CN110272981A - 一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法 - Google Patents

一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法 Download PDF

Info

Publication number
CN110272981A
CN110272981A CN201910642274.3A CN201910642274A CN110272981A CN 110272981 A CN110272981 A CN 110272981A CN 201910642274 A CN201910642274 A CN 201910642274A CN 110272981 A CN110272981 A CN 110272981A
Authority
CN
China
Prior art keywords
mirnas
probe
dna
seq
sequence
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201910642274.3A
Other languages
English (en)
Inventor
徐艳
陈玮嘉
张兆坤
朱君
王萍
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shanghai National Engineering Research Center for Nanotechnology Co Ltd
Original Assignee
Shanghai National Engineering Research Center for Nanotechnology Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shanghai National Engineering Research Center for Nanotechnology Co Ltd filed Critical Shanghai National Engineering Research Center for Nanotechnology Co Ltd
Priority to CN201910642274.3A priority Critical patent/CN110272981A/zh
Publication of CN110272981A publication Critical patent/CN110272981A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813Hybridisation assays
    • C12Q1/6816Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/682Signal amplification

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法,包括链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针、探针与靶标miRNAs结合、端粒酶扩增和检测。本发明设计发夹结构探针,以识别靶标miRNAs后露出的引起序列,诱发端粒酶扩增进一步放大信号,并通过磁分离进行miRNAs可视化检测。分离方法便捷,所用材料部分已商品化,生物安全性高。检测过程不需借助专业仪器,反应仅需水浴锅进行,适应基层医疗检测需求。本发明成本低廉、检测灵敏、特异性高且可视化。

