CN108796116B - 用于猕猴桃金圆品种鉴定的分子标记引物及应用 - Google Patents
用于猕猴桃金圆品种鉴定的分子标记引物及应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN108796116B CN108796116B CN201810627338.8A CN201810627338A CN108796116B CN 108796116 B CN108796116 B CN 108796116B CN 201810627338 A CN201810627338 A CN 201810627338A CN 108796116 B CN108796116 B CN 108796116B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- golden
- kiwi fruit
- primer
- geo10
- kiwi
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明属于分子生物学及遗传育种技术领域，更具体涉及用于猕猴桃金圆品种鉴定的分子标记引物及应用，所述的引物为：Geo10‑77‑F:TCTCCTGCAACAACAGCAAG和Geo10‑77‑R:AAAATCTGCACCACCCACTC。利用本发明提供的引物对金圆DNA进行扩增，仅金圆可特异性的扩增出258bp的条带；根据不同条带的大小和数目，本发明提供的引物也可对：‘布鲁诺’、‘川猕3号’‘楚红’、‘翠玉’、‘GT185’、‘贵长’、‘桂海4号’、‘YX‑H8’‘华光2号’、‘华优’、‘海沃德’、‘金魁’、‘金梅’、‘金农’、‘金桃’、‘金霞’、‘金艳’、‘金玉’、‘魁蜜’、‘龙山红’、‘MBR’、‘米良1号’、‘庆元秋翠’、‘通山5号’、‘WH‑1’、‘武植3号’、‘湘麻6号’、‘新观2号’、‘徐香’、‘豫皇一号’、‘早鲜’或‘江山娇’猕猴桃品种进行区分。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学及遗传育种技术领域，更具体涉及用于猕猴桃‘金圆’品种鉴定的分子标记引物及应用。
背景技术
中国是猕猴桃属植物的原产地和猕猴桃遗传资源的原始起源中心。近年来，我国猕猴桃产业稳步扩增，截至2017年全国栽培面积达240万亩，产量290万吨，均居世界首位。在品种格局上，我国立足于本土猕猴桃遗传资源研究，选育出了一系列猕猴桃新品种，在全球范围广泛栽培，彻底改变了世界猕猴桃产业唯‘海沃德’品种的单一格局，推动了猕猴桃市场多样化和消费的多元化。
随着猕猴桃新品种的日益推出，新品种的鉴定是亟待解决的一大难题。目前，对猕猴桃专利品种的鉴定仅通过树势、叶片形态、花期、花形态、果实外观等传统手段，难免受到环境和其他人为因素的影响。对猕猴桃品种的不确定性，限制了产业的健康持续发展，且苗木品种不纯甚至错误将造成果农经济效益严重受损。
分子标记技术能快速、准确、高效对品种进行鉴定,对保证农业生产中品种的正确性具有重要的意义。选择适宜的分子标记及其配套检测技术,建立一套简便、经济、准确而高效的品种鉴定和指纹图谱技术体系,是打击假冒伪劣种苗、保护植物遗传育种工作者和农民的合法权益，规范我国农业市场的迫切需要。
分子标记技术通过检测生物个体在基因组上产生的变异，从而对不同个体进行区分，是继形态标记和生化标记之后，发展的一种较为理想的遗传标记。在植物种质资源鉴定及育种中，对分子标记的应用已日趋成熟。SSR分子标记数量丰富且随机均匀分布于基因组，呈共显性，等位变异高，操作简便且稳定性好，已应用于大豆、苹果和葡萄等品种鉴定方面。在猕猴桃中，分子标记技术应用于猕猴桃雄性系列品种的鉴定，已为多个优异猕猴桃品种准确提供授粉雄株，提升猕猴桃的育种效率。
‘金圆’果实为短圆柱形，平均果重84克。果肉金黄或深橙黄色，细嫩多汁，风味浓甜微酸，含可溶性固形物14％-17％，维生素C含量为122毫克/100克，果实极耐贮藏。‘金圆’猕猴桃于2012年12月通过国家品种审定(国S-SV-AC-030-20132)。开发适用于猕猴桃‘金圆’品种的分子鉴定标记，有利于从分子水平上明确界定专利品种，利于对猕猴桃品种进行鉴定和品种保护。
发明内容
本发明的目的在于利用分子标记技术，提供一种用于猕猴桃‘金圆’品种鉴定的分子标记引物，所述的分子标记命名为Geo10-77，针对其设计的引物为Geo10-77-F:TCTCCTGCAACAACAGCAAG和Geo10-77-R:AAAATCTGCACCACCCACTC。
本发明的另一个目的在于提供了用于猕猴桃‘金圆’品种鉴定的分子标记引物在猕猴桃育种中的应用。
为了达到上述目的，本发明采取以下技术措施：
用于猕猴桃‘金圆’品种鉴定的分子标记引物的获得：申请人从猕猴桃基因组序列网站(http://bioinfo.bti.cornell.edu/kiwi)下载‘红阳’猕猴桃全基因序列。通过SSRFinder软件在全基因组范围内开发SSR标记，根据基因结构注释结果，选择基因位点设计SSR标记引物。利用设计合成的引物，对猕猴桃‘金圆’品种进行PCR扩增，筛选得到分子标记Geo10-77，针对其设计的引物为Geo10-77-F:TCTCCTGCAACAACAGCAAG和Geo10-77-R:AAAATCTGCACCACCCACTC。
用于猕猴桃‘金圆’品种鉴定的分子标记引物在猕猴桃育种中的应用，包括利用本发明的引物用于猕猴桃的育种，或是利用本发明的引物对猕猴桃的品种进行鉴定，特别是鉴定猕猴桃‘金圆’品种，仅‘金圆’猕猴桃扩增得到258bp的特异条带；或是根据条带大小和数目，对‘布鲁诺’、‘川猕3号’‘楚红’、‘翠玉’、‘GT185’、‘贵长’、‘桂海4号’、‘YX-H8’‘华光2号’、‘华优’、‘海沃德’、‘金魁’、‘金梅’、‘金农’、‘金桃’、‘金霞’、‘金艳’、‘金玉’、‘魁蜜’、‘龙山红’、‘MBR’、‘米良1号’、‘庆元秋翠’、‘通山5号’、‘WH-1’、‘武植3号’、‘湘麻6号’、‘新观2号’、‘徐香’、‘豫皇一号’、‘早鲜’或‘江山娇’品种的猕猴桃进行区分。
与现有技术相比，本发明的优点：
1.形态标记简单直观，但是数量少、多态性差、易受环境条件影响。分子标记操作简便，在植物体的各个组织和发育时期，均可检测，不受季节和环境限制。数量多，遍及整个基因组。多态性高，品种间存在许多等位变异。
2.本发明的引物可在猕猴桃系列品种中扩增得到不同大小的DNA片段。该分子标记扩增稳定性，能用于进行猕猴桃‘金圆’品种的鉴定。
3.本发明提供的分子标记引物特异性高，适用范围广，可从40多个不同品种的猕猴桃中对‘金圆’品种进行鉴定，利用分子标记Geo10-77引物对‘金圆’DNA进行扩增，可特异性的获得258bp的条带。
4.本发明提供的引物可根据条带大小和数目，对‘布鲁诺’、‘川猕3号’‘楚红’、‘翠玉’、‘GT185’、‘贵长’、‘桂海4号’、‘YX-H8’‘华光2号’、‘华优’、‘海沃德’、‘金魁’、‘金梅’、‘金农’、‘金桃’、‘金霞’、‘金艳’、‘金玉’、‘魁蜜’、‘龙山红’、‘MBR’、‘米良1号’、‘庆元秋翠’、‘通山5号’、‘WH-1’、‘武植3号’、‘湘麻6号’、‘新观2号’、‘徐香’、‘豫皇一号’、‘早鲜’或‘江山娇’进行区分。
具体实施方式
本发明所述技术方案，如未特别说明，均为本领域的常规方案；所述试剂或材料，如未特别说明，均来源于商业或公开的渠道。
实施例1：
用于猕猴桃‘金圆’品种鉴定的分子标记引物的获得：
申请人从猕猴桃基因组序列网站(http://bioinfo.bti.cornell.edu/kiwi)下载‘红阳’猕猴桃全基因序列。通过SSR Finder软件在全基因组范围内开发SSR标记，根据基因结构注释结果，选择基因位点设计SSR标记引物。利用设计合成的引物，对猕猴桃‘金圆’品种进行PCR扩增，筛选得到分子标记Geo10-77，针对其设计的引物为Geo10-77-F:TCTCCTGCAACAACAGCAAG和Geo10-77-R:AAAATCTGCACCACCCACTC。
实施例2：
用于猕猴桃‘金圆’品种鉴定的分子标记引物在品种鉴定中的应用：
(1)按照CTAB法分别提取40多个不同品种猕猴桃的DNA样品(具体品种名称如表1所示)。
(2)使用加样器吸取990ul HIDI和10ul ROX500或LIZ500的混合物，加入到96孔反应板中，每孔10ul。
(3)将96孔板置于平板离心机中，离心500g即停。
(4)在96孔板对应的孔中分别加入各样本DNA，每个样品50pg。
(5)参照以下PCR反应体系加入相应试剂到96孔板，使用封板膜密封96孔板，振荡，将96孔板置于平板离心机中，离心500g即停。按照以下程序进行PCR反应。
a.PCR反应体系
25μl体系的配制
所述的引物F和引物R为：Geo10-77-F:TCTCCTGCAACAACAGCAAG和Geo10-77-R:AAAATCTGCACCACCCACTC。
b.PCR反应条件
(6)程序结束后立即将96孔板置于冰水混合物上急速冷却，再将96孔板置于平板离心机中，离心2000g即停。
(7)使用3730xl测序分析仪(美国ABI公司)检测扩增片段。
(8)使用Genemapper软件分析SSR扩增数据，利用STR毛细管电泳检测扩增片段峰，横坐标为片段大小，纵坐标为荧光强度值。
(9)利用标记Geo10-77引物扩增猕猴桃不同品种DNA，仅‘金圆’猕猴桃扩增得到258bp的特异条带，同时根据不同条带对不同品种包括：‘布鲁诺’、‘川猕3号’‘楚红’、‘翠玉’、‘GT185’、‘贵长’、‘桂海4号’、‘YX-H8’‘华光2号’、‘华优’、‘海沃德’、‘金魁’、‘金梅’、‘金农’、‘金桃’、‘金霞’、‘金艳’、‘金玉’、‘魁蜜’、‘龙山红’、‘MBR’、‘米良1号’、‘庆元秋翠’、‘通山5号’、‘WH-1’、‘武植3号’、‘湘麻6号’、‘新观2号’、‘徐香’、‘豫皇一号’、‘早鲜’或‘江山娇’猕猴桃进行区分。具体扩增结果如表1所示。
表1不同品种猕猴桃名称及Geo10-77引物PCR扩增结果
序列表
<110> 中国科学院武汉植物园
<120> 用于猕猴桃金圆品种鉴定的分子标记引物及应用
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
tctcctgcaa caacagcaag 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
aaaatctgca ccacccactc 20
Claims (4)
1.用于猕猴桃金圆品种鉴定的分子标记引物，所述的引物为：Geo10-77-F:TCTCCTGCAACAACAGCAAG和Geo10-77-R:AAAATCTGCACCACCCACTC。
2.权利要求1所述的引物在猕猴桃金圆品种鉴定中的应用。
3.权利要求1所述的引物在‘布鲁诺’、‘川猕3号’‘楚红’、‘翠玉’、‘GT185’、‘贵长’、‘桂海4号’、‘YX-H8’‘华光2号’、‘华优’、‘海沃德’、‘金魁’、‘金梅’、‘金农’、‘金桃’、‘金霞’、‘金艳’、‘金玉’、‘魁蜜’、‘龙山红’、‘MBR’、‘米良1号’、‘庆元秋翠’、‘通山5号’、‘WH-1’、‘武植3号’、‘湘麻6号’、‘新观2号’、‘徐香’、‘豫皇一号’、‘早鲜’或‘江山娇’猕猴桃品种鉴定中的应用。
4.一种用于猕猴桃金圆品种鉴定的试剂盒，包括引物：Geo10-77-F:TCTCCTGCAACAACAGCAAG和Geo10-77-R:AAAATCTGCACCACCCACTC。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810627338.8A CN108796116B (zh) | 2018-06-19 | 2018-06-19 | 用于猕猴桃金圆品种鉴定的分子标记引物及应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810627338.8A CN108796116B (zh) | 2018-06-19 | 2018-06-19 | 用于猕猴桃金圆品种鉴定的分子标记引物及应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN108796116A CN108796116A (zh) | 2018-11-13 |
| CN108796116B true CN108796116B (zh) | 2020-01-24 |
Family
ID=64083318
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201810627338.8A Active CN108796116B (zh) | 2018-06-19 | 2018-06-19 | 用于猕猴桃金圆品种鉴定的分子标记引物及应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN108796116B (zh) |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN107385071A (zh) * | 2017-08-25 | 2017-11-24 | 中国科学院武汉植物园 | 用于猕猴桃磨山系列雄性品种鉴定的分子标记引物及应用 |
Family Cites Families (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| MX2009007246A (es) * | 2007-01-30 | 2009-09-16 | Cropdesign Nv | Plantas con rasgos relacionados con el rendimiento mejorado y un metodo para producirlas. |
-
2018
- 2018-06-19 CN CN201810627338.8A patent/CN108796116B/zh active Active
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN107385071A (zh) * | 2017-08-25 | 2017-11-24 | 中国科学院武汉植物园 | 用于猕猴桃磨山系列雄性品种鉴定的分子标记引物及应用 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| Identification and validation of reference genes for accurate normalization of real-time quantitative PCR data in kiwifruit;Ferradas等;《Plant Physiology and Biochemistry》;20160209(第102期);全文 * |
| 中华猕猴桃雄性新品种‘磨山雄5号’的选育;韩飞等;《果树学报》;20161216;第34卷(第3期);第386-389页 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN108796116A (zh) | 2018-11-13 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN107385071B (zh) | 用于猕猴桃磨山系列雄性品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
| CN107338318B (zh) | 用于猕猴桃磨山系列雄性品种鉴定的分子标记Geo101引物及应用 | |
| CN113637794B (zh) | 一种果桑新品种‘粤椹201’的ssr分子标记及其核心引物组、试剂盒和应用 | |
| CN107326091B (zh) | 用于猕猴桃磨山系列雄性品种鉴定的分子标记Geo168引物及应用 | |
| CN108359738B (zh) | 一种榧树est-ssr引物及品种指纹图谱构建方法 | |
| CN111349717B (zh) | 甜樱桃砧木资源的ssr标记及其指纹图谱数据库 | |
| KR101905980B1 (ko) | 표고버섯 품종 향고 808, 산마루 1호 및 산조 705호 판별용 프라이머 세트 및 이의 용도 | |
| CN108796111B (zh) | 用于猕猴桃金梅品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
| CN109055599B (zh) | 用于猕猴桃金美品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
| CN108796116B (zh) | 用于猕猴桃金圆品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
| CN108531642B (zh) | 一组用于鉴别玉米品种的ssr分子标记及其应用 | |
| CN114317800B (zh) | 基于侧柏转录组序列开发的est-ssr标记引物及其应用 | |
| CN108796115B (zh) | 用于猕猴桃金玉品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
| CN109055600B (zh) | 用于猕猴桃满天红2号品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
| CN108977575B (zh) | 用于猕猴桃rc197品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
| CN112746124B (zh) | 一种用于花椰菜杂交种子纯度鉴定的ssr引物及方法 | |
| CN109055601B (zh) | 用于猕猴桃猕枣2号品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
| CN108998566B (zh) | 用于猕猴桃超红品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
| CN112725521B (zh) | 一种鼓槌石斛ssr分子标记引物组合物及其应用 | |
| CN108796112B (zh) | 用于猕猴桃金桃品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
| KR20180075451A (ko) | 체리 대목 품종 판별 방법 | |
| CN109055602B (zh) | 用于猕猴桃东玫品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
| CN109055597B (zh) | 用于猕猴桃猕枣1号品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
| Guan et al. | Identification of superior clones by RAPD technology in Xanthoceras sorbifolia Bge. | |
| CN107043819B (zh) | 基于psbA-trnH序列分析结合重要表型性状选择的白及杂种优势预测方法及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |