TW201809282A - 用於診斷及在免疫療法中使用之基質基因印記 - Google Patents

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Abstract

本發明提供用於鑒別出不太可能回應於單獨免疫療法之患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供以免疫療法及以遏制性基質拮抗劑治療之個體。在一些態樣中，本發明提供用於治療顯示該基質基因印記之個體之方法。在其他態樣中，本發明提供用於確定來自個體之樣品中基質基因印記之存在之套組。

Description

用於診斷及在免疫療法中使用之基質基因印記 【相關申請案之交互參照】
本申請案主張2016年5月17日申請之美國臨時申請案62/337,815之權益，該美國臨時申請案之內容據此以全文引用之方式併入。
本發明提供腫瘤基質生物標記及用於與遏制性基質拮抗劑組合以免疫療法選擇及治療癌患者之方法。
隨著腫瘤在組織中生長，它們形成包含非惡性細胞(包括血液內皮細胞(BEC)及淋巴內皮細胞(LEC)、間葉系幹細胞(MSC)及其分化子代、癌症相關纖維母細胞(CAF)、外被細胞、及免疫細胞)，連同其分泌之細胞外基質(ECM)及炎性介質之複雜混合物的腫瘤微環境(TME)(Turley,S.J.等人，Nature Reviews Immunology,2015.15：669-682)。健康組織及實性瘤均具有兩個不同區：薄壁組織及基質區。基底層通常在健康組織中將這兩個區分開，但通常在腫瘤中限定不清。TME之要素可與腫瘤細胞緊密地相互作用，且可影響腫瘤細胞存活、侵襲性、及轉移性散播，以及對治療之可及性及反應性(Joyce,J.A.及Pollard,J.W.Nat. Rev.Cancer 9：239-252,2009；Polyak,K.等人，Trends Genet.25：30-38,2009；Nakasone,E.S.等人，Cancer Cell 21：488-503,2012)。
TME與免疫系統之間的關係係複雜的，且腫瘤細胞及其微環境之各種組分可以不同方式損害保護性T細胞免疫性。舉例而言，至腫瘤床中之T細胞遷移可由無組織脈管系統及趨化性提示阻礙(Pivarcsi,A.等人，Proc.Natl Acad.Sci.USA 104：19055-19060,2007)，或可能遇到可損害其活性之抑制細胞及分子。最近的臨床研究使用阻斷抑制分子細胞毒性T淋巴細胞抗原4(CTLA4；亦稱為CD152)、程式性細胞死亡蛋白1(PD1；亦稱為CD279)、及程式性細胞死亡配位體1(PDL1；亦稱為B7-H1及CD274)之中和抗體提供了抑制因子在癌症免疫性循環中之遏制性作用之證據(Turley,S.J.等人，Nature Reviews Immunology,2015.15：669-682)。PDL1之表現常常在癌細胞、骨髓細胞、及內皮細胞上為上調的，且此表面蛋白一經結合至活化T細胞上之其受體PD1後抑制T細胞活化及存活。使用抗體破壞PDL1-PD1相互作用以發動CD8+ T細胞介導的對腫瘤細胞之殺傷之療法已經在若干種人類癌症中顯示有希望之反應率(Powles,T.等人Nature 515：558-562,2014；Herbst,R.S.等人，Nature 515：563-567,2014；Tumeh,P.C.等人，Nature 515：568-571,2014)。然而，許多患者未經歷治療益處，可能是由於在TME中存在其他免疫遏制性機制。
因此，需要用於選擇不太可能回應於免疫療法之患者之方法，以及開發用於治療這些患者之替代性策略。
本文引用之所有參考文獻(包括專利申請案及公開案)皆以全文引用之方式併入。
本發明提供一種用於治療患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含：a)確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供治療之個體；及b)向該個體投與有效量之免疫療法及遏制性基質拮抗劑。在一些態樣中，本發明提供一種用於改善患有疾病或病症之個體之免疫療法之方法，該方法包含：a)確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供以遏制性基質拮抗劑治療之個體；及b)向步驟a)中經鑒別供以遏制性基質拮抗劑治療之該個體投與有效量之免疫療法及遏制性基質拮抗劑。
在一些態樣中，本發明提供一種用於選擇不太可能回應於單獨免疫療法之患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之個體。在一些態樣中，本發明提供一種用於鑒別出更可能展現來自以免疫療法及以腫瘤基質纖維化拮抗劑治療之益處的患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含：確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出具有遏制性基質之個體，其中來自該個體之樣品中基質基因印記之存在指示個體更可能展現來自免疫療法及遏制性基質拮抗劑之增加的臨床益處。在一些態樣中，本發明提供一種用於選擇患有疾病或病症之個體的治療之方法，該方法包含確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出具有遏制性基質之個體；其中來自該個體之樣品中基質基因印記之存在指示該個體更可能展現來自免疫療法及遏制性基質拮抗劑之增加的臨床益處。在上文態樣之一些實施例 中，增加的臨床益處進一步包含以下中之一或多者之相對增加：總體存活(OS)、無進展存活(PFS)、完全反應(CR)、部分反應(PR)、及其組合。
在一些態樣中，本發明提供一種用於監測包含免疫療法及遏制性基質拮抗劑之組合治療之功效之方法，該方法包含在一或多個時間點確定來自經歷以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之個體的樣品中基質基因印記之存在；其中該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加；其中增加的臨床益處及/或該基質基因印記之存在之減少指示有效治療。在一些態樣中，本發明提供一種用於監測包含免疫療法及遏制性基質拮抗劑的組合治療之功效之方法，該方法包含：a)確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供治療之個體；及b)向該個體投與有效量之免疫療法及遏制性基質拮抗劑；及c)在一或多個時間點確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在；其中增加的臨床益處及/或該基質基因印記之存在之減少指示有效治療。在上文態樣之一些實施例中，增加的臨床益處包含以下中之一或多者之相對增加：總體存活(OS)、無進展存活(PFS)、完全反應(CR)、部分反應(PR)、及其組合。
在上文態樣之一些實施例中，疾病或病症為增生性疾病或病症。在一些實施例中，疾病或病症為免疫相關疾病或病症。在一些實施例中，疾病或病症為癌症。在一些實施例中，癌症係選自由以下所組成之群：非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腎細胞癌、結腸直腸癌、卵巢癌、乳癌、轉移性乳癌、三陰性乳癌、黑色素瘤、胰腺癌、胃癌、膀胱癌、尿路上皮膀胱癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤、頭頸癌、甲狀腺癌、肉瘤、前列腺癌、神經膠質母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈樣黴菌病(mycoses fungoids)、梅克爾細胞癌、及其他血液學惡性腫瘤。
在上文態樣之一些實施例中，癌症為尿路上皮膀胱癌(UBC)，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、或PDGFRB中之一或多者。在一些實施例中，UBC之基質基因印記進一步包含DKK3、PDGFB、NUAK1、FGF1、PDL1M4、或LRRC32中之一或多者。在一些實施例中，癌症為非小細胞肺癌(NSCLC)，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。在一些實施例中，癌症為腎細胞癌(RCC)，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。在一些實施例中，RCC之基質基因印記進一步包含LUM及/或POSTN。在一些實施例中，癌症為黑色素瘤，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。在 一些實施例中，癌症為三陰性乳癌(TNBC)，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。在一些實施例中，TNBC之基質基因印記進一步包含MMP11、BGN、或COL5A1中之一或多者。在一些實施例中，癌症為卵巢癌，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。在一些實施例中，卵巢癌之基質基因印記進一步包含POSTN、LOX、或TIMP3中之一或多者。在一些實施例中，基質基因印記進一步包含TGFβ。
在上文態樣之一些實施例中，自個體獲得之樣品係選自由以下所組成之群：組織、全血、血漿、血清、及其組合。在一些實施例中，組織樣品為腫瘤組織樣品。在一些實施例中，腫瘤組織樣品包含腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞、及其任何組合。在一些實施例中，組織樣品為經福爾馬林固定且經石蠟包埋之組織樣品、歸檔組織樣品、新鮮組織樣品、或冷凍組織樣品。在一些實施例中，樣品為全血。在一些實施例中，全血包含免疫細胞、循環腫瘤細胞、及其任何組合。在一些實施例中，樣品係在以免疫療法治療之前或在以免疫療法治療之後獲得。在一些實施例中，樣品係在以遏制性基質拮抗劑治療之前獲得。
在上文態樣之一些實施例中，免疫療法包含CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、CD40、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、 IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMGB1、或TLR促效劑。在一些實施例中，免疫療法包含CTLA-4、PD-L1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑。在一些實施例中，免疫療法為PD-L1軸拮抗劑。在一些實施例中，PD-L1軸結合拮抗劑為PD-L1結合拮抗劑。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至其配位體結合搭配物。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至PD-1。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至B7-1。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至PD-1及B7-1兩者。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑為抗體。在一些實施例中，抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。在一些實施例中，PD-L1軸結合拮抗劑為PD-1結合拮抗劑。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至其配位體結合搭配物。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L2。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1及PD-L2兩者。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑為抗體。在一些實施例中，抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
在上文態樣之一些實施例中，遏制性基質拮抗劑為TGFβ、PDPN、LAIR-1、SMAD、ALK、結締組織生長因子(CTGF/CCN2)、內皮-1(ET-1)、AP-1、IL-13、PDGF、LOXL2、內皮蛋白(CD105)、FAP、平足蛋白(GP38)、VCAM1(CD106)、THY1、β1整合素(CD29)、PDGFRα(CD140α)、PDGFRβ(CD140β)、波形蛋白、αSMA(ACTA2)、肌間線蛋白、內皮唾酸蛋白(CD248)、或FSP1(S100A4)拮抗劑。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑為吡非尼酮(pirfenidone)、蓋倫薩替(galunisertib)、或尼達尼布(nintedanib)。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑為TGFβ拮抗劑。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑為TGFβ結合拮抗劑。在一些實施例中，TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ結合至其配位體結合搭配物。在一些實施例中，TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ結合至TGFβ之細胞受體。在一些實施例中，TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ之活化。在一些實施例中，TGFβ結合拮抗劑為抗體。在一些實施例中，抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。在一些實施例中，以遏制性基質拮抗劑治療容許腫瘤中之增加的免疫細胞浸潤。在一些實施例中，增加的免疫細胞浸潤為T細胞、B細胞、巨噬細胞、或樹狀細胞中之一或多者之增加的浸潤。在一些實施例中，T細胞為CD8+ T細胞及/或Teff細胞。在一些實施例中，個體在以遏制性基質拮抗劑治療 之前對免疫療法具有抗性。在一些實施例中，個體已經投與單一療法免疫療法。
在上文態樣之一些實施例中，基質基因印記係使用選自由以下所組成之群之方法來在該樣品中偵測：FACS、西方墨點法、ELISA、免疫沉澱法、免疫組織化學法、免疫螢光法、放射免疫測定法、點墨法、免疫偵測法、HPLC、表面電漿子共振、光譜法、用於確定來自個體之樣品中基質基因印記之存在之一或多種試劑、質譜法、HPLC、qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、及FISH、及其組合。在一些實施例中，基質基因印記係藉由蛋白質表現來在樣品中偵測。在一些實施例中，蛋白質表現係藉由免疫組織化學法(IHC)測定。在一些實施例中，基質基因印記係使用抗體偵測。在一些實施例中，基質基因印記係藉由IHC偵測為弱染色強度。在一些實施例中，基質基因印記係藉由IHC偵測為中等染色強度。在一些實施例中，基質基因印記係藉由IHC偵測為強染色強度。在一些實施例中，基質基因印記係在腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞、及其任何組合上偵測。在一些實施例中，染色為膜染色、細胞質染色、及其組合。在一些實施例中，基質基因印記之不存在係偵測為在樣品中不存在染色或無染色。在一些實施例中，基質基因印記之存在係偵測為在樣品中之任何染色。在一些實施例中，基質基因印記係藉由核酸表現來在 樣品中偵測。在一些實施例中，核酸表現係使用qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、或FISH來測定。
在上文態樣之一些實施例中，基質基因印記之中值水準係選自由以下所組成之群：(1)來自參考群體之該基質基因印記之水準；(2)來自該免疫療法的完全反應者及/或部分反應者之群體之該基質基因印記之水準；及(3)在第一時間點之前之第二時間點來自該個體之該基質基因印記之水準。在一些實施例中，生物樣品中之該基質基因印記之水準相較於該等中值水準之變化為該等水準之增加。
在一些態樣中，本發明提供一種診斷套組，其包含用於確定來自不太可能回應於單獨免疫療法之患有疾病或病症之個體的樣品中基質基因印記之存在之一或多種試劑，其中基質基因印記之存在鑒別出更可能展現來自以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之益處之個體。在一些態樣中，本發明提供一種診斷套組，其用於選擇不太可能回應於單獨免疫療法之患有疾病或病症之個體之治療，該套組包含用於確定來自需要免疫療法之個體的樣品中基質基因印記之存在的一或多種試劑，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者；其中基質基因印記之存在鑒別出更可能展現來自以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之益處之個體。在一些態樣中，本發明提供一種用於監測包含免疫療法及以遏制性基 質拮抗劑治療的組合治療之功效之套組，該套組包含用於確定來自經歷以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之個體的樣品中基質基因印記之存在之一或多種試劑，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者；其中增加的臨床益處及/或該基質基因印記之存在之減少指示有效治療。在一些實施例中，增加的臨床益處包含以下中之一或多者之相對增加：總體存活(OS)、無進展存活(PFS)、完全反應(CR)、部分反應(PR)、及其組合。
在上文套組之一些實施例中，疾病或病症為增生性疾病或病症。在一些實施例中，疾病或病症為免疫相關疾病或病症。在一些實施例中，疾病或病症為癌症。在一些實施例中，癌症係選自由以下所組成之群：非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腎細胞癌、結腸直腸癌、卵巢癌、乳癌、轉移性乳癌、三陰性乳癌、黑色素瘤、胰腺癌、胃癌、膀胱癌、尿路上皮膀胱癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤、頭頸癌、甲狀腺癌、肉瘤、前列腺癌、神經膠質母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈樣黴菌病、梅克爾細胞癌、及其他血液學惡性腫瘤。
在上文套組之一些實施例中，癌症為尿路上皮膀胱癌(UBC)，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、或PDGFRB中之一或多者。在一些實施例中，UBC之基質基因印記進一步包含DKK3、PDGFB、NUAK1、FGF1、PDL1M4、或LRRC32中之一或多者。 在一些實施例中，癌症為非小細胞肺癌(NSCLC)，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。在一些實施例中，癌症為腎細胞癌(RCC)，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。在一些實施例中，RCC之基質基因印記進一步包含LUM及/或POSTN。在一些實施例中，癌症為黑色素瘤，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。在一些實施例中，癌症為三陰性乳癌(TNBC)，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。在一些實施例中，TNBC之基質基因印記進一步包含MMP11、BGN、或COL5A1中之一或多者。在一些實施例中，癌症為卵巢癌，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。在一些實施例中，卵巢癌之基質基因印記進一步包含POSTN、LOX、或TIMP3中之一或多者。在一些實施例中，基質基因印記進一步包含TGFβ。
在上文套組之一些實施例中，自個體獲得之樣品係選自由以下所組成之群：組織、全血、血漿、血清、及其組合。在一些實施例中，組織樣品為腫瘤組織樣品。在一些實施例中，腫瘤組織樣品包含腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞、及其任何組合。在一些實施例中，組織樣品為經福爾馬林固定且經石蠟包埋之組織樣品、歸檔組織樣品、新鮮組織樣品、或冷凍組織樣品。在一些實 施例中，樣品為全血。在一些實施例中，全血包含免疫細胞、循環腫瘤細胞、及其任何組合。在一些實施例中，樣品係在以免疫療法治療之前或在以免疫療法治療之後獲得。在一些實施例中，樣品係在以遏制性基質拮抗劑治療之前獲得。在一些實施例中，免疫療法包含CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、CD40、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMGB1、或TLR促效劑。在一些實施例中，免疫療法包含CTLA-4、PD-L1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑。在一些實施例中，免疫療法為PD-L1軸拮抗劑。在一些實施例中，PD-L1軸結合拮抗劑為PD-L1結合拮抗劑。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至其配位體結合搭配物。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至PD-1。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至B7-1。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至PD-1及B7-1兩者。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑為抗體。在一些實施例中，抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。在一些實施例中，PD-L1軸結合拮抗劑為PD-1結合拮抗劑。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1 結合至其配位體結合搭配物。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L2。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1及PD-L2兩者。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑為抗體。在一些實施例中，抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
在上文套組之一些實施例中，遏制性基質拮抗劑為TGFβ、PDPN、LAIR-1、SMAD、ALK、結締組織生長因子(CTGF/CCN2)、內皮-1(ET-1)、AP-1、IL-13、PDGF、LOXL2、內皮蛋白(CD105)、FAP、平足蛋白(GP38)、VCAM1(CD106)、THY1、β1整合素(CD29)、PDGFRα(CD140α)、PDGFRβ(CD140β)、波形蛋白、αSMA(ACTA2)、肌間線蛋白、內皮唾酸蛋白(CD248)、或FSP1(S100A4)拮抗劑。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑為吡非尼酮、蓋倫薩替、或尼達尼布。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑為TGFβ拮抗劑。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑為TGFβ結合拮抗劑。在一些實施例中，TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ結合至其配位體結合搭配物。在一些實施例中，TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ結合至TGFβ之細胞受體。在一些實施例中，TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ之活化。在一些實施例中，TGFβ結合拮抗劑為抗體。在一些實施例中，抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗體為人 類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。在一些實施例中，以遏制性基質拮抗劑治療容許腫瘤中之增加的免疫細胞浸潤。在一些實施例中，增加的免疫細胞浸潤為T細胞、B細胞、巨噬細胞、或樹狀細胞中之一或多者之增加的浸潤。在一些實施例中，T細胞為CD8+ T細胞及/或Teff細胞。在一些實施例中，個體在以遏制性基質拮抗劑治療之前對免疫療法具有抗性。在一些實施例中，個體已經投與單一療法免疫療法。
在上文套組之一些實施例中，基質基因印記係使用選自由以下所組成之群之方法來在該樣品中偵測：FACS、西方墨點法、ELISA、免疫沉澱法、免疫組織化學法、免疫螢光法、放射免疫測定法、點墨法、免疫偵測法、HPLC、表面電漿子共振、光譜法、用於確定來自個體之樣品中基質基因印記之存在之一或多種試劑、質譜法、HPLC、qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、及FISH、及其組合。在一些實施例中，基質基因印記係藉由蛋白質表現來在樣品中偵測。在一些實施例中，蛋白質表現係藉由免疫組織化學法(IHC)測定。在一些實施例中，基質基因印記係使用抗體偵測。在一些實施例中，基質基因印記係藉由IHC偵測為弱染色強度。在一些實施例中，基質基因印記係藉由IHC偵測為中等染色強度。在一些實施例中，基質基因印記係藉由IHC偵測為強染色強度。在一些實施例中，基質基因 印記係在腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞、及其任何組合上偵測。在一些實施例中，染色為膜染色、細胞質染色、及其組合。在一些實施例中，基質基因印記之不存在係偵測為在樣品中不存在染色或無染色。在一些實施例中，基質基因印記之存在係偵測為在樣品中之任何染色。在一些實施例中，基質基因印記係藉由核酸表現來在樣品中偵測。在一些實施例中，核酸表現係使用qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、或FISH來測定。
在上文套組之一些實施例中，基質基因印記之中值水準係選自由以下所組成之群：(1)來自參考群體之該基質基因印記之水準；(2)來自該免疫療法的完全反應者及/或部分反應者之群體之該基質基因印記之水準；及(3)在第一時間點之前之第二時間點來自該個體之該基質基因印記之水準。在一些實施例中，生物樣品中之該基質基因印記之水準相較於該等中值水準之變化為該等水準之增加。
圖1A及B示出尿路上皮癌患者反應(圖1A)及總體存活(圖1B)與尿路上皮基質相關聯之基因組A之表現之關聯。
圖2示出癌症基因體圖譜(TCGA)尿路上皮癌分子次型(基底之於管腔)與尿路上皮基質相關聯之基因組A之表現之關聯。
圖3A-G示出尿路上皮癌患者反應與個別尿路上皮基質相關聯之基因TGFB1(圖3A)、DKK3(圖3B)、PDGFB(圖3C)、NUAK1(圖3D)、FGF1(圖3E)、PDLIM4(圖3F)、及LRRC32(圖3G)之表現之關聯。
圖4A及B示出尿路上皮癌患者反應(圖4A)及總體存活(圖4B)與尿路上皮基質相關聯之基因組B之表現之關聯。
圖5示出膀胱癌、乳癌、肺癌、黑色素瘤、及腎癌患者樣品之組A中之基因彼此之間及所有在一起之斯皮爾曼相關性。
圖6示出膀胱癌、乳癌、肺癌、黑色素瘤、及腎癌患者樣品中基質相關聯之基因組A之平均值Z RNA表現。
圖7A及B示出膀胱癌、乳癌、肺癌、黑色素瘤、及腎癌患者反應(圖7A)及總體存活(圖7B)與基質相關聯之基因組A之表現之關聯。
圖8A-E示出乳癌(圖8A)、腎癌(圖8B)、皮膚癌(圖8C)、肺癌(圖8D)、及膀胱癌(圖8E)患者反應與基質相關聯之基因組A之表現之關聯。
圖9A-E示出乳癌(圖9A)、膀胱癌(圖9B)、皮膚癌(圖9C)、肺癌(圖9D)、及腎癌(圖9E)患者之總體存活與基質相關聯之基因組A之表現之關聯。
圖10示出在小鼠EMT6乳腺腫瘤模型中以抗TGFb及抗PDL1之組合療法之實驗圖解。
圖11A-C示出投與同型抗體(圖11A)、抗PDL1抗體(圖11B)、或抗PDL1及抗TGFb 1D11抗體(圖11C)之EMT6乳腺腫瘤模型小鼠中之腫瘤體積值。
圖12A-E示出投與同型抗體(圖12A)、抗PDL1抗體(圖12B)、抗TGFb 2G7抗體(圖12C)、抗TGFb 1D11抗體(圖12D)、或抗PDL1及抗TGFb 2G7抗體(圖12E)之EMT6乳腺腫瘤模型小鼠中之腫瘤體積值。
圖13A-E示出單離自投與與抗PDL1組合之抗TGFb 1D11之EMT6乳腺腫瘤模型小鼠之細胞中CD45+細胞(圖13A)、CD8 T細胞(圖13B)、顆粒酶B+ CD8 T細胞(圖13C)、Ki67+ CD8 T細胞(圖13D)、及PD1+ CD8 T細胞(圖13E)之豐度。
圖14A及B示出單離自投與抗PDL1抗體、抗TGFb 1D11抗體、或抗TGFb 2G7抗體之EMT6乳腺腫瘤模型小鼠之CD45-細胞中之pSMAD MFI(圖14A)及pSMAD+細胞百分比(圖14B)。
圖15A-F示出經由BIWx3(圖15A)、TIWx4(圖15B)、或BIWx3(圖15C)之給藥方案單獨投與抗PDL1抗體，或經由BIWx3(圖15D)、TIWx4(圖15E)、或TIWx3(圖15F)之給藥方案投與與抗 TGFb 2G7組合之抗PDL1抗體之EMT6乳腺腫瘤模型小鼠中之腫瘤體積值。
本發明提供用於鑒別出不太可能回應於單獨免疫療法之患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供以免疫療法及以遏制性基質拮抗劑治療之個體。在一些態樣中，本發明提供用於治療不太可能回應於單獨免疫療法之患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含：a)確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供治療之個體；及b)向該個體投與有效量之免疫療法及遏制性基質拮抗劑。
I.定義
術語「偵測」在本文中以最廣泛意義使用以包括標靶分子之定性及定量測量。偵測包括鑒別出在樣品中標靶分子之單純存在，以及確定標靶分子是否以可偵測水準存在於樣品中。
術語「多肽」及「蛋白質」可在本文中互換使用以指代任何長度之胺基酸之聚合物。聚合物可為直鏈或 支鏈的，其可包含經修飾之胺基酸，且其可由非胺基酸間斷。該等術語亦涵蓋已天然地或藉由介入修飾之胺基酸聚合物；例如二硫鍵形成、醣化、脂化、乙醯化、磷酸化、或任何其他操縱或修飾，諸如與標記組分接合。在定義內亦包括例如含有一或多個胺基酸(包括例如非天然胺基酸等)類似物之多肽，以及此項技術中已知之其他修飾。如本文所用之術語「多肽」及「蛋白質」特別涵蓋抗體。
如本文所用之術語「生物標記」係指可在樣品中偵測到之指示劑(例如，預測性、診斷性、及/或預後性)。生物標記可用作藉由某些分子、病理學、組織學、及/或臨床特徵來特性化之疾病或病症(例如，癌症)之特定次型之指示劑。在一些實施例中，生物標記為基因。生物標記包括但不限於多核苷酸(例如，DNA及/或RNA)、多核苷酸複本數改變(例如，DNA複本數)、多肽、多肽及多核苷酸修飾(例如轉譯後修飾)、碳水化合物、及/或基於醣脂之分子標記。
術語「生物標記印記」、「印記」、「生物標記表現印記」、或「表現印記」可在本文中互換使用，且係指其表現係指示劑(例如，預測性、診斷性、及/或預後性)之生物標記之一或組合。生物標記印記可用作藉由某些分子、病理學、組織學、及/或臨床特徵來特性化之疾病或病症(例如，癌症)之特定次型之指示劑。在一些實施例中，生物標記印記為「基因印記」。術語「基因印記」可與「基因表現印記」互換使用，且係指其表現係指示劑 (例如，預測性、診斷性、及/或預後性)之多核苷酸之一或組合。在一些實施例中，生物標記印記為「蛋白質印記」。術語「蛋白質印記」可與「蛋白質表現印記」互換使用，且係指其表現係指示劑(例如，預測性、診斷性、及/或預後性)之多肽之一者或組合。
術語「基質基因印記」係指與基質相關聯之(例如，與腫瘤基質相關聯之)基因之任何一者或組合或子組合。患者中基質基因印記之基因表現樣式與組織(例如，腫瘤)中或周圍之基質(例如，纖維化)之存在相關。基質基因印記之各個別基因或成員為「基質印記基因」。基質印記基因可藉由基質細胞、藉由腫瘤細胞、或藉由給定組織中基質印記基因之表現與高水準的基質(例如，高水準的纖維化)相關聯之其他細胞表現。此等基因包括但不限於：FAP、FN1、MMP2、BGN、LOXL2、PDPN、PDGFRB、COL4A1、COL4A2、COL5A1、COL8A1、THY1、DKK3、PDGFB、NUAK1、FGF1、PDLIM4、LRRC32、POSTN、LOX、TIMP3、及TGFβ。
相對於中值表現水準(例如，該癌症類型中(或一癌症類型中，其中「癌症類型」意謂包括癌細胞(例如，腫瘤細胞、腫瘤組織)以及圍繞癌性/腫瘤環境之非癌細胞(例如，基質細胞、基質組織)中一或多種基質基因印記之中值表現水準)以增加的表現水準「表現」一或多種基質基因印記之樣品、細胞、腫瘤、或癌症為一或多個基質基 因印記之表現水準被熟習此項技術者認為是該癌症類型之「高基質基因印記表現水準」者。一般而言，相對於具有相同癌症類型之樣品、細胞、腫瘤、或癌症之群體中基質基因印記水準，這種水準將處於約50%至約100%或更多之範圍內(例如，50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、100%、或更多)。例如，用以達到中值表現水準之群體可一般為特定癌症樣品(例如，膀胱癌、乳癌、結腸直腸癌、胃癌、肝癌、黑色素瘤、肺癌(例如，非小細胞肺癌)、卵巢癌、或腎細胞癌)，或為其子群，諸如抗化療癌症、抗鉑癌症、以及晚期、難治性或再發性癌症樣品。在不受理論束縛之情況下，在一些實施例中，基質基因印記包括阻礙或抑制免疫療法之基質相關基因之表現。在一些實施例中，相較於來自顯示免疫療法之完全或部分反應之癌症患者之腫瘤基質相關基因之表現，基質基因印記為個體中增加的腫瘤基質相關基因之表現。
如使用診斷測試、本文所述之任何偵測方法、或類似方法所測定，參照特定生物標記(例如，一或多種基質基因印記)所使用之「測定表現水準」意指癌症相關生物環境中生物標記(例如，一或多種基質基因印記)之表現(例如，腫瘤細胞、腫瘤相關細胞(例如，腫瘤相關基質細胞)中生物標記之表現)。
與個體之增加的臨床益處相關聯之生物標記之「量或「水準」為生物樣品中可偵測的水準。這些可藉 由熟習此項技術者已知且亦在本文中揭示之方法測量。所評定之生物標記之表現水準或量可用以確定治療之反應。
術語「表現之水準」或「表現水準」一般可互換使用，且通常係指生物樣品中生物標記之量。「表現」一般係指將資訊(例如，基因編碼資訊及/或表觀遺傳資訊)轉化成在細胞中存在及操作之結構之過程。因此，如本文所用，「表現」可指代轉錄成多核苷酸、轉譯成多肽、或甚至多核苷酸及/或多肽修飾(例如，多肽之轉譯後修飾)。經轉錄之多核苷酸、經轉譯之多肽、或多核苷酸及/或多肽修飾(例如，多肽之轉譯後修飾)之片段亦應視為經表現，無論它們是源自藉由替代性剪接所產生之轉錄本或經降解之轉錄本，還是源自例如藉由蛋白質水解的多肽之轉譯後加工。「經表現之基因」包括轉錄成呈mRNA之多核苷酸然後轉譯成多肽之基因，且亦包括轉錄成RNA但未轉譯成多肽(例如，轉移RNA及核糖體RNA)之基因。
「表現升高」，「表現水準升高」、或「水準升高」係指相對於對照，個體中生物標記之表現增加或水準增加，對照諸如未罹患疾病或病症(例如，癌症)之一或多個個體、作為免疫療法之完全或部分反應者之個體、或內部對照(例如，持家生物標記)。
「表現降低」、「表現水準降低」、或「水準降低」係指相對於對照，個體中生物標記之表現減少或水準減少，對照諸如未罹患疾病或病症(例如，癌症)之一或 多個個體、作為免疫療法之完全或部分反應者之個體、或內部對照(例如，持家生物標記)。在一些實施例中，表現降低為很少或無表現。
術語「持家生物標記」係指通常類似地存在於所有細胞類型中之生物標記或生物標記群(例如，多核苷酸及/或多肽)。在一些實施例中，持家生物標記為「持家基因」。「持家基因」在本文中係指編碼活性為維持細胞功能所必需且通常類似地存在於所有細胞類型中之蛋白質之基因或基因群。
如本文所用之「擴增」一般係指產生所要序列之多個複本之過程。「多個複本」意指至少兩個複本。「複本」並不一定意指與模板序列之完美序列互補性或一致性。舉例而言，複本可包括核苷酸類似物諸如脫氧肌苷、有意序列改變(諸如通過包含可與模板雜交但不互補之序列之引子引入的序列改變)、及/或擴增期間發生之序列錯誤。
術語「免疫療法」係指調節免疫反應之治療劑之使用。免疫療法可為活化免疫療法或遏制免疫療法。術語「活化免疫療法」係指誘導、增強、或促進免疫反應(包括例如，T細胞反應)之治療劑之使用。術語「遏制免疫療法」係指干擾、遏制、或抑制免疫反應(包括例如，T細胞反應)之治療劑之使用。在一些實施例中，本發明提供一種用於測定基質細胞印記以確定個體是否可受益於活化免疫療法與遏制性基質拮抗劑之組合之手段。
術語「PD-L1軸結合拮抗劑」為抑制PD-L1軸結合搭配物與其一或多種結合搭配物之相互作用，以便去除由PD-1信號傳導軸上之信號傳導導致之T細胞功能異常，結果為恢復或增強T細胞功能之分子。如本文所用，PD-L1軸結合拮抗劑包括PD-L1結合拮抗劑及PD-1結合拮抗劑，以及干擾PD-L1與PD-1之間之相互作用之分子(例如，PD-L2-Fc)。
術語「PD-L1結合拮抗劑」為減少、阻斷、抑制、消除、或干擾由PD-L1與其一或多種結合搭配物(諸如PD-1、B7-1)之相互作用導致之信號轉導之分子。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑為抑制PD-L1結合至其結合搭配物之分子。在一具體態樣中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至PD-1及/或B7-1。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑包括抗PD-L1抗體、其抗原結合片段、免疫黏附素、融合蛋白、寡肽、及減少、阻斷、抑制、消除、或干擾由PD-L1與其一或多種結合搭配物(諸如PD-1、B7-1)之相互作用導致之信號轉導之其他分子。在一個實施例中，PD-L1結合拮抗劑減少藉由或通過在通過PD-L1或PD-1之T淋巴細胞(及其他細胞)介導信號傳導時表現之細胞表面蛋白所介導的負信號，以使得功能異常T細胞之非功能異常減少。
術語「PD-1結合拮抗劑」為減少、阻斷、抑制、消除、或干擾PD-1與其一或多種結合搭配物(諸如PD-L1、PD-L2)之相互作用所導致的信號轉導之分 子。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑為抑制PD-1結合至其結合搭配物之分子。在一具體態樣中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1及/或PD-L2。舉例而言，PD-1結合拮抗劑包括抗PD-1抗體、其抗原結合片段、免疫黏附素、融合蛋白、寡肽、及減少、阻斷、抑制、消除、或干擾PD-1與PD-L1及/或PD-L2之相互作用所導致之信號轉導之其他分子。在一個實施例中，PD-1結合拮抗劑減少藉由或通過在通過PD-1或PD-L1之T淋巴細胞(及其他細胞)介導信號傳導時表現之細胞表面蛋白所介導的負信號，以使得功能異常T細胞之非功能異常減少。
術語「程式性死亡配位體1」及「PD-L1」在本文中係指原生序列PDL1多肽、多肽變異體、以及原生序列多肽及多肽變異體之片段(其在本文中進一步定義)。本文所述之PD-L1多肽可為從多種來源(諸如從人類組織類型或從另一來源)單離之PD-L1多肽，或藉由重組或合成方法製備之PD-L1多肽。
「原生序列PD-L1多肽」包含具有與來源於自然之相應PD-L1多肽相同的胺基酸序列之多肽。「PD-L1多肽變異體」或其變化形式意指如本文所定義之具有與如本文所揭示之任何原生序列PD-L1多肽序列至少約80%胺基酸序列一致性之PD-L1多肽，一般為活性PD-L1多肽。此類PD-L1多肽變異體包括例如在原生胺基酸序列之N端或C端添加或缺失一或多個胺基酸殘基 之PD-L1多肽。通常，PD-L1多肽變異體將具有與如本文所揭示之原生序列PD-L1多肽序列至少約80%胺基酸序列一致性，或者至少約81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、或99%胺基酸序列一致性。通常，PD-L1變異體多肽之長度為至少約10個胺基酸，或者長度為至少約20個、30個、40個、50個、60個、70個、80個、90個、100個、110個、120個、130個、140個、150個、160個、170個、180個、190個、200個、210個、220個、230個、240個、250個、260個、270個、280個、281個、282個、283個、284個、285個、286個、287個、288個、289個胺基酸或更多。視情況，PD-L1變異體多肽將具有相較於原生PD-L1多肽序列不多於一個保守胺基酸取代，或者相較於原生PD-L1多肽序列不多於2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、或10個保守胺基酸取代。
如本文所定義之術語「PD-L1拮抗劑」為部分或完全阻斷、抑制、或中和由原生序列PD-L1介導的生物活性及/或功能之任何分子。在某些實施例中，此類拮抗劑結合至PD-L1。根據一個實施例，拮抗劑為多肽。根據另一個實施例，拮抗劑為抗PD-L1抗體。根據另一個實施例，拮抗劑為小分子拮抗劑。根據另一個實施例，拮抗劑為多核苷酸拮抗劑。
如本文所定義之「遏制性基質拮抗劑」為部分或完全阻斷、抑制、或中和與基質(例如，腫瘤相關聯之基質)相關聯之基因或基因產物之生物活性及/或功能之任何分子。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑部分或完全阻斷、抑制、或中和與纖維化腫瘤相關聯之基因或基因產物之生物活性及/或功能。在一些實施例中，以遏制性基質拮抗劑治療導致基質減少，從而導致免疫療法之活性增加；例如，藉由增加活化免疫細胞(例如，促炎性細胞)浸潤纖維化組織(例如，纖維化腫瘤)之能力。
術語「TGFβ拮抗劑」為減少、阻斷、抑制、消除、或干擾TGFβ與其一或多種相互作用搭配物(諸如TGFβ細胞受體)之相互作用所導致的信號轉導之分子。在一些實施例中，TGFβ結合拮抗劑為抑制TGFβ結合至其結合搭配物之分子。在一些實施例中，TGFβ拮抗劑抑制TGFβ之活化。在一些實施例中，TGFβ結合拮抗劑包括抗TGFβ抗體、其抗原結合片段、免疫黏附素、融合蛋白、寡肽、及減少、阻斷、抑制、消除、或干擾由TGFβ與其一或多種相互作用搭配物之相互作用導致之信號轉導之其他分子。
如在本文可互換使用之「多核苷酸」或「核酸」係指任何長度的核苷酸之聚合物，且包括DNA及RNA。核苷酸可為脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、經修飾之核苷酸或鹼基、及/或其類似物，或可藉由DNA或RNA聚合酶或藉由合成反應併入聚合物中之任何基質。多核苷酸可 包含經修飾之核苷酸，諸如甲基化核苷酸及其類似物。若存在，對核苷酸結構之修飾可在聚合物組裝之前或之後賦予。核苷酸之序列可藉由非核苷酸組分間斷。多核苷酸可在合成之後諸如藉由與標籤接合來進一步修飾。其他修飾類型包括例如「帽」、一或多個天然存在的核苷酸經類似物取代、核苷酸間修飾諸如例如具有不帶電鍵聯(例如，甲基膦酸酯、磷酸三酯、磷醯胺酯、胺基甲酸酯等)及帶電鍵聯(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)之彼等、含有側基部分諸如例如蛋白質(例如，核酸酶、毒素、抗體、信號肽、ply-L-離胺酸等)之彼等、具有嵌入劑(例如，吖啶、補骨脂素等)之彼等、含有螯合劑(例如，金屬、放射性金屬、硼、氧化金屬等)之彼等、含有烷基化劑(alkylator)之彼等、具有經修飾之鍵聯(例如，α變旋異構核酸等)之彼等、以及多核苷酸之未修飾形式。此外，通常存在於糖中之任何羥基皆可例如由膦酸酯基、磷酸酯基置換，或由標準保護基保護，經化以製備與額外核苷酸之額外鍵聯，或可與固體或半固體支持物接合。5'末端及3'末端OH可經1至20個碳原子之胺或有機加帽基團部分磷酸化或取代。其他羥基亦可衍生化成標準保護基。多核苷酸亦可含有此項技術一般已知的核糖或脫氧核糖之類似形式，包括例如2'-O-甲基-、2'-O-烯丙基、2'-氟-或2'-疊氮基-核糖、碳環糖類似物、α-變旋異構糖、差向異構糖諸如阿拉伯糖、木糖或來蘇糖、哌喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖、非環類似物、及無鹼基核苷類似物諸如甲基 核糖苷。一或多個磷酸二酯鍵聯可由替代性鍵聯基置換。此等替代性鍵聯基包括但不限於磷酸酯由P(O)S(「硫代酯」)、P(S)S(「二硫代酯」)、「(O)NR2(「醯胺酯」)、P(O)R、P(O)OR'、CO、或CH2(「甲縮醛(formacetal)」)置換之實施例，其中各R或R'獨立地為H或視情況含有醚(-O-)鍵聯、芳基、烯基、環烷基、環烯基、或芳烷基之取代或未取代之烷基(1-20個C)。並非多核苷酸中之所有鍵聯皆需要相同。先前描述適用於本文所提及之所有多核苷酸，包括RNA及DNA。
如本文所用之「寡核苷酸」一般係指短的單鏈多核苷酸，其長度為但不一定小於約250個核苷酸。寡核苷酸可為合成的。術語「寡核苷酸」及「多核苷酸」並非互斥的。上文對於多核苷酸之描述同等且完全適用於寡核苷酸。
術語「引子」係指能夠與核酸雜交且隨後一般藉由提供自由3'-OH基團進行互補核酸之聚合之單鏈多核苷酸。
術語「小分子」係指分子量為約2000道爾頓或更小，較佳為約500道爾頓或更小之任何分子。
術語「診斷」在本文中用以指代鑒別或分類分子或病理狀態、疾病、或病狀(例如，癌症)。舉例而言，「診斷」可指代鑒別特定癌症類型。「診斷」亦可指代例如藉由組織病理學標準或藉由分子特徵(例如，藉由生物 標記之一或組合之表現來特性化之次型(例如，特定基因或由該等基因編碼之蛋白質))分類特定癌次型。
術語「輔助診斷」在本文用以指代幫助進行關於疾病或病症(例如，癌症)之症狀或病狀之特定類型之存在或性質之臨床測定之方法。舉例而言，疾病或病症(例如，癌症)之輔助診斷之方法可包含測量來自個體之生物樣品中之某些生物標記。
如本文所用之術語「樣品」係指獲自或來源於所關注受試者及/或個體之含有欲例如基於物理、生物化學、化學、及/或生理特性加以特性化及/或鑒別之細胞及/或其他分子實體的組成物。舉例而言，片語「疾病樣品」及其變化形式係指獲自所關注受試者之預期或已知含有欲特性化之細胞及/或分子實體之任何樣品。樣品包括但不限於初代或培養細胞或細胞株、細胞上清液、細胞溶解產物、血小板、血清、血漿、玻璃體液、淋巴液、滑液、濾泡液，精液、羊水、乳、全血、血液來源細胞、尿液、腦脊髓液、唾液、痰液、眼淚、汗液、黏液、腫瘤溶解產物、及組織培養基、組織提取物諸如均質組織、腫瘤組織、細胞提取物、及其組合。
「組織樣品」或「細胞樣品」意指自受試者或個體之組織獲得的類似細胞之集合。組織或細胞樣品之來源可為如來自新鮮、冷凍、及/或防腐器官、組織樣品、生檢體、及/或吸出物之固體組織；血液或任何血液成分，諸如血漿；體液，諸如腦脊髓液、羊水、腹膜液、或間隙 液；來自受試者妊娠或發育之任何時間之細胞。組織樣品亦可為初代或培養細胞或細胞株。視情況，組織或細胞樣品獲自疾病組織/器官。組織樣品可含有在自然界中不與組織天然混雜之化合物，諸如防腐劑、抗凝血劑、緩衝劑、固定劑、養分、抗生素、或其類似物。
如本文所用，「參考樣品」、「參考細胞」、「參考組織」、「對照樣品」、「對照細胞」、或「對照組織」係指出於比較目的所使用之樣品、細胞、組織、標準、或水準。在一個實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織獲自相同受試者或個體之身體之健康及/或非患病部分(例如，組織或細胞)。舉例而言，與患病細胞或組織相鄰之健康及/或非患病細胞或組織(例如，與腫瘤相鄰之細胞或組織)。在另一個實施例中，參考樣品獲自相同受試者或個體之身體之未治療組織及/或細胞。在又另一個實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織獲自非為該受試者或個體的個體之身體之健康及/或非患病部分(例如，組織或細胞)。在甚至另一個實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織獲自非為該受試者或個體的個體之身體之未治療組織及/或細胞。在一些實施例中，參考樣品為作為免疫療法之完全反應者或部分反應者之個體。在一些實施例中，參考樣品為來自作為免疫療法之完全反應者或部分反應者之個體之樣品之資料庫。
出於本文之目的，組織樣品之「切片」意指組織樣品之單一部分或塊，例如自組織樣品切割之組織或細胞薄片。應瞭解，組織樣品之多個切片可經採集且經受分析，其限制條件為應理解，組織樣品之相同切片可在形態學及分子水準上分析，或相對於多肽及多核苷酸來分析。
「相關(correlate)」或「相關(correlating)」意指以任何方式將第一分析或方案之性能及/或結果與第二分析或方案之性能及/或結果比較。舉例而言，在執行第二方案中可使用第一分析或方案之結果，及/或可使用第一分析或方案之結果來確定是否應進行第二分析或方案。關於多肽分析或方案之實施例，可使用多肽表現分析或方案之結果來確定是否應進行具體治療方案。關於多核苷酸分析或方案之實施例，可使用多核苷酸表現分析或方案之結果來確定是否應進行具體治療方案。
「個體反應」或「反應」可使用指示對個體之益處之任何終點評定，包括但不限於：(1)在一定程度上抑制疾病進展(例如，癌症進展)，包括減緩及完全停止；(2)腫瘤大小減小；(3)抑制(亦即，減少、減緩、或完全阻止)癌細胞浸潤至相鄰的周邊器官及/或組織中；(4)抑制(亦即，減少、減緩或、完全阻止)轉移；(5)在一定程度上緩解與疾病或病症(例如，癌症)相關聯之一或多種症狀；(6)增加或延長存活期，包括總體存活及無進展存活；及/或(9)在治療後給定時間點時之死亡率降低。
患者之「有效反應」或患者對以藥物治療之「反應性」及類似措辭係指賦予處於疾病或病症(諸如癌症)之風險或罹患疾病或病症之患者之臨床或治療益處。在一個實施例中，此類益處包括以下之任何一或多者：延長存活(包括總體存活及無進展存活)；導致客觀反應(包括完全反應或部分反應)；或改善癌症之徵象或症狀。在一個實施例中，基質基因印記用以鑒別預測相較於在不存在以遏制性基質拮抗劑治療之情況下以免疫療法治療，對以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療具有反應性之可能性增加之患者。
「存活」係指患者維持活著，且包括總體存活以及無進展存活。
總體存活係指患者自診斷或治療之時間維持活著，持續限定的一段時間，諸如1年、5年等。
無進展存活係指病人維持活著，而癌症沒有進展或惡化。
「延長存活」意指相對於未治療患者(亦即相對於未以藥物治療之患者)、或相對於未表現指定水準的生物標記之患者、及/或相對於以經核準的抗腫瘤劑治療之患者，增加經治療之患者之總體存活或無進展存活。客觀反應係指可測量的反應，包括完全反應(CR)或部分反應(PR)。
完全反應或「CR」意為癌症之所有徵象回應於治療而消失。這並不總是意味著癌已治癒。
部分反應或「PR」係指體內一或多個腫瘤或病變之大小、或癌症之程度回應於治療而減小。
如本文所用，術語「實質上相同」表示兩個數值之間的類似性程度足夠高，使得熟習此項技術者將認為兩個值之間的差異在藉由該等值(例如，Kd值或表現)所測量的生物學特性之情況中具有很小或沒有生物學及/或統計學顯著性。隨參照/比較者值而變化，該兩個值之間的差異為例如小於約50%、小於約40%、小於約30%、小於約20%、及/或小於約10%。
如本文所用，術語「實質上不同」表示兩個數值之間的差異性程度足夠高，使得熟習此項技術者將認為兩個值之間的差異在藉由該等值(例如，Kd值)所測量的生物學特性之情況中具有統計學顯著性。隨參照/比較者值而變化，該兩個值之間的差異為例如大於約10%、大於約20%、大於約30%、大於約40%、及/或大於約50%。
藥劑之「有效量」係指在必需劑量下且持續必需時期，有效達成所要治療結果之量。
「治療有效量」係指治療或預防哺乳動物之疾病或病症之治療劑之量。在癌症情形下，治療有效量之治療劑可減少癌細胞之數目；降低原發腫瘤大小；抑制(亦即，在某種程度上減緩且較佳地阻止)癌細胞浸潤至周邊器官中；抑制(亦即，在某種程度上減緩且較佳地阻止)腫瘤轉移；在某種程度上抑制腫瘤生長；及/或在某種程度上緩解與病症相關聯之一或多種症狀。倘若藥品可預防 生長及/或殺傷現有癌細胞，則其可為細胞抑制性的及/或細胞毒性的。對於癌症治療，體內功效例如可藉由評定存活持續時間、疾病進展時間(TTP)、反應率(RR)、反應持續時間、及/或生活質量來測量。
術語「癌症」及「癌性」係指或描述通常藉由不受調控之細胞生長特性化之哺乳動物之生理病狀。此定義中包括良性癌及惡性癌症。「早期癌」或「早期腫瘤」意指非侵入性或轉移性、或分類為0、I、或II期癌之癌症。癌症之實例包括但不限於癌、淋巴瘤、母細胞瘤(包括神經管母細胞瘤及視網膜母細胞瘤)、肉瘤(包括脂肉瘤及滑膜細胞肉瘤)、神經內分泌腫瘤(包括類癌腫瘤、胃泌素瘤、及胰島細胞癌)、間皮瘤、神經鞘瘤(包括聽神經瘤)、腦膜瘤、腺癌、黑色素瘤、及白血病或淋巴惡性腫瘤。此類癌症之更特定實例包括鱗狀細胞癌(例如上皮鱗狀細胞癌)；肺癌，包括小細胞肺癌(SCLC)、非小細胞肺癌(NSCLC)、肺腺癌及肺鱗狀癌；腹膜癌；肝細胞癌；胃癌(gastric/stomach cancer)，包括胃腸癌；胰腺癌；神經膠質母細胞瘤；子宮頸癌；卵巢癌；肝癌(liver cancer)；膀胱癌；尿路上皮膀胱癌；肝癌(hepatoma)；乳癌(包括轉移性乳癌)；結腸癌；直腸癌；結腸直腸癌；子宮內膜癌或子宮癌；唾液腺癌；腎癌(kidney/renal cancer)；前列腺癌；陰門癌；甲狀腺癌；肝癌(hepatic carcinoma)；肛門癌；陰莖癌；梅克爾細胞癌；蕈樣黴菌病；睾丸癌；食道癌；膽道腫瘤；以及頭頸癌及血液學 惡性腫瘤。在一些實施例中，癌症為三陰性轉移性乳癌，包括具有局部再發性或轉移性疾病(其中該局部再發性疾病不適於在治癒意圖之情況下切除)之乳腺之任何組織學確認之三陰性(ER-、PR-、HER2-)腺癌。
術語「醫藥調配物」係指以下製劑，其呈允許當中所含之活性成分之生物活性有效之形式，且不含對調配物所將投與之受試者有不可接受毒性之其他組分。
「醫藥學上可接受之載劑」係指醫藥調配物中除活性成分以外之對受試者無毒的成分。醫藥學上可接受之載劑包括但不限於緩衝劑、賦形劑、穩定劑、或防腐劑。
如本文所用之「治療(treatment)」(及其語法變化形式，諸如「治療(treat)」或「治療(treating)」)係指試圖改變所治療個體之自然病程，且可在臨床病理過程中進行之臨床介入。合乎需要之治療作用包括但不限於防止疾病發生復發、減輕症狀、減弱疾病之任何直接或間接病理學結果、預防轉移、降低疾病進展速率、改善或緩解疾病狀態、及緩和或改善預後。在一些實施例中，抗體用以延遲疾病發展或減緩疾病進展。
術語「抗癌療法」係指可用於治療癌症之療法。抗癌治療劑之實例包括但不限於例如化療劑、生長抑制劑、細胞毒性劑、用於輻射療法之藥劑、抗血管生成劑、凋亡劑、抗微管蛋白劑、及治療癌症之其他藥劑、CD20抗體、血小板來源生長因子抑制劑(例如，GleevecTM(甲磺酸伊馬替尼(Imatinib Mesylate)))、COX-2抑制 劑(例如，塞來昔布(celecoxib))、干擾素、細胞介素、結合至以下標靶中之一或多者之拮抗劑(例如，中和抗體)：PDGFR-β、BlyS、APRIL、BCMA受體、TRAIL/Apo2、及其他生物活性及有機化學藥劑等。其組合亦包括在本發明中。如本文所用之術語「細胞毒性劑」係指抑制或阻止細胞功能及/或導致細胞破壞之物質。該術語旨在包括放射性同位素(例如，At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、及Lu之放射性同位素)；化療劑，例如，甲胺蝶呤(methotrexate)、阿德力黴素(adriamycin)、長春花生物鹼(長春新鹼(vincristine)、長春花鹼(vinblastine)、依託泊苷(etoposide))、小紅莓(doxorubicin)、美法侖(melphalan)、絲裂黴素C(mitomycin C)、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、道諾黴素(daunorubicin)、或其他嵌入劑；酶及其片段，諸如核分解酶；抗生素；及細菌、真菌、植物、或動物來源之毒素，諸如小分子毒素或酶活性毒素，包括其片段及/或變異體；及以下揭露之各種抗腫瘤劑或抗癌劑。下文描述其他細胞毒性劑。殺腫瘤劑導致腫瘤細胞破壞。
「化療劑」係指可用於治療癌症之化合物。化療劑之實例包括烷化劑諸如塞替派及環磷醯胺(CYTOXAN®)；磺酸烷基酯諸如白消安、英丙舒凡及哌泊舒凡；氮丙啶類諸如苯佐替派(benzodopa)、卡波醌、美妥替派(meturedopa)及烏瑞替派(uredopa)； 乙烯亞胺及甲基密胺，包括六甲蜜胺、三亞乙基密胺、三亞乙基磷醯胺、三亞乙基硫代磷醯胺及三羥甲基密胺；番荔枝內酯(acetogenin)(尤其是布拉他辛(bullatacin)及布拉他辛酮(bullatacinone))；δ-9-四氫大麻酚(屈大麻酚，MARINOL®)；β-拉帕醌；拉帕醇；秋水仙鹼；樺木酸；喜樹鹼(包括合成類似物托泊替康(HYCAMTIN®)、CPT-11(伊立替康，CAMPTOSAR®)；乙醯基喜樹鹼、莨著素及9-胺基喜樹鹼)；苔蘚抑素；海綿他汀(callystatin)；CC-1065(包括其合成類似物阿多來新、卡澤來新及比澤來新)；鬼臼毒素；鬼臼酸；替尼泊苷；念珠藻環肽(尤其是念珠藻環肽1及念珠藻環肽8)；多拉司他汀；多卡米星(包括合成類似物KW-2189及CB1-TM1)；艾榴塞洛素；水鬼蕉鹼；sarcodictyin；海綿抑素；氮芥類諸如苯丁酸氮芥、萘氮芥、膽磷醯胺(chlorophosphamide)、雌莫司汀、異環磷醯胺、氮芥、鹽酸氧氮芥、美法侖、新氮芥、苯芥膽甾醇、潑尼莫司汀、曲磷胺、烏拉莫司汀；硝基脲類諸如卡莫司汀、氯脲菌素、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀、雷莫司汀；抗生素類諸如烯二炔抗生素(例如刺孢黴素，尤其是刺孢黴素γ1I及刺孢黴素ΩI1(參見，例如Nicolaou等人，Angew.Chem Intl.Ed.Engl.,33：183-186(1994))；CDP323；經口α-4整聯蛋白抑制劑；達內黴素，包括達內黴素A；埃斯培拉黴素；以及新制癌菌素生 色團及有關色蛋白烯二炔抗生素生色團)、阿克拉黴素(aclacinomysin)、放線菌素、氨茴黴素(authramycin)、偶氮絲胺酸、博來黴素、放線菌素、carabicin、洋紅黴素、嗜癌黴素、色黴素、更生黴素、柔紅黴素、地托比星、6-重氮基-5-氧代-L-正白胺酸、多柔比星(包括ADRIAMYCIN®、嗎啉代-多柔比星、氰基嗎啉代-多柔比星、2-吡咯啉代-多柔比星、多柔比星HCl脂質體注射劑(DOXIL®)、脂質體多柔比星TLC D-99(MYOCET®)、聚乙二醇脂質體多柔比星(CAELYX®)及脫氧多柔比星)、表柔比星、依索比星、伊達比星、麻西羅黴素、絲裂黴素類諸如絲裂黴素C、麥考酚酸、諾拉黴素、橄欖黴素、培洛黴素、泊非黴素、嘌羅黴素、三鐵阿黴素、羅多比星、鏈黑黴素、鏈佐星、殺結核菌素、烏苯美司、淨司他丁、佐柔比星；抗代謝藥諸如甲氨蝶呤、吉西他賓(GEMZAR®)、喃氟啶(UFTORAL®)、卡培他濱(XELODA®)、埃博黴素及5-氟尿嘧啶(5-FU)；葉酸類似物諸如二甲葉酸、甲胺蝶呤、蝶羅呤、三甲曲沙；嘌呤類似物諸如氟達拉濱、6-巰嘌呤、硫咪嘌呤、硫鳥嘌呤；嘧啶類似物諸如安西他濱、阿紮胞苷、6-氮雜尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、二脫氧尿苷、去氧氟尿苷、依諾他濱、氟尿苷；雄激素類諸如卡普睾酮、丙酸屈他雄酮、環硫雄醇、美雄烷、睾內酯；抗腎上腺類諸如氨魯米特、米托坦、曲洛司坦；葉酸補充劑諸如亞葉酸(frolinic acid)；醋葡醛內酯；醛磷醯胺糖 苷；胺基酮戊酸；恩尿嘧啶；安吖啶；bestrabucil；比生群；依達曲沙(edatraxate)；地磷醯胺(defofamine)；秋水仙胺；地吖醌；elfornithine；依利醋銨；埃博黴素；依託格魯；硝酸鎵；羥基脲；香菇多糖；氯尼達明；美登木素諸如美坦辛及安絲菌素；米托胍腙；米托蒽醌；莫哌達醇；尼曲吖啶；噴司他丁；蛋氨氮芥；吡柔比星；洛索蒽醌；2-乙基醯肼；丙卡巴肼；PSK®多醣複合物(JHS Natural Products,Eugene,OR)；雷佐生；根黴素；西佐喃(sizofiran)；鍺螺胺；替奴佐酸；三亞胺醌；2,2',2'-三氯三乙胺；單端孢黴烯類(尤其為T-2毒素、疣孢菌素A、桿孢菌素A及蛇形菌素)；烏拉坦；長春地辛(ELDISINE®、FILDESIN®)；達卡巴嗪；甘露氮芥；二溴甘露醇；二溴衛矛醇；哌泊溴烷；gacytosine；阿糖胞苷(「Ara-C」)；塞替派；紫杉烷，例如紫杉醇(TAXOL®)、紫杉醇之白蛋白工程化奈米顆粒調配物(ABRAXANETM)，及多西紫杉醇(TAXOTERE®)；苯丁酸氮芥；6-硫鳥嘌呤；巰基嘌呤；甲胺蝶呤；鉑劑諸如順鉑，奧克賽鉑(例如，ELOXATIN®)，及卡鉑；長春花，其阻止微管蛋白聚合形成微管，包括長春花鹼(VELBAN®)、長春新鹼(ONCOVIN®)、長春地辛(ELDISINE®、FILDESIN®)，及長春瑞賓(NAVELBINE®)；依託泊苷(VP-16)；異環磷醯胺；米托蒽醌；亞葉酸；諾肖林；依達曲沙；柔紅黴素；胺基蝶呤；伊班膦酸鹽；拓撲異構 酶抑制劑RFS 2000；二氟甲基鳥胺酸(DMFO)；類視色素諸如視黃酸，包括蓓薩羅丁(TARGRETIN®)；雙膦酸鹽類諸如氯膦酸鹽(例如，BONEFOS®或OSTAC®)、依替膦酸鹽(DIDROCAL®)、NE-58095、唑來膦酸/唑來膦酸鹽(ZOMETA®)、阿侖膦酸鹽(FOSAMAX®)、帕米膦酸鹽(AREDIA®)、替魯膦酸鹽(SKELID®)或利塞膦酸鹽(ACTONEL®)；曲沙他濱(1,3-二氧戊環核苷胞嘧啶類似物)；反義寡核苷酸，尤其抑制涉及異常細胞增殖之信號傳導途徑中之基因表達的反義寡核苷酸，例如像，PKC-α、Raf、H-Ras及表皮生長因子受體(EGF-R)；疫苗諸如THERATOPE®疫苗及基因治療疫苗，例如，ALLOVECTIN®疫苗、LEUVECTIN®疫苗及VAXID®疫苗；拓撲異構酶1抑制劑(例如，LURTOTECAN®)；rmRH(例如，ABARELIX®)；BAY439006(索拉非尼；Bayer)；SU-11248(舒尼替尼，SUTENT®,Pfizer)；哌立福辛、COX-2抑制劑(例如，塞來昔布或依託考昔)，蛋白酶體抑制劑(例如，PS341)；硼替佐米(VELCADE®)；CCI-779；替吡法尼(R11577)；orafenib、ABT510；Bcl-2抑制劑諸如奧利默森納(GENASENSE®)；匹杉瓊；EGFR抑制劑(參見以下定義)；酪胺酸激酶抑制劑(參見以下定義)；絲胺酸-蘇胺酸激酶抑制劑諸如納巴黴素(西羅莫司，RAPAMUNE®)；法呢醯轉移酶抑制劑諸如洛那法尼(SCH 6636,SARASARTM)；及上述任一者 之醫藥學上可接受之鹽、酸或衍生物；以及上述二或更多者之組合諸如CHOP，環磷醯胺、多柔比星、長春新鹼與潑尼龍之混合療法之縮寫；及FOLFOX，具有奧克賽鉑(ELOXATINTM)與5-FU及亞葉酸組合之治療方案之縮寫。
如本文所定義之化療劑包括「抗激素劑」或「內分泌治療劑」，其用於調控、減少、阻斷、或抑制可促進癌症生長之激素的作用。其可為激素本身，包括但不限於，具有混合促效劑/拮抗劑概括之抗雌激素，包括他莫昔芬(tamoxifen)(NOLVADEX®)、4-羥基他莫昔芬、托瑞米芬(toremifene)(FARESTON®)、吲哚昔酚(idoxifene)、屈洛昔芬(droloxifene)、雷洛昔芬(raloxifene)(EVISTA®)、曲沃昔芬(trioxifene)、克奧昔芬(keoxifene)及選擇性雌激素受體調節劑(SERM)諸如SERM3；無激動劑性質之純抗雌激素，諸如氟維司群(fulvestrant)(FASLODEX®)及EM800(此類藥劑可阻斷雌激素受體(ER)二聚化、抑制DNA結合、增大ER轉化及/或遏制ER水準)；芳香酶抑制劑，包括類固醇芳香酶抑制劑，諸如福美坦(formestane)及依西美坦(exemestane)(AROMASIN®)，及非類固醇芳香酶抑制劑，諸如安美達(anastrazole)(ARIMIDEX®)、來曲唑(letrozole)(FEMARA®)及胺魯米特(aminoglutethimide)，及其他芳香酶抑制劑，包括伏 氯唑(vorozole)(RIVISOR®)、醋酸甲地孕酮(MEGASE®)、法倔唑(fadrozole)及4(5)-咪唑；促黃體激素釋放激素促效劑，包括亮丙瑞林(leuprolide)(LUPRON®及ELIGARD®)、戈舍瑞林(goserelin)、布舍瑞林(buserelin)及曲普瑞林(tripterelin)；性類固醇，包括孕酮，諸如醋酸甲地孕酮(megestrol acetate)及醋酸甲羥孕酮(medroxyprogesterone acetate)，雌激素諸如二乙基乙烯雌酚(diethylstilbestrol)及倍美力(premarin)，及雄激素/類視色素諸如氟甲睾酮(fluoxymesterone)，全反維甲酸及芬維A胺(fenretinide)；奧那司酮(onapristone)；抗孕酮；雌激素受體下調劑(ERD)；抗雄激素諸如氟他胺(flutamide)、尼魯米特(nilutamide)及比卡魯胺(bicalutamide)；及上述藥物中任一者之醫藥學上可接受的鹽、酸或衍生物；以及上述藥物中之二或更多者之組合。
如本申請案中所用之術語「前藥」係指式醫藥學上活性物質之前驅體或衍生物形式，其相較於親本藥品對腫瘤細胞是較小細胞毒性的，且能夠經酶促活化或轉化成較大活性之親本形式。參見，例如，Wilman,「Prodrugs in Cancer Chemotherapy」Biochemical Society Transactions,14，第375-382頁，615th Meeting Belfast(1986)以及Stella等人，「Prodrugs：A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery,」Directed Drug Delivery,Borchardt等人，(編)，第247-267頁，Humana Press(1985)。本發明之前藥包括但不限於含磷酸鹽前藥、含硫代磷酸鹽前藥、含硫酸鹽前藥、含肽前藥、D-胺基酸改質前藥、醣化前藥、含β-內醯胺前藥、含視情況經取代之苯氧基乙醯胺前藥或含視情況經取代之苯基乙醯胺前藥、5-氟胞嘧啶及可轉化成活性較高之無細胞毒性之藥品之其他5-氟尿苷前藥。可衍生化成適用於本發明中之前藥形式的細胞毒性藥品之實例包括但不限於上文所述之彼等。
當在本文使用時，「生長抑制劑」係指抑制細胞(例如，在體外或體內生長依賴於PD-L1表現之細胞)之生長之化合物或組成物。生長抑制劑之實例包括阻斷細胞週期進程(在除了S期以外的位置處)的試劑，諸如誘導G1停止及M期停止之試劑。經典M期阻斷劑包括長春花(長春新鹼及長春花鹼)、紫杉烷類，及拓撲異構酶II抑制劑諸如多柔比星、表柔比星、柔紅黴素、依託泊苷、及博來黴素。停止G1之彼等藥劑亦發展成S期停止，例如DNA烷化劑諸如他莫昔芬、潑尼松、達卡巴嗪、氮芥、順鉑、甲胺蝶呤、5-氟尿嘧啶、及ara-C。進一步資訊可見於The Molecular Basis of Cancer,Mendelsohn及Israel，編，第1章，Murakami等人之標題為「Cell cycle regulation,oncogenes,and antineoplastic drugs」(WB Saunders： Philadelphia,1995)，尤其是第13頁。紫杉烷類(紫杉醇及多西紫杉醇)為均來源於紫杉樹之抗癌藥品。來源於歐洲紫杉之多西紫杉醇(TAXOTERE®,Rhone-Poulenc Rorer)為紫杉醇(TAXOL®,Bristol-Myers Squibb)之半合成類似物。紫杉醇及多西紫杉醇促進從微管蛋白二聚體組裝微管及藉由阻止解聚合來使微管穩定，從而導致抑制細胞中之有絲分裂。
「輻射療法」意指使用定向γ射線或β射線來誘導對細胞之足夠損傷，以限制其正常發揮功能之能力或完全破壞細胞。應當理解，將有許多此項技術已知的方式確定治療之劑量及持續時間。典型治療係作為一次投與來給予，且典型劑量範圍為每天10至200個單位(戈雷)。
「個體」或「受試者」為哺乳動物。哺乳動物包括但不限於馴養動物(例如，母牛、綿羊、貓、狗、及馬)、靈長類動物(例如，人類及非人類靈長類動物，諸如猴)、兔及齧齒動物(例如，小鼠及大鼠)。在某些實施例中，個體或受試者為人類。
術語「同時地」在本文中用以指代投與二或更多種治療劑，其中至少部分投與的時間重疊。因此，同時投與包括在中斷投與一或多種藥劑之後繼續投與一或多種其他藥劑之給藥方案。
「降低或抑制」意指能夠導致20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、 95%、或更大之總體減少。降低或抑制可指代正治療之病症之症狀、轉移之存在或大小、或原發腫瘤之大小。
術語「藥品說明書」用以指代慣常包括在治療性產品之商業包裝中之說明書，其含有關於與使用此類治療性產品相關之適應症、用法、劑量、投與、組合療法、禁忌症、及/或警告的資訊。
「製品」是包含至少一種藥劑(例如，用於治療疾病或病症(例如，癌症)之藥物)或用於特異性偵測本文所述之生物標記之探針的任何製造品(例如，包裝或容器)或套組。在某些實施例中，製造品或套組呈用於進行本文所述之方法之單位推廣、分配、或銷售。
「目標對象」為如藉由營銷或廣告，尤其針對特定用途、治療、或適應症來將特定藥物推廣或意圖推廣至的人群或機構，諸如個體、群體、報紙、醫學文獻及雜誌之讀者、電視或網際網路觀眾、收音機或網際網路聽眾、醫師、藥品公司等。當在本文使用時，片語「基於」意指關於一或多種生物標記之資訊用於告知治療決定、藥品說明書上提供之資訊、或營銷/推廣指導等。
如熟習此項技術者所瞭解，本文中對「約」某一數值或參數之提及包括(且描述)有關該數值或參數本身之實施例。舉例而言，提及「約X」之描述包括對「X」之描述。
「捕捉抗體」係指特異性結合樣品中之標靶分子之抗體。在某些條件下，捕捉抗體與標靶分子形成複合 物，使得抗體-靶分子複合物可與樣品之剩餘部分分離。在某些實施例中，此類分離可包括洗去樣品中未結合捕捉抗體之物質或材料。在某些實施例中，捕捉抗體可連接至固體支持物表面，諸如例如但不限於板或珠粒。
「偵測抗體」係指特異性結合樣品或樣品-捕捉抗體組合材料中之標靶分子之抗體。在某些條件下，偵測抗體與標靶分子或標靶分子-捕捉抗體複合物形成複合物。偵測抗體能夠通過可經擴增之標籤直接地或例如通過使用經標記且結合偵測抗體之另一種抗體間接地偵測。對於直接標記，偵測抗體通常與可藉由一些手段偵測之部分接合，例如包括但不限於生物素或釕。
術語「標籤」或「可偵測標籤」係指可與待偵測或定量之物質(例如，抗體)鍵聯之任何化學基團或部分。通常，標籤為可偵測的標籤，其適於物質之敏感性偵測或定量。可偵測標籤之實例包括但不限於發光標籤例如螢光、磷光、化學發光、生物發光、及電化學發光標籤、放射性標籤、酶、粒子、磁性物質、電活性物質、及其類似物。或者，可偵測標籤可藉由參與特異性結合反應來發出其存在的信號。此類標籤之實例包括半抗原、抗體、生物素、鏈黴抗生物素蛋白、His-標籤、氮基三乙酸、麩胱甘肽S-轉移酶、麩胱甘肽、及其類似物。
術語「偵測手段」係指用於通過信號報告來偵測可偵測抗體之存在的部分或技術，該信號報告然後在測定中讀出。通常，偵測手段採用擴增固定化標籤(諸如捕 捉至微量滴定板上之標籤，例如抗生物素蛋白或鏈黴抗生物素蛋白-HRP)之藥劑。
「光致發光」係指材料在該材料吸收光(或者被稱為電磁輻射)之後發光之過程。螢光及磷光是兩種不同類型的光致發光。「化學發光」過程涉及藉由化學反應來產生發光物質。「電化學發光」或「ECL」為物質例如抗體在該物質暴露於適當周圍化學環境中之電化學能量時發光之過程。
「結合」所關注抗原(例如宿主細胞蛋白)之抗體為以足夠親和力結合抗原之抗體，使得該抗體可用作測定藥劑，例如用作捕捉抗體或用作偵測抗體。通常，此類抗體不與其他多肽顯著地交叉反應。
關於多肽與標靶分子之結合，術語「特異性結合」或「特異性結合至」或「特異於」特定多肽或特定多肽標靶上之表位意指可測量地不同於非特異性相互作用之結合。特異性結合可例如藉由測定標靶分子之結合相較於對照分子之結合來測量，該對照分子一般為不具有結合活性之結構類似分子。
「親和力」係指分子(例如，抗體)之單個結合位點與其結合搭配物(例如，抗原)之間非共價相互作用的強度總和。除非另外指示，否則如本文所用之「結合親和力」係指反映結合對(例如，抗體與抗原)成員之間1：1相互作用的固有結合親和力。分子X對其搭配物Y之親和力 一般可由解離常數(Kd)表示。親和力可藉由此項技術中已知之常用方法(包括本文所述者)加以測量。
出於本文之目的之「活性的」或「活性」係指保留原生的或天然存在的多肽之生物學及/或免疫學活性之多肽形式，其中「生物學」活性係指藉由原生的或天然存在的多肽導致之生物學功能(抑制性或刺激性)，而非誘導產生抗由原生的或天然存在的多肽所具有的抗原表位的抗體之能力，且「免疫學」活性係指誘導產生抗由原生的或天然存在的多肽所具有的抗原表位的抗體之能力。
術語「拮抗劑」以最廣泛意義使用，且包括部分或完全阻斷、抑制、或中和原生多肽之生物活性之任何分子。以類似方式，術語「促效劑」以最廣泛意義使用，且包括模擬天然多肽之生物活性之任何分子。合適之促效劑或拮抗劑分子尤其包括促效劑或拮抗劑抗體或抗體片段、原生多肽之片段或胺基酸序列變異體等。用於鑒別多肽之促效劑或拮抗劑之方法可包含使多肽與候選促效劑或拮抗劑分子接觸，及測量通常與多肽相關聯之一或多種生物活性之可偵測變化。
本文中術語「抗體」以最廣泛意義使用，且尤其包括單株抗體、多株抗體、半抗體、由至少兩個完整抗體形成之多特異性抗體(例如雙特異性抗體)、及抗體片段，只要其展現所要生物活性即可。術語「免疫球蛋白」(Ig)可與本文中之抗體互換使用。
抗體為具有不同結構(所有皆基於免疫球蛋白折疊)之天然存在的免疫球蛋白分子。舉例而言，IgG抗體具有兩條「重」鏈及兩條「輕」鏈，其經二硫鍵鍵合以形成功能性抗體。作為另一個實例，藉由一或多個二硫鍵鍵聯之一條重鏈及一條輕鏈形成功能性半抗體。各重鏈及輕鏈本身皆包含「恆定」(C)區及「可變」(V)區。V區決定抗體之抗原結合特異性，而C區提供結構支持且在與免疫效應物之非抗原特異性相互作用中發揮作用。抗體之抗原結合特異性或抗體之抗原結合片段為抗體特異性結合至特定抗原之能力。
抗體之抗原結合特異性由V區之結構特性決定。可變性不均勻分佈於可變域之整個110個胺基酸跨度。實情為，V區由具有15-30個胺基酸的稱為構架區(FR)之相對不變區段(stretch)組成，該等區段係藉由各自為9-12個胺基酸長的稱為「高變區」之極具可變性的較短區分開。原生重鏈及輕鏈之可變域各自包含四個FR，主要採用β片組態，由三個高變區連接，該等高變區形成環連接，且在一些情況下形成β-片型結構之一部分。各鏈中之高變區由FR緊密地保持在一起，且與來自另一條鏈之高變區一起促進形成抗體之抗原結合位點(參見，Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。恆定域不直接涉及使抗體 結合至抗原，但是展現各種效應物功能，諸如抗體參與抗體依賴性細胞毒性(ADCC)。
各V區通常包含三個互補決定區(「CDR」，其中各自含有「高變環」)及四個構架區。抗體結合位點，以實質親和力結合至特定所要抗原所需的最小結構單元，將因此通常包括三個CDR，及散佈於其間之至少三個、較佳四個構架區，以便以適當構形保持及呈現CDR。經典的四鏈抗體具有由VH及VL域協作限定之抗原結合位點。某些抗體(諸如駱駝及鯊魚抗體)缺乏輕鏈，且僅依賴於由重鏈形成之結合位點。可製備單域經工程改造之免疫球蛋白，在該免疫球蛋白中，在不存在VH與VL之間的協作之情況下，結合位點藉由單獨重鏈或輕鏈形成。
術語「可變」係指以下事實：在抗體中可變域之某些部分之序列廣泛不同，且用於各特定抗體對其特定抗原之結合及特異性中。然而，可變性並非均勻分佈在抗體之整個可變域中。其集中在輕鏈可變域及重鏈可變域中之稱為高變區之三個鏈段中。可變域之較高度保守部分稱為構架區(FR)。原生重鏈及輕鏈之可變域各自包含四個FR，主要採用β片組態，由三個高變區連接，該等高變區形成環連接，且在一些情況下形成β-片型結構之一部分。各鏈中之高變區由FR緊密地保持在一起，且與來自另一條鏈之高變區一起促進形成抗體之抗原結合位點(參見，Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD.(1991))。恆定域不直接涉及使抗體結合至抗原，但是展現各種效應物功能，諸如抗體參與抗體依賴性細胞毒性(ADCC)。
當在本文中使用時，術語「高變區」係指負責抗原結合的抗體之胺基酸殘基。高變區可包含來自「互補決定區」或「CDR」之胺基酸殘基(例如，VL中之大約殘基24-34(L1)、50-56(L2)、及89-97(L3)，以及VH中之大約31-35B(H1)、50-65(H2)、及95-102(H3)(Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))及/或來自「高變環」之彼等殘基(例如，VL中之殘基26-32(L1)、50-52(L2)、及91-96(L3)，以及VH中之26-32(H1)、52A-55(H2)、及96-101(H3)(Chothia及Lesk J.Mol.Biol.196：901-917(1987))。
「構架」或「FR」殘基為除如本文所定義之高變區殘基以外之彼等可變域殘基。
抗體或半抗體之情況中之「鉸鏈區」一般定義為從人類IgG1之Glu216伸展至Pro230(Burton,Molec.Immunol.22：161-206(1985))。其他IgG同型之鉸鏈區可藉由將形成重鏈間S-S鍵之第一及最後半胱胺酸殘基置於相同位置來與IgG1序列對準。
Fc區之「下鉸鏈區」通常定義為緊鄰C末端至鉸鏈區之殘基區段，亦即Fc區之殘基233至239。在本發明之前，FcγR結合一般歸因於IgG Fc區之下鉸鏈區中之胺基酸殘基。
人類IgG Fc區之「CH2域」通常自IgG之約殘基胺基酸231延伸至約340。CH2域是唯一的，因為其未與另一個域嚴格配對。相反，兩個N鍵聯之支鏈碳水化合物鏈插入在完整天然IgG分子之兩個CH2域之間。已推測，碳水化合物可提供域-域配對之替代物，且有助於穩定CH2域。(Burton,Molec.Immunol.22：161-206(1985))。
「CH3域」包含C末端至Fc區中之CH2域之殘基區段(亦即IgG之約胺基酸殘基341至約胺基酸殘基447)。
「抗體片段」包含完整抗體之一部分，較佳包含其抗原結合區。抗體片段之實例包括Fab、Fab'、F(ab')2、及Fv片段；雙功能抗體；串聯雙抗體(taDb)、線性抗體(例如，美國專利第5,641,870號，實例2；Zapata等人，Protein Eng.8(10)：1057-1062(1995))；單臂抗體、單可變域抗體、微型抗體、單鏈抗體分子；由抗體片段(例如，包括但不限於Db-Fc、taDb-Fc、taDb-CH3、(scFV)4-Fc、二-scFv、雙-scFv或串聯(二,三)-scFv)形成之多特異性抗體；及雙特異性T細胞銜接器(engager)(BiTE)。
抗體之木瓜酶消化產生兩個相同的抗原結合片段，稱為「Fab」片段，以及殘餘的「Fc」片段，名稱反映易於結晶之能力。Fab片段由整個L鏈連同H鏈(VH)之可變域及一條重鏈(CH1)之第一恆定域組成。抗體之胃蛋白酶處理產生單個大的F(ab')2片段，其大致對應於兩個二硫鍵鍵聯之具有二價抗原結合活性之Fab片段，且仍然能夠交聯抗原。Fab'片段與Fab片段不同之處在於在CH1域之羧基端處具有額外很少的殘基，包括來自抗體鉸鏈區之一或多個半胱胺酸。Fab'-SH在本文中為其中恆定域之半胱胺酸殘基帶有自由硫醇基的Fab'之指定。F(ab')2抗體片段最初呈其之間具有鉸鏈半胱胺酸之Fab'片段對產生。抗體片段之其他化學偶合亦是已知的。
「Fv」是含有完整抗原識別及抗原結合位點之最小抗體片段。此區由一條重鏈及一條輕鏈可變域以緊密、非共價締合之二聚體組成。在此組態中，各可變域之三個高變區相互作用以限定VH-VL二聚體之表面上之抗原結合位點。總之，六個高變區賦予抗體抗原結合特異性。然而，即使單一可變域(或僅包含三個特異於抗原之高變區之半個Fv)亦具有識別及結合抗原的能力，儘管其親和力比整個結合位點之親和力低。
Fab片段亦含有輕鏈之恆定域及重鏈之第一恆定域(CH1)。Fab'片段與Fab片段不同之處在於在重鏈CH1域之羧基端處具有額外幾個殘基，包括來自抗體 鉸鏈區之一或多個半胱胺酸。Fab'-SH在本文中為其中恆定域之半胱胺酸殘基帶有至少一個自由硫醇基的Fab'之指定。F(ab')2抗體片段最初呈其之間具有鉸鏈半胱胺酸之Fab'片段對產生。抗體片段之其他化學偶合亦是已知的。
來自任何脊椎動物物種之抗體(免疫球蛋白)之「輕鏈」可基於其恆定域之胺基酸序列歸為兩種截然不同類型(稱為卡帕(κ)及拉目達(λ))中之一種。
根據其重鏈之恆定域之胺基酸序列，抗體可歸為不同的類別。存在五個主要的完整抗體類別：IgA、IgD、IgE、IgG、及IgM，且此等類別中之若干類別可進一步劃分成子類(同型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、及IgA2。對應於不同抗體類別之重鏈恆定域分別稱為α、δ、ε、γ、及μ。不同類別的免疫球蛋白之亞單元結構及三維組態是眾所周知的。
「單鏈Fv」或「scFv」抗體片段包含抗體之VH及VL域，其中此等域存在於單個多肽鏈中。在一些實施例中，Fv多肽在VH與VL域之間進一步包含多肽連接子，其使得scFv能夠形成用於抗原結合之所要結構。關於scFv之評述，參見Plückthun,The Pharmacology of Monoclonal Antibodies，第113卷，Rosenburg及Moore編，Springer-Verlag,New York，第269-315頁(1994)。
術語「雙功能抗體」係指具有兩個抗原結合位點之小抗體片段，該等片段包含連接至相同多肽鏈(VH-VL)中之輕鏈可變域(VL)之重鏈可變域(VH)。通過使用太短而不能容許在相同鏈上之兩個域之間配對之連接子，迫使該等域與另一條鏈之互補域配對且產生兩個抗原結合位點。雙功能抗體更充分描述於例如EP 404,097；WO 93/11161；及Hollinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90：6444-6448(1993)中。
「雙特異性抗體」為包含抗原結合域之能夠特異性結合至一個生物分子上之兩個不同表位或能夠特異性結合至兩個不同生物分子上之表位的多特異性抗體。雙特異性抗體在本文中亦可稱為具有「雙重特異性」或「雙重特異性的」。在一些實施例中，雙特異性抗體包含兩個半抗體，其中各半抗體包含單個重鏈可變區及視情況至少部分重鏈恆定區，以及單個輕鏈可變區及視情況至少部分輕鏈恆定區。在某些實施例中，雙特異性抗體包含兩個半抗體，其中各半抗體包含單個重鏈可變區及單個輕鏈可變區，且不包含多於一個單個重鏈可變區，且不包含多於一個單個鏈輕鏈可變區。在一些實施例中，雙特異性抗體包含兩個半抗體，其中各半抗體包含單個重鏈可變區及單個輕鏈可變區，且其中第一半抗體結合至第一抗原且不結合至第二抗原，且第二半抗體結合至第二抗原且不結合至第一抗原。
表述「單域抗體」(sdAb)或「單可變域(SVD)抗體」一般係指單個可變域(VH或VL)可賦予抗原結合之抗體。換句話說，為了識別標靶抗原，單個可變域不必與另一個可變域相互作用。單域抗體之實例包括來源於駱駝科(駱馬及駱駝)及軟骨魚(例如護士鯊)之彼等，以及來源於從人類及小鼠抗體之重組方法之彼等(Nature(1989)341：544-546；Dev Comp Immunol(2006)30：43-56；Trend Biochem Sci(2001)26：230-235；Trends Biotechnol(2003)：21：484-490；WO 2005/035572；WO 03/035694；FEBS Lett(1994)339：285-290；WO00/29004；WO 02/051870)。
如本文所用之術語「單株抗體」係指自實質上均質之抗體群體獲得之抗體，亦即除可在單株抗體生產期間出現之可能的變異體(此類變異體一般以較小量存在)之外，構成該群體之單獨抗體相同及/或結合相同表位。與通常包括針對不同決定子(表位)之不同抗體的多株抗體製劑形成對比，各單株抗體針對抗原上之單一決定子。除了其特異性之外，單株抗體之優勢在於其未被其他免疫球蛋白污染。修飾語「單株」指示抗體之特性為獲自抗體之實質上均質群，且不應理解為要求該等任何特定方法來產生抗體。舉例而言，欲根據本文所提供之方法使用之單株抗體可藉由首先由Kohler等人，Nature 256：495(1975)描述之融合瘤方法製備，或可藉由重組DNA方法 製備(參見例如，美國專利第4,816,567號)。「單株抗體」亦可使用例如Clackson等人，Nature 352：624-628(1991)及Marks等人，J.Mol.Biol.222：581-597(1991)中所述之技術從噬菌體抗體文庫中單離。
本文中之單株抗體尤其包括「嵌合」抗體(免疫球蛋白)，其中重鏈及/或輕鏈之一部分與來源於特定物種或屬於特定抗體類別或亞類之抗體中之相應序列相同或同源，而鏈之其餘部分與來源於另一物種或屬於另一抗體類別或亞類之抗體中之相應序列相同或同源，以及此類抗體之片段，只要其展現所要生物活性即可(美國專利第4,816,567號；Morrison等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81：6851-6855(1984))。本文中所關注嵌合抗體包括「靈長動物源化(primatized)」抗體，其包含來源於非人類靈長動物(例如舊大陸猴，諸如狒狒、恆河猴、及石蟹獼猴)及人類恆定區序列之可變域抗原結合序列(美國專利第5,693,780號)。
非人類(例如，鼠類)抗體之「人源化」形式為含有來源於非人類免疫球蛋白之最小序列之嵌合抗體。在大多數情況下，人源化抗體為人類免疫球蛋白(接受者抗體)，其中來自接受者之高變區之殘基由來自非人類物種(施體抗體)(諸如小鼠、大鼠、兔、或具有所要特異性、親和力、及能力之非人類靈長動物)之高變區之殘基置換。在一些情況下，人類免疫球蛋白之構架區(FR)殘基 由相應的非人類殘基置換。此外，人源化抗體可包含見於接受者抗體或施體抗體中之殘基。進行此等修飾以進一步完善抗體性能。一般而言，人源化抗體將包含實質上全部至少一個且通常兩個可變域，其中全部或實質上全部高變環對應於非人類免疫球蛋白之高變環，且全部或實質上全部FR為人類免疫球蛋白序列之FR，除如上所述之FR取代之外。人源化抗體視情況亦將包含免疫球蛋白恆定區之至少一部分，通常為人類免疫球蛋白之至少一部分。對於進一步細節，參見Jones等人，Nature 321：522-525(1986)；Riechmann等人，Nature 332：323-329(1988)；及Presta,Curr.Op.Struct.Biol.2：593-596(1992)。
出於本文之目的，「完整抗體」為包含重可變域及輕可變域以及Fc區之完整抗體。恆定域可為原生序列恆定域(例如人類原生序列恆定域)或其胺基酸序列變異體。較佳地，完整抗體具有一或多種效應物功能。
「原生抗體」通常為約150,000道爾頓之異四聚體醣蛋白，由兩條相同的輕(L)鏈及兩條相同的重(H)鏈組成。各輕鏈藉由一個共價二硫鍵鍵聯至重鏈，而在不同免疫球蛋白同型之重鏈中，二硫鍵聯之數目不同。各重鏈及輕鏈亦具有規律地間隔的鏈內二硫橋。各重鏈在一端具有可變域(VH)，接著為多個恆定域。各輕鏈在一端具有可變域(VL)且在其另一端具有恆定域；輕鏈之恆定域與重鏈之第一恆定域對準，且輕鏈可變域與重鏈之可 變域對準。據信特定胺基酸殘基形成輕鏈可變域與重鏈可變域之間之界面。
「裸抗體」為未接合至異源分子諸如細胞毒性部分或放射性標記之抗體(如本文所定義)。
如本文所用，術語「免疫黏附素」指明將異源蛋白質(「黏附素」)之結合特異性與免疫球蛋白恆定域之效應物功能組合之分子。在結構上，免疫黏附素包含具有所要結合特異性之胺基酸序列之融合物，該胺基酸序列非為抗體之抗原識別及結合位點(亦即相較於抗體之恆定區為「異源的」)，及免疫球蛋白恆定域序列(例如，IgG之CH2及/或CH3序列)。示範性黏附素序列包括鄰接胺基酸序列，其包含結合至所關注蛋白質之受體或配位體之一部分。黏附素序列亦可為結合所關注蛋白質之序列，但非受體或配位體序列(例如，肽抗體中之黏附素序列)。此類多肽序列可藉由各種方法選擇或鑒別，包括噬菌體顯示技術及高通量分選方法。免疫黏附素中之免疫球蛋白恆定域序列可獲自任何免疫球蛋白，諸如IgG-1、IgG-2、IgG-3、或IgG-4次型、IgA(包括IgA-1及IgA-2)、IgE、IgD、或IgM。
在一些實施例中，抗體「效應物功能」係指可歸因於抗體之Fc區(原生序列Fc區或胺基酸序列變異體Fc區)之彼等生物活性，且隨抗體同型而有所不同。抗體效應物功能之實例包括：C1q結合及補體依賴性細胞毒 性；Fc受體結合；抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)；吞噬作用；細胞表面受體之下調。
「補體依賴性細胞毒性」或「CDC」係指分子在補體存在下溶解標靶之能力。補體活化途徑藉由補體系統之第一組分(C1q)結合至與同族抗原複合之分子(例如多肽(例如，抗體))來起始。為評定補體活化，可進行例如如Gazzano-Santoro等人，J.Immunol.Methods 202：163(1996)中所述之CDC測定。
「抗體依賴性細胞介導的細胞毒性」及「ADCC」係指細胞介導的反應，其中表現Fc受體(FcR)之非特異性細胞毒性細胞(例如自然殺手(NK)細胞、嗜中性球、及巨噬細胞)識別標靶細胞上的結合抗體，且隨後導致標靶細胞之溶解。用於介導ADCC之初級細胞NK細胞僅表現FcγRIII，而單核細胞表現FcγRI、FcγRII、及FcγRIII。FcR在造血細胞上之表現概述於Ravetch及Kinet,Annu.Rev.Immunol 9：457-92(1991)第464頁上之表3中。為了評定所關注分子之ADCC活性，可進行諸如美國專利第5,500,362號或第5,821,337號中所述之體外ADCC測定。適用於此類測定之效應細胞包括周邊血液單核細胞(PBMC)及自然殺手(NK)細胞。或者或另外，所關注分子之ADCC活性可例如在動物模型，諸如Clynes等人，Prpc.Natl.Acad.Sci.(USA)95：652-656(1998)中揭示之動物模型中進行活體內評定。
「人類效應細胞」為表現一或多個FcR且執行效應物功能之白血球。在一些實施例中，細胞至少表現FcγRIII且執行ADCC效應物功能。介導ADCC之人類白血球之實例包括周邊血液單核細胞(PBMC)、自然殺手(NK)細胞、單核細胞、細胞毒性T細胞、及嗜中性球；PBMC及NK細胞為較佳的。
術語「Fc受體」或「FcR」用於描述結合至抗體之Fc區之受體。在一些實施例中，FcR為原生序列人類FcR。此外，較佳的FcR為結合IgG抗體(γ受體)，且包括FcγRI、FcγRII、及FcγRIII亞類之受體(包括此等受體之對偶基因變異體及或者剪接形式)之FcR。FcγRII受體包括FcγRIIA(「活化受體」)及FcγRIIB(「抑制受體」)，其具有類似的胺基酸序列，該等胺基酸序列主要在其細胞質域方面不同。活化受體FcγRIIA在其細胞質域中含有基於免疫受體酪胺酸之活化模體(ITAM)。抑制受體FcγRIIB在其細胞質域中含有基於免疫受體酪胺酸之抑制模體(ITIM)。(參見，Daëron,Annu.Rev.Immunol.15：203-234(1997))。FcR評述於Ravetch及Kinet,Annu.Rev.Immunol 9：457-92(1991)；Capel等人，Immunomethods 4：25-34(1994)；及de Haas等人，J.Lab.Clin.Med.126：330-41(1995)中。其他FcR(包括將來欲鑒別之FcR)在本文中藉由術語「FcR」來涵蓋。該術語亦包括新生兒受體FcRn，其負責將母體IgG轉移至胎兒 (Guyer等人，J.Immunol.117：587(1976)及Kim等人，J.Immunol.24：249(1994))。
術語「宿主細胞」、「宿主細胞株」、及「宿主細胞培養物」可互換使用且係指已引入有外源性核酸之細胞，包括此類細胞之子代。宿主細胞包括「轉型體」及「轉型細胞」，其包括初級轉型細胞及源於其之子代而不考慮繼代數目。子代在核酸內含物方面可能與親本細胞不完全相同，而可能含有突變。本文包括具有與在原始轉型細胞中所篩檢或選擇相同之功能或生物活性之突變型子代。
「經單離」核酸係指已與其自然環境之組分分離之核酸分子。經單離核酸包括通常含有核酸分子之細胞中含有之核酸分子，但該核酸分子係存在於染色體外或存在於不同於其天然染色體位置之染色體位置處。
相對於參照多肽序列之「胺基酸序列一致性百分比(%)」定義為在比對參照多肽序列與候選序列且必要時引入間隙以達成最大序列一致性百分比之後，且在不將任何保守性取代視為序列一致性之一部分的情況下，候選序列中與參照多肽序列中之胺基酸殘基一致的胺基酸殘基之百分比。可以此項技術中之技能範圍內之各種方式，例如使用可公開獲得之電腦軟體，諸如BLAST、BLAST-2、ALIGN、或Megalign(DNASTAR)軟體來比對以便測定胺基酸序列一致性百分比。熟習此項技術者可確定用於比對序列之適當參數，包括在所比較之序列 之全長範圍內達成最大比對所需之任何演算法。在某些實施例中，使用序列比較電腦程式ALIGN-2產生胺基酸序列一致性百分比值。ALIGN-2序列比較電腦程式由Genentech公司創造，且原始程式碼已與使用說明書一起在美國版權局(U.S.Copyright Office,Washington D.C.,20559)存檔，其中其以美國版權登記號TXU510087登記。ALIGN-2程式可公開自Genentech公司(South San Francisco,California)獲得，或可自原始程式碼編譯。ALIGN-2程式應編譯用於UNIX操作系統(包括數位UNIX V4.0D)。所有序列比較參數皆由ALIGN-2程式設定且不改變。
在採用ALIGN-2進行胺基酸序列比較之情形下，給定胺基酸序列A對於、與、或相對於給定胺基酸序列B之胺基酸序列一致性百分比(或者可稱為給定胺基酸序列A對於、與、或相對於給定胺基酸序列B具有或包含某一百分比之胺基酸序列一致性)係如下加以計算：100×分數X/Y其中X為藉由序列比對程式ALIGN-2在該程式之A及B的比對中評分為相同匹配之胺基酸殘基之數目，且其中Y為B中胺基酸殘基之總數。應當理解，胺基酸序列A之長度不等於胺基酸序列B之長度，A對於B之胺基酸序列一致性百分比將不等於B對於A之胺基酸序列一致性百分比。除非另有具體陳述，否則本文所用之所有胺基酸序列 一致性百分比值係使用ALIGN-2電腦程式如前一段中所述來獲得。
術語「可變區」或「可變域」係指抗體重鏈或輕鏈中涉及抗體與抗原結合之結構域。原生抗體之重鏈可變域及輕鏈可變域(分別為VH及VL)一般具有類似結構，其中各結構域包含四個保守構架區(FR)及三個高變區(HVR)。(參見，例如Kindt等人，Kuby Immunology，第6版，W.H.Freeman and Co.，第91頁(2007)。)單一VH或VL域可足以賦予抗原結合特異性。此外，可分別使用來自結合特定抗原之抗體之VH或VL域篩檢互補VL或VH域之文庫來單離結合該抗原之抗體。參見，例如Portolano等人，J.Immunol.150：880-887(1993)；Clarkson等人，Nature 352：624-628(1991)。
如本文所用之術語「載體」係指能夠使其所鍵聯之另一核酸增殖之核酸分子。該術語包括呈自我複製核酸結構之載體以及併入當中已引入有其之宿主細胞之基因體中的載體。某些載體能夠導引與其可操作地鍵聯之核酸表現。此類載體在本文中稱為「表現載體」。
本文中對「約」某一值或參數之提及包括(且描述)針對該值或參數本身之變化。舉例而言，提及「約X」之描述包括對「X」之描述。
除非上下文另外明確規定，否則如本文及隨附申請專利範圍中所用之單數形式「一」、「或」、及「該」 包括複數個參考物。應瞭解，本文所述之本發明之態樣及變化包括「由態樣及變化所組成」及/或「基本上由態樣及變化所組成」。
II.診斷及治療方法
本文提供用於確定個體是否可受益於以免疫療法及遏制性基質拮抗劑之組合治療之方法。在一些實施例中，個體不太可能回應於單獨免疫療法。在一些態樣中，本發明提供一種用於治療患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含：a)確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供治療之個體；及b)向該個體投與有效量之免疫療法及遏制性基質拮抗劑。
在一些態樣中，本發明提供一種用於改善患有疾病或病症之個體之免疫療法之方法，該方法包含：a)確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多個基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供以遏制性基質拮抗劑治療之個體；及b)向步驟a)中經鑒別供以遏制性基質拮抗劑治療之該個體投與有效量之免疫療法及遏制性基質拮抗劑。
在一些態樣中，本發明提供一種用於選擇不太可能回應於單獨免疫療法之患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之個體。
在一些態樣中，本發明提供一種用於鑒別出更可能展現來自以免疫療法及以腫瘤基質纖維化拮抗劑治療之益處的患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含：確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出具有遏制性基質之個體，其中來自該個體之樣品中基質基因印記之存在指示個體更可能展現來自免疫療法及遏制性基質拮抗劑之增加的臨床益處。在一些態樣中，本發明提供一種用於選擇患有疾病或病症之個體的治療之方法，該方法包含確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出具有遏制性基質之個體；其中來自該個體之樣品中基質基因印記之存在指示該個體更可能展現來自免疫療法及遏制性基質拮抗劑之增加的臨床益處。在一些 實施例中，增加的臨床益處進一步包含以下中之一或多者之相對增加：總體存活(OS)、無進展存活(PFS)、完全反應(CR)、部分反應(PR)、及其組合。
在一些態樣中，本發明提供一種用於監測包含免疫療法及遏制性基質拮抗劑之組合治療之功效之方法，該方法包含在一或多個時間點確定來自經歷以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之個體的樣品中基質基因印記之存在；其中該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加；其中增加的臨床益處及/或該基質基因印記之存在之減少指示有效治療。在一些態樣中，本發明提供一種用於監測包含免疫療法及遏制性基質拮抗劑的組合治療之功效之方法，該方法包含：a)確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供治療之個體；及b)向該個體投與有效量之免疫療法及遏制性基質拮抗劑；及c)在一或多個時間點確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在；其中增加的臨床益處及/或該基質基因印記之存在之減少指示有效治療。在一些實施例中，增加的臨床益處包含以下中之一或多者之相對增加：總體存活(OS)、無進展存活(PFS)、完全反應(CR)、部分反應(PR)、及其組合。
在本發明態樣之一些實施例中，基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之二或更多者。在一些實施例中，基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之三或更多者。在一些實施例中，基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之四或更多者。在一些實施例中，基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之五或更多者。在一些實施例中，基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、THY1、及TGFβ。在一些實施例中，基質基因印記包含PDPN、FAP、TGFB1、NNMT、TNFAIP6、DKK3、MMP2、MMP8、MMP9、BGN、COL4A1、COL4A2、COL5A1、PDGFRB、NUAK1、FN1、FGF1、PDLIM4、或LRR32C中之一或多者。在一些實施例中，基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、BGN、LOXL2、PDPN、PDGFRB、COL12a1、COL5A1、COL8A2、THY1、或PALLD中之一或多者。在一些實施例中，基質基因印記進一步包含TGFβ。
在一些實施例中，本發明提供用於確定患有疾病或病症之個體是否可受益於以免疫療法及遏制性基質拮抗劑之組合治療之方法以及治療方法。在一些實施例中，本發明進一步提供針對藉由本發明之方法所鑒別之個體之治療方法。在一些實施例中，疾病或病症為增生性疾病或病症。在一些實施例中，疾病或病症為免疫相關疾病 或病症。[[Genentech-有什麼我們應該在此列出的特定免疫相關病症。
在一些實施例中，疾病或病症為癌症。在一些實施例中，癌症係選自由以下所組成之群：非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腎細胞癌、結腸直腸癌、卵巢癌、乳癌、轉移性乳癌、三陰性乳癌、黑色素瘤、胰腺癌、胃癌、膀胱癌、尿路上皮膀胱癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤、頭頸癌、甲狀腺癌、肉瘤、前列腺癌、神經膠質母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈樣黴菌病、梅克爾細胞癌、及其他血液學惡性腫瘤。
在一些實施例中，癌症為尿路上皮膀胱癌(UBC)，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。在一些實施例中，癌症為UBC，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、及PDGFRB。在一些實施例中，UBC之基質基因印記進一步包含DKK3、PDGFB、NUAK1、FGF1、PDL1M4、或LRRC32中之一或多者。在一些實施例中，UBC之基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、DKK3、PDGFB、NUAK1、FGF1、PDL1M4、或LRRC32中之一或多者。在一些實施例中，UBC之基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、DKK3、PDGFB、NUAK1、FGF1、PDL1M4、或LRRC32中之一或多者、二或更多者、三或更多者、四或更多者、五或更多者、六或更多者、七或更多者、八或更多者、九或 更多者、或十或更多者。在一些實施例中，UBC之基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、DKK3、PDGFB、NUAK1、FGF1、PDL1M4、及LRRC32。在一些實施例中，基質基因印記進一步包含TGFβ。
在一些實施例中，癌症為非小細胞肺癌(NSCLC)，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。在一些實施例中，癌症為NSCLC，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者、二或更多者、三或更多者、四或更多者、或五或更多者。在一些實施例中，癌症為NSCLC，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、及THY1中之一或多者。在一些實施例中，基質基因印記進一步包含TGFβ。
在一些實施例中，癌症為腎細胞癌(RCC)，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。在一些實施例中，癌症為RCC，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、及THY1。在一些實施例中，RCC之基質基因印記進一步包含LUM及/或POSTN。在一些實施例中，癌症為RCC，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、THY1、TGFβ、LUM、或POSTN中之一或多者、二或更多者、三或更多者、四或更多者、五或更多者、六或更多者、或七或更多者。在一些實施例中，癌症為RCC，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、 PDGFRB、THY1、LUM、及POSTN。在一些實施例中，基質基因印記進一步包含TGFβ。
在一些實施例中，癌症為黑色素瘤，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。在一些實施例中，癌症為黑色素瘤，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者、二或更多者、三或更多者、或四或更多者。在一些實施例中，癌症為黑色素瘤，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、及THY1。
在一些實施例中，癌症為三陰性乳癌(TNBC)，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。在一些實施例中，癌症為TNBC，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、及THY1。在一些實施例中，TNBC之基質基因印記進一步包含MMP11、BGN、或COL5A1中之一或多者。在一些實施例中，癌症為TNBC，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、THY1、MMP11、BGN、或COL5A1中之一或多者、二或更多者、三或更多者、四或更多者、五或更多者、六或更多者、七或更多者。在一些實施例中，癌症為TNBC，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、THY1、MMP11、BGN、及COL5A1。
在一些實施例中，癌症為卵巢癌，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中 之一或多者。在一些實施例中，癌症為卵巢癌，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、及THY1。在一些實施例中，卵巢癌之基質基因印記進一步包含POSTN、LOX、或TIMP3中之一或多者。在一些實施例中，癌症為卵巢癌，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、THY1、POSTN、LOX、或TIMP3中之一或多者、二或更多者、三或更多者、四或更多者、五或更多者、六或更多者、七或更多者、八或更多者。在一些實施例中，癌症為卵巢癌，且基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、THY1、POSTN、LOX、及TIMP3。在一些實施例中，基質基因印記進一步包含TGFβ。
在一些實施例中，自個體獲得之樣品係選自由以下所組成之群：組織、全血、血漿、血清、及其組合。在一些實施例中，樣品為組織樣品。在一些實施例中，樣品為腫瘤組織樣品。在一些實施例中，腫瘤組織樣品包含腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞、或其任何組合。
在一些實施例中，組織樣品為經福爾馬林固定且經石蠟包埋之組織樣品、歸檔組織樣品、新鮮組織樣品、或冷凍組織樣品。在一些實施例中，樣品為全血。在一些實施例中，全血包含免疫細胞、循環腫瘤細胞、及其任何組合。
在一些實施例中，樣品在以免疫療法治療之前獲得。在一些實施例中，樣品在以免疫療法治療之前或在以免疫療法治療之後獲得。在一些實施例中，樣品在以遏制性基質拮抗劑治療之前獲得。
在一些實施例中，患有疾病或病症之個體可受益於以免疫療法及遏制性基質拮抗劑之組合治療之方法。在一些實施例中，個體不太可能回應於單獨免疫療法。免疫療法在此項技術中有所描述(Chen,DS及Mellman,2013,Immunity 39：1-10)。在一些方面中，免疫療法標靶可視為刺激劑或抑制劑。在一些實施例中，免疫療法包含CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、CD40、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMGB1、或TLR促效劑。在其他實施例中，免疫療法包含CTLA-4、PD-L1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑。
在本文所述之方法及套組之一些實施例中，免疫療法為PD-L1軸拮抗劑。在一些實施例中，PD-L1軸結合拮抗劑為PD-L1結合拮抗劑。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至其配位體結合搭配物。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結 合至PD-1。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至B7-1。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至PD-1及B7-1兩者。
在本發明之任何方法及套組之一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑為抗體。在一些實施例中，抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
在其他實施例中，PD-L1軸結合拮抗劑為PD-1結合拮抗劑。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至其配位體結合搭配物。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L2。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1及PD-L2兩者。
可用於本發明方法之抗PD-L1抗體及其製備方法之實例描述於PCT專利申請案WO 2010/077634 A1中，該案以引用之方式併入本文中。用於治療PD-1及PD-L1相關病狀之診斷方法描述於PCT專利申請案WO 2014/151006 A2中，該案以引用之方式併入本文中。
在一些實施例中，抗PD-L1抗體能夠抑制PD-L1與PD-1之間及/或PD-L1與B7-1之間之結合。在一些實施例中，抗PD-L1抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗PD-L1抗體為選自以下所組成之群的抗體片段：Fab、Fab'-SH、Fv、scFv、及(Fab')2片段。在 一些實施例中，抗PD-L1抗體為人源化抗體。在一些實施例中，抗PD-L1抗體為人類抗體。
本發明提供確定樣品中基質基因印記之存在之方法。在一些實施例中，基質基因印記之存在指示與以遏制性基質拮抗劑治療組合之免疫療法之臨床益處。免疫療法與遏制性基質拮抗劑之組合相較於以單獨免疫療法治療可提供臨床益處。舉例而言，呈現基質基因印記之纖維化腫瘤之治療可受益於免疫療法及遏制性基質拮抗劑之組合。
如本文所用，「遏制性基質拮抗劑」為部分或完全阻斷、抑制、或中和與基質(例如，腫瘤相關聯之基質)相關聯之基因或基因產物之生物活性及/或功能之任何分子。基質基因拮抗劑之標靶為此項技術已知的；例如，參見Turley,S.J.等人，Nature Reviews Immunology,2015.15：669-682及Rosenbloom,J.等人，Biochimica et Biophysica Acta 2013,1832：1088-1103。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向TGFβ(例如，TGFβ1及TGFβ2)。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向表面醣蛋白，包括但不限於內皮蛋白(CD105)、3G5抗原、FAP、CSPG4(NG2)、及/或平足蛋白(GP38)。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向黏附分子，包括但不限於PECAM(CD31)、VCAM(CD106)、ICAM1(CD54)、THY1(CD90)、及/或β1整合素(CD29)。在一些實施例中，遏制性基質 拮抗劑靶向生長因子受體，包括但不限於VEGFR1(FLT1)、VEGFR2(KDR)、VEGFR3(FLT4)、PDGFRα(CD140α)、及/或PDGFRβ(CD140β)。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向細胞內結構蛋白，包括但不限於波形蛋白、αSMA(ACTA2)、及/或肌間線蛋白。遏制性基質拮抗劑之其他靶標包括但不限於5NT(CD73或NT5E)RGS3、內皮唾酸蛋白(CD248)、及FSP1(S100A4)。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向癌症相關聯之纖維母細胞相關聯之多肽。癌症相關聯之纖維母細胞相關聯之多肽之實例包括但不限於內皮蛋白(CD105)、FAP、平足蛋白、VCAM1、THY1、β1整合素、PDGFRα、PDGFRβ、波形蛋白、αSMA、肌間線蛋白、內皮唾酸蛋白、及/或FSP1。
在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向TGF-β表現及活化。實例包括但不限於吡非尼酮、αvβ6抗體、ATI及ATII受體阻斷劑、ACE抑制劑、CAT-192(抗TGF-β1單株AB)、及窖蛋白支架域(CSD)。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向包括典型信號途徑之TGF-β信號傳導途徑，TBR1(示範性抑制劑為SM305)及SMAD3(示範性抑制劑為SIS3)。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向包括非典型信號傳導途徑之TGF-β信號傳導途徑，包括c-Ab1(示範性抑制劑為甲磺酸伊馬替尼)、PDGFR(示範性抑制劑為達沙替尼)、 c-kit(示範性抑制劑為尼羅替尼)、及PKC-δ(示範性抑制劑包括小特異性多肽及粗糠柴毒素衍生物。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向CTGF(示範性抑制劑包括單株CTGF抗體)。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向纖維細胞歸巢之抑制，包括CXCL12(示範性抑制劑包括CXCL12抗體)、CXCR4(示範性抑制劑包括AMD3100)、及CCR2(示範性抑制劑包括PF-04136309。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向Src(示範性抑制劑包括達沙替尼及SU6656)。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向VEGFR(示範性抑制劑包括尼達尼布及BIBF1120。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向FGFR(示範性抑制劑包括索拉非尼)。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向IL-13(示範性抑制劑包括IL-13之人源化單株抗體。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向IL-6受體(示範性抑制劑包括托珠單抗)。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向TLR(示範性抑制劑包括TLR抑制劑E5564、TAK-242)。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向Nox4(ROS)(示範性抑制劑包括GKT136901)。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑靶向ET-1(示範性抑制劑包括波生坦及其他ET受體阻斷劑)。在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑為TGFβ、PDPN、LAIR-1、SMAD、ALK、結締組織生長因子(CTGF/CCN2)、內皮-1(ET-1)、AP-1、IL-13、PDGF、LOXL2、內皮蛋白 (CD105)、FAP、平足蛋白(GP38)、VCAM1(CD106)、THY1、β1整合素(CD29)、PDGFRα(CD140α)、PDGFRβ(CD140β)、波形蛋白、αSMA(ACTA2)、肌間線蛋白、內皮唾酸蛋白(CD248)、或FSP1(S100A4)拮抗劑。
在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑為吡非尼酮、蓋倫薩替、達沙替尼(dasetininb)、尼達尼布、尼羅替尼、粗糠柴毒素及其衍生物、或索拉非尼。
在一些實施例中，遏制性基質拮抗劑為TGFβ拮抗劑。在一些實施例中，TGFβ拮抗劑抑制TGFβ結合至其配位體結合搭配物。在一些實施例中，TGFβ拮抗劑抑制TGFβ結合至TGFβ之細胞受體。在一些實施例中，TGFβ拮抗劑抑制TGFβ之活化。在一些實施例中，TGFβ拮抗劑靶向TGFβ1。在一些實施例中，TGFβ拮抗劑靶向TGFβ2。在一些實施例中，TGFβ拮抗劑靶向TGFβ3。在一些實施例中，TGFβ拮抗劑靶向TGFβ受體1。在一些實施例中，TGFβ拮抗劑靶向TGFβ1、TGFβ2、或TGFβ1中之一或多者。在一些實施例中，TGFβ拮抗劑靶向TGFβ受體2。在一些實施例中，TGFβ拮抗劑靶向TGFβ受體3。在一些實施例中，TGFβ拮抗劑靶向TGFβ受體1、TGFβ受體2、或TGFβ受體3中之一或多者。
在一些實施例中，TGFβ拮抗劑為抗TGFβ抗體。在一些實施例中，抗TGFβ抗體能夠抑制抗TGFβ與 其配位體中之一或多者之間之結合。在一些實施例中，抗TGFβ抗體能夠抑制TGFβ之活化。在一些實施例中，抗TGFβ抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗TGFβ抗體為選自以下所組成之群的抗體片段：Fab、Fab'-SH、Fv、scFv、及(Fab')2片段。在一些實施例中，抗TGFβ抗體為人源化抗體。在一些實施例中，抗TGFβ抗體為人類抗體。
可用於本發明方法之抗TGFβ抗體及其製備方法之實例描述於美國專利第5,571,714號、WO 92/08480、WO 92/00330、WO 95/26203、WO97/13844、WO 00/066631、WO 05/097832、WO 06/086469、WO 06/116002、WO 07/076391、WO 12/167143、WO 13/134365、及WO 14/164709中。
在一些實施例中，以遏制性基質拮抗劑治療容許組織中之增加的免疫細胞浸潤。不受理論束縛，遏制性基質拮抗劑調節標靶組織中之基質以促進免疫細胞浸潤至標靶組織。舉例而言，以遏制性基質拮抗劑治療表現基質基因印記之纖維化腫瘤調節腫瘤中及周圍之基質，以容許免疫細胞浸潤(例如，藉由免疫療法調節)至腫瘤。在一些實施例中，增加的免疫細胞浸潤為T細胞、B細胞、巨噬細胞、或樹狀細胞中之一或多者之增加的浸潤。在一些實施例中，T細胞為CD8+ T細胞及/或Teff細胞。在一些實施例中，個體在以遏制性基質拮抗劑治療之前對免疫 療法具有抗性。在一些實施例中，個體已經投與單一療法免疫療法。
基質基因印記之一或多個基因之存在及/或表現水準/量可基於此項技術已知的任何合適標準來定性及/或定量地確定，包括但不限於DNA、mRNA、cDNA、蛋白質、蛋白質片段、及/或基因複本數。在某些實施例中，第一樣品中生物標記之存在及/或表現水準/量相較於第二樣品中之存在/不存在及/或表現水準/量增加或升高。在某些實施例中，第一樣品中生物標記之存在/不存在及/或表現水準/量相較於第二樣品中之存在在及/或表現水準/量減少或降低。在某些實施例中，第二樣品為參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織。本文描述用於確定基因之存在/不存在及/或表現水準/量之額外揭露。在一些實施例中，基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
在任何方法之一些實施例中，表現升高係指相較於參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織，藉由標準技術已知方法(諸如本文所述者)所偵測，基質基因印記(例如，蛋白質或核酸(例如，基因或mRNA))中之一或多種基因之水準的總體增加約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、或更多中之任一者。在某些實施例中，表現升高係指樣品中生物標記之 表現水準/量之增加，其中增加為至少約以下中之任一者：1.5X、1.75X、2X、3X、4X、5X、6X、7X、8X、9X、10X、25X、50X、75X、或100X的參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織中相應生物標記之表現水準/量。在一些實施例中，表現升高係指相較於參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、對照組織、或內部對照(例如，持家基因)，總體增加大於約1.5倍、約1.75倍、約2倍、約2.25倍、約2.5倍、約2.75倍、約3.0倍、或約3.25倍。在一些實施例中，基因印記之表現係相對於中值表現水準。在一些實施例中，中值表現水準為來自非視為纖維化之組織之表現水準。在一些實施例中，中值表現水準反映回應或部分回應於免疫療法之組織中之表現水準。在一些實施例中，中值表現水準反映來自作為免疫療法之完全反應者或部分反應者之個體之腫瘤中基質相關聯之基因之表現水準。在一些實施例中，中值表現水準來源於回應於免疫療法之患者之資料庫。在一些實施例中，中值表現水準來源於回應於免疫療法之患有特定癌症之患者之資料庫。舉例而言，將患有尿路上皮膀胱癌患之者之基質基因印記與作為免疫療法之完全反應者或部分反應者之尿路上皮膀胱癌患者之資料庫比較。在一些實施例中，基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
在任何方法之一些實施例中，表現降低係指相較於參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細 胞、或對照組織，藉由標準技術已知方法(諸如本文所述者)所偵測，基質基因印記(例如，蛋白質或核酸(例如，基因或mRNA))之水準的總體降低約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、或更多中之任一者。在某些實施例中，表現降低係指樣品中生物標記之表現水準/量之減少，其中減少為至少約以下中之任一者：0.9X、0.8X、0.7X、0.6X、0.5X、0.4X、0.3X、0.2X、0.1X、0.05X、或0.01X的參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織中相應生物標記之表現水準/量。在一些實施例中，基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
可藉由許多方法分析樣品中基質基因印記之各種基因之存在及/或表現水準/量，其中許多方法在此項技術中為已知的且由熟練技術人員所瞭解，該等方法包括但不限於免疫組織化學(「IHC」)、西方墨點分析、免疫沈澱、分子結合測定、ELISA、ELIFA、螢光活化細胞分選(「FACS」)、MassARRAY、蛋白質組學、基於血液之定量測定(如例如血清ELISA)、生物化學酶活性測定、原位雜交、南方分析、北方分析、全基因組定序、聚合酶鏈反應(「PCR」)(包括定量即時PCR(「qRT-PCR」))及其他擴增型偵測方法(諸如分支DNA、SISBA、TMA及其類似方法)、RNA-Seq、FISH、微陣列分析、基因表現剖析、及/或基因表現系 列分析(「SAGE」)，以及可藉由蛋白質、基因、及/或組織陣列分析進行之廣泛多種測定中之任一者。用於評估基因及基因產物狀態之典型方案例如見於Ausubel等人編，1995,Current Protocols In Molecular Biology，第2單元(北方墨點法)、第4單元(南方墨點法)、第15單元(免疫墨點法)及第18單元(PCR分析)中。亦可使用多重免疫分析，諸如可自Rules Based Medicine或Meso Scale Discovery(「MSD」)獲得之免疫分析。
在一些實施例中，使用包含以下之方法來確定基質基因印記中一或多個基因之存在及/或表現水準/量：(a)對樣品(諸如受試者癌症樣品)進行基因表現剖析、PCR(諸如rtPCR或qRT-PCR)、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、或FISH；及b)確定樣品中基質基因印記產物之存在及/或表現水準/量。在一些實施例中，微陣列方法包含使用具有可在嚴格條件下雜交至編碼上文所提及之基因之核酸分子之一或多個核酸分子或具有可結合至由上文所提及之基因編碼之一或多種蛋白質之一或多種多肽(諸如肽或抗體)之微陣列晶片。在一個實施例中，PCR方法為qRT-PCR。在一個實施例中，PCR方法為多重PCR。在一些實施例中，基因表現係藉由微陣列測量。在一些實施例中，基因表現係藉由qRT-PCR測量。在一些實施例中，表現係藉由多 重PCR測量。在一些實施例中，基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
用於評估細胞中mRNA之方法眾所周知，且包括例如使用互補DNA探針之雜交測定(諸如使用特異於一或多種基因之標記核糖核酸探針之原位雜交、北方墨點、及相關技術)及各種核酸擴增測定(諸如使用特異於一或多種基因之互補引子之RT-PCR，及其他擴增型偵測方法，諸如例如支鏈DNA、SISBA、TMA、及類似者)。
使用北方、點墨法、或PCR分析可方便地測定來自哺乳動物之樣品之mRNA。此外，此類方法可包括容許人們確定生物樣品中標靶mRNA之水準的一或多個步驟{例如，藉由同時檢查諸如肌動蛋白家族成員之「持家」基因之比較性對照mRNA序列之水準)。視情況，可測定經擴增之標靶cDNA之序列。
可選方法包括藉由微陣列技術檢查或偵測組織或細胞樣品中之mRNA(諸如標靶mRNA)之方案。使用核酸微陣列，來自測試及對照組織樣品之測試及對照mRNA樣品經逆轉錄且標記以產生cDNA探針。然後將探針雜交至固定在固體支持物上之核酸陣列。該陣列經組態，使得陣列之各成員之序列及位置為已知的。舉例而言，表現與抗血管生成療法之臨床益處增加或降低相關之基因之選擇可排列在固體支持物上。標記探針與特定陣列成員之雜交指示探針所來源之樣品表現該基因。
在某些實施例中，使用IHC及染色方案檢查樣品中基質基因印記蛋白質之存在及/或表現水準/量。已顯示組織切片之IHC染色為確定或偵測樣品中蛋白質之存在之可靠方法。在一些實施例中，基質基因印記係藉由免疫組織化學偵測。在一些實施例中，來自個體之樣品中基質基因印記之表現升高為蛋白質表現升高，且在進一步實施例中，係使用IHC來確定。在一個實施例中，基質基因印記之表現水準係使用包含以下之方法來確定：(a)用抗體進行樣品(諸如受試者癌症樣品)之IHC分析；及b)確定樣品中基質基因印記之表現水準。在一些實施例中，相對於參考確定IHC染色強度。在一些實施例中，參考為參考值(例如，來自免疫療法之完全反應者及部分反應者之資料庫)。在一些實施例中，基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
IHC可與額外技術(諸如形態學染色及/或螢光原位雜交)組合進行。兩種一般IHC方法可供使用；直接及間接測定。根據第一次測定，直接測定抗體與標靶抗原之結合。這種直接測定使用標記試劑，諸如螢光標籤或酶標記之一級抗體，其可經可視化，而無進一步抗體相互作用。在典型的間接測定中，未接合之一級抗體結合至抗原，然後經標記之二級抗體結合至一級抗體。當二級抗體接合至酶標記時，加入顯色或螢光基質以提供抗原之可視化。信號放大因為幾個二級抗體可與一級抗體上之不同表位反應而發生。
用於IHC之一級及/或二級抗體通常將以可偵測部分標記。許多標籤可供使用，其一般可分組為以下類別：(a)放射性同位素，諸如35S、14C、125I、3H、及131I；(b)膠體金粒子；(c)螢光標記，包括但不限於稀土螯合物(銪螯合物)、德克薩斯紅、玫瑰紅、螢光素、丹磺醯基、麗絲胺、繖形酮、藻紅素(phycocrytherin)、藻藍素或商業上可獲得的螢光團諸如SPECTRUM ORANGE7及SPECTRUM GREEN7，及/或上文中之任何一或多種之衍生物；(d)各種酶-基質標記可供使用，且美國專利第4,275,149號提供一些酶-基質標記之評述。酶標記之實例包括螢光素酶(例如，螢火蟲螢光素酶及細菌螢光素酶；美國專利第4,737,456號)、螢光素、2,3-二氫酞嗪二酮、蘋果酸脫氫酶、脲酶、過氧化酶諸如山葵過氧化酶(HRPO)、鹼性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡糖澱粉酶、溶菌酶、糖氧化酶(例如，葡萄糖氧化酶、半乳糖氧化酶、及葡萄糖-6-磷酸脫氫酶)、雜環氧化酶(諸如尿酸酶及黃嘌呤氧化酶)、乳過氧化酶、微過氧化酶、及其類似物。
酶-基質組合之實例包括例如山葵過氧化酶(HRPO)與過氧化氫酶作為基質；鹼性磷酸酶(AP)與對-硝基苯基磷酸酯作為顯色基質；及β-D-半乳糖苷酶(β-D-Gal)與顯色基質(例如，對-硝基苯基-D-半乳糖苷酶)或螢光基質(例如，4-甲基繖形酮基-D-半乳糖苷 酶)。關於此等之一般評述，參見美國專利第4,275,149號及第4,318,980號。
在任何方法之一些實施例中，基質基因印記之一或多種基因係藉由免疫組織化學使用基質基因診斷抗體(亦即，一級抗體)偵測。在一些實施例中，基質診斷抗體特異性結合人類基質相關聯之基因。在一些實施例中，基質診斷抗體為非人類抗體。在一些實施例中，基質診斷抗體為大鼠、小鼠、或兔抗體。在一些實施例中，基質診斷抗體為單株抗體。在一些實施例中，基質診斷抗體經直接標記。在一些實施例中，基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
如此製備之試樣可經安裝及加蓋玻片。然後例如使用顯微鏡來確定載玻片評估，且可採用此項技術中常規使用之染色強度標準。在一個實施例中，應瞭解，當使用IHC來檢查來自腫瘤之細胞及/或組織時，一般測定或評定腫瘤細胞及/或組織中之染色(與可能存在於樣品中之基質或周圍組織相反)。在一些實施例中，應瞭解，當使用IHC來檢查來自腫瘤之細胞及/或組織時，染色包括在腫瘤浸潤性免疫細胞，包括腫瘤內或腫瘤周圍免疫細胞中測定或評定。在一些實施例中，藉由IHC在>0%樣品、至少1%樣品、至少5%樣品、至少10%樣品中偵測PD-L1生物標記之存在。
在替代性方法中，樣品可在足以使抗體-生物標記複合物形成之條件下與特異於該生物標記之抗體接 觸，然後偵測該複合物。生物標記之存在可以多種方式(諸如藉由用於測定多種組織及樣品(包括血漿或血清)之西方墨點法及ELISA程序)來偵測。使用這種測定形式之各種各樣的免疫測定技術可供使用，參見例如美國專利第4,016,043號、第4,424,279號、及第4,018,653號。此等包括非競爭性類型之單位點及雙位點或「三明治」測定，以及傳統的競爭性結合測定。此等測定亦包括使標記抗體與標靶生物標記直接結合。
組織或細胞樣品中所選的基質基因印記之存在及/或表現水準/量亦可經由基於功能或基於活性的測定來檢查。例如，若生物標記為酶，則可進行此項技術已知的測定來確定或偵測組織或細胞樣品中給定酶活性之存在。
在某些實施例中，針對所測定之基質基因之量之差異及所使用之樣品之質量之可變性，以及測定運行之間之可變性對樣品進行正規化。此類正規化可藉由偵測且併入某些正規化生物標記(包括眾所周知的持家基因)之表現來達成。或者，正規化可基於所有測定基因或其大亞組之平均值或中值信號(全域正規化方法)。在逐個基因之基礎上，將所測量之受試者腫瘤mRNA或蛋白質之經正規化之量與見於參照組中之量進行比較。每個受試者每個測試腫瘤之各mRNA或蛋白質之經正規化之表現水準可表現為參照組中做測量之表現水準之百分比。欲分析之特定受試者樣品中所測量之存在及/或表現水準/量將以某 種百分位數處於該範圍內，其可藉由此項技術中眾所周知的方法來確定。在一些實施例中，基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
在一個實施例中，樣品為臨床樣品。在另一個實施例中，抗體用於診斷測定。在一些實施例中，樣品獲自原發或轉移性腫瘤。組織生檢常常用於獲得代表性腫瘤組織塊。或者，腫瘤細胞可間接地以已知或被認為含有所關注腫瘤細胞之組織或液體之形式獲得。例如，肺癌病變樣品可藉由切除、支氣管鏡檢查、細針抽吸、支氣管刷取、或自痰液、胸膜液、或血液來獲得。基因或基因產物可自癌症或腫瘤組織或其他身體樣品(諸如尿液、痰液、血清、或血漿)中偵測。上文所述之用於偵測癌樣品中之標靶基因或基因產物之相同技術可應用於其他身體樣品。癌細胞可自癌症病變中脫落，且出現在此類身體樣品中。藉由篩檢此類身體樣品，可實現該等癌症之簡單早期診斷。此外，可藉由測試此類身體樣品之標靶基因或基因產物來更容易地監測療法之進展。
在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織為來自相同受試者或個體之單個樣品或組合的多個樣品，其係在與獲得測試樣品之時間不同的一或多個時間點獲得。舉例而言，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織係在與獲得測試樣品之時間不同的較早時間點從相同受試者或個體獲得。若在癌症之初始診斷期間獲得 參考樣品，且在癌症變成轉移性癌症時稍後獲得測試樣品，則此類參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織可為可用的。
在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織為來自非為受試者或個體之一或多個健康個體之組合的多個樣品。在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或、對照組織為來自非為受試者或個體之患有疾病或病症(例如，癌症)之一或多個個體之組合的多個樣品。在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織為來自非為受試者或個體之一或多個個體之正常組織或彙集血漿或血清樣品之彙集RNA樣品。在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織為來自非為受試者或個體之一或多個患有疾病或病症(例如，癌症)個體之腫瘤組織或彙集血漿或血清樣品之彙集RNA樣品。
在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織為來自非為受試者或個體但為免疫療法之完全反應者或部分反應者之一或多個個體之組合的多個樣品。。在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或、對照組織為來自非為受試者或個體之患有疾病或病症(例如，癌症)之一或多個個體之組合的多個樣品。在某些實 施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織為來自非為受試者或個體但為免疫療法之完全反應者或部分反應者之一或多個個體之組織或彙集血漿或血清樣品之彙集RNA樣品。在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、或對照組織為來自非為受試者或個體但為免疫療法之完全反應者或部分反應者之一或多個患有疾病或病症(例如，癌症)之個體之腫瘤組織或彙集血漿或血清樣品之彙集RNA樣品。
在一些實施例中，樣品為來自個體之組織樣品。在一些實施例中，組織樣品為腫瘤組織樣品(例如，生檢組織)。在一些實施例中，組織樣品為肺組織。在一些實施例中，組織樣品為腎組織。在一些實施例中，組織樣品為皮膚組織。在一些實施例中，組織樣品為胰腺組織。在一些實施例中，組織樣品為胃組織。在一些實施例中，組織樣品為膀胱組織。在一些實施例中，組織樣品為食道組織。在一些實施例中，組織樣品為間皮組織。在一些實施例中，組織樣品乳腺組織。在一些實施例中，組織樣品為甲狀腺組織。在一些實施例中，組織樣品為結腸直腸組織。在一些實施例中，組織樣品為頭頸組織。在一些實施例中，組織樣品為骨肉瘤組織。在一些實施例中，組織樣品為前列腺組織。在一些實施例中，組織樣品為卵巢組織、HCC(肝)、血細胞、淋巴結、骨/骨髓。
在任何方法之一些實施例中，疾病或病症為腫瘤。在一些實施例中，腫瘤為惡性癌性腫瘤(亦即，癌症)。在一些實施例中，腫瘤及/或癌症為實性瘤或非實性或軟組織腫瘤。軟組織腫瘤之實例包括白血病(例如，慢性骨髓性白血病、急性骨髓性白血病、成人急性淋巴母細胞性白血病、急性骨髓性白血病、成熟B細胞急性淋巴母細胞性白血病、慢性淋巴細胞白血病、前淋巴細胞白血病(polymphocytic leukemia)、或毛細胞白血病)或淋巴瘤(例如，非霍奇金氏淋巴瘤、皮膚T細胞淋巴瘤、或霍奇金氏病)。實性瘤包括除血液、骨髓、或淋巴系統以外之身體組織之任何癌。實性瘤可進一步劃分成上皮細胞來源之實性瘤及非上皮細胞來源之實性瘤。上皮細胞實性瘤之實例包括胃腸道、結腸、結腸直腸(例如，基底樣結腸直腸癌)、乳腺(例如，三陰性乳癌)、前列腺、肺、腎、肝、胰腺、卵巢(例如，子宮內膜樣卵巢癌)、頭頸、口腔、胃、十二指腸、小腸、大腸、肛門、膽囊、唇、鼻咽、皮膚、子宮、男性生殖器官、泌尿器官(例如，尿路上皮膀胱癌、尿路上皮癌、發育異常尿路上皮癌、移行細胞癌)、膀胱、及皮膚。非上皮來源之實性瘤包括肉瘤、腦腫瘤、及骨腫瘤。在一些實施例中，癌症為非小細胞肺癌(NSCLC)。在一些實施例中，癌症為二線或三線局部晚期或轉移性非小細胞肺癌。在一些實施例中，癌症為腺癌。在一些實施例中，癌症為鱗狀細胞癌。
在一些實施例中，基質基因印記中之一或多種基因係使用選自由以下所組成之群之方法來在樣品中偵測：FACS、西方墨點法、ELISA、免疫沉澱、免疫組織化學、免疫螢光、放射免疫測定、點墨法、免疫偵測法、HPLC、表面電漿子共振、光譜法、質譜法、HPLC、qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、及FISH、及其組合。在一些實施例中，基質基因印記係使用FACS分析偵測。在一些實施例中，基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
較佳地，評定含有或疑似含有癌細胞之生物樣品中之基質基因印記之表現水準。樣品可為例如自罹患、疑似罹患、或經診斷患有癌症(例如，膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌)、乳癌(例如，三陰性乳癌)、腎細胞癌、結腸直腸癌、胃癌、肝癌、黑色素瘤、肺癌(例如，非小細胞肺癌)、卵巢癌、或胰腺癌)之患者獲得的組織切除、組織生檢、或轉移性病變。較佳地，樣品為組織樣品、腫瘤之切除或生檢、已知或疑似轉移性癌症病變或切片、或已知或疑似包含循環癌細胞之血液樣品例如周邊血液樣品。樣品可包含癌細胞(亦即，腫瘤細胞)及非癌細胞(例如，基質細胞)，且在某些實施例中，包含癌性及非癌性細胞。在包含確定基質組分中之基因表現之本發明態樣中，樣品包含癌症/腫瘤細胞及例如與癌症/腫瘤細胞相關 聯之非癌細胞(例如，腫瘤相關聯之纖維母細胞、內皮細胞、外被細胞、細胞外基質、及/或各種類別的白血球)。在其他態樣中，熟習此項技術者(例如，病理學家)可容易地將癌細胞與非癌性細胞(例如，基質細胞、內皮細胞等)辨別開。獲得生物樣品(包括組織切除、生檢、及體液，例如包含癌症/腫瘤細胞之血液樣品)之方法在此項技術中眾所周知。在一些實施例中，自患者獲得之樣品係在開始任何免疫療法或其他治療方案或療法(例如用於癌症之治療或其症狀之管理或改善之化療或輻射療法)之前收集。在一些實施例中，自患者獲得之樣品係在開始免疫療法之後，但在以遏制性基質拮抗劑治療之前收集。在一些實施例中，患者在以遏制性間質拮抗劑治療之前以免疫療法治療失敗。因此，在一些實施例中，樣品係在投與免疫治療劑或其他藥劑、或開始免疫療法或以遏制性基質拮抗劑治療之前收集。在一些實施例中，樣品係在投與免疫治療劑或其他藥劑之後，但在開始以遏制性基質拮抗劑治療之前收集。
除了上文所述之方法之外，本發明亦涵蓋用於諸如藉由基於西方墨點法及ELISA之偵測來評定一或多種基因印記之表現水準之進一步免疫組織化學方法。如此項技術中所瞭解，本發明之標記/指示劑蛋白之表現水準亦可藉由此項技術已知的任何合適方法(諸如北方墨點、即時PCR、及RT PCR)來在mRNA水準上評定。基於免疫組織化學及基於mRNA之偵測方法及系統在此項技術 中眾所周知，且可自標準教科書諸如Lottspeich(Bioanalytik,Spektrum Akademisher Verlag,1998)或Sambrook及Russell(Molecular Cloning：A Laboratory Manual,CSH Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,U.S.A.,2001)推斷。所述方法特別用於相對於在經診斷患有晚期癌征(例如，膀胱癌、乳癌、結腸直腸癌、胃癌、肝癌、黑色素瘤、肺癌(例如，非小細胞肺癌)、卵巢癌或腎細胞癌)之群體中建立的對照水準測定患者或患者群中基質基因印記之表現水準。
為了用於本文所述之偵測方法，熟習此項技術者具有標記由本發明所涵蓋之多肽或寡核苷酸之能力。如此項技術所常規實踐的，用於IHC方法中之用於偵測mRNA水準及/或抗體或抗體片段之雜交探針可根據此項技術中已知的標準方法來標記及可視化。通常使用之系統之非限制性實例包括使用放射性標記、酶標記、螢光標籤、生物素-抗生物素蛋白複合物、化學發光、及其類似物。
一或多種基質基因印記之表現水準亦可藉由利用免疫凝集、免疫沉澱(例如，免疫擴散、免疫電泳、免疫固定)、西方墨點法技術(例如，原位免疫組織化學、原位免疫細胞化學、親和層析、酶免疫測定)、及其類似者來在蛋白質水準上測定。純化多肽之量亦可藉由物理方 法(例如光度測定法)來測定。在混合物中定量特定多肽之方法通常依賴於例如抗體之特異性結合。
如上文所提及，根據本發明之標記/指示劑蛋白之表現水準亦可反映在編碼基質基因印記的相應基因之表現增加或減少中。因此，可進行轉譯之前的基因產物(例如剪接、未剪接或部分剪接的mRNA)之定量評定，以便評估相應基因之表現。熟習此項技術者明白欲在此情況中使用之標準方法或可自標準教科書(例如，Sambrook,2001)推斷此等方法。舉例而言，編碼如本文所述之免疫細胞基因印記之一或多者之mRNA之各別濃度/量之定量資料可藉由北方墨點、即時PCR、及類似者獲得。
本發明進一步提供用於向患有癌症(例如，膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌、乳癌(例如，三陰性乳癌)、結腸直腸癌、胃癌、肝癌、黑色素瘤、肺癌(例如，非小細胞肺癌)、卵巢癌或抗化療、化療敏感性、難治性、原發性、晚期或再發性腎細胞癌)之患者投與免疫療法之方法，若患者經確定在任何基因組中具有一或多種免疫細胞基因印記之表現水準之變化。在一個實施例中，若一或多種基因印記(亦即，FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者)之表現水準增加，則患者經投與與免疫療法組合之遏制性基質拮抗劑。
在一些實施例中，活化免疫療法包括CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、 NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑。在特定實施例中，促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)增加、增強或刺激患有癌症之患者中之免疫反應或功能。在一些實施例中，促效劑調節配位體(例如，T細胞受體配位體)之表現及/或活性，及/或增加或刺激配位體與其免疫受體相互作用，及/或增加或刺激藉由配位體結合至免疫受體介導之細胞內信號傳導。在其他實施例中，遏制免疫療法包括CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑。在特定實施例中，拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)為抑制及/或阻斷配位體(例如，T細胞受體配位體)與其免疫受體相互作用之藥劑，或為配位體及/或受體表現及/或活性之拮抗劑，或為阻斷藉由配位體(例如，T細胞受體配位體)與其免疫受體介導之細胞內信號傳導之藥劑。在一些實施例中，免疫療法與遏制性基質拮抗劑組合 投與。在一些實施例中，免疫療法與遏制性基質拮抗劑組合投與，其中來自個體之樣品指示如本文所述之基質基因印記之存在。
在一些實施例中，本發明之方法可進一步包含投與活化免疫療法(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑促效劑)及遏制性基質拮抗劑與額外療法。額外療法可為輻射療法、手術、化療、基因療法、DNA療法、病毒療法、RNA療法、骨髓移植術、奈米療法、單株抗體療法、或前述之組合。額外療法可呈輔助或新輔助療法形式。在一些實施例中，額外療法為投與副作用限制劑(例如，旨在減輕治療副作用之發生及/或嚴重性之藥劑，諸如抗噁心劑等)。在一些實施例中，額外療法為輻射療法。在一些實施例中，額外療法為手術。在一些實施例中，額外療法可為本文上文所述之化療劑中之一或多者。舉例而言，如下文進一步描述，此等方法涉及活化免疫療法(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或遏制免疫療法(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、 IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)與一或多種額外化療劑(例如，卡鉑及/或紫杉醇)之共投與。視情況與一或多種化療劑(例如，卡鉑及/或紫杉醇)組合之免疫療法較佳延長及/或改善存活，包括無進展存活(PFS)及/或總體存活(OS)。在一個實施例中，對於所治療之癌症，與藉由投與經批准之抗腫瘤劑或護理標準所達成之存活相比，免疫療法使存活延長多至少約20%。
在一個實施例中，投與固定劑量的免疫療法。固定劑量可適合一次性或歷經一系列治療向患者投與。當投與固定劑量時，且較佳處於約20mg至約2000mg之範圍內。舉例而言，固定劑量可為大約420mg、大約525mg、大約840mg、或大約1050mg促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)。當投與一系列劑量時，此等劑量可例如大約每週、大約每2週、大約每3週、或大約每4週投與，但較佳大約每3週投與。固定劑量可例如繼續投與直至疾病進展、不良事件、或藉由醫師所確定之其他時間。舉例而言，可投與約2個、3個、或4個至約17個或更多個固定劑量。
在一個實施例中，投與一或多個裝載劑量的促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)，接著投與一或多個維持劑量。在另一個實施例中，向患者投與複數個相同劑量。
在一個實施例中，投與一或多個裝載劑量的遏制性基質拮抗劑(例如，TGFβ拮抗劑)，接著投與一或多個維持劑量。在另一個實施例中，向患者投與複數個相同劑量。
雖然促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)可呈單一抗腫瘤劑投與，但是取決於基質基因印記之存在，患者視情況以促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、 ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)及遏制性基質拮抗劑之組合治療。
在其他實施例中，免疫療法及遏制性基質拮抗劑係與化療劑組合投與。本文中之示範性化療劑包括：吉西他賓、卡鉑、奧克賽鉑、伊立替康、氟嘧啶(例如，5-FU)、紫杉醇(例如，nab-紫杉醇)、多西紫杉醇、托泊替康、卡培他濱、替莫唑胺、干擾素-α、及/或脂質體多柔比星(例如，聚乙二醇化脂質體多柔比星)。組合投與包括使用分開的調配物或單一醫藥調配物之共投與或同時投與，及以任一次序連續投與，其中較佳地存在一段時間，此時兩種(或所有)活性劑同時發揮其生物活性。因此，化療劑可在投與促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)之前或之後投與，及/ 或在投與遏制性基質拮抗劑之前或之後投與。在此實施例中，至少一次化療劑之投與與至少一次促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)、拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)及/或遏制性基質拮抗劑之投與之間之時序較佳為大約1個月或更短時間(3週、2週、1週、6天、5天、4天，3天、2天、1天)。或者，化療劑及促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)及遏制性基質拮抗劑以單一調配物或單獨分開的調配物同時向患者投與。以化療劑(例如，卡鉑及/或紫杉醇)及促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、 或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)及/或遏制性基質拮抗劑之組合治療可導致患者之協同性或大於相加的治療益處。
例如針對卵巢癌之療法之用於與促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)及遏制性基質拮抗劑組合的特別合意的化療劑包括：諸如鉑化合物(例如，卡鉑)、紫杉醇(taxol)(諸如紫杉醇(paclitaxel)或多西紫杉醇)、托泊替康、或脂質體多柔比星之化療劑。
例如針對乳癌之療法之用於與促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、 CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)及遏制性基質拮抗劑組合的特別合意的化療劑包括：諸如卡培他濱及紫杉醇(taxol)(諸如紫杉醇(paclitaxel)(例如，nab-紫杉醇)或多西紫杉醇)之化療劑。
例如針對結腸直腸癌之療法之用於與促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)及遏制性基質拮抗劑組合的特別合意的化療劑包括：諸如氟嘧啶(例如，5-FU)、紫杉醇、順鉑、托泊替康、伊立替康、氟嘧啶-奧克賽鉑、氟嘧啶-伊立替康、FOLFOX4(5-FU、甲醯四氫葉酸(lecovorin)、奧克賽鉑)及IFL(伊立替康(ironotecan)、5-FU、甲醯四氫葉酸)之化療劑。
例如針對腎細胞癌之療法之用於與促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效 劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)及遏制性基質拮抗劑組合的特別合意的化療劑包括：諸如干擾素-α2a之化療劑。
投與時，化療劑通常以因此已知，或由於藥品之組合作用或歸因於投與化療劑的負面副作用而視情況降低的劑量投與。用於此類化療劑之製備及給藥排程可根據製造商之說明書，或如藉由熟練從業者憑經驗所確定來使用。當化療劑為紫杉醇時，較佳地，其以約130mg/m2至200mg/m2之間(例如，大約175mg/m2)之劑量投與，例如經歷3小時，每3週一次。當化療劑為卡鉑時，較佳地，其藉由使用基於患者先前存在之腎功能或腎功能及所要血小板最低點之Calvert公式計算卡鉑之劑量來投與。腎排泄為卡鉑之主要消除途徑。相較於基於身體表面積之經驗劑量計算，使用此給藥公式容許補償預治療腎功能之患者變化，該患者變化可能以其他方式導致給藥不足(在具有高於平均腎功能之患者中)或給藥過量(在具有受損腎功能之患者中)。使用單一藥劑卡鉑之4-6mg/mL/min之標靶AUC似乎在先前治療的患者中提供最適當的劑量範圍。
除促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、 2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)、遏制性基質拮抗劑、及化療劑之外，其他治療方案可與其組合。舉例而言，可投與第二(第三、第四等)化療劑，其中第二化療劑為抗代謝物化療劑，或非為抗代謝物之化療劑。舉例而言，第二化療劑可為紫杉烷類(諸如紫杉醇或多西紫杉醇)、卡培他濱、或基於鉑之化療劑(諸如卡鉑、順鉑、或奧克賽鉑)、蒽環類(諸如多柔比星，包括脂質體多柔比星)、托泊替康、培美曲塞、長春花生物鹼(諸如長春瑞賓)、及TLK 286。可投與不同化療劑之「雞尾酒」。
可與促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)、及/或化療劑組合之其他治療劑包括以下中之任何一或多者：HER抑制劑、HER二聚化抑制劑(例如，生長抑制HER2抗體，諸如曲 妥珠單抗、或誘導HER2過表現細胞凋亡之HER2抗體，諸如7C2、7F3、或其人源化變異體)；針對不同腫瘤相關聯之抗原之抗體，諸如EGFR、HER3、HE R4；抗激素化合物，例如，抗雌激素化合物(諸如他莫昔芬或芳香酶抑制劑)；心臟保護劑(為預防或降低與療法相關聯之任何心肌功能異常)；細胞介素；EGFR靶向藥品(諸如TARCEVA® IRESSA®或西妥昔單抗)；酪胺酸激酶抑制劑；COX抑制劑(例如COX-1或COX-2抑制劑)；非固醇類抗炎藥，塞來昔布(CELEBREX®)；法呢基轉移酶抑制劑(例如，可自Johnson and Johnson獲得之替吡法尼/ZARNESTRA® R115777或可自Schering-Plough獲得之洛那法尼SCH66336)；結合癌胚蛋白CA 125之抗體，諸如Oregovomab(MoAb B43.13)；HER2疫苗(諸如可自Pharmexia獲得之HER2AutoVac疫苗或可自Dendreon獲得之APC8024蛋白疫苗或可自GSK/Corixa獲得之HER2肽疫苗)；另一種HER靶向療法(例如曲妥珠單抗、西妥昔單抗、ABX-EGF、EMD7200、吉非替尼、厄洛替尼、CP724714、CI1033、GW572016、IMC-11F8、TAK165等)；Raf及/或ras抑制劑(參見，例如WO 2003/86467)；多柔比星HCl脂質體注射劑(DOXIL®)；拓撲異構酶1抑制劑，諸如托泊替康；紫杉烷類；HER2及EGFR雙重酪胺酸激酶抑制劑，諸如拉帕替尼/GW572016；TLK286(TELCYTA®)； EMD-7200；治療噁心之藥物，諸如血清素拮抗劑、類固醇、或苯二氮平類藥物；預防或治療皮疹之藥物或標準痤瘡療法，包括局部或口服抗生素；治療或預防下痢之藥物；降溫藥物，諸如乙醯胺基酚、苯海拉明或美配西汀(meperidine)；造血生長因子等。
任何上文所述之共投與藥劑之合適劑量為目前所用之劑量，且可由於藥劑及促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)及遏制性基質拮抗劑之組合作用(協同作用)而降低。除了上文治療方案之外，患者可經受腫瘤及/或癌細胞之手術移除及/或輻射療法。
當促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、 IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)為抗體時，較佳地，投與之抗體為裸抗體。所投與之促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)可與細胞毒性劑接合。較佳地，接合物及/或其所結合之抗原藉由細胞內化，導致接合物在殺傷其所結合之癌細胞方面之治療功效增加。在較佳實施例中，細胞毒性劑靶向或干擾癌細胞中之核酸。此類細胞毒性劑之實例包括美登木素、刺孢黴素、核糖核酸酶、及DNA核酸內切酶。
促效劑(例如，CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1、或TLR促效劑)或拮抗劑(例如，CTLA-4、PD-1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑)可藉由基因療法投與。參見，例如，1996年3月14日公開的關於使用基因療法產生細胞內抗體之WO 96/07321。存在使核酸(視情況 包含在載體中)進入患者細胞中之兩種主要方法；體內及離體。對於體內輸送，通常在需要抗體之位點處將核酸直接注射至患者中。對於離體治療，將患者之細胞移除，將核酸引入至此等單離細胞中，且將修飾細胞直接或例如封裝在植入患者中之多孔膜內來向患者投與(參見，例如，美國專利第4,892,538號及第5,283,187號)。有多種技術可供用於將核酸引入至活細胞中。該等技術根據核酸是體外轉移至培養細胞中還是在預期宿主之細胞中體內轉移而有所不同。適於體外將核酸轉移至哺乳動物細胞中之技術包括使用脂質體、電穿孔、顯微注射、細胞融合、DEAE-葡聚糖、磷酸鈣沉澱法等。用於離體輸送基因之通常使用之載體為逆轉錄病毒。目前較佳的體內核酸轉移技術包括用病毒載體(諸如腺病毒、I型單純皰疹病毒或腺相關病毒)及基於脂質之系統(例如，可用於脂質介導的基因轉移之脂質為DOTMA、DOPE、及DC-Chol)。在某些情況下，需要為核酸源提供靶向標靶細胞之藥劑，諸如特異於細胞表面膜蛋白或標靶細胞之抗體、標靶細胞上受體之配位體等。當採用脂質體時，結合至與胞吞作用相關聯之細胞表面膜蛋白之蛋白質可用於靶向及/或促進攝取，例如針對特定細胞類型之殼蛋白或其片段、針對在循環中進行內化之蛋白質之抗體、及靶向細胞內定位且增強細胞內半生期之蛋白質。受體介導之胞吞作用之技術例如由Wu等人，J.Biol.Chem.262：44294432(1987)；及Wagner等人，Proc.Natl.Acad.Sci. USA 87：3410-3414(1990)描述。對於目前已知的基因標記及基因療法方案之評述，參見Anderson等人，Science 256：808-813(1992)。亦參見，WO 93/25673及其中引用之參考文獻。
III.用於本發明方法之抗體
在本發明之一些實施例中，免疫療法及/或遏制性基質拮抗劑為抗體。本發明提供用於診斷及/或治療可受益於免疫療法及遏制性基質拮抗劑之組合治療個體之各種抗體。
單株抗體
在一些實施例中，抗體為單株抗體。單株抗體係自實質上均質之抗體群體獲得之抗體，亦即除在單株抗體生產期間出現之可能的變異體(此類變異體一般以較小量存在)之外，構成該群體之單獨抗體相同及/或結合相同表位。因此，修飾語「單株」指示抗體之特性為非係離散或多株抗體之混合物。
舉例而言，單株抗體可使用首先由Kohler等人，Nature 256：495(1975)描述之融合瘤方法製備，或可藉由重組DNA方法製備(美國專利第4,816,567號)。
在融合瘤方法中，可如本文所述使小鼠或其他適當宿主動物免疫以引出產生或能夠產生將特異性結合至用於免疫之多肽的抗體之淋巴細胞。或者，可體外使淋巴細胞免疫。隨後使用合適之融合劑(諸如聚乙二醇)使淋 巴細胞與骨髓瘤細胞融合以形成融合瘤細胞(Goding,Monoclonal Antibodies：Principles and Practice，第59-103頁(Academic Press,1986))。
將如此製備的融合瘤細胞接種且生長在合適培養基中，該培養基較佳含有抑制未融合的親本骨髓瘤細胞之生長或存活之一或多種物質。舉例而言，若親本骨髓瘤細胞缺乏次黃嘌呤鳥嘌呤磷酸核糖轉移酶(HGPRT或HPRT)，則融合瘤之培養基通常將包括次黃嘌呤、胺基喋呤、及胸苷(HAT培養基)，該等物質阻止HGPRT缺陷細胞之生長。
在一些實施例中，骨髓瘤細胞為有效融合、支持藉由所選抗體產生細胞之穩定高水準抗體產生、且對培養基(諸如HAT培養基)敏感之骨髓瘤細胞。其中，在一些實施例中，骨髓瘤細胞株為鼠骨髓瘤株，諸如來源於可自Salk Institute Cell Distribution Center,San Diego,California USA獲得之MOPC-21及MPC-11小鼠腫瘤，以及可自American Type Culture Collection,Rockville,Maryland USA獲得之SP-2或X63-Ag8-653細胞之彼等。人類骨髓瘤及小鼠-人類異源骨髓瘤細胞株亦經描述用於產生人類單株抗體(Kozbor,J.Immunol.133：3001(1984)；Brodeur等人，Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications第51-63頁(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987))。
測定使融合瘤細胞生長之培養基中針對該抗原之單株抗體之產生。在一些實施例中，由融合瘤細胞產生的單株抗體之結合特異性係藉由免疫沉澱或藉由體外結合測定(諸如放射免疫測定(RIA)或酶聯免疫吸附測定(ELISA))測定。
單株抗體之結合親和力可例如藉由Munson等人，Anal.Biochem.107：220(1980)之Scatchard分析來測定。
在鑒別產生具有所要特異性、親和力及/或活性之抗體的融合瘤細胞之後，該等殖株可藉由限制稀釋程序進行次選殖且藉由標準方法生長(Goding,Monoclonal Antibodies：Principles and Practice第59-103頁(Academic Press,1986))。用於該目的之合適培養基包括例如D-MEM或RPMI-1640培養基。此外，該等融合瘤細胞可作為動物體內之腹水性腫瘤體內生長。
由亞純系分泌之單株抗體適合藉由習知免疫球蛋白純化程序(諸如，例如多肽A-Sepharose®、羥基磷灰石層析法、凝膠電泳、透析、或親和層析法)自培養基、腹水、或血清單離。
編碼單株抗體之DNA可易於使用習知程序(例如，藉由使用能夠特異性結合編碼鼠抗體之重鏈及輕鏈之基因之寡核苷酸探針)進行單離及定序。在一些實施例中，融合瘤細胞用作此類DNA之源。一旦單離，可將 DNA置於表現載體中，然後將其轉染至宿主細胞(諸如不另外產生免疫球蛋白多肽之大腸桿菌細胞、猿猴COS細胞、人類胚胎腎(HEK)293細胞、中國倉鼠卵巢(CHO)細胞、或骨髓瘤細胞)中，以獲得重組宿主細胞中之單株抗體之合成。關於編碼抗體之DNA在細菌中重組表現之評述文章包括Skerra等人，Curr.Opinion in Immunol.5：256-262(1993)及Plückthun,Immunol.Revs.,130：151-188(1992)。
在進一步實施例中，抗體或抗體片段可從使用McCafferty等人，Nature 348：552-554(1990)中所述之技術產生的抗體噬菌體文庫中單離。Clackson等人，Nature 352：624-628(1991)及Marks等人，J.Mol.Biol.222：581-597(1991)分別描述使用噬菌體文庫單離鼠及人類抗體。隨後的出版物描述藉由鏈改組產生高親和力(nM範圍)人類抗體(Marks等人，Bio/Technology 10：779-783(1992))，以及作為用於構築極大噬菌體文庫之策略之組合感染及體內重組(Waterhouse等人，Nuc.Acids.Res.21：2265-2266(1993))。因此，此等技術為用於單離單株抗體之傳統單株抗體融合瘤技術之可行性替代者。
DNA亦可例如藉由用編碼序列取代人類重鏈恆定域及輕鏈恆定域來代替同源鼠序列(美國專利第4,816,567號；Morrison等人，Proc.Natl Acad.Sci.USA 81：6851(1984))，或藉由將非免疫球蛋白 多肽之全部或部分編碼序列共價連接至免疫球蛋白編碼序列來修飾。
通常，用此類非免疫球蛋白多肽取代抗體之恆定域，或用其取代抗體之一個抗原組合位點之可變域以產生嵌合二價抗體，該嵌合二價抗體包含特異於抗原之一個抗原組合位點及特異於不同抗原之另一個抗原組合位點。
在本文所述任何方法之一些實施例中，抗體為IgA、IgD、IgE、IgG、或IgM。在一些實施例中，抗體為IgG單株抗體。
抗體片段
在一些實施例中，抗體為抗體片段。已經開發出各種技術用於產生抗體片段。傳統上，此等片段經由完整抗體之蛋白水解消化來衍生(參見，例如Morimoto等人，Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24：107-117(1992)及Brennan等人，Science 229：81(1985))。然而，此等片段現在可藉由重組宿主細胞直接產生。舉例而言，抗體片段可從上文所討論之抗體噬菌體文庫中單離。或者，Fab'-SH可從大腸桿菌中直接回收且經化學偶合以形成F(ab')2片段(Carter等人，Bio/Technology 10：163-167(1992))。根據另一種方法，F(ab')2片段可從重組宿主細胞培養物中直接單離。用於生產抗體片段之其他技術將對熟練從業者顯而易見。在其他實施例中，選擇之抗體為單鏈Fv片段(scFv)。參見WO 93/16185；美國專利第 5,571,894號；及美國專利第5,587,458號。抗體片段亦可為「線性抗體」，例如，如例如美國專利5,641,870中所述。此類線性抗體片段可為單特異性的或雙特異性的。
在一些實施例中，提供本文所述之抗體之片段。在一些實施例中，抗體片段為抗原結合片段。在一些實施例中，抗原結合片段係選自由以下所組成之群：Fab片段、Fab'片段、F(ab')2片段、scFv、Fv、及雙功能抗體。
多肽變異體及修飾
在某些實施例中，考慮本文中之蛋白質之胺基酸序列變異體。舉例而言，可能需要改善蛋白質之結合親和力及/或其他生物性質。蛋白質之胺基酸序列變異體可藉由將適當修飾引入編碼蛋白質之核苷酸序列中或藉由肽合成來製備。此類修飾包括例如蛋白質之胺基酸序列內之殘基的缺失及/或插入及/或取代。可對缺失、插入及取代進行任何組合以獲得最終構築體，其限制條件為最終構築體具有所要特徵。
變異體多肽
「多肽變異體」意指如本文所定義之與多肽之全長原生序列、缺乏信號肽之多肽序列、多肽之具有或不具有信號肽的細胞外域具有至少約80%胺基酸序列一致性之多肽，例如活性多肽。此類多肽變異體包括例如在全長原生胺基酸序列之N端或C端添加或缺失一或多個胺基 酸殘基之多肽。通常，多肽變異體將與全長原生序列多肽序列、缺乏信號肽之多肽序列、多肽之具有或不具有信號肽的細胞外域具有至少約80%胺基酸序列一致性，或者至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%、或99%胺基酸序列一致性中之任一者。視情況，變異體多肽將具有相較於原生多肽序列不多於一個保守胺基酸取代，或者相較於原生多肽序列不多於約2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、或10個保守胺基酸取代中之任一者。
例如，當相較於全長原生多肽時，變異體多肽可能在N端或C端處截短，或可能缺乏內部殘基。某些變異體多肽可能缺乏非係所要生物活性所必需之胺基酸殘基。具有截短、缺失、及插入之此等變異體多狀可藉由許多習知技術中任一者來製備。所要變異體多肽可為化學合成的。另一種合適技術涉及藉由聚合酶鏈反應(PCR)來單離及擴增編碼所要變異體多肽之核酸片段。限定所要核酸片段末端之寡核苷酸可在PCR中用在5』及3』引子處。較佳地，變異體多肽與本文所揭示之原生多肽共享至少一種生物學及/或免疫學活性。
胺基酸序列插入包括長度在一個殘基至含有一百個或一百個以上殘基之多肽之範圍內的胺基末端及/或羧基末端融合、以及具有單一或多個胺基酸殘基之序列內插入。末端插入之實例包括具有N末端甲硫胺醯基殘基之抗體或融合至細胞毒性多肽之抗體。抗體分子之其他插 入變異體包括抗體之N末端或C末端與增加抗體之血清半衰期之酶或多肽的融合。
舉例而言，可能需要改善多肽之結合親和力及/或其他生物性質。多肽之胺基酸序列變異體藉由將適當核苷酸變化引入抗體核酸或藉由肽合成來製備。此類修飾包括例如多肽之胺基酸序列內之殘基的缺失及/或插入及/或取代。對缺失、插入及取代進行任何組合以獲得最終構築體，其限制條件為最終構築體具有所要特徵。胺基酸變化亦可改變多肽(例如，抗體)之轉譯後過程，諸如改變醣化位點之數目或位置。
可藉由將多肽之序列與同源的已知多肽分子之序列進行比較且使高同源性之區中進行之胺基酸序列變化之數目最小化來發現確定哪些胺基酸殘基可經插入、取代、或缺失而不會不利地影響所要活性之指導。
如Cunningham及Wells,Science 244：1081-1085(1989)中所述，可用於鑒別多肽(例如，抗體)之作為突變誘發之較佳位置之某些殘基或區之方法稱為「丙胺酸掃描突變誘發」。在此，殘基或標靶殘基群經鑒別(例如，帶電荷殘基，諸如Arg、Asp、His、Lys、及Glu)且藉由中性或帶負電荷胺基酸(最佳的是丙胺酸或聚丙胺酸)來置換以影響胺基酸與抗原之相互作用。展示對取代之功能敏感性之彼等胺基酸位置然後藉由在取代位點處或為取代位點引入進一步或其他變異體來完善。因此，儘管預先確定用於引入胺基酸序列變化之位 點，但突變本身之性質無需預先確定。舉例而言，為分析給定位點處之突變之性能，可在標靶密碼子或區處進行ala掃描或隨機突變誘發，且篩檢所表現抗體變異體之所要活性。
另一種變異體類型為胺基酸取代變異體。此等變異體在抗體分子中具有由不同殘基置換之至少一個胺基酸殘基。取代突變誘發之最相關位點包括高變區，但亦可考慮FR改變。若此類取代導致生物活性變化，則可引入表1中之名為「示範性取代」或如下文參考胺基酸類進一步描述之更多實質變化，且篩檢產物。
多肽之生物學性質之實質修飾藉由選擇取代來達成，該等取代在其對維持(a)取代區域中之多肽骨架之結構(例如，呈片狀或螺旋構形)、(b)分子在標靶位點處之電荷或疏水性或、(c)側鏈之體積之影響方面顯著不同。胺基酸可根據其側鏈之性質之類似性來分組(在A.L.Lehninger,Biochemistry第2版，第73-75頁，Worth Publishers,New York(1975)中)：
(1)非極性：Ala(A)、Val(V)、Leu(L)、Ile(I)、Pro(P)、Phe(F)、Trp(W)、Met(M)
(2)不帶電極性：Gly(G)、Ser(S)、Thr(T)、Cys
(C)、Tyr(Y)、Asn(N)、Gln(Q)
(3)酸性：Asp(D)、Glu(E)
(4)鹼性：Lys(K)、Arg(R)、His(H)
或者，天然存在的殘基可基於以下共同側鏈性質劃分：(1)疏水性：正白胺酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；(2)中性親水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；(3)酸性：Asp、Glu；(4)鹼性：His、Lys、Arg；(5)影響鏈取向之殘基：Gly、Pro；(6)芳族：Trp、Tyr、Phe。
非保守性取代將需要將此等類別之一之成員更換成另一類別。
未涉及維持抗體之適當構形之任何半胱胺酸殘基亦可(一般經絲胺酸)取代，以改善分子之氧化穩定性且防止異常交聯。相反，可向多肽中加入半胱胺酸鍵以改善其穩定性(尤其當抗體為抗體片段諸如Fv片段時)。
取代變異體之一個實例涉及取代親本抗體(例如人源化抗體)之一或多個高變區殘基。一般而言，經選擇用於進一步開發之所得變異體相對於產生其之親本抗體將具有改善的生物學性質。產生此類取代變異體之方便方式涉及使用噬菌體顯示之親和力成熟。簡言之，幾個高變區位點(例如，6-7個位點)經突變，以在各位點處產生所有可能的胺基取代。由此產生之抗體變異體以單價形式由絲狀噬菌體粒子顯示為包裝在各粒子內之M13之基因III產物之融合。然後篩檢噬菌體顯示的變異體之如本文所揭示之其生物活性(例如，結合親和力)。為了鑒別用於修飾之候選高變區位點，可進行丙胺酸掃描突變誘發以鑒別顯著促進抗原結合之高變區殘基。或者或另外，可能有益的是分析抗原-抗體複合物之晶體結構以鑒別抗體與標靶之間的接觸點。此類接觸殘基及相鄰殘基為根據本文詳述的技術之取代之候選者。一旦產生此類變異體，就可如本文所述使變異體組經受篩檢，且可選擇在一或多個相關測定中具有優異性質之抗體供進一步開發。
多肽之另一類型的胺基酸變異體改變抗體之原始醣化樣式。多肽可包含非胺基酸部分。舉例而言，多肽可經醣化。此類醣化可在多肽在宿主細胞或宿主有機體中表現期間天然存在，或可為由人類介入所引起的有意修飾。改變意指使多肽中發現的一或多個碳水化合物部分缺失，及/或添加多肽中不存在的一或多個醣化位點。
多肽之糖基化通常為N-連接型糖基化或O-連接型糖基化。N-連接型係指碳水化物部分連接於天冬醯胺殘基之側鏈。其中X為除脯胺酸之外之任何胺基酸的三肽序列天冬醯胺-X-絲胺酸及天冬醯胺-X-蘇胺酸為碳水化物部分酶促連接於天冬醯胺側鏈之識別序列。因此，多肽中存在此等三肽序列中之任一者皆會產生潛在醣化位點。O-連接型醣化係指糖N-乙醯半乳糖胺、半乳糖、或木糖中之一者連接於羥基胺基酸，最通常為絲胺酸或蘇胺酸，但亦可使用5-羥基脯胺酸或5-羥基離胺酸。
醣化位點至多肽之添加宜藉由改變胺基酸序列以使得其含有上文所述之三肽序列中之一或多者來達成(對於經N連接之醣化位點)。改變亦可藉由向原始抗體之序列中添加一或多個絲胺酸或蘇胺酸殘基或經原始抗體之序列之一或多個絲胺酸或蘇胺酸殘基取代來進行(針對O-連接型醣化位點)。
存在於多肽上的碳水化合物部分之去除可以化學方式或以酶促方式或藉由編碼充當醣化標靶之胺基 酸殘基之密碼子之突變取代來達成。多肽上碳水化合物部分之酶促裂解可藉由使用多種內糖苷酶及外糖苷酶實現。
其他修飾包括：麩醯胺醯基及天冬醯胺醯基殘基分別脫醯胺成相應麩胺醯基及天天冬胺醯基殘基；脯胺酸及離胺酸之羥基化；絲胺醯基或蘇胺醯基殘基之羥基之磷酸化；離胺酸、精胺酸、及組胺酸側鏈之γ-胺基之甲基化；N末端胺之乙醯化；及任何C末端羧基之醯胺化。
嵌合多肽
本文所述之多肽可以形成包含與另一種多肽(異源多肽或胺基酸序列)融合的多肽之嵌合分子之方式來修飾。在一些實施例中，嵌合分子包含多肽與提供抗標籤抗體可選擇性結合的表位的標籤多肽之融合物。表位標籤一般位於多肽之胺基末端或羧基末端。可使用針對標籤多肽的抗體來偵測多肽之此類表位標記形式之存在。此外，提供表位標籤使得多肽能夠藉由親和純化使用結合至表位標籤之抗標籤抗體或另一種類型的親和基質來容易地純化。
多特異性抗體
在某些實施例中，本文提供之抗體為多特異性抗體，例如雙特異性抗體。在某些實施例中，多特異性抗體為對至少兩個不同位點具有結合特異性之單株抗體。在某些實施例中，結合特異性之一係針對一個抗原，且另一個結合特異性係針對任何其他抗原。在某些實施例中，雙特異性抗體可結合相同抗原之兩個不同表位。雙特異性抗 體亦可用於使細胞毒性劑定位於表現特定抗原之細胞。雙特異性抗體可製備成全長抗體或抗體片段。
用於製備多特異性抗體之技術包括但不限於：具有不同特異性之兩種免疫球蛋白重鏈-輕鏈對之重組共表現(參見，Milstein及Cuello,Nature 305：537(1983)、WO 93/08829，以及Traunecker等人，EMBO J.10：3655(1991))；及「孔中鈕(knob-in-hole)」工程改造(參見，例如美國專利第5,731,168號)；以及另外交換一半雙特異性抗體之抗原結合片段(Fab)內之一或多個重鏈域及輕鏈域(CrossMab，參見WO2009/080251、WO2009/080252、WO2009/080253及WO2009/080254)。多特異性抗體亦可藉由以下方式來製備：工程改造靜電轉向效應以用於製備抗體Fc-異二聚體分子(WO 2009/089004A1)；交聯二或更多個抗體或片段(參見，例如美國專利第4,676,980號及Brennan等人，Science,229：81(1985))；使用白胺酸拉鍊來產生雙特異性抗體(參見，例如Kostelny等人，J.Immunol.,148(5)：1547-1553(1992))；使用「雙功能抗體」技術以用於製備雙特異性抗體片段(參見，例如Hollinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90：6444-6448(1993))；及使用單鏈Fv(sFv)二聚體(參見，例如，Gruber等人，J.Immunol., 152：5368(1994))；以及製備如例如Tutt等人J.Immunol.147：60(1991)中所述之三特異性抗體。
本文亦包括具有三個或更多個功能性抗原結合位點之經工程改造之抗體，包括「章魚抗體(Octopus antibody)」(參見，例如US 2006/0025576A1)。
本文之抗體或片段亦包括「雙重作用性FAb」或「DAF」，其包含結合一個抗原以及另一個抗原(不同抗原)之抗原結合位點(參見，例如US 2008/0069820)。
IV.載體、宿主細胞、及重組方法
對於異源多肽(例如，抗體)之重組產生，將編碼該異源多肽之核酸單離且插入可複製載體中以用於進一步選殖(DNA擴增)或表現。編碼多肽(例如，抗體)之DNA可易於使用習知程序(例如，藉由使用能夠特異性結合編碼該抗體之重鏈及輕鏈之基因之寡核苷酸探針)進行單離及定序。許多載體可供使用。載體之選擇部分取決於欲使用之宿主細胞。一般而言，較佳的宿主細胞具有原核生物來源。應當理解，任何同型之恆定區以用於此目的，該等恆定區包括IgG、IgM、IgA、IgD、及IgE恆定區，且此類恆定區可自任何人類或動物物種獲得。
A.使用原核宿主細胞產生抗體 i.載體構築
編碼本發明之多肽(例如，抗體)之多肽組分的多核苷酸序列可使用標準重組技術來獲得。所要多核苷酸 序列可自產生抗體之細胞(諸如融合瘤細胞)中單離且進行定序。或者，多核苷酸可使用核苷酸合成儀或PCR技術來合成。一旦獲得，將編碼多肽之序列插入能夠在原核宿主中複製及表現異源多核苷酸之重組載體中。此項技術中可供使用及已知之許多載體可用於本發明之目的。適當載體之選擇將主要取決於欲插入載體中之核酸之大小及欲用載體轉型之特定宿主細胞。各載體含有各種組分，取決於其功能(異源多核苷酸之擴增或表現或兩者)及其與其所在特定宿主細胞之相容性。載體組分一般包括但不限於：複製起點、選擇標記基因、啟動子、核糖體結合位點(RBS)、信號序列、異源核酸插入物、及轉錄終止序列。
一般而言，含有來源於與宿主細胞相容的物種之複製子及控制序列之質粒載體與此等宿主結合使用。載體通常攜帶複製位點，以及能夠在轉型細胞中提供表型選擇之標記序列。舉例而言，大腸桿菌通常使用pBR322(來源於大腸桿菌物種之質粒)來轉型。pBR322含有編碼胺苄青黴素(Amp)及四環素(Tet)抗性之基因，且因此提供用於鑒別轉型細胞之簡便方法。pBR322、其衍生物、或其他微生物質粒或噬菌體亦可含有或經修飾以含有可由微生物有機體為表現內源蛋白質所用之啟動子。用於表現特定抗體之pBR322衍生物之實例在Carter等人的美國專利第5,648,237號中有所詳述。
此外，含有與宿主微生物相容的複製子及控制序列之噬菌體載體可用作與此等宿主有關的轉型載體。舉 例而言，噬菌體諸如GEMTM-11可用於製備可用於轉型易感宿主細胞(諸如大腸桿菌LE392)之重組載體中。
本發明之表現載體可包含編碼各多肽組分之二或更多個啟動子-順反子對。啟動子為位於調節其表現的順反子之上游(5')之非轉譯調控序列。原核啟動子通常分為兩個類別，誘導型及組成型。誘導型啟動子為回應於培養條件之變化(例如，存在或不存在養分或溫度變化)而在其控制下引發順反子之轉錄程度增加之啟動子。
許多由多種潛在宿主細胞識別之啟動子為眾所周知的。藉由限制酶消化將啟動子從來源DNA中移除及將所單離之啟動子序列插入本發明之載體中來使所選啟動子可操作地鍵聯於編碼輕鏈或重鏈之順反子DNA。可使用原生啟動子序列及許多異源啟動子來引導標靶基因之擴增及/或表現。在一些實施例中，使用異源啟動子，因為相較於原生標靶多肽啟動子，它們一般允許表現的標靶基因之轉錄更大且產率更高。
適於與原核宿主一起使用之啟動子包括PhoA啟動子、-內醯胺酶及乳糖啟動子系統、色胺酸(trp)啟動子系統、及雜交啟動子諸如tac或trc啟動子。然而，在細菌中發揮作用之其他啟動子(諸如其他已知的細菌或噬菌體啟動子)亦是合適的。它們的核苷酸序列已被公開，從而使熟練工作者可操作地使用連接子或轉接物來將其連接至編碼標靶輕鏈及重鏈之順反子以提供任何 所需限制位點(Siebenlist等人，(1980)Cell 20：269)。
轉譯起始區(TIR)為蛋白質之總體轉譯水準之主要決定因素。TIR包括編碼信號序列之多核苷酸，且自Shine-Delgarno序列之緊鄰上游延伸至起始密碼子下游之大約二十個核苷酸。一般而言，載體將包含TIR，TIR及變異體TIR是此項技術中已知的，且用於產生TIR之方法是此項技術已知的。一系列核酸序列變異體可在一系列轉譯強度之情況下產生，從而提供調整此因素以供許多不同多肽之最適分泌的方便手段。與此等變異體(諸如PhoA)融合之報告基因之使用提供一種定量不同轉譯起始區之相對轉譯強度之方法。變異體或突變體TIR可在質粒載體之背景中提供，從而提供一組質粒，在該組質粒中可插入所關注基因且測量其表現，以便建立用於最大成熟多肽表現之最佳轉譯強度範圍。變異體TIR揭示於USP 8,241,901中。
在本發明之一個態樣中，重組載體內之各順反子包含分泌信號序列組分，其引導所表現的多肽移位跨過膜。一般而言，信號序列可為載體之組分，或其可為插入載體中之標靶多肽DNA之一部分。出於本發明之目的而選擇的信號序列應該為由宿主細胞識別及加工(亦即，藉由信號肽酶切割)之信號序列。對於不識別及加工異源多肽所原生的信號序列之原核宿主細胞，信號序列係藉由選自例如本發明之信號多肽之原核信號序列取代。此外，載 體可包含選自由以下所組成之群之信號序列：鹼性磷酸酶、青黴素酶、Lpp、或熱穩定腸毒素II(STII)前導序列、LamB、PhoE、PelB、OmpA、及MBP。
在一個態樣中，一或多個多核苷酸(例如，表現載體)共同編碼抗體。在一個實施例中，單個多核苷酸編碼抗體之輕鏈，且分開的多核苷酸編碼抗體之重鏈。在一個實施例中，單個多核苷酸編碼抗體之輕鏈及重鏈。在一些實施例中，一或多個多核苷酸(例如，表現載體)共同編碼單臂抗體。在一個實施例中，單個多核苷酸編碼(a)單臂抗體之輕鏈及重鏈，及(b)Fc多肽。在一個實施例中，單個多核苷酸編碼單臂抗體之輕鏈及重鏈，且分開的多核苷酸編碼Fc多肽。在一個實施例中，分開的多核苷酸分別編碼單臂抗體之輕鏈組分、單臂抗體之重鏈組分、及Fc多肽。單臂抗體之產生描述於例如WO2005063816中。
適於表現本發明抗體之原核宿主細胞包括古細菌及真菌，諸如革蘭氏陰性或革蘭氏陽性有機體。有用細菌之實例包括艾氏菌屬(Escherichia)(例如，大腸桿菌)、桿菌(Bacilli)(例如，枯草桿菌)、腸內菌(Enterobacteria)、假單胞菌(Pseudomonas)種(例如，綠膿桿菌)、鼠傷寒沙門氏菌(Salmonella typhimurium)、黏質沙雷氏菌(Serratia marcescans)、克雷伯氏菌屬(Klebsiella)、變形桿菌屬(Proteus)、志賀氏菌屬(Shigella)、根瘤菌 (Rhizobia)、透明顫菌(Vitreoscilla)、或副球菌屬(Paracoccus)。在一個實施例中，使用革蘭氏陰性細胞。在一個實施例中，大腸桿菌細胞用作本發明之宿主。大腸桿菌菌株之實例包括菌株W3110(Bachmann,Cellular and Molecular Biology，第2卷(Washington,D.C.：American Society for Microbiology,1987)，第1190-1219頁；ATCC保藏號27,325)及其衍生物，包括具有基因型W3110△fhuA(△tonA)ptr3 lac Iq lacL8△ompT△(nmpc-fepE)degP41 kanR之菌株33D3(美國專利第5,639,635號)及菌株63C1及64B4。在一些實施例中，大腸桿菌菌株為名為62A7之W3110衍生物(修復的△fhuA(△tonA)ptr3,lacIq,lacL8,ompT△(nmpc-fepE)△degP ilvG)。其他菌株及其衍生物，諸如大腸桿菌294(ATCC 31,446)、大腸桿菌B、大腸桿菌λ 1776(ATCC 31,537)及大腸桿菌RV308(ATCC 31,608)亦為合適的。此等實例為說明性的，而非限制性的。用於構築具有確定基因型之任何上文所提及之細菌之衍生物的方法為此項技術已知的，且描述於例如Bass等人，Proteins,8：309-314(1990)中。考慮到複製子在細菌細胞中之可複製性，一般需要選擇適當的細菌。舉例而言，當眾所周知的質粒(諸如pBR322、pBR325、pACYC177、或pKN410)用於提供複製子時，大腸桿菌、沙雷氏菌屬或沙門氏菌屬種可 適合用作宿主。通常，宿主細胞應分泌最少量的蛋白水解酶，且可將額外蛋白酶抑制劑合意地併入細胞培養物中。
為了改善細菌培養物中多肽之產率及質量，細菌細胞可經修飾。舉例而言，為了改善分泌的抗體多肽之適當組裝及折疊，細菌宿主細胞可包含表現伴護蛋白之額外載體，諸如FkpA及Dsb蛋白(DsbB、DsbC、DsbD、及/或DsbG)可用於共轉型宿主原核細胞。已經展示伴護蛋白有助於細菌宿主細胞中產生的異源蛋白質之適當折疊及溶解度。
ii.抗體生產
宿主細胞經上文所述之表現載體來轉染，且在酌情針對誘導啟動子加以改進之習知養分培養基中培養、選擇轉型體或擴增編碼所要序列之基因。
轉型意指將DNA引入原核宿主中，使得DNA可作為染色體外元件或藉由染色體整合來複製。取決於所用的宿主細胞，使用適合於此類細胞之標準技術來進行轉型。採用氯化鈣之鈣處理一般用於含有大量細胞壁障壁之細菌細胞。另一種轉型方法採用聚乙二醇/DMSO。所用之又一種技術為電穿孔。
用於產生本發明多肽之原核細胞在此項技術已知的培養基中生長，且適於培養所選宿主細胞。合適的培養基之實例包括Luria肉湯(LB)加上必需的養分補充劑。在一些實施例中，培養基亦含有基於表現載體之構築而選擇之選擇劑，以選擇性地允許含有表現載體之原核細 胞之生長。舉例而言，將氨苄青黴素加入用於表現氨苄青黴素抗性基因之細胞生長之培養基中。
亦可包括以適當濃度的單獨或呈與另一種補充劑或培養基(諸如複合氮源)之混合物引入之除了碳、氮、及無機磷酸鹽源之外的任何必需補充劑。視情況，培養基可含有選自由以下所組成之群之一或多種還原劑：麩胱甘肽、半胱胺酸、胱胺酸、巰基乙酸鹽、二硫赤藻糖醇、及二硫蘇糖醇。
原核宿主細胞在合適的溫度下培養。對於大腸桿菌生長，例如，較佳的溫度範圍為約20℃至約39℃，更佳地為約25℃至約37℃，甚至更佳地為約30℃。培養基之pH可為範圍為約5至約9之任何pH，主要取決於宿主有機體。對於大腸桿菌，pH較佳地為約6.8至約7.4，且更佳地為約7.0。
若在本發明之表現載體中使用誘導型啟動子，則在適於活化啟動子之條件下誘導蛋白質表現。在本發明之一個態樣中，PhoA啟動子用於控制多肽之轉錄。因此，轉型的宿主細胞在用於誘導之磷酸鹽限制性培養基中培養。較佳地，磷酸鹽限制性培養基為C.R.A.P培養基(參見，例如Simmons等人，J.Immunol.Methods(2002),263：133-147)或WO2002/061090中所述之培養基。如此項技術中已知，根據所採用之載體構築體，可使用多種其他誘導劑。
在一個實施例中，本發明之表現的多肽分泌至宿主細胞之周質中，且從其中回收。蛋白質回收通常涉及一般藉由諸如滲透性休克、音波處理、或溶解等之手段來破壞微生物。一旦細胞經破壞，可藉由離心或過濾去除細胞碎片或全細胞。蛋白質可例如藉由親和樹脂層析來進一步純化。或者，可將蛋白質運送至培養基中，且在其中單離。可從培養物中去除細胞，且將培養上清液過濾且濃縮，以進一步純化產生的蛋白質。表現的多肽可使用通常已知的方法(諸如聚丙烯醯胺凝膠電泳(PAGE)及西方墨點法測定)來進一步單離及鑒別。
在本發明之一個態樣中，抗體生產係藉由發酵過程來大量進行。各種大規模分批補料發酵程序可用於生產重組多肽。大規模發酵具有至少1000公升容量，較佳地為約1,000至100,000公升容量。此等發酵罐使用攪拌器葉輪來分配氧氣及養分，尤其是葡萄糖(較佳的碳/能源)。小規模發酵一般係指體積容量不多於大約100公升且範圍可為約1公升至約100公升之發酵罐中之發酵。
在發酵過程中，蛋白質表現之誘導通常係在細胞已經在合適的條件下生長至所要密度(例如OD550為約180-220)之後起始，在該階段細胞處於早期靜止期。如此項技術中已知及上文所述，根據所採用之載體構築體，可使用多種誘導劑。細胞可在誘導之前生長較短時期。細胞通常誘導約12-50個小時，但是可使用更長或更短的誘導時間。
為了使表現的異源蛋白(尤其是蛋白水解敏感性之彼等)之蛋白水解最小化，缺乏蛋白水解酶之某些宿主菌株可用於本發明。舉例而言，可修飾宿主細胞株以在編碼已知細菌蛋白酶(諸如蛋白酶III、OmpT、DegP、Tsp、蛋白酶I、蛋白酶Mi、蛋白酶V、蛋白酶VI、及其組合)之基因中影響基因突變。一些大腸桿菌蛋白酶缺陷型菌株可供使用，且描述於例如Joly等人，(1998)，同上；Georgiou等人的美國專利第5,264,365號；Georgiou等人的美國專利第5,508,192號；Hara等人，Microbial Drug Resistance,2：63-72(1996)中。
在一個實施例中，缺乏蛋白水解酶且經表現一或多種伴護蛋白之質粒轉型之大腸桿菌菌株在本發明之表現系統中用作宿主細胞。
iii.抗體純化
可採用此項技術已知的標準蛋白質純化方法。以下程序示範合適之純化程序：免疫親和或離子交換柱上之分級、乙醇沉澱、反相HPLC、二氧化矽或陽離子交換樹脂(諸如SP)或陰離子交換(諸如DEAE)上之層析、層析聚焦、SDS-PAGE、硫酸銨沉澱、及使用例如Sephadex G-75之凝膠過濾。
在一個態樣中，固定在固相上之蛋白質A用於本發明的抗體產物之免疫親和純化。蛋白質A為來自金黃色葡萄球菌之41kD細胞壁蛋白質，其以高親和力結合至 抗體之Fc區。Lindmark等人，(1983)J.Immunol.Meth.62：1-13。蛋白質A所固定之固相較佳地為包含玻璃或二氧化矽表面之柱，更佳地為受控孔玻璃柱或矽酸柱。在一些應用中，柱已經用諸如甘油之試劑塗覆，試圖防止雜質之非特異性黏附。
作為純化之第一步，將來源於如上所述之細胞培養物之製劑施加至蛋白質A固定的固相上，以容許所關注抗體與蛋白質A特異性結合。然後洗滌固相以去除非特異性結合至固相之雜質。最後，所關注抗體藉由溶析來從固相中回收。
本發明亦提供免疫接合物(可互換地稱為「抗體-藥品接合物」或「ADC」)，其包含接合至例如細胞毒性劑諸如化療劑、藥品、生長抑制劑、毒素(例如，細菌、真菌、植物或動物來源之酶活性毒素、或其片段)或放射性同位素(亦即放射性接合物)之本文所述之任何抗體。
V.診斷套組、測定、及製品
本文提供包含包含一或多種試劑之診斷套組，該一或多種試劑用於確定來自患有疾病或病症之個體的樣品中基質基因印記之存在，其中基質基因印記之存在意指當個體經免疫療法及遏制性基質拮抗劑之組合治療時功效之可能性較高。在一些實施例中，製品進一步包含免疫療法。視情況，套組進一步包含使用套組當個體表現 基質基因印記時選擇用於治療疾病或病症之藥物(例如，遏制性基質拮抗劑，諸如抗TGFβ抗體)之說明書。
本文亦提供用於鑒別患有疾病或病症之個體以接受與免疫療法組合之遏制性基質拮抗劑之測定，該方法包含：測定來自個體之樣品中遏制性基質拮抗劑之存在，及基於基質基因印記之存在推薦遏制性基質拮抗劑。
本文亦提供製品，其包含包裝在一起之含遏制性基質拮抗劑之醫藥學上可接受之載劑及藥品說明書，該藥品說明書指示遏制性基質拮抗劑(例如，抗TGFβ抗體)係用於基於基質基因印記之表現來治療患有疾病或病症之患者。在一些實施例中，製品進一步包含免疫療法。治療方法包括本文所揭示之任何治療方法。進一步提供的是，本發明關注一種製造製品之方法，該方法包含在包裝中組合藥物組成物，該藥物組成物包含遏制性基質拮抗劑(例如，抗TGFβ抗體)、視情況的免疫療法、及藥品說明書，該藥品說明書指示該藥物組成物用於基於基質基因印記之表現來治療患有疾病或病症之患者。
該製品包含容器及在該容器上或與該容器相伴之標籤或藥品說明書。合適的容器包括例如瓶、小瓶、注射器等。容器可由多種材料(諸如玻璃或塑膠)形成。容器容納或含有包含癌症藥物作為活性劑之組成物且可具有無菌入口(sterile access port)(例如，容器可為具有可經皮下注射用注射針刺破之塞子之靜脈輸液袋或小瓶)。
製品可進一步包含第二容器，該容器包含醫藥學上可接受之稀釋劑緩衝液，諸如抑菌注射用水(BWFI)、磷酸鹽緩衝鹽水、林格氏溶液(Ringer's solution)、及右旋糖溶液。製品可進一步包括自商業及使用者觀點看來合乎需要之其他物質，包括其他緩衝劑、稀釋劑、過濾器、針、及注射器。
本發明之製品亦包括例如呈藥品說明書形式之資訊，指示該組成物係用於基於本文中的基質基因印記之表現水準來治療癌症。說明書或標籤可採取任何形式，諸如紙張或電子介質，諸如磁性記錄介質(例如，軟磁碟)或CD-ROM。標籤或說明書亦可包括關於套組或製品中之藥物組成物及劑型之其他資訊。
本發明亦關注一種製造製品之方法，該方法包含在包裝中組合藥物組成物，該藥物組成物包含遏制性基質拮抗劑(例如，抗TGFβ抗體)、視情況的免疫療法、及藥品說明書，該藥品說明書指示該藥物組成物係用於基於基質基因印記之表現來治療患有癌症(諸如NSCLC)之患者。
製品可進一步包含額外容器，該容器包含醫藥學上可接受之稀釋劑緩衝液，諸如抑菌注射用水(BWFI)、磷酸鹽緩衝鹽水、林格氏溶液、及/或右旋糖溶液。製品可進一步包括自商業及使用者觀點看來合乎需要之其他物質，包括其他緩衝劑、稀釋劑、過濾器、針、及注射器。
VI.示範性實施例
本發明提供以下實施例：
1.一種用於治療患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含：a)確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供治療之個體；及b)向該個體投與有效量之免疫療法及遏制性基質拮抗劑。
2.一種用於改善治療患有疾病或病症之個體的免疫療法之方法，該方法包含：a)確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供以遏制性基質拮抗劑治療之個體；及b)向步驟a)中經鑒別供以遏制性基質拮抗劑治療之該個體投與有效量之免疫療法及遏制性基質拮抗劑。
3.一種用於選擇不太可能回應於單獨免疫療法之患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對 於中值水準之增加鑒別出供以免疫療法及以遏制性基質拮抗劑治療之個體。
4.一種用於鑒別出更可能展現來自以免疫療法及以腫瘤基質纖維化拮抗劑治療之益處的患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出具有遏制性基質之個體，其中來自該個體之樣品中基質基因印記之存在指示該個體更可能展現來自免疫療法及遏制性基質拮抗劑之增加的臨床益處。
5.一種用於選擇患有疾病或病症之個體的治療之方法，該方法包含確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出具有遏制性基質之個體；其中來自該個體之樣品中基質基因印記之存在指示該個體更可能展現來自免疫療法及遏制性基質拮抗劑之增加的臨床益處。
6.如實施例4或5之方法，其中該增加的臨床益處進一步包含以下中之一或多者之相對增加：總體存活(OS)、無進展存活(PFS)、完全反應(CR)、部分反應(PR)、及其組合。
7.一種用於監測包含免疫療法及遏制性基質拮抗劑之組合治療之功效之方法，該方法包含在一或多個時間點確定來自經歷以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之個體的樣品中基質基因印記之存在；其中該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加；其中增加的臨床益處及/或該基質基因印記之存在之減少指示有效治療。
8.一種用於監測包含免疫療法及遏制性基質拮抗劑之組合治療之功效之方法，該方法包含a)確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供治療之個體；及b)向該個體投與有效量之免疫療法及遏制性基質拮抗劑；及c)在一或多個時間點確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在；其中增加的臨床益處及/或該基質基因印記之存在之減少指示有效治療。
9.如實施例7或8之方法，其中該增加的臨床益處包含以下中之一或多者之相對增加：總體存活(OS)、無進展存活(PFS)、完全反應(CR)、部分反應(PR)、及其組合。
10.如實施例1至9中任一項之方法，其中該疾病或病症為增生性疾病或病症。
11.如實施例10之方法，其中該疾病或病症為免疫相關疾病或病症。12.如實施例1至10中任一項之方法，其中該疾病或病症為癌症。
13.如實施例12之方法，其中該癌症係選自由以下所組成之群：非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腎細胞癌、結腸直腸癌、卵巢癌、乳癌、轉移性乳癌、三陰性乳癌、黑色素瘤、胰腺癌、胃癌、膀胱癌、尿路上皮膀胱癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤、頭頸癌、甲狀腺癌、肉瘤、前列腺癌、神經膠質母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈樣黴菌病、梅克爾細胞癌、及其他血液學惡性腫瘤。
14.如實施例13之方法，其中該癌症為尿路上皮膀胱癌(UBC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、或PDGFRB中之一或多者。
15.如實施例14之方法，其中UBC之該基質基因印記進一步包含DKK3、PDGFB、NUAK1、FGF1、PDL1M4、或LRRC32中之一或多者。
16.如實施例13之方法，其中該癌症為非小細胞肺癌(NSCLC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
17.如實施例13之方法，其中該癌症為腎細胞癌(RCC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
18.如實施例17之方法，其中RCC之該基質基因印記進一步包含LUM及/或POSTN。
19.如實施例13之方法，其中該癌症為黑色素瘤，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。
20.如實施例13之方法，其中該癌症為三陰性乳癌(TNBC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。
21.如實施例20之方法，其中TNBC之該基質基因印記進一步包含MMP11、BGN、或COL5A1中之一或多者。
22.如實施例13之方法，其中該癌症為卵巢癌，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。
23.如實施例22之方法，其中卵巢癌之該基質基因印記進一步包含POSTN、LOX、或TIMP3中之一或多者。
24.如實施例14至18或22至23中任一項之方法，其中該基質基因印記進一步包含TGFβ。
25.如實施例1至24中任一項之方法，其中自該個體獲得之該樣品係選自由以下所組成之群：組織、全血、血漿、血清、及其組合。
26.如實施例25之方法，其中該組織樣品為腫瘤組織樣品。
27.如實施例25或26之方法，其中該腫瘤組織樣品包含腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞、及其任何組合。
28.如實施例25至27中任一項之方法，其中該組織樣品為經福爾馬林固定且經石蠟包埋之組織樣品、歸檔組織樣品、新鮮組織樣品、或冷凍組織樣品。
29.如實施例1至25中任一項之方法，其中該樣品為全血。
30.如實施例29之方法，其中該全血包含免疫細胞、循環腫瘤細胞、及其任何組合。
31.如實施例1至30中任一項之方法，其中樣品係在以該免疫療法治療之前或在以該免疫療法治療之後獲得。
32.如實施例1至31中任一項之方法，其中樣品係在以該遏制性基質拮抗劑治療前獲得。
33.如實施例1至32中任一項之方法，其中該免疫療法包含CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、CD40、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、 2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMGB1、或TLR促效劑。
34.如實施例1至32中任一項之方法，其中該免疫療法包含CTLA-4、PD-L1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑。
35.如實施例33之方法，其中該免疫療法為PD-L1軸拮抗劑。
36.如實施例35之方法，其中該PD-L1軸結合拮抗劑為PD-L1結合拮抗劑。
37.如實施例36之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至其配位體結合搭配物。
38.如實施例36或37之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至PD-1。
39.如實施例36至38中任一項之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至B7-1。
40.如實施例36至39中任一項之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至PD-1及B7-1兩者。
41.如實施例36至40中任一項之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑為抗體。
42.如實施例41之方法，其中該抗體為單株抗體。
43.如實施例41或42之方法，其中該抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
44.如實施例34之方法，其中該PD-L1軸結合拮抗劑為PD-1結合拮抗劑。
45.如實施例44之方法，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至其配位體結合搭配物。
46.如實施例44或45之方法，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1。
47.如實施例44至46中任一項之方法，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L2。
48.如實施例44至47中任一項之方法，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1及PD-L2兩者。
49.如實施例44至48中任一項之方法，其中該PD-1結合拮抗劑為抗體。
50.如實施例44至49中任一項之方法，其中該抗體為單株抗體。
51.如實施例49或50之方法，其中該抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
52.如實施例1至50中任一項之方法，其中該遏制性基質拮抗劑為TGFβ、PDPN、LAIR-1、SMAD、ALK、結締組織生長因子(CTGF/CCN2)、內 皮-1(ET-1)、AP-1、IL-13、PDGF、LOXL2、內皮蛋白(CD105)、FAP、平足蛋白(GP38)、VCAM1(CD106)、THY1、β1整合素(CD29)、PDGFRα(CD140α)、PDGFRβ(CD140β)、波形蛋白、αSMA(ACTA2)、肌間線蛋白、內皮唾酸蛋白(CD248)、或FSP1(S100A4)拮抗劑。
53.如實施例1至51中任一項之方法，其中該遏制性基質拮抗劑為吡非尼酮、蓋倫薩替、或尼達尼布。
54.如實施例52之方法，其中該遏制性基質拮抗劑為TGFβ拮抗劑。
55.如實施例54之方法，其中該遏制性基質拮抗劑為TGFβ結合拮抗劑。
56.如實施例54或55中任一項之方法，其中該TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ結合至其配位體結合搭配物。
57.如實施例54至56中任一項之方法，其中該TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ結合至TGFβ之細胞受體。
58.如實施例54或56之方法，其中該TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ之活化。
59.如實施例54至58中任一項之方法，其中該TGFβ結合拮抗劑為抗體。
60.如實施例59之方法，其中該抗體為單株抗體。
61.如實施例59或60之方法，其中該抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
62.如實施例1至61中任一項之方法，其中以該遏制性基質拮抗劑治療容許腫瘤中之增加的免疫細胞浸潤。
63.如實施例62之方法，其中該增加的免疫細胞浸潤為T細胞、B細胞、巨噬細胞、或樹狀細胞中之一或多者之增加的浸潤。
64.如實施例63之方法，其中該等T細胞為CD8+ T細胞及/或Teff細胞。
65.如實施例1至64中任一項之方法，其中該個體在以該遏制性基質拮抗劑治療之前對免疫療法具有抗性。
66.如實施例1至65中任一項之方法，其中該個體已經投與單一療法免疫療法。
67.如實施例1至66中任一項之方法，其中該基質基因印記係使用選自由以下所組成之群之方法來在該樣品中偵測：FACS、西方墨點法、ELISA、免疫沉澱法、免疫組織化學法、免疫螢光法、放射免疫測定法、點墨法、免疫偵測法、HPLC、表面電漿子共振、光譜法、用於確定來自個體之樣品中基質基因印記之存在之一或多種試劑、質譜法、HPLC、qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、及FISH、及其組合。
68.如實施例1至67中任一項之方法，其中該基質基因印記係藉由蛋白質表現來在該樣品中偵測。
69.如實施例68之方法，其中蛋白質表現係藉由免疫組織化學法(IHC)來測定。
70.如實施例69之方法，其中該基質基因印記係使用抗體來偵測。
71.如實施例69或70中任一項之方法，其中該基質基因印記係藉由IHC偵測為弱染色強度。
72.如實施例69至71中任一項之方法，其中該基質基因印記係藉由IHC偵測為中等染色強度。
73.如實施例69至72中任一項之方法，其中該基質基因印記係藉由IHC偵測為強染色強度。
74.如實施例65至73中任一項之方法，其中該基質基因印記係在腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞、及其任何組合上偵測。
75.如實施例65至74中任一項之方法，其中染色為膜染色、細胞質染色、及其組合。
76.如實施例65至75中任一項之方法，其中該基質基因印記之不存在係偵測為在該樣品中不存在染色或無染色。
77.如實施例65至76中任一項之方法，其中該基質基因印記之存在係偵測為在該樣品中之任何染色。
78.如實施例1至77中任一項之方法，其中該基質基因印記藉由核酸表現來在該樣品中偵測。
79.如實施例78之方法，其中該核酸表現係使用qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、或FISH來測定。
80.如實施例1至79中任一項之方法，其中該基質基因印記之該等中值水準係選自由以下所組成之群：(1)來自參考群體之該基質基因印記之水準；(2)來自該免疫療法的完全反應者及/或部分反應者之群體之該基質基因印記之水準；及(3)在第一時間點之前之第二時間點來自該個體之該基質基因印記之水準。
81.如1至80中任一項之方法，其中該生物樣品中之該基質基因印記之水準相較於該等中值水準之變化為該等水準之增加。
82.一種診斷套組，其包含用於如實施例1至81中任一項之方法中之一或多種試劑。
83.一種診斷套組，其包含用於確定來自不太可能回應於單獨免疫療法之患有疾病或病症之個體的樣品中基質基因印記之存在之一或多種試劑，其中基質基因印記之存在鑒別出更可能展現來自以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之益處之個體。
84.一種診斷套組，其用於選擇不太可能回應於單獨免疫療法之患有疾病或病症之個體之治療，該套組包含用於確定來自需要免疫療法之個體的樣品中基質基因印記之存在的一或多種試劑，該印記包含FAP、 FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者；其中基質基因印記之存在鑒別出更可能展現來自以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之益處之個體。
85.一種用於監測包含免疫療法及以遏制性基質拮抗劑治療的組合治療之功效之套組，該套組包含用於確定來自經歷以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之個體的樣品中基質基因印記之存在之一或多種試劑，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者；其中增加的臨床益處及/或該基質基因印記之存在之減少指示有效治療。
86.如實施例83至85中任一項之套組，其中該增加的臨床益處包含以下中之一或多者之相對增加：總體存活(OS)、無進展存活(PFS)、完全反應(CR)、部分反應(PR)、及其組合。
87.如實施例83至86中任一項之套組，其中該疾病或病症為增生性疾病或病症。
88.如實施例87之套組，其中該疾病或病症為免疫相關疾病或病症。
89.如實施例83至86中任一項之套組，其中該疾病或病症為癌症。
90.如實施例89之套組，其中該癌症係選自由以下所組成之群：非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腎細胞癌、結腸直腸癌、卵巢癌、乳癌、轉移性乳癌、三陰性乳癌、黑色素瘤、胰腺癌、胃癌、膀胱癌、尿路上皮膀胱癌、 食道癌、間皮瘤、黑色素瘤、頭頸癌、甲狀腺癌、肉瘤、前列腺癌、神經膠質母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈樣黴菌病、梅克爾細胞癌、及其他血液學惡性腫瘤。
91.如實施例90之套組，其中該癌症為尿路上皮膀胱癌(UBC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、或PDGFRB中之一或多者。
92.如實施例91之套組，其中UBC之該基質基因印記進一步包含DKK3、PDGFB、NUAK1、FGF1、PDL1M4、或LRRC32中之一或多者。
93.如實施例90之套組，其中該癌症為非小細胞肺癌(NSCLC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
94.如實施例90之套組，其中該癌症為腎細胞癌(RCC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
95.如實施例94之套組，其中RCC之該基質基因印記進一步包含LUM及/或POSTN。
96.如實施例90之套組，其中該癌症為黑色素瘤，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。
97.如實施例90之套組，其中該癌症為三陰性乳癌(TNBC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。
98.如實施例97之套組，其中TNBC之該基質基因印記進一步包含MMP11、BGN、或COL5A1中之一或多者。
99.如實施例90之套組，其中該癌症為卵巢癌，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。
100.如實施例99之套組，其中卵巢癌之該基質基因印記進一步包含POSTN、LOX、或TIMP3中之一或多者。
101.如實施例91至95或99至100中任一項之套組，其中該基質基因印記進一步包含TGFβ。
102.如實施例83至101中任一項之套組，其中自該個體獲得之該樣品係選自由以下所組成之群：組織、全血、血漿、血清、及其組合。
103.如實施例102之套組，其中該組織樣品為腫瘤組織樣品。
104.如實施例102或103之套組，其中該腫瘤組織樣品包含腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞、及其任何組合。
105.如實施例102至104中任一項之套組，其中該組織樣品為經福爾馬林固定且經石蠟包埋之組織樣品、歸檔組織樣品、新鮮組織樣品、或冷凍組織樣品。
106.如實施例83至102中任一項之套組，其中該樣品為全血。
107.如實施例106之套組，其中該全血包含免疫細胞、循環腫瘤細胞、及其任何組合。
108.如實施例83至107中任一項之套組，其中樣品係在以該免疫療法治療之前或在以該免疫療法治療之後獲得。
109.如實施例83至108中任一項之套組，其中樣品係在以該遏制性基質拮抗劑治療之前獲得。
110.如實施例83至109中任一項之套組，其中該免疫療法包含CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、CD40、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMGB1、或TLR促效劑。
111.如實施例83至110中任一項之套組，其中該免疫療法包含CTLA-4、PD-L1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑。
112.如實施例111之套組，其中該免疫療法為PD-L1軸拮抗劑。
113.如實施例112之套組，其中該PD-L1軸結合拮抗劑為PD-L1結合拮抗劑。
114.如實施例113之套組，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至其配位體結合搭配物。
115.如實施例113或114之套組，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至PD-1。
116.如實施例113至115中任一項之套組，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至B7-1。
117.如實施例113至116中任一項之套組，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至PD-1及B7-1兩者。
118.如實施例113至117中任一項之套組，其中該PD-L1結合拮抗劑為抗體。
119.如實施例118之套組，其中該抗體為單株抗體。
120.如實施例118或119之套組，其中該抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
121.如實施例120之套組，其中該PD-L1軸結合拮抗劑為PD-1結合拮抗劑。
122.如實施例121之套組，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至其配位體結合搭配物。
123.如實施例121或122之套組，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1。
124.如實施例121至123中任一項之套組，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L2。
125.如實施例121至124中任一項之套組，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1及PD-L2兩者。
126.如實施例121至125中任一項之套組，其中該PD-1結合拮抗劑為抗體。
127.如實施例121至126中任一項之套組，其中該抗體為單株抗體。
128.如實施例126或127之套組，其中該抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
129.如實施例83至128中任一項之套組，其中該遏制性基質拮抗劑為TGFβ、PDPN、LAIR-1、SMAD、ALK、結締組織生長因子(CTGF/CCN2)、內皮-1(ET-1)、AP-1、IL-13、PDGF、LOXL2、內皮蛋白(CD105)、FAP、平足蛋白(GP38)、VCAM1(CD106)、THY1、β1整合素(CD29)、PDGFRα(CD140α)、PDGFRβ(CD140β)、波形蛋白、αSMA(ACTA2)、肌間線蛋白、內皮唾酸蛋白(CD248)、或FSP1(S100A4)拮抗劑。
130.如實施例83至129中任一項之套組，其中該遏制性基質拮抗劑為吡非尼酮、蓋倫薩替、或尼達尼布。
131.如實施例83至129之套組，其中該遏制性基質拮抗劑為TGFβ拮抗劑。
132.如實施例131之套組，其中該遏制性基質拮抗劑為TGFβ結合拮抗劑。
133.如實施例131或132中任一項之套組，其中該TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ結合至其配位體結合搭配物。
134.如實施例131至133中任一項之套組，其中該TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ結合至TGFβ之細胞受體。
135.如實施例133或134之套組，其中該TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ之活化。
136.如實施例131至135中任一項之套組，其中該TGFβ合拮抗劑為抗體。
137.如實施例136之套組，其中該抗體為單株抗體。
138.如實施例136或137之套組，其中該抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
139.如實施例83至138中任一項之套組，其中以該遏制性基質拮抗劑治療容許腫瘤中之增加的免疫細胞浸潤。
140.如實施例139之套組，其中該增加的免疫細胞浸潤為T細胞、B細胞、巨噬細胞、或樹狀細胞中之一或多者之增加的浸潤。
141.如實施例140之套組，其中該等T細胞為CD8+ T細胞及/或Teff細胞。
142.如實施例83至141中任一項之套組，其中該個體在以該遏制性基質拮抗劑治療之前對免疫療法具有抗性。
143.如實施例83至142中任一項之套組，其中該個體已經投與單一療法免疫療法。
144.如實施例83至143中任一項之套組，其中該基質基因印記係使用選自由以下所組成之群之方法來在該樣品中偵測：FACS、西方墨點法、ELISA、免疫沉澱法、免疫組織化學法、免疫螢光法、放射免疫測定法、點墨法、免疫偵測法、HPLC、表面電漿子共振、光譜法、用於確定來自個體之樣品中基質基因印記之存在之一或多種試劑、質譜法、HPLC、qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、及FISH、及其組合。
145.如實施例83至144中任一項之套組，其中該基質基因印記係藉由蛋白質表現來在該樣品中偵測。
146.如實施例145之套組，其中蛋白質表現係藉由免疫組織化學法(IHC)來測定。
147.如實施例146之套組，其中該基質基因印記係使用抗體來偵測。
148.如實施例146或147中任一項之套組，其中該基質基因印記係藉由IHC偵測為弱染色強度。
149.如實施例146至148中任一項之套組，其中該基質基因印記係藉由IHC偵測為中等染色強度。
150.如實施例146至149中任一項之套組，其中該基質基因印記係藉由IHC偵測為強染色強度。
151.如實施例146至150中任一項之套組，其中該基質基因印記係在腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞、及其任何組合上偵測。
152.如實施例146至151中任一項之套組，其中染色為膜染色、細胞質染色、及其組合。
153.如實施例146至152中任一項之套組，其中該基質基因印記之不存在係偵測為在該樣品中不存在染色或無染色。
154.如實施例146至152中任一項之套組，其中該基質基因印記之存在係偵測為在該樣品中之任何染色。
155.如實施例83至144中任一項之套組，其中該基質基因印記係藉由核酸表現來在該樣品中偵測。
156.如實施例155之套組，其中該核酸表現係使用qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、或FISH來測定。
157.如實施例83至156中任一項之套組，其中該基質基因印記之該等中值水準係選自由以下所組成之群：(1)來自參考群體之該基質基因印記之水準；(2)來自該免疫療法的完全反應者及/或部分反應者之群體之 該基質基因印記之水準；及(3)在第一時間點之前之第二時間點來自該個體之該基質基因印記之水準。
158.如實施例83至157中任一項之套組，其中該生物樣品中之該基質基因印記之水準相較於該等中值水準之變化為該等水準之增加。
本說明書中所揭示之所有特徵皆可以任何組合來組合。本說明書中所揭示之各特徵皆可由提供相同、等效、或類似目的之替代性特徵替換。因此，除非另外明確說明，否則所揭示之各特徵皆僅為等效或類似特徵之一般系列之實例。
本發明之進一步細節藉由以下非限制性實例來說明。本說明書中之所有參考文獻之揭露皆以引用之方式明確併入本文中。
實例
以下實例僅意欲示範本發明，且因此不應視為以任何方式限制本發明。以下實例及詳述經由說明方式且不經由限制方式來提供。
實例1：跨尿路上皮癌(UC)之腫瘤浸潤性基質基因印記及其與對抗PD-L1抗體治療之抗性之關聯 介紹
為了評估及瞭解可調節或抑制抗腫瘤免疫性且因此有助於對免疫調節療法之抗性的因素之複雜性，進行高敏感性免疫基因表現測定以研究來自尿路上皮癌患者之預處理腫瘤組織之腫瘤微環境(TME)。
材料及方法
進行Illumina TruSeq RNA Access RNA-seq套組以研究來自尿路上皮癌患者(n=217)之預處理腫瘤組織之腫瘤微環境(TME)。Illumina TruSeq RNA Access RNA-seq捕捉且研究跨整個人類基因體之基因(>20,000個基因)。
從經福爾馬林固定石蠟包埋之歸檔組織中提取出RNA。腫瘤組織為來自阿特立單抗(MPDL3280A；抗PD-L1抗體)之II期IMvigor210研究(ClinicalTrials.gov number編號，NCT02108652)之臨床收集。針對生物標記之探索性評估，適當的患者知情同意書得自機構審查委員會。
根據RECIST v1.1特別研究了與腫瘤中之基質要素相關聯之基因之與總體反應率之關聯。尿路上皮基質相關聯之基因之擴展基因組(組A)包括：PDPN、FAP、TGFB1、NNMT、TNFAIP6、DKK3、MMP2、MMP8、MMP9、BGN、COL4A1、COL4A2、COL5A1、PDGFRB、NUAK1、FN1、FGF1、PDLIM4、及LRR32C。尿路上皮基質相關聯之基因之基因組B包括：TGFB1、DKK3、PDGFRB、NUAK1、FGF1、PDLIM4、及LRRC32。
反應類別包括完全反應(CR)；部分反應(PR)；穩定疾病(SD)；及疾病進展(PD)。CR和PR患者分類為「反應者」。使用Kruskal-Wallis(KW)測 試(用以比較三或更多個獨立的資料群之非參數測試)進行統計學測試。
結果
相較於反應者(CR/PR)，PD群體中尿路上皮基質相關聯之基因組A之平均表現(平均值Z)較高(圖1A)。此外，當基於尿路上皮基質相關聯之基因表現之水準計算總體存活(OS)時，具有高於50%平均值Z表現之患者較為不良，風險比(HR)為1.47(95%CI 1.07-2.02)，相較於具有低於50%平均值Z表現之患者，HR為0.68(95%CI 0.49-0.93)(圖1B)。
評估由癌症基因體圖譜(TCGA)所提出之管腔之於基底尿路上皮癌分子次分類中尿路上皮基質相關聯之基因組表現之表現。基於FGFR3、CDKN2A、KRT5、KRT14、EGFR、GATA3、FOXA1、及ERBB2之差異表現將患者腫瘤樣品特性化為管腔或基底。相較於管腔，在基底分子次型中尿路上皮基質相關聯之基因組A表現較高(圖2)。
評估了尿路上皮基質相關聯之基因組A內個別基因與抗PD-L1療法之反應之間之關聯。在此等基因中，相較於患有進行性疾病(PD)之患者，反應者(CR/PR)中之TGFB1(p=0.027)、DKK3(p=0.049)、PDGFRB(p=0.028)、NUAK1(p=0.027)、FGF1(p=0.04)、PDLIM4 (p=0.027)、及LRRC32(0.009)顯示顯著較低的表現(分別為圖3A-圖3G)。
然後將此等個別高度顯著的基因組合以構成更簡潔的尿路上皮基質相關聯之基因組(組B：TGFB1、DKK3、PDGFRB、NUAK1、FGF1、PDLIM4、及LRRC32)。此組能夠更好地將反應者(CR/PR)與患有穩定疾病(SD)或進行性疾病(PD)之患者區區別(p=0.0064)(圖4A)。此外，當基於尿路上皮基質相關聯之基因表現之水準計算總體存活(OS)時，具有高於50%平均值Z表現之患者較為不良，風險比(HR)為1.49(95%CI 1.09-2.05)，相較於具有低於50%平均值Z表現之患者，HR為0.67(95%CI 0.49-0.92)(圖4B)。
實例2：跨五種癌症類型之腫瘤基質印記及其與疾病預後因素之關聯 介紹
為了進一步評估及瞭解可調節或抑制抗腫瘤免疫性且因此有助於對免疫調節療法之反應或抗性的因素之複雜性，進行高敏感性免疫基因表現測定以研究來自乳癌(BC)、肺癌、黑色素瘤、RCC、及膀胱癌之預處理腫瘤組織之腫瘤微環境(TME)。
材料及方法
進行Illumina TruSeq RNA Access RNA-seq套組以研究來自BC(n=73)、肺癌(n=59)、黑色素瘤(n=34)、RCC(n=55)、及膀胱癌(n=44)患 者之預處理腫瘤組織之腫瘤微環境(TME)。Illumina TruSeq RNA Access RNA-seq捕捉且研究跨整個人類基因體之基因(>20,000個基因)。
從來源於正在進行的MPDL3280A(抗PD-L1抗體)之I期研究之經福爾馬林固定石蠟包埋之歸檔組織中提取RNA。針對生物標記之探索性評估，適當的患者知情同意書得自機構審查委員會。
根據RECIST v1.1特別研究了與腫瘤中之基質要素相關聯之基因之與總體反應率之關聯。尿路上皮基質相關聯之基因之擴展基因組(組A)包括：FAP、FN1、MMP2、BGN、LOXL2、PDPN、PDGFRB、COL12a1、COL5A1、COL8A2、THY1、及PALLD。
反應類別包括完全反應(CR)；部分反應(PR)；穩定疾病(SD)；及疾病進展(PD)。CR和PR患者分類為「反應者」。使用Kruskal-Wallis(KW)測試(用以比較三或更多個獨立的資料群之非參數測試)進行統計學測試。
結果
觀察到腫瘤適應症之間以及適應症內之印記之表現之變異性，其指示組A基質印記之動態表現範圍(圖5及圖6)。相較於反應者(CR/PR)，PD群體中基質相關聯之基因組A之平均表現(平均值Z)較高(圖7A)。此外，當基於尿路上皮基質相關聯之基因表現之水準計算總體存活(OS)時，具有高於0.36平均值Z表現之患者相較 於具有低於0.36平均值Z表現之患者較為不良，風險比(HR)為1.66(95%CI 1.18-2.33)(圖7B)。
特定腫瘤類型中基質印記之分析顯示在乳癌(圖8A)及膀胱癌(圖8E)中，但不在黑色素瘤皮膚癌(圖8C)、肺癌(圖8D)、或腎癌(圖8B)中反應之趨勢。
評估了基因表現印記在以抗PD-L1治療之患者之個別適應症之總體存活(OS)中之影響。對於k平均值使用0.36之截斷值，乳癌(圖9A)、膀胱癌(圖9B)、及皮膚癌(圖9C)患者具有與此印記相關聯之OS，而在肺癌(圖9D)及腎癌(圖9E)患者中存在非顯著的趨勢。以抗PD-L1治療之患者之風險比值示於表2中。
實例3：TGFb阻斷改善EMT6乳腺腫瘤模型中之抗PDL1功效 介紹
在小鼠乳腺腫瘤模型中評估TGFb阻斷對抗PDL1治療之功效之影響。
材料及方法 功效小鼠研究1
將70只來自查爾斯河實驗室(Charles River Laboratories)之Balb/c小鼠在第5個乳腺脂肪墊上接種有含10萬個EMT6細胞之100微升HBSS+基質膠(1：1)。當腫瘤達到大約150-200mm3之平均腫瘤體積時(在腫瘤細胞接種後大約7-8天)，將動物募集至下文所概述之治療群中(第0天)。將由於腫瘤體積不同而未募集至治療群中之小鼠安樂死。在將小鼠分群之後第二天起始治療(第1天)。『tiw』指示每週三次劑量，同時『biw』指示每週兩次劑量。示範性實驗圖解示於圖10中。
第1群：Mu IgG1抗gp120(9338)，10mg/kg IV第一劑量，接著5mg/kg IP biwx3+Mu IgG2a抗gp120(9239)，10mg/kg IV第一劑量，接著IP tiwx3，n=10。
第2群：Mu IgG1抗PD-L1(6E11)，10mg/kg IV第一劑量，接著5mg/kg IP biwx3，n=10。
第3群：Mu IgG1抗PD-L1(6E11)，10mg/kg IV第一劑量，接著5mg/kg IP biwx3+Mu IgG2b抗TGFβ(2G7.5A9)，10mg/kg IV第一劑量，接著IP tiwx3，n=10。
第4群：Mu IgG1抗PD-L1(6E11)，10mg/kg IV第一劑量，接著5mg/kg IP biwx3+Mu IgG1抗TGFβ (1D11)，10mg/kg IV第一劑量，接著IP tiwx3，n=10。
在第1、4、8、11、15、18天投與Mu IgG1抗PD-L1及Mu IgG1抗gp120抗體；在第1、3、5、8、10、12、15、17、19天給藥Mu IgG2b及Mu IgG1抗TGFβ抗體。
將所有抗體在pH 5.5之20mM組胺酸乙酸鹽、240mM蔗糖、0.02%聚山梨醇酯20(Tween-20)中稀釋。總每日給藥體積為350μL或更少。每週2次收集腫瘤測量值及體重。每日稱量展現>15%之重量損失之動物，且若它們損失>20%體重，則進行安樂死。每週2次觀察動物之臨床問題。更頻繁地(根據嚴重性多達每日)觀察顯示不良臨床問題之動物，且若瀕臨死亡，則進行安樂死。若腫瘤體積超過2,000mm3，或3個月之後若腫瘤未形成，則將小鼠安樂死。
功效小鼠研究2
將70只來自查爾斯河實驗室(Charles River Laboratories)之Balb/c小鼠在第5個乳腺脂肪墊上接種有含10萬個EMT6細胞之100微升HBSS+基質膠(1：1)。當腫瘤達到大約150-200mm3之平均腫瘤體積時(在接種後大約7-8天)，將動物募集至下文所概述之治療群中(第0天)。將由於腫瘤體積不同而未募集至治療群中之小鼠安樂死。治療在第1天起始。『tiw』指示每週三次劑量，同時『biw』指示每週兩次劑量。
第1群：Mu IgG1抗gp120(9338)，10mg/kg IV第一劑量，接著5mg/kg IP biwx3+Mu IgG2a抗gp120(9239)，10mg/kg IV第一劑量，接著IP biwx3，n=10。
第2群：Mu IgG1抗PD-L1(6E11)，10mg/kg IV第一劑量，接著5mg/kg IP biwx3，n=10。
第3群：Mu IgG2b抗TGFβ(2G7.5A9)，10mg/kg IV第一劑量，接著IP biwx3，n=10。
第4群：Mu IgG1抗TGFβ(1D11)10mg/kg IV第一，接著IP，biwx3，n=10。
第5群：Mu IgG1抗PD-L1(6E11)，10mg/kg IV第一劑量，接著5mg/kg IP biwx3+Mu IgG2b抗TGFβ(2G7.5A9)，10mg/kg IV第一劑量，接著IP biwx3，n=10。
在第1、4、8、11、15、18天投與Mu IgG1抗PD-L1及Mu IgG1抗gp120抗體；在第1、3、5、8、10、12、15、17、19天給藥Mu IgG2b及Mu IgG1抗TGFβ抗體。
將所有抗體在pH 5.5之20mM組胺酸乙酸鹽、240mM蔗糖、0.02%聚山梨醇酯20(Tween-20)中稀釋。總每日給藥體積為350μL或更少。每週2次收集腫瘤測量值及體重。每日稱量展現>15%之重量損失之動物，且若它們損失>20%體重，則進行安樂死。每週2次觀察動物之臨床問題。更頻繁地(根據嚴重性多達每日) 觀察顯示不良臨床問題之動物，且若瀕臨死亡，則進行安樂死。若腫瘤體積超過2,000mm3，或3個月之後若腫瘤未形成，則將小鼠安樂死。
腫瘤處理
將腫瘤收集，切成小塊，且用含分散酶(0.8mg/mL)、膠原酶P(0.2mg/mL)、及DNaseI(0.1mg/mL)之RPMI+2% FBS消化。如先前所述進行消化(Fletcher，等人2011)。簡言之，將腫瘤塊在37℃下於酶中培育，且每5分鐘混合。每15分鐘，將樣品通過寬孔吸量管吸頭上下吸取。使塊沉降至底部，且收集懸浮液中之任何細胞。然後將新的消化培養基加入樣品中。重複此過程直至腫瘤完全消化，通常總計約75分鐘。然後過濾單細胞懸浮液，且對細胞進行計數。
流動式細胞測量術
對於FACS染色，將2百萬個細胞在冰上用針對T細胞標記之抗體染色15分鐘。對於細胞內染色，使用eBioscience FoxP3套組固定及透化細胞，之後加入特異於顆粒酶B或Ki67之抗體。對於pSMAD phosflow染色，在37℃下將細胞立即在BD phosflow Lyse/Fix緩衝液中固定10分鐘。然後將其用冰冷的BD Phosflow Perm/Wash緩衝液III透化30分鐘。最後，將細胞洗滌，且在冰上用針對CD45及pSMAD2/3之抗體染色45分鐘。所有樣品均在BD Fortessa上獲得，且用FlowJo X軟體分析。
結果
如藉由以抗TGFb 1D11及抗PDL1兩者(圖11C)治療之動物相較於以單獨抗PDL1(圖11B)或同型對照(圖11A)治療之動物中腫瘤體積減少所指示，以1D11抗體之TGFb阻斷改善EMT6乳腺腫瘤模型中之抗PDL1功效(功效小鼠研究1)。類似地，如藉由以抗TGFb 2G7及抗PDL1兩者(圖12E)治療之動物相較於以單獨PDL1(圖12B)、單獨抗TGFb 2G7(圖12C)、單獨抗TGFb 1D11(圖12D)、或同型對照(圖12A)治療之動物中腫瘤體積減少所指示，2G7抗TGFb抗體改善抗PDL1功效(功效小鼠研究2)。
如藉由CD45+細胞(圖13A)、顆粒酶B+細胞(圖13C)、Ki67+細胞(圖13D)、及PD1+細胞(圖13E)優於單獨抗PDL1之豐度增加所指示，以與抗PDL1組合之1D11抗體之TGFb阻斷增強CD8 T細胞豐度(圖13B)及活化。此外，如藉由pSMAD MFI減少(圖14A)及pSMAD+細胞之百分比減少(圖14B)所指示，TGFb阻斷降低EMT6腫瘤中CD45-細胞中之SMAD2/3磷酸化。
實例4：TGFb阻斷及抗PDL1抗體之協同效應 介紹
在小鼠乳腺腫瘤模型中評估TGFb阻斷對抗PDL1治療之功效之影響。
材料及方法 功效小鼠研究3
將70只來自查爾斯河實驗室(Charles River Laboratories)之Balb/c小鼠在第5個乳腺脂肪墊上接種有含10萬個EMT6細胞之100微升HBSS+基質膠(1：1)。當腫瘤達到大約150-200mm3之平均腫瘤體積時(在腫瘤細胞接種後大約7-8天)，將動物募集至下文所概述之治療群中(第0天)。將由於腫瘤體積不同而未募集至治療群中之小鼠安樂死。在將小鼠分群之後第二天起始治療(第1天)。『BIWx3』指示每週兩次給藥，持續3週。『TIWx3』指示每週3次給藥，持續3週。『TIWx4』指示每週3次給藥，持續4週。
第1群：Mu IgG1抗PD-L1(6E11)，10mg/kg IV第一劑量，接著5mg/kg IP biwx3，n=10。
第2群：Mu IgG1抗PD-L1(6E11)，10mg/kg IV第一劑量，接著5mg/kg IP tiwx4，n=10。
第3群：Mu IgG1抗PD-L1(6E11)，10mg/kg IV第一劑量，接著5mg/kg IP biwx3，n=10。
第4群：Mu IgG1抗PD-L1(6E11)，10mg/kg IV第一劑量，接著5mg/kg IP biwx3+Mu IgG2b抗TGFβ(2G7.5A9)，10mg/kg IV第一劑量，接著10mg/kg IP biwx3，n=10。
第5群：Mu IgG1抗PD-L1(6E11)，10mg/kg IV第一劑量，接著5mg/kg IP tiwx4+Mu IgG2b抗 TGFβ(2G7.5A9)，10mg/kg IV第一劑量，接著10mg/kg IP tiwx4，n=10。
第6群：Mu IgG1抗PD-L1(6E11)，10mg/kg IV第一劑量，接著5mg/kg IP biwx3+Mu IgG2b抗TGFβ(2G7.5A9)，10mg/kg IV第一劑量，接著10mg/kg IP tiwx3，n=10。
在第1、4、8、11、15、18天投與Mu IgG1抗PD-L1及Mu IgG1抗gp120抗體；在第1、3、5、8、10、12、15、17、19天給藥Mu IgG2b及Mu IgG1抗TGFβ抗體。
將所有抗體在pH 5.5之20mM組胺酸乙酸鹽、240mM蔗糖、0.02%聚山梨醇酯20(Tween-20)中稀釋。總每日給藥體積為350μL或更少。所用之抗TGFb抗體為IgG2b格式之殖株2G7。每週2次收集腫瘤測量值及體重。每日稱量展現>15%之重量損失之動物，且若它們損失>20%體重，則進行安樂死。每週2次觀察動物之臨床問題。更頻繁地(根據嚴重性多達每日)觀察顯示不良臨床問題之動物，且若瀕臨死亡，則進行安樂死。若腫瘤體積超過2,000mm3，或3個月之後若腫瘤未形成，則將小鼠安樂死。
結果
如藉由以抗TGFb 2G7及抗PDL1兩者(圖15D、圖15E、及圖15F)治療之動物相較於以單獨抗PDL1(圖15A、圖15B、及圖15C)治療之動物中腫瘤 體積減少所指示，以2G7抗體之TGFb阻斷改善EMT6乳腺腫瘤模型中之抗PDL1功效。

Claims (158)

  1. 一種用於治療患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含：a)確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供治療之個體；及b)向該個體投與有效量之免疫療法及遏制性基質拮抗劑。
  2. 一種用於改善治療患有疾病或病症之個體的免疫療法之方法，該方法包含：a)確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供以遏制性基質拮抗劑治療之個體；及b)向步驟a)中經鑒別供以遏制性基質拮抗劑治療之該個體投與有效量之免疫療法及遏制性基質拮抗劑。
  3. 一種用於選擇不太可能回應於單獨免疫療法之患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含確定 來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供以免疫療法及以遏制性基質拮抗劑治療之個體。
  4. 一種用於鑒別出更可能展現來自以免疫療法及以腫瘤基質纖維化拮抗劑治療之益處的患有疾病或病症之個體之方法，該方法包含確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出具有遏制性基質之個體，其中來自該個體之樣品中基質基因印記之存在指示該個體更可能展現來自免疫療法及遏制性基質拮抗劑之增加的臨床益處。
  5. 一種用於選擇患有疾病或病症之個體的治療之方法，該方法包含確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出具有遏制性基質之個體；其中來自該個體之樣品中基質基因印記之存在指示該個體更可能 展現來自免疫療法及遏制性基質拮抗劑之增加的臨床益處。
  6. 如申請專利範圍第4或5項之方法，其中該增加的臨床益處進一步包含以下中之一或多者之相對增加：總體存活(OS)、無進展存活(PFS)、完全反應(CR)、部分反應(PR)、及其組合。
  7. 一種用於監測包含免疫療法及遏制性基質拮抗劑之組合治療之功效之方法，該方法包含在一或多個時間點確定來自經歷以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之個體的樣品中基質基因印記之存在；其中該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加；其中增加的臨床益處及/或該基質基因印記之存在之減少指示有效治療。
  8. 一種用於監測包含免疫療法及遏制性基質拮抗劑之組合治療之功效之方法，該方法包含a)確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者，其中該基質基因印記中該一或多種基因之表現水準相對於中值水準之增加鑒別出供治療之個體；及 b)向該個體投與有效量之免疫療法及遏制性基質拮抗劑；及c)在一或多個時間點確定來自該個體之樣品中基質基因印記之存在；其中增加的臨床益處及/或該基質基因印記之存在之減少指示有效治療。
  9. 如申請專利範圍第7或8項之方法，其中該增加的臨床益處包含以下中之一或多者之相對增加：總體存活(OS)、無進展存活(PFS)、完全反應(CR)、部分反應(PR)、及其組合。
  10. 如申請專利範圍第1至9項中任一項之方法，其中該疾病或病症為增生性疾病或病症。
  11. 如申請專利範圍第10項之方法，其中該疾病或病症為免疫相關疾病或病症。
  12. 如申請專利範圍第1至10項中任一項之方法，其中該疾病或病症為癌症。
  13. 如申請專利範圍第12項之方法，其中該癌症係選自由以下所組成之群：非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腎細胞癌、結腸直腸癌、卵巢癌、乳癌、轉移性乳癌、三陰性乳癌、黑色素瘤、胰腺癌、胃癌、膀胱癌、尿路上皮膀胱癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤、頭頸癌、甲狀腺癌、肉瘤、前列腺癌、神經膠質母細 胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈樣黴菌病、梅克爾細胞癌、及其他血液學惡性腫瘤。
  14. 如申請專利範圍第13項之方法，其中該癌症為尿路上皮膀胱癌(UBC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、或PDGFRB中之一或多者。
  15. 如申請專利範圍第14項之方法，其中UBC之該基質基因印記進一步包含DKK3、PDGFB、NUAK1、FGF1、PDL1M4、或LRRC32中之一或多者。
  16. 如申請專利範圍第13項之方法，其中該癌症為非小細胞肺癌(NSCLC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
  17. 如申請專利範圍第13項之方法，其中該癌症為腎細胞癌(RCC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
  18. 如申請專利範圍第17項之方法，其中RCC之該基質基因印記進一步包含LUM及/或POSTN。
  19. 如申請專利範圍第13項之方法，其中該癌症為黑色素瘤，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。
  20. 如申請專利範圍第13項之方法，其中該癌症為三陰性乳癌(TNBC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。
  21. 如申請專利範圍第20項之方法，其中TNBC之該基質基因印記進一步包含MMP11、BGN、或COL5A1中之一或多者。
  22. 如申請專利範圍第13項之方法，其中該癌症為卵巢癌，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。
  23. 如申請專利範圍第22項之方法，其中卵巢癌之該基質基因印記進一步包含POSTN、LOX、或TIMP3中之一或多者。
  24. 如申請專利範圍第14至18項或第22至23項中任一項之方法，其中該基質基因印記進一步包含TGFβ。
  25. 如申請專利範圍第1至24項中任一項之方法，其中自該個體獲得之該樣品係選自由以下所組成之群：組織、全血、血漿、血清、及其組合。
  26. 如申請專利範圍第25項之方法，其中該組織樣品為腫瘤組織樣品。
  27. 如申請專利範圍第25或26項之方法，其中該腫瘤組織樣品包含腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞、及其任何組合。
  28. 如申請專利範圍第25至27項中任一項之方法，其中該組織樣品為經福爾馬林固定且經石蠟包埋之組織樣品、歸檔組織樣品、新鮮組織樣品、或冷凍組織樣品。
  29. 如申請專利範圍第1至25項中任一項之方法，其中該樣品為全血。
  30. 如申請專利範圍第29項之方法，其中該全血包含免疫細胞、循環腫瘤細胞、及其任何組合。
  31. 如申請專利範圍第1至30項中任一項之方法，其中樣品係在以該免疫療法治療之前或在以該免疫療法治療之後獲得。
  32. 如申請專利範圍第1至31項中任一項之方法，其中樣品係在以該遏制性基質拮抗劑治療前獲得。
  33. 如申請專利範圍第1至32項中任一項之方法，其中該免疫療法包含CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、CD40、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMGB1、或TLR促效劑。
  34. 如申請專利範圍第1至32項中任一項之方法，其中該免疫療法包含CTLA-4、PD-L1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑。
  35. 如申請專利範圍第33項之方法，其中該免疫療法為PD-L1軸拮抗劑。
  36. 如申請專利範圍第35項之方法，其中該PD-L1軸結合拮抗劑為PD-L1結合拮抗劑。
  37. 如申請專利範圍第36項之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至其配位體結合搭配物。
  38. 如申請專利範圍第36或37項之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至PD-1。
  39. 如申請專利範圍第36至38項中任一項之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至B7-1。
  40. 如申請專利範圍第36至39項中任一項之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至PD-1及B7-1兩者。
  41. 如申請專利範圍第36至40項中任一項之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑為抗體。
  42. 如申請專利範圍第41項之方法，其中該抗體為單株抗體。
  43. 如申請專利範圍第41或42項之方法，其中該抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
  44. 如申請專利範圍第34項之方法，其中該PD-L1軸結合拮抗劑為PD-1結合拮抗劑。
  45. 如申請專利範圍第44項之方法，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至其配位體結合搭配物。
  46. 如申請專利範圍第44或45項之方法，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1。
  47. 如申請專利範圍第44至46項中任一項之方法，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L2。
  48. 如申請專利範圍第44至47項中任一項之方法，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1及PD-L2兩者。
  49. 如申請專利範圍第44至48項中任一項之方法，其中該PD-1結合拮抗劑為抗體。
  50. 如申請專利範圍第44至49項中任一項之方法，其中該抗體為單株抗體。
  51. 如申請專利範圍第49或50項之方法，其中該抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
  52. 如申請專利範圍第1至50項中任一項之方法，其中該遏制性基質拮抗劑為TGFβ、PDPN、LAIR-1、SMAD、ALK、結締組織生長因子(CTGF/CCN2)、內皮-1(ET-1)、AP-1、IL-13、PDGF、LOXL2、內皮蛋白(CD105)、FAP、平足蛋白(GP38)、VCAM1(CD106)、THY1、β1整合素(CD29)、PDGFRα(CD140α)、PDGFRβ(CD140β)、波形蛋白、αSMA(ACTA2)、肌間線蛋白、內皮唾酸蛋白(CD248)、或FSP1(S100A4)拮抗劑。
  53. 如申請專利範圍第1至51項中任一項之方法，其中該遏制性基質拮抗劑為吡非尼酮、蓋倫薩替、或尼達尼布。
  54. 如申請專利範圍第52項之方法，其中該遏制性基質拮抗劑為TGFβ拮抗劑。
  55. 如申請專利範圍第54項之方法，其中該遏制性基質拮抗劑為TGFβ結合拮抗劑。
  56. 如申請專利範圍第54或55項中任一項之方法，其中該TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ結合至其配位體結合搭配物。
  57. 如申請專利範圍第54至56項中任一項之方法，其中該TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ結合至TGFβ之細胞受體。
  58. 如申請專利範圍第54或56項之方法，其中該TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ之活化。
  59. 如申請專利範圍第54至58項中任一項之方法，其中該TGFβ結合拮抗劑為抗體。
  60. 如申請專利範圍第59項之方法，其中該抗體為單株抗體。
  61. 如申請專利範圍第59或60項之方法，其中該抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
  62. 如申請專利範圍第1至61項中任一項之方法，其中以該遏制性基質拮抗劑治療容許腫瘤中之增加的免疫細胞浸潤。
  63. 如申請專利範圍第62項之方法，其中該增加的免疫細胞浸潤為T細胞、B細胞、巨噬細胞、或樹狀細胞中之一或多者之增加的浸潤。
  64. 如申請專利範圍第63項之方法，其中該等T細胞為CD8+ T細胞及/或Teff細胞。
  65. 如申請專利範圍第1至64項中任一項之方法，其中該個體在以該遏制性基質拮抗劑治療之前對免疫療法具有抗性。
  66. 如申請專利範圍第1至65項中任一項之方法，其中該個體已經投與單一療法免疫療法。
  67. 如申請專利範圍第1至66項中任一項之方法，其中該基質基因印記係使用選自由以下所組成之群之方法來在該樣品中偵測：FACS、西方墨點法、ELISA、免疫沉澱法、免疫組織化學法、免疫螢光法、放射免疫測定法、點墨法、免疫偵測法、HPLC、表面電漿子共振、光譜法、用於確定來自個體之樣品中基質基因印記之存在之一或多種試劑、質譜法、HPLC、qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、及FISH、及其組合。
  68. 如申請專利範圍第1至67項中任一項之方法，其中該基質基因印記係藉由蛋白質表現來在該樣品中偵測。
  69. 如申請專利範圍第68項之方法，其中蛋白質表現係藉由免疫組織化學法(IHC)來測定。
  70. 如申請專利範圍第69項之方法，其中該基質基因印記係使用抗體來偵測。
  71. 如申請專利範圍第69或70項中任一項之方法，其中該基質基因印記係藉由IHC偵測為弱染色強度。
  72. 如申請專利範圍第69至71項中任一項之方法，其中該基質基因印記係藉由IHC偵測為中等染色強度。
  73. 如申請專利範圍第69至72項中任一項之方法，其中該基質基因印記係藉由IHC偵測為強染色強度。
  74. 如申請專利範圍第65至73項中任一項之方法，其中該基質基因印記係在腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞、及其任何組合上偵測。
  75. 如申請專利範圍第65至74項中任一項之方法，其中染色為膜染色、細胞質染色、及其組合。
  76. 如申請專利範圍第65至75項中任一項之方法，其中該基質基因印記之不存在係偵測為在該樣品中不存在染色或無染色。
  77. 如申請專利範圍第65至76項中任一項之方法，其中該基質基因印記之存在係偵測為在該樣品中之任何染色。
  78. 如申請專利範圍第1至77項中任一項之方法，其中該基質基因印記藉由核酸表現來在該樣品中偵測。
  79. 如申請專利範圍第78項之方法，其中該核酸表現係使用qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、或FISH來測定。
  80. 如申請專利範圍第1至79項中任一項之方法，其中該基質基因印記之該等中值水準係選自由以下所組成之群：(1)來自參考群體之該基質基因印記之水準；(2)來自該免疫療法的完全反應者及/或部分反應者之群體之該基質基因印記之水準；及(3)在第一時間點之前之第二時間點來自該個體之該基質基因印記之水準。
  81. 如第1至80項中任一項之方法，其中該生物樣品中之該基質基因印記之水準相較於該等中值水準之變化為該等水準之增加。
  82. 一種診斷套組，其包含用於如申請專利範圍第1至81項中任一項之方法中之一或多種試劑。
  83. 一種診斷套組，其包含用於確定來自不太可能回應於單獨免疫療法之患有疾病或病症之個體的樣品中基質基因印記之存在之一或多種試劑，其 中基質基因印記之存在鑒別出更可能展現來自以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之益處之個體。
  84. 一種診斷套組，其用於選擇不太可能回應於單獨免疫療法之患有疾病或病症之個體之治療，該套組包含用於確定來自需要免疫療法之個體的樣品中基質基因印記之存在的一或多種試劑，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者；其中基質基因印記之存在鑒別出更可能展現來自以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之益處之個體。
  85. 一種用於監測包含免疫療法及以遏制性基質拮抗劑治療的組合治療之功效之套組，該套組包含用於確定來自經歷以免疫療法及遏制性基質拮抗劑治療之個體的樣品中基質基因印記之存在之一或多種試劑，該印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者；其中增加的臨床益處及/或該基質基因印記之存在之減少指示有效治療。
  86. 如申請專利範圍第83至85項中任一項之套組，其中該增加的臨床益處包含以下中之一或多者之相對增加：總體存活(OS)、無進展存活(PFS)、完全反應(CR)、部分反應(PR)、及其組合。
  87. 如申請專利範圍第83至86項中任一項之套組，其中該疾病或病症為增生性疾病或病症。
  88. 如申請專利範圍第87項之套組，其中該疾病或病症為免疫相關疾病或病症。
  89. 如申請專利範圍第83至86項中任一項之套組，其中該疾病或病症為癌症。
  90. 如申請專利範圍第89項之套組，其中該癌症係選自由以下所組成之群：非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腎細胞癌、結腸直腸癌、卵巢癌、乳癌、轉移性乳癌、三陰性乳癌、黑色素瘤、胰腺癌、胃癌、膀胱癌、尿路上皮膀胱癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤、頭頸癌、甲狀腺癌、肉瘤、前列腺癌、神經膠質母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈樣黴菌病、梅克爾細胞癌、及其他血液學惡性腫瘤。
  91. 如申請專利範圍第90項之套組，其中該癌症為尿路上皮膀胱癌(UBC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、或PDGFRB中之一或多者。
  92. 如申請專利範圍第91項之套組，其中UBC之該基質基因印記進一步包含DKK3、PDGFB、 NUAK1、FGF1、PDL1M4、或LRRC32中之一或多者。
  93. 如申請專利範圍第90項之套組，其中該癌症為非小細胞肺癌(NSCLC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
  94. 如申請專利範圍第90項之套組，其中該癌症為腎細胞癌(RCC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY中之一或多者。
  95. 如申請專利範圍第94項之套組，其中RCC之該基質基因印記進一步包含LUM及/或POSTN。
  96. 如申請專利範圍第90項之套組，其中該癌症為黑色素瘤，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。
  97. 如申請專利範圍第90項之套組，其中該癌症為三陰性乳癌(TNBC)，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。
  98. 如申請專利範圍第97項之套組，其中TNBC之該基質基因印記進一步包含MMP11、BGN、或COL5A1中之一或多者。
  99. 如申請專利範圍第90項之套組，其中該癌症為卵巢癌，且該基質基因印記包含FAP、FN1、MMP2、PDGFRB、或THY1中之一或多者。
  100. 如申請專利範圍第99項之套組，其中卵巢癌之該基質基因印記進一步包含POSTN、LOX、或TIMP3中之一或多者。
  101. 如申請專利範圍第91至95項或第99至100項中任一項之套組，其中該基質基因印記進一步包含TGFβ。
  102. 如申請專利範圍第83至101項中任一項之套組，其中自該個體獲得之該樣品係選自由以下所組成之群：組織、全血、血漿、血清、及其組合。
  103. 如申請專利範圍第102項之套組，其中該組織樣品為腫瘤組織樣品。
  104. 如申請專利範圍第102或103項之套組，其中該腫瘤組織樣品包含腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞、及其任何組合。
  105. 如申請專利範圍第102至104項中任一項之套組，其中該組織樣品為經福爾馬林固定且經石蠟包埋之組織樣品、歸檔組織樣品、新鮮組織樣品、或冷凍組織樣品。
  106. 如申請專利範圍第83至102項中任一項之套組，其中該樣品為全血。
  107. 如申請專利範圍第106項之套組，其中該全血包含免疫細胞、循環腫瘤細胞、及其任何組合。
  108. 如申請專利範圍第83至107項中任一項之套組，其中樣品係在以該免疫療法治療之前或在以該免疫療法治療之後獲得。
  109. 如申請專利範圍第83至108項中任一項之套組，其中樣品係在以該遏制性基質拮抗劑治療之前獲得。
  110. 如申請專利範圍第83至109項中任一項之套組，其中該免疫療法包含CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、CD40、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMGB1、或TLR促效劑。
  111. 如申請專利範圍第83至110項中任一項之套組，其中該免疫療法包含CTLA-4、PD-L1軸、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、前列腺素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4、或IL-13拮抗劑。
  112. 如申請專利範圍第111項之套組，其中該免疫療法為PD-L1軸拮抗劑。
  113. 如申請專利範圍第112項之套組，其中該PD-L1軸結合拮抗劑為PD-L1結合拮抗劑。
  114. 如申請專利範圍第113項之套組，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至其配位體結合搭配物。
  115. 如申請專利範圍第113或114項之套組，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至PD-1。
  116. 如申請專利範圍第113至115項中任一項之套組，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至B7-1。
  117. 如申請專利範圍第113至116項中任一項之套組，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1結合至PD-1及B7-1兩者。
  118. 如申請專利範圍第113至117項中任一項之套組，其中該PD-L1結合拮抗劑為抗體。
  119. 如申請專利範圍第118項之套組，其中該抗體為單株抗體。
  120. 如申請專利範圍第118或119項之套組，其中該抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
  121. 如申請專利範圍第120項之套組，其中該PD-L1軸結合拮抗劑為PD-1結合拮抗劑。
  122. 如申請專利範圍第121項之套組，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至其配位體結合搭配物。
  123. 如申請專利範圍第121或122項之套組，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1。
  124. 如申請專利範圍第121至123項中任一項之套組，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L2。
  125. 如申請專利範圍第121至124項中任一項之套組，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1結合至PD-L1及PD-L2兩者。
  126. 如申請專利範圍第121至125項中任一項之套組，其中該PD-1結合拮抗劑為抗體。
  127. 如申請專利範圍第121至126項中任一項之套組，其中該抗體為單株抗體。
  128. 如申請專利範圍第126或127項之套組，其中該抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
  129. 如申請專利範圍第83至128項中任一項之套組，其中該遏制性基質拮抗劑為TGFβ、 PDPN、LAIR-1、SMAD、ALK、結締組織生長因子(CTGF/CCN2)、內皮-1(ET-1)、AP-1、IL-13、PDGF、LOXL2、內皮蛋白(CD105)、FAP、平足蛋白(GP38)、VCAM1(CD106)、THY1、β1整合素(CD29)、PDGFRα(CD140α)、PDGFRβ(CD140β)、波形蛋白、αSMA(ACTA2)、肌間線蛋白、內皮唾酸蛋白(CD248)、或FSP1(S100A4)拮抗劑。
  130. 如申請專利範圍第83至129項中任一項之套組，其中該遏制性基質拮抗劑為吡非尼酮、蓋倫薩替、或尼達尼布。
  131. 如申請專利範圍第83至129項之套組，其中該遏制性基質拮抗劑為TGFβ拮抗劑。
  132. 如申請專利範圍第131項之套組，其中該遏制性基質拮抗劑為TGFβ結合拮抗劑。
  133. 如申請專利範圍第131或132項中任一項之套組，其中該TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ結合至其配位體結合搭配物。
  134. 如申請專利範圍第131至133項中任一項之套組，其中該TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ結合至TGFβ之細胞受體。
  135. 如申請專利範圍第133或134項之套組，其中該TGFβ結合拮抗劑抑制TGFβ之活化。
  136. 如申請專利範圍第131至135項中任一項之套組，其中該TGFβ合拮抗劑為抗體。
  137. 如申請專利範圍第136項之套組，其中該抗體為單株抗體。
  138. 如申請專利範圍第136或137項之套組，其中該抗體為人類抗體、人源化抗體、或嵌合抗體。
  139. 如申請專利範圍第83至138項中任一項之套組，其中以該遏制性基質拮抗劑治療容許腫瘤中之增加的免疫細胞浸潤。
  140. 如申請專利範圍第139項之套組，其中該增加的免疫細胞浸潤為T細胞、B細胞、巨噬細胞、或樹狀細胞中之一或多者之增加的浸潤。
  141. 如申請專利範圍第140項之套組，其中該T細胞為CD8+ T細胞及/或Teff細胞。
  142. 如申請專利範圍第83至141項中任一項之套組，其中該個體在以該遏制性基質拮抗劑治療之前對免疫療法具有抗性。
  143. 如申請專利範圍第83至142項中任一項之套組，其中該個體已經投與單一療法免疫療法。
  144. 如申請專利範圍第83至143項中任一項之套組，其中該基質基因印記係使用選自由以下所組成之群之方法來在該樣品中偵測：FACS、西方墨點法、ELISA、免疫沉澱法、免疫組織化學法、免疫螢光法、放射免疫測定法、點墨法、免疫偵測法、HPLC、表面電漿子共振、光譜法、用於確定來自個體之樣品中基質基因印記之存在之一或多種試劑、質譜法、HPLC、qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、及FISH、及其組合。
  145. 如申請專利範圍第83至144項中任一項之套組，其中該基質基因印記係藉由蛋白質表現來在該樣品中偵測。
  146. 如申請專利範圍第145項之套組，其中蛋白質表現係藉由免疫組織化學法(IHC)來測定。
  147. 如申請專利範圍第146項之套組，其中該基質基因印記係使用抗體來偵測。
  148. 如申請專利範圍第146或147項中任一項之套組，其中該基質基因印記係藉由IHC偵測為弱染色強度。
  149. 如申請專利範圍第146至148項中任一項之套組，其中該基質基因印記係藉由IHC偵測為中等染色強度。
  150. 如申請專利範圍第146至149項中任一項之套組，其中該基質基因印記係藉由IHC偵測為強染色強度。
  151. 如申請專利範圍第146至150項中任一項之套組，其中該基質基因印記係在腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞、及其任何組合上偵測。
  152. 如申請專利範圍第146至151項中任一項之套組，其中染色為膜染色、細胞質染色、及其組合。
  153. 如申請專利範圍第146至152項中任一項之套組，其中該基質基因印記之不存在係偵測為在該樣品中不存在染色或無染色。
  154. 如申請專利範圍第146至152項中任一項之套組，其中該基質基因印記之存在係偵測為在該樣品中之任何染色。
  155. 如申請專利範圍第83至144項中任一項之套組，其中該基質基因印記係藉由核酸表現來在該樣品中偵測。
  156. 如申請專利範圍第155項之套組，其中該核酸表現係使用qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、或FISH來測定。
  157. 如申請專利範圍第83至156項中任一項之套組，其中該基質基因印記之該等中值水準係選自由以下所組成之群：(1)來自參考群體之該基質基因印記之水準；(2)來自該免疫療法的完全反應者及/或部分反應者之群體之該基質基因印記之水準；及(3)在第一時間點之前之第二時間點來自該個體之該基質基因印記之水準。
  158. 如申請專利範圍第83至157項中任一項之套組，其中該生物樣品中之該基質基因印記之水準相較於該等中值水準之變化為該等水準之增加。
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