Description

一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法
技术领域
本发明涉及一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法,一种micro RNAs(miRNAs)含量的检测方法,具体涉及一种以前列腺癌标志物miRNAs为靶标,设计与之互补的发夹结构识别探针,与靶标识别后暴露末端端粒酶识别引物。利用端粒酶识别引物并进行核酸扩增,得到富含鸟嘌呤(G)的重复产物,与血晶素结合后进行可视化检测的方法。本发明属于分子生物检测领域。
背景技术
前列腺癌是一种在全球范围内男性高发的生殖系统恶性肿瘤。2017年,美国新报道发病161360例,死亡26730例。伴随生存环境的变迁,前列腺癌在中国呈现爆发式增长,对男性健康的威胁与日俱增。目前临床通常采用前列腺特异抗原(PSA)对潜在前列腺癌患者进行筛查,并采用影像学分析和穿刺活检对患者进行确诊。然而PSA筛查的检测灵敏度和特异性存在较大问题,假阳性率过高,导致部分病人进行非必要的活检和过度治疗,从而承受巨大的痛苦。并且早期前列腺癌治愈率较高,因此寻找新的标志物及检测方法,实现前列腺癌的早期诊断和及时治疗,对延长患者生存期具有重要价值。
RNA包含了疾病病理学特征和发展过程中重要的信息,可以作为研究癌症发病机制、识别感染及其耐药性的重要生物标志物。其中,microRNAs(miRNAs)是一类小的高度保守的内源性非编码RNAs,其长度通常在20~25nt,通过与目标mRNA 3端的非编码区互补结合调控靶基因的表达。每一种miRNA可以调控多种靶基因,而每一种mRNA又可以与不同的miRNAs结合,因此60%的编码基因被占据人基因组的1%的miRNAs进行调控。MiRNAs参与调控一系列的细胞功能,如细胞增殖、分化和死亡等。同时miRNAs通过致癌和抑癌的双向功能参与多种实体瘤的细胞通路,因此miRNAs可以作为疾病早期诊断、预后和治疗的极佳的生物标志物。
传统的miRNAs检测方法主要有:(1)电化学法:中国发明专利:一种检测miRNA的方法,公开号:CN103698375A;(2)荧光定量PCR法:中国发明专利:一种快速miRNAs定量PCR检测试剂盒,公开号:CN201381322Y;(3)芯片法:中国发明专利:同时检测miRNAs与蛋白标记物的硅纳米线芯片及其检测方法和应用,公开号:CN102980920A;(4)微阵列法:中国发明专利:基于外周血游离核苷酸miRNAs超灵敏检测装置的试剂盒及其检测方法,公开号:CN108660216A。上述方法都具有一定局限性,比如检测灵敏度低、特异性不佳、耗时间久、样品需求量较大,检测需借助专业的仪器,操作复杂繁琐,限制了其在临床诊断方面的潜在应用。因此开发一种灵敏、快速的miRNAs检测方法具有较高的研究意义和应用价值。
发明内容
针对现有检测的需求,本发明目的在于提供一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法。
本发明目的通过下述技术方案实现:一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法,包括链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的发夹结构的探针,探针与靶标miRNAs结合、端粒酶扩增和检测,探针包含与靶标miRNAs的互补序列和与端粒酶识别引物序列,发夹结构的探针识别靶标miRNAs后露出的引起序列,诱发端粒酶扩增进一步放大信号,并通过磁分离进行miRNAs可视化检测,包括以下步骤:
(1)链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针:
取10 μL 100 μM生物素修饰的探针序列,包括Seq.No.3 DNA3、Seq.No.4 DNA4、Seq.No.6 DNA 6、Seq.No.7 DNA 7、Seq.No.9 DNA 9、Seq.No.10 DNA 10、Seq.No.12 DNA12、Seq.No.13 DNA 13、Seq.No.15 DNA 15、Seq.No.16 DNA 16中的一种或二种以上,于90℃孵育5 min,缓慢降至室温,使探针序列形成发夹结构,记为hairpin-DNA;取100 μL链霉亲和素修饰磁珠(SA-beads)置于磁力架上,1 min后移除上清液,沉淀采用500 μL缓冲液I重悬,所述的缓冲液I为10 mM Tris-HCl,1 mM EDTA,1M NaCl,pH=7.5;10 μL 100 μM 的hairpin-DNA与 5~20 μL 100 μM 的Seq.No.1 DNA 1以摩尔比0.5:1~2:1的比例混合均匀后,与SA-beads进行充分混合,室温反应30 min;将混合液置于磁力架上,磁分离去除未结合DNA,采用10 mM PB缓冲液洗涤磁珠3次,沉淀采用100 μL 10 mM PB缓冲液重悬,即可得到磁珠连接的探针,所述PB缓冲液为1M NaCl、20mM MgCl2,pH 7.4;
(2)探针与miRNAs结合:
取10 μL步骤(1)合成的磁珠连接的探针采用10 mM PB缓冲液稀释10倍,加入0-100 nM靶标miRNAs,包括核酸序列表中Seq.No.2 RNA 2、Seq.No.5 RNA 5、Seq.No.8 RNA 8、Seq.No.11 RNA 11或Seq.No.14 RNA 14的溶液,混合均匀后于45℃杂交反应30 min;将混合液置于磁力架上,磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液I洗涤三次,去除未捕获的miRNAs,所述的PBS缓冲液I为10 mM Na2HPO4、2 mM KH2PO4、137 mM NaCl、2.7 mM KCl,pH值7.4;沉淀采用100 μL端粒酶延伸缓冲液(Te缓冲液)重悬,得到包含识别引物的混合液,所述的Te缓冲液为:20 mM Tris-HCl,1.5 mM Mg Cl2,63 mM K Cl,0.005%(v/v)Tween-20, 1mM EGTA;
