CN104561062A

CN104561062A - 一种栽培稻种间杂种不育基因s1及其应用

Info

Publication number: CN104561062A
Application number: CN201510006416.9A
Authority: CN
Inventors: 马生健
Original assignee: Lingnan Normal University
Current assignee: Lingnan Normal University
Priority date: 2015-01-07
Filing date: 2015-01-07
Publication date: 2015-04-29

Abstract

本发明公开了一种栽培稻种间杂种不育基因S1及其应用。所述S1基因包括两个等位基因S1-j和S1-g；S1-j的核苷酸序列如SEQ？ID？NO.1所示，S1-g的核苷酸序列如SEQ？ID？NO.2所示。本发明通过图位克隆的方法，首先开发出了适合S1基因定位的多个分子标记，构建出了适合定位的超大定位群体，对栽培稻种间杂种不育基因S1进行了定位克隆，获得了候选基因ORF12，并进一步测定了杂种双亲S1等位基因各自的全长序列，发现杂种双亲的S1基因即表现出了等位相似性又表现出杂种不育性状原由的差异性。本发明的S1基因为国内首个克隆到的水稻的种间杂种不育基因，将为解决水稻种间杂种雌雄不育问题，指导水稻育种，进一步提高水稻产量提供坚实的理论基础。

Description

一种栽培稻种间杂种不育基因S1及其应用

技术领域

本发明属于分子植物育种与基因工程领域。更具体地，涉及一种栽培稻种间杂种不育基因S1及其应用。

背景技术

水稻是人类最主要的粮食作物之一，也是我国的第一大农作物，世界上约有一半的人口以稻米为主要粮食，中国的水稻粮食生产解决了十几亿人口的温饱问题。上世纪60年代黄耀祥等人组织进行的水稻矮化育种的成功，以及70年代袁隆平为代表的全国大协作利用亚种内杂种优势对水稻“三系法”配套制种取得突跛，曾使水稻单产水平产生过两次质的飞跃，对稳定中国乃至世界的粮食产量起着重要的作用。但自上世纪80年代中期以来，水稻产量一直徘徊不前（闵绍楷等，1996），原因在于水稻种质资源的不足及种间及亚种间的杂种严重不育阻碍了种间及亚种间杂种优势的有效利用。

杂种优势是指遗传组成不同的两亲本的杂种F₁在生活力、生长势、抗逆性、产量和品质等方面优于亲本的现象。两亲本亲缘关系越远缘，两亲本的遗传背景差异也就越大，杂种后代优势表现也就越明显。水稻种间如亚洲栽培稻（Oryza sativa L.）与非洲栽培稻之间（O.glaberrima）比亚种间如籼稻（indica）与粳稻（japonica）之间杂种优势表现更明显，亚种间又比亚种内品种间如恢复系与不育系之间杂种优势表现更明显，但是，杂种不育这种生殖障碍表现也越突出。因此，研究引起杂种不育的原因，克隆其相关基因，阐明其作用机理，从而逐步克服杂种不育性达到杂种优势利用的目的，是科研工作者一项长期、艰巨的使命。

水稻杂种不育是一个复杂的生物学现象，研究者采取不同的水稻杂交组合，在不同的地理环境与气候环境条件下，不断探索，得出的水稻杂种不育现象主要表现在以下情况：配子体发育受阻（Kitamura,1962），雌配子败育（Ikehashi,1986,1988;刘永胜等，1997；朱晓红等，1996），雄配子败育（Oka，1957；黄厚哲，1982；张桂权等，1991、1993 ；何光华，1994；朱英国等，1996），雌雄配子同时败育（Sano,1990；Koide et al，2008），雌雄配子发育不一致（刘永胜等，1997 ），花粉在柱头上萌发障碍和环境条件影响（高勇，1993），胚乳发育受阻（朱英国等，1996 ），花药不开裂（Maekawa,1991）等。其中雌配子败育和雄配子败育表现最为常见。

那么，在F₁体内又是什么样的遗传机理导致杂种不育现象发生的呢？目前的解释有三种：细胞质效应、染色体隐微结构差异和基因控制论。由于细胞质效应与染色体的隐微结构差异引起杂种不育只限于一些特定的组合，在大多数组合中正反交杂种育性没有明显的差异，杂种F₁染色体畸变频率很低，与F₁的不育性也没有直接联系，因此，目前国内外学者普遍认同的是基因控制理论。Kitamura（1962）首先提出了单座位孢子体-配子体互作模式，认为杂种的结实率偏低是由等位基因的互作引起的。Oka（1974）把栽培稻杂种不育可能出现的基因作用模式归为4种：重复隐性配子致死、单座位孢子体—配子体互作、单座位孢子体不育性和互补孢子体不育性。其中重复隐性配子致死模式和单座位孢子体—配子体互作模式是两种主要的杂种不育基因遗传模式，而单座位孢子体—配子体互作又有两个最有代表性理论即广亲和理论和特异亲和理论支持该模式。Ikehashi and Araki (1984，1986)根据其研究结果提出了“广亲和基因”理论，认为亚种间杂种不育性主要是受S ₅座位上的一组复等位基因（S ₅ ⁱ、S ₅ ^j、S ₅ ⁿ）控制，其中籼稻型标记为S ₅ ⁱ，粳稻为S ₅ ^j，中间类型为S ₅ ⁿ。当S ₅ ⁿ与S ₅ ⁱ或S ₅ ^j结合或等位基因纯合时均表现为正常可育，而当S ₅ ⁱ和S ₅ ^j结合时，携带S ₅ ^j的雌配子发生败育。Chen et al（2008）已经克隆出了S5基因，它编码的是一个天冬氨酰蛋白酶。S5-i 和S5-j之间仅有两个碱基的差别，引起相应蛋白质中两个氨基酸的替换，造成其杂种的不育。S5-n则在其编码蛋白的N 端有一大片段序列的缺失，导致其蛋白亚细胞定位的改变，这可能导致其功能丧失，无论与籼稻还是粳稻杂交，都不影响杂种的育性。序列比对分析表明，S5中的两个突变位点氨基酸273 和471都在中间结构域上。在这两个变化的氨基酸中，Phe-273在动植物中都是很保守的，但氨基酸471是高度可变的，然而在S5-j中保守的Phe-273 (疏水性, 芳香族氨基酸)被Leu (疏水性, 非芳香族氨基酸)取代，这种变化也许减弱了该酶的稳定性和活性。但天冬氨酰蛋白酶活性的减弱到底在多大程度上和雌配子(胚囊)的育性有关，为何功能缺陷型的S5-n在纯合和杂合状态下反而不影响雌配子(胚囊)的育性等问题，还需要进一步的研究。

针对中国水稻广亲和资源丰富、亲和谱各异的特点, 袁隆平提出了“水稻亚种间亲和性模式”，提出了广亲和基因和辅助亲和性基因的假说，按亚种间亲和性表现，将水稻品种分成广谱广亲和系、部分广亲和系、弱亲和系和非亲和系（袁隆平，1990）。“广亲和基因”可以解释多数典型籼粳亚种间杂种不育现象，但进一步研究发现在解释水稻广泛而复杂的亚种间杂种不育和亲和现象及指导“广亲和系”的选育均存在不少问题（张桂权等，1987；申宗坦等，1992；Sano，1993）。张桂权和卢永根（1989，1993）利用台中65及其6个花粉不育基因近等基因系、籼稻品种、粳稻品种和中间型品种，对栽培稻亚种间杂种的不育和亲和性的遗传基础进行了研究，提出了“特异亲和基因”的学术观点。他们认为籼粳杂种不育主要表现为花粉不育，杂种至少受6个不育基因座位（Sa、Sb、Sc、Sd、Se和Sf）控制，花粉不育基因的遗传模式符合单座位孢子体－配子体互作模式。在这些不育基因座位上，籼稻的基因型大多数为S ⁱ /S ⁱ，而粳稻的基因型大多为S ^j /S ^j，当基因型纯合时（S ⁱ /S ⁱ或S ^j /S ^j），花粉表现正常可育；当基因型杂合时（S ⁱ /S ^j），带S ^j基因的雄配子败育，F₁花粉表现为半不育；杂种不育性的高低取决于F₁花粉不育基因杂合座位的多少和杂合座位等位基因间分化距离的大小。（张桂权等，1994）。另外，引起杂种F₁花粉不育的6个基因座中Sa、Sb、Sc、Sd和Se分别被定位在第1，5，3，1和12号染色体上。最近，Sa已被Long et al（2008）克隆出来。Sa 实际上是由SaM 和SaF 两个相邻的基因组成的复杂座位,等位基因SaM ⁱ编码一个由257 氨基酸组成的类泛素修饰因子E3 连接酶，而SaM ^j在第5 内含子发生一个G→T 的单位点的突变，导致翻译提前终止，最终产物只有217 氨基酸；SaF 编码一个476 氨基酸组成的F-box 蛋白(F-box protein)。与SaF ⁱ相比，SaF ^j发生一个单核苷酸突变，导致编码产物第287 氨基酸由苯丙氨酸(Phe)置换为丝氨酸(Ser)，从而丧失了控制杂种不育产生的生物学功能。在这个水稻杂种雄性不育的系统中，SaM^j是作为一个配子体因子，而SaMⁱ和SaFⁱ通过胞间运输在它们定位的小孢子中扮演角色。SaMⁱ, SaM^j 和SaFⁱ 中缺少任一组件时，将不会产生杂种雄性不育。这种“两基因/ 三元件互作模型”很好解释了此位点的杂种雄性不育。

另外，目前关于栽培稻种间杂种不育基因S1的相关研究还较为浅显。S1基因是一个非洲栽培稻与亚洲栽培稻的种间普遍存在的杂种不育位点，位于第6染色体短臂的末端。S1同时作用于雌雄配子，其败育机制较为复杂。因此对S1基因的研究还有很远的路要走。但是现有技术中，由于种种问题的困扰，S1基因最基本的定位情况和序列尚没有相关的报道，严重阻碍了S1基因与栽培稻种间杂种不育关系的研究发展。

发明内容

本发明要解决的技术问题是克服现有技术中针对栽培稻种间杂种不育基因S1的研究不足，提供栽培稻种间杂种不育基因S1的具体定位和序列克隆。

本发明另一目的是提供所述S1基因在水稻育种中的应用。

本发明上述目的通过以下技术方案实现：

一种栽培稻种间杂种不育基因S1，该S1基因包括两个等位基因S1-j和S1-g；S1-j的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，S1-g的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明的S1基因为国内首个克隆到的水稻的种间杂种不育基因，将为解决水稻种间杂种雌雄不育问题，指导水稻育种，进一步提高水稻产量提供坚实的理论基础。

本发明通过图位克隆的方法，首先开发出了适合S1基因定位的多个分子标记，构建出了适合定位的超大定位群体，对栽培稻种间杂种不育基因S1进行了定位克隆，获得了候选基因ORF12，并进一步测定了杂种双亲S1等位基因各自的全长序列，发现杂种双亲的S1基因即表现出了等位相似性又表现出杂种不育性状原由的差异性。

值得注意的是，本发明通过图位克隆的方法，逐步定位，最终获得了所述等位基因S1-j和S1-g的核苷酸序列；在本发明的基础上，本领域技术人员可以通过其他方式，如人工合成，合成所述S1-j和S1-g的核苷酸序列，以用于进一步的实际应用。

所述栽培稻种间杂种不育基因S1在水稻育种方面的应用也应该在本发明的保护范围之内。

本发明还提供了一组检测上述栽培稻种间杂种不育基因S1的引物，包括上游引物和下游引物；所述上游引物为48281F或51301F，下游引物为51682R；其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.3～5所示。

一种重组表达载体，由出发载体的多克隆位点插入上述栽培稻种间杂种不育基因S1得到。

一种重组基因表达盒，含有上述栽培稻种间杂种不育基因S1。

一种转基因细胞系，含有上述栽培稻种间杂种不育基因S1。

一种重组菌，含有上述栽培稻种间杂种不育基因S1。

水稻是人类最主要的粮食作物之一，也是我国的第一大农作物，世界上约有一半的人口以稻米为主要粮食，而我国是世界上最大的水稻生产和消费国。水稻育种问题一直是我们坚持不懈进行探索的重点课题。对于水稻的种间杂种不育问题，本发明经过大量探索和研究，首次克隆到了一种水稻种间杂种不育基因S1，将为解决水稻种间杂种雌雄不育问题，指导水稻育种，利用S1位点的可知性培育替换掉S1位点的杂种优势品种等，进一步提高水稻产量提供坚实的理论基础。

本发明利用粳稻IRAT216（含S1-j）及其包含非洲栽培稻S1座位的近等基因系IRAT216S1（含S1-g）构建的BC9F2分离群体，利用图位克隆法分离了S1基因。定位工作主要分三步进行。首先对3个S1近等基因系（IRAT216S1-g1，IRAT216S1-g2，IRAT216S1-g3）的第6染色体短臂的整体扫描，找出它们的渗入染色体片段的相互重叠区，然后再利用小群体进行分子标记连锁分析与初步定位，最后利用超大群体进行精细定位与基因预测。发现了多个与S1互作的基因。

具体地，本发明对栽培稻种间杂种不育基因S1的定位和克隆方法步骤如下：

（1）近等基因系的获得与定位群体的构建。

主要试验材料由粳型轮回亲本品种IRAT216和近等基因系IRAT216S1（三类近等基因系分别为IRAT216S1-g1，IRAT216S1-g2，IRAT216S1-g3）。

近等基因系IRAT216S1是以粳型IRAT216与非洲栽培稻IRGC102203杂交，然后以IRAT216作轮回亲本连续回交9代以上育成，有三类替换片段大小不同但有重叠，遗传特征表型非常相似的近等基因系，分别命名为IRAT216S1-g1，IRAT216S1-g2，IRAT216S1-g3，三者都含有单一的杂种不育S1座位。

IRAT216S1-1，IRAT216S1-2，IRAT216S1-3与轮回亲本IRAT216回交后自交各得到两个BC9F2分离群体，依次编号为1559，1561；1563，1565；1567，1569。各群体与亲本2003年冬季种植于海南省三亚师部农场，早季和晚季则种植于华南农业大学试验农场。

（2）S1基因初步定位与精细定位的分子标记的开发。

根据前人的初步定位结果，对S1基因初步定位所有标记筛选的区域主要集中在第6染色体短臂。由于非洲栽培稻的基因组序列还未测出，因此我们只能根据网上(http://www.gramene.org)公布的籼稻（9311）与粳稻（日本晴）差异间的SSR与INDEL分子标记，每隔一段区间设计一对分子标记引物，然后采用粳稻IRAT216与原始非洲栽培稻IRGC102203两亲本做模板进行PCR扩增筛选检测二者差异多态性的分子标记，可能由于IRGC102203与籼稻9311的差异较大，很多标记都扩增不出条带或无多态性，多态率在30%左右，只得到了少数有多态的有效标记，用于连锁分析反应。通过上述标记找到基因的大体区域后，再加大密度，尤其是定位区域段标记的筛选力度，又得到了一些有多态性且容易扩增的有效标记，用于进一步标记定位。也可通过定位区域的间断性测序开发新的标记如SNP标记等。

（3）S1基因的初步定位与精细定位。

利用上述开发的分子标记，定位工作主要分三步进行：首先对3个S1近等基因系的第6染色体短臂的整体扫描，找出它们的渗入染色体片段的相互重叠区，然后再利用小群体进行分子标记连锁分析与初步定位，最后利用超大群体进行精细定位与基因预测。

（4）定位范围内候选基因的预测分析。

通过RGP(http://www.rgp.dna.affrc.go.jp)提供的RiceGAAS Autopredgeneset系统对定位区段内的基因进行预测，再通过基因组测序、RT-PCR、基因芯片分析等手段，确定候选基因，并进一步进行克隆测序。

主要研究结果如下：

（1）S1符合一个基因座控制的单座位的孢子体-配子体互作的配子体不育遗传模式。首先通过对三个近等基因系的替换片段检测与小群体的连锁分析，把S1定位在RM204与RM190之间1.4Mb区间，然后利用1940株的中型群体筛选，把S1缩小到标记RM3463与RM19359之间大约95kb的距离，最后利用11000株的超大群体与侧翼分子标记重组法，最终把S1锁定在P0535G04克隆上标记2180与2198之间18kb的精细定位区段。对关键重组体的基因型与后代的偏分离分析，排除了前人认为的S1座位以外存在辅助因子的可能性。

（2）精细定位区段的基因预测发现有ORF11、ORF12两个候选基因。通过对两基因基因组测序、RT-PCR、基因芯片分析，排除了ORF11，确定了ORF12是唯一目标基因。ORF12在根、茎、叶、花药中呈组成型表达。

（3）对ORF12的S1-g与S1-j两种基因型各自进行了测序，发现二个等位基因在基因组上存在很大差异。

本发明具有以下有益效果：

本发明首次精确定位了栽培稻种间杂种不育基因S1，并得到了其两个等位基因S1-j和S1-g的核苷酸序列，分别如SEQ ID NO.1～2所示。并通过实验验证了定位的准确性。验证实验也表明了本发明所定位的S1基因与水稻杂种不育相关。

本发明的S1基因为国内首个克隆到的水稻的种间杂种不育基因，将为解决水稻种间杂种雌雄不育问题，指导水稻育种，利用S1位点的可知性培育替换掉S1位点的杂种优势品种等，进一步提高水稻产量提供坚实的理论基础。

附图说明

图1为三个近等基因系IRAT216S1-g1，IRAT216S1-g2，IRAT216S1-g3的替换片段分子标记检测。

图2为S1基因初步定位；注：上排数字代表相应标记位置发生了重组的个体数目。

图3为S1基因的精细定位；标记名称的数字同时表示在第6染色体上的位置（kb）。

图4为S1精细定位区域的基因预测；注：预测基因两侧的数字为在P0535G04上的物理位置（bp）。

图5为ORF11与ORF12的PCR、RT-PCR分析；1，3，5，7，9，11表示IRAT216或IRAT216S1花药与子房样品混合物RT-PCR（引物依次为ORF12-1，ORF11-1，ORF11-2，ORF11-3，ORF11-4，ORF11-5）； 2，4，6，8，10，12表示IART216的DNA样品PCR（引物顺序同上，作为引物扩增效率的阳性对照）；1，2检测ORF12的表达；3-12检测ORF11的表达。

图6为IRAT216、IRAT216S1-g1、F1三个材料的ORF12的各组织的表达情况。

图7为网上公开的其它水稻的与ORF12相似序列基因在各组织的表达情况。

具体实施方式

以下结合说明书附图和具体实施例来进一步说明本发明，但实施例并不对本发明做任何形式的限定。除非特别说明，本发明采用的试剂、方法和设备为本技术领域常规试剂、方法和设备。

除非特别说明，以下实施例所用试剂和材料均为市购。

实施例1 近等基因系的获得与定位群体的构建

1、主要试验材料由粳型轮回亲本品种IRAT216和近等基因系IRAT216S1

（1）近等基因系IRAT216S1是以粳型IRAT216与非洲栽培稻IRGC102203杂交，然后以IRAT216作轮回亲本连续回交9代以上育成，有三类替换片段大小不同但有重叠，遗传特征表型非常相似的近等基因系，分别命名为IRAT216S1-g1，IRAT216S1-g2，IRAT216S1-g3，三者都含有单一的杂种不育S1座位。

（2）分别用IRAT216S1-1，IRAT216S1-2，IRAT216S1-3与轮回亲本IRAT216回交后自交，各得到两个BC₉F2分离群体，依次编号为1559，1561；1563，1565；1567，1569。各群体与亲本2003年冬季种植于海南省三亚师部农场，早季和晚季则种植于华南农业大学试验农场。

实施例2 S1基因初步定位

1、首先对3个S1近等基因系（IRAT216S1-1，IRAT216S1-2，IRAT216S1-3）的第6染色体短臂进行整体扫描，找出它们的渗入染色体片段的相互重叠区，然后再利用小群体进行分子标记连锁分析与初步定位。

具体方法如下：

（1）S1初步定位分子标记的筛选

根据前人的初步定位结果，对S1初步定位所有标记筛选的区域主要集中在第6染色体短臂。由于非洲栽培稻的基因组序列还未测出，因此我们只能根据网上（http://www.gramene.org）公布的籼稻（9311）与粳稻（日本晴）差异间的SSR与INDEL分子标记，每隔一段区间设计一对分子标记引物，然后采用粳稻IRAT216与原始非洲栽培稻IRGC102203两亲本做模板进行PCR扩增筛选检测二者差异多态性的分子标记，可能由于IRGC102203与籼稻9311的差异较大，很多标记都扩增不出条带或无多态性，多态率在30%左右，只得到了少数有多态的有效标记（如表1所示），用于连锁分析反应。

表1 S1连锁分析所用标记

通过表1的标记找到基因的大体区域后，再加大密度，尤其是定位区域段标记的筛选力度，又得到了一些有多态且容易扩增的有效标记（如表2所示），用于进一步标记定位。

表2 S1初步定位所用标记

表1和表2所述标记分别为RM402、RM253、RM5754、RM8258、RM5986、RM225、RM204、RM587、RM6263、RM190、RM1163、RM3805、RM19390、RM19387、RM19367、RM19363、RM19361、2205/RM19359、2110/RM3463；其上下游引物依次分别为RM402F/RM402R、RM253F/RM253R、RM5754F/RM5754R、RM8258F/RM8258R、RM5986F/RM5986R、RM225F/RM225R、RM204F/RM204R、RM587F/RM587R、RM6263F/RM6263R、RM190F/RM190R、RM1163F/RM1163R、RM3805F/RM3805R、RM19390F/RM19390R、RM19387F/RM19387R、RM19367F/RM19367R、RM19363F/RM19363R、RM19361F/RM19361R、RM19359F/RM19359R、RM3463F/RM3463R；所述引物的核苷酸序列依次分别如SEQ ID NO.3～40所示。

（2）近等基因系片段的分子标记扫描与小群体的分子标记初步定位

利用筛选得到的有效分子标记对IRAT216S1-g1，IRAT216S1-g2，IRAT216S1-g3三个近等基因系进行扫描检测发现，IRAT216S1-g1的替换片段最长，囊括了RM190（1.7Mb）到RM402（6.3Mb）的区域，IRAT216S1-g2的替换片段囊括了RM190（1.7Mb）到RM587（2.28Mb）的区域，IRAT216S1-g3的替换片段囊括了RM6263（2.04Mb）到RM402（6.3Mb）的区域，三者重叠区域也就是S1所在区域是在标记RM190（1.7Mb）与RM204（3.1Mb）之间大约1.4Mb区域（如附图1所示）。

同时利用IRAT216S1-g3来源的1567、1569群体226株的DNA（利用本领域SDS法微量抽提得到）进行了重组体分析，也把S1初步定位在标记RM190（1.7Mb）与RM204（3.1Mb）之间大约1.4Mb区域（如附图2所示）。

再利用1559，1561群体1940株的DNA（利用本领域SDS法微量抽提得到），利用表1中部分标记与表2中的标记进行重组体筛选分析，结果如表3所示（表3列举了1559，1561群体中部分植株（大部分的重组子）在各标记之间的基因型）。

表3 定位群体中部分重组体的育性表型与连锁分子标记的重组

注：1，2，3分别代表IRAT216S1型，IRAT216型，杂合型的标记带型；GFF表示雌雄配子都全可育，GSS表示雌雄配子都半不育；分子标记按第6染色体的物理位置大小从左至右依次排列。

从编号59-222，59-317，59-1290，59-2099，59-2131，59-3125，59-3235，69-91等重组体的基因型找出发生重组的位置区域，把S1的定位区域再次缩小到标记RM3463与RM19359之间大约95kb的距离，所在克隆为PAC克隆P0535G04。

实施例3 S1基因精细定位

本实施例在S1基因初步定位的基础上，利用大群体的分子标记对其进行精细定位。

1、新的多态性分子标记的开发与连锁分析

随着实施例2定位区段的不继缩小，进一步精细定位所用分子标记的寻找也变得越来越困难。在RM3463与RM19359之间95kb的区间，本发明合成与检测了所有的网上公布的SSR标记，但遗憾的事没有一对有多态性。

于是，发明人再次根据籼稻9311与粳稻日本晴的序列比对，逐段合成与检测了二者序列间有差异的好十几对INDEL标记（其中的一部分如表4所示），结果只有2180这一对标记有多态性。

表4 用于精细定位的多态标记

由于只有2180这一对标记有多态性，因此，本研究根据网上公布的籼稻9311与粳稻日本晴的序列，在2180这一标记的区段每隔5～10kb设计一对能扩增1～2kb的区段引物，从IRAT216与IRAT216S1扩增出来的PCR产物直接测序比对，找出有差异的位置。优先选择明显的插入缺失标记（>3bp），在该差异位点处左右两端100～200bp区域再次设计标记引物，进一步精细定位S1基因的准确区域。

2、两侧翼标记分析法筛选F2重组体

在初步定位结果的基础上，利用两侧翼标记分析法分析了更大的分离群体。此分析法是用与S1紧密连锁的左右两侧标记（即表4中的RM19359和RM3463）同时筛选分离群体的秧苗，找出两侧标记之间有重组的个体，只种植这些重组体进行（育性）表型观察，再用内部的分子标记进行连锁分析。两标记间的交换意味着目的基因座位必与其中一个标记发生了交换，省略了对大量无效的非重组个体的表型鉴定。该方法只适合于目的基因区域已被准确确定的精细定位。

本研究利用与S1的两侧翼标记RM3463与RM19359（相距约95kb），对约11000株分离个体进行了标记重组体的筛查，得到41个重组体。种植这些重组体以及进行花粉与小穗育性鉴定。再用RM3463－RM19359区内部的标记（表4所示）2198，2197，2190，2185，2180，2178，2176，2170，2159，2151，2124进行检测，找出每个重组体发生重组的具体位置。结果把S1的精细定位区域确定在PAC克隆P0535G04上的标记2180与2198之间18kb的小区间（如附图3所示）。

实施例4 S1基因定位的可靠性验证

为了进一步确认本发明对S1基因精确定位的可靠性，需要对重组体进行后代分离比分析与表型再次鉴定，以避免由于环境影响或人为原因造成重组体表型的误判。

理论上，全可育重组体的后代在S1座位应该是没有育性分离和标记基因型偏分离的纯合体。半不育（GSS）重组体的后代在S1座位回出现育性分离且基因型偏向S1gS1g（如表5所示）。

表5 关键重组体的后代分离分析

注：GSS代表雌雄配子同时半不育，GFF代表雌雄配子同时全可育；GG：GJ：JJ表示S1-gS1-g：S1-gS1-j：S1-jS1-j ^j

关键的重组体进行后代分离比分析与表型再次鉴定。结果表明，半不育的重组体类型株RS1，LSI1，HS1的后代都出现了育性分离，而全可育重组体类型株RF3，LF5后代的育性不再分离，与理论一致，以上结果可以进一步确定S1的精细定位结果是可靠的。

实施例5 S1基因定位范围内候选基因的预测分析

1、为了保证目的基因不遗漏，在进行基因预测的时候，借助于精细定位并结合e-物理图谱的结果，将候选基因的范围框定在与S1座位至少存在1个重组的标记之间。

根据此原则，S1候选基因位于标记PAC克隆P0535G04上2198与2180之间，并分别与这2个标记存在2个重组体。通过RGP(http://www.rgp.dna.affrc.go.jp)提供的RiceGAAS Autopredgeneset系统对定位区段内的基因进行了预测，发现该目标区域约18kb的范围内有2个ORF（如附图4所示），即ORF11，ORF12。

ORF11编码的是一个未知蛋白，可能含有Myb转录因子结构域；ORF12也是个未知蛋白，预测功能为类似于丝氨酸蛋白酶，同时也是一个核糖体生物合成调节蛋白（RRS），另外还可能含有一个F-Box结构域。另外，RiceGAAS Predgeneset系统则又把ORF12片段从中后部分开预测成为2个新基因ORF9和ORF10（如附图4所示）。通过基因转录本分析，ORF10的转录本在两亲本并不存在，因此，以第一种预测分析为准，即该目标区域约18kb的范围内有2个ORF，ORF11和ORF12。

2、在遗传转化互补实验前，有必要对各候选基因进行两亲本间的基因组测序比较及RT-PCR表达特性等分析。杂种不育基因在两亲本间必然存在基因组的差异，同时也必须在花药和子房中有一定的表达量。对于不符合前两个条件的候选基因可以排除在外。

因此，我们首先对ORF11和ORF12进行了基因组测序比较，发现两基因在两亲本间都存在较大的差异，并且这些差异很可能导致预测的氨基酸的改变，因此不能从基因组水平排除任何一个（ORF11序列结果省略，ORF12序列结果见如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2）。

针对ORF11和ORF12的序列，进行网上预测ORF框，根据预测的ORF框结果，设计了表6中的引物对。

表6 候选基因的PCR引物

注：引物名代表在P0535G04克隆上的物理位置。

3、利用表6的几对引物，分别对ORF11和ORF12在两亲本单核晚期花药与子房的混合RNA进行RT-PCR检测，发现ORF12都有特异表达带出现，而ORF11几对引物RT-PCR都未扩增出特异表达条带，但DNA对照模板PCR能扩增出特异条带，说明引物扩增效果没问题（如附图5所示）。

另外，ORF11在网上公开的芯片数据中表达值也极低（不被认可为有表达）。本实验委托博奥公司做的表达芯片结果也表明ORF11在花药中不表达（如表7所示）。

表7 本实验所用材料的花药芯片数据

注：Absent意味不认可有表达，Present为认可表达。

另一方面，用ORF12的引物对ORF12-2 进行RT-PCR检测IRAT216、IRAT216S1-g1、F1三材料的根、茎、叶、花药各组织部位，结果显示都有表达产物，且表现出组成型表达的特征（如附图6所示），ORF12的芯片数据较大且基本是组成型表达。

同时，将上述ORF12的表达情况结果与现有技术中公开的其它水稻的与ORF12相似基因在各组织的表达情况进行对比，结果显示在各组织的表达情况基本一致（附图7为网上公开的其它水稻的与ORF12相似序列基因在各组织的表达情况）。因此排除ORF11为候选基因，从而确定ORF12是S1座位唯一的候选基因。

4、ORF12基因序列

对ORF12的S1-g与S1-j两个等位基因型各自进行了测序，序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。比对分析发现，两个等位基因在基因组上存在很大的差异，即发明杂种双亲的S1基因即表现出了等位相似性又表现出杂种不育性状原由的差异性（将ORF12的基因组序列进行比较，即将等位基因S1-j和S1-g的核苷酸序列SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2比对即可看出）。

本发明通过图位克隆的方法，首先开发出了适合S1基因定位的多个分子标记，构建出了适合定位的超大定位群体，对栽培稻种间杂种不育基因S1进行了精确定位，并通过实验验证了定位的准确性。验证实验也表明了本发明所定位的S1基因与杂种不育相关。

另外，本发明还进一步对定位的S1基因进行了基因分析和克隆，获得了候选基因ORF12，并进一步测定了杂种双亲S1等位基因各自的全长序列，发现杂种双亲的S1基因即表现出了等位相似性又表现出杂种不育性状原由的差异性。

本发明准确定位并克隆的S1基因为国内首个克隆到的水稻的种间杂种不育基因，为解决水稻种间杂种雌雄不育问题，指导水稻育种，进一步提高水稻产量提供了坚实的理论基础。

SEQUENCE LISTING

<110> 岭南师范学院

<120> 一种栽培稻种间杂种不育基因S1及其应用

<130>

<160> 5

<170> PatentIn version 3.3

<210> 1

<211> 11557

<212> DNA

<213> 栽培稻种间杂种不育基因S1的等位基因S1-j

<400> 1

ggtcctcctc ttctgcacca aagatcacat gtttaacacg caatgtaaaa tattcttgct 60

agactgacac gttggtccca cttgccaatc ttctctccct catgcataat ctctccgtcc 120

ctaaatattt gacaccgtta attttttgac acacgtttaa ccgttcgtct attcaaaagc 180

ttttttgaaa tatgtaaaac tctacgaatg cataaaagta tatttaacaa tgaatcaaat 240

gatagaaaaa taattaacat aaattttktt taataggtca aacatgtgta aaaaaaaatc 300

aatagtacgg agggacgcgg ccgcaaataa gcacgtgtat gggctatttc tttggtaagc 360

cgtacctgtc tcgtgggctt caaaatcgat ggggggcgat ttggcccgcg tagccgattt 420

ccacgcgggc ttcctgcaca gatcctgtcc gtccatccag tactgatccg gtggccgtga 480

tttgctcata gcatggtagg attcctgccc tgcatcaccc tcccccatcc cttcccggag 540

tccctctcgt ggcatgcctt gtaaagattc ttgcggtact ggtgtttttt ttttttttta 600

atctcttccc atcgccatcg ttgttccagt ccgtccgagg cagcggagcg gctaccctcc 660

ggtgcgggct ccggcgagca cgctcctcct ccctcggtaa caggttagct cttttctcca 720

ccgccaccgt gccggcgccg aaaggcgtca acgtgccggc gcggccccac cccgccggcc 780

tcctccccct cccctttgcc tcgctttgcc cccgccacca tcaccggccc accgcccgcc 840

ccctcccagc gccaccttcc cccaccccac ccggcaaccc taaccctaac cctagttgtc 900

gtgacgcggt cggaaaacgc gcgtgacttc ttttgctagc gcgtgcccgc taattagtat 960

tcctggtttt ttcttggtcc gattacatgc gtcatcttat tggaacttta cttcagcggg 1020

tcgacttctt tcaacgagat cgcttgattg ggtggtacaa tattgctgtt atatatatat 1080

atataattca aaagatcaat atcttcaagc atacagtgtt tctttagaaa cccccttaat 1140

gaatctagta ccagagtaac agcagcacat ggaattctga aaaaaaatat caccaactta 1200

tcttacatgg aatattgtgc agtttcagat tagttccata atgttccttt ttttaattat 1260

gaagagcttg actgcttctt tggtgctttt tgtatgcccg gtcttcacta agtggtagaa 1320

gagaacatgt tacatactcc ctccgtttca tattataaga ctttctagca ttgcccacat 1380

tcatacagac gttaatgaat ttaaacacat atatatgtct agattcatta acatatatat 1440

gaatgtggat aatgctagaa agccttataa tatgaaaccg aggaagtacc ttccaattgg 1500

aaggtgaagc taggtttgat tagtgactac cttaacctgc accccgaaaa aaatacggag 1560

gcttaagtga gctcttttct ttctgttgtg tttgtgggaa cagcctttgc tccaagatga 1620

taccataaat gtatgtttgg ggaacatact tggcactcga aatacagttg gacacaacct 1680

aaggaatagg cttgtacatc aggtgtgacg ttgcactgtc cttgtcacgt cagcactcca 1740

tgctatagct gatagttgaa ctaacagtgg cagaacttca tgtcacgcat ggtttttgca 1800

aactccgtaa gacatgtaca ataacaacta gctaatattt acgaacaatc aatatatcta 1860

cttgttggcc atgcacaatt tagatgcaag ctctgcgact gccaagaaat tatgcttttt 1920

ggctaccttc ttggtgtttc aggcaaccaa ggaaggatca gcaaccctga cataatttac 1980

atacttcgca ttcctgatta gttgctcggt tatagtttta tattgtcgct tcactgctta 2040

tgaccccaca ttttgcccct ttgtttttat ttctaaaaga aagttctgct tcagtcttga 2100

aaaatatgtg gaaagctaag aggggcggtg gtgatctccc tagaagcttt cataagaata 2160

gtagagcctt caagaatgag tggatctcag gtctgctaga tcttttcctc ttttctgcta 2220

cacccctggc gttttcacag tttatgtgat tattcacagc tgctttatgt tttattttct 2280

tcaactaggt gacctccttc ggaactctaa gcaagatgtt tggactggtc tcagtgatgg 2340

gcttaaatca tatttgtcta aaagtgtcgc ttctattatt ttgttcaatg gtgattatat 2400

acgcttagtc ttctcagttt tctaacaagt atatattgaa atgccaccag ttataaatga 2460

ttcaacttgc gatcttctgt aggagacaaa atcttatttt catgctcagg catagctata 2520

gaacaccagt tttttacaaa gtttttgact actgcaactc tggttagagc tcttaatgct 2580

acgaccaaac accatgatga cttaaaggtt ggtgctgaca gtcatccttt actaatctgt 2640

ttacttctga tcattgtgtg ctcatttctc gctttttcat tttttagatt caagtgcgcc 2700

ttgacggcac cagactgtat gatgggtata tggctgaata tgatttggat aatgactttt 2760

ctgttgtcga agtctatagt gtccgtgatg ttcaggttgg acctttccaa agtgcacttg 2820

aaagtctgcc ccatggtgag gtattagctg tagggcatga cacctccggc gaaataatgg 2880

tcgagactgt ggagttgaat ggcgattcaa aggtatccga ggatgataga gatcttcatt 2940

gtaaaatctc aaaggtacac ttgcatgatg atatgagcat ttcattttta tttctgttag 3000

gcatggaggc aacagaaata tttgatttct tgtttgtatt taactcttgt tctgtacaac 3060

tttattttgt tcaaatgtaa cccgtgttgc ttgttttatt tcttagcctt gggaaggtgg 3120

gccgcttctt tctgttgatg gggatatggt tggcatgaac ctttttttta ccaatagaag 3180

agccattttt ctaccatggg gcacaactct caatcattac ttgacattcg tgcaaaagaa 3240

gactggcctt gtacaataaa aaaaaatgaa ggttcacagg tatgtctatt taatcctcgc 3300

ttctctgtct tgttccttgc ctatgattct acccacatag tgtttggcac catttttcgt 3360

ataagtgcac tggtttgatc cattttactt tttgattagt agtcaactag tcatttttta 3420

tgatctgcag gcctgaagca tccataggtg agaaatctaa cagccatcca gaaggtgagc 3480

acacaggcac tcctcacaag tgcttaacat catattgtta tgcaaattat tgagttcgta 3540

atggtaccta tttagaagct gtgcaagcgt ttacatttgt acatcaatta ttccggccct 3600

ttcagtagta ctcttgtatt gttggatctt attagttaac atatgtacaa taggtatgtt 3660

catgcacgct gacttctaat gctaattgtt gctcaggctg ttataatgat ataactcatg 3720

ttacatgcta tgtatgcgca gagtttatgt gaatttactt tttgtgtata gtattagtat 3780

atgtcagtgc tgatcacttc accttgttgc accagtacat ggagattttc tcaaccagga 3840

acagttagat cttgactcca tgggttatcc taagttacca tcctccatgt taggaggtga 3900

gtcagtgctt ctaaaatttg ctgatctttt acagctctca tgtaccacta acaacttatt 3960

ctacaatgta tttatccagc tggcatgatc ttggttaatt cttttgaaga cccttttggc 4020

gacatatatg gtgaaggtgt ctggagaaaa ttcagcagaa gagcttctat cctaaatcgc 4080

aatgttgtcg cactggcttc attcaatggt gagtttacaa cggtgtgaca tttactattt 4140

catctctgtt tcgattacaa ctagctggta accagaatca tggcatgcag gagaaaaaag 4200

gttttttgca tgcacaggtt tttttattga atggagtgga tctaagatga ttttgacatc 4260

agcgagcttg gttagagatt ctggtgatga gaacaagatt gatgaaaact tgagggttgg 4320

tgttcattgt tttgtgtctg atgttcttct aaggtgctgt ttaaatctga tcactgtatt 4380

atttgcagat taaagtgttt cttaacaacc aatgcaaaga agggaagtta gagcattgca 4440

atctacatta caacattgct ctagtcagtg tcaagtaccg tgctcttcgt ccattaaata 4500

cgagctttga ttgcaagtct tctagagtag tggctgtagg gcgttgcttc aattctggca 4560

cgttaatggc tactagtggt cgtctagttc cttggacagg cacacttgac tgccagttcc 4620

tcgcatgttc cacatgtaaa attactaagg taataactct cttttttcta ttaggtgtaa 4680

tttgactgtc taaaagagag ctttgactgt aaattcctgt cattaatttg cttacagtta 4740

aaatatggtc atggtaaagt actttggaat atgaatcgaa cggtatcttt tgatgaaacc 4800

tagataatat tacaattgtg aaagcttgac attggacaga ctctgctttg tgtttctgac 4860

aaagtatata gttgcattgg aatgaattag ctagcaatgt tttcaataga aaacagtaaa 4920

tcacaactta tttatgttaa cttgctaggc tgggattgga agccctcttg ttaatcttga 4980

tggcaatgtt attggcatga acttctatga cacaagaatt ggaactcctt tcttattatg 5040

ggaagagatc tgcaagattc tagcatcgtt tgagacaaaa aggtattagc attgttcatg 5100

tcagtattct agcattgttc ttttttggag cattttaaga agcttgctga agcataatct 5160

gacagtgaat ctagtggtga tattggcaat gcctctggtg cgtgtttctg gaaaatgcca 5220

agagatgtca aaaataaggt taacaggttg gtattccgat ccatgttgct atttattagg 5280

ttgaagttaa gttttggata tataagttat ttcgttgaaa tgaacaggtg gtctgtgccc 5340

aagccacgct ggtgccgtcc tgaagatgct gaatctgatg atgatgataa gttagctttt 5400

gatgatactg gccagcttca atacagttat attttgggac ggaaagtcaa gctccttcgt 5460

ctcacaatcc ccatatcggt tccgattgtt gaagctaaat ccactgatgg ttagtaattt 5520

gtcttcatga accttttgcc aacaatcctg ttgactgttg tgctgactgg tctctctccc 5580

tgatacagta ttgcagctct catattcatc tgcttttgtt agtcgactcc gtccagcaaa 5640

ttttccagca tttttcatat gcagtgcttt acccccattt atttttttat atgcagtcat 5700

ttcatagttt aggacctaaa tctgacaaac attttcttac tattaatgat tctttttcta 5760

gatgtgcatg tatcctaaac ctggttggtc aacctgatat acccttttaa tcgacaattt 5820

catttgttac agagcctgga gttgatcctt tcgcacaaag gaagcaaaag aagaagcggg 5880

tagaaaagca aggaaaaaac agactagaga acttaaagaa agctgcaaaa gttggtgctt 5940

tgccaaggtt gtaatccttt actcacctac tgcttacccc tccctcctat gaattccttt 6000

tcgtaccagt aaggaacatt gagaattatg cagtatagtc atctaacagc tctccaatat 6060

attttgtgtg cagtcatata caacttgctg caacgtcctt gcccatcaca ggaactaaag 6120

ctgatcttcc gaaaaaatct agaaaagagg atcttgagaa tgttgctggc atgggatctg 6180

caacagcaag tggtgggaag tttgatgaga agttgcctgg cgagaaacct ccaaagcatc 6240

ctggcaaaca taaaaaggtt tttatatctt aatggctttg atttatgagt ctgcctttgt 6300

aggctgaatt tgtgaactat agctgaatca tgttgtttct gcagtttatc ccagttgctg 6360

aaggggaggg aatgggcaac ctggggaaac agcagaatga caaaattctg atgtctctac 6420

ttgccagaaa ctctgaacag cttgatgttt gcaaggcaag ttccaggatt caatggagta 6480

tattaaattg tgttttgccc accatcattg gcactgcttg ttctgtttga atgaactaac 6540

cgcatctgta aacatttttg taagcaggca aacacaatgt acaaggtgaa gaaggaaaag 6600

cgaagaagga aagacagaga gatgtcctcg agatctgata agctcaagcc ccagaagaaa 6660

cctttcaaga aatcatctaa gaaaaaagct taggtcaaca tctttcttgt gacttgtttt 6720

tggaggtgac catagttttg aatgctcaag gagacctgtt gcatcttcct atgtttgaat 6780

ctatgggaga attactgttg ttcctttata actggttaag agttatgaca taggcctgaa 6840

tgatgatata acaagatcac aaatctctgt tatgccctgc tatgtgcgta ttatattttc 6900

aaattttgtt tgatgtggtt tgcaagtcat ctgtattgat tcctgaaacc cattccaaag 6960

gatgtcctga caaactggtt tgtgtgattg gttatccagt gacaatctga tgcttggttc 7020

tcaagtgcca atctgaatca ttggataacc tgatatccat gcatgtgtca tcgtttgcag 7080

ttgtattgat atggtttgct tacccagcag cattagtgtt gttgaaattc gaatgccttg 7140

gcaaatggca accatatata tcagcctcta cgtgaactgt ctgaagtgga tcaatctatg 7200

atctctaatt ttggtagcct ggcttggatc taaccgacca ggctaggcca atcttagctt 7260

atatggtgtg atgatgttgt cattgctccg gtgcgctctt tgtgtgtgat ctctttggtc 7320

gccggcggtc cagaaaaccg catgccgtcg acgaccactg ccggtgtaga tgtggatgcc 7380

tcggacgcgt cgcttgcaat gtcttctctt tccttcctaa aaggaaaatc tctcgtttaa 7440

tttgcctctc caatccccct aatttcagtg cgattctctc accacagtgg ccatcgccgg 7500

agagagatcc cctgagacag ataggagtca tccaccacca tctccatggg gatgctgaat 7560

ctgatgcgcc tcatgtccgt caagcgccgc cgccgccaag tccaagttcc ccatggtaaa 7620

agaacaccat ctccttcctt attttttcga ttatttgaat ctgtatatat ctatagtatg 7680

tacacaaaca aacagaacca aaaaacaaaa gattttactg ttgttaagtg gtaccaattt 7740

ttttttaact accttcatcc caaaaatata aaaaattagt aatggatgag acacattttt 7800

ttttccagat taatacgttt ttatattttg ggacagatag aatagtacaa attttcatac 7860

ctcanagtat cagatatacc atcttattaa aaacttgagc atcataaaaa gacatgtttt 7920

tattgagtgc aaggtaggag atcaaaagag gtggtttatc tatgatcaca atggctggtg 7980

gcctccacct tcttgttcct tttgctattt aactagattg acccgacgta catgggtaga 8040

gaccatacta tttattatgc tatgtaaaat atgaaaaaaa aaactatata catgctgaac 8100

ttcaggtttt ccccttaagt tgataacaag ttggtttctt ttacaaaact gttagtattg 8160

ttgcacaaaa ggggacaaca gaagaaaaca aagataacgg attgccatgt gtgcgatggt 8220

gtgcttgctt gagttttctg ttttattact caaatgtatg taaaccaatg ttttcaaaat 8280

cgctaatgtg gcataatcag atgcttatat ggtataatcg gccacttata tgacttgagt 8340

agtataaggt tggcgcatcc gttccttgta cacggccttg taaagctttt ttaaaacact 8400

gatgtaaacc atgcatcntg tgctgcagat ggattgattg cnntncgggc taaaagaaag 8460

tgttcaccct gccaacaaga tggcgattct cagggcgctg ctgacataga gataccagac 8520

cttccagagg tacaccataa ataaaatgtt gatgatgaaa catcttacta gtagtagtgt 8580

agtgcaagta aattatgacg attactgctt caattgcaca aattggtcca ccaacgctat 8640

taaagtttat gaacggagca ctttgatgct gtaacctcct acagccctgc tgcattggaa 8700

tcttctttgt tttgctgcca ttgaatagca acatgctatt agacaattaa acatcattcc 8760

atccattctt tctggcacaa atgcaaagaa acaaatatgt gctgagcact taacacctca 8820

tttgggtaaa gaccatattt gcctagaaga attcaactat acaattcata gtacaatagt 8880

acataatcag gcaggtagca ttggaccggt taaggtgtta ctccataagt tatcctttct 8940

ttcttccatc taattcaacc atttgtcttc acaattagta caatgtttaa cttctctccc 9000

atatgcttgt gcaagcagga catctggcgt cttatacatt ccttgatgcc aatgcgagct 9060

gctgcccgag ctgcctgtgt gtctcgttcc tttctaagtt cctggagatg ccatcccaac 9120

ctcaatttca gtagtgaagc atttgggttg aatagaaatg catgtggaaa ggaagaattg 9180

gctggacttt tctacagcaa agtcgaccac attctcaaaa ggcactcagg catcggcgtg 9240

aaaaaactta cgattaaggt atattcagat tatagtggga agggctcttc atatctcaac 9300

aattggcttc agattggtgt taaaccaggg attgaagaac tcataatttc actgacccag 9360

ttccaggcaa agtacaattt cccatgctct cttctgtcga atgggagtgg agactcaatc 9420

caatatcttc acctttctaa ctgttccttc cacccaacag tcacacttgg tggcttaaga 9480

agtctgacga gattgtatct ctgttgtgtg cgtattacgg agaacgagtt aagctgcttt 9540

ctttcccatt ctcttgcatt ggagcagttg gaaatcaggt actgcgatag gattgtttgc 9600

ctgaaggtac cttgcctact gcagcggctc atctccctga aggtgtttgg gtgcgacaat 9660

ctgaaactga tagaaaatga agctcctaat gtctccattt ttgcatttca aggggacaaa 9720

acgcaactga aacttggaga aactttgcaa atgaagagcc tatgcatggt tcgctctggt 9780

tatgtttatc atgctcgtgc tgaacttcca tccatcatgc caaatcttga atctcttgcc 9840

atgaagtcat tcaaagaggt atgagaaatt ttgcctgaca catgaatgag actagattct 9900

gtcttatggg ttgtagcata attaatttga cctctttatg cagacggcct ttgcaccgaa 9960

gctgtgtagc aaattcctct gcctcaggca cttgagcatt gcccttattg gatatttccc 10020

agcctatgac tatttgtccc tggcttctta tattcatgct gcaccttctc tggagacttt 10080

ctacctgact gtgagttgcc attcatatat tattactgct atgaatgaaa attagtagtt 10140

gtgtggtgga aatgtcactt aaaatttctc cctttcacat cctaggtaat gcagcggtac 10200

gtgcagaatg tttcaatttt tgcacatcct gcagatctga gatcaatacg agaagagcag 10260

catcacagcc ttaagagtgt gagggtcaca tcattcatct ctgtaaagag cttggttgag 10320

ctgacatgcc atatccttga gagtacaact tcccttgagt gcttgacatt ggatgcttct 10380

cagactggtt ttaggtgtga tactcctggc agcaaaattg gcaaatgccc cccactagat 10440

agggacatta tcatggaagg tcacagaggg gtcttggcta tcagaagata catccagcct 10500

agggtacctt ccacagtgaa gctgaatgtt ttggagccct gcagctgcca ttgtactgaa 10560

ctttagatgt catgtaaaat tacccttatc ttaattattc gatgtttaat cgtgctgctg 10620

ttgatgatga ttcagctgaa tgtttagatg ggtcatggtt tctatagttt gctattaatg 10680

agtaattgat atcatcacca aatgcacacg atatccacca gtaactccag tttccaccta 10740

gcagcagtgg tgtatgcaca ttaaaaagtt cttactagca aatgttctcg aacgtctgat 10800

ttacctagtt cagggtggtt ataaaaagct aaacaactag agtttgtaac aaattttagt 10860

gtgtagactt taatttgaaa atttcaccta tatatgcatg gttttcttaa tcttttaatt 10920

catctatgta cgtatacata acatcagggc taaacctttc ggtttagcta ccaaaattta 10980

cgaaaaagtt taaaattttt ggccgaaata atatcgtatc ggagggggtc cgaaataacc 11040

gaaatttcgt tccggaattt ccaaccctgc ataacatacg tacgcgaatg gtagggcaac 11100

tttttgcatg catgaatgcc acagttggaa ttaagaatgc ccgtaatcgt tttcatgcat 11160

gattgatgga ataagaatca aacaaaaaca tacagtattc aattgttcat ctgttgaaga 11220

aaaagcaaca gacaatatac atataaaact atagcctgtc aaaaccgtca gcaagtgcag 11280

actaaaccgc cacctttttt ttaatcttga ttgttcagtt tgagactttt ttagagacct 11340

gtccatatag gaggatcgat atatttgaac caagttaaaa aaaaatgacc catcatctgc 11400

agaaaggtgg tacacagaac acagtgctca tgttgctgaa gctacaagcc tcatatatat 11460

aaacccattt tatctccagt tatttaacca ctgcagtaat caacttgatt agtatttcgc 11520

acaaacctct ctgtttaccg acaatcaata catagtg 11557

<210> 2

<211> 11924

<212> DNA

<213> 栽培稻种间杂种不育基因S1的等位基因S1-g

<400> 2

ggtcctcctc ttctgcacca aagatcacat gtttaacacg caatgtaaaa tattcttgct 60

agactgacac gttggtccca cttgccaatc ttctctccct catgcataat ctctccgtcc 120

ctaaatattt gacaccgtta attttttgac acacgtttaa ccgttcgtct attcaaaagc 180

ttttttgaaa tatgtaaaac tctacgaatg cataaaagta tatttaacaa tgaatcaaat 240

gatagaaaaa taattaacat aaattttktt taataggtca aacatgtgta aaaaaaaatc 300

aatagtacgg agggacgcgg ccgcaaataa gcacgtgtat gggctatttc tttggtaagc 360

cgtacctgtc tcgtgggctt caaaatcgat ggggggcgat ttggcccgcg tagccgattt 420

ccacgcgggc ttcctgcaca gatcctgtcc gtccatccag tactgatccg gtggccgtga 480

tttgctcata gcatggtagg attcctgccc tgcatcaccc tcccccatcc cttcccggag 540

tccctctcgt ggcatgcctt gtaaagattc ttgcggtact ggtgtttttt ttttttttta 600

atctcttccc atcgccatcg ttgttccagt ccgtccgagg cagcggagcg gctaccctcc 660

ggtgcgggct ccggcgagca cgctcctcct ccctcggtaa caggttagct cttttctcca 720

ccgccaccgt gccggcgccg aaaggcgtca acgtgccggc gcggccccac cccgccggcc 780

tcctccccct cccctttgcc tcgctttgcc cccgccacca tcaccggccc accgcccgcc 840

cttgtccgcc gcctcccagg acctccttct aaacacgatc ccccacttcc ccctccccag 900

cgccaccccc caccccaccc ggaaacccta accctaaccc tagttgtcgt gacgcggtcg 960

gaaaacgcgc gcgacttctt ttgctagcgc gtgcgcccta attagtattc ctcgtttttt 1020

cttggtccga ttacatgcgt catcttattg gaactttact tcagcgggtc gacttctttc 1080

aacgagatcg cttgattggg tggtataata ttgctgtcac atagtataat tcaaaagatc 1140

aatatcttca agcatacagt gtttctttag aaaccccctt aatgaatcta gtaccagagt 1200

aacagcagca catggaattc tgaaaaaaaa tatcaccaac ttatcttaca tggaatattg 1260

tgcagtttca gattagttcc ataatgttcc ttttttttaa ttatgaagag cttgactgct 1320

tctttggtgc tttttgtatg cccagtcttc actaagtggt agaagagaac atgctacata 1380

ctccctccgt ttcatattat aagactttct agcgttgccc acattcatac agacgttaat 1440

gaatttaaac acatatatat gtctagattc attaacatat atatgaatgg ggataatgct 1500

agaaagtctt ataatatgaa actgaggaag taccttccaa ttggaaggtg aagctaggtt 1560

tgattagtga ctaccttaac ctgcaccccg aaaaaaaata cggaggctta agtgagctct 1620

tttctttctg ttgtgtttgt gggagcagcc tttgctccaa gatgatacca taaatgtatg 1680

tttggggaac atacttggca ctcgaactaa tacagtggac acacctacga tagctgtaca 1740

tcagtgtgac gtgcactgtc tgtcacgtca gcactccatg ctatagctga tagttgagtt 1800

aacagtggca gaacttcatg tcatgcatgg tttttgcaaa ctccgtaaga catgtacaat 1860

aacaactagc taatatttac gaacaatcaa tatatctact tgttggccat gcgcaattta 1920

gatgcaagct ctgcgactgc caagaaatta tgctttttgg ctaccttctt ggtgtttcag 1980

gcaaccaagg aaggatcagc aaccctgaca taatttacat acttcgcatt cctgattagt 2040

tgctcggtta tagttttata ttgttgcttc actgcttatg accccacatt ttgccccttt 2100

gtttttattt ctaaaagaaa gttctgcttc agtcttgaaa aatatgcgga aagctaagag 2160

gggcggtggt gatctcccta gaagctttca taagaatagt agagccttca agaatgagtg 2220

gatctcaggt ctgctagatc ttttcctctt ttctgctaca ccaccggcgt ttgcacagtt 2280

tatgtgatta ttcacagctg ctttatgttt tattttcttc aactaggtga cctccttcgg 2340

aactctaagc aagatgtttg gactggtctc agtgatgggc ttaaatcata tttgtctaaa 2400

agtgtcgctt ctattatttt gttcaatggt gattatatac gcttactctt ctcagttttc 2460

taacaagtat atattgaaat gccaccagtt ataaatgatt caacttgcga tcttctgtag 2520

gagacgaaat cttattttca tgctcaggca tcgctatgga acaccagttt tttacaaagt 2580

ttttgactac cgcaactctg gttagagctc ttaatgccac gaccaaacac catgatgact 2640

taaaggttgg tgctgacagt catcctttac taatctgttt acttctgatc attgtgtgct 2700

catttctcgc tttttcattt tttagattca agtgcgcctt gatggcacca gactgtatga 2760

tgggtatatg gctgaatatg atttggataa tgacttttct gttgtcgaag tctatagtgt 2820

ccgtgatgtt caggttggac ctttccaaag tgcacttgaa agtctgcccc atggtgaggt 2880

gttagctgta gggcgtgaca cctccggcga aataatggtc aagactgtgg agttgaatgg 2940

cgattcaagg gtatctgagg atgatagaga tcttcattgt aaaatctcaa aggtacactt 3000

gcatgatgat atgagcattt catttttatt tctgttaggg catggaggca acagaaatga 3060

tttcttgttt gtatttaact cttgttctgt acaactttat tttgttcaaa tgtaacccgt 3120

gttgcttgtt ttatttctta gccttgggaa ggtgggccgc ttctttctgt tgatggggat 3180

atggttggca tgaacctttt ttttaccaat agaagagcca tttttctacc atggggcaca 3240

actctcaatc attacttgac attcgtgcaa aagaagactg gccttgtaca atcaaaaaaa 3300

atgaaggttc acaggtatgt ctatttaatc ctcgcttctc tgtcttgttc cttgcctatg 3360

attctaccca catagtgttt ggcaccattt ttcgtataag tgcactggtt tgatccattt 3420

tactttttga ttagtagtca actagtcatt ttttataatc tgcaggcctg aagcatccat 3480

aggtgagaaa tctaacagcc atccagaagg tgagcacaca ggcactcctc acaagtgctt 3540

aacatcgtat tgttatgcaa attattgagt tcgtaatggt acctatttag aagctgtgca 3600

agtttagcgt ttacatttgt acatcaatta ttccggccct ttcagtagta ctcttgtatt 3660

gttggatctt attagttaac atatgtacac tatgggtatg ttcatgcacg ctgacttcta 3720

atgcnaattg ttgctcaggc tgttataatg atataactca tgttacatgc tatgtatgcg 3780

cagagtttat gtgaatttac tttctgtgta tagtattagt atgtcagtgc tgatcacttc 3840

accttgttgc accagtacat ggagattttc tcaaccagga acagttagat ctagactcca 3900

tgggttatcc tatgttacca tcctccatgt taggaggtga gtcagtgctt ctaaaatttg 3960

ctgatctttt acagctctca tgtagcacta acaacttatt ctacaatgta tttatccagc 4020

tggcatgatc ttggttaatt cttttgaaga cccttttggc gacatatatg gtgaaggtgt 4080

ctggagaaaa ttcagcagaa gagcttctat cctaaatcgc aatgttgtcg cactggcttc 4140

attcaatggt gagtttacaa cggtgtgaca tttactattt catctctgtt tcgattacaa 4200

ctagctggta accagaatca tggcatgcag gagaaaaaag gttttttgca tgcacaggtt 4260

tttttattga atggagtgga tctaagatga ttttgacatc agcgagcttg gttagagatt 4320

ctggtgatga gaacaagatt gatgaaaact tgagggttgg tgttcattgt tttgtgtctg 4380

atgttcttct aaggtgctgt ttaaatctga tcactgtatt atttgcagat taaagtgttt 4440

cttaacaacc aatgcaaaga agggaagtta gagcattgca atctacatta caacattgct 4500

ctagtcagtg tcaagtaccg tgctcttcgt ccattaaata cgagctttga ttgcaagtct 4560

tctagagtag tggctgtagg gcgttgcttc aattctggca cgttaatggc tactagtggt 4620

cgtctagttc cttggacagg cacacttgac tgccagttcc tcgcacgttc cacgtgtaaa 4680

attactaagg taataactct cttttttcta ttaggtgtaa tttgactgtc taaaagagag 4740

ctttgactgt aaattcctgt cattaatttg cttacagtta aaatatggtc atggtaaagt 4800

actttggaat atgaatctga cggtatcttt tgatgaaacc tagataatat tacaattgtg 4860

aaagcttgac attggacaga ctctgctttg tgtttctgac aaagtatata gttgcattgg 4920

aatgaattag ctagcaatgt tttgaataga aaacagtaaa tcacaactta tttatgttaa 4980

cttgctaggc tgggattgga ggccctcttg ttaatcttga tggcaatgtt attggcatga 5040

acttctatga cacaagaatt ggaactcctt tcttattatg ggaagagatc tgcaagattc 5100

tagcatcgtt tgagacaaaa aggtattagc attgttcatg tcagtattct agcattgttc 5160

ttttttggag cattttaaga agcttgctga tgcataatct gacagtgaat ctggtggtga 5220

tattggcaat gcctctcgtg catgtttctg gaaaatgcca agagatgtca aaaataaggt 5280

taacaggttg gtattccgat ccatgttgct atttattagg ttgaagttaa gttttggata 5340

tataagttat ttcgttgaaa tgaacaggtg gcctgtgccc aagccacgct ggtgccgtcc 5400

tgaagatgct gaatctgatg atgatgataa gttagctttt gatgatattg gccagcttca 5460

atacagttat attttgggac gtaaagtcaa gctccttcgt ctcacaatcc ccatatcggt 5520

tccgattgtt gaagctaaat ccactgatgg ttagtaattt gtcttcatga accttttgcc 5580

aacaatcctg ttgactgttg tgctgactgg tctctctccc tgatccagta ttgcagctat 5640

catattcatc tgcttttgtt agtcgactcc atccagcaaa ttttccagca tttgtcatat 5700

gcagtgcttt acccccattt atttttttat atgcagtcat ttcatagttt aggacctaaa 5760

tctgacaaac attttcttac tattaatgat tctttttcta gacgtgcatg tatcctaaac 5820

ctggttggtc aacctgatat acccttttaa tcgacaattt catttgttac agagcctgga 5880

gttgatcctt tcgcacaaag gaagcaaaag aagaagcggg tagaaaagca aggaaaaaac 5940

agactagaga acttaaagaa agctgcaaaa gttggtgctt tgccaaggtt gtaatccttt 6000

actcacctac tgcttacccc tccctcctat gaattccttt tcgtaccagt aaggaacatt 6060

gagaattatg cagtatagtc atctaacagc tctccaatat attttgtgtg cagtcatata 6120

caacttgctg caacgtcctt gcccatcaca ggaactaaag ctgatcttcc gaaaaaatct 6180

agaaaagagg atcttgagaa tgttgctggc atgggatctg caacagcaag tggtgggaag 6240

tttgatgaga agttgcctgg cgagaaacct ccaaagcatc ctggcaaaca taaaaaggtt 6300

tttatatctt aatggctttg atttctgagt ctgcctttgt aggctggctt tgatttctga 6360

gtctgccttt gtaggctgaa tttgtgaact atagctgaat catgttgttt ctgcagttta 6420

tcccagttgc tgaaggggag ggaatgggca acctggggaa acagcagaat gacaaaatcc 6480

tgatgtctct acttgccaga aactctgaac agcttgatgt ttgcaaggca agttccagga 6540

ttcaatggag tatattaaat tgtgttttgc ccaccatcat tggcactgct tgttctgttt 6600

gaatgaacta accgcatctg taaacatttt tgtaagcagg caaacacaat gtacaaggtg 6660

aagaaggaaa agcgaagaag gaaagacaga gagatggcct cgagatctga taagctcaag 6720

ccccagaaga aacctttcaa gaaatcatcg aagaaaaaag cttaggtcaa catctttctt 6780

gtgacttgtt tttggaggtg accatagttt tgaatgctca aggagacctg ttgcatcttc 6840

ctatgtttga atctatggga gaattactgt tgttccttgt actggttaag agttatgaaa 6900

ggcctgaatg atgatacaac aagatcacaa atctctgtta tgctgccctg ctatgtgcgt 6960

attatatttt caaattttgt ttggatgtgg ttttcaaatc tctgtattga ttcctgaaac 7020

ccattccaaa ggatgtcctg acaaactggt ttgtgtgatt ggttatccag tgacaatctg 7080

atttttggtt ctcaagtgcc aatctgaatc atcggataac ctgatatcca tgcatgtgtc 7140

atcgtttgca gttgtattgt tatggtttgc ttacccagca gcattagtgt tgttgaaatt 7200

cgaatgcctt ggcaaatggc aaccatatat atcagcctct acgtgaactg tctgaagtag 7260

atcatctatg atctctaatt ttggtgaggc tgtcttaggg ctagcctggc ttggatctaa 7320

ccgaccaggc taggccaatc ttagcttata tggtgtgatg atgttgtcat tgctccggtg 7380

cgctctttgt atgtgatctc tttggtcgcc ggcggtccag aaaaccgcat gccgtcgacg 7440

accactgccg gtgtagatgt ggatgcctcg gacgcgtcgc ttgcaatgtc ttgggcctgc 7500

gccgcgagtc tcggttgtgt tgaaacccaa ctctgctctc tctttccttc ctaaaaagaa 7560

aatctctcgt ttaatttgcc tctccaatcc ccctaatttc agtggccatc gccggagaga 7620

gatcccctga gacagatagg accaccatct ccatggggat gctgaatctg atgcgcctca 7680

tgtccgtcaa gcgccgccgc cgccgccaag tccaagttcc ccatggtaaa agaacaccat 7740

ctccttcctt attttttcga ttatttgaat ctgtatatat ctatagtatg tacacaaaca 7800

aacagaacca aaaaacaaaa gattttactg ttgttaagtg gtaccaattt tttttaacta 7860

ccttcatccc aaaaatataa aaaattagta atggatgaga cacatttttt tccagattaa 7920

tacgttttta ttttttggga cagatagaat agtacaaatt ttcatacctt agagtatcag 7980

atataccatc ttattaaaaa cttgagcatc ataaaaagac atgtttttat tgagtgcaag 8040

gtaggagatc aaaagaggtg gtttatctat gatcacaatg gctggtggcc tccaccttct 8100

tgttcctttt gctatttaac tagattgacc cgacgtacgt gggtagagac catactattt 8160

attatgctat gtaaaatatg aaaaaaaaaa ctatatacat gctgaacttc aggttttccc 8220

cttaagttga taacaagttg gtttctttta caaaactgtt agtgttgttg cacaaaaggg 8280

gacaacagaa gaaaaaaaag atatgattgc catgtgtgcg atggtgtgct tgcttgagtt 8340

ttctgtttta ttactcaaat gtatgtaaac caatgttttc aaaatcgcta atgtggcata 8400

accagatgct tatatggtat aatcggccac ttatatgact taagtagtat aaggttggtg 8460

catccattcc ttgtacacgg ccttgtaaag cctttttaag ggcttgttcg gaatggaggg 8520

attacacaag atttttgtag gattggcaaa tcctttggat ttggcactgt tcatacattc 8580

ggttcatagg aatcacacgt aggaatttgt aggaataatg tagcaacttt atgaaacgta 8640

ggaatttcac aggattctaa acatccactc acacctcatt tttttcatta gctacaacag 8700

ggtagatgct gatcacgttg gagtgactag atgggaacta atattttatt gcttaattat 8760

actataatat atgagatcaa tattaattag aaaattccta tggtttatat attcctgtat 8820

ttcgaacgct tcataccatc aaattccttt gtttttcaat cctacgtttt gcatatgcaa 8880

tcctatatta ttcctgtgtt tttcctgtta ctatgttttt tttatcctat gatccgaaca 8940

agccctaaaa cactgatgta aaccatgcat cttgtgctgc agatggattg attgccttac 9000

gggctaaaag aaagggttca ccctgccaac aagatggcga ttctcagggc gctgctgaca 9060

tagagatacc agaccttcca gaggtacacc ataaataaaa tgttgatgat gaaacatctt 9120

actagtagta caagtaaatt atagggtaga ttactgcttc aattgcacaa attggtccac 9180

caacgctatt aaagtttatg aacggagcac tttgatgctg aaacctccta cagccctgct 9240

gcattggaat cttctttgtt ttgctgccat tgaatagcaa catgctatta gacaattaaa 9300

catcattcca tccattcttt ctggcacaaa tgcaaagaaa caaatatgtg ctgagcactt 9360

aacacctcat ttgggtaaag accatatttg cctaatcagg caggtagcac tggaccggtt 9420

caagtgttac tccataagtt atcctttctt tcttccatct aattcaacca tttgtcttca 9480

caattagtac aatgtttaac ttctctccca tatgcttgtg caagcaggac atctggcgtc 9540

ttatacattc cttgatgcca atgcgagctg ctgcccgagc tgcctgtgtg tctcgttcct 9600

ttctaagttc ctggagatgc catcccaacc tcaatttcag tagtgaagca tttgggttga 9660

atagaaatgc atgtggaaag gaagaattgg ctggactttt ctacagcaaa gtcaaccaca 9720

ttctcaaaag gcactcaggc atcggcgtga aaaagcttac gattaaggta tattcagatt 9780

gtagtgggaa gggctcttca tacctcaaca attggcttca gattgctgtt aaaccaggga 9840

ttgaagaact cataatttca ctgacccagt tccaggcaaa gtacaatttc ccatgctttc 9900

ttctgtcgaa tgggagtgga gactcaatcc aatatcttca cctttctaac tgttccttcc 9960

acccaacagt cacacttggt ggcttaagaa gtctgacgag actgtatctt tgttgtgtgc 10020

gtattacgga gaacgagtta ggctgccttc tttcccattc tcttgcattg gagcagttgg 10080

aaatcaggta ctgcgatagg attgtttgcc tgaaggtacc ttgcctactg cagcggctta 10140

tctccctgaa ggtgtttggg tgtgacgatc tgaaactgat agaaaatgaa gctcctaatg 10200

tctccatttt tgcatttcaa ggggacaaaa cgcaactgaa acttggagaa actttgcaaa 10260

taaagagcct atgcatggtc cgctctggtt atgtttatca tgctcgtgct gaacttccat 10320

ccatcatgcc aaatcttgaa tctcttgcca taaagtcacg caaagaggta tgagaaattt 10380

tgcctgacac atgaatgaga ctagattctg tcttatgggt tgtagcataa ttaatttgac 10440

ctctttatgc agacggcctt tgcatcgaag ctgtgtagca aattcctctg cctcaagcac 10500

ttgagcattg cccttattgg atatttccca gcctatgact atttgtccct ggcttcttat 10560

attcatgctg caccttctct ggagacttgc tacctgaatg tgagttgcca ttcacatatt 10620

attactgata tgaatgaaaa ttagtagctg tgtggtggaa atgtcactta aaatttctcc 10680

ctttcgcgtc ctaggtaatg cagcggtacg tgcagaatgt ttcaattttt gcacatcctg 10740

cagatctgag atcaatacga gaagagcagc atcacagcct taagagtgtg agggtcacat 10800

cattcatctc tgtaaagagc ttggttgagc tgacatgcca tatccttgag agtacaactt 10860

cacttgagtg cttgacattg gatgcttctc agactggctt taggtgtgat actcctggca 10920

gcaaaattgg caaatgcccc ccactagaga gggacattat catggaaggt cacagagggg 10980

tcttggctat cagaagatgc atccagccta gggtaccttc cacagtgaag ctgaatgttt 11040

tggagccctg cagctgccat tctactgaac tttagatgac atgtttatct tagttatacg 11100

atgtttaatc gtgcttctgc cgatgatgat tctgtagatt cttagattgg gtcatggttt 11160

ctgaagtttg ctcctaatga gtactagttg atatcatcac caaatgcaca cgatatccac 11220

cagtaactcc agtttccacc tagcagcagt gttgtatgca caaaaaagtt ttactagcaa 11280

aagttctcaa acgtttgatt tgcctagttg agggttataa aaagctaaaa aattagagtt 11340

tgtaacaaat tttagtgtgt agactttaat ttgaaatttt cacctatata tgcatggttt 11400

tcttaatctt tgaattcatc tatgtacgta tacataacat acgtacgcga atagtagggc 11460

aacttgttgc atgcatgaat gccagagttg gaattaagaa tgcccgtaat cgctttcatg 11520

catgattgat ggaataagaa tcaaacaaaa acatacagta ttcaattgtt catctgttga 11580

agaaaaagca acagacaata tacatataaa actatagcct gtcaaaaccg tcagcaagtg 11640

cagactaaac cgccaccctt ttttttttat cttgattgtt ccgtttgaga cttttgagag 11700

acctgtccat ataggaggac cgatatattt gaaccaagtt aaaaaaaaat gatccatcat 11760

ctgcagaaag gtggtacaca gaacacagtg ctcatgttgc tgaagctaca agcctcatat 11820

atatatatac ccatttttat ctccagtgat ttaaccactg cagtaatcaa cttgattagt 11880

atttcgcaca aacctctctg tttaccgaca atcaatacat agtg 11924

<210> 3

<211> 28

<212> DNA

<213> 检测扩增S1基因用上游引物48281F

<400> 3

gtcgcttcac tgcttatgac cccacatt 28

<210> 4

<211> 21

<212> DNA

<213> 检测扩增S1基因用上游引物51301F

<400> 4

gagatctgca agattctagc a 21

<210> 5

<211> 21

<212> DNA

<213> 检测扩增S1基因用下游引物51682R

<400> 5

ctgtattgaa gctggccagt a 21

Claims

1.一种栽培稻种间杂种不育基因S1，其特征在于，该S1基因包括两个等位基因S1-j和S1-g；S1-j的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，S1-g的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。

2. 权利要求1所述栽培稻种间杂种不育基因S1在水稻育种方面的应用。

3. 一组检测权利要求1所述栽培稻种间杂种不育基因S1的引物，其特征在于，包括上游引物和下游引物；所述上游引物为48281F或51301F，下游引物为51682R；其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.3～5所示。

4. 一种重组表达载体，其特征在于，由出发载体的多克隆位点插入权利要求1所述栽培稻种间杂种不育基因S1得到。

5. 一种重组基因表达盒，其特征在于，含有权利要求1所述栽培稻种间杂种不育基因S1。

6. 一种转基因细胞系，其特征在于，含有权利要求1所述栽培稻种间杂种不育基因S1。

7. 一种重组菌，其特征在于，含有权利要求1所述栽培稻种间杂种不育基因S1。