mmol)加入到的无水DMF(1mL)和DIPEA(76μL,0.43mmol)中的MA8-135(65mg,0.14mmol)中。在室温下搅拌约5分钟后,将(2S,4R)-1-((S)-2-氨基-3,3-二甲基丁酰基)-4-羟基-N-(4-(4-甲基噻唑-5-基)苄基)吡咯烷-2-甲酰胺(Galdeano,C.;等人,Structure-guideddesign and optimization of small molecules targeting the protein-proteininteraction between the von Hippel-Lindau(VHL)E3 ubiquitin ligase and thehypoxia inducible factor(HIF)alpha subunit with in vitro nanomolaraffinities.Journal of medicinal chemistry 2014,57,8657-63)加入到反应混合物中,并继续搅拌24h。减压蒸发溶剂,并使用Biotage Isolera作为纯化系统将粗产物直接装载到SiO2柱上。用DCM-MeOH(0至15%MeOH)的梯度洗脱产物。使用EtOAc-己烷进一步研磨从色谱得到的半纯物质,得到为白色固体的标题化合物(33mg,34%)Mp:288℃(摄氏度)。HPLC:99%[tR=15.2min,梯度MeOH-水(含有0.1%TFA),在20min内5-95%].1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.11(s,1H),8.96(s,1H),8.59(t,J=6.1Hz,1H),7.82-7.73(m,2H),7.73-7.63(m,1H),7.47-7.35(m,5H),5.20-5.07(m,2H),4.56(d,J=9.6Hz,1H),4.48-4.42(m,1H),4.46-4.32(m,3H),4.26-4.20(m,1H),3.96(s,2H),3.70-3.46(m,12H),3.44-3.36(m,3H),3.10-3.00(m,2H),2.88(ddd,J=16.7,13.7,5.4Hz,1H),2.65-2.53(m,2H),2.09-2.00(m,2H),1.90(ddd,J=13.0,8.8,4.5Hz,1H),1.82(h,J=6.6Hz,2H),0.93(s,9H).HPLC-MS(ESI+):m/z 897.3(M+Na)+,875.4(M+H)+,438.2(M+2H)2+.HRMS(ESI+):C44H54N6O11SNa(M+Na)+的m/z的计算值为897.3463,实测值为897.3460。
合成方案19:接头的合成
Figure BDA0002923774840001141
N,N′-((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(乙烷-2,1-二基))双(2-溴乙酰胺)(SY2-057):将2,2’-(亚乙基二氧基)双(乙胺)(0.2g,1.35mmol)溶解在CH2Cl2(10mL)中。加入K2CO3(0.47g,3.4mmol)和溴乙酰溴(0.681g,3.4mmol),并将混合物在室温下搅拌5h。反应用水淬灭,并用CH2Cl2(20mL×3)萃取混合物。将合并的提取物经Na2SO4干燥并过滤。减压浓缩滤液。将残留物在-20℃下从EtOH中重结晶,得到标题化合物(350mg,67%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ6.89(br s,2H),3.89(s,4H),3.65(s,4H),3.60(t,J=5Hz,4H),3.51(q,J=5Hz,4H).13C NMR(125MHz,DMSO-d6)δ165.69,70.54,69.58,40.08,29.36。
合成方案20:接头的合成
Figure BDA0002923774840001151
N,N’-(丁烷-1,4-二基)双(2-溴乙酰胺)(SY2-058):将1,4-二氨基丁烷(0.2g,2.27mmol)溶解在CH2Cl2(5mL)中,并加入K2CO3水溶液(0.78g,于5mL H2O中)。将混合物在0℃下搅拌5分钟,然后加入溴乙酰溴(1.14g,5.65mmol)。将混合物在室温下搅拌24h。反应用水淬灭,并用CH2Cl2(20mL×3)萃取混合物。将合并的提取物经Na2SO4干燥并过滤。减压浓缩滤液。将残留物真空干燥,得到为白色固体的标题化合物(0.43g,57%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ6.61(br s,2H),3.88(s,4H),3.33(q,J=3.5Hz,4H),1.60(pent,J=3.5Hz,4H).13C NMR(125MHz,DMSO-d6)δ165.67,39.85,29.41,26.78。
合成方案21:接头的合成
Figure BDA0002923774840001152
N,N’-(丁烷-1,4-二基)双(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氧基)乙酰胺)(SY2-060):将苯酚SM1-176(0.087g,0.317mmol)溶解在5mL DMF中。依次加入K2CO3(0.052g,0.376mmol)和SY2-058(0.050g,0.152mmol)。将混合物在室温下搅拌3h。使用BIOTAGETM V-10蒸发器除去溶剂。使粗产物经历SiO2色谱(0-10%梯度洗脱,MeOH/CH2Cl2),得到黄色固体。将该化合物通过制备型HPLC[35-95梯度洗脱,MeOH/H2O(含有0.1%甲酸)]再次纯化,得到为白色固体的分析纯化合物(23mg,21%)。HPLC:98.9%[tR=4.87min,50%MeOH,50%水(含有0.1%TFA),20min,254nm].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.12(s,2H),7.98(t,J=5.8Hz,2H),7.81(dd,J=8.5,7.3Hz,2H),7.49(d,J=7.2Hz,2H),7.39(m,2H),5.12(dd,J=12.8,5.4Hz,2H),4.77(s,4H),3.16(pent,J=5.3Hz,4H),2.90(ddd,J=16.8,13.8,5.4Hz,4H),2.66-2.52(m,4H),2.04(ddd,J=10.4,5.4,3.0Hz,2H),1.45(pent,J=3.3Hz,4H).13C NMR(125MHz,DMSO-d6)δ172.76,169.86,166.72,166.69,165.48,155.06,136.93,133.02,120.38,116.79,116.04,67.63,48.80,38.01,30.94,26.40,21.98.HPLC-MS(ESI+):m/z 739.2(M+Na)+,717.3(M+H)+
合成方案22:
Figure BDA0002923774840001161
4-溴-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚啉-1,3-二酮(SY2-062):将3-溴邻苯二甲酸酐(4,54g,0.02mol)、3-氨基哌啶-2,6-二酮盐酸盐(3.62g,0.021mol)和NaOAc(1.96g,0.023mol)加入到圆底烧瓶中的乙酸(30mL)中。将混合物在140℃下加热12h。减压除去乙酸。残留物通过SiO2柱色谱(0-10%梯度洗脱,MeOH/CH2Cl2)纯化,得到为灰白色固体的标题化合物(5.6g,87%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.12(s,1H)δ,8.07(dd,J=8.1,0.8Hz,1H),7.94(dd,J=7.4,0.8Hz,1H),7.79(dd,8.1,7.4Hz,1H),5.18(dd,12.9,5.5Hz,1H),2.90(ddd,J=17.2,14.0,5.4Hz,1H),2.68-2.48(m,4H),2.08(ddd,J=9.8,5.5,2.7Hz,1H).13C NMR(125MHz,DMSO-d6)δ173.21,170.18,166.07,165.65,139.66,136.74,134.15,129.2,123.31,118.10,49.63,31.38,22.29.HPLC-MS(ESI+):m/z 697.0(2M+Na)+,337.1(M+H)+
合成方案23:
Figure BDA0002923774840001171
2-(2-(丙-2-炔-1-基氧基)乙氧基)乙-1-醇(SR3-062)(Percec,V.;等人,Modularsynthesis of amphiphilic Janus glycodendrimers and their self-assembly intoglycodendrimersomes and other complex architectures with bioactivity tobiomedically relevant lectins.Journal of the American Chemical Society 2013,135,9055-77):在0℃下于氩气下,将二乙二醇(8.00mL,84.06mmol)加入到叔丁醇钾(5.19g,46.23mmol)在无水THF(40mL)中的悬浮液中。使混合物升温至室温,并搅拌30min。将炔丙基溴(5.00g,46.03mmol)在无水THF(45mL)中的溶液加入到混合物中,然后将所述混合物搅拌18h,然后通过硅藻土过滤。从滤液中蒸发掉溶剂,得到残留物,用EtOAc∶己烷(30-100%)作为洗脱剂,通过快速柱色谱纯化所述残留物,得到为浅黄色油状的SR3-062(4.90g,81%)。1H NMR(500MHz,氯仿-d)δ4.21(d,J=2.4Hz,2H),3.76-3.67(m,6H),3.61(m,2H),2.44(t,J=2.4Hz,1H),2.24-2.12(m,1H).13C NMR(126MHz,CDCl3)δ79.58,74.84,72.62,70.36,69.28,61.89,58.6.HRMS(ESI+):C7H13O3(M+H)+的m/z的计算值为145.0859,实测值为145.0864,C7H12O3Na(M+Na)+的m/z的计算值为167.0679,实测值为167.0684。HPLC-MS(ESI+):m/z 145.2[100%,(M+H)+],167.2[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001181
2-(2-(2-(丙-2-炔-1-氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸叔丁酯(SR3-066)(Wurz,R.P.;等人,″Click Chemistry Platform″for the Rapid Synthesis of BispecificMolecules for Inducing Protein Degradation.Journal of medicinal chemistry2018,61,453-461)。将如由Oberborsch描述的方法用于制备该化合物(WO2009124746 A1)。在0℃下向醇SR3-062(3.00g,20.81mmol)和n-Bu4NCl(1.908g,6.867mmol)在DCM(102mL)中的溶液中加入NaOH(102mL,35%的水溶液)和溴乙酸叔丁酯(9.225mL,62.427mmol)。将混合物在室温下搅拌5h,并用DCM(25mL)和水(25mL)稀释。分离各层,并将有机层用水(2×20mL)、盐水(1×20mL)洗涤,干燥(Na2SO4),真空蒸发。使用EtOAc∶己烷(5-50%)作为洗脱剂通过快速柱色谱纯化,得到为浅黄色油状物的SR3-066(Wurz,R.P.;等人,″ClickChemistry Platform″for the Rapid Synthesis of Bispecific Molecules forInducing Protein Degradation.Journal of medicinal chemistry 2018,61,453-461)(4.724g,87%)。1H NMR(500MHz,氯仿-d)δ4.23(d,J=2.4Hz,2H),4.05(s,2H),3.79-3.65(m,8H),2.45(t,J=2.4Hz,1H),1.50(s,9H).13C NMR(126MHz,CDCl3)δ169.7,81.5,79.7,74.5,70.7,70.6,70.4,69.1,69.1,58.4,28.1.HRMS(ESI+):C13H23O5(M+H)+的m/z的计算值为259.1540,实测值为259.1547,C13H22O5Na(M+Na)+的m/z的计算值为281.1359,实测值为281.1365。HPLC-MS(ESI+):m/z 281.2[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001191
2-(2-(2-((3-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)丙-2-炔-1-基)氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸叔丁酯(SR3-072):在Ar下,将SM2-081(0.050g,0.135mmol)和炔烃SR3-066(0.042g,0.162mmol)加入到PdCl2(PPh3)2(0.009g,0.014mmol)和CuI(0.005g,0.027mmol)在DMF(1.75mL)中的溶液中。将混合物在75℃加热6.5h。将反应混合物冷却并通过硅藻土过滤。用EtOAc(20mL)漂洗硅藻土床。将滤液和乙酸乙酯洗涤物减压浓缩,并使用MeOH∶DCM(0-10%)作为洗脱剂通过快速柱色谱纯化,得到为灰白色固体的SR3-072(0.055g,81%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.00(s,1H),7.77(dd,J=7.6,1.1Hz,1H),7.73(dd,J=7.6,1.0Hz,1H),7.56(t,J=7.6Hz,1H),5.15(dd,J=13.3,5.1Hz,1H),4.50(d,J=17.7Hz,1H),4.46(s,2H),4.35(d,J=17.7Hz,1H),3.98(s,2H),3.68-3.64(m,2H),3.61-3.46(m,6H),2.91(ddd,J=17.2,13.6,5.4Hz,1H),2.65-2.55(m,1H),2.44(m,1H),2.01(ddd,J=9.5,5.4,2.7Hz,1H),1.41(s,9H).13C NMR(126MHz,DMSO)δ172.8,170.9,169.3,167.5,143.9,134.4,132.1,128.7,123.5,117.5,91.3,81.3,80.6,72.3,69.8,69.7,69.5,68.8,68.1,60.2,58.1,51.6,46.9,31.2,27.7,22.3.HRMS(ESI+):C26H33N2O8(M+H)+的m/z的计算值为501.2231,实测值为501.2240,C26H32N2O8Na(M+Na)+的m/z的计算值为523.2051,实测值为523.2069。HPLC-MS(ESI+):m/z 523.2[100%,(M+Na)+].HPLC-MS(ESI-):m/z 499.3[40%,M-H-]。
Figure BDA0002923774840001201
(2S,4R)-1-((2S)-2-(叔丁基)-15-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-4-氧代-6,9,12-三氧杂-3-氮杂十五-14-炔酰基)-4-羟基-N-(4-(4-甲基噻唑-5-基)苄基)吡咯烷-2-甲酰胺(SR3-077):将叔丁基酯SR3-072(0.050g,0.099mmol)溶解在50%的于DCM(2.0mL)中的TFA中,并在室温下搅拌3h。将混合物减压浓缩,并在高真空下进一步干燥,得到为白色泡沫的SR3-075。HPLC-MS(ESI+):m/z 445.2[50%,(M+H)+],467.2[90%,(M+Na)+].HPLC-MS(ESI-):m/z 443.2[10%,M-H-]。在没有进一步纯化的情况下,将羧酸SR3-075溶解在无水DMF(1.5mL)中,并加入(1-氰基-2-乙氧基-2-氧代亚乙基氨基氧基)二甲氨基-吗啉代-碳六氟磷酸盐(COMU)(0.047g,0.109mmol)和DIPEA(0.053mL,0.299mmol)。在室温下于氩气下搅拌3min后,将VHL配体(Galdeano,C.;等人,Structure-guided design and optimization of small molecules targeting the protein-protein interaction between the von Hippel-Lindau(VHL)E3 ubiquitin ligase andthe hypoxia inducible factor(HIF)alpha subunit with in vitro nanomolaraffinities.Journal of medicinal chemistry 2014,57,8657-63)(2S,4R)-1-((S)-2-氨基-3,3-二甲基丁酰基)-4-羟基-N-(4-(噻唑-5-基)苄基)吡咯烷-2-甲酰胺(0.051g,0.109mmol)加入混合物中,将所述混合物再搅拌20h。减压除去溶剂,使用MeOH∶DCM(0-15%)作为洗脱剂,通过快速柱色谱纯化残留物,得到为白色泡沫的SR3-077(0.073g,85%)。HPLC:>99%[tR=6.1min,60%MeOH,40%水(含有0.1%TFA),20min]。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.00(s,1H),8.97(s,1H),8.59(t,J=5.8Hz,1H),7.76(dd,J=7.6,1.0Hz,1H),7.70(dd,J=7.7,1.0Hz,1H),7.55(t,J=7.6Hz,1H),7.46-7.35(m,4H),5.15(d,J=3.4Hz,1H),5.13(m,1H),4.57(d,J=9.7Hz,1H),4.52-4.39(m,5H),4.41-4.30(m,2H),4.25(dd,J=15.8,5.6Hz,1H),3.97(s,2H),3.72-3.56(m,11H),2.91(ddd,J=18.1,13.6,5.4Hz,1H),2.66-2.55(m,1H),2.48-2.39(m,4H),2.09-1.96(m,2H),1.90(ddd,J=13.0,8.9,4.5Hz,1H),0.97-0.92(m,9H).HRMS(ESI+):C44H53N6O10S(M+H)+的m/z的计算值为857.3538,实测值为857.3536,C44H52N6O10SNa(M+Na)+的m/z的计算值为879.3358,实测值为879.3369。HPLC-MS(ESI+):m/z 857.4[60%,(M+H)+],879.0[50%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001211
(2S,4R)-1-((2S)-2-(叔丁基)-15-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-4-氧代-6,9,12-三氧杂-3-氮杂十五烷酰基)-4-羟基-N-(4-(4-甲基噻唑-5-基)苄基)吡咯烷-2-甲酰胺(SR3-078):将20mL小瓶用Ar吹扫,并装载Pd/C(10%,0.003g)。向小瓶中加入MeOH(1mL),并用H2(气球)吹扫3min。然后将在MeOH(0.5mL)中的炔烃SR3-077(0.025g,0.029mmol)加入到混合物中,将所述混合物在室温下于H2(气球)下搅拌2.5h。将混合物通过硅藻土过滤,并减压浓缩。使用MeOH∶DCM(0-10%)作为洗脱剂,通过快速柱色谱纯化,得到为浅黄色油状物的SR3-078(17mg,68%)。HPLC:>98%[tR=7.5min,60%MeOH,40%水(含有0.1%TFA),20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.92(s,1H),8.90(s,1H),8.52(t,J=6.1Hz,1H),7.49(dd,J=5.8,2.8Hz,1H),7.41-7.29(m,7H),5.08(m,1H),5.05(d,J=5.1Hz,1H),4.50(d,J=9.6Hz,1H),4.42-4.29(m,3H),4.29-4.12(m,3H),3.90(s,2H),3.62-3.37(m,10H),3.30(t,J=6.5Hz,2H),2.91-2.79(m,1H),2.65-2.49(m,3H),2.40-2.25(m,4H),2.07-1.89(m,2H),1.84(m,1H),1.79-1.69(m,2H),0.87(s,9H).HRMS(ESI+):C44H57N6O10S(M+H)+的m/z的计算值为861.3851,实测值为861.3840,C44H56N6O10SNa(M+Na)+的m/z的计算值为883.3671,实测值为883.3683。HPLC-MS(ESI+):m/z 861.0[70%,(M+H)+],883.1[90%,(M+Na)+].HPLC-MS(ESI-):m/z 859.0[20%,M-H-]。
合成方案24:
Figure BDA0002923774840001221
2-(2-(2-(丙-2-炔-1-基氧基)乙氧基)乙氧基)乙-1-醇(SR3-082)。使用三乙二醇(4.49mL,33.62mmol),按照与用于制备SR3-062的方法相同的方法,得到为浅黄色油状的醇SR3-082(2.49g,79%)。1H NMR(500MHz,氯仿-d)δ4.22(d,J=2.4Hz,2H),3.77-3.66(m,10H),3.63(m,2H),2.45(t,J=2.4Hz,1H),2.38(bs,1H).13C NMR(126MHz,CDCl3)δ79.6,74.6,72.5,70.6,70.4,70.3,69.1,61.7,58.4.HRMS(ESI+):C9H17O4(M+H)+的m/z的计算值为189.1121,实测值为189.1126,C9H16O4Na(M+Na)+的m/z的计算值为211.0941,实测值为211.0944。HPLC-MS(ESI+):m/z 189.2[60%,(M+H)+],211.2[70%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001231
3,6,9,12-四氧杂十五-14-炔酸叔丁酯(SR3-096):按照与用于制备SR3-066的方法相同的方法,得到为无色油状物的叔丁基酯SR3-096(0.606g,70%)。1H NMR(500MHz,Chloroform-d)δ4.21(m,2H),4.03(s,2H),3.79-3.60(m,12H),2.44(t,J=2.5Hz,1H),1.48(s,9H).13C NMR(126MHz,CDCl3)δ169.8,81.6,79.8,74.6,70.8,70.7,70.5,69.2,69.2,58.5,28.2.HRMS(ESI+):C15H27O6(M+H)+的m/z的计算值为303.1802,实测值为303.1808,C15H26O6Na(M+Na)+的m/z的计算值为325.1622,实测值为325.1628。HPLC-MS(ESI+):m/z325.2[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001232
15-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-3,6,9,12-四氧杂十五-14-炔酸叔丁酯(SR3-097):按照用于制备SR3-072的方法,使用三乙烯炔SR3-096(0.123g,0.405mmol)和碘-来那度胺衍生物SM2-081(0.100g,0.270mmol),得到为灰白色固体的酯SR3-097(0.134g,61%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.00(s,1H),7.78(dd,J=7.7,1.1Hz,1H),7.73(dd,J=7.7,1.0Hz,1H),7.57(t,J=7.6Hz,1H),5.15(dd,J=13.3,5.1Hz,1H),4.50(d,J=17.7Hz,1H),4.47(s,2H),4.35(d,J=17.7Hz,1H),3.98(s,2H),3.66(m,1H),3.62-3.44(m,11H),2.92(ddd,J=17.3,13.7,5.5Hz,1H),2.68-2.54(m,1H),2.46(m,1H),2.02(m,1H),1.41(s,9H).13C NMR(126MHz,DMSO)δ173.3,171.4,167.9,144.4,134.9,132.6,129.2,123.9,117.9,91.8,81.8,81.1,72.8,70.3,70.2,70.1,70.0,69.2,68.6,60.7,58.6,52.1,47.4,31.7,28.2,22.8.HRMS(ESI+):C28H37N2O9(M+H)+的m/z的计算值为545.2494,实测值为545.2482,C28H36N2O9Na(M+Na)+的m/z的计算值为567.2313,实测值为567.2318。HPLC-MS(ESI+):m/z 567.3[100%,(M+Na)+]。HPLC-MS(ESI-):m/z 543.3[100%,M-H-]。
Figure BDA0002923774840001241
(2S,4R)-1-((2S)-2-(叔丁基)-18-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-4-氧代-6,9,12,15-四氧杂-3-氮杂十八-17-炔酰基)-4-羟基-N-(4-(4-甲基噻唑-5-基)苄基)吡咯烷-2-甲酰胺(SR3-104):使用叔丁基酯SR3-097(0.100g,0.184mmol),按照用于制备炔烃SR3-077的相同两步方法,得到为白色泡沫状物的炔烃SR3-104(0.121g,73%)。中间体SR3-102的分析数据:HPLC-MS(ESI+):m/z 489.2[40%,(M+H)+],511.2[100%,(M+Na)+].HPLC-MS(ESI-):m/z 487.2[20%,M-H-].SR3-104的分析数据:HPLC:>99%[tR=3.0min,70%MeOH,30%水(含有0.1%TFA),20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.00(s,1H),8.98(s,1H),8.59(t,J=6.1Hz,1H),7.77(dd,J=7.6,1.0Hz,1H),7.71(dd,J=7.6,1.0Hz,1H),7.56(t,J=7.6Hz,1H),7.47-7.34(m,4H),5.20-5.11(m,2H),4.56(d,J=9.6Hz,1H),4.53-4.40(m,4H),4.40-4.30(m,2H),4.25(dd,J=15.8,5.6Hz,1H),3.96(s,2H),3.72-3.50(m,16H),3.16(d,J=16.3Hz,1H),2.92(ddd,J=17.2,13.6,5.4Hz,1H),2.68-2.55(m,1H),2.44(s,3H),2.09-1.96(m,2H),1.96-1.85(m,1H),0.94(s,9H).13C NMR(126MHz,DMSO)δ173.3,172.2,171.4,169.6,169.0,167.9,151.9,148.2,144.4,139.9,134.9,132.5,131.6,130.1,129.1,127.9,123.9,117.9,91.8,81.7,70.9,70.3,70.2,70.1,70.0,69.3,69.2,66.8,59.2,58.5,57.0,56.1,55.4,54.1,52.1,47.4,42.1,38.4,36.2,31.7,26.6,22.8,16.4.HRMS(ESI+):C46H57N6O11S(M+H)+的m/z的计算值为901.3801,实测值为901.3806,C46H56N6O11SNa(M+Na)+的m/z的计算值为923.3620,实测值为923.3618。HPLC-MS(ESI+):m/z 901.4[80%,(M+H)+],923.4[90%,(M+Na)+].HPLC-MS(ESI-):m/z899.3[100%,M-H-]。
Figure BDA0002923774840001251
(2S,4R)-1-((2S)-2-(叔丁基)-18-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-4-氧代-6,9,12,15-四氧杂-3-氮杂十八烷酰基)-4-羟基-N-(4-(4-甲基噻唑-5-基)苄基)吡咯烷-2-甲酰胺(SR3-108):使用炔烃前体SR3-104(0.090g,0.099mmol),按照与用于制备SR3-078的方法相同的方法,得到为黄色固体的酰亚胺SR3-108(0.076g,85%)。HPLC:>97%[tR=3.2min,70%MeOH,30%水(含有0.1%TFA),20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.99(s,1H),8.98(s,1H),8.59(t,J=6.0Hz,1H),7.57(t,J=4.3Hz,1H),7.51-7.34(m,7H),5.15(d,J=3.8Hz,1H),5.12(d,J=5.3Hz,1H),4.57(d,J=9.6Hz,1H),4.50-4.33(m,4H),4.33-4.21(m,2H),3.96(s,2H),3.71-3.41(m,14H),3.41-3.34(m,2H),2.93(ddd,J=18.0,13.5,5.4Hz,1H),2.71-2.58(m,3H),2.44(s,3H),2.42-2.34(m,1H),2.14-1.95(m,2H),1.95-1.87(m,1H),1.87-1.74(m,2H),0.94(s,9H).HRMS(ESI+):C46H61N6O11S(M+H)+的m/z的计算值为905.4114,实测值为905.4116,C46H60N6O11SNa(M+Na)+的m/z的计算值为927.3933,实测值为927.3923。HPLC-MS(ESI+):m/z 905.4[40%,(M+H)+],927.4[100%,(M+Na)+].HPLC-MS(ESI-):m/z 903.4[100%,M-H-]。
合成方案25:
Figure BDA0002923774840001261
2-甲基-5-硝基-4H-苯并[d][1,3]噁嗪-4-酮(MA5-162):在微波反应小瓶(10mL)中,将2-氨基-6-硝基苯甲酸(500mg,2.75mmol)和乙酸酐(5mL)在Biotage Initiator微波反应器中于200℃下加热30分钟。冷却后,蒸发过量的乙酸酐,得到深棕色固体(约550mg),将所述固体溶解在EtOAc(约5mL)中。加入己烷(约10mL)并超声处理后,沉淀出浅棕色固体。将悬浮液在4℃下保持1h并过滤。将所得固体用己烷(约20mL)洗涤并风干,得到为米色固体的标题化合物(402mg,71%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ8.06(t,J=8.0Hz,1H),7.93(dd,J=8.0,1.5Hz,1H),7.79(dd,J=8.0,1.1Hz,1H),2.42(s,3H).HPLC-MS(ESI+):m/z 229.1(M+Na)+
Figure BDA0002923774840001271
3-(2-甲基-5-硝基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)哌啶-2,6-二酮(MA5-164):将噁嗪酮MA5-162(4.30g,20.86mmol)和3-氨基哌啶-2,6-二酮盐酸盐(3.78g,22.94mmol)溶解在压力小瓶中的无水乙腈(23mL)中,随后在氩气下加入50%的丙烷膦酸酐在EtOAc中的溶液(T3P溶液)(26.55g)。将小瓶密封并在80℃下加热3天。反应完成后(如通过TLC监测),将温度降至55℃,并小心加入水(30mL)(观察到起泡)。将反应物在55℃下搅拌30分钟,并在室温下搅拌30分钟。滤出沉淀物,并用ACN∶水(1∶1,30mL×2)的混合物洗涤。将沉淀物在高真空下干燥过夜,得到为米色固体的标题化合物(4.83g,73%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.06(s,1H),7.98(t,J=8.0Hz,1H),7.87(dd,J=8.5,1.0Hz,1H),7.81(dd,J=8.0,1.1Hz,1H),5.34(dd,J=12.0,5.5Hz,1H),2.82(ddd,J=17.8,13.2,3.3Hz,1H),2.68(s,3H),2.63-2.53(m,2H),2.24-2.12(m,1H);HPLC-MS(ESI+):m/z 317.2(M+H)+
Figure BDA0002923774840001272
3-(2-甲基-5-硝基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(MA10-064):将戊二酰亚胺MA5-164(2.0g,6.32mmol)悬浮在无水二噁烷(25mL)中,并在氩气下加入(Boc)2O(2.76g,12.65mmol)和DMAP(92.1mg,0.76mmol)。在室温下搅拌20h后,HPLC-MS显示约30%的未反应起始材料。加入额外的(Boc)2O(1.38g,6.32mmol)和DMAP(92.1g,0.76mmol),并将反应物搅拌4小时(TLC现在仅显示痕量未反应的起始材料)。将粗反应混合物在EtOAc(150mL×2)和水(约100mL)之间分配。将有机层用盐水(约50mL)洗涤并蒸发。使用EtOAc/己烷研磨所得粗固体,得到标题产物(1.92g,73%)(通过HPLC-MS测得纯度为90%),其无需进一步纯化即可用于下一步骤。1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ7.92(dd,J=8.3,7.7Hz,1H),7.80(dd,J=8.3,1.1Hz,1H),7.76(dd,J=7.7,1.1Hz,1H),5.53(dd,J=11.9,5.6Hz,1H),2.94(ddd,J=17.2,14.0,5.7Hz,1H),2.77-2.68(m,1H),2.61(s,3H),2.58-2.44(m,1H),2.16(dtd,J=12.8,5.6,2.4Hz,1H),1.41(s,9H).HPLC-MS(ESI+):m/z417.2(M+H)+,833.3(2M+H)+
Figure BDA0002923774840001281
3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(MA10-066):将硝基芳烃MA10-064(1.45g,3.48mmol)溶解在无水THF(20mL)中,并在Pd(OH)2(20%,于碳上,244.5mg,0.35mmol)存在的情况下在氢气气氛下(使用标准加氢气球)搅拌4h。蒸发溶剂并用EtOAc/己烷研磨,得到为米色固体的纯产物MA10-066(1.01g,75%)。1HNMR(500MHz,DMSO-d6):δ7.99(dd,J=8.3,7.6Hz,1H),7.88(dd,J=8.0,1.1Hz,1H),7.87(dd,J=8.0,1.1Hz,2H),7.83(dd,J=8.0,1.1Hz,2H),5.60(dd,J=11.9,5.6Hz,1H),3.01(ddd,J=17.2,14.0,5.7Hz,1H),2.79(ddd,J=17.1,4.5,2.4Hz,1H),2.68(s,3H),2.65-2.53(m,1H),2.27-2.18(m,1H),1.48(s,9H).HPLC-MS(ESI+):m/z 387.2(M+H)+
Figure BDA0002923774840001291
