CN106715427A

CN106715427A - 利用取代的吡咯并嘧啶化合物、其组合物治疗癌症的方法

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Publication number: CN106715427A
Application number: CN201580049809.6A
Authority: CN
Inventors: 丹·朱; 约翰·博伊兰; 徐水蟾; 詹尼弗·里格斯; 施弢; 安德鲁·维尔姆泽; 大卫·米科伦; 戈达法雷德·德亚纳特-亚兹迪
Original assignee: Signal Pharmaceuticals LLC
Current assignee: Signal Pharmaceuticals LLC
Priority date: 2014-07-14
Filing date: 2015-07-13
Publication date: 2017-05-24
Also published as: EP3169686A1; US20160008365A1; EA201790189A1; WO2016010886A1; AU2015289929A1; US9623028B2; KR20170024120A; JP2017520603A; EP3169686A4; US20170173024A1; CA2955009A1

Abstract

本文提供了用于治疗或预防癌症，尤其是实体瘤和血液癌症的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的式(I)的化合物。

Description

利用取代的吡咯并嘧啶化合物、其组合物治疗癌症的方法

本申请要求于2014年7月14日提交的第62/024,158号美国临时申请案的权益，其全部内容以引用方式并入本文。

技术领域

本文提供了用于治疗或预防癌症，尤其是如本文所述的实体瘤和血液癌症的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的吡咯并嘧啶化合物。本文还提供了可以在所述方法中使用的吡咯并嘧啶化合物。

背景技术

癌症的特征主要为来自给定正常组织的异常细胞数量增加，邻近组织被这些异常细胞侵袭，或通过淋巴或血液传播将恶性细胞扩散至局部淋巴结和更远的部位(转移)。临床数据和分子生物学研究表明癌症为多步骤过程，始于较小的肿瘤发生前变化，在特定条件下进展为瘤形成。肿瘤病变可能以无性繁殖方式发展并且侵袭、生长、转移和异质性能力提高，尤其是在肿瘤细胞逃逸宿主免疫监视的条件下(Roitt,I.,Brostoff,J和Kale,D.,Immunology,17.1-17.12(第3版,Mosby,St.Louis,Mo.,1993))。

癌症是全世界死亡的主要原因，在2012年导致820万例死亡。预计在未来二十年内，年度癌症病例将从2012年的1400万增加到2200万(参见2014年6月10日检索的癌症事实表N°297，世界卫生组织，2014年2月(Cancer Fact sheet N°297,World HealthOrganization,2014年2月,2014年6月10日检索，和Globocan 2012,IARC)。

用于癌症治疗的当前的药物是高毒性的，并且通常是非特异性的。当前的抗癌治疗策略通常集中在快速增殖的细胞，其可以缩小原发性和转移性肿瘤，但是这种作用通常是短暂的，并且大多数转移性癌症的肿瘤复发频繁发生。失败的一个可能的原因是癌症干细胞的存在。与肿瘤内的大多数细胞不同，癌症干细胞对明确定义的化学疗法有抗性，并且在治疗后，它们可通过其基本静止性质的干细胞样行为及其药物转运蛋白的丰富表达使肿瘤中的所有细胞类型再生。

有很多种类的肿瘤，在医学文献中进行了详细描述。由于总人口老龄化、新癌症形成和易感人群(例如感染了AIDS或过度暴露于阳光下的人群)增多，癌症的发病率持续攀升。然而，对于癌症治疗的选择是有限的。因此对可用于治疗患有癌症的患者的方法和组合物存在着巨大需求。

发明概述

本文提供了可以用于本文提供的方法中的吡咯并嘧啶化合物。

本文提供了治疗癌症，尤其是实体瘤或血液癌症的方法。本文提供的吡咯并嘧啶化合物可以在用于治疗或预防癌症，尤其是实体瘤或血液癌症的方法中使用。所述方法包括向有需要的受试者给予有效量的吡咯并嘧啶化合物。本文提供了用于预防癌症转移的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的如本文所提供的吡咯并嘧啶化合物。本文提供的吡咯并嘧啶化合物可以在用于预防癌症转移的方法中使用。此外，本文提供了消除受试者中的癌症干细胞的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的如本文所提供的吡咯并嘧啶化合物。本文提供的吡咯并嘧啶化合物可以在消除受试者中的癌症干细胞的方法中使用。还提供了在受试者中诱导癌症干细胞分化的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的如本文所提供的吡咯并嘧啶化合物。本文提供的吡咯并嘧啶化合物可以用于在受试者中诱导癌症干细胞分化的方法中。在另一个方面中，提供了在受试者中诱导癌症干细胞死亡的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的如本文所提供的吡咯并嘧啶化合物。本文提供的吡咯并嘧啶化合物可以用于在受试者中诱导癌症干细胞死亡的方法中。在又一个方面中，本文提供了用于治疗或预防癌症，尤其是实体瘤或血液癌症的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性，以及任选地抑制CAMKK2激酶活性的化合物。抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性，以及任选地抑制CAMKK2激酶活性的化合物可以在用于治疗或预防癌症，尤其是实体瘤或血液癌症的方法中使用。还提供了用于治疗或预防与涉及TTK、CLK1和CLK2及其突变体或同种型的途径相关的癌症的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性，以及任选地抑制CAMKK2激酶活性的化合物。抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性，和任选地抑制CAMKK2激酶活性的化合物可以在用于治疗或预防与涉及TTK、CLK1和CLK2及其突变体或同种型的途径相关的癌症的方法中使用。

抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性，以及任选地抑制CAMKK2激酶活性的化合物是如本文所提供的吡咯并嘧啶化合物。

用于本文公开的方法中的化合物是如本文所述，例如在表A中描述的吡咯并嘧啶化合物，或其可药用盐、互变异构体、立体异构体、对映异构体或同位素体(isotopologue)。

可以通过参考详细描述和实施例更充分的理解本发明的实施方式，该详细描述和实施例旨在例示非限制性的实施方式。

附图说明

图1：吡咯并嘧啶化合物在多种实体瘤中显示抗增殖活性，所述实体瘤即膀胱癌、乳腺癌、中枢神经系统癌症、结肠癌、内分泌癌、女性泌尿生殖器癌症、头颈癌、肾癌、肝癌、肺癌、胰腺癌、前列腺癌、皮肤癌和软组织癌(以图1中的化合物38为范例)。

图2：吡咯并嘧啶化合物在多种血液癌症中显示抗增殖活性，所述血液癌症即各种淋巴瘤(ST486、CRO-AP2、Faji、MHH-PREB-1、BC-1、DOHH-2、DB、SR、RamosRA1、Daudi、HT、EB-3、SKO-007)和白血病MOLT-16、BV-173、J-RT3-T3-5、Jurkat、NALM-6、MX1、ARH-77、CML-T1、CCRF-CEM、MV-4-11、EM-2、MOLT-3、CEM-C1、HEL-92-1-7、MEG-01、K-562、THP-1)/骨髓瘤(RPMI-8226、U266B1)(在图2中以化合物38为例)。

图3：吡咯并嘧啶化合物证明了针对几种间充质GBM CSC(8311、32612、81611)的效力，IC₅₀在1-2μM的范围内。该数据表明以化合物38为范例的吡咯并嘧啶化合物对源自前神经亚型GBM患者的两个GBM CSC球模型(52810和1912)特别有效，IC₅₀在50-190nM范围内。

图4：吡咯并嘧啶化合物(例如，化合物38)对GBM-CSC分化的诱导显示在图4中(左图：DMSO，右图：化合物38)。缩写：DMSO＝二甲基亚砜；Oct4＝八聚体结合转录因子4；Tuj1＝微管蛋白β3；DAPI＝4',6-二脒基-2-苯基吲哚。在化合物施用前允许8311GBM CSC和HUAEC细胞共培养1天。在3天的化合物或模拟/DMSO处理后，固定细胞并通过间接免疫荧光监测Oct4和Tuj1的表达。吡咯并嘧啶化合物(以化合物38为例)在HUAEC共培养模型的情况下诱导GBM CSC的分化。

发明详述

定义

“烷基”是具有1至10个碳原子，通常1至8个碳，或在一些实施方式中1至6、1至4或2至6或2至4个碳原子的饱和的、部分饱和的或不饱和的直链或支链非环状烃。代表性的烷基包括-甲基、-乙基、-正丙基、-正丁基、-正戊基和-正己基；而饱和支链烷基包括-异丙基、-仲丁基、-异丁基、-叔丁基、-异戊基、-新戊基、叔戊基、2-甲基戊基、3-甲基戊基、4-甲基戊基、2,3-二甲基丁基等。不饱和烷基的实例尤其包括但不限于，乙烯基、烯丙基、-CH＝CH(CH₃)、-CH＝C(CH₃)₂、-C(CH₃)＝CH₂、-C(CH₃)＝CH(CH₃)、-C(CH₂CH₃)＝CH₂、-C≡CH、-C≡C(CH₃)、-C≡C(CH₂CH₃)、-CH₂C≡CH、-CH₂C≡C(CH₃)和-CH₂C≡C(CH₂CH₃)。烷基可以是取代的或未取代的。当本文所述的烷基描述为“取代的”时，其可以被任何取代基或多个取代基取代，所述任何取代基或多个取代基如本文公开的示例性化合物和实施方式中存在的那些，以及卤素(氯、碘、溴或氟)、烷基、羟基、烷氧基、烷氧基烷基、氨基、烷基氨基、羧基、硝基、氰基、巯基、硫醚、亚胺、酰亚胺、脒、胍、烯胺、氨基羰基、酰基氨基、膦酸基、膦、硫羰基、亚磺酰基、砜、磺酰胺、酮、醛、酯、脲、尿烷、肟、羟胺、烷氧基胺、芳烷氧基胺、N-氧化物、肼、酰肼、腙、叠氮化物、异氰酸酯、异硫氰酸酯、氰酸酯、硫氰酸酯、B(OH)₂或O(烷基)氨基羰基。

“环烷基”是具有单环或多个稠环或桥环的3至10个碳原子的饱和的或部分饱和的环状烷基，其可以任选地被1至3个烷基取代。在一些实施方式中，环烷基具有3至8个环成员，而在其他实施方式中，环碳原子的数量为3至5、3至6或3至7个。以举例的方式，这样的环烷基包括单环结构，如环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基、环辛基、1-甲基环丙基、2-甲基环戊基、2-甲基环辛基等，或多环或桥环结构，如1-双环[1.1.1]戊基、双环[2.1.1]己基、双环[2.2.1]庚基、双环[2.2.2]辛基、金刚烷基等。不饱和环烷基的实例尤其包括环己烯基、环戊烯基、环己二烯基、丁二烯基、戊二烯基、己二烯基。环烷基可以是取代的或未取代的。以举例的方式，这样的取代的环烷基包括环己醇等。

“芳基”是具有单环(例如，苯基)或多个稠环(例如，萘基或蒽基)的6至14个碳原子的芳族碳环基团。在一些实施方式中，芳基在基团的环部分中包含6-14个碳，在其他实施方式中包含6至12或甚至6至10个碳原子。具体的芳基包括苯基、联苯基、萘基等。芳基可以是取代的或未取代的。术语“芳基”还包括含有稠环的基团，如稠合的芳族-脂族环系统(例如，茚满基、四氢萘基等)。

“杂芳基”是在杂芳族环系统中具有一至四个杂原子作为环原子的芳基环系统，其中剩余的原子为碳原子。在一些实施方式中，杂芳基在基团的环部分中包含3至6个环原子，在其他实施方式中包含6至9或甚至6至10个原子。适合的杂原子包括氧、硫和氮。在某些实施方式中，杂芳基环系统为单环的或二环的。非限定性实例包括但不限于，以下基团，如吡咯基、吡唑基、咪唑基、三唑基、四唑基、噁唑基、异噁唑基、苯并异噁唑基(例如，苯并[d]异噁唑基)、噻唑基、吡咯基、哒嗪基、嘧啶基、吡嗪基、噻吩基、苯并噻吩基、呋喃基、苯并呋喃基、吲哚基(例如，吲哚基-2-酮基或异吲哚啉-1-酮基)、氮杂吲哚基(吡咯并吡啶基或1H-吡咯并[2,3-b]吡啶基)、吲唑基、苯并咪唑基(例如，1H-苯并[d]咪唑基)、咪唑并吡啶基(例如，氮杂苯并咪唑基或1H-咪唑并[4,5-b]吡啶基)、吡唑并吡啶基、三唑并吡啶基、苯并三唑基(例如，1H-苯并[d][1,2,3]三唑基)、苯并噁唑基(例如，苯并[d]噁唑基)、苯并噻唑基、苯并噻二唑基、异噁唑并吡啶基、硫萘基、嘌呤基、黄嘌呤基、腺嘌呤基、鸟嘌呤基、喹啉基、异喹啉基(例如，3,4-二氢异喹啉-1(2H)-酮基)、四氢喹啉基、喹喔啉基和喹唑啉基。

“杂环基”为其中一至四个环碳原子独立地被来自O、S和N组成的群组中的杂原子替代的芳族(也称为杂芳基)或非芳族环烷基。在一些实施方式中，杂环基包括3至10个环成员，而其他这样的基团具有3至5个、3至6个或3至8个环成员。杂环基还可以在任意环原子处(即，在杂环的任何碳原子或杂原子处)结合到其他基团。杂环烷基可以是取代的或未取代的。杂环基包括不饱和的、部分饱和的和饱和的环系统，例如，咪唑基、咪唑啉基和咪唑烷基(例如，咪唑烷-4-酮或咪唑烷-2,4-二酮基)。术语杂环基包括稠环种类，包括包含稠合芳族和非芳族基团的那些，例如，1-和2-氨基四氢化萘、苯并三唑基(例如，1H-苯并[d][1,2,3]三唑基)、苯并咪唑基(例如，1H-苯并[d]咪唑基)、2,3-二氢苯并[l,4]二氧杂环己烯基和苯并[l,3]二氧杂环戊烯基。术语还包括含有杂原子的桥接多环环系统，例如但不限于，喹咛基。杂环基的代表性实例包括但不限于，氮杂环丙烷基、氮杂环丁烷基、氮杂环庚基、氧杂环丁基、吡咯烷基、咪唑烷基(例如，咪唑烷-4-酮基或咪唑烷-2,4-二酮基)、吡唑烷基、噻唑烷基、四氢噻吩基、四氢呋喃基、二氧杂环戊烯基、呋喃基、噻吩基、吡咯基、吡咯啉基、咪唑基、咪唑啉基、吡唑基、吡唑啉基、三唑基、四唑基、噁唑基、异噁唑基、苯并异噁唑基(例如，苯并[d]异噁唑基)、噻唑基、噻唑啉基、异噻唑基、噻二唑基、噁二唑基、哌啶基、哌嗪基(例如，哌嗪-2-酮基)、吗啉基、硫代吗啉基、四氢吡喃基(例如，四氢-2H-吡喃基)、四氢硫代吡喃基、氧硫杂环已基、二氧杂环己烷基、二噻烷基、吡喃基、吡啶基、嘧啶基、哒嗪基、吡嗪基、三嗪基、二氢吡啶基、二氢二硫杂环己烯基(dihydrodithiinyl)、二氢二硫杂环己基(dihydrodithionyl)、1,4-二氧杂螺[4.5]癸烷基、高哌嗪基、喹咛基、吲哚基(例如，吲哚基-2-酮基或异吲哚啉-1-酮基)、吲哚啉基、异吲哚基、异吲哚啉基、氮杂吲哚基(吡咯并吡啶基或1H-吡咯并[2,3-b]吡啶基)、吲唑基、吲哚嗪基、苯并三唑基(例如，1H-苯并[d][1,2,3]三唑基)、苯并咪唑基(例如，1H-苯并[d]咪唑基或1H-苯并[d]咪唑-2(3H)-酮基)、苯并呋喃基、苯并噻吩基、苯并噻唑基、苯并噁二唑基、苯并噁嗪基、苯并二硫杂环己烯基、苯并氧硫杂环己烯基、苯并噻嗪基、苯并噁唑基(即，苯并[d]噁唑基)、苯并噻唑基、苯并噻二唑基、苯并[l,3]二氧杂环戊烯基、吡唑并吡啶基(例如，1H-吡唑并[3,4-b]吡啶基、1H-吡唑并[4,3-b]吡啶基)、咪唑并吡啶基(例如，氮杂苯并咪唑基或1H-咪唑并[4,5-b]吡啶基)、三唑并吡啶基、异噁唑并吡啶基、嘌呤基、黄嘌呤基、腺嘌呤基、鸟嘌呤基、喹啉基、异喹啉基(例如，3,4-二氢异喹啉-1(2H)-酮基)、喹嗪基、喹喔啉基、喹唑啉基、噌啉基、酞嗪基、萘啶基、蝶啶基、硫萘基、二氢苯并噻嗪基、二氢苯并呋喃基、吲哚啉基、二氢苯并二氧杂环己烯基、四氢吲哚基、四氢吲唑基、四氢苯并咪唑基、四氢苯并三唑基、四氢吡咯并吡啶基、四氢吡唑并吡啶基、四氢咪唑并吡啶基、四氢三唑并吡啶基、四氢嘧啶-2(1H)-酮和四氢喹啉基。代表性的非芳族杂环基不包括包含稠合芳族基团的稠环种类。非芳族杂环基的实例包括氮杂环丙烷基、氮杂环丁烷基、氮杂环庚基、吡咯烷基、咪唑烷基(例如，咪唑烷-4-酮基或咪唑烷-2,4-二酮基)、吡唑烷基、噻唑烷基、四氢噻吩基、四氢呋喃基、哌啶基、哌嗪基(例如，哌嗪-2-酮基)、吗啉基、硫代吗啉基、四氢吡喃基(例如，四氢-2H-吡喃基)、四氢噻喃基、氧硫杂环已基、二噻烷基、1,4-二氧杂螺[4.5]癸烷基、高哌嗪基、喹咛基或四氢嘧啶-2(1H)-酮。代表性的取代的杂环基可以是单取代的或多次取代的，例如但不限于，被各种取代基如以下列举的那些2-、3-、4-、5-或6-取代的或二取代的吡啶基或吗啉基。

“环烷基烷基”是式-烷基-环烷基的基团，其中烷基和环烷基如上所定义。取代的环烷基烷基可以在基团的烷基、环烷基或烷基和环烷基两者部分处被取代。代表性的环烷基烷基包括但不限于，甲基环丙基、甲基环丁基、甲基环戊基、甲基环己基、乙基环丙基、乙基环丁基、乙基环戊基、乙基环己基、丙基环戊基、丙基环己基等。

“芳烷基”是式-烷基-芳基的基团，其中烷基和芳基如上所定义。取代的芳烷基可以在基团的烷基、芳基或烷基或芳基两者部分处被取代。代表性的芳烷基包括但不限于苄基和苯乙基和稠合(环烷基芳基)烷基，如4-乙基-茚满基。

“杂环基烷基”是式-烷基-杂环基的基团，其中烷基和杂环基如上所定义。取代的杂环基烷基可以在基团的烷基、杂环基或烷基和杂环基两者部分处被取代。代表性的杂环基烷基包括但不限于，4-乙基-吗啉基、4-丙基吗啉基、呋喃-2-基甲基、呋喃-3-基甲基、吡啶-3-基甲基、四氢呋喃-2-基乙基和吲哚-2-基丙基。

“卤素”为氯、碘、溴或氟。

“羟烷基”为被一个或多个羟基取代的如上所述的烷基。

“烷氧基”为-O-(烷基)，其中烷基如上所定义。

“烷氧基烷基”为-(烷基)-O-(烷基)，其中烷基如上所定义。

“胺”基为式-NH₂的基团。

“羟胺”基为式-N(R^#)OH或-NHOH的基团，其中R^#为取代或未取代的烷基、环烷基、芳基、芳烷基、杂环基或如本文所定义的杂环基。

“烷氧基胺”基为式-N(R^#)O-烷基或-NHO-烷基的基团，其中R^#如上所定义。

“芳烷氧基胺”基为式-N(R^#)O-芳基或-NHO-芳基的基团，其中R^#如上所定义。

“烷基胺”基为式-NH-烷基或-N(烷基)₂的基团，其中每个烷基独立地如上所定义。

“氨基羰基”为式-C(＝O)N(R^#)₂、-C(＝O)NH(R^#)或-C(＝O)NH₂的基团，其中每个R^#如上所定义。

“酰基氨基”为式-NHC(＝O)(R^#)或-N(烷基)C(＝O)(R^#)的基团，其中每个烷基和R^#独立地如上所定义。

“O(烷基)氨基羰基”为式-O(烷基)C(＝O)N(R^#)₂、-O(烷基)C(＝O)NH(R^#)或-O(烷基)C(＝O)NH₂的基团，其中每个R^#独立地如上所定义。

“N-氧化物”基团为式-N⁺-O^-的基团。

“羧基”为式-C(＝O)OH的基团。

“酮”基为式-C(＝O)(R^#)的基团，其中R^#如上所定义。

“醛”基为式-CH(＝O)的基团。

“酯”基为式-C(＝O)O(R^#)或-OC(＝O)(R^#)的基团，其中R^#如上所定义。

“脲”基为式-N(烷基)C(＝O)N(R^#)₂、-N(烷基)C(＝O)NH(R^#)、-N(烷基)C(＝O)NH₂、-NHC(＝O)N(R^#)₂、-NHC(＝O)NH(R^#)或-NHC(＝O)NH₂ ^#的基团，其中每个烷基和R^#独立地如上所定义。

“亚胺”基为式-N＝C(R^#)₂或-C(R^#)＝N(R^#)的基团，其中每个R^#独立地如上所定义。

“酰亚胺”基为式-C(＝O)N(R#)C(＝O)(R^#)或-N((C＝O)(R^#))₂的基团，其中每个R^#独立地如上所定义。

“氨基甲酸酯”基为式-OC(＝O)N(R^#)₂、-OC(＝O)NH(R^#)、-N(R^#)C(＝O)O(R^#)或-NHC(＝O)O(R^#)的基团，其中每个R^#独立地如上所定义。

“脒”基为式-C(＝N(R^#))N(R^#)₂、-C(＝N(R^#))NH(R^#)、-C(＝N(R^#))NH₂、-C(＝NH)N(R^#)₂、-C(＝NH)NH(R^#)、-C(＝NH)NH₂、-N＝C(R^#)N(R^#)₂、-N＝C(R^#)NH(R^#)、-N＝C(R^#)NH₂、-N(R^#)C(R^#)＝N(R^#)、-NHC(R^#)＝N(R^#)、-N(R^#)C(R^#)＝NH或-NHC(R^#)＝NH的基团，其中每个R^#独立地如上所定义。

“胍”基为式-N(R^#)C(＝N(R^#))N(R^#)₂、-NHC(＝N(R^#))N(R^#)₂、-N(R^#)C(＝NH)N(R^#)₂、-N(R^#)C(＝N(R^#))NH(R^#)、-N(R^#)C(＝N(R^#))NH₂、-NHC(＝NH)N(R^#)₂、-NHC(＝N(R^#))NH(R^#)、-NHC(＝N(R^#))NH₂、-NHC(＝NH)NH(R^#)、-NHC(＝NH)NH₂、-N＝C(N(R^#)₂)₂、-N＝C(NH(R^#))₂或-N＝C(NH₂)₂的基团，其中每个R^#独立地如上所定义。

“烯胺”基为式-N(R^#)C(R^#)＝C(R^#)₂、-NHC(R^#)＝C(R^#)₂、-C(N(R^#)₂)＝C(R^#)₂、-C(NH(R^#))＝C(R^#)₂、-C(NH₂)＝C(R^#)₂、-C(R^#)＝C(R^#)(N(R^#)₂)、-C(R^#)＝C(R^#)(NH(R^#))或-C(R^#)＝C(R^#)(NH₂)的基团，其中每个R^#独立地如上所定义。

“肟”基为式-C(＝NO(R^#))(R^#)、-C(＝NOH)(R^#)、-CH(＝NO(R^#))或-CH(＝NOH)的基团，其中每个R^#独立地如上所定义。

“酰肼”基为式-C(＝O)N(R^#)N(R^#)₂、-C(＝O)NHN(R^#)₂、-C(＝O)N(R^#)NH(R^#)、-C(＝O)N(R^#)NH₂、-C(＝O)NHNH(R^#)₂或-C(＝O)NHNH₂的基团，其中每个R^#独立地如上所定义。

“肼”基为式-N(R^#)N(R^#)₂、-NHN(R^#)₂、-N(R^#)NH(R^#)、-N(R^#)NH₂、-NHNH(R^#)₂或-NHNH₂的基团，其中每个R^#独立地如上所定义。

“腙”基为式-C(＝N-N(R^#)₂)(R^#)₂、-C(＝N-NH(R^#))(R^#)₂、-C(＝N-NH₂)(R^#)₂、-N(R^#)(N＝C(R^#)₂)或-NH(N＝C(R^#)₂)的基团，其中每个R^#独立地如上所定义。

“叠氮”基为式-N₃的基团。

“异氰酸酯”基为式-N＝C＝O的基团。

“异硫氰酸酯”基为式-N＝C＝S的基团。

“氰酸酯”基为式-OCN的基团。

“硫氰酸酯”基为式-SCN的基团。

“硫醚”基为式-S(R^#)的基团，其中R^#如上所定义。

“硫羰基”为式-C(＝S)(R^#)的基团，其中R^#如上所定义。

“亚磺酰基”为式-S(＝O)(R^#)的基团，其中R^#如上所定义。

“砜”基为式-S(＝O)₂(R^#)的基团，其中R^#如上所定义。

“磺酰基氨基”为式-NHSO₂(R^#)或-N(烷基)SO₂(R^#)的基团，其中每个烷基和R^#如上所定义。

“磺酰胺”基为式-S(＝O)₂N(R^#)₂或-S(＝O)₂NH(R^#)或-S(＝O)₂NH₂的基团，其中每个R^#独立地如上所定义。

“膦酸酯”基为式-P(＝O)(O(R^#))₂、-P(＝O)(OH)₂、-OP(＝O)(O(R^#))(R^#)或-OP(＝O)(OH)(R^#)的基团，其中每个R^#独立地如上所定义。

“膦”基为式-P(R^#)₂的基团，其中每个R^#独立地如上所定义。

当本文所述的基团除烷基之外被描述为“取代的”时，它们可以被任何合适的取代基或多个取代基取代。取代基的说明性的实例是见于本文公开的示例性化合物和实施方式的那些，以及卤素(氯、碘、溴或氟)；烷基；羟基；烷氧基；烷氧基烷基；氨基；烷基氨基；羧基；硝基；氰基；巯基；硫醚；亚胺；酰亚胺；脒；胍；烯胺；氨基羰基；酰基氨基；膦酸酯；膦；硫羰基；亚磺酰基；砜；磺酰胺；酮；醛；酯；脲；氨基甲酸酯；肟；羟胺；烷氧基胺；芳烷氧基胺；N-氧化物；肼；酰肼；腙；叠氮化物；异氰酸酯；异硫氰酸酯；氰酸酯；硫氰酸酯；氧(═O)；B(OH)₂、O(烷基)氨基羰基；环烷基，其可以是单环或稠合或非稠合多环(例如，环丙基、环丁基、环戊基或环己基)或杂环基，其可以是单环或稠合或非稠合多环(例如，吡咯烷基、哌啶基、哌嗪基、吗啉基或噻嗪基)；单环或稠合或非稠合多环芳基或杂芳基(例如，苯基、萘基、吡咯基、吲哚基、呋喃基、噻吩基、咪唑基、噁唑基、异噁唑基、噻唑基、三唑基、四唑基、吡唑基、吡啶基、喹啉基、异喹啉基、吖啶基、吡嗪基、哒嗪基、嘧啶基、苯并咪唑基、苯并噻吩基或苯并呋喃基)；芳氧基；芳烷基氧基；杂环基氧基；和杂环基烷氧基。

如本文所使用的，术语“吡咯并嘧啶化合物”是指式(I)的化合物，以及本文提供的另外的实施方式。在一种实施方式中，“吡咯并嘧啶化合物”是表1所述的化合物。术语“吡咯并嘧啶化合物”包括本文提供的化合物的可药用盐、互变异构体、立体异构体、对映异构体和同位素体。

如本文所使用，术语“可药用盐(或多种盐)”是指由药学上可接受的无毒酸或碱，包括无机酸和碱以及有机酸和碱制备的盐。式(I)的化合物的适合的药学上可接受的碱加成盐包括但不限于铝、钙、锂、镁、钾、钠和锌由制备的金属盐或由赖氨酸、N,N’-二苄基乙二胺、氯普鲁卡因、胆碱、二乙醇胺、乙二胺、葡甲胺(N-甲基葡糖胺)和普鲁卡因制备的有机盐。适合的无毒酸包括但不限于，无机和有机酸，如乙酸、藻酸、邻氨基苯甲酸、苯磺酸、苯甲酸、樟脑磺酸、柠檬酸、乙烯磺酸、甲酸、富马酸、糠酸、半乳糖醛酸、葡糖酸、葡糖醛酸、谷氨酸、乙醇酸、氢溴酸、盐酸、羟乙基磺酸、乳酸、马来酸、苹果酸、扁桃酸、甲磺酸、粘酸、硝酸、扑酸、泛酸、苯乙酸、磷酸、丙酸、水杨酸、硬脂酸、琥珀酸、磺胺酸、硫酸、酒石酸和对甲苯磺酸。具体的无毒酸包括盐酸、氢溴酸、马来酸、磷酸、硫酸和甲磺酸。具体的盐的实例包括盐酸和甲磺酸盐。其他是本领域熟知的，参见例如，Remington’s Pharmaceutical Sciences,第18版,Mack Publishing,Easton PA(1990)或Remington:The Science and Practice ofPharmacy,第19版,Mack Publishing,Easton PA(1995)。

如本文所使用并且除非另外指出，术语“立体异构体”或“立体异构纯”是指吡咯并嘧啶化合物的一种立体异构体，其基本上不含该化合物的其他立体异构体。例如，具有一个手性中心的立体异构纯的化合物将基本上不含基本上不含该化合物的相反的对映异构体。具有两个手性中心的立体异构纯的化合物将基本上不含该化合物的其他非对映异构体。典型的立体异构纯的化合物包含大于约80重量％的该化合物的一种立体异构体和小于约20重量％的该化合物的其他立体异构体，大于约90重量％的该化合物的一种立体异构体和小于约10重量％的该化合物的其他立体异构体，大于约95重量％的该化合物的一种立体异构体和小于约5重量％的该化合物的其他立体异构体或大于约97重量％的该化合物的一种立体异构体和小于约3重量％的该化合物的其他立体异构体。吡咯并嘧啶化合物可以具有手性中心并且可以作为外消旋体、单个对映异构体或非对映异构体及其混合物存在。所有这样的异构形式均包括在本文公开的实施方式内，包括其混合物。

这样的吡咯并嘧啶化合物的立体异构纯形式的用途，以及那些形式的混合物的用途包括在本文公开的实施方式中。例如，包含等量或不等量的特定吡咯并嘧啶化合物的对映异构体的混合物可以用于本文公开的方法和组合物中。这些异构体可以不对称合成或使用标准技术如手性柱或手性拆分剂来拆分。参见例如，Jacques,J.,等人,Enantiomers,Racemates and Resolutions(Wiley-Interscience,New York,1981)；Wilen,S.H.,等人,Tetrahedron 33:2725(1977)；Eliel,E.L.,Stereochemistry of Carbon Compounds(McGraw-Hill,NY,1962)；和Wilen,S.H.,Tables of Resolving Agents and OpticalResolutions p.268(E.L.Eliel,Ed.,Univ.of Notre Dame Press,Notre Dame,IN,1972)。

还应注意，吡咯并嘧啶化合物可以包括E和Z异构体或其混合物，以及顺式和反式异构体或其混合物。在某些实施方式中，将吡咯并嘧啶化合物分离为E或Z异构体。在其他实施方式中，吡咯并嘧啶化合物是E和Z异构体的混合物。

“互变异构体”是指化合物的相互平衡的异构形式。异构形式的浓度将取决于化合物所处的环境并且可以根据例如化合物是固体还是有机或水溶液而不同的。例如，在水溶液中，吡唑可以显示以下异构形式，其称为彼此的互变异构体：

如本领域技术人员容易地理解的，各种官能团和其他结构可以显示互变异构性，并且式(I)的化合物的所有互变异构体在本发明的范围内。

还应注意，吡咯并嘧啶化合物可以在一个或多个原子处包含非天然比例的原子同位素。例如，化合物可以用放射性同位素标记，所述放射性同位素例如氚(³H)、碘-125(¹²⁵I)、硫-35(³⁵S)或碳-14(¹⁴C)或可以同位素富集例如氘(²H)、碳-13(¹³C)或氮-15(¹⁵N)。如本文所使用，“同位素体”是同位素富集的化合物。术语“同位素富集”是指原子的同位素组成不同于该原子的天然同位素组成。“同位素富集”还可以指含有至少一个这样的原子的化合物，所述原子的同位素组成不同于该原子的天然同位素组成。术语“同位素组成”是指给定原子存在的每种同位素的量。放射性标记和同位素富集的化合物用作治疗剂，例如乳腺癌治疗剂；研究试剂，例如结合分析试剂；和诊断剂，例如体内造影剂。本文所述的吡咯并嘧啶化合物的所有同位素变体，无论有放射性与否，均意在包括在本文提供的实施方式的范围内。在一些实施方式中，提供了吡咯并嘧啶化合物的同位素体，例如，同位素体为氘、碳-13或氮-15富集的吡咯并嘧啶化合物。

应注意，如果在描绘的结构与该结构的名称之间存在矛盾，则更多以描绘的结构为准。

如本文所使用的“治疗”是指完全或部分减轻障碍、疾病或病症或一种或多种与所述障碍、疾病或病症相关的症状，或减缓或阻止那些症状的进一步进展或恶化，或减轻或消除障碍、疾病或病症自身的病因(多种病因)。在一种实施方式中，所述障碍为癌症，尤其是实体瘤或血液癌症。在一些实施方式中，“治疗”是指完全或部分减轻癌症或与癌症相关的症状，或减缓或阻止那些症状的进一步进展或恶化，所述癌症尤其是实体瘤或血液癌症。

如本文所使用的“预防”是指完全或部分延迟和/或阻止癌症，尤其是实体瘤或血液癌症的发作、复发或扩散；阻止受试者获得癌症，尤其是实体瘤或血液癌症；或降低受试者获得癌症，尤其是实体瘤或血液癌症的方法。

与吡咯并嘧啶化合物相关的术语“有效量”是指能够治疗或预防癌症，尤其是实体瘤或血液癌症或其症状的量，如本文所公开的。吡咯并嘧啶化合物的有效量，例如在药物组合物中的吡咯并嘧啶化合物的有效量，可以在将实现希望效果的水平下；例如，在胃肠外施用的单位剂量中为约0.005mg/kg受试者体重至约100mg/kg患者体重。对本领域技术人员将显而易见的是，预期本文公开的吡咯并嘧啶化合物的有效量可根据所治疗的适应症的严重程度而变化。

如本文所使用的术语“患者”和“受试者”包括动物，包括但不限于动物如牛、猴、马、绵羊、猪、鸡、火鸡、鹌鹑、猫、狗、小鼠、大鼠、兔或豚鼠，在一种实施方式中包括哺乳动物，在另一种实施方式中包括人。在一种实施方式中，受试者是具有癌症，尤其是实体瘤或血液癌症或其症状的人或是处于具有癌症，尤其是实体瘤或血液癌症或其症状的风险的人。在一种实施方式中，患者是具有组织学或细胞学确认的实体瘤或血液癌症的人，包括已经进行(或不能耐受)标准抗癌治疗或不存在标准抗癌治疗的受试者。

如本文所使用，并且除非另有说明，术语“癌症”是指或描述哺乳动物中特征通常在于不受调节的细胞生长的生理状态。癌症的实例包括实体瘤和血液癌症。在一些实施方式中，癌症是原发性癌症，在其他实施方式中，癌症是转移的。

如本文所使用的“实体瘤”包括但不限于膀胱癌(包括但不限于浅表性膀胱癌)、乳腺癌(包括但不限于管腔B型、ER+、PR+和Her2+乳腺癌)、中枢神经系统癌症(包括但不限于多形性成胶质细胞瘤(GBM)、胶质瘤、成神经管细胞瘤和星形细胞瘤)、结肠直肠癌、胃肠癌(包括但不限于胃癌、食道癌和直肠癌)、内分泌癌(包括但不限于甲状腺癌和肾上腺癌)、眼癌(包括但不限于视网膜母细胞瘤)、女性泌尿生殖器癌症(包括但不限于胎盘癌、子宫癌、外阴癌、卵巢癌、宫颈癌)、头颈癌(包括但不限于咽癌、食道癌和舌癌)、肝癌、肺癌(包括但不限于非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、粘液表皮样癌、支气管癌、鳞状细胞癌(SQCC)和间变性/NSCLC)、皮肤癌(包括但不限于黑色素瘤和SQCC)、软组织癌(包括但不限于肉瘤、尤文氏肉瘤和横纹肌肉瘤)、骨癌(包括但不限于肉瘤、尤文氏肉瘤和骨肉瘤)、鳞状细胞癌(包括但不限于肺癌、食道癌、宫颈癌和头颈癌)、胰腺癌、肾癌(包括但不限于肾维尔姆斯瘤和肾细胞癌)和前列腺癌。在一种实施方式中，所述实体瘤不是三阴性乳腺癌(TNBC)。在一些实施方式中，所述实体瘤为乳腺癌、结肠癌、肺癌或膀胱癌。在一个这样的实施方式中，所述实体瘤为浅表性膀胱癌。在另一个这样的实施方式中，实体瘤为肺鳞状细胞癌。在又一个这样的实施方式中，实体瘤为管腔B型乳腺癌。

如本文使用的“血液癌症”包括但不限于白血病(包括但不限于急性淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性髓性白血病(CML)、急性T细胞白血病、B细胞前体白血病、急性早幼粒细胞白血病(APML)、浆细胞白血病、髓单核母细胞/T-ALL、B髓单核细胞白血病、红白血病和急性髓性白血病(AML))、淋巴瘤(包括但不限于霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、伯基特氏淋巴瘤(BL)、B细胞淋巴瘤、淋巴母细胞性淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤(FL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、大细胞免疫母细胞性淋巴瘤)和多发性骨髓瘤。

