CN110678183A - 包含toll样受体激动剂的抗体缀合物以及组合疗法 - Google Patents

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Abstract

本文提供了包含toll样受体激动剂的抗体缀合物，以及此类缀合物用于治疗癌症的用途。在一些实施例中，所述缀合物包含抗HER2抗体。在一些实施例中，可以将所述缀合物与第二治疗剂组合使用。

Description

包含TOLL样受体激动剂的抗体缀合物以及组合疗法
相关申请的交叉引用
本申请要求于2017年4月28日提交的美国临时申请号62/491425的优先权权益，所述临时申请通过引用以其全文并入本文中。
序列表
本申请包含序列表，所述序列表已以ASCII格式电子提交，并通过引用整体并入本文。所述ASCII副本创建于2018年4月12日，名称为PAT057717-WO-PCT_SL.txt，并且大小为285,849字节。
技术领域
本发明提供了包含toll样受体激动剂的抗体缀合物(任选地与第二治疗剂组合)在治疗癌症中的用途。
背景技术
先天性免疫是快速的非特异性免疫应答，可抵抗环境侵害，包括但不限于病原体(例如细菌或病毒)。适应性免疫是较慢但更具特异性的免疫应答，赋予宿主长期或保护性免疫，并涉及初始T淋巴细胞分化和激活为CD4+T辅助细胞和/或CD8+细胞毒性T细胞，从而促进细胞和体液免疫。先天性免疫系统的抗原呈递细胞(例如，树突细胞或巨噬细胞)，通过吞噬和处理外来抗原并且在细胞表面上呈递它们给T细胞由此激活T细胞应答，从而作为在先天性和适应性免疫系统之间的关键环节。
Toll样受体(TLR)是模式识别受体(PRR)，主要在树突细胞、巨噬细胞、单核细胞、自然杀伤细胞和T淋巴细胞上表达。TLR与来自细菌、真菌、原生动物和病毒的病原体相关分子模式(PAMPS)结合，并充当抵御入侵病原体的第一道防线。TLR激活导致树突细胞的抗原摄取、成熟和T细胞刺激能力增加。TLR包含胞外N末端富含亮氨酸的重复(LRR)结构域、随后是富含半胱氨酸的区域、跨膜结构域和胞内(细胞质)尾，所述胞内尾包含名为Toll/IL-1受体(TIR)结构域的保守区。LRR结构域对于配体结合和相关联的信号传导很重要，并且是PRR的共同特征。TIR结构域在蛋白质相互作用中很重要，并且与先天免疫相关联。TLR对诱导涉及炎性应答的基因表达至关重要，并且在抗原特异性获得性免疫的发展中起关键作用。
仍然存在对用于治疗疾病(特别是癌症)的新免疫疗法的需要。
发明内容
本发明提供了包含toll样受体激动剂的抗体缀合物、其药学上可接受的盐、其药物组合物及其组合，它们可用于治疗疾病(特别是癌症)。本发明进一步提供了治疗、预防或减轻癌症的方法，所述方法包括向对其有需要的受试者施用有效量的本发明的抗体缀合物(任选地与第二治疗剂组合)。在一些实施例中，所述第二治疗剂选自化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、细胞因子、共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、疫苗或细胞疗法。本发明还提供了包含TLR7激动剂和接头的化合物，所述化合物可用于与抗HER2抗体缀合，从而制备本发明的免疫刺激性缀合物。本文描述了本发明的多个实施例。
在一方面，本文提供了在对其有需要的受试者中治疗癌症(例如，HER2阳性癌症)的方法，所述方法包括向所述受试者施用与第二治疗剂组合的、治疗有效量的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)所述缀合物包含具有式(I)结构的化合物，所述化合物是TLR7激动剂，其附接至抗体分子，例如抗体或其抗原结合片段：
其中：
RD是
Figure BDA0002288429950000032
并且RE是H；或RE是并且RD是H；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R4是
Figure BDA0002288429950000034
Figure BDA0002288429950000041
-ONH2、-NH2、-N3、
Figure BDA0002288429950000043
-NHC(＝O)CH＝CH2、-SH、-SR7、-OH、-SSR6、-S(＝O)2(CH＝CH2)、-(CH2)2S(＝O)2(CH＝CH2)、-NHS(＝O)2(CH＝CH2)、-NHC(＝O)CH2Br、-NHC(＝O)CH2I、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000044
-CO2H、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000045
Figure BDA0002288429950000051
R5是
Figure BDA0002288429950000052
X1是
Figure BDA0002288429950000053
X2是
Figure BDA0002288429950000054
Figure BDA0002288429950000055
X3是
Figure BDA0002288429950000056
Figure BDA0002288429950000057
R6是2-吡啶基或4-吡啶基；
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
以及
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18；以及
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。在一些实施例中，所述第二药剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、或减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂。
在一个实施例中，所述抗体分子，例如抗体或其抗原结合片段特异性结合人HER2。
在一方面，本文披露了在对其有需要的受试者中治疗癌症(例如，HER2阳性癌症)的方法，所述方法包括向受试者施用与第二治疗剂组合的、治疗有效量的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)所述缀合物包含具有式(I)结构的化合物，所述化合物是TLR7激动剂，其附接至抗体分子，例如抗体或其抗原结合片段：
Figure BDA0002288429950000061
其中：
RD是
Figure BDA0002288429950000062
并且RE是H；或RE是
Figure BDA0002288429950000063
并且RD是H；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R4是
Figure BDA0002288429950000071
-ONH2、-NH2、
Figure BDA0002288429950000073
-N3、
Figure BDA0002288429950000074
-NHC(＝O)CH＝CH2、SH、-SSR6、-S(＝O)2(CH＝CH2)、-(CH2)2S(＝O)2(CH＝CH2)、-NHS(＝O)2(CH＝CH2)、-NHC(＝O)CH2Br、-NHC(＝O)CH2I、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000075
-CO2H、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000076
Figure BDA0002288429950000077
Figure BDA0002288429950000081
R5是
Figure BDA0002288429950000082
X1是
Figure BDA0002288429950000083
X2是
Figure BDA0002288429950000084
X3是
Figure BDA0002288429950000085
R6是2-吡啶基或4-吡啶基；
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
以及
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18；以及
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。在一些实施例中，第二药剂是共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、或减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂。
在一个实施例中，所述抗体分子，例如抗体或其抗原结合片段特异性结合人HER2。
在一方面，本文披露了在对其有需要的受试者中治疗癌症(例如，HER2阳性癌症)的方法，所述方法包括向所述受试者施用与第二治疗剂组合的、治疗有效量的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)所述缀合物包含具有式(I)的化合物(具有式(Ia)或式(Ib)的结构)，其附接至抗体分子，例如抗体或其抗原结合片段：
Figure BDA0002288429950000091
其中：
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R4是
Figure BDA0002288429950000101
Figure BDA0002288429950000102
-ONH2、-NH2、
Figure BDA0002288429950000103
NHC(＝O)CH＝CH2、-N3、
Figure BDA0002288429950000104
SH、-SR7、-OH、-SSR6、-S(＝O)2(CH＝CH2)、-(CH2)2S(＝O)2(CH＝CH2)、-NHS(＝O)2(CH＝CH2)、-NHC(＝O)CH2Br、-NHC(＝O)CH2I、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000105
或-CO2H；
R5是
Figure BDA0002288429950000111
X1是
Figure BDA0002288429950000112
X2是
Figure BDA0002288429950000113
Figure BDA0002288429950000114
X3是
R6是2-吡啶基或4-吡啶基；
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
以及
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18；以及
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。在一些实施例中，第二药剂是共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、或减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂。
在一个实施例中，所述抗体分子，例如抗体或其抗原结合片段特异性结合人HER2。
在一方面，本文披露了在对其有需要的受试者中治疗癌症(例如，HER2阳性癌症)的方法，所述方法包括向所述受试者施用与第二治疗剂组合的、治疗有效量的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)所述缀合物包含具有式(I)的化合物(具有式(Ia)或式(Ib)的结构)，其附接至抗体分子，例如抗体或其抗原结合片段：
其中：
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R4是
Figure BDA0002288429950000122
Figure BDA0002288429950000131
-ONH2、-NH2、
Figure BDA0002288429950000132
-NHC(＝O)CH＝CH2、-N3、
Figure BDA0002288429950000133
SH、-SSR6、-S(＝O)2(CH＝CH2)、-(CH2)2S(＝O)2(CH＝CH2)、-NHS(＝O)2(CH＝CH2)、-NHC(＝O)CH2Br、-NHC(＝O)CH2I、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000134
或-CO2H；
R5是
Figure BDA0002288429950000135
X1是
Figure BDA0002288429950000136
X2是
Figure BDA0002288429950000137
X3是
Figure BDA0002288429950000138
R6是2-吡啶基或4-吡啶基；
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
以及
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18；
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。在一些实施例中，第二药剂是共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、或减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂。
在一个实施例中，所述抗体分子，例如抗体或其抗原结合片段特异性结合人HER2。
在一方面，本文披露了在对其有需要的受试者中治疗HER2阳性癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用与第二治疗剂组合的、治疗有效量的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)所述缀合物包含具有式(II)的结构：
Figure BDA0002288429950000141
其中：
R50是
Figure BDA0002288429950000142
或其中*指示与Ab的附接点；
Ab是抗体分子，例如特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是
Figure BDA0002288429950000151
-S-、-NHC(＝O)CH2-、-S(＝O)2CH2CH2-、-(CH2)2S(＝O)2CH2CH2-、-NHS(＝O)2CH2CH2、-NHC(＝O)CH2CH2-、-CH2NHCH2CH2-、-NHCH2CH2-、
Figure BDA0002288429950000161
X1是
Figure BDA0002288429950000162
X2是
Figure BDA0002288429950000163
Figure BDA0002288429950000164
X3是
Figure BDA0002288429950000165
Figure BDA0002288429950000166
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
R12是H、甲基或苯基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数；以及
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。在一些实施例中，第二药剂是共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、或减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂。
在一些实施例中，所述Ab选自曲妥珠单抗、帕妥珠单抗、玛格妥昔单抗(margetuximab)、HT-19、或其位点特异性半胱氨酸突变体，其中所述位点特异性半胱氨酸突变体包含在以下的一个或多个位置(所有位置依据EU编号)处的半胱氨酸：
(a)抗体重链的位置152、360和375；和
(b)抗体轻链的位置107、159和165。
在一些实施例中，Ab选自以下中的任一种：
(a)抗体分子，其包含：
重链互补决定区1(HCDR1)，其包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列；
重链互补决定区2(HCDR2)，其包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列；
重链互补决定区3(HCDR3)，其包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；
轻链互补决定区1(LCDR1)，其包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列；
轻链互补决定区2(LCDR2)，其包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列；以及
轻链互补决定区3(LCDR3)，其包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列；
(b)抗体分子，其包含：
HCDR1，其包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列；
HCDR2，其包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列；
HCDR3，其包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；
LCDR1，其包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列；
LCDR2，其包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列；以及
LCDR3，其包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列；
(c)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:7的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQID NO:17的氨基酸序列的轻链可变区；
(d)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:9的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；
(e)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:21的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；
(f)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:23的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；或
(g)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:32的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链。
在一些实施例中，Ab是人或人源化的抗HER2抗体分子。
在一些实施例中，Ab包含经修饰的Fc区。
在一些实施例中，Ab包含在以下位置(所有位置根据EU编号)中的一个或多个处的半胱氨酸：
(a)抗体重链的位置152、360和375；和
(b)抗体轻链的位置107、159和165。
在一些实施例中，Ab包含在抗体重链的位置152和375(所有位置根据EU编号)处的半胱氨酸。
在一方面，本文披露了在对其有需要的受试者中治疗HER2阳性癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用与第二治疗剂组合的、治疗有效量的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)所述缀合物包含具有式(II)的结构：
其中：
R50是
Figure BDA0002288429950000192
其中*指示与Ab的附接点；
Ab是抗体分子，例如特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是
Figure BDA0002288429950000201
-S-、-NHC(＝O)CH2-、-S(＝O)2CH2CH2-、-(CH2)2S(＝O)2CH2CH2-、-NHS(＝O)2CH2CH2、-NHC(＝O)CH2CH2-、-CH2NHCH2CH2-、-NHCH2CH2-、
Figure BDA0002288429950000202
X1是
Figure BDA0002288429950000203
X2是
X3是
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
R12是H、甲基或苯基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数；以及
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。在一些实施例中，第二药剂是共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、或减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂。
在一些实施例中，所述Ab选自曲妥珠单抗、帕妥珠单抗、玛格妥昔单抗(margetuximab)、HT-19、或其位点特异性半胱氨酸突变体，其中所述位点特异性半胱氨酸突变体包含在以下的一个或多个位置(所有位置依据EU编号)处的半胱氨酸：
(a)抗体重链的位置152、360和375；和
(b)抗体轻链的位置107、159和165。
在一些实施例中，Ab选自以下中的任一种：
(b)抗体分子，其包含：
重链互补决定区1(HCDR1)，其包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列；
重链互补决定区2(HCDR2)，其包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列；
重链互补决定区3(HCDR3)，其包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；
轻链互补决定区1(LCDR1)，其包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列；
轻链互补决定区2(LCDR2)，其包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列；以及
轻链互补决定区3(LCDR3)，其包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列；
(b)抗体分子，其包含：
HCDR1，其包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列；
HCDR2，其包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列；
HCDR3，其包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；
LCDR1，其包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列；
LCDR2，其包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列；以及
LCDR3，其包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列；
(c)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:7的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQID NO:17的氨基酸序列的轻链可变区；
(d)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:9的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；
(e)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:21的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；
(f)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:23的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；或
(g)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:32的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链。
在一些实施例中，Ab是人或人源化的抗HER2抗体分子。
在一些实施例中，Ab包含经修饰的Fc区。
在一些实施例中，Ab包含在以下位置(所有位置根据EU编号)中的一个或多个处的半胱氨酸：
(a)抗体重链的位置152、360和375；和
(b)抗体轻链的位置107、159和165。
在一些实施例中，Ab包含在抗体重链的位置152和375(所有位置根据EU编号)处的半胱氨酸。
在一方面，本文披露了在对其有需要的受试者中治疗HER2阳性癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用与第二治疗剂组合的、治疗有效量的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)具有式(II)的缀合物包含式(IIa)或式(IIb)的结构：
其中：
Ab是抗体分子，例如特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是
Figure BDA0002288429950000241
或-S-；
X1是
Figure BDA0002288429950000242
X2是
Figure BDA0002288429950000243
Figure BDA0002288429950000244
X3是
Figure BDA0002288429950000251
Figure BDA0002288429950000252
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数；
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。在一些实施例中，第二药剂是共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、或减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂。
在一方面，本文披露了在对其有需要的受试者中治疗HER2阳性癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用与第二治疗剂组合的、治疗有效量的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)具有式(II)的缀合物包含式(IIa)或式(IIb)的结构：
其中：
Ab是抗体分子，例如特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是
Figure BDA0002288429950000261
或-S-；
X1是
Figure BDA0002288429950000262
X2是
Figure BDA0002288429950000263
X3是
Figure BDA0002288429950000264
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数；以及
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。在一些实施例中，第二药剂是共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、或减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂。
在一个实施例中，
R1是-NHR2；
R2是-C4-C6烷基；
L2是-(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)n；
R40是
Figure BDA0002288429950000271
以及
每个n独立地选自1、2、3和4，并且
y是从1至16的整数。
在一方面，本文披露了在对其有需要的受试者中治疗HER2阳性癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用与第二治疗剂组合的、治疗有效量的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)具有式(II)的缀合物包含式(IIa)或式(IIb)的结构：
其中：
R1是-NHR2；
R2是-C4-C6烷基；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-；
R40是
Figure BDA0002288429950000281
X1是
Figure BDA0002288429950000282
X2是
Figure BDA0002288429950000283
X3是
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数；以及
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。在一些实施例中，第二药剂是共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、或减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂。
在一个实施例中，如通过疏水相互作用色谱法所测定的，所述缀合物具有0.8或更高的疏水性指数。
在一方面，本文披露了在对其有需要的受试者中治疗HER2阳性癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用与第二治疗剂组合的、治疗有效量的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)所述缀合物包含以下式中任一个的结构：
Figure BDA0002288429950000291
Figure BDA0002288429950000301
Figure BDA0002288429950000311
Figure BDA0002288429950000331
Figure BDA0002288429950000341
Figure BDA0002288429950000351
Figure BDA0002288429950000361
Figure BDA0002288429950000371
其中Ab是抗体分子，例如特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段，并且y是从1至4的整数；以及
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。在一些实施例中，第二药剂是共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、或减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂。
在一个实施例中，所述Ab选自曲妥珠单抗、帕妥珠单抗、玛格妥昔单抗(margetuximab)、HT-19、或其位点特异性半胱氨酸突变体，其中所述位点特异性半胱氨酸突变体包含在以下的一个或多个位置(所有位置依据EU编号)处的半胱氨酸：
(a)抗体重链的位置152、360和375；和
(b)抗体轻链的位置107、159和165。
在一个实施例中，Ab选自以下中的任一种：
(a)抗体分子，其包含：
重链互补决定区1(HCDR1)，其包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列；
重链互补决定区2(HCDR2)，其包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列；
重链互补决定区3(HCDR3)，其包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；
轻链互补决定区1(LCDR1)，其包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列；
轻链互补决定区2(LCDR2)，其包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列；以及
轻链互补决定区3(LCDR3)，其包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列；
(b)抗体分子，其包含：
HCDR1，其包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列；
HCDR2，其包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列；
HCDR3，其包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；
LCDR1，其包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列；
LCDR2，其包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列；以及
LCDR3，其包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列；
(c)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:7的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQID NO:17的氨基酸序列的轻链可变区；
(d)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:9的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；
(e)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:21的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；
(f)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:23的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；或
(g)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:32的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链。
在一个实施例中，所述Ab包含：含有SEQ ID NO:9的氨基酸序列的重链和含有SEQID NO:19的氨基酸序列的轻链。
在一个实施例中，所述化合物附接至在抗体重链的位置152和375处(所有位置根据EU编号)的半胱氨酸。
在一个实施例中，y是约3至4。
在一个实施例中，如通过疏水相互作用色谱法所测定的，所述缀合物具有0.8或更高的疏水性指数。
在一个实施例中，当与单独的抗HER2抗体分子相比，所述缀合物能够持续抑制HER2阳性癌症和/或减少HER2阳性癌症的复发。
在另一个方面，本文披露了在对其有需要的受试者中治疗HER2阳性癌症的方法，所述方法包括向受试者施用与第二治疗剂组合的、治疗有效量的药物组合物，其中所述药物组合物包含具有式(II),式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物或其药学上可接受的盐，以及药学上可接受的载体。
在另一个方面，本文披露了与第二治疗剂组合的包含具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物或其药学上可接受的盐的组合物，用于在治疗受试者的HER2阳性癌症中使用。在一个实施例中，所述第二治疗剂选自化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、细胞因子、共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、疫苗或细胞疗法。
在另一个方面，本文披露了与第二治疗剂组合的包含具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物或其药学上可接受的盐的组合物在制造用于在对其有需要的受试者中治疗HER2阳性癌症的药物中的用途。在一个实施例中，所述第二治疗剂选自化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、细胞因子、共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、疫苗或细胞疗法。
在一个实施例中，在上述方法或用途中，所述第二治疗剂是共抑制分子的抑制剂或共刺激分子的激活剂，其中：
(i)所述共抑制分子选自程序性死亡-1(PD-1)、程序性死亡-配体1(PD-L1),淋巴细胞激活基因-3(LAG-3)、或T细胞免疫球蛋白结构域和粘蛋白结构域3(TIM-3)；和
(ii)所述共刺激分子是糖皮质激素诱导的TNFR相关蛋白(GITR)。
在一个实施例中，所述第二治疗剂是特异性结合人PD-1的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)重链可变区(VH)，其包含表6或7中披露的任何抗PD-1重链氨基酸序列的重链互补决定区1(VHCDR1)、VHCDR2和VHCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
轻链可变区(VL)，其包含表6或7中列出的任何抗PD-1轻链氨基酸序列的轻链互补决定区1(VLCDR1)、VLCDR2和VLCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；
(ii)VH，其包含表6或7中披露的任何抗PD-1重链氨基酸序列的VH(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
VL，其包含表6或7中披露的任何抗PD-1轻链氨基酸序列的VL(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；或
(iii)表6或7中披露的抗PD-1重链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
表6或7中披露的抗PD-1轻链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)。
在一个实施例中，所述第二治疗剂是特异性结合人PD-1的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)VH，其包含SEQ ID NO:501的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:502的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:503的VHCDR3氨基酸序列；以及VL，其包含SEQ ID NO:510的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:511的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:512的VLCDR3氨基酸序列；
(ii)VH，其包含SEQ ID NO:506的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:520的氨基酸序列；
(iii)重链，其包含SEQ ID NO:508的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:522的氨基酸序列；
(iv)VH，其包含SEQ ID NO:506的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:516的氨基酸序列；或
(v)重链，其包含SEQ ID NO:508的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:518的氨基酸序列。
在一个实施例中，所述第二治疗剂是特异性结合人PD-L1的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)重链可变区(VH)，其包含表8或9中披露的任何抗PD-L1重链氨基酸序列的重链互补决定区1(VHCDR1)、VHCDR2和VHCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
轻链可变区(VL)，其包含表8或9中列出的任何抗PD-L1轻链氨基酸序列的轻链互补决定区1(VLCDR1)、VLCDR2和VLCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；
(ii)VH，其包含表8或9中披露的任何抗PD-L1重链氨基酸序列的VH(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
VL，其包含表8或9中披露的任何抗PD-L1轻链氨基酸序列的VL(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；或
(iii)表8或9中披露的抗PD-L1重链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
表8或9中披露的抗PD-L1轻链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)。
在一个实施例中，所述第二治疗剂是特异性结合人PD-L1的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)VH，其包含SEQ ID NO:601的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:602的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:603的VHCDR3氨基酸序列；以及VL，其包含SEQ ID NO:609的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:610的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:611的VLCDR3氨基酸序列；
(ii)VH，其包含SEQ ID NO:606的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:616的氨基酸序列；
(iii)重链，其包含SEQ ID NO:608的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:618的氨基酸序列；
(iv)VH，其包含SEQ ID NO:620的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:624的氨基酸序列；或
(v)重链，其包含SEQ ID NO:622的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:626的氨基酸序列。
在一个实施例中，所述第二治疗剂是特异性结合人LAG-3的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)重链可变区(VH)，其包含表10或11中披露的任何抗LAG-3重链氨基酸序列的重链互补决定区1(VHCDR1)、VHCDR2和VHCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
轻链可变区(VL)，其包含表10或11中列出的任何抗LAG-3轻链氨基酸序列的轻链互补决定区1(VLCDR1)、VLCDR2和VLCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；
(ii)VH，其包含表10或11中披露的任何抗LAG-3重链氨基酸序列的VH(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
VL，其包含表10或11中披露的任何抗LAG-3轻链氨基酸序列的VL(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；或
(iii)表10或11中披露的抗LAG-3重链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
表10或11中披露的抗LAG-3轻链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)。
在一个实施例中，所述第二治疗剂是特异性结合人LAG-3的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)VH，其包含SEQ ID NO:701的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:702的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:703的VHCDR3氨基酸序列；以及VL，其包含SEQ ID NO:710的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:711的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:712的VLCDR3氨基酸序列；
(ii)VH，其包含SEQ ID NO:706的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:718的氨基酸序列；
(iii)重链，其包含SEQ ID NO:709的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:721的氨基酸序列；
(iv)VH，其包含SEQ ID NO:724的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:730的氨基酸序列；或
(v)重链，其包含SEQ ID NO:727的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:733的氨基酸序列。
在一个实施例中，所述第二治疗剂是特异性结合人TIM-3的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)重链可变区(VH)，其包含表12或13中披露的任何抗TIM-3重链氨基酸序列的重链互补决定区1(VHCDR1)、VHCDR2和VHCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
轻链可变区(VL)，其包含表12或13中列出的任何抗TIM-3轻链氨基酸序列的轻链互补决定区1(VLCDR1)、VLCDR2和VLCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；
(ii)VH，其包含表12或13中披露的任何抗TIM-3重链氨基酸序列的VH(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
VL，其包含表12或13中披露的任何抗TIM-3轻链氨基酸序列的VL(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；或
(iii)表12或13中披露的抗TIM-3重链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
表12或13中披露的抗TIM-3轻链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)。
在一个实施例中，所述第二治疗剂是特异性结合人TIM-3的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)VH，其包含SEQ ID NO:801的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:802的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:803的VHCDR3氨基酸序列；以及VL，其包含SEQ ID NO:810的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:811的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:812的VLCDR3氨基酸序列；
(ii)VH，其包含SEQ ID NO:806的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:816的氨基酸序列；
(iii)重链，其包含SEQ ID NO:808的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:818的氨基酸序列；
(iv)VH，其包含SEQ ID NO:801的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:820的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:803的VHCDR3氨基酸序列；以及VL，其包含SEQ ID NO:810的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:811的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:812的VLCDR3氨基酸序列；
(v)VH，其包含SEQ ID NO:822的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:826的氨基酸序列；或
(vi)重链，其包含SEQ ID NO:824的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:828的氨基酸序列。
在一个实施例中，所述第二治疗剂是特异性结合人GITR的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)重链可变区(VH)，其包含表14或15中披露的任何抗GITR重链氨基酸序列的重链互补决定区1(VHCDR1)、VHCDR2和VHCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
轻链可变区(VL)，其包含表14或15中列出的任何抗GITR轻链氨基酸序列的轻链互补决定区1(VLCDR1)、VLCDR2和VLCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；
(ii)VH，其包含表14或15中披露的任何抗GITR重链氨基酸序列的VH(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
VL，其包含表14或15中披露的任何抗GITR轻链氨基酸序列的VL(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；或
(iii)表14或15中披露的抗GITR重链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
表14或15中披露的抗GITR轻链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)。
在一个实施例中，所述第二治疗剂是特异性结合人GITR的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)VH，其包含SEQ ID NO:909的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:911的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:913的VHCDR3氨基酸序列；以及VL，其包含SEQ ID NO:914的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:916的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:918的VLCDR3氨基酸序列；
(ii)VH，其包含SEQ ID NO:901的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:902的氨基酸序列；或
(iii)重链，其包含SEQ ID NO:903的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:904的氨基酸序列。
在一个实施例中，在上述方法或用途中，所述第二治疗剂是细胞因子，其中所述细胞因子包含与可溶形式的IL-15受体α(IL-15Ra)复合的IL-15，并且其中IL-15和IL-15Ra包含表16中披露的氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)。
在一个实施例中，所述第二治疗剂是减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂，其中所述第二治疗剂选自IL-6抑制剂(例如，司妥昔单抗)、IL-6受体(IL-6R)抑制剂(例如，托珠单抗)、巴多昔芬、sgp130阻滞剂、血管活性药物、类固醇(例如，皮质类固醇)、免疫抑制剂、组胺H2受体拮抗剂、止痛剂(例如，对乙酰氨基酚)、退热剂或机械通气。
在一个实施例中，所述HER2阳性癌症可以是胃癌、食管癌、胃食管交界处腺癌、结肠癌、直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、子宫癌、子宫内膜癌、膀胱癌、尿道癌、胰腺癌、肺癌、前列腺癌、骨肉瘤、成神经细胞瘤、胶质母细胞瘤和头颈癌中的任一种。HER2阳性癌症可以具有高HER2表达(例如，具有3+IHC得分)或低HER2表达(例如，具有2+IHC得分)。
本文所述的抗体缀合物不仅可以用于治疗高表达HER2的肿瘤(例如，具有3+IHC得分)，而且可以治疗较低表达HER2的肿瘤(例如，具有2+IHC得分)。
在一个实施例中，将所述缀合物和所述第二治疗剂同时地或按顺序施用。
在一个实施例中，将所述缀合物静脉地内、瘤内地或皮下地施用于受试者。在一个实施例中，将所述缀合物按约0.03-6mg/kg体重的剂量施用。在一个实施例中，将所述缀合物按约0.7-1.4mg/kg体重的剂量施用。在一个实施例中，将所述缀合物按约0.1-4mg/kg体重的剂量施用。在一个实施例中，将所述缀合物按约0.1mg/kg体重的剂量施用。在一个实施例中，将所述缀合物按约0.3mg/kg体重的剂量施用。在一个实施例中，将所述缀合物按约1mg/kg体重的剂量施用。在一个实施例中，将所述缀合物按约2mg/kg体重的剂量施用。在一个实施例中，将所述缀合物按约4mg/kg体重的剂量施用。
在一个实施例中，将所述第二治疗剂静脉内地、瘤内地或皮下地施用于受试者。
在一个实施例中，所述第二治疗剂是特异性结合人PD-1的抗体分子。在一个实施例中，将所述抗PD-1抗体分子按约50-450mg/kg体重的剂量施用。在一个实施例中，将所述抗PD-1抗体分子按约100、200、300或400mg/kg体重的剂量施用。在一个实施例中，通过注射(例如，皮下地或静脉内地)将所述抗PD-1抗体分子按约100mg至600mg，例如约200mg至500mg，例如约250mg至450mg、约300mg至400mg、约250mg至350mg、约350mg至450mg、或约100mg、约200mg、约300mg、或约400mg的剂量(例如，平稳剂量)施用。给药方案(例如，平稳给药方案)可以从例如每周一次至每2、3、4、5或6周一次变化。在一个实施例中，将抗PD-1抗体分子以从约300mg至400mg的剂量施用，每三周一次或每四周一次。在一个实施例中，将所述抗PD-1抗体分子以约300mg的剂量施用，每三周一次。在一个实施例中，将所述抗PD-1抗体分子以约400mg的剂量施用，每四周一次。在一个实施例中，将所述抗PD-1抗体分子以约300mg的剂量施用，每四周一次。在一个实施例中，将所述抗PD-1抗体分子以约400mg的剂量施用，每三周一次。
在一个实施例中，将所述缀合物和所述第二治疗剂与第三治疗剂组合施用，其中所述第三治疗剂选自化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、细胞因子、共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、疫苗或细胞疗法。
附图说明
图1描绘了在N87异种移植肿瘤模型中，在抗HER2-mAb2-(C-1)缀合物的单一治疗后的结果。与未经治疗的动物(空心圆)相比时，所有测试的剂量均观察到肿瘤消退，所述剂量包括1mg/kg(实心菱形)、2.5mg/kg(实心三角形)、5mg/kg(实心圆)和10mg/kg(实心方块)。与未经治疗的动物(空心圆)相比时，在用单独的10mg/kg的未缀合的抗HER2-mAb2(空心三角形)或同种型对照抗体-(C-1)缀合物(空心菱形)治疗的N87异种移植小鼠中未观察到N87胃肿瘤的消退。数据代表随时间(给药后)的平均肿瘤体积(平均值+/-SEM)。
图2描绘了在用单剂量的抗HER2-mAb1-(C-1)或抗HER2-mAb1-(C-5)治疗人N87异种移植肿瘤后的结果。与未经治疗的动物(空心圆)相比时，在用1mg/kg抗HER2-mAb1-(C-1)(实心方块)或1mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)(实心三角形)治疗后观察到人N87异种移植肿瘤的消退，而用0.3mg/kg抗HER2-mAb1-(C-1)(实心圆)或0.3mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)(实心菱形)治疗导致肿瘤停滞。与未经治疗的动物(空心圆)相比时，在用同种型对照抗体-(C-5)缀合物(空心菱形)治疗的N87异种移植小鼠中未观察到N87胃肿瘤的消退。数据代表随时间(给药后)的平均肿瘤体积(平均值+/-SEM)。
图3描绘了在用单剂量的抗HER2-mAb1-(C-5)治疗人N87异种移植肿瘤后的结果。与未经治疗的动物(空心圆)相比时，在用5mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)(实心方块)或3mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)(实心圆)治疗后，观察到人N87异种移植肿瘤的消退，而用1mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)(实心三角形)治疗导致肿瘤停滞。数据代表随时间(给药后)的平均肿瘤体积(平均值+/-SEM)。
图4描绘了描绘了在用与不同化合物缀合的单剂量抗HER2-mAb1治疗人N87异种移植肿瘤后的结果。与未经治疗的动物(空心圆)相比时，在用1mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)(实心三角形)、抗HER2-mAb1-(C-60)(空心三角形)、抗HER2-mAb1-(C-59)(实心方块)、抗HER2-mAb1-(C-61)(空心方块)、抗HER2-mAb1-(C-35)(实心六角形)、抗HER2-mAb1-(C-37)(空心六角形)、抗HER2-mAb1-(C-64)(实心菱形)或抗HER2-mAb1-(C-62)(空心菱形)治疗后，观察到人N87异种移植肿瘤的初始消退，之后停滞。数据代表随时间(给药后)的平均肿瘤体积(平均值+/-SEM)。
图5A和5B描绘了用单剂量的抗大鼠HER2-(C-46)缀合物治疗MMC小鼠乳腺肿瘤(大鼠HER2阳性)的结果。结果表明，在用抗大鼠HER2-(C-46)缀合物治疗的8只小鼠中的7只中(图5A)，但在用裸抗大鼠HER2抗体治疗的8只小鼠中的仅3只(图5B)中观察到了完全肿瘤消退。在MMC乳腺癌同系模型中，当肿瘤达到200mm3平均大小时，开始治疗。数据代表随时间(给药后)的平均肿瘤体积(平均值+/-SEM)。
图6描绘了在用单剂量的抗HER2-mAb1-(C-5)治疗人HCC1954乳腺异种移植肿瘤后的结果。与未经治疗的动物(空心圆)相比时，在用10mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)(实心方块)或3mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)(实心圆)治疗后，观察到人HCC1954异种移植肿瘤的消退，而用1mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)(实心三角形)治疗导致肿瘤停滞。与未经治疗的动物(空心圆)相比时，在用10mg/kg同种型对照抗体-(C-5)缀合物(空心菱形)或单独的未缀合的抗HER2-mAb1(空心三角形)治疗的HCC1954异种移植小鼠中未观察到肿瘤的消退。数据代表随时间(给药后)的平均肿瘤体积(平均值+/-SEM)。
图7描绘了在用单剂量的抗HER2-mAb1-(C-5)治疗人SKOV3卵巢异种移植肿瘤后的结果。与未经治疗的动物(空心圆)相比时，在用10mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)(实心方块)治疗后观察到人SKOV3异种移植肿瘤的消退，而用3mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)(实心圆)治疗导致初始肿瘤消退，之后肿瘤再生长。与未经治疗的动物(空心圆)相比时，在用10mg/kg同种型对照抗体-(C-5)缀合物(空心菱形)或单独的未缀合的抗HER2-mAb1(空心三角形)治疗的SKOV3异种移植小鼠中未观察到肿瘤的消退。数据代表随时间(给药后)的平均肿瘤体积(平均值+/-SEM)。
图8A-8C描绘了在N87(图8A)、HCC1954(图8B)和SKOV3(图8C)异种移植肿瘤上显示HER2表达的代表性免疫组织化学(IHC)图像。基于肿瘤的HER2表达水平，将肿瘤评分为3+(N87和HCC1954)和2+(SKOV3)。
具体实施方式
本文描述了本发明的各种列举的实施例。应认识到，每个实施例中指定的特征可以与其他指定特征组合以提供本发明的另外实施例。
在本申请的全文中，如果说明书文本(例如，表1)与序列表之间存在差异，则以说明书文本为准。
定义
如本文使用的，术语“C4-C6烷基”是指含有4至6个碳原子的完全饱和支链或直链烃。““C4-C6烷基”基团的非限制性实例包括正丁基、异丁基、仲丁基、叔丁基、正戊基、异戊基和己基。
如本文使用的，“HER2”(也称为ERBB2；NEU；NGL；TKR1；CD340；p185；MLN19；HER-2/neu)是指表皮生长因子(EGF)受体家族的跨膜酪氨酸激酶受体。HER2包含胞外结合结构域、跨膜结构域和细胞内酪氨酸激酶结构域。HER2不具有其自身的配体结合结构域，因此不能结合生长因子，然而，HER2与其他结合配体的EGF受体家族成员(例如HER1或HER3)紧密结合，以形成异二聚体，稳定配体结合并增强激酶介导的下游信号传导途径的激活。人HER2/NEU基因映射于染色体位置17q12，并且HER2/NEU基因的基因组序列可在GenBank中NG_007503.1处找到。在人中，存在五种HER2同种型：A、B、C、D和E；本文中所使用的术语“HER2”共同指所有的HER2同种型。如本文使用的，人HER2蛋白还涵盖在其全长上与HER2同种型(A、B、C、D和E)具有至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的蛋白质，其中此类蛋白质仍具有HER2的至少一种功能。人HER2同种型A(最长的同种型)的mRNA和蛋白质序列是：
智人erb-b2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)，转录物变体1，mRNA[NM_004448.3]
Figure BDA0002288429950000521
Figure BDA0002288429950000531
Figure BDA0002288429950000541
Figure BDA0002288429950000551
受体酪氨酸-蛋白激酶erbB-2同种型前体[智人][NP_004439.2]
Figure BDA0002288429950000552
Figure BDA0002288429950000561
其他人HER2同种型的mRNA和蛋白质序列可在GeneBank中找到，具有以下登记号：
HER2同种型B：NM_001005862.2(mRNA)→NP_001005862.1(蛋白质)；
HER2同种型C：NM_001289936.1(mRNA)→NP_001276865.1(蛋白质)；
HER2同种型D：NM_001289937.1(mRNA)→NP_001276866.1(蛋白质)；
HER2同种型E：NM_001289938.1(mRNA)→NP_001276867.1(蛋白质)。
如本文所用，术语“抗体分子”是指包含至少一个免疫球蛋白可变结构域序列的蛋白质，例如免疫球蛋白链或其片段。术语“抗体分子”包括例如，如本文所述的抗体或抗体片段。在实施例中，抗体分子包含全长抗体或全长免疫球蛋白链。在实施例中，抗体分子包含全长抗体或全长免疫球蛋白链的抗原结合或功能性片段。
如本文所用，术语“抗体”是指衍生自特异性结合抗原的免疫球蛋白分子的蛋白质、或多肽序列。抗体可以是多克隆或单克隆、多链或单链、或完整免疫球蛋白，并且可以衍生自天然来源或来自重组来源。天然存在的“抗体”是包含通过二硫键相互连接的至少两条重(H)链和两条轻(L)链的糖蛋白。每条重链由重链可变区(本文中缩写为VH)和重链恒定区组成。重链恒定区由三个结构域(CH1、CH2和CH3)组成。每条轻链由轻链可变区(本文中缩写为VL)和轻链恒定区组成。轻链恒定区包含一个结构域，CL。VH和VL区可以被进一步细分为高变区，称为“互补性决定区”(CDR)，其间穿插有称为框架区(FR)的较保守区。
每个VH和VL由从氨基末端到羧基末端按以下顺序排列的三个CDR和四个FR构成：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。重链和轻链的可变区含有与抗原相互作用的结合结构域。抗体的恒定区可以介导免疫球蛋白与宿主组织或因子(包括免疫系统的各种细胞(例如，效应细胞)和经典补体系统的第一成分(C1q))的结合。抗体可以是单克隆抗体、人抗体、人源化抗体、骆驼源化(camelised)抗体或嵌合抗体。这些抗体可以具有任何同种型(例如，IgG、IgE、IgM、IgD、IgA和IgY)、类别(例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2)或亚类。
术语“抗体片段”或“抗原结合片段”是指抗体的至少一部分，所述至少一部分保留与抗原表位特异性地相互作用(例如，通过结合、空间位阻、稳定/去稳定、空间分布)的能力。抗体片段的实例包括但不限于Fab、Fab'、F(ab')2、Fv片段、scFv抗体片段、二硫键连接的Fv(sdFv)、由VH和CH1结构域组成的Fd片段、线性抗体、单结构域抗体如sdAb(VL或VH)、骆驼科VHH结构域、由抗体片段(如包含在铰链区通过二硫键连接的两个Fab片段的二价片段)形成的多特异性抗体、和分离的CDR、或抗体的其他表位结合片段。抗原结合片段还可以掺入到单结构域抗体、大型抗体(maxibodies)、微型抗体(minibodies)、纳米抗体、细胞内抗体、双体抗体、三体抗体、四体抗体、v-NAR和bis-scFv中(参见例如，Hollinger和Hudson,Nature Biotechnology[自然生物技术]23:1126-1136,2005)。还可以将抗原结合片段移植到基于多肽如纤连蛋白III型(Fn3)的支架中(参见美国专利号6,703,199，其描述了纤连蛋白多肽微型抗体)。术语“scFv”是指融合蛋白，其包含至少一个包含轻链可变区的抗体片段和至少一个包含重链可变区的抗体片段，其中所述轻链可变区和重链可变区例如通过合成接头(例如短柔性多肽接头)是连续连接的并且能够表达为单链多肽，并且其中scFv保留了它所来源的完整抗体的特异性。除非另有说明，否则如本文所用，scFv可以例如相对于多肽的N末端和C末端以任何顺序具有VL和VH可变区，所述scFv可以包含VL-接头-VH或者可以包含VH-接头-VL。
如本文所用，所述术语“互补性决定区”或“CDR”是指赋予抗原特异性和结合亲和力的抗体可变区内的氨基酸的序列。例如，一般来说，每个重链可变区中存在三个CDR(例如HCDR1、HCDR2、和HCDR3)，并且每个轻链可变区中存在三个CDR(LCDR1、LCDR2、和LCDR3)。给定CDR的精确氨基酸序列边界可以使用许多众所周知的方案中的任一种来确定，这些方案包括由以下文献描述的那些：Kabat等人(1991),“Sequences of Proteins ofImmunological Interest”[具有免疫学重要性的蛋白序列]，第5版，美国国立卫生研究院，公共卫生事业部，马里兰州贝塞斯达市(“卡巴特”编号方案)；Al-Lazikani等人,(1997)JMB273,927-948(“乔西亚”编号方案)或其组合，和ImMunoGenTics(IMGT)编号(Lefranc,M.-P.,The Immunologist[免疫学者],7,132-136(1999)；Lefranc,M.-P.等人,Dev.Comp.Immunol.[发育免疫学与比较免疫学],27,55-77(2003)(“IMGT”编号方案)。在针对给定CDR区(例如，HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2或LC CDR3)的组合卡巴特和乔西亚编号方案中，在一些实施例中，这些CDR对应于被定义为卡巴特CDR的一部分的氨基酸残基，以及被定义为乔西亚CDR的一部分的氨基酸残基。如本文所用的，根据“乔西亚”编号方案定义的CDR有时也称为“高变环”。
例如，根据卡巴特，重链可变结构域(VH)中的CDR氨基酸残基编号为31-35(HCDR1)(例如在位置35后的一个或多个插入)、50-65(HCDR2)、和95-102(HCDR3)；并且轻链可变结构域(VL)中的CDR氨基酸残基编号为24-34(LCDR1)(例如在位置27后的一个或多个插入)、50-56(LCDR2)、和89-97(LCDR3)。作为另一个实例，根据乔西亚，VH中的CDR氨基酸编号为26-32(HCDR1)(例如在位置31后的一个或多个插入)、52-56(HCDR2)、和95-102(HCDR3)；并且VL中的氨基酸残基编号为26-32(LCDR1)(例如在位置30后的一个或多个插入)、50-52(LCDR2)、和91-96(LCDR3)。通过结合卡巴特和乔西亚的CDR定义，CDR包含例如人VH中的氨基酸残基26-35(HCDR1)、50-65(HCDR2)和95-102(HCDR3)和人VL中的氨基酸残基24-34(LCDR1)、50-56(LCDR2)和89-97(LCDR3)或由其组成。根据IMGT，VH中的CDR氨基酸残基编号为大约26-35(CDR1)、51-57(CDR2)和93-102(CDR3)，并且VL中的CDR氨基酸残基编号为大约27-32(CDR1)、50-52(CDR2)和89-97(CDR3)(根据“卡巴特”编号)。在IMGT下，可以使用程序IMGT/DomainGap Align确定抗体的CDR区。
通常，除非特别指出，否则所述抗体分子可包括一种或多种卡巴特CDR和/或乔西亚CDR的任何组合。
术语“表位”包括能够特异性结合免疫球蛋白或以其他方式与分子相互作用的任何蛋白质决定簇。表位决定簇通常由分子的化学活性表面基团组成，如氨基酸或碳水化合物或糖侧链，并且可以具有特定的三维结构特征以及特定的电荷特征。表位可以是“线性的”或“构象的”。构象表位和线性表位差别在于：在变性溶剂的存在下，对构象表位(而不是非构象表位)的结合丧失。
如本文所用的短语“单克隆抗体”或“单克隆抗体组合物”是指具有基本上相同的氨基酸序列或源自相同的遗传来源的多肽(包括抗体、双特异性抗体等)。此术语还包括具有单分子组成的抗体分子的制剂。单克隆抗体组合物表现出对特定表位的单一结合特异性和亲和力。
如本文所用，短语“人抗体”包括具有可变区的抗体，其中框架区和CDR区两者均源自人来源的序列。此外，如果抗体含有恒定区，则恒定区还源自此类人序列，例如人种系序列或突变形式的人种系序列，或含有衍生自人框架序列分析的共有框架序列的抗体，例如，如描述于Knappik等人(2000.J Mol Biol[分子生物学杂志]296,57-86)。免疫球蛋白可变结构域(例如CDR)的结构和位置可使用众所周知的编号方案来定义，例如，卡巴特编号方案，乔西亚编号方案，或卡巴特和乔西亚的组合，和ImMunoGenTics(IMGT)编号(参见，例如Sequences of Proteins of Immunological Interest[免疫学相关蛋白质序列],美国卫生与公众服务部(U.S.Department of Health and Human Services)(1991),编辑Kabat等人；Al Lazikani等人,(1997)J.Mol.Bio.[分子生物学杂志]273:927 948；Kabat等人,(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest[免疫学相关蛋白序列],第5版,NIH公开号91-3242美国卫生与公众服务部(U.S.Department of Health and HumanServices)；Chothia等人,(1987)J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]196:901-917；Chothia等人,(1989)Nature[自然]342:877-883；Al-Lazikani等人,(1997)J.Mal.Biol.273:927-948和Lefranc,M.-P.,The Immunologist[免疫学家],7,132-136(1999)；Lefranc,M.-P.等人,Dev.Comp.Immunol.[发育与比较免疫学],27,55-77(2003))。
本发明的人抗体可以包括不是由人序列编码的氨基酸残基(例如，通过在体外随机诱变或位点特异性诱变、或通过在体内体细胞突变、或保守取代来引入突变以促进稳定性或生产)。然而，如本文所用的术语“人类抗体”不旨在包括其中源自另一种哺乳动物物种(如小鼠)种系的CDR序列已被移植到人类框架序列中的抗体。
如本文所用的短语“重组人抗体”包括通过重组方式制备、表达、产生或分离的所有人抗体，如从动物(例如，小鼠)(所述动物对于人免疫球蛋白基因是转基因的或转染色体的)或由其制备的杂交瘤中分离的抗体；从转化以表达人抗体的宿主细胞中(例如，从转染瘤中)分离的抗体；从重组组合的人抗体文库中分离的抗体；以及通过任何其他方式(其涉及将全部或部分的人免疫球蛋白基因、序列剪接到其他DNA序列)制备、表达、产生或分离的抗体。此类重组人抗体具有可变区，其中构架区和CDR区衍生自人种系免疫球蛋白序列。然而，在某些实施例中，可以对此类重组人抗体进行体外诱变(或，当使用转基因人Ig序列的动物时，进行体内体细胞诱变)，并因此重组抗体的VH和VL区的氨基酸序列是衍生自人种系VH和VL序列的和与其相关的序列，这些序列在体内可能不天然存在于人抗体种系库中。
如本文所用的术语“Fc区”是指包含抗体的恒定结构域的CH3、CH2和铰链区的至少一部分的多肽。任选地，Fc区可以包含在一些抗体种类中存在的CH4结构域。Fc区可以包含抗体恒定区的整个铰链区。在一个实施例中，本发明包括抗体的Fc区和CH1区。在一个实施例中，本发明包括抗体的Fc区和CH3区。在另一个实施例中，本发明包括Fc区、CH1区和来自抗体恒定结构域的Cκ/λ区。在一个实施例中，本发明的结合分子包含恒定区，例如重链恒定区。在一个实施例中，与野生型恒定区相比，这类恒定区是经修饰的。即，本文公开的本发明的多肽可以包含对三个重链恒定结构域(CH1、CH2或CH3)中的一个或多个和/或对轻链恒定区结构域(CL)的改变或修饰。实例修饰包括在一个或多个结构域中添加、缺失或取代一个或多个氨基酸。可以包括此类改变，以优化效应子功能、半衰期等。
如本文所用，术语“结合特异性”是指单个抗体结合位点与一种抗原决定簇而不与不同的抗原决定簇反应的能力。抗体的结合位点位于分子的Fab部分中，并且由重链和轻链的高变区构建。抗体的结合亲和力是单个抗原决定簇与抗体上的单个结合位点之间的反应强度。它是在抗原决定簇与抗体的结合位点之间运行的吸引力和排斥力的总和。
如本文所用，术语“亲和力”是指抗体与抗原之间在单个抗原位点处相互作用的强度。在每个抗原位点内，抗体“臂”的可变区通过弱非共价力在许多位点处与抗原相互作用；相互作用越多，亲和力越强。
术语“保守序列修饰”是指不显著影响或改变含有氨基酸序列的抗体或抗体片段的结合特征的氨基酸修饰。此类保守修饰包括氨基酸取代、添加和缺失。可以通过本领域已知的标准技术(如定点诱变和PCR介导的诱变)将修饰引入本发明的抗体或抗体片段中。保守氨基酸取代是其中氨基酸残基被具有类似侧链的氨基酸残基置换的取代。具有相似侧链的氨基酸残基的家族已在本领域中进行了定义。这些家族包括具有碱性侧链(例如赖氨酸、精氨酸、组氨酸)、酸性侧链(例如天冬氨酸、谷氨酸)、不带电荷的极性侧链(例如甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸、色氨酸)、非极性侧链(例如丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸)、β分支侧链(例如苏氨酸、缬氨酸、异亮氨酸)以及芳香族侧链(例如酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、组氨酸)的氨基酸。因此，抗体内的一个或多个氨基酸残基可以被来自相同侧链家族的其他氨基酸残基替代，并且可以使用本文描述的功能测定法测试改变的抗体。
术语“同源的”或“同一性”是指两个聚合分子之间(例如，两个核酸分子(如两个DNA分子或两个RNA分子)之间、或两个多肽分子之间)的亚基序列同一性。当这两个分子中的亚基位置被相同的单体亚基占据时；例如，如果两个DNA分子中的每一个中的位置被腺嘌呤占据，则它们在所述位置是同源的或相同的。两个序列之间的同源性是匹配位置或同源位置的数量的直接函数；例如，如果两个序列中一半的位置(例如，长度为十个亚基的聚合物中的五个位置)是同源的，则这两个序列是50％同源的；如果90％的位置(例如，10个中的9个)是匹配的或同源的，则这两个序列是90％同源的。可以通过在比较窗口上比较两个最佳比对的序列来确定“序列同一性”的百分比，其中比较窗口中的氨基酸序列的片段可以包含与参考序列(其不包含添加或缺失)相比的添加或缺失(例如，空缺或突出端)以使两个序列最佳比对。可以通过以下方法计算所述百分比：测定在这两个序列中出现相同氨基酸残基的位置的数目以产生匹配位置数，将所述匹配位置数除以所述比较窗口中的位置总数，并将结果乘以100，从而得到序列同一性百分比。输出是主题序列关于查询序列的百分比同一性。将空位的数量和每个空位的长度考虑在内,两个序列之间的百分比同一性是这些序列共有的相同位置的数量的函数，需要引入这些空位以进行两个序列的最佳比对。
两个序列之间的序列比较和百分比同一性确定可以使用数学算法来完成。在一个优选的实施例中，使用Needleman和Wunsch((1970)J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]48:444-453)算法(所述算法已并入GCG软件包中的GAP程序中(可从www.gcg.com获取))，使用Blossum 62矩阵或PAM250矩阵以及16、14、12、10、8、6或4的空位权重和1、2、3、4、5或6的长度权重来确定两个氨基酸序列之间的百分比同一性。在又另一个优选的实施例中，使用GCG软件包中的GAP程序(可从www.gcg.com获取)，使用NWSgapdna.CMP矩阵以及40、50、60、70或80的空位权重和1、2、3、4、5或6的长度权重来确定两个核苷酸序列之间的百分比同一性。一组特别优选的参数(以及除非另外指定否则应所述使用的参数)是Blossum 62评分矩阵，其中空位罚分为12，空位延伸罚分为4，移码空位罚分为5。
可以使用E.Meyers和W.Miller((1989)CABIOS[生物科学中的计算机应用]4:11-17)的算法(所述算法已并入ALIGN程序(版本2.0)中)，使用PAM120权重残基表、12的空位长度罚分和4的空位罚分来确定两个氨基酸序列或核苷酸序列之间的百分比同一性。
本文描述的核酸序列和蛋白质序列可以用作“查询序列”来对公共数据库进行搜索，从而例如鉴定其他家族成员或相关序列。可以使用Altschul等人(1990)J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]215:403-10的NBLAST和XBLAST程序(版本2.0)来进行这些搜索。可以用NBLAST程序(得分＝100，字长＝12)来进行BLAST核苷酸搜索，以获得与本发明的核酸分子同源的核苷酸序列。可以用XBLAST程序(得分＝50，字长＝3)来进行BLAST蛋白搜索，以获得与本发明的蛋白分子同源的氨基酸序列。为了获得用于比较目的的空位比对，可以如Altschul等人,(1997)Nucleic Acids Res.[核酸研究]25:3389-3402中所述使用空位BLAST(Gapped BLAST)。当使用BLAST和空位BLAST程序时，可以使用相应程序(例如，XBLAST和NBLAST)的默认参数。参见www.ncbi.nlm.nih.gov。
术语“癌症”和“癌性的”是指或描述哺乳动物中典型地以不受调节的细胞生长为特征的生理状况。癌症的实例包括但不限于癌、淋巴瘤、母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)、肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤)、神经内分泌肿瘤(包括类癌肿瘤、胃泌素瘤和胰岛细胞癌)、间皮瘤、神经鞘瘤(包括听神经瘤)、脑膜瘤、腺瘤、黑素瘤和白血病或淋巴恶性肿瘤。此类癌症的更具体的实例包括鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌)、肺癌(包括小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌和肺鳞癌)、腹膜癌、肝细胞癌、胃癌(包括胃肠癌)、胰腺癌、胶质母细胞瘤、成神经细胞瘤、宫颈癌、卵巢癌、肝脏癌、膀胱癌、尿道癌、肝细胞瘤、乳腺癌、结肠癌、直肠癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌或子宫癌、唾液腺癌、肾癌或肾脏癌、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、肝癌、肛管癌、阴茎癌、睾丸癌、食管癌、胆道肿瘤以及头颈癌。
“HER2阳性癌症”或“表达HER2的癌症”是包含以下细胞的癌症，所述细胞具有存在于其细胞表面上的HER2蛋白。用于检测或确定癌细胞上HER2的存在的许多方法是本领域已知的。例如，在一些实施例中，可以通过免疫组织化学(IHC)、流式细胞术、蛋白质印迹法、免疫荧光测定、放射免疫测定(RIA)、酶联免疫吸附测定(ELISA)、均相时间分辨荧光(HTRF)或正电子发射断层扫描(PET)来确定HER2在细胞表面上的存在。
如本文使用的术语“组合”或“药物组合”意指产品，所述产品由多于一种活性成分的混合或组合产生并且包括活性成分的固定和非固定组合两者。术语“固定组合”意指活性成分(举例来说，本发明的化合物及一种或多种另外的治疗剂)是以单一实体或剂量的形式同时施用于受试者。术语“非固定组合”意指活性成分(举例来说，本发明的化合物及一种或多种另外的治疗剂)是作为独立实体向受试者同时、并行或按顺序施用而无特定时间限制，其中这种施用在受试者的体内提供这些活性成分的治疗有效水平。后者还适用于混合物疗法，例如，3种或更多种活性成分的施用。
如本文使用的术语“组合物”或“药物组合物”是指本发明的化合物与至少一种及任选地多于一种其他药学上可接受的化学组分(诸如载体、稳定剂、稀释剂、分散剂、悬浮剂、增稠剂和/或赋形剂)的混合物。
如本文使用的术语“光学异构体”或“立体异构体”是指针对本发明的给定化合物可存在的各种立体异构构型中的任何一者且包括几何异构体。应了解取代基可以连接在碳原子的手性中心。术语“手性的”是指在其镜像配偶体上具有非重叠性特性的分子，而术语“非手性的”是指在其镜像配偶体上是可重叠的分子。因此，本发明包括所述化合物的对映异构体、非对映异构体或外消旋物。“对映异构体”是彼此为不能重叠镜像的一对立体异构体。对映异构体对的1:1混合物是“外消旋”混合物。所述术语用于在适当的情况下表示外消旋混合物。“非对映异构体”是具有至少两个非对称原子，但其彼此非镜像的立体异构体。绝对立体化学是根据Cahn-lngold-Prelog R-S系统规定。当化合物是纯的对映异构体时，每个手性碳的立体化学可以由R或S表示。未知绝对构型的拆分化合物可以取决于其在钠D线的波长处使平面偏振光旋转的方向(右旋或左旋)来指定(+)或(-)。本文描述的某些化合物含有一或多个非对称中心或轴且可因此产生对映异构体、非对映异构体及其他立体异构型式，其就绝对立体化学而言可定义为(R)-或(S)-。
如本文使用的术语“药学上可接受的载体”包括任何及所有溶剂、分散介质、包衣、表面活性剂、抗氧化剂、防腐剂(例如，抗细菌剂、抗真菌剂)、等渗剂、吸收延迟剂、盐、防腐剂、药物稳定剂、黏合剂、赋形剂、崩解剂、润滑剂、甜味剂、调味剂、染料及类似物及其组合，如本领域普通技术人员已知(参见，例如，Remington’s Pharmaceutical Sciences[雷明顿药物科学],第18版,Mack出版公司(Mack Printing Company),1990,第1289至1329页)。除非任何常规载体与活性成分不相容，否则考虑将其用于治疗或药物组合物中。
如本文使用的术语“药学上可接受的盐”是指不消除本发明的化合物的生物活性及性质，且对所施用的受试者不引起显著刺激的盐。
如本文使用的术语“受试者”包含哺乳动物及非哺乳动物。哺乳动物的实例包括但不限于人、黑猩猩、猿、猴、牛、马、绵羊、山羊、猪、兔、狗、猫、大鼠、小鼠、豚鼠等。非哺乳动物的实例包括(但不限于)鸟、鱼及类似物。通常受试者是人。
术语“有此治疗需要的受试者”是指将自此治疗在生物学上、药学上或质量生活方面获益的受试者。
如本文使用的术语“治疗有效量”是指将引起受试者的生物或医学应答(例如，酶或蛋白活性的减小或抑制，或改善症状、缓解病症、减慢或延迟疾病进展或预防疾病等)的本发明的抗体缀合物的量。在一个非限制性实施例中，术语“治疗有效量”是指本发明的抗体缀合物的如下量，当施用于受试者时所述量有效地至少部分缓解、抑制、预防和/或改善病症、或障碍或疾病。
如本文使用的术语“TLR7激动剂”是指能够激活Toll样受体7(TLR7)的化合物或抗体缀合物。
如本文使用的术语“治疗(treat、treating或treatment)”是指以下的方法：在预防上和/或治疗上缓解、消除或改善疾病或病症症状，预防另外的症状，改善或预防症状的基础代谢病因，抑制疾病或病症，阻滞疾病或病症的发展，减轻疾病或病症，引起疾病或病症的消退，减轻由疾病或病症引起的状况，或终止疾病或病症的症状。
本文提供的化合物名称使用ChemDraw Ultra version 12.0或JChem version 5.3.1(ChemAxon)获得。
除非另外说明，术语“本发明的化合物(compounds of the presentinvention)”、“发明的化合物(compounds of the invention)”或“本文提供的化合物”是指具有式(I)及其子式的化合物(即，具有式(Ia)和式(Ib)的化合物)、和其药学上可接受的盐、立体异构体(包括非对映异构体和对映异构体)、互变异构体和经同位素标记的化合物(包括氘取代)。
除非另外说明，术语“本发明的抗体缀合物”是指具有式(II)和其子式(即，具有式(IIa)和式(IIb)的化合物)的抗体缀合物、和其药学上可接受的盐、立体异构体(包括非对映异构体和对映异构体)、互变异构体和经同位素标记的化合物(包括氘取代)。
如本文所用，术语“一个/种(a，an)”，“所述(the)”以及在本发明的上下文中使用的类似术语(特别是在权利要求的上下文中)应被解释为涵盖单数和复数两者，本文中除非另有说明或明确与上下文相矛盾。
本发明的免疫刺激性化合物
本发明的免疫刺激性化合物是TLR7激动剂，所述TLR7激动剂具有式(I)的结构：
Figure BDA0002288429950000671
其中：
RD是
Figure BDA0002288429950000672
并且RE是H；或RE是
Figure BDA0002288429950000673
并且RD是H；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R4是
Figure BDA0002288429950000682
-ONH2、-NH2、-N3、-NHC(＝O)CH＝CH2、-SH、-SR7、-OH、-SSR6、-S(＝O)2(CH＝CH2)、-(CH2)2S(＝O)2(CH＝CH2)、-NHS(＝O)2(CH＝CH2)、-NHC(＝O)CH2Br、-NHC(＝O)CH2I、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000685
-CO2H、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000688
Figure BDA0002288429950000691
R5是
Figure BDA0002288429950000692
X1是
Figure BDA0002288429950000693
X2是
Figure BDA0002288429950000694
Figure BDA0002288429950000695
X3是
Figure BDA0002288429950000696
Figure BDA0002288429950000701
R6是2-吡啶基或4-吡啶基；
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
以及
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18。
本发明的化合物的某些方面及实例是提供在额外的枚举型实施例的下列列表中。应认识到，每个实施例中指定的特征可以与其他指定特征组合以提供本发明的另外实施例。
实施例1.具有式(I)的化合物及其药学上可接受的盐，其中：
RD是
Figure BDA0002288429950000702
并且RE是H；或RE是
Figure BDA0002288429950000703
并且RD是H；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R4是
Figure BDA0002288429950000711
-ONH2、-NH2、
Figure BDA0002288429950000713
-N3、
Figure BDA0002288429950000714
-NHC(＝O)CH＝CH2、SH、-SSR6、-S(＝O)2(CH＝CH2)、-(CH2)2S(＝O)2(CH＝CH2)、-NHS(＝O)2(CH＝CH2)、-NHC(＝O)CH2Br、-NHC(＝O)CH2I、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000715
-CO2H、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000716
Figure BDA0002288429950000717
Figure BDA0002288429950000721
R5是
Figure BDA0002288429950000722
X1是
Figure BDA0002288429950000723
X2是
Figure BDA0002288429950000724
X3是
R6是2-吡啶基或4-吡啶基；
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
以及
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18。
实施例2.具有式(I)的化合物(具有式(Ia)或式(Ib)的结构)及其药学上可接受的盐：
其中：
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R4是
Figure BDA0002288429950000741
Figure BDA0002288429950000742
-ONH2、-NH2、
Figure BDA0002288429950000743
-N3、
Figure BDA0002288429950000744
-NHC(＝O)CH＝CH2、SH、-SR7、-OH、-SSR6、-S(＝O)2(CH＝CH2)、-(CH2)2S(＝O)2(CH＝CH2)、-NHS(＝O)2(CH＝CH2)、-NHC(＝O)CH2Br、-NHC(＝O)CH2I、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000745
-CO2H、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000746
Figure BDA0002288429950000747
Figure BDA0002288429950000751
R5是
Figure BDA0002288429950000752
X1是
Figure BDA0002288429950000753
X2是
Figure BDA0002288429950000755
X3是
Figure BDA0002288429950000756
Figure BDA0002288429950000757
R6是2-吡啶基或4-吡啶基；
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
以及
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18。
实施例3.具有式(Ia)或式(Ib)的化合物及其药学上可接受的盐，其中：
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R4是
Figure BDA0002288429950000762
-ONH2、-NH2、-N3、
Figure BDA0002288429950000764
-NHC(＝O)CH＝CH2、SH、-SSR6、-S(＝O)2(CH＝CH2)、-(CH2)2S(＝O)2(CH＝CH2)、-NHS(＝O)2(CH＝CH2)、-NHC(＝O)CH2Br、-NHC(＝O)CH2I、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000771
-CO2H、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000772
Figure BDA0002288429950000773
R5是
Figure BDA0002288429950000781
X1是
Figure BDA0002288429950000782
X2是
Figure BDA0002288429950000783
X3是
Figure BDA0002288429950000784
R6是2-吡啶基或4-吡啶基；
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
以及
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18。
实施例4.具有式(I)的化合物(具有式(Ia)或式(Ib)的结构)及其药学上可接受的盐：
Figure BDA0002288429950000785
其中：
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R4是
Figure BDA0002288429950000791
Figure BDA0002288429950000792
-ONH2、-NH2、-NHC(＝O)CH＝CH2、-N3、
Figure BDA0002288429950000794
SH、-SSR6、-S(＝O)2(CH＝CH2)、-(CH2)2S(＝O)2(CH＝CH2)、-NHS(＝O)2(CH＝CH2)、-NHC(＝O)CH2Br、-NHC(＝O)CH2I、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000795
或-CO2H；
R5是
Figure BDA0002288429950000796
X1是
Figure BDA0002288429950000797
X2是
Figure BDA0002288429950000801
X3是
Figure BDA0002288429950000802
R6是2-吡啶基或4-吡啶基；
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
以及
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18。
实施例5.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-；
R4是
Figure BDA0002288429950000811
Figure BDA0002288429950000812
-ONH2、-NH2、
Figure BDA0002288429950000813
R5是
Figure BDA0002288429950000814
X1是
Figure BDA0002288429950000815
X2是
Figure BDA0002288429950000816
X3是
Figure BDA0002288429950000817
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
以及
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18。
实施例6.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
R1是-NHR2；R2是-C4-C6烷基；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-；
R4是
Figure BDA0002288429950000821
Figure BDA0002288429950000822
-ONH2、-NH2、
Figure BDA0002288429950000823
R5是
Figure BDA0002288429950000824
X1是
Figure BDA0002288429950000825
X2是
Figure BDA0002288429950000826
X3是
Figure BDA0002288429950000827
每个n独立地选自1、2、3和4，
以及
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18。
实施例7.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
R1是-NHR2；
R2是-C4-C6烷基；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-；
R4是
Figure BDA0002288429950000828
Figure BDA0002288429950000831
-ONH2、-NH2、
Figure BDA0002288429950000832
R5是
Figure BDA0002288429950000833
X1是
Figure BDA0002288429950000834
X2是
Figure BDA0002288429950000835
X3是
Figure BDA0002288429950000836
每个n独立地选自1、2、3和4，
以及
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18。
实施例8.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
R1是-NHR2；
R2是-C4-C6烷基；
L2是-(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)n；
R4是
Figure BDA0002288429950000837
-ONH2、-NH2、
Figure BDA0002288429950000839
R5是
Figure BDA00022884299500008310
以及
每个n独立地选自1、2、3和4。
实施例9.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
R1是-NHR2；
R2是-C4-C6烷基；
L2是-(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)n；
R4是
Figure BDA0002288429950000841
Figure BDA0002288429950000842
R5是
以及
每个n独立地选自1、2、3和4。
实施例10.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
R1是-NHR2；
R2是-C4-C6烷基；
L2是-(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)n；
R4是-ONH2或-NH2；
以及
每个n独立地选自1、2、3和4。
实施例11.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
R1是-NHR2；
R2是-C4-C6烷基；
L2是-(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)n；
R4是
Figure BDA0002288429950000844
以及
每个n独立地选自1、2、3和4。
实施例12.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：R1是-NHR2。
实施例13.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：R1是-NHCHR2R3。
实施例14.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：R2是-C4烷基。
实施例15.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：R2是-C5烷基。
实施例16.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：R2是-C6烷基。
实施例17.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：R3是L1OH。
实施例18.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：L1是-(CH2)-。
实施例19.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：L1是-(CH2CH2)-。
实施例20.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
L2是-(CH2)n-*、-((CH2)nO)t(CH2)n-*、-(CH2)nX1(CH2)n-*、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-*、-(CH2)nNHC(＝O(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-*或-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n*，其中*指示与R4的附接点。
实施例21.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
L2是-C(＝O)(CH2)n*-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-*、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-*、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-*、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-*、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-*、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-*、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-*或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-*，其中*指示与R4的附接点。
实施例22.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
L2是-(CH2)n-*或-C(＝O)(CH2)n-*，其中*指示与R4的附接点。
实施例23.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
L2是-(CH2CH2)-*或-C(＝O)(CH2CH2)-*，其中*指示与R4的附接点。
实施例24.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
L2是-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-*、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-*、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-*、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-*或-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-*，其中*指示与R4的附接点。
实施例25.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
R4是
Figure BDA0002288429950000862
实施例26.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
R4是-ONH2、
Figure BDA0002288429950000863
或-NH2。
实施例27.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
R4是
实施例28.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
R4是-NHC(＝O)CH＝CH2、-N3、
Figure BDA0002288429950000871
SH、-SSR6、-S(＝O)2(CH＝CH2)、-(CH2)2S(＝O)2(CH＝CH2)、-NHS(＝O)2(CH＝CH2)、-NHC(＝O)CH2Br、-NHC(＝O)CH2I、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950000872
-CO2H、-NHCH(＝O)或-NHCH(＝S)。
实施例29.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
R4是
Figure BDA0002288429950000873
实施例30.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
R4是-SR7或-OH。
实施例31.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中R5是
实施例32.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：X1是
Figure BDA0002288429950000881
实施例33.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：X1是
Figure BDA0002288429950000882
实施例34.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：X1是
Figure BDA0002288429950000883
实施例35.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：X2是
实施例36.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：X2是
实施例37.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：X2是
Figure BDA0002288429950000886
实施例38.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：X2是
实施例39.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：X2是
Figure BDA0002288429950000888
实施例40.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：X3是
Figure BDA0002288429950000891
实施例41.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：X3是
Figure BDA0002288429950000892
实施例42.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：X3是
Figure BDA0002288429950000893
实施例43.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：X3是
Figure BDA0002288429950000894
实施例44.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：X3是
Figure BDA0002288429950000895
实施例45.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：R6是2-吡啶基或4-吡啶基。
实施例46.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：每个R7独立地选自H和C1-C6烷基。
实施例47.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：每个R7是H。
实施例48.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：每个R7是C1-C6烷基。
实施例49.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：每个m独立地选自1、2、3和4。
实施例50.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：每个m是1或2。
实施例51.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：每个n独立地选自1、2、3和4。
实施例52.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：每个n是2或3。
实施例53.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18。
实施例54.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：每个t独立地选自1、2、3、4、5和6。
实施例55.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其选自：
1-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-1H-吡咯-2,5-二酮；
(2R)-2-氨基-3-((1-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-2,5-二氧代吡咯烷-3-基)硫代)丙酸；
(6R)-6-(2-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-2-氧代乙基)-5-氧代硫代吗啉-3-甲酸；
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸；
2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸；
1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮；
(2S)-2-氨基-3-((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-2,5-二氧代吡咯烷-3-基)硫代)丙酸；
(6R)-6-(2-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-2-氧代乙基)-5-氧代硫代吗啉-3-甲酸；
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
1-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮；
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
1-(2-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮；
(2R)-2-氨基-19-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,19-二氧代-10,13,16-三氧杂-4-硫杂-7-氮杂十九烷-1-酸；
(2R,5S)-2-氨基-19-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,19-二氧代-10,13,16-三氧杂-4-硫杂-7-氮杂十九烷-1-酸；
(2R,5R)-2-氨基-19-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,19-二氧代-10,13,16-三氧杂-4-硫杂-7-氮杂十九烷-1-酸；
(19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-羧基-1,14-二氧代-4,7,10-三氧杂-17-硫杂-13-氮杂二十烷-20-酸；
(16R,19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-羧基-1,14-二氧代-4,7,10-三氧杂-17-硫杂-13-氮杂二十烷-20-酸；
(16S,19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-羧基-1,14-二氧代-4,7,10-三氧杂-17-硫杂-13-氮杂二十烷-20-酸；
1-(21-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-21-氧代-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十一烷基)-1H-吡咯-2,5-二酮；
(2R)-2-氨基-28-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,28-二氧代-10,13,16,19,22,25-六氧杂-4-硫杂-7-氮杂二十八烷-1-酸；
(2R,5S)-2-氨基-28-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,28-二氧代-10,13,16,19,22,25-六氧杂-4-硫杂-7-氮杂二十八烷-1-酸；
(2R,5R)-2-氨基-28-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,28-二氧代-10,13,16,19,22,25-六氧杂-4-硫杂-7-氮杂二十八烷-1-酸；
(28R)-28-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-25-羧基-1,23-二氧代-4,7,10,13,16,19-六氧杂-26-硫杂-22-氮杂二十九烷-29-酸；
(25R,28R)-28-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-25-羧基-1,23-二氧代-4,7,10,13,16,19-六氧杂-26-硫杂-22-氮杂二十九烷-29-酸；
(25S,28R)-28-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-25-羧基-1,23-二氧代-4,7,10,13,16,19-六氧杂-26-硫杂-22-氮杂二十九烷-29-酸；
1-((1-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)-1H-吡咯-2,5-二酮；
(2R)-2-氨基-3-((2-(((1-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-2-氧代乙基)硫代)戊二酸；
N-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺；
(19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-(羧甲基)-1,11,15-三氧代-4,7-二氧杂-17-硫杂-10,14-二氮杂二十烷-20-酸；
(16S,19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-(羧甲基)-1,11,15-三氧代-4,7-二氧杂-17-硫杂-10,14-二氮杂二十烷-20-酸；
(16R,19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-(羧甲基)-1,11,15-三氧代-4,7-二氧杂-17-硫杂-10,14-二氮杂二十烷-20-酸；
(20R)-20-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-17-羧基-1,11,15-三氧代-4,7-二氧杂-18-硫杂-10,14-二氮杂二十一烷-21-酸；
(17R,20R)-20-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-17-羧基-1,11,15-三氧代-4,7-二氧杂-18-硫杂-10,14-二氮杂二十一烷-21-酸；
(17S,20R)-20-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-17-羧基-1,11,15-三氧代-4,7-二氧杂-18-硫杂-10,14-二氮杂二十一烷-21-酸；
5-(4-((4-(3-氨基丙基)哌嗪-1-基)甲基)-2-甲氧基苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺；
1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)丙-1-酮；
N-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙酰胺；
(2R)-2-氨基-19-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,9,19-三氧代-13,16-二氧杂-4-硫杂-7,10-二氮杂十九烷-1-酸；
(2R,5S)-2-氨基-19-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,9,19-三氧代-13,16-二氧杂-4-硫杂-7,10-二氮杂十九烷-1-酸；
(2R,5R)-2-氨基-19-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,9,19-三氧代-13,16-二氧杂-4-硫杂-7,10-二氮杂十九烷-1-酸；
(19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-羧基-1,11,14-三氧代-4,7-二氧杂-17-硫杂-10,13-二氮杂二十烷-20-酸；
(16R,19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-羧基-1,11,14-三氧代-4,7-二氧杂-17-硫杂-10,13-二氮杂二十烷-20-酸；
(16S,19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-羧基-1,11,14-三氧代-4,7-二氧杂-17-硫杂-10,13-二氮杂二十烷-20-酸；
4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)-N-(2-(2-(2-(2-(4-((2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)甲基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)哌嗪-1-甲酰胺；
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-1-氧代-5,8,11-三氧杂-2-氮杂十三烷-13-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸；
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-1-氧代-5,8,11-三氧杂-2-氮杂十三烷-13-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸；
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-1-氧代-5,8,11-三氧杂-2-氮杂十三烷-13-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸；
2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-1-氧代-5,8,11-三氧杂-2-氮杂十三烷-13-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸；
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-1-氧代-5,8,11-三氧杂-2-氮杂十三烷-13-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸；
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-1-氧代-5,8,11-三氧杂-2-氮杂十三烷-13-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸；
1-(2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮；
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸；
1-((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)-1H-吡咯-2,5-二酮；
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸；
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸；
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸；
2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸；
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸；
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸；
N-(21-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-21-氧代-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十一烷基)-3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺；
4-((S)-2-((S)-2-(3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酰胺基)-3-甲基丁酰胺基)-5-脲基戊酰胺基)苄基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯；
(2R,3R,4R,5S)-6-(4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)-2-(3-(3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺基)丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸；
(S)-1-(3-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-1H-吡咯-2,5-二酮；
1-(3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-1H-吡咯-2,5-二酮；
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸；
2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸；
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸；
1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-(氨基氧基)乙酮；
1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-氨基乙氧基)丙-1-酮；
N-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺；
(S)-1-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-(氨基氧基)乙酮；
(S)-1-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)丙-1-酮；
(S)-N-(2-(2-(3-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺；
N-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺；
5-(4-((4-(2-(2-(氨基氧基)乙氧基)乙基)哌嗪-1-基)甲基)-2-甲氧基苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺；
N-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)丙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺；
5-(4-((4-(2-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)乙基)哌嗪-1-基)甲基)-2-甲氧基苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺；
N-(2-(2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺；
2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯；
(S)-2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯；
(S)-2-氨基-6-(5-(4-(3-((2-氨基-4-(((S)-1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酰胺基)己酸；
(S)-2-氨基-6-(5-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酰胺基)己酸；
2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)丙基)氨基)-5-氧代戊酸酯；
(S)-2-氨基-6-(5-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)丙基)氨基)-5-氧代戊酰胺基)己酸；
2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯；
(S)-2-氨基-6-(5-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酰胺基)己酸；
全氟苯基5-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯；
全氟苯基3-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)丙酸酯；
全氟苯基3-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)丙酸酯；
(S)-2-氨基-6-(3-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)丙酰胺基)己酸，和
N-(15-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-15-氧代-3,6,9,12-四氧杂十五烷基)-5-((3aS,4S,6aR)-2-氧代六氢-1H-噻吩并[3,4-d]咪唑-4-基)戊酰胺。
实施例56.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其选自：
1-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-1H-吡咯-2,5-二酮；
1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮；
1-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮，和
1-(2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮。
实施例57.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其选自：
(2R,3R,4R,5S)-6-(4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)-2-(3-(3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酰胺基)丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸；
4-((R)-6-氨基-2-((S)-2-(3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺基)-3-苯基丙酰胺基)己酰胺)苄基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯；
4-((S)-2-((S)-2-(3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酰胺基)-3-甲基丁酰胺基)丙酰胺基)苄基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯；
(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)-2-(3-(3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺基)丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸；
(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)-2-(3-(3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酰胺基)丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸；
N-(2-((5-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-甲基-5-氧代戊-2-基)二硫烷基)乙基)-3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺；
1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-4-甲基-4-(甲硫基)戊-1-酮；
(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-((((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-2-(3-(3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酰胺基)丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸；
(2R,2'R)-3,3'-((2-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-氧代乙氧基)亚氨基)丙烷-1,3-二基)双(硫烷二基))双(2-氨基丙酸)；
(R)-2-氨基-6-((((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)甲基)-17-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-10,17-二氧代-8,14-二氧杂-4-硫杂-7,11-二氮杂十七烷-6-烯酸，和
2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙-1-醇。
此外，用较重的同位素，特别是氘(即，2H或D)取代可以提供来源于更大的代谢稳定性(例如，体内半衰期延长或剂量需求减少或治疗指数改进)的某些治疗优点。应理解，在此上下文中的氘被认为是具有式(I)的化合物的取代基。这种较重的同位素(特别是氘)的浓度可以由同位素富集因子来定义。如本文所使用的，术语“同位素富集因子”是指同位素丰度与特定同位素的天然丰度之间的比率。如果本发明的化合物中的取代指示氘，这样的化合物具有针对每个指定的氘原子的同位素富集因子为至少3500(在每个指定的氘原子上52.5％氘掺入)、至少4000(60％氘掺入)、至少4500(67.5％氘掺入)、至少5000(75％氘掺入)、至少5500(82.5％氘掺入)、至少6000(90％氘掺入)、至少6333.3(95％氘掺入)、至少6466.7(97％氘掺入)、至少6600(99％氘掺入)或至少6633.3(99.5％氘掺入)。
根据本发明的药学上可接受的溶剂化物包括其中结晶溶剂可以被同位素取代的那些，例如，D2O、d6-丙酮、d6-DMSO。
用于制备具有式(I)和其子式的化合物的方法
本文描述了用于制备具有式(I)和其子式的化合物的一般方法。在描述的反应中，反应性官能团(例如，羟基、氨基、亚氨基、硫醇或羧基基团，其中这些在最终产物中是需要的)可经保护以避免其在这类反应中非所需的参与。在本文的范围中，除非内容另有明确指示，否则仅非本发明的化合物的特定所需最终产物的成分的易于移除的基团被指定为“保护基团”。官能团受这些保护基团的保护、保护基本身及其裂解反应是描述(例如)在标准参考著作中，诸如J.F.W.McOmie，“Protective Groups in Organic Chemistry[有机化学中的保护基团]”，Plenum出版社(Plenum Press),伦敦和纽约1973，在T.W.Greene及P.G.M.Wuts的“Protective Groups in Organic Synthesis[有机合成中的格林保护基团]”,第三版，威利出版社(Wiley),纽约1999，在“The Peptides[肽]”中；第3卷(编辑：E.Gross和J.Meienhofer)，学术出版社(Academic Press),伦敦和纽约1981,在“Methodender organischen Chemie”(Methods of Organic Chemistry[有机化学方法]),HoubenWeyl,第4版,第15/I卷,格奥尔格蒂梅出版社(Georg Thieme Verlag),斯图加特(Stuttgart)1974中；在H.-D.Jakubke和H.Jeschkeit,“
Figure BDA0002288429950001041
Peptide,Proteine”(Amino acids,Peptides,Proteins[氨基酸、肽、蛋白质]),化学出版社(VerlagChemie),魏因海姆(Weinheim),迪尔菲尔德比奇(Deerfield Beach),和巴塞尔(Basel)1982；以及在Jochen Lehmann,“Chemie der Kohlenhydrate:Monosaccharide undDerivate”(Chemistry of Carbohydrates:Monosaccharides and Derivatives[碳水化合物的化学：单糖和衍生物]),格奥尔格蒂梅出版社(Georg Thieme Verlag),斯图加特(Stuttgart)1974中。保护基的特征在于其可易于移除(即，不发生非所需的副反应)，例如，借由溶剂分解、还原、光解或可替代地在生理条件下(例如，借由酶裂解)移除。
在某些实施例中，通过使具有式(I)和其子式的化合物的游离碱形式与化学计量量的适当的药学上可接受的有机酸或无机酸或适合的阴离子交换试剂反应，将本文提供的具有式(I)和其子式的化合物制备为药学上可接受的酸加成盐。
这样的反应通常在水或有机溶剂或两者的混合物中进行。通常，在可行的情况下，希望使用非水介质，如醚、乙酸乙酯、乙醇、异丙醇或乙腈。
可替代地，使用起始材料或中间体的盐制备具有式(I)和其子式的化合物的盐形式。
可以按本领域技术人员已知的方式制备具有至少一个成盐基团的本发明化合物的盐。例如，例如可以通过用金属化合物，例如适合的有机羧酸的碱金属盐(如2-乙基己酸的钠盐)；用有机碱金属或碱土金属化合物(例如相应的氢氧化物、碳酸盐或碳酸氢盐，如氢氧化钠或氢氧化钾、碳酸钠或碳酸钾、碳酸氢钠或碳酸氢钾)；用相应的钙化合物或用氨或适合的有机胺；优选使用化学计量的量或仅少量过量的成盐剂处理化合物来形成具有酸基团的本发明化合物的盐。本发明化合物的酸加成盐以常规方式获得，例如通过用酸或适合的阴离子交换试剂处理化合物。包含酸和碱成盐基团(例如游离羧基基团和游离氨基基团)的本发明化合物的内盐可以例如通过将盐(例如酸加成盐)中和至等电点(如使用弱碱或通过离子交换剂处理)而形成。
可以根据本领域技术人员已知的方法将盐转化为游离化合物。例如，通过用适合的酸和酸加成盐处理，例如，通过用适合的碱性药剂处理可以转化金属和铵盐。
所有上述方法步骤均可以如下进行：在本领域技术人员已知的反应条件(包括具体提及的那些条件)下，在不存在或通常存在溶剂或稀释剂的情况下，包括例如，对所使用的试剂惰性并溶解所述试剂的溶剂或稀释剂；在不存在或存在催化剂、缩合剂或中和剂的情况下，例如离子交换剂，如阳离子交换剂，例如呈H+形式；取决于在降低的、正常的或升高的温度下反应的性质和/或反应物的性质，例如在从约-100℃至约190℃的温度范围内、包括例如从大约-80℃至大约150℃、例如在从-80℃至-60℃、在室温、在从-20℃至40℃或在回流温度下；在大气压下或在密闭容器中，在适当情况下在压力下；和/或在惰性气氛中(例如在氩气或氮气气氛下)。
具有式(I)和其子式的化合物的药学上可接受的酸加成盐包括但不限于乙酸盐、己二酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐(besylatye)、苯磺酸盐(benzenesulfonate)、碳酸氢盐/碳酸盐、硫酸氢盐/硫酸盐、溴化物/氢溴酸盐、樟脑磺酸盐、右旋樟脑磺酸盐、癸酸盐、氯化物/盐酸盐、叶绿茶酸(chlorotheophyllinate)、柠檬酸盐、乙二磺酸盐(edisylate)、乙二磺酸盐(ethanedisulfonate)、延胡索酸盐、葡庚糖酸盐(gluceptate)、葡庚糖酸盐(glucoheptonate)、葡糖酸盐、葡糖醛酸盐、谷氨酸盐、戊二酸盐、甘醇酸盐、马尿酸盐、氢碘酸盐/碘化物、羟乙基磺酸盐、乳酸盐、乳糖酸盐、月桂基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、扁桃酸盐、甲磺酸盐(mesylate)、甲磺酸盐(methanesulfonate)、甲基硫酸盐、黏液酸盐、萘甲酸盐、萘磺酸盐(napsylate)、2-萘磺酸盐(2-napsylate)、萘磺酸盐(naphthalenesulfonate)、2-萘磺酸盐(2-naphthalenesulfonate)、烟酸盐、硝酸盐、十八酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、磷酸盐/磷酸氢盐/磷酸二氢盐、聚半乳糖醛酸盐、丙酸盐、癸二酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、磺基水杨酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、甲苯磺酸盐、对甲苯磺酸盐、三氟乙酸盐、三苯乙酸盐、三苯基乙酸盐和昔萘酸盐盐形式。
用于形成具有式(I)和其子式的化合物的某些药学上可接受的酸加成盐的有机酸或无机酸包括但不限于乙酸、己二酸、抗坏血酸、天冬氨酸、苯甲酸、苯磺酸、碳酸、樟脑磺酸、癸酸、叶绿茶酸、柠檬酸、乙二磺酸、延胡索酸、D-甘油基-D-古洛糖酸、半乳糖二酸、半乳糖二酸/黏液酸、葡庚糖酸(gluceptic acid)、葡庚糖酸(glucoheptonoic acid)、葡糖酸、葡糖醛酸、谷氨酸、戊二酸、乙醇酸、马尿酸、氢溴酸、盐酸、氢碘酸、羟乙磺酸、乳酸、乳糖酸、月桂基硫酸、苹果酸、马来酸、丙二酸、苦杏仁酸、甲磺酸(mesylic acid)、甲磺酸、黏液酸、萘甲酸、1-羟基-2-萘甲酸、萘磺酸、2-萘磺酸、烟酸、硝酸、十八酸、油酸、草酸、棕榈酸、双羟萘酸、磷酸、聚半乳糖醛酸、丙酸、癸二酸、硬酯酸、琥珀酸、磺基水杨酸、硫酸、酒石酸、对甲苯磺酸、三氟乙酸及三苯基乙酸。
在一个实施例中，本发明提供了3-(3-氟-4-(3-(哌啶-4-基)丙氧基)苯基)-1-甲基-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-6-胺，其处于乙酸盐、己二酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、苯磺酸盐、碳酸氢盐/碳酸盐、硫酸氢盐/硫酸盐、溴化物/氢溴酸盐、樟脑磺酸盐、右旋樟脑磺酸盐、癸酸盐、氯化物/盐酸盐、氯茶碱酸盐、柠檬酸盐、乙二磺酸盐(edisylate)、乙二磺酸盐(ethanedisulfonate)、延胡索酸盐、葡庚糖酸盐(gluceptate)、葡庚糖酸盐(glucoheptonate)、葡糖酸盐、葡糖醛酸盐、谷氨酸盐、戊二酸盐、甘醇酸盐、马尿酸盐、氢碘酸盐/碘化物、羟乙基磺酸盐、乳酸盐、乳糖酸盐、月桂基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、扁桃酸盐、甲磺酸盐(mesylate)、甲磺酸盐(methanesulfonate)、甲基硫酸盐、黏液酸盐、萘甲酸盐、萘磺酸盐(napsylate)、2-萘磺酸盐(2-napsylate)、萘磺酸盐(naphthalenesulfonate)、2-萘磺酸盐(2-naphthalenesulfonate)、烟酸盐、硝酸盐、十八酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、磷酸盐/磷酸氢盐/磷酸二氢盐、聚半乳糖醛酸盐、丙酸盐、癸二酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、磺基水杨酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、甲苯磺酸盐、对甲苯磺酸盐、三氟乙酸盐、三苯乙酸盐、三苯基乙酸盐或昔萘酸盐盐形式。
在一个实施例中，本发明提供了3-(4-(((1r,4r)-4-氨基环己基)甲氧基)-3-氟苯基)-1-甲基-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-6-胺，其处于乙酸盐、己二酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、苯磺酸盐、碳酸氢盐/碳酸盐、硫酸氢盐/硫酸盐、溴化物/氢溴酸盐、樟脑磺酸盐、右旋樟脑磺酸盐、癸酸盐、氯化物/盐酸盐、氯茶碱酸盐、柠檬酸盐、乙二磺酸盐(edisylate)、乙二磺酸盐(ethanedisulfonate)、延胡索酸盐、葡庚糖酸盐(gluceptate)、葡庚糖酸盐(glucoheptonate)、葡糖酸盐、葡糖醛酸盐、谷氨酸盐、戊二酸盐、甘醇酸盐、马尿酸盐、氢碘酸盐/碘化物、羟乙基磺酸盐、乳酸盐、乳糖酸盐、月桂基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、扁桃酸盐、甲磺酸盐(mesylate)、甲磺酸盐(methanesulfonate)、甲基硫酸盐、黏液酸盐、萘甲酸盐、萘磺酸盐(napsylate)、2-萘磺酸盐(2-napsylate)、萘磺酸盐(naphthalenesulfonate)、2-萘磺酸盐(2-naphthalenesulfonate)、烟酸盐、硝酸盐、十八酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、磷酸盐/磷酸氢盐/磷酸二氢盐、聚半乳糖醛酸盐、丙酸盐、癸二酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、磺基水杨酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、甲苯磺酸盐、对甲苯磺酸盐、三氟乙酸盐、三苯乙酸盐、三苯基乙酸盐或昔萘酸盐盐形式。
在一个实施例中，本发明提供了3-(4-((4-氨基二环[2.2.2]辛-1-基)甲氧基)-3-氟苯基)-1-甲基-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-6-胺，其处于乙酸盐、己二酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、苯磺酸盐、碳酸氢盐/碳酸盐、硫酸氢盐/硫酸盐、溴化物/氢溴酸盐、樟脑磺酸盐、右旋樟脑磺酸盐、癸酸盐、氯化物/盐酸盐、氯茶碱酸盐、柠檬酸盐、乙二磺酸盐(edisylate)、乙二磺酸盐(ethanedisulfonate)、延胡索酸盐、葡庚糖酸盐(gluceptate)、葡庚糖酸盐(glucoheptonate)、葡糖酸盐、葡糖醛酸盐、谷氨酸盐、戊二酸盐、甘醇酸盐、马尿酸盐、氢碘酸盐/碘化物、羟乙基磺酸盐、乳酸盐、乳糖酸盐、月桂基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、扁桃酸盐、甲磺酸盐(mesylate)、甲磺酸盐(methanesulfonate)、甲基硫酸盐、黏液酸盐、萘甲酸盐、萘磺酸盐(napsylate)、2-萘磺酸盐(2-napsylate)、萘磺酸盐(naphthalenesulfonate)、2-萘磺酸盐(2-naphthalenesulfonate)、烟酸盐、硝酸盐、十八酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、磷酸盐/磷酸氢盐/磷酸二氢盐、聚半乳糖醛酸盐、丙酸盐、癸二酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、磺基水杨酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、甲苯磺酸盐、对甲苯磺酸盐、三氟乙酸盐、三苯乙酸盐、三苯基乙酸盐或昔萘酸盐盐形式。
在一个实施例中，本发明提供了3-(4-((4-氨基二环[2.2.2]辛-1-基)甲氧基)-3-氯苯基)-1-甲基-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-6-胺，其处于乙酸盐、己二酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、苯磺酸盐、碳酸氢盐/碳酸盐、硫酸氢盐/硫酸盐、溴化物/氢溴酸盐、樟脑磺酸盐、右旋樟脑磺酸盐、癸酸盐、氯化物/盐酸盐、氯茶碱酸盐、柠檬酸盐、乙二磺酸盐(edisylate)、乙二磺酸盐(ethanedisulfonate)、延胡索酸盐、葡庚糖酸盐(gluceptate)、葡庚糖酸盐(glucoheptonate)、葡糖酸盐、葡糖醛酸盐、谷氨酸盐、戊二酸盐、甘醇酸盐、马尿酸盐、氢碘酸盐/碘化物、羟乙基磺酸盐、乳酸盐、乳糖酸盐、月桂基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、扁桃酸盐、甲磺酸盐(mesylate)、甲磺酸盐(methanesulfonate)、甲基硫酸盐、黏液酸盐、萘甲酸盐、萘磺酸盐(napsylate)、2-萘磺酸盐(2-napsylate)、萘磺酸盐(naphthalenesulfonate)、2-萘磺酸盐(2-naphthalenesulfonate)、烟酸盐、硝酸盐、十八酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、磷酸盐/磷酸氢盐/磷酸二氢盐、聚半乳糖醛酸盐、丙酸盐、癸二酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、磺基水杨酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、甲苯磺酸盐、对甲苯磺酸盐、三氟乙酸盐、三苯乙酸盐、三苯基乙酸盐或昔萘酸盐盐形式。
在一个实施例中，本发明提供了4-((2-氯-4-(6-甲氧基-1-甲基-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-3-基)苯氧基)甲基)二环[2.2.2]辛-1-胺，其处于乙酸盐、己二酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、苯磺酸盐、碳酸氢盐/碳酸盐、硫酸氢盐/硫酸盐、溴化物/氢溴酸盐、樟脑磺酸盐、右旋樟脑磺酸盐、癸酸盐、氯化物/盐酸盐、氯茶碱酸盐、柠檬酸盐、乙二磺酸盐(edisylate)、乙二磺酸盐(ethanedisulfonate)、延胡索酸盐、葡庚糖酸盐(gluceptate)、葡庚糖酸盐(glucoheptonate)、葡糖酸盐、葡糖醛酸盐、谷氨酸盐、戊二酸盐、甘醇酸盐、马尿酸盐、氢碘酸盐/碘化物、羟乙基磺酸盐、乳酸盐、乳糖酸盐、月桂基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、扁桃酸盐、甲磺酸盐(mesylate)、甲磺酸盐(methanesulfonate)、甲基硫酸盐、黏液酸盐、萘甲酸盐、萘磺酸盐(napsylate)、2-萘磺酸盐(2-napsylate)、萘磺酸盐(naphthalenesulfonate)、2-萘磺酸盐(2-naphthalenesulfonate)、烟酸盐、硝酸盐、十八酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、磷酸盐/磷酸氢盐/磷酸二氢盐、聚半乳糖醛酸盐、丙酸盐、癸二酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、磺基水杨酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、甲苯磺酸盐、对甲苯磺酸盐、三氟乙酸盐、三苯乙酸盐、三苯基乙酸盐或昔萘酸盐形式。
另外的合适的酸加成盐的列表可见于例如“Remington’s PharmaceuticalSciences[雷明顿药物科学]”,第20版,Mack Publishing Company[麦克出版公司],伊斯顿(Easton),宾夕法尼亚州(Pa.),(1985)；以及Stahl和Wermuth的“Handbook ofPharmaceutical Salts:Properties,Selection,and Use[药物盐手册：特性、选择和使用]”(Wiley-VCH出版社,德国魏因海姆,2002)。
可以选择适合于任何特定反应的溶剂，包括那些具体提及的溶剂，或例如，水、酯类(例如低级烷基-低级烷基酸酯，如乙酸乙酯)、醚类(例如脂族醚(如二乙醚)或环醚(如四氢呋喃或二噁烷))、液态芳香烃(例如苯或甲苯)、醇类(例如甲醇、乙醇或1-或2-丙醇)、腈类(例如乙腈)、卤代烃(例如亚甲基氯或氯仿)、酰胺类(例如二甲基甲酰胺或二甲基乙酰胺)、碱(例如杂环氮碱类(如吡啶或N-甲基吡咯烷-2-酮))、羧酸酐(例如低级链烷酸酐(如乙酸酐))、环状、直链或支链烃类(例如环己烷、己烷或异戊烷、甲基环己烷)或这些溶剂的混合物，例如水性溶液，在本方法的描述中另有说明的除外。这类溶剂混合物也可以用在例如通过色谱或分配的后处理。
在某些实施例中，将具有式(I)和其子式的化合物制备或形成为溶剂化物(例如，水合物)。在某些实施例中，具有式(I)和其子式的化合物的水合物可以通过使用有机溶剂(如二噁英、四氢呋喃或甲醇)从水性/有机溶剂混合物中重结晶而制备。此外，本发明的化合物(包括它们的盐)还可以按其水合物形式获得，或包括用于其结晶的其他溶剂。
本发明的化合物可以固有地或通过设计形成具有药学上可接受的溶剂(包括水)的溶剂化物；因此，旨在将本发明包括溶剂化形式和非溶剂化形式两者。术语“溶剂化物”是指本发明的化合物(包括其药学上可接受的盐)与一种或多种溶剂分子的分子复合物。此类溶剂分子(例如，水，乙醇等)是制药领域常用的那些，已知它们对接受者是无害的。术语“水合物”是指其中溶剂分子为水的复合物。
本发明的一种或多种化合物的任何不对称原子(例如，碳等)可以按外消旋或对映异构体富集的形式(例如，(R)-、(S)-或(R,S)-构型)存在。在某些实施例中，每个不对称的原子在(R)-或(S)-构型中具有至少50％对映异构体过量、至少60％对映异构体过量、至少70％对映异构体过量、至少80％对映异构体过量、至少90％对映异构体过量、至少95％对映异构体过量或至少99％对映异构体过量。如果可能，在具有不饱和双键的原子上的取代可以按顺式-(Z)-或反式-(E)-形式存在。
因此，如本文使用，本发明的化合物可以可能的异构体、旋转异构体、阻转异构体、互变异构体或其混合物中的任何一者的形式存在，例如，呈大体上纯几何(顺式或反式)异构体、非对映异构体、光学异构体(对映体)、消旋物或其混合物。
可以基于组分的物理化学差异，例如通过色谱法和/或分级结晶法将任何所得的异构体混合物分离成纯的或基本上纯的几何或旋光异构体、非对映异构体、外消旋体。
可以通过已知方法将任何所得的终产物或中间体的外消旋体拆分成旋光对映体，例如通过分离用光学活性酸或碱得到的其非对映异构体盐，并释放出光学活性的酸性或碱性化合物。特别地，因此可以采用碱性部分将本发明的化合物拆分成它们的旋光对映体，例如通过用光学活性酸形成的盐的分级结晶，例如酒石酸、联苯甲酰酒石酸、二乙酰酒石酸、二-O,O'-对甲苯甲酰酒石酸、扁桃酸、苹果酸或樟脑-10-磺酸。外消旋产物也可以通过手性色谱法分离，例如使用手性吸附剂的高压液相色谱法(HPLC)。
在某些实施例中，将具有式(I)或其子式的化合物制备为其各自的立体异构体。在其他实施例中，通过使化合物的外消旋混合物与旋光活性拆分剂反应以形成一对非对映异构化合物、分离非对映异构体并回收光学纯的对映异构体，将具有式(I)或其子式的化合物制备为其各自的立体异构体。在某些实施例中，对映异构体的拆分是使用具有式(I)或其子式的化合物的共价非对映异构体衍生物或通过使用可解离的复合物(例如，结晶非对映异构体盐)进行的。非对映异构体具有不同的物理性质(例如，熔点、沸点、溶解度、反应性等)，并且通过利用这些不同点而容易地被分离。在某些实施例中，通过色谱法或通过基于溶解度差异的分离/拆分技术分离非对映异构体。然后通过任何不会导致外消旋化的实用方法，将光学纯的对映异构体与拆分剂一起回收。适用于从外消旋混合物中拆分化合物的立体异构体的技术的更详细描述可发现于Jean Jacques,Andre Collet,Samuel H.Wilen,“Enantiomers,Racemates and Resolutions[对映异构体、外消旋体和拆分]”,John WileyAnd Sons,Inc.[约翰威利父子出版公司],1981。
可以按本领域技术人员已知的方式将根据本发明可获得的异构体的混合物分离成单独的异构体；非对映异构体可以例如通过在多相溶剂混合物之间分配、重结晶和/或色谱分离(例如经硅胶或通过例如经反相柱的中压液相色谱)进行分离；并且外消旋体可以例如通过以下进行分离：用旋光纯的成盐试剂形成盐并对如此获得的非对映异构体的混合物例如通过分步结晶或通过光学活性柱材料色谱法进行分离。
取决于起始材料及程序的选择，本发明的化合物的某些实施例是以可能的异构体中的任何一者的形式存在或作为其混合物存在，例如作为纯光学异构体或作为异构体混合物，诸如外消旋物及非对映异构体混合物存在，此取决于非对称碳原子的数量。本发明旨在包括所有这些可能的异构体，包括外消旋混合物、非对映异构体混合物和光学纯的形式。光学活性(R)-及(S)-异构体可使用手性合成子或手性试剂制备或使用常规技术解析。如果所述化合物含有双键，取代基可以是E或Z构型。如果所述化合物含有二取代的环烷基，环烷基取代基可以具有顺式-或反式-构型。所有互变异构形式也旨在包括在内。
可以根据标准方法，例如使用色谱法、分配法、(重)结晶等，对中间体和终产物进行后处理和/或纯化。本发明还涉及方法的如下形式，其中在所述方法的任何阶段都将可获得为中间体的化合物用作起始材料，并进行其余的方法步骤，或其中在反应条件下形成起始材料或以衍生物形式使用，例如以保护形式或以盐的形式使用，或通过根据本发明的方法可获得的化合物在方法条件下产生并进一步原位加工。用于合成本发明化合物的所有起始材料、结构单元、试剂、酸、碱、脱水剂、溶剂和催化剂是可商购获得的或可通过本领域普通技术人员已知的有机合成方法制备。
具有式(I)和其子式(式(Ia)和式(Ib))的化合物通过本文一般方案中所述和实例中所述的方法制备。
方案1A说明了用于制备某些具有式(A1)的化合物的非限制性合成方案，其中-接头-R4部分通过酰胺键附接至中间体(中间体A1)。在方案1A中，接头是具有末端羰基部分(即，-L’-C(＝O))的任何接头(L’)。同样在方案1A中，R1是如本文所述的，并且R4是可以与硫醇、二硫化物、胺、酮、二酮、叠氮化物或炔反应的反应性部分。方案1B说明了用于制备某些具有式(A1)的化合物的非限制性合成方案，其中-接头-R4部分通过酰胺键附接至中间体(中间体A1)。在方案1B中，接头是具有末端羰基部分(即，-L’-C(＝O))的接头(L’)。同样在方案1B中，R1是如本文所述的，并且R4部分具有氨基基团(例如羟胺或胺)，并且RB是具有保护的氨基基团的部分(其中Prot是保护基团，例如Boc、Fmoc和Cbz)。
方案1
Figure BDA0002288429950001141
可以使用加热、EDCI偶联、HATU偶联、HBTU偶联、TBTU偶联或T3P偶联来完成这种酰胺键形成。
方案2A说明了用于制备某些具有式(A2)的化合物的非限制性合成方案，其中-接头-R4部分通过酰胺键附接至中间体(中间体A2)。在方案2A中，接头是具有末端羰基部分(即，-L’-C(＝O))的任何接头(L’)。同样在方案2A中，R1是如本文所述的，并且R4是可以与硫醇、二硫化物、胺、酮、二酮、叠氮化物或炔反应的反应性部分。方案2B说明了用于制备某些具有式(A2)的化合物的非限制性合成方案，其中-接头-R4部分通过酰胺键附接至中间体(中间体A2)。在方案2B中，接头是具有末端羰基部分(即，-L’-C(＝O))的接头(L’)。同样在方案2B中，R1是如本文所述的，并且R4部分具有氨基基团(例如羟胺或胺)，并且RB是具有保护的氨基基团的部分(其中Prot是保护基团，例如Boc、Fmoc和Cbz)。
方案2
Figure BDA0002288429950001151
可以使用加热、EDCI偶联、HATU偶联、HBTU偶联、TBTU偶联或T3P偶联来完成这种酰胺键形成。
方案3A说明了用于制备某些具有式(Ia)的化合物的非限制性合成方案，其中-L2-R4部分通过酰胺键附接至中间体(中间体A1)。可以使用加热、EDCI偶联、HATU偶联、HBTU偶联、TBTU偶联或T3P偶联来完成这种酰胺键形成。在方案3A中，接头(L2)包含具有末端羰基部分(即，-LA-C(＝O))的接头部分(LA)。方案3B说明了用于制备某些具有式(I)的化合物的非限制性合成方案，其中-L2-R4部分通过酰胺键附接至中间体(中间体A1)。可以使用加热、EDCI偶联、HATU偶联、HBTU偶联、TBTU偶联或T3P偶联来完成这种酰胺键形成。在方案3B中，接头(L2)包含具有末端羰基部分(即，-LA-C(＝O))的接头部分(LA)，并且RB是具有受保护的氨基基团的部分(其中Prot是保护基团，例如Boc、Fmoc和Cbz)。
方案3
Figure BDA0002288429950001161
方案4A说明了用于制备某些具有式(Ib)的化合物的非限制性合成方案，其中-L2-R4部分通过酰胺键附接至中间体(中间体A2)。可以使用加热、EDCI偶联、HATU偶联、HBTU偶联、TBTU偶联或T3P偶联来完成这种酰胺键形成。在方案4A中，接头(L2)包含具有末端羰基部分(即，-LA-C(＝O))的接头部分(LA)。方案4B说明了用于制备某些具有式(Ib)的化合物的非限制性合成方案，其中-L2-R4部分通过酰胺键附接至中间体(中间体A2)。可以使用加热、EDCI偶联、HATU偶联、HBTU偶联、TBTU偶联或T3P偶联来完成这种酰胺键形成。在方案4B中，接头(L2)包含具有末端羰基部分(即，-LA-C(＝O))的接头部分(LA)，并且RB是具有受保护的氨基基团的部分(其中Prot是保护基团，例如Boc、Fmoc和Cbz)。
方案4
Figure BDA0002288429950001171
在方案3和4中，
R4是
Figure BDA0002288429950001172
Figure BDA0002288429950001173
-ONH2、-NH2、
Figure BDA0002288429950001174
-N3、
Figure BDA0002288429950001175
-NHC(＝O)CH＝CH2、SH、-SSR6、-S(＝O)2(CH＝CH2)、-(CH2)2S(＝O)2(CH＝CH2)、-NHS(＝O)2(CH＝CH2)、-NHC(＝O)CH2Br、-NHC(＝O)CH2I、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950001176
-CO2H、-C(O)NHNH2、
Figure BDA0002288429950001181
RB是-ONH-；
LA是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
L2是-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
其中X1是
Figure BDA0002288429950001182
X2是 并且X3是
Figure BDA0002288429950001192
以及
R1、R7、R8、R9和R10是如本文定义的。
方案5说明了用于制备某些具有式(B1)的化合物的非限制性合成方案，其中-接头-R4部分通过中间体(中间体A1)的仲胺的烷基化附接至中间体(中间体A1)。在方案5中，接头(LA)最初被末端醛(即，-LA-C(＝O)H)官能化，并然后与中间体(中间体A1)的仲胺反应。同样在方案5中，R1是如本文所述的，并且R4是可以与硫醇、二硫化物、胺、酮、二酮、叠氮化物或炔反应的反应性部分。
方案5
这样的N-烷基化可以使用还原剂(例如NaCNBH3、NaBH4或NaBH(OAC)3)来完成。
方案6说明了用于制备某些具有式(B2)的化合物的非限制性合成方案，其中-接头-R4部分通过中间体(中间体A2)的仲胺的烷基化附接至中间体(中间体A2)。在方案6中，接头(LA)最初被末端醛(即，-LA-C(＝O)H)官能化，并然后与中间体(中间体A2)的仲胺反应。同样在方案6中，R1是如本文所述的，并且R4是可以与硫醇、二硫化物、胺、酮、二酮、叠氮化物或炔反应的反应性部分。
方案6
Figure BDA0002288429950001201
这样的N-烷基化可以使用还原剂(例如NaCNBH3、NaBH4或NaBH(OAC)3)来完成。
方案7说明了用于制备某些具有式(Ia)的化合物的非限制性合成方案，其中-L2-R4部分通过中间体(中间体A1)的仲胺的烷基化附接至中间体(中间体A1)。在方案7中，接头部分LA最初被末端醛(即，-L’-C(＝O)H)官能化，然后与中间体(中间体A1)的仲胺反应，从而形成接头L2，其包含具有末端-CH2-基团的接头部分LA。这样的N-烷基化可以使用还原剂(例如NaCNBH3、NaBH4或NaBH(OAC)3)来完成。
方案7
Figure BDA0002288429950001202
方案8说明了用于制备某些具有式(Ib)的化合物的非限制性合成方案，其中-L2-R4部分通过中间体(中间体A2)的仲胺的烷基化附接至中间体(中间体A2)。在方案8中，接头部分(LA)最初被末端醛(即，-L’-C(＝O)H)官能化，然后与中间体(中间体A2)的仲胺反应，从而形成接头(L2)，其包含具有末端-CH2-基团的接头部分LA。这样的N-烷基化可以使用还原剂(例如NaCNBH3、NaBH4或NaBH(OAC)3)来完成。
方案8
Figure BDA0002288429950001211
在方案7和8中，
R4是如方案3和4所定义；
LA是-(CH2)(n-1)-、-((CH2)(n-1)O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)(n-1)X1(CH2)n-、-(CH2)(n-1)NHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)(n-1)NHC(＝O(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-或-((CH2)(n-1)O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-或-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n；
其中X1是
Figure BDA0002288429950001212
以及
R1和R7是如本文所定义的。
方案9说明了用于制备某些具有式(A1)的化合物的非限制性合成方案，其中-接头-R4部分通过酰胺键附接至中间体(中间体A1)。在方案9中，接头是具有末端羰基部分(即，-L’-C(＝O))的任何接头(L’)。同样在方案9中，R1是如本文所述的，R4是
Figure BDA0002288429950001213
并且RC是
方案9
Figure BDA0002288429950001221
可以使用加热、EDCI偶联、HATU偶联、HBTU偶联、TBTU偶联或T3P偶联来完成这种酰胺键形成。
方案10说明了用于制备某些具有式(A2)的化合物的非限制性合成方案，其中-接头-R4部分通过酰胺键附接至中间体(中间体A2)。在方案10中，接头是具有末端羰基部分(即，-L’-C(＝O))的任何接头(L’)。同样在方案10中，R1是如本文所述的，R4是
Figure BDA0002288429950001222
并且RC是
Figure BDA0002288429950001223
方案10
Figure BDA0002288429950001224
可以使用加热、EDCI偶联、HATU偶联、HBTU偶联、TBTU偶联或T3P偶联来完成这种酰胺键形成。
方案11说明了用于制备某些具有式(Ia)的化合物的非限制性合成方案，其中-L2-R4部分通过酰胺键附接至中间体(中间体A1)。
在方案11中，接头(L2)包含具有末端羰基部分(即，-LA-C(＝O))的接头部分(LA)。可以使用加热、EDCI偶联、HATU偶联、HBTU偶联、TBTU偶联或T3P偶联来完成这种酰胺键形成。
方案11
Figure BDA0002288429950001231
方案12说明了用于制备某些具有式(Ib)的化合物的非限制性合成方案，其中-L2-R4部分通过酰胺键附接至中间体(中间体A2)。
在方案12中，接头(L2)包含具有末端羰基部分(即，-LA-C(＝O))的接头部分(LA)。可以使用加热、EDCI偶联、HATU偶联、HBTU偶联、TBTU偶联或T3P偶联来完成这种酰胺键形成。
方案12
Figure BDA0002288429950001232
在方案11和12中，
R4是
Figure BDA0002288429950001233
RC是
Figure BDA0002288429950001234
LA是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-；
L2是-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-；
其中X1是
Figure BDA0002288429950001241
X2是
Figure BDA0002288429950001242
Figure BDA0002288429950001245
并且X3是
Figure BDA0002288429950001244
以及
R1和R7是如本文所定义的。
中间体
以下给出了用于制备本发明的具有式(I)和其子式的化合物(即，具有式(Ia)和式(Ib)的化合物)的中间体的合成。
中间体1
5-(2-甲氧基-4-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1)的合成
Figure BDA0002288429950001251
步骤1：甲基4-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苯甲酸酯(3)的制备
用4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2-胺(1，可商购，1.0当量)、甲基4-(溴甲基)-3-甲氧基苯甲酸酯(2，可商购，1.0当量)、碳酸铯(1.0当量)和DMF(1.0M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌18小时，并然后真空去除溶剂。向所得混合物中添加EtOAc，并在真空中去除溶剂。向所述混合物中添加DCM，并真空去除溶剂。然后通过ISCO色谱法(0-10％MeOH:DCM，梯度)对粗反应混合物进行纯化，得到呈固体的甲基4-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苯甲酸酯(3)。
步骤2：(4-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苯基)甲醇(4)
将氢化锂铝(LAH)(1.0当量，粉末)在THF(0.3M)中的浆液在圆底烧瓶中制备，冷却至0℃，并剧烈搅拌15分钟。向所述混合物中分批添加甲基4-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苯甲酸酯(3，1.0当量，来自先前的步骤)。移除冰浴，并将反应混合物在室温下搅拌4小时，其中添加另外的LAH直到反应完成。将Et2O添加至反应混合物中，并然后将所述混合物转移至锥形瓶，并在剧烈搅拌下冷却至0℃。然后通过缓慢添加饱和的硫酸钠溶液淬灭所述反应。获得白色沉淀，并将混合物通过包含硅藻土的玻璃料过滤，并用THF和Et2O洗涤。然后真空去除挥发物，并将所述物质无需进一步纯化用于下一个步骤。
步骤3：叔丁基4-(4-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(5)
在0℃下，将亚硫酰氯(10.0当量)添加至圆底烧瓶，所述圆底烧瓶含有在DCM(0.1M)中的(4-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苯基)甲醇(4，1.0当量，来自步骤2)。然后移除冰浴，并将所述反应混合物在室温下搅拌4小时。然后将反应混合物冷却回至0℃，并通过添加NaOH(1.0M，40.0当量)和饱和的NaHCO3(水溶液)缓慢淬灭。将所述物质转移至分液漏斗中，并用DCM 3x洗涤。将合并的有机层用硫酸钠干燥，过滤并在真空中去除挥发物。然后将所得粗产物在圆底烧瓶中溶解于DMF(0.1M)，并无需进一步纯化而使用。向所述物质中添加叔丁基哌嗪-1-甲酸酯(1.0当量)和胡宁氏碱(Huenig’sbase)(1.2当量)，并在室温下搅拌18小时。然后将反应混合物用EtOAc稀释，转移至分液漏斗并用饱和的NaCl(水溶液)2x和水2x洗涤。将合并的有机层用硫酸钠干燥，过滤并在真空中去除挥发物。将粗反应混合物通过ISCO色谱法(0-10％MeOH:DCM，梯度)进行纯化，得到呈固体的叔丁基4-(4-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(5)。
步骤4：叔丁基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(7)
用叔丁基4-(4-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(5，1.0当量，来自步骤3)、可商购戊胺(6，3.0当量)、胡宁氏碱(5.0当量)和DMSO(0.5M)填充圆底烧瓶。将反应混合物加热至120℃，并搅拌18小时。然后将反应混合物冷却至室温，并添加水。然后将所述混合物冷冻，并通过冻干去除大部分挥发物。将粗反应混合物通过ISCO色谱法(0-10％MeOH(MeOH含有0.7N NH3):DCM，梯度)进行纯化，得到呈固体的叔丁基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(7)。
步骤5：5-(2-甲氧基-4-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1)
在0℃下，在圆底烧瓶中，将二噁烷(4.0M，20.0当量)中的HCl添加至叔丁基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(6，1.0当量，来自步骤4)在DCM(0.1M)中的溶液中。然后移除冰浴，并将所述反应混合物在室温下搅拌3小时。然后将在MeOH(0.7N)中的NH3添加至反应混合物中，并在真空中去除挥发物。将添加在MeOH(0.7N)中的NH3并在真空中去除挥发物再重复两次。然后将粗反应混合物通过ISCO色谱法(0-20％MeOH(MeOH含有0.7N NH3):DCM，梯度)进行纯化，以提供呈固体的5-(2-甲氧基-4-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1)：1H NMR(CD3OD):δ7.37(d,1H),7.10(s,1H),6.91(d,1H),6.74(d,1H),6.22(d,1H),5.52(s,2H),3.92(s,3H),3.61(s,2H),3.54(t,2H),3.35(s,3H),3.22(m,4H),2.69(m,4H),1.51(m,2H),1.30(m,2H),1.18(m,2H),0.89(s,3H)。LRMS[M+H]＝438.3。
中间体2
(S)-2-((2-氨基-5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-4-基)氨基)己-1-醇(中间体2)的合成
Figure BDA0002288429950001281
步骤1：乙基3-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苯甲酸酯(9)的制备
用4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2-胺(1，可商购，1.0当量)、乙基3-(溴甲基)-4-甲氧基苯甲酸酯(8，可商购，1.0当量)、碳酸铯(1.0当量)和DMF(1.0M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌18小时。然后在真空中去除溶剂。向所得混合物中添加EtOAc，并在真空中去除溶剂。向所述混合物中添加DCM，并在真空中去除溶剂。然后将粗反应混合物通过ISCO色谱法(0-10％MeOH:DCM，梯度)进行纯化，得到呈固体的乙基3-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苯甲酸酯(9)。
步骤2：(3-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苯基)甲醇(10)
将LAH(1.0当量，粉末)在THF(0.3M)中的浆液在圆底烧瓶中制备，冷却至0℃，并剧烈搅拌15分钟。向所述混合物中分批添加乙基3-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苯甲酸酯(9，1.0当量，来自步骤1)。然后移除冰浴，并将反应混合物在室温下搅拌4小时(如果此时反应尚未完成，则添加另外的LAH，并继续搅拌直至反应完成)。然后使用Et2O将反应混合物转移至锥形瓶中。将混合物冷却至0℃并剧烈搅拌。然后通过缓慢添加饱和的硫酸钠溶液淬灭所述反应。获得白色沉淀，并将混合物通过包含硅藻土的玻璃料过滤，并用THF和Et2O洗涤。然后真空去除挥发物，并将所述物质无需进一步纯化用于下一个步骤。
步骤3：叔丁基4-(3-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(11)
在0℃下，将亚硫酰氯(10.0当量)添加至圆底烧瓶中，所述圆底烧瓶含有在DCM(0.1M)中的(3-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苯基)甲醇(10，1.0当量，来自步骤2)。然后移除冰浴，并将反应混合物在室温下搅拌4小时。然后将反应混合物冷却至0℃，并通过添加NaOH(1.0M，40.0当量)和饱和的NaHCO3(水溶液)缓慢淬灭。将所述物质转移至分液漏斗中，并用DCM 3x洗涤。将合并的有机层用硫酸钠干燥，过滤并在真空中去除挥发物。然后将所得粗产物在圆底烧瓶中溶解于DMF(0.1M)，并无需进一步纯化而使用。向所述物质中添加叔丁基哌嗪-1-甲酸酯(1.0当量)和胡宁氏碱(Huenig’sbase)(1.2当量)，并在室温下搅拌18小时。然后将反应混合物用EtOAc稀释，转移至分液漏斗并用饱和的NaCl(水溶液)2x和水2x洗涤。将合并的有机层用硫酸钠干燥，过滤并在真空中去除挥发物。将粗反应混合物通过ISCO色谱法(0-10％MeOH:DCM，梯度)进行纯化，得到呈固体的叔丁基4-(3-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(11)。
步骤4：(S)-叔丁基4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(12)
用叔丁基4-(3-((2-氨基-4-氯-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(11，1.0当量，来自步骤3)、可商购的(S)-2-氨基己-1-醇(3.0当量)、胡宁氏碱(5.0当量)和DMSO(0.5M)填充圆底烧瓶。将反应混合物加热至120℃，并搅拌18小时。然后将反应混合物冷却至室温，并添加水。然后将所述混合物冷冻，并通过冻干去除大部分挥发物。将粗反应混合物通过ISCO色谱法(0-10％MeOH(MeOH含有0.7N NH3):DCM，梯度)进行纯化，得到呈固体的(S)-叔丁基4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(12)。
步骤5：实例1-(S)-2-((2-氨基-5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-4-基)氨基)己-1-醇(中间体2)
在0℃下，在圆底烧瓶中，将二噁烷(4.0M，20.0当量)中的HCl添加至(S)-叔丁基4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(12，1.0当量，来自步骤4)在DCM(0.1M)中的溶液中。然后移除冰浴，并将所述反应混合物在室温下搅拌3小时。然后将在MeOH(0.7N)中的NH3添加至反应混合物中，并在真空中去除挥发物。将添加在MeOH(0.7N)中的NH3并在真空中去除挥发物再重复两次。然后将粗反应混合物通过ISCO色谱法(0-20％MeOH(MeOH含有0.7N NH3):DCM，梯度)进行纯化，以提供呈固体的(S)-2-((2-氨基-5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-4-基)氨基)己-1-醇(中间体2)：1H(CD3OD):δ7.50(d,1H),7.29(d,1H),7.09(d,1H),6.63(s,1H),6.29(d,1H),5.69(d,1H),5.40(d,1H),4.34(m,1H),3.95(s,3H),3.51(m,2H),3.42(s,2H),3.12(m,4H),2.56(m,2H),1.48(m,1H),1.21(m,3H),0.96(m,2H),0.83(t,3H)。LRMS[M+H]＝468.3。
中间体3
5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体3)的合成
Figure BDA0002288429950001311
5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体3)根据(S)-2-((2-氨基-5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-4-基)氨基)己-1-醇(中间体2)的合成(除了在步骤4中使用可商购N-戊胺代替(S)-2-氨基己-1-醇)而制备。1H NMR(CD3OD):δ7.42(d,1H),7.32(d,1H),7.09(d,1H),6.70(s,1H),6.25(d,1H),5.54(d,2H),3.92(s,3H),3.52(t,2H),3.46(s,2H),3.14(m,4H),2.60(m,4H),1.48(m,2H),1.30(m,2H),1.13(m,2H),0.88(t,3H)。LRMS[M+H]＝438.3。
本发明的抗体缀合物
本发明的抗体缀合物包含TLR7激动剂，并且具有式(II)的结构：
其中：
R50是
Figure BDA0002288429950001313
其中*指示与Ab的附接点；
Ab是特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是
Figure BDA0002288429950001321
-S-、-NHC(＝O)CH2-、-S(＝O)2CH2CH2-、-(CH2)2S(＝O)2CH2CH2-、-NHS(＝O)2CH2CH2、-NHC(＝O)CH2CH2-、-CH2NHCH2CH2-、-NHCH2CH2-、
Figure BDA0002288429950001322
Figure BDA0002288429950001331
X1是
X2是
Figure BDA0002288429950001332
Figure BDA0002288429950001333
X3是
Figure BDA0002288429950001341
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
R12是H、甲基或苯基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数。
本发明的化合物的某些方面及实例是提供在额外的枚举型实施例的下列列表中。应认识到，每个实施例中指定的特征可以与其他指定特征组合以提供本发明的另外实施例。
实施例58.具有式(II)的抗体缀合物，其中：
R50是其中*指示与Ab的附接点；
Ab是特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是
Figure BDA0002288429950001351
Figure BDA0002288429950001352
-S-、-NHC(＝O)CH2-、-S(＝O)2CH2CH2-、-(CH2)2S(＝O)2CH2CH2-、-NHS(＝O)2CH2CH2、-NHC(＝O)CH2CH2-、-CH2NHCH2CH2-、-NHCH2CH2-、
Figure BDA0002288429950001353
Figure BDA0002288429950001354
Figure BDA0002288429950001361
X1是
Figure BDA0002288429950001364
X2是
Figure BDA0002288429950001362
X3是
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
R12是H、甲基或苯基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数。
实施例59.具有式(II)的抗体缀合物(具有式(IIa)或式(IIb)的结构)及其药学上可接受的盐：
Figure BDA0002288429950001371
其中：
Ab是特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是
Figure BDA0002288429950001372
-S-、-NHC(＝O)CH2-、-S(＝O)2CH2CH2-、-(CH2)2S(＝O)2CH2CH2-、-NHS(＝O)2CH2CH2、-NHC(＝O)CH2CH2-、-CH2NHCH2CH2-、-NHCH2CH2-、
X1是X2是
Figure BDA0002288429950001383
Figure BDA0002288429950001384
X3是
Figure BDA0002288429950001391
Figure BDA0002288429950001392
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
R12是H、甲基或苯基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数。
实施例60.具有式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物及其药学上可接受的盐，其中：
Ab是特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是
Figure BDA0002288429950001401
-S-、-NHC(＝O)CH2-、-S(＝O)2CH2CH2-、-(CH2)2S(＝O)2CH2CH2-、-NHS(＝O)2CH2CH2、-NHC(＝O)CH2CH2-、-CH2NHCH2CH2-、-NHCH2CH2-、
Figure BDA0002288429950001402
X1是
X2是
Figure BDA0002288429950001412
X3是
Figure BDA0002288429950001413
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
R12是H、甲基或苯基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数。
实施例61.具有式(II)的抗体缀合物(具有式(IIa)或式(IIb)的结构)及其药学上可接受的盐：
Figure BDA0002288429950001414
Figure BDA0002288429950001421
其中：
Ab是特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是或-S-；
X1是
X2是
X3是
Figure BDA0002288429950001425
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数。
实施例62.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：
Ab是特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是
Figure BDA0002288429950001431
X1是X2是
Figure BDA0002288429950001433
X3是
Figure BDA0002288429950001441
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数。
实施例63.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：
Ab是特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2；
R2是-C4-C6烷基；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是
Figure BDA0002288429950001442
X1是
Figure BDA0002288429950001443
X2是
Figure BDA0002288429950001444
X3是
Figure BDA0002288429950001451
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数。
实施例64.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：
Ab是特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2；
R2是-C4-C6烷基；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-；
R40是
Figure BDA0002288429950001452
X1是
Figure BDA0002288429950001453
X2是
Figure BDA0002288429950001454
X3是
Figure BDA0002288429950001455
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数。
实施例65.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：
Ab是特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2；
R2是-C4-C6烷基；
L2是-(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)n；
R40是
Figure BDA0002288429950001461
以及
每个n独立地选自1、2、3和4，并且
y是从1至16的整数。
实施例66.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：
Ab是特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2；
R2是-C4-C6烷基；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-；
R40是
Figure BDA0002288429950001462
X1是
Figure BDA0002288429950001463
X2是
Figure BDA0002288429950001464
X3是
Figure BDA0002288429950001465
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数。
实施例67.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：R1是-NHR2。
实施例68.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：R1是-NHCHR2R3。
实施例69.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：R2是-C4烷基。
实施例70.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：R2是-C5烷基。
实施例71.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：R2是-C6烷基。
实施例72.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：R3是L1OH；
实施例73.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：L1是-(CH2)-；
实施例74.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：L1是-(CH2CH2)-；
实施例75.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n。
实施例76.具有式(I)、式(Ia)或式(Ib)的化合物，其中：
L2是-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-。
实施例77.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：L2是-(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)n-。
实施例78.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：L2是-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-或-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-。
实施例79.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：
R40是或-S-。
实施例80具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：R40是
实施例81.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：R40是
实施例82.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：R40是
Figure BDA0002288429950001484
或-S-。
实施例83.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：R40是
Figure BDA0002288429950001485
实施例84.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：R40是
Figure BDA0002288429950001491
实施例85.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：
R40是
Figure BDA0002288429950001492
实施例86.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：X1是
Figure BDA0002288429950001494
实施例87.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：X1是
Figure BDA0002288429950001495
实施例88.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：X1是
Figure BDA0002288429950001496
实施例89.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：X2是
Figure BDA0002288429950001497
实施例90.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：X2是
实施例91.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：X2是
Figure BDA0002288429950001499
实施例92.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：X2是
Figure BDA0002288429950001501
实施例93.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：X2是
Figure BDA0002288429950001502
实施例94.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：X3是
Figure BDA0002288429950001503
实施例95.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：X3是
Figure BDA0002288429950001504
实施例96.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：X3是
Figure BDA0002288429950001505
实施例97.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：X3是
Figure BDA0002288429950001506
实施例98.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：X3是
Figure BDA0002288429950001511
实施例99.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：每个m独立地选自1、2、3和4。
实施例100.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：每个m是1或2。
实施例101.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：每个n独立地选自1、2、3和4。
实施例102.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：每个n是2或3。
实施例103.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18。
实施例104.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中：每个t独立地选自1、2、3、4、5和6。
实施例105.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中y是从1至16的整数。
实施例106.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中y是从1至8的整数。
实施例107.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其中y是从1至4的整数。
实施例108.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其选自：
Figure BDA0002288429950001521
Figure BDA0002288429950001531
Figure BDA0002288429950001541
Figure BDA0002288429950001551
Figure BDA0002288429950001561
Figure BDA0002288429950001571
其中y是从1至4的整数，并且Ab是抗HER2抗体或其抗原结合片段。
实施例109.具有式(II)、式(IIa)或式(IIb)的抗体缀合物，其选自：
Figure BDA0002288429950001572
以及
Figure BDA0002288429950001602
还提供了用于评估本发明抗体缀合物的分析方法学的某些方面的方案。这种分析方法和结果可以证明缀合物具有有利的特性，例如使它们更容易制造、更容易施用于患者、对患者更有效和/或潜在更安全的特性。一个实例是通过尺寸排阻色谱法(SEC)测定分子大小，其中样品中所期望抗体种类的量相对于样品中存在的高分子量污染物(例如，二聚体、多聚体或聚集抗体)或低分子量污染物(例如，抗体片段、降解产物或单独抗体链)的量来确定。通常，期望具有更高量的单体和更低量的例如聚集的抗体，这是由于例如聚集体对抗体样品的其他特性的影响，这些其他特性如但不限于清除率、免疫原性和毒性。另一个实例是通过疏水相互作用色谱法(HIC)测定疏水性，其中相对于一组已知特性的标准抗体评估样品的疏水性。通常，期望具有低疏水性，这是由于疏水性对抗体样品的其他特性的影响，这些其他特性如但不限于聚集性、随时间的聚集性、对表面的粘附性、肝毒性、清除率和药代动力学暴露。参见Damle,N.K.,Nat Biotechnol.[自然生物技术]2008；26(8):884-885；Singh,S.K.,Pharm Res.[药物研究]2015；32(11):3541-71。当通过疏水相互作用色谱法测量时，较高的疏水性指数得分(即，从HIC柱洗脱更快)反映缀合物的较低疏水性。如实例70和表3所示，大多数测试的抗体缀合物显示出大于0.8的疏水性指数。在一些实施例中，提供了如通过疏水相互作用色谱法所测得的，具有0.8或更高疏水性指数的抗体缀合物。
抗HER2抗体
本文提供的抗体缀合物包括特异性结合人HER2(抗HER2抗体)的抗体或其抗体片段(例如，抗原结合片段)。在许多癌症类型中观察到HER2过表达，例如胃癌、食管癌、结肠癌、直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、子宫癌、子宫内膜癌、膀胱癌、胰腺癌、肺癌、前列腺癌、骨肉瘤、成神经细胞瘤或头颈癌。包含抗HER2抗体的抗体缀合物可以特异性地靶向HER2阳性癌症或肿瘤。
在一些实施例中，本文提供的抗体缀合物包括特异性结合人HER2的单克隆抗体或其抗体片段(例如人或人源化的抗HER2单克隆抗体)。在一些实施例中，与人HER2特异性结合的抗体或其抗体片段可以选自曲妥珠单抗、帕妥珠单抗、玛格妥昔单抗、或HT-19、或其抗体片段或其位点特异性半胱氨酸突变体。
曲妥珠单抗(商品名赫赛汀(Herceptin)或赫克伦(Herclon))是与HER2受体细胞外结构域的近膜部分结合的人源化的单克隆抗体(Hudis CA,N Engl J Med.[新英格兰医学杂志]2007；357(1):39-51)。曲妥珠单抗重链和轻链可变区的氨基酸序列在美国专利号5,821,337中描述。曲妥珠单抗与由人HER2的残基557-561、570-573和593-603形成的三个环区域相互作用(Cho等人.,Nature[自然]421:756-760,2003)。曲妥珠单抗可能通过阻止HER2受体二聚化、促进HER2受体的内吞破坏、抑制细胞外结构域脱落来干扰HER2信号传导(Hudis CA,N Engl J Med.[新英格兰医学杂志]2007；357(1):39-51)。抗HER2抗体的另一个重要作用机制是抗体依赖性细胞毒性(ADCC)的介导。在ADCC中，抗HER2抗体与肿瘤细胞结合，并然后通过Fcγ受体(FcγR)相互作用募集免疫细胞(例如巨噬细胞)。曲妥珠单抗具有保守的人IgG Fc区，并能够募集负责抗体依赖性细胞毒性的免疫效应细胞(Hudis CA,NEnglJ Med.[新英格兰医学杂志]2007；357(1):39-51)。曲妥珠单抗于1998年9月获得美国FDA批准，用于在患者中治疗转移性乳腺癌，所述患者的肿瘤过表达HER2并接受一种或多种针对其转移性疾病的化疗方案。
帕妥珠单抗(还被称为2C4、奥密塔克(Omnitarg)、帕杰塔(Perjeta))是人源化的单克隆抗体，所述抗体与HER2受体的细胞外结构域结合，并抑制HER2与其他HER受体的二聚化。帕妥珠单抗重链和轻链的氨基酸序列在美国专利号7,560,111中描述。帕妥珠单抗主要与人HER2的区域245-333内的残基相互作用，特别是残基His 245、Val 286、Ser 288、Leu295、His 296或Lys 311(Franklin等人.,Cancer Cell[癌细胞]5:317-328,2004)。在破坏乳腺癌和前列腺癌细胞系中HER1-HER2和HER3-HER2复合物的形成方面，帕妥珠单抗显示出比曲妥珠单抗更有效(Agus等人.,J Clin Oncol.[临床肿瘤学杂志]2005；23(11):2534-43.Epub 2005年2月7日)。对于功效，帕妥珠单抗不需要抗体依赖性细胞毒性，因为对于其活性而言不需要完整的Fc区(Agus等人.,J Clin Oncol.[临床肿瘤学杂志]2005；23(11):2534-43.Epub 2005年2月7日)。帕妥珠单抗于2012年6月获得美国FDA批准，用于与曲妥珠单抗和多西他赛组合使用，用于治疗患有HER2阳性转移性乳腺癌的患者，所述患者未接受针对转移性疾病的抗HER2疗法或化学疗法。
玛格妥昔单抗(也被称为MGAH22)是另一种抗HER2单克隆抗体(参见http://www.macrogenics.com/products-margetuximab.html)。对玛格妥昔单抗的Fc区进行优化，使得所述区域与激活性FcγR具有增加的结合，但与免疫效应细胞上的抑制性FcγR具有减少的结合。玛格妥昔单抗目前正处于临床试验中，用于治疗患有复发性或难治性晚期乳腺癌患者，所述患者的肿瘤通过免疫组织化学在2+水平上表达HER2，并缺少通过FISH HER2基因扩增的证据。
HT-19是另一种抗HER2单克隆抗体，与人HER2中的不同于曲妥珠单抗或帕妥珠单抗的表位的表位结合，并且显示与曲妥珠单抗相当地抑制HER2信号传导，并与曲妥珠单抗和帕妥珠单抗组合增强HER2的降解(Bergstrom D.A.等人.,Cancer Res.[癌症研究]2015；75:LB-231)。
其他适合的抗HER2单克隆抗体包括但不限于抗HER2抗体，其描述在美国专利号：9,096,877；9,017,671；8,975,382；8,974,785；8,968,730；8,937,159；8,840,896；8,802,093；8,753,829；8,741,586；8,722,362；8,697,071；8,652,474；8,652,466；8,609,095；8,512,967；8,349,585；8,241,630；8,217,147；8,192,737；7,879,325；7,850,966；7,560,111；7,435,797；7,306,801；6,399,063；6,387,371；6,165,464；5,772,997；5,770,195；5,725,856；5,720,954；5,677,171中。
在一些实施例中，抗HER2抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)包含具有表1所述的任何VH结构域的氨基酸序列的VH结构域。其他合适的抗HER2抗体或抗体片段(例如抗原结合片段)可包括如下氨基酸，所述氨基酸已经突变但在VH结构域中与表1中描述的序列中描绘的VH区具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性。在某些实施例中，本披露还提供了特异性结合HER2的抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)，其中这些抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)包含具有表1中列出的任一VH CDR的氨基酸序列的VHCDR。在具体实施例中，本发明提供了特异性结合HER2的抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)，这些抗体或抗体片段包含一个、两个、三个、四个、五个或更多个具有表1中列出的任何VH CDR的氨基酸序列的VH CDR(或任选地，由其组成)。
在一些实施例中，抗HER2抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)包含具有表1中所述的任何VL结构域的氨基酸序列的VL结构域。其他合适的抗HER2抗体或抗体片段(例如抗原结合片段)可包括如下氨基酸，所述氨基酸已经突变但在VL结构域中与表1中描述的序列中描绘的VL区具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性。本披露还提供了特异性结合HER2的抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)，这些抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)包含具有表1中列出的任一VL CDR的氨基酸序列的VL CDR。具体地，本发明提供了特异性结合HER2的抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)，这些抗体或抗体片段包含一个、两个、三个或更多个具有表1中列出的任何VL CDR的氨基酸序列的VL CDR(或任选地，由其组成)。
表1.示例性抗HER2单克隆抗体的序列
Figure BDA0002288429950001641
Figure BDA0002288429950001661
Figure BDA0002288429950001671
Figure BDA0002288429950001681
Figure BDA0002288429950001691
Figure BDA0002288429950001711
Figure BDA0002288429950001721
本文披露的其他抗HER2抗体或抗体片段(例如抗原结合片段)包括如下氨基酸，所述氨基酸已经突变但在CDR区中与表1中描述的序列中描绘的CDR区具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性。在一些实施例中，其包括突变氨基酸序列，其中当与表1中描述的序列中描绘的CDR区相比时，CDR区中不超过1、2、3、4或5个氨基酸已经突变。
本文还提供了编码特异性结合HER2(例如表1中的核酸序列)的抗体及其抗原结合片段的VH、VL、全长重链和全长轻链的核酸序列。此类核酸序列可以针对哺乳动物细胞中的表达进行优化。
本文披露的其他抗HER2抗体包括如下那些抗体，其中这些氨基酸或编码这些氨基酸的核酸已经突变但与表1中描述的序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性。在一些实施例中，抗体或其抗原结合片段包括突变氨基酸序列，其中当与表1中描述的序列中描绘的可变区相比时，在可变区中不超过1、2、3、4或5个氨基酸已经突变，但同时基本上保持相同的治疗活性。
由于每种提供的抗体与HER2结合，因此VH、VL、全长轻链和全长重链序列(氨基酸序列和编码所述氨基酸序列的核苷酸序列)可以是“混合且匹配的”以产生本文披露的其他HER2结合抗体。可以使用本领域已知的结合测定法(例如，ELISA，实例中描述的测定法)测试这种“混合且匹配的”HER2结合抗体。当链被混合且匹配时，来自特定VH/VL配对的VH序列应当用结构上相似的VH序列置换。来自特定全长重链/全长轻链配对的全长重链序列应当用结构上相似的全长重链序列置换。来自特定VH/VL配对的VL序列应当用结构上相似的VL序列置换。来自特定全长重链/全长轻链配对的全长轻链序列应当用结构上相似的全长轻链序列置换。
因此，在一个实施例中，本发明提供了一种分离的单克隆抗体或其抗原结合区，所述单克隆抗体或其抗原结合区具有：重链可变区，其包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列；和轻链可变区，其包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列；其中抗体特异性结合HER2。在另一个实施例中，本发明提供了(i)分离的单克隆抗体，所述单克隆抗体具有：全长重链，其包含SEQ IDNO:9、21、23、30或32中任一个的氨基酸序列；和全长轻链，其包含SEQ ID NO:19的氨基酸序列；或(ii)一种包含其抗原结合部分的功能性蛋白。
在另一个实施例中，本披露提供了HER2结合抗体，这些抗体包含如表1所述的重链CDR1、CDR2和CDR3以及轻链CDR1、CDR2和CDR3，或其组合。抗体的VH CDR1的氨基酸序列显示在SEQ ID NO:1、4和6中。抗体的VH CDR2的氨基酸序列显示在SEQ ID NO:2和5中。抗体的VHCDR3的氨基酸序列显示在SEQ ID NO:3中。抗体的VL CDR1的氨基酸序列显示在SEQ ID NO:11和14中。抗体的VL CDR2的氨基酸序列显示在SEQ ID NO:12和15中。抗体的VL CDR3的氨基酸序列显示在SEQ ID NO:13和16中。
鉴于这些抗体中的每一种都可以与HER2结合且抗原结合特异性主要由CDR1、CDR2和CDR3区提供，VH CDR1、CDR2和CDR3序列以及VL CDR1、CDR2和CDR3序列可以是“混合且匹配的”(即，来自不同抗体的CDR可以被混合且匹配)，但每种抗体必须含有VH CDR1、CDR2和CDR3以及VL CDR1、CDR2和CDR3以产生本文披露的其他HER2结合分子。可以使用本领域已知的结合测定和实例中描述的那些结合测定(例如，ELISA)来测试此类“混合且匹配的”HER2结合抗体。当混合并匹配VH CDR序列时，来自特定VH序列的CDR1、CDR2和/或CDR3序列应当置换为一种或多种结构上相似的CDR序列。同样，当混合并匹配VL CDR序列时，来自特定VL序列的CDR1、CDR2和/或CDR3序列应当置换为一种或多种结构上相似的CDR序列。对于普通技术人员来说容易清楚的是，可以通过取代来自对于本披露单克隆抗体的本文所示CDR序列的具有结构相似序列的一个或多个VH和/或VL CDR区序列来产生新的VH和VL序列。
因此，本披露提供了一种分离的单克隆抗体或其抗原结合区，所述分离的单克隆抗体或其抗原结合区包含：重链CDR1，其包含选自由SEQ ID NO:1、4和6组成的组的氨基酸序列；重链CDR2，其包含选自由SEQ ID NO:2和5组成的组的氨基酸序列；重链CDR3，其包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；轻链CDR1，其包含选自由SEQ ID NO:11和14组成的组的氨基酸序列；轻链CDR2，其包含选自由SEQ ID NO:12和15组成的组的氨基酸序列；和轻链CDR3，其包含选自由SEQ ID NO:13和16组成的组的氨基酸序列；其中抗体特异性结合HER2。
在某些实施例中，特异性结合HER2的抗体是表1所述的抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)。
在一些实施例中，特异性结合人HER2的抗体包含：重链互补决定区1(HCDR1)，其包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列；重链互补决定区2(HCDR2)，其包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列；重链互补决定区3(HCDR3)，其包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；轻链互补决定区1(LCDR1)，其包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列；轻链互补决定区2(LCDR2)，其包含SEQ IDNO:12的氨基酸序列；和轻链互补决定区3(LCDR3)，其包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列。
在一些实施例中，特异性结合人HER2的抗体包含：HCDR1，其包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列；HCDR2，其包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列；HCDR3，其包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；LCDR1，其包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列；LCDR2，其包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列；和LCDR3，其包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列。
在一些实施例中，特异性结合人HER2的抗体包含：含有SEQ ID NO:7的氨基酸序列的重链可变区，以及含有SEQ ID NO:17的氨基酸序列的轻链可变区。
在一些实施例中，特异性结合人HER2的抗体包含：含有SEQ ID NO:9的氨基酸序列的重链，以及含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链。
在一些实施例中，特异性结合人HER2的抗体包含：含有SEQ ID NO:21的氨基酸序列的重链，以及含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链。
在一些实施例中，特异性结合人HER2的抗体包含：含有SEQ ID NO:23的氨基酸序列的重链，以及含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链。
在一些实施例中，特异性结合人HER2的抗体包含：含有SEQ ID NO:30的氨基酸序列的重链，以及含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链。
在一些实施例中，特异性结合人HER2的抗体包含：含有SEQ ID NO:32的氨基酸序列的重链，以及含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链。
在一些实施例中，本披露提供了特异性结合人HER2中表位的抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)。在一些实施例中，本披露提供了特异性结合人HER2中表位的抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)，其中所述表位包含SEQ ID NO:26的残基557-561、570-573和593-603中的一个或多个。在一些实施例中，本披露提供了特异性结合人HER2中表位的抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)，其中所述表位包含SEQ ID NO:26的残基245-333中的一个或多个。在一些实施例中，本披露提供了特异性结合人HER2中表位的抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)，其中所述表位包含SEQ ID NO:26的以下残基中的一个或多个：His245、Val 286、Ser 288、Leu 295、His 296或Lys 311。
一旦确定了抗原上的所需表位，就有可能例如使用本发明中所述的技术生成针对所述表位的抗体。可替代地，在发现过程中，抗体的产生和表征可以阐明关于所需表位的信息。根据所述信息，然后可以竞争性地筛选抗体以结合相同的表位。实现所述目的的方法是进行交叉竞争研究以找到彼此竞争性结合的抗体，例如抗体竞争结合抗原。在国际专利申请号WO 2003/48731中描述了基于抗体的交叉竞争将这些抗体“分箱”的高通量方法。如本领域技术人员所理解的，实际上抗体可以特异性结合的任何东西都可以是表位。表位可包含抗体结合的那些残基。
框架区或Fc区的修饰
本文披露的抗体和抗体缀合物可以包含经修饰的抗体或其抗原结合片段，这些经修饰的抗体或其抗原结合片段包含在VH和/或VL内对框架残基的修饰，例如以改善抗体/抗体缀合物的特性。
在一些实施例中，进行这种框架修饰以降低抗体的免疫原性。例如，一种方法是将一个或多个框架残基“回复突变”为相应的种系序列。可以通过将抗体框架序列与衍生出抗体的种系序列进行比较来鉴定此类残基。为了使框架区序列“匹配”于所期望的种系构型，可以通过例如定点诱变将残基“回复突变”为相应的种系序列。此类“回复突变的”抗体也旨在为本发明所涵盖。
另一种类型的框架修饰包括使框架区内或甚至一个或多个CDR区内的一个或多个残基突变以去除T细胞表位，从而降低抗体的潜在免疫原性。此方法也称为“去免疫化”，并且在Carr等人的美国专利公开号20030153043中有进一步详细描述。
除了在框架或CDR区内进行的修饰之外或作为在框架或CDR区内进行的修饰的替代方案，可以将本文披露的抗体工程化以包含Fc区内的修饰，通常是为了改变抗体的一种或多种功能特性，如血清半衰期、补体结合、Fc受体结合和/或抗原依赖性细胞毒性。
此外，本文披露的抗体可以经化学修饰(例如，一个或多个化学部分可以连接至抗体)或经修饰以改变其糖基化，从而再次改变抗体的一种或多种功能特性。以下更详细地描述了这些实施例中的每一个。
在一个实施例中，修饰CH1的铰链区，使得铰链区中半胱氨酸残基的数目改变，例如增加或减少。所述方法在Bodmer等人的美国专利号5,677,425中进一步描述。改变CH1铰链区中半胱氨酸残基的数目，以便例如促进轻链和重链的组装或增加或降低抗体的稳定性。
在一些实施例中，在本文披露的抗体缀合物中有用的抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)包括经修饰的或工程化的抗体，例如抗体被修饰以引入一个或多个半胱氨酸残基作为与药物部分缀合的位点(Junutula JR,等人.:Nat Biotechnol[自然生物技术]2008,26:925-932)。在一个实施例中，本发明提供了经修饰的抗体或其抗体片段，所述经修饰的抗体或其抗体片段包含在本文所述的位置处用半胱氨酸对一个或多个氨基酸的取代。用于半胱氨酸取代的位点是在抗体的恒定区中并且因此适用于多种抗体，并且选择这些位点以提供稳定且均质的缀合物。经修饰的抗体或片段可以具有两个或更多个半胱氨酸取代，并且这些取代可以与如本文所述的其他抗体修饰和缀合方法组合使用。用于将半胱氨酸插入在抗体的特定位置处的方法是本领域已知的，参见例如Lyons等人,(1990)ProteinEng.[蛋白质工程],3:703-708、WO 2011/005481、WO2014/124316、WO 2015/138615。在某些实施例中，经修饰的抗体或抗体片段包含在其恒定区上的选自以下位置用半胱氨酸对一个或多个氨基酸的取代：抗体或抗体片段的重链的位置117、119、121、124、139、152、153、155、157、164、169、171、174、189、205、207、246、258、269、274、286、288、290、292、293、320、322、326、333、334、335、337、344、355、360、375、382、390、392、398、400和422，并且其中这些位置是根据EU系统编号的。在一些实施例中，经修饰的抗体或抗体片段包含在其选自以下位置的恒定区上用半胱氨酸对一个或多个氨基酸的取代：抗体或抗体片段的轻链的位置107、108、109、114、129、142、143、145、152、154、156、159、161、165、168、169、170、182、183、197、199和203，其中位置是根据EU系统编号的，并且其中轻链是人κ轻链。在某些实施例中，经修饰的抗体或其抗体片段包含在其恒定区上用半胱氨酸对两个或更多个氨基酸的取代组合，其中组合包括在抗体重链的位置375、抗体重链的位置152、抗体重链的位置360、或抗体轻链的位置107处的取代，并且其中位置是根据EU系统编号的。在某些实施例中，经修饰的抗体或其抗体片段包含在其恒定区上用半胱氨酸对一个氨基酸的取代，其中取代是抗体重链的位置375、抗体重链的位置152、抗体重链的位置360、抗体轻链的位置107、抗体轻链的位置165或抗体轻链的位置159并且其中位置是根据EU系统编号的，并且其中轻链是κ链。
在具体实施例中，经修饰的抗体或其抗体片段包含在其恒定区上用半胱氨酸对两个氨基酸的取代组合，其中所述经修饰的抗体或其抗体片段包含在抗体重链的位置152和375处的半胱氨酸，其中这些位置是根据EU系统编号的。
在其他具体实施例中，经修饰的抗体或其抗体片段包含在抗体重链的位置360处用半胱氨酸对一个氨基酸的取代，并且其中位置是根据EU系统编号的。
在其他具体实施例中，经修饰的抗体或其抗体片段包含在抗体轻链的位置107处用半胱氨酸对一个氨基酸的取代并且其中位置是根据EU系统编号的，并且其中轻链是κ链。
在另外的实施例中，可用于本披露的抗体缀合物的抗体或抗体片段(例如，抗原结合片段)包括经修饰或工程化的抗体，如以下抗体，所述抗体被修饰以引入一个或多个其他反应性氨基酸(除半胱氨酸外)(包括Pcl、吡咯赖氨酸、肽标签(如S6、A1和ybbR标签)和非天然氨基酸)以代替天然序列的至少一个氨基酸，因此在抗体或抗原结合片段上提供用于与具有式(I)或其子式的药物部分缀合的反应位点。例如，可以修饰抗体或抗体片段以掺入Pcl或吡咯赖氨酸(W.Ou等人.(2011)PNAS[美国国家科学院院刊]108(26),10437-10442；WO2014124258)或非天然氨基酸(J.Y.Axup,等人.Proc Natl Acad Sci U S A[美国国家科学院院刊],109(2012),第16101-16106页；审查参见C.C.Liu和P.G.Schultz(2010)Annu RevBiochem[生物化学年鉴]79,413-444；C.H.Kim,等人.,(2013)Curr Opin Chem Biol.[化学生物学研究现状]17,412-419)，作为与药物缀合的位点。类似地，可以将用于酶学缀合方法的肽标签引入到抗体中(Strop P.等人,Chem Biol.[化学生物学]2013,20(2):161-7；Rabuka D.,Curr Opin Chem Biol.[化学生物学新见]2010年12月；14(6):790-6；RabukaD,et al.,Nat Protoc.[自然实验手册]2012,7(6):1052-67)。另一个例子是使用4'-磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶(PPTase)用于辅酶A类似物的缀合(WO 2013184514)。用于将此类经修饰或工程化的抗体与有效负载或接头-有效负载组合缀合的方法是本领域已知的。
在另一个实施例中，使抗体的Fc铰链区突变以降低抗体的生物半衰期。更具体地，将一个或多个氨基酸突变引入到Fc铰链片段的CH2-CH3结构域界面区域中，使得抗体具有相对于天然Fc铰链结构域SpA结合而言受损的葡萄球菌蛋白质A(SpA)结合。所述方法在Ward等人的美国专利号6,165,745中进一步详细描述。
在又其他实施例中，通过用不同的氨基酸残基替代至少一个氨基酸残基来改变Fc区，以改变抗体的效应子功能。例如，可以用不同的氨基酸残基置换一个或多个氨基酸，使得抗体对效应配体具有改变的亲和力，但保留亲本抗体的抗原结合能力。改变亲和力的效应配体可以是例如Fc受体或补体的C1组分。所述方法在例如Winter等人的美国专利号5,624,821和5,648,260中得到描述。
在另一个实施例中，选自氨基酸残基的一个或多个氨基酸可以用不同的氨基酸残基置换，使得抗体具有改变的C1q结合和/或降低或消除的补体依赖性细胞毒性(CDC)。所述方法在例如Idusogie等人的美国专利号6,194,551中得到描述。
在另一个实施例中，改变一个或多个氨基酸残基，从而改变抗体固定补体的能力。例如，Bodmer等人在PCT公开WO 94/29351中描述了这一方法。同种异型氨基酸残基包括但不限于：IgG1、IgG2、和IgG3亚类的重链的恒定区以及κ同种型的轻链的恒定区，如Jefferis等人.,MAbs.1:332-338(2009)所述。
在又另一个实施例中，修饰Fc区以增加抗体介导抗体依赖性细胞毒性(ADCC)和/或抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)的能力，例如，通过修饰一个或多个氨基酸残基以增加抗体对激活性Fcγ受体的亲和力，或降低抗体对抑制性Fcγ受体的亲和力。人激活性Fcγ受体包括FcγRIa、FcγRIIa、FcγRIIIa和FcγRIIIb，并且人抑制性Fcγ受体包括FcγRIIb。例如Presta在PCT公开WO 00/42072中描述了这一方法。此外，已经绘制了人IgG1上针对FcγRl、FcγRII、FcγRIII和FcRn的结合位点，并且已经描述了具有改善的结合的变体(参见Shields等人.,J.Biol.Chem.[生物化学杂志]276:6591-6604,2001)。已经描述了单克隆抗体的Fc介导的效应子功能的优化例如提高的ADCC/ADCP功能(参见Strohl,W.R.,Current Opinion in Biotechnology[当前生物技术观点]2009；20:685-691)。在一些实施例中，抗体缀合物包含免疫球蛋白重链，其包含赋予增强的ADCC/ADCP功能的突变或突变的组合，例如选自G236A、S239D、F243L、P247I、D280H、K290S、R292P、S298A、S298D、S298V、Y300L、V305I、A330L、I332E、E333A、K334A、A339D、A339Q、A339T、P396L(所有位置依据EU编号)的一个或多个突变。
在另一个实施例中，修饰Fc区以增加抗体介导ADCC和/或ADCP的能力，例如,通过修饰一个或多个氨基酸以增加抗体对激活性受体的亲和力，所述激活性受体典型地不识别亲本抗体(例如FcαRI)。所述方法描述于例如Borrok等人.,mAbs.7(4):743-751中。在具体的实施例中，抗体缀合物包含免疫球蛋白重链，其包含赋予增强的ADCC和/或ADCP功能的一个或多个抗体序列的突变或融合。
在仍另一个实施例中，修饰抗体的糖基化。例如，可以制备无糖基化的抗体(即，抗体缺乏糖基化)。可以改变糖基化以例如增加抗体对“抗原”的亲和力。此类碳水化合物修饰可以通过例如改变抗体序列内的一个或多个糖基化位点来实现。例如，可以进行一个或多个氨基酸取代，这导致消除一个或多个可变区框架糖基化位点，从而消除所述位点的糖基化。这种无糖基化可以增加抗体对于抗原的亲和力。这种方法描述在Co等人的美国专利号5,714,350和6,350,861中。
另外或可替代地，可以制备具有改变的糖基化类型的抗体，如具有减少量的岩藻糖基残基的低岩藻糖基化抗体或具有增加的二等分GlcNac结构的抗体。已经证明这类改变的糖基化模式增加了抗体的ADCC能力。这种碳水化合物修饰可以通过例如在具有改变的糖基化机制的宿主细胞中表达抗体来实现。具有改变的糖基化机制的细胞已在本领域中描述，并且可用作宿主细胞，在所述宿主细胞中表达本发明的重组抗体，从而产生具有改变的糖基化的抗体。例如，Hang等人在EP1,176,195中描述了具有功能破坏的FUT8基因的细胞系，其编码岩藻糖基转移酶，使得在这种细胞系中表达的抗体示出低岩藻糖基化。Presta在PCT公开WO 03/035835中描述了变体CHO细胞系Lecl3细胞，其将岩藻糖附接至Asn(297)连接的碳水化合物的能力降低，还导致在所述宿主细胞中表达的抗体的低岩藻糖基化(还参见Shields等人,2002,J.Biol.Chem.[生物化学杂志]277:26733-26740)。Umana等人在PCT公开WO99/54342中描述了如下细胞系，所述细胞系被工程化以表达糖蛋白修饰性糖基转移酶(例如，β(1,4)-N乙酰基葡糖胺基转移酶III(GnTIII))，使得在工程化细胞系中表达的抗体显示出增加的二等分GlcNac结构，所述二等分GlcNac结构导致抗体的ADCC活性增加(还参见Umana等人,Nat.Biotech.[自然生物技术]17:176-180,1999)。
在另一个实施例中，修饰抗体以增加其生物半衰期。可以采用各种方法。例如，可以引入以下突变中的一种或多种：如在美国专利号6,277,375中由Ward所述的T252L、T254S、T256F。可替代地，为了增加生物半衰期，可以在CH1或CL区内改变抗体，以含有取自IgG的Fc区的CH2结构域的两个环的补救受体结合表位，如Presta等人的美国专利号5,869,046和6,121,022中所述。
抗HER2抗体的产生
可以通过本领域已知的任何手段产生抗HER2抗体及其抗体片段(例如，抗原结合片段)，这些手段包括但不限于重组表达、化学合成和酶促消化抗体四聚体，而全长单克隆抗体可以通过例如杂交瘤或重组产生获得。重组表达可以来自本领域已知的任何适当的宿主细胞，例如哺乳动物宿主细胞、细菌宿主细胞、酵母宿主细胞、昆虫宿主细胞等。
本文还提供了编码本文所述的抗体的多核苷酸，例如，编码包含如本文所述的互补性决定区的重链或轻链可变区或区段的多核苷酸。在一些实施例中，编码重链可变区的多核苷酸与SEQ ID NO:8的多核苷酸具有至少85％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％核酸序列同一性。在一些实施例中，编码轻链可变区的多核苷酸与SEQ ID NO:18的多核苷酸具有至少85％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％核酸序列同一性。
在一些实施例中，编码重链的多核苷酸与SEQ ID NO:10、22或24中任一者的多核苷酸具有至少85％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％核酸序列同一性。在一些实施例中，编码轻链的多核苷酸与SEQ ID NO:20或34的多核苷酸具有至少85％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％核酸序列同一性。
本文披露的一些多核苷酸编码抗HER2抗体的可变区。本文披露的一些多核苷酸编码抗HER2抗体的可变区和恒定区。一些多核苷酸序列编码多肽，所述多肽包含抗HER2抗体的重链和轻链的可变区。一些多核苷酸编码分别与本文披露的任何抗HER2抗体的重链和轻链的可变区基本上相同的两个多肽区段。
多核苷酸序列可以通过从头固相DNA合成或通过PCR诱变编码抗HER2抗体或其结合片段的现有序列(例如，如下文实例中所述的序列)来产生。核酸的直接化学合成可以通过本领域已知的方法完成，这些方法如Narang等人,Meth.Enzymol.[酶学方法]68:90,1979的磷酸三酯方法；Brown等人,Meth.Enzymol.[酶学方法]68:109,1979的磷酸二酯方法；Beaucage等人,Tetra.Lett.[四面体通讯],22:1859,1981的二乙基亚磷酰胺方法；以及美国专利号4,458,066的固体支持物方法。通过PCR将突变引入至多核苷酸序列可以如以下中所述那些进行：例如，PCR Technology:Principles and Applications for DNAAmplification[PCR技术：DNA扩增的原理和应用],H.A.Erlich(编辑),Freeman Press[弗里曼出版社],纽约,纽约州,1992；PCR Protocols:A Guide to Methods andApplications[PCR方案：方法和应用指南],Innis等人(编辑),Academic Press[学术出版社],San Diego,CA[加利福尼亚州圣地亚哥],1990；Mattila等人,Nucleic Acids Res.[核酸研究]19:967,1991；和Eckert等人,PCR Methods and Applications[PCR方法和应用]1:17,1991。
还提供了用于产生上文描述的抗HER2抗体的表达载体和宿主细胞。多种表达载体可以用来表达编码抗HER2抗体链或结合片段的多核苷酸。基于病毒的载体和非病毒表达载体均可用于在哺乳动物宿主细胞中产生抗体。
非病毒载体和系统包括质粒、附加型载体(典型地具有用于表达蛋白质或RNA的表达盒)以及人类人工染色体(参见例如，Harrington等人,Nat Genet.[自然遗传学]15:345,1997)。例如，可用于哺乳动物(例如人)细胞中表达抗HER2多核苷酸和多肽的非病毒载体包括pThioHis A、B和C、pCDNATM3.1/His、pEBVHis A、B和C(英杰公司(Invitrogen)，加利福尼亚州圣地亚哥)、MPSV载体和本领域已知用于表达其他蛋白质的许多其他载体。有用的病毒载体包括基于逆转录病毒、腺病毒、腺相关病毒、疱疹病毒的载体，基于SV40、乳头瘤病毒、HBP EB病毒、牛痘病毒载体和塞姆利基森林病毒(Semliki Forest virus)(SFV)的载体。参见，Brent等人,同上；Smith,Annu.Rev.Microbiol.[微生物学年度评论]49:807,1995；和Rosenfeld等人,Cell[细胞]68:143,1992。
表达载体的选择取决于待表达所述载体的预期宿主细胞。典型地，表达载体含有与编码抗HER2抗体链或片段的多核苷酸可操作地连接的启动子和其他调节序列(例如，增强子)。在一些实施例中，采用诱导型启动子以防止插入的序列在诱导条件之外的条件下表达。诱导型启动子包括例如阿拉伯糖、lacZ、金属硫蛋白启动子或热激启动子。可以在非诱导条件下、而不在偏向宿主细胞更好耐受其表达产物的编码序列的群体的情况下扩大经转化的生物体的培养。除了启动子之外，还可能需要或期望其他调节元件以高效表达抗HER2抗体链或片段。元件典型地包括ATG起始密码子和相邻的核糖体结合位点或其他序列。此外，通过包含适合于使用中的细胞系统的增强子，可以提高表达效率(参见例如，Scharf等人,Results Probl.Cell Differ.[细胞分化中的结果和问题]20:125,1994；和Bittner等人,Meth.Enzymol.[酶学方法],153:516,1987)。例如，SV40增强子或CMV增强子可以用来增加哺乳动物宿主细胞中的表达。
表达载体还可以提供分泌信号序列位置，以与通过插入的抗HER2抗体序列编码的多肽形成融合蛋白。更常见的是，所插入的抗HER2抗体序列在包含在载体中之前与信号序列连接。用于接收编码抗HER2抗体轻链和重链可变结构域的序列的载体有时也编码恒定区或其部分。此类载体允许将可变区表达为具有恒定区的融合蛋白，从而导致产生完整抗体或其片段。典型地，此类恒定区是人类的。
用于携带并表达抗HER2抗体链的宿主细胞可以是原核或真核的。大肠杆菌是一种可用于克隆并表达本披露多核苷酸的原核宿主。适合使用的其他微生物宿主包括杆菌(如枯草杆菌)和其他肠杆菌科(如沙门氏菌属、沙雷氏菌属)以及各种假单胞菌属的种。在这些原核宿主中，还可以制备表达载体，这些表达载体典型地含有与宿主细胞相容的表达控制序列(例如，复制的起点)。此外，将存在任何数量的多种熟知的启动子，如乳糖启动子系统、色氨酸(trp)启动子系统、β-内酰胺酶启动子系统或来自噬菌体λ的启动子系统。启动子典型地任选使用操纵基因序列控制表达，并且具有核糖体结合位点序列等，以用于启动和完成转录和翻译。其他微生物如酵母也可用于表达本文披露的抗HER2多肽。也可以使用与杆状病毒载体组合的昆虫细胞。
在一些具体的实施例中，哺乳动物宿主细胞用于表达和产生本披露的抗HER2多肽。例如，它们可以是表达内源免疫球蛋白基因的杂交瘤细胞系(例如，骨髓瘤杂交瘤克隆)或含有外源表达载体的哺乳动物细胞系(例如，SP2/0骨髓瘤细胞)。这些包括任何正常的必死或正常或异常的永生的动物或人类细胞。例如，已经开发了许多能够分泌完整免疫球蛋白的合适宿主细胞系，包括各种CHO细胞系、Cos细胞系、HeLa细胞、骨髓瘤细胞系、转化的B细胞和杂交瘤。利用哺乳动物组织细胞培养物表达多肽在例如Winnacker,From Genes toClones[从基因到克隆],VCH Publishers[VCH出版商],纽约,纽约州,1987中进行了大体论述。用于哺乳动物宿主细胞的表达载体可包含表达控制序列，如复制起点、启动子和增强子(参见例如，Queen等人,Immunol.Rev.[免疫学评论]89:49-68,1986)，和必要的处理信息位点，如核糖体结合位点、RNA剪接位点、多腺苷酸化位点和转录终止子序列。表达载体通常含有衍生自哺乳动物基因或衍生自哺乳动物病毒的启动子。合适的启动子可以是组成型的、细胞类型特异性的、阶段特异性的和/或可调控的或可调节的。可用的启动子包括但不限于金属硫蛋白启动子、组成型腺病毒主要晚期启动子、地塞米松诱导型MMTV启动子、SV40启动子、MRP polIII启动子、组成型MPSV启动子、四环素诱导型CMV启动子(如人CMV立即早期启动子)、组成型CMV启动子和本领域已知的启动子-增强子组合。
用于引入含有目的多核苷酸序列的表达载体的方法根据细胞宿主的类型而变化。例如，氯化钙转染通常用于原核细胞，而磷酸钙处理或电穿孔可以用于其他细胞宿主(通常参见Sambrook等人，同上)。其他方法包括例如电穿孔、磷酸钙处理、脂质体介导的转化、注射和显微注射、冲击法、病毒体、免疫脂质体、聚阳离子:核酸缀合物、裸DNA、人工病毒粒子、与疱疹病毒结构蛋白VP22的融合物(Elliot和O'Hare,Cell[细胞]88:223,1997)、药剂增强的DNA摄取和离体转导。对于重组蛋白的长期高产量生产，通常期望稳定的表达。例如，可以使用含有病毒复制起点或内源性表达元件和选择性标志物基因的本文披露的表达载体来制备稳定表达抗HER2抗体链或结合片段的细胞系。在引入载体之后，可以使细胞在富集的培养基中生长1-2天，之后将它们转换至选择性培养基。选择性标志物的目的是赋予选择抗性，并且它的存在允许在选择性培养基中成功地表达引入的序列的细胞的生长。可以使用适合于细胞类型的组织培养技术来增殖抗性、稳定转染的细胞。
制备具有式(IIa)和式(IIb)的抗体缀合物的方法
用于形成具有式(II)的免疫刺激性缀合物的一般反应方案示出在以下方案13中：
方案13
其中：RG1是反应性基团，其与具有式(Ia)的化合物的相容性R4基团反应以形成相应的R40基团，例如马来酰亚胺与硫醇反应以给出琥珀酰亚胺环，或羟胺与酮反应以给出肟；R1、R4、L2、Ab和R40是如本文所定义的。
用于形成具有式(IIb)的免疫刺激性缀合物的一般反应方案示出在以下方案14中：
方案14
Figure BDA0002288429950001871
其中：RG1是反应性基团，其与具有式(Ib)的化合物的相容性R4基团反应以形成相应的R40基团，例如马来酰亚胺与硫醇反应以给出琥珀酰亚胺环，或羟胺与酮反应以给出肟；R1、R4、L2、Ab和R40是如本文所定义的。
治疗性用途和治疗方法
提供的抗体缀合物可用于多种应用，包括但不限于癌症(例如HER2阳性癌症)的治疗。在某些实施例中，本文提供的抗体缀合物可用于抑制例如HER2实体瘤的肿瘤生长、减小肿瘤体积、诱导分化和/或降低肿瘤的致瘤性。使用方法可以是体外、离体或体内方法。
在一些实施例中，本文提供了通过向受试者施用本文所述的任何抗体缀合物来在有需要的受试者(例如人患者)中治疗、预防或改善疾病(例如HER2阳性癌症)的方法。还提供了本发明的抗体缀合物用于治疗或预防受试者(例如人患者)的疾病的用途。另外提供了抗体缀合物在治疗或预防受试者的疾病中的用途。在一些实施例中，提供了用于在制造用于治疗或预防受试者的疾病的药物中使用的抗体缀合物。在某些实施例中，用抗体缀合物治疗的疾病是癌症(例如HER2阳性癌症)。可以用抗体缀合物治疗的各种癌症在上面的定义部分中列出。所述HER2阳性癌症可以是包含以下细胞的任何癌症，所述细胞具有存在于其细胞表面上的HER2蛋白。例如，HER2阳性癌症可以是以下各项中任一种的原发性肿瘤或转移性肿瘤：胃癌、食管癌、胃食管交界处腺癌、结肠癌、直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、子宫癌、子宫内膜癌、膀胱癌、尿道癌、胰腺癌、肺癌、前列腺癌、骨肉瘤、成神经细胞瘤、胶质母细胞瘤、神经内分泌肿瘤和头颈癌。在某些实施例中，癌症的特征在于表达HER2的细胞，抗体缀合物的抗体、抗体片段(例如，抗原结合片段)结合这些细胞。在某些实施例中，癌症的特征在于除HER2表达外还并行表达多种人表皮生长因子受体。在一些实施例中，HER2阳性癌症可以具有高HER2表达，例如具有3+的免疫组织化学(IHC)得分，其被定义为如通过美国临床肿瘤学会和美国病理学家协会(ASCO/CAP)IHC得分确定的，侵袭性肿瘤细胞的均匀强度的膜染色>30％(参见English等人.,Mol Diagn Ther.[分子诊断与疗法]2013年4月；17(2):85-99)。在一些实施例中，HER2阳性癌症可以具有相对低的HER2表达，例如具有2+的IHC得分，其被定义为在至少10％细胞中强度不均匀或弱、但具有明显的圆周分布的完全膜染色，或非常罕见肿瘤中通过ASCO/CAP IHC得分，显示出30％或更少肿瘤细胞的完全膜染色(参见English等人.,Mol Diagn Ther.[分子诊断与疗法]2013年4月；17(2):85-99)。
在一些实施例中，提供了在对其有需要的受试者中治疗HER2阳性癌症的方法，所述方法包括向受试者施用治疗有效量本文所述的任何抗体缀合物。所述HER2阳性癌症可以是包含以下细胞的任何癌症，所述细胞具有存在于其细胞表面上的HER2蛋白。在一些实施例中，当与单独的抗HER2抗体相比时，所使用的抗体缀合物能够持续抑制HER2阳性癌症和/或减少HER2阳性癌症的复发。
还考虑了本文所述的抗体缀合物可用于治疗各种非恶性疾病或障碍，例如炎症性肠病(IBD)、胃肠道溃疡、梅内特里耶氏病(Menetrier's disease)、乙型肝炎、丙型肝炎、分泌性腺瘤或蛋白质损失综合征、肾病、血管生成障碍、眼病(例如年龄相关性黄斑变性、假定的眼组织胞浆菌病综合征、或年龄相关性黄斑变性)、骨相关性病变(例如骨关节炎，佝偻病和骨质疏松症)、全身性高粘滞综合征、奥斯勒－韦伯－朗迪病(Osler Weber-Rendudisease)、慢性阻塞性肺病(chronic occlusive pulmonary disease)、或水肿(烧伤、外伤、辐射、中风、缺氧或局部缺血)、糖尿病性肾病、佩吉特氏病(Paget's disease)、光老化(例如，由人皮肤的紫外线辐射引起)、良性前列腺肥大、包括微生物病原体(选自腺病毒、汉坦病毒、伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)、耶尔森氏菌属物种(Yersinia spp.)、和百日咳杆菌(Bordetella pertussis))的某些微生物感染、由血小板聚集引起的血栓、生殖病症(例如子宫内膜异位、卵巢过度刺激综合征、先兆子痫、功能失调性子宫出血或月经过多)、急性和慢性肾病(包括增生性肾小球肾炎)、肥厚性瘢痕形成、内毒素休克和真菌感染、家族性腺瘤息肉病、骨髓增生异常综合症、再生障碍性贫血、缺血性损伤、肺、肾或肝的纤维化、婴儿肥厚性幽门狭窄、尿路阻塞综合症、银屑病关节炎。
此类抗体缀合物的施用方法包括但不限于肠胃外(例如，静脉内)施用，例如以推注形式注射或在一段时间内连续输注、口服施用、肌内施用、瘤内施用、肌内施用、腹膜内施用、脑脊髓内施用、皮下施用、关节内施用、滑膜内施用、淋巴结注射或鞘内施用。
为治疗疾病，本发明的抗体缀合物的适当剂量取决于多种因素，如待治疗疾病的类型、疾病的严重程度和过程、疾病的应答性、既往疗法、患者临床史等。抗体缀合物可以一次性或经一系列治疗施用，持续几日至几个月或直至实现治愈或实现疾病状态的减轻(例如，肿瘤大小减小)。最佳给药方案可以从测量患者体内的药物累积量计算出并且将根据具体抗体缀合物的相对效力变化。在一些实施例中，剂量为从0.01mg至20mg(例如，0.01mg、0.02mg、0.03mg、0.04mg、0.05mg、0.06mg、0.07mg、0.08mg、0.09mg、0.1mg、0.2mg、0.3mg、0.4mg、0.5mg、0.6mg、0.7mg、0.8mg、0.9mg、1mg、2mg、3mg、4mg、5mg、6mg、7mg、8mg、9mg、10mg、11mg、12mg、13mg、14mg、15mg、16mg、17mg、18mg、19mg或20mg)/kg体重，并且可以每天、每周、每月或每年给予一次或多次。在某些实施例中，将本发明的抗体缀合物每两周一次或每三周一次给予。在某些实施例中，将本发明的抗体缀合物仅给予一次。治疗医师可以基于药物在体液或组织中的所测停留时间和浓度，估计重复给药率。
组合疗法
在某些情况下，可以将本发明的抗体缀合物与其他治疗剂(如其他抗癌剂、抗过敏剂、抗恶心剂(或止吐剂)、止痛剂、细胞保护剂、及其组合)组合。
考虑用于组合疗法的一般化疗药剂包括阿那曲唑
Figure BDA0002288429950001901
比卡鲁胺
Figure BDA0002288429950001902
硫酸博莱霉素
Figure BDA0002288429950001903
白消安
Figure BDA0002288429950001904
白消安注射液卡培他滨
Figure BDA0002288429950001906
N4-戊氧基羰基-5-脱氧-5-氟胞苷、卡铂
Figure BDA0002288429950001907
卡莫司汀
Figure BDA0002288429950001908
苯丁酸氮芥
Figure BDA0002288429950001909
顺铂
Figure BDA00022884299500019010
克拉屈滨
Figure BDA00022884299500019011
环磷酰胺(
Figure BDA00022884299500019012
或
Figure BDA00022884299500019013
)、阿糖胞苷、胞嘧啶阿拉伯糖苷(Cytosar-
Figure BDA00022884299500019014
)、阿糖胞苷脂质体注射液
Figure BDA00022884299500019015
达卡巴嗪
Figure BDA00022884299500019016
更生霉素(放线菌素D、Cosmegan)、盐酸柔红霉素
Figure BDA00022884299500019017
柠檬酸柔红霉素脂质体注射液
Figure BDA00022884299500019018
地塞米松、多西他赛
Figure BDA00022884299500019019
盐酸多柔比星
Figure BDA00022884299500019020
依托泊苷
Figure BDA00022884299500019021
磷酸氟达拉滨5-氟尿嘧啶
Figure BDA00022884299500019024
氟他胺
Figure BDA00022884299500019025
tezacitibine、吉西他滨(二氟脱氧胞苷(difluorodeoxycitidine))、羟基脲
Figure BDA00022884299500019026
伊达比星
Figure BDA00022884299500019027
异环磷酰胺
Figure BDA00022884299500019028
伊立替康
Figure BDA00022884299500019029
L-天冬酰胺酶
Figure BDA00022884299500019030
甲酰四氢叶酸钙、美法仑
Figure BDA00022884299500019031
6-巯基嘌呤
Figure BDA00022884299500019032
甲氨蝶呤
Figure BDA00022884299500019033
米托蒽醌(mitoxantrone)
Figure BDA00022884299500019034
吉妥单抗(mylotarg)、紫杉醇
Figure BDA00022884299500019035
phoenix(Yttrium90/MX-DTPA)、喷司他丁、polifeprosan 20共卡莫司汀植入物
Figure BDA00022884299500019036
柠檬酸它莫西芬
Figure BDA00022884299500019037
替尼泊苷
Figure BDA00022884299500019038
6-硫鸟嘌呤、噻替派(thiotepa)、替拉扎明(tirapazamine)
Figure BDA00022884299500019039
注射用托泊替康盐酸盐
Figure BDA00022884299500019040
长春花碱长春新碱
Figure BDA00022884299500019042
长春瑞滨
Figure BDA00022884299500019043
表柔比星
Figure BDA00022884299500019044
奥沙利铂
Figure BDA00022884299500019045
依西美坦
Figure BDA00022884299500019046
来曲唑
Figure BDA00022884299500019047
和氟维司群
Figure BDA0002288429950001911
如本文所用，术语“药物组合”是指在一个剂量单位形式中的固定组合、或用于组合施用的非固定组合或成套药盒，其中两种或更多种治疗剂可以在同一时间独立地施用或在时间间隔内分别施用，在一些实施例中，这些时间间隔允许组合配偶体显示合作性例如协同效应。
术语“组合疗法”或“组合”是指施用两种或更多种治疗剂以治疗在本披露中描述的所治疗的病症或障碍。这种施用涵盖以基本上同时的方式共同施用这些治疗剂，如以具有固定比率的活性成分的单个胶囊施用。可替代地，这种施用涵盖在多个容器中或在每种活性成分的独立容器(例如，胶囊、粉末和液体)中共同施用。可以将粉末和/或液体在施用之前重构或稀释到所希望的剂量。此外，这种施用也涵盖在大致相同的时间或在不同的时间以依序方式使用每种类型的治疗剂。在任何一种情况下，治疗方案将在治疗本文所述的病症或障碍方面提供药物组合的有益作用。
在一些实施例中，组合疗法可以提供“协同”并且证明是“协同的”，即，当活性成分一起使用时所实现的效应大于由分别使用这些化合物所产生的效应的总和。当将活性成分为下述情形时可以获得协同效应：(1)共同配制并以组合的单位剂量配制品的形式同时施用或递送；(2)以单独配制品的形式交替或平行递送；或(3)通过一些其他方案进行。当以交替疗法递送时，可以在依序(例如通过在单独注射器中不同的注射)施用或递送化合物时获得协同效应。通常，在交替疗法期间，将有效剂量的每种活性成分依序地即顺次地施用，而在组合疗法中，将有效剂量的两种或更多种活性成分一起施用。
在一个实施例中，本发明提供了治疗癌症的方法，所述方法是通过向对其有需要的受试者施用与一种或多种其他抗HER2抗体(例如上述曲妥珠单抗、帕妥珠单抗、玛格妥昔单抗或HT-19)或与其他抗HER2缀合物(例如阿多-曲妥珠单抗恩他新(也称为
Figure BDA0002288429950001912
或T-DM1)组合的本发明的抗体缀合物。
在一个实施例中，本发明提供了治疗癌症的方法，所述方法是通过向对其有需要的受试者施用与一种或多种酪氨酸激酶抑制剂(包括但不限于EGFR抑制剂、Her3抑制剂、IGFR抑制剂和Met抑制剂)组合的本发明的抗体缀合物。
例如，酪氨酸激酶抑制剂包括但不限于盐酸埃罗替尼(erlotinib)
Figure BDA0002288429950001921
利尼法尼(Linifanib)(N-[4-(3-氨基-1H-吲唑-4-基)苯基]-N'-(2-氟-5-甲基苯基)脲，也称为ABT 869，可购自基因泰克公司(Genentech))；苹果酸舒尼替尼
Figure BDA0002288429950001922
柏舒替尼(Bosutinib)(4-[(2,4-二氯-5-甲氧基苯基)氨基]-6-甲氧基-7-[3-(4-甲基哌嗪-1-基)丙氧基]喹啉-3-甲腈，也称为SKI-606，并且描述于美国专利号6,780,996中)；达沙替尼
Figure BDA0002288429950001923
帕唑帕尼
Figure BDA0002288429950001924
索拉非尼
Figure BDA0002288429950001925
凡德他尼(ZD6474)；和伊马替尼或甲磺酸伊马替尼(
Figure BDA0002288429950001926
和
Figure BDA0002288429950001927
)。
表皮生长因子受体(EGFR)抑制剂包括但不限于盐酸埃罗替尼(erlotinib)
Figure BDA0002288429950001928
吉非替尼
Figure BDA0002288429950001929
N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-7-[[(3”S”)-四氢-3-呋喃基]氧基]-6-喹唑啉基]-4(二甲基氨基)-2-丁烯酰胺，
Figure BDA00022884299500019210
)；凡德他尼(Vandetanib)
Figure BDA00022884299500019211
拉帕替尼(3R,4R)-4-氨基-1-((4-((3-甲氧基苯基)氨基)吡咯并[2,1-f][1,2,4]三嗪-5-基)甲基)哌啶-3-醇(BMS690514)；二盐酸卡奈替尼(CI-1033)；6-[4-[(4-乙基-1-哌嗪基)甲基]苯基]-N-[(1R)-1-苯基乙基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-胺(AEE788，CAS 497839-62-0)；木利替尼(Mubritinib)(TAK165)；培立替尼(EKB569)；阿法替尼(Afatinib)来那替尼(Neratinib)(HKI-272)；N-[4-[[1-[(3-氟苯基)甲基]-1H-吲唑-5-基]氨基]-5-甲基吡咯并[2,1-f][1,2,4]三嗪-6-基]-氨基甲酸，(3S)-3-吗啉基甲酯(BMS599626)；N-(3,4-二氯-2-氟苯基)-6-甲氧基-7-[[(3aα,5β,6aα)-八氢-2-甲基环戊[c]吡咯-5-基]甲氧基]-4-喹唑啉胺(XL647，CAS781613-23-8)；和4-[4-[[(1R)-1-苯基乙基]氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-苯酚(PKI166，CAS187724-61-4)。
EGFR抗体包括但不限于西妥昔单抗
Figure BDA0002288429950001931
帕尼单抗
Figure BDA0002288429950001932
马妥珠单抗(EMD-72000)；尼妥珠单抗(Nimotuzumab)(hR3)；扎妥木单抗(Zalutumumab)；TheraCIM h-R3；MDX0447(CAS339151-96-1)；和ch806(mAb-806，CAS 946414-09-1)。
其他HER2抑制剂包括但不限于来那替尼(Neratinib)(HKI-272，(2E)-N-[4-[[3-氯-4-[(吡啶-2-基)甲氧基]苯基]氨基]-3-氰基-7-乙氧基喹啉-6-基]-4-(二甲基氨基)丁-2-烯酰胺，并且描述于PCT公开号WO05/028443)；拉帕替尼或二甲苯磺酸拉帕替尼
Figure BDA0002288429950001933
(3R,4R)-4-氨基-1-((4-((3-甲氧基苯基)氨基)吡咯并[2,1-f][1,2,4]三嗪-5-基)甲基)哌啶-3-醇(BMS690514)；(2E)-N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-7-[[(3S)-四氢-3-呋喃基]氧基]-6-喹唑啉基]-4-(二甲基氨基)-2-丁烯酰胺(BIBW-2992，CAS850140-72-6)；N-[4-[[1-[(3-氟苯基)甲基]-1H-吲唑-5-基]氨基]-5-甲基吡咯并[2,1-f][1,2,4]三嗪-6-基]-氨基甲酸、(3S)-3-吗啉基甲酯(BMS 599626，CAS 714971-09-2)；二盐酸卡奈替尼(PD183805或CI-1033)；和N-(3,4-二氯-2-氟苯基)-6-甲氧基-7-[[(3aα,5β,6aα)-八氢-2-甲基环戊[c]吡咯-5-基]甲氧基]-4-喹唑啉胺(XL647，CAS 781613-23-8)。
HER3抑制剂包括但不限于LJM716、MM-121、AMG-888、RG7116、REGN-1400、AV-203、MP-RM-1、MM-111、和MEHD-7945A。
MET抑制剂包括但不限于卡博替尼(Cabozantinib)(XL184，CAS849217-68-1)；氟列替布(Foretinib)(GSK1363089，以前称为XL880，CAS 849217-64-7)；替万替尼(Tivantinib)(ARQ197，CAS 1000873-98-2)；1-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-(5-(7-甲氧基喹啉-4-基氧基)吡啶-2-基)-5-甲基-3-氧代-2-苯基-2,3-二氢-1H-吡唑-4-甲酰胺(AMG458)；克唑替尼(
Figure BDA0002288429950001934
PF-02341066)；(3Z)-5-(2,3-二氢-1H-吲哚-1-基磺酰基)-3-({3,5-二甲基-4-[(4-甲基哌嗪-1-基)羰基]-1H-吡咯-2-基}亚甲基)-1,3-二氢-2H-吲哚-2-酮(SU11271)；(3Z)-N-(3-氯苯基)-3-({3,5-二甲基-4-[(4-甲基哌嗪-1-基)羰基]-1H-吡咯-2-基}亚甲基)-N-甲基-2-氧代吲哚啉-5-磺酰胺(SU11274)；(3Z)-N-(3-氯苯基)-3-{[3,5-二甲基-4-(3-吗啉-4-基丙基)-1H-吡咯-2-基]亚甲基}-N-甲基-2-氧代吲哚啉-5-磺酰胺(SU11606)；6-[二氟[6-(1-甲基-1H吡唑-4-基)-1,2,4-三唑并[4,3-b]哒嗪-3-基]甲基]-喹啉(JNJ38877605，CAS 943540-75-8)；2-[4-[1-(喹啉-6-基甲基)-1H-[1,2,3]三唑并[4,5-b]吡嗪-6-基]-1H-吡唑-1-基]乙醇(PF04217903，CAS 956905-27-4)；N-((2R)-1,4-二噁烷-2-基甲基)-N-甲基-N'-[3-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-5-氧代-5H-苯并[4,5]环庚并[1,2-b]吡啶-7-基]磺酰胺(MK2461，CAS917879-39-1)；6-[[6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-1,2,4-三唑并[4,3-b]哒嗪3-基]硫代]-喹啉(SGX523，CAS 1022150-57-7)；和(3Z)-5-[[(2,6-二氯苯基)甲基]磺酰基]-3-[[3,5-二甲基-4-[[(2R)-2-(1-吡咯烷基甲基)-1-吡咯烷基]羰基]-1H-吡咯-2-基]亚甲基]-1,3-二氢-2H-吲哚-2-酮(PHA665752，CAS477575-56-7)。
IGFR抑制剂包括但不限于BMS-754807、XL-228、OSI-906、GSK0904529A、A-928605、AXL1717、KW-2450、MK0646、AMG479、IMCA12、MEDI-573、和BI836845。参见例如，Yee,JNCI[国家癌症研究所杂志],104；975(2012)的综述。
在另一个实施例中，本发明提供了治疗癌症的方法，所述方法是通过向对其有需要的受试者施用与一种或多种增殖信号传导途径抑制剂(包括但不限于MEK抑制剂、BRAF抑制剂、PI3K/Akt抑制剂、SHP2抑制剂，以及mTOR抑制剂和CDK抑制剂)组合的本发明的抗体缀合物。
例如，促分裂原活化蛋白激酶(MEK)抑制剂包括但不限于XL-518(也称为GDC-0973、Cas号1029872-29-4，可从ACC集团(ACC Corp.)获得)；2-[(2-氯-4-碘苯基)氨基]-N-(环丙基甲氧基)-3,4-二氟-苯甲酰胺(也称为CI-1040或PD184352，并描述于PCT公开号WO2000035436)；N-[(2R)-2,3-二羟基丙氧基]-3,4-二氟-2-[(2-氟-4-碘苯基)氨基]-苯甲酰胺(也称为PD0325901，并描述于PCT公开号WO 2002006213)；2,3-双[氨基[(2-氨基苯基)硫代]亚甲基]-丁二腈(也称为U0126，并描述于美国专利号2,779,780)；N-[3,4-二氟-2-[(2-氟-4-碘苯基)氨基]-6-甲氧基苯基]-1-[(2R)-2,3-二羟基丙基]-环丙烷磺酰胺(也称为RDEA119或BAY869766，并描述于PCT公开号WO 2007014011)；(3S,4R,5Z,8S,9S,11E)-14-(乙基氨基)-8,9,16-三羟基-3,4-二甲基-3,4,9,19-四氢-1H-2-苯并氧杂环四癸炔-1,7(8H)-二酮](也称为E6201，并描述于PCT公开号WO 2003076424)；2'-氨基-3'-甲氧基黄酮(也称为PD98059，可从德国比亚芬股份有限公司(Biaffin GmbH&Co.,KG)获得)；威罗菲尼(PLX-4032，CAS 918504-65-1)；(R)-3-(2,3-二羟基丙基)-6-氟-5-(2-氟-4-碘苯基氨基)-8-甲基吡啶并[2,3-d]嘧啶-4,7(3H,8H)-二酮(TAK-733，CAS 1035555-63-5)；匹玛舍替(Pimasertib)(AS-703026，CAS 1204531-26-9)；和二甲亚砜曲美替尼(GSK-1120212，CAS1204531-25-80)。
BRAF抑制剂包括但不限于威罗菲尼(或
Figure BDA0002288429950001951
)、GDC-0879、PLX-4720(可从赛门斯公司(Symansis)获得)、达拉菲尼(或GSK2118436)、LGX 818、CEP-32496、UI-152、RAF265、瑞戈非尼(Regorafenib)(BAY 73-4506)、CCT239065、或索拉非尼(或甲苯磺酸索拉非尼或
Figure BDA0002288429950001952
)或伊匹单抗(ipilimumab)(或MDX-010、MDX-101、或Yervoy)。
磷酸肌醇3-激酶(PI3K)抑制剂包括但不限于4-[2-(1H-吲唑-4-基)-6-[[4-(甲基磺酰基)哌嗪-1-基]甲基]噻吩并[3,2-d]嘧啶-4-基]吗啉(也称为GDC0941、RG7321、GNE0941、皮特里昔布(Pictrelisib)、或匹替利司(Pictilisib)；并描述于PCT公开号WO09/036082和WO 09/055730)；2-甲基-2-[4-[3-甲基-2-氧代-8-(喹啉-3-基)-2,3-二氢咪唑并[4,5-c]喹啉-1-基]苯基]丙腈(也称为BEZ 235或NVP-BEZ 235，并且描述于PCT公开号WO 06/122806)；托扎舍替(Tozasertib)(VX680或MK-0457，CAS639089-54-6)；(5Z)-5-[[4-(4-吡啶基)-6-喹啉基]亚甲基]-2,4-噻唑烷二酮(GSK1059615，CAS 958852-01-2)；(1E,4S,4aR,5R,6aS,9aR)-5-(乙酰基氧基)-1-[(二-2-丙烯基氨基)亚甲基]-4,4a,5,6,6a,8,9,9a-八氢-11-羟基-4-(甲氧基甲基)-4a,6a-二甲基环戊[5,6]萘并[1,2-c]吡喃-2,7,10(1H)-三酮(PX866，CAS 502632-66-8)；8-苯基-2-(吗啉-4-基)-色原烯-4-酮(LY294002，CAS 154447-36-6)；(S)-N1-(4-甲基-5-(2-(1,1,1-三氟-2-甲基丙-2-基)吡啶-4-基)噻唑-2-基)吡咯烷-1,2-二甲酰胺(也称为BYL719或阿培利司)；2-(4-(2-(1-异丙基-3-甲基-1H-1,2,4-三唑-5-基)-5,6-二氢苯并[f]咪唑并[1,2-d][1,4]氧氮杂卓-9-基)-1H-吡唑-1-基)-2-甲基丙酰胺(也称为GDC0032、RG7604、或他塞利司(Taselisib))。
mTOR抑制剂包括但不限于坦罗莫司
Figure BDA0002288429950001961
地磷莫司(ridaforolimus)(正式地称为deferolimus，(1R,2R,4S)-4-[(2R)-2[(1R,9S,12S,15R,16E,18R,19R,21R,23S,24E,26E,28Z,30S,32S,35R)-1,18-二羟基-19,30-二甲氧基-15,17,21,23,29,35-六甲基-2,3,10,14,20-五氧代-11,36-二氧杂-4-氮杂三环[30.3.1.04,9]三十六-16,24,26,28-四烯-12-基]丙基]-2-甲氧基环己基二甲基次膦酸酯，也称为AP23573和MK8669，并描述于PCT公开号WO 03/064383)；依维莫司(
Figure BDA0002288429950001962
或RAD001)；雷帕霉素(AY22989，)；塞马莫德(simapimod)(CAS 164301-51-3)；(5-{2,4-双[(3S)-3-甲基吗啉-4-基]吡啶并[2,3-d]嘧啶-7-基}-2-甲氧基苯基)甲醇(AZD8055)；2-氨基-8-[反式-4-(2-羟基乙氧基)环己基]-6-(6-甲氧基-3-吡啶基)-4-甲基-吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(8H)-酮(PF04691502，CAS 1013101-36-4)；和N2-[1,4-二氧代-4-[[4-(4-氧代-8-苯基-4H-1-苯并吡喃-2-基)吗啉鎓-4-基]甲氧基]丁基]-L-精氨酰甘氨酰-L-α-天冬氨酰L-丝氨酸-(“L-精氨酰甘氨酰-L-α-天冬氨酰L-丝氨酸-”，披露为SEQ ID NO:928)，内盐(SF1126，CAS936487-67-1)。
CDK抑制剂包括但不限于帕柏西利(也称为PD-0332991，
Figure BDA0002288429950001964
6-乙酰基-8-环戊基-5-甲基-2-{[5-(1-哌嗪基)-2-吡啶基]氨基}吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(8H)-酮)。
在又另一个实施例中，本发明提供了治疗癌症的方法，所述方法是通过向对其有需要的受试者施用与一种或多种促凋亡剂(包括但不限IAP抑制剂、BCL2抑制剂、MCl1抑制剂、TRAIL剂、CHK抑制剂)组合的本发明的抗体缀合物。
例如，IAP抑制剂包括但不限于LCL161、GDC-0917、AEG-35156、AT406、和TL32711。IAP抑制剂的其他实例包括但不限于WO 04/005284、WO 04/007529、WO 05/097791、WO 05/069894、WO 05/069888、WO 05/094818、US 2006/0014700、US 2006/0025347、WO 06/069063、WO 06/010118、WO 06/017295、和WO 08/134679(所有这些文献都通过引用并入本文)中披露的那些。
BCL-2抑制剂包括但不限于4-[4-[[2-(4-氯苯基)-5,5-二甲基-1-环己烯-1-基]甲基]-1-哌嗪基]-N-[[4-[[(1R)-3-(4-吗啉基)-1-[(苯硫基)甲基]丙基]氨基]-3-[(三氟甲基)磺酰基]苯基]磺酰基]苯甲酰胺(也称为ABT-263，并描述于PCT公开号WO 09/155386)；四制癌素A；抗霉素；棉酚((-)BL-193)；奥巴妥拉(Obatoclax)；乙基-2-氨基-6-环戊基-4-(1-氰基-2-乙氧基-2-氧乙基)-4H色酮-3-甲酸酯(HA14-1)；奥利默森(Oblimersen)(G3139，
Figure BDA0002288429950001971
)；Bak BH3肽；(-)-棉酚乙酸(AT-101)；4-[4-[(4'-氯[1,1'-联苯基]-2-基)甲基]-1-哌嗪基]-N-[[4-[[(1R)-3-(二甲基氨基)-1-[(苯硫基)甲基]丙基]氨基]-3-硝基苯基]磺酰基]-苯甲酰胺(ABT-737，CAS852808-04-9)；和那维托克莱克斯(Navitoclax)(ABT-263，CAS 923564-51-6)。
促凋亡受体激动剂(PARA)包括DR4(TRAILR1)和DR5(TRAILR2)，包括但不限于杜拉乐明(Dulanermin)(AMG-951，RhApo2L/TRAIL)；玛帕妥木单抗(Mapatumumab)(HRS-ETR1，CAS 658052-09-6)；来沙木单抗(Lexatumumab)(HGS-ETR2，CAS 845816-02-6)；Apomab
Figure BDA0002288429950001972
西他土珠(Conatumumab)(AMG655，CAS 896731-82-1)；和替加妥珠单抗(Tigatuzumab)(CS1008，CAS 946415-34-5，可从第一三共株式会社(Daiichi Sankyo)获得)。
检查点激酶(CHK)抑制剂包括但不限于7-羟基星形孢菌素(UCN-01)；6-溴-3-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-5-(3R)-3-哌啶基吡唑并[1,5-a]嘧啶-7-胺(SCH900776，CAS891494-63-6)；5-(3-氟苯基)-3-脲基噻吩-2-羧酸N-[(S)-哌啶-3-基]酰胺(AZD7762，CAS860352-01-8)；4-[((3S)-1-氮杂二环[2.2.2]辛-3-基)氨基]-3-(1H-苯并咪唑-2-基)-6-氯喹啉-2(1H)-酮(CHIR 124，CAS 405168-58-3)；7-氨基更生霉素(7-AAD)、Isogranulatimide、debromohymenialdisine；N-[5-溴-4-甲基-2-[(2S)-2-吗啉基甲氧基]-苯基]-N'-(5-甲基-2-吡嗪基)脲(LY2603618，CAS 911222-45-2)；萝卜硫素(CAS4478-93-7、4-甲基亚磺酰基丁基异硫氰酸盐)；9,10,11,12-四氢-9,12-环氧-1H-二吲哚[1,2,3-fg:3',2',1'-kl]吡咯并[3,4-i][1,6]苯并二氮芳辛-1,3(2H)-二酮(SB-218078，CAS 135897-06-2)；和TAT-S216A(YGRKKRRQRRRLYRSPAMPENL(SEQ ID NO:33))、和CBP501((d-Bpa)sws(d-Phe-F5)(d-Cha)rrrqrr)。
在另外的实施例中，本发明提供了一种通过向对其有需要的受试者施用与一种或多种免疫调节剂(例如共刺激分子的激活剂或免疫检查点分子的抑制剂中一者或多者)组合的本发明的抗体缀合物来治疗或预防癌症的方法。
在某些实施例中，所述免疫调节剂是共刺激分子的激活剂。在一个实施例中，共刺激分子的激动剂选自OX40、CD2、CD27、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、ICOS(CD278)、4-1BB(CD137)、GITR、CD30、CD40、BAFFR、HVEM、CD7、LIGHT、NKG2C、SLAMF7、NKp80、CD160、B7-H3或CD83配体的激动剂(例如，激动性抗体或其抗原结合片段、或可溶性融合物)。
GITR激动剂
在某些实施例中，共刺激分子的激动剂是GITR激动剂。在一些实施例中，GITR激动剂是GWN323(诺华公司(NVS))、BMS-986156、MK-4166或MK-1248(默克公司(Merck))、TRX518(利普治疗公司(Leap Therapeutics))、INCAGN1876(因赛特公司(Incyte)/艾吉纳斯公司(Agenus))、AMG 228(美商安进公司(Amgen))或INBRX-110(印希彼公司(Inhibrx))。
示例性GITR激动剂
在一个实施例中，所述GITR激动剂是抗GITR抗体分子。在一个实施例中，所述GITR激动剂是抗GITR抗体分子，如题为“Compositions and Methods of Use for AugmentedImmune Response and Cancer Therapy[用于增强免疫应答和癌症治疗的组合物和方法]”的2016年4月14日公布的WO 2016/057846(将其通过引用以其全文并入)中所述的。
在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子包含来自重链和轻链可变区的至少一个、两个、三个、四个、五个、或六个互补决定区(CDR)(或总体上全部CDR)，所述重链和轻链可变区包含表14(例如，来自表14中披露的MAB7的重链和轻链可变区序列)中所示的氨基酸序列、或由表14中所示的核苷酸序列编码的氨基酸序列。在一些实施例中，CDR根据卡巴特(Kabat)定义(例如，如表14中所列出的)。在一些实施例中，CDR根据乔西亚(Chothia)定义(例如，如表14中所列出的)。在一个实施例中，相对于表14中所示的氨基酸序列，或由表14中所示的核苷酸序列编码的氨基酸序列，CDR中的一种或多种(或总体上全部CDR)具有一个、两个、三个、四个、五个、六个或更多个变化，例如氨基酸取代(例如，保守氨基酸取代)或缺失。
在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子包含：含有SEQ ID NO:909的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:911的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:913的VHCDR3氨基酸序列的重链可变区(VH)；以及含有SEQ ID NO:914的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:916的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:918的VLCDR3氨基酸序列的轻链可变区(VL)，各自披露于表14中。
在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子包含：含有SEQ ID NO:901的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:901具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VH。在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子包含：含有SEQ ID NO:902的氨基酸序列、或与SEQID NO:902具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子包含：含有SEQ ID NO:901的氨基酸序列的VH和含有SEQ IDNO:902的氨基酸序列的VL。
在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:905的核苷酸序列、或与SEQID NO:905具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的VH。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:906的核苷酸序列、或与SEQ ID NO:906具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的VL。在一个实施例中，所述抗体分子包含由SEQ ID NO:905的核苷酸序列编码的VH和由SEQ ID NO:906的核苷酸序列编码的VL。
在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子包含：含有SEQ ID NO:903的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:903具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的重链。在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子包含：含有SEQ ID NO:904的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:904具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子包含：含有SEQ ID NO:903的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:904的氨基酸序列的轻链。
在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:907的核苷酸序列、或与SEQID NO:907具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的重链。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:908的核苷酸序列、或与SEQ ID NO:908具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的轻链。在一个实施例中，所述抗体分子包含由SEQ ID NO:907的核苷酸序列编码的重链和由SEQ ID NO:908的核苷酸序列编码的轻链。
本文所述的抗体分子可以通过载体、宿主细胞、和在WO2016/057846(将其通过引用以其全文并入)中描述的方法制得。
表14：示例性抗GITR抗体分子的氨基酸和核苷酸序列
Figure BDA0002288429950002001
Figure BDA0002288429950002011
Figure BDA0002288429950002021
Figure BDA0002288429950002031
其他示例性GITR激动剂
在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子是BMS-986156(百时美施贵宝公司(Bristol-Myers Squibb))，也称为BMS 986156或BMS986156。BMS-986156和其他抗GITR抗体披露于例如US 9,228,016和WO2016/196792(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子包含以下的一种或多种：BMS-986156的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列，例如，在表15中所披露的。
在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子是MK-4166或MK-1248(默克公司)。MK-4166、MK-1248、和其他抗GITR抗体披露于例如，US 8,709,424、WO 2011/028683、WO 2015/026684、和Mahne等人,Cancer Res.[癌症研究]2017；77(5):1108-1118(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子包含以下中的一种或多种：MK-4166或MK-1248的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子是TRX518(利普治疗公司)。TRX518和其他抗GITR抗体披露于例如US 7,812,135、US 8,388,967、US 9,028,823、WO 2006/105021，以及Ponte J等人,(2010)Clinical Immunology[临床免疫学]；135:S96中，这些申请通过引用以其全文并入。在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子包含以下中的一种或多种：TRX518的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子是INCAGN1876(因赛特公司/艾吉纳斯公司)。INCAGN1876和其他抗GITR抗体披露于例如US 2015/0368349和WO 2015/184099(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子包含以下中的一种或多种：INCAGN1876的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子是AMG 228(美商安进公司)。AMG 228和其他抗GITR抗体披露于例如US 9,464,139和WO 2015/031667(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子包含以下的一种或多种：AMG 228的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，所述抗GITR抗体分子是INBRX-110(印希彼公司)。INBRX-110和其他抗GITR抗体披露于例如US 2017/0022284和WO 2017/015623(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述GITR激动剂包含以下中的一种或多种：INBRX-110的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，所述GITR激动剂(例如，融合蛋白)是MEDI 1873(英商梅迪缪思有限公司(MedImmune))，也称为MEDI1873。MEDI 1873和其他GITR激动剂披露于例如US2017/0073386、WO 2017/025610，以及Ross等人,Cancer Res[癌症研究]2016；76(14增刊):摘要nr 561，通过引用以其全文并入。在一个实施例中，所述GITR激动剂包含MEDI 1873的IgG Fc结构域、功能性多聚化结构域、和糖皮质激素诱导的TNF受体配体(GITRL)的受体结合结构域中的一种或多种。
另外的已知GITR激动剂(例如，抗GITR抗体)包括例如在WO 2016/054638(将其通过引用以其全文并入)中描述的那些。
在一个实施例中，所述抗GITR抗体是与本文所述的抗GITR抗体之一竞争与GITR上的相同表位结合和/或结合至GITR上的相同表位的抗体。
在一个实施例中，所述GITR激动剂是激活GITR信号传导途径的肽。在一个实施例中，所述GITR激动剂是与恒定区(例如，免疫球蛋白序列的Fc区)融合的免疫黏附素结合片段(例如，包含GITRL的细胞外或GITR的结合部分的免疫黏附素结合片段)。
表15：其他示例性抗GITR抗体分子的氨基酸序列
Figure BDA0002288429950002051
在某些实施例中，所述免疫调节剂是免疫检查点分子的抑制剂。在一个实施例中，所述免疫调节剂是PD-1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4和/或TGFRβ的抑制剂。在一个实施例中，免疫检查点分子的抑制剂抑制PD-1、PD-L1、LAG-3、TIM-3或CTLA4、或其任何组合。术语“抑制”或“抑制剂”包括给定分子(例如免疫检查点抑制剂)的某些参数(例如活性)的降低。例如，所述术语包括至少5％、10％、20％、30％、40％、50％或更多的活性(例如PD-1或PD-L1活性)的抑制。因此，抑制不必是100％。
抑制性分子的抑制可以在DNA、RNA或蛋白水平进行。在一些实施例中，抑制性核酸(例如，dsRNA、siRNA或shRNA)可以用于对抑制性分子的表达进行抑制。在其他实施例中，抑制信号的抑制剂是多肽，例如，可溶性配体(例如，PD-1-Ig或CTLA-4Ig)或与抑制性分子结合的抗体或其抗原结合片段；例如，与PD-1、PD-L1、PD-L2、CTLA4、TIM3、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4和/或TGFRβ、或其组合结合的抗体或其片段(在本文中也称为“抗体分子”)。
在一个实施例中，所述抗体分子是完全抗体或其片段(例如，Fab、F(ab')2、Fv、或单链Fv片段(scFv))。在又其他实施例中，所述抗体分子具有重链恒定区(Fc)，所述重链恒定区选自例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA1、IgA2、IgD、和IgE的重链恒定区；特别地，选自例如IgG1、IgG2、IgG3、和IgG4的重链恒定区，更特别地，IgG1或IgG4(例如，人IgG1或IgG4)的重链恒定区。在一个实施例中，所述重链恒定区是人IgG1或人IgG4。在一个实施例中，将恒定区改变(例如突变)以修饰抗体分子的特性(例如，以增加或减少Fc受体结合、抗体糖基化、半胱氨酸残基数目、效应细胞功能、或补体功能中的一种或多种)。
在某些实施例中，所述抗体分子处于双特异性或多特异性抗体分子的形式。在一个实施例中，双特异性抗体分子具有针对PD-1或PD-L1的第一结合特异性，和第二结合特异性，例如针对TIM-3、LAG-3、或PD-L2的第二结合特异性。在一个实施例中，所述双特异性抗体分子与PD-1或PD-L1和TIM-3结合。在另一个实施例中，所述双特异性抗体分子与PD-1或PD-L1和LAG-3结合。在另一个实施例中，所述双特异性抗体分子与PD-1和PD-L1结合。在又另一个实施例中，所述双特异性抗体分子与PD-1和PD-L2结合。在另一个实施例中，所述双特异性抗体分子与TIM-3和LAG-3结合。上述分子的任何组合可以在多特异性抗体分子(例如，包含针对PD-1或PD-1的第一结合特异性，以及针对TIM-3、LAG-3、或PD-L2中的两种或更多种的第二和第三结合特异性的三特异性抗体)中制备。
在某些实施例中，所述免疫调节剂是PD-1(例如，人PD-1)的抑制剂。在另一个实施例中，所述免疫调节剂是PD-L1(例如，人PD-L1)的抑制剂。在一个实施例中，PD-1或PD-L1的抑制剂是PD-1或PD-L1的抗体分子。PD-1或PD-L1抑制剂可以单独施用、或与其他免疫调节剂组合施用，例如与LAG-3、TIM-3或CTLA4的抑制剂组合施用。在示例性实施例中，将PD-1或PD-L1的抑制剂(例如，抗PD-1或PD-L1抗体分子)与LAG-3抑制剂(例如，抗LAG-3抗体分子)组合施用。在另一个实施例中，将PD-1或PD-L1的抑制剂(例如，抗PD-1或PD-L1抗体分子)与TIM-3抑制剂(例如，抗TIM-3抗体分子)组合施用。在又其他实施例中，将PD-1或PD-L1的抑制剂(例如，抗PD-1抗体分子)与LAG-3抑制剂(例如，抗LAG-3抗体分子)和TIM-3抑制剂(例如，抗TIM-3抗体分子)组合施用。
免疫调节剂与PD-1抑制剂(例如，PD-L2、CTLA4、TIM3、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4和/或TGFR中一者或多者)的其他组合还处于本发明范围内。本领域已知的或本文披露的任何抗体分子均可用于上述检查点分子抑制剂的组合中。
PD-1抑制剂
在一些实施例中，将本发明的抗体缀合物与PD-1抑制剂组合施用。在一些实施例中，PD-1抑制剂选自PDR001(诺华公司)、纳武单抗(百时美施贵宝公司)、帕姆单抗(默克公司(Merck&Co))、匹地利珠单抗(治疗科技公司(CureTech))、MEDI0680(英商梅迪缪思有限公司)、REGN2810(再生元公司(Regeneron))、TSR-042(泰萨罗公司(Tesaro))、PF-06801591(辉瑞公司(Pfizer))、BGB-A317(百济神州公司(Beigene))、BGB-108(百济神州公司)、INCSHR1210(因赛特公司)、或AMP-224(安普利公司(Amplimmun))。
示例性PD-1抑制剂
在一个实施例中，所述PD-1抑制剂是抗PD-1抗体分子。在一个实施例中，所述PD-1抑制剂是抗PD-1抗体分子，如题为“PD-1的抗体分子及其用途”的2015年7月30日公布的US2015/0210769(将其通过引用以其全文并入)中所述的。
在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含来自重链和轻链可变区的至少一个、两个、三个、四个、五个或六个互补决定区(CDR)(或总体上全部CDR)，所述重链和轻链可变区包含表6(例如，来自表6中披露的BAP049-克隆-E或BAP049-克隆-B的重链和轻链可变区序列)中所示的氨基酸序列，或由表6中所示的核苷酸序列编码的氨基酸序列。在一些实施例中，这些CDR根据卡巴特定义(例如，如表6中所列出的)。在一些实施例中，这些CDR根据乔西亚定义(例如，如表6中所列出的)。在一些实施例中，这些CDR根据卡巴特和乔西亚二者的组合CDR定义(例如，如表6中所列出的)。在一个实施例中，VH CDR1的卡巴特和乔西亚CDR的组合包含氨基酸序列GYTFTTYWMH(SEQ ID NO:541)。在一个实施例中，相对于表6中所示的氨基酸序列，或由表6中所示的核苷酸序列编码的氨基酸序列，CDR中的一个或多个(或总体上全部CDR)具有一个、两个、三个、四个、五个、六个或更多个变化，例如氨基酸取代(例如，保守氨基酸取代)或缺失。
在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:501的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:502的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:503的VHCDR3氨基酸序列的重链可变区(VH)；以及含有SEQ ID NO:510的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:511的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:512的VLCDR3氨基酸序列的轻链可变区(VL)，各自披露于表6中。
在一个实施例中，抗体分子包含：含有由SEQ ID NO:524的核苷酸序列编码的VHCDR1、由SEQ ID NO:525的核苷酸序列编码的VHCDR2、和由SEQ ID NO:526的核苷酸序列编码的VHCDR3的VH；以及含有由SEQ ID NO:529的核苷酸序列编码的VLCDR1、由SEQ ID NO:530的核苷酸序列编码的VLCDR2、和由SEQ ID NO:531的核苷酸序列编码的VLCDR3的VL，各自披露于表6中。
在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:506的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:506具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VH。在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:520的氨基酸序列、或与SEQID NO:520具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:516的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:516具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:506的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:520的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQID NO:506的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:516的氨基酸序列的VL。
在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:507的核苷酸序列、或与SEQID NO:507具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的VH。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:521或517的核苷酸序列，或与SEQ ID NO:521或517具有至少85％、90％、95％、或99％或更高同一性的核苷酸序列编码的VL。在一个实施例中，抗体分子包含由SEQ ID NO:507的核苷酸序列编码的VH和由SEQ ID NO:521或517的核苷酸序列编码的VL。
在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:508的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:508具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的重链。在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:522的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:522具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:518的氨基酸序列、或与SEQ IDNO:518具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:508的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:522的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:508的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:518的氨基酸序列的轻链。
在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:509的核苷酸序列、或与SEQID NO:509具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的重链。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:523或519的核苷酸序列，或与SEQ ID NO:523或519具有至少85％、90％、95％、或99％或更高同一性的核苷酸序列编码的轻链。在一个实施例中，抗体分子包含由SEQ ID NO:509的核苷酸序列编码的重链和由SEQ ID NO:523或519的核苷酸序列编码的轻链。
本文所述的抗体分子可以通过载体、宿主细胞、和在US2015/0210769(将其通过引用以其全文并入)中描述的方法制得。
表6.示例性抗PD-1抗体分子的氨基酸和核苷酸序列
Figure BDA0002288429950002111
Figure BDA0002288429950002121
Figure BDA0002288429950002131
Figure BDA0002288429950002141
Figure BDA0002288429950002151
其他示例性PD-1抑制剂
在一些实施例中，抗PD-1抗体是纳武单抗(CAS登记号：946414-94-4)。纳武单抗的替代性名称包括MDX-1106、MDX-1106-04、ONO-4538、BMS-936558或
Figure BDA0002288429950002152
纳武单抗是特异性阻断PD1的完全人IgG4单克隆抗体。纳武单抗(克隆5C4)和特异性结合PD1的其他人单克隆抗体披露于美国专利号8,008,449和PCT公开号WO2006/121168(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：纳武单抗的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列，例如，如表7中所披露的。
在其他实施例中，所述抗PD-1抗体是帕姆单抗。帕姆单抗(pembrolizumab)(商品名KEYTRUDA，以前称为Lambrolizumab，也称为Merck 3745、MK-3475或SCH-900475)是与PD1结合的人源化IgG4单克隆抗体。帕姆单抗(pembrolizumab)披露于例如Hamid,O.等人(2013)New England Journal of Medicine[新英格兰医学期刊]369(2):134-44,PCT公开号WO 2009/114335，以及美国专利号8,354,509(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：帕姆单抗的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列，例如，如表7中所披露的。
在一些实施例中，所述抗PD-1抗体是匹地利珠单抗。匹地利珠单抗(CT-011；治疗科技公司(Cure Tech))是与PD1结合的人源化IgG1k单克隆抗体。匹地利珠单抗和其他人源化抗PD-1单克隆抗体披露于PCT公开号WO 2009/101611(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：匹地利珠单抗的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列，例如，如表7中所披露的。
其他抗PD1抗体披露于美国专利号8,609,089、美国公开号2010028330、和/或美国公开号20120114649(将其通过引用以其全文并入)中。其他抗PD1抗体包括AMP 514(安普利公司)。
在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子是MEDI0680(英商梅迪缪思有限公司)，也称为AMP-514。MEDI0680和其他抗PD-1抗体披露于US 9,205,148和WO 2012/145493(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：MEDI0680的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子是REGN2810(再生元公司)。在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：REGN2810的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子是PF-06801591(辉瑞公司)。在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：PF-06801591的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子是BGB-A317或BGB-108(百济神州公司)。在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：BGB-A317、或BGB-108的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子是INCSHR1210(因赛特公司)，也称为INCSHR01210或SHR-1210。在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：INCSHR1210的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子是TSR-042(泰萨罗公司)，也称为ANB011。在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：TSR-042的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
其他已知的抗PD-1抗体包括描述于例如以下中的那些：WO 2015/112800、WO2016/092419、WO 2015/085847、WO 2014/179664、WO 2014/194302、WO 2014/209804、WO2015/200119、US 8,735,553、US 7,488,802、US 8,927,697、US 8,993,731、和US 9,102,727(将其通过引用以其全文并入)。
在一个实施例中，所述抗PD-1抗体是与本文所述的抗PD-1抗体之一竞争PD-1上的相同表位结合和/或结合至PD-1上的相同表位的抗体。
在一个实施例中，PD-1抑制剂是例如如US 8,907,053(将其通过引用以其全文并入)中所述的抑制PD-1信号传导途径的肽。在一些实施例中，PD-1抑制剂是免疫粘附素(例如包含融合到恒定区(例如免疫球蛋白序列的Fc区)的PD-L1或PD-L2的细胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素)。在一些实施例中，所述PD-1抑制剂是AMP-224(B7-DCIg(安普利公司)，例如，披露于WO 2010/027827和WO 2011/066342(通过引用以其全文并入)中。
表7.其他示例性抗PD-1抗体分子的氨基酸序列
Figure BDA0002288429950002181
PD-L1抑制剂
在某些实施例中，免疫检查点分子的抑制剂是PD-L1的抑制剂。在一些实施例中，将本发明的抗体缀合物与PD-L1抑制剂组合施用。在一些实施例中，所述PD-L1抑制剂选自FAZ053(诺华公司)、阿特珠单抗(atezolizumab)(基因泰克公司/罗氏公司(Roche))、阿维鲁单抗(默克雪兰诺公司(Merck Serono)和辉瑞公司)、度伐鲁单抗(英商梅迪缪思有限公司/阿斯利康公司(AstraZeneca))或BMS-936559(百时美施贵宝公司)。
示例性PD-L1抑制剂
在一个实施例中，所述PD-L1抑制剂是抗PD-L1抗体分子。在一个实施例中，所述PD-L1抑制剂是抗PD-L1抗体分子，如题为“PD-L1的抗体分子及其用途”的2016年4月21日公开的US 2016/0108123(将其通过引用以其全文并入)中所披露的。
在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含来自重链和轻链可变区的至少一个、两个、三个、四个、五个、或六个互补决定区(CDR)(或总体上全部CDR)，所述重链和轻链可变区包含表8(例如，来自表8中披露的BAP058-克隆O、或BAP058-克隆N的重链和轻链可变区序列)中所示的氨基酸序列、或由表8中所示的核苷酸序列编码的氨基酸序列。在一些实施例中，这些CDR根据卡巴特定义(例如，如表8中所列出的)。在一些实施例中，这些CDR根据乔西亚定义(例如，如表8中所列出的)。在一些实施例中，这些CDR根据卡巴特和乔西亚二者的组合CDR定义(例如，如表8中所列出的)。在一个实施例中，VH CDR1的卡巴特和乔西亚CDR的组合包含氨基酸序列GYTFTSYWMY(SEQ ID NO:647)。在一个实施例中，相对于表8中所示的氨基酸序列，或由表8中所示的核苷酸序列编码的氨基酸序列，CDR中的一个或多个(或总体上全部CDR)具有一个、两个、三个、四个、五个、六个或更多个变化，例如氨基酸取代(例如，保守氨基酸取代)或缺失。
在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:601的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:602的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:603的VHCDR3氨基酸序列的重链可变区(VH)；以及含有SEQ ID NO:609的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:610的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:611的VLCDR3氨基酸序列的轻链可变区(VL)，各自披露于表8中。
在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含：含有由SEQ ID NO:628的核苷酸序列编码的VHCDR1、由SEQ ID NO:629的核苷酸序列编码的VHCDR2、和由SEQ ID NO:630的核苷酸序列编码的VHCDR3的VH；以及含有由SEQ ID NO:633的核苷酸序列编码的VLCDR1、由SEQ ID NO:634的核苷酸序列编码的VLCDR2、和由SEQ ID NO:635的核苷酸序列编码的VLCDR3的VL，各自披露于表8中。
在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:606的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:606具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VH。在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:616的氨基酸序列、或与SEQID NO:85具有至少616％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，所述抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:620的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:620具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VH。在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:624的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:85具有至少624％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:606的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:616的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:620的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:624的氨基酸序列的VL。
在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:607的核苷酸序列、或与SEQID NO:607具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的VH。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:617的核苷酸序列、或与SEQ ID NO:617具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的VL。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:621的核苷酸序列、或与SEQ ID NO:621具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的VH。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:625的核苷酸序列、或与SEQ ID NO:625具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的VL。在一个实施例中，所述抗体分子包含由SEQ IDNO:607的核苷酸序列编码的VH和由SEQ ID NO:617的核苷酸序列编码的VL。在一个实施例中，所述抗体分子包含由SEQ ID NO:621的核苷酸序列编码的VH和由SEQ ID NO:625的核苷酸序列编码的VL。
在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:608的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:608具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的重链。在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:618的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:618具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:622的氨基酸序列、或与SEQ IDNO:622具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的重链。在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:626的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:626具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:608的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:618的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:622的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:626的氨基酸序列的轻链。
在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:615的核苷酸序列、或与SEQID NO:615具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的重链。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:619的核苷酸序列、或与SEQ ID NO:619具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的轻链。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:623的核苷酸序列、或与SEQ ID NO:623具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的重链。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:627的核苷酸序列、或与SEQ ID NO:627具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的轻链。在一个实施例中，所述抗体分子包含由SEQ ID NO:615的核苷酸序列编码的重链和由SEQ ID NO:619的核苷酸序列编码的轻链。在一个实施例中，所述抗体分子包含由SEQ ID NO:623的核苷酸序列编码的重链和由SEQ ID NO:627的核苷酸序列编码的轻链。
本文所述的抗体分子可以通过载体、宿主细胞、和在US2016/0108123(将其通过引用以其全文并入)中描述的方法制得。
表8.示例性抗PD-L1抗体分子的氨基酸和核苷酸序列
Figure BDA0002288429950002231
Figure BDA0002288429950002241
Figure BDA0002288429950002251
Figure BDA0002288429950002271
其他示例性PD-L1抑制剂
在一些实施例中，所述PD-L1抑制剂是抗PD-L1抗体。在一些实施例中，所述抗PD-L1抑制剂选自YW243.55.S70、MPDL3280A、MEDI-4736、或MDX-1105MSB-0010718C(也称为A09-246-2)，披露于例如WO 2013/0179174中，并且具有本文披露的序列(或与其基本上相同或相似的序列，例如与指定序列具有至少85％、90％、95％、或更高同一性的序列)。
在一个实施例中，所述PD-L1抑制剂是MDX-1105。MDX-1105(也称为BMS-936559)是抗PD-L1抗体，描述于PCT公开号WO 2007/005874中。
在一个实施例中，所述PD-L1抑制剂是YW243.55.S70。所述YW243.55.S70抗体是抗PD-L1，描述于PCT公开号WO 2010/077634中。
在一个实施例中，所述PD-L1抑制剂是MDPL3280A(基因泰克公司/罗氏公司)，也称为阿特珠单抗、RG7446、RO5541267、YW243.55.S70、或TECENTRIQTM。MDPL3280A是与PD-L1结合的人Fc优化的IgG1单克隆抗体。MDPL3280A和针对PD-L1的其他人单克隆抗体披露于美国专利号：7,943,743和美国公开号：20120039906(将其通过引用以其全文并入)。在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含以下中的一种或多种：阿特珠单抗的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列，例如，如表9中所披露的。
在其他实施例中，所述PD-L2抑制剂是AMP-224。AMP-224是PD-L2 Fc融合可溶性受体，其阻断PD1和B7-H1之间的相互作用(B7-DCIg；安普利公司；例如，披露于PCT公开号WO2010/027827和WO 2011/066342中)。
在一个实施例中，所述PD-L1抑制剂是抗PD-L1抗体分子。在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子是阿维鲁单抗(默克雪兰诺公司和辉瑞公司)，也称为MSB0010718C。阿维鲁单抗和其他抗PD-L1抗体披露于WO 2013/079174(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含以下中的一种或多种：阿维鲁单抗的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列，例如，如表9中所披露的。
在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子是度伐鲁单抗(英商梅迪缪思有限公司/阿斯利康公司)，也称为MEDI4736。度伐鲁单抗和其他抗PD-L1抗体披露于US 8,779,108(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含以下中的一种或多种：度伐鲁单抗的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列，例如，如表9中所披露的。
在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子是BMS-936559(百时美施贵宝公司)，也称为MDX-1105或12A4。BMS-936559和其他抗PD-L1抗体披露于US 7,943,743和WO 2015/081158(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体分子包含以下中的一种或多种：BMS-936559的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列，例如，如表9中所披露的。
其他已知的抗PD-L1抗体包括描述于例如以下中的那些：WO 2015/181342、WO2014/100079、WO 2016/000619、WO 2014/022758、WO 2014/055897、WO 2015/061668、WO2013/079174、WO 2012/145493、WO 2015/112805、WO 2015/109124、WO 2015/195163、US 8,168,179、US 8,552,154、US 8,460,927、和US 9,175,082(将其通过引用以其全文并入)。
在一个实施例中，所述抗PD-L1抗体是与本文所述的抗PD-L1抗体之一竞争与PD-L1上的相同表位结合和/或结合至PD-L1上的相同表位的抗体。
表9.其他示例性抗PD-L1抗体分子的氨基酸序列
Figure BDA0002288429950002291
LAG-3抑制剂
在某些实施例中，免疫检查点分子的抑制剂是LAG-3的抑制剂。在一些实施例中，将本发明的抗体缀合物与LAG-3抑制剂组合施用。在一些实施例中，所述LAG-3抑制剂选自LAG525(诺华公司)、BMS-986016(百时美施贵宝公司)或TSR-033(泰萨罗公司)。
示例性LAG-3抑制剂
在一个实施例中，所述LAG-3抑制剂是抗LAG-3抗体分子。在一个实施例中，所述LAG-3抑制剂是抗LAG-3抗体分子，如题为“LAG-3的抗体分子及其用途”的2015年9月17日公开的US 2015/0259420(将其通过引用以其全文并入)中所披露的。
在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含来自重链和轻链可变区的至少一个、两个、三个、四个、五个、或六个互补决定区(CDR)(或总体上全部CDR)，所述重链和轻链可变区包含表10(例如，来自表10中披露的BAP050-克隆I、或BAP050-克隆J的重链和轻链可变区序列)中所示的氨基酸序列、或由表10中所示的核苷酸序列编码的氨基酸序列。在一些实施例中，这些CDR根据卡巴特定义(例如，如表10中所列出的)。在一些实施例中，这些CDR根据乔西亚定义(例如，如表10中所列出的)。在一些实施例中，这些CDR根据卡巴特和乔西亚二者的组合CDR定义(例如，如表10中所列出的)。在一个实施例中，VH CDR1的卡巴特和乔西亚CDR的组合包含氨基酸序列GFTLTNYGMN(SEQ ID NO:766)。在一个实施例中，相对于表10中所示的氨基酸序列，或由表10中所示的核苷酸序列编码的氨基酸序列，CDR中的一个或多个(或总体上全部CDR)具有一个、两个、三个、四个、五个、六个或更多个变化，例如氨基酸取代(例如，保守氨基酸取代)或缺失。
在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:701的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:702的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:703的VHCDR3氨基酸序列的重链可变区(VH)；以及含有SEQ ID NO:710的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:711的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:712的VLCDR3氨基酸序列的轻链可变区(VL)，各自披露于表10中。
在一个实施例中，抗LAG-3抗体分子包含：VH，所述VH含有由SEQ ID NO:736或737的核苷酸序列编码的VHCDR1、由SEQ ID NO:738或739的核苷酸序列编码的VHCDR2、和由SEQID NO:740或741的核苷酸序列编码的VHCDR3；以及VL，所述VL含有由SEQ ID NO:746或747的核苷酸序列编码的VLCDR1、由SEQ ID NO:748或749的核苷酸序列编码的VLCDR2、和由SEQID NO:750或751的核苷酸序列编码的VLCDR3，这些序列各自披露于表10中。在一个实施例中，抗LAG-3抗体分子包含：VH，所述VH含有由SEQ ID NO:758或737的核苷酸序列编码的VHCDR1、由SEQ ID NO:759或739的核苷酸序列编码的VHCDR2、和由SEQ ID NO:760或741的核苷酸序列编码的VHCDR3；以及VL，所述VL含有由SEQ ID NO:746或747的核苷酸序列编码的VLCDR1、由SEQ ID NO:748或749的核苷酸序列编码的VLCDR2、和由SEQ ID NO:750或751的核苷酸序列编码的VLCDR3，这些序列各自披露于表10中。
在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:706的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:706具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VH。在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:718的氨基酸序列、或与SEQID NO:718具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:724的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:724具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VH。在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:730的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:730具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，抗LAG-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:706的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:718的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，抗LAG-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:724的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:730的氨基酸序列的VL。
在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:707或708的核苷酸序列，或与SEQ ID NO:707或708具有至少85％、90％、95％、或99％或更高同一性的核苷酸序列编码的VH。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:719或720的核苷酸序列，或与SEQID NO:719或720具有至少85％、90％、95％、或99％或更高同一性的核苷酸序列编码的VL。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:725或726的核苷酸序列，或与SEQ IDNO:725或726具有至少85％、90％、95％、或99％或更高同一性的核苷酸序列编码的VH。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:731或732的核苷酸序列，或与SEQ ID NO:731或732具有至少85％、90％、95％、或99％或更高同一性的核苷酸序列编码的VL。在一个实施例中，抗体分子包含由SEQ ID NO:707或708的核苷酸序列编码的VH和由SEQ ID NO:719或720的核苷酸序列编码的VL。在一个实施例中，抗体分子包含由SEQ ID NO:725或726的核苷酸序列编码的VH和由SEQ ID NO:731或732的核苷酸序列编码的VL。
在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:709的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:709具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的重链。在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:721的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:721具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:727的氨基酸序列、或与SEQ IDNO:727具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的重链。在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:733的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:733具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，抗LAG-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:709的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:721的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，抗LAG-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:727的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:733的氨基酸序列的轻链。
在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:716或717的核苷酸序列，或与SEQ ID NO:716或717具有至少85％、90％、95％、或99％或更高同一性的核苷酸序列编码的重链。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:722或723的核苷酸序列，或与SEQID NO:722或723具有至少85％、90％、95％、或99％或更高同一性的核苷酸序列编码的轻链。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:728或729的核苷酸序列，或与SEQID NO:728或729具有至少85％、90％、95％、或99％或更高同一性的核苷酸序列编码的重链。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:734或735的核苷酸序列，或与SEQID NO:734或735具有至少85％、90％、95％、或99％或更高同一性的核苷酸序列编码的轻链。在一个实施例中，抗体分子包含由SEQ ID NO:716或717的核苷酸序列编码的重链和由SEQ ID NO:722或723的核苷酸序列编码的轻链。在一个实施例中，抗体分子包含由SEQ IDNO:728或729的核苷酸序列编码的重链和由SEQ ID NO:734或735的核苷酸序列编码的轻链。
本文所述的抗体分子可以通过载体、宿主细胞、和在US2015/0259420(将其通过引用以其全文并入)中描述的方法制得。
表10.示例性抗LAG-3抗体分子的氨基酸和核苷酸序列
Figure BDA0002288429950002331
Figure BDA0002288429950002341
Figure BDA0002288429950002351
Figure BDA0002288429950002361
Figure BDA0002288429950002371
Figure BDA0002288429950002381
Figure BDA0002288429950002391
Figure BDA0002288429950002401
Figure BDA0002288429950002411
Figure BDA0002288429950002421
其他示例性LAG-3抑制剂
在一个实施例中，所述LAG-3抑制剂是抗LAG-3抗体分子。在一个实施例中，所述LAG-3抑制剂是BMS-986016(百时美施贵宝公司)，也称为BMS986016。BMS-986016和其他抗LAG-3抗体披露于WO 2015/116539和US 9,505,839(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含以下中的一种或多种：BMS-986016的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列，例如，如表11中所披露的。
在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子是TSR-033(泰萨罗公司)。在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含以下的一种或多种：TSR-033的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子是IMP731或GSK2831781(GSK公司和普瑞马生物医药公司(Prima BioMed))。IMP731和其他抗LAG-3抗体披露于WO 2008/132601和US9,244,059(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含以下的一种或多种：IMP731的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列，例如，在表11中所披露的。在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含以下中的一种或多种：GSK2831781的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子是IMP761(普瑞马生物医药公司)。在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体分子包含以下的一种或多种：IMP761的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
其他已知的抗LAG-3抗体包括在例如WO 2008/132601、WO2010/019570、WO 2014/140180、WO 2015/116539、WO 2015/200119、WO 2016/028672、US 9,244,059、US 9,505,839(将其通过引用以其全文并入)中描述的那些。
在一个实施例中，所述抗LAG-3抗体是与本文所述的抗LAG-3抗体之一竞争与LAG-3上的相同表位结合和/或结合至LAG-3上的相同表位的抗体。
在一个实施例中，所述抗LAG-3抑制剂是可溶性LAG-3蛋白，例如，IMP321(普瑞马生物医药公司)，例如，如WO 2009/044273(将其通过引用以其全文并入)中所披露的。
表11.其他示例性抗LAG-3抗体分子的氨基酸序列
TIM-3抑制剂
在某些实施例中，免疫检查点分子的抑制剂是TIM-3的抑制剂。在一些实施例中，将本发明的抗体缀合物与TIM-3抑制剂组合施用。在一些实施例中，所述TIM-3抑制剂是MGB453(诺华公司)或TSR-022(泰萨罗公司)。
示例性TIM-3抑制剂
在一个实施例中，所述TIM-3抑制剂是抗TIM-3抗体分子。在一个实施例中，所述TIM-3抑制剂是抗TIM-3抗体分子，如题为“TIM-3的抗体分子及其用途”的2015年8月6日公开的US 2015/0218274(将其通过引用以其全文并入)中所披露的。
在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含来自重链和轻链可变区的至少一个、两个、三个、四个、五个、或六个互补决定区(CDR)(或总体上全部CDR)，所述重链和轻链可变区包含表12(例如，来自表12中披露的ABTIM3-hum11、或ABTIM3-hum03的重链和轻链可变区序列)中所示的氨基酸序列、或由表12中所示的核苷酸序列编码的氨基酸序列。在一些实施例中，这些CDR根据卡巴特定义(例如，如表12中所列出的)。在一些实施例中，这些CDR根据乔西亚定义(例如，如表12中所列出的)。在一个实施例中，相对于表12中所示的氨基酸序列，或由表12中所示的核苷酸序列编码的氨基酸序列，CDR中的一个或多个(或总体上全部CDR)具有一个、两个、三个、四个、五个、六个或更多个变化，例如氨基酸取代(例如，保守氨基酸取代)或缺失。
在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:801的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:802的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:803的VHCDR3氨基酸序列的重链可变区(VH)；以及含有SEQ ID NO:810的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:811的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:812的VLCDR3氨基酸序列的轻链可变区(VL)，各自披露于表12中。在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:801的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:820的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:803的VHCDR3氨基酸序列的重链可变区(VH)；以及含有SEQ ID NO:810的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:811的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:812的VLCDR3氨基酸序列的轻链可变区(VL)，各自披露于表12中。
在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:806的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:806具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VH。在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:816的氨基酸序列、或与SEQID NO:816具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:822的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:822具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VH。在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:826的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:826具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:806的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:816的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:822的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:826的氨基酸序列的VL。
在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:807的核苷酸序列、或与SEQID NO:807具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的VH。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:817的核苷酸序列、或与SEQ ID NO:817具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的VL。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:823的核苷酸序列、或与SEQ ID NO:823具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的VH。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:827的核苷酸序列、或与SEQ ID NO:827具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的VL。在一个实施例中，所述抗体分子包含由SEQ IDNO:807的核苷酸序列编码的VH和由SEQ ID NO:817的核苷酸序列编码的VL。在一个实施例中，所述抗体分子包含由SEQ ID NO:823的核苷酸序列编码的VH和由SEQ ID NO:827的核苷酸序列编码的VL。
在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:808的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:808具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的重链。在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:818的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:818具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:824的氨基酸序列、或与SEQ IDNO:824具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的重链。在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:828的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:828具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，抗TIM-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:808的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:818的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，抗TIM-3抗体分子包含：含有SEQ ID NO:824的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:828的氨基酸序列的轻链。
在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:809的核苷酸序列、或与SEQID NO:809具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的重链。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:819的核苷酸序列、或与SEQ ID NO:819具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的轻链。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:825的核苷酸序列、或与SEQ ID NO:825具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的重链。在一个实施例中，所述抗体分子包含：由SEQ ID NO:829的核苷酸序列、或与SEQ ID NO:829具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的轻链。在一个实施例中，抗体分子包含：由SEQ ID NO:809的核苷酸序列编码的重链和由SEQ ID NO:819的核苷酸序列编码的轻链。在一个实施例中，抗体分子包含：由SEQ ID NO:825的核苷酸序列编码的重链和由SEQ ID NO:829的核苷酸序列编码的轻链。
本文所述的抗体分子可以通过载体、宿主细胞、和在US2015/0218274(将其通过引用以其全文并入)中描述的方法制得。
表12.示例性抗TIM-3抗体分子的氨基酸和核苷酸序列
Figure BDA0002288429950002471
Figure BDA0002288429950002481
Figure BDA0002288429950002491
Figure BDA0002288429950002501
Figure BDA0002288429950002511
其他示例性TIM-3抑制剂
在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子是TSR-022(安奈普泰斯生物有限公司(AnaptysBio)/泰萨罗公司)。在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含以下中的一种或多种：TSR-022的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含以下中的一种或多种：APE5137、或APE5121的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列，例如，如表13中所披露的。APE5137、APE5121和其他抗TIM-3抗体披露于WO 2016/161270(将其通过引用以其全文并入)中。
在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子是抗体克隆F38-2E2。在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体分子包含以下中的一种或多种：F38-2E2的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
其他已知的抗TIM-3抗体包括例如在WO 2016/111947、WO 2016/071448、WO 2016/144803、US 8,552,156、US 8,841,418、和US 9,163,087(将其通过引用以其全文并入)中描述的那些。
在一个实施例中，所述抗TIM-3抗体是与本文所述的抗TIM-3抗体之一竞争与TIM-3上的相同表位结合和/或结合至TIM-3上的相同表位的抗体。
表13.其他示例性抗TIM-3抗体分子的氨基酸序列
Figure BDA0002288429950002521
细胞因子
在又另一个实施例中，本发明提供了治疗癌症的方法，所述方法是通过向对其有需要的受试者施用与一种或多种细胞因子(包括但不限于干扰素、IL-2、IL-15、IL-7或IL21)组合的本发明的抗体缀合物。在某些实施例中，将抗体缀合物与IL-15/IL-15Ra复合物组合施用。在一些实施例中，所述IL-15/IL-15Ra复合物选自NIZ985(诺华公司)、ATL-803(亚拉斯托公司(Altor))或CYP0150(赛腾制药(Cytune))。
示例性IL-15/IL-15Ra复合物
在一个实施例中，所述细胞因子是与可溶形式的IL-15受体α(IL-15Ra)复合的IL-15。所述IL-15/IL-15Ra复合物可以包含共价或非共价结合至IL-15Ra的可溶形式的IL-15。在具体的实施例中，人IL-15非共价地与可溶形式的IL-15Ra结合。在特定实施例中，组合物的人IL-15包含表16中的SEQ ID NO:922的氨基酸序列或与SEQ ID NO:922具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列，并且可溶形式的人IL-15Ra包含表16中的SEQ ID NO:923的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:923具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列，如WO 2014/066527(将其通过引用以其全文并入)中所述。本文所述的分子可以通过载体、宿主细胞、和在WO 2007084342(将其通过引用以其整体并入)中所述的方法制得。
表16.示例性IL-15/IL-15Ra复合物的氨基酸和核苷酸序列
Figure BDA0002288429950002531
其他示例性IL-15/IL-15Ra复合物
在一个实施例中，所述IL-15/IL-15Ra复合物是ALT-803(IL-15/IL-15Ra Fc融合蛋白(IL-15N72D:IL-15RaSu/Fc可溶性复合物))。ALT-803描述于WO 2008/143794(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述IL-15/IL-15Ra Fc融合蛋白包含如表17中所披露的序列。
在一个实施例中，所述IL-15/IL-15Ra复合物包含与IL-15Ra的sushi结构域融合的IL-15(CYP0150，赛腾制药)。IL-15Ra的sushi结构域是指在IL-15Ra的信号肽之后的第一半胱氨酸残基处开始并且在所述信号肽之后的第四个半胱氨酸残基处结束的结构域。与IL-15Ra的sushi结构域融合的IL-15的复合物描述于WO 2007/04606和WO 2012/175222(将其通过引用以其全文并入)中。在一个实施例中，所述IL-15/IL-15Ra sushi结构域融合物包含如在表17中所披露的序列。
表17.其他示例性IL-15/IL-15Ra复合物的氨基酸序列
Figure BDA0002288429950002532
在又另一个实施例中，本发明提供了治疗癌症的方法，所述方法是通过向对其有需要的受试者施用与一种或多种STING受体激动剂(干扰素基因的刺激物)(例如在WO2014/189805中所述的化合物)组合的本发明的抗体缀合物。
在另一个实施例中，本发明提供了治疗癌症的方法，所述方法是通过向对其有需要的受试者施用与以下一种或多种血管生成抑制剂组合的本发明的抗体缀合物：例如贝伐单抗
Figure BDA0002288429950002541
阿西替尼
Figure BDA0002288429950002542
丙氨酸布立尼布(Brivanib alaninate)(BMS-582664，(S)-((R)-1-(4-(4-氟-2-甲基-1H-吲哚-5-基氧基)-5-甲基吡咯并[2,1-f][1,2,4]三嗪-6-基氧基)丙-2-基)2-氨基丙酸)；索拉非尼
Figure BDA0002288429950002543
帕唑帕尼苹果酸舒尼替尼
Figure BDA0002288429950002545
西地尼布(Cediranib)(AZD2171，CAS288383-20-1)；维加特(Vargatef)(BIBF1120，CAS 928326-83-4)；氟列替布(Foretinib)(GSK1363089)；替拉替尼(Telatinib)(BAY57-9352，CAS 332012-40-5)；阿帕替尼(Apatinib)(YN968D1，CAS 811803-05-1)；伊马替尼(Imatinib)
Figure BDA0002288429950002546
普纳替尼(Ponatinib)(AP24534，CAS 943319-70-8)；替沃扎尼(Tivozanib)(AV951，CAS475108-18-0)；瑞戈非尼(Regorafenib)(BAY73-4506，CAS 755037-03-7)；瓦他拉尼二盐酸盐(Vatalanib dihydrochloride)(PTK787，CAS 212141-51-0)；布立尼布(Brivanib)(BMS-540215，CAS 649735-46-6)；凡德他尼(
Figure BDA0002288429950002547
或AZD6474)；莫特塞尼二磷酸盐(Motesanib diphosphate)(AMG706，CAS 857876-30-3，N-(2,3-二氢-3,3-二甲基-1H-吲哚-6-基)-2-[(4-吡啶基甲基)氨基]-3-吡啶甲酰胺，描述于PCT公开号WO 02/066470中)；林夫尼(Linfanib)(ABT869，CAS 796967-16-3)；卡博替尼(XL184，CAS 849217-68-1)；来他替尼(Lestaurtinib)(CAS 111358-88-4)；N-[5-[[[5-(1,1-二甲基乙基)-2-噁唑基]甲基]硫代]-2-噻唑基]-4-哌啶甲酰胺(BMS38703，CAS 345627-80-7)；(3R,4R)-4-氨基-1-((4-((3-甲氧基苯基)氨基)吡咯并[2,1-f][1,2,4]三嗪-5-基)甲基)哌啶-3-醇(BMS690514)；N-(3,4-二氯-2-氟苯基)-6-甲氧基-7-[[(3aα,5β,6aα)-八氢-2-甲基环戊[c]吡咯-5-基]甲氧基]-4-喹唑啉胺(XL647，CAS 781613-23-8)；4-甲基-3-[[1-甲基-6-(3-吡啶基)-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-4-基]氨基]-N-[3-(三氟甲基)苯基]-苯甲酰胺(BHG712，CAS 940310-85-0)；或阿普西柏
Figure BDA0002288429950002551
在另一个实施例中，本发明提供了治疗癌症的方法，所述方法是通过向对其有需要的受试者施用与以下一种或多种热休克蛋白抑制剂组合的本发明的抗体缀合物：例如坦螺旋霉素(17-烯丙氨基-17-去甲氧基格尔德霉素，也称为KOS-953和17-AAG，可从西格玛公司(SIGMA)获得，并描述于美国专利号4,261,989中)；瑞他霉素(Retaspimycin)(IPI504)、加特司匹(Ganetespib)(STA-9090)；[6-氯-9-(4-甲氧基-3,5-二甲基吡啶-2-基甲基)-9H-嘌呤-2-基]胺(BIIB021或CNF2024，CAS 848695-25-0)；反式-4-[[2-(氨基羰基)-5-[4,5,6,7-四氢-6,6-二甲基-4-氧代-3-(三氟甲基)-1H-吲唑-1-基]苯基]氨基]环己基甘氨酸酯(SNX5422或PF04929113，CAS 908115-27-5)；或17-二甲基氨基乙基氨基-17-去甲氧基格尔德霉素(17-DMAG)。
在另一个实施例中，本发明提供了治疗癌症的方法，所述方法是通过向对其有需要的受试者施用与一种或多种HDAC抑制剂或其他表观遗传修饰剂组合的本发明的抗体缀合物。示例性HDAC抑制剂包括但不限于伏立诺他(Voninostat)
Figure BDA0002288429950002552
洛米迪星(Romidepsin)曲古抑菌素A(Treichostatin A)(TSA)；Oxamflatin；伏立诺他(Vorinostat)(
Figure BDA0002288429950002554
辛二酰苯胺异羟肟酸)；Pyroxamide(syberoyl-3-氨基吡啶酰胺异羟肟酸)；Trapoxin A(RF-1023A)；Trapoxin B(RF-10238)；环[(αS,2S)-α-氨基-η-氧代-2-环氧乙烷辛酰基-O-甲基-D-酪氨酰-L-异亮氨酰基-L-脯氨酰](Cyl-1)；环[(αS,2S)-α-氨基-η-氧代-2-环氧乙烷辛酰基-O-甲基-D-酪氨酰-L-异亮氨酰基-(2S)-2-哌啶羰基](Cyl-2)；环[L-丙氨酰-D-丙氨酰-(2S)-η-氧代-L-α-氨基环氧乙烷辛酰基-D-脯氨酰](HC-毒素)；环[(αS,2S)-α-氨基-η-氧代-2-环氧乙烷辛酰基-D-苯基丙氨酰-L-亮氨酰基-(2S)-2-哌啶羰基](WF-3161)；氯洁霉素(Chlamydocin)((S)-环(2-甲基丙氨酰-L-苯基丙氨酰-D-脯氨酰-η-氧代-L-α-氨基环氧乙烷辛酰基)；组蛋白脱乙酰酶抑制剂(Apicidin)(环(8-氧代-L-2-氨基癸酰基-1-甲氧基-L-色氨酰基-L-异亮氨酰基-D-2-哌啶羰基)；洛米迪星(
Figure BDA0002288429950002561
FR-901228)；4-苯基丁酸酯；Spiruchostatin A；Mylproin(丙戊酸)；恩诺司他(Entinostat)(MS-275，N-(2-氨基苯基)-4-[N-(吡啶-3-基-甲氧基羰基)-氨基-甲基]-苯甲酰胺)；Depudecin(4,5:8,9-双酐-1,2,6,7,11-五脱氧-D-苏式-D-ido-十一-1,6-二烯醇)；4-(乙酰基氨基)-N-(2-氨基苯基)-苯甲酰胺(也称为CI-994)；N1-(2-氨基苯基)-N8-苯基-辛二酰胺(也称为BML-210)；4-(二甲基氨基)-N-(7-(羟基氨基)-7-氧代庚基)苯甲酰胺(也称为M344)；(E)-3-(4-(((2-(1H-吲哚-3-基)乙基)(2-羟基乙基)氨基)-甲基)苯基)-N-羟基丙烯酰胺；帕比司他
Figure BDA0002288429950002562
莫诺司他(Mocetinostat)和贝利司他(也称为PXD101、
Figure BDA0002288429950002563
或(2E)-N-羟基-3-[3-(苯基氨磺酰基)苯基]丙-2-烯酰胺)或西达本胺(chidamide)(也称为CS055或HBI-8000，(E)-N-(2-氨基-5-氟苯基)-4-((3-(吡啶-3-基)丙烯酰胺基)甲基)苯甲酰胺)。其他表观遗传修饰剂包括但不限于EZH2的抑制剂(zeste同源物2的增强剂)、EED(胚胎外胚层发育)或LSD1(赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1A或KDM1A)。
在又另一个实施例中，本发明提供了治疗癌症的方法，所述方法是通过向对其有需要的受试者施用与一种或多种吲哚胺-吡咯2,3-双加氧酶(IDO)抑制剂(例如，英多莫德(也称为NLG-8189)、α-环己基-5H-咪唑并[5,1-a]异吲哚-5-乙醇(也称为NLG919)或(4E)-4-[(3-氯-4-氟苯胺基)-亚硝基亚甲基]-1,2,5-噁二唑-3-胺(也称为INCB024360)组合的本发明的抗体缀合物。
在又另一个实施例中，本发明提供了治疗癌症的方法，所述方法是通过向对其有需要的受试者施用与一种或多种控制或治疗细胞因子释放综合征(CRS)的药剂组合的本发明的抗体缀合物。针对CRS的疗法包括但不限于IL-6抑制剂或IL-6受体(IL-6R)抑制剂(例如，托珠单抗或司妥昔单抗)、巴多昔芬、sgp130阻滞剂、血管活性药物、皮质类固醇、免疫抑制剂、组胺H2受体拮抗剂、退热药、镇痛药(例如，对乙酰氨基酚)和机械通气。CRS的示例性疗法描述于国际申请WO 2014011984中，所述文献特此通过引用并入。
托珠单抗是人源化免疫球蛋白G1κ抗人IL-6R单克隆抗体。托珠单抗阻断IL-6与可溶性和膜结合IL-6受体(IL-6R)的结合，并且由此抑制经典和反式-IL-6信号传导。在实施例中，对于成人将托珠单抗按约4-12mg/kg(例如约4-8mg/kg)的剂量施用，并且对于儿科受试者按约8-12mg/kg的剂量施用，例如在1小时内施用。
在一些实施例中，CRS治疗剂是IL-6信号传导的抑制剂，例如IL-6或IL-6受体的抑制剂。在一个实施例中，抑制剂是抗IL-6抗体，例如抗IL-6嵌合单克隆抗体(如siltuximab)。在其他实施例中，抑制剂包含能够阻断IL-6信号传导的可溶性gp130(sgp130)或其片段。在一些实施例中，sgp130或其片段融合到异源结构域，例如Fc结构域，例如为gp130-Fc融合蛋白(如FE301)。在实施例中，IL-6信号传导的抑制剂包含抗体，例如针对IL-6受体的抗体，如sarilumab、olokizumab(CDP6038)、elsilimomab、sirukumab(CNTO136)、ALD518/BMS-945429、ARGX-109、或FM101。在一些实施例中，IL-6信号传导的抑制剂包含小分子(如CPSI-2364)。
示例性血管活性药物包括但不限于血管紧张素-11、内皮素-1、α肾上腺素能激动剂、rostanoid、磷酸二酯酶抑制剂、内皮素拮抗剂，inotrope(例如肾上腺素、多巴酚丁胺、异丙肾上腺素、麻黄碱)、血管加压剂(例如去甲肾上腺素、加压素、间羟胺、加压素、亚甲蓝)、纤维扩张剂(例如米力农、左西孟旦)、和多巴胺。
示例性血管加压剂包括但不限于去甲肾上腺素、多巴胺、去氧肾上腺素、肾上腺素、和加压素。在一些实施例中，高剂量血管升压剂包括以下一种或多种：去甲肾上腺素单一疗法≥20ug/min、多巴胺单一疗法≥10ug/kg/min、去氧肾上腺素单一疗法≥200ug/min、和/或肾上腺素单一疗法≥10ug/min。在一些实施例中，如果受试者在加压素上，则高剂量血管加压剂包括当量为≥10ug/min的加压素+去甲肾上腺素，其中去甲肾上腺素当量剂量＝[去甲肾上腺素(ug/min)]+[多巴胺(ug/kg/min)/2]+[肾上腺素(ug/min)]+[去氧肾上腺素(ug/min)/10]。在一些实施例中，如果受试者在组合血管加压剂(非加压素)上，则高剂量血管加压剂包括当量为≥20ug/min的去甲肾上腺素，其中去甲肾上腺素当量剂量＝[去甲肾上腺素(ug/min)]+[多巴胺(ug/kg/min)/2]+[肾上腺素(ug/min)]+[去氧肾上腺素(ug/min)/10]。参见例如，同上。
在一些实施例中，低剂量血管加压剂是以小于上文针对高剂量血管加压剂列出剂量中的一个或多个的剂量施用的血管加压剂。
示例性皮质类固醇包括但不限于地塞米松、氢化可的松、和甲泼尼龙。在实施例中，使用0.5mg/kg的地塞米松剂量。在实施例中，使用10mg/剂量的地塞米松最大剂量。在实施例中，使用2mg/kg/天的甲泼尼龙剂量。
示例性免疫抑制剂包括但不限于TNFα的抑制剂或IL-1的抑制剂。在实施例中，TNFα的抑制剂包含抗TNFα抗体，例如单克隆抗体，例如英夫利昔单抗。在实施例中，TNFα的抑制剂包含可溶性TNFα受体(例如依那西普)。在实施例中，IL-1或IL-1R抑制剂包含阿那白滞素。
示例性组胺H2受体拮抗剂包括但不限于西眯替丁
Figure BDA0002288429950002581
雷尼替丁法莫替丁和尼扎替丁
示例性退热药和镇痛药包括但不限于对乙酰氨基酚
Figure BDA0002288429950002585
布洛芬和阿司匹林。
在一些实施例中，本发明提供了治疗癌症的方法，所述方法是通过向对其有需要的受试者施用与两种或更多种任何以上所述抑制剂、激活剂、免疫调节剂、激动剂或修饰剂组合的本发明的抗体缀合物。例如，可以将本发明的抗体缀合物与一种或多种检查点抑制剂和/或一种或多组免疫激活剂组合使用。
除上述治疗方案外，还可对患者进行外科手术切除癌细胞和/或放射疗法。
药物组合物
为制备包含一种或多种本文所述的抗体缀合物的药物或无菌组合物，可以将提供的抗体缀合物与药学上可接受的载剂或赋形剂混合。
治疗剂和诊断剂的配制品可以通过与生理学上可接受的载剂、赋形剂、或稳定剂以例如冻干粉末、浆液、水性溶液、洗剂或悬浮液的形式混合来制备(参见例如，Hardman等人,Goodman and Gilman's The Pharmacological Basis of Therapeutics[Goodman和Gilman的治疗的药理学基础],McGraw-Hill[麦格劳-希尔集团],纽约,纽约州,2001；Gennaro,Remington:The Science and Practice of Pharmacy[雷明顿：药物科学与实践],Lippincott,Williams,and Wilkins[利平科特·威廉斯和威尔金斯出版公司],纽约,纽约州,2000；Avis等人(编辑),Pharmaceutical Dosage Forms:Parenteral Medications[药物剂型：肠胃外药物],Marcel Dekker[马塞尔德克尔公司],纽约,1993；Lieberman,等人.(编辑),Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets[药物剂型：片剂],Marcel Dekker[马塞尔德克尔公司],纽约,1990；Lieberman等人(编辑)Pharmaceutical Dosage Forms:Disperse Systems[药物剂型：分散系统],Marcel Dekker[马塞尔德克尔公司],纽约,1990；Weiner和Kotkoskie,Excipient Toxicity and Safety[赋形剂毒性和安全性],Marcel Dekker,Inc.[马塞尔德克尔公司],纽约,纽约州,2000)。
在一些实施例中，包含本发明的抗体缀合物的药物组合物是冻干物制剂。在某些实施例中，包含抗体缀合物的药物组合物是在小瓶中的含有抗体缀合物、组氨酸、蔗糖和聚山梨醇酯20的冻干物。在某些实施例中，包含抗体缀合物的药物组合物是在小瓶中的含有抗体缀合物、琥珀酸钠和聚山梨醇酯20的冻干物。在某些实施例中，包含抗体缀合物的药物组合物是在小瓶中的含有抗体缀合物、海藻糖、柠檬酸盐和聚山梨醇酯8的冻干物。冻干物可以例如用水、盐水重构用于注射。在一个具体实施例中，溶液包含pH为约5.0的抗体缀合物、组氨酸、蔗糖和聚山梨醇酯20。在另一个具体实施例中，溶液包含抗体缀合物、琥珀酸钠和聚山梨醇酯20。在另一个具体实施例中，溶液包含pH为约6.6的抗体缀合物、脱水海藻糖、柠檬酸盐脱水物、柠檬酸和聚山梨醇酯8。为了静脉内施用，将获得的溶液通常进一步稀释于载剂溶液中。
为治疗剂选择施用方案取决于若干种因素，包括实体的血清或组织周转速率、症状水平、实体的免疫原性和生物基质中的靶细胞可及性。在某些实施例中，施用方案使递送至患者的治疗剂的量最大化，与可接受水平的副作用一致。因此，递送的生物制品的量部分地取决于具体实体和正在治疗的病症的严重程度。选择适当剂量的抗体、细胞因子和小分子的指南是可获得的(参见例如，Wawrzynczak,Antibody Therapy[抗体疗法],BiosScientific Pub.Ltd[Bios科学出版社有限公司],Oxfordshire[牛津郡],英国,1996；Kresina(编辑),Monoclonal Antibodies,Cytokines and Arthritis[单克隆抗体、细胞因子和关节炎],Marcel Dekker[马塞尔德克尔公司],纽约,纽约州,1991；Bach(编辑),Monoclonal Antibodies and Peptide Therapy in Autoimmune Diseases[自免疫疾病中的单克隆抗体和肽疗法],Marcel Dekker[马塞尔德克尔公司],纽约,纽约州,1993；Baert等人,New Engl.J.Med.[新英格兰医学杂志]348:601-608,2003；Milgrom等人,NewEngl.J.Med.[新英格兰医学杂志]341:1966-1973,1999；Slamon等人,New Engl.J.Med.[新英格兰医学杂志]344:783-792,2001；Beniaminovitz等人,New Engl.J.Med.[新英格兰医学杂志]342:613-619,2000；Ghosh等人,New Engl.J.Med.[新英格兰医学杂志]348:24-32,2003；Lipsky等人,New Engl.J.Med.[新英格兰医学杂志]343:1594-1602,2000)。
由临床医生，例如，使用本领域已知或疑似影响治疗或预计影响治疗的参数或因素确定适当的剂量。通常，剂量始于或多或少小于最佳剂量的量并此后将它以小增量增加，直至相对于任何不利副作用，实现所期望的或最佳的效果。重要的诊断量值包括症状(例如炎症)的那些量值或产生的炎性细胞因子的水平。
可以改变本发明药物组合物中活性成分的实际剂量水平，以便获得一定量的活性成分，所述活性成分的量有效地实现对于特定的患者、组合物和施用方式的所期望的治疗应答，而对患者没有毒性。所选的剂量水平取决于多种药代动力学因素，包括所用的本发明特定组合物或其酯、盐或酰胺的活性、施用途径、施用时间、正在使用的特定化合物的排泄速率、治疗的持续时间、与所用特定组合物组合使用的其他药物、化合物和/或材料、正在治疗的患者的年龄、性别、体重、状况、总体健康和既往病史、以及医学领域中已知的类似因素。
包含本发明的抗体缀合物的组合物可通过连续输注提供，或通过例如一天、一周、或每周1-7次、每一周一次、每三周一次、每四周一次、每五周一次、每六周一次、每七周一次、或每八周一次的间隔剂量提供。可通过静脉内、皮下、局部、口服、鼻、直肠、肌内、脑内或通过吸入来提供剂量。特定剂量方案是一个涉及避免明显不希望的副作用的最大剂量或给药频率的方案。
对于本发明的抗体缀合物，施用于患者的剂量可以是0.0001mg/kg至100mg/kg患者体重。所述剂量可以在0.001mg/kg患者体重与50mg/kg患者体重之间、在0.005mg/kg患者体重与20mg/kg患者体重之间、在0.01mg/kg患者体重与20mg/kg患者体重之间、在0.02mg/kg患者体重与10mg/kg患者体重之间、在0.05mg/kg患者体重与5mg/kg患者体重之间、在0.1mg/kg患者体重与10mg/kg患者体重之间、在0.1mg/kg患者体重与8mg/kg患者体重之间、在0.1mg/kg患者体重与5mg/kg患者体重之间、在0.1mg/kg患者体重与2mg/kg患者体重之间、在0.1mg/kg患者体重与1mg/kg患者体重之间。可以使用以千克(kg)计的患者体重乘以按mg/kg计的待施用的剂量，计算抗体缀合物的剂量。
可以重复本发明的抗体缀合物的剂量并且各次施用可以相隔少于1天、至少1天、2天、3天、5天、10天、15天、30天、45天、2个月、75天、3个月、4个月、5个月、或至少6个月。在一些实施例中，本发明的抗体缀合物每周施用两次、每周施用一次、每两周施用一次、每三周施用一次、每四周施用一次或较小频率地施用。在一个具体的实施例中，本发明的抗体缀合物的剂量每2周重复一次。
特定患者的有效量可以根据如以下的因素改变：所治疗的病症、患者的总体健康状况、施用的方法、途径和剂量和副作用的严重程度(参见例如，Maynard等人,A Handbookof SOPs for Good Clinical Practice[用于良好临床实践的SOP指南],InterpharmPress[国际药物出版社],Boca Raton,Fla.[佛罗里达州波卡拉顿],1996；Dent,GoodLaboratory and Good Clinical Practice[良好实验和良好临床实践],Urch Publ.[厄奇出版社],伦敦,英国,2001)。
施用途径可以是通过例如局部或皮肤应用、通过皮下、静脉内、腹膜内、脑内、肌内、眼内、动脉内、脑脊内、病灶内施用进行的注射或输注、或通过持续释放系统或植入物(参见例如，Sidman等人,Biopolymers[生物聚合物]22:547-556,1983；Langer等人,J.Biomed.Mater.Res.[生物医学材料研究杂志]15:167-277,1981；Langer,Chem.Tech.[化学技术]12:98-105,1982；Epstein等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国国家科学院院刊]82:3688-3692,1985；Hwang等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国国家科学院院刊]77:4030-4034,1980；美国专利号6,350,466和6,316,024)。必要时，组合物也可以包含增溶剂或用于减轻注射部位疼痛的局部麻醉药如利多卡因，或两者。此外，也可以采用肺部施用，例如通过使用吸入器或雾化器以及含有雾化剂的配制品。参见例如，美国专利号6,019,968、5,985,320、5,985,309、5,934,272、5,874,064、5,855,913、5,290,540和4,880,078；以及PCT公开号WO 92/19244、WO 97/32572、WO 97/44013、WO 98/31346和WO 99/66903，将这些专利中的每一个通过引用以其全文并入本文。
此类另外的成分的实例是本领域熟知的。
与第二治疗剂(例如，细胞因子、类固醇、化学治疗剂、抗生素或放射)共同施用或治疗的方法在本领域中是已知的(参见例如，Hardman等人,(编辑)(2001)Goodman andGilman's The Pharmacological Basis of Therapeutics[Goodman和Gilman的治疗的药理学基础],第10增版,麦格劳-希尔集团(McGraw-Hill),纽约,纽约州；Poole和Peterson(编辑)(2001)Pharmacotherapeutics for Advanced Practice:A Practical Approach[药物治疗学高级实践：实用方法],利平科特、威廉姆斯和威尔金斯出版公司(Lippincott,Williams&Wilkins),费城,宾夕法尼亚州；Chabner和Longo(编辑)(2001)CancerChemotherapy and Biotherapy[癌症化学疗法和生物疗法],利平科特、威廉姆斯和威尔金斯出版公司(Lippincott,Williams&Wilkins),费城,宾夕法尼亚州)。治疗剂的有效量可以将症状减少至少10％；至少20％；至少约30％；至少40％、或至少50％。
可以与本发明的抗体缀合物组合施用的另外的疗法(例如，预防剂或治疗剂)可以与本发明的抗体缀合物相隔少于5分钟、相隔少于30分钟、相隔1小时、相隔约1小时、相隔约1小时至约2小时、相隔约2小时至约3小时、相隔约3小时至约4小时、相隔约4小时至约5小时、相隔约5小时至约6小时、相隔约6小时至约7小时、相隔约7小时至约8小时、相隔约8小时至约9小时、相隔约9小时至约10小时、相隔约10小时至约11小时、相隔约11小时至约12小时、相隔约12小时至18小时、相隔18小时至24小时、相隔24小时至36小时、相隔36小时至48小时、相隔48小时至52小时、相隔52小时至60小时、相隔60小时至72小时、相隔72小时至84小时、相隔84小时至96小时、或相隔96小时至120小时进行施用。两种或更多种疗法可以在同一患者访视中施用。
在某些实施例中，可以配制本发明的抗体缀合物以确保适当的体内分布。示例性的靶向部分包括叶酸或生物素(参见，例如，Low等人的美国专利号5,416,016)；甘露糖苷(Umezawa等人,1988,Biochem.Biophys.Res.Commun.[生物化学与生物物理研究通讯]153:1038)；抗体(Bloeman等人,1995,FEBS Lett.[欧洲生化学会联合会快报]357:140；Owais等人.,(1995)Antimicrob.Agents Chemother.[抗微生物剂化学疗法]39:180)；表面活性剂蛋白质A受体(Briscoe等人,1995,Am.J.Physiol.[美国生理学杂志]1233:134)；p 120(Schreier等人,1994,J.Biol.Chem.[生物化学杂志]269:9090)；还参见K.Keinanen；M.L.Laukkanen(1994)FEBS Lett.[欧洲生化学会联合会快报]346:123；J.J.Killion；I.J.Fidler(1994)Immunomethods[免疫方法]4:273。
本发明提供了用于向有需要的受试者单独或与其他疗法组合施用包含本发明的抗体缀合物的药物组合物的方案。本发明的组合疗法的疗法(例如，预防剂或治疗剂)可以同时或顺序地施用于受试者。本发明的组合疗法的疗法(例如，预防剂或治疗剂)也可以循环施用。循环疗法涉及施用第一疗法(例如，第一预防剂或治疗剂)一段时间，随后施用第二疗法(例如，第二预防剂或治疗剂)一段时间并重复这种依序施用，即，所述循环，以减少对一种疗法(例如，药剂)的耐药性形成，以避免或减少一种疗法(例如，药剂)的副作用和/或以改善疗法的功效。
本发明的组合疗法的疗法(例如，预防剂或治疗剂)可以并行施用于受试者。
术语“并行”不限于在完全相同的时间施用疗法(例如，预防剂或治疗剂)，而是意指将包含抗体或其片段的药物组合物以这样的顺序并在这样的时间间隔内施用于受试者，所述顺序和所述时间间隔使得本发明的抗体或抗体缀合物可以与一种或多种其他疗法一起发挥作用，以提供与如果另外施用它们相比增加的益处。例如，可以将每种疗法在相同的时间或以任何次序依序在不同的时间点施用于受试者；然而，如果不在相同的时间施用，则它们应当在时间上充分接近地施用，从而以提供所需的治疗或预防效果。可以将每种疗法以任何适当的形式和通过任何合适的途径分别施用于受试者。在各种实施例中，将疗法(例如，预防剂或治疗剂)相隔少于5分钟、相隔少于15分钟、相隔少于30分钟、相隔少于1小时、相隔约1小时、相隔约1小时至约2小时、相隔约2小时至约3小时、相隔约3小时至约4小时、相隔约4小时至约5小时、相隔约5小时至约6小时、相隔约6小时至约7小时、相隔约7小时至约8小时、相隔约8小时至约9小时、相隔约9小时至约10小时、相隔约10小时至约11小时、相隔约11小时至约12小时、相隔24小时、相隔48小时、相隔72小时、或相隔1周施用于受试者。在其他实施例中，将两种或更多种疗法(例如，预防剂或治疗剂)在同一患者访视中施用。
组合疗法的预防剂或治疗剂可以在相同的药物组合物中施用于受试者。可替代地，组合疗法的预防剂或治疗剂可以在单独的药物组合物中并行施用于受试者。预防剂或治疗剂可以通过相同或不同施用途径施用于受试者。
应理解，本文描述的实例和实施例仅用于举例说明目的，其各种修饰或改变对于本领域技术人员将是明了的，并包括在本申请的精神和范围内和所附权利要求书的范围内。
实例
在以下实例中进一步描述了本发明，这些实例不旨在限制权利要求中描述的本发明的范围。
实例1
1-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-1)的合成
用5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1.0当量)、HBTU(1.2当量)、胡宁氏碱(3.0当量)、3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酸(1.2当量)和DMSO(0.1M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌3小时，并然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体、作为TFA盐的1-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-1)：1H NMR(CDCl3):δ7.35(d,1H),7.12(d,1H),6.86(d,1H),6.72(s,2H),6.69(d,1H),6.40(s,1H),5.46(t,1H),5.33(s,2H),4.16(s,2H),3.95(s,3H),3.82(m,6H),3.40(m,4H),3.21(m,2H),2.67(m,4H),1.39(m,2H),1.26(m,2H),1.14(m,2H),0.86(t,3H)。LRMS[M+H]＝589.3。
实例2
(2R)-2-氨基-3-((1-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-2,5-二氧代吡咯烷-3-基)硫代)丙酸(C-2)的合成
用1-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-1，1.0当量)填充圆底烧瓶，并溶解于ACN-PBS缓冲液(1:2，0.02M)中。向所述混合物中添加溶解于DPBS缓冲液(0.07M)中的L-半胱氨酸(2.0当量)。将反应混合物在室温下搅拌1小时。将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体、作为非对映异构体混合物的TFA盐的(2R)-2-氨基-3-((1-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-2,5-二氧代吡咯烷-3-基)硫代)丙酸(C-2)：1H NMR(CD3OD):δ7.36(d,1H),7.28(d,1H),7.05(d,1H),6.81(d,1H),6.24(d,1H),5.57(s,2H),4.26(m,2H),4.02(m,1H),3.95(s,3H),3.78(m,6H),3.55(m,2H),3.44(m,1H),3.23(m,3H),3.12(m,2H),2.76(m,2H),2.53(m,1H),1.53(m,2H),1.30(m,2H),1.19(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝710.3。
实例3
(6R)-6-(2-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-2-氧代乙基)-5-氧代硫代吗啉-3-甲酸(C-3)的合成
用(2R)-2-氨基-3-((1-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-2,5-二氧代吡咯烷-3-基)硫代)丙酸(C-1)填充圆底烧瓶，并溶解于PBS缓冲液(pH 7.5，100mM磷酸盐，含5nM EDTA)和乙腈(1:1，0.012M)中。然后将反应混合物在40℃下搅拌6小时。此时，允许粗反应混合物冷却至室温，并通过RP-HPLC(ACN中的0.5M NH4OAc:H2O中的10mM NH4OAc，C18柱)进行纯化，得到呈固体、作为区域异构体和非对映异构体的混合物的(6R)-6-(2-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-2-氧代乙基)-5-氧代硫代吗啉-3-甲酸(C-3)。1H NMR(CD3OD):δ7.38(d,1H),7.13(s,1H),6.94(d,1H),6.74(d,1H),6.22(d,1H),5.52(s,2H),4.24(m,1H),3.93(s,3H),3.82(m,1H),3.67(s,2H),3.60(m,4H),3.54(t,2H),3.43(m,2H),3.18(m,1H),3.01(m,1H),2.87(m,1H),2.58(m 7H),1.50(m,2H),1.29(m,2H),1.17(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝710.4。
实例4
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-4a)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-4b)的合成
Figure BDA0002288429950002672
用1-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-1，1.0当量)、L-半胱氨酸(1.0当量)和PBS:MeCN(2:1，0.008M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌1小时，并然后将1M NaOH(20.0当量)添加至反应混合物中。然后将所述反应再搅拌3小时，然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(MeCN中的0.5mM NH4OAc:H2O中的10mM NH4OAc，C18柱)进行纯化，得到作为其各自的非对映异构体(以下的化合物(C-4aSR)、(C-4aRR)、(C-4bRR)和(C-4bRR))、呈固体的3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-4a)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-4b)的混合物：1H NMR(DMSO):δ7.88(s,1),7.26(s,1H),6.98(s,1H),6.77(d,1H),6.64(s,1H),6.46(s,1H),6.01(s,1H),5.40(s,2H),3.85(s,3H),3.36(m,17H),2.29(m,8H),1.90(s,2H),1.39(m,2H),1.21(m,2H),1.09(m,2H),0.81(t,3H)。LRMS[M+H]＝728.4。
Figure BDA0002288429950002681
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-4aSR)；
Figure BDA0002288429950002682
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-4aRR)
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-4bRR)
Figure BDA0002288429950002692
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-4bSR)。
实例5
1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-5)的合成
Figure BDA0002288429950002693
用5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1.0当量)、2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙醛(4.0当量)、氰基硼氢化钠(13.0当量)和MeOH(0.04M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌1小时，并将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体、作为TFA盐的1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-5)：1H NMR(CDCl3):δ7.32(d,1H),7.12(d,1H),6.87(d,1H),6.72(s,2H),6.70(d,1H),6.41(d,1H),5.45(t,1H),5.31(s,2H),4.07(s,2H),3.95(s,3H),3.73(t,2H),3.40(m,4H),3.17(m,6H),2.89(m,4H),1.39(m,2H),1.26(m,2H),1.14(m,2H),0.86(t,3H)。LRMS[M+H]＝561.3。
注意：通过将1-(2-羟乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(1.0当量)、戴斯-马丁过碘烷(1.5当量)和DCM(0.1M)添加至圆底烧瓶并在室温下搅拌2小时来制备2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙醛，。然后过滤反应混合物，在真空中去除挥发物，并将产物无需进一步纯化而使用。
实例6
(2S)-2-氨基-3-((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-2,5-二氧代吡咯烷-3-基)硫代)丙酸(C-6)的合成
Figure BDA0002288429950002701
(2S)-2-氨基-3-((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-2,5-二氧代吡咯烷-3-基)硫代)丙酸
根据类似于实例2的程序(除了使用化合物(C-5)代替化合物(C-1))来制备(C-6)，得到呈固体、作为非对映异构体混合物的TFA盐的(2S)-2-氨基-3-((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-2,5-二氧代吡咯烷-3-基)硫代)丙酸(C-6)：1H NMR(CD3OD):δ7.36(d,1H),7.21(m,1H),7.02(m,1H),6.78(m,1H),6.23(d,1H),5.56(m,2H),4.21(m,1H),4.09(s,1H),4.03(m,1H),3.95(m,3H),3.75(m,2H),3.54(t,2H),3.43(m,1H),3.34(m,1H),3.22(m,2H),3.03(m,6H),2.84(m,2H),2.63(m,1H),1.52(m,2H),1.30(m,2H),1.18(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝682.4。
实例7
(6R)-6-(2-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-2-氧代乙基)-5-氧代硫代吗啉-3-甲酸(C-7)的合成
Figure BDA0002288429950002711
(6R)-6-(2-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-2-氧代乙基)-5-氧代硫代吗啉-3-甲酸
根据类似于实例3的程序(除了使用化合物(C-5)代替化合物(C-1))来制备(C-7)，得到呈固体、作为区域异构体和非对映异构体的混合物的(6R)-6-(2-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-2-氧代乙基)-5-氧代硫代吗啉-3-甲酸(C-7)：1H NMR(CD3OD):δ7.37(d,1H),7.10(s,1H),6.91(d,1H),6.72(d,1H),6.22(d,1H),5.51(s,2H),4.13(m,1H),3.92(s,3H),3.88(m,1H),3.58(s,2H),3.52(t,2H),3.40(m,2H),3.16(m,1H),2.99(m,1H),2.86(m,1H),2.67(m10H),1.49(m,2H),1.29(m,2H),1.17(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝682.3。
实例8
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-8a)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-8b)的合成
Figure BDA0002288429950002712
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-8a)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-8b)是根据类似于实例4的程序(除了使用化合物(C-5)代替化合物(C-1))来制备，以给出作为其各自的非对映异构体(以下的化合物(C-8aSR)、(C-8aRR)、(C-8bRR)和(C-8bRR))、呈固体的化合物(C-8a)和(C-8b)的混合物：1H NMR(DMSO):δ7.81(s,1),7.33(s,1H),6.96(s,1H),6.76(d,1H),6.69(s,1H),6.48(s,1H),6.10(s,1H),5.45(s,2H),3.82(s,3H),3.37(m,17H),2.35(m,8H),1.90(s,2H),1.41(m,2H),1.20(m,2H),1.08(m,2H),0.80(t,3H)。LRMS[M+H]＝700.4。
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-8aSR)；
Figure BDA0002288429950002722
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-8aRR)；
Figure BDA0002288429950002723
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-8bRR)；
Figure BDA0002288429950002731
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-8bSR)。
实例9
1-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-9)的合成
1-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-9)是根据类似于实例1的程序(除了使用3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酸代替3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酸)来制备，得到呈固体、作为TFA盐的1-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-9)：1H NMR(CD3OD):δ7.37(d,1H),7.27(d,1H),7.06(d,1H),6.82(s,2H),6.81(d,1H),6.24(d,1H),5.58(s,2H),4.38(s,2H),3.96(s,3H),3.86(m,4H),3.67(m,4H),3.56(m,4H),3.24(m,4H),2.61(t,2H),1.53(m,2H),1.31(m,2H),1.20(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝633.3。
实例10
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-10a)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-10b)的合成
Figure BDA0002288429950002741
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-10a)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-10b)是根据类似于实例4的程序(除了使用化合物(C-9)代替化合物(C-1))来制备，得到作为其各自的非对映异构体(以下化合物(C-10aSR)、(C-10aRR)、(C-10bRR)和(C-10bRR))、呈固体、作为TFA盐的化合物(C-10a)和(C-10b)的混合物。将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化：1H NMR(CD3OD):δ7.35(d,1H),7.29(d,1H),7.05(d,1H),6.77(m,1H),6.23(s,1H),5.56(s,2H),4.32(m,2H),3.94(s,3H),3.86(m,3H),3.72(m,3H),3.54(m,10H),3.21(m,4H),2.67(m,4H),1.52(m,2H),1.30(m,2H),1.19(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝772.4。
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-10aSR)；
Figure BDA0002288429950002751
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-10aRR)；
Figure BDA0002288429950002752
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-10bRR)；
Figure BDA0002288429950002753
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-10bSR)。
实例11
1-(2-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-11)的合成
1-(2-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-11)是根据类似于实例1的程序(除了使用3-(2-(2-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)乙氧基)乙氧基)丙酸代替3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酸)来制备，得到呈固体、作为TFA盐的1-(2-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-11)：1H NMR(CD3OD):δ7.37(d,1H),7.26(d,1H),7.05(d,1H),6.82(d,1H),6.80(s,2H),6.24(d,1H),5.58(s,2H),4.32(s,2H),3.96(s,3H),3.74(t,2H),3.64(m,2H),3.58(m,12H),3.64(m,4H),3.20(m,4H),2.68(m,2H),1.53(m,2H),1.32(m,2H),1.20(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝721.4。
实例12
(2R)-2-氨基-19-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,19-二氧代-10,13,16-三氧杂-4-硫杂-7-氮杂十九烷-1-酸(C-12a)和(19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-羧基-1,14-二氧代-4,7,10-三氧杂-17-硫杂-13-氮杂二十烷-20-酸(C-12b)的合成
Figure BDA0002288429950002761
(2R)-2-氨基-19-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,19-二氧代-10,13,16-三氧杂-4-硫杂-7-氮杂十九烷-1-酸(C-12)和(19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-羧基-1,14-二氧代-4,7,10-三氧杂-17-硫杂-13-氮杂二十烷-20-酸(C-12b)是根据类似于实例4的程序(除了使用化合物(C-11)代替化合物(C-1))来制备，得到作为其各自的非对映异构体(以下化合物(C-12aSR)、(C-12aRR)、(C-12bRR)和(C-12bRR))、呈固体、作为TFA盐的化合物(C-12a)和(C-12b)的混合物。将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化：1H NMR(CD3OD):δ7.36(d,1H),7.31(s,1H),7.06(d,1H),6.79(d,1H),6.24(d,1H),5.57(s,2H),4.34(s,2H),4.23(m,1H),3.96(s,3H),3.86(m,4H),3.76(m,4H),3.58(m,14H),3.27(m,4H),3.22(m,2H),2.84(m,1H),2.71(m,2H),1.53(m,2H),1.31(m,2H),1.19(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝860.4。
Figure BDA0002288429950002771
(2R,5S)-2-氨基-19-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,19-二氧代-10,13,16-三氧杂-4-硫杂-7-氮杂十九烷-1-酸(C-12aSR)；
Figure BDA0002288429950002772
(2R,5R)-2-氨基-19-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,19-二氧代-10,13,16-三氧杂-4-硫杂-7-氮杂十九烷-1-酸(C-12aRR)；
Figure BDA0002288429950002773
(16R,19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-羧基-1,14-二氧代-4,7,10-三氧杂-17-硫杂-13-氮杂二十烷-20-酸(C-12bRR)；
Figure BDA0002288429950002781
(16S,19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-羧基-1,14-二氧代-4,7,10-三氧杂-17-硫杂-13-氮杂二十烷-20-酸(C-12bSR)。
实例13
1-(21-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-21-氧代-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十一烷基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-13)的合成
Figure BDA0002288429950002782
1-(21-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-21-氧代-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十一烷基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-13)是根据类似于实例1的程序(除了使用1-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十一烷-21-酸代替3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酸)来制备，得到呈固体、作为TFA盐的1-(21-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-21-氧代-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十一烷基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-13)：1H NMR(CD3OD):δ7.38(d,1H),7.27(d,1H),7.07(d,1H),6.84(d,1H),6.82(s,2H),6.25(d,1H),5.59(s,2H),4.36(s,2H),3.97(s,3H),3.65(m,32H),3.20(m,4H),2.71(m,2H),1.55(m,2H),1.32(m,2H),1.21(m,2H),0.89(t,3H)。LCMS[M+H]＝853.5。
实例14
(2R)-2-氨基-28-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,28-二氧代-10,13,16,19,22,25-六氧杂-4-硫杂-7-氮杂二十八烷-1-酸(C-14a)和(28R)-28-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-25-羧基-1,23-二氧代-4,7,10,13,16,19-六氧杂-26-硫杂-22-氮杂二十九烷-29-酸(C-14b)的合成
Figure BDA0002288429950002791
(2R)-2-氨基-28-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,28-二氧代-10,13,16,19,22,25-六氧杂-4-硫杂-7-氮杂二十八烷-1-酸(C-14a)和(28R)-28-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-25-羧基-1,23-二氧代-4,7,10,13,16,19-六氧杂-26-硫杂-22-氮杂二十九烷-29-酸(C-14b)是根据类似于实例4的程序(除了使用化合物(C-13)代替化合物(C-1))来制备，以提供作为其各自的非对映异构体(以下化合物(C-14aSR)、(C-14aRR)、(C-14bRR)和(C-14bRR))、呈固体、作为HCl盐的化合物(C-14a)和(C-14b)的混合物(RP-HPLC纯化之后，将产物溶解于乙腈中，用过量的2N HCl处理，并然后冻干)：1H NMR(CD3OD):δ7.47(s,1H),7.39(d,1H),7.13(d,1H),6.82(d,1H),6.25(d,1H),5.58(s,2H),4.38(s,2H),4.32(m,1H),4.00(s,3H),3.77(m,4H),3.76(m,4H),3.64(m,28H),3.55(m,5H),3.31(m,4H),3.12(m,1H),2.86(m,1H),2.72(s,2H),2.62(m,1H),1.54(m,2H),1.31(m,2H),1.20(m,2H),0.89(t,3H)。LCMS[M+H]＝992.4。
Figure BDA0002288429950002801
(2R,5S)-2-氨基-28-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,28-二氧代-10,13,16,19,22,25-六氧杂-4-硫杂-7-氮杂二十八烷-1-酸(C-14aSR)；
Figure BDA0002288429950002802
(2R,5R)-2-氨基-28-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,28-二氧代-10,13,16,19,22,25-六氧杂-4-硫杂-7-氮杂二十八烷-1-酸(C-14aRR)；
(25R,28R)-28-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-25-羧基-1,23-二氧代-4,7,10,13,16,19-六氧杂-26-硫杂-22-氮杂二十九烷-29-酸(C-14bRR)；
Figure BDA0002288429950002804
(25S,28R)-28-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-25-羧基-1,23-二氧代-4,7,10,13,16,19-六氧杂-26-硫杂-22-氮杂二十九烷-29-酸(C-14bSR)。
实例15
1-((1-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-15)的合成
Figure BDA0002288429950002811
步骤1：1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-(2-叠氮基乙氧基)乙氧基)丙-1-酮是根据类似于实例1的程序(除了使用3-(2-(2-叠氮基乙氧基)乙氧基)丙酸代替3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酸)来制备。
步骤2：用1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-(2-叠氮基乙氧基)乙氧基)丙-1-酮(1.0当量)、CuSO4(0.25当量)、L-抗坏血酸钠盐(1.1当量)、1-(丙-2-炔-1-基)-1H-吡咯-2,5-二酮(2.2当量)和t-BuOH/水(1:1，v/v，0.012M)的混合物填充圆底烧瓶。将反应混合物置于真空下，并随后用N2冲洗(所述冲洗重复四次)。然后将反应混合物在室温下搅拌2小时，并然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体、作为TFA盐的1-((1-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-15)：1H NMR(CD3OD):δ7.94(s,1H),7.37(d,1H),7.29(s,1H),7.05(d,1H),6.85(s,2H),6.81(d,1H),6.24(d,1H),5.57(s,2H),4.73(s,2H),4.52(t,2H),4.36(s,2H),3.95(s,3H),3.85(t,2H),3.84(m,4H),3.66(t,2H),3.54(m,6H),3.27(m,4H),2.63(t,2H),1.53(m,2H),1.30(m,2H),1.19(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝758.4。
实例16
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-16a)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-16b)的合成
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-16a)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-16b)是根据类似于实例4的程序(除了使用化合物(C-15)代替化合物(C-1))来制备，得到作为其各自的非对映异构体(以下化合物(C-16aSR)、(C-16aRR)、(C-16bRR)和(C-16bRR))、呈固体、作为TFA盐的化合物(C-16a)和(C-16b)的混合物。将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化：1H NMR(CD3OD):δ7.91(s,1H),7.36(d,1H),7.30(s,1H),7.06(d,1H),6.80(d,1H),6.24(d,1H),5.57(s,2H),4.54(s,2H),4.44(m,2H),4.34(s,2H),4.25(m,1H),3.95(s,3H),4.83(m,6H),3.68(t,2H),3.55(m,6H),3.25(m,2H),2.86(m,1H),2.64(m,2H),1.53(m,2H),1.30(m,2H),1.19(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝897.4
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-16aSR)；
Figure BDA0002288429950002831
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-16aRR)；
Figure BDA0002288429950002832
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-16bRR)；
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-16bSR)。
实例17
N-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺(C-17)的合成
Figure BDA0002288429950002834
N-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺(C-17)是根据类似于实例1的程序(除了使用3-(2-(2-(3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺基)乙氧基)乙氧基)丙酸代替3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酸)来制备，得到呈固体、作为TFA盐的N-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺(C-17)：1H NMR(CD3OD):δ7.37(d,1H),7.28(d,1H),7.06(d,1H),6.82(d,1H),6.80(s,2H),6.24(d,1H),5.58(s,2H),4.37(s,2H),3.96(s,3H),3.84(m,4H),3.40(m,4H),3.56(m,6H),3.48(t,2H),3.20(m,6H),2.69(t,2H),2.45(t,2H),1.53(m,2H),1.31(m,2H),1.19(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝748.4。
实例18
(19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-(羧甲基)-1,11,15-三氧代-4,7-二氧杂-17-硫杂-10,14-二氮杂二十烷-20-酸(C-18a)和(20R)-20-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-17-羧基-1,11,15-三氧代-4,7-二氧杂-18-硫杂-10,14-二氮杂二十一烷-21-酸(C-18b)的合成
(19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-(羧甲基)-1,11,15-三氧代-4,7-二氧杂-17-硫杂-10,14-二氮杂二十烷-20-酸(C-18a)和(20R)-20-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-17-羧基-1,11,15-三氧代-4,7-二氧杂-18-硫杂-10,14-二氮杂二十一烷-21-酸(C-18b)是根据类似于实例4的程序(除了使用化合物(C-17)代替化合物(C-1))来制备，得到作为其各自的非对映异构体(以下化合物(C-18aSR)、(C-18aRR)、(C-18bRR)和(C-18bRR))、呈固体、作为TFA盐的化合物(C-18a)和(C-18b)的混合物。将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化：1H NMR(CD3OD):δ7.37(d,1H),7.30(s,1H),7.07(d,1H),6.80(d,1H),6.25(d,1H),5.57(s,2H),4.35(s,2H),4.19(m,1H),3.95(s,3H),3.89(s,3H),3.76(m,3H),3.60(s,4H),3.53(m,4H),3.41(m,1H),3.36(m,2H),3.22(s,2H),2.70(t,2H),2.42(2H),1.53(m,2H),1.30(m,2H),1.19(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝887.4。
(16S,19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-(羧甲基)-1,11,15-三氧代-4,7-二氧杂-17-硫杂-10,14-二氮杂二十烷-20-酸(C-18aSR)；
Figure BDA0002288429950002852
(16R,19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-(羧甲基)-1,11,15-三氧代-4,7-二氧杂-17-硫杂-10,14-二氮杂二十烷-20-酸(C-18aRR)；
Figure BDA0002288429950002853
(17R,20R)-20-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-17-羧基-1,11,15-三氧代-4,7-二氧杂-18-硫杂-10,14-二氮杂二十一烷-21-酸(C-18bRR)；
Figure BDA0002288429950002861
(17S,20R)-20-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-17-羧基-1,11,15-三氧代-4,7-二氧杂-18-硫杂-10,14-二氮杂二十一烷-21-酸(C-18bSR)。
实例19
5-(4-((4-(3-氨基丙基)哌嗪-1-基)甲基)-2-甲氧基苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(C-19)的合成
Figure BDA0002288429950002862
通过两步顺序制备5-(4-((4-(3-氨基丙基)哌嗪-1-基)甲基)-2-甲氧基苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(C-19)。在第一个步骤中，用5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1.0当量)、叔丁基(3-溴丙基)氨基甲酸酯(1.2当量)、胡宁氏碱(2.4当量)和DMF(0.2M)填充圆底烧瓶。将反应混合物加热至60℃，并然后搅拌18小时。然后将粗反应混合物冷却至室温，并通过ISCO色谱法(0-20％MeOH:DCM)进行纯化，以提供中间体叔丁基(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)丙基)氨基甲酸酯。在第二个步骤中，使用与(中间体1)合成的最后一步类似的程序，以获得呈固体的5-(4-((4-(3-氨基丙基)哌嗪-1-基)甲基)-2-甲氧基苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(C-19)：1H NMR(CD3OD):δ7.24(d,1H),7.10(d,1H),6.85(d,1H),6.57(d,1H),6.11(s,1H),5.42(s,2H),3.95(s,3H),3.52(s,2H),3.35(m,2H),2.80(t,2H),2.51(m,4H),2.45(m,4H),1.72(m,2H),1.40(m,2H),1.28(m,4H),1.15(m,2H),0.88(t,3H)。LRMS[M+H]＝495.3。
实例20
1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)丙-1-酮(C-20)的合成
1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)丙-1-酮(C-20)是根据实例19的程序(除了使用2,2-二甲基-4-氧代-3,8,11-三氧杂-5-氮杂十四烷-14-酸代替叔丁基(3-溴丙基)氨基甲酸酯)来制备，得到呈固体的1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)丙-1-酮(C-20)：1H NMR(CD3OD):δ7.24(d,1H),7.11(s,1H),6.86(d,1H),6.57(d,1H),6.12(d,1H),5.42(s,2H),3.96(s,3H),3.76(t,2H),3.59(m,12H),3.37(t,2H),2.76(t,2H),2.66(t,2H),2.45(m,4H),1.41(m,2H),1.28(m,2H),1.16(m,2H),0.89(t,3H)。LRMS[M+H]＝597.4。
实例21
N-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙酰胺(C-21)的合成
Figure BDA0002288429950002872
用1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)丙-1-酮(C-20)(1.0当量)、DIEA(10.0当量)和DMF(0.004M)填充圆底烧瓶，并将混合物在室温下搅拌15分钟。然后用2,5-二氧代吡咯烷-1-基2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙酸酯(1.5当量)、DIEA(10.0当量)和DMF(0.006M)填充单独的烧瓶。还将混合物在室温下搅拌15分钟，并然后将两种溶液混合，并将所述反应混合物在室温下搅拌1小时。将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体、作为TFA盐的N-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙酰胺(C-21)：1H NMR(CD3CN):δ7.30(d,1H),7.05(s,1H),6.98(s,1H),6.86(d,1H),6.82(s,2H),6.74(s,1H),6.68(d,1H),6.21(d,1H),6.08(t,1H),5.38(s,2H),4.08(s,2H),3.89(s,3H),3.70(t,2H),3.41(m,14H),3.29(m,2H),2.55,(t,2H),2.38(m,4H),1.41(m,2H),1.26(m,2H),1.13(m,2H),0.85(t,3H)。LCMS[M+H]＝734.4。
实例22
(2R)-2-氨基-19-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,9,19-三氧代-13,16-二氧杂-4-硫杂-7,10-二氮杂十九烷-1-酸(C-22a)和(19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-羧基-1,11,14-三氧代-4,7-二氧杂-17-硫杂-10,13-二氮杂二十烷-20-酸(C-22b)的合成
Figure BDA0002288429950002881
(2R)-2-氨基-19-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,9,19-三氧代-13,16-二氧杂-4-硫杂-7,10-二氮杂十九烷-1-酸(C-22a)和(19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-羧基-1,11,14-三氧代-4,7-二氧杂-17-硫杂-10,13-二氮杂二十烷-20-酸(C-22b)是根据类似于实例4的程序(除了使用化合物(C-21)代替化合物(C-1))来制备，得到作为其各自的非对映异构体(以下化合物(C-22aSR)、(C-22aRR)、(C-22bRR)和(C-22bRR))、呈固体、作为TFA盐的化合物(C-22a)和(C-22b)的混合物。将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化：1H NMR(CD3OD):δ7.37(d,1H),7.32(s,1H),7.08(d,1H),6.81(d,1H),6.24(d,1H),5.57(s,2H),4.34(s,2H),4.20(m,1H),3.96(s,3H),3.82(m,9H),3.56(m,9H),3.38(m,3H),3.21(m,2H),2.70(t,2H),1.54(m,2H),1.32(m,2H),1.19(m,2H),0.89(t,3H)。LCMS[M+H]＝873.4。
Figure BDA0002288429950002891
(2R,5S)-2-氨基-19-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,9,19-三氧代-13,16-二氧杂-4-硫杂-7,10-二氮杂十九烷-1-酸(C-22aSR)；
Figure BDA0002288429950002892
(2R,5R)-2-氨基-19-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-(羧甲基)-6,9,19-三氧代-13,16-二氧杂-4-硫杂-7,10-二氮杂十九烷-1-酸(C-22aRR)；
Figure BDA0002288429950002901
(16R,19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-羧基-1,11,14-三氧代-4,7-二氧杂-17-硫杂-10,13-二氮杂二十烷-20-酸(C-22bRR)；
Figure BDA0002288429950002902
(16S,19R)-19-氨基-1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-16-羧基-1,11,14-三氧代-4,7-二氧杂-17-硫杂-10,13-二氮杂二十烷-20-酸(C-22bSR)。
实例23
4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)-N-(2-(2-(2-(2-(4-((2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)甲基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)哌嗪-1-甲酰胺(C-23)的合成
Figure BDA0002288429950002903
用5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1当量)、4-硝基苯基(2-(2-(2-(2-(4-((2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)甲基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)氨基甲酸酯(0.9当量)、三乙胺(3.0当量)和DMSO(0.01M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌2小时，并然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体、作为TFA盐的4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)-N-(2-(2-(2-(2-(4-((2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)甲基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)哌嗪-1-甲酰胺(C-23)：1H NMR(CD3OD):δ7.96(s,1H),7.36(d,1H),7.26(d,1H),7.05(d,1H),6.85(s,2H),6.79(d,1H),6.24(d,1H),5.57(s,2H),4.74(s,2H),4.53(t,2H),4.35(s,2H),3.95(s,3H),3.86(t,2H),3.85(m,4H),3.54(m,12H),3.22(m,6H),1.53(m,2H),1.30(m,2H),1.19(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝817.4。
注意：使用以下程序制备4-硝基苯基(2-(2-(2-(2-(4-((2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)甲基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)氨基甲酸酯
Figure BDA0002288429950002911
步骤1：将三乙胺(2.5当量)和二叔丁基二碳酸酯(1.1当量)添加至2-(2-(2-(2-叠氮基乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙胺(1.0当量)在CH2Cl2(0.05M)中的溶液中，并将反应混合物在室温下搅拌30分钟。然后将反应混合物在真空中浓缩，并使用RP-C18 ISCO将残余物进行纯化，然后冻干以给出叔丁基(2-(2-(2-(2-叠氮基乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)氨基甲酸酯。
步骤2：将叔丁基(2-(2-(2-(2-叠氮基乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)氨基甲酸酯(1当量)和1-(丙-2-炔-1-基)-1H-吡咯-2,5-二酮(2.0当量)在t-BuOH(0.08M)中的溶液用N2气冲洗五次，然后添加L-抗坏血酸钠盐(在H2O中1.0当量0.16M)和CuSO4(在H2O中0.2当量0.03M)。将反应混合物用N2气再次吹扫五次，然后在室温下搅拌4小时。然后将反应混合物通过ISCO RP-C18进行纯化，并冻干得到叔丁基(2-(2-(2-(2-(4-((2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)甲基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)氨基甲酸酯。
步骤3：将叔丁基(2-(2-(2-(2-(4-((2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)甲基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)氨基甲酸酯在TFA(0.02M)中的溶液在真空中浓缩，得到1-((1-(23-氨基-3,6,9,12,15,18,21-七氧杂二十三烷基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)-1H-吡咯-2,5-二酮。LCMS[M+H]＝354.2。
步骤4：将4-硝基苯基碳氯化物(1.10当量)和三乙胺(2.50当量)添加至1-((1-(2-(2-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)-1H-吡咯-2,5-二酮(1当量)在CH2Cl2(0.01M)中的溶液中，并将反应混合物在室温下搅拌10分钟。然后将反应混合物在真空中浓缩，通过RP-C18 ISCO进行纯化，然后冻干，得到4-硝基苯基(2-(2-(2-(2-(4-((2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)甲基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙基)氨基甲酸酯LCMS[M+H]＝519.2。
实例24
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-1-氧代-5,8,11-三氧杂-2-氮杂十三烷-13-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-24a)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-1-氧代-5,8,11-三氧杂-2-氮杂十三烷-13-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-24b)的合成
Figure BDA0002288429950002921
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-1-氧代-5,8,11-三氧杂-2-氮杂十三烷-13-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-24a)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-1-氧代-5,8,11-三氧杂-2-氮杂十三烷-13-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-24b)是根据类似于实例4的程序(除了使用化合物(C-23)代替化合物(C-1))来制备，以提供作为其各自的非对映异构体(以下化合物(C-24aSR)、(C-24aRR)、(C-24bRR)和(C-24bRR)、呈固体、作为TFA盐的化合物(C-24a)和(C-24b)的混合物。将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化：LCMS[M+H]＝956.4。
Figure BDA0002288429950002931
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-1-氧代-5,8,11-三氧杂-2-氮杂十三烷-13-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-24aSR)；
Figure BDA0002288429950002932
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-1-氧代-5,8,11-三氧杂-2-氮杂十三烷-13-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-24aRR)；
Figure BDA0002288429950002933
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-1-氧代-5,8,11-三氧杂-2-氮杂十三烷-13-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-24bRR)；
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-1-氧代-5,8,11-三氧杂-2-氮杂十三烷-13-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-24bSR)。
实例25
1-(2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-25)的合成
Figure BDA0002288429950002942
用5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1.0当量)、2-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)乙醛(4.0当量)、氰基硼氢化钠(13.0当量)和MeOH(0.04M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌1小时。然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体、作为TFA盐的1-(2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-25)：1H NMR(CD3OD):δ7.36(d,1H),7.16(d,1H),6.96(d,1H),6.83(s,2H),6.76(d,1H),6.23(d,1H),5.53(s,2H),3.93(s,3H),3.84(s,2H),3.78(m,2H),3.71(m,2H),3.64(m,2H),3.54(m,2H),3.35(m,4H),3.27(t,2H),2.95(m,4H),1.52(m,2H),1.30(m,2H),1.19(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝605.4。
注意：2-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)乙醛是通过向圆底烧瓶中添加1-(2-(2-羟基乙氧基)乙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(1.0当量)、戴斯-马丁过碘烷(1.5当量)和DCM(0.1M)并将反应混合物在室温下搅拌2小时来制备。然后过滤反应混合物，在真空中去除挥发物，并将产物无需进一步纯化而使用。
实例26
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-26a)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-26b)的合成
Figure BDA0002288429950002951
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-26)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-26b)是根据类似于实例4的程序(除了使用化合物(C-25)代替化合物(C-1))来制备，得到作为其各自的非对映异构体(以下化合物(C-26aSR)、(C-26aRR)、(C-26bRR)和(C-26bRR))、呈固体、作为TFA盐的化合物(C-26a)和(C-26b)的混合物。将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化：LCMS[M+H]＝744.4
Figure BDA0002288429950002952
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-26aSR)；
Figure BDA0002288429950002961
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-26aRR)；
Figure BDA0002288429950002962
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-26bRR)；
Figure BDA0002288429950002963
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-26bSR)。
实例27
1-((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-27)的合成
Figure BDA0002288429950002964
步骤1：用5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1.0当量)、2-叠氮基乙醛(4.0当量)、氰基硼氢化钠(32.0当量)和MeOH(0.02M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌2小时。然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体的5-(4-((4-(2-叠氮基乙基)哌嗪-1-基)甲基)-2-甲氧基苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺：LCMS[M+H]＝507.3。
步骤2：用5-(4-((4-(2-叠氮基乙基)哌嗪-1-基)甲基)-2-甲氧基苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(1.0当量)、1-(丙-2-炔-1-基)-1H-吡咯-2,5-二酮(2.3当量)以及t-BuOH和水的混合物(2:1，v/v，0.008M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在真空下脱气，并用N2冲洗五次以去除O2。使用注射器将L-抗坏血酸钠盐(1.1当量，在0.5ml H2O中，脱气并用N2冲洗五次以去除O2)添加至反应混合物中，然后使用注射器添加CuSO4(0.2当量，在0.5ml水中，在真空下脱气并用N2冲洗五次以去除O2)。然后将反应混合物在室温下搅拌2小时。然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(在ACN中的0.035％TFA:在H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体、作为TFA盐的1-((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-27)：1H NMR(CD3OD):δ7.95(s,1H),7.36(d,1H),7.22(d,1H),7.02(d,1H),6.86(s,2H),6.79(d,1H),6.23(d,1H),5.57(s,2H),4.76(s,2H),4.52(t,2H),4.26(s,2H),3.95(s,3H),3.54(t,2H),2.85(m,8H),2.94(t,2H),1.53(m,2H),1.31(m,2H),1.18(m,2H),0.88(t,3H)。LCMS[M+H]＝642.4。
注意：2-叠氮基乙醛是通过向圆底烧瓶中添加2-叠氮基乙醇(1.0当量)、戴斯-马丁过碘烷(1.5当量)和DCM(0.20M)并且然后将反应混合物在室温下搅拌2小时来制备。然后过滤反应混合物，在真空中去除挥发物，并将产物无需进一步纯化而使用。
实例28
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-28a)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-28b)的合成
Figure BDA0002288429950002981
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-28a)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-28b)是根据类似于实例4的程序(除了使用化合物(C-27)代替化合物(C-1))来制备，得到作为其各自的非对映异构体(以下化合物(C-28aSR)、(C-28aRR)、(C-28bRR)和(C-28bRR))、呈固体、作为TFA盐的化合物(C-28a)和(C-28b)的混合物。将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化：LCMS[M+H]＝781.4
Figure BDA0002288429950002982
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-28aSR)；
Figure BDA0002288429950002983
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-28aRR)；
Figure BDA0002288429950002991
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-28bRR)；
Figure BDA0002288429950002992
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-(((1-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基)氨基)-4-氧代丁酸(C-28bSR)。
实例29
N-(21-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-21-氧代-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十一烷基)-3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺(C-29)的合成
Figure BDA0002288429950002993
N-(21-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-21-氧代-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十一烷基)-3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺(C-29)是根据类似于实例1的程序(除了使用1-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)-3-氧代-7,10,13,16,19,22-六氧杂-4-氮杂二十五烷-25-酸代替3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酸)来制备，得到呈固体、作为TFA盐的N-(21-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-21-氧代-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十一烷基)-3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺(C-29)：1H NMR(DMSO):δ8.00(t,1H),7.42(d,1H),7.38(s,3H),7.20(s,1H),7.00(s,2H),6.95(s,1H),6.57(s,1H),6.23(d,1H),5.57(s,2H),4.30(s,2H),3.87(s,3H),3.59(m,4H),3.49(m,28H),3.35(t,2H),3.14(m,2H),2.32(m,2H),1.45(m,2H),1.21(m,2H),1.09(m,2H),0.81(t,3H)。LRMS[M+H]＝924.4。
实例30
4-((S)-2-((S)-2-(3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酰胺基)-3-甲基丁酰胺基)-5-脲基戊酰胺基)苄基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(C-30)的合成
步骤1：用5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1.0当量)、HOAT(2.0当量)、胡宁氏碱(14.0当量)、(9H-芴-9-基)甲基((S)-3-甲基-1-(((S)-1-((4-((((4-硝基苯氧基)羰基)氧基)甲基)苯基)氨基)-1-氧代-5-脲基戊-2-基)氨基)-1-氧代丁-2-基)氨基甲酸酯(1.2当量)和吡啶:DMF(1:4，0.02M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌4小时，然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体的4-((S)-2-((S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-甲基丁酰胺基)-5-脲基戊酰胺基)苄基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯：LCMS[M+H]＝1065.5。
步骤2：将4-((S)-2-((S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-甲基丁酰胺基)-5-脲基戊酰胺基)苄基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯溶解于DMF(0.007M)中，并添加哌啶(100.0当量)。将所述反应在室温下搅拌30分钟。然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体的4-((S)-2-((S)-2-氨基-3-甲基丁酰胺基)-5-脲基戊酰胺基)苄基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯：LCMS[M+H]＝843.5。
步骤3：用4-((S)-2-((S)-2-氨基-3-甲基丁酰胺基)-5-脲基戊酰胺基)苄基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(1.0当量)、3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酸(1.1当量)、胡宁氏碱(5.0当量)、HATU(1.05当量)和DMF(0.004M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌2小时。然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体、作为TFA盐的4-((S)-2-((S)-2-(3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酰胺基)-3-甲基丁酰胺基)-5-脲基戊酰胺基)苄基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(C-30)：LCMS[M+H]＝1038.5。
实例31
(2R,3R,4R,5S)-6-(4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)-2-(3-(3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺基)丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸(C-31)的合成
Figure BDA0002288429950003021
步骤1：用5-(2-甲氧基-4-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1.0当量)、HOAT(2.0当量)、胡宁氏碱(14.0当量)、(3S,4R,5R,6R)-2-(2-(3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)丙酰胺基)-4-((((4-硝基苯氧基)羰基)氧基)甲基)苯氧基)-6-(甲氧基羰基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三基三乙酸酯(1.2当量)和吡啶:DMF(1:4，0.015M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌4小时。然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体的(3S,4R,5R,6R)-2-(2-(3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)丙酰胺基)-4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)苯氧基)-6-(甲氧基羰基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三基三乙酸酯：LCMS[M+H]＝1212.4。
步骤2：将(3S,4R,5R,6R)-2-(2-(3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)丙酰胺基)-4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)苯氧基)-6-(甲氧基羰基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三基三乙酸酯(1.0当量)溶解于MeOH、THF和水(2:1:0.4)(0.005M)中。然后添加LiOH(8.0当量)，并将反应在室温下搅拌2小时。然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体的(2R,3R,4R,5S)-6-(4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)-2-(3-氨基丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸：LCMS[M+H]＝850.4。
步骤3：用(2R,3R,4R,5S)-6-(4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)-2-(3-氨基丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸(1.0当量)、3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酸(2.0当量)、胡宁氏碱(6.0当量)、HBTU(1.8当量)和DMF(0.003M)填充圆底烧瓶。将反应在室温下保持搅拌15分钟。将反应混合物在室温下搅拌2小时。然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(在ACN中的0.035％TFA:在H2O中的0.05％TFA,C18柱)进行纯化，得到呈固体、作为TFA盐的(2R,3R,4R,5S)-6-(4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)-2-(3-(3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺基)丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸(C-31)：LCMS[M+H]＝1001.3。
实例32
(S)-1-(3-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-32)的合成
Figure BDA0002288429950003031
(S)-1-(3-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-32)是根据类似于实例1的程序(除了使用化合物(中间体2)代替化合物(中间体1))来制备，得到呈固体、作为TFA盐的(S)-1-(3-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-32)：1H NMR(CD3OD):δ7.49(d,2H),7.21(d,1H),6.82(s,2H),6.77(d,1),6.28(d,1H),5.67(d,1H),5.51(d,1H),4.36(m,1H),4.18(s,2H),3.98(s,3H),3.76(t,2H),3.54(dd,1H),3.46(dd,1H),3.16(m,4H),3.05(m,4H),2.71(t,2H),1.48(m,1H),1.26(m,3H),1.05(m,1H),0.84(t,3H)。LRMS[M+H]＝619.4。
实例33
1-(3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-33)的合成
Figure BDA0002288429950003041
1-(3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-33)是根据类似于实例1的程序(除了使用化合物(中间体3)代替化合物(中间体1))来制备，得到呈固体、作为TFA盐的1-(3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)-1H-吡咯-2,5-二酮(C-33)。LRMS[M+H]＝589.3。
实例34
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-34a)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-34b)的合成
Figure BDA0002288429950003042
3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-34)和2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-34b)是根据类似于实例4的程序(除了使用化合物(C-33)代替化合物(C-1))来制备，得到作为其各自的非对映异构体(以下化合物(C-34aSR)、(C-34aRR)、(C-34bRR)和(C-34bRR))、呈固体、作为TFA盐的化合物(C-34a)和(C-34b)的混合物。将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化：1H NMR(DMSO):δ7.51(s,2H),7.39(m,2H),7.27(d,1H),7.15(d,1H),6.59(s,1H),6.22(t,1H),5.56(s,2H),3.86(s,4H),3.66(m,3H),3.42(m,8H),3.25(m,4H),3.08(m,2H),2.81(m,3H),2.65(m,1H),1.43(m,2H),1.22(m,3H),1.07(m,2H),0.83(t,3H)。LCMS[M+H]＝728.3
Figure BDA0002288429950003051
(S)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-34aSR)；
Figure BDA0002288429950003052
(R)-3-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-34aRR)；
Figure BDA0002288429950003061
(R)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-34bRR)；
Figure BDA0002288429950003062
(S)-2-(((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)-4-((3-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙基)氨基)-4-氧代丁酸(C-34bSR)。
实例35
1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-(氨基氧基)乙酮(C-35)的合成
Figure BDA0002288429950003063
步骤1：用5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1.0当量)、2-(((叔丁氧基羰基)氨基)氧基)乙酸(1.1当量)、HATU(1.05当量)、胡宁氏碱(5.0当量)和DMF(0.2M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌18小时，然后将粗反应混合物通过ISCO色谱法(0-20％MeOH:DCM)进行纯化，以提供叔丁基2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-氧代乙氧基氨基甲酸酯。
步骤2：在0℃下，将HCl(20.0当量，4M，在二噁烷中)添加至用叔丁基2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-氧代乙氧基氨基甲酸酯(1.0当量)和DCM(0.1M)填充的圆底烧瓶中。移除冰浴，并将反应混合物在室温下搅拌3小时。将挥发物在真空中去除。将MeOH(含8％NH4OH)添加至所得残余物中，并将挥发物在真空中去除。将此步骤再重复2次。然后将粗反应混合物通过ISCO色谱法(0-10％MeOH(8％NH4OH):DCM)进行纯化，以得到呈固体的1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-(氨基氧基)乙酮(C-35)：1H NMR(CDCl3):δ7.12(d,1H),7.00(s,1H),6.90(s,1H),6.69(d,1H),6.38(d,1H),5.52(t,1H),5.30(s,2H),4.35(s,2H),3.94(s,3H),3.64(s,2H),3.52(m,2H),3.38(m,4H),2.44(m,4H),1.62(s,2H),1.45(m,2H),1.38(m,2H),1.25(m,2H),1.12(m,2H),0.87(t,3H)。LRMS[M+H]＝511.4。
实例36
1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-氨基乙氧基)丙-1-酮(C-36)的合成
Figure BDA0002288429950003071
1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-氨基乙氧基)丙-1-酮(C-36)是根据类似于实例35的程序(除了使用3-(2-((叔丁氧基羰基)氨基)乙氧基)丙酸代替2-(((叔丁氧基羰基)氨基)氧基)乙酸)来制备，得到呈固体的1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-氨基乙氧基)丙-1-酮(C-36)：1H NMR(CD3OD):δ7.26(d,1H),7.09(d,1H),6.86(d,1H),6.59(d,1H),6.13(d,1H),5.43(s,2H),4.57(s,2H),3.94(s,3H),3.73(t,2H),3.58(m,4H),3.54(m,2H),3.37(m,2H),2.93(t,2H),2.66(m,2H),2.44(m,4H),1.41(m,2H),1.27(m,2H),1.15(m,2H),0.87(t,3H)。LRMS[M+H]＝553.4。
实例37
N-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-37)的合成
Figure BDA0002288429950003081
N-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-37)是根据类似于实例35的程序(除了使用1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-氨基乙氧基)丙-1-酮(C-36)代替中间体-1)来制备，得到呈固体的N-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-37)：1HNMR(CD3OD):δ7.27(d,1H),7.09(d,1H),6.86(d,1H),6.59(d,1H),6.13(d,1H),5.44(s,2H),4.08(s,2H),3.93(s,3H),3.72(t,2H),3.56(m,8H),3.40(m,4H),2.64(t,2H),2.44(m,4H),1.43(m,2H),1.27(m,2H),1.14(m,2H),0.87(t,3H)。LRMS[M+H]＝626.4。
实例38
(S)-1-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-(氨基氧基)乙酮(C-38)的合成
Figure BDA0002288429950003082
(S)-1-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-(氨基氧基)乙酮(C-38)是根据类似于实例35的程序(除了使用化合物(中间体2)代替化合物(中间体1))来制备，得到呈固体的(S)-1-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-(氨基氧基)乙酮(C-38)：1H NMR(CD3OD):δ7.54(d,1),7.40(d,1H),7.13(d,1H),6.68(s,1H),6.29(d,1H),5.69(d,1H),5.48(d,1H),4.36(m,3H),3.96(s,3H),3.74(m,2H),3.51(m,4H),2.66(m,4H),1.49(m,1H),1.38(m,3H),1.24(m,2H),0.96(m,2H),0.84(t,3H)。LRMS[M+H]＝541.3。
实例39
(S)-1-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)丙-1-酮(C-39)
Figure BDA0002288429950003091
(S)-1-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)丙-1-酮(C-39)是根据类似于实例35的程序(除了使用化合物(中间体2)代替化合物(中间体1)，并使用2,2-二甲基-4-氧代-3,8,11-三氧杂-5-氮杂十四烷-14-酸代替2-(((叔丁氧基羰基)氨基)氧基)乙酸)来制备，得到呈固体的(S)-1-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)丙-1-酮(C-39)：1H NMR(CD3OD):δ7.56(d,1H),7.44(d,1H),7.16(d,1H),6.77(s,1H),6.31(d,1H),5.71(d,1H),5.50(d,1H),4.38(m,1H),3.98(s,3H),3.78(m,4H),3.72(m,2H),3.67(m,6H),3.53(m,4H),3.14(m,2H),2.77(m,2H),2.69(m,4H),1.51(m,1H),1.26(m,3H),1.02(m,2H),0.86(t,3H)。LRMS[M+H]＝627.5。
实例40
(S)-N-(2-(2-(3-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-40)的合成
Figure BDA0002288429950003101
(S)-N-(2-(2-(3-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-40)是根据类似于实例35的程序(除了使用化合物(C-39)代替化合物(中间体1))来制备，得到呈固体的(S)-N-(2-(2-(3-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-40)：1H NMR(CD3OD):δ7.54(d,1H),7.47(d,1H),7.17(d,1H),6.78(s,1H),6.30(d,1H),5.68(d,1H),5.50(d,1H),4.36(m,1H),4.09(s,2H),3.97(s,3H),3.73(m,8H),3.56(m,4H),3.43(t,2H),3.23(m,2H),2.88(m,4H),2.66(t,2H),1.49(m,1H),1.26(m,3H),1.04(m,2H),0.84(t,3H)。LRMS[M+H]＝700.4。
实例41
N-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-41)的合成
Figure BDA0002288429950003102
N-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-41)是根据类似于实例35的程序(除了使用化合物(C-20)代替化合物(中间体1))来制备，得到呈固体的N-(2-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-41)：1H NMR(CD3OD):δ7.25(d,1H),7.11(s,1H),6.86(d,1H),6.58(d,1H),6.12(d,1H),5.43(s,2H),4.10(s,2H),3.96(s,3H),3.76(t,2H),3.60(m,12H),3.44(t,2H),3.36(t,2H),2.66(t,2H),2.46(m,4H),1.40(m,2H),1.30(m,2H),1.15(m,2H),0.89(t,3H)。LRMS[M+H]＝670.4。
实例42
5-(4-((4-(2-(2-(氨基氧基)乙氧基)乙基)哌嗪-1-基)甲基)-2-甲氧基苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(C-42)的合成
Figure BDA0002288429950003111
步骤1.在第一步中，用在DCE(0.02M)中的5-(2-甲氧基-4-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1.0当量)和2-(2-((1,3-二氧代异吲哚啉-2-基)氧基)乙氧基)乙醛(1.2当量)填充圆底烧瓶，并向所述混合物中添加乙酸(6.0当量)，将混合物在室温下搅拌15分钟，然后添加三乙酰氧基硼氢化钠(3.0当量)。在室温下继续搅拌另外3小时。然后将挥发物在真空中去除。将残余物溶解于MeOH中，并通过反相HPLC(使用C18柱(用含有0.05％TFA的10％-50％乙腈-H2O洗脱))进行纯化，以得到2-(2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙氧基)异吲哚啉-1,3-二酮。LCMS[M+H]＝671.40。
步骤2.用2-(2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙氧基)异吲哚啉-1,3-二酮(1.0当量)、水合肼(10.0当量)、MeOH(0.02M)和水(0.2M)填充圆底烧瓶。将混合物在室温下搅拌4小时。将反应混合物通过反相HPLC(使用C18柱(用含有0.05％TFA的10-50％乙腈-H2O洗脱))进行纯化。将含有所希望产物的级分合并，并在减压下浓缩，然后将残余物溶解于MeOH中，并加载到预处理的Sphere PL-HCO3 MP树脂柱上，并用MeOH洗脱，将洗脱液浓缩，得到呈固体的5-(4-((4-(2-(2-(氨基氧基)乙氧基)乙基)哌嗪-1-基)甲基)-2-甲氧基苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(C-42)：1H NMR(CD3OD):δ7.22(d,1H),7.08(d,1H),6.83(d,1H),6.56(d,1H),6.10(d,1H),5.40(s,2H),3.94(s,3H),3.76(m,2H),3.60(m,4H),3.50(s,2H),3.34(d,3H),2.59(m,4H),2.49(s,4H),1.38(m,2H),1.26(m,2H),1.12(m,2H),0.87(t,3H)。LCMS[M+H]＝541.40。
注意：以两步方法制备2-(2-((1,3-二氧代异吲哚啉-2-基)氧基)乙氧基)乙醛：
步骤1：在0℃下，向N-羟基邻苯二甲酰亚胺(1.0当量)、二甘醇(1.0当量)和三苯基膦(1.3当量)在THF(0.2M)中的溶液里添加DEAD(甲苯中2.2M溶液，1.3当量)。将所得溶液在室温下搅拌过夜。将反应混合物在真空中浓缩。将残余物通过硅胶色谱法(用20％-70％EtOA/己烷洗脱)进行纯化。在所述色谱法后，产物仍含有一些Ph3PO，然后通过反相色谱法(C18柱，用20％-40％-100％CH3CN/水洗脱)再次纯化，得到2-(2-(2-羟基乙氧基)乙氧基)异吲哚啉-1,3-二酮LCMS[M+H]＝252.10。
步骤2：向2-(2-(2-羟基乙氧基)乙氧基)异吲哚啉-1,3-二酮(1.0当量)和碳酸氢钠(2.0当量)在干燥的DCM(0.08M)中的搅拌混合物里添加戴斯-马丁过碘烷(2.0当量)，将所得混合物在室温下搅拌3小时。将反应混合物用DCM稀释，然后用1N NaOH溶液和盐水洗涤，将有机层分离，并经MgSO4干燥，并在真空中蒸发。将粗混合物通过硅胶色谱法(用30％-70％EtAOc/己烷洗脱)进行纯化，以得到2-(2-((1,3-二氧代异吲哚啉-2-基)氧基)乙氧基)乙醛。LCMS[M+H]＝250.10。
实例43
N-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)丙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-43)的合成
Figure BDA0002288429950003131
N-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)丙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-43)是根据类似于实例35的程序(除了使用化合物(C-19)代替化合物(中间体1))来制备，得到呈固体的N-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)丙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-43)：1H NMR(CD3OD):δ7.12(d,1H),6.98(d,1H),6.73(d,1H),6.45(d,1H),6.00(d,1H),5.30(s,2H),3.97(s,2H),3.84(s,3H),3.41(s,2H),3.25(s,2H),2.40(s,6H),2.27(m,3H),1.63(m,2H),1.28(m,2H),1.17(m,3H),1.02(m,2H),0.77(t,3H)。LCMS[M+H]＝568.40。
实例44
5-(4-((4-(2-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)乙基)哌嗪-1-基)甲基)-2-甲氧基苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(C-44)的合成
Figure BDA0002288429950003132
5-(4-((4-(2-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)乙基)哌嗪-1-基)甲基)-2-甲氧基苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(C-44)是根据类似于实例19的程序(除了使用叔丁基(2-(2-(2-溴乙氧基)乙氧基)乙基)氨基甲酸酯代替叔丁基(3-溴丙基)氨基甲酸酯)来制备，得到呈固体的5-(4-((4-(2-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)乙基)哌嗪-1-基)甲基)-2-甲氧基苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(C-44)：1H NMR(CD3OD):δ7.36(d,1H),7.13(d,1H),6.92(d,1H),6.73(d,1H),6.21(s,1H),5.51(s,2H),3.92(s,3H),3.69(m,12H),3.53(t,2H),3.12(m,2H),2.84(m,8H),1.50(m,2H),1.28(m,2H),1.17(m,2H),0.87(t,3H)。LRMS[M+H]＝569.3。
实例45
N-(2-(2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-45)的合成
Figure BDA0002288429950003141
N-(2-(2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺
(C-43)是根据类似于实例35的程序(除了使用化合物(C-44)
代替化合物(中间体1))来制备，得到呈固体的N-(2-(2-(2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)乙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-45)：1H NMR(CDCl3):δ7.20(s,1H),6.97(d,1H),6.90(s,1H),6.87(s,1H),6.76(d,1H),6.56(d,1H),6.17(d,1H),5.84(s,2H),5.21(s,2H),4.69(m,2H),4.07(s,2H),3.85(s,3H),3.53(m,8H),3.45(m,2H),3.39(s,2H),3.24(m,2H),2.52(t,2H),2.40(m,8H),1.22(m,2H),1.16(m,2H),1.02(m,2H),0.78(t,3H)。LRMS[M+H]＝642.4。
实例46
2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯(C-46)的合成
用5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1.0当量)、二异丙胺(1.3当量)、二琥珀酰亚胺戊二酸酯(1.3当量)和DMSO(0.1M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌3小时。然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体、作为TFA盐的2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯(C-46)：1H NMR(DMSO):δ7.41(s,1H),7.37(s,3H),7.19(s,1H),6.94(s,1H),6.57(s,1H),6.22(d,1H),5.56(s,2H),4.30(s,2H),3.86(s,3H),3.44(m,4H),3.35(m,2H),2.92(m,2H),2.80(m,8H),2.71(m,2H),1.83(m,2H),1.44(m,2H),1.20(m,2H),1.09(m,2H),0.80(t,3H)。LRMS[M+H]＝649.3。
实例47
(S)-2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯(C-47)的合成
Figure BDA0002288429950003151
(S)-2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯(C-47)是根据类似于实例46的程序(除了使用化合物(中间体2)代替化合物(中间体1))来制备，得到呈固体、作为TFA盐的(S)-2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯(C-47)：1H NMR(DMSO):δ7.54(s,1H),7.43(s,3H),7.22(s,1H),6.61(s,1H),6.28(d,1H),6.24(d,1H),5.67(d,1H),5.50(d,1H),4.82(s,1H),4.39(s,1H),4.22(m,2H),3.89(s,3H),3.36(m,4H),3.28(m,2H),2.92(m,2H),2.82(m,8H),2.72(m,2H),1.84(m,2H),1.34(m,2H),1.15(m,2H),0.86(m,2H),0.77(t,3H)。LRMS[M+H]＝679.3。
实例48
(S)-2-氨基-6-(5-(4-(3-((2-氨基-4-(((S)-1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酰胺基)己酸(C-48)的合成
用(S)-2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-(4-(3-((2-氨基-4-((1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯(C-47(1.0当量)、Boc-Lys-OH(2.0当量)、DIEA(5.0当量)和DMF(30mM))填充圆底烧瓶。将反应在室温下搅拌16小时，并将挥发物在真空中去除。使用RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)将粗反应混合物进行纯化，以获得(S)-6-(5-(4-(3-((2-氨基-4-(((S)-1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酰胺基)-2-((叔丁氧基羰基)氨基)己酸LCMS[M+1]＝810.5。将(S)-6-(5-(4-(3-((2-氨基-4-(((S)-1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酰胺基)-2-((叔丁氧基羰基)氨基)己酸用在0.1M DCM中的按体积计30％TFA处理，并将挥发物在真空中去除，以获得呈固体、作为TFA盐的(S)-2-氨基-6-(5-(4-(3-((2-氨基-4-(((S)-1-羟基己烷-2-基)氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酰胺基)己酸(C-48)：1H NMR(CD3OD):δ7.49(m,2H),7.21(d,1H),6.77(s,1H),6.29(d,1H),5.68(d,1H),5.50(d,1H),4.36(m,1H),4.20(m,2H),3.99(S,3H),3.93(m,1H),3.76(m,2H),3.50(m,2H),3.19(m,4H),2.44(t,2H),2.24(t,2H),2.16(m,4H),1.88(m,4H),1.51(m,2H),1.25(m,6H),1.03(m,2H),0.84(t,3H)。LRMS[M+H]＝710.3。
实例49
(S)-2-氨基-6-(5-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酰胺基)己酸(C-49)的合成
Figure BDA0002288429950003171
(S)-2-氨基-6-(5-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酰胺基)己酸(C-49)是根据类似于实例48的程序(除了使用化合物(C-46)代替化合物(C-47))来制备，得到呈固体、作为TFA盐的(S)-2-氨基-6-(5-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酰胺基)己酸(C-49)：1H NMR(CD3OD):δ7.37(d,1H),7.22(d,1H),7.01(d,1H),6.78(d,1H),6.23(s,1H),5.56(s,2H),4.07(m,2H),3.95(s,3H),3.79(m,1H),3.73(m,2H),3.55(m,2H),2.98(m,4H),2.43(t,2H),2.23(t,2H),2.04(m,4H),1.89(m,4H),1.54(m,6H),1.30(m,2H),1.19(m,2H),0.88(t,3H)。LRMS[M+H]＝680.4。
实例50
2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)丙基)氨基)-5-氧代戊酸酯(C-50)的合成
Figure BDA0002288429950003172
2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)丙基)氨基)-5-氧代戊酸酯(C-50)是根据类似于实例46的程序(除了使用化合物(C-19)代替化合物(中间体1))来制备，得到呈固体、作为TFA盐的2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)丙基)氨基)-5-氧代戊酸酯(C-50)：1H NMR(DMSO):δ8.00(s,1H),7.40(m,4H),7.02(s,1H),6.82(s,1H),6.55(d,1H),6.21(d,1H),5.53(s,2H),3.83(,m,5H),3.00(m,8H),2.81(m,4H),2.69(m,2H),2.19(m,2H),1.84(m,2H),1.75(m,4H),1.45(m,2H),1.22(m,4H),1.09(m,4H),0.80(t,3H)。LRMS[M+H]＝706.4。
实例51
(S)-2-氨基-6-(5-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)丙基)氨基)-5-氧代戊酰胺基)己酸(C-51)的合成
Figure BDA0002288429950003181
(S)-2-氨基-6-(5-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)丙基)氨基)-5-氧代戊酰胺基)己酸(C-51)是根据类似于实例48的程序(除了使用化合物(C-50)代替化合物(C-47))来制备，得到呈固体、作为TFA盐的(S)-2-氨基-6-(5-((3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)丙基)氨基)-5-氧代戊酰胺基)己酸(C-51)：1HNMR(CD3OD):δ7.35(d,1H),7.12(s,1H),6.94(d,1H),6.75(d,1H),6.22(s,1H),5.52(s,2H),3.92(s,3H),3.86(t,1H),3.71(s,2H),3.54(,m,2H),3.22(m,8H),3.05(m,2H),2.82(m,2H),2.21(m,4H),1.89(m,4H),1.53(m,6H),1.30(m,4H),1.18(m,2H),0.88(t,3H)。LRMS[M+H]＝737.4。
实例52
2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯(C-52)的合成
Figure BDA0002288429950003182
2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯(C-52)是根据类似于实例46的程序(除了使用化合物(中间体3)代替化合物(中间体1))来制备，得到呈固体、作为TFA盐的2,5-二氧代吡咯烷-1-基5-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯(C-52)：LRMS[M+H]＝649.4。
实例53
(S)-2-氨基-6-(5-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酰胺基)己酸(C-53)的合成
Figure BDA0002288429950003191
(S)-2-氨基-6-(5-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酰胺基)己酸(C-53)是根据类似于实例48的程序(除了使用化合物(C-52)代替化合物(C-47))来制备，得到呈固体、作为TFA盐的S)-2-氨基-6-(5-(4-(3-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-4-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酰胺基)己酸(C-53)：1H NMR(DMSO):δ8.22(s,3H),7.79(t,1H),7.51(s,2H),7.42(m,2H),7.27(t,1H),7.17(d,1H),6.61(s,1H),6.23(d,1H),5.57(s,2H),4.05(m,2H),3.87(s,5H),3.42(m,3H),3.02(m,3H),2.89(m,2H),2.31(t,2H),2.09(t,2H),1.72(m,4H),1.41(m,5H),1.22(m,2H),1.07(m,2H),0.83(t,3H)。LRMS[M+H]＝680.4。
实例54
全氟苯基5-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯(C-54)的合成
Figure BDA0002288429950003192
用5-(2-甲氧基-4-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1.0当量)、DIEA(3.0当量)、双(全氟苯基)戊二酸酯(2.0当量)和DMF(0.01M)填充圆底烧瓶。将反应在室温下搅拌2小时，然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，产出呈固体、作为TFA盐的全氟苯基5-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-5-氧代戊酸酯(C-54)。LCMS[M+1]＝718.4。
注意：双(全氟苯基)戊二酸酯是通过将二氯戊二酰(1.0当量)、THF(0.15M)和三乙胺(2.2当量)添加至圆底烧瓶中并将反应混合物冷却至0℃来制备。然后缓慢添加2,3,4,5,6-五氟苯酚(2.1当量)在THF(1.2M)中的溶液。将反应混合物在室温下搅拌2小时。将混合物通过硅胶过滤，并然后在真空中浓缩。将残余物通过硅胶柱(用己烷-乙酸乙酯(9:1)洗脱)进行纯化并浓缩，以给出呈固体的双(全氟苯基)戊二酸酯。LCMS[M+23]＝487.2。
实例55
全氟苯基3-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)丙酸酯(C-55)的合成
Figure BDA0002288429950003201
呈固体、作为TFA盐的全氟苯基3-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)丙酸酯(C-55)是根据类似于实例54的程序(除了使用双(全氟苯基)3,3'-氧基二丙酸酯代替双(全氟苯基)戊二酸酯)来制备。1H NMR(乙腈-d3)δ7.33(d,1H),7.30(d,1H),6.95(d,1H),6.73(d,1H),6.22(d,1H),6.06(m,1H),5.43(s,2H),4.18(s,2H),3.92(s,3H),3.81(t,2H),3.74(t,2H),3.47(m,2H),2.95(t,2H),2.60(t,2H),2.14(d,2H),1.45(m,2H),1.28(m,2H),1.15(m,2H),0.87(t,3H)。LRMS[M+H]＝748.4。19F NMR(471MHz,乙腈-d3)δ-154.71(d,2F),-160.40(d,1F),-164.57(dd,2F)。
实例56
全氟苯基3-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)丙酸酯(C-56)的合成
Figure BDA0002288429950003211
3-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)丙酸酯(C-56)是根据类似于实例54的程序(除了使用双(全氟苯基)3,3'-(乙烷-1,2-二基双(氧基))二丙酸酯代替双(全氟苯基)戊二酸酯)来制备，以获得3-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙氧基)丙酸酯(C-54)。LRMS[M+H]＝792.4。
实例57
(S)-2-氨基-6-(3-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)丙酰胺基)己酸(C-57)的合成
Figure BDA0002288429950003212
用全氟苯基3-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)丙酸酯(C-55，1.0当量)、Boc-Lys-OH(2.0当量)、DIEA(5.0当量)和DMF(30mM)填充圆底烧瓶。将反应在室温下搅拌16小时，并将挥发物在真空中去除。使用RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)将粗反应混合物进行纯化，以获得(S)-6-(3-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)丙酰胺基)-2-((叔丁氧基羰基)氨基)己酸。LCMS[M+1]＝810.5。将boc保护的化合物用在0.1M DCM中的按体积计30％TFA处理，然后将挥发物在真空中去除，以获得呈固体、作为TFA盐的(S)-2-氨基-6-(3-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)丙酰胺基)己酸(C-57)：1H NMR(DMSO):δ8.18(m,3H),7.80(s,1H),7.41(m,4H),7.18(s,1H),6.94(d,1H),6.59(d,1H),6.22(d,1H),5.56(s,2H),4.24(m,1H),3.86(m,7H),3.56(m,4H),3.44(m,4H),3.01(m,4H),2.60(m,2H),2.28(m,2H),1.74(m,2H),1.45(m,2H),1.38(m,3H),1.21(m,3H),1.09(m,2H),0.80(t,3H)。LCMS[M+1]＝710.5。
实例58
N-(15-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-15-氧代-3,6,9,12-四氧杂十五烷基)-5-((3aS,4S,6aR)-2-氧代六氢-1H-噻吩并[3,4-d]咪唑-4-基)戊酰胺(C-58)的合成
Figure BDA0002288429950003221
N-(15-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-15-氧代-3,6,9,12-四氧杂十五烷基)-5-((3aS,4S,6aR)-2-氧代六氢-1H-噻吩并[3,4-d]咪唑-4-基)戊酰胺(C-58)是根据类似于实例46的程序(除了使用2,5-二氧代吡咯烷-1-基17-氧代-21-((3aS,4S,6aR)-2-氧代六氢-1H-噻吩并[3,4-d]咪唑-4-基)-4,7,10,13-四氧杂-16-氮杂二十一烷-1-酸酯代替二琥珀酰亚胺戊二酸酯)来制备，得到呈固体、作为TFA盐的N-(15-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-15-氧代-3,6,9,12-四氧杂十五烷基)-5-((3aS,4S,6aR)-2-氧代六氢-1H-噻吩并[3,4-d]咪唑-4-基)戊酰胺(C-58)：1H NMR(DMSO):δ7.84(m,2H),7.42(m,4H),7.22(m,1H),6.94(d,1H),6.56(d,1H),6.42(s,1H),6.37(s,1H),6.22(s,1H),5.57(s,2H),4.29(m,2H),4.11(m,2H),3.86(s,3H),3.60(m,4H),3.48(m,16H),3.37(m,4H),3.16(m,4H),3.08(m,2H),2.80(m,1H),2.56(m,2H),2.05(m,2H),1.58(m,1H),1.45(m,5H),1.23(m,4H),1.07(m,2H),0.80(t,3H)。LRMS[M+H]＝911.6。
实例59
4-((R)-6-氨基-2-((S)-2-(3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺基)-3-苯基丙酰胺基)己酰胺)苄基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(C-59)的合成
Figure BDA0002288429950003231
根据实例(C-30)所示的方案(除了在第一步中使用(9H-芴-9-基)甲基((S)-1-(((R)-6-氨基-1-((4-((((4-硝基苯氧基)羰基)氧基)甲基)苯基)氨基)-1-氧代己烷-2-基)氨基)-1-氧代-3-苯基丙-2-基)氨基甲酸酯代替(9H-芴-9-基)甲基((S)-3-甲基-1-(((S)-1-((4-((((4-硝基苯氧基)羰基)氧基)甲基)苯基)氨基)-1-氧代-5-脲基戊-2-基)氨基)-1-氧代丁烷-2-基)氨基甲酸酯)来制备呈固体、作为TFA盐的4-((R)-6-氨基-2-((S)-2-(3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺基)-3-苯基丙酰胺基)己酰胺)苄基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(C-59)：1H NMR(CD3OD):δ8.26(d,1H),7.91(t,1H),7.61(d,2H),7.35(m,3H),7.25(m,3H),7.19(m,3H),7.03(d,1H),6.79(d,1H),6.76(s,2H),6.24(d,1H),5.57(s,2H),5.11(s,2H),4.41(m,1H),4.33(s,2H),3.98(t,1H),3.95(s,3H),3.70(m,3H),3.54(t,2H),3.24(m,4H),3.10(m,1H),3.02(m,1H),2.83(m,1H),2.47(t,2H),1.92(m,2H),1.52(m,4H),1.42(m,2H),1.30(m,3H),1.18(m,2H),0.88(t,3H)。LRMS[M+H]＝1013.5。
实例60
4-((S)-2-((S)-2-(3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酰胺基)-3-甲基丁酰胺基)丙酰胺基)苄基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(C-60)的合成
Figure BDA0002288429950003241
根据实例(C-30)所示的方案(除了在第一步中使用(9H-芴-9-基)甲基((S)-3-甲基-1-(((S)-1-((4-((((4-硝基苯氧基)羰基)氧基)甲基)苯基)氨基)-1-氧代丙-2-基)氨基)-1-氧代丁烷-2-基)氨基甲酸酯代替(9H-芴-9-基)甲基((S)-3-甲基-1-(((S)-1-((4-((((4-硝基苯氧基)羰基)氧基)甲基)苯基)氨基)-1-氧代-5-脲基戊-2-基)氨基)-1-氧代丁烷-2-基)氨基甲酸酯)来制备呈固体、作为TFA盐的4-((S)-2-((S)-2-(3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酰胺基)-3-甲基丁酰胺基)丙酰胺基)苄基4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-甲酸酯(C-60)：1H NMR(CD3OD):δ9.65(s,1H),8.20(d,1H),7.97(d,1H),7.60(m,2H),7.34(m,2H),7.31(s,1H),7.22(d,1H),7.03(d,1H),6.80(m,2H),6.77(s,2H),6.23(d,1H),5.57(s,2H),5.11(s,2H),4.48(t,1H),4.31(s,3H),4.15(t,1H),3.95(m,4H),3.68(m,4H),3.62(m,2H),3.53(m,8H),2.49(t,2H),2.11(m,1H),1.52(m,2H),1.44(d,3H),1.28(m,2H),1.18(m,2H),0.98(m,6H),0.87(t,3H)。LRMS[M+H]＝952.6。
实例61
(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)-2-(3-(3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺基)丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸(C-61)的合成
Figure BDA0002288429950003251
步骤1：用5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1.0当量)、HOAT(2.0当量)、胡宁氏碱(14.0当量)、(3S,4R,5R,6R)-2-(2-(3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)丙酰胺基)-4-((((4-硝基苯氧基)羰基)氧基)甲基)苯氧基)-6-(甲氧基羰基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三基三乙酸酯(1.2当量)和吡啶:DMF(1:4，0.015M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌4小时。然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体的(3S,4R,5R,6R)-2-(2-(3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)丙酰胺基)-4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)苯氧基)-6-(甲氧基羰基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三基三乙酸酯：LCMS[M+H]＝1212.4。
步骤2：将(3S,4R,5R,6R)-2-(2-(3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)丙酰胺基)-4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)苯氧基)-6-(甲氧基羰基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三基三乙酸酯(1.0当量)溶解于MeOH、THF和水(2:1:0.4)(0.005M)中。然后添加LiOH(8.0当量)，并将反应在室温下搅拌2小时。然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体的(2R,3R,4R,5S)-6-(4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)-2-(3-氨基丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸：LCMS[M+H]＝850.4。
步骤3：用(2R,3R,4R,5S)-6-(4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)-2-(3-氨基丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸(1.0当量)、3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酸(2.0当量)、胡宁氏碱(6.0当量)、HBTU(1.8当量)和DMF(0.003M)填充圆底烧瓶。将反应在室温下保持搅拌15分钟。将反应混合物在室温下搅拌2小时。然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体、作为TFA盐的(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)-2-(3-(3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺基)丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸(C-61)：LCMS[M+H]＝1001.3。
实例62
(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)-2-(3-(3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酰胺基)丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸(C-62)的合成
Figure BDA0002288429950003261
根据实例(C-61)所示的方案(除了在最后一步中使用3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酸代替3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酸)来制备呈固体、作为TFA盐的(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-(((4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-羰基)氧基)甲基)-2-(3-(3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酰胺基)丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸(C-62)：1H NMR(CD3OD):δ8.20(d,1H),7.37(d,1H),7.21(m,2H),7.05(m,1H),6.99(d,1H),6.78(m,3H),6.23(d,1H),5.55(s,2H),5.09(s,2H),3.92(m,4H),4.81(d,1H),4.00(s,2H),3.94(s,3H),3.89(d,1H),3.62(m,9H),3.53(m,8H),2.90(m,3H),2.66(t,2H),2.37(t,2H),1.51(m,2H),1.29(m,2H),1.17(m,2H),0.87(t,3H)。LRMS[M+H]＝1045.4。
实例63
N-(2-((5-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-甲基-5-氧代戊-2-基)二硫烷基)乙基)-3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺(C-63)的合成
Figure BDA0002288429950003271
步骤1：用5-(2-甲氧基-5-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1.0当量)、2,5-二氧代吡咯烷-1-基4-甲基-4-(甲基二硫烷基)戊酸酯(1.3当量)、胡宁氏碱(20.0当量)和DMF(0.03M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌2小时。然后使用RP-C18 ISCO(ACN:H2O，含TFA作为修饰剂)将粗反应混合物进行纯化，然后冻干，以给出呈固体、作为TFA盐的1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-4-甲基-4-(甲基二硫烷基)戊-1-酮：LCMS[M+H]＝614.3。
步骤2：用1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-4-甲基-4-(甲基二硫烷基)戊-1-酮(1.0当量)、(2S,3S)-1,4-二巯基丁烷-2,3-二醇(1.0当量)和二甲基乙酰胺:H2O(1:1，0.03M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌2小时。然后使用RP-C18 ISCO(ACN:H2O，含TFA作为修饰剂)将粗反应混合物进行纯化，然后冻干，以给出呈固体、作为TFA盐的1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-4-巯基-4-甲基戊-1-酮：LCMS[M+H]＝568.3。
步骤3：用1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-4-巯基-4-甲基戊-1-酮(1.0当量)、2-(吡啶-2-基二硫烷基)乙-1-胺HCl盐(2.0当量)、胡宁氏碱(10.0当量)和THF:PBS(1:1，0.03M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌15分钟。然后使用RP-C18 ISCO(ACN:H2O，含TFA作为修饰剂)将粗反应混合物进行纯化，然后冻干，以给出呈固体、作为TFA盐的1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-4-((2-氨基乙基)二硫烷基)-4-甲基戊-1-酮：LCMS[M+H]＝643.4。
步骤4：用1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-4-((2-氨乙基)二硫烷基)-4-甲基戊-1-酮(1.0当量)、3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酸(1.0当量)、胡宁氏碱(5.0当量)、HATU(1.0当量)和DMF(0.02M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌2小时。然后使用RP-C18 ISCO(ACN:H2O，含TFA作为修饰剂)将粗反应混合物进行纯化，然后冻干，以给出呈固体、作为TFA盐的N-(2-((5-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-甲基-5-氧代戊-2-基)二硫烷基)乙基)-3-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)丙酰胺(C-63)：1H NMR(CD3OD):δ7.37(d,1H),7.26(d,1H),7.08(m,1H),6.83(d,1H),6.81(s,2H),6.24(d,1H),5.58(s,2H),4.37(s,2H),4.20(br,4H),3.97(s,3H),3.75(t,2H),3.55(t,2H),3.38(m,2H),3.38(br,4H),2.72(t,2H),2.55(m,2H),2.45(t,2H),1.89(m,2H),1.54(m,2H),1.31(m,8H),1.19(m,2H),0.88(t,3H)。LRMS[M+H]＝794.4。
实例64
1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-4-甲基-4-(甲硫基)戊-1-酮(C-64)的合成
1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-4-甲基-4-(甲硫基)戊-1-酮(C-63)是根据针对中间体(中间体-1)所述的程序(除了在步骤3中使用4-甲基-4-(甲硫基)-1-(哌嗪-1-基)戊-1-酮代替叔丁基哌嗪-1-甲酸酯)来制备。使用RP-C18ISCO(ACN:H2O，含TFA作为修饰剂)将粗反应混合物进行纯化，然后冻干，以给出呈固体、作为TFA盐的1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-4-甲基-4-(甲硫基)戊-1-酮(C-64)：1H NMR(CD3OD):δ7.36(d,1H),7.25(d,1H),7.05(m,1H),6.81(d,1H),6.24(d,1H),5.58(s,2H),4.34(s,2H),3.90(br,4H),3.96(s,3H),3.55(t,2H),3.28(br,4H),2.55(m,2H),1.95(s,3H),1.80(m,2H),1.54(m,2H),1.31(m,2H),1.27(s,6H),1.19(m,2H),0.88(t,3H)。LRMS[M+H]＝582.4。
实例65
(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-((((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-2-(3-(3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酰胺基)丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸(C-65)的合成
Figure BDA0002288429950003301
步骤1：在0℃下，用2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙-1-醇(C-68)(1.0当量)、三氯磷烷(3.0当量)、三乙胺(9.0当量)和THF(0.2M)填充圆底烧瓶，并允许搅拌1小时。然后通过缓慢添加冰水将反应淬灭，并用EtOAc洗涤3次。然后将含有所希望的产物的水层冻干。分离2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基氢膦酸酯，并无需进一步纯化用于下一个步骤：LCMS[M+H]＝546.3。
步骤2：用(2S,3R,4S,5S,6S)-2-(2-(3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)丙酰胺基)-4-(羟基甲基)苯氧基)-6-(甲氧基羰基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三基三乙酸酯(1.0当量)、2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙基氢膦酸酯(2.0当量)、特戊酰氯(42.0当量)和吡啶(0.03M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌2小时。此时添加在吡啶:H2O(1:0.1，0.14M)中的二碘化物(1.06当量)，并将混合物搅拌10分钟。然后使用RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)将粗反应混合物进行纯化，以获得呈固体、作为TFA盐的(2S,3R,4S,5S,6S)-2-(2-(3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)丙酰胺基)-4-((((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)苯氧基)-6-(甲氧基羰基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三基三乙酸酯：LCMS[M+H]＝1292.5。
步骤3：用(2S,3R,4S,5S,6S)-2-(2-(3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)丙酰胺基)-4-((((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)苯氧基)-6-(甲氧基羰基)四氢-2H-吡喃-3,4,5-三基三乙酸酯(1.0当量)、氢氧化锂-H2O(10.0当量)和MeOH:H2O(3:1.5，0.007M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌2小时。然后使用RP-C18 ISCO(ACN:H2O，含TFA作为修饰剂)将粗反应混合物进行纯化，然后冻干，以给出呈固体、作为TFA盐的(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-((((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-2-(3-氨基丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸：LCMS[M+H]＝930.4。
步骤4：用(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-((((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-2-(3-氨基丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸(1.0当量)、3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酸(1.0当量)、胡宁氏碱(6.0当量)、HATU(1.0当量)和DMF(0.005M)填充圆底烧瓶。将反应在室温下保持搅拌15分钟。然后将粗反应混合物通过RP-HPLC(ACN中的0.035％TFA:H2O中的0.05％TFA，C18柱)进行纯化，得到呈固体、作为TFA盐的(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-((((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-2-(3-(3-(2-(2,5-二氧代-2,5-二氢-1H-吡咯-1-基)乙氧基)丙酰胺基)丙酰胺基)苯氧基)-3,4,5-三羟基四氢-2H-吡喃-2-甲酸(C-65)：1H NMR(CD3OD):δ8.19(s,1H),7.37(d,1H),7.14(m,3H),6.79(s,2H),6.77(d,1H),6.22(d,1H),5.53(s,2H),4.86(s,2H),4.84(d,1H),4.08(s,2H),3.95(d,1H),3.92(s,3H),4.00(br,4H),3.76(s,2H),3.62(m,5H),3.53(m,10H),3.27(m,2H),2.85(m,4H),2.63(m,2H),2.37(t,2H),1.52(m,2H),1.31(m,2H),1.17(m,2H),0.88(t,3H)。LRMS[M+H/2Z]＝563.4。
实例66
(2R,2'R)-3,3'-((2-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-氧代乙氧基)亚氨基)丙烷-1,3-二基)双(硫烷二基))双(2-氨基丙酸)(C-66)的合成
Figure BDA0002288429950003321
用1-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-(氨基氧基)乙-1-酮(C-35)(2.4当量)、(2R,2'R)-3,3'-((2-氧代丙烷-1,3-二基)双(硫烷二基))双(2-氨基丙酸)(1.0当量)和乙醇(0.02M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌30min。使用RP-C18 ISCO(ACN:H2O，含TFA作为修饰剂)将粗反应混合物进行纯化，然后冻干，以给出呈固体(2R,2'R)-3,3'-((2-((2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-2-氧代乙氧基)亚氨基)丙烷-1,3-二基)双(硫烷二基))双(2-氨基丙酸)(C-66)：1H NMR(CD3OD):δ7.35(d,1H),7.28(d,1H),7.05(m,1H),6.80(d,1H),6.23(d,1H),5.57(s,2H),4.32(s,2H),4.20(m,1H),4.05(m,1H),3.94(s,3H),3.81(m,4H),3.55(m,2H),3.44(m,2H),3.20(m,4H),2.96(m,1H),2.88(m,1H),1.53(m,2H),1.31(m,2H),1.18(m,2H),0.88(t,3H)。LRMS[M+H]＝789.3。
实例67
(R)-2-氨基-6-((((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)甲基)-17-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-10,17-二氧代-8,14-二氧杂-4-硫杂-7,11-二氮杂十七烷-6-烯酸(C-67)的合成
Figure BDA0002288429950003331
用N-(2-(3-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-3-氧代丙氧基)乙基)-2-(氨基氧基)乙酰胺(C-37)(2.4当量)、(2R,2'R)-3,3'-((2-氧代丙烷-1,3-二基)双(硫烷二基))双(2-氨基丙酸)(1.0当量)和乙醇(0.02M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌30min。使用RP-C18 ISCO(ACN:H2O，含TFA作为修饰剂)将粗反应混合物进行纯化，然后冻干，以给出呈固体的(R)-2-氨基-6-((((R)-2-氨基-2-羧乙基)硫代)甲基)-17-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)-10,17-二氧代-8,14-二氧杂-4-硫杂-7,11-二氮杂十七烷-6-烯酸(C-67)：1H NMR(CD3OD):δ7.36(d,1H),7.29(d,1H),7.07(m,1H),6.80(d,1H),6.24(d,1H),5.57(s,2H),4.57(s,2H),4.31(m,2H),4.11(m,1H),4.03(m,1H),3.95(s,3H),3.86(br,4H),3.73(t,2H),3.54(m,6H),3.40(m,2H),3.20(m,8H),2.96(m,2H),2.67(t,2H),1.52(m,2H),1.30(m,2H),1.19(m,2H),0.88(t,3H)。LRMS[M+H]＝904.4。
实例68
2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙-1-醇(C-68)的合成
Figure BDA0002288429950003332
用5-(2-甲氧基-4-(哌嗪-1-基甲基)苄基)-N4-戊基-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-2,4-二胺(中间体1，1.0当量)、2-溴乙烷-1-醇(1.3当量)、三乙胺(20.0当量)和乙腈(0.03M)填充圆底烧瓶。将反应混合物在室温下搅拌2小时。然后将粗反应混合物通过ISCO色谱法(0-10％MeOH:DCM，梯度)进行纯化，得到呈固体的2-(4-(4-((2-氨基-4-(戊基氨基)-5H-吡咯并[3,2-d]嘧啶-5-基)甲基)-3-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)乙-1-醇(C-68)：1H NMR(CD3OD):δ7.22(d,1H),7.08(d,1H),6.83(d,1H),6.55(d,1H),6.10(d,1H),5.39(s,2H),3.93(s,3H),3.66(t,2H),3.50(s,2H),3.32(m,2H),3.20(s,1H),2.51(m,10H),1.37(m,2H),1.27(m,2H),1.25(s,1H),1.12(m,2H),0.86(t,3H)。LRMS[M+H]＝482.4。
实例69
测试具有式(I)的化合物以测量其作为toll样受体7激动剂的活性。
报告基因测定
用人TLR7和NF-kB驱动的荧光素酶报告载体(pNifty-荧光素酶)稳定转染人胚肾293(HEK293)细胞。作为对照测定，使用用pNifty-Luc转染的正常的HEK293。将细胞在补充有2mM L-谷氨酰胺、10％热失活的FBS、1％青霉素和链霉素、2μg/ml嘌呤霉素(英维根公司(InvivoGen)#ant-pr-5)和5μg/ml杀稻瘟菌素(英杰公司(Invitrogen)#46-1120)的DMEM中进行培养。Bright-GloTM荧光素酶测定缓冲液和底物由普洛麦格公司(Promega)#E263B和#E264B(分别是测定底物和缓冲液)提供。384孔底部透明板由葛莱娜第一生化公司(Greinerbio-one)(#789163-G)提供，并且是定制的条形码板。
将细胞以25,000个细胞/孔铺板于384孔板中，最终体积为50μl的培养基。在37℃和5％CO2下培养过夜(18小时)后，使细胞粘附到板上。然后将连续稀释的实验和阳性对照化合物分配到每个孔中，并在37℃和5％CO2下孵育7小时。还将仅用DMSO刺激的细胞用作阴性对照。孵育后，根据制造商的说明，将30μl预混合的测定缓冲液和底物缓冲液添加至每个孔。在CLIPR仪器上读取发光信号，其中积分时间为20秒/板。
生成每种化合物的剂量应答曲线，并将EC50值确定为给出最大信号的50％的浓度。
选择的测定结果
呈游离形式或呈药学上可接受的盐形式的具有式(I)的各种化合物显示例如，如通过在所述应用中所述的体外测验所指示的药理学性质。在这些实验中EC50值是作为引起基线和最大应答之间的一半应答的所讨论测试化合物的浓度给出。在其他实例中，具有式(I)的化合物具有在从1nM至2μM范围内的EC50值。在其他实例中，具有式(I)的化合物具有在从1nM至1μM范围内的EC50值。在其他实例中，具有式(I)的化合物具有在从1nM至500nM范围内的EC50值。在其他实例中，具有式(I)的化合物具有在从1nM至250nM范围内的EC50值。在其他实例中，具有式(I)的化合物具有在从1nM至100nM范围内的EC50值。在其他实例中，具有式(I)的化合物具有在从1nM至50nM范围内的EC50值。在其他实例中，具有式(I)的化合物具有在从1nM至25nM范围内的EC50值。在其他实例中，具有式(I)的化合物具有在从1nM至10nM范围内的EC50值。
为说明本发明化合物的体外活性，表2中列出了某些具有式(I)的化合物对TLR7刺激的EC50值。半胱氨酸加合物被认为是由溶酶体内降解引起的假定的分解代谢产物(Bioconjugate Chem.[生物缀合物化学]2006,17,114-124)。表2的某些化合物是相应的母体化合物与半胱氨酸衍生化的结果。
表2
Figure BDA0002288429950003351
Figure BDA0002288429950003361
实例70
通过将TLR7激动剂与抗HER2抗体突变体的特定半胱氨酸残基缀合来生成抗HER2-TLR7激动剂缀合物
用特定的半胱氨酸(Cys)突变制备抗HER2抗体
具有位点特异性半胱氨酸突变的抗HER2抗体(例如曲妥珠单抗)的制备先前已在WO 2014/124316和WO 2015/138615中进行了描述，其各自通过引用并入本文中。简言之，化学合成编码抗HER2抗体(例如曲妥珠单抗)的重链和轻链的可变区的DNA，并克隆到两个哺乳动物的表达载体(pOG-HC和pOG-LC)中，其包含人IgG1和人κ轻链的恒定区。载体包含CMV启动子和信号序列：MKTFILLLWVLLLWVIFLLPGATA(SEQ ID NO:27)。利用寡核苷酸定向诱变制备抗HER2抗体的Cys突变型构建体，并通过DNA测序确认Cys突变型构建体的序列。
例如，可以在抗HER2抗体在以下位置(所有位置根据EU编号)中的一个或多个处引入半胱氨酸：(a)抗体重链的位置152、360和/或375；和(b)抗体轻链的位置107、159和/或165。例如，可以在重链的位置152处引入半胱氨酸，产生抗HER2 mAb4，其具有SEQ ID NO:19的轻链序列和SEQ ID NO:30的重链序列。
通过使用如前所述的瞬时转染方法共转染重链和轻链质粒，在293FreestyleTM细胞中表达抗HER2抗体的Cys突变体(Meissner等人,Biotechnol Bioeng.[生物技术与生物工程]75:197-203(2001))。通过标准蛋白A亲和色谱法从细胞上清液中纯化表达的抗体。
使用类似的方法将曲妥珠单抗的重链和轻链的可变区克隆到用于在CHO细胞中表达的两个载体中。重链载体编码人IgG1抗体的恒定区，包括信号肽(MPLLLLLPLLWAGALA)(SEQ ID NO:28)，驱动重链表达的CMV启动子，以及用于稳定转染到CHO细胞中的适当的信号和选择序列。轻链载体编码人κ轻链的恒定区，包括信号肽(MSVLTQVLALLLLWLTGTRC)(SEQID NO:29)，驱动轻链表达的CMV启动子，以及用于稳定转染到CHO细胞中的适当的信号和选择序列。为了产生抗体，将重链载体和轻链载体共转染到CHO细胞系中。对细胞进行选择，并且然后在针对抗体产生优化的条件下培养稳定转染的细胞。通过标准蛋白A亲和色谱法从细胞上清液中纯化抗体。
使用标准诱变方法对抗体载体的恒定区进行另外的突变。
Cys突变型抗HER2抗体的还原、再氧化并缀合至TLR7激动剂
使用在Junutula JR,等人.,Nature Biotechnology[自然生物技术]26:925-932(2008)中所述的方法，将包含接头的本发明的具有式(I)的化合物与工程化进入抗体的Cys残基缀合。
因为在哺乳动物细胞中表达的抗体中的工程化Cys残基在生物合成期间通过加合物(二硫化物)如谷胱甘肽(GSH)和/或半胱氨酸修饰(Chen等人2009)，所以最初表达的经修饰的Cys对硫醇反应性试剂(如马来酰亚胺基或溴乙酰胺或碘乙酰胺基团)不起反应。为了缀合工程化的Cys残基，需要通过还原二硫化物除去谷胱甘肽或半胱氨酸加合物，这通常需要还原表达的抗体中的所有二硫化物。这可以通过以下来实现：首先将抗体暴露于还原剂(例如二硫苏糖醇(DTT))，然后对抗体的所有天然二硫键进行再氧化以恢复和/或稳定功能性抗体结构。因此，为了还原天然二硫键和在一个或多个工程化Cys残基的半胱氨酸或GSH加合物之间的二硫键，将新鲜制备的DTT添加至先前纯化的曲妥珠单抗的Cys突变型中，至最终浓度为10mM或20mM。在将抗体与DTT在37℃下孵育1小时后，将混合物用PBS透析3天，每天更换缓冲液以除去DTT并再次氧化天然二硫键。通过反相HPLC监测再氧化过程，所述反相HPLC能够将抗体四聚体与各个重链和轻链分子分离。在加热至80℃的PRLP-S 4000A柱(50mm×2.1mm，安捷伦(Agilent))上分析反应物，并且通过含有0.1％TFA的30％-60％乙腈的水溶液的线性梯度进行柱洗脱，流速为1.5ml/min。在280nm处监测来自柱的蛋白质的洗脱。使透析继续直至再氧化完成。再氧化恢复链内和链间二硫化物，而透析允许与新引入的一个或多个Cys残基连接的半胱氨酸和谷胱甘肽透析掉。
再氧化后，将含马来酰亚胺的化合物以典型地为1.5:1、2:1、或5:1的与工程化Cys的比率添加至在PBS缓冲液(pH 7.2)中的再氧化抗体中，并且进行孵育1小时。典型地，通过标准方法在蛋白A树脂上纯化除去过量的游离化合物，然后将缓冲液更换成PBS。
使用在树脂上进行的方法，可替代地将抗HER2抗体的Cys突变型(例如曲妥珠单抗)还原或再氧化。将蛋白A琼脂糖珠(每10mg抗体1ml)在PBS(无钙或镁盐)中平衡，并且然后以分批模式添加至抗体样品中。通过将850mg半胱氨酸HCl溶解在10ml通过将3.4g NaOH添加至250ml 0.5M磷酸钠pH 8.0中制备的溶液中制备0.5M半胱氨酸原液，并且然后将20mM半胱氨酸添加至抗体/珠中，并且在室温下轻轻混合30-60分钟。将珠加载到重力柱上，并在少于30分钟的时间内用50个床体积的PBS洗涤，然后用重悬于1个床体积的PBS中的珠帽式覆盖柱。为了调节再氧化速率，任选地添加50nM至1μM氯化铜。通过以下方式监测再氧化过程：通过取出树脂的小测试样品、在IgG洗脱缓冲液(赛默公司(Thermo))中洗脱、并如上所述通过RP-HPLC分析。一旦再氧化进行到所期望的完全性，可以通过添加相对于工程化半胱氨酸2-3摩尔过量的化合物立即引发缀合，并且使混合物在室温下反应5-10分钟，然后用至少20个柱体积的PBS洗涤柱。用IgG洗脱缓冲液洗脱抗体缀合物，并且用0.1体积0.5M磷酸钠pH 8.0中和，并且将缓冲液更换成PBS。可替代地，不是在树脂上引发与抗体的缀合，而是用至少20个柱体积的PBS洗涤柱，并且用IgG洗脱缓冲液洗脱抗体并用pH 8.0的缓冲液中和。然后将抗体用于缀合反应或快速冷冻以备将来使用。
抗HER2-TLR7激动剂缀合物的性质
分析抗体-TLR7激动剂缀合物以确定缀合的程度。从针对还原和去糖基化样品的LC-MS数据外推化合物对抗体比率。LC/MS允许定量缀合物样品中连接至抗体的接头-有效负载(化合物)的平均分子数。HPLC将抗体分离成轻链和重链，并且根据每条链的接头-有效负载基团的数量分离重链(HC)和轻链(LC)。质谱数据能够鉴定混合物中的组分种类，例如LC、LC+1、LC+2、HC、HC+1、HC+2等。根据LC和HC链上的平均负载，可以计算抗体缀合物的平均化合物对抗体比率。给定缀合物样品的化合物对抗体比率表示与含有两条轻链和两条重链的四聚体抗体连接的化合物(接头-有效负载)分子的平均数。
使用分析型尺寸排阻色谱法(AnSEC)在Superdex 200 10/300GL(GE医疗集团(GEHealthcare))和/或蛋白质KW-803 5μm 300×8mm(昭和电工公司(Shodex))柱上对缀合物进行谱分析；基于分析型尺寸排阻色谱法分析聚集性。还通过以下对缀合物进行谱分析：安装在安捷伦(Agilent)1260LC系统(圣克拉拉，加利福尼亚州，美国)上的东曹生命科学公司(Tosoh Bioscience)(普鲁士王，宾夕法尼亚州，美国)TSK凝胶丁基-NPR柱(100mm×4.6mm，2.5μm)上的分析型疏水相互作用色谱法(AnHIC)，使用缓冲液A(20mM His-HCl，1.5M硫酸铵，pH 6.0)和缓冲液B(20mM His-HCl，15％异丙醇，pH 6.0)的二元梯度，其中通过用0.5体积的3M硫酸铵稀释约20μg抗体(最初在PBS中)来制备样品。相对于已知疏水性的四个标准样品的线性回归，计算了疏水性指数。报告了最大峰面积的疏水性。
实现了高的化合物对抗体比率的大多数缀合物主要是单体的，并显示出低疏水性(高疏水性指数对应于从HIC柱中提早洗脱)。对于大多数化合物而言，通过所述方法进行的缀合导致缀合效率高于95％(表3)。大多数缀合物包含少于4％的二聚体和寡聚物质(表3)。疏水性指数(HI)为0.80或更高被认为是有利的特征。大多数缀合物显示HI值大于0.8(表3)。这表明缀合物可以被有效地制备并具有有利的特征。
表3.抗HER2-TLR7激动剂缀合物的性质
Figure BDA0002288429950003401
Figure BDA0002288429950003411
Figure BDA0002288429950003421
a缀合物中的抗HER2抗体是：抗HER2 mAb1具有SEQ ID NO:19的LC；SEQ ID NO:9的HC。抗HER2 mAb2具有SEQ ID NO:19的LC；SEQ ID NO:21的HC。抗hHER2 mAb3具有SEQ IDNO:19的LC；SEQ ID NO:23的HC。抗HER2 mAb4具有SEQ ID NO:19的LC；SEQ ID NO:30的HC。抗HER2 mAb5具有SEQ ID NO:19的LC；SEQ ID NO:32的HC。
b根据LCMS的化合物对抗体比率。
c通过分析性尺寸排阻色谱法测量的聚集；包括二聚和寡聚种类。BLQ＝低于定量限。
d疏水相互作用色谱法(HIC)测量：使用峰最大值的保留时间来计算疏水性指数。
e尽管AnSEC未观察到聚集或在观察到低水平聚集，但从柱的较晚洗脱表明结果无效。
实例71
通过部分还原非工程化的抗HER2抗体的天然二硫键生成抗HER2-TLR7激动剂缀合物
使用涉及部分还原抗体的程序，还可以将本发明的一些化合物与非工程化的抗体的天然半胱氨酸残基缀合(Doronina,S.O.等人.,Nat.Biotechnol.[自然生物技术]21,778-784,2003)。首先通过添加TCEP至最终浓度为10mM并且在37℃下将混合物孵育1小时来将抗HER2抗体(浓度为5mg/ml至10mg/ml)的链间和链内二硫键在含有2mM EDTA的PBS中部分还原。在脱盐并添加1％w/v PS-20洗涤剂后，将部分还原的抗体(1-2mg/ml)在4℃下与0.5至1mg TLR7激动剂化合物/10mg抗体反应过夜。如上所述，将所得缀合物通过蛋白A色谱法，经由标准方法进行纯化，并将缓冲液交换为PBS，并且通过MS、AnSEC和AnHIC进行谱分析。对于通过还原抗HER2 mAb3，之后与化合物C-1缀合产生的一个缀合物实例，在表3中总结了测量的化合物对抗体比率、聚集行为和疏水性数据。
实例72
使用1,3-二氯丙-2-酮生成抗HER2-TLR7激动剂缀合物，以再连接非工程化的抗HER2抗体的天然链间二硫键
在可替代的方法(美国专利申请20150150998)中，使用以下两个步骤，可以将非工程化的重组抗HER2抗体的链间二硫键进行修饰，并与本发明的激动剂化合物缀合。
方案15
使用1,3二氯丙-2-酮桥接，之后加成至引入的酮，两步缀合至天然的半胱氨酸残基。
Figure BDA0002288429950003431
步骤1：还原链间二硫桥键，并使用1,3-二氯丙-2-酮再桥接：在4℃下，将TCEP·HCl(1.63mM)添加至抗HER2抗体mAb3(136μM)和1,3-二氯丙-2-酮(33mM)在0.1M HEPES缓冲液(pH 8.0)中的溶液中。将所得混合物在4℃下温和搅动16小时。然后使用PD-10脱盐柱(GE医疗集团(GE Healthcare))将反应混合物缓冲液交换至PBS。使用50K Amicon过滤器将所得溶液浓缩以给出经修饰的抗HER2抗体。通过ESI-MS(洗脱液A：水+0.1％甲酸；洗脱液B：乙腈+0.04％甲酸；梯度：在2分钟内从3％至80％B-流速1.0ml/min。柱：Proswift Monolith4.6*50mm 40℃)；145398Da(通过PNGase F去糖基化后)证实了修饰。
步骤2：激动剂化合物(C-37)的缀合：使经修饰的抗HER2抗体(30mg/ml)与包含连接的氨基-氧基部分的3.0mM化合物(C-37)在0.1M乙酸苯胺缓冲液(pH 4.6)(DMSO最终浓度为15％(v/v))中反应。将反应混合物在23℃下孵育约16小时。然后使用50K Amicon过滤器，将反应混合物缓冲液交换至PBS(pH 7.4)中，给出经修饰的抗HER2-化合物缀合物。
使用化合物(C-35)与经修饰的抗HER2抗体缀合，获得类似的缀合物。
通过如上所述的MS、AnSEC和AnHIC对缀合物进行谱分析。表3总结了测量的化合物对抗体比率、聚集行为和疏水性数据。实现了高的化合物对抗体比率的两个实例缀合物主要是单体的，并显示出低疏水性(高疏水性指数对应于从HIC柱中提早洗脱)。通过所述方法进行的缀合导致缀合效率高于85％(表3)。缀合物包含少于2％的二聚体和寡聚物质(表3)。缀合物显示HI值大于0.85(表3)。这表明缀合物可以被有效地制备并具有有利的特征。
实例73
通过与抗HER2抗体的天然赖氨酸残基缀合生成抗HER2-TLR7激动剂缀合物
通过确立的方法，可以用本发明的某些化合物将天然抗体官能化。例如，在PBS(pH7.2)中以4mg/ml的抗大鼠HER2抗体(7.16.4；购自Bio X Cell公司；西黎巴嫩，新罕布什尔州)与760μM化合物C-47混合)，其中最终的DMSO浓度为20％(v/v)。将反应在室温下孵育过夜，然后用50mM Tris pH 8淬灭。.使用类似的方法来制备与抗HER2mAb3或与激动剂化合物C-46和C-50的缀合物。通过蛋白A色谱法，经由标准方法将所得抗体缀合物进行纯化，并将缓冲液交换为PBS。
通过如上所述的MS、AnSEC和AnHIC对抗体缀合物进行谱分析。表3总结了测量的化合物对抗体比率、聚集行为和疏水性数据。若干种赖氨酸反应的抗体缀合物在所使用的AnSEC柱上显示出较晚的洗脱和/或峰拖尾，表明柱相互作用，这使检测聚集变得困难。
实例74
使用加A1标签的抗HER2突变型抗体与含有氨基-氧基反应性基团的激动剂化合物的两步缀合，生成抗HER2-TLR7激动剂缀合物
翻译后4’-磷酸泛酰巯基乙胺化是用结构多样的小分子对重组蛋白进行位点特异性标记的通用方法(Yin J,等人.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.[美国国家科学院院刊]102:15815-15820,2005；Zhou Z,等人.,ACS Chem.Biol.[ACS化学生物杂志]2:337-346,2007)。所述酶促方法基于混杂的4'-磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶(PPTase)的催化作用，被用于制备高度均一的抗体缀合物(参见WO 2013184514)。进行酶标记是通过在抗体恒定区的不同位点处掺入11或12-mer S6、ybbR和A1肽序列来完成的。例如，序列GDSLDMLEWSLM(SEQ ID NO:31)的A1标签可以在抗HER2 mAb2的重链中的残基E388(EU编号)后掺入，以产生抗HER2mAb5，其具有SEQ ID NO:19的轻链序列和SEQ ID NO:32的重链序列。一种策略是两步法，以通过翻译后4’-磷酸泛酰巯基乙胺化制备位点特异性抗体-化合物缀合物(参见WO 2013184514)。所述方法的第一步是基于用CoA类似物对加肽标签的抗体进行PPTase催化地标记，所述CoA类似物含有生物正交基团，例如叠氮基、烯烃、炔、酮或醛部分。在对生物正交标记的抗体进行亲和纯化之后，两步法的第二步涉及将包含与生物正交基团反应的部分的化合物缀合。作为实例，以下部分描述了针对抗HER2突变型抗体的两步法，所述抗体在重链恒定区内的特定位点处包含A1标签插入。另外，尽管针对肟连接化学示例了两步法，但所述策略可以扩展到其他生物正交化学，例如点击化学(包括无铜点击化学、施陶丁格连接、基于异腈的点击化学和四嗪连接)。
肟连接化学已被多个研究小组用作制备位点特异性蛋白缀合物的有效的生物正交方法(Axup JY,等人.,Proc Natl Acad Sci U S A.[美国国家科学院院刊]109:16101-16106,2012；Rabuka D,等人.,Nat Protoc.[自然实验手册]7:1052-1067,2012)。为了将翻译后4’-磷酸泛酰巯基乙胺化与肟连接组合，使用CoA生物合成酶CoAA、CoAD和CoAE，从相应的泛酸前体分子(化合物中间体-4)制备酮修饰的CoA类似物(Worthington AS,Burkart MD(2006)Org Biomol Chem.[有机生物分子学与化学]4:44-46)(Kosa NM,Haushalter RW,Smith AR,Burkart MD(2012)Nat Methods[自然方法]9:981-984)。接下来，使用PPTase催化将生物正交酮基团位点特异性地缀合到抗HER2抗体的嵌入式A1标签上。具体地，在来自大肠杆菌(Escherichia coli)的约0.5μM的AcpS PPTase的存在下，在37℃下，在补充有12.5mM MgCl2和20mM NaCl的75mM Tris-HCl缓冲液(pH 8.0)中，将2.5μM抗HER2 mAb5与30μM酮-CoA类似物(化合物C-69)(相对于抗体的12摩尔当量)缀合持续2天。为驱动缀合反应完成，反应混合物补充有约1μM枯草芽孢杆菌(B.subtilius)Sfp PPTase，同时将化合物C-69的浓度增加至约60μM。将反应在室温下再孵育4天。通过获得还原的和去糖基化样品的去卷积ESI-MS光谱，验证了用酮-CoA类似物(化合物C-69)标记抗HER2 mAb5抗体。观察到的质量与相应的酮官能化的重链的经计算的分子量一致。通过蛋白A亲和色谱法(MabSelectSuRe，GE医疗生命科学公司集团(GE Healthcare Life Sciences))去除PPTase酶和过量的酮-CoA类似物后，用PierceTMIgG洗脱缓冲液(赛默飞世尔科技公司(Thermo FisherScientific))将酮激活的抗体，抗HER2-mAb5-(C-69)洗脱，之后用1M Tris-HCl缓冲液(pH8.0)立即中和。将中和的抗体溶液缓冲液交换成PBS，并使用50KAmicon过滤器进行浓缩。
作为两步法的第二步，酮基团的位点特异性附接使随后的激动剂化合物能够肟连接到酮激活的抗HER2 mAb5-(C-69)上。使48μM的酮官能化的抗体与30倍摩尔过量(1.4mM)的氨基氧基激动剂C-35和C-37在含有7％(v/v)DMSO的100mM乙酸苯胺缓冲液(pH 4.6)中反应。在室温下孵育17小时后，通过用50K Amicon过滤器超滤并用PBS重复洗涤去除过量的氨基氧基试剂。通过如上所述的MS、AnSEC和AnHIC对抗体缀合物进行谱分析。表3总结了测量的化合物对抗体比率、聚集行为和疏水性数据。如表3所示，两步法提供了用氨基氧基激动剂C-35和C-37对酮激活的抗HER2 mAb5-(C-69)的近乎定量地标记。
酮辅酶A类似物(化合物C-69)
Figure BDA0002288429950003471
通过在10μM金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)CoAA、25μM大肠杆菌CoAD和20μM大肠杆菌CoAE的存在下，在37℃下，在含有20mM MgCl2的50mM HEPES缓冲液(pH8.0)中使5mM的化合物(中间体4)与25mM的ATP反应持续约16小时，将化合物(中间体4)转化为酮功能化的CoA类似物(C69)。在将反应混合物以20,817x g离心2分钟后，通过用10kDa截留值的Amicon超离心过滤器进行超滤，分离出可溶性酶。通过形成抗HER2 mAb5-(C-69)-(C-35)和抗HER2mAb5-(C-69)-(C-37)，证实化合物(i-4)酶促转化成酮官能化的CoA类似物(C59)(参见表3)。
实例75
抗HER2-TLR7激动剂缀合物的体外稳定性测试
通过在所述反应中形成的琥珀酰亚胺环的水解，增强了在包含有效负载的马来酰亚胺和抗体的Cys残基之间形成的键的稳定性。在小鼠血清中体外孵育后，研究了琥珀酰亚胺环水解对用本发明的激动剂化合物制备的抗体缀合物的稳定性的影响。通过LC-MS监测由有效负载解缀合以及与抗体缀合的马来酰亚胺有效负载的琥珀酰亚胺环的水解引起的质量变化。已经报道，琥珀酰亚胺环的水解受到某些条件(例如高pH、高温或高盐)的刺激(J.Am.Chem.Soc.[美国化学学会杂志]1955,77:3922；Biochemistry[生物化学]1976,15:2836；Biochem.J.[生物化学杂志]1979,179:191-197；J Pharm Sci.[药学科学杂志]1984,73:1767-1771；Bioorg.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学通讯]17:6286-6289,2007)。为探测缀合物的体外稳定性，将抗HER2抗体mAb2缀合物在37℃下在50％-70％小鼠血清中进行孵育。在每个时间点(通常为0、8、24、48和72小时)采集50微克缀合物样品，并立即快速冷冻。随后将样品解冻以进行处理和分析。简言之，用PNGaseF处理抗体以去除N-连接的聚糖和在重链的铰链区附近切割的蛋白水解酶，以便在用DTT还原以破坏二硫键之前将Fab与Fc分离。然后通过ESI-MS分析轻链、重链Fab和重链Fc片段。根据相应的缀合物种类的相对MS强度计算解缀合的抗体、具有附接的有效负载(具有水解的琥珀酰亚胺环)的缀合物、具有附接的有效负载(具有完整的琥珀酰亚胺环)的缀合物的相对群体。表4和表5显示了缀合物亚群的解缀合程度和琥珀酰亚胺水解的程度。通常，在72小时的体外孵育过程中，缀合物损失少于13％的负载化合物，并且琥珀酰亚胺环水解通常在48小时达到85％以上。本发明的某些化合物，以化合物(C-5)和化合物(C-21)为例证，由于通过逆马来酰亚胺反应较不易于去缀合和通过琥珀酰亚胺环水解的进一步稳定化，显示出改善的缀合物稳定性。
表4.抗HER2-TLR7激动剂缀合物的琥珀酰亚胺环水解随小鼠血清中体外孵育时间而变化。
Figure BDA0002288429950003491
Figure BDA0002288429950003501
a抗HER2 mAb2具有SEQ ID NO:19的LC；SEQ ID NO:21的HC。
表5.抗HER2-TLR7激动剂缀合物的化合物对抗体比率随小鼠血清中体外孵育时间而变化。
Figure BDA0002288429950003502
a抗HER2 mAb2具有SEQ ID NO:19的LC；SEQ ID NO:21的HC。
实例76
在N87胃肿瘤异种移植模型中抗HER2-TLR7激动剂缀合物的体内测试
材料和方法
对于N87胃癌异种移植小鼠模型，将6-8周龄的雌性SCID-米色小鼠(购自哈伦实验室(Harlan Laboratories))用于植入。使N87细胞(获得自ATCC，目录号CRL-5822，供应商批号7686255)在无菌条件下在具有5％CO2的37℃培养箱中生长两周。使细胞在含有10％胎牛血清的RPMI培养基中生长。每3-4天，将细胞用0.05％胰蛋白酶/EDTA传代。植入当天，将N87细胞提起(第4代)，并按浓度为1x 106个细胞和50％基质胶/100μl重悬浮于RPMI1640无血清培养基中。对细胞进行Radil测试，以确保它们不含支原体和鼠类病毒。
使用28g针(100μl注射体积)将N87细胞皮下注射植入下胁。植入后，通过卡尺测量肿瘤，并且一旦肿瘤可触知，每周两次称重小鼠。然后按两个维度每周两次测量肿瘤。使用(L x W2)/2计算卡尺测量值。根据实验动物的护理和使用指南(Guide for Care and Useof Laboratory Animals)以及机构动物护理和使用委员会(Institutional Animal Careand Use Committee)的规章，用正常饮食喂食小鼠并饲养在SPF动物设施中。
当异种移植肿瘤达到约200mm3时，通过静脉内途径对小鼠施用0.3-10mg/kg的抗HER2抗体或抗HER2-TLR7激动剂缀合物。同种型对照抗体通过表达针对在啮齿动物中未发现的靶标的抗体来产生，并通过针对抗HER2抗体所述的类似方法缀合。每周两次测量肿瘤。使用Prism 5(GraphPad)软件绘制平均肿瘤体积。当肿瘤大小达到2000mm3的体积时，达到用于功效研究的终点。注射后，还密切监测小鼠的临床恶化迹象。如果出于任何原因，小鼠显示出任何发病迹象(包括呼吸窘迫、驼背的姿势、活动减少、后腿麻痹、作为胸腔积液征兆的呼吸急促、体重减轻接近20％或15％以及其他征兆)或如果进行正常活动(进食，活动)的能力受损，对小鼠实施安乐死。
结果
用单剂量的抗HER2-mAb2-(C-1)缀合物(其中化合物(C-1)与抗HER2-mAb2重链的Cys 152和Cys 375缀合)按1mg/kg、2.5mg/kg、5mg/kg或10mg/kg静脉内地治疗N87胃肿瘤异种移植小鼠。在用抗HER2-mAb2-(C-1)缀合物按所有测试的剂量(包括所测试的最低剂量—1mg/kg)治疗的小鼠中观察到N87异种移植肿瘤的完全消退(图1)。当与未经治疗的动物相比时，在用单独的10mg/kg未缀合的抗HER2-mAb2或同种型对照抗体-(C-1)缀合物治疗的N87异种移植小鼠中未观察到肿瘤消退(图1)。
用单剂量的抗HER2-mAb1-(C-1)或抗HER2-mAb1-(C-5)按0.3mg/kg或1mg/kg(10只小鼠/组)治疗N87胃肿瘤异种移植小鼠。用单剂量的1mg/kg抗HER2-mAb1-(C-1)治疗时导致人N87异种移植肿瘤的完全消退，0.3mg/kg抗HER2-mAb1-(C-1)导致肿瘤停滞(图2)。类似地，当用单剂量的1mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)治疗时导致人N87异种移植肿瘤的完全消退，0.3mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)导致肿瘤停滞(图2)。当与未经治疗的动物相比时，在用同种型对照抗体-(C-5)缀合物治疗的N87异种移植小鼠中未观察到N87胃肿瘤的消退。这些数据显示，可以通过按低剂量(例如1mg/kg)用抗HER2-TLR7激动剂缀合物(例如，抗HER2-mAb1-(C-1)或抗HER2-mAb1-(C-5)、抗HER2-mAb2-(C-1))的单一治疗实现肿瘤消退。
在单独的研究中，用单剂量的抗HER2-mAb1-(C-5)按1mg/kg、3mg/kg或5mg/kg(8只小鼠/组)治疗N87胃肿瘤异种移植小鼠。在所述研究中，当用单剂量的3mg/kg或5mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)治疗时导致人N87异种移植肿瘤的完全消退，1mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)导致肿瘤停滞(图3)。
另外，用单剂量的抗HER2-mAb1-(C-5)、抗HER2-mAb1-(C-35)、抗HER2-mAb1-(C-37)、抗HER2-mAb1-(C-59)、抗HER2-mAb1-(C-60)、抗HER2-mAb1-(C-61)、抗HER2-mAb1-(C-62)或抗HER2-mAb1-(C-64)，按1mg/kg(6只小鼠/组)治疗N87胃肿瘤异种移植小鼠。类似于在1mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)的单剂量治疗后观察到的结果，用单剂量的与不同化合物缀合的1mg/kg抗HER2-mAb1的治疗导致肿瘤停滞(图4)。
实例77
在MMC(大鼠HER2+)乳腺癌同系模型中抗大鼠HER2-TLR7激动剂缀合物的体内测试
材料和方法
对于MMC(大鼠HER2+)乳腺癌同系模型，将表达含有Val664至Glu664突变的激活的大鼠Erbb2(c-neu)致癌基因的6-10周龄雌性FVB/N转基因小鼠(FVB-Tg(MMTV-Erbb2)NK1Mul/J；最初购自杰克逊实验室(Jackson Laboratories)，内部繁殖)用于植入。使MMC细胞(源自从FVB/N转基因小鼠获得的肿瘤，获得自Nora Disis教授，华盛顿大学(University ofWashington))在无菌条件下在具有5％CO2的37℃培养箱中生长两周。使细胞在含有20％胎牛血清和青霉素/链霉素的DMEM培养基中生长。每3-4天，将细胞用0.05％胰蛋白酶/EDTA传代。植入当天，将细胞提起(第4代)，并按浓度为2.5x 105个细胞和10％基质胶/100μl重悬浮于RPMI1640无血清培养基中。对细胞进行Radil测试，以确保它们不含支原体和鼠类病毒。
使用28号针(100μl注射体积)将MMC细胞皮下注射植入下胁。植入后，通过卡尺测量肿瘤，并且一旦肿瘤可触知，每周2次称重小鼠。然后按两个维度每周两次测量肿瘤。使用(L x W2)/2计算卡尺测量值。根据实验动物的护理和使用指南(Guide for Care and Useof Laboratory Animals)以及机构动物护理和使用委员会(Institutional Animal Careand Use Committee)的规章，用正常饮食喂食小鼠并饲养在SPF动物设施中。
当肿瘤达到约200mm3时，对八只小鼠的组通过静脉途径施用1mg/kg的抗大鼠HER2抗体(7.16.4，购自Bio X Cell公司；西黎巴嫩，新罕布什尔州)或1mg/kg的抗大鼠HER2-TLR7激动剂缀合物(抗大鼠HER2-(C-46))。每周两次测量肿瘤。使用Prism 5(GraphPad)软件绘制平均肿瘤体积。当肿瘤大小达到2000mm3的体积时，达到用于功效研究的终点。注射后，还密切监测小鼠的临床恶化迹象。如果出于任何原因，小鼠显示出任何发病迹象(包括呼吸窘迫、驼背的姿势、活动减少、后腿麻痹、作为胸腔积液征兆的呼吸急促、体重减轻接近20％或15％以及其他征兆)或如果进行正常活动(进食，活动)的能力受损，对小鼠实施安乐死。
结果
为测试MMC大鼠HER2+乳腺癌同系模型中抗大鼠HER2-(C-46)缀合物的功效，用1mg/kg抗大鼠HER2-(C-46)缀合物或未缀合的抗大鼠HER2静脉内地治疗携带皮下MMC乳腺肿瘤的小鼠(8只小鼠/组)。如在图5A和5B中所示，用单剂量的抗大鼠HER2-(C-46)缀合物治疗的8只小鼠中有7只(图5A)，但在用裸抗大鼠HER2抗体治疗的8只小鼠中仅有3只观察到MMC小鼠乳腺肿瘤(大鼠HER2+)的完全消退(图5B)。
这些数据表明，相比单独的未缀合的抗大鼠HER2抗体，抗大鼠HER2-(C-46)缀合物针对大鼠HER2阳性同系乳腺癌在治疗上更有效。
实例78
在HCC1954乳腺肿瘤异种移植模型中抗HER2-TLR7激动剂缀合物的体内测试
材料和方法
对于HCC1954乳腺异种移植小鼠模型，将6-8周龄的雌性SCID-米色小鼠(购自哈伦实验室(Harlan Laboratories))用于植入。使HCC1954细胞(获得自ATCC，目录号CRL-2338，供应商批号5107643)在无菌条件下在具有5％CO2的37℃培养箱中生长两周。使细胞在含有10％胎牛血清的RPMI培养基中生长。每3-4天，将细胞用0.05％胰蛋白酶/EDTA传代。植入当天，将HCC1954细胞(收获的)提起(第17代)，并按浓度为1x 106个细胞和50％基质胶/100μl重悬浮于RPMI1640无血清培养基中。对细胞进行Radil测试，以确保它们不含支原体和鼠类病毒。
使用27G针(100μl注射体积)将HCC1954细胞皮下注射植入右乳腺脂肪垫。植入后，通过卡尺测量肿瘤，并且一旦肿瘤可触知，每周两次称重小鼠。然后按两个维度每周两次测量肿瘤。使用(L x W2)/2计算卡尺测量值。根据实验动物的护理和使用指南(Guide forCare and Use of Laboratory Animals)以及机构动物护理和使用委员会(InstitutionalAnimal Care and Use Committee)的规章，用正常饮食喂食小鼠并饲养在SPF动物设施中。
当异种移植肿瘤达到约200mm3时，通过静脉内途径对小鼠施用1-10mg/kg的抗HER2抗体或抗HER2-TLR7激动剂缀合物。同种型对照抗体通过表达针对在啮齿动物中未发现的靶标的抗体来产生，并通过针对抗HER2抗体所述的类似方法缀合。每周两次测量肿瘤。使用Prism 5(GraphPad)软件绘制平均肿瘤体积。当肿瘤大小达到2000mm3的体积时，达到用于功效研究的终点。注射后，还密切监测小鼠的临床恶化迹象。如果出于任何原因，小鼠显示出任何发病迹象(包括呼吸窘迫、驼背的姿势、活动减少、后腿麻痹、作为胸腔积液征兆的呼吸急促、体重减轻接近20％或15％以及其他征兆)或如果进行正常活动(进食，活动)的能力受损，对小鼠实施安乐死。
结果
用单剂量的抗HER2-mAb1-(C-5)缀合物(其中化合物(C-5)与抗HER2-mAb1重链的Cys 152和Cys 375缀合)按1mg/kg、3mg/kg或10mg/kg静脉内地治疗HCC1954乳腺肿瘤异种移植小鼠(8只小鼠/组)。当用单剂量的10mg/kg或3mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)治疗时导致人HCC1954异种移植肿瘤的完全消退，1mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)导致初始肿瘤消退，之后肿瘤停滞(图6)。在用单独的10mg/kg未缀合的抗HER2-mAb2治疗的HCC1954异种移植小鼠中未观察到肿瘤消退(图6)。
这些数据表明，可以通过按3mg/kg的抗HER2-TLR7激动剂缀合物(抗HER2-mAb1-(C-5))单一治疗，在高表达HER2的HCC1954乳腺肿瘤异种移植中实现肿瘤消退。
实例79
在SKOV3卵巢肿瘤异种移植模型中抗HER2-TLR7激动剂缀合物的体内测试
材料和方法
对于SKOV3卵巢异种移植小鼠模型，将6-8周龄的雌性SCID-米色小鼠(购自哈伦实验室(Harlan Laboratories))用于植入。使SKOV3细胞(获得自ATCC，目录号HTB-77，供应商批号7349765)在无菌条件下在具有5％CO2的37℃培养箱中生长两周。使细胞在含有10％胎牛血清的McCoy’s5A培养基中生长。每3-4天，将细胞用0.05％胰蛋白酶/EDTA传代。植入当天，将SKOV3细胞(收获的)提起(第11代)，并按浓度为5x 106个细胞和50％基质胶/100μl重悬浮于McCoy’s5A无血清培养基中。对细胞进行Radil测试，以确保它们不含支原体和鼠类病毒。
使用281/2G(100μl注射体积)将SKOV3细胞皮下注射植入下胁。植入后，通过卡尺测量肿瘤，并且一旦肿瘤可触知，每周两次称重小鼠。然后按两个维度每周两次测量肿瘤。使用(L x W2)/2计算卡尺测量值。根据实验动物的护理和使用指南(Guide for Care andUse of Laboratory Animals)以及机构动物护理和使用委员会(Institutional AnimalCare and Use Committee)的规章，用正常饮食喂食小鼠并饲养在SPF动物设施中。
当异种移植肿瘤达到约200mm3时，通过静脉内途径对小鼠施用3-10mg/kg的抗HER2抗体或抗HER2-TLR7激动剂缀合物。同种型对照抗体通过表达针对在啮齿动物中未发现的靶标的抗体来产生，并通过针对抗HER2抗体所述的类似方法缀合。每周两次测量肿瘤。使用Prism 5(GraphPad)软件绘制平均肿瘤体积。当肿瘤大小达到2000mm3的体积时，达到用于功效研究的终点。注射后，还密切监测小鼠的临床恶化迹象。如果出于任何原因，小鼠显示出任何发病迹象(包括呼吸窘迫、驼背的姿势、活动减少、后腿麻痹、作为胸腔积液征兆的呼吸急促、体重减轻接近20％或15％以及其他征兆)或如果进行正常活动(进食，活动)的能力受损，对小鼠实施安乐死。
对于HER2免疫组织化学(IHC)，使用了用于HER2染色和异种移植HER2评分的标准化指南和方案(参见，例如，English等人.,Mol Diagn Ther.[分子诊断与疗法]2013年4月；17(2):85-99)。
结果
用单剂量的抗HER2-mAb1-(C-5)缀合物(其中化合物(C-5)与抗HER2-mAb1重链的Cys 152和Cys 375缀合)按3mg/kg或10mg/kg静脉内地治疗SKOV3卵巢肿瘤异种移植小鼠。当用单剂量的10mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)治疗时导致在8只小鼠中有7只的人SKOV3异种移植肿瘤的完全消退，3mg/kg抗HER2-mAb1-(C-5)导致初始肿瘤消退，之后肿瘤再生长(图7)。当与未经治疗的动物相比时，在用单独的10mg/kg未缀合的抗HER2-mAb1或同种型对照抗体-(C-5)缀合物治疗的SKOV3异种移植小鼠中未观察到肿瘤消退(图7)。
这些数据表明，在低水平表达Her2的异种移植模型中与N87和HCC异种移植模型相比(图8C与图8A和8B相比)，可以通过按10mg/kg的抗HER2-TLR7激动剂缀合物(例如，抗HER2-mAb1-(C-1)或抗HER2-mAb1-(C-5))的单一治疗实现肿瘤消退。基于HER2表达水平，N87和HCC1954具有3+IHC得分，并且SKOV3具有2+IHC得分。因此，本文所述的抗HER2-TLR7激动剂缀合物，不仅可以在高表达HER2的肿瘤(例如，具有3+IHC得分)中，还可以在低表达HER2的肿瘤(例如，具有2+IHC得分)中抑制肿瘤生长。
实例80
在C57Bl6小鼠同系肿瘤模型中NJH395与抗PD-1的组合的体内测试
材料和方法
对于同系小鼠模型，将6-8周龄的雌性C57BL/6小鼠(购自查尔斯河实验室(Charles River Laboratories))用于植入。可替代地，将hHER2-BAC转基因小鼠回交至C57BL/6背景，并将6-10周龄的转基因阳性雌性小鼠用于植入。B16F10黑素瘤和MC38结肠肿瘤细胞系获得自ATCC，并被修饰以表达人HER2的细胞外结构域。使细胞在无菌条件下在具有5％CO2的37℃培养箱中生长两周。使MC38细胞在补充有10％胎牛血清的DMEM培养基中生长。每2-3天，将细胞用0.05％胰蛋白酶/EDTA传代。植入当天，将细胞提起(第12代)并按浓度为2.5x 105个细胞/100μl重悬浮于HBSS中。使B16F10细胞在补充有10％胎牛血清的DMEM培养基中生长。每2-3天，将细胞用0.05％胰蛋白酶/EDTA传代。植入当天，将细胞提起(第6代)并按浓度为5x 105个细胞/100μl重悬浮于HBSS中。对细胞进行Radil测试，以确保它们不含支原体和鼠类病毒。
使用28g针(100μl注射体积)将两个细胞系皮下注射植入下胁。植入后，通过卡尺测量肿瘤，并且一旦肿瘤可触知，每周三次称重小鼠。然后按两个维度每周两次测量肿瘤。使用(L x W2)/2计算卡尺测量值。根据实验动物的护理和使用指南(Guide for Care andUse of Laboratory Animals)以及机构动物护理和使用委员会(Institutional AnimalCare and Use Committee)的规章，用正常饮食喂食小鼠并饲养在SPF动物设施中。
当同系肿瘤达到约100mm3时，每两周，通过静脉途径对小鼠每周一次单独施用0.1-10mg/kg NJH395，或与每周两次10mg/kg腹膜内抗小鼠PD-1(Bioxcell)组合施用。同种型对照抗体通过表达针对在啮齿动物中未发现的靶标的抗体来产生，并通过针对NJH395所述的类似方法缀合。每周两次测量肿瘤。使用Prism 5(GraphPad)软件绘制平均肿瘤体积。当肿瘤大小达到2000mm3的体积时，达到用于功效研究的终点。注射后，还密切监测小鼠的临床恶化迹象。如果出于任何原因，小鼠显示出任何发病迹象(包括呼吸窘迫、驼背的姿势、活动减少、后腿麻痹、作为胸腔积液征兆的呼吸急促、体重减轻接近20％或15％以及其他征兆)或如果进行正常活动(进食，活动)的能力受损，对小鼠实施安乐死。
实例81
在Balb/c小鼠同系肿瘤模型中NJH395与抗PD-1组合的体内测试
材料和方法
对于同系小鼠模型，将6-8周龄的雌性Balb/c小鼠(购自英维格公司(Envigo)/查尔斯河实验室(Charles River Laboratories))用于植入。4T1-Luc乳腺肿瘤细胞系获得自ATCC并且被修饰以表达人HER2的细胞外结构域。使细胞在无菌条件下在具有5％CO2的37℃培养箱中生长两周。使4T1-Luc细胞在补充有10％胎牛血清的RPMI培养基中生长。每3-4天，将细胞用0.05％胰蛋白酶/EDTA传代。植入当天，将细胞提起(第12代)并按浓度为1-3x 104个细胞/50μl重悬浮于HBSS中。对细胞进行Radil测试，以确保它们不含支原体和鼠类病毒。
使用28g针(50μl注射体积)将4T1-Luc细胞植入第4乳腺脂肪垫。植入后，通过卡尺测量肿瘤，并且一旦肿瘤可触知，每周三次称重小鼠。然后按两个维度每周两次测量肿瘤。使用(L x W2)/2计算卡尺测量值。根据实验动物的护理和使用指南(Guide for Care andUse of Laboratory Animals)以及机构动物护理和使用委员会(Institutional AnimalCare and Use Committee)的规章，用正常饮食喂食小鼠并饲养在SPF动物设施中。
当同系肿瘤达到约100mm3时，每两周，通过静脉途径对小鼠每周一次单独施用0.1-10mg/kg NJH395，或与每周两次10mg/kg腹膜内抗小鼠PD-1(Bioxcell)组合施用。同种型对照抗体通过表达针对在啮齿动物中未发现的靶标的抗体来产生，并通过针对NJH395所述的类似方法缀合。每周两次测量肿瘤。使用Prism 5(GraphPad)软件绘制平均肿瘤体积。当肿瘤大小达到2000mm3的体积时，达到用于功效研究的终点。注射后，还密切监测小鼠的临床恶化迹象。如果出于任何原因，小鼠显示出任何发病迹象(包括呼吸窘迫、驼背的姿势、活动减少、后腿麻痹、作为胸腔积液征兆的呼吸急促、体重减轻接近20％或15％以及其他征兆)或如果进行正常活动(进食，活动)的能力受损，对小鼠实施安乐死。
Figure IDA0002288429990000011
Figure IDA0002288429990000021
Figure IDA0002288429990000041
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Figure IDA0002288429990000541
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Figure IDA0002288429990002301
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Figure IDA0002288429990002331
Figure IDA0002288429990002341
Figure IDA0002288429990002351
Figure IDA0002288429990002361
Figure IDA0002288429990002371

Claims (52)

1.一种在有需要的受试者中治疗HER2阳性癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用与第二治疗剂组合的治疗有效量的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)所述缀合物包含具有式(II)的结构：
Figure FDA0002288429940000011
其中：
R50是
Figure FDA0002288429940000012
其中*指示与Ab的附接点；
Ab是抗体分子，例如特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是-S-、-NHC(＝O)CH2-、-S(＝O)2CH2CH2-、-(CH2)2S(＝O)2CH2CH2-、-NHS(＝O)2CH2CH2、-NHC(＝O)CH2CH2-、-CH2NHCH2CH2-、-NHCH2CH2-、
Figure FDA0002288429940000022
Figure FDA0002288429940000031
X1是
Figure FDA0002288429940000032
X2是
Figure FDA0002288429940000033
Figure FDA0002288429940000034
X3是
Figure FDA0002288429940000035
Figure FDA0002288429940000036
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
R12是H、甲基或苯基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数；并且
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。
2.一种组合物，所述组合物包含与第二治疗剂组合的缀合物或其药学上可接受的盐，所述组合物用于在治疗受试者的HER2阳性癌症中使用，其中：
(i)所述缀合物包含具有式(II)的结构：
Figure FDA0002288429940000041
其中：
R50是
Figure FDA0002288429940000042
其中*指示与Ab的附接点；
Ab是抗体分子，例如特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是
Figure FDA0002288429940000051
-S-、-NHC(＝O)CH2-、-S(＝O)2CH2CH2-、-(CH2)2S(＝O)2CH2CH2-、-NHS(＝O)2CH2CH2、-NHC(＝O)CH2CH2-、-CH2NHCH2CH2-、-NHCH2CH2-、
Figure FDA0002288429940000052
Figure FDA0002288429940000061
X1是
X2是
Figure FDA0002288429940000063
Figure FDA0002288429940000064
X3是
Figure FDA0002288429940000065
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
R12是H、甲基或苯基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数；并且
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。
3.一种组合物在制造用于在有需要的受试者中治疗HER2阳性癌症的药物中的用途，所述组合物包含缀合物或其药学上可接受的盐，或与第二治疗剂组合的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)所述缀合物包含具有式(II)的结构：
Figure FDA0002288429940000071
其中：
R50是
Figure FDA0002288429940000081
其中*指示与Ab的附接点；
Ab是抗体分子，例如特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是
Figure FDA0002288429940000082
-S-、-NHC(＝O)CH2-、-S(＝O)2CH2CH2-、-(CH2)2S(＝O)2CH2CH2-、-NHS(＝O)2CH2CH2、-NHC(＝O)CH2CH2-、-CH2NHCH2CH2-、-NHCH2CH2-、
Figure FDA0002288429940000091
X1是
X2是
Figure FDA0002288429940000093
Figure FDA0002288429940000101
X3是
Figure FDA0002288429940000102
Figure FDA0002288429940000103
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
R12是H、甲基或苯基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数；并且
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。
4.一种组合物，所述组合物包含与第二治疗剂组合的缀合物或其药学上可接受的盐，所述组合物用于在治疗受试者的HER2阳性癌症中使用，其中：
(i)所述缀合物包含具有式(II)的结构：
其中：
R50是
Figure FDA0002288429940000112
其中*指示与Ab的附接点；
Ab是抗体分子，例如特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R40是
Figure FDA0002288429940000121
-S-、-NHC(＝O)CH2-、-S(＝O)2CH2CH2-、-(CH2)2S(＝O)2CH2CH2-、-NHS(＝O)2CH2CH2、-NHC(＝O)CH2CH2-、-CH2NHCH2CH2-、-NHCH2CH2-、
Figure FDA0002288429940000122
Figure FDA0002288429940000131
X1是
Figure FDA0002288429940000132
X2是
Figure FDA0002288429940000133
Figure FDA0002288429940000134
X3是
Figure FDA0002288429940000135
Figure FDA0002288429940000136
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
R12是H、甲基或苯基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数；并且
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。
5.如权利要求1-4中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述Ab选自以下中的任一种：
(a)抗体分子，其包含：
重链互补决定区1(HCDR1)，其包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列；
重链互补决定区2(HCDR2)，其包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列；
重链互补决定区3(HCDR3)，其包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；
轻链互补决定区1(LCDR1)，其包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列；
轻链互补决定区2(LCDR2)，其包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列；以及
轻链互补决定区3(LCDR3)，其包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列；
(b)抗体分子，其包含：
HCDR1，其包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列；
HCDR2，其包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列；
HCDR3，其包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；
LCDR1，其包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列；
LCDR2，其包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列；以及
LCDR3，其包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列；
(c)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:7的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ IDNO:17的氨基酸序列的轻链可变区；
(d)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:9的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；
(e)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:21的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；
(f)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:23的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；或
(g)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:32的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链。
6.如权利要求1-4中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述Ab是人或人源化的抗HER2抗体分子。
7.如权利要求1-4中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述Ab包含经修饰的Fc区。
8.如权利要求1-4中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述Ab包含在以下位置(所有位置根据EU编号)中的一个或多个处的半胱氨酸：
(a)抗体重链的位置152、360和375；和
(b)抗体轻链的位置107、159和165。
9.如权利要求1-4中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述Ab包含在抗体重链的位置152和375(所有位置根据EU编号)处的半胱氨酸。
10.如任一项前述权利要求所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述具有式(II)的缀合物包含具有式(IIa)或式(IIb)的结构：
Figure FDA0002288429940000151
Figure FDA0002288429940000161
其中：
R1是-NHR2；
R2是-C4-C6烷基；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-；
R40是
Figure FDA0002288429940000162
X1是
Figure FDA0002288429940000163
X2是X3是
Figure FDA0002288429940000165
每个n独立地选自1、2、3和4；
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且
y是从1至16的整数。
11.如权利要求1-9中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中
R1是-NHR2；
R2是-C4-C6烷基；
L2是-(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)n；
R40是
Figure FDA0002288429940000171
并且
每个n独立地选自1、2、3和4，并且
y是从1至16的整数。
12.如任一项前述权利要求所述的方法、使用的组合物或用途，其中如通过疏水相互作用色谱法所测定的，所述缀合物具有0.8或更高的疏水性指数。
13.一种在有需要的受试者中治疗HER2阳性癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用与第二治疗剂组合的治疗有效量的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)所述缀合物包含以下式中任一个的结构：
Figure FDA0002288429940000172
Figure FDA0002288429940000181
Figure FDA0002288429940000211
Figure FDA0002288429940000221
Figure FDA0002288429940000231
Figure FDA0002288429940000241
Figure FDA0002288429940000251
Figure FDA0002288429940000252
以及
Figure FDA0002288429940000261
其中Ab是抗体分子，例如特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段，并且y是从1至4的整数；并且
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。
14.一种组合物，所述组合物包含与第二治疗剂组合的缀合物或其药学上可接受的盐，所述组合物用于在治疗受试者的HER2阳性癌症中使用，其中：
(i)所述缀合物包含以下式中任一个的结构：
Figure FDA0002288429940000262
Figure FDA0002288429940000271
Figure FDA0002288429940000281
Figure FDA0002288429940000291
Figure FDA0002288429940000301
Figure FDA0002288429940000311
Figure FDA0002288429940000321
Figure FDA0002288429940000331
Figure FDA0002288429940000341
Figure FDA0002288429940000342
以及
Figure FDA0002288429940000351
其中Ab是抗体分子，例如特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段，并且y是从1至4的整数；并且
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。
15.一种组合物在制造用于在有需要的受试者中治疗HER2阳性癌症的药物中的用途，所述组合物包含与第二治疗剂组合的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)所述缀合物包含以下式中任一个的结构：
Figure FDA0002288429940000352
Figure FDA0002288429940000361
Figure FDA0002288429940000371
Figure FDA0002288429940000381
Figure FDA0002288429940000411
Figure FDA0002288429940000421
Figure FDA0002288429940000431
Figure FDA0002288429940000432
以及
Figure FDA0002288429940000441
其中Ab是抗体分子，例如特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段，并且y是从1至4的整数；并且
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。
16.一种组合物，所述组合物包含与第二治疗剂组合的缀合物或其药学上可接受的盐，所述组合物用于在治疗受试者的HER2阳性癌症中使用，其中：
(i)所述缀合物包含以下式中任一个的结构：
Figure FDA0002288429940000442
Figure FDA0002288429940000451
Figure FDA0002288429940000461
Figure FDA0002288429940000471
Figure FDA0002288429940000481
Figure FDA0002288429940000491
Figure FDA0002288429940000501
Figure FDA0002288429940000511
Figure FDA0002288429940000522
以及
Figure FDA0002288429940000531
其中Ab是抗体分子，例如特异性结合人HER2的抗体或其抗原结合片段，并且y是从1至4的整数；并且
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。
17.如权利要求13-16中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述Ab选自以下中的任一种：
(a)抗体分子，其包含：
重链互补决定区1(HCDR1)，其包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列；
重链互补决定区2(HCDR2)，其包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列；
重链互补决定区3(HCDR3)，其包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；
轻链互补决定区1(LCDR1)，其包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列；
轻链互补决定区2(LCDR2)，其包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列；以及
轻链互补决定区3(LCDR3)，其包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列；
(b)抗体分子，其包含：
HCDR1，其包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列；
HCDR2，其包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列；
HCDR3，其包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；
LCDR1，其包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列；
LCDR2，其包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列；以及
LCDR3，其包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列；
(c)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:7的氨基酸序列的重链可变区和含有SEQ IDNO:17的氨基酸序列的轻链可变区；
(d)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:9的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；
(e)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:21的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；
(f)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:23的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链；或
(g)抗体分子，其包含：含有SEQ ID NO:32的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链。
18.如权利要求13-16中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述Ab包含：含有SEQ ID NO:9的氨基酸序列的重链，以及含有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链。
19.如权利要求18所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述化合物附接至在所述抗体重链的位置152和375(所有位置根据EU编号)处的半胱氨酸。
20.如权利要求13-16中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中y是约3至4。
21.如权利要求13-20中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中如通过疏水相互作用色谱法所测定的，所述缀合物具有0.8或更高的疏水性指数。
22.一种在有需要的受试者中治疗癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用与第二治疗剂组合的治疗有效量的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)所述缀合物包含具有式(I)结构的化合物，所述化合物附接至抗体分子，例如抗体或其抗原结合片段：
Figure FDA0002288429940000551
其中：
RD是
Figure FDA0002288429940000552
并且RE是H；或RE是
Figure FDA0002288429940000553
并且RD是H；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R4是
Figure FDA0002288429940000561
Figure FDA0002288429940000562
-ONH2、-NH2、
Figure FDA0002288429940000563
-N3、
Figure FDA0002288429940000564
-NHC(＝O)CH＝CH2、-SH、-SR7、-OH-SSR6、-S(＝O)2(CH＝CH2)、-(CH2)2S(＝O)2(CH＝CH2)、-NHS(＝O)2(CH＝CH2)、-NHC(＝O)CH2Br、-NHC(＝O)CH2I、-C(O)NHNH2、
Figure FDA0002288429940000565
-CO2H、-C(O)NHNH2、
Figure FDA0002288429940000566
Figure FDA0002288429940000567
Figure FDA0002288429940000571
R5是
Figure FDA0002288429940000572
X1是
Figure FDA0002288429940000573
X2是
Figure FDA0002288429940000574
Figure FDA0002288429940000575
X3是
Figure FDA0002288429940000576
Figure FDA0002288429940000577
R6是2-吡啶基或4-吡啶基；
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
并且
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18；并且
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。
23.一种组合物，所述组合物包含与第二治疗剂组合的缀合物或其药学上可接受的盐，所述组合物用于在治疗受试者的癌症中使用，其中：
(i)所述缀合物包含具有式(I)结构的化合物，所述化合物附接至抗体分子，例如抗体或其抗原结合片段：
Figure FDA0002288429940000581
其中：
RD是
Figure FDA0002288429940000582
并且RE是H；或RE是
Figure FDA0002288429940000583
并且RD是H；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R4是
Figure FDA0002288429940000591
Figure FDA0002288429940000592
-ONH2、-NH2、-N3、
Figure FDA0002288429940000594
-NHC(＝O)CH＝CH2、-SH、-SR7、-OH-SSR6、-S(＝O)2(CH＝CH2)、-(CH2)2S(＝O)2(CH＝CH2)、-NHS(＝O)2(CH＝CH2)、-NHC(＝O)CH2Br、-NHC(＝O)CH2I、-C(O)NHNH2、
Figure FDA0002288429940000595
-CO2H、-C(O)NHNH2、
Figure FDA0002288429940000601
R5是
Figure FDA0002288429940000602
X1是
Figure FDA0002288429940000603
X2是
Figure FDA0002288429940000604
Figure FDA0002288429940000611
X3是
Figure FDA0002288429940000612
Figure FDA0002288429940000613
R6是2-吡啶基或4-吡啶基；
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
并且
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18；并且
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。
24.一种组合物在制造用于在有需要的受试者中治疗癌症的药物中的用途，所述组合物包含与第二治疗剂组合的缀合物或其药学上可接受的盐，其中：
(i)所述缀合物包含具有式(I)结构的化合物，所述化合物附接至抗体分子，例如抗体或其抗原结合片段：
其中：
RD是
Figure FDA0002288429940000622
并且RE是H；或RE是
Figure FDA0002288429940000623
并且RD是H；
R1是-NHR2或-NHCHR2R3；
R2是-C3-C6烷基或-C4-C6烷基；
R3是L1OH；
L1是-(CH2)m-；
L2是-(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)n-、-(CH2)nX1(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nNHC(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n、-C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n-、-C(＝O)NH((CH2)nO)t(CH2)nX1(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)X2X3C(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-C(＝O)X2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2-、-C(＝O)(CH2)nC(R7)2SS(CH2)nNHC(＝O)(CH2)n-、-(CH2)nX2C(＝O)(CH2)nNHC(＝O)((CH2)nO)t(CH2)n-或-C(＝O)(CH2)nC(＝O)NH(CH2)n；
R4是
Figure FDA0002288429940000632
-ONH2、-NH2、
Figure FDA0002288429940000633
-N3、
Figure FDA0002288429940000634
-NHC(＝O)CH＝CH2、-SH、-SR7、-OH-SSR6、-S(＝O)2(CH＝CH2)、-(CH2)2S(＝O)2(CH＝CH2)、-NHS(＝O)2(CH＝CH2)、-NHC(＝O)CH2Br、-NHC(＝O)CH2I、-C(O)NHNH2、
Figure FDA0002288429940000635
-CO2H、-C(O)NHNH2、
Figure FDA0002288429940000637
Figure FDA0002288429940000641
R5是
X1是
Figure FDA0002288429940000643
X2是
Figure FDA0002288429940000644
Figure FDA0002288429940000645
X3是
Figure FDA0002288429940000646
Figure FDA0002288429940000647
R6是2-吡啶基或4-吡啶基；
每个R7独立地选自H和C1-C6烷基；
每个R8独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl和-OH；
每个R9独立地选自H、C1-C6烷基、F、Cl、-NH2、-OCH3、-OCH2CH3、-N(CH3)2、-CN、-NO2和-OH；
每个R10独立地选自H、C1-6烷基、氟、被-C(＝O)OH取代的苄氧基、被-C(＝O)OH取代的苄基、被-C(＝O)OH取代的C1-4烷氧基和被-C(＝O)OH取代的C1-4烷基；
每个m独立地选自1、2、3和4；
每个n独立地选自1、2、3和4；
并且
每个t独立地选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18；并且
(ii)所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、疫苗或细胞疗法。
25.如权利要求22-24中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述癌症是HER2+癌症，并且所述抗体分子，例如抗体或其抗原结合片段特异性结合人HER2。
26.如权利要求1-25中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂选自共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、细胞因子、或减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂。
27.如权利要求1-25中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂或细胞因子，其中：
(i)所述共抑制分子选自程序性死亡-1(PD-1)、程序性死亡-配体1(PD-L1)、淋巴细胞激活基因-3(LAG-3)、或T细胞免疫球蛋白结构域和粘蛋白结构域3(TIM-3)；
(ii)所述共刺激分子是糖皮质激素诱导的TNFR相关蛋白(GITR)，和
(iii)所述细胞因子是与可溶形式的IL-15受体α(IL-15Ra)复合的IL-15。
28.如权利要求27所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是特异性结合人PD-1的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)重链可变区(VH)，其包含表6或7中披露的任何抗PD-1重链氨基酸序列的重链互补决定区1(VHCDR1)、VHCDR2和VHCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
轻链可变区(VL)，其包含表6或7中列出的任何抗PD-1轻链氨基酸序列的轻链互补决定区1(VLCDR1)、VLCDR2和VLCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；
(ii)VH，其包含表6或7中披露的任何抗PD-1重链氨基酸序列的VH(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
VL，其包含表6或7中披露的任何抗PD-1轻链氨基酸序列的VL(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；或
(iii)表6或7中披露的抗PD-1重链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
表6或7中披露的抗PD-1轻链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)。
29.如权利要求27所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是特异性结合人PD-1的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)VH，其包含SEQ ID NO:501的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:502的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:503的VHCDR3氨基酸序列；以及VL，其包含SEQ ID NO:510的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:511的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:512的VLCDR3氨基酸序列；
(ii)VH，其包含SEQ ID NO:506的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:520的氨基酸序列；
(iii)重链，其包含SEQ ID NO:508的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:522的氨基酸序列；
(iv)VH，其包含SEQ ID NO:506的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:516的氨基酸序列；或
(v)重链，其包含SEQ ID NO:508的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:518的氨基酸序列。
30.如权利要求27所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是特异性结合人PD-L1的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)重链可变区(VH)，其包含表8或9中披露的任何抗PD-L1重链氨基酸序列的重链互补决定区1(VHCDR1)、VHCDR2和VHCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
轻链可变区(VL)，其包含表8或9中列出的任何抗PD-L1轻链氨基酸序列的轻链互补决定区1(VLCDR1)、VLCDR2和VLCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；
(ii)VH，其包含表8或9中披露的任何抗PD-L1重链氨基酸序列的VH(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
VL，其包含表8或9中披露的任何抗PD-L1轻链氨基酸序列的VL(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；或
(iii)表8或9中披露的抗PD-L1重链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
表8或9中披露的抗PD-L1轻链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)。
31.如权利要求27所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是特异性结合人PD-L1的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)VH，其包含SEQ ID NO:601的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:602的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:603的VHCDR3氨基酸序列；以及VL，其包含SEQ ID NO:609的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:610的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:611的VLCDR3氨基酸序列；
(ii)VH，其包含SEQ ID NO:606的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:616的氨基酸序列；
(iii)重链，其包含SEQ ID NO:608的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:618的氨基酸序列；
(iv)VH，其包含SEQ ID NO:620的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:624的氨基酸序列；或
(v)重链，其包含SEQ ID NO:622的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:626的氨基酸序列。
32.如权利要求27所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是特异性结合人LAG-3的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)重链可变区(VH)，其包含表10或11中披露的任何抗LAG-3重链氨基酸序列的重链互补决定区1(VHCDR1)、VHCDR2和VHCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
轻链可变区(VL)，其包含表10或11中列出的任何抗LAG-3轻链氨基酸序列的轻链互补决定区1(VLCDR1)、VLCDR2和VLCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；
(ii)VH，其包含表10或11中披露的任何抗LAG-3重链氨基酸序列的VH(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
VL，其包含表10或11中披露的任何抗LAG-3轻链氨基酸序列的VL(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；或
(iii)表10或11中披露的抗LAG-3重链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
表10或11中披露的抗LAG-3轻链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)。
33.如权利要求27所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是特异性结合人LAG-3的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)VH，其包含SEQ ID NO:701的VHCDR1氨基酸序列、SEQ IDNO:702的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:703的VHCDR3氨基酸序列；以及VL，其包含SEQ ID NO:710的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:711的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:712的VLCDR3氨基酸序列；
(ii)VH，其包含SEQ ID NO:706的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:718的氨基酸序列；
(iii)重链，其包含SEQ ID NO:709的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:721的氨基酸序列；
(iv)VH，其包含SEQ ID NO:724的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:730的氨基酸序列；或
(v)重链，其包含SEQ ID NO:727的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:733的氨基酸序列。
34.如权利要求27所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是特异性结合人TIM-3的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)重链可变区(VH)，其包含表12或13中披露的任何抗TIM-3重链氨基酸序列的重链互补决定区1(VHCDR1)、VHCDR2和VHCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
轻链可变区(VL)，其包含表12或13中列出的任何抗TIM-3轻链氨基酸序列的轻链互补决定区1(VLCDR1)、VLCDR2和VLCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；
(ii)VH，其包含表12或13中披露的任何抗TIM-3重链氨基酸序列的VH(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
VL，其包含表12或13中披露的任何抗TIM-3轻链氨基酸序列的VL(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；或
(iii)表12或13中披露的抗TIM-3重链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
表12或13中披露的抗TIM-3轻链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)。
35.如权利要求27所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是特异性结合人TIM-3的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)VH，其包含SEQ ID NO:801的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:802的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:803的VHCDR3氨基酸序列；以及VL，其包含SEQ ID NO:810的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:811的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:812的VLCDR3氨基酸序列；
(ii)VH，其包含SEQ ID NO:806的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:816的氨基酸序列；
(iii)重链，其包含SEQ ID NO:808的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:818的氨基酸序列；
(iv)VH，其包含SEQ ID NO:801的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:820的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:803的VHCDR3氨基酸序列；以及VL，其包含SEQ ID NO:810的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:811的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:812的VLCDR3氨基酸序列；
(v)VH，其包含SEQ ID NO:822的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:826的氨基酸序列；或
(vi)重链，其包含SEQ ID NO:824的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:828的氨基酸序列。
36.如权利要求27所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是特异性结合人GITR的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)重链可变区(VH)，其包含表14或15中披露的任何抗GITR重链氨基酸序列的重链互补决定区1(VHCDR1)、VHCDR2和VHCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
轻链可变区(VL)，其包含表14或15中列出的任何抗GITR轻链氨基酸序列的轻链互补决定区1(VLCDR1)、VLCDR2和VLCDR3(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；
(ii)VH，其包含表14或15中披露的任何抗GITR重链氨基酸序列的VH(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
VL，其包含表14或15中披露的任何抗GITR轻链氨基酸序列的VL(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)；或
(iii)表14或15中披露的抗GITR重链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)，和/或
表14或15中披露的抗GITR轻链氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)。
37.如权利要求27所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是特异性结合人GITR的抗体分子，其中所述抗体分子包含：
(i)VH，其包含SEQ ID NO:909的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:911的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:913的VHCDR3氨基酸序列；以及VL，其包含SEQ ID NO:914的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:916的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:918的VLCDR3氨基酸序列；
(ii)VH，其包含SEQ ID NO:901的氨基酸序列，以及VL，其包含SEQ ID NO:902的氨基酸序列；或
(iii)重链，其包含SEQ ID NO:903的氨基酸序列，以及轻链，其包含SEQ ID NO:904的氨基酸序列。
38.如权利要求27所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是细胞因子，其中所述细胞因子包含与可溶形式的IL-15受体α(IL-15Ra)复合的IL-15，并且其中IL-15和IL-15Ra包含表16中披露的氨基酸序列(或与其具有至少约85％、90％、95％、99％或更大同一性的序列，和/或具有一个、两个、三个或更多个取代、插入或缺失，例如保守取代的序列)。
39.如权利要求27所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是细胞因子，其中所述细胞因子包含与可溶形式的IL-15受体α(IL-15Ra)复合的IL-15，并且其中IL-15包含SEQ ID NO:922的氨基酸序列，并且可溶形式的IL-15Ra包含SEQ ID NO:923的氨基酸序列。
40.如权利要求1-25中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂，其中所述第二治疗剂选自IL-6抑制剂(例如，司妥昔单抗)、IL-6受体(IL-6R)抑制剂(例如，托珠单抗)、巴多昔芬、sgp130阻滞剂、血管活性药物、类固醇(例如，皮质类固醇)、免疫抑制剂、组胺H2受体拮抗剂、止痛剂(例如，对乙酰氨基酚)、退热剂或机械通气。
41.如权利要求1-21中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述HER2阳性癌症选自胃癌、食管癌、胃食管交界处腺癌、结肠癌、直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、子宫癌、子宫内膜癌、膀胱癌、尿道癌、胰腺癌、肺癌、前列腺癌、骨肉瘤、成神经细胞瘤、胶质母细胞瘤或头颈癌。
42.如任一项前述权利要求所述的方法、使用的组合物或用途，其中将所述缀合物和所述第二治疗剂同时或按顺序施用。
43.如任一项前述权利要求所述的方法、使用的组合物或用途，其中将所述缀合物静脉内地、瘤内地或皮下地施用于所述受试者。
44.如任一项前述权利要求所述的方法、使用的组合物或用途，其中将所述缀合物按约0.03-6mg/kg体重的剂量施用。
45.如任一项前述权利要求所述的方法、使用的组合物或用途，其中将所述缀合物按约0.7-1.4mg/kg体重的剂量施用。
46.如任一项前述权利要求所述的方法、使用的组合物或用途，其中将所述第二治疗剂静脉内地、瘤内地或皮下地施用于所述受试者。
47.如权利要求1-29和41-46中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是特异性结合人PD-1的抗体分子，其中将所述抗体分子按约50-450mg/kg体重的剂量施用。
48.如权利要求1-29和41-46中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是特异性结合人PD-1的抗体分子，其中将所述抗体分子按约100、200、300或400mg/kg体重的剂量施用。
49.如权利要求1-29和41-46中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是特异性结合人PD-1的抗体分子，其中将所述抗体分子按每三周一次或每四周一次约300mg的剂量施用。
50.如权利要求1-29和41-46中任一项所述的方法、使用的组合物或用途，其中所述第二治疗剂是特异性结合人PD-1的抗体分子，其中将所述抗体分子按每三周一次或每四周一次约400mg的剂量施用。
51.如任一项前述权利要求所述的方法、使用的组合物或用途，其中将所述缀合物和所述第二治疗剂与第三治疗剂组合，其中所述第三治疗剂选自化学疗法、靶向抗癌疗法、溶瘤细胞药、细胞毒性剂、基于免疫的疗法、细胞因子、共抑制分子的抑制剂、共刺激分子的激活剂、减少细胞因子释放综合征(CRS)的药剂、疫苗或细胞疗法。
52.如任一项前述权利要求所述的方法、使用的组合物或用途，其中将所述缀合物按约0.1-4mg/kg体重的剂量施用。
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