N1,N8-双(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)辛二酰胺(MA10-077):在烘箱干燥的反应瓶中,将苯胺MA10-066溶解在无水DCM(0.4mL)中,并在室温下加入DIPEA(0.165mL,4.0当量)。在室温下搅拌10分钟后,加入(滴加,约50分钟)辛二酰氯(suberoyl chloride)(0.25M,于DCM中的原液,0.948uL,2.20当量),并将反应物在室温下搅拌4.5h。HPLC-MS和TLC分析显示残留有痕量的起始材料。挥发物的蒸发和SiO2柱色谱(梯度DCM-MeOH作为洗脱剂)产生单去叔丁氧羰基(mono-deboc)和双去叔丁氧羰基产物的混合级分。将所有级分合并,并且蒸发后,用1∶1的TFA∶DCM(6mL)混合物处理2h。Boc基团脱保护完成后(如由TLC所示),蒸发挥发物,并使粗产物直接经历SiO2柱色谱(用DCM/MeOH/TEA洗脱),尽管没有分离。因此,使用制备型HPLC纯化粗产物,用MeOH-H2O,0.1%TFA洗脱,得到为浅黄色固体的标题化合物MA10-077(51mg,30%)。注意:虽然1H-NMR和13C-NMR显示了单一产物,但HPLC-MS和HPLC显示了非对映异构体的混合物。HPLC法1:96%[tR=16.3min,梯度5-95%MeOH和水(含有0.1%TFA),20min],HPLC法2:99%[tR1=7.9min,tR2=8.8min,60%MeOH,40%水(含有0.1%TFA),20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.72(s,2H),11.07(s,2H),8.54(dd,J=8.2,2.9Hz,2H),7.75(td,J=8.2,2.8Hz,2H),7.26(dd,J=7.9,3.0Hz,2H),5.31(dd,J=11.7,5.7Hz,2H),2.85(ddd,J=16.4,13.5,5.6Hz,2H),2.76-2.58(m,8H),2.46-2.35(m,4H),2.19(ddd,J=11.4,6.5,4.1Hz,2H),1.70-1.47(m,5H),1.40-1.23(m,5H).HPLC-MS(ESI+):m/z 711.3[(M+H)+],356.2[(M+2H)2+].HRMS(ESI+):C36H39N8O8(M+H)+的m/z的计算值为711.2885,实测值为711.2875。
Figure BDA0002923774840001301
N1,N9-双(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)壬二酰胺(MA10-086):通过使用与针对MA10-077的合成所述的程序相同的程序,使壬二酰氯(azelaoyl chloride)(0.25M,于DCM中,0.942mL)与MA10-066(200mg,2.2当量)反应获得了这种化合物。将所得粗Boc保护的中间体直接经历去保护(在室温下用8mL 1∶1的TFA∶DCM混合物搅拌3h。挥发物蒸发后,将粗产物用SiO2柱色谱(用梯度DCM-MeOH洗脱)纯化。得到为米色固体的标题化合物MA10-086(31mg,18%)。HPLC:97%[tR=16.9min,梯度5-95%MeOH和水(含有0.1%TFA),20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.74(s,2H),11.07(s,2H),8.56(ddd,J=8.3,2.4,1.1Hz,2H),7.76(td,J=8.1,2.1Hz,3H),7.27(ddd,J=8.1,2.2,1.1Hz,2H),5.32(dd,J=11.7,5.7Hz,2H),2.92-2.81(m,2H),2.74-2.61(m,9H),2.45-2.33(m,4H),2.23-2.15(m,2H),1.69-1.51(m,5H),1.35-1.22(m,6H).HPLC-MS(ESI+):m/z 725.3[(M+Na)+],747.3[(M+H)+],363.2[(M+2H)2+].HRMS(ESI+):C37H40N8O8Na(M+Na)+的m/z的计算值为747.2861,实测值为747.2850。
Figure BDA0002923774840001302
N1,N6-双(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)己二酰胺(MA10-088):这是通过使用与针对MA10-077的合成所述的程序相同的程序,使己二酰氯(0.25M,于DCM中,0.940mL)与MA10-066(200mg,2.2当量)反应获得的。将粗Boc保护的中间体直接经历脱保护(在室温下与10mL 1∶1的TFA∶DCM的混合物一起搅拌3h)。挥发物蒸发后,将粗产物用制备型纯化法(用MeOH-H2O,0.1%TFA洗脱)纯化,得到为米色固体的标题化合物MA10-088(51mg,30%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.72(d,J=2.3Hz,2H),11.07(s,2H),8.55(q,J=6.7Hz,2H),7.74(q,J=8.3Hz,2H),7.32-7.20(m,2H),5.32(dd,J=11.7,5.6Hz,2H),2.92-2.82(m,2H),2.76-2.58(m,9H),2.47-2.42(m,3H),2.26-2.13(m,3H),1.73-1.49(m,5H)。注意:非对映异构体显示双峰/重复峰。HPLC-MS(ESI+):m/z 683.3[(M+H)+],342.3[(M+2H)2+].HRMS(ESI+):C34H34N8O8Na(M+Na)+的m/z的计算值为705.2392,实测值为705.2390。
Figure BDA0002923774840001311
N1,N10-双(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)癸二酰胺(MA10-090):通过使用与针对MA10-077的合成所述的程序相同的程序,使癸二酰氯(0.25M,于DCM中,0.937mL)与MA10-066(200mg,2.2当量)反应获得了这种化合物。将粗Boc保护的中间体直接经历脱保护(即在室温下与10mL 1∶1的TFA∶DCM混合物一起搅拌3h)。挥发物蒸发后,将粗产物用SiO2柱色谱(用梯度DCM-MeOH洗脱)纯化。得到为灰白色固体的标题化合物MA10-090(43mg,25%)。HPLC:95%[tR=17.5min,梯度5-95%MeOH和水(含有0.1%TFA),20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.76(s,2H),11.03(s,1H),8.65-8.49(m,2H),7.75(td,J=8.2,1.6Hz,2H),7.26(d,J=8.1Hz,2H),2.85-2.78(m,2H),2.75-2.66(m,2H),2.63(s,6H),2.61-2.57(m,2H),2.41-2.34(m,4H),2.23-2.11(m,2H),1.67-1.55(m,4H),1.33-1.23(m,9H).HPLC-MS(ESI+):m/z 739.4[(M+H)+],370.2[(M+2H)2+].HRMS(ESI+):C38H42N8O8Na(M+Na)+的m/z的计算值为761.3018,实测值为761.3013。
Figure BDA0002923774840001321
3,3’-(((1,4-亚苯基双(亚甲基))双(氮烷二基))双(2-甲基-4-氧代喹唑啉-5,3(4H)-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(MA10-112):在氩气下向无水乙腈(0.6mL)中的1,4-双(溴甲基)苯(20mg,1当量)和MA10-066(64.4mg,2.2当量)加入碘化钾(5mg,0.4当量)。将反应混合物在微波反应器中于80℃下加热2h,然后在100℃下再加热1小时。在未能使用SiO2柱色谱纯化所需产物后,使用制备型HPLC(洗脱剂:MeOH,水,0.1%甲酸)纯化粗产物。得到为灰白色固体的标题化合物MA10-112(14mg,27%)。HPLC:96%[tR=17.3min,梯度5-95%MeOH和水(含有0.1%TFA),20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ10.97(s,2H),8.75(dt,J=6.7,3.2Hz,2H),8.17(s,1H),7.42(t,J=8.1Hz,2H),7.31(brs,4H),6.65(d,J=7.8Hz,2H),6.45(d,J=8.3Hz,2H),5.18(dd,J=11.5,5.8Hz,2H),4.41(d,J=5.8Hz,4H),2.82(ddd,J=16.2,13.4,5.4Hz,2H),2.70-2.57(m,4H),2.56(s,6H),2.20-2.11(m,2H).HPLC-MS(ESI+):n/z 675.3[(M+H)+],338.2[(M+2H)2+].HRMS(ESI+):C36H35N8O6(M+H)+的m/z的计算值为675.2674,实测值为675.2658。
合成方案26:
Figure BDA0002923774840001331
3,3’-(((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(丙烷-3,1-二基))双(2-甲基-4-氧代喹唑啉-5,3(4H)-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(MA10-120):碘芳烃MA10-102由MA10-066合成(方案25)。将Boc保护的戊二酰亚胺MA10-066(0.129mmol,50.00mg)溶解在乙腈(1.5mL)中,并在0℃下加入碘化钾(26.00mg,0.155mmol)、碘化铜(I)(29.6mg,0.155mmol)和碘(39.4mg,0.155mmol)。然后在0℃下在20min内滴加亚硝酸异戊酯,并将反应物在0℃下搅拌30min,然后加热至室温。反应在2h左右完成(如由TLC监测)。向混合物中加入饱和NH4Cl(10ml),然后用EtOAc萃取。将有机层干燥(Na2SO4)并蒸发。将所得固体用DCM研磨,得到MA10-102(49mg,76%),并且无需进一步纯化即可用于下一步骤。MA10-102 HPLC-MS(ESI+):m/z 498[(M+H)+]。使用用于制备SM2-143前体的程序,通过Pd介导的MA10-102与SM2-137的偶联合成双炔烃MA10-104。得到为灰白色固体的双炔烃MA10-104(48mg,46%)。HPLC-MS(ESI+):m/z 877[(M+H+]。使用氢氧化钯(20%,于碳上)在室温下于氢气球下氢化双炔烃MA10-104,得到为灰白色固体的双-Boc-衍生物MA10-106(36mg,81%)。MA10-106HPLC-MS(ESI+):m/z 885[(M+H)+]。将双-Boc-衍生物MA10-106溶解在无水DCM(1mL)中,并将TFA(1mL)加入溶液中。将反应物在室温下搅拌2h。HPLC-MS证实起始材料完全消耗。蒸发溶剂和TFA。使用制备型HPLC(洗脱剂:MeOH,水0.1%甲酸)纯化粗混合物,得到为灰白色固体的标题化合物MA10-120(21mg,80%)。HPLC:98%[tR=16.5min,梯度5-95%MeOH和水(含有0.1%TFA),20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.01(s,2H),7.66(t,J=8.0Hz,2H),7.45(d,J=8.1Hz,2H),7.25(d,J=7.5Hz,2H),5.21(dd,J=11.6,5.7Hz,2H),3.51-3.46(m,5H),3.42-3.33(m,5H),3.21-3.12(m,4H),2.89-2.79(m,2H),2.68-2.63(m,1H),2.62(s,6H),2.57-2.52(m,1H),2.18-2.11(m,2H),1.78-1.67(m,4H).HPLC-MS(ESI+):m/z 685.3[(M+H)+],343.2[(M+2H)2+].HRMS(ESI+):C36H40N6O8(M+Na)+的m/z的计算值为707.2800,实测值为707.2785。
Figure BDA0002923774840001341
N1,N7-双(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)庚烷二酰胺(MA10-121):类似于针对MA10-90所述的程序,由MA10-066和庚二酰氯制备双-(Boc-戊二酰亚胺)MA10-093。通过以与针对MA10-120所述的方法相似的方法,使用TFA∶DCM(1∶1,2mL)对中间体MA10-093(36mg,1当量)去保护来制备标题化合物MA10-121。使用EtOAc和己烷研磨粗产物,得到为白色粉末的标题化合物(15mg,31%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.73(brs,2H),11.06(s,2H),8.54(dd,J=8.3,4.4Hz,2H),7.75(td,J=8.2,3.0Hz,2H),7.27(dd,J=8.1,2.2Hz,2H),5.31(dd,J=11.7,5.7Hz,2H),2.84(ddd,J=16.4,13.7,5.6Hz,2H),2.74-2.67(m,2H),2.64(s,6H),2.62-2.54(m,2H),2.41(dd,J=8.1,6.3Hz,4H),2.18(ddt,J=11.8,5.9,3.3Hz,2H),1.64(p,J=7.4Hz,4H),1.38(q,J=7.7,5.3Hz,2H).HPLC-MS(ESI+):m/z 697.3[(M+H)+].HRMS(ESI+):C35H36N8O8Na+(M+Na)+的m/z的计算值为719.2548,实测值为719.2539。
Figure BDA0002923774840001351
3,3’-(((吡啶-2,6-二基双(亚甲基))双(氮烷二基))双(2-甲基-4-氧代喹唑啉-5,3(4H)-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(MA10-126):这通过使用针对MA10-112的合成所述的程序,使2,6-双(溴甲基)吡啶(30mg,1当量)与MA10-066(96.3mg,2.2当量)反应来制备。使用制备型HPLC(洗脱剂:MeOH,水,0.1%甲酸)纯化产物。得到为灰白色固体的标题化合物(3.9mg,5%)。HPLC:93%[tR=15.3min,梯度5-95%MeOH和水(含有0.1%TFA),20min].HPLC-MS(ESI+):m/z 676.3[(M+H)+],338.8[(M+2H)2+]。
Figure BDA0002923774840001352
3,3’-((((氧基双(乙烷-2,1-二基))双(氧基))双(丙-1-炔-3,1-二基))双(2-甲基-4-氧代喹唑啉-5,3(4H)-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(MA10-153):以类似于针对SM2-143前体所述的方法,使用MA10-102和SM2-137制备二聚体MA10-132。MA10-132 HPLC-MS(ESI+):m/z 921.4[(M+H)+]。通过以与针对MA10-120所述的方法相似的方法,使用TFA∶DCM(1∶1,2mL)对Boc-中间体MA10-132(10.33mg,0.11mmol)去保护来合成二聚体MA10-153。用DCM和己烷研磨粗混合物,得到为浅黄色固体的标题化合物MA10-153(6.2mg,77%)。HPLC:98%[tR=14.5min,梯度5-95%MeOH和水(含有0.1%TFA),20min].1H NMR(500MHz,DMSO-d6):δ11.02(s,2H),7.73(td,J=7.9,2.0Hz,2H),7.59-7.54(m,4H),5.23(dd,J=11.5,5.6Hz,2H),4.44(s,4H),3.59(t,J=4.7Hz,8H),2.89-2.78(m,2H),2.69-2.56(m,10H),2.20-2.10(m,2H).HPLC-MS(ESI+):m/z 721.4[(M+H)+],361.3[(M+2H)2+].HRMS(ESI+):C38H36N6O9NH4(M+NH4)+的m/z的计算值为738.2882,实测值为738.2868。
合成方案27:
Figure BDA0002923774840001361
3-(4-硝基-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(EC1-134):将2-(溴甲基)-3-硝基苯甲酸甲酯(4.0g,14.6mmol,1.0当量)加入到3-氨基哌啶-2,6-二酮.HCl(3.4g,20.4mmol,1.4当量)和DIPEA(6.4mL,2.5当量)在无水DMF(37mL)中的溶液中,并将溶液在50℃下于氩气下搅拌过夜。将形成的紫色悬浮液冷却至室温,并减压除去溶剂。将残留物用MeOH(约20mL)研磨,过滤并用MeOH(3×10mL)进一步洗涤,得到为灰色固体的3-(4-硝基-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(EC1-134)(3.7g,88%),并且无需进一步纯化即可用于下一步骤。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.04(s,1H),8.48(dd,J=8.2,1.0Hz,1H),8.20(dd,J=7.5,1.0Hz,1H),7.86(t,J=7.8Hz,1H),5.19(dd,J=13.3,5.2Hz,1H),4.92(d,J=19.2Hz,1H),4.81(d,J=19.2Hz,1H),2.98-2.86(m,1H),2.67-2.53(m,2H),2.07-1.99(m,1H);HPLC-MS(ESI-):m/z 288.2[100%,(M-H)+],576.1[20%,(2M-2H)2+]。(参见WO2013/126394)。
Figure BDA0002923774840001371
3-(4-硝基-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-017):将戊二酰亚胺3-(4-硝基-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮EC1-134(2.0g,6.9mmol,1.0当量)悬浮在无水二噁烷(20mL)中,然后加入DMAP(168mg,0.2当量),并将混合物在氩气下搅拌2-3分钟。逐滴加入Boc2O(4.5g,20.7mmol,3.0当量)在无水二噁烷(20mL)中的溶液,并将反应物在室温下搅拌1.5小时。将残留物在EtOAc(50mL)和H2O(50mL)之间分配,并将所述两相分离。将有机相用盐水(100mL)洗涤,干燥(MgSO4),过滤,并减压蒸发溶剂。将粗物质通过柱色谱(0-100%EtOAc∶己烷,1%Et3N)纯化,得到为橙色泡沫的3-(4-硝基-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-017)(1.5g,56%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.27(dd,J=8.2,0.9Hz,1H),7.99(dd,J=7.5,1.0Hz,1H),7.64(t,J=7.8Hz,1H),5.20(dd,J=13.4,5.2Hz,1H),4.73(d,J=19.2Hz,1H),4.62(d,J=19.2Hz,1H),2.96-2.87(m,1H),2.63-2.54(m,1H),2.50-2.37(m,1H),1.92-1.82(m,1H),1.27(s,9H);HPLC-MS(ESI+):m/z 290.1[60%,(M-Boc+H)+],412.2[60%,(M+Na)+],801.3[100%,(2M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001372
3-(4-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-019):对Pd(OH)2(10%,于碳上,253mg,0.1当量)在无水THF(10mL)中的悬浮液脱气15分钟,将系统抽真空并用H2再充入(3次),然后在H2气氛下保持5分钟。将3-(4-硝基-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-017)(1.4g,3.60mmol,1.0当量)在无水THF(50mL)中的脱气溶液缓慢加入到悬浮液中,并将反应物在室温下在H2气氛下搅拌3小时。将悬浮液通过
Figure BDA0002923774840001382
(约2英寸)过滤,并用THF(约50mL)洗涤。减压蒸发溶剂,并将残留物通过柱色谱(0-100%EtOAc∶己烷,1%Et3N)纯化,得到为黄色固体的3-(4-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯EC2-019(1.1g,72%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.20(t,J=7.7Hz,1H),6.93(dd,J=7.5,0.9Hz,1H),6.81(dd,J=7.9,0.9Hz,1H),5.45(s,2H),5.35(dd,J=13.4,5.1Hz,1H),4.24(d,J=16.8Hz,1H),4.11(d,J=16.8Hz,1H),3.20-3.09(m,1H),2.86-2.77(m,1H),2.44-2.32(m,1H),2.15-2.06(m,1H),1.49(s,9H);HPLC-MS(ESI+):m/z 260.2[100%,(M-Boc+H)+],719.3[80%,(2M+H)+],741.3[20%,(2M+Na)+]。
一般程序A:
将3-(4-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯EC2-019(150mg,0.42mmol,2.1当量)悬浮在无水CH2Cl2(1.5mL)中,加入双酰氯(0.2mmol,1.0当量)和DIPEA(70μL,0.42mmol,2.1当量),并将悬浮液在微波反应器中于60℃下加热1小时。减压除去溶剂,并将残留物通过柱色谱(0-100%EtOAc∶己烷,1%Et3N)纯化,得到相应的Boc保护的二聚体。
Figure BDA0002923774840001381
3,3’-((庚二酰基双(氮烷二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-139):按照一般程序A,由庚二酰氯(39mg,0.2mmol,1.0当量)获得呈白色固体的该化合物(101mg,60%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.77(s,2H),7.84(d,J=7.6Hz,2H),7.54-7.44(m,4H),5.39(dd,J=13.4,5.1Hz,2H),4.42(dd,J=17.4,4.6Hz,2H),4.36(d,J=17.4Hz,2H),3.17-3.08(m,2H),2.83-2.75(m,2H),2.49-2.34(m,6H),2.13-2.02(m,2H),1.67(m,4H),1.49(s,18H),1.44-1.35(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z643.3[75%,(M-2Boc+H)+],865.3[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001391
3,3’-((戊二酰基双(氮烷二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-143):按照一般程序A,由戊二酰氯(26μL,0.2mmol,1.0当量)获得呈白色固体的该化合物(113mg,69%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.88(s,2H),8.00-7.88(m,2H),7.60-7.52(m,4H),5.44(ddd,J=13.5,5.4,1.4Hz,2H),4.48(d,J=17.4Hz,2H),4.42(d,J=17.4Hz,2H),3.16-3.21(m,2H),2.82-2.86(m,2H),2.54-2.42(m,4H),2.18-2.08(m,2H),2.08-1.97(m,2H),1.54(s,18H),1.36-1.26(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z615.3[85%,(M-2Boc+H)+],837.4[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001401
3,3’-((己二酰基双(氮烷二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-142):按照一般程序A,由己二酰氯(29μL,0.2mmol,1.0当量)获得呈白色固体的该化合物(92mg,56%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.86(s,2H),7.91(dd,J=7.4,1.5Hz,2H),7.61-7.52(m,4H),5.45(dd,J=13.4,5.1Hz,2H),4.49(d,J=17.2Hz,2H),4.42(d,J=17.2Hz,2H),3.26-3.13(m,2H),2.89-2.78(m,2H),2.54-2.40(m,5H),2.17-2.10(m,1H),1.78-1.71(m,3H),1.54(s,18H),1.38-1.27(m,3H);HPLC-MS(ESI+):m/z629.3[100%,(M-2Boc+H)+],851.3[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001402
3,3’-((辛二酰基双(氮烷二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-140):按照一般程序A,由辛二酰氯(36μL,0.2mmol,1.0当量)获得呈白色固体的该化合物(108mg,63%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.77(s,2H),7.84(dd,J=7.5,1.6Hz,2H),7.55-7.45(m,4H),5.39(dd,J=13.4,5.1Hz,2H),4.42(d,J=17.5Hz,2H),4.36(d,J=17.5Hz,2H),3.18-3.09(m,2H),2.83-2.74(m,2H),2.48-2.41(m,2H),2.41-2.34(m,4H),2.15-2.04(m,2H),1.68-1.58(m,4H),1.49(s,18H),1.41-1.34(m,4H);HPLC-MS(ESI+):m/z 657.3[100%,(M-2Boc+H)+],879.4[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001411
3,3’-(((顺-环己烷-1,4-二羰基)双(氮烷二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-146):按照一般程序A由顺-环己烷-1,4-二羰酰氯(42mg,0.2mmol,1.0当量)获得呈白色固体的该化合物(110mg,64%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.74(s,2H),7.89(dd,J=7.4,1.6Hz,2H),7.61-7.52(m,4H),5.45(dd,J=12.8,5.6Hz,2H),4.49(d,J=17.5Hz,2H),4.42(d,J=17.5Hz,2H),3.25-3.14(m,2H),2.90-2.80(m,2H),2.72-2.66(m,2H),2.55-2.47(m,2H),2.20-2.01(m,2H),2.11-2.01(m,4H),1.74(m,4H),1.54(s,18H);HPLC-MS(ESI+):m/z 655.3[80%,(M-2Boc+H)+],877.4[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001412
3,3’-(((反-环己烷-1,4-二羰基)双(氮烷二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-147):按照一般程序A,由EC2-019(50mg,0.14mmol,2.1当量)、无水CH2Cl2(0.5mL)、DIPEA(24μL,0.14mmol,2.1当量)和反-环己烷-1,4-二羰酰氯(15mg,0.07mmol,1.0当量)获得呈白色固体的该化合物(30mg,50%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.77(s,2H),7.87(dd,J=7.2,1.7Hz,2H),7.55-7.48(m,4H),5.40(dd,J=13.4,5.1Hz,2H),4.44(d,J=17.5Hz,2H),4.38(d,J=17.5Hz,2H),3.21-3.10(m,3H),2.86-2.77(m,2H),2.49-2.40(m,4H),2.15-2.05(m,2H),2.05-1.92(m,4H),1.56-1.51(m,2H),1.50(s,18H),1.29-1.23(m,1H);HPLC-MS(ESI+):m/z 655.3[100%,(M-2Boc+H)+],877.4[40%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001421
3,3’-((壬二酰基双(氮烷二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-144):按照程序A,由EC2-019(50mg,0.14mmol,2.1当量))、无水CH2Cl2(0.5mL)、DIPEA(24μL,0.14mmol,2.1当量)和壬二酰氯(14μL,0.07mmol,1.0当量)获得呈浅黄色固体的该化合物(26mg,43%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.77(s,2H),7.84(dd,J=7.3,1.6Hz,2H),7.55-7.43(m,4H),5.39(dd,J=13.4,5.2Hz,2H),4.42(d,J=17.4Hz,2H),4.35(d,J=17.4Hz,2H),3.20-3.07(m,3H),2.85-2.75(m,2H),2.48-2.29(m,7H),2.16-2.01(m,2H),1.66-1.57(m,4H),1.49(s,18H),1.39-1.29(m,4H);HPLC-MS(ESI+):m/z 671.3[80%,(M-2Boc+H)+],893.4[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001431
3,3’-((癸二酰基双(氮烷二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-145):按照一般程序A,由EC2-019(50mg,0.14mmol,2.1当量)、无水CH2Cl2(0.5mL)、DIPEA(24μL,0.14mmol,2.1当量)和癸二酰氯(11μL,0.07mmol,1.0当量)获得呈灰白色固体的该化合物(28mg,45%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.77(s,2H),7.84(dd,J=7.3,1.6Hz,2H),7.56-7.43(m,4H),5.39(dd,J=13.4,5.1Hz,2H),4.42(d,J=17.4Hz,2H),4.35(d,J=17.4Hz,2H),3.20-3.07(m,2H),2.84-2.75(m,2H),2.48-2.30(m,7H),2.13-2.04(m,2H),1.68-1.56(m,4H),1.49(s,18H),1.36-1.20(m,7H);HPLC-MS(ESI+):m/z 685.4[60%,(M-2Boc+H)+],907.4[100%,(M+Na)+]。
一般程序B
将Boc保护的二聚体(0.1mmol)溶解在TFA(2mL)中,并将溶液在室温下搅拌2小时。减压除去TFA,并将形成的残留物通过用MeOH研磨纯化,得到最终的双戊二酰亚胺衍生物。
Figure BDA0002923774840001432
N1,N5-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)戊二酰胺(EC1-148):按照一般程序B,由EC1-143(113mg,0.14mmol)获得呈白色固体的该化合物(84mg,99%)。Mp=236℃(摄氏度);HPLC:98%[tR=6.8min,梯度MeOH-水5%-95%(含有0.1%TFA),20min];1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.02(s,2H),9.82(s,2H),7.85(ddd,J=7.1,3.4,2.0Hz,2H),7.59-7.44(m,4H),5.14(ddd,J=13.3,5.1,2.5Hz,2H),4.40(dd,J=17.6,2.9Hz,2H),4.34(dd,J=17.6,1.5Hz,2H),2.95-2.87(m,2H),2.65-2.54(m,2H),2.49-2.42(m,4H),2.38-2.23(m,2H),2.05-1.89(m,4H);HPLC-MS(ESI+):m/z 615.2[100%,(M+H)+];HRMS(ESI+):C31H30N6O8(M+H)+的m/z的计算值为615.2125,实测值为615.1999。
Figure BDA0002923774840001441
N1,N6-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)己二酰胺(EC1-149):按照一般程序B,由EC1-142(90mg,0.11mmol)获得呈白色固体的该化合物(68mg,99%)。Mp=260℃(摄氏度);HPLC:99%[tR=6.8min,梯度MeOH-水5%-95%(含有0.1%TFA),20min];1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.02(s,2H),9.80(s,2H),7.82(dd,J=7.4,2.2Hz,2H),7.54-7.46(m,4H),5.14(ddd,J=13.3,5.1,1.4Hz,2H),4.40(d,J=17.5Hz,2H),4.34(dd,J=17.5,1.6Hz,2H),2.96-2.87(m,2H),2.67-2.54(m,2H),2.46-2.28(m,6H),2.07-1.97(m,2H),1.73-1.63(m,4H);HPLC-MS(ESI+):m/z 629.2[80%,(M+H)+],651.3[100%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C32H32N6O8的m/z的计算值为651.2174(M+Na)+,实测值为651.2159。
Figure BDA0002923774840001451
N1,N7-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)庚烷二酰胺(EC1-141):按照一般程序,B由EC1-139(100mg,0.12mmol)获得呈白色固体的该化合物(72mg,94%)。Mp=260℃(摄氏度);HPLC:96%[tR=6.9min,梯度MeOH-水5%-95%(含有0.1%TFA),20min];1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.02(s,2H),9.77(s,2H),7.82(dt,J=7.5,1.4Hz,2H),7.55-7.43(m,4H),5.14(dd,J=13.3,5.2Hz,2H),4.39(dd,J=17.5,2.8Hz,2H),4.34(d,J=17.5Hz,2H),2.97-2.86(m,2H),2.67-2.54(m,2H),2.42-2.29(m,6H),2.05-1.97(m,2H),1.70-1.61(m,4H),1.45-1.35(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z 643.2[100%,(M+H)+],665.2[20%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C33H34N6O8的m/z的计算值为665.2330(M+Na)+,实测值为665.2329。
Figure BDA0002923774840001452
N1,N8-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)辛二酰胺(EC1-150):按照一般程序B,由EC1-140(105mg,0.12mmol)获得呈白色固体的该化合物(78mg,99%)。Mp=260℃(摄氏度);HPLC:98%[tR=6.8min,梯度MeOH-水5%-95%(含有0.1%TFA),20min];1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.02(s,2H),9.77(s,2H),7.82(dd,J=7.3,1.6Hz,2H),7.54-7.43(m,4H),5.15(dd,J=13.3,5.1Hz,2H),4.39(d,J=17.6Hz,2H),4.34(d,J=17.6Hz,2H),2.98-2.85(m,2H),2.67-2.53(m,2H),2.42-2.27(m,6H),2.08-1.98(m,2H),1.71-1.56(m,4H),1.45-1.27(m,4H);HPLC-MS(ESI+):m/z 657.3[100%,(M+H)+],679.3[40%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C34H36N6O8的m/z的计算值为679.2487(M+Na)+,实测值为679.2480。
Figure BDA0002923774840001461
(顺)-N1-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-N4-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-3-氧代异吲哚啉-4-基)环己烷-1,4-二甲酰胺(EC1-153):按照一般程序B,在用MeOH(3次,约6mL)研磨后,由EC1-146(110mg,0.13mmol)获得呈白色固体的该化合物(14mg,16%)。Mp=263℃(摄氏度);HPLC:100%[tR=6.8min,梯度MeOH-水5%-95%(含有0.1%TFA),20min];1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.02(s,2H),9.68(s,2H),7.80(dt,J=7.1,1.6Hz,2H),7.53-7.47(m,4H),5.15(dd,J=13.3,5.3Hz,2H),4.40(d,J=17.4Hz,2H),4.34(dd,J=17.4,1.6Hz,2H),2.98-2.86(m,2H),2.67-2.54(m,6H),2.42-2.30(m,1H),2.08-1.91(m,6H),1.68(d,J=12.4Hz,3H);HPLC-MS(ESI+):m/z 655.3[60%,(M+H)+],677.3[60%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C34H34N6O8的m/z的计算值为655.2511(M+Na)+,实测值为655.2505。
Figure BDA0002923774840001471
(反)-N1,N4-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)环己烷-1,4-二甲酰胺(EC1-154):按照一般程序B,由EC1-147(30mg,0.04mmol)获得呈浅黄色固体的该化合物(21mg,91%)。Mp=263℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.03(s,2H),9.76(s,2H),7.84(dd,J=7.2,1.7Hz,2H),7.59-7.40(m,4H),5.16(dd,J=13.3,5.2Hz,2H),4.41(d,J=17.5Hz,2H),4.35(d,J=17.5Hz,2H),2.98-2.88(m,2H),2.68-2.56(m,2H),2.48-2.44(m,2H),2.41-2.33(m,2H),2.12-1.90(m,5H),1.59-1.47(m,3H),1.30-1.21(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z 655.2[40%,(M+H)+];HRMS(ESI+):C34H34N6O8(M+H)+的m/z的计算值为655.2509,实测值为655.2485。
Figure BDA0002923774840001472
N1,N9-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)壬二酰胺(EC1-151):按照一般程序B,由EC1-144(26mg,0.03mmol)获得呈黄色固体的该化合物(20mg,99%)。MP=196-198℃;HPLC:94%[tR=13.2min,MeOH 95%和水5%(含0.1%TFA),20min];1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.02(s,2H),9.76(s,2H),7.81(dd,J=7.3,1.7Hz,2H),7.56-7.44(m,4H),5.15(dd,J=13.3,5.1Hz,2H),4.39(d,J=17.5Hz,2H),4.33(d,J=17.5Hz,2H),2.97-2.84(m,2H),2.67-2.56(m,2H),2.44-2.30(m,6H),2.10-1.97(m,2H),1.68-1.56(m,4H),1.40-1.26(m,6H);HPLC-MS(ESI+):m/z 693.4[40%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C35H38N6O8的m/z的计算值为693.2643(M+Na)+,实测值为693.2640。
Figure BDA0002923774840001481
N1,N10-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)癸二酰胺(EC1-152):按照一般程序B,由EC1-145(28mg,0.03mmol)获得呈黄色固体的该化合物(21mg,95%)。Mp=227℃(摄氏度);HPLC:89%[tR=13.7min,MeOH 95%和水5%(含有0.1%TFA),20min];1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.02(s,2H),9.76(s,2H),7.81(dd,J=7.3,1.7Hz,2H),7.55-7.42(m,4H),5.15(dd,J=13.3,5.2Hz,2H),4.39(d,J=17.5Hz,2H),4.33(d,J=17.5Hz,2H),2.98-2.88(m,2H),2.68-2.56(m,2H),2.40-2.29(m,5H),2.09-1.98(m,2H),1.67-1.56(m,4H),1.40-1.17(m,9H);HPLC-MS(ESI+):m/z 685.4[100%,(M+H)+];HRMS(ESI+):C36H40N6O8的m/z的计算值为707.2800(M+Na)+,实测值为707.2799。
合成方案28:
Figure BDA0002923774840001491
2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-硝基异吲哚啉-1,3-二酮(EC1-078):将4-硝基异苯并呋喃-1,3-二酮(2.0g,10mmol,1.0当量)加入到3-氨基哌啶-2,6-二酮.HCl(1.9g,11mmol,1.1当量)和乙酸钾(2.9g,30mmol,3.0当量)在乙酸(30mL)中的混合物中,并将混合物在120℃搅拌过夜。将反应冷却至室温,并减压除去溶剂。将形成的无定形固体在H2O(约30mL)搅拌1小时,得到棕色固体,将其过滤并在60℃下于高真空下干燥1小时。固体无需进一步纯化即可使用(2.4g,73%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.18(s,1H),8.36(dd,J=8.1,0.9Hz,1H),8.25(dd,J=7.6,0.9Hz,1H),8.13(t,J=7.8Hz,1H),5.21(dd,J=13.0,5.4Hz,1H),2.85-2.80(m,1H),2.67-2.58(m,1H),2.58-2.51(m,1H),2.13-2.06(m,1H);HPLC-MS(ESI+):m/z 304.2[100%,(M+H)+]。(参见US 9365640。)
Figure BDA0002923774840001492
3-(4-硝基-1,3-二氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC1-091):将2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-硝基异吲哚啉-1,3-二酮(EC1-078)(2.0g,6.6mmol,1.0当量)、二碳酸二叔丁酯(2.1g,9.8mmol,1.5当量)和DMAP(78mg,0.6mmol,0.1当量)在室温下于二噁烷(12mL)中搅拌过夜。将混合物用EtOAc(约30mL)稀释并用H2O(约30mL)洗涤。收集有机相,用盐水(约30mL)洗涤,干燥(MgSO4),过滤,并减压除去溶剂。将粗混合物通过柱色谱(0-100%EtOAc∶己烷,1%Et3N))纯化,得到为黄色泡沫的3-(4-硝基-1,3-二氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC1-091)(2.0g,75%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.38(dd,J=8.1,0.9Hz,1H),8.26(dd,J=7.6,0.9Hz,1H),8.14(dd,J=8.1,7.5Hz,1H),5.50(dd,J=13.0,5.3Hz,1H),3.11-3.07(m,1H),2.82-2..78(m,1H),2.66-2.53(m,1H),2.18-2.08(m,1H),1.49(s,9H);HPLC-MS(ESI+)和(ESI-):m/z 829.2[30%,(2M+Na)+],402.2[100%,(M-H)+]。(参见Man,H.-W.等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,13:3415-3417,2003。)
Figure BDA0002923774840001501
3-(4-氨基-1,3-二氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC1-093):将碳上的钯(10%)(531mg,0-1当量)在无水THF(5mL)中的悬浮液脱气15分钟,将系统抽真空并用H2再填充(3次),然后在H2气氛下保持5分钟。将3-(4-硝基-1,3-二氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC1-091)(2.0g,5.0mmol,1.0当量)在无水THF(5mL)中的脱气溶液缓慢加入到悬浮液中,并将反应物在室温下于H2气氛下搅拌2小时。将悬浮液通过
Figure BDA0002923774840001502
(约2英寸)过滤并用THF(50mL)洗涤。减压蒸发溶剂,得到深绿色固体(1.7g,91%),所述固体无需进一步纯化即可使用。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.49(dd,J=8.5,7.0Hz,1H),7.06-7.00(m,2H),6.56(s,2H),5.33(dd,J=13.0,5.4Hz,1H),3.13-3.10(m,1H),2.82-2.79(m,,1H),2.65-2.59(m,1H),2.03-2.09(m,1H),1.49(s,9H);HPLC-MS(ESI+):m/z 274.2[100%,(M-Boc+H)+],769.3[50%,(2M+Na)+]。(参见WO2017/197055。)
Figure BDA0002923774840001511
3,3’-((庚二酰基双(氮烷二基))双(1,3-二氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-114):按照一般程序A,由EC1-093(200mg,0.54mmol,2.1当量)、无水CH2Cl2(2.0mL)、DIPEA(92μL,0.54mmol,2.1当量)和庚二酰氯(53mg,0.26mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(46mg,20%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.72(brs,2H),8.47(d,J=8.3Hz,2H),7.84(dd,J=8.3,7.2Hz,2H),7.63(d,J=7.2Hz,2H),5.43(dd,J=13.0,5.4Hz,2H),3.13-3.10(m,2H),2.84-2.79(m,2H),2.67-2.55(m,2H),2.52-2.43(m,2H),2.12-2.08(m,2H),1.71-1.67(m,2H),1.63-1.51(m,2H),1.49(s,18H),1.46-1.35(m,2H),1.34-1.20(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z 671.3[40%,(M-2Boc+H)+],893.3[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001512
3,3’-((戊二酰基双(氮烷二基))双(1,3-二氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-108):按照一般程序A,由EC1-093(100mg,0.27mmol,2.1当量)、无水CH2Cl2(1.0mL)、DIPEA(46μL,0.27mmol,2.1当量)和戊二酰氯(17μL,0.13mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(20mg,18%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.77(s,2H),8.47(dd,J=8.3,0.8Hz,2H),7.85(dd,J=8.3,7.3Hz,2H),7.64(dd,J=7.3,0.8Hz,2H),5.43(dd,J=13.0,5.3Hz,2H),3.12-3.08(m,2H),2.85-2.74(m,2H),2.63-2.55(m,4H),2.14-2.10(m,2H),2.04-1.93(m,2H),1.49(s,18H),1.31-1.21(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z643.2[40%,(M-2Boc+H)+],865.3[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001521
3,3’-((己二酰基双(氮烷二基))双(1,3-二氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-115):按照一般程序A,由EC1-093(200mg,0.54mmol,2.1当量)、无水CH2Cl2(2.0mL)、DIPEA(92μL,0.54mmol,2.1当量)和己二酰氯(38μL,0.2mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(10mg,4%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.72(s,2H),8.48(d,J=8.3Hz,2H),7.84(dd,J=8.3,7.3Hz,2H),7.63(dd,J=7.3,0.8Hz,2H),5.43(dd,J=13.0,5.3Hz,2H),3.13-3.09(m,2H),2.85-2.76(m,2H),2.67-2.58(m,2H),2.57-2.52(m,2H),2.16-2.08(m,1H),1.74-1.70(m,4H),1.49(s,18H),1.36-1.04(m,3H);HPLC-MS(ESI+):m/z 657.1[50%,(M-2Boc+H)+],879.3[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001531
3,3’-((辛二酰基双(氮烷二基))双(1,3-二氧代吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-122):按照一般程序A,由EC1-093(100mg,0.27mmol,2.1当量)、无水CH2Cl2(1.0mL)、DIPEA(46μL,0.27mmol,2.1当量)和辛二酰氯(26μL,0.13mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(60mg,52%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.70(s,2H),8.47(dd,J=8.4,0.8Hz,2H),7.84(dd,J=8.4,7.3Hz,2H),7.63(dd,J=7.3,0.8Hz,2H),5.43(dd,J=13.8,5.5Hz,2H),3.11(ddd,J=17.5,13.8,5.5Hz,2H),2.85-2.76(m,2H),2.67-2.57(m,2H),2.50-2.48(m,3H),2.16-2.08(m,1H),1.66-1.62(m,4H),1.49(s,18H),1.43-1.35(m,4H),1.28-1.24(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z 685.3[60%,(M-2Boc+H)+],907.3[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001532
3,3’-(((顺-环己烷-1,4-二羰基)双(氮烷二基))双(1,3-二氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-126):按照一般程序A,由EC1-093(100mg,0.27mmol,2.1当量)、无水CH2Cl2(1.0mL)、DIPEA(46μL,0.27mmol,2.1当量)和顺-环己烷-1,4-二羰酰氯(27mg,0.13mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(35mg,31%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.78(s,2H),8.51(d,J=8.3Hz,2H),7.84(ddd,J=8.3,7.4,4.9Hz,2H),7.63(dd,J=7.4,0.7Hz,2H),5.44(dd,J=13.5,5.4Hz,2H),3.10(ddd,J=17.4,13.5,5.5Hz,2H),2.85-2.69(m,3H),2.63-2.59(m,1H),2.12-2.09(m,1H),2.05-2.00(m,3H),1.80-1.77(m,4H),1.49(s,18H),1.28-1.21(m,2H),1.05(t,J=7.2Hz,2H);HPLC-MS(ESI-):m/z 881.3[30%,(M-H)+]。
Figure BDA0002923774840001541
3,3′-(((反-环己烷-1,4-二羰基)双(氮烷二基))双(1,3-二氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-128):按照一般程序A,由EC1-093(100mg,0.27mmol,2.1当量)、无水CH2Cl2(1.0mL)、DIPEA(46μL,0.27mmol,2.1当量)和反-环己烷-1,4-二羰酰氯(27mg,0.13mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(52mg,45%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.79(s,2H),8.48(d,J=8.3Hz,2H),7.86(dd,J=8.4,7.3Hz,2H),7.65(dd,J=7.3,0.8Hz,2H),5.45(dd,J=13.5,5.4Hz,2H),3.11(ddd,J=17.5,13.5,5.6Hz,2H),2.86-2.78(m,2H),2.68-2.53(m,6H),2.13-2.08(m,4H),1.57-1.53(m,3H),1.49(s,18H),1.20-1.24(m,1H);HPLC-MS(ESI+):m/z 683.3[20%,(M-2Boc+H)+],905.4[40%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001551
3,3’-((壬二酰基双(氮烷二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-123):按照一般程序A,由EC1-093(100mg,0.27mmol,2.1当量)、无水CH2Cl2(1.0mL)、DIPEA(46μL,0.27mmol,2.1当量)和壬二酰氯(26μL,0.13mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(59mg,51%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.70(s,2H),8.47(dd,J=8.4,0.8Hz,2H),7.84(dd,J=8.4,7.3Hz,2H),7.63(dd,J=7.3,0.8Hz,2H),5.43(dd,J=13.5,5.4Hz,2H),3.11(ddd,J=17.5,13.5,5.5Hz,2H),2.83-2.79(m,2H),2.67-2.55(m,2H),2.49-2.46(m,4H),2.16-2.08(m,1H),1.68-1.59(m,5H),1.49(s,18H),1.38-1.34(m,6H);HPLC-MS(ESI+):m/z 699.3[20%,(M-2Boc+H)+],921.4[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001552
3,3’-((癸二酰基双(氮烷二基))双(1,3-二氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC1-127):按照一般程序A,由EC1-093(100mg,0.27mmol,2.1当量)、无水CH2Cl2(1.0mL)、DIPEA(46μL,0.27mmol,2.1当量)和癸二酰氯(21μL,0.13mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(11mg,9%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.78(s,2H),8.51(d,J=8.4Hz,2H),7.85(dd,J=8.4,7.3Hz,2H),7.63(dd,J=7.3,0.7Hz,2H),5.44(dd,J=13.5,5.5Hz,2H),3.10(ddd,J=17.4,13.5,5.5Hz,2H),2.86-2.69(m,5H),2.67-2.54(m,3H),2.15-2.09(m,1H),2.00-1.92(m,4H),1.83-1.78(m,5H),1.49(s,18H),1.29-1.22(m,2H),1.05(t,J=7.2Hz,2H);HPLC-MS(ESI+)和(ESI-):m/z 935.4[20%,(M+Na)+],911.3[20%,(M-H)+]。
Figure BDA0002923774840001561
N1,N5-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)戊二酰胺(EC1-117):按照一般程序B,由EC1-108(20mg,0.024mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(10mg,66%)。HPLC:98%[tR=14.6min,梯度MeOH-水5%-95%(含有0.1%TFA),20min];1HNMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.05(s,2H),9.67(s,2H),8.37(d,J=8.4Hz,2H),7.75(dd,J=8.4,7.3Hz,2H),7.53(d,J=7.3Hz,2H),5.05(dd,J=13.5,5.5Hz,2H),2.80(ddd,J=17.1,13.5,5.4Hz,2H),2.56-2.37(m,7H),2.00-1.85(m,5H);HPLC-MS(ESI+):m/z 643.2[100%,(M+H)+],665.2[60%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C31H26N6O10的m/z的计算值为665.1603(M+Na)+,实测值为665.1600。
Figure BDA0002923774840001562
N1,N6-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)己二酰胺(EC1-120):按照一般程序B,由EC1-115(8mg,0.01mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(42mg,71%)。HPLC:86%[tR=14.9min,梯度MeOH-水5%-95%(含有0.1%TFA),20min;1HNMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.14(s,2H),9.71(s,2H),8.52-8.44(m,2H),7.83(dd,J=8.5,7.3Hz,2H),7.61(d,J=7.3Hz,2H),5.14(dd,J=13.5,5.4Hz,2H),2.90(ddd,J=17.0,13.5,5.4Hz,2H),2.66-2.52(m,5H),2.50-2.46(m,1H),2.10-2.02(m,2H),1.75-1.71(m,3H),1.27-1.05(m,3H);HPLC-MS(ESI+):m/z 657.2[40%,(M+H)+],679.3[100%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C32H28N6O10的m/z 的计算值为679.1759(M+Na)+,实测值为679.1763。
Figure BDA0002923774840001571
N1,N7-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)庚烷二酰胺(EC1-119):按照一般程序B,由EC1-114(46mg,0.05mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(28mg,82%)。HPLC:96%[tR=15.5min,梯度MeOH-水5%-95%(含有0.1%TFA),20min];1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.14(s,2H),9.71(s,2H),8.47(d,J=8.4Hz,2H),7.83(dd,J=8.4,7.2Hz,2H),7.61(d,J=7.2Hz,2H),5.15(dd,J=13.5,5.4Hz,2H),2.90(ddd,J=16.9,13.5,5.4Hz,2H),2.67-2.53(m,4H),2.50-2.45(m,4H),2.12-2.05(m,2H),1.72-1.64(m,4H),1.40-1.50(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z 671.2[100%,(M+H)+],693.2[20%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C33H30N6O10的m/z的计算值为693.1916(M+Na)+,实测值为693.1920。
Figure BDA0002923774840001581
N1,N8-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)辛二酰胺(EC1-130):按照一般程序B,由EC1-122(56mg,0.06mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(40mg,99%)。HPLC:100%[tR=16.1min,梯度MeOH-水5%-95%(含有0.1%TFA),20min];1HNMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.15(s,2H),9.70(s,2H),8.47(d,J=8.4Hz,2H),7.83(dd,J=8.4,7.2Hz,2H),7.61(d,J=7.2Hz,2H),5.15(dd,J=13.5,5.4Hz,2H),2.90(ddd,J=17.0,13.5,5.4Hz,2H),2.66-2.53(m,3H),2.50-2.47(m,5H),2.10-2.05(m,2H),1.70-1.65(m,4H),1.43-1.34(m,4H);HPLC-MS(ESI+):m/z 685.3[100%,(M+H)+],707.2[80%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C34H36N6O8的m/z的计算值为679.2487(M+Na)+,实测值为679.2480。
Figure BDA0002923774840001582
(顺)-N1,N4-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)环己烷-1,4-二甲酰胺(EC1-133):按照一般程序B,在用MeOH(3次,约6mL)研磨后,由EC1-126(110mg,0.13mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(20mg,99%)。HPLC:95%[tR=15.7min,梯度MeOH-水5%-95%(含有0.1%TFA),20min];1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.15(s,1H),9.78(s,1H),8.51(d,J=8.1Hz,1H),7.84(dd,J=8.5,7.3Hz,1H),7.62(dd,J=7.3,0.8Hz,1H),5.15(dd,J=13.5,5.4Hz,1H),2.89(ddd,J=17.0,13.8,5.4Hz,2H),2.79-2.73(m,2H),2.66-2.53(m,4H),2.11-2.05(m,2H),2.0-1.91(m,3H),1.81-1.75(m,3H),1.29-1.12(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z 683.2[40%,(M+H)+],705.3[30%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C34H30N6O10的m/z的计算值为705.1916(M+Na)+,实测值为705.1916。
Figure BDA0002923774840001591
(反)-N1,N4-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)环己烷-1,4-二甲酰胺(EC1-135):按照一般程序B,由EC1-128(50mg,0.06mmol,1.0当量)获得呈灰色固体的该化合物(35mg,92%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.16(s,2H),9.78(s,2H),8.48(d,J=8.3Hz,2H),7.85(dd,J=8.3,7.3Hz,2H),7.63(d,J=7.3Hz,2H),5.16(dd,J=13.5,5.5Hz,2H),2.90(ddd,J=17.1,13.5,5.5Hz,2H),2.60-2.50(m,6H),2.20-2.10(m,6H),1.61-1.50(m,4H);HPLC-MS(ESI+):m/z 683.2[40%,(M+H)+];HRMS(ESI+):C34H30N6O10的m/z的计算值为705.1916(M+Na)+,实测值为705.1913。
Figure BDA0002923774840001601
N1,N9-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)壬二酰胺(EC1-131):按照一般程序B,由EC1-123(49mg,0.05mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(35mg,99%)。HPLC:99%[tR=16.7min,MeOH 95%和水5%(含有0.1%TFA),20min];1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.15(s,2H),9.69(s,2H),8.47(d,J=8.4Hz,2H),7.83(dd,J=8.4,7.3Hz,2H),7.61(d,J=7.3Hz,2H),5.15(dd,J=13.5,5.4Hz,2H),2.90(ddd,J=17.1,13.5,5.4Hz,2H),2.66-2.54(m,4H),2.50-2.35(m,5H),2.02-2.15(m,2H),1.69-1.58(m,4H),1.39-1.34(m,5H);HPLC-MS(ESI+):m/z 699.3[20%,(M+H)+],721.2[20%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C35H34N6O10的m/z 的计算值为721.2229(M+Na)+,实测值为721.2236。
Figure BDA0002923774840001602
N1,N10-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)癸二酰胺(EC1-132):按照一般程序B,由EC1-127(9mg,0.01mmol,1.0当量)获得呈黄色固体的该化合物(5mg,77%)。HPLC:98%[tR=17.2min,MeOH 95%和水5%(含有0.1%TFA),20min];1HNMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.15(s,2H),9.69(s,2H),8.47(d,J=8.4Hz,2H),7.83(dd,J=8.4,7.4Hz,2H),7.61(d,J=7.3Hz,2H),5.15(dd,J=13.5,5.4Hz,2H),2.90(ddd,J=17.0,13.5,5.4Hz,2H),2.67-2.53(m,4H),2.50-2.48(m,4H),2.12-1.98(m,2H),1.70-1.62(m,3H),1.11-1.35(m,9H);HPLC-MS(ESI+):m/z 713.4[60%,(M+H)+],735.3[80%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C36H36N6O10(M+Na)+的m/z的计算值为735.2385,实测值为735.2396。
合成方案29:
Figure BDA0002923774840001611
3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-2-甲基苯甲酸甲酯(EC1-094):在0℃下将叔丁基二甲基甲硅烷酰氯(2.0g,13mmol,1.1当量)加入到3-羟基-2-甲基苯甲酸甲酯(2.0g,12mmol,1.0当量)和咪唑(2.0g,30mmol,2.5当量)在DMF(7mL)中的溶液中,并将反应物在室温下搅拌过夜。将混合物用EtOAc(50mL)稀释,并用冰冷的H2O(50mL)洗涤。将有机相用盐水(100mL)洗涤,干燥(MgSO4),过滤,并减压蒸发溶剂,得到为浅棕色液体的3-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-2-甲基苯甲酸甲酯(EC1-094)(3.3g,98%),其无需纯化即可用于下一步骤。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.13(dd,J=7.8,1.2Hz,1H),6.98(t,J=7.9Hz,1H),6.82(dd,J=8.1,1.2Hz,1H),3.60(s,3H),2.10(s,3H),0.78(s,9H),0.00(s,6H);HPLC-MS(ESI+):m/z 281.3[100%,(M+H)+],303.2[80%,(M+Na)+]。(参见WO2018/85247。)
Figure BDA0002923774840001621
2-(溴甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)苯甲酸甲酯(EC1-095):将N-溴琥珀酰亚胺(2.3g,13mmol,1.1当量)加入到3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-2-甲基苯甲酸甲酯(EC1-094)(3.3g,12mmol,1.0当量)和2,2′-偶氮双(2-甲基丙腈(194mg,1.2mmol,0.1当量)在苯(20mL)中的溶液中,并将混合物回流过夜。将悬浮液冷却至室温,减压蒸发溶剂,并将残留物在EtOAc(50mL)和H2O(50mL)之间分配。将有机相用盐水(100mL)洗涤,干燥(MgSO4),过滤,并减压蒸发溶剂。将残留物通过柱色谱(0-100%EtOAc∶己烷)纯化,得到为黄色油状物的2-(溴甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)苯甲酸甲酯(EC1-095)(3.1g,73%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.28(dd,J=7.9,1.2Hz,1H),7.20(t,J=8.0Hz,1H),6.98(dd,J=8.2,1.2Hz,1H),4.78(s,2H),3.68(s,3H),0.86(s,9H),0.12(s,6H);HPLC-MS(ESI+):m/z 381.1和383.1[100%,(M+Na)+],741.2和743.2[20%,(2M+Na)+]。(参见WO2018/85247。)
Figure BDA0002923774840001622
(S)-5-氨基-4-(4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸甲酯(EC1-155):将(S)-4,5-二氨基-5-氧代戊酸甲酯(610mg,3.1mmol,1.1当量)加入到2-(溴甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)苯甲酸酯(EC1-095)(1.0g,2.8mmol,1.0当量)在乙腈(10mL)中的溶液中。然后加入DIPEA(1.2mL,5.6mmol,2.1当量),并将悬浮液在40℃下搅拌过夜。将悬浮液冷却至室温,减压蒸发溶剂,并将残留物在EtOAc(20mL)和1M HCl(20mL)之间分配。将有机相用饱和NaHCO3(20mL)、盐水(50mL)洗涤,干燥(MgSO4),过滤,并减压蒸发溶剂。将残留物通过柱色谱(0-10%MeOH∶CH2Cl2)纯化,得到为黄色油状物的(S)-5-氨基-4-(4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸甲酯(EC1-155-B3,EC2-151)(520mg,46%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.35(s,1H),7.16(t,J=7.7Hz,1H),7.08(dd,J=7.5,0.8Hz,1H),6.94(s,1H),6.83(dd,J=8.0,0.8Hz,1H),4.49(dd,J=10.4,4.9Hz,1H),4.24(d,J=17.3Hz,1H),4.09(d,J=17.3Hz,1H),3.24(s,3H),2.07-2.01(m,2H),1.99-1.91(m,1H),1.86-1.76(m,1H),0.75(s,9H),0.01(s,3H),0.00(s,3H);HPLC-MS(ESI+):m/z 407.2[100%,(M+H)+],835.5[50%,(2M+H)+]。(参见WO2018/85247。)
Figure BDA0002923774840001631
(S)-5-氨基-4-(4-羟基-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸甲酯(EC1-156):将碳酸钾(510mg,3.7mmol,0.5当量)加入到(S)-5-氨基-4-(4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸甲酯(EC1-155)(3.0g,7.4mmol,1.0当量)在DMF(10mL)和H2O(1mL)中的溶液中,并将反应物在室温下搅拌40分钟。加入盐酸(12N,0.6mL,7.4mmol,1.0当量)和乙腈(10mL),过滤悬浮液,并将滤液减压浓缩。将残留物在高真空下干燥过夜,得到为稠橙色油状物的(S)-5-氨基-4-(4-羟基-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸甲酯(EC1-156)(2.1g,99%),其无需纯化即可用于下一步骤。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.02(s,1H),7.55(s,1H),7.29(t,J=7.7Hz,1H),7.17(s,1H),7.14(dd,J=7.5,0.8Hz,1H),6.97(dd,J=8.0,0.9Hz,1H),4.71(dd,J=10.5,4.8Hz,1H),4.46(d,J=17.4Hz,1H),4.30(d,J=17.4Hz,1H),3.49(s,3H),2.28-2.22(m,2H),2.21-2.13(m,1H),2.09-1.97(m,1H);HPLC-MS(ESI+)和(ESI-):m/z 293.2[100%,(M+H)+],315.1[100%,(M+Na)+],607.2[80%,(2M+Na)+],291.1[100%,(M-H)+]。(参见WO2014/39960。)
Figure BDA0002923774840001641
(S)-5-氨基-4-(4-((4-(溴甲基)苄基)氧基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸甲酯(EC1-157):将碳酸钾(141mg,1.02mmol,3.0当量)加入到(S)-5-氨基-4-(4-羟基-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸酯(EC1-156)(100mg,0.34mmol,1.0当量)在乙腈(4mL)中的溶液中,然后加入1,4-双(溴甲基)苯(269mg,1.02mmol,3.0当量),并将反应物在50℃下搅拌2小时。将粗残留物悬浮在1∶1混合物(MeOH∶CH2Cl2,10mL)中,过滤,并将滤液减压蒸发。将残留物通过柱色谱(0-10%MeOH∶CH2Cl2)纯化,得到为浅黄色油状物的(S)-5-氨基-4-(4-((4-(溴甲基)苄基)氧基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸甲酯(EC1-157)(90mg,56%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.58(s,1H),7.51-7.42(m,5H),7.29(ddd,J=8.1,5.5,0.8Hz,2H),7.20(s,1H),5.26(s,2H),4.76-4.69(m,3H),4.55(d,J=17.6Hz,1H),4.43(d,J=17.6Hz,1H),3.51(s,3H),2.30-2.16(m,3H),2.12-2.04(m,1H);HPLC-MS(ESI+):m/z971.2和973.2[50%,(2M+Na)+]。(参见US2018/224435。)
Figure BDA0002923774840001651
4,4′-(((((哌嗪-1,4-二基双(亚甲基))双(4,1-亚苯基))双(亚甲基))双(氧基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))(4S,4′S)-双(5-氨基-5-氧代戊酸)二甲酯(EC1-163):将哌嗪(18mg,0.21mmol,1.0当量)加入到(S)-5-氨基-4-(4-((4-(溴甲基)苄基)氧基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸甲酯(EC1-157)(200mg,0.42mmol,2.1当量)在CH2Cl2(1.5mL)中的溶液中,然后加入DIPEA(73μL,2.1当量)并将反应物在室温下搅拌5小时。减压除去溶剂,将残留物溶解在CH2Cl2(10mL)中,并用饱和NaHCO3(10mL)洗涤。将有机相用盐水(10mL)洗涤,干燥(MgSO4),过滤,并减压蒸发溶剂。将残留物通过柱色谱(0-20%MeOH∶CH2Cl2)纯化,得到为浅黄色固体的4,4′-(((((哌嗪-1,4-二基双(亚甲基))双(4,1-亚苯基))双(亚甲基))双(氧基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))(4S,4′S)-双(5-氨基-5-氧代戊酸甲酯)(EC1-163)(120mg,66%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.59(s,2H),7.48-7.41(m,6H),7.35-7.27(m,8H),7.18(s,2H),5.22(s,4H),4.72(dd,J=10.5,4.9Hz,2H),4.53(d,J=17.7Hz,2H),4.40(d,J=17.7Hz,2H),3.50(s,4H),2.46-2.29(m,6H),2.28-2.22(m,3H),2.23-2.15(m,2H),2.11-2.03(m,3H),1.28-1.22(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z 875.4[100%,(M+H)+]。
Figure BDA0002923774840001652
(4-(4-(((2-((S)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苄基)-1l4-哌嗪-1-基)(4-(((2-((S)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苯基)甲基磺酸甲酯(EC1-168):在0℃下将KOtBu(24mg,0.2mmol,2.0当量)在THF(0.5mL)中的溶液缓慢加入到4,4′-(((((哌嗪-1,4-二基双(亚甲基))双(4,1-亚苯基))双(亚甲基))双(氧基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))(4S,4′S)-双(5-氨基-5-氧代戊酸)二甲酯(EC1-163)(95mg,0.1mmol,1.0当量)在无水THF(1.0mL)中的溶液中,并搅拌30分钟。在相同温度下缓慢加入盐酸(0.2mL 1.0M水溶液),然后将混合物用饱和NaHCO3(10mL)碱化。将残留物用CH2Cl2(3×20mL)萃取,干燥(MgSO4),过滤,并减压除去溶剂,得到EC1-168的游离碱(35mg)。将EC1-168的游离碱(35mg,0.04mmol,1.0当量)悬浮在MeOH(5mL)中,加入甲基磺酸(2.9mg,0.03mmol,1.0当量),并将混合物在室温下搅拌30分钟。蒸发溶剂,得到为浅黄色固体的最终磺酸酯(EC1-168)(39mg,两个步骤得率为43%);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.97(s,2H),9.45(s,1H),7.67-7.39(m,8H),7.35-7.25(m,6H),5.34-5.19(m,4H),5.12(dd,J=13.3,5.1Hz,2H),4.42(d,J=17.5Hz,2H),4.34(brs,2H),4.26(d,J=17.5Hz,2H),3.62-3.44(m,3H),3.14-3.01(m,2H),2.97-2.86(m,4H),2.65-2.54(m,3H),2.47-2.36(m,4H),2.30(s,3H),2.04-1.95(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z 811.4[100%,(M+H)+];HRMS(ESI+):C46H46N6O8(M+H)+的m/z的计算值为811.3450,实测值为811.3448。
合成方案30:
Figure BDA0002923774840001661
Figure BDA0002923774840001671
3,3′-(((1,4-亚苯基双(亚甲基))双(氮烷二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC2-034):将1,4-双(溴甲基)苯(70mg,0.26mmol,1.0当量)加入到3-(4-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-019)(200mg,0.56mmol,2.0当量)的悬浮液中。然后加入在THF(1.2mL)中的碘化钾(40mg,0.22mmol,0.4当量)和DIPEA(94μL,0.56mmol,2.0当量),并将悬浮液在微波反应器中于100℃下加热1小时。减压除去溶剂,并将残留物通过柱色谱(0-100%EtOAc∶己烷,1%Et3N)纯化,得到为浅黄色固体的3,3′-(((1,4-亚苯基双(亚甲基))双(氮烷二基)双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基)双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC2-157,EC2-034-B2)(104mg,47%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.34(s,4H),7.20(t,J=7.7Hz,2H),6.92(d,J=7.4Hz,2H),6.65(d,J=8.1Hz,2H),6.40-6.33(m,2H),5.35(dd,J=13.4,5.0Hz,2H),4.40-4.28(m,6H),4.19(d,J=17.1Hz,2H),3.15(ddd,J=18.2,13.5,5.6Hz,2H),2.86-2.78(m,2H),2.44-2.33(m,2H),2.14-2.07(m,2H),1.49(s,18H);HPLC-MS(ESI+):m/z 621.3[100%,(M-2Boc+H)+],721.4[100%,(M-Boc+H)+],843.3[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001681
3,3′-(((1,4-亚苯基双(亚甲基))双(氮烷二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(EC2-035-B2或EC2-183):将3,3′-(((1,4-亚苯基双(亚甲基))双(氮烷二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC2-034)(170mg,0.20mmol)溶解在TFA(2mL)中,并将溶液在室温下搅拌1小时。减压除去TFA,并用MeOH(3×5mL)研磨残留物,得到为浅黄色固体的最终二聚体(EC2-035)(100mg,81%)。1HNMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.08(s,2H),7.40(s,4H),7.26(t,J=7.8Hz,2H),6.98(d,J=7.4Hz,2H),6.71(d,J=8.1Hz,2H),6.40(s,2H),5.18(dd,J=13.3,5.1Hz,2H),4.46-4.40(m,4H),4.36(d,J=17.2Hz,2H),4.24(d,J=17.2Hz,2H),3.06-2.92(m,2H),2.74-2.65(m,2H),2.47-2.30(m,2H),2.15-2.07(m,2H);HPLC-MS(ESI+)和(ESI-):m/z 621.2[100%,(M+H)+]和619.0[10%,(M-H)+];HRMS(ESI+):C34H32N6O8的m/z计算值为643.2276(M+Na)+,实测值为643.2254。
合成方案31:
Figure BDA0002923774840001682
Figure BDA0002923774840001691
2-(溴甲基)-5-硝基苯甲酸甲酯(EC2-053):将N-溴琥珀酰亚胺(5.0g,28mmol,1.1当量)加入到2-甲基-5-硝基苯甲酸甲酯(5.0g,25mmol,1.0当量)和AIBN(410mg,2.5mmol,0.1当量)在苯(40mL)中的溶液中,并将混合物回流过夜。将悬浮液冷却至室温,减压蒸发溶剂,并将残留物在EtOAc(50mL)和H2O(50mL)之间分配。将有机相用盐水(100mL)洗涤,干燥(MgSO4),过滤,并减压蒸发溶剂。将残留物通过柱色谱(0-100%EtOAc∶己烷)纯化,得到为灰白色固体的2-(溴甲基)-5-硝基苯甲酸甲酯(EC2-053)(5.9g,84%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.59(d,J=2.6Hz,1H),8.43(dd,J=8.5,2.6Hz,1H),7.91(d,J=8.5Hz,1H),5.10(s,2H),3.94(s,3H);HPLC-MS(ESI+):m/z 296.0和298.0[40%,(M+Na)+]。(参见WO2017/197056。)
Figure BDA0002923774840001692
3-(6-硝基-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(EC2-046-B3):将3-氨基哌啶-2,6-二酮.HCl(420mg,2.6mmol,1.4当量)加入到2-(溴甲基)-5-硝基苯甲酸甲酯EC2-053(500mg,1.8mmol,1.0当量)在DMF(5mL)中的溶液中,然后加入DIPEA(0.8mL,4.6mmol,2.5当量),并将悬浮液在50℃下搅拌2小时。将混合物冷却至室温,减压蒸发溶剂。将残留物用MeOH(50mL)研磨,过滤,并用MeOH(50mL)进一步洗涤,得到为紫色固体的3-(6-硝基-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(EC2-046)(340mg,65%),其无需进一步纯化即可用于下一步骤。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.04(s,1H),8.51(dd,J=8.3,2.2Hz,1H),8.42(d,J=2.2Hz,1H),7.93(d,J=8.4Hz,1H),5.18(dd,J=13.3,5.2Hz,1H),4.66(d,J=18.6Hz,1H),4.53(d,J=18.6Hz,1H),2.99-2.87(m,1H),2.67-2.59(m,1H),2.48-2.36(m,1H),2.10-2.03(m,1H);HPLC-MS(ESI+)和(ESI-):m/z 290.0[100%,(M+H)+],601.2[100%,(2M+Na)+],288.1[100%,(M-H)+]。(参见WO2017/197056。)
Figure BDA0002923774840001701
3-(6-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(EC2-058):将Pd(OH)2(10%,于碳上,366mg,0.1当量)在无水DMF(45mL)中的悬浮液脱气15分钟,将系统抽真空并用H2再填充(3次),然后在H2气氛下持续5分钟。将3-(6-硝基-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(EC2-046)(1.5g,5.2mmol,1.0当量)在无水DMF(45mL)中的脱气溶液缓慢加入悬浮液中,并将反应物在室温下于H2气氛下搅拌过夜。将悬浮液通过
Figure BDA0002923774840001702
(约2英寸)过滤,并用EtOAc(约50mL)洗涤。减压蒸发溶剂,并将残留物通过柱色谱(0-20%MeOH∶CH2Cl2)纯化,得到为紫色固体的3-(6-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(EC2-058)(400mg,30%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.94(s,1H),7.22(d,J=8.1Hz,1H),6.87(d,J=2.0Hz,1H),6.83(dd,J=8.1,2.2Hz,1H),5.33(s,2H),5.04(dd,J=13.3,5.1Hz,1H),4.25(d,J=16.3Hz,1H),4.13(d,J=16.3Hz,1H),2.66-2.55(m,2H),2.41-2.33(m,1H),2.04-1.93(m,1H);HPLC-MS(ESI+)和(ESI-):m/z 260.1[100%,(M+H)+],519.2[100%,(2M+H)+],258.2[100%,(M-H)+]。(参见WO2017/197056。)
Figure BDA0002923774840001703
N1,N5-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-3-氧代异吲哚啉-5-基)戊二酰胺(EC2-060):将戊二酰氯(12μL,0.09mmol,1.0当量)和DIPEA(33μL,0.19mmol,2.1当量)加入到3-(6-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮((EC2-058)(50mg,0.19mmol,2.1当量)在DMF(0.5mL)中的悬浮液中,并将混合物在微波反应器中于100℃加热2小时。然后加入甲醇(5mL),并通过过滤收集形成的沉淀物。用甲醇(5×5mL)研磨,得到为灰白色固体的最终的二聚体(EC2-060)(12mg,22%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.98(s,2H),10.17(s,2H),8.12(s,2H),7.77-7.67(m,2H),7.53(d,J=8.2Hz,2H),5.10(dd,J=13.2,5.1Hz,2H),4.40(d,J=17.0Hz,2H),4.28(d,J=17.0Hz,2H),2.96-2.87(m,2H),2.66-2.57(m,2H),2.47-2.36(m,6H),2.09-1.89(m,4H);HPLC-MS(ESI+)和(ESI-):m/z 615.3[20%,(M+H)+]和613.4[40%,(M-H)+];HRMS(ESI+):C31H30N6O8(M+H)+的m/z的计算值为615.2198,实测值为615.2187。
Figure BDA0002923774840001711
N1,N8-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-3-氧代异吲哚啉-5-基)辛二酰胺(EC2-063):将辛二酰氯(34μL,0.19mmol,1.0当量)和DIPEA(66μL,0.39mmol,2.0当量)加入到3-(6-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(EC2-058)(100mg,0.39mmol,2.1当量)在DMF(1.0mL)中的悬浮液中,并将混合物在微波反应器中于100℃下加热1小时。减压除去溶剂,将残留物通过柱色谱(0-100%EtOAc∶己烷,然后0-2%MeOH∶CH2Cl2)纯化,得到为灰白色固体的最终的二聚体(EC2-063)(12mg,10%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.98(s,2H),10.10(s,2H),8.10(d,J=2.0Hz,2H),7.71(dd,J=8.2,2.0Hz,2H),7.52(d,J=8.2Hz,2H),5.09(dd,J=13.2,5.1Hz,2H),4.40(d,J=17.0Hz,2H),4.27(d,J=17.0Hz,2H),2.96-2.85(m,2H),2.67-2.56(m,2H),2.44-2.30(m,6H),2.06-1.97(m,2H),1.68-1.57(m,4H),1.41-1.29(d,J=24.1Hz,4H);HRMS(ESI+):C34H36N6O8(M+H)+的m/z的计算值为657.2667,实测值为657.2666。
合成方案32:
Figure BDA0002923774840001721
3,3’-(癸-1,9-二炔-1,10-二基双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC2-084):将二氯化钯(II)双(三苯基膦)(4.4mg,0.06mmol)和碘化铜(I)(1mg,0.06mmol)溶解在无水DMF(1mL)中,并且使氩气鼓泡通过混合物约10分钟。加入3-(4-碘-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(100mg,0.21mmol,2.1当量)和癸-1,9-二炔(17μL,0.1mmol,1.0当量),然后加入TEA(0.25mL)。将反应物在90℃搅拌过夜。减压蒸发溶剂,将粗残留物用EtOAc(约10mL)稀释,并通过
Figure BDA0002923774840001722
的短塞过滤。蒸发溶剂,并将残留物通过柱色谱(0-100%EtOAc∶己烷,1%Et3N)纯化,得到为浅黄色固体的3,3′-(癸-1,9-二炔-1,10-二基双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC2-084)(31mg,38%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.71(d,J=6.4Hz,2H),7.62(d,J=7.7Hz,2H),7.51(td,J=7.6,1.5Hz,2H),5.36(dd,J=13.4,5.2Hz,2H),4.48(dd,J=17.6,3.1Hz,2H),4.32(d,J=17.6Hz,2H),3.19-3.07(m,2H),2.83-2.74(m,3H),2.60-2.53(m,2H),2.12-2.04(m,2H),1.68-1.55(m,4H),1.53-1.50(m,2H),1.48(s,18H),1.32-1.22(s,3H),0.89-0.81(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z 619.3[100%,(M-2Boc+H)+],841.4[100%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001731
3,3′-(癸烷-1,10-二基双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC2-090):将Pd(OH)2(10%,于碳上,20mg,0.1当量)在无水THF(5mL)中的悬浮液脱气15分钟,将系统抽真空并用H2再填充(3次),然后在H2气氛下保持5分钟。将3,3′-(癸-1,9-二炔-1,10-二基双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC2-084)(64mg,0.08mmol,1.0当量)在无水THF(5mL)中的脱气溶液缓慢加入到悬浮液中,并将反应物在50℃下于H2气氛下搅拌3小时。将悬浮液通过
Figure BDA0002923774840001732
(约2英寸)过滤,并用EtOAc(约10mL)洗涤。减压蒸发溶剂,并将残留物通过柱色谱(0-100%EtOAc∶己烷)纯化,得到为灰白色固体的3,3′-(癸烷-1,10-二基双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC2-090)(17mg,26%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.75-7.69(m,2H),7.65-7.62(m,2H),7.55-7.51(m,2H),5.36(d,J=13.2,5.4Hz,2H),4.45(d,J=17.1Hz,2H),4.31-4.24(m,2H),3.16-3.09(m,3H),2.80-2.70(m,6H),2.28-2.18(m,6H),2.12-2.03(m,5H),2.12-2.04(m,5H),1.28-1.23(m,3H);HPLC-MS(ESI+)和(ESI-):m/z627.4[100%,(M-2Boc+H)+],649.3[50%,(M-2Boc+Na)+],625.2[100%,(M-2Boc-H)+]。
Figure BDA0002923774840001741
3,3′-(癸-1,9-二炔-1,10-二基双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(EC2-086):将3,3’-(癸-1,9-二炔-1,10-二基双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC2-084)(30mg,0.036mmol,1.0当量)溶解在TFA(2.0mL)中,并将溶液在室温下搅拌1小时。减压除去溶剂,并用MeOH(2×5mL)研磨残留物,得到为浅黄色固体的最终的二聚体(EC2-086)(22mg,98%)。HPLC:96%[tR=16.6min,梯度MeOH-水5%-95%(含有0.1%TFA)],20min;1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.99(s,2H),7.70(ddd,J=7.7,2.6,1.0Hz,2H),7.62(ddd,J=7.7,2.2,1.0Hz,2H),7.50(td,J=7.6,2.3Hz,2H),5.14(dd,J=13.3,5.1Hz,2H),4.45(dd,J=17.6,3.6Hz,2H),4.31(d,J=17.6Hz,2H),2.95-2.86(m,2H),2.67-2.55(m,2H),2.48-2.34(m,4H),2.02-(m,2H),1.67-1.45(m,8H),1.24(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z 619.2[50%,(M+H)+];HRMS(ESI+):C36H34N4O6的m/z计算值为641.2371(M+Na)+,实测值为641.2361。
Figure BDA0002923774840001742
3,3’-(癸烷-1,10-二基双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(EC2-093):将3,3’-(癸烷-1,10-二基双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(EC2-090)(17mg,0.027mmol,1.0当量)溶解在TFA(1.0mL)中,并将溶液在室温下搅拌2小时。减压除去溶剂,并用MeOH(2×5mL)和己烷(2×5mL)研磨残留物,得到为白色固体的最终的二聚体(EC2-093)(4mg,24%)。HPLC:>95%[tR=17.4min,梯度MeOH-水5%-95%(含有0.1%TFA)],20min;1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.98(s,2H),7.56(dd,J=4.9,3.7Hz,2H),7.48-7.43(m,4H),5.13(dd,J=13.3,5.1Hz,2H),4.46(d,J=17.1Hz,2H),4.30(d,J=17.1Hz,2H),2.93(ddd,J=18.1,13.7,5.4Hz,2H),2.67-2.60(m,4H),2.47-2.34(m,2H),2.07-1.96(m,2H),1.59(s,4H),1.38-1.18(m,14H);HPLC-MS(ESI+):m/z 649.3[40%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C36H42N4O6的m/z计算值为649.2997(M+Na)+,实测值为649.2985。
合成方案33:
Figure BDA0002923774840001751
Figure BDA0002923774840001761
癸-9-炔酸(EC2-094):在0℃下将Jones试剂(2M,1.78mL,3.56mmol,1.1当量)滴加到癸-9-炔-1-醇(500mg,3.24mmol,1.0当量)在丙酮(32mL)中的溶液中,并将反应物在此温度下搅拌30分钟。移走冰浴,将反应物在室温下搅拌1小时。减压除去溶剂,将残留物在EtOAc(20mL)和H2O(20mL)之间分配,分离两相,并将有机相用NaHCO3(3×20mL)洗涤。收集水相,通过加入1M HCl酸化至pH=1,并用EtOAc(3×20mL)再次萃取残留物。将这些有机萃取物干燥(MgSO4),蒸发溶剂,得到为浅黄色油状物的癸-9-炔酸(EC2-094)(480mg,88%)。1HNMR(500MHz,CDCl3-d)δ2.28(t,J=7.5Hz,2H),2.11(td,J=7.1,2.7Hz,2H),1.87(t,J=2.7Hz,1H),1.57(p,J=7.6Hz,2H),1.50-1.41(m,2H),1.38-1.20(m,6H)。(参见Morcillo等人,J.Org.Chem.,76:2277-81,2011。)
Figure BDA0002923774840001762
己-5-炔酸(EC2-103):以与EC2-094相同的方式由己-5-炔-1-醇(318mg,3.24mmol,1.0当量)制备,得到为浅黄色油状物的己-5-炔酸(EC2-103)(293mg,81%)。1HNMR(500MHz,CDCl3-d)δ2.45(t,J=7.4Hz,2H),2.23(td,J=6.9,2.7Hz,2H),1.91(t,J=2.7Hz,1H),1.80(p,J=7.1Hz,2H)。(参见Earl;V.,J.Org.Chem.,49:4786-4800,1984。)
Figure BDA0002923774840001763
3-(4-(癸-9-炔酰胺)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-095):将3-(4-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-019)(128mg,0.36mmol,1.0当量)和癸-9-炔酸(EC2-094)(90mg,0.54mmol,1.5当量)溶解在DMF(3mL)中。然后加入HATU(140mg,0.36mmol,1.0当量)和DIPEA(192μL,1.1mmol,3.0当量),并将反应在室温下搅拌过夜。将混合物用EtOAc(10mL)稀释,用NH4Cl(10mL)、NaHCO3(2×10mL)、盐水(10mL)洗涤,干燥(MgSO4),过滤,减压除去溶剂,得到为白色固体的3-(4-(癸-9-炔酰胺)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-095-B2,EC2-098)(174mg,95%),其无需进一步纯化即可用于下一步骤。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.76(s,1H),7.84(dd,J=7.2,1.7Hz,1H),7.55-7.47(m,2H),5.39(dd,J=13.4,5.1Hz,1H),4.42(d,J=17.4Hz,1H),4.35(d,J=17.4Hz,1H),3.14(ddd,J=18.2,13.5,5.4Hz,1H),2.85-2.76(m,1H),2.74-2.72(m,1H),2.39-2.34(m,1H),2.21-2.06(m,4H),1.66-1.58(m,2H),1.49(s,9H),1.47-1.21(m,9H);HPLC-MS(ESI+):m/z 410.2[100%,(M-Boc+H)+]。
Figure BDA0002923774840001771
3-(4-(己-5-炔酰胺)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-104):将3-(4-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-019)(256mg,0.70mmol,1.0当量)和己-5-炔酸(EC2-103)(123mg,1.1mmol,1.5当量)溶解在DMF(6mL)中。然后加入HATU(280mg,0.70mmol,1.0当量)和DIPEA(384μL,1.1mmol,3.0当量),并将混合物在室温下搅拌过夜。将混合物用EtOAc(10mL)稀释,用NH4Cl(10mL)、NaHCO3(2×10mL)、盐水(10mL)洗涤,干燥(MgSO4),过滤,并减压除去溶剂。用MeOH(10mL)研磨残留物,得到为白色固体的3-(4-(己-5-炔酰胺)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-104)(194mg,61%),其无需进一步纯化即可用于下一步骤。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.84(s,1H),7.84(dd,J=7.3,1.7Hz,1H),7.56-7.47(m,2H),5.39(dd,J=13.4,5.1Hz,1H),4.43(d,J=17.4Hz,1H),4.36(d,J=17.4Hz,1H),3.20-3.09(m,1H),2.83(t,J=2.7Hz,1H),2.49-2.46(m,1H),2.25(td,J=7.0,2.6Hz,2H),2.14-2.05(m,1H),1.79(p,J=7.2Hz,2H),1.49(s,9H),1.32-1.20(m,2H),0.90-0.80(m,1H);HPLC-MS(ESI+):m/z 354.2[30%,(M-Boc+H)+],929.4[40%,(2M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001781
3-(4-(10-((2-(1-(叔丁氧基羰基)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-10-氧代癸-1-炔-1-基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-099):以与EC2-084相同的方法由3-(4-碘-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(38mg,0.08mmol,1.0当量)和3-(4-(癸-9-炔酰胺)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-095)(50mg,0.1mmol,1.2当量)制备该化合物,得到为浅黄色固体的3-(4-(10-((2-(1-(叔丁氧基羰基)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-10-氧代癸-1-炔-1-基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-099)(38mg,56%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.76(s,1H),7.83(d,J=7.2Hz,1H),7.72(dd,J=7.7,1.0Hz,1H),7.66-7.60(m,2H),7.57(dd,J=7.4,3.1Hz,1H),7.52-7.49(m,1H),5.38(td,J=13.2,5.1Hz,2H),4.48(d,J=17.6Hz,1H),4.44-4.29(m,3H),3.20-3.08(m,2H),2.84-2.74(m,2H),2.64(q,J=1.9Hz,1H),2.46-2.33(m,3H),2.14-2.04(m,2H),1.56-1.67(m,3H),1.495(s,9H),1.493(s,9H),1.47-1.42(m,2H),1.40-1.22(m,6H),0.90-0.83(m,1H);HPLC-MS(ESI+):m/z 652.3[100%,(M-2Boc+H)+],774.3[80%,(M-Boc+Na)+],874.2[80%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001791
3-(4-(6-((2-(1-(叔丁氧基羰基)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-6-氧代己-1-炔-1-基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-105):以与EC2-084相同的方式由3-(4-碘-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(72mg,0.16mmol,1.0当量)和3-(4-(己-5-炔酰胺)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-104)(83mg,0.18mmol,1.2当量)制备该化合物,得到为白色固体的3-(4-(6-((2-(1-(叔丁氧基羰基)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-6-氧代己-1-炔-1-基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-105)(14mg,17%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.86(s,1H),7.83(t,J=7.4Hz,1H),7.74-7.70(m,1H),7.68-7.60(m,2H),7.58-7.51(m,2H),5.36(td,J=14.1,5.1Hz,2H),4.53-4.31(m,4H),3.17-3.08(m,2H),2.84-2.71(m,2H),2.65-2.55(m,2H),2.43-2.34(m,2H),2.13-2.00(m,2H),1.98-1.90(m,2H),1.49(s,9H),1.48(s,9H),1.31-1.21(m,2H);HPLC-MS(ESI+)和(ESI-):m/z 818.3[30%,(M+Na)+],794.4[50%,(M-H)+]。
Figure BDA0002923774840001792
3-(4-(10-((2-(1-(叔丁氧基羰基)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-10-氧代癸基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-101):以与EC2-090相同的方式由3-(4-(10-((2-(1-(叔丁氧基羰基)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-10-氧代癸-1-炔-1-基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-099)(17mg,0.02mmol,1.0当量)制备该化合物,得到为白色固体的3-(4-(10-((2-(1-(叔丁氧基羰基)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-10-氧代癸基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯((EC2-101)(12mg,71%),其无需进一步纯化即可用于下一步骤。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.81(s,1H),7.89(d,J=7.6Hz,1H),7.72-7.60(m,2H),7.59-7.54(m,2H),7.52(d,J=4.2Hz,1H),5.43(ddd,J=17.9,13.3,5.1Hz,2H),4.55(d,J=17.0Hz,1H),4.50-4.36(m,3H),3.25-3.15(m,2H),2.91-2.81(m,2H),2.74-2.67(m,2H),2.63-2.59(m,2H),2.51-2.45(m,2H),2.44-2.38(m,2H),2.19-2.10(m,2H),1.70-1.62(m,3H),1.55(s,9H),1.54(s,9H),1.43-1.27(m,7H),0.95-0.88(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z 656.4[20%,(M-2Boc+H)+],878.4[20%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001801
3-(4-(6-((2-(1-(叔丁氧基羰基)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-6-氧代己基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-107):以与EC2-090相同的方式由3-(4-(6-((2-(1-(叔丁氧基羰基)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-6-氧代己-1-炔-1-基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-105)(8mg,0.02mmol,1.0当量)制备该化合物,得到为白色固体的3-(4-(6-((2-(1-(叔丁氧基羰基)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-6-氧代己基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-107)(17mg,82%),其无需进一步纯化即可用于下一步骤。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ9.81(s,1H),7.89(d,J=7.3Hz,1H),7.63(dd,J=7.1,1.5Hz,1H),7.59-7.49(m,4H),5.48-5.36(m,2H),4.56(d,J=17.0Hz,1H),4.49-4.37(m,3H),3.90-3.81(m,2H),3.65-3.15(m,2H),2.90-2.81(m,2H),2.77-2.67(m,2H),2.48-2.40(m,2H),2.18-2.09(m,2H),1.77-1.69(m,2H),1.54(s,9H),1.54(s,9H),1.49-1.41(m,2H),1.37-1.26(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z600.3[20%,(M-2Boc+H)+],822.3[40%,(M+Na)+]。
Figure BDA0002923774840001811
N,10-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)癸酰胺(EC2-102):将3-(4-(10-((2-(1-(叔丁氧基羰基)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-10-氧代癸基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-101)(12mg,0.01mmol,1.0当量)溶解在TFA(2.0mL)中,并将溶液在室温下搅拌1小时。减压除去溶剂,并用MeOH(2×5mL)研磨残留物,得到为白色固体的最终的二聚体(EC2-102)(9mg,99%)。HPLC:98%[tR=19.8min,梯度MeOH-水20%-95%(含有0.1%TFA)],20min;1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.94(s,1H),10.91(s,1H),9.67(s,1H),7.73(dd,J=7.2,1.7Hz,1H),7.59-7.53(m,2H),7.51-7.46(m,2H),7.41-7.35(m,1H),5.07(ddd,J=13.0,7.3,5.1Hz,2H),4.38(d,J=17.1Hz,1H),4.31-4.20(m,3H),2.85(ddd,J=17.9,13.0,5.4Hz,2H),2.61-2.53(m,2H),2.32-2.25(m,5H),1.99-1.90(m,2H),1.58-1.48(m,3H),1.28-1.13(m,10H),0.82-0.75(m,2H);HPLC-MS(ESI+)和(ESI-):m/z 656.3[40%,(M+H)+]和654.3[100%,(M-H)+];HRMS(ESI+):C36H41N5O7的m/z的计算值为678.2898(M+Na)+,实测值为678.2880。
Figure BDA0002923774840001821
N,6-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)己酰胺(EC2-109):将3-(4-(6-((2-(1-(叔丁氧基羰基)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-6-氧代己基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-107)(17mg,0.02mmol,1.0当量)溶解在TFA(2.0mL)中,并将溶液在室温下搅拌1小时。减压除去溶剂,并用MeOH(2×5mL)研磨残留物,得到为白色固体的最终的二聚体(EC2-109)(11mg,85%)。HPLC:96%[tR=16.3min,梯度MeOH-水20%-95%(含有0.1%TFA)],20min;1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.01(s,1H),10.98(s,1H),9.76(s,1H),7.82-7.78(m,1H),7.57(dd,J=6.7,1.9Hz,1H),7.53-7.42(m,4H),5.17-5.09(m,2H),4.47(d,J=17.2Hz,1H),4.38-4.28(m,3H),2.92(ddd,J=18.0,13.7,5.4Hz,2H),2.70-2.56(m,5H),2.40-2.33(m,3H),2.06-1.97(m,1H),1.71-1.62(m,3H),1.43-1.35(m,2H),1.27-1.21(m,2H);HPLC-MS(ESI+):m/z600.3[100%,(M+H)+],622.2[40%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C32H33N5O7(M+H)+的m/z的计算值为600.2453,实测值为600.2477。
Figure BDA0002923774840001822
N,10-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)癸-9-炔酰胺(EC2-100):将3-(4-(10-((2-(1-(叔丁氧基羰基)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-10-氧代癸-1-炔-1-基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-099)(8mg,0.009mmol,1.0当量)溶解在TFA(1.0mL)中,并将溶液在室温下搅拌1小时。减压除去溶剂,并用MeOH(2×5mL)研磨残留物,得到为白色固体的最终的二聚体(EC2-100)(5mg,85%)。HPLC:98%[tR=19.8min,梯度MeOH-水20%-95%(含有0.1%TFA)],20min;1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.02(s,1H),10.99(s,1H),9.74(s,1H),7.81(dd,J=7.5,1.7Hz,1H),7.71(dd,J=7.6,1.0Hz,1H),7.66-7.60(m,2H),7.54-7.47(m,2H),5.18-5.11(m,2H),4.45(d,J=17.6Hz,1H),4.39-4.27(m,3H),2.97-2.86(m,2H),2.66-2.56(m,2H),2.39-2.30(m,5H),2.07-1.96(m,2H),1.67-1.55(m,3H),1.51-1.41(m,2H),1.40-1.20(m,6H);HPLC-MS(ESI+):m/z 652.4[20%,(M+H)+],674.3[20%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C36H37N5O7的m/z的计算值为674.2585(M+Na)+,实测值为674.2602。
Figure BDA0002923774840001831
N,6-双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)己-5-炔酰胺(EC2-108):将3-(4-(6-((2-(1-(叔丁氧基羰基)-2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-6-氧代己-1-炔-1-基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-105)(14mg,0.02mmol,1.0当量)溶解在TFA(2.0mL)中,并将溶液在室温下搅拌1小时。减压除去溶剂,并用MeOH(2×5mL)研磨残留物,得到为浅黄色固体的最终的二聚体(EC2-108)(10mg,93%)。HPLC:97%[tR=15.8min,梯度MeOH-水20%-95%(含有0.1%TFA)],20min;1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.01(s,1H),10.98(d,J=2.0Hz,1H),9.85(s,1H),7.81(ddd,J=7.6,3.2,1.4Hz,1H),7.71(dt,J=7.6,1.3Hz,1H),7.67-7.60(m,2H),7.56(ddd,J=7.6,5.1,3.4Hz,1H),7.53-7.47(m,1H),5.13(ddd,J=12.8,7.4,5.4Hz,2H),4.47(dd,J=17.8,3.5Hz,1H),4.40-4.29(m,3H),2.96-2.88(m,2H),2.66-2.54(m,4H),2.46-2.30(m,2H),2.06-1.89(m,3H),1.30-1.23(m,2H),0.90-0.81(m,1H);HPLC-MS(ESI+):m/z 596.2[100%,(M+H)+],618.2[30%,(M+Na)+];HRMS(ESI+):C32H29N5O7(M+H)+的m/z的计算值为596.2140,实测值为596.2118。
合成方案34:
Figure BDA0002923774840001841
4,4′-((1,4-亚苯基双(亚甲基))双(氧基))双(异苯并呋喃-1,3-二酮)(EC2-179):在0℃下将氢化钠(60%,120mg,3.1mmol,2.2当量)加入到4-羟基异苯并呋喃-1,3-二酮(500mg,3.1mmol,2.2当量)在DMF(7mL)中的溶液中,并将混合物在该温度下搅拌30分钟。然后加入双-溴1,4-双(溴甲基)苯(377mg,1.4mmol,1.0当量),并将反应物在室温下搅拌过夜。将混合物用EtOAc(20mL)稀释,用H2O(20mL)、饱和NaHCO3(20mL)、1M HCl(20mL)、盐水(20mL)洗涤,干燥(MgSO4),并减压除去溶剂,得到为白色固体的4,4′-((1,4-亚苯基双(亚甲基))双(氧基))双(异苯并呋喃-1,3-二酮)(EC2-179)(472mg,77%),其无需进一步纯化即可用于下一步骤。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.95(dd,J=8.4,7.4Hz,2H),7.71(d,J=8.4Hz,2H),7.61(d,J=7.4Hz,2H),7.57(s,4H),5.45(s,4H)。
Figure BDA0002923774840001851
4,4′-((1,4-亚苯基双(亚甲基))双(氧基))双(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚啉-1,3-二酮)(EC2-180):将4,4′-((1,4-亚苯基双(亚甲基))双(氧基))双(异苯并呋喃-1,3-二酮)(EC2-179)(100mg,0.23mmol,1.0当量)加入到3-氨基哌啶-2,6-二酮.HCl(83mg,0.51mmol,2.2当量)和乙酸钾(135mg,1.38mmol,6.0当量)在冰醋酸(1.0mL)中的溶液中,并将混合物在120℃下于氩气下搅拌过夜。将形成的紫色悬浮液冷却至室温,并减压除去溶剂。将残留物用MeOH(约10mL)研磨,过滤并用MeOH(3×10mL)进一步洗涤,得到为灰色固体的最终的二聚体(EC2-180)(82mg,55%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.12(s,2H),7.83(t,J=7.9Hz,2H),7.61(d,J=8.5Hz,2H),7.56(s,4H),7.48(d,J=7.2Hz,2H),5.40(s,4H),5.10(dd,J=12.8,5.4Hz,2H),2.95-2.81(m,2H),2.66-2.53(m,4H),2.09-1.99(m,2H);HRMS(ESI+):C34H26N4O10(M+NH4)+的m/z的计算值为668.1987,实测值为668.1976。
合成方案35:
Figure BDA0002923774840001852
Figure BDA0002923774840001861
2,5-双(溴甲基)吡嗪(EC3-019):将2,5-二甲基吡嗪(500mg,4.6mmol,1.0当量)和N-溴琥珀酰亚胺(1.6g,9.2mmol,2.0当量)悬浮在CCl4(50mL)中,并将混合物回流45分钟。然后分别在搅拌1小时、4小时和4小时后分三批加入过氧化苯甲酰(25mg、22mg和15mg)。在过氧化物完全加入后,将反应物回流过夜。将混合物冷却至室温,过滤形成的固体,并减压蒸发滤液。将残留物通过柱色谱(0-100%EtOAc∶己烷)纯化,得到为白色固体的2,5-双(溴甲基)吡嗪(EC3-019)(85mg,7%)。1H NMR(500MHz,CDCl3-d)δ8.60(s,2H),4.49(s,4H);HPLC-MS(ESI+):m/z 265.0和267.0[50%,(M+H)+]。(参见Guo,等人Biorg.Med.Chem.1041-1058,2000。)
Figure BDA0002923774840001862
3,3′-(((吡嗪-2,5-二基双(亚甲基))双(氮烷二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(EC3-021):将2,5-双(溴甲基)吡嗪(EC3-019)(34mg,0.13mmol,1.0当量)加入到3-(4-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(EC2-040)(100mg,0.28mmol,2.1当量)在THF(0.6mL)中的溶液中,然后加入碘化钾(19mg,0.11mmol,0.4当量)和DIPEA(47μL,0.28mmol,2.1当量)并将悬浮液在微波中于100℃下加热1小时。减压除去溶剂,并将残留物通过柱色谱(0-20%MeOH∶CH2Cl2,1%Et3N)纯化,得到(单-和双-Boc)保护的二聚体和未保护的二聚体的混合物(101mg)。将混合物溶解在TFA(2.0mL)中,并将溶液在室温下搅拌1小时。减压除去溶剂,并将残留物通过柱色谱(0-20%MeOH∶CH2Cl2,1%Et3N)纯化,得到为浅黄色固体的最终的二聚体(EC3-021)(44mg,54%)。HPLC:96%[tR=2.4min,梯度MeOH-水5%-95%(含有0.1%TFA)],20min;1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.01(s,2H),8.62(s,2H),7.22(t,J=7.7Hz,2H),6.96(d,J=7.4Hz,2H),6.70(d,J=8.0Hz,2H),6.45(t,J=6.0Hz,2H),5.12(dd,J=13.2,5.1Hz,2H),4.54(d,J=5.8Hz,4H),4.32(d,J=17.0Hz,2H),4.20(d,J=17.0Hz,2H),2.93(ddd,J=17.3,13.5,5.4Hz,2H),2.69-2.57(m,2H),2.40-2.26(m,2H),2.10-1.98(m,2H);HPLC-MS(ESI+)和(ESI-):m/z 623.4[50%,(M+H)+]和621.3[20%,(M-H)+];HRMS(ESI+):C32H30N8O6(M+H)+的m/z的计算值为623.2361,实测值为623.2357。
合成方案36:
Figure BDA0002923774840001871
(S)-5-氨基-4-(4-碘-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸甲酯(XS01-001):将2-(溴甲基)-3-碘苯甲酸甲酯(1.00g,2.82mmol)和(S)-4,5-二氨基-5-氧代戊酸甲酯(609mg,3.09mmol)悬浮在MeCN(30mL)中,并将DIPEA(765mg,5.92mmol)缓慢加入混合物中。然后将混合物在40℃下于氩气下搅拌过夜。通过真空旋转蒸发除去溶剂,并向残留物中加入H2O(20mL)和二氯甲烷(20mL)。分离有机相,用盐水(3×20mL)洗涤,经Na2SO4干燥,减压浓缩,得到粗产物。通过硅胶色谱法(0-10%的于二氯甲烷中的MeOH)纯化粗物质,得到为白色固体的(S)-5-氨基-4-(4-碘-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸甲酯(XS01-001)(640mg,56%)。Mp:65℃(摄氏度);HPLC 79%(tR=10.7min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.02(dd,J=7.8,0.9Hz,1H),7.74(dd,J=7.5,0.9Hz,1H),7.63(s,1H),7.24(s,1H),4.77(dd,J=10.4,4.9Hz,1H),4.42-4.22(m,2H),3.51(s,3H),2.30(m,2H),2.26-2.17(m,1H),2.16-2.02(m,1H).HPLC-MS(ESI+)m/z 403.1(M+H)+
Figure BDA0002923774840001881
4,4′-(((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(丙-1-炔-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))(4S,4′S)-双(5-氨基-5-氧代戊酸酯)(XS01-003):将(S)-5-氨基-4-(4-碘-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸甲酯(XS01-001)(300mg,0.75mmol)、1,2-双(丙-2-炔-1-基氧基)乙烷(47mg,0.34mmol)和双(三苯基膦)二氯化钯(II)(7.3mg,0.01mmol)溶解在TEA/DMF1/4的混合物(2.5mL,1∶4,v/v)中。将溶液脱气10min,并在氩气气氛下加入碘化铜(I)(1.9mg,0.01mmol)。将试管密封,并将混合物在室温下搅拌过夜。加入水(10mL),并将混合物用乙酸乙酯(3×10mL)萃取。将合并的有机相用H2O(3×10mL)和盐水(3×10mL)洗涤,经Na2SO4干燥,然后减压浓缩,得到粗产物。通过硅胶色谱法(0-10%的于二氯甲烷中的MeOH)纯化粗物质,得到为白色固体的4,4′-(((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(丙-1-炔-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))(4S,4′S)-双(5-氨基-5-氧代戊酸)二甲酯(120mg,23%)。HPLC 87%(tR=11.4min,于0.1%TFA水中的CH3OH,在20min内从5%至95%);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.71(m,1H),7.62(s,1H),7.53(t,J=7.6Hz,1H),7.23(s,1H),4.76(dd,J=10.5,5.0Hz,1H),4.61(d,J=17.9Hz,1H),4.52(s,2H),3.76(s,1H),3.49(s,2H),2.29(m,1H),2.25-2.14(m,1H),2.08(m,1H).HPLC-MS(ESI+)m/z 709.3(M+Na)+
Figure BDA0002923774840001891
(3S,3′S)-3,3′-(((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(丙-1-炔-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(XS01-008):在0℃下将溶解在THF(2ml)中的叔丁醇钾(147mg,1.75mmol)缓慢加入到THF(2ml)中的4,4′-(((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(丙-1-炔-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))(4S,4′S)-双(5-氨基-5-氧代戊酸)二甲酯(XS01-003)(300mg,0.436mmol)中。将混合物搅拌30min。加入盐酸(约1mL的1Maq.溶液)以淬灭反应。加入氢氧化铵,将pH值调节至11。通过真空旋转蒸发除去有机溶剂。加入甲醇(10mL),从溶液中过滤出固体,得到为白色固体的(3S,3′S)-3,3′-(((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(丙-1-炔-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(XS01-008)(172mg,63%)。Mp:256℃(摄氏度);HPLC 81%(tR=10.8min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.01(s,2H),7.84-7.60(m,4H),7.55(t,J=7.7Hz,2H),5.14(dd,J=13.3,5.1Hz,2H),4.54-4.42(m,6H),4.35(d,J=17.8Hz,2H),3.74(s,4H),2.91(m,2H),2.59(m,2H),2.45(m,2H),2.01(m,2H).HPLC-MS(ESI+)m/z623.3(M+H)+
Figure BDA0002923774840001901
(3S,3′S)-3,3′-(((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(丙烷-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双双(哌啶-2,6-二酮)(XS01-011):将THF(2ml)中的双炔XS01-008(100mg,0.16mmol)加入到THF(2ml)中的碳载钯(10mg 10%Pd/C)悬浮液中。将溶液在室温下在氢气气氛下搅拌过夜。将混合物通过硅藻土床过滤,用THF洗涤所述硅藻土床。通过真空旋转蒸发从合并的滤液和洗涤物中除去溶剂,得到为白色固体的(3S,3′S)-3,3′-(((乙烷-1,2-二基双(氧基))双(丙烷-3,1-二基))双(1-氧代异吲哚啉-4,2-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(XS01-011)(31mg,30%)。HPLC 99.9%(tR=7.00min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:235℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.99(s,2H),7.57(dd,J=6.0,2.6Hz,2H),7.49-7.36(m,4H),5.13(dd,J=13.4,5.1Hz,2H),4.45(d,J=17.2Hz,2H),4.30(d,J=17.1Hz,2H),3.49(s,4H),3.44-3.36(m,4H),2.92(m,2H),2.69(t,J=7.6Hz,4H),2.63-2.52(m,2H),2.48-2.30(m,2H),2.06-1.90(m,2H),1.91-1.74(m,4H);HPLC-MS(ESI+)m/z 631.4(M+H)+;C34H39N4O8(M+H)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为631.2762,实测值为631.2761。
合成方案37:
Figure BDA0002923774840001911
2-甲基-8-硝基-4H-苯并[d][1,3]噁嗪-4-酮(XS01-015):将2-氨基-3-硝基苯甲酸(300mg,1.65mmol)悬浮在乙酸酐(2mL)中,并将反应混合物在微波反应器中于200℃下加热30min。通过真空旋转蒸发除去溶剂,得到粗产物。向残留物中加入乙酸乙酯(5mL),加入己烷(5mL),并过滤固体,得到为棕色固体的2-甲基-8-硝基-4H-苯并[d][1,3]噁嗪-4-酮(XS01-015)(270mg,80%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.35(m,2H),7.73(t,J=7.9Hz,1H),2.43(s,3H)。
Figure BDA0002923774840001912
3-(2-甲基-8-硝基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)哌啶-2,6-二酮(XS01-016):将装有2-甲基-8-硝基-4H-苯并[d][1,3]噁嗪-4-酮(XS01-015)(3.30g,16.00mmol)和3-氨基哌啶-2,6-二酮盐酸盐(2.90g,17.62mmol)在吡啶(24mL)中的悬浮液的小瓶在微波反应器中于170℃下加热15min。将冷却的悬浮液过滤,并用吡啶洗涤。通过真空旋转蒸发浓缩滤液。将所得混合物在(1M)HCl(48mL)、乙酸乙酯(24mL)和二乙基醚(24mL)中搅拌2小时。将悬浮液过滤,并用H2O(24mL)和乙酸乙酯(24mL)洗涤,得到黑色固体,将其在室温下与甲醇(20mL)一起搅拌过夜。将固体过滤并用甲醇洗涤,得到为黑色固体的3-(2-甲基-8-硝基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)哌啶-2,6-二酮(1.77g,35%)。HPLC 99.9%(tR=6.95min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.10(s,1H),8.30(m,2H),7.66(t,J=7.9Hz,1H),5.35(dd,J=11.6,5.7Hz,1H),2.94-2.76(m,1H),2.73-2.56(m,5H),2.22(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 317.1(M+H)+
Figure BDA0002923774840001921
3-(2-甲基-8-硝基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(XS01-018):将3-(2-甲基-8-硝基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)哌啶-2,6-二酮(XS01-016)(1.84g,5.82mmol)、二碳酸二叔丁酯(1.91g,8.73mmol)和DMAP(71mg,0.58mmol)悬浮在二噁烷(30mL)中,并在室温下搅拌过夜。通过真空旋转蒸发除去溶剂,得到粗残留物。将残留物溶解在乙酸乙酯(20mL)中,用H2O(3×10mL)和盐水(3×10mL)洗涤,干燥(Na2SO4),然后减压浓缩得到粗产物。将粗产物溶解在甲醇(8mL)中,30分钟后形成固体,过滤,用甲醇/己烷(9/1)的混合物仔细洗涤,得到为黑色固体的3-(2-甲基-8-硝基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(XS01-018)(1.82g,75%)。HPLC87.2%(tR=11.33min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.46-8.14(m,2H),7.67(t,J=7.9Hz,1H),5.62(dd,J=11.8,5.6Hz,1H),3.10-2.95(m,1H),2.82(m,1H),2.67(m,4H),2.27(m,1H),1.50(s,9H);HPLC-MS(ESI+)m/z 417.2(M+H)+
Figure BDA0002923774840001931
3-(8-氨基-2-甲基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(XS01-022):将THF(50mL)中的3-(2-甲基-8-硝基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(XS01-018):(1.80g,4.33mmol)加入到氢氧化钯(20%,于碳上,210mg)在THF(50mL)的悬浮液中。将溶液在室温下在氢气气氛下搅拌过夜。将混合物通过硅藻土床过滤,用THF洗涤所述硅藻土床。通过真空旋转蒸发从合并的滤液和洗涤物中除去溶剂,得到为白色固体的3-(8-氨基-2-甲基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(XS01-022)(1.63g,97%)。HPLC 91.7%(tR=10.55min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.26-7.09(m,2H),6.98(dd,J=7.2,2.0Hz,1H),5.68(s,2H),5.49(dd,J=11.7,5.7Hz,1H),3.04(m,1H),2.78(m,1H),2.64(s,3H),2.20(m,1H),1.80-1.72(m,1H),1.50(s,9H);HPLC-MS(ESI+)m/z 387.2(M+H)+
Figure BDA0002923774840001932
3,3′-(((1,4-亚苯基双(亚甲基))双(氮烷二基))双(2-甲基-4-氧代喹唑啉-8,3(4H)-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(XS01-030):将3-(8-氨基-2-甲基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(XS01-022)(100mg,0.258mmol)、1,4-双(溴甲基)苯(33mg,0.123mmol)和碘化钾(8mg,0.05mmol)悬浮在THF(1mL)中,向溶液中加入DIPEA(45μL,0.25mmol)。在微波反应器中,将反应混合物在80℃下加热2h,在100℃下加热2h,并在120℃下加热1h。通过HPLC-MS监测反应。通过真空旋转蒸发除去溶剂,并向残留物中加入水(10mL)和二氯甲烷(10mL)。分离有机相,并用盐水(3×10mL)洗涤,干燥(Na2SO4),并减压浓缩,得到粗残留物。将该粗残留物溶解在DCM∶TFA=4∶1(2.5mL)的混合物中,并在室温下搅拌过夜。通过真空旋转蒸发除去溶剂。向残留物中加入二氯甲烷(10mL),并将混合物用饱和NaHCO3溶液(3×10mL)洗涤,干燥(Na2SO4),减压浓缩,得到粗产物。将粗产物溶于THF(2mL)中,用MeOH(20mL)研磨,得到为白色固体的XS01-030(25mg,30%)。Mp:230℃(摄氏度);HPLC98%(tR=7.00min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.01(s,2H),7.31(s,4H),7.22-6.99(m,4H),6.81-6.51(m,2H),5.24(dd,J=11.4,5.7Hz,2H),4.46(d,J=6.3Hz,4H),2.84(m,2H),2.71-2.53(m,10H),2.16(m,2H).HPLC-MS(ESI+)m/z 675.4(M+H)+;C36H35N8O6(M+H)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为675.2674,实测值为675.2622。
合成方案38:
Figure BDA0002923774840001951
3,3’-((1,4-亚苯基双(乙炔-2,1-二基))双(2-甲基-4-氧代喹唑啉-5,3(4H)-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(XS01-028):将3-(5-碘-2-甲基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(MA10-112)(100mg,0.201mmol)、1,4-二乙炔基苯(11.5mg,0.091mmol)和双(三苯基膦)二氯化钯(II)(1.9mg,0.0027mmol)溶解在TEA/DMF(2.5mL,1∶4,v/v)的混合物中。将溶液脱气10min,并在氩气气氛下加入碘化铜(I)(0.52mg,0.0027mmol)。将管密封,并将混合物在室温下搅拌过夜。加入水(10mL),并用乙酸乙酯(3×10mL)萃取混合物。将合并的有机相用H2O(3×10mL)和盐水(3×10mL)洗涤,经Na2SO4干燥,然后减压浓缩,得到粗产物。使用二氯甲烷和己烷进行研磨,得到为黄色固体的3,3’-((1,4-亚苯基双(乙炔-2,1-二基))双(2-甲基-4-氧代喹唑啉-5,3(4H)-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁基酯(XS01-028)(60mg,77%)。HPLC 83.4%(tR=13.55min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.83(t,J=8.0Hz,2H),7.76-7.60(m,8H),5.53(dd,J=11.7,5.7Hz,2H),3.05(m,2H),2.85-2.76(m,2H),2.66(m,8H),2.31-2.15(m,2H),1.50(s,18H).HPLC-MS(ESI+)m/z 865.4(M+H)+
Figure BDA0002923774840001961
3,3’-((1,4-亚苯基双(乙烷-2,1-二基))双(2-甲基-4-氧代喹唑啉-5,3(4H)-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(XS01-034):将THF(3mL)中的3,3’-((1,4-亚苯基双(乙炔-2,1-二基))双(2-甲基-4-氧代喹唑啉-5,3(4H)-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(XS01-028)(60mg,0.09mmol)加入到氢氧化钯(20%,于碳上,10mg)在THF(2mL)中的悬浮液中。将溶液在50℃下于氢气气氛下搅拌过夜。将混合物通过硅藻土床过滤,用THF洗涤所述硅藻土床。通过真空旋转蒸发从合并的滤液和洗涤物中除去溶剂,得到为黄色固体的3,3’-((1,4-亚苯基双(乙烷-2,1-二基))双(2-甲基-4-氧代喹唑啉-5,3(4H)-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(XS01-034)(59mg,98%)。HPLC86.4%(tR=13.85min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.75-7.54(m,2H),7.47(m,2H),7.31-7.15(m,2H),7.17-7.00(s,4H),5.50-5.42(m,2H),3.64-3.55(m,2H),3.52-3.42(m,4H),3.17-2.94(m,4H),2.87-2.66(m,8H),2.64(s,6H),2.22(m,2H),1.24(s,18H).HPLC-MS(ESI+)m/z 873.4(M+H)+
3,3’-((1,4-亚苯基双(乙烷-2,1-二基))双(2-甲基-4-氧代喹唑啉-5,3(4H)-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯
Figure BDA0002923774840001971
3,3’-((1,4-亚苯基双(乙烷-2,1-二基))双(2-甲基-4-氧代喹唑啉-5,3(4H)-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(XS01-038):将3,3’-((1,4-亚苯基双(乙烷-2,1-二基))双(2-甲基-4-氧代喹唑啉-5,3(4H)-二基))双(2,6-二氧代哌啶-1-羧酸)二叔丁酯(XS01-034)(60mg,0.068mmol)溶解在DCM∶TFA(2mL,1∶1 v/v)的混合物中,并将溶液在室温下搅拌2h。HPLC和TLC表明反应完全。通过真空旋转蒸发除去溶剂,加入二氯甲烷(5mL),并用将混合物用饱和NaHCO3溶液(3×5mL)和盐水(2×5mL)洗涤,干燥(Na2SO4),减压浓缩,得到粗产品。将粗产物溶解在THF(1mL)中,并用MeOH研磨,得到为白色固体的3,3’-((1,4-亚苯基双(乙烷-2,1-二基))双(2-甲基-4-氧代喹唑啉-5,3(4H)-二基))双(哌啶-2,6-二酮)(XS01-038)(18mg,40%)。HPLC 95.5%(tR=15.35min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:221℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.05(s,2H),7.65(t,J=7.8Hz,2H),7.46(dd,J=8.1,1.2Hz,2H),7.20(dd,J=7.5,1.3Hz,2H),7.09(s,4H),5.23(dd,J=11.5,5.8Hz,2H),3.50--3.34(m,4H),2.94-2.78(m,2H),2.78-2.70(m,4H),2.63(s,10H),2.25-2.12(m,2H);HPLC-MS(ESI+)m/z 673.4(M+H)+;C38H36N6NaO6(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为695.2589,实测值为695.2581。
合成方案39:
Figure BDA0002923774840001981
N1,N8-双(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-8-基)辛二酰胺(XS01-044):在微波小瓶中,将3-(8-氨基-2-甲基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)-2,6-二氧代哌啶-1-羧酸叔丁酯(XS01-022)(133mg,0.344mmol)和DIPEA(64mg,0.497mmol)溶解在THF(1.8mL)中。向溶液中加入辛二酰氯(35mg,0.164mmol)。将管密封,并将反应混合物在微波反应器中于60℃下加热1h。通过真空旋转蒸发除去溶剂,加入二氯甲烷(10mL)。将有机层用水(3×10mL)和盐水(3×10mL)洗涤,干燥(Na2SO4),减压浓缩,得到粗产物。将粗产物溶解在DCM∶TFA(6mL,1∶1 v/v)的混合物中,并在室温下搅拌2h。通过真空旋转蒸发除去溶剂,得到溶解在THF(1mL)中的粗产物。向溶液中加入甲醇以沉淀固体,将所述固体过滤并干燥,得到为白色固体的N1,N8-双(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-8-基)辛二酰胺(XS01-044)(50mg,43%)。HPLC 98.4%(tR=12.49min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:206℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.05(s,2H),9.56(s,2H),8.63(dd,J=8.0,1.4Hz,2H),7.68(m,2H),7.44(t,J=8.0Hz,2H),5.29(dd,J=11.6,5.7Hz,2H),2.84(m,2H),2.72(s,6H),2.64-2.52(m,8H),2.18(m,2H),1.74-1.58(m,4H),1.50-1.35(m,4H);HPLC-MS(ESI+)m/z 711.3(M+H)+;C36H38N8NaO8(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为733.2705,实测值733.2700。
合成方案40:
Figure BDA0002923774840001991
N-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-3-硝基苯甲酰胺(XS01-046):在0℃下将二氯甲烷(2mL)中的3-硝基苯甲酰氯(270mg,1.46mmol)滴加到3-氨基哌啶-2,6-二酮盐酸盐(200mg,1.215mmol)和DIPEA(471mg,3.65mmol)在二氯甲烷(8mL)中的溶液中。将反应混合物在0℃下搅拌5h。通过真空旋转蒸发除去溶剂,并将二氯甲烷(10mL)和H2O(10mL)加入残留物中。分离有机相并用饱和NH4Cl(10mL)和盐水(3×20mL)洗涤,干燥(Na2SO4),减压浓缩,得到为白色固体的N-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-3-硝基苯甲酰胺(XS01-046)(285mg,86%)。HPLC100.0%(tR=8.34min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.92(s,1H),9.20(d,J=8.3Hz,1H),8.73(t,J=2.0Hz,1H),8.43(m,1H),8.33(m,1H),7.83(t,J=8.0Hz,1H),4.85(m,1H),2.83(m,1H),2.61-2.54(m,1H),2.15m,1H),2.02(m,1H)。
3-氨基-N-(2,6-二氧代哌啶-3-基)苯甲酰胺(XS01-048):将THF(5ml)中的N-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-3-硝基苯甲酰胺(XS01-046)(180mg,0.65mmol)加入到氢氧化钯(20%,于碳上,18mg)在THF(5ml)中的悬浮液中。将溶液在室温下在氢气气氛下搅拌过夜。将混合物通过硅藻土床过滤,用THF洗涤所述硅藻土床。通过真空旋转蒸发从合并的滤液和洗涤物中除去溶剂,得到为白色固体的3-氨基-N-(2,6-二氧代哌啶-3-基)苯甲酰胺(XS01-048)(130mg,81%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.82(s,1H),8.49(d,J=8.4Hz,1H),7.14-7.02(m,2H),6.98(m,1H),6.71(m,1H),5.25(s,2H),4.75(m,1H),2.79(m,1H),2.58-2.53(m,1H),2.11(m,1H),1.95(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 248.2(M+H)+
Figure BDA0002923774840002001
N1,N8-双(3-((2,6-二氧代哌啶-3-基)氨基甲酰基)苯基)辛二酰胺(XS01-050):将3-氨基-N-(2,6-二氧代哌啶-3-基)苯甲酰胺(XS01-048)(100mg,0.404mmol)和DIPEA(75mg,0.578mmol)溶解在THF(4mL)中。在-15℃下于氩气气氛下,将THF(1mL)中的辛二酰氯(41mg,0.193mmol)滴加到溶液中。将反应混合物在室温下搅拌过夜。真空旋转蒸发除去溶剂,加入二氯甲烷(10mL)和H2O(10mL)并分离。用二氯甲烷(5×10mL)进一步萃取水层。通过真空旋转蒸发从合并的有机层中除去溶剂,得到粗产物,用MeOH(3×5mL)研磨所述粗产物,得到为白色固体的N1,N8-双(3-((2,6-二氧代哌啶-3-基)氨基甲酰基)苯基)辛二酰胺XS01-050)(15mg,12%)。HPLC 99.9%(tR=6.79min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:240℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.92(s,2H),10.10(s,2H),8.77(d,J=8.4Hz,2H),8.12(t,J=1.9Hz,2H),7.95-7.70(m,2H),7.57(m,2H),7.46(t,J=7.9Hz,2H),4.85(m,2H),2.86(m,2H),2.66-2.58(m,2H),2.38(t,J=7.4Hz,4H),2.18(m,2H),2.09-1.93(m,2H),1.78-1.59(m,4H),1.53-1.05(m,4H);C32H36N6NaO8(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为655.2487,实测值为655.2482。
Figure BDA0002923774840002002
N1,N5-双(3-((2,6-二氧代哌啶-3-基)氨基甲酰基)苯基)戊二酰胺(XS01-074):以与XS01-050相同的方式由3-氨基-N-(2,6-二氧代哌啶-3-基)苯甲酰胺(XS01-048)(100mg,0.404mmol)和戊二酰氯(33mg,0.193mmol)制备该化合物,得到为白色固体的N1,N5-双(3-((2,6-二氧代哌啶-3-基)氨基甲酰基)苯基)戊二酰胺((XS01-074)(21mg,18%)。HPLC99.7%(tR=12.04min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:232℃(摄氏度);1HNMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.85(s,2H),10.09(s,2H),8.71(d,J=8.4Hz,2H),8.09(t,J=1.9Hz,2H),7.91-7.65(m,2H),7.52(m,2H),7.41(t,J=7.9Hz,2H),4.79(m,2H),2.81(m,2H),2.59-2.52(m,2H),2.41(t,J=7.3Hz,4H),2.23-2.04(m,2H),2.03-1.80(m,4H);HPLC-MS(ESI+)m/z 613.2(M+Na)+;C29H30N6NaO8(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为613.2017,实测值为613.2014。
Figure BDA0002923774840002011
N1,N10-双(3-((2,6-二氧代哌啶-3-基)氨基甲酰基)苯基)癸二酰胺(XS01-075):以与XS01-050相同的方式由3-氨基-N-(2,6-二氧代哌啶-3-基)苯甲酰胺(XS01-048)(100mg,0.404mmol)和癸二酰氯(46mg,0.193mmol)制备该化合物,得到为白色固体的N1,N10-双(3-((2,6-二氧代哌啶-3-基)氨基甲酰基)苯基)癸二酰胺(XS01-075)(106mg,81%)。HPLC 96.9%(tR=13.88min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:223℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.85(s,2H),10.02(s,2H),8.70(d,J=8.3Hz,2H),8.06(t,J=2.0Hz,2H),7.79(m,2H),7.52(m,2H),7.40(t,J=7.9Hz,2H),4.79(m,2H),2.80(m,2H),2.55(m,2H),2.31(t,J=7.4Hz,4H),2.19-2.06(m,2H),1.98(m,2H),1.67-1.52(m,4H),1.31(s,8H);HPLC-MS(ESI+)m/z 661.4(M+H)+;C34H40N6NaO8(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为683.2800,实测值为683.2797。
合成方案41:
Figure BDA0002923774840002021
(S)-(2,5-二氧代吡咯烷-3-基)氨基甲酸叔丁酯(XS01-051):将(叔丁氧基羰基)-L-天冬酰胺(1.00g,4.31mmol)、EDCI(907mg,4.74mmol)和N-羟基琥珀酰亚胺(545mg,4.74mmol)在二甲基甲酰胺(18mL)中的混合物在60℃搅拌24h。将溶液冷却至室温,然后加入H2O(20mL),并用乙酸乙酯(2×20mL)萃取。将有机层用H2O(2×10mL)、饱和NaHCO3(2×10mL)和盐水(2×10mL)洗涤,干燥(Na2SO4),并减压浓缩,得到粗产物。用甲醇/二乙基醚/己烷研磨残留物,得到为白色固体的(S)-(2,5-二氧代吡咯烷-3-基)氨基甲酸叔丁酯(XS01-051)(282mg,31%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.17(s,1H),7.42(d,J=8.3Hz,1H),4.45-4.17(m,1H),2.94-2.70(m,2H),2.50-2.35(m,1H),1.39(s,9H);HPLC-MS(ESI+)m/z 237.1(M+Na)+。(参见Wo2017/161119。)
Figure BDA0002923774840002022
(S)-3-(叔丁氧基羰基)氨基)-2,5-二氧代吡咯烷-1-羧酸苄酯(XS01-067):在0℃下,将THF(5mL)中的氯甲酸苄酯(358mg,2.10mmol)滴加入到(S)-(2,5-二氧代吡咯烷-3-基)氨基甲酸叔丁酯(XS01-051)(300mg,1.40mmol)和DIPEA(362mg,2.80mmol)在THF(15mL)中的混合物中。将反应混合物在室温下搅拌过夜。通过真空旋转蒸发除去溶剂,向残留物中加入二氯甲烷(20mL)和饱和NaHCO3(20mL)。分离有机相,并用H2O(10mL)和盐水(3×20mL)洗涤,干燥(Na2SO4),并减压浓缩,得到粗产物。通过硅胶色谱(于二氯甲烷中的0-10%甲醇)纯化粗产物,得到为白色固体的(S)-3-((叔丁氧基羰基)氨基)-2,5-二氧代吡咯烷-1-羧酸苄酯(XS01-067)(141mg,29%)。HPLC 100.0%(tR=11.51min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ7.57-7.44(m,2H),7.44-7.31(m,3H),5.39(s,2H),4.48(m,1H),3.03(m,1H),2.76-2.55(m,1H),1.38(s,9H);HPLC-MS(ESI+)m/z 719.3(2M+Na)+
Figure BDA0002923774840002031
3,3’-(癸二酰基双(氮烷二基))(3S,3′S)-双(2,5-二氧代吡咯烷-1-羧酸)二苄酯(XS01-078):将(S)-3-((叔丁氧基羰基)氨基)-2,5-二氧代吡咯烷-1-羧酸苄酯(XS01-067)(247mg,0.71mmol)溶解在二氯甲烷∶TFA=1∶1的混合物中,将混合物在室温下搅拌2h。通过真空旋转蒸发除去溶剂,得到胺XS01-069,其无需进一步纯化即可使用。将胺悬浮在THF(10mL)中,并向溶液中加入DIPEA(262mg,2.03mmol)。将该溶液在0℃下搅拌,然后加入癸二酰氯(81mg,0.34mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。通过真空旋转蒸发除去溶剂,加入二氯甲烷(10mL)和H2O(10mL)。用二氯甲烷(3×10mL)萃取分离的水层。将合并的有机层干燥(Na2SO4),并减压浓缩,得到粗产物。通过硅胶色谱(于二氯甲烷中的0-10%甲醇)纯化粗物质,得到为白色固体的3,3′-(癸二酰基双(氮烷二基))(3S,3′S)-双(2,5-二氧代吡咯烷-1-羧酸)二苄酯(XS01-078)(157mg,70%)。HPLC 100.0%(tR=12.04min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.57(d,J=7.4Hz,2H),7.53-7.29(m,10H),5.39(s,4H),4.60-4.36(m,2H),3.02(dd,J=17.8,9.7Hz,2H),2.69-2.55(m,2H),2.10(m,4H),1.47(m,4H),1.23(s,8H);HPLC-MS(ESI+)m/z 685.3(M+Na)+
Figure BDA0002923774840002041
N1,N10-双((S)-2,5-二氧代吡咯烷-3-基)癸二酰胺(XS01-081):将氢氧化钯(20%,于碳上,20mg)和THF(15mL)装入圆底烧瓶中,抽真空两次,最后充入氢气。向混合物中加入THF(5mL)中的3,3′-(癸二酰基双(氮烷二基))(3S,3′S)-二(2,5-二氧代吡咯烷-1-羧酸)二苄酯(XS01-078)(150mg,0.226mmol)。将反应混合物在室温下在氢气气氛下搅拌过夜。将混合物通过硅藻土床过滤,用THF洗涤所述硅藻土床。将合并的滤液减压浓缩,得到粗产物。用甲醇/二乙基醚/己烷/乙酸乙酯=1/1/1/1的混合物研磨粗产物,得到为白色固体的N1,N10-双((S)-2,5-二氧代吡咯烷-3-基)癸二酰胺(XS01-081)(71mg,79%)。Mp:201℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.18(s,2H),8.40(d,J=7.6Hz,2H),4.36(m,2H),2.85(dd,J=17.5,9.3Hz,2H),2.46(dd,J=17.5,5.5Hz,2H),2.11-2.02(m,4H),1.47(t,J=7.2Hz,4H),1.24(s,8H);HPLC-MS(ESI+)m/z 395.2(M+H)+;C18H26N4NaO6(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为417.1745,实测值为417.1742。
合成方案42:
Figure BDA0002923774840002051
(S)-3-氨基吡咯烷-2,5-二酮(XS01-054):将(S)-(2,5-二氧代吡咯烷-3-基)氨基甲酸叔丁酯(XS01-051)(280mg,1.31mmol)溶解在二氯甲烷∶甲醇=1∶1的混合物中,并将混合物在室温下搅拌2h。减压除去溶剂,得到为黄色凝胶状物的(S)-3-氨基吡咯烷-2,5-二酮(XS01-054)(290mg,97%)。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.72(s,1H),8.54(s,2H),4.33(dd,J=9.2,5.5Hz,1H),2.96(dd,J=17.7,9.2Hz,1H),2.69-2.55(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z115.2(M+H)+
Figure BDA0002923774840002052
(S)-N-(2,5-二氧代吡咯烷-3-基)-3-硝基苯甲酰胺(XS02-055):将(S)-3-氨基吡咯烷-2,5-二酮(XS01-054)(460mg,2.02mmol)和DIPEA(1042mg,8.07mmol)在二氯甲烷(10mL)中于室温下搅拌30min。在0℃下,将二氯甲烷(3mL)中的3-硝基苯甲酰氯(299mg,1.61mmol)加入溶液中,并将所得混合物在室温下搅拌过夜。加入水(20mL)和二氯甲烷(20mL),分离各相。将有机相用盐水(3×10mL)洗涤,干燥(Na2SO4),并减压浓缩,得到粗产物。通过硅胶色谱(于二氯甲烷中的0-5%甲醇)纯化粗物质,得到为白色固体的(S)-N-(2,5-二氧代吡咯烷-3-基)-3-硝基苯甲酰胺(245mg,58%)。HPLC 89.3%(tR=7.87min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.36(s,1H),9.50(d,J=7.6Hz,1H),8.68(t,J=2.0Hz,1H),8.43(m,1H),8.29(m,1H),7.83(t,J=8.0Hz,1H),4.73(m,1H),2.99(dd,J=17.6,9.4Hz,1H),2.83-2.61(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 264.2(M+H)+
Figure BDA0002923774840002061
(S)-3-氨基-N-(2,5-二氧代吡咯烷-3-基)苯甲酰胺(XS01-057):将THF(2mL)中的(S)-N-(2,5-二氧代吡咯烷-3-基)-3-硝基苯甲酰胺(XS02-055)(240mg,0.91mmol)加入到氢氧化钯(20%,于碳上,24mg)在THF(8mL)中的悬浮液中。将溶液在室温下在氢气气氛下搅拌过夜。将混合物通过硅藻土床过滤,用THF洗涤所述硅藻土床。通过真空旋转蒸发从合并的滤液和洗涤液中除去溶剂,得到为白色固体的S)-3-氨基-N-(2,5-二氧吡咯烷-3-基)苯甲酰胺(XS01-057)(210mg,99%)。HPLC 86.6%(tR=2.72min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.24(s,1H),8.93-8.62(m,1H),7.10(t,J=7.8Hz,1H),7.01(t,J=2.0Hz,1H),6.97-6.89(m,1H),6.71(m,1H),5.26(s,2H),4.77-4.47(m,1H),3.04-2.80(m,1H),2.70-2.54(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 234.1(M+H)+
Figure BDA0002923774840002062
N1,N8-双(3-(((S)-2,5-二氧代吡咯烷-3-基)氨基甲酰基)苯基)辛二酰胺(XS01-066):将(S)-3-氨基-N-(2,5-二氧代吡咯烷-3-基)苯甲酰胺(XS01-057)(80mg,0.343mmol)和DIPEA(63mg,0.490mmol)溶解在THF(8mL)中,在-15℃下将THF(2mL)中的辛二酰氯(35mg,0.163mmol)加入溶液中,将反应混合物在0℃下搅拌5h。通过真空旋转蒸发除去溶剂,并向残留物中加入H2O(10mL)和二氯甲烷(10mL)。分离有机相,用盐水(3×10mL)洗涤,将水相用乙酸乙酯(10mL)萃取,并用盐水(3×10mL)洗涤。将合并的有机层干燥(Na2SO4)并减压浓缩,得到粗产物。用甲醇(3×5mL)研磨粗产物,得到为白色固体的N1,N8-双(3-(((S)-2,5-二氧代吡咯烷-3-基)氨基甲酰基)苯基)辛二酰胺(XS01-066)(40mg,40%)。Mp:218℃(摄氏度);HPLC 99.9%(tR=6.75min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.28(s,2H),10.03(s,2H),9.03(d,J=7.8Hz,2H),8.08(t,J=2.0Hz,2H),7.74(m,2H),7.48(m,2H),7.40(t,J=7.9Hz,2H),4.67(m,2H),2.94(dd,J=17.5,9.3Hz,2H),2.69-2.55(m,2H),2.32(t,J=7.4Hz,4H),1.61(t,J=7.0Hz,4H),1.35(d,J=4.1Hz,4H);HPLC-MS(ESI+)m/z 605.3(M+H)+;C30H32N6NaO8(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为627.2174,实测值为627.2181。
合成方案43:
Figure BDA0002923774840002071
2-氯-N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺(XS01-101):向3-(4-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(500mg,1.93mmol)在THF(20mL)中的溶液中加入2-氯乙酰氯(435mg,3.86mmol),将混合物加热至回流1h。真空蒸发溶剂,并将所得固体在二乙基醚(20mL)中浆化,过滤,得到为白色固体的2-氯-N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺(XS01-101)(600mg,93%)。HPLC 98.9%(tR=7.98min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.02(s,1H),10.19(s,1H),7.82(dd,J=7.7,1.3Hz,1H),7.64-7.42(m,2H),5.16(dd,J=13.3,5.1Hz,1H),4.46-4.28(m,4H),2.92(m,1H),2.68-2.57(m,1H),2.43-2.28(m,1H),2.10-1.96(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 336.1(M+H)+。(参见US2003/96841。)
Figure BDA0002923774840002081
2-叠氮基-N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺(XS01-104):向2-氯-N-(2-(2,6-氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺(XS01-101)(530mg,1.58mmol)在丙酮(50mL)中的搅拌悬浮液中加入碘化钠(473mg,3.16mmol)和叠氮化钠(205mg,3.16mmol),将混合物加热至回流18小时。真空蒸发溶剂,得到灰白色固体,将其在二氯甲烷/H2O=1/1(10mL)的混合物中浆化,过滤,得到为白色固体的2-叠氮基-N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺(XS01-104)(668mg,81%)。HPLC94.5%(tR=8.00min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.02(s,1H),10.07(s,1H),7.84(dd,J=7.5,1.4Hz,1H),7.66-7.33(m,2H),5.16(dd,J=13.3,5.1Hz,1H),4.52-4.24(m,2H),4.12(s,2H),2.92(m,1H),2.62(m,1H),2.35(m,1H),2.04(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 343.0(M+H)+。(参见US2003/96841。)
Figure BDA0002923774840002082
N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)己-5-炔酰胺(XS01-106):将3-(4-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(50mg,0.19mmol)、己-5-炔酸(24mg,0.21mmol)和DIPEA(75mg,0.58mmol)溶解在DMF(1mL)中并搅拌5分钟。向溶液中加入HATU(73mg,0.19mmol),并将混合物在60℃下加热5h。通过真空旋转蒸发除去溶剂,得到粗产物。通过硅胶色谱(于二氯甲烷中的0-10%MeOH)纯化粗物质,得到为白色固体的N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)己-5-炔酰胺(XS01-106)(31mg,45%)。HPLC92.4%(tR=9.02min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.01(s,1H),9.82(s,1H),7.82(dd,J=7.2,1.8Hz,1H),7.59-7.36(m,2H),5.15(dd,J=13.4,5.1Hz,1H),4.62-4.23(m,2H),2.92(m,1H),2.83(t,J=2.6Hz,1H),2.67-2.54(m,1H),2.47(d,J=7.5Hz,2H),2.42-2.30(m,1H),2.25(m,2H),2.03(m,1H),1.79(m,2H);HPLC-MS(ESI+)m/z 354.2(M+H)+
Figure BDA0002923774840002091
N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)戊-4-炔酰胺(XS01-112):以与XS01-106相同的方式由3-(4-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(200mg,0.77mmol)和戊-4-炔酸(83mg,0.85mmol)制备该化合物,得到为白色固体的N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)戊-4-炔酰胺(XS01-112)(200mg,77%)。HPLC94.5%(tR=8.25min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.02(s,1H),9.88(s,1H),7.82(dd,J=7.3,1.7Hz,1H),7.63-7.35(m,2H),5.26-4.98(m,1H),4.56-4.19(m,2H),2.93(m,1H),2.83(t,J=2.6Hz,1H),2.64(dd,J=3.8,1.9Hz,1H),2.58(dd,J=8.4,6.9Hz,2H),2.49-2.43(m,2H),2.41-2.27(m,1H),2.04(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 338.2(M-H)-
合成方案44:
Figure BDA0002923774840002101
N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-4-(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)丁酰胺(XS01-109):在微波管中加入2-叠氮基-N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺(XS01-104)(29mg,0.085mmol)、硫酸铜(II)(2.7mg,0.017mmol)、抗坏血酸钠(3.4mg,0.017mmol)和N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)己-5-炔酰胺(XS01-106)(30mg,0.085mmol),之后加入THF(1mL)和3至4滴H2O,用氩气吹扫混合物5min,将管密封,并将反应混合物在室温下搅拌16h。通过真空旋转蒸发除去溶剂,得到粗产物。通过硅胶色谱(于二氯甲烷中的0-10%MeOH)纯化粗物质,得到为白色固体的N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-4-(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)丁酰胺(XS01-109)(30mg,52%)。HPLC 100.0%(tR=12.09min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:231℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.02(d,J=13.9Hz,2H),10.31(s,1H),9.82(s,1H),7.94(s,1H),7.85(m,2H),7.67-7.37(m,4H),5.36(s,2H),5.16(m,2H),4.58-4.25(m,4H),2.92(m,2H),2.73(t,J=7.6Hz,2H),2.67-2.55(m,2H),2.46(t,J=7.5Hz,2H),2.41-2.26(m,2H),2.10-1.99(m,2H),1.96(m,2H);HPLC-MS(ESI+)m/z 696.3(M+H)+;C34H34N9O8(M+H)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为696.2525,实测值为696.2509。
N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-3-(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)丙酰胺(XS01-113):以与XS01-109相同的方式由叠氮化物XS01-104(66mg,0.195mmol)和N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)戊-4-炔酰胺(XS01-112)(60mg,0.177mmol)制备该化合物,得到为白色固体的N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-3-(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)丙酰胺(XS01-113)(37mg,31%)。HPLC 100.0%(tR=11.72min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:221℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.02(d,J=11.7Hz,2H),10.30(s,1H),9.89(s,1H),7.92(s,1H),7.87-7.78(m,2H),7.62-7.41(m,4H),5.35(s,2H),5.22-5.07(m,2H),4.54-4.20(m,4H),3.01(t,J=7.5Hz,2H),2.91(m,2H),2.77(t,J=7.5Hz,2H),2.68-2.54(m,2H),2.41-2.26(m,2H),2.14-1.96(m,2H);HPLC-MS(ESI+)m/z 682.1(M+H)+;C33H32N9O8(M+H)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为682.2368,实测值为682.2352。
合成方案45:
Figure BDA0002923774840002111
(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基甲酸丙-2-炔-1-基酯(XS01-133):将3-(4-氨基-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2,6-二酮(200mg,0.77mmol)悬浮在THF(15mL)中,向溶液中加入氯甲酸炔丙酯(183mg,1.54mmol),并将反应混合物回流5h。真空蒸发溶剂,得到灰白色固体,用二乙基醚将所述固体浆化,得到为白色固体的(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基甲酸丙-2-炔-1-基酯((XS01-133)(210mg,80%)。HPLC 93.4%(tR=9.68min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.00(s,1H),9.76(s,1H),7.76(m,1H),7.57-7.35(m,2H),5.13(dd,J=13.3,5.1Hz,1H),4.80(d,J=2.5Hz,2H),4.61-4.20(m,2H),3.59(s,1H),2.92(m,1H),2.66-2.55(m,1H),2.35(m,1H),2.03(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 342.2(M+H)+
Figure BDA0002923774840002121
(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基甲酸(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲酯(XS01-135):以与XS01-109相同的方法由叠氮化物((XS01-104)(40mg,0.117mmol)和炔烃XS01-133制备该化合物,得到为白色固体的2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基甲酸(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲酯(XS01-135)(35mg,43%)。HPLC 100.0%(tR=11.72min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:220℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.05(s,1H),11.01(s,1H),10.37(s,1H),9.73(s,1H),8.26(s,1H),7.86(dd,J=7.7,1.2Hz,1H),7.79(d,J=7.1Hz,1H),7.61-7.44(m,4H),5.43(s,2H),5.26(s,2H),5.15(m,2H),4.56-4.23(m,4H),2.92(m,2H),2.69-2.55(m,2H),2.34(m,2H),2.05(m,2H);C32H30N9O9(M+H)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为684.2161,实测值为684.2141。
合成方案46:
Figure BDA0002923774840002131
2-氯-N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺(XS01-115):向4-氨基-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚啉-1,3-二酮(500mg,1.83mmol)在THF(30mL)中的溶液中加入2-氯乙酰氯(413mg,3.66mmol),并将混合物加热至回流1h。真空蒸发溶剂,并将所得固体在二乙基醚(20mL)中浆化,并过滤得到为白色固体的2-氯-N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺(XS01-115)(620mg,97%)。HPLC97.7%(tR=9.90min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.15(s,1H),10.31(s,1H),8.55(dd,J=8.4,0.7Hz,1H),7.89(dd,J=8.5,7.3Hz,1H),7.69(dd,J=7.4,0.7Hz,1H),5.17(dd,J=12.9,5.4Hz,1H),4.54(s,2H),2.90(m,1H),2.68-2.59(m,1H),2.59-2.52(m,1H),2.08(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 350.1(M+H)+。(参见US2003/96841。)
2-叠氮基-N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺(XS01-116):向2-氯-N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺(XS01-115)(200mg,0.73mmol)在丙酮(50mL)中的搅拌悬浮液中加入碘化钠(257mg,1.72mmol)和叠氮化钠(223mg,3.43mmol),将混合物加热至回流18h。真空蒸发溶剂,得到灰白色固体,将所述固体在二氯甲烷/H2O=1/1(10mL)的混合物中浆化,得到为白色固体的2-叠氮基-N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)乙酰胺(XS01-116)(410mg,67%)。HPLC 84.8%(tR=9.76min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1HNMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.15(s,1H),10.13(s,1H),8.52(dd,J=8.4,0.8Hz,1H),7.88(dd,J=8.4,7.3Hz,1H),7.68(dd,J=7.3,0.8Hz,1H),5.17(dd,J=12.9,5.4Hz,1H),4.34(s,2H),2.90(m,1H),2.62(m,1H),2.54(dd,J=13.4,4.4Hz,1H),2.08(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 357.1(M+H)+。(参见US2003/96841。)
合成方案47:
Figure BDA0002923774840002141
N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)戊-4-炔酰胺(XS01-124):将草酰氯(1.32g,10.39mmol)加入到在二氯甲烷(5mL)中的戊-4-炔酸(680mg,6.93mmol)中。向溶液中加入二甲基甲酰胺(1至2滴)。将反应混合物回流1h。减压除去溶剂,得到粗酰氯。向残留物中加入四氢呋喃(10mL),并加入4-氨基-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚啉-1,3-二酮(180mg,0.66mmol),并将反应混合物回流2h。通过真空旋转蒸发除去溶剂,得到粗产物。通过硅胶色谱(于二氯甲烷中的0-10%MeOH)纯化粗物质,得到为白色固体的N-(2-(2,6-二氧代环哌啶-3-基)-1,3-二氧代吲哚啉-4-基)戊-4-炔酰胺(XS01-124)(60mg,26%)。HPLC 85.7%(tR=9.81min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.11(d,J=33.8Hz,1H),9.79(s,1H),8.46(dd,J=8.4,0.8Hz,1H),7.85(dd,J=8.4,7.3Hz,1H),7.64(dd,J=7.3,0.8Hz,1H),5.21-5.06(m,1H),3.00-2.84(m,1H),2.82(t,J=2.6Hz,1H),2.70(t,J=7.2Hz,1H),2.66-2.53(m,1H),2.13-1.97(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 376.2(M+Na)+
合成方案48:
Figure BDA0002923774840002142
(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基甲酸丙-2-炔-1-基酯(XS01-134):以与XS01-133相同的方式由4-氨基-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚啉-1,3-二酮(300mg,1.10mmol)和氯甲酸炔丙酯(325mg,2.74mmol)制备该化合物,得到为白色固体的(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基甲酸丙-2-炔-1-基酯(XS01-134)(360mg,92%)。HPLC 83.3%(tR=9.01min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.15(s,1H),9.27(s,1H),8.22(d,J=8.3Hz,1H),7.87(dd,J=8.4,7.3Hz,1H),7.63(dd,J=7.3,0.7Hz,1H),5.15(dd,J=12.9,5.4Hz,1H),4.85(d,J=2.5Hz,2H),3.64(t,J=2.4Hz,1H),2.90(m,1H),2.68-2.57(m,2H),2.13-1.99(m,1H).;HPLC-MS(ESI+)m/z 356.2(M+Na)+
合成方案49:
Figure BDA0002923774840002151
N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)-3-(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)丙酰胺(XS01-126):以与XS01-109相同的方式由叠氮化物XS01-116(28mg,0.079mmol)、硫酸铜(II)(5.0mg,0.032mmol)、抗坏血酸钠(6.3mg,0.032mmol)和炔烃XS01-124制备该化合物,得到为白色固体的N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)-3-(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)丙酰胺(XS01-126)(24mg,42%)。HPLC 99.8%(tR=13.35min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:209℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.15(s,2H),10.10(s,1H),9.81(s,1H),8.47(dd,J=8.5,0.8Hz,1H),8.38(d,J=8.3Hz,1H),7.97(s,1H),7.84(m,2H),7.68(dd,J=7.3,0.8Hz,1H),7.62(dd,J=7.3,0.8Hz,1H),5.50(s,2H),5.15(m,2H),3.03(t,J=7.4Hz,2H),2.94-2.79(m,4H),2.67-2.53(m,4H),2.07(dd,J=9.2,4.3Hz,2H);C33H27N9NaO10(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为732.1773,实测值为732.1761。
合成方案50:
Figure BDA0002923774840002161
(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基甲酸(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲酯(XS01-137):以与XS01-109相同的方式由炔烃XS01-134(30mg,0.084mmol)、硫酸铜(II)(8.1mg,0.051mmol)、抗坏血酸钠(10.0mg,0.051mmol)和叠氮化物XS01-116制备该化合物,得到为白色固体的(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基甲酸(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲酯(XS01-137)(25mg,42%)。HPLC 100.0%(tR=6.84min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:230℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.17(s,1H),11.15(s,1H),10.25(s,1H),9.21(s,1H),8.37(d,J=8.3Hz,1H),8.31-8.21(m,2H),7.86(m,2H),7.69(d,J=7.2Hz,1H),7.62(d,J=7.3Hz,1H),5.59(s,2H),5.33(s,2H),5.22-5.07(m,2H),2.98-2.80(m,2H),2.69-2.53(m,4H),2.16-1.95(m,2H);C32H25N9NaO11(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为734.1566,实测值为734.1571。
合成方案51:
Figure BDA0002923774840002171
2-氯-N-(3-(2,6-二氧哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)乙酰胺(XS01-118):向3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)哌啶-2,6-二酮(100mg,0.35mmol)在THF(5mL)中的溶液中加入2-氯乙酰氯(79mg,0.70mmol),并将混合物加热至回流1h。真空蒸发溶剂,并将所得固体在二乙基醚(10mL)中浆化,并过滤,得到为白色固体的2-氯-N-(3-(2,6-二氧代哌嗪-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)乙酰胺(XS01-118)(125mg,99%)。HPLC 90.7%(tR=9.86min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ12.32(s,1H),11.11(s,1H),8.57(d,J=8.2Hz,1H),7.82(t,J=8.2Hz,1H),7.37(d,J=8.1Hz,1H),5.34(dd,J=11.8,5.6Hz,1H),4.48(d,J=1.8Hz,2H),2.96-2.77(m,1H),2.76-2.56(m,5H),2.28-2.14(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z363.1(M+H)+。参考文献:CELGENE CORPORATION WO2008/39489,2008,A2
2-叠氮基-N-(3-(2,6-二氧哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)乙酰胺(XS01-119):向2-氯-N-(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)(XS01-118)(120mg,0.33mmol)在丙酮(20mL)中的搅拌悬浮液中加入碘化钠(50mg,0.33mmol)和叠氮化钠(43mg,0.66mmol),并将混合物加热回至流18h。真空蒸发溶剂,得到灰白色固体,将所述灰白色固体在二氯甲烷/H2O=1/1(10mL)的混合物中浆化,并过滤,得到为白色固体的2-叠氮基-N-(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)乙酰胺(XS01-119)(88mg,72%)。HPLC 93.3%(tR=9.76min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ12.07(s,1H),11.08(s,1H),8.55(dd,J=8.3,1.1Hz,1H),7.81(t,J=8.2Hz,1H),7.35(dd,J=8.2,1.1Hz,1H),5.34(dd,J=11.5,5.7Hz,1H),4.53-4.06(m,2H),2.87(m,1H),2.76-2.57(m,5H),2.21(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 392.2(M+Na)+
合成方案52:
Figure BDA0002923774840002181
N-(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)戊-4-炔酰胺(XS01-129):以与XS01-124相同的方式由戊-4-炔酸(600mg,6.12mmol)和3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)哌啶-2,6-二酮(CC-122)(80mg,0.28mmol)制备该化合物,得到为白色固体的N-(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)戊-4-炔酰胺(XS01-129)(60mg,59%)。HPLC 91.6%(tR=7.29min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.78(s,1H),11.07(d,J=7.1Hz,1H),8.56(dd,J=8.3,1.0Hz,1H),7.79(t,J=8.2Hz,1H),7.30(dd,J=8.1,1.1Hz,1H),5.33(dd,J=11.7,5.7Hz,1H),2.87(m,1H),2.78(t,J=2.6Hz,1H),2.73-2.55(m,8H),2.42-2.34(m,1H),2.21(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 367.2(M+Na)+
合成方案53:
Figure BDA0002923774840002182
N-(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)-3-(1-(2-((3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)丙酰胺(XS01-132):以与XS01-109相同的方式由炔烃(XS01-129)(46mg,0.126mmol)、硫酸铜(II)(14mg,0.088mmol)、抗坏血酸钠(20.0mg,0.10mmol)和叠氮化物XS01-119(46mg,0.126mmol)制备该化合物,得到为白色固体的N-(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)-3-(1-(2-((3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3三唑-4-基)丙酰胺(XS01-132)(5mg,5%)。HPLC 94.7%(tR=13.15min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:241℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.85-11.75(m,2H),11.09(d,J=9.7Hz,2H),8.56(dd,J=8.3,6.8Hz,1H),8.45(d,J=8.4Hz,1H),7.94(d,J=2.2Hz,1H),7.78(m,2H),7.39-7.21(m,2H),5.54-5.37(m,2H),5.33(m,2H),3.00(t,J=7.3Hz,2H),2.92-2.75(m,4H),2.65(m,10H),2.19(d,J=12.1Hz,2H);C35H33N11NaO8(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为758.2406,实测值为758.2400。
Figure BDA0002923774840002191
(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)氨基甲酸丙-2-炔-1-基酯(XS01-139):将3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代喹唑啉-3(4H)-基)哌啶-2,6-二酮(CC-122)(110mg,0.38mmol)悬浮在THF(5mL)中,向溶液中加入氯甲酸炔丙酯(137mg,1.15mmol),并将反应混合物回流48h。薄层色谱表明反应不完全,并向溶液中加入氯甲酸炔丙酯(137mg,1.15mmol)和DIPEA(50mg,0.38mmol),并将混合物回流过夜。真空蒸发溶剂,得到灰白色固体,将所述灰白色固体在二乙基醚(10mL)中浆化,并过滤,得到为白色固体的(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)氨基甲酸丙-2-炔-1-基酯(XS01-139)(120mg,85%)。HPLC 90.5%(tR=10.55min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.45(s,1H),11.08(s,1H),8.19(dd,J=8.3,1.0Hz,1H),7.81(t,J=8.2Hz,1H),7.28(dd,J=8.1,1.1Hz,1H),5.32(dd,J=11.8,5.7Hz,1H),4.91-4.62(m,2H),3.22-3.06(m,1H),2.85(m,1H),2.65(d,J=4.0Hz,5H),2.21(dd,J=12.0,5.8Hz,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 369.2(M+Na)+
合成方案54:
Figure BDA0002923774840002201
(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)氨基甲酸(1-(2-((3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲酯(XS01-145):以与XS01-109相同的方式由炔烃XS01-139(35mg,0.095mmol)、硫酸铜(II)(9.0mg,0.057mmol)、抗坏血酸钠(11.0mg,0.057mmol)和叠氮化物XS01-119(35mg,0.095mmol)制备该化合物,得到为白色固体的(3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)氨基甲酸(1-(2-((3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲酯(XS01-145)(13mg,18%)。HPLC 99.3%(tR=14.73min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:223℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.87(d,J=3.4Hz,1H),11.40(s,1H),11.12(s,1H),11.05(s,1H),8.48(m,1H),8.28(d,J=1.7Hz,1H),8.26-8.21(m,1H),7.94-7.68(m,2H),7.35(m,1H),7.31-7.20(m,1H),5.62-5.44(m,2H),5.42-5.12(m,4H),2.83(t,J=19.7Hz,2H),2.70-2.56(m,10H),2.14(d,J=48.8Hz,2H);C34H31N11NaO9(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为760.2198,实测值为760.2206。
合成方案55:
Figure BDA0002923774840002211
4-(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)-N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)丁酰胺(XS01-122):以与XS01-109相同的方式由叠氮化物XS01-116(50mg,0.14mmol)和炔烃XS01-106(50mg,0.14mmol)制备该化合物,得到为白色固体的4-(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)-N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)丁酰胺(XS01-122)(31mg,31%)。HPLC99.4%(tR=13.03min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:237℃(摄氏度);1HNMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.15(s,1H),11.00(s,1H),10.11(s,1H),9.81(s,1H),8.41(d,J=8.4Hz,1H),7.97(s,1H),7.91-7.76(m,2H),7.73-7.63(m,1H),7.60-7.44(m,2H),5.50(s,2H),5.15(m,2H),4.48-4.27(m,2H),3.00-2.79(m,2H),2.74(t,J=7.6Hz,2H),2.67-2.55(m,2H),2.45(d,J=7.5Hz,2H),2.40-2.30(m,2H),2.16-1.86(m,4H);C34H32N9NaO9(M+H)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为710.2318,实测值为710.2316。
合成方案56:
Figure BDA0002923774840002221
N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-4-(1-(2-((3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)丁酰胺(XS01-123):以与XS01-109相同的方式由炔烃XS01-106(38mg,0.108mmol)和叠氮化物XS01-119(40mg,0.108mmol)制备该化合物,得到为白色固体的N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-4-(1-(2-((3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)丁酰胺(XS01-123)(30mg,38%)。HPLC 99.5%(tR=13.17min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:225℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.82(s,1H),11.08(s,1H),11.00(s,1H),9.82(s,1H),8.49(dd,J=8.3,1.1Hz,1H),7.95(s,1H),7.88-7.74(m,2H),7.55-7.43(m,2H),7.34(dd,J=8.1,1.1Hz,1H),5.57-5.37(m,2H),5.33(dd,J=11.7,5.6Hz,1H),5.14(dd,J=13.3,5.1Hz,1H),4.51-4.28(m,2H),2.98-2.80(m,2H),2.75-2.57(m,8H),2.46(t,J=7.5Hz,2H),2.42-2.32(m,1H),2.24-2.14(m,1H),2.07-1.89(m,3H);HPLC-MS(ESI+)m/z723.2(M+H)+;C35H35N10O8(M+H)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为723.2634,实测值为723.2629。
合成方案57:
Figure BDA0002923774840002222
(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基甲酸(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲酯(XS01-136):以与XS01-109相同的方式由炔烃XS01-133(30mg,0.087mmol)和XS01-116(32mg,0.087mmol)制备该化合物,得到为白色固体的(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基甲酸(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲酯(XS01-136)(26mg,42%)HPLC 100.0%(tR=6.83min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:218℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.23(s,1H),11.07(s,1H),10.32(s,1H),9.79(s,1H),8.42(dd,J=8.5,0.8Hz,1H),8.32(s,1H),7.92(dd,J=8.5,7.3Hz,1H),7.85(d,J=7.0Hz,1H),7.75(dd,J=7.3,0.8Hz,1H),7.60-7.50(m,2H),5.64(s,2H),5.32(s,2H),5.20(m,2H),4.66-4.23(m,2H),2.96m,2H),2.72-2.60(m,3H),2.40(m,1H),2.21-1.99(m,1H);C32H27N9NaO10(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为720.1773,实测值为720.1772.