在癌症的情况下，抑制尤其可以通过抑制疾病进展、抑制肿瘤生长、减少原发性肿瘤、缓解肿瘤相关症状、抑制肿瘤分泌因子(包括肿瘤分泌激素，如导致类癌瘤综合征的那些)、原发性或继发性肿瘤的出现延迟、原发性或继发性肿瘤的发展减缓、原发性或继发性肿瘤的出现减少、疾病的继发性影响的严重性降低或减缓、肿瘤生长停止和肿瘤消退、疾病进展时间(TTP)增加、无进展生存率(PFS)增加、总生存率(OS)增加。如本文所使用的OS是指由于任何病因的从随机化到死亡的时间，并且在意图治疗的群体中测量。如本文所使用的TTP是指从随机化到客观肿瘤进展的时间；TTP不包括死亡。如本文所使用，PFS是指从随机化直到客观肿瘤进展或死亡的时间。在一种实施方式中，PFS率将使用Kaplan-Meier估计值来计算。在极端情况下，完全抑制在本文中称为预防或化学预防。在该情况下，术语“预防”包括完全预防临床上明显的癌症的发作或预防癌症的临床前明显的阶段的发作。该定义还旨在包括预防转化成恶性细胞或阻止或逆转恶化前细胞进展成恶性细胞。这包括预防性治疗处于患上癌症的风险的那些。

在某些实施方式中，淋巴瘤的治疗可以由非霍奇金淋巴瘤(NHL)的国际研讨会标准(IWC)(参见Cheson BD,Pfistner B,Juweid,ME等人.Revised Response Criteria forMalignant Lymphoma.J.Clin.Oncol:2007:(25)579-586)，使用以下显示的反应和终点定义来评估：

缩写：CR，完全缓解；FDG，[¹⁸F]氟脱氧葡萄糖；PET，正电子发射断层摄影术；CT，计算机断层摄影术；PR，部分缓解；SPD，直径乘积总和；SD，稳定疾病；PD，进行性疾病。

缩写：CR：完全缓解；PR：部分缓解

在一种实施方式中，淋巴瘤的终点为临床益处的证据。临床益处可以反应生活质量的改善，或患者症状、输注需求、频繁感染或其他参数减少。到淋巴瘤相关症状的再现或进展的时间可以用于该终点中。

在某些实施方式中，CLL的治疗可以通过CLL的国际研讨会指南(参见Hallek M,Cheson BD,Catovsky D,等人Guidelines for the diagnosis and treatment ofchronic lymphocytic leukemia:a report from the International Workshop onChronic Lymphocytic Leukemia updating the National Cancer Institute-WorkingGroup 1996guidelines.Blood,2008；(111)12:5446-5456)，使用其中显示的反应及终点定义来评估，具体为：

A组标准限定肿瘤负荷；B组标准限定造血系统(或骨髓)的功能。CR(完全缓解)：必须满足所有标准，并且患者必须缺少疾病相关的体质症状s；PR(部分缓解)：必须满足A组的至少两个标准加上B组的一个标准；SD是无进行性疾病(PD)并不能实现至少一种PR；PD：必须满足以上A组或B组的标准中的至少一个。多个淋巴结的乘积之和(通过临床试验中的CT扫描或通过全科诊疗中的体格检查来评价)。这些参数对于一些反应类别是不相关的。

在某些实施方式中，多发性骨髓瘤的治疗可以通过多发性骨髓瘤的国际统一反应标准(IURC)(参见Durie BGM,Harousseau J-L,Miguel JS等人.International uniformresponse criteria for multiple骨髓瘤.Leukemia,2006；(10)10:1-7)，使用以下所示的反应和终点定义来评估：

缩写：CR，完全反应；FLC，游离轻链；PR，部分反应；SD，稳定疾病；sCR，严格完全反应；VGPR，非常好的部分反应；^a所有反应类别均需要在建立任何新治疗之前的任何时间进行的两个连续评估；如果进行了射线照相研究，所有类别也需要无已知的进行性或新的骨病变迹象。不需要以射线照相研究来满足这些反应要求；^b不需要用重复骨髓活检来证实；^c克隆细胞的存在/不存在基于κ/λ比。通过免疫组织化学和/或免疫荧光得到的异常κ/λ比需要最少100个浆细胞用于分析。反映异常克隆的存在的异常比例为κ/λ>4:1或<1:2。^d可测量的疾病由以下测量中的至少一种定义：骨髓浆细胞≥30％；血清M-蛋白≥1g/dl(≥10gm/l)[10g/l]；尿液M-蛋白≥200mg/24h；血清FLC分析：涉及的FLC水平≥10mg/dl(≥100mg/l)；条件是血清FLC比异常。

在某些实施方式中，癌症的治疗可以通过实体瘤反应评价标准(RECIST 1.1)来评估(参见Thereasse P.等人.New Guidelines to Evaluate the Response to Treatmentin Solid Tumors.J.of the National Cancer Institute；2000；(92)205-216和Eisenhauer E.A.,Therasse P.,Bogaerts J.等人.New response evaluation criteriain solid tumours:Revised RECIST guideline(版本1.1).European J.Cancer；2009；(45)228–247)。靶标和非靶标病变中的肿瘤反应与出现或不出现新病变的所有可能组合的总体反应如下：

CR＝完全反应；PR＝部分反应；SD＝稳定疾病；和PD＝进行性疾病。

对于靶标病变的评价，完全反应(CR)是所有靶标病变消失；部分反应(PR)是以基线总最长直径作为参照，靶标病变的最长直径总和至少降低30％；进行性疾病(PD)是以从开始治疗或出现一个或多个新病变以来所记录的最小总最长直径作为参照，靶标病变的最长直径的总和至少增大20％；且稳定疾病(SD)为以从开始治疗以来所记录的最小总最长直径作为参照，既不足以降低至对部分反应合格，也不足以增大至对进行性疾病合格。

对于非靶标病变的评价，完全反应(CR)是所有非靶标病变消失且肿瘤标志物水平正常化；不完全反应/稳定疾病(SD)是一个或多个非靶标病变持续和/或肿瘤标志物水平维持在正常限度以上；进行性疾病(PD)是出现一个或多个新病变和/或现有的非靶标病变明确进展。

以下所述的程序、惯例和定义为实施神经肿瘤学反应评估(RANO)工作组关于高级胶质瘤的反应标准的建议提供指导(Wen P.,Macdonald,DR.,Reardon,DA.等人.Updatedresponse assessment criteria for highgrade gliomas:Response assessment inneuro-oncology working group.J Clin Oncol 2010；28:1963-1972)。针对时间点反应标准(TPR)的RANO标准的主要修改可以包括加入用于限定糖皮质激素剂量变化的操作惯例，并且个体的临床恶化组分的去除集中于目标放射学评估上。基线MRI扫描并定义为在手术后休息期结束时、在重新开始化合物治疗之前进行的评估。基线MRI用作用于评估完全反应(CR)和部分反应(PR)的参考。然而，在基线处或在随后的评估中获得的最小SPD(垂直直径乘积的总和)将命名为最低点评估并用作用于测定进展的参考。在任何方案限定的MRI扫描的前5天，个体不接受糖皮质激素或接受稳定剂量的糖皮质激素。稳定剂量被定义为在MRI扫描之前连续5天的相同每日剂量。如果开具的糖皮质激素剂量在基线扫描前5天内变化，则需要糖皮质激素使用满足上述标准的新的基线扫描。将使用以下定义。

可测量的病变：可测量的病变是可以二维地测量的对比增强病变。测量由最大增强肿瘤直径(也称为最长直径，LD)组成。最大垂直直径在同一影象上测量。二维测量的十字线应交叉且将计算这些直径的乘积。

最小直径：T1-加权影像，其中各部分为5mm，具有1mm空白。可测量的病变的最小LD设置为5mm×5mm。入选和/或命名为靶标病变可以需要更大的直径。在基线后，变得比测量的最低要求更小或变得不再可经受二维测量的靶标病变将在5mm的缺省值下针对5mm以下的每个直径记录。消失的病变将记录为0mm×0mm。

多中心病变：被视为多中心(与连续相对)的病变为其中在两个(或多个)病变之间有正常介入脑组织的病变。对于具有离散的增强病灶的多中心病变，方法为分别测量满足入选标准的每个增强病变。如果在两个(或多个)病变之间没有正常脑组织，则将其视为相同病变。

不可测量的病变：不满足如上定义的可测量的疾病的标准的所有病变，以及所有非增强和其他真正不可测量的病变将被视为不可测量的病变。不可测量的病变包括小于规定的最小直径(即，小于5mm×5mm)的增强的病灶、非增强病变(例如，如在T1加权对比后、T2加权或流体衰减反转恢复(FLAIR)影像上所见的)、出血性或显著囊性或坏死性病变及软脑膜肿瘤。出血性病变通常具有固有T1加权高信号，岂可曲解为增强肿瘤，且出于该原因，可以检查对比前T1加权影像以排除基线或区间亚急性出血。

在基线处，病变将如下分类：靶标病变：高达5个可测量的病变可以选作靶标病变，其各自测量为至少10mm×5mm，代表个体的疾病；非靶标病变：所有其他病变，包括所有不可测量的病变(包括质量效应和T2/FLAIR结果)和未选作靶标病变的任何可测量的病变。在基线处，靶标病变将如可测量的病变的定义中所述进行测量，并且测定所有靶标病变的SPD。所有其他病变的存在将进行证明。在所有治疗后评价下，病变作为靶标和非靶标病变的基线分类将保持，并且病变将以随时间推移一致的方式证明和描述(例如，以源文件和eCRF的相同顺序记录)。所有可测量的和不可测量的病变在研究的持续过程中必须使用与在基线处相同的技术评估(例如，个体应在相同的MRI扫描仪上或至少使用相同的磁强度成像)以降低解释变化的困难。在每次评估时，将测量靶标病变并计算SPD。将分别定性评估非靶标病变并且将证明新病变(如果有的话)。在每次评价时，将针对靶标病变、非靶标病变和新病变测定时间点反应。即使仅评估病变的子集，也可以确定肿瘤进展。然而，除非观察到进展，否则当评估所有病变时才可以测定目标状态(稳定疾病、PR或CR)。

CR和PR的总体时间点反应的证实评估将在下一个定期评估中进行，但如果扫描具有<28天的间隔，则可以不进行确证。最佳反应与证实要求一起将来自该系列时间点。

TTK(也称为Mps1、hMps1或PYT)是具有磷酸化酪氨酸、丝氨酸和苏氨酸的能力的双特异性蛋白激酶。该蛋白质与细胞增殖相关，对于有丝分裂过程中在着丝粒处的染色体对齐是必要的，并且是中心体复制所必需的。已经发现它是用于在有丝分裂期间精确分离染色体的关键有丝分裂检验点蛋白。当这种蛋白质不能降解并产生过量的中心体，导致异常有丝分裂纺锤体时，可能发生肿瘤发生。供选择的剪接导致多个转录物变体。[RefSeq,Nov2009]。TTK对于纺锤体检验点功能是必需的，并且其抑制通过有丝分裂加速细胞进展。TTK还在癌症干细胞存活中起重要作用。

CLK1是双特异性蛋白激酶的CDC2-样(或LAMMER)家族的成员。在细胞核中，编码的蛋白参与前-mRNA加工的富丝氨酸/精氨酸(SR)的蛋白质磷酸化，将其释放到核质中。前mRNA加工期间剪接位点的选择可以通过剪接因子(包括富丝氨酸/精氨酸(SR)的蛋白质)的浓度和定位来调节。因此，编码的蛋白质可以在控制剪接位点选择中起间接作用。已经发现该基因的编码不同同种型的多种转录物变体。[由RefSeq提供，2009年6月]

CLK2是双特异性蛋白激酶的CLK家族的成员。已经显示CLK家族成员与剪接体复合物的富丝氨酸/精氨酸(SR)的蛋白相互作用并使其磷酸化，其是使SR蛋白能够控制RNA剪接的调节机制的一部分。这种蛋白激酶参与几种细胞过程的调节，并且可以充当细胞周期进程、凋亡和端粒长度调节之间的联系[RefSeq，2008年7月]。CLK2的抑制改变蛋白同种型的表达，所述蛋白同种型中许多有助于致癌表型。

CAMKK2属于丝氨酸/苏氨酸特异性蛋白激酶家族，并且属于Ca⁺⁺/钙调蛋白依赖性蛋白激酶亚家族。该蛋白通过磷酸化下游激酶CaMK1和CaMK4在钙/钙调蛋白依赖性(CaM)激酶级联中起作用[RefSeq，2012年7月]。据报道，CAMKK2在肿瘤能量稳态中起作用。

吡咯并嘧啶化合物

本文提供了具有下式(I)的化合物：

及其可药用盐、互变异构体、立体异构体、对映异构体和同位素体，

其中：

R¹为取代或未取代的C_1-8烷基、取代或未取代的C_3-8环烷基、或取代或未取代的非芳族杂环基；

R²为取代或未取代的芳基或取代、或未取代的杂芳基；

R³为取代或未取代的杂环基或取代或未取代的芳基，和

L为NH或O；

条件是当L为NH时，R³不为吡啶基。

本文提供了具有下式(I)的化合物：

其中：

R²为取代或未取代的芳基或取代、或未取代的杂芳基；

R³为取代或未取代的杂环基或取代或未取代的芳基，和

L为NH或O；

条件是

当L为NH或当R²为吡唑基时，R³不为吡啶基；并且

所述化合物不是

N-甲基-N-[反式-3-[[5-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-2-[(1-甲基-1H吡唑-4-基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基]氧基]环丁基]-2-丙烯酰胺；或

N-甲基-N-[反式-3-[[5-(1-甲基-1H-吡唑-3-基)-2-[(1-甲基-1H吡唑-4-基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基]氧基]环丁基]-2-丙烯酰胺。

如本文所述的化合物不是选自以下的化合物：

如本文所述，所述化合物不是

在一种实施方式中，所述化合物不是N-甲基-N-[反式-3-[[5-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-2-[(1-甲基-1H吡唑-4-基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基]氧基]环丁基]-2-丙烯酰胺(也称为N-甲基-N-((1r,3r)-3-((5-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-2-((1-甲基-1H-吡唑-4-基)氨基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基)氧基)环丁基)丙烯酰胺)

或N-甲基-N-[反式-3-[[5-(1-甲基-1H-吡唑-3-基)-2-[(1-甲基-1H吡唑-4-基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基]氧基]环丁基]-2-丙烯酰胺(也称为N-甲基-N-((1r,3r)-3-((5-(1-甲基-1H-吡唑-3-基)-2-((1-甲基-1H-吡唑-4-基)氨基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基)氧基)环丁基)丙烯酰胺)

在又一种实施方式中，所述化合物不是

在一种实施方式中，本文提供了式(I)的化合物，其中L为O。

在式(I)的化合物的一些实施方式中，R¹为取代或未取代的烷基，例如R¹为取代或未取代的甲基、乙基、丙基、异丙基、正丁基、仲丁基、叔丁基、正戊基、仲戊基、叔戊基或2,2-二甲基丙基。在一些实施方式中，R¹为取代或未取代的甲基、乙基、异丙基、仲丁基、叔丁基或2,2-二甲基丙基。在式(I)的一些实施方式中，其中R¹为烷基，所述烷基被一个或多个-OR或-NR₂取代，其中每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基。例如，R¹为-CH₂CH₂OH、-CH₂CH₂OCH₃或-CH₂CH₂NHCH₃。在式(I)的化合物的其他实施方式中，R¹为取代或未取代的C_3-8环烷基，例如，R¹为取代或未取代的环丙基、环丁基、环戊基、环己基或环庚基。在一些这样的实施方式中，环烷基被一个或多个以下基团取代：-CN、卤素、-OR或取代或未取代的C_1-3烷基，其中每个R独立地为–H或取代或未取代的(C_1-4)烷基。例如，在一些实施方式中，环烷基被一个或多个以下基团取代：-CN、-F、-OH或-CH₃。在式(I)的化合物的一些其他实施方式中，R¹为取代或未取代的非芳族杂环基，例如，R¹为取代或未取代的氧杂环丁基、四氢呋喃基、四氢吡喃基或哌啶基。

在式(I)的化合物的一些其他实施方式中，R¹为取代或未取代的C_1-8烷基，

其中

每个R’独立地为-CN、卤素、-OR或C_1-3烷基；

R”为-H或C_1-3烷基；

每个R独立地为–H或取代或未取代的(C_1-4)烷基；和

n为0-2。

在一些这样的实施方式中，R¹为取代或未取代的甲基、乙基、异丙基、仲丁基、叔丁基或2,2-二甲基丙基，

并且R’为-CN、-F、-OH或-CH₃；

R”为-CH₃；

n为0、1或2；和

q为0或1。

本文还提供了式(I)的化合物，其中R²是取代的苯基。在一些这样的实施方式中，R²是被一个或多个以下基团取代的苯基：取代或未取代的C_1-6烷基、卤素、-CN、-OR⁵、-C(＝O)NR⁵ ₂、-C(＝O)(取代或未取代的杂环基)、-C(＝O)(取代或未取代的烷基杂环基)、-NHC(＝O)R⁵、-SO₂NR⁵ ₂或取代或未取代的杂芳基，其中每个R⁵独立地为-H、取代或未取代的烷基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的杂环基或取代或未取代的烷基杂环基。例如，R²为被一个或多个以下基团取代的苯基：-(C_1-3烷基)、-(C_1-3烷基)NR₂、-CF₃、-Cl、-F、-CN、-OCH₃、-OCF₃、-C(＝O)NR₂、-C(＝O)NR(取代或未取代的环烷基)、-C(＝O)NR(CH₂)_0-2CR₂(CH₂)_0-2OR、-C(＝O)NR(CH₂)_0-2CR₂(CH₂)_0-2NR₂、-C(＝O)NR(CH₂)_0-2CR₂(CH₂)_0-2C(＝O)NR₂、-C(＝O)N(取代或未取代的环烷基)(CH₂)_0-2OR、-C(＝O)NR(CH₂)_0-3(取代或未取代的杂环基)、-C(＝O)(CH₂)_0-3(取代或未取代的杂环基)、-C(＝NR)NR₂、-NRC(＝O)R、-SO₂NR₂、-SO₂R或取代或未取代的杂环基，其中每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基。在一些这样的实施方式中，每个R独立地为-H或-CH₃。

在式(I)的化合物的一些实施方式中，R²为被一个或多个以下基团取代的苯基：-CH₃、-CH₂CH₃、-CH₂CH₂CH₃、-CH(CH₃)₂、-CH₂NH₂、-CF₃、-Cl、-F、-CN、-OCH₃、-OCF₃、-C(＝O)NH₂、-C(＝O)NHCH₃、-C(＝O)N(CH₃)₂、-C(＝O)NC(CH₃)₃、-C(＝O)NHCH₂CH₂F、-C(＝O)NHCH₂CHF₂、-C(＝O)NHCH₂CF₃、-C(＝O)NHCH₂CF₂CH₃、-C(＝O)NHCH₂CN、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CN、-C(＝O)NHCH₂CH₂CN、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CN、-C(＝O)NH-环丁基、-C(＝O)NH-(羟基-环丁基)、-C(＝O)NH-环戊基、-C(＝O)NH-(羟基-环戊基)、-C(＝O)NHCH₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)NHCH₂CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)NHCH₂CH(CH₃)OH、-C(＝O)NHCH₂C(CH₃)₂OH、-C(＝O)NHCH(CH₃)CH₂OH、-C(＝O)NHC(CH₃)₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH₂NH₂、-C(＝O)NHCH₂CH₂NH(CH₃)、-C(＝O)NHCH₂CH₂N(CH₃)₂、-C(＝O)NHCH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(CH₃)CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)NHCH₂CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(环丙基)CH₂CH₂OH、-C(＝O)NH-氧杂环丁基、-C(＝O)N(CH₃)-氧杂环丁基、-C(＝O)NH-(甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)NH-氮杂环丁烷基、-C(＝O)NH-(甲基氮杂环丁烷基)、-C(＝O)NH-(1-乙酰基氮杂环丁烷基)、-C(＝O)NH-吡咯烷基、-C(＝O)NH-哌啶基、-C(＝O)NH-四氢呋喃基、-C(＝O)N(CH₃)-四氢呋喃基、-C(＝O)NH-四氢吡喃基、-C(＝O)N(CH₃)-四氢吡喃基、-C(＝O)NHCH₂-氧杂环丁基、-C(＝O)N(CH₃)CH₂-氧杂环丁基、-C(＝O)NHCH₂-(甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)N(CH₃)CH₂-(甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)NHCH₂-四氢呋喃基、-C(＝O)NHCH₂-四氢吡喃基、-C(＝O)NHCH₂-二噁烷基、-C(＝O)氮杂环丙烷基、-C(＝O)(甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)(二甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)(羟基甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)氮杂环丁烷基、-C(＝O)吡咯烷基、-C(＝O)(羟基-吡咯烷基)、-C(＝O)(羟基甲氧基吡咯烷基)、-C(＝O)(二甲氧基吡咯烷基)、-C(＝O)吗啉基、-C(＝O)哌嗪基、-C(＝O)(甲基哌嗪基)、-C(＝O)(羟基-哌啶基)、-C(＝O)(氟哌啶基)、-(C＝O)(甲氧基-哌啶基)、-C(＝NH)NH₂、-NHC(＝O)CH₃、-SO₂NHCH₃、-SO₂CH₃或取代或未取代的吡唑基。在一些其他实施方式中，R²为被一个或多个以下基团取代的苯基：-CH₃、-CH₂CH₃、-CH₂CH₂CH₃、-CH(CH₃)₂、-CH₂NH₂、-CF₃、-Cl,-F、-CN、-OCH₃、-OCF₃、-C(＝O)NH₂、-C(＝O)NHCH₃、-C(＝O)N(CH₃)₂、-C(＝O)NC(CH₃)₃、-C(＝O)NHCH₂CH₂F、-C(＝O)NHCH₂CF₂CH₃、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CN、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CN、-C(＝O)NH-(3-羟基-环丁基)、-C(＝O)NH-环戊基、-C(＝O)NH-(2-羟基环戊基)、-C(＝O)NHCH₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)NHCH₂CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH(CH₃)OH、-C(＝O)NHCH₂C(CH₃)₂OH、-C(＝O)NHCH(CH₃)CH₂OH、-C(＝O)NHC(CH₃)₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH₂NH₂、-C(＝O)NHCH₂CH₂NH(CH₃)、-C(＝O)NHCH₂CH₂N(CH₃)₂、-C(＝O)N(CH₃)CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(环丙基)CH₂CH₂OH、-C(＝O)NH-氧杂环丁基、-C(＝O)N(CH₃)-氧杂环丁基、-C(＝O)NH-(3-甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)NH-(1-甲基氮杂环丁烷基)、-C(＝O)NH-(1-乙酰基氮杂环丁烷基)、-C(＝O)NH-哌啶基、-C(＝O)NH-四氢呋喃基、-C(＝O)NH-四氢吡喃基、-C(＝O)N(CH₃)-四氢吡喃基、-C(＝O)NHCH₂-氧杂环丁基、-C(＝O)N(CH₃)CH₂-(3-甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)NHCH₂-四氢呋喃基、-C(＝O)NHCH₂-四氢吡喃基、-C(＝O)NHCH₂--二噁烷基、-C(＝O)氮杂环丙烷基、-C(＝O)(2-甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)(2,2-二甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)(2-(羟基甲基)氮杂环丙烷基)、-C(＝O)氮杂环丁烷基、-C(＝O)吡咯烷基、-C(＝O)(3-羟基-4-甲氧基吡咯烷基)、-C(＝O)(3,4-二甲氧基吡咯烷基)、-C(＝O)吗啉基、-C(＝O)哌嗪基、-C(＝O)(4-甲基哌嗪基)、-C(＝O)(4-羟基-哌啶基)、-C(＝O)(4,4-二氟哌啶基)、-(C＝O)(4-甲氧基-哌啶基)、-C(＝NH)NH₂、-NHC(＝O)CH₃、-SO₂NHCH₃、-SO₂CH₃或取代或未取代的吡唑基。

在式(I)的化合物的一些实施方式中，R²为取代或未取代的吡唑基、取代或未取代的吡啶基、取代或未取代的吲唑基或取代或未取代的异吲哚啉酮。在一些这样的实施方式中，R²被一个或多个以下基团取代：卤素、取代或未取代的(C_1-4)烷基、-OR、-C(＝O)NR₂或取代或未取代的杂环基，其中每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基。例如，R²为被一个或多个以下基团取代的吡唑基：-Cl、-CH₃、-CH₂CH₃、-CH(CH₃)₂、-CH₂CH₂OCH₃、-CH₂C(CH₃)₂OH或四氢吡喃基。供选择地，R²为被一个或多个以下基团取代的吡啶基：-OCH₃、C(＝O)NHCH₃或四氢吡喃基。在其他实施方式中，R²为被一个或多个-CH₃取代的吲唑基或异吲哚啉酮。

在R²的一些这样的实施方式中，R¹为取代或未取代的C_1-8烷基，

其中

每个R’独立地为-OR或C_1-3烷基；

R”为-H或C_1-3烷基；

每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基；和

n为0-2。

在式(I)的化合物的其他的实施方式中，R³为取代或未取代的杂环基，例如，取代或未取代的吡唑基、噁唑基、异噁唑基、噁二唑基、吡啶基、哒嗪基、嘧啶基、吡嗪基、苯并三唑基、吲唑基、吲哚基、苯并噁唑基、苯并异噁唑基、苯并噻唑基、苯并噁唑酮基、苯并噁二唑基、苯并咪唑基或喹啉基。在一些这样的实施方式中，杂环基被一个或多个选自以下的取代基取代：取代或未取代的(C_1-4)烷基、卤素、-OR、-CN、-NR₂、-C(＝O)NR₂、-NRC(＝O)R或取代或未取代的三唑基，其中每个R独立地为–H或取代或未取代的(C_1-4)烷基。例如，杂环基被一个或多个选自以下的取代基取代：-CH₃、-CH(CH₃)₂、-F、-Cl、-OH、-OCH₃,-OCH₂CH₃、-CN、-NH₂、-NHCH₃、-N(CH₃)₂、-C(＝O)NH(CH₃)、-NHC(＝O)CH₃或取代或未取代的三唑基。在一些这样的实施方式中，吡唑基被一个或多个-CH₃或-Cl取代。在其他这样的实施方式中，吡啶基被一个或多个以下基团取代：-CH₃、-F、-Cl、-OH、-OCH₃、-OCH₂CH₃、-CN、-NH₂、-NHCH₃、-N(CH₃)₂、-C(＝O)NH(CH₃)或-NHC(＝O)CH₃。在其他这样的实施方式中，苯并噁唑基被一个或多个以下基团取代：-CH₃、-CH(CH₃)₂、-F或-OCH₂CH₃。

在式(I)的化合物的其他实施方式中，R³为取代或未取代的芳基、例如，R³为取代或未取代的苯基。在一些这样的实施方式中，苯基被一个或多个选自以下的取代基取代：取代或未取代的C_1-4烷基、卤素、-CN、-OR、-NR₂、-NRSO₂R’、-NR(C＝O)NR₂、-NR(C＝O)R’、-COOR、-(C＝O)NR₂、-C(＝NH)NR₂、-SO₂R’或取代或未取代的杂芳基，其中每个R独立地为–H或取代或未取代的(C_1-4)烷基，并且R’为C_1-3烷基。在又其他的实施方式中，苯基被一个或多个选自以下的取代基取代：-CH₃、-CH₂OH、-CH(OH)CH₃、-C(CH₃)₂OH、-CN、-F、-Cl、-OH、-OCH₃、-NH₂、-N(CH₃)₂、-NHSO₂CH₃、-NH(C＝O)NH₂、-NH(C＝O)CH₃、-COOCH₃、-(C＝O)NHCH₃、-C(＝N)NH₂、-SO₂CH₃、取代或未取代的三唑基、取代或未取代的吡唑基或取代或未取代的咪唑基。

在R³的一些这样的实施方式中，R¹为取代或未取代的C_1-8烷基，

其中

每个R’独立地为-OR或C_1-3烷基；

R”为-H或C_1-3烷基；

每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基；和

n为0-2。

在一些这样的实施方式中，R²为被一个或多个以下基团取代的苯基：-(C_1-3烷基)、-(C_1-3烷基)NR₂、-CF₃、-Cl、-F、-CN、-OCH₃、-OCF₃、-C(＝O)NR₂、-C(＝O)NR(取代或未取代的环烷基)、-C(＝O)NR(CH₂)_0-2CR₂(CH₂)_0-2OR、-C(＝O)NR(CH₂)_0-2CR₂(CH₂)_0-2NR₂、-C(＝O)NR(CH₂)_0-2CR₂(CH₂)_0-2C(＝O)NR₂、-C(＝O)N(取代或未取代的环烷基)(CH₂)_0-2OR、-C(＝O)NR(CH₂)_0-3(取代或未取代的杂环基)、-C(＝O)(CH₂)_0-3(取代或未取代的杂环基)、-C(＝NR)NR₂、-NRC(＝O)R、-SO₂NR₂、-SO₂R或取代或未取代的杂环基，其中每个R独立地为–H或取代或未取代的(C_1-4)烷基。

本文提供的另外的实施方式包括上述的具体实施方式中的一个或多个的组合。

在式(I)的化合物的一些实施方式中，所述化合物选自表A或其可药用盐、互变异构体、立体异构体、对映异构体或同位素体。

在本文所述的分析中测试了表A中所述的吡咯并嘧啶化合物，并发现其作为癌症治疗剂具有活性，尤其是用于如本文所述的实体瘤和血液癌症的治疗。在一些实施方式中，实体瘤为膀胱癌(包括浅表性膀胱癌)、乳腺癌(包括管腔B型、ER+、PR+和Her2+乳腺癌)、中枢神经系统癌症(包括多形性成胶质细胞瘤(GBM)、胶质瘤、成神经管细胞瘤和星形细胞瘤)、结肠直肠癌、胃肠癌(包括胃癌、食道癌和直肠癌)、内分泌癌(包括甲状腺癌和肾上腺癌)、眼癌(包括视网膜母细胞瘤)、女性泌尿生殖器癌症(包括胎盘癌、子宫癌、外阴癌、卵巢癌、宫颈癌)、头颈癌(包括咽癌、食道癌和舌癌)、肝癌、肺癌(包括非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、粘液表皮样癌、支气管癌、鳞状细胞癌(SQCC)和间变性/NSCLC)、皮肤癌(包括黑色素瘤和SQCC)、软组织癌(包括肉瘤、尤文氏肉瘤和横纹肌肉瘤)、骨癌(包括肉瘤、尤文氏肉瘤和骨肉瘤)、鳞状细胞癌(包括肺癌、食道癌、宫颈癌和头颈癌)、胰腺癌、肾癌(包括肾维尔姆斯瘤和肾细胞癌)或前列腺癌。在一些实施方式中，实体瘤为乳腺癌、结肠癌、肺癌或膀胱癌。在一个这样的实施方式中，实体瘤为浅表性膀胱癌。在另一个这样的实施方式中，实体瘤为肺鳞状细胞癌。在又一种实施方式中，实体瘤为管腔B型乳腺癌。

在一些实施方式中，血液癌症为白血病(包括急性淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性髓性白血病(CML)、急性T细胞白血病、B细胞前体白血病、急性早幼粒细胞白血病(APML)、浆细胞白血病、髓单核母细胞/T-ALL、B髓单核细胞白血病、红白血病和急性髓性白血病(AML))、淋巴瘤(包括霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、伯基特氏淋巴瘤(BL)、B细胞淋巴瘤、淋巴母细胞性淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤(FL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)和大细胞免疫母细胞性淋巴瘤)或多发性骨髓瘤。

在一种实施方式中，吡咯并嘧啶化合物是如本文所述的化合物，其中在10μM的浓度下的该化合物抑制癌细胞增殖，例如本文所述的实体瘤或血液癌症细胞增殖至少约50％或更多。

表A.

用于制备吡咯并嘧啶化合物的方法

本文所述的吡咯并嘧啶化合物可以使用常规有机合成和市售起始原料获得。

用于制备式(I)的化合物及其中间体的起始原料有市售或可以使用已知的合成方法和试剂由市售材料制备。

用于制备式(I)的化合物的具体方法公开于2014年1月15日提交的第14/155,485号美国专利申请和2014年1月15日提交的第14/155,498号美国专利申请，将其各自的全部内容以引用方式并入本文。

使用方法

吡咯并嘧啶化合物可以用作治疗、预防或改善动物或人的癌症的药物。因此，本文提供的吡咯并嘧啶化合物可以用于如本文提供的所有方法中。具体地，本文提供的吡咯并嘧啶化合物可以用于治疗、预防或改善本文提供的所有疾病、障碍或病症。因此，本文提供了吡咯并嘧啶化合物的用途，包括治疗或预防以下所述的那些癌症。本文提供的方法包括向有需要的受试者给予有效量的一种或多种吡咯并嘧啶化合物。

在另一个方面中，本文提供了用于治疗或预防癌症的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的如本文所述的吡咯并嘧啶化合物。在一些实施方式中，癌症为实体瘤或血液肿瘤。在一些实施方式中，所述癌症不为三阴性乳腺癌(TNBC)。

在一些实施方式中，所述实体瘤为膀胱癌(包括浅表性膀胱癌)、乳腺癌(包括管腔B型、ER+、PR+和Her2+乳腺癌)、中枢神经系统癌症(包括多形性成胶质细胞瘤(GBM)、胶质瘤、成神经管细胞瘤和星形细胞瘤)、结肠直肠癌、胃肠癌(包括胃癌、食道癌和直肠癌)、内分泌癌(包括甲状腺癌和肾上腺癌)、眼癌(包括视网膜母细胞瘤)、女性泌尿生殖器癌症(包括胎盘癌、子宫癌、外阴癌、卵巢癌、宫颈癌)、头颈癌(包括咽癌、食道癌和舌癌)、肝癌、肺癌(包括非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、粘液表皮样癌、支气管癌、鳞状细胞癌(SQCC)和间变性/NSCLC)、皮肤癌(包括黑色素瘤和SQCC)、软组织癌(包括肉瘤、尤文氏肉瘤和横纹肌肉瘤)、骨癌(包括肉瘤、尤文氏肉瘤和骨肉瘤)、鳞状细胞癌(包括肺癌、食道癌、宫颈癌和头颈癌)、胰腺癌、肾癌(包括肾维尔姆斯瘤和肾细胞癌)或前列腺癌。在一些实施方式中，所述实体瘤为乳腺癌、结肠癌、肺癌或膀胱癌。在一个这样的实施方式中，所述实体瘤为浅表性膀胱癌。在另一个这样的实施方式中，所述实体瘤为肺鳞状细胞癌。在又一种实施方式中，所述实体瘤为管腔B型乳腺癌。

在一些实施方式中，本文提供了用于预防癌症转移的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的如本文所述的吡咯并嘧啶化合物。在一些实施方式中，癌症是转移性癌症，尤其是转移性实体瘤或转移性血液癌症，其中实体瘤和血液癌症如本文所述。在其他实施方式中，本文提供了预防癌症转移的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的如本文所述的吡咯并嘧啶化合物。在又一个方面中，本文提供了消除受试者中的癌症干细胞的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的如本文所述的吡咯并嘧啶化合物。在其他实施方式中，本文提供了在受试者中诱导癌症干细胞分化的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的如本文所述的吡咯并嘧啶化合物。在其他实施方式中，本文提供了在受试者中诱导癌症干细胞死亡的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的如本文所述的吡咯并嘧啶化合物。在一些这样的实施方式中，所述癌症为实体瘤，例如，CNS癌症(例如GBM)或乳腺癌或血液癌症，如白血病。

在另一个方面中，本文提供了用于治疗或预防癌症，尤其是如本文所述的实体瘤或血液肿瘤的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性，和任选地抑制CAMKK2激酶活性的化合物。在一些实施方式中，提供了用于治疗或预防癌症，尤其是如本文所述的实体瘤或血液肿瘤的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性的化合物。在一些实施方式中，在细胞中抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性。在一些实施方式中，在体内抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性。在一些实施方式中，抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性的化合物是如本文所述的吡咯并嘧啶化合物。在另一个方面中，本文提供了用于治疗或预防与涉及TTK、CLK1和CLK2和任选地CAMKK2及其突变体或同种型的途径相关的癌症的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性，以及任选地抑制CAMKK2激酶活性的化合物。在一些实施方式中，与TTK、CLK1和CLK2和任选地CAMKK2途径相关的癌症包括如本文所述的实体瘤或血液肿瘤。在一些实施方式中，在细胞中抑制TTK、CLK1和CLK2，以及任选地抑制CAMKK2途径。在一些实施方式中，在体内抑制TTK、CLK1和CLK2，和任选地抑制CAMKK2途径。在一些实施方式中，抑制TTK、CLK1和CLK2和任选地抑制CAMKK2途径的化合物是如本文所述的吡咯并嘧啶化合物。

在某些实施方式中，本文提供了用于测量患有癌症，例如实体瘤或血液肿瘤的患者中的TTK、CLK1和CLK2激酶活性的抑制和任选地CAMKK2激酶活性的抑制的方法，包括给予所述患者有效量的吡咯并嘧啶化合物，测量在所述患者中的TTK、CLK1和CLK2激酶活性的量，并将TTK、CLK1和CLK2激酶活性的所述量与给予有效量的吡咯并嘧啶化合物之前的所述患者的量进行比较。在某些实施方式中，相对于在给予所述吡咯并嘧啶化合物之前获得的生物样品中的TTK、CLK1和CLK2激酶活性和任选地CAMKK2激酶活性的量，在给予所述吡咯并嘧啶化合物后获得的所述生物样品中的更低的TTK、CLK1和CLK2激酶活性和任选地CAMKK2激酶活性表明抑制。

在一种实施方式中，使用基于放射性的激酶分析测量激酶活性，其测量放射性标记的磷酸部分(例如，³³P标记的磷酸)掺入到底物，例如肽底物。放射性标记的磷酸掺入到底物的水平降低表明激酶活性的抑制。在另一种实施方式中，使用基于时间分辨荧光共振能量转移(TR-FRET)的激酶分析测量激酶活性，其测量由于底物磷酸化，例如肽底物磷酸化的荧光损失(参见例如，Invitrogen Z’-Lyte分析)。荧光水平升高表明激酶活性的抑制。在另一种实施方式中，使用竞争性示踪剂结合分析测量激酶活性(例如，InvitrogenEu结合分析))，其测量由于示踪剂结合(例如，ATP位点结合)而产生的荧光。降低的荧光表明示踪剂结合的位移，其表明激酶活性的抑制。在又一种实施方式中，使用细胞生物标志物分析测量激酶活性，其使用白质印迹、ELISA或Mesoscale测量底物，例如下游底物的磷酸化。降低的底物磷酸化表明激酶活性的抑制。

在一些实施方式中，在患者的生物样品，如循环血细胞或肿瘤或皮肤活检中评估TTK、CLK1和CLK2激酶活性的抑制和任选地CAMKK2激酶活性的抑制。在这样的实施方式中，通过比较在给予患者吡咯并嘧啶化合物之前和之后的磷酸化底物(例如，对于TTK：磷酸-TTK，如p-TTK T686或磷酸化borealin，BubR1，Chk2，c-Abl，p53，Mip1或TACC2；对于CLK2(磷酸-SRp75或磷酸化PP2A调节亚基B56β(PPP2R5B、B'β)或PGC-1α)的量评估激酶活性的抑制的量。在一些这样的实施方式中，相对于在给予所述吡咯并嘧啶化合物之前获得的所述生物样品中的磷酸化TTK底物和磷酸化CLK2底物的量，在给予所述吡咯并嘧啶化合物之后获得的所述生物样品中的更少的磷酸化TTK底物和更少的磷酸化CLK2底物表明抑制。在一些这样的实施方式中，相对于在给予所述吡咯并嘧啶化合物之前获得的所述生物样品中的磷酸-TTK(例如，p-TTK T686)和磷酸-SRp75的量，在给予所述吡咯并嘧啶化合物之后获得的所述生物样品中的更少的磷酸-TTK(例如，p-TTK T686)和磷酸-SRp75表明抑制。

在某些实施方式中，本文提供了用于在患有癌症，尤其是如本文所述的实体瘤或血液肿瘤的患者中抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性，和任选地抑制CAMKK2激酶活性的方法，包括给予所述患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。在一些实施方式中，所述方法另外包括将给予所述吡咯并嘧啶化合物之前和之后获得的患者的生物样品中的TTK、CLK1和CLK2激酶活性的量，和任选地CAMKK2活性的量进行比较，其中相对于在给予所述吡咯并嘧啶化合物之前获得的所述生物样品中的TTK、CLK1和CLK2激酶活性的量，和任选地CAMKK2激酶活性的量，在给予所述吡咯并嘧啶化合物之后获得的所述生物样品中的更少的TTK、CLK1和CLK2激酶活性，以及任选地CAMKK2激酶活性表明抑制。

在一些实施方式中，所述方法另外包括将给予所述吡咯并嘧啶化合物之前和之后获得的患者的生物样品中的磷酸化底物(例如，对于TTK：磷酸-TTK，如p-TTK T686或磷酸化borealin，BubR1，Chk2，c-Abl，p53，Mip1或TACC2；对于CLK2(磷酸-SRp75或磷酸化PP2A调节亚基B56β(PPP2R5B、B'β)或PGC-1^α)的量，其中相对于在给予所述吡咯并嘧啶化合物之前获得的所述生物样品中的磷酸化底物的量，在给予所述吡咯并嘧啶化合物之后获得的所述生物样品中的更少的磷酸化底物表明抑制。在其他实施方式中，所述方法另外包括将给予所述吡咯并嘧啶化合物之前和之后获得的患者的生物样品中的磷酸-TTK(例如，p-TTK T686)和磷酸-SRp75的量进行比较，其中相对于在给予所述吡咯并嘧啶化合物之前获得的所述生物样品中的磷酸-TTK(例如，p-TTK T686)和磷酸-SRp75的量，在给予所述吡咯并嘧啶化合物之后获得的所述生物样品中的更少的磷酸-TTK(例如，p-TTK T686)和磷酸-SRp75表明抑制。

在一些实施方式中，以不大于约20nM的IC₅₀抑制TTK激酶活性。在另一种实施方式中，以约0.01nM至约20nM的IC₅₀抑制TTK激酶活性。在其他实施方式中，以约0.01nM至约100nM的IC₅₀抑制TTK激酶活性。在再其他实施方式中，以约0.01nM至约200nM的IC₅₀抑制TTK激酶活性。在再其他实施方式中，以约0.1nM至约500nM的IC₅₀抑制TTK激酶活性。在一些实施方式中，以不大于约300nM的IC₅₀抑制CLK1激酶活性。在一些实施方式中，以约1nM至约100nM的IC₅₀抑制CLK1激酶活性。在其他实施方式中，以约1nM至约500nM的IC₅₀抑制CLK1激酶活性。在再其他实施方式中，以约1nM至约1000nM的IC₅₀抑制CLK1激酶活性。在一些实施方式中，以不大于约10nM的IC₅₀抑制CLK2激酶活性。在另一种实施方式中，以约0.01nM至约20nM的IC₅₀抑制CLK2激酶活性。在其他实施方式中，以约0.01nM至约100nM的IC₅₀抑制CLK2激酶活性。在又其他实施方式中，以约0.01nM至约200nM的IC₅₀抑制CLK2激酶活性。在再其他实施方式中，以约0.1nM至约500nM的IC₅₀抑制CLK2激酶活性。在一些实施方式中，以不大于约1000nM的IC₅₀抑制CAMKK2激酶活性。在另一种实施方式中，以约1nM至约500nM的IC₅₀抑制CAMKK2激酶活性。在其他实施方式中，以约1nM至约1000nM的IC₅₀抑制CAMKK2激酶活性。在又其他实施方式中，以约1nM至约2000nM的IC₅₀抑制CAMKK2激酶活性。在再其他实施方式中，以约1nM至约5000nM的IC₅₀抑制CAMKK2激酶活性。

在一种实施方式中，本文提供了用于在患者中实现完全反应、部分反应或稳定疾病的实体瘤反应评价标准(例如，RECIST 1.1)的方法，包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的实体瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。在另一种实施方式中，本文提供了提高无进展生存率的方法，如Kaplan-Meier估计值确定的。

在一种实施方式中，本文提供了用于预防或延迟患者的进行性疾病的实体瘤反应评价标准(例如，RECIST 1.1)的方法，包括给予患有如本文所述的实体瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。在一种实施方式中，进行性疾病的预防或延迟的特征为靶病变的的总体尺寸与治疗前相比改变，例如-30％至+20％，或通过靶病变的的总体尺寸与治疗前相比改变，例如-30％至+20％来实现。在另一种实施方式中，靶病变的尺寸改变为总体尺寸与治疗前相比降低大于30％，例如，靶病变尺寸降低大于50％。在另一种实施方式中，预防的特征为非靶病变的进展与治疗前相比尺寸降低或进展延迟或由此实现。在一种实施方式中，预防通过靶病变的数量与治疗前相比降低来实现或以此为特征。在另一种实施方式中，预防通过非靶病变的数量或质量与治疗前相比降低来实现或以此为特征。在一种实施方式中，预防通过靶病变与治疗前相比缺少或消失来实现或以此为特征。在另一种实施方式中，预防通过非靶病变与治疗前相比缺少或消失来实现或以此为特征。在另一种实施方式中，预防通过与治疗前相比预防新病变来实现或以此为特征。在又一种实施方式中，预防通过与治疗前相比预防疾病进展的临床症状或症状(如癌症相关的恶病质或疼痛增加)来实现或以此为特征。

在某些实施方式中，本文提供了用于降低与治疗前相比患者的靶病变的尺寸的方法，包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的实体瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。

在某些实施方式中，本文提供了用于降低与治疗前相比患者的非靶病变的尺寸的方法，包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的实体瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。

在某些实施方式中，本文提供了用于实现与治疗前相比患者的靶病变的数量降低的方法，包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的实体瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。

在某些实施方式中，本文提供了用于实现与治疗前相比患者的非靶病变的数量降低的方法，包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的实体瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。

在某些实施方式中，本文提供了用于实现患者的所有靶病变均不存在的方法，包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的实体瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。

在某些实施方式中，本文提供了用于实现患者的所有非靶病变均不存在的方法，包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的实体瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。

在某些实施方式中，本文提供了用于治疗癌症，尤其是如本文所述的实体瘤的方法，所述方法包括给予患有癌症，尤其是实体瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物，其中所述治疗产生通过实体瘤反应评价标准(例如，RECIST 1.1)确定的完全反应、部分反应或稳定疾病。

在某些实施方式中，本文提供了用于治疗癌症，尤其是如本文所述的实体瘤的方法，所述方法包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的实体瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物，其中所述治疗与治疗前相比导致靶病变尺寸降低、非靶病变尺寸降低和/或新的靶和/或非靶病变不存在。

在某些实施方式中，本文提供了用于治疗癌症，尤其是如本文所述的实体瘤的方法，所述方法包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的实体瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物，其中所述治疗导致临床进展的阻止或延迟，如癌症相关的恶病质或疼痛增加的阻止或延迟。

在另一种实施方式中，本文提供了用于诱导患者的以NHL的国际研讨会标准(IWC)表征的治疗反应的方法(参见Cheson BD,Pfistner B,Juweid,ME等人.Revised ResponseCriteria for Malignant Lymphoma.J.Clin.Oncol:2007:(25)579-586)，包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的血液癌症如淋巴瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。在另一种实施方式中，本文提供了用于在患者中实现由NHL的国际研讨会标准(IWC)确定的完全消退、部分消退或稳定疾病的的方法，包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的血液癌症如淋巴瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。在另一种实施方式中，本文提供了用于实现患者的由NHL的国际研讨会标准(IWC)确定的总生存率、无进展生存率、无事件生存率、到进展的时间、无疾病生存率或无淋巴瘤生存率的提高的方法，包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的血液癌症如淋巴瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。

在另一种实施方式中，本文提供了用于诱导患者的由多发性骨髓瘤的国际统一反应标准(IURC)评估的治疗反应的方法(参见Durie BGM,Harousseau J-L,Miguel JS等人.International uniform response criteria for multiple myeloma.Leukemia,2006；(10)10:1-7)包括给予患有癌症，尤其是多发性骨髓瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。在另一种实施方式中，本文提供了用于实现患者的由多发性骨髓瘤的国际统一反应标准(IURC)确定的严格完全反应、完全反应或非常好的部分反应的方法，包括给予患有癌症，尤其是多发性骨髓瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。在另一种实施方式中，本文提供了用于实现患者的总生存率、无进展生存率、无事件生存率、到进展的时间或无疾病生存率提高的方法，包括给予患有癌症，尤其是多发性骨髓瘤的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。

在另一种实施方式中，本文提供了用于诱导患者的由GBM的神经肿瘤反应评估(RANO)工作组评估的治疗反应的方法(参见Wen P.,Macdonald,DR.,Reardon,DA.等人.Updated response assessment criteria for highgradegliomas:Responseassessment in neuro-oncology working group.J.Clin.Oncol.2010；28:1963-1972)，包括给予患有癌症，尤其是多形性成胶质细胞瘤(GBM)的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。在一种实施方式中，RANO将用于建立相对于GBM类型中的功效可评价的受试者从第1天起6个月无进展的受试者的比例。

在另一种实施方式中，本文提供了用于改善患者的东部合作肿瘤组体能状态(ECOG)的方法，包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的实体瘤或血液癌症的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。

在另一种实施方式中，本文提供了用于诱导患者的由正电子发射断层摄影术(PET)结果评估的治疗反应的方法，包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的实体瘤或血液癌症的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物。在某些实施方式中，本文提供了用于治疗癌症，尤其是如本文所述的实体瘤或血液癌症的方法，所述方法包括给予患有癌症，尤其是如本文所述的实体瘤或血液癌症的患者有效量的吡咯并嘧啶化合物，其中所述治疗导致例如通过PET成像测量的肿瘤代谢活性的降低。

在本文所述的方法的一些实施方式中，吡咯并嘧啶化合物是如本文所述的化合物。在一种实施方式中，吡咯并嘧啶化合物是式(I)的化合物。在另一种实施方式中，吡咯并嘧啶化合物是来自表A的化合物。在一种实施方式中，吡咯并嘧啶化合物是本文所述的具有分子式C₂₆H₂₄N₆O₄的吡咯并嘧啶化合物。在另一种实施方式中，吡咯并嘧啶化合物是本文所述的具有分子式C₂₆H₂₆N₆O₄的吡咯并嘧啶化合物。在再一种实施方式中，吡咯并嘧啶化合物是本文所述的具有分子式C₂₆H₂₇N₅O₄的吡咯并嘧啶化合物。在再一种实施方式中，吡咯并嘧啶化合物是本文所述的具有分子式C₂₈H₂₈N₆O₄的吡咯并嘧啶化合物。在又一种实施方式中，吡咯并嘧啶化合物是本文所述的具有分子式C₂₈H₃₀N₆O₄的吡咯并嘧啶化合物。在另一种实施方式中，吡咯并嘧啶化合物是本文所述的具有分子式C₂₉H₃₀N₆O₅的吡咯并嘧啶化合物。在一种实施方式中，吡咯并嘧啶化合物是4-((4-(环戊基氧基)-5-(4-羟基苯基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-2-基)氨基)-3-甲氧基-N-甲基苯甲酰胺(化合物3)。在另一种实施方式中，吡咯并嘧啶化合物是4-((4-环丙氧基-5-(2-甲基苯并[d]噁唑-6-基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-2-基)氨基)-3-甲氧基-N-甲基苯甲酰胺(化合物152)。在再一种实施方式中，吡咯并嘧啶是4-((4-异丙氧基-5-(2-甲基苯并[d]噁唑-6-基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-2-基)氨基)-3-甲氧基-N-甲基苯甲酰胺(化合物125)。在又一种实施方式中，吡咯并嘧啶是4-((4-(环戊基氧基)-5-(2-甲基苯并[d]噁唑-6-基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-2-基)氨基)-3-甲氧基-N-甲基苯甲酰胺(化合物38)。在另一种实施方式中，吡咯并嘧啶是4-((4-(环戊基氧基)-5-(4-(甲基氨基甲酰基)苯基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-2-基)氨基)-3-甲氧基-N-甲基苯甲酰胺(化合物79)。在又一种实施方式中，吡咯并嘧啶是4-((4-(环戊基氧基)-5-(2-甲基苯并[d]噁唑-6-基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-2-基)氨基)-N-(2-羟基乙基)-3-甲氧基苯甲酰胺(化合物101)。

本文另外提供了用于治疗之前已接受癌症治疗，尤其是如本文所述的实体瘤或血液癌症治疗的患者以及之前未经治疗的患者的方法。由于患有癌症的患者具有异质的临床表现和不同的临床结果，因此给予患者的治疗可以根据他/她的预后而变化。熟练的临床医生将能够容易地在没有过度实验的情况下确定能够用于治疗患有癌症的个别患者的具体的第二药剂、手术类型和基于非药物标准的治疗。

药物组合物和给予途径

吡咯并嘧啶化合物可以可以以常规制剂形式肠胃外给予受试者，所述常规制剂形式如注射剂、混悬剂、溶液剂和乳剂。可以用于提供吡咯并嘧啶化合物的静脉内制剂的适合的溶媒是本领域技术人员熟知的。实例包括但不限于：注射用水USP；水性溶媒，例如但不限于氯化钠注射液、林格氏注射液、葡萄糖注射液、葡萄糖和氯化钠注射液和乳酸林格氏注射液；水混溶性溶媒，例如但不限于乙醇、聚乙二醇和聚丙二醇；和非水性溶媒，例如但不限于玉米油、棉籽油、花生油、芝麻油、油酸乙酯、肉豆蔻酸异丙酯和苯甲酸苄酯。静脉内制剂可以通过用这样的合适的液体溶媒重新配制吡咯并嘧啶化合物来制备。可以通过用适当体积的液体溶媒重新配制适量的吡咯并嘧啶化合物来获得静脉内制剂的期望浓度。静脉内制剂的期望浓度向需要该静脉内制剂的患者提供治疗有效量的吡咯并嘧啶化合物，并在患者中维持吡咯并嘧啶化合物的治疗有效水平。治疗有效的剂量将取决于静脉内制剂递送给患者的速率和静脉内制剂的浓度。

药物组合物中吡咯并嘧啶化合物的有效量可以在将实现期望效果的水平下；例如，在用于胃肠外给予的单位剂量中为约0.005mg/kg受试者体重至约100mg/kg受试者体重。

待给予受试者的吡咯并嘧啶化合物的剂量相当广泛地可变并且可以依照卫生保健从业者判断。一般地，吡咯并嘧啶化合物可以约0.005mg/kg受试者体重至约10mg/kg受试者体重的剂量一周一至七次、每两周一次、每三周一次或每四周一次给予患者，但是以上剂量可以根据受试者的年龄、体重和医学病症和给予类型而适当变化。在一种实施方式中，剂量为约0.01mg/kg受试者体重至约5mg/kg受试者体重、约0.05mg/kg患者体重至约1mg/kg受试者体重、约0.1mg/kg受试者体重至约0.75mg/kg受试者体重或约0.25mg/kg受试者体重至约0.5mg/kg受试者体重。在一种实施方式中，每周给予一个剂量。在其他实施方式中，一个剂量每周给予两次、三次或四次。在又其他实施方式中，一个剂量每两周、每三周或每四周给予。在任何给定的情况下，给予的吡咯并嘧啶化合物的量将取决于诸如活性组分的溶解度、使用的制剂和给予途径等因素。

在另一种实施方式中，本文提供了用于治疗或预防疾病或障碍的方法，包括向有需要的受试者给予约0.375mg/剂量至约750mg/剂量、约0.75mg/剂量至约375mg/剂量、约3.75mg/剂量至约75mg/剂量、约7.5mg/剂量至约55mg/剂量或约18mg/剂量至约37mg/剂量的吡咯并嘧啶化合物。

在另一种实施方式中，本文提供了用于治疗或预防疾病或障碍的方法，包括向有需要的受试者给予约1mg/剂量至约1200mg/剂量、约10mg/剂量至约1200mg/剂量、约100mg/剂量至约1200mg/剂量、约400mg/剂量至约1200mg/剂量、约600mg/剂量至约1200mg/剂量、约400mg/剂量至约800mg/剂量或约600mg/剂量至约800mg/剂量的吡咯并嘧啶化合物。在一个具体的实施方式中，本文公开的方法包括向有需要的受试者给予400mg/剂量、600mg/剂量或800mg/剂量的吡咯并嘧啶化合物。

在另一种实施方式中，本文提供了单位剂量制剂，其包含约1mg至200mg、约35mg至约1400mg、约125mg至约1000mg、约250mg至约1000mg或约500mg至约1000mg的吡咯并嘧啶化合物。

在一个具体的实施方式中，本文提供了包含约100mg或400mg的吡咯并嘧啶化合物的单位剂量制剂。

在另一种实施方式中，本文提供了单位剂量制剂，其包含1mg、5mg、10mg、15mg、20mg、30mg、35mg、50mg、70mg、100mg、125mg、140mg、175mg、200mg、250mg、280mg、350mg、500mg、560mg、700mg、750mg、1000mg或1400mg的吡咯并嘧啶化合物。

吡咯并嘧啶化合物可以每天给予一次、两次、三次、四次或更多次。在一种具体的实施方式中，600mg或更低的剂量作为每日一次的剂量给予，并且多于600mg的剂量以等于总日剂量的一半的量每天给予两次。

在另一种实施方式中，本文提供了包含有效量的吡咯并嘧啶化合物和药学上可接受的载体或溶媒的组合物，其中药学上可接受的载体或溶媒可以包括赋形剂、稀释剂或其混合物。在一种实施方式中，组合物为药物组合物。

组合物可以是溶液、肠胃外溶液和混悬剂等的形式。组合物可以经配制而在剂量单位中含有单次剂量或单次剂量的适宜部分，所述剂量单位可以是单个小瓶或胶囊或适宜体积的液体。在一种实施方式中，溶液由水溶性盐如盐酸盐来制备。一般地，所有组合物均根据药物化学中的已知方法制备。

吡咯并嘧啶化合物的作用可以通过适当的制剂而延迟或延长。肠胃外制剂也可以通过将吡咯并嘧啶化合物溶解或悬浮在允许其缓慢分散于血清中的油性或乳化的溶媒中制备成长效的。

实施例

以下实施例是通过说明而不是限制的方式提供的。

酶分析

CLK1激酶分析.使用基于荧光共振能量转移的激酶分析试剂盒-Ser/Thr 09(Invitrogen,Carlsbad,CA,目录号PV3324)测定CLK1激酶活性抑制的IC₅₀值。以每孔10μl的反应体积在384孔板中进行反应，每孔包含CLK1酶(16.2-128ng)，25μM三磷酸腺苷(ATP)，50mM 4-(2-羟基乙基)-1-哌嗪乙磺酸(HEPES)中的2μMSer/Thr 9肽底物，pH 7.5，0.01％Brij-35，10mM氯化镁(MgCl₂)，具有连续3倍稀释的测试化合物的1mM乙二醇四乙酸(EGTA)缓冲液。孵育1小时后，加入5μL显影剂A(1:256稀释)，并且计算荧光比。使用来自IDBS的XLfit将剂量-反应曲线拟合成S形剂量-反应模型。IC₅₀值测定为导致50％的剩余酶活性的化合物的浓度。在表B和表C中示出了某些吡咯并嘧啶化合物的结果。

CLK2激酶分析.使用基于荧光共振能量转移的激酶分析试剂盒-Ser/Thr 6肽(Invitrogen,Carlsbad,CA,目录号PV3179)测定CLK2激酶活性抑制的IC₅₀值。以每孔10μl的反应体积在384孔板中进行反应，每孔包含CLK2酶(0.97-11.5ng)，25μM ATP，50mMHEPES中的2μMSer/Thr 6肽底物，pH 7.5，0.01％Brij-35，10mM MgCl₂，具有连续3倍稀释的测试化合物的1mM EGTA缓冲液。孵育1小时后，加入5μL显影剂A(1:2048稀释)，并且计算荧光比。使用来自IDBS的XLfit将剂量-反应曲线拟合成S形剂量-反应模型。IC₅₀值测定为导致50％的剩余酶活性的化合物的浓度。在表B和表C中示出了某些吡咯并嘧啶化合物的结果。

TTK激酶分析.使用Eu激酶结合分析(Invitrogen,Carlsbad,CA目录号)测定TTK激酶活性抑制的IC₅₀值。以每孔16μl的反应体积在384孔板中进行反应，每孔包含5nM TTK酶、30nM示踪剂236(Invitrogen PV5592)和在50mM HEPES pH 7.5中的2nMEu-抗-GST抗体，0.01％BRIJ-35，10mM MgCl₂，具有连续3倍稀释的测试化合物的1mM EGTA缓冲液。反应在室温下孵育1小时，然后在荧光读板器上读板(激发340nM，激酶示踪剂236发射：665nM，LanthaScreen^TM Eu-抗-标签抗体：发射615nM)。TR-FRET比计算为受体信号强度(665nM)除以供体信号强度(615nM)。使用来自IDBS的XLfit将剂量-反应曲线拟合成S形剂量-反应模型。IC₅₀值测定为导致50％的置换的示踪剂236(ATP竞争性抑制剂)的化合物的浓度。在表B和表C中示出了某些吡咯并嘧啶化合物的结果。

CAMKK2激酶分析.使用Eu激酶结合分析(Invitrogen,Carlsbad,CA)测定CAMKK2激酶活性抑制的IC₅₀值。以每孔16μl的反应体积在384孔板中进行反应，每孔包含5nM CAMKK2酶、10nM激酶示踪剂236和在50mM HEPES pH 7.5中的2nMEu-抗-GST抗体，0.01％BRIJ-35，10mM MgCl₂，具有连续3倍稀释的测试化合物的1mMEGTA缓冲液。反应在室温下孵育1小时，然后在荧光读板器上读板(激发340nM，激酶示踪剂236发射：665nM，LanthaScreen^TM Eu-抗-标签抗体：发射615nM)。TR-FRET比计算为受体信号强度(665nM)除以供体信号强度(615nM)。使用来自IDBS的XLfit将剂量-反应曲线拟合成S形剂量-反应模型。IC₅₀值测定为导致50％的置换的示踪剂236(ATP竞争性抑制剂)的化合物的浓度。

供选择的CAMKK2激酶分析.将CAMKK2酶与以下混合：在反应缓冲液中的1μM Ca²⁺-钙调蛋白和10μM髓鞘碱性蛋白(MBP)底物；20mM 4-(2-羟基乙基)-1-哌嗪乙磺酸(HEPES)，10mM氯化镁(MgCl₂)，1mM乙二醇四乙酸(EGTA)，0.02％Brij35，0.02mg/ml牛血清白蛋白(BSA)，0.1mM原钒酸钠，2mM二硫苏糖醇(DTT)，1％二甲基亚砜(DMSO)，pH 7.5。将化合物递送到反应中，20分钟后加入ATP(Sigma)和³³P ATP(PerkinElmer)的混合物至10μM的终浓度。在25℃下进行反应120分钟，接着将反应点样到P81离子交换滤纸(Whatman)上。通过在0.75％磷酸中大量洗涤去除未结合的磷酸。在扣除源自包含无活性的酶的对照反应的背景后，将激酶活性数据表示为与DMSO溶媒反应相比的测试样品中的剩余的激酶活性百分比。使用Prism(GraphPad Software)获得IC₅₀值和曲线拟合。在表C中示出了某些吡咯并嘧啶化合物的结果。

表B.吡咯并嘧啶化合物对TTK、CLK1和CLK2激酶活性的抑制(3μM下的抑制％)

表C.吡咯并嘧啶化合物对TTK、CLK1、CLK2和CAMKK2激酶活性的抑制

结论.表B和表C示出了如本文所述的吡咯并嘧啶化合物抑制TTK、CLK1和CLK2的激酶活性。在一些实施方式中，吡咯并嘧啶化合物还抑制CAMKK2的激酶活性。

细胞分析

乳腺癌细胞系生长抑制.表1中示出了用于研究的49个乳腺癌细胞系。管腔和基底亚型分类基于内部验证的公共信息。每个细胞系的雌激素受体(ER)、孕酮受体(PR)和人表皮生长因子受体2(HER2)状态基于内部验证的公共信息。

表1：乳腺癌细胞系

ATCC＝美国典型培养物保藏中心；DMEM＝改良杜氏伊格尔培养基；DSMZ＝德国微生物菌种保藏中心(Deutsche Sammlung von.Mikroorganismen und Zellkulturen)；ER＝雌激素受体；FBS＝胎牛血清；HER2＝人表皮生长因子受体2；NCI＝美国国家癌症研究所；PR＝孕酮受体；TN＝三阴性乳腺癌：ER-、PR-和HER2-。

实验程序.在表1所示的培养基中维持和测试所有乳腺癌细胞系。优化每个细胞系的接种密度以确保384孔板中的测定线性。将浓度递增的化合物通过声学分配器(EDC ATS-100)点样到空的384孔板中。将化合物以10点连续稀释方式(3倍稀释)在平板内一式两份点样。对于0.1％二甲基亚砜(DMSO)的最终分析浓度，将二甲基亚砜(DMSO)浓度保持恒定。将板复制用于不同的细胞系和测试期。化合物板复制后，将所有板密封(AgilentThermoLoc)，并在-20℃下储存长达1个月。当准备好测试时，将板从冷冻器中取出，解冻，并在加入测试细胞之前开封。在测试之前，使细胞在培养瓶中生长和扩增，以提供足量的起始材料。然后将细胞稀释至其期望的密度，并直接加入到化合物点样的384孔板中。使细胞在37℃/5％CO₂下生长96小时。在设置时(t₀)，通过活力分析(Cell Titer-Glo)评估初始细胞数，并读取发光。96小时后，通过Cell Titer-Glo评估化合物处理的细胞的活力，并读取发光。

在至少两次独立测试中分析吡咯并嘧啶化合物对细胞系的生长抑制。为了确保在整个分析期间相当的化合物反应以完成所有49个细胞系，在每个分析中包括对照细胞系(A549)。将所有数据归一化并表示为DMSO处理的对照细胞的百分比。然后将结果表示为IC₅₀(表2)。此外，计算GI₅₀(表3)。

R软件(R Development Core Team,2009)实现所有统计分析。

抑制浓度和生长抑制的测定(IC₅₀和GI₅₀).IC₅₀是当Y＝50％的DMSO对照时的化合物浓度。GI₅₀是当Y＝(YMax+Yt₀)/2时的化合物浓度。使用Activity Base XE(IDBS)处理并评价所有生长抑制曲线。

表2.生长抑制IC₅₀(μM)

表3.生长抑制GI₅₀(μM)

n/a：不适用

结论.从表2和3可以看出，吡咯并嘧啶化合物抑制乳腺癌细胞系生长，如通过IC₅₀和GI₅₀所测量的。细胞增殖抑制显示在TNBC，以及ER+/PR+和Her2+中达到不同程度。

非小细胞肺癌细胞系生长抑制.十六个非小细胞肺癌(NSCLC)细胞系购自美国组织培养物保藏所(American Tissue Culture Collection)并保持在由90％RPMI1640(Invitrogen)和10％胎牛血清(Hyclone)组成的生长培养基中。所有细胞在37℃下在95％空气和5％CO₂中培养。将细胞以对于每个细胞系最佳的密度(参见表5)接种到96孔板中的每个孔的100μL生长培养基中。培养过夜后，将化合物储备溶液(30mM)在DMSO中连续稀释，进一步在生长培养基中稀释，并作为10x浓缩溶液以11μL的体积添加到每孔中，混合，并允许与细胞一起孵育。在所有孔中将化合物溶媒(DMSO)保持在0.2％的终浓度。72小时后，将100μL的Cell Titer Glo溶液(Promega)添加到96孔板中的每个孔中。将板置于振荡器上2分钟。孵育10分钟后，使用Envision酶标仪(Perkin Elmer)检测发光信号。将IC₅₀值计算为发光信号的水平降低至信号窗口的50％的化合物浓度。表4显示了化合物3的结果。在该分析中，化合物显示或将显示0.01-30μM的IC₅₀值。

表4.生长抑制IC₅₀值和生长条件

细胞系	接种密度	平均IC₅₀(μM)	SD
				H1734	16000	0.91	0.59
H1838	12000	16.11	19.65
				H2228	20000	1.58	0.41
H441	16000	2.10	0.32
				H1437	12000	0.39	0.33
Hop62	2800	0.05	N/A
				H1650	8000	0.62	0.02
HOP92	6000	1.27	0.62
				H520	32000	1.45	0.18
H1299	2800	0.36	0.34
				H2291	16000	16.29	19.39
H1563	6000	1.77	0.09
				SK-LU-1	5000	0.83	0.10
SW1573	5000	0.96	0.23
				A549	2500	0.05	0.04
H460	1500	0.04	0.01

结论.吡咯并嘧啶化合物显示出对描述的一组小细胞肺癌细胞(NSCLC)系强力的生长抑制，如表4所示。大部分NSCLC细胞系(16个中的14个)对吡咯并嘧啶化合物(例如化合物3)的生长抑制敏感，IC₅₀值≤2μM。

多重细胞毒性分析.细胞在37℃下在5％CO₂的潮湿气氛中在RPMI1640，10％FBS，2mM L-丙氨酰-L-谷氨酰胺，1mM丙酮酸钠或特殊培养基中生长。将细胞接种到384孔板中并在37℃在5％CO₂的潮湿气氛中孵育。在细胞接种后24小时添加化合物。同时，生成时间零点未处理的细胞板。在72小时孵育期后，固定细胞并用荧光标记的抗体和核染料染色，以允许细胞核、凋亡细胞和有丝分裂细胞的可视化。使用抗活性胱天蛋白酶-3抗体检测凋亡细胞。使用抗磷酸组蛋白-3抗体检测有丝分裂细胞。将化合物连续稀释3.16倍，并在来自10μM的最高测试浓度的0.1％DMSO的最终分析浓度下分析10个浓度。使用GE Healthcare IN CellAnalyzer 1000进行自动荧光显微镜检查，并用4倍物镜收集图像。

数据分析.使用InCell Analyzer 1000 3.2获取12位tiff图像，并用DeveloperToolbox 1.6软件分析。通过掺入的核染料的信号强度测量细胞增殖。化合物38的结果显示在表6中。细胞增殖分析输出称为相对细胞计数。为了测定细胞增殖终点，使用下式将细胞增殖数据输出转化为对照的百分比(POC)：

POC＝相对细胞计数(化合物孔)/相对细胞计数(溶媒)×100

相对细胞计数IC₅₀是相对于DMSO对照的最大可能反应的50％下的测试化合物浓度。GI₅₀是将观察到的生长减少一半所需的浓度。这是将生长抑制到未处理细胞中的生长和接种在孔中的细胞数之间的中间水平的浓度(时间零点值)。使用非线性回归计算IC₅₀值以将数据拟合到S形4点，4参数单位点剂量反应模型，其中：

y(拟合)＝A+[(B–A)/(1+((C/x)^D))]。

激活的胱天蛋白酶-3标记物标记从早期到晚期凋亡的细胞。输出显示为归一化到每个孔中的相对细胞计数的在溶媒背景上方的凋亡细胞的倍数增加。引起半胱天冬酶-3信号(Cal_X5)中5倍诱导的测试化合物的浓度表明显著的凋亡诱导。与DMSO对照相比，化合物对半胱天冬酶3的最大诱导报道为最大倍数变化(Max_Fold_Change)。

表5.细胞系

表6.细胞系筛选结果

注：NaN：变量数据

结论.如表6和图1和2所示，吡咯并嘧啶化合物(以化合物38为范例)在多种癌症中显示抗增殖活性，包括实体瘤(图1)，例如，膀胱癌、乳腺癌、CNS癌、结肠癌、内分泌癌、女性GU癌、头颈癌、肾癌、肝癌、肺癌、胰腺癌、前列腺癌、皮肤癌、骨癌和软组织癌，以及血液癌症(图2)，例如，淋巴瘤、白血病和多发性骨髓瘤。

GBM癌症干细胞活力分析.如前所述，建立了富集GBM-CSC肿瘤亚组分的限定的无血清培养基中的五种高级成胶质细胞瘤源性肿瘤培养物[Mao P等人.Proc Nat Acad Sci2013；110(21):8644-9]。进行临床诊断和干细胞标志物分析。将癌症干细胞(CSC)(8311、81611、32612、1912和52810)以800个细胞/孔的密度接种在384孔板中的20μL/孔体积的无血清生长培养基中。GBM CSC在计数和接种前通过研磨机械解离。作为正常细胞对照，将1200个HUVEC接种在384孔板的每孔20μL的内皮生长培养基微血管-2中。培养1天后，加入20μL/孔的每种细胞类型的相应的新鲜培养基，并且在5％CO₂/37℃培养条件下用多种浓度的吡咯并嘧啶化合物或0.04μLDMSO处理细胞3天。化合物处理3天后，通过加入30μL的CellTiter-Glo(CTG)试剂裂解细胞以评价相对细胞密度。将板在室温下放置30分钟，之后监测发光信号。

结果.表7总结了所使用的每个GBM CSC模型的GBM亚型归属。在确定的无血清培养条件下通过CTG测试吡咯并嘧啶化合物对GBM-CSC生长的影响。在这五个模型中测定使细胞生长抑制50％的化合物的浓度(化合物38的数据总结在图3中)。吡咯并嘧啶化合物(以化合物38为范例)证明了对间充质GBM CSC的效力，IC₅₀在1-2μM的范围内。该数据还表明，吡咯并嘧啶化合物(如针对化合物38所示)对源自前神经亚型GBM患者的两种GBM CSC球模型特别有效，IC₅₀在50-190nM的范围内。

表7.GBM-癌症干细胞的特征

患者CSC	临床诊断	亚型
			8311	GBM	间充质(Mes)
52810	GBM	前神经(PN)
			81611	GBM	PN/复发
32612	GBM	间充质(Mes)
			1912	GBM	前神经(PN)

干细胞标志物Oct-4分析.将1200个HUAEC接种在384孔板的每个孔中。1天后，通过研磨机械解离8311GBM CSC，并以每孔600个细胞的密度加入。使细胞共培养1天，然后在37℃下在5％CO₂中用各种浓度的吡咯并嘧啶化合物或DMSO处理3天。与化合物孵育后，加入40μL的4％多聚甲醛。细胞固定在室温下进行1小时，每孔用50μL体积的PBS洗涤5次。每个孔在4℃下用50μL体积的补充有3％山羊血清和0.25％triton X-100的PBS处理过夜。将细胞在4℃下与在PBS/3％山羊血清/0.25％triton中分别以1:100和1:1000稀释的抗Oct4和抗Tuj1抗体孵育过夜。用PBS/0.25％triton洗涤细胞5次，并在室温下用AlexaFluor标记的二抗孵育3小时，然后用PBS/0.25％Triton洗涤孔5次。使用EVOS细胞成像系统以10X放大倍数获取4个随机选择的视野的图像。使用Adobe Photoshop(Adobe Systems Incorporated)处理原始图像、分配和合并通道。代表性图像如图4所示。

结果.干细胞的定义性质是它们产生分化后代的能力。GBM CSC显示了在生长因子撤除或暴露于BMP-4后经历神经元和星形细胞分化的能力[Pollard等人Cell Stem Cell2009；4(6):568-80]。我们评估吡咯并嘧啶化合物对8311胶质瘤干细胞在病理相关GBM-CSC/HUAEC共培养模型中的影响。已知内皮细胞与自我更新GBM-CSC和保持这些细胞处于干细胞样状态的秘密因子(secret factor)紧密相互作用[Calabrese等人.Cancer cell2007；11(1):69-82]。在该分析中，Oct 4用作干细胞标志物，Tuj-1分别用作GBMCSC和分化的神经元细胞群的神经元标志物。如图4所示，在吡咯并嘧啶化合物处理(如化合物38所示)时，Oct4阳性GBM CSC群体减少，而Tuj-1阳性神经元细胞的比例增加。该数据表明吡咯并嘧啶化合物可以消除Oct-4阳性癌干细胞群体并诱导8311/HUAEC共培养模型中的神经元分化。

结论.显示吡咯并嘧啶化合物损害GBM CSC模型的增殖。从代表间充质和前神经GBM子类的原代GBM患者样本分离的五个模型用于测试的吡咯并嘧啶化合物对GBM CSC的活性。吡咯并嘧啶化合物(以化合物38为范例)有效抑制前神经52810和1912细胞的增殖，IC₅₀值分别为0.048和0.19μM。吡咯并嘧啶化合物(以化合物38为范例)在抑制间充质模型8311和32612细胞方面具有较低的效力，IC₅₀值分别为1.6和1.8μM。此外，吡咯并嘧啶化合物(以化合物38为范例)在HUAEC共培养模型的环境下诱导GBM CSC的分化。因此，我们的数据表明吡咯并嘧啶化合物可以抑制增殖和诱导GBM CSC的神经元分化。

动物模型

癌症异种移植模型.对于异种移植模型研究，将人癌细胞系注射到SCID(严重联合免疫缺陷)小鼠中。癌细胞系在培养物中体外增殖。通过将精确确定数量的细胞注射到小鼠中产生荷瘤动物。在接种动物后，使肿瘤生长至一定尺寸，然后随机化。将携带通常100在400mm³之间的异种移植肿瘤的小鼠汇集在一起并随机分入不同治疗组。原代肿瘤移植物在体内繁殖。将来自供体小鼠的肿瘤片段植入少量小鼠用于维持，或植入更大数目的小鼠用于研究起始。典型的功效研究设计涉及以不同剂量水平给予荷瘤小鼠一种或多种化合物。另外，类似地给予和维持参考化疗剂(阳性对照)和阴性对照。给予途径可以包括皮下(SC)、腹膜内(IP)、静脉内(IV)、肌内(IM)和口服(PO)。在研究过程中进行肿瘤测量和体重，并记录发病率和死亡率。也可以进行尸检、组织病理学和PCR以增强对疾病和药物作用的理解。

已经或可以用于上述异种移植模型的一些典型的人膀胱癌细胞系，例如移行细胞癌是：HT-1376、HT-1197、UMUC-3、KU-7和KU-19-19细胞系。

已经或可以用于上述异种移植模型的一些典型的人乳腺癌细胞系是：管腔B型细胞系，例如BT-474或ZR-75，以及基底型细胞系，例如，MDA-MB-231、T47D和Cal-51细胞系。

已经或可以用于上述异种移植模型的一些典型的人肺鳞状细胞癌细胞系是：SK-MES-1、NCI-H1703、HCC-15和Calu-1细胞系。

已经或可以用于上述异种移植模型的一些典型的人食道鳞状细胞癌细胞系是：Kyse-140和KYSE-510细胞系。

已经或可以用于上述异种移植模型的一些典型的人鳞状宫颈癌细胞系是：A-431和SiHa细胞系。

已经或可以用于上述异种移植模型的一些典型的人鳞状头颈癌细胞系是：FaDu和SCC-15细胞系。

已经或可以用于上述异种移植模型的一些典型的人白血病细胞系是：CCRF-CEM和MOLT-4。

已经或可以用于上述异种移植模型的一些典型的人淋巴瘤细胞系是：WSU-DLCL2和OCI-Ly10。

已经或可以用于上述异种移植模型的一些典型的人结肠直肠癌(CRC)细胞系是：HCT-116、HT-29和LOVO。

已经或可以用于上述异种移植模型的一些典型的人甲状腺癌细胞系是：TT和8305C。

已经或可以用于上述异种移植模型的一些典型的人中枢神经系统(CNS)癌细胞系是：U87MG和U-118。

已经或可以用于上述异种移植模型的一些典型的人胰腺癌细胞系是：PANC-1和BxPC3。

对于典型的异种移植研究，将荷瘤的SCID小鼠随机化并用不同剂量计划给予例如100mg/kg至0.1mg/kg的化合物。给小鼠服用2-4周。使用卡尺每周两次测量肿瘤，并使用公式W²x L/2计算肿瘤体积。

在这些异种移植癌症模型中，吡咯并嘧啶化合物具有或预期具有<100mg/kg的ED₅₀值，其中一些化合物的ED₅₀<10mg/kg，而其他化合物的ED₅₀<1mg/kg。

已经引用了许多参考文献，其公开内容通过引用整体并入本文。

Claims

1.一种用于治疗或预防癌症的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的吡咯并嘧啶化合物，其中所述癌症为实体瘤或血液癌症，并且其中所述吡咯并嘧啶化合物为式(I)的化合物：

其中：

R²为取代或未取代的芳基、或取代或未取代的杂芳基；

R³为取代或未取代的杂环基或取代或未取代的芳基，和

L为NH或O；

条件是

当L为NH或当R²为吡唑基时，R³不为吡啶基；和

所述化合物不是

N-甲基-N-[反式-3-[[5-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-2-[(1-甲基-1H-吡唑-4-基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基]氧基]环丁基]-2-丙烯酰胺；或

N-甲基-N-[反式-3-[[5-(1-甲基-1H-吡唑-3-基)-2-[(1-甲基-1H-吡唑-4-基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基]氧基]环丁基]-2-丙烯酰胺。

2.权利要求1所述的方法，其中，所述实体瘤为膀胱癌、乳腺癌、中枢神经系统癌、结肠直肠癌、胃肠癌、内分泌癌、眼癌、女性泌尿生殖器癌、头颈癌、肝癌、肺癌、皮肤癌、软组织癌、骨癌、鳞状细胞癌、胰腺癌、肾癌和前列腺癌。

3.权利要求1所述的方法，其中，所述实体瘤为结肠癌、肺癌或膀胱癌。

4.权利要求1所述的方法，其中，所述血液癌症为白血病、淋巴瘤或多发性骨髓瘤。

5.权利要求4所述的方法，其中，所述白血病选自急性淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性髓性白血病(CML)、急性T细胞白血病、B细胞前体白血病、急性早幼粒细胞白血病(APML)、浆细胞白血病、髓单核母细胞/T-ALL、B髓单核细胞白血病、红白血病和急性髓性白血病(AML)。

6.权利要求4所述的方法，其中，所述淋巴瘤选自霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、伯基特氏淋巴瘤(BL)、B细胞淋巴瘤、淋巴母细胞性淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤(FL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)和大细胞免疫母细胞性淋巴瘤。

7.权利要求4所述的方法，其中，所述血液癌症为多发性骨髓瘤。

8.一种用于预防癌症转移的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的吡咯并嘧啶化合物，其中所述吡咯并嘧啶化合物为式(I)的化合物：

及其可药用盐、互变异构体、立体异构体、对映异构体、和同位素体，

其中：

R²为取代或未取代的芳基、或取代或未取代的杂芳基；

R³为取代或未取代的杂环基或取代或未取代的芳基，和

L为NH或O；

条件是

当L为NH或当R²为吡唑基时，R³不为吡啶基；和

所述化合物不是

9.一种消除受试者中的癌症干细胞的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的吡咯并嘧啶化合物，其中所述吡咯并嘧啶化合物为式(I)的化合物：

其中：

R²为取代或未取代的芳基、或取代或未取代的杂芳基；

R³为取代或未取代的杂环基或取代或未取代的芳基，和

L为NH或O；

条件是

当L为NH或当R²为吡唑基时，R³不为吡啶基；和

所述化合物不是

10.一种在受试者中诱导癌症干细胞的分化的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的吡咯并嘧啶化合物，其中所述吡咯并嘧啶化合物为式(I)的化合物：

其中：

R²为取代或未取代的芳基或取代、或未取代的杂芳基；

R³为取代或未取代的杂环基或取代或未取代的芳基，和

L为NH或O；

条件是

当L为NH或当R²为吡唑基时，R³不为吡啶基；和

所述化合物不是

11.一种在受试者中诱导癌症干细胞死亡的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的吡咯并嘧啶化合物，其中所述吡咯并嘧啶化合物为式(I)的化合物：

其中：

R²为取代或未取代的芳基、或取代或未取代的杂芳基；

R³为取代或未取代的杂环基或取代或未取代的芳基，和

L为NH或O；

条件是

当L为NH或当R²为吡唑基时，R³不为吡啶基；和

所述化合物不是

12.权利要求8、9、10或11中任一项所述的方法，其中，所述癌症为实体瘤或血液癌症。

13.权利要求12所述的方法，其中，所述实体瘤为膀胱癌、乳腺癌、中枢神经系统癌症、结肠直肠癌、胃肠癌、内分泌癌、眼癌、女性泌尿生殖器癌症、头颈癌、肝癌、肺癌、皮肤癌、软组织癌、骨癌、鳞状细胞癌、胰腺癌、肾癌和前列腺癌。

14.权利要求13所述的方法，其中，所述实体瘤为中枢神经系统癌症或乳腺癌。

15.权利要求12所述的方法，其中，所述血液癌症为白血病。

16.一种用于治疗或预防癌症的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性，以及任选地抑制CAMKK2激酶活性的化合物。

17.一种用于治疗或预防与涉及TTK、CLK1和CLK2及其突变体或同种型的途径相关的癌症的方法，包括向有需要的受试者给予有效量的抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性，以及任选地抑制CAMKK2激酶活性的化合物。

18.权利要求12或权利要求17所述的方法，其中，所述癌症为实体瘤或血液癌症。

19.权利要求18所述的方法，其中，所述实体瘤为膀胱癌、乳腺癌、中枢神经系统癌症、结肠直肠癌、胃肠癌、内分泌癌、眼癌、女性泌尿生殖器癌症、头颈癌、肝癌、肺癌、皮肤癌、软组织癌、骨癌、鳞状细胞癌、胰腺癌、肾癌和前列腺癌。

20.权利要求18所述的方法，其中，所述实体瘤为结肠癌、肺癌或膀胱癌。

21.权利要求18所述的方法，其中，所述血液癌症为白血病、淋巴瘤或多发性骨髓瘤。

22.权利要求21所述的方法，其中，所述白血病选自急性淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性髓性白血病(CML)、急性T细胞白血病、B细胞前体白血病、急性早幼粒细胞白血病(APML)、浆细胞白血病、髓单核母细胞/T-ALL、B髓单核细胞白血病、红白血病和急性髓性白血病(AML)。

23.权利要求21所述的方法，其中，所述淋巴瘤选自霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、伯基特氏淋巴瘤(BL)、B细胞淋巴瘤、淋巴母细胞性淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤(FL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)和大细胞免疫母细胞性淋巴瘤。

24.权利要求21所述的方法，其中，所述血液癌症为多发性骨髓瘤。

25.权利要求12或17所述的方法，其中，所述抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性的化合物为式(I)的化合物

其中：

R²为取代或未取代的芳基或取代、或未取代的杂芳基；

R³为取代或未取代的杂环基或取代或未取代的芳基，和

L为NH或O；

条件是

当L为NH或当R²为吡唑基时，R³不为吡啶基；和

所述化合物不是

26.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，L为O。

27.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，R¹为取代或未取代的烷基。

28.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，R¹为取代或未取代的甲基、乙基、丙基、异丙基、正丁基、仲丁基、叔丁基、正戊基、仲戊基、叔戊基或2,2-二甲基丙基。

29.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，R¹为取代或未取代的甲基、乙基、异丙基、仲丁基、叔丁基或2,2-二甲基丙基。

30.权利要求27所述的方法，其中，所述烷基被一个或多个-OR或-NR₂取代，其中每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基。

31.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，R¹为取代或未取代的C_3-8环烷基。

32.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，R¹为取代或未取代的环丙基、环丁基、环戊基、环己基或环庚基。

33.权利要求31所述的方法，其中，所述环烷基被一个或多个-CN、卤素、-OR或取代或未取代的C_1-3烷基取代，其中每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基。

34.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，R¹为取代或未取代的非芳族杂环基。

35.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，R¹为取代或未取代的氧杂环丁基、四氢呋喃基、四氢吡喃基或哌啶基。

36.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，R¹为取代或未取代的C_1-8烷基、

其中

每个R’独立地为-CN、卤素、-OR或C_1-3烷基；

R”为-H或C_1-3烷基；

每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基；和

n为0-2。

37.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，R²为取代的苯基。

38.权利要求37所述的方法，其中，R²为被一个或多个以下基团取代的苯基：取代或未取代的C_1-6烷基、卤素、-CN、-OR⁵、-C(＝O)NR⁵ ₂、-C(＝O)(取代或未取代的杂环基)、-C(＝O)(取代或未取代的烷基杂环基)、-NHC(＝O)R⁵、-SO₂NR⁵ ₂或取代或未取代的杂芳基，其中每个R⁵独立地为-H、取代或未取代的烷基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的杂环基或取代或未取代的烷基杂环基。

39.权利要求37所述的方法，其中，R²为被一个或多个以下基团取代的苯基：-(C_1-3烷基)、-(C_1-3烷基)NR₂、-CF₃、-Cl、-F、-CN、-OCH₃、-OCF₃、-C(＝O)NR₂、-C(＝O)NR(取代或未取代的环烷基)、-C(＝O)NR(CH₂)_0-2CR₂(CH₂)_0-2OR、-C(＝O)NR(CH₂)_0-2CR₂(CH₂)_0-2NR₂、-C(＝O)NR(CH₂)_0-2CR₂(CH₂)_0-2C(＝O)NR₂、-C(＝O)N(取代或未取代的环烷基)(CH₂)_0-2OR、-C(＝O)NR(CH₂)_0-3(取代或未取代的杂环基)、-C(＝O)(CH₂)_0-3(取代或未取代的杂环基)、-C(＝NR)NR₂、-NRC(＝O)R、-SO₂NR₂、-SO₂R或取代或未取代的杂环基，其中每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基。

40.权利要求39所述的方法，其中，每个R独立地为-H或-CH₃。

41.权利要求37所述的方法，其中，R²为被一个或多个以下基团取代的苯基：-CH₃、-CH₂CH₃、-CH₂CH₂CH₃、-CH(CH₃)₂、-CH₂NH₂、-CF₃、-Cl、-F、-CN、-OCH₃、-OCF₃、-C(＝O)NH₂、-C(＝O)NHCH₃、-C(＝O)N(CH₃)₂、-C(＝O)NC(CH₃)₃、-C(＝O)NHCH₂CH₂F、-C(＝O)NHCH₂CHF₂、-C(＝O)NHCH₂CF₃、-C(＝O)NHCH₂CF₂CH₃、-C(＝O)NHCH₂CN、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CN、-C(＝O)NHCH₂CH₂CN、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CN、-C(＝O)NH-环丁基、-C(＝O)NH-(羟基-环丁基)、-C(＝O)NH-环戊基、-C(＝O)NH-(羟基-环戊基)、-C(＝O)NHCH₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)NHCH₂CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)NHCH₂CH(CH₃)OH、-C(＝O)NHCH₂C(CH₃)₂OH、-C(＝O)NHCH(CH₃)CH₂OH、-C(＝O)NHC(CH₃)₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH₂NH₂、-C(＝O)NHCH₂CH₂NH(CH₃)、-C(＝O)NHCH₂CH₂N(CH₃)₂、-C(＝O)NHCH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(CH₃)CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)NHCH₂CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(环丙基)CH₂CH₂OH、-C(＝O)NH-氧杂环丁基、-C(＝O)N(CH₃)-氧杂环丁基、-C(＝O)NH-(甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)NH-氮杂环丁烷基、-C(＝O)NH-(甲基氮杂环丁烷基)、-C(＝O)NH-(1-乙酰基氮杂环丁烷基)、-C(＝O)NH-吡咯烷基、-C(＝O)NH-哌啶基、-C(＝O)NH-四氢呋喃基、-C(＝O)N(CH₃)-四氢呋喃基、-C(＝O)NH-四氢吡喃基、-C(＝O)N(CH₃)-四氢吡喃基、-C(＝O)NHCH₂-氧杂环丁基、-C(＝O)N(CH₃)CH₂-氧杂环丁基、-C(＝O)NHCH₂-(甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)N(CH₃)CH₂-(甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)NHCH₂-四氢呋喃基、-C(＝O)NHCH₂-四氢吡喃基、-C(＝O)NHCH₂-二噁烷基、-C(＝O)氮杂环丙烷基、-C(＝O)(甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)(二甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)(羟基甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)氮杂环丁烷基、-C(＝O)吡咯烷基、-C(＝O)(羟基-吡咯烷基)、-C(＝O)(羟基甲氧基吡咯烷基)、-C(＝O)(二甲氧基吡咯烷基)、-C(＝O)吗啉基、-C(＝O)哌嗪基、-C(＝O)(甲基哌嗪基)、-C(＝O)(羟基-哌啶基)、-C(＝O)(氟哌啶基)、-(C＝O)(甲氧基-哌啶基)、-C(＝NH)NH₂、-NHC(＝O)CH₃、-SO₂NHCH₃、-SO₂CH₃或取代或未取代的吡唑基。

42.权利要求37所述的方法，其中，R²为被以下一个或多个基团取代的苯基：-CH₃、-CH₂CH₃、-CH₂CH₂CH₃、-CH(CH₃)₂、-CH₂NH₂、-CF₃、-Cl,-F、-CN、-OCH₃、-OCF₃、-C(＝O)NH₂、-C(＝O)NHCH₃、-C(＝O)N(CH₃)₂、-C(＝O)NC(CH₃)₃、-C(＝O)NHCH₂CH₂F、-C(＝O)NHCH₂CF₂CH₃、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CN、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CN、-C(＝O)NH-(3-羟基-环丁基)、-C(＝O)NH-环戊基、-C(＝O)NH-(2-羟基环戊基)、-C(＝O)NHCH₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)NHCH₂CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH(CH₃)OH、-C(＝O)NHCH₂C(CH₃)₂OH、-C(＝O)NHCH(CH₃)CH₂OH、-C(＝O)NHC(CH₃)₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH₂NH₂、-C(＝O)NHCH₂CH₂NH(CH₃)、-C(＝O)NHCH₂CH₂N(CH₃)₂、-C(＝O)N(CH₃)CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(环丙基)CH₂CH₂OH、-C(＝O)NH-氧杂环丁基、-C(＝O)N(CH₃)-氧杂环丁基、-C(＝O)NH-(3-甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)NH-(1-甲基氮杂环丁烷基)、-C(＝O)NH-(1-乙酰基氮杂环丁烷基)、-C(＝O)NH-哌啶基、-C(＝O)NH-四氢呋喃基、-C(＝O)NH-四氢吡喃基、-C(＝O)N(CH₃)-四氢吡喃基、-C(＝O)NHCH₂-氧杂环丁基、-C(＝O)N(CH₃)CH₂-(3-甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)NHCH₂-四氢呋喃基、-C(＝O)NHCH₂-四氢吡喃基、-C(＝O)NHCH₂-二噁烷基、-C(＝O)氮杂环丙烷基、-C(＝O)(2-甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)(2,2-二甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)(2-(羟基甲基)氮杂环丙烷基)、-C(＝O)氮杂环丁烷基、-C(＝O)吡咯烷基、-C(＝O)(3-羟基-4-甲氧基吡咯烷基)、-C(＝O)(3,4-二甲氧基吡咯烷基)、-C(＝O)吗啉基、-C(＝O)哌嗪基、-C(＝O)(4-甲基哌嗪基)、-C(＝O)(4-羟基-哌啶基)、-C(＝O)(4,4-二氟哌啶基)、-(C＝O)(4-甲氧基-哌啶基)、-C(＝NH)NH₂,-NHC(＝O)CH₃、-SO₂NHCH₃、-SO₂CH₃或取代或未取代的吡唑基。

43.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，R²为取代或未取代的吡唑基、取代或未取代的吡啶基、取代或未取代的吲唑基或取代或未取代的异吲哚啉酮。

44.权利要求43所述的方法，其中，R²被一个或多个以下基团取代：卤素、取代或未取代的(C_1-4)烷基、-OR、-C(＝O)NR₂或取代或未取代的杂环基，其中每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基。

45.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，R³为取代或未取代的杂环基。

46.权利要求45所述的方法，其中，所述杂环基为取代或未取代的吡唑基、噁唑基、异噁唑基、噁二唑基、吡啶基、哒嗪基、嘧啶基、吡嗪基、苯并三唑基、吲唑基、吲哚基、苯并噁唑基、苯并异噁唑基、苯并噻唑基、苯并噁唑酮基、苯并噁二唑基、苯并咪唑基或喹啉基。

47.权利要求45所述的方法，其中，所述杂环基被一个或多个选自以下的取代基取代：取代或未取代的(C_1-4)烷基、卤素、-OR、-CN、-NR₂、-C(＝O)NR₂、-NRC(＝O)R或取代或未取代的三唑基，其中每个R独立地为–H或取代或未取代的(C_1-4)烷基。

48.权利要求45所述的方法，其中，所述杂环基被一个或多个选自以下的取代基取代：-CH₃、-CH(CH₃)₂、-F、-Cl、-OH、-OCH₃、-OCH₂CH₃、-CN、-NH₂、-NHCH₃、-N(CH₃)₂、-C(＝O)NH(CH₃)、-NHC(＝O)CH₃或取代或未取代的三唑基。

49.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，R³为取代或未取代的芳基。

50.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，R³为取代或未取代的苯基。

51.权利要求50所述的方法，其中，所述苯基被一个或多个选自以下的取代基取代：取代或未取代的C_1-4烷基、卤素、-CN、-OR、-NR₂、-NRSO₂R’、-NR(C＝O)NR₂、-NR(C＝O)R’、-COOR、-(C＝O)NR₂、-C(＝N)NR₂、-SO₂R’或取代或未取代的杂芳基，其中每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基，并且R’为C_1-3烷基。

52.权利要求50所述的方法，其中，所述苯基被一个或多个选自以下的取代基取代：-CH₃、-CH₂OH、-CH(OH)CH₃、-C(CH₃)₂OH、-CN、-F、-Cl、-OH、-OCH₃、-NH₂、-N(CH₃)₂、-NHSO₂CH₃、-NH(C＝O)NH₂、-NH(C＝O)CH₃、-COOCH₃、-(C＝O)NHCH₃、-C(＝NH)NH₂、-SO₂CH₃、取代或未取代的三唑基、取代或未取代的吡唑基或取代或未取代的咪唑基。

53.权利要求1、8、9、10、11或25中任一项所述的方法，其中，所述化合物选自表A或其可药用盐、互变异构体、立体异构体、对映异构体或同位素体。

54.一种在用于治疗或预防癌症的方法中使用的吡咯并嘧啶化合物，其中所述癌症为实体瘤或血液癌症，并且其中所述吡咯并嘧啶化合物为式(I)的化合物：

其中：

R²为取代或未取代的芳基、或取代或未取代的杂芳基；

R³为取代或未取代的杂环基或取代或未取代的芳基，和

L为NH或O；

条件是

当L为NH或当R²为吡唑基时，R³不为吡啶基；和

所述化合物不是

55.权利要求54所述的使用的吡咯并嘧啶化合物，其中，所述实体瘤为膀胱癌、乳腺癌、中枢神经系统癌症、结肠直肠癌、胃肠癌、内分泌癌、眼癌、女性泌尿生殖器癌症、头颈癌、肝癌、肺癌、皮肤癌、软组织癌、骨癌、鳞状细胞癌、胰腺癌、肾癌和前列腺癌；或

其中，所述实体瘤为结肠癌、肺癌或膀胱癌；或

其中，所述血液癌症为白血病、淋巴瘤或多发性骨髓瘤，优选地：

其中，所述白血病选自急性淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性髓性白血病(CML)、急性T细胞白血病、B细胞前体白血病、急性早幼粒细胞白血病(APML)、浆细胞白血病、髓单核母细胞/T-ALL、B髓单核细胞白血病、红白血病和急性髓性白血病(AML)；或

其中，所述淋巴瘤选自霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、伯基特氏淋巴瘤(BL)、B细胞淋巴瘤、淋巴母细胞性淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤(FL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)和大细胞免疫母细胞性淋巴瘤)；或

其中，所述血液癌症为多发性骨髓瘤。

56.一种在以下方法中使用的吡咯并嘧啶化合物：

用于预防癌症转移的方法，

消除受试者中的癌症干细胞的方法，

在受试者中诱导癌症干细胞分化的方法，或

在受试者中诱导癌症干细胞死亡的方法，

其中所述吡咯并嘧啶化合物为式(I)的化合物：

其中：

R²为取代或未取代的芳基、或取代或未取代的杂芳基；

R³为取代或未取代的杂环基或取代或未取代的芳基，和

L为NH或O；

条件是

当L为NH或当R²为吡唑基时，R³不为吡啶基；和

所述化合物不是

57.权利要求56所述的使用的吡咯并嘧啶化合物，其中，所述癌症为实体瘤或血液癌症，任选地

其中，所述实体瘤为膀胱癌、乳腺癌、中枢神经系统癌症、结肠直肠癌、胃肠癌、内分泌癌、眼癌、女性泌尿生殖器癌症、头颈癌、肝癌、肺癌、皮肤癌、软组织癌、骨癌、鳞状细胞癌、胰腺癌、肾癌和前列腺癌；优选地，其中所述实体瘤为中枢神经系统癌症或乳腺癌；或

其中，所述血液癌症为白血病。

58.一种在用于治疗或预防癌症的方法中使用的化合物，其中，所述化合物是抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性，以及任选地抑制CAMKK2激酶活性的化合物。

59.一种在用于治疗或预防与涉及TTK、CLK1和CLK2及其突变体或同种型的途径相关的癌症的方法中使用的化合物，其中，所述化合物为抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性，以及任选地抑制CAMKK2激酶活性的化合物。

60.权利要求57或权利要求59所述的使用的化合物，其中，所述实体瘤为膀胱癌、乳腺癌、中枢神经系统癌症、结肠直肠癌、胃肠癌、内分泌癌、眼癌、女性泌尿生殖器癌症、头颈癌、肝癌、肺癌、皮肤癌、软组织癌、骨癌、鳞状细胞癌、胰腺癌、肾癌和前列腺癌；或

其中，所述实体瘤为结肠癌,肺癌或膀胱癌；或

其中，所述血液癌症为白血病、淋巴瘤或多发性骨髓瘤；优选地

其中，所述淋巴瘤选自霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、伯基特氏淋巴瘤(BL)、B细胞淋巴瘤、淋巴母细胞性淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤(FL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)和大细胞免疫母细胞性淋巴瘤；或

其中，所述血液癌症为多发性骨髓瘤。

61.权利要求57或权利要求59所述的使用的化合物，其中，所述抑制TTK、CLK1和CLK2激酶活性的化合物为式(I)的化合物

其中：

R²为取代或未取代的芳基、或取代或未取代的杂芳基；

R³为取代或未取代的杂环基或取代或未取代的芳基，和

L为NH或O；

条件是

当L为NH或当R²为吡唑基时，R³不为吡啶基；和

所述化合物不是

62.权利要求54、56或61中任一项所述的使用的化合物，其中，L为O。

63.权利要求54、56或61中任一项所述的使用的化合物，其中，R¹为取代或未取代的烷基，优选地，其中所述烷基被一个或多个-OR或-NR₂取代，其中每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基；

其中，R¹为取代或未取代的甲基、乙基、丙基、异丙基、正丁基、仲丁基、叔丁基、正戊基、仲戊基、叔戊基或2,2-二甲基丙基；或

其中，R¹为取代或未取代的甲基、乙基、异丙基、仲丁基、叔丁基或2,2-二甲基丙基；或

其中，R¹为取代或未取代的C_3-8环烷基，优选地其中所述环烷基被一个或多个以下基团取代：-CN、卤素、-OR或取代或未取代的C_1-3烷基，其中每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基；或

其中，R¹为取代或未取代的环丙基、环丁基、环戊基、环己基或环庚基；或

其中，R¹为取代或未取代的非芳族杂环基；或

其中，R¹为取代或未取代的氧杂环丁基、四氢呋喃基、四氢吡喃基或哌啶基；或

其中，R¹为取代或未取代的C_1-8烷基、

其中

每个R’独立地为-CN、卤素、-OR或C_1-3烷基；

R”为-H或C_1-3烷基；

每个R独立地为–H或取代或未取代的(C_1-4)烷基；和

n为0-2。

64.权利要求54、56或61中任一项所述的使用的化合物，其中，R²为取代的苯基。

65.权利要求64所述的使用的化合物，其中，R²为被一个或多个以下基团取代的苯基：取代或未取代的C_1-6烷基、卤素、-CN、-OR⁵、-C(＝O)NR⁵ ₂、-C(＝O)(取代或未取代的杂环基)、-C(＝O)(取代或未取代的烷基杂环基)、-NHC(＝O)R⁵、-SO₂NR⁵ ₂或取代或未取代的杂芳基，其中每个R⁵独立地为-H、取代或未取代的烷基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的杂环基或取代或未取代的烷基杂环基；或

其中，R²为被一个或多个以下基团取代的苯基：-(C_1-3烷基)、-(C_1-3烷基)NR₂、-CF₃、-Cl、-F、-CN、-OCH₃、-OCF₃、-C(＝O)NR₂、-C(＝O)NR(取代或未取代的环烷基)、-C(＝O)NR(CH₂)_0-2CR₂(CH₂)_0-2OR、-C(＝O)NR(CH₂)_0-2CR₂(CH₂)_0-2NR₂、-C(＝O)NR(CH₂)_0-2CR₂(CH₂)_0-2C(＝O)NR₂、-C(＝O)N(取代或未取代的环烷基)(CH₂)_0-2OR、-C(＝O)NR(CH₂)_0-3(取代或未取代的杂环基)、-C(＝O)(CH₂)_0-3(取代或未取代的杂环基)、-C(＝NR)NR₂、-NRC(＝O)R、-SO₂NR₂、-SO₂R或取代或未取代的杂环基，其中每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基，优选地，其中每个R独立地为-H或-CH₃；或

其中，R²为被一个或多个以下基团取代的苯基：-CH₃、-CH₂CH₃、-CH₂CH₂CH₃、-CH(CH₃)₂、-CH₂NH₂、-CF₃、-Cl,-F、-CN、-OCH₃、-OCF₃、-C(＝O)NH₂、-C(＝O)NHCH₃、-C(＝O)N(CH₃)₂、-C(＝O)NC(CH₃)₃、-C(＝O)NHCH₂CH₂F、-C(＝O)NHCH₂CHF₂、-C(＝O)NHCH₂CF₃、-C(＝O)NHCH₂CF₂CH₃、-C(＝O)NHCH₂CN、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CN、-C(＝O)NHCH₂CH₂CN、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CN、-C(＝O)NH-环丁基、-C(＝O)NH-(羟基-环丁基)、-C(＝O)NH-环戊基、-C(＝O)NH-(羟基-环戊基)、-C(＝O)NHCH₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)NHCH₂CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)NHCH₂CH(CH₃)OH、-C(＝O)NHCH₂C(CH₃)₂OH、-C(＝O)NHCH(CH₃)CH₂OH、-C(＝O)NHC(CH₃)₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH₂NH₂、-C(＝O)NHCH₂CH₂NH(CH₃)、-C(＝O)NHCH₂CH₂N(CH₃)₂、-C(＝O)NHCH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(CH₃)CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)NHCH₂CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(环丙基)CH₂CH₂OH、-C(＝O)NH-氧杂环丁基、-C(＝O)N(CH₃)-氧杂环丁基、-C(＝O)NH-(甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)NH-氮杂环丁烷基、-C(＝O)NH-(甲基氮杂环丁烷基)、-C(＝O)NH-(1-乙酰基氮杂环丁烷基)、-C(＝O)NH-吡咯烷基、-C(＝O)NH-哌啶基、-C(＝O)NH-四氢呋喃基、-C(＝O)N(CH₃)-四氢呋喃基、-C(＝O)NH-四氢吡喃基、-C(＝O)N(CH₃)-四氢吡喃基、-C(＝O)NHCH₂-氧杂环丁基、-C(＝O)N(CH₃)CH₂-氧杂环丁基、-C(＝O)NHCH₂-(甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)N(CH₃)CH₂-(甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)NHCH₂-四氢呋喃基、-C(＝O)NHCH₂-四氢吡喃基、-C(＝O)NHCH₂-二噁烷基、-C(＝O)氮杂环丙烷基、-C(＝O)(甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)(二甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)(羟基甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)氮杂环丁烷基、-C(＝O)吡咯烷基、-C(＝O)(羟基-吡咯烷基)、-C(＝O)(羟基甲氧基吡咯烷基)、-C(＝O)(二甲氧基吡咯烷基)、-C(＝O)吗啉基、-C(＝O)哌嗪基、-C(＝O)(甲基哌嗪基)、-C(＝O)(羟基-哌啶基)、-C(＝O)(氟哌啶基)、-(C＝O)(甲氧基-哌啶基)、-C(＝NH)NH₂、-NHC(＝O)CH₃、-SO₂NHCH₃、-SO₂CH₃或取代或未取代的吡唑基，或

其中，R²为被以下一个或多个基团取代的苯基：-CH₃、-CH₂CH₃、-CH₂CH₂CH₃、-CH(CH₃)₂、-CH₂NH₂、-CF₃、-Cl、-F、-CN、-OCH₃、-OCF₃、-C(＝O)NH₂、-C(＝O)NHCH₃、-C(＝O)N(CH₃)₂、-C(＝O)NC(CH₃)₃、-C(＝O)NHCH₂CH₂F、-C(＝O)NHCH₂CF₂CH₃、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CN、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CN、-C(＝O)NH-(3-羟基-环丁基)、-C(＝O)NH-环戊基、-C(＝O)NH-(2-羟基环戊基)、-C(＝O)NHCH₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂OCH₃、-C(＝O)NHCH₂CH₂CH₂OH、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH(CH₃)OH、-C(＝O)NHCH₂C(CH₃)₂OH、-C(＝O)NHCH(CH₃)CH₂OH、-C(＝O)NHC(CH₃)₂CH₂OH、-C(＝O)NHCH₂CH₂NH₂、-C(＝O)NHCH₂CH₂NH(CH₃)、-C(＝O)NHCH₂CH₂N(CH₃)₂、-C(＝O)N(CH₃)CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(CH₃)CH₂CH₂C(＝O)NH₂、-C(＝O)N(环丙基)CH₂CH₂OH、-C(＝O)NH-氧杂环丁基、-C(＝O)N(CH₃)-氧杂环丁基、-C(＝O)NH-(3-甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)NH-(1-甲基氮杂环丁烷基)、-C(＝O)NH-(1-乙酰基氮杂环丁烷基)、-C(＝O)NH-哌啶基、-C(＝O)NH-四氢呋喃基、-C(＝O)NH-四氢吡喃基、-C(＝O)N(CH₃)-四氢吡喃基、-C(＝O)NHCH₂-氧杂环丁基、-C(＝O)N(CH₃)CH₂-(3-甲基-氧杂环丁基)、-C(＝O)NHCH₂-四氢呋喃基、-C(＝O)NHCH₂-四氢吡喃基、-C(＝O)NHCH₂-二噁烷基、-C(＝O)氮杂环丙烷基、-C(＝O)(2-甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)(2,2-二甲基-氮杂环丙烷基)、-C(＝O)(2-(羟基甲基)氮杂环丙烷基)、-C(＝O)氮杂环丁烷基、-C(＝O)吡咯烷基、-C(＝O)(3-羟基-4-甲氧基吡咯烷基)、-C(＝O)(3,4-二甲氧基吡咯烷基)、-C(＝O)吗啉基、-C(＝O)哌嗪基、-C(＝O)(4-甲基哌嗪基)、-C(＝O)(4-羟基-哌啶基)、-C(＝O)(4,4-二氟哌啶基)、-(C＝O)(4-甲氧基-哌啶基)、-C(＝NH)NH₂,-NHC(＝O)CH₃、-SO₂NHCH₃、-SO₂CH₃或取代或未取代的吡唑基。

66.权利要求54、56或61中任一项所述的使用的化合物，其中，R²为取代或未取代的吡唑基、取代或未取代的吡啶基、取代或未取代的吲唑基或取代或未取代的异吲哚啉酮，优选地

其中，R²被一个或多个卤素、取代或未取代的(C_1-4)烷基、-OR、-C(＝O)NR₂或取代或未取代的杂环基取代，其中每个R独立地为–H或取代或未取代的(C_1-4)烷基。

67.权利要求54、56或61中任一项所述的使用的化合物，其中，R³为取代或未取代的杂环基，优选地

其中，所述杂环基为取代或未取代的吡唑基、噁唑基、异噁唑基、噁二唑基、吡啶基、哒嗪基、嘧啶基、吡嗪基、苯并三唑基、吲唑基、吲哚基、苯并噁唑基、苯并异噁唑基、苯并噻唑基、苯并噁唑酮基、苯并噁二唑基、苯并咪唑基或喹啉基；或

其中，所述杂环基被一个或多个选自以下的取代基取代：取代或未取代的(C_1-4)烷基、卤素、-OR、-CN、-NR₂、-C(＝O)NR₂、-NRC(＝O)R或取代或未取代的三唑基，其中每个R独立地为–H或取代或未取代的(C_1-4)烷基；或

其中，所述杂环基被一个或多个选自以下的取代基取代：-CH₃、-CH(CH₃)₂、-F、-Cl、-OH、-OCH₃、-OCH₂CH₃、-CN、-NH₂、-NHCH₃、-N(CH₃)₂、-C(＝O)NH(CH₃)、-NHC(＝O)CH₃或取代或未取代的三唑基；或

其中，R³为取代或未取代的芳基；或

其中，R³为取代或未取代的苯基，优选地

其中，所述苯基被一个或多个选自以下的取代基取代：取代或未取代的C_1-4烷基、卤素、-CN、-OR、-NR₂、-NRSO₂R’、-NR(C＝O)NR₂、-NR(C＝O)R’、-COOR、-(C＝O)NR₂、-C(＝N)NR₂、-SO₂R’或取代或未取代的杂芳基，其中每个R独立地为-H或取代或未取代的(C_1-4)烷基，并且R’为C_1-3烷基；或

其中，所述苯基被一个或多个选自以下的取代基取代：-CH₃,-CH₂OH、-CH(OH)CH₃、-C(CH₃)₂OH、-CN、-F、-Cl、-OH、-OCH₃、-NH₂、-N(CH₃)₂、-NHSO₂CH₃、-NH(C＝O)NH₂、-NH(C＝O)CH₃、-COOCH₃、-(C＝O)NHCH₃、-C(＝NH)NH₂、-SO₂CH₃、取代或未取代的三唑基、取代或未取代的吡唑基或取代或未取代的咪唑基。

68.权利要求54、56或61中任一项所述的使用的化合物，其中，所述化合物选自表A或其可药用盐、互变异构体、立体异构体、对映异构体或同位素体。