(3)端粒酶扩增:
100 μL步骤(2)得到的包含识别引物的混合液中加入20 μL端粒酶提取物和1 mM 的dNTPs,混合均匀后,于30℃反应1 hr后,采用磁分离去除上清液,采用10 mM PBS缓冲液II洗涤三次,沉淀采用 100 μL PBS缓冲液II重旋,得到混合液,所述的缓冲液II为10 mM Na2 HPO4、2 mM K H2PO4、137 mM Na Cl和50 mM KCl;端粒酶与识别引物结合后,以自身RNA的模板区为模板,在dNTP存在的条件下,在引物末端添加6个碱基的重复序列(AGGGTT);
(4)检测:
1 μL 20 μM的氯化血红素(hemin,或称:血晶素)溶液加入100 μL步骤(3)得到的混合液,混合均匀后室温孵育10 min后,加入1 μL 40 mM过氧化氢(H2O2)和50 μL 2 mM 2 ,2-联氮-二(3-乙基-苯并噻唑-6-磺酸)二铵盐(ABTS),混合均匀后,根据靶标浓度的不同,观测溶液颜色变化,采用紫外分光光度计记录405 nm处吸光度的变化。
所述的探针序列其5’末端修饰生物素,探针从5’端到3’端主要包含茎结合区、靶标miRNAs互补序列和端粒酶识别引物序列,端粒酶序列区域可与茎接合区互补,使探针形成发夹结构。
探针在与miRNAs充分结合后,打开探针的茎环结构,露出3端端粒酶识别引物,再加入端粒酶后,端粒酶与暴露的引物序列结合,在存在dNTP时,可以在引物末端形成重复的富含鸟嘌呤的序列。
进一步地,采用磁分离去除多余的酶与dNTP,加入血晶素,形成具有过氧化物酶活性的复合物,催化2,2'-联氮-双-3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸(ABTS)显色,即可对miRNAs的含量进行可视化测定。
所述的靶标miRNAs为前列腺癌特异miRNAs序列,优选的为miR-708-3p、mir-141、mir-21、Let-7c、miR-1,即为核酸序列表中Seq No.2 RNA 2、Seq No.5 RNA 5、Seq No.8RNA 8、Seq No.11 RNA 11和Seq No.14 RNA 14。
在上述方案基础上,所述的端粒酶识别序列末端为TGTT或AGTT。
本发明中,所述的端粒酶提取方法为1994年12月23日发表在Science第26卷第5193期第2011-2015页题为Specific association of human telomerase activity withimmortal cells and cancer的论文中第2014页所记载的端粒酶提取方法。
本发明方法通过控制反应条件,在磁珠表面修饰识别靶标miRNAs的探针,探针包括靶标miRNAs的互补序列及端粒酶识别序列,探针与靶标结合后,暴露探针末端端粒酶识别序列,端粒酶(telomerase)与识别引物结合后,以自身RNA的模板区为模板,在dNTP存在的条件下,在引物末端添加6个碱基的重复序列(AGGGTT),该序列可以与血晶素结合,形成具有类过氧化物酶活性的复合物,采用化学发光的方式对miRNAs含量进行高选择性、高灵敏度、简便快速的定量分析。
本发明的优点在于:
(1)本发明设计发夹结构探针,以识别靶标miRNAs后露出的引起序列,诱发端粒酶扩增进一步放大信号,并通过磁分离进行miRNAs可视化检测。分离方法便捷,所用材料部分已商品化,生物安全性高。
(2)本发明的检测过程不需借助专业仪器,反应仅需水浴锅进行,适应基层医疗检测需求。
(3)本发明成本低廉、检测灵敏、特异性高且可视化。可以很好的对实际样品中的微量miRNAs进行分析,适用于临床检测需求。
具体实施方式
以下通过具体的实施例对本发明的技术方案作进一步描述。以下的实施例是对本发明的进一步说明,而不限制本发明的范围。
实施例1
1.链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针:
取10 μL 100 μM 生物素修饰的探针序列(即核酸序列表中DNA 3或DNA 4序列)于90℃孵育5 min,缓慢降至室温,使探针序列形成发夹结构,记为hairpin-DNA。取100 μL链霉亲和素修饰磁珠(SA-beads)置于磁力架上,1 min后移除上清液,沉淀采用500 μL缓冲液I(10mM Tris-HCl,1 mM EDTA,1M Na Cl,pH=7.5)重悬。10 μL 100 μM 的hairpin-DNA与10 μL100 μM 的DNA 1以摩尔比1:1的比例混合均匀后,与SA-beads进行充分混合,室温反应30min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除未结合DNA,采用10 mM PB缓冲液(1M Na Cl,20mM Mg Cl2,pH 7.4)洗涤磁珠3次,沉淀采用100 μL 10 mM PB缓冲液重悬,即可得到磁珠连接的探针。
2. 探针与miRNAs结合:
取10 μL步骤1合成的探针采用10 mM PB缓冲液稀释10倍,加入10 nM 靶标miRNAs(即核酸序列表中RNA 2序列)溶液,混合均匀后于45℃杂交反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液I(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM NaCl,2.7 mM K Cl,pH 7.4)洗涤三次,去除未捕获的miRNAs,沉淀采用100 μL端粒酶延伸缓冲液(Te缓冲液:20 mM Tris-H Cl,1.5 mM Mg Cl2,63 mM K Cl,0.005%(v/v)Tween-20, 1mM EGTA)重悬。
3. 端粒酶扩增:
100 μL步骤2得到的混合液中加入20 μL端粒酶提取物和1 mM 的dNTPs,混合均匀后,于30℃反应1 hr。上述混合液采用磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液II(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,50 mM K Cl)洗涤三次,沉淀采用 100 μL PBS缓冲液II重旋。
4. 检测:
1 μL 20 μM的hemin溶液加入100 μL步骤3得到的混合液,混合均匀后室温孵育10min。在上述混合液中加入1 μL 40 mM过氧化氢(H2O2)和50 μL 2 mM ABTS,混合均匀后,溶液颜色由无色变为很深的蓝绿色,采用紫外分光光度计记录405 nm处吸光度的变化。
实施例2
1. 链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针:
取10 μL 100 μM 生物素修饰的探针序列(即核酸序列表中DNA 6或DNA 7序列)于90℃孵育5 min,缓慢降至室温,使探针序列形成发夹结构,记为hairpin-DNA。取100 μL链霉亲和素修饰磁珠(SA-beads)置于磁力架上,1 min后移除上清液,沉淀采用500 μL缓冲液I(10mM Tris-HCl,1 mM EDTA,1M Na Cl,pH=7.5)重悬。10 μL 100 μM 的hairpin-DNA与 20 μL100 μM 的DNA 1以摩尔比0.5:1的比例混合均匀后,与SA-beads进行充分混合,室温反应30min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除未结合DNA,采用10 mM PB缓冲液(1M Na Cl,20mM Mg Cl2,pH 7.4)洗涤磁珠3次,沉淀采用100 μL 10 mM PB缓冲液重悬,即可得到磁珠连接的探针。
2.探针与miRNAs结合:
取10 μL步骤1合成的探针采用10 mM PB缓冲液稀释10倍,加入1 nM 靶标miRNAs(即核酸序列表中RNA 5序列)溶液,混合均匀后于45℃杂交反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液I(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,2.7 mM K Cl,pH 7.4)洗涤三次,去除未捕获的miRNAs,沉淀采用100 μL端粒酶延伸缓冲液(Te缓冲液:20 mM Tris-H Cl,1.5 mM Mg Cl2,63 mM K Cl,0.005%(v/v)Tween-20, 1 mMEGTA)重悬。
3. 端粒酶扩增:
100 μL步骤2得到的混合液中加入20 μL端粒酶提取物和1 mM 的dNTPs,混合均匀后,于30℃反应1 hr。上述混合液采用磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液II(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,50 mM K Cl)洗涤三次,沉淀采用 100 μL PBS缓冲液II重旋。
4. 检测:
1 μL 20 μM的hemin溶液加入100 μL步骤3得到的混合液,混合均匀后室温孵育10min。在上述混合液中加入1 μL 40 mM过氧化氢(H2O2)和50 μL 2 mM ABTS,混合均匀后,溶液颜色由无色变为深蓝绿色,采用紫外分光光度计记录405 nm处吸光度的变化。
实施例 3
1.链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针:
取10 μL 100 μM 生物素修饰的探针序列(DNA 9或DNA 10)于90℃孵育5 min,缓慢降至室温,使探针序列形成发夹结构,记为hairpin-DNA。取100 μL链霉亲和素修饰磁珠(SA-beads)置于磁力架上,1 min后移除上清液,沉淀采用500 μL缓冲液I(10 mM Tris-HCl,1mM EDTA,1M Na Cl,pH=7.5)重悬。10 μL 100 μM 的hairpin-DNA与 10 μL 100 μM 的DNA1以摩尔比1:1的比例混合均匀后,与SA-beads进行充分混合,室温反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除未结合DNA,采用10 mM PB缓冲液(1M Na Cl,20 mM Mg Cl2,pH7.4)洗涤磁珠3次,沉淀采用100 μL 10 mM PB缓冲液重悬,即可得到磁珠连接的探针。
2.探针与miRNAs结合:
取10 μL步骤1合成的探针采用10 mM PB缓冲液稀释10倍,加入100 pM 靶标miRNAs(即核酸序列表中RNA 8序列)溶液,混合均匀后于45℃杂交反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除上清,采用10 mM PBS(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,2.7 mMK Cl,pH 7.4)洗涤三次,去除未捕获的miRNAs,沉淀采用100 μL端粒酶延伸缓冲液(Te缓冲液:20 mM Tris-H Cl,1.5 mM Mg Cl2,63 mM K Cl,0.005%(v/v)Tween-20, 1 mM EGTA)重悬。
3. 端粒酶扩增:
100 μL步骤2得到的混合液中加入20 μL端粒酶提取物和1 mM 的dNTPs,混合均匀后,于30℃反应1 hr。上述混合液采用磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液II(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,50 mM K Cl)洗涤三次,沉淀采用 100 μL PBS缓冲液II重旋。
4. 检测:
1 μL 20 μM的hemin溶液加入100 μL步骤3得到的混合液,混合均匀后室温孵育10min。在上述混合液中加入1 μL 40 mM过氧化氢(H2O2)和50 μL 2 mM ABTS,混合均匀后,溶液颜色由无色变为浅蓝绿色,采用紫外分光光度计记录405 nm处吸光度的变化。
实施例4
1. 链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针:
取10 μL 100 μM 生物素修饰的探针序列(即核酸序列表中DNA 12或DNA 13序列)于90℃孵育5 min,缓慢降至室温,使探针序列形成发夹结构,记为hairpin-DNA。取100 μL链霉亲和素修饰磁珠(SA-beads)置于磁力架上,1 min后移除上清液,沉淀采用500 μL缓冲液I(10 mM Tris-HCl,1 mM EDTA,1M Na Cl,pH=7.5)重悬。10 μL 100 μM 的hairpin-DNA与10μL 100 μM 的DNA 1以摩尔比1:1的比例混合均匀后,与SA-beads进行充分混合,室温反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除未结合DNA,采用10 mM PB缓冲液(1M Na Cl,20 mM Mg Cl2,pH 7.4)洗涤磁珠3次,沉淀采用100 μL 10 mM PB缓冲液重悬,即可得到磁珠连接的探针。
2. 探针与miRNAs结合:
取10 μL步骤1合成的探针采用10 mM PB缓冲液稀释10倍,加入1 pM 靶标miRNAs(即核酸序列表中RNA 11序列)溶液,混合均匀后于45℃杂交反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除上清,采用10 mM PBS(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,2.7 mMK Cl,pH 7.4)洗涤三次,去除未捕获的miRNAs,沉淀采用100 μL端粒酶延伸缓冲液(Te缓冲液:20 mM Tris-H Cl,1.5 mM Mg Cl2,63 mM K Cl,0.005%(v/v)Tween-20, 1 mM EGTA)重悬。
3. 端粒酶扩增:
100 μL步骤2得到的混合液中加入20 μL端粒酶提取物和1 mM 的dNTPs,混合均匀后,于30℃反应1 hr。上述混合液采用磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液II(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,50 mM K Cl)洗涤三次,沉淀采用 100 μL PBS缓冲液II重旋。
4. 检测:
1 μL 20 μM的hemin溶液加入100 μL步骤3得到的混合液,混合均匀后室温孵育10min。在上述混合液中加入1 μL 40 mM过氧化氢(H2O2)和50 μL 2 mM ABTS,混合均匀后,根据靶标浓度的不同,溶液颜色由无色变为较深的绿色,采用紫外分光光度计记录405 nm处吸光度的变化。
实施例5
1.链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针:
取10 μL 100 μM 生物素修饰的探针序列(即核酸序列表中DNA 15或DNA 16序列)于90℃孵育5 min,缓慢降至室温,使探针序列形成发夹结构,记为hairpin-DNA。取100 μL链霉亲和素修饰磁珠(SA-beads)置于磁力架上,1 min后移除上清液,沉淀采用500 μL缓冲液I(10 mM Tris-HCl,1 mM EDTA,1M Na Cl,pH=7.5)重悬。10 μL 100 μM 的hairpin-DNA与5μL 100 μM 的DNA 1以摩尔比2:1的比例混合均匀后,与SA-beads进行充分混合,室温反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除未结合DNA,采用10 mM PB缓冲液(1M Na Cl,20 mM Mg Cl2,pH 7.4)洗涤磁珠3次,沉淀采用100 μL 10 mM PB缓冲液重悬,即可得到磁珠连接的探针。
2. 探针与miRNAs结合:
取10 μL步骤1合成的探针采用10 mM PB缓冲液稀释10倍,加入100 aM 靶标miRNAs(即核酸序列表中RNA 14序列)溶液,混合均匀后于45℃杂交反应30 min。将混合液置于磁力架上,磁分离去除上清,采用10 mM PBS(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,2.7 mMK Cl,pH 7.4)洗涤三次,去除未捕获的miRNAs,沉淀采用100 μL端粒酶延伸缓冲液(Te缓冲液:20 mM Tris-H Cl,1.5 mM Mg Cl2,63 mM K Cl,0.005%(v/v)Tween-20, 1 mM EGTA)重悬。
3. 端粒酶扩增:
100 μL步骤2得到的混合液中加入20 μL端粒酶提取物和1 mM 的dNTPs,混合均匀后,于30℃反应1 hr。上述混合液采用磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液II(10 mM Na2 HPO4,2 mM K H2PO4,137 mM Na Cl,50 mM K Cl)洗涤三次,沉淀采用 100 μL PBS缓冲液II重旋。
4. 检测:
1 μL 20 μM的hemin溶液加入100 μL步骤3得到的混合液,混合均匀后室温孵育10min。在上述混合液中加入1 μL 40 mM过氧化氢(H2O2)和50 μL 2 mM ABTS,混合均匀后,根据靶标浓度的不同,溶液颜色由无色变为较浅的绿色,可与对照组直接区分,采用紫外分光光度计记录405 nm处吸光度的变化。
<110> 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司
<120> 一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法
<160>16
<210>1
<211>5
<212>DNA
<213>人工序列
<221>misc feature
<222>(1)
<223>5'端生物素修饰
<400>ttttt
<210>2
<211>22
<212>RNA
<213>人工序列
<400>caacuagacu gugagcuucu ag
<210>3
<211>42
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<221>misc feature
<222>(1)
<223>5'端生物素修饰
<400>tttttaactt tcaactagaa gctcacagtc tagttgaaag tt
<210>4
<211>42
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<221>misc feature
<222>(1)
<223>5'端生物素修饰
<400>tttttaacat tcaactagaa gctcacagtc tagttgaatg tt
<210>5
<211>22
<212>RNA
<213>人工序列
<400>uaacacuguc ugguaaagau gg
<210>6
<211>42
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<221>misc feature
<222>(1)
<223>5'端生物素修饰
<400>tttttaactt ttaaccatct ttaccagaca gtgttaaaag tt
<210>7
<211>42
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<221>misc feature
<222>(1)
<223>5'端生物素修饰
<400>tttttaacat ttaaccatct ttaccagaca gtgttaaatg tt
<210>8
<211>22
<212>RNA
<213>人工序列
<400>uagcuuauca gacugauguu ga
<210>9
<211>42
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<221>misc feature
<222>(1)
<223>5'端生物素修饰
<400>tttttaactt ttagtcaaca tcagtctgat aagctaaaag tt
<210>10
<211>42
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<221>misc feature
<222>(1)
<223>5'端生物素修饰
<400>tttttaacat ttagtcaaca tcagtctgat aagctaaatg tt
<210>11
<211>22
<212>RNA
<213>人工序列
<400>ugagguagua gguuguaugg uu
<210>12
<211>42
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<221>misc feature
<222>(1)
<223>5'端生物素修饰
<400>tttttaactt ttgaaaccat acaacctact acctcaaaag tt
<210>13
<211>42
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<221>misc feature
<222>(1)
<223>5'端生物素修饰
<400>tttttaacat ttgaaaccat acaacctact acctcaaatg tt
<210>14
<211>22
<212>RNA
<213>人工序列
<400>uggaauguaa auaaguaugg ag
<210>15
<211>42
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<221>misc feature
<222>(1)
<223>5'端生物素修饰
<400>tttttaactt ttggctccat acttctttac attccaaaag tt
<210>16
<211>42
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<221>misc feature
<222>(1)
<223>5'端生物素修饰
<400>tttttaacat ttggctccat acttctttac attccaaatg tt

Claims (4)

1.一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法,其特征在于,包括链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的发夹结构的探针,探针与靶标miRNAs结合、端粒酶扩增和检测,探针包含与靶标miRNAs的互补序列和与端粒酶识别引物序列,发夹结构的探针识别靶标miRNAs后露出的引起序列,诱发端粒酶扩增进一步放大信号,并通过磁分离进行miRNAs可视化检测,包括以下步骤:
1、包括以下步骤:
(1)链霉亲和素修饰磁珠连接生物素修饰的探针:
取10 μL 100 μM生物素修饰的探针序列,包括Seq.No.3 DNA3、Seq.No.4 DNA4、Seq.No.6 DNA 6、Seq.No.7 DNA 7、Seq.No.9 DNA 9、Seq.No.10 DNA 10、Seq.No.12 DNA12、Seq.No.13 DNA 13、Seq.No.15 DNA 15、Seq.No.16 DNA 16中的一种或二种以上,于90℃孵育5 min,缓慢降至室温,使探针序列形成发夹结构,记为hairpin-DNA;取100 μL链霉亲和素修饰磁珠(SA-beads)置于磁力架上,1 min后移除上清液,沉淀采用500 μL缓冲液I重悬,所述的缓冲液I为10 mM Tris-HCl,1 mM EDTA,1M Na Cl,pH=7.5;10 μL 100 μM 的hairpin-DNA与 5~20 μL 100 μM 的Seq.No.1 DNA 1以摩尔比0.5:1~2:1的比例混合均匀后,与SA-beads进行充分混合,室温反应30 min;将混合液置于磁力架上,磁分离去除未结合DNA,采用10 mM PB缓冲液洗涤磁珠3次,沉淀采用100 μL 10 mM PB缓冲液重悬,即可得到磁珠连接的探针,所述PB缓冲液为1M Na Cl、20mM Mg Cl2,pH 7.4;
(2)探针与miRNAs结合:
取10 μL步骤(1)合成的磁珠连接的探针采用10 mM PB缓冲液稀释10倍,加入0-100 nM靶标miRNAs,包括Seq.No.2 RNA 2、Seq.No.5 RNA 5、Seq.No.8 RNA 8、Seq.No.11 RNA 11或Seq.No.14 RNA 14的溶液,混合均匀后于45℃杂交反应30 min;将混合液置于磁力架上,磁分离去除上清,采用10 mM PBS缓冲液I洗涤三次,去除未捕获的miRNAs,所述的PBS缓冲液I为10 mM Na2 HPO4、2 mM K H2PO4、137 mM Na Cl、2.7 mM K Cl,pH 7.4;沉淀采用100 μL端粒酶延伸缓冲液(Te缓冲液)重悬,得到混合液,所述的Te缓冲液为:20 mM Tris-H Cl,1.5 mM Mg Cl2,63 mM K Cl,0.005%(v/v)Tween-20, 1 mM EGTA;
(3)端粒酶扩增:
100 μL步骤(2)得到的混合液中加入20 μL端粒酶提取物和1 mM 的dNTPs,混合均匀后,于30℃反应1 hr后,采用磁分离去除上清液,采用10 mM PBS缓冲液II洗涤三次,沉淀采用 100 μL PBS缓冲液II重旋,得到混合液,所述的缓冲液II为10 mM Na2 HPO4、2 mM KH2PO4、137 mM Na Cl和50 mM KCl;
(4)检测:
1 μL 20 μM的氯化血红素(hemin或称血晶素)溶液加入100 μL步骤(3)得到的混合液,混合均匀后室温孵育10 min后,加入1 μL 40 mM过氧化氢(H2O2)和50 μL 2 mM 2 ,2-联氮-二(3-乙基-苯并噻唑-6-磺酸)二铵盐(ABTS),混合均匀后,根据靶标浓度的不同,观测溶液颜色变化,采用紫外分光光度计记录405 nm处吸光度的变化。
2.根据权利要求1所述基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法,其特征在于,所述的探针序列其5’末端修饰生物素,探针从5’端到3’端主要包含茎结合区、靶标miRNAs互补序列和端粒酶识别引物序列,端粒酶序列区域可与茎接合区互补,使探针形成发夹结构。
3.根据权利要求1或2所述基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法,其特征在于所述的靶标miRNAs为前列腺癌特异miRNAs序列,包括miR-708-3p、mir-141、mir-21、Let-7c、miR-1。
4.根据权利要求1或2所述基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法,其特征在于所述的端粒酶识别序列末端为TGTT或AGTT。
CN201910642274.3A 2019-07-16 2019-07-16 一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法 Pending CN110272981A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910642274.3A CN110272981A (zh) 2019-07-16 2019-07-16 一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910642274.3A CN110272981A (zh) 2019-07-16 2019-07-16 一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN110272981A true CN110272981A (zh) 2019-09-24

Family

ID=67964584

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201910642274.3A Pending CN110272981A (zh) 2019-07-16 2019-07-16 一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN110272981A (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113755439A (zh) * 2021-08-16 2021-12-07 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 一种基于端粒酶扩增的外泌体膜蛋白检测方法

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101705277A (zh) * 2009-11-13 2010-05-12 南开大学 一类用于端粒酶活性检测的引物
US20160130653A1 (en) * 2014-11-11 2016-05-12 National Taiwan University Polynucleotide probe, method for detecting a target nucleic acid by using the same and kit comprising the same
CN107012158A (zh) * 2017-03-28 2017-08-04 东南大学 一种端粒酶启动基因表达方法及其应用
CN107764803A (zh) * 2017-09-21 2018-03-06 中山大学 一种运用电化学发光成像识别技术的生物标志物检测方法
CN108660216A (zh) * 2018-05-16 2018-10-16 中国人民解放军陆军军医大学第附属医院 基于外周血游离核苷酸miRNAs超灵敏检测装置的试剂盒及其检测方法
CN109486914A (zh) * 2018-12-26 2019-03-19 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 一种核酸可视化检测方法

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101705277A (zh) * 2009-11-13 2010-05-12 南开大学 一类用于端粒酶活性检测的引物
US20160130653A1 (en) * 2014-11-11 2016-05-12 National Taiwan University Polynucleotide probe, method for detecting a target nucleic acid by using the same and kit comprising the same
CN107012158A (zh) * 2017-03-28 2017-08-04 东南大学 一种端粒酶启动基因表达方法及其应用
CN107764803A (zh) * 2017-09-21 2018-03-06 中山大学 一种运用电化学发光成像识别技术的生物标志物检测方法
CN108660216A (zh) * 2018-05-16 2018-10-16 中国人民解放军陆军军医大学第附属医院 基于外周血游离核苷酸miRNAs超灵敏检测装置的试剂盒及其检测方法
CN109486914A (zh) * 2018-12-26 2019-03-19 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 一种核酸可视化检测方法

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BIN WANG等: "Target-assisted FRET signal amplification for ultrasensitive detection of microRNA", ANALYST, pages 1 *
WANG H等: "Direct and sensitive miRNA profiling from low-input total RNA", 《RNA》 *
WANG H等: "Direct and sensitive miRNA profiling from low-input total RNA", 《RNA》, vol. 13, no. 1, 31 January 2007 (2007-01-31), pages 2, XP002421740, DOI: 10.1261/rna.234507 *
俞蓓等: "DNA发夹结构自组装信号放大策略应用的研究进展", 《分析测试学报》 *
俞蓓等: "DNA发夹结构自组装信号放大策略应用的研究进展", 《分析测试学报》, vol. 37, no. 12, 19 December 2018 (2018-12-19), pages 1514 - 1520 *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113755439A (zh) * 2021-08-16 2021-12-07 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 一种基于端粒酶扩增的外泌体膜蛋白检测方法

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN106715723A (zh) 测定样品中pik3ca突变状态的方法
JP2000512126A (ja) 体液中の腫瘍細胞を数量化するための方法およびかかる方法に適合した試験キット
CN110257482A (zh) 一种基于核酸适体和端粒酶扩增的凝血酶检测方法
CN106967794A (zh) 双向信号扩增检测miRNA的试剂盒及方法
CN107519193B (zh) 食管鳞癌早期分子诊断标志物及其应用
CN103276099B (zh) 用于荧光定量pcr检测幽门螺杆菌的引物和试剂盒
CN111560377A (zh) 一种多价核酸及其在制备malat1检测试剂盒中的用途
ES2341013T3 (es) Metodo para la medicion cuantitativa y/o comparativa de niveles de expresion de mrna en muestras biologicas pequeños.
CN107604066A (zh) miR‑518a‑3p在口腔癌诊断中的应用
CN107586842A (zh) 一种用于肾透明细胞癌诊治的生物标志物
EP0930369A1 (en) Method for detecting telomerase activity
CN101875970A (zh) Apc基因突变的快速检测
CN110272981A (zh) 一种基于端粒酶扩增的miRNAs检测方法
CN107727621A (zh) 一种无酶标记DNA逻辑体系检测miRNA的方法
CN108220446A (zh) Linc01356作为分子标志物在胃癌中的应用
CN110093418B (zh) 用于结直肠癌早筛、诊断、疗效及预后评价的piRNA-54265检测试剂盒
CN107058579A (zh) 肺腺癌相关的miRNA、组合物及其应用
CN106148500B (zh) 一体化微小rna荧光定量检测试剂盒及其应用
RU2451937C2 (ru) Способ диагностики рака молочной железы по уровню рнк интерлейкинов il-8 и/или il-18 в плазме крови
CN106520776B (zh) 一种乳腺癌筛查试剂盒
CN109486816A (zh) 一种用于肿瘤治疗的多聚核苷酸及其应用
CN109652529A (zh) 骨质疏松特异性miRNA、组合物及其诊疗用途
CN108165546A (zh) 一种miRNA生物标志物、组合物及其用途
CN102899390A (zh) 小细胞肺癌标志物及其检测
CN109609620B (zh) 用于辅助诊断血行播散型肺结核的试剂盒

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination