CN107142259A - 一种表达外源基因的启动子及其应用 - Google Patents

一种表达外源基因的启动子及其应用 Download PDF

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CN107142259A CN201710380113.2A CN201710380113A CN107142259A CN 107142259 A CN107142259 A CN 107142259A CN 201710380113 A CN201710380113 A CN 201710380113A CN 107142259 A CN107142259 A CN 107142259A
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seq
expression
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孙俊松
李思杰
纪明华
史吉平
姜标
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Shanghai Advanced Research Institute of CAS
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    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/74Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora
    • C12N15/75Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora for Bacillus
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
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    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
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    • C07K14/32Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Bacillus (G)

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Abstract

本发明公开了一种表达外源基因的启动子及其应用。所述启动子的核苷酸序列选自以下其中一种:(1)如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或与其反向互补的核苷酸序列;(2)对SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列进行一个或多个碱基的取代、缺失或添加修饰且具有相同启动子功能的核苷酸序列;(3)与SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列具有90%以上同源性且具有相同启动子功能的核苷酸序列。本发明中公开的启动子序列属于高效表达分子元件,可以高效地启动外源蛋白,特别是工业酶制剂的发酵生产,在重组蛋白表达应用中,该启动子经自发启动,无需添加额外诱导物,主要用于芽孢杆菌,如枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、解链淀粉芽孢杆菌等工业生产菌株的构建。

