CN105884903A - 靶向抗原呈递细胞的疫苗 - Google Patents

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Abstract

本发明包括用于表达、分泌及使用新组合物的组合物和方法，所述的新组合物用作例如疫苗和抗原传送载体，将抗原传送到抗原呈递细胞中。在一个实施方案中，所述的载体是抗‑CD40抗体或其片段，以及一种或多种连接到所述的抗‑CD40抗体或者其片段的抗原性肽，包括人源化抗体。

Description

靶向抗原呈递细胞的疫苗
本申请是申请日为2010年3月4日、申请号为201080020531.7、发明名称为“靶向抗原呈递细胞的疫苗”的中国专利申请的分案申请。
本发明的技术领域
总地来说，本发明涉及免疫领域，以及更具体地，涉及新的基于抗-CD40的疫苗。
背景技术
在不限制本发明的范围的前提下，本发明的背景与抗原呈递结合描述。在授予Ledbetter等人的第7,118,751号美国专利中示教了用于抗原呈递的疫苗和方法的一个实例，其涉及编码以氨基结尾的抗原连接于结合CD40的以羧基结尾的功能域的DNA疫苗。简要地来说，示教了将一种或多种的抗原靶向到细胞的表面受体，从而提高抗原特异性的体液及细胞免疫应答的疫苗。将连接到结合于细胞表面受体的功能域的抗原内在化，抗原被转移到细胞内结构(intracellular compartment)中，在所述的细胞内结构中，所述的抗原被分解成为肽，并加载到MHC分子上。对所述的肽抗原特异性的T细胞被活化，从而导致增强的免疫应答。所述的疫苗可以包括连接到结合至少一种受体的功能域的抗原，或者包括编码连接到结合于至少一种受体的功能域的抗原的DNA质粒。本发明优选的实施方案将HIV-1env抗原靶向到CD40受体，导致将抗原向CD40阳性细胞的传送，以及在将HIV-1env的抗原呈递到T细胞的细胞上，选择性地活化CD40受体。
另一个实例见于Li等人递交的第20080254026号美国专利申请，其涉及拮抗剂抗-CD40单克隆抗体及其应用的方法。简要地来说，公开了用于治疗表达CD40的细胞上激发CD40信号转导所介导的疾病的疗法的组合物和方法。所述的方法包括将治疗有效量的拮抗剂抗-CD40抗体或其抗原结合片段给予对其有需要的患者。所述的拮抗剂抗-CD40抗体或其抗原结合片段没有显著的激动剂活性，但是当该抗体在人类表达CD40的细胞 上结合于CD40抗原时，显示拮抗剂活性。所述的抗-CD40抗体或其抗原结合片段的拮抗剂活性有利于抑制人类表达CD40的细胞的增殖和/或分化，所述的人类表达CD40的细胞如B细胞。
由Delucia递交的第20080241139号美国专利申请中示教了另一个的实例，其涉及佐剂组合物，所述佐剂组合物包括微生物的TLR激动剂、CD40或者4-1BB激动剂以及可选地包括抗原，及其在细胞免疫中诱导协同增强(synergistic enhancement)中的用途。简要地来说，该申请据称示教了佐剂组合物，其包括至少一种微生物TLR激动剂如整个的病毒、细菌或者酵母或者其一部分如膜、球状质体、胞质或者形骸细胞，CD40或者4-1BB激动剂，以及可选地公开了抗原，其中所有三个部分可以为分开的，或者包括同样的重组微生物或者病毒。同样提供了这些免疫佐剂在治疗各种慢性疾病如癌症和HIV感染中的用途。
由Bernett等人递交的美国专利申请No.20080199471涉及经优化的CD40抗体及使用其的方法。简要地来说，该申请据称示教了靶向CD40的抗体，其中所述的抗体包括与亲代抗体相关的至少一种修饰，其中所述的修饰改变对FcγR的亲和性或者改变相对于亲代抗体的效应子功能。还公开了使用该发明的抗体的方法。
最后，由Tripp等人递交的美国专利申请No.20080181915涉及用于呼吸道合胞体病毒的CD40配体佐剂。简要地来说，该申请据称示教了用于在宿主中增强针对RSV的免疫应答的方法和佐剂，其中所述的方法和佐剂包括CD40结合蛋白的来源。优选地，所述的CD40结合蛋白是CD40L，并且所述的来源是包括可操作地连接到CD40L编码区域的启动子的载体。由该发明的佐剂和方法提高的免疫应答包括增加的Th1细胞因子表达和增加的抗体产生。
本发明的公开
在一个实施方案中，本发明为包括下式的融合蛋白：抗体(Ab)-肽接头(PL)-抗原(Ag)x、Ab-(PL-Ag)x；Ab-(Ag-PL)x；Ab-(PL-Ag-PL)x；Ab-(Ag-PL-Ag)x；Ab-(PL-Ag)x-PL；或者Ab-(Ag-PL)x-Ag；其中Ab是抗体或者其片段，其中PL是至少一个包括至少一个糖基化位点的肽接头；其中Ag是至少一个抗原；以及x是从1到20的整数，所述的融合蛋白在溶液中比没有糖基化位点的相同的融合蛋白具有更高的稳定性。在一个方 面，Ag选自病毒抗原、肿瘤抗原、感染性疾病抗原、自身免疫抗原、毒素或者其组合。在另一个方面，所述的Ag是肽串联体(concatemer)。在另一个方面，所述的PL是肽串联体。在另一个方面，所述-(PL-Ag)x，-(Ag-PL)x，-(PL-Ag-PL)x，或-(Ag-PL-Ag)x位于Ab重链或其片段的羧基末端。在另一个方面，所述的Ag在宿主中引发体液免疫应答和/或细胞免疫应答。在一个方面，所述的Ab至少包括抗-CD40_12E12.3F3(ATCC登记号PTA-9854)、抗-CD40_12B4.2C10(保藏提交号HS446，ATCC登记号_______)和抗-CD40_11B6.1C3(保藏提交号HS440，ATCC登记号_______)的可变区。
在一个方面，所述的Ag选自自身免疫疾病中涉及的，与自身免疫疾病或者障碍相关的抗原，所述的抗原选自谷氨酸脱羧酶65(GAD65)、天然的DNA、髓鞘碱性蛋白、髓鞘蛋白脂质蛋白、乙酰胆碱受体组件、甲状腺球蛋白及促甲状腺激素(TSH)受体。在另一个方面，所述的Ag选自感染性的疾病抗原，所述的疾病抗原选自细菌的、病毒的、寄生的及真菌的抗原。在另一个方面，x包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或者19。在另一个方面，所述的融合蛋白包括两个或多个Ag，所述Ag来自不同的抗原，由至少一个PL隔开。在另一个方面，所述的融合蛋白包括两个或多个Ag，所述Ag由至少一个包括丙氨酸和丝氨酸的PL隔开。在另一个方面，所述的Ab是抗体片段，其选自Fv、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fc或者ScFv。
在一个方面，所述的Ab特异性地结合于第I类MHC、第II类MHC、CD1、CD2、CD3、CD4、CD8、CD11b、CD14、CD15、CD16、CD19、CD20、CD29、CD31、CD40、CD43、CD44、CD45、CD54、CD56、CD57、CD58、CD83、CD86、CMRF-44、CMRF-56、DCIR、DC-ASPGR、CLEC-6、CD40、BDCA-2、MARCO、DEC-205、甘露糖受体、胰岛蛋白、DECTIN-1、B7-1、B7-2、IFN-γ受体和IL-2受体、ICAM-1、Fcγ受体、T细胞受体或者凝集素。在另一个方面，所述的Ab是IgA、IgD、IgE、IgG或者IgM或者其同种型(isotype)。在另一个方面，所述的Ab是人抗体或者人源化抗体。在另一个方面，所述的PL包括丙氨酸和丝氨酸。在另一个方面，所述的PL选自：SSVSPTTSVHPTPTSVPPTPTKSSP(SEQ ID NO.:11)、PTSTPADSSTITPTATPTATPTIKG(SEQ ID NO.:12)、TVTPTATATPSAIVTTITPTATTKP(SEQ ID NO.:l3)或者 TNGSITVAATAPTVTPTVNATPSAA(SEQ IDNO.:14)。
本发明的再另一个实施方案是编码融合蛋白的核酸表达载体，所述的核酸表达载体包括：第一多核苷酸，其编码抗体轻链或其片段；和第二多核苷酸，其编码抗体重链或其片段；其中所述的融合蛋白包括下式：Ab-(PL-Ag)x或者Ab-(Ag-PL)x；其中Ab是抗体或者其片段；其中PL是至少一个包括至少一个糖基化位点的肽接头；其中Ag是至少一个抗原；以及其中x是从1到20的整数，所述的融合蛋白在溶液中比没有糖基化位点的相同的融合蛋白具有更高的稳定性。在一个方面，所述的(PL-Ag)x或者(Ag-PL)x位于Ab重链或其片段的羧基末端。在另一个方面，所述的第一和第二多核苷酸位于单一的表达载体上。在另一个方面，所述的Ag选自感染性的疾病抗原，所述的感染性疾病抗原选自细菌的、病毒的、寄生的和真菌的抗原。在另一个方面，x包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或者19。在另一个方面，所述的融合蛋白包括两个或多个Ag，所述Ag来自不同的抗原，由至少一个PL隔开。在另一个方面，所述的融合蛋白包括两个或多个Ag，所述Ag由至少一个包括丙氨酸和丝氨酸的PL隔开。在另一个方面，所述的Ab是抗体片段，其选自Fv、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fc或者ScFv。在另一个方面，所述的Ab特异性地结合于第I类MHC、第II类MHC、CD1、CD2、CD3、CD4、CD8、CD11b、CD14、CD15、CD16、CD19、CD20、CD29、CD31、CD40、CD43、CD44、CD45、CD54、CD56、CD57、CD58、CD83、CD86、CMRF-44、CMRF-56、DCIR、DC-ASPGR、CLEC-6、CD40、BDCA-2、MARCO、DEC-205、甘露糖受体、胰岛蛋白、DECTIN-1、B7-1、B7-2、IFN-γ受体和IL-2受体、ICAM-1、Fcγ受体、T细胞受体或者凝集素。在另一个方面，所述的Ab是IgA、IgD、IgE、IgG或者IgM或者其同种型。在另一个方面，所述的Ab是人抗体或者人源化抗体。在另一个方面，所述的PL包括丙氨酸和丝氨酸，和/或所述的PL选自：SSVSPTTSVHPTPTSVPPTPTKSSP(SEQ IDNO.:11)、PTSTPADSSTITPTATPTATPTIKG(SEQ ID NO.:12)、TVTPTATATPSAIVTTITPTATTKP(SEQ ID NO.:l3)或者TNGSITVAATAPTVTPTVNATPSAA(SEQ ID NO.:14)。在另一个方面，所述的第一和第二多核苷酸在组成型启动子的下游。
本发明的再另一个实施方案是包括式：NH2-Ab-(PL-Ag)x-COOH或者 NH2-Ab-(Ag-PL)x-COOH的稳定的、可分泌的融合蛋白，其中Ab是抗体或者其片段；其中PL是至少一个包括至少一个糖基化位点的肽接头；其中Ag是至少一个免疫原性抗原；以及其中x是从1到20的整数，所述的融合蛋白与不可溶或不稳定的单独的Ab-Ag蛋白相比，其在溶液中是稳定及可溶的。
另一个实施方案是将抗原肽稳定化的方法，所述的方法包括：将一种或者多种不稳定或者不可溶的抗原肽掺入融合蛋白中，其中所述的融合蛋白具有以下的结构：Ab-(PL-Ag)x或者Ab-(Ag-PL)x；其中Ab是抗体或者其片段；其中PL是至少一个包括至少一个糖基化位点的肽接头；其中Ag是至少一个抗原；以及其中x是从1到20的整数，所述的融合蛋白在溶液中是稳定及可溶的，而Ab-Ag在该溶液中是不可溶或不稳定的。
本发明的再另一个实施方案是包括核酸表达载体的宿主细胞，所述的核酸表达载体包括：第一多核苷酸，其编码抗体轻链；和第二多核苷酸，其编码抗体重链融合蛋白，所述的融合蛋白包括下式：Ab-(PL-Ag)x或者Ab-(Ag-PL)x；其中Ab是抗体或者其片段；其中PL是至少一个包括至少一个糖基化位点的肽接头；其中Ag是至少一个抗原；以及其中x是从1到20的整数，所述的融合蛋白在溶液中比没有糖基化位点的融合蛋白具有更高的稳定性。在另一个实施方案中，所述的宿主细胞包括表达载体，该表达载体产生包括式：Ab-(PL-Ag)x；Ab-(Ag-PL)x；Ab-(PL-Ag-PL)x；Ab-(Ag-PL-Ag)x；Ab-(PL-Ag)x-PL或者Ab-(Ag-PL)x-Ag的融合蛋白；其中Ab是抗体或者其片段；其中PL是至少一个包括至少一个糖基化位点的肽接头；其中Ag是至少一个抗原；以及其中x是从1到20的整数，所述的融合蛋白在溶液中比没有糖基化位点的相同的融合蛋白具有更高的稳定性。
本发明还包括药物组合物，所述的药物组合物包括具有下式的抗体：Ab-(PL-Ag)x；Ab-(Ag-PL)x；Ag-(PL-Ag-PL)x；Ab-(Ag-PL-Ag)x；Ab(PL-Ag)x-PL或者Ab-(Ag-PL)x-Ag；其中Ab是抗体或者其片段；其中PL是至少一个包括至少一个糖基化位点的肽接头；其中Ag是至少一个抗原；以及其中x是从1到20的整数，所述的融合蛋白在溶液中比没有糖基化位点的相同的融合蛋白具有更高的稳定性。
本发明的再另一个实施方案是包括式：Ab-(PL-Ag)x-(PLy-Agz)n或者Ab-(Ag-PL)x-(PLy-Agz)n的融合蛋白；其中Ab是抗体或者其片段；其中 PL是至少一个包括至少一个糖基化位点的肽接头；其中Ag是至少一个抗原；以及其中x是从1到20的整数；其中n为从0到19；并且其中y或者z为0到10，其中所述的融合蛋白在溶液中比没有糖基化位点的相同的融合蛋白具有更高的稳定性。
另一个实施方案是经分离和纯化的疫苗，所述的疫苗包括：选自至少一个SEQ IDNO.:6、7、8、9、10、16、17、18、19、20、36、37、96、97、98、99、110、111、112、118、119、134、136、138、146和147的特异性地结合于CD40的重链；以及特异性地结合于CD40的轻链。在一个方面，所述的抗体进一步地定义为人源化抗体。
本发明的再另一个实施方案是包括下式的融合蛋白：Ab-(PL-Ag)x、Ab-(Ag-PL)x、Ab-(PL-Ag-PL)x、Ab-(Ag-PL-Ag)x、Ab-(PL-Ag)x-PL或者Ab-(Ag-PL)x-Ag；其中Ab是抗体或者其片段；其中PL是至少一个包括至少一个糖基化位点的肽接头；其中Ag是至少一个病毒的抗原；以及其中x是从1到20的整数。在一个方面，所述的融合蛋白在溶液中比没有糖基化位点的PL具有更高的稳定性。在另一个方面，所述的Ag包括来自腺病毒、逆转录病毒、细小核糖核酸病毒、疱疹病毒、轮状病毒、汉坦病毒(hantaviruses)、冠状病毒、披膜病毒(togavirus)、黄病毒(flavirvirus)、弹状病毒、副粘病毒、正粘病毒(orthomyxovirus)、本雅病毒(bunyavirus)、砂粒病毒、呼肠孤病毒、乳头瘤病毒(papilomavirus)、细小病毒、痘病毒、嗜肝DNA病毒或海绵状病毒的肽。在另一个方面，所述的Ag包括来自至少一种HIV、CMV、甲型肝炎、乙型肝炎和丙型肝炎、流感、麻疹、脊髓灰质炎、天花、风疹、呼吸道合胞病毒、单纯疱疹、水痘带状疱疹、埃-巴二氏(Epstein-Barr)、日本脑炎、狂犬病、流感或感冒病毒的肽。
在另一个方面，所述的Ag选自：Nef(66-97):VGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGL(SEQ ID NO.:1)；Nef(116-145):HTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWLYKL(SEQ ID NO.:2)；Gagp17(17-35):EKIRLRPGGKKKYKLKHIV(SEQ ID NO.:3)；Gag p17-p24(253-284):NPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILD(SEQ ID NO.:4)；或者Pol 325-355(RT 158-188)为AIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLY(SEQ ID NO.:5)。在另一个方面，所述的Ag为19到32个残基。在另一个方面，所述的Ag选自存在于MHC-I型分子环境下的HIV-1 Nef、Gag和Env蛋白中鉴别的细胞毒 性T细胞(CTL)表位。在另一个方面，所述的Ag选自HIV gp120、gp41、Gag、p17、p24、p2、p7、p1、p6、Tat、Rev、PR、RT、IN、Vif、Vpr、Vpx、Vpu和Nef。在另一个方面，x包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或者19。在另一个方面，所述的Ag包括来自由不同的肽接头隔开的不同的抗原的病毒肽。在另一个方面，所述的Ag由至少一个含有丙氨酸和丝氨酸的PL隔开。在另一个方面，所述的融合蛋白选自SEQ ID NO.:21、22、23、24、25、26或者36。在另一个方面，所述的融合蛋白从包括编码所述的融合蛋白的多核苷酸载体的细胞中分离，所述的多核苷酸载体包括SEQ ID NO.:21、22、23、24、25、26或者36。在另一个方面，所述的Ab包括SEQ ID NO.:37和38。
在另一个方面，所述的融合蛋白从包括表达所述的融合蛋白的多核苷酸载体的细胞中分离，所述的Ab部分包括SEQ ID 39和40。在另一个方面，Ag选自SEQ ID NO.:52-56、58-60、61-69、70-72或者73-77的至少一种。在另一个方面，所述的Ag为17到60个残基。在另一个方面，所述的Ag为8、10、12、14、15、16、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55到60个残基长。在另一个方面，所述的Ag包括至少一个脂肽。在另一个方面，所述的Ag位于羧基末端，并进一步地包括羧基末端(Palm)-NH2基团。在另一个方面，所述的PL选自：SSVSPTTSVHPTPTSVPPTPTKSSP(SEQ ID NO.:11)、PTSTPADSSTITPTATPTATPTIKG(SEQ IDNO.:12)、TVTPTATATPSAIVTTITPTATTKP(SEQ ID NO.:l3)或者TNGSITVAATAPTVTPTVNATPSAA(SEQ ID NO.:14)。在另一个方面，所述的PL包括丙氨酸和丝氨酸。
本发明的另一个实施方案是病毒抗原传送载体，所述的载体包括：融合蛋白，所述的融合蛋白包括抗-CD40抗体或其片段及在该抗-CD40抗体羧基末端上的一个或者多个病毒肽，其中当存在两个或多个病毒肽时，所述的病毒肽由一个或多个肽接头分开，所述的肽接头包括至少一个潜在的糖基化位点。在另一个方面，抗原传送载体是抗-CD40抗体或其片段以及位于该抗-CD40抗体的轻链、重链或者轻链和重链两者的羧基末端的两个或更多个病毒肽，其中两个或更多个病毒肽由包括至少一个潜在的糖基化位点的一个或更多个肽接头分开。
本发明的再另一个实施方案是稳定病毒肽的方法，所述的方法包括： 将一个或者更多个不稳定或者不可溶的病毒肽与抗体一起掺入融合蛋白中，所述的抗体及所述的病毒肽由一个或多个肽接头分开，所述的肽接头包括一个或多个糖基化位点。另一个实施方案是提高T细胞响应的方法，包括：将需要接种疫苗的受试者使用有效量的疫苗进行免疫，所述的疫苗包括式Ab-(PL-Ag)x或者Ab-(Ag-PL)x；其中Ab是抗体或其片段；PL是至少一个包括至少一处糖基化位点的肽接头；Ag是至少一种病毒抗原；并且x是从1到20的整数。在一个方面，所述的融合蛋白在溶液中比没有糖基化位点的同样的融合蛋白具有更高的稳定性。在另一个方面，所述的至少一种病毒抗原包括来自腺病毒、逆转录病毒、细小核糖核酸病毒、疱疹病毒、轮状病毒、汉坦病毒、冠状病毒、披膜病毒、黄病毒、弹状病毒、副粘病毒、正粘病毒、本雅病毒、砂粒病毒、呼肠孤病毒、乳头瘤病毒、细小病毒、痘病毒、嗜肝DNA病毒或海绵状病毒的肽。在另一个方面，所述的至少一种病毒抗原包括来自至少一种HIV、CMV、甲型肝炎、乙型肝炎和丙型肝炎、流感、麻疹、脊髓灰质炎、天花、风疹、呼吸道合胞病毒、单纯疱疹、水痘带状疱疹、埃-巴二氏、日本脑炎、狂犬病、流感或感冒病毒的肽。
在一个方面，所述的Ag选自：Nef(66-97):VGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGL(SEQ ID NO.:1)、Nef(116-145):HTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWLYKL(SEQ ID NO.:2)、Gagp17(17-35):EKIRLRPGGKKKYKLKHIV(SEQ ID NO.:3)、Gag p17-p24(253-284):NPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILD(SEQ ID NO.:4)和/或Po1325-355(RT 158-188)为AIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLY(SEQ ID NO.:5)。在另一个方面，所述的Ag为19到32个残基，并且选自存在于MHC-I型分子环境下的HIV-1 Nef、Gag和Env蛋白中鉴别的细胞毒性T细胞(CTL)表位。在另一个方面，所述的Ag选自HIV gp120、gp41、Gag、p17、p24、p2、p7、p1、p6、Tat、Rev、PR、RT、IN、Vif、Vpr、Vpx、Vpu和Nef。在另一个方面，x包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或者19。在另一个方面，所述的Ag包括两种或者更多种来自不同病毒的病毒抗原。在另一个方面，PL包括丙氨酸和丝氨酸。在另一个方面，所述的疫苗选自SEQ ID NO.:21、22、23、24、25、26或者36。在另一个方面，所述的Ab包括SEQ ID NO.:37和38。在另一个方面， Ag选自SEQ ID NO.:52-56、58-60、61-69、70-72或者73-77的至少一种。在另一个方面，所述的Ag为17到60个残基。在另一个方面，所述的Ag为8、10、12、14、15、16、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55到60个残基长。在另一个方面，所述的Ag为8、10、12、14、15、16、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55到60个残基长。在另一个方面，所述的Ag包括脂肽。在另一个方面，所述的Ag位于羧基末端，并包括羧基末端(Palm)-NH2基团。在另一个方面，所述的PL选自：SSVSPTTSVHPTPTSVPPTPTKSSP(SEQ ID NO.:11)、PTSTPADSSTITPTATPTATPTIKG(SEQ ID NO.:12)、TVTPTATATPSAIVTTITPTATTKP(SEQ IDNO.:l3)或者TNGSITVAATAPTVTPTVNATPSAA(SEQ ID NO.:14)。
本发明的再另一个实施方案是制备对HIV肽特异性的，产生IFNγ的T细胞的方法，包括：将受试者使用融合蛋白进行免疫，所述的融合蛋白包括抗-CD40抗体或其片段，在所述抗体的羧基末端具有一个或多个HIV肽；并且从该受试者分离外周血液单核细胞，其中所述的经分离的外周血液单核细胞富集了产生抗-HIV的IFNγ的T细胞，其中所述的抗-CD40抗体包括SEQ ID NOS.:37和38或其片段。在一个方面，所述的受试者是怀疑具有HIV感染的患者。在另一个方面，所述的融合蛋白包括两个或者更多个HIV肽，并且所述的肽由一个或者多个肽接头隔开。在另一个方面，所述的融合蛋白包括两个或更多个HIV肽并且所述的肽由一个或更多个包括糖基化序列的肽接头隔开。在另一个方面，所述的融合蛋白包括两个或者多个HIV肽，并且所述的肽由一个或多个含有丙氨酸和丝氨酸的肽接头隔开。在另一个方面，所述的一个或多个HIV肽包括至少一个脂肽。在另一个方面，所述的一个或多个HIV肽包括一个羧基末端(Palm)-NH2基团。在另一个方面，所述的一个或多个HIV肽是19到32个氨基酸长的，并且选自在不同的MHC-I型分子环境下的HIV-1 Nef、Gag和Env蛋白质中鉴别的细胞毒性T细胞(CTL)表位。在另一个方面，所述的一个或多个HIV肽选自HIV gp120、gp41、Gag、p17、p24、p2、p7、p1、p6、Tat、Rev、PR、RT、IN、Vif、Vpr、Vpx、Vpu和Nef。在另一个方面，所述的一种或多种病毒肽选自以下的至少一个：Nef(66-97):VGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGL(SEQ ID NO.:1)、Nef(116-145):HTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWLYKL(SEQ ID NO.:2)、 Gag p17(17-35):EKIRLRPGGKKKYKLKHIV(SEQ ID NO.:3)；Gag p17-p24(253-284):NPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILD(SEQ ID NO.:4)；和/或Pol 325-355(RT 158-188)为AIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLY(SEQ ID NO.:5)。
本发明再另一个实施方案是包括抗-CD40抗体或其片段的融合蛋白，其在抗体的羧基末端具有一个或多个由包括至少一个丙氨酸和一个丝氨酸的PL隔开的病毒肽。在一个方面，所述的一个或多个病毒肽是HIV肽。在另一个方面，所述的一个或多个病毒肽选自以下的至少一个：Nef(66-97):VGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGL(SEQ ID NO.:1)、Nef(116-145):HTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWLYKL(SEQ ID NO.:2)、Gag p17(17-35):EKIRLRPGGKKKYKLKHIV(SEQ ID NO.:3)；Gag p17-p24(253-284):NPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILD(SEQ ID NO.:4)；和/或Pol 325-355(RT 158-188)为AIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLY(SEQ ID NO.:5)。
本发明还包括制备融合蛋白的方法，包括：向表达载体中插入核酸构建体，所述的核酸构建体包含编码具有下式的蛋白质的多核苷酸：Ab-(PL-Ag)x或者Ab-(Ag-PL)x；其中Ab是抗体或其片段；PL是至少一个包括至少一处糖基化位点的肽接头；Ag是至少一种病毒抗原；并且x是从1到20的整数；并且将该载体在足以允许所述融合蛋白表达的条件下进行培养。在一个方面，所述的融合蛋白在溶液中比没有糖基化位点的同样的融合蛋白具有更高的稳定性。在另一个方面，所述的至少一种病毒抗原包括来自腺病毒、逆转录病毒、细小核糖核酸病毒、疱疹病毒、轮状病毒、汉坦病毒、冠状病毒、披膜病毒、黄病毒、弹状病毒、副粘病毒、正粘病毒、本雅病毒、砂粒病毒、呼肠孤病毒、乳头瘤病毒、细小病毒、痘病毒、嗜肝DNA病毒或海绵状病毒的肽。在另一个方面，所述的至少一种病毒抗原包括来自至少一种HIV、CMV、甲型肝炎、乙型肝炎和丙型肝炎、流感、麻疹、脊髓灰质炎、天花、风疹、呼吸道合胞病毒、单纯疱疹、水痘带状疱疹、埃-巴二氏、日本脑炎、狂犬病、流感或感冒病毒的肽。在另一个方面，所述的融合蛋白是Ab的轻链、Ab的重链或Ab的轻链和重链两者。在另一个方面，所述的Ag选自：Nef(66-97):VGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGL(SEQ ID NO.:1)、Nef(116-145):HTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWLYKL(SEQ ID NO.: 2)、Gag p17(17-35):EKIRLRPGGKKKYKLKHIV(SEQ ID NO.:3)、Gag p17-p24(253-284):NPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILD(SEQ ID NO.:4)和/或Po1325-355(RT 158-188)为AIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLY(SEQ ID NO.:5)。
本发明的再另一个实施方案包括将抗原特异性的T细胞在体外扩增(expand)的方法，包括：从HIV患者分离PBMC；将该经分离的PBMC与有效量的αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗温育；在有效量的IL-2的存在下扩增所述的PBMC；收获细胞；并且评估该细胞的细胞因子产量，从而确定抗-HIV特异性的T细胞的存在。另一个实施方案是通过下述方法制备的HIV抗原特异性的T细胞，所述的方法包括：从HIV患者分离PBMC；将该经分离的PBMC与有效量的αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗温育；在有效量的IL-2的存在下扩增所述的PBMC；收获细胞；并且评估该细胞的细胞因子产量，从而确定抗-HIV特异性的T细胞的存在。另一个实施方案是制备治疗的疫苗的方法，包括：用αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗加载树突细胞，其包括：分离HIV患者的单核细胞；使用IFNα和GM-CSF将所述的单核细胞分化成为树突细胞；并且将经分化的树突细胞暴露于αCD40.LIPO5 HIV肽，其中所加载的树突细胞能够在体外激发自体同源的HIV-肽特异性的T细胞。
本发明还包括通过以下方法制备的治疗的疫苗，所述的方法包括：用αCD40.LIPO5HIV肽疫苗加载树突细胞，其包括：分离HIV患者的单核细胞；使用IFNα和GM-CSF将所述的单核细胞分化成为树突细胞；并且将经分化的树突细胞暴露于αCD40.LIPO5 HIV肽，其中所加载的树突细胞能够在体外激发自体同源的HIV-肽特异性的T细胞。另一个实施方案是包含多肽的治疗的疫苗，所述的多肽包含SEQ ID NO.:21、22、23、24、25、26或者36中的至少一个。再另一个实施方案是包含融合蛋白的治疗的疫苗，所述的融合蛋白包括式：Ab-(PL-Ag)x、Ab-(Ag-PL)x、Ab-(PL-Ag-PL)x、Ab-(Ag-PL-Ag)x、Ab-(PL-Ag)x-PL或者Ab-(Ag-PL)x-Ag；其中Ab是抗体或其片段；PL是至少一个包括至少一处糖基化位点的肽接头；Ag是至少一种病毒抗原；并且x是从1到20的整数。
本发明的再另一个实施方案包括包含下式的融合蛋白：Ab-(PL-Ag)x、Ab-(Ag-PL)x、Ab-(PL-Ag-PL)x、Ab-(Ag-PL-Ag)x、Ab-(PL-Ag)x-PL或者Ab-(Ag-PL)x-Ag；其中Ab是抗体或其片段；PL是至少一个包括至少一处 糖基化位点的肽接头；Ag是至少一种癌抗原；并且x是从1到20的整数。在一个方面，所述的融合蛋白在溶液中比没有糖基化位点的相同的融合蛋白具有更高的稳定性。在另一个方面，所述的Ag选自与肿瘤关联的抗原，所述的与肿瘤关联的抗原选自CEA、前列腺特异性抗原(PSA)、HER-2/neu、BAGE、GAGE、MAGE 1-4、6和12、MUC-相关蛋白(粘液素)(MUC-1、MUC-2等等)、GM2和GD2神经节糖苷、ras、myc、酪氨酸酶、MART(黑色素瘤抗原)、MARCO-MART、细胞周期蛋白B1、细胞周期蛋白D、Pmel 17(gp100)、GnT-V内含子V序列、(N-乙酰葡糖胺基转移酶V内含子V序列)、前列腺Ca psm、前列腺血清抗原(PSA)、PRAME(黑色素瘤抗原)、β-联蛋白、MUM-1-B(黑色素瘤普遍存在的突变基因产物(melanomaubiquitous mutated gene product))、GAGE(黑色素瘤抗原)1、BAGE(黑色素瘤抗原)2-10、c-ERB2(Her2/neu)、EBNA(埃-巴二氏病毒核抗原)1-6、gp75、人类乳突淋瘤病毒(humanpapilloma virus)(HPV)E6和E7，p53、肺部抗性蛋白(lung resistance protein)(LRP)、Bcl-2和Ki-67。在另一个方面，所述的Ag选自肿瘤关联的抗原，所述的抗原包括来自白血病和淋巴瘤、神经肿瘤如星形细胞瘤、胶质母细胞瘤、黑色素瘤、乳癌、肺癌、头颈部肿瘤、肠胃肿瘤、胃癌、结肠癌、肝癌、胰腺癌、泌尿生殖器癌症如宫颈癌、子宫癌、卵巢癌、阴道癌、睾丸癌、前列腺癌或者阴茎癌、骨肿瘤、血管瘤或者嘴唇、鼻咽、咽和口腔、食道、直肠、胆囊、胆道系统、喉、肺和支气管、膀胱、肾、脑和神经系统的其他部分、甲状腺的癌症、何杰金氏病、非何杰金氏淋巴瘤、多发性骨髓瘤和白血病。
在另一个方面，所述的Ag选自以下的至少之一：MWVPVVFLTLSVTWIGAAPLILSRIVGGWECEKHSQPWQVLVASRGRAVCGGVLVHPQWV(SEQ ID NO.:74)、LTAAHCIRNKSVILLGRHSLFHPEDTGQVFQVSHSFPHPLYDMSLLKNRFLRPGDDSSHD(SEQ ID NO.:75)、LMLLRLSEPAELTDAVKVMDLPTQEPALGTTCYASGWGSIEPEEFLTPKKLQCVDLHVIS(SEQ ID NO.:76)、NDVCAQVHPQKVTKFMLCAGRWTGGKSTCSGDSGGPLVCNGVLQGITSWGSEPCALPERP(SEQ ID NO.:77)或者SLYTKVVHYRKWIKDTIVANP(SEQ ID NO.:78)及其片段。在另一个方面，所述的Ag选自以下的至少之一：IMDQVPFSV(SEQ ID NO.:113)、ITDQVPFSV(SEQ ID NO.:114)、 YLEPGPVTV(SEQID NO.:115)、YLEPGPVTA(SEQ ID NO.:116)、KTWGQYWQV(SEQ ID NO.:117)、DTTEPATPTTPVTTPTTTKVPRNQDWLGVSRQLRTKAWNRQLYPEWTEAQRLDCWRGGQVSLKVSNDGPTLIGANASFSIALNFPGSQKVLPDGQVIWVNNTIINGSQVWGGQPVYPQETDDACIFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYWQVLGGPVSGLSIGTGRAMLGTHTMEVTVYHRRGSQSYVPLAHSSSAFTITDQVPFSVSVSQLRALDGGNKHFLRNQ(SEQ ID NO.:122)、PLTFALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRAXVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLTSCGSSPVPAS(SEQ ID NO.:124)、GTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVISTAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAA(SEQ ID NO.:126)、QVTTTEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYRYGSFSVTLDIVQ(SEQ ID NO.:128)以及GIESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGCQPPAQRLCQPVLPSPACQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADTNSLAVVSTQLIVPGILLTGQEAGLGQ(SEQ ID NO.:130)及其片段。
在另一个方面，所述的Ag选自MEMKILRALNFGLGRPLPLHFLRRASKIGEVDVEQHTLAKYLMELTMLDY(SEQ ID NO.:132)和DWLVQVQMKFRLLQETMYMTVSIIDRFMQNNCVPKK(SEQ ID NO.:133)的至少一个。在另一个方面，所述的Ag选自MEHQLLCCEVETIRRAYPDANLLNDRVLRAMLKAEETCAPSVSYFKCV(SEQ ID NO.:141)、QKEVLPSMRKIVATWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLSLEPVKKSRLQLLGATCMFVASKMKETIPLTAEKLCIYTDNSIRPEELLQMELL(SEQ ID NO.:142)、LVNKLKWNLAAMTPHDFIEHFLSKMPEAEENKQIIRKHAQTFVALCATDVKFISNPPSMV(SEQ ID NO.:143)和AAGSVVAAVQGLNLRSPNNFLSYYRLTRFLSRVIKCDPDCLRACQEQIEALLESSLRQAQQNMDPKAAEEEEEEEEEVDLACTPTDVRDVDI(SEQ ID NO.:144)及其片段的至少一个。在另一个方面，所述的Ag为19到32个氨基酸长。在另一个方面，所述的Ag为17到60个氨基酸长并选自在PSA或者细胞周期蛋白1中鉴别的细胞毒性T细胞(CTL)表位。在另一个方面，x包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或者19。所述的Ag包括由PL隔开的，来自不同的癌症抗原的两个或更多个癌症肽。在另一个方面，所述的Ag由至少一个包括丙氨酸和丝氨酸的PL隔开。在另一个方面，所述的Ag选自SEQ ID NO.:74-78、79-86、87-92、93-95、113-117、122-130、132-133和141-144。在另一个方面，所述的Ab包含SEQ ID NO.:38和39。在另一个方面，所述的Ab由包含SEQ ID NO.:40和41的核酸表达载体表达。在另一个方面，所述的PL选自：SSVSPTTSVHPTPTSVPPTPTKSSP(SEQ ID NO.:11)、PTSTPADSSTITPTATPTATPTIKG(SEQ IDNO.:12)、TVTPTATATPSAIVTTITPTATTKP(SEQ ID NO.:13)或者TNGSITVAATAPTVTPTVNATPSAA(SEQ ID NO.:14)。在另一个方面，所述的PL包含丙氨酸和丝氨酸。
本发明的再另一个实施方案包括抗原传送载体，所述的载体表达抗-CD40抗体或其片段，和所述的抗-CD40抗体的轻链、重链或轻链和重链两者的羧基末端上的两个或更多个癌症肽，其中当存在两个或更多个癌症肽时，所述的癌症肽由包含至少一个糖基化位点的一个或多个肽接头隔开。在一个方面，所述的一个或多个肽接头选自：SSVSPTTSVHPTPTSVPPTPTKSSP(SEQ ID NO.:11)、PTSTPADSSTITPTATPTATPTIKG(SEQ IDNO.:12)、TVTPTATATPSAIVTTITPTATTKP(SEQ ID NO.:13)或者TNGSITVAATAPTVTPTVNATPSAA(SEQ ID NO.:14)。
本发明的再另一个实施方案包括抗-CD40融合蛋白，所述的抗-CD40融合蛋白包含抗-CD40抗体或其片段，和位于所述抗-CD40抗体羧基末端的一个或多个癌症肽，其中当存在两个或多个癌症肽时，所述的癌症肽由一个或多个包含至少一处糖基化位点的接头肽隔开。在一个方面，所述的抗体片段选自Fv、Fab、Fab'、F(ab')2、Fc或者ScFv片段。在另一个方面，所述的Ag选自SEQ ID NO.:74-78,79-86,87-92,93-95,113-117,122-130,132-133,和141-144。
本发明的再另一个实施方案包括稳定癌症肽的方法，所述的方法包 括：将一种或者多种不稳定或者不可溶的癌症肽与抗体掺入融合蛋白中，其中所述的抗体和所述的癌症肽由一个或多个包含一处或多处糖基化位点的肽接头隔开。在另一个方面，所述的融合蛋白包含两个或多个癌症肽，并且所述的癌症肽由一个或多个肽接头隔开。在另一个方面，所述的融合蛋白包含两个或者多个的癌症肽，并且所述的肽由一个或多个肽接头隔开。在另一个方面，所述的融合蛋白包含两个或多个癌症肽，并且所述的肽由含有丙氨酸和丝氨酸的一个或多个接头隔开。在另一个方面，所述的癌症肽选自肿瘤关联的抗原，所述的肿瘤关联的抗原选自：CEA、前列腺特异性抗原(PSA)、HER-2/neu、BAGE、GAGE、MAGE 1-4、6和12、MUC-相关蛋白(粘液素)(MUC-1、MUC-2等等)、GM2和GD2神经节糖苷、ras、myc、酪氨酸酶、MART(黑色素瘤抗原)、MARCO-MART、细胞周期蛋白B1、细胞周期蛋白D、Pmel 17(gp100)、GnT-V内含子V序列、(N-乙酰葡糖胺基转移酶V内含子V序列)、前列腺Ca psm、前列腺血清抗原(PSA)、PRAME(黑色素瘤抗原)、β-联蛋白、MUM-1-B(黑色素瘤普遍存在的突变基因产物)、GAGE(黑色素瘤抗原)1、BAGE(黑色素瘤抗原)2-10、c-ERB2(Her2/neu)、EBNA(埃-巴二氏病毒核抗原)1-6、gp75、人类乳突淋瘤病毒(HPV)E6和E7，p53、肺部抗性蛋白(LRP)、Bcl-2和Ki-67。在另一个方面，所述的Ag选自肿瘤关联的抗原，所述的抗原包括来自白血病和淋巴瘤、神经肿瘤如星形细胞瘤、胶质母细胞瘤、黑色素瘤、乳癌、肺癌、头颈部肿瘤、肠胃肿瘤、胃癌、结肠癌、肝癌、胰腺癌、泌尿生殖器癌症如宫颈癌、子宫癌、卵巢癌、阴道癌、睾丸癌、前列腺癌或者阴茎癌、骨肿瘤、血管瘤或者嘴唇、鼻咽、咽和口腔、食道、直肠、胆囊、胆道系统、喉、肺和支气管、膀胱、肾、脑和神经系统的其他部分、甲状腺的癌症、何杰金氏病、非何杰金氏淋巴瘤、多发性骨髓瘤和白血病。
在另一个方面，所述的Ag选自以下的至少之一：MWVPVVFLTLSVTWIGAAPLILSRIVGGWECEKHSQPWQVLVASRGRAVCGGVLVHPQWV(SEQ ID NO.:74)、LTAAHCIRNKSVILLGRHSLFHPEDTGQVFQVSHSFPHPLYDMSLLKNRFLRPGDDSSHD(SEQ ID NO.:75)、LMLLRLSEPAELTDAVKVMDLPTQEPALGTTCYASGWGSIEPEEFLTPKKLQCVDLHVIS(SEQ ID NO.:76)、NDVCAQVHPQKVTKFMLCAGRWTGGKSTCSGDSGGPLVCNGVLQGIT SWGSEPCALPERP(SEQ ID NO.:77)或者SLYTKVVHYRKWIKDTIVANP(SEQ ID NO.:78)。
在另一个方面，所述的Ag选自以下的至少之一：IMDQVPFSV(SEQ ID NO.:113)、ITDQVPFSV(SEQ ID NO.:114)、YLEPGPVTV(SEQ ID NO.:115)、YLEPGPVTA(SEQ ID NO.:116)、KTWGQYWQV(SEQ ID NO.:117)、DTTEPATPTTPVTTPTTTKVPRNQDWLGVSRQLRTKAWNRQLYPEWTEAQRLDCWRGGQVSLKVSNDGPTLIGANASFSIALNFPGSQKVLPDGQVIWVNNTIINGSQVWGGQPVYPQETDDACIFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYWQVLGGPVSGLSIGTGRAMLGTHTMEVTVYHRRGSQSYVPLAHSSSAFTITDQVPFSVSVSQLRALDGGNKHFLRNQ(SEQ ID NO.:122)、PLTFALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRAXVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLTSCGSSPVPAS(SEQID NO.:124)、GTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVISTAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAA(SEQ ID NO.:126)、QVTTTEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYRYGSFSVTLDIVQ(SEQ ID NO.:128)以及GIESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGCQPPAQRLCQPVLPSPACQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADTNSLAVVSTQLIVPGILLTGQEAGLGQ(SEQ ID NO.:130)及其片段。
在另一个方面，所述的Ag选自MEMKILRALNFGLGRPLPLHFLRRASKIGEVDVEQHTLAKYLMELTMLDY(SEQ ID NO.:132)和DWLVQVQMKFRLLQETMYMTVSIIDRFMQNNCVPKK(SEQ ID NO.:133)的至少一个。
在另一个方面，所述的Ag选自MEHQLLCCEVETIRRAYPDANLLNDRVLRAMLKAEETCAPSVSYFKCV(SEQ ID NO.:141)、QKEVLPSMRKIVATWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLSLEPVKKSRLQLLGATCMFVASKMKETIPLTAEKLCIYTDNSIRPEELLQMELL(SEQ ID NO.:142)、LVNKLKWNLAAMTPHDFIEHFLSKMPEAEENKQIIRKHAQTFVALCATDVKFISNPPSMV(SEQ ID NO.:143)和AAGSVVAAVQGLNLRSPNNFLSYYRLTRFLSRVIKCDPDCLRACQEQIEALLESSLRQAQQNMDPKAAEEEEEEEEEVDLACTPTDVRDVDI(SEQ ID NO.:144)及其片段的至少一个。在另一个方面，所述的Ag为19到32个氨基酸长。在另一个方面，所述的Ag为17到60个氨基酸长并选自在PSA或者细胞周期蛋白1中鉴别的细胞毒性T细胞(CTL)表位。在另一个方面，x包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或者19。在另一个方面，所述的融合蛋白包含来自不同的抗原的癌症肽，该癌症肽由不同的肽接头隔开。在另一个方面，所述的融合蛋白包含两个或者多个由包含丙氨酸和丝氨酸的一个或者更多个肽接头隔开的癌症肽。在另一个方面，所述的抗体包含SEQ ID NO.:38和39。在另一个方面，所述的融合蛋白由包含SEQ ID NO.:40和41的核酸表达载体表达。在另一个方面，所述的肽接头选自SSVSPTTSVHPTPTSVPPTPTKSSP(SEQ IDNO.:11)、PTSTPADSSTITPTATPTATPTIKG(SEQ ID NO.:12)、TVTPTATATPSAIVTTITPTATTKP(SEQ ID NO.:13)或者TNGSITVAATAPTVTPTVNATPSAA(SEQ ID NO.:14)。
本发明的再另一个实施方案包括增强T细胞响应的方法，包括：将需要接种疫苗的受试者使用有效量的疫苗进行免疫，所述的疫苗包含融合蛋白，所述的融合蛋白包含抗-CD40抗体或其一部分及连接到所述的抗-CD40抗体的羧基末端的一个或者更多个的癌症肽。在另一个方面，所述的癌症肽选自肿瘤关联的抗原，所述的肿瘤关联的抗原选自：CEA、前列腺特异性抗原(PSA)、HER-2/neu、BAGE、GAGE、MAGE 1-4、6和12、MUC(粘液素)(如MUC-1、MUC-2等等)、GM2和GD2神经节糖苷、ras、myc、酪氨酸酶、MART(黑色素瘤抗原)、MARCO-MART、细胞周期蛋白B1、细胞周期蛋白D、Pmel 17(gp100)、GnT-V内含子V序列、(N-乙酰葡糖胺基转移酶V内含子V序列)、前列腺Ca psm、前列腺血清抗原(PSA)、PRAME(黑色素瘤抗原)、β-联蛋白、MUM-1-B(黑色素瘤普遍存在的突变基因产物)、GAGE(黑色素瘤抗原)1、BAGE(黑色素瘤抗原)2-10、c-ERB2(Her2/neu)、EBNA(埃-巴二氏病毒核抗原)1-6、gp75、人类乳突淋瘤病毒(HPV)E6和E7，p53、肺部抗性蛋白(LRP)、Bcl-2和Ki-67。在另一个方面，所述的癌症肽选自肿瘤关联的抗原，所述的抗原包括来自 白血病和淋巴瘤、神经肿瘤如星形细胞瘤、胶质母细胞瘤、黑色素瘤、乳癌、肺癌、头颈部肿瘤、肠胃肿瘤、胃癌、结肠癌、肝癌、胰腺癌、泌尿生殖器癌症如宫颈癌、子宫癌、卵巢癌、阴道癌、睾丸癌、前列腺癌或者阴茎癌、骨肿瘤、血管瘤或者嘴唇、鼻咽、咽和口腔、食道、直肠、胆囊、胆道系统、喉、肺和支气管、膀胱、肾、脑和神经系统的其他部分、甲状腺的癌症、何杰金氏病、非何杰金氏淋巴瘤、多发性骨髓瘤和白血病。
本发明的再另一个实施方案包括制备抗-CD40抗原融合蛋白的方法，包括：在宿主细胞中表达包含抗-CD40抗体或其片段的融合蛋白，所述的融合蛋白在所述的抗-CD40抗体或其片段的羧基末端包含一个或更多个的癌症肽，其中当两个或多个癌症肽由一个或多个接头隔开时，至少一个接头包含糖基化位点；并且分离该融合蛋白。在另一个方面，在宿主中表达的融合蛋白被进一步分离和纯化。在另一个方面，所述的宿主是真核细胞。在另一个方面，所述的癌症肽选自肿瘤关联的抗原，所述的肿瘤关联的抗原选自：CEA、前列腺特异性抗原(PSA)、HER-2/neu、BAGE、GAGE、MAGE 1-4、6和12、MUC-相关蛋白(粘液素)(MUC-1、MUC-2等等)、GM2和GD2神经节糖苷、ras、myc、酪氨酸酶、MART(黑色素瘤抗原)、MARCO-MART、细胞周期蛋白B1、细胞周期蛋白D、Pmel 17(gp100)、GnT-V内含子V序列、(N-乙酰葡糖胺基转移酶V内含子V序列)、前列腺Ca psm、前列腺血清抗原(PSA)、PRAME(黑色素瘤抗原)、β-联蛋白、MUM-1-B(黑色素瘤普遍存在的突变基因产物)、GAGE(黑色素瘤抗原)1、BAGE(黑色素瘤抗原)2-10、c-ERB2(Her2/neu)、EBNA(埃-巴二氏病毒核抗原)1-6、gp75、人类乳突淋瘤病毒(HPV)E6和E7，p53、肺部抗性蛋白(LRP)、Bcl-2和Ki-67。在另一个方面，所述的癌症肽选自肿瘤关联的抗原，所述的抗原包括来自白血病和淋巴瘤、神经肿瘤如星形细胞瘤、胶质母细胞瘤、黑色素瘤、乳癌、肺癌、头颈部肿瘤、肠胃肿瘤、胃癌、结肠癌、肝癌、胰腺癌、泌尿生殖器癌症如宫颈癌、子宫癌、卵巢癌、阴道癌、睾丸癌、前列腺癌或者阴茎癌、骨肿瘤、血管瘤或者嘴唇、鼻咽、咽和口腔、食道、直肠、胆囊、胆道系统、喉、肺和支气管、膀胱、肾、脑和神经系统的其他部分、甲状腺的癌症、何杰金氏病、非何杰金氏淋巴瘤、多发性骨髓瘤和白血病。在另一个方面，所述的癌症肽选自以下的至少之一：MWVPVVFLTLSVTWIGAAPLILSRIVGGWECEKHSQPWQVLVASRGRA VCGGVLVHPQWV(SEQ ID NO.:74)、LTAAHCIRNKSVILLGRHSLFHPEDTGQVFQVSHSFPHPLYDMSLLKNRFLRPGDDSSHD(SEQ ID NO.:75)、LMLLRLSEPAELTDAVKVMDLPTQEPALGTTCYASGWGSIEPEEFLTPKKLQCVDLHVIS(SEQ ID NO.:76)、NDVCAQVHPQKVTKFMLCAGRWTGGKSTCSGDSGGPLVCNGVLQGITSWGSEPCALPERP(SEQ ID NO.:77)或者SLYTKVVHYRKWIKDTIVANP(SEQ ID NO.:78)。
在另一个方面，所述的癌症肽选自以下的至少之一：IMDQVPFSV(SEQ ID NO.:113)、ITDQVPFSV(SEQ ID NO.:114)、YLEPGPVTV(SEQ ID NO.:115)、YLEPGPVTA(SEQ IDNO.:116)、KTWGQYWQV(SEQ ID NO.:117)、DTTEPATPTTPVTTPTTTKVPRNQDWLGVSRQLRTKAWNRQLYPEWTEAQRLDCWRGGQVSLKVSNDGPTLIGANASFSIALNFPGSQKVLPDGQVIWVNNTIINGSQVWGGQPVYPQETDDACIFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYWQVLGGPVSGLSIGTGRAMLGTHTMEVTVYHRRGSQSYVPLAHSSSAFTITDQVPFSVSVSQLRALDGGNKHFLRNQ(SEQ ID NO.:122)、PLTFALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRAXVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLTSCGSSPVPAS(SEQ ID NO.:124)、GTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVISTAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAA(SEQ ID NO.:126)、QVTTTEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYRYGSFSVTLDIVQ(SEQ ID NO.:128)以及GIESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGCQPPAQRLCQPVLPSPACQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADTNSLAVVSTQLIVPGILLTGQEAGLGQ(SEQ ID NO.:130)及其片段。
在另一个方面，所述的癌症肽选自MEMKILRALNFGLGRPLPLHFLRRASKIGEVDVEQHTLAKYLMELTMLDY(SEQ ID NO.:132)和DWLVQVQMKFRLLQETMYMTVSIIDRFMQNNCVPKK(SEQ ID NO.:133)的至少一个。
在另一个方面，所述的癌症肽选自MEHQLLCCEVETIRRAYPDANLLNDRVLRAMLKAEETCAPSVSYFKCV(SEQ ID NO.:141)、QKEVLPSMRKIVATWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLSLEPVKKSRLQLLGATCMFVASKMKETIPLTAEKLCIYTDNSIRPEELLQMELL(SEQ ID NO.:142)、LVNKLKWNLAAMTPHDFIEHFLSKMPEAEENKQIIRKHAQTFVALCATDVKFISNPPSMV(SEQ ID NO.:143)和AAGSVVAAVQGLNLRSPNNFLSYYRLTRFLSRVIKCDPDCLRACQEQIEALLESSLRQAQQNMDPKAAEEEEEEEEEVDLACTPTDVRDVDI(SEQ ID NO.:144)及其片段的至少一个。
本发明的再另一个实施方案包括将抗原特异性的T细胞在体外扩增的方法，所述的方法包括：从癌症患者分离外周血液单核细胞(PBMC)；将该经分离的PBMC与产生免疫反应的量的αCD40-(PL-Ag)x或者αCD40-(Ag-PL)x疫苗进行温育；其中Ag是肿瘤关联的抗原，并且x是1到20的整数；在有效量的IL-2的存在下扩增所述的PBMC；收获细胞；并且评估该细胞的细胞因子产量，从而确定抗癌症特异性的T细胞的存在。
本发明的再另一个实施方案包括与肿瘤关联的抗原特异性T细胞，所述的T细胞通过下述方法制备：从癌症患者分离外周血液单核细胞(PBMC)；将该经分离的PBMC与产生免疫反应的量的αCD40-(PL-Ag)x或者αCD40-(Ag-PL)x疫苗进行温育；其中Ag是肿瘤关联的抗原，并且x是1到20的整数；在有效量的IL-2的存在下扩增所述的PBMC；收获细胞；并且评估该细胞的细胞因子产量，从而确定肿瘤关联的抗原特异性的T细胞的存在。
本发明的再另一个实施方案包括含有融合蛋白的治疗的疫苗，所述的融合蛋白包括式：Ab-(PL-Ag)x、Ab-(Ag-PL)x、Ab-(PL-Ag-PL)x、Ab-(Ag-PL-Ag)x、Ab-(PL-Ag)x-PL或者Ab-(Ag-PL)x-Ag；其中Ab是抗体或其片段；PL是至少一个包括至少一处糖基化位点的肽接头；Ag是至少一种癌症抗原；并且x是从1到20的整数。
附图说明
为了更完全地理解本发明的特征和优点，在此参考本发明的详述及所附的图，并且其中：
图1显示了融合到不同的HIV肽的蛋白质A亲和重组抗体(第1到第5道)，所述的与不同的HIV肽融合的重组抗体由经转染的293F细胞分泌，并经还原性SDS.PAGE及考马斯亮蓝染色分析。
图2显示了蛋白质A亲和纯化的，融合到不同的HIV肽的重组抗体(第1和第2道)，所述的与不同的HIV肽融合的重组抗体由经转染的293F细胞分泌，随后进行还原性SDS.PAGE及考马斯亮蓝染色分析。
图3显示了蛋白质A亲和纯化的，融合到不同的HIV肽链的重组抗体(第1到第5道)，所述的与不同的HIV肽融合的重组抗体由经转染的293F细胞分泌，随后进行还原性SDS.PAGE及考马斯亮蓝染色分析。
图4显示了蛋白质A亲和纯化的，融合到不同的HIV肽链的重组抗体(第1到第6道)，所述的与不同的HIV肽融合的重组抗体由经转染的293F细胞分泌，随后进行还原性SDS.PAGE及考马斯亮蓝染色分析。
图5描述了用于在体外分析αCD40.LIPO5 HIV肽融合重组抗体(αCD40.LIPO5 rAb)在PBMC培养物的环境下引发抗原特异性的T细胞扩增效力的方案。
图6显示了与不同浓度的抗-CD40.LIPO5肽链疫苗温育的来自HIV患者的PBMC中，HIV肽特异性的IFNγ的产量。C是对照组，其未接受疫苗，并且限定了培养物对各个肽的基线响应。
图7是αCD40.LIPO5肽疫苗对来自8名HIV患者的5个肽区域的响应的总结。
图8显示了αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗引发能分泌多种细胞因子的对HIV肽特异性的T细胞的扩增—疫苗的希望得到的特征。图8还显示了αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗引发gag253、nef66、nef116和pol325肽特异性的响应，其特征在于多种细胞因子的产生(患者A5)。
图9显示了用于检测αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗控制抗原特异性的T细胞扩增的能力的方案，所述的T细胞从DC的靶向摄取及在其表面MHC复合物上呈递肽表位得到。
图10显示了响应于来自DC-T细胞共培养物的HIV肽的细胞因子分泌，所述的DC-T细胞共培养物使用不同剂量的αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗进行处理(患者A10)。
图11显示了将来自患者A4的PBMC用αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗处理，引发对gag253区有特异性，而对柔性的接头序列无特异性的抗原-特异性的T细胞的扩增。
图12A是αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗的重链序列以黑体显示了柔性的接头区域，下划线的为连接序列和涂成灰色的HIV肽区域。图12A显示了使用αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗处理来自患者A3的PBMC，引发了抗原特异性T细胞的增殖，所述的抗原特异性T细胞对gag253、nef66和nef116区有特异性，而对柔性的接头序列没有特异性。图12B显示了将HIV患者A17的PBMC与30nM的三种不同的HIV5肽DC靶向疫苗温育，所引起的HIV抗原特异性T细胞响应。图12C是与图12B中显示的类似的研究，除了PBMC来自另一名HIV患者(A2)。图12D显示了15个不同的HIV肽响应[从3名患者中取样的5个肽区域]，发现抗-CD40.HIV5pep疫苗在引发广谱的HIV肽特异性CD8+和CD4+T响应中，优于抗-DCIR.HIV5pep、抗-LOX-1.HIV5pep和非-LIPO5的混合物。
图13显示了抗-CD40mAb:IL-4DC的内在化。将IL-4DC用500ng/ml的抗-CD40-A1exa568处理。
图14显示了通过使用抗-CD40-HA1靶向DC增殖CD4和CD8T细胞。将加载了2μg/m1的抗-CD40-HA或者对照Ig-HA15xl0e3的IFNDC与标记了CFSE的自体同源的CD4+或者CD8+T细胞(2x10e5)共同温育7天。随后将细胞使用抗-CD4或者抗-CD8抗体进行染色。通过测量CFSE的稀释检测细胞增殖。
图15显示了CD4+T的增殖时HA1融合蛋白的滴定。将加载了融合蛋白的IFNDC(5K)与标记了CFSE的CD4+T细胞(200K)共培养7天。
图16显示了使用抗-CD40-HA1靶向的IFNDC活化HA1-特异性的CD4+T细胞。将CD4+T细胞使用加载了5μM所标明的肽的DC进行再活化，并且随后进行细胞内IFNγ染色。
图17显示了使用抗-CD40-HA1靶向的IFNDC活化HA1-特异性的CD4+T细胞。将CD4+T细胞使用加载了所标明的肽的DC进行再活化36小时，并且随后分析培养物上清测量其IFNγ。
图18显示了靶向CD40导致了MART-1特异性的CD8+T细胞的增强的交叉敏化(crosspriming)。将加载了融合蛋白的IFNDC(5K/孔)与经纯化的CD8+T细胞共同培养10天。将细胞使用抗-CD8及四聚物进行染 色。细胞来自健康的供体(HLA-A*0201+)。
图19显示了靶向CD40导致MART-1特异性的CD8+T细胞的增强的交叉敏化。(8次重复试验的总结，所述试验使用来自不同的健康供体的细胞)。
图20显示了使用抗-CD40-MART-1靶向的IFNDC诱导的CD8+CTL是有功能的。将与以融合蛋白靶向的IFNDC共培养的CD8+T细胞与加载了10μM肽表位的T2细胞混合。
图21显示了使用抗-CD40-Flu M1靶向的IFNDC诱导的CD8+CTL是有功能的。将与以融合蛋白靶向的IFNDC共培养的CD8+T细胞与加载了1.0nM肽表位的T2细胞混合。
图22显示了检测疫苗从原态T细胞种群引发增殖能力的方案略图，所述的疫苗由连接到PSA(前列腺特异性抗原)的抗-CD4012E12构成。PSA特异性的CD4+T细胞对应于大范围的PSA表位。简要地来说，将从健康供体的单核细胞与IFNα和GM-CSF的培养得到的DC与疫苗进行温育。次日，将细胞放置在新鲜的培养基中，并加入来自同一供体的纯CD4+T细胞。几天之后，加入PSA肽，并且在4小时之后，测定在培养物上清中的分泌的γ-IFN的水平。
图23显示多种PSA肽引发强烈的产生γ-IFN的响应，这表明抗-CD4012E12和类似的抗-CD40剂能够有效地将抗原传送到DC，导致针对该抗原的多个表位的免疫应答的敏化。
图24显示了由抗-CD40-PSA靶向的DC诱导PSA-特异性的CD8+T细胞响应。将IFNDC使用1μg具有PSA的mAb融合蛋白进行靶向。将经纯化的自体同源CD8+T细胞共培养10天。将细胞使用抗-CD8和PSA(KLQCVDLHV)四聚体进行染色。细胞来自HLA-A*0201阳性的健康供体。结果证实了抗-CD40有效地将PSA传送到DC，所述的DC则接着引发PSA-特异性的CD8+T细胞的增殖。
图25示意图(左侧)以及各肽池中T细胞的IFNγ产生，以及对照表示供体2。将加载了2μg/ml的抗-CD40-细胞周期蛋白D1的5x10e3IFNDC与经纯化的自体同源CD4+T细胞(2x10e5)共培养8天。随后将细胞与5μM的得自细胞周期蛋白D1的单个肽在布雷菲德菌素甲(Brefeldin A)的存在下重新刺激5小时。将细胞进行染色，从而测量细胞内的IFNγ表达。
图26显示了肽的扫描，以及在图25所示的各肽池中得到的T细胞的IFNγ产生，并且对照表示供体2。将加载了2μg/ml的抗-CD40-细胞周期蛋白D1的5x10e3IFNDC与经纯化的自体同源CD4+T细胞(2x10e5)共培养8天。随后将细胞与5μM的得自细胞周期蛋白D1的单个肽在布雷菲德菌素甲的存在下重新刺激5小时。将细胞进行染色，从而测量细胞内的IFNγ表达。
图27显示了抗-CD40-MART-1肽抗体的表达和构建体设计。
图28是MART-1的CD4+和CD8+免疫显性表位的总结。
图29显示了抗-CD40-gp100肽抗体的表达及构建体设计。
图30显示了附加的抗-CD40-gp100肽抗体的设计。
图31显示了附加的抗-CD40-gp100肽抗体的表达及构建体设计。
图32是gp100的CD4+和CD8+免疫显性表位的总结。
图33显示了附加的抗-CD40-gp100肽抗体的表达及构建体设计。
图34A显示了融合到抗体的H链或者黏结蛋白(cohesion)的C末端的全长的细胞周期蛋白B1不能从哺乳动物的293F细胞中分泌。图34B显示了融合到抗体的H链或者黏结蛋白的C末端的全长的细胞周期蛋白B1不能从哺乳动物的293F细胞中分泌。
图35显示了基于已知的或者预测的结构域区的细胞周期蛋白B1分割策略。图36显示了细胞周期蛋白D1片段p1、p3、p4而非p2在直接融合到H链的C末端时表达良好。
图37显示了与柔性的接头序列进行不同组合的，直接融合到H链C端的不同的细胞周期蛋白D1片段的相对表达水平。
图38显示了不同的H链-细胞周期蛋白D1片段的构建体及其作为疫苗的相对表达能力的总结。
图39显示了融合到靶向DC的抗体H链的C末端的全长细胞周期蛋白D1作为分泌的重组抗体表达得很差。
发明详述
尽管本发明的不同实施方式的制备和使用在下文中详细讨论，应该认识到，本发明提供了多种可实施的发明概念，所述发明概念能在多种特定的环境下实施。在此讨论的特定实施方案仅仅是用于说明本发明的具体方式的制备及使用，而不限制本发明的范围。
为了便于理解本发明，在下文定义了多个术语。在此定义的术语具有本发明相关领域的普通技术人员所一般理解的含义。如术语“一个(a)”，“一个(an)”及“该(the)”不是仅指单个的实体，而是包括其具体实例可以用于说明的通用的类型。本文的术语用于描述本发明的具体实施方式，然而其使用不限制本发明，除非在权利要求中指出。
本发明还包括抗体(或者“Ab”)或其片段的变体和其他修饰，例如抗-CD40融合蛋白(抗体与术语“免疫球蛋白”可交换地使用)。如本文中所使用的，术语“抗体或其片段”包括完整的抗体或者抗体的片段，例如Fv、Fab、Fab'、F(ab')2'、Fc、及单链的Fv片段(ScFv)或者任意生物上有效的能特异性地结合于例如CD40的免疫球蛋白片段。来自人类或者是人源化抗体在人类中具有较低的免疫原性或者没有免疫原性，并且与非人抗体相比，具有更低数量的免疫原性表位或者没有免疫原性表位。一般地选择在人类中具有降低水平的抗原性，或者没有抗原性的抗体及其片段。
如本文中所使用的，术语“Ag”或者“抗原”指能够结合于免疫球蛋白分子的抗原结合区域，或者能够引发免疫应答的物质，所述的免疫应答如通过将抗原呈递到主要组织相容性抗原(MHC)细胞蛋白的T细胞介导的免疫应答。如本文中所使用的，“抗原”包括但不限于抗原决定簇、半抗原及免疫原，所述的免疫原可以是肽、小分子、碳水化合物、脂类、核酸或其组合。熟练的免疫学家能够认识到，当讨论处理从而呈递到T细胞上的抗原时，术语“抗原”是指由MHC呈递到T细胞受体上的T细胞表位的抗原的那些部分(例如肽的片段)。当在B细胞介导的免疫应答的环境下，以对“抗原”特异性的抗体的形式使用时，结合到抗体(轻链和重链)的可变区的互补决定区域的抗原的部分，该结合部分可以是线性的或者三维的表位。在本发明的环境下，术语抗原在两个环境下使用，即，抗体对于蛋白质抗原(CD40)是特异性的，但还携带一个或多个用于由MHC呈递到T细胞上的肽表位。在某些情况下，将本发明的疫苗或者融合蛋白所传送的抗原内在化，并在呈递之前通过抗原呈递细胞进行加工，例如通过切割所述抗体或者融合蛋白的一个或多个部分。
如本文中所使用的，术语“抗原肽(antigenic peptide)”指多肽抗原特异性地由B-细胞或者T-细胞识别的那部分。B细胞通过抗体的产生对外来的抗原决定簇进行响应，而T-淋巴细胞是介导细胞免疫。因此，抗原肽 是抗原被抗体所识别的那些部分，或者在MHC的环境下，是抗原被T-细胞受体所识别的那些部分。
如本文中所使用的，术语“表位”指能特异性地结合到免疫球蛋白的，或者由主要组织相容性复合体(MHC)蛋白(如I类的或者II类的)呈递到T细胞受体的任意蛋白质决定簇。表位决定簇一般地是5-30个氨基酸长的短肽，其适合MHC分子的沟槽，所述的MHC分子向T细胞受体呈递特定的氨基酸侧基，并在沟槽中具有特定的其他残基，例如由于沟槽的特定的电荷特性，具有肽的侧基和T细胞受体。一般来说，当解离常数是1mM、100nM或者甚至10nM时，抗体特异性地结合于抗原。
如本文所使用的，术语“载体(vector)”在两个不同的环境下使用。当使用术语“载体”是关于疫苗时，载体用于描述用于控制或者传送疫苗的抗原部分的非抗原部分。例如，可以将抗体或者其片段连接到引发免疫应答的抗原上，或者与该抗原形成融合蛋白。对于细胞疫苗来说，用于传送和/或呈递抗原的载体是抗原呈递细胞，其由加载了抗原的细胞进行传送。在某些的情况下，细胞载体自身也可以加工抗原，并将其呈递到T细胞，并且激发抗原特异性的免疫应答。当在核酸的环境下使用时，“载体”指构建体，所述的构建体能够在宿主细胞中传送，并且优选地能够表达一个或多个基因或者有关的多核苷酸序列。载体的实例包括但不限于病毒载体、裸露的DNA或者RNA表达载体、与阳离子缩合剂有关的的DNA或者RNA表达载体、包裹在脂质体中的DNA或者RNA表达载体，以及特定的真核细胞如生产细胞(producer cell)。
本发明的组合物和方法可以与大范围的肽和/或蛋白使用，其中抗体或其片段和肽接头或者“PL”形成稳定的和/或可溶的蛋白。
如本文中所使用的，所述的组合物和方法使用包含下式的抗原传送载体：Ab-(PL-Ag)x或者Ab-(Ag-PL)x；其中Ab是抗体或其片段；PL是至少一个包括至少一处糖基化位点的肽接头；Ag是至少一种病毒抗原；并且x是从1到20的整数。用于本发明的抗体的一个实例至少包括抗-CD40_12E12.3F3(ATCC登记号PTA-9854)、抗-CD40_12B4.2C10(保藏号HS446，ATCC登记号_______)和抗-CD40_11B6.1C3(保藏号HS440，ATCC登记号_______)的可变区。
如本文中所使用的，术语“稳定的”和“不稳定的”当其指蛋白时，用于描述保持其三维结构和/或活性(稳定的)，或立刻或随时间失去其三 维结构和/或活性(不稳定的)的肽或蛋白。如本文中所使用的，术语“不溶的”指当在细胞中产生时(例如在真核或者原核细胞中，或者在体外表达的重组蛋白)，在不使用变性条件或者变性剂(分别地例如热或者化学变性剂)的情况下在溶液中不可溶的那些蛋白。发现在本文中示教的抗体或其片段及接头将具有所述的肽的抗体融合蛋白从不可溶和/或不稳定转化成稳定和/或可溶的蛋白。另一个稳定性相对于不稳定性的实例是，当在同样的溶液中测量时，蛋白的功能域具有稳定的构型时，其具有比蛋白的不稳定功能域更高的熔化温度(Tm)。当在同样的溶液中测量时，如果Tm的差为至少约2℃，一个功能域与另一个功能域相比是稳定的，所述的差更优选地为约4℃，再更优选地为约7℃，又更优选地为约10℃，还更优选地为约15℃，再更优选地为约20℃，还再优选地为约25℃，以及最优选地为约30℃。
如本文中所使用的，“多核苷酸”或者“核酸”指单链或者双链形式的脱氧核苷酸或者核苷酸(包括天然核苷酸的已知类似物)的链。双链的核酸序列包括互补的序列。所述的多核苷酸可以编码免疫球蛋白可变的和/或恒定区功能域，所述的功能域与一个或多个接头形成融合蛋白。在本发明的应用中，可以将多克隆位点(MCS)加工到抗体的重和/或轻链的羧基末端的位置，从而使得能在接头之间框内插入所表达的肽。如本文中所使用的，术语“经分离的多核苷酸”指来自基因组、cDNA、或者来自合成的多核苷酸或其一些组合。由于其来源，所述的“经分离的多核苷酸”(1)与多核苷酸的全部或者部分不相关，在所述的多核苷酸中“经分离的多核苷酸”在自然界中发现；(2)其可操作地连接到在自然条件下不与之连接的多核苷酸；或者(3)在自然条件下不以更大的序列的部分出现。本领域技术人员能够意识到，可以使用本领域中已知的技术在核酸的层面上进行操作，从而设计和完成具有式Ab-(PL-Ag)x或者Ab-(Ag-PL)x的载体，所述的现有技术中已知的技术如示教于John Wiley和Sons,Current Protocols in Molecular Biology,2007中的，其相关的部分在此引入作为参考。简要地来说，可以使用聚合酶链式反应、寡核苷酸酶促插入(enzymatic insertion)或者载体中的聚合酶链式反应片段插入Ab、Ag和PL编码的核酸序列，所述的载体可以是表达载体。为了便于在抗体的轻链、重链或者两者的羧基末端插入(PL-Ag)x或者(Ag-PL)x，可以在所述的抗体序列中按顺序加工多克隆位点(MCS)。
如本文中所使用的，术语“多肽”指氨基酸的聚合物，而不指产物的特定长度；因此，肽、寡多肽和蛋白质包括在多肽的定义之内。此术语也不表示或者排除多肽的表达后修饰，例如糖基化、乙酰化、磷酸化等等。定义中所包括的例如，含有一个或多个氨基酸类似物的多肽(包括，例如非天然氨基酸等等)，具有取代连接物的多肽以及其他现有技术中已知的修饰，所述的修饰可以是天然产生的和非天然产生的。术语“功能域”或者“多肽功能域”指在天然构型下，折叠成单个球形区域的多肽序列，其可以显示出分立的(discrete)结合或者功能性能。
多肽或者氨基酸序列“得自”指定的核酸序列，指多肽具有与该序列中编码的多肽相同的氨基酸序列或其部分，其中所述的部分由至少3-5个氨基酸构成，优选地由4-7个氨基酸构成，更优选地由至少8-10个氨基酸构成，以及还更优选地由11-15个氨基酸构成；或者所述的多肽与该序列中编码的多肽在免疫上是可识别的。该术语还包括从所指定的核酸序列表达的多肽。
如本文中所使用的，“药学上可接受的载体”指任意的材料，所述的材料当与本发明的免疫球蛋白(Ig)融合蛋白结合时，使得所述的Ig能保持生物活性，并且一般地与受试者的免疫系统不反应。实例包括，但不限于标准的药物载体如磷酸盐缓冲盐水溶液、水、乳剂如油/水乳剂，及不同类型的润湿剂。可以在本发明中使用特定的稀释剂，例如，用于气雾剂或者肠道外给予，所述的稀释剂可以是磷酸盐缓冲盐水，或者生理(0.85％)盐水。
本发明提供了CD40结合分子，所述的结合分子包括至少一个免疫球蛋白轻链可变区(VL)，其包括按顺序的高变区CDR1L、CDR2L和CDR3L，所述的CDR1L具有氨基酸序列SASQGISNYLN(SEQ ID NO.:41)，所述的CDR2L具有氨基酸序列YTSILHS(SEQ ID NO.:42)，以及所述的CDR3L具有氨基酸序列QQFNKLPPT(SEQ ID NO.:43)，并且所述的结合分子的氨基酸序列显示于SEQ ID NO.37中；及其直接的等价物。
相应地，本发明提供了CD40结合分子，所述的结合分子包括含有至少一个免疫球蛋白重链可变区(VH)的抗原结合位点，其包括按顺序的高变区CDR1H、CDR2H和CDR3H，所述的CDR1H具有氨基酸序列GFTFSDYYMY(SEQ ID NO.:44)，所述的CDR2H具有氨基酸序列YINSGGGSTYYPDTVKG(SEQ ID NO.:45)，以及所述的CDR3H具有氨基 酸序列RGLPFHAMDY(SEQID NO.:46)，并且所述的结合分子的氨基酸序列显示于SEQ ID NO.38中；及其直接的等价物。
在一个方面，本发明提供了单域CD40结合分子，所述的结合分子包含经分离的免疫球蛋白轻链，所述的轻链包含前文所定义的重链可变区(VL)。在另一个方面，本发明提供了单域CD40结合分子，所述的结合分子包含经分离的免疫球蛋白重链，所述的重链包含前文所定义的重链可变区(VH)。
在另一个方面，本发明还提供了包括重链(VH)和轻链(VL)可变区的CD40结合分子，其中所述的CD40结合分子包含至少一个抗原结合位点，所述的CD40结合分子包含：a)免疫球蛋白的重链可变区(VL)，其包含按顺序的高变区CDR1L、CDR2L和CDR3L，所述的CDR1L具有氨基酸序列SASQGISNYLN(SEQ ID NO.:41)，所述的CDR2L具有氨基酸序列YTSILHS(SEQ IDNO.:42)，以及所述的CDR3L具有氨基酸序列QQFNKLPPT(SEQ ID NO.:43)，并且所述的结合分子的氨基酸序列显示于SEQ ID NO.1中；以及b)免疫球蛋白轻链可变区(VH)，其包含按顺序的高变区CDR1H、CDR2H和CDR3H，所述的CDR1H具有氨基酸序列GFTFSDYYMY(SEQ ID NO.:44)，所述的CDR2H具有氨基酸序列YINSGGGSTYYPDTVKG(SEQ ID NO.:45)，以及所述的CDR3H具有氨基酸序列RGLPFHAMDY(SEQ ID NO.:46)，并且所述的结合分子的氨基酸序列显示于SEQ ID NO.38中；及其直接的等价物。
除非另外地指明，任意的多肽链在本文中都描述为具有从N-末端开始，并在C末端结束的氨基酸序列。当抗原结合位点包括VH和VL区两者时，它们可以位于同一多肽分子上，或者优选地，各个区可以位于不同的链上，其中VH区为免疫球蛋白的重链或其片段的部分，以及VL为免疫球蛋白的轻链或其片段的部分。
本发明的抗体靶向的抗原的非限定性实例包括，但不限于：细胞表面标记，其选自第I类MHC、第II类MHC、CD1、CD2、CD3、CD4、CD8、CD11b、CD14、CD15、CD16、CD19、CD20、CD29、CD31、CD40、CD43、CD44、CD45、CD54、CD56、CD57、CD58、CD83、CD86、CMRF-44、CMRF-56、DCIR、DC-ASPGR、CLEC-6、CD40、BDCA-2、MARCO、DEC-205、甘露糖受体、胰岛蛋白、DECTIN-1、B7-1、B7-2、IFN-γ受体和IL-2受体、ICAM-1、Fcγ受体、T细胞受体、凝集素或者其他的免疫细 胞受体。在一个特定实例中，由本发明的抗体部分所靶向的抗原是由抗原呈递细胞特异性地表达的，所述的抗原呈递细胞例如树突细胞、朗格汉斯细胞、巨噬细胞和B细胞。
如本文中所使用的，术语“CD40结合分子”指单独地或者与具有本文教导的一种或多种VL和VH CDR的其他的分子相关联时能结合于CD40抗原的任意分子，所述其他的分子在一些情况下具有2、3、4、5或者全部的6个CDR。结合反应可以通过标准方法(定性测定)显示，所述的方法包括例如通过阻断其他分子对CD40的结合进行检测的生物测定，或者任意种类的结合或活性测定(例如免疫应答的激活、减少或者调节)，上述的测定以阴性对照测试作为参考，在该阴性对照测试中，使用具有不相关的特异性但是属于同一同种型(isotype)的抗体，例如抗-CD 25或者抗-CD 80抗体。
本发明还可以制成单链的抗体，所述的单链抗体中，抗体的重链和轻链可变区由肽接头共价地连接，所述的肽接头通常包含10到30个氨基酸，优选地从15-25个氨基酸。因此，该结构不包括重链和轻链的恒定部分，并且认为小肽间隔区(spacer)比整个的恒定部分具有较少的抗原性。
如在本文中所使用的，术语“嵌合抗体”指一种抗体，其中重链或者轻链或者两者的恒定区为人类来源，而重链和轻链两者的可变区为非人(如小鼠、仓鼠或者大鼠)的，或者是人类来源但是来自不同的人类抗体。
如本文中所使用的，术语“CDR嫁接抗体”是指一种抗体，其中高变的互补决定区(complementarity determining regions)得自供体的抗体，如非人类(例如小鼠)的抗体或者不同的人抗体，而免疫球蛋白的其他部分的全部或者基本上全部(例如可变区的恒定区，即框架区)得自受体抗体(人化抗体的情形下—人类来源的抗体)。CDR嫁接抗体可以在框架区，例如在接近高变区的框架区域的部分包括供体序列的若干氨基酸。
如本文中所使用的，术语“人抗体”是指一种抗体，其中重链和轻链的恒定区和可变区均属人类来源，或者大体上与人类来源的序列相同，而不一定来自同一个抗体，其包括由鼠产生的抗体，其中小鼠、仓鼠或者大鼠的免疫球蛋白的可变和恒定部分基因已经由其人类等价物替代，例如描述于EP 0546073 B1、第5,545,806号美国专利、第5,569,825号美国专利、第5,625,126号美国专利、第5,633,425号美国专利、第5,661,016号美国专利、第5,770,429号美国专利、EP 0 438474 B1和EP 0 463151 B1中，相 关的部分在此结合作为参考。
本发明的CD40结合分子可以是人源化抗体，该抗体包含得自抗-CD40_12E12.3F3、抗-CD40_11B6.1C3或者抗-CD40_12B4.2C10抗体的CDR。嵌合抗体的一个实例包括重链和轻链两者都是人类的来源的可变区，例如SEQ ID NO.:148和SEQ ID NO.:149的部分的抗CD40_12E12.3F3抗体、SEQ ID NO.:150和SEQ ID NO.:151或者SEQ ID NO.:152中的抗-CD40_12B4.2C10,和/或抗-CD40_11B6.1C3，SEQ ID NO.:153和SEQ ID NO.:154或其组合的那些可变区。所述的恒定区功能域优选地也包括适用的人类恒定区功能域，例如描述于"Sequences of Proteins of Immunological Interest",Kabat E.A.et al,USDepartment of Health and Human Services,Public Health Service,NationalInstitute of Health中的。其核酸序列可见于例如SEQ ID NO.:8和9。
高变区可以与任意类型的框架区关联，例如为人类来源的框架区。Kabat E.A.描述了适用的框架区。一种重链框架是例如SEQ ID NO.:149的部分的抗-CD40_12E12.3F3抗体，抗-CD40_12B4.2C10-SEQ ID NO.:15l或者SEQ ID NO.:152，和/或抗-CD40_l lB6.lC3-SEQ ID NO.:154或其组合，例如FR1L、FR2L、FR3L和FR4L区的重链框架。以类似的方式，SEQID NO.148显示了抗-CD40_12E12.3F3(或者分别为抗-CD40_12B4.2C10和抗-CD40_11B6.lC3，SEQ ID NO.:150和153的等价物)重链框架，所述的框架包含FR1H、FR2H、FR3H和FR4H区的序列。所述的CDR可以加到人类抗体框架上，例如在授予Rybak等人的7,456,260中所描述的，其示教了新的人类可变链框架区及包含该框架区的人源化抗体，其相关的部分和框架序列在此引入作为参考。为了完成基因层级上的嫁接，本发明还包括VL和VH区的基本核酸序列，以及完整的抗体，及其人化的版本。本发明的核酸序列包括SEQ ID NO.:155和156，其分别地为抗-CD40抗体的轻链和重链，以及那些包含用于同样的氨基酸序列及其保守的变体的可变密码子的核酸序列，所述的保守的变体在核酸或者氨基酸水平上具有85、90、95或者100％的序列同源性。类似地，CDR分别地，成组地或者2、3、4或者5个或者全部一起可以在核酸或者氨基酸水平上具有85、90、95或者100％的序列同源性。
一般在非人的系统中，例如在鼠中，生成(raise)抗天然地在所有人类中发现的蛋白质的单克隆抗体，因此单克隆抗体一般地为非人类的蛋白 质。这一点的直接后果是，由杂交瘤产生的异基因抗体当给药到人类时，引起不想要的，主要由该异基因的免疫球蛋白的恒定区所介导的免疫应答。异基因抗体容易引起宿主免疫应答，从而限制了该抗体的用途，由于其不能在长时间内给药。因此，使用单链的、单功能域的、嵌合的、CDR-嫁接的或者特别是人抗体是尤其有用的，这些抗体在给药到人类时，较不可能引起显著的同种异基因响应。本发明包括在氨基酸序列上有小的改变的抗体，所述的改变如一个、少数或者甚至数个氨基酸的删除、增加或者取代，所述的有小的改变的抗体仅仅是原蛋白的等位基因型，其具有基本上相同的性质。
可以在不同的检测中方便地测试CD40与其受体的结合的抑制，所述的检测描述于下文。术语“到同样的程度”意味着在前文中提到的检测中，在统计学的基础上，对照和等价的分子显示出本质上相同的CD40结合抑制曲线。例如所使用的检测可以是本发明的结合分子对CD40的结合的竞争性抑制检测。
一般地说，人类的抗-CD40抗体至少包含：(a)一个轻链，其包含可变区和人类轻链的恒定部分，所述的可变区具有与SEQ ID NO.1中所示的氨基酸序列基本上相同的氨基酸序列，所述的SEQ ID NO.1从位置1的氨基酸开始，到位置107的氨基酸结束；以及(b)一个重链，其包含可变区和人类重链的恒定部分，所述的可变区具有与SEQ ID NO.2中所示的氨基酸序列基本上相同的氨基酸序列。人类的重链的恒定部分可以是γ1、γ2、γ3、γ4、μ、β2或者δ或者ε类型，优选地为γ类型，然而人类轻链的恒定部分可以为κ或者λ类型(其包括了λ1、λ2和λ3亚型)但是优选为κ类型。可变和恒定区一般位置上的氨基酸序列在本领域中是已知的，并一般地符合Kabat命名法。
本发明的CD40结合分子可以通过重组DNA技术生产。因此必须构建编码该结合分子的一个或多个DNA分子，置于合适的控制序列下，并将其转移到适合的宿主生物中进行表达。
以非常一般的方式相应地提供了：(i)DNA分子，所述DNA分子编码本发明的单域CD40结合分子，本发明的单链CD40结合分子，本发明的CD40结合分子的重链或者轻链或其片段；以及(ii)本发明的DNA分子通过重组方法在生产本发明的CD40结合分子中的用途。
现有技术的当前状态是，本领域技术人员能够根据本文中所提供的信 息，即高变区的氨基酸序列和编码其的DNA序列，来合成本发明的DNA分子。构建可变区基因的方法例如描述于EPA 239,400中，其相关的部分在此结合作为参考。简要地来说，克隆了编码MAb的可变区的基因。确定了编码框架区和高变区的DNA片段，并且除去了编码所述的高变区的DNA片段，从而编码所述的框架区的DNA片段在连接处与适合的限制性位点融合。所述的限制性位点可以按照标准步骤，通过DNA分子的诱变在合适的位置产生。根据SEQ ID NO.1和3或者2和4(分别为氨基酸和核酸序列)中给出的序列，通过DNA合成制备了双链合成的CDR盒。这些盒通常提供为具有粘性末端的，从而其能连接到框架的结合处。
为了得到编码本发明的CD40结合分子的DNA构建体，没有必要从生产的杂种瘤细胞系中得到mRNA。例如，第WO 90/07861号PCT申请就抗体的生产给出了完整的指示，其仅在给定基因的核苷酸序列的书面信息的情况下通过重组DNA技术进行，其相关的部分在此结合作为参考。简要地来说，该方法包括多种寡核苷酸的合成，其通过PCR方法的扩增，并且剪接从而得到所想要的DNA序列。
包括适合的启动子的表达载体或者编码重链和轻链的恒定部分的基因是可以公开获得的。因此，一旦制备了本发明的DNA分子，其可以方便地转移到合适的表达载体中。也可以通过标准的方法，例如WO 88/1649中所描述的方法制备编码单链抗体的DNA分子。在前文的基础上，说明书的充分公开不必须进行杂种瘤或者杂种瘤细胞系的保藏。
例如，制备了特异性地结合到CD40上的第一和第二DNA构建体。简要地来说，第一DNA构建体编码轻链或其片段，并且包含a)第一部分，该第一部分编码可变区，所述的可变区包含框架区和高变区的二者之一，所述的高变区位于序列CDR1L、CDR2L和CDR3L中，其氨基酸序列显示于SEQ ID NO.1中；该第一部分从编码所述的可变区的第一个氨基酸的密码子开始，并且在编码所述可变区的最后一个氨基酸的密码子结束，以及b)第二部分，该第二部分编码轻链恒定部分或其片段，该第二部分从编码重链的恒定部分的第一个氨基酸的密码子开始，并且在编码恒定部分或其片段的最后一个氨基酸的密码子处结束，随后为终止密码子。
所述的第一部分编码可变区，该可变区具有与SEQ ID NO.1中所示的氨基酸序列基本上相同的氨基酸序列。第二部分编码人类的重链的恒定部分，更优选地为人类的γ1链的恒定部分。该第二部分可以是基因组来源 的DNA片段(包含内含子)或者cDNA片段(没有内含子)。
第二DNA构建体编码重链或其片段，并包含a)第一部分，该第一部分编码包含框架区和高变区二者之一的可变区；所述的高变区为CDR1H以及可选地为CDR2H和CDR3H，其氨基酸序列显示于SEQ ID NO.2中；该第一部分从编码所述的可变区的第一个氨基酸的密码子开始，并且在编码所述可变区的最后一个氨基酸的密码子结束，以及b)第二部分，该第二部分编码重链恒定部分或其片段，该第二部分从编码轻链的恒定部分的第一个氨基酸的密码子开始，并且在编码恒定部分或其片段的最后一个氨基酸的密码子处结束，随后为终止密码子。
所述的第一部分编码可变区，该可变区具有与SEQ ID NO.2中所示的氨基酸序列基本上相同的氨基酸序列。所述的第一部分具有如SEQ ID NO.2中所示的核酸序列，从位置1的核酸开始并且在位置321的核酸处结束。同时优选地，该第二部分编码人类轻链的恒定部分，更优选地该恒定部分是人类的κ链。
本发明还包括CD40结合分子，其中CDR1L、CDR2L、CDR3L、CDR1H、CDR2H或者CDR3H或者框架中的一个或多个残基，一般地仅数个(如FR1-4L或者H)从显示于SEQ ID NO.37和SEQ IDNO.38的残基变化而来；通过例如对应的DNA序列的定点突变。本发明包括编码该改变的CD40结合分子的DNA序列。尤其地，本发明包括CD40结合分子，其中CDR1L、CDR2L和/或CDR3L的一个或多个残基从SEQ ID NO.37所示的残基变化而来，以及CDR1H、CDR2H和/或CDR3H的一个或多个残基从SEQ ID NO.38所示的残基变化而来。
各个DNA构建体置于适合的控制序列的控制下，尤其地，在适合的启动子的控制下。任意类型的启动子都可以使用，只要其适合所述的DNA构建体转移用于表达的宿主生物即可。
然而，如果表达在哺乳动物细胞中进行，可以在B细胞中使用免疫球蛋白基因启动子。所述的第一和第二部分可以由内含子隔开，并且，可以将增强子方便地放置于内含子中，第一部分和第二部分之间。该转录而不翻译的增强子的存在可以帮助进行有效的转录。在特定的实施方案中，第一和第二DNA构建体包含增强子，所述的增强子为例如重链人类基因的增强子。
想要的抗体可以在细胞培养物中，或者在转基因的动物中产生。适用 的转基因动物可以根据标准的方法得到，所述的标准方法包括将位于适合的控制序列下的所述的第一和第二DNA构建体微注射到卵子中，将如此制备的卵子转移到合适的假妊娠雌性中，并选择表达想要的抗体的后代。
本发明还提供了能够在原核或者真核细胞系中复制的表达载体，所述的表达载体包含至少一个前文描述的DNA构建体。随后将含有DNA构建体的各个表达载体转移到适合的宿主生物中。当DNA构建体分别插入到两个表达载体上的时候，可以将其分别地进行转移，也即每个细胞中一种类型的载体，或者将其共转移，后者可能是优选的。适用的宿主生物可以是细菌、酵母或者哺乳动物细胞系，后者是优选的。更优选地，所述的哺乳动物细胞系来自淋巴，如骨髓瘤、杂种瘤或者正常的无限增殖化B细胞，其合适地不表达任何的内源抗体重链或者轻链。
当在细胞培养物中产生所述的抗体链时，必须首先将DNA构建体插入到单个的表达载体中，或者插入到两个分别的但是相容的表达载体中，后者可能是优选的。为了在哺乳动物细胞中进行表达，优选地将CD40结合分子的编码序列整合到宿主细胞DNA的基因座中，所述的基因座允许或者支持该CD40结合分子的高水平表达。
在本发明的其他方面，提供了产生CD40结合分子的过程，该过程包括：(i)将按照前文转化了表达载体的生物进行培养；并且(ii)从培养物中回收CD40结合分子。
依照本发明，发现了抗-CD40_12E12.3F3、抗-CD40_12B4.2C10和/或抗-CD40_11B6.lC3抗体显示出对人类CD40的抗原表位具有结合特异性。因此，最出人意料的是此表位的抗体，例如抗-CD40_12E12.3F3抗体能将抗原高效地呈递到树突细胞(DC)。抗体，尤其是嵌合的和CDR-嫁接的抗体，以及尤其是人抗体，对成熟的人类CD40抗原表位具有结合特异性；以及这些抗体在加载DC抗原中的用途是新颖的，并包括在本发明的范围内。
为了使用本发明的抗-CD40抗体来治疗适应症，适当的计量理所应当地取决于，例如所使用的在本文中公开的抗体、宿主、给药的模式和所治疗的疾病的本质和严重性。然而，在预防性的用途中，在从约0.05mg到约10mg每千克体重的剂量下，更通常地在约0.1mg到约5mg每千克体重的剂量下，得到一般令人满意的结果。在预防用途中给药的频率通常地在约一周一次到约三个月一次的范围内，更通常地在约两周一次到约十周一 次的范围内，例如每4到8周一次。本发明的抗-CD40抗体可以经肠道外、经静脉内给予，例如给予到肘前或者其他外周脉管、肌肉内或者皮下。
本发明的药物组合物可以按照传统的方式进行制造，例如为冻干的形式。在立即用于给予时，将其溶解在合适的含水载体中，例如注射用无菌水，或者无菌缓冲生理盐水。如果期望制备更大体积的溶液用于输液而不是弹丸注射给予的话，在制剂时在盐水中混合人类血清白蛋白或者患者自身的肝素化的血液是有利的。过量的该生理惰性的蛋白的存在阻止抗体被吸收到输液溶液所使用的容器和管的壁上。如果使用了白蛋白，适合的浓度是按重量计盐水溶液的0.5％到4.5％。
本发明的一个实施方案提供了免疫缀合物(immunoconjugate)，所述的免疫缀合物包含本发明的人源化抗体，例如人化的抗-CD40抗体，其连接到一个或多个效应分子(effector molecule)、抗原和/或可检测的标记上。优选地，所述的效应分子是治疗性的分子，例如含有一个或多个T细胞表位的一个或者多个肽、毒素、小分子、细胞因子或者趋化因子、酶或者放射性标记。
典型的毒素包括但不限于假单胞菌外毒素或者白喉毒素。小分子的实例包括但不限于化学疗法的化合物，如紫杉酚(taxol)、亚德里亚霉素(doxorubicin)、依托泊苷(etoposide)和博来霉素(bleiomycin)。典型的细胞因子包括但不限于IL-l、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6和IL-12、IL-17和IL-25。典型的酶包括但不限于RNA酶、DNA酶、蛋白酶、激酶和半胱天冬酶。典型的放射性同位素包括但不限于32P和125I。
如本文中所使用的，术语“表位”指能够激发免疫应答的分子或者物质。在一个实例中，表位包括但不限于多肽和编码多肽的核酸，其中当该多肽经过加工并且呈递到主要组织相容性复合体(MHC)分子时，该核酸到多肽的表达能够激发免疫应答。一般地说，表位包括呈递在细胞表面上的肽，所述的肽非共价地结合与I型或者II型MHC的结合沟，从而能与T细胞受体及各自的T细胞辅助分子相互作用。
抗原的蛋白水解加工。由MHC呈现到抗原呈递细胞上的表位是更大的肽或者蛋白质抗原前体的切割肽或者产物。对于MH1表位来说，蛋白质抗原通常由细胞中固有的蛋白酶体消化。细胞内的蛋白酶体切割产生约3到23个氨基酸长度的肽片段，随后该肽片段加载到MHC蛋白上。细胞内其他的，或者在细胞外的环境中的蛋白水解行为可以进一步地修剪并加工这些片段。MHC II型表位的加工通常通过来自溶酶体/内体的区室(compartment)中的细胞内蛋白酶加工进行。本发明包括，在一个实施方案中，连接到抗-CD40抗体(或其片段)的未加工的肽，通过该肽在抗原呈递细胞中发生增强的免疫应答。
为了识别可能有效的作为产生免疫性的化合物的表位，单独进行MHC结合预测是有用的，但通常是不充分的。本发明包括特异性地识别在抗原中最可能在特定来源的抗原呈递细胞及应答子T细胞(responder T cell)引起免疫应答的表位的方法。
本发明使得能够为那些表位的鉴定进行快速和简易的检测，所述的表位最可能在使用患者自身的抗原呈递细胞和T细胞系统时产生想要的免疫应答。本发明的组合物和方法可以应用于任意的蛋白质序列，使得患者能够识别能结合到MHC并且合适地呈递到会响应该抗原的T细胞的表位。相应地，本发明不限于任意特定的靶或者医疗条件，而且涵盖来自任意有用的来源的MHC表位。
如本文中所使用的，术语“镶饰的(veneered)”指人源化抗体框架，在该抗体框架上，将抗原结合位点或者得自非人抗体(例如小鼠、大鼠或者仓鼠的)的CDR置于人类的重链和轻链保守结构框架区中(FR)，例如在轻链或者重链多核苷酸中，将非人抗体的特异性“嫁接”到人类的框架中。表达所述的镶饰的抗体的多核苷酸表达载体或者多种载体可以转染哺乳动物的细胞，用于表达重组的人类抗体，该重组的人类抗体显示非人抗体的抗原特异性，并且经历会增强其表达、稳定性、溶解性或其组合的翻译后修饰。
抗原
用于本发明的病毒性抗原的实例包括但不限于，例如HIV、HCV、CMV、腺病毒、反转录病毒、小核糖核酸病毒等等。反转录病毒抗原的非限制性实例如来自人类免疫缺陷病毒(HIV)抗原的反转录病毒抗原，如来自gag、pol和env基因、Nef蛋白、反转录酶和其他的HIV组件的基因产物；肝炎病毒抗原如乙型肝炎病毒的S、M和L蛋白，乙型肝炎病毒和其他肝炎如甲、乙和丙型肝炎的前-S抗原，病毒组件例如丙型肝炎病毒RNA；流感病毒抗原如血凝素和神经氨酸苷酶及其他的流感病毒组件；麻疹病毒抗原如麻疹病毒融合蛋白及其他的麻疹病毒组件；风疹病毒抗原如 蛋白质E1和E2及其他的风疹病毒组件；轮状病毒抗原如VP7sc和其他的轮状病毒组件；巨细胞病毒抗原如包膜糖蛋白B及其他的巨细胞病毒抗原组件；呼吸道合胞病毒抗原如RSV融合蛋白、M2蛋白和其他的呼吸道合胞病毒组件；单纯疱疹病毒抗原如立即早期蛋白、糖蛋白D及其它的单纯疱疹病毒抗原组件；水痘带状疱疹病毒抗原如gpI、gpII和其他的水痘带状疱疹病毒抗原组件；日本脑炎病毒抗原如蛋白质E、M-E、M-E-NS1、NS1、NS1-NS2A、80％E及其它的日本脑炎病毒抗原组件；狂犬病病毒抗原如狂犬病糖蛋白、狂犬病核蛋白及其它的狂犬病病毒抗原组件。其他的病毒性抗原的实例参见Fundamental Virology,Second Edition,eds.Fields,B.N.and Knipe,D.M.(RavenPress,New York,1991)。至少一个的病毒性抗原可以是肽，所述的肽来自腺病毒、反转录病毒、微小核糖核酸病毒、疱疹病毒、轮状病毒、汉坦病毒、冠状病毒、披膜病毒、黄病毒、弹状病毒、副粘病毒、正粘病毒、本雅病毒、砂粒病毒、呼肠孤病毒、乳头瘤病毒、细小病毒、痘病毒、嗜肝DNA病毒或海绵状病毒。在某些特定的非限制性实例中，所述的至少一种的病毒性抗原是肽，所述的肽得自HIV、CMV、甲型、乙型和丙型肝炎、流感、麻疹、脊髓灰质炎、天花、风疹；呼吸道合胞、单纯疱疹、水痘带状疱疹、埃-巴二氏、日本脑炎、狂犬病、流感和/或感冒病毒的至少一种。
在一个方面，所述的一种或多种抗原肽选自Nef(66-97):VGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGL(SEQ ID NO.:1)、Nef(116-145):HTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWLYKL(SEQ ID NO.:2)、Gag p17(17-35):EKIRLRPGGKKKYKLKHIV(SEQ ID NO.:3)、Gag p17-p24(253-284):NPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILD(SEQ ID NO.:4)、或者Pol 325-355(RT 158-188)为:AIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLY(SEQ ID NO.:5)的至少一种。在一个方面，所述的融合蛋白肽由一个或者多个接头隔开，所述的接头选自：SSVSPTTSVHPTPTSVPPTPTKSSP(SEQ IDNO.:11)、PTSTPADSSTITPTATPTATPTIKG(SEQ ID NO.:12)、TVTPTATATPSAIVTTITPTATTKP(SEQ ID NO.:l3)；或者TNGSITVAATAPTVTPTVNATPSAA(SEQ ID NO.:14)。
可以使用本发明的抗-CD40抗原疫苗进行输送的抗原靶包括基因编码的抗原，所述的抗原如病毒性抗原、细菌性抗原、真菌性抗原或者寄生物 抗原。病原体包括锥虫，绦虫，蛔虫，蠕虫，疟疾。肿瘤标记物例如胎儿抗原或者前列腺特异性的抗原可以按此方式进行靶向。其他的实例包括：HIV env蛋白和乙型肝炎表面抗原。为了接种的目的给予根据本发明的载体要求该载体相关的抗原是足够地无免疫原性的，从而使得该转基因能够长期表达，而这是转基因的强免疫应答所需要的。在一些情况下，对个体的接种需要是不经常的，例如每年一次或者两年一次，并且该接种提供针对感染剂的长期免疫上的保护。本发明中用于载体以及最终用作抗原的生物、过敏原和核酸和氨基酸序列的特定的实例可以在第6,541,011号美国专利中找到，其相关的部分在此结合作为参考，尤其地，将生物和特定的序列匹配的表格可以用于本发明。
与在本文中公开的抗-CD40抗原疫苗一起使用的细菌性抗原包括，但不限于例如细菌抗原，如百日咳毒素、纤维状血凝素、百日咳杆菌粘附素、FIM2、FIM3、腺苷酸环化酶和其他的百日咳细菌抗原组件；白喉细菌抗原如白喉毒素或者白喉类毒素，及其它的白喉细菌抗原组件；破伤风细菌抗原如破伤风毒素或者破伤风类毒素，及其它的破伤风细菌抗原组件；链球菌细菌抗原如M蛋白和其他的链球菌细菌性抗原组件；革兰氏阴性杆菌抗原如脂多糖类和其他的革兰氏阴性细菌抗原组件；结核分枝杆菌细菌性抗原如分枝菌酸、热激蛋白65(HSP65)、30kDa的主分泌蛋白、抗原85A及其他的结核分枝杆菌抗原组件；幽门螺旋杆菌细菌性抗原组件；肺炎球菌细菌性抗原如肺炎球菌溶血素、肺炎球菌荚膜多糖和其他的肺炎球菌的细菌抗原组件；流感嗜血杆菌细菌抗原如荚膜多糖和其他的流感嗜血杆菌细菌抗原组件；炭疽细菌性抗原如炭疽保护性抗原和其他的炭疽细菌性抗原组件；立克次体细菌性抗原如rompA和其他立克次体细菌性抗原组件。本文中所描述的细菌性抗原还包括任意其他的细菌、分枝杆菌、支原体、立克次氏体或者衣原体的抗原。病原体的部分或者全部也可以是流感嗜血杆菌、恶性疟原虫、脑膜炎奈瑟菌、肺炎链球菌、淋球菌、血清型伤寒沙门氏菌、志贺氏菌、霍乱弧菌、登革热、脑炎、日本脑炎、莱姆病、鼠疫耶尔森菌、西尼罗河病毒、黄热病、野兔热、肝炎(病毒性、细菌性)，RSV(呼吸道合胞病毒)、HPIV1和HPIV3、腺病毒、小痘、过敏和癌症。
用于本发明的组合物和方法的真菌性抗原包括，但不限于例如念珠菌真菌性抗原组件、组织浆菌真菌性抗原如热激蛋白60(HSP60)及其它组织浆菌真菌性抗原组件、隐球菌真菌性抗原如荚膜多糖和其他的隐球菌真菌 性抗原组件；球孢子菌真菌性抗原如小球抗原和其他的球孢子菌真菌性抗原组件。
原生动物和其他的寄生物的抗原的实例包括，但不限于例如镰状疟原虫抗原如裂体性芽胞表面抗原，孢子体表面抗原，环子孢子(circumsporozoite)抗原，配子体/配偶子表面抗原，红内期抗原pf155/RESA和其他的疟原虫抗原组件；弓浆虫抗原如SAG-1、p30和其他的弓浆虫抗原组件；血吸虫抗原如谷胱甘肽-S-转移酶、副肌球蛋白和其他的血吸虫抗原组件；利什曼原虫主抗原和其他的利什曼原虫抗原如gp63，脂磷聚糖和其相关的蛋白，和其他的利什曼原虫抗原组件；以及克氏锥虫抗原如75-77kDa抗原，56kDa抗原和其他的锥虫抗原组件。
可以使用本发明的抗-CD40抗原疫苗进行靶向的抗原一般地按照几个因素进行选择，所述的因素包括：内在化的可能性、免疫细胞特异性的水平、所靶向的免疫细胞的类型，免疫细胞成熟和/或激活程度等等。在这个实施方案中，抗体可以是单特异性或者双特异性的抗体，后者包括一个抗-CD40的结合区域，和一个抗另一种抗原的结合区域，所述的另一种抗原例如树突细胞的细胞表面标记物，如I型MHC、II型MHC、B7-2、CD 18、CD29、CD31、CD43、CD44、CD45、CD54、CD58、CD83、CD86、CMRF-44、CMRF-56、DCIR和/或Dectin-1等等；而在一些情况下，也缺少CD2、CD3、CD4、CD8、CD14、CD15、CD16、CD 19、CD20、CD56、和/或CD57。抗原呈递细胞的细胞表面标记物的实例包括但不限于I型MHC、II型MHC、CD45、B7-1、B7-2、IFN-γ受体和IL-2受体、ICAM-1和/或Fcγ受体。T细胞的细胞表面标记物的实例包括，但不限于CD3、CD4、CD8、CD 14、CD20、CD11b、CD16、CD45和HLA-DR。
位于细胞表面用于传送的靶抗原包括特征在于为肿瘤抗原的那些，其一般地得自细胞表面、细胞质、核、细胞器及肿瘤组织细胞的相似位置。本发明的抗体部分的肿瘤靶的实例包括但不限于血液学的癌症如白血病和淋巴瘤，神经肿瘤如星状细胞瘤(astrocytomas)或者胶质母细胞瘤(glioblastomas)、黑色素瘤、乳腺癌、肺癌、头颈部肿瘤、胃肠道肿瘤如胃癌或结肠癌、肝癌、胰腺癌、泌尿生殖系统肿瘤如子宫颈癌、子宫癌、卵巢癌、阴道癌、睾丸癌、前列腺癌或阴茎癌、骨肿瘤、血管瘤、或唇，鼻咽，咽，口腔，食道，直肠，胆囊，胆道系统，喉癌，肺癌和支气管，膀胱，肾脏，大脑和神经系统的其他部位的癌症、甲状腺癌、霍奇金病、 非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤和白血病。
可以利用本发明，单独或者组合传送到免疫细胞，进行抗原呈递的抗原的实例包括肿瘤蛋白如突变的致癌基因；与肿瘤关联的病毒蛋白；以及肿瘤粘液素和糖脂。所述的抗原可以是与肿瘤关联的病毒性蛋白，可能是前文记载的各类病毒。特定的抗原可以是肿瘤的特征(通常不由肿瘤前体细胞表达的蛋白的子集)或者可以是通常能够在肿瘤前体细胞中表达但是具有肿瘤的变异特征的蛋白质。其他的抗原包括正常蛋白的突变变异，其具有改变的活性或者亚细胞的分布，例如基因的突变产生肿瘤抗原。
用于抗-CD40融合蛋白疫苗的肿瘤抗原的特定的非限制性实例包括，例如CEA、前列腺特异性抗原(PSA)、HER-2/neu、BAGE、GAGE、MAGE1-4，6和12、MUC(黏液素)(如MUC-1,MUC-2等等)、GM2和GD2神经节糖苷、ras、myc、酪氨酸酶、MART(黑色素瘤抗原)、Pmel 17(gpl00)、GnT-V内含子V序列(N-乙酰基葡萄糖胺转移酶V内含子V序列),前列腺Ca psm、PRAME(黑色素瘤抗原)、β-联蛋白、MUM-1-B(黑色素瘤中普遍存在的突变基因产物),GAGE(黑色素瘤抗原)1、MAGE、BAGE(黑色素瘤抗原)2-10、C-ERB2(Her2/neu)、DAGE、EBNA(埃-巴二氏病毒核抗原)1-6、gp75、人类乳突淋瘤瘤病毒(HPV)E6和E7、p53、肺部抗性蛋白(lungresistance protein)(LRP)、Bcl-2、Ki-67、细胞周期蛋白B1、gp100、存活素和NYESO-1。
除此之外，免疫原性的分子可以是涉及自身免疫疾病的开始和/或发展的自身抗原，其病理学在很大程度上是由于对有关的靶器官、组织或者细胞如SLE或者MG表达的分子有特异性的抗体的活性。在这些疾病中，可能希望将持续进行中的抗体介导的(也即Th2-类型的)对相关的自身抗原的免疫应答朝细胞(也即Th1类型的)免疫应答的方向控制。或者可能对不具有，但是怀疑易患相关的自身免疫疾病的受试者通过预防性地诱导针对合适的自身抗原的Th1响应，使针对该受试者的自身抗原的Th2响应不发生或者降低Th2响应水平是可取的。有关的的自身抗原包括但不限于：(a)关于SLE、Smith蛋白、RNP核蛋白及SS-A和SS-B蛋白；以及(b)关于MG、乙酰胆碱受体。涉及到一种或多种类型的自身免疫应答的其他多种抗原的实例包括例如内生的激素如黄体化激素(luteinizing hormone)、促卵泡激素(follicular stimulating hormone)、睾丸激素(testosterone)、生长激素、催乳激素(prolactin)和其他的激素。
在自身免疫疾病、过敏症和移植排斥中涉及的抗原可以用于本发明的组合物和方法。例如，涉及到下列任意一种或多种自身免疫疾病或障碍的抗原可以用于本发明：糖尿病(diabetes)、糖尿病(diabetes mellitus)，关节炎(包括类风湿关节炎、幼年型类风湿关节炎、骨关节炎、银屑病关节炎)、多重硬化症、重症肌无力、系统性红斑狼疮、自身免疫性甲状腺炎、皮炎(包括特应性皮炎和湿疹性皮炎)、牛皮癣、干燥综合征，包括干燥性角结膜炎继发干燥综合症、斑秃、由于节肢动物叮咬反应引发的过敏响应、克罗恩氏病、鹅口疮、虹膜炎、结膜炎、角膜结膜炎、溃疡性结肠炎、哮喘、过敏性哮喘、皮肤红斑狼疮、硬皮病、阴道炎、直肠炎、药疹、麻风病逆转反应、麻风结节性红斑、自身免疫性葡萄膜炎、变态反应性脑脊髓炎、急性坏死性出血性脑病、先天性双边逐步神经性听力损失、再生障碍性贫血、纯红细胞性贫血、先天性血小板减少症、多软骨炎、眶坏死性肉芽肿病、慢性活动性肝炎、史蒂文斯-约翰逊综合征、先天性口炎性腹泻、扁平苔藓、克罗恩氏病、Graves眼病、结节病、原发性胆汁性肝硬化、后葡萄膜炎和肺间质纤维化。涉及到自身免疫疾病中的抗原的实例包括谷氨酸脱羧基酶65(GAD 65)、天然的DNA、髓鞘碱性蛋白(myelin basic protein)、髓鞘蛋白脂质蛋白(myelin proteolipid protein)、乙酰胆碱受体组件、甲状腺球蛋白(thyroglobulin)和促甲状腺激素(TSH)受体。
过敏症中涉及的抗原的实例包括花粉抗原，如日本杉树花粉抗原、豚草花粉抗原、黑麦花粉抗原、动物源性抗原如尘螨抗原和猫科动物抗原、组织相容性抗原(histocompatiblity antigen)和青霉素及其他治疗药物。移植排斥中涉及的抗原的实例包括移植到移植接收者中的移植物的抗原组件，所述的移植物如心脏、肺、肝、胰腺、肾和神经移植元件。所述的抗原可以是在治疗自身免疫疾病中有用的改变的肽配合基(alteredpeptide ligand)。
本领域技术人员应该认识到，任意的蛋白质效应物分子的序列都可以进行基本上不影响所述效应物蛋白质的功能上的优点的修饰。例如，甘氨酸和丙氨酸一般被认为是可交换的，天冬氨酸和谷氨酸以及天冬酰胺和谷酰胺也是如此。本领域的技术人员应认识到效应物序列的许多不同变体所编码的效应物活性大体上与天然的效应物相同。所述的效应物分子和抗体可以通过前文所述的化学的或者重组的方式进行缀合。化学修饰包括，例如为了将所述的效应物分子和抗体彼此连接的目的而进行衍生，所述的衍 生是直接的或者通过连接化合物，通过蛋白质化学的领域中公知的方法进行。可以使用共价的和非共价的连接方式用于本发明的人源化抗体。
将效应物分子连接到抗体的步骤依所连接到抗体的部分的化学结构而不同。多肽一般地含有多个官能团；例如羧酸(COOH)、游离的氨基(-NH2)或者巯基(-SH)基团，其可以与抗体上的适合官能团反应，导致其与效应物分子的结合。可选地，可以将所述的抗体进行衍生化，从而使其暴露或者接上额外的反应性官能团，例如通过连接多种接头分子中任意的，所述的接头分子如可得自Pierce Chemical Company,Rockford Ill的那些。
所述的接头能够与所述的抗体和所述的效应物分子形成共价键。对于本领域的技术人员来说，适合的接头是公知的，其包括但不限于直链的或者支链的碳接头、杂环的碳接头或者肽接头。当抗体和效应物分子是多肽时，可以将所述的接头通过它们的侧基与组成的氨基酸连接(例如通过二硫键与半胱氨酸连接)。然而，在优选的实施方案中，所述的接头与末端的氨基酸的alpha碳的氨基和羧基连接。
在一些情况下，在免疫缀合物达到其靶向位点时，希望将效应物分子从抗体上释放。因此，在这些情况下，免疫缀合物包含在靶向位点的附近可切割的连接。切割接头从抗体释放效应物分子可以通过酶活性或者该免疫缀合物处于易受影响的环境引起，所述的环境为在靶向的细胞内部，或者在靶向的位点的附近。当所述的靶向位点是肿瘤时，可以使用在肿瘤位点处存在的环境下(例如当暴露于肿瘤相关的酶或者酸性的pH)可切割的接头。
本发明的效应物分子和抗体的典型化学修饰还包括使用聚乙二醇(PEG)进行衍生化，从而延长在循环系统中的滞留时间并降低免疫原性。其根据公知的方法进行(参见例如Lisi,等人.,Applied Biochem.4:19(1982)；Beauchamp,等人Anal Biochem.131:25(1982)；以及Goodson等人,Bio/Technology 8:343(1990))。
本发明预期将疫苗用于主动免疫和被动免疫的实施方案中。提出适用作疫苗的免疫原性组合物可以最容易地直接从激发免疫原性的T细胞的肽，按照本文中所公开的方式进行制备。将最终的接种材料进行广泛地透析，从而除去不想要的小分子量的分子，和/或冻干，从而更方便地制剂到想要的载体中。在本发明特定的实施方案中，本发明的组合物和方法用于 生产细胞疫苗，例如传送抗原的该抗体的抗-CD40结合部分用于控制所述的抗原到达抗原呈递细胞，所述的抗原呈递细胞随后将所述的抗原“加载”到MHC蛋白上用于呈递。因此所述的细胞疫苗是使用本发明的组合物加载的抗原呈递细胞，其从而产生加载了抗原的抗原呈递细胞。
当所述的疫苗是抗-CD40结合蛋白自身的时候，例如是完整的抗体或其片段时，则这些“活性的成分”可以使用现有技术中已知的方法制成疫苗，所述的现有技术如第4,608,251、4,601,903、4,599,231、4,599,230和4,578,770号美国专利，其相关的部分在此结合作为参考。一般地来说，该疫苗制备成可注射的，例如制备成液态的溶液或者悬浮液，或者适于在注射前再悬浮于液体中的固体形式。所述的制备也可以是乳化。活性的免疫原性组分通常与药学上可接受的并且与所述的活性成分相容的赋形剂混合。适合的赋形剂为如水、盐水、葡萄糖、甘油、乙醇等等或者其组合。除此之外，所述的疫苗也可以按照需要含有少量的助剂，如润湿剂或者乳化剂，pH缓冲剂，或者提高所述疫苗的效果的佐剂。
将疫苗以与其制剂相容的方式给予，并且用量是治疗上有效的和产生免疫性的。所给予的量取决于所治疗的受试者，包括，例如个体的免疫系统产生免疫应答的能力。所需给予的细胞和活性组分的精确量取决于从业医师的判断。然而，对于细胞疫苗来说，适用的剂量范围在数千个细胞(到数百万个细胞)的数量级。对于标准的表位或者表位传送疫苗来说，则该疫苗可以是每次接种数百毫克的活性组分。对于初次给予和加强注射而言，适用的治疗方案也是可以变化的，但是典型的是进行初次给予，随后进行继发接种(subsequentinoculation)或者其他的给予。
本申请的方式可以在大范围内变化，然而，本文中的特定实施方案最可能是经静脉注射传送的，或者直接地传送到肿瘤或者感染的位点。无论如何，任意给予疫苗的传统方法都是可行的。疫苗的剂量取决于给予的途径，以及随着宿主的大小发生变化。
在许多情况下，多次给予该疫苗是可取的，例如每周或者每隔一周进行四次到六次接种。正常的接种治疗方案通常以两周到十二周的间隔，或者三周到六周的间隔进行。为了维持免疫应答的保护水平或者在可能减轻或者重新感染时，采取1-5年间隔，通常地3年间隔的周期性加强剂量是可取的。免疫疗程可以随后进行检测，所述的检测如测量T细胞活化、细胞因子分泌或者甚至是抗体的产生，该检测最经常地在体外完成。这些免 疫应答检测是公知的，并且可见于大量的专利中，并如本文所示教的。
本发明的疫苗能以一个或者多个“单位剂量”提供，这取决于是否使用核酸载体、最终的经纯化的蛋白质或是最终的疫苗形式。单位剂量定义为含有预先确定量的治疗组合物，所述的治疗组合物按计算产生预期的与其给予，即通过合适的途径和治疗方式相关联的想要的响应。所给予的量，其具体的途径和制剂是临床领域的技能范围之内的。也可以将所治疗的受试者进行评估，具体地，评估该受试者的免疫系统的状态，和所期待的保护的状态。单位剂量不需要在单次的注射中进行给予，而是可以包括在一段时间内进行连续的灌注。本发明的单位剂量可以方便地用DNA/kg(或者蛋白质/Kg)体重来表示，将范围在0.05、0.10、0.15、0.20、0.25、0.5、1、10、50、100、1,000或者更多的mgDNA/kg或者蛋白质/Kg体重进行给予。
类似地，所传送的抗-CD40抗原疫苗的量可以为从约0.2到约8.0mg/kg体重变化。因此，在特定的实施方案中，可以将0.4mg、0.5mg、0.8mg、1.0mg、1.5mg、2.0mg、2.5mg、3.0mg、4.0mg、5.0mg、5.5mg、6.0mg、6.5mg、7.0mg和7.5mg的该疫苗传送到个体的体内。给予的疫苗的剂量在很大的程度上取决于所治疗的受试者的体重和身体状态，以及所给予的途径和治疗的频率。包括预先连接到脂质体或者病毒传送载体的裸露的多核苷酸的药物组合物可以按照从1μg到1mg的多核苷酸对1μg到100mg蛋白质的范围的量进行给予。因此，具体的组合物可以包括独立地连接在1μg、5μg、10μg、20μg、3.0μg、40μg、50μg、60μg、70μg、80μg、100μg、150μg、200μg、250μg、500μg、600μg、700μg、800μg、900μg、1mg、1.5mg、5mg、10mg、20mg、30mg、40mg、50mg、60mg、70mg、80mg、90mg或者100mg的载体的约1μg、5μg、10μg、20μg、30μg、40μg、50μg、60μg、70μg、80μg、100μg、150μg、200μg、250μg、500μg、600μg、700μg、800μg、900μg或者1,000μg之间的多核苷酸或者蛋白质。
本发明的抗体可选地可以共价或者非共价地连接到可检测的标记上。适合作为该用途的可检测标记包括任意的可以由波谱、光化学、生物化学、免疫化学、电学、光学或者化学方法检测的组合物。在本发明中有用的标记包括磁性珠(例如)，荧光染料(如异硫氰酸荧光素、德克萨斯红、罗丹明、绿色荧光蛋白等等)，放射性标记(例如3H、125I、 35S、14C或者32P)，酶(例如辣根过氧化物酶，碱性磷酸酶及其它在ELISA 中常用的酶)，以及比色的标记如胶体金，或者有色玻璃或者塑料(如聚苯乙烯、聚丙烯、乳胶等等)的珠子。
检测该标记的方法对于本领域技术人员而言是公知的。因此，例如放射性标记可以使用摄影胶片或者闪烁计数器进行检测，荧光标记物可以使用光电探测器检测发射光强度进行检测。酶的标记一般通过向该酶提供底物，并检测由酶对底物的活性所产生的反应产物进行检测，以及比色的标记通过简单地观看有色的标记进行检测。
本发明的抗体和/或免疫缀合物组合物尤其地对于肠胃外给予是有用的，所述肠胃外给予如经静脉给予或者给予到体腔中。用于给予的组合物一般地包含溶于药学上可接受的载体的所述抗体和/或免疫缀合物溶液，所述载体优选含水载体。可以使用多种含水载体，例如缓冲的盐水等等。这些溶液是无菌的，并且一般地不含有不想要的物质。这些组合物可以通过传统的、公知的杀菌技术进行杀菌。为了满足近似的生理条件的要求，该组合物可以含有药学上可接受的辅助物质，如pH调节和缓冲剂，毒性调节剂等等，例如乙酸钠、氯化钠、氯化钾、氯化钙、乳酸钠等等。在这些制剂中，融合蛋白的浓度可能在很大范围内变化并主要基于流体的体积、粘度、体重等等，以及所选择的具体给予方式以及患者的需求进行选择。
因此，本发明的用于经静脉注射的典型的药物免疫缀合物的组合物为约0.1到10mg每患者每天。可以使用每患者每天0.1到高达约100mg的剂量。用于制备可给予的组合物的实际方法对于本领域技术人员而言是已知的或者显而易见的，并更加详细地描述于出版物如REMINGTON'S PHARMACEUTICAL SCIENCE,19th ED.,Mack Publishing Company,Easton,Pa.(1995)。
本发明的组合物可以为治疗性的疗法给予。在治疗上的应用中，组合物以足以治愈或者至少部分地抑制疾病及其并发症的量给予罹患疾病的患者。将对于完成此目的而言充足的量定义为“治疗上有效的剂量”。对于此应用有效的量取决于疾病的严重性和患者健康的大致状态。该化合物的有效量是提供症状主观上的缓解，或者在由医师或者其他有资格的观测者的记载中，提供客观上可确认的缓解的量。
所给予的组合物的一次或多次给予取决于所需要的剂量和频率，以及患者的耐受。无论如何，该组合物都应该提供足量的本发明的蛋白质，从而有效地治疗患者。优选地，该药剂给药一次，但是可以周期性地施用， 直到达到治疗效果或者直到副作用使得疗法不能继续。一般来说，所述的剂量足以治疗或者缓解症状或者疾病的迹象，而不产生不想要的对患者的毒性。
本发明的免疫缀合物组合物的控释的经肠胃外制剂可以制成植入物、油性注射剂或者颗粒系统。作为蛋白质的传送系统的广泛概览，参见Banga,A.J.,THERAPEUTICPEPTIDES AND PROTEINS:FORMULATION,PROCESSING,AND DELIVERY SYSTEMS,TechnomicPublishing Company,Inc.,Lancaster,Pa.,(1995)，其在此结合作为参考。颗粒系统包括微球、微粒、微胶囊、纳米胶囊、纳米球和纳米颗粒。微胶囊含有治疗蛋白作为中心核。在微球中，治疗剂分散在该颗粒中。小于1μm的颗粒、微球和微胶囊一般地分别称作纳米颗粒、纳米球和纳米胶囊。毛细血管具有约5μm的直径，从而只有纳米颗粒是经静脉给予的。微颗粒一般地直径在100μm附近，并经皮下或者经肌肉内给予。
可以将聚合物用于本发明的免疫缀合物组合物的离子控制释放。本领域已知有多种可降解的和不可降解的聚合物基质可以用于受控的药物传送(Langer,R.,AccountsChem.Res.26:537-542(1993))。例如，嵌段共聚物帕洛沙姆(poloxamer)作为在低温下以黏的却可流动的液体形式存在，但是在体温下形成半固体的凝胶，已经将羟磷灰石用作蛋白质受控释放的微载体，和/或脂质体可以用于控释以及脂质包裹的药物的药物靶向。已知此外有多种用于将治疗性的蛋白质进行受控的传送的系统。参见例如第5,055,303、5,188,837、4,235,871、4,501,728、4,837,028、4,957,735和5,019,369、5,055,303、5,514,670、5,413,797、5,268,164、5,004,697、4,902,505、5,506,206、5,271,961、5,254,342和5,534,496号美国专利，其各个的相关部分在此结合作为参考。
在本发明的免疫缀合物的多种不同用途当中，包括由特定的人类细胞引起的多种疾病症状，其可以由所述融合蛋白的毒性作用消除。例如，人化的抗-CD40_12E12.3F3(ATCC登记号PTA-9854)，抗-CD40_12B4.2C10(ATCC登记号_______提交号AB13-22.12B4.2C10(HS446))和抗-CD40_11B6.1C3(ATCC登记号_______提交号AB13-22.11B6.1C3(HS440))，在本文中公开的抗体，免疫缀合物的一个优选的应用在于治疗表达CD40的恶性细胞。
在另一个实施方案中，本发明提供了传送抗原的试剂盒，所述抗原如 CD40或者其有免疫反应性的片段，其为缀合的或者为与一个或多个T细胞或者B细胞表位的融合蛋白的形式。如本文中所使用的，“生物样品”是含有抗原的生物组织或者流体的样品。该样品包括但不限于来自活组织检测、血液和血细胞(如白细胞)的组织。优选地，所述的细胞是淋巴细胞，如树突细胞。生物样品还包括组织的片段，如出于组织学的目的取得的冷冻的片段。生物样品一般地得自多细胞的真核生物，优选地哺乳动物如大鼠、小鼠、牛、狗、豚鼠或者兔，以及更优选地为灵长类动物，例如猕猴、黑猩猩或者人类。最优选地，该样品来自人类。本发明的抗体也可以在体内使用，例如作为用于体内成像的诊断性工具。
试剂盒一般地包括编码本发明的抗体(或其片段)的核酸序列，所述的抗体在羧基末端具有一个或多个框架部分或者多克隆位点，在该处可以插入一个或多个抗原的编码序列。在一些实施方案中，所述的抗体是人化的抗-CD40Fv片段，如scFv或者dsFv片段。除此之外，该试剂盒一般地包括说明材料，该说明材料公开本发明的抗体的使用方法(例如在使用树突细胞进行免疫之前，将其加载到树突细胞中，所述的树突细胞可以是自体同源的树突细胞)。所述的试剂盒还可以包括附加的部分，从而便于将其用于所设计的具体应用。因此，例如该试剂盒可以额外地包括检测标记的方法(例如用于酶标记的酶底物，用于检测荧光标记的滤器设备，如羊抗鼠HRP的合适的二级标记等等)。该试剂盒可以额外地包括缓冲剂和其他常规地用于实施具体方法的试剂。该试剂盒和合适的组成对于本领域技术人员而言是已知的。
在本发明的另一系列用途中，可以将本发明的由抗体靶向的免疫缀合物用于将靶向的细胞从培养物中的细胞群中清除。例如，如果想要特定群体的T细胞，可以使用本发明的免疫缀合物来富集具有进行的免疫应答的相反效果的T细胞群体。因此，例如可以通过向患者提供加载了抗原的树突细胞，从培养自具有癌症的患者的细胞中清除癌细胞，所述的加载了抗原的树突细胞是使用本发明的抗体作为触发针对该癌症、病毒或者其他病原体的抗原的靶向部分。类似地，所述的免疫缀合物可以用于增加调节的T细胞的群体，或者将免疫应答朝着接近或者远离细胞毒性的T细胞响应的方向发展，或者甚至驱使B细胞响应。
实施例1：抗-CD40–HIV肽疫苗
从大量的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位中选取五个19到32个氨基酸长的序列，所述的表位是在不同的I类MHC分子的环境下，在HIV-1Nef、Gag和Env蛋白中识别出来的。已经报道了在鼠中、在灵长类中以及在人类中可以使用脂肽疫苗有效地诱导CTL响应。将所述的五个HIV肽随后在C末端位置使用(Palm)-NH2基团进行修饰，并且所述的五个HIV肽序列已经在科技文献中[例如Characterization of a multi-lipopeptides mixture used asan HIV-1 vaccine candidate(1999)Klinguer等人,Vaccine,Volume 18,259-267]，以及在专利申请中[Cytotoxic T lymphocyte-inducing lipopeptides and use asvaccines.Gras-Masse H.等人,专利号为EP0491628(1992-06-24)；US 5871746(1999-02-16)]有充分描述。
非常想要的HIV疫苗由重组体抗-树突细胞受体抗体融合到上述HIV肽构成。本发明包括有效地产生蛋白和HIV疫苗的组合物和方法。
示于下文的序列是五个选择的HIV肽的氨基酸序列，并且各个HIV蛋白中的氨基酸位置在括号中表示。
Nef(66-97)是:VGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGL(SEQ ID NO.:1)
Nef(116-145)是:HTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWLYKL(SEQ ID NO.:2)
Gag pl7(17-35)是:EKIRLRPGGKKKYKLKHIV(SEQ ID NO.:3)
Gag pl7-p24(253-284)是:NPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILD(SEQ ID NO.:4)
Pol 325-355(RT 158-188)是:AIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLY(SEQ ID NO.:5)
下面的序列是hIgG4重链(H)-HIV gag 17融合蛋白，其中Gag pl7(17-35)区域以黑体表示。下划线的AS残基是连接序列。
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-Pep-gag17]C655是:
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS.(SEQ ID NO.：6)
下面的序列是H链-HIV gag253融合蛋白其中Gag p17-p24(253-284)区以黑体显示。下划线的AS残基是连接序列。
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-Pep-gag253]C656是：
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS.(SEQ ID NO.：7)
下面的序列是H链-HIV nef116融合蛋白其中Nef(116-145)区以黑体显示。下划线的AS残基是连接序列。
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-Pep-nef116]C680是：
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS.(SEQ ID NO.：8)
下面的序列是H链-HIV nef66融合蛋白其中Nef(66-97)区以黑体显示。下划线的AS残基是连接序列。
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-Pep-nef66]C679是：
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS.(SEQ ID NO.：9)
下面的序列是H链-HIV pol158融合蛋白，其中Pol 325-355(RT 158-188)区以黑体显示。下划线的AS残基是连接序列。
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-Pep-pol158]C667 is：
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS.(SEQ ID NO.：10)
图1显示了蛋白质A亲和纯化的，融合到不同的HIV肽的重组抗体(第1到第5道)，所述的抗体从转染的293F细胞中分泌，并经还原性SDS.PAGE和考马斯亮蓝染色分析。融合到不同的C-端HIV肽编码区域的H链表达载体与匹配的轻链(L)质粒共转染到临时的293F细胞中，3天后收集上清用于后续的纯化。各转染之间的细胞数量和DNA的量是不变的。由于使用了过量的蛋白质A亲和性基质，SDS.PAGE分析确定了产率和不同的疫苗构建体的H链完整性。第1、4和5道(上方的条带)显示，直接与HIV gag 17、nef66和pol158肽融合的H链是良好地分泌的。第2道显示直接与HIV gag253肽融合的H链表达低下。第3道显示直接与HIV nef116肽融合的H链完全不表达。
出人意料地发现了使用柔性的可能糖基化的内部肽编码区接头序列改善了整个重组抗体-HIV肽融合蛋白的分泌。
所使用的柔性的接头序列得自多纤维素酶体锚定支架蛋白B(cellulosomalanchoring scaffoldin B)前体[溶纤维素拟杆菌]并且已经由本发明人在共同待决的第61/081,234号美国专利申请中描述，其相关的部分在此结合作为参考。
下面所示的序列是所选择的四种肽接头序列的25-氨基酸长的序列。下划线的序列是推测的N-连接糖基化位点。
Flex1是：SSVSPTTSVHPTPTSVPPTPTKSSP(SEQ ID NO.：11)
Flex2是：PTSTPADSSTITPTATPTATPTIKG(SEQ ID NO.：12)
Flex3是：TVTPTATATPSAIVTTITPTATTKP(SEQ ID NO.：13)
Flex4是：TNGSITVAATAPTVTPTVNATPSAA(SEQ ID NO.：14)
这些序列[接头以黑体显示，以及下划线区得自黏结蛋白]得自细菌蛋白的黏结蛋白内功能域间隔区＞gi|50656899|gb|AAT79550.1|多纤维素酶体锚定支架蛋白B前体[溶纤维素拟杆菌]：
MQSPRLKRKILSVILAVCYHSSFSIQFAATPQVNIIIGSAQGIPGSTVKVPINLQNVPEIGINNCDFTIKFDSDILDFNSVEAGDIVPLPVASFSSNNSKDIIKFLFSDATQGNMPINENGLFAVISFKIKDNAQKGISNIKVSSYGSFSGMSGKEMQSLSPTFFSGSIDVSDVSTSKLDVKVGNVEGIAGTEVNVPITFENVPDNGINNCNFTLSYDSNALEFLTTEAGNIIPLAIADYSSYRSMEGKIKFLFSDSSQGTRSIKNDGVFANIKFKIKGNAIRDTYRIDLSELGSFSSKQNNNLKSIATQFLSGSVNVKDIE GNKMKIQIGDVKANQGDTVIVPITFNEVPVMGVNNCNFTLAYDKNIMEFISADAGDIVTLPMANYSYNMPSDGLVKFLYNDQAQGAMSIKEDGTFANVKFKIKQSAAFGKYSVGIKAIGSISALSNSKLIPIESIFKDGSITVTNKPIVNIEIGKVKVKAGDKIKVPVEIKDIPSIGINNCNFTLKYNSNVLKYVSNEAGTIVPAPLANLSINKPDEGIIKLLFSDASQGGMPIKDNGIFVNLEFQAVNDANIGVYGLELDTIGAFSGISSAKMTSIEPQFNNGSIEIFNSAQTPVPSNTEV LYNLNVNIGEISGEAGGVIEVPIEFKNVPDFGINNCDFSVKYDKSIFEYVTYEAGSIVKDSIVNLACMENSGIINLLFNDATQSSSPIKNNGVFAKLKFKINSNAASGTYQINAEGYGKFSGNLNGKLTSINPIFENGIINIGNVTVK TPTVTPIYWMNVLIGNMNAAIGEEVVVPIEFKNVPPFGINNCDFKLVYDSNALELKKVEAGDIVPEPLANLSSNKSEGKIQFLFNDASQGSMQIENGGVFAKITFKVKSTAASGIYNIRKDSVGSFSGLIDNKMTSIGPKFTDGSIVVGMYWMNVVIGKMNAEVGGEVVVPIEFNNVPSFGINNCDFKLVYDATALELKNVEAGDIIKTPLANFSNNKSEEGKISFLFNDASQGSMQIENGGVFAKITFKVKSTTATGVYDLRKDLVGSFSGLKDNKMTSIGAEF TPTVTPTATATPSVTIPTVTPTATATPSVTIPTVTPTATATPSAATPTVTPTAT ATPSVTIPTVTPTVTATPSDTIPTVTPTATATPSAIVTTITPTATAKPIATPTIKGTPTATPMYWMNVVIGKMNAEVGGEVVVPIEFKNVPSFGINNCDFKLVYDATALELKNVEAGDIIKTPLANFSNNKSEEGKISFLFNDASQGSMQIENGGVSAKITFKVKSTTAIGVYDIRKDLIGSFSGLKDSKMTSIGAEFTNGSITVATTAPTVTPTATATPSVTIPTVTPTA TATPGTATPGTATPTATATPGAATPTETATPSVMIPTVTPTATATPTATATPTVKGTPTIKPVYKMNVVIGRVNVVAGEEVVVPVEFKNIPAIGVNNCNFVLEYDANVLEVKKVDAGEIVPDALINFGSNNSDEGKVYFLFNDALQGRMQIANDGIFANITFKVKSSAAAGIYNIRKDSVGAFSGLVDKLVPISAEFTDGSISVESAKSTPTATATGTNVTPTVAATVTPT ATPASTTPTATPTATSTVKGTPTATPLYSMNVIIGKVNAEASGEVVVPVEFKDVPSIGINNCNFILEYDASALELDSAEAGEIVPVPLGNFSSNNKDEGKIYFLFSDGTQGRMQIVNDGIFAKIKFKVKSTASDGTYYIRKDSVGAFSGLIEKKIIKIGAEFTDGSITVRSLTPTPTVTPNVASPTPTKVVAEPTSNQPAGPGPITGTIPTATTTATATPTKASVATATPTATPIVVVEPTIVRPGYNKDADLAVFISSDKSRYEESSIITYSIEYKNIGKVNATNVKIAAQIPKFTKVYDAAKGAVKGSEIVWMIGNLAVGESYTKEYKVKVDSLTKSEEYTDNTVTISSDQTVDIPENITTGNDDKSTIRVMLYSNRFTPGSHSSYILGYKDKTFKPKQNVTRAEVAAMFARIMGLTVKDGAKSSYKDVSNKHWALKYIEAVTKSGIFKGYKDSTFHPNAPITRAELSTVIFNYLHLNNIAPSKVHFTDINKHWAKNYIEEIYRFKLIQGYSDGSFKPNNNITRAEVVTMINRMLYRGPLKVKVGSFPDVSPKYWAYGDIEEASRNHKYTRDEKDGSEILIE(SEQ ID NO.：15).
下面的序列是重链(H)-HIV gag17-nef66-nef116肽融合蛋白，其中HIV gag 17、nef66、nef116肽序列为黑体。下划线的AS残基是连接序列。
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-gag 17-nef66-nef116]C694是：
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS AS AS(SEQ ID NO.：16).
下面的序列是H链-HIV gag17-nef116肽融合蛋白，其中HIV gag 17和nef116肽序列[斜体]通过间隔区f1[以黑体显示]连接。下划线的AS残基为连接序列。
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-gag17-f1-nef116]C692是：
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS AS AS(SEQ IDNO.：17).
图2显示了蛋白质A亲和纯化的，融合到不同的HIV肽的重组抗体(第1和第2道)，所述的抗体从转染的293F细胞中分泌，并经还原性SDS.PAGE和考马斯亮蓝染色分析。融合到不同的C-端HIV肽编码区域的H链表达载体与匹配的轻链(L)质粒共转染到临时的293F细胞中，3天后收集上清用于后续的纯化。第1和第2道(上方的条带)显示，直接与HIV肽链gag17-nef66-nef116融合的H链是良好地分泌的。同时，含有HIV肽链gag17和nef 116，由柔性间隔区f1隔开的H链产物(第2道)也是良好地表达的。因此当单独与H链直接融合时不作为分泌产物表达的HIV nef 116肽可以在加到其他的特定肽和柔性的链环境下时良好地表达。注意直接融合到gag 17-f1-nef 116[82个残基]的H链比具有gag 17-nef 66-nef 116[89个残基]的H链迁移更慢，这说明了柔性的接头f1是糖基化的，与gag17-nef66-nef116融合抗体相比，其可能也提高了分泌的gag 17-f1-nef116融合抗体的产生。
下面的序列是H链-HIV肽链gag17-gag253-nef66融合蛋白，其中各个HIV肽序列[以粗斜体表示]由肽内间隔区f[以黑体显示]隔开。在这种情况下，得自多纤维素酶体锚定支架蛋白B前体[溶纤维素拟杆菌区为黑斜体下划线]的27个氨基酸长的flex-v1(v1)[以黑斜体显示]接头插入到H链的C末端和HIV肽柔性间隔区链之间。下划线的AS残基为连接序列。
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-Flex-V1-Pep-gag17-f1-gag253-f2-nef66]C711是：
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK AS AS AS AS AS AS(SEQID NO.：18).
下面的序列是H链-HIV肽链pol158-gag17-nef66-nef116-gag253融合蛋白，其中肽的序列有灰色阴影。下划线的AS残基为连接序列。
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hlgG4H-C-Pep-pol158-gag17-nef66-nef116-ga g253]C713是：
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS ASV AS LYKLAS AS(SEQ ID NO.：19).
图3显示了蛋白质A亲和纯化的，融合到不同的HIV肽链的重组抗体(第1到第5道)，所述的抗体从转染的293F细胞中分泌，并经还原性SDS.PAGE和考马斯亮蓝染色分析。融合到不同的C-端HIV肽编码区的H链表达载体与匹配的轻链(L)质粒共转染到临时的293F细胞中，3天后收集上清用于后续的纯化。第1、2和第3道(上方的条带)显示，通过柔性的接头flex-v1与H链融合的4个HIV肽的链-柔性间隔区可以良好地表达。然而，直接与H链融合的4个HIV肽的链完全不表达(第4道，上方的条带)。同时，第5道(上方的条带)显示直接与H链融合的5个HIV肽的链完全不表达。结果说明了特定的组合，以及柔性的接头和HIV肽编码序列能增加重组抗体-HIV肽融合蛋白的分泌(第1、2和3道)。
下面的序列是H链-HIV肽链gag17-gag253-nef66-nef116-pol158融合蛋白，其中各个HIV肽序列[以斜体涂黑]由肽内间隔区f[以黑体显示]隔开。柔性的接头flex-v1(v1)[以黑斜体显示]插入在H链的C末端和HIV肽-柔性间隔区链之间。下划线的AS残基为连接序列。
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-hIgG4H-Flex-v1-Pep-gag17-fl-gag 253-f2-nef116-f3-nef66-f4-pol158]C825是：
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS ASEKIRLRPGGKKKYKLKHIVAS AS AS AS AS AS AS AS AS.(SEQ ID NO.：20)
图4显示了蛋白质A亲和纯化的，融合到不同的HIV肽链的重组抗体(第1到第6道)，所述的抗体从转染的293F细胞中分泌，并经还原性SDS.PAGE和考马斯亮蓝染色分析。融合到不同的C-端HIV肽编码区域的H链表达载体与匹配的轻链(L)质粒共转染到临时的293F细胞中，3天后收集上清用于后续的纯化。第1、3和第5道(上方的条带)显示，通 过柔性的接头flex-v1与H链融合的4个HIV肽的链-柔性间隔区可以良好地表达。第2和6道(上方的条带)显示通过柔性的flex-v1接头融合到H链的5个HIV的肽的链-柔性间隔区表达低下。然而，特定的组合，以及HIV肽编码序列的环境能增加重组抗体-HIV肽融合蛋白的分泌(第3和4道)。因此，与5个HIV肽-柔性间隔区通过柔性的接头flex-v1融合的H链当附加到其他的肽及在柔性链的情况下可以良好表达(第4道)。
本发明包括组合物和方法，其用于柔性的可能地糖基化的中间肽编码区接头序列，及该HIV肽编码区的组合，其尤其适合于充分分泌重组的抗-DC受体抗体-HIV肽融合疫苗。
得自纤维降解细菌(cellulose-degrading bacteria)的内结构域接头序列作为优选的域间接头序列在蛋白质加工中的用途，尤其地那些具有高度可能的糖基化位点的蛋白。这些序列中期待的特征为：i)固有的柔性，从而便于所连接的域的分离，这在很大程度上帮助其正确折叠并使得B细胞受体能接触依赖构象的抗原表位；ii)糖基化，从而帮助所生产的完整融合蛋白的分泌和溶解，并且还针对培养环境中的蛋白酶保护所述的接头序列。
有利于分泌的HIV肽编码区的特定组合和插入到编码HIV肽的序列之间的特定的柔性接头序列也能帮助完整的HIV肽链疫苗的分泌——对于其他的优选的肽抗原而言，该原理也可以应用于解决类似的问题。
优选的接头的DNA序列和抗原编码序列。连接序列密码子和终止密码子以黑体表示：
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-Pep-gag17]C655是：
GAGAAGATCCGGCTGCGGCCCGGCGGCAAGAAGAAGTACAAGCTGAAGCACATCGTGGCTAGC(SEQ IDNO.：21)
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-Pep-nef66]C679是：
GTGGGCTTCCCCGTGACCCCCCAGGTGCCCCTGCGGCCCATGACCTACAAGGCCGCCGTGGACCTGAGCCACTTCCTGAAGGAGAAGGGCGGCCTGGCTAGC(SEQ ID NO.：22)
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-Pep-pol158]C667是：
GCCATCTTCCAGAGCAGCATGACCAAGATCCTGGAGCCCTTCCGGAAGCAGAACCCCGACATCGTGATCTACCAGTACATGGACGACCTGTACGCTAGC(SEQ ID NO.：23)
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-Flex-v1-Pep-gag253]C681是：
CAGACCCCCACCAACACCATCAGCGTGACCCCCACCAACAACAGCACCCCCACCAACAACAGCAACCCCAAGCCCAACCCCAACCCCCCCATCCCCGTGGGCGAGATCTACAAGCGGTGGATCATCCTGGGCCTGAACAAGATCGTGCGGATGTACAGCCCCACCAGCATCCTGGACGCTAGC(SEQ IDNO.：24)
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-Flex-v1-Pep-gag17-nef116]C686是：
CAGACCCCCACCAACACCATCAGCGTGACCCCCACCAACAACAGCACCCCCACCAACAACAGCAACCCCAAGCCCAACCCCGGAGAAGATCCGGCTGCGGCCCGGCGGCAAGAAGAAGTACAAGCTGAAGCACATCGTGCACACCCAGGGCTACTTCCCCGACTGGCAGAACTACACCCCCGGCCCCGGCGTGCGGTACCCCCTGACCTTCGGCTGGCTGTACAAGCTGGCTAGC(SEQ IDNO.：25)
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-hIgG4H-Flex-v1-Pep-gag17-fl-gag 253-f2-nef116-f3-nef66-f4-pol158]C825是：
CAGACCCCCACCAACACCATCAGCGTGACCCCCACCAACAACAGCACCCCCACCAACAACAGCAACCCCAAGCCCAACCCCGAGAAGATCCGGCTGCGGCCCGGCGGCAAGAAGAAGTACAAGCTGAAGCACATCGTGAGCAGCGTGAGCCCCACCACCAGCGTGCACCCCACCCCCACCAGCGTGCCCCCCACCCCCACCAAGAGCAGCCCCAACCCCCCCATCCCCGTGGGCGAGATCTACAAGCGGTGGATCATCCTGGGCCTGAACAAGATCGTGCGGATGTACAGCCCCACCAGCATCCTGGACCCCACCAGCACCCCCGCCGACAGCAGCACCATCACCCCCACCGCCACCCCCACCGCCACCCCCACCATCAAGGGCCACACCCAGGGCTACTTCCCCGACTGGCAGAACTACACCCCCGGCCCCGGCGTGCGGTACCCCCTGACCTTCGGCTGGCTGTACAAGCTACCGTGACCCCCACCGCCACCGCCACCCCCAGCGCCATCGTGACCACCATCACCCCCACCGCCACCACCAAGCCCGTGGGCTTCCCCGTGACCCCCCAGGTGCCCCTGCGGCCCATGACCTACAAGGCCGCCGTGGACCTGAGCCACTTCCTGAAGGAGAAGGGCGGCCTGACCAACGGCAGCATCACCGTGGCCGCCACCGCCCCCACCGTGACCCCCACCGTGAACGCCACCCCCAGCGCCGCCGCCATCTTCCAGAGCAGCATGACCAAGATCCTGGAGCCCTTCCGGAAGCAGAACCCCGACATCGTGATCTACCAGTACATGGACGACCTGTACGCTAGC(SEQ ID NO.：26)
优选的接头的DNA序列和抗原编码序列。连接序列密码子以黑体表示：
Nef(66-97)是：
GTGGGCTTCCCCGTGACCCCCCAGGTGCCCCTGCGGCCCATGACCTACAAGGCCGCCGTGGACCTGAGCCACTTCCTGAAGGAGAAGGGCGGCCTG(SEQ IDNO.：27)
Nef(116-145)是：
CACACCCAGGGCTACTTCCCCGACTGGCAGAACTACACCCCCGGCCCCGGCGTGCGGTACCCCCTGACCTTCGGCTGGCTGTACAAGCTG(SEQ ID NO.：28)
Gag p17(17-35)是：
GAGAAGATCCGGCTGCGGCCCGGCGGCAAGAAGAAGTACAAGCTGAAGCACATCGTG(SEQ ID NO.：29)
Gag p17-p24(253-284)是：
AACCCCCCCATCCCCGTGGGCGAGATCTACAAGCGGTGGATCATCCTGGGCCTGAACAAGATCGTGCGGATGTACAGCCCCACCAGCATCCTGGAC(SEQ ID NO.：30)
Pol 325-355(RT 158-188)是：
GCCATCTTCCAGAGCAGCATGACCAAGATCCTGGAGCCCTTCCGGAAGCAGAACCCCGACATCGTGATCTACCAGTACATGGACGACCTGTAC(SEQ ID NO.：31)
Flex1是：
AGCAGCGTGAGCCCCACCACCAGCGTGCACCCCACCCCCACCAGCGTGCCCCCCACCCCCACCAAGAGCAGCCCC(SEQ ID NO.：32)
Flex2是：
CCCACCAGCACCCCCGCCGACAGCAGCACCATCACCCCCACCGCCACCCCCACCGCCACCCCCACCATCAAGGGC(SEQ ID NO.：33)
Flex3是：
ACCGTGACCCCCACCGCCACCGCCACCCCCAGCGCCATCGTGACCACCATCACCCCCACCGCCACCACCAAGCCC(SEQ ID NO.：34)
Flex4是：
ACCAACGGCAGCATCACCGTGGCCGCCACCGCCCCCACCGTGACCCCCACCGTGAACGCCACCCCCAGCGCCGCC(SEQ ID NO.：35)
本发明包括组装编码HTV肽和柔性的接头的序列的构建体的组合物和方法。H链表达载体一般地具有附加到H链的C末端残基密码子上的，或者[对于flex-v1载体]附加到flex-v1序列的C末端密码子上的Nhe I位点[g|ctagc]。柔性的接头序列或者HIV肽序列在N-末端柔性接头或者HIV肽密码子之前具有Spe I位点[a|ctagt]，附加到C-末端柔性接头或者HIV肽密码子的Nhe I位点，随后为TGA终止密码子，随后为Eco RI位点，随后为Not I位点。将该柔性的接头或者HIV肽Spe I，而不是I的片段插入到使用Nhe I-而非I消化制备的H链载体中。Nhe I和Spe I是相容的位点，但是当连接时，[g|ctagt]就不再是Nhe I或者SpeI位点。因此可以 将额外的Spe I-Not I柔性接头或者HIV肽片段插入到新的Nhe I-Not I的间隔中，所述的新的Nhe I-Not I的间隔位于开始的柔性接头或者HIV肽的远端。以这种方式，可以将HIV肽链和/或柔性接头编码区附加到表达载体H链的编码区。
实例2. HIV肽疫苗——体外的抗原靶向生物学
对HIV患者的体外抗-CD40.LIPO5 HIV肽疫苗测试。为了研究αCD40.LIPO5 HIV肽融合重组抗体(αCD40.LIPO5 rAb)介导抗原呈递的能力，将融合的rAb加入到来自感染了HIV的个体的血细胞中，并测量来自外周血液单核细胞(PBMC)的细胞因子产生。
图5描述了在体外用于检测αCD40.LIPO5 HIV肽融合重组抗体(αCD40.LIPO5 rAb)在PBMC培养物的环境下，引发抗原特异性T细胞扩增的效力的方案。简要地来说，将来自HIV患者的单采血液(apheresis)的PBMC(2×106细胞/ml)与一定剂量范围的αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗进行温育。在第2天，在培养物中加入100 U/ml IL-2并且随后每两天使用100 U/mlIL-2更换培养基。在第10天时，将扩增的细胞使用单个的长肽激发48小时，所述的长肽对应于包括于αCD40.LIPO5 HIV肽融合rAb的5个HIV肽序列。随后，收集培养物上清，并使用多珠检测(multiplex beadsassay)(Luminex)评估细胞因子的产生(所述细胞因子是由T细胞通过对肽序列特异性的T细胞受体(TCR)而产生的)。如果抗原特异性细胞因子的产生依赖于抗-CD40.LIPO5 HIV肽疫苗，在此检测中测得的其产量反映了在培养物中的抗原呈递细胞(APC)的疫苗摄取，以及MHC上肽的加工[蛋白酶降解]和呈递。由T细胞通过TCR识别抗原-MHC复合物，所述的TCR仅识别特定的HIV抗原-MHC复合物。在HIV患者中，该细胞可能是在患者中作为对HIV感染的响应而扩增的记忆T细胞。
APC可以呈递来自疫苗中所有5个HIV肽区中的表位。图5中的方案用于检测HIV肽特异性的T细胞对抗-CD40.LIPO5肽疫苗的响应的体外扩增。在图6中显示了来自7个个体的结果，该结果表明，αCD40.LIPO5HIV肽融合rAb在所研究的全部患者中引发HIV肽特异性的IFNγ响应。因此，所述的α-CD40.LIPO5 HIV肽融合rAb使DC能将疫苗中5个肽中的至少1个或者2个不同的肽交叉呈递到各个个体的T细胞。然而，这一套激发了IFNγ的产生的HIV肽对于各个患者而言是不同的——很可能反 映了对HIV特异性的不同的记忆T细胞池(pool)。
图6显示了在来自HIV患者的PBMC中的HIV肽特异性的IFNγ的产生，所述的PBMC与不同浓度的抗CD40.LIPO5肽链疫苗进行温育。C是对照组，其未接受疫苗，并且限定了培养物对各个肽的基线响应。
图7是αCD40.LIPO5肽疫苗针对来自8名HIV患者的5个肽区域的响应的总结。该数据基于肽特异性的IFNγ产生。图7显示，在8名HIV患者中观察到了抗原特异性的响应。该数据证实了该疫苗中的所有HIV肽区具有被加工并呈递到T细胞的能力——假定仅当合适的TCR-耐受细胞存在时，才能观察到对这些肽的响应这一可能的情况。因此，各个患者有该细胞的特征谱。
αCD40.LIPO5肽疫苗能引起能分泌广谱的细胞因子的抗原特异性T细胞的增殖。
图8显示了αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗引起HIV肽特异性的T细胞的扩增，所述的T细胞能够分泌多种细胞因子——在疫苗中想要的特征。在图8中，αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗引发gag253、nef66、nef116和pol325肽特异性的响应，其特征在于多种细胞因子的产生。这是患者A5。
抗-CD40.LIPO5 HIV肽体外接种DC。
图9显示了检测αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗控制抗原特异性的T细胞的扩增的能力的方案，所述的抗原特异性的T细胞得自DC靶向摄取，并将肽表位呈递到其表面的MHC复合物上。简要地来说，HIV患者的单核细胞通过与IFNα和GM-CSF培养2天，分化成DC。随后加入不同剂量的αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗或者5种肽的混合物并持续18小时。第3天，在共培养物中加入自身同源的T细胞(比例为1：20)。在第5天，在培养物中加入100 U/ml IL-2，并且随后每2天使用100 U/ml IL-2更换培养基。在第10天，将经扩增的细胞使用单个的长肽进行再激发48小时，所述的长肽对应于掺入αCD40.LIPO5 HIV肽融合rAb中的5个HIV肽序列。随后，收集培养物上清，并使用Luminex评估细胞因子的产生。
图10显示了对HIV肽响应的细胞因子分泌，所述的HIV肽来自使用不同剂量的αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗处理的DC-T细胞共培养物。这是患者A10。显示于图10中的患者A10中的结果证实了抗原特异性T细胞的扩增对应于在gag17、gag253和pol325 HIV抗原区中的表位。在多数的情况下，αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗和非-LIPO5疫苗[5种非脂质化的HIV肽 的混合物，所述HIV肽的序列对应于αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗中的序列]的响应之间有一致性。因此，在这种体外的环境下αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗良好地起作用，其中经培养的DC有效地加工HIV抗原并将其呈递到T细胞。这例证了αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗用于体外接种的用途，由此“经接种疫苗的DC”经冷藏用于未来再次注射到同一名患者中。
αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗——柔性的接头区可能的免疫效果。使HIV肽序列散布于αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗自身中的柔性接头序列可能含有T细胞表位。图11显示了患者A4没有显现出具有显著的对αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗中的5个柔性的接头序列有特异性的记忆T细胞池。在图11中，使用αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗处理的来自患者A4的PBMC引发抗原特异性T细胞的扩增，所述的T细胞对gag253区有特异性，而对柔性的接头序列没有特异性。使用了在图9中描述的方案，其中柔性接头长肽对应于序列中黑体区，HIV肽为粗斜体，其示于下文的序列中。
αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗重链序列以黑体显示柔性接头区，以下划线显示连接序列，以及HIV肽区以黑斜体显示。
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS AS AS AS AS AS AS AS AS AS.(SEQ ID NO.：36).
在图12A中，使用αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗处理的来自患者A3的PBMC引发抗原特异性T细胞的扩增，所述的T细胞对gag253、nef66和nef116区有特异性，而对柔性的接头序列没有特异性。使用了在图1中描述的方案，其中柔性接头长肽对应于图8的序列中的黑体区。
图12B显示HIV患者A17 PBMC与30nM的三种不同的HIV5肽DC靶向疫苗温育所引起的HIV抗原特异性T细胞响应。将细胞与IL-2培养 10天，并随后使用单个的长肽进行刺激，所述的单个的长肽对应于DC靶向疫苗中所包括的5个HIV肽序列。1小时后，加入布雷菲德菌素(brefeldin)A，并继续再温育5小时，直到染色进行FACS分析为止。FACS的作图显示了染色到CD3+T细胞上的IFNγ和CD8。圆圈标明了与来自无疫苗培养的PBMC的细胞相比，IFNγ+细胞发生显著的疫苗引发的扩增。CD8-细胞是CD4+T细胞。数据显示抗-CD40.HIV5pep疫苗引发nef66(N66)-特异性的CD8+T细胞的强烈扩增，这一点在其他DC靶向的载体中未见到。
这些是基于LIPO5 HIV肽链的数据。例如所述的抗-CD40 H链是抗-CD40_12E12.3F3_H-LV-hIgG4H-C-Flex-V1-Pep-gag17-f1-gag253-f2-nef116-f3-nef66-f4-pol158]，其序列为：
EVKLVESGGGLVQPGGSLKLSCATSGFTFSDYYMYWVRQTPEKRLEWVAYINSGGGSTYYPDTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSRLKSEDTAMYYCARRGLPFHAMDYWGQGTSVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKASQTPTNTISVTPTNNSTPTNNSNPKPNPASEKIRLRPGGKKKYKLKHIVASSSVSPTTSVHPTPTSVPPTPTKSSPASNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDASPTSTPADSSTITPTATPTATPTIKGASHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWLYKLASTVTPTATATPSAIVTTTTPTATTKPASVGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLASTNGSITVAATAPTVTPTVNATPSAAASAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYAS(SEQ ID NO.：37).
图12C是与图12B中类似的研究，除了PBMC是来自不同的HIV患者的(A2)。该数据显示了由抗-CD40.HIV5pep，而非其他的DC靶向疫苗，或者由混合的肽自身引发的抗原特异性CD4+和CD8+T细胞响应。
图12D基于对15个不同的HIV肽[取自3名患者的5个肽区]响应的分析，显示抗-CD40.HIV5pep疫苗显然地比抗-DCIR.HIV5pep、抗-LOX-1.HIV5pep和非-LIPO5的混合物更好地引发广谱的HIV肽特异性的CD8+和CD4+T响应。
在αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗的设计中，关心柔性的接头序列的免疫原性。前文中所示的有限的数据集，测试对柔性的接头序列内的表位有特异性的T细胞的记忆(recall)表明抗这些序列的人类所有组成成分(human repertoire)是可变的。同时，这些序列从头引发响应的能力未经测试。可以使用本发明测试在猴子中对αCD40.LIPO5 HIV肽疫苗的响应。如果有必要的话，在这些区中特定的较不想要的表位可以通过预测的计算方式和肽激发扫描确定，并随后通过引入破坏TCR相互作用的突变变化将其消除。
所述的抗-CD40结合分子包括具有下面的氨基酸序列(SEQ ID NO.38)的轻链。该抗体轻链的可变区是下划线的，并且CDR为黑体。(分别地为SEQ ID NO.：42、43和44).
MMSSAQFLGLLLLCFQGTRCDIQMTQTTSSLSASLGDRVTISC NWYQQKPDGTVKLL IY GVPSRFSGSGSGTDYSLTIGNLEPFDIATYYCQQFNKLPPTFGGGTKLFIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ ID NO.：38).
抗-CD40结合分子包括具有以下序列的重链。抗体轻链的可变区是下划线的，并且CDR是黑体的。(分别地SEQ ID NO.：45，46和47)。
MNLGLSLIFLVLVLKGVQCEVKLVESGGGLVOPGGSLKLSCAT YWVRQTPEKRLEWV GRFTISRDNAKNTLYLQMSRLKSEDTAMYYCA YWGQGTSVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS(SEQ ID NO.：39).
在一个方面，编码轻链的核酸包含SEQ ID NO.抗体轻链的核酸序列的可变区标以下划线，并且CDR为黑体。
ATGATGTCCTCTGCTCAGTTCCTTGGTCTCCTGTTGCTCTGTTTTCAAGGTACCAGATGTGATATCCAGATGACACA GACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTAGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGC TGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTAT GGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGATTATTCTCTCAC CATCGGCAACCTGGAACCTGAAGATATTGCCACTTACTATTGT TTCGG TGGAGGCACCAAACTCGAGATCAAACGAACTGTGGCTGCACCATCTGTCTTCATCTTCCCGCCATCTGATGAGCAGTTGAAATCTGGAACTGCCTCTGTTGTGTGCCTGCTGAATAACTTCTATCCCAGAGAGGCCAAAGTACAGTGGAAGGTGGATAACGCCCTCCAATCGGGTAACTCCCAGGAGAGTGTCACAGAGCAGGACAGCAAGGACAGCACCTACAGCCTCAGCAGCACCCTGACGCTGAGCAAAGCAGACTACGAGAAACACAAAGTCTATGCCTGCGAAGTCACCCATCAGGGCCTGAGCTCGCCCGTCACAAAGAGCTTCAACAGGGGAGAGTGTTAG(SEQIDNO.：40).
在一个方面，编码重链的核酸包含SEQ ID NO.：40。抗体重链核酸序列的可变区是下划线的，以及CDR是黑体的。
ATGAACTTGGGGCTCAGCTTGATTTTCCTTGTCCTTGTTTTAAAAGGTGTCCAGTGTGAAGTGAAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTAGTGCAGCCTGGAGGGTCCCTGAAACTCTCCTGTGCAACCTCT TGGGTTCGCCAGACTCCAGAGAAGAGGCTGGAGTGGGTC GCA CCGATTCAC CATCTCCAGAGACAATGCCAAGAACACCCTGTACCTGCAAATGAGCCGGCTGAAGTCTGAGGACACAGCCATGTATT ACTGTGCAAGA TGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTC TCCTCAGCCAAAACGAAGGGCCCATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAGGAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACCTACACCTGCAACGTAGATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGTCCAAATATGGTCCCCCATGCCCACCCTGCCCAGCACCTGAGTTCGAAGGGGGACCATCAGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAGCCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCAGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAAGCTAGCTGA(SEQID NO.：41).
人源化抗体包含重链的可变区(VH)和轻链的可变区(VL)，其中所述重链和轻链的可变区的框架区来自供体的人类抗体，并且其中所述的轻链互补决定区(CDR)与具有氨基酸序列SASQGISNYLN(SEQ ID NO.：41)的CDR1L、具有氨基酸序列YTSILHS(SEQ ID NO.：42)的CDR2L以及具有氨基酸序列QQFNKLPPT(SEQ ID NO.：43)的CDR3L相比具有至少80％、90％、95％或者更高的同源性；并且其中所述的重链互补决定区与CDR1H、CDR2H和CDR3H相比包含至少80％、90％、95％或者更高的同源性，所述的CDR1H具有氨基酸序列GFTFSDYYMY(SEQ IDNO.：45)，所述的CDR2H具有氨基酸序列YINSGGGSTYYPDTVKG(SEQ ID NO.：46)，以及所述的CDR3H具有氨基酸序列RGLPFHAMDY(SEQ ID NO.：47)。例如，所述的人化抗体可以包含与SEQID NO.：38的框架相比具有至少95％的同 源性的VL框架，且包含与SEQ ID NO.:39的框架相比具有至少95％的同源性的VH框架。在另一个方面，所述的供体CDR序列来自抗-CD40_12E12.3F3，并且进一步地，该抗体或其片段特异性地结合CD40。
实施例3.前列腺特异性抗原(PSA)，细胞周期蛋白D1，MART-1，流感病毒核蛋白 (NP)和流感病毒血凝素HA1亚基(H1N1,PR8)和肽的筛选。
抗-CD40mAb的内在化。将1x106IL-4DC在冰中与3mg/ml的人类γ球蛋白在含有3％BSA的PBS中温育1小时，从而阻断非特异性的结合。将细胞在冰上与标记了抗-CD40mAb的Alexa 568震荡30分钟(在非特异性的阻断中，最终浓度都是20ng/ml)。随后洗涤细胞，并使表面结合抗体在37℃下内在化不同的时间，在0到90分钟之间。在内在化之后，将细胞使用冰冷的PBS洗涤两次，所述的PBS含有1％的BSA和0.05％的叠氮化钠(PBA)，并且在冰冷的1％无甲醇的甲醛(MFF)PBS溶液中4℃下固定过夜。将细胞在PBS中4℃下渗析20分钟，所述的PBS含有3％的BSA和0.5％的皂角苷(PBAS)，并且转移到96孔的圆底聚丙烯微滴定板中。使用冰冷的PBAS洗涤两次之后，将细胞在冰上与3mg/ml人类γ球蛋白在PBAS中温育1小时。BODIPY-次毒蕈环肽在PBAS中稀释，并与细胞在冰中温育1小时。将细胞进一步地用核复染剂TOPRO-II染色。在Leica SP1共聚焦显微镜上对载物玻璃片进行成像。
细胞。用于细胞表面染色的单克隆抗体购自BD Biosciences(CA)。将来自健康供体的单核细胞(1×106/ml)在含有GM-CSF(100ng/ml)和IL-4(50ng/ml)或者GM-CSF(100ng/ml)和IFNα(500Units/ml)(R&D,CA)的Cellgenics培养基(法国)中培养。对于IFNDC而言，在第1天，将细胞给以IFNα和GM-CSF。对于IL-4DC而言，在第1天和第3天，在培养基中补加同样的量的细胞因子。使用PercollTM gradients(GE Healthcare,Buckinghamshire,UK)通过密度梯度离心从血沉棕黄层中分离PBMC。使用StemCell kits(CA)纯化全部的CD4+和CD8+T细胞。
肽。合成了前列腺特异性抗原(PSA)、细胞周期蛋白D1、MART-1、流感病毒核蛋白(NP)和流感病毒血凝素HA1亚基(H1N1 PR8)的15单体(有11个氨基酸的重合)(Mimotopes)。
DC和T细胞的共培养和细胞因子的表达。将加载了重组融合蛋白(抗-CD40-HAl,对照的Ig-HAl,抗-CD40-PSA,抗-CD40-细胞周期蛋白Dl, 抗-CD40-MART-1,抗-MARCO-MART-1,和对照的Ig-MART-1)的5x103DC与2x105 CFSE-标记的CD4+T细胞共培养8天。在将细胞使用APC标记的抗-CD4抗体染色后，通过测量CFSE的稀释测试其增殖。
为了测量细胞内的IFNγ的表达，将CD4+T细胞使用1-5uM所标明的肽在BrefeldinA的存在下再激活5小时。在独立的实验中，将CD4+T细胞与所标明的肽再激活36小时，并且随后通过Luminex测量由CD4+T细胞所分泌的细胞因子。
将CD8+T细胞与DC在20单位/ml IL-2和20单位/ml IL-7的存在下共培养10天。在培养的第10天，将CD8+T细胞使用抗-CD8和所标明的四聚体进行染色。
CTL检测。在培养的第10天，进行5-h的51Cr释放检测。首先将将T2细胞与51Cr进行震荡，并随后使用MART-1的10uM HLA-A2表位或者流感病毒M1的1nM表位进行标记。使用无肽的T2细胞作为对照。计算三个样品的平均值，并且使用下式确定特异性的裂解的百分比：特异性的裂解的百分比＝100x(实验中51Cr的释放-对照的51Cr的释放)/(51Cr释放的最大值-51Cr对照的释放)。最大的释放是指来自2.5％Triton X-100的靶标中的读数。
对人的CD40特异性的mAb的制备。为了分别对鼠进行免疫及筛选mAb，制备了受体外功能区.hIgG(人类的IgG1Fc)和AP(人类的胎盘碱性磷酸酶)的融合蛋白。按照所描述的[J.Immunol.163:1973-1983(1999)]加工了用于人类IgFc融合蛋白的哺乳动物载体。所述的用于受体外功能区AP蛋白的哺乳动物表达载体采用PCR生成来扩增cDNA的AP残基133-1581(gb|BC009647|)，同时加入框架内附近的Xho I位点和远端的6C-末端的His残基及随后的TGA终止密码子和Not I位点。该Xho I-Not I片段在上述的外功能区.IgG载体中替代了人类的IgG Fc编码序列。使用FreeStyleTM 293Expression System(Invitrogen,CA)按照生产商的指南进行了融合蛋白的制备(1mg总质粒DNA加1.3ml 293Fectin试剂/L的转染物)。使用1ml HiTrap蛋白质A亲和色谱(GE Healthcare,CA)，以0.1M甘氨酸，pH 2.7下洗脱，对受体外功能区.hIgG进行纯化。使用2M Tris将分出物进行中和，并随后对PBS进行渗析。
通过传统的技术产生鼠mAb。简要地来说，将六周龄的BALB/c鼠使用20μg受体外功能域.hlgGFc融合蛋白及Ribi佐剂进行腹腔内免疫，随 后在10天及15天之后使用20μg的抗原进行加强。三个月后，在取得脾脏之前三天将所述的鼠再一次进行加强。在最终的加强之后三到四天，收获引流淋巴结(draining lymph nodes)(LN)。将来自脾脏或者LN的B细胞与SP2/O-Ag 14细胞(ATCC)进行融合。将杂交瘤的上清进行筛查，从而分析与单独的融合组件相比，或者与融合到碱性磷酸酶的受体胞外功能域相比，对受体胞外功能域融合蛋白有特异性的mAb[J.Immunol.163:1973-1983(1999)]。随后使用短暂感染了编码全长受体cDNA的表达质粒的293F细胞在FACS中筛查阳性的孔。所选择的杂种瘤是单个细胞克隆的，并在细胞系烧瓶(CELLine flask)(Integra,CA)中扩增。将杂种瘤上清与等体积的1.5M甘氨酸、3MNaCl、1x PBS、pH 7.8(结合缓冲液)混合，并与MabSelect树脂(GE Healthcare,CA)(800μl/5ml上清)一起震荡。将该树脂使用结合缓冲液进行洗涤，并使用pH 2.7的0.1M甘氨酸进行洗脱。随后使用2M Tris进行中和，将mAb对PBS进行透析。
重组的mAb的表达和纯化。使用RNeasy试剂盒(Qiagen,CA)从杂种瘤细胞中制备总RNA，并将其用于cDNA的合成和PCR(SMART RACE试剂盒，BD Biosciences)，所述的PCR使用提供的5’引物和基因特异性的3’引物(mIgGκ,5'ggatggtgggaagatggatacagttggtgcagcatc3'(SEQ ID NO.:48)；mIgG2a,5'ccaggcatcctagagtcaccgaggagccagt3')(SEQ ID NO.:49)。随后将PCR产物进行克隆(pCR2.1TA试剂盒,Invitrogen)并通过DNA测序进行表征(MC Lab,CA)。将所得到的序列用作鼠的重链(H)和轻链(L)可变(V)区的cDNA，使用特定的引物将信号肽和V区PCR扩增，同时将侧面的限制性位点包括在内，从而将编码下游的人类IgGκ或者IgG4H区的表达载体克隆进入。用于表达嵌合的mVκ-hIgκ的载体通过扩增侧面有Xho I和Not I位点的残基401-731(gi|63101937|)，并将它插入到pIRES2-DsRed2(BD Biosciences)的Xho I-Not I的中间来构建。使用PCR从起始密码子扩增mAb VK区，将Nhe I或者Spe I位点以及随后CACC附加到编码的区(例如gi|76779294|的残基126)，附加一个远端Xho I位点。该PCR片段随后克隆到前述的载体的Nhe I-Not I间隔中。对照的人类IgGκ序列对应于gi|49257887|残基26-85和gi|21669402|残基67-709。对照的人类IgG4H载体对应于具有S229P和L236E取代的gi|19684072|的残基12-1473，其使得二硫键稳定化，并且去掉剩余的FcR相互作用[J.Immunol.164:1925-1933(2000)]，其插入在pIRES2-DsRed2的Bg1 II和 Not I位点之间，与此同时加入序列5'gctagctgattaattaa 3'而不是中止密码子。使用PCR从起始密码子开始扩增mAb VH区，在编码gi|19684072|的残基473的区中附加CACC随后Bg1II位点。随后将该PCR片段克隆到上述载体的Bg1II-Apa I间隔中。
Flu HA1融合蛋白的表达和纯化。所述的Flu HA1抗原编码序列是CipA蛋白质[Clostridium,thermocellum]gi|479126|的残基147-160上游的血凝素。将具有P321L的改变和具有6个C-端组氨酸残基的[甲型流感病毒(A/Puerto Rico/8/34(H1N1))]gi|126599271|的残基18-331插入到H链载体的Nhe I和Not I位点之间，从而编码重组抗体-HA1融合蛋白(rAb.HA1)。类似地，重组抗体-PSA融合蛋白(rAb.PSA)通过将具有最接近的序列GCTAGCGATACAACAGAACCTGCAACACCTACAACACCTGTAACAACACCGACAACAACACTTCTAGCGC(SEQID NO.:50)(Nhe I位点和CipA间隔区)和远端Not I位点的gi|34784812|前列腺特异性抗原残基101-832插入到相同的H链载体中进行编码。重组抗体蛋白的表达和纯化如上文所描述的hFc融合蛋白。在一些情况下rAb的抗原编码区和相对应的L链编码区传送到分开的cetHS-puro UCOE载体中(Millipore,CA)。UCOE载体与预适应性的无血清的悬浮细胞系的使用使得能够快速地生产大量的蛋白[Cytotechnology 38,43-46(2002)]。将生长在具有GlutaMAX和HT的补充培养基(Invitrogen)的CD-CHO中的CHO-S细胞以5x105ml进行播种，24小时后转染到500ml的Corning Ehrlenmyer烧瓶中，并在125rpm下，在8％CO2中进行温育。在转染的当天，将存活率至少为95％的1.2x107细胞加入到125ml的烧瓶中，最终体积为30ml的具有GlutaMAX的CD-CHO中。将0.6ml的OptiPRO SFM(Invitrogen)中的48μl的FreeStyle Max试剂(Invitrogen)随着温和地混合加入到24μg of Sce I线性化的轻链载体和24μg的Sce I-线性化的H链载体中，并在0.6ml的OptiPRO SFM中混合并经无菌过滤。在20分钟之后，将DNA-脂质复合物随着涡旋震荡缓慢加入到125ml CHO-S培养物烧瓶中。将细胞温育24小时，随后加入30ml的CD-CHO与CHO-M5的合并的培养基溶液(Sigma,C0363组分CHO试剂盒1)，所述的培养基含有5μg/ml嘌呤霉素(A.G.Scientific,CA),2xGlutaMAX和0.25xPen/Strep(Invitrogen)。在第2天，将另外的5μg/ml嘌呤霉素直接加到培养物中并在转染后第六天开始细胞存活率之后，使选择进行10-14天。存活的细胞计数下降，并且当存活密度是～2-3x106/ml 时，将该细胞以1E6/ml转移到的新鲜的选择培养基中(具有2XGlutaMAX,0.25xPen/Strep,10μg/ml嘌呤霉素的CD CHO-S+CHO M5)。当存活率达到>90％时，制备冻存细胞。当细胞密度超过2x106/ml时，将细胞在选择培养基中分开，直到在500ml的烧瓶中放大到4×250ml。当细胞存活率下降到80％以下并且最大的最终细胞密度～7x106/ml时，收集上清。内毒素水平低于0.2单元/ml。
重组的Flu M1和MART-1蛋白的表达和纯化。在将Nhe I位点包括于起始密码子的远端及将Not I位点包括于终止密码子的远端的同时，使用PCR来扩增流感A/Puerto Rico/8/34/Mount Sinai(H1N1)M1基因的ORF。将经消化的片段克隆到pET-28b(+)(Novagen)中，将所述的M1ORF与His6标记置于框架内，从而编码His.Flu M1蛋白。编码插入在Nco I和NheI位点之间的来自热纤梭菌(C.thermocellum)(未公开)的N-末端169个残基的黏结蛋白(cohesion)功能域的pET28b(+)衍生物表达Coh.His。为了表达Cohesin-Flex-hMART-1-PeptideA-His，将序列
GACACCACCGAGGCCCGCCACCCCCACCCCCCCGTGACCACCCCCACCACCACCGACCGGAAGGGCACCACCGCCGAGGAGCTGGCCGGCATCGGCATCCTGACCGTGATCCTGGGCGGCAAGCGGACCAACAACACCACCCCCACCAACGGCGAATTCTGCAGATATCCATCACACTGGCGGCCG(SEQ ID NO.：51)(编码
DTTEARHPHPPVTTPTTDRKGTTAE ILGGKRTNNSTPTKGEFCRYPSHWRP(SEQ IDNO.:52)-斜体的残基是免疫显性的HLA-A2-限制性的肽，并且围绕该肽的下划线的残基来自MART-1)插入到上述载体的Nhe I和Xho I位点之间。该蛋白质在大肠杆菌株BL21(DE3)(Novagen)或者T7Express(NEB)中进行表达，在LB中在37℃下生长，同时进行卡那霉素耐受选择(40μg/ml)，并且当加入120mg/L的IPTG时，以200转/分震荡直到对数生长中期。三小时之后，通过离心收获该细胞，并于-80℃下储藏。将得自各个1L的发酵物中的大肠杆菌细胞重新分散在30ml的含有0.1ml蛋白酶抑制剂Cocktail II(Calbiochem,CA)的冰冷的50mM的Tris，1mM EDTApH 8.0(缓冲溶液B)中。将细胞在冰上于设定值18(Fisher SonicDismembrator 60)下超声处理2×5分钟，在该设定下有5分钟的停止期并随后于4℃下以17,000r.p.m(Sorvall SA-600)旋转20分钟。为了纯化His.Flu M1，将50ml细胞裂解液上清部分通过5ml Q琼脂糖珠，并在琼脂糖 的流出液中加入pH 7.9的6.25ml 160mM Tris，40mM咪唑和4M NaCl。其以4ml/min加载到5ml带有Ni++的HiTrap螯合HP柱上。将与柱结合的蛋白使用20mM NaPO4,300mM NaCl pH 7.6(缓冲液D)进行洗涤，随后使用100mM H3COONa pH 4.0进行再次洗涤。结合蛋白使用100mM H3COONa pH 4.0进行洗脱。收集峰组分，并以4ml/min将其加载到5ml HiTrap S柱上，所述的柱子使用100mM H3COONa pH 5.5进行平衡，并使用平衡缓冲液进行洗涤，随后使用50mM NaPO4pH 5.5中的梯度0-1M的NaCl进行洗脱。收集用约500mM NaCl洗脱的峰组分。为了进行Coh.Flu M1.His的纯化，按照上文将来自2L培养物的细胞进行裂解。在离心之后，在上清中加入2.5ml的Triton X114并在冰上温育5分钟。进一步地在25℃下温育5分钟之后，将上清从Triton X114中分离，随后在25℃下进行离心。重复此提取，并将上清通过5ml Q琼脂糖珠，并且在Q琼脂糖珠流出液中加入pH 7.9的6.25ml160mM Tris,40mM咪唑,4M NaCl。将蛋白质随后通过Ni++螯合色谱按照上文所述进行纯化，并且使用缓冲液D中的0-500mM咪唑进行洗脱。
图13显示了抗-CD40 mAb:IL-4DC的内在化。将IL-4DC使用500ng/ml的抗-CD40-Alexa 568进行处理。
图14显示了由抗-CD40-HA1靶向的DC增殖CD4和CD8T细胞。将加载了2μg/ml抗-CD40-HA或者对照Ig-HA1的5x10e3IFNDC与CFSE-标记的自体同源CD4+或者CD8+T细胞(2x10e5)共培养7天。将细胞随后使用抗-CD4或者抗-CD8抗体进行染色。通过测量CFSE稀释检测细胞的增殖。
图15显示了HA1融合蛋白随着CD4+T增殖的滴定。将加载了融合蛋白的IFNDC(5K)与标记了CFSE的CD4+T细胞(200K)共培养7天。
图16显示了由抗-CD40-HA1靶向的IFNDC激活HA1-特异性的CD4+T细胞。使用加载了5uM所标明的肽的DC重新激发CD4+T细胞，并且随后将细胞内的IFNγ进行染色。
图17显示了由抗-CD40-HA1靶向的IFNDC激活HA1-特异性的CD4+T细胞。使用加载了所标明的肽的DC重新激发CD4+T细胞36小时，并且随后分析培养物上清，从而测量IFNγ。
图18显示了靶向CD40导致MART-1特异性的CD8+T细胞的增强的交叉敏化。将加载了融合蛋白的IFNDC(5K/孔)与经纯化的CD8+T细胞 共培养10天。将细胞使用抗-CD8和四聚体进行染色。细胞来自健康的供体(HLA-A*0201+)。
图19显示了靶向CD40导致MART-1特异性的CD8+T细胞的增强的交叉敏化(使用来自不同的健康供体的细胞的8次重复的实验的总结)。
图20显示了用抗-CD40-MART-1靶向的IFNDC诱导的CD8+CTL是有功能的。与使用融合蛋白靶向的IFNDC共培养的CD8+T细胞与加载了10uM肽表位的T2细胞进行混合。
图21显示了用抗-CD40-Flu M1靶向的IFNDC诱导的CD8+CTL是有功能的。与以融合蛋白靶向的IFNDC共培养的CD8+T细胞与加载了1.0nM肽表位的T2细胞进行混合。
图22显示了测试包括连接到PSA(前列腺特异性抗原)的抗-CD4012E12的疫苗引发原态T细胞群体扩增能力的方案的略图。PSA特异性CD4+T细胞对应于大量的PSA表位。简要地来说，将IFNα和健康供体的单核细胞的GM-CSF培养得到的DC与该疫苗进行温育。第二天，将细胞置于新鲜的培养基中，并加入来自同一供体的纯CD4+T细胞。几天之后，加入PSA肽，并且在4小时之后测定在培养物上清中分泌的γ-IFN水平。
图23显示了多种PSA肽引发强大的γ-IFN-产生响应，这表明抗-CD4012E12和类似的抗-CD40剂能有效地将抗原传送到DC，导致引发针对该抗原的多个表位的免疫响应的敏化。所述肽映射了PSA抗原。将加载了2μg/ml的抗-CD40-PSA的5x10e3 IFNDC与经纯化的自体同源的CD4+T细胞(2x10e5)共培养8天。随后将细胞与5uM的得自PSA的单个肽一起重新激活36小时。通过Luminex测量IFNγ的量。细胞来自健康的供体。
图24显示了抗-CD40-PSA靶向的DC诱导PSA-特异性的CD8+T细胞响应。将IFNDC使用1μg具有PSA的mAb融合蛋白进行靶向。将经纯化的自体同源CD8+T细胞共培养10天。将细胞使用抗-CD8和PSA(KLQCVDLHV)-四聚体进行染色。细胞来自HLA-A*0201阳性的健康供体。该结果证实了抗-CD40将PSA有效地传送到DC，所述DC进而引发PSA特异性的CD8+T细胞的扩增。简要地来说，将加载了2μg/ml的抗-CD40-PSA的5x10e3 IFNDC与经纯化的自体同源CD8+T细胞(2x10e5)共培养10天。随后使用四聚体将细胞染色。细胞来自HLA-0*201阳性的健康供体。
图25示意图(左侧)和各肽池的T细胞的IFNγ产生，以及对照表示供体2。将加载了2μg/ml抗-CD40-细胞周期蛋白Dl的5x10e3 IFNDC与经纯化的自体同源CD4+T细胞(2x10e5)共培养8天。随后将细胞由得自细胞周期蛋白D1的5 uM的单个的肽在Brefeldin A的存在下，进行重新刺激5小时。将细胞进行染色，从而测量细胞内的IFNγ表达。
图26显示了肽扫描和T细胞的IFNγ产生，所述的T细胞得自图25中所示的各肽池，以及对照为供体2。将加载了2μg/ml抗-CD40-细胞周期蛋白Dl的5x10e3 IFNDC与经纯化的自体同源CD4+T细胞(2x10e5)共培养8天。随后将细胞由得自细胞周期蛋白D1的5 uM的单个的肽在BrefeldinA的存在下，进行重新刺激5小时。将细胞进行染色，从而测量细胞内的IFNγ表达。
总之，通过CD40将抗原传送到最为有效的抗原呈递细胞DC是有效地诱导和激活抗原特异性的CD4+和CD8+T细胞介导的免疫的方式。因此，由抗-CD40 mAb制备的疫苗能诱导针对癌症和感染的有效免疫。
肽信息：
HAl序列：
MKANLLVLLCALAAADADTICIGYHANNSTDTVDTVLEKNVTVTHSVNLLEDSHNGKLCR(SEQ IDNO.：53)
LKGIAPLQLGKCNIAGWLLGNPECDPLLPVRSWSYIVETPNSENGICYPGDFIDYEELRE(SEQ IDNO.：54)
QLSSVSSFERFEIFPKESSWPNHNTNGVTAACSHEGKSSFYRNLLWLTEKEGSYPKLKNS(SEQ IDNO.：55)
YVNKKGKEVLVLWGIHHPPNSKEQQNLYQNENAYVSVVTSNYNRRFTPEIAERPKVRDQA(SEQ IDNO.：56)
GRMNYYWTLLKPGDTIIFEANGNLIAPMYAFALSRGFGSGIITSNASMHECNTKCQTPLG(SEQ IDNO.：57)
AINSSLPYQNIHPVTIGECPKYVRSAKLRMVTGLRNIPSI(SEQ ID NO.：58)
图17中的肽序列
肽22：SSFERFEIFPKESSWPN(SEQ ID NO.：59)
肽45：GNLIAPWYAFALSRGFG(SEQ ID NO.：60)
肽46：WYAFALSRGFGSGIITS(SEQ ID NO.：61)
NP序列：
MASQGTKRSYEQMETDGERQNATEIRASVGKMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS(SEQ IDNO.：62)
LTIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVNGKWMRELILYDKEEIRRIW(SEQ IDNO.：63)
RQANNGDDATAGLTHMMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG(SEQ IDNO.：64)
AAVKGVGTMVMELVRMIKRGINDRNFWRGENGRKTRIAYERMCNILKGKFQTAAQKAMMD(SEQ IDNO.：65)
QVRESRNPGNAEFEDLTFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGPAVASGYDFEREGYSLVG(SEQ IDNO.：66)
IDPFRLLQNSQVYSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVLSFIKGTKVLPRGKLST(SEQ IDNO.：67)
RGVQIASNENMETMESSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQRASAGQISIQPTFSVQRNLPF(SEQ IDNO.：68)
DRTTIMAAFNGNTEGRTSDMRTEIIRMMESARPEDVSFQGRGVFELSDEKAASPIVPSFD(SEQ IDNO.：69)
MSNEGSYFFGDNAEEYDN(SEQ ID NO.：70)
图23中肽的序列
肽22：GKWVRELVLYDKEEIRR(SEQ ID NO.：71)
肽33：RTGMDPRMCSLMQGSTL(SEQ ID NO.：72)
肽46：MCNILKGKFQTAAQKAM(SEQ ID NO.：73)
前列腺特异性抗原(PSA序列)
MWVPVVFLTLSVTWIGAAPLILSRIVGGWECEKHSQPWQVLVASRGRAVCGGVLVHPQWV(SEQ IDNO.：74)
LTAAHCIRNKSVILLGRHSLFHPEDTGQVFQVSHSFPHPLYDMSLLKNRFLRPGDDSSHD(SEQ IDNO.：75)
LMLLRLSEPAELTDAVKVMDLPTQEPALGTTCYASGWGSIEPEEFLTPKKLQCVDLHVIS(SEQ IDNO.：76)
NDVCAQVHPQKVTKFMLCAGRWTGGKSTCSGDSGGPLVCNGVLQGITSWGSEPCALPERP(SEQ IDNO.：77)
SLYTKVVHYRKWIKDTIVANP(SEQ ID NO.：78)
图23中肽的序列
肽1：APLILSRIVGGWECE(SEQ ID NO.：79)
肽4：ECEKHSQPWQVLVAS(SEQ ID NO.：80)
肽25：GDDSSHDLMLLRLSE(SEQ ID NO.：81)
肽26：SHDLMLLRLSEPAEL(SEQ ID NO.：82)
肽49：SGDSGGPLVCNGVLQ(SEQ ID NO.：83)
肽54：GSEPCALPERPSLYT(SEQ ID NO.：84)
肽56：ERPSLYTKVVHYRKW(SEQ ID NO.：85)
肽58：VVHYRKWIKDTIVAN(SEQ ID NO.：86)
细胞周期蛋白D1的序列
MRSYRFSDYLHMSVSFSNDMDLFCGEDSGVFSGESTVDFSSSEVDSWPGDSIACFIEDER(SEQ IDNO.：87)
HFVPGHDYLSRFQTRSLDASAREDSVAWILKVQAYYNFQPLTAYLAVNYMDRFLYARRLP(SEQ IDNO.：88)
ETSGWPMQLLAVACLSLAAKMEEILVPSLFDFQVAGVKYLFEAKTIKRMELLVLSVLDWR(SEQ IDNO.：89)
LRSVTPFDFISFFAYKIDPSGTFLGFFISHATEIILSNIKEASFLEYWPSSIAAAAILCV(SEQ IDNO.：90)
ANELPSLSSVVNPHESPETWCDGLSKEKIVRCYRLMKAMAIENNRLNTPKVIAKLRVSVR(SEQ IDNO.：91)
ASSTLTRPSDESSFSSSSPCKRRKLSGYSWVGDETSTSN(SEQ ID NO.：92)
图26中肽的序列
肽7：DRVLRAMLKAEETCA(SEQ ID NO.：93)
肽8：RAMLKAEETCAPSVS(SEQ ID NO.：94)
肽10：TCAPSVSYFKCVQKE(SEQ ID NO.：95)
MART-1抗原。MART-1是与肿瘤关联的黑色素细胞分化抗原。使用MART-1抗原进行免疫可以刺激宿主针对表达黑色素细胞分化抗原的肿瘤细胞的细胞毒性T-细胞响应，导致肿瘤细胞的裂解。
图27显示了抗-CD40-MART-1肽抗体的表达和构建体设计。图28是对MART-1的CD4+和CD8+免疫显性的表位的总结。
图27和28显示了柔性接头技术的应用，该技术使得能够成功地表达与人类MART-1的大部分(～2/3)融合的重组抗-DC受体靶向抗体。融合到整个MART-1的编码区域的H链的C末端的重组抗体完全不从生产性哺乳动物细胞中分泌。[未显示]。Flex-v1-hMART-1-Pep-3-f4-Pep-1加合物是尤其好地表达的，并且是MART-1靶向的疫苗的一个优选实施方案，最大地负载MART-1表位的Flex-v1-hMART-1-Pep-3-f4-Pep-1-f3-Pep-2也是如此。MART-1的幻灯片演示的第2页显示这些加合物可以成功地附加到多种抗-DC受体载体上。
下面的序列是H链-pep3-pepl-pep2融合蛋白的hMART-1肽链，其中各个hMART1肽序列[黑体-斜体]由内部肽间隔区f[以黑体显示]隔开。在这种情况下，将得自细胞锚定骨架蛋白B前体[溶纤维素拟杆菌-在 gag-nef疫苗的发明公开中描述]的27个氨基酸长的接头flex-v1(v1)[斜体]插入到H链的C端和hMART1肽柔性间隔区链之间。下划线的AS残基为连接序列。
[mAnti-CD40_12E12.3F3_H-LV-hIgG4H-C-Flex-v1-hMART-1-Pep-3-f4-Pep-1]C981是：
EVKLVESGGGLVQPGGSLKLSCATSGFTFSDYYMYWVRQTPEKRLEWVAYINSGGGSTYYPDTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSRLKSEDTAMYYCARRGLPFHAMDYWGQGTSVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS AS AS (SEQ ID NO.：96)
[mAnti-CD40_12E12.3F3_H-LV-hIgG4H-C-Flex-v1-hMART-1-Pep-3-f4-Pep-1-f3-Pep-2]C978是：
EVKLVESGGGLVQPGGSLKLSCATSGFTFSDYYMYWVRQTPEKRLEWVAYINSGGGSTYYPDTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSRLKSEDTAMYYCARRGLPFHAMDYWGQGTSVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS AS AS AS AS AS(SEQ ID NO.：97)
[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-Flex-v1-hMART-1-Pep-3-f4-Pep-1]C1012是：
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS AS AS AS(SEQ ID NO.：98)
mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-Flex-v1-hMART-1-Pep-3-f4-Pep-1-f3-Pep-2]C1013是：
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS AS AS AS AS AS(SEQ ID NO.：99）
MART-1 DNA序列：
MART-1构建体具有3个肽，开始/结束位点是下划线的，肽1为黑体，肽2为粗斜体并且肽3为粗体下划线的：AACACCGACAACAACAGATGATCTGGATGCAGCTAGT GCTAGTACCAACGGCAGCATCACCGTGGCCGCCACCGCCCCCACCGTGACCCCCACCGTGAACGCCACCCCCAGCGCCGCCGCTAGT GCTAGTACCGTGACCCCCACCGCCACCGCCACCCCCAGCGCCATCGTGACCACCATCACCCCCACCGCCACCACCAAGCCCGCTAGT GCGGCCGCATCGAAGAGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGTCGACCTGCAGGCATGC(SEQ ID NO.：100)
肽3是黑体的，随后为下划线的Flex-4的氨基酸序列。
ASTNGSITVAATAPTVT PT(SEQ ID NO.：101)
肽1是黑体的，随后是下划线的Flex-3的氨基酸序列。
VNATPSAAA ASTVTPTATAT P(SEQ ID NO.：102
肽3是黑体的。
SAIVTTITPTATTKPAS(SEQ ID NO.：103)
MART1-肽3，斜体的部分是CD4+免疫显性的表位。
GFDHRDSKVSLQEQSPPPYSP(SEQ ID NO.：104)
Flex-4
ASTNGSITVAATAPTVTPTVNATPSAAAS(SEQ ID NO.：105)
MART1-肽1，斜体的部分是CD4+免疫显性的表位，并且下划线-斜体的部分是CD8+免疫显性的表位。
YTT(SEQ ID NO.：106)
Flex-3：ASTVTPTATATPSAIVTTITPTATTKPAS(SEQ ID NO.：107)
MART1-肽2斜体的部分是CD4+免疫显性的表位。
VLLLIGCWYCRRCPQEG(SEQ ID NO.：108)
具有两个肽的MART1构建体：
肽3是黑体-斜体-下划线的，flex-4是黑体的并且肽1是黑体-斜体-下划线的：
AS(SEQ ID NO.：109)
蛋白质序列：C978. rAB-cetHS-puro[manti-CD40_12E12.3F3_H-LV-hIgG4H-C-Flex-v1-hMART-1-Pep-3(黑体-斜体-下划线)-f4(黑体)-Pep-1(黑体-斜体)-f3(斜体)-Pep-2(黑体-下划线)]
MNLGLSLLFLVLVLKGVQCEVKLVESGGGLVQPGGSLKLSCATSGFTFSDYYMYWVRQTPEKRLEWVAYINSGGGSTYYPDTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSRLKSEDTAMYYCARRGLPFHAMDYWGQGTSVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKASQTPTNTISVTPTNNSTPTNNSNPKPNPAS (SEQ ID NO.：110)
蛋白序列：C981.rAB-cetHS-puro[manti-CD40_12E12.3F3_H-LV-hIgG4H-C-Flex-v1-hMART-1-Pep-3(黑体-斜体-下划线)-f4-(黑体)-Pep-1](黑体-下划线)
MNLGLSLIFLVLVLKGVQCEVKLVESGGGLVQPGGSLKLSCATSGFTFSDYYMYWVRQTPEKRLEWVAYINSGGGSTYYPDTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSRLKSEDTAMYYCARRGLPFHAMDYWGQGTSVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKASQTPTNTISVTPTNNSTPTNNSNPKPNPAS (SEQ ID NO.：111)
GP100抗原。GP100抗原是黑色素瘤关联的抗原。当其在疫苗制剂中给予时，gp100抗原可以激发细胞毒性T细胞HLA-A2.1限制性的针对表达该抗原的肿瘤的免疫响应，这可以导致肿瘤大小的减小。
与重组的抗体H链编码区融合的GP100胞外功能域编码区域在哺乳动物生产细胞中完全不分泌[未显示]。全部的序列如下显示：斜体的残基是前导序列，并且跨膜域，肽为黑体-斜体，并且跨膜域是斜体-下划线的。
TKVPRNQDWLGVSRQLRTKAWNRQLYPEWTEAQRLDCWRGGQVSLKVSNDGPTLIGANASFSIALNFPGSQKVLPDGQVIWVNNTIINGSQVWGGQPVYPQETDDACIFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWLGGPVSGLSIGTGRAMLGTHTMEVTVYHRRGSRSYVPLAHSSSAFTVSQLRALDGGNKHFLRNQPLTFALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRALVVTHTAQVVLQAAIPLTSCGSSPVPGTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVISTAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAAQVTTTEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYRYGSFSVTLDIVQGIESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGCQPPAQRLCQPVLPSPACQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADTNSLAVVSTQLIMPGQEAGLGQYRRRLMKQDFSVPQLPHSSSHWLRLPRIFCSCPIGENSPLLSGQQV(SEQ ID NO.：112)
已知的HLA-A0201限制性的肽序列为：GP100 M：209-217(2M)：IMDQVPFSV(SEQ IDNO.：113)；209-217 WT：ITDQVPFSV(SEQ ID NO.：114)GP100 M：280-288(9V)：YLEPGPVTV(SEQ ID NO.：115)280-288 WT：YLEPGPVTA(SEQ ID NO.：116)GP100 WT：154-162：KTWGQYWQV(SEQ ID NO.：117)。
图29-33显示了gp100加合物，其成功地作为分泌的抗-DC受体靶向疫苗表达。其采取了柔性的接头序列以及gp100胞外功能域编码区的分段和混合的应用。描述了gp100疫苗加合物的优选的实施方案。
图29显示了抗-CD40-gp 100肽抗体的表达和构建体设计。图30显示了附加的抗-CD40-gp100肽抗体的设计。图31显示了附加的抗-CD40-gp100肽抗体的表达和构建体设计。图32是gp100中对CD4+和CD8+免疫显性表位的总结。图33显示了附加的抗-CD40-gp100肽抗体的表达和构建体设计。
rAB-cetHS-puro[manti-CD40_12E12.3F3_H-LV-hIgG4H-C-Flex-hgp100-Pep-1-f4-Pep-3-f3-Pep-4-f4-Pep-5-f3-Pep-2]C1285，肽是黑体-斜体，柔性的接头是黑体，并且下划线的AS残基是连接序列：
EVKLVESGGGLVQPGGSLKLSCATSGFTFSDYYMYWVRQTPEKRLEWVAYINSGGGSTYYPDTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSRLKSEDTAMYYCARRGLPFHAMDYWGQGTSVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS AS AS AS AS AS AS AS AS(SEQ ID NO.：118)
rAB-cetHS-puro[hIgG4H-C-Flex-hgp100-Pep-1-f4-Pep-3-f3-Pep-4-f4-Pe p-5-f3-Pep-2]C1286：
RLQLQESGPGLLKPSVTLSLTCTVSGDSVASSSYYWGWVRQPPGKGLEWIGTINFSGNMYYSPSLRSRVTMSADMSENSFYLKLDSVTAADTAVYYCAAGHLVMGFGAHWGQGKLVSVSPASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS AS AS AS AS AS AS AS AS(SEQ ID NO.：119)
gp100：-核酸序列。肽1-下划线，肽2-斜体，肽3-粗体，肽4-黑体-下划线，肽5黑体-斜体。
GATACAACAGAACCTGCAACACCTACAACACCTGTAACAACACCGACAACAACAAAAGTACCCAGAAACCAGGACTGGCT TGGTGTCTCAAGGCAACTCAGAACCAAAGCCTGGAACAGGCAGCTGTATCCAGAGTGGACAGAAGCCCAGAGACTTGACT GCTGGAGAGGTGGTCAAGTGTCCCTCAAGGTCAGTAATGATGGGCCTACACTGATTGGTGCAAATGCCTCCTTCTCTATT GCCTTGAACTTCCCTGGAAGCCAAAAGGTATTGCCAGATGGGCAGGTTATCTGGGTCAACAATACCATCATCAATGGGAG CCAGGTGTGGGGAGGACAGCCAGTGTATCCCCAGGAAACTGACGATGCCTGCATCTTCCCTGATGGTGGACCTTGCCCAT CTGGCTCTTGGTCTCAGAAGAGAAGCTTTGTTTATGTCTGGAAGACCTGGGGCCAATACTGGCAAGTTCTAGGGGGCCCA GTGTCTGGGCTGAGCATTGGGACAGGCAGGGCAATGCTGGGCACACACACCATGGAAGTGACTGTCTACCATCGCCGGGG ATCCCAGAGCTATGTGCCTCTTGCTCATTCCAGCTCAGCCTTCACCATTACTGACCAGGTGCCTTTCTCCGTGAGCGTGT CCCAGTTGCGGGCCTTGGATGGAGGGAACAAGCACTTCCTGAGAAATCAGGCTAGTACCAACGGCAGCATCACCGTGGCCGCCACCGCCCCCACCGTGACCCCCACCGTGAACGCCACCCCCAGCGCCGCCGCTAGT GCTAGTACCGTGACCCCCACCGCCACCGCCACCCCCAGCGCCATCGTGACCACCATCACCCCCACCGCCACCACCAAGCCCGCTAGT GCTAGTACCAACGGCAGCATCACCGTGGCCGCCACCGCCCCCACCGTGACCCCCACCGTGAACGCCACCCCCAGCGCCGCCGCTAGT
GCTAGTACCGTGACCCCCACCGCCACCGCCACCCCCAGCGCCATCGTGACCACCATCACCCCCACCGCCACCACCAAGCCCGCTAGT GCTAGC TGA(SEQ ID NO.：120)
GP100-肽1-核酸序列
GATACAACAGAACCTGCAACACCTACAACACCTGTAACAACACCGACAACAACAAAAGTACCCAGAAACCAGGACTGGCTTGGTGTCTCAAGGCAACTCAGAACCAAAGCCTGGAACAGGCAGCTGTATCCAGAGTGGACAGAAGCCCAGAGACTTGACTGCTGGAGAGGTGGTCAAGTGTCCCTCAAGGTCAGTAATGATGGGCCTACACTGATTGGTGCAAATGCCTCCTTCTCTATTGCCTTGAACTTCCCTGGAAGCCAAAAGGTATTGCCAGATGGGCAGGTTATCTGGGTCAACAATACCATCATCAATGGGAGCCAGGTGTGGGGAGGACAGCCAGTGTATCCCCAGGAAACTGACGATGCCTGCATCTTCCCTGATGGTGGACCTTGCCCATCTGGCTCTTGGTCTCAGAAGAGAAGCTTTGTTTATGTCTGGAAGACCTGGGGCCAATACTGGCAAGTTCTAGGGGGCCCAGTGTCTGGGCTGAGCATTGGGACAGGCAGGGCAATGCTGGGCACACACACCATGGAAGTGACTGTCTACCATCGCCGGGGATCCCAGAGCTATGTGCCTCTTGCTCATTCCAGCTCAGCCTTCACCATTACTGACCAGGTGCCTTTCTCCGTGAGCGTGTCCCAGTTGCGGGCCTTGGATGGAGGGAACAAGCACTTCCTGAGAAATCAG(SEQ ID NO.：121)
蛋白质序列：
DTTEPATPTTPVTTPTTTKVPRNQDWLGVSRQLRTKAWNRQLYPEWTEAQRLDCWRGGQVSLKVSNDGPTLIGANASFSIALNFPGSQKVLPDGQVIWVNNTIINGSQVWGGQPVYPQETDDACIFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYWQVLGGPVSGLSIGTGRAMLGTHTMEVTVYHRRGSQSYVPLAHSSSAFTTTDQVPFSVSVSQLRALDGGNKHFLRNQ(SEQ ID NO.：122)
GP100-肽3
GGCACCACAGATGGGCACAGGCCAACTGCAGAGGCCCCTAACACCACAGCTGGCCAAGTGCCTACTACAGAAGTTGTGGGTACTACACCTGGTCAGGCGCCAACTGCAGAGCCCTCTGGAACCACATCTGTGCAGGTGCCAACCACTGAAGTCATAAGCACTGCACCTGTGCAGATGCCAACTGCAGAGAGCACAGGTATGACACCTGAGAAGGTGCCAGTTTCAGAGGTCATGGGTACCACACTGGCAGAGATGTCAACTCCAGAGGCTACAGGTATGACACCTGCAGAGGTATCAATTGTGGTGCTTTCTGGAACCACAGCTGCA(SEQ ID NO.：123)
蛋白质序列：
GTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVISTAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAA(SEQ ID NO.：124)
GP100-肽4：
CAGGTAACAACTACAGAGTGGGTGGAGACCACAGCTAGAGAGCTACCTATCCCTGAGCCTGAAGGTCCAGATGCCAGCTCAATCATGTCTACGGAAAGTATTACAGGTTCCCTGGGCCCCCTGCTGGATGGTACAGCCACCTTAAGGCTGGTGAAGAGACAAGTCCCCCTGGATTGTGTTCTGTATCGATATGGTTCCTTTTCCGTCACCCTGGACATTGTCCAG(SEQID NO.：125)
蛋白质序列：
QVTTTEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYRYGSFSVTLDIVQ(SEQ ID NO.：126)
GP100-肽5
GGTATTGAAAGTGCCGAGATCCTGCAGGCTGTGCCGTCCGGTGAGGGGGATGCATTTGAGCTGACTGTGTCCTGCCAAGGCGGGCTGCCCAAGGAAGCCTGCATGGAGATCTCATCGCCAGGGTGCCAGCCCCCTGCCCAGCGGCTGTGCCAGCCTGTGCTACCCAGCCCAGCCTGCCAGCTGGTTCTGCACCAGATACTGAAGGGTGGCTCGGGGACATACTGCCTCAATGTGTCTCTGGCTGATACCAACAGCCTGGCAGTGGTCAGCACCCAGCTTATCGTGCCTGGGATTCTTCTCACAGGTCAAGAAGCAGGCCTTGGGCAG(SEQ ID NO.：127)
蛋白质序列：
GIESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGCQPPAQRLCQPVLPSPACQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADTNSLAVVSTQLIVPGILLTGQEAGLGQ(SEQ ID NO.：128)
GP100-肽2
CCTCTGACCTTTGCCCTCCAGCTCCATGACCCTAGTGGCTATCTGGCTGAAGCTGACCTCTCCTACACCTGGGACTTTGGAGACAGTAGTGGAACCCTGATCTCTCGGGCACYTGTGGTCACTCATACTTACCTGGAGCCTGGCCCAGTCACTGCCCAGGTGGTCCTGCAGGCTGCCATTCCTCTCACCTCCTGTGGCTCCTCCCCAGTTCCAGCTAGC(SEQ ID NO.：129)
蛋白质序列：
PLTFALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRAXVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLTSCGSSPVPAS(SEQID NO.：130)
细胞周期蛋白B1抗原。细胞周期蛋白B1，也称作CCNB1，是编码涉及有丝分裂的调节蛋白的人类基因。细胞周期蛋白B1与p34(cdc2)复合，形成促成熟因子(MPF)。已知两种可选的转录物是可选的转录起始位点的结果。第一种转录物编码组成型地表达的转录物。第二种转录物是主要在G2/M期表达的细胞周期调控的转录物。
图34A和34B显示，融合到抗体H链或者黏结蛋白的C末端的全长细胞周期蛋白B1不能从哺乳动物293F细胞中分泌。该数据为转染上清连续稀释的抗人类Fc和抗黏结蛋白ELISA。rAb.细胞周期蛋白B1和Coh.细胞周期蛋白B1蛋白作为从哺乳动物细胞中分泌的产物表达低下。
下面的氨基酸序列是人类细胞周期蛋白B1。已知含有T细胞表位的两个肽区是以黑体-下划线和斜体-下划线突出显示的。
MALRVTRNSKINAENKAKINMAGAKRVPTAPAATSKPGLRPRTALGDIGNKVSEQLQAKMPMKKEAKPSATGKVIDKKLPKPLEKVPMLVPVPVSEPVPEPEPEPEPEPVKEEKLSPEPILVDTASPSPMETSGCAPAEEDLCQAFSDVILAVNDVDAEDGADPNLCSEYVKDIYAYLRQLEEEQAVRPKYLLGREVTGNMRAILIMLQLVGVTAMFIASKYEEMYPPEIGDFAFVTDNTYTKHQIRQ DMVHFPPSQIAAGAFCLALKILDNGEWTPTLQHYLSYTEESLLPVMQHLAKNVVMVNQGLTKHMTVKNKYATSKHAKISTLPQLNSALVQDLAKAVAKVHHHHHH(SEQ ID NO.：131)
肽-1
MEMKILRALNFGLGRPLPLHFLRRASKIGEVDVEQHTLAKYLMELTMLDY(SEQ ID NO.：132)
肽-2
DWLVQVQMKFRLLQETMYMTVSIIDRFMQNNCVPKK(SEQ ID NO.：133)
图35显示了从转染的哺乳动物293F细胞中分泌的原型细胞周期蛋白B1疫苗的相对表达水平的总结。柔性的接头序列使得易于分泌。
C1189
rAB-cetHS-puro[manti-CD40_12E12.3F3_H-LV-hIgG4H-C-Flex-v1(黑体)-hCyclinB1-Peptide-2(斜体)-Peptide-1(黑体-斜体)-f4(黑体)][AS接头为下划线的]
EVKLVESGGGLVQPGGSLKLSCATSGFTFSDYYMYWVRQTPEKRLEWVAYINSGGGSTYYPDTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSRLKSEDTAMYYCARRGLPFHAMDYWGQGTSVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS AS AS AS AS(SEQ ID NO.：134)
上文是抗-CD4012E12-细胞周期蛋白B1疫苗的一个形式的成熟分泌的H链序列。AS残基来自连接限制性位点。DNA编码序列示于下文，并且其包括信号肽：
ATGAACTTGGGGCTCAGCTTGATTTTCCTTGTCCTTGTTTTAAAAGGTGTCCAGTGTGAAGTGAAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTAGTGCAGCCCGGAGGGTCCCTGAAACTCTCCTGTGCAACCTCTGGATTCACTTTCAGTGACTATTACATGTATTGGGTTCGCCAGACTCCAGAGAAGAGGCTGGAGTGGGTCGCATACATTAATTCTGGTGGTGGTAGCACCTATTATCCAGACACTGTAAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATGCCAAGAACACCCTGTACCTGCAAATGAGCCGGCTGAAGTCTGAGGACACAGCCATGTATTACTGTGCAAGACGGGGGTTACCGTTCCATGCTATGGACTATTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGCCAAAACGAAGGGCCCATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAGGAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACCTACACCTGCAACGTAGATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGTCCAAATATGGTCCCCCATGCCCACCCTGCCCAGCACCTGAGTTCGAAGGGGGACCATCAGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAGCCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCAGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAAGCTAGTCAGACCCCCACCAACACCATCAGCGTGACCCCCACCAACAACAGCACCCCCACCAACAACAGCAACCCCAAGCCCAACCCCGCTAGTGACTGGCTAGTACAGGTTCAAATGAAATTCAGGTTGTTGCAGGAGACCATGTACATGACTGTCTCCATTATTGATCGGTTCATGCAGAATAATTGTGTGCCCAAGAAGGCTAGTATGGAAATGAAGATTCTAAGAGCTTTAAACTTTGGTCTGGGTCGGCCTCTACCTTTGCACTTCCTTCGGAGAGCATCTAAGATTGGAGAGGTTGATGTCGAGCAACATACTTTGGCCAAATACCTGATGGAACTAACTATGTTGGACTATGCTAGTACCAACGACAGCATCACCGTGGCCGCCACCGCCCCCACCGTGACCCCCACCGTGAACGCCACCCCCAGCGCCGCCGCTAGC(SEQID NO.：135)
C1143
rAB-cetHS-puro[manti-CD40_12E12.3F3_H-LV-hIgG4H-C-Flex-v1(黑体)-hCyclinB1-Peptide-2(斜体)-f3(黑体)][AS接头-下划线的]。
EVKLVESGGGLVQPGGSLKLSCATSGFTFSDYYMYWVRQTPEKRLEWVAYINSGGGSTYYPDTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSRLKSEDTAMYYCARRGLPFHAMDYWGQGTSVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS AS AS(SEQ ID NO.：136)
上文是抗-CD4012E12-细胞周期蛋白B1疫苗的一个形式的成熟的分泌的H链序列。AS残基来自连接限制性位点。DNA编码序列示于下文，并且其包括信号肽。
ATGAACTTGGGGCTCAGCTTGATTTTCCTTGTCCTTGTTTTAAAAGGTGTCCAGTGTGAAGTGAAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTAGTGCAGCCCGGAGGGTCCCTGAAACTCTCCTGTGCAACCTCTGGATTCACTTTCAGTGACTATTACATGTATTGGGTTCGCCAGACTCCAGAGAAGAGGCTGGAGTGGGTCGCATACATTAATTCTGGTGGTGGTAGCACCTATTATCCAGACACTGTAAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATGCCAAGAACACCCTGTACCTGCAAATGAGCCGGCTGAAGTCTGAGGACACAGCCATGTATTACTGTGCAAGACGGGGGTTACCGTTCCATGCTATGGACTATTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGCCAAAACGAAGGGCCCATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAGGAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACCTACACCTGCAACGTAGATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGTCCAAATATGGTCCCCCATGCCCACCCTGCCCAGCACCTGAGTTCGAAGGGGGACCATCAGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAGCCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCAGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAAGCTAGTCAGACCCCCACCAACACCATCAGCGTGACCCCCACCAACAACAGCACCCCCACCAACAACAGCAACCCCAAGCCCAACCCCGCTAGTGACTGGCTAGTACAGGTTCAAATGAAATTCAGGTTGTTGCAGGAGACCATGTACATGACTGTCTCCATTATTGATCGGTTCATGCAGAATAATTGTGTGCCCAAGAAGGCTAGTACCGTGACCCCCACCGCCACCGCCACCCCCAGCGCCATCGTGACCACCATCACCCCCACCGCCACCACCAAGCCCGCTAGC(SEQ IDNO.：137)
C911
rAB-cetHS-puro[manti-CD40_12E12.3F3_H-LV-hIgG4H-C-Flex-v1(黑体-hCyclinB1-Peptide-1(斜体)-f4(黑体)]
EVKLVESGGGLVQPGGSLKLSCATSGFTFSDYYMYWVRQTPEKRLEWVAYINSGGGSTYYPDTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSRLKSEDTAMYYCARRGLPFHAMDYWGQGTSVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKASAS ASAS(SEQ ID NO.：138)
C911
rAB-cetHS-puro[manti-CD40_12E12.3F3_H-LV-hIgG4H-C-Flex-v1(黑体)-hCyclinB1-Peptide-1(斜体)-f4(黑体)]的核酸序列。
ATGAACTTGGGGCTCAGCTTGATTTTCCTTGTCCTTGTTTTAAAAGGTGTCCAGTGTGAAGTGAAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTAGTGCAGCCCGGAGGGTCCCTGAAACTCTCCTGTGCAACCTCTGGATTCACTTTCAGTGACTATTACATGTATTGGGTTCGCCAGACTCCAGAGAAGAGGCTGGAGTGGGTCGCATACATTAATTCTGGTGGTGGTAGCACCTATTATCCAGACACTGTAAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATGCCAAGAACACCCTGTACCTGCAAATGAGCCGGCTGAAGTCTGAGGACACAGCCATGTATTACTGTGCAAGACGGGGGTTACCGTTCCATGCTATGGACTATTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGCCAAAACGAAGGGCCCATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAGGAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACCTACACCTGCAACGTAGATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGTCCAAATATGGTCCCCCATGCCCACCCTGCCCAGCACCTGAGTTCGAAGGGGGACCATCAGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAGCCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCAGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAAGCTAGTCAGACCCCCACCAACACCATCAGCGTGACCCCCACCAACAACAGCACCCCCACCAACAACAGCAACCCCAAGCCCAACCCCGCTAGTATGGAAATGAAGATTCTAAGAGCTTTAAACTTTGGTCTGGGTCGGCCTCTACCTTTGCACTTCCTTCGGAGAGCATCTAAGATTGGAGAGGTTGATGTCGAGCAACATACTTTGGCCAAATACCTGATGGAACTAACTATGTTGGACTATGCTAGTACCAACGGCAGCATCACCGTGGCCGCCACCGCCCCCACCGTGACCCCCACCGTGAACGCCACCCCCAGCGCCGCCGCTAGC(SEQ ID NO.：139)
D型细胞周期蛋白抗原。D型细胞周期蛋白主要地在细胞周期的G1 期内表达。在特定的癌症类型中，包括淋巴瘤和非小细胞肺癌中已经广泛地研究了细胞周期蛋白D1的表达模式。约30％的乳腺癌是细胞周期蛋白D1阳性的。细胞周期蛋白D1的过度表达现在是皮质细胞淋巴瘤(Mantle Cell Lymphoma)的诊断中成熟建立的标准，所述的皮质细胞淋巴瘤是恶性的，非-霍奇金淋巴瘤，其特征在于独特的染色体移位t(11；14)。
细胞周期蛋白D1-肽1-黑体，肽2-黑体-下划线，肽3-斜体，肽4-下划线.
AAGSVVAAVQGLNLRSPNNFLSYYRLTRFLSRVIKCDPDCLRACQEQIE ALLESSLRQAQQNMDPKAAEEEEEEEEEVDLACTPTDVRDVDI(SEQ ID NO.：140)
Pcp-1：
MEHQLLCCEVETIRRAYPDANLLNDRVLRAMLKAEETCAPSVSYFKCV(SEQ ID NO.：141)
Pep-2
QKEVLPSMRKIVATWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLSLEPVKKSRLQLLGATCMFVASKMKETIPLTAEKLCIYTDNSIRPEELLQMELL(SEQ ID NO.：142)
Pep-3
LVNKLKWNLAAMTPHDFIEHFLSKMPEAEENKQIIRKHAQTFVALCATDVKFISNPPSMV(SEQ IDNO.：143)
Pep-4
AAGSVVAAVQGLNLRSPNNFLSYYRLTRFLSRVIKCDPDCLRACQEQIEALLESSLRQAQQNMDPKAAEEEEEEEEEVDLACTPTDVRDVDI(SEQ ID NO.：144)
Flex-4序列
TNGSITVAATAPTVTPTVNATPSAA(SEQ ID NO.：14)
Flex-3序列
TVTPTATATPSAIVTTITPTATTKP(SEQ ID NO.：13)
Flex-var1
QTPTNTISVTPTNNSTPTNNSNPKPNP(SEQ ID NO.：145)
图35显示了基于已知的或者推测的结构域区的细胞周期蛋白B1分割 策略。图36显示了细胞周期蛋白D1片段p1、p3、p4而非p2在直接融合到H链的C末端时表达良好。这些是与L链表达载体共转染的H链载体向293F细胞中的短暂转染，并且在表达之后48-72小时收获上清。在H链的C末端连接的细胞周期蛋白D1 p3+p4片段也表达良好，但是不同的其他组合，无论是具有或者不具有散布的flex片段都不表达或者表达得很差。
图37显示了与柔性的接头序列进行不同组合的，直接融合到H链C端的不同的细胞周期蛋白D1片段的相对表达水平。这些是与L链表达载体共转染的H链载体向293F细胞中的短暂转染，并且在表达之后48-72小时收获上清。在H链的C末端连接的细胞周期蛋白D1 p2+p3+p4+f4片段对于疫苗生产而言，也是足够好地表达的。
有用的抗-DCIR 9E8-细胞周期蛋白D1 H链融合蛋白的序列示于下文。
1082是rAB-pIRES2[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-Flex-v1(黑体)-hCyclinD1-Pep-1(斜体)-f4(黑体)-]
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS AS AS(SEQ ID NO.：146)
C1086是rAB-pIRES2[mAnti-DCIR_9E8_H-LV-hIgG4H-C-Flex-v1(黑体)-hCyclinD1-Pep-2-(黑体)-Pep-3(黑体-下划线)-Pep-4(斜体)-f4)(黑体)]
QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGLSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYNPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITIVDTADAATYYCARSSHYYGYGYGGYFDVWGAGTTVTVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS AS AS AS(SEQ ID NO.：147)
图38显示了不同的H链-细胞周期蛋白D1片段构建体及其作为疫苗的相对的表达能力的总结。
图39显示了融合到DC靶向抗体的H链C末端的全长细胞周期蛋白D1作为分泌的重组抗体表达很差。
抗-CD40_12E12.3F3
抗-CD40_12E12.3F3_H-V-hIgG4H-C-下划线区显示了重链的V区氨基酸序列：
MNLGLSLIFLVLVLKGVQCEVKLVESGGGLVQPGGSLKLSCATSGFTFSDYYMYWVRQTPEKRLEWVAYINSGGGST YYPDTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSRLKSEDTAMYYCARRGLPFHAMDYWGQGTSVTFVSSAKTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKAS
抗-CD40_12E12.3F3_K-V-hIgGK-C-下划线区显示轻链的V区的氨基酸序列
MMSSAQFLGLLLLCFQGTRCDIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCSASQGISNYLNWYQQKIDGTVKLLIYYTSILHSG VPSRFSGSGSGTDYSLTIGNLEPEDIATYYCQQFNKLPPTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC-
抗-CD40_12B4.2C10
抗-CD40_12B4.2C10重链：
MEWSWIFLFLLSGTAGVHSEVQLQQSGPELVKPGASVKMSCKASGYTFTDYVLHWVKQKPGQGLEWIGYINPYNDGTKYNEKFKGKATLTSDKSSSTAYMELSSLTSEDSAVYYCARGYPAYSGYAMDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQKGEFV(SEQ ID No.：150)
抗-CD40_12B4.2C10轻链：
MMSSAQFLGLLLLCFQGTRCDIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISNYLNWYQQKPDGTVKLLIYYTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCHHGNTLPWTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC(SEQ ID No.：151)
抗-CD40_12B4.2C10轻链-供替代的克隆(17K6)
MDFQVQIFSFLLISASVIMSRGQIVLTQSPAILSASPGEKVTMTCSASSSVSYMYRYQQKPGSSPKPWIYGTSNLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISSMEAEDAATYYCQQYHSYPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC(SEQ ID No.：152)
抗-CD40_11B6.1C3
抗-CD40_11B6.1C3重链：
MGWSWIFLFLLSGTAGVLSEVQLQQSGPELVKPGASVKISCKASGYSFTGYYMHWVKQSHVKSLEWIGRINPYNGATSYNQNFKDKASLTVDKSSSTAYMELHSLTSEDSAVYYCAREDYVYWGQGTTLTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQKGEFV(SEQ ID No.：153)
抗-CD40_11B6.1C3轻链：
MKLPVRLLVLMFWIPASSSDVVMTQTPLSLPVSLGDQASISCRSSQSLVHSNGNTYLHWYLQKPGQSPKLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFALKISRVEAEDLGVYFCSQSTHVPWTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC(SEQ ID No.：154)
[抗-CD40_12E12.3F3_K-V-hIgGK-C]-下划线的区显示了轻链的V区序列
ATGATGTCCTCTGCTCAGTTCCTTGGTCTCCTGTTGCTCTGTTTTCAAGGTACCAGATGTGATATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTAGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGTGCAAGTCAGGGCATTAGCAATTATTTAAACTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTATTACACATCAATTTTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGATTATTCTCTCACCATCGGCAACCTGGAACCTGAAGATATTGCCACTTACTATTGTCAGCAGTTTAATAAGCTTCCTCCGACGTTCGGTGGAGGCACCAAACTCGAGATCAAACGAACTGTGGCTGCACCATCTGTCTTCATCTTCCCGCCATCTGATGAGCAGTTGAAATCTGGAACTGCCTCTGTTGTGTGCCTGCTGAATAACTTCTATCCCAGAGAGGCCAAAGTACAGTGGAAGGTGGATAACGCCCTCCAATCGGGTAACTCCCAGGAGAGTGTCACAGAGCAGGACAGCAAGGACAGCACCTACAGCCTCAGCAGCACCCTGACGCTGAGCAAAGCAGACTACGAGAAACACAAAGTCTATGCCTGCGAAGTCACCCATCAGGGCCTGAGCTCGCCCGTCACAAAGAGCTTCAACAGGGGAGAGTGT
[抗-CD40_12E12.3F3_H-V-hIgG4H-C]-下划线的区显示了重链的V区序列：
AACTTGGGGCTCAGCTTGATTTTCCTTGTCCTTGTTTTAAAAGGTGTCCAGTGTGAAGTGAAGCTGGTGGAGTCTGGGGGAGGCTTAGTGCAGCCTGGAGGGTCCCTGAAACTCTCCTGTGCAACCTCTGGATTCACTTTCAGTGACTATTACATGTATTGGGTTCGCCAGACTCCAGAGAAGAGGCTGGAGTGGGTCGCATACATTAATTCTGGTGGTGGTAGCACCTATTATCCAGACACTGTAAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATGCCAAGAACACCCTGTACCTGCAAATGAGCCGGCTGAAGTCTGAGGACACAGCCATGTATTACTGTGCAAGACGGGGGTTACCGTTCCATGCTATGGACTATTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGCCAAAACGAAGGGCCCATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAGGAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACCTACACCTGCAACGTAGATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGTCCAAATATGGTCCCCCATGCCCACCCTGCCCAGCACCTGAGTTCGAAGGGGGACCATCAGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAGCCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCAGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAAGCTAGC
抗CD40_12B4.2C 10_H-V-hIgG4H-C重链
GAATGGAGTTGGATATTTCTCTTTCTTCTGTCAGGAACTGCAGGTGTCCACTCTGAGGTCCAGCTGCAGCAGTCTGGACCTGAGCTGGTAAAGCCTGGGGCTTCAGTGAAGATGTCCTGCAAGGCTTCTGGATACACATTCACTGACTATGTTTTGCACTGGGTGAAACAGAAGCCTGGGCAGGGCCTTGAGTGGATTGGATATATTAATCCTTACAATGATGGTACTAAGTACAATGAGAAGTTCAAAGGCAAGGCCACACTGACTTCAGACAAATCCTCCAGCACAGCCTACATGGAGCTCAGCAGCCTGACCTCTGAGGACTCTGCGGTCTATTACTGTGCAAGGGGCTATCCGGCCTACTCTGGGTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGCCAAAACGAAGGGCCCATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAGGAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACCTACACCTGCAACGTAGATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGTCCAAATATGGTCCCCCATGCCCACCCTGCCCAGCACCTGAGTTCGAAGGGGGACCATCAGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAGCCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCAGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAAGCTAGC
抗-CD40_12B4.2C10_K-V-hIgGK-C(变体1)轻链
GATTTTCAAGTGCAGATTTTCAGCTTCCTGCTAATCAGTGCCTCAGTCATAATGTCCAGGGGACAAATTGTTCTCACCCAGTCTCCAGCAATCCTGTCTGCATCTCCAGGGGAGAAGGTCACCATGACCTGCAGTGCCAGCTCAAGTGTAAGTTACATGTACAGGTACCAGCAGAAGCCAGGATCCTCACCCAAACCCTGGATTTATGGCACATCCAACCTGGCTTCTGGAGTCCCTGCTCGCTTCAGTGGCAGTGGATCTGGGACCTCTTATTCTCTCACAATCAGCAGCATGGAGGCTGAAGATGCTGCCACTTATTACTGCCAGCAATATCATAGTTACCCGCTCACGTTCGGTGCTGGGACCAAGCTCG AGATCAAACGAACTGTGGCTGCACCATCTGTCTTCATCTTCCCGCCATCTGATGAGCAGTTGAAATCTGGAACTGCCTCTGTTGTGTGCCTGCTGAATAACTTCTATCCCAGAGAGGCCAAAGTACAGTGGAAGGTGGATAACGCCCTCCAATCGGGTAACTCCCAGGAGAGTGTCACAGAGCAGGACAGCAAGGACAGCACCTACAGCCTCAGCAGCACCCTGACGCTGAGCAAAGCAGACTACGAGAAACACAAAGTCTATGCCTGCGAAGTCACCCATCAGGGCCTGAGCTCGCCCGTCACAAAGAGCTTCAACAGGGGAGAGTGT
抗-CD40_12B4.2C10_K-V-hIgGK-C(变体2)轻链
ATGTCCTCTGCTCAGTTCCTTGGTCTCCTGTTGCTCTGTTTTCAAGGTACCAGATGTGATATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTCGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGCAATTATTTAAACTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACTACACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCATCATGGTAATACGCTTCCGTGGACGTTCGGTGGAGGCACCAAGCTCGAGATCAAACGAACTGTGGCTGCACCATCTGTCTTCATCTTCCCGCCATCTGATGAGCAGTTGAAATCTGGAACTGCCTCTGTTGTGTGCCTGCTGAATAACTTCTATCCCAGAGAGGCCAAAGTACAGTGGAAGGTGGATAACGCCCTCCAATCGGGTAACTCCCAGGAGAGTGTCACAGAGCAGGACAGCAAGGACAGCACCTACAGCCTCAGCAGCACCCTGACGCTGAGCAAAGCAGACTACGAGAAACACAAAGTCTATGCCTGCGAAGTCACCCATCAGGGCCTGAGCTCGCCCGTCACAAAGAGCTTCAACAGGGGAGAGTGT
抗-CD40_11B6.1C3_H-V-hIgG4H-C重链
GGATGGAGCTGGATCTTTCTCTTTCTCCTGTCAGGAACTGCAGGTGTCCTCTCTGAGGTCCAGCTGCAACAGTCTGGACCTGAGCTGGTGAAGCCTGGGGCTTCAGTGAAGATATCCTGCAAGGCTTCTGGTTACTCATTCACTGGCTACTACATGCACTGGGTGAAGCAAAGCCATGTAAAGAGCCTTGAGTGGATTGGACGTATTAATCCTTACAATGGTGCTACTAGCTACAACCAGAATTTCAAGGACAAGGCCAGCTTGACTGTAGATAAGTCCTCCAGCACAGCCTACATGGAGCTCCACAGCCTGACATCTGAGGACTCTGCAGTCTATTACTGTGCAAGAGAGGACTACGTCTACTGGGGCCAAGGCACCACTCTCACAGTCTCCTCAGCCAAAACGAAGGGCCCATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAGGAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACCTACACCTGCAACGTAGATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGTCCAAATATGGTCCCCCATGCCCACCCTGCCCAGCACCTGAGTTCGAAGGGGGACCATCAGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAGCCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCAGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGGTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAAGCTAGC
抗-CD40_11B6.1C3_K-V-hIgGK-C轻链
AAGTTGCCTGTTAGGCTGTTGGTGCTGATGTTCTGGATTCCTGCTTCCAGCAGTGATGTTGTGATGACCCAAACTCCACTCTCCCTGCCTGTCAGTCTTGGAGATCAAGCCTCCATCTCTTGCAGATCTAGTCAGAGCCTTGTACACAGTAATGGAAACACCTATTTACATTGGTACCTGCAGAAGCCAGGCCAGTCTCCAAAGCTCCTGATCTACAAAGTTTCCAACCGATTTTCTGGGGTCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGATCAGGGACAGATTTCGCACTCAAGATCAGTAGAGTGGAGGCTGAGGATCTGGGAGTTTATTTCTGCTCTCAAAGTACACATGTTCCGTGGACGTTCGGTGGAGGCACCAAGCTCGAGATCAAACGAACTGTGGCTGCACCATCTGTCTTCATCTTCCCGCCATCTGATGAGCAGTTGAAATCTGGAACTGCCTCTGTTGTGTGCCTGCTGAATAACTTCTATCCCAGAGAGGCCAAAGTACAGTGGAAGGTGGATAACGCCCTCCAATCGGGTAACTCCCAGGAGAGTGTCACAGAGCAGGACAGCAAGGACAGCACCTACAGCCTCAGCAGCACCCTGACGCTGAGCAAAGCAGACTACGAGAAACACAAAGTCTATGCCTGCGAAGTCACCCATCAGGGCCTGAGCTCGCCCGTCACAAAGAGCTTCAACAGGGGAGAGTGT
以下为相关保藏信息：
分类命名：Hybridoma Cell line AB13-22012E120F3(H5480)；保藏单位名称：美国典型培养物保藏中心(ATCC)；保藏单位地址：美国，弗吉尼亚州，马纳萨斯；保藏日期：2009年2月26日；保藏编号：PTA-9854。
分类命名：Hybridoma mouse Bcells：AB13-22.11B6.1C3(HS440)；保藏单位名称：美国典型培养物保藏中心(ATCC)；保藏单位地址：美国，弗吉尼亚州，马纳萨斯；保藏日期：2010年2月17日；保藏编号：PTA-10652。
分类命名：Hybridoma mouse Bcells：AB13.22.12B4.2C10(HS446)；保藏单位名称：美国典型培养物保藏中心(ATCC)；保藏单位地址：美国，弗吉尼亚州，马纳萨斯；保藏日期：2010年2月17日；保藏编号：PTA-10653。
预期在本说明书中讨论的任何实施方式可以就本发明的任意方法、试剂盒、试剂或者组合物实施，反之亦然。进一步地，可以将本发明的组合物用于实现本发明的方法。
应当理解的是本文所描述的特定的实施方案是用来说明，而非作为本发明的限制。可以在不同的实施方案中采用本发明的主要特征，而不背离本发明的范围。本领域技术人员应认识到，或者仅使用常规的试验就能够确定本文描述的具体过程的多个等价物。认为这些等价物在本发明的范围内，并由权利要求所覆盖。
在本说明书中所提到的全部出版物和专利申请对于本发明相关领域的技术人员的技术水平而言是指示性的。将全部的出版物及专利申请在此结合作为参考，其引用的程度相当于指出各个单独的出版物或者专利申请具体地和各自地结合作为参考。
词语“一个(a)”或者”一个(an)”的使用当与术语“包括”在权利要求和/或说明书中一起使用时，其可能表示“一”，然而其也与“一个或多个”，“至少一个”和“一个或者多于一个”的意思一致。虽然说明书支持仅可选方案以及“和/或”，术语“或者”在权利要求中的使用用于表示“和/或”，除非明确地指出其仅指可供选择的或者可选的方案是互相排斥的。
在本申请中，术语“约”用于表示数值包括所采用以测定该数值的设 备、方法的误差的固有变化，或者在研究的受试者中存在的变化。
如本说明书和权利要求中所使用的，词语“包含(comprising)”(及包含的任意形式如“包含(comprise)”和“包含(comprises)”)，“具有(having)”(及具有的任意形式，如“具有(have)”和“具有(has)”)，包括(including)(及包括的任意形式如“包括(includes)”和“包括(include)”)或者“含有(containing)”(及含有的任意形式如“含有(contains)”和“含有(contain)”)为包括的或者开放边界的，并不排除额外的，未列出的要素或者方法步骤。
在此使用的术语“或其组合”指在该术语前所列出的项目的全部排列组合。例如，“A、B、C或其组合”意图包括A、B、C、AB、AC、BC或者ABC的至少一种，以及如果顺序在特定环境下重要的话，还包括BA、CA、CB、CBA、BCA、ACB、BAC或者CAB。继续此例子，特别地包括一个或者多个项目或者术语的重复的组合也包括在内，如BB、AAA、MB、BBC、AAABCCCC、CBBAAA、CABABB等等。技术人员理解典型地对于任意组合的项目或者术语，没有数目的限制，除非文中另有明显表示。
在此公开并要求保护的全部的组合物和/或方法可以依照本发明的公开在不进行过度的实验下制备和执行。尽管本发明的组合物和方法已经以优选的实施方式的形式进行了描述，对于本领域技术人员显而易见的是，可以对在此描述的组合物和/或方法进行变化，以及在所述方法的步骤或者步骤的顺序进行变化，而同时不悖离本发明的原理，精神以及范围。所有这样的对于本领域技术人员而言显而易见的类似替代和修改认为是在本发明由所附权利要求所限定的精神，范围及原理之内的。

Claims (10)

1.一种融合蛋白，其包括式：
Ab-(PL-Ag)x；
Ab-(Ag-PL)x；
Ab-(PL-Ag-PL)x；
Ab-(Ag-PL-Ag)x；
Ab-(PL-Ag)x-PL；或
Ab-(Ag-PL)x-Ag；
其中Ab是抗体或Fv、Fab、Fab'、F(ab')2、Fc或ScFv抗体片段；
其中PL是至少一个肽接头，所述肽接头选自：SSVSPTTSVHPTPTSVPPTPTKSSP(SEQ IDNO.:11)；PTSTPADSSTITPTATPTATPTIKG(SEQ ID NO.:12)；TVTPTATATPSAIVTTITPTATTKP(SEQ ID NO.:13)；或TNGSITVAATAPTVTPTVNATPSAA(SEQ ID NO.:14)；
其中Ag是选自结核分枝杆菌细菌抗原、HIV抗原和HCV抗原的至少一种抗原；
其中x是从1到20的整数。
2.如权利要求1所述的融合蛋白，其中所述Ab包括与以下具有90％、95％、99％或100％的序列同一性的至少一个可变区：
a)SEQ ID NO:148的重链可变区和SEQ ID NO.:149的轻链可变区；
b)SEQ ID NO.:150的重链可变区和SEQ ID NO.:151或152的轻链可变区；或
c)SEQ ID NO.:153的重链可变区和SEQ ID NO.:154的轻链可变区；
或IgA、IgD、IgE、IgG或IgM同种型；人抗体；或a)、b)或c)的人源化抗体。
3.如权利要求1所述的融合蛋白，其中所述抗原为选自SEQ ID NO:1-5的HIV抗原。
4.如权利要求1所述的融合蛋白，其中所述Ab是人抗体或人源化抗体。
5.如权利要求1所述的融合蛋白，其中所述Ab是抗-CD40抗体。
6.如权利要求1所述的融合蛋白，其中所述Ab包括抗-CD40_12E12.3F3(ATCC登记号PTA-9854)、抗-CD40_12B4.2C10(ATCC提交号HS446)和抗-CD40_11B6.1C3(ATCC提交号HS440)之一的重链和轻链可变区。
7.如权利要求1所述的融合蛋白，其中所述融合蛋白包括两个或多个来自不同抗原的Ag，所述抗原由至少一个PL隔开。
8.如权利要求1所述的融合蛋白，其中所述Ab特异性地结合于第I类MHC、第II类MHC、CD1、CD2、CD3、CD4、CD8、CD11b、CD14、CD15、CD16、CD19、CD20、CD29、CD31、CD40、CD43、CD44、CD45、CD54、CD56、CD57、CD58、CD83、CD86、CMRF-44、CMRF-56、DCIR、DC-ASPGR、CLEC-6、CD40、BDCA-2、MARCO、DEC-205、甘露糖受体、胰岛蛋白、DECTIN-1、B7-1、B7-2、IFN-γ受体和IL-2受体、ICAM-1、Fcγ受体、T细胞受体或者凝集素。
9.使抗原肽稳定化的方法，所述方法包括：
将一种或者多种不稳定或者不可溶的抗原肽掺入权利要求1所述的融合蛋白中。
10.一种核酸，所述核酸包括权利要求1所述的融合蛋白。
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