CN108796115B - 用于猕猴桃金玉品种鉴定的分子标记引物及应用 - Google Patents
用于猕猴桃金玉品种鉴定的分子标记引物及应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN108796115B CN108796115B CN201810627309.1A CN201810627309A CN108796115B CN 108796115 B CN108796115 B CN 108796115B CN 201810627309 A CN201810627309 A CN 201810627309A CN 108796115 B CN108796115 B CN 108796115B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- kiwi fruit
- variety
- primer
- jinyu
- geo1
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明属于分子生物学及遗传育种技术领域,更具体涉及用于猕猴桃金玉品种鉴定的分子标记引物及应用,所述的引物为:Geo1‑117‑F:GGGATCAACAGCACCAGAGT和Geo1‑117‑R:TGTCAGTTTGAAGCCGATCAT。利用本发明提供的引物对金玉DNA进行扩增,仅金玉可特异性的扩增出250bp的条带;根据不同条带的大小和数目,本发明提供的引物也可对:‘布鲁诺’、‘川猕3号’‘翠玉’、‘东红’、‘贵长’、‘YX‑H8’、‘海沃德’、‘金魁’、‘金农’、‘金霞’、‘金艳’、‘金圆’、‘MBR’、‘米良1号’、‘通山5号’、‘湘麻6号’、‘豫皇一号’或‘江山娇’猕猴桃品种进行区分。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学及遗传育种技术领域,更具体涉及用于猕猴桃‘金玉’品种鉴定的分子标记引物及应用。
背景技术
中国是猕猴桃属植物的原产地和猕猴桃遗传资源的原始起源中心。近年来,我国猕猴桃产业稳步扩增,截至2017年全国栽培面积达240万亩,产量290万吨,均居世界首位。在品种格局上,我国立足于本土猕猴桃遗传资源研究,选育出了一系列猕猴桃新品种,在全球范围广泛栽培,彻底改变了世界猕猴桃产业唯‘海沃德’品种的单一格局,推动了猕猴桃市场多样化和消费的多元化。
随着猕猴桃新品种的日益推出,新品种的鉴定是亟待解决的一大难题。目前,对猕猴桃专利品种的鉴定仅通过树势、叶片形态、花期、花形态、果实外观等传统手段,难免受到环境和其他人为因素的影响。对猕猴桃品种的不确定性,限制了产业的健康持续发展,且苗木品种不纯甚至错误将造成果农经济效益严重受损。
分子标记技术能快速、准确、高效对品种进行鉴定,对保证农业生产中品种的正确性具有重要的意义。选择适宜的分子标记及其配套检测技术,建立一套简便、经济、准确而高效的品种鉴定和指纹图谱技术体系,是打击假冒伪劣种苗、保护植物遗传育种工作者和农民的合法权益,规范我国农业市场的迫切需要。
分子标记技术通过检测生物个体在基因组上产生的变异,从而对不同个体进行区分,是继形态标记和生化标记之后,发展的一种较为理想的遗传标记。在植物种质资源鉴定及育种中,对分子标记的应用已日趋成熟。SSR分子标记数量丰富且随机均匀分布于基因组,呈共显性,等位变异高,操作简便且稳定性好,已应用于大豆、苹果和葡萄等品种鉴定方面。在猕猴桃中,分子标记技术应用于猕猴桃雄性系列品种的鉴定,已为多个优异猕猴桃品种准确提供授粉雄株,提升猕猴桃的育种效率。
‘金玉’果实短圆柱形,果肉金黄色,风味甜或浓甜,有清香,口感好。软熟果实含可溶性固形物21%,干物质22%,总糖14%,总酸1.3%,维生素C含量为118毫克/100克。果实极耐贮藏,货架期10天以上。开发适用于猕猴桃‘金玉’品种的分子鉴定标记,有利于从分子水平上明确界定专利品种,利于对猕猴桃品种进行鉴定和品种保护。
发明内容
本发明的目的在于利用分子标记技术,提供一种用于猕猴桃‘金玉’品种鉴定的分子标记引物,所述的分子标记命名为Geo1-117,针对其设计的引物为Geo1-117-F:GGGATCAACAGCACCAGAGT和Geo1-117-R:TGTCAGTTTGAAGCCGATCAT。
本发明的另一个目的在于提供了用于猕猴桃‘金玉’品种鉴定的分子标记引物在猕猴桃育种中的应用。
为了达到上述目的,本发明采取以下技术措施:
用于猕猴桃‘金玉’品种鉴定的分子标记引物的获得:申请人从猕猴桃基因组序列网站(http://bioinfo.bti.cornell.edu/kiwi)下载‘红阳’猕猴桃全基因序列。通过SSRFinder软件在全基因组范围内开发SSR标记,根据基因结构注释结果,选择基因位点设计SSR标记引物。利用设计合成的引物,对猕猴桃‘金玉’品种进行PCR扩增,筛选得到分子标记Geo1-117,针对其设计的引物为Geo1-117-F:GGGATCAACAGCACCAGAGT和Geo1-117-R:TGTCAGTTTGAAGCCGATCAT。
用于猕猴桃‘金玉’品种鉴定的分子标记引物在猕猴桃育种中的应用,包括利用本发明的引物用于猕猴桃育种,或是用于猕猴桃的品种进行鉴定,特别是猕猴桃‘金玉’品种的鉴定,仅‘金玉’猕猴桃扩增得到250bp的特异条带;或是根据条带大小和数目,对‘布鲁诺’、‘川猕3号’‘翠玉’、‘东红’、‘贵长’、‘YX-H8’、‘海沃德’、‘金魁’、‘金农’、‘金霞’、‘金艳’、‘金圆’、‘MBR’、‘米良1号’、‘通山5号’、‘湘麻6号’、‘豫皇一号’或‘江山娇’进行区分。
与现有技术相比,本发明的优点:
1.形态标记简单直观,但是数量少、多态性差、易受环境条件影响。分子标记操作简便,在植物体的各个组织和发育时期,均可检测,不受季节和环境限制。数量多,遍及整个基因组。多态性高,品种间存在许多等位变异。
2.本发明的引物可在猕猴桃系列品种中扩增得到不同大小的DNA片段。该分子标记扩增稳定性,能用于进行猕猴桃‘金玉’品种的鉴定。
3.本发明提供的分子标记引物特异性高,适用范围广,可从40多个不同品种的猕猴桃中对‘金玉’品种进行鉴定,利用分子标记Geo1-117引物对‘金玉’DNA进行扩增,可特异性的获得250bp的条带。
4.本发明提供的引物还可根据条带大小和数目,对‘布鲁诺’、‘川猕3号’‘翠玉’、‘东红’、‘贵长’、‘YX-H8’、‘海沃德’、‘金魁’、‘金农’、‘金霞’、‘金艳’、‘金圆’、‘MBR’、‘米良1号’、‘通山5号’、‘湘麻6号’、‘豫皇一号’或‘江山娇’进行区分。
具体实施方式
本发明所述技术方案,如未特别说明,均为本领域的常规方案;所述试剂或材料,如未特别说明,均来源于商业或公开的渠道。
实施例1:
用于猕猴桃‘金玉’品种鉴定的分子标记引物的获得:
申请人从猕猴桃基因组序列网站(http://bioinfo.bti.cornell.edu/kiwi)下载‘红阳’猕猴桃全基因序列。通过SSR Finder软件在全基因组范围内开发SSR标记,根据基因结构注释结果,选择基因位点设计SSR标记引物。利用设计合成的引物,对猕猴桃‘金玉’品种进行PCR扩增,筛选得到分子标记Geo1-117,针对其设计的引物为Geo1-117-F:GGGATCAACAGCACCAGAGT和Geo1-117-R:TGTCAGTTTGAAGCCGATCAT。
实施例2:
用于猕猴桃‘金玉’品种鉴定的分子标记引物在品种鉴定中的应用:
(1)按照CTAB法分别提取40多个不同品种猕猴桃的DNA样品(具体品种名称如表1所示)。
(2)使用加样器吸取990ul HIDI和10ul ROX500或LIZ500的混合物,加入到96孔反应板中,每孔10ul。
(3)将96孔板置于平板离心机中,离心500g即停。
(4)在96孔板对应的孔中分别加入各样本DNA,每个样品50pg。
(5)参照以下PCR反应体系加入相应试剂到96孔板,使用封板膜密封96孔板,振荡,将96孔板置于平板离心机中,离心500g即停。按照以下程序进行PCR反应。
a.PCR反应体系
25μl体系的配制
所述的引物F和引物R为:Geo1-117-F:GGGATCAACAGCACCAGAGT和Geo1-117-R:TGTCAGTTTGAAGCCGATCAT。
b.PCR反应条件
(6)程序结束后立即将96孔板置于冰水混合物上急速冷却,再将96孔板置于平板离心机中,离心2000g即停。
(7)使用3730xl测序分析仪(美国ABI公司)检测扩增片段。
(8)使用Genemapper软件分析SSR扩增数据,利用STR毛细管电泳检测扩增片段峰,横坐标为片段大小,纵坐标为荧光强度值。
(9)利用标记Geo1-117引物扩增猕猴桃不同品种DNA,仅‘金玉’猕猴桃扩增得到250bp的特异条带,同时根据不同条带对不同品种包括:‘布鲁诺’、‘川猕3号’‘翠玉’、‘东红’、‘贵长’、‘YX-H8’、‘海沃德’、‘金魁’、‘金农’、‘金霞’、‘金艳’、‘金圆’、‘MBR’、‘米良1号’、‘通山5号’、‘湘麻6号’、‘豫皇一号’或‘江山娇’猕猴桃进行区分。具体扩增结果如表1所示。
表1不同品种猕猴桃名称及Geo1-117引物PCR扩增结果
序列表
<110> 中国科学院武汉植物园
<120> 用于猕猴桃金玉品种鉴定的分子标记引物及应用
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
gggatcaaca gcaccagagt 20
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
tgtcagtttg aagccgatca t 21
Claims (4)
1.用于猕猴桃金玉品种鉴定的分子标记引物,所述的引物为:Geo1-117-F:GGGATCAACAGCACCAGAGT和Geo1-117-R:TGTCAGTTTGAAGCCGATCAT。
2.权利要求1所述的引物在猕猴桃金玉品种鉴定中的应用。
3.权利要求1所述的引物在‘布鲁诺’、‘川猕3号’‘翠玉’、‘东红’、‘贵长’、‘海沃德’、‘金魁’、‘金农’、‘金霞’、‘金艳’、‘金圆’、‘米良1号’、‘通山5号’、‘湘麻6号’、‘豫皇一号’或‘江山娇’猕猴桃品种鉴定中的应用。
4.一种用于猕猴桃金玉品种鉴定的试剂盒,包括引物:Geo1-117-F:GGGATCAACAGCACCAGAGT和Geo1-117-R:TGTCAGTTTGAAGCCGATCAT。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201810627309.1A CN108796115B (zh) | 2018-06-19 | 2018-06-19 | 用于猕猴桃金玉品种鉴定的分子标记引物及应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201810627309.1A CN108796115B (zh) | 2018-06-19 | 2018-06-19 | 用于猕猴桃金玉品种鉴定的分子标记引物及应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN108796115A CN108796115A (zh) | 2018-11-13 |
CN108796115B true CN108796115B (zh) | 2021-06-11 |
Family
ID=64083382
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201810627309.1A Active CN108796115B (zh) | 2018-06-19 | 2018-06-19 | 用于猕猴桃金玉品种鉴定的分子标记引物及应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN108796115B (zh) |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN107326091A (zh) * | 2017-08-25 | 2017-11-07 | 中国科学院武汉植物园 | 用于猕猴桃磨山系列雄性品种鉴定的分子标记Geo168引物及应用 |
CN107385071A (zh) * | 2017-08-25 | 2017-11-24 | 中国科学院武汉植物园 | 用于猕猴桃磨山系列雄性品种鉴定的分子标记引物及应用 |
-
2018
- 2018-06-19 CN CN201810627309.1A patent/CN108796115B/zh active Active
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN107326091A (zh) * | 2017-08-25 | 2017-11-07 | 中国科学院武汉植物园 | 用于猕猴桃磨山系列雄性品种鉴定的分子标记Geo168引物及应用 |
CN107385071A (zh) * | 2017-08-25 | 2017-11-24 | 中国科学院武汉植物园 | 用于猕猴桃磨山系列雄性品种鉴定的分子标记引物及应用 |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
Development and Application of Transcriptome-Derived Microsatellites in Actinidia eriantha (Actinidiaceae);Rui Guo等;《Front Plant Sci》;20170825;第8卷;Article1383 第1-13页 * |
Development of microsatellite markers in Actinidia arguta (Actinidiaceae) based on the NCBI data platform;Yuping Man等;《Am J Bot》;20111031;第98卷(第11期);e310-e315 * |
猕猴桃 EST-SSR 引物筛选及通用性分析;廖娇等;《果树学报》;20111110;第28卷(第6期);第1111-1116页 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN108796115A (zh) | 2018-11-13 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN107385071B (zh) | 用于猕猴桃磨山系列雄性品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
CN107338318B (zh) | 用于猕猴桃磨山系列雄性品种鉴定的分子标记Geo101引物及应用 | |
CN107201404B (zh) | 一种针对天门冬属雌雄异株植物性别的分子生物学鉴别方法及其应用 | |
KR102029016B1 (ko) | 양송이 균주 구별을 위한 ssr 프라이머 세트 및 이의 용도 | |
CN110791586B (zh) | 鉴定板栗品种的ssr标记引物组及其应用 | |
CN107326091B (zh) | 用于猕猴桃磨山系列雄性品种鉴定的分子标记Geo168引物及应用 | |
CN113789408B (zh) | 不结球白菜品种鉴定ssr分子标记引物的筛选及应用 | |
CN111394495B (zh) | 用于猕猴桃商业品种的性别鉴定的通用分子标记引物及应用 | |
CN108796111B (zh) | 用于猕猴桃金梅品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
CN109055599B (zh) | 用于猕猴桃金美品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
CN108796115B (zh) | 用于猕猴桃金玉品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
CN111349717A (zh) | 甜樱桃砧木资源的ssr标记及其指纹图谱数据库 | |
CN108165652B (zh) | 用于香榧苗期性别鉴定的特异性分子标记tgmi001 | |
CN109055600B (zh) | 用于猕猴桃满天红2号品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
CN109055601B (zh) | 用于猕猴桃猕枣2号品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
CN112746124B (zh) | 一种用于花椰菜杂交种子纯度鉴定的ssr引物及方法 | |
CN109706262A (zh) | 薄壳山核桃品种Davis的特征序列、标记引物及鉴定方法 | |
CN108796116B (zh) | 用于猕猴桃金圆品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
CN109055597B (zh) | 用于猕猴桃猕枣1号品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
CN108977575B (zh) | 用于猕猴桃rc197品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
KR20180075451A (ko) | 체리 대목 품종 판별 방법 | |
CN109055602B (zh) | 用于猕猴桃东玫品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
CN108998566B (zh) | 用于猕猴桃超红品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
CN108796112B (zh) | 用于猕猴桃金桃品种鉴定的分子标记引物及应用 | |
Guan et al. | Identification of superior clones by RAPD technology in Xanthoceras sorbifolia Bge. |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |