CN109312408B - 用于诊断和供免疫疗法中使用的基质基因签名 - Google Patents

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Abstract

本发明提供用于鉴定不太可能响应单独的免疫疗法的具有疾病或病症的个体的方法,该方法包含测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受用免疫疗法和用抑制性基质拮抗剂的治疗的个体。在一些方面,本发明提供用于治疗展示该基质基因签名的个体的方法。在其它方面,本发明提供用于测定来自个体的样品中基质基因签名的存在的试剂盒。

Description

用于诊断和供免疫疗法中使用的基质基因签名
对相关申请的交叉援引
此申请要求2016年5月17日提交的美国临时申请62/337,815的权益,通过援引据此完整收录其内容。
发明领域
本发明提供肿瘤基质生物标志物和用于选择和用与抑制性基质拮抗剂组合的免疫疗法治疗癌症患者的方法。
发明背景
随着肿瘤在组织中生长,它们形成肿瘤微环境(TME),其包含非恶性细胞,包括血液内皮细胞(BEC)和淋巴内皮细胞(LEC),间充质干细胞(MSC)和它们的分化后代,癌症相关成纤维细胞(CAF),周细胞和免疫细胞的复杂混合物,连同它们分泌的细胞外基质(ECM)和炎性介导物(Turley,S.J.et al.,Nature Reviews Immunology,15:669-682,2015)。健康组织和实体瘤均具有两个不同区域:实质和基质区。基底层在正常情况下在健康组织中分隔这两个区域但典型地在肿瘤中限定较差。TME的要件能与肿瘤细胞紧密相互作用且能影响肿瘤细胞存活,侵袭力和转移性扩散,以及对治疗剂的可及性和响应性(Joyce,J.A.&Pollard,J.W.,Nat.Rev.Cancer,9:239-252,2009；Polyak,K.et al.,Trends Genet.,25:30-38,2009；Nakasone,E.S.et al.,Cancer Cell,21:488-503,2012)。
TME和免疫系统之间的关系是复杂的,而且肿瘤细胞和它们的微环境的各种成分能以多种多样的方式损害保护性T细胞免疫力。例如,T细胞迁移入肿瘤床可受到紊乱的脉管系统和趋化性暗示阻碍(Pivarcsi,A.et al.,Proc.Natl Acad.Sci.USA,104:19055-19060,2007)或可遭遇抑制性细胞和能损害它们的活性的分子。使用中和性抗体阻断抑制性分子细胞毒性T淋巴细胞抗原4(CTLA4；也称作CD152),编程性细胞死亡蛋白1(PD1；也称作CD279)和编程性细胞死亡配体1(PDL1；也称作B7-H1和CD274)的最新临床研究提供了抑制性因子在癌症-免疫力循环中的抑制性作用的证据(Turley,S.J.et al.,NatureReviews Immunology,15:669-682,2015)。PDL1的表达常常在癌细胞,髓样细胞和内皮细胞上上调,而且这种表面蛋白质在结合活化的T细胞上的它的受体PD1后抑制T细胞活化和存活。使用抗体来破坏PDL1-PD1相互作用以解放CD8+T细胞介导的肿瘤细胞杀伤的疗法已经在数种人癌症中显示有希望的响应率(Powles,T.et al.,Nature,515:558-562,2014；Herbst,R.S.et al.,Nature,515:563-567,2014；Tumeh,P.C.et al.,Nature,515:568-571,2014)。然而,许多患者并不经历治疗益处,可能是由于TME中其它免疫抑制性机制的存在。
因而,需要用于选择不太可能响应免疫疗法的患者的方法和开发用于治疗这些患者的备选策略。
通过援引完整收录本文中引用的所有参考文献,包括专利申请和出版物。
发明概述
本发明提供一种用于治疗具有疾病或病症的个体的方法,该方法包含:a)测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受治疗的个体；和b)对所述个体施用有效量的免疫疗法和抑制性基质拮抗剂。在一些方面,本发明提供一种用于改善具有疾病或病症的个体的免疫疗法的方法,该方法包含:a)测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受用抑制性基质拮抗剂的治疗的个体；和b)对步骤a)中鉴定为接受用抑制性基质拮抗剂的治疗的所述个体施用有效量的免疫疗法和抑制性基质拮抗剂。
在一些方面,本发明提供一种用于选择不太可能响应单独的免疫疗法的具有疾病或病症的个体的方法,该方法包含测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受用免疫疗法和用抑制性基质拮抗剂的治疗的个体。在一些方面,本发明提供一种用于鉴定更有可能展现受益于用免疫疗法和用肿瘤基质纤维化拮抗剂的治疗的具有疾病或病症的个体的方法,该方法包含测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定具有抑制性基质的个体,其中来自该个体的样品中基质基因签名的存在指示该个体更有可能展现升高的来自免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的临床益处。在一些方面,本发明提供一种用于为具有疾病或病症的个体选择治疗的方法,该方法包含测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定具有抑制性基质的个体；其中来自该个体的样品中基质基因签名的存在指示该个体更有可能展现升高的来自免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的临床益处。在上述方面的一些实施方案中,该升高的临床益处进一步包含下述一项或多项的相对升高:总体存活(OS),无进展存活(PFS),完全响应(CR),部分响应(PR)和其组合。
在一些方面,本发明提供一种用于监测包含免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的组合治疗的功效的方法,该方法包含测定在一个或多个时间点来自经受用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的治疗的个体的样品中基质基因签名的存在；其中该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高；其中升高的临床益处和/或该基质基因签名的存在的降低指示有效治疗。在一些方面,本发明提供一种用于监测包含免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的组合治疗的功效的方法,该方法包含a)测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受治疗的个体；和b)对所述个体施用有效量的免疫疗法和抑制性基质拮抗剂；和c)测定在一个或多个时间点来自该个体的样品中基质基因签名的存在；其中升高的临床益处和/或该基质基因签名的存在的降低指示有效治疗。在上述方面的一些实施方案中,该升高的临床益处包含下述一项或多项的相对升高:总体存活(OS),无进展存活(PFS),完全响应(CR),部分响应(PR)和其组合。
在上述方面的一些实施方案中,该疾病或病症是增殖性疾病或病症。在一些实施方案中,该疾病或病症是免疫相关疾病或病症。在一些实施方案中,该疾病或病症是癌症。在一些实施方案中,该癌症选自由非小细胞肺癌,小细胞肺癌,肾细胞癌,结肠直肠癌,卵巢癌,乳腺癌,转移性乳腺癌,三重阴性乳腺癌,黑素瘤,胰腺癌,胃癌,膀胱癌,尿道上皮膀胱癌,食管癌,间皮瘤,黑素瘤,头和颈癌,甲状腺癌,肉瘤,前列腺癌,成胶质细胞瘤,宫颈癌,胸腺癌,白血病,淋巴瘤,骨髓瘤,蕈样真菌病,梅克尔细胞癌,和其它血液学恶性组成的组。
在上述方面的一些实施方案中,该癌症是尿道上皮膀胱癌(UBC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,或PDGFRB中一种或多种。在一些实施方案中,该用于UBC的基质基因签名进一步包含DKK3,PDGFB,NUAK1,FGF1,PDL1M4或LRRC32中一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是非小细胞肺癌(NSCLC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是肾细胞癌(RCC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种。在一些实施方案中,该用于RCC的基质基因签名进一步包含LUM和/或POSTN。在一些实施方案中,该癌症是黑素瘤且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是三重阴性乳腺癌(TNBC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种。在一些实施方案中,该用于TNBC的基质基因签名进一步包含MMP11,BGN,或COL5A1中一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是卵巢癌且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种。在一些实施方案中,该用于卵巢癌的基质基因签名进一步包含POSTN,LOX,或TIMP3中一种或多种。在一些实施方案中,该基质基因签名进一步包含TGFβ。
在上述方面的一些实施方案中,该自个体获得的样品选自由组织,全血,血浆,血清和其组合组成的组。在一些实施方案中,该组织样品是肿瘤组织样品。在一些实施方案中,该肿瘤组织样品包含肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞和其任何组合。在一些实施方案中,该组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋的,存档的,新鲜的或冷冻的。在一些实施方案中,该样品是全血。在一些实施方案中,该全血包含免疫细胞,循环肿瘤细胞和其任何组合。在一些实施方案中,在用该免疫疗法治疗前或在用该免疫疗法治疗之后获得样品。在一些实施方案中,在用该抑制性基质拮抗剂治疗前获得样品。
在上述方面的一些实施方案中,该免疫疗法包含CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,CD40,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMGB1,或TLR激动剂。在一些实施方案中,该免疫疗法包含CTLA-4,PD-L1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂。在一些实施方案中,该免疫疗法是PD-L1轴拮抗剂。在一些实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对它的配体结合配偶的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对B7-1的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和B7-1二者的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中,该抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,该抗体是人,人源化或嵌合抗体。在一些实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对它的配体结合配偶的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L2的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1和PD-L2二者的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中,该抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,该抗体是人,人源化或嵌合抗体。
在上述方面的一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂是TGFβ,PDPN,LAIR-1,SMAD,ALK,结缔组织生长因子(CTGF/CCN2),内皮-1(ET-1),AP-1,IL-13,PDGF,LOXL2,内皮糖蛋白(CD105),FAP,podoplanin(GP38),VCAM1(CD106),THY1,β1整联蛋白(CD29),PDGFRα(CD140α),PDGFRβ(CD140β),波形蛋白,αSMA(ACTA2),结蛋白,内皮唾液酸蛋白(CD248)或FSP1(S100A4)拮抗剂。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂是吡非尼酮(pirfenidone),galunisertib或尼达尼布(nintedanib)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂是TGFβ拮抗剂。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂是TGFβ结合拮抗剂。在一些实施方案中,该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ对它的配体结合配偶的结合。在一些实施方案中,该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ对TGFβ的细胞受体的结合。在一些实施方案中,该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ的活化。在一些实施方案中,该TGFβ结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中,该抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,该抗体是人,人源化或嵌合抗体。在一些实施方案中,用该抑制性基质拮抗剂治疗容许肿瘤中升高的免疫细胞浸润。在一些实施方案中,该升高的免疫细胞浸润是升高的T细胞,B细胞,巨噬细胞,或树突细胞中一种或多种的浸润。在一些实施方案中,该T细胞是CD8+T细胞和/或Teff细胞。在一些实施方案中,该个体在用该抑制性基质拮抗剂治疗前对免疫疗法有抗性。在一些实施方案中,该个体早已施用单一疗法免疫疗法。
在上述方面的一些实施方案中,使用选自由FACS,Western印迹,ELISA,免疫沉淀,免疫组织化学,免疫荧光,放射免疫测定法,点印迹,免疫检测方法,HPLC,表面等离振子共振,光谱术,用于测定来自个体的样品中基质基因签名的存在的一种或多种试剂质谱术,HPLC,qPCR,RT-qPCR,多重qPCR或RT-qPCR,RNA-seq,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,和FISH,和其组合组成的组的方法在该样品中检测该基质基因签名。在一些实施方案中,通过蛋白质表达在该样品中检测该基质基因签名。在一些实施方案中,通过免疫组织化学(IHC)测定蛋白质表达。在一些实施方案中,使用抗体检测该基质基因签名。在一些实施方案中,作为通过IHC的弱染色强度检测该基质基因签名。在一些实施方案中,作为通过IHC的中等染色强度检测该基质基因签名。在一些实施方案中,作为通过IHC的强染色强度检测该基质基因签名。在一些实施方案中,在肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞和其任何组合上检测该基质基因签名。在一些实施方案中,染色是膜染色,胞质染色和其组合。在一些实施方案中,作为该样品中的缺失或无染色检测该基质基因签名的缺失。在一些实施方案中,作为该样品中的任何染色检测该基质基因签名的存在。在一些实施方案中,通过核酸表达在该样品中检测该基质基因签名。在一些实施方案中,使用qPCR,RT-qPCR,多重qPCR或RT-qPCR,RNA-seq,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,或FISH测定该核酸表达。
在上述方面的一些实施方案中,该基质基因签名的中值水平选自由(1)来自参照群体的该基质基因签名的水平；(2)来自对该免疫疗法的完全响应者和/或部分响应者的群体的该基质基因签名的水平；和(3)在第一时间点前的第二时间点来自该个体的该基质基因签名的水平组成的组。在一些实施方案中,该生物学样品中该基质基因签名的水平与该中值水平相比的变化是该水平的升高。
在一些方面,本发明提供一种诊断试剂盒,其包含用于测定来自不太可能响应单独的免疫疗法的具有疾病或病症的个体的样品中基质基因签名的存在的一种或多种试剂,其中基质基因签名的存在鉴定更有可能展现受益于用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的治疗的个体。在一些方面,本发明提供一种诊断试剂盒,其用于为不太可能响应单独的免疫疗法的具有疾病或病症的个体选择治疗,该试剂盒包含用于测定来自需要免疫疗法的个体的样品中基质基因签名的存在的一种或多种试剂,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种；其中基质基因签名的存在鉴定更有可能展现受益于用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的治疗的个体。在一些方面,本发明提供一种试剂盒,其用于监测包含免疫疗法和用抑制性基质拮抗剂的治疗的组合治疗的功效,该试剂盒包含用于测定来自经受用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的治疗的个体的样品中基质基因签名的存在的一种或多种试剂,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种；其中升高的临床益处和/或该基质基因签名的存在的降低指示有效治疗。在一些实施方案中,该升高的临床益处包含下述一项或多项的相对升高:总体存活(OS),无进展存活(PFS),完全响应(CR),部分响应(PR)和其组合。
在上述试剂盒的一些实施方案中,该疾病或病症是增殖性疾病或病症。在一些实施方案中,该疾病或病症是免疫相关疾病或病症。在一些实施方案中,该疾病或病症是癌症。在一些实施方案中,该癌症选自由非小细胞肺癌,小细胞肺癌,肾细胞癌,结肠直肠癌,卵巢癌,乳腺癌,转移性乳腺癌,三重阴性乳腺癌,黑素瘤,胰腺癌,胃癌,膀胱癌,尿道上皮膀胱癌,食管癌,间皮瘤,黑素瘤,头和颈癌,甲状腺癌,肉瘤,前列腺癌,成胶质细胞瘤,宫颈癌,胸腺癌,白血病,淋巴瘤,骨髓瘤,蕈样真菌病,梅克尔细胞癌,和其它血液学恶性组成的组。
在上述试剂盒的一些实施方案中,该癌症是尿道上皮膀胱癌(UBC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,或PDGFRB中一种或多种。在一些实施方案中,该用于UBC的基质基因签名进一步包含DKK3,PDGFB,NUAK1,FGF1,PDL1M4或LRRC32中一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是非小细胞肺癌(NSCLC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是肾细胞癌(RCC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种。在一些实施方案中,该用于RCC的基质基因签名进一步包含LUM和/或POSTN。在一些实施方案中,该癌症是黑素瘤且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是三重阴性乳腺癌(TNBC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种。在一些实施方案中,该用于TNBC的基质基因签名进一步包含MMP11,BGN,或COL5A1中一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是卵巢癌且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种。在一些实施方案中,该用于卵巢癌的基质基因签名进一步包含POSTN,LOX,或TIMP3中一种或多种。在一些实施方案中,该基质基因签名进一步包含TGFβ。
在上述试剂盒的一些实施方案中,该自个体获得的样品选自由组织,全血,血浆,血清和其组合组成的组。在一些实施方案中,该组织样品是肿瘤组织样品。在一些实施方案中,该肿瘤组织样品包含肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞和其任何组合。在一些实施方案中,该组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋的,存档的,新鲜的或冷冻的。在一些实施方案中,该样品是全血。在一些实施方案中,该全血包含免疫细胞,循环肿瘤细胞和其任何组合。在一些实施方案中,在用该免疫疗法治疗前或在用该免疫疗法治疗之后获得样品。在一些实施方案中,在用该抑制性基质拮抗剂治疗前获得样品。在一些实施方案中,该免疫疗法包含CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,CD40,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMGB1,或TLR激动剂。在一些实施方案中,该免疫疗法包含CTLA-4,PD-L1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂。在一些实施方案中,该免疫疗法是PD-L1轴拮抗剂。在一些实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对它的配体结合配偶的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对B7-1的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和B7-1二者的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中,该抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,该抗体是人,人源化或嵌合抗体。在一些实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对它的配体结合配偶的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L2的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1和PD-L2二者的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中,该抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,该抗体是人,人源化或嵌合抗体。
在上述试剂盒的一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂是TGFβ,PDPN,LAIR-1,SMAD,ALK,结缔组织生长因子(CTGF/CCN2),内皮-1(ET-1),AP-1,IL-13,PDGF,LOXL2,内皮糖蛋白(CD105),FAP,podoplanin(GP38),VCAM1(CD106),THY1,β1整联蛋白(CD29),PDGFRα(CD140α),PDGFRβ(CD140β),波形蛋白,αSMA(ACTA2),结蛋白,内皮唾液酸蛋白(CD248)或FSP1(S100A4)拮抗剂。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂是吡非尼酮(pirfenidone),galunisertib或尼达尼布(nintedanib)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂是TGFβ拮抗剂。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂是TGFβ结合拮抗剂。在一些实施方案中,该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ对它的配体结合配偶的结合。在一些实施方案中,该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ对TGFβ的细胞受体的结合。在一些实施方案中,该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ的活化。在一些实施方案中,该TGFβ结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中,该抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,该抗体是人,人源化或嵌合抗体。在一些实施方案中,用该抑制性基质拮抗剂治疗容许肿瘤中升高的免疫细胞浸润。在一些实施方案中,该升高的免疫细胞浸润是升高的T细胞,B细胞,巨噬细胞,或树突细胞中一种或多种的浸润。在一些实施方案中,该T细胞是CD8+T细胞和/或Teff细胞。在一些实施方案中,该个体在用该抑制性基质拮抗剂治疗前对免疫疗法有抗性。在一些实施方案中,该个体早已施用单一疗法免疫疗法。
在上述试剂盒的一些实施方案中,使用选自由FACS,Western印迹,ELISA,免疫沉淀,免疫组织化学,免疫荧光,放射免疫测定法,点印迹,免疫检测方法,HPLC,表面等离振子共振,光谱术,用于测定来自个体的样品中基质基因签名的存在的一种或多种试剂质谱术,HPLC,qPCR,RT-qPCR,多重qPCR或RT-qPCR,RNA-seq,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,和FISH,和其组合组成的组的方法在该样品中检测该基质基因签名。在一些实施方案中,通过蛋白质表达在该样品中检测该基质基因签名。在一些实施方案中,通过免疫组织化学(IHC)测定蛋白质表达。在一些实施方案中,使用抗体检测该基质基因签名。在一些实施方案中,作为通过IHC的弱染色强度检测该基质基因签名。在一些实施方案中,作为通过IHC的中等染色强度检测该基质基因签名。在一些实施方案中,作为通过IHC的强染色强度检测该基质基因签名。在一些实施方案中,在肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞和其任何组合上检测该基质基因签名。在一些实施方案中,染色是膜染色,胞质染色和其组合。在一些实施方案中,作为该样品中的缺失或无染色检测该基质基因签名的缺失。在一些实施方案中,作为该样品中的任何染色检测该基质基因签名的存在。在一些实施方案中,通过核酸表达在该样品中检测该基质基因签名。在一些实施方案中,使用qPCR,RT-qPCR,多重qPCR或RT-qPCR,RNA-seq,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,或FISH测定该核酸表达。
在上述试剂盒的一些实施方案中,该基质基因签名的中值水平选自由(1)来自参照群体的该基质基因签名的水平；(2)来自对该免疫疗法的完全响应者和/或部分响应者的群体的该基质基因签名的水平；和(3)在第一时间点前的第二时间点来自该个体的该基质基因签名的水平组成的组。在一些实施方案中,该生物学样品中该基质基因签名的水平与该中值水平相比的变化是该水平的升高。
附图简述
图1A和B显示尿道上皮癌患者响应(图1A)和总体存活(图1B)与尿道上皮基质相关基因集A的表达的联系。
图2显示癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)尿道上皮癌分子亚型(基底较之腔)与尿道上皮基质相关基因集A的表达的联系。
图3A-G显示尿道上皮癌患者响应与个别尿道上皮基质相关基因TGFB1(图3A),DKK3(图3B),PDGFB(图3C),NUAK1(图3D),FGF1(图3E),PDLIM4(图3F),和LRRC32(图3G)的表达的联系。
图4A和B显示尿道上皮癌患者响应(图4A)和总体存活(图4B)与尿道上皮基质相关基因集B的表达的联系。
图5显示对于膀胱癌,乳腺癌,肺癌,黑素瘤,和肾癌患者样品,A集中的基因彼此之间和全部一起的Spearman相关性。
图6显示膀胱癌,乳腺癌,肺癌,黑素瘤,和肾癌患者样品中基质相关基因集A的均值-Z RNA表达。
图7A和B显示膀胱癌,乳腺癌,肺癌,黑素瘤,和肾癌患者响应(图7A)和总体存活(图7B)与基质相关基因集A的表达的联系。
图8A-E显示乳腺癌(图8A),肾癌(图8B),皮肤癌(图8C),肺癌(图8D),和膀胱癌(图8E)患者响应与基质相关基因集A的表达的联系。
图9A-E显示乳腺癌(图9A),膀胱癌(图9B),皮肤癌(图9C),肺癌(图9D),和肾癌(图9E)患者的总体存活与基质相关基因集A的表达的联系。
图10显示小鼠EMT6乳腺肿瘤模型中用抗TGFb和抗PDL1的组合疗法的一种实验图表。
图11A-C显示施用同种型抗体(图11A),抗PDL1抗体(图11B),或抗PDL1和抗TGFb1D11抗体(图11C)的EMT6乳腺肿瘤模型小鼠中的肿瘤体积值。
图12A-E显示施用同种型抗体(图12A),抗PDL1抗体(图12B),抗TGFb2G7抗体(图12C),抗TGFb 1D11抗体(图12D),或抗PDL1和抗TGFb 2G7抗体(图12E)的EMT6乳腺肿瘤模型小鼠中的肿瘤体积值。
图13A-E显示自施用与抗PDL1组合的抗TGFb 1D11的EMT6乳腺肿瘤模型小鼠分离的细胞中CD45+细胞(图13A),CD8T细胞(图13B),粒酶B+CD8T细胞(图13C),Ki67+CD8T细胞(图13D),和PD1+CD8T细胞(图13E)的丰度。
图14A和B显示自施用抗PDL1抗体,抗TGFb 1D11抗体,或抗TGFb 2G7抗体的EMT6乳腺肿瘤模型小鼠分离的CD45-细胞中的pSMAD MFI(图14A)和pSMAD+细胞百分比(图14B)。
图15A-F显示施用经由BIWx3(图15A),TIWx4(图15B),或BIWx3(图15C)的给药方案的单独的抗PDL1抗体,或经由BIWx3(图15D),TIWx4(图15E),或TIWx3(图15F)的给药方案的与抗TGFb 2G7组合的抗PDL1抗体的EMT6乳腺肿瘤模型小鼠中的肿瘤体积值。
发明详述
本发明提供用于鉴定不太可能响应单独的免疫疗法的具有疾病或病症的个体的方法,该方法包含测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受用免疫疗法和用抑制性基质拮抗剂的治疗的个体。在一些方面,本发明提供用于治疗不太可能响应单独的免疫疗法的具有疾病或病症的个体的方法,该方法包含:a)测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受治疗的个体；和b)对所述个体施用有效量的免疫疗法和抑制性基质拮抗剂。
I.定义
术语“检测”在本文中以最广义使用,包括靶分子的定性和定量测量二者。检测包括仅仅鉴定样品中靶分子的存在以及测定该靶分子是否以可检测水平存在于该样品中。
术语“多肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用,指任何长度的氨基酸聚合物。聚合物可以是线性的或分支的,它可以包含经过修饰的氨基酸,而且它可以由非氨基酸中断。该术语还涵盖已经天然地或通过干预修饰的氨基酸聚合物；例如二硫键形成,糖基化,脂质化,乙酰化,磷酸化,或任何其它操作或修饰,诸如与标记构件缀合。还包括在该定义内的是例如含有氨基酸的一种或多种类似物(包括例如非天然氨基酸,等)的多肽,以及本领域已知的其它修饰。如本文中使用的术语“多肽”和“蛋白质”具体涵盖抗体。
如本文中使用的术语“生物标志物”指能在样品中检测的指示物,例如预测性,诊断性,和/或预后性的。生物标志物可充当由某些分子,病理学,组织学,和/或临床特征表征的特定亚型的疾病或病症(例如癌症)的指示物。在一些实施方案中,生物标志物是基因。生物标志物包括但不限于多核苷酸(例如DNA和/或RNA),多核苷酸拷贝数目改变(例如DNA拷贝数),多肽,多肽和多核苷酸修饰(例如翻译后修饰),碳水化合物,和/或基于糖脂的分子标志物。
术语“生物标志物签名”,“签名”,“生物标志物表达签名”,或“表达签名”在本文中可互换使用且指其表达是指示物(例如预测性,诊断性,和/或预后性的)的一种或一组生物标志物。生物标志物签名可充当由某些分子,病理学,组织学,和/或临床特征表征的特定亚型的疾病或病症(例如癌症)的指示物。在一些实施方案中,生物标志物签名是“基因签名”。术语“基因签名”与“基因表达签名”可互换使用且指其表达是指示物(例如预测性,诊断性,和/或预后性的)的一种或一组多核苷酸。在一些实施方案中,生物标志物签名是“蛋白质签名”。术语“蛋白质签名”与“蛋白质表达签名”可互换使用且指其表达是指示物(例如预测性,诊断性,和/或预后性的)的一种或一组多肽。
术语“基质基因签名”指与基质相关的；例如与肿瘤基质相关的基因中的任一种或组合或子组合。患者中基质基因签名的基因表达样式与组织(例如肿瘤)中或周围基质(例如纤维化)的存在有关。基质基因签名的每一个个别基因或成员是“基质签名基因”。基质签名基因可以由基质细胞,由肿瘤细胞或由给定组织中基质签名基因的表达与高水平的基质(例如高水平的纤维化)相关的其它细胞表达。这些基因包括但不限于:FAP,FN1,MMP2,BGN,LOXL2,PDPN,PDGFRB,COL4A1,COL4A2,COL5A1,COL8A1,THY1,DKK3,PDGFB,NUAK1,FGF1,PDLIM4,LRRC32,POSTN,LOX,TIMP3,和TGFβ。
以相对于中值表达水平(例如该类型的癌症中(或一种癌症类型中,其中“癌症类型”意图包括癌性细胞(例如肿瘤细胞,肿瘤组织)以及围绕癌性/肿瘤环境的非癌性细胞(例如基质细胞,基质组织)中该一种或多种基质基因签名的中值表达水平)升高的表达水平“表达”一种或多种基质基因签名的样品,细胞,肿瘤,或癌症是如下的,其中一种或多种基质基因签名的表达水平被技术人员认定为对于该类型的癌症是“高基质基因签名表达水平”。一般地,此类水平会在相对于相同癌症类型的样品,细胞,肿瘤,或癌症的群体中的基质基因签名水平的约50％直至约100％或更多的范围中(例如50％,55％,60％,65％,70％,75％,80％,85％,90％,95％,100％,或更多)。例如,用于获得中值表达水平的群体可以是一般性的特定癌症样品(例如膀胱癌,乳腺癌,结肠直肠癌,胃癌,肝癌,黑素瘤,肺癌(例如非小细胞肺癌),卵巢癌,或肾细胞癌),或其亚组,诸如化疗抗性癌症,铂抗性癌症,以及高级,顽固性,或复发性癌症样品。不受理论束缚,在一些实施方案中,基质基因签名包括阻碍或抑制免疫疗法的基质相关基因的表达。在一些实施方案中,基质基因签名是个体中与来自展示对免疫疗法的完全或部分响应的癌症患者的肿瘤基质相关基因的表达相比升高的肿瘤基质相关基因的表达。
提到特定生物标志物(例如一种或多种基质基因签名)使用的“测定表达水平”意味着癌症相关生物学环境(例如肿瘤细胞中生物标志物的表达),肿瘤相关细胞(例如肿瘤相关基质细胞)中生物标志物(例如一种或多种基质基因签名)的表达,如使用诊断性测试,本文中描述的任何检测方法,或类似方法测定的。
生物标志物与个体增加的临床益处有关的“量”或“水平”是生物学样品中的可检测水平。这些可通过本领域技术人员知道的和本文中公开的方法来测量。所评估的生物标志物的表达水平或量可用于确定对治疗的响应。
术语“表达的水平”或“表达水平”一般可互换使用且一般指生物学样品中生物标志物的量。“表达”一般指信息(例如基因编码的和/或表观遗传的)转化成细胞中存在并运行的结构的过程。因此,如本文中使用的,“表达”可以指转录成多核苷酸,翻译成多肽,或甚至多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸,翻译的多肽,或多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)的片段也应视为表达的,无论它们是源自通过可变剪接生成的转录物或降解的转录物,或者是源自多肽的翻译后加工,例如通过蛋白水解。“表达的基因”包括那些转录成多核苷酸(如mRNA)且然后翻译成多肽的,而且还有那些转录成RNA但不翻译成多肽的(例如转运和核糖体RNA)。
“升高的表达”,“升高的表达水平”,或“升高的水平”指个体中生物标志物相对于对照,诸如没有罹患疾病或病症(例如癌症)的一名或多名个体,是对免疫疗法的完全或部分响应者的个体,或内部对照(例如持家生物标志物)增加的表达或增加的水平。
“降低的表达”,“降低的表达水平”,或“降低的水平”指个体中生物标志物相对于对照,诸如没有罹患疾病或病症(例如癌症)的一名或多名个体,是对免疫疗法的完全或部分响应者的个体,或内部对照(例如持家生物标志物)减少的表达或减少的水平。
术语“持家生物标志物”指典型地相似地存在于所有细胞类型中的一种生物标志物或一组生物标志物(例如多核苷酸和/或多肽)。在一些实施方案中,持家生物标志物是“持家基因”。“持家基因”在本文中指编码其活性对于细胞功能的维持而言至关紧要且典型地相似地存在于所有细胞类型中的蛋白质的一种基因或一组基因。
如本文中使用的“扩增”一般指生成想要的序列的多个拷贝的过程。“多个拷贝”指至少两个拷贝。“拷贝”并不必然意味着与模板序列的完全序列互补性或同一性。例如,拷贝可以包括核苷酸类似物诸如脱氧肌苷,有意的序列改变(诸如经由包含与模板可杂交但不互补的序列的引物引入的序列改变),和/或扩增期间发生的序列错误。
术语“免疫疗法”指使用调控免疫应答的治疗剂。免疫疗法可以是激活性免疫疗法或抑制性免疫疗法。术语“激活性免疫疗法”指使用诱导,增强,或促进免疫应答,包括例如T细胞应答的治疗剂。术语“抑制性免疫疗法”指使用干扰,遏制,或抑制免疫应答,包括例如T细胞应答的治疗剂。在一些实施方案中,本发明提供用于测定基质细胞签名以确定个体是否可受益于激活性免疫疗法与抑制性基质拮抗剂的组合的手段。
术语“PD-L1轴结合拮抗剂”是如下的分子,其抑制PD-L1轴结合配偶与一种或多种它的结合配偶相互作用,从而去除源自PD-1信号传导轴上的信号传导的T细胞功能障碍–一项结果是恢复或增强T细胞功能。如本文中使用的,PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-L1结合拮抗剂和PD-1结合拮抗剂以及干扰PD-L1和PD-1之间的相互作用的分子(例如PD-L2-Fc)。
术语“PD-L1结合拮抗剂”是如下的分子,其降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-L1与一种或多种它的结合配偶(诸如PD-1,B7-1)相互作用的信号转导。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1对它的结合配偶的结合的分子。在一个具体方面,PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1结合PD-1和/或B7-1。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂包括降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-L1与一种或多种它的结合配偶(诸如PD-1,B7-1)相互作用的信号转导的抗PD-L1抗体,其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,寡肽和其它分子。在一个实施方案中,PD-L1结合拮抗剂降低由或经由T淋巴细胞和其它细胞上表达的细胞表面蛋白质介导的负面信号(经由PD-L1或PD-1介导信号传导),从而使得功能障碍性T细胞不太非功能障碍性。
术语“PD-1结合拮抗剂”是如下的分子,其降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-1与一种或多种它的结合配偶(诸如PD-L1,PD-L2)相互作用的信号转导。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1对它的结合配偶的结合的分子。在一个具体方面,PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1和/或PD-L2的结合。例如,PD-1结合拮抗剂包括降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-1与PD-L1和/或PD-L2相互作用的信号转导的抗PD-1抗体,其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,寡肽和其它分子。在一个实施方案中,PD-1结合拮抗剂降低由或经由T淋巴细胞和其它细胞上表达的细胞表面蛋白质介导的负面信号(经由PD-1或PD-L1介导信号传导),从而使得功能障碍性T细胞不太非功能障碍性。
术语“编程性死亡配体1”和“PD-L1”在本文中指天然序列PD-L1多肽,多肽变体和天然序列多肽和多肽变体的片段(它们在本文中进一步定义)。本文中描述的PD-L1多肽可以是自多种来源,诸如自人组织类型或自另一种来源分离的,或者通过重组或合成方法制备的。
“天然序列PD-L1多肽”包含与自自然界衍生的相应PD-L1多肽具有相同氨基酸序列的多肽。“PD-L1多肽变体”或其变型意味着与如本文中公开的任何天然序列PD-L1多肽序列具有至少约80％氨基酸序列同一性的如本文中定义的PD-L1多肽,一般是活性PD-L1多肽。此类PD-L1多肽变体包括例如如下的PD-L1多肽,其中在天然氨基酸序列的N或C端添加或删除一个或多个氨基酸残基。通常,PD-L1多肽变体与如本文中公开的天然序列PD-L1多肽序列会具有至少约80％氨基酸序列同一性,或者至少约81％,82％,83％,84％,85％,86％,87％,88％,89％,90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％氨基酸序列同一性。通常,PD-L1变体多肽的长度是至少约10个氨基酸,或者长度是至少约20,30,40,50,60,70,80,90,100,110,120,130,140,150,160,170,180,190,200,210,220,230,240,250,260,270,280,281,282,283,284,285,286,287,288,289个氨基酸,或更多。任选地,PD-L1变体多肽会具有与天然PD-L1多肽序列相比不超过一处保守氨基酸替代,或者与天然PD-L1多肽序列相比不超过2,3,4,5,6,7,8,9,或10处保守氨基酸替代。
如本文中定义的术语“PD-L1拮抗剂”指部分或完全阻断,抑制,或中和由天然序列PD-L1介导的生物学活性和/或功能的任何分子。在某些实施方案中,此类拮抗剂结合PD-L1。依照一个实施方案,拮抗剂是多肽。依照另一个实施方案,拮抗剂是抗PD-L1抗体。依照另一个实施方案,拮抗剂是小分子拮抗剂。依照另一个实施方案,拮抗剂是多核苷酸拮抗剂。
如本文中定义的“抑制性基质拮抗剂”是部分或完全阻断,抑制,或中和与基质(例如肿瘤相关基质)相关的基因或基因产物的生物学活性和/或功能的任何分子。在一些实施方案中,抑制性基质拮抗剂部分或完全阻断,抑制,或中和与纤维化肿瘤相关的基因或基因产物的生物学活性和/或功能。在一些实施方案中,用抑制性基质拮抗剂的治疗导致基质降低,由此导致免疫疗法的活性升高；例如,通过提高激活性免疫细胞(例如促炎性细胞)浸润纤维化组织(例如纤维化肿瘤)的能力。
术语“TGFβ拮抗剂”是降低,阻断,抑制,消除或干扰源自TGFβ与它的相互作用配偶中的一种或多种,诸如TGFβ细胞受体相互作用的信号转导的分子。在一些实施方案中,TGFβ结合拮抗剂是抑制TGFβ对它的结合配偶的结合的分子。在一些实施方案中,TGFβ拮抗剂抑制TGFβ的活化。在一些实施方案中,TGFβ拮抗剂包括降低,阻断,抑制,消除或干扰源自TGFβ与它的相互作用配偶中的一种或多种相互作用的信号转导的抗TGFβ抗体,其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,寡肽和其它分子。
如本文中可互换使用的,“多核苷酸”或“核酸”指任何长度的核苷酸聚合物,而且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸,核糖核苷酸,经过修饰的核苷酸或碱基,和/或它们的类似物,或可以由DNA或RNA聚合酶或通过合成反应掺入聚合物的任何底物。多核苷酸可包含经过修饰的核苷酸,诸如甲基化核苷酸和它们的类似物。如果存在的话,对核苷酸结构的修饰可以在装配聚合物之前或之后进行。核苷酸的序列可以由非核苷酸构件中断。多核苷酸可以在合成之后进一步修饰,诸如通过与标记物缀合。其它类型的修饰包括例如“帽”,将一个或多个天然发生核苷酸用类似物替代,核苷酸间修饰诸如例如那些具有不带电荷的连接(例如甲基膦酸酯,磷酸三酯,磷酰胺酯(phosphoamidate),氨基甲酸酯,等)和具有带电荷的连接(例如硫代磷酸酯,二硫代磷酸酯,等)的,那些含有悬垂模块(pendantmoiety)诸如例如蛋白质(例如核酸酶,毒素,抗体,信号肽,聚L-赖氨酸,等)的,那些具有嵌入剂(例如吖啶,补骨脂素,等)的,那些含有螯合剂(例如金属,放射性金属,硼,氧化性金属,等)的,那些含有烷化剂的,那些具有经过修饰的连接(例如α端基异构核酸(anomericnucleic acid),等)的,以及未修饰形式的多核苷酸。而且,通常存在于糖中的任何羟基基团可以用例如膦酸(phosphonate)基团,磷酸(phosphate)基团替换,用标准保护基团保护,或活化以制备与另外的核苷酸的另外的连接,或者可缀合至固体或半固体支持物。可磷酸化或用胺或1至20个碳原子的有机加帽基团模块取代5’和3’末端OH。其它羟基也可衍生成标准保护基团。多核苷酸也可含有本领域普遍知道的糖核糖或脱氧核糖的类似物形式,包括例如2’-O-甲基-,2’-O-烯丙基-,2’-氟-或2’-叠氮-核糖,碳环糖类似物,α-端基异构糖,差向异构糖诸如阿拉伯糖,木糖或来苏糖,糖吡喃糖,糖呋喃糖,景天庚酮糖,无环类似物和无碱基核苷类似物诸如甲基核糖核苷。可以用备选连接基团替换一个或多个磷酸二酯连接。这些备选连接基团包括但不限于如下的实施方案,其中磷酸酯用P(O)S(“硫代酸酯”(thioate)),P(S)S(“二硫代酸酯”(dithioate)),(O)NR2(“酰胺酯”(amidate)),P(O)R,P(O)OR’,CO或CH2(“甲缩醛”(formacetal))替换,其中每一个R或R’独立是H或取代或未取代的烃基(1-20个C),任选含有醚(-O-)连接,芳基,烯基,环烷基,环烯基或芳烃基(araldyl)。并非多核苷酸中的所有连接都必需是同一的。前面的描述适用于本文中提到的所有多核苷酸,包括RNA和DNA。
如本文中使用的,“寡核苷酸”一般指短的,单链的多核苷酸,它们在长度上小于约250个核苷酸,但这不是必须的。寡核苷酸可以是合成的。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”并不互相排斥。上文关于多核苷酸的描述同等且完全可适用于寡核苷酸。
术语“引物”指能够与核酸杂交并容许互补核酸聚合(一般通过提供游离的3’-OH基团)的单链多核苷酸。
术语“小分子”指具有约2000道尔顿或更小,优选约500道尔顿或更小的分子量的任何分子。
术语“诊断”在本文中用于指对分子或病理学状态,疾病或状况(例如癌症)的鉴定或归类。例如,“诊断”可以指特定类型的癌症的鉴定。“诊断”还可以指特定亚型的癌症的归类,例如通过组织病理学标准或通过分子特征(例如由一种或一组生物标志物(例如特定基因或由所述基因编码的蛋白质)的表达表征的亚型)。
术语“帮助做出诊断”在本文中用于指帮助进行关于特定类型的疾病或病症(例如癌症)的症状或状况的存在或性质的临床确定的方法。例如,帮助做出疾病或状况(例如癌症)诊断的方法可以包含测量来自个体的生物学样品中的某些生物标志物。
如本文中使用的,术语“样品”指自感兴趣的受试者和/或个体获得或衍生的组合物,其含有要例如基于物理,生化,化学和/或生理特征表征和/或鉴定的细胞和/或其它分子实体。例如,短语“疾病样品”或其变型指自感兴趣的受试者获得的任何样品,其预期会或已知含有要表征的细胞和/或分子实体。样品包括但不限于原代或培养的细胞或细胞系,细胞上清液,细胞裂解物,血小板,血清,血浆,玻璃体液,淋巴液,滑液,滤泡液,精液,羊水,乳,全血,血液衍生的细胞,尿液,脑脊髓液,唾液,痰,泪液,汗液,粘液,肿瘤裂解物,和组织培养液,组织提取物诸如匀浆化组织,肿瘤组织,细胞提取物,和其组合。
“组织样品”或“细胞样品”意味着自受试者或个体的组织获得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是实体组织如来自新鲜的,冷冻的和/或保存的器官,组织样品,活检,和/或抽吸物；血液或任何血液组分诸如血浆；体液诸如脑脊髓液,羊水,腹膜液,或间质液；来自受试者的妊娠或发育中的任何时间的细胞。组织样品还可以是原代或培养的细胞或细胞系。任选地,组织或细胞样品是自疾病组织/器官获得的。组织样品可含有在自然界中并不天然与组织混杂的化合物,诸如防腐剂,抗凝血剂,缓冲剂,固定剂,营养物,抗生素,等等。
如本文中使用的,“参照样品”,“参照细胞”,“参照组织”,“对照样品”,“对照细胞”,或“对照组织”指用于比较目的的样品,细胞,组织,标准,或水平。在一个实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是自同一受试者或个体的身体的健康和/或非患病部分(例如组织或细胞)获得的。例如,临近患病细胞或组织的健康和/或未患病细胞或组织(例如临近肿瘤的细胞或组织)。在另一个实施方案中,参照样品是自同一受试者或个体的身体的未治疗组织和/或细胞获得的。在还有另一个实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是自不是该受试者或个体的个体的身体的健康和/或未患病部分(例如组织或细胞)获得的。在甚至另一个实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是自不是该受试者或个体的个体的身体的未治疗组织和/或细胞获得的。在一些实施方案中,参照样品是如下的个体,其是对免疫疗法的完全响应者或部分响应者。在一些实施方案中,参照样品是来自是对免疫疗法的完全响应者或部分响应者的个体的样品的数据库。
出于本文中的目的,组织样品的“切片”意味着一块或一片组织样品,例如自组织样品切割的一薄片组织或细胞。理解的是,可以取得组织样品的多个切片并提交分析,前提是理解组织样品的同一切片可以以形态学和分子水平二者分析,或者关于多肽和多核苷酸二者分析。
“关联”意味着以任何方式比较第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果。例如,可以在进行第二方案中使用第一分析或方案的结果,和/或可以使用第一分析或方案的结果来决定是否应当实施第二分析或方案。关于多肽分析或方案的实施方案,可以使用多肽表达分析或方案的结果来决定是否应当实施一种具体的治疗方案。关于多核苷酸分析或方案的实施方案,可以使用多核苷酸表达分析或方案的结果来决定是否应当实施一种具体的治疗方案。
“个体响应”或“响应”可使用指示对个体的益处的任何终点来评估,包括但不限于:(1)一定程度地抑制疾病进展(例如癌症进展),包括减缓和完全阻滞；(2)缩小肿瘤尺寸；(3)抑制(即减轻,减缓或完全停止)癌细胞浸润入邻近的周围器官和/或组织；(4)抑制(即减轻,减缓或完全停止)转移；(5)一定程度地减轻与疾病或病症(例如癌症)相关的一种或多种症状；(6)存活(包括总体存活和无进展存活)的长度增加或延长；和/或(9)治疗之后的给定时间点时的死亡率降低。
患者对用药物的治疗的“有效响应”或“响应性”和类似用词指对处于疾病或病症(诸如癌症)风险或罹患疾病或病症(诸如癌症)的患者给予的临床或治疗益处。在一个实施方案中,此类益处包括下述任一项或多项:延长存活(包括总体存活和无进展存活)；导致客观响应(包括完全响应或部分响应)；或改善癌症的体征或症状。在一个实施方案中,使用基质基因签名来鉴定预测具有与在用抑制性基质拮抗剂的治疗缺失下用免疫疗法的治疗相比升高的可能性对用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的组合的治疗是响应性的患者。
“存活”指患者保持存活,而且包括总体存活以及无进展存活。
总体存活指患者自诊断或治疗的时间起保持活着达限定的时间段,诸如1年,5年,等。
无进展存活指患者保持存活,没有癌症进展或变得更坏。
“延长存活”意味着在接受治疗的患者中相对于未接受治疗的患者(即相对于未用药物治疗的患者),或相对于不以指定水平表达生物标志物的患者,和/或相对于用已经批准的抗肿瘤剂治疗的患者增加总体存活或无进展存活。客观响应指可测量的响应,包括完全响应(CR)或部分响应(PR)。
完全响应或“CR”意指癌症的所有体征响应治疗而消失。这并不总是意味着癌症已经治愈。
部分响应或“PR”指身体中一处或多处肿瘤或损害的大小或癌症的程度响应治疗而减小。
如本文中使用的,术语“实质性相同”表示两个数值之间足够高程度的相似,使得本领域技术人员会认为在通过所述数值(例如Kd值或表达)测量的生物学特征的语境内两个值之间的差异具有很小的或没有生物学和/或统计学意义。作为参照/比较物值的函数,所述两个值之间的差异例如小于约50％,小于约40％,小于约30％,小于约20％,和/或小于约10％。
如本文中使用的,短语“实质性不同”表示两个数值之间足够高程度的差异,使得本领域技术人员会认为在通过所述值(例如Kd值)测量的生物学特征的语境内两个值之间的差异具有统计学意义。作为参照/比较物分子的值的函数,所述两个值之间的差异例如大于约10％,大于约20％,大于约30％,大于约40％,和/或大于约50％。
药剂的“有效量”指在必需的剂量和时间段上有效实现想要的治疗结果的量。
“治疗有效量”指治疗剂在哺乳动物中治疗或预防疾病或病症的量。在癌症的情况中,治疗有效量的治疗剂可减少癌细胞的数目；缩小原发性肿瘤尺寸；抑制(即一定程度地减缓和优选停止)癌细胞浸润入周围器官；抑制(即一定程度地减缓和优选停止)肿瘤转移；一定程度地抑制肿瘤生长；和/或一定程度地减轻一种或多种与病症相关的症状。就药物可阻止现有癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞的程度而言,它可以是细胞抑制性的和/或细胞毒性的。对于癌症疗法,体内功效可以例如通过评估存活的持续时间,距疾病进展的时间(TTP),响应率(RR),响应的持续时间,和/或生活质量来测量。
术语“癌症”和“癌性的”指或描述哺乳动物中典型地以不受调节的细胞生长为特征的生理状况。此定义中包括的是良性和恶性癌症。“早期癌症”或“早期肿瘤”意味着并非侵入性或转移性的或归类为0,I,或II期癌症的癌症。癌症的例子包括但不限于癌,淋巴瘤,母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤),肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤),神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤,胃泌素瘤,和胰岛细胞癌),间皮瘤,施旺细胞瘤(包括听神经瘤),脑膜瘤,腺癌,黑素瘤,和白血病或淋巴样恶性。此类癌症的更特别例子包括鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌),肺癌包括小细胞肺癌(SCLC),非小细胞肺癌(NSCLC),肺的腺癌和肺的鳞癌,腹膜癌,肝细胞癌,胃的癌或胃癌包括胃肠癌,胰腺癌,成胶质细胞瘤,宫颈癌,卵巢癌,肝癌,膀胱癌,尿道上皮膀胱癌,肝瘤,乳腺癌(包括转移性乳腺癌),结肠癌,直肠癌,结肠直肠癌,子宫内膜或子宫癌,唾液腺癌,肾癌或肾的癌,前列腺癌,外阴癌,甲状腺癌,肝的癌,肛门癌,阴茎癌,梅克尔细胞癌,蕈样真菌病,睾丸癌,食管癌,胆管肿瘤,以及头和颈癌和造血恶性。在一些实施方案中,癌症是三重阴性转移性乳腺癌,包括具有局部复发性或转移性疾病(其中局部复发性疾病不适合具有治愈意图的切除)的任何经组织学确认的三重阴性(ER-,PR-,HER2-)乳腺癌。
术语“药学配制剂”指如下的制剂,其处于允许其中含有的活性组分的生物学活性是有效的形式,而且不含有对会施用该配制剂的受试者有不可接受的毒性的另外的成分。
“药学可接受载剂”指药学配制剂中在活性组分以外对受试者无毒的组分。药学可接受载剂包括但不限于缓冲剂,赋形剂,稳定剂,或防腐剂。
如本文中使用的,“治疗/处理”(及其语法变型)指试图改变所治疗的个体的自然进程的临床干预,而且可以在临床病理学的进程期间实施。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或复发,缓解症状,削弱疾病的任何直接或间接病理学后果,预防转移,减缓疾病进展的速率,改善或减轻疾病状态,和免除或改善预后。在一些实施方案中,使用抗体来延迟疾病的形成或减缓疾病的进展。
术语“抗癌症疗法”指在治疗癌症中有用的疗法。抗癌症治疗剂的例子包括但不限于例如化疗剂,生长抑制剂,细胞毒剂,放射疗法中使用的药剂,抗血管发生剂,凋亡剂,抗微管蛋白剂,和其它治疗癌症的药剂,抗CD20抗体,血小板衍生生长因子抑制剂(例如GleevecTM(甲磺酸伊马替尼)),COX-2抑制剂(例如塞来考昔),干扰素,细胞因子,结合一种或多种以下靶物的拮抗剂(例如中和性抗体):PDGFR-β,BlyS,APRIL,BCMA受体,TRAIL/Apo2,和其它生物活性和有机化学剂,等。其组合也包括在本发明中。如本文中使用的术语“细胞毒剂”指抑制或阻止细胞的功能和/或引起对细胞的破坏的物质。该术语意图包括放射性同位素(例如At211,I131,I125,Y90,Re186,Re188,Sm153,Bi212,P32和Lu的放射性同位素),化疗剂,例如甲氨蝶呤(methotrexate),阿霉素(adriamycin),长春花生物碱(vincaalkaloid)(长春新碱(vincristine),长春碱(vinblastine),依托泊苷(etoposide)),多柔比星(doxorubicin),美法仑(melphalan),丝裂霉素(mitomycin)C,苯丁酸氮芥(chlorambucil),柔红霉素(daunorubicin)或其它嵌入剂,酶和其片段,诸如溶核酶,抗生素,和毒素,诸如小分子毒素或细菌,真菌,植物或动物起源的酶活性毒素,包括其片段和/或变体,和下文公开的各种抗肿瘤或抗癌症剂。下文描述了其它细胞毒剂。杀肿瘤剂引起对肿瘤细胞的破坏。
“化疗剂”指在治疗癌症中有用的化学化合物。化疗剂的例子包括烷化剂(alkylating agent),诸如塞替派(thiotepa)和环磷酰胺(cyclophosphamide)
Figure BDA0001913510460000231
磺酸烷基酯(alkyl sulfonate),诸如白消安(busulfan),英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶(aziridine),诸如苯佐替派(benzodopa),卡波醌(carboquone),美妥替派(meturedopa),和乌瑞替派(uredopa)；乙撑亚胺(ethylenimine)和甲基蜜胺(methylamelamine),包括六甲蜜胺(altretamine),三乙撑蜜胺(triethylenemelamine),三乙撑磷酰胺(triethylenephosphoramide),三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylomelamine)；番荔枝内酯(acetogenin)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；δ-9-四氢大麻酚(tetrahydrocannabinol)(屈大麻酚(dronabinol),
Figure BDA0001913510460000232
)；β-拉帕醌(lapachone)；拉帕醇(lapachol)；秋水仙素(colchicine)；白桦脂酸(betulinicacid)；喜树碱(camptothecin)(包括合成类似物托泊替康(topotecan)
Figure BDA0001913510460000233
CPT-11(伊立替康(irinotecan),
Figure BDA0001913510460000234
),乙酰喜树碱,东莨菪亭(scopolectin),和9-氨基喜树碱)；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065(包括它的阿多来新(adozelesin),卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；鬼臼毒素(podophyllotoxin)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；替尼泊苷(teniposide)；隐藻素(cryptophycin)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；度卡霉素(duocarmycin)(包括合成类似物,KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海绵抑素(spongistatin)；氮芥(nitrogen mustard),诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil),萘氮芥(chlornaphazine),胆磷酰胺(chlorophosphamide),雌莫司汀(estramustine),异环磷酰胺(ifosfamide),双氯乙基甲胺(mechlorethamine),盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride),美法仑(melphalan),新氮芥(novembichin),苯芥胆甾醇(phenesterine),泼尼莫司汀(prednimustine),曲磷胺(trofosfamide),尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝脲(nitrosourea),诸如卡莫司汀(carmustine),氯脲菌素(chlorozotocin),福莫司汀(fotemustine),洛莫司汀(lomustine),尼莫司汀(nimustine),和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素,诸如烯二炔类抗生素(例如加利车霉素(calicheamicin),尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ωI1(参见例如Nicolaou et al.,Angew.ChemIntl.Ed.Engl.,33:183-186(1994))；CDP323,一种口服α-4整联蛋白抑制剂；达内霉素(dynemicin),包括达内霉素A；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素发色团),阿克拉霉素(aclacinomysin),放线菌素(actinomycin),氨茴霉素(authramycin),偶氮丝氨酸(azaserine),博来霉素(bleomycin),放线菌素C(cactinomycin),carabicin,洋红霉素(carminomycin),嗜癌霉素(carzinophilin),色霉素(chromomycin),放线菌素D(dactinomycin),柔红霉素(daunorubicin),地托比星(detorubicin),6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸,多柔比星(doxorubicin)(包括
Figure BDA0001913510460000241
吗啉代多柔比星,氰基吗啉代多柔比星,2-吡咯代多柔比星,盐酸多柔比星脂质体注射剂
Figure BDA0001913510460000242
脂质体多柔比星TLC D-99
Figure BDA0001913510460000243
PEG化脂质体多柔比星
Figure BDA0001913510460000244
和脱氧多柔比星),表柔比星(epirubicin),依索比星(esorubicin),伊达比星(idarubicin),麻西罗霉素(marcellomycin),丝裂霉素(mitomycin)诸如丝裂霉素C,霉酚酸(mycophenolic acid),诺拉霉素(nogalamycin),橄榄霉素(olivomycin),培洛霉素(peplomycin),泊非霉素(porfiromycin),嘌呤霉素(puromycin),三铁阿霉素(quelamycin),罗多比星(rodorubicin),链黑菌素(streptonigrin),链佐星(streptozocin),杀结核菌素(tubercidin),乌苯美司(ubenimex),净司他丁(zinostatin),佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物,诸如甲氨蝶呤(methotrexate),吉西他滨(gemcitabine)
Figure BDA0001913510460000245
替加氟(tegafur)
Figure BDA0001913510460000246
卡培他滨(capecitabine)
Figure BDA0001913510460000247
埃坡霉素(epothilone),和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物,诸如二甲叶酸(denopterin),甲氨蝶呤(methotrexate),蝶酰三谷氨酸(pteropterin),三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物,诸如氟达拉滨(fludarabine),6-巯基嘌呤(mercaptopurine),硫咪嘌呤(thiamiprine),硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物,诸如安西他滨(ancitabine),阿扎胞苷(azacitidine),6-氮尿苷,卡莫氟(carmofur),阿糖胞苷(cytarabine),双脱氧尿苷(dideoxyuridine),去氧氟尿苷(doxifluridine),依诺他滨(enocitabine),氟尿苷(floxuridine)；雄激素,诸如卡鲁睾酮(calusterone),丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate),表硫雄醇(epitiostanol),美雄烷(mepitiostane),睾内酯(testolactone)；抗肾上腺,诸如氨鲁米特(aminoglutethimide),米托坦(mitotane),曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂,诸如亚叶酸(frolinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfornithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；埃坡霉素(epothilone)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；美登木生物碱(maytansinoid),诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；
Figure BDA0001913510460000251
多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,OR)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西索菲兰(sizofiran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2’,2”-三氯三乙胺；单端孢菌素(trichothecene)(尤其是T-2毒素,疣孢菌素(verracurin)A,杆孢菌素(roridin)A和蛇行菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)
Figure BDA0001913510460000252
达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；塞替派(thiotepa)；类紫杉醇(taxoid),例如帕利他塞(paclitaxel)
Figure BDA0001913510460000253
帕利他塞的清蛋白改造的纳米颗粒配制剂(ABRAXANETM),和多西他塞(docetaxel)
Figure BDA0001913510460000254
苯丁酸氮芥(chloranbucil)；6-硫鸟嘌呤(thioguanine)；巯基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate)；铂剂,诸如顺铂(cisplatin),奥沙利铂(oxaliplatin)(例如
Figure BDA0001913510460000255
),和卡铂(carboplatin)；长春药(vinca),其阻止微管蛋白聚合形成微管,包括长春碱(vinblastine)
Figure BDA0001913510460000256
长春新碱(vincristine)
Figure BDA0001913510460000257
长春地辛(vindesine)
Figure BDA0001913510460000258
Figure BDA0001913510460000259
和长春瑞滨(vinorelbine)
Figure BDA00019135104600002510
依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；亚叶酸(leucovorin)；能灭瘤(novantrone)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；伊本膦酸盐(ibandronate)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄醇(retinoid),诸如视黄酸(retinoicacid),包括贝沙罗汀(bexarotene)
Figure BDA0001913510460000261
二膦酸盐(bisphosphonate),诸如氯膦酸盐(clodronate)(例如
Figure BDA0001913510460000262
或
Figure BDA0001913510460000263
),依替膦酸钠(etidronate)
Figure BDA0001913510460000264
NE-58095,唑来膦酸/唑来膦酸盐(zoledronic acid/zoledronate)
Figure BDA0001913510460000265
阿伦膦酸盐(alendronate)
Figure BDA0001913510460000266
帕米膦酸盐(pamidronate)
Figure BDA0001913510460000267
替鲁膦酸盐(tiludronate)
Figure BDA0001913510460000268
或利塞膦酸盐(risedronate)
Figure BDA0001913510460000269
曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；反义寡核苷酸,特别是那些抑制牵涉异常细胞增殖的信号传导途经中的基因表达的,诸如例如PKC-α,Raf,H-Ras,和表皮生长因子受体(EGF-R)；疫苗,诸如
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疫苗和基因疗法疫苗,例如
Figure BDA00019135104600002611
疫苗,
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疫苗,和
Figure BDA00019135104600002613
疫苗；拓扑异构酶1抑制剂(例如
Figure BDA00019135104600002614
)；rmRH(例如
Figure BDA00019135104600002615
)；BAY439006(索拉非尼(sorafenib)；Bayer)；SU-11248(舒尼替尼(sunitinib),
Figure BDA00019135104600002616
Pfizer)；哌立福辛(perifosine),COX-2抑制剂(例如塞来考昔(celecoxib)或艾托考昔(etoricoxib)),蛋白酶体抑制剂(例如PS341)；硼替佐米(bortezomib)
Figure BDA00019135104600002617
CCI-779；替吡法尼(tipifarnib)(R11577)；奥拉非尼(orafenib),ABT510；Bcl-2抑制剂,诸如奥利默森钠(oblimersen sodium)
Figure BDA00019135104600002618
匹杉琼(pixantrone)；EGFR抑制剂(见下文定义)；酪氨酸激酶抑制剂(见下文定义)；丝氨酸-苏氨酸激酶抑制剂,诸如雷帕霉素(rapamycin)(西罗莫司(sirolimus),
Figure BDA00019135104600002619
)；法尼基转移酶抑制剂,诸如洛那法尼(lonafarnib)(SCH 6636,SARASARTM)；和任何上述各项的药学可接受盐,酸或衍生物；以及两种或更多种上述各项的组合,诸如CHOP(环磷酰胺,多柔比星,长春新碱,和泼尼松龙的组合疗法的缩写)；和FOLFOX(奥沙利铂(ELOXATINTM)与5-FU和亚叶酸组合的治疗方案的缩写)。
如本文中定义的化疗剂包括起调节,降低,阻断,或抑制可促进癌症生长的激素的效果的作用的“抗激素剂”或“内分泌治疗剂”。它们自身可以是激素,包括但不限于:具有混合的激动剂/拮抗剂概况的抗雌激素,包括他莫昔芬(tamoxifen)
Figure BDA00019135104600002620
4-羟基他莫昔芬,托瑞米芬(toremifene)
Figure BDA00019135104600002621
艾多昔芬(idoxifene),屈洛昔芬(droloxifene),雷洛昔芬(raloxifene)
Figure BDA00019135104600002622
曲沃昔芬(trioxifene),那洛昔芬(keoxifene),和选择性雌激素受体调控剂(SERM),诸如SERM3；没有激动剂特性的纯粹抗雌激素,诸如氟维司群(fulvestrant)
Figure BDA0001913510460000271
和EM800(此类药剂可阻断雌激素受体(ER)二聚化,抑制DNA结合,提高ER周转,和/或遏制ER水平)；芳香酶抑制剂,包括类固醇芳香酶抑制剂,诸如福美坦(formestane)和依西美坦(exemestane)
Figure BDA0001913510460000272
和非类固醇芳香酶抑制剂,诸如阿那曲唑(anastrazole)
Figure BDA0001913510460000273
来曲唑(letrozole)
Figure BDA0001913510460000274
和氨鲁米特(aminoglutethimide),和其它芳香酶抑制剂,包括伏氯唑(vorozole)
Figure BDA0001913510460000275
醋酸甲地孕酮(megestrol acetate)
Figure BDA0001913510460000276
法倔唑(fadrozole),和4(5)-咪唑；促黄体生成激素释放激素激动剂,包括亮丙瑞林(leuprolide)(
Figure BDA0001913510460000277
和
Figure BDA0001913510460000278
),戈舍瑞林(goserelin),布舍瑞林(buserelin),和曲普瑞林(tripterelin)；性类固醇(sex steroid),包括妊娠素(progestine),诸如醋酸甲地孕酮(megestrol acetate)和醋酸甲羟孕酮(medroxyprogesterone acetate),雌激素,诸如二乙基己烯雌酚(diethylstilbestrol)和普雷马林(premarin),和雄激素/类视黄醇,诸如氟甲睾酮(fluoxymesterone),全反式视黄酸(all transretionic acid)和芬维A胺(fenretinide)；奥那司酮(onapristone)；抗孕酮；雌激素受体下调剂(ERD)；抗雄激素,诸如氟他米特(flutamide),尼鲁米特(nilutamide)和比卡米特(bicalutamide)；和任何上述各项的药学可接受盐,酸或衍生物；以及两种或多种上述各项的组合。
如此申请中使用的术语“前药”指药学活性物质的前体或衍生物形式,其与母药相比对肿瘤细胞的细胞毒性较小且能够酶促活化或转变成活性更高的母药形式。参见例如Wilman,“Prodrugs in Cancer Chemotherapy”Biochemical Society Transactions,14,pp.375-382,615th Meeting Belfast(1986)和Stella et al.,“Prodrugs:A ChemicalApproach to Targeted Drug Delivery,”Directed Drug Delivery,Borchardt et al.,(ed.),pp.247-267,Humana Press(1985)。此发明的前药包括但不限于含磷酸盐/酯前药,含硫代磷酸盐/酯前药,含硫酸盐/酯前药,含肽前药,D-氨基酸修饰前药,糖基化前药,含β-内酰胺前药,含任选取代苯氧基乙酰胺前药或含任选取代苯乙酰胺前药,可转化成活性更高而无细胞毒性的药物的5-氟胞嘧啶和其它5-氟尿苷前药。可衍生成供此发明中使用的前药形式的细胞毒性药物的例子包括但不限于上文描述的那些化疗剂。
“生长抑制剂”在本文中使用时指抑制细胞(例如或在体外或在体内其生长依赖于PD-L1表达的细胞)的生长的化合物或组合物。生长抑制剂的例子包括阻断细胞周期行进(处于S期以外的位置)的药剂,诸如诱导G1停滞和M期停滞的药剂。经典的M期阻断剂包括长春药(长春新碱(vincristine)和长春碱(vinblastine)),紫杉烷(taxane),和拓扑异构酶II抑制剂诸如多柔比星(doxorubicin),表柔比星(epirubicin),柔红霉素(daunorubicin),依托泊苷(etoposide),和博来霉素(bleomycin)。那些阻滞G1的药剂也溢出进入S期停滞,例如DNA烷化剂诸如他莫昔芬(tamoxifen),泼尼松(prednisone),达卡巴嗪(dacarbazine),双氯乙基甲胺(mechlorethamine),顺铂(cisplatin),甲氨蝶呤(methotrexate),5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil),和ara-C。更多信息可见于The MolecularBasis of Cancer,Mendelsohn and Israel,eds.,Chapter 1,entitled“Cell cycleregulation,oncogenes,and antineoplastic drugs”by Murakami et al.(WB Saunders:Philadelphia,1995),尤其是第13页。紫杉烷(帕利他赛(paclitaxel)和多西他赛(docetaxel))是自紫杉树衍生的抗癌药。自欧洲紫杉衍生的多西他赛(
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Rhone-Poulenc Rorer)是帕利他赛(
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Bristol-Myers Squibb)的一种半合成类似物。帕利他赛和多西他赛促进自微管蛋白二聚体装配成微管且通过阻止解聚使微管稳定,这导致对细胞中有丝分裂的抑制。
“放射疗法”意味着使用定向伽马射线或贝塔射线来诱导对细胞的足够损伤,从而限制细胞正常发挥功能的能力或全然破坏细胞。会领会的是,本领域知道会有许多方式来确定治疗的剂量和持续时间。典型的治疗作为一次施用来给予且典型剂量范围为每天10至200个单位(戈瑞(Gray))。
“个体”或“受试者”是哺乳动物。哺乳动物包括但不限于驯养的动物(例如牛,绵羊,猫,犬,和马),灵长类(例如人和非人灵长类,诸如猴),家兔,和啮齿类(例如小鼠和大鼠)。在某些实施方案中,个体或受试者是人。
术语“并行”在本文中用于指施用两种或更多种治疗剂,其中至少部分施用在时间上交叠。因而,并行施用包括如下的剂量给药方案,一种或多种药剂的施用在中断一种或多种其它药剂的施用之后继续。
“降低或抑制”意味着引起20％,30％,40％,50％,60％,70％,75％,80％,85％,90％,95％,或更大的总体降低的能力。降低或抑制可以指所治疗的病症的症状,转移的存在或大小,或原发性肿瘤的大小。
术语“包装插页”用于指通常包括在治疗用产品的商业包装中的说明书,它们含有关于关注此类治疗用产品的使用的适应征,用法,剂量,施用,组合疗法,禁忌症和/或警告的信息。
“制品”是包含至少一种试剂,例如用于治疗疾病或病症(例如癌症)的药物或用于特异性检测本文中描述的生物标志物的探针的任何制造物(例如包装或容器)或试剂盒。在某些实施方案中,制造物或试剂盒以用于实施本文中描述的方法的单位推销,分销,或销售。
“目标受众”是接受如通过推销或做广告(尤其是为了特定用途,治疗,或适应症)的特定药物宣传或意图宣传的人群或机构,诸如个体,群体,报纸,医学文献,和杂志的读者,电视或因特网观众,无线电或因特网听众,内科医师,药品公司,等。短语“基于”在本文中使用时意味着关于一种或多种生物标志物的信息用于告知治疗决策,包装插页上提供的信息,或营销/促销指导,等。
如本领域技术人员理解的,本文中提到“约”某值或参数包括(且描述)针对该值或参数本身的实施方案。例如,提到“约X”的描述包括对“X”的描述。
“捕捉抗体”指特异性结合样品中的靶分子的抗体。在某些条件下,捕捉抗体与靶分子形成复合物,使得抗体-靶分子复合物能与样品的剩余部分分开。在某些实施方案中,此类分开可包括清洗掉样品中不结合捕捉抗体的物质或材料。在某些实施方案中,捕捉抗体可附着至固体支持物表面,诸如例如但不限于板或珠。
“检测抗体”指特异性结合样品中或样品-捕捉抗体组合材料中的靶分子的抗体。在某些条件下,检测抗体与靶分子或与靶分子-捕捉抗体复合物形成复合物。检测抗体能够或是直接地经由可放大的标记物或是间接地例如经由使用经过标记且结合检测抗体的另一种抗体来检测。对于直接标记,检测抗体典型地缀合至通过一些手段可检测的模块,例如包括但不限于生物素或钌。
术语“标记物”或“可检测标记物”指能连接至要检测或量化的物质,例如抗体的任何化学基团或模块。典型地,标记物是适合于物质的灵敏检测或量化的可检测标记物。可检测标记物的例子包括但不限于发光标记物,例如发荧光,发磷光,化学发光,生物发光和电化学发光标记物,放射性标记物,酶,颗粒,磁性物质,电活性种类等等。或者,可检测标记物可通过参与特异性结合反应来发出它的存在的信号。此类标记物的例子包括半抗原,抗体,生物素,链霉亲合素,His标签,氮川三乙酸,谷胱甘肽S-转移酶,谷胱甘肽等等。
术语“检测手段”指用于经由随后在测定法中读出的信号报告来检测可检测抗体的存在的模块或技术。典型地,检测手段采用放大固定化标记物,诸如捕捉到微量滴定板上的标记物,例如亲合素或链霉亲合素-HRP的试剂。
“光致发光”指材料在吸收光(或者称作电磁辐射)之后发光的过程。荧光和磷光是两种不同类型的光致发光。“化学发光”过程牵涉通过化学反应产生发光种类。“电化学发光”或“ECL”是例如抗体的种类在适宜的周围化学环境中暴露于电化学能时发光的过程。
“结合”感兴趣抗原(例如宿主细胞蛋白质)的抗体是如下的,其以足够亲和力结合抗原,使得该抗体作为测定法试剂,例如作为捕捉抗体或作为检测抗体是有用的。典型地,此类抗体并不与其它多肽显著地交叉反应。
关于多肽对靶分子的结合,术语“特异性结合”特定多肽或特定多肽靶上的表位或“对其特异性的”意味着与非特异性相互作用可测量地不同的结合。特异性结合可例如通过与对照分子的结合相比测定靶分子的结合来测量,对照分子一般是不具有结合活性的具有相似结构的分子。
“亲和力”指分子(例如抗体)的单一结合位点和它的结合配偶(例如抗原)之间非共价相互作用的全部总和的强度。除非另外指明,如本文中使用的,“结合亲和力”指反映结合对的成员(例如抗体和抗原)之间1:1相互作用的内在结合亲和力。分子X对它的配偶Y的亲和力一般可以用解离常数(Kd)来表述。亲和力可以通过本领域知道的常用方法来测量,包括本文中描述的那些。
“有活性的”或“活性”出于本文中的目的指多肽保留天然或天然发生多肽的生物学和/或免疫学活性的形式,其中“生物学”活性指由天然或天然发生多肽引起的,除了诱导针对天然或天然发生多肽拥有的抗原性表位的抗体生成的能力以外的生物学功能(或是抑制性的或是刺激性的),而“免疫学”活性指诱导针对天然或天然发生多肽拥有的抗原性表位的抗体生成的能力。
术语“拮抗剂”以最广义使用,而且包括部分或完全阻断,抑制,或中和天然多肽的生物活性的任何分子。以类似的方式,术语“激动剂”以最广义使用且包括模拟天然多肽的生物活性的任何分子。合适的激动剂或拮抗剂分子具体包括激动性或拮抗性抗体或抗体片段,天然多肽的片段或氨基酸序列变体,等。用于鉴定多肽的激动剂或拮抗剂的方法可包括使多肽与候选激动剂或拮抗剂分子接触和测量正常情况下与多肽相关的一种或多种生物学活性的可检测变化。
术语“抗体”在本文中以最广义使用且具体涵盖单克隆抗体,多克隆抗体,半抗体,自至少两种完整抗体形成的多特异性抗体(例如双特异性抗体),和抗体片段,只要它们展现想要的生物学活性。在本文中术语“免疫球蛋白”(Ig)与抗体可互换使用。
抗体是天然发生免疫球蛋白分子,其具有不同的结构,均基于免疫球蛋白折叠。例如,IgG抗体具有两条“重”链和两条“轻”链,它们成二硫键以形成功能性抗体。又例如,通过一个或多个二硫键连接的一条重链和一条轻链形成功能性半抗体。每条重和轻链本身包含一个“恒定”(C)区和一个“可变”(V)区。V区决定抗体的抗原结合特异性,而C区在与免疫效应器的非抗原特异性相互作用中提供结构支持和功能。抗体或抗体的抗原结合片段的抗原结合特异性是抗体特异性结合特定抗原的能力。
抗体的抗原结合特异性由V区的结构特征决定。可变性在可变域的110个氨基酸跨度上并非均匀分布。而是说,V区由通过每个长9-12个氨基酸的称为“高变区”的极具可变性的较短区域隔开的15-30个氨基酸的称为框架区(FR)的相对不变区段组成。天然重和轻链的可变域每个包含四个FR,主要采取β-片层构型,由形成环连接且在一些情况中形成β-片层结构的一部分的三个高变区连接。每条链的高变区通过FR紧密靠近地保持在一起,而且与来自另一条链的高变区一起促成抗体的抗原结合位点的形成(参见Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。恒定域并不直接参与使抗体结合抗原,但是展现各种效应器功能,诸如抗体在体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)中的参与。
每个V区典型地包含三个互补决定区(“CDR”,其每个含有一个“高变环”)和四个框架区。抗体结合位点(以实质性亲和力结合特定期望抗原需要的最小结构单元)因此会典型地包括三个CDR,和至少三个,优选四个散布其间以保持和呈现适宜构象的CDR的框架区。经典的四链抗体具有由VH和VL域合作定义的抗原结合位点。某些抗体(诸如骆驼和鲨鱼抗体)缺乏轻链且仅仅依赖于由重链形成的结合位点。可制备单域工程化免疫球蛋白,其中结合位点由单独的重链或轻链形成,缺失VH和VL之间的合作。
术语“可变”指如下的实情,可变域的某些部分在抗体间在序列上广泛不同且用于每种特定抗体对它的特定抗原的结合和特异性。然而,可变性并非遍及抗体的可变域均匀分布。在轻链和重链可变域二者中,它集中在三个称为高变区的区段中。可变域的更高度保守的部分称为框架区(FR)。天然重和轻链的可变域每个包含四个FR,主要采用β-片层构型,由形成环连接且在一些情况中形成β-片层结构的一部分的三个高变区连接。每条链的高变区通过FR紧密靠近地保持在一起,而且与来自另一条链的高变区一起促成抗体的抗原结合位点的形成(参见Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD.(1991))。恒定域并不直接参与使抗体结合抗原,但是展现各种效应器功能,诸如抗体在抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)中的参与。
术语“高变区”在本文中使用时指抗体中负责抗原结合的氨基酸残基。高变区可包含来自“互补决定区”或“CDR”的氨基酸残基(例如VL中的约残基24-34(L1),50-56(L2)和89-97(L3)左右,和VH中的约31-35B(H1),50-65(H2)和95-102(H3)左右(Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))和/或那些来自“高变环”的残基(例如VL中的残基26-32(L1),50-52(L2)和91-96(L3),和VH中的26-32(H1),52A-55(H2)和96-101(H3)(Chothiaand and Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。
“框架”或“FR”残基是那些除了如本文中定义的高变区残基以外的可变域残基。
“铰链区”在抗体或半抗体的语境中一般定义为自人IgG1的Glu216至Pro230的区段(Burton,Molec.Immunol.22:161-206(1985))。其它IgG同种型的铰链区可以通过将第一个和最后一个形成重链间S-S键的半胱氨酸残基置于相同位置而与IgG1序列比对。
Fc区的“下部铰链区”正常情况下定义为紧邻铰链区的C端的一段残基,即Fc区的残基233至239。在本发明之前,FcγR结合一般归于IgG Fc区的下部铰链区中的氨基酸残基。
人IgG Fc区的“CH2域”通常自IgG的约残基231延伸至约340。CH2域的独特之处在于它没有与另一域紧密配对。而是说,有两条N连接的分支的碳水化合物链介于完整天然IgG分子的两个CH2域之间。推测该碳水化合物可能提供域-域配对的替代且帮助使CH2域稳定(Burton,Molec.Immunol.22:161-206(1985))。
“CH3域”包含Fc区中CH2域C端的一段残基(即自IgG的约氨基酸残基341至约氨基酸残基447)。
“抗体片段”包含完整抗体的一部分,优选包含其抗原结合区。抗体片段的例子包括Fab,Fab’,F(ab’)2,和Fv片段；双抗体；串联双抗体(taDb),线性抗体(例如美国专利No.5,641,870,实施例2；Zapata et al.,Protein Eng.8(10):1057-1062(1995))；单臂抗体,单一可变域抗体,微型抗体,单链抗体分子；自抗体片段形成的多特异性抗体(例如包括但不限于Db-Fc,taDb-Fc,taDb-CH3,(scFV)4-Fc,二scFv,双scFv,或串联(二,三)-scFv)；和双特异性T细胞啮合物(BiTE)。
用木瓜蛋白酶消化抗体产生两个同一的抗原结合片段,称作“Fab”片段,和一个残余“Fc”片段,名称反映容易结晶的能力。Fab片段由一条完整轻链连同一条重链的可变域(VH)和第一恒定域(CH1)组成。胃蛋白酶处理抗体产生一个较大的F(ab')2片段,其粗略对应于两个以二硫化物连接的Fab片段,具有二价抗原结合活性且仍然能够交联抗原。Fab’片段与Fab片段的不同在于具有CH1域的羧基末端处的另外的少数残基,包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab’-SH是本文中对于其中恒定域的半胱氨酸残基携带游离硫醇基团的Fab’的称谓。F(ab')2抗体片段最初是作为成对Fab’片段生成的,在它们之间具有铰链半胱氨酸。还知道抗体片段的其它化学偶联。
“Fv”是含有整个抗原识别和抗原结合位点的最小限度抗体片段。这个区域由紧密,非共价联合的一个重链可变域和一个轻链可变域的二聚体组成。正是在这种构型中,每个可变域的三个高变区相互作用以定义VH-VL二聚体的表面上的抗原结合位点。共同地,六个高变区对抗体赋予抗原结合特异性。然而,甚至单一可变域(或仅仅包含对抗原特异性的三个高变区的一半Fv)具有识别和结合抗原的能力,尽管以比完整结合位点要低的亲和力。
Fab片段还含有轻链的恒定域和重链的第一恒定域(CH1)。Fab’片段与Fab片段的不同在于重链CH1域的羧基末端处添加少数残基,包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab’-SH是本文中对于其中恒定域的半胱氨酸残基携带至少一个游离硫醇基团的Fab’的称谓。F(ab’)2抗体片段最初是作为成对Fab’片段生成的,在它们之间具有铰链半胱氨酸。还知道抗体片段的其它化学偶联。
基于它们的恒定域的氨基酸序列,来自任何脊椎动物物种的抗体(免疫球蛋白)的“轻链”可指派至两种明显不同的型之一,称作卡帕(κ)和拉姆达(λ)。
取决于它们的重链的恒定域的氨基酸序列,抗体可指派至不同的类。有五大类完整抗体:IgA,IgD,IgE,IgG,和IgM,而且这些中的数种可进一步分成亚类(同种型),例如IgG1,IgG2,IgG3,IgG4,IgA1,和IgA2。与不同类的抗体对应的重链恒定域分别称作α,δ,ε,γ,和μ。不同类的免疫球蛋白的亚基结构和三维构造是公知的。
“单链Fv”或“scFv”抗体片段包含抗体的VH和VL域,其中这些域存在于单一多肽链中。在一些实施方案中,Fv多肽进一步包含VH和VL域之间的多肽接头,其使得scFv能够形成对于抗原结合想要的结构。关于scFv的综述参见Plückthun,in The Pharmacology ofMonoclonal Antibodies,vol.113,Rosenburg and Moore eds.,Springer-Verlag,NewYork,pp.269-315(1994)。
术语“双抗体”指具有两个抗原结合位点的小抗体片段,该片段包含在同一多肽链(VH-VL)中连接的重链可变域(VH)和轻链可变域(VL)。通过使用太短而不容许在同一链上的两个域之间配对的接头,迫使域与另一链的互补域配对并产生两个抗原结合位点。微型双抗体更完整地在例如EP 404,097；WO 93/11161；和Hollinger et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993)中描述。
“双特异性抗体”是包含能够特异性结合一种生物学分子上的两种不同表位或能够特异性结合两种不同生物学分子上的表位的抗原结合域的多特异性抗体。双特异性抗体在本文中也可称作具有“双重特异性”或是“双重特异性的”。在一些实施方案中,双特异性抗体包含两个半抗体,其中每个半抗体包含单个重链可变区和任选的重链恒定区的至少一部分,和单个轻链可变区和任选的轻链恒定区的至少一部分。在某些实施方案中,双特异性抗体包含两个半抗体,其中每个半抗体包含单个重链可变区和单个轻链可变区且并不包含超过一个单个重链可变区且并不包含超过一个单个轻链可变区。在一些实施方案中,双特异性抗体包含两个半抗体,其中每个半抗体包含单个重链可变区和单个轻链可变区,且其中第一半抗体结合第一抗原且不结合第二抗原且第二半抗体结合第二抗原且不结合第一抗原。
表述“单域抗体”(sdAb)或“单可变域(SVD)抗体”一般指其中单一可变域(VH或VL)能赋予抗原结合的抗体。换言之,单一可变域不需要与另一可变域相互作用以识别靶抗原。单域抗体的例子包括那些自骆驼科动物(camelid)(美洲驼和骆驼)和软骨鱼(例如护士鲨)衍生的和那些自人和小鼠抗体自重组方法衍生的(Nature(1989)341:544-546；Dev CompImmunol(2006)30:43-56；Trend Biochem Sci(2001)26:230-235；Trends Biotechnol(2003)21:484-490；WO 2005/035572；WO 03/035694；FEBS Lett(1994)339:285-290；WO00/29004；WO 02/051870)。
如本文中使用的术语“单克隆抗体”指自实质性均质的抗体的群体获得的抗体,即除了在生成单克隆抗体期间可能产生的可能变体(此类变体一般以微小量存在)之外,构成该群体的抗体个体是同一的和/或结合相同表位。与典型地包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物形成对比,每个单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。在它们的特异性以外,单克隆抗体的优势在于它们没有受到其它免疫球蛋白的污染。修饰语“单克隆”指示抗体自实质性均质的抗体群体获得的特征,而且不要解读为要求通过任何特定方法来生成该抗体。例如,要依照本文中提供的方法使用的单克隆抗体可通过最初由Kohler et al.,Nature 256:495(1975)描述的杂交瘤方法来生成,或可通过重组DNA方法(参见例如美国专利No.4,816,567)来生成。“单克隆抗体”也可使用例如Clackson et al.,Nature 352:624-628(1991)和Marks et al.,J.Mol.Biol.222:581-597(1991)中描述的技术自噬菌体抗体文库分离。
单克隆抗体在本文中具体包括“嵌合”抗体(免疫球蛋白),其中重和/或轻链的一部分与自特定物种衍生或属于特定抗体类或亚类的抗体中的相应序列同一或同源,而链的剩余部分与自另一物种衍生或属于另一抗体类或亚类的抗体中的相应序列同一或同源,以及此类抗体的片段,只要它们展现想要的生物学活性(美国专利No.4,816,567；Morrisonet al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:6851-6855(1984))。本文中感兴趣的嵌合抗体包括“灵长类化”抗体,其包含自非人灵长类动物(例如旧世界猴,诸如狒狒,恒河猴或食蟹猴)衍生的可变域抗原结合序列和人恒定区序列(美国专利No.5,693,780)。
“人源化”形式的非人(例如鼠)抗体是含有自非人免疫球蛋白衍生的最少序列的嵌合抗体。对于很多部分,人源化抗体是如下的人免疫球蛋白(受体抗体),其中来自受体高变区的残基用来自具有想要的特异性,亲和力,和能力的非人物种(供体抗体)诸如小鼠,大鼠,家兔或非人灵长类动物高变区的残基替换。在一些情况中,人免疫球蛋白的框架区(FR)残基用相应的非人残基替换。而且,人源化抗体可包含在受体抗体中或在供体抗体中没有找到的残基。进行这些修饰以进一步精制抗体性能。一般而言,人源化抗体会包含至少一个和典型地两个实质性整个如下的可变域,其中整个或实质性整个高变环对应于非人免疫球蛋白的那些且整个或实质性整个FR是除了如上文注释的FR替代之外的人免疫球蛋白序列的那些。人源化抗体任选还会包含免疫球蛋白恒定区的至少一部分,典型地是人免疫球蛋白的。更多细节参见Jones et al.,Nature 321:522-525(1986)；Riechmann et al.,Nature 332:323-329(1988)；和Presta,Curr.Op.Struct.Biol.2:593-596(1992)。
出于本文中的目的,“完整抗体”是包含重和轻链可变域以及Fc区的抗体。恒定域可以是天然序列恒定域(例如人天然序列恒定域)或其氨基酸序列变体。优选地,完整抗体具有一种或多种效应器功能。
