KR20170094165A - 화학요법-내성 암을 치료 및 진단하는 조성물 및 방법 - Google Patents

화학요법-내성 암을 치료 및 진단하는 조성물 및 방법 Download PDF

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Abstract

본 발명은 특정한 항-암 요법, 예컨대 기질-표적 요법, 항-혈관신생 요법, 및/또는 면역요법으로부터 이로울 수 있는 화학요법-내성 암이 있는 환자를 측정하기 위한 선택 기준으로 하나 이상의 기질 표지 유전자의 발현 수준을 사용하는 방법을 제공한다. 본 발명은 또한, 하나 이상의 기질 표지 유전자의 발현 수준을, 암 환자, 예컨대 난소암 환자의 기질-표적 제제에 의한 치료의 선택 기준으로서 사용하는 방법을 제공한다.

Description

화학요법-내성 암을 치료 및 진단하는 조성물 및 방법{COMPOSITIONS AND METHODS FOR TREATING AND DIAGNOSING CHEMOTHERAPY-RESISTANT CANCERS}
서열 목록
본원은 ASCII 포맷으로 전자 형식으로 제출되어, 그 전체가 참조로 본원에 편입된 서열 목록을 포함한다. 2015년 12월 22일 화요일에 작성된 상기의 ASCII 복사본은 파일명을 50474_092WO3_Sequence_Listing_12_22_15_ST25라고 하고, 크기는 4552 바이트이다.
기술 분야
본 발명은 화학요법-내성 암이 있는 환자를 식별하는 방법에 대한 것이다.
상피성 난소암 (EOC)은 부인과 악성종양에 대한 사망의 주된 원인이고 EOC의 치료는 유의미한 임상적 도전을 제시하는 것을 지속한다. EOC에 대한 현행 간호의 표준은 적극적인 외과적 세포질감소와 그 다음 보조 백금- 및 탁산-기반 화학요법으로 구성된다. 비록 이 치료에 대한 반응 속도가 높지만, 사례의 20-30%가 내성이 있고 그리고 1차 요법의 완료 6개월 동안 또는 그 안에 진행한다. 내성 있는 암 환자는 따라서 이 치료로부터 거의 이점을 얻지 못하고 유의미한 미충족 임상적 요구를 나타낸다. 화학요법에 대한 반응을 예측하고, EOC 및 일반적 암에서 1차 화학요법-내성을 극복하기 위한 새로운 전략을 개발하기 위해서, 화학요법-내성의 분자 특징에 대한 더 나은 이해가 필요하다.
통상적으로 "반응성 기질"이라고 지칭되는 숙주 기질의 미세환경의 활성화는 많은 유형의 암에서 암 진행의 중요한 성분로 연루되어 왔다. 암에서의 기질 활성화는 활성화된 기질 세포가 세포외 기질 (ECM) 성분, 성장 인자, 및 기질 리모델링 효소의 상승된 생산을 나타내기 때문에 정상 조직에서의 상처 치유 과정과 유사하여 암 세포 생존, 증식, 및 침습을 촉진하는 종양 미세환경을 만든다. 특히, 종양 미세환경은 EOC의 발병에 중요한 역할을 하는 것으로 점점 더 인식되어 왔다. 그러나, 반응성 기질의 주요 조절물질 및 반응성 기질이 종양의 진행, 치료 반응 및 EOC에서 임상 결과에 영향을 미치는 특정 기전은 잘 알려져 있지 않다.
따라서, 환자가 화학요법적-기반 요법에 반응할 가능성이 있는지 여부를 측정하는 방법, 및 또한 일반적으로 암의 치료를 위한 대안적인 전략을 개발하는 것이 필요하다.
일 양태에서, 본 발명은 화학요법-내성 암 환자를 식별하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은: a) 환자로부터 수득된 샘플에서 하나 이상의 기질 표지 유전자(stroma signature gene)(들)의 발현 수준을 측정하는 단계; b) 암 유형 내 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)에 대한 중앙 수준의 발현에 대해 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현 수준을 비교하는 단계; 및 c) 환자의 암이 화학요법-내성인지를 측정하는 단계를 포함하고, 여기서 암 유형 내 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현에 대한 중앙 수준보다 높은 수준으로 환자 샘플 내 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현은 환자가, 예를 들면, 화학요법 (예를 들면, 백금-기반 화학요법)-내성 암에서 상향조절된 하나 이상의 기질 표지 유전자의 발현 수준을 검출하는 경우에, 화학요법-내성 암을 가지는 것을 나타낸다. 감소된 수준의 발현 (예를 들면, 중앙 수준 미만 수준)의 검출은 또한 환자가, 화학요법 (예를 들면, 백금-기반 화학요법)-내성 암에서 하향조절된 하나 이상의 기질 표지 유전자의 발현 수준을 검출하는 경우에, 화학요법-내성 암을 가지는 것을 나타낼 수 있다.
일 구현예에서, 만일 환자의 암이 암 유형 내 하나 이상의 기질 표지 유전자(들) 발현에 대한 75 백분위보다 높은 수준으로 하나 이상의 기질 표지 유전자(들) (예를 들면, 화학요법 (예를 들면, 백금-기반 화학요법)-내성 암에서 상향조절된 하나 이상의 기질 표지 유전자의 경우)를 발현하는 것으로 측정되면, 환자는 화학요법-내성 암을 가진다. 상기 양태의 특정 다른 구현예에서, 상기 화학요법-내성 암은 백금-내성 암이다.
특정 구현예에서, 상기 방법은 환자가 화학요법-내성 암을 가지는 것으로 측정될 때 VEGF 길항제의 투여로 이롭기 쉬운 환자를 식별하는 단계를 추가로 포함한다. 특정 다른 구현예에서, 상기 방법은 환자가 화학요법-내성 암을 가지는 것으로 측정되면, 환자에게 치료적 유효량으로 VEGF 길항제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 바람직한 구현예에서, 상기 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체이다. 바람직하게는, 상기 항-VEGF 항체는 베바시주맙이다.
다른 구현예에서, 상기 방법은 환자가 화학요법-내성 암을 가지는 것으로 측정될 때 기질-표적 요법으로 이롭기 쉬운 환자를 식별하는 단계를 추가로 포함한다. 또 다른 구현예에서, 상기 방법은 환자가 화학요법-내성 암을 가지는 것으로 측정되면, 환자에게 치료적 유효량으로 기질-표적화된 제제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
또 다른 구현예에서, 상기 방법은 환자가 화학요법-내성 암을 가지는 것으로 측정될 때 면역요법으로 이롭기 쉬운 환자를 식별하는 단계를 추가로 포함한다. 또 다른 구현예에서, 상기 방법은 환자가 화학요법-내성 암을 가지는 것으로 측정되면, 환자에게 치료적 유효량으로 면역조절제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 바람직한 구현예에서, 면역조절제는 하기를 포함한다: TDO2, CD36, GZMK, CD247, CD1C, CSF1, IDO1, IL7R, 또는 CCR7 길항제.
제2 양태에서, 본 발명은 화학요법-민감성인 암 환자를 식별하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은: a) 환자로부터 수득된 샘플에서 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현 수준을 측정하는 단계; b) 암 유형 내 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)에 대한 중앙 수준의 발현에 대해 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현 수준을 비교하는 단계; 및 c) 환자가 화학요법-민감성인 암을 가지는지를 측정하는 단계를 포함하고, 여기서 암 유형 내 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현에 대한 중앙 수준 미만 수준으로 환자 샘플 내 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현은 환자가 (예를 들면, 화학요법 (예를 들면, 백금-기반 화학요법)-내성 암에서 상향조절된 하나 이상의 기질 표지 유전자의 경우에) 화학요법-민감성인 암을 가지는 것을 나타낸다.
특정 구현예에서, 만일 환자의 암이 암 유형 내 하나 이상의 기질 표지 유전자(들) 발현에 대한 25 백분위 미만인 수준으로 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)를 발현하는 것으로 측정되면, 환자는 화학요법-민감성인 암을 가진다. 다른 구현예에서, 상기 방법은 만일 환자가 화학요법-민감성인 암을 가지는 것으로 측정되면 화학요법 레지멘에 하나 이상의 화학치료제(들)를 투여하는 단계를 포함한다.
상기 양태 및 구현예의 특정 구현예에서, 샘플은 종양 조직 샘플이다. 특정 구현예에서, 상기 방법은 사전-투여 진단을 제공하기 위해 화학치료제를 투여하기 전에 수행된다. 특정 구현예에서, 환자는 화학요법을 받지 않았거나 또는 환자는 현재 화학요법을 받고 있다.
제3 양태에서, 본 발명은 VEGF 길항제 또는 면역조절제의 투여로부터 이로울 수 있는 암을 앓는 환자를 식별하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은: a) 환자로부터 수득된 샘플에서 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현 수준을 측정하는 것으로, 여기서 암 유형 내 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현에 대한 중앙 수준보다 높은 수준으로 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현은 환자가 (예를 들면, 화학요법 (예를 들면, 백금-기반 화학요법)-내성 암에서 상향조절된 하나 이상의 기질 표지 유전자의 경우에) VEGF 길항제 또는 면역조절제의 투여로부터 이로울 수 있다는 것을 나타내고, 그리고 임의로 b) 환자에 치료적 유효량으로 VEGF 길항제 또는 면역조절제를 투여하는 것으로 포함한다.
특정 구현예에서, 상기 방법은 화학요법 레지멘에 하나 이상의 화학치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 화학치료제(들)은 HER 항체, 종양 관련된 항원에 대한 항체, 항-호르몬 화합물, 심장보호제, 시토카인, EGFR-표적화된 약물, 항-혈관형성제, 티로신 키나제 억제제, COX 억제제, 비-스테로이드 항-염증성 약물, 파르네실 전달효소 억제제, 종양태아 단백질 CA 125에 결합하는 항체, Her2 백신, HER 표적 요법, raf 또는 ras 억제제, 리포좀 독소루비신, 토포테칸, 탁산, 이중 티로신 키나제 억제제, TLK286, EMD-7200, 메스꺼움을 치료하는 약제, 피부 발진을 예방하거나 치료하는 약제 또는 표준 여드름 요법, 설사를 예방하거나 치료하는 약제, 체온-감소 약제, 및 조혈 성장 인자로 구성된 군으로부터 선택된다. 다른 구현예에서, 상기 하나 이상의 화학치료제(들)은 젬시타빈, 카보플라틴, 옥살리플라틴, 이리노테칸, 플루오로피리미딘 (예를 들면, 5-FU), 파클리탁셀 (예를 들면, nab-파클리탁셀), 도세탁셀, 토포테칸, 카페시타빈, 레코보린, 테모졸로마이드, 인터페론-알파, 또는 리포좀 독소루비신 (예를 들면, 페길화된 리포좀 독소루비신)이다.
하나의 바람직한 구현예에서, 상기 화학요법 레지멘은 카보플라틴 및 파클리탁셀; 카보플라틴 및 젬시타빈; 또는 파클리탁셀, 토포테칸, 또는 페길화된 리포좀 독소루비신의 투여를 포함한다. 제2 바람직한 구현예에서, 상기 화학요법 레지멘은 카페시타빈 및 파클리탁셀; 또는 카페시타빈 및 도세탁셀의 투여를 포함한다. 제3 바람직한 구현예에서, 상기 화학요법 레지멘은 테모졸로마이드의 투여 및 임의로 방사선요법을 포함한다. 제4 바람직한 구현예에서, 상기 화학요법 레지멘은 플루로피리미딘, 이리노테칸, 시스플라틴, 플루로피라미딘 및 옥살리플라틴; 플루로피리미딘 및 이리노테칸; 플루로피라미딘, 레코보린, 및 옥살리플라틴; 또는 이로노테칸, 플루오로피리미딘, 및 류코보린의 투여를 포함한다. 제5 바람직한 구현예에서, 상기 화학요법 레지멘은 파클리탁셀 및 토포테칸; 또는 파클리탁셀 및 시스플라틴의 투여를 포함한다. 제6 바람직한 구현예에서, 상기 화학요법 레지멘은 인터페론-알파2a의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 유전자는 POSTN, LOX, TIMP3, FAP, BGN, FGF1, FN1, ANGPTL2, ACTA2, MMP11, RBP4, CD36, PLVAP, PECAM1, GZMK, CD247, ABCC9, PCOLCE, CD1C, MS4A1, CD44, PMEPA1, IL7R, FBLN1, TWIST1, ID1, RAC2, GFRA1, CCR7, MAN1A1, EVI2A, PTPRC CD45RA, FCRL5, NNMT, CD27, SLA, TDO2, NUAK1, 및 COL4A1로 이루어진 군으로부터 선택된다. 바람직한 구현예에서, 상기 기질 표지 유전자는 POSTN이다. 기타 바람직한 구현예에서, 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)은 POSTN 및 FAP; POSTN 및 TIMP3; POSTN 및 LOX; POSTN, FAP, 및 TIMP3; POSTN, FAP, 및 LOX; POSTN, TIMP3, 및 LOX; 또는 POSTN, FAP, TIMP3, 및 LOX이다.
제4 양태에서, 본 발명은 암 환자를 치료하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 상기 환자에게 치료적 유효량의 기질-표적화된 제제를 투여하는 단계를 포함하고, 여기서 상기 환자의 암은 암 유형 내 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현에 대한 중앙 수준보다 높은 수준으로 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현하는 것으로 측정되었다.
상기 방법의 바람직한 구현예에서, 기질-표적 제제는 항-페리오스틴 (POSTN) 항체이다. 상기 방법의 특정 구현예에서, 상기 암은 원발성, 진행성(advanced), 난치성, 또는 재발성이다. 다른 구현예에서, 상기 암은 난소암, 복막암, 나팔관 암, 자궁경부암, 자궁내막암, 질암, 및 외음부암으로 구성된 군으로부터 선택된 산부인과계 암이다. 바람직한 구현예에서, 산부인과계 암은 난소암이다. 상기 방법의 또 다른 구현예에서, 상기 암은 결장직장암, 유방암, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장암 (신장 세포 암종), 또는 뇌암 (교모세포종)으로 구성된 군으로부터 선택된다.
제5 양태에서, 본 발명은 환자에 있어 난소암의 단계를 측정하는 방법을 제공한다. 본 방법은 환자로부터 수득된 샘플 (예를 들면, 종양 조직 샘플, 혈액 샘플, 또는 혈청 샘플) 내 POSTN의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함한다. 대조군에 대한, 환자 샘플 내 POSTN의 증가된 발현 수준의 검출은 난소암의 진행성(advanced) 단계 (예를 들면, FIGO 난소암 단계 III 또는 IV)를 나타낸다. 특정 구현예에서, 대조군은 난소암을 갖는 환자의 집단 내 POSTN 발현의 중앙 수준이고, 반면 다른 구현예에서, 대조군은 FIGO 단계 I 및/또는 FIGO 단계 II 난소암을 갖는 환자의 집단 내 POSTN 발현의 중앙 수준이다. 임의로, 본 방법은 또한 만일 환자가 진행성 단계인 난소암을 가지는 것으로 측정되면, 환자에게 요법(therapy)을 투여하는 단계를 포함한다.
본 발명의 다른 특징 및 이점은 상세한 설명, 도면, 및 청구범위로부터 명백해질 것이다.
도 1a-1d는 1차 화학요법-내성 난소 종양에서 상향조절된 "반응성 기질" 유전자 표지의 식별을 도시한다. (A) 32 Plat-R 원발성과 26 Plat-S 원발성 난소 종양 사이의 최상부 14의 가장 차등적으로 발현된 유전자 (위-발견율(false discovery rate) (FDR) ≤ 10%, 배수 변화 ≥ 1.5)의 계층적 클러스터링. 1차 화학요법에 대한 임상적으로 정의된 반응, TP53 돌연변이 상태, 및 7 반복적으로 증폭된 유전자 (≥ 4 복제)는 최하부에 주석으로 표시된다; (B) 27 환자-매칭된 Plat-R 원발성과 Plat-R 재발한 난소 종양 사이의 최상부 65의 가장 차등적으로 발현된 유전자 (FDR ≤ 10%, 배수 변화 ≥ 1.5)의 계층적 클러스터링; (C) Plat-R 원발성 및 재발한 종양에 유의미하게 차등적으로 발현된 공통의 표지 유전자의 벤다이어그램; (D) 26 Plat-S 원발성, 32 Plat-R 원발성, 및 27 Plat-R 재발한 종양 내 4개의 반응성 기질 표지 유전자의 유전자 발현.
도 2는 서로 크게 상관된 4개의 반응성 기질 표지 유전자의 mRNA 발현 수준을 나타내는 일련의 플롯이다.
도 3a-3b는 RNA ISH 및 IHC에 의해 반응성 기질 표지 유전자 POSTN, LOX, 및 FAP의 동일계내 분석을 나타낸다. ( A) 화학요법 전 Plat-S 원발성 종양, 환자-매칭된 Plat-R 원발성 종양 및 질환 진행에서 화학요법 후 재발한 종양으로부터 대표적인 ISH 및 IHC 이미지. 좌측 두 칼럼에서의 이미지: POSTN, LOX의 검출을 위한 2-플렉스 발색 RNA ISH, 및 FAP mRNA 국재화의 검출을 위해 단일플렉스 RNA ISH. 우측 세 칼럼에서의 이미지: POSTN, FAP, 및 aSMA 단백질 국재화를 위한 IHC 염색. Bar = 100um. ( B) 각각의 반응 군으로부터 모든 85 샘플 (POSTN 및 FAP ISH) 또는 다섯의 대표적인 종양 시료 (LOX ISH, POSTN, 및 FAP IHC) 내 ISH 스코어 및 IHC 스코어의 요약: Plat-S 원발성, 환자-매칭된 Plat-R 원발성, 및 재발한 종양. ISH H-스코어 (평균 및 표준 편차로 플롯된, 물질 및 방법) 및 IHC 전체 스코어 양자는 각각 종양 및 기질 세포에서 측정되었다. * p < 0.05, ** p < 0.01.
도 4a-4c는 POSTN 발현 수준이 생체내에서 결합조직형성 표현형과 상관되고 그리고 POSTN은 시험관내에서 EOC 세포 내 화학요법-내성을 증진한다는 것을 나타낸다. (A) 증가된 결합조직형성은 POSTN 발현 및 1차 화학요법-내성과 상관된다. 종양 시료의 헤마톡실린 및 에오신 (H&E) 염색의 대표적인 높은 배율 이미지 (상부 패널) 및 POSTN ISH 이미지 (하부 패널)가 도시된다. 결합조직형성 스코어는 아래와 같이 정의되었다: 0 = 결합조직형성 무, 1 = 소수의 암 세포에 접한 분산된 결합조직형성 병소, 2 = 몇 개의 암 세포에 접한 결합조직형성 병소 또는 중간 정도의 융합하는 (보다 넓은) 결합조직형성이지만, 그러나 부위 전반을 통해 존재하지 않음, 3 = 대부분 암 세포와 관련된, 부위 전반을 통한 결합조직형성 반응. 표지: DS = 결합조직형성 기질, NS = 정상 기질, TC = 종양 세포. 화살표는 종양 세포의 예를 가리킨다. 점선은 종양 세포를 포함하는 영역을 둘러싼다. 바(bar) 크기, 100μm. ( B) 21 Plat-S 원발성, 18 Plat-R 원발성, 및 21 Plat-R 재발성 종양 시료에서의 결합조직형성 스코어 요약; (C) POSTN은 시험관내 화학요법-민감성 ES2 난소 세포 내 화학요법-내성을 촉진함. 96-웰 플레이트는 세포가 각 웰 안으로 도말되기 전에 재조합 단백질 FN1 또는 POSTN으로 코팅되거나 또는 미코팅으로 남겨진다. 그런 다음 10μM 카보플라틴 또는 10nM 탁솔이 다음 날에 각 웰에 부가된다. 세포-타이터 Glo® 시약이 화합물 치료 후 72시간에 부가되어 세포 생존력을 측정한다. 코팅된 웰들에서의 생존력은 그런 다음 미코팅된 웰들에서의 생존력과 비교되어 % 성장 이점을 계산하였다.
도 5a-5b는 반응성 기질 유전자의 발현이 ICON7 연구 화학요법 처리 아암에서 1차 화학요법의 임상 결과를 예측한다는 것을 도시한다. ( A) 발견 데이터세트 (x-축)와 독립적인 검증 세트 (ICON7 대조군 아암) (y-축) 사이 배수 변화 (Plat-R 대 Plat-S)의 상관관계. 플롯 상의 다섯 개 유전자는 양 데이터세트에서 유의미하게 차등적으로 발현되었다 (p ≤ 0.01 및 배수 변화 ≥ 1.5); (B) 독립적인 데이터세트 (ICON7 화학요법 처리 아암)에서 1차 화학요법으로부터 환자 결과 (PFS)와 반응성 기질 표지 유전자 (중간 컷오프)의 발현의 연관성.
도 6은 난소암에서 POSTN과 공지된 예후 인자 사이의 상관관계를 나타내는 일련의 플롯이다.
도 7은 4개의 기질 표지 유전자의 다변량 분석을 나타낸다. 중간 컷오프를 사용하여 이원화된 다섯 유전자 (POSTN, PGR, FAP, LOX, 및 TIMP3)의 발현이 다변량 콕스(Cox) 퇴행 모델을 사용하여 분석되어 각 유전자에 대한 연관성의 강도를 평가한다. 단지 POSTN의 발현만이 이 다변량 분석에서 유의미하였다. 또한, 네 개 유전자의 발현이 각 환자에 대해 평균될 때, 수득한 전체 기질 스코어는 PFS와의 연관성을 개선하지 않았다 (HR = 2.0, 95% CI: 1.3-3.1, p = 0.0013).
도 8은 1차 화학요법-내성과 관련된 유전자 표지를 사용하여 경로 분석에 의해 식별된 업스트림 조절물질 및 최상 활성화 네트워크의 개략도를 제공한다 (정교성). 화학요법-내성 종양에서 하향-조절된 유전자는 FGFR4, CXCL10, IDO1, MMP10, 및 MMP7이다. 잔여 유전자는 화학요법-내성 종양에서 상향조절의 정도에서 다변한다.
도 9는 POSTN 발현이 예비-혈관신생 마커 (PLVAP, PECAM1, 및 ANGPTL2) 및 M2-유사 대식세포 마커 (CD68, CD163, 및 CD36)와 매우 상관된다는 것을 나타내는 플롯이다.
도 10은 102 나이-매칭된 정상 건강한 대상체 (NHS), 100 미공지된 화학민감성의 상피성 난소암 (EOC) 환자 (난소암), 백금-내성인 것으로 공지된 43 EOC 환자 (Plat-R 난소암), 96 폐암 (NSCLC) 환자, 및 29 췌장암 환자로부터 혈청 샘플의 판매인 입수된 패널에서 POSTN 발현의 범위를 나타내는 군으로된 점 플롯이다.
도 11은 순환하는 POSTN과 단계 I (25) 및 II (6) 환자로부터 판매인 입수된 혈청 샘플 (조합하여 31) 및 단계 III 환자로부터 69 샘플에서 질환의 단계 사이의 상관관계를 나타내는 군으로된 점 플롯이다.
I. 도입
본 발명은 난소암에서 1차 화학요법-내성과 특이적으로 관련되고 그리고 재발하는 종양에서 추가로 상향조절된 반응성 기질 유전자 표지를 제공한다. 페리오스틴 (POSTN), 섬유아세포 활성화 단백질 (FAP), 및 라이실 옥시다제 (LOX)를 포함하여, 이 표지의 몇 개의 핵심 성분의 동일계내 분석은 이들 유전자가 화학요법-내성 종양에서 종양-관련된 섬유아세포에서 특이적으로 상향조절된다는 것을 밝혀냈다. 반응성 기질 유전자 표지는 상 III 시험의 화학요법 처리 아암으로부터 독립적인 데이터세트에서 검증되었고, 그리고 이 검증 분석에서 높은 POSTN 발현 수준은 1차 화학요법 (카보플라틴 및 파클리탁셀)을 받는 환자에게 더 나쁜 결과(즉, 무진행 생존 (PFS))와 관련된다는 것이 나타났다.
따라서, 본 발명은 하나 이상의 기질 표지 유전자의 발현 수준을 측정하고 그리고 이 발현 수준을 암 유형에서 하나 이상의 기질 표지 유전자의 중앙 수준의 발현과 비교함에 의해 화학요법-내성 암 환자 (예를 들면, 산부인과계 암 (예를 들면, 난소, 복막, 나팔관, 자궁경부, 자궁내막, 질, 또는 외음부암))를 식별하는 방법을 제공한다. 암 유형에서 하나 이상의 기질 표지 유전자의 중앙 수준의 발현보다 높은 수준으로 하나 이상의 기질 표지 유전자의 발현의 검출은 환자가 화학요법-내성 암을 가진다는 것을 나타낸다. 본 발명 또한 환자에게 기질-표적화된 또는 다른 제제를 투여함에 의해 암 (예를 들면, 화학요법-내성 암) 환자를 치료하는 방법을 제공한다. 본 발명은 더욱이 화학요법 레지멘 및/또는 기질-표적화된 제제와 조합하여 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체, 예를 들면, 베바시주맙) 또는 면역조절제의 투여로부터 이로울 수 있는 암(예를 들면, 화학요법-내성 암) 환자를 식별하는 방법을 제공한다.
II. 정의
다르게 정의되지 않는 한, 본원에서 사용되는 기술적 및 과학적 용어는 본 발명이 속하는 기술 분야의 당업자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. [Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2nd ed., J. Wiley & Sons (New York, N.Y. 1994), and March, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4th ed., John Wiley & Sons (New York, N.Y. 1992)]은 당업자에게 본원에 사용된 많은 용어에 대한 일반 가이드를 제공한다.
본 명세서를 해석할 목적으로, 하기의 정의가 적용되고 적정한 경우마다, 단수 형태로 사용되는 용어는 복수의 용어를 포함하고 그 반대의 경우도 포함한다. 하기에 제시된 임의의 정의가 본원에 참조로 인용된 임의의 문헌과 상반되는 경우 하기에 제시된 정의가 우선할 것이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이 용어들 "투여" 또는 "투여하는"은 치료적 항체의 투여에 대한 당해 기술에서 공지된 임의의 적당한 수단에 의한 의료 개입으로 또는 그와 같은 치료가 필요한 환자에게, 화학치료제 (예를 들면, 본 명세서에서 기재된 임의의 화학치료제, 하기 참고), 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙), 및/또는 화학치료제 (예를 들면, 임의의 본 명세서에서 기재된 것, 아래 참고), 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 또는 항-혈관형성제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙)를 포함하는 약제학적 조성물/치료 레지멘의 투여를 의미한다. 비제한 투여 경로는 경구로, 정맥내, 복강내, 피하, 근육내, 국소, 진피내, 비강내 또는 (예를 들어 흡입으로 영향받는) 기관지내 투여를 포함한다. 본 발명의 맥락에서 특히 바람직한 것은 비경구 투여, 예를 들면, 정맥내 투여이다. 결장직장암의 치료를 위한 베바시주맙과 관련하여, EMEA에 따른 바람직한 용량은 매 2주에 1회로 주어진 체중에 5mg/kg 또는 10mg/kg 또는 매 3주에 1회로 주어진 체중에 7.5mg/kg 또는 15mg/kg 이다. NSCLC의 치료를 위해, 바람직한 투여량은 카보플라틴 및 파클리탁셀과 함께 주입하여 3주에 1회로 체중의 15 mg/kg이다. 신장 세포 암종의 치료를 위해, 바람직한 투여량은 인터페론 α-2a를 주입하거나 단독 요법으로 2주에 1회로 체중의 10 mg/kg이다. 자궁경부암의 치료를 위해, 바람직한 용량은 하기 화학요법 레지멘: 파클리탁셀 및 시스플라틴 또는 파클리탁셀 및 토포테칸의 하나와 조합하여 투여되고 주입에 의해 매 3주에 1회로 주어진 15mg/kg이다. 교모세포종의 치료를 위해, 바람직한 용량은 주입에 의해 매 2주에 1회로 주어진 10mg/kg이다.
작용제 또는 길항제를 식별하는 방법은 하기를 포함할 수 있다: 폴리펩티드를 후보 작용제 또는 길항제 분자와 접촉시키는 단계 및 상기 폴리펩티드와 정상적으로 연관된 하나 이상의 생물학적 활성의 검출가능한 변화를 측정하는 단계.
본원에서 용어 "항체"는 가장 넓은 의미로 사용되고 이들이 원하는 항원-결합 활성을 나타내는 동안, 비제한적으로 단클론성 항체, 다클론성 항체, 다중특이적 항체 (예를 들면, 이중특이적 항체)를 포함하여, 다양한 항체 구조, 및 항체 단편을 포함한다. 표적에 결합하는 항체는 항체가 상기 표적을 표적화하는데 진단학적 및/또는 치료학적 제제로서 유용하기에 충분한 친화성으료 표적에 결합할 수 있는 항체를 지칭한다. 하나의 양태에서, 관련되지 않은 비-표적 단백질에 대한 항-표적 항체의 결합 정도는 예를 들어, 방사선면역검정(RIA) 또는 바이아코어 검정에 의한 측정시 표적에 대한 항체의 결합의 약 10% 미만이다. 특정 구현예에서, 표적에 결합하는 항체는 < 1 μM, < 100 nM, < 10 nM, < 1 nM, < 0.1 nM, < 0.01 nM, 또는 < 0.001 nM (예컨대 10-8 M 이하, 예컨대 10-8 M 내지 10-13 M, 예컨대, 10-9 M 내지 10-13 M의 해리 상수 (Kd)를 갖는다. 특정 양태에서, 항-표적 항체는 상이한 종에 걸쳐 보존되어 있는 표적의 에피토프에 결합한다.
“항체 단편"은 무손상 항체가 결합하는 항원에 결합하는 무손상 항체의 일부를 포함하는 무손상 항체 이외의 분자를 나타낸다. 항체 단편들의 예시들은 비제한적으로 Fv, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2; 디아바디; 선형 항체; 단일-사슬 항체 분자 (예컨대, scFv); 및 항체 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함한다.
표준 항체와 “상동한 에피토프에 결합하는 항체”는 경쟁 검정에서 표준 항체의 이의 항원으로의 결합을 50% 이상 차단하는 항체를 지칭하고, 역으로, 표준 항체는 경쟁 검정에서 50% 이상으로 항체의 이의 항원으로의 결합을 차단한다.
용어 "이점"은 가장 넓은 의미로 사용되고, 임의의 바람직한 효과를 지칭하고 그리고 특이적으로 본 명세서에서 정의된 바와 같은 임상 이득을 포함한다. 임상적 이점은, 예를 들어, 감속 및 완전 정지를 포함하여 질병 진행의 어느 정도 억제; 질병 발병 및/또는 증상의 수 감소; 병변 크기의 감소; 인접한 말초 기관 및/또는 조직으로의 질병 세포 침윤의 억제(즉, 감소, 감속 또는 완전 정지); 질병 전파의 억제(즉, 감소, 감속 또는 완전 정지); 병변의 퇴행 또는 절제를 초래할 수 있지만 그럴 필요가 없는 자가-면역 반응의 감소; 장애와 관련된 하나 이상의 증상의 어느 정도 완화; 치료 후 무병 상태의 표현의 길이 예를 들어 무진행 생존율의 증가; 전체 생존율 증가; 높은 반응 속도; 및/또는 치료 후 주어진 시점에서의 사망률 감소와 같은 다양한 종말점을 평가함으로써 측정될 수 있다.
본원에 사용된 바와 같은 용어 “생물학적 샘플” 또는 “샘플”은 혈액, 혈청, 혈장, 객담, 조직 생검, 종양 조직, 및 비강 면봉 또는 비강 폴립을 포함하는 비강 샘플을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
용어 "암" 및 "암성"은 전형적으로 조절되지 않은 세포 성장에 의해 특징되는 포유동물의 생리 조건을 지칭하거나 설명한다. 본 정의에는 양성 및 악성 암이 포함된다. 암의 예에는 비제한적으로, 암종, 림프종, 아세포종, 육종, 및 백혈병이 포함된다. 상기 암의 더욱 특정한 예시는 하기를 포함한다: 편평상피 세포 암, 폐암(소세포 폐암, 비-소세포 폐암, 폐의 선암종, 및 폐의 편평상피 암종 포함), 복막암, 간세포 암, 위(gastric)암 또는 위(stomach)암(위장관 암 포함), 췌장암, 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 자궁경부암, 간암, 방광암, 간세포암, 유방암. 결장암, 결장직장암, 자궁내막 또는 자궁 암종, 타액샘 암종, 신장암 또는 신장 암, 간암, 전립선암, 외음부 암, 갑상샘암, 간 암종 및 다양한 유형의 두경부 암뿐만 아니라 B-세포 림프종(저등급/난포성 비-호지킨 림프종(NHL); 소 림프구(SL) NHL; 중간 등급/난포성 NHL; 중간 등급 확산성 NHL; 고등급 면역아세포성 NHL; 고등급 림프아세포성 NHL; 고등급 소형 비-절단 세포 NHL; 대부피 질환 NHL; 외투 세포 림프종; AIDS-관련 림프종; 및 발덴스트롬 거대글로불린혈증 포함); 만성 림프구성 백혈병(CLL); 급성 림프아세포성 백혈병(ALL); 모발 세포 백혈병; 만성적 골수아세포성 백혈병; 및 이식후 림프증식성 장애(PTLD)뿐만 아니라 모반증에 관련된 비정상 혈관 증식, 부종(예컨대 뇌종양에 관련된 부종), 및 메이그 증후군이 포함된다.
"진행성" 암은, 국부 침습 또는 전이에 의해, 태생의 부위 또는 장기 외부로 확산하는 것이다.
“난치성" 암은 화학요법제와 같은 항-종양제가 암 환자에게 투여되고 있음에도 불구하고 진행되는 암이다. 난치성 암의 예로는 백금 불응성인 암이 있다.
“재발성" 암은, 초기 요법에 대한 반응 이후, 초기 부위 또는 먼 부위에서, 재성장한 것이다.
"백금-내성" 암은 환자가 백금-기반 화학요법을 받으면서도 진행하는 환자에서의 암 또는 백금-기반 화학요법의 완료 후, 예를 들면, 12개월 내 (예를 들면, 6개월 내)에 진행된 환자에서의 암을 의미한다. 이러한 암은 "백금-내성"을 가지거나 나타내는 것으로 지칭될 수 있다.
"화학요법-내성" 암은 환자가 화학요법 레지멘을 받으면서도 진행하는 환자에서의 암 또는 화학요법 레지멘의 완료 후, 예를 들면, 12개월 내 (예를 들면, 6개월 내)에 진행된 환자에서의 암을 의미한다. 이러한 암은 "화학요법-내성"을 가지거나 나타내는 것으로 지칭될 수 있다.
용어 "키메라" 항체는 중쇄 및/또는 경쇄의 일부는 특정 소스 또는 종으로부터 유도되는 반면 나머지 중쇄 및/또는 경쇄는 상이한 소스 또는 종으로부터 유도되는 항체를 나타낸다.
항체의 “부류”는 이의 중쇄가 소유하는 불변 도메인 또는 불변 영역의 유형을 지칭한다. 항체의 5가지 주요 부류: IgA, IgD, IgE, IgG, 및 IgM이 있으며, 이들 중 몇몇은 하위부류(이소형), 예를 들면 IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1, 및 IgA2 로 추가 구분될 수 있다. 면역글로불린의 상이한 부류에 상응하는 중쇄 불변 도메인은 각각 α, δ, ε, γ, 및 μ로 불린다.
“화학치료제"는 암의 치료에 유용한 화학적 화합물이다. 화학치료제의 예는 하기를 포함한다: 에를로티닙 (TARCEVA®, Genentech/OSI Pharm.), 보르테조밉 (VELCADE®, Millennium Pharm.), 디설피람, 에피갈로카테킨 갈레이트 , 살리노스포라미드 A, 카필조밉, 17-AAG (겔다나마이신), 라디시콜, 락테이트 탈수소효소 A (LDH-A), 풀베스트란트 (FASLODEX®, AstraZeneca), 서니팁 (SUTENT®, Pfizer/Sugen), 레트로졸 (FEMARA®, Novartis), 이마티닙 메실레이트 (GLEEVEC®, Novartis), 피나서네이트 (VATALANIB®, Novartis), 옥살리플라틴 (ELOXATIN®, Sanofi), 5-FU (5-플루오로우라실), 류코보린, 라파마이신 (시롤리무스, RAPAMUNE®, Wyeth), 라파티닙 (TYKERB®, GSK572016, Glaxo Smith Kline), 로나파밉 (SCH 66336), 소라페닙 (NEXAVAR®, Bayer Labs), 제피티닙 (IRESSA®, AstraZeneca), AG1478, 알킬화제 예컨대 티오테파 및 CYTOXAN® 사이클로포스파마이드; 알킬 설포네이트 예컨대 부설판, 임프로설판 및 피포설판; 아지리딘 예컨대 벤조도파, 카보쿠온, 메투레도파, 및 우레도파; 에틸렌이민 및 메틸라멜라민 (알트레타민, 트리에틸렌멜라민 포함), 트리에틸렌포스포르아미드, 트리에틸렌티오포스포르아미드 및 트리메틸로멜라민; 아세토게닌 (특히 불라타신 및 불라타시논); 캄프토테신 (토포테칸 및 이리노테칸 포함); 브리오스타틴; 칼리스타틴; CC1065 (이의 아도젤레신, 카르젤레신 및 바이젤레신 합성 유사체 포함); 크립토파이신 (특히 크립토파이신 1 및 크립토파이신 8); 아데노코르티코이드 (포함 프레드니손 및 프레드니솔론); 시프로테론 아세테이트; 5α-환원효소 포함 피나스테라이드 및 두타스테라이드); 보리노스타트, 로미뎁신, 파노비노스태트, 발프로산, 모세티노스타트 돌라스타틴; 알데스류킨, 탈크 듀오카르마이신 (합성 유사체, KW-2189 및 CB1-TM1 포함); 엘류테로빈; 판크라티스타틴; 사르코딕티인; 스폰지스타틴; 질소 머스타드 예컨대 클로르암부실, 클로마파진, 클로로포스파마이드, 에스트라무스틴, 이포스파마이드, 메클로레타민, 메클로레타민 옥사이드 하이드로클로라이드, 멜팔란, 노벰비친, 펜에스테린, 프레드니무스틴, 트로포스파마이드, 우라실 머스타드; 니트로소우레아 예컨대 카르무스틴, 클로로조토신, 포테무스틴, 로무스틴, 니무스틴, 및 라님무스틴; 항생제 예컨대 엔디인 항생제 (예컨대, 칼리키아마이신, 특히 칼리키아마이신 γ1I 및 칼리키아마이신 ω1I (Angew Chem. Intl. Ed. Engl. 1994 33:183-186); 다이네마이신 (다이네마이신 A 포함); 비스포스포네이트, 예컨대 클로드로네이트; 에스페라마이신; 뿐만 아니라 네오카르지노스타틴 발색단 및 관련 색소단백질 엔디인 항생 발색단), 아클라시노마이신, 악티노마이신, 오트라마이신, 아자세린, 블레오마이신, 칵티노마이신, 카라비신, 카미노마이신, 카르지노필린, 크로모마이시니스, 닥티노마이신, 다우노루비신, 데토루비신, 6-디아조-5-옥소-L-노르류신, ADRIAMYCIN® (독소루비신), 모르폴리노-독소루비신, 시아노모폴리노-독소루비신, 2-피롤리노-독소루비신 및 데옥시독소루비신), 에피루비신, 에소루비신, 아이다루비신, 마르셀로마이신, 미토마이신 예컨대 미토마이신 C, 마이코페놀산, 노갈라마이신, 올리보마이신, 페플로마이신, 포르피로마이신, 퓨로마이신, 쿠엘라마이신, 로도루비신, 스트렙토니그린, 스트렙토조신, 투베르시딘, 우베니멕스, 지노스타틴, 조루비신; 항-대사물질 예컨대 메토트렉세이트 및 5-플루오로우라실 (5-FU); 엽산 유사체 예컨대 데노프테린, 메토트렉세이트, 프테로프테린, 트리메트렉세이트; 퓨린 유사체 예컨대 플루다라빈, 6-머캅토퓨린, 티아미프린, 티오구아닌; 피리미딘 유사체 예컨대 안시타빈, 아자시티딘, 6아자우리딘, 카모푸르, 사이타라빈, 디데옥시우리딘, 독시플루리딘, 에노시타빈, 플록수리딘; 안드로겐 예컨대 칼루스테론, 드로모스타놀론 프로피오네이트, 에피티오스탄올, 메피티오스탄, 테스토락톤; 항-부신제 예컨대 아미노글루테티마이드, 미토탄, 트릴로스탄; 엽산 보충물 예컨대 프롤린산; 아세글라톤; 알도포스파마이드 글리코사이드; 아미노레벌린산; 에닐우라실; 암사크린; 베스트라부실; 비스안트렌; 에다트락세이트; 데포파민; 데메콜신; 디아지쿠온; 엘포미틴; 엘립티늄 아세테이트; 에포틸론; 에토글루시드; 갈륨 니트레이트; 하이드록시우레아; 렌티난; 로니다이닌; 메이탄시노이드 예컨대 메이탄신 및 안사미토신; 미토구아존; 미톡산트론; 모피담놀; 니트라에린; 펜토스타틴; 페나메트; 피라루비신; 로속산트론; 포도필린산; 2-에틸하이드라자이드; 프로카바진; PSK® 다당류 착물 (JHS Natural Products, Eugene, Oreg.); 라족산; 라이족신; 시조푸란; 스피로게르마늄; 테누아존산; 트리아지쿠온; 2,2',2''-트리클로로트리에틸아민; 트리코테센 (특히 T-2 독소, 베라쿠린 A, 로리딘 A 및 안구이딘); 우레탄; 빈데신; 다카바진; 만노무스틴; 미토브로니톨; 미토락톨; 피포브로만; 가시토신; 아라바이노사이드 ("Ara-C"); 사이클로포스파미드; 티오테파; 탁소이드, 예컨대, 탁솔(TAXOL) (파클리탁셀; Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.J.), ABRAXANE® (크레모포어-없음), 파클리탁셀의 알부민-가공 나노입자 제형 (American Pharmaceutical Partners, Schaumberg, Ill.), 및 TAXOTERE® (도세탁셀, 독세탁셀; Sanofi-Aventis); 클로르람부실; GEMZAR® (젬시타빈); 6-티오구아닌; 머캅토퓨린; 메토트렉세이트; 백금 유사체 예컨대 시스플라틴 및 카보플라틴; 빈블라스틴; 에토포사이드 (VP-16); 이포스파마이드; 미톡산트론; 빈크리스틴; NAVELBINE® (비노렐빈); 노반트론; 테니포사이드; 에다트렉세이트; 다우노마이신; 아미노프테린; 카페시타빈 (XELODA®); 이반드로네이트; CPT-11; 토포이소머라제 억제제 RFS 2000; 디플루오로메틸오르니틴 (DMFO); 레티노이드 예컨대 레티노산; 및 상기 중 임의의 약제학적으로 허용가능한 염, 산 및 유도체.
화학치료제는 또한 하기를 포함한다: (i) 하기를 포함하는, 항-에스트로겐 및 선택적 에스트로겐 수용체 조절인자 (SERM)와 같이 종양에 대한 호르몬 작용을 조절하거나 억제하는 작용을 하는 항호르몬제: 예를 들어, 타목시펜 (NOLVADEX®; 타목시펜 시트레이트 포함), 랄록시펜, 드롤록시펜, 아이오독시펜, 4-하이드록시타목시펜, 트리옥시펜, 케옥시펜, LY117018, 오나프리스톤, 및 FARESTON® (토레미핀 시트레이트); (ii) 하기와 같은, 부신에서 에스트로겐 생산을 조절하는 효소 방향화효소를 억제하는 방향화효소 억제제: 예를 들어, 4(5)-이미다졸, 아미노글루테트이미드, MEGASE® (메게스트롤 아세테이트), AROMASIN® (엑세메스탄; Pfizer), 포르메스타니, 파드로졸, RIVISOR® (보로졸), FEMARA® (레트로졸; Novartis), 및 ARIMIDEX® (아나스트로졸; AstraZeneca); (iii) 항-안드로겐 예컨대 플루타미드, 닐루타미드, 비칼루타미드, 류프롤리드 및 고세렐린; 부세렐린, 트립테레린, 메드록시프로게스테론 아세테이트, 디에틸스틸베스트롤, 프레마린, 플루옥시메스테론, 모든 트랜스레티온산, 펜레티나이드, 뿐만 아니라 트록사시타빈 (1,3-디옥솔란 뉴클레오시드 시토신 유사체); (iv) 단백질 키나아제 억제제; (v) 지질 키나아제 억제제; (vi) 안티센스 올리고뉴클레오티드, 특히 비정상적인 세포 증식에서 연루된 신호전달 경로에서 유전자의 발현을 억제하는 것들, 예컨대, 예를 들어, PKC-알파, Ralf 및 H-Ras; (vii) 리보자임 예컨대 VEGF 발현 억제제 (예컨대, ANGIOZYME®) 및 HER2 발현 억제제; (viii) 백신 예컨대 유전자 요법 백신, 예를 들어, ALLOVECTIN®, LEUVECTIN®, 및 VAXID®; PROLEUKIN®, rIL-2; 토포이소머라제 1 억제제 예컨대 LURTOTECAN®; ABARELIX® rmRH; 및 (ix) 상기 중 임의의 약제학적으로 허용가능한 염, 산 및 유도체.
화학치료제는 또한 하기를 포함한다: 알렘투주맙(캄파스(Campath)), 베바시주맙(AVASTIN®, Genentech); 세툭시맙(ERBITUX®, Imclone); 파니투무맙(VECTIBIX®, Amgen), 리툭시맙(RITUXAN®, Genentech/Biogen Idec), 퍼투주맙(OMNITARG®, 2C4, Genentech), 트라스투주맙(HERCEPTIN®, Genentech), 토시투모맙(Bexxar, Corixia) 및 항체 약물 컨쥬게이트, 젬투주맙 오조가미신(MYLOTARG®, Wyeth). 본 발명의 화합물과 조합된 제제로서 치료적 잠재력을 갖는 추가의 인간화된 단클론성 항체는 하기를 포함한다: 아폴리주맙, 아셀리주맙, 아틀리주맙, 바피뉴주맙, 비바투주맙 메르탄신, 칸투주맙 메르탄신, 세델리주맙, 세르톨리주맙 페골, 시드푸시투주맙, 시드투주맙, 다클리주맙, 에쿨리주맙, 에팔리주맙, 에프라투주맙, 에를리주맙, 펠비주맙, 폰톨리주맙, 젬투주맙 오조가미신, 이노투주맙 오조가미신, 이필리무맙, 라베투주맙, 린투주맙, 마투주맙, 메폴리주맙, 모타비주맙, 모토비주맙, 나탈리주맙, 니모투주맙, 놀로비주맙, 누마비주맙, 오크렐리주맙, 오말리주맙, 팔리비주맙, 파스콜리주맙, 펙푸시투주맙, 펙투주맙, 펙셀리주맙, 랄리비주맙, 라니비주맙, 레슬리비주맙, 레슬리주맙, 레시비주맙, 로벨리주맙, 루플리주맙, 시브로투주맙, 시플리주맙, 손투주맙, 타카투주맙 테트락세탄, 타도시주맙, 탈리주맙, 테피바주맙, 토실리주맙, 토랄리주맙, 트라스투주맙, 투코투주맙 셀모류킨, 투쿠시투주맙, 우마비주맙, 유르톡사주맙, 우스테키누맙, 비실리주맙, 및 항-인터류킨-12 (예컨대, ABT-874/J695, Wyeth Research and Abbott Laboratories (인터류킨-12 p40 단백질을 인식하기 위하여 유전적으로 변형된 재조합 배타적 인간-서열, 전장 IgG1 λ 항체).
화학치료제는 또한 하기를 포함한다: “EGFR 억제제,” (EGFR에 결합하거나, 달리는 이에 직접 상호작용하고, 이의 신호전달 활성을 예방 또는 감소시키는 화합물로 지칭되고, 대안적으로 “EGFR 길항제”로 지칭됨). 상기 제제의 예시는 EGFR에 결합하는 항체 및 소분자를 포함한다. EGFR에 결합하는 항체의 예시는 하기를 포함한다: MAb 579 (ATCC CRL HB 8506), MAb 455 (ATCC CRL HB8507), MAb 225 (ATCC CRL 8508), MAb 528 (ATCC CRL 8509) (참고: 미국 특허 번호 4,943, 533, Mendelsohn et al.) 및 이의 변이체, 예컨대 키메라화된 225 (C225 또는 세툭시맙; ERBUTIX®) 및 재형상화된 인간 225 (H225) (참고: WO 96/40210, Imclone Systems Inc.); IMC-11F8, 완전 인간, EGFR-표적 항체 (Imclone); 유형 II 돌연변이체 EGFR에 결합하는 항체 (미국 특허 번호 5,212,290); 미국 특허 번호 5,891,996에 기재된, EGFR에 결합하는 인간화되고 키메라성인 항체; 및 EGFR에 결합하는 인간 항체, 예컨대 파니투무맙의 ABX-EGF (참고: WO98/50433, Abgenix/Amgen); EMD 55900 (Stragliotto et al. Eur. J. Cancer 32A:636-640 (1996)); EMD7200 (마투주맙) EGFR 결합 (EMD/Merck)을 위하여 EGF 및 TGF-알파 둘 모두와 경쟁하는 EGFR에 대하여 지향된, 인간화된 EGFR 항체; 및 인간 EGFR 항체, HuMax-EGFR (GenMab); 완전 인간 항체 (하기로 공지됨: E1.1, E2.4, E2.5, E6.2, E6.4, E2.11, E6 3 및 E7.6 3 그리고 하기에 기술됨: US 6,235,883); MDX-447 (Medarex Inc); 및 mAb 806 또는 인간화된 mAb 806 (Johns et al., J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004)). 항-EGFR 항체는 세포독성 제제와 콘주게이트되어 이로써 면역콘주게이트를 생성할 수 있다 (참고: 예를 들어 EP 659,439 A2, Merck Patent GmbH). EGFR 길항제는 하기를 포함한다: 하기에 기술된 화합물과 같은 소분자: 5,616,582, 5,457,105, 5,475,001, 5,654,307, 5,679,683, 6,084,095, 6,265,410, 6,455,534, 6,521,620, 6,596,726, 6,713,484, 5,770,599, 6,140,332, 5,866,572, 6,399,602, 6,344,459, 6,602,863, 6,391,874, 6,344,455, 5,760,041, 6,002,008, 및 5,747,498, 뿐만 아니라 하기의 PCT 공보: WO98/14451, WO98/50038, WO99/09016, 및 WO99/24037. 특정한 소분자 EGFR 길항제는 하기를 포함한다: OSI-774 (CP-358774, 에를로티닙, 타르세바 Genentech/OSI 의약품); PD 183805 (CI 1033, 2-프로펜아미드, N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-7-[3-(4-모폴리닐)프로폭시]-6-퀴나졸리닐]-, 디하이드로클로라이드, Pfizer Inc.); ZD1839, 게피티닙 (IRESSA®) 4-(3’-클로로-4’-플루오로아닐리노)-7-메톡시-6-(3-모폴리노프로폭시)퀴나졸린, AstraZeneca); ZM 105180 ((6-아미노-4-(3-메틸페닐-아미노)-퀴나졸린, Zeneca); BIBX-1382 (N8-(3-클로로-4-플루오로-페닐)-N2-(1-메틸-피페리딘-4-일)-피리미도[5,4-d]피리미딘-2,8-디아민, Boehringer Ingelheim); PKI-166 ((R)-4-[4-[(1-페닐에틸)아미노]-1H-피롤로[2,3-d]피리미딘-6-일]-페놀); (R)-6-(4-하이드록시페닐)-4-[(1-페닐에틸)아미노]-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘); CL-387785 (N-[4-[(3-브로모페닐)아미노]-6-퀴나졸리닐]-2-부틴아미드(butynamide); EKB-569 (N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-3-시아노-7-에톡시-6-퀴놀리닐]-4-(디메틸아미노)-2-부텐아미드) (Wyeth); AG1478 (Pfizer); AG1571 (SU 5271; Pfizer); 이중 EGFR/HER2 티로신 키나제 억제제 예컨대 라파티닙 (TYKERB®, GSK572016 또는 N-[3-클로로-4-[(3 플루오로페닐)메톡시]페닐]-6[5[[[2메틸설포닐)에틸]아미노]메틸]-2-푸라닐]-4-퀴나졸린아민).
화학치료제는 또한 하기를 포함할 수 있다: 티로신 키나제 억제제 (선행 단락에 주지된 EGFR-표적화된 약물 포함); 소분자 HER2 티로신 키나제 억제제 예컨대 TAK165 (Takeda로부터 이용가능함); CP-724,714, ErbB2 수용체 티로신 키나제의 경구 선택적 억제제 (Pfizer 및 OSI); 이중-HER 억제제 예컨대 EKB-569 (Wyeth로부터 이용가능함) (EGFR에 우선적으로 결합하지만 HER2 및 EGFR-과발현 세포 둘 모두를 억제함); 라파티닙 (GSK572016; Glaxo-SmithKline로부터 이용가능함), 경구 HER2 및 EGFR 티로신 키나제 억제제; PKI-166 (Novartis로부터 이용가능함); 팬(pan)-HER 억제제 예컨대 카네르티닙 (CI-1033; Pharmacia); Raf-1 억제제 예컨대 안티센스 제제 ISIS-5132 (Raf-1 신호전달을 억제하는 ISIS 의약품으로부터 이용가능함); 비-HER 표적화된 TK 억제제 예컨대 이마티닙 메실레이트 (GLEEVEC®, Glaxo SmithKline로부터 이용가능함); 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 예컨대 수니티닙 (SUTENT®, Pfizer로부터 이용가능함); VEGF 수용체 티로신 키나제 억제제 예컨대 바탈라닙 (PTK787/ZK222584, Novartis/Schering AG로부터 이용가능함); MAPK 세포외 조절된 키나제 I 억제제 CI-1040 (Pharmacia로부터 이용가능함); 퀴나졸린, 예컨대 PD 153035,4-(3-클로로아닐리노) 퀴나졸린; 피리도피리미딘; 피리미도피리미딘; 피롤로피리미딘, 예컨대 CGP 59326, CGP 60261 및 CGP 62706; 피라졸로피리미딘, 4-(페닐아미노)-7H-피롤로[2,3-d] 피리미딘; 쿠르쿠민 (디페룰로일 메탄, 4,5-비스 (4-플루오로아닐리노)프탈이미드); 타이르포스틴 (니트로티오펜 모이어티 함유); PD-0183805 (Warner-Lamber); 안티센스 분자 (예를 들면, HER-암호화 핵산에 결합하는 것들); 퀴녹살린 (미국 특허 번호 5,804,396); 트리포스틴 (미국 특허 번호 5,804,396); ZD6474 (Astra Zeneca); PTK-787 (Novartis/Schering AG); 팬(pan)-HER 억제제 예컨대 CI-1033 (Pfizer); 아피니탁 (ISIS 3521; Isis/Lilly); 이마티닙 메실레이트 (GLEEVEC®); PKI 166 (Novartis); GW2016 (Glaxo SmithKline); CI-1033 (Pfizer); EKB-569 (Wyeth); 세막시닙 (Pfizer); ZD6474 (AstraZeneca); PTK-787 (Novartis/Schering AG); INC-1C11 (Imclone), 라파마이신 (시롤리무스, RAPAMUNE®); 또는 하기 특허 공보 중 임의의 것에 기재된 것들: 미국 특허 번호 5,804,396; WO 1999/09016 (American Cyanamid); WO 1998/43960 (American Cyanamid); WO 1997/38983 (Warner Lambert); WO 1999/06378 (Warner Lambert); WO 1999/06396 (Warner Lambert); WO 1996/30347 (Pfizer, Inc); WO 1996/33978 (Zeneca); WO 1996/3397 (Zeneca) 및 WO 1996/33980 (Zeneca).
화학요법제는 덱사메타손, 인터페론, 콜히친, 메토프린, 사이클로스포린, 암포테리신, 메트로니다졸, 알레투주맙, 알리트레티노인, 알로푸리놀, 아미포스틴, 삼산화비소, 아스파라기나제, BCG 생균, 베바쿠지맙, 베사로틴, 클라드리빈, 클로파라빈, 다베포에틴 알파, 데니류킨, 덱스라족산, 에포에틴 알파, 엘로티닙, 필그라스팀, 히스트렐린 아세테이트, 이브리투모맙, 인터페론 알파-2a, 인터페론 알파-2b, 레날리도미드, 레바미졸, 메스나, 메톡살렌, 난드롤론, 넬라라빈, 노페투모맙, 오프렐베킨, 팔리페르민, 파미드로네이트, 페가데마제, 페가스파가제, 페그필그라스팀, 페메트렉세드 디소듐, 플리카마이신, 포르피머 소듐, 퀴나크린, 라스부리카제, 사르그라모스팀, 테모졸로미드, VM-26, 6-TG, 토레미펜, 트레티노인, ATRA, 발루비신, 졸레드로네이트 및 졸레드론산 및 이들의 약학적으로 허용가능한 염을 포함한다.
"백금-기반 화학치료제" 또는 "플라틴"은 백금의 배위 착물인 항신생물성 약물을 의미한다. 백금-기반 화학치료제의 예는 카보플라틴, 시스플라틴, 사트라플라틴, 피코플라틴, 네다플라틴, 트라이플라틴, 리포플라틴, 및 옥살리플라티늄을 포함한다.
"백금-기반 화학요법"은 임의로 하나 이상의 다른 화학치료제와 조합한, 하나 이상의 백금-기반 화학치료제로의 요법을 의미한다.
"효과기 기능"은 항체의 Fc 영역에 기인할 수 있는 생물학적 활성을 나타내며, 이것은 항체 이소형에 따라 변한다. 항체 효과기 기능의 실례에는 하기가 포함된다: C1q 결합 및 보체 의존적 세포독성 (CDC); Fc 수용체 결합; 항체-의존적 세포-매개된 세포독성 (ADCC); 식균작용; 세포 표면 수용체의 하향 조절 (예를 들면, B 세포 수용체); 및 B 세포 활성화.
암의 유형에서(또는 암 유형에서, 여기서 상기 "암 유형"은 암성 세포 (예를 들면, 종양 세포, 종양 조직)뿐만 아니라 암성/종양 환경을 둘러싸는 비-암성 세포 (예를 들면, 기질 세포, 기질 조직)를 포함하는 것을 의미함) 기질 표지 유전자에 대한 중간 발현 수준보다 높은 수준으로 기질 표지 유전자를 "발현하는 것으로 측정된" 또는 "발현하는" 샘플, 세포, 종양, 또는 암은 기질 표지 유전자의 발현 수준이 그 유형의 암에 대해 숙련된 사람에게 "높은 기질 표지 유전자 발현 수준"인 것으로 고려되는 것이다. 일반적으로, 그와 같은 수준은 동일한 암 유형의 샘플, 세포, 종양, 또는 암의 집단에서 기질 표지 유전자 수준에 대하여 약 50%부터 최대 약 100%까지 또는 그 이상 (예를 들면, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 또는 그 이상)의 범위로 될 것이다. 예를 들면 중간 발현 수준에 도달하는데 사용된 집단은 일반적으로 난소암 샘플, 또는 이들의 하위군들, 예컨대 화학요법-내성 난소암, 백금-내성 난소암, 뿐만아니라 진행성, 난치성, 또는 재발성 난소암 샘플일 수 있다.
특정한 바이오마커 (예를 들면, 하나 이상의 기질 표지 유전자, 예를 들면, POSTN)에 참조로 사용된, "암이 발현하는 또는 발현하는 것으로 측정된" 또는 "암이 발현하는"은 진단 시험, 임의의 본 명세서에서 기재된 검출 방법, 또는 유사한 것을 사용하여 측정된 것으로, 종양-관련된 세포 (예를 들면, 종양-관련된 기질 세포, 예컨대 종양-관련된 섬유아세포)인, 암-관련된 생물학적 환경에서 바이오마커(들) (예를 들면, 하나 이상의 기질 표지 유전자, 예를 들면, POSTN)의 발현(예를 들면, 종양 세포에서 바이오마커(들)의 발현)을 의미한다. 예를 들면, POSTN의 발현은 총 페리오스틴 또는 총 POSTN 검정을 사용하여 측정될 수 있다. 용어 "총 POSTN 검정"은 생물학적 샘플에서 총 POSTN의 수준을 측정하는 검정을 지칭한다. 일 구현예에서, 총 POSTN 수준은 항-POSTN 항체를 사용하여 측정된다. 또 다른 구현예에서, 항-POSTN 항체는 본원에 기술된 항-POSTN 항체이다. 또 다른 예에서, 총 POSTN 수준은 POSTN 동형체 1-4를 암호화하는 mRNA에 대해 하나 이상의 핵산 서열 안티센스를 사용하여 측정된다. 일부 구현예에서, 총 POSTN 검정은 (1) 서열 서열 번호: 1 및 서열 번호: 2를 포함하는 항체 ("25D4" 항체) 및/또는 생물학적 샘플에서 POSTN에 결합하는 서열 번호: 3 및 서열 번호: 4의 서열을 포함하는 항체 ("23B9" 항체), (2) 가변 영역 서열 서열 번호: 1 및 서열 번호: 2를 포함하는 항체 및/또는 생물학적 샘플에서 POSTN에 결합하는 서열 번호: 3 및 서열 번호: 4의 가변 영역 서열을 포함하는 항체, (3) 서열 번호: 1 및 서열 번호: 2의 HVR 서열을 포함하는 항체 및/또는 생물학적 샘플에서 POSTN에 결합하는 서열 번호: 3 및 서열 번호: 4의 HVR 서열을 포함하는 항체, (4) 서열 번호: 1 및 서열 번호: 2의 HVR 서열에 95% 이상 동일한 HVR 서열을 포함하는 항체 및/또는 서열 번호: 3 및 서열 번호: 4의 HVR 서열에 95% 이상 동일한 HVR 서열을 포함하는 항체의 사용을 포함한다.
본원에서 용어 "Fc 영역"은 적어도 불변 영역의 일부를 함유하는 면역글로불린 중쇄의 C-말단 영역을 정의하는데 사용된다. 상기 용어는 원상태 서열 Fc 영역 및 변이체 Fc 영역을 포함한다. 일 구현예에서, 인간 IgG 중쇄 Fc 영역은 중쇄의 Cys226 또는 Pro230으로부터 카복실-말단까지 연장된다. 그러나, Fc 영역의 C-말단 라이신 (Lys447)은 존재할 수 있거나 또는 존재하지 않을 수 있다. 본원에서 달리 특정되지 않으면, Fc 영역 또는 불변 영역 내에 아미노산 잔기의 넘버링은 하기에서 설명된 바와 같이, EU 인덱스로 불리는 EU 넘버링 시스템에 따른다: Kabat et al, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991.
본원에서 치료제의 "고정된" 또는 "변동없는" 용량은 환자의 중량 (WT) 또는 체표면적 (BSA)을 고려하지 않고 인간 환자에 투여된 용량을 지칭한다. 고정된 또는 변동없는 용량은 따라서 mg/kg 용량 또는 mg/m2 용량으로서 제공되지 않지만, 오히려 치료제의 절대적인 양으로서 제공된다.
"프레임워크" 또는 "FR"은 초가변 영역 (HVR) 잔기 이외의 가변 도메인 잔기를 지칭한다. 가변 도메인의 FR은 일반적으로 4가지 FR 도메인으로 구성된다: FR1, FR2, FR3, 및 FR4. 따라서 HVR과 FR 서열은 일반적으로 VH (또는 VL)에서 하기 순서로 출현한다: FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4.
용어 "전장 항체", "무손상 항체" 및 "전체 항체"는 천연 항체 구조와 실질적으로 유사한 구조를 갖거나 본원에 정의된 바와 같은 Fc 영역을 함유하는 중쇄를 갖는 항체를 나타내기 위해 상호교환 가능하게 본원에서 사용된다.
"인간 항체"는 인간 또는 인간 세포에 의해 생산되거나 인간 항체 레퍼토리 또는 기타의 인간 항체-암호화 서열을 사용하는 비-인간 공급원으로부터 유도되는 항체의 아미노산 서열에 상응하는 아미노산 서열을 보유하는 것이다. 인간 항체의 이러한 정의는 특이적으로 비인간 항원-결합 잔기를 포함하는 인간화 항체를 배제한다.
“인간 공통 프레임워크”는 인간 면역글로불린 VL 또는 VH 프레임워크 서열의 선택에서 가장 통상적으로 존재하는 아미노산 잔기를 나타내는 프레임워크이다. 일반적으로, 인간 면역글로불린 VL 또는 VH 서열의 선택은 가변 도메인 서열의 서브그룹으로부터이다. 일반적으로, 서열의 하위그룹은 하기에서의 것과 같다: Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991), vols. 1-3. 일 구현예에서, VL에 대해, 하위그룹은 Kabat et al, 상기에서와 같이 하위그룹 카파 I이다. 일 구현예에서, VH에 대해, 하위그룹은 Kabat et al., 상기에서와 같이 하위그룹 III이다.
"인간화" 항체는 비인간 HVR로부터 아미노산 잔기 및 인간 FR로부터 아미노산 잔기를 포함하는 키메라성 항체를 지칭한다. 특정 구현예에서, 인간화 항체는 적어도 1개, 및 전형적으로 2개의 가변 도메인의 실질적으로 모두를 포함할 것이고, 여기에서 HVR (예를 들면, CDR)의 실질적으로 모두는 비인간 항체의 것에 일치하고, 그리고 FR의 모두 또는 실질적으로 모두는 인간 항체의 것에 일치한다. 인간화 항체는 임의로 인간 항체로부터 유도된 항체 불변 영역의 적어도 일부를 포함할 수 있다. 항체, 예를 들면, 비인간 항체의 "인간화 형태"는 인간화처리되는 항체를 지칭한다.
본원에서 사용된 용어 "초가변 영역", "HVR"은 서열이 초가변성이고/이거나 구조적으로 정의된 루프 ("초가변 루프")를 형성하는 항체-가변 도메인 영역을 나타낸다. 일반적으로, 천연 4-쇄 항체는 6 개의 HVR; VH에 3 개(H1, H2, H3), 및 VL에 3 개(L1, L2, L3)를 포함한다. HVR은 일반적으로 초가변 루프 및/또는 상보성 결정 영역 (CDR) 유래의 아미노산 잔기를 포함하며, 상기 중 후자는 전형적으로 가장 높은 서열 가변성을 갖고/갖거나 항원 인식을 수반한다. 본 명세서에서 사용된 바와 같은 HVR 영역은 위치 24-36 (HVRL1에 대해), 46-56 (HVRL2에 대해), 89-97 (HVRL3에 대해), 26-35B (HVRH1에 대해), 47-65 (HVRH2에 대해), 및 93-102 (HVRH3에 대해) 내에 위치한 임의의 수의 잔기를 포함한다.
"면역콘주게이트"는 세포독성제를 포함하지만 이에 제한되지 않는 하나 이상의 이종성 분자(들)에 콘주게이트된 항체이다.
용어 "면역조절제"는 면역 반응을 유도, 증진 또는 억제하는 제제를 지칭한다. 면역 반응을 유도하거나 또는 증폭하도록 설계된 면역조절제는 활성화 면역조절제이다. 면역 반응을 감소하거나 또는 억제하도록 설계된 면역조절제는 억제 면역조절제이다. 예를 들면, 억제 면역조절제는 TDO2, CD36, GZMK, CD247, CD1C, CSF1R, IDO1, IL7R, 또는 CCR7 길항제일 수 있다. 용어 “길항제”는 가장 광범위한 의미로 사용되고, 천연 폴리펩티드의 생물학적 활성을 부분적으로 또는 완전하게 차단, 억제, 또는 중화하는 임의의 분자를 포함한다. 이러한 제제 (예를 들면, 길항제)는 폴리펩티드(들) (예를 들면, 항체, 예컨대 항-CSF1R 항체 (RG7155), 면역부착소 또는 펩티바디), 단백질에 결합할 수 있는 앱타머 또는 소분자, 또는 면역계의 세포 (예를 들면, T 효과기 세포, T 조절 세포, B 세포, NK 세포, 염증 세포, 항원 제시 세포 (예를 들면, 수지상 세포, 대식세포), 등)를 직접적으로 또는 간접적으로 표적하는 본 명세서에서 식별된 표적을 암호화하는 핵산 분자 (즉, siRNA)에 결합할 수 있는 핵산 분자를 포함한다. 일부 구현예에서, 면역조절제는 면역 세포의 활성에 영향을 미치도록 면역계의 세포 상 수용체에 특이적으로 결합할 수 있다. 다른 구현예에서, 면역조절제 표적 유전자는 면역 신호전달 경로에 포함되고 및/또는 면역 세포의 활성을 조절한다.
"단일체" 또는 "개체"는 포유동물이다. 포유동물에는 가축 (가령, 소, 양, 고양이, 개, 그리고 말), 영장류 (가령, 인간과 비-인간 영장류, 예를 들면, 원숭이), 토끼, 그리고 설치류 (가령, 생쥐와 쥐)가 포함되지만 이들에 국한되지 않는다. 특정 구현예에서, 개체 또는 대상체는 인간이다.
"단리된" 항체는 그 자연 환경의 성분으로부터 분리되는 것이다. 일부 구현예에서, 항체는 다음 기술에 의한 측정시 95% 또는 99% 초과의 순도로 정제된다: 예를 들어, 전기영동 (예를 들어, SDS-PAGE, 등전점 포커싱 (IEF), 모세관 전기영동) 또는 크로마토그래피(예를 들어, 이온 교환 또는 역상 HPLC). 항체 순도의 평가를 위한 방법의 검토를 위해, 예를 들면, 문헌[참조: Flatman et al., J. Chromatogr. B 848:79-87 (2007).
"단리된" 핵산은 그 자연 환경의 성분으로부터 분리되는 핵산 분자를 지칭한다. 단리된 핵산은 핵산 분자를 원래 함유하는 세포에 함유된 핵산 분자를 포함하지만, 핵산 분자는 염색체외에 또는 이의 자연 염색체 위치와는 다른 염색체 위치에 존재한다.
"항-표적 항체를 암호화하는 단리된 핵산"은 항체 중쇄 및 경쇄 (또는 이의 단편)를 암호화하는 하나 이상의 핵산 분자를 이러한 핵산 분자(들)를 단일 벡터 또는 별도의 벡터로 포함하여 나타내며, 이러한 핵산 분자(들)는 숙주 세포의 하나 이상의 위치에 존재한다.
"부하" 용량은 본원에서 일반적으로 환자에 투여된 치료제의 초기 용량을 포함하고, 그 다음 그의 하나 이상의 유지 용량(들)이다. 일반적으로, 단일 부하 용량이 투여되지만, 다중 부하 용량이 본원에서 고려된다. 보통, 투여된 부하 용량(들)의 양은 투여된 유지 용량(들)의 양을 초과하고/하거나 부하 용량(들)은 유지 용량(들) 보다 더 자주 투여되어, 유지 용량(들)로 달성될 수 있는 것보다 더 초기에 치료제의 원하는 정상상태 농도를 달성한다.
본원에서의 "유지” 투여 또는 “연장된” 투여는 치료 시기에 걸쳐 환자에 투여되는 치료 제제의 하나 이상의 투여를 지칭한다. 보통, 상기 유지 용량은 치료 간격을 두고, 예컨대 대략 1주, 대략 2주, 대략 3주, 또는 대략 4주 간격으로 투여된다.
본원에서 사용된 바와 같이 용어 "단클론성 항체"는 실질적으로 균질 항체의 모집단으로부터 수득된 항체를 지칭한다, 즉, 모집단을 포함하는 개별 항체는, 예를 들면, 천연 발생 돌연변이를 함유하거나 또는 단클론성 항체 제제의 생산 동안 발생하는 가능한 변이체 항체 (상기 변이체는 일반적으로 소량으로 존재한다)를 제외하고, 상동하고/하거나 상동한 에피토프를 결합한다. 전형적으로 상이한 결정인자 (에피토프)에 대하여 유도된 상이한 항체를 포함하는 다클론성 항체와 대조로, 단클론성 항체 제제의 각각의 단클론성 항체는 항원에서 단일 결정인자에 대해서 유도된다. 따라서, 수식어 "단클론성"은 항체의 실질적으로 이종인 개체군으로부터 수득되는 항체의 특징을 나타내며, 특정 방법에 의한 항체의 생산을 필요로 하는 것으로 해석되어서는 안된다. 예를 들면, 본원에 제공된 방법에 따라 사용되는 단클론성 항체는 혼성세포 방법, 재조합 DNA 방법, 파아지-디스플레이 방법, 및 인간 면역글로불린 유전자좌의 전부 또는 일부를 함유하는 형질전환 동물을 사용하는 방법을 포함하지만 이에 제한되지 않는 각종 기술들에 의해 제조될 수 있으며, 이러한 방법 및 단클론성 항체를 제조하기 위한 기타의 예시적인 방법들이 본원에 기재되어 있다.
"네이키드 항체(naked antibody)"는 이종 잔기(예컨대, 세포독성 모이어티) 또는 방사성 표지에 콘주게이트되지 않은 항체를 지칭한다. 네이키드 항체는 약제학적 제형에 존재할 수 있다.
"천연 항체"는 다양한 구조를 갖는 천연 발생 면역글로불린 분자를 지칭한다. 예를 들면, 천연 IgG 항체는 디설파이드 결합된 두 개의 동일한 경쇄 및 두 개의 동일한 중쇄로 이루어진, 약 150,000 달톤의 이질사량체성 당단백질이다. N-말단에서 C-말단으로, 각 중쇄는 가변 중쇄 도메인 또는 중쇄 가변 도메인으로도 불리는 가변 영역(VH)에 이어 세 개의 불변 도메인(CHI, CH2, 및 CH3)을 갖는다. 유사하게, N-말단에서 C-말단으로, 각 경쇄는 가변 경쇄 도메인 또는 경쇄 가변 도메인으로도 불리는 가변 영역(VL)에 이어 불변(CL) 도메인을 갖는다. 항체의 경쇄는, 이의 불변 도메인의 아미노산 서열에 기초하여, (κ) 및 람다 (λ)라고 불리는 두 가지 타입 중의 하나에 할당될 수 있다.
본 발명에 따른 어구 "을 앓는 환자"는 암 (예를 들면, 산부인과계 암 (예를 들면, 난소, 복막, 나팔관, 자궁경부, 자궁내막, 질, 또는 외음부암) 또는 유방암 (예를 들면, 전이성 MBC; 또한 아래 참고))의 임상 징후를 나타내는 환자를 지칭한다. 암의 맥락에서 어구 "에 민감한" 또는 "하는 경향이 있는"은 예를 들면, 가능한 유전적 소인, 위험한 및/또는 발암원성 화합물에 사전- 또는 최종적인 노출, 또는 발암원성 물리적 위험, 예컨대 방사선에 노출에 기반한 환자에서 징후 질환을 지칭한다.
"환자 반응" 또는 "반응" (및 이들의 문법적 변형체)는, 비제한적으로, (1) 늦춤 및 완벽한 억제를 포함하는 질환 진행의 어느 정도까지의 억제; (2) 질환 발병 및/또는 증상의 수에서의 감소; (3) 병변 크기의 감소; (4) 인접한 주변 기관 및/또는 조직으로의 질병 세포 침윤의 억제 (즉, 감소, 늦춤 또는 완벽한 정지); (5) 질환 전파의 억제 (즉, 감소, 늦춤 또는 완벽한 정지); (6) 질환 병변의 퇴행 또는 제거를 초래할 수 있지만 반드시 그렇지는 않은 자가-면역 반응의 감소; (7) 장애와 관련된 하나 이상의 증상의 어느 정도까지의 완화; (8) 치료 후 무-질환 제시의 기간에서의 증가; 및/또는 (9) 치료 후 주어진 시점에서의 감소된 사망률을 포함하여, 환자에 대한 이점을 나타내는 임의의 종료점을 사용하여 평가될 수 있다.
“방사선 요법”이란, 세포를 정상적으로 기능하게 하거나 전적으로 파괴하기 위한 그것의 능력을 제한하기 위해 충분한 손상을 세포에 도입하기 위한 지향된 감마선 또는 베타선의 사용을 의미한다. 치료의 투여량 또는 기간을 측정하기 위하여 본 분야에서 많은 방법이 있을 것이라는 것이 고려된다. 전형적인 치료를 1회성 투여로 실시하였으며, 전형적인 투여량은 1일 당 10 내지 200 단위 (Grays)의 범위이다.
용어 “소분자”는 50 돌턴 내지 2500 돌턴의 분자량을 갖는 유기 분자를 지칭한다.
용어들 "기질 표지 유전자", "기질 유전자 표지", 및 "기질 표지"는 표 1-4에 제시된 유전자의 하나, 표 1-4에 제시된 유전자의 조합, 또는 이들 유전자의 하위-조합을 지칭하고, 이들 유전자 발현 패턴은 암 화학요법 내성과 상호관련된다. 기질 표지의 각 개별적인 유전자는 "기질 표지 유전자"이다. 이러한 유전자는 하기를 포함한다: POSTN, LOX, BGN, FGF1, TIMP3, FN1, FAP, ANGPTL2, ACTA2, MMP11, RBP4, CD36, PLVAP, PECAM1, GZMK, CD247, ABCC9, PCOLCE, CD1C, MS4A1, CD44, PMEPA1, IL7R, FBLN1, TWIST1, ID1, RAC2, GFRA1, CCR7, MAN1A1, EVI2A, PTPRC CD45RA, FCRL5, NNMT, CD27, SLA, ESR2, KLK7, KLK6, MUC1, DTX4, FGFR4, TSPAN8, ESR1, KRT18, FUT2, HOXD10, EXO1, INADL, IGFBP2, MYCN, ERBB3, TMEM45B, PROM1, NCAM1, MKI67, CDH3, LY6E, TJP3, SLC7A11, BNIP3, PRAME, ESM1, VTCN1, CCL28, TDO2, NUAK1, COL4A1, ABCB9, RB1, ANXA1, FOXO1, PGR, 및 ALPP.
"기질-표적화된 제제"는 종양 기질 (예를 들면, 섬유아세포, 내피 세포, 혈관주위세포, 백혈구, 세포외 기질, 등)의 성분을 직접적으로 또는 간접적으로 표적하는 제제를 의미한다. 기질-표적화된 제제는, 예를 들면, 표적 유전자 또는 그것이 암호화하는 단백질에 결합하거나 그의 활성에 영향을 미침에 의해 본 명세서에서 제시된 기질 표지 유전자 중 임의의 하나 유전자의 활성에 직접적으로 또는 간접적으로 영향을 미칠 수 있다. 기질-표적화된 제제는 또한 본 명세서에서 제시된 바와 같은 기질 표지의 임의의 하나의 유전자 (또는 상응하는 폴리펩티드)의 활성에 영향을 미침이 없이 상이한 방식으로 종양 기질을 표적할 수 있다. 이러한 제제는, 예를 들면, 소분자, 앱타머, 폴리펩티드 (예를 들면, 면역부착소, 항체, 펩티바디, 및 펩티드를 포함함), 및 RNA 치료제 (예를 들면, 작은 간섭 RNA (siRNA), 마이크로 RNA (miRNA), 안티-센스 올리고뉴클레오티드, 및 입체-차단 올리고뉴클레오티드를 포함함)를 포함할 수 있다.
"생존율"은 살아남은 상기 환자를 가리키며, 전체 생존율뿐만 아니라 무진행 생존율을 포함한다.
“전체 생존”은 환자가 규정된 시기 동안, 진단 또는 치료 시부터 1 년, 5 년 등, 생존을 유지하는 것을 나타낸다.
본 발명의 맥락에서 어구 "무진행 생존"은 치료 의사 또는 조사자의 평가에 따라, 환자의 질환이 더 나빠지지 않는, 즉 진행하지 않는 치료 동안 및 치료 후 시간의 길이를 지칭한다. 숙련가가 인지하는 바와 같이, 환자의 무진행 생존은 환자가 유사한 상황 환자의 대조군의 평균 또는 중간 무진행 생존 시간과 비교하여 질환이 진행되지 않는 더 긴 시간을 경험하는 경우, 개선되거나 향상된다.
"연장된 생존"은 치료되지 않은 환자에 비해 (즉, 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제, 예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙)로 치료되지 않은 환자에 대해, 또는 지정된 수준으로 기질 표지 유전자를 발현하지 않는 환자에 대해, 및/또는 화학요법-민감성인 (예를 들면, 임의의 본 명세서에서 기재된) 화학치료제로 처리된 환자에 대해) 치료된 환자에서 전체 또는 무진행 생존 증가를 의미한다.
본 명세서에서 "진료의 표준"은 특정한 형태의 암을 치료하기 위해 일상적으로 사용되는 항종양 제제 또는 제제들로 의도된다. 예를 들면, 백금-내성 난소암에 대한 진료의 표준은 카보플라틴 및 파클리탁셀의 조합이다.
용어 "치료적 유효량” 또는 “유효량”은 환자에서 암을 치료하는데 유효한 약물의 양을 지칭한다. 유효량의 약물은 암 세포수를 감소시키고/시키거나; 종양 크기를 감소시키고/시키거나; 말초 장기로의 암 세포 침윤을 억제(즉, 어느 정도 느리게 하거나 바람직하게는 정지)하고/하거나; 종양 전이를 억제(즉, 어느 정도 느리게 하거나 바람직하게는 정지)하고/하거나; 종양 성장을 어느 정도로 억제하고/하거나; 암과 관련된 하나 이상의 증상을 어느 정도로 완화시킬 수 있다. 약물이 현존하는 암세포를 성장을 방지 및/또는 죽일 수 있는 정도에서, 이것은 세포증식억제성 및/또는 세포독성일 수 있다. 유효한 양은 (예를 들면 고형 종양, RECIST, 또는 CA-125 변화에 대하여 반응 평가 기준에 의해 측정된 바와 같이) 무진행 생존을 연장할 수 있고, 객관적 반응을 초래할 수 있고/있거나 (부분 반응, PR, 또는 완전 반응, CR을 포함), (예를 들면 FOSI에 의해 평가된 바와 같이) 암의 하나 이상의 증상을 개선할 수 있다. 가장 바람직하게는, 치료적 유효량의 약물은 무진행 생존 (PFS) 및/또는 전체 생존율 (OS)을 개선하기에 유효하다.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "총 페리오스틴 (POSTN)"은 페리오스틴의 적어도 동형체 1, 2, 3 및 4를 지칭한다. 하기 아미노산 서열을 포함하는 인간 POSTN 이소형 1, 2, 3 및 4는 본 분야에 공지되어 있다: NP 006466.2; NP 001129406.1, NP 001129407.1, 및 NP 001129408.1, 각각, (NCBI 데이터베이스에 따름 (서열 번호: 19-22 (US 2012/0156194), 이들 각각은 본원에서 이러한 서열 및 서열 번호: 23과 연결하여 참조로 편입됨). POSTN의 추가의 형태는 US 2012/0156194에 기재되어 있다. 이 동형체는 본 명세서에서 "동형체 5"로 지칭되고 그리고 부분적으로 서열분석되었다. 이소형 5는 US 2012/0156194의 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함한다. 일 구현예에서, POSTN의 동형체는 인간 POSTN들이다. 추가 구현예에서, 용어 총 POSTN은 동형체 1-4에 부가하여 인간 POSTN의 동형체 5를 포함한다. 또 다른 구현예에서, 총 POSTN은 총 혈청 POSTN 또는 총 플라즈마 POSTN (즉, 각각 전혈로부터 수득된 혈청 샘플 또는 전혈로부터 수득된 혈장 샘플로부터의 총 POSTN, 상기 전혈은 환자 수득됨)이다.
용어 "페리오스틴 (POSTN) 항체" 또는 "항-POSTN 항체"는 POSTN의 동형체에 결합하는 항체를 지칭한다. 일 구현예에서, POSTN는 인간 POSTN이다. 일 구현예에서, 항체는 서열 서열 번호: 1 및 서열 번호: 2 ("25D4" 항체)를 포함하거나 또는 서열 번호: 3 및 서열 번호: 4 ("23B9" 항체)의 서열을 포함한다. 또 다른 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 1 및 서열 번호: 2의 가변 영역 서열 및 서열 번호: 3 및 서열 번호: 4의 가변 영역 서열. 또 다른 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 1 및 서열 번호: 2의 HVR 서열 및 서열 번호: 3 및 서열 번호: 4의 HVR 서열. 또 다른 구현예에서, 상기 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 1 및 서열 번호: 2의 HVR 서열과 95% 이상 동일한 HVR 서열 및/또는 서열 번호: 3 및 서열 번호: 4의 HVR 서열에 95% 이상 동일한 HVR 서열.
본원에 사용된 바와 같이, "치료"는 치료받는 개체 또는 세포의 자연스러운 과정을 변경하려는 시도에서의 임상적 처치를 나타내며, 예방을 위해 또는 임상 병리 경과 동안 수행될 수 있다. 바람직한 치료 효과에는 하기를 포함한다: 질환 발생 또는 재발의 방지, 증상의 완화, 질환의 임의의 직접적 또는 간접적 병리 결과의 약화, 질환 진행 속도의 감소, 질환 상태의 개선 또는 경감, 및 차도 또는 향상된 예후. 일부 구현예에서, 본 발명의 방법 및 조성물은 질환 또는 장애의 진행을 지연하기 위한 시도에 유용하다.
용어 "가변 영역" 또는 "가변 도메인"은 항체를 항원에 결합시키는데 관여하는 항체 중쇄 또는 경쇄의 도메인을 나타낸다. 천연 항체의 중쇄 및 경쇄 (각각 VH 및 VL)의 가변 도메인은 일반적으로 유사한 구조를 갖고, 각각의 도메인은 4개의 보존된 프레임워크 영역(FR) 및 3개의 초가변 영역(HVR)을 포함한다. (참고, 예를 들면, Kindt et al. Kuby Immunology, 6th ed., W.H. Freeman and Co., page 91 (2007).) 단일 VH 또는 VL 도메인은 항원 결합 특이성을 부여하기에 충분할 수 있다. 더욱이, 특정 항원에 결합하는 항체는 항원에 결합하여 각각 상보성 VL 또는 VH 도메인의 라이브러리를 선별하는 항체로부터 VH 또는 VL 도메인을 사용하여 단리될 수 있다. 참고: 예를 들면, Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993); Clarkson et al, Nature 352:624-628 (1991).
"VEGF 길항제" 또는 "VEGF-특이적 길항제"는, 비제한적으로, 하나 이상의 VEGF 수용체에 결합하는 VEGF, VEGF 신호전달, 및 VEGF 매개된 혈관신생 및 내피 세포 생존 또는 증식을 포함하여, VEGF에 결합할 수 있고, VEGF 발현 수준을 감소하거나 또는 VEGF 생물학적 활성을 중화, 차단, 억제, 소거, 감소 또는 방해하는 분자를 지칭한다. 예를 들면, VEGF 생물학적 활성을 중화, 차단, 억제, 소거, 감소 또는 방해하는 분자는 하나 이상의 VEGF 수용체 (VEGFR) (예를 들면, VEGFR1, VEGFR2, VEGFR3, 막-결합 VEGF 수용체 (mbVEGFR), 또는 가용성 VEGF 수용체 (sVEGFR))에 결합함에 의해 그것의 효과를 발휘할 수 있다. 본 발명의 방법에 유용한 VEGF-특이적 길항제로서 포함되는 것은, VEGF에 특이적으로 결합하여 하나 이상의 수용체, 융합 단백질(예컨대, VEGF-트랩(Trap)(리제네론(Regeneron)) 및 VEGF121-겔로닌(gelonin)(페레그린(Peregrine))과의 결합을 격리시키는 VEGF, 항-VEGF 항체 및 이들의 항원-결합 단편에 특이적으로 결합하는 폴리펩티드이다. VEGF-특이적 길항제는 또한 VEGF 폴리펩티드의 길항제 변이체, VEGF 폴리펩티드를 암호화하는 적어도 핵산 분자의 단편에 상보적인 안티센스 핵염기 올리고머; VEGF 폴리펩티드를 암호화하는 적어도 핵산 분자의 단편에 상보적인 작은 RNA; VEGF를 표적하는 리보자임; VEGF에 대한 펩티바디; 및 VEGF 앱타머를 포함한다. VEGF 길항제는 또한 VEGFR, 항-VEGFR 항체, 및 항원-결합 그것의 단편에 결합하는 폴리펩티드, 및 VEGFR에 결합하고 그렇게 함으로써 VEGF 생물학적 활성 (예를 들면, VEGF 신호전달)을 차단, 억제, 소거, 감소 또는 방해하는 유도체, 또는 융합 단백질을 포함한다. VEGF-특이적 길항제는 또한 VEGF 또는 VEGFR에 결합하고 그리고 VEGF 생물학적 활성을 차단, 억제, 소거, 감소 또는 방해할 수 있는 비펩티드 소분자를 포함한다. 따라서, 용어 "VEGF 활성"은 특이적으로 VEGF의 VEGF 매개된 생물학적 활성을 포함한다. 특정 구현예에서, VEGF 길항제는 VEGF의 발현 수준 또는 생물학적 활성을, 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상 만큼 감소시키거나 억제한다. 일부 구현예에서, VEGF-특이적 길항제에 의해 억제되는 VEGF는 VEGF(8-109), VEGF(1-109) 또는 VEGF165이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이 VEGF 길항제는, 비제한적으로, 항-VEGFR2 항체 및 관련된 분자 (예를 들면, 라무시루맙, 타니비루맙, 아플리베르셉트), 항-VEGFR1 항체 및 관련된 분자 (예를 들면, 이크루쿠맙, 아플리베르셉트 (VEGF 트랩-아이(Trap-Eye); EYLEA®), 및 ziv-아플리베르셉트 (VEGF 트랩(Trap); ZALTRAP®)), 이중특이적 VEGF 항체 (예를 들면, MP-0250, 바누시주맙 (VEGF-ANG2), 및 US 2001/0236388에 개시된 이중특이적 항체), 항-VEGF, 항-VEGFR1, 및 항-VEGFR2 아암 중 둘의 조합을 포함하는 이중특이적 항체, 항-VEGFA 항체 (예를 들면, 베바시주맙, 세바시주맙), 항-VEGFB 항체, 항-VEGFC 항체 (예를 들면, VGX-100), 항-VEGFD 항체, 및 비펩티드 소분자 VEGF 길항제 (예를 들면, 파조파닙, 악시티닙, 반데타닙, 스티바가, 카보잔티닙, 렌바티닙, 닌테다닙, 오란티닙, 텔라티닙, 도비티니그, 세디라닙, 모테사닙, 설파티닙, 아파티닙, 포레티닙, 파미티닙, 및 티보자닙)를 포함할 수 있다.
“항-VEGF 항체"는 충분한 친화도 및 특이성이 있는 VEGF와 결합하는 항체이다. 특정 구현예에서, 항체는 일반적으로 VEGF에 대한 충분히 강한 결합 친화도를 가질 것이며, 예를 들어, 상기 항체는 100 nM 내지 1 pM 사이의 Kd 값을 갖는 hVEGF와 결합할 수 있다. 항체 친화도는, 예를 들면 표면 플라즈몬 공명 기반 분석(예컨대 PCT 출원 공보 번호 WO2005/012359에 기재된 BIAcore 분석); 효소-결합 면역흡착제 분석(ELISA); 및 경쟁 분석(예를 들면 RIA)에 의해 측정될 수 있다.
특정 구현예에서, 항-VEGF 항체는 질병 또는 질환을 표적으로 삼을 때 및 방해할 때 치료 제제로서 사용될 수 있되, VEGF 활성이 수반된다. 또한 상기 항체는 예컨대, 치료로서 효과성을 평가하기 위해 기타 생물학적 활성 분석을 받을 수 있다. 이와 같은 분석은 당해기술에 알려져 있고 표적 항원 및 상기 항체에 대한 의도된 사용에 의존한다. 예시는 하기를 포함한다: HUVEC 억제 분석; 종양 세포 성장 억제 분석(예를 들어 WO 89/06692에 기술된 바와 같음); 항체-의존 세포 세포독성(ADCC) 및 보완-매개 세포독성(CDC) 분석(미국 특허 번호 5,500,362); 및 작용적 활성 또는 조혈 검정 (WO 95/27062 참고). 항-VEGF 항체는 일반적으로 다른 VEGF 상동체, 예컨대 VEGF-B 또는 VEGF-C, 또는 기타 다른 성장 인자, 예컨대 P1GF, PDGF 또는 bFGF와 결합하지 않는다. 일 구현예에서, 항-VEGF 항체는 혼성세포(hybridoma) ATCC HB 10709에 의해 생산된 단클론성 항-VEGF 항체 A4.6.1과 동일한 에피토프에 결합하는 단클론성 항체이다. 또 다른 구현예에서, 항-VEGF 항체는 하기에 따라 생성된 재조합 인간화 항-VEGF 단클론성 항체이다: Presta et al. (1997) Cancer Res. 57:4593-4599, 비제한적으로 베바시주맙 (BV; AVASTIN®)으로 공지된 항체를 포함함.
“rhuMAb VEGF" 또는 "AVASTIN®"으로도 공지된 항-VEGF 항체 "베바시주맙(BV)"은 하기에 따라 산출된 재조합 인간화 항-VEGF 단클론성 항체이다: Presta et al. (1997) Cancer Res. 57:4593-4599. 이는 그 수용체에 대한 인간 VEGF의 결합을 차단하는 뮤린 항-hVEGF 단클론성 항체 A.4.6.1로부터의 항원-결합 상보성-측정 영역 및 돌연변이된 인간 IgG1 프레임워크 영역을 포함한다. 베바시주맙의 아미노산 서열의 대략 93%, 예를 들면 상기 기틀 영역의 대부분이, 인간 IgG1에서 유도되고, 상기 서열의 약 7%가 뮤린 항체 A4.6.1에서 유도된다. 베바시주맙은 약 149,000 달톤의 분자량을 가지며 당화된다. 베바시주맙과 기타 인간화된 항-VEGF 항체는 2005년 2월 26일에 발행된 미국 특허 제6,884,879호에 추가로 기술되었으며, 이의 전체 개시내용이 본원에 참고로 명시적으로 편입된다. 추가의 바람직한 항체는 PCT 출원 공개번호 WO 2005/012359에 기재된 바와 같은 G6 또는 B20 시리즈 항체 (예를 들면, G6-31, B20-4.1)를 포함한다. 추가의 바람직한 항체에 대해, 하기를 참고한다: 미국 특허 번호 7,060,269, 6,582,959, 6,703,020; 6,054,297; WO98/45332; WO 96/30046; WO94/10202; EP 0666868B1; 미국 특허 출원 공보 번호 2006009360, 20050186208, 20030206899, 20030190317, 20030203409, 및 20050112126; 및 Popkov et al., Journal of Immunological Methods 288:149-164 (2004). 기타 바람직한 항체는 잔기 F17, M18, D19, Y21, Y25, Q89, 191, K101, E103, 및 C104를 포함하거나, 대안적으로 잔기 F17, Y21, Q22, Y25, D63, 183 및 Q89를 포함하는 인간 VEGF 상에서 기능적 에피토프에 결합하는 것들을 포함한다.
III. 예측 , 진단, 및 검출의 방법
본 발명은 화학치료제 (예를 들면, 백금-기반 화학치료제, 예를 들면, 시스플라틴, 카보플라틴, 옥살리플라틴, 스트라플라틴, 피코플라틴, 데다플라틴, 트라이플라틴, 리포플라틴, 등)에 대한 내성과 관련된 암 (예를 들면, 산부인과계 암 (예를 들면, 난소, 복막, 나팔관, 자궁경부, 자궁내막, 질, 또는 외음부암))의 바이오마커의 식별, 선택, 및 사용에 관한 것이다. 이런 점에서, 본 발명은 화학치료제 (예를 들면, 백금-기반 화학치료제, 예컨대, 시스플라틴, 카보플라틴, 옥살리플라틴, 스트라플라틴, 피코플라틴, 데다플라틴, 트라이플라틴, 리포플라틴, 등)에 대한 내성과 관련된 바이오마커를 식별하기 위해, 화학요법-내성 암 또는 화학요법-민감성 암을 가지는 것으로 측정된 암 (예를 들면, 산부인과계 암 (예를 들면, 난소, 복막, 나팔관, 자궁경부, 자궁내막, 질, 또는 외음부암))이 있는 환자에서 종양 기질 성분 (예를 들면, 종양-관련된 섬유아세포) 발현 프로파일(들)의 사용에 관한 것이다. 본 발명의 바이오마커는 본 명세서에서, 예를 들면 표 1-4에 열거된다.
본 발명은 하나 이상의 기질 표지 유전자 (예를 들면, 표 1-4에 열거된 유전자 중 하나 이상 및/또는 이들의 조합)의 발현 수준을 측정하고 그리고 암 유형에서 기질 표지 유전자의 발현에 대한 중앙 수준에 대해 상기 기질 표지 유전자의 발현 수준을 비교함에 의해 화학요법-내성 암 (예를 들면, 산부인과계 암 (예를 들면, 난소, 복막, 나팔관, 자궁경부, 자궁내막, 질, 또는 외음부암))이 있는 환자를 식별하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 기질 표지 유전자 (예를 들면, 표 1 및 3 내의 임의의 유전자 및/또는 이들의 조합)의 발현이 암 유형에서 기질 표지 유전자의 발현에 대한 중앙 수준보다 높은 수준으로 되면, 환자는 화학요법-내성 암을 가지는 것으로 측정된다. 다른 구현예에서, 기질 표지 유전자 (예를 들면, 표 2 및 4 내의 임의의 유전자 및/또는 이들의 조합)의 발현이 암 유형에서 기질 표지 유전자의 발현에 대한 중앙 수준보다 낮은 수준으로 되면, 환자는 화학요법-내성 암을 가지는 것으로 측정된다. 본 발명은 또한 기질 표지 유전자 (예를 들면, 표 1-4에 열거된 유전자 중 하나 이상 및/또는 이들의 조합)의 발현 수준을 측정하고 그리고 암 유형에서 기질 표지 유전자의 발현에 대한 중앙 수준에 대해 상기 기질 표지 유전자의 발현 수준을 비교함에 의해 화학요법-민감성인 암 (예를 들면, 산부인과계 암 (예를 들면, 난소, 복막, 나팔관, 자궁경부, 자궁내막, 질, 또는 외음부암))이 있는 환자를 식별하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 기질 표지 유전자 (예를 들면, 표 1 및 3 내의 임의의 유전자 및/또는 이들의 조합)의 발현이 암 유형에서 기질 표지 유전자의 발현에 대한 중앙 수준보다 낮은 수준으로 되면, 환자는 화학요법-민감성인 암을 가지는 것으로 측정된다. 다른 구현예에서, 기질 표지 유전자 (예를 들면, 표 2 및 4 내의 임의의 유전자 및/또는 이들의 조합)의 발현이 암 유형에서 기질 표지 유전자의 발현에 대한 중앙 수준보다 높은 수준으로 되면, 환자는 화학요법-민감성인 암을 가지는 것으로 측정된다. 임의로, 이들 방법은 환자에게 화학요법 내성의 사전-투여 진단을 제공하기 위해 화학치료제를 투여하기 전에 수행된다.
본 발명은 또한 특정한 화학치료제 (예를 들면, 카보플라틴, 시스플라틴, 옥살리플라틴, 또는 본 명세서에서 기재된 임의의 제제, 상기 참고)로 화학요법으로부터 이득을 얻을 가능성 및/또는 화학요법 (예를 들면, 항-혈관신생 제제, 면역조절제, 및/또는 기질-표적 치료제 (예를 들면, 항-POSTN 항체)를 투여하는 것)에 부가하여 또는 그 대신에 대안적인 항-암 요법으로부터 이득을 얻을 가능성에 관한 예측의 방법을 제공한다. 이들 방법은 기질 표지 유전자 (예를 들면, 표 1-4에 열거된 유전자 중 하나 이상 및/또는 이들의 조합)의 발현 수준을 측정하는 단계 및 암 유형에서 기질 표지 유전자의 발현에 대한 중앙 수준에 대해 상기 기질 표지 유전자의 발현 수준을 비교하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 만일 기질 표지 유전자 (예를 들면, 표 1 및 3 내의 임의의 유전자 및/또는 이들의 조합)의 발현이 암 유형에서 기질 표지 유전자의 발현에 대한 중앙 수준보다 높은 수준으로 되면, 환자는 화학요법에 부가하여 또는 그 대신에 항-암 요법 (예를 들면, 항-혈관신생 요법, 면역요법, 기질-표적 요법, 등)의 투여로부터 이로울 것으로 측정된다. 다른 구현예에서, 만일 기질 표지 유전자 (예를 들면, 표 2 및 4 내의 임의의 유전자 및/또는 이들의 조합)의 발현이 암 유형에서 기질 표지 유전자의 발현에 대한 중앙 수준보다 낮은 수준으로 되면, 환자는 화학요법에 부가하여 또는 그 대신에 항-암 요법 (예를 들면, 항-혈관신생 요법, 면역요법, 기질-표적 요법, 등)의 투여로부터 이로울 것으로 측정된다. 임의로, 이들 방법은 화학요법 레지멘과 조합하여 또는 단일요법으로 환자에게 항-암 요법을 투여하는 단계 (예를 들면, 항-혈관신생 제제 (예를 들면, VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체, 예를 들면, 베바시주맙), 면역조절제, 및/또는 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체)를 투여하는 단계)를 포함한다.
백금-내성 대 백금-민감성 원발성 난소 종양에서 차등적으로 발현된 상향조절된 유전자
POSTN (유전자 번호: 10631) FAP (유전자 번호: 2191) TIMP3 (유전자 번호: 7078)
LOX (유전자 번호: 4015) TDO2 (유전자 번호: 6999) NUAK1 (유전자 번호: 9891)
COL4A1 (유전자 번호: 1282)
백금-내성 대 백금-민감성 원발성 난소 종양에서 차등적으로 발현된 하향조절된 유전자
ABCB9 (유전자 번호: 23457) FGFR4 (유전자 번호: 2264) RB1 (유전자 번호: 5925)
ANXA1 (유전자 번호: 301) FOXO1 (유전자 번호: 2308) PGR (유전자 번호: 5241)
ALPP (유전자 번호: 250)
백금-내성 재발한 난소 종양 대 백금-내성 원발성 난소 종양 종양에서 차등적으로 발현된 상향조절된 유전자
LOX (유전자 번호: 4015) BGN (유전자 번호: 633) FGF1 (유전자 번호: 2246)
TIMP3 (유전자 번호: 7078) FN1 (유전자 번호: 2335) FAP (유전자 번호: 2191)
ANGPTL2 (유전자 번호: 23452) POSTN (유전자 번호: 10631) ACTA2 (유전자 번호: 59)
MMP11 (유전자 번호: 4320) RBP4 (유전자 번호: 5950) CD36 (유전자 번호: 948)
PLVAP (유전자 번호: 83483) PECAM1 (유전자 번호: 5175) GZMK (유전자 번호: 3003)
CD247 (유전자 번호: 919) ABCC9 (유전자 번호: 10060) PCOLCE (유전자 번호: 5118)
CD1C (유전자 번호: 911) MS4A1 (유전자 번호: 931) CD44 (유전자 번호: 960)
PMEPA1 (유전자 번호: 56937) IL7R (유전자 번호: 3575) FBLN1 (유전자 번호: 2192)
TWIST1 (유전자 번호: 7291) ID1 (유전자 번호: 3397) RAC2 (유전자 번호: 5880)
GFRA1 (유전자 번호: 2674) CCR7 (유전자 번호: 1236) MAN1A1 (유전자 번호: 4121)
EVI2A (유전자 번호: 2123) PTPRC/CD45RA (유전자 번호: 5788 FCRL5 (유전자 번호: 83416)
NNMT (유전자 번호: 4837) CD27 (유전자 번호: 939) SLA (유전자 번호: 6503)
백금-내성 재발한 난소 종양 대 백금-내성 원발성 난소 종양에서 차등적으로 발현된 하향조절된 유전자
ESR2 (유전자 번호: 2100) KLK7 (유전자 번호: 5650) KLK6 (유전자 번호: 5653)
MUC1 (유전자 번호: 4582) DTX4 (유전자 번호: 23220) FGFR4 (유전자 번호: 2264)
TSPAN8 (유전자 번호: 7103) ESR1 (유전자 번호: 2099) KRT18 (유전자 번호: 3875)
FUT2 (유전자 번호: 2524) HOXD10 (유전자 번호: 3236) EXO1 (유전자 번호: 9156)
INADL (유전자 번호: 10207) IGFBP2 (유전자 번호: 3485) MYCN (유전자 번호: 4613)
ERBB3 (유전자 번호: 2065) TMEM45B (유전자 번호: 120224) PROM1 (유전자 번호: 8842)
NCAM1 (유전자 번호: 4684) MKI67 (유전자 번호: 4288) CDH3 (유전자 번호: 1001)
LY6E (유전자 번호: 4061) TJP3 (유전자 번호: 27134) SLC7A11 (유전자 번호: 23657)
BNIP3 (유전자 번호: 664) PRAME (유전자 번호: 23532) ESM1 (유전자 번호: 11082)
VTCN1 (유전자 번호: 79679) CCL28 (유전자 번호: 56477)
*유전자 ID 번호는 2015년 7월 29일자로 store.nanostring.com/search의 나노스트링 테크놀로지스 웹페이지에서 검색되었다.
본 발명은 또한 환자에 있어 암의 단계를 측정하는 방법을 제공한다. 이들 방법에서, 본 명세서에서 기재된 바와 같은 하나 이상의 기질 표지 유전자의 발현 수준이 평가되고, 그리고 상기 유전자(들)의 발현에서의 증가는 암의 후기 단계를 나타낸다. 일 예에서, 예를 들면, POSTN의 수준이 샘플 (예를 들면, 혈액 샘플, 예컨대 혈청 샘플)에서 평가되고, 그리고 유전자, 예를 들면, POSTN의 증가된 발현 수준의 검출은 EOC의 후기 (예를 들면, FIGO 단계 III (예를 들면, 단계 IIIA, IIIB, 또는 IIIC) 또는 IV) 단계를 나타낸다. 샘플에서 표지 유전자(들)의 발현 수준은, 예를 들면 일반적인 암 유형을 갖는 환자의 집단 내 유전자의 중간 발현 수준에 비교될 수 있거나, 또는 암 유형의 특정한 단계 (예를 들면, 초기 단계, 예컨대 FIGO 단계 I 또는 FIGO 단계 II EOC)와 관련되는 것으로 측정된 수준에 비교될 수 있다.
기질 표지 유전자의 발현 수준은 환자 샘플 내 특이 단백질 수준의 측정에 적합한 당해 분야에 공지된 임의의 방법에 의해 평가될 수 있고, 그리고 바람직하게는 기질 표지 유전자에 특이적인 항체를 사용하는 면역조직화학 ("IHC") 방법에 의해 측정된다. 이러한 방법은 당해 기술에 잘 알려져 있고 그리고 일상적으로 시행되며, 상응하는 상업적 항체 및/또는 키트가 쉽게 이용가능하다. 바람직하게는, 본 발명의 마커/표지자 단백질의 발현 수준은 시약 및/또는 항체 또는 키트 제조자의 프로토콜 권고를 사용하여 평가된다. 숙련가는 또한 IHC 방법에 의해 기질 표지 유전자의 발현 수준을 측정하는 부가적 수단을 알 것이다. 따라서, 본 발명의 마커/표지자 중 하나 이상의 발현 수준은 과도한 부담 없이 당해 분야의 숙련가에 의해 일상적으로 그리고 재생가능하게 측정될 수 있다. 그러나, 정확하고 재생가능한 결과를 확실히 하기 위해, 본 발명은 또한 시험 절차의 검증을 공고히 할 수 있도록 특화된 실험실에서 환자 샘플의 시험을 포함한다.
바람직하게는, 기질 표지 유전자의 발현 수준은 암 세포를 함유하거나 또는 함유하는 것으로 의심되는 생물학적 샘플에서 평가된다. 샘플은 예를 들어 난소 조직 절제술, 난소 조직 생검, 또는 암(예컨대, 산부인과계 암, 특히 난소암)으로 고통받거나 의심되거나 상기 암으로 진단받은 환자에서 얻은 전이성 병변일 수 있다. 바람직하게는, 상기 샘플은 난소 종양, 공지된 또는 의심되는 전이성 난소암 병변 또는 섹션의 난소 조직, 절제 또는 생검의 샘플, 또는 혈액 샘플, 예를 들면, 재발하는 암 세포, 예를 들면, 난소암 세포를 포함하는 것으로 알려진 또는 의심되는 말초 혈액 샘플이다. 상기 샘플은 암 세포 양자, 즉, 종양 세포, 및 비-암성 세포를 포함할 수 있고, 그리고 특정 구현예에서, 암성 및 비-암성 세포 양자를 포함할 수 있다 (예를 들면, 바람직하게는, 상기 샘플은 기질 세포를 함유한다). 기질 성분 내 유전자 발현의 측정을 포함하는 본 발명의 양태에서, 상기 샘플은 암/종양 세포 및, 예를 들면, 암/종양 세포와 관련된 비-암성 세포 (예를 들면, 종양 관련된 섬유아세포, 내피 세포, 혈관주위세포, 여분-세포성 기질, 및/또는 백혈구의 다양한 부류) 양자를 포함한다. 다른 양태에서, 숙련가, 예를 들면 병리학자는 비-암성 세포(예를 들면, 기질 세포, 내피 세포, 등)로부터 암 세포를 쉽게 구별할 것이다. 조직 절제, 생검, 및 체액, 예를 들면, 암/종양 세포를 포함하는 혈액 샘플을 포함하는 생물학적 샘플을 수득하는 방법은 당해 기술에 공지되어 있다. 일부 구현예에서, 환자로부터 수득된 샘플은 임의의 화학요법적 또는 다른 치료 레지멘 또는 요법, 예를 들면, 암의 치료 또는 이들의 증상의 관리 또는 완화를 위한 요법을 시작하기 전에 수집된다. 따라서, 일부 구현예에서, 상기 샘플은 화학치료제 또는 다른 제제의 투여 또는 화학요법 또는 다른 치료 레지멘의 시작 전에 수집된다.
상기 기재된 방법에 부가하여, 본 발명은 또한 웨스턴 블랏팅 및 ELISA-기반 검출에 의해서와 같은, 하나 이상의 기질 표지 유전자의 발현 수준을 평가하는 면역조직화학 방법을 추가로 포함한다. 당해 기술에서 이해되는 바와 같이, 본 발명의 마커/표지자 단백질의 발현 수준은 또한 당해 기술에서 공지된 임의의 적합한 방법, 예컨대 노던 블랏팅, 실시간 PCR, 및 RT PCR에 의해 mRNA 수준에서 평가될 수 있다. 면역조직화학 및 mRNA-기반 검출 방법 및 시스템은 당업계에 잘 공지되어 있으며, 문헌[Lottspeich (Bioanalytik, Spektrum Akademisher Verlag, 1998)] 또는 [Sambrook and Russell (Molecular Cloning: A Laboratory Manual, CSH Press, Cold Spring Harbor, N.Y., U.S.A., 2001)] 등의 표준 교과서로부터 유추할 수 있다. 바람직한 구현예에서, 기질 표지 유전자의 mRNA 수준을 검출하는 방법은 혼성화 동일계내 RNA (RNA ISH)를 사용하여 수행된다 (예를 들면, 하기 참고). 기재된 방법은 암 (예를 들면, 산부인과계 암, 예컨대 난소암)의 진행성 단계로 진단된 집단에서 확립된 대조군 수준에 대한 환자 또는 환자의 군에서 기질 표지 유전자의 발현 수준을 측정하는 특정 용도의 것이다.
본 명세서에서 기재된 검출 방법에 사용에 대해, 숙련가는 본 발명에 의해 포함된 폴리펩티드 또는 올리고뉴클레오티드를 표지하는 능력을 가진다. 당해 기술에서 일상적으로 실시된 바와 같이, IHC 방법에서 사용을 위한 mRNA 수준 및/또는 항체 또는 항체 단편을 검출하는데 사용하기 위한 혼성화 프로브가 당해 분야에서 공지된 표준 방법에 따라 표지되고 시각화될 수 있다. 통상적으로 사용된 시스템의 비-제한적인 예는 방사선표지, 효소 라벨, 형광성 태그, 바이오틴-아비딘 복합체, 화학발광, 등의 사용을 포함한다.
기질 표지 유전자 중 하나 이상의 발현 수준이 또한 면역응집, 면역침강 (예를 들면, 면역확산, 면역전기영동, 면역 고착), 웨스턴 블랏팅 기술 (예를 들면, 동일계내 면역 조직화학, 동일계내 면역 세포화학, 친화성 크로마토그래피, 효소 면역검정), 등의 이점을 이용함에 의해 단백질 수준에서 측정될 수 있다. 정제된 폴리펩티드의 양이 또한 물리적 방법, 예를 들면, 광도 측정에 의해 측정될 수 있다. 혼합물에서 특정한 폴리펩티드를 정량하는 방법은 보통, 예를 들면, 항체의 특이적 결합에 의존한다.
상기에서 지칭된 바와 같이, 본 발명에 따른 마커/표지자 단백질의 발현 수준은 기질 표지 유전자를 암호화하는 상응하는 유전자(들)의 증가된 또는 감소된 발현에 또한 반영될 수 있다. 따라서, 번역 (예를 들면 스플라이싱된, 언스플라이싱된 또는 부분적으로 스플라이싱된 mRNA) 전에 유전자 생성물의 정량적 평가가 상응하는 유전자(들)의 발현을 평가하기 위해 수행될 수 있다. 당해 기술의 숙련가는 이 맥락에서 사용되는 표준 방법을 알고 있고 그리고 표준 교과서 (예를 들면 Sambrook, 2001)으로부터 이들 방법을 추론할 수 있다. 예를 들면, 본원에서 기재된 바와 같은 기질 표지 유전자 중 하나 이상을 암호화하는 mRNA의 각각의 농도/양에 대한 정량적 데이터는 노던 블랏, 실시간 PCR, 등에 의해 수득될 수 있다.
IV. 치료 방법
본 발명은 암 (예를 들면, 화학요법-내성 암, 화학요법-민감성 암, 원발성 암, 진행암, 불응성 암, 및/또는 재발한 암)이 있는 환자를 치료하는 방법을 제공한다. 본 방법은 만일 환자의 암이 암 유형에서 기질 표지 유전자의 발현에 대한 중앙 수준보다 높은 수준으로 기질 표지 유전자 (예를 들면, 표 1 및 3에 기재된 하나 이상의 유전자)를 발현하는 것으로 측정되거나 또는 암 유형에서 기질 표지 유전자의 발현에 대한 중앙 수준보다 낮은 수준으로 기질 표지 유전자 (예를 들면, 표 2 및 4에 기재된 하나 이상의 유전자)를 발현하는 것으로 측정되면, 환자에게 치료적 유효량의 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체)를 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 기질-표적화된 제제는 단일요법으로 투여될 수 있다. 다른 구현예에서, 상기 기질-표적화된 제제는 화학요법 레지멘, 방사선 요법, 및/또는 면역요법과 조합하여 투여될 수 있다.
특정 구현예에서, 상기 기질-표적화된 제제는 페리오스틴 (POSTN)에 결합하는 제제이다. 특정 구현예에서, POSTN에 결합하는 제제는 단리된 항체 (즉, 항-페리오스틴 (POSTN) 항체 (항-POSTN 항체)이다. 특정 구현예에서, 항-POSTN 항체는 양호한 친화도로 인간 POSTN의 동형체 1-4에 결합할 수 있다.
일 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 서열 번호: 1 및 서열 번호: 2 ("25D4" 항체) 또는 서열 번호: 3 및 서열 번호: 4 ("23B9" 항체)의 서열을 포함한다. 또 다른 구현예에서, 상기 항체는 가변 영역 서열 서열 번호: 1 및 서열 번호: 2를 포함하거나 또는 서열 번호: 3 및 서열 번호: 4의 가변 영역 서열을 포함한다. 또 다른 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 1 및 서열 번호: 2의 HVR 서열 및 서열 번호: 3 및 서열 번호: 4의 HVR 서열. 또 다른 구현예에서, 상기 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 1 및 서열 번호: 2의 HVR 서열과 95% 이상 동일한 HVR 서열 및/또는 서열 번호: 3 및 서열 번호: 4의 HVR 서열에 95% 이상 동일한 HVR 서열.
임의의 상기 양태에서, 항-POSTN 항체는 인간화될 수 있다. 일 구현예에서, 항-POSTN 항체는 임의의 상기 구현예에서와 같이 HVR를 포함하고, 그리고 추가로, 수용체 인간 프레임워크, 예를 들면, 인간 면역글로불린 프레임워크 또는 인간 공통 프레임워크를 포함한다.
또 다른 양태에서, 항-POSTN 항체는 서열 번호: 1의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 중쇄 가변 도메인(VH) 서열을 포함한다. 특정 구현예에서, 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%o, 또는 99%) 동일성을 갖는 VH 서열은 참조 서열에 관하여 치환 (예를 들면, 보존적 치환), 삽입, 또는 결실을 함유하지만, 그 서열을 포함하는 항-POSTN 항체는 페리오스틴에 결합하는 능력을 보유한다. 특정 구현예에서, 총 1 내지 10개의 아미노산은 서열 번호: 1에서 치환되고, 삽입되고/되거나 결실되었다. 특정 구현예에서, 치환, 삽입 또는 결실은 HVR 이외의 영역(즉, FR 에서)에서 발생한다. 임의로, 항- POSTN항체는 서열 번호: 1에서 VH 서열을 포함하고 이는 상기 서열의 해독후 변형을 포함한다.
또 다른 양태에서, 항-POSTN 항체가 제공되고, 여기서, 상기 항체는 서열 번호: 2의 아미노산 서열과 적어도 90%>, 91 >, 92%, 93%>, 94%>, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 경쇄 가변 도메인(VL)을 포함한다. 특정 구현예에서, 적어도 90%>, 91%>, 92%, 93%>, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 VL 서열은 참조 서열에 관하여 치환 (예를 들면, 보존적 치환), 삽입, 또는 결실을 함유하지만, 그 서열을 포함하는 항-POSTN 항체는 페리오스틴에 결합하는 능력을 보유한다. 특정 구현예에서, 총 1 내지 10개의 아미노산은 서열 번호: 2에서 치환되고, 삽입되고/되거나 결실되었다. 특정 구현예에서, 상기 치환, 삽입 또는 결실은 HVR 이외의 영역(즉, FR에서) 발생한다. 임의로, 항-POSTN 항체는 서열 번호: 2 에서의 VL 서열을 포함하고, 이는 상기 서열의 번역 후 변형을 포함한다.
또 다른 양태에서, 항-POSTN 항체는 서열 번호: 3의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 중쇄 가변 도메인(VH) 서열을 포함한다. 특정 구현예에서, 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%o, 또는 99%) 동일성을 갖는 VH 서열은 참조 서열에 관하여 치환 (예를 들면, 보존적 치환), 삽입, 또는 결실을 함유하지만, 그 서열을 포함하는 항-POSTN 항체는 페리오스틴에 결합하는 능력을 보유한다. 특정 구현예에서, 총 1 내지 10개의 아미노산은 서열 번호: 3에서 치환되고, 삽입되고/되거나 결실되었다. 특정 구현예에서, 치환, 삽입 또는 결실은 HVR 이외의 영역(즉, FR 에서)에서 발생한다. 임의로, 항-POSTN 항체는 서열 번호: 3 에서의 VH 서열을 포함하고, 이는 상기 서열의 번역 후 변형을 포함한다.
또 다른 양태에서, 항-POSTN 항체가 제공되고, 여기서, 상기 항체는 서열 번호: 2의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 경쇄 가변 도메인(VL)을 포함한다. 특정 구현예에서, 적어도 90%>, 91%>, 92%, 93%>, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 VL 서열은 참조 서열에 관하여 치환 (예를 들면, 보존적 치환), 삽입, 또는 결실을 함유하지만, 그 서열을 포함하는 항-POSTN 항체는 페리오스틴에 결합하는 능력을 보유한다. 특정 구현예에서, 총 1 내지 10개의 아미노산은 서열 번호: 4에서 치환되고, 삽입되고/되거나 결실되었다. 특정 구현예에서, 상기 치환, 삽입 또는 결실은 HVR 이외의 영역(즉, FR에서) 발생한다. 임의로, 항-POSTN 항체는 서열 번호: 4 에서의 VL 서열을 포함하고, 이는 상기 서열의 번역 후 변형을 포함한다.
또 다른 양태에서, 항-POSTN 항체가 제공되고, 여기서, 상기 항체는 상기 제공된 임의의 양태에서와 같은 VH 및 상기 제공된 임의의 양태에서와 같은 VL을 포함한다.
추가의 양태에서, 본 발명은 본원에 제공된 항-POSTN 항체와 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 이용한다. 예를 들어, 특정 구현예에서, 서열 번호: 1의 VH 서열 및 서열 번호: 2의 VL 서열을 각각 포함하는, 항-POSTN 항체와 동일한 에피토프에 결합하는 항체가 제공된다. 예를 들어, 특정 구현예에서, 서열 번호: 3의 VH 서열 및 서열 번호: 4의 VL 서열을 포함하는, 항-페리오스틴 항체와 동일한 에피토프에 결합하는 항체가 제공된다.
본 발명의 추가 양태에서, 임의의 상기 구현예에 따른 항-POSTN 항체는, 키메라성, 인간화, 또는 인간 항체를 포함하여, 단클론성 항체이다. 일 구현예에서, 항-POSTN 항체는 항체 단편, 예를 들면, Fv, Fab, Fab', scFv, 디아바디, 또는 F(ab')2 단편이다. 또 다른 구현예에서, 상기 항체는 전장 항체, 예컨대, 온전한 IgG1 또는 IgG4 항체 또는 본원에서 정의된 기타 항체 부류 또는 이소타입이다. 또 다른 양태에서, 상기 항체는 이특이적 항체이다.
본 발명은 또한 만일 기질 표지 유전자 (예를 들면, 표 1 및 3에서의 임의의 유전자 및/또는 이들의 조합)의 발현이 암 유형에서 기질 표지 유전자의 발현에 대한 중앙 수준보다 높은 수준으로 되면 환자는 항-혈관형성제 또는 면역조절제가 투여되는 기질 표지 유전자 (예를 들면, 표 1-4에서의 임의의 하나의 유전자 또는 이들의 조합)의 발현 수준을 측정함에 의해 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체, 예를 들면, 베바시주맙) 또는 면역조절제의 투여로부터 이로울 수 있는 암을 앓는 환자를 식별하는 방법을 제공한다. 다른 구현예에서, 만일 기질 표지 유전자 (예를 들면, 표 2 및 4에서의 임의의 유전자 및/또는 이들의 조합)의 발현이 암 유형에서 기질 표지 유전자의 발현에 대한 중앙 수준보다 낮은 수준으로 되면 환자는 항-혈관형성제 또는 면역조절제가 투여된다. 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체, 예를 들면, 베바시주맙)는 면역조절제, 화학요법 레지멘, 또는 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체)와 조합하여 투여될 수 있다.
따라서, 본 발명은 환자에게 치료적 유효량의 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))를 투여하는 단계를 포함하는 화학요법-내성, 화학요법-민감성, 난치성, 원발성, 진행성, 또는 재발한 암 (예를 들면, 산부인과계 암 (예를 들면, 난소, 복막, 나팔관, 자궁경부, 자궁내막, 질, 또는 외음부암))이 있는 환자를 치료하는 방법을 제공하고, 임의로, 이들 방법은 아래에 추가로 기재된 바와 같은 하나 이상의 추가의 화학치료제 (예를 들면, 카보플라틴 및/또는 파클리탁셀)와 VEGF 길항제의 공-투여를 포함한다.
임의로 하나 이상의 화학치료제 (예를 들면, 카보플라틴 및/또는 파클리탁셀)과 조합하여, 기질-표적화된 제제, 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))으로의 요법은 바람직하게는 무진행 생존 (PFS) 및/또는 전체 생존율 (OS)을 포함하여 생존을 연장 및/또는 개선한다. 일 구현예에서, 기질-표적화된 제제, 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))으로의 요법은 치료되는 암에 대해 승인된 항종양 제제를 투여함에 의해, 또는 진료의 표준으로 달성된 생존보다 적어도 약 20% 이상 생존을 연장한다. 바람직한 구현예에서, 상기 환자는 산부인과계 암 (예를 들면, 난소, 복막, 나팔관, 자궁경부, 자궁내막, 질, 또는 외음부암)을 가진다.
암의 예방 또는 치료를 위해, 기질-표적 제제, 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성 제제 (예컨대, VEGF 길항제 (예컨대, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙)) 및/또는 화학치료제의 적절한 용량은 상기 정의한 바와 같은 치료할 암의 형태, 항체가 예방학적 또는 치료학적 목적으로 투여되든지 간에, 질환의 중증정도 및 과정, 선행 치료법, 환자의 임상적 히스토리 및 약물에 대한 반응과, 주치의 판단에 따라 좌우될 것이다.
일 구현예에서, 기질-표적화된 제제, 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))의 고정 용량이 투여된다. 고정 투여는 한 번에 또는 일련의 치료에 걸쳐 환자에 적절히 투여될 수 있다. 고정 용량이 투여되는 경우, 바람직하게는 이것은 약 20mg 내지 약 2000mg의 범위로 된다. 예를 들면, 상기 고정 용량은 대략 420mg, 대략 525mg, 대략 840mg, 또는 대략 1050mg의 제제 (예를 들면, 기질-표적화된 제제, 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))일 수 있다. 일련의 투여가 투여될 경우, 이들은 예를 들어, 대략 1주 마다, 대략 2주 마다, 대략 3주 마다, 또는 대략 4주 마다, 그러나 바람직하게는 대략 3주 마다 투여될 수 있다. 상기 고정 용량은, 예를 들면, 질환 진행, 유해 사례, 또는 의사에 의해 측정된 바와 같은 다른 시간까지 투여되도록 지속될 수 있다. 예를 들면, 약 2, 3, 또는 4부터, 최대 약 17 또는 그 이상까지의 고정 용량이 투여될 수 있다.
일 구현예에서, 기질-표적화된 제제, 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙)) 중 하나 이상의 부하 용량(들)이 투여되고, 그 다음 하나 이상의 유지 용량(들)이 따른다. 또 다른 구현예에서, 상동한 용량의 다수가 환자에게 투여된다.
기질-표적화된 제제, 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))가 단일 항종양 제제로 투여될 수 있는 반면, 환자는 기질-표적화된 제제, 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙)) 및 하나 이상의 (추가의) 화학치료제(들)의 조합으로 임의로 치료된다. 본 명세서에서 예시적인 화학치료제는 하기를 포함한다: 젬시타빈, 카보플라틴, 옥살리플라틴, 이리노테칸, 플루오로피리미딘 (예를 들면, 5-FU), 파클리탁셀 (예를 들면, nab-파클리탁셀), 도세탁셀, 토포테칸, 카페시타빈, 테모졸로마이드, 인터페론-알파, 및/또는 리포좀 독소루비신 (예를 들면, 페길화된 리포좀 독소루비신). 일부 구현예에서, 상기 화학치료제 중 적어도 하나는 카보플라틴 또는 파클리탁셀이다. 조합된 투여에는 별도 제형 또는 단일 약제학적 제형을 이용한 공-투여 또는 동시-투여, 및 어느 순서로든 연속적인 투여가 포함되며, 여기서 바람직하게는 두(또는 모든) 활성제가 이들의 생물학적 활성을 동시에 발휘하는 시기가 있다. 따라서, 상기 화학치료제는 기질-표적화된 제제, 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))의 투여 전에, 투여에 따라 투여될 수 있다. 이 구현예에서, 화학치료제 중 적어도 하나의 투여와 기질-표적화된 제제, 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙)) 중 적어도 하나의 투여 사이의 타이밍은 바람직하게는 대략 1개월 또는 그 미만 (3주, 2주, 1주, 6일, 5일, 4일, 3일, 2일, 1일)이다. 대안적으로, 상기 화학치료제 및 기질-표적화된 제제, 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))는 단일 제형 또는 별도 제형으로 환자에게 동시적으로 투여된다. 상기 화학치료제 (예를 들면, 카보플라틴 및/또는 파클리탁셀) 및 기질-표적화된 제제(예를 들면, 항-POSTIN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))의 조합으로 치료는 환자에게 부가적 치료적 이점으로 상승작용 또는 그 이상을 초래할 수 있다.
예를 들면 난소암의 요법에 대해, 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))과 조합하기 위한 특히 원하는 화학치료제는 하기를 포함한다: 화학치료제 예컨대 백금 화합물 (예를 들면, 카보플라틴), 탁솔 예컨대 파클리탁셀 또는 도세탁셀, 토포테칸, 또는 리포좀 독소루비신.
예를 들면 진행성 단계 상피성 난소암, 나팔관 암, 또는 원발성 복막 암의 요법에 대해, 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))과 조합하기 위한 특히 원하는 화학치료제는 하기를 포함한다: 화학치료제 예컨대 카보플라틴 및 파클리탁셀.
예를 들면 백금-민감성 상피성 난소암, 나팔관 암, 또는 원발성 복막 암의 요법에 대해, 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))과 조합하기 위한 특히 원하는 화학치료제는 하기를 포함한다: 화학치료제 예컨대 카보플라틴 및 젬시타빈.
예를 들면 백금-내성 재발하는 상피성 난소암, 나팔관 암, 또는 원발성 복막 암의 요법에 대해, 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))과 조합하기 위한 특히 원하는 화학치료제는 하기를 포함한다: 화학치료제 예컨대 파클리탁셀, 토포테칸, 또는 페길화된 리포좀 독소루비신.
예를 들면 유방암의 요법에 대해, 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))과 조합하기 위한 특히 원하는 화학치료제는 하기를 포함한다: 화학치료제 예컨대 카페시타빈, 및 탁솔 예컨대 파클리탁셀 (예를 들면, nab-파클리탁셀) 또는 도세탁셀.
예를 들면 교모세포종의 요법에 대해, 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))과 조합하기 위한 특히 원하는 화학치료제는 하기를 포함한다: 임의로 방사선요법과 조합하여, 화학치료제 예컨대 테모졸로마이드.
예를 들면 결장직장암의 요법에 대해, 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))과 조합하기 위한 특히 원하는 화학치료제는 하기를 포함한다: 화학치료제 예컨대 플루오로피리미딘 (예를 들면, 5-FU), 파클리탁셀, 시스플라틴, 토포테칸, 이리노테칸, 플루오로피리미딘-옥살리플라틴, 플루오로피리미딘-이리노테칸, FOLFOX4 (5-FU, 레코보린, 옥살리플라틴), 및 IFL (이로노테칸, 5-FU, 류코보린).
예를 들면 신장 세포 암종의 요법에 대해, 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))과 조합하기 위한 특히 원하는 화학치료제는 하기를 포함한다: 화학치료제 예컨대 인터페론-알파2a.
예를 들면 자궁경부암의 요법에 대해, 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))과 조합하기 위한 특히 원하는 화학치료제는 하기를 포함한다: 화학치료제 예컨대 파클리탁셀, 시스플라틴, 토포테칸, 시스플라틴과 조합하여 파클리탁셀, 및 토포테칸과 조합하여 파클리탁셀.
만일 투여된다면, 화학치료제는 보통 따라서 공지된 용량으로 투여되거나, 또는 임의로 화학치료제의 투여에 기인하는 음성적 부작용 또는 약물의 조합된 작용에 기인하여 낮아진다. 그와 같은 화학치료제에 대한 제조 및 투여 일정은 제조자의 설명서에 따라 또는 당업자에 의해 실험적으로 측정된 바에 따라 사용될 수 있다. 화학요법제가 파클리탁셀인 경우, 바람직하게는 이는 약 130 mg/㎡ 내지 200 mg/㎡(예를 들어, 약 175 mg/㎡)의 투여량으로 예를 들어 3시간에 걸쳐 3주에 1회 투여된다. 화학치료제가 카보플라틴인 경우, 바람직하게는 이것은 환자의 기존의 신장 기능 또는 신장 기능 및 원하는 혈소판 최하점에 기반한 캘버트 식을 사용하여 카보플라틴의 용량을 계산함에 의해 투여된다. 신장 배출은 카보플라틴에 대한 제거의 주요 경로이다. 체표면적에 기반한 경험적 용량 계산에 비교할 때, 이 투약 식의 사용은 그렇지 않으면 과소투약 (평균 신장 기능 이상인 환자) 또는 과다투약 (손상된 신장 기능이 있는 환자)을 초래할 수 있는 전처리 신장 기능에서 환자 편차를 보상할 수 있다. 단일 제제 카보플라틴을 사용한 4-6 mg/mL/min의 표적 AUC는 이전에 치료된 환자에서 가장 적절한 용량 범위를 제공하는 것으로 보인다.
기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙)) 및 화학치료제와 별도로, 다른 치료 레지멘이 이들과 조합될 수 있다. 예를 들면, 제2 (제3, 제4, 등)의 화학치료제(들)이 투여될 수 있고, 여기서 상기 제2 화학치료제는 항대사물질 화학치료제, 또는 항대사물질이 아닌 화학치료제이다. 예를 들면, 상기 제2 화학치료제는 탁산 (예컨대 파클리탁셀 또는 도세탁셀), 카페시타빈, 또는 백금-기반 화학치료제 (예컨대 카보플라틴, 시스플라틴, 또는 옥살리플라틴), 안트라사이클린 (예컨대 리포좀 독소루비신을 포함하는 독소루비신), 토포테칸, 페메트렉세드, 빈카 알카로이드 (예컨대 비노렐빈), 및 TLK 286일 수 있다. 상이한 화학치료제의 "칵테일"이 투여될 수 있다.
기질-표적화된 제제, 면역조절제, 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙)), 및/또는 화학치료제와 조합될 수 있는 다른 치료제 다음 중 임의의 하나 이상을 포함한다: HER 억제제, HER 이량체화 억제제 (예를 들면, 성장 억제된 HER2 항체 예컨대 트라스투주맙, 또는 HER2-과발현 세포의 세포자멸사를 포함하는 HER2 항체, 예컨대 7C2, 7F3 또는 이들의 인간화된 변이체); 상이한 종양 관련된 항원에 대한 항체, 예컨대 EGFR, HER3, HE R4; 항-호르몬 화합물, 예를 들면, 항-에스트로겐 화합물 예컨대 타목시펜, 또는 방향화효소 억제제; (상기 요법과 관련된 임의의 심근 기능이상을 예방하거나 감소하기 위한) 심장보호제; 시토카인; EGFR-표적화된 약물 (예컨대 TARCEVA® IRESSA® 또는 세툭시맙); 티로신 키나제 억제제; COX 억제제 (예를 들면 COX-1 또는 COX-2 억제제); 비-스테로이드 항-염증성 약물, 셀레콕십 (CELEBREX®); 파르네실 전달효소 억제제 (예를 들면, 존슨 앤 존슨으로부터 이용가능한 티피파르닙/ZARNESTRA® R115777 또는 셰링-프라우로부터 이용가능한 로나파르닙 SCH66336); 종양태아 단백질 CA 125를 결합하는 항체 예컨대 오레고보맙 (MoAb B43.13); HER2 백신 (예컨대 파멕시아로부터 HER2AutoVac, 또는 덴드레온으로부터 APC8024 단백질 백신, 또는 GSK/코릭사로부터 HER2 펩티드 백신); 또 다른 HER 표적화 요법 (예를 들면 트라스투주맙, 세툭시맙, ABX-EGF, EMD7200, 게피티닙, 에를로티닙, CP724714, CI1033, GW572016, IMC-11F8, TAK165, 등); Raf 및/또는 ras 억제제 (예를 들면, WO 2003/86467 참고); 독소루비신 HCl 리포좀 주사 (DOXIL®); 토포이소머라제 1 억제제 예컨대 토포테칸; 탁산; HER2 및 EGFR 이중 티로신 키나제 억제제 예컨대 라파티닙/GW572016; TLK286 (TELCYTA®); EMD-7200; 메스꺼움을 치료하는 약제 예컨대 세로토닌 길항제, 스테로이드, 또는 벤조디아제핀; 국소 또는 경구 항생제를 포함하는, 피부 발진을 예방 또는 치료하는 약제 또는 표준 여드름 요법; 설사를 치료 또는 예방하는 약제; 체온-저하 약제 예컨대 아세트아미노펜, 디펜히드라민, 또는 메페리딘; 조혈 성장 인자, 등
임의의 상기-공지된 공-투여된 제제의 적합한 용량은 현재 사용되고 있는 것이며 상기 제제와 기질-표적화된 제제, 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))의 조합된 작용 (시너지효과)에 기인하여 낮아질 수 있다. 상기 치료적 요법에 부가하여, 환자는 종양 및/또는 암 세포의 외과 제거, 및/또는 방사선 요법을 받을 수 있다.
기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))이 항체인 경우, 바람직하게는 상기 투여된 항체는 기존의 항체이다. 투여된 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))는 세포독성 약물과 접합될 수 있다. 바람직하게는, 이것이 콘주게이트 및/또는 항원은 세포에 의해 내재화되어 이것이 결합하는 암 세포의 사멸에서 콘주게이트의 증가된 치료적 효능을 야기한다. 바람직한 구현예에서, 세포독성제는 암 세포에서 핵산을 표적으로 하거나 이를 방해할 수 있다. 그와 같은 세포독성제의 예에는 메이탄시노이드, 칼리키아마이신, 리보뉴클레아제 및 DNA 엔도뉴클레아제가 포함된다.
기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))는 유전자 요법에 의해 투여될 수 있다. 예를 들면, 세포내 항체를 형성하기 위한 유전자 요법의 사용에 관한 1996년 3월 14일 공개된 WO 96/07321 참고. 생체내 및 생체외로 환자의 세포 내로 핵산(임의로 벡터에 함유됨)을 얻기 위한 2 개의 주요 접근법이 존재한다. 생체내 전달을 위해, 핵산은 보통 항체가 필요한 부위에서 환자 내로 직접적으로 주사된다. 생체외 치료를 위해, 환자의 세포가 제거되고, 핵산이 이들 단리된 세포 내로 도입되고, 개질된 세포가 직접적으로 환자에게 투여되거나, 예를 들면, 환자 내로 이식되는 다공성 막 내로 캡슐화된다(예를 들면, 미국 특허 번호 4,892,538 및 5,283,187 참고). 생활성 세포 내로 핵산을 도입하기 위해 이용 가능한 다양한 기술이 존재한다. 기술은 핵산이 의도된 숙주의 세포에서 시험관내 또는 생체내 배양 세포 내로 전달되는지 여부에 따라 변한다. 시험관내 포유동물 세포 내로의 핵산 전달에 적당한 기술에는 리포좀, 전기천공, 미세주입, 세포 융합, DEAE-덱스트란, 칼슘 포스페이트 침전 방법 등의 이용이 포함된다. 유전자의 생체외 전달을 위해 통상적으로 사용되는 벡터는 레트로바이러스이다. 현재 바람직한 생체내 핵산 전달 기술에는 바이러스 벡터(예컨대 아데노바이러스, 단순 포진 I 바이러스, 또는 아데노-관련된 바이러스) 및 지질-기반 시스템(유전자의 지질-매개된 전달에 유용한 지질은, 예를 들면 DOTMA, DOPE 및 DC-Chol)을 이용한 형질감염이 포함된다. 일부 상황에서, 핵산 공급원에 세포 표면 막 단백질 또는 표적 세포에 특이적인 항체, 표적 세포 상의 수용체에 대한 리간드 등과 같은 표적 세포를 표적으로 하는 약제를 제공하는 것이 바람직하다. 리포좀이 사용되는 경우, 엔도시토시스와 관련된 세포 표면 막 단백질에 결합하는 단백질은 예를 들어 특정 세포 유형에 대한 캡시드 단백질 또는 이의 단편, 사이클링에서 내재화를 겪는 단백질에 대한 항체, 및 세포내 국지화를 표적으로 하고 세포내 반감기를 증진시키는 단백질을 표적화 및/또는 섭취를 용이하게 하는 데 사용될 수 있다. 수용체-매개 엔도시토시스의 기술은 예를 들어 하기에 기재되어 있다: Wu et al., J. Biol . Chem . 262:44294432 (1987); 및 Wagner et al., Proc . Natl . Acad. Sci . USA 87:3410-3414 (1990). 현재까지 공지된 유전자 마킹 및 유전자 치료 프로토콜의 검토를 위해서는 문헌[Anderson et al., Science 256:808-813 (1992)] 참고한다. 또한, WO 93/25673 및 여기에 인용된 문헌을 참고한다.
V. 투여량 및 제형
기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대
베바시주맙)) 투여는 모든 적합한 수단, 예를 들면 비경구, 폐내, 및 비강내로, 그리고 국소 치료가 바람직한 경우, 병변내 투여에 의하여 투여될 수 있다. 비경구 주입은 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내 또는 피하 투여를포함한다. 투약은 부분적으로 투여가 짧거나 만성이든지 간에 따라, 어떤 적절한 경로로, 예를 들어, 정맥내 또는 피하 주사와 같은 주사에 의해 이루어질 수 있다. 다양한 시점 상에서 단일 또는 다중 투여를 포함하지만 이에 제한되지 않는 다양한 투여 스케줄, 볼러스 투여 및 펄스 주입이 본원에서 고려된다.
기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))은 양호한 의료적 관행과 일치된 방식으로 제형화, 복용, 및 투여될 것이다. 이와 관련하여 고려되는 요인은 치료할 특별한 장애, 치료할 특별한 포유동물, 개개 환자의 임상적 상태, 장애 원인, 제제의 전달 부위, 투여 방법, 투여 스케쥴, 및 의료 행위자에게 공지된 다른 요인을 포함한다. 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))는 요구되지는 않지만, 임의로 문제의 질환을 예방 또는 치료하기 위해 현재 사용되는 하나 이상의 제제와 함께 제형화된다. 상기 다른 제제의 유효량은 제형 중에 존재하는 항체의 양, 장애의 유형 또는 치료 및 상기 논의된 다른 인자들에 좌우된다. 이들은 일반적으로 본원에 기재된 바와 동일한 용량으로 및 투여 경로로, 또는 본원에 기재된 용량의 약 1 내지 99%, 또는 적절하다고 경험적/임상적으로 측정된 임의 용량으로 및 임의 경로에 의해 사용된다.
질병의 예방 또는 치료를 위해, 본 발명의 치료제의 적절한 용량(단독으로 사용될 때 또는 하나 이상의 다른 추가적인 치료 제제와 병용하여 사용될 때)은 치료대상 질병의 유형, 항체 유형, 질병의 중증도 및 경과, 상기 항체의 투여가 예방 목적인지 아니면 치료 목적인지 여부, 이전 치료, 상기 환자의 임상 병력 및 상기 항체에 대한 반응, 및 주치의의 재량에 따라 달라질 것이다. 제제는 한번에 또는 일련의 치료에 걸쳐 환자에 적절히 투여된다. 질환의 유형 및 중증도에 따라, 항체의 약 1 μg/kg 내지 15 mg/kg는, 예를 들어, 하나 이상의 별도의 투여 또는 연속 주입에 의한 것이든 상관 없이 환자에게 투여하기 위한 초기 후보 용량일 수 있다. 한 가지 전형적인 일일 용량은 전술한 인자에 따라, 약 1 μg/kg 내지 100 mg/kg 또는 그 이상의 범위에서 변할 수 있다. 상태에 따라 며칠 또는 그 이상에 걸친 반복 투여를 위해, 치료는 일반적으로 원하는 질환 증상의 억제가 일어날 때까지 유지한다. 제제의 하나의 예시적인 투여량은 약 0.05mg/kg 내지 약 10mg/kg의 범위일 것이다. 따라서, 약 0.5 mg/kg, 2.0 mg/kg, 4.0 mg/kg, 또는 10 mg/kg 중 하나 이상의 용량(또는 이들의 임의의 조합)이 환자에게 투여될 수 있다. 그러한 용량은 간헐적으로, 예를 들어, 매주마다 또는 3주마다 투여될 수 있다 (예컨대, 따라서 환자가 약 2 회 내지 약 20 회, 또는 예컨대 약 6 회 용량의 항체를 투여받는다). 그러나, 다른 투약량 레지멘이 유용할 수 있다. 이러한 요법의 진행은 전통적인 기술과 검정에 의해 쉽게 모니터링된다.
특정 구현예에서, 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))는 37.5mg의 평형 용량 (즉, 체중 의존적이지 않음) 또는 125mg의 평형 용량 또는 250mg의 평형 용량으로 투여된다. 특정 구현예에서, 상기 용량은 일정한 기간 동안 매 4주마다 일회 피하 주사에 의해 투여된다. 특정 양태에서, 상기 기간은 6개월, 1년, 2년, 5년, 10년, 15년, 20년 또는 환자의 일생 동안이다.
또 다른 구현예에서, 환자는 화학요법-내성 암을 가지는 것으로 측정되고 그리고 상기에서 기재된 바와 같은 항-POSTN 항체 또는 임의의 치료제로 치료를 위해 선택된다. 일 구현예에서, 암 환자는 18세 이상이다. 일 구현예에서, 암 환자는 연령 12 내지 17세이고 상기 치료제는 250mg의 평형 용량 또는 125mg의 평형 용량으로 투여된다. 일 구현예에서, 암 환자는 연령 6 내지 11세이고 상기 치료제는 125mg의 평형 용량으로 투여된다.
VI. 제품
본 발명의 다른 양상에서, 전술한 장애의 치료, 예방 및/또는 진단에 유용한 물질을 내포하는 제조 물품이 제시된다. 제조 물품은 용기 및 그 용기에 또는 관련된 표지 또는 포장 삽입물을 포함한다. 적절한 용기에는 예로서, 병, 바이알, 주사기, IV 용액 백 등이 포함된다. 상기 용기는 다양한 재료, 예컨대 유리 또는 플라스틱으로 형성될 수 있다. 용기는 그것만으로 있거나 또는 장애의 치료, 예방 및/또는 진단에 효과적인 또 다른 조성물과 조합되고 그리고 멸균된 접근 포트를 가질 수 있는 조성물을 수용한다 (예를 들면 용기는 피하 주사 바늘에 의해 뚫을 수 있는 스토퍼를 갖춘 정맥내 용액 백 또는 바이알일 수 있다). 본 조성물 내 적어도 하나의 활성제는 본 발명의 제제(예를 들면, 기질-표적화된 제제, (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))이다. 표지 또는 패키지 삽입물은 조성물이 선택되는 병태의 치료에 사용됨을 나타낸다. 또한, 제조 물품은 (a) 그 안에 함유된 조성물을 갖는 제1 용기로, 여기서 본 조성물은 제제 (예를 들면, 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙))를 포함하는 제1 용기; 및 (b) 그 안에 함유된 조성물을 갖는 제2 용기로, 여기서 본 조성물은 추가로 세포독성 또는 달리는 치료제를 포함하는 제2 용기를 포함할 수 있다. 본 발명의 이러한 구현예에서 제품은 조성물이 특정 병태를 치료하는데 사용될 수 있음을 나타내는 패키지 삽입물을 추가로 포함할 수 있다. 대안적으로, 또는 부가적으로, 제조 물품은 추가로, 약제학적으로-허용가능한 버퍼, 예컨대 정균 주사용 물 (BWFI), 포스페이트-완충된 염수, 링거액 및 덱스트로오스 용액을 포함하는 제2 (또는 제3) 용기를 포함할 수 있다. 다른 버퍼, 희석제, 필터, 바늘, 및 주사기를 포함하여, 상업적 및 사용자 관점으로부터 바람직한 다른 물질을 추가로 포함할 수 있다. 임의의 상기 제조 물품은 제제 (예를 들면, 기질-표적화된 제제 (예를 들면, 항-POSTN 항체), 면역조절제, 및/또는 항-혈관형성제 (예를 들면, VEGF 길항제 (예를 들면, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙)) 대신에 또는 그에 부가하여 본 발명의 면역 접합체를 포함할 수 있는 것으로 이해되어 진다.
실시예
원발성 치료에 대한 화학요법 내성과 관련된 주요 분자 특징을 발견하고, 기능적으로 특성화하고, 그리고 독립적으로 검증하기 위한 체계적이고 심층적인 분석이 수행되었다. 발견을 위해, 1차 화학요법 치료와 매칭된 임상병리적 특징에 대해 임상적으로 명확한 반응을 갖는 일 군의 환자가 선택되었다. 독립적인 검증 연구를 위해, 환자 집단을 치료하도록 의도된 대표군으로 상 III 임상시험의 화학요법 대조 아암에 등록된 환자의 조직 샘플 및 균형-잡힌 임상 특징, 잘-주석을 단 임상 반응 및 환자 결과가 사용되었다. 발견 연구로부터, 반응성 기질 표지는 백금-내성 (Plat-R) 원발성 종양과 특이적으로 관련되는 것으로 식별되었고, Plat-R 재발성 종양에서 더욱 상향조절되었다. 이 표지는 독립적인 데이터 세트에서 추가로 입증되었으며, 1차 백금-기반 화학요법에 대한 환자 결과를 예측하는 임상적 유용성이 입증되었다. 이들 발견은 1차 화학요법-내성 난소암 환자를 식별하는 진단 전략을 제공하고 그리고 1차 화학요법에 대한 반응을 예측하기 위한 바이오마커-기반 시험을 제공한다.
재료 및 방법
환자 및 종양 시료
이 연구는 각각 발견 및 검증 목적으로 두 세트의 난소 환자 집단으로 구성되었다.
발견 세트는 58명의 환자로부터 85 높은-등급 장액 또는 자궁내막양 난소암으로 구성되었다. 이들 환자의 임상 특징은 표 6에 기재되었으며 높은-등급 상피성 난소암을 갖는 환자의 전형적인 임상 양상을 나타낸다. 모든 58명 환자들은 초기에 백금과 탁산 조합으로 처리되었다. 이들 중, 32명 환자는 원발성 백금-내성 종양 (1차 백금-기반 화학요법의 완료 후 6개월 내에 질환 재발 또는 진행)을 가졌고 그리고 26명 환자는 백금 민감성 종양 (1차 화학요법의 12개월 내 재발 또는 진행 없음)을 가졌다. 종양 시료는 모든 환자로부터 1차 화학요법 전에 수집되었다. 32명 백금 내성있는 환자 중 27명은 또한 재발하는 질환의 시점에서 수집된 환자 매칭된 종양 시료를 가졌다. 모든 발견 세트 조직 샘플은 상업적 공급원으로부터 수득되었고 그리고 적절한 기관 승인을 받았다.
검증 세트는 새로 진단된 난소암을 갖는 여성에서 표준 화학요법 대 표준 화학요법에 베바시주맙 부가의 효과를 시험하는, 상 III 시험의 화학요법 처리 아암으로부터 138명 환자로부터 138 높은-등급 장액 또는 자궁내막양 난소암으로 구성되었다. 이러한 환자의 임상적 특성은 표 9에 기술된다.
모든 종양 조직은 병리학자에 의해 검토되어 진단 및 종양 내용을 식별했다. 종양의 백분율이 70%보다 더 커도록 증가시키기 위해 포르말린-고정 및 파라핀 포매된 (FFPE) 종양 조직에서 거시적 절제술이 수행되었다. 총 RNA는 하이 퓨어 FFPE RNA 마이크로 키트 (미국 인디애나주 인디애나폴리스 소재의 로슈 다이어그노스틱스)를 사용하여 정제되었다. FFPE 종양 DNA는 QIAamp DNA FFPE 조직 키트 (퀴아젠, CA)를 사용하여 제조되었다.
난소암 바이오마커 나노스트링 패널을 사용한 유전자 발현 프로파일링
맞춤형 나노스트링 800 GX CodeSet가 하위유형 및 예측 분류, 유출 ABC 수송체, 뿐만 아니라 화학-내성, 면역, 및 혈관신생 마커를 포함하여, 난소 질환 생물학과 관련된 800개 바이오마커 및 대조의 유전자 발현을 측정하도록 설계되었다 (완벽한 유전자 목록에 대해 표 5 참고). 200ng RNA가 제조자의 프로토콜에 따라 나노스트링 엔카운터 분석 시스템을 사용하여 분석되었다 (나노스트링 테크놀리지스). 출력 원시 카운트는 각 샘플에 대한 모든 800개 검정의 중앙값에 의해 정규화되었다.
완전 유전자 목록
AADAC CAV1 CUTA FZD5 KIAA0247 MUC16 PSMC4 SRC
ABCA1 CCL2 CX3CL1 G6PD KIAA1033 MVP PSTPIP1 SREBF2
ABCA10 CCL21 CXCL1 GAD1 KIF1A MXRA8 PTEN SRGN
ABCA13 CCL22 CXCL10 GADD45A KIF23 MYBL2 PTGER2 SRPX2
ABCA2 CCL28 CXCL11 GALNT10 KIF2C MYC PTGER4 SSH3
ABCA3 CCL3 CXCL12 GAPDH KIF4A MYCN PTGS2 ST6GAL1
ABCA7 CCL5 CXCL13 GAS6 KIFC1 MYCT1 PTPRB STAT1
ABCA8 CCNA2 CXCL2 GAS7 KIT MYO1B PTPRC CD45_전체 STAT3
ABCB1 CCNB1 CXCL9 GBP1 KITLG MYO5C PTPRC CD45RO STAT5A
ABCB10 CCND1 CXCR3 GCNT1 KLK6 NANOG PTPRC CD45RA STEAP1
ABCB6 CCND2 CXCR4 GCNT1 KLK7 NAT1 PTTG1 STEAP3
ABCB7 CCNE1 CXXC5 GCNT1 KLRK1 NBL1 PTTG1IP STMN1
ABCB8 CCR5 CYFIP2 GDF15 KRAS NCAM1 QPRT SUMO1
ABCB9 CCR7 CYR61 GFRA1 KRT14 NCAPH2 RAB25 SUPT5H
ABCC1 CD14 CYTH3 GGH KRT17 NDC80 RAB40B TAP1
ABCC3 CD163 DAP GIMAP5 KRT18 NEBL RABEP2 TBX21
ABCC4 CD1C DDB2 GIPC1 KRT19 NEO1 RAC1 TC2N
ABCC6 CD247 DDIT4 GJB1 KRT5 NETO2 RAC2 TCEAL1
ABCC9 CD27 DDR2 GLDC LAG3 NF1 RAD21 TCF15
ABCD1 CD274 DLC1 GLS LAIR1 NFKB1 RAD51 TCF7L1
ABCD3 CD276 DLGAP4 GMPR LAMA4 NFKBIB RAD51AP1 TDO2
ABCG1 CD28 DLL4 GOT1 LAMB1 NID1 RAD51C TFF1
ABCG2 CD36 DNAJB5 GPC3 LAPTM5 NID2 RAE1 TFPI2
ACKR3 CD38 DTX4 GPC4 LCK NMI RAF1 TFRC
ACOT13 CD3D DUSP4 GPM6B LCN2 NNMT RARRES2 TGFB1
ACTA2 CD3E DUSP6 GPR160 LDHA NOTCH1 RARRES3 THBS1
ACTB CD4 E2F6 GPRC5A LDHB NOTCH2 RASGRP3 TIAM1
ACTR3B CD40 EBNA1BP2 GSTM1 LGALS1 NOTCH3 RASIP1 TIGIT
ACVRL1 CD40LG ECH1 GTF2F2 LGALS3 NOTCH4 RASSF1 TIMP1
ADAMDEC1 CD44 EDNRB GUCY1B3 LGALS3 NPEPPS RB1 TIMP3
ADCK3 CD47 EFNB2 GUSB LGALS4 NREP RBP4 TJP3
ADIPOR2 CD48 EFS GZMA LGALS8 NRG1 RBP7 TLCD1
ADRM1 CD68 EGFL7 GZMB LGALS9 NRP1 RECK TMEFF1
AGFG2 CD69 EGFR GZMK LGR5 NSG1 RERG TMEM30B
AGR2 CD70 EIF3K HAVCR2 LIPC NT5E RET TMEM45B
AHNAK2 CD79B EIF4A1 HBEGF LOX NUAK1 RFC1 TMEM55B
AIM2 CD80 EIF4B HDAC1 LRIG1 NUDT1 RFC4 TMEM88
AKAP12 CD86 ELF4 HDAC4 LRP4 NUF2 RGL2 TMPRSS4
AKT1 CD8A ELTD1 HES1 LUC7L2 NUP98 RGS1 TNF
AKT2 CDC2 EMCN HEY1 LY6E OPA3 RGS5 TNFRSF14
AKT3 CDC20 ENG HGF MAD2L1 ORC6 RHOBTB3 TNFRSF4
ALDH1A1 CDC25B ENPP3 HHEX MAML1 PAGR1 RHOJ TNFRSF9
ALDH5A1 CDC25C EOMES HIF1A MAML2 PAK1 RIN1 TNFSF4
ALG13 CDC42 EPCAM HLA-A MAML3 PAK4 RND3 TNFSF9
ALPP CDC6 EPHA4 HLA-DOB MAMLD1 PAK6 RNF103 TOP1
ALS2CL CDCA7L EPHB4 HLA-E MAN1A1 PALB2 RNF125 TOP2A
ANGPT1 CDCA8 ERBB2 HMGA2 MAP2 PALLD ROBO4 TOX
ANGPT2 CDH1 ERBB3 HMMR MAP2K1 PARD6B RORC TP53
ANGPTL1 CDH2 ERBB4 HNF1B MAP2K2 PARP1 RPS16 TP53TG5
ANGPTL2 CDH3 ERCC1 HOXA10 MAP2K4 PCDH12 RPS6KA1 TP63
ANLN CDH5 ESM1 HOXA11 MAP3K5 PCDH17 RPS6KA2 TP73
ANXA1 CDH6 ESR1 HOXA5 MAP4K1 PCNA RRM1 TPST1
ANXA4 CDK1 ESR2 HOXA7 MAPK1 PCOLCE RRM2 TRIM27
APEX1 CDK4 ETS1 HOXA9 MAPK14 PDCD1 RUNX1 TRIP13
APH1B CDKN1A EVI2A HOXC6 MAPK3 PDCD1LG2 RUNX3 TRO
APLN CDKN1C EXO1 HOXD10 MAPK8 PDCD4 RXRB TSC1
APOA1 CDKN2A EXOC6B HSP90AA1 MAPRE1 PDGFRA S100A10 TSC2
APOBEC3G CDKN3 EZH1 HSPA13 MAPRE2 PDGFRB S100A9 TSPAN8
AREG CEACAM5 F2R HSPA1L MARCH6 PDP1 SALL2 TTF1
ARF5 CENPE FAM111A HSPB7 MARCKS PDPN SAMD4B TTPAL
ASAP3 CENPF FAM174A ICAM1 MARCKSL1 PDZK1IP1 SAMSN1 TUBA4A
ATAD2 CEP55 FAM198B ICAM2 MARK4 PECAM1 SASH1 TUBB2A
ATM CH25H FAM214A ICOS MCAM PEX6 SCD TWIST1
ATR CHEK1 FAM8A1 ID1 MCL1 PGF SDF2L1 TXNDC5
AURKA CHEK2 FANCA IDO1 MCM2 PGR SEMA6A TYMP
AURKB CHIT1 FANCD2 IFI16 MCM3 PHGDH SERPINF1 TYMS
AXIN2 CHMP4C FANCF IFI30 MDM2 PHKA1 SFRP1 TYRO3
B4GALT5 CIITA FAP IFNG MECOM PHLDA1 SFRP4 UBD
BACE2 CITED2 FASN IGF1R MED16 PHLDA3 SH3PXD2A UBE2C
BAD CKS1B FBLIM1 IGFBP2 MEF2C PHLPP2 SIRT5 UBE2L6
BAG1 CLDN3 FBLN1 IGFBP3 MELK PI3 SKP1 UBE2T
BAMBI CLDN4 FBXL18 IGFBP7 MERTK PIK3CA SLA UCHL1
BAX CLDN5 FBXO5 IGSF3 MEST PIK3CB SLC2A1 UNC5B
BBC3 CLDN6 FBXW7 IL10 MET PIK3CD SLC31A2 URI1
BCAT1 CLEC14A FCER1G IL12A MFAP2 PIK3CG SLC34A2 UTP20
BCL2 CLEC5A FCRL5 IL17A MGAT5 PIK3IP1 SLC37A1 VCAM1
BCL2L1 CLU FGF1 IL1B MGLL PKIA SLC37A4 VEGFA
BCL2L11 COL15A1 FGF2 IL21R MGMT PLAU SLC39A6 VEGFB
BEX1 COL18A1 FGFR1 IL2RA MIA PLEKHM1 SLC3A1 VEGFC
BGN COL4A1 FGFR2 IL6 MICA PLEKHO1 SLC4A4 VIM
BIRC5 COL4A2 FGFR3 IL7R MICB PLK1 SLC7A11 VPS33B
BLCAP COL4A5 FGFR4 IL8 MIS18A PLVAP SLIT2 VPS52
BLMH COL4A6 FJX1 INADL MITF PMAIP1 SLPI VTCN1
BLVRA COL5A1 FLT1 INSIG1 MKI67 PMEPA1 SMARCD1 WAS
BMP4 COL8A1 FN1 INSR MLH1 PMVK SNAI1 WBP4
BNIP3 COL9A1 FOLR1 IRF2BP1 MLPH PODXL SNAI2 WDR45B
BRAF COPS3 FOS IRS1 MMP10 POLD1 SNCA WDR77
BRCA1 CPE FOSL1 IRS2 MMP11 POSTN SNRPA1 WFDC2
BRCA2 CRB3 FOXA1 ITGAM MMP12 POU5F1 SOD2 WIPF1
BST2 CRYAB FOXA2 ITGB6 MMP14 PPIA SORL1 WNT2
BTG2 CSF1 FOXC1 JAG1 MMP3 PPP1R13L SOX11 XIAP
BTLA CSF1R FOXC2 JAG2 MMP7 PRAME SOX18 XPO4
C11orf30 CSF2 FOXM1 JUN MMRN2 PREP SOX2 ZC3H13
C12orf5 CSNK1A1 FOXO1 KCNE3 MRPS12 PREX2 SP2 ZEB1
C1orf116 CST6 FOXO3 KDELC1 MS4A1 PRF1 SPARC ZEB2
C2CD2L CTGF FOXP3 KDM2B MSLN PRKDC SPARCL1 ZFHX4
CA9 CTLA4 FSCN1 KDM5A MST1R PROM1 SPATS2 ZMAT3
CACNA1C CTNNB1 FUT2 KDM5B MTAP PRSS16 SPDEF ZNF12
CALD1 CTNNBL1 FXYD2 KDR MTCH1 PRSS2 SPRY2 ZNF76
CASP1 CTPS2 FYN KIAA0040 MUC1 PSAT1 SPRY4 ZNF780B
통계적인 분석
무진행 생존은 무작위화의 일부터 어느 것이나 먼저 발생한 질환 진행 또는 사망의 첫 번째 징후의 날까지 계산되었으며; 질병 진행 없이 생존한 환자에 대한 데이터는 그것의 마지막 비-진행성 질환 (PD) 종양 평가의 날부로 검열되었다. 전체 생존율은 무작위화의 일부터 임의의 원인으로부터 사망의 날까지 계산되었으며; 여전히 생존한 환자에 대한 데이터는 환자가 생존한 것으로 알려진 마지막 날부로 검열되었다. 생존 분석은 바이오마커 높은 그룹과 낮은 그룹 사이에 무진행 생존의 분포에 있어서 차이에 대해 로그-순위 시험을 사용하여 수행되었다. 중간 생존 시간은 카플란 메이어 방법에 의한 생성물-한계 추정을 사용하여 계산되었다.
Plat-S 및 Plat-R 원발성 종양 사이의 유전자 발현 차이를 비교하기 위해, 2-샘플 t 시험이 이용되었다. Plat-R 매칭된 원발성 및 전이성 종양 사이의 유전자 발현 차이를 비교하기 위해, 쌍으로 된 t 시험이 사용되었다. 양측 p 값이 유도되고 그리고 벤자미니 호크버그 방법을 사용하여 거짓 발견율 (FDR)에 대해 제어함에 의해 다중 비교를 위해 조정되었다.
RNA 동일계내 혼성화(RNA ISH) 검정
듀플렉스 POSTN/LOX 및 단일-플렉스 FAP RNAscope® 동일계내 혼성화 (ISH) 검정이 캘리포니아주 헤이워드 소재의 어드밴스드 셀 다이어그노스틱스에서 설계되고, 시행되고, 그리고 스코어링되었다. FAP (NM_004460.2, nt 237-1549)에 대한 단일 색상 프로브가 사전-설계되고 그리고 상업적으로 이용가능하다. Wang 등의 J Mol Diagn 14:22-29 (2012)에 기재된 바와 같은 맞춤형 소프트웨어를 사용하여 LOX (유전자은행 수탁 번호 NM_001178102.1, nt 223-1725) 및 POSTN (NM_006475.2, nt 13-1199) RNAs에 대한 이중 색상 쌍으로 된 이중-Z 올리고뉴클레오티드 프로브가 설계되었다. RNA ISH는 제조자의 지침에 따라 4μm 포르말린-고정된, 파라핀-포매된 (FFPE) 조직 절편 상에서 RNAscope® 2-플렉스 발색 시약 키트 및 RNAscope® 2.0 HD 갈색 시약 키트를 사용하여 수행되었다. RNA 품질은 하우스키핑 유전자 사이클로필린 B (PPIB) 및 RNA 폴리머라제 서브유닛 IIA (PolR2A)에 특이적인 이중 착색된 프로브로 각 샘플에 대해 평가되었다. 음성 대조군 배경 염색은 박테리아 dapB 유전자에 특이적인 프로브를 사용하여 평가되었다. 하우스키핑 유전자 프로브 염색을 갖는 세포 당 >4 도트의 평균 및 음성 대조군 염색을 갖는 10 세포 당 <1 도트의 평균을 갖는 샘플 만이 표적 프로브로 분석되었다. 기술 및 평점 정확도를 검증하기 위해, FFPE HeLa 세포 펠렛으로 구성되는 참조 슬라이드가 조직 FFPE 슬라이드와 함께 PPIB 및 dapB에 대해 시험되었다. 40x 배율을 사용한 Zeiss Axio Imager M1 현미경을 사용하여 밝은 영역 이미지가 획득되었다. RNAscope 신호는 아래와 같이 세포 당 도트의 수에 기반하여 스코어링되었다: 0 = 0 도트/세포, 1 = 1-3 도트/세포, 2 = 4-9 도트/세포, 3 = 10-15 도트/세포, 및 4 = >15 도트/클러스터 내 >10%의 도트를 갖는 세포. 마커 발현에서 이종성을 평가하기 위해, H-스코어 분석이 수행되었다. H-스코어는 각 평점 범주에서 세포 백분율을 더하여, 상응하는 스코어를 곱하여 계산되었으므로 스코어는 0-400의 규모로 된다.
면역세포화학
면역조직화학 (IHC)은 유리 슬라이드 상에 실장된 4μm 두께 포르말린-고정된, 파라핀-포매된 조직 섹션 상에서 수행되었다. FAP (GNE, 클론 10D2.1.1), 알파 평활근 액틴 (SMA) (메사추세츠주 케임브리지 소재 AbCam), 및 POSTN (노쓰캐롤라이나주 애쉬빌 소재의 바이오벤더)에 대한 1차 항체가 사용되었다. FAP 염색은 트릴로지 (캘리포니아주 록클린 소재의 셀 마커) 항원 회수를 이용하여 DAKO 자동염색기 상에서 수행되었다. 검출은 말 항-마우스 바이오티닐화된 2차 항체 (캘리포니아 주 벌링게임 소재의 벡터랩스)를 이용하였고, 그 다음 TSA 향상 (매사추세츠 주 월샘 소재의 퍼킨엘머) 및 DAB 가시화 (일리노이 주 록퍼드 소재의 피어스)를 갖는 스트렙타비딘-HRP가 따랐다. SMA 및 POSTN 염색은 벤타나 디스커버리 XT 자동화 플랫폼 (애리조나 주 투손 소재의 벤타나 메디칼 시스템스) 상에서 수행되었다. 섹션은 표준 시간에, 세포 컨디셔너 1로 처리되었다. 특이적으로 결합된 1차 항체는 OmniMap 항-토끼-HRP (애리조나 주 투손 소재의 벤타나 메디칼 시스템스) 그 다음 ChromoMap DAB (애리조나 주 투손 소재의 벤타나 메디칼 시스템스)에서 섹션을 배양함에 의해 검출되었다. 상기 섹션은 헤마톡실린으로 대조염색되고, 탈수되고, 그리고 커버글라스로 덮혔다.
결합조직형성의 H&E 평가
발견 종양 샘플 (원발성 Plat-S, 환자-매칭된 Plat-R 원발성, 및 재발되는 종양을 포함하여 총 85)의 대표적인 H&E 염색된 섹션이 종양 모상과 관련된 기질 활성화 증거에 대해 조사되고 그리고 결합조직형성 스코어가 배정되었다. 일부 사례는 조직 손상, 괴사, 부종, 또는 제한된 기질 존재에 기인하여 이용가능한 대표적인 섹션 상에서 점수를 매기기가 너무 어려운 것으로 간주되었다. 결합조직형성은 상주하는 비-활성화된 섬유아세포와 상이한 근섬유아세포의 증가된 밀도 및 해체에 의해 대표되는 섬유성 영역으로 식별되었다. 사용된 결합조직형성 평점 체계는 Tothill 등의 하기에 의하여 보고된 것과 유사하다: Tothill et al., Clin Cancer Res. 14:5198-5298, 2008. 결합조직형성 스코어는 아래와 같이 정의되었다: 0 = 결합조직형성 무, 1 = 소수의 암 세포에 접한 분산된 결합조직형성 병소, 2 = 몇 개의 암 세포에 접한 결합조직형성 병소 또는 중간 정도의 융합하는 (보다 넓은) 결합조직형성이지만, 그러나 섹션 전반을 통해 존재하지 않음, 3 = 섹션 전반을 통한 결합조직형성 반응.
TP53 돌연변이 상태
심도있는 서열분석이 이전에 개발된 MMP-Seq 표적화된 암 패널을 사용하여 전체 TP53 유전자의 모든 엑손 및 엑손-인트론 접합 상에서 수행되었다. FFPE DNA 샘플의 품질은 TRAK2 qPCR "ruler assay"를 사용하여 기능적 복제의 수로 정량화되었다. 각 샘플로부터의 5000 기능적 복제의 DNA는 Fluidigm 접근 어레이 그 다음 Illumina MiSeq 시퀀서 상에서 심도있는 서열분석을 사용하여 표적 농축 및 라이브러리 구축을 위한 입력으로 사용되었다. TP53 유전자의 평균 적용범위는 앰플리콘 당 ~1000x이다. 하기에 기재된 바와 같이 서열 정렬, 1차 변이체 호출 및 여과가 수행되었다: Bourgon et al., Clin Cancer Res 20:2080-2091 (2014).
실시간 PCR에 의한 복제수 변화 분석
게놈 포르말린-고정 파라핀 포매된 (FFPE) DNA (200ng)는 제조자의 프로토콜에 따라 Taqman 사전증폭 마스터 믹스 (라이프 테크놀로지스)와 각 50nM로 35쌍의 유전자 특이적 프라이머의 풀을 사용하여 17 주기의 사전-증폭되었다. 사전증폭된 샘플은 희석되고 그리고 qPCR이 BioMark TM 시스템 상에서 Fluidigm 96.96 다이나믹 어레이를 사용하여 수행되었다. 간단히 말해서, 샘플 혼합물은 DNA, Taqman 유전자 발현 마스터 믹스 (라이프 테크놀로지스), DNA 결합 샘플 적하 시약 (Fluidigm), 및 EvaGreen 염료 (Biotium)을 함유했다. 검정 혼합물은 유전자 특이적 프라이머 쌍 및 샘플 적하 시약 (Fluidigm)을 함유했다. Ct 측정 및 용융 곡선 분석은 Fluidigm 유전자 분석 소프트웨어를 사용하여 수행되었다. 상대적인 유전자 복제수는 글로벌 델타 델타 Ct 방법을 사용하여 계산되었다. 먼저, 각 샘플 내 모든 유전자의 중간 Ct가 참조로 사용되어 샘플 DNA 입력을 표준화하고 델타 Ct를 계산한다. 개별 유전자에 대한 모든 샘플의 중간 델타 Ct는 그런 다음 2 복제 캘리브레이터 샘플로 사용되었다. 결과는 각 유전자에 대한 세 가지 프라이머 쌍의 평균이다.
세포-기반 검정
난소 세포주 ES-2는 ATCC로부터 수득되고 그리고 10% FBS 및 2mM 글루타민을 갖는 RPMI1640 배지에서 배양된다. 96-웰 플레이트는 먼저 재조합 전장 FN1 (Cat# F2006, 미주리 주 세인트루이스 소재의 시그마-알드리치), POSTN (Cat# 3548-F2, 미네소타 주 미니애폴리스 소재의 R&D 시스템스)으로 코팅되거나, 또는 37℃에서 2시간 동안 또는 4℃에서 16시간 동안 미코팅으로 남겨진다. 세포는 그런 다음 코팅된 플레이트에 3,000 세포/웰로 도말된다. 10 μM 카보플라틴 또는 10 nM 파클리탁셀이 다음날 각 웰에 부가된다. 세포-타이터 Glo® 시약이 화합물 치료 후 72시간에 부가되어 세포 생존력을 측정한다. 코팅된 웰들에서의 생존력이 그런 다음 미코팅된 웰들에서의 생존력과 비교되어 % 성장 이점을 계산한다.
실시예 1. 1차 화학요법-내성 난소 종양에서 상향조절된 "반응성 기질" 유전자 표지의 식별
EOC에서 1차 화학요법-내성과 관련된 분자 특징을 식별하기 위해, 1차 화학요법에 대해 임상적으로 명확한 반응을 갖는 높은-등급 장액 또는 자궁내막양 난소 종양의 세트가 선택되었다 (표 6). 이 발견 세트는 1차 화학요법-내성이 있는 32명 환자 및 1차 화학요법에 민감성인 26명 환자로부터의 종양 시료로 구성된다. 모든 환자는 1차 화학요법으로 백금 및 탁산의 조합으로 처리되었다. 1차 화학요법-내성 환자는 1차 백금-기반 화학요법의 완료 후 6개월 내에 질환 재발 또는 진행을 가지는 것을 기반으로 선택되었고, 반면 화학요법-민감성 환자는 1차 화학요법으로부터 12개월 내에 재발 또는 진행을 가지지 않는 것을 기반으로 선택되었다. 32명 화학요법-내성 환자 중 27명은 화학요법 전에 수집된 환자-매칭된 원발성 종양 시료 및 질환 진행에서 요법 후 수집된 재발하는 종양 시료 (각각 Plat-R 원발성 및 Plat-R 재발성으로 칭함)을 가졌다. 26명 화학요법-민감성 환자에 대해, 단지 요법 전의 원발성 종양 시료만이 분석에 이용가능하였다 (Plat-S 원발성으로 칭함).
발견 연구에서 환자 임상병리학적 특징
백금-내성 (N=32) 백금-민감성 (N=26)
연령: 중앙값 (범위) 56 (28 - 76) 47.5 (28 - 64)
단계:
I
II
III
IV
1 (3.1%)
-
31 (96.9%)
-
6 (23.1%)
-
20 (76.9%)
-
조직학:
장액
자궁내막유사
30 (93.8%)
2 (6.2%)
25 (96.2%)
1 (3.8%)
PFI (무-백금 간격):
원발성 TX의 종료점으로부터
중앙값 (개월)
95% 신뢰 구간 사건
4.4
(3.9, 5.0)
32
도달하지 않음
(NA, NA)
0
OS
수술 유래
중앙값 (개월)
95% 신뢰 구간 사건
21.9
(20.0, 31.5)
25
도달하지 않음
(NA, NA)
0
백금-기반 화학요법에 대한 반응과 상호 관련이 있는 유전자 발현 표지가 요구되었다. 유전자 발현 프로파일링은 나노스트링 플랫폼에서 개발된 800-유전자 난소암 생체 바이오마커 패널 (표 5)을 사용하여 Plat-R 원발성, Plat-R 재발되는, 및 Plat-S 원발성 샘플 상에서 수행되었다. 화학요법 전에 32 Plat-R 및 26 Plat-S 원발성 종양을 비교한 2-샘플 t 시험은 두 군 사이에 유의미하게 차등적으로 발현된 14 유전자를 식별하였다 (FDR ≤ 10% 및 배수 변화 ≥1.5, 표 7). Plat-R 종양 내에 상향조절된 유전자는 ECM 생산 및 리모델링 유전자 (즉, POSTN, FAP, LOX, TIMP3, COL4A1)에서 매우 풍부하고, 세포 이동 및 침습 (즉, NUAK1)에 관여된 유전자뿐만 아니라 면역 조절 (즉, TDO2)에 관여된 유전자인 상이한 "반응성 기질" 표지를 나타냈다 (도 1A). 다른 한편으로, 화학요법-민감성 종양과 관련된 핵심 유전자는 프로게스테론 수용체 (PGR), 태반 알칼리성 포스파타제 (ALPP), 및 섬유아세포 성장 인자 4 (FGFR4) 유전자를 포함한다. 요법 전 수집된 환자-매칭된 원발성 종양 시료 및 질환 진행에서 요법 후 수집된 재발되는 종양 시료를 가지는 27명 Plat-R 환자에 대해, 재발한 종양을 특징으로하는 유전자 표지를 찾기 위해 추가 분석이 수행되었다. 쌍으로 된 t-시험은 원발성 및 재발되는 내성있는 종양 사이에 유의미하게 차등적으로 발현된 65개 유전자를 식별했다 (FDR ≤ 10% 및 배수 변화 ≥1.5, 표 8). 다시, 종양 기질 성분을 나타내는 특질 유전자는 활성화된 섬유아세포 마커 (ACTA2), ECM 생산 및 리모델링 효소 (즉, POSTN, FAP, FN1, TIMP3, LOX, MMP11), 성장 인자 (즉, FGF1), 면역 관련된 유전자 (즉, CD36, GZMK, CD247) 뿐만 아니라 혈관 내피 마커 (즉, PLVAP 및 PECAM (항원 CD31)) 및 성장 인자 (즉, ANGPL2)를 포함하여, 재발되는 종양 (도 1B)에서 36개 유의미하게 상향조절된 유전자 중에 아주 풍부하다. 요법 전 원발성 종양에 비교될 때, 재발되는 Plat-R 종양 내 29개 유의미하게 하향-조절된 유전자는 에스트로겐 수용체 (ESR1 및 ESR2) 및 다른 차별화된 상피 세포 마커 (MUC1, KLK6, KLK7)였다 (도 1B). 원발성 및 재발한 Plat-R 종양을 특징으로 하는 두 표지의 비교는 (1) 서로 크게 상관되고 (도 2); (2) Plat-S 원발성 종양에 비교하여 Plat-R 원발성 종양에서 유의미하게 상향조절되고 그리고 (3) 추가로 Plat-R 재발한 종양에서 화학요법 치료 후 유도된 (도 1C 및 1D) 발현 수준을 갖는 4개 공통의 반응성 기질 표지 유전자인, POSTN, FAP, TIMP3, 및 LOX를 식별하였다. 이와 함께, 이들 결과는 반응성 기질 유전자의 상향조절이 EOC에서 화학요법-내성을 조절하는데 중요한 역할을 할 수 있다는 것을 나타냈다.
종양 억제제 유전자 TP53에서의 돌연변이 및 사이클린 E1 (CCNE1)의 증폭은 난소암에서 1차 화학요법-내성과 이전에 관련된다. 심도있는 서열분석이 MMP-Seq 표적화된 암 패널을 사용하여 전체 TP53 유전자의 모든 엑손 상에서 수행되었다. TP53 돌연변이가 32 Plat-R 원발성 종양 중 32 (100%)에서 그리고 26 Plat-S 원발성 종양 중 23 (88%)에서 발견되었다 (도 1A). 전반적인 높은 빈도의 TP53 돌연변이는 높은-등급 장액 난소 종양에서 TCGA 발견과 일치되었다. 이들 결과는 또한 TP53 돌연변이 상태가 화학요법 치료에 대한 반응을 측정하는데 주요 요인이 될 가능성이 없다는 것을 나타냈다. 많은 유형의 암에서 빈번하게 변형되는 것으로 보고된 35개 유전자에 대해 qPCR-기반의 복제수 분석이 또한 수행되었다. 9개 재발되는 증폭된 유전자가 이 연구에서 식별되었다 (도 1A, 복제수 ≥ 4). 이들 중에서, RSF1, AKT1, 및 AKT3 증폭은 단지 Plat-S 종양에서만 식별된 반면 FGFR1 및 ZNF703 증폭은 단지 Plat-R 종양에서만 식별되었다. 그러나, 화학요법에 대한 반응과 이들 유전자의 임의의 하나 (CCNE1을 포함함) 또는 조합의 증폭 사이에 유의미한 상관관계는 관측되지 않았다.
Plat -R 원발성 대 Plat -S 원발성 종양 간 14개 차등적으로 발현된 유전자 (발견 데이터세트)
유전자 Plat-R 원발성 대 Plat-S 원발성 종양에서 평균 배수 변화 Plat-R에서의 상향 또는 하향 P 값 FDR
RB1 (유전자 번호: 5925) -1.76403 다운 0.00011 0.02890
TDO2 (유전자 번호: 6999) 2.17582 상향 0.00021 0.02890
POSTN (유전자 번호: 10631) 4.00402 상향 0.00022 0.02890
FAP (유전자 번호: 2191) 2.62089 상향 0.00025 0.02890
COL4A1 (유전자 번호: 1282) 1.66375 상향 0.00029 0.02890
LOX (유전자 번호: 4015) 2.08455 상향 0.00033 0.02902
FGFR4 (유전자 번호: 2264) -2.06441 다운 0.00052 0.03910
PGR (유전자 번호: 5241) -3.25575 다운 0.00056 0.03910
TIMP3 (유전자 번호: 7078) 2.31509 상향 0.00100 0.05864
NUAK1 (유전자 번호: 9891) 1.59941 상향 0.00101 0.05864
ABCB9 (유전자 번호: 23457) -1.61825 다운 0.00115 0.06145
FOXO1 (유전자 번호: 2308) -1.56584 다운 0.00147 0.07300
ALPP (유전자 번호: 250) -3.29452 다운 0.00174 0.07989
ANXA1 (유전자 번호: 301) -1.76479 다운 0.00195 0.07989
Plat -R 재발 대 Plat -R 원발성 종양 간 65개 차등적으로 발현된 유전자 (발견 데이터세트)
유전자 Plat-R 재발 대 Plat-R 원발성 종양에서 평균 배수 변화 Plat-R 재발한 종양에서 상향 또는 하향 P 값 FDR
DTX4 (유전자 번호: 23220) -1.64787 다운 0.00002 0.01054
CD36 (유전자 번호: 948) 3.56536 상향 0.00003 0.01054
PLVAP (유전자 번호: 83483) 1.84394 상향 0.00013 0.02312
ESR2 (유전자 번호: 2100) -2.00550 하향 0.00023 0.02412
POSTN (유전자 번호: 10631) 3.28556 상향 0.00029 0.02412
KRT18 (유전자 번호: 3875) -1.52693 하향 0.00032 0.02412
ABCC9 (유전자 번호: 10060) 1.73344 상향 0.00034 0.02412
PCOLCE (유전자 번호: 5118) 1.66209 상향 0.00039 0.02412
FUT2 (유전자 번호: 2524) -1.49515 하향 0.00041 0.02412
CD1C (유전자 번호: 911) 1.73641 상향 0.00046 0.02412
MS4A1 (유전자 번호: 931) 2.63163 상향 0.00050 0.02412
CD44 (유전자 번호: 960) 1.59338 상향 0.00052 0.02412
ANGPTL2 (유전자 번호: 23452) 1.55443 상향 0.00066 0.02412
PECAM1 (유전자 번호: 5175) 1.56963 상향 0.00075 0.02412
HOXD10 (유전자 번호: 3236) -1.94235 하향 0.00081 0.02412
FAP (유전자 번호: 2191) 2.35907 상향 0.00088 0.02412
LOX (유전자 번호: 4015) 1.89374 상향 0.00103 0.02412
TIMP3 (유전자 번호: 7078) 2.16769 상향 0.00107 0.02412
EXO1 (유전자 번호: 9156) -1.62390 하향 0.00108 0.02412
INADL (유전자 번호: 10207) -1.53801 하향 0.00109 0.02412
PMEPA1 (유전자 번호: 56937) 1.50167 상향 0.00113 0.02412
IGFBP2 (유전자 번호: 3485) -1.61594 하향 0.00113 0.02412
IL7R (유전자 번호: 3575) 2.04198 상향 0.00117 0.02412
FBLN1 (유전자 번호: 2192) 1.88186 상향 0.00130 0.02591
FGF1 (유전자 번호: 2246) 1.77319 상향 0.00135 0.02600
RBP4 (유전자 번호: 5950) 2.89945 상향 0.00141 0.02600
TWIST1 (유전자 번호: 7291) 1.52597 상향 0.00159 0.02600
KLK7 (유전자 번호: 5650) -1.73811 하향 0.00171 0.02600
MYCN (유전자 번호: 4613) -1.59335 하향 0.00183 0.02600
FGFR4 (유전자 번호: 2264) -1.65482 하향 0.00184 0.02600
ID1 (유전자 번호: 3397) 1.53481 상향 0.00187 0.02600
ERBB3 (유전자 번호: 2065) -1.50105 하향 0.00224 0.02737
RAC2 (유전자 번호: 5880) 1.67853 상향 0.00257 0.03030
GFRA1 (유전자 번호: 2674) 1.76644 상향 0.00286 0.03215
TMEM45B (유전자 번호: 120224) -1.65581 하향 0.00296 0.03218
MAN1A1 (유전자 번호: 4121) 1.58276 상향 0.00369 0.03537
PROM1 (유전자 번호: 8842) -1.73404 하향 0.00377 0.03547
NCAM1 (유전자 번호: 4684) -1.79762 하향 0.00433 0.03821
EVI2A (유전자 번호: 2123) 1.66289 상향 0.00476 0.04087
MKI67 (유전자 번호: 4288) -1.50709 하향 0.00488 0.04091
KLK6 (유전자 번호: 5653) -1.55987 하향 0.00516 0.04194
CCR7 (유전자 번호: 1236) 1.71160 상향 0.00555 0.04194
CDH3 (유전자 번호: 1001) -1.49953 하향 0.00560 0.04194
LY6E (유전자 번호: 4061) -1.50727 하향 0.00641 0.04601
TJP3 (유전자 번호: 27134) -1.59144 하향 0.00656 0.04611
SLC7A11 (유전자 번호: 23657) -1.69153 하향 0.00788 0.05192
GZMK (유전자 번호: 3003) 1.71790 상향 0.00958 0.05777
TSPAN8 (유전자 번호: 7103) -2.53992 하향 0.00963 0.05777
BNIP3 (유전자 번호: 664) -1.54514 하향 0.01022 0.05854
PRAME (유전자 번호: 23532) -1.63296 하향 0.01074 0.05980
ESM1 (유전자 번호: 11082) -1.64805 하향 0.01126 0.06107
VTCN1 (유전자 번호: 79679) -1.63373 하향 0.01158 0.06107
PTPRC/CD45RA (유전자 번호: 5788) 1.74707 상향 0.01232 0.06131
FCRL5 (유전자 번호: 83416) 1.51619 상향 0.01289 0.06257
ESR1 (유전자 번호: 2099) -1.51432 하향 0.01297 0.06257
MUC1 (유전자 번호: 4582) -1.58715 하향 0.01547 0.06687
NNMT (유전자 번호: 4837) 1.57937 상향 0.01888 0.07640
CCL28 (유전자 번호: 56477) -1.52116 하향 0.01979 0.07872
FN1 (유전자 번호: 633) 1.76729 상향 0.02084 0.08193
MMP11 (유전자 번호: 4320) 1.82452 상향 0.02299 0.08743
CD27 (유전자 번호: 939) 1.60143 상향 0.02341 0.08765
SLA (유전자 번호: 6503) 1.50128 상향 0.02355 0.08765
BGN (유전자 번호: 633) 1.50914 상향 0.02405 0.08765
ACTA2 ACTA2 (유전자 번호: 59) 1.54853 상향 0.02544 0.09035
CD247 (유전자 번호: 919) 1.56026 상향 0.02941 0.09842
실시예 2. 반응성 기질 표지 유전자가 종양 관련된 섬유아세포에서 특이적으로 유도되고 조절되었다.
특정한 세포 유형이 반응성 기질 표지 유전자를 발현했는지를 측정하기 위해, POSTN 및 FAP RNA ISH 분석이 85개 종양 시료 중 전체 세트로부터 종양 시료의 전체의 슬라이드 상에서 수행되었다. 또한, POSTN 및 FAP IHC 뿐만 아니라 LOX RNA ISH 분석이 15개 대표적인 종양 시료에 대해 또한 수행되었다. 이들 마커의 ISH 및 IHC를 나타내는 대표적인 이미지는 도 3A에 도시되었다. Plat-S 원발성 종양에서, 전혀 또는 유의미하게 낮은 수준의 반응성 기질 표지 유전자가 ISH 또는 IHC에 의해 기질 또는 종양 세포에서 검출되었다. 그에 반해서, Plat-R 원발성 및 재발한 종양에서, POSTN은 종양-관련된 섬유아세포에서 배타적으로 발현된 반면 LOX 및 FAP는 종양-관련된 섬유아세포에서 우세하게 발현되고 종양 세포에서 낮은 수준으로 발현되었다는 것이 밝혀졌다. POSTN/LOX/FAP 발현 종양-관련된 섬유아세포는 또한 활성화된 근섬유아세포에 대한 확립된 마커인 강한 알파-평활근 액틴 (αSMA) 염색을 보였다. 나노스트링 유전자 발현 프로파일링 (도 1D)으로부터의 결과와 일치되게, ISH 및 IHC 분석은 반응성 기질 유전자의 발현이 Plat-S 원발성 종양에 비교하여 Plat-R 원발성 종양에서 유의미하게 높았고 그리고 Plat-R 재발한 종양에서 더욱 상향조절되었다는 것을 식별하였다 (도 3B). 반응성 기질 유전자 발현의 관측된 조절은 원발성 및 재발한 Plat-R 종양에서 종양 세포에 바로 나란히 놓인 기질 구획에 주로 제한되어 (도 3B), 종양-관련된 기질 구획이 난소암에서 화학요법-내성을 매개하는데 특이적 작용 부위일 수 있다는 것을 보여준다. 따라서, IHC 및 RNA ISH 양자를 포함하여 동일계내 분석을 사용하여, 반응성 기질 표지 유전자는 종양 세포에 바로 나란히 놓인 활성화된 섬유아세포에 의해 배타적으로 또는 우세하게 발현되는 것으로 식별된다.
실시예 3. POSTN의 기질 발현은 결합조직형성 표현형과 관련된다.
결합조직형성은 많은 유형의 암에서 발견된 공통의 병리적 표현형이다. 결합조직형성의 조직학적 징후는 세포외 기질 단백질의 유의미한 과잉생산 및 근섬유아세포-유사 세포의 광범위한 증식 및 해체를 포함한다. 기질 세포 증식에서의 변화 및 세포외 기질 성분의 침착은 전체 조직 이종성 및 탄력성 뿐만 아니라 동반한 간질액 압력에서의 극적인 변화를 초래한다. 이들 변화는 암에서 화학요법-내성에 기여하는 것으로 시사된다. 반응성 기질 분자 표지와 결합조직형성 생리적 특징 사이의 잠정적 연관을 평가하기 위해, 결합조직형성의 정도가 본 연구에서 전체 세트 종양 시료에 대한 H&E 염색된 전체의 조직 절편에 대해 스코어링되었다. 스코어링된 85개 시료 중, 이들 중 26개가 조직 손상, 괴사, 부종, 또는 제한된 기질 존재에 기인하여 스코어링하기에 너무 어려운 것으로 간주되었다. 잔여 시료는 21 Plat-S 원발성, 18 Plat-R 원발성 및 21 Plat-R 재발한 종양을 포함했다. 도 4A 및 4B에서 나타낸 바와 같이, 대다수의 Plat-S 원발성 종양에서 전혀 또는 단지 소수의 산란된 결합조직형성 병소가 관측된 반면, Plat-R 원발성 및 재발한 종양에서는 중간 정도 내지 광범위한 결합조직형성이 아주 풍부하였다. 더욱이, 결합조직형성의 정도는 POSTN의 기질 발현 수준과 매우 상관되었고, 반응성 기질 표지의 핵심 성분 중 하나는 1차 화학요법-내성을 특징으로 한다. 화학요법-내성을 매개하는데 이들 반응성 기질 표지 유전자의 직접적인 역할을 추가로 확립하기 위해, 재조합 POSTN의 존재에서 성장된 화학요법-민감성 난소 세포가 시험관내 카보플라틴 및 파클리탁셀 치료에 대해 내성있는 것이 입증되었다.
실시예 4. POSTN은 시험관내에서 EOC 세포의 화학요법-내성을 증진한다.
반응성 기질 표지 유전자가 난소 종양 세포에서 화학요법-내성을 증진하는데 특정한 역할을 하는지가 다음에 조사되었다. 이를 위해, 재조합 인간 POSTN 단백질이 사용되어, 무 내인성 POSTN 발현을 갖는 화학요법-민감성 난소암 세포주인, ES-2 세포에서 화학-시약에 내성에 대한 그것의 효과를 직접적으로 시험하기 위해 조직 배양 접시를 도포하였다 (도 4C). ECM의 당단백질 및 핵심 성분인 파이브로넥틴 (FN)이 난소암 세포에서 도세탁셀 내성을 조절하는 것으로 나타났기 때문에, FN 단백질 코팅이 이 실험에서 대조군으로서 사용되었다. 도 4C에서 나타낸 바와 같이, POSTN-코팅된 플레이트 상에서 성장된 ES-2 세포는 비처리된 배양 접시 상에 성장된 세포보다 카보플라틴 또는 파클리탁셀 치료에 대해 유의미하게 보다 내성있는 것으로 밝혀졌다. 비록 POSTN 코팅 단독은 또한 화학요법 치료의 부재에서 세포 성장에 작은 증가를 보였지만, 화학요법 치료에 의한 생존 이점을 제공하는 그것의 효과는 우세하고 유의미하였다. 그에 반해서, FN 코팅은 POSTN에 비교할 때 ES-2 세포에서 카보플라틴 또는 파클리탁셀 치료에 대한 약물 내성을 촉진하는 효과를 훨씬 적게 제공했다. 이 연구는 POSTN이 시험관내에서 EOC 세포에서 화학요법-내성을 촉진할 수 있음을 입증한다. 이와 함께, 이들 결과는 POSTN 및 다른 반응성 기질 성분이 생체내에서 화학요법-내성을 촉진하는데 직접적인 역할을 할 수 있다는 추가의 지지 증거를 제공했다.
실시예 5. 1차 화학요법-내성과 회합하여 반응성 기질 표지의 독립적인 검증
독립적인 데이터세트에서 반응성 기질 표지와 1차 화학요법-내성 사이의 직접적인 연관을 추가로 입증하기 위해, 난소암의 1차 치료로서 표준 화학요법에 베바시주맙을 부가하는 이점을 평가하는 상 III 시험 (ICON7)의 화학요법 처리 아암으로부터 난소 종양 조직 샘플의 서브셋이 사용되었다. 화학-대조군 아암에 등록된 510명 환자 중, 높은-등급 장액 또는 자궁내막양 난소 종양을 갖는 138명 환자가 나노스트링 난소암 바이오마커 패널 상의 유전자 발현 프로파일링하는데 이용가능한 조직을 가졌다 (표 9). Plat-R 및 Plat-S 환자의 분포 또는 임상병리적 특징에 관하여 유의미한 편향은 바이오마커 하위집단에서 발견되지 않았으며, 이것이 치료 의향 (ITT) 집단을 대표한다고 제안한다 (표 10). 상 III 시험의 화학-대조군 아암으로부터의 환자는 발견 연구(상기 실시예 1)에서 사용된 동일한 임상 정의를 사용하여 Plat-S 및 Plat-R 그룹으로 분류되었다. 화학요법 전 49개 Plat-R 및 86개 Plat-S 원발성 종양에 대한 2 샘플 t-시험 분석은 두 그룹 사이에 유의미하게 차등적으로 발현된 10개 유전자를 식별했다 (p ≤ 0.01 및 배수 변화 ≥ 1.5, 표 11). 이 데이터세트 및 발견 데이터세트로부터 차등적으로 발현된 유전자 목록의 비교는 1차 화학요법-내성 종양에서 최상의 4개 유의미하게 상향조절된 유전자를 구성하는 모두 4개의 반응성 기질 표지 유전자 (POSTN, FAP, TIMP3, 및 LOX)를 나타냈다 (도 5A). 이들 결과는 독립적으로 반응성 기질 표지는 EOC에서 강력하고 재생가능한 화학요법-내성 표지인 것을 식별했다. PGR의 발현은 발견 및 검증 데이터세트 양자에서 화학요법-내성 그룹에서 적어도 2-배 일관되게 하향-조절되어 (발견 데이터세트에서 p < 0.001 및 배수 변화 = 3.3; 및 검증 데이터세트에서 p = 0.0058 및 배수 변화 = 2), 난소암에서 화학요법에 대한 민감성을 조절하는데 프로게스테론 신호전달이 중요한 역할을 할 것이라는 것을 시사한다.
상 III 임상 연구의 표준 화학요법 아암으로부터 검증 세트에서 환자 임상병리적 특징
백금-내성 (N=37) 백금-민감성 (N=67)
연령: 중앙값 (범위) 58 (43 - 79) 58 (37 - 75)
단계:
I
II
III
IV
-
2 (5.4%)
27 (73%)
8 (21.6%)
4 (6%)
11 (16.4%)
52 (77.6%)
-
조직학:
장액
자궁내막유사
33 (89.2%)
4 (10.8%)
59 (88.1%)
8 (11.9%)
PFI (무-백금 간격):
원발성 TX의 종료점으로부터
중앙값 (개월)
95% 신뢰 구간 사건
4.6
(4.5, 4.8)
37
도달하지 않음
(28.7, NA)
19
OS
수술 유래
중앙값 (개월)
95% 신뢰 구간 사건
24.1
(21.1, NA)
19
도달하지 않음
(NA, NA)
0
ICON7 화학-처리 아암의 인구통계 요약 ( 바이오마커 집단 대 ITT )
　 전체 (ITT) 바이오마커
연령
N
평균
SD
중앙값
최소-최대		 　 　
528
57.71
10.28
58
18...81		 138
58.28
9.4
58
37...79
ECOG PS
총합
0
1
2		 　
528
266 (50.38%)
229 (43.37%)
33 (6.25%)		 　
138
68 (49.28%)
60 (43.48%)
10 (7.25%)
암 기점
총합
나팔관
다중 위치
난소 (상피)
원발성 복막성		 　
528
21 (3.98%)
10 (1.89%)
456 (86.36%)
41 (7.77%)		 　
138
3 (2.17%)
4 (2.9%)
124 (89.86%)
7 (5.07%)
조직학
총합
투명 세포
자궁내막양
혼합
점액성
기타
장액성		 　
528
0 (0%)
51 (9.66%)
0 (0%)
0 (0%)
0 (0%)
477 (90.34%)		 　
138
0 (0%)
14 (10.14%)
0 (0%)
0 (0%)
0 (0%)
124 (89.86%)
등급
총합
1 등급
2 등급
3 등급
알 수 없음		 　
528
0 (0%)
119 (22.54%)
409 (77.46%)
0 (0%)		 　
138
0 (0%)
28 (20.29%)
110 (79.71%)
0 (0%)
FIGO 단계
총합
IA
IB
IC
IIA
IIB
IIC
III
IIIA
IIIB
IIIC
IV		 　
528
6 (1.14%)
3 (0.57%)
14 (2.65%)
8 (1.52%)
18 (3.41%)
23 (4.36%)
13 (2.46%)
16 (3.03%)
30 (5.68%)
315 (59.66%)
82 (15.53%)		 　
138
0 (0%)
0 (0%)
5 (3.62%)
1 (0.72%)
4 (2.9%)
9 (6.52%)
4 (2.9%)
7 (5.07%)
8 (5.8%)
87 (63.04%)
13 (9.42%)
감축술 잔류물
총합
수술 없음
최적
아-최적		 　
528
9 (1.7%)
363 (68.75%)
156 (29.55%)		 　
138
1 (0.72%)
85 (61.59%)
52 (37.68%)
FIGO 단계 및 잔류물
총합
잔여 질환을 갖는 I-III <= 1 cm
잔여 질환을 갖는 I-III > 1 cm
IV 및 실시불가능 III		 　
528
325 (61.55%)
117 (22.16%)
86 (16.29%)		 　
138
83 (60.14%)
42 (30.43%)
13 (9.42%)
ITT 화학요법( Chemo )
총합
<= 4주
> 4주		 　
528
235 (44.51%)
293 (55.49%)		 　
138
59 (42.75%)
79 (57.25%)
CA-125
총합
< 2x ULN
>= 2x ULN
누락		 　
528
199 (37.69%)
322 (60.98%)
7 (1.33%)		 　
138
66 (47.83%)
71 (51.45%)
1 (0.72%)
Plat -R 원발성 대 Plat -S 원발성 종양 사이의 10개 차등적으로 발현된 유전자 ( ICON 데이터세트)
유전자 하기에서의 평균 배수 변화:
Plat-R 대 Plat-S 		Plat-R에서의 상향 또는 하향 P 값 FDR
FAP (유전자 번호: 2191) 1.91002 상향 0.00197 0.30546
LOX (유전자 번호: 4015) 1.55303 상향 0.00847 0.31350
MFAP2 (유전자 번호: 4237) 1.55380 상향 0.00901 0.31350
MMP11 (유전자 번호: 4320) 1.80984 상향 0.00846 0.31350
PGR (유전자 번호: 5241) -1.98181 하향 0.00581 0.31350
PLVAP (유전자 번호: 83483) 1.53990 상향 0.00220 0.30546
POSTN (유전자 번호: 10631) 2.23263 상향 0.00669 0.31350
TIMP3 (유전자 번호: 7078) 1.75621 상향 0.00286 0.30546
TP73 (유전자 번호: 7161) -1.60160 하향 0.00030 0.21093
TSPAN8 (유전자 번호: 7103) -2.13960 하향 0.00541 0.31350
실시예 6. POSTN은 EOC에서 1차 백금-기반 화학요법의 임상 결과를 예측한다
반응성 기질 표지 유전자가 EOC에서 1차 화학요법의 임상 결과를 예측할 수 있는지 여부를 조사하기 위해, 4개 사전-명시된 반응성 기질 표지 유전자, POSTN, FAP, TIMP3, 및 LOX, 뿐만 아니라 PGR의 각각을 사용하여 상 III 시험의 화학-대조군 아암 환자에 대해 단변량 생존 분석이 수행되었다. 도 5B에서 나타낸 바와 같이, 높은 POSTN 발현 (중간 컷오프)이 있는 환자는 낮은 POSTN 발현이 있는 환자에서 27개월에 비교할 때 12개월의 중간의 PFS로 유의미하게 보다 짧은 무진행 생존 (PFS)을 가졌다 (HR = 2.4, 95% CI: 1.6-3.7, p = 0.0001). POSTN 발현 수준과, 탈용적 상태, 혈청 CA125 수준 및 FIGO 단계를 포함한 몇 개의 공지된 임상 예후 인자 사이에 약한 상관관계가 관측되었지만 (도 6), 이들 공변량에 대한 조정 후 POSTN 수준과 PFS 간의 연계성은 유의미하게 되었다 (HR = 1.76, p = 0.015). TIMP3 발현은 또한 단변량 Cox 모델 (도 5B)에서 PFS와 유의미하게 관련되는 것으로 밝혀졌다 (HR = 1.8, 95% CI: 1.2-2.8, p = 0.0073). 다른 한편으로, 중간 컷오프를 사용한 FAP 또는 LOX 발현과 PFS 사이의 연계성은 통계적으로 유의미하지 않지만, 75 백분위 컷오프를 사용할 때 매우 크게 유의미하다 (HR = 2.2, 95% CI: 1.4-3.4, p < 0.001 (FAP에 대한); HR = 1.9, 95% CI: 1.2-3.0, p = 0.005 (LOX에 대한)). 다음으로, 중간 컷오프를 사용한 이원화된 4개 유전자 (POSTN, FAP, LOX, 및 TIMP3) 모두의 발현은 각 유전자에 대한 연계의 강도를 평가하기 위해 다변량 Cox 퇴행 모델에서 분석되었다. 단지 POSTN의 발현만이 이 다변량 분석에서 유의미하여, POSTN은 주요 구동인자가며 1차 화학요법의 환자 결과를 예측하는 우세한 효력을 제공한다는 것을 시사한다 (도 7). 또한, 네 개 유전자의 발현이 각 환자에 대해 평균산출될 때, 수득한 전체 기질 스코어는 PFS와의 연관성을 개선하지 않았다 (HR = 2.0, 95% CI: 1.3-3.1, p = 0.0013), 이는 화학요법 하에서의 선두 난소암 생존을 예측하는데 있어서 기질 인자를 획정하는 것으로서의 POSTN의 역할을 식별시켰다. 표지 유전자의 어느 것도 전체 생존율 (OS)과 유의미한 연계를 보이지 않았다. PGR이 환자 생존의 추가의 예측력을 제공하는지 여부를 평가하기 위해, 다변량 COX 모델 분석이 공변량으로 PGR 및 이원화된 POSTN으로 수행되었다 (도 7). POSTN 발현 수준에 대해 보정 후, 보다 높은 PGR 발현을 갖는 환자는 난소암 진행의 위험에서 35% 감소를 경험하는 것으로 밝혀졌지만, 그러나, 본 효과는 0.055의 p 값으로, 극히 적다 (HR = 0.65, 95% CI: 0.42-1.01).
실시예 7. 암에서 화학요법-내성을 극복하기 위한 치료적 전략
이 연구에서 식별된 반응성 기질, 화학요법-내성 및 좋지 못한 임상 결과 사이의 특이적 연계성은 난소암 생물학 및 치료에서 암과 종양 미세환경 사이의 중요한 상호작용을 강조했다. 따라서, 종양 세포를 직접적으로 표적화하는 제제와 조합하여 종양 기질의 표적화 성분은 내성을 극복하고 그리고 효능을 개선하는 잠재적인 신규 접근법을 제공할 것이다. 예를 들면, POSTN은 잠재적 치료 표적의 하나일 수 있다. POSTN의 상향조절은 많은 암 유형, 예컨대 유방, 폐, 결장, 췌장, 및 난소암에서 관측되었다. POSTN은 암 세포 생존, 혈관신생, 상피성-간엽 전이 (EMT), 침습, 및 전이를 촉진하기 위해 다중 세포-표면 수용체, 가장 현저하게는 인테그린, 및 주로 PI3K/Akt 및 FAK-매개된 경로를 통한 신호와 상호작용한다. 최근 연구는 기질 POSTN이 유방암 줄기세포 사이에 상호작용을 조절함으로써 전이성 군집화에 측정적이다는 것을 입증한다. 더욱이, 난소암 세포주에서 중화 항체로 내인성 POSTN을 표적화하는 것은 동물 모델에서 난소 종양 성장 및 전이를 억제하였다. 이와 함께, 암 전개, 진행 및 치료 반응에 POSTN의 중요한 역할은 이것을 화학요법-내성을 극복하기 위한 유망한 새로운 치료 표적으로 한다. 개별적인 기질 성분에 부가하여, 본 발명자들의 연구는 화학요법-내성을 특징으로 하는 반응성 기질 표지는 상처 치유의 정상 과정에서 관여된 유전자에 아주 풍부하다는 것을 밝혀냈다. 이전의 실험적인 증거와 일치되게, 본 발명자들의 데이터는 상처 치유에서 기질 반응의 핵심 매개체인 TGF-β가 종양 세포와 그것의 관련된 기질 사이에서 광범위한 협상을 조절하는데 중요한 역할을 하기 쉽다는 것을 제시하였다 (도 8). 따라서, TGF-β 신호전달 경로를 표적화하는 것은 화학요법-내성을 극복하기 위한 또 다른 잠재적인 유망한 치료적 전략일 수 있다.
그 발현 수준이 반응성 기질 표지 유전자와 유의미하게 상관된 유전자의 분석은 화학요법-내성을 촉진하는데 관여될 수 있는 다른 생물학적 과정을 밝혀냈다. 예를 들어, 본 발명자 등은 POSTN 발현 수준은 혈관신생 및 혈관 전개를 촉진하는데 핵심 성분인, PLVAP, PECAM1, 및 ANGPTL2와 크게 상관된다는 것을 밝혀냈다 (도 9). 따라서, 화학요법 골격, 예컨대 베바시주맙에 항-혈관신생 시약을 부가하는 것은 1차 화학요법에 본질적으로 내성있는 난소 환자에 추가의 이점을 제공할 수 있다. 또한, 1차 화학요법-내성을 극복하기 위한 또 다른 치료적 전략이 POSTN 발현 수준이, 둘 모두가 상처 치유 과정 동안 염증성 및 면역 반응에 관여되는 것으로 공지된 M2 대식세포의 잘-특성화된 표면 마커인, CD68 및 CD163과 크게 상관된다는 관찰로부터 발생되었다 (도 9). 이 관찰은 기질 반응 발현 표지가 M2 대식세포 침윤과 상관된다는 최근 보고와 일치되고 위 및 난소암에서 좋지 못한 예후를 예측한다. 따라서 M2 대식세포를 직접적으로 표적하는 항-염증성 약물 또는 관련된 케모카인, 시토카인, 또는 성장 인자가 EOC에서 1차 화학요법-내성을 극복하기 위한 또 다른 새로운 치료적 전략을 제시할 수 있다고 생각될 수 있다.
실시예 8. 백금-내성 EOC를 예측하기 위한 인자로서 POSTN 순환
순환하는 POSTN이 EOC 환자에서 화학내성을 예측하는데 사용될 수 있는지를 조사하기 위해, ELISA 검정이 이용되어 혈청 내 순환하는 POSTN을 측정했다. 혈청 POSTN 수준은 102명 연령-매칭된 정상 건강 대상체 (NHS), 화학 민감성이 알려지지 않은 100명 EOC 환자, 백금-내성인 것으로 공지된 43명 EOC 환자, 96 폐암 (NSCLC) 환자, 및 29명 췌장암 환자로부터 혈청 샘플의 판매인 입수된 패널에서 측정되었다. 혈청 수집 (치료 전 또는 후)의 화학민감성 상태 및 시간은 100개 판매인 입수된 샘플에 대해서는 미공지되었으나, 유병률 연구에 기반하여 이것은 적어도 30%의 샘플이 화학내성 환자로부터의 것이기 쉽다. 혈청 POSTN ELISA는 1.88ng/mL까지 민감하였으며 모든 난소암 환자와 NHS의 혈청에서 POSTN이 검출되었다. 도 10에서 그룹화된 도트 플롯은 EOC 환자에서 POSTN 발현의 범위가 NHS의 것 및 다른 암 환자와 크게 중첩했다는 것을 나타낸다. 그러나, 순환하는 POSTN의 중앙 및 범위는 NHS보다 화학내성 난소암 및 NSCLC 환자 양자에서 유의미하게 보다 높았다. 이들 결과는 화학내성 난소암 환자에서 보다 높은 조직 POSTN 발현과 일치된다.
순환하는 POSTN 수준은 또한 (난소암의 FIGO 단계와에 의해 측정된 것으로) 단계 I (25) 및 II (6) 환자 (조합하여 31)로부터 판매인 입수된 혈청 샘플 및 단계 III 환자로부터 69 샘플에서 측정되었다. 순환하는 POSTN 및 질환의 단계 사이에 양성 상관관계가 밝혀졌다 (도 11). 이들 결과에 기반하여, 순환하는 POSTN의 측정은 또한 비-침습성 방법으로 EOC 환자의 단계를 측정하기 위해 사용될 수 있다.
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Figure pct00001
전술된 발명은 이해의 명료성을 위해 예시 및 예에 의해 일부 상세하게 설명되었지만, 설명 및 실시예는 본 발명의 범주를 제한하는 것으로 해석되지 않아야 한다. 본원에서 지칭된 모든 특허, 특허 출원, 과학적 참조문헌의 개시내용은 각각의 특허, 특허 출원, 과학적 참조문헌이 구체적으로 및 개별적으로 참고로 편입된 것과 같이 모든 목적에 대해 그 전체가 참고로 명시적으로 편입된다.
<110> Genentech, Inc. F. Hoffmann-La Roche AG <120> COMPOSITIONS AND METHODS FOR TREATING AND DIAGNOSING CHEMOTHERAPY-RESISTANT CANCERS <130> 50474-092WO3 <150> US 62/200,340 <151> 2015-08-03 <150> US 62/096,355 <151> 2014-12-23 <160> 4 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 127 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 1 Gln Val His Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Ala Lys Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val His Met Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Thr Tyr 20 25 30 Trp Met His Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Tyr Ile Asn Pro Asn Thr Gly Tyr Ala Asp Tyr Asn Gln Lys Phe 50 55 60 Arg Asp Lys Ala Thr Leu Thr Ala Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Gln Leu Ser Ser Leu Thr Ser Glu Asp Ser Thr Val Tyr Phe Cys 85 90 95 Ala Arg Arg Arg Thr Gly Thr Ser Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly 100 105 110 Thr Thr Leu Thr Val Ser Ser Thr Lys Thr Thr Pro Pro Ser Val 115 120 125 <210> 2 <211> 102 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 2 Gln Thr Val Leu Ser Gln Ser Pro Ala Ile Leu Ser Ala Ser Pro Gly 1 5 10 15 Glu Lys Val Thr Met Thr Cys Arg Ala Ser Ser Ser Val Thr Tyr Met 20 25 30 His Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Ser Ser Pro Lys Pro Trp Ile Phe 35 40 45 Ala Thr Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser 50 55 60 Gly Ser Gly Thr Ser Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Arg Val Glu Ala Glu 65 70 75 80 Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Trp Thr Ser Asn Pro Leu Thr 85 90 95 Phe Gly Ala Gly Thr Lys 100 <210> 3 <211> 127 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 3 Gln Val Gln Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Ala Arg Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Leu Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ser Phe Thr His Tyr 20 25 30 Trp Met Gln Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Ala Ile Tyr Pro Gly Asp Gly Asp Thr Arg Tyr Thr Gln Arg Leu 50 55 60 Lys Gly Lys Ala Thr Leu Thr Ala Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Glu Leu Ser Ser Leu Ala Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Glu Gly Glu Gly Asn Ser Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln Gly 100 105 110 Thr Ser Val Thr Val Ser Ser Ala Lys Thr Thr Pro Pro Ser Val 115 120 125 <210> 4 <211> 103 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 4 Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Gln Lys Phe Met Ser Thr Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Ser Val Thr Cys Lys Ala Ser Gln Asn Val Gly Ser Ser 20 25 30 Val Ala Trp Phe Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Lys Thr Leu Ile 35 40 45 Tyr Ser Ala Ser Tyr Arg Asp Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Thr Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Thr Asn Val Gln Ser 65 70 75 80 Glu Asp Leu Thr Asp Tyr Phe Cys Leu Gln Tyr Gly Thr Tyr Pro Tyr 85 90 95 Thr Phe Gly Gly Gly Thr Arg 100

Claims (62)

  1. 화학요법-내성 암을 갖는 환자를 식별하는 방법으로서,
    a) 상기 환자로부터 수득된 샘플에서 하나 이상의 기질 표지 유전자(stroma signature gene)(들)의 발현 수준을 측정하는 단계,
    b) 상기 암 유형 내 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)에 대한 중앙 수준의 발현에 대해 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 상기 발현 수준을 비교하는 단계; 및
    c) 상기 환자의 암이 화학요법-내성인지의 여부를 측정하는 단계를 포함하고,
    상기 암 유형 내 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현에 대한 상기 중앙 수준보다 높은 수준으로의 상기 환자 샘플 내 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현은, 상기 환자가 화학요법-내성 암을 가지는 것을 나타내는, 방법.
  2. 청구항 1에 있어서, 상기 환자는, 상기 환자의 암이 상기 암 유형 내 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)에 대하여 75 백분위보다 높은 수준으로 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)를 발현하는 것으로 측정될 경우, 화학요법-내성 암을 갖는 것인, 방법.
  3. 청구항 1 또는 2에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 POSTN, LOX, TIMP3, FAP, BGN, FGF1, FN1, ANGPTL2, ACTA2, MMP11, RBP4, CD36, PLVAP, PECAM1, GZMK, CD247, ABCC9, PCOLCE, CD1C, MS4A1, CD44, PMEPA1, IL7R, FBLN1, TWIST1, ID1, RAC2, GFRA1, CCR7, MAN1A1, EVI2A, PTPRC CD45RA, FCRL5, NNMT, CD27, SLA, TDO2, NUAK1, 및 COL4A1로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  4. 청구항 3에 있어서, 상기 기질 표지 유전자는 POSTN인, 방법.
  5. 청구항 3에 있어서, 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)은 POSTN 및 FAP; POSTN 및 TIMP3; POSTN 및 LOX; POSTN, FAP, 및 TIMP3; POSTN, FAP, 및 LOX; POSTN, TIMP3, 및 LOX; 또는 POSTN, FAP, TIMP3, 및 LOX인, 방법.
  6. 청구항 1 내지 5 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 종양 조직 샘플, 혈액 샘플, 또는 혈청 샘플인, 방법.
  7. 청구항 1 내지 6 중 어느 한 항에 있어서, 화학요법-내성인 상기 암은 백금-내성인 암인, 방법.
  8. 청구항 1 내지 7 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 투여-전 진단을 제공하기 위해 화학치료제를 투여하기 전에 수행되는, 방법.
  9. 청구항 1 내지 7 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자는 화학요법을 받지 않았거나, 또는 상기 환자는 현재 화학요법을 받고 있는, 방법.
  10. 청구항 1 내지 9 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자가 화학요법-내성인 암을 가지는 것으로 측정될 경우, VEGF 길항제의 투여로부터 이점을 얻을 공산이 있는 환자를 식별하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  11. 청구항 1 내지 10 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자가 화학요법-내성인 암을 가지는 것으로 측정될 경우, 상기 환자에게 치료적 유효량으로 VEGF 길항제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  12. 청구항 11에 있어서, 상기 VEGF 길항제가 항-VEGF 항체인 것인, 방법.
  13. 청구항 12에 있어서, 상기 항-VEGF 항체가 베바시주맙인, 방법.
  14. 청구항 1 내지 13 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자가 화학요법-내성인 암을 가지는 것으로 측정될 경우, 기질-표적 요법으로부터 이점을 얻을 공산이 있는 환자를 식별하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  15. 청구항 1 내지 14 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자가 화학요법-내성인 암을 가지는 것으로 측정될 경우, 상기 환자에게 치료적 유효량으로 기질-표적화된 제제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  16. 청구항 15에 있어서, 상기 기질-표적 제제는 항-페리오스틴 (POSTN) 항체인, 방법.
  17. 청구항 1 내지 16 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자가 화학요법-내성인 암을 가지는 것으로 측정될 경우, 면역요법으로부터 이점을 얻을 공산이 있는 환자를 식별하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  18. 청구항 1 내지 17 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자가 화학요법-내성인 암을 가지는 것으로 측정될 경우, 상기 환자에게 치료적 유효량으로 면역조절제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  19. 청구항 18에 있어서, 상기 면역조절제는 TDO2, CD36, GZMK, CD247, CD1C, CSF1R, IDO1, IL7R, 또는 CCR7 길항제를 포함하는, 방법.
  20. 청구항 1 내지 19 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 원발성, 진행성(advanced), 난치성, 또는 재발성인, 방법.
  21. 청구항 1 내지 20 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 난소암, 복막암, 난관암, 자궁 경부암, 자궁 내막암, 질암 및 외음부 암으로 구성된 군 중에서 선택되는 산부인과계 암인 방법.
  22. 청구항 21에 있어서, 상기 산부인과계 암이 난소암인, 방법.
  23. 청구항 1 내지 20 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 결장직장암, 유방암, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장암 (신장 세포 암종), 또는 뇌암 (교모세포종)으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  24. 화학요법-민감성인 암을 갖는 환자를 식별하는 방법으로서,
    a) 상기 환자로부터 수득된 샘플에서 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현 수준을 측정하는 단계,
    b) 상기 암 유형 내 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)에 대한 중앙 수준의 발현에 대해 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 상기 발현 수준을 비교하는 단계, 및
    c) 상기 환자가 화학요법-민감성인 암을 갖는지의 여부를 측정하는 단계를 포함하고,
    상기 암 유형 내 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현에 대한 중앙 수준보다 낮은 수준으로의 상기 환자 샘플 내 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현은, 상기 환자가 화학요법-민감성인 암을 가지는 것을 나타내는, 방법.
  25. 청구항 24에 있어서, 상기 환자는, 상기 환자의 암이 상기 암 유형 내 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들) 발현에 대한 25 백분위보다 높은 수준으로 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)를 발현하는 것으로 측정될 경우, 화학요법-내성인 암을 가지는 것인, 방법.
  26. 청구항 24 또는 25에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 POSTN, LOX, TIMP3, FAP, BGN, FGF1, FN1, ANGPTL2, ACTA2, MMP11, RBP4, CD36, PLVAP, PECAM1, GZMK, CD247, ABCC9, PCOLCE, CD1C, MS4A1, CD44, PMEPA1, IL7R, FBLN1, TWIST1, ID1, RAC2, GFRA1, CCR7, MAN1A1, EVI2A, PTPRC CD45RA, FCRL5, NNMT, CD27, SLA, TDO2, NUAK1, 및 COL4A1로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  27. 청구항 26에 있어서, 상기 기질 표지 유전자는 POSTN인, 방법.
  28. 청구항 26에 있어서, 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)은 POSTN 및 FAP; POSTN 및 TIMP3; POSTN 및 LOX; POSTN, FAP, 및 TIMP3; POSTN, FAP, 및 LOX; POSTN, TIMP3, 및 LOX; 또는 POSTN, FAP, TIMP3, 및 LOX인, 방법.
  29. 청구항 24 내지 28 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 종양 조직 샘플, 혈액 샘플, 또는 혈청 샘플인, 방법.
  30. 청구항 24 내지 29 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자가 화학요법-민감성인 암을 가지는 것으로 측정될 경우, 화학요법 레지멘에 하나 이상의 화학치료제(들)를 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  31. 청구항 30에 있어서, 상기 하나 이상의 화학치료제(들)는 HER 항체, 종양 관련된 항원에 대한 항체, 항-호르몬 화합물, 심장보호제, 시토카인, EGFR-표적화된 약물, 항-혈관형성제, 티로신 키나제 억제제, COX 억제제, 비-스테로이드 항-염증성 약물, 파르네실 전달효소 억제제, 종양태아 단백질 CA 125에 결합하는 항체, Her2 백신, HER 표적 요법, raf 또는 ras 억제제, 리포좀 독소루비신, 토포테칸, 탁산, 이중 티로신 키나제 억제제, TLK286, EMD-7200, 메스꺼움을 치료하는 약제, 피부 발진을 예방하거나 치료하는 약제 또는 표준 여드름 요법, 설사를 예방하거나 치료하는 약제, 체온-감소 약제, 및 조혈 성장 인자로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  32. 청구항 30에 있어서, 상기 하나 이상의 화학치료제(들)은 젬시타빈, 카보플라틴, 옥살리플라틴, 이리노테칸, 플루오로피리미딘 (예를 들면, 5-FU), 파클리탁셀 (예를 들면, nab-파클리탁셀), 도세탁셀, 토포테칸, 카페시타빈, 레코보린, 테모졸로마이드, 인터페론-알파, 또는 리포좀 독소루비신 (예를 들면, 페길화된 리포좀 독소루비신)인 방법.
  33. 청구항 30에 있어서, 상기 화학요법 레지멘은 카보플라틴 및 파클리탁셀; 카보플라틴 및 젬시타빈; 또는 파클리탁셀, 토포테칸, 또는 페길화된 리포좀 독소루비신의 투여를 포함하는, 방법.
  34. 청구항 30에 있어서, 상기 화학요법 레지멘은 카페시타빈 및 파클리탁셀; 또는 카페시타빈 및 도세탁셀의 투여를 포함하는, 방법.
  35. 청구항 30에 있어서, 상기 화학요법 레지멘은 테모졸로마이드 및 임의로 방사선요법의 투여를 포함하는, 방법.
  36. 청구항 30에 있어서, 상기 화학요법 레지멘은 플루로피리미딘, 이리노테칸, 시스플라틴, 플루로피라미딘 및 옥살리플라틴; 플루로피리미딘 및 이리노테칸; 플루로피라미딘, 레코보린, 및 옥살리플라틴; 또는 이로노테칸, 플루오로피리미딘, 및 류코보린의 투여를 포함하는, 방법.
  37. 청구항 30에 있어서, 상기 화학요법 레지멘은 파클리탁셀 및 토포테칸; 또는 파클리탁셀 및 시스플라틴의 투여를 포함하는, 방법.
  38. 청구항 30에 있어서, 상기 화학요법 레지멘은 인터페론-알파2a의 투여를 포함하는, 방법.
  39. 청구항 1 내지 19 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 원발성, 진행성, 난치성, 또는 재발성인, 방법.
  40. 청구항 24 내지 39 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 난소암, 복막 암, 나팔관 암, 자궁경부암, 자궁내막 암, 질암, 및 외음부암으로 구성된 군으로부터 선택된 산부인과계 암인 방법.
  41. 청구항 40에 있어서, 상기 산부인과계 암이 난소암인, 방법.
  42. 청구항 24 내지 39 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 결장직장암, 유방암, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장암 (신장 세포 암종), 또는 뇌암 (교모세포종)으로 구성된 군으로부터 선택되는 방법.
  43. VEGF 길항제 또는 면역-조절제의 투여로부터 이로울 수 있는 암을 앓는 환자를 식별하는 방법으로서,
    a) 상기 환자로부터 수득된 샘플에서 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현 수준을 측정하는 단계로서, 상기 암 유형 내 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현에 대한 중앙 수준보다 높은 수준으로의 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현은, 상기 환자가 VEGF 길항제 또는 면역조절제의 투여로부터 이점을 얻을 수 있다는 것을 나타내는, 상기 측정 단계, 및 임의로
    b) 상기 환자에 치료적 유효량으로 상기 VEGF 길항제 또는 상기 면역조절제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  44. 청구항 43에 있어서, 상기 VEGF 길항제가 항-VEGF 항체인 것인, 방법.
  45. 청구항 44에 있어서, 상기 항-VEGF 항체가 베바시주맙인, 방법.
  46. 청구항 43에 있어서, 상기 면역조절제는 하기를 포함하는, 방법: TDO2, CD36, GZMK, CD247, CD1C, CSF1R, IDO1, IL7R, 또는 CCR7 길항제.
  47. 암 환자를 치료하는 방법으로서,
    상기 환자의 암이 상기 암 유형 내 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)의 발현에 대한 중앙 수준보다 높은 수준으로 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)를 발현하는 것으로 측정되는 경우, 치료적 유효량의 기질-표적화된 제제를 상기 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  48. 청구항 43 내지 47 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자에게 하나 이상 화학치료제(들)을 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  49. 청구항 43 내지 48 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자의 암이 상기 암 유형 내 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들) 발현에 대한 75 백분위보다 높은 수준으로 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)를 발현하는 것으로 측정된 것인, 방법.
  50. 청구항 43 내지 49 중 어느 한 항에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 POSTN, LOX, TIMP3, FAP, BGN, FGF1, FN1, ANGPTL2, ACTA2, MMP11, RBP4, CD36, PLVAP, PECAM1, GZMK, CD247, ABCC9, PCOLCE, CD1C, MS4A1, CD44, PMEPA1, IL7R, FBLN1, TWIST1, ID1, RAC2, GFRA1, CCR7, MAN1A1, EVI2A, PTPRC CD45RA, FCRL5, NNMT, CD27, SLA, TDO2, NUAK1, 및 COL4A1로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  51. 청구항 50에 있어서, 상기 기질 표지 유전자는 POSTN인, 방법.
  52. 청구항 50에 있어서, 상기 하나 이상의 기질 표지 유전자(들)은 POSTN 및 FAP; POSTN 및 TIMP3; POSTN 및 LOX; POSTN, FAP, 및 TIMP3; POSTN, FAP, 및 LOX; POSTN, TIMP3, 및 LOX; 또는 POSTN, FAP, TIMP3, 및 LOX인, 방법.
  53. 청구항 43 내지 52 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 화학요법-내성, 화학요법-민감성, 원발성, 진행성, 난치성, 또는 재발성인 방법.
  54. 청구항 43 내지 53 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 난소암, 복막암, 난관암, 자궁 경부암, 자궁 내막암, 질암 및 외음부 암으로 구성된 군 중에서 선택되는 산부인과계 암인, 방법.
  55. 청구항 54에 있어서, 상기 산부인과계 암이 난소암인, 방법.
  56. 청구항 43 내지 53 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 결장직장암, 유방암, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장암 (신장 세포 암종), 또는 뇌암 (교모세포종)으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  57. 환자에서 난소암의 단계를 측정하는 방법으로서,
    상기 환자로부터 수득된 샘플에서 POSTN의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하고,
    대조군에 비해 상기 환자 샘플 내 POSTN의 증가된 발현 수준의 검출은 난소암의 진행성(advanced) 단계를 나타내는, 방법.
  58. 청구항 57에 있어서, 상기 대조군은 난소암을 갖는 환자의 집단 내 POSTN 발현의 중앙 수준인, 방법.
  59. 청구항 57에 있어서, 상기 대조군은 FIGO 단계 I 또는 FIGO 단계 II 난소암을 갖는 환자의 집단 내 POSTN 발현의 중앙 수준인, 방법.
  60. 청구항 57에 있어서, 상기 환자가 진행성(advanced) 단계에 있는 난소암을 가지는 것으로 측정될 경우, 상기 환자에게 요법을 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  61. 청구항 57에 있어서, 상기 진행성 단계에 있는 난소암은 FIGO 난소암 단계 III 또는 IV인, 방법.
  62. 청구항 57 내지 61 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 종양 조직 샘플, 혈액 샘플, 또는 혈청 샘플인, 방법.

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