Description

一种表达外源基因的启动子及其应用
技术领域
本发明属于生产菌株构建中应用的启动子技术领域,具体涉及一种用于芽孢杆菌发酵表达外源基因的启动子及其应用。
背景技术
构建芽孢杆菌高效表达平台,启动子起到阀门的作用。当启动子基因转录效率高时,该启动子被称为强启动子,反之为弱启动子。在启动子分类中,细胞生存周期里持续表达,被称作组成型启动子。组成型启动子能大大提高基因的转录效率,强启动效应不需要其他物质诱导,因此能提高经济效益。P43是枯草芽孢杆菌基因工程改造常用的启动子之一,初始的功能是强启动胞苷脱氨酶的基因转录。其他强启动子还有PxylA、P1398和PsacB等,这些启动子作为起始转录调控元件构建了多种外源蛋白表达重组型质粒。另外,还有组合型启动子,将两个、三个或更多启动子元件进行优化拼接,形成转录功能更为高效的人工启动子。
启动子又分为组成表达型或诱导表达型,诱导表达型启动子通常在正常的细胞生长周期时不会发挥功能,只有在加入诱导因子诱导后才能调控下游的基因转录。诱导因子分为环境因子和化学因子,环境因子例如:渗透压、pH值、氧含量、温度等,往往启动子的序列里存在调控区间。利用化学因子诱导的启动子,往往在诱导下转录效率可以提升许多倍,因此也经常作为调控元件与组成型启动子连接构建全新的诱导启动子。如枯草芽孢杆菌Pspac为人工合成的启动子,将枯草芽孢杆菌SPO1序列和大肠杆菌乳糖操纵子元件lacO进行连接,使得其能被IPTG诱导。而Pxyl启动子,可以受木糖诱导进行转录表达,其中阻遏物xylR能与诱导物木糖结合,从而抑制效应解除。上述启动子在芽孢杆菌的基因工程菌构建中应用广泛,但是对于新的可调控启动子的探索仍在继续,理想的启动子应当具备诱导性强,调控成本低,工业应用潜力大等优点。
发明内容
本发明的目的是,提供一种表达外源基因的启动子及其应用。该启动子可用于多种芽孢杆菌中高效发酵生产外源蛋白。
本发明为实现上述目的所采用的技术方案如下:
一种表达外源基因的启动子,该启动子的核苷酸序列选自以下其中一种:
(1)如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或与其反向互补的核苷酸序列;
(2)对SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列进行一个或多个碱基的取代、缺失或添加修饰且具有相同启动子功能的核苷酸序列;
(3)与SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列具有90%以上同源性且具有相同启动子功能的核苷酸序列。
本发明中,所述表达外源基因的启动子被命名为Pholin,启动子Pholin优选为如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。该核苷酸序列可通过化学合成的方法获得。
本发明公开的启动子与原始的Φ105噬菌体中的启动子序列(如SEQ ID NO.2所示)有核苷酸序列的改变。改变之一如SEQ ID NO.3所示,另一处改变如SEQ ID NO.4所示。
本发明还提供所述启动子在构建重组蛋白表达质粒中的应用,以及在构建微生物生产菌株中的应用。优选地,所述微生物为芽孢杆菌。优选地,所述芽孢杆菌选自枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、解链淀粉芽孢杆菌。
本发明还提供包括所述启动子的质粒,该质粒的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示。
与现有技术相比,本发明的有益效果为:
本发明中公开的启动子Pholin的发酵研究结果表明,启动子Pholin能在包括枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等微生物菌株中,高效起始下游外源基因的表达,可以用于工业蛋白生产菌株的构建。
本发明的启动子属于高效表达分子元件,可以高效地启动外源蛋白,特别是工业酶制剂的发酵生产,在重组蛋白表达应用中,该启动子经自发启动,无需添加额外诱导物,主要用于芽孢杆菌,包括,但不限于,枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、解链淀粉芽孢杆菌等工业生产菌株的构建。
附图说明
图1为克隆了启动子Pholin的表达质粒pMK4-Pholin-GFP的构建流程图。
图2是五种质粒pMK4-GFP、pMK4-Pholin-GFP、pMK4-PxylA-GFP、pMK4-P43-GFP、pMK4-P1398-GFP,分别转入枯草芽孢杆菌中发酵表达绿色荧光蛋白GFP的荧光量示意图。
图3是质粒pMK4-Pholin-AmyL的构建流程图。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明的技术方案进行详细说明。以下采用的试剂和生物材料如未特别说明,均为商业化产品。
实施例1构建质粒pMK4-Pholin-GFP并在枯草芽孢杆菌中表达绿色荧光蛋白GFP
质粒pMK4-Pholin-GFP的构建流程参见图1,设计的启动子核苷酸序列送交生物公司进行了DNA合成,并TA克隆到载体pUC57上,将pUC57-Pholin和携带启动子P43的质粒pMK4-P43-GFP同时进行限制性内切酶Pst I和Xma I消化,酶切片断以试剂盒清洁。后用T4DNA连接酶连接进行连接,构建了pMK4-Pholin-GFP质粒。
所有质粒均以pMK4(购自BGSC公司)为载体质粒,pMK4与GFP片段经BamH I、EcoR I双酶切,T4DNA连接酶连接得到pMK4-GFP,pMK4-PxylA-GFP为pMK4与PxylA-GFP经Pst I单酶切,T4DNA连接酶连接获得;pMK4-P1398-GFP为pMK4-PxylA-GFP与P1398经Pst I、Xma I酶切,T4DNA连接酶连接得到;pMK4-P43-GFP为pMK4-PxylA-GFP与P43经Pst I、Xma I酶切,T4DNA连接酶连接得到。上述限制性内切酶及其体系购自Thermo Scientific公司,连接酶购自Takara公司。所构建的序列均送生工生物工程(上海)股份有限公司测序验证。
实施例2GFP表达质粒的转化与表达
本实施例中,将构建的质粒pMK4-Pholin-GFP、pMK4-P1398-GFP、pMK4-P43-GFP、pMK4-PxylA-GFP、pMK4-GFP分别转化进入枯草芽孢杆菌164S菌株中,转化pMK4-Pholin-GFP的具体操作如下(其他质粒的转化方法相同):首先,把平板活化的单菌落接种到3mL LB试管中,37℃、200rpm培养10~12h,然后,取300μL转接到预热的3mL LB试管中,加入滤膜灭菌的的木糖母液至终浓度为1%,37℃、200rpm培养3h后分装到2mL Eppendorf管中,加入质粒pMK4-Pholin-GFP,加入量100μg DNA/100μL转化液,然后孵育,在37℃摇床中200rpm培养1.5h后涂5μg/mL的氯霉素抗性板,37℃恒温箱过夜培养筛选。筛选得到的菌株接种到LB培养基中,LB培养基组分为酵母粉5g/L,蛋白胨10g/L,NaCl 10g/L,置于500mL三角瓶中进行摇瓶发酵培养,30℃,200rpm,每隔4hr取一次样。细胞发酵液梯度稀释100倍,取200μL置于96孔板中,利用酶标仪进行产物的检测。选择激发光波长485nm,检测光波长520nm。测定结果见图2,该图为五种构建的质粒转入枯草芽孢杆菌164S菌株中发酵生产绿色荧光蛋白GFP的荧光量示意图。
通过图2可以看出:在LB培养基中,发酵培养48h时Pholin启动子构建的质粒表达绿色荧光蛋白GFP的荧光强度值为55799.0a.u.,与其他启动子横向比较,为PxylA启动子的4.28倍,P43启动子的2.62倍,为P1398启动子的1.88倍。
实施例3质粒pMK4-Pholin-AmyL的构建及发酵生产
利用基因组提取试剂盒,提取地衣芽孢杆菌的全基因组。以地衣芽孢杆菌基因组AmyL段序列SEQ ID NO.6为模板,采用引物SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8进行扩增。PCR仪反应程序:预变性95℃5min;变性98℃10s;退火50℃10s;延伸72℃,1kb/min,30个循环。PCR产物经Axygen PCR清洁试剂盒回收纯化。
质粒pMK4-Pholin-GFP进行Xma I/EcoR I双酶切并经清洁后,按比例和纯化后的PCR产物进行一步法克隆(InFusion Cloning),所用试剂盒为商业购买的试剂盒One StepCloning Kit,电转感受态大肠杆菌DH5α后,经酶切和测序验证获得AmyL的表达质粒pMK4-Pholin-AmyL,参见图3,该图为质粒pMK4-Pholin-AmyL的构建流程图。然后以电转化的方法将pMK4-Pholin-AmyL质粒转入地衣芽孢杆菌Jbaci;筛选得到的菌株接种到工业蛋白培养基中,工业蛋白培养基组分为为玉米粉6.5%、豆粕4%、麸皮5.5%、Na2HPO4·12H2O 0.3%、KH2PO4 0.03%(均为质量分数)。将50mL接入菌株的工业蛋白培养基置于500mL三角瓶中进行摇瓶发酵,30℃,200rpm,每隔6~12hr取一次样,将样品进行离心,5000g,2min,取上清进行淀粉酶酶活的测定,酶活的测定利用国标方法GB/T 82752009进行,测定结果为:在0-36h的发酵培养期间,发酵液中的酶活呈线性上升趋势。在发酵培养36h时,酶活达到峰值12465U/ml。继续发酵培养,酶活有所下降,在发酵培养36h时,酶活为11827U/ml。因此,利用本发明的启动子Pholin构建的质粒在地衣芽孢杆菌中表达淀粉酶,得到的淀粉酶摇瓶酶活>10000U/ml,完全满足工业生产需求。
上述仅为本发明的部分优选实施例,本发明并不仅限于实施例的内容。对于本领域中的技术人员来说,在本发明技术方案的构思范围内可以有各种变化和更改,所作的任何变化和更改,均在本发明保护范围之内。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国科学院上海高等研究院
<120> 一种表达外源基因的启动子及其应用
<130> 2017
<160> 8
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 242
<212> DNA
<213> 人工序列
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accttttgac agtcttaatc ccccttgata taatgttctc tgtaaactgc gtccggtaaa 180
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aa 242
<210> 2
<211> 242
<212> DNA
<213> Φ105噬菌体
<400> 2
agaactaatt agtagcgctt tccaatggag gcgctttttt atttgggtag ttgcatacca 60
ctaaagatgt tcaggtgcac atgagcattg gaggaaagga acgctttagg gggaagggaa 120
acctttaaac agtcttaatc ccccttgatt ttatgttctc tgtaaactgc gtccggtaaa 180
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ga 242
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<212> DNA
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<212> DNA
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<211> 6545
<212> DNA
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gtttatgaac tctattcagg aattgtcaga taggcctaat gactggcttt tataatatga 5580
gataatgccg actgtacttt ttacagtcgg ttttctaatg tcactaacct gccccgttag 5640
ttgaagaagg tttttatatt acagctccag atctaggtga agatcctttt tgataatctc 5700
atgaccaaaa tcccttaacg tgagttttcg ttccactgag cgtcagaccc cgtagaaaag 5760
atcaaaggat cttcttgaga tccttttttt ctgcgcgtaa tctgctgctt gcaaacaaaa 5820
aaaccaccgc taccagcggt ggtttgtttg ccggatcaag agctaccaac tctttttccg 5880
aaggtaactg gcttcagcag agcgcagata ccaaatactg ttcttctagt gtagccgtag 5940
ttaggccacc acttcaagaa ctctgtagca ccgcctacat acctcgctct gctaatcctg 6000
ttaccagtgg ctgctgccag tggcgataag tcgtgtctta ccgggttgga ctcaagacga 6060
tagttaccgg ataaggcgca gcggtcgggc tgaacggggg gttcgtgcac acagcccagc 6120
ttggagcgaa cgacctacac cgaactgaga tacctacagc gtgagctatg agaaagcgcc 6180
acgcttcccg aagggagaaa ggcggacagg tatccggtaa gcggcagggt cggaacagga 6240
gagcgcacga gggagcttcc agggggaaac gcctggtatc tttatagtcc tgtcgggttt 6300
cgccacctct gacttgagcg tcgatttttg tgatgctcgt caggggggcg gagcctatgg 6360
aaaaacgcca gcaacgcggc ctttttacgg ttcctggcct tttgctggcc ttttgctcac 6420
atgttctttc ctgcgttatc ccctgattct gtggataacc gtattaccgc ctttgagtga 6480
gctgataccg ctcgccgcag ccgaacgacc gagcgcagcg agtcagtgag cgaggaagcg 6540
gaaga 6545
<210> 6
<211> 2006
<212> DNA
<213> 地衣芽孢杆菌
<400> 6