“天然抗体”通常是约150,000道尔顿的异四聚体糖蛋白,由两条同一的轻(L)链和两条同一的重(H)链构成。每条轻链通过一个共价二硫键连接至重链,而二硫化物连接的数目在不同免疫球蛋白同种型的重链间变化。每条重和轻链还具有规律间隔的链内二硫桥。每条重链具有在一端的可变域(VH),接着是多个恒定域。每条轻链具有在一端的可变域(VL)和在它的另一端的恒定域；轻链的恒定域与重链的第一恒定域对齐,而轻链可变域与重链的可变域对齐。认为特定的氨基酸残基形成轻链和重链可变域之间的界面。
“裸抗体”是未与异源分子(诸如细胞毒性模块或放射性标记物)缀合的抗体(如本文中定义的)。
如本文中使用的,术语“免疫粘附素”命名组合异源蛋白质(“粘附素”)的结合特异性与免疫球蛋白恒定域的效应器功能的分子。在结构上,免疫粘附素包含具有想要的结合特异性的氨基酸序列(该氨基酸序列不同于抗体的抗原识别和结合位点(即与抗体的恒定区相比是“异源的”))和免疫球蛋白恒定域序列(例如IgG的CH2和/或CH3序列)的融合物。例示性粘附素序列包括包含受体或配体中结合感兴趣蛋白质的部分的连续氨基酸序列。粘附素序列还可以是结合感兴趣蛋白质,但不是受体或配体序列的序列(例如肽体中的粘附素序列)。此类多肽序列可通过多种方法来选择或鉴定,包括噬菌体展示技术和高通量分选方法。免疫粘附素中的免疫球蛋白恒定域序列可以自任何免疫球蛋白获得,诸如IgG-1,IgG-2,IgG-3,或IgG-4亚型,IgA(包括IgA-1和IgA-2),IgE,IgD,或IgM。
在一些实施方案中,抗体“效应器功能”指那些可归于抗体的Fc区(天然序列Fc区或氨基酸序列变体Fc区),且随着抗体同种型而变化的生物学活性。抗体效应器功能的例子包括:C1q结合和补体依赖性细胞毒性；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬；细胞表面受体的下调。
“补体依赖性细胞毒性”或“CDC”指分子在补体存在下裂解靶物的能力。补体活化途径通过补体系统的第一成分(C1q)对与关联抗原复合的分子(例如多肽(例如抗体))的结合而启动。为了评估补体活化,可实施CDC测定法,例如如Gazzano-Santoro et al.,J.Immunol.Methods 202:163(1996)中描述的。
“抗体依赖性细胞介导的细胞毒性”和“ADCC”指细胞介导的反应,其中表达Fc受体(FcR)的非特异性细胞毒性细胞(例如天然杀伤(NK)细胞,嗜中性细胞,和巨噬细胞)识别靶细胞上结合的抗体并随后引起靶细胞的裂解。用于介导ADCC的主要细胞NK细胞仅仅表达FcγRIII,而单核细胞表达FcγRI,FcγRII和FcγRIII。造血细胞上的FcR表达在Ravetchand Kinet,Annu.Rev.Immunol 9:457-92(1991)的第464页上的表3中汇总。为了评估感兴趣分子的ADCC活性,可实施体外ADCC测定法,诸如美国专利No.5,500,362或5,821,337中描述的测定法。对于此类测定法有用的效应细胞包括外周血单个核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。或者/另外,感兴趣分子的ADCC活性可以在体内评估,例如在动物模型中,诸如在Clynes et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)95:652-656(1998)中公开的动物模型。
“人效应细胞”是表达一种或多种FcR且实施效应器功能的白细胞。在一些实施方案中,该细胞至少表达FcγRIII且执行ADCC效应器功能。介导ADCC的人白细胞的例子包括外周血单个核细胞(PBMC),天然杀伤(NK)细胞,单核细胞,细胞毒性T细胞和嗜中性细胞；PBMC和NK细胞是优选的。
术语“Fc受体”或“FcR”用于描述结合抗体Fc区的受体。在一些实施方案中,FcR是天然序列人FcR。此外,优选的FcR是结合IgG抗体的FcR(伽马受体)且包括FcγRI,FcγRII,和FcγRIII亚类的受体,包括这些受体的等位变体和可变剪接形式。FcγRII受体包括FcγRIIA(“活化性受体”)和FcγRIIB(“抑制性受体”),它们具有相似的氨基酸序列,差异主要在其胞质域中。活化性受体FcγRIIA在其胞质域中含有免疫受体基于酪氨酸的活化基序(ITAM)。抑制性受体FcγRIIB在其胞质域中含有免疫受体基于酪氨酸的抑制基序(ITIM)(参见
Figure BDA0001913510460000371
Annu.Rev.Immunol.15:203-234(1997))。FcR的综述在Ravetch and Kinet,Annu.Rev.Immunol 9:457-92(1991)；Capel et al.,Immunomethods 4:25-34(1994)；和deHaas et al.,J.Lab.Clin.Med.126:330-41(1995)中。术语“FcR”在本文中涵盖其它FcR,包括未来要鉴定的那些。该术语还包括新生儿受体FcRn,其负责将母体IgG转移至胎儿(Guyeret al.,J.Immunol.117:587(1976)和Kim et al.,J.Immunol.24:249(1994))。
术语“宿主细胞”,“宿主细胞系”,和“宿主细胞培养物”可互换使用且指其中已经导入外源核酸的细胞,包括此类细胞的后代。宿主细胞包括“转化体/转化子”和“经过转化的细胞”,其包括原代的经过转化的细胞和自其衍生的后代而不考虑传代的次数。后代在核酸内容物上可以与亲本细胞不是完全同一的,但是可含有突变。具有与在初始转化细胞中筛选或选择的相同的功能或生物学活性的突变体后代包括在本文中。
“分离的”核酸指已经与它的天然环境的成分分开的核酸分子。分离的核酸包括通常含有核酸分子的细胞中含有的该核酸分子,但是该核酸分子在染色体外或在与它的天然染色体位置不同的染色体位置处存在。
就参考多肽序列而言的“百分比(％)氨基酸序列同一性”定义为在比对序列并在必要时引入缺口以实现最大限度百分比序列同一性之后,而且不考虑任何保守替代作为序列同一性的一部分,候选序列中与参考多肽序列中的氨基酸残基同一的氨基酸残基的百分率。出于确定百分比氨基酸序列同一性目的的比对可以以本领域技术内的多种方式实现,例如使用公众可得的计算机软件,诸如BLAST,BLAST-2,ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员能确定用于比对序列的适宜参数,包括在所比较的序列的全长上实现最大比对需要的任何算法。在某些实施方案中,％氨基酸序列同一性值是使用序列比较计算机程序ALIGN-2生成的。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech公司编写,而且源代码已经与用户文档一起提交给美国版权局(Washington D.C.,20559),以美国版权注册号TXU510087注册。公众可自Genentech公司(South San Francisco,California)得到ALIGN-2程序,或者可以自源代码编译。ALIGN-2程序应当编译成供在UNIX操作系统,包括数码UNIXV4.0D上使用。所有序列比较参数由ALIGN-2程序设定且不变。
在采用ALIGN-2进行氨基酸序列比较的情况中,给定氨基酸序列A对,与,或针对给定氨基酸序列B的％氨基酸序列同一性(或者可表述为给定氨基酸序列A具有或包含对,与,或针对给定氨基酸序列B的某一％氨基酸序列同一性)如下计算:
100乘分数X/Y
其中X是由序列比对程序ALIGN-2在该程序的A和B的比对中评分为同一匹配的氨基酸残基的数目,且其中Y是B中的氨基酸残基的总数。会领会的是,在氨基酸序列A的长度不等于氨基酸序列B的长度的情况中,A对B的％氨基酸序列同一性会不等于B对A的％氨基酸序列同一性。除非另有具体说明,本文中使用的所有％氨基酸序列同一性值都是如上一段所述使用ALIGN-2计算机程序获得的。
术语“可变区”或“可变域”指抗体重或轻链中牵涉使抗体结合抗原的域。天然抗体的重链和轻链的可变域(分别是VH和VL)一般具有相似的结构,每个域包含四个保守的框架区(FR)和三个高变区(HVR)(参见例如Kindt et al.,Kuby Immunology,6th ed.,W.H.Freeman and Co.,page 91(2007))。单个VH或VL域可能足以赋予抗原结合特异性。而且,结合特定抗原的抗体可以分别使用来自结合抗原的抗体的VH或VL域筛选互补VL或VH域的文库来分离。参见例如Portolano et al.,J.Immunol.150:880-887(1993)；Clarkson etal.,Nature 352:624-628(1991)。
如本文中使用的,术语“载体”指能够扩增与它连接的另一核酸的核酸分子。该术语包括作为自身复制型核酸结构的载体以及并入接受它导入的宿主细胞的基因组中的载体。某些载体能够指导与它们可操作连接的核酸的表达。此类载体在本文中称作“表达载体”。
在本文中提到“约”某一值或参数包括(且描述)针对该值或参数本身的变异。例如,提到“约X”的描述包括“X”的描述。
如本文中和所附权利要求书中使用的,单数形式“一个/一种”,“或”,和“该”包括复数所指物,除非上下文另有明确规定。理解的是,本文中描述的发明的方面和变型包括“由其组成”和/或“本质上由其组成”方面和变型。
II.诊断和治疗方法
本文中提供的是用于确定个体是否可受益于用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的组合的治疗的方法。在一些实施方案中,该个体不太可能响应单独的该免疫疗法。在一些方面,本发明提供一种用于治疗具有疾病或病症的个体的方法,该方法包含:a)测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受治疗的个体；和b)对所述个体施用有效量的免疫疗法和抑制性基质拮抗剂。
在一些方面,本发明提供一种用于改善具有疾病或病症的个体的免疫疗法的方法,该方法包含:a)测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受用抑制性基质拮抗剂的治疗的个体；和b)对步骤a)中鉴定为接受用抑制性基质拮抗剂的治疗的所述个体施用有效量的免疫疗法和抑制性基质拮抗剂。
在一些方面,本发明提供一种用于选择不太可能响应单独的免疫疗法的具有疾病或病症的个体的方法,该方法包含测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受用免疫疗法和用抑制性基质拮抗剂的治疗的个体。
在一些方面,本发明提供一种用于鉴定更有可能展现受益于用免疫疗法和用肿瘤基质纤维化拮抗剂的治疗的具有疾病或病症的个体的方法,该方法包含测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定具有抑制性基质的个体,其中来自该个体的样品中基质基因签名的存在指示该个体更有可能展现升高的来自免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的临床益处。在一些方面,本发明提供一种用于为具有疾病或病症的个体选择治疗的方法,该方法包含测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定具有抑制性基质的个体；其中来自该个体的样品中基质基因签名的存在指示该个体更有可能展现升高的来自免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的临床益处。在一些实施方案中,该升高的临床益处进一步包含下述一项或多项的相对升高:总体存活(OS),无进展存活(PFS),完全响应(CR),部分响应(PR)和其组合。
在一些方面,本发明提供一种用于监测包含免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的组合治疗的功效的方法,该方法包含测定在一个或多个时间点来自经受用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的治疗的个体的样品中基质基因签名的存在；其中该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高；其中升高的临床益处和/或该基质基因签名的存在的降低指示有效治疗。在一些方面,本发明提供一种用于监测包含免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的组合治疗的功效的方法,该方法包含a)测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受治疗的个体；和b)对所述个体施用有效量的免疫疗法和抑制性基质拮抗剂；和c)测定在一个或多个时间点来自该个体的样品中基质基因签名的存在；其中升高的临床益处和/或该基质基因签名的存在的降低指示有效治疗。在一些实施方案中,该升高的临床益处包含下述一项或多项的相对升高:总体存活(OS),无进展存活(PFS),完全响应(CR),部分响应(PR)和其组合。
在本发明的各方面的一些实施方案中,该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的两种或更多种。在一些实施方案中,该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的三种或更多种。在一些实施方案中,该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的四种或更多种。在一些实施方案中,该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的五种或更多种。在一些实施方案中,该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,THY1和TGFβ。在一些实施方案中,该基质基因签名包含PDPN,FAP,TGFB1,NNMT,TNFAIP6,DKK3,MMP2,MMP8,MMP9,BGN,COL4A1,COL4A2,COL5A1,PDGFRB,NUAK1,FN1,FGF1,PDLIM4或LRR32C中的一种或多种。在一些实施方案中,该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,BGN,LOXL2,PDPN,PDGFRB,COL12a1,COL5A1,COL8A2,THY1,或PALLD中的一种或多种。在一些实施方案中,该基质基因签名进一步包含TGFβ。
在一些实施方案中,本发明提供用于确定具有疾病或病症的个体是否可受益于用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的组合的治疗的方法和治疗方法。在一些实施方案中,本发明进一步提供治疗通过本发明的方法鉴定的个体的方法。在一些实施方案中,该疾病或病症是增殖性疾病或病症。在一些实施方案中,该疾病或病症是免疫相关疾病或病症。[[Genentech-是否有任何特定免疫相关病症是我们应当在这里指出的。
在一些实施方案中,该疾病或病症是癌症。在一些实施方案中,该癌症选自由非小细胞肺癌,小细胞肺癌,肾细胞癌,结肠直肠癌,卵巢癌,乳腺癌,转移性乳腺癌,三重阴性乳腺癌,黑素瘤,胰腺癌,胃癌,膀胱癌,尿道上皮膀胱癌,食管癌,间皮瘤,黑素瘤,头和颈癌,甲状腺癌,肉瘤,前列腺癌,成胶质细胞瘤,宫颈癌,胸腺癌,白血病,淋巴瘤,骨髓瘤,蕈样真菌病,梅克尔细胞癌,和其它血液学恶性组成的组。
在一些实施方案中,该癌症是尿道上皮膀胱癌(UBC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中的一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是UBC且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,和PDGFRB。在一些实施方案中,该用于UBC的基质基因签名进一步包含DKK3,PDGFB,NUAK1,FGF1,PDL1M4或LRRC32中的一种或多种。在一些实施方案中,该用于UBC的基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,DKK3,PDGFB,NUAK1,FGF1,PDL1M4或LRRC32中的一种或多种。在一些实施方案中,该用于UBC的基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,DKK3,PDGFB,NUAK1,FGF1,PDL1M4或LRRC32中的一种或多种,两种或更多种,三种或更多种,四种或更多种,五种或更多种,六种或更多种,七种或更多种,八种或更多种,九种或更多种或十种或更多种。在一些实施方案中,该用于UBC的基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,DKK3,PDGFB,NUAK1,FGF1,PDL1M4和LRRC32。在一些实施方案中,该基质基因签名进一步包含TGFβ。
在一些实施方案中,该癌症是非小细胞肺癌(NSCLC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是NSCLC且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种,两种或更多种,三种或更多种,四种或更多种,或五种或更多种。在一些实施方案中,该癌症是NSCLC且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,和THY1中的一种或多种。在一些实施方案中,该基质基因签名进一步包含TGFβ。
在一些实施方案中,该癌症是肾细胞癌(RCC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是RCC且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,和THY1。在一些实施方案中,该用于RCC的基质基因签名进一步包含LUM和/或POSTN。在一些实施方案中,该癌症是RCC且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,THY1,TGFβ,LUM或POSTN中的一种或多种,两种或更多种,三种或更多种,四种或更多种,五种或更多种,六种或更多种,或七种或更多种。在一些实施方案中,该癌症是RCC且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,THY1,LUM,和POSTN。在一些实施方案中,该基质基因签名进一步包含TGFβ。
在一些实施方案中,该癌症是黑素瘤且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中的一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是黑素瘤且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中的一种或多种,两种或更多种,三种或更多种,或四种或更多种。在一些实施方案中,该癌症是黑素瘤且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,和THY1。
在一些实施方案中,该癌症是三重阴性乳腺癌(TNBC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中的一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是TNBC且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,和THY1。在一些实施方案中,该用于TNBC的基质基因签名进一步包含MMP11,BGN,或COL5A1中的一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是TNBC且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,THY1,MMP11,BGN,或COL5A1中的一种或多种,两种或更多种,三种或更多种,四种或更多种,五种或更多种,六种或更多种,七种或更多种。在一些实施方案中,该癌症是TNBC且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,THY1,MMP11,BGN,和COL5A1。
在一些实施方案中,该癌症是卵巢癌且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中的一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是卵巢癌且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,和THY1。在一些实施方案中,该用于卵巢癌的基质基因签名进一步包含POSTN,LOX,或TIMP3中的一种或多种。在一些实施方案中,该癌症是卵巢癌且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,THY1,POSTN,LOX,或TIMP3中的一种或多种,两种或更多种,三种或更多种,四种或更多种,五种或更多种,六种或更多种,七种或更多种,八种或更多种。在一些实施方案中,该癌症是卵巢癌且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,THY1,POSTN,LOX,和TIMP3。在一些实施方案中,该基质基因签名进一步包含TGFβ。
在一些实施方案中,该自个体获得的样品选自由组织,全血,血浆,血清和其组合组成的组。在一些实施方案中,该样品是组织样品。在一些实施方案中,该样品是肿瘤组织样品。在一些实施方案中,该肿瘤组织样品包含肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞或其任何组合。
在一些实施方案中,该组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋的,存档的,新鲜的或冷冻的。在一些实施方案中,该样品是全血。在一些实施方案中,该全血包含免疫细胞,循环肿瘤细胞和其任何组合。
在一些实施方案中,该样品是在用免疫疗法的治疗前获得的。在一些实施方案中,该样品是在用该免疫疗法的治疗前或在用该免疫疗法的治疗之后获得的。在一些实施方案中,该样品是在用该抑制性基质拮抗剂的治疗前获得的。
在一些实施方案中,该具有疾病或病症的个体可受益于用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的组合的治疗。在一些实施方案中,该个体不太可能响应单独的该免疫疗法。免疫疗法在本领域中有描述(Chen,DS and Mellman,2013,Immunity 39:1-10)。在一些方面,可考虑免疫疗法靶物刺激剂或抑制剂。在一些实施方案中,该免疫疗法包含CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,CD40,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMGB1,或TLR激动剂。在其它实施方案中,该免疫疗法包含CTLA-4,PD-L1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂。
在本文中描述的方法和试剂盒的一些实施方案中,该免疫疗法是PD-L1轴拮抗剂。在一些实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对它的配体结合配偶的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对B7-1的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和B7-1二者的结合。
在本发明的任何方法和试剂盒的一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中,该抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,该抗体是人,人源化或嵌合抗体。
在其它实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对它的配体结合配偶的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L2的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1和PD-L2二者的结合。
对于此发明的方法有用的抗PD-L1抗体的例子,和其生成方法在PCT专利申请WO2010/077634 A1中描述,通过援引将其收入本文。在治疗PD-1和PD-L1相关状况中使用的诊断方法在PCT专利申请WO 2014/151006 A2中描述,通过援引将其收入本文。
在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体能够抑制PD-L1和PD-1之间和/或PD-L1和B7-1之间的结合。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体是选自由Fab,Fab'-SH,Fv,scFv,和(Fab')2片段组成的组的抗体片段。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体是人源化抗体。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体是人抗体。
本发明提供测定样品中基质基因签名的存在的方法。在一些实施方案中,基质基因签名的存在指示与用抑制性基质拮抗剂的治疗组合的免疫疗法的临床益处。与用单独的免疫疗法的治疗相比,免疫疗法与抑制性基质拮抗剂的组合可提供临床益处。例如,呈现基质基因签名的纤维化肿瘤的治疗可受益于免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的组合。
如本文中使用的,“抑制性基质拮抗剂”是部分或完全阻断,抑制,或中和与基质(例如肿瘤相关基质)相关的基因或基因产物的生物学活性和/或功能的任何分子。基质基因拮抗剂的靶物是本领域已知的；例如参见Turley,S.J.et al.,Nature ReviewsImmunology,2015,15:669-682和Rosenbloom,J.et al.,Biochimica et Biophysica Acta2013,1832:1088-1103。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向TGFβ(例如TGFβ1和TGFβ2)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向表面糖蛋白,包括但不限于内皮糖蛋白(CD105),3G5抗原,FAP,CSPG4(NG2),和/或podopolin(GP38)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向粘附分子,包括但不限于PECAM(CD31),VCAM(CD106),ICAM1(CD54),THY1(CD90)和/或β1整联蛋白(CD29)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向生长因子受体,包括但不限于VEGFR1(FLT1),VEGFR2(KDR),VEGFR3(FLT4),PDGFRα(CD140α),和/或PDGFRβ(CD140β)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向胞内结构蛋白,包括但不限于波形蛋白,αSMA(ACTA2)和/或结蛋白。抑制性基质拮抗剂的其它靶物包括但不限于5NT(CD73或NT5E)RGS3,内皮唾液酸蛋白(CD248)和FSP1(S100A4)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向癌症相关成纤维细胞相关多肽。癌症相关成纤维细胞相关多肽的例子包括但不限于内皮糖蛋白(CD105),FAP,Podopalin,VCAM1,THY1,β1整联蛋白,PDGFRα,PDGFRβ,波形蛋白,αSMA,结蛋白,内皮唾液酸蛋白,和/或FSP1。
在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向TGF-β表达和活化。例子包括但不限于吡非尼酮(pirfenidone),αvβ6抗体,ATI和ATII受体阻断剂,ACE抑制剂,CAT-192(抗TGF-β1单克隆抗体),和窖蛋白支架域(CSD)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向TGF-β信号传导途径,包括规范信号传导途径TBR1(例示性抑制剂是SM305)和SMAD3(例示性抑制剂是SIS3)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向TGF-β信号传导途径,包括非规范信号传导途径,包括c-Ab1(例示性抑制剂是甲磺酸伊马替尼(imatinib mesylate)),PDGFR(例示性抑制剂是达沙替尼(dasatinib)),c-kit(例示性抑制剂是尼洛替尼(nilotinib)),和PKC-δ(例示性抑制剂包括小特异性多肽和楸毒素(rottlerin)衍生物)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向CTGF(例示性抑制剂包括单克隆CTGF抗体)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向对纤维细胞归巢的抑制,包括CXCL12(例示性抑制剂包括CXCL12抗体),CXCR4(例示性抑制剂包括AMD3100),和CCR2(例示性抑制剂包括PF-04136309)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向Src(例示性抑制剂包括达沙替尼(dasatinib)和SU6656)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向VEGFR(例示性抑制剂包括尼达尼布(nintedanib)和BIBF1120)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向FGFR(例示性抑制剂包括索拉非尼(sorafenib))。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向IL-13(例示性抑制剂包括针对IL-13的人源化单克隆抗体)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向IL-6受体(例示性抑制剂包括托珠单抗(Tocilizumab))。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向TLR(例示性抑制剂包括TLR抑制剂E5564,TAK-242)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向Nox4(ROS)(例示性抑制剂包括GKT136901)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂靶向ET-1(例示性抑制剂包括波生坦(Bosentan)和其它ET受体阻断剂)。在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂是TGFβ,PDPN,LAIR-1,SMAD,ALK,结缔组织生长因子(CTGF/CCN2),内皮-1(ET-1),AP-1,IL-13,PDGF,LOXL2,内皮糖蛋白(CD105),FAP,podoplanin(GP38),VCAM1(CD106),THY1,β1整联蛋白(CD29),PDGFRα(CD140α),PDGFRβ(CD140β),波形蛋白,αSMA(ACTA2),结蛋白,内皮唾液酸蛋白(CD248)或FSP1(S100A4)拮抗剂。
在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂是吡非尼酮(pirfenidone),galunisertib,达沙替尼(dasetininb),尼达尼布(nintedanib),尼洛替尼(nilotinib),楸毒素(rottlerin)和衍生物,或索拉非尼(sorafenib)。
在一些实施方案中,该抑制性基质拮抗剂是TGFβ拮抗剂。在一些实施方案中,该TGFβ拮抗剂抑制TGFβ对它的配体结合配偶的结合。在一些实施方案中,该TGFβ拮抗剂抑制TGFβ对TGFβ的细胞受体的结合。在一些实施方案中,该TGFβ拮抗剂抑制TGFβ的活化。在一些实施方案中,该TGFβ拮抗剂靶向TGFβ1。在一些实施方案中,该TGFβ拮抗剂靶向TGFβ2。在一些实施方案中,该TGFβ拮抗剂靶向TGFβ3。在一些实施方案中,该TGFβ拮抗剂靶向TGFβ1,TGFβ2或TGFβ3中的一种或多种。在一些实施方案中,该TGFβ拮抗剂靶向TGFβ受体1。在一些实施方案中,该TGFβ拮抗剂靶向TGFβ受体2。在一些实施方案中,该TGFβ拮抗剂靶向TGFβ受体3。在一些实施方案中,该TGFβ拮抗剂靶向TGFβ受体1,TGFβ受体2或TGFβ受体3中的一种或多种。
在一些实施方案中,该TGFβ拮抗剂是抗TGFβ抗体。在一些实施方案中,该抗TGFβ抗体能够抑制TGFβ和它的配体中的一种或多种之间的结合。在一些实施方案中,该抗TGFβ抗体能够抑制TGFβ的活化。在一些实施方案中,该抗TGFβ抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,该抗TGFβ抗体是选自由Fab,Fab'-SH,Fv,scFv,和(Fab')2片段组成的组的抗体片段。在一些实施方案中,该抗TGFβ抗体是人源化抗体。在一些实施方案中,该抗TGFβ抗体是人抗体。
对于此发明的方法有用的抗TGFβ抗体的例子,和其生成方法在美国专利No.5,571,714,WO 92/08480,WO 92/00330,WO 95/26203,WO 97/13844,WO 00/066631,WO 05/097832,WO 06/086469,WO 06/116002,WO 07/076391,WO 12/167143,WO 13/134365,和WO14/164709中描述。
在一些实施方案中,用该抑制性基质拮抗剂的治疗容许组织中升高的免疫细胞浸润。不受理论束缚,该抑制性基质拮抗剂调控靶组织中的基质以推动免疫细胞浸润至靶组织。例如,用抑制性基质拮抗剂处理表达基质基因签名的纤维化肿瘤调控肿瘤中和周围的基质以容许免疫细胞(例如受到该免疫疗法调控的)浸润至肿瘤。在一些实施方案中,该升高的免疫细胞浸润是升高的T细胞,B细胞,巨噬细胞,或树突细胞中一种或多种的浸润。在一些实施方案中,该T细胞是CD8+T细胞和/或Teff细胞。在一些实施方案中,该个体在用该抑制性基质拮抗剂治疗前对免疫疗法有抗性。在一些实施方案中,该个体早已施用单一疗法免疫疗法。
基质基因签名的一种或多种基因的存在和/或表达水平/量可基于本领域已知的任何适宜标准定性和/或定量测定,包括但不限于DNA,mRNA,cDNA,蛋白质,蛋白质片段和/或基因拷贝数。在某些实施方案中,第一样品中生物标志物的存在和/或表达水平/量与第二样品中的存在/缺失和/或表达水平/量相比增加或升高。在某些实施方案中,第一样品中生物标志物的存在/缺失和/或表达水平/量与第二样品中的存在和/或表达水平/量相比减少或降低。在某些实施方案中,第二样品是参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织。本文中描述了关于测定基因的存在/缺失和/或表达水平/量的另外的公开内容。在一些实施方案中,该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种。
在任何方法的一些实施方案中,升高的表达指通过本领域已知的标准方法诸如本文中描述的那些检测的基质基因签名的一种或多种基因(例如蛋白质或核酸(例如基因或mRNA))的水平与参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更大任一的总体增加。在某些实施方案中,升高的表达指样品中生物标志物的表达水平/量的增加,其中该增加是参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约1.5倍,1.75倍,2倍,3倍,4倍,5倍,6倍,7倍,8倍,9倍,10倍,25倍,50倍,75倍,或100倍任一。在一些实施方案中,升高的表达指与参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,对照组织,或内部对照(例如持家基因)相比大于约1.5倍,约1.75倍,约2倍,约2.25倍,约2.5倍,约2.75倍,约3.0倍,或约3.25倍的总体增加。在一些实施方案中,该基因签名的表达是相对于中值表达水平。在一些实施方案中,该中值表达水平是来自不认为是纤维化的组织的表达水平。在一些实施方案中,该中值表达水平反映响应,或部分响应免疫疗法的组织中的表达水平。在一些实施方案中,该中值表达水平反映来自是对该免疫疗法的完全响应者或部分响应者的个体的肿瘤中基质相关基因的表达水平。在一些实施方案中,该中值表达水平是自响应该免疫疗法的患者的数据库推导的。在一些实施方案中,该中值表达水平是自响应免疫疗法的具有特定癌症的患者的数据库推导的。例如,比较具有尿道上皮膀胱癌的患者的基质基因签名与是对免疫疗法的完全响应者或部分响应者的尿道上皮膀胱癌患者的数据库。在一些实施方案中,该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种。
在任何方法的一些实施方案中,降低的表达指通过本领域已知的标准方法诸如本文中描述的那些检测的基质基因签名(例如蛋白质或核酸(例如基因或mRNA))的水平与参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织相比约10％,20％,30％,40％,50％,60％,70％,80％,90％,95％,96％,97％,98％,99％或更大任一的总体降低。在某些实施方案中,降低的表达指样品中生物标志物的表达水平/量的降低,其中该降低是参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织中相应生物标志物的表达水平/量的至少约0.9倍,0.8倍,0.7倍,0.6倍,0.5倍,0.4倍,0.3倍,0.2倍,0.1倍,0.05倍,或0.01倍任一。在一些实施方案中,该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种。
样品中基质基因签名的各种基因的存在和/或表达水平/量可通过多种方法学来分析,其中许多是本领域已知且熟练技术人员了解的,包括但不限于免疫组织化学(“IHC”),Western印迹分析,免疫沉淀,分子结合测定法,ELISA,ELIFA,荧光激活细胞分选(“FACS”),MassARRAY,蛋白质组学,基于血液的定量测定法(如例如血清ELISA),生化酶活性测定法,原位杂交,Southern分析,Northern分析,全基因组测序,聚合酶链式反应(“PCR”)(包括定量实时PCR(“qRT-PCR”)和其它扩增型检测方法,诸如例如分支DNA,SISBA,TMA等等),RNA-Seq,FISH,微阵列分析,基因表达概况分析,和/或基因表达系列分析(“SAGE”),以及可通过蛋白质,基因,和/或组织阵列分析实施的极其多种测定法中的任一种。用于评估基因和基因产物的状态的典型方案见于例如Ausubel et al.,eds.,1995,Current Protocols In Molecular Biology,Units 2(Northern Blotting),4(SouthernBlotting),15(Immunoblotting)and 18(PCR Analysis)。还可使用多重免疫测定法诸如那些自Rules Based Medicine或Meso Scale Discovery(“MSD”)可得的。
在一些实施方案中,基质基因签名的一种或多种基因的存在和/或表达水平/量是使用如下的方法测定的,该方法包含:(a)在样品(诸如受试者癌症样品)上实施基因表达概况分析,PCR(诸如rtPCR或qRT-PCR),RNA-seq,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,或FISH；和(b)测定该样品中基质基因签名产物的存在和/或表达水平/量。在一些实施方案中,微阵列方法包含使用微阵列芯片,其具有一种或多种能在严格条件下与编码上文提到的基因的核酸分子杂交的核酸分子或具有一种或多种能与一种或多种由上文提到的基因编码的蛋白质结合的多肽(诸如肽或抗体)。在一个实施方案中,PCR方法是qRT-PCR。在一个实施方案中,PCR方法是多重PCR。在一些实施方案中,通过微阵列测量基因表达。在一些实施方案中,通过qRT-PCR测量基因表达。在一些实施方案中,通过多重PCR测量表达。在一些实施方案中,该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种。
用于评估细胞中的mRNA的方法是公知的且包括例如使用互补DNA探针的杂交测定法(诸如使用经过标记的对一种或多种基因特异性的核糖核酸探针的原位杂交,Northern印迹和相关技术)和各种核酸扩增测定法(诸如使用对一种或多种基因特异性的互补引物的RT-PCR,和其它扩增型检测方法,诸如例如分支DNA,SISBA,TMA等等)。
来自哺乳动物的样品可以使用Northern,点印迹或PCR分析方便地测定mRNA。另外,此类方法可包括一个或多个容许测定生物学样品中靶mRNA的水平的步骤(例如通过同时检查“持家”基因诸如肌动蛋白家族成员的比较性对照mRNA序列的水平)。任选地,可测定扩增的靶cDNA的序列。
任选的方法包括通过微阵列技术检查或检测组织或细胞样品中的mRNA,诸如靶mRNA的方案。使用核酸微阵列,逆转录并标记来自测试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品以生成cDNA探针。然后将探针与在固体支持物上固定化的核酸阵列杂交。阵列配置成使得阵列的每个成员的序列和位置是知道的。例如,可以在固体支持物上排列其表达与抗血管生成疗法的增加或降低的临床益处相关的基因的选集。经过标记的探针与特定阵列成员的杂交指示衍生该探针的样品表达该基因。
在某些实施方案中,样品中基质基因签名蛋白质的存在和/或表达水平/量使用IHC和染色方案来检查。组织切片的IHC染色已显示是一种测定或检测样品中蛋白质的存在的可靠方法。在一些实施方案中,通过免疫组织化学来检测基质基因签名。在一些实施方案中,来自个体的样品中升高的基质基因签名的表达是升高的蛋白质表达,而且在又一些实施方案中,是使用IHC测定的。在一个实施方案中,基质基因签名的表达水平是使用如下的方法测定的,该方法包含:(a)用抗体对样品(诸如受试者癌症样品)实施IHC分析；和(b)测定该样品中基质基因签名的表达水平。在一些实施方案中,IHC染色强度是相对于参照确定的。在一些实施方案中,参照是参照值(例如来自对免疫疗法的完全响应者和部分响应者的数据库)。在一些实施方案中,该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种。
IHC可以与另外的技术诸如形态学染色和/或荧光原位杂交组合实施。IHC的两种一般性方法是可得的；直接和间接测定法。依照第一种测定法,直接测定抗体对靶抗原的结合。此直接测定法使用经过标记的试剂,诸如荧光标签或酶标记的一抗,其能在没有别的抗体相互作用的情况下显现。在一种典型的间接测定法中,未经缀合的一抗结合抗原且然后经过标记的二抗结合一抗。在二抗与酶标记物缀合的情况下,添加显色或产荧光底物以提供抗原的显现。发生信号放大,因为数个二抗可以与一抗上的不同表位反应。
用于IHC的一和/或二抗典型地会用可检测模块标记。有众多标记物可得,其一般可分组入下面的范畴:(a)放射性同位素,诸如35S,14C,125I,3H,和131I；(b)胶体金颗粒；(c)荧光标记物,包括但不限于稀土螯合物(铕螯合物),德克萨斯红,罗丹明,荧光素,丹酰,丽丝胺,伞形酮(umbelliferone),藻红蛋白,藻蓝蛋白,或商品化荧光团诸如SPECTRUM ORANGE7和SPECTRUMGREEN7和/或上述任一种或多种的衍生物；(d)有多种酶-底物标记物可得,而且美国专利No.4,275,149提供这些中的一些的综述。酶标记物的例子包括萤光素酶(例如萤火虫萤光素酶和细菌萤光素酶；美国专利No.4,737,456),萤光素,2,3-二氢酞嗪二酮,苹果酸脱氢酶,脲酶,过氧化物酶诸如辣根过氧化物酶(HRPO),碱性磷酸酶,β-半乳糖苷酶,葡糖淀粉酶,溶菌酶,糖氧化酶(例如葡萄糖氧化酶,半乳糖氧化酶,和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶),杂环氧化酶(诸如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶),乳过氧化物酶,微过氧化物酶,等等。
酶-底物组合的例子包括例如辣根过氧化物酶(HRPO)与作为底物的过氧化氢；碱性磷酸酶(AP)与作为显色底物的对硝基苯基磷酸；和β-D-半乳糖苷酶(β-D-Gal)与显色底物(例如对硝基苯基-D-半乳糖苷)或产荧光底物(例如4-甲基伞形基-β-D-半乳糖苷酶)。对于这些的一般性综述,参见美国专利No.4,275,149和4,318,980。
在任何方法的一些实施方案中,基质基因签名的一种或多种基因使用基质基因诊断性抗体(即一抗)通过免疫组织化学来检测。在一些实施方案中,基质诊断性抗体特异性结合人基质相关基因。在一些实施方案中,基质诊断性抗体是非人抗体。在一些实施方案中,基质诊断性抗体是大鼠,小鼠,或家兔抗体。在一些实施方案中,基质诊断性抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,基质诊断性抗体是直接标记的。在一些实施方案中,该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种。
可将如此制备的标本封固并盖上盖片。然后确定载片评估,例如使用显微镜,和可采用本领域中例行使用的染色强度标准。在一个实施方案中,理解的是当使用IHC检查来自肿瘤的细胞和/或组织时,一般在肿瘤细胞和/或组织(与可能存在于样品中的基质或周围组织相对)中测定或评估染色。在一些实施方案中,理解的是当使用IHC检查来自肿瘤的细胞和/或组织时,染色包括肿瘤浸润性免疫细胞(包括肿瘤内或肿瘤周围的免疫细胞)中的测定或评估。在一些实施方案中,在>0％的样品中,在至少1％的样品中,在至少5％的样品中,在至少10％的样品中通过IHC检测PD-L1生物标志物的存在。
在备选的方法中,可使样品与对所述生物标志物特异性的抗体在足以形成抗体-生物标志物复合物的条件下接触,和然后检测所述复合物。可以以多种方式检测生物标志物的存在,诸如通过Western印迹和ELISA规程,其用于测定极其多种组织和样品,包括血浆或血清。有极其多种使用此类测定法格式的免疫测定法技术可得,参见例如美国专利No.4,016,043,4,424,279和4,018,653。这些包括非竞争型的单位点和双位点二者或“三明治式”测定法,以及传统的竞争性结合测定法。这些测定法还包括经过标记的抗体对靶生物标志物的直接结合。
选择的基质基因签名在组织或细胞样品中的存在和/或表达水平/量还可以经由功能性或基于活性的测定法来检查。例如,如果生物标志物是酶的话,可以进行本领域已知的测定法来测定或检测给定酶活性在组织或细胞样品中的存在。
在某些实施方案中,针对测定的基质基因的量中的差异和使用的样品的质量中的可变性,以及各测定法轮次间的可变性二者将样品标准化。此类标准化可通过检测和掺入某些标准化生物标志物(包括公知的持久基因)的表达来实现。或者,标准化可基于所有测定的基因或其较大子集的均值或中值信号(全局标准化办法)。在一种基因接一种基因的基础上,比较受试者肿瘤mRNA或蛋白质的测量得到的经过标准化的量与在参照集中找到的量。每种mRNA或蛋白质每份测试的肿瘤每位受试者的经过标准化的表达水平可表述为在参照集中测量得到的表达水平的百分率。在要分析的特定受试者样品中测量得到的存在和/或表达水平/量会落在此范围内的某个百分位处,其可通过本领域公知的方法来确定。在一些实施方案中,该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种。
在一个实施方案中,样品是临床样品。在另一个实施方案中,样品在诊断性测定法中使用。在一些实施方案中,样品是自原发性或转移性肿瘤获得的。常常使用组织活检来获得肿瘤组织的代表性碎片/块。或者,可以以已知或认为含有感兴趣肿瘤细胞的组织或流体的形式间接获得肿瘤细胞。例如,可通过切除,支气管镜检,细针抽吸,支气管刷检,或自痰,胸膜液或血液获得肺癌损害的样品。可自癌症或肿瘤组织或自其它身体样品诸如尿,痰,血清或血浆检测基因或基因产物。上文关于检测癌性样品中的靶基因或基因产物讨论的相同技术可应用于其它身体样品。癌细胞可能自癌症损害脱落并出现在此类身体样品中。通过筛选此类身体样品,可实现对这些癌症的简单早期诊断。另外,通过到此类身体样品测试靶基因或基因产物能更加容易地监测疗法的进展。
在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自同一受试者或个体的单一样品或组合的多份样品,其在与获得测试样品时不同的一个或多个时间点获得。例如,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是在比获得测试样品时要早的时间点自同一受试者或个体获得的。如果参照样品是在癌症的初始诊断期间获得的而测试样品是更晚在癌症变成转移性时获得的,那么此类参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织可以是有用的。
在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非该受试者或个体的一名或多名健康个体的组合的多份样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非该受试者或个体的具有疾病或病症(例如癌症)的一名或多名个体的组合的多份样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非该受试者或个体的一名或多名个体的正常组织的合并RNA样品或合并血浆或血清样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非该受试者或个体的具有疾病或病症(例如癌症)的一个或多个个体的肿瘤组织的合并RNA样品或合并血浆或血清样品。
在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非该受试者或个体但是对免疫疗法的完全响应者或部分响应者的一名或多名个体的组合的多份样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非该受试者或个体的具有疾病或病症(例如癌症)的一名或多名个体的组合的多份样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非该受试者或个体但是对免疫疗法的完全响应者或部分响应者的一名或多名个体的组织的合并RNA样品或合并血浆或血清样品。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是来自并非该受试者或个体的是对免疫疗法的完全响应者或部分响应者的具有疾病或病症(例如癌症)的一名或多名个体的肿瘤组织的合并RNA样品或合并血浆或血清样品。
在一些实施方案中,样品是来自个体的组织样品。在一些实施方案中,组织样品是肿瘤组织样品(例如活检组织)。在一些实施方案中,组织样品是肺组织。在一些实施方案中,组织样品是肾组织。在一些实施方案中,组织样品是皮肤组织。在一些实施方案中,组织样品是胰腺组织。在一些实施方案中,组织样品是胃组织。在一些实施方案中,组织样品是膀胱组织。在一些实施方案中,组织样品是食管组织。在一些实施方案中,组织样品是间皮组织。在一些实施方案中,组织样品是乳腺组织。在一些实施方案中,组织样品是甲状腺组织。在一些实施方案中,组织样品是结肠直肠组织。在一些实施方案中,组织样品是头和颈组织。在一些实施方案中,组织样品是骨肉瘤组织。在一些实施方案中,组织样品是前列腺组织。在一些实施方案中,组织样品是卵巢组织,HCC(肝),血细胞,淋巴结,骨/骨髓。
在任何方法的一些实施方案中,疾病或病症是肿瘤。在一些实施方案中,肿瘤是恶性癌性肿瘤(即癌症)。在一些实施方案中,肿瘤和/或癌症是实体瘤或非实体或软组织肿瘤。软组织肿瘤的例子包括白血病(例如慢性髓性白血病,急性髓性白血病,成人急性成淋巴细胞性白血病,急性髓性白血病,成熟B细胞急性成淋巴细胞性白血病,慢性淋巴细胞性白血病,多形细胞性白血病,或毛细胞白血病)或淋巴瘤(例如非霍奇金(Hodgkin)氏淋巴瘤,皮肤T细胞淋巴瘤,或霍奇金氏病)。实体瘤包括除了血液,骨髓,或淋巴系统以外的身体组织的任何癌症。实体瘤可进一步分成上皮细胞起源的那些和非上皮细胞起源的那些。上皮细胞实体瘤的例子包括胃肠道,结肠,结肠直肠(例如基样(basaloid)结肠直肠癌),乳腺(例如三重阴性乳腺癌),前列腺,肺,肾,肝,胰腺,卵巢(例如子宫内膜样(endometrioid)卵巢癌),头和颈,口腔,胃,十二指肠,小肠,大肠,肛门,胆囊,阴唇,鼻咽,皮肤,子宫,男性生殖器官,泌尿器官(例如尿道上皮膀胱癌,尿道上皮癌,发育异常尿道上皮癌,移行细胞癌),膀胱,和皮肤的肿瘤。非上皮起源的实体瘤包括肉瘤,脑瘤,和骨瘤。在一些实施方案中,癌症是非小细胞肺癌(NSCLC)。在一些实施方案中,癌症是二线或三线局部晚期或转移性非小细胞肺癌。在一些实施方案中,癌症是腺癌。在一些实施方案中,癌症是鳞状细胞癌。
在一些实施方案中,使用选自由FACS,Western印迹,ELISA,免疫沉淀,免疫组织化学,免疫荧光,放射免疫测定法,点印迹,免疫检测方法,HPLC,表面等离振子共振,光谱术,质谱术,HPLC,qPCR,RT-qPCR,多重qPCR或RT-qPCR,RNA-seq,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,和FISH,和其组合组成的组的方法在样品中检测基质基因签名的一种或多种基因。在一些实施方案中,使用FACS分析检测基质基因签名。在一些实施方案中,该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种。
优选地,基质基因签名的表达水平是在含有或怀疑含有癌细胞的生物学样品中评估的。该样品可以是例如自罹患,怀疑罹患,或诊断有癌症(例如膀胱癌(例如尿道上皮膀胱癌),乳腺癌(例如三重阴性乳腺癌),肾细胞癌,结肠直肠癌,胃癌,肝癌,黑素瘤,肺癌(例如非小细胞肺癌),卵巢癌,或胰腺癌)的患者获得的组织切除,组织活检,或转移性损害。优选地,该样品是组织的样品,肿瘤的切除或活检,已知的或怀疑的转移性癌症损害或切片,或已知或怀疑包含循环癌细胞的血液样品,例如外周血样品。该样品可以包含癌细胞(即肿瘤细胞),和非癌性细胞(例如基质细胞)二者,而且,在某些实施方案中,包含癌性和非癌性细胞二者。在本发明包含测定基质成分中的基因表达的各方面,该样品包含癌症/肿瘤细胞和例如与癌症/肿瘤细胞相关的非癌性细胞(例如肿瘤相关成纤维细胞,内皮细胞,周细胞,细胞外基质,和/或各种类别的白细胞)二者。在其它方面,熟练技术人员(例如病理学家)能容易地辨别癌细胞与非癌性的(例如基质细胞,内皮细胞,等)。获得生物学样品(包括组织切除,活检,和体液,例如包含癌症/肿瘤细胞的血液样品)的方法是本领域公知的。在一些实施方案中,自患者获得的样品是在任何免疫疗法或其它治疗方案或疗法(例如用于治疗癌症或管理或改善其症状的化疗或放疗)开始前收集的。在一些实施方案中,自患者获得的样品是在开始免疫疗法之后但在用抑制性基质拮抗剂的治疗之前收集的。在一些实施方案中,患者在用抑制性基质拮抗剂的治疗前用免疫疗法的治疗失败了。因此,在一些实施方案中,样品是在施用免疫治疗剂或其它药剂,或开始免疫疗法或用抑制性基质拮抗剂的治疗之前收集的。在一些实施方案中,样品是在施用免疫治疗剂或其它药剂之后,但在开始用抑制性基质拮抗剂的治疗之前收集的。
在上文描述的方法以外,本发明还涵盖用于评估一种或多种基质基因签名的表达水平的别的免疫组织化学方法,诸如通过Western印迹和基于ELISA的检测。正如本领域理解的,本发明的标志物/指示剂蛋白质的表达水平还可以在mRNA水平通过本领域已知的任何合适方法来评估,诸如Northern印迹,实时PCR,和RT-PCR。基于免疫组织化学和mRNA的检测方法和系统是本领域公知的且可以自标准教科书推导,诸如Lottspeich(Bioanalytik,Spektrum Akademisher Verlag,1998)或Sambrook and Russell(Molecular Cloning:ALaboratory Manual,CSH Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,U.S.A.,2001)。所描述的方法对于相对于在诊断有高级阶段的癌症(例如膀胱癌,乳腺癌,结肠直肠癌,胃癌,肝癌,黑素瘤,肺癌(例如非小细胞肺癌),卵巢癌,或肾细胞癌)的群体中建立的对照水平测定一名患者或一组患者中基质基因签名的表达水平特别有用。
为了在本文中描述的检测方法中使用,技术人员有能力标记本发明涵盖的多肽或寡核苷酸。正如本领域例行实践的,可以依照本领域已知的标准方法标记并显现供检测mRNA水平中使用的杂交探针和/或供IHC方法中使用的抗体或抗体片段。常用系统的非限制性例子包括使用放射性标记物,酶标记物,荧光标签,生物素-亲合素复合物,化学发光,等等。
一种或多种基质基因签名的表达水平还可以在蛋白质水平上通过利用免疫凝集,免疫沉淀(例如免疫扩散,免疫电泳,免疫固定),Western印迹技术(例如原位免疫组织化学,原位免疫细胞化学,亲和层析,酶免疫测定法),等等来测定。经过纯化的多肽的量还可以通过物理方法来测定,例如光度学。量化混合物中的特定多肽的方法通常依赖于特异性结合,例如抗体的。
如上文提到的,依照本发明的标志物/指示剂蛋白质的表达水平还可以反映为编码该基质基因签名的相应基因的表达升高或降低。因此,可以实施对翻译前的基因产物(例如经过剪接的,未经剪接的或部分剪接的mRNA)的定量评估,从而评估相应基因的表达。本领域技术人员知道要在此背景中使用的标准方法,或者可以自标准教科书(例如Sambrook,2001)推导这些方法。例如,关于编码如本文中描述的基质基因签名中的一项或多项的mRNA的相应浓度/量的定量数据可以通过Northern印迹,实时PCR,等等来获得。
本发明进一步提供如果具有癌症(例如化疗抗性,化疗敏感性,顽固性,原发性,高级,或复发性的膀胱癌(例如尿道上皮膀胱癌,乳腺癌(例如三重阴性乳腺癌),结肠直肠癌,胃癌,肝癌,黑素瘤,肺癌(例如非小细胞肺癌),卵巢癌,或肾细胞癌)的患者确定具有任何基因集中的一种或多种基质基因签名的表达水平的变化的话,对该患者施用免疫疗法的方法。在一个实施方案中,如果一种或多种基质基因签名(即FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中的一种或多种)的表达水平有升高的话,对该患者施用与免疫疗法组合的抑制性基质拮抗剂。
在一些实施方案中,该激活性免疫疗法包括CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂。在特定实施方案中,该激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)在具有癌症的患者中提高,增强,或刺激免疫应答或功能。在一些实施方案中,该激动剂调控配体(例如T细胞受体配体)的表达和/或活性,和/或提高或刺激配体与它的免疫受体的相互作用,和/或提高或刺激通过配体结合免疫受体介导的细胞内信号传导。在其它实施方案中,该抑制性免疫疗法包括CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂。在特定实施方案中,该拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)是抑制和/或阻断配体(例如T细胞受体配体)与它的免疫受体的相互作用的药剂或是配体和/或受体表达和/或活性的拮抗剂,或是阻断通过配体(例如T细胞受体配体)结合它的免疫受体介导的细胞内信号传导的药剂。在一些实施方案中,该免疫疗法与抑制性基质拮抗剂组合施用。在一些实施方案中,该免疫疗法与抑制性基质拮抗剂组合施用,其中来自该个体的样品指示如本文中描述的基质基因签名的存在。
在一些实施方案中,本发明的方法可进一步包含与另外的疗法一起施用该激活性免疫疗法(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)和抑制性基质拮抗剂。该另外的疗法可以是放射疗法,手术,化学疗法,基因疗法,DNA疗法,病毒疗法,RNA疗法,骨髓移植,纳米疗法(nanotherapy),单克隆抗体疗法,或前述的组合。该另外的疗法可以是辅助或新辅助疗法的形式。在一些实施方案中,该另外的疗法是施用副作用限制剂(例如意图减少治疗的副作用的发生和/或严重程度的药剂,诸如抗恶心剂,等)。在一些实施方案中,该另外的疗法是放射疗法。在一些实施方案中,该另外的疗法是手术。在一些实施方案中,该另外的疗法可以是本文中上文描述的化疗剂中的一种或多种。例如,这些方法牵涉与一种或多种如下文进一步描述的另外的化疗剂(例如卡铂和/或帕利他赛)一起共施用该激活性免疫疗法(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或抑制性免疫疗法(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)。免疫疗法(任选与一种或多种化疗剂(例如卡铂和/或帕利他赛)组合)优选延长和/或改善存活,包括无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)。在一个实施方案中,免疫疗法延长存活比通过施用对所治疗的癌症批准的抗肿瘤剂或标准护理实现的存活多至少约20％。
在一个实施方案中,施用固定剂量的免疫疗法。可以一次性或在一系列治疗里对患者适当施用固定剂量。在施用固定剂量的情况下,优选地,它在约20mg至约2000mg的范围中。例如,固定剂量可以是大约420mg,大约525mg,大约840mg,或大约1050mg激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)。在施用一系列剂量的情况下,这些可以例如大约每周,大约每2周,大约每3周,或大约每4周,但是优选大约每3周施用。可以例如继续施用固定剂量,直至疾病进展,不良事件,或由内科医师确定的其它时间。例如,可以施用约2,3,或4直至约17或更多个固定剂量。
在一个实施方案中,施用一个或多个加载剂量(loading dose)的激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂),继以一个或多个维持剂量(maintenance dose)。在另一个实施方案中,对患者施用多个相同剂量。
在一个实施方案中,施用一个或多个加载剂量的抑制性基质拮抗剂(例如TGFβ拮抗剂),继以一个或多个维持剂量。在另一个实施方案中,对患者施用多个相同剂量。
虽然激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)可以作为单一抗肿瘤剂施用,但是任选用激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)和抑制性基质拮抗剂的组合治疗患者,取决于基质基因签名的存在。
在其它实施方案中,该免疫疗法和该抑制性基质拮抗剂与化疗剂组合施用。例示性化疗剂在本文中包括:吉西他滨,卡铂,奥沙利铂,伊立替康,氟尿嘧啶(例如5-FU),帕利他赛(例如nab-帕利他赛),多西他赛,托泊替康,卡培他滨,替莫唑胺,干扰素-α,和/或脂质体多柔比星(例如PEG化脂质体多柔比星)。组合施用包括使用分开的配制剂或单一的药用配制剂的共施用或并行施用,和任一次序的序贯施用,其中优选有一段时间所有活性剂同时发挥它们的生物学活性。如此,可以在施用激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)之前或之后和/或在施用抑制性基质拮抗剂之前或之后施用化疗剂。在此实施方案中,化疗剂的至少一次施用和激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂),拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)和/或抑制性基质拮抗剂的至少一次施用之间的时机优选是大约1个月或更小(3周,2周,1周,6天,5天,4天,3天,2天,1天)。或者,以单一的配制剂或分开的配制剂对患者并行施用化疗剂和激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂),和抑制性基质拮抗剂。用化疗剂(例如卡铂和/或帕利他赛)和激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)和/或抑制性基质拮抗剂的组合的治疗可以对患者产生协同或大于叠加的治疗益处。
特别想要用于与激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)和抑制性基质拮抗剂组合(例如用于卵巢癌的疗法)的化疗剂包括:化疗剂,诸如铂化合物(例如卡铂),紫杉醇,诸如帕利他赛或多西他赛,托泊替康,或脂质体多柔比星。
特别想要用于与激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)和抑制性基质拮抗剂组合(例如用于乳腺癌的疗法)的化疗剂包括:化疗剂,诸如卡培他滨,和紫杉醇,诸如帕利他赛(例如nab-帕利他赛)或多西他赛。
特别想要用于与激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)和抑制性基质拮抗剂组合(例如用于结肠直肠癌的疗法)的化疗剂包括:化疗剂,诸如氟尿嘧啶(例如5-FU),帕利他赛,顺铂,托泊替康,伊立替康,氟尿嘧啶-奥沙利铂,氟尿嘧啶-伊立替康,FOLFOX4(5-FU,亚叶酸,奥沙利铂),和IFL(伊立替康,5-FU,亚叶酸)。
特别想要用于与激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)和抑制性基质拮抗剂组合(例如用于肾细胞癌的疗法)的化疗剂包括:化疗剂,诸如干扰素-α2a。
如果施用的话,化疗剂通常以其已知剂量施用,或者任选由于药物的组合作用或可归于施用化疗剂的负面副作用而降低。可依照制造商的说明书或如由熟练从业人员凭经验确定的使用此类化疗剂的制备和剂量给药进度表。在化疗剂是帕利他赛的情况下,优选地,例如每3周一次在3小时里以介于约130mg/m2至200mg/m2之间(例如大约175mg/m2)的剂量施用它。在化疗剂是卡铂的情况下,优选地,通过使用基于患者现有肾功能或肾功能和想要的血小板最低值的Calvert公式计算卡铂的剂量来施用它。肾排泄是卡铂消除的主要路径。与基于体表面积的经验剂量计算相比,使用这种剂量公式容许补偿患者在治疗前肾功能方面的差异,该差异在其它情况下可导致剂量过低(在具有平均以上肾功能的患者中)或剂量过高(在具有受损肾功能的患者中)任一。使用单一药剂卡铂的目标AUC 4-6mg/mL/min看来在先前接受过治疗的患者中提供最适宜的剂量范围。
在激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂),抑制性基质拮抗剂和化疗剂之外,还可与其组合其它治疗方案。例如,可施用第二(第三,第四,等)化疗剂,其中第二化疗剂或是抗代谢物化疗剂,或是并非抗代谢物的化疗剂。例如,第二化疗剂可以是紫杉烷(诸如帕利他赛或多西他赛),卡培他滨,或基于铂的化疗剂(诸如卡铂,顺铂,或奥沙利铂),蒽环(诸如多柔比星,包括脂质体多柔比星),托泊替康,培美曲塞,长春花生物碱(诸如长春瑞滨),和TLK 286。可以施用不同化疗剂的“鸡尾酒”。
可以与激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂),和/或化疗剂组合的其它治疗剂包括下述任一项或多项:HER抑制剂,HER二聚化抑制剂(例如生长抑制性HER2抗体,诸如曲妥珠单抗(trastuzumab),或诱导过表达HER2的细胞凋亡的HER2抗体,诸如7C2,7F3或其人源化变体)；针对不同肿瘤相关抗原(诸如EGFR,HER3,HER4)的抗体；抗激素化合物,例如抗雌激素化合物,诸如他莫昔芬,或芳香酶抑制剂；保心药(用于预防或减轻与疗法有关的任何心肌功能障碍)；细胞因子；EGFR靶向性药物(诸如
Figure BDA0001913510460000631
或西妥昔单抗)；酪氨酸激酶抑制剂；COX抑制剂(例如COX-1或COX-2抑制剂)；非类固醇消炎药,塞来昔布(celecoxib)
Figure BDA0001913510460000632
法呢基转移酶抑制剂(例如可购自Johnsonand Johnson的替吡法尼
Figure BDA0001913510460000633
R115777或可购自Schering-Plough的洛那法尼(Lonafarnib)SCH66336)；结合癌胚蛋白CA125的抗体,诸如Oregovomab(MoAb B43.13)；HER2疫苗(诸如来自Pharmexia的HER2 AutoVac疫苗,或来自Dendreon的APC8024蛋白质疫苗,或来自GSK/Corixa的HER2肽疫苗)；另一种HER靶向疗法(例如曲妥珠单抗,西妥昔单抗,ABX-EGF,EMD7200,吉非替尼,厄洛替尼,CP724714,CI1033,GW572016,IMC-11F8,TAK165,等)；Raf和/或ras抑制剂(参见例如WO 2003/86467)；盐酸多柔比星脂质体注射液
Figure BDA0001913510460000635
拓扑异构酶1抑制剂,诸如托泊替康；紫杉烷；HER2和EGFR双重酪氨酸激酶抑制剂,诸如拉帕替尼/GW572016；TLK286
Figure BDA0001913510460000634
EMD-7200；治疗恶心的药物,诸如血清素拮抗剂,类固醇,或苯二氮杂卓(benzodiazepine)；预防或治疗皮疹的药物或标准痤疮疗法,包括表面或口服抗生素；治疗或预防腹泻的药物；降低体温的药物,诸如醋氨酚(acetaminophen),苯海拉明(diphenhydramine),或哌替啶(meperidine)；造血生长因子,等。
对于任何上文提到的共施用的药剂合适的剂量就是那些目前使用的且可以由于药剂和激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)和抑制性基质拮抗剂的组合作用(协同性)而降低。在上述治疗方案以外,还可将患者提交手术去除肿瘤和/或癌细胞,和/或放射疗法。
在激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)是抗体的情况下,优选地,施用的抗体是裸抗体。施用的激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)可以与细胞毒剂缀合。优选地,缀合物和/或它结合的抗原受到细胞内在化,导致该缀合物在杀伤它结合的癌细胞方面的治疗功效提高。在一个优选实施方案中,细胞毒剂靶向或干扰癌细胞中的核酸。此类细胞毒剂的例子包括美登木生物碱(maytansinoid),加利车霉素(calicheamicin),核糖核酸酶,和DNA内切核酸酶。
可以通过基因疗法施用激动剂(例如CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMBG1,或TLR激动剂)或拮抗剂(例如CTLA-4,PD-1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂)。参见例如1996年3月14日公布的WO 96/07321,其关注使用基因疗法来生成胞内抗体。有两种主要办法使核酸(任选载体中含有的)进入患者的细胞；体内和回体。对于体内投递,通常在需要抗体的部位处,将核酸直接注射入患者。对于回体治疗,取出患者的细胞,将核酸导入这些分离的细胞并将经过修饰的细胞或是直接的或是例如封装在植入患者中的多孔膜内(参见例如美国专利No.4,892,538和5,283,187)而施用于患者。有多种技术可用于将核酸导入活细胞。技术随在体外将核酸转移入培养的细胞还是在体内将核酸转移入预定宿主的细胞而变化。适合于在体外将核酸转移入哺乳动物细胞的技术包括使用脂质体,电穿孔,显微注射,细胞融合,DEAE-右旋糖苷,磷酸钙沉淀法,等。用于回体投递基因的一种常用载体是逆转录病毒。目前优选的体内核酸转移技术包括用病毒载体(诸如腺病毒,单纯疱疹I病毒,或腺伴随病毒)和基于脂质的系统(例如对于脂质介导的基因转移有用的脂质是DOTMA,DOPE和DC-Chol)的转染。在一些情况中,期望与靶向靶细胞的药剂,诸如对细胞表面膜蛋白或靶细胞特异性的抗体,靶细胞上的受体的配体,等一起提供核酸来源。在采用脂质体的情况下,可以使用结合与胞吞有关的细胞表面膜蛋白的蛋白质进行靶向和/或推动摄取,例如对特定细胞类型向性的衣壳蛋白或其片段,针对在循环中经历内在化的蛋白质的抗体,和靶向胞内定位且增强胞内半衰期的蛋白质。受体介导的胞吞的技术由例如Wu et al.,J.Biol.Chem.262:4429-4432(1987)；和Wagner et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:3410-3414(1990)描述。关于目前已知的基因标记和基因疗法方案的综述参见Anderson etal.,Science 256:808-813(1992)。还参见WO 93/25673和其中引用的参考文献。
III.供本发明的方法中使用的抗体
在本发明的一些实施方案中,该免疫疗法和/或该抑制性基质拮抗剂是抗体。本发明提供供诊断和/治疗可受益于免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的组合治疗的个体中使用的各种抗体。
单克隆抗体
在一些实施方案中,抗体是单克隆抗体。单克隆抗体是自实质性均质的抗体的群体获得的,即除了在生成单克隆抗体期间产生的可能变体(此类变体一般以微小量存在)之外,构成该群体的抗体个体是同一的和/或结合相同表位。如此,修饰语“单克隆”指示抗体不是离散或多克隆抗体的混合物的特征。
例如,单克隆抗体可使用最初由Kohler et al.,Nature 256:495(1975)描述的杂交瘤方法来生成,或者可通过重组DNA方法(美国专利No.4,816,567)来生成。
在杂交瘤方法中,如本文所述对小鼠或其它适宜的宿主动物免疫接种以引发生成或能够生成会特异性结合用于免疫接种的多肽的抗体的淋巴细胞。或者,可以在体外免疫淋巴细胞。然后使用合适的融合剂(诸如聚乙二醇)融合淋巴细胞与骨髓瘤细胞以形成杂交瘤细胞(Goding,Monoclonal Antibodies:Principles and Practice,pp.59-103(Academic Press,1986))。
接种如此制备的杂交瘤细胞并在优选含有一种或多种抑制未融合的亲本骨髓瘤细胞生长或存活的物质的合适的培养基中生长。例如,如果亲本骨髓瘤细胞缺乏酶次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖基转移酶(HGPRT或HPRT),那么用于杂交瘤的培养基典型地会包括次黄嘌呤,氨基蝶呤,和胸苷(HAT培养基),这些物质阻止HGPRT缺陷细胞生长。
在一些实施方案中,骨髓瘤细胞是那些有效融合,支持由选择的抗体生成细胞稳定高水平生成抗体,且对培养基(诸如HAT培养基)敏感的。在这些中,在一些实施方案中,骨髓瘤细胞系是鼠骨髓瘤系,诸如那些衍生自从Salk Institute Cell DistributionCenter(San Diego,California,USA)可得的MOPC-21和MPC-11小鼠肿瘤,和从AmericanType Culture Collection(Rockville,Maryland,USA)可得的SP-2或X63-Ag8-653细胞的。还描述了用于生成人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人异源骨髓瘤细胞系(Kozbor,J.Immunol.,133:3001(1984)；Brodeur et al.,Monoclonal Antibody ProductionTechniques and Applications,pp.51-63(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987))。
对杂交瘤细胞在其中生长的培养液测定针对抗原的单克隆抗体的生成。在一些实施方案中,由杂交瘤细胞生成的单克隆抗体的结合特异性通过免疫沉淀或通过体外结合测定法(诸如放射免疫测定法(RIA)或酶联免疫吸附测定法(ELISA))来测定。
单克隆抗体的结合亲和力可以例如通过Munson et al.,Anal.Biochem.107:220(1980)的Scatchard分析来确定。
在鉴定生成具有想要的特异性,亲和力,和/或活性的抗体的杂交瘤细胞之后,可通过限制稀释规程对克隆进行亚克隆并通过标准方法生长(Goding,MonoclonalAntibodies:Principles and Practice,pp.59-103(Academic Press,1986))。适合于这个目的培养基包括例如D-MEM或RPMI-1640培养基。另外,杂交瘤细胞可作为动物中的腹水肿瘤在体内生长。
由亚克隆分泌的单克隆抗体通过常规免疫球蛋白纯化规程(诸如例如多肽
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羟基磷灰石层析术,凝胶电泳,透析,或亲和层析术)与培养液,腹水,或血清适当分开。
编码单克隆抗体的DNA容易使用常规规程(例如通过使用能够特异性结合编码鼠抗体的重和轻链的基因的寡核苷酸探针)分离并测序。在一些实施方案中,杂交瘤细胞充当此类DNA的来源。一旦分离,可将DNA放置入表达载体,然后转染入在其它情况下不生成免疫球蛋白多肽的宿主细胞,诸如大肠杆菌细胞,猿COS细胞,人胚肾(HEK)293细胞,中国仓鼠卵巢(CHO)细胞,或骨髓瘤细胞,以获得单克隆抗体在重组宿主细胞中的合成。关于编码抗体的DNA在细菌中的重组表达的综述包括Skerra et al.,Curr.Opinion in Immunol.5:256-262(1993)和Plückthun,Immunol.Revs.130:151-188(1992)。
在又一个实施方案中,抗体或抗体片段可以自使用McCafferty et al.,Nature348:552-554(1990)中描述的技术生成的抗体噬菌体文库分离。Clackson et al.,Nature352:624-628(1991)和Marks et al.,J.Mol.Biol.222:581-597(1991)分别描述了使用噬菌体文库分离鼠和人抗体。随后的出版物描述了通过链改组(chain shuffling)(Marks etal.,Bio/Technology 10:779-783(1992)),以及组合感染和体内重组作为构建很大的噬菌体文库的策略(Waterhouse et al.,Nuc.Acids.Res.21:2265-2266(1993))生成高亲和力(nM范围)人抗体。如此,这些技术是用于分离单克隆抗体的传统单克隆抗体杂交瘤技术的可行备选方案。
还可修饰DNA,例如通过替代人重和轻链恒定域的编码序列代替同源鼠序列(美国专利No.4,816,567；Morrison et al.,Proc.Natl Acad.Sci.USA 81:6851(1984)),或通过将非免疫球蛋白多肽的编码序列的全部或部分共价连接至免疫球蛋白编码序列。
典型地,此类非免疫球蛋白多肽替代抗体的恒定域,或者它们替代抗体的一个抗原结合位点的可变域以创建嵌合二价抗体,其包含具有针对抗原的特异性的一个抗原结合位点和具有针对不同抗原的特异性的另一个抗原结合位点。
在本文中描述的任何方法的一些实施方案中,抗体是IgA,IgD,IgE,IgG,或IgM。在一些实施方案中,抗体是IgG单克隆抗体。
抗体片段
在一些实施方案中,抗体是抗体片段。已经开发了用于生成抗体片段的各种技术。传统上,这些片段经由完整抗体的蛋白水解消化而衍生(参见例如Morimoto et al.,Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24:107-117(1992)和Brennan etal.,Science 229:81(1985))。然而,现在可以由重组宿主细胞直接生成这些片段。例如,可以自上文讨论的抗体噬菌体文库分离抗体片段。或者,Fab’-SH片段可以直接自大肠杆菌回收并化学偶联以形成F(ab’)2片段(Carter et al.,Bio/Technology 10:163-167(1992))。依照另一种办法,F(ab’)2片段可以直接自重组宿主细胞培养物分离。用于生成抗体片段的其它技术对于熟练从业人员会是显然的。在其它实施方案中,选择的抗体是单链Fv片段(scFv)。参见WO 93/16185；美国专利No.5,571,894；和美国专利No.5,587,458。例如,抗体片段还可以是“线性抗体”,例如如美国专利5,641,870中描述的。此类线性抗体片段可以是单特异性的或双特异性的。
在一些实施方案中,提供本文中描述的抗体的片段。在一些实施方案中,抗体片段是抗原结合片段。在一些实施方案中,抗原结合片段选自由Fab片段,Fab’片段,F(ab’)2片段,scFv,Fv,和双抗体组成的组。
多肽变体和修饰
在某些实施方案中,涵盖本文中的蛋白质的氨基酸序列变体。例如,可能想要改善蛋白质的结合亲和力和/或其它生物学特性。蛋白质的氨基酸序列变体可以通过将适宜的修饰引入编码蛋白质的核苷酸序列,或者通过肽合成来制备。此类修饰包括例如蛋白质的氨基酸序列内的残基的删除,和/或插入和/或替代。可以进行删除,插入,和替代的任何组合以得到最终的构建物,前提是最终的构建物拥有想要的特征。
变体多肽
“多肽变体”意味着与全长天然序列的多肽,缺少信号肽的多肽序列,有或无信号肽的多肽的胞外域具有至少约80％氨基酸序列同一性的如本文中定义的多肽,例如活性多肽。此类多肽变体包括例如其中在全长天然氨基酸序列的N或C端添加或删除一个或多个氨基酸残基的多肽。通常,多肽变体会与全长天然序列多肽序列,缺少信号肽的多肽序列,有或无信号肽的多肽的胞外域具有至少约80％氨基酸序列同一性,或者至少约85％,90％,95％,96％,97％,98％,或99％任一氨基酸序列同一性。任选地,变体多肽会具有与天然多肽序列相比不超过一处保守氨基酸替代,或者与天然多肽序列相比不超过约2,3,4,5,6,7,8,9,或10处任一保守氨基酸替代。
例如,当与全长天然多肽相比时,变体多肽可以在N端或C端截短,或者可以缺少内部残基。某些变体多肽可以缺少对于想要的生物学活性不是至关紧要的氨基酸残基。具有截短,删除,和插入的这些变体多肽可通过多种常规技术任一来制备。想要的变体多肽可以化学合成。另一种合适的技术牵涉通过聚合酶链式反应(PCR)分离和扩增编码想要的变体多肽的核酸片段。限定核酸片段的想要的末端的寡核苷酸在PCR中作为5’和3’引物采用。优选地,变体多肽与本文中公开的天然多肽共享至少一种生物学和/或免疫学活性。
氨基酸序列插入包括长度范围为一个残基至含有一百个或更多个残基的多肽的氨基和/或羧基末端融合,以及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的例子包括具有N末端甲硫氨酰基残基的抗体或融合至细胞毒性多肽的抗体。抗体分子的其它插入变体包括抗体的N或C端与延长抗体的血清半衰期的多肽或酶的融合。
例如,可能想要改善多肽的结合亲和力和/或其它生物学特性。多肽的氨基酸序列变体通过将适宜的核苷酸变化引入抗体核酸或通过肽合成来制备。此类修饰包括例如多肽的氨基酸序列内的残基的删除,和/或插入和/或替代。可以进行删除,插入,和替代的任何组合以得到最终的构建物,前提是最终的构建物拥有想要的特征。氨基酸变化还可以改变多肽(例如抗体)的翻译后加工,诸如改变糖基化位点的数目或位置。
通过比较多肽的序列与同源已知多肽分子的序列并使在高同源性的区域中进行的氨基酸序列变化的数目最小化,可找到关于确定可插入,替代或删除哪个氨基酸残基而并不不利地影响想要的活性的指导。
一种对于鉴定多肽(例如抗体)中作为诱变的优选位置的某些残基或区域有用的方法称作“丙氨酸扫描诱变”,如由Cunningham and Wells,Science 244:1081-1085(1989)描述的。这里,鉴定一个残基或一组靶残基(例如带电荷的残基,诸如Arg,Asp,His,Lys,和Glu)并用中性或带负电荷的氨基酸(最优选丙氨酸或聚丙氨酸)替换以影响氨基酸与抗原的相互作用。然后通过在替代的位点处或针对替代的位点引入别的或其它变体来推敲对替代展现功能敏感性的那些氨基酸位置。如此,虽然用于引入氨基酸序列变异的位点是预先确定的,但是突变本身的性质不需要预先确定。例如,为了分析给定位点处的突变的性能,在靶密码子或区域处进行丙氨酸扫描或随机诱变并对表达的抗体变体筛选想要的活性。
另一种类型的变体是氨基酸替代变体。这些变体具有抗体分子中的至少一个氨基酸残基用不同的残基替换。对于替代诱变最感兴趣的位点包括高变区,但是也涵盖FR改变。如果此类替代导致生物学活性的改变,那么可以引入表1中命名为“例示性替代”的或如下文提到氨基酸类别进一步描述的更实质性变化并筛选产物。
表1
Figure BDA0001913510460000691
Figure BDA0001913510460000701
多肽的生物学特性的实质性修饰通过选择在它们对维持下述各项的效果方面差异显著的替代来实现:(a)替代的区域中多肽骨架的结构,例如作为片层或螺旋构象,(b)靶位点处分子的电荷或疏水性,或(c)侧链的体积。氨基酸可以依照它们的侧链的特性的相似性进行分组(A.L.Lehninger,Biochemistry,2nd ed.,pp.73-75,Worth Publishers,NewYork(1975)):
(1)非极性的:Ala(A),Val(V),Leu(L),Ile(I),Pro(P),Phe(F),Trp(W),Met(M)；
(2)不带电荷的极性的:Gly(G),Ser(S),Thr(T),Cys(C),Tyr(Y),Asn(N),Gln(Q)；
(3)酸性的:Asp(D),Glu(E)；
(4)碱性的:Lys(K),Arg(R),His(H)。
或者,天然发生残基可以基于共同的侧链特性分入各组:
(1)疏水性的:正亮氨酸,Met,Ala,Val,Leu,Ile；
(2)中性的亲水性的:Cys,Ser,Thr,Asn,Gln；
(3)酸性的:Asp,Glu；
(4)碱性的:His,Lys,Arg；
(5)影响链取向的残基:Gly,Pro；
(6)芳香族的:Trp,Tyr,Phe。
非保守性替代会需要将这些类别之一的成员交换另一类别。
还可以替代不牵涉维持抗体的正确构象的任何半胱氨酸残基,一般用丝氨酸,以改善分子的氧化稳定性并防止异常交联。相反地,可以对多肽添加半胱氨酸键以改善它的稳定性(特别是在抗体是抗体片段,诸如Fv片段的情况下)。
替代变体的一个例子牵涉替代亲本抗体(例如人源化抗体)的一个或多个高变区残基。一般地,为进一步开发选择的所得变体会具有相对于生成它们的亲本抗体改善的生物学特性。一种用于生成此类替代变体的方便的方式牵涉使用噬菌体展示的亲和力成熟。简言之,突变数个高变区位点(例如6-7个位点)以生成每个位点处的所有可能氨基酸替代。如此生成的抗体变体以单价方式自丝状噬菌体颗粒展示,作为与每个颗粒内包装的M13的基因III产物的融合物。然后如本文中公开的对噬菌体展示的变体筛选它们的生物学活性(例如结合亲和力)。为了鉴定用于修饰的候选高变区位点,可实施丙氨酸扫描诱变以鉴定对抗原结合有显著贡献的高变区残基。或者/另外,分析抗原-抗体复合物的晶体结构以鉴定抗体和靶物之间的接触点可能是有益的。此类接触残基和邻近的残基是依照本文阐述的技术的替代的候选。一旦生成此类变体,将变体组提交如本文中描述的筛选,并且可以选择在一种或多种相关测定法中具有卓越特性的抗体用于进一步开发。
多肽的另一种类型的氨基酸变体改变抗体的原始糖基化样式。多肽可包含非氨基酸模块。例如,多肽可以是糖基化的。此类糖基化可在多肽在宿主细胞或宿主生物体中表达期间自然发生,或者可以是自人工干预产生的有意修饰。改变意味着删除在多肽中找到的一个或多个碳水化合物模块,和/或添加多肽中不存在的一个或多个糖基化位点。
多肽的糖基化典型地是N连接的或O连接的。N连接指碳水化合物模块附着至天冬酰胺残基的侧链。三肽序列天冬酰胺-X-丝氨酸和天冬酰胺-X-苏氨酸(其中X是除了脯氨酸之外的任何氨基酸)是用于碳水化合物部分酶促附着至天冬酰胺侧链的识别序列。如此,这些三肽序列任一在多肽中的存在创建潜在的糖基化位点。O连接的糖基化指糖N-乙酰基半乳糖胺,半乳糖,或木糖之一附着至羟基氨基酸,最常见的是丝氨酸或苏氨酸,尽管也可使用5-羟基脯氨酸或5-羟基赖氨酸。
对多肽添加糖基化位点通过改变氨基酸序列使得它含有一个或多个上文描述的三肽序列来方便地实现(对于N连接的糖基化位点)。改变还可以通过对原始抗体的序列添加或替代一个或多个丝氨酸或苏氨酸残基来进行(对于O连接的糖基化位点)。
去除多肽上存在的碳水化合物模块可通过化学或酶促方式或通过编码充当糖基化的靶物的氨基酸残基的密码子的突变替代来实现。多肽上的碳水化合物模块的酶促切割可通过使用多种内切和外切糖苷酶来实现。
其它修饰包括谷氨酰胺酰和天冬酰胺酰残基分别变成相应的谷氨酰和天冬氨酰残基的脱酰胺化,脯氨酸和赖氨酸的羟基化,丝氨酰或苏氨酰残基的羟基基团的磷酸化,赖氨酸,精氨酸,和组氨酸侧链的γ-氨基基团的甲基化,N末端胺的乙酰化,和任何C末端羧基基团的酰胺化。
嵌合多肽
本文中描述的多肽可以以形成包含与另一异源多肽或氨基酸序列融合的多肽的嵌合分子的方式来修饰。在一些实施方案中,嵌合分子包含多肽与提供抗标签抗体能选择性结合的表位的标签多肽的融合物。表位标签一般放置于多肽的氨基或羧基末端。此类带表位标签形式的多肽的存在可使用针对标签多肽的抗体来检测。还有,表位标签的提供使得能够使用抗标签抗体或结合表位标签的另一种类型的亲和基质通过亲和纯化容易地纯化多肽。
多特异性抗体
在某些实施方案中,本文中提供的抗体是多特异性抗体,例如双特异性抗体。在某些实施方案中,多特异性抗体是对至少两种不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中,结合特异性之一针对一种抗原而另一针对任何其它抗原。在某些实施方案中,双特异性抗体可结合相同抗原的两种不同表位。双特异性抗体也可以用于将细胞毒剂定位至表达特定抗原的细胞。双特异性抗体可以作为全长抗体或抗体片段制备。
用于生成多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两对免疫球蛋白重链-轻链的重组共表达(参见Milstein and Cuello,Nature 305:537(1983)),WO 93/08829,和Traunecker et al.,EMBO J.10:3655(1991)),和“节-入-穴”工程(参见例如美国专利No.5,731,168),和另外在双特异性抗体的一半的抗原结合片段(Fab)内交换一个或多个重链和轻链域(CrossMab,参见WO2009/080251,WO2009/080252,WO2009/080253,和WO2009/080254)。多特异性抗体也可以通过用于生成抗体Fc异二聚体分子的工程化静电操纵效应(WO 2009/089004A1)；交联两个或更多个抗体或片段(参见例如美国专利No.4,676,980,和Brennan et al.,Science 229:81(1985))；使用亮氨酸拉链来生成双特异性抗体(参见例如Kostelny et al.,J.Immunol.148(5):1547-1553(1992))；使用用于生成双特异性抗体片段的“双抗体”技术(参见例如Hollinger et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993))；和使用单链Fv(sFv)二聚体(参见例如Gruber et al.,J.Immunol.152:5368(1994))；和如例如Tutt et al.,J.Immunol.147:60(1991)中所述制备三特异性抗体来生成。
具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化改造抗体,包括“章鱼抗体”也包括在本文中(参见例如US 2006/0025576A1)。
抗体或片段在本文中还包括包含结合一种抗原以及另一种不同抗原的抗原结合位点的“双重作用FAb”或“DAF”(参见例如US 2008/0069820)。
IV.载体,宿主细胞,和重组方法
为了重组生成异源多肽(例如抗体),分离编码它的核酸并插入可复制载体,用于进一步克隆(DNA的扩增)或用于表达。使用常规规程容易地分离编码多肽(例如抗体)的DNA并测序(例如通过使用能够特异性结合编码抗体的重和轻链的基因的寡核苷酸探针)。许多载体是可得的。载体的选择部分取决于要使用的宿主细胞。一般地,优选的宿主细胞是原核起源的。会领会的是,任何同种型的恒定区可用于此目的,包括IgG,IgM,IgA,IgD,和IgE恒定区,而且此类恒定区可以自任何人或动物物种获得。
A.使用原核宿主细胞生成抗体
i.载体构建
可使用标准重组技术来获得编码本发明的多肽(例如抗体)的多肽构件的多核苷酸序列。可以自抗体生成细胞诸如杂交瘤细胞分离想要的多核苷酸序列并测序。或者,可使用核苷酸合成仪或PCR技术合成多核苷酸。一旦获得,将编码多肽的序列插入能够在原核宿主中复制并表达异源多核苷酸的重组载体。出于本发明的目的,可使用本领域可得的且已知的许多载体。适宜载体的选择会主要取决于要插入载体的核酸的大小和要用载体转化的特定宿主细胞。取决于它的功能(扩增或表达异源多核苷酸,或二者)和它与它在其中驻留的特定宿主细胞的相容性,每种载体含有多种构件。载体构件一般包括但不限于:复制起点,选择标志基因,启动子,核糖体结合位点(RBS),信号序列,异源核酸插入物和转录终止序列。
一般而言,含有自与宿主细胞相容的物种衍生的复制子和控制序列的质粒载体与这些宿主联合使用的。载体通常携带复制位点,以及能够在经过转化的细胞中提供表型选择的标记序列。例如,典型地使用自大肠杆菌物种衍生的质粒pBR322转化大肠杆菌。pBR322含有编码氨苄青霉素(Amp)和四环素(Tet)抗性的基因并如此提供用于鉴定经过转化的细胞的容易手段。pBR322,它的衍生物,或其它微生物质粒或噬菌体还可含有或经修饰而含有能被微生物生物体用于表达内源蛋白质的启动子。用于表达特定抗体的pBR322衍生物的例子在Carter等人,美国专利No.5,648,237中详细描述。
另外,含有与宿主微生物相容的复制子和控制序列的噬菌体载体可以作为转化载体与这些宿主联合使用。例如,可利用噬菌体诸如GEMTM-11来生成可用于转化易感宿主细胞诸如大肠杆菌LE392的重组载体。
本发明的表达载体可包含两种或更多种启动子-顺反子对,编码多肽构件中的每一种。启动子是位于顺反子上游(5’)的非翻译调节序列,它调控顺反子的表达。原核启动子典型地分成两类,诱导型的和组成性的。诱导型启动子是响应培养条件的变化(例如营养物的存在或缺失或温度的变化)而启动在它的控制下的顺反子的水平升高的转录的启动子。
公知受到多种潜在宿主细胞识别的大量启动子。通过经由限制酶消化自源DNA切出启动子并将分离的启动子序列插入本发明的载体,可将选择的启动子与编码轻或重链的顺反子DNA可操作连接。天然启动子序列和许多异源启动子均可用于指导靶基因的扩增和/或表达。在一些实施方案中,利用异源启动子,因为与天然靶多肽启动子相比,它们一般允许表达的靶基因的更大转录和更高产量。
适合于原核宿主一起使用的启动子包括PhoA启动子,-内酰胺酶和乳糖启动子系统,色氨酸(trp)启动子系统和杂合启动子诸如tac或trc启动子。然而,在细菌中有功能的其它启动子(诸如其它已知的细菌或噬菌体启动子)也是合适的。它们的核苷酸序列已经发表,由此使得熟练工作人员能够使用提供任何需要的限制性位点的接头或衔接头将它们与编码靶轻和重链的顺反子可操作连接(Siebenlist et al.,Cell 20:269(1980))。
翻译起始区(TIR)是蛋白质的总体翻译水平的一个主要决定子。TIR包括编码信号序列的多核苷酸,而且自紧挨着Shine-Delgarno序列上游延伸至起始密码子下游大约二十个核苷酸。一般地,载体会包含TIR,TIR和变体TIR是本领域已知的且用于生成TIR的方法是本领域已知的。可创建具有一定范围的翻译强度的一系列核酸序列变体,由此提供为了许多不同多肽的最佳分泌调节此因素的方便手段。与这些变体融合的报告基因,诸如PhoA的使用提供一种量化不同翻译起始区的相对翻译强度的方法。可以在质粒载体的背景中提供变体或突变体TIR,由此提供其中可插入感兴趣基因的一套质粒并测量它的表达,从而为了成熟多肽的最大表达建立最佳范围的翻译强度。变体TIR在USP 8,241,901中公开。
在本发明的一个方面,重组载体内的每个顺反子均包含指导表达的多肽穿过膜转运的分泌信号序列构件。一般而言,信号序列可以是载体的构件,或者它可以是插入载体的靶多肽DNA的一部分。出于本发明的目的而选择的信号序列应当是受到宿主细胞识别并加工(即受到信号肽酶切割)的信号序列。对于不识别并加工异源多肽的天然信号序列的原核宿主细胞,将该信号序列用选自例如本发明的信号肽的原核信号序列替代。另外,载体可包含选自由碱性磷酸酶,青霉素酶,Lpp,或热稳定的肠毒素II(STII)前导,LamB,PhoE,PelB,OmpA,和MBP组成的组的信号序列。
在一个方面,一种或多种多核苷酸(例如表达载体)共同编码抗体。在一个实施方案中,单一多核苷酸编码抗体的轻链且分开的多核苷酸编码抗体的重链。在一个实施方案中,单一多核苷酸编码抗体的轻链和重链。在一些实施方案中,一种或多种多核苷酸(例如表达载体)共同编码单臂抗体。在一个实施方案中,单一多核苷酸编码(a)单臂抗体的轻和重链,和(b)Fc多肽。在一个实施方案中,单一多核苷酸编码单臂抗体的轻和重链,且分开的多核苷酸编码Fc多肽。在一个实施方案中,分开的多核苷酸分别编码单臂抗体的单链构件,单臂抗体的重链构件和Fc多肽。单臂抗体的生成在例如WO2005063816中描述。
适合于表达本发明的抗体的原核宿主细胞包括古细菌(Archaebacteria)和真细菌(Eubacteria),诸如革兰氏阴性或革兰氏阳性生物体。有用的细菌的例子包括埃希氏菌属(Escherichia)(例如大肠埃希氏菌/大肠杆菌(E.coli)),芽孢杆菌属(Bacilli)(例如枯草芽孢杆菌(B.subtilis)),肠杆菌属(Enterobacteria),假单胞菌属(Pseudomonas)物种(例如铜绿假单胞菌(P.aeruginosa)),鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium),粘质沙雷氏菌(Serratia marcescans),克雷伯氏菌属(Klebsiella),变形菌属(Proteus),志贺氏菌属(Shigella),根瘤菌属(Rhizobia),透明颤菌属(Vitreoscilla),或副球菌属(Paracoccus)。在一个实施方案中,使用革兰氏阴性细胞。在一个实施方案中,使用大肠杆菌细胞作为本发明的宿主。大肠杆菌菌株的例子包括菌株W3110(Bachmann,Cellular andMolecular Biology,vol.2(Washington,D.C.:American Society for Microbiolgoy,1987),pp.1190-1219；ATCC保藏号27,325)和其衍生物,包括具有基因型W3110ΔfhuA(ΔtonA)ptr3lac Iq lacL8ΔompTΔ(nmpc-fepE)degP41kanR的菌株33D3(美国专利No.5,639,635)和菌株63C1和64B4。在一些实施方案中,大肠杆菌菌株是命名为62A7(ΔfhuA(ΔtonA)ptr3,lacIq,lacL8,ompTΔ(nmpc-fepE)ΔdegP ilvG修复的)的W3110衍生物。其它菌株和其衍生物,诸如大肠杆菌294(ATCC 31,446),大肠杆菌B,大肠杆菌λ1776(ATCC31,537)和大肠杆菌RV308(ATCC 31,608)也是合适的。这些例子只是例示性的而非限制性的。用于构建具有限定的基因型的任何上述细菌的衍生物的方法是本领域已知的且在例如Bass etal.,Proteins 8:309-314(1990)中描述。一般必须考虑复制子在细菌细胞中的可复制性来选择适宜的细菌。例如,在使用公知的质粒诸如pBR322,pBR325,pACYC177,或pKN410来提供复制子时,大肠杆菌,沙雷氏菌属,或沙门氏菌属物种可能适合用作宿主。典型地,宿主细胞应当分泌最小量的蛋白水解酶,而且可能想要在细胞培养中掺入另外的蛋白酶抑制剂。
为了改善多肽在细菌培养物中的产量和质量,可修饰细菌细胞。例如,为了改善分泌的抗体多肽的正确装配和折叠,细菌宿主细胞可包含可使用表达伴侣蛋白,诸如FkpA和Dsb蛋白(DsbB,DsbC,DsbD,和/或DsbG)的另外的载体共转化宿主原核细胞。伴侣蛋白已经证明推动细菌宿主细胞中生成的异源蛋白的正确折叠和溶解。
ii.抗体生成
用上文描述的表达载体转化宿主细胞并在对于诱导启动子,选择转化子,或扩增编码想要的序列的基因恰当改动的常规营养培养基中培养。
转化意味着将DNA导入原核宿主,使得DNA可复制,或是作为染色体外元件或是通过染色体整合。取决于使用的宿主细胞,使用对此类细胞适宜的标准技术进行转化。采用氯化钙的钙处理一般用于含有坚固细胞壁屏障的细菌细胞。另一种用于转化的方法采用聚乙二醇/DMSO。使用的还有另一种技术是电穿孔。
用于生成本发明的多肽的原核细胞在本领域已知的且适合于培养选择的宿主细胞的培养基中生长。合适的培养基的例子包括LB培养基(Luria broth)加必需的营养补充物。在一些实施方案中,培养基还含有基于表达载体的构建而选择的选择剂,以选择性允许含有表达载体的原核细胞生长。例如,对用于表达氨苄青霉素抗性基因的细胞生长的培养基添加氨苄青霉素。
在碳,氮,和无机磷酸盐来源以外,还可以以适宜浓度含有任何必需补充物,单独地或是作为与另一种补充物或培养基的混合物(诸如复合氮源)引入。任选地,培养基可含有一种或多种选自由谷胱甘肽,半胱氨酸,胱胺,巯基乙酸盐/酯,二硫赤藓糖醇和二硫苏糖醇组成的组的还原剂。
于合适的温度培养原核宿主细胞。例如,对于大肠杆菌生长,优选的温度范围是约20℃至约39℃,更优选约25℃至约37℃,甚至更优选约30℃。主要取决于宿主生物体,培养基的pH可以是范围为约5至约9的任何pH。对于大肠杆菌,pH优选是约6.8至约7.4,而且更优选约7.0。
如果在本发明的表达载体中使用诱导型启动子,那么在适合于激活启动子的条件下诱导蛋白质表达。在本发明的一个方面,使用PhoA启动子来控制多肽的转录。因而,为了诱导,在磷酸盐限制培养基中培养经过转化的宿主细胞。优选地,磷酸盐限制培养基是C.R.A.P培养基(参见例如Simmons et al.,J.Immunol.Methods 263:133-147(2002))或WO2002/061090中描述的培养基。依照采用的载体构建物,可使用多种其它诱导物,正如本领域知道的。
在一个实施方案中,表达的本发明的多肽分泌入宿主细胞的周质并自其回收。蛋白质回收典型地牵涉破坏微生物,一般通过诸如渗透压震扰(osmotic shock),超声处理或裂解等手段。一旦细胞遭到破坏,可通过离心或过滤来去除细胞残骸或完整细胞。可以例如通过亲和树脂层析来进一步纯化蛋白质。或者,蛋白质可能转运入培养液并在其中分离。可以自培养物去除细胞并将培养物上清液过滤和浓缩,用于进一步纯化生成的蛋白质。可使用普遍知道的方法诸如聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)和Western印迹测定法进一步分离和鉴定表达的多肽。
在本发明的一个方面,通过发酵工艺大量进行抗体生成。多种大规模补料-分批发酵规程可用于生成重组多肽。大规模发酵具有至少1000升的容量,优选约1,000至100,000升的容量。这些发酵罐使用搅拌器叶轮来分配氧和养分,尤其是葡萄糖(优选的碳/能源)。小规模发酵一般指体积容量不超过大约100升的发酵罐中的发酵,而且范围可以是约1升至约100升。
在发酵工艺中,典型地在细胞在合适条件下生长至想要的密度(例如OD550为约180-220,在该阶段细胞处于早期静止期)之后启动蛋白质表达的诱导。依照采用的载体构建物,可使用多种诱导剂,正如本领域知道的和上文描述的。可以在诱导前使细胞生长较短时段。通常将细胞诱导约12-50小时,尽管可使用更长或更短的诱导时间。
为了将表达的异源蛋白(尤其是那些对蛋白水解敏感的)的蛋白水解最小化,可将蛋白水解酶缺陷的某些宿主株用于本发明。例如,可修饰宿主细胞株,在编码已知的细菌蛋白酶(诸如蛋白酶III,OmpT,DegP,Tsp,蛋白酶I,蛋白酶Mi,蛋白酶V,蛋白酶VI,和其组合)的基因中实现遗传突变。一些大肠杆菌蛋白酶缺陷株是可得的且在例如Joly等人,见上文(1998)；Georgiou等人,美国专利No.5,264,365；Georgiou等人,美国专利No.5,508,192；Hara et al.,Microbial Drug Resistance 2:63-72(1996)中描述。
在一个实施方案中,在本发明的表达系统中使用蛋白水解酶缺陷且经过表达一种或多种伴侣蛋白的质粒转化的大肠杆菌菌株作为宿主细胞。
iii.抗体纯化
可采用本领域已知的标准蛋白质纯化方法。下面的规程是合适的纯化规程的例示:免疫亲和或离子交换柱上的分级,乙醇沉淀,反相HPLC,硅土上或阳离子交换树脂诸如SP或阴离子交换诸如DEAE上的层析,层析聚焦,SDS-PAGE,硫酸铵沉淀,和使用例如Sephadex G-75的凝胶过滤。
在一个方面,使用在固相上固定化的蛋白A来免疫亲和纯化本发明的抗体产物。蛋白A是一种来自金黄色葡萄球菌的41kD细胞壁蛋白质,以高亲和力结合抗体的Fc区(Lindmark et al.,J.Immunol.Meth.62:1-13(1983))。固定化蛋白A的固相优选是包含玻璃或硅石表面的柱,更优选受控孔径玻璃柱或硅酸柱。在一些应用中,用诸如甘油等试剂包被柱,试图防止杂质的非特异性粘附。
作为纯化的第一步,将自如上文描述的细胞培养物衍生的制备物应用到蛋白A固定化的固相上以容许感兴趣抗体特异性结合蛋白A。然后清洗固相以清除非特异性结合固相的杂质。最后通过洗脱自固相回收感兴趣抗体。
本发明还提供免疫缀合物(可互换地称作“抗体-药物缀合物”或“ADC”),其包含缀合至例如细胞毒剂(诸如化疗剂),药物,生长抑制剂,毒素(例如细菌,真菌,植物,或动物起源的酶活性毒素,或其片段),或放射性同位素(即放射缀合物)的本文中描述的任何抗体。
V.诊断试剂盒,测定法和制品
本文中提供的是诊断试剂盒,其包含用于测定来自具有疾病或病症的个体的样品中基质基因签名的存在的一种或多种试剂,其中该基质基因签名的存在意味着用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的组合治疗该个体时更高可能性的功效。在一些实施方案中,该制品进一步包含免疫疗法。任选地,该试剂盒进一步包含使用该试剂盒来选择药物(例如抑制性基质拮抗剂,诸如抗TGFβ抗体)以治疗该疾病或病症的说明书,如果该个体表达该基质基因签名的话。
本文中还提供的是用于鉴定具有疾病或病症的个体来接受与免疫疗法组合的抑制性基质拮抗剂的测定法,该方法包含:测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,并基于基质基因签名的存在推荐抑制性基质拮抗剂。
本文中还提供的是制品,其包含包装在一起的在药学可接受载剂中的抑制性基质拮抗剂和指示该抑制性基质拮抗剂(例如抗TGFβ抗体)用于基于基质基因签名的表达来治疗具有疾病或病症的患者的包装插页。在一些实施方案中,该制品进一步包含免疫疗法。治疗方法包括本文中公开的任何治疗方法。进一步提供的是本发明涉及一种用于制造制品的方法,其包含在包装中组合包含抑制性基质拮抗剂(例如抗TGFβ抗体)的药学组合物,任选的免疫疗法,和指示该药学组合物用于基于基质基因签名的表达来治疗具有疾病或病症的患者的包装插页。
该制品包含容器和该容器上或与该容器联合的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶,管形瓶,注射器,等。容器可以自多种材料形成,诸如玻璃或塑料。容器容纳或装有包含癌症药物作为活性剂的组合物,而且可以具有无菌存取口(例如,容器可以是具有皮下注射针可刺穿的塞子的管形瓶或静脉内溶液袋)。
该制品可进一步包含第二容器,其装有药学可接受稀释剂缓冲剂,诸如抑菌性注射用水(BWFI),磷酸盐缓冲盐水,林格(Ringer)氏溶液和右旋糖溶液。该制品可进一步包括从商业和使用者立场看想要的其它材料,包括其它缓冲剂,稀释剂,滤器,针,和注射器。
本发明的制品还包括信息,例如以包装插页的形式,指示该组合物用于基于本文中的基质基因签名的表达水平来治疗癌症。插页或标签可采取任何形式,诸如纸或在电子介质上,诸如磁记录介质(例如软盘)或CD-ROM。标签或插页还可包括关于该试剂盒或制品中的药学组合物和剂量形式的其它信息。
本发明还关注一种用于制造制品的方法,其包含在包装中组合包含抑制性基质拮抗剂(例如抗TGFβ抗体)的药学组合物,任选的免疫疗法,和指示该药学组合物用于基于基质基因签名的表达来治疗具有癌症(诸如NSCLC)的患者的包装插页。
该制品可进一步包括另外的容器,其装有药学可接受稀释剂缓冲剂,诸如抑菌性注射用水(BWFI),磷酸盐缓冲盐水,林格(Ringer)氏溶液,和/或右旋糖溶液。该制品可进一步包括从商业和使用者立场看想要的其它材料,包括其它缓冲剂,稀释剂,滤器,针,和注射器。
VI.例示性实施方案
本发明提供下述实施方案:
1.一种用于治疗具有疾病或病症的个体的方法,该方法包含:
a)测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受治疗的个体；和
b)对所述个体施用有效量的免疫疗法和抑制性基质拮抗剂。
2.一种用于改善具有疾病或病症的个体的免疫疗法的方法,该方法包含:
a)测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受用抑制性基质拮抗剂的治疗的个体；和
b)对步骤a)中鉴定为接受用抑制性基质拮抗剂的治疗的所述个体施用有效量的免疫疗法和抑制性基质拮抗剂。
3.一种用于选择不太可能响应单独的免疫疗法的具有疾病或病症的个体的方法,该方法包含测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受用免疫疗法和用抑制性基质拮抗剂的治疗的个体。
4.一种用于鉴定更有可能展现受益于用免疫疗法和用肿瘤基质纤维化拮抗剂的治疗的具有疾病或病症的个体的方法,该方法包含测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定具有抑制性基质的个体,其中来自该个体的样品中基质基因签名的存在指示该个体更有可能展现升高的来自免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的临床益处。
5.一种用于为具有疾病或病症的个体选择治疗的方法,该方法包含测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定具有抑制性基质的个体；其中来自该个体的样品中基质基因签名的存在指示该个体更有可能展现升高的来自免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的临床益处。
6.实施方案4或5的方法,其中该升高的临床益处进一步包含下述一项或多项的相对升高:总体存活(OS),无进展存活(PFS),完全响应(CR),部分响应(PR)和其组合。
7.一种用于监测包含免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的组合治疗的功效的方法,该方法包含测定在一个或多个时间点来自经受用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的治疗的个体的样品中基质基因签名的存在；其中该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高；其中升高的临床益处和/或该基质基因签名的存在的降低指示有效治疗。
8.一种用于监测包含免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的组合治疗的功效的方法,该方法包含
a)测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种,其中该基质基因签名中该一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定接受治疗的个体；和
b)对所述个体施用有效量的免疫疗法和抑制性基质拮抗剂；和
c)测定在一个或多个时间点来自该个体的样品中基质基因签名的存在；其中升高的临床益处和/或该基质基因签名的存在的降低指示有效治疗。
9.实施方案7或8的方法,其中该升高的临床益处包含下述一项或多项的相对升高:总体存活(OS),无进展存活(PFS),完全响应(CR),部分响应(PR)和其组合。
10.实施方案1-9中任一项的方法,其中该疾病或病症是增殖性疾病或病症。
11.实施方案10的方法,其中该疾病或病症是免疫相关疾病或病症。
12.实施方案1-10中任一项的方法,其中该疾病或病症是癌症。
13.实施方案12的方法,其中该癌症选自由非小细胞肺癌,小细胞肺癌,肾细胞癌,结肠直肠癌,卵巢癌,乳腺癌,转移性乳腺癌,三重阴性乳腺癌,黑素瘤,胰腺癌,胃癌,膀胱癌,尿道上皮膀胱癌,食管癌,间皮瘤,黑素瘤,头和颈癌,甲状腺癌,肉瘤,前列腺癌,成胶质细胞瘤,宫颈癌,胸腺癌,白血病,淋巴瘤,骨髓瘤,蕈样真菌病,梅克尔细胞癌,和其它血液学恶性组成的组。
14.实施方案13的方法,其中该癌症是尿道上皮膀胱癌(UBC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,或PDGFRB中一种或多种。
15.实施方案14的方法,其中该用于UBC的基质基因签名进一步包含DKK3,PDGFB,NUAK1,FGF1,PDL1M4或LRRC32中一种或多种。
16.实施方案13的方法,其中该癌症是非小细胞肺癌(NSCLC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种。
17.实施方案13的方法,其中该癌症是肾细胞癌(RCC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种。
18.实施方案17的方法,其中该用于RCC的基质基因签名进一步包含LUM和/或POSTN。
19.实施方案13的方法,其中该癌症是黑素瘤且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种。
20.实施方案13的方法,其中该癌症是三重阴性乳腺癌(TNBC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种。
21.实施方案20的方法,其中该用于TNBC的基质基因签名进一步包含MMP11,BGN,或COL5A1中一种或多种。
22.实施方案13的方法,其中该癌症是卵巢癌且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种。
23.实施方案22的方法,其中该用于卵巢癌的基质基因签名进一步包含POSTN,LOX,或TIMP3中一种或多种。
24.实施方案14-18或22-23中任一项的方法,其中该基质基因签名进一步包含TGFβ。
25.实施方案1-24中任一项的方法,其中该自个体获得的样品选自由组织,全血,血浆,血清和其组合组成的组。
26.实施方案25的方法,其中该组织样品是肿瘤组织样品。
27.实施方案25或26的方法,其中该肿瘤组织样品包含肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞和其任何组合。
28.实施方案25-27中任一项的方法,其中该组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋的,存档的,新鲜的或冷冻的。
29.实施方案1-25中任一项的方法,其中该样品是全血。
30.实施方案29的方法,其中该全血包含免疫细胞,循环肿瘤细胞和其任何组合。
31.实施方案1-30中任一项的方法,其中在用该免疫疗法治疗前或在用该免疫疗法治疗之后获得样品。
32.实施方案1-31中任一项的方法,其中在用该抑制性基质拮抗剂治疗前获得样品。
33.实施方案1-32中任一项的方法,其中该免疫疗法包含CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,CD40,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMGB1,或TLR激动剂。
34.实施方案1-32中任一项的方法,其中该免疫疗法包含CTLA-4,PD-L1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂。
35.实施方案33的方法,其中该免疫疗法是PD-L1轴拮抗剂。
36.实施方案35的方法,其中该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。
37.实施方案36的方法,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对它的配体结合配偶的结合。
38.实施方案36或37的方法,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。
39.实施方案36-38中任一项的方法,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对B7-1的结合。
40.实施方案36-39中任一项的方法,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和B7-1二者的结合。
41.实施方案36-40中任一项的方法,其中该PD-L1结合拮抗剂是抗体。
42.实施方案41的方法,其中该抗体是单克隆抗体。
43.实施方案41或42的方法,其中该抗体是人,人源化或嵌合抗体。
44.实施方案34的方法,其中该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。
45.实施方案44的方法,其中该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对它的配体结合配偶的结合。
46.实施方案44或45的方法,其中该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1的结合。
47.实施方案44-46中任一项的方法,其中该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L2的结合。
48.实施方案44-47中任一项的方法,其中该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1和PD-L2二者的结合。
49.实施方案44-48中任一项的方法,其中该PD-1结合拮抗剂是抗体。
50.实施方案44-49中任一项的方法,其中该抗体是单克隆抗体。
51.实施方案49或50的方法,其中该抗体是人,人源化或嵌合抗体。
52.实施方案1-50中任一项的方法,其中该抑制性基质拮抗剂是TGFβ,PDPN,LAIR-1,SMAD,ALK,结缔组织生长因子(CTGF/CCN2),内皮-1(ET-1),AP-1,IL-13,PDGF,LOXL2,内皮糖蛋白(CD105),FAP,podoplanin(GP38),VCAM1(CD106),THY1,β1整联蛋白(CD29),PDGFRα(CD140α),PDGFRβ(CD140β),波形蛋白,αSMA(ACTA2),结蛋白,内皮唾液酸蛋白(CD248)或FSP1(S100A4)拮抗剂。
53.实施方案1-51中任一项的方法,其中该抑制性基质拮抗剂是吡非尼酮(pirfenidone),galunisertib或尼达尼布(nintedanib)。
54.实施方案52的方法,其中该抑制性基质拮抗剂是TGFβ拮抗剂。
55.实施方案54的方法,其中该抑制性基质拮抗剂是TGFβ结合拮抗剂。
56.实施方案54或55中任一项的方法,其中该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ对它的配体结合配偶的结合。
57.实施方案54-56中任一项的方法,其中该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ对TGFβ的细胞受体的结合。
58.实施方案54或56的方法,其中该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ的活化。
59.实施方案54-58中任一项的方法,其中该TGFβ结合拮抗剂是抗体。
60.实施方案59的方法,其中该抗体是单克隆抗体。
61.实施方案59或60的方法,其中该抗体是人,人源化或嵌合抗体。
62.实施方案1-61中任一项的方法,其中用该抑制性基质拮抗剂治疗容许肿瘤中升高的免疫细胞浸润。
63.实施方案62的方法,其中该升高的免疫细胞浸润是升高的T细胞,B细胞,巨噬细胞,或树突细胞中一种或多种的浸润。
64.实施方案63的方法,其中该T细胞是CD8+T细胞和/或Teff细胞。
65.实施方案1-64中任一项的方法,其中该个体在用该抑制性基质拮抗剂治疗前对免疫疗法有抗性。
66.实施方案1-65中任一项的方法,其中该个体早已施用单一疗法免疫疗法。
67.实施方案1-66中任一项的方法,其中使用选自由FACS,Western印迹,ELISA,免疫沉淀,免疫组织化学,免疫荧光,放射免疫测定法,点印迹,免疫检测方法,HPLC,表面等离振子共振,光谱术,用于测定来自个体的样品中基质基因签名的存在的一种或多种试剂质谱术,HPLC,qPCR,RT-qPCR,多重qPCR或RT-qPCR,RNA-seq,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,和FISH,和其组合组成的组的方法在该样品中检测该基质基因签名。
68.实施方案1-67中任一项的方法,其中通过蛋白质表达在该样品中检测该基质基因签名。
69.实施方案68的方法,其中通过免疫组织化学(IHC)测定蛋白质表达。
70.实施方案69的方法,其中使用抗体检测该基质基因签名。
71.实施方案69或70中任一项的方法,其中作为通过IHC的弱染色强度检测该基质基因签名。
72.实施方案69-71中任一项的方法,其中作为通过IHC的中等染色强度检测该基质基因签名。
73.实施方案69-72中任一项的方法,其中作为通过IHC的强染色强度检测该基质基因签名。
74.实施方案65-73中任一项的方法,其中在肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞和其任何组合上检测该基质基因签名。
75.实施方案65-74中任一项的方法,其中染色是膜染色,胞质染色和其组合。
76.实施方案65-75中任一项的方法,其中作为该样品中的缺失或无染色检测该基质基因签名的缺失。
77.实施方案65-76中任一项的方法,其中作为该样品中的任何染色检测该基质基因签名的存在。
78.实施方案1-77中任一项的方法,其中通过核酸表达在该样品中检测该基质基因签名。
79.实施方案78的方法,其中使用qPCR,RT-qPCR,多重qPCR或RT-qPCR,RNA-seq,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,或FISH测定该核酸表达。
80.实施方案1-79中任一项的方法,其中该基质基因签名的中值水平选自由(1)来自参照群体的该基质基因签名的水平；(2)来自对该免疫疗法的完全响应者和/或部分响应者的群体的该基质基因签名的水平；和(3)在第一时间点前的第二时间点来自该个体的该基质基因签名的水平组成的组。
81.实施方案1-80中任一项的方法,其中该生物学样品中该基质基因签名的水平与该中值水平相比的变化是该水平的升高。
82.一种诊断试剂盒,其包含供实施方案1-81中任一项的方法中使用的一种或多种试剂。
83.一种诊断试剂盒,其包含用于测定来自不太可能响应单独的免疫疗法的具有疾病或病症的个体的样品中基质基因签名的存在的一种或多种试剂,其中基质基因签名的存在鉴定更有可能展现受益于用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的治疗的个体。
84.一种诊断试剂盒,其用于为不太可能响应单独的免疫疗法的具有疾病或病症的个体选择治疗,该试剂盒包含用于测定来自需要免疫疗法的个体的样品中基质基因签名的存在的一种或多种试剂,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种；其中基质基因签名的存在鉴定更有可能展现受益于用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的治疗的个体。
85.一种试剂盒,其用于监测包含免疫疗法和用抑制性基质拮抗剂的治疗的组合治疗的功效,该试剂盒包含用于测定来自经受用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的治疗的个体的样品中基质基因签名的存在的一种或多种试剂,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种；其中升高的临床益处和/或该基质基因签名的存在的降低指示有效治疗。
86.实施方案83-85中任一项的试剂盒,其中该升高的临床益处包含下述一项或多项的相对升高:总体存活(OS),无进展存活(PFS),完全响应(CR),部分响应(PR)和其组合。
87.实施方案83-86中任一项的试剂盒,其中该疾病或病症是增殖性疾病或病症。
88.实施方案87的试剂盒,其中该疾病或病症是免疫相关疾病或病症。
89.实施方案83-86中任一项的试剂盒,其中该疾病或病症是癌症。
90.实施方案89的试剂盒,其中该癌症选自由非小细胞肺癌,小细胞肺癌,肾细胞癌,结肠直肠癌,卵巢癌,乳腺癌,转移性乳腺癌,三重阴性乳腺癌,黑素瘤,胰腺癌,胃癌,膀胱癌,尿道上皮膀胱癌,食管癌,间皮瘤,黑素瘤,头和颈癌,甲状腺癌,肉瘤,前列腺癌,成胶质细胞瘤,宫颈癌,胸腺癌,白血病,淋巴瘤,骨髓瘤,蕈样真菌病,梅克尔细胞癌,和其它血液学恶性组成的组。
91.实施方案90的试剂盒,其中该癌症是尿道上皮膀胱癌(UBC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,或PDGFRB中一种或多种。
92.实施方案91的试剂盒,其中该用于UBC的基质基因签名进一步包含DKK3,PDGFB,NUAK1,FGF1,PDL1M4或LRRC32中一种或多种。
93.实施方案90的试剂盒,其中该癌症是非小细胞肺癌(NSCLC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种。
94.实施方案90的试剂盒,其中该癌症是肾细胞癌(RCC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY中一种或多种。
95.实施方案94的试剂盒,其中该用于RCC的基质基因签名进一步包含LUM和/或POSTN。
96.实施方案90的试剂盒,其中该癌症是黑素瘤且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种。
97.实施方案90的试剂盒,其中该癌症是三重阴性乳腺癌(TNBC)且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种。
98.实施方案97的试剂盒,其中该用于TNBC的基质基因签名进一步包含MMP11,BGN,或COL5A1中一种或多种。
99.实施方案90的试剂盒,其中该癌症是卵巢癌且该基质基因签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,或THY1中一种或多种。
100.实施方案99的试剂盒,其中该用于卵巢癌的基质基因签名进一步包含POSTN,LOX,或TIMP3中一种或多种。
101.实施方案91-95或99-100中任一项的试剂盒,其中该基质基因签名进一步包含TGFβ。
102.实施方案83-101中任一项的试剂盒,其中该自个体获得的样品选自由组织,全血,血浆,血清和其组合组成的组。
103.实施方案102的试剂盒,其中该组织样品是肿瘤组织样品。
104.实施方案102或103的试剂盒,其中该肿瘤组织样品包含肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞和其任何组合。
105.实施方案102-104中任一项的试剂盒,其中该组织样品是福尔马林固定且石蜡包埋的,存档的,新鲜的或冷冻的。
106.实施方案83-102中任一项的试剂盒,其中该样品是全血。
107.实施方案106的试剂盒,其中该全血包含免疫细胞,循环肿瘤细胞和其任何组合。
108.实施方案83-107中任一项的试剂盒,其中在用该免疫疗法治疗前或在用该免疫疗法治疗之后获得样品。
109.实施方案83-108中任一项的试剂盒,其中在用该抑制性基质拮抗剂治疗前获得样品。
110.实施方案83-109中任一项的试剂盒,其中该免疫疗法包含CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,CD40,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMGB1,或TLR激动剂。
111.实施方案83-110中任一项的试剂盒,其中该免疫疗法包含CTLA-4,PD-L1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂。
112.实施方案111的试剂盒,其中该免疫疗法是PD-L1轴拮抗剂。
113.实施方案112的试剂盒,其中该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。
114.实施方案113的试剂盒,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对它的配体结合配偶的结合。
115.实施方案113或114的试剂盒,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。
116.实施方案113-115中任一项的试剂盒,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对B7-1的结合。
117.实施方案113-116中任一项的试剂盒,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和B7-1二者的结合。
118.实施方案113-117中任一项的试剂盒,其中该PD-L1结合拮抗剂是抗体。
119.实施方案118的试剂盒,其中该抗体是单克隆抗体。
120.实施方案118或119的试剂盒,其中该抗体是人,人源化或嵌合抗体。
121.实施方案120的试剂盒,其中该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。
122.实施方案121的试剂盒,其中该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对它的配体结合配偶的结合。
123.实施方案121或122的试剂盒,其中该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1的结合。
124.实施方案121-123中任一项的试剂盒,其中该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L2的结合。
125.实施方案121-124中任一项的试剂盒,其中该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1和PD-L2二者的结合。
126.实施方案121-125中任一项的试剂盒,其中该PD-1结合拮抗剂是抗体。
127.实施方案121-126中任一项的试剂盒,其中该抗体是单克隆抗体。
128.实施方案126或127的试剂盒,其中该抗体是人,人源化或嵌合抗体。
129.实施方案83-128中任一项的试剂盒,其中该抑制性基质拮抗剂是TGFβ,PDPN,LAIR-1,SMAD,ALK,结缔组织生长因子(CTGF/CCN2),内皮-1(ET-1),AP-1,IL-13,PDGF,LOXL2,内皮糖蛋白(CD105),FAP,podoplanin(GP38),VCAM1(CD106),THY1,β1整联蛋白(CD29),PDGFRα(CD140α),PDGFRβ(CD140β),波形蛋白,αSMA(ACTA2),结蛋白,内皮唾液酸蛋白(CD248)或FSP1(S100A4)拮抗剂。
130.实施方案83-129中任一项的试剂盒,其中该抑制性基质拮抗剂是吡非尼酮(pirfenidone),galunisertib或尼达尼布(nintedanib)。
131.实施方案83-129的试剂盒,其中该抑制性基质拮抗剂是TGFβ拮抗剂。
132.实施方案131的试剂盒,其中该抑制性基质拮抗剂是TGFβ结合拮抗剂。
133.实施方案131或132中任一项的试剂盒,其中该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ对它的配体结合配偶的结合。
134.实施方案131-133中任一项的试剂盒,其中该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ对TGFβ的细胞受体的结合。
135.实施方案133或134的试剂盒,其中该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ的活化。
136.实施方案131-135中任一项的试剂盒,其中该TGFβ结合拮抗剂是抗体。
137.实施方案136的试剂盒,其中该抗体是单克隆抗体。
138.实施方案136或137的试剂盒,其中该抗体是人,人源化或嵌合抗体。
139.实施方案83-138中任一项的试剂盒,其中用该抑制性基质拮抗剂治疗容许肿瘤中升高的免疫细胞浸润。
140.实施方案139的试剂盒,其中该升高的免疫细胞浸润是升高的T细胞,B细胞,巨噬细胞,或树突细胞中一种或多种的浸润。
141.实施方案140的试剂盒,其中该T细胞是CD8+T细胞和/或Teff细胞。
142.实施方案83-141中任一项的试剂盒,其中该个体在用该抑制性基质拮抗剂治疗前对免疫疗法有抗性。
143.实施方案83-142中任一项的试剂盒,其中该个体早已施用单一疗法免疫疗法。
144.实施方案83-143中任一项的试剂盒,其中使用选自由FACS,Western印迹,ELISA,免疫沉淀,免疫组织化学,免疫荧光,放射免疫测定法,点印迹,免疫检测方法,HPLC,表面等离振子共振,光谱术,用于测定来自个体的样品中基质基因签名的存在的一种或多种试剂质谱术,HPLC,qPCR,RT-qPCR,多重qPCR或RT-qPCR,RNA-seq,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,和FISH,和其组合组成的组的方法在该样品中检测该基质基因签名。
145.实施方案83-144中任一项的试剂盒,其中通过蛋白质表达在该样品中检测该基质基因签名。
146.实施方案145的试剂盒,其中通过免疫组织化学(IHC)测定蛋白质表达。
147.实施方案146的试剂盒,其中使用抗体检测该基质基因签名。
148.实施方案146或147中任一项的试剂盒,其中作为通过IHC的弱染色强度检测该基质基因签名。
149.实施方案146-148中任一项的试剂盒,其中作为通过IHC的中等染色强度检测该基质基因签名。
150.实施方案146-149中任一项的试剂盒,其中作为通过IHC的强染色强度检测该基质基因签名。
151.实施方案146-150中任一项的试剂盒,其中在肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞和其任何组合上检测该基质基因签名。
152.实施方案146-151中任一项的试剂盒,其中染色是膜染色,胞质染色和其组合。
153.实施方案146-152中任一项的试剂盒,其中作为该样品中的缺失或无染色检测该基质基因签名的缺失。
154.实施方案146-152中任一项的试剂盒,其中作为该样品中的任何染色检测该基质基因签名的存在。
155.实施方案83-144中任一项的试剂盒,其中通过核酸表达在该样品中检测该基质基因签名。
156.实施方案155的试剂盒,其中使用qPCR,RT-qPCR,多重qPCR或RT-qPCR,RNA-seq,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,或FISH测定该核酸表达。
157.实施方案83-156中任一项的试剂盒,其中该基质基因签名的中值水平选自由(1)来自参照群体的该基质基因签名的水平；(2)来自对该免疫疗法的完全响应者和/或部分响应者的群体的该基质基因签名的水平；和(3)在第一时间点前的第二时间点来自该个体的该基质基因签名的水平组成的组。
158.实施方案83-157中任一项的试剂盒,其中该生物学样品中该基质基因签名的水平与该中值水平相比的变化是该水平的升高。
本说明书中公开的所有特征可以任何组合结合。本说明书中公开的每个特征可被替换为用于相同,等同或相似目的的其它特征。因此,除非另有明确规定,否则所公开的每个特征仅是一系列通用等效或类似特征的一个实例。
本发明的更多详情由以下非限定性实施例说明。本说明书中所有参考文献的公开内容通过援引明确地并入本文。
实施例
下文实施例仅仅意图是本发明的例示,因此不应视为以任何方式限制本发明。提供下面的实施例和详述作为示例而非作为限制。
实施例1:跨越尿道上皮癌(UC)的肿瘤浸润性基质基因签名和它们与对抗PD-L1抗体治疗的抗性的联系
前言
为了评估和了解可能调控或抑制抗肿瘤免疫力并因而有助于对免疫调控性疗法的抗性的因素的复杂性,实施一种高度灵敏的免疫基因表达测定法来调查来自尿道上皮癌患者的治疗前肿瘤组织的肿瘤微环境(TME)。
材料和方法
实施Illumina TruSeq RNA Access RNA-seq试剂盒来调查来自尿道上皮癌患者(n＝217)的治疗前肿瘤组织的肿瘤微环境(TME)。Illumina TruSeq RNA Access RNA-seq跨越整个人基因组(>20,000种基因)捕捉并调查基因。
自福尔马林固定的石蜡包埋的存档组织提取RNA。自阿特珠单抗(Atezolizumab)(MPDL3280A；抗PD-L1抗体)的II期IMvigor210研究(ClinicalTrials.gov编号,NCT02108652)临床收集肿瘤组织。关于生物标志物的探索性评估自伦理审查委员会获得适宜患者知情同意书。
对与肿瘤中的基质要件相关的基因专门调查它们与遵照RECIST v1.1的总体响应率的联系。关于尿道上皮基质相关基因的扩大的基因集(A集)包括:PDPN,FAP,TGFB1,NNMT,TNFAIP6,DKK3,MMP2,MMP8,MMP9,BGN,COL4A1,COL4A2,COL5A1,PDGFRB,NUAK1,FN1,FGF1,PDLIM4和LRR32C。关于尿道上皮基质相关基因的基因集B包括:TGFB1,DKK3,PDGFRB,NUAK1,FGF1,PDLIM4,和LRRC32。
响应范畴包括完全响应(CR)；部分响应(PR)；稳定的疾病(SD)和疾病进展(PD)。CR和PR患者归类为“响应者”。使用Kruskal-Wallis(KW)检验实施统计学检验,它是一种用于比较三个或更多个独立数据组的非参数检验。
结果
尿道上皮基质相关基因集A的均值表达(均值-Z)在PD群体中与响应者(CR/PR)相比更高(图1A)。而且,当基于尿道上皮基质相关基因表达的水平计算总体存活(OS),具有高于50％均值-Z表达的患者(危害比(HR)1.47(95％CI 1.07-2.02))与具有低于50％均值-Z表达的患者(HR 0.68(95％CI 0.49-0.93))相比表现较差(图1B)。
评估尿道上皮基质相关基因集表达以癌症基因组图谱(The Cancer GenomeAtlas,TCGA)提示的腔较之基底尿道上皮癌分子亚型测定的表达。基于FGFR3,CDKN2A,KRT5,KRT14,EGFR,GATA3,FOXA1,和ERBB2的差异表达将患者肿瘤样品表征为腔或基底。尿道上皮基质相关基因集A表达在基底分子亚型中与腔相比更高(图2)。
评估尿道上皮基质相关基因集A内的个别基因和对抗PD-L1疗法的响应之间的联系。在这些基因中,TGFB1(p＝0.027),DKK3(p＝0.049),PDGFRB(p＝0.028),NUAK1(p＝0.027),FGF1(p＝0.04),PDLIM4(p＝0.027)和LRRC32(0.009)在响应者(CR/PR)中显示与具有进展性疾病(PD)的患者相比显著更低的表达(分别为图3A-图3G)。
然后组合这些个别高度显著基因以构成一个更加简要的尿道上皮基质相关基因集(集B:TGFB1,DKK3,PDGFRB,NUAK1,FGF1,PDLIM4,和LRRC32)。这个集能够更好地区分响应者(CR/PR)与那些具有稳定的疾病(SD)或进展性疾病(PD)任一的(p＝0.0064)(图4A)。而且,当基于尿道上皮基质相关基因表达的水平计算总体存活(OS)时,具有高于50％均值-Z表达的患者(危害比(HR)1.49(95％CI 1.09-2.05))与具有低于50％均值-Z表达的患者(HR0.67(95％CI 0.49-0.92))相比表现较差(图4B)。
实施例2:跨越五个癌症类型的肿瘤基质签名和它们与疾病预后因素的联系前言
为了进一步评估和了解可能调控或抑制抗肿瘤免疫力并因而有助于对免疫调控性疗法的响应或抗性的因素的复杂性,实施一种高度灵敏的免疫基因表达测定法来调查来自乳腺癌(BC),肺癌,黑素瘤,RCC,和膀胱癌的治疗前肿瘤组织的肿瘤微环境(TME)。
材料和方法
实施Illumina TruSeq RNAAccess RNA-seq试剂盒来调查来自BC(n＝73),肺(n＝59),黑素瘤(n＝34),RCC(n＝55),和膀胱癌(n＝44)患者的治疗前肿瘤组织的肿瘤微环境(TME)。Illumina TruSeq RNAAccess RNA-seq跨越整个人基因组(>20,000种基因)捕捉并调查基因。
自福尔马林固定的石蜡包埋的存档组织提取RNA,它们衍生自正在进行的MPDL3280A(抗PD-L1抗体)的I期研究。关于生物标志物的探索性评估自伦理审查委员会获得适宜患者知情同意书。
对与肿瘤中的基质要件相关的基因专门调查它们与遵照RECIST v1.1的总体响应率的联系。关于尿道上皮基质相关基因的扩大的基因集(A集)包括:FAP,FN1,MMP2,BGN,LOXL2,PDPN,PDGFRB,COL12a1,COL5A1,COL8A2,THY1,和PALLD。
响应范畴包括完全响应(CR)；部分响应(PR)；稳定的疾病(SD)和疾病进展(PD)。CR和PR患者归类为“响应者”。使用Kruskal-Wallis(KW)检验实施统计学检验,它是一种用于比较三个或更多个独立数据组的非参数检验。
结果
观察到签名的表达在肿瘤适应症之间以及在适应症内的变异性,指示A集基质签名的动态表达范围(图5和图6)。基质相关基因集A的均值表达(均值-Z)在PD群体与响应者(CR/PR)相比中更高(图7A)。而且,当基于尿道上皮基质相关基因表达的水平计算总体存活(OS)时,具有高于0.36均值-Z表达的患者(危害比(HR)1.66(95％CI 1.18-2.33))与具有低于0.36均值-Z表达截留的患者相比表现较差(图7B)。
特定肿瘤类型中基质签名的分析显示乳腺(图8A)和膀胱癌(图8E)中,而非黑素瘤皮肤癌(图8C),肺癌(图8D)或肾癌(图8B)中响应的趋势。
关于用抗PD-L1治疗的患者的个别适应症,评估基因表达签名在总体存活(OS)中的影响。对k-均值使用截留0.36,乳腺(图9A),膀胱(图9B)和皮肤(图9C)癌患者具有与这种签名相关的OS,而在肺(图9D)和肾(图9E)癌患者中有不显著的趋势。用抗PD-L1治疗的患者的危害比值在表2中显示。
表2:用抗PD-L1治疗的患者的危害比
肿瘤类型 均值Z＝0.36时的危害比 置信区间95％
乳腺癌(n＝73) 2.52 1.23-5.16
膀胱癌(n＝44) 2.76 1.18-6.49
肾癌(n＝58) 1.47 0.69-3.13
皮肤癌(n＝36) 1.89 0.7-5.13
肺癌(n＝63) 1.51 0.79-2.87
实施例3:在EMT6乳腺肿瘤模型中TGFb阻断改善抗PDL1功效
前言
在小鼠乳腺肿瘤模型中评估TGFb阻断对抗PDL1治疗的功效的影响。
材料和方法
功效小鼠研究1
对70只来自Charles River Laboratories的Balb/c小鼠在第5乳房脂肪垫上接种100微升HBSS+Matrigel(1:1)中的0.1x106个EMT6细胞。当肿瘤达到大约150-200mm3的均值肿瘤体积时(在肿瘤细胞接种之后大约7-8天),将动物募集入下文概述的处理组(第0天)。将由于不相似的肿瘤体积而未募集入处理组的小鼠处以安乐死。在小鼠分组之后的次日启动处理(第1天)。‘Tiw’指示每周三次的剂量,而‘biw’指示每周两次的剂量。一种例示性实验图表在图10中显示。
第1组:Mu IgG1抗gp120(9338),10mg/kg IV第一剂,继以5mg/kg IP biwx3+MuIgG2a抗gp120(9239),10mg/kg IV第一剂,继以IP tiwx3,n＝10。
第2组:Mu IgG1抗PD-L1(6E11),10mg/kg IV第一剂,继以5mg/kg IP biwx3,n＝10。
第3组:Mu IgG1抗PD-L1(6E11),10mg/kg IV第一剂,继以5mg/kg IP biwx3+MuIgG2b抗TGFβ(2G7.5A9),10mg/kg IV第一剂,继以IP tiwx3,n＝10。
第4组:Mu IgG1抗PD-L1(6E11),10mg/kg IV第一剂,继以5mg/kg IP biwx3+MuIgG1抗TGFβ(1D11),10mg/kg IV第一剂,继以IP tiwx3,n＝10。
Mu IgG1抗PD-L1和Mu IgG1抗gp120抗体在第1,4,8,11,15,18天施用；Mu IgG2b和Mu IgG1抗TGFβ抗体在第1,3,5,8,10,12,15,17,19天给药。
所有抗体在20mM组氨酸乙酸酯,240mM蔗糖,0.02％聚山梨酯20(Tween-20),pH5.5中稀释。总的每日给药体积是350μL或更少。每周两次收集肿瘤测量和体重。每天对展现重量损失>15％的动物称重并在它们损失>20％体重时处以安乐死。每周两次对动物观察临床问题。更加频繁地观察显示不良临床问题的动物,直至每天,取决于严重程度,并在垂死时处以安乐死。在肿瘤体积超过2,000mm3时,或在没有形成肿瘤的情况中在3个月之后,对小鼠处以安乐死。
功效小鼠研究2
对70只来自Charles River Laboratories的Balb/c小鼠在第5乳房脂肪垫上接种100微升HBSS+Matrigel(1:1)中的0.1x106个EMT6细胞。当肿瘤达到大约150-200mm3的均值肿瘤体积时(在接种之后大约7-8天),将动物募集入下文概述的处理组(第0天)。将由于不相似的肿瘤体积而未募集入处理组的小鼠处以安乐死。在第1天启动处理。‘Tiw’指示每周三次的剂量,而‘biw’指示每周两次的剂量。
第1组:Mu IgG1抗gp120(9338),10mg/kg IV第一剂,继以5mg/kg IP biwx3,+MuIgG2a抗gp120(9239),10mg/kg IV第一剂,继以IP biwx3,n＝10。
第2组:Mu IgG1抗PD-L1(6E11),10mg/kg IV第一剂,继以5mg/kg IP biwx3,n＝10。
第3组:Mu IgG2b抗TGFβ(2G7.5A9),10mg/kg IV第一剂,继以IP biwx3,n＝10。
第4组:Mu IgG1抗TGFβ(1D11)10mg/kg IV第一剂,继以IP,biwx3,n＝10。
第5组:Mu IgG1抗PD-L1(6E11),10mg/kg IV第一剂,继以5mg/kg IP biwx3+MuIgG2b抗TGFβ(2G7.5A9),10mg/kg IV第一剂,继以IP biwx3,n＝10。
Mu IgG1抗PD-L1和Mu IgG1抗gp120抗体在1,4,8,11,15,18天施用；Mu IgG2b和MuIgG1抗TGFβ抗体在第1,3,5,8,10,12,15,17,19天给药。
所有抗体在20mM组氨酸乙酸酯,240mM蔗糖,0.02％聚山梨酯20(Tween-20),pH5.5中稀释。总的每日给药体积是350μL或更少。每周两次收集肿瘤测量和体重。每天对展现重量损失>15％的动物称重并在它们损失>20％体重时处以安乐死。每周两次对动物观察临床问题。更加频繁地观察显示不良临床问题的动物,直至每天,取决于严重程度,并在垂死时处以安乐死。在肿瘤体积超过2,000mm3时,或在没有形成肿瘤的情况中在3个月之后,对小鼠处以安乐死。
肿瘤加工
收集肿瘤,切成小块,并用RPMI+2％FBS中的分散酶(0.8mg/mL),胶原酶P(0.2mg/mL),和DNA酶I(0.1mg/mL)消化。如先前所述进行消化(Fletcher,et al.2011)。简言之,于37℃在酶中温育肿瘤碎片且每5分钟混合。每15分钟,经由粗口移液头上下吹打样品。容许碎片沉降至底部并收集悬浮的任何细胞。然后将新的消化培养基添加至样品。重复这个过程直至肿瘤完全消化,通常总共约75分钟。然后过滤单细胞悬浮液,并对细胞计数。
流式细胞术
对于FACS染色,将2x106个细胞用针对T细胞标志物的抗体在冰上染色15分钟。对于胞内染色,使用eBioscience FoxP3试剂盒固定并透化细胞,之后添加对粒酶B或Ki67特异性的抗体。对于pSMAD phosflow染色,立即将细胞在BD phosflow裂解/固定缓冲液中于37℃固定10分钟。然后将它们用冰冷的BD Phosflow透化/清洗缓冲液III透化30分钟。最后,清洗细胞并用针对CD45和pSMAD2/3的抗体在冰上染色45分钟。在BD Fortessa上获取所有样品并用FlowJo X软件分析。
结果
在EMT6乳腺肿瘤模型中用1D11抗体的TGFb阻断改善抗PDL1功效(功效小鼠研究1),如通过用抗TGFb 1D11和抗PDL1二者处理的动物中的肿瘤体积(图11C)与用单独的抗PDL1(图11B)或同种型对照(图11A)处理的动物相比缩小指示的。类似地,2G7抗TGFb抗体改善抗PDL1功效(功效小鼠研究2),如通过用抗TGFb 2G7和抗PDL1二者处理的动物中的肿瘤体积(图12E)与用单独的抗PDL1(图12B),单独的抗TGFb 2G7(图12C),单独的抗TGFb 1D11(图12D),或同种型对照(图12A)处理的动物相比缩小指示的。
与抗PDL1组合的用1D11抗体的TGFb阻断增强CD8T细胞丰度(图13B)和活化,如通过CD45+细胞(图13A),粒酶B+细胞(图13C),Ki67+细胞(图13D),和PD1+细胞(图13E)的丰度超过单独的抗PDL1升高指示的。另外,TGFb阻断降低EMT6肿瘤中的CD45-细胞中的SMAD2/3磷酸化,如通过降低的pSMAD MFI(图14A)和降低的pSMAD+细胞百分比(图14B)指示的。
实施例4:TGFb阻断和抗PDL1抗体的协同效应
前言
在小鼠乳腺肿瘤模型中评估TGFb阻断对抗PDL1治疗的功效的影响。
材料和方法
功效小鼠研究3
对70只来自Charles River Laboratories的Balb/c小鼠在第5乳房脂肪垫上接种100微升HBSS+Matrigel(1:1)中的0.1x106个EMT6细胞。当肿瘤达到大约150-200mm3的均值肿瘤体积时(在肿瘤细胞接种之后大约7-8天),将动物募集入下文概述的处理组(第0天)。将由于不相似的肿瘤体积而未募集入处理组的小鼠处以安乐死。在小鼠分组之后的次日启动处理(第1天)。‘BIWx3’指示两周一次持续3周的给药。‘TIWx3’指示一周三次持续3周的给药。‘TIWx4’指示一周三次持续4周的给药。
第1组:Mu IgG1抗PD-L1(6E11),10mg/kg IV第一剂,继以5mg/kg IP biwx3,n＝10。
第2组:Mu IgG1抗PD-L1(6E11),10mg/kg IV第一剂,继以5mg/kg IP tiwx4,n＝10。
第3组:Mu IgG1抗PD-L1(6E11),10mg/kg IV第一剂,继以5mg/kg IP biwx3,n＝10。
第4组:Mu IgG1抗PD-L1(6E11),10mg/kg IV第一剂,继以5mg/kg IP biwx3+MuIgG2b抗TGFβ(2G7.5A9),10mg/kg IV第一剂,继以10mg/kg IPbiwx3,n＝10。
第5组:Mu IgG1抗PD-L1(6E11),10mg/kg IV第一剂,继以5mg/kg IP tiwx4+MuIgG2b抗TGFβ(2G7.5A9),10mg/kg IV第一剂,继以10mg/kg IP tiwx4,n＝10。
第6组:Mu IgG1抗PD-L1(6E11),10mg/kg IV第一剂,继以5mg/kg IP biwx3+MuIgG2b抗TGFβ(2G7.5A9),10mg/kg IV第一剂,继以10mg/kg IP tiwx3,n＝10。
Mu IgG1抗PD-L1和Mu IgG1抗gp120抗体在第1,4,8,11,15,18天施用；Mu IgG2b和Mu IgG1抗TGFβ抗体自第1,3,5,8,10,12,15,17,19天给药。
所有抗体在20mM组氨酸乙酸酯,240mM蔗糖,0.02％聚山梨酯20(Tween-20),pH5.5中稀释。总的每日给药体积是350μL或更少。所使用的抗TGFb抗体是IgG2b格式的克隆2G7。每周两次收集肿瘤测量和体重。每天对展现重量损失>15％的动物称重并在它们损失>20％体重时处以安乐死。每周两次对动物观察临床问题。更加频繁地观察显示不良临床问题的动物,直至每天,取决于严重程度,并在垂死时处以安乐死。在肿瘤体积超过2,000mm3时,或在没有形成肿瘤的情况中在3个月之后,对小鼠处以安乐死。
结果
在EMT6乳腺肿瘤模型中用2G7抗体的TGFb阻断改善抗PDL1功效,如通过用抗TGFb2G7和抗PDL1二者处理的动物中的肿瘤体积(图15D,图15E,和图15F)与用单独的抗PDL1处理的动物(图15A,图15B,和图15C)相比缩小指示的。

Claims (55)

1.用于测定基质基因签名的存在的试剂制备供一种用于鉴定能展现受益于用免疫疗法和用肿瘤基质纤维化拮抗剂的治疗的具有癌症的个体的方法使用的试剂盒的用途,该方法包含测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,和THY1,其中该基质基因签名中的基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定具有抑制性基质的个体,其中来自该个体的样品中基质基因签名的存在指示该个体能展现升高的来自免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的临床益处,其中该基质基因签名的中值水平选自由(1)来自参照群体的该基质基因签名的水平；(2)来自对该免疫疗法的完全响应者和/或部分响应者的群体的该基质基因签名的水平；和(3)在第一时间点前的第二时间点来自该个体的该基质基因签名的水平组成的组,其中该抑制性基质拮抗剂是TGFβ,PDPN,LAIR-1,SMAD,ALK,结缔组织生长因子(CTGF/CCN2),内皮-1(ET-1),AP-1,IL-13,PDGF,LOXL2,内皮糖蛋白(CD105),FAP,podoplanin(GP38),VCAM1(CD106),THY1,β1整联蛋白(CD29),PDGFRα(CD140α),PDGFRβ(CD140β),波形蛋白,αSMA(ACTA2),结蛋白,内皮唾液酸蛋白(CD248)或FSP1(S100A4)拮抗剂。
2.权利要求1的用途,其中该升高的临床益处进一步包含下述一项或多项的相对升高:总体存活(OS),无进展存活(PFS),完全响应(CR),部分响应(PR)和其组合。
3.权利要求1或2的用途,其中该癌症选自由非小细胞肺癌,小细胞肺癌,肾细胞癌,结肠直肠癌,卵巢癌,乳腺癌,转移性乳腺癌,三重阴性乳腺癌,黑素瘤,胰腺癌,胃癌,膀胱癌,尿道上皮膀胱癌,食管癌,间皮瘤,黑素瘤,头和颈癌,甲状腺癌,肉瘤,前列腺癌,成胶质细胞瘤,宫颈癌,胸腺癌,白血病,淋巴瘤,骨髓瘤,蕈样真菌病,梅克尔(Merkel)细胞癌,和其它血液学恶性组成的组。
4.权利要求3的用途,其中该癌症是尿道上皮膀胱癌(UBC)且该基质基因签名进一步包含DKK3,PDGFB,NUAK1,FGF1,PDL1M4或LRRC32中一种或多种。
5.权利要求3的用途,其中该癌症是肾细胞癌(RCC)且该基质基因签名进一步包含LUM和/或POSTN。
6.权利要求3的用途,其中该癌症是三重阴性乳腺癌(TNBC)且该基质基因签名进一步包含MMP11,BGN,或COL5A1中一种或多种。
7.权利要求3的用途,其中该癌症是卵巢癌且该基质基因签名进一步包含POSTN,LOX,或TIMP3中一种或多种。
8.权利要求4-7中任一项的用途,其中该基质基因签名进一步包含TGFβ。
9.权利要求1-8中任一项的用途,其中该样品是肿瘤组织样品。
10.权利要求9的用途,其中该肿瘤组织样品包含肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞和其任何组合。
11.权利要求1-8中任一项的用途,其中该样品是全血。
12.权利要求11的用途,其中该全血包含免疫细胞,循环肿瘤细胞和其任何组合。
13.权利要求1-12中任一项的用途,其中该免疫疗法包含CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,CD40,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMGB1,或TLR激动剂。
14.权利要求1-12中任一项的用途,其中该免疫疗法包含CTLA-4,PD-L1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂。
15.权利要求14的用途,其中该免疫疗法是PD-L1轴拮抗剂。
16.权利要求15的用途,其中该PD-L1轴拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。
17.权利要求16的用途,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。
18.权利要求16的用途,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对B7-1的结合。
19.权利要求16的用途,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和B7-1二者的结合。
20.权利要求16-19中任一项的用途,其中该PD-L1结合拮抗剂是抗体。
21.权利要求1-20中任一项的用途,其中该抑制性基质拮抗剂是吡非尼酮(pirfenidone),galunisertib或尼达尼布(nintedanib)。
22.权利要求1-20中任一项的用途,其中该抑制性基质拮抗剂是TGFβ拮抗剂。
23.权利要求22的用途,其中该抑制性基质拮抗剂是TGFβ结合拮抗剂。
24.权利要求23的用途,其中该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ对TGFβ的细胞受体的结合。
25.权利要求23或24的用途,其中该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ的活化。
26.权利要求23-25中任一项的用途,其中该TGFβ结合拮抗剂是抗体。
27.权利要求1-26中任一项的用途,其中使用选自由FACS,Western印迹,ELISA,免疫沉淀,免疫组织化学,免疫荧光,放射免疫测定法,点印迹,免疫检测方法,HPLC,表面等离振子共振,光谱术,用于测定来自个体的样品中基质基因签名的存在的一种或多种试剂质谱术,HPLC,qPCR,RT-qPCR,多重qPCR或RT-qPCR,RNA-seq,微阵列分析,SAGE,MassARRAY技术,和FISH,和其组合组成的组的方法在该样品中检测该基质基因签名。
28.权利要求27的用途,其中在肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞和其任何组合上检测该基质基因签名。
29.权利要求27或28的用途,其中染色是膜染色,胞质染色和其组合。
30.一种诊断试剂盒,其用于为不能响应单独的免疫疗法的具有癌症的个体选择治疗,该试剂盒包含用于测定来自需要免疫疗法的个体的样品中基质基因签名的存在的试剂,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,和THY1；其中基质基因签名的存在鉴定能展现受益于用免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的治疗的个体,其中该抑制性基质拮抗剂是TGFβ,PDPN,LAIR-1,SMAD,ALK,结缔组织生长因子(CTGF/CCN2),内皮-1(ET-1),AP-1,IL-13,PDGF,LOXL2,内皮糖蛋白(CD105),FAP,podoplanin(GP38),VCAM1(CD106),THY1,β1整联蛋白(CD29),PDGFRα(CD140α),PDGFRβ(CD140β),波形蛋白,αSMA(ACTA2),结蛋白,内皮唾液酸蛋白(CD248)或FSP1(S100A4)拮抗剂。
31.权利要求30的试剂盒,其中该癌症是尿道上皮膀胱癌(UBC)且该基质基因签名进一步包含DKK3,PDGFB,NUAK1,FGF1,PDL1M4或LRRC32中一种或多种。
32.权利要求30的试剂盒,其中该癌症是肾细胞癌(RCC)且该基质基因签名进一步包含LUM和/或POSTN。
33.权利要求30的试剂盒,其中该癌症是三重阴性乳腺癌(TNBC)且该基质基因签名进一步包含MMP11,BGN,或COL5A1中一种或多种。
34.权利要求30的试剂盒,其中该癌症是卵巢癌且该基质基因签名进一步包含POSTN,LOX,或TIMP3中一种或多种。
35.权利要求31-34中任一项的试剂盒,其中该基质基因签名进一步包含TGFβ。
36.免疫疗法药剂和肿瘤基质纤维化拮抗剂制备用于治疗具有癌症的个体的药物的用途,该个体已经通过下述方法确定为能展现升高的来自免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的临床益处,
该方法包含测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,和THY1,其中该基质基因签名中的基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定具有抑制性基质的个体,其中来自该个体的样品中基质基因签名的存在指示该个体能展现升高的来自免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的临床益处,
其中该基质基因签名的中值水平选自由(1)来自参照群体的该基质基因签名的水平；(2)来自对该免疫疗法的完全响应者和/或部分响应者的群体的该基质基因签名的水平；和(3)在第一时间点前的第二时间点来自该个体的该基质基因签名的水平组成的组,
其中该抑制性基质拮抗剂是TGFβ,PDPN,LAIR-1,SMAD,ALK,结缔组织生长因子(CTGF/CCN2),内皮-1(ET-1),AP-1,IL-13,PDGF,LOXL2,内皮糖蛋白(CD105),FAP,podoplanin(GP38),VCAM1(CD106),THY1,β1整联蛋白(CD29),PDGFRα(CD140α),PDGFRβ(CD140β),波形蛋白,αSMA(ACTA2),结蛋白,内皮唾液酸蛋白(CD248)或FSP1(S100A4)拮抗剂。
37.权利要求36的用途,其中该癌症是尿道上皮膀胱癌(UBC)且该基质基因签名进一步包含DKK3,PDGFB,NUAK1,FGF1,PDL1M4或LRRC32中一种或多种。
38.权利要求36的用途,其中该癌症是肾细胞癌(RCC)且该基质基因签名进一步包含LUM和/或POSTN。
39.权利要求36的用途,其中该癌症是三重阴性乳腺癌(TNBC)且该基质基因签名进一步包含MMP11,BGN,或COL5A1中一种或多种。
40.权利要求36的用途,其中该癌症是卵巢癌且该基质基因签名进一步包含POSTN,LOX,或TIMP3中一种或多种。
41.权利要求37-40中任一项的用途,其中该基质基因签名进一步包含TGFβ。
42.权利要求36-41中任一项的用途,其中该免疫疗法包含CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,CD40,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMGB1,或TLR激动剂。
43.权利要求36-41中任一项的用途,其中该免疫疗法包含CTLA-4,PD-L1轴,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7H4,CD96,TIGIT,CD226,前列腺素,VEGF,内皮缩血管肽B,IDO,精氨酸酶,MICA/MICB,TIM-3,IL-10,IL-4,或IL-13拮抗剂。
44.权利要求43的用途,其中该免疫疗法是PD-L1轴拮抗剂。
45.权利要求44的用途,其中该PD-L1轴拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。
46.权利要求45的用途,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。
47.权利要求45的用途,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对B7-1的结合。
48.权利要求45的用途,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和B7-1二者的结合。
49.权利要求45-48中任一项的用途,其中该PD-L1结合拮抗剂是抗体。
50.权利要求36-49中任一项的用途,其中该抑制性基质拮抗剂是吡非尼酮(pirfenidone),galunisertib或尼达尼布(nintedanib)。
51.权利要求36-49中任一项的用途,其中该抑制性基质拮抗剂是TGFβ拮抗剂。
52.权利要求51的用途,其中该抑制性基质拮抗剂是TGFβ结合拮抗剂。
53.权利要求52的用途,其中该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ对TGFβ的细胞受体的结合。
54.权利要求52或53的用途,其中该TGFβ结合拮抗剂抑制TGFβ的活化。
55.权利要求52-54中任一项的用途,其中该TGFβ结合拮抗剂是抗体。
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