CN110272981A - 一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法 - Google Patents
一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法 Download PDFInfo
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Abstract
本发明涉及一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法,包括链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针、探针与靶标miRNAs结合、端粒酶扩增和检测。本发明设计发夹结构探针,以识别靶标miRNAs后露出的引起序列,诱发端粒酶扩增进一步放大信号,并通过磁分离进行miRNAs可视化检测。分离方法便捷,所用材料部分已商品化,生物安全性高。检测过程不需借助专业仪器,反应仅需水浴锅进行,适应基层医疗检测需求。本发明成本低廉、检测灵敏、特异性高且可视化。
Description
技术领域
本发明涉及一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法,一种micro RNAs(miRNAs)含量的检测方法,具体涉及一种以前列腺癌标志物miRNAs为靶标,设计与之互补的发夹结构识别探针,与靶标识别后暴露末端端粒酶识别引物。利用端粒酶识别引物并进行核酸扩增,得到富含鸟嘌呤(G)的重复产物,与血晶素结合后进行可视化检测的方法。本发明属于分子生物检测领域。
背景技术
前列腺癌是一种在全球范围内男性高发的生殖系统恶性肿瘤。2017年,美国新报道发病161360例,死亡26730例。伴随生存环境的变迁,前列腺癌在中国呈现爆发式增长,对男性健康的威胁与日俱增。目前临床通常采用前列腺特异抗原(PSA)对潜在前列腺癌患者进行筛查,并采用影像学分析和穿刺活检对患者进行确诊。然而PSA筛查的检测灵敏度和特异性存在较大问题,假阳性率过高,导致部分病人进行非必要的活检和过度治疗,从而承受巨大的痛苦。并且早期前列腺癌治愈率较高,因此寻找新的标志物及检测方法,实现前列腺癌的早期诊断和及时治疗,对延长患者生存期具有重要价值。
RNA包含了疾病病理学特征和发展过程中重要的信息,可以作为研究癌症发病机制、识别感染及其耐药性的重要生物标志物。其中,microRNAs(miRNAs)是一类小的高度保守的内源性非编码RNAs,其长度通常在20~25nt,通过与目标mRNA 3,端的非编码区互补结合调控靶基因的表达。每一种miRNA可以调控多种靶基因,而每一种mRNA又可以与不同的miRNAs结合,因此60%的编码基因被占据人基因组的1%的miRNAs进行调控。MiRNAs参与调控一系列的细胞功能,如细胞增殖、分化和死亡等。同时miRNAs通过致癌和抑癌的双向功能参与多种实体瘤的细胞通路,因此miRNAs可以作为疾病早期诊断、预后和治疗的极佳的生物标志物。
传统的miRNAs检测方法主要有:(1)电化学法:中国发明专利:一种检测miRNA的方法,公开号:CN103698375A;(2)荧光定量PCR法:中国发明专利:一种快速miRNAs定量PCR检测试剂盒,公开号:CN201381322Y;(3)芯片法:中国发明专利:同时检测miRNAs与蛋白标记物的硅纳米线芯片及其检测方法和应用,公开号:CN102980920A;(4)微阵列法:中国发明专利:基于外周血游离核苷酸miRNAs超灵敏检测装置的试剂盒及其检测方法,公开号:CN108660216A。上述方法都具有一定局限性,比如检测灵敏度低、特异性不佳、耗时间久、样品需求量较大,检测需借助专业的仪器,操作复杂繁琐,限制了其在临床诊断方面的潜在应用。因此开发一种灵敏、快速的miRNAs检测方法具有较高的研究意义和应用价值。
发明内容
针对现有检测的需求,本发明目的在于提供一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法。
本发明目的通过下述技术方案实现:一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法,包括链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的发夹结构的探针,探针与靶标miRNAs结合、端粒酶扩增和检测,探针包含与靶标miRNAs的互补序列和与端粒酶识别引物序列,发夹结构的探针识别靶标miRNAs后露出的引起序列,诱发端粒酶扩增进一步放大信号,并通过磁分离进行miRNAs可视化检测,包括以下步骤:
(1)链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针:
取10 μL 100 μM生物素修饰的探针序列,包括Seq.No.3 DNA3、Seq.No.4 DNA4、Seq.No.6 DNA 6、Seq.No.7 DNA 7、Seq.No.9 DNA 9、Seq.No.10 DNA 10、Seq.No.12 DNA12、Seq.No.13 DNA 13、Seq.No.15 DNA 15、Seq.No.16 DNA 16中的一种或二种以上,于90℃孵育5 min,缓慢降至室温,使探针序列形成发夹结构,记为hairpin-DNA;取100 μL链霉亲和素修饰磁珠(SA-beads)置于磁力架上,1 min后移除上清液,沉淀采用500 μL缓冲液I重悬,所述的缓冲液I为10 mM Tris-HCl,1 mM EDTA,1M NaCl,pH=7.5;10 μL 100 μM 的hairpin-DNA与 5~20 μL 100 μM 的Seq.No.1 DNA 1以摩尔比0.5:1~2:1的比例混合均匀后,与SA-beads进行充分混合,室温反应30 min;将混合液置于磁力架上,磁分离去除未结合DNA,采用10 mM PB缓冲液洗涤磁珠3次,沉淀采用100 μL 10 mM PB缓冲液重悬,即可得到磁珠连接的探针,所述PB缓冲液为1M NaCl、20mM MgCl2,pH 7.4;
(2)探针与miRNAs结合:
取10 μL步骤(1)合成的磁珠连接的探针采用10 mM PB缓冲液稀释10倍,加入0-100 nM靶标miRNAs,包括核酸序列表中Seq.No.2 RNA 2、Seq.No.5 RNA 5、Seq.No.8 RNA 8、Seq.No.11 RNA 11或Seq.No.14 RNA 14的溶液,混合均匀后于45℃杂交反应30 min;将混合液置于磁力架上,磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液I洗涤三次,去除未捕获的miRNAs,所述的PBS缓冲液I为10 mM Na2HPO4、2 mM KH2PO4、137 mM NaCl、2.7 mM KCl,pH值7.4;沉淀采用100 μL端粒酶延伸缓冲液(Te缓冲液)重悬,得到包含识别引物的混合液,所述的Te缓冲液为:20 mM Tris-HCl,1.5 mM Mg Cl2,63 mM K Cl,0.005%(v/v)Tween-20, 1mM EGTA;
(3)端粒酶扩增:
100 μL步骤(2)得到的包含识别引物的混合液中加入20 μL端粒酶提取物和1 mM 的dNTPs,混合均匀后,于30℃反应1 hr后,采用磁分离去除上清液,采用10 mM PBS缓冲液II洗涤三次,沉淀采用 100 μL PBS缓冲液II重旋,得到混合液,所述的缓冲液II为10 mM Na2 HPO4、2 mM K H2PO4、137 mM Na Cl和50 mM KCl;端粒酶与识别引物结合后,以自身RNA的模板区为模板,在dNTP存在的条件下,在引物末端添加6个碱基的重复序列(AGGGTT);
(4)检测:
1 μL 20 μM的氯化血红素(hemin,或称:血晶素)溶液加入100 μL步骤(3)得到的混合液,混合均匀后室温孵育10 min后,加入1 μL 40 mM过氧化氢(H2O2)和50 μL 2 mM 2 ,2-联氮-二(3-乙基-苯并噻唑-6-磺酸)二铵盐(ABTS),混合均匀后,根据靶标浓度的不同,观测溶液颜色变化,采用紫外分光光度计记录405 nm处吸光度的变化。
所述的探针序列其5’末端修饰生物素,探针从5’端到3’端主要包含茎结合区、靶标miRNAs互补序列和端粒酶识别引物序列,端粒酶序列区域可与茎接合区互补,使探针形成发夹结构。
探针在与miRNAs充分结合后,打开探针的茎环结构,露出3,端端粒酶识别引物,再加入端粒酶后,端粒酶与暴露的引物序列结合,在存在dNTP时,可以在引物末端形成重复的富含鸟嘌呤的序列。
进一步地,采用磁分离去除多余的酶与dNTP,加入血晶素,形成具有过氧化物酶活性的复合物,催化2,2'-联氮-双-3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸(ABTS)显色,即可对miRNAs的含量进行可视化测定。
所述的靶标miRNAs为前列腺癌特异miRNAs序列,优选的为miR-708-3p、mir-141、mir-21、Let-7c、miR-1,即为核酸序列表中Seq No.2 RNA 2、Seq No.5 RNA 5、Seq No.8RNA 8、Seq No.11 RNA 11和Seq No.14 RNA 14。
在上述方案基础上,所述的端粒酶识别序列末端为TGTT或AGTT。
本发明中,所述的端粒酶提取方法为1994年12月23日发表在Science第26卷第5193期第2011-2015页题为Specific association of human telomerase activity withimmortal cells and cancer的论文中第2014页所记载的端粒酶提取方法。
本发明方法通过控制反应条件,在磁珠表面修饰识别靶标miRNAs的探针,探针包括靶标miRNAs的互补序列及端粒酶识别序列,探针与靶标结合后,暴露探针末端端粒酶识别序列,端粒酶(telomerase)与识别引物结合后,以自身RNA的模板区为模板,在dNTP存在的条件下,在引物末端添加6个碱基的重复序列(AGGGTT),该序列可以与血晶素结合,形成具有类过氧化物酶活性的复合物,采用化学发光的方式对miRNAs含量进行高选择性、高灵敏度、简便快速的定量分析。
本发明的优点在于:
(1)本发明设计发夹结构探针,以识别靶标miRNAs后露出的引起序列,诱发端粒酶扩增进一步放大信号,并通过磁分离进行miRNAs可视化检测。分离方法便捷,所用材料部分已商品化,生物安全性高。
(2)本发明的检测过程不需借助专业仪器,反应仅需水浴锅进行,适应基层医疗检测需求。
(3)本发明成本低廉、检测灵敏、特异性高且可视化。可以很好的对实际样品中的微量miRNAs进行分析,适用于临床检测需求。
具体实施方式
以下通过具体的实施例对本发明的技术方案作进一步描述。以下的实施例是对本发明的进一步说明,而不限制本发明的范围。
实施例1
1.链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针:
取10 μL 100 μM 生物素修饰的探针序列(即核酸序列表中DNA 3或DNA 4序列)于90℃孵育5 min,缓慢降至室温,使探针序列形成发夹结构,记为hairpin-DNA。取100 μL链霉亲和素修饰磁珠(SA-beads)置于磁力架上,1 min后移除上清液,沉淀采用500 μL缓冲液I(10mM Tris-HCl,1 mM EDTA,1M Na Cl,pH=7.5)重悬。10 μL 100 μM 的hairpin-DNA与10 μL100 μM 的DNA 1以摩尔比1:1的比例混合均匀后,与SA-beads进行充分混合,室温反应30min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除未结合DNA,采用10 mM PB缓冲液(1M Na Cl,20mM Mg Cl2,pH 7.4)洗涤磁珠3次,沉淀采用100 μL 10 mM PB缓冲液重悬,即可得到磁珠连接的探针。
2. 探针与miRNAs结合:
取10 μL步骤1合成的探针采用10 mM PB缓冲液稀释10倍,加入10 nM 靶标miRNAs(即核酸序列表中RNA 2序列)溶液,混合均匀后于45℃杂交反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液I(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM NaCl,2.7 mM K Cl,pH 7.4)洗涤三次,去除未捕获的miRNAs,沉淀采用100 μL端粒酶延伸缓冲液(Te缓冲液:20 mM Tris-H Cl,1.5 mM Mg Cl2,63 mM K Cl,0.005%(v/v)Tween-20, 1mM EGTA)重悬。
3. 端粒酶扩增:
100 μL步骤2得到的混合液中加入20 μL端粒酶提取物和1 mM 的dNTPs,混合均匀后,于30℃反应1 hr。上述混合液采用磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液II(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,50 mM K Cl)洗涤三次,沉淀采用 100 μL PBS缓冲液II重旋。
4. 检测:
1 μL 20 μM的hemin溶液加入100 μL步骤3得到的混合液,混合均匀后室温孵育10min。在上述混合液中加入1 μL 40 mM过氧化氢(H2O2)和50 μL 2 mM ABTS,混合均匀后,溶液颜色由无色变为很深的蓝绿色,采用紫外分光光度计记录405 nm处吸光度的变化。
实施例2
1. 链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针:
取10 μL 100 μM 生物素修饰的探针序列(即核酸序列表中DNA 6或DNA 7序列)于90℃孵育5 min,缓慢降至室温,使探针序列形成发夹结构,记为hairpin-DNA。取100 μL链霉亲和素修饰磁珠(SA-beads)置于磁力架上,1 min后移除上清液,沉淀采用500 μL缓冲液I(10mM Tris-HCl,1 mM EDTA,1M Na Cl,pH=7.5)重悬。10 μL 100 μM 的hairpin-DNA与 20 μL100 μM 的DNA 1以摩尔比0.5:1的比例混合均匀后,与SA-beads进行充分混合,室温反应30min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除未结合DNA,采用10 mM PB缓冲液(1M Na Cl,20mM Mg Cl2,pH 7.4)洗涤磁珠3次,沉淀采用100 μL 10 mM PB缓冲液重悬,即可得到磁珠连接的探针。
2.探针与miRNAs结合:
取10 μL步骤1合成的探针采用10 mM PB缓冲液稀释10倍,加入1 nM 靶标miRNAs(即核酸序列表中RNA 5序列)溶液,混合均匀后于45℃杂交反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液I(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,2.7 mM K Cl,pH 7.4)洗涤三次,去除未捕获的miRNAs,沉淀采用100 μL端粒酶延伸缓冲液(Te缓冲液:20 mM Tris-H Cl,1.5 mM Mg Cl2,63 mM K Cl,0.005%(v/v)Tween-20, 1 mMEGTA)重悬。
3. 端粒酶扩增:
100 μL步骤2得到的混合液中加入20 μL端粒酶提取物和1 mM 的dNTPs,混合均匀后,于30℃反应1 hr。上述混合液采用磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液II(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,50 mM K Cl)洗涤三次,沉淀采用 100 μL PBS缓冲液II重旋。
4. 检测:
1 μL 20 μM的hemin溶液加入100 μL步骤3得到的混合液,混合均匀后室温孵育10min。在上述混合液中加入1 μL 40 mM过氧化氢(H2O2)和50 μL 2 mM ABTS,混合均匀后,溶液颜色由无色变为深蓝绿色,采用紫外分光光度计记录405 nm处吸光度的变化。
实施例 3
1.链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针:
取10 μL 100 μM 生物素修饰的探针序列(DNA 9或DNA 10)于90℃孵育5 min,缓慢降至室温,使探针序列形成发夹结构,记为hairpin-DNA。取100 μL链霉亲和素修饰磁珠(SA-beads)置于磁力架上,1 min后移除上清液,沉淀采用500 μL缓冲液I(10 mM Tris-HCl,1mM EDTA,1M Na Cl,pH=7.5)重悬。10 μL 100 μM 的hairpin-DNA与 10 μL 100 μM 的DNA1以摩尔比1:1的比例混合均匀后,与SA-beads进行充分混合,室温反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除未结合DNA,采用10 mM PB缓冲液(1M Na Cl,20 mM Mg Cl2,pH7.4)洗涤磁珠3次,沉淀采用100 μL 10 mM PB缓冲液重悬,即可得到磁珠连接的探针。
2.探针与miRNAs结合:
取10 μL步骤1合成的探针采用10 mM PB缓冲液稀释10倍,加入100 pM 靶标miRNAs(即核酸序列表中RNA 8序列)溶液,混合均匀后于45℃杂交反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除上清,采用10 mM PBS(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,2.7 mMK Cl,pH 7.4)洗涤三次,去除未捕获的miRNAs,沉淀采用100 μL端粒酶延伸缓冲液(Te缓冲液:20 mM Tris-H Cl,1.5 mM Mg Cl2,63 mM K Cl,0.005%(v/v)Tween-20, 1 mM EGTA)重悬。
3. 端粒酶扩增:
100 μL步骤2得到的混合液中加入20 μL端粒酶提取物和1 mM 的dNTPs,混合均匀后,于30℃反应1 hr。上述混合液采用磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液II(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,50 mM K Cl)洗涤三次,沉淀采用 100 μL PBS缓冲液II重旋。
4. 检测:
1 μL 20 μM的hemin溶液加入100 μL步骤3得到的混合液,混合均匀后室温孵育10min。在上述混合液中加入1 μL 40 mM过氧化氢(H2O2)和50 μL 2 mM ABTS,混合均匀后,溶液颜色由无色变为浅蓝绿色,采用紫外分光光度计记录405 nm处吸光度的变化。
实施例4
1. 链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针:
取10 μL 100 μM 生物素修饰的探针序列(即核酸序列表中DNA 12或DNA 13序列)于90℃孵育5 min,缓慢降至室温,使探针序列形成发夹结构,记为hairpin-DNA。取100 μL链霉亲和素修饰磁珠(SA-beads)置于磁力架上,1 min后移除上清液,沉淀采用500 μL缓冲液I(10 mM Tris-HCl,1 mM EDTA,1M Na Cl,pH=7.5)重悬。10 μL 100 μM 的hairpin-DNA与10μL 100 μM 的DNA 1以摩尔比1:1的比例混合均匀后,与SA-beads进行充分混合,室温反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除未结合DNA,采用10 mM PB缓冲液(1M Na Cl,20 mM Mg Cl2,pH 7.4)洗涤磁珠3次,沉淀采用100 μL 10 mM PB缓冲液重悬,即可得到磁珠连接的探针。
2. 探针与miRNAs结合:
取10 μL步骤1合成的探针采用10 mM PB缓冲液稀释10倍,加入1 pM 靶标miRNAs(即核酸序列表中RNA 11序列)溶液,混合均匀后于45℃杂交反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除上清,采用10 mM PBS(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,2.7 mMK Cl,pH 7.4)洗涤三次,去除未捕获的miRNAs,沉淀采用100 μL端粒酶延伸缓冲液(Te缓冲液:20 mM Tris-H Cl,1.5 mM Mg Cl2,63 mM K Cl,0.005%(v/v)Tween-20, 1 mM EGTA)重悬。
3. 端粒酶扩增:
100 μL步骤2得到的混合液中加入20 μL端粒酶提取物和1 mM 的dNTPs,混合均匀后,于30℃反应1 hr。上述混合液采用磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液II(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,50 mM K Cl)洗涤三次,沉淀采用 100 μL PBS缓冲液II重旋。
4. 检测:
1 μL 20 μM的hemin溶液加入100 μL步骤3得到的混合液,混合均匀后室温孵育10min。在上述混合液中加入1 μL 40 mM过氧化氢(H2O2)和50 μL 2 mM ABTS,混合均匀后,根据靶标浓度的不同,溶液颜色由无色变为较深的绿色,采用紫外分光光度计记录405 nm处吸光度的变化。
实施例5
1.链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针:
取10 μL 100 μM 生物素修饰的探针序列(即核酸序列表中DNA 15或DNA 16序列)于90℃孵育5 min,缓慢降至室温,使探针序列形成发夹结构,记为hairpin-DNA。取100 μL链霉亲和素修饰磁珠(SA-beads)置于磁力架上,1 min后移除上清液,沉淀采用500 μL缓冲液I(10 mM Tris-HCl,1 mM EDTA,1M Na Cl,pH=7.5)重悬。10 μL 100 μM 的hairpin-DNA与5μL 100 μM 的DNA 1以摩尔比2:1的比例混合均匀后,与SA-beads进行充分混合,室温反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除未结合DNA,采用10 mM PB缓冲液(1M Na Cl,20 mM Mg Cl2,pH 7.4)洗涤磁珠3次,沉淀采用100 μL 10 mM PB缓冲液重悬,即可得到磁珠连接的探针。
2. 探针与miRNAs结合:
取10 μL步骤1合成的探针采用10 mM PB缓冲液稀释10倍,加入100 aM 靶标miRNAs(即核酸序列表中RNA 14序列)溶液,混合均匀后于45℃杂交反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除上清,采用10 mM PBS(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,2.7 mMK Cl,pH 7.4)洗涤三次,去除未捕获的miRNAs,沉淀采用100 μL端粒酶延伸缓冲液(Te缓冲液:20 mM Tris-H Cl,1.5 mM Mg Cl2,63 mM K Cl,0.005%(v/v)Tween-20, 1 mM EGTA)重悬。
3. 端粒酶扩增:
100 μL步骤2得到的混合液中加入20 μL端粒酶提取物和1 mM 的dNTPs,混合均匀后,于30℃反应1 hr。上述混合液采用磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液II(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,50 mM K Cl)洗涤三次,沉淀采用 100 μL PBS缓冲液II重旋。
4. 检测:
1 μL 20 μM的hemin溶液加入100 μL步骤3得到的混合液,混合均匀后室温孵育10min。在上述混合液中加入1 μL 40 mM过氧化氢(H2O2)和50 μL 2 mM ABTS,混合均匀后,根据靶标浓度的不同,溶液颜色由无色变为较浅的绿色,可与对照组直接区分,采用紫外分光光度计记录405 nm处吸光度的变化。
<110> 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司
<120> 一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法
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<221>misc feature
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<223>5'端生物素修饰
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<212>RNA
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<223>5'端生物素修饰
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Claims (4)
1.一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法,其特征在于,包括链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的发夹结构的探针,探针与靶标miRNAs结合、端粒酶扩增和检测,探针包含与靶标miRNAs的互补序列和与端粒酶识别引物序列,发夹结构的探针识别靶标miRNAs后露出的引起序列,诱发端粒酶扩增进一步放大信号,并通过磁分离进行miRNAs可视化检测,包括以下步骤:
1、包括以下步骤:
(1)链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针:
取10 μL 100 μM生物素修饰的探针序列,包括Seq.No.3 DNA3、Seq.No.4 DNA4、Seq.No.6 DNA 6、Seq.No.7 DNA 7、Seq.No.9 DNA 9、Seq.No.10 DNA 10、Seq.No.12 DNA12、Seq.No.13 DNA 13、Seq.No.15 DNA 15、Seq.No.16 DNA 16中的一种或二种以上,于90℃孵育5 min,缓慢降至室温,使探针序列形成发夹结构,记为hairpin-DNA;取100 μL链霉亲和素修饰磁珠(SA-beads)置于磁力架上,1 min后移除上清液,沉淀采用500 μL缓冲液I重悬,所述的缓冲液I为10 mM Tris-HCl,1 mM EDTA,1M Na Cl,pH=7.5;10 μL 100 μM 的hairpin-DNA与 5~20 μL 100 μM 的Seq.No.1 DNA 1以摩尔比0.5:1~2:1的比例混合均匀后,与SA-beads进行充分混合,室温反应30 min;将混合液置于磁力架上,磁分离去除未结合DNA,采用10 mM PB缓冲液洗涤磁珠3次,沉淀采用100 μL 10 mM PB缓冲液重悬,即可得到磁珠连接的探针,所述PB缓冲液为1M Na Cl、20mM Mg Cl2,pH 7.4;
(2)探针与miRNAs结合:
取10 μL步骤(1)合成的磁珠连接的探针采用10 mM PB缓冲液稀释10倍,加入0-100 nM靶标miRNAs,包括Seq.No.2 RNA 2、Seq.No.5 RNA 5、Seq.No.8 RNA 8、Seq.No.11 RNA 11或Seq.No.14 RNA 14的溶液,混合均匀后于45℃杂交反应30 min;将混合液置于磁力架上,磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液I洗涤三次,去除未捕获的miRNAs,所述的PBS缓冲液I为10 mM Na2 HPO4、2 mM K H2PO4、137 mM Na Cl、2.7 mM K Cl,pH 7.4;沉淀采用100 μL端粒酶延伸缓冲液(Te缓冲液)重悬,得到混合液,所述的Te缓冲液为:20 mM Tris-H Cl,1.5 mM Mg Cl2,63 mM K Cl,0.005%(v/v)Tween-20, 1 mM EGTA;
(3)端粒酶扩增:
100 μL步骤(2)得到的混合液中加入20 μL端粒酶提取物和1 mM 的dNTPs,混合均匀后,于30℃反应1 hr后,采用磁分离去除上清液,采用10 mM PBS缓冲液II洗涤三次,沉淀采用 100 μL PBS缓冲液II重旋,得到混合液,所述的缓冲液II为10 mM Na2 HPO4、2 mM KH2PO4、137 mM Na Cl和50 mM KCl;
(4)检测:
1 μL 20 μM的氯化血红素(hemin或称血晶素)溶液加入100 μL步骤(3)得到的混合液,混合均匀后室温孵育10 min后,加入1 μL 40 mM过氧化氢(H2O2)和50 μL 2 mM 2 ,2-联氮-二(3-乙基-苯并噻唑-6-磺酸)二铵盐(ABTS),混合均匀后,根据靶标浓度的不同,观测溶液颜色变化,采用紫外分光光度计记录405 nm处吸光度的变化。
2.根据权利要求1所述基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法,其特征在于,所述的探针序列其5’末端修饰生物素,探针从5’端到3’端主要包含茎结合区、靶标miRNAs互补序列和端粒酶识别引物序列,端粒酶序列区域可与茎接合区互补,使探针形成发夹结构。
3.根据权利要求1或2所述基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法,其特征在于所述的靶标miRNAs为前列腺癌特异miRNAs序列,包括miR-708-3p、mir-141、mir-21、Let-7c、miR-1。
4.根据权利要求1或2所述基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法,其特征在于所述的端粒酶识别序列末端为TGTT或AGTT。
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Cited By (1)
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---|---|---|---|---|
CN113755439A (zh) * | 2021-08-16 | 2021-12-07 | 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 | 一种基于端粒酶扩增的外泌体膜蛋白检测方法 |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101705277A (zh) * | 2009-11-13 | 2010-05-12 | 南开大学 | 一类用于端粒酶活性检测的引物 |
US20160130653A1 (en) * | 2014-11-11 | 2016-05-12 | National Taiwan University | Polynucleotide probe, method for detecting a target nucleic acid by using the same and kit comprising the same |
CN107012158A (zh) * | 2017-03-28 | 2017-08-04 | 东南大学 | 一种端粒酶启动基因表达方法及其应用 |
CN107764803A (zh) * | 2017-09-21 | 2018-03-06 | 中山大学 | 一种运用电化学发光成像识别技术的生物标志物检测方法 |
CN108660216A (zh) * | 2018-05-16 | 2018-10-16 | 中国人民解放军陆军军医大学第附属医院 | 基于外周血游离核苷酸miRNAs超灵敏检测装置的试剂盒及其检测方法 |
CN109486914A (zh) * | 2018-12-26 | 2019-03-19 | 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 | 一种核酸可视化检测方法 |
-
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Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101705277A (zh) * | 2009-11-13 | 2010-05-12 | 南开大学 | 一类用于端粒酶活性检测的引物 |
US20160130653A1 (en) * | 2014-11-11 | 2016-05-12 | National Taiwan University | Polynucleotide probe, method for detecting a target nucleic acid by using the same and kit comprising the same |
CN107012158A (zh) * | 2017-03-28 | 2017-08-04 | 东南大学 | 一种端粒酶启动基因表达方法及其应用 |
CN107764803A (zh) * | 2017-09-21 | 2018-03-06 | 中山大学 | 一种运用电化学发光成像识别技术的生物标志物检测方法 |
CN108660216A (zh) * | 2018-05-16 | 2018-10-16 | 中国人民解放军陆军军医大学第附属医院 | 基于外周血游离核苷酸miRNAs超灵敏检测装置的试剂盒及其检测方法 |
CN109486914A (zh) * | 2018-12-26 | 2019-03-19 | 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 | 一种核酸可视化检测方法 |
Non-Patent Citations (5)
Title |
---|
BIN WANG等: "Target-assisted FRET signal amplification for ultrasensitive detection of microRNA", ANALYST, pages 1 * |
WANG H等: "Direct and sensitive miRNA profiling from low-input total RNA", 《RNA》 * |
WANG H等: "Direct and sensitive miRNA profiling from low-input total RNA", 《RNA》, vol. 13, no. 1, 31 January 2007 (2007-01-31), pages 2, XP002421740, DOI: 10.1261/rna.234507 * |
俞蓓等: "DNA发夹结构自组装信号放大策略应用的研究进展", 《分析测试学报》 * |
俞蓓等: "DNA发夹结构自组装信号放大策略应用的研究进展", 《分析测试学报》, vol. 37, no. 12, 19 December 2018 (2018-12-19), pages 1514 - 1520 * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN113755439A (zh) * | 2021-08-16 | 2021-12-07 | 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 | 一种基于端粒酶扩增的外泌体膜蛋白检测方法 |
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