合成方案58:
Figure BDA0002923774840002231
3-(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)-N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)丙酰胺(XS01-125):以与XS01-109相同的方式由叠氮化物XS01-116(50mg,0.14mmol)、炔烃XS01-112(48mg,0.14mmol)、硫酸铜(II)(8.9mg,0.056mmol)和抗坏血酸钠(11.1mg,0.056mmol)制备该化合物,得到为白色固体的3-(1-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)-N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)丙酰胺(XS01-125)(28mg,29%)。HPLC 98.7%(tR=12.51min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:227℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.16(s,1H),11.01(s,1H),10.12(s,1H),9.88(s,1H),8.37(d,J=8.4Hz,1H),7.94(s,1H),7.90-7.75(m,2H),7.68(dd,J=7.3,0.8Hz,1H),7.58-7.39(m,2H),5.51(s,2H),5.14(m,2H),4.49-4.21(m,2H),3.01(t,J=7.5Hz,2H),2.95-2.83(m,2H),2.77(t,J=7.5Hz,2H),2.66-2.55(m,2H),2.42-2.25(m,2H),2.14-1.96(m,2H);HPLC-MS(ESI+)m/z718.2(M+Na)+;C33H30N9O9(M+H)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为696.2161,实测值为696.2153。
合成方案59:
Figure BDA0002923774840002241
N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-3-(1-(2-((3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)丙酰胺(XS01-127):以与XS01-109相同的方式由叠氮化物XS01-119(35mg,0.094mmol)、炔烃XS01-112(32mg,0.094mmol)、硫酸铜(II)(6.0mg,0.038mmol)和抗坏血酸钠(7.5mg,0.038mmol)制备该化合物,得到为白色固体的N-(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)-3-(1-(2-((3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)丙酰胺(XS01-127)(31mg,47%)。HPLC 99.3%(tR=12.73min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:232℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.82(s,1H),11.09(s,1H),11.01(s,1H),9.88(s,1H),8.61-8.34(m,1H),7.92(s,1H),7.84-7.71(m,2H),7.58-7.43(m,2H),7.34(dd,J=8.2,1.1Hz,1H),5.56-5.38(m,2H),5.34(dd,J=11.7,5.6Hz,1H),5.14(dd,J=13.3,5.1Hz,1H),4.52-4.20(m,2H),3.00(t,J=7.5Hz,2H),2.94-2.81(m,2H),2.76(t,J=7.6Hz,2H),2.71-2.58(m,5H),2.43-2.27(m,2H),2.25-2.13(m,1H),2.07-1.95(m,1H);HPLC-MS(ESI+)m/z 709.4(M+H)+;C34H33N10O8(M+H)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为709.2477,实测值为709.2480。
合成方案60:
Figure BDA0002923774840002251
(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基甲酸(1-(2-((3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲酯(XS01-138):以与XS01-109相同的方式由炔烃XS01-133(37mg,0.108mmol)、叠氮化物XS01-119(40mg,0.108mmol)、硫酸铜(II)(10.0mg,0.065mmol)和抗坏血酸钠(13mg,0.065mmol)制备该化合物,得到为白色固体的(2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氨基甲酸(1-(2-((3-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-5-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲酯(XS01-138)(35mg,45%)。HPLC 100.0%(tR=7.00min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:219℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ11.90(s,1H),11.12(s,1H),11.01(s,1H),9.72(s,1H),8.47(dd,J=8.2,1.0Hz,1H),8.26(s,1H),7.80(t,J=8.2Hz,2H),7.58-7.42(m,2H),7.35(dd,J=8.1,1.1Hz,1H),5.65-5.46(m,2H),5.35(dd,J=11.6,5.7Hz,1H),5.30-5.17(m,2H),5.12(dd,J=13.3,5.1Hz,1H),4.55-4.25(m,2H),2.98-2.80(m,2H),2.77-2.53(m,6H),2.41-2.26(m,1H),2.25-2.15(m,1H),2.08-1.94(m,1H);C33H30N10NaO9(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为733.2089,实测值为733.2094。
合成方案61:
Figure BDA0002923774840002261
N1,N10-双(2,6-二氧代哌啶-3-基)癸二酰胺(XS01-039):将3-氨基哌啶-2,6-二酮盐酸盐(100mg,0.607mmol)和DIPEA(214mg,1.656mmol)溶解在DMF(5mL)中,在0℃下将癸二酰氯(66mg,0.276mmol)缓慢加入到溶液中,并将反应混合物在室温下搅拌过夜。加入水(10mL),并用乙酸乙酯(3×10mL)萃取混合物。将合并的有机层用饱和NH4Cl(3×5mL)、饱和NaHCO3(3×5mL)和盐水(3×5mL)洗涤,干燥(Na2SO4),并减压浓缩,得到粗产品。用二氯甲烷/己烷研磨粗产物,得到为白色固体的N1,N10-双(2,6-二氧代哌啶-3-基)癸二酰胺(XS01-039)(15mg,14%)。HPLC 98.9%(tR=6.84min,CH3OH于0.1%TFA水5%~95%中,20min);Mp:215℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.78(s,2H),8.13(d,J=8.2Hz,2H),4.75-4.32(m,2H),2.78-2.65(m,2H),2.47(m,2H),2.18-2.04(m,4H),1.91(m,4H),1.56-1.45(m,4H),1.26(s,8H);HPLC-MS(ESI+)m/z 445.2(M+Na)+;C20H30N4NaO6(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为445.2058,实测值为445.2059。
N1,N8-双(2,6-二氧代哌嗪-3-基)辛二酰胺(XS01-093):在0℃下将3-氨基哌啶-2,6-二酮盐酸盐(200mg,1.22mmol)和DIPEA(299mg,2.31mmol)溶解在DMF(2mL)中,将溶解在DMF(1mL)中的辛二酰氯(122mg,0.58mmol)滴加到溶液中。将反应混合物在室温下搅拌过夜。通过真空旋转蒸发除去溶剂,得到残留物,将所述残留物在真空(1mm Hg)下放置5h。用甲醇(3×10mL)研磨粗产物,得到为白色固体的N1,N8-双(2,6-二氧代哌啶-3-基)辛二酰胺(XS01-093)(30mg,13%)。Mp:207℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.77(s,2H),8.12(d,J=8.3Hz,2H),4.53(m,2H),2.80-2.62(m,2H),2.47(m,2H),2.20-2.07(m,4H),1.96-1.83(m,4H),1.51(t,J=7.2Hz,4H),1.29(m,4H);HPLC-MS(ESI+)m/z 395.2(M+H)+;C18H26N4NaO6(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为417.1745,实测值为417.1743。
N1,N5-双(2,6-二氧代哌嗪-3-基)戊二酰胺(XS01-095):以与XS01-093相同的方式由3-氨基哌啶-2,6-二酮盐酸盐(200mg,1.22mmol)、DIPEA(314mg,2.43mmol)和戊二酰二氯(102mg,0.61mmol)制备该化合物,得到为白色固体的N1,N5-双(2,6-二氧代哌啶-3-基)戊二酰胺(XS01-095)(25mg,12%)。Mp:202℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.78(s,2H),8.15(dd,J=8.3,1.9Hz,2H),4.69-4.34(m,2H),2.80-2.65(m,2H),2.48(m,2H),2.17(m,2H),1.92(m,4H),1.77(m,2H),1.27(m,2H);HPLC-MS(ESI+)m/z 353.2(M+H)+;C15H20N4NaO6(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为375.1275,实测值为375.1278。
合成方案62:
Figure BDA0002923774840002271
N1,N14-双(2,6-二氧代哌嗪-3-基)十四烷二酰胺(XS01-142):将DMF(2mL)中的3-氨基哌啶-2,6-二酮盐酸盐(200mg,1.22mmol)、十四烷二酸(157mg,0.607mmol)和DIPEA(471mg,3.65mmol)在室温下搅拌10min。加入HATU(1-[双(二甲基氨基)亚甲基]-1H-1,2,3-三唑并[4,5-b]吡啶鎓3-氧化物六氟磷酸盐)(508mg,1.34mmol),并将所得混合物在室温下搅拌过夜。通过真空旋转蒸发除去溶剂,得到残留物,将所述残留物在真空(1mm Hg)下放置过夜。用甲醇(3×10mL)研磨粗产物,得到为白色固体的N1,N14-双(2,6-二氧代哌啶-3-基)十四烷二酰胺(XS01-142)(210mg,72%)。Mp:236℃(摄氏度);1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.79(s,2H),8.13(d,J=8.3Hz,2H),4.53(m,2H),2.78-2.65(m,2H),2.49-2.43(m,2H),2.19-2.05(m,4H),1.90(m,4H),1.50(m,4H),1.25(s,16H);HPLC-MS(ESI+)m/z 479.4(M+H)+;C24H38N4NaO6(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值为501.2684,实测值为501.2685。
N1N12-双(2,6-二氧代哌嗪-3-基)十二烷二酰胺(XS01-143):以与相同的方法由3-氨基哌啶-26-二酮盐酸盐(200mg,1.22mmol)、十二烷二酸(140mg,0.607mmol)、DIPEA(471mg,3.65mmol)和HATU(508mg,1.34mmol)制备该化合物,得到为白色固体的N1,N12-双(2,6-二氧代哌嗪-3-基)十二烷二酰胺(XS01-143)(70mg,26%)。Mp:225℃(摄氏度);1HNMR(500MHz,DMSO-d6)δ10.78(s,2H),8.12(d,J=8.4Hz,2H),4.69-4.26(m,2H),2.79-2.62(m,2H),2.49-2.41(m,2H),2.19-2.03(m,4H),1.98-1.78(m,4H),1.59-1.41(m,4H),1.26(s,12H).;HPLC-MS(ESI+)m/z 473.3(M+Na)+;C22H34N4NaO6(M+Na)+的HRMS(ESI+)m/z的计算值473.2371,实测值473.2375。
具体实例
Figure BDA0002923774840002281
Figure BDA0002923774840002291
Figure BDA0002923774840002301
Figure BDA0002923774840002311
Figure BDA0002923774840002321
Figure BDA0002923774840002331
Figure BDA0002923774840002341
Figure BDA0002923774840002351
Figure BDA0002923774840002361
Figure BDA0002923774840002371
Figure BDA0002923774840002381
Figure BDA0002923774840002391
Figure BDA0002923774840002401
Figure BDA0002923774840002411
Figure BDA0002923774840002421
Figure BDA0002923774840002431
Figure BDA0002923774840002441
Figure BDA0002923774840002451
所附权利要求的方法和组合物在范围内不受本文描述的具体方法和组合物的限制,所述方法和组合物旨在作为权利要求的几个方面的说明,并且功能等同的任何方法和组合物都在本公开的范围内。除了本文中所示和描述的那些之外,方法和组合物的各种修改旨在落入所附权利要求的范围内。另外,虽然仅具体描述了某些代表性的方法、组合物以及这些方法和组合物的方面,但其它方法和组合物以及所述方法和组合物的各种特征的组合都旨在落入所附权利要求的范围内,即使未被具体地叙述。因此,在本文中可以明确提及步骤、元件、组件或成分的组合;然而,包括步骤、元件、组件和成分的所有其它组合,尽管没有明确说明。

Claims (35)

1.一种组合物,其包含E3连接酶配体的二聚体。
2.如权利要求1所述的组合物,其中所述E3连接酶配体是cereblon结合配体。
3.一种组合物,其包含具有由式III表示的结构的化合物:
Figure FDA0002923774830000011
其中,
G为C、S、N、取代或未取代的C1-C8烷基,或其组合;
R3选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基、取代或未取代的环烷基及其组合;
R4、R5和R8各自选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、醚、烷氧基、巯基、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的烷基芳基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合;以及
R6和R7各自为=O、氢、C1-C8烷基,或者R6和R7组合以形成=O;
每个R10独立地选自空、O、NH、CH2、OCH2、NHCH2、N(CH3)、CH=CH、C≡C、SO2、SO2NH、C(O)、C(O)O、C(O)NH、C(O)CH2、NHSO2、OCH2O、NHCONH、NHCH2CH2O、NH(CH2)3NH和NHCH2CF2CH2
每个R11独立地选自空、键、(CR’R”)r、C(=O)NR’、NR’C(O)、C(=O)、-SO2、-SO2R';SO2R”、-SO2NR';-SO2NR”C(=O);-NR'SO2R”-R'SO2NR'-C(=O)R';-OC(=O)R';-C(=O)NR”;-NR'C(=O)R”;-NR'C(=O)R”C(=O);-OR';-NR';-SR;其中r为1至6,其中R’和R”为H或C1-C6烷基;
Z不存在、为氨基、C1-C12烷基、C1-C12聚烷氧化物、环烷基或杂环烷基;
Y为E-3连接酶配体;以及
x为0、1或2;以及
其中键---存在或不存在。
4.如权利要求3所述的组合物,其中所述组合物具有式III-A:
Figure FDA0002923774830000031
5.如权利要求3所述的组合物,其中所述组合物具有式III-B:
Figure FDA0002923774830000032
6.如权利要求3-5中任一项所述的组合物,其中R3为SO2NH2、SO2NHR'或NHSO2R',其中R’为任选地被C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、羟基或卤化物取代的C1-C6烷基或C1-C6环烷基。
7.如权利要求3-6中任一项所述的组合物,其中R3为NHC(O)R’,其中R’为任选地被C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、环烷基、环杂烷基、羟基或卤化物取代的C1-C6烷基或C1-C6环烷基。
8.如权利要求3-7中任一项所述的组合物,其中R3为C1-C6烷基或C1-C6环烷基。
9.如权利要求3-8中任一项所述的组合物,其中R3为C1-C6烷氧基。
10.如权利要求3-9中任一项所述的组合物,其中R3为卤化物。
11.如权利要求3-10中任一项所述的组合物,其中R3为氢、卤素、羟基、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的C1-C6烷基或其组合。
12.如前述权利要求中任一项所述的组合物,其中x为1并且所述键---不存在。
13.如前述权利要求中任一项所述的组合物,其中R4和R5均为氢。
14.如前述权利要求中任一项所述的组合物,其中R6和R7一起形成=O。
15.如前述权利要求中任一项所述的组合物,其中R6和R7均为氢。
16.如前述权利要求中任一项所述的组合物,其中R8选自由以下组成的组:氢、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的烷基芳基及其组合。
17.如前述权利要求中任一项所述的组合物,其中R8为氢或C1-C6烷基。
18.如前述权利要求中任一项所述的组合物,其中G为CH。
19.如前述权利要求中任一项所述的组合物,其中所述化合物具有选自以下的结构:
Figure FDA0002923774830000051
20.一种组合物,其包含具有由式IV表示的结构的化合物:
Figure FDA0002923774830000052
其中,
R3选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基及其组合;
R4、R5和R8各自选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、醚、烷氧基、巯基、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、酯、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的烷基芳基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、杂环基及其组合;以及
R6和R7各自为=O、氢、C1-C8烷基,或者R6和R7组合以形成=O;
每个R10独立地选自空、O、NH、CH2、OCH2、NHCH2、N(CH3)、CH=CH、C≡C、SO2、SO2NH、C(O)、C(O)O、C(O)NH、C(O)CH2、NHSO2、OCH2O、NHCONH、NHCH2CH2O、NH(CH2)3NH和NHCH2CF2CH2
每个R11独立地选自空、键、(CR’R”)r、C(=O)NR’、NR’C(O)、C(=O)、-SO2、-SO2R’;SO2R”、-SO2NR’;-SO2NR”C(=O);-NR’SO2R”;-R'SO2NR';-C(=O)R';-OC(=O)R';-C(=O)NR”;-NR'C(=O)R”;-NR'C(=O)R”C(=O);-OR';-NR';-SR’;其中r为1至6;其中R’和R”为H或C1-C6烷基;
Z不存在、为氨基、C1-C12烷基、C1-C12聚烷氧化物、环烷基或杂环烷基;
Y为E-3连接酶配体;以及
x为0、1或2;以及
其中所述键---存在或不存在。
21.如前述权利要求中任一项所述的组合物,其中R10为O或OCH2
22.如前述权利要求中任一项所述的组合物,其中R11为C(=O)NH。
23.如前述权利要求中任一项所述的组合物,其中Z为C1-C12烷基、C1-C12杂烷基或C1-C12杂烷基杂环烷基。
24.一种组合物,其具有式V:
Figure FDA0002923774830000071
其中
R3选自由以下组成的组:氢、卤素、羟基、叠氮化物、烷氧基、巯基、亚氨基、酰氨基、膦酸酯、次膦酸酯、羰基、羧基、氰基、甲硅烷基、醚、烷硫基、磺酰基、亚磺酰氨基、酮、醛、取代或未取代的胺、取代或未取代的酰胺、硝基、酯、吗啉代、二氧戊烷、取代或未取代的烷基、取代或未取代的烷基卤化物、取代或未取代的芳烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的环烷基;取代或未取代的杂环基;取代或未取代的环烯基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、取代或未取代的芳基烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的烷基杂芳基及其组合;
R6和R7各自为=O、氢、C1-C8烷基,或者R6和R7组合以形成=O;以及
L为长度为1至20个原子的接头,例如,NH、O、S、(CH2O)1-10、(CH2CH2O)1-6、(CH2)1-20、C≡C、C=C、C(O)NH、NHC(O)、SO2NH、NHSO2、SO2、NHC(O)NH、C(O)、C(O)O,或者
Figure FDA0002923774830000081
其中n为1-6,Z为CH或N;R’为卤素、OH、NHR;并且R为脂肪族、芳基或NO2
25.如权利要求3所述的组合物,其中所述化合物具有下式:
Figure FDA0002923774830000091
Figure FDA0002923774830000101
Figure FDA0002923774830000111
26.如权利要求3所述的组合物,其中所述化合物具有下式
Figure FDA0002923774830000121
27.一种降低受试者患自身免疫性疾病或病症的风险、预防受试者患自身免疫性疾病或病症、或治疗患自身免疫性疾病或病症的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的根据前述权利要求中任一项所述的化合物。
28.一种诱导细胞中靶蛋白降解的方法,所述方法包括施用有效量的根据前述权利要求中任一项所述的化合物。
29.一种用于降低患者的疾病状态或疾患的风险、预防患者的疾病状态或疾患、或治疗患者的疾病状态或疾患的方法,其中失调的蛋白质活性是所述疾病状态或疾患的原因,所述方法包括向所述受试者施用有效量的根据前述权利要求中任一项所述的化合物。
30.如前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述疾病状态或疾患是哮喘、多发性硬化、癌症、糖尿病、心脏病、高血压、炎性肠病、阿尔茨海默氏病、帕金森氏病、类风湿性关节炎或其组合。
31.如前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述疾病状态或疾患是癌症。
32.一种用于抑制cereblon E3遍在蛋白连接酶结合部分(CLM)的方法,所述方法包括施用有效量的根据前述权利要求中任一项所述的化合物。
33.一种用于降低受试者的癌症的风险、预防受试者的癌症、或治疗受试者的癌症的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的根据前述权利要求中任一项所述的化合物。
34.如前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述癌症为多发性骨髓瘤、脊髓发育不良综合征或淋巴瘤。
35.一种治疗受试者的遗传疾病或病症的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的根据前述权利要求中任一项所述的化合物。
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