aatataggga aaatggtact tgttaaaaat tcggaatatt tatacaatat catatgtttc 60
acattgaaag gggaggagaa tcatgaaaca acaaaaacgg ctttacgccc gattgctgac 120
gctgttattt gcgctcatct tcttgctgcc tcattctgca gcagcggcgg caaatcttaa 180
tgggacgctg atgcagtatt ttgaatggta cacgcccaat gacggccaac attggaagcg 240
tttgcaaaac gactcggcat atttggctga acacggtatt actgccgtct ggattccccc 300
ggcatataag ggaacgagcc aagcggatgt gggctacggt gcttacgacc tttatgattt 360
aggggagttt catcaaaaag ggacggttcg gacaaagtac ggcacaaaag gagagctgca 420
atctgcgatc aaaagtcttc attcccgcga cattaacgtt tacggggatg tggtcatcaa 480
ccacaaaggc ggcgctgatg cgaccgaaga tgtaaccgcg gttgaagtcg atcccgctga 540
ccgcaaccgc gtaatttccg gagaatacct aattaaagcc tggacacatt ttcattttcc 600
ggggcgcggc agcacataca gcgattttaa atggcattgg taccattttg acggaaccga 660
ttgggacgag tcccgaaagc tgaaccgcat ctataagttt caaggaaagg cttgggattg 720
ggaagtttcc agtgaaaacg gcaactatga ttatttgatg tatgccgaca tcgattatga 780
ccatcctgat gtcgtagcag aaattaagag atggggcact tggtatgcca atgagctcca 840
attggacggt ttccgtcttg atgctgtcaa acacattaaa ttttcttttt tgcgggattg 900
ggttaatcat gtcagggaaa aaacggggaa ggaaatgttt acggtagctg aatattggca 960
gaatgacttg ggcgcgctgg aaaactattt gaacaaaaca aattttaatc attcagtgtt 1020
tgacgtgccg cttcattatc agttccatgc tgcatcgaca cagggaggcg gctatgatat 1080
gaggaaattg ctgaacggta cggtcgtttc caagcatccg ttgaaatcgg ttacatttgt 1140
cgataaccat gatacacagc cggggcagtc gcttgagtcg actgtccaaa catggtttaa 1200
gccgcttgct tacgctttta ttctcacaag ggaatctgga taccctcagg ttttctacgg 1260
ggatatgtac gggacgaaag gagactccca gcgcgaaatt cctgccttga aacacaaaat 1320
tgaaccgatc ttaaaagcga gaaaacagta tgcgtacgga gcacagcatg attatttcga 1380
ccaccatgac attgtcggct ggacaaggga aggcgacagc tcggttgcaa attcaggttt 1440
ggcggcatta ataacagacg gacccggtgg ggcaaagcga atgtatgtcg gccggcaaaa 1500
cgccggtgag acatggcatg acattaccgg aaaccgttcg gagccggttg tcatcaattc 1560
ggaaggctgg ggagagtttc acgtaaacgg cgggtcggtt tcaatttatg ttcaaagata 1620
gaagagcaga gaggacggat ttcctgaagg aaatccgttt ttttattttg cccgtcttat 1680
aaatttcttt gattacattt tataattaat tttaacaaag tgtcatcagc cctcaggaag 1740
gacttgctga cagtttgaat cgcataggta aggcggggat gaaatggcaa cgttatctga 1800
tgtagcaaag aaagcaaatg tgtcgaaaat gacggtatcg cgggtgatcc actagttcta 1860
gagcggcccg ataagcttga tattccgcat tcgcaatgcc taccattgaa gcgatttctg 1920
cgatcgatcg ttctgaatga gcaagcaaat cgaccgcttt ctcaatcctt ttctgcagga 1980
tgtattctgc cggcgagacg cctttg 2006
<210> 7
<211> 55
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
aaaacgacgg ccagtgaatt catctatctt tgaacataaa ttgaaaccga cccgc 55
<210> 8
<211> 66
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
gggggcagtt tagaacccgg gtaacaagga ggaataaaaa atgaaacaac aaaaacggct 60
ttacgc 66

Claims (6)

1.一种表达外源基因的启动子,其特征在于,该启动子的核苷酸序列选自以下其中一种:
(1)如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或与其反向互补的核苷酸序列;
(2)对SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列进行一个或多个碱基的取代、缺失或添加修饰且具有相同启动子功能的核苷酸序列;
(3)与SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列具有90%以上同源性且具有相同启动子功能的核苷酸序列。
2.权利要求1所述的启动子在构建重组蛋白表达质粒中的应用。
3.权利要求1所述的启动子在构建微生物生产菌株中的应用。
4.如权利要求3所述的启动子在构建微生物生产菌株中的应用,其特征在于:所述微生物为芽孢杆菌。
5.如权利要求4所述的启动子在构建微生物生产菌株中的应用,其特征在于:所述芽孢杆菌选自枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、解链淀粉芽孢杆菌。
6.包括权利要求1所述启动子的质粒,该质粒的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示。
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