CN111278822B - 结晶形式 - Google Patents

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Abstract

本文提供在转染(RET)激酶抑制期间表现出重排的式I‑IV的化合物及其药学上可接受的盐。特别地，本文提供4‑(6‑(4‑((6‑甲氧基吡啶‑3‑基)甲基)哌嗪‑1‑基)吡啶‑3‑基)‑6‑(1‑甲基‑1H‑吡唑‑4‑基)吡唑并[1,5‑a]吡啶‑3‑甲腈(式I)、6‑(2‑羟基‑2‑甲基丙氧基)‑4‑(6‑(6‑((6‑甲氧基吡啶‑3‑基)甲基)‑3,6‑二氮杂双环[3.1.1]庚‑3‑基)吡啶‑3‑基)吡唑并[1,5‑a]吡啶‑3‑甲腈(式II)、6‑(2‑羟基‑2‑甲基丙氧基)‑4‑(6‑(6‑(6‑甲氧基烟酰基)‑3,6‑二氮杂双环[3.1.1]庚‑3‑基)吡啶‑3‑基)吡唑并[1,5‑a]吡啶‑3‑甲腈(式III)、6‑(2‑羟基‑2‑甲基丙氧基)‑4‑(6‑(4‑羟基‑4‑(吡啶‑2‑基甲基)哌啶‑1‑基)吡啶‑3‑基)吡唑并[1,5‑a]吡啶‑3‑甲腈(式IV)的新结晶形式及其药学上可接受的盐、包含该化合物的药物组合物、制备该化合物的方法和该化合物在疗法中的用途。更特别地，本申请涉及可用于治疗和预防可以用RET激酶抑制剂治疗的疾病，包括与RET相关的疾病和病症的式I‑IV的新结晶形式及其药学上可接受的盐。

Description

结晶形式
相关申请的交叉引用
本申请要求于2017年10月10日提交的美国临时申请序列号62/570,573；于2018年3月16日提交的美国临时申请序列号62/643,950；于2018年4月12日提交的美国临时申请序列号62/656,668；于2018年5月9日提交的美国临时申请序列号62/669,288；于2018年5月25日提交的美国临时申请序列号62/676,417；和于2018年7月31日提交的美国临时申请序列号62/712,707的优先权；它们各自的内容特此通过引用以其整体并入。
背景
RET是属于酪氨酸激酶超家族的单次跨膜受体，是正常发育、成熟和维持几种组织和细胞类型所必需的(Mulligan, L. M., Nature Reviews Cancer (2014) 14：173-186)。RET激酶的细胞外部分含有四个参与配体结合的钙依赖的钙粘着蛋白样重复序列和RET胞外结构域正确折叠所必需的富含近膜半胱氨酸的区域，而受体的胞质部分包括两个酪氨酸激酶亚结构域。
RET信号传导是由神经胶质细胞系衍生的神经营养因子(GDNF)家族配体(GFL)的一组可溶性蛋白的结合而介导的，其还包括神经秩蛋白(NTRN)、青蒿琥酯(ARTN)和persephin(PSPN) (Arighi等, Cytokine Growth Factor Rev. (2005) 16：441-67)。与其它受体酪氨酸激酶不同，RET不直接与GFL结合，并且需要一个另外的共受体：即四个GDNF家族受体-α(GFRα)家族成员之一，它们通过糖基磷脂酰肌醇键系在细胞表面。GFL和GFRα家族成员形成二元复合物，该二元复合物又与RET结合并将其募集到富含胆固醇的膜亚结构域(称为脂质筏)中，在其中发生RET信号传导。
结合配体-共-受体复合物后，细胞内酪氨酸残基上的RET二聚化和自磷酸化会募集衔接子和信号传导蛋白，以刺激多个下游途径。衔接子蛋白与这些停泊位点的结合导致Ras-MAPK和PI3K-Akt/mTOR信号传导通路的激活，或在RET介导的功能的RET下调中起作用的泛素连接酶CBL家族的募集。
在不同的癌症和胃肠道病症(如肠易激综合征(IBS))中已证实了异常的RET表达和/或活性。
概述
式I-IV的化合物——4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(式I)；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(式II)；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-(6-甲氧基烟酰基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(式III)；和6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(式IV)是RET激酶的抑制剂，并可用于治疗疾病，例如增殖性疾病，包括癌症。
因此，本文提供式I-IV的化合物：
Figure DEST_PATH_IMAGE001
Figure DEST_PATH_IMAGE002
及其药学上可接受的盐、无定形和多晶形物形式。
本文还提供了式I的化合物的结晶形式，其中该结晶形式为形式A，并且特征在于具有X射线粉末衍射(XRPD)图，该图包含在4.4±0.2、14.6±0.2和18.3±0.2的º2θ值处的峰。
本文还提供了式II的化合物的结晶形式，其中该结晶形式为形式1，并且特征在于具有X射线粉末衍射(XRPD)图，该图包含在16.5±0.2、18.9±0.2和26.0±0.2的º2θ值处的峰。
本文还提供了式III的化合物的结晶形式，其中该结晶形式为形式A，并且特征在于具有X射线粉末衍射(XRPD)图，该图包含在17.3±0.2、19.2±0.2和23.9±0.2的º2θ值处的峰。
本文还提供了式IV的化合物的结晶形式，其中该结晶形式为形式A，并且特征在于具有X射线粉末衍射(XRPD)图，该图包含在8.3±0.2、16.3±0.2和21.9±0.2的º2θ值处的峰。
本文还提供了固体口服药物组合物，其包含药学上可接受的载体和式I-IV的化合物，包括其药学上可接受的盐、无定形和多晶形物形式。
本文还提供了液体药物组合物，其包含药学上可接受的载体和式I-IV的化合物，包括其药学上可接受的盐、无定形和多晶形物形式。
本文还提供了一种在有此需要的对象中治疗癌症的方法，该方法包括施用包含治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的药物组合物，或使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物。
本文还提供了一种在体外或体内抑制细胞增殖的方法，该方法包括使细胞接触有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物，或如本文定义的其药物组合物。
本文还提供了一种在需要这种治疗的患者中治疗与RET相关的疾病或病症的方法，该方法包括向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或如本文定义的其药物组合物。
本文还提供了一种在需要这种治疗的患者中治疗癌症和/或抑制与特定癌症相关的转移的方法，该方法包括向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物或如本文定义的其药物组合物。
本文还提供了一种在有此需要的对象中治疗癌症和/或抑制与特定癌症相关的转移的方法，该方法包括(a) 确定该癌症是否与RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调有关；和(b) 如果该癌症被确定为与RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调有关，则向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物。
本文还提供了一种在对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括向被鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症的对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物。
本文还提供了一种在对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括：确定对象中的癌症是否为与RET相关的癌症；和向被确定为具有与RET相关的癌症的对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物。
本文还提供了一种治疗对象的方法，该方法包括向具有指示对象具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的临床记录的对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物。
本文还提供了一种为对象选择治疗的方法，该方法包括为被鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症的对象选择包括施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物的治疗。
本文还提供了一种为具有癌症的对象选择治疗的方法，该方法包括：确定对象中的癌症是否为与RET相关的癌症；和为被确定为具有与RET相关的癌症的对象选择包括施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物的治疗。
本文还提供了一种为包括施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物的治疗选择对象的方法，该方法包括：鉴定具有与RET相关的癌症的对象；和为包括施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物的治疗选择对象。
本文还提供了一种为包括施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物的治疗选择具有癌症的对象的方法，该方法包括：确定对象中的癌症是否为与RET相关的癌症；和为包括施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物的治疗选择被确定为具有与RET相关的癌症的对象。
本文还提供了式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式在制造用于在对象中治疗与RET相关的癌症的药物中的用途。
本文还提供了式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物，其用于治疗被鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症的对象。
本文还提供了一种用于抑制哺乳动物细胞中RET激酶活性的方法，该方法包括使该哺乳动物细胞与式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式接触。
本文还提供了一种在对象中治疗肠易激综合征的方法，该方法包括向被鉴定或诊断为具有肠易激综合征的对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物。
本文还提供了一种在有此需要的对象中减轻与肠易激综合征相关的疼痛的方法，该方法包括向被鉴定或诊断为具有肠易激综合征的对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物。
还提供了一种向癌症患者提供支持性护理，包括预防或最小化与包括化学疗法治疗在内的治疗相关的胃肠道病症，例如腹泻的方法，该方法包括向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物或如本文定义的其药物组合物。
本文还提供了一种在有此需要的对象中抑制癌症的转移(例如，脑转移)的方法，该方法包括向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物。在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物与另一种化学治疗剂组合使用。
本文还提供了一种治疗具有癌症的对象的方法，其中该方法包括：(a)向对象施用一个或多个剂量的第一RET抑制剂一段时间；(b) 在(a)之后，确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个赋予癌细胞或肿瘤对采用步骤(a)的第一RET抑制剂的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变；和(c)如果对象具有具有至少一个赋予癌细胞或肿瘤对采用步骤(a)的第一RET抑制剂的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物；或(d)如果对象具有不具有赋予癌细胞或肿瘤对采用步骤(a)的第一RET抑制剂的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂。
本文还提供了一种治疗具有癌症的对象的方法，其中该方法包括：(a)向对象施用一个或多个剂量的第一RET抑制剂一段时间；(b) 在(a)之后，确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个赋予癌细胞或肿瘤对采用步骤(a)的第一RET抑制剂的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变；(c)如果对象具有具有至少一个赋予癌细胞或肿瘤对采用步骤(a)的第一RET抑制剂的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂；或(d)如果对象具有不具有赋予癌细胞或肿瘤对采用步骤(a)的第一RET抑制剂的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂；其中该突变是在氨基酸位置804处的取代，例如V804M、V804L或V804E。
本文还提供了一种治疗具有癌症的对象的方法，其中该方法包括：(a) 确定获自具有癌症并先前施用了一个或多个剂量的第一RET抑制剂的对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个赋予癌细胞或肿瘤对采用先前施用给对象的第一RET抑制剂的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变；和(b)如果对象具有具有至少一个赋予癌细胞或肿瘤对采用先前施用给对象的第一RET抑制剂的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物；或(c)如果对象具有不具有赋予癌细胞或肿瘤对采用先前施用给对象的第一RET抑制剂的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的第一RET抑制剂。
本文还提供了一种治疗具有癌症的对象的方法，其中该方法包括：(a) 确定获自具有癌症并先前施用了一个或多个剂量的第一RET抑制剂的对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个赋予癌细胞或肿瘤对采用先前施用给对象的第一RET抑制剂的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变；和(b)如果对象具有具有至少一个赋予癌细胞或肿瘤对采用先前施用给对象的第一RET抑制剂的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂；或(c)如果对象具有不具有赋予癌细胞或肿瘤对采用先前施用给对象的第一RET抑制剂的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则施用另外剂量的先前施用给对象的第一RET抑制剂。
本文还提供了一种治疗具有癌症的对象的方法，其中该方法包括：(a)施用一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物一段时间；(b) 在(a)之后，确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个赋予癌细胞或肿瘤对采用步骤(a)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变；和(c)向具有具有一个或多个赋予癌细胞或肿瘤对采用步骤(a)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂或第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物；或(d)向具有不具有赋予癌细胞或肿瘤对采用步骤(a)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象施用另外剂量的步骤(a)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或包含式I-IV的化合物的药物组合物，例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物。
本文还提供了一种治疗具有癌症的对象的方法，其中该方法包括：(a) 确定获自具有癌症并先前施用了一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个赋予癌细胞或肿瘤对采用先前施用给对象的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变；(b)向具有具有一个或多个赋予癌细胞或肿瘤对采用先前施用给对象的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂或第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(c)施用另外剂量的先前施用给具有不具有赋予癌细胞或肿瘤对采用先前施用给对象的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。
本文还提供了一种用于在有此需要的患者中治疗癌症(例如，与RET相关的癌症，如具有一个或多个RET抑制剂抗性突变的与RET相关的癌症)的药物组合，其包含(a) 式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物，(b) 另外的治疗剂，和(c)任选的至少一种药学上可接受的载体，其中式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂被配制成用于同时、单独或相继使用以治疗癌症的单独的组合物或剂量，其中式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物和另外的治疗剂的量一起对治疗癌症有效。本文还提供了包含这种组合的药物组合物。本文还提供了这种组合在制备用于治疗癌症的药物中的用途。本文还提供了包含这种组合作为用于同时、单独或相继使用的组合制剂的商业包装或产品；一种治疗有此需要的患者的癌症的方法。
本文还提供了一种用于逆转或预防对抗癌药的获得抗性的方法，其包括向有发展对抗癌药的获得抗性的风险或具有对抗癌药的获得抗性的患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物。在一些实施方案中，向患者施用一定剂量的抗癌药(例如，与施用给对象的一定剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物几乎同时)。
本文还提供了一种延迟和/或预防个体中对抗癌药有抗性的癌症的发展的方法，其包括在施用有效量的抗癌药之前、期间或之后向个体施用有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物。
本文还提供了一种治疗具有增加的发展对抗癌药的抗性的可能性的具有癌症的个体的方法，其包括在施用(b)有效量的抗癌药之前、期间或之后向个体施用(a)有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。
还提供了治疗具有与RET相关的癌症的个体的方法，该癌症具有一个或多个增加癌症对第一RET抑制剂的抗性的RET抑制剂抗性突变(例如，激酶结构域(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置700-1012)、看门(gatekeeper)氨基酸(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置804)、P-环(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置730-737)、X-DFG残基(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置891)、ATP裂解溶剂前沿氨基酸(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置806-811)、激活环(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置891-916)、C-螺旋和C-螺旋之前的环(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置768-788)和/或ATP结合位点(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置730-733、738、756、758、804、805、807、811、881和892)中的一个或多个氨基酸取代(例如，在氨基酸位置804处的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810处的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D，和/或表3和4中列出的一种或多种RET抑制剂抗性突变)，其包括在施用另一种抗癌剂(例如，第二RET激酶抑制剂)之前、期间或之后施用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物。也参见J. Kooistra, G. K. Kanev, O. P. J. Van Linden, R. Leurs, I. J. P.De Esch和C. De Graaf, "KLIFS：A structural kinase-ligand interactiondatabase," Nucleic Acids Res., vol. 44, no. D1, pp. D365-D371, 2016；和O. P.J. Van Linden, A. J. Kooistra, R. Leurs, I. J. P. De Esch和C. De Graaf, "KLIFS：A knowledge-based structural database to navigate kinase-ligandinteraction space," J. Med. Chem., vol. 57, no. 2, pp. 249-277, 2014，两者均通过引用以其整体并入本文。在一些实施方案中，野生型RET蛋白是本文所述的示例性野生型RET蛋白。
除非另有定义，否则本文中使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常所理解的相同含义。本文描述了用于本发明的方法和物质；也可以使用本领域已知的其它合适的方法和物质。该物质、方法和实施例仅是说明性的，而无意于限制。本文提及的所有出版物、专利申请、专利、序列、数据库条目和其它参考文献均通过引用以其整体并入。在发生冲突的情况下，以本说明书(包括定义)为准。
根据以下详细描述和附图以及权利要求，本发明的其它特征和优点将变得显而易见。
附图说明
图1A-1E是式I的化合物(游离碱)在不同溶剂体系中的溶解度的图。图1A是在DCM/EtOH中的溶解度的图。图1B是在DMSO/EtOH中的溶解度的图。图1C是在DMSO/H2O中的溶解度的图。图1D是在THF/EtOH中的溶解度的图。图1E是在THF/H2O中的溶解度的图。
图2A-2G是式I的化合物的游离碱的扫描。图2A是式I的化合物(游离碱)的形式A的X射线粉末衍射扫描。图2B是DVS分析之前和之后来自不同批次的游离碱的X射线粉末衍射扫描的叠加图。图2C是游离碱的差示量热扫描。图2D是游离碱的等温(25℃)动态蒸汽吸附扫描。图2E是游离碱的热重分析扫描。图2F是游离碱的FTIR光谱。图2G是游离碱在DMSO-d 6中的1H NMR谱。
图3是在最初的盐筛中鉴定的式I的化合物的马来酸盐的差示扫描量热法扫描。
图4是在最初的盐筛中鉴定的式I的化合物的乙酸盐的差示扫描量热法扫描。
图5是在最初的盐筛中鉴定的式I的化合物的D-苹果酸盐的差示扫描量热法扫描。
图6是在最初的盐筛中鉴定的式I的化合物的苯甲酸盐的差示扫描量热法扫描。
图7是在最初的盐筛中鉴定的式I的化合物的L-酒石酸盐的差示扫描量热法扫描。
图8是在最初的盐筛中鉴定的式I的化合物的柠檬酸盐的差示扫描量热法扫描。
图9是在最初的盐筛中鉴定的式I的化合物的丙酸盐的差示扫描量热法扫描。
图10是在最初的盐筛中鉴定的式I的化合物的D-酒石酸盐的差示扫描量热法扫描。
图11是在最初的盐筛中鉴定的式I的化合物的L-苹果酸盐的差示扫描量热法扫描。
图12是在最初的盐筛中鉴定的式I的化合物的硫酸盐的差示扫描量热法扫描。
图13是以约0.2g规模制备的式I的化合物的盐酸盐的差示扫描量热法扫描。
图14是以约0.2g规模制备的式I的化合物的氢溴酸盐的差示扫描量热法扫描 。
图15是在优化过程期间制备的式I的化合物的盐酸盐的差示扫描量热法扫描。图15A是盐酸盐(使用DMA作为溶剂制备)的差示扫描量热法扫描。图15B是盐酸盐(使用DCM/EtOH的混合物作为溶剂制备)的差示扫描量热法扫描。
图16A-16F是以2g规模制备的式I的化合物的盐酸盐的扫描。图16A是盐酸盐(使用DMA作为溶剂制备)的差示扫描量热法扫描。图16B是盐酸盐(使用DMA作为溶剂制备)的等温(25℃)动态蒸汽吸附扫描。图16C是盐酸盐(使用DMA作为溶剂制备)的热重分析扫描。图16D是盐酸盐(使用DCM/EtOH的混合物作为溶剂制备)的差示扫描量热法扫描和热重分析扫描的叠加图。图16E是在DVS之前和之后使用DMA或DCM/EtOH混合物作为溶剂在不同规模上制备的盐酸盐的X射线粉末衍射扫描的叠加图。图16F是盐酸盐在DMSO-d 6中的1H NMR谱。
图17A-17C是以2g规模制备的式I的化合物的氢溴酸盐的扫描。图17A是氢溴酸盐的差示扫描量热法扫描和热重分析扫描的叠加图。图17B是氢溴酸盐的X射线粉末衍射扫描。图17C是氢溴酸盐的FTIR谱。图17D是氢溴酸盐在DMSO-d 6中的1H NMR谱。
图18A-18H是式I的化合物的L-和D-苹果酸盐的扫描。图18A是L-苹果酸盐的差示扫描量热法扫描和热重分析扫描的叠加图。图18B是D-苹果酸盐的差示扫描量热法扫描和热重分析扫描的叠加图。图18C是L-苹果酸盐的等温(25℃)动态蒸汽吸附扫描。图18D是D-苹果酸盐的等温(25℃)动态蒸汽吸附扫描。图18E是L-和D-苹果酸盐的X射线粉末衍射扫描的叠加图。图18F是L-和D-苹果酸盐的FTIR谱的叠加图。图18G是苹果酸盐在DMSO-d 6中的1HNMR谱。图18H是苹果酸盐在DMSO-d 6中的1H NMR谱。图18I-M是两批式I的化合物的L-苹果酸盐的扫描。图18I是L-苹果酸盐(批次A)的差示扫描量热法扫描。图18J是L-苹果酸盐(批次A)的热重分析扫描。图18K是L-苹果酸盐(批次B)的差示扫描量热法扫描。图18L是L-苹果酸盐(批次B)的热重分析扫描。图18M是式I的化合物的L-苹果酸盐(批次A和批次B)和游离碱的X射线粉末衍射扫描的叠加图。
图19A-19F是式II的化合物的多晶形物形式1的扫描。图19A是完全干燥的形式1的X射线粉末衍射扫描。图19B是形式1的差示扫描量热法扫描。图19C是形式1的热重/差示热分析扫描。图19D是形式1的重量蒸汽吸附等温线。图19E是形式1的动态重量蒸汽吸附扫描。图19F是形式1在d6-DMSO中的1H NMR谱。
图20A-20E是式II的化合物的多晶形物形式2的扫描。图20A显示形式2 (小规模浆料、大规模浆料和完全干燥的)的X射线粉末衍射扫描。图20B是形式2的差示扫描量热法扫描。图20C是形式2的热重/差示热分析扫描。图20D是形式2的重量蒸汽吸附等温线。图20E是形式2的动态重量蒸汽吸附扫描。
图21A-21F是式II的化合物的多晶形物形式7的扫描。图21A显示形式7(小规模浆料、大规模浆料和完全干燥的)的X射线粉末衍射扫描。图21B是形式7的差示扫描量热法扫描。图21C是形式7的热重/差示热分析扫描。图21D是形式7的重量蒸汽吸附等温线。图21E是形式7的动态重量蒸汽吸附扫描。图21F是形式7在d6-DMSO中的1H NMR谱。
图22A-22F是式II的化合物的多晶形物形式8的扫描。图22A显示形式8(小规模浆料、大规模浆料和完全干燥的)的X射线粉末衍射扫描。图22B是形式8的差示扫描量热法扫描。图22C是形式8的热重/差示热分析扫描。图22D是形式8的重量蒸汽吸附等温线。图22E是形式8的动态重量蒸汽吸附扫描。图22F是形式8在d6-DMSO中的1H NMR谱。
图23A-23F是式II的化合物的磷酸盐的扫描。图23A是完全干燥的磷酸盐的X射线粉末衍射扫描。图23B是磷酸盐的差示扫描量热法扫描。图23C是磷酸盐的热重/差示热分析扫描。图23D是磷酸盐的重量蒸汽吸附等温线。图23E是磷酸盐的动态重量蒸汽吸附扫描。图23F是形式1在d6-DMSO中的1H NMR谱。
图24A-24B是来自式II的化合物与盐酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图24A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图24B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图25A-25B是来自式II的化合物与硫酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图25A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图25B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图26A-26B是来自式II的化合物与对甲苯磺酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图26A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图26B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图27A-27B是来自式II的化合物与甲磺酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图27A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图27B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图28A-28B是来自式II的化合物与萘-2-磺酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图28A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图28B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图29A-29B是来自式II的化合物与苯磺酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图29A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图29B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图30A-30B是来自式II的化合物与草酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图30A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图30B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图31A-31B是来自式II的化合物与2-羟基乙磺酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图31A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图31B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图32A-32B是来自式II的化合物与L-天冬氨酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图32A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图32B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图33A-33B是来自式II的化合物与马来酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图33A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图33B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图34A-34B是来自式II的化合物与磷酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图34A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图34B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图35A-35B是来自式II的化合物与乙磺酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图35A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图35B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图36A-36B是来自式II的化合物与L-谷氨酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图36A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图36B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图37A-37B是来自式II的化合物与L-酒石酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图37A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图37B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图38A-38B是来自式II的化合物与富马酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图38A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图38B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图39A-39B是来自式II的化合物与柠檬酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图39A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图39B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图40A-40B是来自式II的化合物与D-葡糖醛酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图40A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图40B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图41A-41B是来自式II的化合物与L-苹果酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图41A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图41B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图42A-42B是来自式II的化合物与马尿酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图42A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图42B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图43A-43B是来自式II的化合物与D-葡糖酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图43A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图43B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图44A-44B是来自式II的化合物与L-乳酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图44A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图44B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图45A-45B是来自式II的化合物与L-抗坏血酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图45A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图45B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图46A-46B是来自式II的化合物与苯甲酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图46A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图46B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图47A-47B是来自式II的化合物与琥珀酸的盐筛的X射线粉末衍射扫描。图47A显示在历经24小时以4小时循环将样品在室温和40℃之间进行温度循环后(循环后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。图47B显示在将样品在40℃和75%相对湿度的烘箱中过夜储存后(稳定性后)，在每种测试的溶剂中的式II化合物的扫描。
图48是在初级盐筛中鉴定的式II化合物的硫酸盐的热重/差示热分析扫描。
图49是在初级盐筛中鉴定的式II化合物的甲苯磺酸盐的热重/差示热分析扫描。
图50是在初级盐筛中鉴定的式II化合物的萘-2-磺酸盐的热重/差示热分析扫描。
图51是在初级盐筛中鉴定的式II化合物的草酸盐(1,4-二噁烷/10% 水)的热重/差示热分析扫描。
图52是在初级盐筛中鉴定的式II化合物的草酸盐(蒸发)的热重/差示热分析扫描。
图53是在初级盐筛中鉴定的式II化合物的磷酸盐(丙酮/10% 水)的热重/差示热分析扫描。
图54是在初级盐筛中鉴定的式II化合物的磷酸盐(IPA/10% 水)的热重/差示热分析扫描。
图55是在初级盐筛中鉴定的式II化合物的酒石酸盐的热重/差示热分析扫描。
图56是在初级盐筛中鉴定的式II化合物的富马酸盐的热重/差示热分析扫描。
图57显示从在式II的形式I的溶剂溶解度筛选中测试的溶剂观察到的固体的X射线粉末衍射扫描。
图58A-58D显示在各种溶剂中进行温度循环实验并在40℃和75%RH下储存过夜后，式II的化合物的X射线粉末衍射扫描。
图59显示在使用各种溶剂的蒸发实验之后，式II的化合物的X射线粉末衍射扫描。
图60显示在使用各种溶剂的碰撞冷却实验之后，式II的化合物的X射线粉末衍射扫描。
图61显示在使用各种溶剂的反溶剂实验之后，式II的化合物的X射线粉末衍射扫描。
图62A-62F是式II的化合物的扫描。图62A是式II的化合物的X射线粉末衍射扫描。图62B是式II的化合物的差示扫描量热法扫描。图62C是式II的化合物的热重/差示热分析扫描。图62D是式II的化合物的动态蒸汽吸附等温线。图62E是式II的化合物的动力学动态蒸汽吸附扫描。图62F是式II的化合物在d6-DMSO中的1H NMR谱。
图63A-63B是式III的化合物的多晶形物形式A的扫描。图63A是式III的化合物的多晶形物形式A的X射线粉末衍射扫描。图63B是式III的化合物的多晶形物形式A的差示扫描量热法扫描。
图64A-64B是式IV的化合物的多晶形物形式A的扫描。图64A是式IV的化合物的多晶形物形式A的X射线粉末衍射扫描。图64B是式IV的化合物的多晶形物形式A的差示扫描量热法扫描。
图65A-B是式IV的化合物的多晶形物形式B的扫描。图65A是式IV的化合物的多晶形物形式B的X射线粉末衍射扫描。图65B是式IV的化合物的多晶形物形式B的差示扫描量热法扫描。
图66是式IV的化合物的多晶形物A和B的X射线粉末衍射扫描的叠加图。
详述
1. 定义
如本文所用，术语“多晶形物”是指由于晶格中分子的顺序而具有不同物理性质的相同化合物的晶体。单个化合物的不同多晶形物彼此具有一种或多种不同的化学、物理、机械、电、热力学和/或生物学性质。多晶形物表现出的物理性质的差异可以影响药物参数，例如储存稳定性、可压缩性、密度(在组合物和产品制造中是重要的)、溶出速率(决定生物利用度的重要因素)、溶解度、熔点、化学稳定性、物理稳定性、粉末流动性、吸水率、压实和颗粒形态。稳定性的差异可能是由于化学反应性的变化(例如，不同的氧化作用，使得由一种多晶形物构成与由另一种多晶形物构成相比剂型变色更快)或机械变化(例如，储存后的晶体变化，这是因为动力学上有利的多晶形物转化为热力学上更稳定的多晶形物)或两者(例如，一种多晶形物比另一种多晶形物更易吸湿)。由于溶解度/溶出度的差异，某些转变会影响效力和/或毒性。另外，晶体的物理性质在加工中可能是重要的；例如，一种多晶形物可能更可能形成溶剂化物，或者可能难以过滤和洗净杂质(即一种多晶形物相对于其它多晶形物的颗粒形状和尺寸分布可能不同)。如本文所用，“多晶形物”不包括化合物的无定形形式。如本文所用，“无定形”是指化合物的非晶形式，其可以是化合物的固态形式或化合物的溶解形式。例如，“无定形”是指没有规则地重复排列的分子或外平面的化合物(例如，化合物的固体形式)。
如本文所用，术语“无水”是指具有1重量%或更少的水的式I-IV的化合物的晶体形式。例如，0.5重量%或更少，0.25重量%或更少，或0.1重量%或更少的水。
如本文所用，术语“溶剂化物” 是指式I-IV的化合物的结晶形式，例如该化合物的多晶形物形式，其中晶格包含一种或多种结晶溶剂。
术语“水合物”或“水合多晶形物形式”是指式I-IV的化合物的结晶形式，例如该化合物的多晶形物形式，其中晶格包含水。除非另有说明，否则如本文所用的术语“水合物”是指“化学计量的水合物”。化学计量的水合物含有水分子作为晶格的组成部分，其中水分子的去除将导致晶体网络的不稳定。相比之下，非化学计量的水合物包含水，但是水含量的变化不会引起晶体结构的显著变化。在非化学计量的水合物的干燥期间，可以除去相当大部分的水而不会显著干扰晶体网络，并且晶体可以随后再水合以得到初始的非化学计量的水合的结晶形式。与化学计量的水合物不同，非化学计量的水合物的脱水和再水合不伴随有相变，因此非化学计量的水合物的所有水合状态都表示相同的晶体形式。
当提及包含式I-IV的化合物的多晶形物的组合物使用时，“纯度”是指在提及的组合物中式I-IV的化合物的一种特定多晶形物形式相对于另一种多晶形物形式或无定形形式的百分比。例如，包含纯度为90%的多晶形物形式1的组合物将包含90重量份的形式1和10重量份的式I-IV的化合物的其它多晶形物和/或无定形形式。
如本文所用，如果化合物或组合物不含有显著量的此类其它组分，则该化合物或组合物“基本上不含”一种或多种其它组分。例如，组合物可以含有小于5重量%、4重量%、3重量%、2重量%或1重量%的其它组分。此类组分可以包括可以由本文提供的化合物和组合物的制备和/或分离产生的起始物质、残留溶剂或任何其它杂质。在一些实施方案中，本文提供的多晶形物形式基本上不含其它多晶形物形式。在一些实施方案中，如果特定的多晶形物构成所存在的式I-IV的化合物的至少约95重量%，则该式I-IV的化合物的特定多晶形物“基本上不含”其它多晶形物。在一些实施方案中，如果特定的多晶形物构成所存在的式I-IV的化合物的至少约97重量%、约98重量%、约99重量%或约99.5重量%，则该式I-IV的化合物的特定多晶形物“基本上不含”其它多晶形物。在某些实施方案中，如果水的量构成多晶形物的不超过约2重量%、约1重量%或约0.5重量%，则式I-IV的化合物的特定多晶形物“基本上不含”水。
如本文所用，当提及式I-IV的化合物的多晶形物形式使用时，“基本上纯的”是指基于化合物的重量，该化合物的多晶形物形式的样品具有大于90%，包括大于90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%和99%，并且还包括等于约100%的该化合物的纯度。剩余物质包括该化合物的其它形式，和/或由其制备产生的反应杂质和/或加工杂质。例如，式I-IV的化合物的多晶形物形式可以被认为是基本纯的，因为具有如通过在本领域当时已知和普遍接受的手段测量的大于90%的式I-IV的化合物的多晶形物形式的纯度，其中剩余少于10%的物质包含式I-IV的化合物的其它形式和/或反应杂质和/或加工杂质。反应杂质和/或加工杂质的存在可以通过本领域已知的分析技术来确定，如例如色谱法、核磁共振光谱法、质谱法或红外光谱法。
以摄氏度报告的DSC、TGA、TG或DTA的值之前的术语“约”具有±5℃的允许变化。
为了提供更简洁的描述，本文中的一些定量表达被记载为从约量X至约量Y的范围。应当理解，当记载一个范围时，该范围不限于所记载的上限和下限，而是包括从约量X至约量Y的整个范围，或其中的任何范围。
“室温”或“RT”是指典型实验室的环境温度，典型地约为25℃。
如本文所用，术语“对象”、“个体”或“患者”可互换使用，是指任何动物，包括哺乳动物，例如小鼠、大鼠、其它啮齿动物、兔、狗、猫、猪、牛、羊、马、灵长类动物和人。在一些实施方案中，患者是人。在一些实施方案中，对象经历和/或表现出要治疗和/或预防的疾病或病症的至少一种症状。在一些实施方案中，对象已经被鉴定或诊断为具有具有RET基因、RET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的癌症(与RET相关的癌症) (例如，如使用经管理机构批准(例如FDA批准)的测定或试剂盒所确定的)。在一些实施方案中，对象具有对RET基因、RET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调呈阳性的肿瘤(例如，如使用管理机构批准的测定或试剂盒所确定的)。对象可以是具有对RET基因、RET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调呈阳性(例如，使用经管理机构批准(例如FDA批准)的测定或试剂盒被鉴定为阳性)的肿瘤的对象。对象可以是其肿瘤具有RET基因、RET蛋白或它们的表达或活性或水平的失调(例如，其中使用经管理机构批准(例如FDA批准)的试剂盒或测定将肿瘤如此鉴定)的对象。在一些实施方案中，对象被怀疑具有与RET相关的癌症。在一些实施方案中，对象具有临床记录，其指示对象具有具有RET基因、RET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的肿瘤(并且任选地，临床记录指示对象应使用本文提供的任何组合物治疗)。在一些实施方案中，患者是儿科患者。
如本文所用，术语“儿科患者”是指在诊断或治疗时21岁以下的患者。术语“儿科”可进一步分为各种亚群，包括：新生儿(从出生至生命的第一个月)；婴儿(1个月直至两岁)；儿童(两岁直至十二岁)；和青少年(12岁至21岁(直至(但不包括)二十二岁生日))。BerhmanRE, Kliegman R, Arvin AM, Nelson WE, Textbook of Pediatrics, 15th Ed.Philadelphia：W.B. Saunders Company, 1996；Rudolph AM, 等, Rudolph’s Pediatrics, 21st Ed. New York：McGraw-Hill, 2002；和Avery MD, First LR,Pediatric Medicine, 2nd Ed. Baltimore：Williams & Wilkins；1994。在一些实施方案中，儿科患者从出生至生命的前28天，从29天至小于两岁，从两岁至小于12岁，或从12岁至21岁(直至(但不包括)二十二岁生日)。在一些实施方案中，儿科患者为从出生至生命的前28天，从29天至小于1岁，从一个月至小于四个月，从三个月至小于七个月，从六个月至小于1岁，从1岁至小于2岁，从2岁至小于3岁，从2岁至小于7岁，从3岁至小于5岁，从5岁至小于10岁，从6岁至小于13岁，从10岁至小于15岁，或从15岁至小于22岁。
如本文所用，术语“治疗(treat或treatment)”是指治疗或缓和措施。有益或期望的临床结果包括但不限于全部或部分缓和与疾病或病症或病况相关的症状，减轻疾病程度，稳定(即不恶化)疾病状态，延迟或减慢疾病进展，改善或减轻疾病状态(例如，一种或多种疾病症状)以及缓解(无论是部分还是全部)，无论是可检测的还是不可检测的。与未接受治疗的预期生存期相比，“治疗”还可能意味着生存期延长。
术语“施用(administration或administering)”是指将一定剂量的化合物或药物组合物给予包括哺乳动物、鸟类、鱼类或两栖动物在内的脊椎动物或无脊椎动物的方法。优选的施用方法可以根据各种因素，例如，药物组合物的成分，疾病的部位和疾病的严重程度而变化。
术语“药学上可接受的载体”或“药学上可接受的赋形剂”包括非生物学上或以其它方式不期望的任何和所有溶剂、助溶剂、络合剂、分散介质、包衣、抗细菌和抗真菌剂、等渗剂和吸收延迟剂等。此类介质和试剂用于药物活性物质的用途是本领域众所周知的。除非到任何常规介质或试剂与活性成分不相容的程度，否则考虑将其用于本文提供的治疗组合物中。补充活性成分也可以掺入组合物中。另外，可以包括各种赋形剂，例如本领域常用的赋形剂。这些和其它此类化合物在文献中，例如在Merck Index, Merck & Company,Rahway, NJ中有描述。在药物组合物中包括各种成分的考虑描述于例如Gilman 等 (Eds.)(2010)；Goodman and Gilman’s：The Pharmacological Basis of Therapeutics, 12thEd., The McGraw-Hill Companies。
本文提供的化合物的“治疗有效量”或“药物有效量”是足以获得所需效果并且可以根据疾病状况的性质和严重性以及化合物的效力而变化的量。治疗作用在某种程度上减轻了一种或多种疾病的症状，并且可以包括治愈疾病。“治愈”是指消除活动性疾病的症状。但是，即使在获得治愈以后，该疾病的某些长期或永久的影响仍可能存在(如例如，广泛的组织损伤)。
如本文所用，术语“与RET相关的疾病或病症”是指与RET基因、RET激酶(本文也称为RET激酶蛋白或RET激酶)或它们中的任何一种(例如，一种或多种)的表达或活性或水平的失调(例如，任何类型的RET基因、RET激酶、RET激酶结构域或本文所述它们中的任一种的表达或活性或水平的失调)相关或具有RET基因、RET激酶(本文也称为RET激酶蛋白或RET激酶)或它们中的任何一种(例如，一种或多种)的表达或活性或水平的失调(例如，任何类型的RET基因、RET激酶、RET激酶结构域或本文所述它们中的任一种的表达或活性或水平的失调)的疾病或病症。与RET相关疾病或病症的非限制性实例包括例如癌症和胃肠道病症，例如肠易激综合征(IBS)。
如本文所用，术语“与RET相关的癌症”是指与RET基因、RET激酶(本文也称为RET激酶蛋白或RET激酶)或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调相关或具有RET基因、RET激酶(本文也称为RET激酶蛋白或RET激酶)或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的癌症。本文描述了与RET相关的癌症的非限制性实例。
短语“RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调”是指细胞中的基因突变(例如，导致融合蛋白的表达的RET基因易位，导致与野生型RET蛋白相比包含至少一个氨基酸的缺失的RET蛋白表达的RET基因缺失，或导致具有一个或多个点突变的RET蛋白表达的RET基因突变，或导致与野生型RET蛋白相比RET蛋白中的至少一个氨基酸缺失的RET蛋白的RET mRNA的交替剪接形式)，或导致RET蛋白的激酶结构域(例如，RET蛋白的组成性活性激酶结构域)的活性致病性增加的导致RET蛋白的过表达或由细胞中的RET基因过表达导致的自分泌活性的RET基因扩增。作为另一个实例，RET基因、RET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是与不包含突变的RET基因编码的蛋白质相比编码具有组成性活性或具有增加的活性的RET蛋白的RET基因中的突变。例如，RET基因、RET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可能是导致包含第一部分的RET(包括功能性激酶结构域)和第二部分的伴侣蛋白(即不是RET)的融合蛋白的表达的基因或染色体易位的结果。在一些实例中，RET基因、RET蛋白或表达或活性的失调可以是一个RET基因与另一个非RET基因的基因易位的结果。表1中描述了融合蛋白的非限制性实例。表2中描述了RET激酶蛋白点突变/插入/缺失的非限制性实例。RET激酶蛋白突变(例如，点突变)的其它实例是RET抑制剂抗性突变。表3和表4描述了RET抑制剂抗性突变的非限制性实例。
术语“野生型”或“野生-型”描述了在没有与RET相关的疾病，例如，与RET相关的癌症(并且任选地，也不具有增加的发展与RET相关的疾病的风险和/或不被怀疑具有与RET相关的疾病)的对象，或者在来自不具有与RET相关的疾病，例如，与RET相关的癌症(并且任选地，也不具有增加的发展与RET相关的疾病的风险和/或不被怀疑具有与RET相关的疾病)的对象的细胞或组织中发现的核酸(例如，RET基因或RET mRNA)或蛋白质(例如，RET蛋白)。
术语“管理机构”是指一个国家的批准该国家内的药剂的医疗用途的机构。例如，管理机构的非限制性实例是美国食品和药品管理局(FDA)。
2.多晶形物和药学上可接受的盐
本公开涉及式I-IV的化合物及其药学上可接受的盐，其在转染(RET)激酶抑制期间表现出重排。特别地，本文提供了4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(式I)；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(式II)；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-(6-甲氧基烟酰基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(式III)；和6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(式IV)及其药学上可接受的盐的新的结晶形式，包含该化合物的药物组合物，制备该化合物的方法以及该化合物在疗法中的用途。更特别地，其涉及式I-IV及其药学上可接受的盐的新结晶形式，其可用于治疗和预防可以用RET激酶抑制剂治疗的疾病，包括与RET相关的疾病和病症。
式I
本文提供式I的化合物：
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包括其药学上可接受的盐、无定形和多晶形物形式。
本文提供的式I的化合物可以使用本领域普通技术人员已知和理解的方法制备。例如，可以使用诸如在美国公开号2017/0096425中描述的那些的合成方法，并且该申请以其整体通过引用并入本文。
本文提供式I的化合物的多晶形物形式。该形式包括, 例如，式I的化合物的游离碱、溶剂化物、水合物、盐和非溶剂化形式，包括，例如，多晶形物形式A。在一些实施方案中，式I的化合物的多晶形物形式是药学上可接受的盐。在一些实施方案中，式I的化合物是氯化物盐。在一些实施方案中，式I的化合物是溴化物盐。在一些实施方案中，式I的化合物是L-苹果酸盐。在一些实施方案中，式I的化合物是D-苹果酸盐。
形式A
一种此类多晶形物是称为形式A的多晶形物。形式A是式I的化合物的多晶形物形式。在一些实施方案中，形式A具有用CuKα1-辐射获得的XRPD图，该XRPD图至少具有在4.4±0.2、14.6±0.2和18.3±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式A 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在4.4±0.2、13.5±0.2、14.6±0.2、18.3±0.2和18.8±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式A 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在4.4±0.2、13.5±0.2、14.6±0.2、17.4±0.2、18.3±0.2、18.8±0.2、21.0±0.2和24.6±0.2的°2θ值处的峰。例如，在一些实施方案中，形式A 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在4.4±0.2、13.5±0.2、14.6±0.2、17.4±0.2、18.3±0.2、18.8±0.2、21.0±0.2、22.5±0.2、24.6±0.2和27.7±0.2的°2θ值处的峰。
在一些实施方案中，本文提供包含多晶形物形式A的组合物。在一些实施方案中，组合物可以是基本上纯的。例如，组合物具有至少约90%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约95%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约98%的纯度。例如，组合物可以具有至少98.5%、98.6%、98.7%、98.8%、98.9%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%的纯度。在一些实施方案中，组合物基本上不含其它形式的式I的化合物。在一些实施方案中，组合物含有少于约15重量%的其它形式的式I的化合物。例如，组合物可以含有少于14重量%、13重量%、12重量%、11重量%、10重量%、9重量%、8重量%、7重量%、6重量%、5重量%、4重量%、3重量%、2重量%、1重量%的一种或多种其它形式的式I的化合物。例如，组合物可以含有少于约15%的无定形形式。
在一些实施方案中，本文提供多晶形物形式A，其表现出在约185-195℃，例如约192.8℃观察到的吸热，如通过与吸附水有关的DSC所测量的。在一些实施方案中，本文提供多晶形物形式A，其表现出在约220-230℃，例如约226.7℃观察到的吸热，如通过与吸附水有关的DSC所测量的。
在一些实施方案中，本文提供多晶形物形式A，其表现出从加热开始至约238℃的约1.1%的重量损失，如通过TGA所测量的。
本文提供制备多晶形物形式A的方法。在一些实施方案中，通过使6-(-1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈四盐酸盐、三乙酰氧基硼氢化钠和三乙胺在极性非质子溶剂中接触制备式I的化合物的多晶形物形式A。在一些实施方案中，极性非质子溶剂是DMSO。在一些实施方案中，该方法进一步包括将包含6-(-1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈四盐酸盐、三乙酰氧基硼氢化钠、三甲胺和DMSO的浆料加热至约30℃。在一些实施方案中，该方法进一步包括加热该浆料约10小时至约15小时，例如，约13小时。在一些实施方案中，该方法进一步包括在约30℃加热约13小时后将该浆料冷却至约19℃。在一些实施方案中，该方法进一步包括向该浆料中加入水。例如，该方法可以进一步包括将2体积的水加入到浆料中。在相同的实施方案中，该方法包括使包含浆料和水的组合物老化。在一些实施方案中，该方法包括使包含浆料和水的组合物老化约1小时至约10小时，例如约3.5小时。在一些实施方案中，该方法包括通过过滤分离固体。在一些实施方案中，将固体干燥。在一些实施方案中，将固体在真空下干燥。在一些实施方案中，将固体在约45℃下干燥。
式I的盐
在一些实施方案中，式I的化合物为药学上可接受的盐。例如，式I的化合物的药学上可接受的盐可以包括但不限于氯化物、溴化物、硫酸盐、柠檬酸盐、L-酒石酸盐、D-酒石酸盐、乙酸盐、L-苹果酸盐、D-苹果酸盐、苯甲酸盐、丙酸盐和马来酸盐。在一些实施方案中，式I的化合物是氯化物盐。在一些实施方案中，氯化物盐是在溶剂的混合物中制备的。在一些实施方案中，溶剂是二氯甲烷和乙醇的混合物。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约3.6：1。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约1：1。在一些实施方案中，氯化物盐是在二甲基乙酰胺中制备的。在一些实施方案中，式I的化合物是溴化物盐。在一些实施方案中，溴化物盐是在溶剂混合物中制备的。在一些实施方案中，溶剂是二氯甲烷和乙醇的混合物。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约3.6：1。在一些实施方案中，溴化物盐是在二甲基乙酰胺中制备的。在一些实施方案中，式I的化合物是硫酸盐。在一些实施方案中，硫酸盐是在溶剂混合物中制备的。在一些实施方案中，硫酸盐是在二氯甲烷和乙醇的混合物中制备的。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约4：1。在一些实施方案中，式I的化合物是柠檬酸盐。在一些实施方案中，柠檬酸盐是在二氯甲烷中制备的。在一些实施方案中，式I的化合物是L-酒石酸盐。在一些实施方案中，L-酒石酸盐是在二氯甲烷中制备的。在一些实施方案中，式I的化合物是D-酒石酸盐。在一些实施方案中，D-酒石酸盐是在二氯甲烷中制备的。在一些实施方案中，式I的化合物是乙酸盐。在一些实施方案中，乙酸盐是在二氯甲烷中制备的。在一些实施方案中，式I的化合物是L-苹果酸盐。在一些实施方案中，L-苹果酸盐是在二氯甲烷中制备的。在一些实施方案中，L-苹果酸盐是在溶剂混合物中制备的。在一些实施方案中，L-苹果酸盐是在二氯甲烷和乙醇的混合物中制备的。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约6：1。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约3.6：1。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约3.3：1。在一些实施方案中，式I的化合物是D-苹果酸盐。在一些实施方案中，D-苹果酸盐是在二氯甲烷中制备的。在一些实施方案中，D-苹果酸盐是在溶剂混合物中制备的。在一些实施方案中，D-苹果酸盐是在二氯甲烷和乙醇的混合物中制备的。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约3.6：1。在一些实施方案中，式I的化合物是苯甲酸盐。在一些实施方案中，苯甲酸盐是在二氯甲烷中制备的。在一些实施方案中，式I的化合物是丙酸盐。在一些实施方案中，丙酸盐是在二氯甲烷中制备的。在一些实施方案中，式I的化合物是马来酸盐。在一些实施方案中，马来酸盐是在二氯甲烷中制备的。
本文提供式I的化合物的氯化物盐。在一些实施方案中，氯化物盐具有约1.1：1，Cl：游离碱的比例。
在一些实施方案中，本文提供组合物，其包含式I的化合物的氯化物盐。在一些实施方案中，组合物可以是基本上纯的。例如，组合物具有至少约90%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约95%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约98%的纯度。例如，组合物可以具有至少98.5%、98.6%、98.7%、98.8%、98.9%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%的纯度。在一些实施方案中，组合物基本上不含其它形式的式I的化合物。在一些实施方案中，组合物含有少于约15重量%的其它形式的式I的化合物。例如，组合物可以含有少于14重量%、13重量%、12重量%、11重量%、10重量%、9重量%、8重量%、7重量%、6重量%、5重量%、4重量%、3重量%、2重量%、1重量%的一种或多种其它形式的式I的化合物。
在一些实施方案中，本文提供式I的化合物的氯化物盐，其表现出在约230-245℃,例如，约241℃或234℃观察到的吸热，如通过与吸附水有关的DSC所测量的。在一些实施方案中，本文提供式I的化合物的氯化物盐，其表现出约241℃的熔点，如通过DSC所测量的。
在一些实施方案中，式I的化合物的氯化物盐从加热开始至约255℃经历约7.4%的重量损失，如通过TGA所测量的。
本文提供制备式I的化合物的氯化物盐的方法。在一些实施方案中，该方法包括将包含式I的化合物的组合物在二氯甲烷和乙醇的混合物中成浆并向该混合物中加入盐酸溶液以产生作为残余固体的氯化物盐。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约3.6：1。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约1：1。在一些实施方案中，该方法包括将包含式I的化合物的组合物在二甲基乙酰胺中成浆并向该混合物中加入盐酸溶液以产生作为残余固体的氯化物盐。在一些实施方案中，将盐酸加入水溶液中。在一些实施方案中，以约46体积使用溶剂。在一些实施方案中，以约50体积使用溶剂。在一些实施方案中，以约75体积使用溶剂。在一些实施方案中，将浆料在约0℃至约RT之间进行温度循环。在一些实施方案中，将浆料在约30℃至约RT之间进行温度循环。在一些实施方案中，将浆料在约40℃至约RT之进行间温度循环。在一些实施方案中，该方法包括将MTBE加入到浆料中。在一些实施方案中，该方法包括加入约125体积的MTBE。在一些实施方案中，该方法包括将浆料老化。在一些实施方案中，该方法包括将浆料老化约3小时。在一些实施方案中，该方法包括将浆料老化约13小时。在一些实施方案中，该方法包括将浆料老化约20小时至约40小时，例如，约30小时。在一些实施方案中，该方法包括搅拌浆料。在一些实施方案中，该方法包括通过过滤分离固体。
本文提供式I的化合物的溴化物盐。在一些实施方案中，溴化物盐具有约1.1：1，Br：游离碱的比例。
在一些实施方案中，本文提供组合物，其包含式I的化合物的溴化物盐。在一些实施方案中，组合物可以是基本上纯的。例如，组合物具有至少约90%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约95%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约98%的纯度。例如，组合物可以具有至少98.5%、98.6%、98.7%、98.8%、98.9%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%的纯度。在一些实施方案中，组合物基本上不含其它形式的式I的化合物。在一些实施方案中，组合物含有少于约15重量%的其它形式的式I的化合物。例如，组合物可以含有少于14重量%、13重量%、12重量%、11重量%、10重量%、9重量%、8重量%、7重量%、6重量%、5重量%、4重量%、3重量%、2重量%、1重量%的一种或多种其它形式的式I的化合物。
在一些实施方案中，本文提供式I的化合物的溴化物盐，其表现出在约235-250℃，例如，约238℃观察到的吸热，如通过与吸附水有关的DSC所测量的。在一些实施方案中，本文提供式I的化合物的溴化物盐，其表现出在约220-235℃，例如，约225℃观察到的吸热，如通过与吸附水有关的DSC所测量的。在一些实施方案中，本文提供式I的化合物的溴化物盐，其表现出约225℃的熔点，如通过DSC所测量的。在一些实施方案中，本文提供式I的化合物的溴化物盐，其表现出约238℃的熔点，如通过DSC所测量的。
在一些实施方案中，式I的化合物的溴化物盐从加热开始至约255℃经历约10.3%的重量损失，如通过TGA所测量的。
本文提供制备式I的化合物的溴化物盐的方法。在一些实施方案中，该方法包括将包含式I的化合物的组合物在二氯甲烷和乙醇的混合物中成浆并向该混合物中加入氢溴酸溶液以产生作为残余固体的溴化物盐。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约3.6：1。在一些实施方案中，该方法包括将包含式I的化合物的组合物在二甲基乙酰胺中成浆并向该混合物中加入氢溴酸溶液以产生作为残余固体的溴化物盐。在一些实施方案中，将氢溴酸加入水溶液中。在一些实施方案中，以46 体积使用溶剂。在一些实施方案中，以约50体积使用溶剂。在一些实施方案中，将浆料在约0℃至约RT之间进行温度循环。在一些实施方案中，将浆料在约30℃至约RT之间进行温度循环。在一些实施方案中，将浆料在约40℃至约RT之间进行温度循环。在一些实施方案中，该方法进一步包括将MTBE加入到浆料中。在一些实施方案中，该方法包括加入约150体积的MTBE。在一些实施方案中，该方法包括将浆料老化。在一些实施方案中，该方法包括将浆料老化约1小时。在一些实施方案中，该方法包括将浆料老化约13小时。在一些实施方案中，该方法包括将浆料老化约10小时至约30小时，例如，约20小时。在一些实施方案中，该方法包括通过过滤分离固体。
本文提供式I的化合物的L-苹果酸盐。在一些实施方案中，L-苹果酸盐具有约0.97：1，苹果酸盐：游离碱的比例。
在一些实施方案中，本文提供组合物，其包含式I的化合物的L-苹果酸盐。在一些实施方案中，组合物可以是基本上纯的。例如，组合物具有至少约90%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约95%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约98%的纯度。例如，组合物可以具有至少98.5%、98.6%、98.7%、98.8%、98.9%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%的纯度。在一些实施方案中，组合物基本上不含其它形式的式I的化合物。在一些实施方案中，组合物含有少于约15重量%的其它形式的式I的化合物。例如，组合物可以含有少于14重量%、13重量%、12重量%、11重量%、10重量%、9重量%、8重量%、7重量%、6重量%、5重量%、4重量%、3重量%、2重量%、1重量%的一种或多种其它形式的式I的化合物。
在一些实施方案中，本文提供式I的化合物的L-苹果酸盐，其表现出在约205-220℃之间，例如，约208℃观察到的吸热，如通过与吸附水有关的DSC所测量的。在一些实施方案中，本文提供式I的化合物的L-苹果酸盐，其表现出约208℃的熔点，如通过DSC所测量的。
在一些实施方案中，式I的化合物的L-苹果酸盐从加热开始至约253℃经历约17.7%的重量损失，如通过TGA所测量的。
本文提供制备式I的化合物的L-苹果酸盐的方法。在一些实施方案中，该方法包括将包含式I的化合物的组合物在二氯甲烷和乙醇的混合物中成浆并向该混合物中加入L-苹果酸溶液以产生作为残余固体的L-苹果酸盐。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约3.6：1。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约3.3：1。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约6：1。在一些实施方案中，将L-苹果酸加入乙醇溶液中。在一些实施方案中，以约46体积使用溶剂。在一些实施方案中，以约26体积使用溶剂。在一些实施方案中，将浆料在约0℃至约RT之间进行温度循环。在一些实施方案中，该方法包括将浆料老化。在一些实施方案中，该方法包括将浆料老化约5小时至约24小时，例如，约13小时。在一些实施方案中，该方法包括将浆料老化约10小时至约30小时，例如，约20小时。在一些实施方案中，该方法包括搅拌浆料。在一些实施方案中，该方法包括通过过滤分离固体。
本文提供式I的化合物的D-苹果酸盐。在一些实施方案中，D-苹果酸盐具有约0.97：1，苹果酸盐：游离碱的比例。
在一些实施方案中，本文提供组合物，其包含式I的化合物的D-苹果酸盐。在一些实施方案中，组合物可以是基本上纯的。例如，组合物具有至少约90%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约95%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约98%的纯度。例如，组合物可以具有至少98.5%、98.6%、98.7%、98.8%、98.9%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%的纯度。在一些实施方案中，组合物基本上不含其它形式的式I的化合物。在一些实施方案中，组合物含有少于约15重量%的其它形式的式I的化合物。例如，组合物可以含有少于14重量%、13重量%、12重量%、11重量%、10重量%、9重量%、8重量%、7重量%、6重量%、5重量%、4重量%、3重量%、2重量%、1重量%的一种或多种其它形式的式I的化合物。
在一些实施方案中，本文提供式I的化合物的D-苹果酸盐，其表现出在约205-215℃之间，例如，约208℃观察到的吸热，如通过与吸附水有关的DSC所测量的。在一些实施方案中，本文提供式I的化合物的D-苹果酸盐，其表现出约209℃的熔点，如通过DSC所测量的。
在一些实施方案中，式I的化合物的D-苹果酸盐从加热开始至约250℃之前经历约18.4%的重量损失，如通过TGA所测量的。
本文提供制备式I的化合物的D-苹果酸盐的方法。在一些实施方案中，该方法包括将包含式I的化合物的组合物在二氯甲烷和乙醇的混合物中成浆并向该混合物中加入D-苹果酸溶液以产生作为残余固体的D-苹果酸盐。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为约3.6：1。在一些实施方案中，二氯甲烷与乙醇的比例按体积计为3.3：1。在一些实施方案中，将D-苹果酸加入乙醇溶液中。在一些实施方案中，以约46体积使用溶剂。在一些实施方案中，将浆料在约0℃至约RT之间进行温度循环。在一些实施方案中，该方法包括将浆料老化。在一些实施方案中，该方法包括将浆料老化约13小时。在一些实施方案中，该方法包括将浆料老化约20小时。在一些实施方案中，该方法包括通过过滤分离固体。
式II
本文提供式II的化合物：
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包括其药学上可接受的盐、无定形和多晶形物形式。
本文提供的式II的化合物可以使用本领域普通技术人员已知和理解的方法来制备。例如，可以使用诸如在美国临时申请序列号62/406,252；62/447,850；62/491,164；62/554,817；或62/566,093中描述的那些的合成方法，并且这些申请通过引用以其整体并入本文。
本文提供式II的化合物的多晶形物形式。该形式包括，例如，式II的化合物的游离碱、溶剂化物、水合物、盐和非溶剂化形式，包括，例如，多晶形物形式 1、2、7和8。在一些实施方案中，式II的化合物的多晶形物形式是药学上可接受的盐。在一些实施方案中，式II的化合物是磷酸盐。
形式1
一种此类多晶形物是称为形式1的多晶形物。形式1是式II的化合物的无水多晶形物。在一些实施方案中，形式1具有用CuKα1-辐射获得的X射线粉末衍射(XRPD或XRD)图，该X射线粉末衍射(XRPD或XRD)图至少具有在16.5±0.2、18.9±0.2和26.0±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式1 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在16.5±0.2、18.9±0.2、23.8±0.2、25.3±0.2和26.0±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式1 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在16.5±0.2、17.8±0.2、18.9±0.2、23.8±0.2、25.3±0.2、25.6±0.2、26.0±0.2和28.3±0.2的°2θ值处的峰。例如，在一些实施方案中，形式1 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在9.8±0.2、16.5±0.2、17.8±0.2、18.9±0.2、23.8±0.2、25.0±0.2、25.3±0.2、25.6±0.2、26.0±0.2和28.3±0.2的°2θ值处的峰。
在一些实施方案中，本文提供组合物，其包含多晶形物形式1。在一些实施方案中，组合物可以是基本上纯的。例如，组合物具有至少约90%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约95%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约98%的纯度。例如，组合物可以具有至少98.5%、98.6%、98.7%、98.8%、98.9%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%的纯度。在一些实施方案中，组合物基本上不含其它形式的式II的化合物。例如，在一些实施方案中，组合物基本上不含其它无水形式的式II的化合物。在一些实施方案中，组合物含有少于约15重量%的其它形式的式II的化合物。例如，组合物可以含有少于14重量%、13重量%、12重量%、11重量%、10重量%、9重量%、8重量%、7重量%、6重量%、5重量%、4重量%、3重量%、2重量%、1重量%或更少的一种或多种其它形式的式II的化合物。例如，组合物可以含有少于约15%的形式2、形式7、形式8或其两种或更多种的组合。
在一些实施方案中，本文提供多晶形物形式1，其表现出在约185-200℃之间，例如，约195℃观察到的吸热，如通过与吸附水有关的差示扫描量热法(DSC)所测量的。在一些实施方案中，多晶形物形式1表现出在约200-210℃之间，例如，约207℃观察到的吸热事件。在一些实施方案中，当使用每分钟10℃的扫描速率时观察到吸热。
在一些实施方案中，本文提供多晶形物形式1，其表现出从约190℃开始观察到的吸热事件，如通过热重/差示热分析(TG/DTA)所测量的。在一些实施方案中，多晶形物形式1在约200℃之前，例如，从约190℃至约200℃经历约0.4%的重量损失。在一些实施方案中，多晶形物形式1表现出从约204℃开始的吸热事件。在一些实施方案中，吸热事件伴随着约0.2%的相应重量损失。
本文提供制备多晶形物形式1的方法。在一些实施方案中，该方法包括将包含式II的化合物的组合物在选自1,4-二噁烷、1-丁醇、1-丙醇、丙酮、苯甲醚、氯仿、环己烷、环己酮、二氯甲烷、DMSO、乙醇、乙酸乙酯、异丙醇、甲基乙基酮、乙酸甲酯、2-乙氧基乙醇、2-甲基THF、甲基异丁基酮(MIBK)、硝基甲烷和THF的溶剂中成浆以产生作为残余固体的多晶形物形式1。在一些实施方案中，溶剂是乙酸乙酯。在一些实施方案中，溶剂是与水的混合物，例如溶剂可以是水和丙酮的混合物或水和乙腈的混合物。在一些实施方案中，水以约20重量%的量存在。在一些实施方案中，水以约50重量%的量存在。在一些实施方案中，将浆料在约40℃至约RT之间进行温度循环。在一些实施方案中，温度循环发生约60小时至约84小时，诸如，例如，约72小时。在一些实施方案中，该方法进一步包括收集残余固体。在一些实施方案中，通过过滤收集残余固体。在一些实施方案中，该方法进一步包括干燥残余固体，例如，在真空下。在一些实施方案中，干燥在约30℃至约50℃之间的温度下，诸如，例如，约40℃进行。
在一些实施方案中，提供了一种制备形式1的多晶形物的方法。该方法包括提供在溶剂中的包含式II的化合物的组合物。在一些实施方案中，多晶形物形式1可以通过从包含式II的化合物的组合物蒸发溶剂以产生作为残余固体的多晶形物形式1制备，其中溶剂选自二氯甲烷、DMSO、乙酸甲酯、2-乙氧基乙醇、硝基甲烷和乙腈和水的混合物(20%)。在一些实施方案中，该方法包括从包含式II的化合物的组合物蒸发溶剂以产生作为残余固体的多晶形物形式1和另一种多晶形物形式的混合物，其中溶剂选自丙酮、氯仿和THF。在一些实施方案中，残余固体是形式1和形式8的混合物。
在一些实施方案中，多晶形物形式1可以通过将包含式II的化合物的丙酮溶液冷却至约5℃的温度以沉淀作为残余固体的多晶形物形式1来制备。在一些实施方案中，残余固体是形式1和形式8的混合物。
在一些实施方案中，多晶形物形式1可以通过使包含式II的化合物的组合物重结晶以产生多晶形物形式1来制备，其中该重结晶溶剂选自DMSO和水的混合物和二氯甲烷和庚烷的混合物。
形式2
本文还提供了一种称为形式2的多晶形物。形式2是式II的化合物的水合多晶形物形式。在一些实施方案中，形式2具有用CuKα1-辐射获得的XRPD图，该XRPD图至少具有在15.1±0.2、17.8±0.2和24.2±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式2 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在15.1±0.2、17.8±0.2、20.4±0.2、21.1±0.2和24.2±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式2 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在15.1±0.2、17.8±0.2、18.1±0.2、20.4±0.2、21.1±0.2、23.4±0.2、24.2±0.2和24.6±0.2的°2θ值处的峰。例如，在一些实施方案中，形式2 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在6.2±0.2、15.1±0.2、17.8±0.2、18.1±0.2、20.4±0.2、21.1±0.2、23.4±0.2、24.2±0.2、24.6±0.2和31.2±0.2的°2θ值处的峰。
在一些实施方案中，本文提供组合物，其包含多晶形物形式2。在一些实施方案中，组合物可以是基本上纯的。例如，组合物具有至少约90%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约95%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约98%的纯度。例如，组合物可以具有至少98.5%、98.6%、98.7%、98.8%、98.9%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%的纯度。在一些实施方案中，组合物基本上不含其它形式的式II的化合物。在一些实施方案中，组合物含有少于约15重量%的其它形式的式II的化合物。例如，组合物可以含有少于14重量%、13重量%、12重量%、11重量%、10重量%、9重量%、8重量%、7重量%、6重量%、5重量%、4重量%、3重量%、2重量%、1重量%的一种或多种其它形式的式II的化合物。例如，组合物可以含有少于约15%的形式1、形式7、形式8或其两种或更多种的组合。
在一些实施方案中，本文提供多晶形物形式2，其表现出在约190-200℃之间，例如，约197.5℃观察到的吸热，如通过与吸附水有关的DSC所测量的。在一些实施方案中，多晶形物形式2表现出在约200-210℃之间，例如，约207.5℃观察到的吸热事件。在一些实施方案中，当使用每分钟10℃的扫描速率时观察到吸热。
在一些实施方案中，本文提供多晶形物形式2，其表现出从加热开始至约165℃的约0.7%的重量损失，如通过TG/DTA所测量的。在一些实施方案中，多晶形物形式2表现出从约194℃开始观察到的吸热事件。在一些实施方案中，多晶形物形式2 在约200℃之前，例如，从约194℃至约200℃经历约0.2%的重量损失。在一些实施方案中，多晶形物形式2表现出从约205℃开始的吸热事件。
本文提供制备多晶形物形式2的方法。在一些实施方案中，该方法包括将包含式II的化合物的组合物在乙醇和水的混合物中成浆以产生作为残余固体的多晶形物形式2。在一些实施方案中，水以约10重量%的量存在。在一些实施方案中，将浆料在约40℃至约RT之间进行温度循环。在一些实施方案中，温度循环发生约60小时至约84小时，诸如，例如，约72小时。在一些实施方案中，该方法进一步包括收集残余固体。在一些实施方案中，通过过滤收集残余固体。在一些实施方案中，将残余固体干燥。在一些实施方案中，将残余固体在滤床上干燥。
形式7
本文提供一种称为形式7的多晶形物。形式7是式II的化合物的水合多晶形物形式。在一些实施方案中，形式7具有用CuKα1-辐射获得的XRPD图，该XRPD图至少具有在16.6±0.2、18.0±0.2和19.9±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式7 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在16.6±0.2、18.0±0.2、19.3±0.2、19.9±0.2和23.3±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式7 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在16.6±0.2、17.3±0.2、18.0±0.2、19.0±0.2、19.3±0.2、19.9±0.2、23.3±0.2和25.1±0.2的°2θ值处的峰。例如，在一些实施方案中，形式7 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在15.8±0.2、16.6±0.2、17.3±0.2、18.0±0.2、19.0±0.2、19.3±0.2、19.91±0.2、21.4±0.2、23.3±0.2和25.1±0.2的°2θ值处的峰。
在一些实施方案中，本文提供组合物，其包含多晶形物形式7。在一些实施方案中，组合物可以是基本上纯的。例如，组合物具有至少约90%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约95%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约98%的纯度。例如，组合物可以具有至少98.5%、98.6%、98.7%、98.8%、98.9%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%的纯度。在一些实施方案中，组合物基本上不含其它形式的式II的化合物。在一些实施方案中，组合物含有少于约15重量%的其它形式的式II的化合物。例如，组合物可以含有少于14重量%、13重量%、12重量%、11重量%、10重量%、9重量%、8重量%、7重量%、6重量%、5重量%、4重量%、3重量%、2重量%、1重量%的一种或多种其它形式的式II的化合物。例如，组合物可以含有少于约15%的形式1、形式2、形式8或其两种或更多种的组合。
在一些实施方案中，本文提供多晶形物形式7，其表现出在约145-155℃之间，例如，约150℃观察到的吸热，如通过与吸附水有关的DSC所测量的。在一些实施方案中，多晶形物形式7表现出在约190-205℃之间，例如，约201℃观察到的吸热。在一些实施方案中，多晶形物形式7表现出在约205-210℃之间，例如，约207℃观察到的吸热事件。在一些实施方案中，当使用每分钟10℃的扫描速率时观察到吸热。
在一些实施方案中，本文提供多晶形物形式7，其表现出从约147℃开始观察到的吸热事件，如通过TG/DTA所测量的。在一些实施方案中，多晶形物形式7 在约150℃之前，例如，从约145℃至约155℃经历约7%的重量损失。在一些实施方案中，重量损失是溶剂的损失。在一些实施方案中，与样品中存在的化合物的量相比，重量损失等于约两当量的溶剂。在一些实施方案中，溶剂是水。在一些实施方案中，多晶形物形式7表现出从约196℃开始观察到的吸热事件。在一些实施方案中，多晶形物形式7在加热时脱水而变成多晶形物形式1。在一些实施方案中，吸热事件与在形式1中观察到的转变有关。在一些实施方案中，该转变涉及从约206℃开始观察到的形式1的吸热事件。
本文提供制备多晶形物形式7的方法。在一些实施方案中，该方法包括将包含式II的化合物的组合物在1,4-二噁烷和水的混合物中成浆以产生作为残余固体的多晶形物形式7。在一些实施方案中，水以约10重量%的量存在。在一些实施方案中，将浆料在约40℃至约RT之间进行温度循环。在一些实施方案中，温度循环发生约60小时至约84小时，诸如，例如，约72小时。在一些实施方案中，该方法进一步包括收集残余固体。在一些实施方案中，通过过滤收集残余固体。在一些实施方案中，将残余固体干燥。在一些实施方案中，将残余固体在滤床上干燥。
形式8
本文提供一种称为形式8的多晶形物。形式8是式II的化合物的溶剂化的多晶形物形式。多晶形物形式8是式II的化合物的异丙醇溶剂化物多晶形物形式。在一些实施方案中，形式8具有用CuKα1-辐射获得的XRPD图，该XRPD图至少具有在15.1±0.2、17.8±0.2和24.2±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式8 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在15.1±0.2、17.8±0.2、20.4±0.2、21.1±0.2和24.2±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式8 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在15.1±0.2、17.8±0.2、18.1±0.2、20.4±0.2、21.1±0.2、23.4±0.2、24.2±0.2和24.6±0.2的°2θ值处的峰。例如，在一些实施方案中，形式8 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在6.2±0.2、15.1±0.2、17.8±0.2、18.1±0.2、20.4±0.2、21.1±0.2、23.4±0.2、24.2±0.2、24.6±0.2和31.2±0.2的°2θ值处的峰。
在一些实施方案中，本文提供组合物，其包含多晶形物形式8。在一些实施方案中，组合物可以是基本上纯的。例如，组合物具有至少约90%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约95%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约98%的纯度。例如，组合物可以具有至少98.5%、98.6%、98.7%、98.8%、98.9%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%的纯度。在一些实施方案中，组合物基本上不含其它形式的式II的化合物。在一些实施方案中，组合物含有少于约15重量%的其它形式的式II的化合物。例如，组合物可以含有少于14重量%、13重量%、12重量%、11重量%、10重量%、9重量%、8重量%、7重量%、6重量%、5重量%、4重量%、3重量%、2重量%、1重量%的一种或多种其它形式的式II的化合物。例如，组合物可以含有少于约15%的形式1、形式2、形式7或其两种或更多种的组合。
在一些实施方案中，本文提供多晶形物形式8，其表现出在约165-175℃之间，例如，约172℃观察到的吸热，如通过与吸附水有关的DSC所测量的。在一些实施方案中，多晶形物形式8表现出在约185-200℃之间，例如，约196℃观察到的吸热。在一些实施方案中，多晶形物形式8表现出在约200-210℃之间，例如，约206℃观察到的吸热事件。在一些实施方案中，当使用每分钟10℃的扫描速率时观察到吸热。
在一些实施方案中，本文提供多晶形物形式8，其表现出在约165℃观察到的吸热事件，如通过TG/DTA所测量的。在一些实施方案中，多晶形物形式8 在约165℃之前经历约4%的重量损失。在一些实施方案中，重量损失是溶剂的损失。在一些实施方案中，重量损失等于约0.5当量的溶剂。在一些实施方案中，溶剂是IPA。在一些实施方案中，多晶形物形式8表现出从约191℃开始观察到的吸热事件。在一些实施方案中，吸热事件与在形式1中观察到的转变有关。在一些实施方案中，转变涉及从约205℃开始观察到的形式1的吸热事件。
本文提供制备多晶形物形式8的方法。在一些实施方案中，该方法包括将包含式II的化合物的组合物在选自IPA和1-丙醇的溶剂中成浆以产生作为残余固体的多晶形物形式8。在一些实施方案中，将浆料在约40℃至约RT之间进行温度循环。在一些实施方案中，温度循环发生约60小时至约84小时，诸如，例如，约72小时。在一些实施方案中，该方法进一步包括收集残余固体。在一些实施方案中，通过过滤收集残余固体。在一些实施方案中，该方法进一步包括干燥残余固体，例如，在真空下。在一些实施方案中，干燥在约30℃至约50℃之间，诸如，例如，约40℃的温度下进行。
在一些实施方案中，提供一种制备形式8 的多晶形物的方法。该方法包括提供在溶剂中的包含式II的化合物的组合物。在一些实施方案中，该方法包括从包含式II的化合物，包括其无定形和多晶形物形式的组合物蒸发溶剂以产生作为残余固体的多晶形物形式8和另一种多晶形物形式的混合物。在一些实施方案中，残余固体是多晶形物形式8 和多晶形物形式1的混合物。在一些实施方案中，溶剂是丙酮。在一些实施方案中，溶剂是氯仿。在一些实施方案中，溶剂是THF。
式II的盐
在一些实施方案中，式II的化合物是药学上可接受的盐。例如，式II的化合物的药学上可接受的盐可以包括，但不限于，硫酸盐、甲苯磺酸盐、萘-2-磺酸盐、草酸盐、磷酸盐、酒石酸盐和富马酸盐。在一些实施方案中，式II的化合物是硫酸盐。在一些实施方案中，硫酸盐是在溶剂混合物中制备的。在一些实施方案中，溶剂是 IPA 和水的混合物。在一些实施方案中，水以约10重量%的量存在。在一些实施方案中，式II的化合物是甲苯磺酸盐。在一些实施方案中，甲苯磺酸盐是在溶剂混合物中制备的。在一些实施方案中，溶剂是丙酮和水的混合物。在一些实施方案中，水以约10重量%的量存在。在一些实施方案中，式II的化合物是萘-2-磺酸盐。在一些实施方案中，萘-2-磺酸盐是在溶剂混合物中制备的。在一些实施方案中，溶剂是THF和水的混合物。在一些实施方案中，水以约10重量%的量存在。在一些实施方案中，式II的化合物是草酸盐。在一些实施方案中，草酸盐是在溶剂混合物中制备的。在一些实施方案中，溶剂是1,4-二噁烷和水的混合物。在一些实施方案中，水以约10重量%的量存在。在一些实施方案中，草酸盐是由从溶剂混合物蒸发制备的。在一些实施方案中，溶剂是THF和水的混合物。在一些实施方案中，式II的化合物是酒石酸盐。在一些实施方案中，酒石酸盐是在溶剂混合物中制备的。在一些实施方案中，溶剂是IPA和水的混合物。在一些实施方案中，水以约10重量%的量存在。在一些实施方案中，式II的化合物是富马酸盐。在一些实施方案中，富马酸盐是在溶剂混合物中制备的。在一些实施方案中，溶剂是THF和水的混合物。在一些实施方案中，式II的化合物是磷酸盐。在一些实施方案中，磷酸盐是在溶剂混合物中制备的。在一些实施方案中，溶剂是丙酮和水的混合物。在一些实施方案中，溶剂是IPA和水的混合物。在一些实施方案中，水以约10重量%的量存在。
本文提供式II的化合物的磷酸盐。在一些实施方案中，磷酸盐具有约1.4：1，PO4：游离碱的比例。在一些实施方案中，磷酸盐具有用CuKα1-辐射获得的XRPD图，该XRPD图至少具有在3.6±0.2、16.7±0.2和18.2±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，磷酸盐具有XRPD图，该XRPD图至少具有在3.6±0.2、15.9±0.2、16.7±0.2、17.8±0.2和18.2±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，磷酸盐具有XRPD图，该XRPD图至少具有在3.6±0.2、6.2±0.2、15.9±0.2、16.7±0.2、17.8±0.2、18.2±0.2、20.3±0.2和25.5±0.2的°2θ值处的峰。例如，在一些实施方案中，磷酸盐具有XRPD图，该XRPD图至少具有在3.6±0.2、6.2±0.2、15.9±0.2、16.7±0.2、17.8±0.2、18.2±0.2、19.1±0.2、20.3±0.2、20.9±0.2和25.5±0.2的°2θ值处的峰。
在一些实施方案中，本文提供组合物，其包含式II的化合物的磷酸盐。在一些实施方案中，组合物可以是基本上纯的。例如，组合物具有至少约90%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约95%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约98%的纯度。例如，组合物可以具有至少98.5%、98.6%、98.7%、98.8%、98.9%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%的纯度。在一些实施方案中，组合物基本上不含其它形式的式II的化合物。在一些实施方案中，组合物含有少于约15重量%的其它形式的式II的化合物。例如，组合物可以含有少于14重量%、13重量%、12重量%、11重量%、10重量%、9重量%、8重量%、7重量%、6重量%、5重量%、4重量%、3重量%、2重量%、1重量%的一种或多种其它形式的式II的化合物。
在一些实施方案中，本文提供式II的化合物的磷酸盐，其表现出在约165-175℃之间，例如，约170℃观察到的吸热，如通过与吸附水有关的DSC所测量的。在一些实施方案中，当使用每分钟10℃的扫描速率时观察到吸热。
在一些实施方案中，本文提供式II的化合物的磷酸盐，其表现出约167℃的熔点，如通过TG/DTA所测量的。在一些实施方案中，式II的化合物的磷酸盐从加热开始至约150℃之前经历约1.3%的重量损失。在一些实施方案中，式II的化合物的磷酸盐表现出从约167℃开始的约1.2%的第二次重量损失。
本文提供制备式II的化合物的磷酸盐的方法。在一些实施方案中，该方法包括将包含式II的化合物的组合物在水和IPA的混合物中成浆并向该混合物中加入磷酸溶液以产生作为残余固体的磷酸盐。在一些实施方案中，水以约10重量%的量存在。在一些实施方案中，酸是1M磷酸溶液。在一些实施方案中，将浆料在约40℃至约RT之间进行温度循环。在一些实施方案中，温度循环发生约12小时至约48小时，诸如，例如，约24小时。在一些实施方案中，该方法进一步包括离心组合物并收集残余固体。在一些实施方案中，用溶剂洗涤残余固体。在一些实施方案中，溶剂是IPA。在一些实施方案中，该方法进一步包括干燥残余固体。在一些实施方案中，将残余固体在真空下干燥。在一些实施方案中，干燥在约30℃至约50℃之间，诸如，例如，约40℃的温度下进行。
式III
本文提供式III的化合物：
Figure DEST_PATH_IMAGE005
包括其药学上可接受的盐、无定形和多晶形物形式。
本文提供的式III的化合物可以使用本领域普通技术人员已知和理解的方法来制备。例如，可以使用诸如在美国临时申请序列号62/406,252；62/447,850；62/491,164；62/554,817；或62/566,093中描述的那些的合成方法，并且这些申请通过引用以其整体并入本文。
本文提供式III的化合物的多晶形物形式。该形式包括，例如，式III的化合物的游离碱、溶剂化物、水合物、盐和非溶剂化形式，包括，例如，多晶形物形式A。在一些实施方案中，式III的化合物的多晶形物形式是药学上可接受的盐。
形式A
一种此类多晶形物是称为形式A的多晶形物。形式A是式III的化合物的多晶形物形式。在一些实施方案中，形式A具有用CuKα1-辐射获得的XRPD图，该XRPD图至少具有在17.3±0.2、19.2±0.2和23.9±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式A 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在4.7±0.2、17.3±0.2、18.8±0.2、19.2±0.2和23.9±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式A 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在4.7±0.2、6.8±0.2、15.2±0.2、17.3±0.2、18.8±0.2、19.2±0.2、20.2±0.2和23.9±0.2的°2θ值处的峰。例如，在一些实施方案中，形式A 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在4.7±0.2、6.8±0.2、13.4±0.2、15.2±0.2、15.9±0.2、17.3±0.2、18.8±0.2、19.2±0.2、20.2±0.2和23.9±0.2的°2θ值处的峰。
在一些实施方案中，本文提供组合物，其包含多晶形物形式A。在一些实施方案中，组合物可以是基本上纯的。例如，组合物具有至少约90%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约95%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约98%的纯度。例如，组合物可以具有至少98.5%、98.6%、98.7%、98.8%、98.9%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%的纯度。在一些实施方案中，组合物基本上不含其它形式的式III的化合物。在一些实施方案中，组合物含有少于约15重量%的其它形式的式III的化合物。例如，组合物可以含有少于14重量%、13重量%、12重量%、11重量%、10重量%、9重量%、8重量%、7重量%、6重量%、5重量%、4重量%、3重量%、2重量%、1重量%的一种或多种其它形式的式III的化合物。例如，组合物可以含有少于约15%的无定形形式。
在一些实施方案中，本文提供多晶形物形式A，其表现出在约135-150℃之间，例如，约140.5℃或146.6℃观察到的吸热，如通过与吸附水相关的DSC所测量的。
本文提供制备多晶形物形式A的方法。在一些实施方案中，该方法包括将式III的化合物溶解在乙腈中并加入水以产生作为固体的多晶形物形式A。在一些实施方案中，该方法包括将包含式III的化合物和乙腈的组合物加热至回流。在一些实施方案中，乙腈和水的比例按体积计为约2：3。在一些实施方案中，通过过滤收集残余固体。在一些实施方案中，将残余固体干燥。在一些实施方案中，将残余固体在高真空下干燥。在一些实施方案中，将残余固体在约40-45℃干燥。在一些实施方案中，将残余固体干燥过夜。
式IV
本文提供式IV的化合物：
Figure DEST_PATH_IMAGE006
包括其药学上可接受的盐、无定形和多晶形物形式。
本文提供的式IV的化合物可以使用本领域普通技术人员已知和理解的方法来制备。例如，可以使用诸如在美国临时申请序列号62/406,275；62/447,849；62/491,180；62/531,690；或62/566,030中描述的那些的合成方法，并且这些申请通过引用以其整体并入本文。
本文提供式IV的化合物的多晶形物形式。该形式包括，例如，式IV的化合物的游离碱、溶剂化物、水合物、盐和非溶剂化形式，包括，例如，多晶形物形式 A和B。在一些实施方案中，式IV的化合物的多晶形物形式是药学上可接受的盐。
形式A
一种此类多晶形物是称为形式A的多晶形物。形式A是式IV的化合物的多晶形物形式。在一些实施方案中，形式A具有用CuKα1-辐射获得的XRPD图，该XRPD图至少具有在8.3±0.2、16.3±0.2和21.9±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式A 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在8.3±0.2、16.3±0.2、16.6±0.2、19.4±0.2和21.9±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式A 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在8.3±0.2、16.3±0.2、16.6±0.2、19.4±0.2、20.0±0.2、20.5±0.2、21.6±0.2和21.9±0.2的°2θ值处的峰。例如，在一些实施方案中，形式A 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在8.3±0.2、16.3±0.2、16.6±0.2、18.1±0.2、18.8±0.2、19.4±0.2、20.0±0.2、20.5±0.2、21.6±0.2和21.9±0.2的°2θ值处的峰。
在一些实施方案中，本文提供组合物，其包含多晶形物形式A。在一些实施方案中，组合物可以是基本上纯的。例如，组合物具有至少约90%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约95%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约98%的纯度。例如，组合物可以具有至少98.5%、98.6%、98.7%、98.8%、98.9%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%的纯度。在一些实施方案中，组合物基本上不含其它形式的式IV的化合物。在一些实施方案中，组合物含有少于约15重量%的其它形式的式IV的化合物。例如，组合物可以含有少于14重量%、13重量%、12重量%、11重量%、10重量%、9重量%、8重量%、7重量%、6重量%、5重量%、4重量%、3重量%、2重量%、1重量%的一种或多种其它形式的式IV的化合物。例如，组合物可以含有少于约15%的形式B、无定形形式或其组合。
在一些实施方案中，本文提供多晶形物形式A，其表现出在约145-155℃之间，例如，约149.9℃观察到的吸热，如通过与吸附水相关的DSC所测量的。
本文提供制备多晶形物形式A的方法。在一些实施方案中，该方法包括将包含式IV的化合物的组合物在选自丙酮、乙腈、2-丁醇、氯仿、乙醇、乙酸乙酯、庚烷、己烷、异丙醇、MTBE、DMSO、THF、水及其组合的溶剂中成浆以产生作为残余固体的多晶形物形式A。在一些实施方案中，溶剂是丙酮、2-丁醇或乙腈。在一些实施方案中，溶剂是与水的混合物，例如溶剂可以是水和丙酮、水和乙醇或水和DMSO的混合物。在一些实施方案中，水以约50重量%的量存在。在一些实施方案中，水以约40重量%的量存在。在一些实施方案中，溶剂是与庚烷的混合物，例如溶剂可以是氯仿和庚烷或庚烷和丙酮的混合物。在一些实施方案中，庚烷以约50重量%的量存在。在一些实施方案中，庚烷以约70重量%的量存在。在一些实施方案中，形式A通过向式IV的化合物在溶剂中的溶液中加入反溶剂制备。在一些实施方案中，反溶剂是庚烷或水。在一些实施方案中，溶剂是DMSO并且反溶剂是水。在一些实施方案中，将反溶剂的蒸汽扩散到式IV的化合物的溶液中。在一些实施方案中，该方法进一步包括收集残余固体。在一些实施方案中，通过过滤收集残余固体。在一些实施方案中，该方法包括洗涤固体。在一些实施方案中，该方法包括用水、MTBE或其组合洗涤固体。在一些实施方案中，该方法进一步包括干燥残余固体，例如，在真空下。
形式B
一种此类多晶形物是称为形式B的多晶形物。形式B是式IV的化合物的多晶形物形式。在一些实施方案中，形式B具有用CuKα1-辐射获得的XRPD图，该XRPD图至少具有在7.5±0.2、13.7±0.2和16.9±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式B 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在7.5±0.2、9.7±0.2、13.7±0.2、16.9±0.2和19.9±0.2的°2θ值处的峰。在一些实施方案中，形式B 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在7.5±0.2、9.7±0.2、13.7±0.2、14.5±0.2、16.9±0.2、19.4±0.2、19.9±0.2和21.3±0.2的°2θ值处的峰。例如，在一些实施方案中，形式B 具有XRPD图，该XRPD图至少具有在7.5±0.2、9.7±0.2、9.9±0.2、13.7±0.2、14.5±0.2、16.9±0.2、19.4±0.2、19.9±0.2、21.3±0.2和27.4±0.2的°2θ值处的峰。
在一些实施方案中，本文提供组合物，其包含多晶形物形式B。在一些实施方案中，组合物可以是基本上纯的。例如，组合物具有至少约90%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约95%的纯度。在一些实施方案中，组合物具有至少约98%的纯度。例如，组合物可以具有至少98.5%、98.6%、98.7%、98.8%、98.9%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%的纯度。在一些实施方案中，组合物基本上不含其它形式的式IV的化合物。在一些实施方案中，组合物含有少于约15重量%的其它形式的式IV的化合物。例如，组合物可以含有少于14重量%、13重量%、12重量%、11重量%、10重量%、9重量%、8重量%、7重量%、6重量%、5重量%、4重量%、3重量%、2重量%、1重量%的一种或多种其它形式的式IV的化合物。例如，组合物可以含有少于约15%的形式A、无定形形式或其组合。
在一些实施方案中，本文提供多晶形物形式B，其表现出在约160-170℃之间，例如，约164.6℃观察到的吸热，如通过与吸附水相关的DSC所测量的。
本文提供制备多晶形物形式B的方法。在一些实施方案中，该方法包括将包含式IV的化合物的组合物在乙醇和水的混合物中成浆以产生作为残余固体的多晶形物形式B。在一些实施方案中，水以约10重量%的量存在。在一些实施方案中，将浆料老化约24 至约72小时，例如，约36小时。在一些实施方案中，该方法进一步包括收集残余固体。在一些实施方案中，通过过滤收集残余固体。在一些实施方案中，将残余固体干燥。在一些实施方案中，将残余固体在真空烘箱中干燥。在一些实施方案中，将残余固体用氮气流干燥。在一些实施方案中，将残余固体在室温干燥。在一些实施方案中，将残余固体干燥约10至约20小时，例如，约18小时。
将理解的是，式I-IV的化合物的结晶形式，例如，式I的形式A、式II的形式1、2、7和8，式III的形式A或式IV的形式A和B，及其药学上可接受的盐，例如氯化物盐、溴化物盐、苹果酸盐和磷酸盐的XRPD图的2-θ值，在从一种仪器到另一种之间可能略有不同，并且还取决于样品制备的差异以及批次间的差异，因此所引用的值不应解释为绝对值。将理解的是，XRPD图中的峰位置根据角度位置(2θ)报告，具有±0.2°2θ的可容许的变异性。当比较两个粉末XRPD图时，意图使用±0.2°2θ的变异性。在实践中，如果将一个图的衍射图峰分配了一个角度位置(2θ)范围，即测得的峰位置±0.2°，并且如果那些峰位置范围重叠，则认为这两个峰具有相同的角度位置。例如，如果确定来自一个图的峰的位置为11.0°2θ，则出于比较目的，可允许的变异性将为该峰分配一个10.8°-11.2°2θ范围内的位置。还应理解，峰的相对强度可以根据取向效应而变化，使得本文包括的XRPD迹线中所示的强度是示例性的，并且不意图用于绝对比较。应当进一步理解，出于比较的目的，允许峰强度与XRPD迹线中所示的那些有一些变异性。因此，应理解，短语“与图1所示的基本上相同的XRPD图”是指出于比较目的，存在图1所示的峰的至少90%。
本文提供的化合物还可在构成此类化合物的一个或多个原子上含有非自然比例的原子同位素。即，特别是当涉及根据式I-IV的化合物提及时，原子包括该原子的所有同位素和同位素混合物，例如具有自然丰度的天然存在的同位素。例如，当提及氢时，应理解为是指1H、2H、3H或其混合物；当提及碳时，应理解为是指12C、13C、14C或其混合物；当提及氮时，应理解为是指14N、15N或其混合物；和当提及氧时，应理解为是指16O、17O、18O或其混合物。本文提供的化合物的所有同位素变体旨在涵盖在本发明的范围内。
为了说明的目的，方案1-6显示了制备本文提供的化合物以及关键中间体的一般方法。有关各个反应步骤的更详细说明，参见，例如，美国临时申请序列号62/329,895、62/406,252、62/447,850、62/566,093和62/566,030，它们均通过引用以其整体并入本文。本领域技术人员将理解，可以使用其它合成途径来合成化合物。尽管在方案中描述了特定的起始材料和试剂，并在下面进行了讨论，但其它起始材料和试剂也可以容易替换，以提供多种衍生物和/或反应条件。
方案1
Figure DEST_PATH_IMAGE007
方案1显示用于合成式I的化合物(对于式I，显示为方案1中的化合物13和13a)的一般方案，其中B 为1-甲基-1H-吡唑-4-基；X1 为N；X2、X3和X4 为CH；并且D和E由
Figure DEST_PATH_IMAGE008
表示，其中波浪线指示与包含X1、X2、X3和X4的环的连接点。
通过用可商购的3-溴-5-甲氧基吡啶处理MSH试剂获得化合物2。可以如Mendiola,J., 等, Org. Process Res. Dev. 2009, 13(2), 263-267中所述制备胺化试剂O-均三甲苯基磺酰基羟胺(MSH)。化合物2可与丙炔酸乙酯反应以提供吡唑并[1,5-a]吡啶——化合物3A和3B的混合物，其典型地以约2：1至9：1的比例获得。可以在升高的温度下用48%HBr处理化合物3A和3B的混合物，然后重结晶或色谱纯化，以分离出作为次要异构体的化合物4A和作为主要异构体的化合物4B。
可以使用POCl3用甲酰基官能化分离的化合物4B，然后纯化以提供化合物5。可以使用NH2OH将化合物5的甲酰基转化为肟基以提供化合物6。可使用乙酸酐将化合物6的肟基转化为腈基以提供化合物7。可以通过使用适当的钯催化的交叉偶联反应条件，例如Suzuki偶联反应条件(例如钯催化剂和任选的配体，在无机碱，例如Pd2(dba)3、X-Phos和Na2CO3的存在下，在二噁烷中，在升高的温度下)，用具有式hetAr1-B(ORa)(ORb)的相应硼酸酯(其中hetAr1是如式I所定义的1-甲基-1H-吡唑-4-基)处理化合物7来安装B基团，以提供化合物8，其中B为如式I所定义的1-甲基-1H-吡唑-4-基。可以通过用三氯化铝处理化合物8，将化合物8的甲氧基转化为羟基以提供化合物9。可通过用三氟甲基磺酰化试剂，例如1,1,1-三氟-N-苯基-N-((三氟甲基)磺酰基)甲磺酰胺处理化合物9，将化合物9的游离羟基转化为三氟甲磺酸酯基，以提供化合物10。可以通过使用适当的钯催化的交叉偶联反应条件，例如Suzuki偶联反应条件(例如钯催化剂和任选的配体，在无机碱，例如Pd2(dba)3、X-Phos和Na2CO3的存在下，在二噁烷中，在升高的温度下)使化合物10与相应的硼酸酯化合物11(其中环D为
Figure DEST_PATH_IMAGE009
，其中波浪线指示环D与包含X1、X2、X3和X4的环的连接点，并且星号指示与P1的连接点；X1、X2、X3和X4如上所定义；P1为氨基保护基；Z为-B(ORx)(ORy) Z为-B(ORa)(ORb)并且Ra和Rb为H或C1-C6烷基，或Ra和Rb与它们所连接的原子一起形成任选地被1-4个C1-C3烷基取代的5-6元环)偶联制备化合物12。可以在标准条件下除去化合物12的环D上的保护基(例如，可以通过在酸性条件下，例如使用HCl处理化合物12来除去Boc保护基)。可以在标准条件下(例如如下所述的)，将脱保护的环D官能化(即，与适当的试剂反应或用适当的试剂处理)以引入E基团，以提供其中E为
Figure DEST_PATH_IMAGE010
的化合物13。
或者，可以使用适当的钯催化的交叉偶联反应条件，例如Suzuki偶联反应条件(例如，钯催化剂和任选的配体，在无机碱，例如，Pd(PPh3)4和Na2CO3的存在下)使化合物10与化合物14偶联，以提供化合物15。化合物15可在适当的SNAr条件下(例如，任选地在碱例如K2CO3存在下并在升高的温度下)与化合物16反应以提供化合物12a，其中化合物16的环D为
Figure DEST_PATH_IMAGE011
，其中波浪线指示环D与包含X1、X2、X3和X4的环的连接点，并且星号指示与P1的连接点；X1、X2、X3和X4如上所定义；P1为氨基保护基；Z为-B(ORx)(ORy)，在偶联之前，用适当的胺保护基保护第二个氮原子。如果存在于化合物12a的环D上，则保护基可以在标准条件下除去(例如，可以通过在酸性条件，例如HCl下处理化合物12a来除去Boc基团)。可以在标准条件下(例如如下所述的)，将脱保护的环D官能化(即，与适当的试剂反应或用适当的试剂处理)以引入E基团，以提供其中E为
Figure DEST_PATH_IMAGE012
的化合物13a。
方案2
Figure DEST_PATH_IMAGE013
方案2显示了合成化合物13的可替代途径，其中B、X1、X2、X3、X4、D和E如方案1中所定义。可以使用POCl3用甲酰基官能化化合物4A(如方案1所示制备)，以提供化合物17。可以使用NH2OH将甲酰基转化为肟基以提供化合物18。可以使用乙酸酐将肟基转化为腈基，以提供化合物19。可以通过用三氯化铝处理化合物19，将化合物19的甲氧基转化为羟基，以提供化合物20。可以通过使用适当的钯催化的交叉偶联反应条件，例如Suzuki偶联反应条件(例如钯催化剂和任选的配体，在无机碱，例如Pd(PPh3)4和Na2CO3的存在下，在二噁烷中，在升高的温度下)使化合物20与相应的硼酸酯化合物11(其中环D为
Figure DEST_PATH_IMAGE014
，其中波浪线指示环D与包含X1、X2、X3和X4的环的连接点，并且星号指示与P1的连接点；X1、X2、X3和X4如上所定义；P1为氨基保护基；Z为-B(ORa)(ORb)并且Ra和Rb为H或C1-C6烷基，或Ra和Rb与它们所连接的原子一起形成任选地被1-4个C1-C3烷基取代的5-6元环)偶联制备化合物21。在偶联之前，用适当的胺保护基保护环D的未取代的氮原子。可通过用三氟甲基磺酰化试剂，例如1,1,1-三氟-N-苯基-N-((三氟甲基)磺酰基)甲磺酰胺处理化合物21将化合物21的游离羟基转化为三氟甲磺酸酯基，以提供化合物22。可以通过使用适当的钯催化的交叉偶联反应条件，例如Suzuki偶联反应条件(例如钯催化剂和任选的配体，在无机碱，例如Pd2(dba)3、X-Phos和Na2CO3的存在下，在二噁烷中，在升高的温度下)，用具有式hetAr1-B(ORa)(ORb)的相应硼酸酯(其中hetAr1是如式I所定义的1-甲基-1H-吡唑-4-基并且Ra和Rb为H或C1-C6烷基，或Ra和Rb与它们所连接的原子一起形成任选地被1-4个C1-C3烷基取代的5-6元环)处理化合物22来安装B基团，以提供化合物12，其中B为如式I所定义的1-甲基-1H-吡唑-4-基。如果存在于化合物12a的环D上，则保护基可以在标准条件下除去(例如，可以通过在酸性条件，例如丙-2醇中的HCl下处理化合物12来除去Boc基团)。可以在标准条件下(例如如下所述的)，将脱保护的环D官能化(即，与适当的试剂反应或用适当的试剂处理)以引入E基团，以提供其中E为
Figure DEST_PATH_IMAGE015
的化合物13。
方案3
Figure DEST_PATH_IMAGE016
方案3显示合成式II或式III的化合物(对于式II或式III，显示为方案3中的化合物12)的一般方案，其中B为-CH2C(CH3)2OH；X1 为N；X2、X3和X4 为CH；并且D和E分别由
Figure DEST_PATH_IMAGE017
或
Figure DEST_PATH_IMAGE018
表示，其中波浪线指示与包含X1、X2、X3和X4的环的连接点。
通过用O-(均三甲苯基磺酰基)羟胺处理可商购的3-溴-5-甲氧基吡啶(化合物1)获得化合物2。可以如Mendiola 等, Org. Process Res. Dev. (2009) 13(2)：263-267所述制备O-均三甲苯基磺酰基羟胺。化合物2可以与丙炔酸乙酯反应以提供化合物3A和3B的混合物，其典型地分别以大约2：1至9：1的比例获得。可以在升高的温度下用48%HBr处理化合物3A和3B的混合物，然后重结晶或色谱纯化，以分离出作为次要异构体的化合物4A和作为主要异构体的化合物4B。分离后，可用POCl3处理化合物4A，以提供化合物5。可以使用NH2OH将甲酰基转化为肟基，以提供化合物6。可以使用乙酸酐将肟基转化为腈基，以提供化合物7。可以通过用三氯化铝处理化合物7，将化合物7的甲氧基转化为羟基，以提供化合物8。
为了制备化合物9，可以使化合物8与诸如
Figure DEST_PATH_IMAGE019
(其中X是离去原子或基团(例如卤化物或三氟甲磺酸酯))的试剂在合适的碱(例如，碱金属碳酸盐，例如碳酸钾)的存在下反应。然后可以通过使用适当的钯催化的交叉偶联反应条件，例如Suzuki偶联反应条件(例如钯催化剂和任选的配体，在无机碱，例如Pd(PPh3)4 和Na2CO3的存在下，在二噁烷中，在升高的温度下)使化合物9与相应的硼酸酯化合物10(其中环D为
Figure DEST_PATH_IMAGE020
，其中波浪线指示环D与包含X1、X2、X3和X4的环的连接点，并且星号指示与P1的连接点；X1、X2、X3和X4如上所定义；P1为氨基保护基；Z为-B(ORx)(ORy)并且Rz和Ry为H或(1-6C)烷基，或Rx和Ry与它们所连接的原子一起形成任选地被1-4个选自(C1-C3烷基)的取代基取代的5-6元环)偶联制备化合物11。然后可以通过在标准条件下除去保护基P1(例如，可以通过在酸性条件，例如HCl下处理化合物11来除去Boc基团)，然后进行官能化(即，使化合物11与适当的试剂反应或用适当的试剂处理化合物11)以引入E基团
Figure DEST_PATH_IMAGE021
(对于式II)或
Figure DEST_PATH_IMAGE022
(对于式III)由化合物11制备化合物12。
或者，可以使用适当的钯催化的交叉偶联反应条件，例如Suzuki偶联反应条件(例如钯催化剂和任选的配体，在无机碱，例如Pd(PPh3)4 和Na2CO3的存在下，在二噁烷中，在升高的温度下)使化合物8与相应的硼酸酯化合物10偶联以提供化合物11a。然后，化合物11a可以在Mitsunobu反应条件下(例如，PPh3和偶氮二甲酸二异丙酯)与诸如
Figure DEST_PATH_IMAGE023
(其中X是离去原子或基团(例如卤化物或三氟甲磺酸酯))的试剂反应，以提供化合物11。然后可以如上所述从化合物11制备化合物12。
方案4
Figure DEST_PATH_IMAGE024
方案4显示了另一种合成化合物12的一般方案，其中B、X1、X2、X3、X4、环D和E如上文针对方案3所定义。
可以使用适当的钯催化的交叉偶联反应条件，例如Suzuki偶联反应条件(例如，钯催化剂和任选的配体，在无机碱，例如Pd(PPh3)4 和Na2CO3的存在下，在二噁烷中，在升高的温度下)，使化合物9(例如，如方案3中所述制备)(其中B如上所定义)与相应的硼酸酯13(其中X1、X2、X3和X4如上所定义；L2为离去基团，例如三氟甲磺酸酯或卤化物)；Z为-B(ORx)(ORy)并且Rz 和Ry为H或(1-6C)烷基，或Rx和Ry与它们所连接的原子一起形成任选地被1-4个选自(C1-C3烷基)的取代基取代的5-6元环)偶联，以提供化合物14。可以通过在适当的SNAr条件下(例如，任选地在碱如K2CO3的存在下并且在升高的温度下)使化合物14与化合物15(其中环D如上所定义并且P1为氨基保护基)偶联制备化合物16。
可以在标准条件下除去化合物16的环D上的保护基P1(例如，可以通过在酸性条件，例如HCl下处理化合物16来除去Boc基团)，以提供化合物12，其中E为H(即，环D被脱保护)。然后可以在标准条件下(例如如下所述的)，将脱保护的环D官能化(即，与适当的试剂反应或用适当的试剂处理)以引入E基团，以提供化合物12，其中E如以上对于方案3所定义。
方案5
Figure DEST_PATH_IMAGE025
方案5显示合成式IV的化合物(对于式IV，显示为方案5中的化合物12)的一般方案，其中B为-CH2C(CH3)2OH；X1 为N；X2、X3和X4 为CH；并且D、E、(Ra)n和(Rb)m由
Figure DEST_PATH_IMAGE026
表示，其中波浪线指示与包含X1、X2、X3和X4的环的连接点。
通过用O-(均三甲苯基磺酰基)羟胺处理可商购的3-溴-5-甲氧基吡啶(化合物1)获得化合物2。可以如Mendiola, J., 等, Org. Process Res. Dev. 2009, 13(2), 263-267所述制备O-均三甲苯基磺酰基羟胺。化合物2可以与丙炔酸乙酯反应以提供化合物3A和3B的混合物，其典型地分别以大约2：1至9：1的比例获得。可以在升高的温度下用48%HBr处理化合物3A和3B的混合物，然后重结晶或色谱纯化，以分离出作为次要异构体的化合物4A和作为主要异构体的化合物4B。分离后，可用POCl3处理化合物4A，以提供化合物5。可以使用NH2OH将甲酰基转化为肟基，以提供化合物6。可以使用乙酸酐将肟基转化为腈基，以提供化合物7。通过用三氯化铝处理化合物7，可以将化合物7的甲氧基转化为羟基，以提供化合物8。
化合物11a可以在Mitsunobu反应条件下(PPh3和偶氮二甲酸二异丙酯)与诸如
Figure DEST_PATH_IMAGE027
(其中X是离去原子或基团(例如卤化物或三氟甲磺酸酯))的试剂反应，以提供化合物11。然后可以如上所述从化合物11制备化合物12。
或者，可通过在碱(例如碱金属碳酸盐，例如碳酸钾)的存在下使化合物8与诸如
Figure DEST_PATH_IMAGE028
(其中X是离去原子或基团(例如卤化物或三氟甲磺酸酯))的试剂反应来制备化合物9。然后，可以通过使用适当的钯催化的交叉偶联反应条件，例如Suzuki偶联反应条件(例如钯催化剂和任选的配体，在无机碱，例如Pd(PPh3)4 和Na2CO3的存在下，在二噁烷中，在升高的温度下)，使化合物9与相应的硼酸酯化合物10偶联来制备化合物11。
方案6
Figure DEST_PATH_IMAGE029
方案6显示另一种合成化合物12的一般方案，其中B、X1、X2、X3、X4、环D和E如上文针对方案5所定义。
可以使用适当的钯催化的交叉偶联反应条件，例如Suzuki偶联反应条件(例如，钯催化剂和任选的配体，在无机碱，例如Pd(PPh3)4 和Na2CO3的存在下，在二噁烷中，在升高的温度下)，使化合物9 (例如，如方案5所述制备)(其中B如方案5所定义)与化合物13 (其中X1、X2、X3和X4如方案5所定义；L2为离去基团，例如三氟甲磺酸酯或卤化物)；Z为-B(ORx)(ORy)并且Rz 和Ry为H或(1-6C)烷基，或Rx和Ry与它们所连接的原子一起形成任选地被1-4个选自(C1-C3烷基)的取代基取代的5-6元环)偶联，以提供化合物14。可以通过在适当的SNAr条件下(例如，任选地在碱如K2CO3的存在下并且在升高的温度下)使化合物14与化合物15(其中化合物15定义为如式IV中所述的
Figure DEST_PATH_IMAGE030
或其盐)偶联制备化合物12。
如本文所用，“氨基保护基”是指当在化合物上的其它官能团上进行反应时通常用于封闭或保护氨基的基团的衍生物。适用于本文所述任何方法的保护基的实例包括氨基甲酸酯、酰胺、烷基和芳基、亚胺以及许多N-杂原子衍生物，可将其除去以再生期望的胺基。氨基保护基的非限制性实例是乙酰基、三氟乙酰基、叔丁氧羰基(“Boc”)、苄氧羰基(“CBz”)和9-芴基亚甲基氧基羰基(“Fmoc”)。在T. W. Greene 等, Greene’s Protective Groups inOrganic Synthesis. New York：Wiley Interscience, 2006中找到了这些基团和其它保护基的进一步实例。
可以用任何方便的羟基保护基保护羟基，例如如T. W. Greene 等, Greene’sProtective Groups in Organic Synthesis. New York：Wiley Interscience, 2006中所述。实例包括苄基、三苯甲基、甲硅烷基醚等。
可以用任何方便的氮保护基保护在上述任何一种方法中描述的化合物中的氮原子，例如如Greene & Wuts, eds., “Protecting Groups in Organic Synthesis,” 2nded. New York；John Wiley & Sons, Inc., 1991中所述。氮保护基的实例包括酰基和烷氧基羰基，例如叔丁氧基羰基(BOC)、苯氧基羰基和[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲基(SEM)。
3. 治疗方法
式I-IV的化合物，包括其多晶形物形式及其药学上可接受的盐，作为RET抑制剂的能力可以通过实施例8和9中所述测定来证明。
在一些实施方案中，本文提供的化合物表现出有效和选择性的RET抑制。例如，本文提供的化合物对野生型RET和由包括激活突变或RET激酶抑制剂抗性突变的RET基因编码的RET激酶表现出纳摩尔效力，该突变包括例如KIF5B-RET融合、G810R和G810S ATP裂前突变(cleft front mutation)、M918T激活突变以及V804M、V804L和V804E看门突变，其中对相关激酶的活性最低。
在一些实施方案中，本文提供的化合物表现出对由编码RET融合蛋白(例如本文所述任何RET融合蛋白，包括但不限于CCDC6-RET或KIF5B-RET)的RET基因编码的改变的RET融合蛋白的纳摩尔效力，所述RET基因包括RET激酶抑制剂抗性突变(例如，本文所述的任何RET突变，包括但不限于V804M、V804L或V804E)，使得改变的RET蛋白是由于RET激酶抑制剂抗性氨基酸取代或缺失的存在而表现出RET激酶抗性的RET融合蛋白。非限制性实例包括CCDC6-RET-V804M和KIF5B-RET-V804M。在一些实施方案中，本文提供的化合物表现出对由RET基因编码的改变的RET蛋白的纳摩尔效力，所述RET基因包括RET突变(例如本文所述的任何RET突变，包括但不限于C634W或M918T)并包括RET激酶抑制剂抗性突变(例如，本文所述的任何RET激酶抑制剂抗性突变，包括但不限于V804M、V804L或V804E)，使得改变的RET蛋白包括由RET突变(例如，RET原发性突变)导致的RET 取代并且改变的RET蛋白由于RET激酶抑制剂抗性氨基酸取代或缺失的存在而表现出RET激酶抗性。
在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式选择性地靶向RET激酶。例如，相对于另一种激酶或非激酶靶标，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式可以选择性地靶向RET激酶。
在一些实施方案中，相对于另一种激酶，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式对于RET激酶表现出至少30倍的选择性。例如，相对于另一种激酶，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式对于RET激酶表现出至少40倍的选择性；至少50倍的选择性；至少60倍的选择性；至少70倍的选择性；至少80倍的选择性；至少90倍的选择性；至少100倍的选择性；至少200倍的选择性；至少300倍的选择性；至少400倍的选择性；至少500倍的选择性；至少600倍的选择性；至少700倍的选择性；至少800倍的选择性；至少900倍的选择性；或至少1000倍的选择性。在一些实施方案中，在细胞测定(例如，本文提供的细胞测定)中测量相对于另一种激酶而言的对于RET激酶的选择性。
在一些实施方案中，相对于KDR激酶(例如，VEGFR2)，本文提供的化合物可表现出对RET激酶的选择性。在一些实施方案中，观察到相对于KDR激酶的对RET激酶的选择性而没有损失由包括激活突变或RET激酶抑制剂抗性突变(例如，看门突变体)的RET基因编码的对RET激酶的效力。在一些实施方案中，与KIF5B-RET的抑制相比，相对于KDR激酶的选择性为至少10倍(例如，至少40倍的选择性；至少50倍的选择性；至少60倍的选择性；至少70倍的选择性；至少80倍的选择性；至少90倍的选择性；至少100倍的选择性；至少150倍的选择性；至少200倍的选择性；至少250倍的选择性；至少300倍的选择性；至少350倍的选择性；或至少400倍的选择性) (例如，与KDR相比，该化合物对KIF5B-RET的效力更高)。在一些实施方案中，相对于KDR激酶，对RET激酶的选择性为约30倍。在一些实施方案中，相对于KDR激酶，对RET激酶的选择性为至少100倍。在一些实施方案中，相对于KDR激酶，对RET激酶的选择性为至少150倍。在一些实施方案中，相对于KDR激酶，对RET激酶的选择性为至少400倍。不受任何理论的束缚，有效的KDR激酶抑制被认为是靶向RET的多激酶抑制剂(MKI)的共同特征，并且可能是使用此类化合物观察到的剂量限制性毒性的来源。
在一些实施方案中，对V804M的抑制类似于对于野生型RET所观察到的抑制。例如，V804M的抑制在野生型RET的抑制的约2倍(例如，约5倍、约7倍、约10倍)之内(例如，所述化合物对野生型RET和V804M的效力相似)。在一些实施方案中，在酶测定(例如，本文提供的酶测定)中测量对野生型或V804M RET激酶相对于另一种激酶的选择性。在一些实施方案中，本文提供的化合物表现出对RET突变细胞的选择性细胞毒性。
在一些实施方案中，对G810S和/或G810R的抑制类似于对于野生型RET所观察到的抑制。例如，对G810S和/或G810R的抑制在野生型RET的抑制的约2倍(例如，约5倍、约7倍、约10倍)之内(例如，这些化合物对野生型RET和G810S和/或G810R的效力相似)。在一些实施方案中，在酶测定(例如，本文提供的酶测定)中测量对野生型或G810S和/或G810R RET激酶相对于另一种激酶的选择性。在一些实施方案中，本文提供的化合物表现出对RET突变细胞的选择性细胞毒性。
在一些实施方案中，本文提供的化合物表现出脑和/或中枢神经系统(CNS)渗透性。此类化合物能够穿过血脑屏障并抑制脑和/或其它CNS结构中的RET激酶。在一些实施方案中，本文提供的化合物能够以治疗有效量穿过血脑屏障。例如，对具有癌症(例如，与RET相关的癌症，例如与RET相关的脑或CNS癌症)的患者的治疗可以包括向患者施用(例如，口服施用)化合物。在一些此类实施方案中，本文提供的化合物可用于治疗原发性脑肿瘤或转移性脑肿瘤。例如，与RET相关的原发性脑肿瘤或转移性脑肿瘤。
在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式表现出高GI吸收、低清除率和低药物-药物相互作用潜力中的一种或多种。
式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式可用于治疗可用RET激酶抑制剂治疗的疾病和病症，例如与RET相关的疾病和病症，例如增殖性病症，例如癌症，包括血液系统癌症和实体瘤(例如晚期实体瘤和/或RET融合阳性实体瘤)和胃肠道病症如IBS。
在某些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式可用于预防本文定义的疾病和病症(例如，自身免疫性疾病、炎性疾病和癌症)。如本文所用，术语“预防”是指全部或部分地预防本文所述疾病或病况或其症状的发作、复发或扩散。
如本文所用，术语"与RET相关的疾病或病症"是指与RET基因、RET激酶(本文也称为RET激酶蛋白)或它们中的任何一种(例如，一种或多种)的表达或活性或水平的失调(例如，任何类型的RET基因、RET激酶、RET激酶结构域或本文所述它们中的任一种的表达或活性或水平的失调)相关或具有该失调的疾病或病症。与RET相关疾病或病症的非限制性实例包括，例如，癌症和胃肠道病症，例如肠易激综合征(IBS)。
如本文所用，术语“与RET相关的癌症”是指与RET基因、RET激酶(本文也称为RET激酶蛋白)或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调相关或具有该失调的癌症。本文描述了与RET相关的癌症的非限制性实例。
短语“RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，导致包括RET激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达的染色体易位，导致与野生型RET蛋白相比包括至少一个氨基酸的缺失的RET蛋白的表达的RET基因中的突变，导致与野生型RET蛋白相比具有一个或多个点突变的RET蛋白的表达的RET基因中的突变，导致与野生型RET蛋白相比具有至少一个插入氨基酸的RET蛋白的表达的RET基因中的突变，导致细胞中RET蛋白水平增加的基因重复，或导致细胞中RET蛋白水平增加的调节序列(例如启动子和/或增强子)中的突变)，导致与野生型RET蛋白相比，具有在RET蛋白中的至少一个氨基酸的缺失的RET蛋白的RET mRNA的交替剪接版本，或者由于异常细胞信号传导和/或自分泌/旁分泌信号传导失调引起的哺乳动物细胞中的野生型RET激酶的表达增加(例如，水平增加) (例如，与对照非癌细胞相比)。作为另一个实例，RET基因、RET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是编码与由不包含突变的RET基因编码的蛋白相比具有组成性活性或具有增加的活性的RET蛋白的RET基因中的突变。例如，RET基因、RET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可能是导致含有第一部分的RET(包括功能性激酶结构域)和第二部分的伴侣蛋白(即不是RET)的融合蛋白的表达的基因或染色体易位的结果。在一些实例中，RET基因、RET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是一个RET基因与另一个非RET基因的基因易位的结果。表1中描述了融合蛋白的非限制性实例。表2和2a中描述了RET激酶蛋白点突变/插入/缺失的非限制性实例。RET激酶蛋白突变(例如，点突变)的其它实例是RET抑制剂抗性突变。表3和表4中描述了RET抑制剂抗性突变的非限制性实例。
在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以由RET基因中的激活突变引起(参见，例如，表1中列出的导致任何融合蛋白的表达的染色体易位)。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可由基因突变引起，该基因突变导致例如与野生型RET激酶相比具有增加的对RET激酶抑制剂和/或多激酶抑制剂(MKI)的抑制的抗性的RET激酶的表达(参见，例如，表3和4中的氨基酸取代)。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以由编码改变的RET蛋白(例如，RET融合蛋白或具有突变(例如原发突变)的RET蛋白)的核酸中的突变引起，该突变导致例如与野生型RET激酶相比具有增加的对RET激酶抑制剂和/或多激酶抑制剂(MKI)的抑制的抗性的改变的RET蛋白的表达(参见，例如，表3和4中的氨基酸取代)。表2和2a中显示的示例性RET激酶点突变、插入和缺失可能是由激活突变引起的和/或可导致具有增加的对RET激酶抑制剂和/或多激酶抑制剂(MKI)的抑制的抗性的RET激酶的表达。
术语“激活突变”描述了RET激酶基因中的突变，该突变导致例如与野生型RET激酶相比，例如当在相同条件下测定时，具有增加的激酶活性的RET激酶的表达。例如，激活突变可以导致包含RET激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达。在另一个实例中，激活突变可以是导致例如与野生型RET激酶相比，例如当在相同条件下测定时，具有增加的激酶活性的具有一个或多个(例如，两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个)氨基酸取代(例如，本文描述的任何氨基酸取代的任何组合)的RET激酶的表达的RET激酶基因中的突变。在另一个实例中，激活突变可以是导致例如与野生型RET激酶相比，例如当在相同条件下测定时，具有一个或多个(例如，两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个)氨基酸缺失的RET激酶的表达的RET激酶基因中的突变。在另一个实例中，激活突变可以是导致与野生型RET激酶，例如本文所述示例性野生型RET激酶相比，例如当在相同条件下测定时，具有至少一个(例如，至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少12、至少14、至少16、至少18或至少20个)插入的氨基酸的RET激酶的表达的RET激酶基因中的突变。激活突变的其它实例是本领域已知的。
术语“野生型”或“野生-型”描述了在没有与RET相关的疾病，例如，与RET相关的癌症(并且任选地，也不具有增加的发展与RET相关的疾病的风险和/或不被怀疑具有与RET相关的疾病)的对象，或者在来自不具有与RET相关的疾病，例如，与RET相关的癌症(并且任选地，也不具有增加的发展与RET相关的疾病的风险和/或不被怀疑具有与RET相关的疾病)的对象的细胞或组织中发现的核酸(例如，RET基因或RET mRNA)或蛋白质(例如，RET蛋白)。
术语“管理机构”是指一个国家的批准该国家内的药剂的医疗用途的机构。例如，管理机构的非限制性实例是美国食品和药品管理局(FDA)。
本文提供一种在需要此类治疗的患者中治疗癌症(例如，与RET相关的癌症)的方法，该方法包括向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或其药物组合物。例如，本文提供在需要此类治疗的患者中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括 a) 检测来自患者的样品中的RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和b)施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括一种或多种融合蛋白。RET基因融合蛋白的非限制性实例描述于表1中。在一些实施方案中，融合蛋白为KIF5B-RET。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入。RET激酶蛋白点突变/插入/缺失的非限制性实例描述于表2和2a中。在一些实施方案中，RET激酶蛋白点突变/插入/缺失选自M918T、M918V、C634W、V804L、V804M、G810S和G810R。在一些实施方案中，RET激酶蛋白点突变/插入/缺失发生于RET融合蛋白(例如，描述于表1中的任何RET基因融合蛋白)。在一些实施方案中，式I-IV的化合物为多晶形物形式。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的多晶形物形式A。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式1。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式2。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式7。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式8。在一些实施方案中，化合物为式III的化合物的多晶形物形式A。在一些实施方案中，化合物为式IV的化合物的多晶形物形式A。在一些实施方案中，化合物为式IV的化合物的多晶形物形式B。
在一些实施方案中，式I-IV的化合物为药学上可接受的盐。在一些实施方案中，化合物为为式I的化合物的氯化物盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的溴化物盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的L-苹果酸盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的D-苹果酸盐。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的磷酸盐。在一些实施方案中，磷酸盐为倍半磷酸盐(例如，1.4：1, PO4：游离碱)。
在本文描述的任何方法或用途的一些实施方案中，癌症(例如，与RET相关的癌症)是血液学癌症。在本文描述的任何方法或用途的一些实施方案中，癌症(例如，与RET相关的癌症)是实体瘤(例如，晚期实体瘤和/或RET融合阳性实体瘤)。在本文描述的任何方法或用途的一些实施方案中，癌症(例如，与RET相关的癌症)是肺癌(例如，小细胞肺癌或非小细胞肺癌)、甲状腺癌(例如，乳头状甲状腺癌、甲状腺髓样癌(例如，散发性甲状腺髓样癌或遗传性甲状腺髓样癌)、分化型甲状腺癌、复发性甲状腺癌或难治性分化型甲状腺癌)、甲状腺腺瘤、内分泌腺肿瘤、肺腺癌、细支气管肺细胞癌、多发性内分泌肿瘤2A或2B型(分别为MEN2A或MEN2B)、嗜铬细胞瘤、甲状旁腺增生、乳腺癌、乳癌(mammary cancer)、乳癌(mammarycarcinoma)、乳腺肿瘤、结直肠癌(例如，转移性结直肠癌)、乳头状肾细胞癌、胃肠黏膜节细胞性神经瘤病、炎性肌纤维母细胞瘤或宫颈癌。在本文描述的任何方法或用途的一些实施方案中，癌症(例如，与RET相关的癌症)选自：急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓性白血病(AML)、青少年癌症、肾上腺皮质癌、肛门癌、阑尾癌、星形细胞瘤、非典型畸胎样/横纹肌样瘤、基底细胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、脑干神经胶质瘤、脑瘤、乳腺癌、支气管肿瘤、伯基特淋巴瘤、类癌瘤、原发性未知癌、心脏肿瘤、宫颈癌、儿童期癌症、脊索瘤、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、慢性髓性白血病(CML)、慢性骨髓增殖性肿瘤、按部位分布的肿瘤、肿瘤、结肠癌、结肠直肠癌、颅咽管瘤、皮肤T细胞淋巴瘤、皮肤血管肉瘤、胆管癌、原位导管癌、胚胎肿瘤、子宫内膜癌、室管膜瘤、食道癌、鼻腔神经胶质瘤、尤因肉瘤、颅外生殖细胞肿瘤、性腺外生殖细胞肿瘤、肝外胆管癌、眼癌、输卵管癌、骨纤维组织细胞瘤、胆囊癌、胃癌、胃肠道类癌瘤、胃肠道间质瘤(GIST)、生殖细胞瘤、妊娠滋养细胞疾病、神经胶质瘤、毛细胞瘤、毛细胞白血病、头颈癌、胸腔肿瘤、头颈肿瘤、CNS肿瘤、原发性CNS肿瘤、心脏癌、肝细胞癌、组织细胞增多病、霍奇金淋巴瘤、下咽癌、眼内黑色素瘤、胰岛细胞瘤、胰腺神经内分泌肿瘤、卡波济肉瘤、肾癌、朗格汉斯细胞组织细胞增生病、喉癌、白血病、嘴唇和口腔癌、肝癌、肺癌、淋巴瘤、巨球蛋白血症、骨恶性纤维组织细胞瘤、骨癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌、间皮瘤、转移性鳞状颈癌、中线束癌、口腔癌、多发性内分泌肿瘤综合征、多发性骨髓瘤、蕈样肉芽肿、骨髓增生异常综合征、骨髓增生异常/骨髓增生性肿瘤、按部位分布的肿瘤、肿瘤、髓性白血病、髓样白血病、多发性骨髓瘤、骨髓增生性肿瘤、鼻腔和鼻旁窦癌、鼻咽癌、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、肺肿瘤(lung neoplasm)、肺癌、肺肿瘤(pulmonaryneoplasm)、呼吸道肿瘤、支气管癌、支气管肿瘤、口癌、口腔癌、唇癌、口咽癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰腺癌、乳头状瘤病、副神经节瘤、鼻旁窦和鼻腔癌、甲状旁腺癌、阴茎癌、咽癌、嗜铬细胞瘤、垂体癌、浆细胞瘤、胸膜肺母细胞瘤、与妊娠相关的乳腺癌、原发性中枢神经系统淋巴瘤、原发性腹膜癌、前列腺癌、直肠癌、结肠癌、结肠肿瘤、肾细胞癌、视网膜母细胞瘤、横纹肌肉瘤、唾液腺癌、肉瘤、塞扎里综合征、皮肤癌、斯皮茨瘤、小细胞肺癌、小肠癌、软组织肉瘤、鳞状细胞癌、鳞状颈癌、胃癌、T细胞淋巴瘤、睾丸癌、喉癌、胸腺瘤和胸腺癌、甲状腺癌、肾盂和输尿管的移行细胞癌、未知原发性癌、尿道癌、子宫癌、子宫肉瘤、阴道癌、外阴癌和肾母细胞瘤。
在一些实施方案中，血液学癌症(例如，为与RET相关的癌症的血液学癌症)选自白血病、淋巴瘤(非霍奇金淋巴瘤)、霍奇金氏病(也称为霍奇金淋巴瘤)和骨髓瘤，例如急性淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓样白血病(AML)、急性早幼粒细胞性白血病(APL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、慢性髓样白血病(CML)、慢性粒-单核细胞白血病(CMML)、慢性中性粒细胞白血病(CNL)、急性未分化白血病(AUL)、间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、前淋巴细胞性白血病(PML)、青少年粒-单核细胞白血病(JMML)、成人T细胞ALL、具有三系骨髓增生异常的AML(AML/TMDS)、混合谱系白血病(MLL)、骨髓增生异常综合征(MDS)、骨髓增生异常病症(MPD)和多发性骨髓瘤(MM)。血液学癌症的其它实例包括骨髓增生异常病症(MPD)，例如真性红细胞增多症(PV)、原发性血小板减少症(ET)和特发性原发性骨髓纤维化(IMF/IPF/PMF)。在一个实施方案中，血液学癌症(例如，为与RET相关的癌症的血液学癌症)是AML或CMML。
在一些实施方案中，癌症(例如，与RET相关的癌症)是实体瘤。实体瘤(例如，为与RET相关的癌症的实体瘤)的实例包括，例如，甲状腺癌(例如，乳头状甲状腺癌、甲状腺髓样癌)、肺癌(例如，肺腺癌、小细胞肺癌)、胰腺癌、胰腺导管癌、乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、前列腺癌、肾细胞癌、头颈肿瘤、神经母细胞瘤和黑色素瘤。参见，例如，Nature ReviewsCancer, 2014, 14, 173-186。
在一些实施方案中，癌症选自肺癌、乳头状甲状腺癌、甲状腺髓样癌、分化型甲状腺癌、复发性甲状腺癌、难治性分化型甲状腺癌、多发性内分泌肿瘤2A或2B型(分别为MEN2A或MEN2B)、嗜铬细胞瘤、甲状旁腺增生、乳腺癌、结肠直肠癌、乳头状肾细胞癌、胃肠粘膜的节细胞性神经瘤病和宫颈癌。
在一些实施方案中，患者是人。
式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式也可以用于治疗与RET相关的癌症。
因此，本文还提供了一种用于治疗被诊断为或鉴定为具有与RET相关的癌症，例如本文公开的任何示例性的与RET相关的癌症的患者的方法，该方法包括向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或如本文定义的其药物组合物。
RET激酶、RET基因或它们中的任何一种(例如，一种或多种)的表达或活性或水平的失调可有助于肿瘤发生。例如，RET激酶、RET基因或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是RET激酶、RET基因或RET激酶结构域的易位、过表达、激活、扩增或突变。易位可以包括基因易位，其导致包括RET激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达。例如，与野生型RET蛋白相比，融合蛋白可以具有增加的激酶活性。在一些实施方案中，RET基因中的突变可涉及RET配体结合位点、细胞外结构域、激酶结构域以及涉及蛋白质：蛋白质相互作用和下游信号传导的区域中的突变。在一些实施方案中，RET基因中的突变(例如，激活突变)可以导致具有一个或多个(例如，两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个)氨基酸取代(例如，激酶结构域(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置723-1012)、看门(gatekeeper)氨基酸(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置804)、P-环(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置730-737)、DFG基序(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置892-894)、ATP裂解溶剂前沿氨基酸(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置758、811和892)、激活环(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置891-916)、C-螺旋和C-螺旋之前的环(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置768-788)和/或ATP结合位点(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置730-733、738、756、758、804、805、807、811、881和892)中的一个或多个氨基酸取代)的RET激酶的表达。在一些实施方案中，突变可以是RET基因的基因扩增。在一些实施方案中，RET基因中的突变(例如，激活突变)可导致与野生型RET蛋白相比缺少至少一个氨基酸(例如，至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少12、至少14、至少16、至少18、至少20、至少25、至少30、至少35、至少40、至少45或至少50个氨基酸)的RET激酶或RET受体的表达。在一些实施方案中，RET激酶的失调可以是由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导引起的哺乳动物细胞中的野生型RET激酶的表达增加(例如，水平增加)(例如，与对照非癌细胞相比)。在一些实施方案中，RET基因中的突变(例如，激活突变)可以导致与野生型RET蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸(例如，至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少12、至少14、至少16、至少18、至少20、至少25、至少30、至少35、至少40、至少45或至少50个氨基酸)的RET激酶或RET受体的表达。在一些实施方案中，RET激酶的失调可以是例如由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导引起的哺乳动物细胞中的野生型RET激酶的表达增加(例如，水平增加)(例如，与对照非癌细胞相比)。其它失调可包括RET mRNA剪接变体。在一些实施方案中，野生型RET蛋白是本文所述的示例性野生型RET蛋白。
在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括野生型RET激酶的过表达(例如，导致自分泌激活)。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括在包含RET基因的染色体区段或其部分，包括例如激酶结构域部分或能够表现出激酶活性的部分中的过表达、激活、扩增或突变。
在一些实施方案中，RET基因、RET激酶蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括导致RET基因融合的一种或多种染色体易位或倒位。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调是基因易位的结果，其中表达的蛋白是含有来自非RET伴侣蛋白的残基并包含最少的功能性RET激酶结构域的融合蛋白。
RET 融合蛋白的非限制性实例显示于表1中。
表1. 示例性RET 融合伴侣和癌症
融合伴侣 非限制性示例性与RET相关的癌症
BCR 慢性粒-单核细胞白血病(CMML)
CLIP1 腺癌
KIF5B NSCLC、卵巢癌、Spitzoid肿瘤；肺腺癌<sup>3, 4, 14, 28</sup>；腺鳞癌<sup>15</sup>
CCDC6 (也称为PTC1、D10S170或H4) NSCLC, 结肠癌, 乳头状甲状腺癌；腺癌；肺腺癌；转移性结肠直肠癌<sup>5</sup>；腺鳞癌<sup>15</sup>、乳腺癌<sup>30</sup>
PTC1ex9 (一种新型CCDC6重排) 转移性乳头状甲状腺癌<sup>2</sup>
NCOA4 (也称为PTC3、ELE1和RFG) 乳头状甲状腺癌<sup>21</sup>、NSCLC、结肠癌、唾液腺癌、转移性结肠直肠癌<sup>5</sup>；肺腺癌<sup>15</sup>；腺鳞癌<sup>15 </sup>乳头状甲状腺癌的弥漫性致硬化变体<sup>16</sup>、乳腺癌<sup>30</sup>、腺泡细胞癌<sup>32</sup>、乳腺样分泌型癌<sup>33</sup>
TRIM33 (也称为PTC7、RFG7和TIF1G) NSCLC、乳头状甲状腺癌、肺腺癌<sup>46</sup>、各种<sup>22</sup>
ERC1 (也称为ELKS和RAB61P2) 乳头状甲状腺癌、乳腺癌
FGFR1OP CMML、具有继发性急性髓样白血病的原发性骨髓纤维化
MBD1(也称为PCM1) 乳头状甲状腺癌
PRKAR1A (也称为PTC2) 乳头状甲状腺癌
TRIM24 (也称为PTC6) 乳头状甲状腺癌
KTN1 (也称为 PTC8 ) 乳头状甲状腺癌
GOLGA5 (也称为PTC5) 乳头状甲状腺癌、Spitzoid肿瘤
HOOK3 乳头状甲状腺癌
KIAA1468 (也称为PTC9和RFG9) 乳头状甲状腺癌、肺腺癌<sup>8, 12</sup>
TRIM27 (也称为RFP) 乳头状甲状腺癌
AKAP13 乳头状甲状腺癌
FKBP15 乳头状甲状腺癌、急性髓样白血病<sup>46</sup>
SPECC1L 乳头状甲状腺癌；甲状腺癌
TBL1XR1 乳头状甲状腺癌；甲状腺癌
CEP55 弥漫性胃癌<sup>7</sup>
CUX1 肺腺癌
ACBD5 乳头状甲状腺癌
MYH13 甲状腺髓样癌<sup>1</sup>
未表征的 炎症性肌纤维母细胞瘤<sup>6</sup>
PIBF1 细支气管肺细胞癌<sup>9</sup>
KIAA1217 (也称为SKT) 乳头状甲状腺癌<sup>10,13</sup>、肺腺癌<sup>14</sup>、NSCLC<sup>14</sup>
MPRIP NSCLC<sup>11</sup>
HRH4-RET 甲状腺癌和/或乳头状甲状腺癌<sup>17</sup>
Ria-RET 甲状腺癌和/或乳头状甲状腺癌<sup>17</sup>
RFG8 乳头状甲状腺癌<sup>18</sup>
FOXP4 肺腺癌<sup>19</sup>
MYH10 婴儿肌纤维瘤病<sup>20</sup>
HTIF1 各种<sup>22</sup>
H4L 各种<sup>22</sup>
PTC4 (一种新型NCO4/ELE1重排) 乳头状甲状腺癌<sup>23</sup>
FRMD4A NSCLC<sup>24</sup>
SQSTM1 乳头状甲状腺癌<sup>25</sup>
AFAP1L2 乳头状甲状腺癌<sup>25</sup>
AFAP1 NSCLC<sup>31</sup>
PPFIBP2 乳头状甲状腺癌<sup>25</sup>
EML4 NSCLC
PARD3 NSCLC<sup>27</sup>
RASGEF1A 乳腺癌<sup>30</sup>
TEL (也称为ETV6) <i>体外</i><sup>34</sup>分泌性癌<sup>51</sup>
RUFY1 结肠直肠癌<sup>35</sup>
OLFM4 小肠癌<sup>36</sup>
UEVLD 乳头状甲状腺癌<sup>29</sup>
DLG5 非间变性甲状腺(NAT)癌<sup>37</sup>
RRBP1 结肠癌<sup>38</sup>
ANK3 乳头状甲状腺癌<sup>39</sup>
PICALM NSCLC<sup>40</sup>
MYO5C NSCLC<sup>41</sup>
EPHA5 NSCLC<sup>40</sup>
RUFY2 肺癌<sup>42</sup>
KIF13A 肺腺癌<sup>43</sup>、NSCLC<sup>45</sup>
TNIP1 结肠直肠癌<sup>44</sup>
SNRNP70 结肠直肠癌<sup>44</sup>
MRLN 甲状腺癌<sup>46</sup>
LMNA Spitzoid黑色素瘤<sup>47</sup>
RUFY3 乳头状甲状腺癌
TFG
MYO5A Reed氏色素性梭形细胞痣(PSCN)<sup>48</sup>
ADD3 肺腺癌<sup>49</sup>
JMJD1C NSCLC<sup>50</sup>
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在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括RET激酶中的一个或多个缺失(例如，位置4的氨基酸的缺失)、插入或点突变。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括从RET激酶中缺失一个或多个残基，导致RET激酶结构域的组成性活性。
在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括导致与野生型RET激酶相比具有一个或多个氨基酸取代、插入或缺失的RET激酶的产生的RET基因中的至少一个点突变(参见，例如，表2中列出的点突变)。
表2. RET激酶蛋白氨基酸取代/插入/缺失A
氨基酸位置2
氨基酸位置3
氨基酸位置4
氨基酸位置5
氨基酸位置6
氨基酸位置7
氨基酸位置8
氨基酸位置11
氨基酸位置12
氨基酸位置13
氨基酸位置20
氨基酸位置32 (例如，S32L)
氨基酸位置34 (例如，D34S)
氨基酸位置40 (例如，L40P)
氨基酸位置45 (例如，A45A)<sup>39</sup>
氨基酸位置56 (例如，L56M)<sup>30</sup>
氨基酸位置64 (例如，P64L)
氨基酸位置67 (例如，R67H)
氨基酸位置77 (例如，R77C)<sup>65</sup>
氨基酸位置114 (例如，R114H)
氨基酸位置136 (例如，谷氨酸至终止密码子)
氨基酸位置145 (例如，V145G)
氨基酸位置177(例如，R177L)<sup>67</sup>
氨基酸位置180 (例如，精氨酸至终止密码子)
氨基酸位置200
氨基酸位置270 (例如，P270L)<sup>65</sup>
氨基酸位置278 (例如，T278N)<sup>57</sup>
氨基酸位置292 (例如，V292M)
氨基酸位置294
氨基酸位置321 (例如，G321R)
氨基酸位置330 (例如，R330Q)
氨基酸位置338 (例如，T338I)
氨基酸位置360 (例如，R360W)
氨基酸位置373 (例如，丙氨酸至移码)
Δ 氨基酸位置378 – 385，具有一个氨基酸插入 (例如，D378 – G385>E)
氨基酸位置393 (例如，F393L)
氨基酸位置423 (例如，G423R)<sup>27</sup>
氨基酸位置428 (例如，E428K)<sup>57</sup>
氨基酸位置432 (例如，A432A<sup>39</sup>)
氨基酸位置446 (例如，G446R)<sup>28</sup>
Δ 氨基酸位置505-506 (外显子7中的6-碱基对框内种系缺失)<sup>3</sup>
氨基酸位置510 (例如，A510V)
氨基酸位置511 (例如，E511K)
氨基酸位置513 (例如，G513D)<sup>7*</sup>
氨基酸位置515 (例如，C515S、C515W<sup>4</sup>)
氨基酸位置525 (例如，R525W)<sup>7*</sup>
氨基酸位置531 (例如，C531R，或9碱基对重复<sup>2</sup>)
氨基酸位置532 (例如，重复)<sup>2</sup>
氨基酸位置533 (例如，G533C、G533S)
氨基酸位置534 (例如，L534L)<sup>6</sup>
氨基酸位置550 (例如，G550E)
氨基酸位置591 (例如，V591I)
氨基酸位置593 (例如，G593E)
氨基酸位置595 (例如，E595D和E595A)<sup>18</sup>
氨基酸位置600 (例如，R600Q)
氨基酸位置602 (例如，I602V)<sup>6</sup>
氨基酸位置603 (例如，K603Q、K603E<sup>2</sup>)
氨基酸位置606 (例如，Y606C)
氨基酸位置609 (例如，C609Y、C609S、C609G、C609R、C609F、C609W、C609C<sup>32</sup>)
氨基酸位置611 (例如，C611R、C611S、C611G、C611Y、C611F、C611W)
氨基酸位置616 (例如，E616Q)<sup>23</sup>
Δ 氨基酸位置616<sup>64</sup>
氨基酸位置618 (例如，C618S、C618Y、C618R、C618G、C618F、C618W、终止<sup>56</sup>)
氨基酸位置619 (例如，F619F)
氨基酸位置620 (例如，C620S、C620W、C620R、C620G、C620L、C620Y、C620F、C620A<sup>47</sup>)
Δ 氨基酸位置612-620<sup>74</sup>
氨基酸位置622 (例如，P622L)<sup>68</sup>
氨基酸位置623 (例如，E623K)
氨基酸位置624 (例如，D624N)
氨基酸位置628 (例如，P628N)<sup>73</sup>
氨基酸位置629-631 (例如，L629-D631delinsH)<sup>80</sup>
氨基酸位置630 (例如，C630A、C630R、C630S、C630Y、C630F、C630W)
Δ 氨基酸位置630<sup>56</sup>
氨基酸位置631 (例如，D631N、D631Y、D631A、D631G、D631V、D631E)
Δ 氨基酸位置631<sup>69</sup>
氨基酸位置631-633>V (即，残基631-633被单个缬氨酸残基代替)
氨基酸位置631-633>A (即，残基631-633被单个丙氨酸残基代替)
氨基酸位置631-633>E (即，残基631-633被单个谷氨酸残基代替)
Δ 氨基酸位置631-633 (例如，D631 – L633)
Δ 氨基酸位置631-634 (例如，D631-C634)
氨基酸位置632 (例如，E632K、E632G<sup>5, 11</sup>、E632V<sup>62</sup>、632至移码<sup>47</sup>)
氨基酸位置632-633&gt;V (即，残基632和633被单个缬氨酸残基代替)<sup>74</sup>
Δ 氨基酸位置632-633 (例如，在任一体细胞中的E632 – L633，或外显子11中的6-碱基对框内种系缺失<sup>9</sup>)
氨基酸位置632-639>HR (即，残基632-639被两个残基——组氨酸和精氨酸代替)
氨基酸位置633 (例如，L633R<sup>62</sup>、9碱基对重复<sup>2</sup>、L633delinsLCR<sup>71</sup>)
氨基酸位置634 (例如，C634W、C634Y、C634S、C634R、C634F、C634G、C634L、C634A或C634T、9碱基对缺失<sup>62</sup>、9碱基对重复<sup>56</sup>或12碱基对重复<sup>2</sup>) (例如，导致MTC)
Δ 氨基酸位置634<sup>56</sup>
氨基酸位置632/633/634 (E632V/L633R/634 9碱基对缺失)<sup>62</sup>
氨基酸位置635 (例如，R635G或插入ELCR<sup>2</sup>)
氨基酸位置636 (例如，T636P<sup>2</sup>、T636M<sup>4</sup>)
氨基酸位置636-637 (例如，T636-V637insCRT)<sup>80</sup>
氨基酸位置638 (例如，异亮氨酸至移码<sup>47</sup>)
氨基酸位置640 (例如，A640G)
氨基酸位置634/640 (例如，C634R/A640G)<sup>56</sup>
氨基酸位置641 (例如，A641S、A641T<sup>8</sup>)
氨基酸位置634/641 (例如，C634S/A641S)<sup>56</sup>
氨基酸位置639/641 (例如，A639G/A641R)<sup>56</sup>
氨基酸位置644 (例如，T644M)<sup>59</sup>
氨基酸位置648 (例如，V648I)
氨基酸位置634/648 (例如，C634R/V648I)<sup>77</sup>
氨基酸位置649 (例如，S649L)<sup>28</sup>
氨基酸位置661 (例如，H661H)<sup>6</sup>
氨基酸位置664 (例如，A664D)
氨基酸位置665 (例如，H665Q)
氨基酸位置666 (例如，K666E、K666M、K666N、K666R)
氨基酸位置675 (T675T、沉默核苷酸变化)<sup>18</sup>
氨基酸位置679 (例如，P679P)<sup>6</sup>
氨基酸位置680 (例如，A680T、丙氨酸至移码)<sup>6</sup>
氨基酸位置686 (例如，S686N)
氨基酸位置689 (例如，S689T)<sup>18</sup>
氨基酸位置691 (例如，G691S)
氨基酸位置694 (例如，R694Q)
氨基酸位置700 (例如，M700L)
氨基酸位置706 (例如，V706M、V706A)
氨基酸位置713剪接变体(例如，E713K (例如，剪接变体))<sup>6</sup>
氨基酸位置714 (例如，D714Y)<sup>57</sup>
氨基酸位置727 (例如，G727E)<sup>6</sup>
氨基酸位置732 (例如，E732K)<sup>20</sup>
氨基酸位置734 (例如，E734K)<sup>48</sup>
氨基酸位置736 (例如，G736R)<sup>6</sup>
氨基酸位置738 (例如，V738V)<sup>6</sup>
氨基酸位置742 (例如，T742M)<sup>51</sup>
氨基酸位置748 (例如，G748C)
氨基酸位置749 (例如，R749T<sup>36</sup>)
氨基酸位置750 (例如，A750P、A750G<sup>6</sup>)
氨基酸位置752 (例如，Y752Y)<sup>6</sup>
氨基酸位置751 (例如，G751G)<sup>6</sup>
氨基酸位置762 (例如，E762Q<sup>36</sup>)
氨基酸位置765 (例如，S765P、S765F)
氨基酸位置766 (例如，P766S、P766M<sup>6</sup>)
氨基酸位置768 (例如，E768Q、E768D、E768N<sup>46</sup>、E768G<sup>72</sup>)
氨基酸位置769 (例如，L769L<sup>6</sup>)
氨基酸位置770 (例如，R770Q)
氨基酸位置771 (例如，D771N)
氨基酸位置777 (例如，N777S)
氨基酸位置778 (例如，V778I)
氨基酸位置781 (例如，Q781R)
氨基酸位置788 (例如，I788I<sup>32</sup>、I788N<sup>78</sup>)
氨基酸位置790 (例如，L790F)
氨基酸位置768/790 (例如，E768D/L790T)<sup>40</sup>
氨基酸位置791 (例如，Y791F、Y791N<sup>24</sup>)
氨基酸位置634/791 (例如，C634Y/Y791F)<sup>55</sup>
氨基酸位置790/791 (例如，L790F/Y791F)<sup>55</sup>
氨基酸位置802
氨基酸位置804 (例如，V804L<sup>15, 16</sup>、V804M<sup>15, 16</sup>、V804E<sup>12</sup>) (例如，导致MTC)
氨基酸位置778/804<sup>50</sup> (例如，V778I/V804M<sup>54</sup>)
氨基酸位置781/804 (例如，Q781R/V804M)<sup>41</sup>
氨基酸位置805 (例如，E805K)
氨基酸位置804/805 (例如，V804M/E805K)<sup>17</sup>
氨基酸位置806 (例如，Y806F、Y806S<sup>12</sup>、Y806G、Y806C<sup>2, 12, 14</sup>、Y806E<sup>14</sup>、Y806H<sup>12</sup>、Y806N<sup>12</sup><u><sup>, </sup></u>Y806Y<sup>32</sup>)
氨基酸位置804/806 (例如，V804M/Y806C)<sup>38</sup>
氨基酸位置810 (例如，G810R<sup>12</sup>、G810S<sup>12</sup>、G810A<sup>13</sup>、G810C、G810V和G810D)
氨基酸位置818 (例如，E818K)
氨基酸位置819 (例如，S819I)
氨基酸位置820 (例如，R820L)<sup>57</sup>
氨基酸位置823 (例如，G823E)
氨基酸位置826 (例如，Y826M、Y826S)<sup>10</sup>
氨基酸位置828 (例如，G828R)<sup>57</sup>
氨基酸位置833 (例如，R833C)
氨基酸位置836 (例如，S836S)<sup>19</sup>
氨基酸位置841 (例如，P841L、P841P)
氨基酸位置843 (例如，E843D)
氨基酸位置844 (例如，R844W、R844Q、R844L)
氨基酸位置804/844 (例如，V804M/R844L)<sup>76</sup>
氨基酸位置845 (例如，A845A)<sup>63</sup>
氨基酸位置848 (例如，M848T)
氨基酸位置852 (例如，I852M)
氨基酸位置853 (例如，S853T)<sup>57</sup>
氨基酸位置865 (例如，L865V)<sup>12</sup>
氨基酸位置866 (例如，A866W)<sup>33</sup>
氨基酸位置867 (例如，E867K)<sup>37</sup>
氨基酸位置870 (例如，L870F)<sup>12</sup>
氨基酸位置873 (例如，R873W、R873Q<sup>42</sup>)
氨基酸位置876 (例如，A876V)
氨基酸位置881 (例如，L881V)
氨基酸位置882
氨基酸位置883 (例如，A883F、A883S、A883T、A883Y<sup>53</sup>、A883V)
氨基酸位置884 (例如，E884K、E884V<sup>35</sup>)
氨基酸位置886 (例如，R886W)
氨基酸位置891 (例如，S891A、S891S<sup>32</sup>、S891L<sup>35</sup>)
氨基酸位置893 (例如，F893L)<sup>42</sup>
氨基酸位置894 (例如，G894S)<sup>43</sup>
氨基酸位置897 (例如，R897Q、R897P)
氨基酸位置898 (例如，D898V、D898Y<sup>66</sup>)
Δ 氨基酸位置898
Δ 氨基酸位置898-902<sup>58</sup>
Δ 氨基酸位置899-902<sup>47</sup>
Δ 氨基酸位置898-901<sup>47</sup>
Δ 氨基酸位置632-633/Δ 氨基酸位置898-901<sup>47</sup>
氨基酸位置900 (例如，Y900F)<sup>22</sup>
氨基酸位置901 (例如，E901K)
氨基酸位置904 (例如，S904F、S904S、S904C<sup>2</sup>、S904T<sup>57</sup>)
氨基酸位置691/904 (例如，G691S/S904S)<sup>49</sup>
氨基酸位置804/904 (例如，V804M/S904C)<sup>38</sup>
氨基酸位置905 (例如，Y905F)<sup>22</sup>
氨基酸位置907 (例如，K907E、K907M)
氨基酸位置908 (例如，R908K)
氨基酸位置911 (例如，G911D、G911G (例如，剪接变体)<sup>6</sup>)
氨基酸位置912 (例如，R912P、R912Q)
氨基酸位置918 (例如，M918T<sup>2</sup>、M918V、M918L<sup>6</sup>) (例如，导致MTC)
氨基酸位置591/918 (例如，V591I/M918T)<sup>61</sup>
氨基酸位置620/918 (例如，C620F/M918T)<sup>47</sup>
氨基酸位置891/918 (例如，S891A/M918T)<sup>47</sup>
Δ 氨基酸位置898-901/M918T<sup>47</sup>
氨基酸位置919 (例如，A919V、A919P<sup>52</sup>)
氨基酸位置768/919<sup>54</sup>
氨基酸位置921 (例如，E921K、E921D)
氨基酸位置911/918/921 (例如，G911E/M918T/E921K)<sup>61</sup>
氨基酸位置922 (例如，S922P、S922Y)
氨基酸位置924 (例如，F924S)<sup>6</sup>
氨基酸位置930 (例如，T930M)
氨基酸位置961 (例如，F961L)
氨基酸位置972 (例如，R972G)
氨基酸位置973 (例如，P973T)<sup>57</sup>
氨基酸位置977 (例如，S977R)<sup>37</sup>
氨基酸位置981 (例如，Y981F)<sup>22</sup>
氨基酸位置982 (例如，R982C)<sup>70</sup>
氨基酸位置634/691/982 (例如，C634R/G691S/R982C)<sup>45</sup>
氨基酸位置292/67/982 (例如，V292M/ R67H/R982C)<sup>75</sup>
氨基酸位置634/292/67/982 (例如，C634R/ V292M/ R67H/R982C)<sup>75</sup>
氨基酸位置1009 (例如，M1009V)
氨基酸位置1015 (例如，Y1015F)<sup>22</sup>
氨基酸位置1017 (例如，D1017N)
氨基酸位置1024 (例如，S1024F)<sup>79</sup>
氨基酸位置1041 (例如，V1041G)
氨基酸位置1047 (例如，P1047S)<sup>65</sup>
氨基酸位置1051 (例如，A1051T)<sup>57</sup>
Δ 氨基酸位置1059<sup>57</sup>
氨基酸位置1064 (例如，M1064T)
氨基酸位置1096 (例如，Y1096F)<sup>21</sup>
氨基酸位置1105 (例如，A1105V)<sup>57</sup>
氨基酸位置1109 (例如，M1109T)<sup>34</sup>
RET+3<sup>1</sup>
(外显子6和11的框内缺失)<sup>25</sup>
(外显子15中的3bp框内缺失)<sup>26</sup>
核苷酸位置2136+2 (例如，2136+2T&gt;G)<sup>29</sup>
(del632-636 ins6)<sup>31</sup>
氨基酸位置791和852 (例如，Y791F + I852M)<sup>31</sup>
氨基酸位置634和852 (例如，C634R + I852M)<sup>31</sup>
c.1893_1895del<sup>44</sup>
A 显示的RET激酶突变可以为激活突变和/或赋予RET激酶对RET激酶抑制剂和/或多激酶抑制剂(MKI)增加的抗性(例如，与野生型RET激酶相比)。
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在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括导致与野生型RET激酶相比具有一个或多个氨基酸取代、插入或缺失的RET激酶的产生的RET基因中的至少一个点突变(参见，例如，表2a中列出的点突变)。
表2a RET激酶蛋白氨基酸取代/插入/缺失A
氨基酸位置20
氨基酸位置32 (例如，S32L)
氨基酸位置34 (例如，D34S)
氨基酸位置40 (例如，L40P)
氨基酸位置64 (例如，P64L)
氨基酸位置67 (例如，R67H)
氨基酸位置114 (例如，R114H)
氨基酸位置145 (例如，V145G)
氨基酸位置200
氨基酸位置292 (例如，V292M)
氨基酸位置294
氨基酸位置321 (例如，G321R)
氨基酸位置330 (例如，R330Q)
氨基酸位置338 (例如，T338I)
氨基酸位置360 (例如，R360W)
氨基酸位置393 (例如，F393L)
氨基酸位置432
Δ 氨基酸残基505-506 (外显子7中的6-碱基对框内种系缺失)
氨基酸位置510 (例如，A510V)
氨基酸位置511 (例如，E511K)
氨基酸位置513 (例如，G513D)
氨基酸位置515 (例如，C515S、C515W<sup>4</sup>)
氨基酸位置525 (例如，R525W)
氨基酸位置531 (例如，C531R或9碱基对重复)
氨基酸位置532 (例如，重复)
氨基酸位置533 (例如，G533C、G533S)
氨基酸位置550 (例如，G550E)
氨基酸位置591 (例如，V591I)
氨基酸位置593 (例如，G593E)
氨基酸位置595 (例如，E595D和E595A)
氨基酸位置600 (例如，R600Q)
氨基酸位置602 (例如，I602V)
氨基酸位置603 (例如，K603Q、K603E)
氨基酸位置606 (例如，Y606C)
氨基酸位置609 (例如，C609Y、C609S、C609G、C609R、C609F、C609W)
氨基酸位置611 (例如，C611R、C611S、C611G、C611Y、C611F、C611W)
氨基酸位置616 (例如，E616Q)
氨基酸位置618 (例如，C618S、C618Y、C618R、C618G、C618F、C618W)
氨基酸位置620 (例如，C620S、C620W、C620R、C620G、C620L、C620Y、C620F)
氨基酸位置623 (例如，E623K)
氨基酸位置624 (例如，D624N)
氨基酸位置630 (例如，C630A、C630R、C630S、C630Y、C630F、C630W)
氨基酸位置631 (例如，D631N、D631Y、D631A、D631G、D631V、D631E、)
氨基酸位置632 (例如，E632K、E632G)
Δ 氨基酸残基632-633 (外显子11中的6-碱基对框内种系缺失)
氨基酸位置633 (例如，9碱基对重复)
氨基酸位置634 (例如，C634W、C634Y、C634S、C634R、C634F、C634G、C634L、C634A或C634T或插入ELCR或12碱基对重复) (例如，导致MTC)
氨基酸位置635 (例如，R635G)
氨基酸位置636 (例如，T636P、T636M)
氨基酸位置640 (例如，A640G)
氨基酸位置641 (例如，A641S、A641T)
氨基酸位置648 (例如，V648I)
氨基酸位置649 (例如，S649L)
氨基酸位置664 (例如，A664D)
氨基酸位置665 (例如，H665Q)
氨基酸位置666 (例如，K666E、K666M、K666N、K666R)
氨基酸位置686 (例如，S686N)
氨基酸位置689 (例如，S689T)
氨基酸位置691 (例如，G691S)
氨基酸位置694 (例如，R694Q)
氨基酸位置700 (例如，M700L)
氨基酸位置706 (例如，V706M、V706A)
氨基酸位置713剪接变体(例如，E713K)
氨基酸位置732 (例如，E732K)
氨基酸位置736 (例如，G736R)
氨基酸位置748 (例如，G748C)
氨基酸位置750 (例如，A750P)
氨基酸位置765 (例如，S765P)
氨基酸位置766 (例如，P766S、P766M)
氨基酸位置768 (例如，E768Q、E768D)
氨基酸位置769 (例如，L769L)
氨基酸位置770 (例如，R770Q)
氨基酸位置771 (例如，D771N)
氨基酸位置777 (例如，N777S)
氨基酸位置778 (例如，V778I)
氨基酸位置781 (例如，Q781R)
氨基酸位置790 (例如，L790F)
氨基酸位置791 (例如，Y791F、Y791N)
氨基酸位置802
氨基酸位置804 (例如，V804L、V804M、V804E) (例如，导致MTC)
氨基酸位置805 (例如，E805K)
氨基酸位置804/805 (例如，V804M/E805K)
氨基酸位置806 (例如，Y806F、Y806S、Y806G、Y806C、Y806E、Y806H、Y806N)
氨基酸位置810 (例如，G810R、G810S、G810A、G810C、G810V和G810D)
氨基酸位置818 (例如，E818K)
氨基酸位置819 (例如，S819I)
氨基酸位置823 (例如，G823E)
氨基酸位置826 (例如，Y826M、Y826S)
氨基酸位置833 (例如，R833C)
氨基酸位置836 (例如，S836S)
氨基酸位置841 (例如，P841L、P841P)
氨基酸位置843 (例如，E843D)
氨基酸位置844 (例如，R844W、R844Q、R844L)
氨基酸位置848 (例如，M848T)
氨基酸位置852 (例如，I852M)
氨基酸位置865 (例如，L865V)
氨基酸位置870 (例如，L870F)
氨基酸位置873 (例如，R873W)
氨基酸位置876 (例如，A876V)
氨基酸位置881 (例如，L881V)
氨基酸位置882
氨基酸位置883 (例如，A883F、A883S、A883T)
氨基酸位置884 (例如，E884K)
氨基酸位置886 (例如，R886W)
氨基酸位置891 (例如，S891A)
氨基酸位置897 (例如，R897Q)
氨基酸位置898 (例如，D898V)
氨基酸位置900 (例如，Y900F)
氨基酸位置901 (例如，E901K)
氨基酸位置904 (例如，S904F、S904S、S904C)
氨基酸位置907 (例如，K907E、K907M)
氨基酸位置908 (例如，R908K)
氨基酸位置911 (例如，G911D)
氨基酸位置912 (例如，R912P、R912Q)
氨基酸位置918 (例如，M918T、M918V、M918L) (例如，导致MTC)
氨基酸位置919 (例如，A919V)
氨基酸位置921 (例如，E921K)
氨基酸位置922 (例如，S922P、S922Y)
氨基酸位置930 (例如，T930M)
氨基酸位置961 (例如，F961L)
氨基酸位置972 (例如，R972G)
氨基酸位置982 (例如，R982C)
氨基酸位置1009 (例如，M1009V)
氨基酸位置1015 (例如，Y1015F)
氨基酸位置1017 (例如，D1017N)
氨基酸位置1041 (例如，V1041G)
氨基酸位置1064 (例如，M1064T)
氨基酸位置1096 (例如，Y1096F)
RET+3
(外显子6和11中的框内缺失)
(外显子15中的3bp框内缺失)
A上面显示的RET激酶突变可以为激活突变和/或可以赋予RET激酶对RET激酶抑制剂和/或多激酶抑制剂(MKI)增加的抗性(例如，与野生型RET激酶相比)。
在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括RET mRNA中的剪接变异，其导致为导致RET激酶结构域的组成性活性的具有至少一个缺失的残基(与野生型RET激酶相比)的RET的替代性剪接变体的表达的蛋白质。
如本文所定义的“RET激酶抑制剂”包括表现出RET抑制活性的任何化合物。在一些实施方案中，RET激酶抑制剂对RET激酶具有选择性。示例性的RET激酶抑制剂可表现出在本文所述测定中测得的小于约1000 nM、小于约500 nM、小于约200 nM、小于约100 nM、小于约50 nM、小于约25 nM、小于约10 nM或小于约1 nM的对RET激酶的抑制活性(IC50)。在一些实施方案中，RET激酶抑制剂可以表现出在本文所提供的测定中测得的小于约25 nM、小于约10 nM、小于约5 nM或小于约1 nM的对RET激酶的抑制活性(IC50)。
如本文所用，“第一RET激酶抑制剂”或“第一RET抑制剂” 是如本文所定义的RET激酶抑制剂，但其不包括如本文所定义的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。如本文所用，“第二RET激酶抑制剂”或“第二RET抑制剂”是如本文所定义的RET激酶抑制剂，但其不包括如本文所定义的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。当本文提供的方法中同时存在第一和第二RET抑制剂时，第一和第二RET激酶抑制剂是不同的。
在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括导致具有导致与野生型RET激酶相比具有一个或多个插入或去除的氨基酸的RET激酶的产生的RET基因中的一个或多个氨基酸取代或插入或缺失的RET激酶的产生的RET基因中的至少一个点突变。在一些情况下，与野生型RET激酶或不包括相同突变的RET激酶相比，所得的RET激酶对一种或多种第一RET激酶抑制剂对其磷酸转移酶活性的抑制更有抗性。此类突变任选地不会降低具有RET激酶的癌细胞或肿瘤对采用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗的敏感性(例如，与不包含特定RET抑制剂抗性突变的癌细胞或肿瘤相比)。在这样的实施方案中，当存在第一RET激酶抑制剂时，与在相同的第一RET激酶抑制剂存在下的野生型RET激酶或不具有相同突变的RET激酶相比，RET抑制剂抗性突变可以导致具有增加的Vmax、对于ATP而言的降低的Km 和对于第一RET激酶抑制剂而言的增加的KD中的一种或多种的RET激酶。
在其它实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括导致与野生型RET激酶相比具有一个或多个氨基酸取代，并且与野生型RET激酶或不包括相同突变的RET激酶相比对式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式具有增加的抗性的RET激酶的产生的RET基因中的至少一个点突变。在此类实施方案中，RET抑制剂抗性突变可以导致与在相同的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的存在下的野生型RET激酶或不具有相同突变的RET激酶相比在式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的存在下具有增加的Vmax、降低的Km和降低的KD中的一种或多种的RET激酶。
RET抑制剂抗性突变的实例可以，例如，包括RET激酶三级结构中的ATP结合位点中及其附近的点突变、插入或缺失(例如，野生型RET激酶，例如，本文描述的示例性野生型RET激酶中的氨基酸位置730-733、738、756、758、804、805、807、810、811、881和892)，包括但不限于看门残基(例如，野生型RET激酶中的氨基酸位置804)、P-环残基(例如，野生型RET激酶中的氨基酸位置730-737)、DFG基序中或附近的残基(例如，野生型RET激酶中的氨基酸位置888-898)和ATP裂解溶剂前沿氨基酸残基(例如，野生型RET激酶的氨基酸位置758、811和892)。这些类型的突变的其它实例包括可能影响酶活性和/或药物结合的残基变化，包括但不限于激活环中的残基(例如，野生型RET激酶中的氨基酸位置891-916)，激活环附近的残基或与激活环相互作用的残基，导致活性或非活性酶构象的残基，在C螺旋之前和C螺旋中的环中的变化(包括突变、缺失和插入)(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置768-788)。在一些实施方案中，野生型RET蛋白是本文所述示例性野生型RET激酶。可以改变的特定残基或残基区域(并且是RET抑制剂抗性突变)包括但不限于表3中列出的那些，其编号基于人野生型RET蛋白序列(例如，SEQ ID NO：1)。如本领域技术人员可以理解的，可以通过将参考蛋白质序列与SEQ ID NO：1进行比对(例如，使用软件程序，例如ClustalW2)来确定参考蛋白质序列中与SEQ ID NO：1中特定氨基酸位置相对应的氨基酸位置。表4显示了RET抑制剂抗性突变位置的其它实例。这些残基的改变可以包括单个或多个氨基酸改变、在序列内或侧翼的插入，以及在序列内或侧翼的缺失。还参见J. Kooistra, G. K. Kanev, O. P. J.Van Linden, R. Leurs, I. J. P. De Esch和C. De Graaf, “KLIFS：A structuralKinase-ligand interaction database,” Nucleic Acids Res., vol. 44, no. D1, pp.D365–D371, 2016，其通过引用以其整体并入本文。
成熟的人RET蛋白的示例性序列(SEQ ID NO：1)
Figure DEST_PATH_IMAGE031
Figure DEST_PATH_IMAGE032
在一些实施方案中，RET抑制剂抗性突变可以包括MET基因、MET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调。
短语“MET基因、MET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，导致融合蛋白的表达的MET基因易位、导致与野生型RET蛋白相比包括至少一个氨基酸的缺失的RET蛋白的表达的MET基因中的缺失，或导致具有一个或多个点突变的RET蛋白的表达的MET基因中的突变，或导致导致与野生型MET蛋白相比MET蛋白中的至少一个氨基酸的缺失的MET蛋白的MET mRNA的替代性剪接版本)，或细胞中的导致 MET蛋白的过表达或由细胞中的MET基因的过表达引起的自分泌活性的MET基因扩增，其导致MET蛋白的激酶结构域(例如，MET蛋白的组成性活性激酶结构域)的活性的致病性增加。作为另一个实例，MET基因、MET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是编码与由不包含突变的MET基因编码的蛋白相比具有组成性活性或具有增加的活性的MET蛋白的MET基因中的突变。例如，MET基因、MET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可能是基因或染色体易位的结果，该基因或染色体易位导致融合蛋白的表达，该融合蛋白含有第一部分的MET(包括功能性激酶结构域)和第二部分的伴侣蛋白(即不是MET)。在一些实例中，MET基因、MET蛋白或表达或活性的失调可以是一个MET基因与另一个非MET基因的基因易位的结果。
术语“野生型MET”或“野生-型MET”描述了在没有与MET相关的癌症(并且任选地，也不具有增加的发展与MET相关的癌症的风险和/或不被怀疑具有与MET相关的癌症)的对象，或者在来自不具有与MET相关的癌症(并且任选地，也不具有增加的发展与MET相关的癌症的风险和/或不被怀疑具有与MET相关的癌症)的对象的细胞或组织中发现的核酸(例如，MET基因或MET mRNA)或蛋白质(例如，MET蛋白)。如本文所用，术语“与MET相关的癌症”是指与MET基因、MET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调相关或具有该失调的癌症。
在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式可用于通过与现有药物治疗(例如，其它RET激酶抑制剂；例如，第一和/或第二RET激酶抑制剂)联合给予或作为其后续或另外的(例如，随访)疗法给予治疗发展具有RET抑制剂抗性突变(例如，导致对第一RET抑制剂的增加的抗性的突变，例如，在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，在氨基酸810位置的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D和/或表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂抗性突变)的癌症的患者。示例性的第一和第二RET激酶抑制剂如本文描述。在一些实施方案中，第一或第二RET激酶抑制剂可以选自卡博替尼、凡他尼布、阿来替尼、阿帕替尼、sitravatinib、索拉非尼、乐伐替尼、泊那替尼、度维替尼、舒尼替尼、foretinib、BLU667和BLU6864。
在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式可用于治疗已被鉴定为具有一个或多个RET抑制剂抗性突变(导致对第一或第二RET抑制剂的增加的抗性，例如，在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或例如，在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)的癌症。在一些实施方案中，该一个或多个RET抑制剂抗性突变发生在编码RET融合蛋白(例如表1中描述的任何RET基因融合蛋白)的核酸序列中，导致表现出RET激酶抑制剂抗性的RET融合蛋白。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变发生在编码突变体RET蛋白(例如具有表2中描述的任何突变的突变体RET蛋白)的核酸序列中，导致表现出RET激酶抗性的突变体RET蛋白。表3和表4列出了RET抑制剂抗性突变的非限制性实例。
表3. RET抑制剂抗性突变
示例性的RET抗性突变
氨基酸位置634 (例如，C634W)<sup>10</sup>
氨基酸位置732 (例如，E732K)<sup>7</sup>
氨基酸位置788 (例如，I788N)<sup>8</sup>
氨基酸位置790 (例如，L790F)<sup>9</sup>
氨基酸位置804 (例如，V804M<sup>1, 2</sup>、V804L<sup>1, 2</sup>、V804E<sup>6</sup>)
氨基酸位置778/804<sup>13</sup>
氨基酸位置804/805 (例如，V804M/E805K)<sup>3</sup>
氨基酸位置806 (例如，Y806C<sup>4, 6</sup>、Y806E<sup>4</sup>、Y806S<sup>6</sup>、Y806H<sup>6</sup>、Y806N<sup>6</sup>)
氨基酸位置804/806 (例如，V804M/Y806C)<sup>11</sup>
氨基酸位置810 (例如，G810A<sup>5</sup>、G810R<sup>6</sup>、G810S<sup>6</sup>、G810C、G810V和G810D)
氨基酸位置865 (例如，L865V<sup>6</sup>)
氨基酸位置870 (例如，L870F<sup>6</sup>)
氨基酸位置891 (例如，S891A)<sup>10</sup>
氨基酸位置904 (例如，S904F)<sup>12</sup>
氨基酸位置804/904 (例如，V804M/S904C)<sup>11</sup>
氨基酸位置918 (例如，M918T)<sup>10</sup>
1 Yoon 等, J. Med. Chem. 59(1):358-73, 2016。
2 美国专利号8,629,135。
3 Cranston, 等, Cancer Res. 66(20):10179-87, 2006。
4 Carlomagno, 等, Endocr. Rel. Cancer 16(1):233-41, 2009。
5 Huang 等, Mol. Cancer Ther., 2016 Aug 5. pii：molcanther.0258.2016.[印刷之前的Epub]。
6 PCT专利申请公开号WO 2016/127074。
7 Mamedova 等, Summer Undergraduate Research Programs (SURP) StudentAbstracts, University of Oklahoma Health Sciences Center, 2016。
8 Plenker 等, Sci. Transl. Med., 9(394), doi：10.1126/scitranslmed.aah6144, 2017。
9 Kraft等, Cancer Research, 2017, Vol. 77, No. 13, Supp. Supplement1. Abstract Number：4882; American Association for Cancer Research AnnualMeeting 2017. Washington, DC, United States. 01 Apr 2017-05 Apr 2017。
10 美国专利申请公开号2018/0022732。
11 Roskoski和Sadeghi-Nejad, Pharmacol. Res., 128, 1-17. doi：10.1016/j.phrs.2017.12.021, 2018。
12 Nakaoku, 等 Nat Commun, 9(1), 625. doi：10.1038/s41467-018-02994-7,2018。
13 Roy 等 Oncologist, 18(10)：1093-1100. doi：10.1634/theoncologist.2013-0053, 2013。
表4. RET抑制剂抗性突变的另外的示例性的氨基酸位置
RET氨基酸和位置 示例性的突变 力学阻力基本原理
L730 P 位阻和/或活性构象效应
G731 V 位阻和/或活性构象效应
E732 K 位阻和/或活性构象效应
G733 V 位阻和/或活性构象效应
E734 K 位阻和/或活性构象效应
L760 M 活性构象效应
K761 E 活性构象效应
E762 K 活性构象效应
N763 D 活性构象效应
A764 V 活性构象效应
S765 N 活性构象效应
P766 A 活性构象效应
S767 C 活性构象效应
E768 K 活性构象效应
L779 M 位阻和/或活性构象效应
I788 M 位阻和/或活性构象效应
M868 R 位阻和/或活性构象效应
K869 E 位阻和/或活性构象效应
L870 Q 位阻和/或活性构象效应
V871 M 位阻和/或活性构象效应
H872 R 位阻和/或活性构象效应
R873 P 位阻和/或活性构象效应
D874 Y 位阻和/或活性构象效应
L881 R 位阻和/或活性构象效应
L895 M 活性构象效应
S896 N 活性构象效应
R897 C 活性构象效应
D898 Y 活性构象效应
V899 G 活性构象效应
Y900 D 活性构象效应
E901 K 活性构象效应
E902 K 活性构象效应
D903 Y 活性构象效应
S904 C 活性构象效应
Y905 D 活性构象效应
V906 M 活性构象效应
K907 E 活性构象效应
R908 P 活性构象效应
S909 C 活性构象效应
Q910 R 活性构象效应
G911 C 活性构象效应
R912 P 活性构象效应
RET的致癌作用首先在起源于滤泡性甲状腺细胞且是最常见的甲状腺恶性肿瘤的乳头状甲状腺癌(PTC)中得到了描述(Grieco 等, Cell, 1990, 60, 557-63)。约20-30%的PTC包含体细胞染色体重排(易位或倒位)，其将启动子和组成性表达的无关基因的5'部分连接至RET酪氨酸激酶结构域(Greco 等, Q. J. Nucl. Med. Mol. Imaging, 2009, 53,440-54)，因此驱动其在甲状腺细胞中的异位表达。通过此类重排产生的融合蛋白被称为“RET/PTC”蛋白。例如，RET/PTC 1是乳头状甲状腺癌中常见的CCDD6和RET之间的融合。类似地，RET/PTC3和RET/PTC4都是乳头状甲状腺癌中常见的ELE1和RET的融合，尽管导致RET/PTC3和RET/PTC4的融合事件导致具有不同分子量的不同蛋白质(参见例如，Fugazzola 等,Oncogene, 13(5)：1093-7, 1996)。与PTC相关的一些RET融合不被称为“RET/PTC”，而是被称为融合蛋白本身。例如，在PTC中发现了RET与ELKS和PCM1两者之间的融合，但是融合蛋白被称为ELKS-RET和PCM1-RET(参见例如，Romei和Elisei, Front. Endocrinol. (Lausanne), 3：54, doi：10.3389/fendo.2012.00054, 2012)。在转基因小鼠中已经证实了RET-PTC重排在PTC的发病机理中的作用(Santoro 等, Oncogene, 1996, 12, 1821-6)。迄今为止，已经从PTC和其它癌症类型中鉴定出多种融合伴侣，它们均提供了蛋白/蛋白相互作用结构域，该结构域诱导了不依赖配体的RET二聚化和组成性激酶活性(参见，例如，表1)。最近，已在大约2%的肺腺癌患者中鉴定了绘制RET基因图的10号染色体上有10.6 Mb的臂间倒位，这产生了嵌合基因KIF5B-RET的不同变体(Ju 等, Genome Res., 2012, 22,436-45；Kohno 等, 2012, Nature Med., 18, 375-7；Takeuchi 等, Nature Med., 2012,18, 378-81；Lipson 等, 2012, Nature Med., 18, 382-4)。融合转录物高度表达，并且所有得到的嵌合蛋白均含有介导同源二聚化的KIF5B的卷曲螺旋区域的N端部分以及整个RET激酶结构域。RET阳性患者均未包含其它已知的致癌性改变(例如EGFR或K-Ras突变、ALK易位)，这支持了KIF5B-RET融合可能是肺腺癌的驱动突变的可能性。通过将融合基因转染到培养的细胞系中，已证实了KIF5B-RET的致癌潜力：与针对RET-PTC融合蛋白所观察到的相似，KIF5B-RET被组成性磷酸化并诱导BA-F3细胞的NIH-3T3转化和不依赖IL-3的生长。但是，在肺腺癌患者中鉴定了其它RET融合蛋白，例如CCDC6- RET融合蛋白，发现它在人肺腺癌细胞系LC-2/ad的增殖中起关键作用(Journal of Thoracic Oncology, 2012, 7(12)：1872-1876)。已经显示RET抑制剂可用于治疗涉及RET重排的肺癌(Drilon, A.E. 等 J Clin Oncol 33, 2015 (suppl；abstr 8007))。还已经在具有结肠直肠癌的患者中鉴定出RET融合蛋白(Song Eun-Kee, 等 International Journal of Cancer, 2015, 136：1967-1975)。
除RET序列的重排外，RET原癌基因的功能点突变的获得也正在驱动致癌事件，如起源于滤泡旁降钙素生成细胞的甲状腺髓样癌(MTC)所示(de Groot, 等, Endocrine Rev., 2006, 27, 535-60；Wells and Santoro, Clin.癌 Res., 2009, 15, 7119-7122)。大约25%的MTC与多发性内分泌肿瘤2型(MEN2)有关，该MEN2是一组由RET的种系激活点突变引起的影响神经内分泌器官的遗传性癌症综合征。在MEN2亚型(MEN2A、MEN2B和家族性MTC/FMTC)中，RET基因突变具有定义了该疾病的不同MTC侵袭性和临床表现的强表型-基因型相关性。在MEN2A综合征中，突变涉及位于富含半胱氨酸的细胞外区域的六个半胱氨酸残基之一(主要是C634)，从而导致不依赖配体的同源二聚化和组成性RET激活。患者在年轻时(5-25岁发病)发展为MTC，并也可能发展为嗜铬细胞瘤(50%)和甲状旁腺功能亢进。MEN2B主要由位于激酶结构域的M918T突变引起。该突变组成性地激活处于其单体状态的RET，并改变激酶对底物的识别。MEN2B综合征的特征是早期发作(<1岁)和非常具有侵袭性的形式的MTC、嗜铬细胞瘤(患者的50%)和神经节瘤。在FMTC中，唯一的疾病表现是MTC，通常发生在成年年龄。已经检测到跨越整个RET基因的许多不同突变。其余75%的MTC病例是散发性的，并且他们中的约50%包含RET体细胞突变：最常见的突变是M918T，其与在MEN2B中一样，与最具有侵袭性的表型有关。RET的体细胞点突变也已在其它肿瘤如结肠直肠癌(Wood 等,Science, 2007, 318, 1108-13)和小细胞肺癌(Jpn. J. Cancer Res., 1995, 86, 1127-30)中描述。在一些实施方案中，MTC是RET融合阳性MTC。
已发现RET信号传导组分在原发性乳腺肿瘤中表达并与乳腺肿瘤细胞系中的雌激素受体-cc途径功能性相互作用(Boulay 等,Cancer Res. 2008, 68, 3743-51；Plaza-Menacho 等, Oncogene, 2010, 29, 4648-57)，而GDNF家族配体的RET表达和激活可能在不同类型的癌细胞中对周围神经的浸润起重要作用(Ito 等, Surgery, 2005, 138, 788-94；Gil 等, J. Natl. Cancer Inst., 2010, 102, 107-18；Iwahashi 等, Cancer ,2002, 94, 167-74)。
RET也在30-70%的浸润性乳腺癌中表达，在雌激素受体阳性肿瘤中的表达相对更为频繁(Plaza-Menacho, I., 等, Oncogene, 2010, 29, 4648-4657；Esseghir, S., 等,Cancer Res., 2007, 67, 11732-11741；Morandi, A., 等,Cancer Res., 2013, 73,3783-3795；Gattelli, A., EMBO Mol. Med., 2013, 5, 1335-1350)。
已经在从结肠直肠癌建立的PDX(患者来源的异种移植物)的子集中报告了RET重排的鉴定。尽管结肠直肠癌患者中的此类事件的频率尚待确定，但这些数据表明RET在该适应症中作为靶标的作用(Gozgit 等, AACR Annual Meeting 2014)。研究表明，RET启动子在结肠直肠癌中经常被甲基化，并且在5-10%的病例中鉴定了预计会降低RET的表达的杂合的错义突变，这表明RET可能在散发性结肠癌中具有某些肿瘤抑制子的特征(Luo, Y., 等,Oncogene, 2013, 32, 2037-2047；Sjoblom, T., 等, Science, 2006, 268-274；CancerGenome Atlas Network, Nature, 2012, 487, 330-337)。
现在显示出越来越多的肿瘤类型表达大量的野生型RET激酶，这可能对肿瘤的进展和扩散具有影响。RET在50-65%的胰腺导管癌中表达，并且在转移性和更高级别的肿瘤中表达更频繁(Ito, Y, 等, Surgery, 2005, 138, 788-794；Zeng, Q., 等, J. Int. Med. Res. 2008, 36, 656-664)。
在造血谱系肿瘤中，RET在具有单核细胞分化的急性髓样白血病(AML)和CMML中表达(Gattei, V. 等, Blood, 1997, 89, 2925-2937；Gattei, V., 等, Ann. Hematol,1998, 77, 207-210；Camos, M., Cancer Res. 2006, 66, 6947-6954)。最近的研究已经在慢性粒-单核细胞白血病(CMML)患者中鉴定了罕见的涉及RET的染色体重排。CMML通常与几种酪氨酸激酶的重排相关，该重排导致引起RAS途径的激活的嵌合胞质癌蛋白的表达(Kohlmann, A., 等, J. Clin. Oncol. 2010, 28, 2858-2865)。在RET的情况下，将RET与BCR(BCR-RET)或与成纤维细胞生长因子受体1癌基因伴侣(FGFR1OP-RET)连接的基因融合在早期造血祖细胞中转化，并可能使这些细胞的成熟朝单核细胞路径迁移，而这可能是通过RET介导的RAS信号传导的启动实现的(Ballerini, P., 等, Leukemia, 2012, 26,2384-2389)。
RET表达也已显示发生在几种其它肿瘤类型中，包括前列腺癌、小细胞肺癌、黑色素瘤、肾细胞癌和头颈肿瘤(Narita, N., 等, Oncogene, 2009, 28, 3058-3068；Mulligan, L. M., 等,Genes Chromosomes Cancer, 1998, 21, 326-332；Flavin, R.,等, Urol. Oncol., 2012, 30, 900-905；Dawson, D. M., J Natl Cancer Inst, 1998,90, 519-523)。
在神经母细胞瘤中，GFL的RET表达和激活在肿瘤细胞分化中起作用，其可能与其它神经营养因子受体协同下调N-Myc，N-Myc的表达是预后不良的标志(Hofstra, R. M.,W., 等, Hum.Genet. 1996, 97, 362-364；Petersen, S.和Bogenmann, E., Oncogene,2004, 23, 213-225；Brodeur, G. M., Nature Ref.Cancer, 2003, 3, 203-216)。
与RET发生交叉反应的多靶点抑制剂是已知的(Borrello, M.G., 等, Expert Opin. Ther. Targets, 2013, 17(4), 403-419；国际专利申请号WO 2014/141187、WO2014/184069和WO 2015/079251)。此类多靶点抑制剂(或多激酶抑制剂或MKI)也可能与RET抑制剂抗性突变的发展有关。参见，例如，Q. Huang等, “Preclinical Modeling ofKIF5B-RET Fusion Lung Adenocarcinoma.,” Mol. Cancer Ther., no. 18, pp. 2521–2529, 2016; Yasuyuki Kaneta等, Abstract B173：Preclinical characterization andantitumor efficacy of DS-5010, a highly potent and selective RET inhibitor,Mol Cancer Ther January 1 2018 (17) (1 Supplement) B173; DOI:10.1158/1535-7163.TARG-17-B173，两者均通过引用以其整体并入本文。
因此，本文提供用于治疗被诊断为(或被鉴定为具有)癌症的患者的方法，其包括向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。本文还提供用于治疗被鉴定为或诊断为具有与RET相关的癌症的患者的方法，其包括向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或其药物组合物。在一些实施方案中，已经通过使用管理机构批准的，例如FDA批准的用于鉴定患者或来自患者的活检样品中的RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的测试或测定或通过进行本文所述测定的任何非限制性实例将患者鉴定为或诊断为具有与RET相关的癌症。在一些实施方案中，测试或测定作为试剂盒提供。在一些实施方案中，癌症是与RET相关的癌症。例如，与RET相关的癌症可以是包括一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌症。
还提供了在有此需要的患者中治疗癌症的方法，该方法包括：(a) 检测患者中的与RET相关的癌症；和(b) 向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或其药物组合物。这些方法的一些实施方案还包括向对象施用另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)。在一些实施方案中，对象先前用第一RET抑制剂治疗或先前用另一种抗癌治疗，例如，至少部分切除肿瘤或放射疗法来治疗。在一些实施方案中，通过使用管理机构批准的，例如FDA批准的用于鉴定患者或来自患者的活检样品中的RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的测试或测定或通过进行本文所述测定的任何非限制性实例确定患者具有与RET相关的癌症。在一些实施方案中，测试或测定作为试剂盒提供。在一些实施方案中，癌症是与RET相关的癌症。例如，与RET相关的癌症可以是包括一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌症。
还提供了治疗患者的方法，该方法包括对从患者获得的样品进行测定，以确定患者是否具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调，并向确定为具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的患者施用(例如，特异性或选择性地施用)治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或其药物组合物。这些方法的一些实施方案还包括向对象施用另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)。在这些方法的一些实施方案中，对象先前用第一RET抑制剂治疗或先前用另一种抗癌治疗，例如，至少部分切除肿瘤或放射疗法来治疗。在一些实施方案中，患者是被怀疑具有与RET相关的癌症的患者、表现出与RET相关的癌症的一种或多种症状的患者或具有发展与RET相关的癌症的升高的风险的患者。在一些实施方案中，测定使用下一代测序、焦磷酸测序、免疫组织化学或断裂FISH分析。在一些实施方案中，测定是管理机构批准的测定，例如，FDA批准的试剂盒。在一些实施方案中，测定是液体活检。本文描述了可以在这些方法中使用的另外的非限制性测定。另外的测定也是本领域已知的。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括一个或多个RET抑制剂抗性突变。
还提供了式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或其药物组合物，其用于通过对从患者获得的样品进行测定(例如，体外测定)以确定患者是否具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的步骤在被鉴定为或诊断为具有与RET相关的癌症的患者中治疗与RET相关的癌症，其中RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的存在表明该患者具有与RET相关的癌症。还提供了式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式在制备用于通过对从患者获得的样品进行测定以确定患者是否具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的步骤在被鉴定为或诊断为具有与RET相关的癌症的患者中治疗与RET相关的癌症的药物中的用途，其中RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的存在表明该患者具有与RET相关的癌症。本文描述的任何方法或用途的一些实施方案还包括在患者的临床记录(例如，计算机可读介质)中的记录，即通过进行测定确定患者具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调，应当被施用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或其药物组合物。在一些实施方案中，测定使用下一代测序、焦磷酸测序、免疫组织化学或断裂FISH分析。在一些实施方案中，测定是管理机构批准的测定，例如，FDA批准的试剂盒。在一些实施方案中，测定是液体活检。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括一个或多个RET抑制剂抗性突变。
还提供了式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，其用于治疗有此需要的患者或被鉴定为或诊断为具有与RET相关的癌症的患者中的癌症。还提供了式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式在制备用于在被鉴定为或诊断为具有与RET相关的癌症的患者中治疗癌症的药物中的用途。在一些实施方案中，癌症是与RET相关的癌症，例如，具有一个或多个RET抑制剂抗性突变的与RET相关的癌症。在一些实施方案中，通过使用管理机构批准的，例如FDA批准的用于鉴定患者或来自样品的活检样品中的RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的试剂盒将患者鉴定为或诊断为具有与RET相关的癌症。如本文提供的，与RET相关的癌症包括本文描述的和本领域已知的那些。
在本文描述的任何方法或用途的一些实施方案中，患者已经被鉴定为或诊断为具有有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的癌症。在本文描述的任何方法或用途的一些实施方案中，患者具有对RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调呈阳性的肿瘤。在本文描述的任何方法或用途的一些实施方案中，患者可以是具有对RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调呈阳性的肿瘤的患者。在本文描述的任何方法或用途的一些实施方案中，患者可以是其肿瘤具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的患者。在本文描述的任何方法或用途的一些实施方案中，患者被怀疑具有与RET相关的癌症(例如，具有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌症)。在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的患者中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括 a) 检测来自患者的样品中的RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和b)施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括一种或多种融合蛋白。RET基因融合蛋白的非限制性实例描述于表1中。在一些实施方案中，融合蛋白为KIF5B-RET。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括一个或多个RET激酶蛋白点突变/插入/缺失。RET激酶蛋白点突变/插入/缺失的非限制性实例描述于表2和2a中。在一些实施方案中，RET激酶蛋白点突变/插入/缺失选自M918T、M918V、C634W、V804L、V804M、G810S和G810R。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括一个或多个RET抑制剂抗性突变。RET抑制剂抗性突变的非限制性实例描述于表3和4中。在一些实施方案中，RET抑制剂抗性突变为V804M。在一些实施方案中，RET抑制剂抗性突变为G810S。在一些实施方案中，RET抑制剂抗性突变为G810R。在一些实施方案中，使用经管理机构批准(例如FDA批准)的测定或试剂盒确定具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的癌症。在一些实施方案中，对RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调呈阳性的肿瘤为对一个或多个RET抑制剂抗性突变呈阳性的肿瘤。在一些实施方案中，使用经管理机构批准(例如FDA批准)的测定或试剂盒确定具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的肿瘤。
在本文描述的任何方法或用途的一些实施方案中，患者具有临床记录，该临床记录指示患者具有有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的肿瘤(例如，具有一个或多个RET抑制剂抗性突变的肿瘤)。在一些实施方案中，临床记录指示应当用本文提供的一种或多种式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或组合物治疗患者。在一些实施方案中，具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的癌症是具有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌症。在一些实施方案中，使用经管理机构批准(例如FDA批准)的测定或试剂盒确定具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的癌症。在一些实施方案中，对RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调呈阳性的肿瘤为对一个或多个RET抑制剂抗性突变呈阳性的肿瘤。在一些实施方案中，使用经管理机构批准(例如FDA批准)的测定或试剂盒确定具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的肿瘤。
还提供了治疗患者的方法，其包括向具有指示患者具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的临床记录的患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。还提供了式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式在制备用于在具有指示患者具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的临床记录的患者中治疗与RET相关的癌症的药物中的用途。这些方法和用途的一些实施方案还可以包括：对从患者获得的样品进行测定(例如，体外测定)以确定患者是否具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调，并在患者的临床档案(例如，计算机可读介质)中记录以下信息的步骤：患者已经被鉴定为具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调。在一些实施方案中，测定是体外测定。例如，使用下一代测序、免疫组织化学或断裂FISH分析的测定。在一些实施方案中，测定是管理机构批准的，例如，FDA批准的试剂盒。在一些实施方案中，测定是液体活检。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括一个或多个RET抑制剂抗性突变。
本文还提供了一种治疗对象的方法。在一些实施方案中，方法包括对获自对象的样品进行测定以确定对象是否具有RET基因、RET蛋白或它们中的任何一种的表达或水平的失调。在一些此类实施方案中，方法还包括向被确定为具有RET基因、RET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，方法包括通过对获自对象的样品进行的测定确定对象具有RET基因、RET蛋白或它们中的任何一种的表达或水平的失调。在此类实施方案中，方法还包括向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶蛋白或它们的表达或活性的失调为导致RET融合蛋白(例如，本文所述任何RET融合蛋白)的表达的基因或染色体易位。在一些实施方案中，RET 融合可以选自KIF5B-RET 融合和CCDC6-RET 融合。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调为RET基因中的一个或多个点突变(例如，本文描述的任何一个或多个RET点突变)。RET基因中的一个或多个点突变可以例如导致具有一个或多个以下氨基酸取代的RET蛋白的翻译：M918T、M918V、C634W、V804L、V804M、G810S和G810R。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调为一个或多个RET抑制剂抗性突变(例如，本文描述的一个或多个RET抑制剂抗性突变的任何组合)。这些方法的一些实施方案还包括向对象施用另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)。
在一些实施方案中，本文提供的化合物表现出脑和/或中枢神经系统(CNS)渗透性。此类化合物能够穿过血脑屏障并抑制脑和/或其它CNS结构中的RET激酶。在一些实施方案中，本文提供的化合物能够以治疗有效量穿过血脑屏障。例如，治疗具有癌症(例如，与RET相关的癌症，例如与RET相关的脑或CNS癌症)的患者可以包括向患者施用(例如，口服施用)化合物。在一些此类实施方案中，本文提供的化合物可用于治疗原发性脑肿瘤或转移性脑肿瘤。例如，该化合物可用于治疗一种或多种神经胶质瘤，例如胶质母细胞瘤(也称为多形胶质母细胞瘤)、星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤、室管膜瘤和混合性神经胶质瘤、脑膜瘤、髓母细胞瘤、神经节神经胶质瘤、神经鞘瘤(schwannomas或neurilemmomas)和颅咽管瘤(参见，例如，Louis，DN等Acta Neuropathol 131(6)，803-820(2016年6月)中列出的肿瘤)。在一些实施方案中，脑肿瘤是原发性脑肿瘤。在一些实施方案中，患者先前已经用另一种抗癌剂，例如另一种RET抑制剂(例如，不是通式I的化合物的化合物)或多激酶抑制剂进行了治疗。在一些实施方案中，脑肿瘤是转移性脑肿瘤。在一些实施方案中，患者先前已经用另一种抗癌剂，例如另一种RET抑制剂(例如，不是通式I的化合物的化合物)或多激酶抑制剂进行了治疗。
还提供了为被鉴定为或诊断为具有与RET相关的癌症的患者选择治疗的方法(例如，体外方法)。一些实施方案还可以包括向被鉴定为或诊断为具有与RET相关的癌症的患者施用选择的治疗。例如，选择的治疗可以包括施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。一些实施方案还可以包括对从患者获得的样品进行测定以确定患者是否具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调，并将被确定为具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的患者鉴定和诊断为具有与RET相关的癌症的步骤。在一些实施方案中，癌症是具有一个或多个RET抑制剂抗性突变的与RET相关的癌症。在一些实施方案中，通过使用管理机构批准的，例如FDA批准的用于在患者或来自患者的活检样品中鉴定RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的试剂盒将患者鉴定为或诊断为具有与RET相关的癌症。在一些实施方案中，与RET相关的癌症为本文描述的或本领域中已知的癌症。在一些实施方案中，测定是体外测定。例如，使用下一代测序、免疫组织化学或断裂FISH分析的测定。在一些实施方案中，测定是管理机构批准的，例如，FDA批准的试剂盒。在一些实施方案中，测定是液体活检。
本文还提供了为患者选择治疗的方法，其中方法包括对从患者获得的样品进行测定以确定患者是否具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调(例如，一个或多个RET抑制剂抗性突变)，并将被确定为具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的患者鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症的步骤。一些实施方案还包括向被鉴定为或诊断为具有与RET相关的癌症的患者施用选择的治疗。例如，选择的治疗可以包括向被鉴定为或诊断为具有与RET相关的癌症的患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，测定是体外测定。例如，使用下一代测序、免疫组织化学或断裂FISH分析的测定。在一些实施方案中，测定是管理机构批准的，例如，FDA批准的试剂盒。在一些实施方案中，测定是液体活检。
还提供了为治疗选择患者的方法，其中方法包括选择、鉴定或诊断具有与RET相关的癌症的患者，并为包括施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗选择患者。在一些实施方案中，将患者鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症可以包括对从患者获得的样品进行测定以确定患者是否具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调，并将被确定为具有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的患者鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症的步骤。在一些实施方案中，为治疗选择患者的方法可以用作临床研究的一部分，该临床研究包括施用各种与RET相关的癌症的治疗。在一些实施方案中，与RET相关的癌症为具有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌症。在一些实施方案中，测定是体外测定。例如，使用下一代测序、免疫组织化学或断裂FISH分析的测定。在一些实施方案中，测定是管理机构批准的，例如，FDA批准的试剂盒。在一些实施方案中，测定是液体活检。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括一个或多个RET抑制剂抗性突变。
在本文描述的任何方法或用途的一些实施方案中，使用来自患者的样品的用于确定患者是否具有RET基因或RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的测定可以包括，例如，下一代测序、免疫组织化学、荧光显微镜检查、断裂FISH分析、Southern印迹、Western印迹、FACS分析、Northern印迹和基于PCR的扩增(例如RT-PCR和定量实时RT-PCR)。如本领域众所周知的，该测定典型地例如用至少一种标记的核酸探针或至少一种标记的抗体或其抗原结合片段进行。测定可以利用本领域已知的用于检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的其它检测方法(参见，例如，本文引用的参考文献)。在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括一个或多个RET抑制剂抗性突变。在一些实施方案中，样品是来自患者的生物样品或活检样品(例如，石蜡包埋的活检样品)。在一些实施方案中，患者为被怀疑具有与RET相关的癌症的患者、具有一个或多个与RET相关的癌症的症状的患者和/或具有增加的发展与RET相关的癌症的风险的患者。
在一些实施方案中，RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以使用液体活检(可变地称为流体活检或流体相活检)来鉴定。参见，例如，Karachialiou 等, “Real-time liquid biopsies become a reality in cancertreatment”, Ann. Transl. Med., 3(3)：36, 2016。液体活检方法可用于检测总的肿瘤负荷和/或RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调。液体活检可以在从对象相对容易获得(例如，通过简单的抽血)的生物样品上进行，并且通常比用于检测肿瘤负荷和/或RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的传统方法侵袭性更低。在一些实施方案中，可以在比传统方法更早的阶段使用液体活检来检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的存在。在一些实施方案中，用于液体活检的生物样品可以包括血液、血浆、尿液、脑脊髓液、唾液、痰、支气管肺泡灌洗液、胆汁、淋巴液、囊肿液、粪便、腹水及其组合。在一些实施方案中，液体活检可用于检测循环肿瘤细胞(CTC)。在一些实施方案中，液体活检可用于检测无细胞的DNA。在一些实施方案中，使用液体活检检测到的无细胞DNA是源自肿瘤细胞的循环肿瘤DNA(ctDNA)。ctDNA的分析(例如，使用敏感的检测技术，例如但不限于下一代测序(NGS)、传统PCR、数字PCR或微阵列分析)可用于鉴定RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调。
在一些实施方案中，可以使用液体活检来检测源自单个基因的ctDNA。在一些实施方案中，可以使用液体活检来检测源自多个基因(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100个或更多个，或在这些数目之间的任何数目的基因)的ctDNA。在一些实施方案中，可以使用多种可商购的测试组(例如，设计用于检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的可商购的测试组)中的任何一种检测源自多个基因的ctDNA。液体活检可用于检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调，包括但不限于点突变或单核苷酸变异(SNV)、拷贝数变异(CNV)、遗传融合(例如易位或重排)、插入、缺失或其任何组合。在一些实施方案中，液体活检可用于检测种系突变。在一些实施方案中，液体活检可用于检测体细胞突变。在一些实施方案中，液体活检可以用于检测原发性基因突变(例如，与疾病例如癌症的最初发展有关的原发性突变或原发性融合)。在一些实施方案中，液体活检可用于检测在发展原发性基因突变后发展的基因突变(例如，响应于施用给对象的治疗而产生的抗性突变)。在一些实施方案中，使用液体活检鉴定的RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调也存在于对象中存在的癌细胞中(例如，在肿瘤中)。在一些实施方案中，可以使用液体活检来检测任何类型的RET基因、RET激酶或本文所述它们中的任一种的表达或活性或水平的失调。在一些实施方案中，通过液体活检鉴定的基因突变可用于将对象鉴定为特定治疗的候选者。例如，在对象中检测到RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以指示对象将响应于包括施用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗。
可以在诊断过程、监测过程和/或治疗过程期间多次进行液体活检，以确定一个或多个临床相关参数，包括但不限于疾病进展、治疗功效或向对象施用治疗后抗性突变的发展。例如，在诊断过程、监测过程和/或治疗过程期间，可以在第一时间点进行第一次液体活检，并且可以在第二时间点进行第二次液体活检。在一些实施方案中，第一时间点可以是在将对象诊断为具有疾病之前的时间点(例如，当对象健康时)，和第二时间点可以是对象已经发展出疾病之后的时间点(例如，第二时间点可用于诊断具有该疾病的对象)。在一些实施方案中，第一时间点可以是在将对象诊断为具有疾病之前的时间点(例如，当对象健康时)，之后监测对象，并且第二时间点可以是在监测对象之后的时间点。在一些实施方案中，第一时间点可以是在将对象诊断为具有疾病之后的时间点，之后向该对象施用治疗，并且第二时间点可以是在施用治疗之后的时间点；在此类情况下，第二时间点可用于评估治疗的功效(例如，在第一个时间点检测到的基因突变是否大量减少或无法检测到)或确定由于治疗而引起的抗性突变的存在。在一些实施方案中，要施用给对象的治疗可以包括式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。
在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的功效可以通过在不同的时间点评估从患者获得的cfDNA，例如在第一时间点从患者获得的cfDNA和在第二时间点从患者获得的cfDNA中的RET基因失调的等位基因频率来确定，其中在第一时间点和第二时间点之间向患者施用至少一个剂量的式I-IV的化合物。这些方法的一些实施方案可以进一步包括在第一时间点和第二时间点之间向患者施用至少一个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。例如，与在第一时间点从患者获得的cfDNA中的RET基因失调的等位基因频率(AF)相比，在第二时间点从患者获得的cfDNA中的RET基因失调的等位基因频率(AF)减少(例如，减少1%至约99%、减少1%至约95%、减少1%至约90%、减少1%至约85%、减少1%至约80%、减少1%至约75%、减少1%至减少约70%、减少1%至减少约65%、减少1%至减少约60%、减少1%至减少约55%、减少1%至减少约50%、减少1%至减少约45%、减少1%至减少约40%、减少1%至减少约35%、减少1%至减少约30%、减少1%至减少约25%、减少1%至减少约20%、减少1%至减少约15%、减少1%至减少约10%、减少1%至约5%、减少约5%至约99%、减少约10%至约99%、减少约15%至约99%、减少约20%至约99%、减少约25%至约99%、减少约30%至约99%、减少约35%至约99%、减少约40%至约99%、减少约45%至约99%、减少约50%至约99%、减少约55%至约99%、减少约60%至约99%、减少约65%至约99%、减少约70%至约99%、减少约75%至约95%、减少约80%至约99%、减少约90%至减少约99%、减少约95%至约99%、减少约5%至约10%、减少约5%至约25%、减少约10%至约30%、减少约20%至约40%、减少约25%至约50%、减少约35%至约55%、减少约40%至约60%、减少约50%至减少约75%、减少约60%至减少约80%、或减少约65%至约85%)指示式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式在对象中有效。在一些实施方案中，AF减少，使得水平低于仪器的检测极限。或者，与在第一时间点从患者获得的cfDNA中的RET基因失调的等位基因频率(AF)相比，在第二时间点从患者获得的cfDNA中的RET基因失调的等位基因频率(AF)增加指示式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式在对象中无效(例如，对象已发展对式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的抗性突变)。这些方法的一些实施方案还可以包括向其中式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式被确定为有效的患者施用另外剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。这些方法的一些实施方案还可以包括向其中式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式被确定为无效的患者施用不同的治疗(例如，不包括施用作为单一疗法的式I-IV或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗)。
在这些方法的一些实例中，第一时间点和第二时间点之间的时间差可以是约1天至约1年、约1天至约11个月、约1天至约10个月、约1天至约9个月、约1天至约8个月、约1天至约7个月、约1天至约6个月、约1天至约5个月、约1天至约4个月、约1天至约3个月、约1天至约10周、约1天至约2个月、约1天至约6周、约1天至约1个月、约1天至约25天、约1天至约20天、约1天至约15天、约1天至约10天、约1天至约5天、约2天至约1年、约5天至约1年、约10天至约1年、约15天至约1年、约20天至约1年、约25天至约1年、约1个月至约1年、约6周至约1年、约2个月至约1年、约3个月至约1年、约4个月至约1年、约5个月至约1年、约6个月至约1年、约7个月至约1年、约8个月至约1年、约9个月至约1年、约10个月至约1年、约11个月至约1年、约1天至约7天、约1天至约14天、约5天至约10天、约5天至约20天、约10天至约20天、约15天至约1个月、约15天至约2个月、约1周至约1个月、约2周至约1个月、约1个月至约3个月、约3个月至约6个月、约4个月至约6个月、约5个月至约8个月或约7个月至约9个月。在这些方法的一些实施方案中，患者可以先前鉴定为具有有失调的RET基因(例如，本文所述失调的RET基因的任何实例)的癌症。在这些方法的一些实施方案中，患者可以先前被诊断具有本文所述任何类型的癌症。在这些方法的一些实施方案中，患者可以具有一种或多种转移(例如，一种或多种脑转移)。
在一些上述实施方案中，cfDNA包含ctDNA，例如与RET相关的ctDNA。例如，cfDNA是ctDNA，例如与RET相关的ctDNA。在一些实施方案中，将cfDNA的至少一些部分确定为与RET相关的ctDNA，例如，确定总cfDNA的测序和/或定量的量具有RET融合和/或RET抗性突变。
在医学肿瘤学领域，通常的做法是使用不同形式的治疗的组合来治疗每位癌症患者。在医学肿瘤学中，除本文提供的组合物外，此类联合治疗或疗法的其它组分可以是例如手术、放射疗法和化学治疗剂，例如其它激酶抑制剂、信号转导抑制剂和/或单克隆抗体。例如，手术可以是开放手术或微创手术。因此，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式也可用作癌症治疗的助剂，即，它们可以与一种或多种其它疗法或治疗剂，例如，以相同或不同的作用机理起作用的化学治疗剂联合使用。在一些实施方案中，在施用另外的治疗剂或另外的疗法之前，可以使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。例如，可以在一段时间内向有此需要的患者施用一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，然后经历肿瘤的至少部分切除。在一些实施方案中，在肿瘤的至少部分切除之前，采用一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗减小了肿瘤的尺寸(例如，肿瘤负荷)。在一些实施方案中，可以在一段时间内和在一或多轮放射疗法下向有此需要的患者施用一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，在一或多轮放射疗法之前，采用一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗减小了肿瘤的尺寸(例如，肿瘤负荷)。
在一些实施方案中，患者具有对标准疗法(例如，化学治疗剂如第一RET抑制剂或多激酶抑制剂、免疫疗法或辐射(例如放射性碘)的施用)难治或不耐受的癌症(例如，局部晚期或转移性肿瘤)。在一些实施方案中，患者具有对先前的疗法(例如，化学治疗剂如第一RET抑制剂或多激酶抑制剂、免疫疗法或辐射(例如放射性碘)的施用)难治或不耐受的癌症(例如，局部晚期或转移性肿瘤)。在一些实施方案中，患者具有没有标准疗法的癌症(例如，局部晚期或转移性肿瘤)。在一些实施方案中，患者是未使用RET激酶抑制剂的患者。例如，患者未使用采用选择性RET激酶抑制剂的治疗。在一些实施方案中，患者不是未使用RET激酶抑制剂的患者。
在一些实施方案中，患者已经经历先前的疗法。在一些实施方案中，具有NSCLC(例如，RET融合阳性NSCLS)的患者在用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式治疗之前已经接受了采用基于铂的化学疗法、PD-1/PDL1免疫疗法或两者的治疗。在一些实施方案中，具有甲状腺癌(例如，RET-融合阳性甲状腺癌)的患者在用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式治疗之前已经接受了索拉非尼、乐伐替尼和放射性碘中的一种或多种的治疗。在一些实施方案中，具有结肠直肠癌(例如，RET融合阳性结肠直肠癌)的患者在用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式治疗之前已经接受了用基于氟嘧啶的化学疗法(有或没有抗-VEGF-导向疗法或抗-EGFR-导向疗法)的治疗。在一些实施方案中，具有胰腺癌(例如，RET融合阳性胰腺癌)的患者在用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式治疗之前已经接受了用基于氟嘧啶的化学疗法、基于吉西他滨的化学疗法和S-1化学疗法中的一种或多种的治疗。在一些实施方案中，具有乳腺癌(例如，RET融合阳性乳腺癌)的患者在用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式治疗之前已经接受了用蒽环、紫杉烷、HER2导向疗法和激素疗法中的一种或多种的治疗。在一些实施方案中，具有MTC(例如，RET融合阳性MTC癌症)的患者在用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式治疗之前已经接受了用caboxantinib和凡他尼布中的一种或多种的治疗。
在本文描述的任何方法的一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式与治疗有效量的选自一种或多种其它疗法或治疗(例如化学治疗)剂的至少一种其它治疗剂组合施用。
其它治疗剂的非限制性实例包括：其它靶向RET的治疗剂(即第一或第二RET激酶抑制剂)、其它激酶抑制剂(例如靶向受体酪氨酸激酶的治疗剂(例如Trk抑制剂或EGFR抑制剂))、信号转导途径抑制剂、检查点抑制剂、细胞凋亡途径的调节剂(例如奥巴克拉)；细胞毒化学疗法、靶向血管生成的疗法、靶向免疫的药剂(包括免疫疗法)和放射疗法。
在一些实施方案中，其它靶向RET的治疗剂为表现出RET 抑制活性的多激酶抑制剂。在一些实施方案中，其它靶向RET的治疗剂对RET激酶具有选择性。示例性的RET激酶抑制剂可以表现出如在本文所述测定中测得的小于约1000 nM、小于约500 nM、小于约200nM、小于约100 nM、小于约50 nM、小于约25 nM、小于约10 nM或小于约1 nM的对RET激酶的抑制活性(IC50)。在一些实施方案中，RET激酶抑制剂可以表现出如在本文所提供的测定中测得的小于约25 nM、小于约10 nM、小于约5 nM或小于约1 nM的对RET激酶的抑制活性(IC50)。
靶向RET的治疗剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)的非限制性实例包括阿来替尼(9-乙基-6,6-二甲基-8-[4-(吗啉-4-基)哌啶-1-基]-11-氧代-6,11-二氢-5H-苯并[b]咔唑-3-甲腈)；amuvatinib (MP470、HPK56) (N-(1,3-苯并二氧杂环戊烯-5-基甲基)-4-([1]苯并呋喃并[3,2-d]嘧啶-4-基)哌嗪-1-硫代甲酰胺)；阿帕替尼(YN968D1) (N-[4-(1-氰基环戊基)苯基-2-(4-皮考基)氨基-3-烟酰胺甲磺酸盐)；卡博替尼(CometriqXL-184) (N-(4-((6,7-二甲氧基喹啉-4-基)氧基)苯基)-N'-(4-氟苯基)环丙烷-1,1-二甲酰胺)；度维替尼(TKI258；GFKI-258；CHIR-258) ((3Z)-4-氨基-5-氟-3-[5-(4-甲基哌嗪-1-基)-1,3-二氢苯并咪唑-2-亚基]喹啉-2-酮)；famitinib (5-[2-(二乙基氨基)乙基]-2-[(Z)-(5-氟-2-氧代-1H-吲哚-3-亚基)甲基]-3-甲基-6,7-二氢-1H-吡咯并[3,2-c]吡啶-4-酮)；fedratinib (SAR302503、TG101348) (N-(2-甲基-2-丙基)-3-{[5-甲基-2-({4-[2-(1-吡咯烷基)乙氧基]苯基}氨基)-4-嘧啶基]氨基}苯磺酰胺)；foretinib (XL880、EXEL-2880、GSK1363089、GSK089) (N1'-[3-氟-4-[[6-甲氧基-7-(3-吗啉代丙氧基)-4-喹啉基]氧基]苯基]-N1-(4-氟苯基)环丙烷-1,1-二甲酰胺)；fostamantinib (R788) (2H-吡啶并[3,2-b]-1,4-噁嗪-3(4H)-酮、6-[[5-氟-2-[(3,4,5-三甲氧基苯基)氨基]-4-嘧啶基]氨基]-2,2-二甲基-4-[(膦酰基氧基)甲基]-、钠盐(1：2))；ilorasertib (ABT-348) (1-(4-(4-氨基-7-(1-(2-羟基乙基)-1H-吡唑-4-基)噻吩并[3,2-c]吡啶-3-基)苯基)-3-(3-氟苯基)脲)；乐伐替尼(E7080、Lenvima) (4-[3-氯-4-(环丙基氨基羰基)氨基苯氧基]-7-甲氧基-6-喹啉甲酰胺)；莫替沙尼(AMG 706) (N-(3,3-二甲基-2,3-二氢-1H-吲哚-6-基)-2-[(吡啶-4-基甲基)氨基]吡啶-3-甲酰胺)；尼达尼布(3-Z-[1-(4-(N-((4-甲基-哌嗪-1-基)-甲基羰基)-N-甲基-氨基)-苯胺基)-1-苯基-亚甲基]-6-甲氧基羰基-2-吲哚啉酮)；泊那替尼(AP24534) (3-(2-咪唑并[1,2-b]哒嗪-3-基乙炔基)-4-甲基-N-[4-[(4-甲基哌嗪-1-基)甲基]-3-(三氟甲基)苯基]苯甲酰胺)；PP242 (torkinib) (2-[4-氨基-1-(1-甲基乙基)-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-3-基]-1H-吲哚-5-醇)；奎扎替尼(1-(5-(叔丁基)异噁唑-3-基)-3-(4-(7-(2-吗啉代乙氧基)苯并[d]咪唑并[2,1-b]噻唑-2-基)苯基)脲)；瑞戈非尼(BAY 73-4506、stivarga) (4-[4-({[4-氯-3-(三氟甲基)苯基]氨基甲酰基}氨基)-3-氟苯氧基]-N-甲基吡啶-2-甲酰胺水合物)；RXDX-105 (CEP-32496、agerafenib) (1-(3-((6,7-二甲氧基喹唑啉-4-基)氧基)苯基)-3-(5-(1,1,1-三氟-2-甲基丙-2-基)异噁唑-3-基)脲)；司马沙尼(SU5416) ((3Z)-3-[(3,5-二甲基-1H-吡咯-2-基)亚甲基]-1,3-二氢-2H-吲哚-2-酮)；sitravatinib (MGCD516、MG516) (N-(3-氟-4-{[2-(5-{[(2-甲氧基乙基)氨基]甲基}-2-吡啶基)噻吩并[3,2-b]吡啶-7-基]氧基}苯基)-N-(4-氟苯基)-1,1-环丙烷二甲酰胺)；索拉非尼(BAY 43-9006) (4-[4-[[[[4-氯-3-(三氟甲基)苯基]氨基]羰基]氨基]苯氧基]-N-甲基-2-吡啶甲酰胺)；凡他尼布 (N-(4-溴-2-氟苯基)-6-甲氧基-7-[(1-甲基哌啶-4-基)甲氧基]喹唑啉-4-胺)；伐拉尼布 (PTK787、PTK/ZK、ZK222584) (N-(4-氯苯基)-4-(吡啶-4-基甲基)酞嗪-1-胺)；AD-57 (N-[4-[4-氨基-1-(1-甲基乙基)-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-3-基]苯基]-N'-[3-(三氟甲基)苯基]-脲)；AD-80 (1-[4-(4-氨基-1-丙-2-基吡唑并[3,4-d]嘧啶-3-基)苯基]-3-[2-氟-5-(三氟甲基)苯基]脲)；AD-81 (1-(4-(4-氨基-1-异丙基-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-3-基)苯基)-3-(4-氯-3-(三氟甲基)苯基)脲)；ALW-II-41-27 (N-(5-((4-((4-乙基哌嗪-1-基)甲基)-3-(三氟甲基)苯基)氨基甲酰基)-2-甲基苯基)-5-(噻吩-2-基)烟酰胺)；BPR1K871 (1-(3-氯苯基)-3-(5-(2-((7-(3-(二甲基氨基)丙氧基)喹唑啉-4-基)氨基)乙基)噻唑-2-基)脲)；CLM3 (1-苯乙基-N-(1-苯基乙基)-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-4-胺)；EBI-907 (N-(2-氯-3-(1-环丙基-8-甲氧基-3H-吡唑并[3,4-c]异喹啉-7-基)-4-氟苯基)-3-氟丙烷-1-磺酰胺)；NVP-AST-487 (N-[4-[(4-乙基-1-哌嗪基)甲基]-3-(三氟甲基)苯基]-N'-[4-[[6-(甲基氨基)-4-嘧啶基]氧基]苯基]-脲)；NVP-BBT594 (BBT594) (5-((6-乙酰氨基嘧啶-4-基)氧基)-N-(4-((4-甲基哌嗪-1-基)甲基)-3-(三氟甲基)苯基)吲哚啉-1-甲酰胺)；PD173955 (6-(2,6-二氯苯基)-8-甲基-2-(3-甲基硫烷基苯胺基)吡啶并[2,3-d]嘧啶-7-酮)；PP2 (4-氨基-5-(4-氯苯基)-7-(二甲基乙基)吡唑并[3,4-d]嘧啶)；PZ-1 (N-(5-(叔丁基)异噁唑-3-基)-2-(4-(5-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-1H苯并[d]咪唑-1-基)苯基)乙酰胺)；RPI-1 (1,3-二氢-5,6-二甲氧基-3-[(4-羟基苯基)亚甲基]-H-吲哚-2-酮；(3E)-3-[(4-羟基苯基)亚甲基]-5,6-二甲氧基-1H-吲哚-2-酮)；SGI-7079 (3-[2-[[3-氟-4-(4-甲基-1-哌嗪基)苯基]氨基]-5-甲基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基]-苯乙腈)；SPP86 (1-异丙基-3-(苯基乙炔基)-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-4-胺)；SU4984 (4-[4-[(E)-(2-氧代-1H-吲哚-3-亚基)甲基]苯基]哌嗪-1-甲醛)；舒尼替尼(SU11248) (N-(2-二乙基氨基乙基)-5-[(Z)-(5-氟-2-氧代-1H-吲哚-3-亚基)甲基]-2,4-二甲基-1H-吡咯-3-甲酰胺)；TG101209 (N-叔丁基-3-(5-甲基-2-(4-(4-甲基哌嗪-1-基)苯基氨基)嘧啶-4-基氨基)苯磺酰胺)；醉茄素A ((4β,5β,6β,22R)-4,27-二羟基-5,6：22,26-二环氧麦角甾-2,24-二烯-1,26-二酮)；XL-999 ((Z)-5-((1-乙基哌啶-4-基)氨基)-3-((3-氟苯基)(5-甲基-1H-咪唑-2-基)亚甲基)吲哚啉-2-酮)；BPR1J373 (5-苯基噻唑-2-基胺-嘧啶衍生物)；CG-806 (CG'806)；DCC-2157；GTX-186；HG-6-63-01 ((E)-3-(2-(4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-基)乙烯基)-N-(4-((4-乙基哌嗪-1-基)甲基)-3-(三氟甲基)苯基)-4-甲基苯甲酰胺)；SW-01 (盐酸环苯扎林)；XMD15-44 (N-(4-((4-乙基哌嗪-1-基)甲基)-3-(三氟甲基)苯基)-4-甲基-3-(吡啶-3-基乙炔基)苯甲酰胺 (由结构生成))；Y078-DM1 (由与细胞毒素剂美坦辛的衍生物连接的RET抗体(Y078)组成的抗体药物缀合物)；Y078-DM4 (由与细胞毒素剂美坦辛的衍生物连接的RET抗体(Y078)组成的抗体药物缀合物)；ITRI-305 (D0N5TB、DIB003599)；BLU-667 (((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)；BLU6864；DS-5010；GSK3179106；GSK3352589；NMS-E668；和TAS0286/HM05。
靶向RET的治疗剂(例如，第一RET激酶抑制剂或第二RET激酶抑制剂)的其它实例包括 5-氨基-3-(5-环丙基异噁唑-3-基)-1-异丙基-1H-吡唑-4-甲酰胺；3-(5-环丙基异噁唑-3-基)-1-异丙基-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-4-胺；3-((6,7-二甲氧基喹唑啉-4-基)氨基)-4-氟-2-甲基苯酚；N-(5-(叔丁基)异噁唑-3-基)-2-(4-(咪唑并[1,2-a]吡啶-6-基)苯基)乙酰胺；N-(5-(叔丁基)异噁唑-3-基)-2-(3-(咪唑并[1,2-b]哒嗪-6-基氧基)苯基)乙酰胺；N-(2-氟-5-三氟甲基苯基)-N'-{4'-[(2''-苯甲酰氨基)吡啶-4''-基氨基]苯基}脲；2-氨基-6-{[2-(4-氯苯基)-2-氧代乙基]硫烷基}-4-(3-噻吩基)吡啶-3,5-二甲腈；和3-芳基脲基亚苄基-吲哚啉-2-酮类。
其它RET激酶抑制剂的其它实例包括美国专利号9,150,517和9,149,464和国际公开号WO 2014075035中描述的那些，它们都特此通过引用并入。例如，在一些实施方案中，其它RET抑制剂是式I的化合物：
Figure DEST_PATH_IMAGE033
其中R1是C6-C24烷基或聚乙二醇；或其药学上可接受的盐形式。在一些实施方案中，其它RET抑制剂是4-{5-[双-(氯乙基)-氨基]-1-甲基-1H-苯并咪唑-2-基}丁酸十二烷基酯。
其它RET激酶抑制剂的其它实例包括国际公开号WO 2016127074中描述的那些，其特此通过引用并入。例如，在一些实施方案中，其它RET抑制剂是式(I)的化合物或其药学上可接受的盐，其中：
Figure DEST_PATH_IMAGE034
其中环A和B各自独立地选自芳基、杂芳基、环烷基和杂环基；
L1 和L2各自独立地选自键、-(C1-C6亚烷基)-、-(C2-C6亚烯基)-、-(C2-C6 亚炔基)-、-(C1-C6 卤代亚烷基)-、-(C1-C6 亚杂烷基)-、-C(O)-、-O-、-S-、-S(O)、-S(O)2-、-N(R1)-、-O-(C1-C6亚烷基)-、-(C1-C6亚烷基)-O-、-N(R1)-C(O)-、-C(O)N(R1)-、-(C1-C6亚烷基)-N(R1)-、-N(R1)-(C1-C6亚烷基)-、-N(R1)-C(O)-(C1-C6亚烷基)-、-(C1-C6亚烷基)-N(R1)-C(O)-、-C(O)-N(R1)-(C1-C6亚烷基)-、-(C1-C6亚烷基)-C(O)-N(R1)-、-N(R1)-S(O)2-、-S(O)2-N(R1)-、-N(R1)-S(O)2-(C1-C6亚烷基)-和-S(O)2-N(R1)-(C1-C6亚烷基)-；其中亚烷基、亚烯基、亚炔基、卤代亚烷基和亚杂烷基中的每一个独立地被出现0-5次的R'取代；
RA和RB各自独立地选自C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、卤素、C1-C6卤代烷基、C1-C6 羟基烷基、C1-C6 杂烷基和-N(R1)(R1)；其中烷基、烷氧基、卤代烷基、羟基烷基和羟基烷基中的每一个独立地被出现0-5次的Ra取代；
RC 和RD各自独立地选自C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、C1-C6烷氧基、卤素、C1-C6 杂烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6卤代烷氧基、C1-C6 羟基烷基、环烷基、芳基、杂芳基、芳氧基、芳烷基、杂环基、杂环基烷基、硝基、氰基、-C(O)R1、-OC(O)R1、-C(O)OR1、-(C1-C6亚烷基)-C(O)R1、-SR1、-S(O)2R1、-S(O)2-N(R1)(R1)、-(C1-C6亚烷基)-S(O)2R1、-(C1-C6亚烷基)-S(O)2-N(R1)(R1)、-N(R1)(R1) -C(O)-N(R1)(R1)-N(R1)-C(O)R1、-N(R1)-C(O)OR1、-(C1-C6亚烷基)-N(R1)-C(O)R1、-N(R1)S(O)2R1和-P(O)(R1)(R1)；其中烷基、烯基、炔基、烷氧基、杂烷基、卤代烷基、卤代烷氧基、羟基烷基、环烷基、芳基、杂芳基、芳氧基、芳烷基、杂环基、和杂环基烷基中的每一个独立地被出现0-5次的Ra取代；或2个RC或2个RD与它们所连接的碳原子一起形成环烷基或杂环基环独立地被出现0-5次的Ra取代；
各R1独立地选自氢、羟基、卤素、巯基、C1-C6烷基、C1-C6 硫基烷基、C1-C6烷氧基、C1-C6卤代烷基、C1-C6 羟基烷基、C1-C6 杂烷基、环烷基、环烷基烷基、杂芳基烷基、杂环基和杂环基烷基，其中烷基、硫基烷基、烷氧基、卤代烷基、羟基烷基、杂烷基、环烷基、环烷基烷基、杂芳基烷基、杂环基和杂环基烷基中的每一个独立地被出现0-5次的Rb取代，或2个R1与它们所连接的原子一起形成独立地被出现0-5次的Rb取代的环烷基或杂环基环；
Ra和Rb各自独立地为C1-C6烷基、卤素、羟基、C1-C6卤代烷基、C1-C6 杂烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6烷氧基、环烷基、杂环基、或氰基，其中烷基、卤代烷基、杂烷基、羟基烷基、烷氧基、环烷基和杂环基中的每一个独立地被出现0-5次的R'取代；
各R'是C1-C6烷基、C1-C6 杂烷基、卤素、羟基、C1-C6卤代烷基、C1-C6 羟基烷基、环烷基或氰基；或2个R'与它们所连接的原子一起形成环烷基或杂环基环；
m为0、1、2或3；
n为0、1或2；和
p和q各自独立地为0、1、2、3或4。例如，RET抑制剂可以选自：
Figure DEST_PATH_IMAGE035
Figure DEST_PATH_IMAGE036
Figure DEST_PATH_IMAGE037
Figure DEST_PATH_IMAGE038
Figure DEST_PATH_IMAGE039
Figure DEST_PATH_IMAGE040
，或其药学上可接受的盐。
其它RET激酶抑制剂的其它实例包括国际公开号WO 2016075224中描述的那些，其特此通过引用并入。例如，在一些实施方案中，其它RET抑制剂是式(II)的化合物或其药学上可接受的盐，其中：
Figure DEST_PATH_IMAGE041
R1 和R2独立地为氢或选自直链或支链(C1-C6)烷基、(C3-C6)环烷基和COR'的任选取代的基团，其中R'是选自直链或支链(C1-C6)烷基和(C3-C6)环烷基的任选取代的基团；
R3为氢或选自直链或支链(C1-C6)烷基、(C2-C6)烯基、(C2-C6)炔基、(C3-C6)环烷基、芳基、杂芳基和3-至7-元杂环基环的任选取代的基团；
R4为氢或选自直链或支链(C1-C6)烷基、(C2-C6)烯基、芳基、杂芳基或杂环基的任选取代的基团；
A为5-或6-元杂芳基环或苯基环；
B为选自杂芳基、(C5-C6)环烷基和杂环基环或苯基环的5-或6-元环；其中环A和环B稠合在一起以形成包含与6-元芳族或5-至6-元杂芳族、(C5-C6)环烷基或杂环基环稠合的6-元芳族或5-至6-元杂芳族环的双环系统；
Y为碳或氮；
X为氢、卤素、羟基、氰基或选自直链或支链(C1-C6)烷基和(C1-C6)烷氧基的任选取代的基团；和
R5 和R6独立地为氢或选自直链或支链(C1-C6)烷基、(C3-C6)环烷基、杂环基、芳基和杂芳基的任选取代的基团。
其它RET激酶抑制剂的其它实例包括国际公开号WO 2015079251中描述的那些，其特此通过引用并入。例如，在一些实施方案中，其它RET抑制剂是式(III)的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中：
Figure DEST_PATH_IMAGE042
X 为NH、NRx、0或S，其中Rx为(1-3C)烷基；
R1选自卤素(例如，氟、氯或溴)、三氟甲基、(1-4C)烷基(例如，甲基)、(1-4C)烷氧基或(3-6C)环烷基，其中烷基、烷氧基或环烷基任选地被一个或多个氟取代；
R2选自氢、卤素(例如，氟、氯或溴)、羟基、氰基、三氟甲基、三氟甲氧基、(1-6C)烷基(例如，甲基)、(3-8C)环烷基、或(1-4C)烷氧基(例如，OMe)，其中烷基、环烷基或烷氧基任选地被一个或多个氟取代；
R3选自氢、卤素(例如氟、氯或溴)、羟基、氰基、三氟甲基、三氟甲氧基、(1-6C)烷基(例如，甲基)、(3-8C)环烷基或(1-4C)烷氧基(例如，OMe)，其中烷基、环烷基或烷氧基任选地被一个或多个氟取代；
R4选自氢、卤素(例如，氟、氯或溴)、羟基、氰基、三氟甲基、三氟甲氧基、(1-6C)烷基(例如，甲基)、(3-8C)环烷基或(1-4C)烷氧基(例如，OMe)，其中烷基、环烷基或烷氧基任选地被一个或多个氟取代；
R5选自氢或由下式定义的基团：
-O-L5-X5-Q5；
其中
L5 为不存在或直链或支链(1-4C)亚烷基；
X5 为不存在或-C(O)O-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-CH(QR5L)-、-N(Rj)-、-N(R5L)-C(O)-、-N(R5L)-C(O)O-、-C(O)-N(R5L)-、-S-、-SO-、-SO2-、-S(O)2N(R5L)-或-N(R5L)SO2-，其中R5L选自氢或甲基；和
Q5为(1-6C)烷基、(2-6C)烯基、(2-6C)炔基、(3-8C)环烷基、(3-8C)环烷基-(1-4C)烷基、芳基、芳基-(1-4C)烷基、杂芳基、杂芳基-(1-4C)烷基、杂环基或杂环基-(1-4C)烷基；
R6选自氢或由下式定义的基团：
-O-L6-X6-Q6
其中
L6 为不存在或直链或支链(1-4C)亚烷基；
X6 为不存在或选自-O-、-C(O)-、-C(O)O-、-OC(O)-、-CH(OR6L)-、-N(R6L)、-N(R6L)-C(O)-、-N(R6L)-C(O)O-、-C(O)-N(R6L)-、-S-、-SO-、-SO2-、-S(O)2N(R6L)-或-N(R6L)SO2-，其中R6L选自氢或(1-3C)烷基；
Q6为氢、(1-8C)烷基、(2-8C)烯基、(2-8C)炔基、(3-8C)环烷基、(3-8C)环烷基-(1-6C)烷基、芳基、芳基-(1-6C)烷基、杂芳基、杂芳基-(1-6C)烷基、杂环基、杂环基-(1-6C)烷基，
或Q6和RL6连接，使得它们与它们所连接的氮原子一起形成杂环；
其中R6任选被一个或多个(1-6C)烷基、(1-6C)烷酰基、OR6X、SR6X、S(O)R6X、S(O)2R6X、C(O)OR6X或C(O)NR6XR'6X取代(例如在L6和/或Q6上取代)，其中R6X 和R'6X独立地为氢、(1-8C)烷基，或
R6X 和R'6X连接，使得它们与它们所连接的氮原子一起形成杂环；和
R7选自氢、(1-6C)烷氧基或由下式定义的基团：
-O-L7-X7-Q7-
其中
L7 为不存在或直链或支链(1-4C)亚烷基；
X7 为不存在或选自-O-、-C(O)-、-C(O)O-、-OC(O)-、-CH(OR6L)-、-N(R7L)-、-N(R7L)-C(O)-、-N(R7L)-C(O)O-、-C(O)-N(R7L)-、-S-、-SO-、-SO2-、-S(O)2N(R7L)-或-N(R7L)SO2-，其中R7L选自氢或(1-3C)烷基；
Q7为氢、(1-8C)烷基、(2-8C)烯基、(2-8C)炔基、(3-8C)环烷基、(3-8C)环烷基-(1-6C)烷基、芳基、芳基-(1-6C)烷基、杂芳基、杂芳基-(1-6C)烷基、杂环基、杂环基-(1-6C)烷基，
或Q7 和R7L连接，使得它们与它们所连接的氮原子一起形成杂环；
其中R7任选被一个或多个卤素、羟基、硝基、氰基、(1-8C)烷基、(1-8C)烷酰基、OR7X、SR7X、S(O)R7X、S(O)2R7X、C(O)OR7X或C(O)NR7XR'7X取代(例如，在L7和/或Q7上取代)，其中R7X 和R'7X独立地为氢、(1-8C)烷基，或R7X 和R'7X连接，使得它们与它们所连接的氮原子一起形成杂环；或
R7任选地被一个或多个选自氧代、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)羟基烷基、C(O)R7y或NR7yR'7y的基团取代，其中R7y 和R'7y独立地为氢或(1-8C)烷基。
其它RET激酶抑制剂的其它实例包括国际公开号WO2017178845中描述的那些，其特此通过引用并入。例如，在一些实施方案中，其它RET抑制剂是式(IV)的化合物或其药学上可接受的盐，其中：
Figure DEST_PATH_IMAGE043
HET选自以下之一：
Figure DEST_PATH_IMAGE044
其中
Figure DEST_PATH_IMAGE045
表示连接点；
R1选自氢、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基或下式的基团：
-L-Y-Q
其中：
L 为不存在或任选地被一个或多个选自(1-2C)烷基或氧代的取代基取代的(1-5C)亚烷基；
Y为不存在或O、S、SO、SO2、N(Ra)、C(O)、C(O)O、OC(O)、C(O)N(Ra)、N(Ra)C(O)、N(Ra)C(O)N(Rb)、N(Ra)C(O)O、OC(O)N(Ra)、S(O)2N(Ra)或N(Ra)SO2，其中RA和Rb各自独立地选自氢或(1-4C)烷基；和
Q为氢、(1-6C)烷基、(2-6C)烯基、(2-6C)炔基、芳基、(3-10C)环烷基、(3-10C)环烯基、杂芳基或杂环基；其中Q任选地被一个或多个独立地选自(1-4C)烷基、卤素、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、氨基、(1-4C)氨基烷基、氰基、羟基、羧基、氨基甲酰基、氨磺酰基、巯基、脲基、NRcRd、ORc、C(O)Rc、C(O)ORc、OC(O)Rc、C(O)N(Rd)Rc、N(Rd)C(O)Rc、S(O)pRc(其中p为0、1或2)、SO2N(Rd)Rc、N(Rd)SO2Rc、Si(Re)(Rd)Rc或(CH2)qNRcRd (其中q为1、2或3)的取代基进一步取代；其中Rc、Rd 和Re各自独立地选自氢、(1-6C)烷基或(3-6C)环烷基；或Rc 和Rd连接，使得它们与它们所连接的氮原子一起形成4-7元杂环，其任选地被一个或多个选自(1-4C)烷基、卤素、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、(1-4C)烷氧基、(1-4C)烷基氨基、氨基、氰基或羟基的取代基取代；或
Q任选地被下式的基团取代：
-L1-LQ1-W1
其中：
L1 为不存在或任选地被一个或多个选自(1-2C)烷基或氧代的取代基取代的(1-3C)亚烷基；
LQ1 为不存在或选自O、S、SO、SO2、N(Rf)、C(O)、C(O)O、OC(O)、C(O)N(Rf)、N(Rf)C(O)、N(Rf)C(O)N(Rg)、N(Rf)C(O)O、OC(O)N(Rf)、S(O)2N(Rf)或N(Rf)SO2，其中Rf 和Rg各自独立地选自氢或(1-2C)烷基；和
W1为氢、(1-6C)烷基、芳基、芳基(1-2C)烷基、(3-8C)环烷基、(3-8C)环烯基、杂芳基或杂环基；其中W1任选地被一个或多个选自(1-4C)烷基、卤素、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、(1-4C)烷氧基、(1-4C)烷基氨基、氨基、氰基、羟基、羧基、氨基甲酰基、氨磺酰基、巯基、脲基、芳基、杂芳基、杂环基、(3-6C)环烷基、NRhRi、ORh、C(O)Rh、C(O)ORh、OC(O)Rh、C(O)N(Ri)Rh、N(Ri)C(O)Rh、S(O)rRh (其中r为0、1或2)、SO2N(Ri)Rh、N(Ri)SO2Rh或(CH2)sNRiRh(其中s为1、2或3)的取代基取代；其中Rh 和Ri各自独立地选自氢、(1-4C)烷基或(3-6C)环烷基；
R1A和R1b各自选自H、(1-4C)烷基、卤素、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、(1-4C)烷氧基、(1-4C)烷基氨基、氨基、氰基、羟基、羧基、氨基甲酰基、氨磺酰基或巯基；
W选自0、S或NRW1，其中RW1选自H或(1-2C)烷基；
X1、X2、X3和X4独立地选自CH、CR2或N；
R2选自氢、卤素、(1-4C)烷基、(1-4C)烷氧基、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、氨基、氰基、硝基、芳基、杂芳基、杂环基、环烷基、(2-4C)炔基、NRjRk、ORj、C(O)Rj、C(O)ORj、OC(O)Rj、C(O)N(Rk)Rj、N(Rk)C(O)Rj、N(Rk)C(O)N(Rj)、S(O)r1Rk (其中r1为0、1或2)、SO2N(Rj)Rk、N(Rj)SO2Rk或(CH2)vNRjRk (其中v为1、2或3)；其中Rj 和Rk各自独立地选自氢或(1-4C)烷基；并且其中所述(1-4C)烷基、芳基、杂芳基、杂环基或环烷基任选地被一个或多个选自卤素、(1-4C)烷基、(1-4C)烷氧基、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、氨基、氰基、硝基、苯基、(2-4C)炔基、NRj1Rk1、ORj1、C(O)Rj1、C(O)ORj1、OC(O)Rj1、C(O)N(Rk1)Rj1、N(Rk1)C(O)Rj1、S(O)r2Rh (其中r2为0、1或2)、SO2N(Rj1)Rk1、N(Rj1)SO2Rk1或(CH2)v1NRj1Rk1 (其中v1为1、2或3)的取代基取代；并且其中Rj1 和Rk1各自独立地选自氢或(1-4C)烷基；和
R3选自卤素、(1-4C)烷基、(1-4C)烷氧基、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、氨基、氰基、硝基、(2-4C)炔基、NRlRm、ORl、C(O)Rl、C(O)ORl、OC(O)Rl、C(O)N(Rm)Rl、N(Rm)C(O)Rl或(CH2)yNRlRm (其中y为1、2或3)；其中所述(1-4C)烷基任选地被一个或多个选自氨基、羟基、(1-2C)烷氧基或卤素的取代基取代；并且其中Rl 和Rm各自独立地选自氢或(1-4C)烷基。
其它RET激酶抑制剂的其它实例包括国际公开号WO2017178844中描述的那些，其特此通过引用并入。例如，在一些实施方案中，其它RET抑制剂是式(V)的化合物或其药学上可接受的盐，其中：
Figure DEST_PATH_IMAGE046
HET选自以下之一：
Figure DEST_PATH_IMAGE047
其中
Figure DEST_PATH_IMAGE048
表示连接点；
R1选自氢、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基或下式的基团：
-L-Y-Q
其中：
L 为不存在或任选地被一个或多个选自(1-2C)烷基或氧代的取代基取代的(1-5C)亚烷基；
Y为不存在或O、S、SO、SO2、N(Ra)、C(O)、C(O)O、OC(O)、C(O)N(Ra)、N(Ra)C(O)、N(Ra)C(O)N(Rb)、N(Ra)C(O)O、OC(O)N(Ra)、S(O)2N(Ra)或N(Ra)SO2，其中Ra和Rb各自独立地选自氢或(1-4C)烷基；和
Q为氢、(1-6C)烷基、(2-6C)烯基、(2-6C)炔基、芳基、(3-10C)环烷基、(3-10C)环烯基、杂芳基或杂环基；其中Q任选地被一个或多个独立地选自(1-4C)烷基、卤素、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、氨基、(1-4C)氨基烷基、氰基、羟基、羧基、氨基甲酰基、氨磺酰基、巯基、脲基、NRcRd、ORc、C(O)Rc、C(O)ORc、OC(O)Rc、C(O)N(Rd)Rc、N(Rd)C(O)Rc、S(O)yRc (其中y为0、1或2)、SO2N(Rd)Rc、N(Rd)SO2Rc、Si(Rd)(Rc)Re或(CH2)zNRcRd (其中z为1、2或3)的取代基进一步取代；其中Rc、Rd 和Re各自独立地选自氢、(1-6C)烷基或(3-6C)环烷基；或Rc 和Rd可以连接，使得它们与它们所连接的氮原子一起形成4-7元杂环，其任选地被一个或多个选自(1-4C)烷基、卤素、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、(1-4C)烷氧基、(1-4C)烷基氨基、氨基、氰基或羟基的取代基取代；或
Q任选地被下式的基团取代：
-L1-LQ1-Z1
其中：
L1 为不存在或任选地被一个或多个选自(1-2C)烷基或氧代的取代基取代的(1-3C)亚烷基；
LQ1 为不存在或选自O、S、SO、SO2、N(Rf)、C(O)、C(O)O、OC(O)、C(O)N(Rf)、N(Rf)C(O)、N(Rg)C(O)N(Rf)、N(Rf)C(O)O、OC(O)N(Rf)、S(O)2N(Rf)或N(Rf)SO2，其中Rf 和Rg各自独立地选自氢或(1-2C)烷基；和
Z1为氢、(1-6C)烷基、芳基、芳基(1-2C)烷基、(3-8C)环烷基、(3-8C)环烯基、杂芳基或杂环基；其中Z1任选地被一个或多个选自(1-4C)烷基、卤素、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、(1-4C)烷氧基、(1-4C)烷基氨基、氨基、氰基、羟基、羧基、氨基甲酰基、氨磺酰基、巯基、脲基、芳基、杂芳基、杂环基、(3-6C)环烷基、NRhRi、ORh、C(O)Rh、C(O)ORh、OC(O)Rh、C(O)N(Ri)Rh、N(Ri)C(O)Rh、S(O)yaRh(其中ya为0、1或2)、SO2N(Ri)Rh、N(Ri)SO2Rh或(CH2)zaNRiRh(其中za为1、2或3)的取代基取代；其中Rh 和Ri各自独立地选自氢、(1-4C)烷基或(3-6C)环烷基；
R1a和R1b各自选自氢、(1-4C)烷基、卤素、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、(1-4C)烷氧基、(1-4C)烷基氨基、氨基、氰基、羟基、羧基、氨基甲酰基、氨磺酰基或巯基；
W选自O、S或NRj，其中Rj选自H或(1-2C)烷基；
X1和X2各自独立地选自N或CRk；
其中
Rk选自氢、卤素、(1-4C)烷基、(1-4C)烷氧基、氨基、(1-4C)烷基氨基、(1-4C)二烷基氨基、氰基、(2C)炔基、C(O)Rk1、C(O)ORk1、OC(O)Rk1、C(O)N(Rk2)Rk1、N(Rk2)C(O)Rk1、S(O)ybRk1 (其中yb为0、1或2)、SO2N(Rk2)Rk1、N(Rk2)SO2Rk1或(CH2)zbNRk1Rk2 (其中zb为1、2或3)；其中所述(1-4C)烷基任选地被一个或多个选自氨基、羟基、(1-2C)烷氧基或卤素的取代基取代；和
Rk1 和Rk2各自独立地选自氢或(1-4C)烷基；
X3选自N或CRm；
其中
Rm选自氢、卤素、(1-4C)烷基、(1-4C)烷氧基、氨基、(1-4C)烷基氨基、(1-4C)二烷基氨基、氰基、(2C)炔基、C(O)Rm1、C(O)ORm1、OC(O)Rm1、C(O)N(Rm2)Rm1、N(Rm2)C(O)Rm1、S(O)ycRm1 (其中yc为0、1或2)、SO2N(Rm2)Rm1、N(Rm2)SO2Rm1或(CH2)zcNRm1 Rm2 (其中zc为1、2或3)；其中所述(1-4C)烷基任选地被一个或多个选自氨基、羟基、(1-2C)烷氧基或卤素的取代基取代；和
Rm1 和Rm2各自独立地选自氢或(1-4C)烷基；
Ro选自卤素、(1-4C)烷基、(1-4C)烷氧基、氨基、(1-4C)烷基氨基、(1-4C)二烷基氨基、氰基、(2C)炔基、C(O)Ro1、C(O)ORo1、OC(O)Ro1、C(O)N(Ro2)Ro1、N(Ro2)C(O)Ro1、S(O)ydRo1(其中yd为0、1或2)、SO2N(Ro2)Ro1、N(Ro2)SO2Ro1或(CH2)zdNRo1Ro2 (其中zd为1、2或3)；其中所述(1-4C)烷基任选地被一个或多个选自氨基、羟基、(1-2C)烷氧基或卤素的取代基取代；和
Ro1 和Ro2各自独立地选自氢或(1-4C)烷基；
R2选自氢、(1-4C)烷基或下式的基团：
-L2-Y2-Q2
其中：
L2 为不存在或任选地被一个或多个选自(1-2C)烷基或氧代的取代基取代的(1-3C)亚烷基；
Y2 为不存在或C(O)、C(O)O、C(O)N(Rp)，其中Rp选自氢或(1-4C)烷基；和
Q2为氢、(1-6C)烷基、芳基、(3-8C)环烷基、(3-8C)环烯基、杂芳基或杂环基；其中Q2任选地被一个或多个独立地选自(1-4C)烷基、卤素、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、氨基、氰基、羟基、羧基、氨基甲酰基、氨磺酰基、NRqRr、ORq的取代基进一步取代，其中Rq和Rr各自独立地选自氢、(1-4C)烷基或(3-6C)环烷基；
R3选自下式的基团：
-Y3-Q3
其中：
Y3是C(O)、C(O)N(Ry)、C(O)N(Ry)O、N(Ry)(O)C、C(O)O、OC(O)、N(Ry)C(O)N(Ry1)、SO2N(Ry)、N(Ry)SO2、噁唑基、三唑基、噁二唑基、噻唑基、咪唑基、噻二唑基、吡啶基、吡唑基、吡咯基或四唑基，其中Ry和Ry1独立地选自氢或(1-2C)烷基；和
Q3为氢、(1-6C)烷基、芳基、芳基(1-2C)烷基、(3-8C)环烷基、(3-8C)环烯基、杂芳基或杂环基；其中Q3任选地被一个或多个独立地选自(1-4C)烷基、卤素、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、氨基、氰基、羟基、羧基、氨基甲酰基、氨磺酰基、NRzRaa、ORz的取代基进一步取代，其中Rz和Raa各自独立地选自氢、(1-4C)烷基或(3-6C)环烷基；或Q3任选地被下式的基团取代：
-L4-LQ4-Z4
其中：
L4 为不存在或任选地被一个或多个选自(1-2C)烷基或氧代的取代基取代的(1-3C)亚烷基；
LQ4 为不存在或选自或O、S、SO、SO2、N(Rab)、C(O)、C(O)O、OC(O)、C(O)N(Rab)、N(Rab)C(O)、N(Rac)C(O)N(Rab)、N(Rab)C(O)O、OC(O)N(Rab)、S(O)2N(Rab)或N(Rab)SO2，其中Rab和Rac各自独立地选自氢或(1-2C)烷基；和
Z4为氢、(1-6C)烷基、芳基、芳基(1-2C)烷基、(3-8C)环烷基、(3-8C)环烯基、杂芳基或杂环基；其中Z4任选地被一个或多个选自(1-4C)烷基、卤素、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、(1-4C)烷氧基、(1-4C)烷基氨基、氨基、氰基、羟基、羧基、氨基甲酰基、氨磺酰基、巯基、脲基、芳基、杂芳基、杂环基, (3-6C)环烷基、NRadRae、ORad、C(O)Rad、C(O)ORad、OC(O)Rad、C(O)N(Rae)Rad、N(Rae)C(O)Rad、S(O)yeRad (其中ye为0、1或2)、SO2N(Rae)Rad、N(Rae)SO2Rad或(CH2)zeNRadRae (其中ze为1、2或3)的取代基取代；其中Rad和Rae各自独立地选自氢、(1-4C)烷基或(3-6C)环烷基；或
Q3和Ry连接，使得它们与它们所连接的氮原子一起形成4-7元杂环，其任选地被一个或多个选自(1-4C)烷基、卤素、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、(1-4C)烷氧基、(1-4C)烷基氨基、氨基、氰基或羟基的取代基取代；
条件是X1、X2或X3中只有1个或2个可以是N。
其它RET激酶抑制剂的其它实例包括国际公开号WO 2017145050中描述的那些，其特此通过引用并入。例如，在一些实施方案中，其它RET具有式(VI)或为其药学上可接受的盐。
Figure DEST_PATH_IMAGE049
其它RET激酶抑制剂的其它实例包括国际公开号WO 2016038552中描述的那些，其特此通过引用并入。例如，在一些实施方案中，其它RET具有式(VII)或式(VIII)或为其药学上可接受的盐。
Figure DEST_PATH_IMAGE050
Figure DEST_PATH_IMAGE051
又其它治疗剂包括 RET抑制剂，诸如例如在美国专利号10,030,005；9,738,660；9,801,880；9,682,083；9,789,100；9,550,772；9,493,455；9,758,508；9,604,980；9,321,772；9,522,910；9,669,028；9,186,318；8,933,230；9,505,784；8,754,209；8,895,744；8,629,135；8,815,906；8,354,526；8,741,849；8,461,161；8,524,709；8,129,374；8,686,005；9,006,256；8,399,442；7,795,273；7,863,288；7,465,726；8,552,002；8,067,434；8,198,298；8,106,069；6,861,509；8,299,057；9,150,517；9,149,464；8,299,057；和7,863,288；美国公开号2018/0009818；2018/0009817；2017/0283404；2017/0267661；2017/0298074；2017/0114032；2016/0009709；2015/0272958；2015/0238477；2015/0099721；2014/0371219；2014/0137274；2013/0079343；2012/0283261；2012/0225057；2012/0065233；2013/0053370；2012/0302567；2011/0189167；2016/0046636；2013/0012703；2011/0281841；2011/0269739；2012/0271048；2012/0277424；2011/0053934；2011/0046370；2010/0280012；2012/0070410；2010/0081675；2010/0075916；2011/0212053；2009/0227556；2009/0209496；2009/0099167；2010/0209488；2009/0012045；2013/0303518；2008/0234267；2008/0199426；2010/0069395；2009/0312321；2010/0173954；2011/0195072；2010/0004239；2007/0149523；2017/0281632；2017/0226100；2017/0121312；2017/0096425；2017/0044106；2015/0065468；2009/0069360；2008/0275054；2007/0117800；2008/0234284；2008/0234276；2009/0048249；2010/0048540；2008/0319005；2009/0215761；2008/0287427；2006/0183900；2005/0222171；2005/0209195；2008/0262021；2008/0312192；2009/0143399；2009/0130229；2007/0265274；2004/0185547；和2016/0176865；和国际公开号WO 2018/149382；WO 2018/136796；WO 2017/079140；WO 2017/145050；WO 2017/097697；WO 2017/049462；WO 2017/043550；WO 2017/027883；WO 2017/013160；WO 2017/009644；WO 2016/168992；WO 2016/137060；WO 2016/127074；WO 2016/075224；WO 2016/038552；WO 2015/079251；WO 2014/086284；WO 2013/042137；WO 2013/036232；WO 2013/016720；WO 2012/053606；WO 2012/047017；WO 2007/109045；WO 2009/042646；WO 2009/023978；WO 2009/017838；WO 2017/178845；WO 2017/178844；WO 2017/146116；WO 2017/026718；WO 2016/096709；WO 2007/057397；WO 2007/057399；WO 2007/054357；WO 2006/130613；WO 2006/089298；WO 2005/070431；WO 2003/020698；WO 2001/062273；WO 2001/016169；WO 1997/044356；WO 2007/087245；WO 2005/044835；WO 2014/075035；和WO 2016/038519；和J. Med.Chem. 2012, 55 (10), 4872-4876中描述的那些，它们都特此通过引用以其整体并入。
在一些实施方案中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)是式II的化合物：
Figure DEST_PATH_IMAGE052
或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中：
X1是CH、CCH3、CF、CCl或N；
X2是CH、CF或N；
X3是CH、CF或N；
X4是CH、CF或N；
其中X1、X2、X3和X4中的0、1或2个为N；
A为H、Cl、CN、Br、CH3、CH2CH3或环丙基；
B为hetAr1；
hetAr1为具有1-3个独立地选自N、S和O的环杂原子的5-元杂芳基环，其中所述杂芳基环任选地被一个或多个独立地选自卤素、C1-C6烷基、羟基C1-C6烷基、氟C1-C6烷基、二氟C1-C6烷基、三氟C1-C6烷基、氰基C1-C6烷基、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基、(C1-C4烷氧基)CH2C(=O)-、(C1-C4烷氧基)C(=O)C1-C3烷基、C3-C6环烷基、(RaRbN)C1-C6烷基、(RaRbN)C(=O)C1-C6烷基、(C1-C6烷基SO2)C1-C6烷基、hetCyca和4-甲氧基苄基的取代基取代；
Ra和Rb独立地为H或C1-C6烷基；
hetCyca为具有1个选自N和O的环杂原子的4-6元杂环，其中所述杂环任选地被卤素、C1-C6烷基、氟C1-C6烷基、二氟C1-C6烷基、三氟C1-C6烷基、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基、二(C1-C3烷基)NCH2C(=O)、(C1-C6烷氧基)C(=O)或(C1-C6烷氧基)CH2C(=O)取代；
D为hetCyc1、hetCyc2、hetCyc3或hetCyc9；
hetCyc1为具有1-2个选自N和O的环原子的4-6元杂环，其中所述杂环任选地被一个或多个独立地选自C1-C3烷基、氟C1-C3烷基、二氟C1-C3烷基、三氟C1-C3烷基和OH的取代基取代，或所述杂环被C3-C6 亚环烷基环取代，或所述杂环被氧代基团取代；
hetCyc2为具有1-3个独立地选自N和O的环杂原子的7-8元桥接的杂环，其中所述杂环任选地被C1-C3烷基取代；
hetCyc3为具有1-2个独立地选自N和O的环杂原子的7-11元杂螺环，其中所述环任选地被C1-C3烷基取代；
hetCyc9为具有1-3个环氮原子并且任选地被氧代取代的稠合的9-10元杂环；
E为
(a) 氢，
(b) OH，
(c) RaRbN-，其中Ra为H或C1-C6烷基并且Rb为H、C1-C6烷基或苯基；
(d) 任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基，
(e) 任选地被1-3个氟取代的羟基C1-C6烷基- ，
(f) 任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷氧基，
(g) 任选地被1-3个氟取代的羟基(C1-C6烷氧基)，
(h) 任选地被1-3个氟取代的(C1-C6烷氧基)羟基C1-C6烷基-，
(i) 任选地被1-3个氟取代的(C1-C6烷基)C(=O)-，
(j) 任选地被1-3个氟取代的(羟基C1-C6烷基)C(=O)-，
(k) (C1-C6烷氧基)C(=O)-，
(l) (C1-C6烷氧基)(C1-C6烷基)C(=O)-，
(m) HC(=O)-，
(n) Cyc1，
(o) Cyc1C(=O)-，
(p) Cyc1(C1-C6烷基)C(=O)-，其中所述烷基部分任选地被一个或多个独立地选自OH、氟、C1-C3烷氧基和RcRdN-的基团取代，其中Rc和Rd独立地为H或C1-C6烷基，
(q) hetCyc4，
(r) hetCyc4C(=O)-，
(s) hetCyc4(C1-C3烷基)C(=O)-，
(t) (hetCyc4)C(=O)C1-C2烷基-，
(u) hetCyc4C(=O)NH-，
(v) Ar2，
(w) Ar2C(=O)-，
(x) Ar2C1-C6烷基-，
(y) (Ar2)羟基C2-C6烷基-，
(z) Ar2(C1-C3烷基)C(=O)-，其中所述烷基部分任选地被一个或两个独立地选自OH、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、羟基C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和 ReRfN-(其中Re和Rf独立地为H或C1-C6烷基或Re和Rf与它们所连接的氮一起形成任选地具有1个选自N和O的另外的环杂原子的5-6元氮杂环)的基团取代，
(aa) hetAr2C(=O)-，
(bb) (hetAr2)羟基C2-C6烷基-，
(cc) hetAr2(C1-C3烷基)C(=O)-，其中所述烷基部分任选地被一个或两个独立地选自OH、C1-C6烷基、羟基C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和ReRfN-(其中Re和Rf独立地为 H或C1-C6烷基或Re和Rf与它们所连接的氮一起形成任选地具有1个选自N和O的另外的环杂原子的5-6元氮杂环)的基团取代，
(dd) R1R2NC(=O)-，
(ee) R1R2N(C1-C3烷基)C(=O)-，其中所述烷基部分任选地被苯基取代，
(ff) R1R2NC(=O)C1-C2烷基-，
(gg) R1R2NC(=O)NH-，
(hh) CH3SO2(C1-C6烷基)C(=O)-，
(ii) (C1-C6烷基)SO2-，
(jj) (C3-C6环烷基)CH2SO2-，
(kk) hetCyc5-SO2-，
(ll) R4R5NSO2-，
(mm) R6C(=O)NH-，
(nn) hetCyc6,
(oo) hetAr2C1-C6烷基-，
(pp) (hetCyc4)C1-C6烷基-，
(qq) 任选地被1-3个氟取代的(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-，
(rr) (C3-C6 环烷氧基)C1-C6烷基-,
(ss) (C3-C6环烷基)C1-C6烷基-，其中所述环烷基任选地被1-2个氟取代，
(tt) (RgRhN)C1-C6烷基-，其中Rg和Rh独立地为H或C1-C6烷基，
(uu) Ar2-O-，
(vv) (C1-C6烷基SO2)C1-C6烷基-，
(ww) (C1-C6烷氧基)C(=O)NHC1-C6烷基-，
(xx) (C3-C6 环烷氧基)C(=O)-，
(yy) (C3-C6环烷基)SO2-，其中所述环烷基任选地被C1-C6烷基取代，
(zz) Ar4CH2OC(=O)-，
(aaa) (N-(C1-C3烷基)吡啶酮基)C1-C3烷基-，和
(bbb) (Ar4SO2)C1-C6烷基-；
Cyc1为C3-C6环烷基，其中(a)所述环烷基任选地被一个或多个独立地选自OH、卤素、C1-C6烷氧基、CN、羟基C1-C6烷基、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基和任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基的取代基取代，或(b) 所述环烷基被苯基取代，其中所述苯基任选地被一个或多个独立地选自卤素、C1-C3烷基、C1-C3烷氧基和CF的取代基取代，或(c)所述环烷基被具有1-3个独立地选自N和O的环杂原子的5-6元杂芳基环取代，其中所述杂芳基环任选地被一个或多个独立地选自卤素、C1-C3烷基、C1-C3烷氧基和CF3的取代基取代；
Ar2为任选地被一个或多个独立地选自卤素、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基(任选地被1-3个氟取代)、氟C1-C6烷基、二氟C1-C6烷基、三氟C1-C6烷基、CN、具有1-2个独立地选自N和O的环杂原子的5-6元杂环和RiRjN-的取代基取代的苯基，其中Ri和Rj独立地为H或C1-C6烷基；
hetAr2为具有1-3个独立地选自N、O和S的环杂原子并任选地被一个或多个独立地选自卤素、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基(任选地被1-3个氟取代)、氟C1-C6烷基、二氟C1-C6烷基、三氟C1-C6烷基、羟基C1-C6烷基、(C3-C6)环烷基、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基、CN、OH和R'R''N-的取代基取代的5-6元杂芳基环，其中R'和R''独立地为H或C1-C3烷基；
hetCyc4为(a) 具有1-2个独立地选自N、O和S的环杂原子的4-6元杂环，其中所述S任选地被氧化为SO2，(b) 具有1-2个独立地选自N和O的环杂原子的7-8元桥接的杂环，(c)具有1-2个独立地选自N和O的环杂原子并任选地独立地被1-2个C1-C6烷基取代基取代的6-12元稠合的双环杂环，或(d) 具有1-2个独立地选自N和O的环杂原子的7-10元螺环杂环，其中各所述杂环任选地被一个或多个独立地选自卤素、OH、CN、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基、(C3-C6)环烷基、(C1-C6烷基)C(=O)-、具有1-2个独立地选自N和O的环杂原子的5-6元杂环和苯基的取代基取代，其中所述苯基任选地被一个或多个选自卤素、C1-C6烷基和C1-C6烷氧基的取代基取代；
hetCyc5为具有1个选自O和N的环杂原子的5-6元杂环；
hetCyc6为具有1或2个独立地选自N和O的环杂原子的5元杂环，其中所述环被氧代取代并且其中所述环进一步任选地被一个或多个独立地选自OH和C1-C6烷基的取代基取代；
R1为H、C1-C6烷基或(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基；
R2为H、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、Cyc3、羟基C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基(任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C(=O)、hetCyc7、Ar3、Ar3C1-C3烷基-、羟基C1-C6烷氧基或(3-6C环烷基)CH2O-；
Cyc3为任选地被1-2个独立地选自C1-C6烷氧基、OH和卤素的基团取代的3-6元碳环；
hetCyc7为具有1个选自O和N的环杂原子的5-6元杂环，其中所述环任选地被C1-C6烷基取代；
Ar3为任选地被一个或多个独立地选自卤素、C1-C3烷基、C1-C3烷氧基、氟C1-C3烷基、二氟C1-C3烷基和三氟C1-C3烷基的取代基取代的苯基；
R4和R5独立地为H或C1-C6烷基；
R6是C1-C6烷基、羟基C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基、苯基或hetCyc8；
hetCyc8为具有1个选自O和N的环杂原子的5-6元杂环，其中所述杂环任选地被C1-C6烷基取代；和
Ar4为任选地被一个或多个卤素取代的苯基。
在一些实施方案中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)是式III的化合物：
Figure DEST_PATH_IMAGE053
或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中：
X1为CH或N；
X2为CH或N；
X3为CH或N；
X4为CH或N；
其中X1、X2、X3和X4 中的1个或2个为N；
A为CN；
B为hetAr1；
hetAr1为具有1-3个环氮原子的5-元杂芳基环，其中所述杂芳基环任选地被一个或多个独立地选自卤素、C1-C6烷基、羟基C1-C6烷基、氟C1-C6烷基、二氟C1-C6烷基、三氟C1-C6烷基、氰基C1-C6烷基、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基、(C1-C4烷氧基)CH2C(=O)-、(C1-C4烷氧基)C(=O)C1-C3烷基、C3-C6环烷基、(RaRbN)C1-C6烷基、(RaRbN)C(=O)C1-C6烷基、(C1-C6烷基SO2)C1-C6烷基和4-甲氧基苄基的取代基取代；
Ra和Rb独立地为H或C1-C6烷基；
D为hetCyc1；
hetCyc1为具有1-2个环氮原子的4-6元杂环，其中所述杂环任选地被一个或多个独立地选自C1-C3烷基、氟C1-C3烷基、二氟C1-C3烷基、三氟C1-C3烷基和OH的取代基取代，或所述杂环被C3-C6 亚环烷基环取代，或所述杂环被氧代基团取代；
E为
(w) Ar2C(=O)-，
(x) Ar2C1-C6烷基-，
(z) Ar2(C1-C3烷基)C(=O)-，其中所述烷基部分任选地被一个或两个独立地选自OH、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、羟基C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和 ReRfN-(其中Re和Rf独立地为H或C1-C6烷基或Re和Rf与它们所连接的氮一起形成任选地具有1个选自N和O的另外的环杂原子的5-6元氮杂环)的基团取代，
(cc) hetAr2(C1-C3烷基)C(=O)-，其中所述烷基部分任选地被一个或两个独立地选自OH、C1-C6烷基、羟基C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和ReRfN-(其中Re和Rf独立地为 H或C1-C6烷基或Re和Rf与它们所连接的氮一起形成任选地具有1个选自N和O的另外的环杂原子的5-6元氮杂环)的基团取代，
(dd) R1R2NC(=O)-，
(oo) hetAr2C1-C6烷基-，
Ar2为任选地被一个或多个独立地选自卤素、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基(任选地被1-3个氟取代)、氟C1-C6烷基、二氟C1-C6烷基、三氟C1-C6烷基、CN、具有1-2个独立地选自N和O的环杂原子的5-6元杂环和RiRjN-的取代基取代的苯基，其中Ri和Rj独立地为H或C1-C6烷基；
hetAr2为具有1-3个独立地选自N、O和S的环杂原子并任选地被一个或多个独立地选自卤素、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基(任选地被1-3个氟取代)、氟C1-C6烷基、二氟C1-C6烷基、三氟C1-C6烷基、羟基C1-C6烷基、(C3-C6)环烷基、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基、CN、OH和R'R''N-的取代基取代的5-6元杂芳基环，其中R'和R''独立地为H或C1-C3烷基；
R1为H、C1-C6烷基或(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基；和
R2为H、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、羟基C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基(任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C(=O)、羟基C1-C6烷氧基或(3-6C环烷基)CH2O。
在一些实施方案中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)选自：(S)-4-(6-(4-(2-羟基-3-苯基丙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(2-(吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；4-(6-(4-(2,6-二氟苯甲酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈2,2,2-三氟乙酸盐；4-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N,N-二乙基哌嗪-1-甲酰胺；1-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N-(2-甲氧基-3-甲基丁基)哌啶-4-甲酰胺；4-(6-(4-(2-(5-氟吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈双(2,2,2-三氟乙酸盐)；4-(6-(4-(2,6-二氟苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；4-(6-(4-(2-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(吡啶-2-基甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
在一些实施方案中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)是式IV的化合物：
Figure DEST_PATH_IMAGE054
或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中：
X1、X2、X3和X4独立地为 CH、CF、CCH3或N，其中X1、X2、X3和X4 中的0、1或2个为N；
A为H、CN、Cl、CH3-、CH3CH2-、环丙基、-CH2CN或-CH(CN)CH3；
B为
(a) 氢，
(b) 任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基，
(c) 羟基C2-C6烷基-，其中烷基部分任选地被1-3个氟或C3-C6 亚环烷基环取代，
(d) 二羟基C3-C6烷基-，其中烷基部分任选地被C3-C6 亚环烷基环取代，
(e) 任选地被1-3个氟取代的(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-，
(f) (R1R2N)C1-C6烷基-，其中所述烷基部分任选地被OH取代并且其中R1和R2独立地为H或C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)；
(g) hetAr1C1-C3烷基-，其中hetAr1为具有1-3个独立地选自N、O和S的环杂原子并且任选地被一个或多个独立地选择的C1-C6烷基取代基取代的5-6元杂芳基环；
(h) (C3-C6环烷基)C1-C3烷基-，其中所述环烷基任选地被OH取代，
(i) (hetCyca)C1-C3烷基-，
(j) hetCyca-，
(k) C3-C6环烷基-，其中所述环烷基任选地被OH取代，
(l) (C1-C4烷基)C(=O)O-C1-C6烷基-，其中C1-C4烷基和C1-C6烷基部分中的每一个任选地并且独立地被1-3个氟取代，或
(m) (R1R2N)C(=O)C1-C6烷基-，其中R1和R2独立地为H或C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)；
hetCyca-为具有1-2个独立地选自N和O的环杂原子并任选地被一个或多个独立地选自OH、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、羟基C1-C6烷基-、C1-C6烷氧基、(C1-C6烷基)C(=O)-、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-和氟的取代基取代的4-6元杂环，或其中hetCyca 被氧代取代；
环D为(i)具有2个环氮原子的饱和4-7元杂环，(ii)具有2个环氮原子并任选地具有为氧的第3个环杂原子的饱和7-8元桥接的杂环，(iii)具有2个环氮原子的饱和 7-11元杂螺环，或(iv)具有2个环氮原子的饱和9-10元双环稠合的杂环，其中各所述环任选地被(a) 1-4个独立地选自卤素、OH、任选地被1-3个氟取代的C1-C3烷基或任选地被1-3个氟取代的C1-C3烷氧基的基团，(b) C3-C6 亚环烷基环，或(c)氧代基团取代；
E为
(a) 氢，
(b) 任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基，
(c) 任选地被1-3个氟取代的(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-，
(d) (C1-C6烷基)C(=O)-，其中所述烷基部分任选地被1-3个氟或被RgRhN-取代基取代，其中Rg和Rh独立地为H或C1-C6烷基，
(e) 任选地被1-3个氟取代的(羟基C2-C6烷基)C(=O)-，
(f) (C1-C6烷氧基)C(=O)-，
(g) (C3-C6环烷基)C(=O)-，其中所述环烷基任选地被一个或多个独立地选自C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、OH和(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-的取代基取代或所述环烷基被具有1-3个独立地选自N和O的环杂原子的5-6元杂芳基环取代，
(h) Ar1C1-C6烷基-，
(i) Ar1(C1-C6烷基)C(=O)-，其中所述烷基部分任选地被OH、羟基C1-C6烷基-、C1-C6烷氧基、RmRnN- 或RmRnN-CH2-取代，其中Rm和Rn各自独立地为H或C1-C6烷基，
(j) hetAr2C1-C6烷基-，其中所述烷基部分任选地被1-3个氟取代，
(k) hetAr2(C1-C6烷基)C(=O)-，其中所述烷基部分任选地被OH、羟基C1-C6烷基-或C1-C6烷氧基取代，
(l) hetAr2C(=O)-，
(m) hetCyc1C(=O)-，
(n) hetCyc1C1-C6烷基-，
(o) R3R4NC(=O)-，
(p) Ar1N(R3)C(=O)-，
(q) hetAr2N(R3)C(=O)-，
(r) (C1-C6烷基)SO2-，其中烷基部分任选地被1-3个氟取代，
(s) Ar1SO2-，
(t) hetAr2SO2-，
(u ) N-(C1-C6烷基)吡啶酮基，
(v) Ar1C(=O)-；
(w) Ar1O-C(=O)-，
(x) (C3-C6环烷基)(C1-C6烷基)C(=O)-，
(y) (C3-C6环烷基)(C1-C6烷基)SO2-，其中烷基部分任选地被1-3个氟取代，
(z) Ar1(C1-C6烷基)SO2-，
(aa) hetCyc1-O-C(=O)-，
(bb) hetCyc1CH2C(=O)-，
(cc) hetAr2，或
(dd) C3-C6环烷基；
Ar1为任选地被一个或多个独立地选自卤素、CN、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基(任选地被1-3个氟取代)、ReRfN-(其中Re和Rf独立地为H、C1-C6烷基)、(RpRqN)C1-C6烷氧基-(其中Rp和Rq独立地为H或C1-C6烷基)和(hetAra)C1-C6烷基-(其中hetAra为具有1-2个环氮原子的5-6元杂芳基环)的取代基取代的苯基，或Ar1为与具有1-2个独立地选自N和O的环杂原子的5-6元杂环稠合的苯基环；
hetAr2为具有1-3个独立地选自N、O和S的环杂原子的5-6元杂芳基环或具有1-3个环氮原子的9-10元双环杂芳基环，其中hetAr2 任选地被一个或多个独立地选自卤素、CN、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基 (任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基- (任选地被1-3个氟取代)、ReRfN-(其中Re和Rf独立地为H或C1-C6烷基)、OH、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷氧基-和C3-C6环烷基的取代基取代；
hetCyc1为具有1-2个独立地选自N、O和S的环杂原子的4-6元饱和杂环，其中所述杂环任选地被一个或多个独立地选自C1-C6烷氧基和卤素的取代基取代；
R3为H或C1-C6烷基；和
R4是C1-C6烷基。
在一些实施方案中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)是式V的化合物：
Figure DEST_PATH_IMAGE055
或其药学上可接受的盐和溶剂化物，其中：
X1、X2、X3和X4独立地为 CH或N，其中X1、X2、X3和X4中的0、1或2个为N；
A是CN；
B为
(b) 任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基，
(c) 羟基C2-C6烷基-，其中烷基部分任选地被1-3个氟或C3-C6 亚环烷基环取代，
(e) 任选地被1-3个氟取代的(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-，
(f) (R1R2N)C1-C6烷基-，其中所述烷基部分任选地被OH取代并且其中R1和R2独立地为H或C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)；
(g) hetAr1C1-C3烷基-，其中hetAr1为具有1-3个独立地选自N、O和S的环杂原子并任选地被一个或多个独立地选择的C1-C6烷基取代基取代的5-6元杂芳基环；或
(i) (hetCyca)C1-C3烷基-，
hetCyca-为具有1-2个独立地选自N和O的环杂原子并任选地被一个或多个独立地选自OH、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、羟基C1-C6烷基-、C1-C6烷氧基、(C1-C6烷基)C(=O)-、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-和氟的取代基取代的4-6元杂环，或其中hetCyca 被氧代取代；
环D为(i) 具有2个环氮原子的饱和4-7元杂环，或(ii) 具有2个环氮原子并任选地具有为氧的第3个环杂原子的饱和 7-9元桥接的杂环，其中各所述环任选地被 (a) 1-4个独立地选自卤素、OH、任选地被1-3个氟取代的C1-C3烷基或任选地被1-3个氟取代的C1-C3烷氧基的基团，(b) C3-C6 亚环烷基环或(c)氧代基团取代；
E为
(h) Ar1C1-C6烷基-，
(j) hetAr2C1-C6烷基-，其中烷基部分任选地被1-3个氟取代，或
(l) hetAr2C(=O)-，
Ar1为任选地被一个或多个独立地选自卤素、CN、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基(任选地被1-3个氟取代)、ReRfN-(其中Re和Rf独立地为H或C1-C6烷基)、(RpRqN)C1-C6烷氧基-(其中Rp和Rq独立地为H或C1-C6烷基)和(hetAra)C1-C6烷基-(其中hetAra为具有1-2个环氮原子的5-6元杂芳基环)的取代基取代的苯基，或Ar1为与具有1-2个独立地选自N和O的环杂原子的5-6元杂环稠合的苯基环；和
hetAr2为具有1-3个独立地选自N、O和S的环杂原子的5-6元杂芳基环或具有1-3个环氮原子的9-10元双环杂芳基环，其中hetAr2 任选地被一个或多个独立地选自卤素、CN、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基 (任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基- (任选地被1-3个氟取代)、ReRfN-(其中Re和Rf独立地为H或C1-C6烷基)、OH、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷氧基-和C3-C6环烷基的取代基取代。
在一些实施方案中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂) 选自：4-(6-(4-苄基哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；6-(2-羟基乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；(R)-6-(2-羟基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；6-(2-甲氧基乙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-(6-甲氧基烟酰基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；6-(2-(二甲基氨基)乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-((1-甲基-1H-咪唑-4-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；和6-乙氧基-4-(5-(6-((5-氟-6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡嗪-2-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
在一些实施方案中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)为式VI的化合物：
Figure DEST_PATH_IMAGE056
或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中：
X1、X2、X3和X4独立地为CH、CCH3、CF或N，其中X1、X2、X3和X4 中的0、1或2个为N；
A为H、CN、Cl、甲基、乙基或环丙基；
B为：
(a) 氢，
(b) 任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基，
(c) 羟基C2-C6烷基-，其中烷基部分任选地被C3-C6亚环烷基环取代，
(d) 二羟基C3-C6烷基-，其中烷基部分任选地被C3-C6亚环烷基环取代，
(e) 任选地被1-3个氟取代的(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-，
(f) (R1R2N)C1-C6烷基-，其中R1和R2独立地选自H、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-、(C1-C6烷基)C(=O)-和(C1-C6烷氧基)C(=O)-；
(g) hetAr1C1-C3烷基-，其中hetAr1为具有1-3个独立地选自N、O和S的环杂原子并任选地被一个或多个独立地选择的C1-C6烷基取代基取代的5-6元杂芳基环；
(h) (C3-C6环烷基)C1-C3烷基-，其中所述环烷基任选地被OH取代，
(i) (hetCyca)C1-C3烷基-，
(j) hetCyca，
(k) (R1R2N)C(=O)C1-C6烷基-，其中R1和R2独立地选自H和C1-C6烷基；
(l) (R1R2N)C(=O)-，其中R1和R2独立地选自H和C1-C6烷基，或
(m) hetCycaC(=O)C1-C6烷基-；
hetCyca为具有1-2个独立地选自N和O的环杂原子并任选地被一个或多个独立地选自OH、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、羟基C1-C6烷基、卤素、(C1-C6烷基)C(=O)-、C1-C6烷氧基、氧代和(C1-C6烷氧基)C(=O)-的取代基取代的4-6元杂环；
环D为(i) 具有1个为氮的环杂原子的饱和单环4-7元杂环，(ii) 具有1个为氮的环杂原子的饱和7-8元桥接的杂环，或(iii) 具有1个为氮的环杂原子的饱和7-11元杂螺环系统；
各Ra独立地为C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、羟基C1-C6烷基或(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-；
Rb为(a) 羟基、(b) 环丙基、(c) hetCycbCH2-、(d) RiRjNC(=O)CH2OCH2-，其中Ri和Rj独立地为H或C1-C6烷基、(e) RcRdN-、(f) RcRdNCH2-、(g) C1-C6烷氧基-、(h) (C1-C4烷基)-C(=O)NH-，其中所述烷基部分任选地被hetCycb、hetAra、C1-C6烷氧基-或R'R''N-取代或所述烷基部分任选地被两个独立地选自R'R''N-和OH的取代基取代，其中各R'和R''独立地为氢或C1-C6烷基、(i) (R'R''N)C1-C6烷氧基(CH2)n-，其中n为0或1并且R'和R''独立地为氢或C1-C6烷基、(j) hetCycb(C1-C3烷基)OCH2-、(k) hetCycbC(=O)NH-或(l) hetAraC(=O)NH-；
hetCycb为4-6元杂环、7-8元桥接的杂环或7-10元杂螺环，各环具有1-2个独立地选自N和O的环杂原子，其中hetCycb任选地被一个或多个独立地选自OH、氟、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、羟基C1-C6烷基- (任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-、(C1-C6烷氧基)C(=O)-、C1-C6烷氧基和R'R''N-(其中R'和R''独立地为氢或C1-C6烷基)的取代基取代；
hetAra为具有1-3个独立地选自N、O和S的环杂原子的5-6元杂芳基环，其中hetAra任选地被一个或多个独立地选自卤素、CN、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)和C1-C6烷氧基(任选地被1-3个氟取代)的取代基取代，
Rc为氢或C1-C6烷基；
Rd为氢、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C(=O)-、羟基C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、(羟基C1-C6烷基)C(=O)-、(C1-C6烷基)C(=O)-、(RkRlN)C1-C6烷基-(其中Rk和Rl独立地为H或C1-C6烷基)、RmRnNC(=O)C1-C6烷基-(其中Rm和Rn独立地为H或C1-C6烷基)、PhCH2-(其中苯基任选地被一个或多个独立地选自卤素、CN、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基(任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-(任选地被1-3个氟取代)、C3-C6环烷基、羟基C1-C6烷基、(C1-C6烷基)SO2-、ReRfN-和(ReRfN)C1-C6烷基-(其中各Re和Rf独立地为H或C1-C6烷基)的取代基取代)、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-或hetCycc (其中hetCycc为具有1个选自N和O的环杂原子并任选地被C1-C6烷基取代的4-6元杂环)；
n为0、1、2、3、4、5或6；
m为0或1；
E为：
(a) 氢，
(b) 羟基，
(c) 任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基，
(d) Ar1C1-C6烷基-，其中所述烷基部分任选地被1-3个氟取代，
(e) hetAr2C1-C6烷基-，
(f) (C1-C6烷氧基)C1-C6烷氧基-，
(g) Ar1O-，
(h) hetAr2-O-，
(i) Ar1NRg-，其中Rg为H或C1-C6烷基，
(j) hetAr2NRg-，其中Rg为H或C1-C6烷基，
(k) R3C(=O)NRg-，其中Rg为H或C1-C6烷基；
(l) Ar1C(=O)NRg-，其中Rg为H或C1-C6烷基，
(m) hetAr2C(=O)NRg(CH2)p-，其中p为0或1并且Rg为H或C1-C6烷基，
(n) R4R5NC(=O)-，
(o) Ar1NRgC(=O)-，其中Rg为H或C1-C6烷基，
(p) hetAr2NRgC(=O)-，其中Rg为H或C1-C6烷基，
(q) Ar1(C1-C6烷基)C(=O)-，其中所述烷基部分任选地被OH、羟基(C1-C6烷基)、C1-C6烷氧基或NH2取代，
(r) hetCyc5C(=O)-，
(s) R4R5NC(=O)NRg-，其中Rg为H或C1-C6烷基，或
(t) (C1-C6烷基)SO2-；
(u) Ar1(C1-C6烷基)C(=O)NRg-，其中Rg为H或C1-C6烷基，
(v) hetAr4C(=O)NRg-，其中Rg为H或C1-C6烷基，
(w) hetAr2-S(=O)-，
(x) (C3-C6环烷基)CH2SO2-，
(y) Ar1(C1-C6烷基)SO2-，
(z) hetAr2SO2-，
(aa) Ar1，
(bb) hetAr2，
(cc) hetCyc5，
(dd) C1-C6烷氧基，
(ee) Ar1(C1-C6烷基)-O-，
(ff) hetAr2(C1-C6烷基)-O-，
(gg) hetAr2-O-C1-C6烷基-，
(hh) Ar1(C1-C6烷基)NRg-，其中Rg为H或C1-C6烷基，
(ii) hetAr2-S-，
(jj) Ar2SO2NRg(CH2)p-，其中p为0或1并且Rg为H或C1-C6烷基，
(kk) (C1-C6烷氧基)C(=O)-，
(ll) (C1-C6烷基)NRgC(=O)O-，其中Rg为H或C1-C6烷基，
(mm) (C1-C6烷基)NRgSO2-，其中Rg为H或C1-C6烷基，
(nn) hetCyc5C(=O)NRg-，其中Rg为H或C1-C6烷基，
(oo) Q-NRh(C1-C3烷基)C(=O)NRg-，其中Rg和Rh独立地为H或C1-C6烷基并且Q为H、C1-C6烷基或(C1-C6烷基)OC(=O)-，
(pp)
Figure DEST_PATH_IMAGE057
，其中Rg和Rh独立地为H或C1-C6烷基，Q为H、C1-C6烷基或(C1-C6烷基)OC(=O)-并且r为1、2、3或4，
(qq)
Figure DEST_PATH_IMAGE058
，其中Rg和Rh独立地为H或C1-C6烷基并且Q为H、C1-C6烷基或(C1-C6烷基)OC(=O)-，
(rr)
Figure DEST_PATH_IMAGE059
，其中Rg为H或C1-C6烷基并且Q为H、C1-C6烷基或(C1-C6烷基)OC(=O)-，或
(ss) RgRhN-，其中Rg和Rh独立地为H或C1-C6烷基，
(tt) (C3-C6环烷基)C(=O)NRg-，其中环烷基任选地并独立地被一个或多个卤素取代，
(uu) (C1-C6烷基)C(=O)NRgCH2-，其中Rg为H或C1-C6烷基，或
(vv) C1-C6烷基)SO2NRg-，其中Rg为H或C1-C6烷基；
Ar1为任选地被一个或多个独立地选自卤素、CN、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基(任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基- (任选地被1-3个氟取代)、C3-C6环烷基、羟基C1-C6烷基、(C1-C6烷基)SO2-、ReRfN-和(ReRfN)C1-C6烷基-(其中各Re和Rf独立地为H或C1-C6烷基)的取代基取代的苯基；
hetAr2为具有1-3个独立地选自N、O和S的环杂原子的5-6元杂芳基环，或具有1-2个环氮原子的9-10元双环杂芳基，其中hetAr2 任选地被一个或多个独立地选自卤素、CN、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基 (任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基- (任选地被1-3个氟取代)和羟基C1-C6烷氧基-的取代基取代；
hetCyc5为具有1-2个独立地选自N、O和S的环杂原子的4-6元饱和杂环，其中所述杂环任选地被一个或多个独立地选自C1-C6烷氧基和氧代的取代基取代；
R3是C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、羟基C1-C6烷基-、C1-C6烷氧基、C3-C6环烷基、(C3-C6环烷基)CH2-、(C3-C6环烷基)O-、(C3-C6环烷基)CH2O-、hetCyc7O-、Ph-O-或(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-；其中各所述C3-C6环烷基部分任选地被C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基、OH或R'R''N-(其中R'和R''独立地为氢或C1-C6烷基)取代；
R4为H或C1-C6烷基；
R5为Ar2、hetAr3、Ar2CH2-、hetCyc6-CH2-、羟基C1-C6烷基-、(C3-C6环烷基)CH2-或任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基；
Ar2为任选地被一个或多个独立地选自卤素、CN、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基(任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基- (任选地被1-3个氟取代)、C3-C6环烷基和RgRhN-(其中Rg和Rh独立地为H或C1-C6烷基)的取代基取代的苯基，或Ar2为与具有1个环氮原子并任选地被C1-C6烷基取代的6元杂环稠合的苯基；
hetAr3为具有1-3个独立地选自N、O和S的环杂原子并任选地被一个或多个独立地选自卤素、CN、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基 (任选地被1-3个氟取代)和(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基- (任选地被1-3个氟取代)的取代基取代的5-6元杂芳基环；
hetAr4为任选地被一个或多个独立地选自C1-C6烷基和卤素的取代基取代的吡啶-4(1H)-酮基或吡啶-2(1H)-酮基；
hetCyc6为具有1-3个独立地选自N、O和S的环杂原子的5-7元杂环；和
hetCyc7为具有1-3个独立地选自N、O和S的环杂原子的5-7元杂环。
在一些实施方案中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)是式VII的化合物：
Figure DEST_PATH_IMAGE060
或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中：
X1、X2、X3和X4独立地为CH或N，其中X1、X2、X3和X4 中的0、1或2个为N；
A为CN；
B为：
(b) 任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基，
(c) 羟基C2-C6烷基-，其中烷基部分任选地被C3-C6亚环烷基环取代，或
(i) (hetCyca)C1-C3烷基-；
hetCyca为具有1-2个独立地选自N和O的环杂原子并任选地被一个或多个独立地选自OH、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、羟基C1-C6烷基、卤素、(C1-C6烷基)C(=O)-、C1-C6烷氧基、氧代和(C1-C6烷氧基)C(=O)-的取代基取代的4-6元杂环；
环D为具有1个为氮的环杂原子的饱和单环4-7元杂环；
各Ra独立地为C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)；
Rb为(a) 羟基；
n为0或1；
m为0或1；
E为：
(e) hetAr2C1-C6烷基-，
(h) hetAr2-O-，
(k) R3C(=O)NRg-，其中Rg为H或C1-C6烷基，
(l) Ar1C(=O)NRg-，其中Rg为H或C1-C6烷基，或
(m) hetAr2C(=O)NRg(CH2)p-，其中p为0或1并且Rg为H或C1-C6烷基；
Ar1为任选地被一个或多个独立地选自卤素、CN、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基(任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基- (任选地被1-3个氟取代)、C3-C6环烷基、羟基C1-C6烷基、(C1-C6烷基)SO2-、ReRfN-和(ReRfN)C1-C6烷基-(其中各Re和Rf独立地为H或C1-C6烷基)的取代基取代的苯基；
hetAr2为具有1-3个独立地选自N、O和S的环杂原子的5-6元杂芳基环，或具有1-2个环氮原子的9-10元双环杂芳基，其中hetAr2 任选地被一个或多个独立地选自卤素、CN、C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基 (任选地被1-3个氟取代)、(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基- (任选地被1-3个氟取代)和羟基C1-C6烷氧基-的取代基取代；和
R3为C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、羟基C1-C6烷基-、C1-C6烷氧基、C3-C6环烷基、(C3-C6环烷基)CH2-、(C3-C6环烷基)O-、(C3-C6环烷基)CH2O-、hetCyc7O-、Ph-O-或(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-；其中各所述C3-C6环烷基部分任选地被C1-C6烷基(任选地被1-3个氟取代)、C1-C6烷氧基、OH或R'R''N-(其中R'和R''独立地为氢或C1-C6烷基)取代。
在一些实施方案中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)选自：N-(1-(5-(3-氰基-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)苯甲酰胺；6-乙氧基-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)氮杂环丁烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基哒嗪-3-基)氧基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；(S)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)吡咯烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)-5-氟-2-甲基苯甲酰胺；3-氯-N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)吡啶甲酰胺；N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)-3-甲基丁酰胺；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈；和3-氯-N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡嗪-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)吡啶甲酰胺；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
靶向受体酪氨酸激酶(例如，Trk)的治疗剂的非限制性实例包括阿法替尼、卡博替尼、西妥昔单抗、克唑替尼、达拉菲尼、恩曲替尼、厄洛替尼、吉非替尼、伊马替尼、拉帕替尼、来妥替尼、尼洛替尼、帕唑帕尼、帕木单抗、培妥珠单抗、舒尼替尼、曲妥珠单抗、l-((3S,4R)-4-(3-氟苯基)-l-(2-甲氧基乙基)吡咯烷-3-基)-3-(4-甲基-3-(2-甲基嘧啶-5-基)-l-苯基- lH-吡唑-5-基)脲、AG 879、AR-772、AR-786、AR-256、AR-618、AZ-23、AZ623、DS-6051、Gö 6976、GNF-5837、GTx-186、GW 441756、LOXO-101、MGCD516、PLX7486、RXDX101、VM-902A、TPX-0005和TSR-011。另外的靶向Trk的治疗剂包括美国专利号8,450,322；8,513,263；8,933,084；8,791,123；8,946,226；8,450,322；8,299,057；和8,912,194；美国公开号2016/0137654；2015/0166564；2015/0051222；2015/0283132；和2015/0306086；国际公开号WO 2010/033941；WO 2010/048314；WO 2016/077841；WO 2011/146336；WO 2011/006074；WO2010/033941；WO 2012/158413；WO 2014078454；WO 2014078417；WO 2014078408；WO2014078378；WO 2014078372；WO 2014078331；WO 2014078328；WO 2014078325；WO2014078323；WO 2014078322；WO 2015175788；WO 2009/013126；WO 2013/174876；WO 2015/124697；WO 2010/058006；WO 2015/017533；WO 2015/112806；WO 2013/183578；和WO 2013/074518中描述的那些，它们都特此通过引用以其整体并入。
Trk抑制剂的其它实例可以在美国专利号8,637,516、国际公开号WO 2012/034091、美国专利号9,102,671、国际公开号WO 2012/116217、美国公开号2010/0297115、国际公开号WO 2009/053442、美国专利号8,642,035、国际公开号WO 2009092049、美国专利号8,691,221、国际公开号WO2006131952中找到，它们均通过引用以其整体并入本文。示例性的Trk抑制剂包括Cancer Chemother. Pharmacol. 75(1)：131-141，2015中描述的GNF-4256；和ACS Med. Chem. Lett. 3(2)：140-145, 2012中描述的GNF-5837 (N-[3-[[2,3-二氢-2-氧代-3-(1H-吡咯-2-基亚甲基)-1H-吲哚-6-基]氨基]-4-甲基苯基]-N'-[2-氟-5-(三氟甲基)苯基]-脲)，它们各自通过引用以其整体并入本文。
Trk抑制剂的另外的实例包括美国公开号2010/0152219、美国专利号8,114,989和国际公开号WO 2006/123113中描述的那些，它们均通过引用以其整体并入本文。示例性的Trk抑制剂包括 Cancer 117(6)：1321-1391, 2011中描述的AZ623；Cancer Biol. Ther.16(3)：477-483, 2015中描述的AZD6918；Cancer Chemother. Pharmacol. 70：477-486,2012中描述的AZ64；Mol.Cancer Ther. 8：1818-1827, 2009中描述的AZ-23 ((S)-5-氯-N2-(1-(5-氟吡啶-2-基)乙基)-N4-(5-异丙氧基-1H-吡唑-3-基)嘧啶-2,4-二胺)；和AZD7451；它们各自通过引用以其整体并入。
Trk抑制剂可以包括美国专利号7,615,383；7,384,632；6,153,189；6,027,927；6,025,166；5,910,574；5,877,016；和5,844,092中描述的那些，它们各自通过引用以其整体并入。
Trk抑制剂的其它实例包括Int. J. Cancer 72：672-679, 1997中描述的 CEP-751；Acta Derm. Venereol. 95：542-548, 2015中描述的CT327；国际公开号WO 2012/034095中描述的化合物；美国专利号8,673,347和国际公开号WO 2007/022999中描述的化合物；美国专利号8,338,417中描述的化合物；国际公开号WO 2016/027754中描述的化合物；美国专利号9,242,977中描述的化合物；美国公开号2016/0000783中描述的化合物；PLoS One 9：e95628, 2014中描述的舒尼替尼(N-(2-二乙基氨基乙基)-5-[(Z)-(5-氟-2-氧代-1H-吲哚-3-亚基)甲基]-2,4-二甲基-1H-吡咯-3-甲酰胺)；国际公开号WO 2011/133637中描述的化合物；美国专利号8,637,256中描述的化合物；Expert. Opin. Ther. Pat. 24(7)：731-744, 2014中描述的化合物；Expert Opin. Ther. Pat. 19(3)：305-319,2009中描述的化合物；ACS Med. Chem. Lett. 6(5)：562-567, 2015中描述的(R)-2-苯基吡咯烷取代的咪唑并哒嗪类，例如，GNF-8625, (R)-1-(6-(6-(2-(3-氟苯基)吡咯烷-1-基)咪唑并[1,2-b]哒嗪-3-基)-[2,4'-联吡啶]-2'-基)哌啶-4-醇；PLoS One 8(12)：e83380,2013中描述的GTx-186等；Mol. Cell Biochem. 339(1-2)：201-213, 2010中描述的K252a((9S-(9α,10β,12α))-2,3,9,10,11,12-六氢-10-羟基-10-(甲氧基羰基)-9-甲基-9,12-环氧-1H-二吲哚并[1,2,3-fg：3',2',1'-kl]吡咯并[3,4-i][1,6]苯并二氮杂环辛间四烯-1-酮)；J. Med. Chem. 51(15)：4672-4684, 2008中描述的4-氨基吡唑基嘧啶类，例如，AZ-23(((S)-5-氯-N2-(1-(5-氟吡啶-2-基)乙基)-N4-(5-异丙氧基-1H-吡唑-3-基)嘧啶-2,4-二胺))；Mol.Cancer Ther. 6：3158, 2007中描述的PHA-739358 (达那色替)；J. Neurochem.72：919-924, 1999中描述的Gö 6976 (5,6,7,13-四氢-13-甲基-5-氧代-12H-吲哚并[2,3-a]吡咯并[3,4-c]咔唑-12-丙腈)；IJAE 115：117, 2010中描述的GW441756 ((3Z)-3-[(1-甲基吲哚-3-基)亚甲基]-1H-吡咯并[3,2-b]吡啶-2-酮)；J. Carcinog. 12：22, 2013中描述的milciclib (PHA-848125AC)；AG-879 ((2E)-3-[3,5-双(1,1-二甲基乙基)-4-羟基苯基]-2-氰基-2-丙烯硫代酰胺)；altiratinib (N-(4-((2-(环丙烷甲酰氨基)吡啶-4-基)氧基)-2,5-二氟苯基)-N-(4-氟苯基)环丙烷-1,1-二甲酰胺)；卡博替尼(N-(4-((6,7-二甲氧基喹啉-4-基)氧基)苯基)-N'-(4-氟苯基)环丙烷-1,1-二甲酰胺)；来妥替尼((5S,6S,8R)-6-羟基-6-(羟基甲基)-5-甲基-7,8,14,15-四氢-5H-16-氧杂-4b,8a,14-三氮杂-5,8-甲桥二苯并[b,h]环辛三烯并[jkl]环戊二烯并[e]-as-引达省-13(6H)-酮)；多维替尼(4-氨基-5-氟-3-[6-(4-甲基哌嗪-1-基)-1H-苯并咪唑-2-基]喹啉-2(1H)-酮单2-羟基丙酸盐水合物)；sitravatinib (N-(3-氟-4-((2-(5-(((2-甲氧基乙基)氨基)甲基)吡啶-2-基)噻吩并[3,2-b]吡啶-7-基)氧基)苯基)-N-(4-氟苯基)环丙烷-1,1-二甲酰胺)；ONO-5390556；瑞戈非尼(4-[4-({[4-氯-3-(三氟甲基)苯基]氨基甲酰基}氨基)-3-氟苯氧基]-N-甲基吡啶-2-甲酰胺水合物)；和VSR-902A；所有上述参考文献通过引用以其整体并入本文。
Trk抑制剂充当TrkA、TrkB和/或Trk C抑制剂的能力可以使用美国专利号8,513,263(其通过引用并入本文)中实施例A和B中所述测定进行测试。
在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶抑制剂是表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR)。例如，EGFR抑制剂可以包括奥希替尼(merelectinib、Tagrisso)、厄洛替尼(Tarceva)、吉非替尼(Iressa)、西妥昔单抗(Erbitux)、奈昔木单抗(Portrazza)、奈昔木单抗(Nerlynx)、拉帕替尼(Tykerb)、帕木单抗(Vectibix)和凡他尼布(Caprelsa)。在一些实施方案中，EGFR抑制剂是奥希替尼。
在一些实施方案中，信号转导途径抑制剂包括 Ras-Raf-MEK-ERK途径抑制剂(例如，比美替尼、司美替尼、康奈非尼、索拉非尼、曲美替尼和威罗菲尼)、PI3K-Akt-mTOR-S6K途径抑制剂(例如依维莫司、雷帕霉素、哌立福新、坦罗莫司)和其它激酶抑制剂，诸如巴瑞克替尼、布吉替尼、卡马替尼、达那色替、依鲁替尼、milciclib、槲皮素、瑞戈非尼、芦可替尼、司马沙尼、AP32788、BLU285、BLU554、INCB39110、INCB40093、INCB50465、INCB52793、INCB54828、MGCD265、NMS-088、NMS-1286937、PF 477736 ((R)-氨基-N-[5,6-二氢-2-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-6-氧代-1H吡咯并[4,3,2-ef][2,3]苯并二氮杂环庚三烯-8-基]-环己烷乙酰胺)、PLX3397、PLX7486、PLX8394、PLX9486、PRN1008、PRN1371、RXDX103、RXDX106、RXDX108和TG101209 (N-叔丁基-3-(5-甲基-2-(4-(4-甲基哌嗪-1-基)苯基氨基)嘧啶-4-基氨基)苯磺酰胺)。
检查点抑制剂的非限制性实例包括伊匹木单抗、曲美木单抗、纳武单抗、pidilizumab、MPDL3208A、MEDI4736、MSB0010718C、BMS-936559、BMS-956559、BMS-935559(MDX-1105)、AMP-224和派姆单抗。
在一些实施方案中，细胞毒性化学治疗剂选自三氧化二砷、博来霉素、卡巴他赛、卡培他滨、卡铂、顺铂、环磷酰胺、阿糖胞苷、达卡巴嗪、柔红霉素、多西他赛、多柔比星、依托泊苷、氟尿嘧啶、吉西他滨、伊立替康、洛莫司汀、甲氨蝶呤、丝裂霉素C、奥沙利铂、紫杉醇、培美曲塞、替莫唑胺和长春新碱。
靶向血管生成的疗法的非限制性实例包括括阿柏西普和贝伐珠单抗。
术语“免疫疗法”是指调节免疫系统的药剂。在一些实施方案中，免疫疗法可以增加免疫系统调节剂的表达和/或活性。在一些实施方案中，免疫疗法可以降低免疫系统调节剂的表达和/或活性。在一些实施方案中，免疫疗法可以募集和/或增强免疫细胞的活性。
在一些实施方案中，免疫疗法是细胞免疫疗法(例如过继性T细胞疗法、树突状细胞疗法、自然杀伤细胞疗法)。在一些实施方案中，细胞免疫疗法是sipuleucel-T(APC8015；Provenge™；Plosker (2011) Drugs 71(1)：101-108)。在一些实施方案中，细胞免疫疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的细胞。在一些实施方案中，细胞免疫疗法为CAR-T细胞疗法。在一些实施方案中，CAR-T细胞疗法为tisagenlecleucel (Kymriah™)。
在一些实施方案中，免疫疗法为抗体疗法(例如，单克隆抗体、缀合抗体)。在一些实施方案中，抗体疗法为贝伐珠单抗(Mvasti™、Avastin®)、曲妥珠单抗(Herceptin®)、阿维鲁单抗(Bavencio®)、利妥昔单抗(MabThera™、Rituxan®)、依屈洛单抗(Panorex)、daratumuab (Darzalex®)、奥拉单抗 (Lartruvo™)、奥法木单抗(Arzerra®)、阿仑珠单抗(Campath®)、西妥昔单抗(Erbitux®)、奥戈伏单抗、派姆单抗(Keytruda®)、dinutiximab (Unituxin®)、阿托珠单抗(Gazyva®)、曲美木单抗(CP-675,206)、雷莫芦单抗(Cyramza®)、ublituximab (TG-1101)、帕木单抗(Vectibix®)、埃罗妥珠单抗(Empliciti™)、阿维鲁单抗(Bavencio®)、奈昔木单抗(Portrazza™)、cirmtuzumab (UC-961)、替伊莫单抗(Zevalin®)、isatuximab (SAR650984)、尼妥珠单抗、夫苏木单抗(GC1008)、lirilumab (INN)、mogamulizumab (Poteligeo®)、ficlatuzumab (AV-299)、地舒单抗(Xgeva®)、ganitumab、urelumab、pidilizumab或amatuximab。
在一些实施方案中，免疫疗法为抗体-药物缀合物。在一些实施方案中，抗体-药物缀合物为吉姆单抗奥佐米星(Mylotarg™)、伊珠单抗奥佐米星(Besponsa®)、维布妥昔单抗(Adcetris®)、ado-trastuzumab emtansine (TDM-1；Kadcyla®)、mirvetuximabsoravtansine (IMGN853)或anetumab ravtansine。
在一些实施方案中，免疫疗法包括兰妥莫单抗(AMG103；Blincyto®)或米哚妥林(Rydapt)。
在一些实施方案中，免疫疗法包括毒素。在一些实施方案中，免疫疗法为地尼白介素2(Ontak®)。
在一些实施方案中，免疫疗法为细胞因子疗法。在一些实施方案中，细胞因子疗法为白介素2 (IL-2)疗法、干扰素α(IFNα)疗法、粒细胞集落刺激因子(G-CSF)疗法、白介素12(IL-12)疗法、白介素15 (IL-15)疗法、白介素7 (IL-7)疗法或促红细胞生成素-α(EPO)疗法。在一些实施方案中，IL-2疗法为阿地白介素 (Proleukin®)。在一些实施方案中，IFNα疗法为IntronA® (Roferon-A®)。在一些实施方案中，G-CSF疗法为非格司亭 (Neupogen®)。
在一些实施方案中，免疫疗法为免疫检查点抑制剂。在一些实施方案中，免疫疗法包括一种或多种免疫检查点抑制剂。在一些实施方案中，免疫检查点抑制剂是CTLA-4抑制剂、PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，CTLA-4抑制剂是伊匹木单抗(Yervoy®)或曲美木单抗(CP-675,206)。在一些实施方案中，PD-1抑制剂是派姆单抗(Keytruda®)或纳武单抗(Opdivo®)。在一些实施方案中，PD-L1抑制剂是atezolizumab (Tecentriq®)、阿维鲁单抗(Bavencio®)或durvalumab (Imfinzi™)。
在一些实施方案中，免疫疗法为基于mRNA的免疫疗法。在一些实施方案中，基于mRNA的免疫疗法是CV9104 (参见，例如，Rausch 等 (2014) Human Vaccin Immunother 10(11)：3146-52；和Kubler 等 (2015) J. Immunother Cancer 3：26)。
在一些实施方案中，免疫疗法为卡介苗(BCG)疗法。
在一些实施方案中，免疫疗法为溶瘤病毒疗法。在一些实施方案中，溶瘤病毒疗法为talimogene alherparepvec (T-VEC；Imlygic®)。
在一些实施方案中，免疫疗法为癌症疫苗。在一些实施方案中，癌症疫苗为人乳头瘤病毒(HPV)疫苗。在一些实施方案中，HPV 疫苗为Gardasil®、Gardasil9®或Cervarix®。在一些实施方案中，癌症疫苗为乙型肝炎病毒(HBV)疫苗。在一些实施方案中，HBV 疫苗为Engerix-B®、Recombivax HB®或GI-13020 (Tarmogen®)。在一些实施方案中，癌症疫苗为Twinrix®或Pediarix®。在一些实施方案中，癌症疫苗为BiovaxID®、Oncophage®、GVAX、ADXS11-001、ALVAC-CEA、PROSTVAC®、Rindopepimut®、CimaVax-EGF、lapuleucel-T(APC8024；Neuvenge™)、GRNVAC1、GRNVAC2、GRN-1201、hepcortespenlisimut-L (Hepko-V5)、DCVAX®、SCIB1、BMT CTN 1401、PrCa VBIR、PANVAC、ProstAtak®、DPX-Survivac或viagenpumatucel-L (HS-110)。
在一些实施方案中，免疫疗法为肽疫苗。在一些实施方案中，肽疫苗为nelipepimut-S (E75) (NeuVax™)、IMA901或SurVaxM (SVN53-67)。在一些实施方案中，癌症疫苗为免疫原性个人新抗原疫苗 (参见，例如，Ott 等 (2017) Nature 547：217-221；Sahin 等 (2017) Nature 547：222-226)。在一些实施方案中，癌症疫苗为RGSH4K或NEO-PV-01。在一些实施方案中，癌症疫苗为基于DNA的疫苗。在一些实施方案中，基于DNA的疫苗为乳腺球蛋白-A DNA 疫苗 (参见，例如，Kim 等 (2016) OncoImmunology 5(2)：e1069940)。
在一些实施方案中，靶向免疫的药剂选自阿地白介素、干扰素α-2b、伊匹木单抗、lambrolizumab、纳武单抗、泼尼松和sipuleucel-T。
放射疗法的非限制性实例包括放射性碘疗法、外部束辐射和镭223疗法。
另外的激酶抑制剂包括，例如，美国专利号7,514,446；7,863,289；8,026,247；8,501,756；8,552,002；8,815,901；8,912,204；9,260,437；9,273,051；美国公开号US 2015/0018336；国际公开号WO 2007/002325；WO 2007/002433；WO 2008/080001；WO 2008/079906；WO 2008/079903；WO 2008/079909；WO 2008/080015；WO 2009/007748；WO 2009/012283；WO 2009/143018；WO 2009/143024；WO WO 2009/014637；2009/152083；WO 2010/111527；WO 2012/109075；WO 2014/194127；WO 2015/112806；WO 2007/110344；WO 2009/071480；WO 2009/118411；WO 2010/031816；WO 2010/145998；WO 2011/092120；WO 2012/101032；WO 2012/139930；WO 2012/143248；WO 2012/152763；WO 2013/014039；WO 2013/102059；WO 2013/050448；WO 2013/050446；WO 2014/019908；WO 2014/072220；WO 2014/184069；和WO 2016/075224中描述的那些，它们都特此通过引用以其整体并入。
激酶抑制剂的其它实例包括，例如，WO 2016/081450；WO 2016/022569；WO 2016/011141；WO 2016/011144；WO 2016/011147；WO 2015/191667；WO 2012/101029；WO 2012/113774；WO 2015/191666；WO 2015/161277；WO 2015/161274；WO 2015/108992；WO 2015/061572；WO 2015/058129；WO 2015/057873；WO 2015/017528；WO/2015/017533；WO 2014/160521；和WO 2014/011900中描述的那些，它们各自特此通过引用以其整体并入。
激酶抑制剂的其它实例包括luminespib (AUY-922, NVP-AUY922) (5-(2,4-二羟基-5-异丙基苯基)-N-乙基-4-(4-(吗啉代甲基)苯基)异噁唑-3-甲酰胺)和度马莫德(BIRB-796) (1-[5-叔丁基-2-(4-甲基苯基)吡唑-3-基]-3-[4-(2-吗啉-4-基乙氧基)萘-1-基]脲)。
因此，本文还提供了一种治疗癌症的方法，其包括向有此需要的患者施用一种用于治疗癌症的药物组合，该药物组合包含用于同时、分别或相继使用以治疗癌症的(a) 式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，(b) 另外的治疗剂，和(c)任选的至少一种药学上可接受的载体，其中式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂的量一起对治疗癌症有效。
在一些实施方案中，另外的治疗剂包括任何一种以上列出的作为癌症中的护理标准的疗法或治疗剂，其中癌症具有RET基因、RET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调。
这些另外的治疗剂可以根据本领域技术人员已知的标准药学实践通过相同或不同的施用途径和/或以相同或不同的施用方案，作为相同的剂型的一部分或单独的剂型，与一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或其药物组合物一起施用。
本文还提供了(i) 一种用于在有此需要的患者中治疗癌症的药物组合，其包含用于同时、分别或相继使用以治疗癌症的(a) 式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，(b)至少一种另外的治疗剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种示例性另外的治疗剂)，和(c)任选的至少一种药学上可接受的载体，其中式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂的量一起对治疗癌症有效；(ii) 包含此类组合的药物组合物；(iii) 此类组合在制备用于治疗癌症的药物中的用途；和(iv) 包含作为用于同时、分别或相继使用的组合制剂的此类组合的商业包装或产品；和一种在有此需要的患者中治疗癌症的方法。在一个实施方案中，患者是人。在一些实施方案中，癌症是与RET相关的癌症。例如，具有一个或多个RET抑制剂抗性突变的与RET相关的癌症。
如本文所用，术语“药物组合”是指由多于一种活性成分的混合或组合产生并且包括活性成分的固定和非固定组合的药物疗法。术语“固定组合”是指将式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和至少一种另外的治疗剂(例如化学治疗剂)二者以单一组合物或剂量的形式同时施用于患者。术语“非固定组合”是指式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和至少一种另外的治疗剂(例如化学治疗剂)被配制为单独的组合物或剂量，使得它们可以在可变的介入时间限制内同时、并存或相继施用于有此需要的患者，其中此类施用提供了患者体内两种或更多种化合物的有效水平。这些也适用于鸡尾酒疗法，例如三种或更多种活性成分的施用。
因此，本文还提供了一种治疗癌症的方法，其包括向有此需要的患者施用一种用于治疗癌症的药物组合，该药物组合包含用于同时、分别或相继使用以治疗癌症的(a) 式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，(b) 另外的治疗剂，和(c)任选的至少一种药学上可接受的载体，其中式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂的量一起对治疗癌症有效。在一个实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂作为单独的剂量同时施用。在一个实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂以任何顺序、以联合治疗有效量作为单独的剂量(例如以每日或间歇剂量)相继施用。在一个实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂作为组合剂量同时施用。在一些实施方案中，癌症是与RET相关的癌症。例如，具有一个或多个RET抑制剂抗性突变的与RET相关的癌症。在一些实施方案中，另外的治疗剂为克唑替尼。在一些实施方案中，另外的治疗剂为奥希替尼。在一些实施方案中，在施用药物组合物之前，已经给患者施用一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，癌症是肺癌(例如，与RET相关的肺癌)。
本文还提供了一种在需要此类治疗的患者中治疗由RET介导的疾病或病症的方法，该方法包括向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或其药物组合物。在一些实施方案中，由RET介导的疾病或病症为RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调。例如 RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调包括一个或多个RET抑制剂抗性突变。由RET介导的疾病或病症可以包括与RET的表达或活性(包括过表达和/或异常活性水平)直接或间接相关的任何疾病、病症或病况。在一个实施方案中，疾病是癌症(例如，与RET相关的癌症)。在一个实施方案中，癌症是本文描述的任何一种癌症或与RET相关的癌症。在一些实施方案中，另外的治疗剂为克唑替尼。在一些实施方案中，另外的治疗剂为奥希替尼。在一些实施方案中，在施用药物组合物之前，已经给患者施用一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，癌症是肺癌(例如，与RET相关的肺癌)。
尽管在不同的癌症类型之间，肿瘤发生的遗传基础可能有所不同，但对于所有实体瘤类型，转移所需的细胞和分子机制似乎都相似。在转移性级联期间，癌细胞失去生长抑制反应，经历粘附性改变，并产生可降解细胞外基质成分的酶。这导致肿瘤细胞与原始肿瘤分离，通过新形成的脉管系统浸润到循环系统中，肿瘤细胞在它们可能形成集落的有利的远处迁移和外渗。已经鉴定出许多基因是转移的启动子或抑制子。例如，神经胶质细胞源性神经营养因子(GDNF)及其RET受体酪氨酸激酶的过表达与癌症的增殖和转移有关。参见，例如，Zeng, Q. 等 J. Int. Med. Res. (2008) 36(4)：656-64。
因此，本文还提供了用于在有此需要的患者中抑制、预防、帮助预防或减轻癌症的转移症状的方法，该方法包括向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或其药物组合物。此类方法可以用于治疗本文所述的一种或多种癌症。参见，例如，美国公开号2013/0029925；国际公开号WO 2014/083567；和美国专利号8,568,998。也参见，例如，Hezam K 等, Rev Neurosci 2018 Jan 26；29：93-98；Gao L,等, Pancreas 2015 Jan；44：134-143；Ding K 等, J Biol Chem 2014 Jun 6；289：16057-71；和Amit M 等, Oncogene 2017 Jun 8；36：3232-3239。在一些实施方案中，癌症是与RET相关的癌症。在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式与另外的疗法或另一种治疗剂，包括化学治疗剂，如激酶抑制剂组合使用。例如，第一或第二RET激酶抑制剂。在一些实施方案中，另外的治疗剂为克唑替尼。在一些实施方案中，另外的治疗剂为奥希替尼。在一些实施方案中，在施用药物组合物之前，已经给患者施用一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，癌症是肺癌(例如，与RET相关的肺癌)。
术语“转移”是本领域已知的术语，并且是指在远离对象或患者中的原发性肿瘤的部位形成另外的肿瘤(例如，实体瘤)，其中另外的肿瘤包括与原发性肿瘤相同或相似的癌细胞。
还提供了在具有与RET相关的癌症的患者中降低发展转移或另外的转移的风险的方法，其包括：将患者选择、鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症，并向被选择、鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症的患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。还提供了在具有与RET相关的癌症的患者中降低发展转移或另外的转移的风险的方法，其包括向具有与RET相关的癌症的患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。可以将在具有与RET相关的癌症的患者中发展转移或另外的转移的风险的降低与在治疗之前患者中发展转移或另外的转移的风险相比，或与尚未接受治疗或接受不同治疗的具有相似或相同的与RET相关的癌症的患者或患者群体相比。在一些实施方案中，与RET相关的癌症为具有一个或多个RET抑制剂抗性突变的与RET相关的癌症。在一些实施方案中，另外的治疗剂为克唑替尼。在一些实施方案中，另外的治疗剂为奥希替尼。在一些实施方案中，在施用药物组合物之前，已经给患者施用一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，癌症是肺癌(例如，与RET相关的肺癌)。
短语“发展转移的风险”是指具有原发性肿瘤的对象或患者在一定时间段内会在远离对象或患者中的原发性肿瘤的部位发展出另外的肿瘤(例如实体瘤)的风险，其中另外的肿瘤包括与原发性肿瘤相同或相似的癌细胞。本文描述了用于降低具有癌症的对象或患者中发展转移的风险的方法。
短语“发展另外的转移的风险”是指具有原发性肿瘤和在远离原发性肿瘤的部位具有一个或多个另外的肿瘤(其中一个或多个另外的肿瘤包括与原发性肿瘤相同或相似的癌细胞)的对象或患者会发展出一个或多个远离原发性肿瘤的其它肿瘤的风险，其中其它肿瘤包括与原发性肿瘤相同或相似的癌细胞。本文描述了用于降低发展另外的转移的风险的方法。
在一些实施方案中，肿瘤中的一个或多个RET抑制剂抗性突变的存在导致肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗更具有抗性。下面描述当RET抑制剂抗性突变导致肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗更具有抗性时有用的方法。例如，本文提供治疗具有癌症的对象的方法，其包括：鉴定具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象；和向所鉴定的对象施用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式与第一RET抑制剂组合施用。还提供了治疗被鉴定为具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象的方法，其包括向对象施用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式与第一RET抑制剂组合施用。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变包括表3和4中列出的一个或多个RET抑制剂抗性突变。例如，一个或多个RET抑制剂抗性突变可以包括在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D。
例如，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中第一RET抑制剂选自阿来替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、泊那替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡他尼布、RXDX-105 (agerafenib)、BLU-667 ((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。
在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中第一RET抑制剂选自阿来替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、泊那替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡他尼布、RXDX-105 (agerafenib)、BLU-667 ((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。
在一些实施方案中，式I-IV的化合物为多晶形物形式。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的多晶形物形式A。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式1。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式2。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式7。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式8。在一些实施方案中，化合物为式III的化合物的多晶形物形式A。在一些实施方案中，化合物为式IV的化合物的多晶形物形式A。在一些实施方案中，化合物为式IV的化合物的多晶形物形式B。
在一些实施方案中，式I-IV的化合物为药学上可接受的盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的氯化物盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的溴化物盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的L-苹果酸盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的D-苹果酸盐。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的磷酸盐。在一些实施方案中，磷酸盐为倍半磷酸盐(例如，1.4：1, PO4：游离碱)。
在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一个或多个RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；和(b)向对象施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中第一RET抑制剂选自阿来替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、泊那替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡他尼布、RXDX-105 (agerafenib)、BLU-667 ((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个表3或4的RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。
在一些实施方案中，式I-IV的化合物为多晶形物形式。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的多晶形物形式A。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式1。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式2。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式7。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式8。在一些实施方案中，化合物为式III的化合物的多晶形物形式A。在一些实施方案中，化合物为式IV的化合物的多晶形物形式A。在一些实施方案中，化合物为式IV的化合物的多晶形物形式B。
在一些实施方案中，式I-IV的化合物为药学上可接受的盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的氯化物盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的溴化物盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的L-苹果酸盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的D-苹果酸盐。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的磷酸盐。在一些实施方案中，磷酸盐为倍半磷酸盐(例如，1.4：1, PO4：游离碱)。
在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；和(b)向对象施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中第一RET抑制剂选自阿来替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、泊那替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡他尼布、RXDX-105 (agerafenib)、BLU-667 ((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂抗性突变V804M、G810S或G810R；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的选自式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。
在一些实施方案中，式I-IV的化合物为多晶形物形式。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的多晶形物形式A。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式1。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式2。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式7。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的多晶形物形式8。在一些实施方案中，化合物为式III的化合物的多晶形物形式A。在一些实施方案中，化合物为式IV的化合物的多晶形物形式A。在一些实施方案中，化合物为式IV的化合物的多晶形物形式B。
在一些实施方案中，式I-IV的化合物为药学上可接受的盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的氯化物盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的溴化物盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的L-苹果酸盐。在一些实施方案中，化合物为式I的化合物的D-苹果酸盐。在一些实施方案中，化合物为式II的化合物的磷酸盐。在一些实施方案中，磷酸盐为倍半磷酸盐(例如，1.4：1, PO4：游离碱)。
作为另一个实例，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂，其中该第二RET抑制剂选自阿来替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、泊那替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡他尼布、RXDX-105 (agerafenib)、BLU-667 ((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂，其中该第二RET抑制剂选自阿来替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、泊那替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡他尼布、RXDX-105(agerafenib)、BLU-667 ((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一个或多个RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个表3或4的RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂，其中该第二RET抑制剂选自阿来替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、泊那替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡他尼布、RXDX-105 (agerafenib)、BLU-667 ((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂抗性突变V804M、G810S或G810R；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂，其中该第二RET抑制剂选自阿来替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、泊那替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡他尼布、RXDX-105 (agerafenib)、BLU-667 ((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。
作为另一个实例，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式组合的第二治疗剂，其中该第二治疗剂选自克唑替尼和奥希替尼；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2的一个或多个RET激酶蛋白点突变/插入；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个表3或4的RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式组合的第二治疗剂，其中该第二治疗剂选自克唑替尼和奥希替尼；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在上面的一些实施方案中，与RET相关的癌症为肺癌。
在一些实施方案中，肿瘤中的一个或多个RET抑制剂抗性突变的存在导致肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗更具有抗性。下面描述当RET抑制剂抗性突变导致肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗更具有抗性时有用的方法。例如，本文提供治疗具有癌症的对象的方法，其包括：鉴定具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象；和向所鉴定的对象施用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式与第一RET抑制剂组合施用。还提供了治疗被鉴定为具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象的方法，其包括向对象施用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式与第一RET抑制剂组合施用。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变包括表3和4中列出的一个或多个RET抑制剂抗性突变。例如，一个或多个RET抑制剂抗性突变可以包括在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D。
在本文提供的一些实施方案中，循环肿瘤DNA可以用于监测患者对特定疗法(例如，第一RET抑制剂、第二RET抑制剂或式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式)的反应性。例如，在开始用本文所述疗法(例如，第一RET抑制剂、第二RET抑制剂或式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式)治疗之前，可以从对象获得生物学样品并确定生物学样品中的循环肿瘤DNA的水平。该样品可以被视为基线样品。然后可以给对象施用一个或多个剂量的如本文所述的疗法(例如，第一RET抑制剂、第二RET抑制剂或式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式)并且可以监测循环肿瘤DNA的水平(例如，在第一剂量、第二剂量、第三剂量等后或在一周、两周、三周、四周等后)。如果循环肿瘤DNA的水平低于基线样品(例如，减少1%至约99%、减少1%至约95%、减少1%至约90%、减少1%至约85%、减少1%至约80%、减少1%至约75%、减少1%至减少约70%、减少1%至减少约65%、减少1%至减少约60%、减少1%至减少约55%、减少1%至减少约50%、减少1%至减少约45%、减少1%至减少约40%、减少1%至减少约35%、减少1%至减少约30%、减少1%至减少约25%、减少1%至减少约20%、减少1%至减少约15%、减少1%至减少约10%、减少1%至约5%、减少约5%至约99%、减少约10%至约99%、减少约15%至约99%、减少约20%至约99%、减少约25%至约99%、减少约30%至约99%、减少约35%至约99%、减少约40%至约99%、减少约45%至约99%、减少约50%至约99%、减少约55%至约99%、减少约60%至约99%、减少约65%至约99%、减少约70%至约99%、减少约75%至约95%、减少约80%至约99%、减少约90%至减少约99%、减少约95%至约99%、减少约5%至约10%、减少约5%至约25%、减少约10%至约30%、减少约20%至约40%、减少约25%至约50%、减少约35%至约55%、减少约40%至约60%、减少约50%至减少约75%、减少约60%至减少约80%、或减少约65%至约85%等)，这指示了对疗法的反应性。在一些实施方案中，降低循环肿瘤DNA的水平，使其低于仪器的检测极限。在一些实施方案中，将从患者获得的生物学样品(n)中的循环肿瘤DNA的水平与恰好之前取得的样品(n-1)进行比较。如果n样品中的循环肿瘤DNA的水平低于n-1样品(例如，减少1%至约99%、减少1%至约95%、减少1%至约90%、减少1%至约85%、减少1%至约80%、减少1%至约75%、减少1%至减少约70%、减少1%至减少约65%、减少1%至减少约60%、减少1%至减少约55%、减少1%至减少约50%、减少1%至减少约45%、减少1%至减少约40%、减少1%至减少约35%、减少1%至减少约30%、减少1%至减少约25%、减少1%至减少约20%、减少1%至减少约15%、减少1%至减少约10%、减少1%至约5%、减少约5%至约99%、减少约10%至约99%、减少约15%至约99%、减少约20%至约99%、减少约25%至约99%、减少约30%至约99%、减少约35%至约99%、减少约40%至约99%、减少约45%至约99%、减少约50%至约99%、减少约55%至约99%、减少约60%至约99%、减少约65%至约99%、减少约70%至约99%、减少约75%至约95%、减少约80%至约99%、减少约90%至减少约99%、减少约95%至约99%、减少约5%至约10%、减少约5%至约25%、减少约10%至约30%、减少约20%至约40%、减少约25%至约50%、减少约35%至约55%、减少约40%至约60%、减少约50%至减少约75%、减少约60%至减少约80%、或减少约65%至约85%等)，这指示了对疗法的反应性。在一些实施方案中，降低循环肿瘤DNA的水平，使其低于仪器的检测极限。在对疗法有反应性的情况下，可以给对象施用一个或多个剂量的该疗法并可以继续监测循环肿瘤DNA。
如果样品中的循环肿瘤DNA的水平高于基线(例如，增加1%至约99%、增加1%至约95%、增加1%至约90%、增加1%至约85%、增加1%至约80%、增加1%至约75%、增加1%至增加约70%、增加1%至增加约65%、增加1%至增加约60%、增加1%至增加约55%、增加1%至增加约50%、增加1%至增加约45%、增加1%至增加约40%、增加1%至增加约35%、增加1%至增加约30%、增加1%至增加约25%、增加1%至增加约20%、增加1%至增加约15%、增加1%至增加约10%、增加1%至约5%、增加约5%至约99%、增加约10%至约99%、增加约15%至约99%、增加约20%至约99%、增加约25%至约99%、增加约30%至约99%、增加约35%至约99%、增加约40%至约99%、增加约45%至约99%、增加约50%至约99%、增加约55%至约99%、增加约60%至约99%、增加约65%至约99%、增加约70%至约99%、增加约75%至约95%、增加约80%至约99%、增加约90%至增加约99%、增加约95%至约99%、增加约5%至约10%、增加约5%至约25%、增加约10%至约30%、增加约20%至约40%、增加约25%至约50%、增加约35%至约55%、增加约40%至约60%、增加约50%至增加约75%、增加约60%至增加约80%、或增加约65%至约85%等)，这可以指示对疗法的抗性。如果n样品中的循环肿瘤DNA的水平高于n-1样品(例如，增加1%至约99%、增加1%至约95%、增加1%至约90%、增加1%至约85%、增加1%至约80%、增加1%至约75%、增加1%至增加约70%、增加1%至增加约65%、增加1%至增加约60%、增加1%至增加约55%、增加1%至增加约50%、增加1%至增加约45%、增加1%至增加约40%、增加1%至增加约35%、增加1%至增加约30%、增加1%至增加约25%、增加1%至增加约20%、增加1%至增加约15%、增加1%至增加约10%、增加1%至约5%、增加约5%至约99%、增加约10%至约99%、增加约15%至约99%、增加约20%至约99%、增加约25%至约99%、增加约30%至约99%、增加约35%至约99%、增加约40%至约99%、增加约45%至约99%、增加约50%至约99%、增加约55%至约99%、增加约60%至约99%、增加约65%至约99%、增加约70%至约99%、增加约75%至约95%、增加约80%至约99%、增加约90%至增加约99%、增加约95%至约99%、增加约5%至约10%、增加约5%至约25%、增加约10%至约30%、增加约20%至约40%、增加约25%至约50%、增加约35%至约55%、增加约40%至约60%、增加约50%至增加约75%、增加约60%至增加约80%、或增加约65%至约85%等)，这可以指示对疗法的抗性。当怀疑对疗法有抗性时，对象可以经历影像学、活检、手术或其它诊断测试中的一项或多项。在一些实施方案中，当怀疑对疗法有抗性时，可以向对象施用(作为单一疗法或与先前的疗法组合)能够治疗RET抑制剂抗性的化合物(例如，如本文提供的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式)。参见，例如，Cancer Discov；7(12)；1368–70 (2017)；和Cancer Discov；7(12)；1394–403(2017)。
在本文提供的一些实施方案中，蛋白生物标志物可以用于监测患者对特定疗法(例如，第一RET抑制剂、第二RET抑制剂或式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式)的反应性。例如，在开始用本文所述疗法(例如，第一RET抑制剂、第二RET抑制剂或式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式)治疗之前，可以从对象获得生物学样品并可以确定生物学样品中的蛋白生物标志物的水平。该样品可以被视为基线样品。然后可以给对象施用一个或多个剂量的如本文所述的疗法(例如，第一RET抑制剂、第二RET抑制剂或式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式)并可以监测蛋白生物标志物的水平(例如，在第一剂量、第二剂量、第三剂量等后或在一周、两周、三周、四周等后)。如果蛋白生物标志物的水平低于基线样品(例如，减少1%至约99%、减少1%至约95%、减少1%至约90%、减少1%至约85%、减少1%至约80%、减少1%至约75%、减少1%至减少约70%、减少1%至减少约65%、减少1%至减少约60%、减少1%至减少约55%、减少1%至减少约50%、减少1%至减少约45%、减少1%至减少约40%、减少1%至减少约35%、减少1%至减少约30%、减少1%至减少约25%、减少1%至减少约20%、减少1%至减少约15%、减少1%至减少约10%、减少1%至约5%、减少约5%至约99%、减少约10%至约99%、减少约15%至约99%、减少约20%至约99%、减少约25%至约99%、减少约30%至约99%、减少约35%至约99%、减少约40%至约99%、减少约45%至约99%、减少约50%至约99%、减少约55%至约99%、减少约60%至约99%、减少约65%至约99%、减少约70%至约99%、减少约75%至约95%、减少约80%至约99%、减少约90%至减少约99%、减少约95%至约99%、减少约5%至约10%、减少约5%至约25%、减少约10%至约30%、减少约20%至约40%、减少约25%至约50%、减少约35%至约55%、减少约40%至约60%、减少约50%至减少约75%、减少约60%至减少约80%、或减少约65%至约85%等)，这指示了对疗法的反应性。在一些实施方案中，降低蛋白生物标志物的水平，使其低于仪器的检测极限。在一些实施方案中，将获自患者的生物学样品(n)中的蛋白生物标志物的水平与恰好之前取得的样品(n-1)进行比较。如果n样品中的蛋白生物标志物的水平低于n-1样品(例如，减少1%至约99%、减少1%至约95%、减少1%至约90%、减少1%至约85%、减少1%至约80%、减少1%至约75%、减少1%至减少约70%、减少1%至减少约65%、减少1%至减少约60%、减少1%至减少约55%、减少1%至减少约50%、减少1%至减少约45%、减少1%至减少约40%、减少1%至减少约35%、减少1%至减少约30%、减少1%至减少约25%、减少1%至减少约20%、减少1%至减少约15%、减少1%至减少约10%、减少1%至约5%、减少约5%至约99%、减少约10%至约99%、减少约15%至约99%、减少约20%至约99%、减少约25%至约99%、减少约30%至约99%、减少约35%至约99%、减少约40%至约99%、减少约45%至约99%、减少约50%至约99%、减少约55%至约99%、减少约60%至约99%、减少约65%至约99%、减少约70%至约99%、减少约75%至约95%、减少约80%至约99%、减少约90%至减少约99%、减少约95%至约99%、减少约5%至约10%、减少约5%至约25%、减少约10%至约30%、减少约20%至约40%、减少约25%至约50%、减少约35%至约55%、减少约40%至约60%、减少约50%至减少约75%、减少约60%至减少约80%、或减少约65%至约85%等)，这指示了对疗法的反应性。在一些实施方案中，降低蛋白生物标志物的水平，使其低于仪器的检测极限。在对疗法有反应性的情况下，可以给对象施用一个或多个剂量的该疗法并可以继续监测蛋白生物标志物。
如果样品中的蛋白生物标志物的水平高于基线(例如，增加1%至约99%、增加1%至约95%、增加1%至约90%、增加1%至约85%、增加1%至约80%、增加1%至约75%、增加1%至增加约70%、增加1%至增加约65%、增加1%至增加约60%、增加1%至增加约55%、增加1%至增加约50%、增加1%至增加约45%、增加1%至增加约40%、增加1%至增加约35%、增加1%至增加约30%、增加1%至增加约25%、增加1%至增加约20%、增加1%至增加约15%、增加1%至增加约10%、增加1%至约5%、增加约5%至约99%、增加约10%至约99%、增加约15%至约99%、增加约20%至约99%、增加约25%至约99%、增加约30%至约99%、增加约35%至约99%、增加约40%至约99%、增加约45%至约99%、增加约50%至约99%、增加约55%至约99%、增加约60%至约99%、增加约65%至约99%、增加约70%至约99%、增加约75%至约95%、增加约80%至约99%、增加约90%至增加约99%、增加约95%至约99%、增加约5%至约10%、增加约5%至约25%、增加约10%至约30%、增加约20%至约40%、增加约25%至约50%、增加约35%至约55%、增加约40%至约60%、增加约50%至增加约75%、增加约60%至增加约80%、或增加约65%至约85%等)，这可以指示对疗法的抗性。如果n样品中的蛋白生物标志物的水平高于n-1样品(例如，增加1%至约99%、增加1%至约95%、增加1%至约90%、增加1%至约85%、增加1%至约80%、增加1%至约75%、增加1%至增加约70%、增加1%至增加约65%、增加1%至增加约60%、增加1%至增加约55%、增加1%至增加约50%、增加1%至增加约45%、增加1%至增加约40%、增加1%至增加约35%、增加1%至增加约30%、增加1%至增加约25%、增加1%至增加约20%、增加1%至增加约15%、增加1%至增加约10%、增加1%至约5%、增加约5%至约99%、增加约10%至约99%、增加约15%至约99%、增加约20%至约99%、增加约25%至约99%、增加约30%至约99%、增加约35%至约99%、增加约40%至约99%、增加约45%至约99%、增加约50%至约99%、增加约55%至约99%、增加约60%至约99%、增加约65%至约99%、增加约70%至约99%、增加约75%至约95%、增加约80%至约99%、增加约90%至增加约99%、增加约95%至约99%、增加约5%至约10%、增加约5%至约25%、增加约10%至约30%、增加约20%至约40%、增加约25%至约50%、增加约35%至约55%、增加约40%至约60%、增加约50%至增加约75%、增加约60%至增加约80%、或增加约65%至约85%等)，这可以指示对疗法的抗性。当怀疑对疗法有抗性时，对象可以经历影像学、活检、手术或其它诊断测试中的一项或多项。在一些实施方案中，当怀疑对疗法有抗性时，可以向对象施用(作为单一疗法或与先前的疗法组合)能够治疗RET抑制剂抗性的化合物(例如，如本文提供的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式)。
在一些实施方案中，监测一种或多种蛋白生物标志物。待监测的特定蛋白生物标志物可以取决于癌症的类型，并且可以由本领域普通技术人员容易地鉴定。蛋白生物标志物的非限制性实例包括：CA 125、癌胚抗原 (CEA)、降钙素、甲状腺球蛋白、促肾上腺皮质激素(ACTH)、皮质醇、CA 19-9、催乳素、肝细胞生长因子、骨桥蛋白、髓过氧化物酶、金属蛋白酶组织抑制剂1、血管生成素-1 (Ang-1)、细胞角蛋白 19 (CK-19)、金属蛋白酶组织抑制剂-1 (TIMP-1)、几丁质酶3样-1 (YKL-40)、半乳凝素-3 (GAL-3)、CYFRA 21-1 (细胞角蛋白)、EPCAM (上皮细胞粘附分子)、ProGRP (前胃泌素释放肽)和CEACAM (癌胚抗原)。参见，例如，Cohen JD, Li L, Wang Y, 等 Detection and Localization of surgicallyresectable cancers with a multi-analyte blood test. Science；2018年1月18日在线出版. pii：eaar3247. DOI：10.1126/science.aar3247；Fawaz M Makki 等 Serumbiomarkers of papillary thyroid cancer. J Otolaryngol Head Neck Surg. 2013;42(1): 16；和Tatiana N. Zamay等 Current and Prospective Protein Biomarkers ofLung Cancer. Cancers (Basel). 2017 Nov; 9(11): 155。在一些实施方案中，生物标志物包括CEA、降钙素、甲状腺球蛋白、ACTH和皮质醇中的一种或多种。在一些实施方案中，癌症是甲状腺髓样癌并且蛋白生物标志物包括CEA和降钙素。在一些实施方案中，癌症是非甲状腺髓样癌并且蛋白生物标志物包括甲状腺球蛋白。在一些实施方案中，生物标志物是ACTH和皮质醇(例如，当患者具有与其癌症有关的库欣氏病时)。
本文还提供了在对象中治疗与RET相关的癌症的方法，其包括(a)向被鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症(例如，本文所述任何类型的与RET相关的癌症)的对象(例如，使用本文描述的或本领域已知的任何一种示例性方法鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症)施用一个或多个(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个或十个或更多个)剂量的第一RET激酶抑制剂；(b) 在步骤(a)后，确定获自对象的生物学样品(例如，包含血液、血清或血浆的生物学样品)中的循环肿瘤DNA的水平；(c)向被鉴定为具有与循环肿瘤DNA的参考水平(例如，本文描述的任何一种循环肿瘤DNA的参考水平)相比大约相同或升高水平的循环肿瘤DNA的对象施用治疗有效量的作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂或式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在这些方法的一些实例中，循环肿瘤DNA的参考水平为在步骤(a)之前获自对象的生物学样品中的循环肿瘤DNA的水平。这些方法的一些实施方案还包括确定在步骤(a)之前获自对象的生物学样品中的循环肿瘤DNA的水平。在这些方法的一些实例中，循环肿瘤DNA的参考水平为循环肿瘤DNA的阈值水平(例如，具有相似的与RET相关的癌症并具有相似阶段的与RET相关的癌症，但接受无效治疗或安慰剂，或尚未接受治疗性治疗的对象群体中的循环肿瘤DNA的平均水平，或具有相似的与RET相关的癌症并具有相似阶段的与RET相关的癌症，但接受无效治疗或安慰剂，或尚未接受治疗性治疗的对象中的循环肿瘤DNA的水平)。在这些方法的一些实例中，该第一RET抑制剂选自：卡博替尼、凡他尼布、阿来替尼、阿帕替尼、sitravatinib、索拉非尼、乐伐替尼、泊那替尼、度维替尼、舒尼替尼、foretinib、BLU667和BLU6864。
本文还提供了在对象中治疗与RET相关的癌症的方法，其包括向(i)被鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症(例如，本文所述任何类型的与RET相关的癌症) (例如，使用本文描述的或本领域已知的任何一种示例性方法鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症)，(ii)先前施用了一个或多个(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个或十个或更多个)剂量的第二RET激酶抑制剂和(ii) 在先前施用一个或多个剂量的第二RET激酶抑制剂之后，被鉴定为与循环肿瘤DNA的参考水平(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种循环肿瘤DNA的参考水平)相比具有大约相同或升高水平的循环肿瘤DNA的对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在这些方法的一些实施方案中，循环肿瘤DNA的参考水平为在施用一个或多个剂量的第二RET激酶抑制剂之前获自对象的生物学样品(例如，包含血液、血清或血浆的生物学样品)中的循环肿瘤DNA的水平。这些方法的一些实施方案还包括确定在施用一个或多个剂量的第二RET激酶抑制剂之前获自对象的生物学样品中的循环肿瘤DNA的水平。在这些方法的一些实例中，循环肿瘤DNA的参考水平为循环肿瘤DNA的阈值水平(例如，具有相似的与RET相关的癌症并具有相似阶段的与RET相关的癌症，但接受无效治疗或安慰剂，或尚未接受治疗性治疗的对象群体中的循环肿瘤DNA的平均水平，或具有相似的与RET相关的癌症并具有相似阶段的与RET相关的癌症，但接受无效治疗或安慰剂，或尚未接受治疗性治疗的对象中的循环肿瘤DNA的水平)。在这些方法的一些实施方案中，该第二RET激酶抑制剂选自：卡博替尼、凡他尼布、阿来替尼、阿帕替尼、sitravatinib、索拉非尼、乐伐替尼、泊那替尼、度维替尼、舒尼替尼、foretinib、BLU667和BLU6864。
本文还提供了在对象中治疗与RET相关的癌症的方法，其包括：(a)向被鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症(例如，本文描述的任何类型的与RET相关的癌症)的对象 (例如，使用本文描述的或本领域已知的任何一种方法鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症的对象)施用一个或多个剂量的作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；(b) 在步骤(a)后，确定获自对象的生物学样品(例如，包含血液、血清或血浆的生物学样品)中的循环肿瘤DNA的水平；(c)向被鉴定为与循环肿瘤DNA的参考水平(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种循环肿瘤DNA的示例性参考水平)相比具有大约相同或升高水平的循环肿瘤DNA的对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂或治疗(例如，本文描述的或本领域已知的与RET相关的癌症的任何一种另外的治疗剂或治疗)。在这些方法的一些实施方案中，另外的治疗剂为第二RET激酶抑制剂(例如，选自以下的RET激酶抑制剂：卡博替尼、凡他尼布、阿来替尼、阿帕替尼、sitravatinib、索拉非尼、乐伐替尼、泊那替尼、度维替尼、舒尼替尼、foretinib、BLU667和BLU6864)。在这些方法中的任何一种的一些实例中，另外的治疗剂或治疗包含以下中的一种或多种：放射疗法、化学治疗剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种示例性化学治疗剂)、检查点抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种示例性检查点抑制剂)、手术(例如，肿瘤的至少部分切除)和一种或多种其它激酶抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种示例性激酶抑制剂)。在这些方法的一些实例中，循环肿瘤DNA的参考水平为在步骤(a)之前获自对象的生物学样品(例如，包含血液、血清或血浆的生物学样品)中的循环肿瘤DNA的水平。在这些方法的一些实例中，循环肿瘤DNA的参考水平为循环肿瘤DNA的阈值水平(例如，具有相似的与RET相关的癌症并具有相似阶段的与RET相关的癌症，但接受无效治疗或安慰剂，或尚未接受治疗性治疗的对象群体中的循环肿瘤DNA的平均水平，或具有相似的与RET相关的癌症并具有相似阶段的与RET相关的癌症，但接受无效治疗或安慰剂，或尚未接受治疗性治疗的对象中的循环肿瘤DNA的水平)。
本文还提供了在对象中治疗与RET相关的癌症的方法，其包括：向(i) 被鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症(例如，本文描述的任何类型的与RET相关的癌症)(例如，使用本文描述的或本领域已知的任何一种方法鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症的对象)，(ii)先前施用了一个或多个剂量的作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，和(ii) 在施用一个或多个(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个或十个或更多个)剂量的作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式后，被鉴定为与循环肿瘤DNA的参考水平(例如，本文描述的任何一种循环肿瘤DNA的示例性参考水平)相比具有大约相同或升高水平的循环肿瘤DNA的对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂或治疗。在这些方法的一些实施方案中，循环肿瘤DNA的参考水平为在施用一个或多个(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个或十个或更多个)剂量的作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式前获自对象的生物学样品中的循环肿瘤DNA的水平。这些方法的一些实施方案还包括确定在施用一个或多个剂量的作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式前获自对象的生物学样品中的循环肿瘤DNA的水平。在这些方法的一些实例中，循环肿瘤DNA的参考水平为循环肿瘤DNA的阈值水平(例如，具有相似的与RET相关的癌症并具有相似阶段的与RET相关的癌症，但接受无效治疗或安慰剂，或尚未接受治疗性治疗的对象群体中的循环肿瘤DNA的平均水平，或具有相似的与RET相关的癌症并具有相似阶段的与RET相关的癌症，但接受无效治疗或安慰剂，或尚未接受治疗性治疗的对象中的循环肿瘤DNA的水平)。在该方法的一些实施方案中，另外的治疗剂为第二RET激酶抑制剂(例如，选自卡博替尼、凡他尼布、阿来替尼、阿帕替尼、sitravatinib、索拉非尼、乐伐替尼、泊那替尼、度维替尼、舒尼替尼、foretinib、BLU667和BLU6864的第二RET激酶抑制剂)。在这些方法的一些实施方案中，另外的治疗剂或治疗包括以下中的一种或多种：放射疗法、化学治疗剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种示例性化学治疗剂)、检查点抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种示例性检查点抑制剂)、手术(例如，肿瘤的至少部分切除)和一种或多种其它激酶抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种激酶抑制剂)。
本文还提供了为对象选择治疗的方法，其包括：为(i) 被鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症(例如，本文描述的任何一种与RET相关的癌症) (例如，使用本文描述的或本领域已知的任何一种方法鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症的对象)，(ii) 先前施用了一个或多个(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个或十个或更多个)剂量的第二RET激酶抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种RET激酶抑制剂)，和(ii) 在施用一个或多个剂量的第二RET激酶抑制剂后，被鉴定为与循环肿瘤DNA的参考水平相比具有大约相同或升高水平的循环肿瘤DNA的对象选择治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在这些方法中的任何一种的一些实施方案中，循环肿瘤DNA的参考水平为在施用一个或多个剂量的第二RET激酶抑制剂之前获自对象的生物学样品(例如，包含血液、血清或血浆的生物学样品)中的循环肿瘤DNA的水平。这些方法的一些实施方案还包括确定在施用一个或多个剂量的第二RET激酶抑制剂之前获自对象的生物学样品中的循环肿瘤DNA的水平。在这些方法的一些实例中，循环肿瘤DNA的参考水平为循环肿瘤DNA的阈值水平(例如，具有相似的与RET相关的癌症并具有相似阶段的与RET相关的癌症，但接受无效治疗或安慰剂，或尚未接受治疗性治疗的对象群体中的循环肿瘤DNA的平均水平，或具有相似的与RET相关的癌症并具有相似阶段的与RET相关的癌症，但接受无效治疗或安慰剂，或尚未接受治疗性治疗的对象中的循环肿瘤DNA的水平)。在这些方法中的任何一种的一些实施方案中，该第二RET激酶抑制剂选自卡博替尼、凡他尼布、阿来替尼、阿帕替尼、sitravatinib、索拉非尼、乐伐替尼、泊那替尼、度维替尼、舒尼替尼、foretinib、BLU667和BLU6864。
本文还提供了为对象选择治疗的方法，其包括为(i) 被鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种与RET相关的癌症) (例如，使用本文描述的或本领域已知的任何一种方法诊断或鉴定为具有与RET相关的癌症的对象)，(ii)先前施用了一个或多个剂量(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个或十个或更多个)的作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，和(ii) 在施用了一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式后，被鉴定为与循环肿瘤DNA的参考水平相比具有大约相同或升高水平的循环肿瘤DNA的对象选择治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂或治疗。在这些方法的一些实施方案中，循环肿瘤DNA的参考水平为在施用一个或多个剂量的作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式前获自对象的生物学样品(例如，包含血液、血清或血浆的生物学样品)中的循环肿瘤DNA的水平。一些实施方案还包括确定在施用一个或多个剂量的作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式前获自对象的生物学样品中的循环肿瘤DNA的水平。在这些方法的一些实例中，循环肿瘤DNA的参考水平为循环肿瘤DNA的阈值水平(例如，具有相似的与RET相关的癌症并具有相似阶段的与RET相关的癌症，但接受无效治疗或安慰剂，或尚未接受治疗性治疗的对象群体中的循环肿瘤DNA的平均水平，或具有相似的与RET相关的癌症并具有相似阶段的与RET相关的癌症，但接受无效治疗或安慰剂，或尚未接受治疗性治疗的对象中的循环肿瘤DNA的水平)。在这些方法中的任何一种的一些实施方案中，另外的治疗剂为第二RET激酶抑制剂(例如，选自卡博替尼、凡他尼布、阿来替尼、阿帕替尼、sitravatinib、索拉非尼、乐伐替尼、泊那替尼、度维替尼、舒尼替尼、foretinib、BLU667和BLU6864的第二RET激酶抑制剂)。在本文描述的方法中的任何一种的一些实施方案中，另外的治疗剂或治疗包括以下中的一种或多种：放射疗法、化学治疗剂(例如，本文描述的或本领域已知的化学治疗剂的实例中的任何一种)、检查点抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种检查点抑制剂)、手术(例如，肿瘤的至少部分切除)和一种或多种其它激酶抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种其它激酶抑制剂)。
本文还提供了在对象中确定治疗功效的方法，其包括：(a)在第一时间点确定获自被鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症的对象的生物学样品(例如，包括血液、血清或血浆的生物学样品)中的循环肿瘤DNA的第一水平；(b)在第一时间点之后和第二时间点之前，向对象施用包括一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗；(c)在第二时间点确定获自对象的生物学样品(例如，包含血液、血清或血浆的生物学样品)中的循环肿瘤DNA的第二水平；和(d) 鉴定治疗在被确定为与循环肿瘤DNA的第一水平相比具有降低的循环肿瘤DNA的第二水平的对象中有效；或鉴定治疗在被确定为与循环肿瘤DNA的第一水平相比具有大约相同或升高的循环肿瘤DNA的第二水平的对象中无效。在这些方法的一些实施方案中，第一时间点和第二时间点间隔约1周至约1年(例如，约1周至约10个月、约1周至约8个月、约1周至约6个月、约1周至约4个月、约1周至约3个月、约1周至约2个月、约1周至约1个月或约1周至约2周)。
本文还提供了确定对象是否对治疗发展抗性的方法，其包括：(a)在第一时间点确定获自被鉴定或诊断为具有与RET相关的癌症的对象的生物学样品(例如，包含血液、血清或血浆的生物学样品)中的循环肿瘤DNA的第一水平；(b)在第一时间点之后和第二时间点之前，向对象施用包括一个或多个(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个或十个或更多个)剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗；(c)在第二时间点确定获自对象的生物学样品中的循环肿瘤DNA的第二水平；和(d)确定与循环肿瘤DNA的第一水平相比具有降低的循环肿瘤DNA的第二水平的对象没有对治疗发展抗性；或确定与循环肿瘤DNA的第一水平相比具有大约相同或升高的循环肿瘤DNA的第二水平的对象已经对治疗发展抗性。在这些方法的一些实施方案中，第一时间点和第二时间点间隔约1周至约1年(例如，约1周至约10个月、约1周至约8个月、约1周至约6个月、约1周至约4个月、约1周至约3个月、约1周至约2个月、约1周至约1个月或约1周至约2周)。
检测循环肿瘤DNA的示例性的方法描述于Moati 等, Clin. Res. Hepatol. Gastroenterol. 2018年4月4日；Oussalah 等，EBioMedicine，2018年3月28日；Moon 等，Adv. Drug Deliv. Rev.，2018年4月4日；Solassaol 等, Clin. Chem. Lab. Med. 2018年4月7日；Arriola 等, Clin. Transl. Oncol. 2018年4月5日；Song 等，J. Circ. Biomark. 2018年3月25日；Aslibekyan 等，JAMA Cardiol. 2018年4月4日；Isbell 等，J. Thorac. Cardiovasc. Surg. 2018年3月13日；Boeckx 等, Clin. Colorectal Cancer2018年2月22日；Anunobi 等，J. Surg. Res. 2018年3月28日；Tan 等，Medicine 97(13)：e0197，2018；Reithdorf 等，Transl. Androl. Urol. 6(6)：1090-1110，2017；Volckmar等, Genes Chromosomes Cancer57(3)：123-139，2018；和Lu 等, Chronic Dis. Transl. Med. 2(4)：223-230，2016。检测循环肿瘤DNA的另外的方法是本领域已知的。
在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的多激酶抑制剂，其中该多激酶抑制剂选自凡他尼布或卡博替尼；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的多激酶抑制剂。
在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的第一多激酶抑制剂，其中该多激酶抑制剂选自凡他尼布或卡博替尼；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的多激酶抑制剂。
在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一个或多个RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；和(b)向对象施用治疗有效量的多激酶抑制剂，其中该多激酶抑制剂选自凡他尼布或卡博替尼；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个表3或4的RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的多激酶抑制剂。
在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；和(b)向对象施用治疗有效量的多激酶抑制剂，其中该多激酶抑制剂选自凡他尼布或卡博替尼；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂抗性突变V804M、G810S或G810R；和(d)如果对象具有具有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的选自式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的多激酶抑制剂。
作为另一个实例，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的多激酶抑制剂(例如，凡他尼布或卡博替尼)；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的多激酶抑制剂(例如，凡他尼布或卡博替尼)；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一个或多个RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个表3或4的RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的多激酶抑制剂(例如，凡他尼布或卡博替尼)；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂抗性突变V804M、G810S或G810R；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的多激酶抑制剂(例如，凡他尼布或卡博替尼)；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。
此外，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的作为单一疗法或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，手术或辐射)组合的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的作为单一疗法或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，手术或辐射)组合的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一个或多个RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；和(b)向对象施用治疗有效量的选自式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个表3或4的RET抑制剂抗性突变；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的作为单一疗法或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，手术或辐射)组合的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，在步骤(d)中施用选自阿来替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、泊那替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡他尼布、RXDX-105 (agerafenib)、BLU-667 ((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668的第二RET抑制剂。在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂抗性突变V804M、G810S或G810R；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的作为单一疗法或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，手术或辐射)组合的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，在步骤(d)中施用选自阿来替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、泊那替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡他尼布、RXDX-105(agerafenib)、BLU-667 ((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668的第二RET抑制剂。
此外，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)检测获自对象的样品中的癌细胞中的至少一个RET抑制剂抗性突变；和(d)向对象施用另外剂量的作为单一疗法或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，手术或辐射)组合的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)检测获自对象的样品中的癌细胞中的至少一个RET抑制剂抗性突变；和(d)向对象施用另外剂量的作为单一疗法或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，手术或辐射)组合的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一个或多个RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；和(b)向对象施用治疗有效量的选自式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c) 检测获自对象的样品中的癌细胞中的至少一个表3或4的RET抑制剂抗性突变；和(d)向对象施用另外剂量的作为单一疗法或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，手术或辐射)组合的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，在步骤(d)中施用选自阿来替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、泊那替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡他尼布、RXDX-105 (agerafenib)、BLU-667 ((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668的第二RET抑制剂。在一些实施方案中，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)检测获自对象的样品中的癌细胞中的RET抑制剂抗性突变V804M、G810S或G810R；和(d)向对象施用另外剂量的作为单一疗法或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，手术或辐射)组合的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，在步骤(d)中施用选自阿来替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、泊那替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡他尼布、RXDX-105 (agerafenib)、BLU-667 ((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668的第二RET抑制剂。
本文还提供用于在有此需要的患者中治疗肺癌的方法，该方法包括向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式、克唑替尼、奥希替尼或其任何组合。
在一些实施方案中，肺癌为与RET相关的癌症。例如，方法可以包括：(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变 (例如，MET 失调，如MET基因扩增)；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式组合的第二治疗剂，其中第二治疗剂为克唑替尼；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些此类实施方案中，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2的一个或多个RET激酶蛋白点突变/插入；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在其它实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变(例如，MET 失调，如MET基因扩增)；和(d)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式组合的第二治疗剂，其中第二治疗剂为克唑替尼；或(e)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。
在一些实施方案中，肺癌为与EGFR相关的癌症。例如，该方法可以包括：(a)在来自对象的样品中检测EGFR基因、EGFR激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的EGFR抑制剂(例如，奥希替尼)。在一些实施方案中，方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调(例如，RET基因融合)；和(d)如果对象具有有RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的至少一种失调(例如，RET基因融合)的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与EGFR抑制剂(例如，奥希替尼)组合的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(e) 如果对象具有无RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调(例如，RET基因融合)的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的EGFR抑制剂(例如，奥希替尼)。在一些这样的实施方案中，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测EGFR基因、EGFR激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的奥希替尼。在其它实施方案中，该方法进一步包括(在(b)之后) (c)确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有表1的一种或多种融合蛋白和/或表2的一个或多个RET激酶蛋白点突变/插入；和(d)如果对象具有有表1的一种或多种融合蛋白和/或表2的一个或多个RET激酶蛋白点突变/插入的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与奥希替尼组合的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(e) 如果对象具有不具有表1的一种或多种融合蛋白和/或表2的一个或多个RET激酶蛋白点突变/插入的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(b)的奥希替尼。
如本文所用，术语“与EGFR相关的癌症”是指与EGFR基因、EGFR激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调相关或具有该失调的癌症。
短语“EGFR基因、EGFR激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，导致融合蛋白的表达的EGFR基因易位、导致与野生型EGFR蛋白相比包括至少一个氨基酸的缺失的EGFR蛋白的表达的EGFR基因中的缺失，或导致具有一个或多个点突变的EGFR蛋白的表达的EGFR基因中的突变，或导致引起与野生型EGFR蛋白相比EGFR蛋白中的至少一个氨基酸的缺失的EGFR蛋白的EGFR mRNA 的交替剪接版本)或导致EGFR蛋白的过表达或由细胞中的EGFR基因的过表达引起的自分泌活性的EGFR基因扩增，其导致细胞中的EGFR蛋白的激酶结构域(例如，EGFR蛋白的组成性活性激酶结构域)的活性的致病性增加。作为另一个实例，EGFR基因、EGFR蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是编码与由不包括突变的EGFR基因编码的蛋白相比具有组成性活性或具有增加的活性的EGFR蛋白的EGFR基因中的突变。例如，EGFR基因、EGFR蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是导致含有第一部分的EGFR(包括功能性激酶结构域)和第二部分的伴侣蛋白(即不是EGFR)的融合蛋白的表达的基因或染色体易位的结果。在一些实例中，EGFR基因、EGFR蛋白或表达或活性的失调可以是一个EGFR基因与另一个非EGFR基因的基因易位的结果。在一些实施方案中，EGFR突变为T790M 突变。在一些实施方案中，EGFR突变为C797S 突变。
术语“野生型EGFR”或“野生-型EGFR”描述了在不具有与EGFR相关的癌症(并且任选地也不具有增加的发展与EGFR相关的癌症的风险和/或不被怀疑具有与EGFR相关的癌症)的对象中发现的，或在来自不具有与EGFR相关的癌症(并且任选地也不具有增加的发展与EGFR相关的癌症的风险和/或不被怀疑具有与EGFR相关的癌症)的对象的细胞或组织中发现的核酸(例如，EGFR基因或EGFR mRNA)或蛋白(例如，EGFR蛋白)。
还提供了为具有癌症的对象选择治疗的方法，其包括：鉴定具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象；和选择包括施用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式与第一RET抑制剂组合施用。还提供了为具有癌症的对象选择治疗的方法，其包括：为被鉴定为具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象选择包括施用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗。还提供了为不包括作为单一疗法的第一RET抑制剂的治疗选择具有癌症的对象的方法，其包括：鉴定具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象；和为包括式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗选择所鉴定的对象。还提供了为不包括作为单一疗法的第一RET抑制剂的治疗选择具有癌症的对象的方法，其包括：为包括施用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗选择被鉴定为具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变包括表3和4中列出的一个或多个RET抑制剂抗性突变。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变可以包括在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D。
还提供了确定具有癌症(例如，与RET相关的癌症)的对象将会对采用第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗具有阳性反应的可能性的方法，其包括：确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；和确定具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象具有降低的对采用第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗具有阳性反应的可能性(即，具有阴性反应的可能性增加)。还提供了确定具有癌症(例如，与RET相关的癌症)的对象将会对采用第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗具有阳性反应的可能性的方法，其包括：确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；和确定与具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象相比不具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象具有增加的对采用第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗具有阳性反应的可能性。还提供了预测采用第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗在具有癌症的对象中的功效的方法，其包括：确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；和确定采用第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗在具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的获自对象的样品中的癌细胞的对象中不太可能有效。还提供了预测采用第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗在具有癌症的对象中的功效的方法，其包括：确定采用第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗在具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的获自对象的样品中的癌细胞的对象中不太可能有效。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变包括表3和4中列出的一个或多个RET抑制剂抗性突变。例如，一个或多个RET抑制剂抗性突变可以包括在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D。
还提供了治疗具有癌症的对象的方法，其包括：(a)向对象施用一个或多个剂量的第一RET抑制剂一段时间；(b) 在(a)之后，确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(c)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(d)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂。在一些实施方案中，当给对象施用另外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂时，也可以给对象施用另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂或式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂为另一种 RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为免疫疗法。在步骤(c)的一些实施方案中，另一种 RET抑制剂可以是步骤(a)中施用的第一RET抑制剂。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变包括表3和4中列出的一个或多个RET抑制剂抗性突变。例如，一个或多个RET抑制剂抗性突变可以包括在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D。
还提供了治疗具有癌症的对象的方法，其包括：(a)向对象施用一个或多个剂量的第一RET抑制剂一段时间；(b) 在(a)之后，确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(c)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂；或(d)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂。在一些实施方案中，当给对象施用另外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂时，也可以给对象施用另一种抗癌剂。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变包括表3和4中列出的一个或多个RET抑制剂抗性突变。例如，一个或多个RET抑制剂抗性突变可以包括在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂为另一种 RET抑制剂(例如，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式)。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为免疫疗法。
还提供了治疗具有癌症(例如，与RET相关的癌症)的对象的方法，其包括：(a)确定获自具有癌症并先前施用了一个或多个剂量的第一RET抑制剂的对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；和(b)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(c)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的先前施用的第一RET抑制剂。在一些实施方案中，当给对象施用另外剂量的先前施用给对象的第一RET抑制剂时，也可以给对象施用另一种抗癌剂(例如，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变包括表3和4中列出的一个或多个RET抑制剂抗性突变。例如，一个或多个RET抑制剂抗性突变可以包括在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂为另一种 RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为免疫疗法。在步骤(b)的一些实施方案中，另一种抗癌剂可以是步骤(a)中施用的第一RET抑制剂。
还提供了治疗具有癌症的对象的方法，其包括：(a) 确定获自具有癌症并先前施用了一个或多个剂量的第一RET抑制剂的对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；和(b)如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂；或(c)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的先前施用的第一RET抑制剂。在一些实施方案中，当给对象施用另外剂量的先前施用给对象的第一RET抑制剂时，也可以给对象施用另一种抗癌剂。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变包括表3和4中列出的一个或多个RET抑制剂抗性突变。例如，一个或多个RET抑制剂抗性突变可以包括在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂为另一种 RET抑制剂(例如，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式)。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为免疫疗法。在(b)的一些实施方案中，另一种抗癌剂可以是步骤(a)中施用的第一RET抑制剂。
在一些实施方案中，本文所述与RET相关的癌症可以与另一种基因、另一种蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调一起发生在对象中。
例如，表现出RET 融合的与RET相关的癌症可以与以下中的一种或多种一起发生在对象中：MET基因、MET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；PIK3CA基因、PIK3C蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；KRAS基因、KRAS蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；EGFR基因、EGFR蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调(例如，EGFR基因的扩增)；FGFR2基因、FGFR2蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调(例如，FGFR2基因或FGFR2蛋白的融合)；CDK4基因、CDK4蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调(例如，CDK4基因的扩增)；mTOR基因、mTOR蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；CDKN2A基因、CDKN2蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调(例如，CDKN2A基因或CDKN2蛋白中的缺失)；CDKN2B基因、CDKN2B蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调(例如，CDKN2B基因或CDKN2B蛋白中的缺失)；NF1基因、NF1蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；MYC基因、MYC蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调(例如，MYC基因中的扩增)；MDM2基因、MDM2蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调(例如，MDM2基因中的扩增)；GNAS基因、GNAS蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；BRCA2基因、BRCA2蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调。
在一些实施方案中，表现出RET基因和/或RET蛋白的突变的与RET相关的癌症可以与以下中的一种或多种一起发生在对象中：PIK3CA基因、PIK3C蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；KRAS基因、KRAS蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；EGFR基因、EGFR蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；FGFR1基因、FGFR1蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调(例如，FGFR1基因的扩增)；FGFR2基因、FGFR2蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调(例如，FGFR2基因的扩增)；FGFR3基因、FGFR3蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调(例如，FGFR3基因或FGFR3蛋白的融合)；ERBB2基因、ERBB2蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调(例如，ERBB2基因的扩增)；和KIT基因、KIT蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调。
在一些实施方案中，表现出RET基因的扩增的与RET相关的癌症可以与一种或多种另外的激酶扩增一起发生在患者中。例如，FGFR1基因的扩增；FGFR2基因的扩增；FGFR3基因的扩增；FGFR4基因的扩增；CDK4基因的扩增；和CDK6基因的扩增。
在一些实施方案中，其中本文描述的与RET相关的癌症可以与另一种激酶的失调一起发生在对象中，本文描述的方法可以进一步包括施用靶向和/或治疗其它激酶的失调的另外的治疗剂。例如，本文提供用于在需要此类治疗的对象中治疗与RET相关的癌症的方法，该方法包括(a)在来自对象的样品中检测RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调；和(b)向对象施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，该方法进一步包括(c) 在来自对象的样品中检测另一种激酶的失调；和(d)向对象施用靶向和/或治疗其它激酶的失调的治疗剂。在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的施用并存、相继或连续地进行。在一些实施方案中，检测步骤(a)和(c)可以同时或以任何顺序相继进行。
靶向和/或治疗其它激酶的失调的另外的治疗剂可以包括其它激酶的任何已知抑制剂。此类药剂的实例如下：
示例性的PARP抑制剂包括：3-氨基苯甲酰胺 (INO-1001)、5-氨基异喹啉、ABT472、ABT767、AG140361、AG14032、ANG2864、ANG3186、AZD2281、AZD2461、BGP-15、BSI101、BSI401、CEP6800、CEP8983、CK102、CEP9722 (CEP8983的前药)、CPH101与CPH102、DR2313、E7016(GPI-21016)、E7449、GP16150、IMP4297、IMP04149、INO1002、INO1003、JPI283、JPI289、KU0687、KU58948、尼拉帕利 (MK-4827)、NT125、奥拉帕利 (AZD2281)、ONO-1924H、ONO2231、pamiparib (BGB-290)、PJ-34、瑞卡帕布 (AG014699)、SC10914、SOMCL9112、他拉唑帕尼(BMN-673)和veliparib (ABT-888)。
示例性的CDK 4/6抑制剂包括：哌柏西利 (PD0332991)、abemaciclib(LY2835219)、瑞博西尼 (LEE011)、trilaciclib (G1T28)、voruciclib和G1T38。
示例性的ERBB2 (HER2/neu)抑制剂包括：阿法替尼、阿法替尼、达克替尼 (PF-00299804)、DS8201-a、erlontinib、吉非替尼、KU004、拉帕替尼、拉帕替尼二甲苯磺酸盐、MM-111、莫立替尼 (TAK-165)、奈拉替尼、吡咯替尼 (HTI-1001)、tucatinib (ONT-380、ARRY-380)、7C3、西妥昔单抗、HER2-BsAb、hersintuzumab、margetuximab、MI130004、NeuVax、帕尼单抗、培妥珠单抗、SYD985、曲妥珠单抗和曲妥珠单抗-emtansine。
扩增的ERBB2 (HER2/neu)的示例性的抑制剂包括达克替尼 (PF-00299804)、拉帕替尼、奈拉替尼、培妥珠单抗、曲妥珠单抗和曲妥珠单抗-emtansine。
示例性的EGFR抑制剂包括：AC0010、阿法替尼、AP26113、ASP8273、avatinib、avitinib、AZD3759、BMS-690514、布吉替尼、卡奈替尼、Cap-701、CHMFL-EGFR-202、CUDC-101、达克替尼、EAI045、EGF816、erlontinib、厄洛替尼、吉非替尼、GNS-1481、GNS-1486、Gö6976、HS-10296、埃克替尼、KU004、拉帕替尼、纳扎替尼、奈拉替尼、奥姆替尼 (HM61713、BI1482694)、奥希替尼、奥希替尼(AZD9291)、培利替尼、PF-06747775、PKC412、吡咯替尼(HTI-1001)、rocilentinib、凡他尼布、varlitinib、XL647、7C3、西妥昔单抗、depatuxizumab mafodotin (ABT-414)、马妥珠单抗、尼妥珠单抗、帕木单抗和扎芦木单抗。
示例性的野生-型EGFR抑制剂包括：阿法替尼、BMS-690514、卡奈替尼、CUDC-101、达克替尼、厄洛替尼、吉非替尼、拉帕替尼、奈拉替尼、培利替尼、凡他尼布、varlitinib、XL647、西妥昔单抗、马妥珠单抗、尼妥珠单抗、帕木单抗和扎芦木单抗。
突变的EGFR的示例性的抑制剂包括：AC0010、阿法替尼、AP26113、ASP8273、avatinib、avitinib、AZD3759、BMS-690514、布吉替尼、卡奈替尼、Cap-701、CHMFL-EGFR-202、CUDC-101、达克替尼、EAI045、EGF816、GNS-1481、GNS-1486、Gö6976、HS-10296、埃克替尼、纳扎替尼、奈拉替尼、奥姆替尼 (HM61713、BI 1482694)、奥希替尼(AZD9291)、PF-06747775、PKC412、rocilentinib、凡他尼布、varlitinib和西妥昔单抗。
扩增的EGFR的示例性的抑制剂为depatuxizumab mafodotin (ABT-414)。
FGFR的示例性的抑制剂包括：ASP5878、AZD4547、BGJ398、BLU9931、brivatinib、西地尼布、DEBIO 1347、derazantinib (ARQ-087)、度维替尼(CHIR258)、E7090、ENMD-2076、厄达替尼 (JNJ-42756293)、FGF 401、FIIN-1、FRIN-1、INCB054828、L16H50、乐伐替尼、德立替尼、LY2874455、尼达尼布、NP603、奥兰替尼 (SU6668)、帕唑帕尼、PBI05204、PD173074、泊那替尼、PRN1371、瑞戈非尼、rogaratinib (BAY-1163877)、S49076、SOMCL-085、SU5402、舒尼替尼、TAS-120、FP-1039、GAL-F2、GAL-FR21、GAL-FR22、GAL-FR23、GP369、hLD1.vb、LD1、MFGR1877S、MM-161、PRO-001和R3Mab。
FGFR 融合的示例性的抑制剂包括：BGJ398、DEBIO 1347、derazantinib (ARQ-087)、E7090、厄达替尼 (JNJ-42756293)、德立替尼和TAS-120。
FGFR1、FGFR2和FGFR3的示例性的抑制剂包括：AZD4547、BGJ398、DEBIO 1347、E7090、INCB054828、S49076、SOMCL-085和TAS-120。
FGF4的示例性的抑制剂包括：BLU-554、BLU9931、NVP-FGF401和hLD1.vb。
扩增的FGFR1的示例性的抑制剂包括：AZD4547、BGJ398、DEBIO 1347、derazantinib (ARQ-087)、厄达替尼 (JNJ-42756293)、INCB054828和德立替尼。
扩增的FGFR2的示例性的抑制剂包括：AZD4547、DEBIO 1347、derazantinib (ARQ-087)、德立替尼、瑞戈非尼和TAS-120。
扩增的FGFR3的示例性的抑制剂为AZD4547。
示例性的MEK抑制剂包括：AZD8330 (ARRY-424704)、AZD6244 (ARRY-142866)、BI-847325、比美替尼、BIX02188、BIX02189、CH4987655 、CH5126766、CI-1040、cobemetinib(GDC-0973)、EBI-1051、G-573、G8935 、GDC-0623、杨梅黄酮、蜜桔黄素、PD0325901、PD184161、PD318088、PD98059、PD334581、pimasertib (AS-703026)、refametinib(RDEA119、BAY 869766)、selumentinib (AZD6244)、SL-327、TAK-733、曲美替尼和U0126。
示例性的KRAS抑制剂包括：0375-0604、共价的基于喹唑啉的开关II口袋(SIIP)化合物、ARS-1620、AZD4785和LP1。
示例性的PI3K抑制剂包括：3-甲基腺嘌呤、A66、阿培利司 (BYL719)、AMG319、apitolisib (GDC-0980、RG7422)、AS-252424、AS-604850、AS-605240、AZD6842、AZD8186、AZD8835、BGT226 (NVP-BGT226)、buparlisib (BKM120)、CAY10505、CH5132799、copanlisib(BAY 80-6946)、CUDC-907、CZC24832、dactolisib (BEZ235、NVP-BEZ235)、DS7423 、duvelisib (IPI-145、INK1197)、GDC-0032、GDC-0084、GDC-0326、gedatolisib (PF-05212384、PKI-5587)、GNE-317、GS-9820、GSK1059615、GSK2292767、GSK2636771、HS-173、IC-87114、艾代拉里斯 (CAL-101、GS-1101)、IPI-145、IPI-3063、IPI-549、LY294002、LY3023414、nemiralisib (GSK2269557)、omipalisib (GSK2126458、GSK458)、PF-04691502、PF-4989216、PI-103、PI-3065、pictilisib (GDC-0941)、PIK-293、PIK-294、PIK-75、PIK-90、PIK-93、PIK-III、pilaralisib (XL147)、PKI-587、PP-110、PQR309、PQR309、PW-12、PX-866、槲皮素、S14161、SAR245409 (XL765)、SAR260301、SAR405、serabelisib (INK-1117、MLN-1117、TAK-1117)、SF-1126、SF-2523、SN32976、taselisib (GDC-0032)、TB101110、TG100-115、TG100-713、TGR-1202、TGX-221、umbralisib (TGR-1202)、voxtalisib (XL765、SAR245409)、VPS34-IN1、VS-5584 (SB2343)、WJD008、渥曼青霉素和ZSTK474。
示例性的KIT抑制剂包括：AMG 706、amuvatinib (MP-470)、APcK110、阿昔替尼(AG-013736)、AZD2932、达沙替尼 (BMS-354825)、度维替尼(TKI-258、CHIR-258)、EXEL-0862、伊马替尼、KI-328、马赛替尼 (AB1010)、米哚妥林、MLN518、莫替沙尼、N3-(6-氨基吡啶-3-基)-N1-(2-环戊基乙基)-4-甲基异邻苯二酰胺、尼洛替尼、OSI-930、帕唑帕尼(GW786034)、pexidartinib (PLX3397)、PKC412、PLX647、PP1、奎扎替尼(AC220)、瑞戈非尼(BAY 73-4506)、semaxinib (SU 5416)、sitravatinib (MGCD516)、索拉非尼、STI571、SU11248、SU9529、舒尼替尼、替拉替尼、tivozanib (AV-951)、酪氨酸磷酸化抑制剂 AG1296、VX-322和WBZ_4。
示例性的MDM2抑制剂包括：(-)-小白菊内酯、ALRN6924、AM-8553、AMG232、CGM-097、DS-3032b、GEM240、HDM201、HLI98、idasanutlin (RG-7338)、JapA、MI-219、MI-219、MI-319、MI-77301 (SAR405838)、MK4828、MK-8242、MX69、NSC 207895 (XI-006)、Nutlin-3、Nutlin-3a、Nutlin-3b、NVP-CFC218、NVP-CGM097、PXn727/822、RG7112、RO2468、RO5353、RO5503781、色德美坦 (JNJ-26854165)、SP-141和YH239-EE。
扩增的MDM2的示例性的抑制剂包括：AM-8553、AMG232、DS-3032b、MI-77301(SAR405838)、NSC 207895 (XI-006)、Nutlin-3a、NVP-CFC218、NVP-CGM097和RG7112。
MET的示例性的抑制剂包括：(−)-橄榄油刺激醛、ABBV-399、AMG-208、AMG-337、AMG-458、BAY-853474、BMS-754807、BMS-777607、BMS-794833、卡博替尼(XL184、BMS-907351)、卡马替尼 (INCB28060)、克唑替尼(PF-02341066)、DE605、foretinib(GSK1363089、XL880)、glesatinib (MGCD265)、golvatinib (E7050)、INCB028060、JNJ-38877605、KRC-408、merestinib (LY2801653)、MK-2461、MK8033、NPS-1034、NVP-BVU972、PF-04217903、PHA-665752、S49076、savolitinib (AZD6094、HMPL-504)、SGX-523、SU11274、TAS-115、tepotinib (EMD 1214063、MSC2156119J)、沃利替尼、CE-355621和Onartuzumab。
mTOR的示例性的抑制剂包括：anthracimycin、apitolisib (GDC-0980、RG7422)、AZD-8055、BGT226 (NVP-BGT226)、CC-223、CZ415、dactolisib (BEZ235、NVP-BEZ235)、DS7423、依维莫司 (RAD001)、GDC-0084、GDC-0349、gedatolisib (PF-05212384、PKI-5587)、GSK1059615、INK128、KU-0063794、LY3023414、MLN0128、omipalisib (GSK2126458、GSK458)、OSI-027、OSU-53、Palomid 529 (P529)、PF-04691502、PI-103、PKI-587、PP242、PQR309、ridafarolimus (AP-23573)、sapanisertib (INK 128、MLN0128)、SAR245409(XL765)、SF-1126、SF2523、西罗莫司 (雷帕霉素)、SN32976、TAK228、坦罗莫司 (CCI-779、NSC 683864)、Torin 1、Torin 2、torkinib (PP242)、umirolimus、vistusertib(AZD2014)、voxtalisib (XL765、SAR245409)、VS-5584、VS-5584 (SB2343)、WAY-600、WYE-125132 (WYE-132)、WYE-354、WYE-687、XL388和唑罗莫司 (ABT-578)。
MYC的示例性的抑制剂包括：10058-F4、10074-G5和KSI-3716。
短语“基因、蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，导致包括激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达的染色体易位、导致与野生型蛋白相比包括至少一个氨基酸的缺失的蛋白的表达的基因突变、导致与野生型蛋白相比具有一个或多个点突变的蛋白的表达的基因突变、导致与野生型蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的蛋白的表达的基因突变、导致细胞中的蛋白水平增加的基因重复，或导致细胞中的蛋白水平增加的调节序列(例如，启动子和/或增强子)的突变)，导致与野生型蛋白相比蛋白中具有至少一个氨基酸的缺失的蛋白的mRNA 的交替剪接版本或由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导引起的哺乳动物细胞中的野生型蛋白的表达增加(例如，水平增加) (例如，与对照非癌细胞相比)。作为另一个实例，基因、蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是编码与由不包括突变的基因编码的蛋白相比具有组成性活性或具有增加的活性的蛋白的基因中的突变。例如，基因、蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是导致含有第一部分的蛋白(包括功能性激酶结构域)和第二部分的伴侣蛋白(即不是初级蛋白)的融合蛋白的表达的基因或染色体易位的结果。在一些实例中，基因、蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是一个基因与不同的基因的基因易位的结果。
用多激酶抑制剂(MKI)或靶标特异性激酶抑制剂(例如，BRAF抑制剂、EGFR抑制剂、MEK抑制剂、ALK抑制剂、ROS1抑制剂、MET抑制剂、芳香酶抑制剂、RAF抑制剂或RAS抑制剂)治疗具有癌症的患者可以导致癌症中的RET基因、RET激酶或它们的表达或活性或水平的失调和/或对RET抑制剂的抗性。参见，例如，Bhinge 等，Oncotarget 8：27155-27165，2017；Chang 等，Yonsei Med.J. 58：9-18，2017；和Lopez-Delisle 等，doi：10.1038/s41388-017-0039-5，Oncogene 2018。
与用作为单一疗法的RET抑制剂或作为单一疗法的多激酶抑制剂或靶标特异性激酶抑制剂治疗相同的患者或相似的患者相比，用RET抑制剂与多激酶抑制剂或靶标特异性激酶抑制剂(例如，BRAF抑制剂、EGFR抑制剂、MEK抑制剂、ALK抑制剂、ROS1抑制剂、MET抑制剂、芳香酶抑制剂、RAF抑制剂或RAS抑制剂)的组合治疗具有癌症的患者可以具有增加的治疗功效。参见，例如，Tang 等，doi：10.1038/modpathol.2017.109，Mod. Pathol. 2017；和reucci 等，Oncotarget 7：80543-80553，2017；Nelson-Taylor 等，Mol. Cancer Ther.16：1623-1633，2017；和Kato 等，Clin. Cancer Res. 23：1988-1997，2017。
本文提供治疗具有癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)并先前施用了多激酶抑制剂(MKI)或靶标特异性激酶抑制剂(例如，BRAF抑制剂、EGFR抑制剂、MEK抑制剂、ALK抑制剂、ROS1抑制剂、MET抑制剂、芳香酶抑制剂、RAF抑制剂或RAS抑制剂)(例如，作为单一疗法)的患者的方法，其包括：向患者施用(i) 治疗有效剂量的作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或(ii) 治疗有效剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和治疗有效剂量的先前施用的MKI或先前施用的靶标特异性激酶抑制剂。
本文提供治疗具有癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)、先前施用了MKI或靶标特异性激酶抑制剂(例如，BRAF抑制剂、EGFR抑制剂、MEK抑制剂、ALK抑制剂、ROS1抑制剂、MET抑制剂、芳香酶抑制剂、RAF抑制剂或RAS抑制剂) (例如，作为单一疗法)的患者的方法，其包括：鉴定具有有RET基因、RET激酶或它们的表达或活性或水平的失调的癌细胞的患者；和向被鉴定的患者施用(i) 治疗有效剂量的作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或(ii) 治疗有效剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和治疗有效剂量的先前施用的MKI或先前施用的靶标特异性激酶抑制剂。
本文提供治疗具有癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括：向患者施用治疗有效量的MKI或靶标特异性激酶抑制剂(例如，BRAF抑制剂、EGFR抑制剂、MEK抑制剂、ALK抑制剂、ROS1抑制剂、MET抑制剂、芳香酶抑制剂、RAF抑制剂或RAS抑制剂)(例如，作为单一疗法)第一时间段；在该时间段之后，鉴定具有有RET基因、RET激酶或它们的表达或活性或水平的失调的癌细胞的患者；和向被鉴定的患者施用(i) 治疗有效剂量的作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或(ii)治疗有效剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和治疗有效剂量的先前施用的MKI或先前施用的靶标特异性激酶抑制剂。
本文提供治疗具有有BRAF基因、BRAF激酶或它们的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括向患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的BRAF抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种BRAF抑制剂)。
本文提供治疗具有癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括：鉴定具有有BRAF基因、BRAF激酶或它们的表达或活性或水平的失调的癌细胞的患者；和向被鉴定的患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的BRAF抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种BRAF抑制剂)。
本文提供治疗具有有EGFR基因、EGFR蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括向患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的EGFR抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种EGFR抑制剂)。
本文提供治疗具有癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括：鉴定具有有EGFR基因、EGFR蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌细胞的患者；和向被鉴定的患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的EGFR抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种EGFR抑制剂)。
本文提供治疗具有有MEK基因、MEK蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括向患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的MEK抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种MEK抑制剂)。
本文提供治疗具有癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括：鉴定具有有MEK基因、MEK蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌细胞的患者；和向被鉴定的患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的MEK抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种MEK抑制剂)。
本文提供治疗具有有ALK基因、ALK蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括向患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的ALK抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种ALK抑制剂)。
本文提供治疗具有癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括：鉴定具有有ALK基因、ALK蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌细胞的患者；和向被鉴定的患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的ALK抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种ALK抑制剂)。
本文提供治疗具有有ROS基因、ROS蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括向患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的ROS抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种ROS抑制剂)。
本文提供治疗具有癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括：鉴定具有有ROS基因、ROS蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌细胞的患者；和向被鉴定的患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的ROS抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种ROS抑制剂)。
本文提供治疗具有有MET基因、MET蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括向患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的MET抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种MET抑制剂)。
本文提供治疗具有癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括：鉴定具有有MET基因、MET蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌细胞的患者；和向被鉴定的患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的MET抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种MET抑制剂)。
本文提供治疗具有有芳香酶基因、芳香酶蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括向患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的芳香酶抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种芳香酶抑制剂)。
本文提供治疗具有癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括：鉴定具有有芳香酶基因、芳香酶蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌细胞的患者；和向被鉴定的患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的芳香酶抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种芳香酶抑制剂)。
本文提供治疗具有有RAF基因、RAF蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括向患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的RAF抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种RAF抑制剂)。
本文提供治疗具有癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括：鉴定具有有RAF基因、RAF蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌细胞的患者；和向被鉴定的患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的RAF抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种RAF抑制剂)。
本文提供治疗具有有RAS基因、RAS蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括向患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的RAS抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种RAS抑制剂)。
本文提供治疗具有癌症(例如，本文描述的任何一种癌症)的患者的方法，其包括：鉴定具有有RAS基因、RAS蛋白或它们的表达或活性或水平的失调的癌细胞的患者；和向被鉴定的患者施用(i) 治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和(ii) 治疗有效量的RAS抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种RAS抑制剂)。
短语“BRAF基因、BRAF蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，导致包括BRAF激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达的染色体易位、导致与野生型BRAF蛋白相比包括至少一个氨基酸的缺失的BRAF蛋白的表达的BRAF基因突变、导致与野生型BRAF蛋白相比具有一个或多个点突变的BRAF蛋白的表达的BRAF基因突变、导致与野生型BRAF蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的BRAF蛋白的表达的BRAF基因突变、导致细胞中的BRAF蛋白水平增加的基因重复，或导致细胞中的BRAF蛋白水平增加的调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变)，导致与野生型BRAF蛋白相比BRAF蛋白中具有至少一个氨基酸的缺失的BRAF蛋白的BRAF mRNA的交替剪接版本，或由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导引起的哺乳动物细胞中的野生型BRAF蛋白的表达增加(例如，水平增加) (例如，与对照非癌细胞相比)。作为另一个实例，BRAF基因、BRAF蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是编码与由不包括突变的BRAF基因编码的蛋白相比具有组成性活性或具有增加的活性的BRAF蛋白的BRAF基因中的突变。例如，BRAF基因、BRAF蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是导致含有第一部分的BRAF蛋白(包括功能性激酶结构域)和第二部分的伴侣蛋白(即不是BRAF)的融合蛋白的表达的基因或染色体易位的结果。在一些实例中，BRAF基因、BRAF蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是一个BRAF基因与另一个非BRAF基因的基因易位的结果。
BRAF抑制剂的非限制性实例包括达拉菲尼、威罗菲尼 (也称为RG7204或PLX4032)、索拉非尼甲苯磺酸盐、PLX-4720、GDC-0879、BMS-908662 (Bristol-MeyersSquibb)、LGX818 (Novartis)、PLX3603 (Hofmann-LaRoche)、RAF265 (Novartis)、RO5185426 (Hofmann-LaRoche)和GSK2118436 (GlaxoSmithKline)。BRAF抑制剂的另外的实例是本领域已知的。
短语“EGFR基因、EGFR蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，导致包括EGFR激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达的染色体易位，导致与野生型EGFR蛋白相比包括至少一个氨基酸的缺失的EGFR蛋白的表达的EGFR基因突变、导致与野生型EGFR蛋白相比具有一个或多个点突变的EGFR蛋白的表达的EGFR基因突变、导致与野生型EGFR蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的EGFR蛋白的表达的EGFR基因突变，导致细胞中的EGFR蛋白水平增加的基因重复，或导致细胞中的EGFR蛋白水平增加的调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变)，导致与野生型EGFR蛋白相比EGFR蛋白中具有至少一个氨基酸的缺失的EGFR蛋白的EGFR mRNA的交替剪接版本或由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导引起的哺乳动物细胞中的野生型EGFR蛋白的表达增加(例如，水平增加) (例如，与对照非癌细胞相比)。作为另一个实例，EGFR基因、EGFR蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是编码与由不包括突变的EGFR基因编码的蛋白相比具有组成性活性或具有增加的活性的EGFR蛋白的EGFR基因中的突变。例如，EGFR基因、EGFR蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是导致含有第一部分的EGFR蛋白(包括功能性激酶结构域)和第二部分的伴侣蛋白(即不是EGFR)的融合蛋白的表达的基因或染色体易位的结果。在一些实例中，EGFR基因、EGFR蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是一个EGFR基因与另一个非EGFR基因的基因易位的结果。
EGFR抑制剂的非限制性实例包括吉非替尼、厄洛替尼、布吉替尼、拉帕替尼、奈拉替尼、埃克替尼、阿法替尼、达克替尼、波奇替尼、凡他尼布、阿法替尼、AZD9291、CO-1686、HM61713、AP26113、CI-1033、PKI-166、GW-2016、EKB-569、PDI-168393、AG-1478、CGP-59326A。EGFR抑制剂的另外的实例是本领域已知的。
短语“MEK基因、MEK蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，导致包括MEK激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达的染色体易位、导致与野生型MEK蛋白相比包括至少一个氨基酸的缺失的MEK蛋白的表达的MEK基因突变、导致与野生型MEK蛋白相比具有一个或多个点突变的MEK蛋白的表达的MEK基因突变、导致与野生型MEK蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的MEK蛋白的表达的MEK基因突变、导致细胞中的MEK蛋白水平增加的基因重复，或导致细胞中的MEK蛋白水平增加的调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变)、导致与野生型MEK蛋白相比MEK蛋白中具有至少一个氨基酸的缺失的MEK蛋白的MEK mRNA的交替剪接版本或由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导引起的哺乳动物细胞中的野生型MEK蛋白的表达增加(例如，水平增加) (例如，与对照非癌细胞相比)。作为另一个实例，MEK基因、MEK蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是编码与由不包括突变的MEK基因编码的蛋白相比具有组成性活性或具有增加的活性的MEK蛋白的MEK基因中的突变。例如，MEK基因、MEK蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是导致含有第一部分的MEK蛋白(包括功能性激酶结构域)和第二部分的伴侣蛋白(即不是MEK)的融合蛋白的表达的基因或染色体易位的结果。在一些实例中，MEK基因、MEK蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是一个MEK基因与另一个非MEK基因的基因易位的结果。
MEK抑制剂的非限制性实例包括mekinist、曲美替尼 (GSK1120212)、cobimetinib(XL518)、比美替尼 (MEK162)、司美替尼、PD-325901、CI-1040、PD035901、TAK-733、PD098059、U0126、AS703026/MSC1935369、XL-518/GDC-0973、BAY869766/RDEA119和GSK1120212。MEK抑制剂的另外的实例是本领域已知的。
短语“ALK基因、ALK蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，导致包括ALK激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达的染色体易位、导致与野生型ALK蛋白相比包括至少一个氨基酸的缺失的ALK蛋白的表达的ALK基因突变、导致与野生型ALK蛋白相比具有一个或多个点突变的ALK蛋白的表达的ALK基因突变、导致与野生型ALK蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的ALK蛋白的表达的ALK基因突变，导致细胞中的ALK蛋白水平增加的基因重复，或导致细胞中的ALK蛋白水平增加的调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变)、导致与野生型ALK蛋白相比ALK蛋白中具有至少一个氨基酸的缺失的ALK蛋白的ALK mRNA的交替剪接版本或由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导引起的哺乳动物细胞中的野生型ALK蛋白的表达增加(例如，水平增加) (例如，与对照非癌细胞相比)。作为另一个实例，ALK基因、ALK蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是编码与由不包括突变的ALK基因编码的蛋白相比具有组成性活性或具有增加的活性的 ALK蛋白的ALK基因中的突变。例如，ALK基因、ALK蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是导致含有第一部分的ALK蛋白(包括功能性激酶结构域)和第二部分的伴侣蛋白(即不是ALK)的融合蛋白的表达的基因或染色体易位的结果。在一些实例中，ALK基因、ALK蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是一个ALK基因与另一个非ALK基因的基因易位的结果。
ALK抑制剂的非限制性实例包括克唑替尼(Xalkori)、色瑞替尼 (Zykadia)、阿来替尼(Alecensa)、dalantercept、ACE-041 (布吉替尼) (AP26113)、恩曲替尼(NMS-E628)、PF-06463922 (Pfizer)、TSR-011 (Tesaro)、CEP-37440 (Teva)、CEP-37440 (Teva)、X-396(Xcovery)和ASP-3026 (Astellas)。ALK抑制剂的另外的实例是本领域已知的。
短语“ROS1基因、ROS1蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，导致包括ROS1激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达的染色体易位、导致与野生型ROS1蛋白相比包括至少一个氨基酸的缺失的ROS1蛋白的表达的ROS1基因突变、导致与野生型ROS1蛋白相比具有一个或多个点突变的ROS1蛋白的表达的ROS1基因突变、导致与野生型ROS1蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的ROS1蛋白的表达的ROS1基因突变、导致细胞中的ROS1蛋白水平增加的基因重复，或导致细胞中的ROS1蛋白水平增加的调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变)、导致与野生型ROS1蛋白相比ROS1蛋白中具有至少一个氨基酸的缺失的ROS1蛋白的ROS1 mRNA的交替剪接版本或由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导引起的哺乳动物细胞中的野生型ROS1蛋白的表达增加(例如，水平增加) (例如，与对照非癌细胞相比)。作为另一个实例，ROS1基因、ROS1蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是编码与由不包括突变的ROS1基因编码的蛋白相比具有组成性活性或具有增加的活性的ROS1蛋白的ROS1基因中的突变。例如，ROS1基因、ROS1蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是导致含有第一部分的ROS1蛋白(包括功能性激酶结构域)和第二部分的伴侣蛋白(即不是ROS1)的融合蛋白的表达的基因或染色体易位的结果。在一些实例中，ROS1基因、ROS1蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是一个ROS1基因与另一个非ROS1基因的基因易位的结果。
ROS1抑制剂的非限制性实例包括克唑替尼、恩曲替尼(RXDX-101)、劳拉替尼 (PF-06463922)、色瑞替尼、TPX-0005、DS-605和卡博替尼。ROS1抑制剂的另外的实例是本领域已知的。
短语“MET基因、MET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，导致包括MET激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达的染色体易位、导致与野生型MET蛋白相比包括至少一个氨基酸的缺失的MET蛋白的表达的MET基因突变、导致与野生型MET蛋白相比具有一个或多个点突变的MET蛋白的表达的MET基因突变、导致与野生型MET蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的MET蛋白的表达的MET基因突变、导致细胞中的MET蛋白水平增加的基因重复，或导致细胞中的MET蛋白水平增加的调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变)、导致与野生型MET蛋白相比MET蛋白中具有至少一个氨基酸的缺失的MET蛋白的MET mRNA的替代性剪接版本或由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导引起的哺乳动物细胞中的野生型MET蛋白的表达增加(例如，水平增加) (例如，与对照非癌细胞相比)。作为另一个实例，MET基因、MET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是编码与由不包括突变的MET基因编码的蛋白相比具有组成性活性或具有增加的活性的MET蛋白的MET基因中的突变。例如，MET基因、MET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是导致含有第一部分的MET蛋白(包括功能性激酶结构域)和第二部分的伴侣蛋白(即不是MET)的融合蛋白的表达的基因或染色体易位的结果。在一些实例中，MET基因、MET蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是一个MET基因与另一个非MET基因的基因易位的结果。
MET抑制剂的非限制性实例包括克唑替尼、卡博替尼、JNJ-38877605、PF-04217903(Pfizer)、MK-2461、GSK 1363089、AMG 458 (Amgen)、tivantinib、INCB28060 (Incyte)、PF-02341066 (Pfizer)、E7050 (Eisai)、BMS-777607 (Bristol-Meyers Squibb)、JNJ-38877605 (Johnson & Johnson)、ARQ197 (ArQule)、GSK/1363089/XL880 (GSK/Exeilixis)和XL174 (BMS/Exelixis)。MET抑制剂的另外的实例是本领域已知的。
短语“芳香酶基因、芳香酶蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，导致与野生型芳香酶蛋白相比包括至少一个氨基酸的缺失的芳香酶蛋白的表达的芳香酶基因突变、导致与野生型芳香酶蛋白相比具有一个或多个点突变的芳香酶蛋白的表达的芳香酶基因突变、导致与野生型芳香酶蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的芳香酶蛋白的表达的芳香酶基因突变、导致细胞中的芳香酶蛋白水平增加的基因重复、或导致细胞中的芳香酶蛋白水平增加的调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变)、导致与野生型芳香酶蛋白相比芳香酶蛋白中具有至少一个氨基酸的缺失的芳香酶蛋白的芳香酶 mRNA的交替剪接版本或由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导引起的哺乳动物细胞中的野生型芳香酶的表达增加(例如，水平增加) (例如，与对照非癌细胞相比)。作为另一个实例，芳香酶基因、芳香酶蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是编码与由不包括突变的芳香酶基因编码的蛋白相比具有组成性活性或具有增加的活性的芳香酶蛋白的芳香酶基因中的突变。
芳香酶抑制剂的非限制性实例包括Arimidex (阿那曲唑)、Aromasin (依西美坦)、Femara (来曲唑)、Teslac (睾内酯)和福美坦。芳香酶抑制剂的另外的实例是本领域已知的。
短语“RAF基因、RAF蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，导致包括RAF激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达的染色体易位、导致与野生型RAF蛋白相比包括至少一个氨基酸的缺失的RAF蛋白的表达的RAF基因突变、导致与野生型RAF蛋白相比具有一个或多个点突变的RAF蛋白的表达的RAF基因突变、导致与野生型RAF蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的RAF蛋白的表达的RAF基因突变、导致细胞中的RAF蛋白水平增加的基因重复，或导致细胞中的RAF蛋白水平增加的调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变)、导致与野生型RAF蛋白相比RAF蛋白中具有至少一个氨基酸的缺失的RAF蛋白的RAF mRNA的交替剪接版本)或由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导引起的哺乳动物细胞中的野生型RAF蛋白的表达增加(例如，水平增加) (例如，与对照非癌细胞相比)。作为另一个实例，RAF基因、RAF蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是编码与由不包括突变的RAF基因编码的蛋白相比具有组成性活性或具有增加的活性的RAF蛋白的RAF基因中的突变。例如，RAF基因、RAF蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是导致含有第一部分的RAF蛋白(包括功能性激酶结构域)和第二部分的伴侣蛋白(即不是RAF)的融合蛋白的表达的基因或染色体易位的结果。在一些实例中，RAF基因、RAF蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是一个RAF基因与另一个非RAF基因的基因易位的结果。
RAF抑制剂的非限制性实例包括索拉非尼、威罗菲尼、达拉菲尼、BMS-908662/XL281、GSK2118436、RAF265、RO5126766和RO4987655。RAF抑制剂的另外的实例是本领域已知的。
短语“RAS基因、RAS蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，导致包括RAS激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达的染色体易位、导致与野生型RAS蛋白相比包括至少一个氨基酸的缺失的RAS蛋白的表达的RAS基因突变、导致与野生型RAS蛋白相比具有一个或多个点突变的RAS蛋白的表达的RAS基因突变、导致与野生型RAS蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的RAS蛋白的表达的RAS基因突变、导致细胞中的RAS蛋白水平增加的基因重复，或导致细胞中的RAS蛋白水平增加的调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变)、导致与野生型RAS蛋白相比RAS蛋白中具有至少一个氨基酸的缺失的RAS蛋白的RAS mRNA的交替剪接版本或由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导引起的哺乳动物细胞中的野生型RAS蛋白的表达增加(例如，水平增加) (例如，与对照非癌细胞相比)。作为另一个实例，RAS基因、RAS蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是编码与由不包括突变的RAS基因编码的蛋白相比具有组成性活性或具有增加的活性的RAS蛋白的RAS基因中的突变。例如，RAS基因、RAS蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是导致含有第一部分的RAS蛋白(包括功能性激酶结构域)和第二部分的伴侣蛋白(即不是RAS)的融合蛋白的表达的基因或染色体易位的结果。在一些实例中，RAS基因、RAS蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调可以是一个RAS基因与另一个非RAS基因的基因易位的结果。
RAS抑制剂的非限制性实例包括Kobe0065和Kobe2602。RAS抑制剂的另外的实例是本领域已知的。
多激酶抑制剂(MKIs)的非限制性实例包括达沙替尼和舒尼替尼。
在一些实施方案中，本文提供治疗具有癌症的对象的方法，其包括：(a)向对象施用一个或多个剂量的第一RET抑制剂或式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式一段时间；(b) 在(a)之后，确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有基因、蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的至少一个失调，其中该基因或蛋白选自EGFR、MET、ALK、ROS1、KRAS、BRAF、RAS、PIK3CA和HER2；和(c)施用1) 作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂、2)施用与靶向该基因或蛋白的抑制剂(例如，EGFR、MET、ALK、ROS1、KRAS、BRAF、RAS、PIK3CA和HER2的抑制剂)组合的另外剂量的第一RET抑制剂或式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，或3) 如果对象具有有基因、蛋白或它们的表达或活性或水平的至少一种失调的癌细胞，其中该基因或蛋白选自EGFR、MET、ALK、ROS1、KRAS、BRAF、RAS、PIK3CA和HER2，则停止施用步骤a)的RET抑制剂并向对象施用靶向该基因或蛋白的抑制剂(例如，EGFR、MET、ALK、ROS1、KRAS、BRAF、RAS、PIK3CA和HER2的抑制剂)；或(d)如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则向对象施用另外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂。在一些实施方案中，基因、蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的一种或多种失调(其中该基因或蛋白选自EGFR、MET、ALK、ROS1、KRAS、BRAF、RAS、PIK3CA和HER2)赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂或式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，肿瘤为NSCLC肿瘤并且该基因、蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的一种或多种失调选自EGFR或MET中的可靶向的突变 ，涉及ALK或ROS1的可靶向的重排或KRAS中的激活突变。在一些实施方案中，肿瘤为甲状腺(非MTC)肿瘤并且基因、蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的一种或多种失调选自BRAF中的可靶向的突变或RAS中的激活突变。在一些实施方案中，肿瘤为MTC肿瘤并且基因、蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的一种或多种失调选自ALK中的可靶向的突变或RAS中的激活突变。在一些实施方案中，肿瘤为胰腺肿瘤并且基因、蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的一种或多种失调为KRAS中的激活突变。在一些实施方案中，肿瘤为结肠直肠肿瘤并且基因、蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的一种或多种失调选自BRAF或PIK3CA中的可靶向的突变或RAS中的激活突变。在一些实施方案中，肿瘤为乳腺肿瘤并且基因、蛋白或它们中的任何一种的表达或活性或水平的一种或多种失调选自PIK3CA中的可靶向的突变或HER2中的改变。
还提供了为具有癌症的对象选择治疗的方法，其包括(a)向对象施用一个或多个剂量的第一RET抑制剂一段时间；(b) 在(a)之后，确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(c) 如果对象具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则为对象选择作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(d) 如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则为对象选择另外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂。在一些实施方案中，当为对象选择另外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂时，该方法还可以包括为对象选择多个剂量的另一种抗癌剂。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变包括表3和4中列出的一个或多个RET抑制剂抗性突变。例如，一个或多个RET抑制剂抗性突变可以包括在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂为另一种 RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为免疫疗法。在步骤(c)的一些实施方案中，另一种 RET抑制剂可以是步骤(a)中施用的第一RET抑制剂。
还提供了为具有癌症的对象选择治疗的方法，其包括(a)向对象施用一个或多个剂量的第一RET抑制剂一段时间；(b) 在(a)之后，确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有至少一个RET抑制剂抗性突变；和(c) 如果对象具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则选择作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂；或(d) 如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则为对象选择另外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂。在一些实施方案中，当为对象选择另外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂时，该方法还可以包括为对象选择多个剂量的另一种抗癌剂。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变包括表3和4中列出的一个或多个RET抑制剂抗性突变。例如，一个或多个RET抑制剂抗性突变可以包括在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂为另一种 RET抑制剂(例如，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式)。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为免疫疗法。在一些实施方案中，另一种 RET可以是步骤(a)中施用的第一RET抑制剂。
还提供了为具有癌症的对象选择治疗的方法，其包括(a) 确定获自具有癌症并先前施用了一个或多个剂量的第一RET抑制剂的对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；(b) 如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则为对象选择作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(c) 如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则选择另外剂量的先前施用给对象的第一RET抑制剂。在一些实施方案中，当为对象选择另外剂量的先前施用给对象的第一RET抑制剂时，该方法还可以包括为对象选择多个剂量的另一种抗癌剂(例如，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变包括表3和4中列出的一个或多个RET抑制剂抗性突变。例如，一个或多个RET抑制剂抗性突变可以包括在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂为另一种 RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为免疫疗法。在步骤(c)的一些实施方案中，另一种 RET抑制剂可以是步骤(a)中施用的第一RET抑制剂。
还提供了为具有癌症的对象选择治疗的方法，其包括(a) 确定获自具有癌症并先前施用了一个或多个剂量的第一RET抑制剂的对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；(b) 如果对象具有有至少一个RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则为对象选择作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂；或(c) 如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则选择另外剂量的先前施用给对象的第一RET抑制剂。在一些实施方案中，当为对象选择另外剂量的先前施用给对象的第一RET抑制剂时，该方法还可以包括为对象选择多个剂量的另一种抗癌剂(例如，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或免疫疗法)。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变包括表3和4中列出的一个或多个RET抑制剂抗性突变。例如，一个或多个RET抑制剂抗性突变可以包括在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂为另一种 RET抑制剂(例如，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式)。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为免疫疗法。在一些实施方案中，另一种 RET可以是步骤(a)中施用的第一RET抑制剂。
还提供了确定对象发展对第一RET抑制剂具有一定抗性的癌症的风险的方法，其包括：确定获自对象的样品中的细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；和将具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的细胞的对象鉴定为具有增加的发展对第一RET抑制剂具有一定抗性的癌症的可能性。还提供了确定对象发展对第一RET抑制剂具有一定抗性的癌症的风险的方法，其包括：将具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的细胞的对象鉴定为具有增加的发展对第一RET抑制剂具有一定抗性的癌症的可能性。还提供了确定对第一RET抑制剂具有一定抗性的癌症的存在的方法，其包括：确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；和确定具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象具有对第一RET抑制剂具有一定抗性的癌症。还提供了在对象中确定对第一RET抑制剂具有一定抗性的癌症的存在的方法，其包括：确定具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象具有对第一RET抑制剂具有一定抗性的癌症。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变包括表3和4中列出的一个或多个RET抑制剂抗性突变。例如，一个或多个RET抑制剂抗性突变可以包括在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D。
在本文描述的方法中的任何一种的一些实施方案中，赋予癌细胞或肿瘤对采用第一RET抑制剂的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变可以是表3或4中列出的任何一种RET抑制剂抗性突变(例如，在氨基酸位置804的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。
在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变在肿瘤中的存在导肿瘤对采用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗更具抗性。下面描述了当RET抑制剂抗性突变导致肿瘤对采用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗更具抗性时有用的方法。例如，本文提供治疗具有癌症的对象的方法，其包括：鉴定具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象；和向被鉴定的对象施用不包括作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗(例如，第二RET激酶抑制剂)。还提供了治疗被鉴定为具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象的方法，其包括向对象施用不包括作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗(例如，第二RET激酶抑制剂)。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗增加的抗性。
还提供了为具有癌症的对象选择治疗的方法，其包括：鉴定具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象；和为被鉴定的对象选择不包括作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗(例如，第二RET激酶抑制剂)。还提供了为具有癌症的对象选择治疗的方法，其包括：为被鉴定为具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象选择不包括作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗(例如，第二RET激酶抑制剂)。还提供了为不包括作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗(例如，第二RET激酶抑制剂)选择具有癌症的对象的方法，其包括：鉴定具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象；和为不包括作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗(例如，第二RET激酶抑制剂)选择被鉴定的对象。还提供了为不包括作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗(例如，第二RET激酶抑制剂)选择具有癌症的对象的方法，其包括：为不包括作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗选择被鉴定为具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗增加的抗性。
还提供了确定具有癌症的对象将会对采用作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗具有阳性反应的可能性的方法，其包括：确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；和确定具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象具有降低的对采用作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗具有阳性反应的可能性。还提供了确定具有癌症的对象将会对采用作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗具有阳性反应的可能性的方法，其包括：确定具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象具有降低的对采用作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗具有阳性反应的可能性。还提供了预测采用作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗在具有癌症的对象中的功效的方法，其包括：确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；和确定采用作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗在具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的获自对象的样品中的癌细胞的对象中不太可能有效。还提供了预测采用作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗在具有癌症的对象中的功效的方法，其包括：确定采用作为单一疗法的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗在具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的获自对象的样品中的癌细胞的对象中不太可能有效。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗增加的抗性。
还提供了治疗具有癌症的对象的方法，其包括：(a)施用一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式一段时间；(b) 在(a)之后，确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；和(c)向具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂或第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(d)向具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象施用另外剂量的步骤(a)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，当给对象施用另外剂量的步骤(a)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式时，也可以给对象施用另一种抗癌剂或第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂为另一种 RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为免疫疗法。在一些实施方案中，另一种 RET可以为步骤(a)中施用的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。
还提供了治疗具有癌症的对象的方法，其包括：(a) 确定获自具有癌症并先前施用了一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；(b)向具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象施用作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂或第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(c)向具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象施用另外剂量的先前施用的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，当给对象施用另外剂量的步骤(a)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式时，也可以给对象施用另一种抗癌剂。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂为另一种 RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为免疫疗法。在一些实施方案中，另一种 RET可以为步骤(a)中施用的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。
还提供了为具有癌症的对象选择治疗的方法，其包括：(a)向对象施用一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式一段时间；(b) 在(a)之后，确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；和(c)如果对象具有有RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则为对象选择作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂或第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(d) 如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则为对象选择另外剂量的步骤(a)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，当为对象选择另外剂量的步骤(a)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式时，该方法还可以包括进一步选择另一种抗癌剂。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂为另一种 RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为免疫疗法。在一些实施方案中，另一种 RET可以为步骤(a)中施用的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。
还提供了为具有癌症的对象选择治疗的方法，其包括：(a) 确定获自具有癌症并先前施用了一个或多个剂量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；(b) 如果对象具有有RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则为对象选择作为单一疗法或与另一种抗癌剂组合的第二RET抑制剂或第二式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式；或(c) 如果对象具有无RET抑制剂抗性突变的癌细胞，则选择另外剂量的先前施用给对象的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，当为对象选择另外剂量的步骤(a)的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式时，该方法还可以包括进一步选择另一种抗癌剂。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗增加的抗性。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂为另一种 RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施方案中，另外的抗癌剂为免疫疗法。在一些实施方案中，另一种 RET可以为步骤(a)中施用的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。
还提供了确定对象发展对式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式具有一定抗性的癌症的风险的方法，其包括：确定获自对象的样品中的细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；和如果对象具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的细胞，则将对象鉴定为具有增加的发展对式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式具有一定抗性的癌症的可能性。还提供了确定对象发展对式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式具有一定抗性的癌症的风险的方法，其包括：将具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的细胞的对象鉴定为具有增加的发展对式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式具有一定抗性的癌症的可能性。还提供了确定对式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式具有一定抗性的癌症的存在的方法，其包括：确定获自对象的样品中的癌细胞是否具有一个或多个RET抑制剂抗性突变；和确定具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象具有对式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式具有一定抗性的癌症。还提供了在对象中确定对式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式具有一定抗性的癌症的存在的方法，其包括：确定具有有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞的对象具有对式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式具有一定抗性的癌症。在一些实施方案中，一个或多个RET抑制剂抗性突变赋予癌细胞或肿瘤对采用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗增加的抗性。
在本文描述的方法中的任何一种的一些实施方案中，赋予癌细胞或肿瘤对采用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的治疗增加的抗性的RET抑制剂抗性突变可以是表3或4中列出的任何一种RET抑制剂抗性突变。
确定癌细胞或肿瘤对RET抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种RET抑制剂)的抗性的水平的方法可以使用本领域已知的方法确定。例如，可以通过确定RET抑制剂(例如，本文描述的或本领域已知的任何一种RET抑制剂)对癌细胞的生存力的IC50评估癌细胞对RET抑制剂的抗性水平。在其它实例中，可以通过确定癌细胞在RET抑制剂(例如，本文描述的任何一种RET抑制剂)的存在下的生长速率评估癌细胞对RET抑制剂的抗性水平。在其它实例中，可以通过确定在采用RET抑制剂(例如，本文描述的任何一种RET抑制剂)的治疗期间随时间变化的对象中的一个或多个肿瘤的质量或尺寸评估肿瘤对RET抑制剂的抗性水平。在其它实例中，可以通过确定包括一个或多个抑制剂抗性突变的RET激酶(即，对象中的癌细胞或肿瘤中表达的相同的RET激酶)的活性间接评估癌细胞或肿瘤对RET抑制剂的抗性水平。具有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞或肿瘤对RET抑制剂的抗性水平是相对于不具有 RET抑制剂抗性突变的癌细胞或肿瘤(例如，不具有相同的RET抑制剂抗性突变的癌细胞或肿瘤，不具有任何RET抑制剂抗性突变的癌细胞或肿瘤，或表达野生型RET蛋白的癌细胞或肿瘤)中的抗性水平。例如，与不具有RET抑制剂抗性突变的癌细胞或肿瘤(例如，不具有相同的RET抑制剂抗性突变的细胞或肿瘤，不具有任何RET抑制剂抗性突变的癌细胞或肿瘤，或表达野生型RET蛋白的癌细胞或肿瘤)中的抗性水平相比，具有一个或多个RET抑制剂抗性突变的癌细胞或肿瘤的确定的抗性水平可以大于约1%、大于约2%、大于约3% ,大于约4%、大于约5%、大于约6%、大于约7%、大于约8%、大于约9%、大于约10%、大于约11%、大于约12%、大于约13%、大于约14%、大于约15%、大于约20%、大于约25%、大于约30%、大于约35%、大于约40%、大于约45%、大于约50%、大于约60%、大于约70%、大于约80%、大于约90%、大于约100%、大于约110%、大于约120%、大于约130%、大于约140%、大于约150%、大于约160%、大于约170%、大于约180%、大于约190%、大于约200%、大于约210%、大于约220%、大于约230%、大于约240%、大于约250%、大于约260%、大于约270%、大于约280%、大于约290%或大于约300%。
RET被认为在皮肤和肠道传入伤害感受器的发育和存活中起重要作用。敲除RET激酶的小鼠缺乏肠神经元，并且具有其它神经系统异常，这提示在发育期间功能性RET激酶蛋白产物是必需的(Taraviras，S. 等，Development，1999，126：2785-2797)。此外，对以由于缺乏正常的结肠神经无力而导致的结肠梗阻为特征的先天性巨结肠症患者进行的群体研究显示，家族性和偶发性功能性RET突变丧失的比例更高(Butler Tjaden N.，等，Transl. Res.，2013，162：1-15)。肠易激综合征(IBS)是一种常见疾病，影响发达国家中10-20%的个体，并且特征是排便习惯异常、胃气胀和内脏超敏反应(Camilleri，M.，N. Engl. J. Med.，2012，367：1626-1635)。虽然IBS的病因尚不清楚，但认为是由脑与胃肠道之间的障碍、肠道微生物组紊乱或炎症增加引起的。产生的胃肠道变化影响正常的肠道通透，导致腹泻或便秘。此外，在许多IBS患者中，周围神经系统的敏化导致内脏超敏或异常性疼痛(Keszthelyi，D.，Eur. J. Pain，2012，16：1444-1454)。参见，例如，美国公开号2015/0099762。
因此，本文提供用于治疗被诊断为(或被鉴定为具有)肠易激综合征(IBS)(包括腹泻为主、便秘为主或交替的大便模式、功能性胃气胀、功能性便秘、功能性腹泻、未指明的功能性肠病症、功能性腹痛综合征、慢性特发性便秘、功能性食管病症、功能性胃十二指肠病症、功能性肛门直肠疼痛和炎性肠病)的患者的方法，其包括向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。
本文还提供了用于治疗被鉴定或诊断为具有与RET相关的肠易激综合征(IBS)的患者(例如，通过使用管理机构批准的，例如FDA批准的用于在患者或来自患者的活检样品中鉴定RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的试剂盒已经被鉴定为或诊断为具有与RET相关的肠易激综合征(IBS)的患者)的方法，其包括向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。
本文还提供了用于治疗与IBS相关的疼痛的方法，其包括向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式与可用于治疗IBS的一种或多种症状的另一种治疗剂组合施用。
还提供了用于在有此需要的患者中治疗肠易激综合征(IBS)的方法，该方法包括：(a)确定患者中的肠易激综合征(IBS)是否是与RET相关的IBS(例如，使用管理机构批准的，例如，FDA批准的用于在患者或来自患者的活检样品中鉴定RET基因、RET激酶或它们中的任何一种的表达或活性或水平的失调的试剂盒，或通过进行本文所述测定的任何非限制性实例)；和(b) 如果IBS被确定为与RET相关的IBS，则向患者施用治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。
在一些实施方案中，本发明的化合物可用于与一种或多种通过相同或不同的作用机理工作的有效治疗肠易激综合征的另外的治疗剂或疗法组合治疗肠易激综合征(IBS)。至少一种另外的治疗剂可以根据本领域技术人员已知的标准药学实践通过相同或不同的施用途径和以相同或不同的施用方案，作为相同的剂型的一部分或单独的剂型与式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式一起施用。
用于治疗肠易激综合征(IBS)的另外的疗法的非限制性实例包括益生菌、纤维补充剂(例如蚤草、甲基纤维素)、止泻药(例如洛哌丁胺)、胆汁酸结合剂(例如考来烯胺、考来替泊、考来维仑)、抗胆碱能药和解痉药(例如，莨菪碱、双环维林)、抗抑郁药(例如三环抗抑郁药如丙米嗪或去甲替林，或选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRI)如氟西汀或帕罗西汀)、抗生素(例如利福昔明)、阿洛司琼和芦比前列酮。
因此，本文还提供了治疗肠易激综合征(IBS)的方法，其包括向有此需要的患者施用一种用于治疗IBS的药物组合，其包含用于同时、分别或相继使用以治疗IBS的(a) 式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，(b) 另外的治疗剂，和(c) 任选的至少一种药学上可接受的载体，其中式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂的量一起对治疗IBS有效。在一个实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂作为单独的剂量同时施用。在一个实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂作为单独的剂量以任何顺序、以联合治疗有效量，例如以每日或间歇剂量相继施用。在一个实施方案中，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂作为组合剂量同时施用。
本文还提供了(i)一种用于在有此需要的患者中治疗肠易激综合征的药物组合，其包含用于同时、分别或相继使用以治疗肠易激综合征的(a)式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式，(b)至少一种另外的治疗剂(例如，本文描述的用于治疗肠易激综合征或本领域已知的任何一种示例性另外的治疗剂)，和(c)任选的至少一种药学上可接受的载体，其中式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂的量一起对治疗肠易激综合征有效；(ii) 包含此类组合的药物组合物；(iii) 此类组合在制备用于治疗肠易激综合征的药物中的用途；和(iv) 包含作为用于同时、分别或相继使用的组合制剂的此类组合的商业包装或产品；和一种在有此需要的患者中治疗肠易激综合征的方法。在一个实施方案中，患者是人。
如本文所用，术语“药物组合”是指由多于一种活性成分的混合或组合产生并且包括活性成分的固定和非固定组合的药物疗法。术语“固定组合”是指将式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和至少一种另外的治疗剂(例如有效治疗肠易激综合征的药剂)二者以单一组合物或剂量的形式同时施用于患者。术语“非固定组合”是指式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和至少一种另外的治疗剂(例如有效治疗肠易激综合征的药剂)被配制为单独的组合物或剂量，使得它们可以利用可变的介入时间限制同时、并存或相继施用于有此需要的患者，其中此类施用提供了患者体内两种或更多种化合物的有效水平。在一个实施方案中，将式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式和另外的治疗剂配制为单独的单位剂型，其中该单独的剂型适合于相继或同时施用。这些也适用于鸡尾酒疗法，例如三种或更多种活性成分的施用。
在一些实施方案中，本文提供的化合物可以用作用于经历癌症治疗的患者的支持治疗的药剂。例如，式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式可用于减少与采用一种或多种癌症疗法的治疗相关的一种或多种症状，例如腹泻或便秘并发症和/或腹痛。参见，例如，美国公开号2015/0099762和Hoffman，J.M. 等 Gastroenterology(2012) 142：844-854。因此，可以将本文提供的化合物或其药学上可接受的盐或组合物施用于患者，以解决与癌症治疗有关的一种或多种并发症(例如胃肠道并发症，如腹泻、便秘或腹痛)。
在一些实施方案中，可以将治疗有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式施用于经历癌症治疗的患者(例如，经历与癌症治疗相关的不良事件，例如免疫相关的不良事件或胃肠道并发症，包括腹泻、便秘和腹痛的患者)。例如，本文提供的化合物或其药学上可接受的盐可用于治疗与检查点抑制剂的施用有关的结肠炎或IBS；参见，例如，Postow，M.A. 等 Journal of Clinical Oncology (2015) 33：1974-1982。在一些此类实施方案中，可以将本文提供的化合物或其药学上可接受的盐配制为表现出低生物利用度和/或靶向以在胃肠道中递送。参见，例如，美国专利号6,531,152。
还提供了用于抑制细胞中的RET激酶活性的方法，其包括使细胞与式I的化合物接触。在一个实施方案中，接触是体外的。在一个实施方案中，接触是体内的。在一个实施方案中，接触是体内的，其中该方法包括向具有有RET激酶活性的细胞的对象施用有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，细胞为癌细胞。在一个实施方案中，细胞为本文描述的任何癌症。在一些实施方案中，癌细胞为与RET相关的癌细胞。在一些实施方案中，细胞为胃肠道细胞。
还提供了一种用于抑制哺乳动物细胞中RET激酶活性的方法，其包括使细胞与式I的化合物接触。在一个实施方案中，接触是体外的。在一个实施方案中，接触是体内的。在一个实施方案中，接触是体内的，其中该方法包括向具有有RET激酶活性的细胞的哺乳动物施用有效量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式。在一些实施方案中，哺乳动物细胞为哺乳动物癌细胞。在一个实施方案中，哺乳动物癌细胞为本文描述的任何癌症。在一些实施方案中，哺乳动物癌细胞为与RET相关的癌细胞。在一些实施方案中，哺乳动物细胞为胃肠道细胞。
如本文所用，术语“接触”是指在体外系统或体内系统中将指定的部分聚集在一起。例如，使RET激酶与本文提供的化合物“接触”包括向具有RET激酶的个体或患者(例如人)施用本文提供的化合物，以及例如向含有含RET激酶的细胞或纯化制剂的样品中引入本文提供的化合物。
本文还提供了一种在体外或体内抑制细胞增殖的方法，该方法包括使细胞接触有效量的如本文所定义的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式或其药物组合物。
短语“有效量”是指当施用于需要此类治疗的患者时足以(i)治疗与RET激酶相关的疾病或病症，(ii)减弱、改善或消除特定疾病、病况或病症的一种或多种症状，或(iii)延迟本文所述特定疾病、病况或病症的一种或多种症状的发作的化合物的量。相应于此类量的式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式的量将根据多种因素而变化，该因素例如特定的化合物、疾病状况及其严重程度、需要治疗的患者的特性(例如体重)，但是仍然可以由本领域技术人员常规确定。
4. 药物组合物和施用
当用作药物时，式I-IV的化合物，包括其多晶形物形式和药学上可接受的盐，可以以药物组合物的形式施用。这些组合物可以按照药学领域众所周知的方式制备，并且可以通过多种途径施用，这取决于是否需要局部或全身治疗以及要治疗的区域。施用可以是局部施用(包括透皮、表皮、眼科和粘膜，包括鼻内、阴道和直肠递送)、肺部施用(例如，通过吸入或吹入粉末或气雾剂，包括通过雾化器；气管内或鼻内)、口服或肠胃外施用。口服施用可以包括配制用于每天一次或每天两次(BID)施用的剂型。肠胃外施用包括静脉内、动脉内、皮下、腹膜内或肌内注射或输注；或颅内施用，例如鞘内或脑室内施用。肠胃外施用可以是单次推注剂量的形式，或者可以例如通过连续的灌注泵进行。用于局部施用的药物组合物和制剂可包括透皮贴剂、软膏、洗剂、乳膏、凝胶、滴剂、栓剂、喷雾剂、液体和粉剂。常规药物载体、水性、粉末或油性基质、增稠剂等可能是必需的或期望的。
本文还提供了含有作为活性成分的式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐和一种或多种药学上可接受的载体(赋形剂)的组合的药物组合物。例如，使用式I-IV的化合物或其药学上可接受的盐、无定形或多晶形物形式制备的药物组合物。在一些实施方案中，该组合物适合于局部施用。在制备本文提供的组合物时，活性成分典型地与赋形剂混合，被赋形剂稀释或封装在这种例如胶囊、小药囊、纸或其它容器形式的载体中。当赋形剂用作稀释剂时，它可以是固体、半固体或液体物质，其充当活性成分的媒介物、载体或介质。因此，该组合物可以是片剂、丸剂、粉剂、锭剂、小药囊、扁囊剂、酏剂、混悬剂、乳剂、溶液、糖浆、气雾剂(作为固体或在液体介质中)、软膏(含有例如至多10重量%的活性化合物)、软和硬明胶胶囊、栓剂、无菌可注射溶液和无菌包装粉剂的形式。在一些实施方案中，将组合物配制用于口服施用。在一些实施方案中，该组合物是固体口服制剂。在一些实施方案中，将组合物配制成片剂或胶囊。
本文还提供了含有式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐与药学上可接受的载体的药物组合物。含有作为活性成分的式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐的药物组合物可以根据常规的药物混合技术通过将式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐与药用载体紧密混合来制备。取决于期望的施用途径(例如口服、肠胃外)，载体可以采取多种形式。在一些实施方案中，该组合物是固体口服组合物。
合适的药学上可接受的载体是本领域众所周知的。这些药学上可接受的载体中的一些的描述可以在American Pharmaceutical Association 和Pharmaceutical Societyof Great Britain出版的The Handbook of Pharmaceutical Excipients中找到。
在许多出版物中描述了配制药物组合物的方法，该出版物例如Pharmaceutical Dosage Forms: Tablets, 第二版, Revised and Expanded, 第1-3卷, Lieberman 等编；Pharmaceutical Dosage Forms: Parenteral Medications, 第1-2卷, Avis 等编；和Pharmaceutical Dosage Forms: Disperse Systems, 第1-2卷, Lieberman 等编;Marcel Dekker, Inc出版。
在制备口服剂型的组合物中，可以使用任何常用的药物介质。因此，对于液体口服制剂，例如混悬剂、酏剂和溶液，合适的载体和添加剂包括水、二醇、油、醇、调味剂、防腐剂、稳定剂、着色剂等；对于固体口服制剂，例如粉剂、胶囊和片剂，合适的载体和添加剂包括淀粉、糖、稀释剂、制粒剂、润滑剂、粘合剂、崩解剂等。合适的粘合剂包括但不限于淀粉、明胶、天然糖例如葡萄糖或β-乳糖、玉米甜味剂、天然和合成树胶例如阿拉伯胶、黄蓍胶或油酸钠、硬脂酸钠、硬脂酸镁、苯甲酸钠、乙酸钠、氯化钠等。崩解剂包括但不限于淀粉、甲基纤维素、琼脂、膨润土、黄原胶等。固体口服制剂也可以用诸如糖的物质包衣或包肠溶衣以调节吸收的主要部位。对于肠胃外施用，载体通常由无菌水组成并且可以加入其它成分以增加溶解度或保存性。也可以利用水性载体和适当的添加剂来制备可注射的混悬剂或溶液。本文的药物组合物在每个剂量单位(例如，片剂、胶囊、粉剂、注射剂、满匙等)中将包含递送本文所述有效剂量所必需的量的活性成分。
可以将包含式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐的组合物配制成单位剂型，每个剂量含有约5至约1,000 mg (1g)，更通常为约100 mg至约500 mg的活性成分。术语“单位剂型”是指适合作为人类对象和其它患者的单位剂量的物理上离散的单位，每个单位含有与其合适的药物赋形剂一起的经计算以产生期望治疗效果的预定量的活性物质(即式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐)。
在一些实施方案中，本文提供的组合物含有约5 mg至约50 mg的活性成分。本领域普通技术人员将理解，这体现了含有约5 mg至约10 mg、约10 mg至约15 mg、约15 mg至约20mg、约20 mg至约25 mg、约25 mg至约30 mg、约30 mg至约35 mg、约35 mg至约40 mg、约40mg至约45 mg或约45 mg至约50 mg的活性成分的化合物或组合物。
在一些实施方案中，本文提供的组合物含有约50 mg至约500 mg的活性成分。本领域普通技术人员将理解，这体现了含有约50 mg至约100 mg、约100 mg至约150 mg、约150mg至约200 mg、约200 mg至约250 mg、约250 mg至约300 mg、约350 mg至约400 mg或约450mg至约500 mg的活性成分的化合物或组合物。在一些实施方案中，本文提供的组合物含有约10 mg 、约20 mg、约80 mg或约160 mg的活性成分。
在一些实施方案中，本文提供的组合物含有约500 mg至约1,000 mg的活性成分。本领域普通技术人员将理解，这体现了含有约500 mg至约550 mg、约550 mg至约600 mg、约600 mg至约650 mg、约650 mg至约700 mg、约700 mg至约750 mg、约750 mg至约800 mg、约800 mg至约850 mg、约850 mg至约900 mg、约900 mg至约950 mg或约950 mg至约1,000 mg的活性成分的化合物或组合物。
式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐的日剂量可以在每个成人每天1.0至10,000 mg或更高的宽范围内，或其中的任何范围内变化。对于口服施用，组合物优选以片剂形式提供，该片剂含有0.01、0.05、0.1、0.5、1.0、2.5、5.0、10.0、15.0、25.0、50.0、100、150、160、200、250和500毫克的活性成分以用于对待治疗的患者的剂量进行对症调节。通常以每天约0.1 mg/kg至约1000 mg/kg体重或其中的任何范围的剂量水平提供药物的有效量。优选地，该范围为每天约0.5至约500 mg/kg体重或其中的任何范围。更优选地，每天约1.0至约250 mg/kg体重或其中的任何范围。更优选地，每天约0.1至约100 mg/kg体重或其中的任何范围。在一个实例中，该范围可以为每天约0.1至约50.0 mg/kg 体重或其中的任何量或范围。在另一个实例中，该范围可以为每天约0.1至约15.0 mg/kg体重或其中的任何范围。在又另一个实例中，该范围可以为每天约0.5至约7.5 mg/kg体重或其中的任何量或范围。含有式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐的药物组合物可以每天1-4次或单次日剂量的方案施用。
活性化合物可以在宽剂量范围内有效，并且通常以药学有效量施用。本领域技术人员可以容易地确定要施用的最佳剂量。因此，应当理解，实际施用的化合物的量通常将由医生确定，并且将根据相关情况，包括施用方式、实际施用的化合物、制剂的强度、要治疗的病况、以及疾病状况的进展而变化。此外，与被治疗的特定患者相关的因素，包括患者反应、年龄、体重、饮食、施用时间和患者症状的严重程度，都将导致需要调整剂量。
在一些实施方案中，本文提供的化合物可以以约1 mg/kg至约100 mg/kg的量施用。在一些实施方案中，本文提供的化合物可以以约1 mg/kg至约20 mg/kg、约5 mg/kg至约50 mg/kg、约10 mg/kg至约40 mg/kg、约15 mg/kg至约45 mg/kg、约20 mg/kg至约60 mg/kg或约40 mg/kg至约70 mg/kg的量施用。例如，约5 mg/kg、约10 mg/kg、约15 mg/kg、约20mg/kg、约25 mg/kg、约30 mg/kg、约35 mg/kg、约40 mg/kg、约45 mg/kg、约50 mg/kg、约55mg/kg、约60 mg/kg、约65 mg/kg、约70 mg/kg、约75 mg/kg、约80 mg/kg、约85 mg/kg、约90mg/kg、约95 mg/kg或约100 mg/kg。在一些实施方案中，此类施用可以是每天一次或每天两次(BID)施用。
在一些实施方案中，本文提供的化合物可以以约10 mg每天两次(BID)、20 mgBID、约40 mg BID、约60 mg BID、约80 mg BID、约120 mg BID、约160 mg BID和约240 mgBID的量施用。在一些实施方案中，每个剂量在前一剂量之后至少六小时施用。在一些实施方案中，每个剂量在前一剂量之后至少十二小时施用。
在一些实施方案中，式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐在较低pH值下表现出pH依赖性溶解度。因此，还接受质子泵抑制剂(PPI)和/或抗酸剂的患者可能需要调整式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐的剂量(例如，增加式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐的剂量)。在一些实施方案中，代谢式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐的细胞色素P450(CUP)的同工型是CYP3A4。因此，还接受抑制或诱导CYP3A4的药剂的患者可能需要调整式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐的剂量(例如，增加式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐的剂量(在CYP3A4诱导剂的情况下)或降低式I-IV的化合物或其多晶形物形式或药学上可接受的盐的剂量(在CYP3A4抑制剂的情况下))。
本领域技术人员将认识到，使用合适的、已知的和普遍接受的细胞和/或动物模型的体内和体外试验均预示了测试化合物治疗或预防给定病症的能力。
本领域技术人员将进一步认识到，可以根据临床和医学领域众所周知的方法完成在健康患者和/或罹患给定病症的那些中的人类临床试验，包括首次人体试验、剂量范围试验和功效试验。
5. 试剂盒
本文提供了可用于例如治疗与RET相关的疾病或病症如癌症或肠易激综合征(IBS)的药物试剂盒，其包括一个或多个容器，该容器含有包含治疗有效量的本文提供的化合物的药物组合物。如果需要的话，此类试剂盒可以进一步包括一种或多种各种常规药物试剂盒组分，例如具有一种或多种药学上可接受的载体的容器、另外的容器等，这对于本领域技术人员来说是显而易见的。试剂盒中还可以包括指示要施用的组分的量、施用指南和/或用于混合组分的指南的作为插入物或作为标签的说明书。
实施例
下列实施例说明本发明。
实施例 1：式I的化合物的合成
中间体A1和A2
6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶(A1)和4-溴-6-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶(A2)
Figure DEST_PATH_IMAGE061
部分A：O-(均三甲苯基磺酰基)羟基胺 (中间体R1)的制备
步骤1：(均三甲苯基磺酰基)氧基氨基甲酸叔丁酯的制备。在搅拌下向2,4,6-三甲基苯-1-磺酰氯(10.0 g，45.72 mmol)和羟基氨基甲酸叔丁酯(6.088 g，45.72 mmol)于MTBE (100 mL)中的0℃溶液中逐滴加入TEA (14.46 mL，48.01 mmol)。将所得的混悬液在0℃搅拌另外30 min并且然后温热至环境温度。然后将反应用水(100 mL)稀释并用1 NHCl(aq)调节至pH 4。将有机层干燥(Na2SO4)，过滤，并浓缩以得到标题化合物，其最初为微黄色油，在高真空下干燥过夜后变成白色固体(12.89 g，89% 收率)。1H NMR (CDCl3): δ 7.66(br s, 1H), 6.98 (s, 2H), 2.67 (s, 6H), 2.32 (s, 3H), 1.31 (s, 9H)。
步骤2：O-(均三甲苯基磺酰基)羟基胺(中间体R1)的制备。在0℃历经25 min向TFA(117 mL，1521 mmol)中缓慢地加入(均三甲苯基磺酰基)氧基氨基甲酸叔丁酯(39.0 g，124mmol)。将反应混合物在0℃搅拌1.5 h并且然后通过相继加入碎冰和水淬灭。将所得浓混悬液在环境温度剧烈搅拌5 min。在不允许滤饼变干的情况下，通过仔细的真空过滤收集固体，随后接着用水(4 L)冲洗直到滤液达到pH 6(注意：在环境温度下干燥的化合物存在爆炸风险)。将湿的滤饼溶解于二氯甲烷(150 mL)并将所得两相溶液分离。将二氯甲烷层经MgSO4干燥30 min并且然后过滤并用二氯甲烷(420 mL)冲洗以提供标题化合物，为在二氯甲烷中的0.22 M溶液。
部分B：6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶(A1)和4-溴-6-甲氧基吡唑并[1,5-a] 吡啶(A2)的制备
步骤1：1-氨基-3-溴-5-甲氧基吡啶-1-鎓 2,4,6-三甲基苯磺酸盐的制备。向冷却至0℃的O-(均三甲苯基磺酰基)羟基胺(中间体R1) (26.6 g，117 mmol)于DCM (570 mL)中的溶液中分批加入3-溴-5-甲氧基吡啶(22.1 g，117 mmol)。将反应混合物在0℃搅拌1 h，然后用另外的3-溴-5-甲氧基吡啶(250 mg，1.39 mmol)处理并在0℃搅拌另外2 h。将反应混合物用Et2O (600 mL)稀释，在0℃搅拌10 min并且然后真空过滤，用Et2O (3 × 250 mL)冲洗。体积减少约1/3后，滤液产生另外的沉淀，将其通过过滤收集。将两个滤饼在真空中干燥以提供标题化合物(39.3 g，83% 收率)。1H NMR (CDCl3) δ 9.25 (br s, 1H), 8.99 (m,1H), 8.74 (m, 1H), 7.46 (m, 1H), 6.83 (s, 2H), 3.92 (s, 3H), 2.65 (s, 6H),2.22 (s, 3H)。
步骤2：6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲酸乙酯和4-溴-6-甲氧基吡唑并 [1,5-a]吡啶-3-甲酸乙酯的制备。在环境温度向1-氨基-3-溴-5-甲氧基吡啶-1-鎓 2,4,6-三甲基苯磺酸盐(33.24 g，82.42 mmol)于DMF (82 mL)中的磁力搅拌的白色混悬液中加入TEA (22.98 mL，164.8 mmol)，随后逐滴加入丙炔酸乙酯(16.71 mL，164.8 mmol)。剧烈搅拌2 d后，通过分批加入到快速搅拌的冰水(820 mL)中缓慢地淬灭反应。将混合物在环境温度搅拌10 min并且然后真空过滤。将收集的固体用水冲洗并风干，得到标题化合物，为橙色固体，其异构体比例为约4：1 (通过1H NMR)，其中6-Br异构体为主要异构体(21 g)。湿的固体异构体混合物(约75% w/w)不经进一步纯化直接用于步骤3。MS (apci) m/z = 298.9，300.9 (M+H)。通过在 1H NMR (CDCl3)δ 3.98 (6-Br异构体) vs. 3.83 (4-Br异构体)中的MeO化学位移确定区域异构体比例。
步骤3：6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶(A1)和4-溴-6-甲氧基吡唑并[1,5-a] 吡啶(A2)的制备。在搅拌下将来自步骤2的6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲酸乙酯和4-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲酸乙酯的异构体混合物(15 g，50.1 mmol)加入至48% HBr (114 mL)中，然后在80℃加热90 min，随后在环境温度搅拌过夜。将所得的混悬液真空过滤并用水冲洗。将水性滤液和滤饼独立地处理。将滤饼溶解于MTBE并真空过滤以除去不溶性杂质。将MTBE滤液经无水Na2SO4干燥，过滤并真空浓缩以得到6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶(中间体A1)，为米色固体(约98：2 6-/4- Br；5.08 g)。MS (apci) m/z =226.9, 228.9 (M+H). 1H NMR (CDCl3) δ 8.26 (m, 1H), 7.82 (d, 1H), 6.61 (m, 1H),6.43 (m, 1H), 3.94 (s, 3H)。
独立地用EtOAc (2 × 500 mL)萃取最初的水性反应混合物滤液。将合并的有机萃取物干燥(Na2SO4)、过滤并真空浓缩。将粗残余物溶解于DCM (50 mL)并且然后过滤以除去不溶性固体。在真空下浓缩DCM滤液，随后进行二氧化硅色谱法(0至50% EtOAc/己烷)，得到第二批次的为白色固体的6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶(中间体A1) (上面的R f 斑点，2.06 g)，以及也为白色固体的次要的异构体标题化合物4-溴-6-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶(中间体A2)(下面的R f 斑点，1.32 g)。MS (apci) m/z = 226.9, 228.9 (M+H). 1HNMR (CDCl3) δ 8.02 (m, 1H), 7.85 (d, 1H), 7.17 (d, 1H), 6.55 (m, 1H), 3.80(s, 3H)。
中间体A3
Figure DEST_PATH_IMAGE062
6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲醛
向6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶(中间体A1，0.75 g，3.303 mmol)于DMF (33mL)中的0℃溶液中缓慢地加入POCl3 (0.92 mL，9.909 mmol)。将反应温热至环境温度并搅拌4 h并且然后用H2O (30 mL)稀释。将所得的混悬液用1 M NaOH(aq)碱化至pH 9-10，然后搅拌1 h并真空过滤，然后相继用H2O (25 mL)和MTBE (50 mL)冲洗以得到标题化合物(0.76g，90% 收率)。MS (apci) m/z = 256.9 (M+H)。
中间体A4
Figure DEST_PATH_IMAGE063
步骤1：(E)-6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲醛肟的制备。向6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲醛 (中间体A3，0.76 g，3.0 mmol)和羟基胺盐酸盐(0.31 g，4.5 mmol)于EtOH (40 mL)中的混悬液中加入水(20 mL)，并将反应在50℃搅拌4 h。冷却至环境温度后，将反应混合物真空浓缩。将残余物悬浮在水中，然后用饱和NaHCO3(aq)处理并真空过滤。将固体相继用H2O (25 mL)和MTBE (50 mL)冲洗以得到标题化合物(0.68 g，84%收率)。MS (apci) m/z = 271.9 (M+H)。
步骤2： 6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈的制备。将(E)-6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲醛肟 (17.15 g，63.50 mmol)于乙酸酐(707 mL，7.49 mol)中的溶液在120℃ 加热过夜。在接着蒸馏以除去乙酸酐后，将剩余的残余物在真空中干燥以得到标题化合物(15.92 g，99.4% 收率)。1H NMR (CDCl3) δ 8.32 (m, 1H), 8.12 (s,1H), 6.74 (m, 1H), 4.03 (s, 3H)。
中间体A5
Figure DEST_PATH_IMAGE064
三氟甲磺酸3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基酯
步骤1：4-甲氧基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈的制备。向6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(中间体A4，50 g，198.4 mmol)和1-甲基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-1H-吡唑 (49.53 g，238.0 mmol)于二噁烷(660 mL)中的溶液中加入2 M Na2CO3(aq) (297.5 mL，595.1 mmol)。将反应混合物用氮气喷射20 min，然后引入Pd(PPh3)4 (4.584 g，3.967 mmol)，随后用氮气喷射另外5 min。将反应在80℃加热18 h，然后冷却至环境温度并剧烈搅拌2 h。将混悬液真空过滤，相继用H2O(2 × 300 mL)和MTBE (3 × 300 mL)冲洗，然后在真空中干燥过夜以得到标题化合物，将其用于下一步而未经进一步纯化(52.62 g)。MS (apci)，m/z = 254.1 (M+H)。
步骤2：4-羟基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈的制备。向4-甲氧基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(52.62 g，207.8 mmol)于DCE (2 L)中的混悬液中加入AlCl3 (92.86 g，696.42 mmol)，并将反应混合物在80℃搅拌3 h。引入另外的AlCl3 (2.5 g，18.75 mmol)并将反应回流过夜。冷却至环境温度后，将反应混合物用DCE (1 L)稀释并且然后用H2O (5 × 500 mL)分批淬灭。将混合物在环境温度搅拌3 h，然后将所得混悬液真空过滤并将滤饼在真空烘箱(40℃)中干燥以得到标题化合物，将其用于下一步而未经进一步纯化(43.69 g)。MS (apci) m/z = 239.9 (M+H). 1HNMR (d6-DMSO) δ 11.38 (s, 1H), 8.74 (d, 1H), 8.50 (s, 1H), 8.21 (s, 1H), 7.94(s, 1H), 6.96 (d, 1H), 3.88 (s, 3H)。
步骤3：三氟甲磺酸3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基 酯的制备。向4-羟基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(43.69 g，182.6 mmol)于DMA (365 mL)中的混悬液中加入DIEA (63.6 mL，365.3 mmol)，随后加入1,1,1-三氟-N-苯基-N-((三氟甲基)磺酰基)甲磺酰胺(71.77 g，200.9 mmol)。将所得溶液在环境温度搅拌2 h并且然后缓慢倒入H2O (4 L)中。将所得混悬液搅拌2 h，然后真空过滤。将滤饼用H2O (3 × 500 mL)冲洗并风干过夜。然后将滤饼溶解于DCM (1.6 L)并将所得两相混合物相分离。将有机层经无水MgSO4干燥，通过Celite®过滤并用DCM冲洗。浓缩合并的有机层以得到标题化合物，为 90%纯的黄褐色固体 (64.3 g，95% 收率)。标题化合物的纯度可以通过二氧化硅色谱法(0-90% 丙酮/己烷)进一步改善到>95%。19F NMR (CDCl3)δ -72.0. 1H NMR (CDCl3) δ 8.66 (d, 1H), 8.29 (s, 1H), 7.77 (d, 1H), 7.70 (s,1H), 7.55 (d, 1H), 4.01 (s, 3H)。
中间体A6
Figure DEST_PATH_IMAGE065
4-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基) 哌嗪-1-甲酸叔丁酯。
向三氟甲磺酸3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基酯(中间体A5；10.0 g，26.9 mmol)和4-(5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)吡啶-2-基)哌嗪-1-甲酸叔丁酯(12.6 g，32.3 mmol)于二噁烷(250 mL)中的混合物中加入2M Na2CO3(aq) (14.3 g，135 mmol)，并将反应混合物用氮气喷射15 min，然后引入Pd2(dba)3(1.23 g，1.35 mmol)和X-Phos (2.57 g，5.39 mmol)。将混合物用氮气喷射另外5 min并且然后在80℃加热过夜。冷却至环境温度后，将反应混合物倒入H2O (1.5 L)中并搅拌2 h。将所得的混悬液过滤并相继用H2O (3 × 200 mL)、MTBE (4 × 100 mL)和己烷 (4 × 100mL)冲洗，在真空干燥过夜后得到作为固体的标题化合物(12 g，92% 收率)。MS (apci) m/z= 485.2 (M+H)。
中间体A7
Figure DEST_PATH_IMAGE066
6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶- 3-甲腈二盐酸盐
向4-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)哌嗪-1-甲酸叔丁酯(A6，12.0 g，24.77 mmol)于MeOH (12 mL)和DCM (50 mL)中的溶液中加入HCl (5-6M于iPrOH中，49.53 mL，247.7 mmol)。在环境温度搅拌21 h后，将反应用MeOH (50 mL)和DCM (50 mL)稀释。将混悬液在环境温度搅拌，直到LCMS指示反应完成。将反应混合物过滤，用Et2O (5 × 50 mL)冲洗并且然后在45℃真空烘箱中干燥19 h以得到标题化合物(9.97 g，88% 收率)。MS (apci) m/z = 385.1 (M+H)。
式I的化合物
Figure DEST_PATH_IMAGE067
4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡 唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈
程序1：将6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈二盐酸盐(A7；0.125 g，0.273 mmol)于干燥的DMA (2.5 mL)中的室温溶液用TEA (114 µL，0.820 mmol)、Me4N(AcO)3BH (144 mg，0.547 mmol)和6-甲氧基烟醛(0.0750 g，0.547 mmol)处理。将所得混合物在室温搅拌过夜，然后用水和CHCl3淬灭并允许搅拌30 min。将所得两相混合物通过PS玻璃料过滤，并将水层用CHCl3洗涤。将有机滤液真空浓缩，并将残余物通过C18反相色谱法(5-90% ACN/水作为梯度洗脱剂)纯化以得到标题化合物(56 mg，41% 收率)。MS (apci) m/z = 506.0 (M+H)。
程序2：向反应容器中装入6-(-1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1 ,5-a]吡啶-3-甲腈四盐酸盐(A7；19.0 g)和6-甲氧基烟醛(7.37 g)。加入DMSO (247 mL)，随后加入三乙胺(15 mL)。将黄色浆料在室温搅拌~2.5小时并且然后一次性加入三乙酰氧基硼氢化钠(15.2 g)并将反应加热至30℃并搅拌过夜。通过HPLC判断反应完成，并将混合物在冰/水浴中冷却至19℃。缓慢地加入水(550 mL)，保持温度低于30℃。将混悬液搅拌3.5小时并且然后过滤，并用水(2 x 285 mL)洗涤滤饼。将固体在真空烘箱中在45℃干燥以产生标题化合物(18.0 g，99.4%)。通过XRPD分析结晶固体，产生与式I 形式 A一致的衍射图。
实施例 2：式II-IV的化合物的合成
中间体B1
Figure DEST_PATH_IMAGE068
4-溴-6-羟基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈
步骤1：1-氨基-3-溴-5-甲氧基吡啶-1-鎓-2,4,6-三甲基苯磺酸盐的制备。向冷却至0℃的O-(均三甲苯基磺酰基)羟基胺(中间体R1，26.6 g，117 mmol)于二氯甲烷(570 mL)中的溶液中分批加入3-溴-5-甲氧基吡啶(22.1 g，117 mmol)。将反应混合物在0℃搅拌1h，然后用另外的3-溴-5-甲氧基吡啶(250 mg，1.39 mmol)处理并在0℃搅拌另外2 h。将反应混合物用Et2O (600 mL)稀释，在0℃搅拌10 min并且然后真空过滤，并用Et2O (3 × 250mL)冲洗。体积减少约1/3后，滤液产生另外的沉淀，将其通过过滤收集。将两个滤饼在真空中干燥以提供标题化合物(39.3 g，83% 收率)。1H NMR (CDCl3): δ 9.25 (br s, 1H),8.99 (m, 1H), 8.74 (m, 1H), 7.46 (m, 1H), 6.83 (s, 2H), 3.92 (s, 3H), 2.65(s, 6H), 2.22 (s, 3H)。
步骤2：6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲酸乙酯和4-溴-6-甲氧基吡唑并 [1,5-a]吡啶-3-甲酸乙酯的制备。在环境温度向1-氨基-3-溴-5-甲氧基吡啶-1-鎓-2,4,6-三甲基苯磺酸盐(33.24 g，82.42 mmol)于DMF (82 mL)中的磁力搅拌的白色混悬液中加入TEA (22.98 mL，164.8 mmol)，随后逐滴加入丙炔酸乙酯(16.71 mL，164.8 mmol)。剧烈搅拌2 d后，通过分批加入至快速搅拌的冰水(820 mL)中缓慢地淬灭反应。将混合物在环境温度搅拌10 min并且然后真空过滤。将收集的固体用水冲洗并风干，得到标题化合物，为橙色固体，其异构体比例为约4：1(通过1H NMR)，其中6-Br异构体为主要异构体(21g)。将湿的固体异构体混合物(约75%w/w)直接用于步骤3而不经进一步纯化。MS (apci) m/z = 298.9，300.9 (M+H)。通过在1H NMR (CDCl3)δ 3.98 (6-Br异构体) vs. 3.83 (4-Br异构体)中的MeO化学位移确定区域异构体比例。
步骤3：6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶(中间体B1)和4-溴-6-甲氧基吡唑并 [1,5-a]吡啶的制备。在搅拌下将来自步骤2的6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲酸乙酯和4-溴-6-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲酸乙酯的异构体混合物(15 g，50.1 mmol)加入至48% HBr (114 mL)中，然后在80℃加热90 min，随后在环境温度搅拌过夜。将所得的混悬液真空过滤并用水冲洗。将水性滤液和滤饼独立地处理。将滤饼溶解于MTBE中并真空过滤以除去不溶性杂质。将MTBE滤液经无水Na2SO4干燥，过滤并真空浓缩以得到6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶，为米色固体(约98：2 6-/4- Br；5.08 g)。MS (apci) m/z =226.9, 228.9 (M+H). 1H NMR (CDCl3): δ 8.26 (m, 1H), 7.82 (d, 1H), 6.61 (m,1H), 6.43 (m, 1H), 3.94 (s, 3H)。独立地，将最初的水性反应混合物滤液用EtOAc (2× 500 mL)萃取。将合并的有机萃取物干燥(Na2SO4)、过滤并真空浓缩。将粗残余物溶解于DCM (50 mL)并且然后过滤以除去不溶性固体。在真空下浓缩DCM滤液，随后进行二氧化硅色谱法(0至50% EtOAc/己烷)，得到第二批次的为白色固体的6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶(中间体1)(上面的R f 斑点，2.06 g)，以及也为白色固体的次要的异构体标题化合物4-溴-6-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶 (下面的R f 斑点，1.32 g)。MS (apci) m/z =226.9, 228.9 (M+H). 1H NMR (CDCl3): δ 8.02 (m, 1H), 7.85 (d, 1H), 7.17 (d,1H), 6.55 (m, 1H), 3.80 (s, 3H)。
步骤4：4-溴-6-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲醛的制备：将4-溴-6-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶(5.0 g，22 mmol)于DMF (220 mL)中的溶液冷却至0℃并且然后缓慢地用POCl3 (6.2 mL，66 mmol)处理。将反应温热至环境温度并搅拌过夜。将反应混合物冷却至0℃，用水(220 mL)淬灭，并用6 M NaOH(aq)碱化至pH 9-10。将反应混合物搅拌1 h并且然后真空过滤。将固体相继用水(3 × 50 mL)和MTBE (3 × 50 mL)冲洗。将收集的固体悬浮于DCM (500 mL)并在超声浴中搅拌30 min并且然后真空过滤。保留滤液，同时将滤饼溶解于水(300 mL)中并用DCM萃取。合并有机萃取物和保留的DCM滤液并经无水Na2SO4干燥，然后过滤并真空浓缩以提供标题化合物(4.84 g，86% 收率)。MS (apci)，m/z = 256.9 (M+H)。
步骤5：4-溴-6-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲醛肟的制备。在环境温度向 4-溴-6-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲醛(4.84 g，19.0 mmol)于EtOH (253 mL)中的混悬液中加入水(127 mL)和羟基胺盐酸盐(1.98 g，28.5 mmol)。在50℃ 搅拌过夜后，将反应混合物冷却至环境温度并真空浓缩。将残余物悬浮在水(150 mL)中并且然后用饱和NaHCO3(aq)(30 mL)缓慢地淬灭。在环境温度搅拌1小时后，将混悬液真空过滤并将滤饼相继用H2O(500 mL)和MTBE (100 mL)冲洗以得到标题化合物，为2：1 E/Z混合物 (5.13 g，定量收率)，将其用于下一步而未经进一步纯化。MS (apci) m/z = 271.9 (M+H)。
步骤6：4-溴-6-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈的制备。将4-溴-6-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲醛肟(4.95 g，18.33 mmol)于乙酸酐(172.9 mL，1833 mmol)中的E/Z混合物在140℃搅拌25 h，并且然后冷却至环境温度。将所得的混悬液在冰浴中进一步冷却15 min并且然后真空过滤并相继用水(200 mL)和MTBE (300 mL)冲洗以提供标题化合物(3.74 g，81% 收率)。1H NMR (d6-DMSO): δ 8.70 (s, 1H), 8.60 (s, 1H), 7.78 (s,1H), 3.83 (s, 3H)。
步骤7：4-溴-6-羟基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈的制备：将4-溴-6-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(50.0 g，198.4 mmol)于DCE (500 mL)中的浆料用AlCl3 (79.34 g，595.1 mmol)处理。在N2(g) 气氛下，将所得混合物在76℃搅拌19 h，然后冷却至室温。使用THF (1750 mL)作为冲洗溶剂，将反应混合物倒入硫酸钠十水合物(10 eq，639 g)于THF(1000 mL)中的机械搅拌的混悬液中。在环境温度搅拌过夜后，将所得的混悬液过滤，并将固体用另外的THF (2 x 250 mL)冲洗。将滤液真空浓缩，并将所得固体在高真空下干燥3天以得到纯度足以供接着使用的标题化合物(46.18 g，98% 收率)。1H NMR (d 6-DMSO): δ10.48 (s, 1H), 8.58 (s, 1H), 8.38 (d, 1H), 7.64 (3, 1H)。
中间体B2
Figure DEST_PATH_IMAGE069
4-溴-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈
在压力容器中，将4-溴-6-羟基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(中间体B1；10.0 g，42.0 mmol)和K2CO3(s) (17.4 g，126 mmol)于DMF (50 mL)中的混合物用2,2-二甲基环氧乙烷(36.9 mL，420 mmol)处理。密封容器后，将反应混合物在60℃搅拌12 h，然后在85℃搅拌12 h。允许混合物冷却至环境温度。将室温混合物倒入水(400 mL)中，然后在环境温度搅拌1小时。将所得混悬液真空过滤并将滤饼用水冲洗。将固体收集并在真空中干燥以干净地提供标题化合物(11 g，84% 收率)。
中间体B3
Figure DEST_PATH_IMAGE070
4-(6-氟吡啶-3-基)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈
将4-溴-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(中间体B2；10.0g，32.2 mmol)、2-氟-5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)吡啶(10.8 g，48.4 mmol)和Pd(PPh3)4 (1.12 g，0.967 mmol)于二噁烷(200 mL)中的混合物用2 MNa2CO3(aq) (64.5 mL，129 mmol)处理。将所得混合物用Ar(g)喷射，然后在85℃在N2(g)气氛下搅拌12 h。冷却至环境温度后，将所得混合物倒入冷水(1.5 L)中。通过加入10% 柠檬酸将混合物的pH调节至约pH 6。在环境温度搅拌1小时后，将所得混悬液真空过滤。将固体收集并在真空中干燥以干净地提供标题化合物(10 g，95% 收率)。
中间体B4
Figure DEST_PATH_IMAGE071
4-(6-(3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基) 吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈二盐酸盐
步骤1：3-(5-(3-氰基-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡 啶-2-基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚烷-6-甲酸叔丁酯的制备。将4-(6-氟吡啶-3-基)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(中间体B3；1.70 g，8.55 mmol)、3,6-二氮杂-双环[3.1.1]庚烷-6-甲酸叔丁酯(1.70 g，8.55 mmol)和K2CO3(s) (7.88 g，57.0mmol)于DMSO (7 mL)中的混合物在90℃搅拌12 h。将所得浓浆料用另外的DMSO (2 mL)稀释并在90℃搅拌12 h。将混合物冷却至环境温度并用水(100 mL)稀释。将水性混合物用DCM洗涤。合并的有机萃取物经无水MgSO4(s)干燥，过滤并真空浓缩。将粗残余物通过二氧化硅色谱法(30-80% EtOAc/己烷作为梯度洗脱剂系统)纯化以干净地提供标题化合物(2.87 g，100% 收率)。MS (apci) m/z = 505.2 (M+H)。
步骤2：4-(6-(3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-(2-羟基-2-甲基 丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈二盐酸盐的制备。将3-(5-(3-氰基-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚烷-6-甲酸叔丁酯(参见步骤1；3.05 g，6.04 mmol)于DCM (20 mL)中的溶液用4 N HCl/二噁烷(15.1 mL，60.4 mmol)处理。将所得混合物在环境温度搅拌12小时，并且然后真空浓缩。将粗残余物用DCM和甲苯稀释，并且然后超声处理，然后真空浓缩以得到标题化合物，为二盐酸盐(2.44g，定量收率)。MS (apci) m/z = 405.2 (M+H)。
式II的化合物
Figure DEST_PATH_IMAGE072
6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂 双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈
在搅拌下向4-(6-(3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈二盐酸盐(中间体B4，6.0 g，12.6 mmol)于DCM(30 mL)中的混合物中加入三乙胺 (5.3 mL，37.7 mmol)，随后加入6-甲氧基烟醛(2.59 g，18.9 mmol)并且然后一次性加入三乙酰氧基硼氢化钠 (5.33 g，25.1 mmol)。加入另外的DCM (30 mL)并将反应在环境温度搅拌过夜。将反应混合物倒入水(200 mL)中并用DCM(200 mL)萃取。相分离后，将有机层用水(2 x 200 mL)洗涤。将合并的水性洗涤液用DCM(200 mL)反萃取。将合并的有机萃取物用盐水(250 mL)洗涤，通过相分离器玻璃料并用活性炭(Darco G-60，6 g)处理。在环境温度搅拌2 h后，将混合物真空过滤，用DCM (3 x 10mL)冲洗。将滤液用3-(三甲氧基甲硅烷基)丙烷-1-硫醇(11 g，7.4 mmol)处理并磁力搅拌过夜。将混合物真空过滤并在旋转蒸发仪上浓缩至约200 mL。在搅拌下将庚烷(150mL)分批加入至上述DCM溶液中，直至浑浊。搅拌90分钟后，将白色浆料真空过滤，用庚烷(200 mL)冲洗，得到标题产物，为细结晶的白色粉末(3.9g，59%)。
如下进行式II的化合物在DMSO/水中的重结晶。向反应烧瓶中装入式II的化合物(10.1 g)和DMSO (110 mL)。将混合物加热至50℃，直到所有固体溶解。将混合物冷却至25℃，并进行精密过滤。通过过滤器装入作为洗涤液的DMSO (10 mL)。将所得溶液加热至45℃，并缓慢加入水(5 mL)。将混合物搅拌30分钟并形成种床。历经1 h加入水(25 mL)并将浆料在45℃老化另外1小时。然后允许浆料冷却至25℃并搅拌2小时。过滤浆料，并将滤饼用水(20 mL x 3)、MeOH (20 mL x 2)和MTBE (20 mL x 2)洗涤。将滤饼在真空烘箱中于室温干燥，以得到9.35 g (74%)标题化合物。MS (apci) m/z = 526.2 (M+H). 1H NMR (400 MHz,DMSO-d 6)δ: 8.64 (d, 1H, J=2.3 Hz), 8.55 (s, 1H), 8.38 (d, 1H, J=2.3 Hz), 8.04(d, 1H, J=2.3 Hz), 7.80 (dd, 1H, J=8.6, 2.3 Hz), 7.64 (dd, 1H, J=8.6, 2.3Hz), 7.27 (d, 1H, J=2.0 Hz), 6.76 (d, 1H, J=8.6 Hz), 6.73 (d, 1H, J=8.2 Hz),4.67 (s, 1H), 3.85 (s, 2H), 3.79 (s, 3H), 3.72 (d, 2H, J=12.5 Hz), 3.64 (d,2H, J=5.9Hz), 3.51 (br d, 2H), 3.47 (s, 2H), 2.47 (m, 1H), 1.55 (d, 1H), 1.20(s, 6H)。
式III的化合物
Figure DEST_PATH_IMAGE073
6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-(6-甲氧基烟酰基)-3,6-二氮杂双环 [3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈
向4-(6-(3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈二盐酸盐(中间体B4，4.50 g，9.43 mmol)于DMSO (63 mL)中的混合物中加入6-甲氧基烟酸(1.73 g，11.3 mmol)，随后加入Hunig碱(5.25 mL，30.2mmol)和HATU (4.30 g，11.3 mmol)。将其在室温搅拌1 h，然后将其倒入水(500 mL)和饱和NaHCO3 (50 mL)的混合物中，然后搅拌另外4 h。将混悬液真空过滤，并将收集的固体首先用MTBE (100 mL)研磨，然后用快速二氧化硅色谱法(1-15% MeOH/DCM(含1% NH4OH))处理以得到标题产物。通过溶解在最少量的DCM中，随后缓慢加入MTBE直至出现混悬液，使该产物重结晶。过滤，随后在高真空下于40-45℃干燥2d，得到标题产物，为结晶的白色粉末(4.0g，78.6%)。
如下进行标题产物在CH3CN/水中的进一步重结晶。将标题产物(37 g)于CH3CN(222 mL)中的混合物加热至回流以获得透明溶液。然后在相同的温度在搅拌下缓慢地加入水(333 mL)。添加后，停止加热，并允许混合物冷却至RT并搅拌过夜。通过真空过滤收集固体，并在高真空下于40-45℃干燥过夜，得到标题产物，为结晶的白色粉末(24 g，65%)。1HNMR (DMSO-d 6) δ 8.60-8.65 (d, 1H), 8.53 (s, 1H), 8.49-8.51 (m, 1H), 8.28-8.31(d, 1H), 7.91-7.95 (m, 1H), 7.73-7.78 (m, 1H), 7.23-7.25 (m, 1H), 6.81-6.85(m, 1H), 6.65-6.69 (d, 1H), 4.84-4.94 (br.m, 1H), 4.66 (s, 1H), 4.51-4.63(br.m, 1H), 4.04-4.20 (br.m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.83 (s, 2H), 3.60-3.63 (m,2H), 3.42-3.53 (br.m, 1H), 2.75-2.85 (m, 1H), 1.63-1.69 (m, 1H), 1.18 (s,6H). MS (apci) m/z = 540.2 (M+H)。
式IV的化合物
Figure DEST_PATH_IMAGE074
6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶- 3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈
向4-(6-氟吡啶-3-基)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈(中间体B3，90 mg，0.276 mmol)于DMSO (2 mL)中的混悬液中加入DIEA (193 µL，1.10mmol)，随后加入4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-4-醇盐酸盐(69 mg，0.303 mmol)。将反应混合物在90℃搅拌60 h，然后直接通过C18反相色谱法(使用5-95%乙腈/水(含有0.1% TFA)作为梯度洗脱剂)纯化。合并含有期望产物的级分，在真空中部分浓缩以除去ACN，然后在饱和NaHCO3(aq)和DCM之间分配。将两相混合物用另外的DCM (2x)萃取。将合并的有机萃取物经无水MgSO4(s)干燥，过滤并真空浓缩。将残余物于Et2O (2 mL)中超声处理并且然后真空浓缩以得到标题化合物(48 mg，35% 收率)。MS (apci) m/z = 499.2 (M+H)。
形式A的进一步重结晶和分离：向反应容器中加入式IV的化合物(10 g)，加入DMSO(50 mL)并搅拌混合物。10分钟后，所有式IV的化合物溶解并且然后逐滴加入水(4 X 5 mL，总共20 mL)。搅拌10分钟后，形成稀混悬液。加入另外的水(3 x 5 mL，总共15 mL)并在搅拌30-60 分钟后将混悬液过滤。将滤饼用水(10 mL)、MTBE (50 mL)洗涤并且然后将固体在环境温度在真空下干燥以得到9.2 g式IV的化合物。通过DSC和XRPD分析该结晶固体，产生与式IV的化合物的形式A一致的吸热和衍射图。
实施例 3：式I的化合物的多晶形物盐筛
A. 式I的化合物的游离碱的溶解度研究
在25℃和60℃在13种溶剂中检查了式I的化合物的游离碱的溶解度。还在混合溶剂系统如DCM/EtOH、DMSO/EtOH、DMSO/水、THF/EtOH和THF/水中确定溶解度。
溶解度研究如下进行。在室温下，将10-20 mg的游离碱在1 mL的溶剂中搅拌过夜；注意到在25℃的溶解度。然后将样品加热到60℃。如果固体在加热下溶解，则以3-5 mg分批加入更多的游离碱。溶解度测试的结果示于表 5-10和图1A-1E中。
表5. 式I的化合物的游离碱的一般溶解度
溶剂 在25℃的溶解度 (mg/mL) 固体在60℃溶解
Figure DEST_PATH_IMAGE075
EtOAc 0.36 否
iPAc 0.25 否
MeOH 0.07 否
EtOH 0.04 否
toluene 0.35 否
丙酮 0.44 否
IPA 0 否
MEK 0.69 否
THF 2.59 是(10.2-13.0 mg/mL)
ACN 0.33 否
DMA 12.9 >40 mg/mL
DCE 4.6 未研究
DCM 15.5 N/A
水 0.07 N/A
0.1M HCl 1.5 未研究
游离碱在THF、DMA和DCM中分别表现出2.59 mg/mL、12.9 mg/mL和15.5 mg/mL的溶解度。对于所检查的大多数溶剂系统，加热至60℃后游离碱均不溶解。在60℃时有10-13 mg的游离碱溶解于THF中，尽管溶液在13 mg时呈乳状。在加入总量为40 mg的游离碱后，停止在60℃在DMA中的溶解度研究。
表6. 式I的化合物的游离碱在DCM/EtOH中在室温的溶解度
% DCM/EtOH 溶解度(mg/mL)
0 0.05
10 0.06
20 0.26
30 0.87
40 2.53
50 7.42
60 16.6
70 22.7
80 29.0
90 34.2
100 17.3
游离碱在DCM/EtOH混合物中的溶解度显示于上面的图1A和表6。
表7. 式I的化合物的游离碱在DMSO/EtOH中在室温的溶解度
% DMSO/EtOH 溶解度(mg/mL)
0 0.05
10 0.09
20 0.18
30 0.39
40 0.61
50 1.14
60 1.80
70 2.57
80 4.28
90 4.44
100 6.96
游离碱在DMSO/EtOH混合物中的溶解度显示于上面的图1B和表7。
表8. 式I的化合物的游离碱在DMSO/H2O中在室温的溶解度
% DMSO/H<sub>2</sub>O 溶解度(mg/mL)
0 0
10 0.09
20 0.08
30 0.09
40 0.10
50 0.09
60 0.10
70 0.15
80 0.35
90 1.52
100 6.96
游离碱在DMSO/H2O混合物中的溶解度显示于上面的图1C和表8。
表9. 式I的化合物的游离碱在THF/EtOH中在室温的溶解度
% THF/EtOH 溶解度(mg/mL)
10 0.29
20 0.34
30 0.55
40 0.82
50 1.38
60 1.97
70 2.51
80 3.09
90 3.18
100 2.59
游离碱在THF/EtOH混合物中的溶解度显示于上面的图1D和表9。
表10. 式I的化合物的游离碱在THF/H2O中在室温的溶解度
% THF/EtOH 溶解度(mg/mL)
10 0.15
20 0.13
30 0.35
40 1.36
50 2.50
60 3.76
70 6.17
80 6.65
90 6.56
100 2.59
游离碱在THF/H2O混合物中的溶解度显示于上面的图1E和表10。
如表11所示，进行了研究以确定式I的化合物的游离碱的可能的重结晶条件。
表11. 对式I的化合物的游离碱的重结晶尝试
规模(g) 溶剂 (vol)//反溶剂(vol) 温度(℃) 时间(hr) LTF(mg/mL) 注意
0.05 DMSO (18)// EtOH 200酒精纯度 (27) 70℃至RT 16 1.20 将游离碱在70℃溶解于DMSO。缓慢加入EtOH。在冷却开始后1h缓慢地出现固体。冷却过夜。过滤。回收78.6%
0.10 DMSO (18)/ /EtOH 200酒精纯度 (25) 70℃至RT 16 1.20 将游离碱在70℃溶解于DMSO。缓慢加入EtOH直至浑浊。在70℃快速出现固体。冷却过夜。过滤。回收83.6%。
0.10 DMSO (18)// EtOH 200酒精纯度 (18) 70℃至RT 16 2.26 将游离碱在70℃溶解于DMSO。缓慢加入EtOH直至浑浊。冷却过夜。过滤。回收80.5%。
5.0 DMSO (20)// EtOH 200酒精纯度 (20) 70℃至RT 16 1.6 将游离碱在70℃溶解于DMSO。缓慢加入EtOH直至浑浊。冷却过夜。过滤。回收88%。
0.12 DMSO (18)// EtOH 200酒精纯度 (33) 70℃至RT 16 1.00 将游离碱在70℃溶解于DMSO。缓慢加入EtOH直至浑浊。冷却过夜。过滤。回收85%。
0.10 DMSO (18)// EtOH 200酒精纯度 (28) 70℃至RT 16 1.03 将游离碱在70℃溶解于DMSO。冷却至40℃，变浑浊，缓慢加入EtOH。立即出现固体。回收78.2%。
0.10 DMSO (18)// EtOH 190酒精纯度 (28) 70℃至RT 72 0.70 将游离碱在70℃溶解于DMSO。缓慢加入EtOH直至浑浊。冷却过夜。未过滤。
0.10 90% DCM/EtOH (25)// EtOH200酒精纯度 (19) 40℃至RT 16 2.38 将游离碱在40℃溶解于90% DCM/EtOH。缓慢加入EtOH直至浑浊。固体半缓慢地在40℃析出。冷却过夜。
0.10 66% DCM/EtOH (30)// EtOH200酒精纯度 (20) 40℃至RT 16 3.70 将游离碱在40℃溶解于66% DCM/EtOH。缓慢加入EtOH，直至溶解。冷却过夜。固体在早上出现。
1.0 DMSO (6)// H2O(24) 100℃至RT 24 1.1 将游离碱在100℃溶解于DMSO。缓慢加入H<sub>2</sub>O以成浆。在100℃加热10 h，然后冷却至RT过夜。用20体积的H<sub>2</sub>O洗涤。在烘箱中干燥。回收 - TBD
1.0 DMSO (10)// EtOH 200酒精纯度 (20) 100℃至RT 24 0.9 将游离碱在100℃溶解于DMSO。冷却至75℃。缓慢加入EtOH以成浆。在75℃搅拌10 h，然后冷却至RT过夜。过滤。用20体积的H<sub>2</sub>O洗涤。在烘箱中干燥。回收 - TBD
1.0 EtOH 200酒精纯度 (20) 75℃至RT 24 0.6 将游离碱在EtOH中在75℃成浆。在75℃加热24h。冷却至RT并过滤。用20体积的H<sub>2</sub>O洗涤。在烘箱中干燥。回收 - TBD
发现式I的化合物的游离碱在70℃溶解于18体积的DMSO中并在100℃溶解于6体积的DMSO中。在70℃将EtOH加入到DMSO溶液中；在约18体积的EtOH (1：1 DMSO/EtOH)后，溶液变得浑浊。另外的EtOH迫使固体在70℃析出。
B. 式I的化合物的游离碱的表征
如以上实施例1中所述制备的式I的化合物通过PLM、XRPD、DSC、TGA、DVS、FTIR和1HNMR进行分析，并鉴定为形式A (图2A-2G)。X射线粉末衍射扫描显示于图2A。X射线粉末衍射扫描的峰显示于下面的表12。图2B显示了不同批次的式I的化合物的游离碱的X射线粉末衍射扫描的叠加图。通过DSC观察到从约187℃开始的一个小的吸热事件，随后是从约224℃开始的一个吸热事件(图2C)。等温(25℃) DVS扫描显示于图2D。TGA分析指示从加热开始至约238℃的1.1%的重量损失(图2E)。FTIR谱显示于图2F。NMR (于DMSO-d 6 中)谱显示于图2G。
表12. 式I的化合物的形式A的XRPD峰
2-θ d(Å) 高度 H%
4.44 19.90 92.00 100.00
9.05 9.76 5.70 6.20
11.29 7.83 1.60 1.70
13.48 6.56 32.30 35.10
14.58 6.07 73.80 80.20
14.94 5.93 8.50 9.30
15.29 5.79 0.40 0.40
15.66 5.65 2.90 3.10
16.41 5.40 5.10 5.60
17.19 5.15 9.90 10.80
17.45 5.08 16.70 18.10
17.75 4.99 12.90 14.10
18.27 4.85 36.40 39.60
18.77 4.73 36.10 39.30
19.69 4.50 4.00 4.40
20.03 4.43 13.70 14.90
20.51 4.33 4.90 5.40
20.95 4.24 24.00 26.10
21.14 4.20 6.30 6.90
21.53 4.12 8.00 8.70
21.92 4.05 14.10 15.30
22.25 3.99 4.90 5.30
22.45 3.96 15.60 17.00
23.39 3.80 1.30 1.40
23.80 3.73 8.00 8.70
24.12 3.69 5.20 5.60
24.57 3.62 30.30 33.00
24.94 3.57 1.80 2.00
25.32 3.51 5.00 5.40
25.60 3.48 2.50 2.70
26.45 3.37 8.00 8.70
26.65 3.34 8.90 9.60
27.17 3.28 2.50 2.70
27.72 3.22 15.70 17.10
28.25 3.16 1.30 1.40
28.56 3.12 3.80 4.10
29.31 3.04 1.60 1.70
29.64 3.01 3.40 3.70
30.16 2.96 0.80 0.80
30.75 2.91 3.50 3.80
31.24 2.86 2.00 2.20
31.72 2.82 1.00 1.10
32.19 2.78 0.50 0.60
33.16 2.70 1.30 1.40
34.05 2.63 2.30 2.50
34.40 2.60 1.10 1.20
35.02 2.56 0.80 0.90
35.44 2.53 1.40 1.50
C. 初始盐筛
使用无机和有机酸抗衡离子和DCM或DMA作为溶剂对式I的化合物进行初始盐筛(式I的化合物的游离碱在DCM中的溶解度= 15.5 mg/mL；式I的化合物的游离碱在DMA中的溶解度= 12.9 mg/mL)。酸和溶剂的组合显示于下面的表13。
表13. 来自初级盐筛的结果
Figure DEST_PATH_IMAGE077
Figure DEST_PATH_IMAGE079
Figure DEST_PATH_IMAGE081
1 13小时后提供能够过滤的固体的酸。
2加热和冷却后，将固体过滤。
3设置所有实验后(第一个小瓶后约1 hr)记录DCM实验的观察结果。
将在室温下13小时后提供固体的样品过滤和分析。将过夜搅拌后未提供固体且为透明溶液的样品蒸发至干(反应在DCM中)或装入MTBE(反应在DMA中)。分离并分析所得固体。将提供不可过滤的固体的样品进行热循环；加热和冷却后，通过过滤分离出固体(如果存在)。固体的外观显示于上面的表13。
过滤和分析由以下酸形成的固体：马来酸、D-苹果酸、L-苹果酸、柠檬酸、L-酒石酸、D-酒石酸、HBr和HCl。对于以下酸，还分析了DCM蒸发后形成的固体：乙酸、苯甲酸和丙酸。
此初始筛选提供了11种盐以进行进一步分析(PLM、DSC等)。该盐由以下酸形成：马来酸、乙酸、D-苹果酸、L-苹果酸、柠檬酸、L-酒石酸、D-酒石酸、苯甲酸、丙酸、HCl和HBr。
对硫酸盐和磷酸盐的另外的筛选也如下面的表14中所示进行。
表14. 硫酸盐和磷酸盐的条件的筛选
规模 溶剂 (Vol) 酸 (当量) 温度 时间(h) 注意
20mg THF (100) H<sub>2</sub>SO<sub>4</sub>/H<sub>2</sub>O (1.1) 25℃ 24 从未进入溶液中，乳状溶液过夜，固体粘在小瓶的壁上
20mg EtOH (100) H<sub>2</sub>SO<sub>4</sub>/H<sub>2</sub>O (1.1) 25℃ 24 在加入酸后形成粘稠的固体，转变成固体凝胶，乳状溶液过夜
20mg 1：1 DCM/EtOH (100) H<sub>2</sub>SO<sub>4</sub>/H<sub>2</sub>O (1.1) 25℃ 24 在加入酸后，大多数固体溶解。粘性的固体在壁上。乳状溶液过夜
20mg 4：1 DCM/EtOH (100) H<sub>2</sub>SO<sub>4</sub>/H<sub>2</sub>O (1.1) 25℃ 24 在加入酸之前游离碱完全溶解。几乎立即形成酸。可过滤的固体过夜
20mg THF (100) H<sub>3</sub>PO<sub>4</sub>/H<sub>2</sub>O (1.1) 25℃ 24 从未进入溶液中，最初粘稠的固体形式。乳状溶液过夜
20mg EtOH (100) H<sub>3</sub>PO<sub>4</sub>/H<sub>2</sub>O (1.1) 25℃ 24 从未进入溶液中，粘稠的固体形式。乳状溶液过夜
20mg 1：1 DCM/EtOH (100) H<sub>3</sub>PO<sub>4</sub>/H<sub>2</sub>O (1.1) 25℃ 24 粘性的固体在小瓶壁上，随时间变得更粘稠。乳状溶液过夜
20mg 4：1 DCM/EtOH (100) H<sub>3</sub>PO<sub>4</sub>/H<sub>2</sub>O (1.1) 25℃ 24 在加入酸之前游离碱完全溶解。几乎立即形成酸。凝胶过夜
发现式I的化合物的游离碱溶解于4：1 DCM/EtOH，同时在THF、EtOH和1：1 DCM/EtOH中表现出有限的溶解度。上面的表14中列出的条件没有提供可过滤的磷酸盐。搅拌过夜后，在4：1 DCM/EtOH中使用硫酸提供可过滤的固体。
通过PLM和DSC分析由表15中所示的酸形成的固体；通过DSC测定的这些固体的外观和熔点显示于表15。DSC曲线显示于图3-14。
表15. 分离的盐的外观和熔点
酸 过滤或溶剂蒸发后固体的外观 熔点(DSC)
N/A 游离碱 229.23℃
马来酸 灰色/黄褐色固体 226.84℃
D-苹果酸 灰色/黄褐色固体 212.69℃
L-苹果酸 灰色/黄褐色固体 213.52℃
柠檬酸 灰色/黄褐色固体 197.53℃
L-酒石酸 灰色/黄褐色固体 222.66℃
D-酒石酸 灰色/黄褐色固体 219.24℃
乙酸 米色固体 229.06℃
苯甲酸 米色固体 229.16℃
丙酸 米色固体 228.77℃
HBr 米色固体 225.25℃
HCl 灰白色固体 241.25℃
H<sub>2</sub>SO4 灰白色固体 285.95℃
在初始盐筛期间鉴定的马来酸盐的DSC热谱图显示于图3。通过DSC观察到从约224℃开始的一个吸热事件。通过DSC观察到从约208℃开始的一个小的吸热事件。
在初始盐筛期间鉴定的乙酸盐的DSC热谱图显示于图4。通过DSC观察到从约227℃开始的一个吸热事件。
在初始盐筛期间鉴定的D-苹果酸盐的DSC热谱图显示于图5。通过DSC观察到从约211℃开始的一个吸热事件。
在初始盐筛期间鉴定的苯甲酸盐的DSC热谱图显示于图6。通过DSC观察到从约228℃开始的一个吸热事件。
在初始盐筛期间鉴定的L-酒石酸盐的DSC热谱图显示于图7。通过DSC观察到从约216℃开始的一个吸热事件。
在初始盐筛期间鉴定的柠檬酸盐的DSC热谱图显示于图8。通过DSC观察到从约190℃开始的一个吸热事件。
在初始盐筛期间鉴定的丙酸盐的DSC热谱图显示于图9。通过DSC观察到从约226℃开始的一个吸热事件。通过DSC观察到从约148℃开始的一个吸热事件。
在初始盐筛期间鉴定的D-酒石酸盐的DSC热谱图显示于图10。通过DSC观察到从约210℃开始的一个吸热事件。通过DSC观察到从约159℃开始的一个小的吸热事件。
在初始盐筛期间鉴定的L-苹果酸盐的DSC热谱图显示于图11。通过DSC观察到从约211℃开始的一个吸热事件。
在初始盐筛期间鉴定的硫酸盐的DSC热谱图显示于图12。通过DSC观察到从约277℃开始的一个吸热事件。通过DSC观察到从约35℃开始的一个小的吸热事件。
C. 所选盐的按比例放大和优化
如在表16中所示，按比例放大了在初级盐筛期间制备的盐酸(HCl)盐和氢溴酸(HBr)盐以用于进一步分析。
表16. HCl盐和HBr 盐的按比例放大
规模(g) 酸(当量) DMA体积 最大温度(℃) 反溶剂的体积(MTBE) 老化时间 分离的固体
0.2g 36% HCl (1.1) 75 28℃ 125 在搅拌下过夜 152 mg，71%收率，发现6.2% Cl (预期6.5%)
0.2g 48% HBr (1.1) 50 40℃ 150 在未搅拌下过夜 215 mg，86% 收率，发现12% Br (预期13.5%)
来自~200 mg 规模反应的盐酸盐的DSC热谱图显示于图13。通过DSC观察到从约233℃开始的一个吸热事件。
来自~200 mg 规模反应的氢溴酸盐的DSC热谱图显示于图14。通过DSC观察到从约195℃开始的一个吸热事件。
检查了形成HCl盐的替代条件。例如，如表17(条目1)中所示，将DMA的体积减小至50体积并将反应混合物加热至40℃。在该温度下加入HCl；然后将所得混合物冷却至室温。以这种方式制备的盐酸盐的DSC热谱图显示于图15A。通过DSC观察到从约230℃开始的一个吸热事件。
还在30℃使用1：1 DCM/EtOH的混合溶剂系统在50体积下制备HCl盐。以这种方式制备的盐酸盐的DSC热谱图显示于图15B。通过DSC观察到从约224℃开始的一个吸热事件。
表17. HCl盐的制备的替代条件
规模 (g) 酸(当量) DMA体积 最大温度(℃) 反溶剂的体积(MTBE/Vol) 老化时间 分离的固体
0.2g 36% HCl (1.1) 75 28℃ 125 在搅拌下过夜 152mg，71%收率，发现6.2% Cl (预期6.5%)
0.2g 48% HBr (1.1) 50 40℃ 150 在未搅拌下过夜 215 mg，86%收率，发现12% Br (预期13.5%)
将式I的化合物的四种盐(HCl、HBr、L-和D-苹果酸盐)和游离碱按比例放大至2克(表18)。通过PLM、DSC、TGA、DVS、XRPD、FTIR和1H NMR对这四种盐进行了分析和表征(图16A-16F、17A-17D和18A-18H)。
表18. HCl、HBr、L-苹果酸盐和D-苹果酸盐的按比例放大
规模(g) 溶剂(Vol) 酸(eq) 时间(h) 温度 熔点 (DSC) 分离的收率 (%) 注意
2.0 DMA (50) HCl (1.1) 3 h 40℃ 至RT 240.61℃ 1.88 g (87.8%) 在40℃加入HCl。过滤。白色固体
2.0 3.6：1 DCM/EtOH (46) HCl (1.1) 20 h 25℃ 237.99℃ 1.93g (90.1%) 氯分析显示1 eq. HCl
2.0 3.6：1 DCM/EtOH (46) HBr (1.1) 20 h 25℃ 237.91℃ 2.26g (97.4%) 溴分析显示1 eq. HBr
2.0 3.6：1 DCM/EtOH (46) L-苹果酸 (0.97) 20 h 25℃ 208.31℃ 1.64g　66.8%
2.0 3.6：1 DCM/EtOH (46) D-苹果酸 (0.97) 20 h 25℃ 208.25℃ 1.60g　65.2%
2.2 3.6：1 DCM/EtOH (46) L-苹果酸 (0.97) 20 h 25℃ N/A 2.11g　75.9%
2.5 3.6：1 DCM/EtOH (46) D-苹果酸 (0.97) 20 h 25℃ N/A 2.41g　76.2%
氯和溴的分析验证了相应的单HX盐的形成。以75-78% 收率提供L-和D- 苹果酸盐；以90% 收率制备了HCl盐。
对于HCl盐(DMA)，通过DSC观察到从约233℃开始的一个吸热事件(图16A)；通过DSC观察到从约253℃开始的一个小的吸热事件。对于HCl盐(EtOH/DCM)，通过DSC观察到从约223℃开始的一个吸热事件；通过DSC观察到从约71℃开始的一个小的吸热事件(图16D)。等温(25℃) DVS分析指示HCl盐(DMA)是吸湿的(图16B)。在80%相对湿度观察到约5%的质量增加。观察到一些滞后现象。从腔室中取出后，HCl盐样品仍为自由流动的粉末；没有注意到可观察到的潮解。HCl盐 (DMA)的TGA分析指示从加热开始至约255℃的7.4%的重量损失(图16C)。HCl盐 (EtOH/DCM混合溶剂系统)的TGA分析指示从加热开始至约255℃的8.2%的重量损失(图16D)。HCl盐(在DMA中制备，来自不同批次，在DSV之前/之后)和HCl盐(EtOH/DCM)的X射线粉末衍射扫描的叠加图显示于图16E。HCl盐(在EtOH/DCM中制备)在DMSO-d6中的1HNMR谱显示于图16F。
对于HBr盐，通过DSC观察到从约215℃开始的一个吸热事件；通过DSC观察到从约34℃开始的一个小的吸热事件(图17A)。HBr盐的TGA分析指示从加热开始至约255℃的约10.3%的重量损失(图17A)。HBr盐的X射线粉末衍射扫描显示于图17B。HBr盐的FTIR谱显示于图17C。HBr盐在DMSO-d6中的1H NMR谱显示于图17D。
对于L-苹果酸盐，通过DSC观察到从约205℃开始的一个吸热事件(图18A)。对于D-苹果酸盐，通过DSC观察到从约206℃开始的一个吸热事件(图18B)。L-苹果酸盐的TGA分析指示从加热开始至约253℃的约17.7%的重量损失(图18A)。D-苹果酸盐的TGA分析指示从加热开始至约250℃的约18.4%的重量损失(图18B)。等温(25℃) DVS分析指示L-苹果酸盐和D-苹果酸盐都是吸湿的(图18C和18D)。在80%RH下观察到约2.8%的质量增加。观察到一些滞后现象。从腔室中取出后，L-苹果酸盐和D-苹果酸盐的样品各自保持为自由流动的粉末；没有注意到可观察到的潮解。L-和D-苹果酸盐的X射线粉末衍射扫描的叠加图显示于图18E。L-和D-苹果酸盐的FTIR谱的叠加图显示于图18F。L-和D-苹果酸盐在DMSO-d 6 中的1H NMR谱分别显示于图18G-18H。
对两批次的L-苹果酸盐进行DSC、TGA和XRPD分析。对于L-苹果酸盐(批次A)，通过DSC观察到从约210℃开始的一个吸热事件(图18I)。L-苹果酸盐(批次A)的TGA分析指示从加热开始至约250℃的约18.0%的重量损失(图18J)。对于L-苹果酸盐(批次B)，通过DSC观察到从约217℃开始的一个吸热事件(图18K)。L-苹果酸盐(批次B)的TGA分析指示从加热开始至约250℃的约17.7%的重量损失(图18L)。式I的化合物的L-苹果酸盐(批次A和B)和游离碱的X射线粉末衍射扫描的叠加图显示于图18M。
研究了式I的化合物的HCl、HBr、L-苹果酸盐和D-苹果酸盐在不同的溶剂系统中的溶解度。
HCl盐的溶解度测试如下进行。在1 mL溶剂中搅拌大约10-20 mg的HCl盐。在每个溶剂系统中，两个小时后观察到一些固体。接着将样品加热至65℃保持3小时，同时注意外观。然后允许所得混合物冷却至室温过夜。溶解度测试的结果示于表19。
表19. HCl盐的溶解度
溶剂 在25℃ 2 h后的外观 固体在65℃溶解
Figure DEST_PATH_IMAGE082
 在25℃的溶解度 (mg/mL)
水 固体 否 0.24
MeOH 固体 否 0.58
EtOH 固体 否 0.12
IPA 固体 否 0
EtOAc 固体 否 0
iPAc 固体 否 0
THF 固体 否 0
ACN 固体 否 0
甲苯 固体 否 0
DCM 固体 N/A 0.10
丙酮 固体 N/A 0
MEK 固体 否 0
MTBE 固体 否 0
2-甲基THF 固体 否 0
DCE 固体 否 0
DMSO 固体 接近于18.7mg/mL 5.94
0.1M HCl 固体 未研究 2.18
发现HCl盐在IPA、EtOAc、iPAc、THF、ACN、甲苯、丙酮、MEK、MTBE、2-甲基THF和DCE中不溶。在水、MeOH、EtOH和DCM中观察到<1mg/mL的溶解度。在DMSO中观察到约6mg/mL的溶解度。
HBr盐的溶解度测试如下进行。在1 mL溶剂中搅拌大约10-20 mg的HBr盐。在每个溶剂系统中，两个小时后观察到一些固体。接着将样品加热至65℃保持3小时，同时注意外观。然后允许所得混合物冷却至室温过夜。溶解度测试的结果显示于表20。
表20. HBr盐的溶解度
溶剂 在25℃ 2 h后的外观 固体在65℃溶解
Figure 445370DEST_PATH_IMAGE082
 在25℃的溶解度 (mg/mL)
水 固体 否 0
MeOH 固体 否 0
EtOH 固体 否 0
IPA 固体 否 0
EtOAc 固体 否 0
iPAc 固体 否 0
THF 固体 否 0
ACN 固体 否 0
DCM 固体 否 0
丙酮 固体 否 0
MEK 固体 否 0
MTBE 固体 否 0
2-甲基THF 固体 否 0
DCE 固体 否 0
DMSO 固体 否 1.95
HBr盐在所检查的溶剂系统中显示出低溶解度；加热到65℃时固体不溶解。在DMSO中观察到1.95mg/mL的溶解度。
L-苹果酸盐的溶解度测试如下进行。将约10-20 mg的L-苹果酸盐于1mL溶剂中在室温下搅拌过夜。溶解度测试的结果显示于表21。
表21. L-苹果酸盐的溶解度
溶剂 批次1：在25℃的溶解度 (mg/mL) 批次2：在25℃的溶解度 (mg/mL)
水 0.26 0.23
MeOH 0.52 0.58
EtOH 0.16 0.15
IPA 0 0
EtOAc 0.20 1.58
iPAc 0 0.33
THF 2.53 5.42
ACN 0.28 0.85
甲苯 0.29 0.62
DCM 0.24 5.50
丙酮 0.61 1.57
MEK 0.51 2.31
MTBE 0 0
2-甲基THF 0.61 1.21
DCE 0.13 4.97
DMSO 14.2 15.4
0.1M HCl 2.30 未研究
在两批次的L-苹果酸盐上进行了溶解度测试。观察到批次之间溶解度的一些变化。在DMSO中观察到14-15 mg/mL的溶解度。
如下进行第二次溶解度研究，以确定L-苹果酸盐在升高的温度下的溶解度。在室温下于1 mL溶剂中搅拌约10-20 mg的L-苹果酸盐30 min。将样品加热到60℃保持3.0小时；记录溶解度。然后将样品加热至70℃保持约3.0小时；记录溶解度。第二次溶解度研究的结果示于表22。
表22. L-苹果酸盐在升高的温度下的溶解度
溶剂 固体在60℃溶解
Figure 424827DEST_PATH_IMAGE082
 固体在70℃溶解
Figure 204564DEST_PATH_IMAGE075
水 否 否
MeOH 否 N/A
EtOH 否 否
IPA 否 否
EtOAc 否 否
iPAc 否 否
THF 65℃几乎12.3mg/mL N/A
ACN 否 否
甲苯 否 否
DCM N/A N/A
丙酮 否 N/A
MEK 否 否
MTBE 否 否
2-甲基THF 否 否
DCE 否 否
DMSO 是(>36mg/mL) 是(>56 mg/mL)
0.1M HCl 是(>13.4 mg/mL) N/A
D-苹果酸盐的溶解度测试如下进行。将约10-20 mg的D-苹果酸盐在1 mL溶剂中搅拌过夜。对于在升高的温度下的溶解度，将约10-20mg的D-苹果酸盐在室温在1mL溶剂中搅拌30 min。将样品加热到60℃保持3.0小时；记录溶解度。然后将样品加热至70℃保持约3.0小时；记录溶解度。溶解度研究的结果显示于表23。
表23. D-苹果酸盐的溶解度
溶剂 在25℃的溶解度 (mg/mL) 固体在60℃溶解
Figure 599774DEST_PATH_IMAGE082
 固体在70℃溶解
Figure 414146DEST_PATH_IMAGE082
水 0.35 否 否
MeOH 0.49 否 N/A
EtOH 0.14 否 否
IPA 0 否 否
EtOAc 0.21 否 否
iPAc 0.12 否 否
THF 2.65 在65℃ ~10mg/mL N/A
ACN 0.23 否 否
甲苯 0 否 否
DCM 0.17 N/A N/A
丙酮 0.65 否 N/A
MEK 0.61 否 否
MTBE 0 否 否
2-甲基THF 0.62 否 否
DCE 0.14 否 否
DMSO 16.7 是(>40mg/mL) 是(>56 mg/mL)
0.1M HCl 2.90 是(>15 mg/mL) N/A
进一步按比例放大L-苹果酸盐和HCl盐的制备。以77.7% 收率制备L-苹果酸盐，且HCl盐提供91%的收率。然后优化L-苹果酸盐的形成条件，以增加收率，如表24所示。
表24. HCl盐和L-苹果酸盐的按比例放大
规模(g) 溶剂(Vol) 酸(eq.) 时间(hr) 温度 分离的收率 (%) 注意
10 3.6：1 DCM/EtOH (46) L-苹果酸(0.97) 20 hr 25℃ 9.83g (77.7%)
10 3.6：1 DCM/EtOH (46) HCl (1.1) 20 hr 25℃ 10.05g (91.4%)
2.0 ~3.3：1 DCM/EtOH (31) L-苹果酸(0.97) 20 hr 25℃ 2.01g (79.4%) 将游离碱在RT溶解于30 vol 4：1 DCM/EtOH。加入作为EtOH溶液 (1 vol)的L-苹果酸
1.5 ~6：1 DCM/EtOH (26 vol) L-苹果酸(1.05) 20 hr 25℃ 1.64g (86.2%) 将游离碱在RT溶解于30 vol 4：1 DCM/EtOH。加入作为EtOH溶液(1 vol)的L-苹果酸
8.0 ~6：1 DCM/EtOH (26 vol) L-苹果酸(1.05) 20 hr 25℃ 8.70g (86.0%) 将游离碱在RT溶解于25 vol 9：1 DCM/EtOH。加入作为EtOH溶液(1 vol)的L-苹果酸
8.0 ~6：1 DCM/EtOH (26 vol) L-苹果酸(1.05) 20 hr 25℃ 8.86g (87.5%) 将游离碱在RT溶解于25 vol 9：1 DCM/EtOH。加入作为EtOH溶液(1 vol)的L-苹果酸。然后将浆料冷却至0℃保持1.5h，然后过滤。
使用4：1的DCM/EtOH比例将溶剂体积降至30体积。在1体积的EtOH中加入L-苹果酸(0.97当量)，使总溶剂达到31体积，且溶剂比例达到约3.3：1 DCM/EtOH。这些条件使L-苹果酸盐的收率增加到79.4%。
9：1 DCM/EtOH 溶剂系统将体积减少到25体积。将L-苹果酸 (1.05 equiv)溶解于1 体积的EtOH中，使溶剂的总量达到26体积，并且最终溶剂比例达到约6：1 DCM/EtOH。这些条件使L-苹果酸盐的收率增加到86.2%。当这些条件扩大到8克时，以86%的收率提供苹果酸盐。在相同的条件下建立第二次8克反应，但在过滤之前将浆料冷却至0℃保持1.5 h。在该反应中获得87.5%的收率。
D. 游离碱和所选的盐的稳定性筛选
通过历经4周的每周HPLC分析来检查式I的游离碱及其HCl盐、L-苹果酸盐和D-苹果酸盐的稳定性。将样品在40℃和75 % RH储存。稳定性研究的结果显示于表25。
表25. 式I的化合物的游离碱、HCl盐、L-苹果酸盐和D-苹果酸盐的稳定性
样品 T=0 T=1周 T=2周 T=3周 T=4周 绝对%变化
HCl盐 99.3% 99.3% 99.3% 99.3% 99.3% 0.0%
游离碱 I 97.3% 97.3% 97.1% 97.1% 96.9% 0.4%
L-苹果酸盐 97.8% 97.7% 97.4% 97.4% 97.3% 0.5%
D-苹果酸盐 97.7% 97.6% 97.4% 97.2% 97.1% 0.6%
实施例 4：式II的化合物的多晶形物盐筛
A. 仪器和分析方法
在下面的实施例2和3中描述的多晶形物筛选中使用的仪器和分析方法如下。
X射线粉末衍射(XRPD)
XRPD分析是在Panalytical X’pert pro上进行的，在3至35°2θ之间扫描样品。轻轻地研磨该物质并将其装载到带有Kapton或mylar聚合物薄膜的多孔板上以支撑样品。然后将多孔板装载到以透射模式运行的Panalytical衍射仪中，并使用以下实验条件进行分析。
● 原始数据来源：XRD测量(*.XRDML)
● 扫描轴：Gonio
● 起始位置[°2θ]：3.0066
● 终点位置[°2θ]：34.9866
● 步长[°2θ]：0.0130
● 扫描步骤时间[s]：18.8700
● 扫描类型：连续
● PSD模式：扫描
● PSD长度[°2θ]：3.35
● 偏移[°2θ]：0.0000
● 发散狭缝类型：固定
● 发散狭缝尺寸[°]：1.0000
● 测量温度 [℃]：25.00
● 阳极物质：Cu
● K-α1 [Å]：1.54060
● K-α2 [Å]：1.54443
● K-β [Å]：1.39225
● K-A2 / K-A1比例：0.50000
● 发生器设置：40 mA，40 kV
● 测角计半径[mm]：240.00
● 焦点-发散狭缝距离[mm]：91.00
● 入射光束单色仪：否
● 旋转：否。
偏振光显微镜(PLM)
使用配有Motic相机和图像捕获软件(Motic Images Plus 2.0)的Olympus BX50偏光显微镜确定结晶度(双折射)的存在。除非另有说明，否则所有图像均使用20倍物镜记录。
热重分析 (TGA)
将约5mg的物质称入敞开的铝盘中，并装载入同步的热重/差示热分析仪(TG/DTA)中并保持在室温下。然后将样品以10℃/min的速率从20℃加热到300℃，在此期间记录样品重量的变化以及任何差热事件(DTA)。使用氮气作为吹扫气体，流速为300 cm3/min。
差示扫描量热法(DSC)
将约5 mg的物质称入铝DSC盘中，并用穿孔的铝盖非密闭性地密封。然后将样品盘装载入Seiko DSC6200(配有冷却器)中，冷却并保持在20℃。一旦获得稳定的热流响应，就以10℃/min的扫描速率加热样品和参考物，并监测所得的热流响应。
核磁共振(NMR)
NMR实验是在配有DCH冷冻探针的Bruker AVIIIHD光谱仪上进行的，质子在500.12MHz运行。实验是在氘代溶剂中进行的并将每个样品制备成约10 mM的浓度。
动态蒸汽吸附(DVS)
将约10 mg样品放入网状蒸汽吸附天平盘中，并通过Surface MeasurementSystems装载入DVS-1动态蒸汽吸附天平中。使样品以10%的增量经历从40%至90%的相对湿度(RH)渐变概况，在每个步骤中保持样品直到达到稳定的重量(99.5%步骤完成)。吸附循环完成后，使用相同的程序将样品干燥至0% RH，并且然后进行第二次吸附循环以回到40%RH。绘制了在吸附/解吸循环期间的重量变化，从而可以确定样品的吸湿性。然后对保留的任何固体进行XRPD分析。
重量蒸汽吸附(GVS)
将约10-20 mg样品放入网状蒸汽吸附天平盘中，并通过Hiden Analytical装载入IGASorp Moisture Sorption Analyzer天平中。使样品以10%的增量经历从40%至90%的RH渐变概况，在每个步骤中保持样品直到达到稳定的重量(98%步骤完成)。吸附循环完成后，使用相同的程序将样品干燥至0%RH，并且最后使其回到40%RH的起始点。绘制了在吸附/解吸循环期间的重量变化，从而可以确定样品的吸湿性。
高效液相色谱法-紫外检测(HPLC-UV)
● 仪器：具有UV检测器的HPLC。
● 柱：ACE Excel 3 Super C18 75 mm × 4.6 mm 柱
● 柱温：40℃
● 自动进样器温度：25℃
● UV波长：235 nm
● 进样量：5.0 QL
● 流速：1.0 mL/min
● 流动相A：0.1% TFA/水
● 流动相B：0.1% TFA/乙腈
● 梯度程序：
时间(分钟) 溶剂 B (%)
0.00 10
15.00 90
15.10 10
20.00 10
荷电气溶胶检测(CAD)
● 仪器：具有荷电气溶胶检测的HPLC
● 柱：Thermo Acclaim P2 50 x 2.1 mm 3.0 QL
● 温度：30℃
● 自动进样器温度：环境
● 进样量：10 QL
● 流速：0.5 mL/min
● 流动相A：去离子水
● 流动相B：100mM，pH3.65甲酸铵缓冲液
● 梯度程序：
时间(分钟) 溶剂 B (%)
0.00 35
2 35
12 65
15.3 65
18.6 40
19.3 35
23 35
B. 初始表征
将如以上实施例2所述制备的式II的化合物通过XRPD、TG/DTA、DSC、DVS、PLM、1HNMR和HPLC分析并鉴定为形式1。通过XRPD，该物质似乎为高度结晶的(图62A)。PLM分析显示小针状晶体的附聚物。通过TG/DTA观察到约189℃ 开始的一个小的吸热(图62C)，随后是约199℃开始的一个尖锐的吸热，这与熔融转变有关。此事件之后发生热降解。最初的吸热可能是固-固转变，随后是更稳定的固体形式的熔化。在DSC数据中从约184℃开始观察到一个小的吸热，随后从约199℃开始观察到一个尖锐的吸热(图62B)。通过DVS该物质似乎为中等吸湿的(图62D和62E)，在90%RH下重量增加了约3.6%。DVS后未观察到形式变化。通过HPLC，该物质的纯度为99.2%。在d6-DMSO中的1H NMR显示该物质中存在痕量的DCM(0.04当量)和MeOH(0.06当量)(图62F)。
C. 初级盐筛
使用下表26和27中所示的酸抗衡离子和溶剂系统对式II的化合物进行初级盐筛。
表26. 筛选的酸
盐酸 硫酸 1,2-乙二磺酸
甲磺酸 萘-2-磺酸 苯磺酸
2-羟基乙磺酸 L-天冬氨酸 马来酸
乙磺酸 L-谷氨酸 L-酒石酸
柠檬酸 D-葡糖醛酸 L-苹果酸
D-葡糖酸 L-乳酸 L-抗坏血酸
琥珀酸 草酸 磷酸
<i>p</i>-甲苯磺酸 富马酸 马尿酸
苯甲酸
表27. 溶剂系统
溶剂系统
THF/水(1%)
1,4 二噁烷/水(10%)
MeCN/水(20%)
丙酮/水(10%)
IPA/水(10%)
EtOH/水(10%)
盐筛如下进行。将储备的酸的水溶液加入到在上面的表27中列出的每种溶剂系统中的大约30 mg的式II的化合物中。在无法获得储备溶液的情况下，将酸纯净地加入至式II的化合物的溶液中。下表28中显示了用于制备储备溶液的酸重量和体积。
表28. 初级盐筛抗衡离子储备溶液
Figure DEST_PATH_IMAGE083
。
然后历经24小时以4小时循环将样品在室温(RT)和40℃之间进行温度循环。过滤每种混合物，并通过XRPD (湿式)分析分离的固体以确定结晶度和形式。未观察到固体的样品不加盖保存，以允许溶剂蒸发。其余样品放在40℃和75%RH的烘箱中过夜。然后通过XRPD对样品进行再分析，以确定形式或结晶度的任何变化。下表29-53和图24A-24B至47A-47B中显示了观察结果和结果，包括在筛选期间观察到的不同衍射图。
表29. 盐酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 白色固体 浅橙色固体 白色固体 白色固体 白色固体 浅黄色固体
XRPD循环后 形式2 形式2 形式2 形式2 形式2 形式2
XRPD稳定性后 形式2 形式2 形式2 形式2 形式2 形式2
盐酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图24A和24B。
表30. 硫酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色胶 浅黄色溶液 无色溶液 浅黄色溶液 黄色溶液中的白色固体 浅黄色溶液
XRPD循环后 无固体 无固体 无固体 无固体 形式3 无固体
XRPD稳定性后 无固体 无固体 无固体 无固体 形式5 无固体
硫酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图25A和25B。
表31. 1,2-乙二磺酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 浅黄色溶液 浅黄色溶液 无色溶液 浅黄色溶液 无色溶液 浅黄色溶液
XRPD循环后 无固体 无固体 无固体 无固体 无固体 无固体
XRPD稳定性后 无固体 无固体 无固体 无固体 无固体 无固体
表32. 对-甲苯磺酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色溶液 黄色溶液 白色固体 黄色溶液中的白色固体 黄色溶液中的白色固体 黄色溶液中的白色固体
XRPD循环后 弱衍射 无固体 无固体 形式4 无定形 无定形
XRPD稳定性后 形式4 无固体 无固体 形式4 形式4 无定形
对甲苯磺酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图26A和26B。
表33. 甲磺酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色溶液 黄色溶液 黄色溶液 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 无固体 无固体 无固体 无定形 形式2 无定形
XRPD稳定性后 无固体 无固体 无固体 无定形 形式2 无定形
甲磺酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图27A和27B。
表34. 萘-2-磺酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色溶液 黄色溶液 浅黄色溶液 白色固体 黄色溶液中的白色固体 黄色溶液中的白色固体
XRPD循环后 形式5 形式2/ 形式5 形式2/ 形式5 形式2/ 形式5 形式2/ 形式5 形式2
XRPD稳定性后 形式2/ 形式5 形式2/ 形式5 形式2/ 形式5 形式2/ 形式5 形式2/ 形式5 形式2
萘-2-磺酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图28A和28B。
表35. 苯磺酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 浅黄色溶液 白色固体 浅黄色溶液 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 无固体 无固体 无固体 弱衍射 形式2 形式2
XRPD稳定性后 无固体 无固体 无固体 弱衍射 形式2 形式2
苯磺酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图29A和29B。
表36. 草酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 浅黄色固体 黄色溶液中的白色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 无固体 形式6 无固体 无定形 无定形 无定形
XRPD稳定性后 无固体 形式6 无固体 形式2/形式6 形式6 形式6
草酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图30A和30B。
表37. 2-羟基乙磺酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 形式1 (游离碱)/形式2 形式7 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱) 形式2/形式7 形式7
XRPD稳定性后 形式1 (游离碱)/形式2 形式7 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱)/形式8 形式2/形式7 形式7
2-羟基乙磺酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图31A和31B。
表38. L-天冬氨酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色固体 浅黄色溶液 无色溶液 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 形式8 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱)/形式8 形式8 形式1 (游离碱)/形式8
XRPD稳定性后 形式8 形式1 (游离碱)/形式8 形式8 形式14 形式8 形式1 (游离碱)/形式8
L-天冬氨酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图32A和32B。
表39. 马来酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色固体 无色溶液 无色溶液 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 弱衍射 无固体 无固体 无定形 无定形 无定形
XRPD稳定性后 形式15 无固体 无固体 无定形 无定形 无定形
马来酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图33A和33B。
表40. 磷酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色胶 黄色溶液 浅黄色胶 浅黄色胶 白色固体 黄色胶
XRPD循环后 无定形 无固体 无固体 形式9 形式10 弱衍射
XRPD稳定性后 形式10 无固体 无固体 形式9/形式10 形式10 形式10
磷酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图34A和34B。
表41. 乙磺酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色溶液 黄色胶 浅黄色胶 浅黄色胶 白色固体 黄色溶液
XRPD循环后 无固体 无固体 无固体 无固体 无定形 无固体
XRPD稳定性后 无固体 无固体 无固体 无固体 无定形 无固体
乙磺酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图35A和35B。
表42. L-谷氨酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色溶液中的白色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 形式8 形式7 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱)/形式2 形式1 (游离碱)/形式2
XRPD稳定性后 形式8 形式7 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱)/形式2 形式1 (游离碱)
L-谷氨酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图36A和36B。
表43. L-酒石酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色溶液中的白色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 弱衍射 弱衍射 无固体 弱衍射 形式11 弱衍射
XRPD稳定性后 弱衍射 弱衍射 无固体 弱衍射 形式11 弱衍射
L-酒石酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图37A和37B。
表44. 富马酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 浅黄色 固体 白色固体 无色溶液 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 形式12 无固体 无固体 无固体 形式8 形式8
XRPD稳定性后 形式12 无固体 无固体 无固体 形式8 形式8
富马酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图38A和38B。
表45. 柠檬酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色固体 浅黄色溶液 无色溶液 浅黄色胶 白色固体 白色固体
XRPD循环后 弱衍射 无固体 无固体 弱衍射 形式1 (游离碱) 无固体
XRPD稳定性后 弱衍射 无固体 无固体 弱衍射 形式1 (游离碱) 无固体
柠檬酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图39A和39B。
表46. D-葡糖醛酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 浅黄色溶液 浅黄色溶液 浅黄色溶液 白色固体 白色固体 无色溶液
XRPD循环后 无固体 无固体 形式1 (游离碱) 无固体 形式8 形式8
XRPD稳定性后 无固体 无固体 形式1 (游离碱) 无固体 形式8 形式1 (游离碱)
D-葡糖醛酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图40A和40B。
表47. L-苹果酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色固体 浅黄色溶液 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 无定形 无固体 无固体 形式1 (游离碱) 形式8 形式8
XRPD稳定性后 无定形 无固体 无固体 形式1 (游离碱) 形式8 形式1 (游离碱)
L-苹果酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图41A和41B。
表48. 马尿酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色溶液中的白色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 形式8 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱) 形式8 形式8
XRPD稳定性后 形式8 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱)/形式8
马尿酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图42A和42B。
表49. D-葡糖酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 形式13 形式7 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱) 形式8 形式1 (游离碱)/ 形式8
XRPD稳定性后 形式13 形式7 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱)/形式8
D-葡糖酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图43A和43B。
表50. L-乳酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 浅黄色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 形式13 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱) 形式8 形式8
XRPD稳定性后 形式13 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱) 形式8 形式1 (游离碱)/形式8
L-乳酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图44A和44B。
表51. L-抗坏血酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色溶液 黄色溶液中的白色固体 橙色固体 橙色固体 黄色固体 黄色固体
XRPD循环后 无固体 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱) 形式8 形式1 (游离碱)/形式8
XRPD稳定性后 无固体 形式1 (游离碱)/形式2 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱)/形式2 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱)/形式8
L-抗坏血酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图45A和45B。
表52. 苯甲酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 形式8 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱) 形式8 形式8
XRPD稳定性后 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱)/形式8
苯甲酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图46A和46B。
表53. 琥珀酸观察结果和XRPD结果
溶剂 THF/水(1%) 二噁烷/水(10%) MeCN/水(20%) 丙酮/水(10%) IPA/水(10%) EtOH/水(10%)
循环前 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料 浆料
循环后 黄色溶液中的白色固体 黄色溶液中的白色固体 白色固体 白色固体 白色固体 白色固体
XRPD循环后 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱)/形式8 形式8 形式1 (游离碱) 形式8 弱衍射
XRPD稳定性后 形式1 (游离碱)/形式8 形式1 (游离碱) 形式8 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱) 形式1 (游离碱)
琥珀酸的循环后和稳定性后XRPD扫描分别显示于图47A和47B。
从初级盐筛的XRPD结果，鉴定出初始的盐命中者(hit)，并在下面显示于表54。
表54. 来自XRPD的初始盐命中者
1 于IPA/水(10%)中制备的硫酸盐
2 于丙酮/水(10%)中制备的甲苯磺酸盐
3 于THF/水(10%)中制备的萘-2-磺酸盐
4 于1,4-二噁烷/水(10%)中制备的草酸盐
5 从THF/水蒸发制备的草酸盐
6 于丙酮/水(10%)中制备的磷酸盐
7 于IPA/水(10%)中制备的磷酸盐
8 于IPA/水(10%)中制备的酒石酸盐
9 于THF/水中制备的富马酸盐
使用TG/DTA对每种盐进行热分析以鉴定可能的盐形式。九个初始命中者中的八个被确定为溶剂化物或水合物。获得了以下结果。
● 硫酸盐(IPA/水(10%))：从加热开始观察到重量损失。没有观察到明显的热转变。在约257℃观察到热降解。硫酸盐的TG/DTA扫描显示于图48。
● 甲苯磺酸盐(丙酮/水(10%))：从加热开始观察到约6%的重量损失，随后观察到由于溶剂损失导致的3%的第二次重量损失。从约28℃开始观察到一个宽的吸热，随后是从约158℃开始的一个宽的放热。从约192℃观察到热降解。甲苯磺酸盐的TG/DTA扫描显示于图49。
● 萘-2-磺酸盐(THF/水(10%))：从加热开始观察到重量损失。没有观察到明显的热转变。萘-2-磺酸盐的TG/DTA扫描显示于图50。
● 草酸盐(1,4-二噁烷/水(10%))：从加热开始观察到约0.6 %的重量损失。从194℃开始观察到一个宽的吸热，随后是热降解。草酸盐的TG/DTA扫描显示于图51。
● 草酸盐(从THF/水蒸发)：从约31℃开始观察到一个宽的吸热，相应的重量损失为约6.2%。从约100℃开始观察到一个宽的吸热，相应的重量损失为约1.6%。从约150℃观察到热降解。DSC分析显示从约27℃开始的一个宽的吸热。草酸盐的TG/DTA扫描显示于图52。
● 磷酸盐(丙酮/水(10%))：从加热开始观察到约3%的重量损失。磷酸盐的TG/DTA扫描显示于图53。
● 磷酸盐(IPA/水(10%))：从加热开始观察到约2.5%的重量损失。从约162℃开始观察到一个小的吸热。在200℃后观察到热降解。磷酸盐的TG/DTA扫描显示于图54。
● 酒石酸盐(IPA/水(10%))：从加热开始观察到约3.7 %的重量损失。从约173℃开始观察到一个小的吸热，随后是热降解。酒石酸盐的TG/DTA扫描显示于图55。
● 富马酸盐(THF/水)：从128℃开始观察到5.2%的重量损失，这对应于在相同温度下的一个小的吸热。从约190℃开始观察到第二次小的吸热，相应的重量损失为2.2%。从202℃开始观察到一个尖锐的熔化吸热，这与形式2(游离碱)的熔化有关。富马酸盐的TG/DTA扫描显示于图56。
D. 次级盐筛
将在初级盐筛期间在IPA/水(10%)中制备的磷酸盐按比例放大并进一步表征。按比例放大程序如下。将300 mg的式II的化合物悬浮于3 mL的IPA/水(10%)(10 mL/g)中，然后加入1.0当量的1M磷酸储备溶液。摇动混合物，并在40℃下以4小时增量加热循环过夜。过滤得到的固体并用IPA洗涤。
通过XRPD和PLM，按比例放大的磷酸盐物质似乎为结晶的。磷酸盐的XRPD峰显示于下表55和图23A中。衍射图与初筛期间获得的数据一致。热分析确定熔点约为167℃(图23C)。从加热开始观察到约1.3%的重量损失。从约167℃开始观察到约1.2%的第二次重量损失。通过GVS该物质似乎为高度吸湿的(图23D和23E)，重量增加约14%，但在GVS分析后未观察到形式或结晶度的变化。在1H NMR谱中观察到一个宽的水峰，表明形成了盐(图23F)。通过HPLC确定该盐的纯度为97.7%。CAD分析确定该盐的比例为1.4：1，PO4：游离碱。
表55. 磷酸盐的XRPD峰
位置 [°2θ] 左FWHM [°2θ] 面积 [cts*°2θ] d-间距 [Å] 高度 [cts] 相对强度 [%]
3.61 0.10 151.75 24.51 1503.25 100.00
6.20 0.15 87.25 14.26 576.19 38.33
7.19 0.15 57.90 12.30 382.36 25.44
8.91 0.15 35.23 9.93 232.63 15.48
9.54 0.10 40.79 9.27 404.11 26.88
10.31 0.15 69.31 8.58 457.72 30.45
12.50 0.10 41.74 7.08 413.47 27.51
13.00 0.15 39.81 6.81 262.90 17.49
14.61 0.10 44.88 6.06 444.57 29.57
15.12 0.10 35.26 5.86 349.27 23.23
15.89 0.15 133.60 5.58 882.27 58.69
16.72 0.10 101.45 5.30 1004.92 66.85
17.84 0.10 92.25 4.97 913.84 60.79
18.22 0.10 108.09 4.87 1070.70 71.23
19.13 0.10 48.49 4.64 480.33 31.95
20.28 0.13 108.57 4.38 860.39 57.24
20.92 0.10 56.42 4.25 558.88 37.18
22.15 0.18 82.62 4.01 467.65 31.11
23.05 0.10 39.45 3.86 390.79 26.00
23.88 0.10 41.78 3.73 413.88 27.53
24.21 0.13 39.71 3.68 314.69 20.93
24.61 0.15 30.06 3.62 198.52 13.21
25.10 0.13 37.82 3.55 299.73 19.94
25.52 0.13 75.71 3.49 599.97 39.91
27.04 0.10 26.96 3.30 267.03 17.76
27.30 0.26 78.12 3.27 309.55 20.59
28.52 0.18 61.69 3.13 349.18 23.23
29.21 0.15 16.56 3.06 109.36 7.28
30.07 0.20 21.19 2.97 104.97 6.98
31.22 0.15 18.15 2.87 119.87 7.97
34.03 0.20 8.71 2.63 43.12 2.87
将磷酸盐形式的多个部分称出到3个玻璃小瓶中，用于盐稳定性研究。每个小瓶在以下任一条件下储存7天：1)环境温度和光照；40℃和75%RG；或3)80℃。7天后，通过XRPD分析每个样品以确定结晶度和形式。该物质在应力条件下似乎是稳定的，在任何测试条件下进行7天稳定性测试后，均未观察到形式或结晶度的变化。发现在RT下储存的物质的纯度为98.03%。发现在40℃/75%RH下储存的物质的纯度为97.44%。发现在80℃下储存的物质的纯度为64.96%。鉴定出一种主要杂质，最可能是降解物。
在pH 1、pH 4.5和pH 6.8下研究了磷酸盐的热力学溶解度。研究热力学溶解度的程序如下。将约10 mg的磷酸盐称量到2 mL玻璃小瓶中。向小瓶中加入2 mL期望的缓冲溶液，并将所得浆料在RT下搅拌过夜。将每种溶液离心并收集观察到的固体。收集的固体量不足以分析来自pH 1和pH 4.5缓冲液的磷酸盐。通过XRPD分析了来自pH 6.8缓冲液的磷酸盐并显示为形式1。通过HPLC分析来自每个实验的母液，以确定每种盐在每个pH值下的溶解度。结果显示在下表56中。
表56. 热力学溶解度
Figure DEST_PATH_IMAGE084
。
实施例 5：式II的化合物的多晶形物筛选
A. 仪器和分析方法
实施例 5中所述多晶形物筛选中使用的仪器和分析方法如上面的实施例 4中所述。
B. 溶剂溶解度筛选
如下在32种溶剂系统中进行溶剂溶解度筛选。将约10mg的式II的化合物放入32个小瓶中的每一个中并将适当溶剂系统的5体积等分试样加入到适当的小瓶中。在每次加入之间，检查混合物的溶解。如果没有明显的溶解，则将混合物加热到约40℃并再次检查。继续该程序，直到观察到溶解或直到已加入100体积的溶剂为止。将来自溶解度筛选的未溶解的物质分离，并通过XRPD分析。下表57显示了溶剂系统和式II的化合物在每种测试的溶剂系统中的近似溶解度，其中(P)表示在100体积下的有限溶解度。
表57. 溶解度筛选溶剂列表
溶剂 近似溶解度 (mg/mL)
1 1,4-二噁烷 <5 (P)
2 1-丁醇 <5
3 1-丙醇 <5
4 丙酮 <5
5 丙酮：水(50%) <5
6 苯甲醚 <5 (P)
7 CHCl<sub>3</sub> <5 (P)
8 环己烷 <5
9 环己酮 <5 (P)
10 DCM <5 (P)
11 叔丁基甲基醚 N/A
12 DMSO 41
13 乙醇 <5
14 EtOAc <5
15 庚烷 N/A
16 IPA <5
17 乙酸异丙酯 N/A
18 异丙基醚 N/A
19 MeCN N/A
20 MeCN：水(20%) 5
21 MEK <5
22 MeOAc <5
23 MeOH N/A
24 2-乙氧基乙醇 <5 (P)
25 2-甲基THF <5 (P)
26 MIBK <5
27 硝基甲烷 <5 (P)
28 NMP 17
29 THF <5 (P)
30 THF：水(1%) 48
31 甲苯 N/A
32 水 <5
发现该物质在大多数研究的溶剂系统中具有低溶解度，并且仅在3种溶剂系统(DMSO、NMP和THF/水(1%))中观察到中等溶解度。
过滤观察到的固体并通过XRPD分析以确定形式和结晶度。结果显示在下表58中。图57显示了观察到的固体的XRPD扫描。
表58. 观察到的固体的XRPD结果
溶剂 形式
1 1,4-二噁烷 不足的固体
2 1-丁醇 形式7
3 1-丙醇 形式8
4 丙酮 无定形
5 丙酮：水(50%) 无定形
6 苯甲醚 不足的固体
7 CHCl<sub>3</sub> 形式1/形式13
8 环己烷 形式1
9 环己酮 不足的固体
10 DCM 不足的固体
11 叔丁基甲基醚 形式1
12 DMSO 无定形
13 乙醇 形式8
14 EtOAc 弱衍射
15 庚烷 形式1
16 IPA 形式2
17 乙酸异丙酯 形式1
18 异丙基醚 形式1
19 MeCN 形式1
20 MeCN：水(20%) 形式2/形式13
21 MEK 不足的固体
22 MeOAc 形式7
23 MeOH 形式1
24 2-乙氧基乙醇 不足的固体
25 2-甲基THF 形式7
26 MIBK 形式1
27 硝基甲烷 形式1
28 NMP 不足的固体
29 THF 形式13
30 THF：水(1%) 形式8
31 甲苯 形式1
32 水 形式2/形式13
C. 初级多晶形物筛选
使用下表59中所示的使用从上述溶剂溶解度筛选中的数据选择的溶剂系统进行初级多晶形物筛选。
表59. 初级多晶形物筛选溶剂列表
溶剂
1 丙酮
2 丙酮/水(50%)
3 苯甲醚
4 1-丁醇
5 2-丁酮
6 氯仿
7 环己烷
8 环己酮
9 二氯甲烷
10 1,4-二噁烷
11 乙醇
12 乙酸乙酯
13 二甲基亚砜
14 MeCN/水(20%)
15 乙酸甲酯
16 2-乙氧基乙醇
17 硝基甲烷
18 甲基异丁基酮
19 2-甲基THF
20 2-丙醇
21 1-丙醇
22 四氢呋喃
23 <i>N</i>-甲基吡咯烷酮
24 THF/水(1%)
25 水
1. 温度循环(成熟)实验
如下使用上面的表59中的溶剂系统制备用于温度循环(成熟)实验的浆料。将约40mg的式II的结晶化合物悬浮在适当的溶剂系统中。在任何发生溶解的情况下，都加入另外的物质，直到获得浆料为止。使所得浆料进行在40℃和RT之间的连续的4小时热-冷循环，持续72小时。
温度循环后，将每种混合物过滤，并通过XRPD (湿式)分析分离出的固体以确定结晶度和形式。然后将样品在40℃和75%RH下储存过夜，并通过XRPD再分析以确定形式或结晶度的任何变化。结果显示在下表60和图58A-58D中。
表60. 温度循环(成熟)实验
溶剂 观察结果 温度循环后 稳定性测试后
1,4-二噁烷 固体 弱衍射 形式1
1-丁醇 固体 弱衍射 形式1
1-丙醇 固体 形式8 形式1
丙酮 固体 弱衍射 形式1
丙酮：水(50%) 固体 形式1 形式1
苯甲醚 固体 形式1 形式1
CHCl<sub>3</sub> 固体 无定形 形式1
环己烷 固体 形式1 形式1
环己酮 固体 弱衍射 形式1
DCM 固体 无定形 形式1
DMSO 固体 形式1 形式1
乙醇 固体 弱衍射 形式1
EtOAc 固体 形式1 形式1
IPA 固体 形式8 形式1
MeCN：水(20%) 固体 弱衍射 形式1
MEK 固体 弱衍射 形式1
MeOAc 固体 弱衍射 形式1
2-乙氧基乙醇 固体 弱衍射 形式1
2-甲基THF 固体 弱衍射 形式1
MIBK 固体 形式1 形式1
硝基甲烷 固体 弱衍射 形式1
NMP 不足的固体 不足的固体 不足的固体
THF 固体 弱衍射 形式1
THF：水(1%) 固体 弱衍射 形式1/形式8
水 固体 形式1 形式1
将来自每个实验的上清液均等地分成3个小瓶，以进行蒸发、急冷和反溶剂加入实验(如下所述)。
2. 蒸发实验
对于蒸发实验，将来自含有式II的化合物的浆料的上清液的子样品转移到小瓶中。然后将小瓶开盖，并允许其在环境温度下蒸发。通过XRPD分析回收的任何物质，不进行事先干燥。结果显示在下表61和图59中。
表61. 蒸发实验
溶剂 固体 观察结果 形式
1,4-二噁烷 是 浅黄色固体 形式17
1-丁醇 否 N/A N/A
1-丙醇 否 N/A N/A
丙酮 是 白色固体 形式1/形式8
丙酮：水(50%) 是 白色针样晶体 N/A
苯甲醚 是 白色固体 N/A
CHCl<sub>3</sub> 是 黄色固体 形式1/形式8
环己烷 否 N/A N/A
环己酮 否 N/A N/A
DCM 是 白色固体 形式1
DMSO 是 白色固体 形式1
乙醇 是 白色固体 N/A
EtOAc 是 白色固体 无定形
IPA 否 N/A N/A
MeCN：水(20%) 是 白色针样晶体 形式1
MEK 是 白色固体 无定形
MeOAc 是 白色固体 形式1
2-乙氧基乙醇 是 白色固体 形式1
2-甲基THF 是 白色固体 N/A
MIBK 否 N/A N/A
硝基甲烷 是 浅黄色固体 形式1
NMP 否 N/A N/A
THF 是 黄色固体 形式1/形式8
THF：水(1%) 否 N/A N/A
水 否 N/A N/A
3. 急冷实验
急冷实验是在5℃和-20℃下进行的。将来自含式II的化合物的浆料的上清液的子样品转移到小瓶中，并在冷藏库中于5℃冷却。当(通过沉淀)获得足够的物质时，通过XRPD分析该物质，不进行事先干燥。对于未发生沉淀的样品，将样品转移到冷冻库中并在-20℃冷却。当获得足够的物质时，通过XRPD分析该物质，不进行事先干燥。在下面的表62和图60中显示了在5℃下进行的急冷实验的结果。10天后未在于-20℃下储存的样品中观察到固体。
表62. 急冷实验 (5℃)
溶剂 固体 温度 观察结果 形式
1,4-二噁烷 是 2℃ 白色固体 无定形
1-丁醇 否 N/A N/A N/A
1-丙醇 否 N/A N/A N/A
丙酮 是 2℃ 白色固体 形式1/形式8
丙酮：水(50%) 否 N/A
苯甲醚 是 2℃ 白色固体 形式18
CHCl<sub>3</sub> 否 N/A N/A N/A
环己烷 否 N/A N/A N/A
环己酮 是 2℃ 白色固体 无定形
DCM 是 2℃ 白色固体 N/A
DMSO N/A N/A N/A N/A
乙醇 否 N/A N/A N/A
EtOAc 是 2℃ 白色固体 无定形
IPA 否 N/A N/A N/A
MeCN：水(20%) 是 2℃ 白色针样晶体 形式1
MEK 是 2℃ 白色固体 无定形
MeOAc 是 2℃ 白色固体 无定形
2-乙氧基乙醇 是 2℃ 白色固体 无定形
2-甲基THF 否 N/A N/A N/A
MIBK 否 N/A N/A N/A
硝基甲烷 是 2℃ 白色针样晶体 无定形
NMP 否 N/A N/A N/A
THF 否 N/A N/A N/A
THF：水(1%) 否 N/A N/A N/A
水 否 N/A N/A N/A
4. 反溶剂加入实验
通过将来自含式II的化合物的浆料的上清液的子样品转移到小瓶中，并将反溶剂逐步加入到饱和溶液中来进行反溶剂加入实验。当获得足够的物质时，通过XRPD分析该物质，不进行事先干燥。在下表63中显示了在反溶剂加入实验中使用的溶剂。下表64和图61中显示了反溶剂加入实验的结果。
表63. 反溶剂加入实验溶剂和反溶剂
样品 溶剂 反溶剂
1 丙酮 MTBE
2 丙酮/水(50%) MTBE
3 苯甲醚 MTBE
4 1-丁醇 MTBE
5 2-丁酮 MTBE
6 氯仿 MTBE
7 环己烷 MTBE
8 环己酮 庚烷
9 二氯甲烷 MTBE
10 1,4-二噁烷 DIPE
11 乙醇 DIPE
12 乙酸乙酯 MTBE
13 二甲基亚砜 N/A
14 MeCN/水(20%) MTBE
15 乙酸甲酯 MTBE
16 2-乙氧基乙醇 水
17 硝基甲烷 MTBE
18 甲基异丁基酮 DIPE
19 2-甲基THF 水
20 2-丙醇 MTBE
21 1-丙醇 MTBE
22 四氢呋喃 MTBE
23 N-甲基吡咯烷酮 水
24 THF/水(1%) MTBE
25 水 MTBE
表64. 反溶剂加入实验
溶剂 反溶剂 反溶剂体积 固体 观察结果 形式
1,4-二噁烷 DIPE 0.5 是 白色固体 形式1
1-丁醇 MTBE 1 是 白色固体 N/A
1-丙醇 MTBE 1.5 否 N/A N/A
丙酮 MTBE 1 是 白色固体 形式1/形式8
丙酮：水(50%) MTBE 1 是 白色针样晶体 N/A
苯甲醚 水 1 是 白色固体 N/A
CHCl<sub>3</sub> MTBE 1.5 是 白色固体 形式1/形式8
环己烷 MTBE 1 否 N/A N/A
环己酮 庚烷 1 是 白色固体 无定形
DCM MTBE 1 是 白色固体 N/A
DMSO N/A N/A 否 N/A N/A
乙醇 DIPE 1 否 N/A N/A
EtOAc MTBE 1 否 N/A N/A
IPA MTBE 1 否 N/A N/A
MeCN：水(20%) MTBE 1 否 N/A N/A
MEK MTBE 1 是 白色固体 N/A
MeOAc MTBE 1 是 白色固体 无定形
2-乙氧基乙醇 水 1 是 白色固体 无定形
2-甲基THF 水 1 否 N/A N/A
MIBK DIPE 1 否 N/A N/A
硝基甲烷 MTBE 1 否 N/A N/A
NMP 水 1 是 黄色针样晶体 形式1
THF MTBE 1 是 白色固体 无定形
THF：水(1%) MTBE 1 否 N/A N/A
水 MTBE 1 否 N/A N/A
D. 次级多晶形物筛选
在初级多晶形物溶剂筛选期间鉴定出四种形式：形式1、形式2、形式7和形式8。每种形式以300 mg规模制备，并通过XRPD、TG/DTA、DSC、GVS(具有GVS后 XRPD)、1H NMR光谱、HPLC-UV和 PLM进行了全面表征。
还如下进行7天稳定性测试。将每种多晶形物形式的一部分称出到3个玻璃小瓶中。每个小瓶在以下任一条件下储存7天：1)环境温度和光照；40℃和75%RH；或3)80℃。7天后，通过XRPD分析每个样品以确定结晶度和形式。这些另外的研究表明，形式1是在多晶形物筛选期间鉴定出的式II的化合物的最稳定形式。确定形式2和7为式II的化合物的水合形式，其加热时脱水成形式1。形式8被鉴定为IPA溶剂化物，其加热时脱溶剂成形式1。尽管在40℃/75%RH下储存的形式8的样品似乎具有较高的无定形含量，但对于任何一个样品，在7天后都没有观察到外观变化，且对于任何一个样品，在7天后通过XRPD都没有观察到形式的变化。
1. 形式1
形式1是在多晶形物筛选期间鉴定出的式II的化合物的最稳定形式。如下以300mg规模制备形式1。将约500 mg的式II的化合物的游离碱称入20 mL的闪烁小瓶中。将乙酸乙酯(4 mL)加入到该小瓶中，并将所得浆料在40℃和室温之间进行温度循环72小时。过滤样品并将收集的物质在40℃在真空下干燥过夜。
该物质的干燥后XRPD(真空下40℃)似乎是形式1。形式1的XRPD峰显示于下表65和图19A中。该物质是结晶的。通过PLM观察到颗粒的高度双折射附聚物。通过DSC观察到从约190℃开始的一个小的吸热事件(图19B)。从约203℃开始观察到熔融转变。通过TG/DTA观察到从约190℃开始的一个小的吸热事件(图19C)，相应的重量损失为0.4%。从约204℃开始观察到熔融转变，相应的重量损失为0.2%。熔融转变后观察到降解。通过GVS该物质似乎为中等吸湿的(图19D和19E)，在90%RH时重量增加了2.6%。通过GVS分析后XRPD未观察到形式变化。通过1 H NMR观察到痕量的溶剂(图 19F)。获得的谱与所接收的物质(式II的化合物)的谱一致。
表65. 形式1的XRPD峰
位置 [°2θ] 左FWHM [°2θ] 面积 [cts*°2θ] d-间距 [Å] 高度 [cts] 相对强度 [%]
4.95 0.19 24.33 17.84 97.48 6.05
8.23 0.19 61.56 10.74 246.62 15.32
9.75 0.19 82.45 9.07 330.34 20.52
12.77 0.19 41.33 6.93 165.59 10.28
13.80 0.19 35.96 6.41 144.06 8.95
14.77 0.19 46.81 5.99 187.52 11.65
15.51 0.19 79.80 5.71 319.71 19.86
16.53 0.12 267.93 5.36 1610.16 100.00
17.11 0.19 44.95 5.18 180.08 11.18
17.82 0.12 93.39 4.97 561.24 34.86
18.86 0.16 220.48 4.70 1060.02 65.83
22.34 0.19 29.93 3.98 119.89 7.45
22.81 0.19 29.57 3.89 118.47 7.36
23.75 0.19 145.46 3.74 582.78 36.19
24.99 0.12 52.20 3.56 313.71 19.48
25.32 0.12 99.61 3.52 598.63 37.18
25.59 0.19 132.87 3.48 532.35 33.06
25.96 0.19 158.21 3.43 633.84 39.36
26.56 0.12 46.49 3.35 279.36 17.35
27.07 0.37 96.42 3.29 193.14 12.00
28.28 0.12 55.67 3.15 334.57 20.78
28.86 0.19 64.48 3.09 258.35 16.04
32.32 0.31 26.00 2.77 62.49 3.88
33.33 0.37 32.74 2.69 65.59 4.07
2. 形式2
将形式2与形式7分离，并认为形式2是式II的化合物的水合形式，其在加热时脱水成形式1。如下以300 mg规模制备形式2。将约500 mg的式II的化合物的游离碱称入20 mL的闪烁小瓶中。将乙醇/水(4 mL，10%)加入到小瓶中，并将所得浆料在40℃和室温之间进行温度循环72小时。过滤样品，并将收集的物质在滤床上干燥过夜。
(按比例放大的)浆料物质的XRPD分析与在初级盐筛中观察到的小规模物质不一致，衍射图与形式7的图一致。在该物质上进行的干燥(在滤床上)后的XRPD分析似乎为形式1。形式2的XRPD峰显示在下面的表66和图20A中。该物质是结晶的。通过PLM观察到颗粒的高度双折射附聚物。通过DSC观察到从约192℃开始的一个小的吸热事件(图20B)。从约204℃开始观察到形式1 的熔融转变。通过TG/DTA观察到从加热开始的0.7%的重量损失(图20C)。从约194℃开始观察到一个小的吸热事件，相应的重量损失为0.2%。从约205℃开始观察到形式1的固-固转变和熔融转变。熔融转变后观察到降解。通过GVS该物质似乎为中等吸湿的(图20D和20E)，在90%RH时重量增加了2%。通过GVS分析后的XRPD未观察到形式变化。通过1HNMR观察到痕量的溶剂(未显示)。获得的谱与所接收的物质(式II的化合物)的谱一致。
表66. 形式2的XRPD峰
位置 [°2θ] 左FWHM [°2θ] 面积 [cts*°2θ] d-间距 [Å] 高度 [cts] 相对强度 [%]
6.19 0.15 92.45 14.28 610.55 9.20
8.91 0.10 34.21 9.93 338.85 5.11
10.29 0.15 65.01 8.60 429.31 6.47
13.43 0.41 18.88 6.59 46.76 0.70
13.87 0.15 11.28 6.38 74.48 1.12
14.68 0.15 76.40 6.03 504.57 7.60
15.12 0.10 194.68 5.86 1928.53 29.06
15.87 0.15 16.00 5.58 105.68 1.59
16.50 0.15 76.75 5.37 506.86 7.64
16.79 0.10 39.53 5.28 391.55 5.90
17.14 0.10 28.80 5.17 285.27 4.30
17.42 0.13 43.66 5.09 346.03 5.21
17.82 0.10 669.86 4.98 6635.61 100.00
18.14 0.10 64.77 4.89 641.58 9.67
18.72 0.15 11.62 4.74 76.73 1.16
19.09 0.15 11.11 4.65 73.40 1.11
20.38 0.10 80.18 4.36 794.26 11.97
21.08 0.15 100.83 4.21 665.90 10.04
22.10 0.15 85.85 4.02 566.98 8.54
22.81 0.10 44.29 3.90 438.70 6.61
23.37 0.10 62.75 3.81 621.59 9.37
24.20 0.10 182.81 3.68 1810.90 27.29
24.61 0.10 61.83 3.62 612.45 9.23
25.00 0.13 45.50 3.56 360.61 5.43
25.48 0.10 27.06 3.50 268.10 4.04
26.14 0.10 10.42 3.41 103.22 1.56
27.21 0.10 49.21 3.28 487.46 7.35
27.40 0.10 29.76 3.26 294.85 4.44
27.97 0.13 22.74 3.19 180.20 2.72
29.03 0.15 32.60 3.08 215.30 3.24
29.36 0.13 49.11 3.04 389.19 5.87
29.63 0.13 56.71 3.01 449.38 6.77
29.98 0.13 44.37 2.98 351.62 5.30
30.50 0.10 13.45 2.93 133.23 2.01
31.20 0.10 58.94 2.87 583.89 8.80
31.66 0.10 19.31 2.83 191.32 2.88
32.22 0.13 43.31 2.78 343.20 5.17
32.61 0.20 9.60 2.75 47.53 0.72
34.09 0.13 20.42 2.63 161.81 2.44
34.46 0.10 25.96 2.60 257.14 3.88
3. 形式7
形式7被认为是式II的化合物的水合形式，其在加热时脱水成形式1。如下以300mg规模制备形式7。将约500mg的式II的化合物的游离碱称入20mL的闪烁小瓶中。向小瓶中加入4 mL 1,4-二噁烷/水(10%)，并将所得浆料在40℃和室温之间进行温度循环72小时。过滤样品，并将收集的物质在滤床上干燥过夜。
浆料物质的XRPD分析与在初级盐筛中鉴定的小规模物质一致。该物质的干燥(在滤床上)后的XRPD似乎是形式1。下表67和图21A中显示了形式7的XRPD峰。该物质是结晶的。通过PLM观察到颗粒的高度双折射附聚物。通过DSC观察到从约147℃开始的一个吸热(图21B)。从约196℃开始观察到一个小的吸热，与在形式1中观察到的转变有关。从约205℃开始观察到形式1的熔融转变。通过TG/DTA观察到从约147℃开始的一个吸热(图21C)，相应的重量损失为约7%，与溶剂的损失有关。重量损失等于约2当量的存在的水。从约196℃开始观察到一个小的吸热，与在形式1中观察到的转变有关。从约206℃开始观察到形式1的熔融转变。通过GVS该物质显示出轻微的吸湿性(图21D和21E)，在90%RH时重量增加了0.8%，通过GVS分析后的XRPD未观察到形式变化。通过1H NMR观察到痕量的溶剂 (图21F)。
表67. 形式7的XRPD峰
位置 [°2θ] 左FWHM [°2θ] 面积 [cts*°2θ] d-间距 [Å] 高度 [cts] 相对强度 [%]
4.88 0.15 124.64 18.10 823.10 14.40
6.19 0.15 19.85 14.28 131.10 2.29
8.59 0.15 142.39 10.30 940.35 16.45
9.87 0.15 176.65 8.96 1166.58 20.41
10.31 0.15 28.54 8.58 188.50 3.30
11.62 0.10 34.57 7.62 342.41 5.99
12.58 0.10 36.56 7.03 362.18 6.34
14.14 0.15 140.39 6.27 927.13 16.22
14.84 0.15 143.38 5.97 946.87 16.57
15.77 0.26 452.10 5.62 1791.38 31.34
16.58 0.15 865.48 5.35 5715.58 100.00
17.26 0.10 199.94 5.14 1980.57 34.65
18.04 0.10 290.40 4.92 2876.67 50.33
18.97 0.10 237.60 4.68 2353.62 41.18
19.34 0.15 399.14 4.59 2635.93 46.12
19.91 0.10 334.71 4.46 3315.58 58.01
21.35 0.10 180.69 4.16 1789.93 31.32
21.84 0.10 138.81 4.07 1375.00 24.06
23.34 0.10 258.86 3.81 2564.23 44.86
24.28 0.13 108.82 3.67 862.39 15.09
25.12 0.10 217.06 3.55 2150.16 37.62
25.73 0.10 158.86 3.46 1573.65 27.53
26.04 0.10 95.40 3.42 945.00 16.53
27.11 0.10 121.21 3.29 1200.73 21.01
27.51 0.15 243.26 3.24 1606.48 28.11
28.47 0.20 64.59 3.14 319.91 5.60
28.84 0.13 73.98 3.10 586.26 10.26
30.18 0.15 26.71 2.96 176.40 3.09
31.17 0.15 38.53 2.87 254.43 4.45
31.61 0.10 27.96 2.83 276.98 4.85
32.81 0.15 32.51 2.73 214.67 3.76
33.58 0.20 21.74 2.67 107.69 1.88
4. 形式8
形式8被鉴定为异丙醇(IPA)溶剂化物，其在加热时脱溶剂成形式1。如下以300 mg规模制备形式8。将约500 mg的式II的化合物的游离碱称量到20 mL闪烁小瓶中。将4 mLIPA加入到该小瓶中并将所得浆料在40℃和室温之间进行温度循环72小时。过滤样品并将收集的物质在40℃在真空下干燥过夜。
浆料物质的XRPD分析与在初级多晶形物和盐筛中观察到的小规模物质一致。该物质的干燥(40℃在真空下)后XRPD分析似乎是形式8。下表68和图22A显示了形式8的XRPD峰。该物质是结晶的。通过PLM观察到颗粒的高度双折射附聚物。通过DSC观察到从约168℃开始的一个吸热(图22B)。从约190℃开始观察到一个小的吸热，与在形式1中观察到的转变有关。从约203℃开始观察到形式1的熔融转变。通过TG/DTA观察到从约165℃开始的一个吸热(图22C)，相应的重量损失为约4%，与溶剂的损失有关。重量损失等于约0.5当量的样品中存在的IPA。从约191℃开始观察到一个小的吸热，与在形式1中观察到的转变有关。从约205℃开始观察到形式1的熔融转变。通过GVS该物质似乎为中等吸湿的(图22D和22E)，在90%RH时重量增加了2.6%。通过GVS分析后的XRPD观察到较高的无定形含量。通过1H NMR观察到0.5当量的IPA(图22F)。
表68. 形式8的XRPD峰
位置 [°2θ] 左FWHM [°2θ] 面积 [cts*°2θ] d-间距 [Å] 高度 [cts] 相对强度 [%]
6.19 0.15 92.45 14.28 610.55 9.20
8.91 0.10 34.21 9.93 338.85 5.11
10.29 0.15 65.01 8.60 429.31 6.47
13.43 0.41 18.88 6.59 46.76 0.70
13.87 0.15 11.28 6.38 74.48 1.12
14.68 0.15 76.40 6.03 504.57 7.60
15.12 0.10 194.68 5.86 1928.53 29.06
15.87 0.15 16.00 5.58 105.68 1.59
16.50 0.15 76.75 5.37 506.86 7.64
16.79 0.10 39.53 5.28 391.55 5.90
17.14 0.10 28.80 5.17 285.27 4.30
17.42 0.13 43.66 5.09 346.03 5.21
17.82 0.10 669.86 4.98 6635.61 100.00
18.14 0.10 64.77 4.89 641.58 9.67
18.72 0.15 11.62 4.74 76.73 1.16
19.09 0.15 11.11 4.65 73.40 1.11
20.38 0.10 80.18 4.36 794.26 11.97
21.08 0.15 100.83 4.21 665.90 10.04
22.10 0.15 85.85 4.02 566.98 8.54
22.81 0.10 44.29 3.90 438.70 6.61
23.37 0.10 62.75 3.81 621.59 9.37
24.20 0.10 182.81 3.68 1810.90 27.29
24.61 0.10 61.83 3.62 612.45 9.23
25.00 0.13 45.50 3.56 360.61 5.43
25.48 0.10 27.06 3.50 268.10 4.04
26.14 0.10 10.42 3.41 103.22 1.56
27.21 0.10 49.21 3.28 487.46 7.35
27.40 0.10 29.76 3.26 294.85 4.44
27.97 0.13 22.74 3.19 180.20 2.72
29.03 0.15 32.60 3.08 215.30 3.24
29.36 0.13 49.11 3.04 389.19 5.87
29.63 0.13 56.71 3.01 449.38 6.77
29.98 0.13 44.37 2.98 351.62 5.30
30.50 0.10 13.45 2.93 133.23 2.01
31.20 0.10 58.94 2.87 583.89 8.80
31.66 0.10 19.31 2.83 191.32 2.88
32.22 0.13 43.31 2.78 343.20 5.17
32.61 0.20 9.60 2.75 47.53 0.72
34.09 0.13 20.42 2.63 161.81 2.44
34.46 0.10 25.96 2.60 257.14 3.88
实施例 6：式III的化合物的多晶形物
通过XRPD、DSC和1H NMR分析如实施例2中所述制备的式III的化合物并鉴定为形式A。形式A的X射线粉末衍射扫描显示于图63A。形式A的X射线粉末衍射峰显示于表69。通过DSC观察到从约83℃开始的一个吸热事件(图63B)。
表69. 式III的化合物的形式A的XRPD峰
θ-2 强度 θ-2 强度
2.02 4930 13.42 3244
2.74 2840 14 1121
3.12 2219 14.5 1495
4.24 2468 15.24 3953
4.66 5782 15.86 2721
5.1 1247 16.68 1776
6.24 1061 17.3 9498
6.76 3997 17.72 1523
7.16 905 18.76 5838
7.74 827 19.2 9152
8.7 811 20.24 3605
9.22 1144 20.96 1217
9.34 1419 21.92 2319
9.72 815 22.1 1894
10.2 776 23.2 1306
10.56 755 23.86 5921
11.5 740 24.1 2517
11.86 715 25.24 1657
12.66 1246 25.48 2717
13.24 1713 25.7 1941
实施例 7：式IV的化合物的多晶形物
A. 初始表征
通过XRPD、DSC和1H NMR分析如实施例2中所述制备的式IV的化合物并鉴定为形式A。形式A的X射线粉末衍射扫描显示于图64A。形式A的X射线粉末衍射峰显示于表70。通过DSC观察到从约149℃开始的一个吸热事件(图64B)。
表70. 式IV的化合物的形式A 的XRPD峰
2-θ d(Å) 高度 H%
8.32 10.62 373.20 100.00
9.05 9.77 8.90 2.40
10.11 8.74 0.90 0.20
10.65 8.30 1.20 0.30
11.49 7.70 30.90 8.30
12.25 7.22 27.50 7.40
13.03 6.79 24.40 6.50
13.51 6.55 3.30 0.90
14.08 6.29 0.70 0.20
14.38 6.16 1.40 0.40
14.68 6.03 4.30 1.20
15.60 5.68 3.00 0.80
16.27 5.44 265.60 71.20
16.64 5.32 94.40 25.30
16.89 5.25 5.00 1.40
17.57 5.04 24.40 6.50
18.08 4.90 42.00 11.30
18.61 4.76 39.00 10.50
18.85 4.70 41.00 11.00
19.15 4.63 23.80 6.40
19.35 4.58 92.10 24.70
19.80 4.48 3.60 1.00
20.04 4.43 49.20 13.20
20.28 4.37 30.50 8.20
20.45 4.34 59.60 16.00
20.90 4.25 0.30 0.10
21.59 4.11 68.30 18.30
21.92 4.05 120.80 32.40
22.69 3.92 13.90 3.70
23.01 3.86 4.10 1.10
23.34 3.81 6.80 1.80
23.81 3.73 11.40 3.10
24.41 3.64 26.50 7.10
25.19 3.53 11.20 3.00
25.71 3.46 7.30 2.00
26.06 3.42 17.40 4.70
27.04 3.29 12.40 3.30
28.21 3.16 3.40 0.90
28.78 3.10 1.10 0.30
29.56 3.02 1.20 0.30
30.41 2.94 17.90 4.80
31.04 2.88 3.00 0.80
31.87 2.81 8.40 2.20
32.10 2.79 21.40 5.70
33.12 2.70 1.30 0.40
33.61 2.66 3.60 1.00
34.16 2.62 5.80 1.50
34.81 2.58 4.10 1.10
35.11 2.55 6.20 1.60
36.76 2.44 2.40 0.60
37.00 2.43 2.40 0.60
37.42 2.40 1.80 0.50
37.84 2.38 2.10 0.60
39.36 2.29 2.00 0.50
B. 溶解度筛选
在如表71中所示的不同溶剂混合物中测试了式IV的化合物(游离碱)的溶解度 。
表71. 式IV的化合物 (游离碱)在约25℃的溶解度
溶剂 mg/mL
丙酮 42.9
丙酮：水(1：1) 45.8
丙酮：庚烷(1：1) 6.1
丁醇 16.6
MTBE 5.5
乙醇 5.2
EtOH：水(1：1) 51
EtOH：水(90：10) 55
乙酸乙酯 21.0
庚烷 0.0
MEK 30.7
IPA 7.0
ACN 21.2
氯仿 >59
氯仿：庚烷(1：1) 11.7
DCM >70
p-二噁烷 >62
己烷 0.0
甲醇 >74
THF >37
THF：庚烷(30：70) 0.6
水 0.007
C. 多晶形物筛选
用扩展的结晶技术如冷却和溶剂/反溶剂沉淀进行进一步的多晶形物筛选。结果显示于表72。
表72. 式IV的化合物的多晶形物筛选
溶剂 结晶技术 XRPD结果
丙酮 在~25℃成浆~3天 形式A
丙酮/水 在RT蒸汽扩散 形式A
丙酮：水(1：1) 在~25℃成浆~3天 形式A
丙酮/庚烷 在RT蒸汽扩散 形式A
丙酮：庚烷(2：1) 在~55℃溶解API，缓慢地冷却至RT(未搅拌) 形式A
丙酮：庚烷(1：1) 在~25℃成浆~3天 形式A
CAN 在~25℃成浆~3天 形式A
2-丁醇 在~25℃成浆~3天 形式A
2-丁醇 在~5℃成浆~3天 形式A
氯仿 在RT缓慢蒸发 --
氯仿/庚烷 在RT蒸汽扩散 形式A
氯仿：庚烷(1：1) 在~25℃成浆~3天 形式A
DCM 在RT缓慢蒸发 --
p-二噁烷 在RT快速蒸发 --
EtOH 在~25℃成浆~3天 形式A
EtOH：水(1：1) 在~25℃成浆~3天 形式A
EtOH：水(90：10) 在~25℃成浆~3天 形式B
EtOAc 在~25℃成浆~3天 形式A
EtOAc 在~5℃成浆~3天 形式A
EtOAc 在~70℃溶解API，缓慢地冷却至RT 形式A
庚烷 在~25℃成浆~3天 形式A
己烷 在~25℃成浆~3天 形式A
IPA 在~25℃成浆~3天 形式A
IPA 在~70℃溶解API，缓慢地冷却至RT(未搅拌) 形式A
MeOH 在RT缓慢蒸发 --
MeOH/水 在RT蒸汽扩散，油 --
MEK 在~25℃成浆~3天，不足的固体 --
MTBE 在~25℃成浆~3天 形式A
THF 在RT缓慢蒸发 --
THF：庚烷(30：70) 在~25℃成浆~3天 形式A
THF：庚烷(1：4) 溶剂/反溶剂沉淀，观察到沉淀和出油，在RT搅拌 ~1天 形式A
THF：水(1：4) 溶剂/反溶剂沉淀，观察到沉淀和少量出油，在~5℃搅拌，油存留 --
THF/庚烷 在RT蒸汽扩散 形式A
水 在~25℃成浆~3天 形式A
形式B：如上表72所示，从在乙醇/水(90∶10)中的浆料中观察到新的XRPD图。此新图已指定为形式B。
通过在25℃下将包含形式A和1 mL的9：1 EtOH：H2O的组合物成浆~36小时，以~65mg的规模制备形式B。通过离心过滤(尼龙过滤器，台式微型离心机，8000 rpm，五分钟)分离固体，然后在具有氮气流的真空烘箱中在室温干燥过夜(〜18小时)，然后进行XRPD和DSC。
通过XRPD和DSC进一步分析形式B。XRPD数据显示于图65A和表73。形式B的DSC热谱图显示于图65B。通过DSC观察到从约162℃开始的一个吸热事件，比形式A高约12℃。式IV的化合物的多晶形物A和B的X射线粉末衍射扫描的叠加图显示于图66。
表73 式IV的化合物的形式B的XRPD峰
2-θ d(Å) 高度 H%
4.85 18.19 20.60 5.30
7.45 11.86 390.20 100.00
7.69 11.48 24.90 6.40
9.70 9.11 127.30 32.60
9.94 8.89 88.80 22.80
13.74 6.44 142.80 36.60
14.54 6.09 94.00 24.10
14.89 5.94 1.90 0.50
15.43 5.74 19.40 5.00
15.76 5.62 3.30 0.90
16.31 5.43 20.70 5.30
16.89 5.24 149.00 38.20
17.15 5.17 14.30 3.70
17.39 5.09 10.60 2.70
17.79 4.98 10.80 2.80
18.08 4.90 25.60 6.60
18.48 4.80 20.60 5.30
19.44 4.56 126.00 32.30
19.90 4.46 127.60 32.70
20.80 4.27 2.50 0.60
21.31 4.17 100.00 25.60
21.31 4.17 100.00 25.60
21.44 4.14 62.10 15.90
22.21 4.00 2.60 0.70
22.41 3.96 15.80 4.00
22.80 3.90 27.70 7.10
23.05 3.86 9.80 2.50
23.53 3.78 9.50 2.40
24.25 3.67 23.30 6.00
24.50 3.63 27.00 6.90
24.91 3.57 10.00 2.60
25.35 3.51 3.80 1.00
25.71 3.46 0.90 0.20
26.31 3.39 15.70 4.00
26.74 3.33 2.60 0.70
26.94 3.31 4.20 1.10
27.39 3.25 31.00 7.90
28.24 3.16 13.10 3.40
28.92 3.08 9.20 2.40
29.56 3.02 0.70 0.20
30.04 2.97 3.70 0.90
31.12 2.87 2.10 0.50
31.76 2.82 5.70 1.50
31.99 2.80 2.10 0.50
32.27 2.77 1.00 0.30
32.98 2.71 2.80 0.70
33.61 2.66 10.20 2.60
34.19 2.62 2.00 0.50
34.68 2.58 1.20 0.30
35.11 2.55 1.70 0.40
35.66 2.52 1.70 0.40
35.84 2.50 2.80 0.70
36.32 2.47 1.30 0.30
38.05 2.36 2.90 0.70
39.00 2.31 1.80 0.50
39.21 2.30 3.00 0.80
实施例 8：RET酶测定
使用CisBio的HTRF® KinEASE™-TK测定技术筛选式I-IV的化合物抑制野生型和V804M突变型RET激酶的能力。简而言之，将来自Eurofins的N末端GST标记的重组人RET胞质结构域(aa 658-末端)(0.25 nM RET；目录号14-570M)或来自Millipore的N末端GST标记的重组人V804M突变型RET胞质结构域(aa 658-末端)(0.25 nM酶；目录号14-760)与250 nMTK底物生物素(CisBio，目录号62TK0PEC的一部分)和1 mM ATP以及测试化合物在由25 mMHEPES pH 7.4、10 mM MgCl2、0.01%Triton X-100和2%DMSO组成的体积为8 µL的缓冲液中温育。典型地在DMSO中以三倍连续稀释制备化合物，并将其加入到测定中以得到适当的最终浓度。在22℃下温育30分钟后，通过加入8 µL的淬灭溶液(含有在HTRF检测缓冲液中的31.25 nM Sa-XL665和1X TK-ab-穴状化合物(均来自CisBio，目录号62TK0PEC的一部分))来淬灭反应。在22℃下温育1小时后，使用PerkinElmer EnVision多模式读板仪通过HTRF双波长检测确定反应程度，并使用比率发射因子计算对照百分比(POC)。使用未测试化合物确定100 POC并使用预先淬灭的对照反应确定0 POC。将POC值拟合为4参数对数曲线，并将IC50定义为拟合曲线上POC等于50时的抑制剂浓度。发现式I的化合物分别具有4.5 nM和18.9nM的抑制野生型RET酶和V804M突变型RET激酶的IC50值。发现式II的化合物分别具有14.0nM和24.1 nM的抑制野生型RET酶和V804M突变型RET激酶的IC50值。发现式III的化合物分别具有29.9 nM 和59.0 nM的抑制野生型RET酶和V804M突变型RET激酶的IC50值。发现式IV的化合物分别具有17.0 nM和121.7 nM的抑制野生型RET酶和V804M突变型RET激酶的IC50值。
实施例 9：RET 细胞测定
在表达Kif5b-RET融合蛋白的HEK-293细胞中确定了化合物抑制RET激酶的细胞效力。简而言之，在测定前一天，将表达Kif5b-RET融合蛋白的HEK-293细胞以50K细胞/孔铺板于96孔聚-D-赖氨酸包被的板中。将细胞与测试化合物在DMEM (Dulbecco氏改良伊格尔培养基)中温育1小时，最终DMSO浓度为0.5%。典型地在DMSO中以三倍连续稀释制备式I-IV的化合物，并将其加入到测定中以得到适当的最终浓度。1小时后，除去培养基，将细胞用3.8%甲醛固定20 min，用PBS洗涤，并用100%甲醇渗透10 min。然后将板用PBS-0.05%Tween20洗涤，并用LI-COR封闭溶液(LI-COR目录号927-40000)封闭1小时。将板用PBS-0.05%Tween20洗涤，然后与抗-phospho-RET(Tyr1062)(Santa Cruz目录号sc-20252-R)抗体和抗-GAPDH(Millipore目录号MAB374)抗体温育2小时。将板用PBS-0.05%Tween20洗涤，并与抗-兔680(Molecular Probes目录号A21109)和抗-小鼠800(LI-COR目录号926-32210)二抗温育1小时。将所有抗体在含有0.05%Tween的LI-COR Block中稀释。将板用PBS-0.05%Tween20洗涤，向每个孔中加入100μL PBS，并在LI-COR Aerius荧光读板仪上读取板。将phospho-RET信号归一化为GAPDH信号。使用未测试化合物确定100 POC(对照百分比)并使用1 µM对照抑制剂确定0 POC。将POC值拟合至4参数对数曲线。IC50值是曲线跨越50 POC时的点。发现式I的化合物具有4.0 nM的抑制表达Kif5b-RET融合蛋白的HEK-293细胞中的RET激酶的IC50值。发现式II的化合物具有4.2 nM的抑制表达Kif5b-RET融合蛋白的HEK-293细胞中的RET激酶的IC50值。发现式III的化合物具有10.9 nM的抑制表达Kif5b-RET融合蛋白的HEK-293细胞中的RET激酶的IC50值。发现式IV的化合物具有16.5 nM的抑制表达Kif5b-RET融合蛋白的HEK-293细胞中的RET激酶的IC50值。
序列表
<110> Array BioPharma Inc.
<120> 结晶形式
<130> 40449-0074WO1
<150> 62/570,573
<151> 2017-10-10
<150> 62/643,950
<151> 2018-03-16
<150> 62/656,668
<151> 2018-04-12
<150> 62/669,288
<151> 2018-05-09
<150> 62/712,707
<151> 2018-07-31
<150> 62/676,417
<151> 2018-05-25
<160> 1
<170> PatentIn第3.5版
<210> 1
<211> 1114
<212> PRT
<213> 智人
<400> 1
Met Ala Lys Ala Thr Ser Gly Ala Ala Gly Leu Arg Leu Leu Leu Leu
1 5 10 15
Leu Leu Leu Pro Leu Leu Gly Lys Val Ala Leu Gly Leu Tyr Phe Ser
20 25 30
Arg Asp Ala Tyr Trp Glu Lys Leu Tyr Val Asp Gln Ala Ala Gly Thr
35 40 45
Pro Leu Leu Tyr Val His Ala Leu Arg Asp Ala Pro Glu Glu Val Pro
50 55 60
Ser Phe Arg Leu Gly Gln His Leu Tyr Gly Thr Tyr Arg Thr Arg Leu
65 70 75 80
His Glu Asn Asn Trp Ile Cys Ile Gln Glu Asp Thr Gly Leu Leu Tyr
85 90 95
Leu Asn Arg Ser Leu Asp His Ser Ser Trp Glu Lys Leu Ser Val Arg
100 105 110
Asn Arg Gly Phe Pro Leu Leu Thr Val Tyr Leu Lys Val Phe Leu Ser
115 120 125
Pro Thr Ser Leu Arg Glu Gly Glu Cys Gln Trp Pro Gly Cys Ala Arg
130 135 140
Val Tyr Phe Ser Phe Phe Asn Thr Ser Phe Pro Ala Cys Ser Ser Leu
145 150 155 160
Lys Pro Arg Glu Leu Cys Phe Pro Glu Thr Arg Pro Ser Phe Arg Ile
165 170 175
Arg Glu Asn Arg Pro Pro Gly Thr Phe His Gln Phe Arg Leu Leu Pro
180 185 190
Val Gln Phe Leu Cys Pro Asn Ile Ser Val Ala Tyr Arg Leu Leu Glu
195 200 205
Gly Glu Gly Leu Pro Phe Arg Cys Ala Pro Asp Ser Leu Glu Val Ser
210 215 220
Thr Arg Trp Ala Leu Asp Arg Glu Gln Arg Glu Lys Tyr Glu Leu Val
225 230 235 240
Ala Val Cys Thr Val His Ala Gly Ala Arg Glu Glu Val Val Met Val
245 250 255
Pro Phe Pro Val Thr Val Tyr Asp Glu Asp Asp Ser Ala Pro Thr Phe
260 265 270
Pro Ala Gly Val Asp Thr Ala Ser Ala Val Val Glu Phe Lys Arg Lys
275 280 285
Glu Asp Thr Val Val Ala Thr Leu Arg Val Phe Asp Ala Asp Val Val
290 295 300
Pro Ala Ser Gly Glu Leu Val Arg Arg Tyr Thr Ser Thr Leu Leu Pro
305 310 315 320
Gly Asp Thr Trp Ala Gln Gln Thr Phe Arg Val Glu His Trp Pro Asn
325 330 335
Glu Thr Ser Val Gln Ala Asn Gly Ser Phe Val Arg Ala Thr Val His
340 345 350
Asp Tyr Arg Leu Val Leu Asn Arg Asn Leu Ser Ile Ser Glu Asn Arg
355 360 365
Thr Met Gln Leu Ala Val Leu Val Asn Asp Ser Asp Phe Gln Gly Pro
370 375 380
Gly Ala Gly Val Leu Leu Leu His Phe Asn Val Ser Val Leu Pro Val
385 390 395 400
Ser Leu His Leu Pro Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Val Ser Arg Arg Ala
405 410 415
Arg Arg Phe Ala Gln Ile Gly Lys Val Cys Val Glu Asn Cys Gln Ala
420 425 430
Phe Ser Gly Ile Asn Val Gln Tyr Lys Leu His Ser Ser Gly Ala Asn
435 440 445
Cys Ser Thr Leu Gly Val Val Thr Ser Ala Glu Asp Thr Ser Gly Ile
450 455 460
Leu Phe Val Asn Asp Thr Lys Ala Leu Arg Arg Pro Lys Cys Ala Glu
465 470 475 480
Leu His Tyr Met Val Val Ala Thr Asp Gln Gln Thr Ser Arg Gln Ala
485 490 495
Gln Ala Gln Leu Leu Val Thr Val Glu Gly Ser Tyr Val Ala Glu Glu
500 505 510
Ala Gly Cys Pro Leu Ser Cys Ala Val Ser Lys Arg Arg Leu Glu Cys
515 520 525
Glu Glu Cys Gly Gly Leu Gly Ser Pro Thr Gly Arg Cys Glu Trp Arg
530 535 540
Gln Gly Asp Gly Lys Gly Ile Thr Arg Asn Phe Ser Thr Cys Ser Pro
545 550 555 560
Ser Thr Lys Thr Cys Pro Asp Gly His Cys Asp Val Val Glu Thr Gln
565 570 575
Asp Ile Asn Ile Cys Pro Gln Asp Cys Leu Arg Gly Ser Ile Val Gly
580 585 590
Gly His Glu Pro Gly Glu Pro Arg Gly Ile Lys Ala Gly Tyr Gly Thr
595 600 605
Cys Asn Cys Phe Pro Glu Glu Glu Lys Cys Phe Cys Glu Pro Glu Asp
610 615 620
Ile Gln Asp Pro Leu Cys Asp Glu Leu Cys Arg Thr Val Ile Ala Ala
625 630 635 640
Ala Val Leu Phe Ser Phe Ile Val Ser Val Leu Leu Ser Ala Phe Cys
645 650 655
Ile His Cys Tyr His Lys Phe Ala His Lys Pro Pro Ile Ser Ser Ala
660 665 670
Glu Met Thr Phe Arg Arg Pro Ala Gln Ala Phe Pro Val Ser Tyr Ser
675 680 685
Ser Ser Gly Ala Arg Arg Pro Ser Leu Asp Ser Met Glu Asn Gln Val
690 695 700
Ser Val Asp Ala Phe Lys Ile Leu Glu Asp Pro Lys Trp Glu Phe Pro
705 710 715 720
Arg Lys Asn Leu Val Leu Gly Lys Thr Leu Gly Glu Gly Glu Phe Gly
725 730 735
Lys Val Val Lys Ala Thr Ala Phe His Leu Lys Gly Arg Ala Gly Tyr
740 745 750
Thr Thr Val Ala Val Lys Met Leu Lys Glu Asn Ala Ser Pro Ser Glu
755 760 765
Leu Arg Asp Leu Leu Ser Glu Phe Asn Val Leu Lys Gln Val Asn His
770 775 780
Pro His Val Ile Lys Leu Tyr Gly Ala Cys Ser Gln Asp Gly Pro Leu
785 790 795 800
Leu Leu Ile Val Glu Tyr Ala Lys Tyr Gly Ser Leu Arg Gly Phe Leu
805 810 815
Arg Glu Ser Arg Lys Val Gly Pro Gly Tyr Leu Gly Ser Gly Gly Ser
820 825 830
Arg Asn Ser Ser Ser Leu Asp His Pro Asp Glu Arg Ala Leu Thr Met
835 840 845
Gly Asp Leu Ile Ser Phe Ala Trp Gln Ile Ser Gln Gly Met Gln Tyr
850 855 860
Leu Ala Glu Met Lys Leu Val His Arg Asp Leu Ala Ala Arg Asn Ile
865 870 875 880
Leu Val Ala Glu Gly Arg Lys Met Lys Ile Ser Asp Phe Gly Leu Ser
885 890 895
Arg Asp Val Tyr Glu Glu Asp Ser Tyr Val Lys Arg Ser Gln Gly Arg
900 905 910
Ile Pro Val Lys Trp Met Ala Ile Glu Ser Leu Phe Asp His Ile Tyr
915 920 925
Thr Thr Gln Ser Asp Val Trp Ser Phe Gly Val Leu Leu Trp Glu Ile
930 935 940
Val Thr Leu Gly Gly Asn Pro Tyr Pro Gly Ile Pro Pro Glu Arg Leu
945 950 955 960
Phe Asn Leu Leu Lys Thr Gly His Arg Met Glu Arg Pro Asp Asn Cys
965 970 975
Ser Glu Glu Met Tyr Arg Leu Met Leu Gln Cys Trp Lys Gln Glu Pro
980 985 990
Asp Lys Arg Pro Val Phe Ala Asp Ile Ser Lys Asp Leu Glu Lys Met
995 1000 1005
Met Val Lys Arg Arg Asp Tyr Leu Asp Leu Ala Ala Ser Thr Pro
1010 1015 1020
Ser Asp Ser Leu Ile Tyr Asp Asp Gly Leu Ser Glu Glu Glu Thr
1025 1030 1035
Pro Leu Val Asp Cys Asn Asn Ala Pro Leu Pro Arg Ala Leu Pro
1040 1045 1050
Ser Thr Trp Ile Glu Asn Lys Leu Tyr Gly Met Ser Asp Pro Asn
1055 1060 1065
Trp Pro Gly Glu Ser Pro Val Pro Leu Thr Arg Ala Asp Gly Thr
1070 1075 1080
Asn Thr Gly Phe Pro Arg Tyr Pro Asn Asp Ser Val Tyr Ala Asn
1085 1090 1095
Trp Met Leu Ser Pro Ser Ala Ala Lys Leu Met Asp Thr Phe Asp
1100 1105 1110
Ser

Claims (10)

1.具有下式的式II的化合物的结晶形式
Figure FDA0003769995430000011
其中所述结晶形式选自形式1、形式2、形式7和形式8，其中
形式1的特征在于具有X射线粉末衍射图，所述X射线粉末衍射图包含在以下°2θ值处的峰：
16.5±0.2、17.8±0.2、18.9±0.2、23.8±0.2、25.3±0.2、25.6±0.2、26.0±0.2和28.3±0.2；
形式2的特征在于具有X射线粉末衍射图，所述X射线粉末衍射图包含在以下°2θ值处的峰：
15.1±0.2、17.8±0.2、18.1±0.2、20.4±0.2、21.1±0.2、23.4±0.2、24.2±0.2和24.6±0.2；
形式7的特征在于具有X射线粉末衍射图，所述X射线粉末衍射图包含在以下°2θ值处的峰：
16.6±0.2、17.3±0.2、18.0±0.2、19.0±0.2、19.3±0.2、19.9±0.2、23.3±0.2和25.1±0.2；
形式8的特征在于具有X射线粉末衍射图，所述X射线粉末衍射图包含在以下°2θ值处的峰：
15.1±0.2、17.8±0.2、18.1±0.2、20.4±0.2、21.1±0.2、23.4±0.2、24.2±0.2和24.6±0.2。
2.权利要求1的结晶形式，其中所述结晶形式为形式1，其特征在于具有X射线粉末衍射图，所述X射线粉末衍射图包含在以下°2θ值处的峰：
9.8±0.2、16.5±0.2、17.8±0.2、18.9±0.2、23.8±0.2、25.0±0.2、25.3±0.2、25.6±0.2、26.0±0.2和28.3±0.2。
3.固体口服药物组合物，其包含药学上可接受的载体和根据权利要求1的结晶形式。
4.权利要求1的结晶形式，其中所述结晶形式为形式2，其特征在于具有X射线粉末衍射图，所述X射线粉末衍射图包含在以下°2θ值处的峰：
6.2±0.2、15.1±0.2、17.8±0.2、18.1±0.2、20.4±0.2、21.1±0.2、23.4±0.2、24.2±0.2、24.6±0.2和31.2±0.2。
5.权利要求1的结晶形式，其中所述结晶形式为形式7，其特征在于具有X射线粉末衍射图，所述X射线粉末衍射图包含在以下°2θ值处的峰：
15.8±0.2、16.6±0.2、17.3±0.2、18.0±0.2、19.0±0.2、19.3±0.2、19.91±0.2、21.4±0.2、23.3±0.2和25.1±0.2。
6.权利要求1的结晶形式，其中所述结晶形式为异丙醇溶剂化物形式8，其特征在于具有X射线粉末衍射图，所述X射线粉末衍射图包含在以下°2θ值处的峰：
6.2±0.2、15.1±0.2、17.8±0.2、18.1±0.2、20.4±0.2、21.1±0.2、23.4±0.2、24.2±0.2、24.6±0.2和31.2±0.2。
7.权利要求3的药物组合物，其中所述式II的化合物的结晶形式为形式1并且所述组合物含有少于15重量％的化合物的其它形式。
8.权利要求3的药物组合物，其中所述式II的化合物的结晶形式为形式2并且所述组合物含有少于15重量％的化合物的其它形式。
9.权利要求3的药物组合物，其中所述式II的化合物的结晶形式为形式7并且所述组合物含有少于15重量％的化合物的其它形式。
10.权利要求3的药物组合物，其中所述式II的化合物的结晶形式为形式8并且所述组合物含有少于15重量％的化合物的其它形式。
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