CN109468366A - 一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法及所用引物 - Google Patents

一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法及所用引物 Download PDF

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Abstract

本发明涉及荧光定量PCR检测方法技术领域,为解决目前尚无对中华乌塘鳢Cu/Zn‑SOD基因进行实时荧光定量PCR检测方法的问题,本发明提供了一种中华乌塘鳢Cu/Zn‑SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法及所用引物。所述方法包括:1)中华乌塘鳢目的基因Cu/Zn‑SOD的实时荧光定量引物设计;2)中华乌塘鳢内参基因β‑Actin的实时荧光定量引物设计;3)中华乌塘鳢不同组织cDNA逆转录;4)中华乌塘鳢Cu/Zn‑SOD基因的实时荧光定量PCR检测。本发明能够实现对中华乌塘鳢Cu/Zn‑SOD基因进行实时荧光定量PCR检测;方法简洁,准确度高,可信度高;能够实现对中华乌塘鳢不同组织进行检测。

Description

一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法 及所用引物
技术领域
本发明涉及荧光定量PCR检测方法技术领域,尤其涉及一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法及所用引物。
背景技术
中华乌塘鳢(Bostrychus sinensis),隶属于鲈形目塘鳢科乌塘鳢属,系河口咸淡水暖水性小型鱼类。该鱼肉质细腻,营养价值高,具有加速伤口愈合的功效,是名贵的食用鱼之一。目前,中华乌塘鳢已成为我国福建、广东、广西等地区重要的海水经济养殖鱼类之一。随着环境污染和养殖水体的不断恶化,中华乌塘鳢不断受到病菌、重金属、有机污染物等的胁迫,导致出现由氧自由基造成的机体氧化损伤及多种疾病的发生,严重影响中华乌塘鳢养殖业的发展。Cu/Zn-SOD是生物体内重要的一类超氧化物歧化酶,广泛分布于动物、植物和微生物中,在清除氧自由基以及抗逆方面发挥非常重要的作用。
因此,检测Cu/Zn-SOD基因在中华乌塘鳢体内的表达量,对于研究中华乌塘鳢抗逆境胁迫相关机制的研究具有重要的意义。
然而,目前有关中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因实时荧光定量PCR检测方法尚未见系统报道。
本发明针对现有技术的不足,探索开发一种用于检测中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的引物及实时荧光定量PCR法。
发明内容
为解决目前尚无对中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因进行实时荧光定量PCR检测方法的问题,本发明提供了一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法及所用引物。本发明首要要实现对中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因进行实时荧光定量PCR检测的目的。
为实现上述目的,本发明采用以下技术方案。
一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法,所述实时荧光定量PCR检测方法包括以下步骤:
1)中华乌塘鳢目的基因Cu/Zn-SOD的实时荧光定量引物设计:
利用如SEQ ID NO.1所示中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的开放阅读框序列,设计产物片段大小合适、参数优良的引物;
2)中华乌塘鳢内参基因β-Actin的实时荧光定量引物设计:
利用如SEQ ID NO.2所示中华乌塘鳢β-Actin基因的开放阅读框序列,设计产物片段大小合适、参数优良的引物;
3)中华乌塘鳢不同组织cDNA逆转录:
提取健康成年中华乌塘鳢不同组织的总RNA,并将提取的不同组织的总RNA分别逆转录成cDNA,并在低温条件下保存备用;
4)中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测:
以逆转录的cDNA为模板,以β-Actin为内参基因,在ABI 7500Fast Real-time PCRsystem上对中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的表达水平进行检测,分析Cu/Zn-SOD基因在中华乌塘鳢不同组织中的表达与分布情况。
作为优选,步骤1)具体过程为:利用如SEQ ID NO.1所示中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因开放阅读框序列,并通过Primer Premier5软件,设计出产物片段大小在80~200bp、无配错、无二聚体、无发夹结构且退火温度为58~62℃的引物序列。
作为优选,步骤2)具体过程为:利用如SEQ ID NO.2所示中华乌塘鳢β-Actin基因开放阅读框序列,并通过Primer Premier5软件,设计出产物片段大小在80~200bp、无配错、无二聚体、无发夹结构且退火温度为58~62℃的引物序列。
作为优选,步骤3)所述不同组织包括心脏、肝脏、脾脏、头肾、肌肉、皮肤、血液、鳃、小肠和脑组织。
作为优选,步骤3)中提取总RNA和转录过程为:利用Trizol Reagent试剂对中华乌塘鳢不同组织的总RNA分别进行提取,取3~5ug总RNA,利用SuperScriptIII ReverseTranscriptase kit试剂盒逆转录成cDNA,-20℃保存备用。
作为优选,步骤4)的具体步骤为:利用Premix Ex TaqTM II试剂盒,中华乌塘鳢不同组织逆转录cDNA为模板,开展中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测,以中华乌塘鳢β-Actin为内参基因,在ABI 7500Fast Real-time PCR system上利用2-ΔΔCt方法分析检出Cu/Zn-SOD基因在中华乌塘鳢不同组织中的表达与分布情况。
一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因实时荧光定量引物,所述引物包括:
上游引物SEQ ID NO.3:5'-CACAGGAGGGTGATTCG-3';
下游引物SEQ ID NO.4:5'-GTGTTTCTTGTCATAGGGAT-3'。
该引物是所述检测方法步骤1)所设计引物的一种但不仅有这一种。
一种中华乌塘鳢β-Actin基因实时荧光定量引物,所述引物包括:
上游引物SEQ ID NO.5:5'-GACCCAGATTATGTTTGAGA-3';
下游引物SEQ ID NO.6:5'-CGTGGTGGTGAATGAGTAG-3'。
该引物是所述检测方法步骤2)所设计引物的一种但不仅有这一种。
本发明的有益效果是:
1)本发明能够实现对中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因进行实时荧光定量PCR检测;
2)本发明方法简洁,准确度高,可信度高;
3)本发明方法能够实现对中华乌塘鳢不同组织进行检测。
附图说明
图1为本发明方法分析检测出Cu/Zn-SOD基因在中华乌塘鳢不同组织中的表达与分布情况。
具体实施方式
以下结合具体实施例和说明书附图对本发明作出进一步清楚详细的描述说明。本领域普通技术人员在基于这些说明的情况下将能够实现本发明。此外,下述说明中涉及到的本发明的实施例通常仅是本发明一分部的实施例,而不是全部的实施例。因此,基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动的前提下所获得的所有其他实施例,都应当属于本发明保护的范围。
如无特殊说明,本发明实施例中所用原料均为市场可购得或本领域常用原料;如无特殊说明,本发明实施例中所用方法均为本领域技术人员可实现的常规方法。
实施例
1)中华乌塘鳢目的基因Cu/Zn-SOD的实时荧光定量引物设计:
参考中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的开放阅读框序列(SEQ ID NO.1),设计产物片段大小合适、参数优良的引物。中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的开放阅读框序列如SEQ ID NO.1所示,包含465个核苷酸碱基,SEQ ID NO.1所示核苷酸序列来自发明人前期研究获得的中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因序列。利用Primer Premier5软件,参考中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因开放阅读框序列序列(SEQ ID NO.1),设计出产物片段大小在80~200bp、参数优良(无错配、无二聚体、无发夹结构、退火温度60℃左右)的引物序列;
所设计的中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因实时荧光定量引物序列:
上游引物:5'-CACAGGAGGGTGATTCG-3',(SEQ ID NO.3);
下游引物:5'-GTGTTTCTTGTCATAGGGAT-3',(SEQ ID NO.4);
2)中华乌塘鳢内参基因β-Actin的实时荧光定量引物设计:
参考中华乌塘鳢β-Actin基因的开放阅读框序列(SEQ ID NO.2),设计产物片段大小合适、参数优良的引物。中华乌塘鳢β-Actin基因的开放阅读框序列如SEQ ID NO.2所示,包含1128个核苷酸碱基,SEQ ID NO.2所示核苷酸序列来自发明人前期研究获得的中华乌塘鳢β-Actin基因序列。利用Primer Premier5软件,参考中华乌塘鳢β-Actin基因开放阅读框序列序列(SEQ ID NO.2),设计出产物片段大小在80~200bp、参数优良(无错配、无二聚体、无发夹结构、退火温度60℃左右)的引物序列;
所设计的中华乌塘鳢β-Actin基因实时荧光定量引物序列:
上游引物:5'-GACCCAGATTATGTTTGAGA-3',(SEQ ID NO.5);
下游引物:5'-CGTGGTGGTGAATGAGTAG-3',(SEQ ID NO.6);
3)中华乌塘鳢不同组织cDNA逆转录:
健康成年中华乌塘鳢个体采集自舟山市水产研究所,处死后快速采集心脏、肝脏、脾脏、头肾、肌肉、皮肤、血液、鳃、小肠、脑等组织,迅速投入到液氮中进行保存。分别取中华乌塘鳢上述组织50~100mg,分别加入1mL Trizol Reagent(Invitrogen)试剂进行充分研磨,室温静置5~10min。12000g 4℃离心5min,小心吸取上清。向上清中加入200uL氯仿,用力振荡混匀10~15秒,室温静置15~20min。12000g 4℃离心10~15min,小心吸取上层水相。向上层水相中加入500uL异丙醇,振荡混匀,室温静置10~15min。12000g 4℃离心10min,小心弃去上清,留沉淀,沉淀即为总RNA。向沉淀中加入1mL 75%乙醇,温和振荡悬浮沉淀,7500~8000g 4℃离心5~10min,弃上清,重复操作1次。将沉淀在室温下晾干5~10min,加入30~100uL无RNAase去离子水溶解总RNA。将提取的总RNA采用紫外分光光度计检测其浓度,并将其稀释成500ng/uL的浓度,保存在-80℃备用;利用SuperScriptIII ReverseTranscriptase kit试剂盒逆转录成cDNA,-20℃保存备用;
4)实时荧光定量实验检验:
利用TaKaRaPremix Ex TaqTM II试剂盒,20微升反应体系:
Premix Ex TaqTM II(2X):10微升;
上游引物(SEQ ID NO.3):0.8微升(浓度为10微摩尔/微升);
下游引物(SEQ ID NO.4):0.8微升(浓度为10微摩尔/微升);
ROX Reference Dye II(50X):0.4微升;
无菌水:7微升;
各组织cDNA:1微升(浓度为45~50纳克/微升)。
反应程序:95℃30秒,40个循环(每个循环95℃5秒,60℃34秒),95℃15秒,60℃1分钟,95℃15秒。
以中华乌塘鳢β-Actin为内参基因,在ABI 7500Fast Real-time PCR system上利用2-ΔΔCt方法分析检出Cu/Zn-SOD基因在中华乌塘鳢10个组织中的表达与分布情况,其结果如图1所示。
序列表
<110> 浙江海洋大学
<120> 一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法及所用引物
<160> 6
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 465
<212> DNA
<213> 中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因开放阅读框序列(Open reading frame sequenceof Cu/Zn-SOD gene in Bostrychus sinensis)
<400> 1
atggtgctga aagctgtttg tgttttaaaa ggagctggag aaaccactgg gacggttcat 60
tttacacagg agggtgattc ggctcctgtc aaaatcactg gagaaatcaa aggccttaaa 120
cccggtgaac atggtttcca tgtccatgct tttggagaca acacaaacgg atgcatcagt 180
gctgggcccc actttaatcc ctatgacaag aaacacggtg gtcccactga tgtggaaagg 240
catgttggag accttggcaa tgtgactgca ggggacgata acattgcgaa gattgacatt 300
actgataagg tgatctctct cactggcgct gactccatca ttggccgaac tatggtgata 360
cacgagggga ctgatgatct tgggaaagga ggcaatgagg aaagtagtaa aacaggcaac 420
gctggtggac gtctggcctg tggggtcatt ggcatcgcta attaa 465
<210> 2
<211> 1128
<212> DNA
<213> 中华乌塘鳢β-Actin基因开放阅读框序列(Open reading frame sequence ofβ-Actin gene in Bostrychus sinensis)
<400> 2
atggatgaag aaatcgccgc actcgttgtt gacaacggat ccggtatgtg caaagccgga 60
tttgccggag acgacgcccc tcgcgctgtc ttcccctcca tcgttggtcg ccccaggcat 120
cagggagtga tggtgggtat gggccagaaa gacagctatg ttggtgatga agcccagagc 180
aagagaggta tcctgaccct gaagtaccct attgaacacg gtattgtaac caactgggat 240
gatatggaga agatctggca tcacaccttc tacaacgagc tgagagtcgc acctgaggag 300
caccctgtcc tgctcacaga ggcccctctg aaccctaaag ccaacaggga gaagatgacc 360
cagattatgt ttgagacctt caacaccccc gccatgtacg ttgccatcca ggctgtgctg 420
tccctgtatg cctctggtcg taccaccggt attgtcatgg actccggtga cggtgtgacc 480
cacacagtgc ccatctatga gggctacgct ctcccccacg ccatcctgcg tctggacttg 540
gccggccgcg acctcacaga ctacctcatg aagatcctga cagagcgtgg ctactcattc 600
accaccacgg ccgagaggga aattgttcgt gacatcaagg aaaagctgtg ctatgtcgcc 660
ctggacttcg agcaggagat gagcactgct gcctcctcct cttctctgga gaagagctac 720
gagctgcccg acggacaggt catcaccatt ggcaatgaga ggttccgttg cccagaggcc 780
ctcttccagc catctttcct tggtatggaa tcctgcggta tccatgaaac cacctacaac 840
agcatcatga aatgtgacgt cgacatccgt aaggacctgt atgccaacac tgtgctgtct 900
ggaggtacca ccatgtaccc tggcatcgct gacaggatgc agaaggagat cacagctctg 960
gccccatcca ccatgaagat caagatcatc gccccaccag agcgtaaata ctctgtctgg 1020
atcggaggct ccatcctggc ctctctgtcc accttccagc agatgtggat cagcaagcag 1080
gagtacgatg agtctggccc ttccatcgtc caccgcaaat gcttctaa 1128
<210> 3
<211> 17
<212> DNA
<213> 中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD荧光定量上游引物(Bostrychus sinensis Cu/Zn-SODfluorescence quantitative Forward Primer)
<400> 3
cacaggaggg tgattcg 17
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD荧光定量下游引物(Bostrychus sinensis Cu/Zn-SODfluorescence quantitative Reversed Primer)
<400> 4
gtgtttcttg tcatagggat 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 中华乌塘鳢β-Actin荧光定量上游引物(Bostrychus sinensis β-Actinfluorescence quantitative Forward Primer)
<400> 5
gacccagatt atgtttgaga 20
<210> 6
<211> 19
<212> DNA
<213> 中华乌塘鳢β-Actin荧光定量下游引物(Bostrychus sinensis β-Actinfluorescence quantitative Reversed Primer)
<400> 6
cgtggtggtg aatgagtag 19

Claims (8)

1.一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法,其特征在于,所述实时荧光定量PCR检测方法包括以下步骤:
1)中华乌塘鳢目的基因Cu/Zn-SOD的实时荧光定量引物设计:
利用如SEQ ID NO.1所示中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的开放阅读框序列,设计引物;
2)中华乌塘鳢内参基因β-Actin的实时荧光定量引物设计:
利用如SEQ ID NO.2所示中华乌塘鳢β-Actin基因的开放阅读框序列,设计引物;
3)中华乌塘鳢不同组织cDNA逆转录:
提取健康成年中华乌塘鳢不同组织的总RNA,并将提取的不同组织的总RNA分别逆转录成cDNA,并在低温条件下保存备用;
4)中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测:
以逆转录的cDNA为模板,以β-Actin为内参基因,在ABI 7500 Fast Real-time PCRsystem上对中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的表达水平进行检测,分析Cu/Zn-SOD基因在中华乌塘鳢不同组织中的表达与分布情况。
2.根据权利要求1所述的一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法,其特征在于,步骤1)具体过程为:利用如SEQ ID NO.1所示中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因开放阅读框序列,并通过Primer Premier5软件,设计出产物片段大小在80~200bp且退火温度为58~62℃的引物序列。
3.根据权利要求1所述的一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法,其特征在于,步骤2)具体过程为:利用如SEQ ID NO.2所示中华乌塘鳢β-Actin基因开放阅读框序列,并通过Primer Premier5软件,设计出产物片段大小在80~200bp且退火温度为58~62℃的引物序列。
4.根据权利要求1所述的一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法,其特征在于,步骤3)所述不同组织包括心脏、肝脏、脾脏、头肾、肌肉、皮肤、血液、鳃、小肠和脑组织。
5.根据权利要求1或4所述的一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法,其特征在于,步骤3)中提取总RNA和转录过程为:利用Trizol Reagent试剂对中华乌塘鳢不同组织的总RNA分别进行提取,取3~5ug总RNA,利用SuperScriptIII ReverseTranscriptase kit试剂盒逆转录成cDNA,-20℃保存备用。
6.根据权利要求1所述的一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法,其特征在于,步骤4)的具体步骤为:利用Premix Ex TaqTM II试剂盒,中华乌塘鳢不同组织逆转录cDNA为模板,开展中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因的实时荧光定量PCR检测,以中华乌塘鳢β-Actin为内参基因,在ABI 7500 Fast Real-time PCR system上利用2-ΔΔCt方法分析检出Cu/Zn-SOD基因在中华乌塘鳢不同组织中的表达与分布情况。
7.一种中华乌塘鳢Cu/Zn-SOD基因实时荧光定量引物,其特征在于,所述引物包括:
上游引物SEQ ID NO.3:5'-CACAGGAGGGTGATTCG-3';
下游引物SEQ ID NO.4:5'-GTGTTTCTTGTCATAGGGAT-3'。
8.一种中华乌塘鳢β-Actin基因实时荧光定量引物,其特征在于,所述引物包括:
上游引物SEQ ID NO.5:5'-GACCCAGATTATGTTTGAGA-3';
下游引物SEQ ID NO.6:5'-CGTGGTGGTGAATGAGTAG-3'。
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